CN101146914A - 基因活性分类器在患感染性/非感染性多器官功能衰竭患者基因表达谱的体外分类中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及基因活性标签在患感染性或非感染性多器官功能衰竭患者进行分类的应用。本发明尤其涉及将患者分类为“未被感染且无多器官功能衰竭”或“患非感染性多器官功能衰竭”或“患感染性多器官功能衰竭”的基因活性标签,该基因活性标签是选自如下组的多核苷酸:SEQ ID I.1,SEQ ID I.2,SEQ ID I.3,SEQ ID I.4,SEQ ID I.5,SEQ ID I.6,SEQ ID I.7,SEQ ID I.8和SEQ ID I.9或者以上序列的一部分。
Description
技术领域
本发明涉及基因活性标签对患感染性和非感染性多器官功能衰竭的患者分别进行分类的应用。
本发明进一步涉及所述基因活性分类器(gene activity classificator)作为仪器中的储存数值参数对患感染性或非感染性多器官功能衰竭的患者进行体外诊断的应用。此外,本发明涉及一种用于对患感染性和非感染性多器官功能衰竭的患者分别进行体外诊断的仪器。
另外,本发明涉及应用基因活性标签/分类器对患者基因表达谱分类,从而分别评估治疗感染性和非感染性多器官功能衰竭患者的活性物质的治疗效果。
尽管有病理生理认识和支持治疗上的进步,多器官功能衰竭综合症(MOFS)和多器官功能衰竭(MOF)分别是重症监护患者最多发的死亡原因,并且在世界范围内继续增加。其发展的结果不仅对患者个人相当严重,而且对公共卫生保健体系的费用和许多医疗领域内的医学进展具有巨大的影响。
多器官功能衰竭被定义为两个或多个重要器官系统同时或在短时间内发生衰竭。多器官功能衰竭综合症是在MOF之前发生的最初的器官功能不全[1]。现在对多器官功能衰竭的定义是两个或多个器官同时或在短时间内丧失功能,而缓慢稳定的器官功能衰竭被排除在外[2]。对MOF的预后与所涉及器官系统的数量密切相关。如果一个器官衰竭,24小时内的死亡率是22%;7天后的死亡率是41%。在3个器官系统衰竭的情况下,死亡率升高到第一天为80%,4天后是100%[3]。
对于MOFS和MOF严重程度的临床评分,通常使用GORIS等的多器官功能衰竭评分(MOF-评分),或者败血症相关器官功能衰竭评估(SOFA)评分[5]。MOF评分提供了一种对器官功能快速的临床上简易的3个可能等级的分类。在临床文献中,MOF评分大于4时通常记录为MOF[6]。SOFA评分是一个快速对功能的临床评估打分的评分系统,其对下述器官系统评分:呼吸(肺)、凝血、肝脏、心血管系统、中枢神经系统和肾脏。此评分系统使用4个等级。
在临床上,MOF的分3个阶段发展[7]:
1.器官休克:触发的生理病理机制是完全不同成因的灌注不足。其发生在数小时之内,还不会导致永久伤害。
2.器官功能丧失:如果持续的灌注不足一直维持几天,就会导致水肿局部内的SIRS发生(系统炎症反应综合症,根据[8]分类)和细胞损伤。这一时期被称为多器官功能丧失综合症(MODS)。
3.器官衰竭:持续的灌注不足导致内脏区域的淤滞,从而造成肠内的内毒素的重复感染和转移。这使得临床症状加重,败血症的全面发生。器官功能丧失变为器官衰竭。
MODS和MOF是具有复杂生理病理性质的临床表现。目前对可触发SIRS和相应心脏和循环系统效应的严重感染和外伤的免疫-炎症宿主反应的发展和复杂性的确切分子原因还不完全清楚。
MODS和MOF都可以导致感染性的和非感染性的发生。MODS和MOF通常发展为外伤造成休克后患败血症的患者、使用心肺机进行外科手术后的患者、在器官移植后的患者、及其他患者的一个临床上重要的并发症(图1)。MODS和MOF发展的一个重要致病机制是系统炎症综合症(SIRS,[8])的发展。起动SIRS的生理病理过程不仅包括免疫系统的所有部分,还干扰到心脏和循环系统的所有水平,并且不局限于心肌抑制和血管舒张。尤其在微循环水平上的心脏和循环系统的变化形成了常见的最终距离(final distance)并产生组织缺氧,后者被认为是多器官功能衰竭发病机理的一个重要协同因子。
图1显示了根据目前标准对MODS和MOF发展的最重要机理的示例性描述[10]:似乎过度活化的免疫系统在多器官功能衰竭的发展中发挥了决定性的作用。在此文中,内皮通过分泌细胞因子和赋予白细胞粘附起到了核心的关键作用。在内皮细胞内的信号转导级联被活化,导致转录因子的表达和激活。
仍然没有能够区分感染性和非感染性原因的灵敏/特异诊断的原因是因为对MODS和MOF早期过程的不完全了解。新类型的生物标签和诊断,如今甚至在基因表达水平,可能提供了多器官功能衰竭早期诊断以及区分MODS和MOF感染性和非感染性原因的重要诊断信息。另外,它们对阐明系统炎症的生理病理机制也很重要。
经常在临床实践中使用的预先征兆,如发烧、白细胞增多、心动过速和呼吸急促,对于MODS或MOF的诊断以及区分MODS和MOF感染性和非感染性原因是非特异的。在早期阶段检测微循环不规律的参数,例如肠粘膜pH[11]和毛细管床的乳酸水平[12]的变化、原因不在肺部的呼吸不足的出现[2]、白细胞弹性蛋白酶的升高[14、1 5]、新蝶呤的高水平[1 6]、多形核白细胞的激活和IL-6的高水平[17]、只在有限程度下适于作为MODS和MOF发展晚期的早期参数,但它们对区分MODS和MOF感染性和非感染性原因无效。这样,急需全新的诊断方法,用来提高本领域技术人员在早期阶段区分非感染性和感染性MODS和MOF以及预测患者如何对特定治疗产生反应的能力。
然而,正是MODS和MOF感染性和非感染性原因间的区别在医学上是极其重要的,例如通过这一区别可以使抗生素的使用更有效,这有利于节省可观的费用和避免抗生素非特异应用产生的副反应。此外对于非感染性MODS或MOF,有可能避免在时间和人员上细致深入的诊断检测,同时也有可能避免所有与患者有关的整形外科材料例如静脉导管的互换的风险,其中,所述诊断检测对患者是产生压力的,所述诊断检测(例如,送到CT/MRI)是用于鉴定感染的部位,需要实施复杂微生物方法(例如,血液培养物的检验,其也需要患者提供大量的血液)。反之亦然,对MODS或MOF感染性原因的快速鉴定可以确保这些检测迅速进行并因此降低其死亡率。
技术的进步,尤其是微阵列技术的发展,使得本领域内的技术人员有可能同时比较10,000个或更多的基因及它们的基因产物。这种微阵列技术的应用可以提供关于健康状况、调节机制、生化相互作用和信号传递网络的信息。由于在生物体对感染如何作出反应上的理解的进步,可推动感染性衰竭的检测、诊断和治疗的增强方法的发展。
微阵列起源于“Southern印迹”,其提出了固定DNA分子的第一种方法,从而可以在固体基质上三维寻址。第一个微阵列由DNA片段组成,经常是未知序列,并且以网点式置于微孔膜(通常是尼龙)上。常用cDNA、基因组DNA或质粒文库,杂交物质用放射性基团标记[20-22]。
现在,同时应用玻璃作为基质和使用荧光检测,在高密度下合成和使用核苷酸的新技术发展可以小型化核苷酸阵列。同时,实验通量和信息内容也提高了[23-25]。
