WO2026009986A1 - 化合物の製造方法及び化合物 - Google Patents
化合物の製造方法及び化合物Info
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- WO2026009986A1 WO2026009986A1 PCT/JP2025/024406 JP2025024406W WO2026009986A1 WO 2026009986 A1 WO2026009986 A1 WO 2026009986A1 JP 2025024406 W JP2025024406 W JP 2025024406W WO 2026009986 A1 WO2026009986 A1 WO 2026009986A1
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- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
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- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
- C07F9/6558—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
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- C07F9/6581—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms having phosphorus and nitrogen atoms with or without oxygen or sulfur atoms, as ring hetero atoms
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- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
Definitions
- the present invention relates to a method for producing a compound and the compound. More specifically, the present invention relates to a method for producing a compound useful as a nucleic acid monomer, and to a compound useful as a starting material or intermediate for the production method.
- the present invention aims to provide a method for producing a compound useful as a nucleic acid monomer, and a compound useful as a starting material or intermediate for the production method.
- R 1 represents an aryl group having or without a substituent
- R 2 to R 4 each independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, or an alkyl group having or without a substituent
- R 3 and R 4 bond together to form a heterocycle having or without a substituent of 5 or more members
- R 5 represents a protecting group for an amino group
- Ar represents an aryl group having or without a substituent
- Nu represents a group represented by the following general formula (5) or (6): (In general formula (5) or (6), R 11
- a method for producing a compound comprising an oxidative halogenation step of oxidatively halogenating a compound represented by the following general formula (3) with a halogenating agent to obtain a compound represented by the following general formula (4):
- R 1 represents an aryl group which may or may not have a substituent
- R 2 to R 4 independently represent a hydrogen atom, a halogen group, or an alkyl group which may or may not have a substituent; or R 3 and R 4 bond together to form a 5-membered or greater heterocycle which may or may not have a substituent
- R 5 represents a protecting group for an amino group
- R 6 and R 7 independently represent a hydrogen atom, an alkyl group which may or may not have a substituent, or an aryl group which may or may not have a substituent; or R 6 and R 7 bond together to form a heterocycle which may or may not have a substituent
- Nu represents a group represented by the following general formula (5) or
- ⁇ 4> A method for producing a compound according to ⁇ 1> or ⁇ 2>, wherein Ar is an aryl group with or without a substituent such that the pKa of the phenol compound represented by the formula ArOH is 6.4 to 7.7.
- ⁇ 7> A method for producing the compound described in any one of ⁇ 1> to ⁇ 3>, in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled.
- the compound represented by the general formula (1) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the following general formula (11):
- the compound represented by the general formula (2) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the following general formula (12):
- the compound represented by the general formula (3) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the following general formula (13):
- the compound represented by the general formula (4) is a morpholino nucleic acid monomer represented by the following general formula (14):
- the method for producing the compound is a method for producing a morpholino nucleic acid monomer.
- ⁇ 1> A method for producing the compound according to ⁇ 1>.
- the compound represented by the general formula (2) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the following general formula (12):
- the compound represented by the general formula (3) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the following general formula (13):
- the compound represented by the general formula (4) is a morpholino nucleic acid monomer represented by the following general formula (14):
- the method for producing the compound is a method for producing a morpholino nucleic acid monomer.
- the compound represented by the general formula (3) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the following general formula (13):
- the compound represented by the general formula (4) is a morpholino nucleic acid monomer represented by the following general formula (14):
- the method for producing the compound is a method for producing a morpholino nucleic acid monomer.
- ⁇ 3> A method for producing the compound according to ⁇ 3>. (In the general formula (13), R 1 to R 7 , R 21 and Bs are as defined above.) (In general formula (14), R 6 , R 7 , R 21 , X, and Bs are as defined above.)
- ⁇ 12> A method for producing a compound according to ⁇ 9> or ⁇ 10>, wherein Ar is an aryl group with or without a substituent such that the pKa of the phenol compound represented by the formula ArOH is 6.4 to 7.7.
- ⁇ 15> A method for producing the compound described in any one of ⁇ 9> to ⁇ 11>, in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled.
- R 1 represents an aryl group having or without a substituent
- R 2 to R 4 independently represent a hydrogen atom, a halogen group, or an alkyl group having or without a substituent
- R 3 and R 4 bond together to form a heterocycle having five or more members having or without a substituent
- Nu′ represents a group represented by the following general formula (5a) or (6a):
- R 11a , R 12a , and R 14a independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, a substituted or unsubstituted alkyl group, a group represented by the formula OR′ (wherein R′ represents a hydrogen atom, a hydroxyl-protecting group, or a substituted or unsubstituted alkyl group), an amino group, an azide group, or a cyano group; R 13b and R 15b bond together to form
- R 1 represents an aryl group which may or may not have a substituent
- R 2 to R 4 independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, or an alkyl group which may or may not have a substituent
- R 3 and R 4 bond together to form a 5- or more-membered heterocycle which may or may not have a substituent
- R 5a represents a hydrogen atom or a protecting group for an amino group
- Ar represents an aryl group which may or may not have a substituent
- Nu′′ represents a group represented by the following general formula (5b) or (6a):
- R 11a to R 15a independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, a substituted or unsubstituted alkyl group, a group represented by the formula OR′ (wherein R′ represents a hydrogen atom, a hydroxyl-protecting group, or a
- R 1 represents an aryl group which may or may not have a substituent
- R 2 to R 4 independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, or an alkyl group which may or may not have a substituent
- R 3 and R 4 bond together to form a 5-membered or greater heterocycle which may or may not have a substituent
- R 5a represents a hydrogen atom or a protecting group for an amino group
- R 6 and R 7 independently represent a hydrogen atom, an alkyl group which may or may not have a substituent, or an aryl group which may or may not have a substituent
- R 6 and R 7 bond together to form a heterocycle which may or may not have a substituent
- Nu′′ represents a group represented by the following general formula (5b) or (6a): (In general formula (5b) or (6a), R 11a to R 15a independently represent a hydrogen atom, a halogenyl
- ⁇ 23> A compound according to any one of ⁇ 17> to ⁇ 19>, in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled.
- ⁇ 31> A compound according to any one of ⁇ 25> to ⁇ 27>, in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled.
- the present invention provides a method for producing a compound useful as a nucleic acid monomer, and a compound useful as a starting material or intermediate for the production method.
- the present invention is not limited to the following embodiments.
- the term "process” refers not only to an independent process, but also to processes that cannot be clearly distinguished from other processes as long as the intended purpose of the process is achieved.
- the word "to” indicates a range that includes the numerical values before and after it as the minimum and maximum values, respectively.
- the amount of each component in the composition means the total amount of those multiple substances present in the composition, unless otherwise specified.
- the method for producing a compound according to the first embodiment includes the aryloxylation step, the amination step, and the oxidative halogenation step.
- the method for producing a compound according to the second embodiment includes the amination step and the oxidative halogenation step.
- the method for producing a compound according to the third embodiment includes the oxidative halogenation step. Any of these production methods can produce a compound useful as a nucleic acid monomer.
- R1 represents an aryl group which may or may not have a substituent
- R2 to R4 independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, or an alkyl group which may or may not have a substituent
- R3 and R4 bond together to form a 5 or more membered heterocycle which may or may not have a substituent
- Nu represents a monovalent group represented by the following general formula (5) or (6).
- the compound represented by general formula (1) may be used alone or in combination of two or more types.
- R1 examples include a phenyl group with or without a substituent, and a naphthyl group with or without a substituent.
- substituent include a hydroxyl group, an amino group, an alkoxy group, an imino group, and a halogenyl group.
- alkoxy group examples include a C1 to C6 alkoxy group, and specific examples include a methoxy group and an ethoxy group.
- the halogenyl group include a fluoro group, a chloro group, and a bromo group. In terms of ease of synthesis, reactivity, and the like, R1 is preferably a 4-methoxyphenyl group.
- Examples of the halogenyl group represented by R 2 to R 4 include a fluoro group, a chloro group, a bromo group, etc.
- Examples of the alkyl group represented by R 2 to R 4 which may or may not have a substituent include a C1 to C6 alkyl group which may or may not have a substituent, and specific examples thereof include a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an i-propyl group, an n-butyl group, a sec-butyl group, a tert-butyl group, an n-pentyl group, etc.
- R3 and R4 may bond to each other to form a 5- or more-membered heterocyclic ring, which may or may not have a substituent.
- the number of members of the ring is preferably 5 to 10, more preferably 5 to 8, and even more preferably 5 to 7.
- the substituent include an alkyl group, a hydroxyl group, an amino group, an alkoxy group, an imino group, a halogen group, and the like, which may or may not have a substituent.
- the alkyl group include a C1 to C6 alkyl group, and specific examples thereof include a methyl group and an ethyl group.
- examples of the substituent include a hydroxyl group, an amino group, an alkoxy group, an imino group, a halogen group, and the like.
- examples of the alkoxy group include a C1 to C6 alkoxy group, and specific examples thereof include a methoxy group and an ethoxy group.
- examples of the halogen group include a fluoro group, a chloro group, a bromo group, and the like.
- R 11 to R 15 independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, an alkyl group which may or may not have a substituent, a group represented by the formula OR (wherein R represents a hydroxyl-protecting group or an alkyl group which may or may not have a substituent), an amino group, an azide group, or a cyano group; alternatively, R 13 and R 14 , or R 13 and R 15 , are bonded to each other to form a 5-membered or greater ring which may or may not have a substituent and which may or may not have a heteroatom; R 21 represents a protecting group for an amino group; and Bs represents a nucleic acid base, which may or may not have a protecting group for the nucleic acid base.
- Examples of the halogenyl group represented by R 11 to R 15 include a fluoro group, a chloro group, a bromo group, etc.
- Examples of the alkyl group represented by R 11 to R 15 which may or may not have a substituent, include a C1 to C6 alkyl group, which may or may not have a substituent, and specific examples thereof include a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an i-propyl group, an n-butyl group, a sec-butyl group, a tert-butyl group, an n-pentyl group, etc.
- Examples of the hydroxyl-protecting group represented by R include an acetyl group, a phenylacetyl group, a phenoxyacetyl (Pac) group, a chloroacetyl group, a pivaloyl group, a benzyl group, a 4-methoxybenzyl group, a benzoyl group, a 4-methoxybenzoyl group, a triphenylmethyl (Tr) group, a 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, a 4-methoxytrityl (MMTr) group, a 9-phenylxanthenyl group, a t-butoxycarbonyl group, a trimethylsilyl group, a t-butyldimethylsilyl group, a t-butyldiphenylsilyl group, a triisopropylsilyl group, a cyanomethoxymethyl group, a 2-(cyan
- alkyl group represented by R which may or may not have a substituent
- examples of the alkyl group represented by R include a C1 to C6 alkyl group, which may or may not have a substituent, and specific examples thereof include a methyl group, a methoxyethyl group, etc.
- R 13 and R 14 , or R 13 and R 15 may be bonded to each other to form a 5- or greater-membered ring, which may or may not have a substituent and which may or may not have a heteroatom.
- substituents include substituents bonded to atoms forming the ring, specifically alkyl groups, oxo groups ( ⁇ O), and the like, which may or may not have a substituent.
- alkyl group include C1-C6 alkyl groups, specifically, methyl groups, ethyl groups, and the like.
- the alkyl group has a substituent
- substituents include halogenyl groups such as fluoro groups, chloro groups, and bromo groups, amino groups, and imino groups.
- heteroatoms include oxygen atoms, nitrogen atoms, and sulfur atoms.
- the ring is preferably 5 to 10-membered, more preferably 5 to 8-membered, and even more preferably 5 to 7-membered.
- Examples of the monovalent group represented by general formula (5) include monovalent groups represented by the following general formula (5c):
- d represents 0 or 1
- R 16 and R 17 independently represent a hydrogen atom or an alkyl group, or R 16 and R 17 together with the adjacent carbon atom form a carbonyl group
- J represents an oxygen atom or N-R 18 (wherein R 18 represents an alkyl group)
- R 11 , R 14 , and Bs are as defined above.
- Examples of the alkyl group represented by R 16 to R 18 include C1 to C6 alkyl groups, and specific examples include a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an i-propyl group, an n-butyl group, a sec-butyl group, a tert-butyl group, and an n-pentyl group.
- monovalent group represented by general formula (5) examples include monovalent groups represented by the following formula: In the following formula, R and Bs are as defined above.
- Examples of the amino-protecting group represented by R 21 include an acetyl group, a phenylacetyl group, a phenoxyacetyl (Pac) group, a 4-tert-butylphenoxyacetyl group, a 4-isopropylphenoxyacetyl group, a chloroacetyl group, a trifluoroacetyl group, a propionyl group, a butyryl group, an isobutyryl group, a pivaloyl group, a benzyl group, a 4-methoxybenzyl group, a benzoyl group, a 4-methoxybenzoyl group, a triphenylmethyl (Tr) group, a 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, a 4-methoxytrityl (MMTr) group, a 9-phenylxanthenyl group, a 9-fluorenylmethyloxycarbonyl group
- nucleobase represented by Bs examples include adenine, guanine, cytosine, 5-methylcytosine, thymine, uracil, 2-fluoroadenine, 2-chloroadenine, 5-fluorouracil, 5-fluorocytosine, and nucleobases selected from the group consisting of nucleobases represented by the following formula:
- the type of protecting group is not particularly limited.
- protecting groups include benzyl, benzoyl, 4-methoxybenzoyl, acetyl, propionyl, butyryl, isobutyryl, phenylacetyl, phenoxyacetyl (Pac), chloroacetyl, 4-tert-butylphenoxyacetyl, 4-isopropylphenoxyacetyl, (dimethylamino)methylene, amidyl-type protecting groups (e.g., dimethylformamidyl, diphenylformamidyl), cyanoethyl, trityl, 4-methoxytrityl, 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr), and 4,4',4''-trimethoxytrityl.
- DMTr 4,4',4''-trimethoxytrityl
- nucleic acid bases having a protecting group examples include nucleic acid bases represented by the following formula:
- the compound represented by general formula (1) can be produced, for example, by the method described in the Examples.
- amino group protecting agent examples include phenyl isocyanate, which may or may not have a substituent.
- substituent examples include a hydroxyl group, an amino group, an alkoxy group, an imino group, a halogen group, and a nitro group.
- alkoxy group examples include a C1 to C6 alkoxy group, specifically, a methoxy group and an ethoxy group.
- halogen group examples include a fluoro group, a chloro group, and a bromo group.
- 3,4-dichlorophenyl isocyanate is particularly preferred, as it facilitates the reaction to proceed completely and makes it easy to isolate the target product.
- the amino group-protecting agents may be used alone or in combination of two or more.
- the amount of amino group protecting agent used in this step is, for example, within the range of 1 to 100 times, and preferably within the range of 1 to 5 times, the molar ratio per mole of the compound represented by general formula (1) above.
- Ar represents an aryl group which may or may not have a substituent.
- Ar include a phenyl group which may or may not have a substituent, and a naphthyl group which may or may not have a substituent.
- substituent include a hydroxyl group, an amino group, an alkoxy group, an imino group, a halogenyl group, a nitro group, etc.
- alkoxy group include a C1 to C6 alkoxy group, and specific examples include a methoxy group and an ethoxy group.
- the halogenyl group include a fluoro group, a chloro group, a bromo group, etc.
- Ar is preferably an aryl group with or without a substituent such that the pKa of the phenol compound represented by the formula ArOH is 6.4 to 7.7.
- the pKa is preferably 6.6 to 7.5, and more preferably 6.8 to 7.4.
- phenol compounds represented by the formula ArOH include 3-methyl-4-nitrophenol (7.33), 2-nitrophenol (7.23), 4-nitrophenol (7.15), 2,4,6-trifluorophenol (7.12), and 2,4,5-trichlorophenol (6.8) (the number in parentheses indicates the pKa of the compound in parentheses).
- 4-nitrophenol is preferred.
- the amount of the phenol compound represented by the formula ArOH used in this step is, for example, in a molar ratio ranging from 0.9 to 100 times, and preferably from 0.9 to 1.1 times, per mole of the compound represented by the general formula (1) above.
- Examples of the amino-protecting group represented by R5 include a phenyl group, an acetyl group, a phenylacetyl group, a phenylcarbamoyl group, a chlorophenylcarbamoyl group, a dichlorophenylcarbamoyl group, a nitrophenylcarbamoyl group, a phenoxyacetyl (Pac) group, a 4-tert-butylphenoxyacetyl group, a 4-isopropylphenoxyacetyl group, a chloroacetyl group, a trifluoroacetyl group, a propionyl group, a butyryl group, an isobutyryl group, a pivaloyl group, a benzyl group, and a 4-methoxybenzyl group.
- a phenyl group an acetyl group, a phenylacetyl group, a
- benzoyl group 4-methoxybenzoyl group, triphenylmethyl (Tr) group, 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, 4-methoxytrityl (MMTr) group, 9-phenylxanthenyl group, 9-fluorenylmethyloxycarbonyl group, t-butoxycarbonyl group, trimethylsilyl group, t-butyldimethylsilyl group, t-butyldiphenylsilyl group, cyanomethoxymethyl group, 2-(cyanoethoxy)ethyl group, cyanoethoxymethyl group, (dimethylamino)methyl group, etc.
- phenylcarbamoyl group and dichlorophenylcarbamoyl group are preferred, and 3,4-dichlorophenylcarbamoyl group is particularly preferred.
- an activator In the aryloxylation step, an activator may be used.
- the activator include N-(cyanomethyl)pyrrolidinium triflate (hereinafter referred to as "CMPT") and N-(cyanomethyl)dimethylammonium triflate.
- CMPT N-(cyanomethyl)pyrrolidinium triflate
- the activator may be used alone or in combination of two or more.
- the amount of activator used in this step is, for example, within the range of 1 to 100 times, and preferably 2 to 3 times, the molar ratio of 1 mole of the compound represented by general formula (1) above.
- the solvent that can be used in this step is not particularly limited as long as it is not involved in the reaction, and examples include nitrile solvents such as acetonitrile, propionitrile, and isobutyronitrile; dichloromethane; toluene; and mixed solvents of two or more of the above solvents.
