CN100441691C - 指导在植物贮藏根中高水平表达的甘薯mads盒启动子 - Google Patents

指导在植物贮藏根中高水平表达的甘薯mads盒启动子 Download PDF

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Abstract

本发明涉及指导基因在植物贮藏根中高水平表达的启动子,该启动子源自甘薯MADS盒基因;指导基因在植物贮藏根中高水平表达的载体,该载体含有所述的启动子;和瞬时测定方法,该瞬时测定方法使用所述的相同载体在植物贮藏根中瞬时表达外源基因。本发明的启动子能够诱导特别是在植物贮藏根中的高水平表达。因此本发明对于开发转基因植物以在植物贮藏根中大量生产有用物质是非常有用的。

Description

指导在植物贮藏根中高水平表达的甘薯MADS盒启动子
技术领域
本发明涉及指导在植物贮藏根中高水平表达的MADS盒启动子,使用该启动子的表达载体,以及使用该载体在植物贮藏根中进行的瞬时测定方法。更具体地,本发明涉及指导在植物贮藏根中高水平表达的甘薯MADS盒基因启动子序列,使用该启动子序列的质粒载体,以及使用该载体在植物贮藏根中进行瞬时测定的方法。
背景技术
作物的分子育种技术使得利用所有物种的基因作为育种材料并在基因水平而不是过去的基因组水平精密调节育种效果成为可能。因此,它是导致进入下一代农业的核心技术之一。
为了使作物的这种分子育种技术的效果最大化,其基本的先决条件如下:
1)代表各种植物的基因资料库的积累;
2)各种作物的转化系统的建立;和
3)调节插入到植物中的外源基因的表达的启动子的开发。
在国外,从20世纪80年早期起就已经开始研究调节植物基因表达的启动子。提出花椰菜花叶病毒的启动子能在各种植物组织中诱导高水平的基因表达(Hohn等,1982,Curr.Topics Microbiol.Immunol.96:193~236)。
后来,确定了该启动子的序列(Odell等,1985,Nature 313:810-812)。证实该启动子能在植物中诱导高水平的基因表达(Sanders等,1987,Nucleic Acids Res.15:1543~1558)。从那以后,CaMV 35S启动子(专利号:JP1993192172-A1)成为了在植物中使用最普遍的启动子。
由于CaMV 35S的鉴定,在特定植物组织中表达基因的启动子得到积极研究。涉及在特定植物组织中表达基因的启动子的具体研究如下。
涉及种子特异性启动子的研究
由于预期种子特异性启动子将在作物的分子育种技术中非常有用,涉及它们的研究领域是在有关组织特异性启动子研究领域中研究最活跃的领域之一。β-菜豆蛋白是菜豆的种子贮藏蛋白。其基因的启动子已经被克隆出来(Bustos等,1989,Plant Cell 1:839~853)。随后,发现该启动子的上游激活序列1(UAS1,-295bp~-109bp)部分是种子特异性表达的必要顺式元件(Bustos等,1991,EMBO J.10:1469~1479)。此后,报道了上游激活序列1中的68bp(-64bp~+6bp)起到种子特异性增强子的作用(van der Geest和Hall,1996,Plant Mol.Biol.32:579~588)。
而且,发现B盒ABA复合体和RY/G复合体对于napin基因启动子(napA)在种子组织中表达基因是必需的(Ezcurra等,1999,Plant Mol.Biol.40:699~709)。已经发现了多种种子特异性启动子,如水稻植物中的贮藏蛋白谷蛋白基因(Glu-B1)的启动子(Washida等,1999,Plant Mol.Biol.40:1~12)和豌豆中的胰蛋白酶/胰凝乳蛋白酶抑制因子基因(TI)的启动子(Welham和Domoney,2000,Plant Sci.159:289~299)。
涉及花组织特异性启动子的研究
发现矮牵牛花中的chsA(查耳酮合成酶)基因启动子的67bp对于在花组织中表达基因是必需的(van der Meer等,1990,Plant Mol.Biol.15:95~109)。还有报道,番茄LAP(亮氨酸氨肽酶)基因的启动子是花组织特异性启动子,而且该基因从-317bp到-3bp的区域是在花组织中表达基因的决定性因素(Ruiz-Rivero和Prat,1998,Plant Mol.Biol.36:639~648)。
