CN101146914A - 基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用 - Google Patents

基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN101146914A
CN101146914A CN200680009276.XA CN200680009276A CN101146914A CN 101146914 A CN101146914 A CN 101146914A CN 200680009276 A CN200680009276 A CN 200680009276A CN 101146914 A CN101146914 A CN 101146914A
Authority
CN
China
Prior art keywords
seq
infectious
multiple organ
gene activity
organ dysfunction
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN200680009276.XA
Other languages
English (en)
Inventor
斯特凡·鲁斯武尔姆
康拉德·赖因哈特
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
SIRS Lab GmbH
Original Assignee
SIRS Lab GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by SIRS Lab GmbH filed Critical SIRS Lab GmbH
Publication of CN101146914A publication Critical patent/CN101146914A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112Disease subtyping, staging or classification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Abstract

本发明涉及基因活性标签在患感染性或非感染性多器官功能衰竭患者进行分类的应用。本发明尤其涉及将患者分类为“未被感染且无多器官功能衰竭”或“患非感染性多器官功能衰竭”或“患感染性多器官功能衰竭”的基因活性标签,该基因活性标签是选自如下组的多核苷酸:SEQ ID I.1,SEQ ID I.2,SEQ ID I.3,SEQ ID I.4,SEQ ID I.5,SEQ ID I.6,SEQ ID I.7,SEQ ID I.8和SEQ ID I.9或者以上序列的一部分。