- the reaction time for this step is, for example, within the range of 0.1 to 10 hours, and preferably within the range of 0.1 to 0.5 hours.
- the reaction temperature for this step is, for example, within the range of -78 to 30°C, and preferably within the range of -20 to 0°C.
- R6 and R7 independently represent a hydrogen atom, a substituted or unsubstituted alkyl group, or a substituted or unsubstituted aryl group, or R6 and R7 may bond together to form a substituted or unsubstituted heterocyclic ring.
- the substituted or unsubstituted alkyl group represented by R6 and R7 include substituted or unsubstituted C1 to C6 alkyl groups, specifically, for example, methyl, ethyl, n-propyl, i-propyl, n-butyl, sec-butyl, tert-butyl, and n-pentyl groups.
- Examples of the substituted or unsubstituted aryl group represented by R6 and R7 include substituted or unsubstituted phenyl groups, and substituted or unsubstituted naphthyl groups.
- R6 and R7 may bond together to form a substituted or unsubstituted heterocyclic ring.
- the ring may have, for example, 5 or more members, preferably 5 to 10 members, more preferably 5 to 8 members, and even more preferably 5 to 7 members.
- Examples of the substituent include alkyl groups, hydroxyl groups, amino groups, alkoxy groups, imino groups, and halogenyl groups, each of which may or may not have a substituent.
- alkyl groups examples include C1 to C6 alkyl groups, and specific examples include methyl groups and ethyl groups.
- substituents include hydroxyl groups, amino groups, alkoxy groups, imino groups, and halogenyl groups.
- alkoxy groups include C1 to C6 alkoxy groups, and specific examples include methoxy groups and ethoxy groups.
- halogenyl groups include fluoro groups, chloro groups, and bromo groups.
- R6 and R7 are preferably methyl groups in terms of ease of synthesis, reactivity, and the like.
- the amount of the amine compound represented by the formula HNR 6 R 7 used in this step is, for example, in a molar ratio within a range of 1 to 100 times, and preferably within a range of 5 to 20 times, per mole of the compound represented by the general formula (2).
- the solvent that can be used in this step is not particularly limited as long as it is not involved in the reaction, and examples include toluene, dichloromethane, acetonitrile, tetrahydrofuran, and mixed solvents of two or more of the above solvents.
- the reaction time for this step is, for example, within the range of 0.1 to 10 hours, and preferably within the range of 0.5 to 1 hour.
- the reaction temperature for this step is, for example, within the range of -78 to 30°C, and preferably within the range of -20 to 0°C.
- oxidative halogenation step In the oxidative halogenation step, the compound represented by the general formula (3) is oxidatively halogenated with a halogenating agent to obtain the compound represented by the general formula (4).
- Halogenating Agent examples include carbon tetrachloride, carbon tetrabromide, iodine, N-chlorosuccinimide, N-bromosuccinimide, N-iodosuccinimide, etc.
- the halogenating agents may be used alone or in combination of two or more.
- the amount of halogenating agent used in this step is, for example, within the range of 1 to 100 times, and preferably within the range of 1 to 3 times, the molar ratio of 1 mole of the compound represented by general formula (3) above.
- Examples of the halogenyl group represented by X include a fluoro group, a chloro group, and a bromo group.
- the solvent that can be used in this step is not particularly limited as long as it is not involved in the reaction, and examples include toluene, dichloromethane, acetonitrile, tetrahydrofuran, and mixed solvents of two or more of the above solvents.
- the reaction time for this step is, for example, within the range of 0.1 to 10 hours, and preferably within the range of 0.1 to 0.5 hours.
- the reaction temperature for this step is, for example, within the range of -78 to 30°C, and preferably within the range of -20 to 0°C.
- the compound represented by the general formula (1) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (11)
- the compound represented by the general formula (2) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (12)
- the compound represented by the general formula (3) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (13)
- the compound represented by the general formula (4) is a morpholino nucleic acid monomer represented by the general formula (14),
- the method for producing the above compound is a method for producing a morpholino nucleic acid monomer.
- the compound represented by the general formula (2) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (12)
- the compound represented by the general formula (3) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (13)
- the compound represented by the general formula (4) is a morpholino nucleic acid monomer represented by the general formula (14)
- the method for producing the above compound is a method for producing a morpholino nucleic acid monomer.
- the compound represented by the general formula (3) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (13),
- the compound represented by the general formula (4) is a morpholino nucleic acid monomer represented by the general formula (14),
- the method for producing the above compound is a method for producing a morpholino nucleic acid monomer.
- the compound according to the first embodiment is represented by the above general formula (1a).
- R 1 to R 4 are as described above, and Nu' represents a monovalent group represented by the above general formula (5a) or (6a).
- the compound according to the first embodiment is useful as a starting material in the method for producing the compound according to the first embodiment.
- R 11a , R 12a , and R 14a independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, a substituted or unsubstituted alkyl group, a group represented by the formula OR′ (wherein R′ represents a hydrogen atom, a hydroxyl-protecting group, or a substituted or unsubstituted alkyl group), an amino group, an azide group, or a cyano group; R 13b and R 15b bond together to form a 5-membered or greater ring which may or may not have a substituent and which may or may not have a hetero atom; R 21a represents a hydrogen atom or a protecting group for an amino group; and Bs is as defined above.
- Examples of the halogenyl group represented by R 11a , R 12a , and R 14a include a fluoro group, a chloro group, a bromo group, etc.
- Examples of the alkyl group represented by R 11a , R 12a , and R 14a which may or may not have a substituent, include an alkyl group of C1 to C6, which may or may not have a substituent, and specific examples thereof include a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an i-propyl group, an n-butyl group, a sec-butyl group, a tert-butyl group, an n-pentyl group, etc.
- Examples of the hydroxyl-protecting group represented by R' include an acetyl group, a phenylacetyl group, a phenoxyacetyl (Pac) group, a chloroacetyl group, a pivaloyl group, a benzyl group, a 4-methoxybenzyl group, a benzoyl group, a 4-methoxybenzoyl group, a triphenylmethyl (Tr) group, a 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, a 4-methoxytrityl (MMTr) group, a 9-phenylxanthenyl group, a t-butoxycarbonyl group, a trimethylsilyl group, a t-butyldimethylsilyl group, a t-butyldiphenylsilyl group, a triisopropylsilyl group, a cyanomethoxymethyl group, a 2-(
- alkyl group represented by R' which may or may not have a substituent
- examples of the alkyl group represented by R' include a C1 to C6 alkyl group, which may or may not have a substituent, and specific examples thereof include a methyl group, a methoxyethyl group, etc.
- R 13b and R 15b bond together to form a 5-membered or greater ring, which may or may not have a substituent and which may or may not have a heteroatom.
- substituents bonded to atoms forming the ring specifically alkyl groups, oxo groups ( ⁇ O), and the like, which may or may not have a substituent.
- alkyl group include C1-C6 alkyl groups, specifically, methyl groups, ethyl groups, and the like.
- examples of the substituent include halogenyl groups such as fluoro groups, chloro groups, and bromo groups, amino groups, and imino groups.
- heteroatoms include oxygen atoms, nitrogen atoms, and sulfur atoms.
- the ring is preferably 5 to 10-membered, more preferably 5 to 8-membered, and even more preferably 5 to 7-membered.
- Examples of the monovalent group represented by general formula (5a) include the monovalent group represented by general formula (5c) above.
- Specific examples of the monovalent group represented by general formula (5a) include the monovalent groups represented by the following formulas: In the following formulas, R' and Bs are as defined above.
- the amino-protecting group represented by R 21a is as described above for the amino-protecting group represented by R 21 .
- the compound according to the second embodiment is represented by the above general formula (2a).
- R 1 to R 4 are as described above
- R 5a represents a hydrogen atom or a protecting group for an amino group
- Ar is as described above
- Nu represents a monovalent group represented by the following general formula (5b) or (6a).
- the compound according to the second embodiment is useful as an intermediate in the production method of the compound according to the first embodiment and as a starting material in the production method of the compound according to the second embodiment.
- the amino-protecting group represented by R 5a is the same as the amino-protecting group represented by R 5 described above.
- R 11a to R 15a independently represent a hydrogen atom, a halogenyl group, a substituted or unsubstituted alkyl group, a group represented by the formula OR′ (wherein R′ is as defined above), an amino group, an azide group, or a cyano group; alternatively, R 13a and R 14a , or R 13a and R 15a are bonded to each other to form a 5-membered or greater ring which may or may not have a substituent and which may or may not have a heteroatom; and R 21a and Bs are as defined above.
- Examples of the halogenyl group represented by R 11a to R 15a include a fluoro group, a chloro group, a bromo group, etc.
- Examples of the alkyl group represented by R 11a to R 15a which may or may not have a substituent, include a C1 to C6 alkyl group, which may or may not have a substituent, and specific examples thereof include a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an i-propyl group, an n-butyl group, a sec-butyl group, a tert-butyl group, an n-pentyl group, etc.
- Examples of the hydroxyl-protecting group represented by R' include an acetyl group, a phenylacetyl group, a phenoxyacetyl (Pac) group, a chloroacetyl group, a pivaloyl group, a benzyl group, a 4-methoxybenzyl group, a benzoyl group, a 4-methoxybenzoyl group, a triphenylmethyl (Tr) group, a 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, a 4-methoxytrityl (MMTr) group, a 9-phenylxanthenyl group, a t-butoxycarbonyl group, a trimethylsilyl group, a t-butyldimethylsilyl group, a t-butyldiphenylsilyl group, a cyanomethoxymethyl group, a 2-(cyanoethoxy)ethyl group,
- Examples of the substituted or unsubstituted alkyl group represented by R' include a substituted or unsubstituted C1 to C6 alkyl group, and specific examples thereof include a methyl group, a methoxyethyl group, etc.
- R 13a and R 14a , or R 13a and R 15a may bond to each other to form a 5-membered or greater ring, which may or may not have a substituent and which may or may not have a heteroatom.
- substituents include substituents bonded to atoms forming the ring, specifically alkyl groups, oxo groups ( ⁇ O), and the like, which may or may not have a substituent.
- alkyl group include C1-C6 alkyl groups, specifically, methyl groups, ethyl groups, and the like.
- the alkyl group has a substituent
- substituents include halogenyl groups such as fluoro groups, chloro groups, and bromo groups, amino groups, and imino groups.
- heteroatoms include oxygen atoms, nitrogen atoms, and sulfur atoms.
- the ring is preferably 5 to 10-membered, more preferably 5 to 8-membered, and even more preferably 5 to 7-membered.
- examples of the monovalent group represented by general formula (5b) include the monovalent group represented by general formula (5c) above.
- Specific examples of the monovalent group represented by general formula (5b) include the monovalent groups listed as specific examples of the monovalent group represented by general formula (5a) as well as monovalent groups represented by the following formula: In the following formula, R' and Bs are as defined above.
- the compound according to the third embodiment is represented by the above general formula (3a).
- R 1 to R 4 , R 5a , R 6 , R 7 , and Nu′′ are as defined above.
- the compound according to the third embodiment is useful as an intermediate in the method for producing the compound according to the first embodiment, an intermediate in the method for producing the compound according to the second embodiment, and a starting material in the method for producing the compound according to the third embodiment.
- the compound represented by the general formula (1a) above is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the general formula (11a) above.
- the compound represented by the above general formula (2a) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the above general formula (12a).
- the compound represented by the above general formula (3a) is a morpholino nucleic acid monomer derivative represented by the above general formula (13a).
- the stereochemistry of the phosphorus atom is preferably controlled in the methods for producing the compounds according to the first to third embodiments and in the compounds according to the first to third embodiments.
- Examples of compounds represented by the general formula (1) above in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled include compounds represented by the following general formulas (101) and (102).
- Examples of compounds represented by the general formula (2) above in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled include compounds represented by the following general formulas (201) and (202).
- Examples of compounds represented by the general formula (3) above in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled include compounds represented by the following general formulas (301) and (302).
- Examples of compounds represented by the general formula (4) above in which the stereochemistry of the phosphorus atom is controlled include compounds represented by the following general formulas (401) and (402).
- R 1 to R 7 , Ar, and X are as defined above, and Nu′′′ represents a monovalent group represented by the following general formula (500) or (600).
- R 11 to R 15 , R 21 and Bs are as defined above.
- the stereochemical purity of the phosphorus atom is preferably 90:10 or more, more preferably 95:5 or more.
- Examples of methods for evaluating the stereochemical purity of the phosphorus atom include 1H NMR, 31P NMR, and HPLC.
- CHROMATOREX (NH-DM1020) as amino silica gel, and Fuji Silysia Chemical Ltd. diamino silica gel.
- CHROMATOREX (DNH MB 100-75/200) was used, and the automated columns used were Yamazen Universal Premium Silica Gel 30 ⁇ m 60 ⁇ as neutral silica gel, Yamazen Universal Premium Amino 30 ⁇ m 60 ⁇ as amino silica gel, and Yamazen Universal Column Diol 40 ⁇ m 60 ⁇ as diol silica gel.
- TLC thin layer chromatography
- Silica gel 60 F 254 (Merck, No. 5715) were used as neutral silica gel
- NH 2 Silica gel 60 F 254 plate-wako was used as amino silica gel. All reactions were carried out under an Ar atmosphere. Note that it is preferable to use diol silica gel for final purification, as this makes it easier to prevent the target product from decomposing during purification.
- 5'-OH-N-trityl-morpholino thymidine (0.97 g, 2.0 mmol) was azeotropically dried three times with dry pyridine, twice with dry toluene, and twice with THF, followed by the addition of dry THF (4.0 mL) and TEA (1.94 mL, 14 mmol).
- the mixed solvent was cooled to -78°C, and a 1.25 M L-1 THF solution (4.0 mL, 5.0 mmol) was added dropwise.
- the reaction solution was stirred at room temperature for 90 minutes, and then CHCl 3 (300 mL) was added to quench the reaction.
- N 6 -Benzoyl-5'-OH-N-trityl-morpholino adenosine (2.98 g, 5.0 mmol) was azeotropically dried three times with dry pyridine, twice with dry toluene, and twice with dry THF, followed by the addition of dry THF (10 mL) and TEA (4.86 mL, 35 mmol).
- the mixed solvent was cooled to -78°C, and a 1.25 M L-1 THF solution (10 mL, 12.5 mmol) was added dropwise.
- the reaction solution was stirred at room temperature for 3 hours, and then CHCl 3 (300 mL) was added to quench the reaction.
- N 2 -Isobutylyl-O 6 -cyanoethyl-5'-OH-N-trityl-morpholino guanosine (0.98 g, 1.55 mmol) was azeotropically dried three times with dry pyridine, twice with dry toluene, and twice with dry THF, followed by the addition of dry THF (3.1 mL) and TEA (1.51 mL, 10.9 mmol). The mixed solvent was cooled to -78°C, and a 1.25 M THF solution of D-1 (3.1 mL, 3.88 mmol) was added dropwise.
- N 4 -Benzoyl-5'-OH-N-trityl-morpholino cytidine (2.50 g, 4.37 mmol) was azeotropically dried three times with dry pyridine, twice with dry toluene, and twice with dry THF, followed by the addition of dry THF (20 mL) and TEA (4.50 mL, 32 mmol).
- the mixed solvent was cooled to -78°C, and a 1.25 M THF solution (20 mL, 8.64 mmol) of D-1 was added dropwise.
- the reaction solution was stirred at room temperature for 90 minutes, and then quenched by the addition of CHCl 3 (300 mL).
- N 4 -Benzoyl-5'-OH-N-trityl-morpholino cytidine (2.50 g, 4.37 mmol) was azeotropically dried three times with dry pyridine, twice with dry toluene, and twice with dry THF, followed by the addition of dry THF (20 mL) and TEA (4.50 mL, 32 mmol).
- the mixed solvent was cooled to -78°C, and a 1.25 M L-1 THF solution (20 mL, 8.64 mmol) was added dropwise.
- the reaction solution was stirred at room temperature for 90 minutes, and then quenched by the addition of CHCl 3 (300 mL).
- TMSNMe 2 N-(trimethylsilyl)dimethylamine
- NHSNMe 2 2M THF solution of dimethylamine
- N-chlorosuccinimide (hereinafter referred to as "NCS") (84 mg, 0.63 mmol) was added, followed by stirring at 0°C for 10 minutes.
- EtOAc (20 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaHCO 3 solution (10 mL) and saturated aqueous Na 2 S 2 O 3 solution (10 mL) to quench the reaction.
- the mixture was washed with saturated aqueous NaHCO3 (2 x 20 mL) and saturated brine (20 mL), and the organic layer was dried over anhydrous Na2SO4 , filtered, and the solvent was removed under reduced pressure.
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe2 (0.14 mL, 0.88 mmol) and a 2M NHMe2 THF solution (0.88 mL, 1.76 mmol) were added in that order, followed by stirring at -20°C for 1 hour. After the reaction, the solvent and volatile substances were removed by evaporation under reduced pressure, and CH2Cl2 (3.5 mL) was added. The reaction solution was cooled to 0°C, and NCS (0.060 g, 0.45 mmol) was added, followed by stirring at 0°C for 10 minutes.
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe 2 (0.14 mL, 0.88 mmol) and a 2M THF solution of NHMe 2 (0.88 mL, 1.76 mmol) were added in that order.
- the mixture was stirred at -20°C for 1 hour.
- the solvent and volatile substances were removed under reduced pressure, and CH2Cl2 (3.5 mL ) was added.
- the reaction solution was cooled to 0°C, NCS (0.060 g, 0.45 mmol) was added, and the mixture was stirred at 0 °C for 10 minutes.
- the reaction solution was cooled to -20°C, and methyl trimethylsilyl dimethyl ketene acetal (MTDA) (90 ⁇ L, 0.44 mmol) and a 2 M THF solution of NHMe 2 (1.5 mL, 3.0 mmol) were added in that order.
