BR112020013712A2

BR112020013712A2 - composições anidras compreendendo uma microbiota co-selecionada, método de uso das mesmas e medicamento

Info

Publication number: BR112020013712A2
Application number: BR112020013712-0A
Authority: BR
Inventors: Emma Allen-Vercoe
Original assignee: Nubiyota Llc
Priority date: 2018-01-05
Filing date: 2019-01-04
Publication date: 2020-12-01
Also published as: AU2022201981A1; CL2020001783A1; AU2019205296A1; AU2019205296B2; CO2020009670A2; IL275791A; JP2021509904A; PE20210322A1; MX2020007040A; KR20200136365A; SG11202006450VA; US20210069262A1; CN112087998A; PH12020551038A1; ECSP20046307A; EP3735224A1; EP3735224A4; CA3087695C; CA3087695A1; ZA202004678B

Abstract

COMPOSIÇÕES ANIDRAS COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO-SELECIONADA, MÉTODO DE USO DAS MESMAS E MEDICAMENTO para o tratamento de distúrbios associados à disbiose (um desequilíbrio da comunidade microbiana que habita um indivíduo ou que habita um tecido específico em um indivíduo) são aqui descritos. Em particular, são previstas composições anidras compreendendo uma microbiota co-selecionada, bem como métodos e medicamentos para tratar distúrbios gastrointestinais associados à disbiose. O uso de tais composições anidras compreendendo uma microbiota co-selecionada para tratar distúrbios associados à disbiose (p.ex., distúrbios gastrointestinais associados à disbiose) e o uso de tais composições anidras compreendendo uma microbiota co-selecionada na preparação de um medicamento para o tratamento de distúrbios associados à disbiose (p.ex., distúrbios gastrointestinais associados à disbiose) também são previstos.

Description

COMPOSIÇÕES ANIDRAS COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO-SELECIONADA, MÉTODO DE USO DA MESMA E MEDICAMENTO PEDIDOS RELACIONADOS

[0001] Este pedido reivindica prioridade do Pedido Provisório de Patente norte-americano nº US 62/614.151, depositado em 5 de janeiro de 2018, e do Pedido Provisório de Patente norte-americano nº 62/683.850, depositado em 12 de junho de 2018, cuja totalidade é incorporada ao presente documento a título de referência para todos os fins.

LISTAGEM DE SEQUÊNCIA

[0002] O presente pedido contém uma Listagem de Sequências que foi enviada eletronicamente no formato ASCII e é aqui incorporada a título de referência em sua totalidade.

CAMPO DA INVENÇÃO

[0003] O campo da invenção refere-se a composições e métodos para tratar distúrbios associados à disbiose (um desequilíbrio da comunidade microbiana que habita um indivíduo ou que habita um tecido particular em um indivíduo). Em particular, estão previstos composições e métodos para tratar distúrbios gastrointestinais associados à disbiose.

ESTADO DA TÉCNICA

[0004] A disbiose está associada a uma variedade de doenças e distúrbios. Consequentemente, há uma necessidade de reagentes e métodos para usar os mesmos para restaurar um equilíbrio saudável de microrganismos que compreendem um microbioma saudável.

SUMÁRIO

[0005] O Ecossistema Microbiano Terapêutico (designado MET-2) é descrito no presente documento. Subgrupos exemplares de MET-2 (por exemplo, MET-2A e MET-2B) também são apresentados no presente documento. Subgrupos exemplares adicionais de MET-2, MET-2A e MET-2B são apresentados, por exemplo, nas Tabelas 3 a 5 apresentadas no presente documento. Subgrupos exemplares adicionais de MET-2 incluem: NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, NB2A-14- FMU, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2B-16-TSAB, NB2B-11-FAA, NB2B-13-DCM, NB2A-2-FAA, NB2A-3-NA, NB2B-BHI-1, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-AER- MRS-02, e NB2A-10-MRS de Tabela 1 e também NB2B-20-GAM, NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2A-3-NA, NB2A-17-FMU, NB2B- 19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU da Tabela 1. Conforme descrito no presente documento pelo menos uma espécie de MET-2 e subgrupos exemplares da mesma e composições que compreendem pelo menos uma espécie de MET-2 e subgrupos exemplares da mesma são englobados, em que o número total de espécies de MET-2 ou um subgrupo da mesma consiste no número total de espécies incluídas no MET-2 ou no subgrupo específico indicado. Em certas modalidades, o subconjunto de espécies bacterianas listadas na Tabela 1 consiste em 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,

30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, ou 40 espécies.

Em certas modalidades, uma composição anidra compreende pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 11, pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19, pelo menos 20, pelo menos 21, pelo menos 22, pelo menos 23, pelo menos 24, pelo menos 25, pelo menos 26, pelo menos 27, pelo menos 28, pelo menos 29, pelo menos 30, pelo menos 31, pelo menos 32, pelo menos 33, pelo menos 34, pelo menos 35, pelo menos 36, pelo menos 37, pelo menos 38, pelo menos 39, ou pelo menos 40 dentre as espécies bacterianas listadas na Tabela 1. Consequentemente, pelo menos uma espécie de MET-2 e pelo menos uma espécie de subgrupos exemplares de MET-2 e composições compreendendo pelo menos uma espécie de MET-2 e pelo menos uma espécie de subgrupos exemplares MET- 2 são apresentadas como agentes terapêuticos para uso no tratamento de uma variedade de doenças gastrointestinais (por exemplo, colite ulcerativa). Métodos para tratar uma variedade de doenças gastrointestinais mediante a administração de pelo menos uma espécie bacteriana de MET-2 e/ou pelo menos uma espécie bacteriana de subgrupos exemplares de MET-2 ou composições compreendendo pelo menos uma espécie bacteriana de MET-2 e/ou em pelo menos uma espécie bacteriana de subgrupos exemplares de MET-2 a um indivíduo com necessidade da(s) mesma(s) também são descritos no presente documento.

Também estão incluídos o uso de pelo menos uma espécie bacteriana de MET-2 e/ou pelo menos uma espécie bacteriana de subgrupos exemplares de MET-2 para o tratamento de uma variedade de doenças gastrointestinais e o uso de pelo menos uma espécie bacteriana de MET-2 e/ou pelo menos uma espécie bacteriana de subgrupos exemplares de MET-2 na preparação de um medicamento para o tratamento de uma variedade de doenças gastrointestinais. Essas doenças gastrointestinais incluem doenças ou distúrbios associados à disbiose, como, por exemplo, infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória do intestino em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular e/ou enteropatia por AIDS.

[0006] Em um aspecto, é apresentada uma composição anidra que compreende uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0007] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra que compreende uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma dentre as espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas recitadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0008] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas, a pluralidade de espécies bacterianas consistindo em pelo menos uma das espécies bacterianas de cada filo de bactérias listado na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0009] Em outro aspecto, uma composição anidra que compreende uma microbiota co-selecionada é apresentada, onde a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas MET-2A listadas na Tabela 3, onde a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas MET-2A recitadas na Tabela 3 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas MET-2A listadas na Tabela 3 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0010] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co- selecionada compreende pelo menos uma dentre as espécies bacterianas MET-2B listadas na Tabela 3, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas MET-2B recitadas na Tabela 3 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas MET-2B listadas na Tabela 3 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0011] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 3 que está presente em cada um dos MET-2, MET-2A e MET -2B, em que a microbiota co-selecionada consiste no número total de espécies bacterianas listadas na Tabela 3 que estão presente em cada um dos MET-2, MET-2A e MET- 2B e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas presentes em cada um dos MET-2, MET-2A e MET-2B estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade de menos de 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0012] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co- selecionada compreende pelo menos uma dentre as espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas NB2B-20-GAM, NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2A-3-NA, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU, recitadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas NB2B-20-GAM, NB2B-6-CNA, NB2A-9- NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2A-3-NA, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU recitadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0013] Em uma modalidade de qualquer um dos aspectos mencionados acima, a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 25% de espécies bacterianas

Gram-negativas. Em uma modalidade de qualquer um dos aspectos mencionados acima, a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 50% de espécies bacterianas Gram-positivas. Em uma modalidade de qualquer um dos aspectos mencionados acima, a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 65% de espécies bacterianas dentro do filo Firmicutes. Em uma modalidade de qualquer um dos aspectos mencionados acima, a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 5% de espécies bacterianas dentro do filo Bacteroidetes.

[0014] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada, em que a microbiota co- selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas de qualquer um dos seguintes subgrupos descritos no presente documento, incluindo: NB2B- 6-CNA, NB2A-9-NA, NB2A-14-FMU, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2B-16-TSAB, NB2B-11-FAA, NB2B-13-DCM, NB2A-2-FAA, NB2A-3-NA, NB2B-BHI-1, NB2A-17- FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-AER-MRS-02; um subgrupo descrito na Tabela 3; um subgrupo descrito na Tabela 4; ou um subgrupo descrito na Tabela 4 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que o subgrupo de espécies bacterianas está na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0015] Em uma modalidade adicional de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima, as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa. Em uma modalidade adicional de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima, as espécies bacterianas exibem robustez quando desafiadas por estresse perturbacional em um teste de modelo de quimiostato ou em um ensaio de rendimento de ecossistema.

[0016] Em uma modalidade adicional de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima, a composição anidra compreende ainda um veículo farmaceuticamente aceitável. Mais particularmente, o veículo farmaceuticamente aceitável é a celulose. Mais particularmente ainda, a composição anidra é encapsulada em uma cápsula (por exemplo, a composição anidra pode ser encapsulada em uma cápsula dupla).

[0017] Em uma modalidade adicional de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima, a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus. Mais particularmente, o gênero Acidaminococcus é Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans.

[0018] Em uma modalidade adicional de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima, a composição anidra compreende ainda um prebiótico.

[0019] Também está abrangido no presente documento um método para tratar um indivíduo mamífero afetado por uma doença ou por um distúrbio associado à disbiose, o método compreendendo: administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma composição anidra de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima ao indivíduo mamífero, em que a quantidade terapeuticamente eficaz melhora as razões relativas de microrganismos no indivíduo mamífero, tratando assim o indivíduo mamífero. Em uma modalidade particular do mesmo, a doença ou o distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

[0020] Também está abrangida no presente documento uma composição anidra de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima para uso no tratamento de uma doença ou de um distúrbio associado à disbiose, em que a composição anidra melhora as razões relativas de microrganismos. Em uma modalidade particular, a doença ou o distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

[0021] Também está abrangida no presente documento uma composição anidra de qualquer um dos aspectos ou modalidades acima para uso na preparação de um medicamento para uso no tratamento de uma doença ou de um distúrbio associado à disbiose, em que a composição anidra melhora as razões relativas de microrganismos. Em uma modalidade particular, a doença ou o distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

[0022] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, a pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e em que a composição anidra, quando testada por um teste de modelo de quimiostato, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da primeira abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

[0023] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, a pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e em que a composição anidra, quando testada por um ensaio de rendimento do ecossistema, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da saída funcional de tipos e quantidades de pequenas moléculas selecionadas geradas pela pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

[0024] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, a pluralidade de espécies bacterianas consistindo em pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listado na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que a pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listado na Tabela 1 está (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e em que a composição anidra, quando testada por um teste de modelo de quimiostato, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato,

disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da primeira abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

[0025] Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, a pluralidade de espécies bacterianas consistindo em pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listado na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que a pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listado na Tabela 1 está (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e em que a composição anidra, quando testada por um ensaio de produção do ecossistema, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da saída funcional de tipos e quantidades de pequenas moléculas selecionadas geradas pela pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

[0026] Em uma modalidade de cada uma das alternativas acima, as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa. Em uma modalidade adicional, a composição anidra compreende ainda um veículo farmaceuticamente aceitável (por exemplo, celulose). Em uma modalidade adicional, a composição anidra é encapsulada em uma cápsula (por exemplo, uma cápsula dupla). Em outra modalidade, a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus (por exemplo, Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans). Em uma outra modalidade, a composição anidra compreende ainda um prebiótico.

[0027] Também está abrangido no presente documento um método para tratar um indivíduo mamífero afetado por uma doença ou por um distúrbio associado à disbiose, o método compreendendo: administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma composição anidra que tem as propriedades acima mencionadas (que inclui exibir robustez quando desafiada por estresse perturbacional em um teste de modelo de quimiostato ou um ensaio de rendimento do ecossistema) para o indivíduo mamífero, em que a quantidade terapeuticamente eficaz melhora as proporções relativas de microrganismos no indivíduo mamífero, tratando assim o indivíduo mamífero. Em uma modalidade adicional, a doença ou o distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

[0028] Também está abrangida uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada para uso no tratamento de uma doença ou de um distúrbio associado à disbiose, em que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

Em outro aspecto, é descrita uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada para uso no tratamento de uma doença ou de um distúrbio associado à disbiose, em que a microbiota co- selecionada compreende pelo menos uma dentre as espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas recitadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

Em uma modalidade específica, a doença ou o distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

Mais particularmente, as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa.

Em uma modalidade mais particular, a composição anidra compreende ainda um veículo farmaceuticamente aceitável (por exemplo, celulose). Em uma modalidade mais particular, a composição anidra é encapsulada em uma cápsula (por exemplo, em uma cápsula dupla). Em outra modalidade, a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus (por exemplo, Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans). Em outra modalidade, a composição anidra compreende ainda um prebiótico.

[0029] Também está abrangida no presente documento uma composição anidra compreendendo uma microbiota co-selecionada para uso na preparação de um medicamento para o tratamento de uma doença ou de um distúrbio associado à disbiose, em que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade de menos de 5% em p/p na composição anidra, e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional. Em outro aspecto, é apresentada uma composição anidra que compreende uma microbiota co-selecionada para uso na preparação de um medicamento para o tratamento de uma doença ou de um distúrbio associado à disbiose, em que a microbiota co- selecionada compreende pelo menos uma dentre as espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas recitadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um conteúdo de umidade inferior a 5% em p/p na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência ao estresse perturbacional.

[0030] Mais particularmente, as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa. Em uma modalidade mais particular, o medicamento/a composição anidra compreende ainda um veículo farmaceuticamente aceitável (por exemplo, celulose). Em uma modalidade mais particular, o medicamento é encapsulado em uma cápsula (por exemplo, em uma cápsula dupla). Em outra modalidade, a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus (por exemplo, Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans). Em outra modalidade, o medicamento compreende ainda um prebiótico. Em uma modalidade específica, a doença ou o distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

[0031] Outros objetos, características e vantagens da presente invenção serão evidenciados a partir da descrição e exemplos a seguir.

BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS

[0032] Algumas modalidades da invenção são descritas no presente documento, apenas a título de exemplo, com referência aos desenhos anexos. Com referência específica agora aos desenhos em detalhe, é enfatizado que os dados mostrados são a título de exemplo e para fins de discussão ilustrativa das modalidades da invenção. A este respeito, a descrição feita com os desenhos torna evidente para os especialistas na técnica como as modalidades da invenção podem ser praticadas.

[0033] As Figuras 1A e 1B mostram um vaso quimiostático de estágio único empregado nos métodos de acordo com algumas modalidades da presente invenção.

[0034] A Figura 2 representa um teste de modelo de quimiostato de acordo com uma modalidade da presente invenção.

[0035] A Figura 3 mostra um histograma da composição percentual relativa de espécies bacterianas dentro de cada um dos filos indicados de acordo com uma modalidade da presente invenção.

[0036] As Figuras 4A e 4B mostram cada qual um gráfico de barras da composição percentual relativa de espécies bacterianas dentro de cada uma das famílias indicadas de acordo com uma modalidade da presente invenção.

[0037] A Figura 5 (Tabela 2) lista as cepas MET-2 com seus fragmentos de sequência 16S rRNA, designados no presente documento SEQ ID NOs: 41 a 80 em ordem de aparecimento na Tabela 2.

[0038] A Figura 6 (Tabela 4) lista propriedades das cepas bacterianas em MET-2.

[0039] A Figura 7 (Tabela 5) lista propriedades de cepas bacterianas em MET-2, MET-2A e MET-2B.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO

[0040] Entre esses benefícios e aprimoramentos que foram revelados, outros objetos e vantagens dessa invenção se tornarão evidentes a partir da seguinte descrição considerada em combinação com as figuras anexas. As modalidades detalhadas da presente invenção são reveladas no presente documento; no entanto, deve ser entendido que as modalidades reveladas são meramente ilustrativas da invenção, que pode ser incorporada de várias formas. Além disso, cada um dos exemplos fornecidos em conexão com as várias modalidades da invenção são destinados a serem ilustrativos, e não restritivos.

[0041] Ao longo do relatório descritivo e das reivindicações, os termos a seguir levam os significados a eles explicitamente associados no presente documento, a menos que o contexto indique claramente o contrário. As expressões “em uma modalidade” e “em algumas modalidades”, conforme usadas no presente documento, embora possam, não se referem necessariamente à(s) mesma(s) modalidade(s). Adicionalmente, as expressões “em outra modalidade” e “em algumas outras modalidades”, conforme usadas no presente documento, embora possam, não se referem necessariamente a uma modalidade diferente. Dessa forma, conforme descrito abaixo, várias modalidades da invenção podem ser prontamente combinadas, sem se afastar do escopo ou espírito da invenção.

[0042] Além disso, conforme usado no presente documento, o termo “ou” é um operador “ou” inclusivo e é equivalente ao termo “e/ou”, a menos que o contexto indique claramente o contrário. A expressão “com base em” não é exclusiva e permite que haja base em fatores adicionais não descritos, a menos que o contexto indique claramente o contrário. Além disso, ao longo do relatório descritivo, o significado de “um”, “uma” e “o/a” inclui referências plurais. O significado de “em” inclui “em” e “sobre”.

[0043] Conforme usado no presente documento, o termo "OTU" refere-se a uma unidade taxonômica operacional (operational taxonomic unit), definindo uma espécie ou um grupo de espécies por semelhanças nas sequências de ácidos nucleicos, incluindo, mas sem limitação, sequências genéticas de 16S rRNA.

[0044] O termo "disbiose", conforme usado no presente documento, refere-se a um desequilíbrio da comunidade microbiana que habita um indivíduo ou que habita um tecido específico em um indivíduo. O termo se refere tipicamente a uma diminuição de micróbios benéficos em relação a micróbios deletérios ou a uma mudança na proporção de micróbios, de modo que os micróbios que normalmente estão presentes apenas em pequenos números proliferam até um grau em que estão presentes em números elevados.

[0045] Conforme usada no presente documento, a expressão "estado de animação suspensa", conforme usada no presente documento em relação a uma população de bactérias, refere-se a uma população de bactérias metabolicamente quiescente, mas capaz de retomar a atividade metabólica normal e proliferar-se em resposta a condições adequadas de promoção do crescimento.

[0046] O termo "prebiótico", conforme usado neste documento, refere-se a "um ingrediente fermentado seletivamente que permite alterações específicas, tanto na composição quanto na atividade da microflora gastrointestinal que confere benefícios ao bem-estar e à saúde do hospedeiro". Vide Roberfroid (2007, J Nutri 137:8305-8375). Prebióticos particulares podem ser escolhidos para obter resultados ótimos quando usados em conjunto com as composições descritas no presente documento com base no modo de administração ao indivíduo e aos tecidos alvo que necessitam de tratamento. Prebióticos particulares usados em conjunto com composições descritas no presente documento podem ser de qualidade alimentar. Prebióticos particulares previstos para uso em combinação com composições descritas no presente documento incluem: inulina, frutoligossacarídeos ou glico-oligossacarídeos e misturas dos mesmos.

