BR112021003224A2 - oligonucleotídeos antissentido direcionados a scn2a para o tratamento de encefalopatias por scn1a - Google Patents

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Abstract

OLIGONUCLEOTÍDEOS ANTISSENTIDO DIRECIONADOS A SCN2A PARA O TRATAMENTO DE ENCEFALOPATIAS POR SCN1A. São fornecidos nesse documento métodos, compostos e composições para reduzir a expressão de SCN2A em um indivíduo. Tais métodos, compostos e composições são úteis para tratar, prevenir, retardar ou melhorar um(a) doença ou distúrbio relacionado(a) a SCN1A (por exemplo, síndrome de Dravet) em um indivíduo em necessidade.

Description

OLIGONUCLEOTÍDEOS ANTISSENTIDO DIRECIONADOS A SCN2A PARA O TRATAMENTO DE ENCEFALOPATIAS POR SCN1A
REFERÊNCIA CRUZADA A PEDIDO RELACIONADO
[001] Este pedido reivindica o benefício do Pedido Provisório US No. 62/765,344, depositado em 2 de agosto de
2018. O conteúdo do pedido referenciado acima é incorporado por referência em sua totalidade.
LISTAGEM DE SEQUÊNCIAS
[002] O presente pedido contém uma Listagem de sequências que foi submetida eletronicamente em formato ASCII e é aqui incorporada por referência em sua totalidade. A referida cópia em ASCII, criada em 23 de setembro de 2019, é denominada PRX-057 WO_SL.txt e tem 2,235 bytes de tamanho.
CAMPO DA INVENÇÃO
[003] São fornecidos aqui métodos, compostos e composições úteis para reduzir a expressão da subunidade alfa 2 do canal de sódio dependente de voltagem (SCN2A) em um indivíduo (por exemplo, um humano). Além disso, são fornecidos nesse documento métodos, compostos e composições compreendendo oligonucleotídeos antissentido de SCN2A (ASOs), que podem ser úteis no tratamento de doenças ou condições relacionadas à subunidade alfa 1 do canal dependente de voltagem de sódio (SCN1A) em um indivíduo. Tais métodos, compostos e composições podem ser úteis, por exemplo, para tratar, prevenir, retardar ou melhorar uma encefalopatia relacionada a SCN1A, tal como a síndrome de Dravet.
ANTECEDENTES DA INVENÇÃO
[004] O gene da subunidade alfa 1 do canal dependente de voltagem de sódio (SCN1A) está localizado no braço longo (q)
do cromossomo humano 2 na posição 24.3, que codifica NaV1.1, a subunidade alfa de um canal de sódio dependente de voltagem que é expressado no cérebro e envolvido na sinalização neural. Mutações em SCN1A podem estar associadas a epilepsia, epilepsia generalizada com convulsões febris, convulsões febris familiares, enxaquecas, encefalopatia epiléptica infantil precoce 6, síndrome de Dravet (epilepsia mioclônica grave da infância) e outras encefalopatias relacionadas a SCN1A. No entanto, o mecanismo pelo qual as mutações SCN1A causam efeitos adversos não é bem compreendido na técnica, e métodos satisfatórios de tratamento de encefalopatias por SCN1A não estão disponíveis. Assim, permanece a necessidade de novos métodos úteis para o tratamento desses distúrbios relacionados com SCN1A.
SUMÁRIO DA INVENÇÃO
[005] São fornecidas nesse documento composições, compostos e métodos para modular a expressão da subunidade alfa 2 do canal de sódio dependente de voltagem (SCN2A), a fim de tratar doenças associadas à subunidade 1 alfa (SCN1A) do canal de sódio dependente de voltagem, tais como, encefalopatias por SCN1A, incluindo a síndrome de Dravet (epilepsia mioclônica grave da infância (SMEI), epilepsia, epilepsia generalizada com convulsões febris, convulsões febris familiares, enxaquecas e encefalopatia epiléptica infantil precoce 6.
[006] Em um aspecto, a invenção apresenta um método de tratamento de uma encefalopatia por SCN1A em um indivíduo em necessidade do mesmo, administrando ao indivíduo um composto compreendendo um oligonucleotídeo de fita simples que tem 10-80 nucleosídeos de comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo uma porção de 10 nucleobases contíguas tendo pelo menos 80% complementar a uma porção de comprimento igual de uma região alvo de um transcrito de pré-mRNA ou um transcrito de mRNA de um gene SCN2A de humano, em uma quantidade e por uma duração suficiente para tratar a encefalopatia por SCN1A.
[007] Em algumas modalidades, o método diminui a expressão do gene SCN2A de humano.
[008] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo inclui, consiste essencialmente em, ou consiste em, uma sequência de nucleobases complementar a uma porção do mRNA de SCN2A que codifica a sequência de aminoácidos do número de acesso do Banco de Genes NP_066287.2 ou inclui a sequência de nucleobases do número de acesso do Banco de Genes NM_021007.2.
[009] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo inclui um ou mais de açúcares modificados, uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas e/ou uma ou mais de nucleobases modificadas.
[0010] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo inclui um ou mais de açúcares modificados.
[0011] Em algumas modalidades, cada um de um ou mais de açúcares modificados é independentemente selecionado do grupo que consiste em um açúcar bicíclico, um açúcar 2’-O- metoxietila (2MOE) modificado, um açúcar 2’-O-metóxi (2-OMe) modificado, um açúcar 2’-metóxi modificado, um açúcar 2’-O- alquila modificado, um açúcar modificado de etil restrito (cEt), uma estrutura de açúcar cíclica e uma estrutura de açúcar não cíclica.
[0012] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo tem açúcares modificados com 2MOE ao longo do comprimento do oligonucleotídeo.
[0013] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo inclui uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas.
[0014] Em algumas modalidades, uma ou mais das ligações internucleosídicas modificadas incluem um fosfato modificado.
[0015] Em algumas modalidades, cada um dos fosfatos modificados é independentemente selecionado do grupo que consiste em um fosforotioato, um fosforoditioato, um fosforamidato, um fosforodiamidato, um tiofosforamidato, um tiofosforodiamidato, um fosfonato de metila, um fosforomorfolidato e um fosforopiperazidato.
[0016] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo tem ligações internucleosídicas de fosforotioato ao longo do comprimento do oligonucleotídeo.
[0017] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo tem ligações internucleosídicas fosforodiamidato morfolino ao longo do comprimento do oligonucleotídeo.
[0018] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo inclui uma ou mais de nucleobases modificadas.
[0019] Em algumas modalidades, a nucleobase modificada é selecionada do grupo que consiste em 5-metilcitosina, 5- hidroximetil citosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-metiladenina, 6-metilguanina, 2-propiladenina, 2- propilguanina, 2-tiouracila, 2-tiotimina, 2-tiocitosina, 5- halouracila, 5-halocitosina, 5-propiniluracila, 5- propinilcitosina, 6-azouracila, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-uracila (pseudouracila), 4-tiouracila, 8-haloadenina, 8- aminoadenina, 8-tioladenina, 8-tioalquiladenina, 8-
hidroxiladenina, 8-haloguanina, 8-aminoguanina, 8- tiolguanina, 8-tioalquilguanina, 8-hidroxilguanina, 5- bromouracila, 5-trifluorometiluracila, 5-bromocitosina, 5- trifluorometilcitosina, 7-metilguanina, 7-metiladenina, 2- fluoroadenina, 8-azaguanina, 8-aza-adenina, 7- desazaguanina, 7-desaza-adenina, 3-desazaguanina, e 3- desaza-adenina.
[0020] Em algumas modalidades, a nucleobase modificada é uma 5-metilcitosina.
[0021] Em algumas modalidades, cada citosina é uma 5- metilcitosina.
[0022] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo modificado compreende: um segmento de lacuna que consiste em desoxinucleosídeos ligados; um segmento de asa 5’ consistindo em nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3’ consistindo em nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado imediatamente adjacente e entre o segmento de asa 5’ e o segmento de asa 3’ e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
[0023] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo consiste em 12 a 40 (por exemplo, 16 a 30) nucleobases.
[0024] Em algumas modalidades, o método inclui a inibição da expressão de SCN2A em células neuronais no indivíduo.
[0025] Em algumas modalidades, a encefalopatia por SCN1A é selecionada do grupo que consiste em epilepsia, epilepsia generalizada com convulsões febris, convulsões febris familiares, enxaquecas, encefalopatia epiléptica infantil precoce 6 e síndrome de Dravet.
[0026] Em algumas modalidades, a encefalopatia por SCN1A é a síndrome de Dravet.
[0027] Em algumas modalidades, o composto é administrado por via intratecal, intramedular ou intracerebroventricular.
[0028] Em algumas modalidades, a expressão diminuída de SCN2A fornece um efeito terapêutico.
[0029] Em algumas modalidades, o método reduz um ou mais de sintomas da encefalopatia por SCN1A.
[0030] Em algumas modalidades, um ou mais de sintomas da encefalopatia por SCN1A é(são) selecionado(s) do grupo que consiste em convulsões prolongadas, convulsões frequentes, atrasos comportamentais e de desenvolvimento, problemas de movimento e equilíbrio, condições ortopédicas, linguagem atrasada e problemas de fala, problemas de crescimento e nutrição, dificuldades para dormir, infecção crônica, distúrbio de integração sensorial, perturbação do sistema nervoso autônomo e sudorese.
[0031] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo é seletivo para pré-mRNA ou mRNA de SCN2A sobre pré-mRNA ou mRNA de SCN1A.
[0032] Em algumas modalidades, o método não reduz substancialmente a expressão de SCN1A.
[0033] Em algumas modalidades, o indivíduo tem uma mutação de ganho de função em SCN1A.
[0034] Em algumas modalidades, o indivíduo tem uma mutação de perda de função em SCN1A.
DEFINIÇÕES
[0035] Salvo indicação em contrário, os seguintes termos têm os seguintes significados:
[0036] "2’-desoxinucleosídeo” significa um nucleosídeo que compreende uma porção de açúcar 2’-H(H)furanosila, como encontrado em ácidos desoxirribonucleicos (DNA) de ocorrência natural. Em certas modalidades, um 2’- desoxinucleosídeo pode compreender uma nucleobase modificada ou pode compreender uma nucleobase de RNA (uracila).
[0037] “2’-O-metoxietila” (também 2’-MOE e 2’-O(CH2)2- OCH3) refere-se a uma modificação de O-metoxietila na posição 2’ de um anel furanosila. Um açúcar 2’-O-metoxietila modificado é um açúcar modificado.
[0038] “Nucleosídeo 2’-MOE” (também nucleosídeo 2’-O- metoxietila) significa um nucleosídeo que compreende uma porção de açúcar modificado 2’-MOE.
[0039] “Nucleosídeo 2’-substituído” ou “nucleosídeo 2’- modificado” significa um nucleosídeo que compreende uma porção de açúcar 2’-substituído ou 2’-modificado. Tal como usado nesse documento, “2’-substituído” ou “2’-modificado” em referência a uma porção de açúcar significa uma porção de açúcar que compreende pelo menos um grupo substituinte 2’ diferente de H ou OH.
[0040] “Sítio alvo 3’” refere-se ao nucleotídeo de um ácido nucleico alvo que é complementar ao nucleotídeo mais 3’ de um composto específico.
[0041] “Sítio alvo 5’” refere-se ao nucleotídeo de um ácido nucleico alvo que é complementar ao nucleotídeo mais 5’ de um composto específico.
[0042] “5-metilcitosina” significa uma citosina com um grupo metila ligado à posição 5.
[0043] “Cerca de” significa dentro de ± 10% de um valor.
Por exemplo, se for afirmado, “os compostos afetaram cerca de 70% de inibição de um SCN2A", está implícito que os níveis de SCN2A são inibidos dentro de uma faixa de 60% e 80%.
[0044] “Administração” ou “ministração” refere-se a vias de introdução de um(a) composto ou composição fornecido(a) nesse documento a um indivíduo para realizar sua função pretendida. Um exemplo de uma via de administração que pode ser usada inclui a, mas não está limitada à, administração intratecal, intramedular, intracerebroventricular e parenteral, tal como injeção ou infusão subcutânea, intravenosa ou intramuscular.
[0045] “Administrado concomitantemente” ou “coadministração” significa a administração de dois ou mais compostos de qualquer maneira em que os efeitos farmacológicos de ambos se manifestem no paciente. A administração concomitante não requer que ambos os compostos sejam administrados em uma única composição farmacêutica, na mesma forma de dosagem, pela mesma via de administração ou ao mesmo tempo. Os efeitos de ambos os compostos não precisam se manifestar ao mesmo tempo. Os efeitos precisam se sobrepor apenas por um período de tempo e não precisam ser coextensivos. A administração concomitante ou coadministração abrange a administração em paralelo ou sequencialmente.
[0046] “Melhoria” refere-se a uma melhora ou diminuição de pelo menos um indicador, sinal ou sintoma de um(a) doença, distúrbio ou condição associado(a). Em certas modalidades, a melhoria inclui um atraso ou desaceleração na progressão ou gravidade de um ou mais de indicadores de uma condição ou doença. A progressão ou gravidade dos indicadores pode ser determinada por medidas subjetivas ou objetivas, que são conhecidas por aqueles habilitados na técnica.
[0047] “Atividade antissentido” significa qualquer atividade detectável e/ou mensurável atribuível à hibridização de um composto antissentido com seu ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a atividade antissentido é uma diminuição na quantidade ou expressão de um ácido nucleico alvo ou proteína codificada por tal ácido nucleico alvo em comparação com os níveis de ácido nucleico alvo ou níveis de proteína alvo na ausência do composto antissentido para o alvo.
[0048] “Composto antissentido” significa um composto que compreende um oligonucleotídeo e, opcionalmente, um ou mais de recursos adicionais, tal como um grupo conjugado ou grupo terminal. Exemplos de compostos antissentido incluem compostos de fita simples e dupla, tais como, oligonucleotídeos, ribozimas, siRNAs, shRNAs, ssRNAs e compostos baseados em ocupação.
[0049] “Inibição antissentido” significa redução dos níveis de ácido nucleico alvo na presença de um composto antissentido complementar a um ácido nucleico alvo em comparação com os níveis de ácido nucleico alvo na ausência do composto antissentido.
[0050] “Mecanismos antissentido” são todos aqueles mecanismos que envolvem a hibridização de um composto com ácido nucleico alvo, em que o resultado ou efeito da hibridização é degradação do alvo ou ocupação do alvo com paralisação concomitante da maquinaria celular envolvendo, por exemplo, transcrição ou splicing.
[0051] “Oligonucleotídeo antissentido” significa um oligonucleotídeo tendo uma sequência de nucleobases que é complementar a um ácido nucleico alvo ou região ou segmento do mesmo. Em certas modalidades, um oligonucleotídeo antissentido é especificamente hibridizável com um ácido nucleico alvo ou região ou segmento do mesmo.
[0052] “Ataxia” significa a perda de controle total dos movimentos corporais.
[0053] “Nucleosídeo bicíclico” ou “BNA” significa um nucleosídeo que compreende uma porção de açúcar bicíclico. “Açúcar bicíclico” ou “porção de açúcar bicíclico” significa uma porção de açúcar modificado que compreende dois anéis, em que o segundo anel é formado por meio de uma ponte que conecta dois dos átomos no primeiro anel, formando assim uma estrutura bicíclica. Em certas modalidades, o primeiro anel da porção de açúcar bicíclico é uma porção de furanosila. Em certas modalidades, a porção de açúcar bicíclico não compreende uma porção de furanosila.
[0054] “Grupo de ramificação” significa um grupo de átomos tendo pelo menos 3 posições que são capazes de formar ligações covalentes para pelo menos 3 grupos. Em certas modalidades, um grupo de ramificação fornece uma pluralidade de sítios reativos para conectar ligandos amarrados a um oligonucleotídeo por meio de um ligante conjugado e/ou uma porção clivável.
[0055] “Modificação química” em um composto descreve as substituições ou mudanças por meio de reação química, de qualquer uma das unidades no composto. “Nucleosídeo modificado” significa um nucleosídeo tendo, independentemente, uma porção de açúcar modificado e/ou nucleobase modificada. “Oligonucleotídeo modificado”
significa um oligonucleotídeo compreendendo pelo menos uma ligação internucleosídica modificada, um açúcar modificado e/ou uma nucleobase modificada.
[0056] “Região quimicamente distinta” refere-se a uma região de um composto que é de alguma forma quimicamente diferente de outra região do mesmo composto. Por exemplo, uma região tendo nucleotídeos de 2’-O-metoxietila é quimicamente distinta de uma região tendo nucleotídeos sem modificações de 2’-O-metoxietila.
[0057] “Compostos antissentido quiméricos” significa compostos antissentido que têm pelo menos 2 regiões quimicamente distintas, cada posição tendo uma pluralidade de subunidades.
[0058] “Ligação clivável” significa qualquer ligação química capaz de ser dividida. Em certas modalidades, uma ligação clivável é selecionada dentre: uma amida, uma poliamida, um éster, um éter, um ou ambos os ésteres de um fosfodiéster, um éster de fosfato, um carbamato, um dissulfeto ou um peptídeo.
[0059] “Porção clivável” significa uma ligação ou grupo de átomos que é clivado sob condições fisiológicas, por exemplo, dentro de uma célula, um animal ou um humano.
[0060] “Complementar” em referência a um oligonucleotídeo significa que a sequência de nucleobases de tal oligonucleotídeo ou uma ou mais de regiões do mesmo corresponde à sequência de nucleobases de outro oligonucleotídeo ou ácido nucleico ou uma ou mais de regiões do mesmo quando as duas sequências de nucleobases estão alinhadas em direções opostas. As correspondências de nucleobases ou nucleobases complementares, como descrito nesse documento, são limitadas aos seguintes pares: adenina (A) e timina (T), adenina (A) e uracila (U), citosina (C) e guanina (G), e 5-metil citosina (mC) e guanina (G) a menos que especificado de outra forma. Os oligonucleotídeos complementares e/ou ácidos nucleicos não precisam ter complementaridade de nucleobases em cada nucleosídeo e podem incluir uma ou mais de não correspondências de nucleobases. Em contraste, “totalmente complementar” ou “100% complementar” em referência aos oligonucleotídeos significa que tais oligonucleotídeos têm correspondências de nucleobases em cada nucleosídeo sem quaisquer não correspondências de nucleobases.
[0061] “Contíguo” no contexto de um oligonucleotídeo refere-se a nucleosídeos, nucleobases, porções de açúcar ou ligações internucleosídicas que são imediatamente adjacentes umas às outras. Por exemplo, “nucleobases contíguas” significa nucleobases que são imediatamente adjacentes umas às outras em uma sequência.
[0062] “Demência” significa uma perda contínua da função intelectual que prejudica a memória, o julgamento e o pensamento.
[0063] “Projetando” ou “Projetado para” se refere ao processo de projeto de um composto que hibridiza especificamente com uma molécula de ácido nucleico selecionada.
[0064] “Diluente” significa um ingrediente em uma composição que carece de atividade farmacológica, mas é farmaceuticamente necessário ou desejável. Por exemplo, o diluente em uma composição injetada pode ser um líquido, por exemplo, solução salina.
[0065] “Modificado de forma diferente” significa modificações químicas ou substituintes químicos que são diferentes uns dos outros, incluindo a ausência de modificações. Assim, por exemplo, um nucleosídeo MOE e um nucleosídeo de DNA não modificado são “modificados de forma diferente", mesmo que o nucleosídeo de DNA não seja modificado. Da mesma forma, o DNA e o RNA são “modificados de maneira diferente”, embora ambos sejam nucleosídeos não modificados de ocorrência natural. Os nucleosídeos que são iguais, mas por compreenderem diferentes nucleobases, não são modificados de forma diferente. Por exemplo, um nucleosídeo compreendendo um açúcar modificado 2’-OMe e uma nucleobase de adenina não modificada e um nucleosídeo compreendendo um açúcar modificado 2’-OMe e uma nucleobase de timina não modificada não são modificados de forma diferente.
[0066] “Dose” significa uma quantidade especificada de um composto ou agente farmacêutico fornecido em uma única administração ou em um período de tempo especificado. Em certas modalidades, uma dose pode ser administrada em dois ou mais bolus, comprimidos ou injeções. Por exemplo, em certas modalidades, onde a administração subcutânea é desejada, a dose desejada pode exigir um volume não facilmente acomodado por uma única injeção. Em tais modalidades, duas ou mais injeções podem ser usadas para atingir a dose desejada. Em certas modalidades, uma dose pode ser administrada em duas ou mais de injeções para minimizar a reação no local da injeção em um indivíduo. Em outras modalidades, o composto ou agente farmacêutico é administrado por infusão durante um período de tempo prolongado ou continuamente. As doses podem ser indicadas como a quantidade de agente farmacêutico por hora, dia, semana ou mês.