- MTDA methyl trimethylsilyl dimethyl ketene acetal
- NHMe 2 1.5 mL, 3.0 mmol
- Step 1 Preparation of N-(6-(2-cyanoethoxy)-9-((2R,6S)-6-((((1R,3S,3aR)-3-(4-methoxyphenyl)tetrahydro-1H,3H-pyrrolo[1,2-c][1,3,2]oxaphosphol 1-yl)oxy)methyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-9H-purin-2-yl)-2-phenoxyacetamide ((Rp)-2g-PAC)
- N-(6-(2-cyanoethoxy)-9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-9H-purin-2-yl)-2-phenoxyacetamide (0.33 g, 0.48 mmol), which had been azeotropically distilled with pyridine and toluene, was suspended in 10 mL of dehydrated THF, and 1.41 mL of triethylamine was added, followed by cooling to ⁇ 78°C. The prepared phosphitylation reagent solution was added dropwise at ⁇ 78°C, and the temperature was then raised to room temperature.
- Step 2 Preparation of ((2S,6R)-6-(6-(2-cyanoethoxy)-2-(2-phenoxyacetylamido)-9H-purin-9-yl)-4-tritylmorpholin-2-yl)methyl (R)-dimethylphosphoramidochloridate ((Rp)-3g-PAC)
- Step 1 Preparation of N-(6-(2-cyanoethoxy)-9-((2R,6S)-6-((((1S,3R,3aS)-3-(4-methoxyphenyl)tetrahydro-1H,3H-pyrrolo[1,2-c][1,3,2]oxaphosphol 1-yl)oxy)methyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-9H-purin-2-yl)-2-phenoxyacetamide ((Sp)-2g-PAC)
- N-(6-(2-cyanoethoxy)-9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-9H-purin-2-yl)-2-phenoxyacetamide (1.74 g, 2.50 mmol), which had been azeotroped with pyridine and toluene, was suspended in 10 mL of dehydrated THF, and 2.44 mL of triethylamine was added, followed by cooling to -78°C. The prepared phosphitylation reagent solution was added dropwise at -78°C, and the temperature was then raised to room temperature.
- Step 2 Preparation of ((2S,6R)-6-(6-(2-cyanoethoxy)-2-(2-phenoxyacetylamido)-9H-purin-9-yl)-4-tritylmorpholin-2-yl)methyl (S)-dimethylphosphoramidochloridate ((Sp)-3g-PAC)
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe 2 (0.24 mL, 1.5 mmol) and a 2M THF solution of NHMe 2 (1.5 mL, 3.0 mmol) were added in that order.
- the mixture was stirred at -20°C for 1 hour.
- CH 2 Cl 2 (6 mL) was added.
- the reaction solution was cooled to 0°C, NCS (0.12 g, 0.89 mmol) was added, and the mixture was stirred at 0°C for 10 minutes.
- CH 2 Cl 2 (100 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH 2 PO 4 solution (100 mL) to quench the reaction.
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe 2 (0.24 mL, 1.5 mmol) and a 2M THF solution of NHMe 2 (1.5 mL, 3.0 mmol) were added in that order.
- the mixture was stirred at -20°C for 1 hour.
- CH 2 Cl 2 (6 mL) was added.
- the reaction solution was cooled to 0°C, NCS (0.12 g, 0.89 mmol) was added, and the mixture was stirred at 0°C for 10 minutes.
- CH 2 Cl 2 (100 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH 2 PO 4 solution (100 mL) to quench the reaction.
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe 2 (0.16 mL, 1.0 mmol) and a 2M THF solution of NHMe 2 (1.0 mL, 2.0 mmol) were added in that order.
- the mixture was stirred at -20°C for 1 hour.
- CH 2 Cl 2 (4.0 mL) was added.
- the reaction solution was cooled to 0°C, NCS (0.084 g, 0.62 mmol) was added, and the mixture was stirred at 0°C for 10 minutes.
- CH 2 Cl 2 (50 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH 2 PO 4 solution (50 mL) to quench the reaction.
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe2 (0.16 mL, 1.0 mmol) and a 2M NHMe2 THF solution (1.0 mL, 2.0 mmol) were added in that order, followed by stirring at -20°C for 1 hour. After the reaction, the solvent and volatile substances were removed by evaporation under reduced pressure, and CH2Cl2 (4.0 mL) was added. The reaction solution was cooled to 0°C, and NCS (0.075 g, 0.56 mmol) was added, followed by stirring at 0°C for 10 minutes. CH2Cl2 (50 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH2PO3 solution (50 mL) to quench the reaction.
- reaction solution was cooled to -20°C, and TMSNMe2 (0.24 mL, 1.5 mmol) and a 2M NHMe2 THF solution (1.5 mL, 3.0 mmol) were added in that order, followed by stirring at -20°C for 1 hour. After the reaction, the solvent and volatile substances were removed by evaporation under reduced pressure, and CH2Cl2 (6.0 mL) was added. The reaction solution was cooled to 0°C, and NCS (0.13 g, 0.96 mmol) was added, followed by stirring at 0°C for 10 minutes. CH2Cl2 (50 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH2PO3 solution (50 mL) to quench the reaction.
- the reaction solution was cooled to -20°C, and MTDA (0.12 mL, 0.59 mmol) and a 2 M THF solution of NHMe 2 (2.0 mL, 4.0 mmol) were added in that order. The mixture was stirred at -20°C for 1 hour. After the reaction, the solvent and volatile substances were evaporated under reduced pressure, and CH 2 Cl 2 (4.0 mL) was added. The reaction solution was cooled to 0°C, NCS (0.084 g, 0.63 mmol) was added, and the mixture was stirred at 0°C for 10 minutes. CH 2 Cl 2 (50 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH 2 PO 3 solution (50 mL) to quench the reaction.
- the reaction solution was cooled to -20°C, and MTDA (0.18 mL, 0.90 mmol) and a 2 M THF solution of NHMe 2 (0.18 mL, 0.90 mmol) were added in that order. The mixture was stirred at -20°C for 1 hour. After the reaction, the solvent and volatile substances were evaporated under reduced pressure, and CH2Cl2 (6.0 mL ) was added. The reaction solution was cooled to 0°C, NCS (122.4 mg, 0.91 mmol) was added, and the mixture was stirred at 0°C for 10 minutes. CH2Cl2 (50 mL) was added, followed by the addition of saturated aqueous NaH2PO3 solution (50 mL) to quench the reaction.
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Abstract
核酸モノマーとして有用な化合物の製造方法、及び、上記製造方法の出発物質又は中間体として有用な化合物を提供する。 本発明に係る化合物の製造方法は化合物(1)を、アミノ基保護剤の存在下、フェノール化合物ArOHと反応させて、化合物(2)を得るアリールオキシ化工程と、化合物(2)をアミン化合物HNR6R7と反応させて、化合物(3)を得るアミノ化工程と、化合物(3)をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、化合物(4)を得る酸化的ハロゲン化工程とを含む。式中、R1は置換基を有し又は有しないアリール基、R2~R4は水素原子等、R5はアミノ基の保護基、R6及びR7は水素原子等、Arは置換基を有し又は有しないアリール基、Xはハロゲニル基、Nuは1価の基(5)又は(6)、R11~R15は水素原子等、R21はアミノ基の保護基、Bsは保護基を有してもよい核酸塩基を表す。
Description
本発明は、化合物の製造方法及び化合物に関する。より具体的には、本発明は、核酸モノマーとして有用な化合物の製造方法、及び、上記製造方法の出発物質又は中間体として有用な化合物に関する。
標的核酸と相補的な塩基配列を有するアンチセンス分子は、標的核酸と相補的な二重鎖を形成し、標的核酸からのタンパク質生成を阻害することができる。標的核酸として疾病関連遺伝子を選択した場合には、アンチセンス分子は、疾病関連遺伝子に直接働きかけるため、遺伝子治療に有効な医薬として注目されている。
アンチセンス分子(核酸オリゴマー)は、標的となるタンパク質の生成を効率よく阻害する観点から主として、細胞膜透過性、ヌクレアーゼ耐性、体内(例えば、pH7.4の環境下)での化学的安定性、及び特定の塩基配列とのみ安定な二重鎖を形成する性質を有することが求められる。アンチセンス分子としては、例えば、モルホリノ核酸が知られている。
アンチセンス分子は、例えば、核酸モノマーを重合させることにより化学合成することができる。例えば、モルホリノ核酸は、モルホリノ核酸モノマーを重合させることにより化学合成することができる。核酸モノマーの製造方法としては、例えば、特許文献1に開示されたモルホリノ核酸モノマーの製造方法が挙げられる。
本発明は、核酸モノマーとして有用な化合物の製造方法、及び、上記製造方法の出発物質又は中間体として有用な化合物を提供することを課題とする。
上記課題を解決するための具体的な手段には、以下の実施態様が含まれる。
<1> 下記一般式(1)で表される化合物を、アミノ基保護剤の存在下、式ArOH(式中、Arは、後述の通りである。)で表されるフェノール化合物と反応させて、下記一般式(2)で表される化合物を得るアリールオキシ化工程と、
下記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、下記一般式(3)で表される化合物を得るアミノ化工程と、
下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程と
を含む化合物の製造方法。
(一般式(1)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、Nuは、下記一般式(5)又は(6):
(一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
(一般式(2)中、R1~R4及びNuは、前述の通りであり、R5は、アミノ基の保護基を表し、Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表す。)
(一般式(3)中、R1~R5及びNuは、前述の通りであり、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成する。)
(一般式(4)中、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。)
<1> 下記一般式(1)で表される化合物を、アミノ基保護剤の存在下、式ArOH(式中、Arは、後述の通りである。)で表されるフェノール化合物と反応させて、下記一般式(2)で表される化合物を得るアリールオキシ化工程と、
下記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、下記一般式(3)で表される化合物を得るアミノ化工程と、
下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程と
を含む化合物の製造方法。
で表される1価の基を表す。)
<2> 下記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、下記一般式(3)で表される化合物を得るアミノ化工程と、
下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程と
を含む化合物の製造方法。
(一般式(2)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5は、アミノ基の保護基を表し、Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、Nuは、下記一般式(5)又は(6):
(一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
(一般式(3)中、R1~R5及びNuは、前述の通りであり、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成する。)
(一般式(4)中、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。)
下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程と
を含む化合物の製造方法。
で表される1価の基を表す。)
<3> 下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程を含む化合物の製造方法。
(一般式(3)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5は、アミノ基の保護基を表し、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成し、Nuは、下記一般式(5)又は(6):
(一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
(一般式(4)中、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。)
で表される1価の基を表す。)
<4> Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基である、<1>又は<2>に記載の化合物の製造方法。
<5> R1は、4-メトキシフェニル基である、<1>~<3>のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
<6> R1は、4-メトキシフェニル基である、<4>に記載の化合物の製造方法。
<7> リン原子の立体化学が制御されている、<1>~<3>のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
<8> R1は、4-メトキシフェニル基である、<7>に記載の化合物の製造方法。
<9> 前記一般式(1)で表される化合物は、下記一般式(11)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(2)で表される化合物は、下記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
<1>に記載の化合物の製造方法。
(一般式(11)中、R1~R4、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(12)中、R1~R5、R21、Ar、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(13)中、R1~R7、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(14)中、R6、R7、R21、X、及びBsは、前述の通りである。)
前記一般式(2)で表される化合物は、下記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
<1>に記載の化合物の製造方法。
<10> 前記一般式(2)で表される化合物は、下記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
<2>に記載の化合物の製造方法。
(一般式(12)中、R1~R5、R21、Ar、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(13)中、R1~R7、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(14)中、R6、R7、R21、X、及びBsは、前述の通りである。)
前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
<2>に記載の化合物の製造方法。
<11> 前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
<3>に記載の化合物の製造方法。
(一般式(13)中、R1~R7、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(14)中、R6、R7、R21、X、及びBsは、前述の通りである。)
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
<3>に記載の化合物の製造方法。
<12> Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基である、<9>又は<10>に記載の化合物の製造方法。
<13> R1は、4-メトキシフェニル基である、<9>~<11>のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
<14> R1は、4-メトキシフェニル基である、<12>に記載の化合物の製造方法。
<15> リン原子の立体化学が制御されている、<9>~<11>のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
<16> R1は、4-メトキシフェニル基である、<15>に記載の化合物の製造方法。
<17> 下記一般式(1a)で表される化合物。
(一般式(1a)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、Nu’は、下記一般式(5a)又は(6a):
(一般式(5a)又は(6a)中、R11a、R12a、及びR14aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、R13b及びR15bは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
で表される1価の基を表す。)
<18> 下記一般式(2a)で表される化合物。
(一般式(2a)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、Nu’’は、下記一般式(5b)又は(6a):
(一般式(5b)又は(6a)中、R11a~R15aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13a及びR14a、若しくは、R13a及びR15aは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
で表される1価の基を表す。)
<19> 下記一般式(3a)で表される化合物。
(一般式(3a)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成し、Nu’’は、下記一般式(5b)又は(6a):
(一般式(5b)又は(6a)中、R11a~R15aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13a及びR14a、若しくは、R13a及びR15aは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
で表される1価の基を表す。)
<20> Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基を表す、<18>に記載の化合物。
<21> R1は、4-メトキシフェニル基である、<17>~<19>のいずれか1項に記載の化合物。
<22> R1は、4-メトキシフェニル基である、<20>に記載の化合物。
<23> リン原子の立体化学が制御されている、<17>~<19>のいずれか1項に記載の化合物。
<24> R1は、4-メトキシフェニル基である、<23>に記載の化合物。
<25> 前記一般式(1a)で表される化合物は、下記一般式(11a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である、<17>に記載の化合物。
(一般式(11)中、R1~R4、R21a、及びBsは、前述の通りである。)
<26> 前記一般式(2a)で表される化合物は、下記一般式(12a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である、<18>に記載の化合物。
(一般式(12a)中、R1~R4、R5a、R21a、Ar、及びBsは、前述の通りである。)
<27> 前記一般式(3a)で表される化合物は、下記一般式(13a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である、<19>に記載の化合物。
(一般式(13)中、R1~R4、R5a、R6、R7、R21a、及びBsは、前述の通りである。)
<28> Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基を表す、<26>に記載の化合物。
<29> R1は、4-メトキシフェニル基である、<25>~<27>のいずれか1項に記載の化合物。
<30> R1は、4-メトキシフェニル基である、<28>に記載の化合物。
<31> リン原子の立体化学が制御されている、<25>~<27>のいずれか1項に記載の化合物。
<32> R1は、4-メトキシフェニル基である、<31>に記載の化合物。
本発明によれば、核酸モノマーとして有用な化合物の製造方法、及び、上記製造方法の出発物質又は中間体として有用な化合物を提供することができる。
以下、本発明の実施形態について説明する。なお、本発明は以下の実施形態に限定されない。本明細書において「工程」との語は、独立した工程だけではなく、他の工程と明確に区別できない場合であってもその工程の所期の目的が達成されれば、本用語に含まれる。また、本明細書において「~」は、その前後に記載される数値をそれぞれ最小値及び最大値として含む範囲を示すものとする。更に、本明細書において組成物中の各成分の量は、組成物中に各成分に該当する物質が複数存在する場合、特に断らない限り、組成物中に存在する当該複数の物質の合計量を意味する。
<化合物の製造方法>
第1の実施形態に係る化合物の製造方法は、上記アリールオキシ化工程と、上記アミノ化工程と、上記酸化的ハロゲン化工程と、を含む。第2の実施形態に係る化合物の製造方法は、上記アミノ化工程と、上記酸化的ハロゲン化工程と、を含む。第3の実施形態に係る化合物の製造方法は、上記酸化的ハロゲン化工程を含む。これらの製造方法のいずれによっても、核酸モノマーとして有用な化合物を得ることができる。
第1の実施形態に係る化合物の製造方法は、上記アリールオキシ化工程と、上記アミノ化工程と、上記酸化的ハロゲン化工程と、を含む。第2の実施形態に係る化合物の製造方法は、上記アミノ化工程と、上記酸化的ハロゲン化工程と、を含む。第3の実施形態に係る化合物の製造方法は、上記酸化的ハロゲン化工程を含む。これらの製造方法のいずれによっても、核酸モノマーとして有用な化合物を得ることができる。
[アリールオキシ化工程]
上記アリールオキシ化工程では、上記一般式(1)で表される化合物を、アミノ基保護剤の存在下、式ArOH(式中、Arは、後述の通りである。)で表されるフェノール化合物と反応させて、上記一般式(2)で表される化合物を得る。
