BR112020019863A2 - Composições do microbioma para o tratamento de câncer - Google Patents

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Liyang Diao
Christopher Desjardins
Georgios Marnellos
Matthew HENN
Jennifer WARGO
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Seres Therapeutics, Inc.
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Abstract

composições do microbioma para o tratamento de câncer. são fornecidos métodos para a identificação de doadores de matéria fecal que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint no tratamento de câncer. também são fornecidos métodos e composições para utilização da matéria fecal doada no tratamento de câncer.

Description

COMPOSIÇÕES DO MICROBIOMA PARA O TRATAMENTO DE CÂNCER REFERÊNCIA CRUZADA COM PEDIDOS RELACIONADOS
[0001]Esse pedido reivindica prioridade para os Pedidos de Patente U.S. Números 62/649.453, depositado em 28 de março de 2018, e 62/818.601, depositado em 14 de março 2019, cada um deles incorporado nesse relatório descritivo por referência em sua totalidade.
INTRODUÇÃO
[0002]Mamíferos são colonizados por micróbios no trato gastrintestinal (GI), na pele e em outros nichos epiteliais e teciduais como, por exemplo, na cavidade oral, superfície ocular e vagina. O trato gastrintestinal abriga uma comunidade microbiana abundante e diversa. Centenas de espécies diferentes podem formar uma comunidade comensal no trato GI de uma pessoa saudável. Interações entre cepas microbianas nessas populações e entre micróbios e o hospedeiro, por exemplo, o sistema imune do hospedeiro, modelam a estrutura da comunidade, com disponibilidade e competição por recursos que afetam a distribuição de micróbios. Esses recursos podem ser alimentos, localização e a disponibilidade de espaço para crescer ou uma estrutura física à qual o micróbio possa aderir. Por exemplo, a dieta do hospedeiro está envolvida na modelagem da flora do trato GI.
[0003]O fortalecimento do sistema imune do hospedeiro por modulação do microbioma constitui uma abordagem promissora para o tratamento de câncer por causa de seu potencial para visar especificamente células tumorais-alvo limitando, ao mesmo tempo, danos ao tecido normal, com durabilidade do benefício associado à memória imunológica.
O entusiasmo para essa abordagem foi abastecido por sucesso clínico recente, particularmente com anticorpos que bloqueiam vias inibidoras imunes, por exemplo, as vias de CTLA-4 e PD-1/PD-L1 (Hodi e cols. New Engl. J. Med. 363: 711-723 (2010); Hamid e cols. New Engl. J. Med. 369: 134-144 (2013); incorporados nesse relatório descritivo por referência em suas totalidades). Dados iniciais indicaram que as respostas clínicas a essas imunoterapias são mais frequentes em pacientes que exibem evidência de uma resposta de célula T endógena em andamento no microambiente do tumor na linha de base (Tumeh e cols. Nature 51: 568-571 (2014); Spranger e cols. Sci. Transl. Med. 5: 200ra116 (2013); Ji e cols. Cancer Immunol. Immunother.: CII 61, 1.019-1.031 (2012); Gajewski e cols. Cancer J. 16: 399-403 (2010); incorporados nesse relatório descritivo por referência em suas totalidades). No entanto, muitas terapêuticas contra o câncer possuem eficácia limitada e há uma necessidade para estender a gama de pacientes que podem se beneficiar desses tratamentos. Vários fatores podem influenciar a eficácia de um tratamento contra o câncer, por exemplo, história de tabagismo, diabetes, obesidade e tamanho do tumor. Foi sugerido que o microbioma de um indivíduo pode ser um fator que influencia a eficácia.
[0004]O transplante fecal e algumas espécies individuais foram propostos como tratamentos para pacientes que sofrem de certos cânceres como tratamentos únicos ou como terapia auxiliar com outros tratamentos contra o câncer. O transplante fecal, no entanto, é geralmente um procedimento de último recurso por causa, por exemplo, da dificuldade na produção de um produto consistente, do potencial para transmitir agentes infecciosos ou alergênicos entre hospedeiros, e da variabilidade entre doadores fecais. Há uma necessidade por métodos aprimorados de seleção de doadores fecais e/ou composições de microbioma definidas que possam ser usadas para efetuar atividade antitumoral, isoladamente ou em combinação com outros métodos de tratamento contra o câncer, por exemplo, inibidores do checkpoint.
SUMÁRIO
[0005]Em um aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de doadores de matéria fecal que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint imune, que compreendem a determinação se o microbioma do doador potencial compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii, ou seja, se eles pertencem à família Ruminococcaceae, como definida nesse relatório descritivo.
[0006]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de doadores de matéria fecal que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se o microbioma do doador potencial compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as (uma ou mais) espécies podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[0007]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de doadores de matéria fecal que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se o microbioma do doador potencial compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis,
Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003),
Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[0008]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de doadores de matéria fecal que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se o microbioma do doador potencial compreende uma ou mais cepas de bactérias que pertencem a um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135, como definido nesse relatório descritivo.
[0009]Em alguns aspectos, pode ser usado material fecal de doadores identificados, por exemplo, em transplante de microbioma fecal ou em uma forma processada derivada desse material, por exemplo, uma preparação enriquecida em Firmicutes (por exemplo, Clostridia, Clostridiales, ou formadores de esporos), que estão em forma vegetativa e/ou forma de esporo.
[00010]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que são derivadas de matéria fecal obtida de um doador identificado com o uso de um método descrito nesse relatório descritivo.
[00011]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica derivada de matéria fecal obtida de um doador identificado com o uso de um método descrito nesse relatório descritivo.
[00012]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de matéria fecal doada que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se a matéria fecal doada compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que são descendentes filogenéticos do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
[00013]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de matéria fecal doada que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se o microbioma do doador potencial compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as (uma ou mais) espécies podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[00014]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de matéria fecal doada que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se a matéria fecal doada compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens,
Oscillibacter sp. ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp. W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp. An92, Flavonifractor sp. An91, Flavonifractor sp. An306, Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[00015]Em outro aspecto, são fornecidos métodos para a identificação de matéria fecal doada que pode aumentar a resposta de um indivíduo a um inibidor do checkpoint, que compreendem a determinação se a matéria fecal doada compreende uma ou mais cepas de bactérias que pertencem a um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135, como definido nesse relatório descritivo.
[00016]Em alguns aspectos, pode ser usada material fecal de matéria fecal doada identificada, por exemplo, em transplante de microbioma fecal ou em uma forma processada derivada desse material, por exemplo, uma preparação enriquecida em Firmicutes (por exemplo, Clostridia, Clostridiales, ou formadores de esporos), que estão em forma vegetativa e/ou forma de esporo.
[00017]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que são derivadas de matéria fecal doada identificada com o uso de um método descrito nesse relatório descritivo.
[00018]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica derivada de matéria fecal doada identificada com o uso de um método descrito nesse relatório descritivo.
[00019]Em um aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a uma ou mais da família Ruminococcaceae, por exemplo, os gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três ou quatro dos gêneros listados.
[00020]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em algumas modalidades, as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em algumas modalidades, as composições terapêuticas podem compreender uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense
(GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae
Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[00021]Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia,
Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três, quatro, cinco ou mais dos gêneros listados.
[00022]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas.
[00023]Em um aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três ou quatro dos gêneros listados.
[00024]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três, quatro, cinco ou mais dos gêneros listados.
[00025]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64,
Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas.
[00026]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas ainda compreendem um agente anticâncer. Em algumas modalidades, o agente anticâncer é um inibidor do checkpoint. Em algumas modalidades, o inibidor do checkpoint é selecionado de um anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti- CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1, ou combinações destes. Em algumas modalidades, o inibidor do checkpoint é selecionado de pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pidilizumab, AMP-224, AMP-514, STI- A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558, MK-3475, CT O11, MPDL3280A, MEDI-4736, MSB-0020718C, AUR-012, LAG-3, inibidores de OX40, inibidores de OX40L, inibidores de TIGIT,
STI-A1010, ou combinações destes. Em algumas modalidades, o agente anticâncer é ciclofosfamida.
[00027]Em algumas modalidades, cada população isolada de bactérias na composição terapêutica está presente na composição em uma concentração de pelo menos cerca de 1 x 102 unidades formadoras de colônias viáveis. Em algumas modalidades, cada população isolada de bactérias na composição terapêutica está presente na composição em uma concentração de cerca de 1 x 102 a 1 x 109 unidades formadoras de colônias viáveis.
[00028]Em algumas modalidades, uma fração da população isolada de bactérias na composição terapêutica compreende bactérias formadoras de esporos. Em algumas modalidades, uma fração da população isolada de bactérias na composição terapêutica está em forma de esporo.
[00029]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas ainda compreendem um excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas são formuladas para liberação ao intestino. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas são revestidas entericamente. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas são formuladas para administração oral. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas são formuladas em um alimento ou bebida.
[00030]Em algumas modalidades as composições terapêuticas podem reduzir a taxa de crescimento tumoral em um modelo animal.
[00031]Em um aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes. Em algumas modalidades dos métodos, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três ou quatro dos gêneros listados.
[00032]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que são descendentes filogenéticas do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas podem compreender uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4,
Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp. ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp. W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp. An92, Flavonifractor sp. An91, Flavonifractor sp. An306, Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[00033]Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas.
[00034]Em algumas modalidades, a composição é formulada para múltiplas administrações. Em algumas modalidades, a composição é formulada para pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 administrações.
[00035]Em algumas modalidades, a população purificada de bactérias compreende bactérias de pelo menos dois gêneros ou espécies, e em que a proporção das duas bactérias é 1:1. Em algumas modalidades, a população purificada de bactérias compreende bactérias de pelo menos, no máximo ou exatamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 16, 20, 30, 40 ou 50 (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) famílias, gêneros ou espécies diferentes de bactérias. Em algumas modalidades, a proporção de uma família, gênero ou espécie de bactérias para outra família, gênero ou espécie de bactéria presente na composição é pelo menos, no máximo ou exatamente 1:1, 1:2, 1:3, 1:4, 1:5, 1:6, 1:7, 1:8, 1:9, 1:10, 1:20, 1:25, 1:30, 1:35, 1:40, 1:45, 1:50, 1:55, 1:60, 1:65, 1:70, 1:75, 1:80, 1:85, 1:90, 1:95, 1:100, 1:150, 1:200, 1:250, 1:300, 1:350, 1:400, 1:450, 1:500, 1:600, 1:700, 1:800, 1:900, 1:1.000, 1:1.500, 1:2.000, 1:2.500, 1:3.000, 1:3.500, 1:4.000, 1:4.500, 1:5.000, 1:1.550, 1:6.000, 1:6.500, 1:7.000, 1:7.500, 1:8.000, 1:8.500, 1:9.000, 1:9.500, 1:10.000, 1:1.200, 1:14.000, 1:16.000, 1:18.000, 1:20.000, 1:30.000, 1:40.000, 1:50.000, 1:60.000, 1:70.000, 1:80.000, 1:90.000 ou 1:100.000 (ou qualquer faixa derivável entre esses valores).
[00036]As composições da revelação podem excluir um ou mais gêneros ou espécies de bactérias descritos nesse relatório descritivo ou podem incluir menos do que 1 x 106, 1 x 105, 1 x 104, 1 x 103 ou 1 x 102 células ou CFU viáveis
(ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de uma ou mais das bactérias descritas nesse relatório descritivo.
[00037]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades dos métodos, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três, quatro, cinco ou mais dos gêneros listados.
[00038]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades dos métodos, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas.
[00039]Em um aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes. Em algumas modalidades dos métodos, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois, três ou quatro dos gêneros listados.
[00040]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades dos métodos, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos dois,
três, quatro, cinco ou mais dos gêneros listados.
[00041]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, que compreendem a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades dos métodos, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas.
[00042]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas usadas nos métodos de tratamento de câncer ainda compreendem um agente anticâncer. Em algumas modalidades, o agente anticâncer é um inibidor do checkpoint. Em algumas modalidades, o inibidor do checkpoint é selecionado de um anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti-CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1, ou combinações destes. Em algumas modalidades, o inibidor do checkpoint é selecionado de pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pidilizumab, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558, MK-3475, CT O11, MPDL3280A, MEDI- 4736, MSB-0020718C, AUR-012, LAG-3, inibidores de OX40, inibidores de OX40L, inibidores de TIGIT, STI-A1010, ou combinações destes. Em algumas modalidades, o agente anticâncer é ciclofosfamida.
[00043]Em algumas modalidades dos métodos, cada população isolada de bactérias na composição terapêutica está presente na composição em uma concentração de pelo menos cerca de 1 x 102 unidades formadoras de colônias viáveis. Em algumas modalidades dos métodos, cada população isolada de bactérias na composição terapêutica está presente na composição em uma concentração de cerca de 1 x 102 a 1 x 109 unidades formadoras de colônias viáveis.
[00044]Em algumas modalidades dos métodos, uma fração da população isolada de bactérias na composição terapêutica compreende bactérias formadoras de esporos. Em algumas modalidades dos métodos, uma fração da população isolada de bactérias na composição terapêutica está em forma de esporo.
[00045]Em algumas modalidades dos métodos, as composições terapêuticas ainda compreendem um excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades dos métodos, as composições terapêuticas são formuladas para liberação ao intestino. Em algumas modalidades dos métodos, as composições terapêuticas são revestidas entericamente. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas são formuladas para administração oral. Em algumas modalidades dos métodos, as composições terapêuticas são formuladas em um alimento ou bebida.
[00046]Em algumas modalidades dos métodos, o indivíduo mamífero é um humano.
[00047]Em algumas modalidades dos métodos, o câncer é selecionado de melanoma metastático, melanoma da pele, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer renal, câncer da bexiga, cânceres da cabeça e pescoço, câncer de pele de célula de Merkel (carcinoma de célula de Merkel) ou linfoma de Hodgkin.
[00048]Em algumas modalidades dos métodos, antes da administração da população isolada de bactérias, o indivíduo é submetido a tratamento antibiótico e/ou a limpeza do intestino.
[00049]Em um aspecto, são fornecidos métodos de identificação de se um indivíduo mamífero é um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes.
[00050]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que são descendentes filogenéticos do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as (uma ou mais) espécies podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[00051]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a uma ou mais espécies selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[00052]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em métodos nos quais uma amostra do microbioma é obtida, em alguns casos, a amostra do microbioma é obtida de uma amostra fecal. Em alguns casos, a amostra do microbioma é obtida por biópsia de mucosa.
[00053]Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes.
Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outro aspecto, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o método compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em métodos nos quais uma amostra do microbioma é obtida, em alguns casos, a amostra do microbioma é obtida de uma amostra fecal. Em alguns casos, a amostra do microbioma é obtida por biópsia de mucosa.
[00054]Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em algumas modalidades, as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos de tratamento de câncer, que compreendem a administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
[00055]Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii em uma amostra de um indivíduo. Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae em uma amostra de um indivíduo. Em algumas modalidades, as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes em uma amostra do indivíduo. Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes em uma amostra de um indivíduo.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes em uma amostra de um indivíduo.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes em uma amostra de um indivíduo.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7,
Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
Em outro aspecto, é fornecido um método que compreende a avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
Em outro aspecto, é fornecido um método que compreende a avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
Em outro aspecto, são fornecidos nesse relatório descritivo métodos que compreendem a avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
[00056]Em algumas modalidades, o método ainda compreende a comparação do perfil do microbioma com um microbioma de controle. Em algumas modalidades, o microbioma de controle compreende uma amostra do microbioma de um indivíduo determinado como sendo um responsivo a um tratamento anticâncer. Em algumas modalidades, o microbioma de controle compreende uma amostra do microbioma de um indivíduo determinado como sendo um não responsivo a um tratamento anticâncer.
[00057]Em algumas modalidades dos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o indivíduo é determinado como sendo um candidato para tratamento anticâncer com inibidor do checkpoint. Em algumas modalidades dos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o indivíduo é determinado como sendo um candidato para tratamento anticâncer com ciclofosfamida.
[00058]Em algumas modalidades dos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o indivíduo mamífero é um humano.
[00059]Em algumas modalidades dos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, o câncer é selecionado de melanoma metastático, melanoma da pele, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer renal, câncer da bexiga, cânceres da cabeça e pescoço, câncer de pele de célula de Merkel (carcinoma de célula de Merkel) ou linfoma de Hodgkin.
[00060]Em algumas modalidades, o indivíduo foi tratado previamente para o câncer. Em algumas modalidades, o indivíduo foi determinado como sendo um não responsivo ao tratamento prévio. Em algumas modalidades, o indivíduo foi determinado como tendo uma resposta tóxica ao tratamento prévio. Em algumas modalidades, o tratamento prévio compreende monoterapia de bloqueio do checkpoint imune ou terapia combinada. Em algumas modalidades, o câncer é câncer recorrente. Em algumas modalidades, o indivíduo não recebeu uma terapia anticâncer prévia.
[00061]Em um aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium e Subdoligranulum.
[00062]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que são descendentes filogenéticos do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em algumas modalidades, as (uma ou mais) espécies podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a uma ou mais espécies selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes,
Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[00063]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter e Parabacteroides. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter e Parabacteroides.
[00064]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada das espécies bactérias Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme e Parabacteroides distasonis. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada das espécies bactérias Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus e Parabacteroides distasonis.
[00065]Em um aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a três ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a quatro ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11.
[00066]Em um aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 1A. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 1B. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 10. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela
11.
[00067]Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 1A. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 1B. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 10. Em outro aspecto, são fornecidas composições terapêuticas que compreendem uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela
11.
[00068]É especificamente contemplado que qualquer limitação discutida com relação a uma modalidade da invenção pode se aplicar a qualquer outra modalidade da invenção. Além disso, qualquer composição da invenção pode ser usada em qualquer método da invenção, e qualquer método da invenção pode ser usado para produzir ou para utilizar qualquer composição da invenção. Aspectos de uma modalidade apresentada nos Exemplos também são modalidades que podem ser implementadas no contexto de modalidades discutidas em outro local em um Exemplo diferente ou em outro lugar no pedido, por exemplo, no Sumário da invenção, Descrição detalhada das modalidades, reivindicações e descrição das Legendas das figuras.
[00069]Outros objetos, características e vantagens da presente invenção ficarão evidentes a partir da descrição detalhada seguinte. Deve ser observado, no entanto, que a descrição detalhada e os exemplos específicos, embora indiquem modalidades preferidas da invenção, são apresentados apenas como forma de ilustração, na medida em que várias alterações e modificações dentro do espírito e escopo da invenção ficarão evidentes para aqueles habilitados na técnica a partir dessa descrição detalhada.
BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS
[00070]Os desenhos seguintes formam parte do presente relatório descritivo e são incluidos para demonstrar ainda mais certos aspectos da presente invenção. A invenção podem ser mais bem compreendidas por referência a um ou mais desses desenhos em combinação com a descrição detalhada de modalidades específicas apresentadas nesse relatório descritivo.
[00071]Figura 1. Diversidade alfa de 16S. A figura é um gráfico que mostra pontuações de diversidade alfa Observada, de Shannon e Simpson 16S Inversa do microbioma em pacientes responsivos e não responsivos. Barras de erro representam a distribuição de pontuações. Responsivos (barra da esquerda dentro de cada painel); não responsivos (l barra dentro de cada painel). Quando estão presentes pontos fora da curva, eles são mostrados como pontos individuais — caso contrário, caixas se estendem do primeiro ao terceiro quartis dos dados, com linhas estendendo o comprimento dos dados. Pontos fora da curva são definidos como pontos que se situam fora do primeiro quartil menos 1,5 * IQR (“intervalo interquartil”, por exemplo, a distância entre o primeiro até o terceiro quartis), ou no terceiro quartil mais 1,5 * IQR.
[00072]Figura 2. Análise de prevalência. A figura é um gráfico vulcão de resultados de prevalência diferencial de 16S rDNA. OTUs/gêneros signficantemente diferencialmente prevalantes estao marcados com um rótulo retangular (valor- p ≤ 0,10, teste exato de Fisher).
[00073]A Figura 3 é um gráfico que mostra Diversidade Beta de Bray-Curtis. Aproximadamente 200 amostras de doadores saudáveis coletadas pelo “Human Microbiome Project” (HMP) foram usadas para gerar um conjunto de amostras de fundo para comparar os dados de WMS coletados. A dissimilaridade de Bray-Curtis através dos dados de WMS e HMP foi representada em um formato de escala multidimensional (MDS), e Análise Discriminante Linear (LDA) foi usada para gerar uma linha de classificação para separar amostras de responsivos e de não responsivos.
[00074]A Figura 4 é um gráfico que mostra a sobreposição de Dados de Espécies na Diversidade Beta de Bray-Curtis. Dados de espécies individuais das amostras foram mapeados no gráfico de MDS da Figura 3. Espécies circuladas são todos os membros da família Ruminococcaceae e esses dados demonstram que Ruminococcaceae estão associados com responsivos.
[00075]A Figura 5 é um gráfico que mostra como a abundância relativa de Bacteroidia está associada à resposta à terapia de checkpoint. As amostras estão ordenadas por diminuição da abundância relativa. Dados de amostras de responsivos são mostrados em cinza, enquanto as de não responsivos são mostrados em preto. O valor de corte (linha tracejada) maximiza a sensibilidade mantendo, ao mesmo tempo, 100% de especificidade.
[00076]A Figura 6 é uma árvore filogenética de Ruminococcaceae derivada de sequências de 16S rDNA, que demonstra que uma definição baseada em clado de Ruminococcaceae representa mais precisamente relacionamentos filogenéticos. Táxons classificados como Ruminococcaceae em NCBI estão em preto; táxons em outras famílias estão sublinhados. A classificação baseada em NCBI claramente não é consistente com filogenia. Aqui, uma definição de Ruminococcaceae baseada em um sistema de clado interno (clados 14, 61, 101, 125 e 131) é consistente com filogenia. O Clado 13 foi excluído, na medida em que é altamente divergente dos Ruminococcaceae restantes.
[00077]A Figura 7 é um gráfico que mostra que a abundância relativa baseada em clado de Ruminococcaceae está associada à resposta à terapia de checkpoint. As amostras estão ordenadas por diminuição da abundância relativa. Responsivos são mostrados em cinza, enquanto não responsivos são mostrados em preto. O limiar foi aumentado de 9,5% com a definição baseada em NCBI de Ruminococcaceae para 12% com a definição baseada em clado, já que um número maior de espécies de Ruminococcaceae era detectado pela última, resultando em abundâncias maiores por amostra. O limiar foi escolhido para maximizar a sensibilidade mantendo, ao mesmo tempo, 100% de especificidade.
[00078]A Figura 8 é um gráfico que mostra a distribuição de abundância baseada em clado de Ruminococcaceae com abundância baseada em clado de Bacteroidia. Oitenta por cento de responsivos estão fora do quadrante esquerdo inferior.
[00079]A Figura 9 é um gráfico de uma curva de característica de operação do receptor (ROC) para abundância relativa baseada em clado de Ruminococcaceae em conjunto de dados combinados (n = 112) como um preditor de resposta à terapia de checkpoint.
[00080]A Figura 10 é um gráfico de uma distribuição de abundância baseada em clado de Ruminococcaceae no conjunto de dados combinados (n = 112). Setenta e dois por cento de não responsivos totais estão à esquerda da linha pontilhada (< 12% de Ruminococcaceae), enquanto 68% de responsivos totais estão à direita da linha (≥ 12% de Ruminococcaceae). A abundância relativa de Bacteroidia está plotada para permitir uma separação visual de amostras.
[00081]A Figura 11 é um gráfico de uma curva ROC para abundância relativa baseada em clado de Ruminococcaceae em conjunto de dados combinados excluindo pacientes com doença estável (n = 85) como um preditor de resposta à terapia de checkpoint.
DESCRIÇÃO DETALHADA I. Definições
[00082]Como usados nesse relatório descritivo, os termos “ou” e “e/ou” são utilizados para descrever múltiplos componentes em combinação ou exclusivos uns dos outros. Por exemplo, “x, y e/ou z” podem se referir a “x” isoladamente, “y” isoladamente, “z” isoladamente, “x, y e z”, “(x e y) ou z”, “x ou (y e z)” ou “x ou y ou z”. É especificamente contemplado que x, y ou z pode ser especificamente excluído de uma modalidade.
[00083]Por todo esse pedido, o termo “cerca de” é usado de acordo com seu significado simples e comum na área de biologia celular para indicar que um valor inclui o desvio de erro padrão para o dispositivo ou método que está sendo empregado para determinar o valor.
[00084]O termo “que compreende”, que é sinônimo com “que inclui”, “que contém” ou “caracterizado por”, é inclusivo ou em aberto e não exclui elementos ou etapas do método não citadas, adicionais. A frase “que consiste em” exclui qualquer elemento, etapa ou ingrediente não especificado. A frase “que consiste basicamente em” limita o escopo do tema descrito aos materiais ou etapas especificados e àqueles que não afetam materialmente suas características básicas e inéditas. É contemplado que modalidades descritas no contexto do termo “que compreende” também podem ser implementadas no contexto do termo “que consiste em” ou “que consiste basicamente em”. “Microbioma” se refere às comunidades de micróbios que vivem no ou no corpo de um indivíduo, tanto sustentavelmente quanto transitoriamente, incluindo eucariotas, arqueas bactérias e vírus (incluindo vírus bacterianos (ou seja, fago)).
[00085]“Disbiose” se refere a um estado da microbiota ou microbioma do trato GI ou outra área do corpo, incluindo superfícies mucosas ou cutâneas, no qual a diversidade e/ou função normal da rede ecológica é rompida. Qualquer ruptura do estado preferido (por exemplo, ideal) da microbiota pode ser considerada uma disbiose, mesmo se essa disbiose não resulta em uma diminuição detectável na saúde. Esse estado de disbiose pode ser não saudável, ele pode ser não saudável apenas sob certas condições, ou pode evitar que um indivíduo fique mais saudável. A disbiose pode ser causada por uma diminuição na diversidade, pelo crescimento excessivo de um ou mais patógenos ou patobiontes, organismos simbióticos capazes de causar doença somente quando certas condições genéticas e/ou ambientais estão presentes em um paciente, ou pela mudança para uma rede ecológica que não fornece mais uma função benéfica ao hospedeiro e, portanto, não promove mais a saúde.
[00086]Um “esporo” ou uma população de “esporos” inclui bactérias (ou outros organismos unicelulares) que são geralmente viáveis, mais resistentes às influências ambientais como, por exemplo, calor e agentes bactericidas, do que as formas vegetativas das mesmas bactérias, e tipicamente são capazes de germinação e crescimento excessivo. “Formadores de esporos” ou “bactérias capazes de formação de esporos” são aquelas bactérias que contêm os genes e outras características necessárias para produzir esporos sob condições ambientais adequadas.
[00087]Os termos “patógeno”, “patobionte” e “patogênica”, em referência a uma bactéria ou qualquer outro organismo ou entidade, incluem qualquer um desses organismos ou entidades que seja capaz de causar ou afetar uma doença, distúrbio ou condição de um organismo hospedeiro que contém o organismo ou entidade.
[00088]O termo “isolada” engloba uma bactéria ou outra entidade ou substância que foi (1) separada de pelo menos alguns dos componentes com os quais estava associada quando inicialmente produzida (seja na natureza ou em um cenário experimental), e/ou (2) produzida, preparada, purificada e/ou fabricada pela mão do homem. Bactérias isoladas podem ser separadas de pelo menos cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90%, ou mais dos outros componentes com os quais estavam inicialmente associadas.
Em algumas modalidades, bactérias isoladas são mais do que cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99%, ou mais do que cerca de 99% puras.
Como usada nesse relatório descritivo, uma substância é “pura” se ela é substancialmente livre de outros componentes.
Os termos “purificar”, “purificação” e “purificada” se referem a uma bactéria ou outro material que foi separado de pelo menos alguns dos componentes com os quais estava associada quando inicialmente produzida ou gerada (por exemplo, se na natureza ou em um cenário experimental), ou durante qualquer tempo após sua produção inicial.
Uma bactéria ou uma população bacteriana pode ser considerada purificada se ela é isolada na produção ou após ela, por exemplo, de um material ou ambiente que contém a bactéria ou população bacteriana, e uma bactéria ou população bacteriana purificada pode conter outros materiais até cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90%, ou acima de cerca de 90% e ainda ser considerada “isolada”. Em algumas modalidades, bactérias e populações bacterianas purificadas são mais do que cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99%, ou mais do que cerca de 99% puras.
No caso de composições bacterianas fornecidas nesse relatório descritivo, os (um ou mais) tipos bacterianos presentes na composição podem ser independentemente purificados de uma ou mais outras bactérias produzidas e/ou presentes no material ou ambiente que contém o tipo bacteriano. Composições bacterianas e os componentes bacterianos destas são geralmente purificados de produtos residuais do habitat.
[00089]“Inibição” de um patógeno engloba a inibição de qualquer função ou atividade desejada das composições bacterianas da presente invenção. Demonstrações de inibição de patógenos, por exemplo, diminuição no crescimento de uma bactéria patogênica ou redução no nível de colonização de uma bactéria patogênica, são fornecidas nesse relatório descritivo e de outro modo reconhecidas por aqueles habilitados na técnica. A inibição do “crescimento” de uma bactéria patogênica pode incluir a inibição do aumento em tamanho da bactéria patogênica e/ou a inibição da proliferação (ou multiplicação) da bactéria patogênica. A inibição da colonização de uma bactéria patogênica pode ser demonstrada por medição da quantidade ou carga de um patógeno antes e depois de um tratamento. Uma “inibição” ou o ato de “inibir” inclui a cessação total e a redução parcial de uma ou mais atividades de um patógeno, por exemplo, crescimento, proliferação, colonização e função.
[00090]A “colonização” de um organismo hospedeiro inclui a residência transitória (por exemplo, por 1 dia, 2 dias, 3 dias, 4 dias, 5 dias, 6 dias ou 1 semana) ou não transitória (por exemplo, acima de uma semana, pelo menos duas semanas, pelo menos três semanas, pelo menos 4 semanas, pelo menos 6 semanas, pelo menos 8 semanas, pelo menos 3 meses, pelo menos 4 meses, pelo menos 6 meses) de uma bactéria ou outro organismo microscópico. Como usado nesse relatório descritivo, o termo “redução da colonização” do trato gastrintestinal de um indivíduo hospedeiro (ou qualquer outro nicho de microbiota) por uma bactéria patogênica inclui uma redução no tempo de residência do patógeno no trato gastrintestinal, bem como uma redução no número (ou concentração) do patógeno no lúmen do trato gastrintestinal ou aderido na superfície mucosa do trato gastrintestinal. A medição de reduções de patógenos aderentes pode ser demonstrada, por exemplo, por uma amostra de biópsia, ou reduções luminais podem ser medidas indiretamente, por exemplo, indiretamente por medição da carga patogênica nas fezes de um hospedeiro mamífero.
[00091]Uma “combinação” de duas ou mais bactérias inclui a coexistência física das duas bactérias, no mesmo material ou produto ou em produtos fisicamente conectados, bem como a coadministração ou colocalização temporal das duas bactérias.
[00092]Uma atividade ou bactéria “citotóxica” inclui a habilidade para matar outra célula bacteriana, por exemplo, uma célula bacteriana patogênica ou uma espécie de cepa intimamente relacionada. Uma atividade ou bactéria “citostática” inclui a habilidade para inibir, parcialmente ou totalmente, o crescimento, metabolismo e/ou proliferação de uma célula bacteriana, por exemplo, uma célula bacteriana patogênica.
[00093]Ser livre de “produtos não comestíveis” significa que uma composição bacteriana ou outro material fornecido nesse relatório descritivo não possui uma quantidade substancial de um produto não comestível, por exemplo, um produto ou material que é não comestível, prejudicial ou de algum outro modo indesejado em um produto adequado para administração, por exemplo, administração oral, a um indivíduo humano.
[00094]“Microbioma” se refere ao teor genético das comunidades de micróbios que vivem em e no corpo humano, tanto sustentavelmente quanto transitoriamente, incluindo eucariotas, arqueas, bactérias e vírus (incluindo vírus bacterianos (ou seja, fago)), em que o “teor genético” inclui DNA genômico, RNA como, por exemplo, microRNA e RNA ribossomal, o epigenoma, plasmídeos, e todos os outros tipos de informação genética.
[00095]O “aumento” de um tipo de bactéria, por exemplo, uma espécie, é um efeito do tratamento com uma composição da invenção que é caracterizado por detecção pós-tratamento de uma abundância aumentada de uma espécie não presente na composição por um teste não-paramétrico de abundância.
[00096]“Enxerto” de um tipo de bactéria, por exemplo, uma espécie, é um efeito do tratamento com uma composição da invenção que é caracterizado por detecção pós-tratamento de uma espécie da composição administrada, que não é detectada no indivíduo tratado pré-tratamento. Métodos de detecção são conhecidos na técnica. Em um exemplo, o método é detecção por PCR de uma sequência de 16S rDNA com o uso de parâmetros- padrão para PCR.
[00097]O termo “produtos residuais do habitat” se refere ao material derivado do habitat para microbiota dentro ou em um humano ou animal. Por exemplo, microbiotas vivem nas fezes no trato gastrintestinal, na própria pele, na saliva, muco do trato respiratório, ou secreções do trato geniturinário (ou seja, matéria biológica associada à comunidade microbiana). O termo “substancialmente livre de produtos residuais do habitat” significa que a composição bacteriana não contém mais a matéria biológica associada ao ambiente microbiano em ou no indivíduo humano ou animal e é 100% livre, 99% livre, 98% livre, 97% livre, 96% livre, ou 95% livre de qualquer matéria biológica contaminante associada à comunidade microbiana.