[0047] As soluções de espécies bacterianas são secadas por congelamento/liofilizadas para gerar composições anidras compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas com um teor de umidade inferior a 25%, 20%, 15%, 10% 9%, 8%, 7%, 6%, 5 %, 4%, 3%, 2% ou 1%. Em uma modalidade particular, as composições anidras descritas no presente documento são secadas por congelamento até um teor de umidade inferior a 5%.

[0048] Conforme usada no presente documento, a expressão "secada por congelamento/liofilizada" refere-se a um método de laboratório em que micróbios vivos em suspensão aquosa são rapidamente congelados a <50°C e, em seguida, a maioria do teor de água congelada é forçada a sublimar sob condições de vácuo, o que permite que esta água seja removida com eficiência na fase gasosa.

[0049] Conforme usada no presente documento, a expressão "composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas" refere-se a uma população secada por congelamento/liofilizada feita pelo homem de espécies bacterianas com um teor de umidade inferior a 25%, 20%, 15%, 10% 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% ou 1%. Em uma modalidade, uma pluralidade de espécies bacterianas é isolada da matéria fecal de um único indivíduo saudável, em que a pluralidade de espécies bacterianas foi co-selecionada e coadaptada como uma população interativa.

[0050] As tecnologias normalmente usadas para determinação da umidade incluem, sem limitação: análise termogravimétrica (secagem em estufa, secagem por halogênio/IV, secagem por micro-ondas etc.); análise química (titulação Karl Fischer, teste de carboneto de cálcio); análise espectroscópica (espectroscopia IR,

espectroscopia de micro-ondas, espectroscopia de ressonância magnética nuclear de prótons); e outras análises (por exemplo, cromatografia em fase gasosa, determinação da densidade, refratometria etc.). Com relação à análise termogravimétrica (TGA), por exemplo, o teor de umidade é derivado da perda de peso do produto durante a secagem, medindo-se a alteração em massa de uma amostra enquanto é aquecida a uma taxa controlada até que não seja observada mais alteração no peso.

[0051] Conforme usada no presente documento, a expressão "microbiota co- selecionada" refere-se a uma pluralidade de espécies bacterianas que foram coletivamente submetidas a co-seleção e coadaptação em um único indivíduo (por exemplo, um indivíduo saudável). Em uma modalidade particular, a microbiota co- selecionada sofreu coletivamente co-seleção e coadaptação nos intestinos de um único indivíduo saudável. Em contraste, as espécies bacterianas isoladas ou derivadas de diferentes fontes (por exemplo, indivíduos diferentes e/ou depositários celulares) e combinadas entre si não foram submetidas à co-seleção e à coadaptação em um único indivíduo (por exemplo, um indivíduo saudável). Assim, mesmo quando combinadas in vitro, uma pluralidade de espécies bacterianas que foram isoladas de diferentes fontes não pode constituir uma microbiota co-selecionada.

[0052] Conforme usado no presente documento, o termo "indivíduo" ou "paciente" é preferencialmente um animal, incluindo, mas sem a tanto se limitar, animais como camundongos, ratos, vacas, porcos, cavalos, galinhas, gatos, cães etc., e é de preferência um mamífero, mais preferencialmente um primata e, com a máxima preferência, um humano.

[0053] Conforme usada neste documento, a expressão "para tratar" ou "tratamento" de qualquer doença ou distúrbio refere-se, em uma modalidade, a uma melhoria da doença ou distúrbio (isto é, impedindo a doença ou reduzindo a manifestação, extensão ou gravidade de pelo menos um de seus sintomas clínicos). Em outra modalidade, "para tratar" ou "tratamento" refere-se à melhoria de pelo menos um parâmetro físico, que pode não ser discernível pelo indivíduo. Em ainda outra modalidade, "para tratar" ou "tratamento" refere-se à modulação da doença ou do distúrbio, fisicamente (por exemplo, estabilização de um sintoma discernível), fisiologicamente (por exemplo, estabilização de um parâmetro físico), ou ambos. Em uma modalidade adicional, "para tratar" ou "tratamento" refere-se a retardar a progressão da doença.

[0054] Conforme usada no presente documento, a expressão "que previne" ou "prevenção" refere-se a uma redução no risco de adquirir ou desenvolver uma doença ou um distúrbio (isto é, fazer com que pelo menos um dos sintomas clínicos da doença não se desenvolva em um indivíduo que pode ser exposto a um agente causador de doença ou predisposto à doença antes do início da doença).

[0055] Conforme usado no presente documento, o termo "profilaxia" está relacionado à "prevenção" e refere-se a uma medida ou procedimento cujo objetivo é prevenir, em vez de tratar ou curar uma doença. Exemplos não limitativos de medidas profiláticas podem incluir a administração de vacinas; a administração de heparina de baixo peso molecular a pacientes hospitalizados com risco de trombose devido, por exemplo, à imobilização; e a administração de um agente antimalárico, como a cloroquina, antes de uma visita a uma região geográfica em que a malária é endêmica ou o risco de contrair malária é alto.

[0056] Conforme usada no presente documento, a expressão "farmaceuticamente aceitável" refere-se a entidades e composições moleculares que são fisiologicamente toleráveis e que normalmente não produzem uma reação indesejável alérgica ou semelhante, como perturbação gástrica, tontura e similares, quando administrada a um ser humano.

[0057] Conforme usada no presente documento, a expressão "quantidade terapeuticamente eficaz" é usada para referir-se a uma quantidade de um agente (por exemplo, um agente terapêutico) suficiente para reduzir uma característica patológica de uma doença ou condição em pelo menos cerca de 30 por cento, em pelo menos 50 por cento, ou em pelo menos 90 por cento. Uma "quantidade terapeuticamente eficaz" de um agente resulta em uma redução clinicamente significativa em pelo menos uma característica patológica (por exemplo, um sintoma clínico) de uma doença ou condição.

[0058] Conforme usado no presente documento, o termo "complementar" refere-se a duas cadeias de DNA que exibem características substanciais normais de emparelhamento de bases. O DNA complementar pode, no entanto, conter uma ou mais incompatibilidades.

[0059] Conforme usado no presente documento, o termo "hibridação" refere- se à ligação de hidrogênio que ocorre entre duas cadeias complementares de DNA.

[0060] Conforme usada no presente documento, a expressão "ácido nucleico" ou uma "molécula de ácido nucleico" refere-se a qualquer molécula de DNA ou RNA, de fita simples ou dupla e, se de fita simples, à molécula de sua sequência complementar na forma linear ou circular. Ao discutir moléculas de ácido nucleico, uma sequência ou estrutura de uma molécula de ácido nucleico específica pode ser descrita no presente documento de acordo com a convenção normal de fornecer a sequência na direção 5’ para 3'. Com referência aos ácidos nucleicos da invenção, a expressão "ácido nucleico isolado" é às vezes usada. Essa expressão, quando aplicada ao DNA, refere-se a uma molécula de DNA separada das sequências com as quais é imediatamente contígua no genoma natural do organismo em que se originou. Por exemplo, um "ácido nucleico isolado" pode compreender uma molécula de DNA inserida em um vetor, como um vetor de plasmídeo ou vírus, ou integrada no DNA genômico de uma célula ou organismo hospedeiro procariótico ou eucariótico.

[0061] Quando aplicada ao RNA, a expressão "ácido nucleico isolado" refere- se principalmente a uma molécula de RNA codificada por uma molécula de DNA isolada, conforme definido acima. Alternativamente, a expressão pode se referir a uma molécula de RNA que foi suficientemente separada de outros ácidos nucleicos com os quais está geralmente associada em seu estado natural (isto é, em células ou tecidos). Um ácido nucleico isolado (DNA ou RNA) pode ainda representar uma molécula produzida diretamente por meios biológicos ou sintéticos e separada de outros componentes presentes durante sua produção.

[0062] Conforme usadas no presente documento, as expressões "variantes alélicas naturais", "mutantes" e "derivados" de sequências particulares de ácidos nucleicos referem-se a sequências de ácidos nucleicos que estão intimamente relacionadas a uma sequência específica, mas que podem possuir, naturalmente ou por projeto, alterações na sequência ou estrutura. Por intimamente relacionado, significa que pelo menos cerca de 60%, mas, frequentemente, mais de 85% dos nucleotídeos da sequência correspondem ao comprimento definido da sequência de ácido nucleico referida com uso de uma SEQ ID NO específica.

Alterações ou diferenças na sequência nucleotídica entre sequências estreitamente relacionadas de ácidos nucleicos podem representar alterações nucleotídicas na sequência que surgem durante o curso da replicação normal ou duplicação na natureza da sequência particular de ácido nucleico. Outras alterações podem ser especificamente projetadas e introduzidas na sequência para fins específicos, como alterar um códon ou sequência de aminoácidos em uma região reguladora do ácido nucleico. Tais alterações específicas podem ser feitas in vitro, com uso de uma variedade de técnicas de mutagênese, ou produzidas em um organismo hospedeiro colocado sob condições de seleção particulares que induzem ou selecionam as alterações. Tais variantes de sequência geradas especificamente podem ser chamadas de "mutantes" ou "derivados" da sequência original.

[0063] Conforme usadas no presente documento, as expressões "porcentagem de similaridade", "porcentagem de identidade" e "porcentagem de homologia", ao se referir a uma sequência específica, são usados conforme estabelecido no programa de software GCG da Universidade de Wisconsin e são conhecidos na técnica.

[0064] Conforme usada no presente documento, a expressão "consistindo essencialmente em", quando em referência a um nucleotídeo ou aminoácido específico, significa uma sequência com as propriedades de uma determinada SEQ ID NO:. Por exemplo, quando usada em referência a uma sequência de aminoácidos, a expressão inclui a sequência em si e modificações moleculares que não afetariam as características básicas e novas da sequência.

[0065] Um "réplicon" é qualquer elemento genético, por exemplo, um plasmídeo, cosmídeo, bacmídeo, fago ou vírus, que tem capacidade de replicação em grande parte sob seu próprio controle. Um réplicon pode ser RNA ou DNA e pode ser de fita simples ou dupla.

[0066] Um "vetor" é um réplicon, como um plasmídeo, cosmídeo, bacmídeo, fago ou vírus, ao qual outra sequência ou elemento genético (DNA ou RNA) pode ser anexado para provocar a replicação da sequência ou elemento anexo.

[0067] Um "vetor de expressão" ou uma "operon de expressão" refere-se a um segmento de ácido nucleico que pode possuir sequências de controle de transcrição e tradução, como promotores, intensificadores, sinais de início de tradução (por exemplo, codões ATG ou AUG), sinais de poliadenilação, terminadores e semelhantes e que facilitam a expressão de uma sequência codificadora de polipeptídeo em uma célula ou organismo hospedeiro.

[0068] Conforme usada no presente documento, a expressão "operacionalmente ligado" refere-se a uma sequência reguladora com capacidade para mediar a expressão de uma sequência de codificação e que é colocada em uma molécula de DNA (por exemplo, um vetor de expressão) em uma posição apropriada em relação à sequência de codificação, de modo que efetue a expressão da sequência de codificação. Essa mesma definição é às vezes aplicada à disposição de sequências de codificação e elementos de controle de transcrição (por exemplo, promotores, intensificadores e elementos de terminação) em um vetor de expressão. Essa definição também é às vezes aplicada à disposição de sequências de ácido nucleico de uma primeira e uma segunda molécula de ácido nucleico, em que é gerada uma molécula híbrida de ácido nucleico.

[0069] Conforme usado no presente documento, o termo "oligonucleotídeo" refere-se a iniciadores e sondas descritos no presente documento, que são definidos como uma molécula de ácido nucleico composta por dois ou mais ribo- ou desoxirribonucleotídeos, de preferência mais de três. O tamanho exato do oligonucleotídeo dependerá de vários fatores e da aplicação e uso particulares do oligonucleotídeo.

[0070] Conforme usado no presente documento, o termo "sonda" refere-se a um oligonucleotídeo, polinucleotídeo ou ácido nucleico, RNA ou DNA, que ocorre naturalmente como em uma digestão enzimática de restrição purificada ou produzido sinteticamente, que tem capacidade de emparelhar ou hibridar especificamente com um ácido nucleico com sequências complementares à sonda. Uma sonda pode ser de fita simples ou de fita dupla. O comprimento exato da sonda dependerá de muitos fatores, incluindo temperatura, fonte da sonda e uso do método. Por exemplo, para aplicações de diagnóstico, dependendo da complexidade da sequência alvo, a sonda oligonucleotídica contém tipicamente 15 a 25 ou mais nucleotídeos, embora possa conter menos nucleotídeos. As sondas desse documento são selecionadas para serem "substancialmente" complementares a diferentes cadeias de uma sequência de ácido nucleico alvo específica. Isso significa que as sondas devem ser suficientemente complementares para terem capacidade de "hibridar especificamente" ou emparelhar seus respectivos fios-alvo sob um conjunto de condições predeterminadas. Portanto, a sequência de sonda não precisa refletir a sequência complementar exata do alvo. Por exemplo, um fragmento de nucleotídeo não complementar pode ser ligado à extremidade 5’ ou 3' da sonda, o restante da sequência da sonda sendo complementar à fita alvo. Alternativamente, bases não complementares ou sequências mais longas podem ser intercaladas na sonda, desde que a sequência da sonda tenha complementaridade suficiente com a sequência do ácido nucleico alvo para emparelhar especificamente com a mesma.

[0071] Conforme usada no presente documento, a expressão "hibridizar especificamente" refere-se à associação entre duas moléculas de ácido nucleico de fita simples de sequência suficientemente complementar para permitir essa hibridação sob condições predeterminadas geralmente usadas na técnica (às vezes denominada "substancialmente complementar"). Em particular, a expressão se refere à hibridação de um oligonucleotídeo com uma sequência substancialmente complementar contida dentro de uma molécula de DNA ou RNA de fita simples da invenção, à exclusão substancial da hibridação do oligonucleotídeo com ácidos nucleicos de fita simples de sequência não complementar.

[0072] Conforme usado no presente documento, o termo "iniciador" refere-se a um oligonucleotídeo, RNA ou DNA, de fita simples ou dupla, derivado de um sistema biológico, gerado pela digestão com enzimas de restrição ou produzido sinteticamente que, quando colocado no ambiente adequado, tem capacidade de atuar funcionalmente como um iniciador da síntese de ácidos nucleicos dependente do modelo. Quando apresentado com um modelo de ácido nucleico apropriado, precursores de nucleosídeo trifosfato adequados de ácidos nucleicos, uma enzima polimerase, cofatores adequados e condições como temperatura e pH adequados, o iniciador pode ser estendido em seu terminal 3’ pela adição de nucleotídeos pela ação de uma polimerase ou atividade similar para produzir um produto de extensão do iniciador. O iniciador pode variar em comprimento, dependendo das condições e exigências particulares da aplicação. Por exemplo, em aplicações de diagnóstico, o iniciador oligonucleotídico tem tipicamente 15 a 25 ou mais nucleotídeos no comprimento. O iniciador precisa ter complementaridade suficiente com o modelo desejado para iniciar a síntese do produto de extensão desejado, ou seja, para poder emparelhar com o fio modelo desejado de uma maneira suficiente para fornecer a porção hidroxila 3’ do iniciador em justaposição apropriada para uso no início da síntese por uma polimerase ou enzima similar. Não é necessário que a sequência de iniciadores represente um complemento exato do modelo desejado. Por exemplo, uma sequência nucleotídica não complementar pode ser ligada à extremidade 5’ de um iniciador de outra forma complementar. Alternativamente, as bases não complementares podem ser intercaladas dentro da sequência do oligonucleotídeo iniciador, desde que a sequência do iniciador tenha complementaridade suficiente com a sequência da fita modelo desejada para fornecer funcionalmente um complexo modelo-iniciador para a síntese do produto de extensão.

[0073] Os iniciadores e/ou sondas podem ser marcados fluorescentemente com 6-carboxifluoresceína (6-FAM). Alternativamente, os iniciadores podem ser marcados com 4, 7, 2', 7'-Tetracloro-6-carboxifluoresceína (TET). Outros métodos alternativos de marcação de DNA são conhecidos na técnica e são contemplados para estar dentro do escopo da invenção.

[0074] Em uma modalidade específica, os oligonucleotídeos de acordo com a presente invenção que hibridam com sequências de ácidos nucleicos identificados como específicos para uma das espécies bacterianas e/ou cepas descritas no presente documento, têm pelo menos cerca de 10 nucleotídeos no comprimento, mais particularmente pelo menos 15 nucleotídeos no comprimento, mais particularmente pelo menos cerca de 20 nucleotídeos no comprimento. Além do acima, fragmentos de sequências de ácidos nucleicos identificados como específicos para uma das espécies bacterianas e/ou cepas descritas no presente documento representam aspectos da presente invenção. Tais fragmentos e oligonucleotídeos específicos para os mesmos podem ser usados como iniciadores ou sondas para determinar a quantidade da espécie bacteriana específica e/ou cepa em uma amostra bacteriana gerada in vitro ou em uma amostra biológica obtida de um indivíduo, em que a espécie ou cepa específica pode ser identificada pela presença de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 40. Iniciadores como os descritos no presente documento (por exemplo, SEQ ID NOs: 81 e 82) podem, além disso, ser utilizados em ensaios de reação em cadeia da polimerase (PCR) em métodos direcionados para determinar a quantidade de uma espécie bacteriana específica e/ou cepa em uma amostra bacteriana gerada in vitro ou em uma amostra biológica obtida de um indivíduo, em que a espécie bacteriana específica e/ou cepa compreende qualquer uma de, por exemplo, SEQ ID NOs: 1 a 40.

[0075] Além do acima, a sequência de 16S rRNA de uma determinada cepa é específica da espécie e, em muitos casos, dependendo da espécie, também específica da cepa. Além deste ponto, algumas espécies bacterianas são altamente conservadas e, portanto, diferentes cepas podem ter sequências extremamente semelhantes ou mesmo idênticas. A maioria das espécies, no entanto, inclui cepas nas quais diferenças de sequência são detectadas.

[0076] Preparação de Amostras Bacterianas (para Sequenciamento 16S rRNA Sanger)

[0077] Teor da mistura principal [“Master Mix”] (por reação ou amostra): Grau de HPLC ddH2O (Caledon Laboratory Chemicals) - 38,5 μl dNTPs, estoque de trabalho (Invitrogen) - 3 μl 10X Tampão de Reação ThermoPol (NEB) - 5 μl Iniciadores V3kl/V6r (IDT) - 1 μl de cada Polimerase de Taq DNA de Alta Pureza (BioBasic) - 0,5 μl Modelo de DNA - 1 μl ou 1 colônia

[0078] PCR, Sequenciamento de Produtos e Análise de Produtos de PCR 1) Determinar quanto de cada componente do Master Mix é necessário multiplicando-se cada um pelo número de amostras. Adicionar três reações adicionais para explicar o erro de pipetagem.

2) Proporcionar as quantidades necessárias de ddH2O, dNTPs (armazenados a -20 °C), tampão (armazenado a -20 °C), iniciadores (armazenados a -20 °C), tubos de 2 ml de tampa articulada (estéreis, da Axygen) e uma placa de 96 poços com fundo em V (estéril, da Fisher) no Gabinete de Segurança Biológica do Purificador Labconco (Labconco, 08018496A). Submeter a UV a capela e suprimentos por 15 minutos.

3) Desligar a luz UV. Inserir o Taq (armazenado a -20 °C) e as amostras de modelo de DNA (se estiverem na forma líquida) no gabinete de segurança.

4) Preparar o Master Mix em um tubo de 2 ml, adicionando as proporções de todos os reagentes necessários no mesmo tubo. Misturar invertendo-se suavemente o tubo várias vezes.

5) Proporcionar o Master Mix na placa de 96 poços, 48μl por reação (ou amostra).