涉及根组织特异性启动子的研究
拟南芥(Arabidopsis thaliana)的过氧化物酶基因的启动子(prxEa)是根组织特异性启动子,而且组织特异性表达的调控因子位于该基因的-172bp~-1bp之间(Wanapu和Shinmyo,1996,Ann N.Y.Acad.Sci.782:107~114)。最近报道了拟南芥的另一个根特异性启动子(Pyk10),还报道了该启动子的调控因子(Nitz等,2001,Plant Sci.161:337~346)。
涉及马铃薯块茎特异性启动子的研究
马铃薯块茎蛋白基因编码在马铃薯块茎中大量表达的糖蛋白,并与脂质酰基水解酶的活性相关。马铃薯块茎蛋白基因启动子能调节马铃薯块茎特异性表达(专利号EP0375092,B1;Jefferson等,1990,Plant Mol.Biol.14:995~1006)。位于所述基因的-183bp~-143bp的调控因子充当糖诱导的块茎特异性表达的决定性因子(Liu等,1990,Mol.Genl Genet.223:401~406)。而且,据报道核蛋白作为反式作用因子,调节马铃薯块茎蛋白启动子的块茎特异性表达(Kim等,1994,Plant Mol.Biol.26:603~615)。
同时,在甘薯贮藏根中,甘薯贮藏蛋白(sporamin)占总可溶性蛋白的60%~80%。因此,进行了各种研究以利用上述的基因启动子作为甘薯中的贮藏根特异性启动子。
不过,还没有确定所述启动子在贮藏根中能否诱导基因表达。使用相同的启动子,在转基因烟草植物的茎、叶和筛管组织中发现高水平的表达(Hattori等,Plant Mol.Biol.14:595~604,1990;Ohta等,Mol.Gen.Genet.1991,225:369~378)。
因此,尽管涉及组织特异性启动子的研究范围广,但是还没有报道过在植物贮藏根中具有选择性功能的贮藏根特异性启动子。
发明内容
为了解决上述问题和满足上述需要,本发明的一个目的是提供指导基因在植物贮藏根中高水平表达的启动子DNA序列。
本发明的另一个目的是提供含有指导基因在植物贮藏根中高水平表达的所述启动子DNA序列的载体。
本发明进一步的目的是提供使用相同的所述载体在植物贮藏根中进行外源基因表达的瞬时测定方法。
为了达到上述目的,发明人克隆了甘薯MADS盒基因的根和贮藏根特异性启动子区域,并利用相同基因的5’非翻译区开发能诱导基因在贮藏根中高水平表达的启动子。这些发明人随后在胡萝卜和小萝卜(Raphanus Sativus L.)的贮藏根中诱导瞬时表达,并观察到该启动子的高水平活性从而完善了本发明。
因此,本发明提供了分离的DNA序列,该分离的DNA序列为含有SEQ ID NO:1序列的甘薯MADS盒基因的根和贮藏根特异性启动子区域和5’非翻译区。
上述启动子的DNA序列来自SEQ ID NO:1(图5)中相对于甘薯MADS盒基因的转录起始位点为-1bp到-2801bp的区域。根据本发明,该启动子能诱导靶基因在植物贮藏根中的高水平表达。
上述非翻译区包含SEQ ID NO:1(图5)中相对于甘薯MADS盒基因的转录起始位点为+1bp到+209bp的非翻译区。如所报道其它的植物的5’非翻译区,所述非翻译区能增强导入到植物中的靶基因的翻译效率,以诱导靶基因的高水平表达。
为了实现另外一个目的,本发明提供了表达载体,该表达载体含有指导在植物贮藏根中高水平表达的甘薯MADS盒基因的储藏根特异性启动子和5’非翻译区。
上述贮藏根特异性表达载体可以是能在植物中瞬时表达外源基因的瞬时表达载体。不过,该表达载体优选是能在转基因植物中持久表达外源基因的双元载体。在本发明中例如使用瞬时表达载体进行转化。
双元载体可以是含有T-DNA的RB和LB的双元载体,该双元载体在根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)的Ti质粒存在时能转化植物。优选地,所述双元载体可以是相关领域中常用的双元载体,如pBI101(产品目录号:6018-1,Clonetech,USA)、pBIN(Genbank登录号:U09365)、pBI121、pBIN20或BIBAC载体。
