JP5907990B2 - 核酸増幅のための方法、組成物、システム、装置およびキット - Google Patents
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Description
核酸増幅は、分子生物学において極めて有用であり、かつ生物学、治療、診断、法医学および研究の事実上あらゆる態様において広範な適用性を有する。概して、多重アンプリコンを、開始テンプレートから1つ以上のプライマーを用いて生成し、ここでこのアンプリコンは、テンプレートに対して相同であるかまたは相補性であり、このテンプレートからアンプリコンが生成された。多重の増幅はまた、プロセスを無駄なく行い得、かつ諸経費を低減し得る。単一セットのプライマーが、異なるテンプレートと混合されてもよいし、または単一のテンプレートが、多重の異なるプライマーと接触されてもよいし、または多重の異なるテンプレートが、多重の異なるプライマーと接触されてもよい。この適用は、核酸増幅および/または分析のための方法および試薬に関する。
核酸増幅および/または分析の方法、試薬および生成物が本明細書に示される。増幅は、固定されたプライマーおよび/または可溶性のプライマーを利用し得る。本明細書に提供される方法から生成されたアンプリコンは、さらなる分析、例えば、配列決定のために適切な基質である。
[本発明1001]
プライマー伸長の方法であって、
a)第一のプライマー分子(「第一のフォワードプライマー」)を、核酸鎖(「リバース鎖」)上の相補性プライマー結合配列(「リバース鎖PBS」)に対してハイブリダイズさせる工程であって、第一のフォワードプライマーのヌクレオチド塩基の少なくとも60%が、アデニン、チミンもしくはウラシルであるか、またはアデニン、チミンもしくはウラシルに対して相補性である、工程と、
b)前記リバース鎖をテンプレートとして用いて、前記第一のフォワードプライマー分子を伸長することによって、前記リバース鎖の全長相補体であり、それに対してハイブリダイズされた伸長された第一のフォワード鎖を生成する工程と、
c)第二のプライマー分子(「第二のフォワードプライマー」)を前記リバース鎖PBSに対してハイブリダイズさせる工程であって、前記リバース鎖もまた、前記第一のフォワード鎖にハイブリダイズされている、工程と、
を含む、方法。
[本発明1002]
工程(b)および(c)を含む1以上の増幅サイクルによって、前記フォワード鎖を増幅する工程を含み、第一の増幅サイクルの工程(c)の前記第二のフォワードプライマーが、引き続く増幅サイクルの工程(b)の前記第一のフォワードプライマーであり、かつリバース鎖のかなりの割合が、前記1以上の繰り返しの間中またはその間の全ての時点でフォワード鎖にハイブリダイズされている、本発明1001の方法。
[本発明1003]
リバース鎖の前記かなりの割合が、リバース鎖の少なくとも30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%である、本発明1001〜1002のいずれかの方法。
[本発明1004]
a)第一のリバースプライマー分子を、伸長されたフォワード鎖上の相補性リバース−プライマー結合配列(「フォワード鎖PBS」)に対してハイブリダイズさせる工程と;
b)前記フォワード鎖をテンプレートとして用いてテンプレート依存性方式で前記第一のリバースプライマー分子を伸長することによって、前記フォワード鎖の全長相補体であり、それに対してハイブリダイズされた、伸長された第一のリバース鎖を、生成する工程と;
c)第二のプライマー(「第二のリバースプライマー」)を、前記フォワード鎖PBSに対してハイブリダイズさせる工程であって、前記フォワード鎖はまた、前記第一のリバース鎖に対してハイブリダイズされている、工程と、
によって前記リバース鎖を増幅することを含む、本発明1001〜1003のいずれかの方法。
[本発明1005]
工程(b)〜(c)の1以上の繰り返しによって前記リバース鎖を増幅することを含み、工程(c)の前記第二のリバースプライマーが、繰り返された工程(b)の前記第一のリバースプライマーであり、かつフォワード鎖のかなりの割合が、前記1以上の繰り返しの間中またはその間の全ての時点でリバース鎖に対してハイブリダイズされている、本発明1004の方法。
[本発明1006]
リバース鎖の前記かなりの割合が、リバース鎖の少なくとも30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%である、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1007]
前記第一のおよび/または第二のフォワードプライマーが、単一の支持体に対して固定されるか、あるいは前記第一のおよび/または第二のリバースプライマーが単一の支持体に対して固定される、本発明1001〜1006のいずれかの方法。
[本発明1008]
所望の数の増幅サイクルを行った後に、リバース鎖から前記伸長されたフォワード鎖を完全に分離する工程と、必要に応じて、分離されたリバース鎖の存在から分離されたフォワード鎖を取り除く工程、またはその逆の工程と、をさらに含む、本発明1001〜1007のいずれかの方法。
[本発明1009]
1以上の増幅サイクルの間に、全ての核酸試薬が、リコンビナーゼとも、逆転写酵素とも、ヘリカーゼとも、ニッキング酵素とも、ポリメラーゼではない任意の他の酵素とも、いかなる時点でも接触しない、本発明1001〜1008のいずれかの方法。
[本発明1010]
リバース鎖をテンプレートとして用いるフォワードプライマーのテンプレート依存性伸長が、前記リバース鎖に対して既にハイブリダイズされた別のフォワード鎖の置換をもたらす、本発明1001〜1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
全てのフォワードプライマーのTmが、50℃、55℃、60℃または65℃以下であり、かつ前記リバース鎖のTmが、95℃、90℃、85℃、80℃または75℃以上である、本発明1001〜1010のいずれかの方法。
[本発明1012]
増幅が、等温条件下で行われる、本発明1001〜1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記等温条件が、全てのフォワードプライマーのTmより高いが、リバース鎖のTmより低い温度に調節され、前記リバース鎖のTmは、同一のリバース鎖のクローン集団における前記リバース鎖の半分が、その全長にわたって前記リバース鎖に完全にハイブリダイズされる完全に相補性の鎖から完全に変性される温度である、本発明1001〜1012のいずれかの方法。
[本発明1014]
前記第一および第二のフォワードプライマーが、同じ支持体に隣接して固定されており、それによって増幅が、伸長されたフォワード鎖の固定されたクローン集団を生成する、本発明1001〜1013のいずれかの方法。
[本発明1015]
前記第一および第二のフォワードプライマーが、同じ支持体に隣接して固定されており、それによって増幅が、伸長されたフォワード鎖の固定されたクローン集団を生成する、本発明1001〜1014のいずれかの方法。
[本発明1016]
複数のテンプレート核酸が、空間的に隔てられた固定部位に対して個々にハイブリダイズされ、それによって増幅が、個々のテンプレート核酸に対応する空間的に隔てられたクローン集団を生成する、本発明1001〜1015のいずれかの方法。
[本発明1017]
変性が非酵素性である、本発明1001〜1016のいずれかの方法。
[本発明1018]
少なくとも1つのリバース核酸鎖と、少なくとも1つの支持体上に必要に応じて固定された複数のフォワードプライマーと、必要に応じて溶液中の複数のリバースプライマーと、ポリメラーゼと、のうちのいずれか1つまたはいずれかのサブセットまたは全てを含む組成物。
[本発明1019]
前記フォワードプライマーおよび/またはリバースプライマーが、低融点であるか、または少なくとも60%のアデニン、チミンもしくはウラシル塩基、またはアデニン、チミンもしくはウラシルに対して相補性の塩基を有する、本発明1018の組成物。
[本発明1020]
核酸鎖(「リバース鎖」)のクローン集団を含み、必要に応じて各々のクローン集団の個々のリバース鎖が低融点(例えば、ブリーザブル(breathable))プライマー結合配列を、3'末端に、および/または低融点プライマー配列を5'末端に含む、本発明1018〜1019のいずれかの組成物。
[本発明1021]
前記リバース鎖の5'部分もしくは末端上の前記低融点プライマー配列に対して実質的に同一である、複数のリバースプライマー、および/または前記リバース鎖の3'部分もしくは末端上の前記低融点プライマー結合配列に対して実質的に相補性である、複数のフォワードプライマーを含む、本発明1018〜1020のいずれかの組成物。
[本発明1022]
伸長されていないフォワードプライマーよりも長く、かつ必要に応じて1つ以上のリバース鎖の全長相補体である、1つ以上の伸長されたフォワード鎖をさらに含む、本発明1018〜1021のいずれかの組成物。
[本発明1023]
1つ以上の伸長されたフォワード鎖が、相補性リバース鎖にハイブリダイズされ、前記リバース鎖も必要に応じてまた、別の異なるフォワードプライマーに対して、または必要に応じて前記リバース鎖の全長未満の相補体である異なるフォワード鎖に対してハイブリダイズされる、本発明1022の組成物。
[本発明1024]
一本鎖のテンプレート配列の固定されたクローンアンプリコンの局所的集団を生成する方法であって:
a)前記一本鎖のテンプレート配列(「テンプレート1」)を固定部位(「IS1」)に結合する工程であって、IS1が、テンプレート1に対して実質的にハイブリダイズすることができる固定されたプライマー(「IS1プライマー」)の多重コピーを含み、テンプレート1が、IS1プライマーに対するハイブリダイゼーションによってIS1に対して結合される、工程と、
b)溶液中で、IS1プライマーおよび非固定プライマー(「SP1プライマー」)を用いてテンプレート1を増幅する工程であって、前記一本鎖のテンプレート1に対して相補性である増幅された鎖が、一本鎖である場合、IS1上のプライマーに対して実質的にハイブリダイズできない工程と、を含み、
増幅によって、テンプレート1のIS1に対する最初のハイブリダイゼーションのポイントのまわりに固定されたクローンアンプリコンの局在化集団を生成する、方法。
[本発明1025]
第一のテンプレート配列(「テンプレート1」)および第二のテンプレート配列(「テンプレート2」)の分離されかつ固定されたクローン集団を生成する方法であって、前記第一のおよび第二のテンプレート配列を増幅して、実質的に第一の固定部位(「IS1」)に対して結合され、第二の固定部位(「IS2」)には結合されないテンプレート1のクローンアンプリコンの集団、または実質的にIS2に結合されIS1には結合されないテンプレート2のクローンアンプリコンの集団を生成する工程を含み、
a)両方のテンプレートおよび全てのアンプリコンは、同じ連続液相中に含まれ、前記連続液相が第一のおよび第二の固定部位(それぞれ、「IS1」および「IS2」)と接触し、かつIS1およびIS2が空間的に隔てられており、
b)テンプレート1は、一本鎖型である場合、第一のサブ配列(「T1−FOR」)を一端に含み、かつ第二のサブ配列(「T1−REV」)をその反対の端に含み、
c)テンプレート2は、一本鎖型である場合、第一のサブ配列(「T2−FOR」)を一端に含み、かつ第二のサブ配列(「T2−REV」)をその反対端に含み、
d)IS1は、T1およびT2が一本鎖である場合、T1−FORおよびT2−FORに対して実質的にハイブリダイズできる固定された核酸プライマー(「IS1プライマー」)の多重コピーを含み、
e)IS2は、T1およびT2が一本鎖である場合、T1−FORおよびT2−FORの両方に対して実質的にハイブリダイズできる固定されたプライマー(「IS2プライマー」)の多重コピーを含み、
f)T1−REVのリバース相補体は、一本鎖である場合、IS1上のプライマーに対して実質的にハイブリダイズすることができず、ただし、前記連続液相中の非固定プライマー(「SP1」)に対して実質的にハイブリダイズでき、
g)T2−REVのリバース相補体は、一本鎖である場合、IS2上のプライマーに対して実質的にハイブリダイズできず、ただし、前記連続液相中の非固定プライマー(「SP2」)に対して実質的にハイブリダイズできる、方法。
[本発明1026]
