CN101133165A

CN101133165A - 与ⅱ型糖尿病相关的单核苷酸多态性（snp）

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Publication number: CN101133165A
Application number: CNA2005800480084A
Authority: CN
Inventors: M·法哈姆; S·杰默; H·B·琼斯; M·L·马丁; M·E·摩尔海德; E·R·拉斯姆森; J·A·罗新斯基; D·拉加德; B·K·里斯
Original assignee: F Hoffmann La Roche AG
Current assignee: F Hoffmann La Roche AG
Priority date: 2004-12-13
Filing date: 2005-12-05
Publication date: 2008-02-27

Abstract

公开了Ⅱ型糖尿病与单核苷酸多态性和单元型的相关性。同样公开了在鉴定具有Ⅱ型糖尿病或发展成Ⅱ型糖尿病危险的那些患者中的诊断应用、以及治疗剂的发现和治疗方法。

Description

与Ⅱ型糖尿病相关的单核苷酸多态性（SNP）

糖尿病-碳水化合物利用减少并且脂类和蛋白质利用增加的代谢疾病-是由胰岛素完全或相对缺乏引起的。在许多严重的情况中，糖尿病的特征是慢性高血糖症、糖尿、水和电解质丧失、酮症酸中毒和昏迷。长期并发症包括神经病、视网膜病变、肾病、大血管和小血管的全面的变性改变以及对感染增加的易感性。糖尿病最普遍的形式是2型，即非胰岛素依赖性糖尿病，其特征为因胰岛素分泌受损和靶组织对胰岛素的抵抗所产生的高血糖症。遗传和环境因素都促成了此疾病。例如，肥胖症在疾病发展中起到主要作用。2型糖尿病通常是逐渐发作糖尿病的温和形式。

2型糖尿病所涉健康问题是巨大的。1995年中，世界范围内有1.35亿成人患糖尿病。据估计在2025年将有接近3亿人患有糖尿病(King H.，等人，Diabetes Care，21(9)：1414-1431(1998))。

已经表明，2型糖尿病具有强的家族性传递：40％的患2型糖尿病的单卵双生对也有一个或几个一级亲属患有此疾病。Barnett等人20Diabetologia 87-93(1981)。在Pima印第安人中，对于双亲之一患糖尿病的儿童，患糖尿病的相对危险增加了2倍，而当双亲都患有糖尿病时，相对危险增加了6倍。Knowler，W.C，等人Genetic Susceptibility toEnvironmental Factors。A Challenge for Public Intervention 67-74(Almquist & Wiksele International：Stockholm，1988)。观察到一致患有2型糖尿病的单卵双生双胞胎超过了90％，相比而言，一致患有I型糖尿病的单卵双生双胞胎为大约50％。Barnett，A.H.，等人20(2)Diabetologia87-93(1981)。口服葡糖耐量测试表明，双胞胎一方为2型糖尿病患者的非糖尿病的另一方具有减少的胰岛素分泌和减少的葡糖耐量。Barnett，A.H.，等人282Brit.Med.J.1656-1658(1981)。

疾病的广泛流行和感染群体的增加表明，需要限定参与2型糖尿病的遗传因素和精确限定相关危险因素。同样需要鉴定2型糖尿病发展倾向的诊断测定法以及预防和治疗疾病的治疗剂。

在本文中，将在群体(天然群体或合成群体，例如合成分子文库)中其上可能存在多于一种序列的核酸序列称作“多态位点”。多态位点可以允许序列基于取代、插入或缺失而存在差异。此类取代、插入或缺失可导致移码、产生过早终止密码子、多核苷酸所编码的一个或多个氨基酸的缺失或添加、改变剪接位点，以及影响mRNA的转运或稳定性。当多肽位点长度为单独一个核苷酸时，将位点称作单核苷酸多态性(“SNP”)。

SNP是造成疾病易感性和药物反应差异的最普遍的遗传变异形式。SNP可以直接促成许多表型终点如患者间的疾病危险或药物反应差异，或者更普遍地作为所述表型终点的标记。

对这些遗传因素的鉴定可以产生用来鉴定具有发展某些疾病倾向的个体的诊断方法、试剂和试剂盒。

本发明涉及鉴定使个体偏向于糖尿病的遗传因素，集中于鉴定候选基因并且特别是具有可用于诊断和治疗介入的单核苷酸多态性(“SNP”)的基因核酸片段。

在某些实施方案中，本发明提供了包含位于选自序列标识号(“SEQ.ID.NO.”)1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP的分离多核苷酸，以及载体、重组宿主细胞、转基因动物和包含此类多核苷酸的组合物。本发明还提供了通过检测一种或多种2型糖尿病相关危险SNP等位基因来诊断个体对2型糖尿病的易感性的方法。另外，本发明提供了通过检测一种或多种2型糖尿病相关单元型来诊断个体对2型糖尿病的易感性的方法。

本发明同样涉及鉴定改变病程的试剂的方法以及试剂本身和包含这些试剂的药物组合物。

图1A-1F(总称为“图1”)显示了SEQ.ID.NO.：1-92，以及在每个序列中以括号指示的SNP。在另一列中显示了与2型糖尿病相关的每个SNP的等位基因。

图2A-2KK(本文中总称为“图2”)显示了2型糖尿病相关单元型。

图3A-3B(本文中总称为“图3”)显示了根据等位基因卡方相关性检验对于图1中每个SNP所鉴定的每个危险等位基因与2型糖尿病相关性如何(显著性p≤0.05)。

图4显示了根据基因型卡方相关性检验对于图1中每个SNP所鉴定的每个危险等位基因与2型糖尿病相关性如何(显著性p≤0.05)。

图5显示了根据对于隐形作用的卡方相关性检验对于图1中每个SNP所鉴定的每个危险等位基因与2型糖尿病相关如何(显著性p≤0.05)。

图6A-6B(本文中总称为“图6”)提供了使用等位基因相关性、基因型相关性和/或隐性作用的卡方检验发现的2型糖尿病相关SNP的总结。

单核苷酸多态性——人基因组中最频繁的DNA序列变异——在广泛的生物学和生物医学应用中具有越来越多的重要性。将SNP用来探索人类群体的进化历史和分析法医样品。SNP还在遗传分析中起到主要作用。另外，药物遗传学利用这些DNA变异来阐明作为不同药物疗效或不利事件基础的遗传因素。最终，希望SNP帮助鉴别参与复杂疾病的基因。

本发明涉及鉴定明确鉴别的与2型糖尿病表型相关的具体基因座和单核苷酸多态性(SNP)。因此，可以在疾病症状存在前对此类个体加以干预，例如饮食改变、锻炼和/或药物治疗。对涉及2型糖尿病基因座的基因的鉴定可以更好地了解疾病过程，反过来其可以改进诊断和治疗。

分析了被认为涉及2型糖尿病的基因来鉴定SNP。随后在糖尿病人和相匹配对照中对包含SNP的核酸序列进行基因分型。之后在对照和糖尿病群体分析中开展统计学分析来发现与2型糖尿病的相关性。在分析了186个基因中的1,769个SNP后，发现某些SNP与2型糖尿病统计学相关(p≤0.05).

术语“SNP”是指基因组中特定位置上的在个体群体间可变的单核苷酸多态性。如本文所使用，可以通过其名称或通过特定序列中的位置来确定SNP。在图1的SEQ.ID.NO.中标识的SNP以括号指示。例如图1的SEQ.ID.NO.：1中的SNP“[G/A]”是指序列中的该位置上核苷酸碱基(或等位基因)可以是鸟嘌呤或腺嘌呤。图1中与2型糖尿病相关的等位基因(例如SEQ.ID.NO.：1中的鸟嘌呤)指示在另一列中。对于图1中的每个SEQ.ID.NO.，与SNP侧翼相接的核苷酸是用来鉴别基因组中SNP位置的侧翼序列。

如本文所使用，本发明SEQ.ID.NO.公开的核苷酸序列包括所述核苷酸序列的互补序列。另外，如本文所使用，术语“SNP”包括一组等位基因中的任何等位基因。

术语“等位基因”是指定义了SNP的一组核苷酸中的具体核苷酸。

术语“次要等位基因”是指在个体群体中比主要等位基因发生频率少的SNP的等位基因。

术语“主要等位基因”是指在个体群体中比次要等位基因发生频率多的SNP的等位基因。

术语“危险等位基因”是指与2型糖尿病相关的等位基因。图1和图3-5显示了多个本发明的危险基因。

术语“单元型”是指来自两个或多个SNP的特定等位基因的组合。

术语“危险单元型”是指与2型糖尿病相关的单元型。图2显示了多个本发明的危险单元型。

术语“多核苷酸”是指任何长度的核苷酸聚合形式。多核苷酸可以包含脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或其类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构，包括单链、双链和三股螺旋分子结构，并且可以行使任何已知的或未知的功能。下列是多核苷酸非限制性实施方案：基因或基因片段、外显子、内含子、mRNA、tRNA、rRNA、短干扰核酸分子(siRNA)、核酶、cDNA、重组多核苷酸、支链多核苷酸、质粒、载体、任何序列分离的DNA、任何序列分离的RNA、核酸探针和引物。多核苷酸还可以包括修饰的核酸分子如甲基化核酸分子和核酸分子类似物。

“基本分离的”或“分离的”多核苷酸是基本上无其天然结合序列的多核苷酸。“基本上无”意思是至少50％、至少70％，至少80％或至少90％无其天然结合材料。“分离的多核苷酸”还包括重组多核苷酸，其由于来源或操作：(1)不与其天然结合的所有或部分多核苷酸结合，(2)连接至除其天然连接多核苷酸以外的多核苷酸上，或(3)不天然存在。

术语“严格条件杂交”意图描述这样的杂交和洗涤条件，即在该条件下彼此至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％同一性的核苷酸序列通常仍然彼此杂交。此类严格条件是本领域技术人员已知的并且可以在Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley &Sons，N.Y(1989)，6.3.1-6.3.6中找到。严格杂交条件的非限制性实例是在6×氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中于大约45℃杂交，随后通过在0.2×SSC、0.1％SDS中于50-65℃洗涤一次或多次。

术语“载体”是指携带所插入DNA并且在宿主细胞中延续的DNA分子。载体也称为克隆载体、克隆媒介物或媒介物。术语“载体”包括主要行使将核酸分子插入至细胞中的功能的载体、主要行使核酸复制功能的复制载体，以及主要行使DNA或RNA转录和/或翻译功能的表达载体。还包括提供一种以上上述功能的载体。