上記アリールオキシ化工程では、上記一般式(1)で表される化合物を、アミノ基保護剤の存在下、式ArOH(式中、Arは、後述の通りである。)で表されるフェノール化合物と反応させて、上記一般式(2)で表される化合物を得る。
(一般式(1)で表される化合物)
一般式(1)で表される化合物において、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、Nuは、下記一般式(5)又は(6)で表される1価の基を表す。一般式(1)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
一般式(1)で表される化合物において、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、Nuは、下記一般式(5)又は(6)で表される1価の基を表す。一般式(1)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
R1としては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニル基、置換基を有し又は有しないナフチル基等が挙げられる。前記置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R1は、合成の容易さ、反応性等の点で、4-メトキシフェニル基が好ましい。
R2~R4が表すハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R2~R4が表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。
R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成してもよい。前記環の員数は、好ましくは5~10員、より好ましくは5~8員、更により好ましくは5~7員である。前記置換基としては、例えば、置換基を有し又は有しないアルキル基、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基等が挙げられる。該アルキル基が置換基を有する場合、当該置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。
一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。
R11~R15が表すハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R11~R15が表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。Rが表す水酸基の保護基としては、例えば、アセチル基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル(Pac)基、クロロアセチル基、ピバロイル基、ベンジル基、4-メトキシベンジル基、ベンゾイル基、4-メトキシベンゾイル基、トリフェニルメチル(Tr)基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル(MMTr)基、9-フェニルキサンテニル基、t-ブトキシカルボニル基、トリメチルシリル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、トリイソプロピルシリル基、シアノメトキシメチル基、2-(シアノエトキシ)エチル基、シアノエトキシメチル基等を挙げることができる。Rが表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、メトキシエチル基等を挙げることができる。
R13及びR14、又は、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し又は有せず、かつ、ヘテロ原子を有し又は有しない5員以上の環を形成してもよい。前記置換基としては、例えば、前記環を形成している原子に結合した置換基が挙げられ、具体的には、置換基を有し又は有しないアルキル基、オキソ基(=O)等が挙げられる。前記アルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基等が挙げられる。該アルキル基が置換基を有する場合、当該置換基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等のハロゲニル基、アミノ基、イミノ基等が挙げられる。ヘテロ原子としては、例えば、酸素原子、窒素原子、硫黄原子等が挙げられる。前記環の員数は、好ましくは5~10員、より好ましくは5~8員、更により好ましくは5~7員である。
R13及びR15が、互いに結合して、置換基を有し又は有せず、かつ、ヘテロ原子を有し又は有しない5員以上の環を形成する場合、一般式(5)で表される1価の基としては、例えば、下記一般式(5c)で表される1価の基が挙げられる。
上記一般式中、dは、0又は1を表し、R16及びR17は、独立に、水素原子又はアルキル基を表し、又は、R16及びR17は、隣接する炭素原子と一緒になって、カルボニル基を形成し、Jは、酸素原子又はN-R18(式中、R18は、アルキル基を表す。)を表し、R11、R14、及びBsは、前述の通りである。R16~R18が表すアルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。
一般式(5)で表される1価の基の具体例としては、下記式で表される1価の基が挙げられる。下記式中、R及びBsは、前述の通りである。
R21が表すアミノ基の保護基としては、例えば、アセチル基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル(Pac)基、4-tert-ブチルフェノキシアセチル基、4-イソプロピルフェノキシアセチル基、クロロアセチル基、トリフルオロアセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル基、ピバロイル基、ベンジル基、4-メトキシベンジル基、ベンゾイル基、4-メトキシベンゾイル基、トリフェニルメチル(Tr)基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル(MMTr)基、9-フェニルキサンテニル基、9-フルオレニルメチルオキシカルボニル基、t-ブトキシカルボニル基、トリメチルシリル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、シアノメトキシメチル基、2-(シアノエトキシ)エチル基、シアノエトキシメチル基、(ジメチルアミノ)メチル基等が挙げられる。中でも、合成の容易さ、反応性等の点で、トリチル基が好ましい。
Bsが表す核酸塩基としては、例えば、アデニン、グアニン、シトシン、5-メチルシトシン、チミン、ウラシル、2-フルオロアデニン、2-クロロアデニン、5-フルオロウラシル、5-フルオロシトシン、及び下記式で表される核酸塩基からなる群より選ばれる核酸塩基が挙げられる。
核酸塩基が保護基を有する場合、保護基の種類は特に限定されない。保護基としては、例えば、ベンジル基、ベンゾイル基、4-メトキシベンゾイル基、アセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル(Pac)基、クロロアセチル基、4-tert-ブチルフェノキシアセチル基、4-イソプロピルフェノキシアセチル基、(ジメチルアミノ)メチレン基、アミジル型の保護基(例えば、ジメチルホルムアミジル基、ジフェニルホルムアミジル基等)、シアノエチル基、トリチル基、4-メトキシトリチル基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4,4’,4’’-トリメトキシトリチル基等を挙げることができる。
保護基を有する核酸塩基としては、例えば、下記式で表される核酸塩基が挙げられる。
一般式(1)で表される化合物は、例えば、実施例に記載の方法により製造することができる。
(アミノ基保護剤)
上記アミノ基保護剤としては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニルイソシアネート等が挙げられる。前記置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基、ニトロ基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。アミノ基保護剤としては、反応が完全に進行しやすくなり、目的物の単離が容易になる点で、3,4-ジクロロフェニルイソシアネートが特に好ましい。アミノ基保護剤は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
上記アミノ基保護剤としては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニルイソシアネート等が挙げられる。前記置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基、ニトロ基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。アミノ基保護剤としては、反応が完全に進行しやすくなり、目的物の単離が容易になる点で、3,4-ジクロロフェニルイソシアネートが特に好ましい。アミノ基保護剤は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
本工程におけるアミノ基保護剤の使用量は、例えば、上記一般式(1)で表される化合物1モルに対して、モル比で1倍量~100倍量の範囲内であり、好ましくは1倍量~5倍量の範囲内である。
(式ArOHで表されるフェノール化合物)
Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表す。Arとしては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニル基、置換基を有し又は有しないナフチル基等が挙げられる。前記置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基、ニトロ基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。
Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表す。Arとしては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニル基、置換基を有し又は有しないナフチル基等が挙げられる。前記置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基、ニトロ基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。
Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基であることが好ましい。上記pKaは、合成の容易さ、反応性等の点で、6.6~7.5であることが好ましく、6.8~7.4であることがより好ましい。式ArOHで表されるフェノール化合物としては、例えば、3-メチル-4-ニトロフェノール(7.33)、2-ニトロフェノール(7.23)、4-ニトロフェノール(7.15)、2,4,6-トリフルオロフェノール(7.12)、2,4,5-トリクロロフェノール(6.8)等が挙げられ(括弧内の数値は、括弧を付した化合物のpKaを表す。)、合成の容易さ、反応性等の点で、4-ニトロフェノールが好ましい。
本工程における式ArOHで表されるフェノール化合物の使用量は、例えば、上記一般式(1)で表される化合物1モルに対して、モル比で0.9倍量~100倍量の範囲内であり、好ましくは0.9倍量~1.1倍量の範囲内である。
(一般式(2)で表される化合物)
一般式(2)で表される化合物において、R1~R4及びNuは、前述の通りであり、R5は、アミノ基の保護基を表し、Arは、前述の通りである。一般式(2)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
一般式(2)で表される化合物において、R1~R4及びNuは、前述の通りであり、R5は、アミノ基の保護基を表し、Arは、前述の通りである。一般式(2)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
R5が表すアミノ基の保護基としては、例えば、フェニル基、アセチル基、フェニルアセチル基、フェニルカルバモイル基、クロロフェニルカルバモイル基、ジクロロフェニルカルバモイル基、ニトロフェニルカルバモイル基、フェノキシアセチル(Pac)基、4-tert-ブチルフェノキシアセチル基、4-イソプロピルフェノキシアセチル基、クロロアセチル基、トリフルオロアセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル基、ピバロイル基、ベンジル基、4-メトキシベンジル基、ベンゾイル基、4-メトキシベンゾイル基、トリフェニルメチル(Tr)基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル(MMTr)基、9-フェニルキサンテニル基、9-フルオレニルメチルオキシカルボニル基、t-ブトキシカルボニル基、トリメチルシリル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、シアノメトキシメチル基、2-(シアノエトキシ)エチル基、シアノエトキシメチル基、(ジメチルアミノ)メチル基等が挙げられる。中でも、合成の容易さ、反応性等の点で、フェニルカルバモイル基及びジクロロフェニルカルバモイル基が好ましく、3,4-ジクロロフェニルカルバモイル基が特に好ましい。
(活性化剤)
上記アリールオキシ化工程では、活性化剤を用いてもよい。活性化剤としては、例えば、N-(シアノメチル)ピロリジニウムトリフラート(以下、「CMPT」という。)、N-(シアノメチル)ジメチルアンモニウムトリフラート等が挙げられる。活性化剤は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
上記アリールオキシ化工程では、活性化剤を用いてもよい。活性化剤としては、例えば、N-(シアノメチル)ピロリジニウムトリフラート(以下、「CMPT」という。)、N-(シアノメチル)ジメチルアンモニウムトリフラート等が挙げられる。活性化剤は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
本工程における活性化剤の使用量は、例えば、上記一般式(1)で表される化合物1モルに対して、モル比で1倍量~100倍量の範囲内であり、好ましくは2倍量~3倍量の範囲内である。
本工程で使用しうる溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されず、例えば、アセトニトリル、プロピオニトリル、イソブチロニトリル等のニトリル系溶媒;ジクロロメタン;トルエン;2種以上の前記溶媒の混合溶媒等を挙げることができる。
本工程の反応時間は、例えば、0.1~10時間の範囲内であり、好ましくは0.1~0.5時間の範囲内である。
本工程の反応温度は、例えば、-78~30℃の範囲内であり、好ましくは-20~0℃の範囲内である。
[アミノ化工程]
上記アミノ化工程では、上記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、上記一般式(3)で表される化合物を得る。上記アミン化合物は、アミノ化剤として作用する。
上記アミノ化工程では、上記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、上記一般式(3)で表される化合物を得る。上記アミン化合物は、アミノ化剤として作用する。
(式HNR6R7で表されるアミン化合物)
R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成する。R6及びR7が表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。R6及びR7が表す置換基を有し若しくは有しないアリール基としては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニル基、置換基を有し又は有しないナフチル基等が挙げられる。R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成してもよい。前記環の員数は、例えば、5員以上であり、好ましくは5~10員、より好ましくは5~8員、更により好ましくは5~7員である。前記置換基としては、例えば、置換基を有し又は有しないアルキル基、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基等が挙げられる。該アルキル基が置換基を有する場合、当該置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R6及びR7は、合成の容易さ、反応性等の点で、メチル基が好ましい。
R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成する。R6及びR7が表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。R6及びR7が表す置換基を有し若しくは有しないアリール基としては、例えば、置換基を有し又は有しないフェニル基、置換基を有し又は有しないナフチル基等が挙げられる。R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成してもよい。前記環の員数は、例えば、5員以上であり、好ましくは5~10員、より好ましくは5~8員、更により好ましくは5~7員である。前記置換基としては、例えば、置換基を有し又は有しないアルキル基、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基等が挙げられる。該アルキル基が置換基を有する場合、当該置換基としては、例えば、水酸基、アミノ基、アルコキシ基、イミノ基、ハロゲニル基等が挙げられる。前記アルコキシ基としては、例えば、C1~C6のアルコキシ基が挙げられ、具体的には、例えば、メトキシ基、エトキシ基等が挙げられる。前記ハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R6及びR7は、合成の容易さ、反応性等の点で、メチル基が好ましい。
本工程における式HNR6R7で表されるアミン化合物の使用量は、例えば、上記一般式(2)で表される化合物1モルに対して、モル比で1倍量~100倍量の範囲内であり、好ましくは5倍量~20倍量の範囲内である。
(一般式(3)で表される化合物)
一般式(3)で表される化合物において、R1~R7及びNuは、前述の通りである。一般式(3)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
一般式(3)で表される化合物において、R1~R7及びNuは、前述の通りである。一般式(3)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
本工程で使用しうる溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されず、例えば、トルエン、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラヒドロフラン、2種以上の前記溶媒の混合溶媒等を挙げることができる。
本工程の反応時間は、例えば、0.1~10時間の範囲内であり、好ましくは0.5~1時間の範囲内である。
本工程の反応温度は、例えば、-78~30℃の範囲内であり、好ましくは-20~0℃の範囲内である。
[酸化的ハロゲン化工程]
上記酸化的ハロゲン化工程では、上記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、上記一般式(4)で表される化合物を得る。
上記酸化的ハロゲン化工程では、上記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、上記一般式(4)で表される化合物を得る。
(ハロゲン化剤)
上記ハロゲン化剤としては、例えば、四塩化炭素、四臭化炭素、ヨウ素、N-クロロスクシンイミド、N-ブロモスクシンイミド、N-ヨードスクシンイミド等が挙げられる。ハロゲン化剤は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
上記ハロゲン化剤としては、例えば、四塩化炭素、四臭化炭素、ヨウ素、N-クロロスクシンイミド、N-ブロモスクシンイミド、N-ヨードスクシンイミド等が挙げられる。ハロゲン化剤は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
本工程におけるハロゲン化剤の使用量は、例えば、上記一般式(3)で表される化合物1モルに対して、モル比で1倍量~100倍量の範囲内であり、好ましくは1倍量~3倍量の範囲内である。
(一般式(4)で表される化合物)
一般式(4)で表される化合物において、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。一般式(4)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
一般式(4)で表される化合物において、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。一般式(4)で表される化合物は、1種単独で用いても2種以上を組み合わせて用いてもよい。
Xが表すハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。
本工程で使用しうる溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されず、例えば、トルエン、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラヒドロフラン、2種以上の前記溶媒の混合溶媒等を挙げることができる。
本工程の反応時間は、例えば、0.1~10時間の範囲内であり、好ましくは0.1~0.5時間の範囲内である。
本工程の反応温度は、例えば、-78~30℃の範囲内であり、好ましくは-20~0℃の範囲内である。
第1の実施形態に係る化合物の製造方法のより具体的な態様において、
上記一般式(1)で表される化合物は、上記一般式(11)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(2)で表される化合物は、上記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(3)で表される化合物は、上記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(4)で表される化合物は、上記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
上記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である。
上記一般式(1)で表される化合物は、上記一般式(11)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(2)で表される化合物は、上記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(3)で表される化合物は、上記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(4)で表される化合物は、上記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
上記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である。
第2の実施形態に係る化合物の製造方法のより具体的な態様において、
上記一般式(2)で表される化合物は、上記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(3)で表される化合物は、上記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(4)で表される化合物は、上記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
上記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である。
上記一般式(2)で表される化合物は、上記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(3)で表される化合物は、上記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(4)で表される化合物は、上記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
上記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である。
第3の実施形態に係る化合物の製造方法のより具体的な態様において、
上記一般式(3)で表される化合物は、上記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(4)で表される化合物は、上記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
上記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である。
上記一般式(3)で表される化合物は、上記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
上記一般式(4)で表される化合物は、上記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
上記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である。
<化合物>
第1の実施形態に係る化合物は、上記一般式(1a)で表される。一般式(1a)で表される化合物において、R1~R4は、前述の通りであり、Nu’は、上記一般式(5a)又は(6a)で表される1価の基を表す。第1の実施形態に係る化合物は、第1の実施形態に係る化合物の製造方法における出発物質として有用である。
第1の実施形態に係る化合物は、上記一般式(1a)で表される。一般式(1a)で表される化合物において、R1~R4は、前述の通りであり、Nu’は、上記一般式(5a)又は(6a)で表される1価の基を表す。第1の実施形態に係る化合物は、第1の実施形態に係る化合物の製造方法における出発物質として有用である。
一般式(5a)又は(6a)中、R11a、R12a、及びR14aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、R13b及びR15bは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、前述の通りである。
R11a、R12a、及びR14aが表すハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R11a、R12a、及びR14aが表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないアルキル基C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。R’が表す水酸基の保護基としては、例えば、例えば、アセチル基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル(Pac)基、クロロアセチル基、ピバロイル基、ベンジル基、4-メトキシベンジル基、ベンゾイル基、4-メトキシベンゾイル基、トリフェニルメチル(Tr)基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル(MMTr)基、9-フェニルキサンテニル基、t-ブトキシカルボニル基、トリメチルシリル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、トリイソプロピルシリル基、シアノメトキシメチル基、2-(シアノエトキシ)エチル基、シアノエトキシメチル基等を挙げることができる。R’が表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、メトキシエチル基等を挙げることができる。