通过癌症研究领域内的临床试验对微阵列技术的应用进行了第一次说明。在此,证明了表达谱对于鉴定单个基因或基因群的活性是有价值的,这些活性与特定的临床表现是相关的[26]。分析了许多具有或不具有急性白血病或弥漫性B细胞淋巴瘤个体来源的样品,并发现了基因表达标签(RNA),随后将其用于这些类型癌症的临床相关分类[26,27]。Golub等发现单独一个基因不足以得到可靠的预测,而基于53个基因(选自微阵列上的6000多个基因)转录变化的预测是很准确的[26]。
由WO03/002763可知,主要使用微阵列基因表达谱的检测可以用于败血症和败血症类似状况的诊断。
申请人的德国专利申请DE 103 40 395.7,DE 103 36 511.7,DE 103150 31.5和10 2004 009 952.9描述了例如通过微阵列技术得到的基因表达谱在原理上对SIRS、广泛性发炎性炎症、败血症和严重败血症的诊断是有用的。这些应用在此通过引用的方式纳入本文。
由Feezor等[28]可知,由于外科治疗患具有多器官功能丧失综合症(MODS)的SIRS的患者,与在同样外科治疗后患不具有MODS的SIRS的患者相比,其基因活性存在差异。然而,因为在这些患者中没有检测到感染,所以这些研究没有对非感染性MOF与感染性MOF的区别做出陈述。
为了对基因表达谱分类,已经有多种方法及其对基因表达数据的应用,例如线性和二次判别分析(linear and quadratic discrimination analysis)、复合协变预测(Compound Covariant Predictor)、最紧邻分类法(NearestNeighbor Classification)、分类树(Classfication Trees)或支持向量机(SupportVector Machines)[26,29,30,31,32]。分析基因表达数据的分类方法应用的一般概况见[33]。
分类方法的目标是开发出多元分类器(multivariant classficators),其可以对一个新数据组是否属于某个类别作出预测。这样,例如患者可以通过分离器依据它们对某个特定治疗的反应被划分为反应类或非反应类。
大致上,分类器通过3步进行:
1.从一大组数据中选择统计学相关的特征。对基因表达分析来说,根据它们的表达模式,单变量检验作为第一步以从多种分类中选择统计学相关基因。
2.通过不同分类方法确定分分类器,其最终提供了分类器的训练集。
3.通过基因表达谱的新的、未被分类的检验集确认这一训练集,并优化该训练集。
WO 2004/108957大体描述了生物标签(核苷酸)的分类及其分别在SIRS和败血症诊断上的应用。但没有描述用于对感染性和非感染性多器官功能衰竭进行诊断的生物标签的分类和/或应用。
在先德国专利申请102004 049897.041第一次描述了区分感染性和非感染性多器官功能衰竭的基因活性标签。该申请描述了1297个不同基因在体外分别诊断患感染性和非感染性多器官功能衰竭患者的应用。
本发明超越了DE 102004049897.041中描述的技术状况,因为通过患者样品来源的基因表达谱的特异检验方法,本发明发现了基因活性可用于在体外诊断以区分非感染性和感染性多器官功能衰竭的分类器。
本专利申请中公开的发明的基本点在于基因活性分类器可以用于对分别患非感染性和感染性MOF的患者的基因表达谱进行分类。这些分类器的应用可以方便地与临床参数一起用于诊断,然而,其对重症监护中的特定治疗的启动是重要的。
这样,本发明的目的是使用基因活性分类器用于区分未被感染且无多器官功能衰竭的患者、非感染性多器官功能衰竭的患者和感染性多器官功能衰竭的患者。
本发明的目的是通过根据权利要求1中的基因活性标签,根据权利要求5中的分类方法,根据权利要求7中的微阵列和根据权利要求8中的仪器来实现的。
在下文中,名词“ITS-对照”用来标识处于重症监护中然而并未检测到感染和多器官功能衰竭的患者。
本发明尤其涉及基因活性分类器的应用,基于此应用,体外获得的患者样品的基因表达谱被分为非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭。
使用该分类器,本发明进一步可用于在治疗期间评估非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭的患者的疗程。
本发明的基因活性分类器进一步在临床试验2-4期用作由非感染性或感染性原因造成的多器官功能衰竭的患者的纳入或排除标准。
本发明的一个优选实施例涉及基因活性分类器进一步用于电子处理以及制作软件,该软件可用于描述患者的个体预后、诊断和/或患者数据管理系统。在本文中,基因活性分类器作为诊断仪器中体外检测的基因表达谱的自动评估的依据。在此,基因表达分类器作为数值参数储存于软件、集成电路、可擦可编程只读储存器(EPROM)或其他本领域技术人员已知的数值参数储存器件(means)。
本发明的另一个优选实施例涉及将基因活性分类器储存为数值参数的仪器,其可以体外诊断非感染性和感染性多器官功能衰竭的患者。除了作为数值参数储存的基因活性分类器,所述仪器还包括将患者样品中未被分类的基因表达谱与储存的基因活性分类器进行比较并将相应结果以技术显示输出的器件。这可以通过,例如基因活性分类器的数值参数的电子化处理——转化为电子信号,并且与从待检测基因表达谱获得的电子信号相比较来实现。比较的结果是分别将待检测基因表达谱分类到非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭类别中。类似的和/或数字的展示,例如评分系统(与在体外诊断中已经使用的APACHE或SOFA评分相似)或电子胶、声音信号或其他本领域技术人员已知的方法作为技术显示。
在一个优选实施例中,该仪器也能够产生与储存的基因活性分类器相比较的基因表达谱。为达到这一目的,该仪器的组成为用于体外获得患者样品的样品制备模块、用于将患者样品与来自基因活性分类器的基因活性探针杂交的模块、读取杂交信号的模块、另一个对读取的杂交信号进行图形分析的模块、能够与储存的基因活性分类器自动比较的模块、还有可以显示比较结果的模块。对于本领域的技术人员显而易见的是:不是所有的模块都必须组合在所述仪器中,其由自动化程度决定。已经可以自动化/半自动化生成基因表达谱的仪器例如为Roche公司的Light Cycler、Cepheid公司的Smart Cycler或Clondiag Chip Technologies公司的AP system。
另外,本领域的技术人员用于分析不同基因表达的所有其他的已知方法可作为本发明应用中描述的微阵列技术生成基因表达谱的替代方法。
本发明的基因活性分类器也可用于生成“电子”专家系统和/或信号转导细胞通路的“电子”调制。
作为本发明的基因活性分类器,使用的基因和/或基因片段选自SEQID No.I.1到ID I.9,以及这些基因的基因片段组成的组,其中所述片段具有5-2000或更多,优选为20-200,更优选为20-80个核苷酸。
序列IDI.1至序列IDI.9的这些序列包含在本发明的范围内,它们在所附的包含9个序列的序列表中详细公开,这样,该序列表作为本发明说明书的一部分,同时也是本发明公开内容的一部分。在序列表中,序列IDNo.I.1至序列IDNo.I.9的单个序列进一步指定了其GenBank序号。 (网址:http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/)。