Produtos residuais do habitat podem incluir materiais abióticos (incluindo alimento não digerido) ou eles podem incluir micro-organismos indesejados e/ou fragmentos de micro-organismos. “Substancialmente livre de produtos residuais do habitat” também pode significar que a composição bacteriana não contém células detectáveis de um humano ou animal e que somente células microbianas são detectáveis.
Em uma modalidade, “substancialmente livre de produtos residuais do habitat” também pode significar que a composição bacteriana não contém contaminantes virais (incluindo vírus bacterianos (ou seja, fago) ou vírus humanos), fúngicos ou de micoplasmas detectáveis.
Em outra modalidade, significa que menos do que 1 x 10-2%, 1 x 10-3%, 1 x 10-4%, 1 x 10-5%, 1 x 10-6%, 1 x 10-7%, 1 x 10-8% das células viáveis na composição bacteriana são humanas ou de animal, comparadas com células microbianas.
Há várias formas para obter esse grau de pureza, nenhuma delas sendo limitante.
Dessa forma, a contaminação pode ser reduzida por isolamento de constituintes desejados por meio de várias etapas de semeadura em colônias únicas em meios sólidos até que as semeaduras replicadas (por exemplo, sem limitação, duas) de colônias únicas seriais exibam somente uma morfologia de colônia única.
Alternativamente, a redução da contaminação pode ser obtida por várias rodadas de diluições seriais até as células únicas desejadas (por exemplo, uma diluição de 10-8 ou 10-9), por exemplo, por meio de várias diluições seriais de 10 vezes. Isso pode ser adicionalmente confirmado por exibição de que múltiplas colônias isoladas possuem formatos de células e comportamento de coloração por Gram similares. Outros métodos para a confirmação de pureza adequada incluem análise genética (por exemplo, PCR, sequenciamento de DNA), sorologia e análise de antígeno, análise enzimática e metabólica, e métodos de utilização de instrumentação como, por exemplo, citometria de fluxo, com reagentes que distinguem constituintes desejados de contaminantes.
[00098]O termo “árvore filogenética” se refere a uma representação gráfica dos relacionamentos evolucionários de uma sequência genética com outra que é gerada usando um conjunto definido de algoritmos de construção filogenética (por exemplo, parcimônia, probabilidade máxima ou bayesiana). Os nós na árvore representam sequências ancestrais distintas e a confiança de qualquer nó é fornecida por uma probabilidade bootstrap ou bayesiana posterior, que mede a incerteza de ramificação.
[00099]O termo “unidade taxonômica operacional” (OTU, plural OTUs), em algumas modalidades, se refere a uma folha terminal em uma árvore filogenética e é definida por uma sequência genética específica e todas as sequências que compartilham identidade de sequência para essa sequência no nível de espécie. Um “tipo” ou diversos “tipos” de bactérias inclui uma OTU ou diversas OTUs diferentes, e também engloba uma cepa, espécie, gênero, família ou ordem de bactérias. A sequência genética específica pode ser a sequência de 16S rDNA ou uma porção da sequência de 16S rDNA ou pode ser um gene de manutenção funcionalmente conservado encontrado amplamente através do reino das eubactérias. OTUs compartilham pelo menos 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência. OTUs são geralmente definidas por comparação de sequências entre organismos. Sequências com menos do que 95% de identidade de sequência não são consideradas como formando parte da mesma OTU. Em algumas modalidades, métodos de metagenômica, conhecidos na técnica, são usados para identificar espécies e/ou OTUs.
[000100]O termo “clado” se refere ao conjunto de OTUs ou membros de uma árvore filogenética a jusante de um nó estatisticamente válido em uma árvore filogenética. Um clado é um grupo de organismos relacionados que representam todos os descendentes filogenéticos de um ancestral comum. O clado compreende um conjunto de folhas terminais na árvore filogenética que é uma unidade evolucionária monofilética distinta.
[000101]Os termos “indivíduo” ou “paciente” se referem a qualquer indivíduo animal, incluindo humanos, animais de laboratório (por exemplo, primatas, ratos, camundongos), animais de criação (por exemplo, vacas, carneiros, cabras, porcos, perus, galinhas), e animais domésticos (por exemplo, cães, gatos, roedores etc.). O indivíduo ou paciente pode ser saudável, ou pode estar sofrendo de uma infecção em consequência de um patógeno gastrintestinal ou pode estar em risco para o desenvolvimento ou transmissão para outros de uma infecção em consequência de um patógeno gastrintestinal.
[000102]O termo “patobionte” se refere às espécies bacterianas específicas encontradas em hospedeiros saudáveis que podem desencadear patologia e/ou doença de mediação imune em resposta a certos fatores genéticos ou ambientais. Chow e cols., (2011) Curr. Op. Immunol. “Pathobionts of the Intestinal Microbiota and Inflammatory Disease”. 23: 473-80. Dessa forma, um patobionte é um patógeno que é mecanisticamente distinto de um organismo infeccioso adquirido. Dessa forma, o termo “patógeno” inclui tanto organismos infecciosos adquiridos quanto patobiontes.
[000103]Como usado nesse relatório descritivo, o termo “imunorregulador” se refere a um agente ou a uma via de sinalização (ou um componente desta) que regula uma resposta imune. “Regulação”, “modificação” ou “modulação” de uma resposta imune se refere a qualquer alteração do sistema imune ou na atividade dessa célula. Essa regulação inclui estimulação ou supressão do sistema imune que pode ser manifestada por um aumento ou diminuição no número de vários tipos de células, um aumento ou diminuição na atividade dessas células, ou quaisquer outras alterações que possam ocorrer dentro do sistema imune. Imunorreguladores tanto inibidores quanto estimulatórios foram identificados, alguns dos quais podem ter função ou utilidade aumentada como um alvo terapêutico no microambiente de um câncer.
[000104]Como usado nesse relatório descritivo, o termo “evasão imune” se refere à inibição do sistema imune de um indivíduo ou um componente deste (por exemplo, resposta de célula T endógena) por um câncer ou célula tumoral a fim de maximizar ou permitir crescimento continuado ou disseminação do câncer/tumor.
[000105]Como usado nesse relatório descritivo, o termo “imunoterapia” se refere ao tratamento ou prevenção de um doença ou condição (por exemplo, câncer) por um método que compreende a indução, aumento, supressão ou alguma forma de modificação de uma resposta imune.
[000106]Como usado nesse relatório descritivo, o termo “potencialização de uma resposta imune endógena” significa o aumento da eficácia ou potência de uma resposta imune existente em um indivíduo. Esse aumento na eficácia e potência pode ser obtido, por exemplo, por superação de mecanismos que suprimem a resposta imune endógena do hospedeiro ou por estimulação de mecanismos que aumentam a resposta imune endógena do hospedeiro.
[000107]Como usado nesse relatório descritivo, o termo “anticorpo” se refere a uma molécula de anticorpo inteiro ou um fragmento deste (por exemplo, fragmentos como, por exemplo Fab, Fab' e F(ab')2), ele pode ser um anticorpo policlonal ou monoclonal, um anticorpo quimérico, um anticorpo humanizado, um anticorpo humano etc.
[000108]Como usado nesse relatório descritivo, o termo “câncer” significa todos os tipos de cânceres. Em particular, os cânceres podem ser cânceres sólidos ou não sólidos. Exemplos não limitantes de cânceres são carcinomas ou adenocarcinomas como, por exemplo, câncer da mama, próstata, ovário, pulmão, pâncreas ou cólon, sarcomas, linfomas, melanomas, leucemias, cânceres de célula germinativa e blastomas. II. Métodos da revelação
[000109]São fornecidas nesse relatório descritivo composições e métodos para o tratamento e/ou prevenção de um câncer por manipulação do microbioma. Em particular, a quantidade, identidade, presença e/ou proporção de bactérias no microbioma (por exemplo, microbioma do GI) em um indivíduo são manipuladas para facilitar o tratamento de um câncer. Além disso, os requerentes descobriram que a abundância e/ou prevalência de certas bactérias comensais nas fezes, por exemplo, Ruminococcaceae comensais, pode ser usada para identificar doadores e/ou doações fecais que possam aumentar a resposta do paciente a um inibidor do checkpoint. Material fecal desses indivíduos pode ser usado, por exemplo, em transplante de microbioma fecal ou em uma forma processada derivada desse material, por exemplo, uma preparação enriquecida em Firmicutes (por exemplo, Clostridia, Clostridiales, ou formadores de esporos), que estão em forma vegetativa e/ou forma de esporo.
[000110]Os requerentes identificaram espécies bacterianas que são úteis para o aumento da eficácia do tratamento contra o câncer, por exemplo, tratamentos que utilizam inibidores do checkpoint. Em algumas modalidades, a eficácia de uma resposta imune endógena, imunoterapia, quimioterapia ou outro tratamento (por exemplo, cirurgia, radiação etc.) no tratamento ou prevenção da recorrência de câncer e/ou tumor é dependente das condições dentro do indivíduo (por exemplo, no microambiente do tumor). Em particular, a identidade ou características (por exemplo, concentração ou nível) do microbioma dentro de um indivíduo pode afetar a eficácia de tratamentos contra o câncer (por exemplo, geralmente ou tratamentos específicos) e/ou a eficácia da resposta do próprio indivíduo ao câncer, por exemplo, resposta imune.
[000111]Em algumas modalidades, a presença ou nível aumentado de uma ou mais espécies de bactérias em um indivíduo facilita o tratamento (por exemplo, imunoterapia, quimioterapia etc.) e/ou a resposta imune endógena do indivíduo ao câncer e/ou células tumorais. Em algumas modalidades, a ausência e/ou nível diminuído de uma ou mais espécies de bactérias em um indivíduo desencoraja o crescimento, disseminação e/ou evasão do câncer/tumor ao tratamento/resposta imune. Em algumas modalidades, a ausência ou nível diminuído de uma ou mais espécies de bactérias em um indivíduo facilita o tratamento (por exemplo, imunoterapia, quimioterapia etc.) e/ou a resposta imune endógena do indivíduo ao câncer e/ou células tumorais.
[000112]Em algumas modalidades, a presença de certos micróbios (por exemplo, micróbios que facilitam o tratamento contra o câncer) em um indivíduo cria um ambiente ou microambiente (por exemplo, microbioma) que é propício ao tratamento de câncer e/ou inibe o crescimento do câncer/tumor. Em algumas modalidades, a presença de micróbios prejudiciais (por exemplo, micróbios que facilitam o crescimento do câncer/tumor e/ou impedem o tratamento) em um indivíduo cria um ambiente ou microambiente (por exemplo, microbioma) que é propício ao tratamento de câncer e/ou inibe o crescimento do câncer/tumor. Micróbios ou seus produtos podem atuar localmente no nível do epitélio intestinal e na lâmina própria para alterar o tônus imunológico ou o tráfego de células imunes, ou eles podem atuar distalmente pela translocalização de micróbios ou seus produtos em circulação para alterar respostas imunes periféricas, por exemplo, no sangue, fígado, baço, linfonodos ou tumor.
[000113]A modulação dos níveis e/ou da identidade da microflora pode compreender o encorajamento ou facilitação do crescimento de uma ou mais espécies de micróbios benéficos (por exemplo, micróbios que facilitam o tratamento contra o câncer), desencorajamento ou inibição do crescimento de um ou mais tipos de micróbios prejudiciais (por exemplo, espécies de bactérias que facilitam o crescimento do câncer/tumor e/ou impedem o tratamento), administração de um ou mais tipos de micróbios benéficos (por exemplo, espécies de bactérias que facilitam o tratamento contra o câncer) ao indivíduo, e/ou combinações destes. Modalidades dentro do escopo nesse relatório descritivo não estão limitadas pelos mecanismos para a introdução de um ou mais micróbios (por exemplo, administração de probiótico, transplante fecal etc.), encorajamento do crescimento de micróbios benéficos (por exemplo, administração de agentes que influenciam o ambiente dentro do indivíduo para condições de crescimento para os micróbios benéficos), desencorajamento ou inibição do crescimento de micróbios prejudiciais (por exemplo, administração de agentes que influenciam o ambiente dentro do indivíduo para longe das condições de crescimento para os micróbios prejudiciais, administração de antimicrobiano(s) etc.), e combinações destes.
[000114]Em algumas modalidades, são fornecidos métodos para o tratamento ou prevenção de câncer pela manipulação da presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais famílias, gêneros ou espécies de bactérias (por exemplo, no microbioma gastrintestinal). Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de bactérias, fungos e/ou arqueas particular es dentro de um indivíduo é alterada. Por exemplo, em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais bactérias dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum é manipulada. Por exemplo, em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais bactérias dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter ou Parabacteroides é manipulada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais bactérias dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter ou Parabacteroides é manipulada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais bactérias dos gêneros Bifidobacterium, Blautia, Parabacteroides ou Subdoligranulum é manipulada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais bactérias dos gêneros Blautia, Clostridium, Coprococcus, Faecalibacterium, Fusicatenbacter, Gemmiger, Lachnospiraceae ou Subdoligranulum é manipulada.
[000115]Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii é manipulada ou ajustada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae é manipulada ou ajustada. Em algumas modalidades, as (uma ou mais) espécies podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
Em algumas modalidades, a presença, quantidade ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis,
Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas, é manipulada ou ajustada.
[000116]Em algumas modalidades, os métodos excluem a administração de, a avaliação de, a detecção de ou a determinação da quantidade ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis,
Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[000117]Em algumas modalidades, a presença, quantidade, ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme ou Parabacteroides distasonis é manipulada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade, ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus ou Parabacteroides distasonis é manipulada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade, ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas Bifidobacterium bifidum, Blautia_SC109, Parabacteroides distasonis Gemmiger formicilis ou Subdoligranulum variabile é manipulada. Em algumas modalidades, a presença, quantidade, ou proporção relativa de uma ou mais espécies bacterianas Blautia_SC109, Gemmiger formicilis ou Subdoligranulum variabile, Coprococcus catus, Faecalibacterium prausnitzii, Fusicatenbacter saccharivorans, Gemmiger formicilis, Subdoligranulum variabile, Anaerostipes hadrus, Gemmiger formicilis ou Subdoligranulum variabile é manipulada.
III. Composições terapêuticas
[000118]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos um, dois, três ou quatro dos gêneros listados.
[000119]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez ou mais do que dez espécies que são descendentes filogenéticos do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
[000120]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez ou mais do que dez espécies que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família
Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as (uma ou mais) espécies podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[000121]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais espécies bacterianas selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes,
Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez ou mais do que dez espécies das espécies listadas.
[000122]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas podem excluir uma população isolada e/ou purificada que compreende uma ou mais espécies bacterianas selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7,
Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
[000123]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos um, dois, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove ou dez dos gêneros listados.
[000124]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos um, dois, três, quatro, cinco ou seis dos gêneros listados.
[000125]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender bactérias que pertencem a pelo menos um, dois, três, quatro, cinco ou seis dos gêneros listados.
[000126]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez, onze ou doze das espécies listadas.
[000127]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos uma, duas, três, quatro, cinco ou seis das espécies listadas.
[000128]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas. Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode compreender pelo menos uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete ou oito das espécies listadas.
[000129]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais das espécies de bactérias em um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135, como mostrado na árvore filogenética na Figura 6. Em algumas modalidades, o clado 101 compreende as espécies bacterianas Flavonifractor plautii, Clostridium orbiscindens, Clostridium sp NML_04A032, Pseudoflavonifractor capillosus, bactéria Ruminococcaceae D16, Clostridium viride, Oscillospira guilliermondii, Oscillibacter sp_G2, Oscillibacter valericigenes, Sporobacter termitidis e Paplillibacter cinnamivorans. Em algumas modalidades, o clado 14 compreende as espécies bacterianas Ruminococcus sp_18P13, Ruminococcus sp_9SE51, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens e Ruminococcus albus. Em algumas modalidades, o clado 126 compreende as espécies bacterianas Ethanoligenens harbinense, Clostridium cellulosi, Acetanaerobacterium elongatum, Clostridium sp_YIT_12070, Clostridium methylpentosum, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, e Anaerotruncus colihominis. Em algumas modalidades, o clado 61 compreende as espécies bacterianas Eubacterium siraeum, Subdoligranulum variabile, Gemmiger formicilis e Faecalibacterium prausnitzii. Em algumas modalidades, o clado 125 compreende as espécies bacterianas Eubacterium coprostanoligenes, Clostridium sp_YIT_12069, Clostridium sporosphaeroides, Clostridium leptum e Ruminococcus bromii. Em algumas modalidades, o clado 135 compreende as espécies bacterianas Eubacterium desmolans, Butyricicoccus pullicaecorum, ou combinações destas.
[000130]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez ou onze espécies do clado 101. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma, duas, três, quatro, cinco ou seis, espécies do clado 14. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma, duas, três, quatro, cinco, seis ou sete espécies do clado 126. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma, duas, três ou quatro espécies do clado 61. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma, duas, três, quatro ou cinco espécies do clado 125. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma ou duas espécies do clado 135.
[000131]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas podem compreender espécies adicionais que são determinadas como sendo parte de qualquer um do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135. Aqueles habilitados na técnica seriam capazes de usar métodos conhecidos na técnica para determinar se uma espécie é parte de um clado, incluindo métodos descritos nesse relatório descritivo.
[000132]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais das bactérias espécies listadas nas Tabelas 1A e 1B. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais das bactérias espécies listadas na Tabela 11. Em outras modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma população isolada e/ou purificada de uma ou mais das bactérias espécies listadas em qualquer uma das Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 e 11.
[000133]Em algumas modalidades, uma composição terapêutica pode reduzir a taxa de crescimento tumoral em um modelo animal. Em algumas modalidades, uma composição terapêutica pode reduzir a taxa de crescimento tumoral em um indivíduo humano. Em algumas modalidades, uma composição terapêutica pode reduzir a taxa de crescimento tumoral em um modelo de cultura de célula in vitro. Em algumas modalidades,
uma composição terapêutica pode reduzir a taxa de crescimento tumoral em um modelo in situ.
[000134]Em algumas modalidades, o método de tratamento de um câncer pode usar qualquer uma das composições terapêuticas listadas nesse relatório descritivo, incluindo combinações de gêneros de composições terapêuticas e/ou combinações de espécies de composições terapêuticas. Esses métodos de tratamento, incluindo tratamento combinado com outros agentes anticâncer, são descritos em mais detalhes abaixo.
[000135]Em algumas modalidades, as bactérias nas composições terapêuticas podem ser identificadas por espécie, unidade taxonômica operacional (OTU), sequência do genoma completo ou outros métodos conhecidos na técnica para a definição de diferentes tipos de bactérias.
[000136]As composições bacterianas podem compreender dois tipos de bactérias (denominadas “combinações binárias” ou “pares binários”) ou mais do que dois tipos de bactérias. Composições bacterianas que compreendem três tipos de bactérias são denominadas “combinações ternárias”. Por exemplo, uma composição bacteriana pode compreender pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 11, pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19, pelo menos 20, ou pelo menos 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, ou pelo menos 40, pelo menos 50 ou mais do que 50 tipos de bactérias, como definidos por espécie ou unidade taxonômica operacional (OTU), ou de algum outro modo fornecido nesse relatório descritivo.
[000137]Em outra modalidade, o número de tipos de bactérias presentes em uma composição bacteriana está em um valor conhecido ou abaixo dele. Por exemplo, nessas modalidades a composição bacteriana compreende 50 ou menos tipos de bactérias, por exemplo, 49, 48, 47, 46, 45, 44, 43, 42, 41, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, ou 10 ou menos, ou 9 ou menos tipos de bactérias, 8 ou menos tipos de bactérias, 7 ou menos tipos de bactérias, 6 ou menos tipos de bactérias, 5 ou menos tipos de bactérias, 4 ou menos tipos de bactérias, ou 3 ou menos tipos de bactérias. Em outra modalidade, uma composição bacteriana compreende de 2 a no máximo 40, de 2 a no máximo 30, de 2 a no máximo 20, de 2 a no máximo 15, de 2 a no máximo 10, ou de 2 a no máximo 5 tipos de bactérias.
[000138]Pode ser preparada uma composição bacteriana útil em um método descrito nesse relatório descritivo que compreende pelo menos um tipo de bactérias isoladas, em que um primeiro tipo e um segundo tipo são escolhidos independentemente dos gêneros ou espécies listadas nesse relatório descritivo. Em outra modalidade, a primeira e/ou segunda OTUs podem ser caracterizadas por uma ou mais das regiões variáveis da sequência de 16S (V1-V9). Essas regiões em bactérias são definidas pelos nucleotídeos 69-99, 137- 242, 433-497, 576-682, 822-879, 986-1043, 1117-1173, 1243- 1294 e 1435-1465, respectivamente, usando numeração baseada no sistema de nomenclatura de E. coli (por exemplo, Brosius e cols., “Complete Nucleotide Sequence of a 16S RNA Ribossomal Gene from Escherichia coli”, Proc. Nat. Acad.
Sci. 75 (10): 4.801-4.805 (1978)). Em algumas modalidades, pelo menos uma das regiões V1, V2, V3, V4, V5, V6, V7, V8 e V9 é usada para caracterizar uma OTU. Em uma modalidade, as regiões V1, V2 e V3 são usadas para caracterizar uma OTU. Em outra modalidade, as regiões V3, V4 e V5 são usadas para caracterizar uma OTU. Em outra modalidade, a região V4 é usada para caracterizar uma OTU.
[000139]Os métodos da revelação incluem a administração de uma combinação de agentes e composições terapêuticas. A terapia pode ser administrada em qualquer forma adequada conhecida na técnica. Por exemplo, as terapias podem ser administradas sequencialmente (em momentos diferentes) ou concomitantemente (ao mesmo tempo). Em algumas modalidades, as terapias estão em uma composição separada. Em algumas modalidades, as terapias estão na mesma composição.
[000140]Várias combinações das terapias podem ser empregadas, por exemplo, uma terapia ou composição designada “A” e outra terapia ou composição designada “B”: A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B B/B/B/A B/B/A/B A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A
[000141]As terapias e composições da revelação podem ser administradas pela mesma via de administração ou por vias de administração diferentes. Em algumas modalidades, a terapia é administrada por via intracolônica, intravenosa, intramuscular, subcutânea, tópica, oral, transdérmica, intraperitoneal, intraorbitária, por implantação, intratecal, intraventricular ou intranasal. Em algumas modalidades, o modulador microbiano é administrado por via intravenosa, intramuscular, subcutânea, tópica, oral,
transdérmica, intraperitoneal, intraorbitária, por implantação, intratecal, intraventricular ou intranasal.
[000142]Em algumas modalidades, as composições da revelação são administradas em uma quantidade terapeuticamente eficaz ou suficiente de cada uma das (pelo menos uma) populações isoladas ou purificadas de bactérias ou cada uma das (pelo menos) duas, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 11, 12, 13, 14 ou 15 populações isoladas ou purificadas de bactérias das composições de modulador microbiano das modalidades que é administrada a um humano será pelo menos cerca de 1 x 103 unidades formadoras de colônias viáveis (CFU) de bactérias ou pelo menos cerca de 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 CFU viáveis (ou qualquer faixa derivável entre esses valores). Em algumas modalidades, uma dose única conterá uma quantidade de bactérias (por exemplo, uma bactéria ou espécie específica, gênero, ou família descrita nesse relatório descritivo) de pelo menos, no máximo ou exatamente 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 ou mais do que 1 x 1015 CFU viáveis (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de uma bactéria especificada. Em algumas modalidades, uma dose única conterá pelo menos, no máximo ou exatamente 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 ou mais do que 1 x 1015 CFU viáveis (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de total bactérias. Em modalidades específicas, as bactérias são fornecidas em forma de esporo ou como bactérias esporuladas. Em modalidades particulares, a concentração de esporos de cada população isolada ou purificada de bactérias, por exemplo, de cada espécie, subespécie ou cepa, é pelo menos, no máximo ou exatamente 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 ou mais do que 1 x 1015 (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) esporos bacterianos viáveis por grama de composição ou por dose administrada. Em algumas modalidades, a composição compreende ou o método compreende a administração de pelo menos, no máximo ou exatamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25, 30, 40 ou 50 (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de espécies bacterianas diferentes, gêneros bacterianos diferentes ou famílias bacterianas diferentes.
[000143]Em algumas modalidades, a quantidade terapeuticamente eficaz ou suficiente de cada uma das (pelo menos uma) populações isoladas ou purificadas de bactérias ou cada uma das (pelo menos) duas, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 11, 12, 13, 14 ou 15 populações isoladas ou purificadas de bactérias das composições de modulador microbiano das modalidades que é administrada a um humano será pelo menos cerca de 1 x 103 células de bactérias ou pelo menos cerca de 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 células (ou qualquer faixa derivável entre esses valores). Em algumas modalidades, uma dose única conterá uma quantidade de bactérias (por exemplo, uma bactéria ou espécie específica, gênero, ou família descrita nesse relatório descritivo) de pelo menos, no máximo ou exatamente 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 células (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de uma bactéria especificada. Em algumas modalidades, uma dose única conterá pelo menos, no máximo ou exatamente 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 células (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de total bactérias. Em modalidades específicas, as bactérias são fornecidas em forma de esporo ou como bactérias esporuladas. Em modalidades particulares, a concentração de esporos de cada população isolada ou purificada de bactérias, por exemplo, de cada espécie, subespécie ou cepa, é pelo menos, no máximo ou exatamente 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107, 1 x 108, 1 x 109, 1 x 1010, 1 x 1011, 1 x 1012, 1 x 1013, 1 x 1014, 1 x 1015 ou mais do que 1 x 1015 (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) esporos bacterianos viáveis por grama de composição ou por dose administrada. Em algumas modalidades, a composição compreende ou o método compreende a administração de pelo menos, no máximo ou exatamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25, 30, 40 ou 50 (ou qualquer faixa derivável entre esses valores) de espécies bacterianas diferentes, gêneros bacterianos diferentes ou famílias bacterianas diferentes.
[000144]Os tratamentos podem incluir várias “doses unitárias”. Uma dose unitária é definida como contendo uma quantidade predeterminada da composição terapêutica. A quantidade a ser administrada, e a via e formulação particulares, fazem parte dos conhecimentos para determinação daqueles habilitados na técnica clínica. Uma dose unitária não precisa ser administrada como uma injeção única, mas pode compreender infusão contínua ao longo de um período de tempo definido. Em algumas modalidades, uma dose unitária compreende uma única dose administrável.
[000145]A quantidade a ser administrada, tanto de acordo com o número de tratamentos quanto pela dose unitária, depende do efeito do tratamento desejado. Subentende-se que uma dose eficaz se refira a uma quantidade necessária para obter um efeito particular. Em algumas modalidades, é contemplado que doses na faixa de 10 mg/kg a 200 mg/kg podem afetar a capacidade protetora desses agentes. Dessa forma, é contemplado que doses incluem doses de cerca de 0,1, 0,5, 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, e 200, 300, 400, 500, 1.000 µg/kg, mg/kg, µg/dia, ou mg/dia ou qualquer faixa derivável desses valores. Além disso, essas doses podem ser administradas várias vezes durante um dia, e/ou em vários dias, semanas ou meses.
[000146]Em algumas modalidades, a quantidade terapeuticamente eficaz ou suficiente de uma composição terapêutica que é administrada a um humano estará na faixa de cerca de 0,01 até cerca de 50 mg/kg de peso corporal do paciente, seja por uma ou mais administrações. Em algumas modalidades, o agente terapêutico usado é cerca de 0,01 até cerca de 45 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 40 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 35 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 30 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 25 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 20 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 15 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 10 mg/kg, cerca de 0,01 até cerca de 5 mg/kg, ou cerca de 0,01 até cerca de 1 mg/kg administrado diariamente, por exemplo. Em algumas modalidades, o agente terapêutico é administrado a 15 mg/kg. No entanto, outros regimes de dosagem podem ser úteis. Em uma modalidade, um agente terapêutico descrito nesse relatório descritivo é administrado a um indivíduo em uma dose de cerca de 100 mg, cerca de 200 mg, cerca de 300 mg, cerca de 400 mg, cerca de 500 mg, cerca de 600 mg, cerca de 700 mg, cerca de 800 mg, cerca de 900 mg, cerca de 1.000 mg, cerca de 1.100 mg, cerca de 1.200 mg, cerca de 1.300 mg ou cerca de 1.400 mg no dia 1 de ciclos de 21 dias. A dose pode ser administrada como uma dose única ou como múltiplas doses (por exemplo, 2 ou 3 doses), por exemplo, infusões. O progresso dessa terapia é facilmente monitorado por técnicas convencionais.
[000147]Em algumas modalidades, a dose eficaz da composição farmacêutica é aquela que fornece um nível sanguíneo de cerca de 1 µM a 150 µM. Em outra modalidade, a dose eficaz fornece um nível sanguíneo de cerca de 4 µM a 100 µM; ou cerca de 1 µM a 100 µM; ou cerca de 1 µM a 50 µM; ou cerca de 1 µM a 40 µM; ou cerca de 1 µM a 30 µM; ou cerca de 1 µM a 20 µM; ou cerca de 1 µM a 10 µM; ou cerca de 10 µM a 150 µM; ou cerca de 10 µM a 100 µM; ou cerca de 10 µM a 50 µM; ou cerca de 25 µM a 150 µM; ou cerca de 25 µM a 100 µM; ou cerca de 25 µM a 50 µM; ou cerca de 50 µM a 150 µM; ou cerca de 50 µM a 100 µM (ou qualquer faixa derivável desses valores). Em outras modalidades, a dose pode fornecer o seguinte nível sanguíneo do agente que resulta de um agente terapêutico sendo administrado a um indivíduo: cerca de, pelo menos cerca de, ou no máximo cerca de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67,
68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ou 100 μM ou qualquer faixa derivável desses valores. Em algumas modalidades, o agente terapêutico que é administrado a um indivíduo é metabolizado no corpo em um agente terapêutico metabolizado, quando então os níveis sanguíneos podem se referir à quantidade daquele agente. Alternativamente, na medida em que o agente terapêutico não é metabolizado por um indivíduo, os níveis sanguíneos discutidos nesse relatório descritivo podem se referir ao agente terapêutico não metabolizado.
[000148]As quantidades precisas da composição terapêutica também dependem da avaliação do profissional e são peculiares para cada indivíduo. Fatores que afetam a dose incluem estado físico e clínico do paciente, a via de administração, o objetivo desejado do tratamento (alívio de sintomas versus cura) e a potência, estabilidade e toxicidade da substância terapêutica particular ou outras terapias que um indivíduo pode estar seguindo.
[000149]Será subentendido por aqueles habilitados na técnica e informado que unidades de dosagem de µg/kg ou mg/kg de peso corporal podem ser convertidas e expressas em unidades de concentração comparáveis de µg/ml ou mM (níveis sanguíneos), por exemplo, 4 µM a 100 µM. Subentende-se também que a captação é espécie- e órgão/tecido-dependente. Os fatores de conversão aplicáveis e pressupostos fisiológicos a serem feitos em relação às medições de captação e concentração são bem conhecidos e permitiriam que aqueles habilitados na técnica convertessem uma medição de concentração em outra e fizessem comparações e conclusões razoáveis em relação às doses, eficácias e resultados descritos nesse relatório descritivo. IV. Métodos para a avaliação de bactérias A. Determinação de gêneros e espécies bacterianos
[000150]Em algumas modalidades, os gêneros ou espécies bacterianos para uso em uma composição terapêutica são como descritos nos Exemplos abaixo.
[000151]Em algumas modalidades, os gêneros ou espécies bacterianos para uso em uma composição terapêutica são aqueles gêneros ou espécies que são comprovadamente prevalentes no microbioma de indivíduos que respondem a uma terapia anticâncer, por exemplo, indivíduos que são responsivos. Em algumas modalidades, os gêneros ou espécies são mais prevalentes no microbioma de um responsivo, comparado com o microbioma de um indivíduo que não responde a uma terapia anticâncer, por exemplo, um não responsivo. Em outras modalidades, os gêneros ou espécies são mais prevalentes no microbioma de um responsivo, comparado com o microbioma de um indivíduo saudável que não possui um câncer e, dessa forma, não foi tratado com uma terapia anticâncer.
[000152]Em algumas modalidades, os gêneros ou espécies bacterianos para uso em uma composição terapêutica são aqueles gêneros ou espécies que comprovadamente são mais abundantes no microbioma de indivíduos que respondem a uma terapia anticâncer, por exemplo, indivíduos que são responsivos. Em algumas modalidades, os gêneros ou espécies são mais abundantes no microbioma de um responsivo, comparado com o microbioma de um indivíduo que não responde a uma terapia anticâncer, por exemplo, um não responsivo. Em outras modalidades, os gêneros ou espécies são mais abundantes no microbioma de um responsivo, comparado com o microbioma de um indivíduo saudável que não possui um câncer e, dessa forma, não foi tratado com uma terapia anticâncer.
[000153]Em algumas modalidades, se um indivíduo é um responsivo a uma terapia anticâncer é determinado como descrito na técnica, por exemplo, por Routy e cols. (Science 2018 359 (6.371): 91-97) ou Gopalakrishnan e cols. (Science 2018; 359 (6.371): 97–103). Em algumas modalidades, o indivíduo é considerado um responsivo se, após tratamento com uma terapia anticâncer, o indivíduo exibe uma resposta completa à terapia, por exemplo, uma remissão completa do câncer. Em outras modalidades, o indivíduo é considerado um responsivo se, após tratamento com uma terapia anticâncer, o indivíduo exibe uma resposta completa à terapia ou uma resposta parcial à terapia, por exemplo, uma redução no tamanho do tumor ou carga tumoral. Em outras modalidades, o indivíduo é considerado um responsivo se, após tratamento com uma terapia anticâncer, o indivíduo exibe uma resposta completa à terapia, uma resposta parcial à terapia, ou uma resposta estável à terapia, por exemplo, o tamanho do tumor ou carga tumoral do indivíduo não aumenta. B. Métodos para a determinação de espécies que são membros da família Ruminococcaceae
1. Ancestral comum mais recente (MRCA)
[000154]Em algumas modalidades, uma espécie bacteriana é um membro da família Ruminococcaceae se a espécie é um descendente filogenético do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. Em certos aspectos, esse grupo de descendentes filogenéticos de MRCA é denominado um grupo “monofilético”.