6) Se o seu DNA estiver na forma líquida ou em caldo, pule as etapas 9) e 10). Se o seu DNA for coletado diretamente de colônias em placas de mídia, pule a Etapa 7).

7) Adicionar 1 μl do seu modelo de DNA por reação aliquotada (ou seja, uma reação de PCR para cada uma das suas amostras de modelo de DNA). Por exemplo, 27 amostras de modelo de DNA (ou 27 cepas a serem testadas) = 27 reações de PCR.

8) Remover o Master Mix aliquotado na placa de 96 poços do gabinete de segurança biológica.

9) Transferir o Master Mix aliquotado na placa de 96 poços para a estação de trabalho da câmara anaeróbica de Whitley.

10) Usar um aplicador de madeira estéril (Puritan) para tocar uma colônia de interesse e, com uso de um movimento de torção, depositar a colônia em um poço da placa de 96 poços que contém uma alíquota de Master Mix. Repetir o procedimento para todas as cepas bacterianas de interesse.

11) Executar as reações de PCR na placa de 96 poços no epgradiente Eppendorf Mastercycler (Eppendorf, 5340 014805): 12) Usando, por exemplo, um Eppendorf Mastercycler (também conhecido como termociclador), executar o seguinte: - Os parâmetros do ciclo são 94 °C por (os primeiros) 10 minutos, (94 °C por 30 s, 60 °C por 30 s, 72 °C por 30 s) por 30 ciclos, depois 72 °C por 5 minutos e 4 °C por tempo indeterminado.

13) O sequenciamento é realizado através dos métodos de sequenciamento Sanger, que são uma prática corrente nos laboratórios de pesquisa.

14) As sequências (sequências completas de rRNA de 16S rRNA associadas a cada cepa bacteriana) geradas são comparadas a bancos de dados de sequências conhecidas, como, por exemplo, aquelas mantidas por agências do governo dos EUA, que podem ser acessadas através da web (por exemplo, blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) com uso de programas conhecidos (por exemplo, BLAST).

15) Ao usar, por exemplo, um programa BLAST e um aplicativo de alinhamento do mesmo, um valor de 99% ou mais indica que a sequência do modelo e a sequência da consulta são idênticas. Se a sequência do modelo e a sequência de consulta forem idênticas, isso indica que a sequência de consulta (que foi obtida de uma cepa bacteriana de interesse) tem a mesma identidade que a que está associada à sequência do modelo.

[0079] A Tabela 1 apresenta uma lista de cepas de MET 2, que é uma lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento se as espécies bacterianas forem derivadas de uma microbiota co-selecionada. Em uma modalidade específica, uma lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das seguintes cepas listadas na Tabela 1, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies citadas na lista exemplar da Tabela 1. Em uma modalidade mais específica, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento consiste em cada uma das cepas listadas na Tabela 1.

Nome da cepa Correspondência de espécies mais próxima

NB2A-14-DS Lachnoclostridium pacaense

NB2B-20-DS [Clostridium] hathewayi

NB2B-20-GAM [Clostridium] lactatifermentans

NB2B-13-CNA Hespellia porcina

NB2A-7-D5 [Clostridium] scindens

NB2B-10-NB [Clostridium] saccharogumia

NB2B-6-CNA [Eubacterium] eligens

NB2B-13-BHI [Eubacterium] hallii

NB2A-9-NA [Ruminococcus] obeum

NB2A-14-FMU [Ruminococcus] torques

14 LG Acidaminococcus intestini

NB2A-8-WC Akkermansia muciniphila

NB2B-9-DCM Anaerostipes hadrus

NB2A-15-BHI Anaerovorax odorimutans

NB2B-14-D5 Bacteroides eggerthii

NB2A-12-BBE Bacteroides ovatus

NB2A-15-DCM Bacteroides timonensis

NB2B-3-WC Barnesiella intestinihominis

NB2B-16-TSAB Bifidobacterium adolescentis

NB2B-11-FAA Bifidobacterium longum/breve

NB2B-9-FAA Blautia wexlerae

NB2A-5-TSAB Blautia schinkii NB2B-13-DCM Collinsella aerofaciens NB2A-13-NA Coprococcus catus NB2A-2-FAA Coprococcus comes NB2B-15-DCM Dorea formicigenerans NB2A-3-NA Dorea longicatena NB2B-BHI-1 Escherichia coli NB2B-10-MRS Agathobaculum desmolans NB2A-17-FMU [Eubacterium] rectale NB2B-19-DCM Faecalibacterium prausnitzii NB2A-20-GAM Flavonifractor plautii NB2B-AER-MRS-02 Lactobacillus paracasei NB2B-16-D5 Neglecta timonensis NB2A-10-MRS Parabacteroides distasonis NB2A-29-D6 Parabacteroides merdae NB2A-12-FMU Phascolarctobacterium succinatutens NB2B-10-FAA Roseburia intestinalis NB2B-26-FMU Roseburia inulinivorans NB2B-17-NB Ruminococcus lactaris

[0080] Em uma modalidade específica, uma lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das seguintes cepas listadas na Tabela 1: NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, NB2A-14-FMU, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2B-16-TSAB, NB2B-11-FAA, NB2B-13-DCM, NB2A-2-FAA, NB2A- 3-NA, NB2B-BHI-1, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-AER-MRS-02, ou NB2A- 10-MRS, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies citadas nesta lista exemplar. Em uma modalidade específica, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende as seguintes cepas listadas na Tabela 1: NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, NB2A-14-FMU, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2B-16-TSAB, NB2B-11-FAA, NB2B-13-DCM, NB2A-2-FAA, NB2A-3-NA, NB2B- BHI-1, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-AER-MRS-02, e NB2A-10-MRS, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies citadas na lista exemplar da Tabela 1. Em uma modalidade mais específica, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento consiste nas seguintes cepas listadas na Tabela 1: NB2B- 6-CNA, NB2A-9-NA, NB2A-14-FMU, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2B-16-TSAB, NB2B-11-FAA, NB2B-13-DCM, NB2A-2-FAA, NB2A-3-NA, NB2B-BHI-1, NB2A-17- FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-AER-MRS-02, e NB2A-10-MRS.

[0081] Em uma modalidade adicional, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das seguintes cepas listadas na Tabela 1: NB2B-20-GAM, NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A- 12-BBE, NB2A-3-NA, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU, mas não excede a inclusão de todas e cada uma as espécies citadas nesta lista exemplar. Em outra modalidade, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das seguintes cepas listadas na Tabela 1: NB2B-20-GAM, NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A- 12-BBE, NB2A-3-NA, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies citadas na lista exemplar da Tabela 1.

[0082] A Tabela 3 apresenta comunidades microbióticas exemplares adicionais que compreendem as cepas bacterianas indicadas. Estas comunidades microbióticas exemplares são designadas no presente documento MET-2A e MET- 2B.

Designação de Número Identidade MET-2 MET-2A MET-2B cepa Parabacteroides 1 NB2A-29-D6 + + + merdae 2 NB2B-13-BHI [Eubacterium] hallii + + + Parabacteroides 3 NB2A-10-MRS + + distasonis Phascolarctobacteriu 4 NB2A-12-FMU + + + m succinatutens Ruminococcus 5 NB2B-17-NB + + lactaris 6 NB2B-16-D5 Neglecta timonensis + [Clostridium] 7 NB2B-10-NB + + spiroforme

8 NB2B-10-FAA Roseburia intestinalis + +

Akkermansia 9 NB2A-8-WC + + + muciniphila

[Ruminococcus] 10 NB2A-9-NA + obeum

[Clostridium] 11 NB2B-20-GAM + lactatifermentans

Anaerovorax 12 NB2A-15-BHI + + odorimutans

[Ruminococcus] 13 NB2A-14-FMU + + torques

14 NB2A-17-FMU Eubacterium rectale + + +

15 NB2B-14-D5 Bacteroides eggerthii + +

Roseburia 16 NB2B-26-FMU + + inulinivorans

[Clostridium] 17 NB2B-20-DS + hylemonae

Barnesiella 18 NB2B-3-WC + intestinihominis

[Clostridium] 19 NB2A-14-DS + aerotolerans

Bacteroides 20 NB2A-15-DCM + stercorirosoris

21 NB2A-20-GAM Flavonifractor plautii + + +

22 NB2A-3-NA Dorea longicatena + + +

23 NB2A-5-TSAB Blautia stercoris +

Bifidobacterium 24 NB2B-11-FAA + + longum

25 NB2A-2-FAA Coprococcus comes +

26 NB2B-6-CNA [Eubacterium] eligens + + +

NB2B-AER- Lactobacillus 27 + + + MRS-02 paracasei

[Clostridium] 28 NB2B-13-CNA + oroticum

Dorea 29 NB2B-15-DCM + formicigenerans

30 NB2B-BHI-1 Escherichia coli + +

31 NB2B-9-DCM Anaerostipes hadrus + +

32 NB2B-9-FAA Blautia luti + + +

33 NB2A-7-D5 [Clostridium] scindens + + +

Eubacterium 34 NB2B-10-MRS + + + desmolans

Faecalibacterium 35 NB2B-19-DCM + + + prausnitzii

36 NB2A-12-BBE Bacteroides ovatus + + 37 NB2A-13-NA Coprococcus catus + + + Bifidobacterium 38 NB2B-16-TSAB + + + adolescentis Collinsella 39 NB2B-13-DCM + + + aerofaciens Acidaminococcus 40 14 LG + + + intestini 41 NB2A-2-DS Alistipes shahii + 42 NB2A-1-D5 Bacteroides uniformis + 43 NB2B-3-FMN [Clostridium] leptum + NB2A-1- 44 Enterococcus hirae + CNA_aer 45 NB2B-20-NB Gemmiger formicilis + Oscillibacter 46 NB2B-23-CNA + valericigenes Pseudoflavonifractor 47 NB2A-31-NB + capillosus

[0083] Em uma modalidade adicional, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das cepas de MET-2A listadas na Tabela

3, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies MET- 2A recitadas na Tabela 3. Em outra modalidade, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das seguintes cepas de MET-2A listadas na Tabela 3, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies citadas na lista exemplar da Tabela 1. Em outra modalidade, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento consiste nas cepas MET-2A listadas na Tabela 3.

[0084] Em uma modalidade adicional, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das cepas de MET-2B listadas na Tabela 3, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies MET- 2B recitadas na Tabela 3. Em outra modalidade, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de modelo de quimiostato descritos no presente documento compreende pelo menos uma das seguintes cepas de MET-2B listadas na Tabela 3, mas não excede a inclusão de todas e cada uma das espécies citadas na lista exemplar da Tabela 1. Em outra modalidade, a lista exemplar de espécies bacterianas que exibem robustez nos ensaios de teste do modelo de quimiostato descritos no presente documento consiste nas cepas MET-2B listadas na Tabela 3.

[0085] Conforme usada no presente documento, a expressão "ensaio de produção do ecossistema" refere-se a um método pelo qual a composição de um ecossistema microbiano pode ser determinada a partir de sua produção funcional em termos de tipos e quantidades de metabólitos selecionados de pequenas moléculas. Os metabólitos de pequenas moléculas são conhecidos na técnica e incluem, sem limitação: ácidos orgânicos (por exemplo, ácidos carboxílicos e seus derivados), aminoácidos, álcoois (por exemplo, polióis), fenóis e ácidos graxos e seus conjugados. Os metabólitos são tipicamente medidos na faixa de concentrações milimolares. A comunidade MET-2, por exemplo, exibe um perfil metabólico que compreende tartarato e ureia e níveis significativamente elevados de glutamato, piroglutamato, asparagina, glicolato, colina, timina e formato quando comparados aos perfis metabólicos de comunidades bacterianas isoladas de diferentes doadores. Vide Yen et al. (2015, J Proteome Res 14:1472-1482).

[0086] Conforme usada no presente documento, a expressão "ecossistema microbiano" refere-se a uma pluralidade de espécies bacterianas diferentes que foram cultivadas juntas em um ensaio in vitro ou em um ambiente biológico, como, por exemplo, o intestino de um indivíduo. Em uma modalidade particular, o indivíduo pode ser um humano.

[0087] Conforme usada no presente documento, a expressão "ensaio de modelo de quimiostato" refere-se a um ensaio em que uma pluralidade de espécies bacterianas é semeada em um vaso compatível com a proliferação bacteriana, em que o vaso é mantido sob condições de promoção do crescimento e compreende meio de cultura compreendendo fatores de crescimento adequados para promover proliferação da pluralidade de espécies bacterianas. Em uma modalidade, a proliferação de cada uma das espécies bacterianas semeadas no vaso pode ser determinada após um período de tempo definido de incubação no ensaio do modelo de quimiostato. Tal determinação pode ser feita com uso de técnicas conhecidas na técnica, como contagem de células por meios automáticos ou manuais, e pode ser facilitada pela coloração de células com uso de vários corantes que são absorvidos pelas células. Tais corantes podem ser absorvidos diferencialmente por células vivas versus células mortas e, assim, possibilitam distinguir células viáveis de células mortas ou moribundas. A proliferação relativa de cada uma das espécies bacterianas semeadas no vaso também pode ser determinada e o número total de cada espécie bacteriana determinado após um período de tempo definido de incubação no ensaio do modelo de quimiostato. Consequentemente, o ensaio do modelo de quimiostato pode ser usado para determinar a proliferação e/ou taxa de proliferação de diferentes espécies bacterianas na pluralidade de espécies bacterianas semeadas no vaso e, assim, fornecer um ensaio para comparar a proliferação e/ou taxa de proliferação entre as diferentes espécies bacterianas semeadas no vaso sob várias condições de promoção do crescimento.

[0088] Em uma modalidade específica, o número de células bacterianas pode ser determinado com uso de um Kit de Viabilidade Bacteriana LIVE/DEAD™ BacLight™, de acordo com o protocolo do fabricante. As células vivas versus mortas são diferenciadas com uso do Kit de Viabilidade Bacteriana LIVE/DEAD™ BacLight™, que cora diferencialmente células mortas e moribundas com membranas comprometidas em vermelho e células vivas com membranas intactas em verde. A coloração diferencial facilita uma avaliação precisa das células viáveis em uma determinada amostra.

[0089] Em uma modalidade mais específica, o número de células é determinado por citometria de fluxo usada em conjunto com um Kit de Viabilidade Bacteriana LIVE/DEAD™ BacLight™, cuja combinação facilita a medição das diferentes cores das células manchadas diferencialmente através da detecção de fluorescência em um leitor de placas. Essa abordagem revela informações sobre valores relativos de células vivas e mortas em uma amostra e geralmente melhora a precisão da contagem de células.

[0090] O ensaio do modelo quimiostático, portanto, fornece um ensaio em que o crescimento da pluralidade de espécies bacterianas semeadas inicialmente em um vaso (população de sementes bacterianas) pode ser determinado em diferentes períodos de tempo definidos de incubação no ensaio do modelo quimiostático. Com uso do ensaio do modelo de quimiostato, múltiplos vasos podem ser semeados com diferentes populações de sementes bacterianas e o crescimento das diferentes populações de sementes bacterianas e espécies particulares nas diferentes populações de sementes bacterianas pode ser determinado em diferentes períodos de tempo definidos de incubação. Os resultados determinados a partir de múltiplos vasos executados no ensaio do modelo de quimiostato podem, por sua vez, ser comparados para determinar se diferentes populações de sementes bacterianas respondem diferentemente a diferentes condições de crescimento e estresse perturbacional.

[0091] Conforme usado no presente documento, o termo "robustez", no que diz respeito a uma comunidade microbiana, refere-se à resistência e resiliência da comunidade em relação a perturbação(ões) externa(s) em relação ao estado da comunidade microbiana ausente ou antes da exposição à(s) perturbação(ões) externa(s). A robustez pode, por exemplo, refletir-se na capacidade da comunidade microbiana de manter proporções relativas de representação (números) de cada uma das diferentes espécies ou filos em que as espécies são classificadas pós-perturbação em comparação com a pré-perturbação. A robustez também pode, por exemplo, refletir-se na capacidade da comunidade microbiana de manter a saída metabólica pós-perturbação em relação à pré-perturbação.

[0092] Conforme usada no presente documento, a expressão "estresse perturbacional" refere-se a uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato e desafio xenobiótico nas condições de cultura nas quais uma população de células bacterianas é crescida.

[0093] Conforme usado no presente documento, o termo "substrato" refere- se a uma substância ou composto presente no meio de cultura em que é cultivada uma população de células bacterianas que é utilizada metabolicamente pelas células bacterianas.

[0094] Conforme usada no presente documento, a expressão "desafio xenobiótico" refere-se à introdução de uma substância química em um ecossistema, em que a substância química não é produzida naturalmente ou não se espera que esteja presente no ecossistema, ou está presente em uma concentração muito maior do que na situação natural.

[0095] As composições descritas no presente documento podem ser formuladas para administração oral como cápsulas, pós, comprimidos, granulados, alimentos para mastigar, líquidos e bebidas. Em uma modalidade particular, as composições são formuladas em uma cápsula (por exemplo, uma microcápsula com revestimento entérico). Em outra modalidade particular, as composições são formuladas em um comprimido. Em ainda outra modalidade particular, as composições são formuladas em pós granulados ou solúveis em água. Outras composições particulares podem ser formuladas em líquidos, cremes, loções, dispersões de géis ou unguentos para administração tópica.

[0096] Em uma modalidade particular, uma composição descrita no presente documento é um pó. Um pó pode ser administrado como tal ou pode ser dissolvido em um fluido, por exemplo, para consumo oral (por exemplo, via cápsula ou cápsula dupla) ou para administração retal através de um enema. No que diz respeito ao consumo oral, uma composição em pó pode ser fornecida de uma forma palatável para reconstituição como uma bebida ou para reconstituição como um aditivo alimentar. Uma composição em pó também pode ser dissolvida em um fluido para administração retal por meio de um enema (infusão colonoscópica). O pó também pode ser reconstituído para ser infundido por infusão nasoduodenal. Fluidos exemplares para tais fins incluem soluções salinas fisiológicas.

[0097] Os métodos descritos no presente documento são aplicáveis a animais em geral (por exemplo, mamíferos) e, mais particularmente, a seres humanos e animais domésticos economicamente significativos, como cães, gatos, vacas, porcos, cavalos, ovelhas, camundongos, ratos e macacos.

[0098] Quando formulada, a composição pode conter ingredientes adicionais, incluindo ingredientes que conferem propriedades relacionadas à saúde, sabor, formulação ou formação de comprimidos. Exemplos não limitativos de ingredientes adicionais que podem ser incorporados nas composições descritas no presente documento incluem: prebióticos, vitaminas, minerais, suplementos nutricionais (por exemplo, fibra), adoçantes, auxiliares de fluxo e cargas. Quando formuladas para administração oral, as composições compreendem pelo menos 0,1, 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 ou mais % em p/p de uma composição de uma composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas descritas no presente documento.

[0099] As composições da invenção são úteis em métodos para o tratamento de várias doenças e distúrbios caracterizados por disbiose. As composições descritas no presente documento podem ser usadas para promover a saúde digestiva, o metabolismo (saúde nutricional) e o controle de peso quando administrados por via oral ou retal. As composições descritas no presente documento podem ser usadas para tratar ou aliviar um indicador positivo ou sintoma de um distúrbio digestivo, incluindo: síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença de Crohn, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular e enteropatia por AIDS.

[0100] As composições descritas no presente documento também são previstas para uso no tratamento ou alívio de um indicador positivo ou sintoma de um distúrbio digestivo, incluindo: um indicador positivo ou sintoma de um distúrbio digestivo, incluindo: síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença de Crohn, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular e enteropatia por AIDS.