第一のテンプレート配列(「テンプレート1」)と第二のテンプレート配列(「テンプレート2」)の分離されかつ固定されたクローン集団を生成する方法であって、前記第一のおよび第二のテンプレート配列を増幅する工程を含み、
a)両方のテンプレートが、一本鎖型であり、かつ両方とも同じ連続液相中に含まれ、第一のおよび第二の固定部位(それぞれ、「IS1」および「IS2」)が前記連続液相と接触し、かつIS1およびIS2が空間的に隔てられており、
b)テンプレート1は、第一のサブ配列(「T1−FOR」)をその3'末端に、およびT1−FORと非重複性である第二のサブ配列(「T1−REV」)をその5'末端に含み、
c)テンプレート2は、第一のサブ配列(「T2−FOR」)をその3'末端に、およびT2−FORと非重複性である第二のサブ配列(「T2−REV」)をその5'末端に含み、
d)IS1は、T1−FORおよびT2−FORの両方に対してハイブリダイズできる、固定されたプライマー(「IS1プライマー」)を含み、
e)IS2は、T1−FORおよびT2−FORの両方に対してハイブリダイズできる、固定されたプライマー(「IS2プライマー」)を含み、
f)T1−REVのリバース相補体は、IS1上のプライマーに対して実質的にハイブリダイズできず、かつ/またはT2−REVのリバース相補体は、IS2上のプライマーに対して実質的にハイブリダイズできないが、各々が、前記連続液相中の非固定プライマーに対して実質的にハイブリダイズでき、
それによって増幅が、実質的にIS1に対して結合するがIS2に対しては結合しないテンプレート1のクローンアンプリコンの集団、および/または実質的にIS2に対して結合するがIS1に対しては結合しないテンプレート2のクローンアンプリコンの集団をもたらす、方法。
[本発明1027]
増幅の間のいくつかの時点で、非固定核酸分子を混合することが、前記連続液相中で実質的に遅延されない、本発明1001〜1026のいずれかの方法。
[本発明1028]
増幅の間に、混合することが一定期間実質的に遅延されず、かつ必要に応じて増幅の全期間の間実質的に遅延されない、本発明1027の方法。
[本発明1029]
1つの固定部位から解離された任意の核酸が、両方の固定部位に対して実質的にハイブリダイズ可能であり、かつ別の固定部位に対する前記解離された核酸の任意の動き(例えば、拡散、対流による動き)が、前記連続液相中で実質的に遅延されない、本発明1027の方法。
[本発明1030]
前記連続液相が、IS1およびIS2と同時に接触している、本発明1001〜1029のいずれかの方法。
[本発明1031]
固定されたプライマーによって結合されるテンプレートの第一の部分が、前記テンプレートの第二の部分と重複せず、その相補体が非固定プライマーによって結合されている、本発明1001〜1030のいずれかの方法。
[本発明1032]
増幅されるべき少なくとも1つのテンプレートが、インプット核酸から、前記核酸が少なくとも1つの固定部位に接触して配置された後に、生成される、本発明1001〜1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
a)固定されたプライマーを含んでいる支持体を一本鎖の核酸テンプレートと接触させる工程と、
b)第一の固定されたプライマーを前記テンプレート上のプライマー結合配列(PBS)に対してハイブリダイズさせる工程と、
c)テンプレート依存性伸長において前記ハイブリダイズされた第一のプライマーを伸長して、テンプレートに対して相補性であり、かつ前記テンプレートに対して少なくとも部分的にハイブリダイズされた伸長された鎖を形成する工程と、
d)前記PBSの少なくとも一部が一本鎖型(「遊離部分」)であるように、前記伸長された相補鎖から前記テンプレートを部分的に変性させる工程と、
e)前記遊離部分を、伸長されていない、固定された第二のプライマーに対してハイブリダイズさせる工程と、
f)テンプレート依存性伸長において前記第二のプライマーを伸長して、前記テンプレートに対して相補性である伸長された鎖を形成する工程と、
g)必要に応じて、前記アニーリングされた伸長された固定された核酸鎖をお互いから分離する工程と、
を含む、本発明1001〜1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
a)増幅の間、開始テンプレートおよび/または増幅された鎖を含んでいる核酸二重鎖が形成され、
b)かなりの数の二重鎖の完全な変性を生じる条件に対して、増幅の間にこの二重鎖が供されない、
本発明1001〜1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記一本鎖のテンプレートが、増幅される複数のインプット核酸配列(この配列は既知であっても未知であってもよい)を採用すること、ならびに第一のユニバーサルアダプター配列および第二のユニバーサルアダプター配列を、少なくとも1つのインプット核酸の末端上に追加することによって生成され、前記第一のユニバーサルアダプター配列が、IS1プライマーおよび/またはIS2プライマーに対してハイブリダイズし、かつ前記第二のユニバーサルアダプター配列のリバース相補体が少なくとも1つの非固定プライマーに対してハイブリダイズする、本発明1001〜1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記第一および第二の核酸配列が、前記一本鎖のテンプレート配列の第一および第二の末端で提供される、本発明1001〜1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
タグもまた、所与の核酸配列に対して付加され、前記タグが、前記所与の核酸配列の増幅産物を特定することを可能にする、本発明1001〜1036のいずれかの方法。
[本発明1038]
少なくとも1つの固定部位上の全てのプライマーが同じ配列を有する、本発明1001〜1037のいずれかの方法。
[本発明1039]
固定部位が、少なくとも2つの異なる配列を有する複数のプライマーを含む、本発明1001〜1038のいずれかの方法。
[本発明1040]
前記異なる種類のプライマーが、お互いに実質的に同じ濃度で存在する、本発明1016の方法。
[本発明1041]
少なくとも1つの固定部位の前記プライマーが実質的に、固定部位にわたって均一に分散している、本発明1001〜1040のいずれかの方法。
[本発明1042]
2つの異なる固定部位が、
a)単一支持体の空間的に隔てられているサブコンポーネントであり、
b)異なる接続されていない支持体上である、
本発明1001〜1041のいずれかの方法。
[本発明1043]
前記支持体が、三次元のマトリックスを形成し、かつ前記2つの異なる固定部位が、完全には重複しない前記支持体の2つの異なる三次元の部分である、本発明1019の方法。
[本発明1044]
前記2つの異なる固定部位が、完全には重複しない支持体の表面上の2つの異なるエリアである、本発明1019の方法。
[本発明1045]
前記2つの異なる固定部位が異なる支持体上である、本発明1019の方法。
[本発明1046]
前記2つの異なる支持体がビーズ型である、本発明1022の方法。
[本発明1047]
少なくとも1つの固定部位が、前記支持体の表面全体または前記支持体の容積全体を含む、本発明1022または1023の方法。
[本発明1048]
前記2つの異なる固定部位が、予め決定された割付で(例えば、グリッドパターンで)配置されている、本発明1001〜1047のいずれかの方法。
[本発明1049]
ヌクレオチドおよび核酸ポリメラーゼの供給を用いてプライマーを伸長する、本発明1001〜1048のいずれかの方法。
[本発明1050]
加熱することを用いて、アニーリングされた核酸鎖を部分的に分離する、本発明1001〜1049のいずれかの方法。
[本発明1051]
前記核酸ポリメラーゼが、アニーリングされた核酸鎖を部分的に分離するために用いられる加熱条件によって不活性にされることがない、本発明1026に従属した場合の本発明1027の方法。
[本発明1052]
前記核酸ポリメラーゼが、Taqポリメラーゼであるか、好熱性生物由来である別のポリメラーゼであるか;またはそれらの熱安定性誘導体である、本発明1028の方法。
[本発明1053]
前記プライマー伸長が、1つ以上の検出可能標識(例えば、蛍光標識または放射性標識)の伸長された固定された核酸鎖への組み込みをもたらす、本発明1001〜1052のいずれかの方法。
[本発明1054]
1つ以上の伸長された固定された核酸鎖を処理して、それによって核酸分子またはその一部を遊離する工程をさらに含む、本発明1001〜1053のいずれかの方法。
[本発明1055]
前記処理する工程が、制限エンドヌクレアーゼを用いるか、またはリボザイムを用いる切断からなる、本発明1031の方法。
[本発明1056]
前記プライマーのうちの1つ以上が、制限エンドヌクレアーゼ認識部位もしくはリボザイム認識部位を有するか、またはこのような部位の一部を有し、この一部は、プライマー伸長が起きると、完全になる、本発明1001〜1055のいずれかの方法。
[本発明1057]
核酸増幅の繰り返しサイクルを可能にするように自動化されている、本発明1001〜1056のいずれかの方法。
[本発明1058]
複数の異なる核酸配列を増幅するよう用いられる、本発明1001〜1057のいずれかの方法。
[本発明1059]
複数の異なる核酸配列を同時に増幅するよう用いられる、本発明1035の方法。
[本発明1060]
前記異なる核酸配列が各々、本発明1003〜1005のいずれかのような第一のおよび第二の核酸配列を提供され、前記第一および第二の核酸配列が、前記各々の異なる核酸配列について同じである、本発明1035または1036の方法。
[本発明1061]
前記異なる核酸配列が各々、異なるタグを提供され、その結果前記異なる配列をお互いから識別することができる、本発明1035〜1037のいずれかの方法。
[本発明1062]
本発明1001〜1061のいずれかの方法によって産生可能である、複数の固定された核酸。
[本発明1063]
表面上の1つ以上の別個のエリアの形態における複数の固定された核酸であって、各々のエリアが、複数の同一の核酸鎖、および複数の同一のそれに対する相補鎖を含み、このようなエリア内の各々の核酸鎖は、その鎖の長さのある距離内の表面上に別の核酸鎖が配置されるように配置されている、核酸。
[本発明1064]
前記核酸が固定される表面の1mm2あたりに少なくとも1つの別個のエリアが存在する、本発明1039または本発明1040の複数の固定された核酸。
[本発明1065]
前記核酸が固定される表面の1mm2あたりの別個のエリアの数が、1より大きいか、10 2 より大きいか、10 3 より大きいか、または10 4 より大きい、本発明1041の複数の固定された核酸。
[本発明1066]
配列決定のための核酸分子を提供することにおける、本発明1001〜1065のいずれかの方法の使用、または本発明1039〜1042のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1067]
配列決定することは、一本鎖の核酸分子に対してハイブリダイズされた配列決定プライマーを伸長すること、およびプライマー伸長に用いられるヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドを検出することによって行われる、本発明1043の使用。
[本発明1068]
前記配列決定プライマーが、少なくとも1つの固定プライマーと同じ配列のうちの少なくとも1つに対してハイブリダイズする、本発明1044の使用。
[本発明1069]
前記配列決定プライマーが、前記固定プライマーと同じ配列を有する、本発明1044の使用。
[本発明1070]
前記ヌクレオチドの全てのまたは少なくともいくつかが、標識されたヌクレオチドである、本発明1043〜1046のいずれかの使用。
[本発明1071]
前記標識されたヌクレオチドの全てが、同じ標識を有する、本発明1047の使用。
[本発明1072]
前記標識されたヌクレオチドが蛍光標識されている、本発明1047または本発明1048の使用。
[本発明1073]
標識されたおよび標識されていないヌクレオチドの混合物が用いられる、本発明1047〜1049のいずれかの使用。
[本発明1074]
配列決定が、前記配列決定プライマーに対して、隣接してハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドを連結することにより、一本鎖の核酸分子に対してハイブリダイズされた配列決定プライマーを伸長することによって、行われる、本発明1043の使用。