[000155]Em algumas modalidades, a determinação se uma espécie bacteriana é um descendente de um MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii pode ser realizada com o uso de procedimentos de agrupamento filogenético conhecidos na técnica. Em uma modalidade, pode- se utilizar uma árvore filogenética enraizada com F. prausnitzii, F. plautii e um terceiro táxon de interesse (por exemplo, um táxon a ser classificado), e aplicar os pacotes de análise “Analyses of Phylogenetics and Evolution” (“ape;” https://cran.r- project.org/web/packages/ape/index.html) e “Phylogenetic Tools for Comparative Biology (and Other Things)” (“phytools;” https://cran.r- project.org/web/packages/phytools/index.html) a fim de determinar se o táxon de interesse está na família Ruminococcaceae. Tanto “ape” quanto “phytools” são pacotes escritos na linguagem R para uso no estudo de evolução molecular e filogenética. Os pacotes “ape” e “phytools” fornecem métodos para análise filogenética e evolucionária e seu uso é conhecido por aqueles habilitados na técnica.
[000156]Em algumas modalidades, o seguinte script pode ser usado: library(“ape”) library(“phytools”) input.tree = read.tree(file=“tree_file”) rumino.node = getMRCA(input.tree, c('Faecalibacterium_prausnitzii','Flavonifractor_plautii')) rumino.tree = extract.clade(input.tree, rumino.node) print(rumino.tree$tip.label)
[000157]Em algumas modalidades, após o script ser executado, se o táxon de interesse está na lista impressa, ele é um descendente de um MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii e, em certos aspectos, um membro da família Ruminococcaceae.
[000158]Em outras modalidades, métodos diferentes de agrupamento filogenético conhecidos na técnica podem ser usados para determinar se uma cepa bacteriana é um descendente de um MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii, incluindo métodos que usam pacotes de análise diferentes e que se baseiam em linguagens de programação diferentes.
2. Identidade de sequência 16S rDNA
[000159]Em outras modalidades, uma espécie bacteriana é um membro da família Ruminococcaceae se a espécie possui uma sequência de 16S rDNA com identidade de sequência para sequências de 16S rDNA de espécies já identificadas como um membro da família Ruminococcaceae. Em uma modalidade, a identificação de se uma espécie bacteriana é um membro da família Ruminococcaceae é realizada usando os métodos descritos em Yarza e cols., 2014, Nature Reviews Microbiology 12: 635-645, e Stackebrandt, E. & Ebers, J., 2006, Microbiol. Today 8:6–9, que são aqui incorporados por referência nesse relatório descritivo.
[000160]Em algumas modalidades, a sequência de 16S rDNA é obtida ou determinada para uma espécie bacteriana a ser classificada. Essa sequência de 16S rDNA pesquisada é comparada com sequências de 16S rDNA de espécies bacterianas já classificadas como membros da família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, a sequência de 16S rDNA pesquisada é comparada com as sequências de 16S rDNA listadas na Tabela
11. Em algumas modalidades, a sequência de 16S rDNA pesquisada é comparada com todas as sequências de 16S rDNA conhecidas para espécies bacterianas já classificadas como membros da família Ruminococcaceae. Em outras modalidades, a sequência de 16S rDNA pesquisada é comparada com um subconjunto de todas as sequências de 16S rDNA conhecidas para espécies bacterianas já classificadas como membros da família Ruminococcaceae. Um percentual de identidade entre a sequência pesquisada e as sequências comparadas é determinado. Se o percentual de identidade da sequência pesquisada é determinado estando acima de um limiar definido, então a espécie bacteriana a ser classificada é classificada como membro da família Ruminococcaceae.
[000161]Em algumas modalidades, a identidade de sequência limiar é 94,5%. Em algumas modalidades, a identidade de sequência limiar é 98,7%. Em algumas modalidades, a identidade de sequência limiar é 94,8%. Em algumas modalidades, a identidade de sequência limiar é 94,5%, 94,6%, 94,7%, 94,8%, 94,9%, 95,0%, 95,1%, 95,2%, 95,3%, 95,4%, 95,5%, 95,6%, 95,7%, 95,8%, 95,9%, 96,0%, 96,1%, 96,2%, 96,3%, 96,4%, 96,5%, 96,6%, 96,7%, 96,8%, 96,9%, 97,0%, 97,1%, 97,2%, 97,3%, 97,4%, 97,5%, 97,6%, 97,7%, 97,8%, 97,9%, 98,0%, 98,1%, 98,2%, 98,3%, 98,4%, 98,5%, 98,6%, 98,7%, 98,8%, 98,9% 99,0%, 99,1%, 99,2%, 99,3%, 99,4%, 99,5%. 99,6%, 99,7%, 99,8%, 99,9% ou 100%.
3. Clados que são parte da família Ruminococcaceae
[000162]Em algumas modalidades, as espécies de bactérias podem ser classificadas em um do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135, como mostrado na árvore filogenética na Figura 6. Em algumas modalidades, o clado 101 compreende as espécies bacterianas Flavonifractor plautii, Clostridium orbiscindens, Clostridium sp NML_04A032, Pseudoflavonifractor capillosus, bactéria Ruminococcaceae D16, Clostridium viride, Oscillospira guilliermondii, Oscillibacter sp_G2, Oscillibacter valericigenes, Sporobacter termitidis e Paplillibacter cinnamivorans. Em algumas modalidades, o clado 14 compreende as espécies bacterianas Ruminococcus sp_18P13, Ruminococcus sp_9SE51, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens e Ruminococcus albus. Em algumas modalidades, o clado 126 compreende as espécies bacterianas Ethanoligenens harbinense, Clostridium cellulosi, Acetanaerobacterium elongatum, Clostridium sp_YIT_12070, Clostridium methylpentosum, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, e Anaerotruncus colihominis. Em algumas modalidades, o clado 61 compreende as espécies bacterianas Eubacterium siraeum, Subdoligranulum variabile, Gemmiger formicilis e Faecalibacterium prausnitzii. Em algumas modalidades, o clado 125 compreende as espécies bacterianas Eubacterium coprostanoligenes, Clostridium sp_YIT_12069, Clostridium sporosphaeroides, Clostridium leptum e Ruminococcus bromii. Em algumas modalidades, o clado 135 compreende as espécies bacterianas Eubacterium desmolans, Butyricicoccus pullicaecorum, ou combinações destas.
[000163]Em algumas modalidades, os clados nesse relatório descritivo podem incluir espécies adicionais que são determinadas como sendo parte de qualquer um do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135. Em algumas modalidades, os métodos de agrupamento filogenético descritos nesse relatório descritivo, incluindo os métodos de MRCA e de identidade de sequência para 16S rDNA descritos acima, podem ser usados para determinar se uma espécie adicional pertence a um clado. Em algumas modalidades, uma espécie adicional é classificada como parte de um clado se o 16S rDNA da espécie adicional é pelo menos 97% idêntico ao 16S rDNA das outras espécies no clado. Aqueles habilitados na técnica seriam capazes de usar métodos conhecidos na técnica para determinar se uma espécie é parte de um clado, incluindo métodos descritos nesse relatório descritivo. C. Métodos para determinação de Sequências de 16S rDNA
[000164]Unidades taxonômicas operacionais (OTUs) podem ser identificadas, por exemplo, por sequenciamento do gene de 16S rRNA, por sequenciamento de uma região hipervariável específica desse gene (ou seja, V1, V2, V3, V4, V5, V6, V7, V8 ou V9), ou por sequenciamento de qualquer combinação de regiões hipervariáveis desse gene (por exemplo, V1-3 ou V3- 5). O 16S rDNA bacteriano tem aproximadamente 1.500 nucleotídeos de comprimento e é usado na reconstrução dos relacionamentos evolucionários e similaridade de sequência de um isolado bacteriano para outro usando abordagens filogenéticas. Sequências de 16S rDNA são usadas para construção filogenética, na medida em que são, em geral, altamente conservadas, mas contêm regiões hipervariáveis específicas que abrigam diversidade de nucleotídeos suficiente para diferenciar gêneros e espécies da maioria dos micróbios. Com o uso de técnicas bem conhecidas para determinar uma sequência de 16S rDNA completa ou a sequência de qualquer região hipervariável da sequência de 16S rDNA,
o DNA genômico é extraído de uma amostra bacteriana, o 16S rDNA (região ou regiões hipervariáveis específicas completas) amplificado usando reação em cadeia de polimerase (PCR), os produtos de PCR limpos, e sequências de nucleotídeos delineadas para determinar a composição genética do gene de 16S rDNA ou subdomínio do gene. Se o sequenciamento de 16S rDNA completo é realizado, o método de sequenciamento usado pode ser, sem limitação, sequenciamento de Sanger. Se uma ou mais regiões hipervariáveis são usadas, por exemplo, a região V4, o sequenciamento pode ser realizado, sem limitação, usando o método de Sanger ou usando o método de sequenciamento de nova geração, por exemplo, um método de Illumina (sequenciamento por síntese) usando iniciadores com códigos de barras, o que permite reações multiplex. Em alguns casos, a sequência de 16S rDNA associada a uma OTU, espécie ou cepa de bactérias é um compósito de múltiplas sequências de 16S rDNA abrigadas pela OTU, espécie ou cepa.
[000165]Em algumas modalidades, espécies bacterianas identificadas como descrito nesse relatório descritivo são identificadas por identidade de sequência para sequências de 16S rDNA, como conhecido na técnica e descrito nesse relatório descritivo. Em algumas modalidades, as espécies selecionadas são identificadas por identidade de sequência para sequências de 16S rDNA de comprimento total, como mostrado na Tabela 10.
[000166]Em algumas modalidades, Clostridium_SC64 é identificado por pelo menos 97% de identidade para a sequência de 16S rDNA de comprimento total fornecida como ID. DE SEQ. Nº: 1 ou pelo menos 97% de identidade para uma região variável como, por exemplo, V4. Em algumas modalidades, Blautia_SC102 é identificada por pelo menos 97% para a sequência de 16S rDNA de comprimento total fornecida como ID. DE SEQ. Nº: 2 ou pelo menos 97% de identidade para uma região variável como, por exemplo, V4. Em algumas modalidades, Blautia_SC109 é identificada por sua sequência de 16S rDNA de comprimento total fornecida como ID. DE SEQ. Nº: 3 ou pelo menos 97% de identidade para uma região variável como, por exemplo, V4. Em algumas modalidades, Blautia_SC109 é identificada por sua sequência de 16S rDNA de comprimento total fornecida como ID. DE SEQ. Nº: 4 ou pelo menos 97% de identidade para uma região variável como, por exemplo, V4. V. Métodos para a preparação de uma composição bacteriana para administração a um indivíduo
[000167]Métodos para a produção de composições bacterianas são conhecidos na técnica. Por exemplo, uma composição pode ser produzida geralmente por meio de três processos principais, combinados com um ou mais métodos de misturação. As etapas são: banco de organismos, produção de organismos e conservação.
[000168]Para o banco de organismos, as cepas incluídas na composição bacteriana podem ser, por exemplo, isoladas diretamente de uma amostra, obtida de um estoque armazenado, opcionalmente cultivadas em um ágar nutriente ou em caldo que dá suporte ao crescimento para gerar biomassa viável, e a biomassa opcionalmente conservada em múltiplas alíquotas no armazenamento de longo prazo.
[000169]Estoques de organismos podem ser preparados para armazenamento, por exemplo, por adição de crioprotetores,
lioprotetores e/ou osmoprotetores. Em geral, esses métodos são conhecidos na técnica. VI. Fármacos de imuno-oncologia (imunoterapia) que podem ser usados em conjunto com as composições terapêuticas
[000170]Em algumas modalidades da invenção, a composição terapêutica é um tratamento auxiliar administrado em combinação com um fármaco imunoterápico, geralmente um inibidor do checkpoint imune (por exemplo, um anticorpo, por exemplo, um anticorpo monoclonal). Os termos “inibidor do checkpoint imune”, “bloqueio do checkpoint imune” e “terapia do checkpoint imune” são usados de forma intercambiável. Exemplos desses fármacos imunoterápicos incluem inibidores de PD-1 (por exemplo, nivolumab e pembrolizumab), inibidores de PD-L1 (por exemplo, atezolizumab, avelumab e durvalumab) e inibidores de CTLA-4 (por exemplo, ipilimumab e tremelimumab). Em algumas modalidades, mais de um inibidor do checkpoint é administrado. Como é sabido na técnica, a dosagem de inibidores do checkpoint pode ser repetida, por exemplo, em intervalos de 2-3 semanas, pelo tempo em que o paciente continue a ter uma resposta ou doença estável, ou como de algum outro modo determinado como adequado por aqueles habilitados na técnica.
[000171]Exemplos de cânceres que podem se beneficiar do tratamento com as composições terapêuticas em conjunto com um inibidor do checkpoint, por exemplo, um inibidor de PD- 1, PD-L1 ou CTLA-4 incluem, sem limitação, melanoma metastático, melanoma da pele, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer renal, câncer da bexiga, cânceres da cabeça e pescoço, câncer de pele de célula de Merkel (carcinoma de célula de Merkel) e linfoma de Hodgkin.
VII. Métodos de tratamento
[000172]Em geral, as composições terapêuticas são administradas a um paciente diagnosticado com um câncer, por exemplo, melanoma, por exemplo, melanoma metastizado, em conjunto com um fármaco imunoterápico como, por exemplo, um inibidor do checkpoint, por exemplo, um inibidor de PD-1, PD-L1 ou CTLA-4. Uma composição terapêutica pode ser administrada antes do tratamento com inibidor do checkpoint (por exemplo, inibidor de PD-1/PD-L1 ou inibidor de CTLA-4), por exemplo, pelo menos uma semana, duas semanas ou três semanas antes do tratamento. Em alguns casos, a administração da composição terapêutica é continuada após o início do tratamento com inibidor do checkpoint (por exemplo, inibidor de PD-1/PD-L1 ou CTLA-4). As composições terapêuticas podem ser administradas diariamente, semanalmente ou mensalmente para induzir e/ou manter um microbioma apropriado no trato GI do paciente.
[000173]Antes do início da administração de uma composição terapêutica, o paciente pode ser submetido a tratamento antibiótico (por exemplo, com vancomicina, neomicina, rifaximina, ou outro antibiótico) e/ou a uma limpeza do intestino. Em alguns casos, o antibiótico é um antibiótico não absorvível ou minimamente absorvível. Em alguns casos, não é realizada nenhuma preparação do intestino. Essa preparação pode aumentar a velocidade e ou a eficácia do enxerto de uma ou mais espécies nas composições terapêuticas que estão associadas a um aumento da eficácia do inibidor do checkpoint (por exemplo, inibidor de PD-1/PD- L1). VIII. Modelos para testagem
[000174]Modelos animais adequados para testagem da eficácia de uma composição de microbioma para uso em imunoterapia são conhecidos na técnica, por exemplo, como descrito em Cooper e cols. (2014, Cancer Immunol. Res. 2: 643-654) e Gopalakrishnan e cols. (2018, Science 359 (6.371): 97-103) com o uso da linhagem de célula BP, e revisado em Li e cols. (2017, Pharmacol & Therapeutics, dx.doi.org/10.1016/j.pharmthera.2017.02.002). Outros modelos úteis incluem modelos em camundongo livres de germes (por exemplo, Matson e cols. Science 359: 104-108 (2018), Routy e cols. Science 59 (6.371): 91-97 (2018)). IX. Formulações
[000175]Uma composição terapêutica de microbioma para imuno-oncologia para uso como descrito nesse relatório descritivo pode ser preparada e administrada com o uso de métodos conhecidos na técnica. Em geral, as composições são formuladas para liberação oral, colonoscópica ou nasogástrica, embora qualquer método apropriado possa ser usado.
[000176]Uma formulação que contém uma composição terapêutica pode conter um ou mais excipientes farmacêuticos adequados para a preparação dessas formulações. Em algumas modalidades, a formulação é uma formulação líquida. Em algumas modalidades, uma formulação que compreende as composições terapêuticas pode compreender um ou mais de tensoativos, adjuvantes, tampões, antioxidantes, ajustadores da tonicidade, espessantes ou modificadores viscosidade e semelhantes.
[000177]Em algumas modalidades, o tratamento inclui a administração das composições terapêuticas em uma formulação que inclui um carreador farmaceuticamente aceitável. Em algumas modalidades, o excipiente inclui uma cápsula ou outro formato adequado para o fornecimento das composições terapêuticas como uma forma de dosagem oral. Quando um excipiente serve como um diluente, ele pode ser um material sólido, semi-sólido ou líquido, que atua como um veículo, carreador ou meio para o ingrediente ativo. Dessa forma, as formulações podem estar na forma de comprimidos, pílulas, pós, losangos, sachês, pastilhas, elixires, suspensões, emulsões, soluções, xaropes, cápsulas macias ou duras, supositórios ou pós embalados.
[000178]Alguns exemplos de excipientes adequados incluem lactose, dextrose, sacarose, sorbitol, manitol, amidos, goma acácia, fosfato de cálcio, alginatos, tragacanto, gelatina, silicato de cálcio, celulose microcristalina, polivinilpirrolidona, celulose, água, xarope, polietileno glicol, glicerol e metil celulose. As composições podem ser formuladas de modo a fornecer liberação rápida, sustentada ou retardada do ingrediente ativo após administração ao paciente por emprego de procedimentos conhecidos na técnica.
[000179]Em algumas modalidades, a composição terapêutica pode ser incorporada em um produto alimentício. Em algumas modalidades, o produto alimentício é uma bebida para administração oral. Exemplos não limitantes de uma bebida adequada incluem suco de frutas, uma bebida de frutas, uma bebida flavorizada artificialmente, uma bebida adocicada artificialmente, uma bebida carbonada, uma bebida esportiva, um produto lácteo líquido, um shake, uma bebida alcoólica, uma bebida cafeinada, uma fórmula para bebê e assim por diante. Outros meios adequados para administração oral incluem soluções, emulsões, suspensões e soluções e/ou suspensões aquosas e não aquosas reconstituídas de grânulos não efervescentes, que contêm pelo menos um de solventes, conservantes, agentes emulsificantes, agentes de suspensão, diluentes, adoçantes, agentes colorantes e agentes flavorizantes adequados.
[000180]Em algumas modalidades, o produto alimentício é um gênero alimentício sólido. Exemplos adequados de um gênero alimentício sólido incluem, sem limitação, uma barra de alimento, uma barra energética, um biscoito, um brownie, um muffin, uma bolacha, uma barra de sorvete, uma barra de iogurte congelada e semelhantes.
[000181]Em algumas modalidades, as composições terapêuticas são incorporadas em um alimento terapêutico. Em algumas modalidades, o alimento terapêutico é um alimento pronto para usar que opcionalmente contém alguns ou todos os macronutrientes e micronutrientes essenciais. Em algumas modalidades, as composições reveladas nesse relatório descritivo são incorporadas em um alimento suplementar que é projetado para ser misturado em uma refeição existente. Em algumas modalidades, o alimento suplementar contém alguns ou todos os macronutrientes e micronutrientes essenciais. Em algumas modalidades, as composições bacterianas reveladas nesse relatório descritivo são misturadas com ou adicionadas a um alimento existente para fortificar a nutrição de proteína do alimento. Exemplos incluem alimentos básicos (grãos, sal, açúcar, óleo de cozinha, margarina), bebidas (suco, café, chá, refrigerante, cerveja, licor, bebidas esportivas), lanches, doces e outros alimentos.
[000182]As composições terapêuticas podem ser formuladas em uma forma de dosagem unitária. Em geral, uma dosagem compreende cerca de 1 x 102 a 1 x 109 unidades formadoras de colônias viáveis (CFU). O termo “formas de dosagem unitárias” se refere às unidades fisicamente distintas adequadas como dosagens unitárias para indivíduos humanos e/ou outros mamíferos, cada unidade contendo uma quantidade predeterminada de material ativo calculada para produzir o efeito terapêutico desejado, em associação com um excipiente farmacêutico adequado. Uma dosagem pode ser administrada em múltiplos veículos de liberação, por exemplo, múltiplas pílulas, cápsulas, gêneros alimentícios ou bebidas.
[000183]A quantidade e frequência de administração das composições terapêuticas a um paciente podem variar dependendo da composição específica que está sendo administrada, do objetivo da administração (por exemplo, profilaxia ou terapia), do estado do paciente, da forma de administração e semelhantes. Em aplicações terapêuticas, as composições podem ser administradas a um paciente que já sofre de uma doença em uma quantidade suficiente para curar ou pelo menos interromper ou mitigar parcialmente os sintomas da doença e suas complicações. Uma dose eficaz pode depender da condição de doença que está sendo tratada, bem como da avaliação do médico assistente, dependendo de fatores como, por exemplo, da gravidade da doença, da idade, do peso e condição geral do paciente e semelhantes.
[000184]Em algumas modalidades, pelo menos uma dose da composição terapêutica é administrada pelo médico assistente ou por uma pessoa que atua em nome do médico assistente. Em algumas modalidades, o indivíduo pode se autoadministrar algumas ou todas as doses subsequentes. Em outras modalidades, todas as doses da composição terapêutica são administradas pelo médico assistente ou por uma pessoa que atua em nome do médico assistente. Nessas modalidades, antes da administração de uma primeira dose da composição terapêutica, o médico assistente ou uma pessoa que atua em nome do médico assistente pode administrar um tratamento antibiótico e/ou uma limpeza do intestino.
[000185]A dosagem pode se referir, por exemplo, ao número total de unidades formadoras de colônias viáveis (CFUs) de cada espécie ou cepa individual; ou pode se referir ao número total de micro-organismos na dose. Subentende-se na técnica que a determinação do número de organismos em uma dosagem não é exata e pode depender do método usado para determinar o número de organismos presentes. Se a composição inclui esporos, por exemplo, o número de esporos em uma composição pode ser determinado usando um ensaio de ácido dipicolínico (Fichtel e cols., 2007, FEMS Microbiol. Ecol., 61: 522-32). Em alguns casos, o número de organismos é determinado usando um ensaio de cultura.
[000186]Doses eficazes podem ser extrapoladas de curves de dose-resposta derivadas de sistemas de teste in vitro ou em modelo animal. X. Métodos de identificação de um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma
[000187]Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b)
determinação da prevalência ou abundância dos gêneros ou gêneros selecionados de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes.
Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência ou abundância dos gêneros ou gêneros selecionados de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes.
Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma se a amostra do microbioma compreende um ou mais dos gêneros Alistipes,
Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma , os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma se a amostra do microbioma compreende um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes.
[000188]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
[000189]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as espécies bacterianas podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[000190]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis,
Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas. Em algumas modalidades, o indivíduo pode ser determinado como sendo um candidato para tratamento anticâncer se pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas estão presentes na amostra do microbioma.
[000191]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende uma ou mais das espécies de bactérias em um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135.
[000192]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em outras modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para tratamento anticâncer, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para tratamento anticâncer se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
[000193]Em algumas modalidades, indivíduos que são identificados como candidatos para o tratamento anticâncer são identificados como candidatos para o tratamento com um inibidor do checkpoint. Em algumas modalidades, o inibidor do checkpoint pode ser um anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti-CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1, ou combinações destes. Em algumas modalidades, o inibidor do checkpoint pode ser, por exemplo, pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab ou ipilimumab, ou outros inibidores do checkpoint conhecidos na técnica. Em outras modalidades, os inibidores do checkpoint podem ser, por exemplo, pidilizumab, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558, MK-3475, CT O11, MPDL3280A, MEDI- 4736, MSB-0020718C, AUR-012, LAG-3, inibidores de OX40, inibidores de OX40L, inibidores de TIGIT STI-A1010, ou combinações destas. Em outras modalidades, o indivíduo pode ser um candidato para o tratamento com ciclofosfamida. Em algumas modalidades, a terapia do checkpoint imune compreende monoterapia de bloqueio do checkpoint imune. Em algumas modalidades, a terapia do checkpoint imune compreende terapia combinada de bloqueio do checkpoint imune. XI. Métodos de identificação de doadores de FMT
[000194]Os requerentes descobriram que certos perfis do microbioma, por exemplo, famílias, gêneros e/ou espécies, estão associados com desfechos melhores na terapia com um inibidor do checkpoint. Consequentemente, em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum, ou combinações destes. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a)
obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, ou combinações destes. Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides, ou combinações destes.
[000195]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
[000196]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as espécies bacterianas podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[000197]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides,
Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1
1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp. W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp. An92, Flavonifractor sp. An91, Flavonifractor sp. An306, Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas. Em algumas modalidades, o doador potencial pode ser determinado como sendo um doador para transferência de matéria fecal se pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas estão presentes na amostra do microbioma.
[000198]Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a)
obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais das espécies de bactérias em um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez ou onze espécies do clado
101. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro, cinco ou seis, espécies do clado 14. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro, cinco, seis ou sete espécies do clado 126. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três ou quatro espécies do clado 61. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro ou cinco espécies do clado 125. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma ou duas espécies do clado 135.
[000199]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
[000200]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae. Em algumas modalidades, as espécies bacterianas podem ter identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
[000201]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009), ou combinações destas.
Em algumas modalidades, o doador potencial pode ser determinado como sendo um doador para transferência de matéria fecal se pelo menos duas, três, quatro, cinco ou mais das espécies listadas estão presentes na amostra do microbioma.
[000202]Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais das espécies de bactérias em um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro, cinco, seis, sete, oito, nove, dez ou onze espécies do clado 101. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro, cinco ou seis, espécies do clado 14. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro, cinco, seis ou sete espécies do clado 126. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três ou quatro espécies do clado 61. Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma, duas, três, quatro ou cinco espécies do clado 125. Em algumas modalidades, as composições terapêuticas compreendem uma quantidade eficaz de uma ou duas espécies do clado 135.
[000203]Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
Em outras modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
Em algumas modalidades, são fornecidos métodos de seleção de doadores cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, os métodos compreendendo: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis, ou combinações destas.
[000204]Abaixo estão exemplos de modalidades específicas para realização da presente invenção. Os exemplos são oferecidos apenas para fins ilustrativos, e não visam limitar o escopo da presente invenção de forma alguma. Foram feitos esforços para assegurar a precisão com relação aos números usados, mas algum erro e desvio experimentais, evidentemente, devem ser permitidos. XII. EXEMPLOS Exemplo 1: Definição do perfil taxonômico
[000205]Os dados brutos do sequenciamento metagenômico completo (WMS) de Gopalakrishnan e cols. (Science 2018; 359: 97–103) foram obtidos e analisados como descrito nesse relatório descritivo. Como descrito em Gopalakrishnan e cols., supra, as sequências de WMS foram geradas usando amostras fecais do microbioma de pacientes com melanoma metastático que foram classificados como responsivos ou não responsivos a um inibidor do checkpoint. As classes de indivíduos responsivos e não responsivos foram determinadas como descrito em Gopalakrishnan e cols. Os conjuntos de dados brutos foram pré-processados seguindo as diretrizes definidas pelo “Human Microbiome Project”. A análise pré- processamento foi usada para realizar análise de erro e remoção de sequências de baixa qualidade e outros dados indesejáveis, por exemplo, sequências presentes de etapas de amplificação por PCR. Perfis taxonômicos no nível de espécie de cada amostra de WMS foram obtidos usando uma suíte de softwares MetaPhlAn2 (por exemplo, Truong e cols., Nature Meth. 12: 902-903, 2015). Resumidamente, MetaPhlAn2 é uma ferramenta de software que alinha cada amostra a uma base de dados de referência curada de genes marcadores, cada um deles sendo único para uma espécie bacteriana. A base de dados de referência contém mais de um milhão de genes marcadores, representando mais do que sete mil espécies bacterianas. A diversidade alfa, ou seja, uma medida da riqueza de espécies, de 16S rDNA para responsivos (R) e não responsivos (NR) é mostrada na Figura 1. Exemplo 2: Sumário de tipos de dados e métodos de análise de dados
[000206]Os dados de abundância foram obtidos após definição do perfil dos dados de WMS. Para certa amostra, a soma das abundâncias de todas as espécies totaliza 100. Os dados de prevalência são diferenciados de modo que as espécies sejam analisadas apenas como estando presentes ou ausentes. Esse é um tipo de dados de população ampla, o que significa que eles só podem ser avaliados para um conjunto de amostras, e não individualmente para uma certa amostra. Por exemplo, a prevalência de uma espécie que aparece em 4 de 10 responsivos é de 40%. A abundância normalizada por quantil é um procedimento que era usado para padronizar dados de microarranjo. Através de conjuntos de dados, os valores de abundância estimados de certa espécie podem levar a uma interpretação diferente por várias razões, incluindo artefatos técnicos decorrentes de diferenças no processamento da amostra. A abordagem de normalização por quantil reatribui valores de abundância de uma espécie considerando a distribuição de abundâncias daquela espécie em um conjunto de amostras de fundo (nesse caso, não responsivos). O valor normalizado é a percentagem de amostras de fundo que possuem uma abundância menor ou igual à abundância da certa espécie naquela amostra. Um gráfico vulcão de resultados de uma análise de prevalência diferencial é mostrado na Figura 2.
[000207]Como o uso desses três tipos de dados, quatro métodos analíticos foram usados para gerar conjuntos de dados independentes: teste exato de Fisher, Regressão de Lasso, análise Random Forest e Análise Discriminante Linear. Essas abordagens analíticas são resumidamente descritas abaixo. Uma tabela que resume características cruciais dos métodos é fornecida na Tabela 9.
[000208]O teste exato de Fisher é um teste para uma diferença na distribuição de variáveis categóricas. Os requerentes aplicaram essa análise para testar diferenças na prevalência de espécies entre responsivos e não responsivos, considerando o número de amostras encontradas em cada grupo. Por exemplo, uma espécie que ocorre em 8/12 amostras de responsivos teria uma prevalência de 67%. A significância estatística é calculada entre a prevalência de responsivos e não responsivos com Base no mesmo tamanho de cada grupo.
[000209]A Regressão de Lasso é diferente da regressão simples, em que um efeito é atribuído a cada característica no conjunto de dados (por exemplo, abundância e/ou prevalência da espécie). Ao contrário, a Regressão de Lasso tenta minimizar pequenos efeitos a fim de reter a menor coleção de características que possuem o maior impacto sobre o desfecho, usando uma abordagem de regularização L1. Essa abordagem tenta evitar o sobreajuste dos dados para todas as variáveis possíveis no conjunto de dados e, ao invés disso, leva a resultados mais interpretáveis.
[000210]O classificador Random Forest é um algoritmo baseado nos resultados de muitas árvores de decisão. Em uma única árvore de decisão, são selecionadas iterativamente as características que melhor separam amostras em categorias de responsivos e não responsivos, até que todas as características sejam utilizadas. No caso de dados de prevalência, essas características poderiam ser presença ou ausência de certa espécie, em que a presença de uma única espécie pode ser preferencialmente associada com amostras de responsivos, ou vice-versa. Na medida em que uma única árvore de decisão tipicamente sobreajusta dados e não produz resultados robustos, no seu lugar são frequentemente usados Random Forests. Um classificador Random Forest se baseia em muitas árvores de decisão diferentes, em que cada árvore só utiliza um subconjunto dos dados disponíveis, por exemplo, deixando de fora aleatoriamente 20% das espécies observadas para cada árvore. Em alguns casos, um subconjunto das amostras é usado para treinamento do Random Forest. Dessa forma, o classificador Random Forest aprende quais sinais são os mais fortes através de todas as características e amostras possíveis.
[000211]A Análise Discriminante Linear (LDA) é um método que tenta encontrar uma combinação linear de características que separa amostras em dois ou mais desfechos. Por exemplo, em uma representação de escala multidimensional (MDS) da dissimilaridade de Bray-Curtis entre amostras, o método pode ser aplicado para identificar as espécies que distinguem amostras de responsivos de amostras de não responsivos. Em função do tamanho de amostra limitado dos dados disponíveis, e para fornecer informação adicional que possa estar presente em um conjunto maior de amostras saudáveis de fundo, essa abordagem foi aplicada aos dados como embutida em aproximadamente 200 amostras de doadores saudáveis como coletadas no “Human Microbiome Project” (HMP). Isso foi feito por cálculo da dissimilaridade de Bray-Curtis entre todas as amostras de WMS e HMP. LDA foi então usada para gerar uma linha de classificação para separar amostras de responsivos e de não responsivos nos dados como embutida no gráfico de MDS combinado (Figura 3). Além disso, dados de espécies mapeados em um gráfico de diversidade beta demonstra que Ruminococcaceae estão geralmente associadas a pacientes classificados como responsivos (Figura 4).