Description

基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用
技术领域
本发明涉及基因活性标签对患感染性和非感染性多器官功能衰竭的患者分别进行分类的应用。
本发明进一步涉及所述基因活性分类器(gene activity classificator)作为仪器中的储存数值参数对患感染性或非感染性多器官功能衰竭的患者进行体外诊断的应用。此外,本发明涉及一种用于对患感染性和非感染性多器官功能衰竭的患者分别进行体外诊断的仪器。
另外,本发明涉及应用基因活性标签/分类器对患者基因表达谱分类,从而分别评估治疗感染性和非感染性多器官功能衰竭患者的活性物质的治疗效果。
尽管有病理生理认识和支持治疗上的进步,多器官功能衰竭综合症(MOFS)和多器官功能衰竭(MOF)分别是重症监护患者最多发的死亡原因,并且在世界范围内继续增加。其发展的结果不仅对患者个人相当严重,而且对公共卫生保健体系的费用和许多医疗领域内的医学进展具有巨大的影响。
多器官功能衰竭被定义为两个或多个重要器官系统同时或在短时间内发生衰竭。多器官功能衰竭综合症是在MOF之前发生的最初的器官功能不全[1]。现在对多器官功能衰竭的定义是两个或多个器官同时或在短时间内丧失功能,而缓慢稳定的器官功能衰竭被排除在外[2]。对MOF的预后与所涉及器官系统的数量密切相关。如果一个器官衰竭,24小时内的死亡率是22%;7天后的死亡率是41%。在3个器官系统衰竭的情况下,死亡率升高到第一天为80%,4天后是100%[3]。
对于MOFS和MOF严重程度的临床评分,通常使用GORIS等的多器官功能衰竭评分(MOF-评分),或者败血症相关器官功能衰竭评估(SOFA)评分[5]。MOF评分提供了一种对器官功能快速的临床上简易的3个可能等级的分类。在临床文献中,MOF评分大于4时通常记录为MOF[6]。SOFA评分是一个快速对功能的临床评估打分的评分系统,其对下述器官系统评分:呼吸(肺)、凝血、肝脏、心血管系统、中枢神经系统和肾脏。此评分系统使用4个等级。
在临床上,MOF的分3个阶段发展[7]:
1.器官休克:触发的生理病理机制是完全不同成因的灌注不足。其发生在数小时之内,还不会导致永久伤害。
2.器官功能丧失:如果持续的灌注不足一直维持几天,就会导致水肿局部内的SIRS发生(系统炎症反应综合症,根据[8]分类)和细胞损伤。这一时期被称为多器官功能丧失综合症(MODS)。
3.器官衰竭:持续的灌注不足导致内脏区域的淤滞,从而造成肠内的内毒素的重复感染和转移。这使得临床症状加重,败血症的全面发生。器官功能丧失变为器官衰竭。
MODS和MOF是具有复杂生理病理性质的临床表现。目前对可触发SIRS和相应心脏和循环系统效应的严重感染和外伤的免疫-炎症宿主反应的发展和复杂性的确切分子原因还不完全清楚。
MODS和MOF都可以导致感染性的和非感染性的发生。MODS和MOF通常发展为外伤造成休克后患败血症的患者、使用心肺机进行外科手术后的患者、在器官移植后的患者、及其他患者的一个临床上重要的并发症(图1)。MODS和MOF发展的一个重要致病机制是系统炎症综合症(SIRS,[8])的发展。起动SIRS的生理病理过程不仅包括免疫系统的所有部分,还干扰到心脏和循环系统的所有水平,并且不局限于心肌抑制和血管舒张。尤其在微循环水平上的心脏和循环系统的变化形成了常见的最终距离(final distance)并产生组织缺氧,后者被认为是多器官功能衰竭发病机理的一个重要协同因子。
图1显示了根据目前标准对MODS和MOF发展的最重要机理的示例性描述[10]:似乎过度活化的免疫系统在多器官功能衰竭的发展中发挥了决定性的作用。在此文中,内皮通过分泌细胞因子和赋予白细胞粘附起到了核心的关键作用。在内皮细胞内的信号转导级联被活化,导致转录因子的表达和激活。
仍然没有能够区分感染性和非感染性原因的灵敏/特异诊断的原因是因为对MODS和MOF早期过程的不完全了解。新类型的生物标签和诊断,如今甚至在基因表达水平,可能提供了多器官功能衰竭早期诊断以及区分MODS和MOF感染性和非感染性原因的重要诊断信息。另外,它们对阐明系统炎症的生理病理机制也很重要。
经常在临床实践中使用的预先征兆,如发烧、白细胞增多、心动过速和呼吸急促,对于MODS或MOF的诊断以及区分MODS和MOF感染性和非感染性原因是非特异的。在早期阶段检测微循环不规律的参数,例如肠粘膜pH[11]和毛细管床的乳酸水平[12]的变化、原因不在肺部的呼吸不足的出现[2]、白细胞弹性蛋白酶的升高[14、1 5]、新蝶呤的高水平[1 6]、多形核白细胞的激活和IL-6的高水平[17]、只在有限程度下适于作为MODS和MOF发展晚期的早期参数,但它们对区分MODS和MOF感染性和非感染性原因无效。这样,急需全新的诊断方法,用来提高本领域技术人员在早期阶段区分非感染性和感染性MODS和MOF以及预测患者如何对特定治疗产生反应的能力。
然而,正是MODS和MOF感染性和非感染性原因间的区别在医学上是极其重要的,例如通过这一区别可以使抗生素的使用更有效,这有利于节省可观的费用和避免抗生素非特异应用产生的副反应。此外对于非感染性MODS或MOF,有可能避免在时间和人员上细致深入的诊断检测,同时也有可能避免所有与患者有关的整形外科材料例如静脉导管的互换的风险,其中,所述诊断检测对患者是产生压力的,所述诊断检测(例如,送到CT/MRI)是用于鉴定感染的部位,需要实施复杂微生物方法(例如,血液培养物的检验,其也需要患者提供大量的血液)。反之亦然,对MODS或MOF感染性原因的快速鉴定可以确保这些检测迅速进行并因此降低其死亡率。
技术的进步,尤其是微阵列技术的发展,使得本领域内的技术人员有可能同时比较10,000个或更多的基因及它们的基因产物。这种微阵列技术的应用可以提供关于健康状况、调节机制、生化相互作用和信号传递网络的信息。由于在生物体对感染如何作出反应上的理解的进步,可推动感染性衰竭的检测、诊断和治疗的增强方法的发展。
微阵列起源于“Southern印迹”,其提出了固定DNA分子的第一种方法,从而可以在固体基质上三维寻址。第一个微阵列由DNA片段组成,经常是未知序列,并且以网点式置于微孔膜(通常是尼龙)上。常用cDNA、基因组DNA或质粒文库,杂交物质用放射性基团标记[20-22]。
现在,同时应用玻璃作为基质和使用荧光检测,在高密度下合成和使用核苷酸的新技术发展可以小型化核苷酸阵列。同时,实验通量和信息内容也提高了[23-25]。
通过癌症研究领域内的临床试验对微阵列技术的应用进行了第一次说明。在此,证明了表达谱对于鉴定单个基因或基因群的活性是有价值的,这些活性与特定的临床表现是相关的[26]。分析了许多具有或不具有急性白血病或弥漫性B细胞淋巴瘤个体来源的样品,并发现了基因表达标签(RNA),随后将其用于这些类型癌症的临床相关分类[26,27]。Golub等发现单独一个基因不足以得到可靠的预测,而基于53个基因(选自微阵列上的6000多个基因)转录变化的预测是很准确的[26]。
由WO03/002763可知,主要使用微阵列基因表达谱的检测可以用于败血症和败血症类似状况的诊断。
申请人的德国专利申请DE 103 40 395.7,DE 103 36 511.7,DE 103150 31.5和10 2004 009 952.9描述了例如通过微阵列技术得到的基因表达谱在原理上对SIRS、广泛性发炎性炎症、败血症和严重败血症的诊断是有用的。这些应用在此通过引用的方式纳入本文。
由Feezor等[28]可知,由于外科治疗患具有多器官功能丧失综合症(MODS)的SIRS的患者,与在同样外科治疗后患不具有MODS的SIRS的患者相比,其基因活性存在差异。然而,因为在这些患者中没有检测到感染,所以这些研究没有对非感染性MOF与感染性MOF的区别做出陈述。
为了对基因表达谱分类,已经有多种方法及其对基因表达数据的应用,例如线性和二次判别分析(linear and quadratic discrimination analysis)、复合协变预测(Compound Covariant Predictor)、最紧邻分类法(NearestNeighbor Classification)、分类树(Classfication Trees)或支持向量机(SupportVector Machines)[26,29,30,31,32]。分析基因表达数据的分类方法应用的一般概况见[33]。
分类方法的目标是开发出多元分类器(multivariant classficators),其可以对一个新数据组是否属于某个类别作出预测。这样,例如患者可以通过分离器依据它们对某个特定治疗的反应被划分为反应类或非反应类。
大致上,分类器通过3步进行:
1.从一大组数据中选择统计学相关的特征。对基因表达分析来说,根据它们的表达模式,单变量检验作为第一步以从多种分类中选择统计学相关基因。
2.通过不同分类方法确定分分类器,其最终提供了分类器的训练集。
3.通过基因表达谱的新的、未被分类的检验集确认这一训练集,并优化该训练集。
WO 2004/108957大体描述了生物标签(核苷酸)的分类及其分别在SIRS和败血症诊断上的应用。但没有描述用于对感染性和非感染性多器官功能衰竭进行诊断的生物标签的分类和/或应用。
在先德国专利申请102004 049897.041第一次描述了区分感染性和非感染性多器官功能衰竭的基因活性标签。该申请描述了1297个不同基因在体外分别诊断患感染性和非感染性多器官功能衰竭患者的应用。
本发明超越了DE 102004049897.041中描述的技术状况,因为通过患者样品来源的基因表达谱的特异检验方法,本发明发现了基因活性可用于在体外诊断以区分非感染性和感染性多器官功能衰竭的分类器。
本专利申请中公开的发明的基本点在于基因活性分类器可以用于对分别患非感染性和感染性MOF的患者的基因表达谱进行分类。这些分类器的应用可以方便地与临床参数一起用于诊断,然而,其对重症监护中的特定治疗的启动是重要的。
这样,本发明的目的是使用基因活性分类器用于区分未被感染且无多器官功能衰竭的患者、非感染性多器官功能衰竭的患者和感染性多器官功能衰竭的患者。
本发明的目的是通过根据权利要求1中的基因活性标签,根据权利要求5中的分类方法,根据权利要求7中的微阵列和根据权利要求8中的仪器来实现的。
在下文中,名词“ITS-对照”用来标识处于重症监护中然而并未检测到感染和多器官功能衰竭的患者。
本发明尤其涉及基因活性分类器的应用,基于此应用,体外获得的患者样品的基因表达谱被分为非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭。
使用该分类器,本发明进一步可用于在治疗期间评估非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭的患者的疗程。
本发明的基因活性分类器进一步在临床试验2-4期用作由非感染性或感染性原因造成的多器官功能衰竭的患者的纳入或排除标准。
本发明的一个优选实施例涉及基因活性分类器进一步用于电子处理以及制作软件,该软件可用于描述患者的个体预后、诊断和/或患者数据管理系统。在本文中,基因活性分类器作为诊断仪器中体外检测的基因表达谱的自动评估的依据。在此,基因表达分类器作为数值参数储存于软件、集成电路、可擦可编程只读储存器(EPROM)或其他本领域技术人员已知的数值参数储存器件(means)。
本发明的另一个优选实施例涉及将基因活性分类器储存为数值参数的仪器,其可以体外诊断非感染性和感染性多器官功能衰竭的患者。除了作为数值参数储存的基因活性分类器,所述仪器还包括将患者样品中未被分类的基因表达谱与储存的基因活性分类器进行比较并将相应结果以技术显示输出的器件。这可以通过,例如基因活性分类器的数值参数的电子化处理——转化为电子信号,并且与从待检测基因表达谱获得的电子信号相比较来实现。比较的结果是分别将待检测基因表达谱分类到非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭类别中。类似的和/或数字的展示,例如评分系统(与在体外诊断中已经使用的APACHE或SOFA评分相似)或电子胶、声音信号或其他本领域技术人员已知的方法作为技术显示。
在一个优选实施例中,该仪器也能够产生与储存的基因活性分类器相比较的基因表达谱。为达到这一目的,该仪器的组成为用于体外获得患者样品的样品制备模块、用于将患者样品与来自基因活性分类器的基因活性探针杂交的模块、读取杂交信号的模块、另一个对读取的杂交信号进行图形分析的模块、能够与储存的基因活性分类器自动比较的模块、还有可以显示比较结果的模块。对于本领域的技术人员显而易见的是:不是所有的模块都必须组合在所述仪器中,其由自动化程度决定。已经可以自动化/半自动化生成基因表达谱的仪器例如为Roche公司的Light Cycler、Cepheid公司的Smart Cycler或Clondiag Chip Technologies公司的AP system。
另外,本领域的技术人员用于分析不同基因表达的所有其他的已知方法可作为本发明应用中描述的微阵列技术生成基因表达谱的替代方法。
本发明的基因活性分类器也可用于生成“电子”专家系统和/或信号转导细胞通路的“电子”调制。
作为本发明的基因活性分类器,使用的基因和/或基因片段选自SEQID No.I.1到ID I.9,以及这些基因的基因片段组成的组,其中所述片段具有5-2000或更多,优选为20-200,更优选为20-80个核苷酸。
序列IDI.1至序列IDI.9的这些序列包含在本发明的范围内,它们在所附的包含9个序列的序列表中详细公开,这样,该序列表作为本发明说明书的一部分,同时也是本发明公开内容的一部分。在序列表中,序列IDNo.I.1至序列IDNo.I.9的单个序列进一步指定了其GenBank序号。  (网址:http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/)
在本文中,也可使用所列探针的可杂交的合成类似物(hybridizablesynthetic analogue)。
序列SEQ ID No.I.1至SEQ ID No.I.9的插入、缺失或核苷酸替代突变只要没有实质性改变用于本发明目的的序列杂交行为,这些突变的使用也可能实现本发明的目的。只要本发明中提到基因活性标签,则这种突变也包括在内。
在另一个实施例中,根据表1的基因活性分类器SEQ ID No.I.1至SEQ ID No.I.9与基因表达谱分类的逻辑选择规则相联系,该基因表达谱是指非感染性和感染性多器官功能衰竭患者样品的基因表达谱。
表1:ITS对照、非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭各自的选择规则
类别 ITS-对照   非感染性多器官功能衰竭 感染性多器官功能衰竭
分类器   (SEQ-ID No.1.1)个且(SEQ-ID No.1.3)↓或(SEQ-ID 1.2)个且(SEQ-ID No.1.4)↓   (SEQ-ID 1.3)↑且(SEQ-ID 1.6)↓或(SEQ-ID No.1.4)个且(SEQ-ID No.1.5)↓   (SEQ-ID 1.5)个且(SEQ-ID 1.7)↓或(SEQ-ID No.1.8)个且(SEQ-ID No.1.9)个
个过表达基因活性,↓基因活性下调表达
本发明的另一个实施例的特征是如权利要求1中所列的基因或基因片段和/或由它们RNA所衍生的序列被合成类似物、适配子以及肽核苷酸替换。
本发明的另一个实施例的特征是样品选自:体液,具体地,血液、渗出液、尿、腹水、精液、唾液、穿刺液,细胞内容物或以上的混合物。
本发明的另一个实施例的特征是细胞样品如果有必要将进行裂解处理以释放其细胞内容物。
对本领域的技术人员显而易见的是,权利要求所述的本发明各个特性可以任何希望的方式相互组合。
本发明所使用的基因活性分类器包括所有衍生的DNA序列、部分序列和合成类似物(例如肽-核酸(PNA))。本发明关于在RNA水平测定基因表达的说明不应被认为是限制性的,而只是本发明的示例性应用。
本发明的关于血液的说明只是本发明的一个示例性实施方式。在本发明中使用的名词生物液体是指所有的人类体液。
本发明的进一步优点和特性从工作实施例的说明以及图示中会更清晰。
图1显示了从不同医疗状态开始的多器官功能衰竭的药理疗程。
工作实施例
对基因活性分类器的产生和确认的研究,该基因活性分类器用于将患者样品的基因表达谱分类到以下类别中的一种:ITS对照、非感染性多器官功能衰竭或感染性多器官功能衰竭。
对不同基因表达进行测量,作为训练集的基础:
测试在外科重症监护区进行治疗的总共57个患者的全血样品,测量其不同的基因表达,以区分多器官功能衰竭的非感染性和感染性原因。完整的基因表达数据构成基因活性分类器训练集生成的基础。
全血样品取自在重症监护期间患感染性MOF[根据8分类]的31个患者。
此外,全血样品取自在重症监护期间发展为非感染性MOF[根据8分类]的26个患者。
另外,全新样品取自进行重症监护(下文记做:ITS对照)的18个患者。
参照样品是SID-M5细胞系的总RNA。
三组患者的所选特征见表2。信息包括年龄、性别以及作为器官系统功能的测量的SOFA评分。另外,也给出了血浆降钙素原(procalcitonine,PCT)和CRP的血浆蛋白水平以及患者的白细胞数量。
每一个患者样品在微阵列上与参照样品共杂交。
表2:患者组数据
  ITS-对照   非感染性MOF   感染性MOF
  患者数目   18   26   31
  性别m/f   16/2   15/11   17/14
  年龄(年)   65(15)   69(10)   60(17)
  APACHE-II Score[点数   10*(2.8)   14.9(3.4)   14(10)
SOFA Score[点数] 3.4*(1.7) 8*(3) 10*(3)
  器官功能障碍的数目   3(1)   3(1)
  PCT[ng/ml]   0.56*(0.8)   3.8(6.7)   3.1(7.7)
  CRP[μg/l]   68.5*(27.5)   80.2*(90.2)   188*(168)
  WBC[no/l]   8,088*(3,554.2)   12,300(6,925)   13,200(8,150)
*p<0.05
实验描述:
获取全血后,使用PAXGene Blood RNA试剂盒根据其操作手册(Qiagen)分离样品的总RNA。
细胞培养
19个低温细胞培养物(SIGM5)  (冷冻于液氮)用于细胞培养。每一个细胞培养物用2ml添加20%肽牛血清(FCS)的Iscove’s培养液(Biocherom AG)培养。其后,细胞培养物在12孔板内在37°C、5%CO2条件下培养24小时。其后,18个孔的内容物以相同的体积分为2份,这样最终得到3个相同形式的板(总共36个孔)。然后,继续在相同条件下继续培养24小时。然后,每个板的11个孔的所得培养物混合并且离心(1000 x g,5分钟,环境温度)。去除上清,细胞沉淀用40ml上述培养液溶解。该40ml的溶解细胞平均分到2个250ml的烧杯内,再添加5ml上述培养液后培养。所剩2个板上各自所剩的2ml培养液中取80μl,置于同一个板的空白孔中,该孔在之前已经添加1ml上述培养液。培养48小时后,只取12孔板中的一个进行如下步骤:每空中取出500μl并混合。所得的6ml培养液添加到一个含有大约10ml新鲜培养液的250ml烧杯中。混合物在环境温度以1000xg离心5分钟,再溶解到10ml上述培养液中。通过随后的细胞计数得到下述结果:1.5×107个细胞/ml,共10ml,细胞总数是:1.5×108个。由于细胞数量还不够,将2.5ml上述细胞悬液添加到含30ml的上述培养液的250ml(75cm2)烧杯(共4个烧杯)中。培养72小时后,每一个烧杯中添加20ml的新鲜培养液。再培养24小时后,如上所述对细胞计数。细胞总数为3.8x108个。为得到希望的2×106个细胞数量,在4个烧杯中用47.5ml上述培养液重悬细胞。再培养24小时后,细胞离心并用无Ca2+和Mg2+的磷酸缓冲液(Biochrom AG)洗涤2次。
按照操作手册使用NucleoSpin RNA L试剂盒(Machery&Nagel)分离总RNA。重复上述的步骤直到获得需要量的细胞。这对于获得所需要的6mg总RNA是必须的,该量等效于600μgRNA/108个细胞。
反转录/标记/杂交
获取全血后,使用PAXGene Blood RNA试剂盒(PreAnalytX)根据其操作手册分离样品的总RNA并测试以定性。每一个样品中取10μg总RNA并与SIGM5细胞来源的10μg总RNA作为参照RNA一起,使用反转录酶Superscript II(Invitrogen)转录成互补DNA(cDNA)。其后,通过碱性水解从混合物中去除RNA。在反应混合物中,一部分dTTP用氨基化dUTP(AA-dUTP)替换以促成荧光染料在稍后时连接到cDNA上。
对反应混合物纯化后,样品和对照的eDNA使用荧光燃料Alexa 647和Alexa 555共价标记,并在SIRS-Lab公司的微阵列上杂交。所使用的微阵列上,固化了5308个具有55到70个碱基对长度的不同多核苷酸。每一个核苷酸代表了一个人类基因。另外,其上还有对照点用于质量验证。一个微阵列被分为28个亚阵列,每一个亚阵列上安置了15×15个点的格栅。
杂交和随后的洗涤和染色分别使用杂交工作站HS 400(Tecan)按照操作手册在42℃进行10.5小时。所使用的杂交溶液的组成是标记的cDNA样品、3.5xSSC(1xSSC包括150mM氯化钠和15mM柠檬酸钠)、0.3%十二烷基硫酸钠(v/v)、25%甲酰胺和0.8μg/μl cot-1DNA、酵母t-RNA和poly-A RNA。随后对微阵列的洗涤在环境温度下根据以下方案进行:使用洗涤缓冲液1(2xSSC,0.03%十二烷基硫酸钠)、洗涤缓冲液2(1xSSC)和最终洗涤缓冲液3(0.2xSSC)冲洗90秒。其后,微阵列在氮气流大于2.5bar压力、30℃下干燥150秒以上。
处理过的微阵列的杂交信号再使用GenePix 4000B(Axon)扫描仪读取,不同表达基因的表达率通过GenePix Pro 4.0(Axon)软件测定。
评估:
对于分析,一个点的平均强度作为相应点像素的中值。
系统偏差的矫正:
根据Huber等[34]的方法对系统偏差进行矫正。根据此方法,一个微阵列上的加法和乘法偏倚根据70%基因样品来估算。为进一步的计算,通过正弦双曲线(arcus sinus hyperbolicus)转换信号。
为了分析,患者样品信号的标注化、转化了的信号相对比率相对于对照样品进行计算。这即是患者n的基因j的计算得到数据为Gj,n=arcsinh(Scy5(j,n))-arcsinh(Scy3(j,n)),其中[SCy3(j,n),SCy5(j,n)]是相联系的信号对。当代表一个患者的一个点不能被分析时(例如,扫描图片污染),相关的数值被标记为“丢失数据”。
统计比较:
对每一个基因使用成对的随机学生检验(random student test)作为比较。两个随机样品都分别含有非感染性MOF和感染性MOF患者组的数值。为选择出差异表达的基因,计算相关P值和丢失数据的数量。适用于所选基因的相关P值小于0.05的组。
表3:与非感染性MOF的患者基因活性相比,感染性MOF患者样品中基因活性明显升高。
  GenBank序号   p-值   平均标准化的转化了的表达数值   标准差   序列号
非感染性MOF患者组 感染性MOF患者组 非感染性MOF患者组 感染性MOF患者组
  N32857   0.00   -2.99   0.20   1.42   2.78   1
  N32853   0.00   -0.85   1.60   2.15   2.89   2
  N32495   0.00   -2.38   -0.56   1.37   0.40   3
  AI701 077   0.01   -0.33   1.46   0.17   3.08   4
  M87790   0.00   1.18   2.93   1.13   1.24   5
  AI55931 7   0.01   0.20   1.83   0.54   2.60   6
  N34897   0.00   -2.60   -1.05   1.61   0.54   7
  AA907084   0.02   0.53   1.94   0.49   2.58   8
  N45223   0.00   -2.88   -1.54   1.24   0.57   9
  H70430   0.03   0.12   1.42   0.70   2.73   10
  R59591   0.01   -0.25   0.97   0.20   2.06   11
  N47688   0.00   -2.47   -1.27   0.94   0.44   12
  N52930   0.00   -1.49   -0.30   1.06   0.76   13
  XM 004256   0.00   -3.10   -1.94   0.62   1.43   14
  AJ01 0446   0.00   -0.22   0.93   0.66   1.11   15
  N35225   0.00   -2.81   -1.75   121   0.52   16
  N50680   0.00   -1.30   -0.29   1.58   0.46   17
  BC01 8761   0.00   1.04   2.02   0.80   1.27   18
  XM 009475   0.00   -2.54   -1.58   0.83   0.91   19
  N53369   0.04   -0.37   0.55   1.62   1.39   20
  A1420863   0.05   -0.17   0.74   0.47   1.99   21
  N33423   0.05   -0.32   0.58   1.64   1.51   22
  AA843281   0.05   0.27   1.15   0.54   1.88   23
  X64641   0.02   0.26   1.11   1.09   1.23   24
  N52545   0.00   -1.10   -0.28   1.02   0.55   25
  X57817   0.01   0.19   1.00   0.58   1.21   26
  N58236   0.00   -0.68   0.14   0.85   0.56   27
  XM 056556   0.00   -3.12   -2.31   0.58   0.99   28
  N59170   0.01   -0.22   0.59   1.35   0.74   29
  N58392   0.00   -0.85   -0.04   0.71   0.62   30
  N34672   0.02   -0.54   0.26   1.74   0.39   31
  XM 015396   0.00   -0.27   0.52   0.68   0.81   32
  X05875   0.01   -2.86   -2.09   0.55   1.15   33
  N48715   0.00   -1.12   -0.36   0.70   0.61   34
  N90140   0.05   -0.44   0.32   0.29   1.71   35
  NM 002415   0.00   -1.66   -0.90   0.63   0.56   36
  AI890242   0.00   -0.14   0.59   0.25   0.72   37
  AI589096   0.00   -0.39   0.32   0.56   0.54   38
  NM 001911   0.04   -2.61   -1.91   0.77   1.44   39
  N39242   0.05   -0.56   0.12   1.75   0.52   40
  N35493   0.04   -0.45   0.23   1.69   0.46   41
  A1271 764   0.00   -0.66   -0.02   0.70   0.62   42
  NM 006936   0.00   -2.00   -1.37   0.46   0.55   43
  NM_005225   0.00   -0.90   -0.26   0.58   0.53   44
  R98960   0.04   -0.37   0.26   1.41   0.70   45
  NM_000714 3   0.00   0.48   1.1   0.44   0.88   46
  N48180   0.01   -1.08   -0.45   1.05   0.45   47
  NM_002295   0.02   -3.17   -2.56   0.44   1.09   48
  AI697365   0.0   0.62   1.22   0.82   0.67   49
  NM_001404   0.00   -2.56   -1.96   0.38   0.86   50
  NM_176800 1   0.00   -0.31   0.29   0.51   0.42   51
  XM_027885   0.03   -3.23   -2.63   0.37   1.17   52
  NM_006597 3   0.00   -2.42   -1.84   0.50   0.79   53
  NM_002211   0.00   -1.59   -1.02   0.68   0.54   54
  NM_001570   0.00   -0.55   0.03   0.53   0.49   55
  AI888606   0.03   -0.16   0.40   0.44   1.11   56
  NM_006636.2   0.04   -3.49   -2.93   0.53   1.16   57
  AA458827   0.00   0.15   0.71   0.33   0.60   58
  AA398757   0.01   0.11   0.67   0.57   0.81   59
  NM_000814.2   0.00   -0.07   0.49   0.48   0.75   60
  NM_000963   0.00   -0.41   0.15   0.86   0.33   61
  AI913322   0.02   -0.68   -0.14   0.68   0.92   62
  N20922   0.04   -0.72   -0.17   1.27   0.51   63
  R49085   0.00   0.02   0.57   0.64   0.56   64
  N54935   0.01   -0.74   -0.19   0.97   0.38   65
  XM_027358   0.01   -1.49   -0.95   0.75   0.59   66
  NM_031200   0.00   0.11   0.65   0.57   0.57   67
  AA80553 1   0.00   -0.07   0.47   0.33   0.53   68
  NM_000194   0.04   -2.64   -2.12   0.70   1.02   69
  AI623567   0.01   0.39   0.92   0.59   0.73   70
  N64495   0.00   -0.49   0 02   0.63   0.37   71
  NM_002156   0.01   -2.26   -1.75   0.59   0.70   72
  NM_012068   0.00   -1.40   -0.89   0.54   0.40   73
  R43722   0.02   -045   0.05   0 65   0 80   74
  NM_001686   0.03   -2.63   -2.13   0.32   0.93   75
  NM_002969   0.00   -0.92   -0 42   0.46   0 53   76
  NM_003295   0.04   -2.72   -2.24   0.45   0 98   77
  XM_039372   0.02   -2.43   -1.95   0.26   0.92   78
  AA731679   0.02   0.17   0.65   0.79   0.61   79
  AA620762   0.00   -0.04   0.44   0.21   0.50   80
  A1499889   0.01   -0.01   0.47   0.67   0 64   81
  N33530   0.00   -0.30   0.18   0.70   0.31   82
  NM_002033   0.00   -1.92   -1.44   0.39   0 63   83
  AA436651   0.00   -0.26   0.21   0.54   0.26   84
  NM_001540   0.00   -1.42   -0.95   0.42   0.54   85
  NM_004257   0.00   -0.85   -0.38   0.33   0.25   86
  NM_014280.1   0.00   -1.45   -0.98   0.58   0.47   87
  NM_000930 2   0.00   -1.30   -0.83   0.64   0.51   88
  XM_002101   0.00   -0.63   -0.17   0.63   0.27   89
  AI733269   0.00   -0.18   0.29   0.45   0.36   90
  NM_001168   0.02   -2.14   -1.67   0.61   0.77   91
  XM_052636   0.00   -1.51   -1.04   0.35   0.48   92
  AI689318   0.00   -1.00   -0.54   0.55   0.46   93
  NM_001212   0.01   -1.65   -1.19   0.56   0.64   94
  R37251   0.00   0.61   1.06   0.39   0.63   95
  NM_001166   0.00   -0.76   -0.31   0.53   0.41   96
  XM_056798     0.01     -1.34     -0.89     0.66     0.51     97
  NM_005052     0.01     0.41     0.86     0.37     0.67     98
  NM_003379     0.00     -1.45     -1.00     0.41     0.51     99
  XM_048068     0.00     -0.37     0.08     0.43     0.42     100
  NM_000577     0.0     0.45     0.90     0.32     0.67     101
  NM_001101     0.00     -0.69     -0.25     0.43     0.58     102
  D31890     0.01     -1.79     -1.36     0.56     0.55     103
  N49976     0.03     -0.26     0.17     0.90     0.50     104
  XM_008679     0.01     -0.85     -0.41     0.57     0.56     105
  N33187     0.01     -0.06     0.38     0.52     0.54     106
  R42782     0.00     -0.09     0.34     0.36     0.45     107
  N49751     0.01     0.71     1.14     0.48     0.64     108
  AI910456     0.04     -1.12     -0.69     0.73     0.75     109
  NM_001569     0.00     -1.10     -0.67     0.38     0.46     110
  H90322     0.00     0.05     0.48     0.27     0.51     111
  AI926659     0.00     0.05     0.48     0.37     0.44     112
  XM_047499     0.01     -1.29     -0.86     0.46     0.67     113
  AA437224     0.00     -0.71     -0.28     0.46     0.24     114
  NM_021798     0.00     -0.32     0.11     0.44     0.36     115
  NM_000584     0.02     -1.82     -1.40     0.61     0.64     116
  AA452122     0.00     -0.40     0.02     0.60     0.41     117
  NM_002189     0.01     0.10     0.52     0.48     0.57     118
  AA001367     0.00     -0.13     0.29     0.37     0.57     119
  AI129679     0.00     -1.27     -0.85     0.31     0.37     120
  D26599     0.01     -1.90     -1.48     0. 50     0.58     121
  NM_170665.2     0.00     -1.19     -0.78     0.49     0.45     122
  NM_006419     0.00     -0.16     0.25     0.39     0.51     123
  W85706     0.00     -1.07     -0.66     0.30     0.37     124
  AA897528     0.00     -0.50     -0.09     0.65     0.30     125
  NM_003358     0.04     0.56     0.97     0.50     0.82     126
  N35251     0.00     -0.18     0.22     0.52     0.41     127
  NM_004863     0.00     -0.63     -0.22     0.37     0.48     128
  NM_001950     0.00     -0.82     -0.41     0.40     0.33     129
  NM_006260     0.03     -0.63     -0.22     0.61     0.67     130
  NM_170708     0.03     -1.52     -1.12     0.54     0.63     131
  N63024     0.01     0.64     1.04     0.43     0.56     132
  NM_017595     0.00     -0.85     -0.45     0.36     0.33     133
  AI364529     0.02     -0.97     -0.57     0.59     0.59     134
  NM_013432     0.00     -0.30     0.10     0.31     0.28     135
  NM_006736.2     0.00     -0.56     -0.16     0.24     0.37     136
  NM_002128     0.02     -1.84     -1.44     0.40     0.69     137
  AA441793     0.00     -0.70     -0.31     0.45     0.33     138
  N76019     0.0     -0.7     0.13     0.35     0.30     139
  XM_048665     0.0     -0.28     0.11     0.38     0.35     140
  NM_003467     0.01     -1.80     -1.41     0.32     0.62     141
  N59330     0.01     -0.21     0.19     0.56     0.50     142
  NM_004672     0.00     -0.08     0.32     0.44     0.26     143
  AA426021     0.01     0.06     0.45     0.28     0.61     144
  XM_008608     0.00     -0.60     -0.21     0.54     0.34     145
  H44908     0.00     -0.55     -0.16     0.42     0.33     146
  AA699412     0.00     -0.47     -0.08     0.48     0.35     147
  AI572080     0.01     0.28     0.67     0.41     0.52     148
  NM_012072     0.02     -1.86     -1.47     0.47     0.63     149
  XM_035638     0.04     -1.96     -1.57     0.40     0.80     150
  BC001604     0.00     -1.13     -0.74     0.40     0.33     151
  AA481282     0.00     -0.11     0.27     0.54     0.40     152
  NM_003376     0.01     -1.17     -0.78     0.54     0.42     153
  H11661     0.00     -0.07     0.32     0.25     0.37     154
  AI435179     0.01     -0.08     0.30     0.68     0.37     155
  XM_006800     0.01     0.19     0.57     0.38     0.55     156
  NM_000397.2     0.00     -0.56     -0.17     0.37     0.28     157
  AA424023     0.02     0.01     0.39     0.43     0.63     158
  XM_012949     0.02     -1.81     -1.43     0.45     0.64     159
  W84866     0.00     0.14     0.52     0.44     0.45     160
  N62672     0.01     -0.21     0.17     0.60     0.44     161
  NM_001530     0.01     -0.16     0.21     0.25     0.62     162
  NM_002157.1     0.03     -2.21     -1.83     0.43     0.71     163
  NM_003258     0.02     -1.80     -1.43     0.68     0.46     164
  AI863135     0.04     0.87     1.25     0.40     0.76     165
  NM_004083     0.01     -0.95     -0.58     0.46     0.47     166
  H06194     0.00     -0.92     -0.54     0.45     0.30     167
  XM_047570     0.03     -1.61     -1.24     0.41     0.68     168
  D26598     0.01     -1.23     -0.86     0.27     0.57     169
  R44955     0.01     -0.08     0.29     0.55     0.49     170
  NM_012297     0.02     -1.60     -1.22     0.48     0.59     171