[0067] “Regime de dosagem” é uma combinação de doses projetadas para atingir um ou mais de efeitos desejados.
[0068] “Composto de fita dupla” significa um composto que compreende dois compostos oligoméricos que são complementares entre si e formam um duplex, e em que um dos dois referidos compostos oligoméricos compreende um oligonucleotídeo.
[0069] “Quantidade eficaz” significa a quantidade de composto suficiente para efetuar um resultado fisiológico desejado em um indivíduo em necessidade do composto. A quantidade eficaz pode variar entre os indivíduos, dependendo da saúde e da condição física do indivíduo a ser tratado, o grupo taxonômico dos indivíduos a serem tratados, a formulação da composição, da avaliação da condição médica do indivíduo e outros fatores relevantes.
[0070] “Eficácia” significa a capacidade de produzir o efeito desejado.
[0071] “ID Ensembl” é um número de identificação que consiste em letras e números atribuídos a uma sequência de gene pelo Ensembl, que é um projeto conjunto entre o EMBL- EBI e o Wellcome Trust Sanger Institute para desenvolver um sistema de software que produz e mantém anotações automáticas de genomas eucarióticos selecionados. A anotação de Ensembl ajuda a identificar a localização de um gene em um genoma específico e pode ser usada para configurar o gene equivalente no genoma de outra espécie.
[0072] “Epilepsia” é uma doença do sistema nervoso central em que a atividade das células nervosas no cérebro se torna cronicamente interrompida. Em certos casos, pode causar convulsões, períodos de comportamento incomum, sensações e, às vezes, perda de consciência. Em certos casos, também pode causar outros sintomas, incluindo mioclonia, déficits cognitivos, dificuldades de aprendizagem ou atraso no desenvolvimento em crianças. Em certos casos, pode levar à morte de alguns pacientes. Em certos casos, algumas formas de epilepsia estão associadas a doenças neurodegenerativas progressivas. Muitas pessoas com epilepsia apresentam mais de um sintoma.
[0073] “Expressão” inclui todas as funções pelas quais a informação codificada de um gene é convertida em estruturas presentes e operando em uma célula. Essas estruturas incluem os, mas não estão limitadas aos, produtos de transcrição e tradução.
[0074] “Gapmero” significa um oligonucleotídeo que compreende uma região interna tendo uma pluralidade de nucleosídeos que suportam a clivagem de RNase H posicionada entre regiões externas tendo um ou mais nucleosídeo(s), em que os nucleosídeos que compreendem a região interna são quimicamente distintos do nucleosídeo ou dos nucleosídeos que compreendem as regiões externas. A região interna pode ser referida como “lacuna” e as regiões externas podem ser referidas como “asas".
[0075] “SCN1A” significa subunidade alfa 1 do canal de sódio dependente de voltagem de humano e refere-se a qualquer ácido nucleico de SCN1A. Por exemplo, em certas modalidades, SCN1A inclui uma sequência de DNA que codifica SCN1A, uma sequência de RNA transcrita a partir de DNA que codifica
SCN1A (incluindo DNA genômico compreendendo íntrons e éxons). O alvo pode ser referido em letras maiúsculas ou minúsculas.
[0076] “SCN2A” significa subunidade alfa 2 do canal de sódio dependente de voltagem de humano e refere-se a qualquer ácido nucleico de SCN2A. Por exemplo, em certas modalidades, SCN2A inclui uma sequência de DNA que codifica SCN2A, uma sequência de RNA transcrita do DNA que codifica SCN2A (incluindo DNA genômico compreendendo íntrons e éxons). O alvo pode ser referido em letras maiúsculas ou minúsculas.
[0077] “Inibidor específico de SCN2A” refere-se a qualquer agente capaz de inibir especificamente a expressão ou atividade de SCN2A em nível molecular. Por exemplo, os inibidores específicos de SCN2A incluem ácidos nucleicos (incluindo compostos antissentido), peptídeos, anticorpos, moléculas pequenas e outros agentes capazes de inibir a expressão ou a atividade de SCN2A.
[0078] “Hibridização” significa o anelamento de oligonucleotídeos e/ou ácidos nucleicos. Embora não se limite a um mecanismo específico, o mecanismo mais comum de hibridização envolve ligações de hidrogênio, que podem ser ligações de hidrogênio de Watson-Crick, Hoogsteen ou Hoogsteen reversa, entre nucleobases complementares. Em certas modalidades, as moléculas de ácido nucleico complementares incluem, mas não estão limitadas a, um composto antissentido e um alvo de ácido nucleico. Em certas modalidades, as moléculas de ácido nucleico complementares incluem, mas não estão limitadas a, um oligonucleotídeo e um alvo de ácido nucleico.
[0079] “Imediatamente adjacente” significa que não há elementos intermediários entre os elementos imediatamente adjacentes do mesmo tipo (por exemplo, nenhuma nucleobase intermediária entre as nucleobases imediatamente adjacentes).
[0080] “Indivíduo” significa um animal humano ou não humano selecionado para tratamento ou terapia.
[0081] “Inibir a expressão ou atividade” refere-se a um(a) redução ou bloqueio da expressão ou atividade em relação à expressão da atividade em uma amostra não tratada ou de controle e não indica necessariamente uma eliminação total da expressão ou atividade.
[0082] “Ligação internucleosídica” significa um(a) grupo ou ligação que forma uma ligação covalente entre nucleosídeos adjacentes em um oligonucleotídeo. “Ligação internucleosídica modificada” significa qualquer ligação internucleosídica que não seja uma ligação internucleosídica de fosfato de ocorrência natural. As ligações não fosfato são referidas nesse documento como ligações internucleosídicas modificadas.
[0083] “Administração intracerebroventricular” significa administração no sistema ventricular do cérebro.
[0084] “Administração intraperitoneal” significa administração por infusão ou injeção no peritônio.
[0085] “Administração intramedular” significa administração na medula espinhal, na medula oblonga ou na cavidade medular de um osso.
[0086] “Administração intratecal” significa administração no canal espinhal ou no espaço subaracnóide de modo que alcance o líquido cefalorraquidiano (LCR).
[0087] “Administração intravenosa” significa administração em uma veia.
[0088] “Oligonucleotídeos alongados” são aqueles que têm um ou mais nucleosídeo(s) adicional(ais) em relação a um oligonucleotídeo revelado nesse documento, por exemplo, um oligonucleotídeo precursor.
[0089] “Nucleosídeos ligados” significa nucleosídeos adjacentes ligados entre si por uma ligação internucleosídica.
[0090] “Não correspondência” ou “não complementar” significa uma nucleobase de um primeiro oligonucleotídeo que não é complementar à nucleobase correspondente de um segundo oligonucleotídeo ou ácido nucleico alvo quando o primeiro e o segundo oligonucleotídeos estão alinhados. Por exemplo, nucleobases incluindo, mas não se limitando a, uma nucleobase universal, inosina e hipoxantina, são capazes de hibridizar com pelo menos uma nucleobase, mas ainda não são correspondentes ou não complementares em relação à nucleobase à qual hibridizou. Como outro exemplo, uma nucleobase de um primeiro oligonucleotídeo que não é capaz de hibridizar com a nucleobase correspondente de um segundo oligonucleotídeo ou ácido nucleico alvo quando o primeiro e o segundo oligonucleotídeos estão alinhados é uma nucleobase não correspondente ou não complementar.
[0091] “Modular” refere-se a alterar ou ajustar uma característica em um(a) célula, tecido, órgão ou organismo. Por exemplo, a modulação de SCN2A pode significar aumentar ou diminuir o nível de SCN2A em um(a) célula, tecido, órgão ou organismo. Um “modulador” efetua a mudança na(o) célula, tecido, órgão ou organismo. Por exemplo, um composto pode ser um modulador de SCN2A que diminui a quantidade de SCN2A em um(a) célula, tecido, órgão ou organismo.
[0092] “MOE” significa metoxietila.
[0093] “Monômero” refere-se a uma única unidade de um oligômero. Os monômeros incluem, mas não estão limitados a, nucleosídeos e nucleotídeos.
[0094] “Motivo” significa o padrão de porções de açúcar não modificadas e/ou modificadas, nucleobases e/ou ligações internucleosídicas, em um oligonucleotídeo.
[0095] “Mioclonia” significa episódios repetidos, estereotípicos e espasmos e contrações involuntário(a)s que podem afetar parte do corpo ou todo o corpo por durações variáveis.
[0096] “Natural” ou “de ocorrência natural” significa encontrado na natureza.
[0097] “Açúcar modificado não bicíclico” ou “porção de açúcar modificado não bicíclico” significa uma porção de açúcar modificado que compreende uma modificação, tal como um substituinte, que não forma uma ponte entre dois átomos do açúcar para formar um segundo anel.
[0098] “Ácido nucleico” refere-se a moléculas compostas por nucleotídeos monoméricos. Um ácido nucleico inclui, mas não está limitado a, ácidos ribonucleicos (RNA), ácidos desoxirribonucleicos (DNA), ácidos nucleicos de fita simples e ácidos nucleicos de fita dupla.
[0099] “Nucleobase” significa uma fração heterocíclica capaz de parear com uma base de outro ácido nucleico. Como usado nesse documento, uma “nucleobase de ocorrência natural” é adenina (A), timina (T), citosina (C), uracila (U) e guanina (G). Uma “nucleobase modificada” é uma nucleobase de ocorrência natural que é quimicamente modificada. Uma “base universal” ou “nucleobase universal” é uma nucleobase diferente de uma nucleobase de ocorrência natural e uma nucleobase modificada e é capaz de parear com qualquer nucleobase.
[00100] “Sequência de nucleobase” significa a ordem das nucleobases contíguas em um ácido nucleico ou oligonucleotídeo independente de qualquer açúcar ou ligação internucleosídica.
[00101] “Nucleosídeo” significa um composto que compreende uma nucleobase e uma porção de açúcar. Cada uma da nucleobase e da porção de açúcar é independentemente não modificada ou modificada. “Nucleosídeo modificado” significa um nucleosídeo que compreende uma nucleobase modificada e/ou uma porção de açúcar modificado. Os nucleosídeos modificados incluem nucleosídeos abásicos, que não possuem uma nucleobase.
[00102] “Composto oligomérico” significa um composto que compreende um único oligonucleotídeo e, opcionalmente, um ou mais de recursos adicionais, como um grupo conjugado ou grupo terminal.
[00103] “Oligonucleotídeo” significa um polímero de nucleosídeos ligados, cada um dos quais pode ser modificado ou não modificado, independente um do outro. Salvo indicação em contrário, os oligonucleotídeos consistem em 8-80 nucleosídeos ligados. “Oligonucleotídeo modificado” significa um oligonucleotídeo, em que pelo menos um de açúcar, nucleobase ou ligação internucleosídica é modificado. “Oligonucleotídeo não modificado” significa um oligonucleotídeo que não compreende qualquer modificação de açúcar, nucleobase ou internucleosídeo.
[00104] “Oligonucleotídeo precursor” significa um oligonucleotídeo cuja sequência é usada como a base do projeto para mais oligonucleotídeos de sequência similares, mas com comprimentos, motivos e/ou químicas diferentes. Os oligonucleotídeos recém projetados podem ter a mesma sequência ou sobreposição que o oligonucleotídeo precursor.
[00105] “Administração parenteral” significa administração por meio de injeção ou infusão. A administração parenteral inclui administração subcutânea, administração intravenosa, administração intramuscular, administração intra-arterial, administração intraperitoneal ou administração intracraniana, por exemplo, administração intratecal ou intracerebroventricular.
[00106] “Carreador ou diluente farmaceuticamente aceitável” significa qualquer substância adequada para uso na administração a um indivíduo (por exemplo, um humano). Por exemplo, um carreador farmaceuticamente aceitável pode ser uma solução aquosa estéril, tal como PBS ou água para injeção.
[00107] “Sais farmaceuticamente aceitáveis” significa sais fisiologicamente e farmaceuticamente aceitáveis de compostos, tais como, compostos oligoméricos ou oligonucleotídeos, isto é, sais que retêm a atividade biológica desejada do composto precursor e não conferem efeitos toxicológicos indesejados aos mesmos.
[00108] “Agente farmacêutico” significa um composto que fornece um benefício terapêutico quando administrado a um indivíduo.
[00109] “Composição farmacêutica” significa uma mistura de substâncias adequadas para administração a um indivíduo.
Por exemplo, uma composição farmacêutica pode compreender um ou mais compostos ou sal dos mesmos e uma solução aquosa estéril.
[00110] “Ligação de fosforotioato” significa uma ligação de fosfato modificada em que um dos átomos de oxigênio sem ponte é substituído por um átomo de enxofre. Uma ligação internucleosídica fosforotioato é uma ligação internucleosídica modificada.
[00111] “Porção de fósforo” significa um grupo de átomos que compreende um átomo de fósforo. Em certas modalidades, uma porção de fósforo compreende um mono-, di- ou trifosfato ou fosforotioato.
[00112] “Porção” significa um número definido de nucleobases contíguas (isto é, ligadas) de um ácido nucleico. Em certas modalidades, uma porção é um número definido de nucleobases contíguas de um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, uma porção é um número definido de nucleobases contíguas de um composto oligomérico.
[00113] “Prevenir” refere-se a atrasar ou prevenir o início, o desenvolvimento ou a progressão de um(a) doença, distúrbio ou condição por um período de tempo de minutos a indefinidamente.
[00114] “Pró-fármaco” significa um composto em uma forma fora do corpo que, quando administrado a um indivíduo, é metabolizado em outra forma dentro do corpo ou de células do mesmo. Em certas modalidades, a forma metabolizada é a forma ativa, ou mais ativa, do composto (por exemplo, fármaco). Tipicamente, a conversão de um pró-fármaco dentro do corpo é facilitada pela ação de uma enzima(s) (por exemplo, enzima endógena ou viral) ou produto(s) químico(s) presente(s)
na(o)s células ou tecidos e/ou por condições fisiológicas.
[00115] “Reduzir” significa reduzir para um(a) extensão, tamanho, quantidade ou número menor.
[00116] “N° RefSeq” é uma combinação única de letras e números atribuídos a uma sequência para indicar que a sequência é para um transcrito alvo específico (por exemplo, gene alvo). Essa sequência e informações sobre o gene alvo (coletivamente, o registro do gene) podem ser encontradas em um banco de dados de sequência genética. As bases de dados de sequências genéticas incluem a base de dados de sequências de referência NCBI, Banco de Genes, o European Nucleotide Archive e o DNA Data Bank do Japão (os três últimos formando a International Nucleotide Sequence Database Collaboration ou INSDC).
[00117] “Região” é definida como uma porção do ácido nucleico alvo tendo pelo menos uma estrutura, função ou característica identificável.
[00118] “Composto de RNAi” significa um composto antissentido que atua, pelo menos em parte, por meio de RISC ou Ago2, mas não por meio de RNase H, para modular um ácido nucleico alvo e/ou proteína codificada por um ácido nucleico alvo. Os compostos de RNAi incluem, mas não estão limitados a, siRNA de fita dupla, RNA de fita simples (ssRNA) e microRNA, incluindo microRNA miméticos.
[00119] “Segmentos” são definidos como porções menores ou subporções de regiões dentro de um ácido nucleico.
[00120] “Convulsões” são um sintoma de muitos distúrbios e condições diferentes que podem afetar o cérebro. As “convulsões” são tipicamente causadas por interrupções na comunicação elétrica entre os neurônios no cérebro,
resultantes de uma lesão cerebral ou de um(a) doença ou distúrbio. As convulsões podem assumir diferentes formas e afetar pessoas diferentes de maneiras diferentes. Mudanças físicas comuns que podem ocorrer durante uma convulsão são dificuldade para falar, incapacidade de engolir, babar, piscar repetidamente dos olhos, olhar fixo, falta de movimento do tônus muscular, tremores caídos, espasmos ou movimentos bruscos, músculos rígidos ou tensos, movimentos não propositais, chamados automatismos, envolvendo o rosto, os braços ou as pernas, convulsões, perda de controle da urina ou das fezes, sudorese, mudança na cor da pele (palidez ou rubor), dilatação das pupilas, mordedura da língua, dificuldade para respirar, palpitações no coração. Em algumas modalidades, as convulsões são leves. Em outras modalidades, as convulsões são completamente incapacitantes ou podem resultar em morte. A atividade cerebral anormal pode frequentemente ser documentada por achados anormais em um eletroencefalograma (EEG).
[00121] “Efeitos colaterais” significa doença fisiológica e/ou condições atribuíveis a um tratamento diferente dos efeitos desejados. Em certas modalidades, os efeitos colaterais incluem reações no local da injeção, anormalidades nos testes de função hepática, anormalidades na função renal, toxicidade hepática, toxicidade renal, anormalidades do sistema nervoso central, miopatias e mal- estar. Por exemplo, níveis aumentados de aminotransferase no soro podem indicar toxicidade hepática ou anormalidade da função hepática. Por exemplo, o aumento da bilirrubina pode indicar toxicidade hepática ou anormalidade da função hepática.
[00122] “De fita simples” em referência a um composto significa que o composto tem apenas um oligonucleotídeo. “Autocomplementar” significa um oligonucleotídeo que hibridiza pelo menos parcialmente com ele mesmo. Um composto que consiste em um oligonucleotídeo, em que o oligonucleotídeo do composto é autocomplementar, é um composto de fita simples. Um composto de fita simples pode ser capaz de se ligar a um composto complementar para formar um duplex.
[00123] “Locais” são definidos como posições de nucleobase únicas dentro de um ácido nucleico alvo.
[00124] “Especificamente hibridizável” refere-se a um oligonucleotídeo tendo um grau suficiente de complementaridade entre o oligonucleotídeo e um ácido nucleico alvo para induzir um efeito desejado, enquanto exibe efeitos mínimos ou nenhum efeito em ácidos nucleicos não alvo. Em certas modalidades, a hibridização específica ocorre sob condições fisiológicas.
[00125] “Inibir especificamente” um ácido nucleico alvo significa reduzir ou bloquear a expressão do ácido nucleico alvo enquanto exibe menos, mínimo ou nenhum efeito na redução de ácidos nucleicos não alvo e não indica necessariamente uma eliminação total da expressão do ácido nucleico alvo.
[00126] “Ensaio de células padrão” significa ensaio(s) descrito(s) no(s) Exemplo(s) e variações razoáveis do(s) mesmo(s).
[00127] “Experimento in vivo padrão” significa o(s) procedimento(s) descrito(s) no(s) Exemplo(s) e variações razoáveis do(s) mesmo(s).
[00128] “Indivíduo” refere-se a um animal humano ou não humano, incluindo, mas não se limitando a, camundongos, ratos, coelhos, cães, gatos, porcos e primatas não humanos, incluindo, mas não se limitando a, macacos e chimpanzés.
[00129] “Fração de açúcar” significa uma porção de açúcar não modificada ou uma porção de açúcar modificado. “Fração de açúcar não modificado” ou “açúcar não modificado” significa uma fração 2’-OH(H)furanosila, como encontrado no RNA (uma “porção de açúcar de RNA não modificado”), ou uma porção 2’-H(H), como encontrado em DNA (uma “porção de açúcar de DNA não modificado”). Porções de açúcar não modificadas têm um hidrogênio em cada uma das posições 1’, 3’ e 4’, um oxigênio na posição 3’ e dois hidrogênios na posição 5’. “Porção de açúcar modificado” ou “açúcar modificado” significa uma porção de açúcar furanosila modificado ou um substituto de açúcar. “Fração de açúcar furanosila modificado” significa um açúcar furanosila que compreende um substituinte não hidrogênio no lugar de pelo menos um hidrogênio de uma porção de açúcar não modificado. Em certas modalidades, uma porção de açúcar furanosila modificado é uma porção de açúcar 2’ substituído. Essas porções de açúcar furanosila modificadas incluem açúcares bicíclicos e açúcares não bicíclicos.
[00130] “Substituto de açúcar” significa uma porção de açúcar modificado tendo outra de uma porção de furanosila que pode ligar uma nucleobase a outro grupo, tal como uma ligação internucleosídica, grupo conjugado ou grupo terminal em um oligonucleotídeo. Os nucleosídeos modificados compreendendo substitutos de açúcar podem ser incorporados em uma ou mais de posições dentro de um oligonucleotídeo e tais oligonucleotídeos são capazes de hibridizar com compostos oligoméricos complementares ou ácidos nucleicos.