R13b及びR15bは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成する。前記置換基としては、例えば、前記環を形成している原子に結合した置換基が挙げられ、具体的には、置換基を有し又は有しないアルキル基、オキソ基(=O)等が挙げられる。前記アルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基等が挙げられる。該アルキル基が置換基を有する場合、当該置換基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等のハロゲニル基、アミノ基、イミノ基等が挙げられる。ヘテロ原子としては、例えば、酸素原子、窒素原子、硫黄原子等が挙げられる。前記環の員数は、好ましくは5~10員、より好ましくは5~8員、更により好ましくは5~7員である。
一般式(5a)で表される1価の基としては、例えば、上記一般式(5c)で表される1価の基が挙げられる。一般式(5a)で表される1価の基の具体例としては、下記式で表される1価の基が挙げられる。下記式中、R’及びBsは、前述の通りである。
R21aが表すアミノ基の保護基は、R21が表すアミノ基の保護基について前述の通りである。
第2の実施形態に係る化合物は、上記一般式(2a)で表される。一般式(2a)で表される化合物において、R1~R4は、前述の通りであり、R5aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Arは、前述の通りであり、Nu’’は、下記一般式(5b)又は(6a)で表される1価の基を表す。第2の実施形態に係る化合物は、第1の実施形態に係る化合物の製造方法における中間体及び第2の実施形態に係る化合物の製造方法における出発物質として有用である。
R5aが表すアミノ基の保護基は、R5が表すアミノ基の保護基について前述の通りである。
一般式(5b)又は(6a)中、R11a~R15aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、前述の通りである。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13a及びR14a、若しくは、R13a及びR15aは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21a及びBsは、前述の通りである。
R11a~R15aが表すハロゲニル基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等が挙げられる。R11a~R15aが表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基アルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基、n-プロピル基、i-プロピル基、n-ブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル基等が挙げられる。R’が表す水酸基の保護基としては、例えば、アセチル基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル(Pac)基、クロロアセチル基、ピバロイル基、ベンジル基、4-メトキシベンジル基、ベンゾイル基、4-メトキシベンゾイル基、トリフェニルメチル(Tr)基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル(MMTr)基、9-フェニルキサンテニル基、t-ブトキシカルボニル基、トリメチルシリル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、シアノメトキシメチル基、2-(シアノエトキシ)エチル基、シアノエトキシメチル基等を挙げることができる。R’が表す置換基を有し若しくは有しないアルキル基としては、例えば、置換基を有し若しくは有しないC1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、メトキシエチル基等を挙げることができる。
R13a及びR14a、又は、R13a及びR15aは、互いに結合して、置換基を有し又は有せず、かつ、ヘテロ原子を有し又は有しない5員以上の環を形成してもよい。前記置換基としては、例えば、前記環を形成している原子に結合した置換基が挙げられ、具体的には、置換基を有し又は有しないアルキル基、オキソ基(=O)等が挙げられる。前記アルキル基としては、例えば、C1~C6のアルキル基が挙げられ、具体的には、例えば、メチル基、エチル基等が挙げられる。該アルキル基が置換基を有する場合、当該置換基としては、例えば、フルオロ基、クロロ基、ブロモ基等のハロゲニル基、アミノ基、イミノ基等が挙げられる。ヘテロ原子としては、例えば、酸素原子、窒素原子、硫黄原子等が挙げられる。前記環の員数は、好ましくは5~10員、より好ましくは5~8員、更により好ましくは5~7員である。
R13a及びR15aが、互いに結合して、置換基を有し又は有せず、かつ、ヘテロ原子を有し又は有しない5員以上の環を形成する場合、一般式(5b)で表される1価の基としては、例えば、上記一般式(5c)で表される1価の基が挙げられる。一般式(5b)で表される1価の基の具体例としては、一般式(5a)で表される1価の基の具体例として挙げた1価の基に加え、下記式で表される1価の基が挙げられる。下記式中、R’及びBsは、前述の通りである。
第3の実施形態に係る化合物は、上記一般式(3a)で表される。一般式(3a)で表される化合物において、R1~R4、R5a、R6、R7、及びNu’’は、前述の通りである。第3の実施形態に係る化合物は、第1の実施形態に係る化合物の製造方法における中間体、第2の実施形態に係る化合物の製造方法における中間体、及び第3の実施形態に係る化合物の製造方法における出発物質として有用である。
第1の実施形態に係る化合物のより具体的な態様において、上記一般式(1a)で表される化合物は、上記一般式(11a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である。
第2の実施形態に係る化合物のより具体的な態様において、上記一般式(2a)で表される化合物は、上記一般式(12a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である。
第3の実施形態に係る化合物のより具体的な態様において、上記一般式(3a)で表される化合物は、上記一般式(13a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である。
製造される核酸モノマーから得られる核酸オリゴマー中のヌクレオチド単位におけるリン原子の立体化学の制御のしやすさ等の点で、第1~第3の実施形態に係る化合物の製造方法、及び、第1~第3の実施形態に係る化合物において、リン原子の立体化学は制御されていることが好ましい。リン原子の立体化学が制御されている上記一般式(1)で表される化合物としては、例えば、下記一般式(101)で表される化合物、下記一般式(102)で表される化合物が挙げられる。リン原子の立体化学が制御されている上記一般式(2)で表される化合物としては、例えば、下記一般式(201)で表される化合物、下記一般式(202)で表される化合物が挙げられる。リン原子の立体化学が制御されている上記一般式(3)で表される化合物としては、例えば、下記一般式(301)で表される化合物、下記一般式(302)で表される化合物が挙げられる。リン原子の立体化学が制御されている上記一般式(4)で表される化合物としては、例えば、下記一般式(401)で表される化合物、下記一般式(402)で表される化合物が挙げられる。
上記式中、R1~R7、Ar、Xは、前述の通りであり、Nu’’’は、下記一般式(500)又は(600)で表される1価の基を表す。
上記式中、R11~R15、R21、及びBsは、前述の通りである。
第1~第3の実施形態に係る化合物の製造方法、及び、第1~第3の実施形態に係る化合物において、リン原子の立体化学純度は、望ましくは90:10以上、より望ましくは95:5以上である。リン原子の立体化学純度の評価方法としては、例えば、1H NMR、31P NMR、HPLC等が挙げられる。
以下、実施例によって本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれら実施例によって制限されるものではない。
反応に用いた溶媒は、蒸留した後、モレキュラーシーブで乾燥したものを用いた。1H NMRは400及び500MHzで測定し、CDCl3ではテトラメチルシラン(δ0.0)を内部標準とした。31P NMRは161.7及び202.6MHzで測定し、H3PO4を外部標準(δ0.0)とした。シリカゲルカラムクロマトグラフィーには、手動カラムでは、中性シリカゲルとしてKanto silica gel 60N(spherical,neutral,63-210μm)、アミノシリカゲルとしてFuji silysia chemical LTD. CHROMATOREX(NH-DM1020)、ジアミノシリカゲルとしてFuji silysia chemical LTD. CHROMATOREX(DNH MB 100-75/200)を用い、自動カラムには、中性シリカゲルとしてYamazen UNIVERSAL Premium Silica Gel 30μm 60Åを用い、アミノシリカゲルとしてYamazen UNIVERSAL Premium Amino 30μm 60Åを用い、ジオールシリカゲルとしてYamazen UNIVERSAL COLUMN Diol 40μm 60Åを用いた。薄層クロマトグラフィー(TLC)には、中性シリカゲルとしてTLC plates Silica gel 60 F254(Merck,No.5715)、アミノシリカゲルとしてNH2 Silica gel 60 F254 plate-wakoを用いた。反応はすべてAr雰囲気下で行った。なお、目的物が精製時に分解することを抑制しやすい点で、最終的な精製には、ジオールシリカゲルを用いることが好ましい。
反応に用いた溶媒は、蒸留した後、モレキュラーシーブで乾燥したものを用いた。1H NMRは400及び500MHzで測定し、CDCl3ではテトラメチルシラン(δ0.0)を内部標準とした。31P NMRは161.7及び202.6MHzで測定し、H3PO4を外部標準(δ0.0)とした。シリカゲルカラムクロマトグラフィーには、手動カラムでは、中性シリカゲルとしてKanto silica gel 60N(spherical,neutral,63-210μm)、アミノシリカゲルとしてFuji silysia chemical LTD. CHROMATOREX(NH-DM1020)、ジアミノシリカゲルとしてFuji silysia chemical LTD. CHROMATOREX(DNH MB 100-75/200)を用い、自動カラムには、中性シリカゲルとしてYamazen UNIVERSAL Premium Silica Gel 30μm 60Åを用い、アミノシリカゲルとしてYamazen UNIVERSAL Premium Amino 30μm 60Åを用い、ジオールシリカゲルとしてYamazen UNIVERSAL COLUMN Diol 40μm 60Åを用いた。薄層クロマトグラフィー(TLC)には、中性シリカゲルとしてTLC plates Silica gel 60 F254(Merck,No.5715)、アミノシリカゲルとしてNH2 Silica gel 60 F254 plate-wakoを用いた。反応はすべてAr雰囲気下で行った。なお、目的物が精製時に分解することを抑制しやすい点で、最終的な精製には、ジオールシリカゲルを用いることが好ましい。
[合成例1]
・2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine(MeO-Ph type)[D-1]
・2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine(MeO-Ph type)[D-1]
(S)-(4-メトキシフェニル)((R)-ピロリジン-2-イル)メタノール(2.59g,12.5mmol)を乾燥トルエンで3回共沸乾燥し、乾燥トルエン(12.5mL)、N-メチルモルホリン(2.89mL,26.3mmol)を加えた。混合溶液を三塩化リン(1.15mL,13.1mmol)の乾燥トルエン(12.5mL)溶液に対し、0℃下、滴下した。反応混合物を室温で2時間攪拌後、生じた塩をAr雰囲気下、-78℃で濾別し、溶媒を減圧留去してD-1を得た(yellow oil)。これ以上の精製は行わず、次の反応に用いた。
[合成例2]
・2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine(MeO-Ph type)[L-1]
・2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine(MeO-Ph type)[L-1]
(R)-(4-メトキシフェニル)((S)-ピロリジン-2-イル)メタノール(1.04g,5.0mmol)を乾燥トルエンで3回共沸乾燥し、乾燥トルエン(5.0mL)、N-メチルモルホリン(1.10mL,10.5mmol)を加えた。混合溶液を三塩化リン(0.46mL,5.25mmol)の乾燥トルエン(5.0mL)溶液に対し、0℃下、滴下した。反応混合物を室温で2時間攪拌後、生じた塩をAr雰囲気下、-78℃で濾別し、溶媒を減圧留去してL-1を得た(yellow oil)。これ以上の精製は行わず、次の反応に用いた。
[実施例1-1]
・Morpholino thymidine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2t]
・Morpholino thymidine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2t]
5’-OH-N-trityl-morpholino thymidine(2.42g,5.0mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、乾燥テトラヒドロフラン(以下、「THF」という。)で2回共沸乾燥し、乾燥THF(10mL),トリエチルアミン(以下、「TEA」という。)(4.86mL,35mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M D-1のTHF溶液(10mL,12.5mmol)を滴下した。反応溶液を室温で90分間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)で洗浄し、水層をCHCl3(50mL)で逆抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[NH-silica gel,CHCl3,TEA 1v/v%]で単離精製して、(Rp)-2tを得た。
・(Rp)-2t:1.96g,2.7mmol,56%,dr>99:1,colorless foam
・(Rp)-2t:1.96g,2.7mmol,56%,dr>99:1,colorless foam
・(Rp)-2t
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.20(br,1H),7.41(m,5H),7.27-7.21(m,10H),7.18-7.11(m,7H),7.05(d,J=8.4Hz,2H),6.86(d,J=6.4Hz,2H),6.11(dd,J=9.4,2.2Hz,1H),5.37(d,J=6.0Hz,1H),4.28-4.25(m,1H),3.89-3.85(m,2H),3.82(s,3H),3.80-3.77(m,2H),3.55-3.52(m,1H),3.31(d,J=11.2Hz,1H),3.18-3.12(m,2H),1.79(d,J=1.0Hz,3H),1.67-1.60(m,2H),1.52(dd,J=11.8,10.6Hz,1H),1.39(dd,J=11.2,9.6Hz,1H),1.20-1.16(m,1H),0.94(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ158.3;
ESI-MS m/z calcd for C41H44N4O6P[M+H]+,719.2993; found 719.2995.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.20(br,1H),7.41(m,5H),7.27-7.21(m,10H),7.18-7.11(m,7H),7.05(d,J=8.4Hz,2H),6.86(d,J=6.4Hz,2H),6.11(dd,J=9.4,2.2Hz,1H),5.37(d,J=6.0Hz,1H),4.28-4.25(m,1H),3.89-3.85(m,2H),3.82(s,3H),3.80-3.77(m,2H),3.55-3.52(m,1H),3.31(d,J=11.2Hz,1H),3.18-3.12(m,2H),1.79(d,J=1.0Hz,3H),1.67-1.60(m,2H),1.52(dd,J=11.8,10.6Hz,1H),1.39(dd,J=11.2,9.6Hz,1H),1.20-1.16(m,1H),0.94(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ158.3;
ESI-MS m/z calcd for C41H44N4O6P[M+H]+,719.2993; found 719.2995.
[実施例1-2]
・Morpholino thymidine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2t]
・Morpholino thymidine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2t]
5’-OH-N-trityl-morpholino thymidine(0.97g,2.0mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(4.0mL),TEA(1.94mL,14mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M L-1のTHF溶液(4.0mL,5.0mmol)を滴下した。反応溶液を室温で90分間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)で洗浄し、水層をCHCl3(50mL)で逆抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[NH-silica gel,CHCl3,TEA 1v/v%]で単離精製して、(Sp)-2tを得た。
・(Sp)-2t:1.20g,0.17mmol,83%,dr>99:1,colorless foam
・(Sp)-2t:1.20g,0.17mmol,83%,dr>99:1,colorless foam
・(Sp)-2t
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ7.52(m,6H),7.27-7.07(m,17H),6.99-6.82(m,4H),6.10(d,J=9.1Hz,1H),5.67(d,J=6.4Hz,1H),4.41-4.26(m,1H),4.10-3.85(m,1H),3.82-3.73(m,6H),3.67(m,1H),3.60-3.51(m,1H),3.33-3.00(m,4H),1.74(s,3H),1.66-1.59(m,2H),1.50-1.33(m,2H),1.30-1.07(m,2H),1.00-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(162MHz,CDCl3)δ156.5;
ESI-MS m/z calcd for C41H44N4O6P[M+H]+,719.2993; found 719.2994.
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ7.52(m,6H),7.27-7.07(m,17H),6.99-6.82(m,4H),6.10(d,J=9.1Hz,1H),5.67(d,J=6.4Hz,1H),4.41-4.26(m,1H),4.10-3.85(m,1H),3.82-3.73(m,6H),3.67(m,1H),3.60-3.51(m,1H),3.33-3.00(m,4H),1.74(s,3H),1.66-1.59(m,2H),1.50-1.33(m,2H),1.30-1.07(m,2H),1.00-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(162MHz,CDCl3)δ156.5;
ESI-MS m/z calcd for C41H44N4O6P[M+H]+,719.2993; found 719.2994.
[実施例2-1]
・Morpholino adenosine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2a]
・Morpholino adenosine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2a]
N6-Benzoyl-5’-OH-N-trityl-morpholino adenosine(2.98g,5.0mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、乾燥THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(10mL),TEA(4.86mL,35mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M L-1のTHF溶液(10mL,12.5mmol)を滴下した。反応溶液を室温で3時間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×50mL)で洗浄し、水層をCHCl3(50mL)で抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[NH-silica gel,トルエン-酢酸エチル(以下、「AcOEt」という。)(1:1,v/v),TEA 1vol%]で単離精製して(Rp)-2aを得た。
・((Rp)-2a:2.12g,2.50mmol,50%,dr>99:1,colorless foam
・((Rp)-2a:2.12g,2.50mmol,50%,dr>99:1,colorless foam
・(Rp)-2a
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.90(s,1H),8.80(s,1H),8.16(s,1H),8.05-7.92(m,2H),7.62-7.51(m,4H),7.47-7.29(m,7H),7.27-7.23(m,13H),7.16-7.05(m,6H),6.93-6.82(m,3H),6.42(dd,J=9.8,2.2Hz,1H),5.42(d,J=6.0Hz,1H),4.40-4.38(m,1H),3.89(dd,J=10.5,4.5Hz,2H),3.82-3.72(m,7H),3.56-3.49(m,1H),3.46(d,J=11.2Hz,1H),3.25(d,J=12Hz,1H),3.20-3.01(m,2H),1.79-1.70(m,1H),1.67-1.55(m,2H),1.16-1.07(m,1H),0.96-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ158.9;
ESI-MS m/z calcd for C48H47N7O5P[M+H]+,832.3371; found 832.3371.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.90(s,1H),8.80(s,1H),8.16(s,1H),8.05-7.92(m,2H),7.62-7.51(m,4H),7.47-7.29(m,7H),7.27-7.23(m,13H),7.16-7.05(m,6H),6.93-6.82(m,3H),6.42(dd,J=9.8,2.2Hz,1H),5.42(d,J=6.0Hz,1H),4.40-4.38(m,1H),3.89(dd,J=10.5,4.5Hz,2H),3.82-3.72(m,7H),3.56-3.49(m,1H),3.46(d,J=11.2Hz,1H),3.25(d,J=12Hz,1H),3.20-3.01(m,2H),1.79-1.70(m,1H),1.67-1.55(m,2H),1.16-1.07(m,1H),0.96-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ158.9;
ESI-MS m/z calcd for C48H47N7O5P[M+H]+,832.3371; found 832.3371.
[実施例2-2]
・Morpholino adenosine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2a]
・Morpholino adenosine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2a]
N6-Benzoyl-5’-OH-N-trityl-morpholino adenosine(2.98g,5.0mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、乾燥THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(10mL),TEA(4.86mL,35mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M L-1のTHF溶液(10mL,12.5mmol)を滴下した。反応溶液を室温で3時間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×50mL)で洗浄し、水層をCHCl3(50mL)で抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[NH-silica gel,トルエン-AcOEt(1:1,v/v),TEA 1vol%]で単離精製して(Sp)-2aを得た。
・(Sp)-2a:1.29g,1.52mmol,30%,dr>99:1,yellow foam
・(Sp)-2a:1.29g,1.52mmol,30%,dr>99:1,yellow foam
・(Sp)-2a
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.84(s,1H),8.80(s,1H),8.01-7.99(m,2H),7.97(s,1H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.53-7.41(m,8H),7.32-7.25(m,12H),7.18-7.13(m,6H),6.93-6.82(m,3H),6.39(dd,J=10.0,2.4Hz,1H),5.65(d,J=6.4Hz,1H),4.38(m,1H),3.97-3.91(m,1H),3.83-3.75(m,6H),3.73-3.67(m,1H),3.54(m,1H),3.48(d,J=11.2Hz,1H),3.35(d,J=12.0Hz,1H),3.21-3.10(m,1H),1.81(t,J=10.4Hz,1H),1.64-1.54(m,5H),1.18-1.07(m,1H),0.96-0.90(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ156.9;
ESI-MS m/z calcd for C48H47N7O5P[M+H]+,832.3371; found 832.3374.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.84(s,1H),8.80(s,1H),8.01-7.99(m,2H),7.97(s,1H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.53-7.41(m,8H),7.32-7.25(m,12H),7.18-7.13(m,6H),6.93-6.82(m,3H),6.39(dd,J=10.0,2.4Hz,1H),5.65(d,J=6.4Hz,1H),4.38(m,1H),3.97-3.91(m,1H),3.83-3.75(m,6H),3.73-3.67(m,1H),3.54(m,1H),3.48(d,J=11.2Hz,1H),3.35(d,J=12.0Hz,1H),3.21-3.10(m,1H),1.81(t,J=10.4Hz,1H),1.64-1.54(m,5H),1.18-1.07(m,1H),0.96-0.90(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ156.9;
ESI-MS m/z calcd for C48H47N7O5P[M+H]+,832.3371; found 832.3374.