“宿主细胞”包括可以作为或已经作为载体受体或用于掺入核酸分子和/或蛋白质的受体的单个细胞或细胞培养物。宿主细胞包括单宿主细胞的子代，并且由于天然、偶然或故意的突变，后代(在形态或在总DNA互补序列中)可以不必与原始亲本完全相同。宿主细胞包括用本发明多核苷酸转染的细胞。“分离的宿主细胞”是与其来源生物物理性分离的细胞。

术语“个体”、“宿主”和“受试者”在本文中互换使用，是指脊椎动物，优选是哺乳动物，更优选是人。

术语“转化”、“转染”和“基因转化”在本文中互换使用，是指向宿主细胞中插入或引入外源多核苷酸，而不管插入方法如何，例如脂质转染法、转导、感染、电穿孔、CaPO₄沉淀、DEAE-葡聚糖、颗粒轰击等。外源多核苷酸可以作为不整合载体(例如质粒)维持，或备选地整合至宿主细胞基因组中。基因转化可以是瞬时的或稳定的。

除非另外说明，本发明使用了在本领域技术范围内的分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术。

如本文所使用，任何术语的单数形式可以可选地包括复数形式，并且反之亦然。

本文引用的所有公开和参考文献以其全文引用作为参考，用于任何目的。

本发明提供了包含位于序列中的SNP的分离的多核苷酸，所述序列选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列；其中SNP的特定等位基因(特定核苷酸碱基)的存在指示着具有发展成2型糖尿病的倾向或者另外可以用来鉴定2型糖尿病。在一个实施方案中，多核苷酸选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列。在另一实施方案中，多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的至少一部分。

本发明还涉及包含位于序列中的SNP的分离的多核苷酸，所述序列选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列，所述分离的多核苷酸与测试样品中存在的核苷酸序列杂交、与之互补或部分互补。在一个实施方案中，分离的多核苷酸选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列，所述分离的多核苷酸与测试样品中存在的核苷酸序列杂交、与之互补或部分互补。在另一实施方案中中，分离的多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的至少一部分，所述分离的多核苷酸与测试样品中存在的核苷酸序列杂交、与之互补或部分互补。

本发明还提供了分离的多核苷酸，其包含选自指示着发展成2型糖尿病倾向的在图2中所鉴定单元型的一种或多种单元型。

另外，本发明的多核苷酸可以使用标准分子生物学技术和本文提供的序列信息来分离。使用选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的全部或部分，可以使用标准杂交或克隆技术来分离多核苷酸(例如在Sambrook等人，编著，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第2版，Cold Spring HarborLaboratory，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y，1989中描述的)。

根据标准PCR扩增技术，可以使用cDNA、mRNA或基因组DNA作为模板以及适当的寡核苷酸引物扩增多核苷酸。可以将如此扩增的多核苷酸克隆至适当的载体中并且通过DNA序列分析来描述特征。另外，对应于全部或部分多核苷酸的寡核苷酸可以通过标准合成技术(例如使用自动DNA合成仪)来制备。

基于本发明多核苷酸序列的探针可以用来检测转录物或基因组序列。探针可以包含连接至其上的标记基团，例如放射性同位素、荧光化合物、酶或酶的辅因子。此类探针可以用作诊断测试试剂盒的一部分，用于鉴定不表达蛋白质的细胞或组织，例如通过测量来自受试者的细胞样品中编码蛋白质的核酸分子水平，例如检测mRNA水平或确定编码蛋白质的基因是否已经被突变或缺失。

在某些实施方案中，本发明还提供了多核苷酸所编码的多肽，其中多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP。在一个实施方案中，多肽由多核苷酸编码，其中多核苷酸选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列。在另一个实施方案中，多肽由多核苷酸编码，其中多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的至少一部分。同样涉及结合此类多肽的抗体。

本发明还提供了多核苷酸编码的多肽，其中多核苷酸包含选自图2中鉴定的单元型的单元型。

在某些实施方案中，本发明还提供了这样的载体，其包含图2中所鉴定单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，其与调节序列有效连接。在一个实施方案中，载体包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列，其与调节序列有效连接。在另一实施方案中，载体包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的至少一部分，其与调节序列有效连接。

在某些实施方案中，本发明还提供了包含此类载体的重组宿主细胞。在某些实施方案中，本发明还提供了产生多核苷酸所编码多肽的方法，其中多核苷酸包含图2中所鉴定单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，所述方法包括在适合于表达的条件下培养包含此类多核苷酸的重组宿主细胞。在一个实施方案中，多肽通过在适合于表达的条件下培养包含多核苷酸的重组宿主细胞来产生，其中多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列。在另一实施方案中，多肽通过在适合于表达的条件下培养包含多核苷酸的重组宿主细胞来产生，其中多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的一部分。

本发明另外涉及包含多核苷酸的转基因动物，所述多核苷酸包含图2中所鉴定单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP。在一个实施方案中，转基因动物包含多核苷酸，所述多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列。在另一实施方案中，转基因动物包含多核苷酸，所述多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的至少一部分。

在另外的实施方案中，涉及包含本发明多核苷酸、蛋白质、抗体、载体和/或宿主细胞的组合物和试剂盒。

本发明的一项应用包括预测具有发展成2型糖尿病高度危险的群体。定义了对2型糖尿病有作用的遗传因素的诊断测试可以与已知临床危险因素一起或单独用来定义个体相对于一般群体的危险性。鉴定有2型糖尿病危险的那些个体的方法应当产生更佳的预防和治疗方案，包括对现有临床危险因素的更积极的处理。在某些实施方案中，本发明包括诊断个体对2型糖尿病易感性的方法，包括检测具体基因或基因区段的核酸中的多态性，其中核酸中多态性的存在指示着对2型糖尿病的易感性。

在某些实施方案中，本发明包括诊断个体2型糖尿病或对2型糖尿病易感性的方法，其包括确定SEQ.ID.NO.1-92中所包含的和在图1中所显示的SNP的特定等位基因的存在与否。在本发明一方面中，方法包括筛选在图1中显示的与2型糖尿病相关的一种危险等位基因。

因此，在某些实施方案中，本发明提供了诊断或确定个体对2型糖尿病的易感性的方法，或筛选对2型糖尿病易感的个体的方法，其包括检测与2型糖尿病相关的SNP危险等位基因，其中SNP位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：23或SEQ ID NO：23的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：32或SEQ IDNO：32的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：35或SEQID NO：35的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：40或SEQ ID NO：40的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ IDNO：41或SEQ ID NO：41的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQID NO：17或SEQ ID NO：17的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：36的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：74或SEQ ID NO：74的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：62或SEQ ID NO：62的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：10的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：11的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：8的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：54或SEQ ID NO：54的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：65或SEQ ID NO：65的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：9或SEQ IDNO：9的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：67或SEQID NO：67的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：4或SEQ ID NO：4的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：91或SEQ ID NO：91的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ IDNO：92或SEQ ID NO：92的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：68的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：69或SEQ ID NO：69的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：7的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：20或SEQ ID NO：20的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：16或SEQ ID NO：16的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：31或SEQ ID NO：31的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：42或SEQID NO：42的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：39的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：53的互补序列中。在某些实施方案中，SNP位于SEQID NO：38或SEQ ID NO：38的互补序列中。

在一个实施方案中，本发明提供了检测样品中多核苷酸存在的方法，所述样品包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，其中方法包括在适合于杂交的条件下，使样品与包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列(或序列的部分)的分离的多核苷酸接触，并且评估杂交是否在样品中的多核苷酸和分离的多核苷酸之间发生；其中如果杂交发生，则包含与2型糖尿病相关(或不相关)的SNP的特定等位基因的某些多核苷酸存在于样品中。在上述方法的某些实施方案中，分离的多核苷酸与样品中存在的多核苷酸完全互补。在上述方法的另一实施方案中，分离的多核苷酸与样品中存在的多核苷酸部分互补。在另一实施方案中，分离的多核苷酸与样品中存在的多核苷酸至少80％相同并且能够选择性杂交至所述多核苷酸上。根据需要，可以使用本领域已知方法对存在于样品中存在的多核苷酸进行扩增。

本发明另外提供了测定样品中第一多核苷酸存在的方法，所述第一多核苷酸与第二多核苷酸的一部分至少部分互补，其中第二多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列，所述方法包括：a)在适合于杂交的条件下将所述样品与所述第二多核苷酸接触，以及，以及b)评估在所述第一和所述第二多核苷酸之间是否发生杂交，其中如果杂交发生，则所述第一多核苷酸存在于所述样品中。在上文所述方法的一个实施方案中，所述第一多核苷酸的存在指示着具有2型糖尿病或发展成2型糖尿病的倾向。在所述方法的另一实施方案中，所述第二多核苷酸与所述第一多核苷酸序列的一部分完全互补。在另一实施方案中，所述方法另外包括扩增至少部分的所述第一多核苷酸。在另一实施方案中，所述第二多核苷酸长度为99个核苷酸或更少并且是：(a)与所述第一多核苷酸中的连续核苷酸序列有至少80％同一性或(b)能够与所述第一多核苷酸选择性杂交。

本发明同样涉及了测定样品中多核苷酸所编码的与2型糖尿病相关的多肽存在的方法，其中多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的、与2型糖尿病相关的SNP的等位基因，该方法包括使样品与特异性结合至所述多肽的抗体接触。在一个实施方案中，在样品中多核苷酸(包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列)所编码的与2型糖尿病相关多肽的存在是通过使样品接触特异性结合至所述多肽的抗体来测定的。在另一实施方案中，在样品中多核苷酸(包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列的至少一部分)所编码的与2型糖尿病相关的多肽的存在是通过使样品接触特异性结合至所述多肽的抗体来测定的。

本发明还包括用于测定样品中第一多核苷酸存在的试剂，所述第一多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，所述试剂包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸含有与第一多核苷酸序列的一部分至少部分互补的连续核苷酸序列。在所述试剂的一个实施方案中，所述第二多核苷酸与第一多核苷酸的一部分完全互补。

本发明还包括用于测定样品中第一多核苷酸存在的试剂盒，所述第一多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，所述试剂盒在分开的容器中包含：a)一种或多种标记的第二多核苷酸，其包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列；以及b)用于检测所述标记的试剂。

