WO2023075123A1 - miRNA를 포함하는 대장암의 치료 및 전이 억제용 약학적 조성물 및 이의 용도 - Google Patents

miRNA를 포함하는 대장암의 치료 및 전이 억제용 약학적 조성물 및 이의 용도 Download PDF

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WO2023075123A1
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mirna
colorectal cancer
preventing
treating
pharmaceutical composition
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PCT/KR2022/013202
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조용범
김현호
김태원
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사회복지법인 삼성생명공익재단
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Definitions

  • the present invention relates to new uses of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as targets for treatment of colorectal cancer and inhibition of metastasis, and more specifically, the use of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p It relates to a kit for diagnosing colon cancer and a method for diagnosing colon cancer, including measuring the expression level. In addition, the present invention relates to a pharmaceutical composition for treating or inhibiting metastasis of colorectal cancer, including the miRNA-149-5p and miRNA-485-5p, and a method for screening a therapeutic substance.
  • cancer metastasis cancer metastasis
  • various existing treatment methods surgery, chemotherapy, radiation treatment.
  • Most of the patients in whom the primary tumor is observed before cancer metastasis has a very high treatment potential, but such patients are difficult to detect easily, and in most patients, metastasis of the cancer is already discovered at the time the primary tumor is observed.
  • Metastases of most cancers are multiple and systemic, and it is difficult to determine whether or not they exist, so the therapeutic efficacy is not satisfactory with current cancer treatment methods. Therefore, there is an urgent need to discover biomarkers that can serve as indicators for treatment and diagnosis of cancer occurrence and metastasis.
  • the present inventors have made research efforts to discover biomarkers that regulate the growth and metastasis of colorectal cancer.
  • the present invention was completed by confirming that growth and metastasis can be controlled.
  • an object of the present invention is to provide a pharmaceutical composition for preventing or treating colorectal cancer, containing miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as active ingredients.
  • an object of the present invention is to provide a pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer, containing miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as active ingredients.
  • Another object of the present invention is to provide a marker composition for diagnosing or diagnosing colorectal cancer, including miRNA-149-5p and miRNA-485-5p.
  • Another object of the present invention is to provide a kit for diagnosing or diagnosing the progression of colorectal cancer, including the marker composition.
  • the present invention comprises (a) measuring the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in a sample derived from a subject;
  • Another object is to provide a method for providing information for diagnosing the degree of progression.
  • the present invention comprises the steps of a) treating cells with a candidate substance in vitro;
  • c) for another purpose to provide a method for screening a therapeutic agent for colorectal cancer, comprising the step of selecting, as a substance for the treatment of colorectal cancer, a candidate substance whose expression levels of SHMT2 and IGFBP5 are suppressed compared to the candidate substance untreated group. do.
  • Another object of the present invention is to provide a method for preventing or treating colorectal cancer, comprising administering miRNA-149-5p and miRNA-485-5p to a subject in need thereof.
  • Another object of the present invention is to provide uses of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p for the preparation of drugs for preventing or treating colorectal cancer.
  • Another object of the present invention is to provide a method for preventing or treating metastasis of colorectal cancer, comprising administering miRNA-149-5p and miRNA-485-5p to a subject in need thereof.
  • Another object of the present invention is to provide uses of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p for the preparation of drugs for preventing or treating metastasis of colorectal cancer.
  • the present invention comprises the steps of (a) measuring the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in a subject; and
  • the present invention provides a pharmaceutical composition for preventing or treating colorectal cancer, containing miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as active ingredients.
  • the pharmaceutical composition for preventing or treating colorectal cancer may inhibit the level of one or more proteins selected from the group consisting of p-AKT and p-ERK.
  • the miRNA-149-5p may consist of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 1. At this time, at least 70%, preferably at least 80%, more preferably at least 90%, most preferably at least 95, 96, 97, 98, 99% or more sequence homology with the base sequence represented by SEQ ID NO: 1
  • the branch may include a nucleotide sequence.
  • the miRNA-485-5p may consist of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 2. At this time, at least 70%, preferably at least 80%, more preferably at least 90%, most preferably at least 95, 96, 97, 98, 99% or more sequence homology with the base sequence represented by SEQ ID NO: 2
  • the branch may include a nucleotide sequence.
  • the miRNA-149-5p and miRNA-485-5p may inhibit the expression level of one or more selected from the group consisting of SHMT2 and IGFBP5.
  • the present invention provides a composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer, comprising miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as active ingredients.
  • the pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer may increase the level of E-cadherin protein.
  • the pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer may inhibit the level of Vimentin protein.
  • the pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer may inhibit cell migration and invasion of colorectal cancer.
  • the present invention provides a marker composition for diagnosing or diagnosing colorectal cancer, including miRNA-149-5p and miRNA-485-5p.
  • the present invention provides a kit for diagnosing or diagnosing colorectal cancer progression, including the marker composition.
  • the present invention comprises (a) measuring the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in a sample derived from a subject;
  • the present invention comprises the steps of a) treating cells with a candidate substance in vitro;
  • a method for screening a therapeutic agent for colorectal cancer comprising the step of selecting, as a substance for the treatment of colorectal cancer, a candidate substance in which expression levels of SHMT2 and IGFBP5 are suppressed compared to a group not treated with the candidate substance.
  • the candidate material is a nucleic acid, siRNA, shRNA, microRNA, antisense RNA, aptamer, DNA (locked nucleic acid), PNA (peptide nucleic acid) and morpholino ) It may be selected from the group consisting of.
  • the present invention provides a method for preventing or treating colorectal cancer, comprising administering miRNA-149-5p and miRNA-485-5p to a subject in need thereof.
  • the present invention provides uses of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p for the preparation of drugs for preventing or treating colorectal cancer.
  • the present invention provides a method for preventing or treating metastasis of colorectal cancer, comprising administering miRNA-149-5p and miRNA-485-5p to a subject in need thereof.
  • the present invention provides uses of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p for the preparation of drugs for preventing or treating metastasis of colorectal cancer.
  • the present invention comprises the steps of (a) measuring the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in a subject; and
  • AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 are asRNAs that are specifically highly expressed in colorectal cancer patients, and as miRNAs related to AFAP1-AS1 and MLK7-AS1, miRNA-149-5p of the present invention and miRNA-485-5p were finally discovered. It was confirmed that when miRNA-149-5p and miRNA-485-5p were overexpressed or treated in the colorectal cancer cell line of the present invention, the growth and metastasis of colorectal cancer could be effectively inhibited. Through this, the biomarker of the present invention is expected to be widely used in the fields of diagnosis, progression level diagnosis, treatment and metastasis inhibition of colorectal cancer.
  • Figure 1 is a schematic diagram showing the experimental method carried out to discover the miRNA of the present invention.
  • Figure 2 shows the results of three miRNAs that are differentially expressed in colorectal cancer patient samples identified through RNA sequencing data analysis.
  • 3 is a result showing the total survival rate according to the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p.
  • Figure 4 is a result of confirming the relationship between asRNAs AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 and miRNAs miRNA-149-5p and miRNA-485-5p
  • Figure 4a shows the potential binding sites of the asRNA and miRNA
  • 4b is the result of confirming the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in colorectal cancer patient samples
  • FIG. 4c is the result of performing the RNP IP test in DLD-1, a colorectal cancer cell line. The results of confirming the expression levels of AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 in AGO2 RNP IP while regulating the expression of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in DLD-1, a cancer cell line.