在本文中,也可使用所列探针的可杂交的合成类似物(hybridizablesynthetic analogue)。
序列SEQ ID No.I.1至SEQ ID No.I.9的插入、缺失或核苷酸替代突变只要没有实质性改变用于本发明目的的序列杂交行为,这些突变的使用也可能实现本发明的目的。只要本发明中提到基因活性标签,则这种突变也包括在内。
在另一个实施例中,根据表1的基因活性分类器SEQ ID No.I.1至SEQ ID No.I.9与基因表达谱分类的逻辑选择规则相联系,该基因表达谱是指非感染性和感染性多器官功能衰竭患者样品的基因表达谱。
表1:ITS对照、非感染性多器官功能衰竭和感染性多器官功能衰竭各自的选择规则
类别 | ITS-对照 | 非感染性多器官功能衰竭 | 感染性多器官功能衰竭 |
分类器 | (SEQ-ID No.1.1)个且(SEQ-ID No.1.3)↓或(SEQ-ID 1.2)个且(SEQ-ID No.1.4)↓ | (SEQ-ID 1.3)↑且(SEQ-ID 1.6)↓或(SEQ-ID No.1.4)个且(SEQ-ID No.1.5)↓ | (SEQ-ID 1.5)个且(SEQ-ID 1.7)↓或(SEQ-ID No.1.8)个且(SEQ-ID No.1.9)个 |
个过表达基因活性,↓基因活性下调表达
本发明的另一个实施例的特征是如权利要求1中所列的基因或基因片段和/或由它们RNA所衍生的序列被合成类似物、适配子以及肽核苷酸替换。
本发明的另一个实施例的特征是样品选自:体液,具体地,血液、渗出液、尿、腹水、精液、唾液、穿刺液,细胞内容物或以上的混合物。
本发明的另一个实施例的特征是细胞样品如果有必要将进行裂解处理以释放其细胞内容物。
对本领域的技术人员显而易见的是,权利要求所述的本发明各个特性可以任何希望的方式相互组合。
本发明所使用的基因活性分类器包括所有衍生的DNA序列、部分序列和合成类似物(例如肽-核酸(PNA))。本发明关于在RNA水平测定基因表达的说明不应被认为是限制性的,而只是本发明的示例性应用。
本发明的关于血液的说明只是本发明的一个示例性实施方式。在本发明中使用的名词生物液体是指所有的人类体液。
本发明的进一步优点和特性从工作实施例的说明以及图示中会更清晰。
图1显示了从不同医疗状态开始的多器官功能衰竭的药理疗程。
工作实施例
对基因活性分类器的产生和确认的研究,该基因活性分类器用于将患者样品的基因表达谱分类到以下类别中的一种:ITS对照、非感染性多器官功能衰竭或感染性多器官功能衰竭。
对不同基因表达进行测量,作为训练集的基础:
测试在外科重症监护区进行治疗的总共57个患者的全血样品,测量其不同的基因表达,以区分多器官功能衰竭的非感染性和感染性原因。完整的基因表达数据构成基因活性分类器训练集生成的基础。
全血样品取自在重症监护期间患感染性MOF[根据8分类]的31个患者。
此外,全血样品取自在重症监护期间发展为非感染性MOF[根据8分类]的26个患者。
另外,全新样品取自进行重症监护(下文记做:ITS对照)的18个患者。
参照样品是SID-M5细胞系的总RNA。
三组患者的所选特征见表2。信息包括年龄、性别以及作为器官系统功能的测量的SOFA评分。另外,也给出了血浆降钙素原(procalcitonine,PCT)和CRP的血浆蛋白水平以及患者的白细胞数量。
每一个患者样品在微阵列上与参照样品共杂交。
表2:患者组数据
ITS-对照 | 非感染性MOF | 感染性MOF | ||
患者数目 | 18 | 26 | 31 | |
性别m/f | 16/2 | 15/11 | 17/14 | |
年龄(年) | 65(15) | 69(10) | 60(17) | |
APACHE-II Score[点数 | 10*(2.8) | 14.9(3.4) | 14(10) | |
SOFA Score[点数] | 3.4*(1.7) | 8*(3) | 10*(3) | |
器官功能障碍的数目 | 3(1) | 3(1) | ||
PCT[ng/ml] | 0.56*(0.8) | 3.8(6.7) | 3.1(7.7) | |
CRP[μg/l] | 68.5*(27.5) | 80.2*(90.2) | 188*(168) | |
WBC[no/l] | 8,088*(3,554.2) | 12,300(6,925) | 13,200(8,150) |
*p<0.05
实验描述:
获取全血后,使用PAXGene Blood RNA试剂盒根据其操作手册(Qiagen)分离样品的总RNA。
细胞培养
19个低温细胞培养物(SIGM5) (冷冻于液氮)用于细胞培养。每一个细胞培养物用2ml添加20%肽牛血清(FCS)的Iscove’s培养液(Biocherom AG)培养。其后,细胞培养物在12孔板内在37°C、5%CO2条件下培养24小时。其后,18个孔的内容物以相同的体积分为2份,这样最终得到3个相同形式的板(总共36个孔)。然后,继续在相同条件下继续培养24小时。然后,每个板的11个孔的所得培养物混合并且离心(1000 x g,5分钟,环境温度)。去除上清,细胞沉淀用40ml上述培养液溶解。该40ml的溶解细胞平均分到2个250ml的烧杯内,再添加5ml上述培养液后培养。所剩2个板上各自所剩的2ml培养液中取80μl,置于同一个板的空白孔中,该孔在之前已经添加1ml上述培养液。培养48小时后,只取12孔板中的一个进行如下步骤:每空中取出500μl并混合。所得的6ml培养液添加到一个含有大约10ml新鲜培养液的250ml烧杯中。混合物在环境温度以1000xg离心5分钟,再溶解到10ml上述培养液中。通过随后的细胞计数得到下述结果:1.5×107个细胞/ml,共10ml,细胞总数是:1.5×108个。由于细胞数量还不够,将2.5ml上述细胞悬液添加到含30ml的上述培养液的250ml(75cm2)烧杯(共4个烧杯)中。培养72小时后,每一个烧杯中添加20ml的新鲜培养液。再培养24小时后,如上所述对细胞计数。细胞总数为3.8x108个。为得到希望的2×106个细胞数量,在4个烧杯中用47.5ml上述培养液重悬细胞。再培养24小时后,细胞离心并用无Ca2+和Mg2+的磷酸缓冲液(Biochrom AG)洗涤2次。
按照操作手册使用NucleoSpin RNA L试剂盒(Machery&Nagel)分离总RNA。重复上述的步骤直到获得需要量的细胞。这对于获得所需要的6mg总RNA是必须的,该量等效于600μgRNA/108个细胞。
反转录/标记/杂交
获取全血后,使用PAXGene Blood RNA试剂盒(PreAnalytX)根据其操作手册分离样品的总RNA并测试以定性。每一个样品中取10μg总RNA并与SIGM5细胞来源的10μg总RNA作为参照RNA一起,使用反转录酶Superscript II(Invitrogen)转录成互补DNA(cDNA)。其后,通过碱性水解从混合物中去除RNA。在反应混合物中,一部分dTTP用氨基化dUTP(AA-dUTP)替换以促成荧光染料在稍后时连接到cDNA上。
对反应混合物纯化后,样品和对照的eDNA使用荧光燃料Alexa 647和Alexa 555共价标记,并在SIRS-Lab公司的微阵列上杂交。所使用的微阵列上,固化了5308个具有55到70个碱基对长度的不同多核苷酸。每一个核苷酸代表了一个人类基因。另外,其上还有对照点用于质量验证。一个微阵列被分为28个亚阵列,每一个亚阵列上安置了15×15个点的格栅。