如果上述用于贮藏根的表达载体为双元载体,可以使用根癌农杆菌(An,G.1987,Plant Physiology)或粒子轰击(Lacorte等,1997,Plant CellReports)的方法转化植物。
本发明提供了能在植物中瞬时表达外源基因的瞬时表达载体。
关于本发明用于植物贮藏根的表达载体,在pBI221载体中本发明MADS盒基因的启动子和5’非翻译区位于外源基因的前面。本发明提供了通过把本发明的MADS盒基因的启动子和5’非翻译区插入到含有GUS葡糖苷酸酶)报告基因的载体(pBI221)中而制得的pSPmasds-3.0和pSPmads-1.5(图6)。但是,GUS报告基因为外源基因,可以被认为有用的其它外源基因取代。
本发明更进一步提供了使用本发明的瞬时表达载体瞬时转化的贮藏根。
植物贮藏根可以使用本发明的表达载体利用粒子轰击方法(Lacorte等,1997,Plant Cell Reports)进行瞬时转化。不管作物是何种类,用于植物贮藏根的本发明表达载体都可以转化它们的贮藏根。所述作物的例子可以是胡萝卜、小萝卜等。
为了实现另外一个目的,本发明提供了通过使用用于植物贮藏根的本发明的表达载体而能够诱导外源基因在植物贮藏根中进行瞬时高水平表达的瞬时测定方法。
上述外源基因可以是想要在植物贮藏根中大量表达的任何基因。而且,在本发明用于植物贮藏根的表达载体中这些外源基因位于甘薯MADS盒基因的启动子和5’非翻译区的邻近位置,而且如果需要,这些外源基因可以与报告基因融合表达。
本发明提供了如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:4所示的PCR引物,以克隆甘薯MADS盒启动子。
本发明提供了如SEQ ID NO:6~SEQ ID NO:9所示的PCR引物,以扩增含有如SEQ ID NO:1所示序列的启动子的DNA片段。
有益效果
本发明涉及源自甘薯(Ipomoea batatas)的MADS盒基因的启动子和5’非翻译区。本发明的甘薯MADS盒基因的启动子和5’非翻译区能诱导植物根和贮藏根特异性表达,尤其能诱导在植物贮藏根中的高水平表达。因此,本发明可用于开发转基因植物,以在植物贮藏根中大量生产有用物质。
附图说明
从下面详细的描述并结合附图,可以更清楚地理解本发明的上述和其它目的、特征和其它优点,其中:
图1显示用于Northern印迹分析以分析本发明中甘薯MADS盒基因(ibMADS)的表达模式的甘薯组织;
图2显示使用图1所示的甘薯组织进行Northern印迹分析的结果;
图3显示克隆本发明的启动子的PCR过程;
图4显示使用限制性酶对本发明启动子进行的鉴定;
图5显示本发明的甘薯MADS盒基因的启动子和5’非翻译区的序列;
图6显示含有本发明的甘薯MADS盒基因的启动子和5’非翻译区的瞬时表达载体(下文称为pSPmads-1.5或pSPmads-3.0);
图7显示使用本发明的pSPmads-1.5或pSPmads-3.0进行瞬时测定的结果。
具体实施方式
下面的实施例将使本领域的技术人员能更清楚地理解如何实施本发明。应当理解,虽然已结合优选的特定实施方案对本发明进行了描述,但是下述只是为了解释的目的,而非限制本发明的范围。本发明的其它方面对于本发明相关领域的技术人员来说是显而易见的。
实施例1:在植物根和贮藏根中特异性表达的基因的鉴定
为了找到在植物根和贮藏根中特异性表达的基因,发明人用多种甘薯组织进行Northern印迹分析。更具体地,分析了在发育早期阶段表达的甘薯(Ipomoea batatas cv.Jinhongmi)贮藏根的EST(You等,2003,FEBS Letters,536;101~105)。
总RNA分离自处于非贮藏根阶段的甘薯的叶(叶-FRN)、茎(茎-FRN)、叶柄(叶柄-FRN)和根(FRN),处于早期贮藏根阶段的甘薯的叶(叶-SR)、茎(茎-SR)、叶柄(叶柄-SR)、根(FRES)和贮藏根(SR),以及处于晚期贮藏根阶段的甘薯的根(FRLS)。