在另一实施方案中，涉及包含多核苷酸的试剂盒，其可以用来测定样品中包含与2型糖尿病相关(或不相关)的SNP的等位基因的多核苷酸的存在，所述SNP位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中。还涉及包含用于测定样品中与2型糖尿病相关(或不相关)蛋白质存在的抗体的试剂盒，所述蛋白质是由包含与2型糖尿病相关(或不相关)的SNP的等位基因的多核苷酸所编码的。

诊断个体对2型糖尿病易感性的其它方法包括确定对照样品中多肽的表达或组成，所述多肽是由包含与2型糖尿病不相关的SNP的等位基因的多核苷酸所编码的，并且将其表达或组成与测试样品中多肽的表达或组成比较，所述测试样品中多肽是由同一多核苷酸(只是包含与2型糖尿病相关的SNP的等位基因)所编码的，其中与对照样品相比，测试样品中多肽表达或组成变化的存在指示着对2型糖尿病的易感性。

在某些实施方案中，本发明还涉及诊断个体2型糖尿病或对2型糖尿病易感性的方法，其包括确定个体中某些单元型的存在与否。在本发明的一方面中，方法包括筛选在图2中显示的危险单元型之一。因此，本发明包括诊断个体对2型糖尿病易感性的方法，或筛选具有对2型糖尿病易感性的个体的方法，包括检测选自图2中所显示单元型的与2型糖尿病相关的单元型。

单元型的存在与否可以通过多种方法确定，包括，例如使用来自个体的核酸的酶促扩增、电泳分析、限制性片段长度多态性分析和/或序列分析。

还包括诊断个体对2型糖尿病易感性的方法，或用于筛选对2型糖尿病有易感性的个体的方法，其包括a)从所述个体得到多核苷酸样品；以及b)分析多核苷酸样品中单元型(包含在图2中显示的单元型)的存在与否，其中单元型的存在对应于对2型糖尿病的易感性。

在某些实施方案中，提供了确定或诊断个体对2型糖尿病易感性的方法，其包括检测在图1或2中鉴定的多种SNP。在某些实施方案中，确定个体对2型糖尿病易感性的方法包括检测在SEQ.ID.NO.：23、32、35、40、41、17和/或36中所确定的多种SNP。在另一实施方案中，确定个体对2型糖尿病易感性的方法包括检测在SEQ.ID.NO.：74、62、10、11、8和/或54中鉴定的多种SNP。在另一实施方案中，确定个体对2型糖尿病易感性的方法包括检测在SEQ.ID.NO.：65、9、67、4、91、92、68和/或69中鉴定的多种SNP。在另一实施方案中，确定个体对2型糖尿病易感性的方法包括检测在SEQ.ID.NO.：7、20、16、31、42、39、53和/或38中鉴定的多种SNP。在某些实施方案中，包含图1中的一个或多个危险等位基因的样品中第一多核苷酸的存在是通过使样品接触与所述第一多核苷酸互补的探针多核苷酸来测定的。

在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：23或SEQ IDNO：23的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：32的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：35或SEQ ID NO：35的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：40或SEQ ID NO：40的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：41或SEQ ID NO：41的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：17或SEQ ID NO：17的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：36的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQID NO：74或SEQ ID NO：74的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：62或SEQ ID NO：62的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：10的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：11的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：8或SEQID NO：8的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：54或SEQ ID NO：54的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：65或SEQ ID NO：65的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：9的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：67或SEQ ID NO：67的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：4或SEQ ID NO：4的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：91或SEQ ID NO：91的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQID NO：92或SEQ ID NO：92的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：68的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：69或SEQ ID NO：69的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：7的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：20或SEQ IDNO：20的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：16或SEQ ID NO：16的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：31或SEQ ID NO：31的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：42或SEQ ID NO：42的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：39的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：53的互补序列。在某些实施方案中，至少一种SNP位于SEQ ID NO：38或SEQ ID NO：38的互补序列。

在本发明的某些方法中，涉及2型糖尿病治疗剂。2型糖尿病治疗剂可以是改变(例如增强或抑制)多肽活性和/或多核苷酸表达的试剂，所述多核苷酸包含在图2中鉴定的单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP。此类试剂包括多核苷酸、多肽、受体、结合剂、肽模拟物、融合蛋白质、前体药物、抗体、改变多核苷酸表达的试剂、改变本发明基因或多核苷酸所编码多肽的活性的试剂、改变本发明基因或多核苷酸所编码多肽的转录后加工的试剂、改变多肽与结合剂或受体相互作用的试剂、改变本发明基因或多核苷酸所编码的剪接变体转录的试剂，以及核糖体。在某些实施方案中，本发明还涉及包含至少一种如本文描述的2型糖尿病治疗剂的药物组合物。

2型糖尿病治疗剂可以通过多种方式改变多肽活性或多核苷酸表达，如通过上调编码多肽的多核苷酸的转录或翻译，通过改变多肽的翻译后加工，通过改变剪接变体的转录，或通过干扰多肽活性(例如通过结合至多肽上或通过结合至与目标多肽相互作用的其它多肽上)，通过下调编码多肽的多核苷酸的表达、转录或翻译，或通过改变目标多肽和多肽结合剂之间的相互作用。

在某些实施方案中，本发明还涉及通过向个体施用治疗有效量的2型糖尿病治疗剂来治疗患有2型糖尿病的个体的方法。在某些实施方案中，2型糖尿病治疗剂是兴奋剂，并且在其它实施方案中，2型糖尿病治疗剂是拮抗剂。在某些实施方案中，本发明另外涉及2型糖尿病治疗剂的用途，其用于制备用于治疗2型糖尿病的药物。

本文描述的治疗剂可以在组合物中递送或单独递送。它们可以全身施用，或可以靶向特定的组织。治疗剂可以通过多种方法制备，包括化学合成；重组产生和体内产生(例如转基因动物，见Meade等人的美国专利号4,873,316，在本文以其全文引用作为参考)，并且可以使用本领域已知的标准方法分离出来。另外，还可以使用任何上述治疗方法的组合(例如与靶向mRNA的反义治疗协同施用多肽；与靶向第二剪接变体的反义治疗协同施用第一剪接变体)。

在某些实施方案中，本发明还包括使用本领域已知方法监测本发明治疗剂对治疗2型糖尿病的功效。本发明的另一应用是其对于预测个体对特定治疗剂的反应的用途。例如，SNP或单元型可以用作药物遗传学诊断物来预测药物反应和指导对特定个体选择治疗剂。

在另一实施方案中，本发明涉及鉴定改变多核苷酸(包含与2型糖尿病相关的SNP的等位基因)的表达的试剂的方法，其包括：(a)使多核苷酸在表达条件下与待测试的试剂接触，其中多核苷酸包含(1)位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的与2型糖尿病相关的SNP的等位基因，以及(2)有效连接报道基因的启动子区域；(b)在试剂存在情况下评估报道基因的表达水平；(c)在试剂不存在情况下评估报道基因的表达水平；以及(d)对比步骤(b)中的表达水平与步骤(c)中的表达水平，差异指示着表达被试剂改变。

在另一实施方案中，本发明涉及鉴定适合于治疗2型糖尿病的试剂的方法，包括(a)使多核苷酸与待测试的试剂接触，其中多核苷酸包含在图2中鉴定的单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP；以及(b)确定所述试剂是否以可用于治疗2型糖尿病的方式结合、改变或影响多核苷酸。

在某些实施方案中，在试剂存在情况下多核苷酸的表达包括一种或多种剪接变体的表达，其在类型或量上不同于在试剂不存在情况下一种或多种剪接变体的表达。

在其它实施方案中，本发明涉及鉴定适合于治疗2型糖尿病的试剂的方法，包括(a)使多核苷酸编码的多肽与待测试的试剂接触，其中多核苷酸包含在图2中鉴定的单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP；以及(b)确定所述试剂是否以可用于治疗2型糖尿病的方式结合、改变或影响多肽。通过上述方法鉴定的试剂和包含此类试剂的药物组合物也是所预期的。

在一个实施方案中，将包含在图2中鉴定的单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP的多核苷酸用在“反义”治疗中，其中多核苷酸被施用或原位生成，并且特异性杂交至mRNA和/或基因组DNA。特异性杂交至mRNA和/或DNA上的反义多核苷酸抑制该mRNA和/或DNA所编码的多肽的表达，例如通过抑制翻译和/或转录。反义多核苷酸的结合可以通过常规碱基对互补性进行，或者例如在结合至DNA双链体的情形中，是通过双螺旋大沟中的特异性相互作用进行。

例如，反义构建体可以作为表达质粒递送。当质粒在细胞中转录时，其产生与编码多肽的部分mRNA和/或DNA互补的RNA。可选地，反义构建体可以是先体外后体内生成的并且被引入至细胞中的多核苷酸探针；随后其通过与编码多肽的mRNA和/或基因组DNA杂交来抑制表达。在一个实施方案中，多核苷酸探针是对内源核酸酶(例如外切核酸酶和/或内切核酸酶)有抗性的修饰的寡核苷酸，从而使得它们在体内稳定。用作反义寡核苷酸的示例性的核酸分子是DNA的亚磷酰胺酯、硫代磷酸酯和甲基膦酸酯类似物(也见美国专利号5,176,996，5,264,564和5,256,775，所有这些在本文以其全文引用作为参考)。另外，Van der Krol等人(BioTechniques6：958-976(1988))；和Stein等人(Cancer Res.48：2659-2668(1988))(在本文以其全文引用作为参考)还描述了构建用于反义治疗中的寡聚体的常规方法。至于反义DNA，可以使用来自翻译起始位点的寡脱氧核糖核苷酸。

为了进行反义治疗，可以设计与编码多肽的mRNA互补的寡核苷酸。反义寡核苷酸结合mRNA转录物并且阻止翻译。完全的互补性是不需要的，只要寡核苷酸具有足够的互补性能够与RNA杂交形成稳定的双链体即可。杂交的能力取决于互补性程度和反义寡核苷酸的长度。通常，杂交寡核苷酸越长，它们含有的与RNA的碱基错配越多，并且仍然形成稳定双链体(或三链体，视具体情况而定)。本领域的技术人员可以通过使用标准方法确定错配可容忍的程度。