[0101] Os regimes de tratamento podem compreender a administração das composições descritas no presente documento a um indivíduo com necessidade das mesmas diariamente (tipicamente uma ou duas vezes por dia), duas ou três vezes por semana, quinzenalmente ou uma vez por mês. Os regimes de tratamento também podem ser alterados à medida que a condição do indivíduo mude e podem, além disso, ser intermitentes. Um regime de tratamento adequado pode ser determinado por um médico e/ou pode ser estabelecido com base em resultados empíricos avaliados por um médico e/ou pelo indivíduo a ser tratado.

[0102] Salvo indicação em contrário, todas as percentagens referidas no presente documento são em peso com base no peso total da composição.

Populações Bacterianas Derivadas de Fezes e Composições Anidras das mesmas

[0103] Em uma modalidade particular, uma população bacteriana derivada de fezes é isolada ou derivada de um indivíduo saudável.

[0104] Em uma modalidade específica, uma população bacteriana derivada de fezes é derivada de um indivíduo (por exemplo, um indivíduo saudável) por um método que compreende: a. obter uma amostra de fezes recém-esvaziada e colocação da amostra em uma câmara anaeróbica (em uma atmosfera de 90% de N2, 5% de CO2 e 5% de H2); b. gerar uma pasta fecal macerando-se a amostra de fezes em um tampão; e c. remover partículas de alimentos por centrifugação e reter o sobrenadante, que compreende as bactérias isoladas da matéria fecal e das partículas de alimentos. Consequentemente, o sobrenadante compreende uma população purificada de bactérias intestinais que está livre de matéria fecal e partículas de alimentos. Com isso, a população purificada de bactérias intestinais é um produto feito pelo homem, isento de matéria fecal e sem partículas de alimentos.

[0105] Em uma modalidade adicional, uma amostra fecal (fresca ou congelada) é diluída em solução salina e plaqueada em uma série de 13 a 20 tipos diferentes de meios, cada um adaptado ao isolamento de tipos específicos de espécies. A amostra fecal também pode ser usada não diluída como inóculo para semear um quimiostato, que é cultivado até o estado estacionário e, em seguida, uma alíquota da cultura do estado estacionário é diluída em solução salina e subsequentemente semeada em uma série de 13 a 20 tipos diferentes de meios, cada um adaptado ao isolamento de tipos específicos de espécies. Uma amostra diluída de bactérias pode, por exemplo, ser tratada com etanol para selecionar bactérias esporuladas. Em outra modalidade, são adicionados antibióticos que excluem certos tipos de células bacterianas. Em outra modalidade, o meio quimiostático gasto estéril por filtro é adicionado para fornecer substratos de crescimento que promovem proliferativo ou fornecem uma vantagem seletiva para certos tipos de células bacterianas. Após a transferência para os 13 a 20 tipos diferentes de meios, as culturas de células bacterianas são incubadas por 3 a 10 dias e as colônias individuais são colhidas, reaplicadas por esfregaço até a pureza e depois congeladas. Os estoques congelados são cultivados em cultura para curar/caracterizar a cepa, realizando-se uma leitura do sequenciamento do gene 16S rRNA com uso da química Sanger e o traço obtido em comparação ao banco de dados RDP.

[0106] Depois que as cepas foram curadas/caracterizadas, cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 ou um subconjunto das mesmas é cultivada individualmente para expandir a população de cada espécie bacteriana para atingir um limite de biomassa para cada espécie bacteriana. Para espécies bacterianas que crescem mal em relação a outras espécies listadas na Tabela 1, é cultivado um volume maior de cultura bacteriana, para obter uma biomassa equivalente à das espécies de crescimento mais rápido. As cepas são todas cultivadas separadamente em caldo de Wilkins-Chalgren sob condições anaeróbicas a 37 °C. A população bacteriana cultivada de cada espécie é então concentrada por centrifugação, suspensa novamente em meio que contém opcionalmente um crioprotetor/lioprotetor (inulina e riboflavina) e, em seguida, rapidamente congelada a -80 °C. O material congelado é colocado em um instrumento liofilizador e o ciclo é executado para sublimar e remover o teor de água, deixando um pó fino que representa uma matriz de células bacterianas preservadas e, opcionalmente, crio-lioprotetor. Os pós individuais de cada isolado individual são testados quanto à pureza e, se puros, podem ser combinados em combinações desejadas como pós através de uma mistura completa para gerar uma composição anidra que compreende uma pluralidade desejada de espécies bacterianas.

[0107] Em certas modalidades, uma composição anidra compreendendo uma população de espécies bacterianas pode ser derivada de matéria fecal de acordo com os métodos revelados nas Patentes nºs US 8,906,668 e 9,511,099 e na Publicação de Pedido de Patente nº US 20140342438, a totalidade do conteúdo de cada qual é incorporado no presente documento a título de referência.

MÉTODOS DE CULTURA DE ACORDO COM CERTAS MODALIDADES

[0108] Em certas modalidades, uma composição anidra compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas é cultivada em um vaso quimiostático. Em certas modalidades, o vaso quimostático é o vaso revelado na Publicação de Pedido de Patente nº US 20140342438. Em algumas modalidades, o vaso quimostático é o vaso descrito nas Figuras 1A e 1B.

[0109] Em certas modalidades, o vaso quimostático é convertido de um sistema de fermentação em um quimiostato, bloqueando-se o condensador e borbulhando-se gás nitrogênio através da cultura. Em certas modalidades, a pressão força o desperdício para fora de um tubo de metal (anteriormente um tubo de amostragem) a uma altura definida e permite a manutenção de um determinado volume de trabalho da cultura de quimiostatos.

[0110] Em certas modalidades, o vaso quimostático é mantido anaeróbico ao fazer borbulhar gás nitrogênio filtrado através do vaso quimostático. Em certas modalidades, temperatura e a pressão são automaticamente controladas e mantidas.

[0111] Em certas modalidades, o pH da cultura da cultura de quimiostato é mantido usando 5% (v/v) de HCl (Sigma) e 5% (p/v) de NaOH (Sigma).

[0112] Em certas modalidades, o meio de cultura do vaso quimiostático é continuamente substituído. Em certas modalidades, a substituição ocorre durante um período de tempo igual ao tempo de retenção do intestino distal. Consequentemente, em certas modalidades, o meio de cultura é continuamente alimentado no vaso quimiostático a uma taxa de 400 ml/dia (16,7 ml/hora) para fornecer um tempo de retenção de 24 horas, um valor definido para imitar o tempo de retenção do intestino distal. Um tempo de retenção alternativo pode ser de 65 horas (aproximadamente 148 ml/dia, 6,2 ml/hora). Em certas modalidades, o tempo de retenção pode ser tão curto quanto 12 horas.

[0113] Em certas modalidades, o meio de cultura é um meio de cultura revelado na Publicação de Pedido de Patente nº US 20140342438.

[0114] Embora várias modalidades da presente invenção tenham sido descritas, entende-se que essas modalidades são apenas ilustrativas, e não restritivas, e que muitas modificações podem se tornar aparentes para os versados na técnica. Além disso, as várias etapas podem ser realizadas em qualquer ordem desejada (e quaisquer etapas desejadas podem ser adicionadas e/ou quaisquer etapas desejadas podem ser eliminadas).

[0115] Agora é feita referência aos exemplos a seguir, os quais, em conjunto com as descrições acima, ilustram algumas modalidades da invenção de uma maneira não limitativa.

EXEMPLOS EXEMPLO 1: Comparação de ecossistemas microbianos derivados de um único doador versus aqueles derivados de múltiplos doadores

[0116] Os presentes inventores investigaram se os micróbios derivados de um único indivíduo se coadaptaram ao hospedeiro e demonstraram 'coesão' ou capacidade de trabalhar eficientemente juntos. Os presentes inventores levantaram a hipótese de que essa coesão pode ser crítica para a capacidade do ecossistema de responder melhor às perturbações ambientais comumente encontradas.

[0117] Para testar isso, os presentes inventores criaram 2 comunidades microbianas definidas de 27 espécies bacterianas cada, representando 6 filos bacterianos comumente encontrados no intestino humano. A primeira comunidade (CC) representou um grupo de isolados bacterianos, cada um representativo de uma espécie diferente, que havia sido isolada de um único doador. Consequentemente, a CC é uma microbiota co-selecionada. A segunda comunidade (FC) representou um grupo de isolados que correspondiam à comunidade CC na identidade de espécies (≥97% de identidade em todas as sequências genéticas de 16S rRNA), mas em que cada membro da comunidade tinha sido originado de um indivíduo diferente (ou seja, 27 indivíduos diferentes no total). As comunidades foram verificadas quanto à pureza por sequenciação profunda individual dos genes 16S rRNA na plataforma Illumina MiSeq.

[0118] Cada comunidade foi semeada separadamente em um vaso de biorreator alimentado com uma dieta rica em fibras e deixada atingir o estado estacionário (14 dias) e, em seguida, as amostras foram removidas para análise. Ver a Figura 2.

[0119] Após a remoção da amostra no estado estacionário, os biorreatores foram trocados abruptamente para uma dieta rica em proteínas para simular um estresse perturbacional. O estado estacionário foi autorizado a se desenvolver por mais 14 dias e os ecossistemas foram amostrados novamente. Ver Figura 2. O perfil de sequência 16S rRNA foi realizado nas amostras com uso a plataforma Illumina MiSeq.

[0120] Os iniciadores 16S rRNA foram usados para gerar fragmentos de sequência 16S rRNA na Figura 5 (Tabela 2) e sequências completas de 16S rRNA (Apêndice A) correspondendo a cada cepa bacteriana apresentada na Tabela 1. Exemplos de iniciadores 16S rRNA com caudas T3 e T7, respectivamente, são os seguintes:

ATTAACCCTCACTAAAGTACGG[AG]AGGCAGCAG (SEQ ID NO: 81) Iniciador V3kl AATACGACTCACTATAGGGAC[AG]ACACGAGCTGACGAC (SEQ ID NO: 82) Iniciador V6r.

[0121] As sequências 16S rRNA no comprimento total para cada uma das cepas MET-2 são apresentadas no Apêndice A (anexo) e designadas SEQ ID NOs: 1 a 40.

[0122] A Figura 5 (Tabela 2) lista as cepas MET-2 com os seus fragmentos de sequência de 16S rRNA. Os fragmentos de sequência 16S rRNA são designados SEQ ID NOs: 41 a 80 em ordem de aparecimento na Tabela 2.

[0123] De acordo com a presente invenção, podem ser empregadas técnicas convencionais de biologia molecular, microbiologia e DNA recombinante dentro da técnica. Tais técnicas são explicadas por completo na literatura. Vide, por exemplo, Sambrook et al., "Molecular Cloning: Um Laboratory Manual” (1989); “Current Protocols in Molecular Biology” Volumes I-III [Ausubel, R. M., ed. (1994)]; “Cell Biology: Um Laboratory Handbook” Volumes I-III [J. E. Celis, ed. (1994))]; “Current Protocols in Immunology” Volumes I-III [Coligan, J. E., ed. (1994)]; “Oligonucleotide Synthesis” (M. J. Gait ed. 1984); “Nucleic Acid Hybridization” [B. D. Hames & S. J. Higgins eds. (1985)]; “Transcription and Translation” [B. D. Hames & S. J. Higgins, eds. (1984)]; “Animal Cell Culture” [R. I. Freshney, ed. (1986)]; “Immobilized Cells And Enzymes” [IRL Press, (1986)]; B. Perbal, “A Practical Guide To Molecular Cloning” (1984).

RESULTADOS

[0124] Uma mudança de dieta rica em fibras para rica em proteínas resultou em pouca mudança apreciável nos perfis de abundância relativa da comunidade

CC, sugerindo que a comunidade poderia se adaptar eficientemente à perturbação. Por outro lado, a comunidade FC mostrou uma mudança dramática na abundância relativa, com um aumento acentuado das proteobactérias - um sinal comum de disbiose. As proteobactérias incluem muitas espécies microbianas que tendem a ser metabolicamente versáteis e, portanto, oportunistas. Vide Figuras 3 e 4.

[0125] Com base nos resultados apresentados no presente documento, os presentes inventores concluem que comunidades microbianas que foram co-selecionadas e coadaptadas dentro de um hospedeiro (microbiota co- selecionada) demonstram robustez durante o estresse perturbacional. Isso fornece justificativa para a criação de produtos MET derivados de um único doador selecionado, em vez de uma amálgama de muitos doadores.

Protocolo para tratar seres humanos atingidos por doenças ou distúrbios associados à disbiose

[0126] Conforme descrito no presente documento, MET-2 e seus subgrupos exemplares (por exemplo, MET-2A e MET-2B) são descritos como agentes terapêuticos para tratar doenças gastrointestinais em indivíduos afetados por essas doenças, incluindo colite ulcerativa. Os isolados bacterianos encontrados em MET-2 são culturas bacterianas vivas puras de bactérias intestinais que foram isoladas de uma amostra de fezes de um doador masculino saudável de 25 anos de idade. O produto terapêutico do ecossistema microbiano é composto por 40 culturas bacterianas puras liofilizadas misturadas em proporções predefinidas. O produto é entregue aos pacientes por via oral, em forma de cápsula.

[0127] O MET-2 compreende 40 cepas de bactérias liofilizadas, originalmente purificadas de um doador de fezes saudável de 25 anos de idade e ainda selecionadas com base em seu perfil de segurança favorável. O doador usado para derivar MET-2 também foi usado com sucesso como doador de FMT no tratamento de vários pacientes com Clostridium difficile. Um estudo clínico de fase 1a com MET-2 em pacientes com rCDI está atualmente em andamento. Evidências preliminares sugerem que o MET-2 é bem tolerado, sem eventos adversos graves relacionados ao tratamento com esta terapêutica até o momento. Além disso, não foram relatados casos de bacteremia, sepse ou infecções invasivas em pacientes com rCDI em tratamento com MET-2 até o momento.

[0128] O MET-2 tem modificações que refletem e incorporam novas informações que emergiram do campo em rápida evolução da pesquisa de microbiota intestinal no contexto da colite ulcerosa.

[0129] O doador do qual o MET-2 foi derivado foi rastreado extensivamente quanto a doenças virais, bacterianas e médicas. Resumidamente, o MET-2 exclui organismos patogênicos, incluindo beta-lactamase de espectro estendido (ESBL), Enterococcus resistente à vancomicina (VRE), Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA), e Clostridium difficile (C. difficile). Além disso, foram concluídos a avaliação de risco para comportamentos de alto risco para patógenos transmitidos pelo sangue, uma história médica detalhada e um exame físico para confirmar a saúde geral do doador. Não há considerações específicas para os destinatários do MET-2. A antibioticoterapia empírica e direcionada deve ser guiada por padrões de tratamento de rotina, em estreita consulta com especialistas apropriados, incluindo doenças infecciosas ou especialistas em microbiologia médica. As cepas isoladas foram então purificadas por subcultura repetida, inicialmente sequenciada para identificação e pesquisada quanto à resistência bacteriana para garantir a não transferência de cepas resistentes. Dentro do processo de fabricação, existem várias etapas de passagem, em que a pureza é posteriormente examinada na cultura de placas. Finalmente, a liberação do produto MET-2 ocorre apenas quando cada cultura bacteriana testa negativo quanto a impurezas ou qualquer contaminante bacteriano (por exemplo, organismos patogênicos), conforme determinado pelo sequenciamento de Sanger do gene 16S rRNA (específico para bactérias).

[0130] O MET-2 é composto por 40 culturas bacterianas puras liofilizadas misturadas em proporções predefinidas, com pontos fortes conforme detalhado na Tabela 6.

TABELA 6: Força de Cápsulas MET-2 Forma de dosagem Teor de MET-2 por Unidades de Teor de MET-2 em peso (g) MET-2 Formação de Colônia Cápsula 0,5 3,59 X 107 a 3,59 X 1011 CFU por cápsula CFU = Unidade de Formação de Colônia

[0131] A colite ulcerosa (UC) é uma doença inflamatória crônica, recidivante, idiopática e inflamatória do coloreto. Na última década, houve um aumento na incidência e prevalência de UC, tornando-se uma importante doença global emergente. Os principais sintomas da UC incluem diarreia com sangue, dor abdominal, urgência, tenesmo e incontinência, que causam uma redução na qualidade de vida dos pacientes. A gravidade dos sintomas da UC varia de doença leve (<4 fezes por dia com ou sem sangue) a doença grave (> 10 fezes por dia com cólicas intensas e sangramento contínuo). Dependendo da gravidade clínica da doença intestinal, os pacientes também podem desenvolver sintomas sistêmicos e outras complicações com risco de vida.

[0132] O manejo da UC é determinado pela gravidade clínica da doença, e as estratégias de tratamento atuais estão focadas na regulação do sistema imunológico com medicamentos anti-inflamatórios e imunossupressores. Para agentes anti-inflamatórios da doença leve a moderada, por exemplo, o ácido 5-aminosalicíclico (5-ASA), são as principais opções de tratamento com o uso de imunomoduladores como um agente poupador de esteroides. Embora essas terapias tenham capacidade de manter a remissão em muitos casos, os tratamentos médicos atuais são imperfeitos e há um subconjunto de pacientes que não respondem ao 5-ASA tópico isoladamente ou em terapia combinada com corticosteroides. Adicionalmente, 20 a 30% dos pacientes com UC necessitam de colectomia para gerenciar complicações agudas e doenças medicamente intratáveis. Assim, são necessários medicamentos mais eficazes, com maior perfil de segurança favorável ao tratamento da UC.

[0133] Embora a patogênese da UC seja complexa, multifatorial e não totalmente compreendida, respostas imunes aberrantes do hospedeiro e uma barreira intestinal disfuncional têm sido associadas a essa condição.

[0134] O corpo humano é hospedeiro de mais de 10 trilhões de células microbianas, com a maioria delas residindo no intestino. A coleção de microrganismos, seus produtos gênicos e funções metabólicas correspondentes no trato gastrointestinal humano (GI) são denominados microbioma intestinal. Os recentes avanços na microbiologia molecular revelaram o papel crítico do microbioma intestinal em vários processos importantes, incluindo: produção de vitaminas/nutrientes, regulação do metabolismo e demandas de energia do hospedeiro, homeostase das células epiteliais intestinais, proteção contra patógenos e desenvolvimento e manutenção de função imune normal.

[0135] A disbiose intestinal pode ser definida como um desequilíbrio patológico em uma comunidade microbiana caracterizada por uma alteração na composição, diversidade ou função dos micróbios, que pode resultar em doença. Antibióticos, compostos tóxicos, dieta, intervenções médicas e doenças podem influenciar o microbioma intestinal. No entanto, a definição de disbiose microbiana intestinal é difícil devido à variabilidade na composição bacteriana entre indivíduos, tanto em estados saudáveis quanto em doenças. O microbioma intestinal tem sido associado a uma infinidade de indicações de doenças, incluindo, mas sem limitação: Infecção por C. difficile (CDI), doença inflamatória intestinal (IBD) e síndrome do intestino irritável (IBS).

[0136] A composição anidra de MET-2 (medicamento) compreende uma mistura liofilizada de proporção predeterminada de culturas puras de 40 bactérias intestinais diversas, derivadas de uma amostra de fezes de um doador saudável. Cada cápsula contém 0,5 g de MET-2, com uma força por cápsula de 3,59 X 107 a 3,59 X 1011 de unidades formadoras de colônias (CFU) por cápsula. O medicamento é enviado e mantido à temperatura ambiente; a cápsula é selada em embalagem anaeróbica e é aberta apenas imediatamente antes do indivíduo/paciente engolir a cápsula.