[00131] “Administração subcutânea” significa administração logo abaixo da pele.
[00132] “Gene alvo” refere-se a um gene que codifica um alvo.
[00133] “Direcionamento” significa hibridização específica de um composto para um ácido nucleico alvo, a fim de induzir um efeito desejado.
[00134] “Ácido nucleico alvo”, “RNA alvo”, “transcrito de RNA alvo” e “ácido nucleico alvo” significam todos um ácido nucleico capaz de ser direcionado pelos compostos descritos nesse documento.
[00135] “Região alvo” significa uma porção de um ácido nucleico alvo para a qual um ou mais de compostos são direcionados.
[00136] “Segmento alvo” significa a sequência de nucleotídeos de um ácido nucleico alvo para o qual um composto descrito nesse documento é direcionado. “Local alvo 5’” refere-se ao nucleotídeo mais 5’ de um segmento alvo. “Local alvo 3’” refere-se ao nucleotídeo mais 3’ de um segmento alvo.
[00137] “Grupo terminal” significa um grupo químico ou grupo de átomos que está covalentemente ligado a um terminal de um oligonucleotídeo.
[00138] “Quantidade terapeuticamente eficaz” significa uma quantidade de um(a) composto, agente farmacêutico ou composição que fornece um benefício terapêutico a um indivíduo.
[00139] “Tratar” refere-se à administração de um(a) composto ou composição farmacêutica a um indivíduo, a fim de efetuar uma alteração ou melhora de um(a) doença, distúrbio ou condição no indivíduo.
BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS
[00140] FIGS. 1A-1B são gráficos que mostram mudanças no nível de mRNA de SCN2A em camundongos heterozigotos para a mutação R1882Q de SCN2A em P15 (n = 3 para todos os grupos de tratamento) (FIG. 1A) e P35 (ASO 1 n = 4, ASO 2 n = 4, ASO 3 n = 1, não tratado n = 3) (FIG. 1B). A variação foi normalizada para o tipo selvagem não tratado, de mesma idade. Todos os camundongos foram injetados em P1-P2.
[00141] FIG. 2 é um gráfico que mostra a porcentagem de redução de mRNA de Scn2a normalizada para camundongos heterozigotos RX com Scn1a de mesma idade não tratados. O mRNA foi medido em P15. N = 3 amostras de cérebro por grupo de tratamento.
[00142] FIG. 3 é um gráfico que mostra a % de sobrevivência em camundongos heterozigotos para Scn1a após injeção com ASO de regulação negativa de Scn2a (5 µg) ou ASO embaralhado (50 µg). Todos os camundongos foram injetados em P1 e acompanhados por 45 dias.
[00143] FIG. 4A é um gráfico que mostra o peso corporal de camundongos RX com Scn1a embaralhados ou tratados com ASO de mScn2a em P21. N = 15 para embaralhado e N = 18 para ASO.
[00144] FIG. 4B é um gráfico que mostra o peso corporal de camundongos RX com Scn1a embaralhados ou tratados com ASO de mScn2a em P45. N = 15 para embaralhado e N = 18 para ASO.
[00145] FIG. 5 é um gráfico que mostra o número de convulsões em camundongos heterozigotos para Scn1a após injeção com ASO de regulação negativa de Scn2a (5 µg; n = 9) ou ASO embaralhado (50 µg; n = 17). Todos os camundongos foram injetados em P1.
DESCRIÇÃO DETALHADA
[00146] Deve ser entendido que tanto a descrição geral anterior quanto a descrição detalhada a seguir são exemplificativas e explicativas apenas e não são restritivas das modalidades, como reivindicado. Nesse documento, o uso do singular inclui o plural, a menos que seja especificamente indicado de outra forma. Como usado nesse documento, o uso de “ou” significa “e/ou", a menos que indicado de outra forma. Além disso, o uso do termo “incluindo”, bem como outras formas, tal como “inclui” e “incluído", não é limitante.
[00147] Os títulos das seções usados nesse documento são apenas para fins organizacionais e não devem ser interpretados como limitando o assunto descrito. Todos os documentos, ou porções de documentos, citados nesse pedido, incluindo, mas não se limitando a, patentes, pedidos de patentes, artigos, livros, tratados e registros de sequência de referência de Banco de Genes e NCBI são expressamente incorporados por referência para as porções do documento discutido nesse documento, bem como em sua totalidade.
[00148] Entende-se que a sequência apresentada em cada SEQ ID NO nos exemplos contidos nesse documento é independente de qualquer modificação em uma porção de açúcar, uma ligação internucleosídica ou uma nucleobase. Como tal, os compostos definidos por uma SEQ ID NO podem compreender, independentemente, uma ou mais de modificações em uma porção de açúcar, uma ligação internucleosídica ou uma nucleobase. Os compostos descritos pelo número ISIS (ISIS #) indicam uma combinação de sequência de nucleobases, modificação química e motivo.
[00149] A presente invenção é baseada em parte na descoberta de que os oligonucleotídeos que têm como alvo o gene SCN2A são úteis para o tratamento de indivíduos com uma encefalopatia por SCN1A. Consequentemente, a invenção apresenta métodos para prevenir e tratar encefalopatias por SCN1A em um indivíduo por meio da administração de oligonucleotídeos que têm como alvo o gene SCN2A. Certas modalidades
[00150] Certas modalidades fornecem métodos, compostos e composições para modular uma encefalopatia por SCN1A (por exemplo, síndrome de Dravet) ou um sintoma da mesma, em um indivíduo pela administração do composto ou da composição ao indivíduo, em que o composto ou a composição compreende um modulador de SCN2A. A modulação de SCN2A pode levar a uma diminuição do nível ou da expressão de SCN2A a fim de reduzir a expressão de SCN2A a fim de tratar, prevenir, melhorar ou retardar uma encefalopatia por SCN1A ou um sintoma da mesma. Em certas modalidades, o modulador de SCN2A é um inibidor específico de SCN2A. Em certas modalidades, os inibidores específicos de SCN2A são ácidos nucleicos (incluindo compostos antissentido), peptídeos, anticorpos, moléculas pequenas e outros agentes capazes de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o indivíduo é um humano.
[00151] Em algumas modalidades, o oligonucleotídeo é seletivo para pré-mRNA ou mRNA de SCN2A sobre pré-mRNA ou mRNA de SCN1A. Em certas modalidades, o método não reduz substancialmente a expressão de SCN1A. Em certas modalidades, o indivíduo tem uma mutação de ganho de função em SCN1A. Em certas modalidades, o indivíduo tem uma mutação de perda de função em SCN1A.
[00152] Certas modalidades reveladas nesse documento fornecem compostos ou composições que compreendem um modulador de SCN2A. Tais compostos ou composições são úteis para tratar, prevenir, melhorar ou retardar o início de uma encefalopatia por SCN1A (por exemplo, síndrome de Dravet) ou um sintoma da mesma. Em certas modalidades, o composto compreende um inibidor específico de SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico, polipeptídeo, anticorpo, moléculas pequenas ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, um inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o ácido nucleico é de fita simples. Em certas modalidades, o ácido nucleico é de fita dupla. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um composto antissentido. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto ou a composição compreende um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é de fita simples. Em certas modalidades, o composto compreende desoxirribonucleotídeos. Em certas modalidades, o composto compreende ribonucleotídeos e é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado é de fita simples.
[00153] Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode compreender um oligonucleotídeo modificado 8 a 80, 10 a 30, 12 a 50, 13 a 30, 13 a 50, 14 a 30, 14 a 50, 15 a 30, 15 a 50, 16 a 30, 16 a 50, 17 a 30, 17 a 50, 18 a 22, 18 a 24, 18 a 30, 18 a 50, 19 a 22, 19 a 30, 19 a 50 ou 20 a 30 nucleosídeos ligados em comprimento.
[00154] Em certas modalidades, pelo menos uma ligação internucleosídica do referido oligonucleotídeo modificado é uma ligação internucleosídica modificada. Em certas modalidades, pelo menos uma ligação internucleosídica é uma ligação internucleosídica fosforotioato. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas são ligações de fosforotioato e ligações de éster de fosfato.
[00155] Em certas modalidades, qualquer um dos oligonucleotídeos anteriores compreende pelo menos um açúcar modificado. Em certas modalidades, pelo menos um açúcar modificado compreende um grupo 2’-O-metoxietila. Em certas modalidades, pelo menos um açúcar modificado é um açúcar bicíclico, tal como um grupo 4’-CH(CH3)-O-2’, um grupo 4’- CH2-O-2’ ou um grupo 4’-(CH2)2-O-2’.
[00156] Em certas modalidades, pelo menos um nucleosídeo do referido oligonucleotídeo modificado compreende uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, a nucleobase modificada é uma 5-metilcitosina.
[00157] Em certas modalidades, um(a) composto ou composição compreende um oligonucleotídeo modificado que compreende: a) um segmento de lacuna que consiste em desoxinucleosídeos ligados; b) um segmento de asa 5’ consistindo em nucleosídeos ligados; e c) um segmento de asa 3’ consistindo em nucleosídeos ligados. O segmento de lacuna é posicionado entre o segmento de asa 5’ e o segmento de asa 3’ e cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, pelo menos uma ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato. Em certas modalidades, e pelo menos uma citosina é uma 5- metilcitosina.
[00158] Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado de 12 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto é um composto antissentido ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado tem 12 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento.
[00159] Em certas modalidades, o(a)s compostos ou composições revelado(a)s nesse documento compreendem adicionalmente um carreador ou diluente farmaceuticamente aceitável.
[00160] Em certas modalidades, o composto ou a composição é coadministrado(a) com um segundo agente. Em certas modalidades, o composto e o segundo agente são administrados concomitantemente.
[00161] Em certas modalidades, os compostos e as composições descritos nesse documento direcionados a SCN2A podem ser usados em métodos de inibição da expressão de SCN2A em uma célula. Em certas modalidades, os compostos e as composições descritos nesse documento direcionados a SCN2A podem ser usados em métodos de tratamento, prevenção, retardamento ou melhoria de uma doença ou um distúrbio relacionada(o) a SCN1A, incluindo, mas não se limitando a, síndrome de Dravet. Certas Indicações
[00162] Certas modalidades fornecidas nesse documento referem-se a métodos de inibição da expressão ou atividade de SCN2A, que podem ser úteis para tratar, prevenir ou melhorar uma doença associada a SCN1A em um indivíduo, por administração de um(a) composto ou composição que tem como alvo SCN2A. Em certas modalidades, tal composto ou composição compreende um inibidor específico de SCN2A. Em certas modalidades, o composto compreende um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado direcionado a SCN2A.
[00163] Em certas modalidades, um método de inibir a expressão ou atividade de SCN2A em uma célula compreende o contato da célula com um(a) composto ou composição compreendendo um inibidor específico de SCN2A, inibindo assim a expressão ou atividade de SCN2A na célula. Em certas modalidades, a célula é um neurônio. Em certas modalidades, a célula está no tecido cerebral. Em certas modalidades, a célula está no tecido cerebral de um indivíduo que tem, ou está em risco de ter, um(a) doença, distúrbio, condição, sintoma ou marcador fisiológico associado(a) a um distúrbio por SCN1A. Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia generalizada com convulsões febris. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é convulsões febris familiares. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é encefalopatia epiléptica infantil precoce 6. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00164] Em certas modalidades, um método de tratar, prevenir, retardar o início, retardar a progressão ou melhorar uma ou mais de doenças, distúrbios, condições, sintomas ou marcadores fisiológicos associados a SCN1A compreende a administração ao indivíduo de um(a) composto ou composição compreendendo um inibidor específico de SCN2A. Em certas modalidades, um método para tratar, prevenir, retardar o início, retardar a progressão ou melhorar um(a) doença, distúrbio, condição, sintoma ou marcador fisiológico associado(a) a um(a) doença ou distúrbio relacionada(o) a SCN1A em um indivíduo compreende a administração ao indivíduo a um(a) composto ou composição compreendendo um inibidor específico de SCN2A, desse modo tratando, prevenindo, retardando o início, retardando a progressão ou melhorando a doença. Em certas modalidades, o indivíduo é identificado como tendo, ou em risco de ter, a(o) doença, distúrbio,
condição, sintoma ou marcador fisiológico. Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia generalizada com convulsões febris. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é convulsões febris familiares. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é encefalopatia epiléptica infantil precoce 6. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é administrado ao indivíduo por via parenteral. Em certas modalidades, a administração parenteral é a administração intracerebroventricular. Em certas modalidades, a administração parenteral é a administração intratecal. Em certas modalidades, a administração parenteral é a administração subcutânea. Em certas modalidades, o indivíduo é um humano. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A compreende um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00165] Em certas modalidades, um método para reduzir as convulsões, diminuir a mioclonia ou espasmos musculares, aliviar a dificuldade de andar (neuropatia periférica), espasticidade, reduzir, prevenir o início da ou tratar a demência, aliviar as dificuldades na fala, reduzir ou prevenir o início de alucinações na visão, tratar, reduzir ou prevenir o início da degeneração neurológica progressiva, tratar, reduzir ou prevenir o início de danos aos nervos que controlam a função da bexiga, diminuir a hipotonia, melhorar o tônus muscular, reduzir ou prevenir o início de um fígado aumentado, reduzir ou prevenir o aparecimento de defeitos cardíacos, reduzir ou prevenindo o acúmulo de corpos de poliglucosanos em uma célula, melhorar ou prevenir a deterioração cognitiva e reduzindo a ataxia, ou uma combinação dos mesmos, em um indivíduo compreende a administração ao indivíduo de um(a) composto ou composição compreendendo um inibidor específico de SCN2A.
Em certas modalidades, a célula é um neurônio.
Em certas modalidades, administrar o composto ou a composição reduz as convulsões no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição diminui a mioclonia ou espasmos musculares no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição alivia a dificuldade de andar no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição alivia a neuropatia periférica no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição alivia a espasticidade no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição reduz, previne o aparecimento de, ou trata a demência no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição alivia as dificuldades na fala do indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição reduz ou previne o aparecimento de alucinações visuais no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou previne o início da degeneração neurológica progressiva no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou evita o aparecimento de danos aos nervos que controlam a função da bexiga no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou evita o aparecimento de hipotonia no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição melhora o tônus muscular do indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição melhora ou evita a deterioração cognitiva.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata ou reduz a ataxia no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou evita uma ou mais da(o)s convulsões prolongadas, convulsões frequentes, atrasos comportamentais e de desenvolvimento, problemas de movimento e equilíbrio, condições ortopédicas, linguagem atrasada e problemas de fala, problemas de crescimento e nutrição, dificuldades de sono, infecção crônica, distúrbio de integração sensorial, perturbação do sistema nervoso autônomo e sudorese.
Em certas modalidades, o indivíduo é identificado como tendo, ou em risco de ter, um(a) doença, distúrbio, condição, sintoma ou marcador fisiológico associado a SCN1A.
Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet.
Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia generalizada com convulsões febris. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é de convulsões febris familiares. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é encefalopatia epiléptica infantil precoce
6. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é administrado ao indivíduo por via parenteral. Em certas modalidades, a administração parenteral é a administração intracerebroventricular. Em certas modalidades, a administração parenteral é a administração intratecal. Em certas modalidades, a administração é intramedular. Em certas modalidades, a administração parenteral é a administração subcutânea. Em certas modalidades, o indivíduo é um humano. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00166] Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição revelado(a) nesse documento diminui as convulsões, diminui a mioclonia ou espasmos musculares, alivia a dificuldade de caminhar, alivia a espasticidade, reduz, evita o início ou trata a demência, alivia as dificuldades na fala, reduz ou evita o início da visão alucinações, trata, reduz ou previne o início da degeneração neurológica progressiva, tratando, reduzindo ou prevenindo o início de danos aos nervos que controlam a função da bexiga, diminuindo a hipotonia, melhorando o tônus muscular, melhorando a deterioração cognitiva e reduzindo a ataxia, ou uma combinação dos mesmos.
Em certas modalidades, as convulsões foram reduzidas de forma independente em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a mioclonia ou espasmos musculares foram independentemente reduzidos em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a dificuldade em caminhar foi independentemente aliviada em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a espasticidade foi reduzida independentemente em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a dificuldade de fala foi independentemente aliviada em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, as alucinações visuais foram independentemente reduzidas em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a degeneração neurológica progressiva foi independentemente reduzida em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a progressão da demência foi independentemente reduzida em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, o dano ao nervo da função da bexiga é reduzido independentemente em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a hipotonia foi independentemente reduzida em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a deterioração cognitiva foi reduzida em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a ataxia foi independentemente reduzida em pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45% ou pelo menos 50%. Em certas modalidades, a célula é um neurônio.
[00167] Certas modalidades fornecem compostos e composições descritos nesse documento para uso em terapia. Certas modalidades são direcionadas a um(a) composto ou composição que compreende um inibidor específico de SCN2A para uso no(a) tratamento, prevenção, retardamento do início, desaceleração da progressão ou melhoria de um ou mais de doenças, distúrbios, condições, sintomas ou marcadores fisiológicos associados a SCN1A. Certas modalidades são direcionadas a um(a) composto ou composição para uso no(a) tratamento, prevenção, retardamento do início, desaceleração da progressão ou melhoria de um(a) doença ou distúrbio por SCN1A, ou um sintoma ou marcador fisiológico do mesmo. Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia generalizada com convulsões febris. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é convulsões febris familiares. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é a encefalopatia epiléptica infantil precoce 6.
[00168] Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00169] Certas modalidades são atraídas para um(a) composto ou composição que compreende um inibidor específico de SCN2A para uso na redução de convulsões, diminuição da mioclonia ou espasmos musculares, aliviando a dificuldade de caminhar, reduzindo, prevenindo o início de, ou tratando a demência, aliviando as dificuldades na fala, reduzindo ou prevenção do início de alucinações visuais, tratando, reduzindo ou prevenindo o início da degeneração neurológica progressiva, tratando, reduzindo ou prevenindo o início de danos aos nervos que controlam a função da bexiga, diminuindo a hipotonia, melhorando o tônus muscular, melhorando ou prevenindo a deterioração cognitiva e reduzindo a ataxia, ou uma combinação dos mesmos, em um indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição reduz as convulsões no indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição diminui a mioclonia ou espasmos musculares no indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição alivia a dificuldade de andar no indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição reduz, previne o aparecimento de, ou trata a demência no indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição alivia as dificuldades na fala do indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição reduz ou previne o aparecimento de alucinações visuais no indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou previne o início da degeneração neurológica progressiva no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou evita o aparecimento de danos aos nervos que controlam a função da bexiga no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz ou evita a hipotonia no indivíduo.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição melhora o tônus muscular do indivíduo.
Em certas modalidades, a célula é um neurônio.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição melhora ou evita a deterioração cognitiva.
Em certas modalidades, a administração do composto ou da composição trata, reduz a ataxia no indivíduo.
Em certas modalidades, o indivíduo é identificado como tendo, ou em risco de ter um(a) doença, distúrbio, condição, sintoma ou marcador fisiológico associado a um(a) doença ou distúrbio por SCN1A.
Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet.
Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia.
Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia generalizada com convulsões febris.
Em certas modalidades, a doença por SCN1A é convulsões febris familiares.
Em certas modalidades, a doença por SCN1A é a encefalopatia epiléptica infantil precoce 6. Em certas modalidades, o indivíduo é um humano.
Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A.
Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A.
Em certas modalidades, o inibidor específico de SCN2A é um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A.