FRN是指非贮藏根阶段的须根,FRES是指早期贮存根阶段的须根。而SR是指贮藏根(直径<1.5cm),FRLS是指晚期贮藏根阶段的须根(图1)。
使用甘薯EST作为探针,通过Northern印迹分析对提取的总RNA进行分析。结果发现,甘薯MADS盒基因在发育的非贮藏根阶段和早期贮藏根阶段的根组织中表达。此外,还发现MADS盒基因在成熟贮藏根阶段的贮藏根中高水平表达(图2)。但是其在甘薯的其它组织中没有表达。因此,发现MADS盒基因特定地在植物根和贮藏根组织中表达。
实施例2:甘薯MADS盒基因启动子的克隆
为了克隆甘薯MADS盒基因的启动子,通过PCR筛选甘薯(Ipomoeabatatas cv White Star)的基因组步移文库(Genome Walker library)。
在第一次PCR中,使用在甘薯(Ipomoea batatas cv.Jinhongmi)MADS盒cDNA序列基础上产生的Mads(124)R引物(表1中的SEQ ID NO:2)和接头引物1(表1中的SEQ ID NO:3)。
在第二次PCR中,使用在甘薯(Ipomoea batatas c v.Jinhongmi)MADS盒cDNA序列的基础上产生的Mads(94)R引物(表1中的SEQ ID NO:4)和巢式接头引物2(表1中的SEQ ID NO:5)。PCR根据通用基因组步移试剂盒(Universal Genome Walker Kit,Clonetech)的指导手册进行。
表1
Figure C20048002442000091
结果如图3和图4中所示,图中显示了第一次PCR和第二次PCR的产物在琼脂糖凝胶中的电泳情况。从琼脂糖凝胶中洗提第二次PCR产物的NO.2产物(3kb~6kb),并使用TOPO XL PCR克隆试剂盒(Invitrogen)将该产物插入到pCR-XL-TOPO载体中。然后,从20个大肠杆菌(E.coli)克隆中提取质粒并用限制性酶进行鉴定(图4)。通过对质粒进行测序,鉴定了一个与甘薯(Ipomoea batatas cv.Jinhongmi)MADS盒cDNA的5’序列同源的质粒(图4中的NO.10)。将克隆区域的全序列(大约3kb)登记于NCBI GenBank中(登录号为AY655162)。
图5显示本发明甘薯MADS盒基因的启动子和5’非翻译区的序列。蛋白质合成的起始密码子“ATG”加了下划线,将转录起始位点的碱基“A”表示为“+1”。虽然在5’非翻译区有推定的内含子(用斜体字母表示),但该内含子区域的序列与甘薯(Ipomoea batatas cv.Jinhongmi)的cDNA序列是不同的。
实施例3:用于植物贮藏根特异性启动子瞬时表达的载体的构建
将实施例2中克隆的甘薯MADS盒的启动子和5’非翻译区插入到pBI221载体中。在这种情况中,使用了两种长度的启动子区域。一个启动子为3,010bp(-1bp~-2801bp),另一个启动子为1,437bp(-1bp~-1228bp)。二者都含有209bp的5’非翻译区。
通过PCR扩增上述的3,010bp的启动子和1,437bp的启动子,并通过SphI和BamHI进行限制性酶切。然后把它们插入到pBI221的SphI和BamHI位点。载体分别命名为pSPmads-3.0和pSPmads-1.5(图6)。上述PCR中使用的引物详细列于表2。
在PCR中,在进行了94℃×4分钟的步骤之后,使用下面的循环参数;5个循环[94℃×1分钟;60℃×1分钟;72℃×2分30秒],5个循环[94℃×1分钟;63℃×1分钟;72℃×2分30秒],20个循环[94℃×1分钟;66℃×1分钟;72℃×2分钟30秒]。之后,进行72℃×5分钟的步骤。
表2
实施例4:通过瞬时测定方法进行贮藏根特异性启动子的活性鉴定
为了鉴定pSPmads-3.0和pSPmads-1.5载体的活性,进行了瞬时测定方法。更具体地,挑选处于生长和膨大阶段的胡萝卜和小萝卜的贮藏根并冲洗。然后把贮藏根横向切割为5mm厚,并放置在4℃培养皿中完全浸润4小时~5小时。
根据Sanford等的方法(1993,Meth Enzymol 217:485~509),将DNA混合,并用直径为1.0μm的金粒包被。在这种情况下,使用下述的轰击条件:[DNA密度为1.0μg,压力为1,350Psi的氦气,与胡萝卜或小萝卜的距离为6cm]。