  • Figures 4e and 4f show colorectal cancer This is the result of confirming the expression levels of AFAP1-AS1 (Fig. 4e) and MLK7-AS1 (Fig. 4f) by luciferase test while regulating the expression of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p of the cell line DLD-1.
  • Figure 5 shows the results of confirming the relationship and potential binding sites of asRNAs AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 and miRNAs miRNA-149-5p and miRNA-485-5p.
  • 5b and 5c are luciferase reporters designed to confirm the potential binding sites of AFAP1-AS1, miRNA-149-5p (Fig. 5b), and miRNA-485-5p (Fig. 5c).
  • 5D and 5E show the luciferase reporter sequences designed to identify potential binding sites for MLK7-AS1 and miRNA-149-5p (FIG. 5D) and miRNA-485-5p (FIG. 5E). it is shown
  • Figure 6 shows the results of confirming the effects of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p on growth, metastasis, etc. of colon cancer.
  • 1 or HT29 cells were treated to confirm the survival rate of colon cancer cells
  • FIG. 6b shows the effect of inhibiting colony formation ability
  • FIG. 6c shows the effect of inhibiting the expression of proliferation-related factors p-AKT and p-ERK
  • FIG. 6d shows the effect of inhibiting invasiveness.
  • Figure 6e is the result of confirming the migration function inhibitory effect
  • Figure 6f is the effect of regulating the expression level of EMT-related factors.
  • Figure 7 shows the results of confirming the effects of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p on growth, metastasis, etc. of colorectal cancer, respectively.
  • -1 or HT29 cells were respectively treated to confirm the survival rate of colon cancer cells
  • FIG. 7b shows the effect of inhibiting colony formation ability
  • FIG. 7c shows the effect of inhibiting invasiveness
  • FIG. 7d shows the result of confirming the effect of inhibiting migration ability.
  • Figure 8 confirms the relationship between the miRNAs of the present invention, miRNA-149-5p and miRNA-485-5p, and target genes.
  • Figure 8b is the result of confirming the expression level of SHMT2 and IGFBP5 according to the expression level of miRNA-149-5p or miRNA-485-5p
  • Figure 8c shows the expression of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p while regulating It is the result of confirming the expression levels of SHMT2 and IGFBP5 in AGO2 RNP IP
  • FIG. 8d is the result of confirming the expression levels of SHMT2 and IGFBP5 by luciferase test while regulating the expression of miRNA-149-5p.
  • FIG. 8b is the result of confirming the expression level of SHMT2 and IGFBP5 according to the expression level of miRNA-149-5p or miRNA-485-5p
  • Figure 8c shows the expression of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p while regulating It is the result of confirming the expression levels of SHMT2
  • FIG. 8e is the result of miRNA-485
  • the expression levels of SHMT2 and IGFBP5 were confirmed through a luciferase test while regulating the expression of -5p
  • FIG. 8f shows the protein expression levels of the target genes SHMT2 and IGFBP5 in miRNA-149-5p and miRNA-485-5p overexpression groups. This is the result confirmed by Western blotting.
  • Figure 9 confirms the relationship between the miRNAs of the present invention, miRNA-149-5p and miRNA-485-5p, and the potential binding sites of the target gene.
  • 9b and 9c show a luciferase reporter sequence designed to identify potential binding sites between SHMT2 and IGFBP5 and miRNA-149-5p
  • FIG. 9d shows SHMT2 and IGFBP5 and miRNA-485.
  • Figure 9e shows the protein expression of the target genes SHMT2 and IGFBP5 in the groups in which miRNA-149-5p and miRNA-485-5p were overexpressed, respectively. This is the result of confirming the level by Western blotting.
  • the present inventors have confirmed that the growth and metastasis of colorectal cancer can be regulated when miRNA-149-5p and miRNA-485-5p of the present invention are simultaneously treated, thereby completing the present invention.
  • the present invention provides a pharmaceutical composition for preventing or treating colorectal cancer, comprising miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as active ingredients.
  • miRNA-149-5p may consist of a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5 ⁇ -ucuggcuccgugucuucacuccc-3 ⁇
  • miRNA-485-5p is a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 5 ⁇ -agaggcuggccgugaugaauuc-3 ⁇ It may consist of a sequence.
  • Colorectal cancer which is a disease targeted by the present invention, refers to rectal cancer, colon cancer, and anal cancer
  • the biomarker of the present invention is related to the occurrence, development, and/or metastasis of colorectal cancer. It can be an index and can be used to diagnose the occurrence, development and/or metastasis of colorectal cancer.
  • prevention used in the present invention refers to all activities that suppress symptoms caused by colon cancer or delay the onset by administration of the pharmaceutical composition according to the present invention.
  • treatment used in the present invention refers to any activity that improves or beneficially changes symptoms of colon cancer by administration of the pharmaceutical composition according to the present invention.
  • the pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer of the present invention can inhibit the growth of colorectal cancer cells. Specifically, it may be to inhibit the level of one or more proteins selected from the group consisting of p-AKT and p-ERK.
  • the present invention provides a pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer, comprising miRNA-149-5p and miRNA-485-5p as active ingredients.
  • the pharmaceutical composition for preventing or treating metastasis of colorectal cancer of the present invention can inhibit epithelial to mesenchymal transition (EMT) of colorectal cancer cells.
  • EMT epithelial to mesenchymal transition
  • the inhibition of the epithelial-mesenchymal transition may be to enhance the expression of non-mentin (Vimentin, VIM) or suppress the expression of N-cad (N-cadherin) protein.
  • epithelial mesenchymal transition refers to a process in which epithelial cells lose their cell polarity and cell-to-cell adhesion and gain migration and invasiveness to become mesenchymal stem cells, which are various cell types. It is a multipotent stromal cell that can differentiate into Epithelial-mesenchymal transition is essential for numerous developmental processes, including mesoderm formation and neural tube formation, and is observed during wound healing, organ fibrosis, and cancer metastasis.
  • the present inventors confirmed through specific examples that the onset and metastasis of colorectal cancer can be treated when miRNA-149-5p and miRNA-485-5p of the present invention are simultaneously treated.
  • the present inventors finally discovered two miRNAs confirmed to interact with AFAP1-AS1 and MLK7-AS1, which were confirmed to have an effect on improving colorectal cancer in previous experiments. It was confirmed that the expression of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p finally discovered was reduced in the colorectal cancer patient group (see Example 3).
  • miRNA-149-5p and miRNA-485-5p of the present invention discovered above were overexpressed in colon cancer cell lines, and as a result of observing the improvement effect, inhibiting the proliferation of colon cancer cells It was confirmed, and it was confirmed through specific experiments that the metastasis of colon cancer cells can be suppressed by regulating the expression of factors related to epithelial-mesenchymal transition (increased expression of E-cadherin and decreased expression of vimentin) (Example 4 reference)
  • the present inventors confirmed through specific experiments that the onset, growth, metastasis, etc. of colorectal cancer can be significantly inhibited when miRNA-149-5p and miRNA-485-5p are simultaneously treated. .