在反义治疗中所用的寡核苷酸可以是DNA、RNA或嵌合混合物或衍生物或其修饰形式。例如，寡核苷酸可以在碱基部分、糖部分或磷酸骨架上修饰，以增强分子、杂交等的稳定性。寡核苷酸可以包含其它附加基团，如肽(例如用于体内靶向宿主细胞受体)，或促进转运穿过细胞膜的试剂(见，例如Letsinger等人，Proc.Natl.Acad.ScL USA 86：6553-6556(1989)；Lemaitre等人，Proc.Natl.Acad.Sci USA 84：648-652(1987)；PCT国际公开号：WO 88/09810)或促进转运穿过血脑屏障的试剂(见例如PCT国际公开号：WO 89/10134)，或杂交刺激的切割剂(见例如Krol等人，BioTechniques 6：958-976(1988))或嵌入剂(见例如Zon，Pharm.Res.5：539-549(1988))。为此目的，寡核苷酸可以与另一分子(例如肽、杂交刺激的交联剂、转运剂、杂交刺激的切割剂)接合。

在某些实施方案中，将反义分子体内递送至表达涉及2型糖尿病的多肽的细胞中。多种方法可以用于将反义DNA或RNA递送至细胞中；例如可以将反义分子直接注射至组织位点中，或可以施用设计使其靶向所需细胞的修饰的反义分子(例如连接特异性结合在靶细胞表面表达的受体或抗原的肽或抗体的反义分子)。可选地，利用将反义寡核苷酸置于强启动子(例如pol III或pol II)调控下的重组寡核苷酸构建体。使用此类构建体转染患者中的靶细胞导致转录足够量的单链RNA，所述单链RNA将与内源转录物形成互补碱基对并且因此阻止mRNA的翻译。例如，可以将载体体内引入，从而其被细胞摄取并且指导反义RNA的转录。此类载体可以仍然是附加型的或染色体整合型的，只要它可以被转录以产生所需的反义RNA即可。可以通过重组DNA技术和本领域的标准方法构建此类载体。例如，可以使用质粒、黏粒或病毒载体来制备可以直接引入至组织位点中的重组DNA构建体。可选地，可以使用选择性感染所需组织的病毒载体，在此情形中，可以通过另一途径(例如全身)来实现施用。在本发明的另一实施方案中，可以使用小双链干扰RNA(RNA干扰(RNAi))。RNAi是转录后加工，其中引入双链RNA，并且结果是通过靶标mRNA被催化降解实现序列特异性基因沉默。见例如Elbashir，S.M.等人，Nature 411：494-498(2001)；Lee，N.S.，Nature Biotech.19：500-505(2002)；Lee，S-K.等人，Nature Medicine8(7)：681-686(2002)；它们的完整教导在本文中以其全文引用作为参考。

在一个实施方案中，本发明包含短干扰核酸(“siNA”)分子，其包含下调多核苷酸表达的双链RNA多核苷酸，所下调的多核苷酸包含在图2中鉴定的单元型或位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP。在另一实施方案中，本发明包含用于RNA干扰(如美国专利号：US 2004/0192626A1，US2004/0203145A1和US 2004/0198682 A1[所有这些在本文中以其全文引用作为参考]中所描述)的多核苷酸、组合物和方法，用以改变包含在选自下列的序列中鉴定的SNP的基因的表达：SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列。

通过使用靶向的同源重组来灭活或“敲除”基因或其启动子也可以减少基因产物的内源表达。例如，可以使用与内源基因(基因的编码区或调节区)同源的DNA侧翼的非功能性基因(或完全无关的DNA序列)(有或没有选择性标记和/或负选择标记)，来转染体内表达基因的细胞。通过靶向的同源重组的DNA构建体插入产生了基因的失活。如上所述，使用适当的载体，可以将重组DNA构建体体内直接施用或靶向至所需位点。可选地，可以使用类似的方法增加非改变基因的表达：靶向的同源重组可以用来插入包含非改变功能性基因或其互补序列或其部分的DNA构建体来代替细胞中的基因。在另一实施方案中，靶向同源重组可以用来插入包含编码不同于细胞中多肽的多肽变体的多核苷酸的DNA构建体。

可选地，基因产物的内源表达可以通过靶向与调节区(即启动子和/或增强子)互补的脱氧核糖核苷酸序列来形成阻止在体内靶细胞中基因转录的三螺旋结构。(总体上见Helene，C，Anticancer Drug Des.，6(6)：569-84(1991)；Helene，C，等人，Ann.KY.Acad.Sci.660：27-36(1992)；和Maher，L.J.，Bioassays 14(12)：807-15(1992)，所有这些在本文中以其全文引用作为参考)。同样，本文描述的反义构建体可以用于通过对抗基因产物的正常生物学活性的组织操作中，例如组织分化，体内和先体外后体内组织培养。另外，反义技术(例如反义分子的显微注射，或用其转录物为RNA或核酸序列的反义序列的质粒转染)可以用来研究参与2型糖尿病发展和相关病症途径的一种或多种基因的作用。此类技术可以用在细胞培养中，但是也可以用在一些转基因动物中。

可以将本文描述的本发明多核苷酸、蛋白质和/或治疗剂掺入至适合于施用的药物组合物中。此类组合物一般包含多核苷酸、蛋白质和/或治疗剂和可药用载体。如本文所使用，术语“可药用载体”意图包括适合于药物施用的任何或所有溶剂、分散剂、包被物、抗菌剂和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等。用于药物活性成分的此类介质和试剂的用途是本领域已知的。除了至今不适合于活性化合物的任何常规介质或试剂情况，还考虑了在组合物中使用它们。辅助活性化合物也可以加入至此组合物中。

配制本发明药物组合物使其适合于其所需的施用途径。施用途径的实例包括肠胃外的，例如静脉内的、真皮内的、皮下的、口服的(例如吸入)、经皮肤的(局部的)、经粘膜的和直肠的施用。用于肠胃外的、真皮内的或皮下应用的溶液或悬液可以包括下列成分：无菌稀释剂如用于注射用水、盐溶液、不挥发油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它合成溶剂；抗菌剂如苯甲醇或羟苯甲酸甲酯；抗氧化剂如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂如乙二胺四乙酸；缓冲液如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐以及用于调节张力的试剂如氯化钠和葡萄糖。可以用酸或碱调节pH，如盐酸或氢氧化钠。肠胃外制品可以用玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多种剂量小瓶来封装。

适合于可注射用途的药物组合物包括无菌水溶液(水溶性的)或分散剂以及用无菌可注射溶液或分散剂临时配制的无菌粉末。对于静脉内施用，适当的载体包括生理盐水、制菌水、Cremophor ELTM(BASF；Parsippany，N.J.)或磷酸盐缓冲的盐溶液(PBS)。在一些情形中，组合物是无菌的并且可以是容易进行注射程度的流体。它必须在制备和储藏条件下是稳定的并且可以被保护免受微生物如细菌和真菌的污染作用。载体可以是溶剂或分散剂，其包含例如水、乙醇、多元醇(例如丙三醇、丙二醇和液体聚乙二醇等)和其适当的混合物。例如通过使用包被物如卵磷脂，通过在分散的情形中保持所需颗粒大小和通过使用表面活性剂，可以保持适当的流动性。通过多种抗菌剂和抗真菌剂如对羟基苯甲酸酯、氯代丁醇、酚、抗坏血酸、乙基汞硫代水杨酸钠等可以实现防止微生物作用。在许多情形中，希望在组合物中包括等渗剂，例如糖，多元醇如甘露醇、山梨糖醇，氯化钠。可以通过在组合物中包括延迟吸收的试剂(例如单硬脂酸铝和明胶)导致产生可吸收组合物的长期吸收。

无菌可注射溶液可以通过在适当的溶剂中以所需量掺入活性化合物(例如多核苷酸、多肽或抗体)与一种上述列出的成分或其组合(根据需要)，随后无菌过滤来制备。通常，通过将活性化合物掺入至包含基本分散剂和上述列举的所需其它成分的无菌载体中来制备分散剂。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末情形中，一些制备方法是真空干燥和冷冻干燥，这提供了活性成分和任何其它所需成分(来自先前无菌过滤的溶液)的粉末。

口服组合物通常包括惰性稀释剂或可食用载体。它们可以封装在明胶胶囊中或压制成片剂。对于口服药物施用的目的，可以将活性化合物与赋形剂混合并且用在片剂、锭剂或胶囊剂的形式中。也可以使用用作漱口水的流体载体来制备口服组合物，其中将流体载体中的化合物口服应用并且吸入以及咳出或吞咽。可药用结合剂和/或辅助材料可以作为组合物的部分包括在内。片剂、丸剂、胶囊剂、锭剂等也可以包含任何下列成分或类似性质的化合物：结合剂如微晶纤维素、黄蓍胶或明胶；赋形剂如淀粉或乳糖；分散剂如藻酸或玉米淀粉；润滑剂如硬脂酸镁；助流剂如胶态二氧化硅；甜味剂如蔗糖或糖精；或芳香剂如胡椒、水杨酸甲酯或橙味芳香剂。

对于吸入施用，将化合物以气雾剂的形式递送，所述气雾剂从包含适当的推进剂(例如气体如二氧化碳或)的加压的容器或散发器，或喷雾器中喷雾出。

全身施用也可以是通过经粘膜的或经皮肤的方式。对于经粘膜的或经皮肤的施用，在制剂中使用适合于待渗透的屏障的渗透剂。此类渗透剂通常是本领域已知的，并且包括例如去污剂、胆盐和羧链孢酸衍生物，用于经粘膜施用。经粘膜施用可以通过使用鼻喷雾或栓剂来实现。对于经皮肤施用，将活性成分配制成本领域已知的软膏剂、药膏、凝胶剂或乳膏剂中。

化合物也可以以栓剂(例如用常规栓剂基底如可可油或其它甘油酯)或用于直肠递送的滞留灌肠剂的形式来制备。

在一个实施方案中，活性化合物与保护化合物免受身体快速消除的载体一起制备，如控释制剂，包括植入物和微囊包埋递送系统。可以使用生物可降解的生物适合性聚合物，如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐、聚羟基乙酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。制备此类制剂的方法是本领域技术人员已知的。材料还可以从Alza Corporation和Nova Pharmaceuticals，Inc中商购得到。也可以将脂质体悬浮液(包括用针对病毒抗原的单克隆抗体靶向至感染细胞的脂质体)用作可药用载体。这些可以根据本领域已知的方法制备，例如如在美国专利号4,522,811中描述的。