[本発明1075]
前記配列決定プライマーが、少なくとも1つの固定プライマーと同じ配列のうちの少なくとも1つに対してハイブリダイズする、本発明1051の使用。
[本発明1076]
前記配列決定プライマーが、前記固定プライマーと同じ配列を有する、本発明1051の使用。
[本発明1077]
前記オリゴヌクレオチドの全てまたは少なくともいくつかが標識されている、本発明1051〜1053のいずれかの使用。
[本発明1078]
前記標識されたオリゴヌクレオチドが全て同じ標識を有するわけではない、本発明1054の使用。
[本発明1079]
前記標識されたヌクレオチドが蛍光標識されている、本発明1054または本発明1055の使用。
[本発明1080]
標識されたおよび標識されていないオリゴヌクレオチドの混合物が用いられる、本発明1054〜1056のいずれかの使用。
[本発明1081]
前記配列決定することが、少なくとも2つの異なる別個のエリアに存在する核酸分子の並行な配列決定である、本発明1001〜1080のいずれかの使用。
[本発明1082]
前記配列決定することが、10を超える異なる別個のエリアに存在する核酸分子の並行な配列決定である、本発明1058の使用。
[本発明1083]
前記配列決定することが、100を超える異なる別個のエリアに存在する核酸分子の並行な配列決定である、本発明1043〜1059のいずれかの使用。
[本発明1084]
前記配列決定することが、1000を超える異なる別個のエリアに存在する核酸分子の並行な配列決定である、本発明1043〜1060のいずれかの使用。
[本発明1085]
前記配列決定することが、1000000を超える異なる別個のエリアに存在する核酸分子の並行な配列決定である、本発明1043〜1061のいずれかの使用。
[本発明1086]
複数の異なる配列が並行して決定される、本発明1043〜1062のいずれかの使用。
[本発明1087]
診断のための増幅された核酸分子の提供における、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1088]
スクリーニングのための増幅された核酸分子の提供における、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1089]
他の構成要素のための支持体として用いられる増幅された核酸分子を提供することにおける、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1090]
追加の核酸分子を(固定型ではなく)遊離型で生成することにおける、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1091]
遺伝子発現をモニタリングすることにおける、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1092]
まれに発現される遺伝子産物を用いて核酸分子を特定することにおける、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1093]
ヘテロ接合性個体の特定における、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1094]
核酸のフィンガープリンティングにおける、本発明1001〜1038のいずれかの方法の使用、または本発明1043〜1063のいずれかの複数の固定された核酸分子の使用。
[本発明1095]
複数の固定されたプライマー、核酸ポリメラーゼ、複数のヌクレオチドおよびアニーリングされた核酸鎖を部分的に分離するための手段を含む、本発明1001〜1038のいずれかの方法を行うための装置。
[本発明1096]
前記アニーリングされた核酸鎖を分離するための手段が、制御された加熱手段を含む、本発明1072の装置。
[本発明1097]
反応物質の供給源と、前記反応物質が前記核酸分子に適用された後に生成された1つ以上のシグナルを検出するための検出手段とを含む、本発明1043〜1063のいずれかの複数の核酸分子を分析するための装置。
[本発明1098]
前記検出手段は、本発明1001〜1097のいずれかに言及される前記別個のエリアの間で識別するために十分な分解能を有する、本発明1074の装置。
[本発明1099]
電荷結合素子(CCD)を含んでいる、本発明1072〜1075のいずれかの装置。
[本発明1100]
前記電荷結合素子(CCD)が画像形成デバイスと作動可能に接続されている、本発明1076の装置。
[本発明1101]
各々の固定部位が分離されたビーズであり、各々のビーズが、増幅後のアンプリコンのクローン集団を含み、各々のビーズが、アレイの分離されたウェルに分配され、かつ合成による配列が行われる、本発明1043〜1046のいずれかの使用。
[本発明1102]
前記アレイが大規模FETアレイである、本発明1078の使用。
[本発明1103]
伸長生成物へのヌクレオチドの組み込みが、pHまたはイオンまたは電流の変化を測定することによって検出される、本発明1079の使用。
任意の能動態動詞(またはその動名詞)は、相当する行為が、特定の、有意なまたは実質的なレベルで(例えば、ランダムを超えるか、または適当な対照を超えて)生じることを示すことを意図する。例えば、「ハイブリダイズすること」という行為は、有意であるかまたは実質的なレベルの特定のハイブリダイゼーションが生じることを示す。例えば、増幅プロセスの間のテンプレートへのプライマーのハイブリダイゼーションの場合には、ハイブリダイズすることは必要に応じて、所望の倍数の増幅(例えば、単一のテンプレートから少なくとも103または104または105または106個のアンプリコン)を達成するために十分である。別の例では、特定のハイブリダイゼーションとは、有意な量の配列相同性を共有しない2つの核酸の間で生じるよりも特異的である。さらに別の例では、特定のハイブリダイゼーションとは、規定のストリンジェンシー条件下でハイブリダイゼーション混合物に存在する他のヌクレオチド配列に対する実質的な結合の非存在下における、標的ヌクレオチド配列に対する核酸の結合を含む。必要に応じて、サンプルは、診断または科学捜査の目的のための、生きているかまたは死亡した生物体(例えば、ヒト)から採取した組織または体液由来である。必要に応じて、これらには、ゲノムライブラリーまたはエクソーム(exome)ライブラリーを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は概して、1つ以上の核酸テンプレートをクローン増幅して、核酸テンプレートのクローン増幅された集団を形成するための方法、組成物、システム、装置およびキットに関する。本明細書に記載される任意の増幅方法は、必要に応じて繰り返しサイクルの核酸増幅を含む。増幅の1サイクルは、必要に応じて(a)テンプレート鎖に対するプライマーのハイブリダイゼーションと、(b)第一の伸長された鎖を形成するためのプライマー伸長と、(c)テンプレート鎖からの伸長された鎖の部分的または不完全な変性とを含む。テンプレート鎖にハイブリダイズするプライマー(簡便性のため「フォワード」プライマーと命名する)は、必要に応じて、支持体上にまたは支持体に対して固定される。この支持体は、例えば、固体または半固体である。必要に応じて、工程(c)由来のテンプレート鎖の変性された部分は、次の増幅サイクルでは異なるフォワードプライマーとハイブリダイズすることができる。ある実施形態では、引き続く増幅サイクルにおけるプライマー伸長は、テンプレート鎖からの第一の伸長された鎖の置き換えを包含する。第一の伸長された鎖の3'末端にハイブリダイズする第二の「リバース」プライマーが、例えば、含まれてもよい。このリバースプライマーは必要に応じて、固定されていない。
下に記載の「フリッピング」の実施形態では、2つ以上のプライマーを伸長して2つ以上の対応する伸長された鎖を形成する。必要に応じて、伸長される2つ以上のプライマーは、実質的に同一の配列を含むか、または本質的にそれらからなり、そして対応する伸長された鎖の伸長された部分は、少なくとも部分的に同一でないか、および/またはお互いに対して相補性である。
a)必要に応じて同一である、複数の伸長されたフォワード鎖を生成するための、テンプレートウォーキングによる固定されたフォワードプライマーの伸長する工程と、
b)必要に応じて、スプライスアダプターを伸長されたフォワード鎖の3'末端にハイブリダイズさせ、このフォワード鎖を、スプライスアダプターをテンプレートとして用いてテンプレート依存性伸長に供して、それによってさらなる3'配列をさらに伸長されたフォワード鎖に付加する工程であって、この付加された3'配列の一部が伸長されていないフォワードプライマーの一部に相補性であり、かつそれに対してハイブリダイズして、ステム−ループ構造を形成する、工程と、
c)フォワード鎖を、伸長されていないフォワードプライマー配列および伸長したフォワード鎖配列の接合部に位置するかまたはその付近に位置する、切断可能なヌクレオチドの切断できる連結で切断する工程であって、必要に応じて、切断可能なヌクレオチドを除去して、それによって2つの切断されたフラグメントを生成することであって、この第一のフラグメントは、第二のフラグメント上の3'プライマー相補性の配列に対してハイブリダイズされた伸長されていないフォワードプライマーの一部を含む、工程と、
d)必要に応じて、第一のフラグメントを、第二のフラグメントをテンプレートとして用いるポリメラーゼ伸長に供して、フリップしたフォワード鎖を生成する工程と、
e)必要に応じて、第二のスプライスアダプターをフリップしたフォワード鎖の3'末端に対してハイブリダイズさせ、このフォワード鎖を、スプライスアダプターをテンプレートとして用いるテンプレート依存性伸長に供して、それによってさらなる3'配列をフリップしたフォワード鎖に付加する工程であって、付加された3'配列の一部が、フリップした鎖に存在しない新規なプライマー結合配列である工程と、
f)例えば、本明細書に記載のような、任意の方法によって、新規なプライマーと接触させること、および伸長または増幅することによって、新規なプライマー結合配列を含むフリップした鎖を選択的に伸長または増幅する工程と、
のうちのいずれか1つ以上を包含し得る。この新規なプライマーは、フリップされていない鎖にも、またはフリップした鎖(この鎖は工程(e)でさらに伸長されない)にも結合しない。
概説
核酸は、必要に応じて固定される、適切なプライマーと会合される(例えば、それに対してハイブリダイズされる)。このハイブリダイズされた核酸は、便宜上、「テンプレート」鎖または「リバース鎖」と呼ばれてもよい。この「テンプレート」という言葉は、溶液中にもともと導入されたインプット核酸との、または増幅プロセスによって生成される最終の核酸精製物との、なんら特定の機能的、構造的または配列の関係を意味することを意図しない。ある実施形態では、フォワードプライマーは、リバース鎖の第一部分にハイブリダイズし得る。リバース鎖の第二の非重複性の部分と実質的に同一である別の「リバース」プライマーが必要に応じて存在する。この2つの部分は例えば、それらがお互いに対して同一であるかまたは相補性であるいかなる小部分も含まない場合に非重複性である。
いくつかの実施形態では、開示された方法、組成物、システム、装置およびキットは、支持体に固定される核酸(例えば、プライマー、テンプレートなど)を含む。この核酸は、任意の適切な方法を用いて結合され得る。いくつかの実施形態では、核酸分子と支持体との間の結合は、共有結合によって、水素結合(例えば、支持体に共有結合される、別の核酸、例えばプライマーに対するテンプレートのハイブリダイゼーションによって媒介される支持体に対するテンプレート核酸の結合)、ファンデル・ワールス力、アフィニティー相互作用などによって媒介される。結合対(例えば、アビジン/ビオチン;抗原/抗体)の使用を含めて、支持体に対する核酸配列の結合のための任意の適切な方法が用いられ得る。いくつかの実施形態では、結合対の一方のメンバーは、支持体に結合され、結合対の他方のメンバーは、核酸に結合され、この核酸は、結合対の2つのメンバーの相互作用を介してこの支持体に結合される。