  • pharmaceutical composition means prepared for the purpose of preventing or treating a disease, and may be formulated and used in various forms according to conventional methods, respectively.
  • oral formulations such as powders, granules, tablets, capsules, suspensions, emulsions, syrups, etc.
  • oral formulations such as powders, granules, tablets, capsules, suspensions, emulsions, syrups, etc.
  • the pharmaceutical composition according to the present invention may further include a pharmaceutically acceptable carrier.
  • the pharmaceutically acceptable carrier is one commonly used in formulation, and includes, but is not limited to, saline, sterile water, Ringer's solution, buffered saline, cyclodextrin, dextrose solution, maltodextrin solution, glycerol, ethanol, liposome, etc. It is not, and if necessary, other conventional additives such as antioxidants and buffers may be further included. In addition, diluents, dispersants, surfactants, binders, lubricants, etc.
  • compositions for injections such as aqueous solutions, suspensions, emulsions, etc., pills, capsules, granules, or tablets.
  • a suitable pharmaceutically acceptable carrier and formulation it can be preferably formulated according to each component using the method disclosed in Remington's Pharmaceutical Sciences (19th edition, 1995).
  • the pharmaceutical composition of the present invention is not particularly limited in dosage form, but may be formulated as an injection, an inhalant, an external preparation for the skin, or an oral intake.
  • the pharmaceutical composition of the present invention may be administered orally or parenterally (for example, intravenously, subcutaneously, intraperitoneally or topically applied) depending on the desired method, and the dosage may vary depending on the patient's condition, body weight and disease. Depending on the degree, drug form, administration route and time, it can be appropriately selected by those skilled in the art.
  • composition of the present invention is administered in a pharmaceutically effective amount.
  • pharmaceutically effective amount means an amount sufficient to treat a disease with a reasonable benefit / risk ratio applicable to medical treatment, and the effective dose level is the type of patient's disease, severity, activity of the drug, It may be determined according to factors including sensitivity to the drug, administration time, route of administration and excretion rate, duration of treatment, drugs used concurrently, and other factors well known in the medical field.
  • the pharmaceutical composition according to the present invention may be administered as an individual therapeutic agent or in combination with other therapeutic agents, may be administered sequentially or simultaneously with conventional therapeutic agents, and may be administered single or multiple times. Considering all of the above factors, it is important to administer an amount that can obtain the maximum effect with the minimum amount without side effects, which can be easily determined by those skilled in the art.
  • the present invention provides a method for preventing or treating colorectal cancer, comprising administering miRNA-149-5p and miRNA-485-5p to a subject in need thereof.
  • the present invention provides a method for preventing or treating metastasis of colorectal cancer, comprising administering miRNA-149-5p and miRNA-485-5p to a subject in need thereof.
  • administration means providing a given composition of the present invention to a subject by any suitable method.
  • the term "individual” used in the present invention means a subject in need of treatment of a disease, and more specifically, a human or non-human primate, mouse, dog, cat, horse, cow, etc. means mammals.
  • the present invention provides uses of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p for the manufacture of a drug for preventing or treating colorectal cancer.
  • the present invention provides the use of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p for the preparation of a drug for preventing or treating metastasis of colorectal cancer.
  • the present invention provides a marker composition for diagnosing or diagnosing colorectal cancer, including AFAP1-AS1 and MLK7-AS1.
  • the present invention provides a kit for diagnosing or diagnosing colorectal cancer, including the marker composition.
  • the present invention comprises (a) measuring the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in a sample derived from a subject;
  • the present invention comprises the steps of a) treating cells with a candidate substance in vitro;
  • c) providing a screening method for a drug for colorectal cancer comprising the step of selecting, as a substance for the treatment of colorectal cancer, a candidate substance in which expression levels of SHMT2 and IGFBP5 are suppressed compared to a group not treated with the candidate substance.
  • the candidate substance is a nucleic acid, but is not limited thereto, consisting of siRNA, shRNA, microRNA, antisense RNA, aptamer, DNA (locked nucleic acid), PNA (peptide nucleic acid) and morpholino. It may be selected from the group.
  • the present invention comprises (a) measuring the expression levels of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p in a subject;
  • RNA and RNA sequencing was performed using normal and cancer tissues of colorectal cancer patients who underwent surgery at Samsung Seoul Hospital, and analyzed using clinical data recorded at Samsung Seoul Hospital.
  • DLD-1 and HT29 colorectal cancer cells were purchased from the American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA) and cultured in RPMI 1640 (Gibco, Grand Island, NY, USA) with 10% FBS (Gibco, Grand Island, NY, USA). 1% penicillin-streptomycin (Gibco, Grand Island, NY, USA) was added and cultured in a 37°C 5% CO2 incubator.
  • Cell proliferation was measured in triplicate using fluorescence spectroscopy to determine cell viability by assessing the metabolic turnover of the water-soluble tetrazolium salt, WST-1 (Roche, Indianapolis, IN). Viability was evaluated in colorectal cancer cells at various times, and the assay was incubated at 37°C for 60 minutes by adding WST-1 directly to the cell culture medium. Absorbance was measured at a wavelength of 450 nm. Three experiments were performed for each experimental condition.
  • siRNA was purchased from bioneer (Korea). Transfection experiments were carried out using Lipofectamine RNAiMAX (Invitrogen), 1x105 cells per 60 dishes were used, and the transfection experiments were performed according to the instructions of the Lipofectamine manufacturer.
  • the cell migration rate was confirmed by photographing the width of the wounded cell monolayer at 0 and 48 hours after the cell monolayer was wounded.
  • transwell analysis was performed to confirm cell invasion.
  • phospho ERK (# 612358 BD), phospho AKT (#4060, Cell Signaling), Ecadherin (#3195, Cell Signaling), Vimentin (#MA5-11883, Thermo Fisher Scientific) and ⁇ -actin (#3700, Cell Signaling) It was used as a primary antibody, and after the primary antibody reaction, a secondary antibody conjugated to horseradish peroxidase (Santa-Cruz) was reacted. ⁇ -actin was used as a control in western blot analysis.
  • the cancer growth model is constructed by transplanting cancer cells under the skin of the flanks of BALB/c Nude mice. To measure the size, measure the length and width of the cancer tissue using a measuring ruler, and record the volume using the formula (short axis x short axis x long axis / 2). After the experiment is finished, the weight of the cancer tissue is measured.
  • the cancer metastasis model proceeds by injecting cancer cells into the spleen and then checking for liver metastasis.
  • RNA and small RNA sequencing of normal samples and 43 colorectal cancer patient samples for control and additional experiments were performed.
  • 9 DE (differentially expressed) asRNAs fold change >2, p ⁇ 0.05 were selected from patients with primary colorectal cancer, and the clinical impact of these asRNAs was identified in detail. To do so, survival analysis was performed on the sequencing data.
  • AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 showed a changed tendency in the overall survival analysis. More specifically, when survival analysis was performed separately for the two asRNAs, AFAP1-AS1 or MLK7-AS1 The group with high expression of MLK7-AS1 asRNA showed a worse prognosis than the group with low expression of asRNA, and this phenomenon was more pronounced than the case of high expression of AFAP1-AS1 or MLK7-AS1, respectively. It was specifically confirmed that the survival prognosis was worse in the case of Taking these results together, the present inventors selected AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 as asRNAs associated with colorectal cancer prognosis.
  • AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 which are asRNAs that showed high expression levels in colorectal cancer patients and cell lines in Example 2, were expected to interact with miRNAs, and experiments were performed to confirm a specific mechanism.
  • miRNA149-5p miRNA149-5p
  • miRNA485-5p miR485-5p
  • the overall selection method is shown in Figure 1. Specifically, as a result of prediction using miRNAs whose expression was reduced in the colorectal cancer patient group and the software, 285 miRNAs were primarily selected as candidates.
  • miRNAs having 2 or more binding sites, 7 or more seed sequences, and a binding score of less than -10 were selected.
  • gene expression analysis for suppressor miRNAs was performed.
  • three miRNAs with changed expression could be selected.
  • Survival analysis was performed on sequencing data samples to confirm the clinical results of three miRNAs in colorectal cancer patients.
  • miRNA145-5p and miRNA485-5p showed an altered trend in overall survival analysis.
  • the survival analysis for the two miRNAs, miRNA145-5p and miRNA485-5p showed that the group with low expression levels of the two miRNAs had a poorer prognosis than the group with high expression. .
  • the predicted binding site is shown in FIG. 4a.
  • the expression levels as shown in Figure 4b, it was confirmed that asRNA was up-regulated in colon cancer patient tissues, whereas the miRNA was down-regulated.
  • RNA-induced silencing complex the present inventors applied DLD-1, a colorectal cancer cell line, to AGO2 ribonucleoprotein immunoprecipitation assay (RNP IP) was performed.
  • RNP IP ribonucleoprotein immunoprecipitation assay
  • a luciferase-based assay was performed to confirm the direct interaction as described above. Specifically, two luciferase reporter plasmids containing the wild type and mutant sequences of the two asRNAs were constructed.
  • AFAP-AS1 contains two potential binding sites capable of binding to miRNA-149-5p and six potential binding sites capable of binding miRNA-485-5p.
  • a luciferase reporter sequence As shown in Figures 5b and 5c. did Each reporter sequence was transduced into a control, miRNA-149-5p overexpression group or miRNA-485-5p overexpression group to perform luciferase activity.
  • FIG. 4e overexpression of miRNA-149-5p or miRNA-485-5p suppressed luciferase expression in the wild type.
  • luciferase expression was not affected by the mutant reporter.
  • MLK7-AS1 contains two potential binding sites capable of binding to miRNA-149-5p and two potential binding sites capable of binding miRNA-485-5p.
  • MLK-AS1 the same luciferase experiment as for AFAP-AS1 was performed.
  • FIG. 4f overexpression of miRNA-149-5p or miRNA-485-5p inhibited luciferase expression in the wild type.
  • luciferase expression was not affected by the mutant reporter.
  • Example 2 and Example 3 the present inventors confirmed that inhibiting AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 asRNA inhibits the growth and metastasis of colorectal cancer in vitro, and this It was confirmed through specific experiments that the same AFAP1-AS1 and MLK7-AS1 asRNAs can interact with the miRNAs of the present invention, miRNA-149-5p and miRNA-485-5p.
  • miRNA-149-5p and miRNA-485-5p were transfected into DLD-1 and HT29 cells, which are colorectal cancer cell lines.
  • DLD-1 and HT29 cells which are colorectal cancer cell lines.
  • the viability of DLD-1 (Fig. 6a upper panel) and HT29 (Fig. 8a lower panel) cells increased. It was found that all decreased.
  • the proliferation ability of the colorectal cancer cell line was all reduced.
  • FIGS. 6B and 7B overexpression of the miRNA of the present invention reduced colony formation of colon cancer cells.
  • Target scan 7.1 was used to identify the target genes of miRNA-149-5p and miRNA-485-5p of the present invention. Through this, as shown in Figure 9a, it was possible to select two final mRNAs. In more detail, 30 mRNAs overlapping miRNA-149-5p and miRNA-485-5p were first selected through analysis, and sequences showing differential expression from sequencing data (Differentially Expressed seq) (fold change > 2, p ⁇ 0.05), 17 mRNAs were selected. Expression of 17 mRNAs was increased in the primary colorectal cancer cell line compared to the control group. The inventors knocked down or overexpressed miRNA-149-5p and miRNA-485-5p and confirmed the expression changes of the 17 mRNAs.
  • miRNA-145-5p and miRNA-485-5p bind directly to the two target genes by AGO2-miRNA RISC.
  • AG02 RNP IP was performed while either or both were overexpressed.
  • SHMT2 and IGFBP5 were enriched in DLD-1, a colorectal cancer cell line in which miRNA-145-5p and miRNA-488-5p were respectively or both overexpressed, as shown in FIG. 8c.
  • a luciferase reporter sequence was designed as shown in FIGS. 9B and 9C.
  • Each reporter was transduced into control group or miRNA-149-5p overexpression group DLD-1 cells, and then the level of luciferase activity was confirmed.
  • Fig. 8d overexpression of miRNA-149-5p suppressed luciferase expression in the wild type.
  • luciferase expression was not affected by the mutant reporter.

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Abstract

본 발명은 대장암(colorectal cancer)의 치료 및 전이 억제 표적으로서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 새로운 용도에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 상기 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 것을 포함하는 대장암의 진단용 키트 및 대장암의 진단방법에 관한 것이다. 또한 본 발명은 상기 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 포함하는 대장암의 치료 또는 전이 억제용 약학적 조성물 및 치료물질 스크리닝 방법에 관한 것이다. 본 발명의 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p를 대장암 세포주에서 과발현 시키거나 처리하는 경우, 대장암의 성장 및 전이를 효과적으로 억제할 수 있음을 최초로 규명한바, 본 발명의 바이오마커는 대장암의 진단, 진행 수준 진단, 치료 및 전이 억제 등의 분야에 폭넓게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

Description

miRNA를 포함하는 대장암의 치료 및 전이 억제용 약학적 조성물 및 이의 용도
본 발명은 대장암(colorectal cancer)의 치료 및 전이 억제 표적으로서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 새로운 용도에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 상기 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 것을 포함하는 대장암의 진단용 키트 및 대장암의 진단방법에 관한 것이다. 또한 본 발명은 상기 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 포함하는 대장암의 치료 또는 전이 억제용 약학적 조성물 및 치료물질 스크리닝 방법에 관한 것이다.
대장암은 병리학적으로는 대부분이 선암(adenocarcinoma)이며, 부위별로는 크게 결장암과 직장암으로 구분된다. 부위별 발생 빈도는 하부 대장, 즉 직장에서 발생하는 경우가 약 50%로 가장 높다. 최근의 연구 결과에 의하면, 식이습관의 변화로 한국에서도 대장암의 발생률과 그에 따른 사망률이 현저하게 증가하고 있으며, 최근 WHO에 따르면, 지난 20년간 암 진단을 받은 전체 인구수는 2000년 1,000만 명에서 2020년 1,930만 명으로 거의 2배가량 증가했으며, 이와 같은 숫자는 추후 더 늘어날 것으로 예상하고 있다. 2020년 발간된 국립암센터 보고서(국립암센터, DATA로 보는 암 동향 보고서 2020년)에 따르면, 대장암은 위암 다음으로 많이 발생하는 암(12.1%)이며, 대장암 사망률은 전체 암종 중 세번째로 높은 것으로 보고되고 있다.