  T84080     0.02     0.13     0.49     0.57     0.52     172
  H52810     0.00     0.13     0.50     0.33     0.44     173
  XM_055188     0.04     0.94     1.30     0.36     0.75     174
  AI184987     0.01     0.19     0.56     0.51     0.50     175
  AI733177     0.02     0.54     0.90     0.41     0.63     176
  NM_006016     0.02     -1.15     -0.78     0.44     0.60     177
  XM_006867     0.02     0.09     0.46     0.33     0.62     178
  NM_004475.1     0.02     0.95     1.32     0.40     0.60     179
  AA485242     0.03     0.34     0.70     0.49     0.62     180
  NM_003300     0.01     -1.49     -1.13     0.31     0.54     181
  NM_032957     0.00     -0.88     -0.52     0.32     0.39     182
  XM_033862     0.00     -0.01     0.35     0.29     0.36     183
  W80385     0.01     0.10     0.46     0.36     0.52     184
  H99099     0.01     -0.04     0.32     0.37     0.52     185
  N67859     0.00     -0.77     -0.41     0.34     0.39     186
  NM_001013     0.04     -1.88     -1.52     0.44     0.68     187
  NM_006641     0.02     -0.36     0.00     0.69     0.35     188
  N70546     0.00     -0.11     0.25     0.38     0.40     189
  XM_015278     0.00     -0.36     -0.01     0.33     0.42     190
  AI932670     0.00     -0.15     0.20     0.36     0.43     191
  NM_175617     0.00     -0.11     0.25     0.29     0.26     192
  NM_004377.2     0.02     -0.88     -0.53     0.52     0.50     193
  NM_003153     0.00     -0.39     -0.04     0.30     0.48     194
  AI910804     0.03     -0.65     -0.30     0.51     0.57     195
  AI221860     0.00     -0.30     0.05     0.17     0.43     196
  AI866414     0.00     -0.37     -0.02     0.33     0.27     197
  BC020968     0.03     -1.77     -1.42     0.36     0.65     198
  AA484213     0.05     -0.49     -0.14     0.90     0.27     199
  XM_003593     0.00     -0.52     -0.17     0.44     0.27     200
  XM_008738     0.02     -1.46     -1.11     0.54     0.49     201
  NM_032964     0.00     -0.48     -0.13     0.41     0.20     202
  NM_001455     0.00     0.26     0.61     0.42     0.41     203
  NM_002994     0.00     -0.6     -0.26     0.35     0.43     204
  NM_004222     0.00     -1.44     -1.10     0.30     0.45     205
  H48923     0.00     -0.59     -0.25     0.35     0.39     206
  T47430     0.05     0.41     0.75     0.38     0.71     207
  NM_032963     0.00     -0.45     -0.11     0.52     0.22     208
  XM_045933     0.00     0.22     0.56     0.23     0.41     209
  T99746     0.03     0.26     0.60     0.49     0.52     210
  XM_012039     0 01     -1.44     -1.10     0.44     0.43     211
  NM_004740     0.00     -0.46     -0.12     0.29     0.24     212
  NM_001681.2     0.05     -1.39     -1.05     0.6     0.60     213
  AI027259     0.00     -0.40     -0.06     0.49     0.28     214
  AA431552     0.00     -0.63     -0.30     0.41     0.32     215
  NM_000029     0.00     0.30     0.63     0.32     0.42     216
  XM_041847     0.05     -1.02     -0.68     0.69     0.51     217
  NM_005920     0.00     -0.90     -0.56     0.28     0.33     218
  NM_002394     0.01     -1.03     -0.69     0.49     0.39     219
  AI093704     0.01     -0.32     0.02     0.35     0.47     220
  XM_043359     0.01     0.2     0.55     0.36     0.51     221
  H48445     0.01     0.28     0.6     0.38     0.53     222
  XM_015815     0.02     -1.13     -0.80     0.52     0.50     223
  NM_001774     0.00     -0.07     0.27     0.31     0.42     224
  AI937053     0.00     -0.42     -0.09     0.39     0.26     225
  AA493719     0.01     -0.61     -0.28     0.52     0.35     226
  NM_002996     0.01     0.19     0.51     0.33     0.44     227
  AI025039     0.01     0.16     0.49     0.31     0.47     228
  NM_139049     0.02     -0.52     -0.19     0.60     0.34     229
  NM_006238 2     0.00     -0.29     0.04     0.21     0.26     230
  XM_031456     0.00     -0.67     -0.35     0.30     0.30     231
  AA455096     0.00     -0.29     0.03     0.29     0.32     232
  XM_047675     0.03     0.36     0.68     0.26     0.65     233
  AI809252     0.00     -0.14     0.18     0.36     0.34     234
  NM_139047     0.00     -0.45     -0.13     0.47     0.31     235
  AI760793     0.01     -0.47     -0.15     0.47     0.33     236
  NM_000204     0.00     -0.03     0.29     0.25     0.40     237
  AI860121     0.01     0.55     0.87     0.37     0.48     238
  H50222     0.00     -0.13     0.19     0.19     0.34     239
  XM_041101     0.02     -1.06     -0.74     0.34     0.56     240
  XM_035854     0.01     0.09     0.41     0.47     0.44     241
  AA043903     0.01     -0.73     -0.41     0.52     0.31     242
  R40406     0.03     -0.89     -0.58     0.48     0.52     243
  N98510     0.04     -1.22     -0.90     0.51     0.56     244
  H05449     0.03     -0.15     0.16     0.52     0.50     245
  A1567338     0.01     -0.11     0.20     0.43     0.39     246
  NM_000308 1     0.00     -0.19     0.13     0.29     0.42     247
  R40880     0.00     -0.21     0.11     0.40     0.34     248
  H52284     0.00     -0.26     0.05     0.41     0.27     249
  NM_030662     0.00     -0.47     -0.16     0.22     0.27     250
  NM_032965     0.02     0.52     0.83     0.41     0.47     251
  NM_004322     0.00     -0.34     -0.03     0.32     0.27     252
  XM_002762     0.00     -0.52     -0.21     0.22     0.25     253
  AI679230     0.00     -0.40     -0.09     0.43     0.33     254
  AI368670     0.00     -0.23     0.08     0.30     0.31     255
  NM_006415     0.01     -0.71     -0.40     0.45     0.33     256
  NM_004379     0.00     -0.54     -0.23     0.24     0.24     257
  NM_002974     0.02     0.02     0.33     0.49     0.38     258
  AI914729     0.02     -0.11     0.20     0.51     0.40     259
  NM_032989     0.00     -0.17     0.14     0.23     0.28     260
  AI799645     0.04     0.14     0.45     0.39     0.61     261
  AA436553     0.01     -0.33     -0.03     0.59     0.24     262
  NM_033015     0.00     -0.37     -0.06     0.32     0.25     263
  XM_002224     0.01     -0.26     0.04     0.57     0.28     264
  AI708030     0.00     0.11     0.41     0.37     0.32     265
  AI041544     0.00     -0.28     0.02     0.28     0.27     266
  NM_005801     0.03     -1.39     -1.09     0.36     0.54     267
  NM_022559     0.00     -0.63     -0.33     0.42     0.24     268
  XM_043864     0.00     -0.40     -0.10     0.32     0.31     269
  NM_003840     0.01     -0.42     -0.12     0.52     0 25     270
  AI565083     0.00     -0.28     0.02     0.32     0.24     271
  R91168     0.0     0.15     0.45     0.36     0.40     272
  AI799787     0.01     0.12     0.41     0.34     0.38     273
  AI652564     0.00     -0.91     -0.61     0.31     0.30     274
  H05310     0.00     0.02     0.32     0.30     0.29     275
  AA708806     0.00     -0.22     0.08     0.24     0.26     276
  H74205     0.03     0.07     0.37     0.42     0.49     277
  NM_000061     0.03     -1.59     -1.30     0.40     0.53     278
  NM_003110.3     0.00     -0.29     0.00     0.38     0.27     279
  AA625887     0.00     -0.30     -0.01     0.22     0.23     280
  H41124     0.03     -0.37     -0.08     0.39     0.48     281
  AI76951 4     0.02     -0.58     -0.28     0.56     0.35     282
  XM_036107     0.03     -0.27     0.02     0.27     0.53     283
  R52679     0.01     -1.03     -0.74     0.36     0.35     284
  AI217811     0.04     0.02     0.31     0.3     0.59     285
  NM_004168     0.02     -0.63     -0.34     0.42     0.44     286
  AI933607     0.03     -0.24     0.05     0.32     0.55     287
  NM_007052.3     0.03     -0.24     0.05     0.61     0.29     288
  AI799137     0.02     -0.42     -0.12     0.52     0.37     289
  NM_002720     0.00     -0.64     -0.35     0.28     0.34     290
  R26635     0.04     -0.16     0.13     0.32     0.57     291
  AI625594     0.00     -0.01     0.28     0.29     0.31     292
  NM_001562     0.00     -0.42     -0.13     0.22     0.27     293
  W93717     0.05     0.11     0.40     0.64     0.40     294
  NM_002521.1     0.0     -0.10     0.19     0.44     0.29     295
  R42543     0.05     0.26     0.55     0.45     0.54     296
  AI302949     0.00     -0.13     0.16     0.21     0.23     297
  H54279     0.00     -0.01     0.27     0.29     0.32     298
  AI219513     0.00     -0.47     -0.19     0.41     0.27     299
  N68173     0.00     -0.11     0.18     0.26     0.38     300
  AA496235     0.00     -0.38     -0.09     0.41     0.28     301
  AI742529     0.03     0.39     0.67     0.33     0.5     302
  H79534     0.01     -0.50     -0.21     0.47     0.32     303
  AA002267     0.03     -0.04     0.25     0.36     0.47     304
  H52638     0.00     -0.38     -0.10     0.40     0.28     305
  N70324     0.0     0.07     0.35     0.47     0.33     306
  NM_003805     0.02     -0.83     -0.55     0.47     0.36     307
  N59766     0.03     -0.04     0.24     0.4     0.43     308
  XM_034770     0.04     -1.26     -0.98     0.44     0.45     309
  AI538438     0.01     0.06     0.34     0.43     0.31     310
  AI250800     0.00     0.05     0.32     0.23     0.29     311
  AA845475     0.00     -0.24     0.04     0.39     0.25     312
  AI700169     0.00     -0.23     0.05     0.33     0.30     313
  NM_003639)     0.00     -0.37     -0.09     0.26     0.31     314
  AI125864     0.03     -0.27     0.01     0.60     0.24     315
  NM_000757     0.03     0.12     0.40     0.38     0.48     316
  NM_006216     0.03     -0.12     0.16     0.45     0.42     317
  AI077481     0.04     0.21     0.49     0.41     0.48     318
  AI149647     0.03     -0.13     0.15     0.43     0.46     319
  XM_030906     0.01     0.18     0.45     0.28     0.39     320
  NM_004834     0.00     -0.68     -0.41     0.27     0.35     321
  XM_031287     0.01     0.11     0.38     0.27     0.41     322
  AI923251     0.00     -0.25     0.02     0.20     0.24     323
  AI203697     0.00     -0.22     0.05     0.31     0.18     324
  AA621192     0.02     0.04     0.3     0.34     0.45     325
  XM_008450     0.02     -0.24     0.03     0.51     0.29     326
  AI540674     0.00     -0.76     -0.49     0.25     0.34     327
  AA51_4237     0.03     0.35     0.62     0.31     0.47     328
  AI348271     0.01     -0.11     0.16     0.45     0.26     329
  NM_000684.1     0.02     0.41     0.68     0.29     0.44     330
  NM_001951     0.03     -0.67     -0.40     0.50     0.40     331
  N55249     0.01     -0.42     -0.15     0.45     0.31     332
  AI150732     0.01     -0.20     0.07     0.34     0.34     333
  AI147315     0.03     0.35     0.62     0.38     0.45     334
  NM_003010     0.00     -0.46     -0.20     0.34     0.25     335
  AA460460     0.01     -0.22     0.05     0.47     0.28     336
  AI651337     0.01     -0.49     -0.22     0.41     0.31     337
  AA971087     0.01     -0.19     0.08     0.42     0.25     338
  NM_003811     0.03     -1.09     -0.82     0.50     0.37     339
  XM_053519     0.01     -0.30     -0.04     0.26     0.39     340
  NM_001609.1     0.00     -0.24     0.03     0.29     0.29     341
  AA463423     0.00     -0.17     0.09     0.22     0.35     342
  AA648848     0.02     0.04     0.30     0.35     0.42     343
  AI141692     0.05     -0.12     0.14     0.67     0.22     344
  R79239     0.04     0.06     0.33     0.50     0.42     345
  AI298171     0.00     -0.28     -0.01     0.17     0.21     346
  H17432     0.03     -0.29     -0.03     0.57     0.23     347
  NM_004635     0.05     -1.36     -1.10     0.31     0.51     348
  NM_005409     0.02     0.14     0.40     0.20     0.50     349
  AI452845     0.03     0.23     0.49     0.37     0.43     350
  A1222914     0.00     -0.03     0.23     0.29     0.24     351
  AI885492     0.00     -0.06     0.20     0.34     0.20     352
  NM_002953     0.01     -0.61     -0.35     0.24     0.41     353
  AI201175     0.01     0.25     0.5     0.30     0.33     354
  NM_001735     0.02     -0.45     -0.20     0.47     0.29     355
  D78151     0.02     -0.70     -0.44     0.42     0.34     356
  NM_006712     0.00     -0.20     0.06     0.36     0.24     357
  AF004429     0.00     -0.63     -0.37     0.29     0.29     358
  NM_031409     0.03     0.19     0.44     0.32     0.45     359
  AI742287     0.01     -0.30     -0.04     0.41     0.27     360
  BC015542     0.02     -0.42     -0.16     0.34     0.42     361
  AI685923     0.00     -0.43     -0.18     0.32     0.22     362
  NM_002218.1     0.01     -0.55     -0.29     0.34     0.28     363
  XM_003913     0.00     -0.05     0.20     0.29     0.29     364
  N53480     0.02     -0.64     -0.39     0.40     0.38     365
  XM_048511     0.00     -0.35     -0.10     0.37     0.25     366
  R06710     0.02     0.05     0.30     0.39     0.35     367
  AI694720     0.01     0.29     0.54     0.28     0.34     368
  AI910988     0.00     0.07     0.32     0.23     0.33     369
  AA411624     0.02     -0.52     -0.27     0.33     0.38     370
  BC024270     0.00     -0.43     -0.18     0.32     0.27     371
  T90460     0.01     -0.39     -0.14     0.48     0.17     372
  NM_004850     0.02     -0.92     -0.67     0.41     0.32     373
  AA044390     0.03     -0.01     0.24     0.26     0.45     374
  NM_005347.2     0.00     -0.26     -0.01     0.21     0.23     375
  XM_027216     0.03     -0.68     -0.43     0.42     0.39     376
  H53259     0.04     0.45     0.70     0.35     0.45     377
  R26717     0.02     -0.02     0.22     0.40     0.35     378
  AI912970     0.02     0.19     0.44     0.36     0.35     379
  XM_001687     0.04     -0.91     -0.66     0.44     0.40     380
  NM_000565     0.04     -0.67     -0.43     0.27     0.50     381
  AI374990     0.01     -0.14     0.10     0.31     0.35     382
  N22563     0.02     0.12     0.37     0.33     0.39     383
  AI764969     0.03     -0.18     0.07     0.53     0.25     384
  AA417950     0.02     -0.34     -0.09     0.48     0.26     385
  H15431     0.03     -0.39     -0.14     0.51     0.30     386
  AI147997     0.02     0.11     0.35     0.24     0.45     387
  AI378142     0.03     -0.10     0.14     0.25     0.42     388
  AA528101     0.00     -0.43     -0.19     0.32     0.21     389
  T83761     0.04     -0.41     -0.16     0.36     0.46     390
  XM_046674     0.04     -0.80     -0.56     0.59     0.21     391
  AI925556     0.00     -0.53     -0.29     0.24     0.21     392
  N50785     0.03     0.25     0.49     0.29     0.43     393
  AI739085     0.04     -0.41     -0.17     0.41     0.39     394
  AA885052     0.02     -0.13     0.11     0.42     0.28     395
  R45218     0.01     0.17     0.41     0.25     0.37     396
  N71365     0.00     -0.39     -0.15     0.22     0.33     397
  AI590053     0.00     -0.38     -0.14     0.19     0.16     398
  NM_013229     0.00     0.02     0.26     0.22     0.26     399
  NM_001196     0.02     -0.53     -0.30     0.27     0.39     400
  R94509     0.01     0.07     0.31     0.29     0.29     401
  AA282936     0.02     0.16     0.39     0.41     0.33     402
  NM_003824     0.01     -0.74     -0.50     0.26     0.37     403
 T65296     0.01     0.00     0.23     0.23     0.34     404
  AI583064     0.03     0.01     0.24     0.28     0.42     405
  R94626     0.01     -0.25     -0.01     0.25     0.35     406
  AI216612     0.03     -0.20     0.03     0.42     0.35     407
  NM_015318.1     0.01     -0.12     0.11     0.32     0.25     408
  AA426397     0.02     -0.37     -0.14     0.33     0.34     409
  H78362     0.01     -0.53     -0.30     0.31     0.27     410
  AA878269     0.02     -0.28     -0.05     0.32     0.34     411
  NM_017778     0.01     -0.17     0.06     0.39     0.26     412
  AI709236     0.00     -0.24     -0.01     0.21     0.28     413
  AA465175     0.01     -0.11     0.12     0.32     0.27     414
  AI798573     0.00     -0.34     -0.12     0.18     0.21     415
  NM_139070     0.02     -0.87     -0.64     0.41     0.27     416
  XM_049749     0.04     -0.18     0.05     0.50     0.28     417
  AI864931     0.01     0.09     0.31     0.24     0.31     418
  NM_021975     0.00     -0.63     -0.41     0.29     0.22     419
  R60931     0.03     0.16     0.39     0.35     0.35     420
  XM_037260     0.00     -0.38     -0.15     0.18     0.26     421
  R36650     0.00     -0.40     -0.17     0.23     0.25     422
  AA621075     0.00     -0.31     -0.09     0.24     0.28     423
  AI018273     0.04     -0.23     0.00     0.45     0.31     424
  AI701905     0.00     -0.24     -0.01     0.22     0.24     425
  XM_054686     0.02     -0.55     -0.33     0.30     0.31     426
  NM_139276     0.02     -0.09     0.14     0.25     0.38     427
  AI418064     0.01     -0.23     -0.01     0.32     0.24     428
  NM_002503     0.03     -0.50     -0.28     0.40     0.32     429
  AI923559     0.02     -0.37     -0.15     0.35     0.33     430
  NM_004295     0.04     -0.66     -0.44     0.40     0.37     431
  AA425105     0.03     -0.19     0.04     0.43     0.29     432
  NM_002997     0.02     0.01     0.24     0.37     0.28     433
  NM_024013     0.00     0.04     0.27     0.28     0.23     434
  AA856755     0.02     -0.40     -0.18     0.34     0.34     435
  AI371339     0.00     -0.28     -0.06     0.24     0.22     436
  AA453528     0.04     -0.30     -0.08     0.50     0.27     437
  AI214646     0.04     -0.27     -0.05     0.24     0.43     438
  NM_006724     0.01     -0.45     -0.22     0.32     0.24     439
  AI925740     0.02     0.02     0.24     0.42     0.25     440
  H81378     0.00     -0.16     0.06     0.32     0.19     441
  H82860     0.03     0.01     0.23     0.25     0.41     442
  BC032713     0.02     0.39     0.61     0.22     0.37     443
  H10036     0.05     -0.08     0.13     0.42     0.35     444
  AI707917     0.00     -0.34     -0.12     0.18     0.20     445
  AA676928     0.05     -0.04     0.18     0.36     0.40     446
  AI057616     0.00     -0.03     0.19     0.19     0.30     447
  NM_003080     0.01     -0.03     0.18     0.29     0.25     448
  AI685198     0.00     -0.41     -0.20     0.19     0.23     449
  AA436683     0.02     -0.16     0.05     0.34     0.29     450
  R39456     0.00     -0.34     -0.13     0.17     0.23     451
  NM_004050     0.03     -0.23     -0.02     0.38     0.31     452
  N49208     0.02     0.13     0.34     0.35     0.32     453
  XM_055699     0.05     0.02     0.23     0.36     0.39     454
  BC028234     0.02     -0.45     -0.24     0.26     0.37     455
  N89900     0.02     -0.39     -0.18     0.36     0.28     456
  NM_001278     0.00     -0.63     -0.42     0.22     0.21     457
  AI921613     0.01     -0.06     0.16     0.25     0.26     458
  NM_003821     0.03     -0.64     -0.43     0.43     0.23     459
  XM_046035     0.00     -0.37     -0.16     0.20     0.27     460
  AI936300     0.04     0.08     0.29     0.30     0.39     461
  NM_003131     0.00     -0.71     -0.50     0.30     0.21     462
  R61546     0.01     -0.52     -0.31     0.30     0.25     463
  AA431750     0.02     -0.24     -0.03     0.32     0.29     464
  AI524099     0.00     -0.03     0.18     0.15     0.20     465
  XM_042665     0.00     0.07     0.28     0.25     0.22     466
  AI820873     0.02     -0.48     -0.27     0.39     0.24     467
  NM_019011     0.02     -0.60     -0.39     0.27     0.35     468
  H51585     0.05     -0.57     -0.36     0.42     0.30     469
  A1393173     0.02     -0.04     0.16     0.25     0.34     470
  AI560205     0.00     -0.36     -0.15     0.19     0.23     471
  AA429020     0.00     -0.31     -0.11     0.20     0.17     472
  NM_000681.2     0.0     0.14     0.34     0.30     0.27     473
  NM_014550     0.00     -0.10     0.10     0.25     0.16     474
  AA453256     0.00     -0.04     0.16     0.20     0.26     475
  NM_021138     0.00     -0.23     -0.03     0.28     0.14     476
  R51304     0.05     -0.02     0.19     0.32     0.38     477