1つ以上のプライマー(可溶型であっても、または支持体に結合されていても)を、DNA重合化または伸長反応混合物(任意の1つ以上の試薬、例えば、酵素、dNTPおよび緩衝液を必要に応じて含む)を用いてインキュベートする。このプライマー(例えば、フォワードプライマー)は伸長される。必要に応じて、この伸長は、テンプレート上の連続的なヌクレオチドに対して個々に相補性であるヌクレオチドの連続的な組み込みを含む、テンプレートに沿ったプライマーのテンプレート依存性伸長であり、その結果この伸長されるかまたは伸長されていないフォワードプライマーは、リバース鎖(逆平行または相補性とも呼ばれる)に対して相補性である。必要に応じて、この伸長は、ポリメラーゼ活性または他の伸長活性を有する酵素、例えばポリメラーゼによって達成される。この酵素は必要に応じて、3'−5'エキソヌクレアーゼ活性(プルーフリーディング活性)および/または5'−3'エキソヌクレアーゼ活性を含む他の活性を有してもよい。あるいは、いくつかの実施形態では、この酵素は、これらの活性の1つ以上を欠いてもよい。ある実施形態では、ポリメラーゼは、鎖置換活性を有する。有用な鎖置換性のポリメラーゼの例としては、バクテリオファージΦ29DNAポリメラーゼおよびBst DNAポリメラーゼが挙げられる。必要に応じて、酵素は、上昇した温度で、例えば、45℃でまたはそれより上で、50℃、60℃、65℃、70℃、75℃、または85℃より上で活性化される。
ここでΔΗは、らせん開始因子(helix initiation factors)について調節されたベーススタッキング相互作用のエンタルピーである;ΔSは、らせん開始因子について、およびシステムのエントロピーに対する塩の寄与について調節されたベーススタッキングのエントロピーであり、Rは一般気体定数である(1.987Cal/℃*Mol)。さらなる詳細および仮定は、SantaLucia,J.(1998)Proc.Nat.Acad.Sci.USA95,1460);Rychlik,W.およびRhoads,R.E.(1989)Nucl.Acids Res.17,8543;およびBorer P.N.ら(1974)J.Mol.Biol.86,843.に示される。
また本明細書には、以下、すなわち、少なくとも1つのリバース核酸鎖、少なくとも1つの支持体上に固定された複数のフォワードプライマー、溶液中の複数のリバースプライマー、およびポリメラーゼのうちいずれか1つまたは任意のサブセットまたは全てを含む組成物も提供される。このフォワードプライマーおよび/またはリバースプライマーは必要に応じて、本明細書に記載のように、低融点であるか、またはアデニン、チミンもしくはウラシルがリッチである。例示的な組成物は、クローン集団の核酸鎖(「リバース鎖」)を含み、ここで各々のクローン集団の個々のリバース鎖は、低融点(例えば、ブリーザブル)プライマー結合配列を、3'末端に、および/または低融点プライマー配列を5'末端に含む。この組成物は必要に応じて、リバース鎖の5'部分または末端上の低融点プライマー配列に対して実質的に同一である複数のリバースプライマーを含む。この組成物は必要に応じて複数のフォワードプライマーを含み、このプライマーは、リバース鎖の3'部分または末端上の低融点プライマー結合配列に対して実質的に相補性である。ある実施形態では、このフォワードプライマーおよび/またはリバースプライマーは、支持体に対する結合によって固定される。例えば、フォワードプライマーは固定され、そしてリバースプライマーは固定されないか、またはその逆もなりたつ。例示的な組成物は、(1)リバース核酸鎖、(2)支持体上に固定された複数の低融点フォワードプライマー、(3)溶液中の複数の低融点リバースプライマー、および(4)ポリメラーゼ、のうちのいずれか1つ以上を含む。
本明細書の記載の方法から生成された増幅された核酸分子および/または固定された核酸分子は、配列決定、スクリーニング、診断、インサイチュ核酸合成、遺伝子発現モニタリング、核酸フィンガープリンティング、化学捜査、診断法などを含む、多くの異なる適用に供され得る。
5'−二重−ビオチン標識されたオリゴ(dT)35は、DynaBeads MyOneストレプトアビジンC1磁気ビーズに結合された。8千万個のオリゴ(dT)35−結合ビーズおよび800μlのDNAテンプレート(0.01pg/μl)をハイブリダイゼーション緩衝液中で混合した。DNAテンプレート配列は以下のとおりであった。
500万個のビーズ
10×ThermoPol緩衝液10μl
25mMのdNTP 1μl
P2プライマー
50μM 2μl
100×BSA 10μl
Bst DNAポリメラーゼ大フラグメント 8u/μl 10μl
H2O 67μl。
TaqManフォワードプライマー:
TaqManリバースプライマー:
TaqManプローブ:Fam−
。
および5μlの8u/μlのBst DNAポリメラーゼ大フラグメントを反応物に添加した以外は、実施例1に記載のように行い、ビーズは、ある範囲の温度、具体的には46℃、51℃、58℃、60℃、63℃、65℃で45分間振盪しながらインキュベートした。
TaqManフォワードプライマー:
TaqManリバースプライマー:
TaqManプローブ:Fam−
。
オリゴ(dT)35ビーズは、実施例1のとおり調製し、8千万個のオリゴ(dT)35−結合ビーズを、2つのDNAテンプレートの800μlの混合物とともに(等しいモル比で)、0.04pg/μlで、ハイブリダイゼーション緩衝液中でインキュベートした。DNAテンプレート配列は以下のとおりである。
TaqManフォワードプライマー1:
TaqManリバースプライマー1:
TaqManプローブ1:Vic−
TaqManフォワードプライマー2:
TaqManリバースプライマー2:
TaqManプローブ2:Fam−
ビーズは、5'−二重−ビオチン標識オリゴ(dA)35をオリゴ(dt)35の代わりにビーズ−固定プライマーとして用いたこと以外は、実施例1のとおり調製した。
TaqManフォワードプライマー:
TaqManリバースプライマー:
TaqManプローブ:Fam−
5'−二重−ビオチン標識されたオリゴ(dA)35を、DynaBeads MyOneストレプトアビジンC1磁気ビーズに結合した。8千万個のオリゴ(dA)35結合ビーズを800μlのE coli DH10BゲノムDNAフラグメントライブラリーと、0.1pg/μlで、ハイブリダイゼーション緩衝液中で混合した。ハイブリダイゼーション緩衝液は、陰性のコントロールとして用いた。DH10Bフラグメントライブラリーは以下の構造を有した。
500万個のビーズ(DH10Bライブラリーとハイブリダイズ)、または陰性コントロールのビーズ
10×ThermoPol緩衝液 10μl
25mM dNTP 1μl
P2プライマー
50μM 2μl
100×BSA10μl
Bst DNAポリメラーゼ大フラグメント120u/μl 10μl
H2O 67μl
。
本実施例は、マトリックスの形態での支持体上の核酸のクローン増幅、続いて、化学感応性の電界効果トランジスタ(chemically sensitive field effect transistor(chemFET))を用いるヌクレオチド組み込みの副産物を検出するイオンベースの配列決定システムである、IonTorrentPGM(商標)シーケンサーを用いる、得られた増幅集団の配列決定を記載している。例示的な実施形態を図3に示す。ある実施形態では、テンプレートウォーキングのための少なくとも1つのプライマーを、個々のウェルの表面(例えば、フロア)上に固定し、ここでは個々のウェルが、対応するトランジスタに対して作動可能に接続される。
95℃で3分間
50℃で1分間
40℃で1分間
30℃で1分間
25℃で2分間。
1X Phi29 DNA ポリメラーゼ反応緩衝液0.lmg/mL BSA、1μMイオンアダプターA PCRプライマー、1mM等モルdNTP混合物および100U Phi29酵素(NEB#M0269L)。
30℃で6時間
65℃で30分間。
増幅されたDNAを含んでいるSNAPPを、GibcoブランドのPBS,pH 7.2(1.54mMのリン酸二水素カリウム、155.17mMの塩化ナトリウム、2.71mMの二塩基性リン酸ナトリウム)と0.2%Tween−20を含むアニーリング緩衝液中で2回洗浄した。
95℃で2分間
37℃で2分間
「二重」ウォーキング
本実施例では、フォワードおよびリバースプライマーの両方が、最適な等温性増幅条件で局所変性しやすいブリーザブルPBSを有する。従って、各々のPBSは、新規な伸長されていないプライマーと再会合するための対応する傾向を有する。フォワードプライマーは、支持体上に固定され、従ってフォワードPBSは、第一のフォワードプライマーからの解離後に、第一のフォワードプライマーの近くに固定される第二の異なるフォワードプライマーと再ハイブリダイズし得る。同様に、リバースPBSは、第一の可溶性のリバースプライマーから解離して、第二の可溶性のリバースプライマーに再ハイブリダイズし、これが次に伸長される傾向がある。
Claims (18)
- プライマー伸長の方法であって、
a)固定されたフォワードプライマーの複数のコピーを支持体に供する工程であって、全てのフォワードプライマーが、配列が同一であるか、または同一の3’部分を有し、かつ、該支持体がさらなるプライマーを含まない、工程と、
b)第一のフォワードプライマーを、核酸リバース鎖上の相補性フォワードプライマー結合配列に対してハイブリダイズさせることにより、前記支持体に核酸リバース鎖を結合させる工程であって、該核酸リバース鎖が、複数の核酸テンプレート由来である、工程と、
c)前記リバース鎖をテンプレートとして用いて、前記第一のフォワードプライマーを伸長することによって、前記リバース鎖の全長相補体であり、それに対してハイブリダイズされた伸長された第一のフォワード鎖を生成する工程と、
d)前記核酸リバース鎖上のフォワードプライマー結合配列の少なくとも一部、および前記第一のフォワード鎖のフォワードプライマー部分を分離する工程と、
e)第二のフォワードプライマーを前記核酸リバース鎖上のフォワードプライマー結合配列に対してハイブリダイズさせる工程であって、前記リバース鎖もまた、前記第一のフォワード鎖にハイブリダイズされている、工程と、
f)クローン核酸集団を形成するために、等温条件下で、工程(c)および(e)を含む1以上の増幅サイクルによって、区画化されていない単一の連続液相中で同時に前記核酸テンプレートを増幅する工程と、
を含み、
第一の増幅サイクルの工程(e)の前記第二のフォワードプライマーが、引き続く増幅サイクルの工程(c)の前記第一のフォワードプライマーとして機能し、かつリバース鎖の少なくとも50%が、前記1以上の繰り返しの間中またはその間の全ての時点でフォワード鎖にハイブリダイズされており、かつ、前記工程(d)の部分的な分離が、
(i)リコンビナーゼおよび/または一本鎖の結合タンパク質を用いるか、または
(ii)前記等温条件を、全てのフォワードプライマーのTmより高いが、リバース鎖のTmより低い温度に調節する工程であって、前記リバース鎖のTmは、同一のリバース鎖のクローン集団における前記リバース鎖の半分が、その全長にわたって前記リバース鎖に完全にハイブリダイズされる完全に相補性の鎖から完全に変性される温度である、工程
により達成される、方法。 - a)第一のリバースプライマー分子を、伸長されたフォワード鎖上の相補性リバース−プライマー結合配列に対してハイブリダイズさせる工程と;
b)前記フォワード鎖をテンプレートとして用いてテンプレート依存性方式で前記第一のリバースプライマーを伸長することによって、前記フォワード鎖の全長相補体であり、それに対してハイブリダイズされた、伸長された第一のリバース鎖を、生成する工程と;
c)第二のリバースプライマーを、前記相補性リバース−プライマー結合配列に対してハイブリダイズさせる工程であって、前記フォワード鎖はまた、前記第一のリバース鎖に対してハイブリダイズされている、工程と、
d)工程(b)〜(c)の1以上の繰り返しによって前記リバース鎖を増幅する工程と、
によって前記リバース鎖を増幅することを含み、
工程(c)の前記第二のリバースプライマーが、繰り返された工程(b)の前記第一のリバースプライマーとして機能し、かつフォワード鎖のかなりの割合が、前記1以上の繰り返しの間中またはその間の全ての時点でリバース鎖に対してハイブリダイズされている、請求項1に記載の方法。 - 全てのフォワードプライマーのTmが、50℃以下であり、かつ前記リバース鎖のTmが、75℃以上である、請求項1または2に記載の方法。
- 増幅が、等温条件下で行われ、かつ