대장암을 포함하는 대부분의 암환자는 현존하는 여러 치료방법(수술, 항암제, 방사선처리)을 이용하여도 암전이(metastasis)의 발생결과로서 주로 사망하게 된다. 암 전이가 일어나기 전에 1차 종양이 관찰된 환자의 대부분은 치료 가능성이 상당히 높지만 이런 환자는 쉽게 발견하기 어려우며, 대부분의 환자에서는 1차 종양이 관찰된 시점에서 이미 암의 전이가 발견된다. 대부분의 암의 전이는 다발성, 전신성이며, 그 존재 여부의 판정도 어렵기 때문에 현재의 암 치료방법으로는 치료효능이 만족스럽지 못하다. 따라서 암의 발생 및 전이 등의 치료 및 진단을 위한 지표가 될 수 있는 바이오마커의 발굴이 절실한 실정이다.
상기와 같은 배경하에, 본 발명자들은 대장암의 성장 및 전이를 조절하는 바이오마커를 발굴하고자 연구 노력한 결과, 본 발명의 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 동시에 처리하는 경우, 대장암의 성장 및 전이를 조절할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 마커 조성물을 제공하는 것을 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 키트를 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 (a) 대상체 유래의 시료에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암 또는 대장암 진행 정도의 진단을 위한 정보제공방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 a) in vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
b) 상기 세포에서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준을 측정하는 단계;
c) 상기 후보물질 비처리군에 비해 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준이 억제된 후보물질을 대장암의 치료용 물질로 선정하는 단계를 포함하는, 대장암의 치료제 스크리닝 방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료 방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 대장암의 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도를 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료 방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도를 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 (a) 대상체에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암의 진단 방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은, miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 p-AKT 및 p-ERK으로 이루어진 그룹에서 선택되는 하나 이상의 단백질 수준을 억제하는 것일 수 있다.
본 발명의 다른 실시예에 있어서, 상기 miRNA-149-5p는 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 것일 수 있다. 이때, 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열과 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95, 96, 97, 98, 99% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기서열을 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 실시예에 있어서, 상기 miRNA-485-5p는 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 것일 수 있다. 이때, 상기 서열번호 2로 표시되는 염기서열과 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95, 96, 97, 98, 99% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기서열을 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 실시예에 있어서, 상기 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p는 SHMT2 및 IGFBP5로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 발현 수준을 억제하는 것일 수 있다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 E-cadherin 단백질의 수준을 증진하는 것일 수 있다.
본 발명의 다른 실시예에 있어서, 상기 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 비멘틴(Vimentin) 단백질의 수준을 억제하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 실시예에 있어서, 상기 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 대장암의 세포 이동 및 침윤을 억제하는 것일 수 있다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 대상체 유래의 시료에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암 또는 대장암 진행 정도의 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 a) in vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
b) 상기 세포에서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준을 측정하는 단계;
c) 상기 후보물질 비처리군에 비해 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준이 억제된 후보물질을 대장암의 치료용 물질로 선정하는 단계를 포함하는, 대장암의 치료제 스크리닝 방법을 제공한다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 후보물질은 핵산으로서, siRNA, shRNA, microRNA, 안티센스 RNA, 앱타머(aptamer), DNA(locked nucleic acid), PNA(peptide nucleic acid) 및 모폴리노(morpholino)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 대장암의 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도를 제공한다.
또한, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 대상체에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암의 진단 방법을 제공한다.
본 발명자들은 대장암 환자에서 특이적으로 높게 발현되고 있는 asRNA인 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1를 확인하였으며, 상기 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1와 관련이 있는 miRNA로서, 본 발명의 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p를 최종적으로 발굴해 내었다. 본 발명의 대장암 세포주에서 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p을 과발현 시키거나 처리하는 경우, 대장암의 성장 및 전이를 효과적으로 억제할 수 있음을 확인하였다. 이를 통해, 본 발명의 바이오마커는 대장암의 진단, 진행 수준 진단, 치료 및 전이 억제 등의 분야에 폭넓게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.
단, 본 발명의 효과는 상기 효과로 한정되는 것은 아니며, 본 발명의 상세한 설명 또는 청구범위에 기재된 발명의 구성으로부터 추론 가능한 모든 효과를 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
도 1은 본 발명의 miRNA를 발굴하기 위해 진행한 실험방법을 나타낸 모식도이다.
도 2는 RNA 시퀀싱 데이터 분석을 통해 확인한, 대장암 환자 샘플에서 상이하게 발현하는 3개의 miRNA를 나타낸 결과이다.
도 3은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준에 따른 전체 생존율(total survival rate)을 나타낸 결과이다.
도 4는 asRNA인 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1과 miRNA인 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 관련성을 확인한 결과로서, 도 4a 상기 asRNA와 miRNA의 잠재적인 결합 부위를 나타낸 결과이고, 도 4b는 대장암 환자 샘플에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 확인한 결과이고, 도 4c는 대장암 세포주인 DLD-1에서 RNP IP 테스트를 수행한 결과이고, 도 4d는 대장암 세포주인 DLD-1에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현을 조절하면서 AGO2 RNP IP에서 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1의 발현수준을 확인한 결과이고, 도 4e 및 도 4f는 대장암 세포주인 DLD-1의 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현을 조절하면서 AFAP1-AS1(도 4e) 및 MLK7-AS1(도 4f)의 발현 수준을 루시퍼라제 테스트를 통해 확인한 결과이다.
도 5는 asRNA인 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1과 miRNA인 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 관련성 및 잠재적인 결합부위를 확인한 결과로서, 도 5a는 상기 asRNA의 발현 수준에 따른 miRNA의 발현 수준을 확인한 결과이고, 도 5b 및 도 5c는 AFAP1-AS1과 miRNA-149-5p(도 5b) 및 miRNA-485-5p(도 5c)의 잠재적인 결합부위를 확인하기 위해 설계한 루시퍼라제 리포터 시퀀스를 나타낸 것이고, 도 5d 및 도 5e는 MLK7-AS1과 miRNA-149-5p(도 5d) 및 miRNA-485-5p(도 5e)의 잠재적인 결합부위를 확인하기 위해 설계한 루시퍼라제 리포터 시퀀스를 나타낸 것이다.
도 6은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 처리했을 때, 대장암의 생장, 전이 등에 미치는 효과를 확인한 결과로서, 도 6a는 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 DLD-1 또는 HT29 세포에 처리하면서 대장암 세포의 생존율을 확인한 결과이고, 도 6b는 콜로니 형성능 억제 효과, 도 6c는 증식관련 인자인 p-AKT 및 p-ERK 발현 억제 효과, 도 6d는 침윤능 억제효과, 도 6e는 이동능 억제효과, 도 6f는 EMT 관련 인자의 발현 수준 조절 효과를 확인한 결과이다.