[000212]Pode então ser avaliada uma classificação da significância da associação de táxons para o estado de responsivo e não responsivo com base em sua distância da linha de classificação, em que táxons que estão mais distantes da linha (por exemplo, dirigindo o sinal de separação entre R e NR) recebem uma pontuação maior. A fim de atenuar a significância de espécies raras que são encontradas em muitas poucas amostras, a pontuação foi modificada por sua multiplicação pelo log da prevalência das espécies nos dados reunidos em pool. O efeito dessa modificação final é que espécies com prevalência muito baixa recebem uma pontuação de significância menor. Pelo fato de que essa lista não estabelece valor de corte limiar para estatística de significância, examinamos as pontuações em um gráfico no estilo quantil-quantil e selecionamos o ponto de inflexão das pontuações como o valor de corte. Exemplo 3: Desenvolvimento de resultados agregados e classificações com base em análise da média geométrica penalizada
[000213]Após obtenção de uma lista classificada de espécies de acordo com os vários métodos e tipos de dados acima, foi desenvolvido um método de agregação das classificações que preenche as seguintes propriedades: espécies que estão significantemente associadas com resposta receberam classificações superiores, espécies que foram encontradas significantemente associadas com resposta através de vários métodos receberam classificações superiores, comparado com espécies que foram encontradas significantemente associadas em apenas um ou dois métodos, e as classificações finais de espécies eram robustas para pontos fora da curva potenciais em classificações por método individual. As primeiras duas propriedades são intuitivas, na medida em que espécies que estão identificadas como significantes usando múltiplos algoritmos e tipos de dados têm maior probabilidade de representar um sinal real e robusto. Como algoritmos diferentes podem retornar um número diferente de espécies significantemente associadas, a terceira propriedade foi incluída para minimizar a penalidade para classificações baseadas exclusivamente em espécies significantemente associadas. Os resultados agregados das listas classificadas gerados pelos métodos de análise alternativos estão nas Tabelas 1-2.
[000214]Uma abordagem de média geométrica penalizada foi desenvolvida para gerar os resultados agregados. Para cada espécie, a média geométrica foi calculada a partir de suas classificações através de todos os métodos nos quais foi identificada. A média geométrica é definida como o produto de todos os valores n, seguido por tomada da na raiz. Por exemplo, para o “Exemplo de espécie 1” que foi identificado em três dos quatro métodos, a média geométrica de (1, 2, 10) seria (1 x 2 x 10)(1/3) = 2,71. Essa média geométrica é robusta para pontos fora da curva, mas é susceptível a viés para certos conjuntos de dados, por exemplo, “Exemplo de espécie 2” ao invés de aparecer em todos os quatro métodos de análise com classificações 1, 2, 2, 20 através dos quatro métodos de análise (1, 2, 2, 20), na medida em que (1 x 2 x 2 x 20)^(1/4) = 2,99. Usando essa abordagem, o Exemplo de espécie 1, com um valor de 2,71 teria uma classificação superior ao Exemplo de espécie 2 em função de sua pontuação menor da média geométrica, embora essa abordagem não leve em conta o aspecto da prevalência da análise e o fato de que o Exemplo de espécie 1 não foi identificado em um dos quatro métodos de análise.
[000215]Para levar em conta essa discrepância, as pontuações foram penalizadas pelo quadrado do número de métodos nos quais certa espécie não é encontrada. Essas pontuações agregadas são então classificadas da menor para a maior, com as menores pontuações atribuídas às espécies para as quais temos a maior confiança. Dessa forma, preferencialmente foram atribuídas pontuações melhores àquelas espécies que são identificadas como significantes por vários métodos diferentes. As classificações agregadas finais podem ser encontradas nas Tabelas 1-2.
[000216]Essas análises demonstram que a análise in silico de dados do microbioma humano pode ser usada para identificar gêneros e espécies de bactérias associadas a uma resposta a um inibidor do checkpoint. Consequentemente, espécies identificadas como fornecidas nesse relatório descritivo são úteis em composições para aumento da eficácia de um tratamento com inibidor do checkpoint. Exemplo 4: Estudos de validação adicionais
[000217]Vários estudos relataram várias assinaturas díspares do microbioma do GI para indivíduos que possuem uma resposta aumentada a um inibidor do checkpoint. Os requerentes efetuaram uma análise adicional dos dados relatados em Gopalakrishnan e cols., 2018 para determinar se poderia ser detectada uma assinatura que fosse útil para a identificação de material fecal de doador que provavelmente fosse eficaz para a preparação de uma composição de microbioma útil como uma terapia auxiliar para o tratamento de pacientes que recebem terapia com inibidor do checkpoint.
[000218]É desejável que a detecção da assinatura possua um tempo de resposta rápido e possa ser implementada, por exemplo, como um diagnóstico por qPCR. A validação da assinatura com o uso de um coorte adicional de pacientes selecionados pelo laboratório do Dr. Jennifer Wargo usando os mesmos critérios para a seleção de pacientes e identificação do estado de doença que em Gopalakrishnan e cols. (2018) foi então realizada. Termos e abreviações
[000219]Os seguintes termos e abreviações são usados no Exemplo 4: - Sistema de clado: Um sistema interno de classificação numerada baseado no conceito de clados, ou seja, um grupo de organismos relacionados que representam todos os descendentes filogenéticos de um ancestral comum. - RECIST: Critérios de avaliação de resposta em tumores sólidos.
Um conjunto de diretrizes para determinar a resposta de tumores à terapia. - refOTU: Um sistema de classificação interno de sequências de 16S rDNA atribuído a taxonomias específicas que é derivado de NCBI e fontes internas. - Responsivos e não responsivos: Não responsivos incluem pacientes dentro da categoria RECIST de doença progressiva pela, enquanto responsivos incluem pacientes nas categorias RECIST de doença estável, resposta parcial e resposta completa. - Curva ROC: Curva de característica de operação do receptor.
Um gráfico que exibe a taxa de positivos verdadeiros e falso-positivos de um classificador binário, na medida em que a definição do classificador é variada. - OTU (Unidade Taxonômica Operacional): Uma definição operacional de um grupo de organismos intimamente relacionados fora da Taxonomia Lineana tradicional. - Silva: Uma base de dados amplamente usada de sequências de rDNA e suas classificações (https://www.arb- silva.de/). - USEARCH: Uma suíte de sequência algoritmos de pesquisa e agrupamento desenvolvida por R.
Edgar. - Tipos Wargo: Gopalakrishnan e cols. (2018) dividiram os pacientes em dois tipos de microbioma: Tipo 1 (enriquecido em Clostridiales) incluía somente responsivos, enquanto o Tipo 2 (enriquecido em Bacteroidales) incluía uma mistura de responsivos e não responsivos.
A. Materiais e métodos
1. Aquisição de dados de sequências
[000220]Os dados do sequenciamento de 16S NGS fecal humano (Illumina MiSeq) de 43 pacientes (30 responsivos e 13 não responsivos) do estudo de Gopalakrishnan e cols. (2018) foram baixados do “European Nucleotide Archive” (ENA) do “European Bioinformatics Institute” (EBI) (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218758, Experimento: ERX2218758, Projeto: PRJEB22894). Dados adicionais do sequenciamento de 16S NGS fecal humano (Illumina MiSeq) foram obtidos do segundo coorte de 69 pacientes (39 responsivos e 30 não responsivos).
2. Caracterização do perfil taxonômico de dados da sequência de 16S por meio de USEARCH
[000221]Tanto os dados publicados quanto os dados de validação foram processados por meio do canal baseado em Seres USEARCH. As leituras foram mescladas usando USEARCH Versão 7.0.1090 (Edgar 2010, 2013) permitindo quatro erros de pareamento por ≥ 50 bases. Anotações taxonômicas foram atribuídas às leituras da sequência de 16S V4 usando o algoritmo de USEARCH Versão 7.0.1090 (Edgar, 2010, 2013). O algoritmo de USEARCH foi parametrizado para maximizar a retenção de dados da leitura de sequência e para retornar a taxonomia ótima. A atribuição de Unidade Taxonômica Operacional (OTU) com base em dados da sequência de 16S V4 é limitada pela quantidade de informação nos aproximadamente 254 pares de bases que compreendem esse domínio de rDNA. Para obter conteúdo de informação máximo das sequências de 16S V4, os requerentes desenvolveram um sistema proprietário de mapeamento de clados baseado na habilidade da região 16S
V4 para distinguir confiavelmente grupos (clados) de organismos relacionados. Esse sistema foi usado para definir o clado filogenético que pode ser definitivamente atribuído a certa OTU. Como discutido nesse relatório descritivo, clados fornecem uma resolução que é mais do que designação de gênero, mas tipicamente menos do que espécie. Esses clados definem o grupo de espécies bacterianas que não são confiavelmente distinguidas umas das outras usando o ensaio de sequenciamento de 16S V4, mas podem ser distinguidas de outras espécies bacterianas em outros clados. De forma importante, enquanto a designação precisa de espécie frequentemente não é possível com dados de 16S V4, a determinação consistente do número de OTUs distintas dentro de certo clado é robusta usando os algoritmos aqui relatados.
3. Análise estatística
[000222]Testes U de Mann-Whitney foram realizados em dados contínuos ou baseados em números inteiros (por exemplo, abundância relativa, diversidade de espécies), enquanto testes exatos de Fisher foram realizados em dados categóricos (por exemplo, Tipos Wargo). Todos os valores-p foram corrigidos para comparações múltiplas usando o método de Benjamini-Hochberg. B. Resultados e análise
1. Microbiomas Tipo 1 são enriquecidos em Clostridia, enquanto microbiomas Tipo 2 são enriquecidos em Bacteroidia
[000223]Gopalakrishnan e cols. (2018) subdividiram os pacientes em dois tipos de microbioma: Tipo 1 (enriquecido em Clostridiales), que incluía apenas pacientes definidos pelos autores como responsivos, e Tipo 2 (enriquecido em Bacteroidales), que incluía uma mistura de responsivos e não responsivos. Um canal baseado em USEARCH e uma classificação no nível de gênero baseada em NCBI foram usados para verificar essas diferenças composicionais nos dados de sequenciamento de 16S publicados. Táxons maiores diferencialmente prevalentes nos níveis de classe e família foram identificados entre pacientes do Tipo 1 e Tipo 2 usando um teste U de Mann-Whitney ajustado para comparações múltiplas em cada nível taxonômico usando o método de Benjamini-Hochberg. Pacientes do Tipo 1 eram enriquecidos para Clostridia, particularmente as famílias Ruminococcaceae, Lachnospiraceae, Clostridiaceae e Catabacteriaceae, enquanto pacientes do Tipo 2 eram enriquecidos em Bacteroidia (Tabela 12). Esse enriquecimento era similar àquele identificado em Gopalakrishnan e cols. (2018) Tabela S5. Tabela 12. Microbiomas Tipo 1 são enriquecidos em Clostridia, enquanto microbiomas Tipo 2 são enriquecidos em Bacteroidia. Todos os táxons no nível de classe e família significantemente enriquecidos em um dos tipos são mostrados abaixo. Testes U de Mann-Whitney foram realizados para cada táxon, e ajustados para comparações múltiplas em cada nível taxonômico usando o método de Benjamini-Hochberg. Nível Táxon Enriquecimento Valor-P Valor-P ajustado Classe Bacterioidia Tipo 2 1,4 x 10-9 2,6 x 10-8 Classe Clostridia Tipo 1 2,3 x 10-7 2,2 x 10-6 Família Ruminococcaceae Tipo 1 0,0019 0,0068 Família Lachnospiraceae Tipo 1 0,00098 0,0046 Família Clostridiaceae Tipo 1 5,5 x 10-5 0,00076 Família Catabacteriaceae Tipo 1 0,00045 0,0032
2. Abundância relativa de Ruminococcaceae, Clostridia e Bacteroidia são os preditores de resposta mais fortes
[000224]Correlações potenciais de eficácia do checkpoint foram então avaliadas por comparação direta com resposta, ao invés de tipo. Tanto o tipo Wargo quanto a diversidade de espécies de Clostridia foram avaliados com base em achados em Gopalakrishnan e cols. (2018), e na abundância relativa de Clostridia, Bacteroidia e Ruminococcaceae com base na análise acima. A abundância relativa de Clostridiaceae e Lachnospiraceae não foi adicionalmente avaliada, já que seu sinal parecia ser dirigido por abundâncias elevadas em um pequeno número de amostras. Para cada correlação potencial, foi feito um teste estatístico para determinar se havia uma diferença significante entre responsivos e não responsivos (Tabela 13). O teste específico foi determinado por se a correlação era categórica (teste exato de Fisher) ou numérica (teste U de Mann-Whitney). A abundância relativa de Ruminococcaceae, Clostridia e Bacteroidia, e o tipo Wargo, todos, diferiam significantemente (p < 0,05) entre responsivos e não responsivos, enquanto a diversidade de Clostridia (em OTUs) não diferiu.
[000225]A seguir, para cada correlação potencial, foi desenvolvido um sistema de classificação binária no qual o valor de corte ótimo foi escolhido para separar responsivos de não responsivos com base, primeiramente, na maximização da especificidade (até 100% se possível) e depois maximização da sensibilidade usando gráficos de barras (Figura 5, Tabela 13). As abundâncias relativas de Ruminococcaceae, Clostridia e Bacteroidia foram, todas, preditores de resposta mais sensíveis do que o tipo Wargo (54-57% vs. 37%, respectivamente), mostrando que sistemas de classificação baseados na abundância relativa poderiam capturar mais responsivos do que aqueles baseados no tipo Wargo. Consequentemente, o uso da abundância relativa pode ser feito como uma métrica aprimorada para a identificação de amostras que são as mais associadas com responsivos. Tabela 13. Foi verificado que as abundâncias relativas de Ruminococcaceae, Clostridia e Bacteroidia são os preditores de resposta mais fortes à terapia de checkpoint. A associação de cada característica do microbioma analisada com resposta é mostrada abaixo, juntamente com o teste estatístico usado. A sensibilidade e especificidade de cada como um classificador binário também são mostradas; o valor de corte para classificação binária é mostrado entre parênteses após o microbioma característica. OTUs foram baseadas em USEARCH e taxonomia designada como descrito. M-W U: teste U de Mann- Whitney. Característica do Teste para Associação Sensibilidade Especificidade microbioma (valor associação com como como de corte do com resposta classificador classificador classificador) resposta (valor-p) binário binário** Tipos Wargo (I e de Fisher 0,019* 37% 100% II) Diversidade de M-W U 0,024* 47% 92% Clostridia (≥ e < 90 16S OTUs) Abundância relativa M-W U 0,0032* 50% 100% de Clostridia (≥ e < 32%) Abundância relativa M-W U 0,00026* 60% 100% de Ruminococcaceae (≥ e < 9,5%) Abundância relativa M-W U 0,0020* 50% 100% de Bacteroidia (≤ e > 57%) * significante em nível de p < 0,05 ** o limiar do classificador foi ajustado primeiro maximizando-se a especificidade (até 100% se possível) e depois maximizando-se a sensibilidade
3. Definição filogenética de Ruminococcaceae aumenta a sensibilidade para detectar responsivos
[000226]O exame específico de táxons designados aos Ruminococcaceae por NCBI no contexto de uma árvore filogenética derivada de sequências de 16S rDNA indica que alguns táxons são classificados erroneamente com relação aos Ruminococcaceae.
A Figura 6 exibe uma árvore filogenética de Ruminococcaceae derivada de sequências de 16S rDNA de NCBI RefSeq e cepas sequenciadas da coleção de cepas de Seres.
Táxons em cinza foram listados na taxonomia de NCBI como não pertencendo aos Ruminococcaceae; consequentemente, a classificação baseada em NCBI claramente não é consistente com a filogenia.
Os requerentes, portanto, empreenderam o desenvolvimento de uma definição de Ruminococcaceae que é mais indicativa de relacionamentos evolucionários verdadeiros usando um sistema de classificação interno de base filogenética (especificamente, clados 14, 61, 101, 125, 135). O Clado 13, tradicionalmente classificado como Ruminococcaceae, foi deixado de fora da definição de Ruminococcaceae para fins de análise de microbiomas de responsivos e não responsivos, pois o clado era altamente divergente do resto dos Ruminococcaceae (Figura 6). A abundância relativa de Ruminococcaceae baseada em Clado foi significantemente associada com resposta (p = 0,00078, teste U de Mann-Whitney) e foi mais sensível do que a definição baseada em NCBI (67%) mantendo, ao mesmo tempo, 100% de especificidade (Tabela 14, Figura 7). Além disso, o limiar foi aumentado de 9,5% para 12% usando a definição baseada em clado, pois um número maior de espécies de Ruminococcaceae foi detectada pela definição baseada em clado, resultando em abundâncias maiores por amostra.
Estudos posteriores, portanto, usaram a definição filogenética, baseada em clado,
de Ruminococcaceae. Tabela 14. Uma definição baseada em clado de Ruminococcaceae é mais sensível na classificação de responsivos do que uma definição baseada em NCBI. Uma associação de cada característica do microbioma analisada com resposta é mostrada abaixo, juntamente com o teste estatístico usado. A sensibilidade e especificidade de cada classificador binário também são mostradas; o valor de corte para classificação binária é mostrado entre parênteses após o microbioma característica. OTUs foram baseadas em USEARCH e taxonomia designada como descrito. M-W U: teste U de Mann- Whitney. Característica do Teste para Associação Sensibilidade Especificidade microbioma associação com como como (valor de corte com resposta classificador classificador do classificador) resposta (valor-p) binário binário Abundância M-W U 0,00026* 60% 100% relativa de Ruminococcaceae (≥ e < 9,5%) Abundância M-W U 0,00078* 67% 100% relativa baseada em clado de Ruminococcaceae (≥ e < 12%) * significante em nível de p < 0,054. Combinação de Ruminococcaceae e Bacteroidia fornece sensibilidade aumentada mantendo, ao mesmo tempo, especificidade
4. Combinação de Ruminococcaceae e Bacteroidia fornece sensibilidade ao passo que mantém a especificidade
[000227]Foi feita uma análise para determinar se uma combinação de sistemas de classificação forneceria sensibilidade e especificidade superiores em relação a um único sistema de classificação. A união de diversas métricas de abundância relativa listadas acima foi examinada quanto à sensibilidade e especificidade na detecção de responsivos do pool total de pacientes (Tabela 15). Embora a maioria das métricas combinatórias mostrasse 100% de especificidade, a combinação de uma abundância mínima baseada em clado de Ruminococcaceae com uma abundância máxima baseada em clado de Bacteroidia mostrou a maior sensibilidade (80%). Detalhes de onde cada amostra cai dentro dessa distribuição são mostrados na Figura 8. Tabela 15. Combinação de Ruminococcaceae e Bacteroidia fornece sensibilidade aumentada mantendo, ao mesmo tempo, especificidade. A sensibilidade e especificidade da combinação de sistemas de classificação são mostradas abaixo. Sistema de classificação Sensibilidade Especificidade Abundância relativa de 67% 100% Clostridia (acima de 32%) OU Abundância relativa de Ruminococcaceae (acima de 9,5%) Abundância relativa de 73% 92% Ruminococcaceae (acima de 9,5%) OU Abundância relativa de Bacteroidia (abaixo de 57%) Abundância relativa de 80% 100% Ruminococcaceae baseada em clado (acima de 12%) OU Abundância relativa de Bacteroidia (abaixo de 57%) Abundância relativa de 60% 100% Clostridia (acima de 32%) OU Abundância relativa de Bacteroidia (abaixo de 57%) Abundância relativa de 73% 100% Clostridia (acima de 32%) OU Abundância relativa de Ruminococcaceae (acima de 9,5%) OU Abundância relativa de Bacteroidia (abaixo de 57%)
5. Validação de métrica de Ruminococcaceae em segundo coorte
[000228]Após desenvolvimento da métrica combinada acima, um novo conjunto de dados foi gerado (n = 69), usando os mesmos critérios de seleção para pacientes que
Gopalakrishnan e cols. (2018) e foi desejado validar a métrica usando esse novo conjunto de dados. A abundância relativa de Ruminococcaceae baseada em clado foi significantemente associada com resposta no conjunto de dados de validação (p = 0,031, Tabela 16), enquanto a abundância relativa de Bacteroidia não foi (p = 0,5, Tabela 15). A análise de novo para identificar táxons no nível (baseado na taxonomia de NCBI) de classe e família associada significantemente com resposta identificou somente Ruminococcaceae e Clostridia (p não ajustado = 0,047 e 0,049, respectivamente), indicando que nenhum sinal conflitante, forte, existia no conjunto de dados de validação que estivesse ausente do conjunto de dados publicado, original. Tabela 16. Teste de validação de abundâncias relativas de Ruminococcaceae e Bacteroidia. Valores-p listados incluem os dados publicados, originais, de Gopalakrishnan e cols. (2018) (n = 43), do coorte de validação (n = 69) e da combinação dos dois conjuntos de dados (n = 112). Todos os valores-p foram gerados com o teste U de Mann-Whitney. Medida Valor-P Valor-P de Valor-P original validação combinado Abundância relativa 0,00078* 0,031* 0,00012* baseada em clado de Ruminococcaceae Abundância relativa 0,0020* 0,50 0,035* de Bacteroidia * significante em nível de p < 0,05
[000229]O valor de corte de 12% para Ruminococcaceae baseado em clado e o valor de corte de 57% para Bacteroidia discutidos acima foram, ambos, adicionalmente avaliados com relação à sensibilidade e especificidade. Embora a especificidade de 12% de Ruminococcaceae diminuísse para os conjuntos de dados tanto de validação quanto combinados, a sensibilidade permaneceu na faixa de 67-69% (Tabela 17). A avaliação da curva ROC para Ruminococcaceae não sugeriu que existisse um valor de corte significantemente melhor do que 12% no conjunto de dados combinados (Figura 9). Pacientes com < 12% de Ruminococcaceae constituíam 47% (53/112) dos pacientes totais, mas 72% dos não responsivos totais.
Pacientes com ≥ 12% de Ruminococcaceae, por outro lado, constituíam 53% dos pacientes totais e 68% dos responsivos totais (Figura 10). Para Bacteroidia, a especificidade caiu, enquanto a sensibilidade permaneceu estável; no entanto, a sensibilidade de Bacteroidia foi de quase 50% em todos os conjuntos de dados (Tabela 16), dando a ela pouco poder para distinguir responsivos de não responsivos quando a especificidade era baixa.
Com base nessas análises, o uso de uma abundância baseada em clado de Ruminococcaceae mínima de 12% isoladamente possui as maiores especificidade e sensibilidade combinadas para a distinção de responsivos de não responsivos no conjunto de dados combinados.
Tabela 17. A sensibilidade e especificidade de Ruminococcaceae e Bacteroidia limiares em todos os conjuntos de dados.
Conjuntos de dados incluem os dados publicados, originais, de Gopalakrishnan e cols. (2018) (n = 43), do coorte de validação (n = 69) e da combinação dos dois conjuntos de dados (n = 112). Limiar Sensib.
Especific.
Sensib. de Especific.
Sensib.
Especific. original original validação de combinada combinada validação 12% de 67% 100% 69% 60% 68% 73% Ruminococcaceae (baseado em clado) 57% de 50% 100% 54% 57% 52% 70% Abundância relativa de Bacteroidia
* significante em nível de p < 0,05
6. Ruminococcaceae significantemente diferentes, apesar da classificação de doença estável
[000230]Também foi determinado se a assinatura se mantinha caso pacientes com doença estável fossem excluídos da análise. A abundância relativa baseada em clado de Ruminococcaceae manteve uma diferença equivalentemente significante entre responsivos e não responsivos, caso os pacientes com doença estável (e os dois pacientes classificados como responsivos, mas sem uma classificação RECIST específica) fossem incluídos como responsivos (p = 0,0012, teste U de Mann-Whitney) ou fossem excluídos completamente da análise (p = 0,0010, teste U de Mann- Whitney). Além disso, a exclusão de doença estável aumentou ligeiramente a sensibilidade para detectar responsivos no conjunto de dados combinados (68% com todos os pacientes até 74% excluindo doença estável) mantendo, ao mesmo tempo, a especificidade (73% com todos os pacientes até 74% excluindo doença estável). O exame da curva ROC para o conjunto de dados combinados excluindo pacientes com doença estável afirmou a escolha do valor de corte de 12% para Ruminococcaceae (Figura 11). C. Sumário e conclusão
[000231]Diversos estudos recentes estabeleceram uma correlação entre composição de microbioma e resposta à terapia de checkpoint para o tratamento de câncer. Em particular, Gopalakrishnan e cols. (2018) verificaram que microbiomas de responsivos eram enriquecidos para Clostridiales e Ruminococcaceae, enquanto microbiomas de não responsivos eram enriquecidos em Bacteroidales. Eles ainda subdividiram os pacientes em “tipos” de microbioma, em que o agrupamento do Tipo 1 consistia exclusivamente em responsivos, enquanto o Tipo 2 incluía uma mistura de responsivos e não responsivos. O estudo nesse relatório descritivo buscou verificar os achados de Gopalakrishnan e cols. (2018) e definir uma assinatura para o design de um produto terapêutico de microbioma. A assinatura foi validada com um novo coorte de pacientes.
[000232]Em conclusão, a análise do conjunto de dados de validação mostra que responsivos eram enriquecidos em Ruminococcaceae, como definido nesse relatório descritivo, mas não responsivos não eram enriquecidos em Bacteroidia. O uso de uma abundância relativa baseada em clado (12%) de Ruminococcaceae isoladamente obteve a maior sensibilidade e especificidade nos conjuntos de dados de validação e combinados. A exclusão de pacientes com doença estável da definição de responsivos não reduziu a significância da associação entre Ruminococcaceae e resposta ou alterou o limiar de 12%. Embora a associação entre Ruminococcaceae e responsivos encontrada em Gopalakrishnan e cols. (2018) fosse validada nessa análise, esses resultados contrastam com Gopalakrishnan e cols. (2018), na medida em que foi verificado que não responsivos são enriquecidos em Bacteroidia.
[000233]As descobertas reveladas nesse relatório descritivo, portanto, demonstram um método que pode ser usado para identificar microbiomas associados com resposta à terapia com inibidor do checkpoint. Consequentemente, essa análise pode ser usada em métodos de identificação de doadores adequados para composições de microbioma a serem usadas, por exemplo, como terapias auxiliares para terapia com inibidor do checkpoint ou outras terapias anticâncer. Além dessa descoberta de uma métrica para a identificação de doadores com microbiomas do GI úteis para uso terapêutico, a descoberta fornece identificação precoce desses doadores, por exemplo, de modo que o tempo e os recursos gastos no processamento de doações de doadores inadequados sejam acentuadamente reduzidos. * * *
[000234]Todos os métodos revelados e reivindicados nesse relatório descritivo podem ser feitos e executados sem experimentação desnecessária à luz da presente revelação. Embora as composições e métodos dessa invenção tenham sido descritos em termos de modalidades preferidas, será evidente para aqueles habilitados na técnica que variações podem ser aplicadas aos métodos e nas etapas ou na sequência de etapas do método descritos nesse relatório descritivo, sem se afastar do conceito, espírito e escopo da invenção. Mais especificamente, será evidente que certos agentes que são tanto quimicamente quanto fisiologicamente relacionados podem servir de substitutos para os agentes descritos nesse relatório descritivo e ainda assim seriam obtidos os mesmos resultados ou resultados similares. Todos esses substitutos similares e modificações evidentes para aqueles habilitados na técnica são considerados como dentro do espírito, escopo e conceito da invenção, como definida pelas reivindicações em anexo. XIII. Tabelas
[000235]Tabelas 1A-1B: Classificações agregadas. Classificações agregadas após combinação de dados de todos os métodos de análise são mostradas. As classificações de espécies são identificadas em grupos tanto de pacientes responsivos quanto de não responsivos.
Tabela 1A: Lista classificada agregada - Responsivos Espécie Classificação Blautia_SC109 1 Parabacteroides distasonis 2 Bilophila_não classificada 3 Ruminococcus_bicirculans_SC30 4 Subdoligranulum_não classificada 5 Blautia_SC102 6 Gemmiger_formicilis_SC193 7 Ruminococcus_albus 8 Bacteroides_dorei 9 Bifidobacterium_bifidum 10 Bifidobacterium_longum 11 Fusicatenibacter_saccharivorans_SC160 12 Eubacterium_biforme 13 Roseburia_faecis_SC53 14 Lachnospiraceae_bacterium_5_1_63FAA (Anaerostipes hadrus) 15 Gemmiger_formicilis_SC141 16 Ruminococcus_bromii 17 Alistipes_senegalensis 18 Clostridium_SC178 19 Odoribacter_splanchnicus 20 Faecalibacterium_prausnitzii 21 Clostridium_SC64 22 Blautia_wexlerae_SC15 23 Coprococcus_catus 24 Clostridium_SC188 25 Streptococcus_parasanguinis 26 Erysipelotrichaceae_bacterium_21_3 27 Barnesiella_intestinihominis 28 Clostridium_SC26 29 Clostridium_lavalense_SC43 30 Blautia_faecis_SC4 31 Streptococcus_australis 32 Collinsella_aerofaciens 33 Clostridium_SC92 34 Tabela 1B: Lista classificada agregada – Não Responsivos Espécie Classificação
Bacteroides_thetaiotaomicron 1 Collinsella_não classificada 2 Ruminococcus_torques 3 Bacteroides_vulgatus 4 Anaerotruncus_colihominis 5 Escherichia_coli 6 Prevotella_copri 7 Bacteroides_massiliensis 8 Paraprevotella_clara 9 Paraprevotella_xylaniphila 10 Bacteroides_xylanisolvens 11 Bacteroides_coprocola 12 Ruminococcus_gnavus 13 Bilophila_wadsworthia 14 Parabacteroides_merdae 15 Collinsella_aerofaciens 16 Lachnospiraceae_bacterium_2_1_58FAA 17 Paraprevotella_não classificada 18 Klebsiella_pneumoniae 19 Adlercreutzia_equolifaciens 20 Escherichia_não classificada 21 Flavonifractor_SC129 22 Clostridium_aldenense_SC114 23 Lachnospiraceae_bacterium_3_1_46FAA 24 Holdemania_filiformis 25 Ruminococcaceae_bacterium_D16 26 Blautia_faecis_SC4 27 Clostridium_bolteae 28 Lachnospiraceae_bacterium_1_1_57FAA 29 Veillonella_parvula 30 Lachnospiraceae_bacterium_7_1_58FAA 31 Veillonella_não classificada 32 Parabacteroides_distasonis 33 Roseburia_intestinalis 34 Bacteroides_faecis 35 Dialister_invisus 36 Eubacterium_eligens 37
[000236]Tabelas 2A-2B. Classificações de prevalência diferencial. São mostradas classificações de prevalência diferencial. As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos.