前記等温条件が、全てのフォワードプライマーのTmより高いが、リバース鎖のTmより低い温度に調節され、前記リバース鎖のTmは、同一のリバース鎖のクローン集団における前記リバース鎖の半分が、その全長にわたって前記リバース鎖に完全にハイブリダイズされる完全に相補性の鎖から完全に変性される温度である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。 - 2つの異なる固定部位が、
a)単一支持体の空間的に隔てられているサブコンポーネントであり、
b)異なる接続されていない支持体上であり、かつ
前記単一支持体または接続されていない支持体が、三次元のマトリックスを形成し、かつ前記2つの異なる固定部位が完全には重複しない前記支持体の2つの異なる三次元の部分であるか、または前記2つの異なる固定部位が異なる支持体上である、
請求項1〜4のいずれかに記載の方法。 - 各々の固定部位が分離されたビーズであり、各々のビーズが、増幅後のアンプリコンのクローン集団を含み、各々のビーズが、アレイの分離されたウェルに分配され、かつ合成による配列決定が行われ、かつ
前記アレイが大規模FETアレイである、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。 - 前記プライマー伸長が、1つ以上の検出可能標識の伸長された固定された核酸鎖への組み込みをもたらす、請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
- 核酸分子またはその一部を遊離するように1つ以上の伸長された固定された核酸鎖を処理する工程をさらに含み、前記処理する工程が、制限エンドヌクレアーゼを用いるか、またはリボザイムを用いる切断からなる、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。
- 前記プライマーのうちの1つ以上が、制限エンドヌクレアーゼ認識部位もしくはリボザイム認識部位を有するか、またはこのような部位の一部を有し、この一部は、プライマー伸長が起きると、完全になる、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
- 前記異なる核酸配列が各々、第一のおよび第二の核酸アダプター配列を備え、前記第一のおよび第二の核酸アダプター配列が、前記各々の異なる核酸配列について同じである、請求項1〜9のいずれかに記載の方法。
- 前記フォワードプライマーおよび/またはリバースプライマーが、少なくとも60%のアデニン、チミンもしくはウラシル、またはこれらのいずれかの組み合わせを有する、請求項1〜10のいずれかに記載の方法。
- 前記第一および第二のリバースプライマーが、非固定である、請求項2〜10のいずれかに記載の方法。
- 複数の核酸リバース鎖が、1つ以上の支持体の存在下で単一の連続液相中で同時に増幅され、ここで各々の支持体は、1つ以上の固定部位を含み、かつ、各々の核酸リバース鎖が、複数サイクルのプライマー伸長により増幅されてアンプリコンのクローン集団を生成し、ここで個々のクローン集団は、他の増幅された集団由来の異なる支持体または固定部位の中にまたは上に固定される、請求項1〜10のいずれかに記載の方法。
- 前記複数の核酸リバース鎖が、空間的に隔てられた固定部位に対して個々にハイブリダイズされ、それによって増幅は、個々の核酸リバース鎖に対応する空間的に隔てられたクローン集団を生成する、請求項13に記載の方法。
- 前記リバース鎖が、増幅される複数のインプットの核酸配列を採用すること、ならびに第一のユニバーサルアダプター配列および第二のユニバーサルアダプター配列を、少なくとも1つのインプット核酸の末端上に追加することによって生成され、かつ、前記第一のユニバーサルアダプター配列が、固定されたフォワードプライマーの複数のコピーに対してハイブリダイズし、かつ前記第二のユニバーサルアダプター配列のリバース相補体が少なくとも1つの非固定プライマーに対してハイブリダイズし、かつ、該固定されたフォワードプライマーは、前記インプットの核酸配列のいずれの標的特異的配列も含まない、請求項13または14に記載の方法。
- 増幅されたフォワード鎖および増幅されたリバース鎖を、合成による配列決定にかける工程をさらに含む、請求項13〜15のいずれかに記載の方法。
- 前記フォワードプライマーが、前記リバース鎖の標的特異的配列またはその相補体を含まない、請求項1〜16のいずれか記載の方法。
- 前記複数の核酸テンプレートが、増幅に用いられるプライマーと実質的に同一であるかまたは相補性である、共通の3’末端配列および共通の5’末端配列を有する、請求項1〜16のいずれか記載の方法。
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US9650628B2 (en) | 2012-01-26 | 2017-05-16 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library regeneration |
KR20150011359A (ko) | 2012-04-19 | 2015-01-30 | 라이프 테크놀로지스 코포레이션 | 디지털 pcr을 수행하는 방법 |
CN114854832A (zh) | 2012-04-19 | 2022-08-05 | 生命技术公司 | 核酸扩增 |
EP3095879B1 (en) * | 2012-04-19 | 2018-09-19 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
GB2518078B (en) | 2012-06-18 | 2015-04-29 | Nugen Technologies Inc | Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences |
US20150011396A1 (en) | 2012-07-09 | 2015-01-08 | Benjamin G. Schroeder | Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing |
CA2877493C (en) * | 2012-07-24 | 2020-08-25 | Natera, Inc. | Highly multiplex pcr methods and compositions |
JP2015526092A (ja) * | 2012-08-24 | 2015-09-10 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 核酸ペアエンド配列決定のための方法、組成物、システム、装置、およびキット |
WO2014043143A1 (en) | 2012-09-11 | 2014-03-20 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
EP3257952B1 (en) | 2012-09-11 | 2020-02-12 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
US20160108468A1 (en) * | 2013-03-06 | 2016-04-21 | Ohio State Innovation Foundation | Isothermal Amplification of Nucleic Acid, and Library Preparation and Clone Generation in Sequencing |
US10590474B2 (en) * | 2013-03-11 | 2020-03-17 | Elitechgroup B.V. | Methods for true isothermal strand displacement amplification |
JP2016510991A (ja) * | 2013-03-11 | 2016-04-14 | エリテックグループ・ベスローテン・フェンノートシャップElitechgroup B.V. | 正確な鎖置換型等温増幅のための方法 |
US10975423B2 (en) * | 2013-03-11 | 2021-04-13 | Elitechgroup, Inc. | Methods for true isothermal strand displacement amplification |
CN110066853B (zh) | 2013-03-14 | 2023-03-28 | 生命技术公司 | 基质阵列和其制备方法 |
WO2014152625A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-25 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for biological analysis |
EP2971130A4 (en) | 2013-03-15 | 2016-10-05 | Nugen Technologies Inc | SEQUENTIAL SEQUENCING |
PL3030682T3 (pl) | 2013-08-05 | 2020-11-16 | Twist Bioscience Corporation | Biblioteki genowe syntezowane de novo |
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WO2015089238A1 (en) | 2013-12-11 | 2015-06-18 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for biological analysis and computation |
WO2015131107A1 (en) | 2014-02-28 | 2015-09-03 | Nugen Technologies, Inc. | Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors |
US9822401B2 (en) | 2014-04-18 | 2017-11-21 | Genapsys, Inc. | Methods and systems for nucleic acid amplification |
US20150337295A1 (en) | 2014-05-08 | 2015-11-26 | Fluidigm Corporation | Integrated single cell sequencing |
EP3155127B1 (en) | 2014-06-13 | 2020-07-22 | Life Technologies Corporation | Multiplex nucleic acid amplification |
JP6466966B2 (ja) | 2014-11-27 | 2019-02-06 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | スポットアレイ基板の製造方法 |
WO2016126882A1 (en) | 2015-02-04 | 2016-08-11 | Twist Bioscience Corporation | Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly |
WO2016126987A1 (en) | 2015-02-04 | 2016-08-11 | Twist Bioscience Corporation | Compositions and methods for synthetic gene assembly |
US10227647B2 (en) | 2015-02-17 | 2019-03-12 | Complete Genomics, Inc. | DNA sequencing using controlled strand displacement |
WO2016141302A1 (en) * | 2015-03-05 | 2016-09-09 | Life Technologies Corporation | Surface stabilization of biosensors |
EP3530752B1 (en) | 2015-04-10 | 2021-03-24 | Spatial Transcriptomics AB | Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens |
US9981239B2 (en) | 2015-04-21 | 2018-05-29 | Twist Bioscience Corporation | Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis |
WO2016170182A1 (en) | 2015-04-24 | 2016-10-27 | Qiagen Gmbh | Method for immobilizing a nucleic acid molecule on a solid support |
US11220705B2 (en) | 2015-04-24 | 2022-01-11 | Qiagen Gmbh | Method for immobilizing a nucleic acid molecule on solid support |
KR20170138566A (ko) | 2015-04-29 | 2017-12-15 | 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 | 가닥 특이적 cDNA 라이브러리를 작제하기 위한 조성물 및 방법 |
EP3294906A1 (en) | 2015-05-11 | 2018-03-21 | Natera, Inc. | Methods and compositions for determining ploidy |
EP3303614B1 (en) | 2015-05-29 | 2020-03-11 | Illumina Cambridge Limited | Enhanced utilization of surface primers in clusters |
EP3653728B1 (en) | 2015-06-09 | 2023-02-01 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, compositions, kits, apparatus and computer-readable media for molecular tagging |
KR20180050411A (ko) | 2015-09-18 | 2018-05-14 | 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 | 올리고핵산 변이체 라이브러리 및 그의 합성 |
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EP3359669B1 (en) | 2015-10-06 | 2020-05-13 | Pierce Biotechnology, Inc. | Devices and methods for producing proteins |
US9895673B2 (en) | 2015-12-01 | 2018-02-20 | Twist Bioscience Corporation | Functionalized surfaces and preparation thereof |
US10626390B2 (en) | 2016-02-08 | 2020-04-21 | RGENE, Inc. | Multiple ligase compositions, systems, and methods |
JP2017209051A (ja) * | 2016-05-25 | 2017-11-30 | 株式会社ニコン | 標的生体分子の検出方法、標的生体分子検出用基板、及び標的生体分子検出装置 |
AU2017278350B2 (en) | 2016-06-06 | 2023-10-19 | Redvault Biosciences, Lp | Target reporter constructs and uses thereof |
EP3469078B1 (en) | 2016-06-10 | 2024-03-27 | Life Technologies Corporation | Methods and compositions for nucleic acid amplification |
GB201611469D0 (en) | 2016-06-30 | 2016-08-17 | Lumiradx Tech Ltd | Improvements in or relating to nucleic acid amplification processes |
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AU2017313718B2 (en) * | 2016-08-15 | 2023-09-14 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Method and system for sequencing nucleic acids |
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WO2019070593A1 (en) * | 2017-10-04 | 2019-04-11 | Centrillion Technologies, Inc. | METHOD AND SYSTEM FOR ENZYMATIC SYNTHESIS OF OLIGONUCLEOTIDES |
AU2018353136B2 (en) | 2017-10-19 | 2022-05-19 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Simultaneous background reduction and complex stabilization in binding assay workflows |
JP7066840B2 (ja) | 2017-10-20 | 2022-05-13 | ツイスト バイオサイエンス コーポレーション | ポリヌクレオチド合成のための加熱されたナノウェル |
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WO2019094524A1 (en) | 2017-11-07 | 2019-05-16 | Life Technologies Corporation | Methods and compositions for manipulating nucleic acids |
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WO2019203986A1 (en) | 2018-04-19 | 2019-10-24 | Omniome, Inc. | Improving accuracy of base calls in nucleic acid sequencing methods |
CA3100739A1 (en) | 2018-05-18 | 2019-11-21 | Twist Bioscience Corporation | Polynucleotides, reagents, and methods for nucleic acid hybridization |
WO2020018824A1 (en) * | 2018-07-19 | 2020-01-23 | Ultima Genomics, Inc. | Nucleic acid clonal amplification and sequencing methods, systems, and kits |
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WO2020076976A1 (en) * | 2018-10-10 | 2020-04-16 | Readcoor, Inc. | Three-dimensional spatial molecular indexing |
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WO2020114918A1 (en) | 2018-12-05 | 2020-06-11 | Illumina Cambridge Limited | Methods and compositions for cluster generation by bridge amplification |
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GB202215624D0 (en) | 2022-10-21 | 2022-12-07 | Dnae Diagnostics Ltd | Clonal amplification |
Family Cites Families (101)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US1009396A (en) | 1911-06-03 | 1911-11-21 | Arthur E Fahrman | Perforating-machine. |
US4883750A (en) | 1984-12-13 | 1989-11-28 | Applied Biosystems, Inc. | Detection of specific sequences in nucleic acids |
US4988617A (en) | 1988-03-25 | 1991-01-29 | California Institute Of Technology | Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids |
US5223414A (en) | 1990-05-07 | 1993-06-29 | Sri International | Process for nucleic acid hybridization and amplification |
US5426180A (en) | 1991-03-27 | 1995-06-20 | Research Corporation Technologies, Inc. | Methods of making single-stranded circular oligonucleotides |
WO1994003624A1 (en) | 1992-08-04 | 1994-02-17 | Auerbach Jeffrey I | Methods for the isothermal amplification of nucleic acid molecules |
RU2048522C1 (ru) | 1992-10-14 | 1995-11-20 | Институт белка РАН | Способ размножения нуклеиновых кислот, способ их экспрессии и среда для их осуществления |
US6001568A (en) | 1992-10-26 | 1999-12-14 | Institut Belka | Solid medium for amplification and expression of nucleic acids as colonies |
US5593826A (en) | 1993-03-22 | 1997-01-14 | Perkin-Elmer Corporation, Applied Biosystems, Inc. | Enzymatic ligation of 3'amino-substituted oligonucleotides |
WO1994024143A1 (en) | 1993-04-12 | 1994-10-27 | Northwestern University | Method of forming oligonucleotides |
SE9400522D0 (sv) | 1994-02-16 | 1994-02-16 | Ulf Landegren | Method and reagent for detecting specific nucleotide sequences |
AT402203B (de) | 1995-06-13 | 1997-03-25 | Himmler Gottfried Dipl Ing Dr | Verfahren zur transkriptionsfreien amplifizierung von nucleinsäuren |