도 7은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 각각 처리했을 때, 대장암의 생장, 전이 등에 미치는 효과를 확인한 결과로서, 도 7a는 miRNA-149-5p 또는 miRNA-485-5p를 DLD-1 또는 HT29 세포에 각각 처리하면서 대장암 세포의 생존율을 확인한 결과이고, 도 7b는 콜로니 형성능 억제 효과, 도 7c는 침윤능 억제효과, 도 7d는 이동능 억제효과를 확인한 결과이다.
도 8은 본 발명 miRNA인 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p와 타겟으로 하는 유전자의 관련성을 확인한 것으로서, 도 8a는 대장암 환자 샘플에서 타겟 유전자인 SHMT2 및 IGFBP5의 발현수준을 확인한 결과이고, 도 8b는 miRNA-149-5p 또는 miRNA-485-5p의 발현 수준에 따른 SHMT2와 IGFBP5의 발현수준을 확인한 결과이고, 도 8c는 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현을 조절하면서 AGO2 RNP IP에서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현수준을 확인한 결과이고, 도 8d는 miRNA-149-5p의 발현을 조절하면서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준을 루시퍼라제 테스트를 통해 확인한 결과이고, 도 8e는 miRNA-485-5p의 발현을 조절하면서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준을 루시퍼라제 테스트를 통해 확인한 결과이고, 도 8f는 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p 과발현 그룹에서 타겟 유전자인 SHMT2 및 IGFBP5의 단백질 발현 수준을 웨스턴 블롯팅으로 확인한 결과이다.
도 9는 본 발명 miRNA인 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p와 타겟으로 하는 유전자의 관련성 및 잠재적인 결합 부위를 확인한 것으로서, 도 9a는 본 발명 miRNA가 타겟으로 하는 2개의 유전자를 찾기 위한 실험 과정을 나타낸 것이고, 도 9b 및 도 9c는 SHMT2 및 IGFBP5와 miRNA-149-5p와의 잠재적인 결합부위를 확인하기 위해 설계한 루시퍼라제 리포터 시퀀스를 나타낸 것이고, 도 9d는 SHMT2 및 IGFBP5와 miRNA-485-5p와의 잠재적인 결합부위를 확인하기 위해 설계한 루시퍼라제 리포터 시퀀스를 나타낸 것이고, 도 9e는 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p 각각이 과발현된 그룹에서 타겟 유전자인 SHMT2 및 IGFBP5의 단백질 발현 수준을 웨스턴 블롯팅으로 확인한 결과이다.
본 발명자들은 본 발명의 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 동시에 처리하는 경우, 대장암의 성장 및 전이를 조절할 수 있음을 확인하였는바, 이로써 본 발명을 완성하게 되었다.
이에, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다.
본 발명에 있어서, miRNA-149-5p는 서열번호 5`-ucuggcuccgugucuucacuccc-3`로 표시되는 염기서열로 이루어진 것일 수 있으며, miRNA-485-5p는 서열번호 5`-agaggcuggccgugaugaauuc-3` 로 표시되는 염기서열로 이루어진 것일 수 있다.
본 발명에서 대상으로 하는 질환인 "대장암(colorectal cancer; CRC)"은 직장암, 결장암 및 항문암을 통칭하는 것을 의미하며, 본 발명의 바이오마커는 대장암의 발생, 발전 및/또는 전이에 대한 지표가 될 수 있으며, 대장암의 발생, 발전 및/또는 전이의 진단에 이용될 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어 "예방"은, 본 발명에 따른 약학적 조성물의 투여에 의해 대장암에 의한 증상을 억제시키거나 발병을 지연시키는 모든 행위를 의미한다.
본 발명에서 사용되는 용어 "치료"는, 본 발명에 따른 약학적 조성물의 투여에 의해 대장암에 대한 증세가 호전되거나 이롭게 변경되는 모든 행위를 의미한다.
본 발명의 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 대장암 세포의 생장을 억제할 수 있다. 구체적으로 p-AKT 및 p-ERK으로 이루어진 그룹에서 선택되는 하나 이상의 단백질 수준을 억제하는 것일 수 있다.
본 발명의 다른 양태로서, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다.
본 발명의 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 대장암 세포의 상피간엽이행(epithelial to mesenchymal transition, EMT)을 억제할 수 있다. 구체적으로, 상기 상피간엽이행의 억제는 비멘틴(Vimentin, VIM)의 발현을 증진시키거나, N-cad(N-cadherin) 단백질의 발현을 억제하는 것일 수 있다.
본 발명에 있어서, "상피간엽이행(epithelial mesenchymal transition)"은 상피세포가 세포의 극성 및 세포 간 부착성을 잃고, 이동상 및 침습성을 얻음으로써 간엽 줄기세포가 되는 과정을 의미하며, 이들은 다양한 세포 유형으로 분화할 수 있는 다능성 기질세포(stromal cell)이다. 상피 간엽 이행은 중배엽 형성과 신경관 형성을 포함한 수많은 발달 과정에 필수적이며, 상처 치유, 장기 섬유화증 및 암 전이 과정에서 관찰된다.
본 발명자들은 구체적인 실시예를 통하여, 본 발명의 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 동시에 처리하는 경우, 대장암의 발병 및 전이 등을 치료할 수 있음을 확인하였다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 본 발명자들은 기존 실험에서 대장암 개선 효과가 있다고 확인한 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1와 상호작용을 하는 것으로 확인된 miRNA 2개를 최종적으로 발굴하였다. 이렇게 최종적으로 발굴해낸 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p는 대장암 환자군에서 발현이 감소하는 것을 확인할 수 있었다 (실시예 3 참조),
본 발명의 다른 실시예에 있어서, 상기에서 발굴해낸 본 발명의 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 대장암 세포주에서 과발현 시키고, 개선효과를 관찰해본 결과, 대장암 세포의 증식을 억제하는 것을 확인하였고, 상피간엽이행과 관련된 인자들의 발현을 조절하여(E-cadherin의 발현 증가 및 비멘틴의 발현 감소) 대장암 세포의 전이도 억제할 수 있음을 구체적인 실험을 통해 확인하였다(실시예 4 참조)
상기와 같은 결과를 통하여, 본 발명자들은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 동시에 처리하는 경우, 대장암의 발병, 성장, 전이 등을 유의하게 억제할 수 있음을 구체적인 실험을 통해 확인하였다.
한편, 본 발명에서 "약학적 조성물"은 질병의 예방 또는 치료를 목적으로 제조된 것을 의미하며, 각각 통상의 방법에 따라 다양한 형태로 제형화하여 사용될 수 있다. 예컨대, 산제, 과립제, 정제, 캡슐제, 현탁액, 에멀젼, 시럽 등의 경구형 제형으로 제형화할 수 있고, 외용제, 좌제 및 멸균 주사용액의 형태로 제형화하여 사용할 수 있다.
본 발명에 따른 약학적 조성물은 약학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함할 수 있다. 상기 약학적으로 허용되는 담체는 제제 시에 통상적으로 이용되는 것으로서, 식염수, 멸균수, 링거액, 완충 식염수, 사이클로덱스트린, 덱스트로즈 용액, 말토덱스트린 용액, 글리세롤, 에탄올, 리포좀 등을 포함하지만 이에 한정되지 않으며, 필요에 따라 항산화제, 완충액 등 다른 통상의 첨가제를 더 포함할 수 있다. 또한 희석제, 분산제, 계면활성제, 결합제, 윤활제 등을 부가적으로 첨가하여 수용액, 현탁액, 유탁액 등과 같은 주사용 제형, 환약, 캡슐, 과립, 또는 정제로 제제화할 수 있다. 적합한 약학적으로 허용되는 담체 및 제제화에 관해서는 Remington's Pharmaceutical Sciences (19th edition, 1995)에 개시되어 있는 방법을 이용하여 각 성분에 따라 바람직하게 제제화할 수 있다. 본 발명의 약제학적 조성물은 제형에 특별한 제한은 없으나 주사제, 흡입제, 피부 외용제, 또는 경구 섭취제 등으로 제제화할 수 있다.