Em certas modalidades,
o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto que compreende um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00170] Certas modalidades são direcionadas ao uso de compostos ou composições descritos nesse documento para a fabricação ou preparação de um medicamento para terapia. Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição como descrito nesse documento na fabricação ou preparação de um medicamento para tratar, prevenir, retardar o início, retardar a progressão ou melhorar um ou mais de doenças, distúrbios, condições, sintomas ou marcadores fisiológicos associados a SCN1A. Em certas modalidades, o composto ou a composição como descrito nesse documento é usado na fabricação ou preparação de um medicamento para tratar, melhorar, retardar ou prevenir um(a) doença ou distúrbio por SCN1A. Em certas modalidades, a(o) doença ou distúrbio por SCN1A é a síndrome de Dravet. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é epilepsia generalizada com convulsões febris. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é convulsões febris familiares. Em certas modalidades, a doença por SCN1A é encefalopatia epiléptica infantil precoce
6. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreendendo um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreendendo um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00171] Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição para a fabricação ou preparação de um medicamento para reduzir convulsões, diminuir mioclonia ou espasmos musculares, aliviar a dificuldade de caminhar, reduzir, prevenir o início de, ou tratar a demência, aliviar as dificuldades na fala, reduzir ou prevenir o início de alucinações visuais, tratar, reduzir ou prevenir o início da degeneração neurológica progressiva, tratar, reduzir ou prevenir o início de danos aos nervos que controlam a função da bexiga, diminuir a hipotonia, melhorar o tônus muscular, melhorar ou prevenir o processo cognitivo deterioração e redução da ataxia, ou uma combinação das mesmas, em um indivíduo com ou em risco de ter um(a) doença ou distúrbio por SCN1A. Em certas modalidades, a célula é um neurônio. Certas modalidades são direcionadas para o uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para reduzir convulsões no indivíduo.
Certas modalidades são elaboradas para o uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para diminuir a mioclonia ou espasmos musculares no indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para aliviar a dificuldade em andar no indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas para o uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para reduzir, prevenir o início de, ou tratar a demência no indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento que alivia as dificuldades na fala do indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas para o uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento que reduz ou evita o início de alucinações visuais no indivíduo.
Certas modalidades são elaboradas para o uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para tratar, reduzir ou prevenir o início da degeneração neurológica progressiva no indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para tratar, reduzir ou prevenir o início de danos aos nervos que controlam a função da bexiga no indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para tratar, reduzir ou prevenir hipotonia no indivíduo.
Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento para melhorar o tônus muscular no indivíduo. Certas modalidades são direcionadas ao uso de um(a) composto ou composição na fabricação ou preparação de um medicamento que reduz a ataxia no indivíduo. Em certas modalidades, a célula é um neurônio. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um ácido nucleico, peptídeo, anticorpo, molécula pequena ou outro agente capaz de inibir a expressão ou atividade de SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um composto antissentido ou um composto oligomérico direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreendendo um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto ou a composição compreendendo um oligonucleotídeo modificado pode ser de fita dupla.
[00172] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o composto ou a composição pode compreender um composto antissentido direcionado a SCN2A. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo, por exemplo, um oligonucleotídeo que consiste em 8 a 80 nucleosídeos ligados, 10 a 30 nucleosídeos ligados, 12 a 30 nucleosídeos ligados ou 20 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos uma ligação internucleosídica modificada, pelo menos um açúcar modificado e/ou pelo menos uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, a ligação internucleosídica modificada é uma ligação internucleosídica de fosforotioato, o açúcar modificado é um açúcar bicíclico ou um 2’-O-metoxietila e a nucleobase modificada é uma 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado compreende um segmento de lacuna que consiste em desoxinucleosídeos ligados; um segmento de asa 5’ consistindo em nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3’ que consiste em nucleosídeos ligados, em que o segmento de lacuna é posicionado imediatamente adjacente aos, e entre os, segmento de asa 5’ e segmento de asa 3’ e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o composto pode compreender um oligonucleotídeo modificado de 12 a 80 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o composto é um composto antissentido ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado tem 12 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento. Em certas modalidades, o(a)s compostos ou composições revelado(a)s nesse documento compreendem adicionalmente um carreador ou diluente farmaceuticamente aceitável.
[00173] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o composto ou a composição compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado de 12 a 30 nucleosídeos ligados de comprimento, em que o oligonucleotídeo modificado compreende: um segmento de lacuna que consiste em 2’- desoxinucleosídeos ligados;
um segmento de asa 5’ consistindo em nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3 'consistindo em nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o segmento de asa 5’ e o segmento de asa 3’ e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
[00174] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o composto ou a composição pode ser administrado(a) por via parentérica. Por exemplo, em certas modalidades, o composto ou a composição pode ser administrado(a) por meio de injeção ou infusão. A administração parenteral inclui administração subcutânea, administração intravenosa, administração intramuscular, administração intra-arterial, administração intraperitoneal ou administração intracraniana. Em certas modalidades, o composto ou a composição é coadministrado(a) com um segundo agente. Em certas modalidades, o composto ou a composição e o segundo agente são administrados concomitantemente. Em qualquer um dos métodos ou utilizações anteriores, o composto ou a composição pode ser administrado por via intratecal. Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o composto ou a composição pode ser administrado intramedular. Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o composto ou a composição pode ser administrado intracerebroventricularmente. Certos Compostos
[00175] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são compostos antissentido. Em certas modalidades, o composto antissentido compreende ou consiste em um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto oligomérico compreende um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado tem uma sequência de nucleobases complementar àquela de um ácido nucleico alvo.
[00176] Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado tem uma sequência de nucleobases complementar àquela de um ácido nucleico alvo.
[00177] Em certas modalidades, um composto ou composto antissentido é de fita simples. Tal composto de fita simples ou composto antissentido compreende ou consiste em um composto oligomérico. Em certas modalidades, tal composto oligomérico compreende ou consiste em um oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é um oligonucleotídeo antissentido. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo de um composto antissentido de fita simples ou composto oligomérico compreende uma sequência de nucleobases autocomplementar.
[00178] Em certas modalidades, os compostos são de fita dupla. Esses compostos de fita dupla compreendem um primeiro oligonucleotídeo modificado tendo uma região complementar a um ácido nucleico alvo e um segundo oligonucleotídeo modificado tendo uma região complementar ao primeiro oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado é um oligonucleotídeo de RNA. Em tais modalidades, a nucleobase de timina no oligonucleotídeo modificado é substituída por uma nucleobase de uracila. Em certas modalidades, o composto compreende um grupo conjugado. Em certas modalidades, cada oligonucleotídeo modificado tem 12-30 nucleosídeos ligados de comprimento.
[00179] Em certas modalidades, os compostos são de fita dupla. Esses compostos de fita dupla compreendem um primeiro composto oligomérico tendo uma região complementar a um ácido nucleico alvo e um segundo composto oligomérico tendo uma região complementar ao primeiro composto oligomérico. O primeiro composto oligomérico de tais compostos de fita dupla tipicamente compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado. O oligonucleotídeo do segundo composto oligomérico de tal composto de fita dupla pode ser modificado ou não modificado. Os compostos oligoméricos de compostos de fita dupla podem incluir nucleosídeos pendentes não complementares.
[00180] Exemplos de compostos de fita simples e de fita dupla incluem, mas não estão limitados a oligonucleotídeos, siRNAs, oligonucleotídeos direcionados a microRNA e compostos de RNAi de fita simples, tais como pequenos RNAs tipo grampo de cabelo (shRNAs), siRNAs de fita simples (ssRNAs) e microRNA mimético.
[00181] Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento tem uma sequência de nucleobases que, quando escrita na direção 5’ para 3’, compreende o complemento reverso do segmento alvo de um ácido nucleico alvo ao qual é direcionado.
[00182] Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo de 10 a 30 subunidades ligadas de comprimento. Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo de 12 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 12 a 22 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 14 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 14 a 20 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 15 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 15 a 20 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 16 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 16 a 20 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 17 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 17 a 20 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 18 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 18 a 21 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 18 a 20 subunidades ligadas de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo com 20 a 30 subunidades ligadas de comprimento.
Em outras palavras, tais oligonucleotídeos são de 12 a 30 subunidades ligadas, 14 a 30 subunidades ligadas, 14 a 20 subunidades, 15 a 30 subunidades, 15 a 20 subunidades, 16 a 30 subunidades, 16 a 20 subunidades, 17 a 30 subunidades, 17 a 20 subunidades, 18 a 30 subunidades, 18 a 20 subunidades, 18 a 21 subunidades, 20 a 30 subunidades ou 12 a 22 subunidades ligadas, respectivamente.
Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende 14 subunidades ligadas a um oligonucleotídeo de comprimento.
Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende 16 subunidades ligadas a um oligonucleotídeo de comprimento.
Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende 17 subunidades ligadas a um oligonucleotídeo de comprimento.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende 18 subunidades ligadas a um oligonucleotídeo de comprimento.
Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende 19 subunidades ligadas a um oligonucleotídeo de comprimento.
Em certas modalidades, um composto descrito nesse documento compreende 20 subunidades ligadas a um oligonucleotídeo de comprimento.
Em outras modalidades, um composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo 8 a 80, 12 a 50, 13 a 30, 13 a 50, 14 a 30, 14 a 50, 15 a 30, 15 a 50, 16 a 30, 16 a 50, 17 a 30, 17 a 50, 18 a 22, 18 a 24, 18 a 30, 18 a 50, 19 a 22, 19 a 30, 19 a 50 ou 20 a 30 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, o composto descrito nesse documento compreende um oligonucleotídeo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79 ou 80 subunidades ligadas de comprimento, ou uma faixa definida por quaisquer dois dos valores acima. Em algumas modalidades, as subunidades ligadas são nucleotídeos, nucleosídeos ou nucleobases.
[00183] Em certas modalidades, os compostos podem ser encurtados ou truncados. Por exemplo, uma única subunidade pode ser excluída da extremidade 5’ (truncamento 5’) ou, alternativamente, da extremidade 3’ (truncamento 3’). Um composto encurtado ou truncado direcionado a um ácido nucleico de SCN2A pode ter duas subunidades excluídas da extremidade 5’ ou, alternativamente, pode ter duas subunidades excluídas da extremidade 3’ do composto. Alternativamente, os nucleosídeos excluídos podem ser dispersados por todo o composto.
[00184] Quando uma única subunidade adicional está presente em um composto alongado, a subunidade adicional pode estar localizada na extremidade 5’ ou 3’ do composto. Quando duas ou mais subunidades adicionais estão presentes, as subunidades adicionadas podem ser adjacentes umas às outras, por exemplo, em um composto com duas subunidades adicionadas à extremidade 5’ (adição de 5’) ou, alternativamente, à extremidade 3’ (adição de 3’), do composto. Alternativamente, as subunidades adicionadas podem ser dispersadas por todo o composto.
[00185] É possível aumentar ou diminuir o comprimento de um composto, tal como um oligonucleotídeo, e/ou introduzir bases não correspondentes sem eliminar a atividade (Woolf et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992; Gautschi et al. J. Natl. Cancer Inst. 93:463-471, Março de 2001; Maher e Dolnick Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358, 1988). No entanto, alterações aparentemente pequenas na sequência de oligonucleotídeos, química e motivo pode fazer grandes diferenças em uma ou mais das muitas propriedades necessárias para o desenvolvimento clínico (Seth et al. J. Med. Chem., 52, 10, 2009; Egli et al. J. Am. Chem. Soc., 133, 16642, 2011).
[00186] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são compostos de RNA de interferência (RNAi), que incluem compostos de RNA de fita dupla (também referidos como RNA de interferência curta ou siRNA) e compostos de RNAi de fita simples (ou ssRNA). Esses compostos funcionam, pelo menos em parte, através da via RISC para degradar e/ou sequestrar um ácido nucleico alvo (assim, incluir compostos de microRNA/microRNA mimético). Como usado nesse documento, o termo siRNA pretende ser equivalente a outros termos usados para descrever moléculas de ácido nucleico que são capazes de mediar RNAi específico de sequência, por exemplo, RNA de interferência curto (siRNA), RNA de fita dupla (dsRNA), micro-RNA (miRNA), RNA tipo grampo de cabelo curto (shRNA), oligonucleotídeo de interferência curto, ácido nucleico de interferência curto, oligonucleotídeo modificado de interferência curto, siRNA quimicamente modificado, RNA silenciador de gene pós-transcricional (ptgsRNA) e outros. Além disso, como usado nesse documento, o termo RNAi pretende ser equivalente a outros termos usados para descrever a interferência de RNA de sequência específica, tal como silenciamento de gene pós-transcricional, inibição da tradução ou epigenética.
[00187] Em certas modalidades, um composto de fita dupla compreende uma primeira fita compreendendo a sequência de nucleobases complementar a uma região alvo de um ácido nucleico de SCN2A e uma segunda fita. Em certas modalidades, o composto de fita dupla compreende ribonucleotídeos nos quais a primeira fita tem uracila (U) no lugar de timina (T) e é complementar a uma região alvo. Em certas modalidades, um composto de fita dupla compreende (i) uma primeira fita compreendendo uma sequência de nucleobases complementar a uma região alvo de um ácido nucleico de SCN2A e (ii) uma segunda fita. Em certas modalidades, o composto de fita dupla compreende um ou mais de nucleotídeos modificados nos quais a posição 2’ no açúcar contém um halogênio (tal como o grupo flúor; 2’-F) ou contém um grupo alcóxi (tal como um grupo metóxi; 2’-OMe). Em certas modalidades, o composto de fita dupla compreende pelo menos uma modificação de açúcar 2’-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2’-OMe. Em certas modalidades, pelo menos uma modificação de açúcar 2’-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2’-OMe são arranjadas em um padrão alternado para pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases contíguas ao longo de uma fita do composto de dsRNA. Em certas modalidades, o composto de fita dupla compreende uma ou mais de ligações entre nucleotídeos adjacentes diferentes de uma ligação de fosfodiéster de ocorrência natural. Exemplos de tais ligações incluem ligações de fosforamida, fosforotioato e fosforoditioato. Os compostos de fita dupla também podem ser moléculas de ácido nucleico modificadas quimicamente como ensinado na Pat. US N° 6.673.661. Em outras modalidades, o dsRNA contém uma ou duas de fitas capadas, como revelado, por exemplo, por WO 00/63364, depositado em 19 de abril de 2000. Em certas modalidades, a primeira fita do composto de fita dupla é uma fita guia de siRNA e a segunda fita do composto de fita dupla é uma fita passageira de siRNA. Em certas modalidades, a segunda fita do composto de fita dupla é complementar à primeira fita. Em certas modalidades, cada fita do composto de fita dupla consiste em 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 23 nucleosídeos ligados.
[00188] Em certas modalidades, um composto de fita simples descrito nesse documento pode compreender qualquer uma das sequências de oligonucleotídeos direcionadas a SCN2A descritas nesse documento. Em certas modalidades, esse composto de fita simples é um composto de RNAi de fita simples (ssRNAi). Em certas modalidades, um composto de ssRNAi compreende a sequência de nucleobases complementar a uma região alvo de um ácido nucleico de SCN2A. Em certas modalidades, o composto de ssRNAi compreende ribonucleotídeos nos quais uracila (U) está no lugar de timina (T). Em certas modalidades, o composto de ssRNAi compreende uma sequência de nucleobases complementar a uma região alvo de um ácido nucleico de SCN2A. Em certas modalidades, um composto de ssRNAi compreende um ou mais de nucleotídeos modificados nos quais a posição 2’ no açúcar contém um halogênio (tal como o grupo flúor; 2’-F) ou contém um grupo alcóxi (tal como um grupo metóxi; 2’-OMe). Em certas modalidades, um composto de ssRNAi compreende pelo menos uma modificação de açúcar 2’-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2’-OMe. Em certas modalidades, a pelo menos uma modificação de açúcar 2’-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2’-OMe são arranjadas em um padrão alternado para pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases contíguas ao longo de uma fita do composto de ssRNAi. Em certas modalidades, o composto de ssRNAi compreende uma ou mais de ligações entre nucleotídeos adjacentes diferentes de uma ligação de fosfodiéster de ocorrência natural. Exemplos de tais ligações incluem ligações fosforamida, fosforotioato e fosforoditioato. Os compostos de ssRNAi também podem ser moléculas de ácido nucleico modificadas quimicamente como ensinado na Pat. US N° 6.673.661. Em outras modalidades, o ssRNAi contém uma fita capeada, como revelado, por exemplo, por WO 00/63364, depositado em 19 de abril de 2000. Em certas modalidades, o composto de ssRNAi consiste em 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 23 nucleosídeos ligados.
[00189] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos modificados. Certos oligonucleotídeos modificados têm um ou mais de centros assimétricos e, assim, dão origem a enantiômeros, diastereômeros e outras configurações estereoisoméricas que podem ser definidas, em termos de estereoquímica absoluta, como (R) ou (S), como α ou β, tal como para anômeros de açúcar, ou como (D) ou (L), tal como para aminoácidos, etc. Incluídos nos oligonucleotídeos modificados fornecidos nesse documento estão todos esses isômeros possíveis, incluindo suas formas racêmicas e opticamente puras, a menos que especificado de outra forma. Da mesma forma, todos os isômeros cis e trans e formas tautoméricas também estão incluídos. Certos Mecanismos
[00190] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são compostos antissentido. Em certas modalidades, tais compostos antissentido compreendem compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são capazes de hibridizar com um ácido nucleico alvo, resultando em pelo menos uma atividade antissentido. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento afetam seletivamente um ou mais de ácidos nucleicos alvo. Tais compostos seletivos compreendem uma sequência de nucleobases que hibridiza com um ou mais de ácidos nucleicos alvo, resultando em uma ou mais de atividades antissentido desejadas e não hibridiza com um ou mais de ácidos nucleicos não alvo ou não hibridiza com um ou mais de ácidos nucleicos não alvo de modo que resulte em uma atividade antissentido indesejada significativa.
[00191] Em certas atividades antissentido, a hibridização de um composto descrito nesse documento com um ácido nucleico alvo resulta no recrutamento de uma proteína que cliva o ácido nucleico alvo. Por exemplo, certos compostos descritos nesse documento resultam na clivagem mediada por RNase H do ácido nucleico alvo. RNase H é uma endonuclease celular que cliva a fita de RNA de um duplex RNA:DNA. O DNA em tal duplex de RNA:DNA não precisa ser DNA não modificado. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são suficientemente “semelhantes a DNA” para induzir a atividade de RNase H. Além disso, em certas modalidades, um ou mais nucleosídeo(s) não semelhante(s) a DNA na lacuna de um gapmero são tolerados.
[00192] Em certas atividades antissentido, os compostos descritos nesse documento ou uma porção do composto são carregados em um complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC), resultando em última análise na clivagem do ácido nucleico alvo. Por exemplo, certos compostos descritos nesse documento resultam na clivagem do ácido nucleico alvo pelo Argonaute. Os compostos que são carregados em RISC são compostos de RNAi. Os compostos de RNAi podem ser de fita dupla (siRNA) ou de fita simples (ssRNA).
[00193] Em certas modalidades, a hibridização de compostos descritos nesse documento com um ácido nucleico alvo não resulta no recrutamento de uma proteína que cliva esse ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a hibridização do composto com o ácido nucleico alvo resulta na alteração do splicing do ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a hibridização do composto com um ácido nucleico alvo resulta na inibição de uma interação de ligação entre o ácido nucleico alvo e uma proteína ou outro ácido nucleico. Em certas modalidades, a hibridização do composto com um ácido nucleico alvo resulta na alteração da tradução do ácido nucleico alvo.
[00194] As atividades antissentido podem ser observadas direta ou indiretamente. Em certas modalidades, a observação ou detecção de uma atividade antissentido envolve a observação ou detecção de uma mudança em uma quantidade de um ácido nucleico alvo ou proteína codificada por tal ácido nucleico alvo, uma mudança na razão de variantes de splicing de um(a) ácido nucleico ou proteína, e/ou uma alteração fenotípica em um(a) célula ou animal. Ácidos nucleicos alvo, regiões alvo e Sequências de Nucleotídeos
[00195] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem ou consistem em um oligonucleotídeo que compreende uma região que é complementar a um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é uma molécula de RNA endógena. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é selecionado de: um mRNA e um pré-mRNA, incluindo regiões intrônicas, exônicas e não traduzidas. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é um pré-mRNA. Em certas modalidades, a região alvo está inteiramente dentro de um íntron. Em certas modalidades, a região alvo abrange uma junção íntron/éxon. Em certas modalidades, a região alvo é de pelo menos 50% dentro de um íntron.
[00196] As sequências de genes humanos que codificam SCN2A são descritas na técnica (HGNC: 10588; Entrez Gene: 6326; Ensembl: ENSG00000136531; OMIM: 182390; UniProtKB: Q99250). O transcrito de mRNA de SCN2A, portanto, pode ser referido como mRNA de SCN2A ou mRNA de NAV1.2 incluindo pré- mRNA. O mRNA de SCN2A inclui, por exemplo, uma sequência que codifica Banco de Genes NP_066287.2 (por exemplo, Banco de Genes NM_021007.2, GI: 93141209), bem como outras variantes de splicing/transcrição de mRNA (por exemplo, acesso ao Banco de Genes: NM_001040143.1, GI: 93141213; NM_001040142.1, GI: 93141211; ou outras variantes conhecidas). O transcrito de mRNA de SCN2A, portanto, pode ser referido como mRNA de SCN2A ou mRNA de NAV2.1 incluindo pré-mRNA.