杂交和随后的洗涤和染色分别使用杂交工作站HS 400(Tecan)按照操作手册在42℃进行10.5小时。所使用的杂交溶液的组成是标记的cDNA样品、3.5xSSC(1xSSC包括150mM氯化钠和15mM柠檬酸钠)、0.3%十二烷基硫酸钠(v/v)、25%甲酰胺和0.8μg/μl cot-1DNA、酵母t-RNA和poly-A RNA。随后对微阵列的洗涤在环境温度下根据以下方案进行:使用洗涤缓冲液1(2xSSC,0.03%十二烷基硫酸钠)、洗涤缓冲液2(1xSSC)和最终洗涤缓冲液3(0.2xSSC)冲洗90秒。其后,微阵列在氮气流大于2.5bar压力、30℃下干燥150秒以上。
处理过的微阵列的杂交信号再使用GenePix 4000B(Axon)扫描仪读取,不同表达基因的表达率通过GenePix Pro 4.0(Axon)软件测定。
评估:
对于分析,一个点的平均强度作为相应点像素的中值。
系统偏差的矫正:
根据Huber等[34]的方法对系统偏差进行矫正。根据此方法,一个微阵列上的加法和乘法偏倚根据70%基因样品来估算。为进一步的计算,通过正弦双曲线(arcus sinus hyperbolicus)转换信号。
为了分析,患者样品信号的标注化、转化了的信号相对比率相对于对照样品进行计算。这即是患者n的基因j的计算得到数据为Gj,n=arcsinh(Scy5(j,n))-arcsinh(Scy3(j,n)),其中[SCy3(j,n),SCy5(j,n)]是相联系的信号对。当代表一个患者的一个点不能被分析时(例如,扫描图片污染),相关的数值被标记为“丢失数据”。
统计比较:
对每一个基因使用成对的随机学生检验(random student test)作为比较。两个随机样品都分别含有非感染性MOF和感染性MOF患者组的数值。为选择出差异表达的基因,计算相关P值和丢失数据的数量。适用于所选基因的相关P值小于0.05的组。
表3:与非感染性MOF的患者基因活性相比,感染性MOF患者样品中基因活性明显升高。
GenBank序号 | p-值 | 平均标准化的转化了的表达数值 | 标准差 | 序列号 | ||
非感染性MOF患者组 | 感染性MOF患者组 | 非感染性MOF患者组 | 感染性MOF患者组 | |||
N32857 | 0.00 | -2.99 | 0.20 | 1.42 | 2.78 | 1 |
N32853 | 0.00 | -0.85 | 1.60 | 2.15 | 2.89 | 2 |
N32495 | 0.00 | -2.38 | -0.56 | 1.37 | 0.40 | 3 |
AI701 077 | 0.01 | -0.33 | 1.46 | 0.17 | 3.08 | 4 |
M87790 | 0.00 | 1.18 | 2.93 | 1.13 | 1.24 | 5 |
AI55931 7 | 0.01 | 0.20 | 1.83 | 0.54 | 2.60 | 6 |
N34897 | 0.00 | -2.60 | -1.05 | 1.61 | 0.54 | 7 |
AA907084 | 0.02 | 0.53 | 1.94 | 0.49 | 2.58 | 8 |
N45223 | 0.00 | -2.88 | -1.54 | 1.24 | 0.57 | 9 |
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AI791500 | 0.02 | 0.16 | 0.34 | 0.18 | 0.31 | 545 |
T91881 | 0.00 | -0.26 | -0.08 | 0.18 | 0.23 | 546 |
AI149857 | 0.02 | -0.06 | 0.12 | 0.18 | 0.30 | 547 |
AI370842 | 0.04 | 0.11 | 0.29 | 0.31 | 0.30 | 548 |
AA401205 | 0.00 | -0.13 | 0.05 | 0.18 | 0.19 | 549 |
AA453267 | 0.02 | -0.03 | 0.15 | 0.26 | 0.28 | 550 |
R88475 | 0.00 | -0.35 | -0.17 | 0.18 | 0.20 | 551 |
AI864919 | 0 01 | -0.38 | -0.20 | 0.19 | 0.25 | 552 |
NM_002169 | 0.04 | -0.24 | -0.07 | 0.33 | 0.27 | 553 |
R46801 | 0.05 | 0.27 | 0.44 | 0.35 | 0.27 | 554 |
AI277856 | 0.02 | -0.12 | 0.06 | 0.22 | 0.27 | 555 |
H22921 | 0.00 | -0.33 | -0.15 | 0.19 | 0.22 | 556 |
AI763386 | 0.03 | -0.37 | -0.20 | 0.30 | 0.27 | 557 |
N78812 | 0.01 | -0.23 | -0.06 | 0.25 | 0.20 | 558 |
H83981 | 0.04 | 0.04 | 0.22 | 0.28 | 0.30 | 559 |
AA029887 | 0.00 | -0.40 | -0.22 | 0.19 | 0.21 | 560 |
AI192112 | 0.00 | -0.11 | 0.06 | 0.15 | 0.24 | 561 |
W88960 | 0.01 | 0.10 | 0.28 | 0.21 | 0.24 | 562 |
W80744 | 0.00 | -0.25 | -0.08 | 0.15 | 0.21 | 563 |
AI521 577 | 0.01 | -0.31 | -0.13 | 0.18 | 0.23 | 564 |
AA418572 | 0.01 | -0.13 | 0.05 | 0.17 | 0.25 | 565 |
N73510 | 0.00 | -0.38 | -0.21 | 0.17 | 0.22 | 566 |
AI631299 | 0.03 | -0.16 | 0.01 | 0.24 | 0.29 | 567 |
XM_012717 | 0.00 | -0.44 | -0.27 | 0.18 | 0.17 | 568 |
NM_000590 | 0.03 | 0.32 | 0.50 | 0.23 | 0.29 | 569 |
AI381910 | 0.01 | -0.04 | 0.13 | 0.21 | 0.23 | 570 |
R87714 | 0.04 | -0.18 | -0.01 | 0.33 | 0.23 | 571 |
AA609628 | 0.00 | -0.36 | -0.19 | 0.17 | 0.19 | 572 |
AA634317 | 0.03 | 0.19 | 0.36 | 0.27 | 0.28 | 573 |
AI214830 | 0.04 | -0.27 | -0.10 | 0.23 | 0.32 | 574 |