特别优选是配制剂量单位形式的口服或肠胃外组合物，用于容易施用和剂量一致。如本文所使用，剂量单位形式是指适合于作为待治疗受试者的单一剂量的物理不连续的单位；每个单位包含计算用来与所需药物载体结合产生所需治疗效果的预先确定量的活性化合物。本发明剂量单位形式的规格是受到下列因素规定并且直接取决于下列因素：活性化合物的独特特征和待实现的特定治疗效果，以及化合物(例如用于治疗个体的活性化合物)领域的固有限制。

可以将本发明的核酸分子插入至载体中并且用作基因治疗载体。可以通过例如静脉内注射、局部施用(见美国专利号5,328,470)或通过定向注射(见例如Chen等人(1994)Proc.Natl Acad.Sci.USA 91：3054-3057)将基因治疗载体递送至受试者中。基因治疗载体的药物制品可以包含稀释剂中的基因治疗载体，或可以包含其中包埋了基因递送载体的缓慢释放的基质。可选地，当可以从重组细胞中完整产生完整基因递送载体时，例如反转录病毒载体，药物制品可以包含产生基因递送系统的一种或多种细胞。

药物组合物可以与说明书一起包括在容器、包装或分配器中。考虑了包含本发明治疗剂的试剂盒。

本发明的另一实施方案是其预测个体对治疗II型糖尿病的特别药物的反应的用途。众所周知的现象是，总体上患者对于同一药物的反应不等。认为对所给药物的药物反应的许多不同是基于个体间在某些基因和其相应的途径中的基因和蛋白质的差异。本发明定义了与2型糖尿病相关的特别SNP、单元型和基因。一些现有的或将来的治疗剂也可能直接或间接的影响与此类SNP、单元型和/或基因相关的途径，并且因此在那些其II型糖尿病危险部分取决于此类SNP、单元型和/或基因的患者中有效果。另一方面，这些相同的药物也可能在不具有所述SNP和/或单元型的特定等位基因的那些患者中效果较差或没有效果。因此，本发明的SNP和/或单元型可以用作药物诊断物来预测特定个体中的药物反应和指导选择治疗剂。

在一个实施方案中监测药物对于治疗2型糖尿病的效果的方法包括在用药物治疗前监测包含一个或多个选自在图1中所确定SNP的SNP的2型糖尿病相关基因的表达水平，监测在用所述药物治疗后所述基因的表达，并且对比所述治疗前和所述治疗后所述基因的表达水平。

在另一实施方案中，预测特定治疗剂在治疗2型糖尿病中效果的方法包括筛选位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的一种或多种SNP的存在与否。

在另一实施方案中，预测特定治疗剂在治疗2型糖尿病中效果的方法包括筛选在图2中鉴定的一种或多种单元型存在与否。

本发明的另一应用是特异性鉴定2型糖尿病所涉及的限速途径。具有与对照相比在糖尿病患者中显著更普遍的基因变异的疾病基因代表了在2型糖尿病发病机制中明确确定的原因性步骤。也就是说，排除了关于基因是否是原因性的还是简单的对疾病过程有反应的不确定性。疾病基因编码的蛋白质定义了在2型糖尿病诱因的生物学过程中涉及的限速分子途径。此类2型基因编码的蛋白质或在其分子途径中它的相互作用蛋白质代表了可以被小分子、蛋白质、抗体或核酸治疗剂选择性调节的药物靶标。由于患有2型糖尿病的群体在增加，更加需要此类具体信息。

先前不知是通过基于SNP的相关性而涉及2型糖尿病，但是在本发明中发现通过基于SNP相关性而涉及2型糖尿病的基因包括下列：

表1.发现涉及2型糖尿病的基因

基因	描述	Chr	基因座链接
基因	描述	Chr	基因座链接	C3	补体成分3	19	718
CITED2	具有富含Glu/Asp的羧基端结构域的Cbp/p300-相互作用反式激活蛋白，2	6	10370	C3	补体成分3	19	718

DNM1L	类发动蛋白1	12	10059
DNM1L	类发动蛋白1	12	10059	IHPK2	肌醇六磷酸激酶2	3	51447
PLD1	磷脂酶D1，磷脂酰胆碱特异性的	3	5337	IHPK2	肌醇六磷酸激酶2	3	51447
PLD1	磷脂酶D1，磷脂酰胆碱特异性的	3	5337	PPP1R3C	蛋白磷酸酶1，调节(抑制剂)亚基3C	10	5507
PRKCL1	类蛋白激酶C1	19	5585	PPP1R3C	蛋白磷酸酶1，调节(抑制剂)亚基3C	10	5507
PRKCL1	类蛋白激酶C1	19	5585	RARG	视黄酸受体，γ	12	5916
SCGN	Secretagogin，EF手性钙结合蛋白	6	10590	RARG	视黄酸受体，γ	12	5916
SCGN	Secretagogin，EF手性钙结合蛋白	6	10590	SERPINB2	丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，进化枝B(卵清蛋白)，成员2	18	5055

在一个实施方案中，本发明涉及鉴定与2型糖尿病相关的基因的方法，其包括：(a)鉴定包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP的基因；以及(b)对比所述基因在具有危险等位基因的个体中的表达和所述基因在没有危险等位基因的个体中的表达，差异指示着基因与2型糖尿病相关。

在另一实施方案中，本发明涉及鉴定与2型糖尿病相关的基因的方法，其包括：(a)鉴定包含在图2中鉴定的危险单元型的基因；以及(b)对比所述基因在具有危险单元型个体中的表达和所述基因在没有危险单元型个体中的表达，差异指示着基因与2型糖尿病相关。

实施例

实施例1：研究群体

在本研究中包括总共600名患者来研究在对照和2型糖尿病群体之间SNP和SNP单元型中存在的变异。一组瑞典糖尿病人用于发现SNP并且另一组波兰糖尿病人用在相关性研究中(见表2)。在相关性研究中还分析了来自额外300名相配对照病人的样品。

表2：用于此研究的病例和对照样品的总结

糖尿病状况	种族(来源国家)	数量	用途
糖尿病状况	种族(来源国家)	数量	用途	糖尿病病例	高加索人(瑞典)	300	SNP发现
糖尿病病例	高加索人(波兰)	300	SNP基因分型	糖尿病病例	高加索人(瑞典)	300	SNP发现
糖尿病病例	高加索人(波兰)	300	SNP基因分型	未患病对照	高加索人(波兰)	300	SNP基因分型

从病例-对照研究中，表型简单地是“糖尿病”，其它亚表型也可以包括在分析中，包括BMI、血红蛋白AIC、心脏病(MI等)、肾病等。由GenomicsCollaborative Inc.按照Ardlie等人，Testing for population subdivision andassociation in four case-control populations，Am J Hum Genet.71：304-311，2002(在本文以其全文引用作为参考)中详细描述的方法收集样品。

最终，群体包含大体相等数量的男性和女性(274男性和326女性)。在糖尿病和未患病组中，样品也是适当匹配的，具有相同数量的男性(163病例和163对照)和女性(137病例和137对照)。

在任何基于群体的研究中，重要的是病例和对照相匹配从而避免基于未知、混淆因素的假性结果。在遗传研究的背景中，这意味着病例和对照群体在基因组中应当是遗传一致的，除了包含预先倾向于待研究表型的基因的区域外。也就是说，一系列随机的标记应当在病例和对照群体中表现出广泛类似的等位基因频率。由于患者和对照不仅是对性别和种族相匹配，而且是选自相同的国家(波兰)，因此群体分层在此研究中不太可能出现。但是，为了测试群体分层，使用Falush等人(March 2002)的软件程序STRUCTURE 2.0分析数据；也见Pritchard等人，Inference of populationstructure：Extensions to linked loci and correlated allele frequencies；GENETICS In Press；(2003)；Pritchard等人，Inference of PopulationStructure Using Multilocus Genotype Data；GENETICS 155：945-959(2000a)；所有这些在本文以其全文引用作为参考。STRUCTURE实现了基于模型的聚簇方法，如在本文以其全文引用作为参考的Pritchard等人，Association mapping in structured population，.AM.J.HUM.GENET.671：170-81(2000)中描述的。程序允许将数据没有任何干扰地分类至预先确定的一些聚类中。数据集由150个标记组成，其是基于三种标准选择的。第一，次等位基因在总体群体中的频率必需＞5％。第二，至少80％的个体需要具有基因型，以及第三，在数据集中标记与任何其它标记的距离不能近于100kb。

数据的分层分析显示没有明显的聚类。多种因素指示了包括下列的结构丧失：

对于病例和对照，来自每个聚簇的个体基因组的比例是相同的，所有个体是混合的。也就是说它们注定具有来自所有聚类的基因，并且可能性不通过添加更多参数而增加(即适合于更多聚簇)。

总体上，在病例和对照之间没有稳定的遗传偏向。STRUCTURE生成的最优聚类似乎与个体样品的表型无关。

实施例2：在糖尿病群体候选基因中的样品收集和SNP发现

分析了300份来自糖尿病患者的样品用于SNP发现过程。使用总共186个基因(鉴定的糖尿病所涉及的基因)用于SNP发现。在这些基因中，使用ParAllele’s错配修复检测系统(MRD)分析了62个基因来检测341种SNP。通过重新测序和从公共数据库(生物技术信息国家中心(NationalCenter for Biotechnology Information))中鉴定出了其它1659个SNP。

在分析用于SNP发现的186个基因中，通过错配修复检测系统(MRD)分析了62个基因来检测341种SNP。分析目标是在包括糖尿病和对照群体的研究群体中频率为2％或更高的这些靶标中发现SNP。所有基因的外显子信息来自Ensembl(The Sanger Centre，Cambridge，UK)数据库构件33。由于在转录物紧邻上游的序列是富集调节序列的，将最初上游350bp编码为外显子0。鉴定了总共990个区域，其中每个外显子、人鼠同源物以及外显子0是区域。175个这些区域是人鼠同源物并且815个是外显子(包括外显子0)。每个基因的外显子数量范围是从2(包括外显子0)(如在PPPIR3C情形中)至58(NOS2A)。将一些大外显子分成两个或更多个靶标并且一些小的间隔很近的外显子对可以融合形成一个靶标。总体上，生成1011个靶标并且设计引物来扩增999个扩增子。