[00197] As sequências de genes humanos que codificam SCN1A são descritas na técnica (HGNC: 10585; Entrez Gene 6323; Ensembl: ENSG00000144285; OMIM: 182389; UniProtKB: P35498). O transcrito de mRNA de SCN1A, portanto, pode ser referido como mRNA de SCN1A ou mRNA de NAV1.1 incluindo pré- mRNA. Hibridização
[00198] Em algumas modalidades, a hibridização ocorre entre um composto revelado nesse documento e um ácido nucleico de SCN2A. O mecanismo mais comum de hibridização envolve ligações de hidrogênio (por exemplo, ligações de hidrogênio de Watson-Crick, Hoogsteen ou Hoogsteen reversa) entre nucleobases complementares das moléculas de ácido nucleico.
[00199] A hibridização pode ocorrer em várias condições. As condições de hibridação são dependentes da sequência e são determinadas pela natureza e composição das moléculas de ácido nucleico a serem hibridizadas.
[00200] Os métodos para determinar se uma sequência é especificamente hibridizável com um ácido nucleico alvo são bem conhecidos na técnica. Em certas modalidades, os compostos fornecidos nesse documento são especificamente hibridizáveis com um ácido nucleico de SCN2A. Complementaridade
[00201] Um oligonucleotídeo é dito ser complementar a outro ácido nucleico quando a sequência de nucleobases de tal oligonucleotídeo ou uma ou mais de regiões do mesmo corresponde à sequência de nucleobases de outro oligonucleotídeo ou ácido nucleico ou uma ou mais de regiões do mesmo quando as duas sequências de nucleobases estão alinhadas em direções opostas. Correspondências de nucleobases ou nucleobases complementares, como descrito nesse documento, são limitadas a adenina (A) e timina (T), adenina (A) e uracila (U), citosina (C) e guanina (G) e 5- metil citosina (mC) e guanina (G) a menos que especificado de outra forma. Os oligonucleotídeos complementares e/ou ácidos nucleicos não precisam ter complementaridade de nucleobases em cada nucleosídeo e podem incluir uma ou mais de não correspondências de nucleobases. Um oligonucleotídeo é totalmente complementar ou 100% complementar quando tais oligonucleotídeos têm correspondências de nucleobases em cada nucleosídeo sem quaisquer não correspondências de nucleobases.
[00202] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são compostos antissentido. Em certas modalidades, os compostos compreendem compostos oligoméricos. Nucleobases não complementares entre um composto e um ácido nucleico de SCN2A podem ser toleradas, desde que o composto permaneça capaz de hibridizar especificamente com um ácido nucleico alvo. Além disso, um composto pode hibridizar sobre um ou mais de segmentos de um ácido nucleico de SCN2A, de modo que segmentos intervenientes ou adjacentes não estejam envolvidos no evento de hibridização (por exemplo, uma estrutura espiral, não correspondência ou estrutura tipo grampo de cabelo).
[00203] Em certas modalidades, os compostos fornecidos nesse documento, ou uma porção especificada dos mesmos, são,
ou são pelo menos, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou 100% complementar a um ácido nucleico de SCN2A, uma região alvo, segmento alvo ou porção especificada do mesmo. A complementaridade percentual de um composto com um ácido nucleico alvo pode ser determinada usando métodos de rotina.
[00204] Por exemplo, um composto no qual 18 de 20 nucleobases do composto são complementares a uma região alvo e, portanto, hibridizariam especificamente, representaria 90 por cento de complementaridade. Nesse exemplo, as nucleobases não complementares restantes podem ser agrupadas ou intercaladas com nucleobases complementares e não precisam ser contíguas umas às outras ou às nucleobases complementares. Como tal, um composto que tem 18 nucleobases de comprimento tendo quatro nucleobases não complementares que são flanqueadas por duas regiões de complementaridade completa com o ácido nucleico alvo teria 77,8% de complementaridade geral com o ácido nucleico alvo e, portanto, cairia no escopo da presente invenção. A complementaridade percentual de um composto com uma região de um ácido nucleico alvo pode ser determinada rotineiramente usando programas BLAST (ferramentas básicas de pesquisa de alinhamento local) e programas PowerBLAST conhecidos na técnica (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403 410; Zhang e Madden, Genome Res., 1997, 7, 649 656). A homologia percentual, identidade de sequência ou complementaridade pode ser determinada, por exemplo, pelo programa Gap (Wisconsin Sequence Analysis Package, Versão 8 para Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.), usando as configurações padrão, que usa o algoritmo de Smith e Waterman (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482 489).
[00205] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento, ou porções especificadas dos mesmos, são totalmente complementares (ou seja, 100% complementares) a um ácido nucleico alvo, ou porções especificadas do mesmo. Por exemplo, um composto pode ser totalmente complementar a um ácido nucleico de SCN2A, ou uma região alvo, ou um segmento alvo ou sequência alvo do mesmo. Como usado nesse documento, “totalmente complementar” significa que cada nucleobase de um composto é capaz de pareamento de base preciso com as nucleobases correspondentes de um ácido nucleico alvo. Por exemplo, um composto de 20 nucleobases é totalmente complementar a uma sequência alvo que tem 400 nucleobases de comprimento, desde que haja uma porção correspondente de 20 nucleobases do ácido nucleico alvo que seja totalmente complementar ao composto. Totalmente complementar também pode ser usado em referência a uma porção especificada do primeiro e/ou do segundo ácido nucleico. Por exemplo, uma porção de 20 nucleobases de um composto de 30 nucleobases pode ser “totalmente complementar” a uma sequência alvo que tem 400 nucleobases de comprimento. A porção de 20 nucleobases do composto de 30 nucleobases é totalmente complementar à sequência alvo se a sequência alvo tiver uma porção de 20 nucleobases correspondentes em que cada nucleobase é complementar à porção de 20 nucleobases do composto. Ao mesmo tempo, todo o composto de 30 nucleobases pode ou não ser totalmente complementar à sequência alvo, dependendo se as 10 nucleobases restantes do composto também são complementares à sequência alvo.
[00206] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem uma ou mais de nucleobases não correspondentes em relação ao ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a atividade antissentido contra o alvo é reduzida por tal não correspondência, mas a atividade contra um não alvo é reduzida em uma quantidade maior. Assim, em certas modalidades, a seletividade do composto é melhorada. Em certas modalidades, a não correspondência é especificamente posicionada dentro de um oligonucleotídeo tendo um motivo de gapmero. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 da extremidade 5’ da região de lacuna. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 da extremidade 3’ da região de lacuna. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 1, 2, 3 ou 4 da extremidade 5’ da região da asa. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 4, 3, 2 ou 1 da extremidade 3’ da região da asa. Em certas modalidades, a não correspondência é especificamente posicionada dentro de um oligonucleotídeo que não tem um motivo de gapmero. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 da extremidade 5’ do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 da extremidade 3’ do oligonucleotídeo.
[00207] A localização de uma nucleobase não complementar pode ser na extremidade 5’ ou na extremidade 3’ do composto. Alternativamente, a nucleobase ou as nucleobases não complementar(es) pode(m) estar em uma posição interna do composto. Quando duas ou mais nucleobases não complementares estão presentes, elas podem ser contíguas (isto é, ligadas) ou não contíguas. Em uma modalidade, uma nucleobase não complementar está localizada no segmento de asa de um oligonucleotídeo gapmero.
[00208] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento que são ou têm até 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases de comprimento compreendem não mais do que 4, não mais do que 3, não mais do que 2, ou não mais do que 1 nucleobase(s) não complementar(es) em relação a um ácido nucleico alvo, tal como um ácido nucleico de SCN2A, ou porção especificada do mesmo.
[00209] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são ou são até 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 nucleobases de comprimento compreendem não mais do que 6, não mais do que 5, não mais do que 4, não mais do que 3, não mais do que 2 ou não mais do que 1 nucleobase(s) não complementar(es) em relação a um ácido nucleico alvo, tal como um ácido nucleico de SCN2A, ou porção especificada do mesmo.
[00210] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento também incluem aqueles que são complementares a uma porção de um ácido nucleico alvo. Como usado nesse documento, “porção” refere-se a um número definido de nucleobases contíguas (isto é, ligadas) dentro de um(a) região ou segmento de um ácido nucleico alvo. Uma “porção” também pode se referir a um número definido de nucleobases contíguas de um composto. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 8 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 9 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 10 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 11 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 12 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 13 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 14 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 15 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 16 nucleobases de um segmento alvo. Também são contemplados os compostos que são complementares a pelo menos 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ou mais porções de nucleobases de um segmento alvo, ou uma faixa definida por qualquer dois desses valores. Identidade
[00211] Os compostos fornecidos nesse documento também podem ter uma identidade percentual definida com uma sequência de nucleotídeos particular, SEQ ID NO, ou composto representado por um número de Isis específico, ou porção do mesmo. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são compostos antissentido ou compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são oligonucleotídeos modificados. Tal como usado nesse documento, um composto é idêntico à sequência revelada nesse documento se tiver a mesma capacidade de pareamento de nucleobases. Por exemplo, um RNA que contém uracila no lugar de timidina em uma sequência de DNA revelada seria considerado idêntico à sequência de DNA, uma vez que a uracila e a timidina pareiam com a adenina. Versões encurtadas e alongadas dos compostos descritos nesse documento, bem como compostos com bases não idênticas em relação aos compostos fornecidos nesse documento, também são contempladas. As bases não idênticas podem ser adjacentes umas às outras ou dispersadas por todo o composto. A identidade percentual de um composto é calculada de acordo com o número de bases que têm pareamento de bases idêntico em relação à sequência com a qual está sendo comparado.
[00212] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento, ou porções dos mesmos, são, ou são pelo menos, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96 %, 97%, 98%, 99% ou 100% idênticos a um ou mais dos compostos ou SEQ ID NOs, ou uma porção dos mesmos, revelados nesse documento. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são cerca de 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% idênticos, ou qualquer porcentagem entre tais valores, a uma sequência de nucleotídeos particular, SEQ ID NO, ou composto representado por um número de Isis específico, ou porção do mesmo, em que os compostos compreendem um oligonucleotídeo tendo uma ou mais de nucleobases não correspondentes. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 da extremidade 5’ do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, a não correspondência está na posição 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,
11 ou 12 da extremidade 3’ do oligonucleotídeo.
[00213] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são compostos antissentido. Em certas modalidades, uma porção do composto é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 de nucleobases é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo.
[00214] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento são oligonucleotídeos. Em certas modalidades, uma porção do oligonucleotídeo é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 nucleobases é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo. Certos Compostos Modificados
[00215] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos que consistem em nucleosídeos ligados. Os oligonucleotídeos podem ser oligonucleotídeos não modificados (RNA ou DNA) ou podem ser oligonucleotídeos modificados. Os oligonucleotídeos modificados compreendem pelo menos uma modificação em relação ao RNA ou DNA não modificado (isto é, compreendem pelo menos um nucleosídeo modificado (compreendendo uma porção de açúcar modificado e/ou uma nucleobase modificada) e/ou pelo menos uma ligação internucleosídica modificada). A. Nucleosídeos Modificados
[00216] Os nucleosídeos modificados compreendem uma porção de açúcar modificado ou uma nucleobase modificada ou uma porção de açúcar modificado e uma nucleobase modificada.
1. Porções de açúcar modificado
[00217] Em certas modalidades, as porções de açúcar são porções de açúcar modificado não bicíclico. Em certas modalidades, as porções de açúcar modificado são porções de açúcar bicíclico ou tricíclico. Em certas modalidades, as porções de açúcar modificado são substitutas de açúcar. Tais substitutos de açúcar podem compreender uma ou mais de substituições correspondentes àquelas de outros tipos de porções de açúcar modificado.
[00218] Em certas modalidades, as porções de açúcar modificado são porções de açúcar modificado não bicíclico que compreendem um anel furanosil com um ou mais de substituintes acíclicos, incluindo, mas não se limitando a, substituintes nas posições 2’, 4’ e/ou 5’. Em certas modalidades, um ou mais de substituintes acíclicos de porções de açúcar modificado não bicíclico é(são) ramificado(s). Exemplos de grupos substituintes 2’ adequados para porções de açúcar modificado não bicíclicas incluem, mas não estão limitados a: 2’-F, 2'-OCH3 (“OMe” ou “O-metil”), e 2'- O(CH2)2OCH3 (“MOE”). Em certas modalidades, os grupos substituintes 2’ são selecionados de: halo, alila, amino, azido, SH, CN, OCN, CF3, OCF3, O-alcóxi C1-C10, O-alcóxi C1- C10 substituído, O-alquila C1-C10, O-alquila C1-C10 substituído, S-alquila, N(Rm)-alquila, O-alquenila, S- alquenila, N(Rm)-alquenila, O-alquinila, S-alquinila, N(Rm)- alquinila, O-alquilenil-O-alquila, alquinila, alcarila, aralquila, O-alcarila, O-aralquila, O(CH2)2SCH3,
O(CH2)2ON(Rm)(Rn) ou OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn), em que cada Rm e Rn é, independentemente, H, um grupo de proteção de amino, ou alquila C1-C10 substituído ou não substituído, e os grupos substituintes 2’ descritos em Cook et al., US 6.531.584; Cook et al., U.S. 5.859.221; e Cook et al., U.S. 6.005.087. Certas modalidades desses grupos substituintes 2’ podem ser adicionalmente substituídos por um ou mais de grupos substituintes independentemente selecionados dentre: hidroxila, amino, alcóxi, carbóxi, benzila, fenila, nitro (NO2), tiol, tioalcóxi, tioalquila, halogênio, alquila, arila, alquenila e alquinila. Exemplos de grupos substituintes 4’ adequados para porções de açúcar modificado linearmente não bicíclico incluem, mas não estão limitados a, alcóxi (por exemplo, metóxi), alquila e aqueles descritos em Manoharan et al., WO 2015/106128. Exemplos de grupos substituintes 5’ adequados para porções de açúcar modificado não bicíclico incluem, mas não estão limitados a: 5’-metila (R ou S), 5’-vinila e 5’-metóxi. Em certas modalidades, os açúcares modificados não bicíclicos compreendem mais de um substituinte de açúcar sem ligação em ponte, por exemplo, porções de açúcar 2’-F-5’-metila e as porções de açúcar modificado e nucleosídeos modificados descritos em Migawa et al., WO 2008/101157 e Rajeev et al., US2013/0203836.
[00219] Em certas modalidades, um nucleosídeo 2’- substituído ou nucleosídeo modificado 2’-não bicíclico compreende uma porção de açúcar compreendendo um grupo substituinte 2’ linear selecionado a partir de: F, NH2, N3, OCF3, OCH3, O(CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, e acetamida N-substituída (OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)), em que cada Rm e Rn é, independentemente, H, um grupo protetor de amino ou alquila C1-C10 substituído ou não substituído.
[00220] Em certas modalidades, um nucleosídeo 2’- substituído ou 2’-nucleosídeo modificado não bicíclico compreende uma porção de açúcar compreendendo um grupo substituinte 2’ linear selecionado de: F, OCF3, OCH3, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, e OCH2C(=O)-N(H)CH3 (“NMA”).
[00221] Em certas modalidades, um nucleosídeo 2’- substituído ou um nucleosídeo modificado 2’-não bicíclico compreende uma porção de açúcar que compreende um grupo substituinte 2’ linear selecionado de: F, OCH3 e OCH2CH2OCH3.
[00222] Os nucleosídeos que compreendem porções de açúcar modificado, tais como porções de açúcar modificado não bicíclico, são referidos pela(s) posição(ões) da(s) substituição(ões) na porção de açúcar do nucleosídeo. Por exemplo, os nucleosídeos que compreendem porções de açúcar 2’-substituídos ou 2-modificados são referidos como nucleosídeos 2’-substituídos ou nucleosídeos 2-modificados.
[00223] Certas porções de açúcar modificado compreendem um substituinte de açúcar de ligação em ponte que forma um segundo anel resultando em uma porção de açúcar bicíclico. Em certas modalidades, a porção de açúcar bicíclico compreende uma ponte entre os átomos do anel de furanose 4’ e 2’. Exemplos de tais substituintes de açúcar de ligação em ponte de 4’ a 2’ incluem, mas não estão limitados a: 4'-CH2- 2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2' (“LNA”), 4'-CH2- S-2', 4'-(CH2)2-O-2' (“ENA”), 4'-CH(CH3)-O-2' (referido como “etila restrito” ou “cEt” quando na configuração S), 4’-CH2- O-CH2-2’, 4’-CH2-N(R)-2’, 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' (“MOE restrito”
ou “cMOE”) e análogos do mesmo (ver, por exemplo, Seth et al., U.S. 7.399.845, Bhat et al., U.S. 7,569,686, Swayze et al., U.S. 7.741.457, e Swayze et al., U.S. 8.022.193), 4'- C(CH3)(CH3)-O-2' e análogos do mesmo (ver, por exemplo, Seth et al., U.S. 8.278.283), 4'-CH2-N(OCH3)-2' e análogos do mesmo (ver, por exemplo, Prakash et al., U.S. 8.278.425), 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (ver, por exemplo, Allerson et al., U.S.
7.696.345 e Allerson et al., U.S. 8.124.745), 4'-CH2-C- (H)(CH3)-2' (ver, por exemplo, Zhou, et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134), 4'-CH2-C(=CH2)-2' e análogos do mesmo (ver, por exemplo, Seth et al., U.S. 8.278.426), 4’-C(RaRb)- N(R)-O-2’, 4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’, 4'-CH2-O-N(R)-2', e 4'-CH2- N(R)-O-2', em que cada R, Ra e Rb é, independentemente, H, um grupo de proteção ou alquila C1-C12 (ver, por exemplo, Imanishi et al., US 7.427.672).
[00224] Em certas modalidades, tais pontes 4’ a 2’ compreendem independentemente de 1 a 4 grupos ligados independentemente selecionados de: -[C(Ra)(Rb)]n-, - [C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)- , -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, e -N(Ra)-; em que: x é 0, 1 ou 2; n é 1, 2, 3 ou 4; cada Ra e Rb é, independentemente, H, um grupo protetor, hidroxila, alquila C1-C12, alquila C1-C12 substituído, alquenila C2-C12, alquenila C2-C12 substituído, alquinila C2- C12, alquinila C2-C12 substituído, arila C5-C20, arila C5-C20 substituído, radical heterociclo, radical heterociclo substituído, heteroarila, heteroarila substituído, radical alicíclico C5-C7, radical alicíclico C5-C7 substituído,
halogênio, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, acila (C(=O)-H), acila substituído, CN, sulfonila (S(=O)2-J1) ou sulfoxila (S(=O) - J1); e cada J1 e J2 é, independentemente, H, alquila C1-C12, alquila C1-C12 substituído, alquenila C2-C12, alquenila C2-C12 substituído, alquinila C2-C12, alquinila C2-C12 substituído, arila C5-C20, arila C5-C20 substituído, acila (C(=O)-H), acila substituído, um radical heterociclo, um radical heterociclo substituído, aminoalquila C1-C12, aminoalquila C1-C12 substituído ou um grupo protetor.
[00225] Porções de açúcar bicíclico adicionais são conhecidas na técnica, ver, por exemplo: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. EUA, 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 20017, 129, 8362-8379; Elayadi et al., Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1- 7; Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243; Wengel et al., U.S. 7.053.207, Imanishi et al., U.S.
6.268.490, Imanishi et al. U.S. 6.770.748, Imanishi et al., U.S. RE44.779; Wengel et al., U.S. 6.794.499, Wengel et al., U.S. 6.670.461; Wengel et al., U.S. 7.034.133, Wengel et al., U.S. 8.080.644; Wengel et al., U.S. 8.034.909; Wengel et al., U.S. 8.153.365; Wengel et al., U.S. 7.572.582; e Ramasamy et al., U.S. 6.525.191, Torsten et al., WO 2004/106356, Wengel et al., WO 91999/014226; Seth et al., WO 2007/134181; Seth et al., U.S. 7.547.684; Seth et al.,
U.S. 7.666.854; Seth et al., U.S. 8.088.746; Seth et al., U.S. 7.750.131; Seth et al., U.S. 8.030.467; Seth et al., U.S. 8.268.980; Seth et al., U.S. 8.546.556; Seth et al., U.S. 8.530.640; Migawa et al., U.S. 9.012.421; Seth et al., U.S. 8.501.805; e Publicação de Patente U.S. Nos Allerson et al., US2008/0039618 e Migawa et al., US2015/0191727.