[実施例3-1]
・Morpholino guanosine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2g]
・Morpholino guanosine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2g]
N2-Isobutyryl-O6-cyanoethyl-5’-OH-N-trityl-morpholino guanosine(0.98g,1.55mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、乾燥THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(3.1mL),TEA(1.51mL,10.9mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M D-1のTHF溶液(3.1mL,3.88mmol)を滴下した。反応溶液を0℃で75分間攪拌し、CHCl3(100mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×40mL)で洗浄し、水層をCHCl3(50mL)で逆抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[NH-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:3,v/v)]で単離精製して(Rp)-2gを得た。
・(Rp)-2g:0.47g,0.55mmol,35%,dr>99:1,colorless foam
・(Rp)-2g:0.47g,0.55mmol,35%,dr>99:1,colorless foam
・(Rp)-2g
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.99(s,1H),7.77(s,1H),7.43-7.31(m,5H),7.27-7.22(m,13H),7.14(t,J=7.2Hz,3H),7.08-7.05(m,2H),6.88-6.80(m,2H),6.22(dd,J=10.0,2.4Hz,1H),5.40(d,J=6.4Hz,1H),4.82-4.72(m,2H),4.36-4.34(m,1H),3.87(dd,J=11.0,4.5Hz,2H),3.82-3.73(m,5H),3.56-3.48(m,1H),3.40(d,J=11.2Hz,1H),3.21(d,J=12.0Hz,1H),3.17-3.03(m,2H),3.02-2.97(dt,J=13.0,1.0Hz,2H),1.73-1.68(dd,J=11.0,10.0Hz,1H),1.65-1.58(m,3H),1.56(s,2H),1.35(dd,J=10.4,6.8Hz,6H),1.12(m,1H),0.96-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3)δ158.9;
ESI-MS m/z calcd for C48H52N8O6P[M+H]+,867.3742; found 867.3748.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.99(s,1H),7.77(s,1H),7.43-7.31(m,5H),7.27-7.22(m,13H),7.14(t,J=7.2Hz,3H),7.08-7.05(m,2H),6.88-6.80(m,2H),6.22(dd,J=10.0,2.4Hz,1H),5.40(d,J=6.4Hz,1H),4.82-4.72(m,2H),4.36-4.34(m,1H),3.87(dd,J=11.0,4.5Hz,2H),3.82-3.73(m,5H),3.56-3.48(m,1H),3.40(d,J=11.2Hz,1H),3.21(d,J=12.0Hz,1H),3.17-3.03(m,2H),3.02-2.97(dt,J=13.0,1.0Hz,2H),1.73-1.68(dd,J=11.0,10.0Hz,1H),1.65-1.58(m,3H),1.56(s,2H),1.35(dd,J=10.4,6.8Hz,6H),1.12(m,1H),0.96-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3)δ158.9;
ESI-MS m/z calcd for C48H52N8O6P[M+H]+,867.3742; found 867.3748.
[実施例3-2]
・Morpholino guanosine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2g]
・Morpholino guanosine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2g]
N2-Isobutyryl-O6-cyanoethyl-5’-OH-N-trityl-morpholino guanosine(0.98g,1.55mmol、又は、1.26g,2.0mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、乾燥THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(10mL),TEA(4.86mL,35mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M L-1のTHF溶液(10mL,12.5mmol)を滴下した。反応溶液を室温で1時間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×50mL)で洗浄し、水層をCHCl3(50mL)で逆抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[NH-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:3,v/v)]で単離精製して(Sp)-2gを得た。
・(Sp)-2g:0.98g,1.13mmol,48%,dr>99:1,colorless foam
・(Sp)-2g:0.98g,1.13mmol,48%,dr>99:1,colorless foam
・(Sp)-2g
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.80(s,1H),7.77(s,1H),7.47(s,5H),7.32-7.24(m,13H),7.18-7.05(m,10H),6.93-6.82(m,3H),6.19(dd,J=9.8,2.2Hz,1H),5.66(d,J=6.4Hz,1H),4.82-4.72(m,2H),4.33(m,1H),3.96-3.90(m,1H),3.82-3.80(m,3H),3.78-3.72(m,1H),3.67(td,J=10.9,6.6Hz,1H),3.58-3.51(m,1H),3.44(d,J=11.2Hz,1H),3.34(d,J=12.0Hz,1H),3.22-3.03(m,2H),3.02-2.97(m,2H),1.79-1.71(m,1H),1.62(dt,J=15.4,6.4Hz,2H),1.56-1.52(m,1H),1.36-1.31(m,6H),1.16(td,J=12.1,6.0Hz,1H),0.97-0.90(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ156.5;
ESI-MS m/z calcd for C48H52N8O6P [M+H]+,867.3742; found 867.3765.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.80(s,1H),7.77(s,1H),7.47(s,5H),7.32-7.24(m,13H),7.18-7.05(m,10H),6.93-6.82(m,3H),6.19(dd,J=9.8,2.2Hz,1H),5.66(d,J=6.4Hz,1H),4.82-4.72(m,2H),4.33(m,1H),3.96-3.90(m,1H),3.82-3.80(m,3H),3.78-3.72(m,1H),3.67(td,J=10.9,6.6Hz,1H),3.58-3.51(m,1H),3.44(d,J=11.2Hz,1H),3.34(d,J=12.0Hz,1H),3.22-3.03(m,2H),3.02-2.97(m,2H),1.79-1.71(m,1H),1.62(dt,J=15.4,6.4Hz,2H),1.56-1.52(m,1H),1.36-1.31(m,6H),1.16(td,J=12.1,6.0Hz,1H),0.97-0.90(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ156.5;
ESI-MS m/z calcd for C48H52N8O6P [M+H]+,867.3742; found 867.3765.
[実施例4-1]
・Morpholino cytidine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2c]
・Morpholino cytidine (Rp)-oxazaphospholidine monomer[(Rp)-2c]
N4-Benzoyl-5’-OH-N-trityl-morpholino cytidine(2.50g,4.37mmol)を乾燥ピリジン,で3回、乾燥トルエンで2回、乾燥THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(20mL),TEA(4.50mL,32mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M D-1のTHF溶液(20mL,8.64mmol)を滴下した。反応溶液を室温で90分間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)で洗浄した。水層をCHCl3(50mL)で逆抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[DNH-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:3→1:5,v/v),1v/v%TEA]で単離精製し、(Rp)-2cを得た。
・(Rp)-2c:1.37g,1.70mmol,39%,dr>99:1,colorless foam,
・(Rp)-2c:1.37g,1.70mmol,39%,dr>99:1,colorless foam,
・(Rp)-2c
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.95(d,J=7.2Hz,1H),7.86(d,J=7.2Hz,2H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.54-7.49(m,3H),7.45(d,J=20.9Hz,5H),7.24(d,J=8.0Hz,4H),7.19-7.13(m,2H),7.07-7.04(m,2H),6.93-6.89(m,2H),6.26(dd,J=9.0,2.2Hz,1H),5.31(d,J=5.2Hz,1H),4.27-4.24(m,1H),4.14-4.09(m,1H),4.03-3.96(m,1H),3.91-3.85(m,1H),3.82(t,J=3.4Hz,3H),3.81-3.72(m,1H),3.59-3.51(m,1H),3.47(d,J=11.2Hz,1H),3.22-3.15(m,1H),3.12(d,J=12.0Hz,1H),1.67-1.60(m,1H),1.21-1.09(m,2H),1.01-0.88(m,2H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3)δ159.6;
ESI-MS m/z calcd for C47H47N5O6P [M+H]+,808.3259; found 808.3256.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.95(d,J=7.2Hz,1H),7.86(d,J=7.2Hz,2H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.54-7.49(m,3H),7.45(d,J=20.9Hz,5H),7.24(d,J=8.0Hz,4H),7.19-7.13(m,2H),7.07-7.04(m,2H),6.93-6.89(m,2H),6.26(dd,J=9.0,2.2Hz,1H),5.31(d,J=5.2Hz,1H),4.27-4.24(m,1H),4.14-4.09(m,1H),4.03-3.96(m,1H),3.91-3.85(m,1H),3.82(t,J=3.4Hz,3H),3.81-3.72(m,1H),3.59-3.51(m,1H),3.47(d,J=11.2Hz,1H),3.22-3.15(m,1H),3.12(d,J=12.0Hz,1H),1.67-1.60(m,1H),1.21-1.09(m,2H),1.01-0.88(m,2H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3)δ159.6;
ESI-MS m/z calcd for C47H47N5O6P [M+H]+,808.3259; found 808.3256.
[実施例4-2]
・Morpholino cytidine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2c]
・Morpholino cytidine (Sp)-oxazaphospholidine monomer[(Sp)-2c]
N4-Benzoyl-5’-OH-N-trityl-morpholino cytidine(2.50g,4.37mmol)を乾燥ピリジンで3回、乾燥トルエンで2回、乾燥THFで2回共沸乾燥し、乾燥THF(20mL),TEA(4.50mL,32mmol)を加えた。混合溶媒を-78℃に冷却し、1.25M L-1のTHF溶液(20mL,8.64mmol)を滴下した。反応溶液を室温で90分間攪拌し、CHCl3(300mL)を加えて反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)で洗浄した。水層をCHCl3(50mL)で逆抽出した。集めた有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[DNH-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:3→1:5,v/v),1v/v%TEA]で単離精製し、(Sp)-2cを得た。
・(Sp)-2c:1.67g,2.07mmol,48%,dr>99:1,colorless foam)
・(Sp)-2c:1.67g,2.07mmol,48%,dr>99:1,colorless foam)
・(Sp)-2c
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.87(d,J=7.2Hz,2H),7.65(d,J=7.2Hz,1H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.52-7.46(m,9H),7.18-7.13(m,10H),6.88-6.82(m,3H),6.24(dd,J=9.0,2.2Hz,1H),5.67(d,J=6.4Hz,1H),4.35-4.31(m,1H),3.92-3.85(m,1H),3.83-3.73(m,3H),3.60-3.52(m,2H),3.23-3.19(m,1H),3.18-3.12(m,1H),1.72-1.52(m,1H),1.50-1.42(m,1H),1.30-1.22(m,1H),1.15(td,J=11.8,6.0Hz,1H),0.99-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3)δ156.0;
ESI-MS m/z calcd for C47H47N5O6P [M+H]+,808.3259; found 808.3260.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.87(d,J=7.2Hz,2H),7.65(d,J=7.2Hz,1H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.52-7.46(m,9H),7.18-7.13(m,10H),6.88-6.82(m,3H),6.24(dd,J=9.0,2.2Hz,1H),5.67(d,J=6.4Hz,1H),4.35-4.31(m,1H),3.92-3.85(m,1H),3.83-3.73(m,3H),3.60-3.52(m,2H),3.23-3.19(m,1H),3.18-3.12(m,1H),1.72-1.52(m,1H),1.50-1.42(m,1H),1.30-1.22(m,1H),1.15(td,J=11.8,6.0Hz,1H),0.99-0.88(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3)δ156.0;
ESI-MS m/z calcd for C47H47N5O6P [M+H]+,808.3259; found 808.3260.
[実施例5-1]
・Morpholino thymidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3t)
・Morpholino thymidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3t)
(Rp)-2t(0.11g,0.15mmol)にCH3CN(1.5mL)を加え、活性化したモレキュラーシーブス3A(以下、「MS3A」という。)で乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、フェニルイソシアナート(0.082mL,0.75mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(21mg,0.15mmol)、CMPT(0.078g,0.30mmol)、CH3CN(1.5mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液をナスフラスコに滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、N-(トリメチルシリル)ジメチルアミン(以下、「TMSNMe2」という。)(0.10mL,0.63mmol)、2M ジメチルアミン(以下、「NHMe2」という。)のTHF溶液(0.63mL,1.26mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(2.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、N-クロロコハク酸イミド(以下、「NCS」という。)(84mg,0.63mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。EtOAc(20mL)を加えた後、飽和NaHCO3水溶液(10mL)と飽和Na2S2O3水溶液(10mL)を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×20mL)、飽和食塩水(20mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をPTLC[neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(9:1,v/v),neutral-silica gel,ヘキサン-EtOAc(1:5,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3tを得た。
・(Rp)-3t:8.8mg,14.5μmol,16%,dr=97:3
・(Rp)-3t:8.8mg,14.5μmol,16%,dr=97:3
・(Rp)-3t((Rp)-2tから合成)
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.28(s,1H),7.46(m,6H),7.31(t,J=7.8Hz,6H),7.24-7.14(m,3H),7.05(s,1H),6.13(dd,J=9.6,1.8Hz,1H),4.40(m,1H),4.16-4.05(m,2H),3.38(d,J=11.4Hz,1H),3.16(d,J=11.9Hz,1H),2.65(d,J=13.7Hz,6H),1.84(s,3H),1.46(m,2H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.0,18.7.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.28(s,1H),7.46(m,6H),7.31(t,J=7.8Hz,6H),7.24-7.14(m,3H),7.05(s,1H),6.13(dd,J=9.6,1.8Hz,1H),4.40(m,1H),4.16-4.05(m,2H),3.38(d,J=11.4Hz,1H),3.16(d,J=11.9Hz,1H),2.65(d,J=13.7Hz,6H),1.84(s,3H),1.46(m,2H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.0,18.7.
[実施例5-2]
・Morpholino thymidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3t)
・Morpholino thymidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3t)
(Sp)-2t(0.72g,1.0mmol)にCH3CN(10.0mL)を加え、活性化したMS3Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、フェニルイソシアナート(0.54mL,5.0mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(139mg,1.0mmol)、CMPT(0.52g,2.0mmol)、CH3CN(10.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液をナスフラスコに滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.80mL,5.0mmol)、2M NHMe2のTHF溶液(5.0mL,10.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(20mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(391mg,2.93mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。EtOAc(20mL)を加えた後、飽和NaHCO3水溶液(10mL)と飽和Na2S2O3水溶液(10mL)を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×20mL)、飽和食塩水(20mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をPTLC[neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(9:1,v/v),neutral-silica gel,ヘキサン-EtOAc(1:5,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3tを得た。
・(Sp)-3t:colorless solid,0.264g,43.2μmol,45%,dr=97:3
・(Sp)-3t:colorless solid,0.264g,43.2μmol,45%,dr=97:3
・(Sp)-3t((Sp)-2tから合成)
1H NMR(400MHz,CDCl3) δ8.07(s,1H),7.49(dr,5H),7.31(t,J=7.5Hz,5H),7.20(t,J=7.1Hz,2H),7.04(d,J=0.9Hz,1H),6.17-6.12(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),4.40(dd,J=5.4,3.8Hz,1H),4.18-4.04(m,2H),3.38(d,J=11.4Hz,1H),3.16(d,J=11.9Hz,1H),2.65(d,J=13.7Hz,6H),1.84(s,3H),1.53-1.38(m,2H);
31P{1H}NMR(162MHz,CDCl3) δ19.0,18.7.
1H NMR(400MHz,CDCl3) δ8.07(s,1H),7.49(dr,5H),7.31(t,J=7.5Hz,5H),7.20(t,J=7.1Hz,2H),7.04(d,J=0.9Hz,1H),6.17-6.12(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),4.40(dd,J=5.4,3.8Hz,1H),4.18-4.04(m,2H),3.38(d,J=11.4Hz,1H),3.16(d,J=11.9Hz,1H),2.65(d,J=13.7Hz,6H),1.84(s,3H),1.53-1.38(m,2H);
31P{1H}NMR(162MHz,CDCl3) δ19.0,18.7.
[実施例6-1]
・Morpholino adenosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3a)
・Morpholino adenosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3a)
(Rp)-2a(0.17g,0.20mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したモレキュラーシーブス4A「以下、「MS4A」という。」で乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(0.11mL,1.0mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(0.028g,0.20mmol)、CMPT(0.10g,0.40mmol)、CH3CN(2.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液をナスフラスコに滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.14mL,0.88mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(0.88mL,1.76mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(3.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.060g,0.45mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)加えた後、飽和NaHCO3水溶液(25mL)と飽和Na2S2O3水溶液(25mL)を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)、飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をPTLC[neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(9:1,v/v),neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:5,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3aを得た。
・(Rp)-3a:14.7mg,21μmol,16%,dr=97:3,colorless solid,
・(Rp)-3a:14.7mg,21μmol,16%,dr=97:3,colorless solid,
・(Rp)-3a((Rp)-2aから合成)
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.91(s,1H),8.81(s,1H),8.01-7.99(m,3H),7.54-7.47(m,8H),7.37-7.30(m,6H),7.22-7.14(m,4H),6.42(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),4.53(m,1H),4.29-4.10(m,3H),3.55(dt,J=11.5,2.5Hz,1H),3.25(d,J=11.6Hz,1H),2.62(dd,J=14.1,9.6Hz,6H),1.83(dd,J=11.2,10.0Hz,1H),1.71-1.65(m,1H),1.47-1.25(m,2H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.1,18.7.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.91(s,1H),8.81(s,1H),8.01-7.99(m,3H),7.54-7.47(m,8H),7.37-7.30(m,6H),7.22-7.14(m,4H),6.42(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),4.53(m,1H),4.29-4.10(m,3H),3.55(dt,J=11.5,2.5Hz,1H),3.25(d,J=11.6Hz,1H),2.62(dd,J=14.1,9.6Hz,6H),1.83(dd,J=11.2,10.0Hz,1H),1.71-1.65(m,1H),1.47-1.25(m,2H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.1,18.7.
[実施例6-2]
・Morpholino adenosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3a)
・Morpholino adenosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3a)
(Sp)-2a(0.17g,0.20mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(0.11mL,1.0mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(0.028g,0.20mmol)、CMPT(0.10g,0.40mmol)、CH3CN(2.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液をナスフラスコに滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.14mL,0.88mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(0.88mL,1.76mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(3.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.060g,0.45mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)加えた後、飽和NaHCO3水溶液(25mL)と飽和Na2S2O3水溶液(25mL)を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)、飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をPTLC[neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(9:1,v/v),neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:5,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3aを得た。
・(Sp)-3a:28.5mg,39.5μmol,32%,dr=98:2,colorless solid
・(Sp)-3a:28.5mg,39.5μmol,32%,dr=98:2,colorless solid
・(Sp)-3a((Sp)-2aから合成)
1H NMR(400MHz,CDCl3) δ8.91(s,1H),8.80(s,1H),8.14-7.94(m,3H),7.73-7.58(m,2H),7.51(t,J=7.5Hz,9H),7.32(t,J=7.8Hz,7H),7.23-7.12(m,3H),6.43(dd,J=9.6,2.3Hz,1H),4.54-4.51(m,1H),4.19-4.08(m,2H),3.55(d,J=11.4Hz,1H),3.26(d,J=11.9Hz,1H),2.61(d,J=14.2Hz,6H),1.82(t,J=10.7Hz,1H),1.63(t,J=11.2Hz,1H);
31P{1H}NMR(162MHz,CDCl3) δ19.1,18.7.