实施例3：错配修复检测(MRD)

MDR是使用Modrich，P.，Mechanisms and biological effects ofmismatch repair，ANN REV.GENET，25：2259-53(1991)(在本文以其全文引用作为参考)的大肠杆菌错配修复系统，检测变体或SNP。改造特异性菌株来将转化的片段库分成两个库：携带变异的库和不携带变异的库。以前已将MRD描述成了多元变异筛选方法，Faham.M.，等人，Mismatch repairdetection(MDRD)：high-throughput scanning for DNA variations，HUMMOL.GENET，10(16)；p 1657-64(2001)，其在本文以其全文引用作为参考。将MRD与标准双脱氧终止子测序组合使用来发现两个不同群体中的共同变体等位基因。将使用来自群体的混合基因组DNA作为模板的单一PCR反应物与来自单一单倍体个体的PCR片段混合。Sanger测序法(混合群体被直接测序)没有足够灵敏度以便从基因组库中检测稀少等位基因。取而代之的是，将许多PCR反应集合并且进行一个MRD反应来产生富集了变异等位基因(与单倍体标准相比)的克隆库。对于每个扩增子进行从变体富集库的一个扩增反应，随后是测序反应鉴定所检测群体中普通和稀少的变异。见Fakhrai-Rad等人，5NP Discovery in Pooled Samples With MismatchRepair Detection，COLD SPRING HARBOR LABORATORY PRESS，14：1404-1412(2004)，其在本文以其全文引用作为参考。

此方法的最终结果是有必要用对成千种扩增子以多元形式进行的混合富集方法替换对许多个体进行扩增和测序。因此将测序方法减少至任务为对单倍体标准测序并且结果为MRD富集库。通常以正向和反向测序扩增子来减少假阳性SNP发现率。

基于MRD的SNP发现的灵敏度受到由非基因组DNA错配的MRD富集所产生背景的限制。这可以以两种方式发生：寡核苷酸突变和PCR错误。PCR引物的寡核苷酸错误和PCR错误引入了一系列包含在任何实际DNA变异中不存在的突变的片段。这些片段将随同实际变异被富集，意味着其不能富集发生频率低于背景水平的突变。使用具有低比率突变的寡核苷酸和使用高保真聚合酶的PCR，从而使这些问题最小化。使用在BRCA1基因中具有变异的患者来进行对照实验。将这些患者测序来鉴定BRCA1外显子中的突变。之后将这些DNA以这样的方式合并，即所述方式可以产生在其中发现了一定频率范围的个体SNP的样品。之后将这些库富集和测序。MRD对于低至1％频率的变异表现出非常高的灵敏度，在当扩增子表现出SNP＞10％频率的情形中有完全的重新发现。

在人群体中，存在造成对基于MRD的SNP发现的其它限制的其它实际难题。这些其一是在一个特定测序片段上发生多个SNP。如果这两个SNP的发生具有非常不同的频率，具有更高频率的SNP将倾向于在富集的库中占优势，阻抑了较稀少的SNP的信号。这一作用可以以多种方式来减轻。首先是使用相当小的PCR片段来使得发生在单一片段中(一般使用～300bp的片段)的多个SNP几率最小化。其次，在当已知发生普通SNP的情形中，可以设计PCR引物来排除这些SNP。权衡这些限制和以典型方式测序与分析许多个体的最高花费。在小群体选择中，以典型方式减少测序的个体数量通过引入Poisson噪声减少覆盖范围。

实施例4：使用分子倒位探针的基因分型

在使用来自糖尿病患者的样品完成SNP发现阶段后，使用包括一组300个来自另一群糖尿病人的样品和一组300个来自非糖尿病对照的样品的一组样品用于本方法的基因分型阶段。

使用分子倒位探针(MIP)进行SNP基因分型。分析了1739个SNP的序列。总共1591个这些SNP在NCBI数据库(构件33)中是独特的。在327个SNP侧翼的40bp序列是独特的。在SNP发现中未检测到的来自公共数据库的82/102有效SNP在基因组中是独特的。这精确给出了要为其设计MIP探针的2,000个SNP。在这2,000探针中，1,769(88.4％)产生了有效测定。之后将这些在300个糖尿病病例和300个种族和性别相配的对照中基因分型。

选择这些SNP来提供对糖尿病易感性起作用的186个基因的信息。这些基因遍布在基因组中，所述基因组具有来自每条染色体(除了21和Y染色体外)的至少一个基因。基因在大小上不同，从0至992kb。注意到基因长度是通过在每个基因中最宽间隔SNP之间的区域大小来测量的，因此仅具有一个SNP的基因记录为具有0kb大小。

在此方法中寡核苷酸探针经历了单分子重组，从不能扩增的分子重组为可以扩增的分子。这种重组是通过基因组DNA和以等位基因特异性方式发生的酶促“缺口填补”方法来介导的。缺口填补方法产生了其中探针环化的重要中间体状态。此状态允许通过降解所有交叉反应和未反应探针的外切核酸酶处理来选择单分子相互作用。在倒位后，使用荧光标记的普通PCR引物扩增探针。见Hardenbol等人，Multiplexed genotyping withsequence tagged molecular inversion probes，21NAT.BIOTECHNOL.(6)：673-78(June，2003)，其在本文以其全文引用作为参考。

为了鉴定等位基因，对SNP使用4个完全相同的反应。四个多元反应的每一个通过使用单核苷酸类型(A、C、G或T)来评测了不同的SNP等位基因。在倒位后，用普通引物对进行PCR，从而所有经历倒位的探针将在每个反应中被扩增出。通过在这4个反应中的每一个中使用不同的荧光标记，可以通过鉴定存在于从四个独立反应中得到的MIP探针扩增子上的标记来推断SNP等位基因。

在扩增后，将四个反应杂交至普通寡核苷酸阵列。通过DNA阵列上相应的互补标记位点的荧光信号来测量相对的碱基掺入。对于每个探针生成四个强度值。将所希望的等位基因碱基的两个值对比来确定SNP对于所给个体是同源或异源，并且将两个非等位基因碱基与等位基因碱基对比来测量探针的信号对噪声，作为质量控制检测。

实施例5：等位基因相关性结果的总结

使用偶然表分析和经验p值的Fisher’s Exact测试来检测标记性状相关性。来自一个特定研究的等位基因卡方相关性检验(2×2，1d.f.)的结果总结在表3中显示，其中发现大量SNP在p≤0.05是显著的。

实施例6：基因型相关性结果的总结

来自一个特定研究的基因型卡方相关性检验(2×3，2d.f.)的结果总结在表4中显示，其中发现大量SNP在p≤0.05是显著的。

实施7：隐性效果的卡方检验

在等位基因和基因型测试均最适当时(在对疾病的基本遗传倾向适合于额外遗传模式情况下)，基因型测试还包括对优势度的测试。但是，基因型和等位基因测试都不用于处理隐性等位基因作用，并且如果存在，它们将被忽略。为了处理转移问题，进行了另一系列卡方检验，其中将每个SNP模拟成隐性作用(2×2，1d.f.)。通过隐性测试(见图5)，一些SNP是显著的，其中的一些已经为等位基因测试所涉及。图6提供了使用等位基因相关性、基因型相关性和隐性作用卡方检验发现的2型糖尿病相关SNP的总结。

实施例8：危险单元型评估

发现在患有2型糖尿病的个体中比未患有2型糖尿病的个体中本文所描述单元型频率更高。因此，这些单元型具有在检测个体中2型糖尿病或对2型糖尿病易感性的预测性价值。在本文描述的一些方法中，具有2型糖尿病危险的个体是在其中鉴定出危险单元型的个体。

在一个实施方案中，危险单元型是赋予了2型糖尿病显著性危险的单元型。在一个实施方案中，与单元型相关的显著性是通过比数比来测量的。在另一实施方案中显著性是通过百分比来测量的。在一个实施方案中，将显著性危险测量为比数比是至少约1.2，包括但不限于1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8和1.9。在另一实施方案中，至少1.2的比数比是显著的。在另一实施方案中，至少1.5的比数比是显著的。在另一实施方案中，至少约1.7的危险的显著性增加是显著的。在另一实施方案中，危险的显著性增加至少是约20％，包括但不限于约25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％和98％。在另一实施方案中，危险的显著性增加至少约50％。但是要理解，鉴定危险在医学上是否显著还取决于多种因素，包括具体疾病、单元型以及通常环境因素。

可以使用对SNP存在进行基因分型的标准技术，如基于荧光的技术(Chen等人，GenomeRes.9，492(1999))、PCR、LCR、嵌套式PCR和其它用于核酸扩增的技术。在一个实施方案中，方法包括评估个体中SNP频率的存在，其中与健康对照个体相比过量或频率更高的SNP指示着个体患有2型糖尿病或对2型糖尿病易感。两个或更多SNP的存在指示着可以用来筛选个体的危险单元型的存在。例如，危险单元型可以包括在图2中鉴定的单元型、在图1中鉴定的SNP的组合，或在图1或2中鉴定的SNP的组合。危险单元型的存在指示着对2型糖尿病的易感性，并且因此指示着属于用本文所描述治疗方法治疗的靶标群体中的个体。

实施例9：涉及外周血管疾病的SNP

在糖尿病人中还检测了与分类表型外周血管疾病(“PVD”)的相关性。针对PVD所检测的最强相关性是SEQ.ID.NO.：44(rs1491238)和45(rs2306985)中SNP的“G”等位基因，其位于4号染色体上的MTP(微粒体三酰甘油转移蛋白)基因上。对于在SEQ.ID.NO.：44的rs1491238，等位基因卡方是χ²＝18.0(p≤0.0001)，并且对于SEQ.ID.NO.：45中的rs2306985，卡方是χ²＝18.8(p＝0.001)。“G”等位基因比数比小于1；对于rs1491238，OR＝0.49(0.35-0.68)，并且对于rs2306985，OR＝0.48(0.35-0.67)。对于两种SNP的群体归因危险度是23％，指示着在这些SNP中任一个上具有至少1个“G”等位基因的群体中，有大约四分之一被保护不患PVD。

序列表

<110>弗·哈夫曼-拉罗切有限公司(F.HOFFMANN-LA ROCHE AG)