[00226] Em certas modalidades, as porções de açúcar bicíclico e os nucleosídeos que incorporam essas porções de açúcar bicíclico são adicionalmente definidos pela configuração isomérica. Por exemplo, um nucleosídeo LNA (descrito nesse documento) pode estar na configuração α-L ou na configuração β-D.
[00227] Os nucleosídeos α-L-metileno-oxi (4’-CH2-O-2’) ou α-L-LNA bicíclicos foram incorporados em oligonucleotídeos que mostraram atividade antissentido (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365- 6372). Nesse documento, as descrições gerais de nucleosídeos bicíclicos incluem ambas as configurações isoméricas. Quando as posições de nucleosídeos bicíclicos específicos (por exemplo, LNA ou cEt) são identificadas nas modalidades exemplificadas nesse documento, elas estão na configuração β-D, a menos que especificado de outra forma.
[00228] Em certas modalidades, as porções de açúcar modificado compreendem um ou mais de substituintes de açúcar sem ligação em ponte e um ou mais de substituintes de açúcar de ligação em ponte (por exemplo, açúcares 5’-substituídos e 4’-2’-ligados em ponte).
[00229] Em certas modalidades, as porções de açúcar modificado são substitutos de açúcar. Em certas modalidades, o átomo de oxigênio da porção de açúcar é substituído, por exemplo, por um átomo de enxofre, carbono ou nitrogênio. Em certas tais modalidades, tais porções de açúcar modificado também compreendem substituintes de ligação em ponte e/ou sem ligação em ponte, como descrito nesse documento. Por exemplo, certos substitutos de açúcar compreendem um átomo de enxofre 4’ e uma substituição na posição 2’ (ver, por exemplo, Bhat et al., US 7.875.733 e Bhat et al., US
7.939.677) e/ou a posição 5’.
[00230] Em certas modalidades, os substitutos do açúcar compreendem anéis com outros diferentes 5 átomos. Por exemplo, em certas modalidades, um substituto de açúcar compreende um tetra-hidropirano de seis membros (“THP”). Esses tetra-hidropiranos podem ser posteriormente modificados ou substituídos. Os nucleosídeos que compreendem tais tetra-hidropiranos modificados incluem, mas não estão limitados a, ácido nucleico de hexitol (“HNA”), ácido nucleico de anitol (“ANA”), ácido nucleico de manitol (“MNA”) (ver, por exemplo, Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10, 841-854), fluoro HNA:
[00231] (“F-HNA", ver, por exemplo, Swayze et al., US
8.088.904; Swayze et al., US 8.440.803; Swayze et al.; e Swayze et al., US 9.005.906, F-HNA também pode ser referido como um F-THP ou 3’-fluoro tetra-hidropirano), e nucleosídeos compreendendo compostos de THP modificados adicionais com a fórmula: em que, independentemente, para cada um dos referidos nucleosídeo THP modificado: Bx é uma porção de nucleobase; cada um de T3 e T4 é independentemente um grupo de ligação internucleosídica ligando o nucleosídeo THP modificado ao restante de um oligonucleotídeo ou um de T3 e T4 é um grupo de ligação internucleosídica ligando o nucleosídeo THP modificado ao restante de um oligonucleotídeo e o outro de T3 e T4 é H, um grupo protetor de hidroxila, um grupo conjugado ligado ou um grupo terminal 5’ ou 3’; cada um de q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 é independentemente, H, alquila C1- C6, alquila C1-C6 substituído, alquenila C2-C6, alquenila C2- C6 substituído, alquinila C2-C6 ou alquinila C2-C6 substituído; e cada um de R1 e R2 é independentemente selecionado dentre: hidrogênio, halogênio, alcóxi substituído ou não substituído, NJ1J2, SJ1, N3, OC(=X)J1, OC(=X)NJ1J2, NJ3C(=X)NJ1J2, e CN , em que X é O, S ou NJ1, e cada um de J1, J2, e J3 é, independentemente, H ou alquila C1-C6.
[00232] Em certas modalidades, são fornecidos nucleosídeos THP modificados em que cada um q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 é um H. Em certas modalidades, pelo menos um de q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 é outro diferente de H. Em certas modalidades, pelo menos um de q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 é metila. Em certas modalidades, são fornecidos nucleosídeos THP modificados, em que um de R1 e R2 é F. Em certas modalidades, R1 é F e R2 é H, em certas modalidades, R1 é metóxi e R2 é H e, em certas modalidades, R1 é metoxietoxi e R2 é H.
[00233] Em certas modalidades, os substitutos de açúcar compreendem anéis com mais de 5 átomos e mais de um heteroátomo. Por exemplo, nucleosídeos compreendendo porções de açúcar morfolino e seu uso em oligonucleotídeos foram relatados (ver, por exemplo, Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 e Summerton et al., US 5.698.685; Summerton et al., US 5.166.315; Summerton et al., US5.185.444; e Summerton et al., US 5.034.506). Como usado nesse documento, o termo “morfolino” significa um substituto de açúcar com a seguinte estrutura:
[00234] Em certas modalidades, os morfolinos podem ser modificados, por exemplo, adicionando ou alterando vários grupos substituintes da estrutura morfolino acima. Tais substitutos de açúcar são referidos nesse documento como “morfolinos modificados”.
[00235] Em certas modalidades, os substitutos de açúcar compreendem porções acíclicas. Exemplos de nucleosídeos e oligonucleotídeos compreendendo tais substitutos de açúcar acíclicos incluem, mas não estão limitados a: ácido nucleico de peptídeo (“PNA”), ácido butil nucleico acíclico (ver, por exemplo, Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 5853- 5865), e nucleosídeos e oligonucleotídeos descritos em Manoharan et al., WO2011/133876.
[00236] Muitos outros açúcares bicíclicos e tricíclicos e sistemas de anéis substitutos de açúcar são conhecidos na técnica que podem ser usados em nucleosídeos modificados.
2. Nucleobases modificadas
[00237] Modificações ou substituições de nucleobases (ou bases) são estruturalmente distinguíveis de, embora funcionalmente intercambiáveis com, nucleobases de ocorrência natural ou sintéticas não modificadas. Tanto as nucleobases naturais quanto as modificadas são capazes de participar das ligações de hidrogênio. Essas modificações de nucleobase podem conferir estabilidade de nuclease, afinidade de ligação ou alguma outra propriedade biológica benéfica aos compostos descritos nesse documento.
[00238] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeo(s) compreendendo uma nucleobase não modificada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeo(s) compreendendo uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeo(s) que não compreende(m) uma nucleobase, referida como um nucleosídeo abásico.
[00239] Em certas modalidades, as nucleobases modificadas são selecionadas de: pirimidinas 5-substituídas, 6-azapirimidinas, pirimidinas alquil ou alquinil substituídas, purinas alquil substituídas e purinas N-2, N-
6 e O-6 substituídas. Em certas modalidades, as nucleobases modificadas são selecionadas de: 2-aminopropiladenina, 5- hidroximetil citosina, 5-metilcitosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-N-metilguanina, 6-N- metiladenina, 2-propiladenina, 2-tiouracila, 2-tiotimina e 2-tiocitosina, 5-propinil(C≡C-CH3)uracila, 5- propinilcitosina, 6-azouracila, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-ribosiluracila (pseudouracila), 4-tiouracila, 8-halo, 8- amino, 8-tiol, 8-tioalquila, 8-hidroxila, 8-aza e outras purinas 8-substituídas, 5-halo, particularmente 5-bromo, 5- trifluorometila, 5-halouracila e 5-halocitosina, 7- metilguanina, 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-aminoadenina, 7-desazaguanina, 7-desazaguanina, 3-desazaguanina, 3- desazaguanina, 3-desaza-adenina, 6-N-benzoiladenina, 2-N- isobutirilguanina, 4-N-benzoilcitosina, 4-N-benzoiluracila, 5-metil 4-N-benzoilcitosina, 5-metil 4-N-benzoiluracila, bases universais, bases hidrofóbicas, bases promíscuas, bases expandidas por tamanho e bases fluoradas. Nucleobases modificadas adicionais incluem pirimidinas tricíclicas, tais como, 1,3-diazafenoxazina-2-ona, 1,3-diazafenotiazina-2-ona e 9-(2-aminoetoxi)-1,3-diazafenoxazina-2-ona (G-clamp). As nucleobases modificadas também podem incluir aquelas em que a base purina ou pirimidina é substituída por outros heterociclos, por exemplo, 7-desaza-adenina, 7- desazaguanosina, 2-aminopiridina e 2-piridona. Nucleobases adicionais incluem aquelas reveladas em Merigan et al., U.S.
3.687.808, aquelas reveladas em The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Filhos, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, Edição Internacional, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S.,
Capítulo 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. e Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288; e aqueles revelados nos Capítulos 6 e 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 e 442-443.
[00240] Publicações que ensinam a preparação de algumas das nucleobases modificadas acima mencionadas, bem como outras nucleobases modificadas, incluem, sem limitação, US2003/0158403, Manoharan et al., US2003/0175906; Dinh et al., U.S. 4.845.205; Spielvogel et al., U.S. 5.130.302; Rogers et al., U.S. 5.134.066; Bischofberger et al., U.S.
5.175.273; Urdea et al., U.S. 5.367.066; Benner et al., U.S.
5.432.272; Matteucci et al., U.S. 5.434.257; Gmeiner et al., U.S. 5.457.187; Cook et al., U.S. 5.459.255; Froehler et al., U.S. 5.484.908; Matteucci et al., U.S. 5.502.177; Hawkins et al., U.S. 5.525.711; Haralambidis et al., U.S.
5.552.540; Cook et al., U.S. 5.587.469; Froehler et al., U.S. 5.594.121; Switzer et al., U.S. 5.596.091; Cook et al., U.S. 5.614.617; Froehler et al., U.S. 5.645.985; Cook et al., U.S. 5.681.941; Cook et al., U.S. 5.811.534; Cook et al., U.S. 5.750.692; Cook et al., U.S. 5.948.903; Cook et al., U.S. 5.587.470; Cook et al., U.S. 5.457.191; Matteucci et al., U.S. 5.763.588; Froehler et al., U.S. 5.830.653; Cook et al., U.S. 5.808.027; Cook et al., 6.166.199; e Matteucci et al., U.S. 6.005.096.
[00241] Em certas modalidades, os compostos direcionados a um ácido nucleico de SCN2A compreendem uma ou mais de nucleobases modificadas. Em certas modalidades, a nucleobase modificada é 5-metilcitosina. Em certas modalidades, cada citosina é uma 5-metilcitosina. Ligações internucleosídicas modificadas
[00242] A ligação internucleosídica de ocorrência natural de RNA e DNA é uma ligação de fosfodiéster 3’ a 5’. Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento tendo uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas, isto é, de ocorrência não natural, são frequentemente selecionados sobre compostos tendo ligações internucleosídicas de ocorrência natural por causa de propriedades desejáveis, tais como, por exemplo, absorção celular potencializada, afinidade potencializada para ácidos nucleicos alvo e estabilidade aumentada na presença de nucleases.
[00243] Em certas modalidades, os compostos direcionados a um ácido nucleico de SCN2A compreendem uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas modificadas são ligações de fosforotioato. Em certas modalidades, cada ligação internucleosídica do composto é uma ligação internucleosídica de fosforotioato.
[00244] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos. Os oligonucleotídeos tendo ligações internucleosídicas modificadas incluem ligações internucleosídicas que retêm um átomo de fósforo, bem como ligações internucleosídicas que não têm um átomo de fósforo. As ligações internucleosídicas contendo fósforo representativas incluem, mas não estão limitadas a, fosfodiésteres, fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidato e fosforotioatos. Os métodos de preparação de ligações contendo fósforo e não contendo fósforo são bem conhecidos.
[00245] Em certas modalidades, os nucleosídeos de oligonucleotídeos modificados podem ser ligados entre si usando qualquer ligação internucleosídica. As duas classes principais de grupos de ligação internucleosídica são definidas pela presença ou ausência de um átomo de fósforo. As ligações internucleosídicas contendo fósforo representativas incluem, mas não estão limitadas a fosfatos, que contêm uma ligação de fosfodiéster (“P=O”) (também referida como ligações não modificadas ou de ocorrência natural), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidatos e fosforotioatos (“P=S”) e fosforoditioatos (“HS-P=S”). Grupos de ligação internucleosídica não contendo fósforo representativos incluem, mas não estão limitados a metilenometilimino (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), tiodiéster, tionocarbamato (-O-C(=O)(NH)-S-); siloxano (-O-SiH2-O-); e N,N’-dimetil-hidrazina (-CH2-N(CH3)-N(CH3)-). As ligações internucleosídicas modificadas, em comparação com as ligações de fosfato de ocorrência natural, podem ser usadas para alterar, normalmente aumentar, a resistência à nuclease do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas tendo um átomo quiral podem ser preparadas como uma mistura racêmica ou como enantiômeros separados. As ligações internucleosídicas quirais representativas incluem, mas não estão limitadas a, alquilfosfonatos e fosforotioatos. Os métodos de preparação de ligações internucleosídicas contendo fósforo e não contendo fósforo são bem conhecidos dos habilitados na técnica.
[00246] As ligações internucleosídicas neutras incluem, sem limitação, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3'- CH2-N(CH3)-O-5'), amida-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H)-5'), amida-4
(3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O-CH2-O-5'), metoxipropil e tioformacetal (3'-S-CH2-O-5'). Outras ligações internucleosídicas neutras incluem ligações não iônicas compreendendo siloxano (dialquilssiloxano), éster de carboxilato, carboxamida, sulfeto, éster de sulfonato e amidas (Ver, por exemplo: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi e P.D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 e 4, 40-65). Outras ligações internucleosídicas neutras incluem ligações não iônicas compreendendo partes componentes N, O, S e CH2 misturadas.
[00247] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem ligações internucleosídicas modificadas arranjadas ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão definido ou motivo de ligação internucleosídica modificado. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas são arranjadas em um motivo com lacuna. Em tais modalidades, as ligações internucleosídicas em cada uma das duas regiões de asa são diferentes das ligações internucleosídicas na região da lacuna. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas nas asas são fosfodiéster e as ligações internucleosídicas na lacuna são fosforotioato. O motivo de nucleosídeo é selecionado independentemente, de modo que tais oligonucleotídeos tendo um motivo de ligação internucleosídica com lacuna possam ou não ter um motivo de nucleosídeo com lacuna e se ele tiver um motivo de nucleosídeo com lacuna, os comprimentos de asa e lacuna podem ou não ser os mesmos.
[00248] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem uma região tendo um motivo de ligação internucleosídica alternado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos da presente invenção compreendem uma região de ligações internucleosídicas uniformemente modificadas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende uma região que é uniformemente ligada por ligações internucleosídicas de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo está uniformemente ligado por fosforotioato. Em certas modalidades, cada ligação internucleosídica do oligonucleotídeo é selecionada de fosfodiéster e fosforotioato. Em certas modalidades, cada ligação internucleosídica do oligonucleotídeo é selecionada de fosfodiéster e fosforotioato e pelo menos uma ligação internucleosídica é fosforotioato.
[00249] Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos 6 ligações internucleosídicas de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos 8 ligações internucleosídicas de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos 10 ligações internucleosídicas de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de pelo menos 6 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de pelo menos 8 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de pelo menos 10 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de pelo menos 12 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, pelo menos um desses blocos está localizado na extremidade 3’ do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, pelo menos um desses blocos está localizado dentro de 3 nucleosídeos da extremidade 3’ do oligonucleotídeo.
[00250] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem uma ou mais de ligações de metilfosponato. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos tendo um motivo de nucleosídeo de gapmero compreendem um motivo de ligação compreendendo todas as ligações de fosforotioato, exceto para uma ou duas de ligações de metilfosfonato. Em certas modalidades, uma ligação de metilfosponato está na lacuna central de um oligonucleotídeo tendo um motivo de nucleosídeo de gapmero.
[00251] Em certas modalidades, é desejável arranjar o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato e de ligações internucleosídicas de fosfodiéster para manter a resistência à nuclease. Em certas modalidades, é desejável arranjar o número e a posição das ligações internucleosídicas de fosforotioato e o número e a posição das ligações internucleosídicas de fosfodiéster para manter a resistência à nuclease. Em certas modalidades, o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato pode ser diminuído e o número de ligações internucleosídicas de fosfodiéster pode ser aumentado. Em certas modalidades, o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato pode ser diminuído e o número de ligações internucleosídicas de fosfodiéster pode ser aumentado, embora ainda mantendo a resistência à nuclease. Em certas modalidades, é desejável diminuir o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato, mantendo a resistência à nuclease. Em certas modalidades, é desejável aumentar o número de ligações internucleosídicas fosfodiéster enquanto retém a resistência à nuclease. B. Certos Motivos
[00252] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos. Os oligonucleotídeos podem ter um motivo, por exemplo, um padrão de porções de açúcar não modificadas e/ou modificadas, nucleobases e/ou ligações internucleosídicas. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeo(s) modificado(s) compreendendo um açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeo(s) modificado(s) compreendendo uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem uma ou mais de ligações internucleosídicas modificados. Em tais modalidades, as porções de açúcar modificado, não modificado e modificado de forma diferente, nucleobases e/ou ligações internucleosídicas de um oligonucleotídeo modificado definem um padrão ou motivo. Em certas modalidades, os padrões de frações de açúcar, nucleobases e ligações internucleosídicas são independentes uns dos outros. Assim, um oligonucleotídeo modificado pode ser descrito por seu motivo de açúcar, motivo de nucleobase e/ou motivo de ligação internucleosídica (como usado nesse documento, motivo de nucleobase descreve as modificações nas nucleobases independentes da sequência de nucleobases).
1. Certos Motivos de Açúcar
[00253] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem um ou mais de tipos porção de açúcar modificado e/ou de açúcar não modificado arranjados ao longo do(a) oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão definido ou motivo de açúcar. Em certos casos, tais motivos de açúcar incluem, mas não estão limitados a, qualquer uma das modificações de açúcar discutidas nesse documento.
[00254] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região tendo um motivo de gapmero, que compreende duas regiões externas ou “asas” e uma região ou “lacuna” central ou interna. As três regiões de um motivo de gapmero (a asa 5’, a lacuna e a asa 3’) formam uma sequência contígua de nucleosídeos em que pelo menos algumas das porções de açúcar dos nucleosídeos de cada uma das asas diferem de pelo menos algumas das porções de açúcar dos nucleosídeos da lacuna. Especificamente, pelo menos as porções de açúcar dos nucleosídeos de cada asa que estão mais próximas da lacuna (o nucleosídeo mais 3’ da asa 5’ e o nucleosídeo mais 5’ da asa 3’) diferem da porção de açúcar dos nucleosídeos de lacuna vizinhos, definindo assim o limite entre as asas e a lacuna (isto é, a junção de asa/lacuna). Em certas modalidades, as porções de açúcar dentro da lacuna são iguais umas às outras. Em certas modalidades, a lacuna inclui um ou mais nucleosídeo(s) tendo uma porção de açúcar que difere da porção de açúcar de um ou mais de outros nucleosídeos da lacuna. Em certas modalidades, os motivos de açúcar das duas asas são iguais entre si (gapmero simétrico). Em certas modalidades, o motivo de açúcar da asa 5’ difere do motivo de açúcar da asa 3’ (gapmero assimétrico).
[00255] Em certas modalidades, as asas de um gapmero compreendem 1-5 nucleosídeos. Em certas modalidades, as asas de um gapmero compreendem 2-5 nucleosídeos. Em certas modalidades, as asas de um gapmero compreendem 3-5 nucleosídeos. Em certas modalidades, os nucleosídeos de um gapmero são todos nucleosídeos modificados.
[00256] Em certas modalidades, a lacuna de um gapmero compreende 7-12 nucleosídeos. Em certas modalidades, a lacuna de um gapmero compreende 7-10 nucleosídeos. Em certas modalidades, a lacuna de um gapmero compreende 8-10 nucleosídeos. Em certas modalidades, a lacuna de um gapmero compreende 10 nucleosídeos. Em certas modalidades, cada nucleosídeo da lacuna de um gapmero é um 2’-desoxi nucleosídeo não modificado.