  AI590111     0.00     -0.31     -0.10     0.14     0.20     478
  H09305     0.01     -0.57     -0.37     0.31     0.26     479
  R99076     0.00     -0.40     -0.19     0.19     0.22     480
  AI559096     0.01     0.28     0.48     0.29     0.29     481
  AI610213     0.02     -0.12     0.08     0.34     0.27     482
  N66038     0.00     -0.33     -0.12     0.17     0.20     483
  NM_002649     0.00     -0.33     -0.13     0.17     0.29     484
  NM_006676     0.02     -0.54     -0.34     0.32     0.27     485
  NM_014959     0.00     -0.38     -0.18     0.24     0.25     486
  BC013992     0.01     0.01     0.21     0.16     0.32     487
  N32057     0.02     -0.34     -0.14     0.39     0.20     488
  AI801695     0.00     -0.33     -0.13     0.17     0.18     489
  AI568793     0.03     0.11     0.31     0.29     0.33     490
  AA479285     0.00     0.08     0.27     0.23     0.23     491
  H06501     0.02     -0.10     0.10     0.32     0.28     492
  R00259     0.03     -0.06     0.14     0.31     0.32     493
  AI362368     0.00     -0.33     -0.13     0.17     0.19     494
  AI635040     0.00     -0.14     0.06     0.18     0.26     495
  AI354869     0.03     -0.48     -0.29     0.32     0.26     496
  N71407     0.02     0.06     0.25     0.26     0.32     497
  XM_038544     0.04     -0.12     0.07     0.38     0.29     498
  NM_031910     0.04     0.18     0.38     0.27     0.38     499
  AI862063     0.00     -0.28     -0.08     0.20     0.24     500
  AA455638     0.03     0.07     0.27     0.28     0.32     501
  AI697430     0.00     -0.36     -0.17     0.18     0.21     502
  R42480     0.01     -0.49     -0.29     0.25     0.23     503
  AI674115     0.01     0.02     0.21     0.24     0.29     504
  AA968926     0.03     -0.32     -0.13     0.37     0.26     505
  AI524694     0.00     -0.38     -0.19     0.18     0.23     506
  AA609857     0.02     -0.08     0.12     0.30     0.29     507
  AI913713     0.0     -0.46     -0.27     0.33     0.21     508
  W04695     0.00     -0.28     -0.09     0.16     0.24     509
  NM_033012     0.04     -0.12     0.07     0.35     0.31     510
  T77048     0.02     -0.01     0.18     0.26     0.31     511
  AI817381     0.01     -0.25     -0.06     0.23     0.24     512
  AI62491 8     0.03     -0.02     0.17     0.28     0.32     513
  AI888072     0.01     -0.26     -0.07     0.23     0.26     514
  AA883759     0.00     -0.38     -0.20     0.21     0.22     515
  AA478611     0.00     -0.34     -0.15     0.25     0.17     516
  AI452862     0.03     -0.28     -0.09     0.34     0.26     517
  AI277955     0.00     -0.46     -0.27     0.24     0.22     518
  AI520967     0.00     -0.34     -0.15     0.17     0.20     519
  T91937     0.05     0.36     0.54     0.27     0.37     520
  AA993698     0.00     0.0     0.20     0.21     0.20     521
  AI620374     0.00     -0.40     -0.22     0.18     0.22     522
  AA707628     0.00     -0.27     -0.08     0.12     0.17     523
  AI572545     0.01     -0.38     -0.19     0.17     0.28     524
  AI801540     0.04     -0.16     0.03     0.36     0.28     525
  AI354889     0.00     -0.11     0.07     0.22     0.18     526
  NM_030751     0.03     -0.09     0.09     0.33     0.25     527
  NM_000657     0.01     -0.50     -0.32     0.27     0.22     528
  AA045139     0.02     -0.43     -0.24     0.34     0.23     529
  AI912148     0.00     -0.25     -0.06     0.18     0.20     530
  AA513806     0.04     -0.21     -0.03     0.29     0.32     531
  H48440     0.00     -0.35     -0.17     0.16     0.23     532
  AA114117     0.00     -0.38     -0.20     0.17     0.18     533
  AI654471     0.00     -0.20     -0.02     0.19     0.20     534
  AA423792     0.00     -0.16     0.02     0.14     0.25     535
  AI926484     0.00     -0.08     0.10     0.25     0.14     536
  T89979     0.00     -0.30     -0.12     0.16     0.19     537
  AI889310     0.01     -0.25     -0.07     0.26     0.21     538
  R11261     0.04     -0.27     -0.09     0.43     0.18     539
  AI932551     0.00     -0.32     -0.14     0.16     0.23     540
  NM_017626 1     0.01     -0.56     -0.38     0.22     0.26     541
  AI381513     0.04     -0.29     -0.11     0.32     0.29     542
  AA682407     0.02     -0.24     -0.07     0.25     0.29     543
  AA954316     0.04     -0.75     -0.57     0.35     0.27     544
  AI791500     0.02     0.16     0.34     0.18     0.31     545
  T91881     0.00     -0.26     -0.08     0.18     0.23     546
  AI149857     0.02     -0.06     0.12     0.18     0.30     547
  AI370842     0.04     0.11     0.29     0.31     0.30     548
  AA401205     0.00     -0.13     0.05     0.18     0.19     549
  AA453267     0.02     -0.03     0.15     0.26     0.28     550
  R88475     0.00     -0.35     -0.17     0.18     0.20     551
  AI864919     0 01     -0.38     -0.20     0.19     0.25     552
  NM_002169     0.04     -0.24     -0.07     0.33     0.27     553
  R46801     0.05     0.27     0.44     0.35     0.27     554
  AI277856     0.02     -0.12     0.06     0.22     0.27     555
  H22921     0.00     -0.33     -0.15     0.19     0.22     556
  AI763386     0.03     -0.37     -0.20     0.30     0.27     557
  N78812     0.01     -0.23     -0.06     0.25     0.20     558
  H83981     0.04     0.04     0.22     0.28     0.30     559
  AA029887     0.00     -0.40     -0.22     0.19     0.21     560
  AI192112     0.00     -0.11     0.06     0.15     0.24     561
  W88960     0.01     0.10     0.28     0.21     0.24     562
  W80744     0.00     -0.25     -0.08     0.15     0.21     563
  AI521 577     0.01     -0.31     -0.13     0.18     0.23     564
  AA418572     0.01     -0.13     0.05     0.17     0.25     565
  N73510     0.00     -0.38     -0.21     0.17     0.22     566
  AI631299     0.03     -0.16     0.01     0.24     0.29     567
  XM_012717     0.00     -0.44     -0.27     0.18     0.17     568
  NM_000590     0.03     0.32     0.50     0.23     0.29     569
  AI381910     0.01     -0.04     0.13     0.21     0.23     570
  R87714     0.04     -0.18     -0.01     0.33     0.23     571
  AA609628     0.00     -0.36     -0.19     0.17     0.19     572
  AA634317     0.03     0.19     0.36     0.27     0.28     573
  AI214830     0.04     -0.27     -0.10     0.23     0.32     574
  AI203201     0.04     -0.26     -0.09     0.26     0.29     575
  AI924806     0.00     -0.29     -0.12     0.20     0.18     576
  AA701319     0.02     -0.07     0.10     0.22     0.28     577
  N63628     0.03     -0.26     -0.09     0.26     0.27     578
  R02742     0.04     -0.17     -0.01     0.32     0.25     579
  H07860     0.02     -0.03     0.13     0.26     0.24     580
  H77534     0.02     -0.35     -0.18     0.32     0.20     581
  AI208537     0.02     -0.21     -0.04     0.34     0.17     582
  AI184715     0.01     -0.03     0.13     0.23     0.20     583
  R05816     0.00     -0.27     -0.10     0.19     0.20     584
  AA961252     0.04     -0.14     0.02     0.26     0.31     585
  AI801425     0.00     -0.2     -0.04     0.22     0.17     586
  AA477776     0.01     -0.0     0.16     0.21     0.20     587
  R06585     0.01     -0.40     -0.23     0.18     0.21     588
  AA405788     0.01     -0.36     -0.19     0.15     0.25     589
  R06107     0.01     -0.23     -0.07     0.24     0.19     590
  AA923316     0.00     -0.20     -0.04     0.15     0.19     591
  AI421397     0.02     -0.02     0.14     0.19     0.26     592
  NM_006881     0.01     -0.40     -0.24     0.20     0.23     593
  R43415     0.00     -0.24     -0.08     0.14     0.19     594
  H11495     0.01     -0.29     -0.12     0.26     0.13     595
  AI208772     0.04     -0.23     -0.07     0.29     0.27     596
  AA479784     0.03     -0.06     0.10     0.29     0.24     597
  AA485092     0.00     -0.36     -0.20     0.16     0.20     598
  AA664688     0.00     -0.39     -0.23     0.18     0.20     599
  H48230     0.01     -0.29     -0.13     0.19     0.21     600
  AI248075     0.02     -0.12     0.04     0.25     0.22     601
  AA418695     0.04     -0.01     0.15     0.21     0.31     602
  AI673731     0.01     -0.41     -0.25     0.16     0.22     603
  XM_008948     0.03     0.10     0.26     0.26     0.26     604
  AI301257     0.00     -0.31     -0.15     0.19     0.19     605
  NM_003823     0.04     -0.72     -0.56     0.31     0.24     606
  AI744264     0.01     -0.14     0.02     0.16     0.22     607
  AI809873     0.03     -0.45     -0.29     0.24     0.26     608
  AI354243     0.01     -0.34     -0.18     0.17     0.21     609
  NM_001553.1     0.04     -0.15     0.01     0.27     0.27     610
  W86575     0.02     -0.34     -0.18     0.23     0.24     611
  AA442720     0.03     -0.15     0.01     0.27     0.24     612
  AA993597     0.03     0.17     0.33     0.26     0.24     613
  AI433952     0.01     -0.30     -0.14     0.16     0.23     614
  R56800     0.01     -0.09     0.06     0.17     0.21     615
AA417031 0.01 -0.21 -0.06 0.19 0.23 616
  R53961     0.04     -0.45     -0.29     0.28     0.25     617
  T86887     0.00     -0.23     -0.08     0.13     0.20     618
  AA705808     0.01     -0.20     -0.04     0.25     0.18     619
  AA426451     0.00     -0.28     -0.13     0.16     0.19     620
  H06263     0.00     -0.28     -0.12     0.14     0.17     621
  AA659421     0.00     -0.32     -0.17     0.14     0.16     622
  AI801595     0.00     -0.28     -0.13     0.16     0.19     623
  AI672318     0.04     -0.20     -0.05     0.31     0.24     624
  AI762019     0.01     -0.25     -0.09     0.19     0.21     625
  N92873     0.02     -0.11     0.05     0.28     0.19     626
  NM_017442     0.04     0.08     0.23     0.28     0.25     627
  H46164     0.03     0.03     0.18     0.21     0.27     628
  T83946     0.01     -0.29     -0.14     0.20     0.21     629
  AA868726     0.04     -0.42     -0.27     0.26     0.25     630
  H88129     0.02     -0.37     -0.22     0.21     0.23     631
  R88267     0.04     -0.12     0.03     0.30     0.23     632
  AI798545     0.01     -0.32     -0.17     0.17     0.19     633
  N57775     0.02     -0.14     0.01     0.22     0.22     634
  AA425134     0.00     -0.21     -0.07     0.16     0.19     635
  AI744807     0.01     -0.59     -0.44     0.20     0.22     636
  AI702056     0.05     -0.27     -0.12     0.22     0.29     637
  NM_000575     0.04     -0.27     -0 12     0.23     0.25     638
  T98779     0.01     -0.38     -0.23     0.18     0.23     639
  NM_000587     0.01     -0.43     -0.28     0.18     0.19     640
  R92455     0.01     -0.36     -0.21     0.17     0.21     641
  AI758473     0.01     -0.36     -0.21     0.18     0.22     642
  AA398364     0.00     -0.31     -0.17     0.13     0.21     643
  AI811774     0.05     0.20     0.35     0.23     0.27     644
  AI299411     0.00     -0.24     -0.10     0.17     0.18     645
  AA225138     0.00     -0.26     -0.11     0.12     0.17     646
  AA418689     0.05     0.09     0.24     0.21     0.28     647
  T77995     0.01     -0.18     -0.04     0.21     0.20     648
  AA808788     0.04     -0.33     -0.18     0.18     0.25     649
  AI677645     0.01     -0.25     -0.11     0.15     0.19     650
  AA629306     0.04     -0.07     0.07     0.26     0.24     651
  AA749151     0.00     -0.19     -0.05     0.13     0.17     652
  AI679294     0.01     -0.41     -0.27     0.19     0.19     653
  R45611     0.02     -0.24     -0.10     0.16     0.24     654
  NM_000588     0.05     -0.18     -0.04     0.29     0.22     655
  H99483     0.01     -0.29     -0.15     0.16     0.22     656
  AI679923     0.01     -0.46     -0.32     0.17     0.20     657
  AI077580     0.05     -0.04     0.10     0.27     0.23     658
  D49410     0.01     -0.31     -0.17     0.19     0.19     659
  AI692267     0.04     -0.42     -0.28     0.22     0.24     660
  AI804001     0.02     0.00     0.14     0.19     0.23     661
  T87188     0.01     -0.32     -0.18     0.19     0.19     662
  AI368218     0.02     -0.24     -0.10     0.13     0.23     663
  AI208749     0.02     -0.02     0.11     0.22     0.19     664
  H61046     0.02     -0.21     -0.07     0.18     0.22     665
  NM_001330.1     0.01     -0.05     0.08     0.19     0.20     666
  XM_001322     0.01     -0.33     -0.19     0.18     0.17     667
  NM_004195     0.04     0.23     0.37     0.16     0.27     668
  AI285713     0.01     -0.32     -0.18     0.15     0.21     669
  AA527369     0.00     -0.13     0.00     0.15     0.16     670
  AI350069     0.01     -0.24     -0.11     0.15     0.21     671
  AI493975     0.01     -0.24     -0.10     0.18     0.16     672
  AI355007     0.03     -0.23     -0.10     0.22     0.21     673
  AA225239     0.04     -0.40     -0.26     0.21     0.25     674
  AA001392     0.03     -0.39     -0.26     0.24     0.19     675
  AI933797     0.02     -0.28     -0.15     0.22     0.18     676
  R43065     0.01     -0.21     -0.08     0.16     0.18     677
  AA478621     0.03     -0.2     -0.08     0.21     0.20     678
  AA012850     0.03     -0.32     -0.19     0.17     0.22     679
  AI925035     0.03     -0.15     -0.02     0.17     0.23     680
  AA995218     0.03     -0.22     -0.09     0.19     0.21     681
  AA897716     0.04     -0.18     -0.06     0.23     0.21     682
  AA983987     0.02     -0.28     -0.15     0.18     0.18     683
  AI762202     0.03     -0.18     -0.05     0.22     0.20     684
  T95909     0.02     -0.34     -0.22     0.18     0.19     685
  N22551     0.03     -0.36     -0.24     0.17     0.22     686
  AI769053     0.03     -0.28     -0.15     0.15     0.22     687
  AF039955     0.01     -0.37     -0.24     0.20     0.16     688
  AI935874     0.02     -0.26     -0.14     0.16     0.20     689
  AI570779     0.01     -0.31     -0.19     0.15     0.18     690
  AI240539     0.01     -0.22     -0.09     0.17     0.18     691
  H54423     0.03     -0.32     -0.20     0.16     0.22     692
  AA460136     0.02     -0.09     0.03     0.24     0.14     693
  NM_033357     0.05     -0.24     -0.12     0.19     0.23     694
  AI923479     0.04     -0.30     -0.18     0.20     0.22     695
  H18944     0.04     -0.42     -0 30     0.21     0.19     696
  NM_006509     0.03     0.01     0.13     0.12     0.23     697
  AI865298     0.02     -0.31     -0.19     0.13     0 20     698
  AI123502     0.04     -0.36     -0.24     0.17     0.22     699
  AI885918     0.02     -0.24     -0.12     0.14     0.19     700
  AA225023     0.02     -0.33     -0.21     0.12     0. 20     701
  AA421020     0.04     -0.25     -0.13     0.19     0.21     702
  AJ297560     0.05     -0.29     -0.17     0.21     0.20     703
  N95217     0.02     -0.30     -0.19     0.12     0.19     704
  AA526032     0.04     -0.25     -0.13     0. 20     0.19     705
  AA496309     0.02     -0.32     -0.20     0.15     0.19     706
  A1732958     0.03     -0.22     -0.11     0.18     0.18     707
  AA410828     0.02     -0.29     -0.18     0.20     0.16     708
  AA453993     0.02     -0.30     -0.19     0.18     0.16     709
  R92993     0.02     -0.26     -0.15     0.12     0.19     710
  NM_003921     0.04     -0.23     -0.13     0.20     0.18     711
  AI379967     0.02     -0.34     -0.23     0.15     0.17     712
  AI926656     0.04     -0.26     -0.15     0.18     0.19     713
  AA935872     0.03     -0.31     -0.20     0.16     0.18     714
  H08791     0.03     -0.27     -0.17     0.16     0.18     715
  AI932884     0.03     -0.31     -0.21     0.16     0.18     716
  AI926745     0.03     -0.33     -0.22     0.18     0.16     717
  R99595     0.05     -0.29     -0.19     0.16     0.20     718
  AI824579     0.03     -0.31     -0.21     0.13     0.18     719
  AA427886     0.03     -0.27     -0.17     0.14     0.16     720
  H42488     0.04     -0.33     -0.24     0.16     0.15     721
表4:与患非感染性MOF的患者基因活性相比,患感染性MOF患者样品中基因活性明显下降。
  GenBank序号.   p-值   平均标准化和转换了的表达数值   标准差   序列号
患感染性MOF患者组 患非感染性MOF患者组 患感染性MOF患者组 患非感染性MOF患者组
  NM_019111     0.00     1.41     0.2     0.73     0.56     722
  N29761     0.00     -0.25     -1.35     0.61     0.92     723
  NM_002124     0.00     1.60     0.54     0.62     0.52     724
  R43910     0.00     2.51     1.49     1.25     0.88     725
  NM_000570     0.00     3.66     2.67     0.70     1.31     726
  NM_002923     0.00     2.03     1.07     0.83     0.89     727
  X00457     0.00     1.46     0.50     0.84     0.60     728
  NM_022555     0.0C     1.86     0.91     0.58     0.54     729
  NM_002125     0.0C     1.38     0.46     0.55     0.45     730
  AA620760     0.00     0.30     -0.62     0.47     0.60     731
  NM_000569     0.01     3.13     2.26     0.86     1.21     732
  NM_021983     0.00     1.38     0.52     0.48     0.41     733
  R43203     0.00     2.03     1.18     1.16     0.74     734
  NM_033554     0.00     1.42     0.60     0.60     0.52     735
  AA626239     0.00     0.15     -0.65     0.74     0.73     736
  NM_007328     0.00     -0.3     -1.10     0.49     0.64     737
  M90746     0.02     3.67     2.89     0.74     1.37     738
  T91086     0.00     -0.8     -1.59     0.63     0.67     739
  AA151104     0.00     0.1     -0.64     0.46     0.46     740
  H45298     0.0     1.84     1.09     0.90     0.97     741
  NM_031311     0.00     0.78     0.03     0.52     0.39     742
  AI590144     0.00     1.70     0.96     0.97     0.70     743
  NM_001824.2     0.00     1.63     0.88     0.58     0.67     744
  NM_018643     0.00     1.70     0.96     0.54     0.66     745
  AA400790     0.00     0.93     0.20     0.59     0.52     746
  NM_001251     0.00     1.18     0.47     0.42     0.48     747
  NM_000887.2     0.00     0.24     -0.48     0.92     0.61     748
  AI696291     0.00     0.74     0.04     0.64     0.39     749
  NM_031477     0.02     1.89     1.19     1.02     1.06     750
  AA910846     0.00     1.29     0.60     0.87     0.45     751
  NM_005538     0.00     1.59     0.91     0.90     0.72     752
  AA398331     0.00     0.13     -0.53     0.51     0.46     753
  NM_025139     0 04     -1.79     -2.41     0.75     1.17     754
  AA398611     0.20     1.16     0.54     0.77     0.43     755
  NM_006682     0.00     -0.05     -0.67     0.46     0.39     756
  X52473     0.00     1.71     1.09     0.59     0.74     757
  AI859777     0.01     -1.02     -1.63     0.87     0.77     758
  H18649     0.00     -0.41     -1.01     0.30     0.58     759
  AI700444     0.00     1.57     0.97     0.70     0.63     760
  XM_001472     0.00     -0.36     -0.95     0.61     0.59     761
  XM_049959     0.01     2.10     1.53     0.73     0.78     762
  AA863064     0.03     0.96     0.39     1.20     0.63     763
  H88328     0.0     -1.27     -1.84     0.73     0.69     764
  R40861     0.00     0.82     0.25     0.82     0.51     765
  AI733498     0.00     -0.37     -0.93     0.36     0.58     766
  NM_002621     0.01     1.16     0.61     0.63     0.70     767
  AI732971     0.00     0.46     -0.09     0.55     0.35     768
  AA813145     0.00     0.48     -0.07     0.40     0.41     769
  NM_004221.2     0.02     2.05     1.51     0.75     0.79     770
  AA740907     0.00     0.05     -0.49     0.44     0.32     771
  NM_032022     0.00     0.90     0.36     0.42     0.50     772
  XM_003789     0.00     -0.25     -0.78     0.37     0.47     773
  AI357099     0.02     -1.06     -1.59     0.85     0.78     774
  NM_003937     0.00     -0.43     -0.95     0.44     0.44     775
  NM_002122     0.00     0.84     0.33     0.71     0.51     776
  AI625626     0.01     0.90     0.40     0.87     0.52     777
  H23819     0.00     0.97     0.46     0.62     0.47     778
  AI797009     0.01     0.64     0.14     0.85     0.57     779
  XM_031354     0.01     0.99     0.49     0.63     0.72     780
  XM_051958     0.01     1.20     0.70     0.53     0.72     781
  A1499173     0.01     0.11     -0.38     0.75     0.50     782
  NM_000591     0.00     0.92     0.43     0.50     0.55     783