US5773258A (en) * | 1995-08-25 | 1998-06-30 | Roche Molecular Systems, Inc. | Nucleic acid amplification using a reversibly inactivated thermostable enzyme |
US5670325A (en) | 1996-08-14 | 1997-09-23 | Exact Laboratories, Inc. | Method for the detection of clonal populations of transformed cells in a genomically heterogeneous cellular sample |
CA2244891C (en) | 1996-02-09 | 2008-12-30 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays |
US5928870A (en) | 1997-06-16 | 1999-07-27 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
DE69730145T2 (de) | 1996-08-29 | 2005-07-14 | Tapestry Pharmaceuticals, Inc., Boulder | VERFAHREN ZUM AUFFINDEN, NACHWEISEN, ANREICHERN UND/ODER ISOLIEREN VON ZIEL-NUcLEINSÄURESEQUENZEN UNTER VERWENDUNG VON VON RECA ÄHNLICHER REKOMBINASE |
US5948653A (en) | 1997-03-21 | 1999-09-07 | Pati; Sushma | Sequence alterations using homologous recombination |
ATE545710T1 (de) * | 1997-04-01 | 2012-03-15 | Illumina Cambridge Ltd | Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäuren |
US6511803B1 (en) * | 1997-10-10 | 2003-01-28 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
CA2305449A1 (en) | 1997-10-10 | 1999-04-22 | President & Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
US6306590B1 (en) | 1998-06-08 | 2001-10-23 | Caliper Technologies Corp. | Microfluidic matrix localization apparatus and methods |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
GB9902970D0 (en) | 1999-02-11 | 1999-03-31 | Zeneca Ltd | Novel matrix |
US6531302B1 (en) * | 1999-04-12 | 2003-03-11 | Nanogen/Becton Dickinson Partnership | Anchored strand displacement amplification on an electronically addressable microchip |
AUPQ008799A0 (en) * | 1999-04-30 | 1999-05-27 | Tillett, Daniel | Genome sequencing |
US6440706B1 (en) | 1999-08-02 | 2002-08-27 | Johns Hopkins University | Digital amplification |
US6413792B1 (en) | 2000-04-24 | 2002-07-02 | Eagle Research Development, Llc | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
EP1313880A2 (en) | 2000-05-30 | 2003-05-28 | PE Corporation (NY) | Methods for detecting target nucleic acids using coupled ligation and amplification |
AR031640A1 (es) * | 2000-12-08 | 2003-09-24 | Applied Research Systems | Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido |
MXPA02012739A (es) * | 2001-03-09 | 2004-04-20 | Nugen Technologies Inc | Metodos y composiciones para amplificacion de secuencias de arn. |
EP1386006B1 (en) | 2001-04-20 | 2008-05-28 | The Penn State Research Foundation | Methods for nucleic acid manipulation |
WO2002086088A2 (en) | 2001-04-24 | 2002-10-31 | Li-Cor, Inc. | Polymerases with charge-switch activity and methods of generating such polymerases |
US20040161741A1 (en) * | 2001-06-30 | 2004-08-19 | Elazar Rabani | Novel compositions and processes for analyte detection, quantification and amplification |
US7399590B2 (en) | 2002-02-21 | 2008-07-15 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US8030000B2 (en) | 2002-02-21 | 2011-10-04 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
WO2003072805A2 (en) | 2002-02-21 | 2003-09-04 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
US20050118616A1 (en) * | 2002-08-16 | 2005-06-02 | Kawashima Tadashi R. | Amplification of target nucleotide sequence without polymerase chain reaction |
EP1551986B1 (en) | 2002-09-30 | 2014-08-27 | Affymetrix, Inc. | Polynucleotide synthesis and labeling by kinetic sampling ligation |
US7255994B2 (en) | 2003-06-10 | 2007-08-14 | Applera Corporation | Ligation assay |
EP1664265A4 (en) | 2003-07-21 | 2009-11-25 | Seng Entpr Ltd | IMPROVED MULTIPLAY PLATE |
US7432055B2 (en) | 2004-03-05 | 2008-10-07 | Uchicago Argonne Llc | Dual phase multiplex polymerase chain reaction |
EP1759012B1 (en) | 2004-06-01 | 2013-05-22 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
WO2006099579A2 (en) * | 2005-03-16 | 2006-09-21 | Applera Corporation | Compositions and methods for clonal amplification and analysis of polynucleotides |
US7604940B1 (en) | 2005-03-16 | 2009-10-20 | Applied Biosystems, Llc | Compositions and methods for analyzing isolated polynucleotides |
GB0514910D0 (en) | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Method for sequencing a polynucleotide template |
US8062850B2 (en) | 2005-07-25 | 2011-11-22 | Alere San Diego, Inc. | Methods for multiplexing recombinase polymerase amplification |
EP1929045B9 (en) * | 2005-09-06 | 2012-06-20 | Gen-Probe Incorporated | Methods, compositions and kits for isothermal amplification of nucleic acids |
CN101415839B (zh) | 2006-02-08 | 2012-06-27 | 亿明达剑桥有限公司 | 对多核苷酸模板进行测序的方法 |
WO2007107710A1 (en) * | 2006-03-17 | 2007-09-27 | Solexa Limited | Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays |
US7282337B1 (en) | 2006-04-14 | 2007-10-16 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for increasing accuracy of nucleic acid sequencing |
WO2007121489A2 (en) | 2006-04-19 | 2007-10-25 | Applera Corporation | Reagents, methods, and libraries for gel-free bead-based sequencing |
EP3088533B1 (en) | 2006-05-04 | 2018-01-17 | Alere San Diego, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
WO2008015396A2 (en) | 2006-07-31 | 2008-02-07 | Solexa Limited | Method of library preparation avoiding the formation of adaptor dimers |
US7754429B2 (en) | 2006-10-06 | 2010-07-13 | Illumina Cambridge Limited | Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides |
US20080118917A1 (en) | 2006-11-21 | 2008-05-22 | Applera Corporation | Isothermal SNP Detection Method |