1H NMR(400MHz,CDCl3) δ8.91(s,1H),8.80(s,1H),8.14-7.94(m,3H),7.73-7.58(m,2H),7.51(t,J=7.5Hz,9H),7.32(t,J=7.8Hz,7H),7.23-7.12(m,3H),6.43(dd,J=9.6,2.3Hz,1H),4.54-4.51(m,1H),4.19-4.08(m,2H),3.55(d,J=11.4Hz,1H),3.26(d,J=11.9Hz,1H),2.61(d,J=14.2Hz,6H),1.82(t,J=10.7Hz,1H),1.63(t,J=11.2Hz,1H);
31P{1H}NMR(162MHz,CDCl3) δ19.1,18.7.
[実施例7-1]
・Morpholino guanosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3g)
・Morpholino guanosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3g)
(Rp)-2g(87mg,0.10mmol)にCH2Cl2(1.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(54μL,0.50mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(14.0mg,0.10mmol)、CMPT(52mg,0.20mmol)、CH3CN(1.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液をナスフラスコに滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(80μL,0.50mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(0.50mL,1.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(1.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(30.0mg,0.23mmol)を加え、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)を加えた後、飽和NaH2PO3水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をPTLC[neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:3,v/v),neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(8:2,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3gを得た(副生成物を含む)。
・(Rp)-3g:trace,dr=96:4,
・(Rp)-3g:trace,dr=96:4,
・(Rp)-3g((Rp)-2gから合成)
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.80(d,J=11.0Hz,2H),7.52(m,6H),7.31(t,J=7.6Hz,7H),7.20-7.07(m,4H),6.25(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),4.82-4.73(m,2H),4.50-4.48(m,1H),4.14-4.10(m,2H),3.50(d,J=11.2Hz,1H),3.23(d,J=12.0Hz,1H),3.04-2.99(m,3H),2.63(d,J=5.5Hz,6H),1.77(t,J=10.6Hz,1H),1.61(t,J=11.2Hz,4H),1.36(t,J=6.6Hz,6H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19,1,18.8.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ7.80(d,J=11.0Hz,2H),7.52(m,6H),7.31(t,J=7.6Hz,7H),7.20-7.07(m,4H),6.25(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),4.82-4.73(m,2H),4.50-4.48(m,1H),4.14-4.10(m,2H),3.50(d,J=11.2Hz,1H),3.23(d,J=12.0Hz,1H),3.04-2.99(m,3H),2.63(d,J=5.5Hz,6H),1.77(t,J=10.6Hz,1H),1.61(t,J=11.2Hz,4H),1.36(t,J=6.6Hz,6H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19,1,18.8.
[実施例7-2]
・Morpholino guanosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3g)
・Morpholino guanosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3g)
(Sp)-2g(83mg,0.095mmol)にCH2Cl2(1.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(54μL,0.50mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(13.6mg,0.098mmol)、CMPT(51.6mg,0.198mmol)、CH3CN(1.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液をナスフラスコに滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(80μL,0.50mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(0.50mL,1.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(1.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(33.6mg,0.25mmol)を加え、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)を加えた後、飽和NaH2PO3水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣をPTLC[neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:3,v/v),neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(8:2,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3gを得た(副生成物を含む)。
・(Sp)-3g:1.5mg,2.0μmol,2.2%,dr=95:5
・(Sp)-3g:1.5mg,2.0μmol,2.2%,dr=95:5
・(Sp)-3g((Sp)-2gから合成)
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.00(br,2H),7.84(s,1H),7.82(d,J=5.6Hz,1H),7.55-7.47(m,6H),7.33-7.28(m,7H),7.24-7.14(m,6H),6.25(dd,J=10.0,2.4Hz,1H),4.82-4.73(m,2H),4.50-4.48(m,1H),4.17-4.12(m,1H),4.11-4.05(m,1H),3.54-3.48(m,1H),3.24(d,J=11.6Hz,1H),3.01-2.96(m,3H),2.70-2.67(m,2H),2.65-2.58(m,6H),1.89-1.83(m,2H),1.76(dd,J=11.2,10.0Hz,2H),1.39-1.34(m,6H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.1,18.8.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.00(br,2H),7.84(s,1H),7.82(d,J=5.6Hz,1H),7.55-7.47(m,6H),7.33-7.28(m,7H),7.24-7.14(m,6H),6.25(dd,J=10.0,2.4Hz,1H),4.82-4.73(m,2H),4.50-4.48(m,1H),4.17-4.12(m,1H),4.11-4.05(m,1H),3.54-3.48(m,1H),3.24(d,J=11.6Hz,1H),3.01-2.96(m,3H),2.70-2.67(m,2H),2.65-2.58(m,6H),1.89-1.83(m,2H),1.76(dd,J=11.2,10.0Hz,2H),1.39-1.34(m,6H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.1,18.8.
[実施例8-1]
・Morpholino cytidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3c)
・Morpholino cytidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3c)
(Rp)-2c(0.121g,0.15mmol)にCH2Cl2(1.5mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(80.0μL,0.73mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(21mg,0.15mmol)、CMPT(77mg,0.30mmol)、CH3CN(1.5mL)を加え、この混合溶媒をMS3Aで乾燥させた。この混合溶液を滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、メチルトリメチルシリルジメチルケテンアセタール(以下、「MTDA」という。)(90μL,0.44mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(1.5mL,3.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発物質を減圧留去し、CH2Cl2(1.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(56.4mg,0.42mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(20mL)を加えた後、飽和NaHCO3水溶液(10mL)と飽和Na2SO3水溶液(10mL)を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×20mL)、飽和食塩水(20mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー[neutral-silica gel,CH2Cl2-アセトン(95:5-70:30,v/v)],PTLC[neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:2,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3cを得た。
・(Rp)-3c:8.7mg,12.3μmol,8.7%,dr=98:2,colorless solid
・(Rp)-3c:8.7mg,12.3μmol,8.7%,dr=98:2,colorless solid
・(Rp)-3c((Rp)-2cから合成)
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.69(br,1H),7.87(d,J=7.2Hz,2H),7.73(d,J=7.2Hz,1H),7.61(t,J=7.4Hz,1H),7.52-7.47(m,8H),7.30(t,J=7.6Hz,6H),7.19(t,J=7.2Hz,3H),6.28(dd,J=9.2,2.4Hz,1H),4.43(m,1H),4.20-4.10(m,2H),3.65-3.59(m,1H),3.16(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),2.80-2.49(d,J=14.0Hz,6H),1.54(t,J=11.2Hz,1H),1.31-1.16(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.0,18.6.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.69(br,1H),7.87(d,J=7.2Hz,2H),7.73(d,J=7.2Hz,1H),7.61(t,J=7.4Hz,1H),7.52-7.47(m,8H),7.30(t,J=7.6Hz,6H),7.19(t,J=7.2Hz,3H),6.28(dd,J=9.2,2.4Hz,1H),4.43(m,1H),4.20-4.10(m,2H),3.65-3.59(m,1H),3.16(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),2.80-2.49(d,J=14.0Hz,6H),1.54(t,J=11.2Hz,1H),1.31-1.16(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.0,18.6.
[実施例8-2]
・Morpholino cytidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3c)
・Morpholino cytidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3c)
(Sp)-2c(0.122g,0.15mmol)にCH2Cl2(1.5mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(80.0μL,0.73mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(21mg,0.15mmol)、CMPT(77mg,0.30mmol)、CH3CN(1.5mL)を加え、この混合溶媒をMS3Aで乾燥させた。この混合溶液を滴下し、0℃下で40分間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、MTDA(90μL,0.44mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(1.5mL,3.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発物質を減圧留去し、CH2Cl2(1.5mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(56.4mg,0.42mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(20mL)を加えた後、飽和NaHCO3水溶液(10mL)と飽和Na2SO3水溶液(10mL)を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(2×20mL)、飽和食塩水(20mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー[neutral-silica gel,CH2Cl2-アセトン(95:5-70:30,v/v)],PTLC[neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:2,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3cを得た。
・(Sp)-3c:12.6mg,18.0μmol,13%,dr=97:3,colorless solid
・(Sp)-3c:12.6mg,18.0μmol,13%,dr=97:3,colorless solid
・(Sp)-3c((Sp)-2cから合成)
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.66(s,1H) 7.88-7.81(m,2H),7.71(d,J=7.2Hz,1H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.55-7.44(m,9H),7.30(t,J=7.6Hz,6H),7.19(t,J=7.2Hz,3H),6.28(dd,J=9.2,2.0Hz,1H),4.46-4.41(m,1H),4.18-4.08(m,2H),3.67-3.55(m,1H),3.17(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),2.65(d,J=14.1Hz,6H),1.53(m,1H),1.30-1.20(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.0,18.6.
1H NMR(500MHz,CDCl3) δ8.66(s,1H) 7.88-7.81(m,2H),7.71(d,J=7.2Hz,1H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.55-7.44(m,9H),7.30(t,J=7.6Hz,6H),7.19(t,J=7.2Hz,3H),6.28(dd,J=9.2,2.0Hz,1H),4.46-4.41(m,1H),4.18-4.08(m,2H),3.67-3.55(m,1H),3.17(dd,J=9.6,2.4Hz,1H),2.65(d,J=14.1Hz,6H),1.53(m,1H),1.30-1.20(m,1H);
31P{1H}NMR(202MHz,CDCl3) δ19.0,18.6.
[実施例9]
((2S,6R)-6-(6-(2-シアノエトキシ)-2-(2-フェノキシアセチルアミド)-9H-プリン-9-イル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)メチル(R)-ジメチルホスホラミドクロリデート((Rp)-3g-PAC)
((2S,6R)-6-(6-(2-シアノエトキシ)-2-(2-フェノキシアセチルアミド)-9H-プリン-9-イル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)メチル(R)-ジメチルホスホラミドクロリデート((Rp)-3g-PAC)
工程1:N-(6-(2-シアノエトキシ)-9-((2R,6S)-6-((((1R,3S,3aR)-3-(4-メトキシフェニル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサホスホル1-イル)オキシ)メチル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)-9H-プリン-2-イル)-2-フェノキシアセトアミド((Rp)-2g-PAC)の製造
トルエンで共沸処理した(S)-(4-メトキシフェニル)((R)-ピロリジン-2-イル)メタノール0.30g(1.45mmol)を脱水処理したトルエン2.0mLに懸濁させた後、N-メチルモルホリン0.84mLを加えた。別途用意した反応容器に三塩化リン0.33mLを加えた後、脱水処理したトルエン1.0mLを加え溶解させ0℃に冷却した。(S)ー(4-メトキシフェニル)((R)-ピロリジン-2-イル)メタノールのトルエン懸濁液を0℃に冷却した後、三塩化リンのトルエン溶液中に滴下し、室温まで昇温した。室温で1時間攪拌後、生じた塩を減圧下でろ過した。回収したろ液を濃縮後、得られた残渣に脱水処理したTHF10mLを加えてホスフィチル化試薬溶液とした後、-78℃まで冷却した。ピリジン及びトルエンを用いて共沸処理したN-(6-(2-シアノエトキシ)-9-((2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)-9H-プリン-2-イル)-2-フェノキシアセトアミド(0.33g、0.48mmol)を脱水処理したTHF10mLに懸濁しトリエチルアミン1.41mLを加えた後、-78℃まで冷却した。調製したホスフィチル化試薬溶液を-78℃下で滴下した後、室温まで昇温した。1.5時間攪拌後、ジクロロメタンを用いて反応液を希釈し、氷冷した飽和重曹水を加えて反応を停止させた。クロロホルムで抽出、硫酸ナトリウムで乾燥、溶媒留去を経て粗生成物を得た。得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィー(アミノシリカゲル、ヘキサン:酢酸エチル=5:1v/v)にて精製し、(Rp)-2g-PAC(0.065g,0.070mmol,5%)を単一の立体異性体として得た。
1H-NMR(400MHz、CDCl3):δ8.77(br,1H),8.04(s,1H),7.55-7.03(m,22H),6.86-6.81(m,2H),6.26(dd,J=9.6,2.3Hz,1H),5.38(d,J=6.4Hz,1H)4.85-4.74(m,4H),4.41-4.34(m,1H),3.90-3.86(m,2H),3.79-3.71(m,4H),3.56-3.46(m,1H),3.39(d,J=11.0Hz,1H),3.21-3.08(m,2H),3.03(t,J=6.6Hz,2H),1.73-1.55(m,4H),1.15-1.06(m,1H),0.952-0.853(m,1H);
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ159.2;
ESI-MS m/z Cald for C52H52N8O7P[M+H]+:931.3691,found:931.3658.
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ159.2;
ESI-MS m/z Cald for C52H52N8O7P[M+H]+:931.3691,found:931.3658.
工程2:((2S,6R)-6-(6-(2-シアノエトキシ)-2-(2-フェノキシアセチルアミド)-9H-プリン-9-イル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)メチル(R)-ジメチルホスホラミドクロリデート((Rp)-3g-PAC)の製造
(Rp)-2g-PAC(111mg,0.12mmol)を1.5mLの脱水処理したジクロロメタンに溶解させた後、MS4Aを用いて一晩脱水処理した溶液に対し、1.0mLのアセトニトリルに溶解させMS3Aを用いて一晩脱水処理したCMPT(62mg)及び4-ニトロフェノール(16mg)溶液を氷冷下しながらアルゴン置換下で滴下した。滴下後、フェニルイソシアネート(65μL)を加えて20分攪拌した。ついで、0℃に保ったままTMS-NMe2(95μL)及び2.0M NHMe2のTHF溶液(1.2mL)を滴下し1時間攪拌した。溶媒を留去後、残渣をジクロロメタン1.0mLに溶液させ、氷冷下でN―クロロスクシンイミド(44.5mg)を加えて15分間攪拌した。氷冷したジクロロメタンで希釈した後、飽和重曹水と飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液を加え反応を停止した。有機層を飽和食塩水で洗浄、硫酸ナトリウム乾燥、溶媒留去した。得られた残渣を分取薄層クロマトグラフィー(ジクロロメタン:アセトン=10:1,v/v)での精製を経て(Rp)-3g-PAC(5.0mg、0.0061mmol,5%、dr=98:2)を得た。
1H-NMR(400MHz、CDCl3):δ8.82(br,1H),7.86(s,1H),7.51―7.08(m,20H),6.28(dd,J=10.1,2.3Hz,1H),4.86-4.74(m,4H),4.50-4.48(m,1H),4.14-4.10(m,2H),3.49(d,J=11.4Hz,1H),3.21(d,J=11.4Hz,1H),3.03(t,J=6.9Hz,2H),2.62(d,J=13.7Hz,6H),1.74-1.69(m,1H),1.62-1.56(m,1H);
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ19.1,18.7;
ESI-MS m/z Cald for C42H43ClN8O6P[M+H]+:821.2726,found::821.2685.
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ19.1,18.7;
ESI-MS m/z Cald for C42H43ClN8O6P[M+H]+:821.2726,found::821.2685.
[実施例10]
(2S,6R)-6-(6-(2-シアノエトキシ)-2-(2-フェノキシアセチルアミド)-9H-プリン-9-イル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)メチル(S)-ジメチルホスホラミドクロリデート((Sp)-3g-PAC)
(2S,6R)-6-(6-(2-シアノエトキシ)-2-(2-フェノキシアセチルアミド)-9H-プリン-9-イル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)メチル(S)-ジメチルホスホラミドクロリデート((Sp)-3g-PAC)
工程1:N-(6-(2-シアノエトキシ)-9-((2R,6S)-6-((((1S,3R,3aS)-3-(4-メトキシフェニル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサホスホル1-イル)オキシ)メチル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)-9H-プリン-2-イル)-2-フェノキシアセトアミド((Sp)-2g-PAC)の製造
トルエンで共沸処理した(R)-(4-メトキシフェニル)((S)-ピロリジン-2-イル)メタノール1.04g(5.00mmol)を脱水処理したトルエン2.0mLに懸濁させた後、N-メチルモルホリン2.90mLを加えた。別途用意した反応容器に三塩化リン1.13mLを加えた後、脱水処理したトルエン5.0mLを加え溶解させ0℃に冷却した。(R)-(4-メトキシフェニル)((S)-ピロリジン-2-イル)メタノールのトルエン懸濁液を0℃に冷却した後、三塩化リンのトルエン溶液中に滴下し、室温まで昇温した。室温で3時間攪拌後、生じた塩を減圧下でろ過した。回収したろ液を濃縮後、得られた残渣に脱水処理したTHF10mLを加えてホスフィチル化試薬溶液とした後、-78℃まで冷却した。ピリジン及びトルエンを用いて共沸処理したN-(6-(2-シアノエトキシ)-9-((2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)-9H-プリン-2-イル)-2-フェノキシアセトアミド(1.74 g、2.50mmol)を脱水処理したTHF10mLに懸濁しトリエチルアミン2.44mLを加えた後、-78℃まで冷却した。調製したホスフィチル化試薬溶液を-78℃下で滴下した後、室温まで昇温した。1.5時間攪拌後、ジクロロメタンを用いて反応液を希釈し、氷冷した飽和重曹水を加えて反応を停止させた。ジクロロメタンで抽出、硫酸ナトリウムで乾燥、溶媒留去を経て粗生成物を得た。得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィー(アミノシリカゲル、ヘキサン:酢酸エチル=1:1~1:4,v/v+1vol%トリエチルアミン)にて精製し、(Sp)-2g-PAC(0.72g,0.77mmol,31%)を単一の立体異性体として得た。
1H-NMR(400MHz、CDCl3):δ8.77(br,1H),7.84(s,1H),7.58-7.06(m,22H),6.88-6.85(m,2H),6.23(dd,J=9.8,2.1Hz,1H),5.64(d,J=6.4Hz,1H),4.85-4.73(m,4H),4.35-4.32(m,1H),3.94-3.89(m,1H),3.80-3.65(m,5H),3.58-3.48(m,1H),3.43(d,J=11.4Hz,1H),3.32(d,J=11.9Hz,1H),3.17-3.07(m,1H),3.03(td,J=6.6,1.4Hz,2H),1.73-1,49(m,4H),1.20-1.11(m,1H),0.963-0.866(m,1H);
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ157.3;
ESI-MS m/z Cald for C52H52N8O7P[M+H]+:931.3691,found:931.3658.