  NM_057158     0.00     -0.03     -0.52     0.49     0.34     784
  R71775     0.00     0.42     -0.07     0.61     0.55     785
  AI924028     0.00     -0.35     -0.84     0.36     0.58     786
  R39504     0.00     -0.50     -0.98     0.34     0.40     787
  N66205     0.01     1.49     1.02     0.72     0.62     788
  AI738831     0.00     0.09     -0.38     0.29     0.56     789
  H18435     0.00     0.34     -0.14     0.43     0.32     790
  R39782     0.00     -0.35     -0.82     0.44     0.35     791
  R38717     0.00     -0.16     -0.63     0.43     0.48     792
  H96798     0.00     0.19     -0.27     0.47     0.53     793
  N72174     0.02     0.92     0.46     0.53     0.73     794
  AI739381     0.00     -0.11     -0.57     0.24     0.50     795
  AI654546     0.00     0.05     -0.41     0.31     0.46     796
  AI097494     0.00     -0.72     -1.19     0.41     0.57     797
  NM_000612 2     0.00     0.93     0.47     0.50     0.36     798
  AI651536     0.00     0.62     0.16     0.50     0.29     799
  AI804425     0.00     0.90     0.44     0.73     0.38     800
  n67686     0.00     0.43     -0.03     0.62     0.38     801
  NM_000062     0.01     -0.18     -0.63     0.75     0.45     802
  R54442     0.00     0.69     0.24     0.53     0.39     803
  AI475085     0.00     0.25     -0.20     0.67     0.29     804
  AI700612     0.01     -0.85     -1.30     0.60     0.61     805
  AA447615     0.00     0.18     -0.27     0.60     0.30     806
  AI223092     0.00     -0.38     -0.82     0.30     0.56     807
  AI262894     0.00     0.47     0.03     0.61     0.39     808
  R52949     0.01     -1.08     -1.52     0.44     0.72     809
  AA629034     0.00     -0.13     -0.57     0.37     0.33     810
  R12559     0.00     0.72     0.29     0.45     0.37     811
  AA910310     0.00     0.03     -0.40     0.35     0.27     812
  NM_006850     0.01     0.19     -0.24     0.59     0.51     813
  AI689080     0.05     1.34     0.91     0.74     0.78     814
  R23755     0.00     0.16     -0.26     0.40     0.37     815
  N95041     0.00     0.17     -0.25     0.30     0.40     816
  AA443712     0.01     0.76     0.34     0.72     0.41     817
  NM_033302     0.03     1.53     1.11     0.54     0.72     818
  AI700810     0.00     0.59     0.18     0.72     0.25     819
  XM_004011     0.00     0.52     0.11     0.44     0.35     820
  H11433     0.00     0.38     -0.03     0.55     0.35     821
  NM_006890     0.03     1.14     0.73     0.77     0.52     822
  NM_138556     0.00     0.16     -0.25     0.23     0.36     823
  XM_003937     0.00     0.13     -0.28     0.34     0.33     824
  NM_000908 1     0.00     -0.05     -0.46     0.22     0.30     825
  NM_017567     0.01     -0.52     -0.92     0.57     0.47     826
  R89802     0.00     -0.21     -0.61     0.27     0.33     827
  NM_000715     0.01     0.77     0.37     0.56     0.46     828
  AI924733     0.00     -0.60     -1.00     0.37     0.50     829
  AI859370     0.00     0.17     -0.23     0.16     0.24     830
  AI023558     0.00     -0.41     -0.80     0.23     0.37     831
  AA021303     0.00     0.19     -0.20     0.58     0.25     832
  R69609     0.0     1.03     0.64     0.54     0.51     833
  XM_057445     0.00     0.27     -0.12     0.35     0.39     834
  AA046302     0.00     -0.10     -0.49     0.36     0.33     835
  AI383451     0.01     0.26     -0.13     0.53     0.40     836
  AA464191     0.00     -0.46     -0.84     0.32     0.41     837
  AA425808     0.00     -0.22     -0.61     0.25     0.51     838
  XM_038024     0.00     0.18     -0.21     0.28     0.47     839
  AI016127     0.01     1.07     0.69     0.56     0.42     840
  AA400144     0.03     -0.41     -0.79     0.60     0.62     841
  R43074     0.00     -0.99     -1.36     0.28     0.51     842
  AI628936     0.01     -0.65     -1.03     0.41     0.51     843
  AA461499     0.00     -0.16     -0.54     0.39     0.38     844
  AI668673     0.00     0.34     -0.03     0.35     0.50     845
  AI539443     0.00     0.24     -0.13     0.39     0.43     846
  AA404231     0.04     -0.14     -0.52     0.52     0069     847
  AI692869     0.01     0.72     0.34     0.30     0.53     848
  AI822099     0.00     0.00     -0.37     0.51     0.34     849
  R20616     0.00     0.12     -0.25     0.30     0.32     850
  AA453406     0.01     -0.66     -1.03     0.42     0.49     851
  AA282404     0.02     0.07     -0.29     0.46     0.58     852
  AI023336     0.00     0.24     -0.13     0.28     0.27     853
  NM_001964     0.02     -0.63     -0.99     0.56     0.53     854
  N35603     0.04     -0.51     -0.87     0.51     0.67     855
  AI632210     0.00     0.35     -0.01     0.60     0.26     856
  AA156454     0.00     0.37     0.01     0.34     0.35     857
  AA620836     0.02     0.24     -0.12     0.51     0.55     858
  NM_020530     0.00     0.37     0.01     0.44     0.30     859
  AA928277     0.00     -0.10     -0.46     0.34     0.36     860
  NM_001559     0.04     0.37     0.01     0.73     0.50     861
  AA401_691     0.00     -0.08     -0.44     0.39     0.38     862
  NM_015991     0.00     0.01     -0.34     0.46     0.33     863
  N80764     0.00     -0.08     -0.43     0.33     0.43     864
  L34657     0.00     0.12     -0.23     0.31     0.34     865
  H98244     0.00     0.24     -0.11     0.39     0.35     866
  AA894523     0.00     -0.24     -0.59     0.23     0.29     867
  NM_013261.1     0.00     0.08     -0.26     0.32     0.37     868
  H02254     0.01     -0.39     -0.73     0.40     0.45     869
  NM_003781.2     0.01     -0.64     -0.98     0.50     0.36     870
  NM_001243     0.05     0.78     0.44     0.51     0.66     871
  AA442897     0.01     -0.44     -0.78     0.32     0.46     872
  T85314     0.01     -0.29     -0.63     0.46     0.43     873
  AI658519     0.05     0.50     0.16     0.70     0.50     874
  AI207975     0.00     -0.28     -0.62     0.37     0.30     875
  AI536602     0.00     0.28     -0.06     0.47     0.33     876
  NM_001541.1     0.00     0.50     0.16     0.38     0.27     877
  AA992540     0.00     0.14     -0.19     0.31     0.32     878
  Z22971     0.01     0.62     0.29     0.51     0.39     879
  AI560847     0.00     0.36     0.03     0.23     0.28     880
  XM_008346     0.04     0.40     0.07     0.59     0.54     881
  AA015795     0.02     -0.36     -0.69     0.57     0.42     882
  R00742     0.00     0.37     0.04     0.34     0.33     883
  H16774     0.00     0.02     -0.31     0.33     0.24     884
  R51373     0.00     0.15     -0.18     0.31     0.24     885
  AI479659     0.00     0.18     -0.14     0.34     0.29     886
  W58195     0.00     -0.06     -0.39     0.27     0.39     887
  NM_004437.1     0.05     1.06     0.73     0.47     0.65     888
  AA479357     0.00     0.18     -0.15     0.30     0.21     889
  AI423518     0.00     -0.25     -0.57     0.29     0.40     890
  NM_002750     0.01     -0.52     -0.85     0.36     0.44     891
  R26444     0.00     0.00     -0.32     0.27     0.36     892
  AA136071     0.00     0.04     -0.29     0.25     0.34     893
  AI554459     0.00     -0.02     -0.34     0.39     0.35     894
  N51537     0.02     0.89     0.57     0.45     0.49     895
  NM_006068     0.00     0.62     0.30     0.35     0.39     896
  NM_016184     0.03     0.61     0.29     0.49     0.52     897
  NM_000586     0.03     0.03     -0.29     0.40     0.54     898
  NM_003102.1     0.01     -0.39     -0.7     0.49     0.43     899
  AI264774     0.00     -0.11     -0.43     0.20     0.44     900
  N90536     0.01     -0.45     -0.77     0.30     0.45     901
  AA404342     0.00     -0.29     -0.61     0.36     0.36     902
  AI373525     0.00     -0.16     -0.48     0.30     0.25     903
  AI579907     0.00     0.07     -0.25     0.38     0.25     904
  AA279410     0.00     0.11     -0.21     0.33     0.26     905
  XM_038308     0.04     0.35     0.03     0.51     0.54     906
  NM_000879     0.02     -0.01     -0.33     0.37     0.52     907
  NM_001078)     0.00     0.38     0.07     0.38     0.32     908
  AA781411     0.00     -0.24     -0.55     0.23     0.37     909
  R07171     0.00     -0.16     -0.48     0.34     0.37     910
  AA136273     0.00     -0.10     -0.41     0.26     0.32     911
  AI565469     0.01     -0.06     -0.37     0.32     0.41     912
  AI799767     0.00     -0.12     -0.44     0.35     0.36     913
  AI889554     0.00     -0.08     -0.39     0.34     0.36     914
  AA410301     0.01     0.77     0.46     0.35     0.42     915
  AA995114     0.04     1.09     0.79     0.67     0.40     916
  AI694444     0.00     -0.40     -0.71     0.26     0.35     917
  T98940     0.00     0.05     -0.26     0.45     0.27     918
  R16722     0.00     0.07     -0.23     0.42     0.23     919
  H05436     0.00     0.40     0.10     0.34     0.33     920
  R42778     0.01     0.39     0.09     0.45     0.33     921
  AI378275     0.00     -0.02     -0.33     0.29     0.40     922
  XM_083833     0.03     0.50     0.20     0.57     0.39     923
  R94894     0.03     1.00     0.70     0.35     0.55     924
  H15677     0.01     -0.24     -0.54     0.34     0.45     925
AI625523     0.04     0.75     0.45     0.47     0.51     926
AI627286     0.00     0.03     -0.27     0.35     0.26     927
NM_003807     0.01     0.08     -0.22     0.35     0.42     928
NM_002757     0.02     0.00     -0.30     0.50     0.41     929
XM_008411     0.02     -0.47     -0.77     0.31     0.51     930
AI379294     0.01     -0.06     -0.35     0.45     0.32     931
AI824470     0.00     -0.20     -0.49     0.19     0.42     932
N94525     0.00     0.15     -0.14     0.26     0.28     933
R38432     0.01     -0.03     -0.32     0.27     0.41     934
NM_017436.2     0.02     -0.44     -0.74     0.42     0.44     935
AA398968     0.00     -0.03     -0.33     0.37     0.35     936
U15085     0.03     -0.89     -1.18     0.47     0.47     937
AI734941     0.01     -0.14     -0.43     0.31     0.4     938
AI819159     0.00     0.44     0.15     0.39     0.28     939
AA426024     0.02     -0.11     -0.40     0.46     0.42     940
AA435854     0.00     -0.33     -0.62     0.21     0.28     941
NM 003264     0.00     0.28     -0.01     0.30     0.38     942
NM_001622.1     0.04     0.01     -0.28     0.41     0.53     943
AI828714     0.04     -0.25     -0.55     0.33     0.54     944
NM_006610     0.00     -0.04     -0.33     0.23     0.30     945
AI143013     0.00     -0.04     -0.33     0.38     0.3     946
AA428992     0.01     0.50     0.21     0.48     0.24     947
R40560     0.02     0.17     -0.12     0.33     0.44     948
AI203091     0.02     -0.44     -0.73     0.28     0.50     949
T92041     0.00     0.07     -0.22     0.28     0.22     950
AA453794     0.00     0.20     -0.09     0.22     0.29     951
R05804     0.00     0.18     -0.11     0.22     0.34     952
AA453489     0.01     -0.56     -0.85     0.33     0.37     953
NM_006664     0.00     0.67     0.39     0.30     0.35     954
AA281330     0.03     0.76     0.48     0.57     0.38     955
AA452139     0.00     0.08     -0.20     0.31     0.24     956
R43204     0.00     0.19     -0.09     0.38     0.21     957
NM_012340     0.01     0.05     -0.24     0.36     0.40     958
NM_004778     0.02     0.00     -0.28     0.43     0.40     959
AA490815     0.01     0.04     -0.24     0.26     0.44     960
NM_022740     0.00     0.47     0.19     0.30     0.31     961
AI167874     0.01     0.33     0.05     0.41     0.33     962
AA149968     0.00     -0.09     -0.37     0.28     0.27     963
XM_058179     0.03     -0.04     -0.32     0.58     0.35     964
R07502     0.00     -0.42     -0.70     0.33     0.31     965
NM_000752     0.01     -0.27     -0.56     0.48     0.29     966
XM_003529     0.01     0.22     -0.06     0.42     0.38     967
N64541     0.01     0.13     -0.15     0.44     0.37     968
NM_001054     0.01     0.18     -0.10     0.32     0.40     969
AI499407     0.00     0.00     -0.28     0.30     0.27     970
NM_020056     0.00     -0.05     -0.33     0.32     0.28     971
AA004952     0.01     -0.20     -0.48     0.41     0.31     972
AI624610     0.01     0.09     -0.19     0.34     0.38     973
AA421924     0.04     0.92     0.64     0.49     0.44     974
AI732550     0.04     0.03     -0.25     0.51     0.43     975
AI374599     0.02     -0.15     -0.43     0.24     0.47     976
AI582909     0.00     0.34     0.06     0.21     0.21     977
AI554111     0.00     0.21     -0.07     0.39     0.21     978
  NM_001734     0.00     -0.21     -0.49     0.21     0.37     979
  AA810014     0.03     0.23     -0.05     0.56     0.33     980
  AI373295     0.00     0.32     0.05     0.31     0.23     981
  XM_048555     0.01     -0.20     -0.48     0.38     0.34     982
  AA435627     0.00     0.15     -0.13     0.31     0.26     983
  T95815     0.00     0.55     0.27     0.33     0.32     984
  AA426030     0.03     -0.14     -0.42     0.40     0.42     985
  AI720051     0.01     -0.29     -0.56     0.30     0.43     986
  AI278521     0.0     -0.50     -0.77     0.39     0.34     987
  N93236     0.01     0.38     0.10     0.38     0.34     988
  NM_015645     0.03     -0.28     -0.55     0.44     0.43     989
  AI671360     0.00     0.22     -0.05     0.28     0.28     990
  T83666     0.00     0.13     -0.14     0.36     0.21     991
  W02063     0.00     -0.02     -0.30     0.31     0.31     992
  AI659563     0.00     0.01     -0.26     0.27     0.21     993
  NM_139046     0.02     -0.47     -0.74     0.35     0.45     994
  AA155745     0.00     0.00     -0.27     0.31     0.26     995
  H40035     0.01     -0.32     -0.59     0.28     0.38     996
  AA101379     0.00     0.26     -0.02     0.35     0.31     997
  H16790     0.00     0.22     -0.05     0.37     0.28     998
  AA011511     0.02     -0.29     -0.55     0.32     0.41     999
  AA746495     0.05     0.17     -0.10     0.56     0.39     1000
  AA845015     0.00     -0.04     -0.30     0.34     0.26     1001
  NM_138636     0.05     0.51     0.24     0.39     0.52     1002
  NM_033358     0.01     0.50     0.24     0.37     0.37     1003
  AI650349     0.02     -0.13     -0.39     0.40     0.41     1004
  NM_001764     0.01     0.33     0.06     0.46     0.20     1005
  XM_006447     0.03     -0.53     -0.80     0.49     0.39     1006
  R07185     0.00     0.12     -0.14     0.34     0.22     1007
  AA187437     0.00     -0.01     -0.27     0.21     0.26     1008
  AI621365     0.00     0.25     -0.02     0.34     0.28     1009
  NM_020205     0.03     0.16     -0.10     0.29     0.48     1010
  AI888390     0.01     -0.89     -1.15     0.31     0.40     1011
  AI674699     0.01     -0.09     -0.35     0.34     0.37     1012
  AI620249     0.02     0.02     -0.24     0.49     0.27     1013
  NM_033295     0.02     -0.32     -0.58     0.41     0.39     1014
  NM_015718.1     0.00     -0.08     -0.34     0.23     0.34     1015
  N73572     0.05     0.05     -0.21     0.45     0.42     1016
  AI420037     0.02     0.04     -0.22     0.46     0.31     1017
  AI684431     0.00     0.28     0.03     0.32     0.27     1018
  AA017263     0.00     0.11     -0.14     0.38     0.25     1019
  R45118     0.01     0.6     -0.10     0.32     0.33     1020
  AI267659     0.04     0.01     -0.25     0.21     0.53     1021
  AA406083     0.03     0.00     -0.26     0.38     0.41     1022
  W48664     0.00     0.21     -0.05     0.3     0.22     1023
  AA514450     0.00     -0.38     -0.63     0.26     0.33     1024
  AI150305     0.00     0.30     0.04     0.23     0.32     1025
  AA481504     0.03     -0.74     -0.99     0.37     0.42     1026
  R44840     0.02     0.22     -0.04     0.45     0.32     1027
  AI160757     0.00     0.21     -0.05     0.29     0.29     1028
  AA040870     0.00     0.24     -0.02     0.30     0.30     1029
  AI342905     0.02     0.49     0.24     0.43     0.35     1030
  N68463     0.05     0.09     -0.16     0.46     0.43     1031
  AA398760     0.00     0.05     -0.20     0.24     0.23     1032
  AI798514     0.00     0.26     0.00     0.30     0.25     1033
  AI081725     0.00     0.18     -0.07     0.31     0.28     1034
  AI799385     0.03     0.44     0.19     0.45     0.37     1035
  AA897543     0.04     -0.24     -0.49     0.28     0.49     1036
  N79807     0.01     0.18     -0.07     0.33     0.33     1037
  AI676097     0.05     0.21     -0.04     0.57     0.32     1038
  R46372     0.01     0.02     -0.23     0.28     0.37     1039
  AA448817     0.00     0.26     0.01     0.28     0.27     1040
  AI810161     0.01     0.09     -0.16     0.31     0.38     1041
  H80437     0.00     0.18     -0.07     0.23     0.29     1042
  AA443664     0.00     -0.02     -0.27     0.29     0.27     1043
  NM_002957.3     0.01     -0.12     -0.37     0.24     0.37     1044
  N69363     0.03     -0.35     -0.59     0.37     0.40     1045
  NM_000552.2     0.0     -0.11     -0.36     0.25     0.34     1046
  AA455080     0.01     0.08     -0.16     0.34     0.28   1047
  W32272     0.00     -0.25     -0.50     0.26     0.30     1048
  H38087     0.04     0.76     0.51     0.34     0.47     1049
  AA504336     0.01     0.26     0.02     0.32     0.33     1050
 H04977     0.00     0.45     0.21     0.28     0.28     1051
  NM_002670     0.05     0.19     -0.06     0.32     0.50     1052
  R09417     0.02     -0.07     -0.32     0.31     0.41     1053
  AA040057     0.02     -0.05     -0.29     0.35     0.37     1054
  AI263210     0.0     -0.10     -0.34     0.27     0.33     1055
  AI264626     0.01     -0.12     -0.37     0.33     0.29     1056
  AI478847     0.02     0.11     -0.13     0.34     0.40     1057
  AI744042     0.03     -0.37     -0.61     0.51     0.27     1058
  AA682790     0.02     0.01     -0.23     0.32     0.40     1059
  AA629051     0.01     0.28     0.04     0.32     0.29     1060
  AI560242     0.02     -0.23     -0.47     0.36     0.34     1061
  AA035428     0.01     -0.14     -0.38     0.26     0.32     1062
  NM_014326     0.02     0.11     -0.13     0.52     0.15     1063
  AI632740     0.01     -0.16     -0.40     0.31     0.30     1064
  AI130878     0.01     0.27     0.03     0.32     0.31     1065
  AI933013     0.01     0.31     0.07     0.35     0.26     1066
  AI086719     0.01     0.00     -0.24     0.37     0.24     1067
  R16568     0.03     0.10     -0.14     0.24     0.46     1068
  AA009562     0.01     -0.20     -0.44     0.28     0.33     1069
  AI015069     0.01     0.04     -0.20     0.32     0.34     1070
  AA291486     0.02     -0.26     -0.49     0.31     0.36     1071
  H65288     0.03     -0.13     -0.37     0.26     0.46     1072
  W86767     0.02     0.07     -0.17     0.20     0.42     1073
  H65331     0.01     0.55     0.31     0.33     0.33     1074
  AA478985     0.04     -0.12     -0.36     0.20     0.51     1075
H11274 0.02 -0.02 -0.26 0.28 0.40 1076
  AA044225     0.00     -0.09     -0.33     0.31     0.22     1077
  AI801415     0.00     -0.08     -0.32     0.32     0.23     1078
  AA846527     0.00     -0.14     -0.37     0.24     0.25     1079
  R56890     0.01     -0.04     -0.28     0.25     0.34     1080
  AI921525     0.03     -0.06     -0.29     0.36     0.40     1081
  AA405485     0.02     0.11     -0.13     0.40     0.33     1082
  AA845635     0.00     -0.03     -0.26     0.31     0.26     1083
  AI150418     0.01     0.07     -0.17     0.23     0.33     1084
  XM_049849     0.02     0.55     0.32     0.32     0.37     1085
  AA406573     0.00     0.20     -0.03     0.33     0.23     1086
  AA043930     0.01     -0.26     -0.49     0.27     0.35     1087
  AI125496     0.01     -0.30     -0.53     0.29     0.33     1088
  AI654739     0.02     -0.06     -0.29     0.31     0.35     1089
  AA398320     0.0     -0.32     -0.56     0.37     0.30     1090
  NM_002155     0.04     0.48     0.25     0.36     0.43     1091