US8262900B2 (en) * | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
EP2677308B1 (en) | 2006-12-14 | 2017-04-26 | Life Technologies Corporation | Method for fabricating large scale FET arrays |
US7932034B2 (en) | 2006-12-20 | 2011-04-26 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Heat and pH measurement for sequencing of DNA |
CN101743319B (zh) | 2007-03-02 | 2013-03-06 | Dna电子有限公司 | 使用固态pH传感器的qPCR |
WO2008109176A2 (en) | 2007-03-07 | 2008-09-12 | President And Fellows Of Harvard College | Assays and other reactions involving droplets |
WO2009032167A1 (en) | 2007-08-29 | 2009-03-12 | Illumina Cambridge | Method for sequencing a polynucleotide template |
US20090286286A1 (en) | 2007-11-06 | 2009-11-19 | Ambergen , Inc. | Methods for controlling amplification |
WO2009067632A1 (en) | 2007-11-20 | 2009-05-28 | Applied Biosystems Inc. | Method of sequencing nucleic acids using elaborated nucleotide phosphorothiolate compounds |
JP2011510669A (ja) | 2008-02-05 | 2011-04-07 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | ペアエンド配列決定の方法 |
WO2009102878A2 (en) * | 2008-02-12 | 2009-08-20 | Nugen Technologies, Inc. | Method for archiving and clonal expansion |
US20090203531A1 (en) * | 2008-02-12 | 2009-08-13 | Nurith Kurn | Method for Archiving and Clonal Expansion |
GB0810573D0 (en) | 2008-06-10 | 2008-07-16 | Univ Westminster | Anti-bacterial ligase inhibitors |
DK2304054T3 (en) * | 2008-06-11 | 2017-09-18 | Orion Pharma (Uk) Ltd | ISOTERM NUCLEIC ACID AMPLIFICATION |
WO2010003132A1 (en) | 2008-07-02 | 2010-01-07 | Illumina Cambridge Ltd. | Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces |
US8530156B2 (en) * | 2008-08-08 | 2013-09-10 | President And Fellows Of Harvard College | Chemically cleavable phosphoramidite linkers for sequencing by ligation |
CN101413034B (zh) | 2008-11-21 | 2011-02-09 | 东南大学 | 高通量核酸分子克隆制备分子克隆芯片的方法 |
WO2010075188A2 (en) | 2008-12-23 | 2010-07-01 | Illumina Inc. | Multibase delivery for long reads in sequencing by synthesis protocols |
US9447461B2 (en) | 2009-03-24 | 2016-09-20 | California Institute Of Technology | Analysis devices, kits, and related methods for digital quantification of nucleic acids and other analytes |
US20100261185A1 (en) * | 2009-03-27 | 2010-10-14 | Life Technologies Corporation | Labeled enzyme compositions, methods and systems |
US9309566B2 (en) | 2010-12-17 | 2016-04-12 | Life Technologies Corporation | Methods, compositions, systems, apparatuses and kits for nucleic acid amplification |
US9309557B2 (en) | 2010-12-17 | 2016-04-12 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
US9334531B2 (en) | 2010-12-17 | 2016-05-10 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
WO2010138187A1 (en) | 2009-05-29 | 2010-12-02 | Ion Torrent Systems Incorporated | Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using |
US8574835B2 (en) | 2009-05-29 | 2013-11-05 | Life Technologies Corporation | Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using |
US9057097B2 (en) | 2009-06-05 | 2015-06-16 | Alere San Diego Inc. | Recombinase polymerase amplification reagents and kits |
US8574864B2 (en) * | 2009-11-05 | 2013-11-05 | Epicentre Technologies Corporation | Methods and kits for 3'-end-tagging of RNA |
US20110257385A1 (en) | 2010-02-23 | 2011-10-20 | Life Technologies Corporation | Methods for flip-strand immobilizing and sequencing nucleic acids |
US8759037B2 (en) | 2010-02-23 | 2014-06-24 | Illumina Cambridge Limited | Amplification methods to minimise sequence specific bias |
EP2539471B1 (en) | 2010-02-26 | 2014-08-06 | Life Technologies Corporation | Method for sequencing using a modified polymerase |
US9029103B2 (en) | 2010-08-27 | 2015-05-12 | Illumina Cambridge Limited | Methods for sequencing polynucleotides |
EP2426214A1 (en) | 2010-09-01 | 2012-03-07 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Method for amplifying nucleic acids |
US9618475B2 (en) | 2010-09-15 | 2017-04-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes |
EP3564392B1 (en) | 2010-12-17 | 2021-11-24 | Life Technologies Corporation | Methods for nucleic acid amplification |
EP3733867A1 (en) | 2011-01-17 | 2020-11-04 | Life Technologies Corporation | Enzymatic ligation of nucleic acids |
US20130344540A1 (en) | 2011-02-03 | 2013-12-26 | Mark T. Reed | Methods for minimizing sequence specific bias |
WO2012138989A1 (en) | 2011-04-07 | 2012-10-11 | Alere San Diego Inc. | Monitoring recombinase polymerase amplification mixtures |
WO2013019361A1 (en) | 2011-07-07 | 2013-02-07 | Life Technologies Corporation | Sequencing methods |
DE102011054101A1 (de) | 2011-09-30 | 2013-04-04 | Albert-Ludwigs-Universität Freiburg | Verfahren zur räumlichen Anordnung von Probenfragmenten zur Amplifikation und Immobilisierung für weitere Derivatisierungen |
CN114854832A (zh) | 2012-04-19 | 2022-08-05 | 生命技术公司 | 核酸扩增 |
EP3095879B1 (en) | 2012-04-19 | 2018-09-19 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
US8895249B2 (en) | 2012-06-15 | 2014-11-25 | Illumina, Inc. | Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries |
JP2015526092A (ja) | 2012-08-24 | 2015-09-10 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 核酸ペアエンド配列決定のための方法、組成物、システム、装置、およびキット |
WO2014043143A1 (en) | 2012-09-11 | 2014-03-20 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
EP3257952B1 (en) | 2012-09-11 | 2020-02-12 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid amplification |
CN110066853B (zh) | 2013-03-14 | 2023-03-28 | 生命技术公司 | 基质阵列和其制备方法 |
-
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