[0137] Conforme indicado acima, quarenta isolados de cultura bacteriana pura foram selecionados para a composição de MET-2 a partir de uma amostra de fezes de um único doador. As identidades dos isolados bacterianos foram confirmadas microbiologicamente, bem como mediante o sequenciamento de RNA ribossômico 16S (rRNA). Todos os isolados incluídos no MET-2 são sensíveis ao imipeném, ceftriaxona e piperacilina. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi determinada medindo-se diretamente a suscetibilidade com tiras eletrônicas e/ou discos Kirby Bauer.

[0138] A lista de isolados cultivados que foram selecionados para a substância farmacológica é fornecida na Tabela 7 abaixo.

TABELA 7: Composição de MET-2 Identidade (correspondência mais CFU de cepa por Cepa ID % de Identidade próxima) a dose de 3 cápsulas 14 LG Acidaminococcus intestini 99 2,7 X 105-109 NB2A-8-WC Akkermansia muciniphila 100 4,0 X 106-1010 NB2B-9-DCM Anaerostipes hadrus 99,53 1,0 X 102-106 NB2A-15-BHI Anaerovorax odorimutans 95,76 4,0 X 105-109 NB2B-14-D5 Bacteroides eggerthii 99,71 2,4 X 106-1010 NB2A-12-BBE Bacteroides ovatus 99 1,3 X 103-107 NB2A-15-DCM Bacteroides stercorirosoris 100 3,5 X 105-109 NB2B-3-WC Barnesiella intestinihominis 99 2,9 X 105-109 NB2B-16-TSAB Bifidobacterium adolescentis 99,71 6,3 X 105-109 NB2B-11-FAA Bifidobacterium longum 99 1,8 X 103-107 NB2B-9-FAA Blautia luti 99 3,4 X 105-109 NB2A-5-TSAB Blautia stercoris 98,6 2,0 X 105-109 NB2A-14-DS [Clostridium] aerotolerans 97,8 1,24 X 105-109 NB2B-20-DS [Clostridium] hylemonae 95,73 5,0 X 103-107

NB2B-20-GAM [Clostridium] lactatifermentans 96,33 2,1 X 105-109

NB2B-13-CNA [Clostridium] oroticum 95,91 2,0 X 106-1010

NB2A-7-D5 [Clostridium] scindens 99 3,2 X 105-109

NB2B-10-NB [Clostridium] spiroforme 97,93 1,3 X 106-1010

NB2B-13-DCM Collinsella aerofaciens 99,85 4,1 X 106-1010

NB2A-13-NA Coprococcus catus 99 1,9 X 105-109

NB2A-2-FAA Coprococcus comes 100 5,6 X 106-1010

NB2B-15-DCM Dorea formicigenerans 99 8,0 X 105-109

NB2A-3-NA Dorea longicatena 99,27 3,1 X 104-108

NB2B-BHI-1 Escherichia coli 99 4,2 X 107-1011

NB2B-10-MRS Eubacterium desmolans 99 2,5 X 105-109

NB2A-17-FMU Eubacterium rectale 100 9,2 X 103-107

NB2B-6-CNA [Eubacterium] eligens 99 3,5 X 106-1010

NB2B-13-BHI [Eubacterium] hallii 99 3,2 X 102-106

NB2B-19-DCM Faecalibacterium prausnitzii 99 3,4 X 103-107

NB2A-20-GAM Flavonifractor plautii 99 7,1 X 105-109

NB2B-AER-MRS-02 Lactobacillus paracasei 99,85 5,9 X 105-109

NB2B-16-D5 Neglecta timonensis 99,86 3,6 X 103-107

NB2A-10-MRS Parabacteroides distasonis 99 3,5 X 103-107

NB2A-29-D6 Parabacteroides merdae 99,85 1,7 X 105-109

NB2A-12-FMU Phascolarctobacterium succinatutens 99 2,5 X 104-108

NB2B-10-FAA Roseburia intestinalis 99,69 8,6 X 104-108

NB2B-26-FMU Roseburia inulinivorans 99,4 1,7 X 103-107

NB2B-17-NB Ruminococcus lactaris 99 1,3 X 105-109

NB2A-9-NA [Ruminococcus] obeum 99 7,5 X 104-108 NB2A-14-FMU [Ruminococcus] torques 99 2,2 X 106-1010 a A correspondência de espécies mais próximas foi inferida pelo alinhamento da sequência 16S rRNA ao banco de dados NCBI; note-se que em alguns casos as sequências do gene 16S rRNA não conseguiram resolver a identidade além do gênero e que a correspondência mais próxima não infere especiação definitiva. Observe-se que algumas cepas representativas se identificam com a mesma espécie pelo alinhamento da sequência do gene 16S rRNA, mas acredita-se que sejam cepas diferentes com base nas diferenças observadas na morfologia das colônias, nos padrões de resistência a antibióticos e nas taxas de crescimento.

[0139] Além do acima, qualquer estirpe potencial com identidade igual ou superior a 97% ao seu vizinho mais próximo pela identidade da sequência do gene 16S rRNA é considerada na técnica como sendo da mesma espécie. Esse entendimento aceito se aplica a todas as porcentagens de identidades descritas no presente documento.

[0140] A celulose micro cristalina é adicionada à mistura de substâncias liofilizadas como auxiliar de fluxo. As Cápsulas Entéricas Vcaps® rígidas de duas peças (Capsugel), compostas de hipromelose/hipromelose AS e dióxido de titânio, são usadas para encapsular a mistura de substância medicamentosa MET-2 (incluindo celulose micro cristalina). O produto MET-2 é encapsulado duas vezes; o material liofilizado do MET-2 é preenchido em uma cápsula entérica tamanho 0, vedado e depois colocado em uma cápsula entérica tamanho 00, que é então vedada novamente.

[0141] As cápsulas MET-2 são administradas por via oral em uma cápsula entérica, para entrega das bactérias vivas ao intestino grosso. As cápsulas MET-2 devem ser armazenadas à temperatura ambiente e a embalagem deve ser aberta apenas imediatamente antes da administração aos pacientes, para preservar a atmosfera de nitrogênio nas embalagens.

ESTUDOS PRÉ-CLÍNICOS

[0142] Sulfato de dextrano sódico (DSS) é um modelo de colite de camundongo comumente empregado que envolve uma interrupção química da função de barreira na ausência de envolvimento de qualquer patógeno específico.

[0143] Para explorar os efeitos do MET-2 na função de barreira e inflamação, os camundongos podem ser alimentados com MET-2 após um tratamento com antibióticos orais e depois receber 3% de DSS para induzir a colite. Os camundongos que recebem MET-2 podem ser avaliados para medir os níveis séricos de citocinas inflamatórias, bem como reduzir a lesão histológica em comparação com os controles. Além disso, o efeito da administração de MET-2 após antibióticos orais pode ser medido para avaliar se a administração de MET-2 atenua a perda de Mucin-2 mediada por DSS, uma proteína mucina e principal constituinte da barreira mucosa protetora encontrada no cólon. A função prejudicada da barreira intestinal pode iniciar a disbiose, que influencia a integridade da barreira intestinal e as respostas imunes inatas e adaptativas no hospedeiro. A manutenção da integridade da barreira intestinal é crítica no contexto da homeostase intestinal, uma vez que respostas imunológicas inadequadas a uma microbiota intestinal disbiótica podem contribuir para a patogênese de UC.

[0144] Estudos in vitro já foram realizados com formulações de MET-2. Estes estudos mostraram que o MET-2 protegeu as linhas celulares intestinais contra danos no citoesqueleto e na barreira celular causados por toxinas de C. difficile Toxina A de C. difficile (TcdA) e Toxina B de C. difficile (TcdB). O MET-2 também protegeu as células de apoptose.

RESULTADOS DE ESTUDOS CLÍNICOS COM MET-2

[0145] Evidências preliminares sugerem que o MET-2 é bem tolerado, sem eventos adversos graves relacionados ao tratamento com esta terapêutica até o momento. Adicionalmente, não foram relatados casos de bacteremia, sepse ou infecções invasivas em pacientes com rCDI em tratamento com MET-2 até o momento.

[0146] O desenvolvimento clínico do MET-2 inclui uma rigorosa triagem de doadores. Para resumir, o material fecal foi obtido de um doador fecal saudável, com consentimento informado e por escrito. O doador foi rastreado para uma variedade de doenças transmitidas pelo sangue, como o HIV-1 e o HIV-2; hepatite A, B e C; sífilis, bem como diferentes bactérias entéricas (espécies de Salmonella, Shigella, Campylobacter, Escherichia coli O157: H7 e Yersinia) e presença de toxinas C. difficile. As fezes também foram examinadas quanto à presença microscópica de óvulos e parasitas. O doador foi ainda rastreado quanto à colonização com Helicobacter pylori, Staphylococcus aureus resistente à meticilina e Enterococcus resistente à vancomicina nas fezes. Um histórico médico detalhado, incluindo comportamento de alto risco e um exame físico também foram concluídos.

[0147] As cepas bacterianas foram purificadas e crescidas em um biorreator que modela as condições do intestino distal humano. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi determinada. Isolados representando espécies comensais, sensíveis a uma variedade de antimicrobianos, foram selecionados para a formulação final do substituto das fezes. As sequências completas de 16S rRNA foram classificadas com uso da ferramenta básica de busca de alinhamento local (BLAST) com o nome mais específico usado para relatar a pontuação de máxima verossimilhança do DNA. As cepas constituintes de MET-2 foram cultivadas individualmente em cultura pura, congeladas rapidamente e sujeitas à liofilização. Após cada cepa atender às especificações de CFU/g, o produto bacteriano liofilizado de todas as cepas foi combinado em proporções pré-determinadas para produzir o ingrediente farmacêutico ativo (API).

[0148] A composição e a via de entrega dos METs diferem com base na indicação. Por exemplo, MET-2 é um produto bacteriano liofilizado que é administrado por via oral, em forma encapsulada para UC. O MET-2 para rCDI é fornecido em 2 formas de dosagem: 1) pó liofilizado em cápsulas para ingestão oral e 2) pó liofilizado para administração retal por colonoscopia (o pó é suspenso novamente em solução salina a 0,9%). O MET-1 era um produto bacteriano vivo (suspenso novamente em solução salina a 0,9%) também administrado por colonoscopia. Um estudo recente de não inferioridade mostrou que as cápsulas orais são igualmente eficazes em comparação com a FMT fornecida por colonoscopia para rCDI. Notavelmente, houve menos e menores eventos adversos em pacientes que receberam cápsulas de FMT em comparação com pacientes que receberam FMT por colonoscopia no estudo acima. Adicionalmente, vários estudos de FMT mostraram que o material fecal congelado é tão eficaz quanto o material fecal fresco no tratamento de rCDI. Mais recentemente, a FMT foi administrada na forma liofilizada por administração de cápsulas, com uma taxa de sucesso de 88%. Dessa forma, o protocolo clínico do MET-2 implementou mudanças na via de administração em relação a esses recentes avanços na literatura. O material FMT liofilizado encapsulado não foi estudado para uso em pacientes com UC, embora as preparações bacterianas liofilizadas sejam comuns na indústria de probióticos.

[0149] Como descrito no presente documento, o MET-2 é uma composição terapêutica composta por uma comunidade microbiana definida de 40 cepas bacterianas derivadas das fezes de um doador fecal saudável. As bactérias são preparadas como uma mistura em uma razão predeterminada de bactérias intestinais liofilizadas puras. As bactérias são então duplamente encapsuladas em cápsulas entéricas. As cápsulas de MET-2 contêm 0,5 g de MET-2 (equivalente a 3,59 X 107 a 3,59 X 1012 de CFU) e são administradas aos pacientes por via oral.

[0150] O doador de onde as cepas MET-2 foram derivadas foi rigorosamente rastreado quanto a materiais infecciosos e patógenos transmitidos pelo sangue. As fezes desse doador também já foram usadas anteriormente como doador de FMT para tratar com sucesso o rCDI. Não há um limite superior de toxicidade esperado devido ao perfil de segurança da comunidade bacteriana do MET-2.

[0151] Uma comunidade derivada de múltiplas espécies, como a descrita no presente documento, será mais útil do que um probiótico de organismo único ou uma cultura mista dessas espécies probióticas. Os micróbios no MET-2 são derivados de uma comunidade e espera-se que retenham a estrutura da comunidade a um grau que lhes permita colonizar o ambiente de colônia. Uma comunidade microbiana definida, isolada de um único doador saudável, pode ser suficientemente robusta para suportar outras perturbações por antibióticos, conforme indicado pelos resultados apresentados no presente documento, demonstrando uma resposta aumentada da robustez a perturbações. Vide, por exemplo, as Figuras 3 e 4.

[0152] Todas as publicações, patentes e pedidos de patente mencionados neste relatório descritivo estão incorporados no presente documento em sua totalidade a título de referência, na mesma extensão como se cada publicação,

patente ou pedido de patente individual fosse específica e individualmente indicado para ser incorporado no presente documento a título de referência. Além disso, a citação ou identificação de qualquer referência neste pedido não deve ser interpretada como uma admissão de que essa referência está disponível como técnica anterior à presente invenção. Na medida em que títulos de seções são usados, eles não devem ser interpretados como necessariamente limitativos.

[0153] A descrição anteriormente feita das modalidades específicas revelará de forma tão completa a natureza geral da invenção que outros podem, aplicando-se o conhecimento corrente, prontamente modificar e/ou adaptar tais modalidades específicas para várias aplicações sem experimentação indevida e sem afastar-se do conceito genérico e, portanto, tais adaptações e modificações devem ser e são entendidas como compreendidas dentro do significado e faixas de equivalentes das modalidades reveladas. Deve ser entendido que a fraseologia ou terminologia empregada no presente documento tem o propósito de descrição e não de limitação. Os meios, materiais e etapas para executar várias funções reveladas podem assumir uma variedade de formas alternativas sem se afastar da invenção.

Apêndice A 68/93 NB2-A29D6 Parabacteroides merdae

ACGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCA AGTCGAGGGGCAGCATGATTTGTAGCAATACAGATTGATGGCGACCGGCGCACGGG TGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGA TTAATACCCCATAAAACAGGGGTCCCGCATGGGAATATTTGTTAAAGATTCATCGCT GATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCG ACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGAC CAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAA CCAGCCAAGTCGCGTGAAGGAAGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGG GAATAAAGTGGAGGACGTGTCCTTTTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTA ACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTG GGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTGATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAAC CATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCG TGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCT TACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGA TACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACAATGTAA GCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAA ACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGA TGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCTGACCGGAGTGGAAACAC TCCTTCTAGCAATAGCAGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGT GAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGG TGAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATG ACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATG GACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCCAAACCATGTCTCAGTTC GGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCA GCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGG GAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAAGGATCGGCCTAGGGTAAAACTGGT

GACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCT CCTTT (SEQ ID NO: 1) NB2-B l 3BHI [Eubacterium] hallii

CTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTGTACAGGGGGATAA CAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACGAGGAGACATCTCCTTGTGT GAAAAACTCCGGTGGTACAGGATGGGCCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGCAGGGTA ACGGCCTACCAAGGCAACGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTG GAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAA TGGGGGAAACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTA AAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCTCCGGCTAAA TACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGAGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGG TGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCAGTGCAAGTCAGATGTGAAAGGCCGGGGCTCAACC CCGGAGCTGCATTTGAAACTGCTCGGCTAGAGTACAGGAGAGGCAGGCGGAATTCC TAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCC TGCTGGACTGTTACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGA TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTATAGGCT TCGGTGCCGCCGCTAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATG

Apêndice A 69/93

AAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTCTGACCGCACCTTAATCG GTGCTTTCCTTCGGGACAGAAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCA GGTAAGGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGG ACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCGACACACGTGCTACAATGGCG GTCACAGAGTGAGGCGAACCCGCGAGGGGGAGCAAACCACAAAAAGGCCGTCCCA GTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGA ATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGGGAGTCGGAAATGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCTTTTGGAGGGAGCTGTCGAA

GGTGGAGCCGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG GCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 2) NB2-AIOMRS Parabacteroides distasonis

CTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATGAAGCAGGGGC CCCGCATGGGGATATTTGCTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATT AGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAG GAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAG TGAGGAATATTGGTCAATGGGCGTAAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGATG AAGGTTCTATGGATCGTAAACCTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCGGGACGTGTCCT GTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTA ATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGC CTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTCTGTGGCTCAACCATAGAATTGCCGTTGAAACTGG GGGGCTTGAGTATGTTTGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTA GATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCCAAGCCATGACTGACGCTG ATGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTA AACGATGATCACTAGCTGTTTGCGATACAGTGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAA GTGATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGG CCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC CGGGTTTGAACGCATTCGGACCGAGGTGGAAACACCTTTTCTAGCAATAGCCGTTTG CGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCAT AACGAGCGCAACCCTTGCCACTAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGGTGG GACTGCCAGCGTAAGCTGCGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCT TACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCGTGGACAAAGGGATGCCACCTGGC GACAGGGAGCGAATCCCCAAACCACGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACCCGA CTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGT

TCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGT CCGTA (SEQ 1D NO: 3) NB2-Al2FMU Phascolarctobacterium succinatutens

ATTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCATGCCTAACACATGC AAGTCGAACGGAGAAAGTTCAACACCAAGTATTTCATCCGCTGAAGTGTAGCGGTA AAAATTGCGAAGCAATTTTTACTACGCATTAAAAGCATGAACTAACACGGTGGTTGA AGTATTAGGTGTTGAACTTTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCT GCCCTCTAGATGGGGACAACATCCCGAAAGGGGTGCTAATACCGAATGTGACAGCA

Apêndice A 70/93

ATCTCGCATGAGGATGCTGTGAAAGATGGCCTCTATTTATAAGCTATCGCTAGAGGA TGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGATGATCA GTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC CTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAA TGCCGCGTGAGTGATGAAGGAATTCGTTCCGTAAAGCTCTTTTGTTTATGACGAATG TGCAGATTGTAAATAATGATCTGTAATGACGGTAGTAAACGAATAAGCCACGGCTA ACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTG GGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGGAGTGAAAATGCGGGGCTCAA CCCCGTATGGCTCTGGATACTGGAAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTC CCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCC TTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAG ATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACC CCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGTCCGCAAG GATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTA ATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGAATGACCGCTCCAGA GATGGAGCTTTCCCTTCGGGGACATGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTAC CAGCGGGTAATGCCGGGGACTCATAGGAGACTGCCAAGGACAACTTGGAGGAAGGC GGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAAT GGTCGGCAACAGAGGGAAGCAAAGCCGTGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGA TCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAAT CGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCA CACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGGGTAACCGTAAGGAGCCAGCCG

TCTAAGGTGGGGCCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAG GTGCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 4) NB2-B l 7NB Ruminococcus lactaris

GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTC GAGCGAAGCACTTAGGAAAGATTCTTCGGATGATTTCCTATTTGACTGAGCGGCGGA CGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATG ACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGCACCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGG TGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGTTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAG GCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACG GCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCT GATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGC AGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAG CCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGC GTAGACGGAGCAGCAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCAT TGGAAACTGTTGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGT GAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTA ACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT CCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCA GCCAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGC GAAGAACCTTACCTGCTCTTGACATCCCGGTGACGGCAGAGTAATGTCTGCTTTTCT

Apêndice A 71/93

TTGGAACACCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCGGTAAGGCCG GGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAA TCATCATGCCCCTTATGAGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGG GAAGCGAACCCGCGAGGGTGGGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGT AGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTC

GCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGT AACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACC (SEQ ID NO: 5) NB2-Bl6D5 Neglecta timonensis

TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAACGGAGATAGACGCTGAAAGGGAGACAGCTTGCTGTAAGAATTTCTTGTT TATCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCTTTCAGAGGGGGA TAACGTCTGGAAACGGACGCTAATACCGCATGAGACCACAGCTTCACATGGAGCGG CGGTCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGACTCGCGTCCGATTAGATAGTTGGCG GGGTAACGGCCCACCAAGTCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCA CATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGGATATTG GTCAATGGGGGAAACCCTGAACCAGCAACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTTTTCGGA TTGTAAACCTCTGTCCTCTGTGAAGATAGTGACGGTAGCAGAGGAGGAAGCTCCGG CTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGATTT ACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTCTGCAAGTCAGAAGTGAAATCCATGGGC TTAACCCATGAACTGCTTTTGAAACTGTAGAGCTTGAGTGAAGTAGAGGTAGGCGG AATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAG GCGGCCTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCATGGGTAGCAAACAGG ATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGTCTG ACCCCCTCCGTGCCGGAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGC AAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGA TTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCAACTAACGAAGC AGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTTGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCG TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACTGT TAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCAGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGT GGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCCTCACACGTACTACAAT GGCCATTAACAGAGGGAAGCAAGCCCGCGAGGTGGAGCAAAACCCTAAAAATGGT CTCAGTTCGGATCGTAGGCTGAAACCCGCCTGCGTGAAGTTGGAATTGCTAGTAATC GCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC ACCATGGGAGCCGGTAATACCCGAAGTCAGTAGTCTAACCGCAAGGGGGACGCTGC

CGAAGGTAGGATTGGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG TGCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 6) NB2-B IONB [Clostridium] spiroforme

ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCA AGTCGAACGCTTCACTTCGGTGAAGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATAAGTAA CCTGGCATCTACAGGGGGATAACTGATGGAAACGTCAGCTAAGACCGCATAGGTGT AGAGATCGCATGAACTCTATATGAAAAGTGCTACGGGACTGGTAGATGATGGACTT ATGGCGCATTAGCTGGTTGGTAGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATGCGTAGCC

Apêndice A 72/93

GACCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG GAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGGGAAACCCTGACCGAGCAACGCCGC GTGAAGGAAGAAGTAATTCGTTATGTAAACTTCTGTCATAGAGGAAGAACGGTGGA TATAGGGAATGATATCCAAGTGACGGTACTCTATAAGAAAGCCACGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGT AAAGAGGGAGCAGGCGGCACTAAGGGTCTGTGGTGAAAGATCGAAGCTTAACTTCG GTAAGCCATGGAAACCGTAGAGCTAGAGTGTGTGAGAGGATCGTGGAATTCCATGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACGATCT GGCGCATAACTGACGCTCAGTCCCGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACC CTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGGAGTCAAATCTCAGTGC TGCAGTTAACGCAATAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAA CGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCTAAAGGCTCCAGAGATGGAGAGA TAGCTATAGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTTGCCAGTTGCCAGCATTAAGTTGGG GACTCTGGCGAGACTGCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATC ATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAGCAGAGGGA AGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCGAAACCCATAAAACTGTTCTCAGTTCGGACTGCAG TCTGCAACTCGACTGCACGAAGATGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGC GGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGTAA CACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGCAAGGAAGGAGCTGTCTAAGGTGGGACTGATG

ATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTC CTTT (SEQ ID NO: 7) NB2-BI0FAA Roseburia intestinalis

ACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATA ACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGTCGCATGACCTGGTG TGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGTGGGGT AACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACA ATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGT AAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAGAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCT AAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACT GGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTACGGCAAGTCTGATGTGAAAGCCCGGGGCTCA ACCCCGGTACTGCATTGGAAACTGTCGGACTAGAGTGTCGGAGGGGTAAGTGGAAT TCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG GCTTACTGGACGATTACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGAGCATTG CTCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAG AATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTA ATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCGATGACAGAACATG TAATGTGTTTTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTCTTAGTAGC CAGCGGGTAAGCCGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTG GGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCTACAATG

Apêndice A 73/93

GCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCTGCGAGGGGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTC TCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCG CGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACA CCATGGGAGTTGGTAATGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCC

GAAGGCAGGATCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGT GCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQID NO: 8) NB2-A8WC Akkermansia muciniphila

ATGGAGAGTTTGATTCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGGATAAGACATGCA AGTCGAACGAGAGAATTGCTAGCTTGCTAATAATTCTCTAGTGGCGCACGGGTGAGT AACACGTGAGTAACCTGCCCCCGAGAGCGGGATAGCCCTGGGAAACTGGGATTAAT ACCGCATAGAATCGCAAGATTAAAGCAGCAATGCGCTTGGGGATGGGCTCGCGGCC TATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGATGACGGGTAGCCGGTCTG AGAGGATGTCCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACACCTACGGGTGGCA GCAGTCGAGAATCATTCACAATGGGGGAAACCCTGATGGTGCGACGCCGCGTGGGG GAATGAAGGTCTTCGGATTGTAAACCCCTGTCATGTGGGAGCAAATTAAAAAGATA GTACCACAAGAGGAAGAGACGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAG GTCTCAAGCGTTGTTCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGGCTGTTTCGTAAG TCGTGTGTGAAAGGCGCGGGCTCAACCCGCGGACGGCACATGATACTGCGAGACTA GAGTAATGGAGGGGGAACCGGAATTCTCGGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATCG AGAGGAACACTCGTGGCGAAGGCGGGTTCCTGGACATTAACTGACGCTGAGGCACG AAGGCCAGGGGAGCGAAAGGGATTAGATACCCCTGTAGTCCTGGCAGTAAACGGTG CACGCTTGGTGTGCGGGGAATCGACCCCCTGCGTGCCGGAGCTAACGCGTTAAGCG TGCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGACCC GCACAAGCGGTGGAGTATGTGGCTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGG GCTTGACATGTAATGAACAACATGTGAAAGCATGCGACTCTTCGGAGGCGTTACAC AGGTGCTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTTGGTTAAGTCCAGCAA CGAGCGCAACCCCTGTTGCCAGTTACCAGCACGTGAAGGTGGGGACTCTGGCGAGA CTGCCCAGATCAACTGGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAGGTCAGTATGGCCCTTA TGCCCAGGGCTGCACACGTACTACAATGCCCAGTACAGAGGGGGCCGAAGCCGCGA GGCGGAGGAAATCCTAAAAACTGGGCCCAGTTCGGACTGTAGGCTGCAACCCGCCT ACACGAAGCCGGAATCGCTAGTAATGGCGCATCAGCTACGGCGCCGTGAATACGTT CCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACATCATGGAAGCCGGTCGCACCCGAAGTAT

CTGAAGCCAACCGCAAGGAGGCAGGGTCCTAAGGTGAGACTGGTAACTGGGATGAA GTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQID NO: 9) NB2-A9NA [Ruminococcus] obeum

GCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGCGTAGCAATACGCTTGTAAAGTGGCGA ACGGGTGAGNAACACNTGGGTAACCTACCCTCGAGTGGGGGATAACCCGCCGAAAG GCGGGCTAATACCGCGTACGCTTCCGATCTTGCGAGATCGGAAGGAAAGCTGTCCC AAGGGGATGGCGCTCAAGGATGGGCTCACGTCCNATCAGCTNGTTGGTGNGGTAAC GGCNNACCAAGGCGACGANGGNTAGCTGGTCTGAGAGGANGANCAGCCACACTGG GACTGNGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTNGGGAATCTTGCGCAAT GNGCGAAAGCNTGACGCAGCNACGCCGCGTGNGGGANGANGGCCNTCGGGTTGTA

Apêndice A 74/93

AACCNCTTTCAGNAGGGACGAATCTGACGGTACCTGCAGAAGAAGCCCCGGCNAAC TACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCNAGCGTTGTCCGGATTTATTGG GCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGCTTGGCAAGTCGGGTGTGAAACCTCCAGGCTTAAC CTGGAGACGCCACTCGATNCTGCCATGGCTAGAGTCCGGTAGGGGACCACGGAATT CCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACNCCGGTGGCGAAGGCGG NGNTCTGGGNCGGNACTGACGCTGAGGNGCGAAAGCGTGGGNAGCAAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGNTGGGCACTAGGTGTGGGACCTTATCA ACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGC AAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGC TTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGTTGAACTACGCGGGAAAAGCCA CAGAGATGTGGTGTCCGAAAGGGCCCGCGATAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTNTCCNATGTTG CCAGCGGATCATGCCGGGGACTCNTGGGAGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGG TGGGGATGACGTCAAGTCANCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTNNAAACATGCTACA ATGGCCGGTACAAAGGGTNGCGAGNCNGCGANGNNGAGCNAATCCCATAAAGNNN GTCTNAGTNCGGATCGNAGTCTGCAACTCGACTNCGTGAAGNCGGAGTNGCTAGTA

ATCNCGNATCAGCANNGNCGNGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCC GTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGG (SEQ ID NO: 10) NB2-B20GAM [Clostridium] lactatifermentans

GAGTAATTCGGTATAGGATGGGCCCGCATCTGATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGC CCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACT GAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGG GAAACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAACTT CTATCAACAGGGACGAAGAAAGTGACGGTACCTGAATAAGAAGCCCCGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGT GTAAAGGGAGCGTAGGCGGCACGCCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGAGGCTTAACCT CGCGGATTGCATTTGGAACTGGCGAGCTAGAGTACAGGAGAGGAAAGCGGAATTCC TAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCT TTCTGGACTGAAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGA TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTCGGGGAGGAATCCTC GGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCCCGATGACCGCTCTAGAGATA GAGNTTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCATCA TTGAGTTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGTGGATAACACGGAGGAAGGTGGGGATG ACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGT AACAGAGTGAAGCGAGACGGCGACGTTAAGCAAATCACAAAAACCCAGTCCCAGTT CGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC AGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG GAGTTGGAAGCACCCGAAGTCGGTGACCTAACCGTAAGGAAGGAGCCGCCGAAGGT

GAAGCCAGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCT GGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 11) NB2-A l 5BHI Anaerovorax odorimutans

Apêndice A 75/93

ATATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAGCGAGAAGCTGATGATTGACACTTCGGTTGAGAGAATCAGTGGAAAGCGG CGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTGCCCTTTGCAGAGGGATAGCCTCGGGA AACCGGGATTAAAACCTCATGATGCTGTATGTCCGCATGGGCAGACGGTCAAAGAT TTATCGGCAGAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGTTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTAC CAAGGCAACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGAACTGAGA CACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAA CCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGCGAAGAAGGCCTTTGGGTCGTAAAGCTCTGT CCTTGGGGAAGAAAAAATGACGGTACCCAAGGAGGAAGCCCCGGCTAACTACGTGC CAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAA GAGTATGTAGGTGGTTTCTTAAGCGCAGGGTATAAGGCAATGGCTTAACCATTGTTC GCCCCGTGAACTGAGAGACTTGAGTGCTGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAG CGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGAC AGTAACTGACACTGAGATACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGG TAGTCCACGCCGTAAACGATGAGCACTAGGTGTCGGGCTCGCAAGAGTTCGGTGCC GGAGTTAACGCATTAAGTGCTCCGCCTGGGGAGTACGCACGCAAGTGTAAAACTCA AAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAA CGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCTCCGACCGGTCCTTAATCGGACCTTT CTACGGACGGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATG TTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCTAACAGTAAGATG AGAACTCTAATGAGACTGCCGTGGATAACACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAA TCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGAG AAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAACCGATCCCAGTTCGGATTGCAG GCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAGTTGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGC GGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGTTGGGGG

CGCCCGAAGTCGGCTAGTAAATAGGCTGCCTAAGGCGAAATCAATGACTGGGGTGA AGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQID NO: 12) NB2-Al4FMU [Ruminococcus] torques

AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAGCGAAGCACTTTGCTTAGATTCTTCGGATGAAGAGGATTGTGACTGAGCGG CGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGA AATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGCACCGCATGGTGCGGGGGTAAAAACT CCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTAC CAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGA CACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAA CCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAG CAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGG AGCGTAGACGGATGGGCAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGACTG CATTGGAAACTGTTCATCTAGAGTGCTGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACAG TAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA GTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCG

Apêndice A 76/93

CAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAAC GCGAAGAACCTTACCTGCTCTTGACATCCCGCTGACCGGACGGTAATGCGTCCTTCC CTTCGGGGCAGCGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATG TTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCGGCCAGGCC GGGCACTCTAGAGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCATCATGCCCCTTATGAGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAA GGGAAGCGAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATT GTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAAT GTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTC

AGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGG (SEQ 1D NO: 13) NB2-Al 7FMU [Eubacterium] rectale

ATTTTGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACAG GGGGATAACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGCATCGCATGA TGCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGG TGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGC CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT TGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCG GTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACC GGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATT TACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTGCGGCAAGTCTGATGTGAAAGCCCGGGG CTCAACCCCGGTACTGCATTGGAAACTGTCGTACTAGAGTGTCGGAGGGGTAAGCG GAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAA GGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGAAGC ATTGCTTCTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCG CAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG GTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTTCTGACCGGT ACTTAACCGTACCTTCTCTTCGGAGCAGGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAG TAGCCAGCGGTTCGGCCGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAA GGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCTAC AATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAAGCTGTGAAGCCGAGCAAATCTCAAAAATAA CGTCTCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTA ATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGT CACACCATGGGAGTTGGGAATGCCCGAAGCCAGTGACCTAACCGAAAGGAAGGAG

CTGTCGAAGGCAGGCTCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGG AAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 14) NB2-Bl4D5 Bacteroides eggerthii

ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCA AGTCGAGGGGCAGCATGATTGAAGCTTGCTTCAATCGATGGCGACCGGCGCACGGG TGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGA

Apêndice A

TTAATACCCGATAGTATAGTATTTCCGCATGGTTTCACTATTAAAGAATTTCGGTTAT CGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGTCAACG ATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAA ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCA GCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAA TAAAGTGGAGTATGCATACTCCTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACT CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGT TTAAAGGGAGCGTAGGCGGGTGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGT AAAATTGCAGTTGATACTGGGTACCTTGAGTGCAGCATAGGTAGGCGGAATTCGTG GTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTA CTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACACAGTCAGC GGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATG ATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGCGGAATGTAGTGGAAACATTA CAGCCTTCGGGCCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGG TGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACTATCAGGTCAT GCTGAGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGT CAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACA GAAGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATT GGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCAC GGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGC CGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAGGAGCGTCCTAGGGTAAAACTGGTGATT

GGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT T (SEQ 1D NO: 15) NB2-B26FMU Roseburia inulinivorans

ACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCACACAGGGGGATA ACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTG TGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGCAGGGC AACGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACA ATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGT AAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAGAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCT AAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACT GGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGAAGGCTAAGTCTGATGTGAAAGCCCGGGGCTCA ACCCCGGTACTGCATTGGAAACTGGTCATCTAGAGTGTCGGAGGGGTAAGTGGAAT TCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG GCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGAAAGCACAG CTTTTCGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAG AATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTA ATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCGGTGACCGGACAGT AATGTGTCCTTTTCTTCGGAACACCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCCCAGTAGC

Apêndice A 78/93

CAGCATTTTGGATGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTG GGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCTACAATG GCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACCGTGAGGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTC TCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCG CAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACA CCATGGGAGTTGGAAATGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCC

GAAGGCAGGTTCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGT GCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 16) NB2-B20DS [Clostridium] hylemonae

ACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAA GTCGAACGAGAATCTTTGGGATGATTCTTTCGGGATGAATTCCAAAGAGGAAAGTG GCGGACGGGCGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCCATAAGAGGGGGATAATCCATGG AAACGTGGACTAATACCGCATATTGTAGTTAAGTTGCATGACTTGATTATGAAAGAT TTATCGCTTATGGATGGACTCGCGTCAGATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCAC CAAGTCAACGATCTGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCGCATTGGGACTGAGA CACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAA CCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGCAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTGTTGTC GCAAGGGAAGAAGACAGTGACGGTACCTTGTGAGAAAGTCACGGCTAACTACGTGC CAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGACAAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGTGTAAA GGGCGCGTAGGCGGACTGTCAAGTCAGTCGTGAAATACCGGGGCTTAACCCCGGGG CTGCGATTGAAACTGACAGCCTTGAGTATCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGT AGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGG ACGACAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGTGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT GGTAGTCCACACCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGT GCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAG CAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATCCCTGGAATCGAGTAGAGATACTTG AGTGCCTTCGGGAATCAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTCAGTTGCCATCATTA AGTTGGGCACTCTGGCGAGACTGCCGGTGACAAATCGGAGGAAGGTGGGGACGACG TCAAATCATCATGCCCCTTATGCCCAGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGATAAC AAAGTGCAGCGAAACCGTGAGGTGGAGCGAATCACAAAACTCGGTCTCAGTTCAGA TTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGAA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGT CGATAACACCCGAAGCCTGTGAGCTAACCTTTTAGGAGGCAGCAGTCGAAGGTGGG

GTTGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGA TCACCTCCTTT (SEQ 1D NO: 17) NB2-B3WC Barnesiella intestinihominis

CGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATGCAATCCACCTGTAACAGGGGGAT AACCCGGAGAAATCCGGACTAATACCCCATAATATGGGCGCTCCGCATGGAGAGCC CATTAAAGAGAGCAATCTTGGTTACAGACGAGCATGCGCTCCATTAGCCAGTTGGCG GGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCA CATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTG

Apêndice A 79/93

GTCAATGGTCGGCAGACTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGAAGACGGCCCTACGG GTTGTAAACCTCTTTTGTCGGAGAGTAAAGTACGCTACGTGTAGCGTATTGCAAGTA TCCGAAGAAAAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGAT GCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCACGCCAAGTCA GCGGTGAAATTTCCGGGCTCAACCCGGAGTGTGCCGTTGAAACTGGCGAGCTAGAG TGCACAAGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGC AGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAGGGTGAAACAGACGCTGAGGCACGAA AGCGTGGGTATCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGAA TACTAACTGTTTGCGATACAATGTAAGCGGTACAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACC TGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAA GCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTCAA ACGCAGGGGGAATATATATGAAAGTATATAGCTAGCAATAGTCACCTGCGAGGTGC TGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCG CAACCCCTATGGACAGTTACTAACGGGTGAAGCCGAGGACTCTGTCGAGACTGCCG GCGCAAGCCGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCG GGGCGACACACGTGTTACAATGGCAGGTACAGAAGGCAGCCAGTCAGCAATGACGC GCGAATCCCGAAAACCTGTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAA GCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCC TTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGAAGCCGGGAGTACCTGAAGCATGCAACCG

CAAGGAGCGTACGAAGGTAATACCGGTAACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCC GTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT (SEQ ID NO: 18) NB2-Al4DS [Clostridium] aerotolerans

TTCCTTAGAAAGGAGGTGATCCAGCCGCACCTTCCGATACGGCTACCTTGTTACGAC TTCACCCCAGTTATCAGTCCCGCCTTCGGCAGCTCCCTCCTTRCGGTTGGGTCACTGA CTTCGGGCGTTACCAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAA CGTATTCACCGCGACATTCTGATTCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGTCG AGTTGCAGACTACAATCCGAACTGAGACGTTATTTTTGAGATTTGCTTAAGCTCACA CTCTCGCTTCCCTTTGTTTACGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAGTCATAAGGGG CATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCAGGTTATCCCTGGCAGTCTCTCCAG AGTGCCCGACCGAATCGCTGGCTACTGAAGATAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTT AACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACCGATG CTCCGAAGAGAAGGYYCCATTACRRACCGGTCATCGGGATGTCAAGACTTGGTAAG GTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTC AATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGAATACTTATTGCGTT TGCGGCGGCACCGAAGAGCTGTGCTCCCCGACACCTAGTATTCATCGTTTACGGCGT GGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAG TTACTGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCA CCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCAGCACTCTAGCCAAACAGTTTCAAAA GCAGTCCCGGGGTTGAGCCCCAGCCTTTCACTTCTGACTTGCTTARCCGTCTACGCTC CCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCT GGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATA GAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTC CCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCA GTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTATGGATCGTCGCCTTGGTAGGC