[00257] Em certas modalidades, o gapmero é um gapmero desoxi. Em tais modalidades, os nucleosídeos no lado da lacuna de cada junção de asa/lacuna são nucleosídeos 2’- desoxi não modificados e os nucleosídeos nos lados da asa de cada junção de asa/lacuna são nucleosídeos modificados. Em certas modalidades, cada nucleosídeo da lacuna é um nucleosídeo 2’-desoxi não modificado. Em certas modalidades, cada nucleosídeo de cada asa é um nucleosídeo modificado.
[00258] Em certas modalidades, um oligonucleotídeo modificado tem um motivo de açúcar totalmente modificado, em que cada nucleosídeo do oligonucleotídeo modificado compreende uma porção de açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região tendo um motivo de açúcar totalmente modificado, em que cada nucleosídeo da região compreende uma porção de açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um motivo de açúcar totalmente modificado, em que cada nucleosídeo dentro da região totalmente modificada compreende a mesma porção de açúcar modificado, referida nesse documento como um motivo de açúcar uniformemente modificado. Em certas modalidades, um oligonucleotídeo totalmente modificado é um oligonucleotídeo uniformemente modificado. Em certas modalidades, cada nucleosídeo de um modificado uniformemente compreende a mesma modificação 2’.
2. Certos Motivos de Nucleobase
[00259] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem nucleobases modificadas e/ou não modificadas arranjadas ao longo do oligonucleotídeo ou da região do mesmo em um padrão ou motivo definido. Em certas modalidades, cada nucleobase é modificada. Em certas modalidades, nenhuma das nucleobases é modificada. Em certas modalidades, cada purina ou cada pirimidina é modificada. Em certas modalidades, cada adenina é modificada. Em certas modalidades, cada guanina é modificada. Em certas modalidades, cada timina é modificada. Em certas modalidades, cada uracila é modificada. Em certas modalidades, cada citosina é modificada. Em certas modalidades, algumas ou todas as nucleobases de citosina em um oligonucleotídeo modificado são 5-metilcitosinas.
[00260] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um bloco de nucleobases modificadas. Em certas modalidades, o bloco está na extremidade 3’ do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está dentro de 3 nucleosídeos da extremidade 3’ do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está na extremidade 5’ do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está dentro de 3 nucleosídeos da extremidade 5’ do oligonucleotídeo.
[00261] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos tendo um motivo de gapmero compreendem um nucleosídeo que compreende uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, um nucleosídeo compreendendo uma nucleobase modificada está na lacuna central de um oligonucleotídeo tendo um motivo de gapmero. Em certas modalidades, a porção de açúcar do referido nucleosídeo é uma porção 2’-desoxirribosil. Em certas modalidades, a nucleobase modificada é selecionada de: uma 2-tiopirimidina e uma 5-propinepirimidina.
3. Certos Motivos de Ligação Internucleosídica
[00262] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem ligações internucleosídicas modificadas e/ou não modificadas arranjadas ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão ou motivo definido. Em certas modalidades, essencialmente cada grupo de ligação internucleosídica é uma ligação internucleosídica de fosfato (P=O). Em certas modalidades, cada grupo de ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo modificado é um fosforotioato (P=S). Em certas modalidades, cada grupo de ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo modificado é independentemente selecionado de uma ligação internucleosídica de fosforotioato e fosfato. Em certas modalidades, o motivo de açúcar de um oligonucleotídeo modificado é um gapmero e as ligações internucleosídicas dentro da lacuna são todas modificadas. Em certas modalidades, algumas ou todas as ligações internucleosídicas nas asas são ligações de fosfato não modificadas. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas terminais são modificadas. C. Certos oligonucleotídeos modificados
[00263] Em certas modalidades, os compostos descritos nesse documento compreendem oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, as modificações acima (açúcar, nucleobase, ligação internucleosídica) são incorporadas em um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são caracterizados por sua modificação, motivos e comprimentos totais. Em certas modalidades, esses parâmetros são independentes uns dos outros. Assim, a menos que indicado de outra forma, cada ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo tendo um motivo de açúcar de gapmero pode ser modificada ou não modificada e pode ou não seguir o padrão de modificação de gapmero das modificações de açúcar. Por exemplo, as ligações internucleosídicas dentro das regiões de asa de um gapmero de açúcar podem ser iguais ou diferentes umas das outras e podem ser as mesmas ou diferentes das ligações internucleosídicas da região de lacuna do motivo de açúcar. Da mesma forma, tais oligonucleotídeos de gapmero podem compreender uma ou mais de nucleobases modificadas independentemente do padrão de gapmero das modificações de açúcar. Além disso, em certos casos, um oligonucleotídeo é descrito por um(a) comprimento ou faixa total e por comprimentos ou faixas de comprimento de duas ou mais região(ões) (por exemplo, uma região de nucleosídeos tendo modificações de açúcar especificadas), em tais circunstâncias, pode ser possível selecionar números para cada faixa que resulta em um oligonucleotídeo tendo um comprimento total fora da faixa especificada. Em tais circunstâncias, ambos os elementos devem ser satisfeitos. Por exemplo, em certas modalidades, um oligonucleotídeo modificado consiste em 15-20 nucleosídeos ligados e tem um motivo de açúcar que consiste em três regiões, A, B e C, em que a região A consiste em 2-6 nucleosídeos ligados tendo um motivo de açúcar especificado, a região B consiste em 6-10 nucleosídeos ligados tendo um motivo de açúcar especificado, e a região C consiste em 2-6 nucleosídeos ligados tendo um motivo de açúcar especificado. Tais modalidades não incluem oligonucleotídeos modificados onde A e C consistem cada um em 6 nucleosídeos ligados e B consiste em 10 nucleosídeos ligados (mesmo que esses números de nucleosídeos sejam permitidos dentro dos requisitos para A, B e C) porque o comprimento total de tal oligonucleotídeo é 22, que excede o limite superior do comprimento total do oligonucleotídeo modificado (20). Nesse documento, se uma descrição de um oligonucleotídeo for silenciosa em relação a um ou mais de parâmetros, tal parâmetro não é limitado. Assim, um oligonucleotídeo modificado descrito apenas como tendo um motivo de açúcar de gapmero sem descrição adicional pode ter qualquer comprimento, motivo de ligação internucleosídica e motivo de nucleobase. Salvo indicação em contrário, todas as modificações são independentes da sequência de nucleobases. Composições e Métodos para Formular Composições Farmacêuticas
[00264] Os compostos descritos nesse documento podem ser misturados com substâncias ativas ou inertes farmaceuticamente aceitáveis para a preparação de composições ou formulações farmacêuticas. As composições e os métodos para a formulação de composições farmacêuticas dependem de uma série de critérios, incluindo, mas não se limitando a, via de administração, extensão da doença ou dose a ser administrada.
[00265] Em certas modalidades, a presente invenção fornece composições farmacêuticas compreendendo um ou mais de compostos ou um sal dos mesmos. Em certas modalidades, os compostos são compostos antissentido ou compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos compreendem ou consistem em um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, a composição farmacêutica compreende um diluente ou carreador farmaceuticamente aceitável adequado. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compreende uma solução salina estéril e um ou mais compostos. Em certas modalidades, essa composição farmacêutica consiste em uma solução salina estéril e um ou mais compostos. Em certas modalidades, o soro fisiológico estéril é o soro fisiológico de grau farmacêutico. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compreende um ou mais compostos e água estéril. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica consiste em um composto e água estéril. Em certas modalidades, a água estéril é água de qualidade farmacêutica. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compreende um ou mais de compostos e solução salina tamponada com fosfato (PBS). Em certas modalidades, uma composição farmacêutica consiste em um ou mais compostos e PBS estéril. Em certas modalidades, o PBS estéril é PBS de grau farmacêutico. As composições e os métodos para a formulação de composições farmacêuticas dependem de uma série de critérios, incluindo, mas não se limitando a, via de administração, extensão da doença ou dose a ser administrada.
[00266] Um composto descrito nesse documento direcionado a um ácido nucleico de SCN2A pode ser utilizado em composições farmacêuticas combinando o composto com um diluente ou carreador farmaceuticamente aceitável adequado. Em certas modalidades, um diluente farmaceuticamente aceitável é água, tal como água estéril adequada para injeção. Consequentemente, em uma modalidade, é empregada nos métodos descritos nesse documento uma composição farmacêutica que compreende um composto direcionado a um ácido nucleico de SCN2A e um diluente farmaceuticamente aceitável. Em certas modalidades, o diluente farmaceuticamente aceitável é água. Em certas modalidades, o composto compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado fornecido nesse documento.
[00267] As composições farmacêuticas compreendendo os compostos fornecidos nesse documento abrangem quaisquer sais, ésteres ou sais de tais ésteres farmaceuticamente aceitáveis, ou qualquer outro oligonucleotídeo que, após administração a um animal, incluindo um humano, é capaz de fornecer (direta ou indiretamente) o metabólito biologicamente ativo ou resíduo do mesmo. Em certas modalidades, os compostos são compostos antissentido ou compostos oligoméricos. Em certas modalidades, o composto compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado. Consequentemente, por exemplo, a revelação também é direcionada a sais farmaceuticamente aceitáveis de compostos, pró-fármacos, sais farmaceuticamente aceitáveis de tais pró-fármacos e outros bioequivalentes. Os sais farmaceuticamente aceitáveis adequados incluem, mas não estão limitados a, sais de sódio e potássio.
[00268] Um pró-fármaco pode incluir a incorporação de nucleosídeos adicionais em uma ou ambas das extremidades de um composto que são clivados por nucleases endógenas dentro do corpo, para formar o composto ativo.
[00269] Em certas modalidades, o(a)s compostos ou composições compreendem adicionalmente um carreador ou diluente farmaceuticamente aceitável.
VANTAGENS DE CERTAS MODALIDADES
[00270] São fornecidos nesse documento, pela primeira vez, métodos e composições para a modulação de um ácido nucleico de SCN2A que pode tratar, atrasar, prevenir e/ou melhorar uma doença ou condição relacionada a SCN1A (por exemplo, síndrome de Dravet), ou um marcador fisiológico do mesmo. Em uma modalidade particular, pela primeira vez, os inibidores de SCN2A (por exemplo, oligonucleotídeos direcionados a um ácido nucleico que codifica SCN2A) são fornecidos para diminuir as convulsões, diminuir a mioclonia ou espasmos musculares, aliviar a dificuldade de caminhar, reduzir, prevenir o início ou tratar a demência, aliviar as dificuldades na fala, reduzir ou prevenir o início de alucinações visuais, tratar, reduzir ou prevenir o início da degeneração neurológica progressiva, reduzir a ataxia ou uma combinação dos mesmos em um indivíduo tendo uma doença ou condição relacionada a SCN1A (por exemplo, síndrome de Dravet).
EXEMPLOS Revelação não limitativa e incorporação por referência
[00271] Embora certos compostos, composições e métodos descritos nesse documento tenham sido descritos com especificidade de acordo com certas modalidades, os exemplos a seguir servem apenas para ilustrar os compostos descritos nesse documento e não se destinam a limitar os mesmos. Cada uma das referências recitadas no presente pedido é incorporada nesse documento por referência em sua totalidade. Exemplo 1: mRNA de SCN2A foi reduzido por LNAs
[00272] Os LNAs foram dissolvidos a 10 µg/µl com água destilada estéril e armazenados a -30 °C até o uso. As sequências de LNAs usadas são mostradas abaixo nas Tabelas 1 e 2. Tabela 1. Sequências de ASO Reatividad Posição em Íntron/ e cruzada Sequência de ASO RGCN# Sequência no gene NM_001099298 Éxon de humano (LNA) AAAGCTAAGAGACCCA (SEQ TGGGTCTCTTAGCTTT ASO 1 ID NO: 1) 1907 Éxon Y (SEQ ID NO: 4)
AGATTGCATTTTCACC GGTGAAAATGCAATCT ASO 2 (SEQ ID NO: 2) 21683 Íntron N (SEQ ID NO: 5)
GGCAATACTTCCCAAC GTTGGGAAGTATTGCC ASO 3 (SEQ ID NO: 3) 38752 Íntron N (SEQ ID NO: 6) Tabela 2. Nomenclatura Exiqon de Sequências de ASO RGCN# Nomenclatura Exiqon ASO 1 +T*+G*+G*+G*T*C*T*C*T*T*A*G*+C*+T*+T*+T (SEQ ID NO: 4) ASO 2 +G*+G*+T*+G*A*A*A*A*T*G*C*A*+A*+T*+C*+T (SEQ ID NO: 5) ASO 3 +G*+T*+T*+G*G*G*A*A*G*T*A*T*+T*+G*+C*+C (SEQ ID NO: 6) Injeção intracerebroventricular neonatal (ICV)
[00273] Todos os estudos foram conduzidos de acordo com o Guia para o Cuidado e Uso de Animais de Laboratório e foram aprovados pelo Comitê de Ética Animal do Instituto Florey. Camundongos ICR grávidas carregando filhotes heterozigotos para a mutação de Scn2a R1882Q foram gerados por Cyagen. Os camundongos foram mantidos em uma sala com temperatura controlada, com ciclo liga/desliga de 12 horas e livre acesso a alimentos e líquidos.
[00274] Antes da injeção, os filhotes (P2) foram inspecionados visualmente para garantir a presença de manchas de leite. A crioanestesia foi induzida colocando os filhotes em um pequeno recipiente de plástico cercado por gelo picado por 4-5 minutos e a resposta de aperto na pata foi usada para determinar a profundidade da anestesia. LNA (10 µg/µl) foi carregado em uma seringa de 10 µl com uma agulha 32 G (Hamilton). A superfície da pele do filhote foi esterilizada por um suábe com etanol a 80% e o local da injeção foi marcado com um marcador em um local de aproximadamente 0,7-1,0 mm lateral à sutura sagital e 0,7- 1,0 mm rostral de lambda. A agulha foi inserida 2 mm abaixo da superfície da pele, em um ângulo perpendicular à superfície do crânio. LNA (20 µg) em um volume de 2 µl foi lentamente injetado no ventrículo direito. Para se recuperar, os camundongos foram mantidos no bloco de aquecimento (32 Celsius) por 5-10 minutos até que o movimento fosse observado. Antes de voltar para a gaiola, os filhotes eram esfregados nas camas para minimizar o risco de infanticídio.
[00275] O hemisfério cerebral direito de camundongos tratados com LNA foram colhidos em P15 e P35, e foram então congelados rapidamente com nitrogênio líquido. O RNA total foi isolado usando o reagente TRIzol (ThermoFisher Scientific). 1 ml de TRIzol foi usado por hemisfério para a homogeneização inicial e o isolamento do RNA foi realizado de acordo com o protocolo do fabricante. Posteriormente, até 20 µg de RNA total por amostra foram tratados com 1 µl de
DNase (kit de remoção e tratamento de DNase livre de DNA; ThermoFisher Scientific) em uma reação de 50 µl seguindo as instruções do fabricante; A DNase foi subsequentemente removida usando o reagente de inativação fornecido (kit de remoção e tratamento de DNase livre de DNA; ThermoFisher Scientific). Para gerar cDNA, 500 ng de RNA total por amostra foram transcritos reversamente pela transcriptase reversa M- MLV usando iniciadores oligo (dT) 15 (ambos Promega) de acordo com os protocolos do fabricante.
Posteriormente, 20 ng de cDNA por amostra foram usados como modelo em PCRs quantitativos em tempo real (qRT-PCRs). As reações qRT-PCR foram preparadas usando o GoTaq qPCR MasterMix (Promega) seguindo as instruções do fabricante, e as reações foram realizadas em placas de reação MicroAmp Fast-Optical de 96 poços (ThermoFisher Scientific) no sistema ViiA 7 (ThermoFisher Scientific). Durante a execução de qRT-PCR, uma pré-incubação inicial por 10 min a 95 °C foi seguida por 40 ciclos de amplificação (95 °C por 15 s, 60 °C por 60 s). Finalmente, uma análise do ponto de fusão foi realizada (95 °C por 15 s, 60 °C por 60 s, aquecimento a 95 °C a uma taxa de 0,05 °C/s) para determinar as temperaturas de fusão dos produtos amplificados.
As sequências iniciadoras (5’-3’) foram: TGCTGTGCGGAAATCTGCC (iniciador direto de SCN2A) (SEQ ID NO: 7); CGGATGCTCAAGAGAGACTGG (iniciador reverso de SCN2A) (SEQ ID NO: 8); GAGGTGCTGCTGATGTGC (iniciador direto de RPL32) (SEQ ID NO: 9); GGCGTTGGGATTGGTGACT (iniciador reverso de RPL32) (SEQ ID NO: 10). Os dados de qRT-PCR foram analisados usando o software de PCR QuantStudio Real Time v1.3 (ThermoFisher Scientific). Para análise de expressão quantitativa, a expressão de SCN2A foi normalizada para a expressão do gene de manutenção RPL32 (método 2^∆CT; Pfaffl et al., Nucl. Acids. Res. 29(9): e45, 2001). A expressão normalizada de SCN2A em camundongos tratados com ASO foi então normalizada para a expressão de SCN2A em controles não tratados da mesma idade (2^∆∆CT).
[00276] Todos os três LNAs (ASO 1, ASO 2 e ASO 3) reduziram o nível de mRNA de Scn2a em 2-3 vezes 13 dias após a injeção (FIG. 1A). Um nível similar de redução foi observado em P35 (FIG. 1B), indicando que os LNAs eram estáveis no CSF e eram eficazes na regulação negativa do mRNA de Scn2a por um mínimo de 1 mês. Exemplo 2: Avaliação com ASO de SCN2A de sobrevivência e convulsões em camundongos heterozigotos com SCN1A Referência
[00277] O modelo de camundongo R1407X com SCN1A (Scn1a RX) reflete de perto as principais características da doença de uma epilepsia grave de início precoce, conhecida como síndrome de Dravet. Camundongos heterozigotos para a mutação R1407X têm morte prematura e convulsões espontâneas. O gene Scn1a codifica um canal de sódio dependente de voltagem, Nav1.1, que se expressa predominantemente em neurônios inibitórios. As análises eletrofisiológicas revelaram que os neurônios que expressam R1407X não podem sustentar o disparo do potencial de ação de alta frequência, resultando assim em desinibição e, consequentemente, hiperexcitabilidade no cérebro. Portanto, estratégias que podem reduzir a hiperexcitabilidade geral no cérebro podem ser terapêuticas para a síndrome de Dravet. Um regulador chave da excitabilidade cerebral durante o desenvolvimento inicial é outra isoforma de canal de sódio controlada por voltagem,
Nav1.2, codificada pelo gene SCN2A.
[00278] Um método para reduzir a função Nav1.2 é direcionar o gene SCN2A usando oligonucleotídeos antissentido (ASOs). ASOs são oligonucleotídeos de DNA/RNA de fita simples que foram projetados para controlar a expressão do gene de interesse. ASOs especificamente projetados para regular negativamente o gene SCN1A de camundongo foram aplicados no modelo de camundongo RX com SCN1A e a eficácia foi avaliada pela sobrevivência, número de ataques espontâneos e eletroencefalograma (EEG). Métodos Análise quantitativa de expressão gênica (RT-qPCR)
[00279] O RNA total foi isolado do tecido cerebral de camundongo usando o reagente Trizol de acordo com os protocolos do fabricante (Thermofisher, EUA). O DNA genômico contaminante foi removido com tratamento com DNAse (DNA-free Reagents, Ambion/Life Technologies, EUA). Camundongo (F: TGCTGTGCGGAAATCTGCC (SEQ ID NO: 7), R: CGGATGCTCAAGAGAGAGACTGG (SEQ ID NO: 8)) os iniciadores de direcionamento a SCN2A foram projetados para abranger íntrons para discriminar entre a amplificação de DNA genômico e cDNA. Para RT-qPCR, o cDNA iniciado com oligo-dT foi sintetizado a partir de 500 ng de RNA total usando a transcriptase reversa do vírus da leucemia de Moloney de murino (Promega, EUA). RT-qPCR no Sistema de PCR em Tempo Real ViiA 7 usando mistura padrão de qPCR GoTaq (Promega, EUA) foi realizado de acordo com os protocolos do fabricante. Os valores relativos da expressão gênica foram obtidos por normalização para o gene de referência RPL32 usando o método 2DDCt.