Tabela 2A: Prevalência diferencial – Responsivos Espécie Classificação Parabacteroides 1 distasonis Blautia_SC109 2 Blautia_SC102 3 Bacteroides_dorei 4 Tabela 2B: Prevalência diferencial – Não Responsivos Espécie Classificação Anaerotruncus_colihominis 1 Parabacteroides_merdae 2
[000237]Tabelas 3A-3B. Classificações de abundância por LDA. São mostradas classificações de abundância por Análise Discriminante Linear (LDA). As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos. Tabela 3A: Abundância por LDA – Responsivos Espécie Classificação Ruminococcus_bicirculans_SC30 1 Ruminococcus_albus 2 Blautia_SC102 3 Gemmiger_formicilis_SC141 4 Gemmiger_formicilis_SC193 5 Clostridium_SC188 6 Subdoligranulum_não classificada 7 Clostridium_lavalense_SC43 8 Blautia_faecis_SC4 9 Streptococcus_australis 10 Clostridium_SC92 11 Clostridium_sp_L2_50 12 Faecalibacterium_prausnitzii 13 Eubacterium_siraeum 14 Clostridium_SC125 15 Blautia_SC109 16 Ruminococcus_bromii 17 Lachnospiraceae_bacterium_3_1_46FAA 18 Coprococcus_comes 19 Erysipelotrichaceae_bacterium_21_3 20 Odoribacter_laneus 21 Dorea_longicatena 22 Pseudoflavonifractor_capillosus_SC163 23
Eubacterium_rectale 24 Lachnospiraceae_bacterium_3_1_57FAA_CT1 25 Tabela 3B: Abundância por LDA – Não Responsivos Espécie Classificação Bacteroides_vulgatus 1 Bacteroides_xylanisolvens 2 Lachnospiraceae_bacterium_2_1_58FAA 3 Ruminococcus_gnavus 4 Prevotella_copri 5
[000238]Tabelas 4A-4B. Classificações de prevalência por LASSO. São mostradas classificações de prevalência por LASSO. As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos. Tabela 4A: Prevalência por Lasso – Responsivos Espécie Classificação Parabacteroides distasonis 1 Blautia_SC109 2 Bacteroides_dorei 3 Eubacterium_biforme 4 Alistipes_senegalensis 5 Clostridium_SC64 6 Tabela 4B: Prevalência por Lasso – Não Responsivos Espécie Classificação Collinsella_não classificada 1 Bacteroides_coprocola 2 Anaerotruncus_colihominis 3 Bacteroides_massiliensis 4 Adlercreutzia_equolifaciens 5
[000239]Tabelas 5A-5B. Classificações de abundância por LASSO. São mostradas classificações de abundância por LASSO. As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos. Tabela 5A: Abundância por LASSO – Responsivos Espécie Classificação Blautia_SC109 1 Parabacteroides distasonis 2 Bifidobacterium_bifidum 3
Subdoligranulum_não classificada 4 Tabela 5B: Abundância por LASSO – Não Responsivos Espécie Classificação Bacteroides_thetaiotaomicron 1 Paraprevotella_clara 2 Bacteroides_massiliensis 3
[000240]Tabelas 6A-6B. Classificações de prevalência por Random Forest. São mostradas classificações de prevalência por Random Forest. As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos. Tabela 6A: Prevalência por Random Forest – Responsivos Espécie Classificação Blautia_SC109 1 Parabacteroides distasonis 2 Bifidobacterium_longum 3 Blautia_SC102 4 Erysipelotrichaceae_bacterium_21_3 5 Bifidobacterium_bifidum 6 Odoribacter_splanchnicus 7 Barnesiella_intestinihominis 8 Tabela 6B: Prevalência por Random Forest – Não Responsivos Espécie Classificação Escherichia_coli 1 Bacteroides_thetaiotaomicron 2 Collinsella_aerofaciens 3 Bacteroides_coprocola 4 Klebsiella_pneumoniae 5 Parabacteroides_merdae 6 Clostridium_aldenense_SC114 7 Bacteroides_massiliensis 8 Ruminococcaceae_bacterium_D16 9
[000241]Tabelas 7A-7B. abundância por Random Forest Classificações. São mostradas classificações de abundância por Random Forest. As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos. Tabela 7A: Abundância por Random Forest – Responsivos Espécie Classificação
Bilophila_não classificada 1 Ruminococcus_bromii 2 Gemmiger_formicilis_SC193 3 Roseburia_faecis_SC53 4 Clostridium_SC178 5 Blautia_wexlerae_SC15 6 Streptococcus_parasanguinis 7 Bifidobacterium_longum 8 Odoribacter_splanchnicus 9 Blautia_SC109 10 Collinsella_aerofaciens 11 Fusicatenibacter_saccharivorans_SC160 12 Eubacterium_eligens 13 Tabela 7B: Abundância por Random Forest – Não Responsivos Espécie Classificação Ruminococcus_torques 1 Paraprevotella_xylaniphila 2 Bacteroides_thetaiotaomicron 3 Paraprevotella_não classificada 4 Bilophila_wadsworthia 5 Ruminococcus_gnavus 6 Flavonifractor_SC129 7 Lachnospiraceae_bacterium_3_1_46FAA 8 Bacteroides_massiliensis 9 Clostridium_bolteae 10 Lachnospiraceae_bacterium_1_1_57FAA 11
[000242]Tabelas 8A-8B. Classificações de abunQ por Random Forest. São mostradas classificações de abunQ por Random Forest. As espécies são classificadas entre grupos de pacientes responsivos e não responsivos. Tabela 8A: abunQ por Random Forest – Responsivos Espécie Classificação Subdoligranulum_não classificada 1 Fusicatenibacter_saccharivorans_SC160 2 Gemmiger_formicilis_SC193 3 Lachnospiraceae_bacterium_5_1_63FAA 4 Faecalibacterium_prausnitzii 5 Coprococcus_catus 6 Blautia_SC109 7 Clostridium_SC26 8
Tabela 8B: abunQ por Random Forest – Não Responsivos Espécie Classificação Prevotella_copri 1 Bilophila_wadsworthia 2 Ruminococcus_gnavus 3 Escherichia_coli 4 Escherichia_não classificada 5 Anaerotruncus_colihominis 6 Bacteroides_thetaiotaomicron 7 Holdemania_filiformis 8 Klebsiella_pneumoniae 9 Blautia_faecis_SC4 10 Veillonella_parvula 11 Lachnospiraceae_bacterium_7_1_58FAA 12 Veillonella_não classificada 13 Parabacteroides_distasonis 14 Roseburia_intestinalis 15 Bacteroides_faecis 16 Dialister_invisus 17 Eubacterium_eligens 18 Clostridium_bolteae 19
[000243]Tabela 9. Tipos e métodos de análise de dados. São mostrados os três tipos e os quatro métodos de análise de dados aplicados a cada tipo de dados. Os métodos de análise aplicados a um tipo específico de dados são marcados com um “X”. Tabela 9 Abundância Método / tipo de normalizada dados Prevalência Abundância por quantil Teste exato de Fisher X - - Regressão de Lasso X X X Random Forest
X X X
Análise Discriminante - X - Linear
[000244]Tabela 10. Informação de chamada de espécie. São fornecidas chamadas de espécie para bactérias identificadas nos exemplos. As bactérias foram identificadas por percentual de identidade para sequências de 16S rDNA de comprimento total conhecidas.
[000245]“PCT ID” se refere ao percentual de identidade de uma sequência de 16S rDNA das espécies identificadas para a sequência de 16S rDNA da chamada de NCBI associada (“NR Lookup”). “Nome científico” se refere ao nome do NCBI associado à sequência. Tabela 10 Espécie PCT ID NR Lookup Nome científico Parabacteroides_não 98,9 NR_074376 Parabacteroides classificada distasonis Parabacteroides_não 98,7 NR_041342 Parabacteroides classificada distasonis Bifidobacterium_bifidum 99,9 NR_118793 Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium_bifidum 99,9 NR_044771 Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium_bifidum 99,9 NR_117505 Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium_bifidum 99,9 NR_113873 Bifidobacterium bifidum Subdoligranulum_não 99,3 NR_104846 Gemmiger classificada formicilis Subdoligranulum_não 99,3 NR_028997 Subdoligranulum classificada variabile Bacteroides_dorei 99,9 NR_041351 Bacteroides dorei Bacteroides_dorei 97,2 NR_074515 Bacteroides vulgatus Bacteroides_dorei 97,4 NR_112946 Bacteroides vulgatus Eubacterium_biforme 99,1 NR_044731 Holdemanella biformis Alistipes_senegalensis 100 NR_118219 Alistipes senegalensis JC50 Fusicatenibacter_saccha 99,6 NR_114326 Fusicatenibacter rivorans_SC160 saccharivorans
Lachnospiraceae_ 99,9 NR_117138 Anaerostipes bacterium_5_1_63FAA hadrus Lachnospiraceae_ 99,8 NR_117139 Anaerostipes bacterium_5_1_63FAA hadrus Lachnospiraceae_ 99 NR_104799 Anaerostipes bacterium_5_1_63FAA hadrus Faecalibacterium_ 98 NR_028961 Faecalibacterium prausnitzii prausnitzii Coprococcus_catus 98,1 NR_024750 Coprococcus catus Clostridium_SC26 98,4 NR_151982 Agathobaculum butyriciproducens Clostridium_SC26 98,3 NR_152060 Butyricicoccus faecihominis Bifidobacterium_longum 100 NR_043437 Bifidobacterium longum subsp. infantis Bifidobacterium_longum 99,5 NR_145535 Bifidobacterium longum subsp. suillum Bifidobacterium_longum 99,1 NR_117506 Bifidobacterium longum Bifidobacterium_longum 97,6 NR_040783 Bifidobacterium breve Bifidobacterium_longum 98 NR_044691 Bifidobacterium longum Bifidobacterium_longum 97,5 NR_044693 Bifidobacterium longum subsp. suis Erysipelotrichaceae_ 98,3 NR_029164 Clostridium bacterium_21_3 innocuum Odoribacter_ 100 NR_074535 Odoribacter splanchnicus splanchnicus Odoribacter_ 99,9 NR_113075 Odoribacter splanchnicus splanchnicus Odoribacter_ 99 NR_044636 Odoribacter splanchnicus splanchnicus Barnesiella_ 100 NR_041668 Barnesiella intestinihominis intestinihominis YIT 11860 Barnesiella_ 100 NR_113073 Barnesiella intestinihominis intestinihominis
[000246]Tabela 11: Informação de chamada de espécie. São fornecidas chamadas de espécie para bactérias que pertencem a uma ou mais espécies que são descendentes filogenéticos do MRCA de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii. “Nome atribuído” se refere ao nome de NCBI associado à sequência. Estão listadas sequências de 16S rDNA de comprimento total para cada espécie identificada. Tabela 11 Identificador Nome atribuído Sequência de 16S GCF_000154325 Eubacterium siraeum CAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA
ACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAA GTCGAACGGTGAAGAGGAGCTTGCTCCT CGGATCAGTGGCGGACGGGTGAGTAACA CGTGAGCAACCTGGCTCTAAGAGGGGGA CAACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCG CATAACGTATCGGGATGGCATCTTCCTG ATACCAAAGATTTTATCGCTTAGAGATG GGCTCGCGTCTGATTAGATAGTTGGCGG GGTAACGGCCCACCAAGTCGACGATCAG TAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCAC ATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCC TACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGG ACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCGAC GCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTCGGAT TGTAAACCTCTGTTGACGGAGNNNNNNN TGATGGTATCCGTTTAGAAAGCCACGGC TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA CGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTA CTGGGTGTAAAGGGAGTGTAGGCGGGAT ATCAAGTCAGAAGTGAAAATTACGGGCT CAACTCGTAACCTGCTTTTGAAACTGAC ATTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAAGCGGA ATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG ATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGG CGGCTTGCTGGGCTTTTACTGACGCTGA GGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGA TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAA ACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGATTG ACCCCTTCCGTGCCGGAGTAAACACAAT AAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGC AAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGG GGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGT TTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTA CCAGGTCTTGACATCGAGTGACCGCCTA AGAGATTAGGCTTTCCCTTCGGGGACAC AAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCATTA GTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGA CTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGG GGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTA TGACCTGGGCTACACACGTACTACAATG GCGTTTAACAAAGAGAAGCAAAGCCGCG AGGCAGAGCAAATCTCCAAAAAACGTCT CAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCC TACATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCG TAGGTCAGCATACTACGGTGAATACGTT CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAA ACCATGAGAGTTGGCAACACCCGAAGTC GGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGCCGC CGAAGGTGGGGTTGATGATTAGGGTTAA GTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG TGCGGCTGGATCACCTCCTTT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S GCF_000154345 Clostridium leptum TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC AAGTCGAACGGAGTTAAATTCGACACCC GAGTATCCGGCCGGGAGGCGGGGTGCTG GGGGTTGGATTTAACTTAGTGGCGGACG GGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTT TCAGAGGGGGATAACGTTCTGAAAAGAA CGCTAATACCGCATAACATCAATTTATC GCATGATAGGTTGATCAAAGGAGCAATC CGCTGGAAGATGGACTCGCGTCCGATTA GCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAA AGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGG TTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACAC GGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGT GGGGGATATTGCACAATGGGGGAAACCC TGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGAAGA AGGTTTTCGGATTGTAAACCTCTGTTCT TAGTGACGATAATGACGGTAGCTAAGGA GAAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCA GCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGT TGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTG CGTAGGCGGCGAGGCAAGTCAGGCGTGA AATCTATGGGCTTAACCCATAAACTGCG CTTGAAACTGTCTTGCTTGAGTGAAGTA GAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACAC CAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCTTT AACTGACGCTGAAGCACGAAAGCATGGG TAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGT GTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGC AGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGG GAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGT GGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACG CGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC GTCTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTG CCCTTCGGGGAAAGGCGAGACAGGTGGT GCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA GATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG CAACCCTTGTTTCTAGTTGCTACGCAAG AGCACTCTAGAGAGACTGCCGTTGACAA AACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAA TCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCCAC ACACGTACTACAATGGCTGTAAACAGAG GGAAGCAAAGCCGCGAGGTGGAGCAAAA CCCTAAAAGCAGTCCCAGTTCGGATCGC AGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGG AATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGC CGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTA CACACCGCCCGTCACACCATGGGAGCCG GTAATACCCGAAGCCAGTAGTTCAACCG CAAGGAGAGCGCTGTCGAAGGTAGGATT GGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGT AGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCA
CCTCCTTT GCF_000154565 Anaerotruncus CAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA colihominis ACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAA
GTCGAACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTT TCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCT GCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAA ACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCG GGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAG CAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCC GATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCC ACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTG AGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA GCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGA AAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGG GAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCT GTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCC AAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGC CAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCA AGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAA GGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAA TGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGC TGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGA AGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTA GCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGA ACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGG CTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACT AGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTG CCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACC TGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG CAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGC AACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGAC ATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGA AGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGT GCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA GATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG CAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAG AGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAA AACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAA TCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTAC ACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGA GGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAA TCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTG CAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCG GAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATG CCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT ACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTC GGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACC GCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGAT TGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGG TAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATC
ACCTCCTTT GCF_000157955 Subdoligranulum NAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTCCT variabile GTCGTTAGGGACGAATCTTGACGGTACC
TAACAAGAAAGCACCGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGC AAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAA AGGGAGCGCAGGCGGACCGGCAAGTTGG AAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAA ATTGCTTTCAAAACTGCTGGCCTTGAGT AGTGCAGAGGTAGGTGGAATTCCCGGTG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
TAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAG GAACACCAGTGGCGAAGGCGACCTACTG GGCACCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAG CATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTA CTAGGTGTTGGAGGATTGACCCCTTCAG TGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCA CCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAA CTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACA AGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAA GCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTG ACATCCGATGCATAGTGCAGAGATGCAT GAAGTCCTTCGGGACATCGAGACAGGTG GTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT GAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG CGCAACCCTTATTGCCAGTTACTACGCA AGAGGACTCTGGCGAGACTGCCGTTGAC AAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCT ACACACGTACTACAATGGCGTTTAACAA AGAGATGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAA AACTCAAAAACAACGTCTCAGTTCAGAT TGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGT CGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTT GTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAG CCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAA CCGCAAGGAGGACGCCGCCGAAGGTAAA ACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAA GGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGA
TCACCTCCTTT GCF_000158655 Clostridium ATTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG methylpentosum AACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCA
AGTCGAACGGAGTTGTTTTGGAGAAGCC CTTCGGGGTGGAACTGATTCAACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAA CCTGCCTTACAGAGGGGAATAACGTTTG GAAACGAACGCTAATACCGCATAACATA ACGGAATCGCATGGTTTTGTTATCAAAG ATTATATCGCTGTAAGATGGGCTCGCGT CTGATTAGATAGTTGGTGAGGTAATGGC TCACCAAGTCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGG GAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTT CTGTCTTCAGGGACGATAATGACGGTAC CTGAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAG CGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTA AAGGGAGCGTAGGCGGGATTGCAAGTTG AATGTGAAATCTATGGGCTTAACCCATA AACTGCGTTCAAAACTGCAGTTCTTGAG TGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGA GGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCT GGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAA GCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACC CTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
ACTAGGTGTAGGGGGGTCAACCTTCTGT GCCGGAGTTAACACAATAAGTAATCCAC CTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAA GCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAG CAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGA CATCCAACTAACGAAGTAGAGATACATT AGGTGCCCTTCGGGGAAAGTTGAGACAG GTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGT CGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAAC GAGCGCAACCCTTACATTTAGTTGCTAC GCAAGAGCACTCTAGATGGACTGCCGTT GACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACG TCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGG GCTACACACGTACTACAATGGCTATTAA CAGAGGGAAGCAAAACAGTGATGTGGAG CAAACCCCTAAAAATAGTCTCAGTTCGG ATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAA GCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAG CATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCC TTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAG AGTTGGCAACACCCGAAGTCAGTAGTCT AACCGCAAGGAGGACGCTGCCGAAGGTG GGGTTGATGATTAGGGTGAAGTCGTAAC AAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTG
GATCACCTCCTTT GCF_000169255 Pseudoflavonifractor TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT capillosus GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGAGCTCATGACAGAGG ATTCGTCCAATGGATTGGGTTTCTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACAGTCC GAAAGGACTGCTAATACCGCATAATGCA GCTGAGTCGCATGACACTGGCTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTAGTTGGCGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGATGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTATCAGGGACGAAATAAATGACGG TACCTGATGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGACTGCAAG TCAGGTGTGAAAACCACGGGCTCAACCT GTGGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCG TGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAC GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATT GCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCC TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATCCGACTAACGAAGCAGAGAT GCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTCGA GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC GCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTT GCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTG CCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGA CGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGT CCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTG GTTAACAGAGGGAAGCAATGCCGCGAGG TGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAG TTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGT ATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG ATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCC GGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACC ATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGT AGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGA AGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTC GTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGC
GGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000178115 Ethanoligenens TTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG harbinense AACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCA
AGTCGAGCGGAGTCCTTCGGGACTTAGC GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAA CCTGGCCTTCAGAGGGGGATAACGTCTG GAAACGGACGCTAATACCGCATGACATG GCGGAGTCGCATGGCTCTGCCATCAAAG GAGTAATCCGCTGAGGGATGGGCTCGCG TCCGATTAGGTAGTTGGTGAGGTAACGG CTCACCAAGCCCGCGATCGGTAGCCGGA CTGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGAC TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAG GCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGA GGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTG AGGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACC TCTGTCTTTGGGGACGAATCAATGACGG TACCCAAGGAGGAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGT GTAAAGGGTGCGCAGGCGGGGCGGCAAG TTGGATGTGAAAACTCCGGGCTCAACCC GGAGCCTGCATTCAAAACTGTCGCTCTT GAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCC GGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCG GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCT GCTGGGCTTTTACTGACGCTGAGGCACG AAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATG ATTGCTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCT TCCGTGCCGGAGTTAACACAATAAGCAA TCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT CTTGACATCCACCGAATCCCCCAGAGAT GGGGGAGTGCCCTTCGGGGAGCGGTGAG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCTTGTGAATAGTTG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CTACGAAAGAGCACTCTATTCAGACCGC CGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGAT GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAC CTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCA TCAACAGAGGGAAGCAAGGCCGCGAGGT GGAGCGAACCCCTAAAAATGGTCTCAGT TCAGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGCA TGAAGATGGAATTGCTAGTAATCGCGGA TCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCG GGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGAGAGCCGGGGACACCCGAAGTCGGTT GGGTAACCGTAAGGAGCCCGCCGCCGAA GGTGGAATCGGTAATTGGGGTGAAGTCG TAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG
GCTGGATCACCTCCTTT GCF_000179635 Ruminococcus albus TATTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
GAACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGC AAGTCGAACGAGCGAAAGAGTGCTTGCA CTCTCTAGCTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACACGTGAGCAATCTGCCTTTCGGAGA GGGATACCAATTGGAAACGATTGTTAAT ACCTCATAACATAACGAAGCCGCATGAC TTTGTTATCAAATGAATTTCGCCGAAAG ATGAGCTCGCGTCTGATTAGGTAGTTGG TGAGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGAT CAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGC CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGAC TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT TGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGC GATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAG GATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGACGA TAATGACGGTACCCAAGGAGGAAGCTCC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAA TTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGG GATTGCAAGTCAGGTGTGAAATTTAGGG GCTTAACCCCTGAACTGCACTTGAAACT GTAGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGC GGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGA AGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGC TGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGA CTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACAC AATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGC CGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGAC GGGGACCCGCACAAGCAGTGGAGTATGT GGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACC TTACCAGGTCTTGACATCGTACGCATAG CATAGAGATATGTGAAATCCCTTCGGGG ACGTATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTC GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGGT TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAC TGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAG CAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAA GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCC CCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTA CAATGGCTGTTAACAGAGGGAAGCAAAA CAGTGATGTGGAGCAAAACCCTAAAAGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AGTCTTAGTTCGGATTGTAGGCTGCAAC CCGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGT AATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAAT ACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCC GTCACGCCATGGGAGTCGGTAACACCCG AAGCCTGTGTTCTAACCGCAAGGAGGAA GCAGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGG GTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCG
GAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000210095 Ruminococcus TATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC champanellensis GAACGCTGGCGGCACGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGATAAAGACTTCGGTT TTTATCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CACGTGAGCAACCTGCCTCTGAGAGAGG GATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAATAC CTCATAACATAGCGGTACCGCATGATAC TGCTATCAAAGATTTATCGCTCAGAGAT GGGCTCGCGTCTGATTAGCTAGATGGTG AGGTAACGGCTCACCATGGCGACGATCA GTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCA CATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC CTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG CACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCGA TGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCGGA TTGTAAACTCCTGTCTTAAGGGACGATA ATGACGGTACCTTAGGAGGAAGCTCCGG CTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAATT ACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGA TTGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGC TTAACCCATAGACTGCATTTGAAACTGT AGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGG AATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTA GATATTAGGAGGAACATCGGTGGCGAAG GCGGCTTACTGGGCTTTTACTGACGCTG AGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGG ATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTA AACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACT GACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAA TAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCG CAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGG GGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGG TTTAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTT ACCAGGTCTTGACATCGAGTGAATGATC TAGAGATAGATCAGTCCTTCGGGACACA AAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCTTACCTTTAG TTGCTACGCAAGAGCACTCTAGAGGGAC TGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGG GATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GACCTGGGCTACACACGTACTACAATGG CAATGAACAGAGGGAAGCAATACAGTGA TGTGGAGCAAATCCCCAAAAATTGTCCC AGTTCAGATTGTAGGCTGCAACTCGCCT ACATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGC AGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTC CCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACA CCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCA GTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTGTC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAG TCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGT
GCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000239295 Flavonifractor TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT plautii GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGG ATTCGTCCAATGGATTGAGTTACCTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCC GAAAGGAGTGCTAATACCGCATGAAGCA GTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGC CCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGG TACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAG TCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCT CCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCG TGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAC GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATT GCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCC TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATCCCACTAACGAGGCAGAGAT GCGTTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGA GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC GCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTT GCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTG CCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGA CGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGT CCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTG GTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGG TGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAG TTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGT ATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG ATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCC GGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACC ATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGT AGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGA AGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTC GTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGC
GGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000283575 Oscillibacter TATAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC valericigenes GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AAGTCGAACGGAGCACCCTTGATTGAGG TTTCGGCCAAATGAGAGGAATGCTTAGT GGCGGACTGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTTCAGAGGGGGACAACAGTTG GAAACGACTGCTAATACCGCATGATACA TTTGGGCGACATCGCTTGAATGTCAAAG ATTTATCGCTGAAAGATGGCCTCGCGTC TGATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCC CACCAAGTCGACGATCAGTAGCCGGACT GAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTG AGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGACG CAAGTCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAA GGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTC TTTTAAGGGGGAAGAGTAGAAGACGGTA CCCCTTGAATAAGCCACGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTG GCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGCGTGTAGCCGGGAAGGTAAGTC AGATGTGAAATCTGGGGGCTCAACCTCC AAACTGCATTTGAAACTACTTTTCTTGA GTATCGGAGAGGTAATCGGAATTCCTTG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAAGG AAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTAC TGGACGACAACTGACGGTGAGGCGCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATCAA TACTAGGTGTGCGGGGACTGACCCCCTG CGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATTG CACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA CAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACT TGACATCCTACTAACGAGGTAGAGATAC GTCAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGA CAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCG TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGC AACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGC TACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCC GTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACG ACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCC TGGGCTACACACGTAATACAATGGCGGT CAACAGAGGGATGCAAAGCCGTGAGGTG GAGCGAACCCCTAAAAGCCGTCTCAGTT CGGATCGCAGGCTGCAACTCGCCTGCGT GAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGAT CAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGG GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCAT GAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAG CCTAACAGCAATGAGGGCGCGGCCGAAG GTGGGTTTGATAATTGGGGTGAAGTCGT AACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGG
CTGGATCACCTCCTTT GCF_000307265 Oscillibacter TATAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC ruminantium GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAACACCCTTGACAGAGG TTTCGGCCAATGAAGAGGAATGTTTAGT GGCGGACTGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTTCAGAGGGGGACAACAGTTG GAAACGACTGCTAATACCGCATGAAGCA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GCGAGGGGACATCCCCTTGCTGTCAAAG ATTTATCGCTGAAAGATGGCCTCGCGTC TGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCC CACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACT GAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTG AGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGACG CAAGTCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAA GGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTC TTTTAACAGGGAAGAGAAGAAGACGGTA CCTGTTGAATAAGCCACGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTG GCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGCGTGTAGCCGGGAAGGCAAGTC AGATGTGAAATCTGGAGGCTCAACCTCC AAACTGCATTTGAAACTGCTTTTCTTGA GTATCGGAGAGGTAATCGGAATTCCTTG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAAGG AAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTAC TGGACGACAACTGACGGTGAGGCGCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATCAA TACTAGGTGTGCGGGGACTGACCCCCTG CGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATTG CACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA CAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACT TGACATCCTACTAACGAGGTAGAGATAC GTCAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGA CAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCG TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGC AACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGC TACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCC GTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACG ACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCC TGGGCTACACACGTAATACAATGGCGGT CAACAGAGGGATGCAAAGCCGTGAGGCA GAGCGAACCCCTAAAAGCCGTCTCAGTT CGGATCGTAGGCTGCAACTCGCCTACGT GAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGAT CAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGG GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCAT GAGAGTCGGGAACACCCGAAGCCCGTAG CCTAACTGCAAAGAGGGCGCGGTCGAAG GTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGT AACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGG
CTGGATCACCTCCTTT GCF_000383295 Clostridium CAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGAC sporosphaeroides TCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGT
AAAGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAG CCGGGTTGAGAGACTGAACGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC GGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACA ATGGAGGAAACTCTGATGCAGCAATGCC GCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGT AAACCTCTGTCCTTGGTGAAGATAATGA CGGTAGCCAAGGAGGAAGCTCCGGCTAA CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGGAGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTCTTT AAGTCGGGCGTGAAAGCTGTGGGCTTAA CCCACAAATTGCGTTCGAAACTGGAGGG CTTGAGTGAAGTAGAGGTAGGCGGAATT CCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGA TCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGG CCTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGC ACGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACG ATGATTACTAGGTGTGGGGGGTCTGACC CCTTCCGTGCCGGAGTTAACACAATAAG TAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAG GTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGC CCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTA ATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCA GGTCTTGACATCCAACTAACGAGGCAGA GATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGT TGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTGATTA GTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATCAGA CTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGG GGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTA TGACCTGGGCTACACACGTACTACAATG
GTCGCCAACAGAGGGAAGCCA GCF_000468015 Ruminococcus TAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA callidus ACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGCAA
GTCGAACGGAGAACATTGAGCTTGCTTA ATGTTCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CACGTGAGTAACCTGCCTCTGAGAGTGG GATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAATAC CGCATAACATCATGGATTCGCATGTTTC TGTGATCAAAGATTTATCGCTTAGAGAT GGACTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTA AGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCA GTAGCCGGACTGAGAGGTTGATCGGCCA CATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC CTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG CACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGA TGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCGGA TTGTAAACTCCTGTTGAAGAGGACGATA ATGACGGTACTCTTTTAGAAAGCTCCGG CTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAATT ACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGA TGGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGC TCAACCCATAGACTGCATTTGAAACTGT TGTTCTTGAGTGAGGTAGAGGTAAGCGG AATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTA GAGATCAGGAGGAACATCGGTGGCGAAG GCGGCTTACTGGGCCTTTACTGACGCTG AGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGG ATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTA AACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACT GACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAA TAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCG CAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGG GGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGG TTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTT ACCAGGTCTTGACATCGAGTGACGTACC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
TAGAGATAGGTATTTTCTTCGGAACACA AAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCTTACCATTAG TTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGGGAC TGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGG GATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GACCTGGGCTACACACGTACTACAATGG CAATATAACAGAGGGAAGCAATACAGCG ATGTGGAGCAAATCCCCAAAAATTGTCC CAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCC TGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCG CAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTT CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC ACCATGGGAGTCGGTAACACCCAAAGCC GGTCGTCTAACCTTCGGGAGGATGCCGT CTAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAA GTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG
TGCGGCTGGATCACCTCCTT GCF_000518765 Ruminococcus ATAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG flavefaciens AACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGCA
AGTCGAACGGAGATAATTTGAGTTTACT TAGGTTATCTTAGTGGCGGACGGGTGAG TAACACGTGAGCAACCTACCTTAGAGAG AGGGATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAA TACCTCATAACATAACTGAACCGCATGA TTTAGTTATCAAAGATTTATCACTCTGA GATGGGCTCGCGTCTGATTAGATAGTTG GTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCGACGA TCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGG CCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGA CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATA TTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAG CGATGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTC GGATTGTAAACTCCTGTCTTAAAGGACG ATAATGACGGTACTTTAGGAGGAAGCTC CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGT AATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGA ATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCG GGAGCGCAAGTCAGATGTGAAATACATG GGCTCAACCCATGGGCTGCATTTGAAAC TGTGTTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAG CGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGC GTAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCG AAGGCGGCTTACTGGGCTTTTACTGACG CTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCT GTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGG ACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACA CAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGG CCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGA CGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATG TGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAAC CTTACCAGGTCTTGACATCGTATGCATA GTCTAGAGATAGATGAAATTCCTTCGGG GACATATAGACAGGTGGTGCATGGTTGT CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAC CTTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAA AGGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCC CCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTA CAATGGCAATTAACAAAGAGAAGCAAGA CGGTGACGTGGAGCGAATCTCAAAAAAT TGTCCCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAAC TCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGT AATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAAT ACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCC GTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCG AAGTCGGTAGTCTAACAGCAATGAGGAC GCCGCCGAAGGTGGGATTGATGACTGGG GTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCG
GAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000577335 Clostridium CAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGAC jeddahense TCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGT
AAAGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAG CCGGGTTGAGAGACTGAACGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC GGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACA ATGGAGGAAACTCTGATGCAGCAATGCC GCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGT AAACCTCTGTCCTTGGTGAAGATAATGA CGGTAGCCAAGGAGGAAGCTCCGGCTAA CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGGAGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTG GGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTTTTT AAGTCGGGCGTGAAAGCTGTGGGCTTAA CCCACAAATTGCGTTCGAAACTGGAAGG CTTGAGTGAAGTAGAGGTAGGCGGAATT CCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGA TCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGG CCTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGC ACGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACG ATGATTACTAGGTGTGGGGGGTCTGACC CCTTCCGTGCCGGAGTTAACACAATAAG TAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAG GTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGC CCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTA ATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCA GGTCTTGACATCCAACTAACGAGGCAGA GATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGT TGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTGATTA GTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATCAGA CTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGG GGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTA TGACCTGGGCTACACACGTACTACAATG GTCGCTAACAGAGGGAAGCCAAGCCGCG AGGTGGAGCAAACCCCCAAAAGCGATCT CAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACCCGCC TACATGAAGTTGGAATTGCTAGTAATCG CGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTT CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC ACCATGGGAGCCGGTAATACCCGAAGCC AATAGTCTAACCGCAAGGGGGACGTTGT CGAAGGTAGGATTGGCGACTGGGGTGAA GTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG TGCGGCTGGATCACCTCCTTT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S GCF_000620945 Clostridium viride GCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCG
TGAGTAACCTGCCTTGGAGTGGGGAATA ACACATCGAAAGGTGTGCTAATACCGCA TGATGCAACGGGATCGCATGGTTCTGTT GCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGAC TCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGT AATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAG CCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC GGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCA ATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCC GCGTGAAGGAAGAAGGCCCTCGGGTTGT AAACTTCTTTTATTCGAGACGAAACAAA TGACGGTACCGAATGAATAAGCCACGGC TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA CGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTA CTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGAC TGCAAGTCAGATGTGAAATTCCAGGGCT CAACTCTGGACCTGCATTTGAAACTGTA GTTCTTGAGTGATGGAGAGGCAGGCGGA ATTCCGAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG ATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGG CGGCCTGCTGGACATTAACTGACGCTGA GGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGA TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAA ACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGACTG ACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAAT AAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGC AAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGG GGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGT TTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTA CCAGGGCTTGACATCCCTCTGACCGGTC TAGAGATAGGCCCTCCCTTCGGGGCAGA GGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTA GTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGA CTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGG GGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTA TGTCCTGGGCTACACACGTACTACAATG GCGCTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCG AGGTGGAGCAAACCCCTAAAAGGCGTCC CAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCC TGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCG CGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTT CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC ACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTC CGTAGCCTAACAGCAATGAGGGCGCGGC CGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAA GTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG
TGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000621285 Ruminococcus albus TATTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
GAACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGC AAGTCGAACGAGCGAAAGAGTGCTTGCA CTCTCTAGCTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACACGTGAGCAATCTGCCTTTCGGAGA GGGATACCAATTGGAAACGATTGTTAAT ACCTCATAACATAACGAAGCCGCATGAC TTTGTTATCAAATGAATTTCGCCGAAAG ATGAGCTCGCGTCTGATTAGGTAGTTGG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
TGAGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGAT CAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGC CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGAC TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT TGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGC GATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAG GATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGACGA TAATGACGGTACCCAAGGAGGAAGCTCC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAA TTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGG GATTGCAAGTCAGGTGTGAAATTTAGGG GCTTAACCCCTGAACTGCACTTGAAACT GTAGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGC GGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGA AGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGC TGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGA CTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACAC AATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGC CGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGAC GGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGT GGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACC TTACCAGGTCTTGACATCGTACGCATAG CATAGAGATATGTGAAATCCCTTCGGGG ACGTATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTC GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTT AAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACT GTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGC AGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAG GTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCC CTTATGACCTGGGCTACACACGTACTAC AATGGCTGTTAACAGAGGGAAGCAAAAC AGTGATGTGGAGCAAAACCCTAAAAGCA GTCTTAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACC CGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGTA ATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATA CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCG TCACGCCATGGGAGTCGGTAACACCCGA AGCCTGTGTTCTAACCGCAAGGAGGAAG CAGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGG TGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGG
AAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000701665 Agathobaculum CAAGTTGGGAGTGAAATCCGGGGGCTTA desmolans ACCCCCGAACTGCTTTCAAAACTGCTGG
TCTTGAGTGATGGAGAGGCAGGCGGAAT TCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAT ATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG GCCTGCTGGACATTAACTGACGCTGAGG CGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAAC GATGGATACTAGGTGTGGGAGGTATTGA CCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATA AGTATCCCACCTGGGGAGTACGGCCGCA AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGG GCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTT TAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC CAGGTCTTGACATCCCGGTGACCGTCCT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AGAGATAGGACTTCCCTTCGGGGCAACG GTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCTTACGGTTAG TTGATACGCAAGATCACTCTAGCCGGAC TGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGG GACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GACCTGGGCTACACACGTACTACAATGG CAGTCATACAGAGGGAAGCAAAATCGCG AGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCTGTCC CAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCC TGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCG CGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTT CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC ACCATGAGAGCCGTCAATACCCGAAGTC CGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCGGC CGAAGGTAGGGGTGGTAATTAGGGTGAA GTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG
TGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000723465 Ruminococcus ATTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG bicirculans AACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGCA
AGTCGAACGAGAGAAGAGGAGCTTGCTT TTCTGATCTAGTGGCGGACGGGTGAGTA ACACGTGAGCAATCTGCCTTTCAGAGGG GGATACCGATTGGAAACGATCGTTAATA CCGCATAACATAATTGAACCGCATGATT TGATTATCAAAGATTTATCGCTGAAAGA TGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGT AAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATC AGTAGCCGGACTGAGAGGTTGATCGGCC ACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT CCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATT GCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCG ATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAGG ATTGTAAACCTCTGTCTTCAGGGACGAA AAAAGACGGTACCTGAGGAGGAAGCTCC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAA TTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGG GATCGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGG GCTTAACCCATAAACTGCATTTGAAACT GTGGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGC GGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGA AGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGC TGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGA CTGACCCCTTCCGTGCCGCAGCAAACGC AATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGAC CGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGAC GGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGT GGATTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACC TTACCAGGTCTTGACATCGTATGCATAG CTCAGAGATGAGTGAAATCTCTTCGGAG ACATATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTC GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTT AAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACT GTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGC AGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCC CTTATGACCTGGGCCTCACACGTACTAC AATGGCTGTCAACAGAGGGAAGCAAAGC CGCGAGGTGGAGCGAACCCCTAAAAGCA GTCTTAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACC CGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGTA ATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATA CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCG TCACGCCATGGGAGTCGGTAACACCCGA AGCCTGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACG CAGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGG TGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGG
AAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000949455 Ruthenibacterium AATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC lactatiformans GAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAG TTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAG TGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCA ACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTT GGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGAC CACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAA GGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGC GTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACG GCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGG ACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGA CTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA GGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGG GGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGT GGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAC TCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGT ACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGG TGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTG TAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGT TGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCA TAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTG AGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCG GTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGG GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTA CTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGA AAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGA TTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTT CCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAAT CCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTC TTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATT AGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAG GTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGT CGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAAC GAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTAC GCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTT GACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACG TCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGG GCTACACACGTACTACAATGGCTATTAA CAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAG CAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCG GATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCA GCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGC CTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGA GAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTC TAACCGTAAGGAGGACGCCGCCGAAGGT AAAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAA CAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCT
GGATCACCTCCTTT GCF_001244495 Clostridium TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT phoceensis GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTGCCTTAGAAAGAGG ATTCGTCCAATTGATAAGGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACAGACC GAAAGGCCTGCTAATACCGCATGATGCA GTTGGACCGCATGGTCCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAATGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTCTCAGGGACGAACAAATGACGGT ACCTGAGGAATAAGCCACGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT GGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTG TAAAGGGCGTGTAGGCGGGAAGGCAAGT CAGATGTGAAAACTATGGGCTCAACCCA TAGCCTGCATTTGAAACTGTTTTTCTTG AGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGT GTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACG GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTG CTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGG ATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCT CCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATC CCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGC TTGACATCCTACTAACGAAGCAGAGATG CATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTG CTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGC CGTTGACAAAACGGAGGAAGGCGGGGAC GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTC CTGGGCTACACACGTACTACAATGGTGG TAAACAGAGGGAAGCAAGACCGCGAGGT GGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGT TCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTA TGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGA TCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCG GGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTA GTCTAACCGCAAGGGGGACGCGGCCGAA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCG TAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG
GCTGGATCACCTCCTTT GCF_001244995 Intestinimonas TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT massiliensis GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
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GCTGGATCACCTCCTTT GCF_001261775 Anaeromassilibacillu TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC s senegalensis GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
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AAGTCGAACGGAGTTAGAAGAGCTTGCT CTTCTAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACGCGTGAGTAACCTGCCTTTCAGAGG GGGATAACGTTCTGAAAAGAACGCTAAT ACCGCATGACGTCATAGTACCGCATGGT ACAGTGATCAAAGGAGCAATCCGCTGAA AGATGGACTCGCGTCCGATTAGCTAGTT GGTGGGGTAAAGGCTCACCAAGGCGACG ATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACG GCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGAT ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCA GCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTCTT CGGATTGTAAACTTCTGTCCTATGGGAA GATAATGACGGTACCATAGGAGGAAGCT CCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG TAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGG ATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGC GGATCTGCAAGTCAGTAGTGAAATCCCG GGGCTTAACCCCGGAACTGCTATTGAAA CTGTGGGTCTTGAGTGAGGTAGAGGCAG GCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATG CGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGGC GAAGGCGGCCTGCTGGGCCTTAACTGAC GCTGAGGCACGAAAGCATGGGTAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGC CGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGTG GTCTGACCCCATCCGTGCCGGAGTTAAC ACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACG GCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTG ACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTAT GTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA CCTTACCAGGTCTTGACATCCTACTAAC GAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCTTTCG GGGAAAGTAGAGACAGGTGGTGCATGGT TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT TGCTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTC TAATAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAG GAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTA CTACAATGGTCGTTAACAGAGAGAAGCA ATACTGCGAAGTGGAGCAAAACTCTAAA AACGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGC AACCCGCCTACATGAAGTTGGAATTGCT AGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTG AATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCG CCCGTCACACCATGGGAGCCGGTAATAC CCGAAGTCAGTAGTCTAACCGCAAGGAG GACGCTGCCGAAGGTAGGATTGGCGACT GGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA TCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTT
T GCF_001312825 Ruminococcus TATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC champanellensis GAACGCTGGCGGCACGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGATAAAGACTTCGGTT TTTATCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CACGTGAGCAACCTGCCTCTGAGAGAGG GATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAATAC CTCATAACATAGCGGTACCGCATGATAC
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GGATCACCTCCTTT GCF_002157465 Butyricicoccus TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT porcorum GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGCACTGAGACTTCGGT TTTTGTGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACGCGTGAGCAATCTGCCTTTCAGAGG GGGATAACGACTGGAAACGGTCGCTAAT ACCGCATAACGTATTTTGCAGGCATCTG CGAGATACCAAAGGAGCAATCCGCTGAA AGATGAGCTCGCGTCTGATTAGATAGTT GGTGAGGTAACGGCCCACCAAGTCGACG ATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACG GCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACGCA GCAACGCCGCGTGATCGAAGAAGGTCTT CGGATTGTAAAGATCTTTTATCAGGGAC GAAGAAAGTGACGGTACCTGATGAATAA GCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCG
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ACCTCCTTT GCF_002201475 Acutalibacter muris TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
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GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC AAGTCGAACGGAGTTAAATTCGACACCC GAGTATCCGGCCGGGAGGCGGGGTGCTG GGGGTTGGATTTAACTTAGTGGCGGACG GGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTT TCAGAGGGGGATAACGTTCTGAAAAGAA CGCTAATACCGCATAACATCAATTTATC GCATGATAGGTTGATCAAAGGAGCAATC CGCTGGAAGATGGACTCGCGTCCGATTA GCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAA AGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGG TTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACAC GGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGT GGGGGATATTGCACAATGGGGGAAACCC TGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGAAGA AGGTTTTCGGATTGTAAACCTCTGTTCT TAGTGACGATAATGACGGTAGCTAAGGA GAAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCA GCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGT TGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTG CGTAGGCGGCGAGGCAAGTCAGGCGTGA AATCTATGGGCTTAACCCATAAACTGCG CTTGAAACTGTCTTGCTTGAGTGAAGTA GAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACAC CAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCTTT AACTGACGCTGAAGCACGAAAGCATGGG
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AACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAACGGAACTGTTTTGAAAGATTT CTTCGGAATGAATTTGATTTAGTTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAA CCTGCCTTCAAGAGGGGGATAACATTCT GAAAAGAATGCTAATACCGCATGACATA TCGGAACCACATGGTTCTGATATCAAAG ATTTTATCGCTTGAAGATGGACTCGCGT CCGATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGC TCACCAAGACCGCGATCGGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGGATATTGCGCAATGGGG GCAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGA AGGATGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTT CTTTTATTAAGGACGAAAAATGACGGTA CTTAATGAATAAGCTCCGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGA GCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGTGCGTAGGCGGCTTTGCAAGTC AGATGTGAAATCTATGGGCTCAACCCAT AAACTGCATTTGAAACTGTAGAGCTTGA GTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCCCG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGGGG AGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGC TGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCACGAA AGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAT TACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCTTC CGTGCCGGAGTTAACACAATAAGTAATC CACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGA
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GAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900078395 Anaerotruncus AAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAA rubiinfantis CGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAG
TCGAACGGAGTTTATCCGACTGAAGTTT TCGGATGGAAGATGGATAAACTTAGTGG CGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACC TGCCTTTCAGAGGGGGATAACGATTGGA AACGATCGCTAATACCGCATAACATTAT GAGGAGACATCTTCTTATAATCAAAGGA GCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGGC CGATTAGCTAGATGGTGGGGTAACGGCC CACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACT GAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGAGG AAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAG GGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTC TGTCTTAGGGGAAGAAAATGACGGTACC CTAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGC GAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAA AGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTTGG ATGTTTAAACTAACGGCTCAACTGTTAG GTGCATCCAAAACTGCTGTTCTTGAGTG AAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGT AGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGG AACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGG GCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGC GTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT GGTAGTCCACGCTGTAAACGATGATTAC TAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGT GCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCAC CTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAA GCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAG CAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGA CATCGGATGCATACCATAGAGATATGGG AAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGG TGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGC GCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAA GAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACA AAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAA ATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTA CACACGTACTACAATGGCACTTAAACAA AGGGCAGCAACGTCGCGAGGCGAAGCGA ATCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCGGATC GCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTC GGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCAT GCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTG TACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT CGGTAACACCCGAAGCCAGTAGTCTAAC TGCAAAGAGGACGCTGTCGAAGGTGGGA TTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGAT
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CACCTCCTTT GCF_900104675 Angelakisella AATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC massiliensis GAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTAAGATGAGCTTGCT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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AGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900130065 Sporobacter TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC termitidis GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGACAATTGGTTCGCTG ATTGTCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CGCGTGAGCAATCTGCCCTTCGGAGGGG GACAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATAC CGCATAATGTATATTCAAGGCATCTTGG ATATACCAAAGATTTATCGCCGAAGGAT GAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTG
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AGTCGAACGGAGTTGTGTTGAAAGCTTG CTGGATATACAACTTAGTGGCGGACGGG TGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCTCTC AGAGTGGAATAACGTTTGGAAACGAACG CTAATACCGCATAACGTGAGAAGAGGGC ATCCTCTTTTTACCAAAGATTTATCGCT GAGAGATGGGCTCGCGGCCGATTAGGTA GTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGCCG ACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGA TCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCC CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG GATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGAT GCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGT TTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTTAGG GACGAAAAAATGACGGTACCTAAGGAGG AAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGC
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T GCF_900155615 Massilimaliae AAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAA massiliensis CGCTGTCGGCGCGCCTAACACATGCAAG
TCGAACGAAGCTGCATCGAACGAATTCT TCGGAAAGAGATTGGTACAGCTTAGTGG CGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACC TGCCTTTCAGAGGGGGATAACGTTTGGA AACGAACGCTAATACCGCATAACATATT AAATTCGCATGGATTTGATATCAAAGGA GCAATCCGCTGAAAGATGGACTCGCGTC CAATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCC CACCAAGGCGACGATTGGTAGCCGGACT GAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGG AAACCCTGATGCAGCGACGCCGAGTGAG GGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACCTC TGTCCTTGGTGAAGATAATGACGGTAGC CAAGGAGGAAGCTACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTAGC GAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAA AGGGAGCGTAGGCGGGATTGCAAGTTGA ATGTCAAATCTACGGGCTTAACCCGTAG CCGCGTTCAAAACTGCAGTTCTTGAGTG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900169495 Provencibacterium CTAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG massiliense AACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCA
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CTCCTTT GCF_900176635 Clostridium merdae TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
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AGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900186585 Massilimaliae TAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA timonensis ACGCTGTCGGCGCGCCTAACACATGCAA
GTCGAACGAAGTTGCTTTGAATGAATTC TTCGGAAGGAATTTGATTCAACTTAGTG GCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAAC CTGCCTTTCAGAGGGGGATAACGTCTGG AAACGGACGCTAATACCGCATAACATAT TGGTTTCGCATGGAGCTGATATCAAAGG AGCAATCCGCTGAAAGATGGACTCGCGT CCAATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATTGGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGG GAAACCCTGATGCAGCGACGCCGAGTGA GGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACCT CTGTCCTTGGTGAAGATAATGACGGTAA CCAAGGAGGAAGCTACGGCTAACTACGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTAG CGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AAGGGAGCGTAGGCGGGATTGCAAGTTG AATGTTAAATCTATGGGCTCAACCCATA GCCGCGTTCAAAACTGCAGTTCTTGAGT GAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTG TAGCGGTGAAATGCGTAAATATTAGGAG GAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTG GGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAG CGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGATTA CTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCG TGCCGGAGTTAACACAATAAGTAATCCA CCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAA CTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACA AGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAA GCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTG ACATCCGGTGCATAGCCTAGAGATAGGT GAAGCCCTTCGGGGCACCGAGACAGGTG GTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT GAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG CGCAACCCTTACGTTTAGTTGCTACGCA AGAGCACTCTAGACGGACTGCCGTTGAC AAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCT ACACACGTACTACAATGGCTATTAACAG AGGGAAGCAAGATGGTGACATGGAGCAA ACCCCTAAAAATAGTCTCAGTTCGGATT GCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGCC GGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCAT GCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTG TACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGT TGGCAACACCCGAAGCCGATAGTCTAAC CGCAAGGGGGACGTCGTCGAAGGTGGGG TTGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAG GTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGAT
CACCTCCTTT GCF_900199435 Pygmaiobacter ATTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG massiliensis AACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCA
AGTCGAACGGAGCTTGCACTTCTGAAGT TTTCGGATGGACGAGGTACAAGCTTAGT GGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAAGAA CCTGCCCTTCAGTGGGGGACAACAGTTG GAAACGACTGCTAATACCGCATAAGACC ACAGTACCGCATGGTACAGTGATCAAAG GATTTATTCGCTGAAGGATGGCTTCGCG TCCGATTAGGTAGTTGGTGAGGTAACGG CCCACCAAGCCTACGATCGGTAGCCGGA CTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGAC TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAG GCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGA GGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTG AGGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACC TCTGTCTTCAGGGACGATAATGACGGTA CCTGAGGAGGAAGCACCGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGT GCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGT AAAGGGAGCGCAGGCGGGAAGATAAGTT GGATGTTTAATCTACGGGCTCAACCCGT ATCAGCATTCAAAACTATTTTTCTTGAG TAGTGCAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGT GTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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ATCACCTCCTTT GCF_900240385 Clostridium TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC minihomine GAACGCTGGCGGCATGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTAAGAGATAAGCTTG CTTAACTCTTACTTAGTGGCGGACGGGT GAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTTTCA GAGGGGGATAACGTTCTGAAAAGAACGC TAATACCGCATGATATATCGGTGTCGCA TGGCACTGATATCAAAGGAGCAATCCGC TGAAAGATGGACTCGCGTCCGATTAGCC AGTTGGCGGGGTAATGGCCCACCAAAGC GACGATCGGTAGCCGGGTTGAGAGACTG GACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGC CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG GGATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGA TGCAGCAATGCCGCGTGAGGGAAGACGG TCTTCGGATTGTAAACCTCTGTCCTTGG TGAAGATAATGACGGTAGCCAAGGAGGA AGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCC GCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGT CCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGT AGGCGGCTTTTCAAGTCGGGCGTGAAAG CTGTGGGCTTAACCCACAAATTGCGTTC GAAACTGGAGAGCTTGAGTGAAGTAGAG GTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGA AATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAG TGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCTTTAAC TGACGCTGAGGCACGAAAGCATGGGTAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCC ATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTG GGGGGTCTGACCCCTTCCGTGCCGGAGT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
TAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGA GTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGA AGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCAAC TAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCC TTCGGGGAAAGTTGAGACAGGTGGTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA CCCCTGTGATTAGTTGCTACGCAAGAGC ACTCTAATCAGACTGCCGTTGACAAAAC GGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCA TCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACA CGTACTACAATGGTCGTTAACAACGGGA AGCTAAGCCGCGAGGTGGCGCAAATCCC CAAAAACGGTCTCAGTTCGGATTGTAGG CTGCAACCCGCCTACATGAAGTTGGAAT TGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGC GGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACAC ACCGCCCGTCACACCACGGGAGCCGGTA ATACCCGAAGCCGATAGTCTAACCGCAA GGAGGACGTCGTCGAAGGTAGGATTGGC GACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGC CGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCT
CCTTT GCF_900289145 Neobitarella TAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA massiliensis ACGCTGGCGGCGCGCTTAACACATGCAA
GTCGAACGGACACATCCGACGGAATAGC TTGCTAGGAAGATGGATGTTGTTAGTGG CGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACC TACCTCAGAGTGGGGGACAACAGTTGGA AACGACTGCTAATACCGCATAAGATGGC AGGGTCGCATGGCCTGGTCATAAAAGGA GCAATTCGCTCTGAGATGGGCTCGCGTC TGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCT CACCAAGGCAACGATCAGTAGCCGGACT GAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGG AAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAG GGAAGACGGTTTTCGGATTGTAAACCTC TGTCTTGTGGGACGATAGTGACGGTACC ACAGGAGGAAGCCATGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGATGGC GAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAA AGGGAGTGTAGGCGGGCTGGTAAGTTGA ATGTGAAACCTTCGGGCTCAACCCGGAG CGTGCGTTCAAAACTGCTGGTCTTGAGT GAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCCGGTG TAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAG GAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTG GGCTTTTACTGACGCTGAGGCTCGAAAG CATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTA CTAGGTGTGGGGGGATTGACCCCCTCCG TGCCGGAGTTAACACAATAAGTAATCCA CCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAA CTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACA AGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAA GCAACGCGAAAAACCTTACCAGGTCTTG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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TCACCTCCTTT GCF_000154385 Faecalibacterium TATAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC prausnitzii GAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGAGCGAGAGAGAGCTTGCT TTCTTGAGCGAGTGGCGAACGGGTGAGT AACGCGTGAGGAACCTGCCTCAAAGAGG GGGACAACAGTTGGAAACGACTGCTAAT ACCGCATAAGCCCACGGCTCGGCATCGA GCAGAGGGAAAAGGAGCAATCCGCTTTG AGATGGCCTCGCGTCCGATTAGCTGGTT GGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACG ATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACG GCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCA GCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTT CGGATTGTAAACTCCTGTTGTTGAGGAA GATAATGACGGTACTCAACAAGGAAGTG ACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG TAAAACGTAGGTCACAAGCGTTGTCCGG AATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGC GGGAAGACAAGTTGGAAGTGAAATCCAT GGGCTCAACCCATGAACTGCTTTCAAAA CTGTTTTTCTTGAGTAGTGCAGAGGTAG GCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATG CGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGC GAAGGCGGCCTACTGGGCACCAACTGAC GCTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACAC TGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGAG GATTGACCCCTTCAGTGCCGCAGTTAAC ACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACG ACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTG ACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTAT GTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAA CCTTACCAAGTCTTGACATCCCTTGACG ATGCTGGAAACAGTATTTCTCTTCGGAG CAAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCG TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTA AGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATGG TCAGTTACTACGCAAGAGGACTCTGGCC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGG TGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCT TTATGACTTGGGCTACACACGTACTACA ATGGCGTTAAACAAAGAGAAGCAAGACC GCGAGGTGGAGCAAAACTCAGAAACAAC GTCCCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACT CGCCTGCACGAAGTCGGAATTGCTAGTA ATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATA CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCG TCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGA AGTCGGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACG CCGCCGAAGGTAAAACTGGTGATTGGGG TGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAG
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GTCGAACGGAGATAATTTGAGTTTACTT GGATTATCTTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACACGTGAGCAACCTGCCTTTGAGAGA GGGATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAAT ACCTCATAACATAATTGAAGGGCATCCT TTAATTATCAAAGATTTATCACTCAAAG ATGGGCTCGCATCTGATTAGATAGTTGG TGAGGTAACGGCTCACCAAGTCGACGAT CAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGC CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGAC TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT TGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGC GATGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCG GATTGTAAACTCCTGTCTTAAAGGACGA TAATGACGGTACTTTAGGAGGAAGCTCC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAA TTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGG GATTGCAAGTCAGATGTGAAATACATGG GCTCAACCCATGGGCTGCATTTGAAACT GTAGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGC GGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGA AGGCGGCTTACTGGGCTTTTACTGACGC TGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGA CTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACAC AATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGC CGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGAC GGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGT GGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACC TTACCAGGTCTTGACATCGTATGCATAA CTTAGAGATAAGTGAAATCCCTTCGGGG ACATATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTC GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTT AAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACC TTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAAA GGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAG GTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCC CTTATGACCTGGGCTACACACGTACTAC AATGGCAATTAACAAAGAGAAGCAAGAC AGCGATGTGGAGCAAATCTCGAAAAATT GTCCCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACT
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AAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_000177015 bactéria TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT Ruminococcaceae D16 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTGCCTTTGAAAGAGG ATTCGTCCAATTGATAAGGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACACAGT GAAAATTGTGCTAATACCGCATAATGCA GTTGGGCCGCATGGCTCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTCTTAGGGACGAAGCAAGTGACGG TACCTAAGGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAG TCAGATGTGAAAACCACGGGCTCAACCT GTGGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTACTGGAGAGGCAGACGGAATTCCT AGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTA GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCT GCTGGACAGCAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCT TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATCCCGAGGCCCGGTCTAGAGA TAGACCTTTCTCTTCGGAGACCTCGGTG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTG CTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGC CGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGAC GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTC CTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGG TTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGT GGAGCAAACCCCTAAAAGCCATCCCAGT TCGGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCA TGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGA TCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCG GGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTA GCCTAACCGCAAGGGGGGCGCGGCCGAA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GCTGGATCACCTCCTTT GCF_000178155 Ruminococcus albus GGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCG
GACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGG ACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGG AGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATG GGCGAAAGCCTGATGCAGCGATGCCGCG TGAGGGAAGAAGGTTTTAGGATTGTAAA CCTCTGTCTTCGGGGACGATAATGACGG TACCCGAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG GAGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGT GTAAAGGGAGCGTAGGCGGGACTGCAAG TCAGGTGTGAAATGTAGGGGCTTAACCC CTACCCTGCACTTGAAACTGTGGTTCTT GAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCT AGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTA GGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTT ACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG ATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCT TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAA TCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT CTTGACATCGTGAGCATAGCTTAGAGAT AAGTGAAATCCCTTCGGGGACTCATAGA CAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCG TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGC AACGAGCGCAACCCTTACTGTTAGTTGC TACGCAAGAGCACTCTAGCAGGACTGCC GTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATG ACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACC TGGGCTACACACGTACTACAATGGCTGT TAACAGAGGGAAGCAAAGCAGTGATGCA GAGCAAAACCCTAAAAGCAGTCTTAGTT CGGATTGTAGGCTGCAACCCGCCTACAT GAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGAT CAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGG GCCTTGTACACACCGCCCGTCACGCCAT GGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCTGTGT TCTAACCGCAAGGAGGAAGCAGTCGAAG GTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGT AACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGG
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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AAGTCGAACGGAGCACCCCTGAAGGAGT TTTCGGACAACGGAAGGGAATGCTTAGT GGCGGACTGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTCCAGAGGGGGACAACAGTTG GAAACGACTGCTAATACCGCATGAAACA TTTGAACCGCATGGTTTGAATGTCAAAG ATTTATCGCTGGAAGATGGCCTCGCGTC TGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCC CACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACT GAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTG AGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCG CAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAA GGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTC TTTTAAGAGGGAAGAGAAGAAGACGGTA CCTCTTGAATAAGCCACGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTG GCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGCGTGCAGCCGGGAAGACAAGTC AGATGTGAAATCCCGCGGCTCAACCGCG GAACTGCATTTGAAACTGTTTTTCTTGA GTACCGGAGAGGTCATCGGAATTCCTTG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAAGG AAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATGAC
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TGGATCACCTCCTTT GCF_000421005 bactéria ATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCA Clostridiales NK3B98 CCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGA
GAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAG ACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAG CAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAA ACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGTG ATGACGGCCTTCGGGTTGTAAAGCTCTG TCTTCAGGGACGATAATGACGGTACCTG AGGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCC AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGA GCGTTATCCGGATTTACTGGGCGTAAAG GATGCGTAGGTGGAATTTTAAGTGGGAT GTGAAATACCCGGGCTCAACCTGGGAAC TGCATTCCAAACTGGAATTCTAGAGTGC AGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTA GCGGTGAAATGCGTAGAGATTAGGAAGA ACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGA CAGTAACTGACGCTAAGGCGCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCACGCCGTAAACGATGGGTACT AGGTGTAGGGGTTTCGATACCTCTGTGC CGCCGTAAACACAATAAGTACCCCGCCT GGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTC AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGT AGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCA ACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACA TCCCGGCGACCGGTGTAGAGATACACCT TCTTCTTCGGAAGCGCCGGTGACAGGTG GTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT GAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG CGCAACCCCTATAGTTAGTTGCTAACAG
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ACAAGGTAGCCGT GCF_000469425 Oscillibacter sp. TATAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC KLE 1728 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
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TTGACATCCTACTAACGAAGTAGAGAT GCF_000492175 bactéria Firmicutes TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT ASF500 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGGACCCCTGAAGGAGT TTTCGGACAACTGAAGGGAATCCTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAA CCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACAGCTG GAAACAGCTGCTAATACCGCATGATATG TCTGTGTCGCATGGCACTGGACATCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGACTCGCGT CTGATTAGCTAGTTGGCGGGGTAACGGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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AAGTCGAACGGGGTTACAAGATAAGCTT GCTTAATTTGTAACCTAGTGGCGGACGG GTGAGTAACACGTGAGCAATCTGCCCTT AAGAGGGGGATACCAGTTAGAAATGACT GTTAATACCGCATAAGATAGTAGTACCG CATGGTACAGCTATAAAAGATTTATCGC TTAAGGATGAGCTCGCGTCTGATTAGCT AGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGC AACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTG GACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGC CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG GAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGA TGCAGCGATGCCGCGTGAGGGAAGAAGG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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TTT GCF_000686125 Ruminococcus sp. TTAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG NK3A76 AACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGCA
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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AGTCGAACGGAGTTTAAGAGAGCTTGCT CTTTTAAACTTAGTGGCGGACGGGTGAG TAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAG AGGGATAGCTTCTGGAAACGGATGGTAA TACCTCATAACATATTGATACGGCATCG TATTGATATCAAAGATTTATCGCTGAAA GATGGGCTCGCGTCTGATTAGCTGGTTG GTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCAACGA TCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGG CCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGA CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATA TTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAG CGATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTC GGATTGTAAACCTCTGTCATCGGGGACG AAAATGACGGTACCCGAGAAGGAAGCTC CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGT AATACGTAGGGAGCAAGCGTTATCCGGA ATTACTGGGTGTAAAGGGAGTGTAGGCG GGACTGCAAGTCAGATGTGAAATATGCC GGCTCAACTGGCAGACTGCATTTGAAAC TGTGGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAG CGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGC GTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCG AAGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACG CTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCT GTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGG ACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACA CAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGG CCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGA CGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATG TGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAAC CTTACCAGGTCTTGACATCGAGTGAAGT ATCAAGAGATTGATATGTCTTCGGACAC AAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTACCATTA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC AAGTCGAACGGAATTAAGTTTAACACCG AACACTTTGTTTGGTGGGGACACCTGAC CGAGTGGTGGGTGTTGAGCTTAATTTAG TGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTA ACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACGTCT GGAAACGGACGCTAATACCGCATGACAT ATTTGGGCTGCATGGTCTGAATATCAAA GGAGCAATCCGCTGAAAGATGGACTCGC GTCCGATTAGCTAGTTGGTGAGATAAAG GCCCACCAAGGCGACGATCGGTAGCCGG ACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGA CTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA GGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGG AGGAAACTCTGATGCAGCAACGCCGCGT GAGGGAAGACGGTTTTCGGATTGTAAAC CTCTGTCCTTGGTGACGAAACAAATGAC GGTAGCCAAGGAGGAAGCTCCGGCTAAC TACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTA GGGAGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGG GTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTCTGCA AGTCAGGCGTGAAATATATGGGCTTAAC CCATAGACTGCGTTTGAAACTGTGGAGC TTGAGTGAAGTAGAGGTAGGCGGAATTC CCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGAT CGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGC TTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCA CGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGA TGATTACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCC CTTCCGTGCCGGAGTTAACACAATAAGT AATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGG TTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCC CGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAA TTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAG GTCTTGACATCCAACTAACGAAGCAGAG ATGCATCAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTT GAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCCTGTGATTAG TTGCTACGCAAGAGCACTCTAATCAGAC TGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGG GACGACGTCAAATCATCATGCCCTTTAT GACCTGGGCTACACACGTACTACAATGG
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_001305095 bactéria Clostridia TCTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG UC5 1 2F7 AACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCA
AGTCGAACGAGCCGAGGGGAGCTTGCTC CCCAGAGCTAGTGGCGGACGGGTGAGTA ACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGG GGATAACGTTTGGAAACGAACGCTAATA CCGCATAACATACCGGGACCGCATGATT CTGGTATCAAAGGAGCAATCCGCTGAAA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGTTG GCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGA TCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGATCGG CCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGA CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATA TTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAG CGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTC GGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGACG ATAATGACGGTACCCAAGGAGGAAGCTC CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGT AATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGA ATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCG GGGTCTCAAGTCGAATGTTAAATCTACC GGCTCAACTGGTAGCTGCGTTCGAAACT GGGGCTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGC GGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGA AGGCGGCCTGCTGGGCTTTTACTGACGC TGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGAC TGACCCCTTCCGTGCCGGAGTTAACACA ATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACC GCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACG GGGGCCCGCACAAGCAGTGGATTATGTG GTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCT TACCAGGTCTTGACATCGAGTGACGGCT CTAGAGATAGAGCTTTCCTTCGGGACAC AAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTA GTTGCTACATTCAGTTGAGCACTCTAAT GAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAG GTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCC CTTATGACCTGGGCTACACACGTAATAC AATGGCGATCAACAGAGGGAAGCAAGAC CGCGAGGTGGAGCAAACCCCTAAAAGTC GTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACT CGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTA ATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATA CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCG TCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGA AGTCAGTAGCCTAACCGCAAAGAGGGCG CTGCCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGG TGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGG
AAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_001305115 bactéria Clostridia TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC UC5 1 1E11 GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTTAAGAGAGCTTGCT CTTTTAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACGCGTGAGTAACCTGCCTTTCAGAGG GGAATAACATTCTGAAAAGAATGCTAAT ACCGCATGAGATCGTAGTATCGCATGGT ACAGCGACCAAAGGAGCAATCCGCTGAA AGATGGACTCGCGTCCGATTAGCTAGTT GGTGAGATAAAGGCCCACCAAGGCGACG ATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACG GCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGAT ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTCTT CGGATTGTAAACTTCTGTCCTCAGGGAA GATAATGACGGTACCTGAGGAGGAAGCT CCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG TAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGG ATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGC GGATCTGCAAGTCAGTAGTGAAATCCCA GGGCTTAACCCTGGAACTGCTATTGAAA CTGTGGGTCTTGAGTGAGGTAGAGGCAG GCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATG CGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGGC GAAGGCGGCCTGCTGGGCCTTAACTGAC GCTGAGGCACGAAAGCATGGGTAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGC CGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGTG GTCTGACCCCATCCGTGCCGGAGTTAAC ACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACG GCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTG ACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTAT GTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA CCTTACCAGGTCTTGACATCCTGCTAAC GAGGTAGAGATACGTTAGGTGCCCTTCG GGGAAAGCAGAGACAGGTGGTGCATGGT TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC TGCTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTC TAATAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAG GAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTA CTACAATGGCCGTCAACAGAGAGAAGCA AAGCCGCGAGGTGGAGCAAAACTCTAAA AACGGTCCCAGTTCGGATCGTAGGCTGC AACCCGCCTACGTGAAGTTGGAATTGCT AGTAATCGCGGATCATCATGCCGCGGTG AATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCG CCCGTCACACCATGGGAGCCGGTAATAC CCGAAGTCAGTAGTCTAACCGCAAGGGG GACGCTGCCGAAGGTAGGATTGGCGACT GGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA TCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTT
T GCF_001305135 bactéria Clostridia TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT UC5 1 1D1 GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGGGTTATTTTGGAAATCT CTTCGGAGATGGAATTCTTAACCTAGTG GCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAAT CTGCCTTTAGGAGGGGGATAACAGTCGG AAACGGCTGCTAATACCGCATAATACGT TTGGGAGGCATCTCTTGAACGTCAAAGA TTTTATCGCCTTTAGATGAGCTCGCGTC TGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCC CACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACT GAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGG AAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAT TGAAGAAGGCCTCGGGTTGTAAAGATCT TTAATCAGGGACGAAAAATGACGGTACC TGAAGAATAAGCTCCGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAA AGGGCGCGCAGGCGGGCCGGCAAGTTGG GAGTGAAATCCCGGGGCTTAACCCCGGA ACTGCTTTCAAAACTGCTGGTCTTGAGT GATGGAGAGGCAGGCGGAATTCCGTGTG TAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAG GAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTG GACATTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAG CGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATA CTAGGTGTGGGAGGTATTGACCCCTTCC GTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCC ACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAA ACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGA AGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTT GACATCCCGATGACCGGCGTAGAGATAC GCCCTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGG TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACG AGCGCAACCCTTACGGTTAGTTGATACG CAAGATCACTCTAGCCGGACTGCCGTTG ACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGT CAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGG CTACACACGTACTACAATGGCAGTCATA CAGAGGGAAGCAATACCGCGAGGTGGAG CAAATCCCTAAAAGCTGTCCCAGTTCAG ATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAA GTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAG CATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCC TTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAG AGCCGTCAATACCCGAAGTCCGTAGCCT AACCGCAAGGGGGGCGCGGCCGAAGGTA GGGGTGGTAATTAGGGTGAAGTCGTAAC AAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTG
GATCACCTCCTTT GCF_001486665 Fournierella TATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC massiliensis GAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGCTTGCTTGTCAGATC CTTTCGGGGTGACGACTTGTAAGCTTAG TGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTA ACCTGCCCCAGAGTGGGGGACAACAGTT GGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGCC CACGGAACCGCATGGTTCAGAGGGAAAA GGAGCAATTCGCTTTGGGATGGACTCGC GTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACG GCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGG ACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGA CTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA GGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGG GGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGT GGAGGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAC TCCTGTCGTAAGGGACGATAGTGACGGT ACCTTACAAGAAAGCCACGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGT GGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTG TAAAGGGAGCGCAGGCGGGTCTGCAAGT TGGAAGTGAAACCCATGGGCTCAACCCA TGAACTGCTTTCAAAACTGCGGATCTTG AGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGG GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTA CTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGA AAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGA TTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTT CCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAAT CCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTC TTGACATCCCGTGCATAGCATAGAGATA TGTGAAGTCCTTCGGGACACGGAGACAG GTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGT CGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAAC GAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTAC GCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTT GACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACG TCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGG GCTACACACGTACTACAATGGCAATTAA CAAAGAGAAGCAAAGCCGCGAGGTGGAG CAAACCTCATAAAAATTGTCTCAGTTCA GATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGA AGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCA GCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGC CTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGA GAGCCGGGGGGACCCGAAGTCCGTAGCC TAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGT AAAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAA CAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCT
GGATCACCTCCTTT GCF_001695555 Clostridium sp. W14A TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC AAGTCGAACGGAAACAGATTGAAGCTTG CTTTGAACTGTTTTAGTGGCGGACGGGT GAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTTCA GAGGGGGATAACGTCTGGAAACGGACGC TAATACCGCATGACATTTTGTTGCCGCA TGGTGATAAAATCAAAGGAGCAATCCGC TGAGAGATGGACTCGCGTCCGATTAGCC GGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGC AACGATCGGTAGCCGGGCTGAGAGGCTG AACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGC CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG GGATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGA TGCAGCAACGCCGCGTGAGGGAAGAAGG TTTTCGGATTGTAAACCTCTGTCCTCAG GGACGATAATGACGGTACCTGAGGAGGA AGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCC GCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGT CCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGT AGGCGGCACTGCAAGTCAGGTGTGAAAA CCATGGGCTTAACTTATGGATTGCACTT GAAACTGTGGTGCTTGAGTGAAGTAGAG GCAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGA AATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAG TGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAAC TGACGCTGAGGCACGAAAGCATGGGTAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCC ATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGGGGTCTGACCCCTTCCGTGCCGGAGT TAACACAATAAGTAATCCACCTGGGAAG TACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGA GTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGA AGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCAAC TAACGAAGCAGAGATGCATCAGGTGCCC TTCGGGGAAAGTTGAGACAGGTGGTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA CCCTTGTGATTAGTTGCTACGCTAAGAG CACTCTAATCAGACTGCCGTTGACAAAA CGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATC ATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAC ACGTACTACAATGGCCGTTAACAACGGG AAGCGAAGCCGCGAGGCGGAGCAAAACC CCAAAAACGGTCTCAGTTCGGATCGCAG GCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCTGGAA TTGCTAGTAATCGCGGATCATCATGCCG CGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACA CACCGCCCGTCACACCATGGGAGCCGGT AATACCCGAAGTCGGTAGCCTAACCGCA AGGAAGGCGCCGCCGAAGGTAGGATTGG CGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG CCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACC
TCCTTT GCF_002119605 bactéria TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC Ruminococcaceae CPB6 GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGAAACTTTTTGCTTCGGTA GAAAGTTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CGCGTGAGGAACCTGCCTTTCAGAGGGG GATAATGTCTGGAAACGGACACTAATAC CGCATGACATTTTCTGTTCACATGGACA GAAAATCAAAGGAGCAATCTGCTGAAAG ATGGACTCGCGTCCGATTAGCTAGATGG TGAGATAATAGCCCACCATGGCGACGAT CGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGC CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGAC TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATAT TGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGC AACGCCGCGTGAAGGAAGACGGTCTTCG GATTGTAAACTTTTGTACCTAGGGACGA TAATGACGGTACCTAGGCAGCAAGCTCC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAT TTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGG CCAAGCAAGTCAGCTGTGAAAACTATGG GCTTAACCCATAGCCTGCAATTGAAACT GTTTGGCTTGAGTGAAGTAGAGGTAGGT GGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGGCGA AGGCGACCTACTGGGCTTTAACTGACGC TGAAGCACGAAAGCATGGGTAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCTG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGT CTGACCCCTTCCGTGCCGGAGTTAACAC AATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGAC CGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGAC GGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGT GGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
TTACCAGGTCTTGACATCCAACTAACGA AGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGG GAAAGTTGAGACAGGTGGTGCATGGTTG TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGG TTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTA CTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTA GCAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGA AGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGC CCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACT ACAATGGCCGTTAACAGAGAGAAGCGAT ACCGCGAGGTGGAGCGAACCTCAAAAAG CGGTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAA CCCGCCTGCATGAAGTTGGAATTGCTAG TAATCGCGGATCATAATGCCGCGGTGAA TACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCC CGTCACACCATGGGAGCCGGTAATACCC GAAGTCAGTAGTCTAACCGCAAGGAGGA CGCTGCCGAAGGTAGGATTGGCGACTGG GGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATC
AGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_002159175 Flavonifractor sp. TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT An92 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTGCTCATGACGGAGT TTTCGGACAACGGATTGAGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACAGTTG GAAACAGCTGCTAATACCGCATAATGCA GTTGGGTCGCATGGCCCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGATGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTGTCAGGGACGAAACAAATGACGG TACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAG TCAGATGTGAAAACCAGGGGCTCAACCT CTGGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCG TGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAC GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATT GCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCC TCCGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATCCTACTAACGAAGCAGAGAT GCATAAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGA GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC GCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTG CCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGA CGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGT CCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTG GTTAACAGAGGGAGGCAAAACCGCGAGG TGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAG TTCGGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGT ATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG ATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCC GGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACC ATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGT AGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGA AGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTC GTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGC
GGCTGGATCACCTCCTTT GCF_002159225 Flavonifractor sp. TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT An91 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTGCTCATGACGGAGG ATTCGTCCAACGGATTGAGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACAGCCC GAAAGGGTTGCTAATACCGCATGATGCA GTTGGGCCGCATGGCTCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGATGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTATTCGGGACGAAGAAAATGACGG TACCGAATGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGACTGCAAG TCAGATGTGAAAACTATGGGCTCAACCC ATAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCG TGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATAC GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATT GCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCC TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG
CTTGACATCCC GCF_002159455 Flavonifractor sp. TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT An306 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTGCTCATGACAGAGG ATTCGTCCAATGGATTGAGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACAGACC GAAAGGCCTGCTAATACCGCATGATACA GTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGTCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CTGATTAGCTAGTTGGCGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTCTCGGGGACGAAACAAATGACGG TACCTGAGGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCGAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAG TCAGACGTGAAAACTATGGGCTCAACCC ATAGCCTGCGTTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCG TGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAC GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATT GCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCC TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGAT GCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGA GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC GCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTT GCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTG CCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGA CGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGT CCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTG GTTAACAGAGGGAAGCAATACCGCGAGG TGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAG TTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGT ATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG ATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCC GGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACC ATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGT AGCCTAACAGCAATGGGGGCGCGGCCGA AGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTC GTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGC
GGCTGGATCACCTCCTTT GCF_002160015 Anaerofilum sp. TATAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC An201 GAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGCTATTTCGATAGATC CCTTCGGGGTGACATTGGCTTAGCTTAG TGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGGA ACCTGCCCTTCAGAGGGGGACAACAGTT GGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGAC CACAGAGCCGCATGGCTCAGGGGTCAAA GGAGAAATCCGCTGAAGGATGGCCTCGC GTCCGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACG GCCCACCAAGCCGACGATCGGTAGCCGG ACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGA CTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA GGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGT GAGGGAAGAAGATTTTCGGATTGTAAAC CTCTGTCTTCGGGGACGATAATGACGGT ACCCGAGGAGGAAGCCACGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT GGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTG TAAAGGGAGCGCAGGCGGGTTTGCAAGT TGGATGTTTAATCGAGGGGCTCAACCCC TTTCCGCATTCAAAACTGCAGATCTTGA GTGGTGCAGAGGTAGGCGGAATTCCCGG TGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGG AGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTAC TGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAA AGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGAT TACTAGGTGTGGGGGGATTGACCCCCTC CGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATC CACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA CAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCT TGACATCCCGTGCATAGCATAGAGATAT GTGAAGTCCTTCGGGACACGGAGACAGG TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACG AGCGCAACCCTTACTGATAGTTACTACG CAAGAGGACTCTATCGGGACTGCCGTTG ACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGT CAAATCATCATGCCCTATATGACCTGGG CTACACACGTACTACAATGGCTATGAAC AAAGAGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGC AAACCTCATAAAAATAGTCTCAGTTCGG ACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAA GCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAG CATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCC TTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAG AGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCT AACCGCAAGGAGGACGCCGCCGAAGGTA AAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAAC AAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTG
GATCACCTCCTTT GCF_002160025 Anaeromassilibacillu TCTTGTTGCTTAGTGGCGGACGGGTGAG s sp. An200 TAACACGTGAGTAACCTGCCTCTCAGAG
GGGGATAACGTCTTGAAAAGGACGCTAA TACCGCATGATATCTCTTGACCGCATGG TCGGGAGATCAAAGGAGCAATCCGCTGA GAGATGGACTCGCGTCCGATTAGCCAGT TGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCAAC GATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAAC GGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCA GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGA TATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGC AGCAACGCCGCGTGAAGGATGAAGGTCT TCGGATTGTAAACTTTTGTCCTATGGGA AGAAGAAAGTGACGGTACCATAGGAGGA AGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCC GCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGT CCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGT AGGCGGAAGAGCAAGTCAGTAGTGAAAT CTGGGGGCTTAACCCCCAAACTGCTATT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GAAACTGTTTTTCTTGAGTGGAGTAGAG GTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGA AATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAG TGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCTCTAAC TGACGCTGAGGCACGAAAGTGTGGGTAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCC ACACCGTAAACGATGATTACTAGGTGTG GGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGGAGT TAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAG TACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGA GTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGA
AGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCAA GCF_002160275 Pseudoflavonifractor AAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGA sp. An187 GGAACCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACA
GTTGGAAACAGCTGCTAATACCGCATAA TGCAACGGAATCGCATGACTCTGTTGCC AAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCG CGTCTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAAC GGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCG GACTGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGG ACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGG AGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATG GGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCG TGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAA CTTCTTTTGTCAGGGACGAACAAATGAC GGTACCTGACGAATAAGCCACGGCTAAC TACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTA GGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGG GTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGACTGCA AGTCAGATGTGAAAACCACGGGCTCAAC CTGTGGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTC TTGAGTGTCGGAGAGGCAATCGGAATTC CGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATAT ACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGA TTGCTGGACGATAACTGACGCTGAGGCG CGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGA TGGATACTAGGTGTGGGGGGACTGACCC CCTCCGTGCCGCAGTTAACACAGTAAGT ATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGG TTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCC CGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAA TTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAG GACTTGACATCCTACTAACGAAGCAGAG ATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTA GAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAG TTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGAC TGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGG GACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGG CGGTTAACAAAGAGAGGCAATACCGCGA GGTGGAGCAAATCTCAAAAAGCCGTCCC AGTTCGGATTGCAGGCTGCAACCCGCCT GCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGC GGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTC CCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACA CCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCGGCC GAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAG TCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGT
GCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_002160305 Pseudoflavonifractor TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT sp. An184 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S GCF_002160515 Anaeromassilibacillu TTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGT s sp. An172 GAGTAACCTGCCTTCAAGAGGGGAATAA
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ACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAA GTCGAACGGAGTTATTTTGGCTGAAGTT TTCGGATGGACGCCGGGATAACTTAGTG GCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGGAAC CTGCCCTTGAGTGGGGGACAACAGTTGG AAACGACTGCTAATACCGCATAAGCCCA CAGAGCCGCATGGCTCAGGGGGAAAAGG AGCAATTCGCTTAAGGATGGACTCGCGT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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AAGTCGAACGGAGTGCTCATGACAGAGG ATTCGTCCAATGGAATGAGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAA CCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACACAAC GAAAGCTGTGCTAATACCGCATAATGCA GCTGAGTCGCATGGCTCTGGCTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGACTCGCGT CTGATTAGCTAGTTGGCGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGGCCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GCTGGATCACCTCCTTT GCF_002161215 Flavonifractor sp. TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT An10 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGAACCCCTGATAGAGG ATTCGTCCAATTGAAGGGAATTCTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACAGTCC GAAAGGACTGCTAATACCGCATAATGCA GTTGGGCCGCATGGCTCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGC CCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCCCTCGGGTTGTAAACTT CTTTTGACAGGGACGAAGAAAATGACGG TACCTGTCGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900067065 bactéria TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC Eubacteriaceae GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC CHKCI005 AAGTCGAACGGACGAGAAGGTGCTTGCA
CCTTCAAGTTAGTGGCGGACGGGTGAGT AACGCGTGAGCAACCTGCCTCAAAGAGG GGGATAACGTCTGGAAACGGACGCTAAT ACCGCATGACGTATTCGATAGGCATCTA TTGAATACCAAAGGAGCAATCCGCTTTG AGATGGGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTT GGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACG ATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACG GCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGAT ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCA GCAACGCCGCGTGAAGGAAGACGGTTTT CGGATTGTAAACTTCTGTTCTTAGTGAC GATAATGACGGTAGCTAAGGAGAAAGCT CCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG TAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGG AATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGC GGGAGATCAAGTCAGATGTGAAAACTAT GGGCTCAACCCATAACCTGCATTTGAAA CTGGTTTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAG GCGGAATTCCGAGTGTAGCGGTGAAATG
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T GCF_900100595 bactéria TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC Ruminococcaceae P7 GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTTGAGGAGCTTGCTC CTTAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CGCGTGAGTAACCTGCCTCTGAGAGGGG AATAACGTTCTGAAAAGAACGCTAATAC CGCATGACACATATTTGCCGCATGACAG ATATGTCAAAGATTTTATCGCTCAGAGA TGGACTCGCGTCCGATTAGTTAGTTGGT GAGGTAACGGCTCACCAAGACCGCGATC GGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCC ACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT CCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATT GCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCA ACGCCGCGTGAAGGATGAAGGTTTTCGG ATTGTAAACTTCTTTTCTCAGGGACGAA ATTTGACGGTACCTGAGGAATAAGCTCC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAT TTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGG CTTTGTAAGTCAGATGTGAAATCTATGG GCTCAACCCATAAACTGCATTTGAAACT ACAGAGCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGC GGAATTCCCTGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGAGATAGGGAGGAACACCAGTGGCGA AGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGC TGAGGCACGAAAGCGTGGGTAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTG TAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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GAAGTCAGTAGCTTAACCT GCF_900101355 Ruminococcus bromii TTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG
AACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAACGGAACTGCTTCGAAGGATTT CTTCGGAATGACATTGATTCAGTTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAA CCTGCCTTCAAGAGGGGGATAACATTCT GAAAAGAATGCTAATACCGCATGACATA TGATTGTCGCATGGCAGACATATCAAAG ATTTATCGCTTGAAGATGGACTCGCGTC CGATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCC CACCAAGACCGCGATCGGTAGCCGGACT GAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGGATATTGCGCAATGGGGG CAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAA GGATGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTTC TTTTATTAAGGACGAATAATGACGGTAC TTAATGAATAAGCTCCGGCTAACTACGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAG CAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGTA AAGGGTGCGTAGGCGGCTAAGCAAGTCA GATGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATA AACTGCATTTGAAACTGCATAGCTTGAG TGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCCCGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGGGGA GGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCT GGGCTTTAACTGACGCTGAGGCACGAAA GCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACC CTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGATT ACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCTTCC GTGCCGGAGTTAACACAATAAGTAATCC ACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAA ACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC AAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGA AGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTT GACATCCAACTAACGAGATAGAGATATG TTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTTGAGAC AGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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AAATAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTA ACACGTGAGCAATCTGCCTTTCAGAGGG GGATAGCAGTTGGAAACGACTGATAATA CCGCATAATATAACGAAACCGCATGACC CTGCTATCAAAGATTTATCGCTGAAAGA TGAGCTCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGT GAGGTAACGGCTCACCAAGCCGACGATC AGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCC ACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT CCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATT GCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCG ATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAGG ATTGTAAACCTCTGTCCTATGGAAAGAT AATGACGGTACCATAGGAGGAAGCTCCG GCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAA TACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAAT TACTGGGTGTAAAGGGAGTGTAGGCGGG ACTGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGG CTTAACCCATAGACTGCATTTGAAACTG CAGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCG GAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGT AGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAA GGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGCT GAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGT AAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGAC
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TTCGGGCAGAAGCTGGCTTAGCTTAGTG GCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAAC CTGCCTTTGCGAGGGGGATAACGTTTGG AAACGAACGCTAATACCGCATAATGTCA GAAGGTCGCATGATTTTCTGACCAAAGA TTTATCGCGCAAAGATGGGCTCGCGTCC GATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCCC ACCAAGTCTGCGATCGGTAGCCGGACTG AGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA GCAGTGGGGGATATTGCACAATGGAGGG AACTCTGATGCAGCGATGCCGCGTGAGG GAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCT GTCTTCAGGGACGAACACAATGACGGTA CCTGAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGA GCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGT AAAGGGAGTGTAGGCGGGTCTCCAAGTC CGTTGTCAAATCTATCGGCTCAACCGAT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
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TCACCTCCTTT GCF_900110045 Hydrogenoanaerobacte AGTTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACAC rium saccharovorans GTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGGGAAT
AACATTCGGAAACGAATGCTAATACCGC ATAATGCAACGAGATGGCATCATCTTGC TGCCAAAGATTTATCGCTGAAAGATGGG CTCGCGCCCGATTAGCTAGTTGGTGAGG TAATGGCCCACCAAGGCAACGATCGGTA GCCGGACTGAGAGGTTGATCGGCCACAT TGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTA CGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCAC AATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGC CGCGTGAGGGAAGACGGTTTTCGGATTG TAAACCTCTGTCTTCAGGGACGATAATG ACGGTACCTGAGGAGGAAGCACCGGCTA ACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACG TAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACT GGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATTG TAAGTTGGATGTGTAATGTACCGGCTCA ACCGGTAACTTGCATTCAAAACTGCAGT TCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAAT TCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAT ATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG GCCTGCTGGGCTTTTACTGACGCTGAGG CTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAAC GATGATTACTAGGTGTGGGTGTGCAAGC ATCCGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGTA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
ATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGC TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCC GCACAAGCAGTGGATTATGTGGTTTAAT TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGG TCTTGACATCCCTTGCATACCATAGAGA TATGGGAAGCCCTTCGGGGCAAGGAGAC AGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGT GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCA ACGAGCGCAACCCTTACTATTAGTTGCT ACGCAAGAGCACTCTAATAGGACTGCCG TTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGA CGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCT GGGCTACACACGTAATACAATGACGATA AACAGAGGGTAGCGAAGCCGCGAGGTGG AGCCAATCCCCAAAAGTCGTCTCAGTTC GGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATG AAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCAGGTC AGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGG CCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATG GGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGT CTAACCGCAAGGAGGACGCTGTCGAAGG TGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTA ACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC
TGGATCACCTCCTTT GCF_900113995 bactéria CAAAGATTTATCGCTGTGAGATGGATTC Ruminococcaceae D5 GCGTCCGATTAGATAGTTGGTGAGGTAA
CGGCCCACCAAGTCGACGATCGGTAGCC GGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGG GACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG GAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAAT GGGCGCAAGCCTGATGCAGCGACGCCGC GTGTGGGAAGACGGCCCTCGGGTTGTAA ACCACTGGCTTTGGGGACGATAATGACG GTACCCAAGGAGGAAGCTCCGGCTAACT ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGAGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGG TGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGAGTGCAA GTTGAATGTTTAATCTATGGGCTCAACC CATATCAGCGTTCAAAACTGCATTTCTT GAGTGAAGTAGAGGTTGGCGGAATTCCT AGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTA GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCA ACTGGGCTTTTACTGACGCTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG AATACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCT TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT TCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCAGTGGATTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGC CTTGACATCTCCTGAGTAGCCTAGAGAT AGGTGATGCCCTTCGGGGCAGGAAGACA GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTG TCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAA CGAGCGCAACCCTTACGGATAGTTGCTA CGCAAGAGCACTCTATCAGGACTGCCGT TGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGAC GTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTG GGCTACACACGTAATACAATGGCGTTTA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
ACAGAGGGAAGCAAGACCGCGAGGTGGA GCGAATCCTCAAAAGGCGTCTCAGTTCA GATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGA AGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCA GCATGCCGCGGTGAATACGTTCTCGGGC CTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG AAGTCGGTAACACCCGAAGTCAGTAGCC TAACCGCAAGGGGGGCGCTGCCGAAGGT GGGATTGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAA CAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCT
GGATCACCTCCTTT GCF_900115635 Oscillibacter sp. TGCCAAAGATTTATCGCTGAAAGATGGC PC13 CTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGG
TAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTA GCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACAT TGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTA CGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGC AATGGACGCAAGTCTGACCCAGCAACGC CGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTG TAAACTTCTTTTAAGTGGGAAGAGCAGA AGACGGTACCACTTGAATAAGCCACGGC TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA CGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTA CTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGCCGGGTG TGCAAGTCAGATGTGAAATCTGGAGGCT CAACCTCCAAACTGCATTTGAAACTGTG CATCTTGAGTATCGGAGAGGTAATCGGA ATTCCTTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG ATATAAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGG CGGATTACTGGACGACAACTGACGGTGA GGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGA TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAA ACGATCAATACTAGGTGTGCGGGGACTG ATCCCCTGCGTGCCGCAGTTAACACAAT AAGTATTGCACCTGGGGAGTACGATCGC AAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGG GGCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGT TTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTA CCAGGGCTTGACATCCTACTAATGAAGC AGAGATGCATTAAGTGCCCTTCGGGGAA AGTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCG TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTA AGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTG TTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCG AGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGG TGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCC TTATGTCCTGGGCTACACACGTAATACA ATGGCGGTTAACAGAGGGATGCAAATCC GCGAGGAGGAGCGAACCCCGAAAAGCCG TCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCC GCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAA TCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATAC GTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGT CACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAA GTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGC GGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGT GAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGA
AGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900169975 Pseudoflavonifractor TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT sp. Marseille P3106 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AAGTCGAACGGAGAGCCAATGACGGAGT TTTCGGACAACGGATTTGGTTTCTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAA CCTGCCTTGGAGTGGGGAATAACAGCTG GAAACAGTTGCTAATACCGCATAATGCA GCGAGGGGACATCCTCTTGCTGCCAAAG ATTTATCGCTCTGAGATGGACTCGCGTC TGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCC CACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACT GAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTG AGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCG AAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAA GGAAGAAGGCCCTCGGGTTGTAAACTTC TTTTATCAGGGACGAAACAAATGACGGT ACCTGATGAATAAGCCACGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT GGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTG TAAAGGGCGTGTAGGCGGGTCTGCAAGT CAGGTGTGAAATTCCAGGGCTCAACCCT GGAACTGCACTTGAAACTGTGGGTCTTG AGTGATGGAGAGGCAGGCGGAATTCCGT GTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACG GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTG CTGGACATTAACTGACGCTGAGGCGCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGG ATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCT CCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATC CCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGC TTGACATCCTACTAACGAAGCAGAGATG CATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCTTATTGCTAGTTG CTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGC CGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGAC GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTC CTGGGCCACACACGTACTACAATGGCGG TCAACAGAGGGAAGCAATACCGCGAGGT GGAGCGAATCCCTAAAAGCCGTCCCAGT TCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGCA TGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGA TCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCG GGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTA GCCTAACCGCAAGGGGGGCGCGGCCGAA GGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCG TAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG
GCTGGATCACCTCCTTT GCF_900197595 Neglecta sp. TTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG Marseille P3890 AACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA
AGTCGAACGGAGTTAAGAGAAGCTTGCT TTTATTAACTTAGTGGCGGACGGGTGAG TAACGCGTGAGCAATCTGCCTTTCAGTG GGGAATAACGTTCTGAAAAGAACGCTAA TACCGCATAATATTGTTGAGCCGCATGG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
TTTGATAATCAAAGGATTTATTCGCTGA AAGATGAGCTCGCGTCCGATTAGATAGT TGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCGAC GATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAAC GGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCA GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGGA TATTGGTCAATGGGGGAAACCCTGAACC AGCAACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTTT TCGGATTGTAAACCTCTGTCCTCTGTGA AGATAATGACGGTAGCAGAGGAGGAAGC TCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCG GTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCG GATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGG CGGCTATGCAAGTCAGGAGTGAAATCTA TGGGCTTAACCCATAAACTGCTCTTGAA ACTGTATAGCTTGAGTGAAGTAGAGGTA GGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAAT GCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGG CGAAGGCGGCCTACTGGGCTTTAACTGA CGCTGAAGCACGAAAGCGTGGGTAGCAA ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACG CCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGG GGTCTGACCCCCTCCGTGCCGGAGTTAA CACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTAC GGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATT GACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTA TGTGGATTAATTCGAAGCAACGCGAAGA ACCTTACCAGGTCTTGACATCCCTCTGA CCGCTCTAGAGATAGAGCTTCTCTTCGG AGCAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTG TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGG TTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTA TGATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTA ATCAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGA AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGC CCCTTATGACCTGGGCCTCACACGTACT ACAATGGCCGTTAACAACGGGATGCAAT ATAGCGATATGGAGCAAAACCCCAAAAA CGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGAAA CTCGCCTGCATGAAGCTGGAATTGCTAG TAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAA TACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCC CGTCACACCATGGGAGCCGGTAATACCC GAAGTCAGTAGCCTAACCGTAAGGAGGG CGCTGCCGAAGGTAGGGTTGGCGACTGG GGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATC
GGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900199495 Clostridium sp. SN20 TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAT
GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC AAGTCGAACGGAGTGCTCATGACGGAGT TTTCGGACAACGGATTGGGTTACTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTCGGAGTGGGGAATAACATACC GAAAGGTGTGCTAATACCGCATAATGCA GTTGGGTCGCATGACTCTGACTGCCAAA GATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGT CTGATTAGCTAGTTGGCGGGGTAACGGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGAC TGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGG
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGC GCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGA AGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTT CTTTTGTCAGGGACGAAACAAATGACGG TACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGT GTAAAGGGCGTGTAGGCGGGACTGCAAG TCAGGTGTGAAAACCAGGGGCTCAACCT CTGGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTT GAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCG TGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAC GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATT GCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG GATACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCC TCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAT CCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATCCTACTAACGAAGCAGAGAT GCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGA GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC GCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTT GCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTG CCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGA CGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGT CCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTG GTTAACAGAGGGAAGCAATACCGCGAGG TGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAG TTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGT ATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG ATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCC GGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACC ATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGT AGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGA AGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTC GTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGC
GGCTGGATCACCTCCTTT GCF_900199635 Anaerotruncus sp. CAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA AT3 ACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAA
GTCGAACGGAGTGTTTTCACGGAAGTTT TCGGATGGAAGTGGTTACACTTAGTGGC GGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCT GCCTTTCAGAGGGGGATAACAGTTGGAA ACGACTGCTAATACCGCATGATATTACC GGGTCACATGGCCTGGCAATCAAAGGAG CAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCC GATTAGCCAGTTGGCGGGGTAATGGCCC ACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTG AGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA GCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGA AAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGG GAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCT GTCTTAGGGGAAGAAAATGACGGTACCC TAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCG AGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAA GGGAGCGTAGGCGGGATGCCAAGTAGAA TGTTAAATCCATCGGCTCAACTGGTGGC AGCGTTCTAAACTGGCGTTCTTGAGTGA GGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTA GCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGA ACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGG CCTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATCCT AGGTGTGGGGGGACTGACACCTTCCGTG CCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACC TGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG CAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGC AACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGAC ATCGGATGCATACCATAGAGATATGGGA AGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGT GCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA GATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG CAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAG AGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAA AACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAA TCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTAC ACACGTACTACAATGGCACTCAAACAGA GGGAAGCGACACCGCGAGGTGAAGCGGA TCCCAAAAAAGTGTCTCAGTTCGGATCG CAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCG GAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATG CCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT ACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTC GGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACC GCAAGGAGGGCGCTGTCGAAGGTGGGAT TGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGG TAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATC
ACCTCCTTT GCF_900291955 Anaeromassilibacillu TTTTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC s sp. Marseille GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC P3876 AAGTCGAACGAAGCTTTGAGGAGCTTGC
TTTTTAAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGA GTAACGCGTGAGCAACCTGCCTCTCAGA GGGGGATAACGTTTTGAAAAGAACGCTA ATACCGCATAACATATCGGAACCGCATG ATTCTGATATCAAAGGAGCAATCCGCTG AGAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGTTAG TTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACTA CGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAT CGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCC AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGG ATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTGACG CAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTC TTCGGATTGTAAACTTCTTTTGTCAGGG ACGAAGAAAGTGACGGTACCTGACGAAT AAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGC CGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTG TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCG TAGGCGGCCGAGCAAGTCAGTTGTGAAA ACTATGGGCTTAACCCATAACGTGCAAT TGAAACTGTCCGGCTTGAGTGAAGTAGA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTG AAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCA GTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCTTTAA CTGACGCTGAGGCACGAAAGCATGGGTA GCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTC CATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGT GGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAG TTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGA GTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGG AGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCG AAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTG AGAATCCTTAAGAGATTAGGGAGTGCCT TCGGGAACTCAGAGACAGGTGGTGCATG GTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGT TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACC CTTGCTATTAGTTGCTACGCAAGAGCAC TCTAATAGGACTGCCGTTGACAAAACGG AGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATC ATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACG TACTACAATGGCCATTAACAGAGGGAAG CAAAACCGCGAGGCAGAGCAAACCCCTA AAAATGGTCCCAGTTCGGATTGTAGGCT GCAACCCGCCTACATGAAGTTGGAATTG CTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGG TGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCATGGGAGCCGGTAAT ACCCGAAGTCAGTAGTCTAACAGCAATG AGGACGCTGCCGAAGGTAGGATTGGCGA CTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCG TATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCC
TTT STS00001 Gemmiger formicilis TATAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC
GAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGC AAGTCGAACGGAACTTGAGAGAGCTTGC TTTTTCAAGTTTAGTGGCGAACGGGTGA GTAACGCGTGAGTAACCTGCCCTGGAGT GGGGGACAACAGTTGGAAACGACTGCTA ATACCGCATAAGCCCACGGCACCGCATG GTACTGAGGGAAAAGGATTTATTCGCTT CAGGATGGACTCGCGTCCAATTAGCTAG TTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGA CGATTGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAA CGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCC AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGG ATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATG CAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTT TTCGGATTGTAAACTCCTGTCGTACGGG ACGATAATGACGGTACCGTACAAGAAAG CCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGC GGTAAAACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCC GGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAG GCGGACCGGCAAGTTGGAAGTGAAATCT ATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAA AACTGCTGGCCTTGAGTAGTGCAGAGGT AGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAA TGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTG GCGAAGGCGGCCTACTGGGCACCAACTG ACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCA AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCAT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGG AGGATTGACCCCTTCAGTGCCGCAGTTA ACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTA CGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAAT TGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGT ATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAG AACCTTACCAGGTCTTGACATCCGATGC ATAGTGCAGAGATGCATGAAGTCCTTCG GGACATCGAGACAGGTGGTGCATGGTTG TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGG TTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTA TTGCCAGTTACTACGCAAGAGGACTCTG GCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGA AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGC CCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACT ACAATGGCGTTTAACAAAGAGAAGCAAT ACCGCGAGGTGGAGCAAAACTCAAAAAC AACGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCA ACTCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTA GTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGA ATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC CCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACC CGAAGTCCGTAGTCTAACCGCAAGGAGG ACGCGGCCGAAGGTAAAACTGGTGATTG GGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT
CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT STS00002 Ruminococcaceae não TTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG denominada sp 1 AACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA
AGTCGAACGGAACTTCTTTAAAGGATTT CTTCGGAATGAATTTGATTAAGTTTAGT GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAA CCTGCCTCTAAGAGGGGAATAACATTCT GAAAAGAATGCTAATACCGCATAATATA TATTTATCGCATGGTAGATATATCAAAG ATTTATCGCTTAGAGATGGACTCGCGTC CGATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCT CACCAAGACCGCGATCGGTAGCCGGACT GAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGGATATTGCGCAATGGGGG AAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGAA GGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTTC TTTTATTAAGGACGAAGAAAGTGACGGT ACTTAATGAATAAGCTCCGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGG AGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTG TAAAGGGTGCGTAGGCGGCTTTGCAAGT CAGATGTGAAATCTATGGGCTCAACCCA TAGCCTGCATTTGAAACTGCAGAGCTTG AGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCCC GTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGGG GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTG CTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCACGA AAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGA TTACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCTT CCGTGCCGGAGTTAACACAATAAGTAAT CCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTC TTGACATCCTACTAACGAGATAGAGATA TGTTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCTTGCTATTAGTTG CTACGCAAGAGCACTCTAATAGGACTGC CGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGAC GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAC CTGGGCTACACACGTACTACAATGGACA TTAACAGAGGGAAGCAATACAGTGATGT GGAGCAAACCCCTAAAAATGTTCTCAGT TCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGTA TGAAGATGGAATTGCTAGTAATCGCAGA TCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCG GGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGGGAGCCGGTAATACCCGAAGTCAGTA GTCTAACCGCAAGGAGGACGCTGCCGAA GGTAGGATTGGCGACTGGGGTGAAGTCG TAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG
GCTGGATCACCTCCTTT STS00003 Ruminococcaceae não GAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGG denominada sp 2 CCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGG
GGAATATTGCGCAATGGGGGAAACCCTG ACGCAGCAACGCCGCGTGATTGAAGAAG GCCTTCGGGTTGTAAAGATCTTTAATTG GGGACGAAAAATGACGGTACCCAAAGAA TAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAG CCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTT ATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGA GTAGGCGGGCTGGCAAGTTGGGAGTGAA ATCCCGGGGCTTAACCCCGGAACTGCTT TCAAAACTGCTGGTCTTGAGTGATGGAG AGGCAGGCGGAATTCCGTGTGTAGCGGT GAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACC AGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACATTA ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGG AGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT CCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTG TGGGAGGTATTGACCCCTTCCGTGCCGG AGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGG GAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGT GGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACG CGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC CTCTGACCGCCCTAGAGATAGGGTTTCC CTTCGGGGCAGAGGTGACAGGTGGTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA CCCTTACGGTTAGTTGATACGCAAGATC ACTCTAGCCGGACTGCCGTTGACAAAAC GGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCA TCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACA CGTACTACAATGGCAGTCATACAGAGGG AAGCAAAACAGTGATGTGGAGCAAATCC CTAAAAGCTGTCCCAGTTCAGATTGCAG GCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAA TTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCG CGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACA CACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
AATACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCA AGGAGGGCGCGGCCGAAGGTAGGACTGG TAATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG CCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACC
TCCTTT STS00004 Gemmiger formicilis AAAAGGATTTATTCGCTTTAGGATGGAC
TCGCGTCCAATTAGCTAGTTGGTGAGGT AACGGCCCACCAAGGCGACGATTGGTAG CCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC GGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACA ATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCC GCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCGGATTGT AAACTCCTGTCGTTAGGGACGATAATGA CGGTACCTAACAAGAAAGCACCGGCTAA CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGT AGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTG GGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGAAGAC AAGTTGGAAGTGAAAACCATGGGCTCAA CCCATGAATTGCTTTCAAAACTGTTTTT CTTGAGTAGTGCAGAGGTAGATGGAATT CCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATA TCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGG TCTACTGGGCACCAACTGACGCTGAGGC TCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACG ATGATTACTAGGTGTTGGGGGATTGACC CCCTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAG TAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAG GTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGC CCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTA ATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCA GGTCTTGACATCCGATGCATAGCACAGA GATGTGTGAAATCCTTCGGGACATCGAG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCTTATTGCCAGTTA CTACGTTAAGAGGACTCTGGCGAGACTG CCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGA TGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGA CCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCG TTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGG TGGAGCAAAACTCAAAAACAACGTCTCA GTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTG CATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCG GATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCC CGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACAC CATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGA TAGTCTAACCGCAAGGAGGACGTCGCCG AAGGTAAAACTGGTGATTGGGGTGAAGT CGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTG
CGGCTGGATCACCTCCTTT STS00005 Ruminococcaceae não GCTTAGTGGCGGACTGGTGAGTAACGCG denominada sp 3 TGAGGAACCTGCCTTTCAGAGGGGGACA
ACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCA TGATGCATATTGACCGCATGGTCGGTAT GTCAAAGATTTATCGCTGAAAGATGGCC TCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGTGAGGT AACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAG CCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTAC GGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCA ATGGACGCAAGTCTGACCCAGCAACGCC GCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGT AAACTTCTTTGACAGGGGAAGAGTAGAA GACGGTACCCTGAAAACAAGCCACGGCT AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATAC GTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTAC TGGGTGTAAAGGGCGTGTAGCCGGGAAG GCAAGTCAGATGTGAAATCTGGAGGCTC AACCTCCAAACTGCATTTGAAACTGTCT TTCTTGAGTATCGGAGAGGTAATCGGAA TTCCTTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGA TATAAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGC GGATTACTGGACGACAACTGACGGTGAG GCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGAT TAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAA CGATCAATACTAGGTGTGCGGGGACTGA CCCCCTGCGTGCCGGAGTTAACACAATA AGTATTGCACCTGGGGAGTACGATCGCA AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGG GCCCGCACAAGCGGTGGATTATGTGGTT TAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC CAGGGCTTGACATCCTACTAATGAAGCA GAGATGCATTAAGTGCCCTTCGGGGAAA GTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAA GTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGT TAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGA GACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGT GGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCT TATGTCCTGGGCCACACACGTAATACAA TGGCGGTAAACAGAGGGATGCAAAGCCG TGAGGTGGAGCGAACCCCTAAAAGCCGT CCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACCCG CCTGCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAAT CGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACG TTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTC ACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAG CCCGTAGCCTAACAGCAATGAGGGCGCG GTCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTG AAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAA
GGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT STS00006 Ruminococcaceae não TATAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC denominada sp 4 GAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGCACCCCTGAATGAGG TTTCGGCCAAAGGAAGGGAATGCTTAGT GGCGGACTGGTGAGTAACGCGTGAGGAA CCTGCCTTTCAGAGGGGGACAACAGTTG GAAACGACTGCTAATACCGCATGACACA TGAATGGGGCATCCCATTGATGTCAAAG ATTTATCGCTGAAAGATGGCCTCGCGTC CCATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCC CACCTAGGCGACGATGGGTAGCCGGACT GAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTG AGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGACG CAAGTCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAA GGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTC TTTTGTCAGGGAACAGTAGAAGAGGGTA
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTG GCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGCGTGCAGCCGGGCTGGCAAGTC AGGCGTGAAATCCCAGGGCTCAACCCTG GAACTGCGTTTGAAACTGCTGGTCTTGA GTACCGGAGAGGTCATCGGAATTCCTTG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAAGG AAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATGAC TGGACGGCAACTGACGGTGAGGCGCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATCAA TACTAGGTGTGCGGGGACTGACCCCCTG CGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATTG CACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA CAAGCGGTGGATTATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCT TGACATCCTACTAACGAAGTAGAGATAC ATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGA
CAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT STS00007 Ruminococcaceae não TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAC denominada sp 5 GAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGC
AAGTCGAACGGAGTTATTTAAATAGAAC CCTTCGGGGTGACGTTTTAATAACTTAG TGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTA ACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACGTCC TGAAAAGGACGCTAATACCGCATGATAT ATTTGTGCCGCATGGTATGGATATCAAA GGAGCAATCCGCTGGAAGATGGACTCGC GTCCGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACG GCCCACCAAGGCGACGATCGGTAGCCGG ACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGA CTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA GGCAGCAGTGGGGGATATTGCGCAATGG GGGAAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGT GAAGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAAC TTCTTTTCTAAGGGACGAAGAAGTGACG GTACCTTAGGAATAAGCTCCGGCTAACT ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGAGCAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGG TGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCAATGCAA GTCAGATGTGAAATGCACGGGCTCAACC CGTGAGCTGCATTTGAAACTGTGTTGCT TGAGTGAGGTAGAGGCAGGCGGAATTCC CGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATC GGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCC TGCTGGGCCTTAACTGACGCTGATGCAC GAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGA TACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGAT GATTACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCC TTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTA ATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGT TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCC GCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAAT TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGG TCTTGACATCCAGCTAACGAAGTAGAGA TACATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGCTG AGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGC TCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CGCAACGAGCGCAACCCTTGCTGTTAGT TGCTACGCAAGAGCACTCTAACAGGACT GCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGG ACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG ACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGC CGTCAACAGAGGGAAGCAAGACCGCGAG GTGGAGCAAACCCCCAAAAACGGCCCCA GTTCGGATTGTAGGCTGCAACCCGCCTA CATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCG GATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCC CGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACAC CATGGGAGCCGGTAATACCCGAAGTCAG TAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTGCCG AAGGTAGGATTGGCGACTGGGGTGAAGT CGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTG
CGGCTGGATCACCTCCTTT STS00008 Ruminococcaceae não ACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGA denominada sp 6 ACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAA
GTCGAACGAGAATCTTTGAACAGATCTT TTCGGAGTGACGTTCAAAGAGGAAAGTG GCGGACGGGCGAGTAACGCGTGAGTAAC CTGCCCATAAGAGGGGGATAATCCATGG AAACGTGGACTAATACCGCATATTGTAG TTAAGTTGCATGACTTGATTATGAAAGA TTTATCGCTTATGGATGGACTCGCGTCA GATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTC ACCAAGTCAACGATCTGTAGCCGAACTG AGAGGTTGATCGGCCGCATTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA GCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGC AACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGCAG GAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTGTT GTCGCAAGGGAAGAAGACAGTGACGGTA CCTTGTGAGAAAGTCACGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTG ACAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGCGCGTAGGCGGACTGTCAAGTC AGTCGTGAAATACCGGGGCTTAACCCCG GGGCTGCGATTGAAACTGACAGCCTTGA GTATCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGG AGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTC TGGACGACAACTGACGCTGAGGCGCGAA AGTGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC CCTGGTAGTCCACACCGTAAACGATGGA TACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTT CTGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATC CCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGC TTGACATCCCTGGAATCGAGTAGAGATA CTTGAGTGCCTTCGGGAATCAGGTGACA GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTG TCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAA CGAGCGCAACCCCTATTGTCAGTTGCCA TCATTAAGTTGGGCACTCTGGCGAGACT GCCGGTGACAAATCGGAGGAAGGTGGGG ACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG CCCAGGGCTACACACGTACTACAATGGC
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
CGATAACAAAGTGCAGCGAAACCGTGAG GTGGAGCGAATCACAAAACTCGGTCTCA GTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTG CATGAAGTTGGAATTGCTAGTAATCGCG GATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCC CGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACAC CATGAGAGTCGATAACACCCGAAGCCTG TGAGCTAACCTTTAGGAGGCAGCAGTCG AAGGTGGGGTTGATGATTGGGGTGAAGT CGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTG
CGGCTGGATCACCTCCTTT STS00009 Ruminococcaceae não ATTAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACG denominada sp 7 AACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCA
AGTCGAACGAAGTTTCATAACGGAAGTT TTCGGATGGAAGATATGAAACTTAGTGG CGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACC TGCCTTTTAGAGGGGGATAACGTTTGGA AACGAACGCTAATACCGCATAACGTAGT CGATCGGCATCGATTGACTACCAAAGGA GCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTC CGATTAGATAGTTGGCGGGGTAACGGCC CACCAAGTCGACGATCGGTAGCCGGACT GAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGG AAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAG GGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACCTC TGTCCTTGGTGACGATAATGACGGTAGC CAAGGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGC AAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAA AGGGAGCGTAGGCGGGAAAGCAAGTTGA ATGTTTAAACTATCGGCTCAACCGATAA TCGCGTTCAAAACTGTTTTTCTTGAGTG AAGTAGAGGTAGGCGGAATTCCTAGTGT AGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGG AACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGG GCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGC GTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCT GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTAC TAGGTGTGGGGGGATCAACCCTTCCGTG CCGCAGCAAACGCAATAAGTAATCCACC TGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAG CAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGC AACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGAC ATCCAACGAACTCGCTAGAGATAGCAAG GTGCCCTTCGGGGAGCGTTGAGACAGGT GGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGA GCGCAACCCTTACTGATAGTTGCTACGC AAGAGCACTCTATCGGGACTGCCGTTGA CAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTC AAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGC TACACACGTACTACAATGGCTATTAACA ACGGGAAGCGAAGAGGTGACTCGGAGCC AATCCAAAAAAATAGTCTCAGTTCGGAT TGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGC CGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTT
Identificador Nome atribuído Sequência de 16S
GTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAG TTGGCAACACCCGAAGTCAGTAGTCTAA CCGCAAGGAGGACGCTGCCGAAGGTGGG GTCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAA GGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGA TCACCTCCTTT REFERÊNCIAS
[000247]As referências seguintes, na medida em que fornecem detalhes de procedimentos exemplares ou outros detalhes suplementares àqueles apresentados nesse relatório descritivo, são especificamente incorporadas nesse relatório descritivo por referência.
[000248]Callahan e cols. 2016. “DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data”. Nat. Methods 13, 581-583.
[000249]Edgar, R.C. 2010. “Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST”. Bioinforma. Oxf. Engl. 26,
2.460–2.461.
[000250]Edgar, R.C. 2013. “UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads”. Nat. Methods 10, 996–998.
[000251]Frankel e cols. 2017. “Metagenomic shotgun sequencing and unbiased metabolomic profiling identify specific human gut microbiota and metabolites associated with immune checkpoint therapy efficacy in melanoma patients”. Neoplasia. Outubro de 2017; 19 (10): 848-855. doi: 10.1016/j.neo.2017.08.004.
[000252]Gopalakrishnan e cols. 2018. “Gut microbiome modulates response to anti-PD-1 immunotherapy in melanoma patients”. Science, 5 de janeiro de 2018; 359 (6.371): 97-
103. doi: 10.1126/science.aan4236.
[000253]Routy e cols. 2018. “Gut microbiome influences efficacy of PD-1-based immunotherapy against epithelial tumors”. Science. 5 de janeiro de 2018; 359 (6.371): 91-97. doi: 10.1126/science.aan3706.
[000254]Matson e cols. 2018. “The commensal microbiome is associated with anti-PD-1 efficacy in metastatic melanoma patients”. Science. 5 de janeiro de 2018; 359 (6.371): 104-
108. doi: 10.1126/science.aao3290.
[000255]Quast e cols. 2013. “The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web- based tools”. Nucleic Acids Res. 41 (D1): D590-D596. doi:
10.1093/nar/gks1219.

Claims (193)

REIVINDICAÇÕES
1. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
2. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
3. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 2, caracterizada pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
4. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais gêneros dentro da família Ruminococcaceae, por exemplo, os gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes.
5. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
6. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes.
7. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
8. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis,
Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria
Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
9. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
10. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
11. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
12. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 4 a 7, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a dois ou mais gêneros.
13. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 4 a 7, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais gêneros.
14. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 4 a 7, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais gêneros.
15. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 5 a 7, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais gêneros.
16. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 11, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a duas ou mais espécies.
17. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 11, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais espécies.
18. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 11, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais espécies.
19. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 11, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais espécies.
20. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
21. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
22. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 21, caracterizada pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
23. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes.
24. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium,
Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
25. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes.
26. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
27. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120,
Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
28. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
29. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109,
Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
30. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
31. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 23 a 26, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a dois ou mais gêneros.
32. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 23 a 26, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais gêneros.
33. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 23 a 26, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais gêneros.
34. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 24 a 26, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais gêneros.
35. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 30, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a duas ou mais espécies.
36. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 30, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais espécies.
37. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 30, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais espécies.
38. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 30, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais espécies.
39. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 38, caracterizada pelo fato de que compreende ainda um agente anticâncer.
40. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 39, caracterizada pelo fato de que o agente anticâncer é um inibidor do checkpoint.
41. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 40, caracterizada pelo fato de que o inibidor do checkpoint é selecionado de um anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti-CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1 ou combinações destes.
42. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 41, caracterizada pelo fato de que o inibidor do checkpoint é selecionado de pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pidilizumab, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558, MK-3475, CT O11, MPDL3280A, MEDI-4736, MSB- 0020718C, AUR-012, LAG-3, inibidores de OX40, inibidores de OX40L, inibidores de TIGIT ou STI-A1010.
43. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 39, caracterizada pelo fato de que o agente anticâncer é ciclofosfamida.
44. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 43, caracterizada pelo fato de que cada uma das populações isoladas de bactérias está presente na composição em uma concentração de pelo menos cerca de 1 x 102 unidades formadoras de colônias viáveis.
45. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 44, caracterizada pelo fato de que cada população isolada de bactérias está presente na composição em uma concentração de cerca de 1 x 102 a 1 x 109 unidades formadoras de colônias viáveis.
46. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizada pelo fato de que uma fração da população isolada de bactérias compreende bactérias formadoras de esporos.
47. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizada pelo fato de que uma fração da população isolada de bactérias está em forma de esporo.
48. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 47, caracterizada pelo fato de que a composição ainda compreende um excipiente farmaceuticamente aceitável.
49. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 47, caracterizada pelo fato de que a composição é formulada para liberação ao intestino.
50. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 47, caracterizada pelo fato de que a composição é revestida entericamente.
51. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 47, caracterizada pelo fato de que a composição é formulada para administração oral.
52. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 51, caracterizada pelo fato de que a composição é formulada em um alimento ou bebida.
53. Composição terapêutica, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 52, caracterizada pelo fato de que a composição pode reduzir a taxa de crescimento tumoral em um modelo animal.
54. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 53, caracterizada pelo fato de que a composição é formulada para múltiplas administrações.
55. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 54, caracterizada pelo fato de que cada uma das populações de bactérias está presente na composição em uma concentração de pelo menos 1 x 103 CFU viáveis.
56. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
57. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
58. Método, de acordo com a reivindicação 57, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
59. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes.
60. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
61. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes.
62. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
63. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225, Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis,
Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria
Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
64. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
65. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreendea administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
66. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
67. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 59 a 62, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a dois ou mais gêneros.
68. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 59 a 62, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais gêneros.
69. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 59 a 62, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais gêneros.
70. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 60 a 62, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais gêneros.
71. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 66, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a duas ou mais espécies.
72. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações
63 a 66, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais espécies.
73. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 66, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais espécies.
74. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 66, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais espécies.
75. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
76. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
77. Método, de acordo com a reivindicação 76, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
78. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes.
79. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
80. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes.
81. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
82. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
83. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
84. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
85. Método de tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum,
Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
86. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 81, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a dois ou mais gêneros.
87. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 81, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais gêneros.
88. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 78 a 81, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais gêneros.
89. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 79 a 81, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais gêneros.
90. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 82 a 85, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a duas ou mais espécies.
91. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 82 a 85, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a três ou mais espécies.
92. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 82 a 85, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a quatro ou mais espécies.
93. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 82 a 85, caracterizado pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que pertencem a cinco ou mais espécies.
94. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 93, caracterizado pelo fato de que compreende ainda administração de um agente anticâncer ao indivíduo.
95. Método, de acordo com a reivindicação 94, caracterizado pelo fato de que o agente anticâncer é um inibidor do checkpoint.
96. Método, de acordo com a reivindicação 95, caracterizado pelo fato de que o inibidor do checkpoint é selecionado de um anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti- CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1 ou combinações destes.
97. Método, de acordo com a reivindicação 95, caracterizado pelo fato de que o inibidor do checkpoint é selecionado de pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pidilizumab, AMP-224, AMP- 514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558, MK-3475, CT O11, MPDL3280A, MEDI-4736, MSB-0020718C, AUR- 012, LAG-3, inibidores de OX40, inibidores de OX40L, inibidores de TIGIT, STI-A1010 ou combinações destas.
98. Método, de acordo com a reivindicação 94, caracterizado pelo fato de que o agente anticâncer é ciclofosfamida.
99. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 98, caracterizado pelo fato de que a população isolada de bactérias é administrada em uma concentração de pelo menos cerca de 1 x 102 unidades formadoras de colônias viáveis.
100. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 98, caracterizado pelo fato de que a população isolada de bactérias é administrada em uma concentração de cerca de 1 x 102 a 1 x 109 unidades formadoras de colônias viáveis.
101. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 100, caracterizado pelo fato de que uma fração da população isolada de bactérias compreende bactérias formadoras de esporos.
102. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 100, caracterizado pelo fato de que uma fração da população isolada de bactérias está em forma de esporo.
103. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 102, caracterizado pelo fato de que a composição ainda compreende um excipiente farmaceuticamente aceitável.
104. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 103, caracterizado pelo fato de que a composição é formulada para liberação ao intestino.
105. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 103, caracterizado pelo fato de que a composição é revestida entericamente.
106. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 102, caracterizado pelo fato de que a composição é formulada para administração oral.
107. Método, de acordo com a reivindicação 106, caracterizado pelo fato de que a composição é formulada em um alimento ou bebida.
108. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 107, caracterizado pelo fato de que o indivíduo mamífero é um humano.
109. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 107, caracterizado pelo fato de que o câncer é selecionado de melanoma metastático, melanoma da pele, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer renal, câncer da bexiga, cânceres da cabeça e pescoço, câncer de pele de célula de Merkel (carcinoma de célula de Merkel) ou linfoma de Hodgkin.
110. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 109, caracterizado pelo fato de que, antes da administração da população isolada de bactérias, o indivíduo é submetido a tratamento antibiótico e/ou a limpeza do intestino.
111. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 110, caracterizado pelo fato de que o indivíduo foi tratado previamente para o câncer.
112. Método, de acordo com a reivindicação 111, caracterizado pelo fato de que o indivíduo foi determinado como sendo um não responsivo ao tratamento prévio.
113. Método, de acordo com a reivindicação 111 ou 112, caracterizado pelo fato de que o indivíduo foi determinado como tendo uma resposta tóxica ao tratamento prévio.
114. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 111 a 113, caracterizado pelo fato de que o tratamento prévio compreende monoterapia de bloqueio do checkpoint imune ou terapia combinada de bloqueio do checkpoint imune.
115. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 114, caracterizado pelo fato de que o câncer é câncer recorrente.
116. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
117. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
118. Método, de acordo com a reivindicação 117, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
119. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes.
120. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
121. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes.
122. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência dos gêneros de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
123. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum,
Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76,
Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp. HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp. ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp. W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp. An92, Flavonifractor sp. An91, Flavonifractor sp. An306, Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
124. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
125. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
126. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um candidato para terapia do checkpoint imune em combinação com terapia adjuvante do microbioma, o método caracterizado pelo fato de que compreende:
a) obtenção de uma amostra do microbioma do indivíduo, b) determinação da prevalência das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que o indivíduo é um candidato para a terapia se a amostra do microbioma compreende espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
127. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 126, caracterizado pelo fato de que o indivíduo é determinado como sendo um candidato para terapia com inibidor do checkpoint imune.
128. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 127, caracterizado pelo fato de que a terapia do checkpoint imune compreende monoterapia de bloqueio do checkpoint imune ou terapia combinada de bloqueio do checkpoint imune.
129. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 126, caracterizado pelo fato de que o indivíduo é determinado como sendo um candidato para terapia com ciclofosfamida.
130. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 129, caracterizado pelo fato de que o indivíduo mamífero é um humano.
131. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 116 a 130, caracterizado pelo fato de que o câncer é selecionado de melanoma metastático, melanoma da pele, câncer de pulmão de célula não pequena, câncer renal,
câncer da bexiga, cânceres da cabeça e pescoço, câncer de pele de célula de Merkel (carcinoma de célula de Merkel) ou linfoma de Hodgkin.
132. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem aos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium e Subdoligranulum.
133. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem aos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter e Parabacteroides.
134. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem aos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter e Parabacteroides.
135. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada das espécies bactérias Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme e Parabacteroides distasonis.
136. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada das espécies bactérias Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus e Parabacteroides distasonis.
137. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11.
138. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11.
139. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a três ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11.
140. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a quatro ou mais das espécies listadas nas Tabelas 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10 ou 11.
141. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 1A.
142. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 1B.
143. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 10.
144. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies listadas na Tabela 11.
145. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 1A.
146. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 1B.
147. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 10.
148. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a duas ou mais das espécies listadas na Tabela 11.
149. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies em um clado selecionado do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125, clado 135, ou combinações destes.
150. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz da população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies em um clado selecionado do clado 101, clado 14, clado 126, clado
61, clado 125, clado 135, ou combinações destes.
151. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população isolada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies na árvore filogenética da Figura 6.
152. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que compreende uma quantidade eficaz de uma população purificada de bactérias que pertencem a uma ou mais das espécies na árvore filogenética da Figura 6.
153. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
154. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
155. Método, de acordo com a reivindicação 154, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
156. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus,
Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1
1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp. W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp. An92, Flavonifractor sp. An91, Flavonifractor sp. An306, Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
157. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da prevalência e/ou abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais das espécies de bactérias em um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135.
158. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que são descendentes filogenéticos do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
159. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende espécies bacterianas que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
160. Método, de acordo com a reivindicação 159, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
161. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306,
Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
162. Método de identificação de um indivíduo mamífero como um doador cujas fezes são úteis para transferência de matéria fecal, o método caracterizado pelo fato de que compreende: a) obtenção de uma amostra do microbioma do doador potencial, b) determinação da abundância das espécies de bactérias na amostra do microbioma, e c) determinação de que as fezes do doador são úteis para transferência de matéria fecal se a amostra do microbioma compreende uma ou mais das espécies de bactérias em um ou mais do clado 101, clado 14, clado 126, clado 61, clado 125 ou clado 135.
163. Composição terapêutica, caracterizada pelo fato de que é derivada de matéria fecal de um doador identificado com o uso do método, conforme definido em qualquer uma das reivindicações 153 a 162.
164. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 163, caracterizada pelo fato de que compreende ainda um excipiente farmaceuticamente aceitável.
165. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 163, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende bactérias que estão em forma vegetativa e/ou forma de esporo.
166. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 163, caracterizada pelo fato de que a composição terapêutica compreende ainda um inibidor do checkpoint.
167. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 166, caracterizada pelo fato de que o inibidor do checkpoint é selecionado de anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti-CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1 ou combinações destes.
168. Composição terapêutica, de acordo com a reivindicação 166, caracterizada pelo fato de que o inibidor do checkpoint é selecionado de pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pidilizumab, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558, MK-3475, CT O11, MPDL3280A, MEDI-4736, MSB- 0020718C, AUR-012, LAG-3, inibidores de OX40, inibidores de
OX40L, inibidores de TIGIT, STI-A1010 ou combinações destas.
169. Tratamento de um câncer em um indivíduo mamífero, caracterizado pelo fato de que compreende administração ao indivíduo de uma composição terapêutica, conforme definida em qualquer uma das reivindicações 163 a 168.
170. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii.
171. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
172. Método, de acordo com a reivindicação 171, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
173. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes.
174. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
175. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes.
176. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes.
177. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii,
Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98, Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis,
Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp. W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp. An92, Flavonifractor sp. An91, Flavonifractor sp. An306, Anaerofilum sp. An201, Anaeromassilibacillus sp. An200, Pseudoflavonifractor sp. An187, Pseudoflavonifractor sp. An184, Anaeromassilibacillus sp. An172, Gemmiger sp. An120, Flavonifractor sp. An100, Flavonifractor sp. An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp. YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp. PC13, Pseudoflavonifractor sp. Marseille P3106, Neglecta sp. Marseille P3890, Clostridium sp. SN20, Anaerotruncus sp. AT3, Anaeromassilibacillus sp. Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas.
178. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
179. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.
180. Método de tratamento de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende administração de um tratamento anticâncer a um indivíduo determinado como tendo uma amostra do microbioma que compreende espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas.178. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que são descendentes filogenéticas do ancestral comum mais recente (MRCA) de Faecalibacterium prausnitzii e Flavonifractor plautii em uma amostra de um indivíduo.
181. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 94,5% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae em uma amostra de um indivíduo.
182. Método, de acordo com a reivindicação 181, caracterizado pelo fato de que as bactérias possuem identidade de sequência para 16S rDNA de pelo menos 98,7% para sequências de 16S rDNA de espécies que pertencem à família Ruminococcaceae.
183. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Ruminococcus, Gemmiger, Faecalibacterium, Subdoligranulum ou combinações destes em uma amostra do indivíduo.
184. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes em uma amostra de um indivíduo.
185. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para bactérias que pertencem a um ou mais dos gêneros Alistipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides ou combinações destes em uma amostra de um indivíduo.
186. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para um ou mais dos gêneros Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichaceae, Odoribacter, Parabacteroides ou combinações destes em uma amostra de um indivíduo.
187. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Eubacterium siraeum, Clostridium leptum (GCF_000154345), Anaerotruncus colihominis, Subdoligranulum variabile, Clostridium methylpentosum, Pseudoflavonifractor capillosus, Ethanoligenens harbinense (GCF_000178115), Ruminococcus albus (GCF_000179635), Ruminococcus champanellensis (GCF_000210095), Flavonifractor plautii, Oscillibacter valericigenes, Oscillibacter ruminantium, Clostridium sporosphaeroides, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000518765), Clostridium jeddahense, Clostridium viride, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Agathobaculum desmolans, Ruminococcus bicirculans, Ruthenibacterium lactatiformans, Clostridium phoceensis, Intestinimonas massiliensis, Anaeromassilibacillus senegalensis, Ruminococcus champanellensis (GCF_001312825), Bittarella massiliensis, Butyricicoccus porcorum, Acutalibacter muris, Clostridium leptum (GCF_002556665), Ruminococcus bromii (GCF_002834225), Monoglobus pectinilyticus, Ethanoligenens harbinense (GCF_003020045), Neglecta timonensis, Anaerotruncus rubiinfantis, Massilioclostridium coli, Angelakisella massiliensis, Sporobacter termitidis, Negativibacillus massiliensis, Massilimaliae massiliensis, Intestinibacillus massiliensis, Eubacterium coprostanoligenes, Provencibacterium massiliense, Papillibacter cinnamivorans, Clostridium merdae, Marasmitruncus massiliensis, Massilimaliae timonensis, Pygmaiobacter massiliensis, Clostridium minihomine, Neobitarella massiliensis, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), bactéria Ruminococcaceae D16, Ruminococcus albus (GCF_000178155), Anaerotruncus sp.
G3 2012, Oscillibacter sp. 1 3, bactéria Clostridiales NK3B98,
Oscillibacter sp.
KLE 1728, bactéria Firmicutes ASF500, Ruminococcus sp.
FC2018, Ruminococcus sp.
NK3A76, Ruminococcus flavefaciens (GCF_000701945), Ruminococcus sp.
HUN007, Bactéria MS4, Intestinimonas butyriciproducens, Oscillibacter sp.
ER4, Candidatus Soleaferrea massiliensis, Clostridium cellulosi, bactéria Clostridia UC5 1 2F7, bactéria Clostridia UC5 1 1E11, bactéria Clostridia UC5 1 1D1, Fournierella massiliensis, Clostridium sp.
W14A, bactéria Ruminococcaceae CPB6, Flavonifractor sp.
An92, Flavonifractor sp.
An91, Flavonifractor sp.
An306, Anaerofilum sp.
An201, Anaeromassilibacillus sp.
An200, Pseudoflavonifractor sp.
An187, Pseudoflavonifractor sp.
An184, Anaeromassilibacillus sp.
An172, Gemmiger sp.
An120, Flavonifractor sp.
An100, Flavonifractor sp.
An10, bactéria Eubacteriaceae CHKCI005, bactéria Ruminococcaceae P7, Ruminococcus bromii (GCF_900101355), Ruminococcus sp.
YE78, bactéria Ruminococcaceae FB2012, bactéria Ruminococcaceae Marseille P2935, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans, bactéria Ruminococcaceae D5, Oscillibacter sp.
PC13, Pseudoflavonifractor sp.
Marseille P3106, Neglecta sp.
Marseille P3890, Clostridium sp.
SN20, Anaerotruncus sp.
AT3, Anaeromassilibacillus sp.
Marseille P3876, Gemmiger formicilis (STS00001), Ruminococcaceae não denominada sp 1 (STS00002), Ruminococcaceae não denominada sp 2 (STS00003), Gemmiger formicilis (STS00004), Ruminococcaceae não denominada sp 3 (STS00005), Ruminococcaceae não denominada sp 4 (STS00006), Ruminococcaceae não denominada sp 5 (STS00007), Ruminococcaceae não denominada sp 6 (STS00008), Ruminococcaceae não denominada sp 7 (STS00009) ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
188. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
189. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Alistipes senegalensis, Bacteroides dorei, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Parabacteroides distasonis ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
190. Método, caracterizado pelo fato de que compreende avaliação de um perfil do microbioma para espécies de bactérias selecionadas de Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium longum, Blautia_SC102, Blautia_SC109, Clostridium innocuum, Odoribacter splanchnicus, Parabacteroides distasonis ou combinações destas em uma amostra de um indivíduo.
191. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 181 a 190, caracterizado pelo fato de que o método compreende ainda a comparação do perfil do microbioma com um microbioma de controle.
192. Método, de acordo com a reivindicação 191, caracterizado pelo fato de que o microbioma de controle compreende uma amostra do microbioma de um indivíduo determinado como sendo um responsivo a um tratamento anticâncer.
193. Método, de acordo com a reivindicação 191, caracterizado pelo fato de que o microbioma de controle compreende uma amostra do microbioma de um indivíduo determinado como sendo um não responsivo a um tratamento anticâncer.
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