AI203201 | 0.04 | -0.26 | -0.09 | 0.26 | 0.29 | 575 |
AI924806 | 0.00 | -0.29 | -0.12 | 0.20 | 0.18 | 576 |
AA701319 | 0.02 | -0.07 | 0.10 | 0.22 | 0.28 | 577 |
N63628 | 0.03 | -0.26 | -0.09 | 0.26 | 0.27 | 578 |
R02742 | 0.04 | -0.17 | -0.01 | 0.32 | 0.25 | 579 |
H07860 | 0.02 | -0.03 | 0.13 | 0.26 | 0.24 | 580 |
H77534 | 0.02 | -0.35 | -0.18 | 0.32 | 0.20 | 581 |
AI208537 | 0.02 | -0.21 | -0.04 | 0.34 | 0.17 | 582 |
AI184715 | 0.01 | -0.03 | 0.13 | 0.23 | 0.20 | 583 |
R05816 | 0.00 | -0.27 | -0.10 | 0.19 | 0.20 | 584 |
AA961252 | 0.04 | -0.14 | 0.02 | 0.26 | 0.31 | 585 |
AI801425 | 0.00 | -0.2 | -0.04 | 0.22 | 0.17 | 586 |
AA477776 | 0.01 | -0.0 | 0.16 | 0.21 | 0.20 | 587 |
R06585 | 0.01 | -0.40 | -0.23 | 0.18 | 0.21 | 588 |
AA405788 | 0.01 | -0.36 | -0.19 | 0.15 | 0.25 | 589 |
R06107 | 0.01 | -0.23 | -0.07 | 0.24 | 0.19 | 590 |
AA923316 | 0.00 | -0.20 | -0.04 | 0.15 | 0.19 | 591 |
AI421397 | 0.02 | -0.02 | 0.14 | 0.19 | 0.26 | 592 |
NM_006881 | 0.01 | -0.40 | -0.24 | 0.20 | 0.23 | 593 |
R43415 | 0.00 | -0.24 | -0.08 | 0.14 | 0.19 | 594 |
H11495 | 0.01 | -0.29 | -0.12 | 0.26 | 0.13 | 595 |
AI208772 | 0.04 | -0.23 | -0.07 | 0.29 | 0.27 | 596 |
AA479784 | 0.03 | -0.06 | 0.10 | 0.29 | 0.24 | 597 |
AA485092 | 0.00 | -0.36 | -0.20 | 0.16 | 0.20 | 598 |
AA664688 | 0.00 | -0.39 | -0.23 | 0.18 | 0.20 | 599 |
H48230 | 0.01 | -0.29 | -0.13 | 0.19 | 0.21 | 600 |
AI248075 | 0.02 | -0.12 | 0.04 | 0.25 | 0.22 | 601 |
AA418695 | 0.04 | -0.01 | 0.15 | 0.21 | 0.31 | 602 |
AI673731 | 0.01 | -0.41 | -0.25 | 0.16 | 0.22 | 603 |
XM_008948 | 0.03 | 0.10 | 0.26 | 0.26 | 0.26 | 604 |
AI301257 | 0.00 | -0.31 | -0.15 | 0.19 | 0.19 | 605 |
NM_003823 | 0.04 | -0.72 | -0.56 | 0.31 | 0.24 | 606 |
AI744264 | 0.01 | -0.14 | 0.02 | 0.16 | 0.22 | 607 |
AI809873 | 0.03 | -0.45 | -0.29 | 0.24 | 0.26 | 608 |
AI354243 | 0.01 | -0.34 | -0.18 | 0.17 | 0.21 | 609 |
NM_001553.1 | 0.04 | -0.15 | 0.01 | 0.27 | 0.27 | 610 |
W86575 | 0.02 | -0.34 | -0.18 | 0.23 | 0.24 | 611 |
AA442720 | 0.03 | -0.15 | 0.01 | 0.27 | 0.24 | 612 |
AA993597 | 0.03 | 0.17 | 0.33 | 0.26 | 0.24 | 613 |
AI433952 | 0.01 | -0.30 | -0.14 | 0.16 | 0.23 | 614 |
R56800 | 0.01 | -0.09 | 0.06 | 0.17 | 0.21 | 615 |
AA417031 | 0.01 | -0.21 | -0.06 | 0.19 | 0.23 | 616 |
R53961 | 0.04 | -0.45 | -0.29 | 0.28 | 0.25 | 617 |
T86887 | 0.00 | -0.23 | -0.08 | 0.13 | 0.20 | 618 |
AA705808 | 0.01 | -0.20 | -0.04 | 0.25 | 0.18 | 619 |
AA426451 | 0.00 | -0.28 | -0.13 | 0.16 | 0.19 | 620 |
H06263 | 0.00 | -0.28 | -0.12 | 0.14 | 0.17 | 621 |
AA659421 | 0.00 | -0.32 | -0.17 | 0.14 | 0.16 | 622 |
AI801595 | 0.00 | -0.28 | -0.13 | 0.16 | 0.19 | 623 |
AI672318 | 0.04 | -0.20 | -0.05 | 0.31 | 0.24 | 624 |
AI762019 | 0.01 | -0.25 | -0.09 | 0.19 | 0.21 | 625 |
N92873 | 0.02 | -0.11 | 0.05 | 0.28 | 0.19 | 626 |
NM_017442 | 0.04 | 0.08 | 0.23 | 0.28 | 0.25 | 627 |
H46164 | 0.03 | 0.03 | 0.18 | 0.21 | 0.27 | 628 |
T83946 | 0.01 | -0.29 | -0.14 | 0.20 | 0.21 | 629 |
AA868726 | 0.04 | -0.42 | -0.27 | 0.26 | 0.25 | 630 |
H88129 | 0.02 | -0.37 | -0.22 | 0.21 | 0.23 | 631 |
R88267 | 0.04 | -0.12 | 0.03 | 0.30 | 0.23 | 632 |
AI798545 | 0.01 | -0.32 | -0.17 | 0.17 | 0.19 | 633 |