  AA505872     0.01     0.71     0.48     0.31     0.34     1092
  NM_016610     0.02     0.24     0.00     0.20     0.43     1093
  AA703200     0.00     -0.13     -0.36     0.26     0.29     1094
  R44493     0.00     0.04     -0.19     0.24     0.23     1095
  XM_046575     0.04     -0.14     -0.38     0.40     0.40     1096
  AI275613     0.03     0.24     0.00     0.44     0.30     1097
  AI308602     0.04     0.19     -0.05     0.38     0.40     1098
  R44328     0.01     0.24     0.01     0.30     0.30     1099
  R00206     0.00     0.07     -0.16     0.23     0.31     1100
  NM_002456     0.01     0.02     -0.21     0.37     0.25     1101
  AI699371     0.03     -0.18     -0.41     0.46     0.28     1102
  AA935135     0.03     0.21     -0.02     0.41     0.33     1103
  AA702529     0.02     0.06     -0.17     0.40     0.27     1104
  AI568023     0.02     -0.19     -0.42     0.36     0.30     1105
  NM_002768     0.01     -0.65     -0.88     0.27     0.31     1106
  AA687208     0.02     -0.32     -0.55     0.24     0.39     1107
  AI221524     0.04     0.47     0.25     0.49     0.31     1108
  AA813007     0.01     0.09     -0.13     0.24     0.33     1109
  AA421326     0.02     -0.33     -0.55     0.28     0.38     1110
  AA922397     0.0     0.06     -0.17     0.19     0.33     1111
  R51857     0.03     0.90     0.67     0.40     0.30     1112
  NM_006564     0.00     -0.22     -0.44     0.33     0.21     1113
  AA807376     0.0     0.39     0.17     0.31     0.25     1114
  AA812763     0.04     -0.45     -0.68     0.36     0.37     1115
  AA528169     0.02     0.34     0.12     0.37     0.32     1116
  AI804325     0.01     -0.14     -0.36     0.32     0.24     1117
  T70330     0.04     -0.10     -0.33     0.30     0.41     1118
  NM_001766     0.03     0.30     0.08     0.39     0.35     1119
  AI696956     0.0     -0.12     -0.34     0.40     0.23     1120
  AI459174     0.01     -0.05     -0.27     0.30     0.25     1121
  R35639     0.01     -0.03     -0.25     0.17     0.37     1122
  W69774     0.01     -0.02     -0.24     0.21     0.30     1123
  AA054265     0.05     0.37     0.15     0.40     0.38     1124
  AI382995     0.01     0.19     -0.03     0.29     0.25     1125
  AI218303     0.0     0.00     -0.22     0.31     0.26     1126
  AI624954     0.01     -0.18     -0.40     0.28     0.31     1127
  AA759254     0.05     -0.08     -0.30     0.49     0.29     1128
  AI682979     0.02     0.03     -0.19     0.22     0.37     1129
  XM_001754     0.01     0.18     -0.03     0.31     0.28     1130
  AI187401     0.00     -0.01     -0.23     0.21     0.22     1131
  AA452113     0.01     0.24     0.02     0.25     0.30     1132
  AI656210     0.04     -0.48     -0.70     0.30     0.40     1133
  N29999     0.01     0.21     0.00     0.22     0.34     1134
  N68557     0.01     0.00     -0.21     0.19     0.32     1135
  AI689672     0.02     -0.08     -0.29     0.42     0.19     1136
  AA730310     0.00     -0.07     -0.28     0.25     0.22     1137
  AI431324     0.01     -0.20     -0.42     0.39     0.22     1138
  NM_000066     0.04     -0.11     -0.32     0.31     0.40     1139
  XM_034219     0.01     0.01     -0.21     0.30     0.29     1140
  R43258     0.04     0.27     0.05     0.49     0.23     1141
  AI431293     0.00     0.07     -0.15     0.25     0.22     1142
  R80259     0.04     -0.49     -0.70     0.22     0.38     1143
  AI126520     0.00     0.13     -0.08     0.22     0.21     1144
  AA937226     0.00     0.02     -0.19     0.25     0.26     1145
  AI191762     0.03     -0.22     -0.43     0.30     0.36     1146
  AA400470     0.00     -0.10     -0.31     0.34     0.17     1147
  NM_000063     0.01     -0.17     -0.38     0.29     0.23     1148
  H73962     0.01     -0.11     -0.32     0.22     0.30     1149
  AA626313     0.01     -0.06     -0.27     0.23     0.30     1150
  AI553630     0.03     0.13     -0.08     0.36     0.31     1151
  NM_000257.1     0.01     0.37     0.16     0.29     0.25     1152
  N68456     0.03     0.33     0.12     0.27     0.36     1153
  XM_054837     0.01     0.24     0.04     0.24     0.27     1154
  AI696558     0.04     -0.49     -0.70     0.38     0.33     1155
  AI299876     0.05     0.03     -0.18     0.36     0.37     1156
  NM_006378     0.03     0.65     0.44     0.28     0.36     1157
  AI376955     0.02     -0.56     -0.76     0.31     0.33     1158
  AA025573     0.01     -0.24     -0.45     0.33     0.25     1159
  T99196     0.02     0.14     -0.07     0.34     0.29     1160
  XM_005637     0.05     0.25     0.05     0.19     0.45     1161
  AI597729     0.04     -0.01     -0.21     0.24     0.41     1162
  H78135     0.02     0.04     -0.17     0.29     0.33     1163
  AI695029     0.01     0.04     -0.16     0.27     0.25     1164
  AA004279     0.02     -0.18     -0.39     0.21     0.34     1165
  AA844020     0.03     0.33     0.12     0.30     0.33     1166
  AI332536     0.00     -0.12     -0.33     0.20     0.18     1167
  AI383368     0.03     -0.40     -0.61     0.21     0.38     1168
  AA423883     0.00     -0.06     -0.26     0.17     0.28     1169
  R36006     0.02     -0.06     -0.26     0.30     0.29     1170
  AI911837     0.02     -0.05     -0.26     0.30     0.31     1171
  AI696820     0.03     -0.37     -0.57     0.32     0.34     1172
  H30516     0.02     -0.17     -0.37     0.22     0.34     1173
  AI926561     0.01     0.02     -0.18     0.37     0.20     1174
  H61449     0.02     -0.25     -0.45     0.24     0.32     1175
  AA410338     0.02     -0.18     -0.38     0.37     0.26     1176
  AA485229     0.00     0.05     -0.15     0.18     0.18     1177
  AA044828     0.01     -0.01     -0.21     0.22     0.31     1178
  R07278     0.03     0.00     -0.20     0.15     0.39     1179
  AI687656     0.02     -0.22     -0.42     0.28     0.28     1180
  AI912316     0.03     0.21     0.01     0.42     0.24     1181
  AA017301     0.00     -0.07     -0.27     0.18     0.26     1182
  AA059314     0.05     0.13     -0.07     0.26     0.40     1183
  NM_024302 2     0.04     0.20     0.00     0.29     0.35     1184
  AA446463     0.02     -0.15     -0.34     0.29     0.29     1185
  NM_002747     0.01     0.19     -0.01     0.24     0.24     1186
  AA446316     0.02     0.03     -0.17     0.30     0.29     1187
  NM_052813)     0.05     -0.22     -0.42     0.39     0.30     1188
  AA731532     0.00     -0.24     -0.43     0.18     0.24     1189
  R00307     0.04     0.16     -0.03     0.45     0.20     1190
  AI924296     0.03     -0.08     -0.28     0.19     0.36     1191
  AI017741     0.01     0.07     -0.12     0.29     0.2     1192
  AI619681     0.01     -0.18     -0.37     0.17     0.29     1193
  AA400967     0.01     0.25     0.06     0.30     0.22     1194
  NM_000680.1     0.01     0.28     0.09     0.20     0.28     1195
  AI732878     0.00     -0.09     -0.28     0.16     0.16     1196
  XM_006454     0.02     -0.08     -0.27     0.34     0.24     1197
  AI688916     0.03     0.02     -0.17     0.32     0.29     1198
  T79834     0.01     0.09     -0.10     0.25     0.27     1199
  AI015693     0.01     -0.01     -0.20     0.20     0.27     1200
  R50755     0.00     -0.01     -0.20     0.19     0.19     1201
  W44337     0.04     0.05     -0.13     0.18     0.39     1202
  H23267     0.03     -0.37     -0.55     0.26     0.31     1203
  AA101850     0.02     -0.12     -0.30     0.34     0.21     1204
  AI628322     0.05     -0.03     -0.22     0.37     0.28     1205
  R94207     0.02     0.13     -0.06     0.26     0.28     1206
  NM_004347     0.03     0.32     0.14     0.35     0.27     1207
  AA960802     0.05     0.14     -0.04     0.37     0.29     1208
  NM_052962     0.02     -0.42     -0.60     0.26     0.25     1209
  T91946     0.04     0.14     -0.05     0.29     0.33     1210
  AA531564     0.04     -0.14     -0.32     0.37     0.26     1211
  R96155     0.01     0.00     -0.18     0.28     0.21     1212
  AI825491     0.02     -0.07     -0.25     0.19     0.29     1213
  N53973     0.02     0.01     -0.17     0.22     0.31     1214
  NM_001544     0.0     0.10     -0.08     0.27     0.22     1215
  AA702731     0.00     -0.16     -0.34     0.19     0.23     1216
  AI554655     0.05     -0.04     -0.22     0.23     0.36     1217
  H17495     0.04     0.50     0.32     0.29     0.31     1218
  AI209185     0.02     -0.24     -0.42     0.16     0.31     1219
  AA031813     0.03     -0.15     -0.33     0.29     0 27     1220
  NM_004166     0.04     -0.37     -0.54     0.35     0.27     1221
  AA461044     0.02     0.06     -0.11     0.2     0.31     1222
  N45328     0.05     -0.12     -0.29     0.32     0.30     1223
  N64446     0.03     -0.24     -0.42     0.24     0.32     1224
  AI633617     0.01     -0.05     -0.22     0.23     0.24     1225
  R45159     0.03     0.22     0.05     0.32     0.24     1226
  R60898     0.00     0.13     -0.04     0.18     0.17     1227
  AI621170     0.03     -0.05     -0.22     0.30     0.27     1228
  N99049     0.01     0.16     -0.01     0.3     0.19     1229
  H18651     0.01     0.19     0.02     0.24     0.22     1230
  AA568582     0.04     0.02     -0.15     0.30     0.28     1231
  AA026871     0.03     -0.02     -0.19     0.37     0.20     1232
  AI559626     0.0     -0.11     -0.28     0.23     0.21     1233
  AA443545     0.03     0.46     0.29     0.27     0.28     1234
  R43339     0.04     0.22     0.06     0.36     0.23     1235
  AA007369     0.04     -0.16     -0.33     0.28     0.30     1236
  AA960982     0.01     0.25     0.08     0.26     0.22     1237
  AA481399     0.01     0.01     -0.16     0.30     0.18     1238
  AA280005     0.02     -0.17     -0.34     0.23     0.26     1239
  NM_005666     0.01     0.36     0.19     0.26     0.20     1240
  NM_000491     0.03     0.08     -0.09     0.32     0.24     1241
  AA844053     0.03     -0.12     -0.28     0.22     0.26     1242
  R49384     0.01     -0.05     -0.22     0.24     0.2     1243
  AI698289     0.01     -0.16     -0.33     0.23     0.21     1244
  AI680467     0.04     -0.09     -0.26     0.23     0.31     1245
  M90391     0.03     -0.11     -0.28     0.27     0.23     1246
  AF218727     0.05     0.18     0.02     0.25     0.31     1247
  H22946     0.04     -0.44     -0.60     0.27     0.29     1248
  N49285     0.03     -0.51     -0.67     0.23     0.28     1249
  N74903     0.01     0.17     0.01     0.21     0.22     1250
  NM_001066.2     0.04     0.14     -0.02     0.23     0.30     1251
  NM_021805     0.02     0.05     -0.11     0.29     0.21     1252
  NM_004590     0.04     0.26     0.10     0.27     0.27     1253
  AA482392     0.0     -0.19     -0.35     0.25     0.20     1254
  AA131826     0.0     -0.04     -0.20     0.26     0.17     1255
  AA947111     0.02     0.07     -0.09     0.17     0.27     1256
  AI159796     0.04     -0.13     -0.28     0.20     0.28     1257
  AF086537     0.05     0.15     -0.01     0.32     0.24     1258
  AI147932     0.00     0.13     -0.03     0.23     0.16     1259
  AA460956     0.04     0.11     -0.04     0.30     0.24     1260
  AA398249     0.03     -0.11     -0.27     0.23     0.26     1261
  H08161     0.04     -0.23     -0.39     0.23     0.28     1262
  AA281734     0.03     -0.12     -0.28     0.3     0.19     1263
  AA628488     0.04     -0.18     -0.33     0.20     0.30     1264
  AA430519     0.04     -0.06     -0.21     0.22     0.26     1265
  AA468113     0.05     -0.16     -0.31     0.29     0.25     1266
  AI424466     0.04     0.06     -0.10     0.26     0.24     1267
  AI190760     0.04     0.04     -0.11     0.29     0.23     1268
  N89992     0.01     -0.06     -0.21     0.23     0.18     1269
  AA046092     0.01     0.10     -0.05     0.16     0.21     1270
  W35358     0.02     0.05     -0.10     0.22     0.20     1271
  AA398341     0.04     -0.19     -0.33     0.27     0.23     1272
  H01969     0.05     -0.09     -0.24     0.32     0.20     1273
  AA970008     0.05     -0.34     -0.48     0.32     0.21     1274
  R89846     0.01     0.14     -0.01     0.20     0.20     1275
  H18639     0.04     0.13     -0.02     0.26     0.24     1276
  AI016342     0.02     0.02     -0.12     0.18     0.22     1277
  NM_002184     0.04     -0.23     -.0.37     0.17     0.28     1278
  NM_001643.1     0.03     0.13     -0.01     0.19     0.26     1279
  AA280029     0.04     -0.14     -0.28     0.28     0.22     1280
  AA927949     0.00     0.17     0.02     0.16     0.14     1281
  AA625552     0.04     0.05     -0.09     0.28     0.20     1282
  AA458912     0.03     -0.23     -0.37     0.24     0.23     1283
  AI188025     0.02     0.29     0.15     0.21     0.22     1284
  XM_007417     0.02     0.00     -0.14     0.21     0.19     1285
  AA019529     0.03     -0.29     -0.42     0.22     0.22     1286
  AA401542     0.04     -0.09     -0.22     0.17     0.25     1287
  AI478746     0.04     0.00     -0.13     0.23     0.22     1288
  AA291522     0.01     -0.33     -0.47     0.14     0.22     1289
  AI493122     0.05     0.16     0.03     0.25     0.22     1290
  AI203665     0.02     0.11     -0.02     0.22     0.18     1291
  R74060     0.05     -0.15     -0.28     0.20     0.24     1292
  AI185721     0.04     -0.25     -0.37     0.22     0.19     1293
  AA437106     0.05     0.10     -0.02     0.23     0.20     1294
  NM_139208     0.04     -0.07     -0.18     0.22     0.20     1295
  AI922221     0.05     -0.02     -0.14     0.20     0.20     1296
  AA412418     0.05     -0 26     -0.37     0.19     0.18     1297
表3和4中显示的每一个序列的GenBnak序列号(互联网链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)与所附序列表相关联,每个序列都被逐一列出或者提供了详细信息(序列ID:1至系列ID:1297)。
而且,序列在所述处分别公开。
此序列表是本发明说明书的部分。
另外,这些序列在德国专利申请102004049897.0中公开,其通过引用纳入至本文内。
基因活性分类器概述(训练集)
基于所有测量的基因活性,基因活性分类器和选择规则通过MediPred软件(Biocontrol Jena GmbH)建立,其可以将基因表达模式分为感染性MOF和非感染性MOF类别(图2)。确定每个基因高表达和低表达的阈值(在图3中表示为Cmin和Cmax),并选出每个患者具有典型和增强基因表达行为的基因。
对未分类的基因表达谱的基因活性分类器的测试(检验集)
使用定义的选择规则检验确定的基因活性分类器,该规则基于ITS对照(56)、非感染性MOF的患者(75)和感染性MOF的患者的共190个未分类基因表达模式检验组,并通过临床数据验证。
为实现此目的,基因表达谱选自临床诊断为ITS对照或非感染性MOF或感染性MOF的患者。
在随后与训练集的比较中,如果发现待分类的表达模式是训练集且在由选择规则(以及同时应有选择的标准)定义的相应基因活性分类器的表达范围内,则待分类的表达模式被定为相应的类别。
表5显示了哪一个测试集属于哪一个类别。可看到,86%的ITS对照、80%非感染性多器官功能衰竭的患者以及63%感染性多器官功能衰竭的患者可以正确地分类到相应的类别中。
表5:190个基因表达谱分类到ITS对照、非感染性MOF和感染性MOF的百分比。
患者组   ITS-对照   非感染性多器官功能衰竭   感染性多器官功能衰竭I
待分类的基因表达谱数量 56   75(与几天相对应的16个患者的多个表达谱)   59(与几天相对应的35个患者的多个表达谱)
  相应分类[%]   ITS-对照   86   4   14
  非感染性多器官功能衰竭   13   80   16
  感染性多器官功能衰竭   2   16   63
这说明与选择标准相关联的基因表达分类器对本发明是有用的。
参考文献
1.  Natanson C(1997)Anti-inflammatory therapies to treat sepsis and septic shock:Areassessment.Crit Care Med 25:1095-1099
2. Geiger K(1995)Frühparameter für Multiorgandysfunktionssyndrom.in Hartenauer U(ed.)Sepsis in der Frühphase Müinchen MMV Medizin Verlag 19-25
3.  Knaus WA,Draper EA,Wagner DP,Zimmermann JE(1985)Prognosis in acute organ-systemfailure.Ann Surg 202:658-693
4.  Goris RI,Bockhorst TP,Nuytinck JKS(1995)Mulitiple organfailure.Arch Surg120:1109-1115
5.  Vincent JL,Moreno R,Takala J,et al.(1996)The SOFA(Sepsis-related Organ FailureAssessment)score to describe organ dysfunction/failure.On behalf of the Working Groupon Sepsis-Related Problems of the European Society of Intensive Care Medicine,IntensiveCare Med.Jul 22(7):707-10.
6.  Pfeiffer  L,Ehrhardt  N,Kretschmar R,et al.(1996)  Endotoxin???mie  undMultiorganversagen nach Polytrauma.Anaesthesiol Reanimat 21:91-96
7.  Schlag G,Redl H(1993)Organ in shock,early organfailure,late organfailure.,in SchlagG and Redl H(eds.)Pathophysiology of shock,sepsis,and organfailure Berlin HeidelbergSpringer-Verlag,1-4
8.  Bone RC,Balk RA,Cerra FB,et al.(1 992)The ACCP/SCCM Consensus ConferenceCommittee(1992)Definitions for Sepsis and organ failure annd guidelines for the use ofinnovative therapies in Sepsis.Chest 101:1656-1662;und Crit Care Med 1992;20:864-874
9.Levy MM,Fink M,Marshall JC,et al.(2003)For the International Sepsis DefinitionsConference:  200 1  SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS  International  Sepsis  DefinitionsConference.Crit Care Med.Apr;31(4):1250-6
10.http://chirirnn.klinikum.uni-muenchen.de/forschung/for 01_14_04.html,Stand Otober2004.modifiziert
11.Marik PE.(1 993)Gastric intramucosal pH.A better predictor of multiorgan dysfuctionsyndrom and death than oxygen derived variables in patients with sepsis.CHEST 104:,225-229
12.Bernardin G,Pradier C,Tiger F,et al.(1996)Blood pressure and arterial lactate level areearly indicators of short-term survival in human septic shoc k.Intensiv Care Med 22:17-25;
13.Marecaux G,Pinsky MR,Dupont E,et al.(1996)Blood lactate levels are better prognosticindicators than TNF and IL-6 levels in patients with septic shock.Intensiv Care Med 22:404-408
14.Duswald KH,Jochum M,Schramm W,Fritz H(1 985)Releasedgranulocytic elastase;anindicator of pathobiochemical alterations in septicemia after abdominal surgery.Surger.y98:892-899
15.Nuytinck JKS,Goris RI,Redl H,et al.(1986)Posttraumatic complications andinflammatory mediators.Arch Surg 1 2 1:886-890
16.Nast-Kolb D,Jochum M,Waydlas C,et al.(1991)Die Wertigkeit biochemischer Faktorenbeim Polytrauma.Hefte Unfallheilkunde 215:215
17.Hack CE,de Groot ER,Felt-Bersma RJ,et al.(1989):Increased plasma levels ofinterleukin-6 in sepsis"Blood 74:1704-1710
18.Patel RT,Deen KI,Youngs D,et al.(1994)Interleukin 6 is a prognostic indicator ofoutcome in severe intra-abdominal sepsis.Br J Surg 81:1306-1308
19.Southern  EM  (1974)  An  improved  method  for  transferring  nucleotides  fromelectrophoresis strips to thin layers of ion-exchange cellulose.Anal Biochem 62:317-318
20.Gillespie D,Spiegelman S(1965)A quantitative assay for DNA-RNA hybrids with DNAimmobilized on a membrane.J Mol Biol12:829-842
21.Lennon GG,Lehrach H(1991)Hybridization analyses of arrayed cDNA libraries.TrendsGenet 7:314-317
22.Kafatos FC,Jones CW,Efstratiadis A(1979)Determination of nucleic acid sequencehomologies and relative concentrations by a dot hybridization procedure.Nucl Acid Res7:1541-1552
23.Fodor SP,Read JL,Pirrung MC,Stryer L,Lu AT,Solas D(1991)Light-directed,spatiallyaddressable parallel chemical synthesis.Science 251:767-773
24.Pease AC,Solas D,Sullivan EJ,Cronin MT,Holmes CP,Fodor SP(1994)Light-generatedoligonucleotide arraysfor rapid DNA sequence analysis.Proc Natl Acad Sci USA91:5022-5026
25.Schena M,Shalon D,Davis RW,Brown PO(1995)Quantitative monitoring of geneexpression patterns with a complementary DNA microarray.Science 270:467-470
26.Golub TR,Slonim DK,Tamayo P,et al.(1999)Molecular classification of cancer:classdiscoveryand class prediction by gene expression monitoring.Science 286:531-537
27.Alizadeh AA,Eisen MB,Davis RE,et al.(2000)Distinct types of diffuse large B-celllymphoma identified by gene expression profiling.Nature 403:503-51
28.Feezor RJ,Baker HV,Xiao W,et al.(2004)Genomic and Proteomic Determinants ofoutcome in patients undergoing thoracoabdominal aortic aneurysm repair.Journal ofImmunology 172(11):7103-7109
29.Rademacher md;mCsHANE lm;Simon R(2002)A paradigmfor class prediction usinggene expression profiles.J.Comput.Biol.9:505-511
3 0.Li L,Darden TA,Weinberg CR,Levine AJ et al.(2001)Gene assesment and sampleclassificationfor gene expression data using a genetic algorith/k-nearest neighbor method.Comb.Chem.High Throuput Screen.4:727 7-39
31.Zhang H,Yu C-Y,Singer B etal.(2001)Recursive partitioningfor tumor classificationwith gene expression microarray data.Proc.Nat.Acad.Sci.USA 2001,98:6730-6735
32.Furey TS,Cristianni N,Duffy N(2000)Support vector machine classification andvalidation of cancer tissue samples using microarray expression data.Bioinf.16:906-914
33.Simon RM,Korn EL,McShane L et al.(2004)Design and analysis of DNA microararyinvestigations.Springer-Verlag,New York,ISBN 0-387-001 35-2
34.Huber W,Heydebreck A,Sueltmann H,et al.(2003)Parameter estimationfor thecalibration and variance stabilization of microarray data.Stat.Appl.in Gen.and Mol.Biol..Vol. 2,Issue 1,Article 3