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ157.3;
ESI-MS m/z Cald for C52H52N8O7P[M+H]+:931.3691,found:931.3658.
工程2:((2S,6R)-6-(6-(2-シアノエトキシ)-2-(2-フェノキシアセチルアミド)-9H-プリン-9-イル)-4-トリチルモルホリン-2-イル)メチル(S)-ジメチルホスホラミドクロリデート((Sp)-3g-PAC)の製造
(Sp)-2g-PAC(100mg,0.11mmol)を1.0mLの脱水処理したジクロロメタンに溶解させた後、MS4Aを用いて一晩脱水処理した溶液に対し、1.0mLのアセトニトリルに溶解させMS3Aを用いて一晩脱水処理したCMPT(55.8mg)及び4-ニトロフェノール(14.9mg)溶液を氷冷下しながらアルゴン置換下で滴下した。滴下後、フェニルイソシアネート(70μL)を加えて20分攪拌した。ついで、0℃に保ったまま、TMSNMe2(100μL)及び2.0M NHMe2のTHF溶液(1.27mL)を滴下し1時間攪拌した。溶媒を留去後、残渣をジクロロメタン1.0mLに溶液させ、氷冷下でN―クロロスクシンイミド(50.7mg)を加えて15分間攪拌した。氷冷したジクロロメタンで希釈した後、1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液で反応を停止させた。ジクロロメタンで抽出後、有機層を飽和食塩水で洗浄、硫酸ナトリウム乾燥、溶媒留去を行った。得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィー(ジクロロメタン:アセトン=97:3~85:15,v/v)と分取薄層クロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=1:4,v/v)での精製を経て(Sp)-3g-PAC(6.0mg、0.0073mmol,6.0%、dr=95:5)を得た。
1H-NMR(400MHz、CDCl3):δ8.81(br,1H),7.84(s,1H),7.51-7.08(m,20H),6.29(dd,J=10.1,2.3Hz,1H),4.81-4.76(m,4H),4.50-4.48(m,1H),4.17-4.05(m,2H),3.49(d,J=11.4Hz,1H),3.22(d,J=11.9Hz,1H),3.03(t,J=6.6Hz,2H),2.61(d,J=14.0Hz,6H),1.71(t,J=10.8Hz,1H),1.58(t,J=11.9Hz,1H);
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ19.1,18.7;
ESI-MS m/z Cald for C42H43ClN8O6P[M+H]+:821.2726,found:821.2841.
31P-NMR(162MHz、CDCl3):δ19.1,18.7;
ESI-MS m/z Cald for C42H43ClN8O6P[M+H]+:821.2726,found:821.2841.
[実施例11-1]
・Morpholino thymidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3t)
・Morpholino thymidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3t)
(Rp)-2t(0.25g,0.35mmol)にCH2Cl2(3.5mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液のうち3mLをナスフラスコに加え、0℃に冷却し、3,4-ジクロロフェニルイソシアナート(0.14g,0.75mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(56mg,0.40mmol)、CMPT(0.21g,0.80mmol)、CH3CN(4.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液のうち3mLをナスフラスコに滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.24mL,1.5mmol)、2M NHMe2のTHF溶液(1.5mL,3.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(6mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.12g,0.89mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(100mL)を加えた後、飽和NaH2PO4水溶液(100mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(100mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣にCH2Cl2(5mL)を加えて、吸引ろ過して不溶物を除去し溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン-AcOEt(9:1-5:5,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3tを得た。
・(Rp)-3t:colorless solid,66.7mg,0.11mmol,37%,dr=97:3
・(Rp)-3t:colorless solid,66.7mg,0.11mmol,37%,dr=97:3
[実施例11-2]
・Morpholino thymidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3t)
・Morpholino thymidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3t)
(Sp)-2t(0.25g,0.35mmol)にCH2Cl2(3.5mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液のうち3mLをナスフラスコに加え、0℃に冷却し、3,4-ジクロロフェニルイソシアナート(0.28g,1.49mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(112mg,0.80mmol)、CMPT(0,42g,1.60mmol)、CH3CN(8.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液のうち3mLをナスフラスコに滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.24mL,1.5mmol)、2M NHMe2のTHF溶液(1.5mL,3.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(6mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.12g,0.89mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(100mL)を加えた後、飽和NaH2PO4水溶液(100mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(100mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣にCH2Cl2(5mL)を加えて、吸引ろ過して不溶物を除去し溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン-AcOEt(9:1-5:5,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3tを得た。
・(Sp)-3t:colorless solid,93.1mg,0.15mmol,51%,dr=96:4
・(Sp)-3t:colorless solid,93.1mg,0.15mmol,51%,dr=96:4
[実施例12-1]
・Morpholino adenosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3a)
・Morpholino adenosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3a)
(Rp)-2a(0.18g,0.22mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、3,4-ジクロロフェニルイソシアナート(0.18mL,0.97mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(0.042g,0.30mmol)、CMPT(0.16g,0.60mmol)、CH3CN(3.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液2mLをナスフラスコに滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.16mL,1.0mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(1.0mL,2.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(4.0mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.084g,0.62mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)加えた後、飽和NaH2PO4水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。(Rp)-3aは残渣にCH2Cl2(6mL)を加えて、吸引ろ過し不溶物を除去し溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン-AcOEt(9:1-5:5,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3aを得た。
・(Rp)-3a:68mg,0.094mmol,47%,dr=97:3,colorless solid,
・(Rp)-3a:68mg,0.094mmol,47%,dr=97:3,colorless solid,
[実施例12-2]
・Morpholino adenosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3a)
・Morpholino adenosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3a)
(Sp)-2a(0.17g,0.20mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(0.11mL,1.0mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(0.028g,0.20mmol)、CMPT(0.10g,0.40mmol)、CH3CN(2.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液2mLをナスフラスコに滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液の88%を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.14mL,0.88mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(0.88mL,1.76mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(3.5mL)を加えた。反応溶液の86%を0℃に冷却し、NCS(0.060g,0.45mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)加えた後、飽和NaHCO3水溶液(25mL)と飽和Na2S2O3水溶液(25mL)との混合溶液を加え反応を停止した。飽和NaHCO3水溶液(3×50mL)、飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣全体の83%をPTLC[neutral-silica gel,CHCl3-アセトン(9:1,v/v),neutral-silica gel,ヘキサン-AcOEt(1:5,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3aを得た。
・(Sp)-3a:28.5mg,39.5μmol,32%,dr=98:2,colorless solid
・(Sp)-3a:28.5mg,39.5μmol,32%,dr=98:2,colorless solid
[実施例13-1]
・Morpholino guanosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3g)
・Morpholino guanosine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3g)
(Rp)-2g(0.18g,0.20mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液(2.0mL)をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、3,4-ジクロロフェニルイソシアナート(0.19g,1.0mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(0.041g,0.30mmol)、CMPT(0.16g,0.60mmol)、CH3CN(3.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液の2.0 mLをナスフラスコに滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.16mL,1.0mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(1.0mL,2.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(4.0mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.075g,0.56mmol)を加え、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)を加えた後、飽和NaH2PO3水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣にCH2Cl2(6mL)を加えて、吸引ろ過して不溶物を除去し溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン-AcOEt(9:1-3:7,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3gを得た。
・(Rp)-3g:58.0mg,0.076mmol,38%,dr=95:5
・(Rp)-3g:58.0mg,0.076mmol,38%,dr=95:5
[実施例13-2]
・Morpholino guanosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3g)
・Morpholino guanosine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3g)
(Sp)-2g(0.30g,0.35mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液(3.0mL)をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、3,4-ジクロロフェニルイソシアナート(0.15g,0.79mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(0.056g,0.40mmol)、CMPT(0.21g,0.81mmol)、CH3CN(4.0mL)を加え、MS3Aで乾燥させた。この混合溶液の3.0mLをナスフラスコに滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、TMSNMe2(0.24mL,1.5mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(1.5mL,3.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発性物質を減圧留去し、CH2Cl2(6.0mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.13g,0.96mmol)を加え、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)を加えた後、飽和NaH2PO3水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣にCH2Cl2(6mL)を加えて、吸引ろ過して不溶物を除去し溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン-AcOEt(9:1-3:7,v/v)]で単離精製し、(Sp)-3gを得た。
・(Sp)-3g:85.1mg,0.11mmol,37%,dr=93:7
・(Sp)-3g:85.1mg,0.11mmol,37%,dr=93:7
[実施例14-1]
・Morpholino cytidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3c)
・Morpholino cytidine (Rp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Rp)-3c)
(Rp)-2c(0.18g,0.22mmol)にCH2Cl2(2.0mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液(2.0mL)をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、3,4-ジクロロフェニルイソシアナート(0.19mL,1.0mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(42mg,0.30mmol)、CMPT(0.159g,0.61mmol)、CH3CN(3.0mL)を加え、この混合溶媒をMS3Aで乾燥させた。この混合溶液(2.0mL)を滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、MTDA(0.12mL,0.59mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(2.0mL,4.0mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発物質を減圧留去し、CH2Cl2(4.0mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(0.084g,0.63mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)を加えた後、飽和NaH2PO3水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。残渣にCH2Cl2(6mL)を加えて、吸引ろ過して不溶物を除去し溶媒を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン-AcOEt(7:3-2:8,v/v)]で単離精製し、(Rp)-3cを得た。
・(Rp)-3c:66mg,0.95mmol,47%,dr=96:4,colorless solid
・(Rp)-3c:66mg,0.95mmol,47%,dr=96:4,colorless solid
[実施例14-2]
・Morpholino cytidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3c)
・Morpholino cytidine (Sp)-dimethylaminophosphorochloridate monomer((Sp)-3c)
(Sp)-2c(287.2mg,0.36mmol)にCH2Cl2(3.5mL)を加え、活性化したMS4Aで乾燥した。この混合溶液(3.0mL)をナスフラスコに加え、0℃に冷却し、PhNCO(0.16mL,1.5mmol)を加えて攪拌した。バイアル管に4-ニトロフェノール(112mg,0.80mmol)、CMPT(416mg,1.6mmol)、CH3CN(8.0mL)を加え、この混合溶媒をMS3Aで乾燥させた。この混合溶液(3.0mL)を滴下し、0℃下で1時間攪拌した。反応溶液を-20℃に冷却し、MTDA(0.18mL,0.90mmol)、2MのNHMe2のTHF溶液(0.18mL,0.90mmol)を順に加え、-20℃で1時間攪拌した。反応後、溶媒と揮発物質を減圧留去し、CH2Cl2(6.0mL)を加えた。反応溶液を0℃に冷却し、NCS(122.4mg,0.91mmol)を加えて、0℃下10分間攪拌した。CH2Cl2(50mL)を加えた後、飽和NaH2PO3水溶液(50mL)を加え反応を停止した。飽和食塩水(50mL)で洗浄し、有機層を無水Na2SO4で乾燥、ろ過、溶媒を減圧留去した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー[diol-silica gel,ヘキサン:AcOEt(100:0-66:33),diol-silica gel,CHCl3:AcOEt(100:0-95:5),diol-silica gel,ヘキサン:AcOEt(100:0-40:60),diol-silica gel,トルエン:AcOEt(100:0),diol-silica gel,トルエン:AcOEt(100:0-70:30)]で単離精製し、(Sp)-3cを得た。
・(Sp)-3c:77mg,0.11mmol,37%,dr=96:4,colorless solid
・(Sp)-3c:77mg,0.11mmol,37%,dr=96:4,colorless solid
Claims (32)
- 下記一般式(1)で表される化合物を、アミノ基保護剤の存在下、式ArOH(式中、Arは、後述の通りである。)で表されるフェノール化合物と反応させて、下記一般式(2)で表される化合物を得るアリールオキシ化工程と、
下記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、下記一般式(3)で表される化合物を得るアミノ化工程と、
下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程と
を含む化合物の製造方法。
(一般式(1)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、Nuは、下記一般式(5)又は(6):
(一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
(一般式(2)中、R1~R4及びNuは、前述の通りであり、R5は、アミノ基の保護基を表し、Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表す。)
(一般式(3)中、R1~R5及びNuは、前述の通りであり、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成する。)
(一般式(4)中、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。) - 下記一般式(2)で表される化合物を式HNR6R7(式中、R6及びR7は、後述の通りである。)で表されるアミン化合物と反応させて、下記一般式(3)で表される化合物を得るアミノ化工程と、
下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程と
を含む化合物の製造方法。
(一般式(2)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5は、アミノ基の保護基を表し、Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、Nuは、下記一般式(5)又は(6):
(一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
(一般式(3)中、R1~R5及びNuは、前述の通りであり、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成する。)
(一般式(4)中、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。) - 下記一般式(3)で表される化合物をハロゲン化剤により酸化的ハロゲン化して、下記一般式(4)で表される化合物を得る酸化的ハロゲン化工程を含む化合物の製造方法。
(一般式(3)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5は、アミノ基の保護基を表し、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成し、Nuは、下記一般式(5)又は(6):
(一般式(5)又は(6)中、R11~R15は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR(式中、Rは、水酸基の保護基又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13及びR14、若しくは、R13及びR15は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21は、アミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。)
(一般式(4)中、R6、R7、及びNuは、前述の通りであり、Xは、ハロゲニル基を表す。) - Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基である、請求項1又は2に記載の化合物の製造方法。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項1~3のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項4に記載の化合物の製造方法。
- リン原子の立体化学が制御されている、請求項1~3のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項7に記載の化合物の製造方法。
- 前記一般式(1)で表される化合物は、下記一般式(11)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(2)で表される化合物は、下記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
請求項1に記載の化合物の製造方法。
(一般式(11)中、R1~R4、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(12)中、R1~R5、R21、Ar、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(13)中、R1~R7、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(14)中、R6、R7、R21、X、及びBsは、前述の通りである。) - 前記一般式(2)で表される化合物は、下記一般式(12)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
請求項2に記載の化合物の製造方法。
(一般式(12)中、R1~R5、R21、Ar、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(13)中、R1~R7、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(14)中、R6、R7、R21、X、及びBsは、前述の通りである。) - 前記一般式(3)で表される化合物は、下記一般式(13)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体であり、
前記一般式(4)で表される化合物は、下記一般式(14)で表されるモルホリノ核酸モノマーであり、
前記化合物の製造方法は、モルホリノ核酸モノマーの製造方法である、
請求項3に記載の化合物の製造方法。
(一般式(13)中、R1~R7、R21、及びBsは、前述の通りである。)
(一般式(14)中、R6、R7、R21、X、及びBsは、前述の通りである。) - Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基である、請求項9又は10に記載の化合物の製造方法。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項9~11のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項12に記載の化合物の製造方法。
- リン原子の立体化学が制御されている、請求項9~11のいずれか1項に記載の化合物の製造方法。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項15に記載の化合物の製造方法。
- 下記一般式(1a)で表される化合物。
(一般式(1a)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、Nu’は、下記一般式(5a)又は(6a):
(一般式(5a)又は(6a)中、R11a、R12a、及びR14aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、R13b及びR15bは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。) - 下記一般式(2a)で表される化合物。
(一般式(2a)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Arは、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、Nu’’は、下記一般式(5b)又は(6a):
(一般式(5b)又は(6a)中、R11a~R15aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13a及びR14a、若しくは、R13a及びR15aは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。) - 下記一般式(3a)で表される化合物。
(一般式(3a)中、R1は、置換基を有し又は有しないアリール基を表し、R2~R4は、独立に、水素原子、ハロゲニル基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表し、又は、R3及びR4は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない5員以上の複素環を形成し、R5aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、R6及びR7は、独立に、水素原子、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、又は置換基を有し若しくは有しないアリール基を表し、又は、R6及びR7は、互いに結合して、置換基を有し若しくは有しない複素環を形成し、Nu’’は、下記一般式(5b)又は(6a):
(一般式(5b)又は(6a)中、R11a~R15aは、独立に、水素原子、ハロゲニル基、置換基を有し若しくは有しないアルキル基、式OR’(式中、R’は、水素原子、水酸基の保護基、又は置換基を有し若しくは有しないアルキル基を表す。)で表される基、アミノ基、アジド基、又はシアノ基を表し、又は、R13a及びR14a、若しくは、R13a及びR15aは、互いに結合して、置換基を有し若しくは有せず、かつ、ヘテロ原子を有し若しくは有しない5員以上の環を形成し、R21aは、水素原子又はアミノ基の保護基を表し、Bsは、核酸塩基を表し、該核酸塩基は、核酸塩基の保護基を有し又は有しない。)
で表される1価の基を表す。) - Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基を表す、請求項18に記載の化合物。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項17~19のいずれか1項に記載の化合物。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項20に記載の化合物。
- リン原子の立体化学が制御されている、請求項17~19のいずれか1項に記載の化合物。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項23に記載の化合物。
- 前記一般式(1a)で表される化合物は、下記一般式(11a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である、請求項17に記載の化合物。
(一般式(11)中、R1~R4、R21a、及びBsは、前述の通りである。) - 前記一般式(2a)で表される化合物は、下記一般式(12a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である、請求項18に記載の化合物。
(一般式(12a)中、R1~R4、R5a、R21a、Ar、及びBsは、前述の通りである。) - 前記一般式(3a)で表される化合物は、下記一般式(13a)で表されるモルホリノ核酸モノマー誘導体である、請求項19に記載の化合物。
(一般式(13)中、R1~R4、R5a、R6、R7、R21a、及びBsは、前述の通りである。) - Arは、式ArOHで表されるフェノール化合物のpKaが6.4~7.7となるような、置換基を有し又は有しないアリール基を表す、請求項26に記載の化合物。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項25~27のいずれか1項に記載の化合物。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項28に記載の化合物。
- リン原子の立体化学が制御されている、請求項25~27のいずれか1項に記載の化合物。
- R1は、4-メトキシフェニル基である、請求項31に記載の化合物。
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