轰击之后,把它们在黑暗中于25℃放置24小时,并进行组织化学染色来确定GUS的活性。为了对胡萝卜或小萝卜的切割的贮藏根组织进行染色,把它们浸泡于含有1mM溶于DMSO(二甲亚砜)的X-glu(5-溴-4-氯-3-吲哚基-β-葡糖苷酸)、100mM磷酸钠(pH 7.0)、10mM EDTA(乙二胺四乙酸)、0.5mM铁氰化钾、0.5mM亚铁氰化钾和0.1%Triton X-10(曲通X-10)的溶液中,于37℃反应24小时。
除去溶液后,将切割的贮藏根组织用70%的乙醇漂洗24小时,然后于100%乙醇中放置几天同时有规律地更换乙醇,以除去组织中含有的叶绿素。
如图7所示,pSPmads-3.0在除了次生木质部组织外的所有胡萝卜组织中是有活性的。pSPmads-1.5在所有胡萝卜组织中均显示高水平的活性。而且两个启动子在胡萝卜的微管形成层中都显示高水平的活性。
同时,pSPmads-3.0和pSPmads-1.5在所有的小萝卜组织中均具有高活性。但是,当胡萝卜或小萝卜的叶用上述的启动子进行转化时,那些启动子不显示任何活性(图7)。
如果将上述结果和Northern印迹测定结果进行综合考虑,可以说本发明的启动子的活性对植物贮藏根和根是特异的。
工业实用性
如上所述,本发明提供含有甘薯MADS盒基因的启动子和5’非翻译区的贮藏根特异性启动子。为了进行瞬时表达测定,本发明提供了通过把该启动子插入到pBI221中而制得的瞬时表达载体。瞬时测定显示,该启动子特异性地在胡萝卜和小萝卜的贮藏根中特异性地具有高水平的活性。因此,确定了本发明的启动子具有植物根和贮藏根特异性活性。
本发明的启动子可用于在转化的贮藏根组织中生产有用的蛋白质,或对贮藏根组织进行代谢调节和使用转基因植物来生产功能性物质。
序列表
SEQ ID NO:1
ggctggtttc taagacattt tttggtttaa tccaaaccta attacaaata ttcccaacaa    60
gatcgaatga tctatggcta caaaccctat cccaacaaaa aactacattt agtacatcaa    120
attaagtggc atgattattt tattttgttc gacaaagtag catcaaataa actacaaaaa    180
aaactacatc attacaaaaa gactaattat caggcatcaa tgttagtata tgggaggtgg    240
tgggttcgag cctcagtgga ggcgttgctg tctctttgtt cttcagtagg ttgagagagt    300
aatttatgaa cagatactac actgtaatag agtcagtagc aatcaaaaaa aaatttgttt    360
taataatatc ctaatattat atttttctaa ccagtactat gctttcggct ttccagaagg    420
cagaagccta aaaaattcaa ttaagtttat aaactttaat ccacttgttt gagtaattga    480
gtatctttca gaacggttgt agatttaggt gggatgacaa atggtattcc aaagttcaag    540
atatttcttt ttagatttag gaatttgtag tcttttaagg ttagaggtta cttaaaagga    600
tgaacaaatt ttttatccca ttctatttct aggaagaatt  ataatccgt acgtgtgacg    660
gctgccatta attatagtgc ccattcattt ttattgggaa aaagtactca tccattattt    720
cattggcacg gcaacccagt tttaaatatt ttataacaat aataacatat ggaaccaaat    780
tgtaaccttt atatcccaca gacccacaca ttacacatcc aataaaactt gagccaaatt    840