Claims (8)

1.将患者分类为“未被感染且无多器官功能衰竭”、“非感染性多器官功能衰竭”或“感染性多器官功能衰竭”的基因活性标签,所述基因活性标签是多核苷酸,其选自如下组成的组:SEQ ID I.1、SEQ ID I.2、SEQID I.3、SEQ ID I.4、SEQ ID I.5、SEQ ID I.6、SEQ ID I.7、SEQ ID I.8和SEQ ID I.9或者它们的部分序列。
2.根据权利要求1所述的基因活性标签,其中所述部分序列的长度是5-2000个核苷酸,优选为20-2000个核苷酸,更优选为20-80个核苷酸。
3.根据权利要求1-2任一项所述的基因活性标签,其特征在于,
SEQ ID I.1的过表达和SEQ ID I.3的表达下调或者SEQ ID I.2的过表达和SEQ ID I.4的表达下调表明为“未被感染且无多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.3的过表达和SEQ ID I.6的表达下调或者SEQ ID I.4的过表达和SEQ ID I.5的表达下调表明为“非感染性多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.5的过表达和SEQ ID I.7的表达下调或者SEQ ID I.8的过表达和SEQ ID I.9的表达下调显示了“感染性多器官功能衰竭”的类别。
4.根据权利要求1-3任一项所述的基因活性标签,其特征在于,所述的多核苷酸序列或部分多核苷酸序列至少部分地被合成的类似物、适配子和/或肽核酸所替代。
5.分别对患有感染性多器官功能衰竭和非感染性多器官功能衰竭的患者进行分类的方法,其包括如下步骤:
从患者样品中分离mRNA;
使用可检测单元标记mRNA;
将标记的mRNA与权利要求1所述的基因活性标签相接触,由此在接触步骤后各基因活性标签彼此分开;
洗涤杂交的基因活性标签;
激活可检测单元从而释放信号;
读取每一个基因活性标签的杂交信号并且与健康患者的参照样品比较,其中:
SEQ ID I.1的过表达和SEQ ID I.3的表达下调或者SEQ ID I.2的过表达和
SEQ ID I.4的表达下调表明为“未被感染且无多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.3的过表达和SEQ ID I.6的表达下调或者SEQ ID I.4的过表达和
SEQ ID I.5的表达下调表明为“非感染性多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.5的过表达和SEQ ID I.7的表达下调或者SEQ ID I.8的过表达和
SEQ ID I.9的表达下调表明为“感染性多器官功能衰竭”的类别。
6.根据权利要求5的方法,其特征在于,患者样品包括体液,特别是血液、渗出液、尿、腹水、精液、唾液、穿刺液,细胞内容物或其混合物。
7.包含根据权利要求1-4任一项所述的基因活性标签的微阵列。
8.将患者分类为感染性多器官功能衰竭或非感染性多器官功能衰竭的仪器,其包括:
用于体外获得患者样品的样品制备模块;
用于将患者样品与来自基因活性分类器的基因活性探针杂交的模块;
读取杂交信号的模块;
对读取的杂交信号进行图形分析的模块;
能够与储存健康患者的基因活性分类器自动比较的模块;和
显示比较结果的模块。
CN200680009276.XA 2005-03-21 2006-03-16 基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用 Pending CN101146914A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102005013013A DE102005013013A1 (de) 2005-03-21 2005-03-21 Verwendung von Genaktivitäts-Klassifikatoren für die in vitro Klassifizierung von Genexpressionsprofilen von Patienten mit infektiösem/nichtinfektiösem Multiorganversagen
DE102005013013.5 2005-03-21