<120>与II型糖尿病相关的单核苷酸多态性(SNP)

<130>22621WO

<140>

<141>

<150>60/714,321

<151>2005-09-06

<150>60/635,563

<151>2004-12-13

<160>92

<170>PatentIn 3.3版

<210>1

<211>61

<212>DNA

<213>人(Homo sapiens)

<400>1

acctgcccca cgatcatagt cagctggcct rcagggaggg agggtggcag atgtgagtgg 60

g 61

<210>2

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>2

ccaggggctg tgcactgatg acggccacaa saggccagtc ctgtccctgg gtgtccctct 60

g 61

<210>3

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>3

gggcccgtgc tctgaccttc tgtccagggg mgatgagggc attgacgtgc ttcagcaccg 60

g 61

<210>4

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>4

gcttgtaggc aaaggggctg aaggggtctt ycttttgtgt tcccctgact gttcctaaga 60

a 61

<210>5

<211>60

<212>DNA

<213>人

<400>5

cacacctgcc tcctcccaga actgccacgt rccacagtga cgtattcact cacccagttg 60

<210>6

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>6

ccatccttac aaatatttca gaatttgggg rtgtagagca tttgccgtca tctctagtgt 60

c 61

<210>7

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>7

gagcccagat gcacaggcag caggcacctg rtcacacacc tcgcaggcca cagagctggg 60

a 61

<210>8

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>8

ctaagaccct tggacctgca cacaggccag ygctgtgttt tccatgccta ggacagagag 60

c 61

<210>9

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>9

cagagcatca tccagtgggt cctcccatct kgagtctgta gttattgtgt ttattttctt 60

g 61

<210>10

<211>111

<212>DNA

<213>人

<400>10

tcctcacttt tgaattttaa atgcttactt tattatttac attgcactta ygcttgaaat 60

tatctctttt acatatttac ttcttacctt attttactac ttatttgttt a 111

<210>11

<211>121

<212>DNA

<213>人

<400>11

attaagttaa taaatacatt aactgttgca aaagaaaagc cattgctttg atacctataa 60

ratgtaccaa tatcttgaaa ttaaaaatga tggattattc tgtgttctca gatgtcagca 120

a 121

<210>12

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>12

aatcattttg tatatgatgc aatacattag rgtgtaaagg tttgatatat tacacataat 60

t 61

<210>13

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>13

gtctccattt ctcctccctg ctggagaatg mgtgtatttt gcaatcccca gcccctgtgc 60

c 61

<210>14

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>14

tgatctatcc cagatgaact tggaagtgaa rggaagagag ttaaacatta aagtaaatac 60

c 61

<210>15

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>15

gcaaagggtg ctacgtacat gtgaggcatc wttacgcaga cgtaactggg atatgtttac 60

t 61

<210>16

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>16

ctgccggtct tctgactggc cgctttttac yaccagctgt ggggagggtg gagacgccga 60

a 61

<210>17

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>17

aaagacttcc ccaccaggtc ttctgctcgg rggttctgca ccccgtccag cagtaccttc 60

c 61

<210>18

<211>41

<212>DNA

<213>人

<400>18

tgcagtaata tctgcccttc raagttcatg caaccaacta a 41

<210>19

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>19

ctttggactc ctttggggtt ctgagctaga sgggagaggc agacagggca ctggtgcctg 60

g 61

<210>20

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>20

gaataaacaa tctcccatga ttattttcat ytttcatgtt attttacgat ttcattacag 60

a 61

<210>21

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>21

ggcactgaag acttcctctg aaaaaagaca yaaattgttc tgttacaaga agtagctgat 60

a 61

<210>22

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>22

ctaatagtta agaaggggga gttgtggtat rctctcattt ctgcttgtta atcaagagga 60

g 61

<210>23

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>23

tgggatgcgg gaatacaggt gaccgtggcc rgccagcacc tgtagggggt gaattctgga 60

a 61

<210>24

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>24

aggaaaatgg caatgctgct ctcacaacag rtaagaacca agcagaccta aagaaaaact 60

a 61

<210>25

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>25

ggctggctgc acacaggagc ccccgcttgg rggtgccagg ccagcctccc cacatcccct 60

c 61

<210>26

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>26

gtccataaaa tgggcatatc attcttctca ractgcacag atccaacaag ataaagcagg 60

t 61

<210>27

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>27

ggtgcccgac gggaagcttg caagacgctc rgcttcctat tgcaagaccg cacccctgcc 60

c 61

<210>28

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>28

ggaggccctg actcctgggt ctgagggagg rgggatctgg gggttcagac tcctgggtct 60

g 61

<210>29

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>29

gcgcgtttcc gtttccgcta ggactctggc rgttggtgag catcatggca accgttgtaa 60

g 61

<210>30

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>30

cttcaagtat agactgcaag agggtctcac rtgacgtgga ccatggcggg cctgtggctt 60

c 61

<210>31

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>31

agaatgtaat ataaagtggc atttgatgga rcaggaatgg tgtatttgga tcgttttaag 60

t 61

<210>32

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>32

gacgtgggac aaccggacac gtcgccagga sagaactgag gcgccttcta gcagttgtga 60

c 61

<210>33

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>33

tgagcctgaa gtgcatgccc ttaatctcta ygctgttcga cctctctgct caccaccctg 60

t 61

<210>34

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>34

caccattgac cctaaccatg gacacctgtc kcttacccgc cctggggaac tgcagttttg 60

c 61

<210>35

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>35

gatgcgccac atcgacatgg tggaaggcga ygaggggcgg atgtgtatca atatggagtg 60

g 61

<210>36

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>36

acccttagtt gtgaagttgc acgtgtgcgc rtcttgcttc aacagggaag ctatgagtac 60

a 61

<210>37

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>37

gcgtctagca ttttggatcc tgaatattgt rttctccagc ctggcctgcc tttgttttta 60

g 61

<210>38

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>38

cctggtgtct ttgcatgcta attcacaacc ytcagcaaca ctgaccacag tgcccgaggc 60

c 61

<210>39

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>39

acaaaaatca agccatcctc actcttgccc ytgctgggct gtgaaaatgc aggccccagc 60

t 61

<210>40

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>40

atggctgcca atggaccaga cccgaggcta sagaccctag tattgcttcc aggacatcta 60

t 61

<210>41

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>41

cagggccttc catggccacg atctctcaca yctcctcgcc agtgtggcaa cccctccagc 60

a 61

<210>42

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>42

gtcgctgctg gtggaagagg aagaatcatc ygctgttgca gcatagagaa ggcgaccaga 60

g 61

<210>43

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>43

gttgcctctt aagaaactcc acggacttat kcttttccaa tcctctcact ataatcagat 60

a 61

<210>44

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>44

gagttctgta tgtgtactcc aaacatgatt rtttccaaat gaaagctatg gtgtgcctca 60

c 61

<210>45

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>45

tcccattgtg gggcaggtct tccagagcca stgtaaagga tgtccttctg taagtgcaga 60

c 61

<210>46

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>46

ggtgccctga tgggacaaat gtgtgaaggc ygagagtcta ttctgacacc ccaggctcag 60

g 61

<210>47

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>47

aggtttagtc agttggaagt tgtgtcaaaa stcactatgg ttggttgagg gctcgaagtc 60

t 61

<210>48

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>48

catcccattc agcatggggc cgctgggctc rcctctgtca aagatcggca tcgagctgac 60

g 61

<210>49

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>49

atcctgaaag acacaactgg ctgaataaaa yaagcagctt ccatagctca ttaaatttga 60

c 61

<210>50

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>50

tcatcccaca ccccagcggg gagatgggcc ycctaaactc taagacttgc cagggaagag 60

a 61

<210>51

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>51

tccccttcac atgcaggtgg gcacccacta kagctactga tggctttaag gatgtgggtg 60

c 61

<210>52

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>52

cacagcttca ctgcccctta ctcttcaaga yccttcatga ggcccacgaa gaaacctcgg 60

g 61

<210>53

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>53

ggaggtatag gcggcttgac tccacatcac rgtgcctggg gcccctgccc agctggggag 60

a 61

<210>54

<211>41

<212>DNA

<213>人

<400>54

tggacataga taagctcagt kactaggttt ccttcgagct c 41

<210>55

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>55

gtaattaaat ctttatttct ttgtgaaaaa yggccttggg aagagaccta acagttggtt 60

c 61

<210>56

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>56

gaataatcca tgccattaca acaacctact yaagatcctt gtttcttagc atggcagcca 60

a 61

<210>57

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>57

gctggctcac atcccaggtt ctcctgaccc kaaacaaagc agtgatgtca gttcaatcca 60

g 61

<210>58

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>58

cttccctcct ttccttcttc ctttattttt yttttctttc ttagacattt taaaatatgt 60

g 61

<210>59

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>59

aactcagaaa atctcagaaa gacagagaaa ygcaaacaca aagtgaatgg gacactgtac 60

t 61

<210>60

<211>111

<212>DNA

<213>人

<400>60

tttcttctca aaactcacat ttttgacttt aacagtccct gtcactgttc gctcttgcaa 60

ygagcagttc tccagacaga caaagttctt ctgaaagtgg ctccggaaac t 111

<210>61

<211>41

<212>DNA

<213>人

<400>61

agaacatcca actgctgata ygcagcaatc cccatcatgc c 41

<210>62

<211>41

<212>DNA

<213>人

<400>62

catctctgac tccccttact ytggcctcct ctctccgcca c 41

<210>63

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>63

tccattttta cacatccacc tgtttgccat kaagtcacaa cattttatca aaatatacac 60

a 61

<210>64

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>64

agcataacta acagagatca taatgaaaac rctggcattg tgtgcatttt aaaccatcat 60

t 61

<210>65