Apêndice A

CGTTACCCTGCCAACTAGCTAATCCAACGCGGGTCCATCTCACACCGATAAATCTTT TCCGTCCGGGCCATGCGGCCCTAGCGGGTTATGCGGTATTAGCGGTCGTTTCCAACT GTTATCCCCCTGTGTGAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAAG

TCGCAAGAGAAATCATCCGAAGAATCAATCTCAAGCGCTTCGTTCGACTTGCATGTG TTAAGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCGATTAA(SEQID NO: 19) NB2-Al5DCM Bacteroides stercorirosoris

ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCA AGTCGAGGGGCAGCATGACCTAGCAATAGGTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAG TAACACGTATCCAACCTACCGGTTATTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAAT ACCGGATAGTATAACGAGAAGGCATCTTCTTGTTATTAAAGAATTTCGATAACCGAT GGGGATGCGTTCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACATCGATGG ATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTC CTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCA AGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAA GTGAGCCACGTGTGGCTTTTTGTATGTACCATACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAA AGGGAGCGTAGGCGGACTATTAAGTCAGCTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAA ATTGCAGTTGATACTGGTCGTCTTGAGTGCAGTAGAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGT AGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGG ACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGCAAGCGGCC AAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATAC GCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATATAGTGGAAACATTATAGC CGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTC GGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTG AGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAA TCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAG GCAGCTACACAGCGATGTGATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAG TCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCG

CGGTGAATACGTTCNCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGG GGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAAGGAG(SEQID NO: 20) NB2-A20GAM Flavonifractor plautii

TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCA AGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTG GCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGGATAACACTCCG AAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAG ATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCCC ACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGC AAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCT TTTGTCAGGGACGAAACAAATGACGGTACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTACG

Apêndice A

TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTA AAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCA GCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTG TAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTG GACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGT GCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAG CAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATT AGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGC AAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTC AAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAG AGGGAGGCAAAACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATT GCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCAT

GCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTC GGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCG (SEQ 1D NO: 21) NB2-A3NA Dorea longicatena

GCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGG TAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGT GACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGG GGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAG TATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGA AGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTAT CCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAG CCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAG GCAAGTGGAATTNCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAG TGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTC GGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAG TACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGA GCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGAT GACCGCTTCGTAATGGAAGNTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTT GTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTA TCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACC TGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATNACCAGGGCTACAC ACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGACGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTC AAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAAT CGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACA CCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAG

GAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCC GTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 22) NB2-A5TSAB Blautia stercoris

Apêndice A

TTCGCTTCCCTCTGTTTACGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAATCATAAGGGGC ATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCAGGTTATCCCTGGCAGTCTCCTCAGA GTGCCCACCATTACATGCTGGCTACTGGGGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTT AACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTTGCCTGT CCCGAAGGAAAGGTGACGTTACTCACCGGTCAGGCAGATGTCAAGACTTGGTAAGG TTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCA ATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGAATACTTAATGCGTTT GCGGCGGCACCGAAGAGCTGTGCTCCCCGACACCTAGTATTCATCGTTTACGGCGTG GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTT ACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACC GCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGGCACTCAAGCTTAACAGTTTCCAATGC AGTCCCGGGGTTAAGCCCCAGCCTTTCACATCAGACTTGTTATGCCGTCTACGCTCC CTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTG GCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAG AAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCC CCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGT CCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTATGGATCGTCGCTTTGGTAGGCCG TTACCCTGCCAACTGGCTAATCCAACGCGGGTCCATCTTATACCACCTCAGTTTTTCA CACCGGGCCATGCGGCCCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGCCATTTCTGACTGTT ATCCCCCTGTATAAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAGGATT AAATCAAATCTGCCGAAGCTTCAATAAAATAATCCCCGTTCGACTTGCATGTGTTAA GCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCTGATAAAGTTTGATGT CTCAAGACAACCAACTAGCTTAGTTATCTCTCGTCATTACTGTTTTAAAGTTCATTCT TCCGAATGTGATTGTAAAAGAATTTTCGAGAATCGTATGTGTTTCACTGTTTAGTTAT CAATGTTCATTGCTTTTTACTGTCTCTCGACAGCTTATTTACTTTACCACATCTTTTTT TGTTTGTCAACAACTTTTTTGAAGTTTTTCAAACTTTTTTTCCGAAGATGAAGTTTTGT

CATCCGTGTTGACGACTTGACTACTTTATCATAGATAAGTCAGTTTGTCAACAGG (SEQ 1D NO: 23) NB2-B l IF AA Bifidobacterium longum

GTGGAGGGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCA AGTCGAACGGGATCCATCAGGCTTTGCTTGGTGGTGAGAGTGGCGAACGGGTGAGT AATGCGTGACCGACCTGCCCCATACACCGGAATAGCTCCTGGAAACGGGTGGTAAT GCCGGATGCTCCAGTTGATCGCATGGTCTTCTGGGAAAGCTTTCGCGGTATGGGATG GGGTCGCGTCCTATCAGCTTGACGGCGGGGTAACGGCCCACCGTGGCTTCGACGGG TAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCC TACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCGAC GCCGCGTGAGGGATGGAGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTATCGGGGAGCAAGC GAGAGTGAGTTTACCCGTTGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG TAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGC GGTTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCCGCGCCGGGTAC GGGCGGGCTTGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGT GTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTTACTGACG CTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCC GTAAACGGTGGATGCTGGATGTGGGGCCCGTTCCACGGGTTCCGTGTCGGAGCTAAC

Apêndice A

GCGTTAAGCATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGAAATTG ACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGA ACCTTACCTGGGCTTGACATGTTCCCGACGGTCGTAGAGATACGGCTTCCCTTCGGG GCGGGTTCACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTA AGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCCGTGTTGCCAGCGGATTATGCCGGGAAC TCACGGGGGACCGCCGGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAGATCATC ATGCCCCTTACGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAACGGGATGCG ACGCGGCGACGCGGAGCGGATCCCTGAAAACCGGTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTG CAACTCGACTGCGTGAAGGCGGAGTCGCTAGTAATCGCGAATCAGCAACGTCGCGG TGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTGGGCAGC ACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCCCTTGTGGGATGGAGCCGTCTAAGGTGAGGCTCG

TGATTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACC TCCTTT (SEQ ID NO: 24) NB2-A2F AA Coprococcus comes

GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTC GAACGAAGCACCTGGATTTGATTCTTCGGATGAAGATCCTTGTGACTGAGTGGCGGA CGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATG ACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGGGTCGCATGACCTGGTGGGAAAAACTCCGG TGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAA GCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACAC GGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCC TGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAG CAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCA GCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAG CGTAGACGGCTGTGTAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCT TTGGAAACTATGCAGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCCAGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGAT GACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGC AGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACG CGAAGAACCTTACCTGCTCTTGACATCCCGGTGACCGGCATGTAATGATGCCTTTTC TTCGGAACACCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGT TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATTTCGGGTG GGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAA TCATCATGCCCCTTATGAGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGG GAAGCGAACCTGTGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGT AGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTC GCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGT AACGCCCGAAGTCAGTGACTCAACCGTAAGGAGAGAGCTGCCGAAGGTGGGACCG

ATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCAC CTCCTTT (SEQ ID NO: 25) NB2-B6CNA [Eubacterium] eligens

Apêndice A

TTCCTTAGAAAGGAGGTGATCCAGCCGCACCTTCCGATACGGCTACCTTGTTACGAC TTCACCCCAGTTATCAAACCTGCCTTCGGCGGCTCCTTCTTTCGTTAGGTCACCGACT TCGGGCATTTTCGACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACGT ATTCACCGCAGCATTCTGATCTGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGTCGAG TTGCAGACTACAATCCGAACTGAGACGTTATTTTTGTGATTTGCTTGGCCTCACGACT TCGCTTCACTTTGTTTACGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAGTCATAAGGGGCA TGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCAGGTTATCCCTGGCAGTCTCCCTAGAG TGCCCATCTTACTGCTGGCTACTAAGGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAAC CCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTCCACTGTCCC GAAGGAAAGGACACATTACTGTCCGGTCAGTGGGATGTCAAGACTTGGTAAGGTTC TTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATT CCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGAATACTTATTGCGTTTGCT GCGGCACCGAAGCCCTTATGGGCCCCGACACCTAGTATTCATCGTTTACGGCGTGGA CTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAGTGTCAGTTAC AGTCCAGTGAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGC TACACTAGGAATTCCACTCACCCCTCCTGCACTCCAGCCTTACAGTTTCAAAAGCAG TTCCGGGGTTGAGCCCCGGATTTTCACTTCTGACTTGCATGGCCACCTACACTCCCTT TACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCTCCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCA CGTATTTAGCCGGAGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCACTATCTTCCCTGCTGATAGAGC TTTACATAACGAATTACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGAGTTTCCTCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCC AATGTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCTGTTA TCTCACCAACTAGCTAATCAGACGCGGGTCCATCTTATACCACCGGAGTTTTTCACA CCATGTCATGCAACATTGTGCGCTTATGCGGTATTACCAGCCGTTTCCAGCTGCTATC CCCCAGTACAAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTCAGTCATAA

AGAACTTCAAACCGAAGTAATCCGTTCTAAATGCTTCGTTCGACTTGCATGTGTTAA GCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATA (SEQ ID NO: 26) NB2-BAERMRS02 Lactobacillus paracasei

CCAAGGCGATGATACGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAG ACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCA AGTCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTG TTGTTGGAGAAGAATGGTCGGCAGAGTAACTGTTGNCGNCGTGACGGTATCCAACC AGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCG TTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGA AAGCCCTCGGCTTAACCGAGGAAGCGCATCGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAA GAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACAC CAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGG TAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGAATGCTAGGT GTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCATTCCGCCTGGG GAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGT GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTT TTGATCACCTGAGAGATCAGGTTTCCCCTTCGGGGGCAAAATGACAGGTGGTGCATG GTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCC TTATGACTAGTTGCCAGCATTTAGTTGGGCACTCTAGTAAGACTGCCGGTGACAAAC

Apêndice A

CGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAC ACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTTGCGAGACCGCGAGGTCAAGCTAATCTC TTAAAGCCATTCTCAGTTCGGACTGTAGGCTGCAACTCGCCTACACGAAGTCGGAAT CGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACA CCGCCCGTCACACCATGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGCGTAACCCTTTTA

GGGAGCGAGCCGTCTAAGGTGGGACAAATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG CCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 27) NB2-B13CNA [Clostridium] oroticum

CCTTAGAAAGGAGGTGATCCAGCCGCACCTTCCGATACGGCTACCTTGTTACGACTT CACCCCAGTTATCGGTCCCACCTTCGGCAGCTCCCTCCTTGCGGTTGGGTCACTGACT TCGGGCGTTACCAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACG TATTCACCGCGACATTCTGATTCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGTCGA GTTGCAGACTACAATCCGAACTGAGACGTTATTTTTGAGATTTGCTTACCCTCGCAG GCTCGCTTCCCTTTGTTTACGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCTGCTCATAAGGGGC ATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCAGGTTATCCCTGGCAGTCTCTCTAGA GTGCCCGGCCRWACCGCTGGCTACTAAAGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTT AACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCATCCCTGT CCCGAAGGAAAGGCAACATTACTTGCCGGTCAGGGAGATGTCAAGAGCAGGTAAGG TTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCA ATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGACTACTTATTGCGTTG GCTGCGGCACCGAATAGCTCTGCTACCCGACACCTAGTAGTCATCGTTTACGGCGTG GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGT CATCGTCCAGCAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCAC CGCTACACTAGGAATTCCACTTGCCTCTCCGACACTCTAGTTCGACAGTTTCCAATG CAGTCCCAGGGTTGAGCCCTGGCCTTTCACATCAGACTTGCCATACCGTCTACGCTC CCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCT GGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATA GAAGTTTACATACCGAAATACTTCATCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTC CCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCA GTCCCAATGTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGC CGTTACCCCACCAACYAGCTAATCAGACGCGGGTCCATCTCATACCACCGGAGTTTT TACCCCTGCACCATGCGGTGCTGTGGTCTTATGCGGTATTAGCAGYCATTTCTAACT GTTATCCCCCTGTATGAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTCAG

TCACAAAAGTCTTCATCCGAAGAATCAAACTTAAGTGCTTCGTTCGACTTGCATGTG TTAAGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCGT (SEQ ID NO: 28) NB2-B l 5DCM Dorea formicigenerans

TTAAACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG CAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTTCGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGC GGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTA GAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGACCACAGTACTGCATGGTACAGTGGTAAAAA CTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGAGGTAACGGCCC ACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGA

Apêndice A

GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGA AAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTA TCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCC AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAG GGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGAAGTGAAAGGCATGGGCTCAACCTGTGGAC TGCTTTGGAAACTGTGCAGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAG CGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGAC GATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGG TAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTAGCAAAGCTATTCGGTGCC GCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAA CGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTT TCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATTTAAGA TGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAA GGGAAGCAGAGCCGCGAGGCCGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATT GTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAAT GCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTC AGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGAAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGA

CCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGAT CACCTCCTTTCT (SEQ ID NO: 29) NB2-BBHI1 Escherichia coli

ACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAAC TACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTT CGGGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACG GCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAA CTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGG GCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAG TACTTTCAGCGGGGAGGAAGGGAGTAAAGTTAATACCTTTNCTCATTGACGTTACCC GCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCA AGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGA TGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCTGATACTGGCAAGCTTGAGTCT CGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGA ATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACT TGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCT GGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGC GGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACAT CCACNGAANTTTNCAGAGATGAGAATGTGCCTTCGGGAACNGTGAGACAGGTGCTG CATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCA ACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGA TAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGC TACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAAGCGG

Apêndice A

ACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTC GGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT ACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACC

TTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGT AACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTT (SEQ 1D NO: 30) NB2-B9DCM Anaerostipes hadrus

ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA GTCGAACGAAGCGCCTTATTTGATTTTCTTCGGAACTGAAGATTTGGTGACTGAGTG GCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTGTACAGGGGGATAACAATCAG AAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGCACCGCATGGTGCAGGGGTAAAAAC TCCGGTGGTACAGGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCTCA CCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGAACGGCCACATTGGGACTGAG ACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGGA ACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTAT CAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCA GCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGTGTAAAGG GTGCGTAGGTGGTATGGCAAGTCAGAAGTGAAAACCCAGGGCTTAACTCTGGGACT GCTTTTGAAACTGTCAGACTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAG CGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGAC TGAAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGG TAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGGTGC CGCAGCCAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTC AAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCA ACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCTTCTGACCGGTCCTTAACCGGACCTT TCCTTCGGGACAGGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCATTTAAG GTGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGACGACGTC AAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAG AGGGAAGCAGCCTCGTGAGAGTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGAT TGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAAT GTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTC AGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGA

CCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGAT CACCTCCTTT (SEQ ID NO: 31) NB2-B9F AA Blautia luti

GTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGA ACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG AATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTA TCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAA GCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATC CGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGCAAGTCTGATGTGAAAGG CATGGGCTCAACCTGTGGACTGCATTGGAAACTGTCATACTTGAGTGCCGGAGGGGT AAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTG

Apêndice A

GCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCA AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGG GGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTA CGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGC ATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCCTCTGA CCGGTCTTTAATCGGACCTTCTCTTCGGAGCAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGT CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATC CTCAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGG AGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGT GCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGATCGTGAGATGGAGCAAATCCCAAA AATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCG CTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACC GCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACTGCAAAGA

AGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGT ATCGGAAGGTGCGGCTGGATCAC (SEQ ID NO: 32) NB2-A7D5 [Clostridium] scindens

AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAACGAAGCGCTTCCGCCTGATTTTCTTCGGAGATGAAGGCGGCTGCGACTGA GTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTTGCACTGGGGGATAACAGC CAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGACCGAAGCGCCGCATGGCGCAGCGGCCAA AGCCCCGGCGGTGCAAGATGGGCCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGG CCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGAC TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG GGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACT TCTATCAGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGT AAAGGGAGCGTAGACGGCGATGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCC GGGACTGCATTTGGAACTGCGTGGCTGGAGTGTCGGAGAGGCAGGCGGAATTCCTA GTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTG CTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATA CCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTGGCAAGGCCATTC GGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGCCAAAGCGCGTAACG CGCTCTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCA TTCCGGATGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGTGGGGAT GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTA AACAAAGGGAGGCGAACCCGCGAGGGTGGGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTT CGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC AGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG GAGTCAGTAACGCCCGAAGCCGGTGACCCAACCCGCAAGGGAGGGAGCCGTCGAA

GGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCG GCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 33)

Apêndice A NB2-BI0MRS Eubacterium desmolans

TTTAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCA AGTCGAACGGAGTCGTTTTGGAAAATCCTTCGGGATTGGAATTCTCGACTTAGTGGC GGACGGGTGAGTAACGCGTGAGCAATCTGCCTTTAAGAGGGGGATAACAGTCGGAA ACGGCTGCTAATACCGCATAAAGCATTGAATTCGCATGTTTTCGATGCCAAAGGAGC AATCCGCTTTTAGATGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCCAC CAAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGA CACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGAAA CCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGATTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGATCTTTA ATCAGGGACGAAAAATGACGGTACCTGAAGAATAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCA GCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGG GCGCGCAGGCGGGCCGGCAAGTTGGAAGTGAAATCCGGGGGCTTAACCCCCGAACT GCTTTCAAAACTGCTGGTCTTGAGTGATGGAGAGGCAGGCGGAATTCCGTGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACA TTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGT AGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGAGGTATTGACCCCTTCCGTGCC GCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAA CGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCCGATGACCGGCTTAGAGATAAGCCTTC TCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACGGTTAGTTGATACGCAAGATCA CTCTAGCCGGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCAT CATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCAGTCATACAGAGGGA AGCAAAATCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCTGTCCCAGTTCAGATTGCAGG CTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGC GGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGTCAA TACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTAGGGGTGGTA

ATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTC CTTT (SEQ ID NO: 34) NB2-Bl9DCM Faecalibacterium prausnitzii

AGAAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCTCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACC CCAATCACCAGTTTTACCTTCGGCGGCGTCCTCCTTGCGGTTAGACTACCGACTTCG GGTCCCCCCGGCTCTCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATT CACCGTGGCATGCTGATCCACGATTACTAGCAATTCCGACTTCGTGCAGGCGAGTTG CAGCCTGCAGTCCGAACTGGGACGTTGTTTCTGAGTTTTGCTCCACCTCGCGGTCTTG CTTCTCTTTGTTTAACGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGTCATAAAGGGCATG ATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGTTTTGTCAACGGCAGTCCTGCCAGAGTC CTCTTGCGTAGTAACTGACAGTAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACAT CTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCTCCTTGCTCCGAAGAGA AAACATATTTCTATGTGCGTCGCAGGATGTCAAGACTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTG CGTCGAATTAAACCACATACTCCACTGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAG TTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGTGGATTACTTATTGTGTTAACTGCGGCACT GAAGGGGTCAATCCTCCAACACCTAGTAATCATCGTTTACGGTGTGGACTACCAGGG TATCTAATCCTGTTTGCTACCCACACTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTGGTGCCCAGTA

Apêndice A

GGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCCGATATCTACGCATTCCACCGCTACACCGG GAATTCCGCCTACCTCTGCACTACTCAAGAAAAACAGTTTTGAAAGCAGTTTATGGG TTGAGCCCATAGATTTCACTTCCAACTTGTCTTCCCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCA GTAATTCCGGACAACGCTTGTGACCTACGTTTTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTA GCCGTCACTTCCTTGTTGAGTACCGTCATTATCTTCCTCAACAACAGGAGTTTACAAT CCGAAGACCTTCTTCCTCCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCA ATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGG CCGTTCAACCTCTCAGTCCGGCTACCGATCGTTGCCTTGGTGGGCCATTACCTCACC AACTAGCTAATCGGACGCGAGGCCATCTCAAAGCGGATTGCTCCTTTTCCCTCTGGT CGATGCCGACCTGTGGGCTTATGCGGTATTAGCAGTCGTTTCCAACTGTTGTCCCCCT CTTTGAGGCAGGTTCCTCACGCGTTACTCACCCGTTCGCCACTCGCTYGAGAAAGCA

AGCTCTCTCTCGCTCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCGCGCCGCCAGCGTTCGTCCTG AGCCAGGATCAAACTCTTTATAAA (SEQ 1D NO: 35) NB2-Al2BBE Bacteroides ovatus

CCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGTTGTC TTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAAACTAATGGAACGCATCCCCATCGATAACCG AAATTCTTTAATAGTAAAACCATGCGGTTTTAATATACCATCGGATATTAATCTTTCT TTCGAAAGGCTATCCCCGAGTTATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCG CCGGTCGCCATCTTTAGTTTGCAAGCAAACTAAAATGCTGCCCCTCGACTTGCATGT GTTAAGCCTGTAGCTAGCGTTCATCCTGAGCTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGG GGATGCGTTCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACAACGATGGAT AGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCT ACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAA GTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAG TATTCCACGTGTGGAATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAA GGGAGCGTAGGTGGATTGTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAAT TGCAGTTGAAACTGGCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTA GCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTAGA CTGTCACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGG TAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAA GCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGC GAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATTTGAATAATCTGGAAACAGGTTAGCCGC AAGGCAAATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGC TTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTTATGCTGAGG ACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCA GCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCA GCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCCCAAAAACCTCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCT GCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCG GTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGG

TACCTGAAGTACGTAACCGCAAGGAGCGTCCTAGGGTAAAACTGGTAATTGGGGCT (SEQ 1D NO: 36) NB2-A13NA Coprococcus catus

Apêndice A

ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA GTCGAACGGACGATGAAGAGCTTGCTTTTCAGAGTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAA CGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAGCAGCTGGAAACGGCTGATAAAAC CGCATAAGCGCACAGCATCGCATGATGCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGAT GGACCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCA GTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTC CTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGA CGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATA ATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCG GAGCAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACGGCTTTTGAAACTGC CCTGCTTGATTTCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG ATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGACAATGACGCTGA GGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAA ACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCTCATAAGAGCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAA TAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGG GGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTT ACCAGGCCTTGACATCCCGGTGACCGTCCCGTAATGGGGACCTCTCTTCGGAGCACC GGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCCTATGTTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTG GACAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGC CCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGA GGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAA CCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAA TACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGAAATGCCCG AAGTCAGTGACCTAACCGCAAGGGAGGAGCTGCCGAAGGTGGAGCCGATGACTGGG

GTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTA AGGAA (SEQ 1D NO: 37) NB2-B l 6TSAB Bifidobacterium adolescentis

TGTGGAGGGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCA AGTCGAACGGGATCCCAGGAGCTTGCTCCTGGGTGAGAGTGGCGAACGGGTGAGTA ATGCGTGACCGACCTGCCCCATACACCGGAATAGCTCCTGGAAACGGGTGGTAATG CCGGATGCTCCAGTTGACCGCATGGTCCTCTGGGAAAGCTTTTGCGGTATGGGATGG GGTCGCGTCCTATCAGCTTGATGGCGGGGTAACGGCCCACCATGGCTTCGACGGGTA GCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTA CGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCGACGC CGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTTGACTGGGAGCAAGCCCT TCGGGGTGAGTGTACCTTTCGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCG GTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGG CGGTTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCCGCGCCGGGTA CGGGCGGGCTTGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATG TGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTCACTGAC GCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGC CGTAAACGGTGGATGCTGGATGTGGGGACCATTCCACGGTCTCCGTGTCGGAGCCA

Apêndice A

ACGCGTTAAGCATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGAAAT TGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAG AACCTTACCTGGGCTTGACATGTTCCCGACAGCCCCAGAGATGGGGCCTCCCTTCGG GGCGGGTTCACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTT AAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTGTGTTGCCAGCACGTCGTGGTGGGAA CTCACGGGGGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAGATCAT CATGCCCCTTACGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAACGGGATGC GACACCGCGAGGTGGAGCGGATCCCTTAAAACCGGTCTCAGTTCGGATTGGAGTCT GCAACCCGACTCCATGAAGGCGGAGTCGCTAGTAATCGCGGATCAGCAACGCCGCG GTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTGGGTAGC ACCCGAAGCCGGTGGCCCAACCTTTTGGGGGGAGCCGTCTAAGGTGAGACTCGTGA

TTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCC TTT (SEQ ID NO: 38) NB2-B 13DCM Collinsella aerofaciens

CGGAGAGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAA GTCGAACGGCACCCACCTCCGGGTGGAAGCGAGTGGCGAACGGCTGAGTAACACGT GGAGAACCTGCCCCCTCCCCCGGGATAGCCGCCCGAAAGGACGGGTAATACCGGAT ACCCCGGGGTGCCGCATGGCACCCCGGCTAAAGCCCCGACGGGAGGGGATGGCTCC GCGGCCCATCAGGTAGACGGCGGGGTGACGGCCCACCGTGCCGACAACGGGTAGCC GGGTTGAGAGACCGACCGGCCAGATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG GAGGCAGCAGTGGGGAATCTTGCGCAATGGGGGGAACCCTGACGCAGCGACGCCGC GTGCGGGACGGAGGCCTTCGGGTCGTAAACCGCTTTCAGCAGGGAAGAGTCAAGAC TGTACCTGCAGAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTA GGGGGCGAGCGTTATCCGGATTCATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGCCCGGCA GGCCGGGGGTCGAAGCGGGGGGCTCAACCCCCCGAAGCCCCCGGAACCTCCGCGGC TTGGGTCCGGTAGGGGAGGGTGGAACACCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATAT CGGGTGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCCCTCTGGGCCGAGACCGACGCTGAGGCG CGAAAGCTGGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCCAGCCGTAAACGA TGGACGCTAGGTGTGGGGGGACGATCCCCCCGTGCCGCAGCCAACGCATTAAGCGT CCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCAGCGGAGCATGTGGCTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGG CTTGACATATGGGTGAAGCGGGGGAGACCCCGTGGCCGAGAGGAGCCCATACAGGT GGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG CGCAACCCCCGCCGCGTGTTGCCATCGGGTGATGCCGGGAACCCACGCGGGACCGC CGCCGTCAAGGCGGAGGAGGGCGGGGACGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGCC CTGGGCTGCACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGATGCCACCCCGCGAGGGG GAGCGGATCCCGGAAAGCCGGCCCCAGTTCGGATTGGGGGCTGCAACCCGCCCCCA TGAAGTCGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGG GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACCCGAGTCGTCTGCACCCGAAGTCGCCGGC

CCAACCGTCAAGGGGGGAGGCGCCGAAGGTGTGGAGGGTGAGGGGGGTGAAGTCG TAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT (SEQ ID NO: 39) l 4LG Acidaminococcus intestini

Apêndice A

GACTTCACCCCAATCATNGGCCCCANTTAGACAGCTGACTCCTAAAAGGTTATCTCA CCGGCTTCGGGTGTTACCAACTTTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGG GAACGTATTCACCGCAGTATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCAACTTCACGTA GGCGGGTTGCAGCCTACGATCCGAACTGGGGTCGGGTTTCTGGGATTTGCTCCACCT CGCGGTTTCGCTGCCCTTTGTTGCCGACCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGACAT AAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCAAGTTATCCCTGGCAGTC TCCTATGAGTCCCCGCCTTTACGCGCTGGTAACATAGGATAGGGGTTGCGCTCGTTG CGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCACCACCTGT TTTCGTGTCCCCGAAGGGAGGGACCTATCTCTAGGTCTTTCACTCAATGTCAAGCCTT GGTAAGGTTCTTCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATACTCCACCGCTTGTGCGGGC CCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAATCTTGCGATCGTAGTCCCCAGGCGGGATACTTA TTGCGTTAACTCCGGCACAGAAGGGGTCGATACCTCCTACACCTAGTATCCATCGTT TACGGCCAGGACTACCGGGGTATCTAATCCCGTTTGCTACCCTGGCTTTCGCATCTC AGCGTCAGACACAGTCCAGAAAGGCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCCAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTGGGAATTCCCCTTTCCTCTCCTGCACTCAAGACTTCCAG TATCCAACGCCATACGGGGTTAAGCCCCGCATTTTCACGTCAGACTTAAAAGCCCGC CTACATGCTCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCG CGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTCCTCGTTAGGTACCGTCAACACCATGA CCTGTTCGAACACGGTGCTTTCGTCCCTAACAACAGAGTTTTACAATCCGAAGACCT TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCA CTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCATCCT CTCAGACCGGCTACTGATCATCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACTAGCTAAT CAGACGCGGGCCCATCTTCCAGCGATAGCTTGCAAGCAGAGGCCATCTTTCCTCCCT CCTCCATGCGGAGGAGGGAGCACATTCGGTATTAGCATCCCTTTCGGAATGTTGTCC CCAACTGGAGGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTTCGCCACTAAGAACTTAC

CGAAATAAGTTCTCCGTTCGACTTGCATGTGTTAAGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCT GAGCC (SEQ ID NO: 40)

Claims

REIVINDICAÇÕES

1. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

2. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas relacionadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

3. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas, dita pluralidade de espécies bacterianas consistindo em pelo menos uma dentre cada filo de bactérias listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

4. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas MET-2A listadas na Tabela 3, em que dita microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas MET-2A relacionadas na Tabela 3 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas MET-2A listadas na Tabela 3 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

5. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas MET-2B listadas na Tabela 3, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas MET-2B relacionadas na Tabela 3 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, as espécies bacterianas MET-2B listadas na Tabela 3 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

6. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 3 que está presente em cada uma dentre as MET-2, MET-2A e MET-2B, em que a microbiota co-selecionada consiste no número total de espécies bacterianas listadas na Tabela 3 que está presente em cada um dos MET-2, MET-2A e MET-2B e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas presentes em cada uma dentre as MET-2, MET-2A e MET-2B estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

7. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co-selecionada consiste em espécies bacterianas NB2B- 20-GAM, NB2B-6-CNA, NB2A-9-NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2A- 3-NA, NB2A-17-FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU relacionadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas NB2B-20-GAM, NB2B- 6-CNA, NB2A-9-NA, 14 LG, NB2A-8-WC, NB2A-12-BBE, NB2A-3-NA, NB2A-17- FMU, NB2B-19-DCM, NB2B-10-FAA, NB2B-26-FMU relacionadas na Tabela 1 estão na forma de pó, em que a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

8. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 25% de espécies bacterianas Gram-negativas.

9. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 50% de espécies bacterianas Gram-positivas.

10. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 65% de espécies bacterianas dentro do filo de Firmicutes.

11. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos 5% de espécies bacterianas dentro do filo de Bacteroidetes.

12. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende um subgrupo conforme estabelecido em qualquer uma das Tabelas 3, 4 ou 5 em relação à categoria e/ou a propriedades funcionais.

13. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa.

14. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de compreender, adicionalmente, um veículo farmaceuticamente aceitável.

15. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com a reivindicação 14, caracterizada pelo fato de que o veículo farmaceuticamente aceitável é celulose.

16. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula.

17. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com a reivindicação 16, caracterizada pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula dupla.

18. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de que pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus.

19. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com a reivindicação 18, caracterizada pelo fato de que a espécie do gênero Acidaminococcus é Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans.

20. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizada pelo fato de compreender, adicionalmente, um prebiótico.

21. MÉTODO DE USO DE COMPOSIÇÕES ANIDRAS COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO-SELECIONADA para tratar um indivíduo mamífero afetado por uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizado por compreender: administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma composição anidra, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, ao indivíduo mamífero, em que a quantidade terapeuticamente eficaz melhora as razões relativas de microrganismos no paciente mamífero, tratando assim o paciente mamífero.

22. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 21, caracterizado pelo fato de que a doença ou distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

23. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, para uso no tratamento de uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizada pelo fato de que uma quantidade eficaz da composição anidra melhora as razões relativas de microrganismos, tratando assim a doença ou distúrbio associado à disbiose.

24. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 23, caracterizado pelo fato de que a doença ou distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

25. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, para uso na preparação de um medicamento para o tratamento de uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizada pelo fato de que uma quantidade eficaz do medicamento melhora as razões relativas de microrganismos, tratando assim a doença ou distúrbio associado à disbiose.

26. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 25, caracterizado pelo fato de que a doença ou distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile) , doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

27. COMPOSIÇÃO ANIDRA compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, dita pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, caracterizada pelo fato de que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão: (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e em que a composição anidra, quando testada por um teste de modelo de quimiostato, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da primeira abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

28. COMPOSIÇÃO ANIDRA compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, dita pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, caracterizada pelo fato de que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão: (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e em que a composição anidra, quando testada por um ensaio de saída do ecossistema, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da saída funcional de tipos e quantidades de pequenas moléculas selecionadas geradas pela pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

29. COMPOSIÇÃO ANIDRA compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, dita pluralidade de espécies bacterianas consistindo em pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional,

caracterizada pelo fato de que que a pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listadas na Tabela 1 está: (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e em que a composição anidra, quando testada por um teste de modelo de quimiostato, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da primeira abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

30. COMPOSIÇÃO ANIDRA compreendendo uma pluralidade de espécies bacterianas, a pluralidade de espécies bacterianas consistindo em pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional,

caracterizada pelo fato de que a pelo menos uma espécie bacteriana de cada filo de bactérias listadas na Tabela 1 está: (a) na forma de pó, a forma de pó tendo um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e em que a composição anidra, quando testada por um ensaio de saída do ecossistema, é: (b) suspensa em um primeiro meio de crescimento e cultivada para alcançar o crescimento em estado estacionário da pluralidade de espécies bacterianas no primeiro meio de crescimento, em que uma abundância relativa da pluralidade de espécies bacterianas em crescimento em estado estacionário no primeiro meio de crescimento é estabelecida como uma primeira abundância relativa, e (c) a pluralidade de espécies bacterianas em crescimento no estado estacionário no primeiro meio de crescimento é desafiada por estresse perturbacional, em que o estresse perturbacional é uma mudança em, pelo menos, tipo de substrato, disponibilidade de substrato ou desafio xenobiótico, e a pluralidade de espécies bacterianas exibe robustez quando desafiada pelo estresse perturbacional, em que a robustez é exibida pela manutenção da saída funcional de tipos e quantidades de pequenas moléculas selecionadas geradas pela pluralidade de espécies bacterianas após desafio pelo estresse perturbacional.

31. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 30, caracterizada pelo fato de que as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa.

32. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 31, caracterizada por compreender, adicionalmente, um veículo farmaceuticamente aceitável.

33. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com a reivindicação 32, caracterizada pelo fato de que o veículo farmaceuticamente aceitável é celulose.

34. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 33, caracterizada pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula.

35. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 34, caracterizada pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula dupla.

36. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 35, caracterizada pelo fato de que a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus.

37. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com a reivindicação 36, caracterizada pelo fato de que a espécie do gênero Acidaminococcus é Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans.

38. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 37, caracterizada por compreender, adicionalmente, um prebiótico.

39. MÉTODO DE USO DE COMPOSIÇÕES ANIDRAS para tratar um indivíduo mamífero afetado por uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizado por compreender: administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma composição anidra, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 38, ao indivíduo mamífero, em que a quantidade terapeuticamente eficaz melhora as razões relativas de microrganismos no indivíduo mamífero, tratando assim o indivíduo mamífero.

40. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 39, caracterizado pelo fato de que a doença ou distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

41. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA para uso no tratamento de uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

42. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA para uso no tratamento de uma doença ou distúrbio associado à disbiose, em que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co- selecionada consiste em espécies bacterianas relacionadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

43. USO da composição anidra de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 ou 42, caracterizado pelo fato de que a doença ou distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.

44. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 43, caracterizado pelo fato de que as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa.

45. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 44, caracterizado pelo fato de que a composição anidra compreende, adicionalmente, um veículo farmaceuticamente aceitável.

46. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 36 a 40, caracterizado pelo fato de que o veículo farmaceuticamente aceitável é a celulose.

47. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 46, caracterizado pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula.

48. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 47, caracterizado pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula dupla.

49. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 48, caracterizado pelo fato de que a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus.

50. USO, de acordo com a reivindicação 49, caracterizado pelo fato de que a espécie do gênero Acidaminococcus é Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans.

51. USO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 50, caracterizado pelo fato de que a composição anidra compreende, adicionalmente, um prebiótico.

52. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA para uso na preparação de um medicamento para o tratamento de uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende uma pluralidade de espécies bacterianas consistindo em cada uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

53. COMPOSIÇÃO ANIDRA COMPREENDENDO UMA MICROBIOTA CO- SELECIONADA para uso na preparação de um medicamento para o tratamento de uma doença ou distúrbio associado à disbiose, caracterizada pelo fato de que a microbiota co-selecionada compreende pelo menos uma das espécies bacterianas listadas na Tabela 1, em que a microbiota co- selecionada consiste em espécies bacterianas recitadas na Tabela 1 e, opcionalmente, pelo menos uma espécie bacteriana adicional, em que as espécies bacterianas listadas na Tabela 1 estão na forma de pó, a forma de pó tem um teor de umidade menor que 5% em peso/peso na composição anidra, e a microbiota co-selecionada exibe resistência a estresse perturbacional.

54. COMPOSIÇÃO ANIDRA, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 ou 53, caracterizada pelo fato de que as espécies bacterianas estão em um estado de animação suspensa.

55. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 54, caracterizado pelo fato de que a composição anidra compreende, adicionalmente, um veículo farmaceuticamente aceitável.

56. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 55, caracterizado pelo fato de que o veículo farmaceuticamente aceitável é a celulose.

57. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 56, caracterizado pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula.

58. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 57, caracterizado pelo fato de que a composição anidra é encapsulada em uma cápsula dupla.

59. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 58, caracterizado pelo fato de que a pelo menos uma espécie bacteriana adicional é uma espécie do gênero Acidaminococcus.

60. MEDICAMENTO, de acordo com a reivindicação 59, caracterizado pelo fato de que a espécie do gênero Acidaminococcus é Acidaminococcus intestini ou Acidaminococcus fermentans.

61. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 60, caracterizado pelo fato de que a composição anidra compreende, adicionalmente, um prebiótico.

62. MEDICAMENTO, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 61, caracterizado pelo fato de que a doença ou distúrbio associado à disbiose é infecção por Clostridium difficile (Clostridioides difficile), doença de Crohn, síndrome do intestino irritável (IBS) ou cólon espástico, colite ulcerativa idiopática, colite mucosa, colite colágena, doença inflamatória intestinal em geral, colite microscópica, colite associada a antibióticos, constipação idiopática ou simples, doença diverticular ou enteropatia por AIDS.