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN101146914A true CN101146914A (zh) 2008-03-19

Family

ID=36838697

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN200680009276.XA Pending CN101146914A (zh) 2005-03-21 2006-03-16 基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用

Country Status (9)

Country Link
US (1) US8236496B2 (zh)
EP (1) EP1863928B1 (zh)
CN (1) CN101146914A (zh)
AT (1) ATE498694T1 (zh)
BR (1) BRPI0609705A2 (zh)
CA (1) CA2602543C (zh)
DE (2) DE102005013013A1 (zh)
ES (1) ES2357853T3 (zh)
WO (1) WO2006100203A2 (zh)

Families Citing this family (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20060084082A1 (en) 1997-03-07 2006-04-20 Human Genome Sciences, Inc. 186 human secreted proteins
EP1611255A2 (de) * 2003-04-02 2006-01-04 SIRS-Lab GmbH Verfahren zur erkennung akuter generalisierter entzündlicher zustände (sirs), sepsis, sepsis ähnlichen zuständen und systemischen infektionen
DE102004009952B4 (de) * 2004-03-01 2011-06-01 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zur Erkennung von Sepsis
DE102004015605B4 (de) * 2004-03-30 2012-04-26 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zur Vorhersage des individuellen Krankheitsverlaufs bei Sepsis
DE102004049897B4 (de) * 2004-10-13 2007-11-22 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zur Unterscheidung zwischen nichtinfektiösen und infektiösen Ursachen eines Multiorganversagens
US8673268B2 (en) 2004-10-15 2014-03-18 Galapagos N.V. Molecular targets and compounds, and methods to identify the same, useful in the treatment of joint degenerative and inflammatory diseases
US7485468B2 (en) 2004-10-15 2009-02-03 Galapagos Bv Molecular targets and compounds, and methods to identify the same, useful in the treatment of joint degenerative and inflammatory diseases
DE102006027842B4 (de) 2006-06-16 2014-07-31 Analytik Jena Ag Verfahren zur Feststellung der Infektionsquelle bei Fieber unklarer Genese
DE102008000715B9 (de) * 2008-03-17 2013-01-17 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zur in vitro Erfasssung und Unterscheidung von pathophysiologischen Zuständen
EP2392352B1 (en) * 2009-01-28 2017-10-25 Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology Cd93 or use of soluble fragment thereof
EP2985352A1 (de) 2009-09-23 2016-02-17 Analytik Jena AG Verfahren zur in vitro erfassung und unterscheidung von pathophysiologischen zuständen
US20110076685A1 (en) * 2009-09-23 2011-03-31 Sirs-Lab Gmbh Method for in vitro detection and differentiation of pathophysiological conditions
DE102009044085A1 (de) 2009-09-23 2011-11-17 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zur in vitro Erfassung und Unterscheidung von pathophysiologischen Zuständen
DE102011005235B4 (de) 2011-03-08 2017-05-24 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zum Identifizieren einer Teilmenge von Polynucleotiden aus einer dem Humangenom entsprechenden Ausgangsmenge von Polynucleotiden zur in vitro Bestimmung eines Schweregrads der Wirtsantwort eines Patienten
EP2520662A1 (en) * 2011-05-04 2012-11-07 Stichting Sanquin Bloedvoorziening Means and methods to determine a risk of multiple organ failure

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7625697B2 (en) * 1994-06-17 2009-12-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for constructing subarrays and subarrays made thereby
US5830679A (en) * 1996-03-01 1998-11-03 New England Medical Center Hospitals, Inc. Diagnostic blood test to identify infants at risk for sepsis
DE10041215A1 (de) 1999-12-22 2001-10-04 Dade Behring Marburg Gmbh Gegen Procalcitonin gerichtete Antikörper, ihre Herstellung und Verwendung
EP1270740A1 (en) 2001-06-29 2003-01-02 SIRS-Lab GmbH Biochip and its use for determining inflammation
US7465555B2 (en) * 2002-04-02 2008-12-16 Becton, Dickinson And Company Early detection of sepsis
CA2505902A1 (en) * 2002-11-12 2004-05-27 Becton, Dickinson And Company Diagnosis of sepsis or sirs using biomarker profiles
US20040097460A1 (en) * 2002-11-12 2004-05-20 Becton, Dickinson And Company Diagnosis of sepsis or SIRS using biomarker profiles
EP1611255A2 (de) * 2003-04-02 2006-01-04 SIRS-Lab GmbH Verfahren zur erkennung akuter generalisierter entzündlicher zustände (sirs), sepsis, sepsis ähnlichen zuständen und systemischen infektionen
DE102004009952B4 (de) * 2004-03-01 2011-06-01 Sirs-Lab Gmbh Verfahren zur Erkennung von Sepsis

Also Published As

Publication number Publication date
US20090325152A1 (en) 2009-12-31
CA2602543C (en) 2014-12-30
BRPI0609705A2 (pt) 2010-04-20
EP1863928A2 (de) 2007-12-12
ES2357853T3 (es) 2011-05-03
DE502006008908D1 (de) 2011-03-31
CA2602543A1 (en) 2006-09-28
WO2006100203A3 (de) 2007-07-05
EP1863928B1 (de) 2011-02-16
DE102005013013A1 (de) 2006-09-28
WO2006100203A2 (de) 2006-09-28
US8236496B2 (en) 2012-08-07
ATE498694T1 (de) 2011-03-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101146914A (zh) 基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用
US20210108266A1 (en) Method for discovering pharmacogenomic biomarkers
US8476200B2 (en) Method for differentiating between the non-infectious and infectious causes of multiple organ failure
JP4435259B2 (ja) 微量胃癌細胞の検出法
GB2470707A (en) Method for in vitro detection and differentiation of pathophysiological states
US20100086909A1 (en) Method for the prediction of individual disease course in sepsis
CN111647673A (zh) 微生物菌群在急性胰腺炎中的应用
JP4317854B2 (ja) 微量胃癌細胞の検出法
US20110130302A1 (en) Biological pathways associated with chemotherapy outcome for breast cancer
US20180066323A1 (en) Biomarkers in Cancer, Methods, and Systems Related Thereto
CN101457254B (zh) 用于肝癌预后的基因芯片和试剂盒
US7601532B2 (en) Microarray for predicting the prognosis of neuroblastoma and method for predicting the prognosis of neuroblastoma
EP1683862B1 (en) Microarray for assessing neuroblastoma prognosis and method of assessing neuroblastoma prognosis
CN102766573A (zh) 基因群检测结构
WO2010138963A2 (en) Methods and systems for evaluating the sensitivity or resistance of tumor specimens to chemotherapeutic agents
JP2007135466A (ja) 肺腺癌の再発を予測するための遺伝子セット
CN115216541A (zh) 一组白血病标志物及应用
AU2007277142A1 (en) Methods for identifying, diagnosing, and predicting survival of lymphomas

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Open date: 20080319