atatattagc gttactgagt actgactaaa atatattttt aaaatatact aaaatattat    900
taaaaaaata ttaaaatagt aaaattatat taaatagaaa atttaattta atcaaagaat    960
accaactaaa acgtataaaa tgagaaaata taggtatata atattgatga ttccttttga    1020
tttttttttt atgatccgaa aattctttgg ccataagaag agtaaatgaa caatttaaac    1080
taagaaaata agtaagttgc tcctatgtga ttaatatata aagtgagatt tgagctgttg    1140
atctatatta ttgaattaga tcaacgactc aaaatgaagg ataatttttt taaaaaatcg    1200
cttcctgtta atattaatgc tttaaaatta agcacattaa actttaaaat aatgcacctt    1260
tttttttaat actattgacc ttgttacatg tagtatctga agtccaacaa agtcaacatt    1320
gtccccactg aggctcaaac ccgtgacctc ccactaggga gaatcgcttc atgccgcttg    1380
accacaagtc ctttggtaaa aataatgcac cttaaagatg taaacttacg catcttcgat    1440
gaactgacca ctttgagctt gcaacttata cttttttgaa gataagcttg taacttatta    1500
taatggtcta ttaacattaa aaaaaaaaaa agtttcacaa tcaaattata atatttgtag    1560
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atatatataa tctgatctgc tttcatcttt cagtgatttc ttcatttgga tttcttcagg    3000
gaggagaagg atg
SEQ ID NO:2
atcctcctaa tttcaacctt gcccctc
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gtaatacgac tcactatagg gc
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catgcatgcc cgcgggtgtg actatt
SEQ ID NO:9
gctagatctc cttctcctcc ctgaagaaat c

Claims (8)

1.一种指导基因在植物贮藏根中表达的启动子,该启动子为图5中-1bp~-2,801bp区域的核苷酸序列或图5中-1bp~-1,228bp区域的核苷酸序列。
2.对植物贮藏根中的基因表达有用的甘薯MADS盒基因的5’非翻译区,该5’非翻译区为图5中+1bp~+209bp区域的核苷酸序列。
3.一种瞬时表达载体,该瞬时表达载体含有权利要求1所述的指导基因在植物贮藏根中表达的启动子和权利要求2所述的5’非翻译区。
4.含有权利要求3所述的瞬时表达载体的大肠杆菌。
5.一种瞬时测定方法,该瞬时测定方法使用权利要求3所述的用于植物贮藏根的瞬时表达载体在贮藏根中表达外源基因。
6.如权利要求5所述的瞬时测定方法,其中含有外源基因的所述表达载体通过粒子轰击转移到贮藏根组织中。
7.一种用于植物转化的双元载体,该双元载体含有权利要求1所述的指导在植物贮藏根中表达的启动子和权利要求2所述的5’非翻译区。
8.含有权利要求7所述的用于植物转化的双元载体的大肠杆菌。
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