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>65

atcccctagg gggtccacgt cgggccatgc wcatccccca ctggactcac catcacactt 60

g 61

<210>66

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>66

gagatcacag ggcacagtca gtgtttacta mcatgagggt gagaagaaga ctacgttact 60

a 61

<210>67

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>67

ctgctttagg taatgatttg aaaacctaac ycctcctgcc tccactgaga ggtcgctctg 60

g 61

<210>68

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>68

aatgagaccc caatgttggc aagtgctccc rtggccaggg agagatggat aaagctggag 60

a 61

<210>69

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>69

tcaaattcta caacacagat tcatcatagg rcatattgtt agagggtgaa aacaatgttg 60

g 61

<210>70

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>70

ggctggtttg tcaggaaatc cctttgcatg ragccaggta ggagaagcgc agctggtcgg 60

c 61

<210>71

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>71

tcatgcatac cactccatat agttaccatt yggagctgtg ggagcggctg actagatgag 60

a 61

<210>72

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>72

ttgctgctct ttcaaggatc agtggaagga ygcgtggacc acagccactc cactcctggc 60

t 61

<210>73

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>73

ttgtggtcct cagtcttcga gtctgaagag yagctcatca cagtgtctcc gtttcctctt 60

c 61

<210>74

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>74

ctagaggcat tggggtgggg accaggctgc raggagtcat cctcaaacat ttcagggttc 60

t 61

<210>75

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>75

ttgatctgat atggtcccgt ctcagaatgt rgataagcat ctagttatat caggctggca 60

g 61

<210>76

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>76

gagaggggga aataaagcag tactcattgt ygtggcacaa atccgaataa atgtatactg 60

a 61

<210>77

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>77

tggtcattag ggaccccatt ttttctcctg mgactttcaa aatataagct gagaaatttg 60

c 61

<210>78

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>78

ctggcctgtt ctgtctctgc ggctgtgaca ygagctgtca gaaagtttcc cacaccagaa 60

g 61

<210>79

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>79

gttatcgacc tgggttgtta atgcagtgta kcagtgactt tgctgtacac ccctcactct 60

c 61

<210>80

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>80

ctgttttcat aggatgctgc atttttaggt wttcagttaa gtactgtttt cagatgctga 60

a 61

<210>81

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>81

atcagcagac gagaaggata gagacacaag ycccttcttt cctctggtca gaccacttgc 60

g 61

<210>82

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>82

acaaaagaag attaaaaatg agttacagac mcctgggggc ccagaagaac tggacttttc 60

a 61

<210>83

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>83

taagattatt aaaagcacga cagacaatag stgtctttac ttcaactcaa cccactttta 60

t 61

<210>84

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>84

ccacattttc tccttcaccc ttttctttgt ytcttatctc cctttttctg taccttttat 60

t 61

<210>85

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>85

ccagatctag cagtacatga tatattttgg wctctgcaat ttgaagaatt tagtttgatg 60

g 61

<210>86

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>86

ccagtcttgg ggaagcaggg agctggatgg mtgtaccctt ggtacttgag cagagctctg 60

g 61

<210>87

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>87

caaaagactc caaagatttc tcttttcacc rgctcccaat tactgccaca taacacatgc 60

c 61

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<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>88

tggcactttt catcagctgg ccatcgtcac rggcattctt attagtcagg taaaaactcc 60

c 61

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<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>89

gaccaccggc cccatctctc tccactgcca yctctccctg tgtgtcccgg gaggggccgc 60

c 61

<210>90

<211>81

<212>DNA

<213>人

<400>90

tcatgtttat acaattggca tgacataaac acatcattat raagaaaatt ataaaataca 60

gctatgcaaa aagaatacat t 81

<210>91

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>91

gcagtcgcca gctctgtgtt gctgggtggc rtccctccag gctccgtggc tgatctccca 60

c 61

<210>92

<211>61

<212>DNA

<213>人

<400>92

ggagcccagg gcctcaccag tgagcaggtg rtagtccagc agcttctcct tgaggatgtc 60

g 61

Claims

1.在确定个体对2型糖尿病易感性的方法，其包括检测2型糖尿病相关SNP的危险等位基因，其中SNP位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中。

2.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：23或SEQ IDNO：23的互补序列中。

3.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：32的互补序列中。

4.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：35或SEQ ID NO：35的互补序列中。

5.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：40或SEQ ID NO：40的互补序列中。

6.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：41或SEQ ID NO：41的互补序列中。

7.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：17或SEQ ID NO：17的互补序列中。

8.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：36的互补序列中。

9.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：74或SEQ ID NO：74的互补序列中。

10.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：62或SEQ IDNO：62的互补序列中。

11.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：10的互补序列中。

12.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：11的互补序列中。

13.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：8的互补序列中。

14.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：54或SEQ ID NO：54的互补序列中。

15.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：65或SEQ ID NO：65的互补序列中。

16.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：9的互补序列中。

17.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：67或SEQ ID NO：67的互补序列中。

18.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：4或SEQ ID NO：4的互补序列中。

19.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：91或SEQ ID NO：91的互补序列中。

20.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：92或SEQ ID NO：92的互补序列中。

21.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：68的互补序列中。

22.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：69或SEQ ID NO：69的互补序列中。

23.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：7的互补序列中。

24.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：20或SEQ ID NO：20的互补序列中。

25.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：16或SEQ ID NO：16的互补序列中。

26.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：31或SEQ ID NO：31的互补序列中。

27.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：42或SEQ ID NO：42的互补序列中。

28.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：39的互补序列中。

29.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：53的互补序列中。

30.权利要求1的方法，其中SNP位于SEQ ID NO：38或SEQ ID NO：38的互补序列中。

31.分离的多核苷酸，其包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列的互补序列的序列中的SNP。

32.分析样品中第一多核苷酸存在的方法，其中所述第一多核苷酸具有与2型糖尿病或2型糖尿病发展倾向相关的SNP，所述方法包括使所述样品与第二多核苷酸接触，其中第二多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的核苷酸序列，其中所述第二多核苷酸在严格条件下与所述第一多核苷酸杂交。

33.包含分离的多核苷酸的载体，所述多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，其中所述分离的多核苷酸与调节序列有效连接。

34.重组宿主细胞，其包含权利要求33的载体。

35.产生由分离的多核苷酸所编码多肽的方法，所述分离的多核苷酸具有位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP；所述方法包括在适合于表达所述多核苷酸的条件下培养权利要求34的重组宿主细胞。

36.分析样品中由分离的多核苷酸所编码多肽存在的方法，所述分离的多核苷酸具有位于选自 SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，所述方法包括使样品与特异性结合所述编码多肽的抗体接触。

37.包含多核苷酸的转基因动物，所述多核苷酸具有位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP。

38.鉴定改变多核苷酸表达的试剂的方法，所述多核苷酸包含与2型糖尿病相关的SNP，所述方法包括：

(a)使多核苷酸在表达条件下与待测试的试剂接触，其中多核苷酸包含(1)位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，以及(2)与报道基因有效连接的启动子区域；

(b)在试剂存在情况下评估报道基因的表达水平；

(c)在试剂不存在情况下评估报道基因的表达水平；以及

(d)对比步骤(b)中的表达水平与步骤(c)中的表达水平，差异指示着表达被试剂改变。

39.测定样品中第一多核苷酸存在的方法，所述第一多核苷酸与第二多核苷酸的一部分至少部分互补，其中第二多核苷酸包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列，所述方法包括：

a)在适合于杂交的条件下将所述样品与所述第二多核苷酸接触，以及

b)评估在所述第一和所述第二多核苷酸之间是否发生杂交，其中如果杂交发生，则所述第一多核苷酸存在于所述样品中。

40.权利要求39的方法，其中所述第一多核苷酸的存在指示具有2型糖尿病或发展成2型糖尿病的倾向。

41.权利要求39或40的方法，其中所述第二多核苷酸与所述第一多核苷酸的部分序列完全互补。

42.权利要求39至41中任一项所述的方法，其还包括扩增至少部分的所述第一多核苷酸。

43.权利要求39至42中任一项所述的方法，其中所述第二多核苷酸长度为99个核苷酸或更少，并且是(a)与所述第一多核苷酸中的连续核苷酸序列有至少80％同一性或(b)能够与所述第一多核苷酸选择性杂交。

44.用于测定样品中存在第一多核苷酸的试剂，所述第一多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，所述试剂包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸含有与第一多核苷酸序列的一部分至少部分互补的连续核苷酸序列。

45.权利要求44的试剂，其中所述第二多核苷酸与第一多核苷酸的一部分完全互补。

46.用于测定样品中存在第一多核苷酸的试剂盒，所述第一多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP，所述试剂盒在分开的容器中包含：

a)一种或多种标记的第二多核苷酸，其包含选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列；以及

b)用于检测所述标记的试剂。

47.诊断个体对2型糖尿病易感性的方法，其包括检测与2型糖尿病相关的单元型，所述单元型选自在图2中显示的单元型。

48.权利要求47的方法，其中检测单元型的存在包括对来自个体的核酸进行酶促扩增。

49.权利要求47的方法，其中检测单元型的存在还包括电泳分析。

50.权利要求47的方法，其中检测单元型的存在还包括限制性片段长度多态性分析。

51.权利要求47的方法，其中检测单元型的存在还包括序列分析。

52.诊断个体对2型糖尿病易感性的方法，其包括：

a)从所述个体得到多核苷酸样品；以及

b)分析多核苷酸样品中包含图2中所示单元型的单元型的存在与否，其中单元型的存在对应于对2型糖尿病的易感性。

53.鉴定与2型糖尿病相关的基因的方法，其包括：(a)鉴定包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP的基因；以及(b)对比所述基因在具有危险等位基因的个体中的表达和所述基因在没有危险等位基因的个体中的表达，差异指示着基因与2型糖尿病相关。

54.鉴定适合于治疗2型糖尿病的试剂的方法，其包括(a)使多核苷酸与待测试试剂接触，其中多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP；以及(b)确定所述试剂是否以可用于治疗2型糖尿病的方式结合、改变或影响多核苷酸。

55.鉴定适合于治疗2型糖尿病的试剂的方法，包括(a)使多核苷酸编码的多肽与待测试的试剂接触，其中多核苷酸包含位于选自SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列和SEQ.ID.NO.：1-92所确定序列之互补序列的序列中的SNP；以及(b)确定所述试剂是否以可用于治疗2型糖尿病的方式结合、改变或影响多肽。

56.通过权利要求55的方法所鉴定的试剂。

57.药物组合物，其包含权利要求56的试剂。

58.权利要求57的药物组合物，其包含治疗有效量的试剂。

59.通过权利要求38的方法所鉴定的试剂。

60.包含权利要求59的试剂的药物组合物。

61.权利要求60的药物组合物，其包含治疗有效量的试剂。

62.以上所述的方法、多核苷酸、载体、重组宿主细胞、转基因动物、制剂、试剂和药物组合物，特别是前述实施例提到的那些。