Injeção intracerebroventricular neonatal
[00280] Filhotes RX com SCN1A foram administrados com 5 µg de oligonucleotídeos antissentido de em de camundongo (ASO de mScn2a) ou o controle negativo, 50 µg de ASO embaralhado, no dia pós-natal (P) 1 por meio da via intracerebroventricular (icv). Os filhotes foram crioanestesiados e, em seguida, uma agulha de seringa (32G, Hamilton) carregada com ASO foi inserida no meio do caminho entre a lambda e o olho direito. A profundidade da injeção foi 2 mm abaixo da superfície da pele e um total de 2 µl de ASO de mScn2a foi administrado no ventrículo direito. Monitoramento de convulsão
[00281] Os camundongos RX com SCN1A foram agrupados alojados em uma gaiola e colocados sob monitoramento de vídeo de 24 horas de P21 a P28. Os vídeos foram analisados por dois experimentadores, e convulsões acima da pontuação de Racine 4 foram anotadas. A convulsão média do grupo foi calculada dividindo o número total de convulsões por grupo de tratamento sobre o número de camundongos no grupo de tratamento. Eletroencefalografia (EEG)
[00282] Camundongos RX com SCN1A (P30-35) foram anestesiados com 1-3% de isoflurano. Os camundongos foram colocados em um aparelho estereotáxico (Kopf) com a superfície do crânio horizontal entre lambda e bregma. Quatro eletrodos epidurais foram colocados na superfície do cérebro e fixados com cimento dental. Os camundongos foram recuperados por 4-7 dias antes do registro do EEG. A atividade cortical do cérebro foi monitorada por 24 horas (Pinnacle Technology). Durante a gravação, os camundongos podiam se mover livremente na gaiola com comida e água ad libitum. Resultados Redução de mRNA de Scn2a por administração de ASO
[00283] O ASO de mScn2a (5 µg) ou ASO embaralhado (50 µg) foram injetados no ventrículo direito de filhotes RX com Scn1a em P1. O nível de mRNA de Scn2a foi avaliado 14 dias após a administração de ASO. Como esperado, o ASO embaralhado não afetou a expressão de mRNA de Scn2a. Cérebros coletados de camundongos tratados com ASO de mScn2a mostraram 78,15 ± 1,87% de redução no nível de mRNA de Scn2a (FIG. 2). Em camundongos RX com Scn1a tratados com ASO embaralhado, a sobrevivência foi de 76,47% em P21. Nenhuma morte foi observada por P21 em camundongos RX com Scn1a tratados com ASO de mScn2a (FIG. 3). O peso corporal foi similar entre camundongos RX com Scn1a tratados com ASO embaralhado e ASO de mScn2a em P21 e P45 (FIGS. 4A-4B). Pelo ponto final experimental (P45), a taxa de sobrevivência foi de 29,41% e 94,44% para ASO embaralhado e de mScn2a, respectivamente. ASO melhora o fenótipo de convulsão da sobrevivência do modelo de camundongo RX com Scn1a
[00284] A convulsão frequente é uma característica debilitante da síndrome de Dravet, portanto, o episódio convulsivo é um marcador crítico para a eficácia terapêutica. Os camundongos RX com Scn1a foram alojados em grupo de acordo com seu tratamento e colocados sob monitoramento de vídeo de 24 horas de P21 a P28 (FIG. 5). Os vídeos foram revisados e convulsões acima da pontuação 4 de Racine foram observadas. A convulsão espontânea foi significativamente reduzida em 5 µg de ASO de mScn2a em comparação com camundongos RX com
Scn1a tratados com ASO embaralhado.
[00285] Os resultados desse estudo demonstraram a notável eficácia terapêutica do ASO de mScn2a em um modelo de camundongo da Síndrome de Dravet. A expectativa de vida do modelo de camundongo com doença foi estendida, e o fenótipo de convulsão espontânea foi significativamente melhorado. Exemplo 3: Diminuição in vitro na tradução de SCN2A com um ASO de SCN2A
[00286] As células SH-SY5Y de humano que expressam naturalmente SCN2A são mantidas e incubadas em cultura de células adequada. As células SH-SY5Y são tratadas com um oligonucleotídeo antissentido 20mero direcionado ao gene SCN2A. Os níveis de RNA e proteína são medidos em experimentos separados de resposta de concentração e de curso de tempo. Os níveis de RNA podem ser medidos por meio de Northern blotting, RT-PCR e/ou análise quantitativa de PCR. Os níveis de proteína são medidos por meio de análise de Western blotting. Exemplo 4: Tratamento da Síndrome de Dravet por Administração de um ASO de SCN2A
[00287] Um paciente humano com síndrome de Dravet é selecionado para tratamento com ASO. Um oligonucleotídeo antissentido de 20 mero direcionado ao mRNA de SCN2A é sintetizado com ligações de fosforotioato e modificações de 2MOE em todas as porções de açúcar. O ASO é dissolvido em um excipiente adequado compatível com a administração a um humano. Uma solução contendo o ASO dissolvido é injetada nas células neuronais do paciente de modo que a solução ASO interaja com as células neuronais afetadas. O ASO transfecta as células neuronais e altera a tradução de SCN2A nas células alvo, levando a uma diminuição da proteína de SCN2A. Um ensaio quantitativo (por exemplo, Western blot) é realizado para medir a diminuição na proteína de SCN2A. A imuno- histoquímica e a coloração com immunogold são usadas para visualizar diretamente a redução de SCN2A em células neuronais. O paciente é submetido a testes regulares extensivos para medir a redução dos sintomas associados à síndrome de Dravet após a administração do tratamento com ASO. Exemplo 5: Prevenção da Síndrome de Dravet por Administração de um ASO de SCN2A
[00288] Um paciente humano com uma mutação SCN1A, um marcador genético para a síndrome de Dravet, é selecionado para o tratamento com ASO. Um oligonucleotídeo antissentido de 20mero direcionado ao mRNA de SCN2A é sintetizado com ligações de fosforotioato e modificações 2MOE em todas as porções de açúcar. O ASO é dissolvido em um excipiente adequado compatível com a administração a um humano. Uma solução contendo o ASO dissolvido é injetada nas células neuronais do paciente de modo que a solução ASO interaja com as células neuronais afetadas. O ASO transfecta as células neuronais e altera a tradução de SCN2A nas células alvo, levando a uma diminuição da proteína de SCN2A. Um ensaio quantitativo (por exemplo, Western blot) é realizado para medir a diminuição na proteína de SCN2A. A imuno-histoquímica e a coloração com immunogold são usadas para visualizar diretamente a redução de SCN2A em células neuronais. O paciente é submetido a testes regulares extensivos para observar se o início dos sintomas associados à síndrome de Dravet aparecem após a administração do tratamento com ASO.

Claims (30)

REIVINDICAÇÕES
1. Método de tratamento de uma encefalopatia por SCN1A em um indivíduo em necessidade do mesmo, o método caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo de um composto compreendendo um oligonucleotídeo de fita simples que tem 10-80 nucleosídeos de comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo uma porção de 10 nucleobases tendo pelo menos 80% complementar a uma porção de comprimento igual de uma região alvo de um transcrito de pré-mRNA ou um transcrito de mRNA de um gene SCN2A humano, em uma quantidade e por uma duração suficiente para tratar a encefalopatia por SCN1A.
2. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o método diminui a expressão do gene humano SCN2A.
3. Método, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo compreende, consiste essencialmente em, ou consiste em, uma sequência de nucleobase complementar a uma porção de mRNA de SCN2A que codifica a sequência de aminoácidos de N° de acesso do Banco de Genes NP_066287.2 ou compreende a sequência de nucleobases do N°de acesso do Banco de Genes NM_021007.2.
4. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1-3, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo compreende um ou mais de açúcares modificados, uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas e/ou uma ou mais nucleobases modificadas.
5. Método, de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo compreende um ou mais de açúcares modificados.
6. Método, de acordo com a reivindicação 5, caracterizado pelo fato de que cada um dos um ou mais de açúcares modificados é independentemente selecionado do grupo que consiste em um açúcar bicíclico, um açúcar modificado com 2’-O-metoxietil (2MOE), um açúcar modificado com 2’-O-metoxi (2-OMe), um açúcar modificado com 2’-metoxi, um açúcar modificado com 2’-O-alquila, um açúcar modificado com etila restrito (cEt), um açúcar fechado e um açúcar aberto.
7. Método, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo tem açúcares modificados com 2MOE ao longo do comprimento do oligonucleotídeo.
8. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 4-7, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo compreende uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas.
9. Método, de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelo fato de que uma ou mais de ligações internucleosídicas modificadas compreende(m) um fosfato modificado.
10. Método, de acordo com a reivindicação 9, caracterizado pelo fato de que cada um dos fosfatos modificados é independentemente selecionado do grupo que consiste em um fosforotioato, um fosforoditioato, um fosforamidato, um fosforodiamidato, um tiofosforamidato, um tiofosforodiamidato, um fosfonato de metila, um fosforomorfolidato e um fosforopiperazidato.
11. Método, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo tem ligações internucleosídicas de fosforotioato ao longo do comprimento do oligonucleotídeo.
12. Método, de acordo com a reivindicação 11,
caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo tem ligações internucleosídicas de fosforodiamidato morfolino ao longo do comprimento do oligonucleotídeo.
13. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 4-12, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo compreende uma ou mais de nucleobases modificadas.
14. Método, de acordo com a reivindicação 13, caracterizado pelo fato de que a nucleobase modificada é selecionada do grupo que consiste em 5-metilcitosina, 5- hidroximetil citosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-metiladenina, 6-metilguanina, 2-propiladenina, 2- propilguanina, 2-tiouracila, 2-tiotimina, 2-tiocitosina, 5- halouracila, 5-halocitosina, 5-propiniluracila, 5- propinilcitosina, 6-azouracila, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-uracila (pseudouracila), 4-tiouracila, 8-haloadenina, 8- aminoadenina, 8-tioladenina, 8-tioalquiladenina, 8- hidroxiladenina, 8-haloguanina, 8-aminoguanina, 8- tiolguanina, 8-tioalquilguanina, 8-hidroxilguanina, 5- bromouracila, 5-trifluorometiluracila, 5-bromocitosina, 5- trifluorometilcitosina, 7-metilguanina, 7-metiladenina, 2- fluoroadenina, 8-azaguanina, 8-aza-adenina, 7- desazaguanina, 7-desaza-adenina, 3-desazaguanina e 3-desaza- adenina.
15. Método, de acordo com a reivindicação 14, caracterizado pelo fato de que a nucleobase modificada é uma 5-metilcitosina.
16. Método, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que cada citosina é uma 5- metilcitosina.
17. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações
4-17, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende: um segmento de lacuna que consiste em desoxinucleosídeos ligados; um segmento de asa 5’ consistindo em nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3’ consistindo em nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado imediatamente adjacente ao e entre o segmento de asa 5’ e o segmento de asa 3’, e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
18. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo consiste em 12 a 40 nucleobases.
19. Método, de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo consiste em 16 a 30 nucleobases.
20. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 19, caracterizado pelo fato de que compreende a inibição da expressão de SCN2A em células neuronais no indivíduo.
21. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 20, caracterizado pelo fato de que a encefalopatia por SCN1A é selecionada do grupo que consiste em epilepsia, epilepsia generalizada com convulsões febris, convulsões febris familiares, encefalopatia epiléptica infantil precoce 6 e síndrome de Dravet.
22. Método, de acordo com a reivindicação 21, caracterizado pelo fato de que a encefalopatia por SCN1A é a síndrome de Dravet.
23. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 22, caracterizado pelo fato de que o composto é administrado por via intratecal, intramedular ou intracerebroventricular.
24. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 23, caracterizado pelo fato de que a expressão diminuída de SCN2A fornece um efeito terapêutico.
25. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 24, caracterizado pelo fato de que o método reduz um ou mais de sintomas da encefalopatia por SCN1A.
26. Método, de acordo com a reivindicação 25, caracterizado pelo fato de que um ou mais de sintomas da encefalopatia por SCN1A é(são) selecionado(s) do grupo que consiste em convulsões prolongadas, convulsões frequentes, atrasos comportamentais e de desenvolvimento, problemas de movimento e equilíbrio, condições ortopédicas, linguagem atrasada e problemas de fala, problemas de crescimento e nutrição, dificuldades para dormir, infecção crônica, distúrbio de integração sensorial, perturbação do sistema nervoso autônomo, enxaquecas e sudorese.
27. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 26, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo é seletivo para pré-mRNA ou mRNA de SCN2A sobre pré-mRNA ou mRNA de SCN1A.
28. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 27, caracterizado pelo fato de que o método não reduz substancialmente a expressão de SCN1A.
29. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 28, caracterizado pelo fato de que o indivíduo tem uma mutação de ganho de função em SCN1A.
30. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 29, caracterizado pelo fato de que o indivíduo tem uma mutação de perda de função em SCN1A.
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Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2016334804B2 (en) 2015-10-09 2022-03-31 University Of Southampton Modulation of gene expression and screening for deregulated protein expression
AU2016370653A1 (en) 2015-12-14 2018-06-21 Cold Spring Harbor Laboratory Antisense oligomers for treatment of Autosomal Dominant Mental Retardation-5 and Dravet Syndrome
EP4303321A2 (en) 2017-08-25 2024-01-10 Stoke Therapeutics, Inc. Antisense oligomers for treatment of conditions and diseases
EP4110919A4 (en) * 2020-02-28 2024-06-05 Ionis Pharmaceuticals Inc COMPOUNDS AND METHODS FOR MODULATING SCN1A EXPRESSION
WO2021231107A1 (en) 2020-05-11 2021-11-18 Stoke Therapeutics, Inc. Opa1 antisense oligomers for treatment of conditions and diseases
CA3186935A1 (en) * 2020-08-07 2022-02-10 Paymaan JAFAR-NEJAD Compounds and methods for modulating scn2a
EP4155402A1 (en) 2021-09-22 2023-03-29 Royal College of Surgeons in Ireland Modulation of microrna-335 for the treatment of sodium channelopathies
WO2024026122A2 (en) * 2022-07-29 2024-02-01 Stoke Therapeutics, Inc. Compounds for treatment of conditions and diseases

Family Cites Families (81)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
EP0366685B1 (en) 1987-06-24 1994-10-19 Howard Florey Institute Of Experimental Physiology And Medicine Nucleoside derivatives
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5457191A (en) 1990-01-11 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5859221A (en) 1990-01-11 1999-01-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5587470A (en) 1990-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US6005087A (en) 1995-06-06 1999-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
ATE154246T1 (de) 1990-07-27 1997-06-15 Isis Pharmaceuticals Inc Nuklease resistente, pyrimidin modifizierte oligonukleotide, die die gen-expression detektieren und modulieren
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5948903A (en) 1991-01-11 1999-09-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of 3-deazapurines
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
TW393513B (en) 1991-11-26 2000-06-11 Isis Pharmaceuticals Inc Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
EP0637965B1 (en) 1991-11-26 2002-10-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
USRE44779E1 (en) 1997-03-07 2014-02-25 Santaris Pharma A/S Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
NZ503765A (en) 1997-09-12 2002-04-26 Exiqon As Bi-cyclic and tri-cyclic nucleotide analogues
US7572582B2 (en) 1997-09-12 2009-08-11 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
KR20070118315A (ko) 1999-04-21 2007-12-14 와이어쓰 폴리뉴클레오티드 서열의 기능을 억제하기 위한 조성물
JP2002543214A (ja) 1999-05-04 2002-12-17 エクシコン エ／エス Ｌ−リボ−ｌｎａ類縁体
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
US20030158403A1 (en) 2001-07-03 2003-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
US20030175906A1 (en) 2001-07-03 2003-09-18 Muthiah Manoharan Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
US20060088827A1 (en) 2002-01-17 2006-04-27 Rainer Hipfel Diagnostic and therapeutic use of a voltage-gated ion channel scn2a for neurodegenerative diseases
WO2004016754A2 (en) * 2002-08-14 2004-02-26 Pharmacia Corporation ANTISENSE MODULATION OF Nav1.3 EXPRESSION
CA2504694C (en) 2002-11-05 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
EP1560840B1 (en) 2002-11-05 2015-05-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
US7511131B2 (en) 2002-11-13 2009-03-31 Genzyme Corporation Antisense modulation of apolipoprotein B expression
US6673661B1 (en) 2002-12-20 2004-01-06 Taiwan Semiconductor Manufacturing Co., Ltd. Self-aligned method for forming dual gate thin film transistor (TFT) device
WO2004106356A1 (en) 2003-05-27 2004-12-09 Syddansk Universitet Functionalized nucleotide derivatives
ATE555118T1 (de) 2003-08-28 2012-05-15 Takeshi Imanishi Neue synthetische nukleidsäuren vom typ mit quervernetzter n-o-bindung
CA2538252C (en) 2003-09-18 2014-02-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-thionucleosides and oligomeric compounds
JP2008546376A (ja) 2005-06-16 2008-12-25 バイオノミックス リミテッド Ｓｃｎ１ａ遺伝子における変異を検出することによっててんかんを診断および処置するための方法
US7569686B1 (en) 2006-01-27 2009-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for synthesis of bicyclic nucleic acid analogs
CA2640171C (en) 2006-01-27 2014-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-modified bicyclic nucleic acid analogs
WO2007134181A2 (en) 2006-05-11 2007-11-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-modified bicyclic nucleic acid analogs
US7666854B2 (en) 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
EP2125852B1 (en) 2007-02-15 2016-04-06 Ionis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted-2'-f modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
US8278425B2 (en) 2007-05-30 2012-10-02 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
EP2173760B2 (en) 2007-06-08 2015-11-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs
EP2173358B1 (en) 2007-06-22 2015-10-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Double strand compositions comprising differentially modified strands for use in gene modulation
CA2692579C (en) 2007-07-05 2016-05-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-disubstituted bicyclic nucleic acid analogs
CN101821277B (zh) 2007-08-15 2014-05-07 Isis制药公司 四氢吡喃核酸类似物
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
EP2265627A2 (en) 2008-02-07 2010-12-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
DK2356129T3 (da) 2008-09-24 2013-05-13 Isis Pharmaceuticals Inc Substituerede alpha-L-bicykliske nukleosider
CA2744900A1 (en) 2008-11-27 2010-06-03 Steven Petrou Modulation of an ion channel or receptor
WO2011017521A2 (en) 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
US9102938B2 (en) 2010-04-01 2015-08-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 2′ and 5′ modified monomers and oligonucleotides
WO2011133876A2 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
RU2588654C2 (ru) 2010-06-23 2016-07-10 Курна, Инк. Лечение заболеваний, связанных с альфа-субъединицей потенциалзависимого натриевого канала (scna), путем ингибирования природного антисмыслового транскрипта гена scna
US10119136B2 (en) 2014-01-09 2018-11-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. RNAi agents modified at the 4′-C position
US20160333071A1 (en) 2014-01-14 2016-11-17 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Biological Pacemakers Incorporating HCN2 and SkM1 Genes
US20170044540A1 (en) 2014-04-22 2017-02-16 Mina Therapeutics Limited Sarna compositions and methods of use
GB201410693D0 (en) 2014-06-16 2014-07-30 Univ Southampton Splicing modulation
US11198874B2 (en) 2014-08-20 2021-12-14 Lifesplice Pharma Llc SCN8A splice modulating oligonucleotides and methods of use thereof
KR102620328B1 (ko) 2014-10-03 2024-01-02 콜드스프링하버러보러토리 핵 유전자 산출량의 표적화 증강
AU2016370653A1 (en) 2015-12-14 2018-06-21 Cold Spring Harbor Laboratory Antisense oligomers for treatment of Autosomal Dominant Mental Retardation-5 and Dravet Syndrome
CA3005246A1 (en) 2015-12-14 2017-06-22 Cold Spring Harbor Laboratory Compositions and methods for treatment of central nervous system diseases
WO2018064498A1 (en) 2016-09-30 2018-04-05 Pairnomix, Llc Methods of treating epilepsy and related neurological conditions
AU2017364901A1 (en) 2016-11-28 2019-06-13 Praxis Precision Medicines, Inc. Compounds and their methods of use
EP3661509A4 (en) 2017-08-04 2021-01-13 Skyhawk Therapeutics, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODULATING THE SPLICE
EP4303321A2 (en) 2017-08-25 2024-01-10 Stoke Therapeutics, Inc. Antisense oligomers for treatment of conditions and diseases
US11866439B2 (en) 2018-05-30 2024-01-09 Praxis Precision Medicines, Inc. Ion channel modulators

Also Published As

Publication number Publication date
AU2019325255A1 (en) 2021-04-15
US11939582B2 (en) 2024-03-26
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JP7476199B2 (ja) 2024-04-30
JP2021535204A (ja) 2021-12-16
WO2020041348A1 (en) 2020-02-27
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EA202190581A1 (ru) 2021-07-13
EP3840733A4 (en) 2022-07-20
CA3110211A1 (en) 2020-02-27

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