N57775 | 0.02 | -0.14 | 0.01 | 0.22 | 0.22 | 634 |
AA425134 | 0.00 | -0.21 | -0.07 | 0.16 | 0.19 | 635 |
AI744807 | 0.01 | -0.59 | -0.44 | 0.20 | 0.22 | 636 |
AI702056 | 0.05 | -0.27 | -0.12 | 0.22 | 0.29 | 637 |
NM_000575 | 0.04 | -0.27 | -0 12 | 0.23 | 0.25 | 638 |
T98779 | 0.01 | -0.38 | -0.23 | 0.18 | 0.23 | 639 |
NM_000587 | 0.01 | -0.43 | -0.28 | 0.18 | 0.19 | 640 |
R92455 | 0.01 | -0.36 | -0.21 | 0.17 | 0.21 | 641 |
AI758473 | 0.01 | -0.36 | -0.21 | 0.18 | 0.22 | 642 |
AA398364 | 0.00 | -0.31 | -0.17 | 0.13 | 0.21 | 643 |
AI811774 | 0.05 | 0.20 | 0.35 | 0.23 | 0.27 | 644 |
AI299411 | 0.00 | -0.24 | -0.10 | 0.17 | 0.18 | 645 |
AA225138 | 0.00 | -0.26 | -0.11 | 0.12 | 0.17 | 646 |
AA418689 | 0.05 | 0.09 | 0.24 | 0.21 | 0.28 | 647 |
T77995 | 0.01 | -0.18 | -0.04 | 0.21 | 0.20 | 648 |
AA808788 | 0.04 | -0.33 | -0.18 | 0.18 | 0.25 | 649 |
AI677645 | 0.01 | -0.25 | -0.11 | 0.15 | 0.19 | 650 |
AA629306 | 0.04 | -0.07 | 0.07 | 0.26 | 0.24 | 651 |
AA749151 | 0.00 | -0.19 | -0.05 | 0.13 | 0.17 | 652 |
AI679294 | 0.01 | -0.41 | -0.27 | 0.19 | 0.19 | 653 |
R45611 | 0.02 | -0.24 | -0.10 | 0.16 | 0.24 | 654 |
NM_000588 | 0.05 | -0.18 | -0.04 | 0.29 | 0.22 | 655 |
H99483 | 0.01 | -0.29 | -0.15 | 0.16 | 0.22 | 656 |
AI679923 | 0.01 | -0.46 | -0.32 | 0.17 | 0.20 | 657 |
AI077580 | 0.05 | -0.04 | 0.10 | 0.27 | 0.23 | 658 |
D49410 | 0.01 | -0.31 | -0.17 | 0.19 | 0.19 | 659 |
AI692267 | 0.04 | -0.42 | -0.28 | 0.22 | 0.24 | 660 |
AI804001 | 0.02 | 0.00 | 0.14 | 0.19 | 0.23 | 661 |
T87188 | 0.01 | -0.32 | -0.18 | 0.19 | 0.19 | 662 |
AI368218 | 0.02 | -0.24 | -0.10 | 0.13 | 0.23 | 663 |
AI208749 | 0.02 | -0.02 | 0.11 | 0.22 | 0.19 | 664 |
H61046 | 0.02 | -0.21 | -0.07 | 0.18 | 0.22 | 665 |
NM_001330.1 | 0.01 | -0.05 | 0.08 | 0.19 | 0.20 | 666 |
XM_001322 | 0.01 | -0.33 | -0.19 | 0.18 | 0.17 | 667 |
NM_004195 | 0.04 | 0.23 | 0.37 | 0.16 | 0.27 | 668 |
AI285713 | 0.01 | -0.32 | -0.18 | 0.15 | 0.21 | 669 |
AA527369 | 0.00 | -0.13 | 0.00 | 0.15 | 0.16 | 670 |
AI350069 | 0.01 | -0.24 | -0.11 | 0.15 | 0.21 | 671 |
AI493975 | 0.01 | -0.24 | -0.10 | 0.18 | 0.16 | 672 |
AI355007 | 0.03 | -0.23 | -0.10 | 0.22 | 0.21 | 673 |
AA225239 | 0.04 | -0.40 | -0.26 | 0.21 | 0.25 | 674 |
AA001392 | 0.03 | -0.39 | -0.26 | 0.24 | 0.19 | 675 |
AI933797 | 0.02 | -0.28 | -0.15 | 0.22 | 0.18 | 676 |
R43065 | 0.01 | -0.21 | -0.08 | 0.16 | 0.18 | 677 |
AA478621 | 0.03 | -0.2 | -0.08 | 0.21 | 0.20 | 678 |
AA012850 | 0.03 | -0.32 | -0.19 | 0.17 | 0.22 | 679 |
AI925035 | 0.03 | -0.15 | -0.02 | 0.17 | 0.23 | 680 |
AA995218 | 0.03 | -0.22 | -0.09 | 0.19 | 0.21 | 681 |
AA897716 | 0.04 | -0.18 | -0.06 | 0.23 | 0.21 | 682 |
AA983987 | 0.02 | -0.28 | -0.15 | 0.18 | 0.18 | 683 |
AI762202 | 0.03 | -0.18 | -0.05 | 0.22 | 0.20 | 684 |
T95909 | 0.02 | -0.34 | -0.22 | 0.18 | 0.19 | 685 |
N22551 | 0.03 | -0.36 | -0.24 | 0.17 | 0.22 | 686 |
AI769053 | 0.03 | -0.28 | -0.15 | 0.15 | 0.22 | 687 |
AF039955 | 0.01 | -0.37 | -0.24 | 0.20 | 0.16 | 688 |
AI935874 | 0.02 | -0.26 | -0.14 | 0.16 | 0.20 | 689 |
AI570779 | 0.01 | -0.31 | -0.19 | 0.15 | 0.18 | 690 |
AI240539 | 0.01 | -0.22 | -0.09 | 0.17 | 0.18 | 691 |