본 발명의 약학적 조성물은 목적하는 방법에 따라 경구 투여하거나 비경구투여(예를 들어, 정맥 내, 피하, 복강내 또는 국소에 적용)할 수 있으며, 투여량은 환자의 상태 및 체중, 질병의 정도, 약물형태, 투여경로 및 시간에 따라 다르지만, 당업자에 의해 적절하게 선택될 수 있다.
본 발명의 약학적 조성물은 약학적으로 유효한 양으로 투여한다. 본 발명에 있어서 "약학적으로 유효한 양"은 의학적 치료에 적용 가능한 합리적인 수혜/위험 비율로 질환을 치료하기에 충분한 양을 의미하며, 유효용량 수준은 환자의 질환의 종류, 중증도, 약물의 활성, 약물에 대한 민감도, 투여 시간, 투여 경로 및 배출비율, 치료기간, 동시 사용되는 약물을 포함한 요소 및 기타 의학 분야에 잘 알려진 요소에 따라 결정될 수 있다.
본 발명에 따른 약학적 조성물은 개별 치료제로 투여하거나 다른 치료제와 병용하여 투여될 수 있고 종래의 치료제와는 순차적 또는 동시에 투여될 수 있으며, 단일 또는 다중 투여될 수 있다. 상기 요소들을 모두 고려하여 부작용 없이 최소한의 양으로 최대 효과를 얻을 수 있는 양을 투여하는 것이 중요하며, 이는 당업자에 의해 용이하게 결정될 수 있다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료 방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료 방법을 제공한다.
본 발명에서 사용되는 용어 "투여"는 임의의 적절한 방법으로 개체에게 소정의 본 발명의 조성물을 제공하는 것을 의미한다.
본 발명에서 사용되는 용어 "개체"란 질병의 치료를 필요로 하는 대상을 의미하고, 보다 구체적으로는, 인간 또는 비-인간인 영장류, 생쥐(mouse), 개, 고양이, 말, 및 소 등의 포유류를 의미한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 대장암의 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도를 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도를 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1을 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 (a) 대상체 유래의 시료에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암 또는 대장암 진행 정도의 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 a) in vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
b) 상기 세포에서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준을 측정하는 단계;
c) 상기 후보물질 비처리군에 비해 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준이 억제된 후보물질을 대장암의 치료용 물질로 선정하는 단계를 포함하는, 대장암 치료제 스크리닝 방법을 제공한다.
상기 후보물질은 핵산으로서, 이에 제한되는 것은 아니지만, siRNA, shRNA, microRNA, 안티센스 RNA, 앱타머(aptamer), DNA(locked nucleic acid), PNA(peptide nucleic acid) 및 모폴리노(morpholino)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 양태에 있어서, 본 발명은 (a) 대상체에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암의 진단 방법을 제공한다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
[실시예]
실시예 1. 실험 방법 및 준비
1-1. 환자 및 데이터 수집
삼성서울병원에서 수술받은 대장암환자의 정상조직, 암조직을 이용해서 small RNA 및 RNA 시퀀싱을 진행하였으며, 삼성서울병원에 기록되어있는 임상데이터를 활용하여 분석하였다.
1-2. 세포배양
American Type Culture Collection(ATCC, Manassas, VA)에서 DLD-1 및 HT29 대장암 세포를 구매하고 RPMI 1640 (Gibco, Grand Island, NY, USA)에 10% FBS (Gibco, Grand Island, NY, USA)와 1% 페니실린-스트렙토마이신 (Gibco, Grand Island, NY, USA)을 넣고 37℃ 5% CO2 배양기에서 배양하였다.
1-3. 세포 증식 분석
세포 증식은 water-soluble tetrazolium salt인 WST-1(Roche, Indianapolis, IN)의 대사 전환을 평가함으로써 세포 생존력을 결정하는 형광파장 분석을 사용하여 3회 측정되었다. 생존력은 대장암 세포에서 다양한 시간에 평가되었고, 분석은 WST-1을 세포배양배지에 직접 첨가하여 37℃에서 60분 동안 배양하였다. 흡광도는 파장 450nm에서 측정하였다. 세 가지 실험이 각 실험 조건에 대해 수행되었다.
1-4. siRNA 형질주입
siRNA는 bioneer(한국)로부터 구입하였다. Lipofectamine RNAiMAX (Invitrogen)를 사용하여 형질주입 실험을 진행하였고, 60 dish 1개당 1x105 세포를 사용하였으며, 형질주입 실험 방법은 Lipofectamine 제조사의 지시에 따라 진행하였다.
1-5. 세포이동 및 침윤 분석
세포 이동을 확인하고자 세포 단층에 상처를 입힌 후 0시간과 48시간에 상처를 낸 세포 단층의 폭을 촬영하여 세포 이동률을 확인하였다. 또한 세포 침윤을 확인하고자 transwell 분석을 진행하였다.
1-6. 세포용해 및 Western blot 분석
전체 세포 추출물을 얻기 위해 Pro-prep buffer (Intron Biotechnology, Seoul, Korea)에 protease inhibitor와 phosphatase inhibitor를 포함하여 세포를 용해시켰다. 10-60μg의 단백질 추출물을 SDS-PAGE로 분석하고 PVDF membrane으로 옮긴 후 BSA와 skim milk를 사용하여서 blocking 및 antibody를 반응시켰다. phospho ERK (# 612358 BD), phospho AKT (#4060, Cell Signaling), Ecadherin(#3195, Cell Signaling), Vimentin(#MA5-11883, Thermo Fisher Scientific) 그리고 β-actin (#3700, Cell Signaling)을 1차 항체로 사용하였고, 1차 항체 반응 후에 horseradish peroxidase (Santa-Cruz)에 접합된 2차 항체를 반응시켰다. β-actin은 western blot 분석에서 대조군으로 사용되었다.
1-7. 마우스 암 성장 및 전이모델
암 성장모델은 BALB/c Nude mouse의 옆구리쪽 피하에 암세포를 이식하는 방법으로 구축한다. 크기의 측정은 측정용 자를 이용하여서 암조직의 가로와 세로를 측정하여 (단축 x 단축 x 장축 / 2) 공식을 이용하여 부피를 기록한다. 실험 종료후에는 암조직의 무게를 측정한다. 암 전이 모델은 암세포를 비장에 주입한 후 간전이 여부를 확인하는 방법으로 진행한다.