H54423 | 0.03 | -0.32 | -0.20 | 0.16 | 0.22 | 692 |
AA460136 | 0.02 | -0.09 | 0.03 | 0.24 | 0.14 | 693 |
NM_033357 | 0.05 | -0.24 | -0.12 | 0.19 | 0.23 | 694 |
AI923479 | 0.04 | -0.30 | -0.18 | 0.20 | 0.22 | 695 |
H18944 | 0.04 | -0.42 | -0 30 | 0.21 | 0.19 | 696 |
NM_006509 | 0.03 | 0.01 | 0.13 | 0.12 | 0.23 | 697 |
AI865298 | 0.02 | -0.31 | -0.19 | 0.13 | 0 20 | 698 |
AI123502 | 0.04 | -0.36 | -0.24 | 0.17 | 0.22 | 699 |
AI885918 | 0.02 | -0.24 | -0.12 | 0.14 | 0.19 | 700 |
AA225023 | 0.02 | -0.33 | -0.21 | 0.12 | 0. 20 | 701 |
AA421020 | 0.04 | -0.25 | -0.13 | 0.19 | 0.21 | 702 |
AJ297560 | 0.05 | -0.29 | -0.17 | 0.21 | 0.20 | 703 |
N95217 | 0.02 | -0.30 | -0.19 | 0.12 | 0.19 | 704 |
AA526032 | 0.04 | -0.25 | -0.13 | 0. 20 | 0.19 | 705 |
AA496309 | 0.02 | -0.32 | -0.20 | 0.15 | 0.19 | 706 |
A1732958 | 0.03 | -0.22 | -0.11 | 0.18 | 0.18 | 707 |
AA410828 | 0.02 | -0.29 | -0.18 | 0.20 | 0.16 | 708 |
AA453993 | 0.02 | -0.30 | -0.19 | 0.18 | 0.16 | 709 |
R92993 | 0.02 | -0.26 | -0.15 | 0.12 | 0.19 | 710 |
NM_003921 | 0.04 | -0.23 | -0.13 | 0.20 | 0.18 | 711 |
AI379967 | 0.02 | -0.34 | -0.23 | 0.15 | 0.17 | 712 |
AI926656 | 0.04 | -0.26 | -0.15 | 0.18 | 0.19 | 713 |
AA935872 | 0.03 | -0.31 | -0.20 | 0.16 | 0.18 | 714 |
H08791 | 0.03 | -0.27 | -0.17 | 0.16 | 0.18 | 715 |
AI932884 | 0.03 | -0.31 | -0.21 | 0.16 | 0.18 | 716 |
AI926745 | 0.03 | -0.33 | -0.22 | 0.18 | 0.16 | 717 |
R99595 | 0.05 | -0.29 | -0.19 | 0.16 | 0.20 | 718 |
AI824579 | 0.03 | -0.31 | -0.21 | 0.13 | 0.18 | 719 |
AA427886 | 0.03 | -0.27 | -0.17 | 0.14 | 0.16 | 720 |
H42488 | 0.04 | -0.33 | -0.24 | 0.16 | 0.15 | 721 |
表4:与患非感染性MOF的患者基因活性相比,患感染性MOF患者样品中基因活性明显下降。
GenBank序号. | p-值 | 平均标准化和转换了的表达数值 | 标准差 | 序列号 | ||
患感染性MOF患者组 | 患非感染性MOF患者组 | 患感染性MOF患者组 | 患非感染性MOF患者组 | |||
NM_019111 | 0.00 | 1.41 | 0.2 | 0.73 | 0.56 | 722 |
N29761 | 0.00 | -0.25 | -1.35 | 0.61 | 0.92 | 723 |
NM_002124 | 0.00 | 1.60 | 0.54 | 0.62 | 0.52 | 724 |
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AA947111 | 0.02 | 0.07 | -0.09 | 0.17 | 0.27 | 1256 |
AI159796 | 0.04 | -0.13 | -0.28 | 0.20 | 0.28 | 1257 |
AF086537 | 0.05 | 0.15 | -0.01 | 0.32 | 0.24 | 1258 |
AI147932 | 0.00 | 0.13 | -0.03 | 0.23 | 0.16 | 1259 |
AA460956 | 0.04 | 0.11 | -0.04 | 0.30 | 0.24 | 1260 |
AA398249 | 0.03 | -0.11 | -0.27 | 0.23 | 0.26 | 1261 |
H08161 | 0.04 | -0.23 | -0.39 | 0.23 | 0.28 | 1262 |
AA281734 | 0.03 | -0.12 | -0.28 | 0.3 | 0.19 | 1263 |
AA628488 | 0.04 | -0.18 | -0.33 | 0.20 | 0.30 | 1264 |
AA430519 | 0.04 | -0.06 | -0.21 | 0.22 | 0.26 | 1265 |
AA468113 | 0.05 | -0.16 | -0.31 | 0.29 | 0.25 | 1266 |
AI424466 | 0.04 | 0.06 | -0.10 | 0.26 | 0.24 | 1267 |
AI190760 | 0.04 | 0.04 | -0.11 | 0.29 | 0.23 | 1268 |
N89992 | 0.01 | -0.06 | -0.21 | 0.23 | 0.18 | 1269 |
AA046092 | 0.01 | 0.10 | -0.05 | 0.16 | 0.21 | 1270 |
W35358 | 0.02 | 0.05 | -0.10 | 0.22 | 0.20 | 1271 |
AA398341 | 0.04 | -0.19 | -0.33 | 0.27 | 0.23 | 1272 |
H01969 | 0.05 | -0.09 | -0.24 | 0.32 | 0.20 | 1273 |
AA970008 | 0.05 | -0.34 | -0.48 | 0.32 | 0.21 | 1274 |
R89846 | 0.01 | 0.14 | -0.01 | 0.20 | 0.20 | 1275 |
H18639 | 0.04 | 0.13 | -0.02 | 0.26 | 0.24 | 1276 |
AI016342 | 0.02 | 0.02 | -0.12 | 0.18 | 0.22 | 1277 |
NM_002184 | 0.04 | -0.23 | -.0.37 | 0.17 | 0.28 | 1278 |
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AA019529 | 0.03 | -0.29 | -0.42 | 0.22 | 0.22 | 1286 |
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AI203665 | 0.02 | 0.11 | -0.02 | 0.22 | 0.18 | 1291 |
R74060 | 0.05 | -0.15 | -0.28 | 0.20 | 0.24 | 1292 |
AI185721 | 0.04 | -0.25 | -0.37 | 0.22 | 0.19 | 1293 |
AA437106 | 0.05 | 0.10 | -0.02 | 0.23 | 0.20 | 1294 |
NM_139208 | 0.04 | -0.07 | -0.18 | 0.22 | 0.20 | 1295 |
AI922221 | 0.05 | -0.02 | -0.14 | 0.20 | 0.20 | 1296 |
AA412418 | 0.05 | -0 26 | -0.37 | 0.19 | 0.18 | 1297 |
表3和4中显示的每一个序列的GenBnak序列号(互联网链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)与所附序列表相关联,每个序列都被逐一列出或者提供了详细信息(序列ID:1至系列ID:1297)。
而且,序列在所述处分别公开。
此序列表是本发明说明书的部分。
另外,这些序列在德国专利申请102004049897.0中公开,其通过引用纳入至本文内。
基因活性分类器概述(训练集)
基于所有测量的基因活性,基因活性分类器和选择规则通过MediPred软件(Biocontrol Jena GmbH)建立,其可以将基因表达模式分为感染性MOF和非感染性MOF类别(图2)。确定每个基因高表达和低表达的阈值(在图3中表示为Cmin和Cmax),并选出每个患者具有典型和增强基因表达行为的基因。
对未分类的基因表达谱的基因活性分类器的测试(检验集)
使用定义的选择规则检验确定的基因活性分类器,该规则基于ITS对照(56)、非感染性MOF的患者(75)和感染性MOF的患者的共190个未分类基因表达模式检验组,并通过临床数据验证。
为实现此目的,基因表达谱选自临床诊断为ITS对照或非感染性MOF或感染性MOF的患者。
在随后与训练集的比较中,如果发现待分类的表达模式是训练集且在由选择规则(以及同时应有选择的标准)定义的相应基因活性分类器的表达范围内,则待分类的表达模式被定为相应的类别。
表5显示了哪一个测试集属于哪一个类别。可看到,86%的ITS对照、80%非感染性多器官功能衰竭的患者以及63%感染性多器官功能衰竭的患者可以正确地分类到相应的类别中。
表5:190个基因表达谱分类到ITS对照、非感染性MOF和感染性MOF的百分比。
患者组 | ITS-对照 | 非感染性多器官功能衰竭 | 感染性多器官功能衰竭I | |
待分类的基因表达谱数量 | 56 | 75(与几天相对应的16个患者的多个表达谱) | 59(与几天相对应的35个患者的多个表达谱) | |
相应分类[%] | ITS-对照 | 86 | 4 | 14 |
非感染性多器官功能衰竭 | 13 | 80 | 16 | |
感染性多器官功能衰竭 | 2 | 16 | 63 |
这说明与选择标准相关联的基因表达分类器对本发明是有用的。
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Claims (8)
1.将患者分类为“未被感染且无多器官功能衰竭”、“非感染性多器官功能衰竭”或“感染性多器官功能衰竭”的基因活性标签,所述基因活性标签是多核苷酸,其选自如下组成的组:SEQ ID I.1、SEQ ID I.2、SEQID I.3、SEQ ID I.4、SEQ ID I.5、SEQ ID I.6、SEQ ID I.7、SEQ ID I.8和SEQ ID I.9或者它们的部分序列。
2.根据权利要求1所述的基因活性标签,其中所述部分序列的长度是5-2000个核苷酸,优选为20-2000个核苷酸,更优选为20-80个核苷酸。
3.根据权利要求1-2任一项所述的基因活性标签,其特征在于,
SEQ ID I.1的过表达和SEQ ID I.3的表达下调或者SEQ ID I.2的过表达和SEQ ID I.4的表达下调表明为“未被感染且无多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.3的过表达和SEQ ID I.6的表达下调或者SEQ ID I.4的过表达和SEQ ID I.5的表达下调表明为“非感染性多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.5的过表达和SEQ ID I.7的表达下调或者SEQ ID I.8的过表达和SEQ ID I.9的表达下调显示了“感染性多器官功能衰竭”的类别。
4.根据权利要求1-3任一项所述的基因活性标签,其特征在于,所述的多核苷酸序列或部分多核苷酸序列至少部分地被合成的类似物、适配子和/或肽核酸所替代。
5.分别对患有感染性多器官功能衰竭和非感染性多器官功能衰竭的患者进行分类的方法,其包括如下步骤:
从患者样品中分离mRNA;
使用可检测单元标记mRNA;
将标记的mRNA与权利要求1所述的基因活性标签相接触,由此在接触步骤后各基因活性标签彼此分开;
洗涤杂交的基因活性标签;
激活可检测单元从而释放信号;
读取每一个基因活性标签的杂交信号并且与健康患者的参照样品比较,其中:
SEQ ID I.1的过表达和SEQ ID I.3的表达下调或者SEQ ID I.2的过表达和
SEQ ID I.4的表达下调表明为“未被感染且无多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.3的过表达和SEQ ID I.6的表达下调或者SEQ ID I.4的过表达和
SEQ ID I.5的表达下调表明为“非感染性多器官功能衰竭”的类别;
SEQ ID I.5的过表达和SEQ ID I.7的表达下调或者SEQ ID I.8的过表达和
SEQ ID I.9的表达下调表明为“感染性多器官功能衰竭”的类别。
6.根据权利要求5的方法,其特征在于,患者样品包括体液,特别是血液、渗出液、尿、腹水、精液、唾液、穿刺液,细胞内容物或其混合物。
7.包含根据权利要求1-4任一项所述的基因活性标签的微阵列。
8.将患者分类为感染性多器官功能衰竭或非感染性多器官功能衰竭的仪器,其包括:
用于体外获得患者样品的样品制备模块;
用于将患者样品与来自基因活性分类器的基因活性探针杂交的模块;
读取杂交信号的模块;
对读取的杂交信号进行图形分析的模块;
能够与储存健康患者的基因活性分类器自动比较的模块;和
显示比较结果的模块。
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