실시예 2. 대장암 환자 샘플에서 신규한 asRNA의 발현 확인
대장암(colorectal cancer, CRC)환자에서 변화한 발현수준을 보여주는 asRNA를 탐색하기 위하여, 대조를 위한 정상 샘플 및 43명의 대장암 환자 샘플에 대한 RNA 및 small RNA 시퀀싱 및 추가적인 실험을 수행하였다. 시퀀싱 결과, 원발성 대장암(primary colorectal cancer) 환자에서 9개의 DE(differentially expressed) asRNA(fold change >2, p<0.05)를 선발해 내었으며, 이렇게 선발해낸 asRNA가 임상에 미치는 영향을 구체적으로 파악하기 위해, 시퀀싱 데이터에서 생존 분석을 수행하였다.
그 결과, asRNA 중, AFAP1-AS1과 MLK7-AS1은 전체 생존 분석(overall survival analysis)에서 변화된 경향성을 보여주었으며, 보다 구체적으로 상기 2개의 asRNA에 대해 생존분석을 별도로 수행했을 때, AFAP1-AS1 또는 MLK7-AS1 asRNA를 높게 발현하는 그룹은 낮은 asRNA의 발현을 보여주는 그룹보다 나쁜 예후를 보여주었으며, 이와 같은 현상은 AFAP1-AS1 또는 MLK7-AS1 각각 높게 발현하는 경우보다, 상기 2가지 asRNA를 동시에 높게 발현하는 경우에 더 나쁜 생존예후를 보여줌을 구체적으로 확인할 수 있었다. 이와 같은 결과를 종합하여 본 발명자들은 대장암의 예후와 관련된 asRNA로서 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1을 선정하였다.
실시예 3. AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1가 타겟팅 하는 신규한 miRNA의 확인
상기 실시예 2에서 대장암 환자 및 세포주에서 높은 발현 수준을 보여준 asRNA인 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1이 miRNA와 상호작용을 수행하는 것으로 예상되어, 구체적인 매커니즘 확인을 위한 실험을 수행하였다. 매커니즘 예측 소프트웨어를 활용하여 예상 miRNA를 예측해본 결과, asRNA가 타겟으로 하는 miRNA로서, miRNA149-5p(miR149-5p) 및 miRNA485-5p(miR485-5p)를 최종적으로 선정할 수 있었다. 전체적인 선정방법은 도 1에 나타내었다. 구체적으로 대장암 환자 군에서 발현이 감소된 miRNA와 상기 소프트웨어를 활용하여 예측한 결과, 285개의 miRNA가 1차적으로 후보로 선정되었다. 이들 중에서, 2개 이상의 결합 부위, 7개 이상의 시드 서열(seed sequence), 및 -10 미만의 결합 점수(binding score)를 가지는 25개의 miRNA를 선정하였다. 매칭된 정상 샘플에 비해 1차 대장암 환자 샘플에서 발현 수준이 변화한 miRNA를 확인하기 위해, 억제인자 miRNA에 대한 유전자 발현 분석을 수행하였다. 그 결과, 도 2에 나타낸 바와 같이, 3개의 발현이 변화한 miRNA(fold change 변화 < 0.7, p < 0.05)를 선정할 수 있었다. 대장암 환자에서 3개의 miRNA 임상 결과를 확인하기 위하여 서열분석 데이터 샘플에서 생존 분석을 수행하였다. miRNA 중에서, miRNA145-5p 및 miRNA485-5p는 전체 생존 분석(overall survival analysis)에서 변경된 경향을 나타내었다. 상기 2가지 miRNA인 miRNA145-5p 및 miRNA485-5p에 대한 생존 분석은 도 3에 나타낸 바와 같이, 상기 2가지 miRNA의 낮은 발현 수준을 나타내는 그룹이 높은 발현을 보여주는 그룹보다 불량한 예후를 보이는 것을 확인할 수 있었다.
상기와 같이 대장암 환자의 예후와 관련된 것으로 확인된 miRNA와 상기 asRNA의 관련성을 확인했을 때, 예측되는 결합 부위를 도 4a에 나타내었다. 구체적으로 발현수준을 비교했을 때, 도 4b에 나타낸 바와 같이, asRNA는 대장암 환자 조직에서 상향조절되는 것에 반해, 상기 miRNA는 하향조절되는 것을 확인할 수 있었다.
상기 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1과 miRNA의 상호작용이 RNA-유도 사일런싱 복합체(RNA-induces silencing complex, RISC)에 의한 것인지 여부를 확인하기 위하여, 본 발명자들은 대장암 세포주인 DLD-1 세포에 AGO2 리보핵산 단백질 면역침전 분석(AGO2 ribonucleoprotein immunoprecipitation, RNP IP)을 수행하였다. 그 결과, 도 4c에 나타낸 바와 같이, AGO2가 IgG와 비교할 때, AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1에서 더 풍부함을 확인할 수 있었다. 상기와 같은 결과에 기초하여 본 발명자들은 상기 asRNA가 AGO2-miRNA RISC에 의해 본 발명의 miRNA에 결합할 수 있음을 확인하였다. 추가로 miRNA145-5p 및 miRNA485-5p 각각을 과발현시키거나 또는 모두 과발현시킨 다음, AG02 RNP IP를 수행하였다. 그 결과, 본 발명의 miRNA는 상기 asRNA와 직접적으로 결합한다는 것을 예상할 수 있었다(도 4d).
상기와 같은 직접적인 상호작용 여부를 확인하기 위하여 루시퍼라제-기반 검정을 수행하였다. 구체적으로, 상기 2가지 asRNA의 야생형 서열, 돌연변이형 서열을 포함하는 2가지 루시퍼라제 리포터 플라스미드를 제작하였다.
2가지 asRNA 중, AFAP-AS1은 miRNA-149-5p와 결합 가능한 2개의 잠재적인 결합부위 및 miRNA-485-5p와 결합가능한 6개의 잠재적인 결합부위를 포함한다. AFAP1-AS1이 잠재적인 결합 부위를 표적화함으로써 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 억제하는지 여부를 확인하기 위하여, 본 발명자들은 도 5b 및 도 5c에 나타낸 바와 같이, 루시퍼라제 리포터 서열을 설계하였다. 각각의 리포터 서열을 대조군, miRNA-149-5p 과발현군 또는 miRNA-485-5p 과발현군에 형질도입하여 루시퍼라제 활성을 수행하였다. 그 결과, 도 4e에 나타낸 바와 같이, miRNA-149-5p 또는 miRNA-485-5p의 과발현이 야생형에서 루시퍼라제 발현을 억제함을 보여주었다. 그러나, 루시페라아제 발현은 돌연변이 리포터에 의해 영향을 받지 않았다.
나머지 asRNA인 MLK7-AS1은 miRNA-149-5p와 결합 가능한 2개의 잠재적인 결합부위 및 miRNA-485-5p와 결합가능한 2개의 잠재적인 결합부위를 포함한다. MLK-AS1에 대해서도 상기 AFAP-AS1과 같은 루시퍼라제 실험을 수행하였다. 그 결과, 도 4f에 나타낸 바와 같이, miRNA-149-5p 또는 miRNA-485-5p의 과발현이 야생형에서 루시퍼라제 발현을 억제함을 보여주었다. 그러나, 루시페라아제 발현은 돌연변이 리포터에 의해 영향을 받지 않았다.
상기와 같은 결과를 통해 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1은 RISC와의 결합을 통해 본 발명의 2가지 miRNA의 발현을 억제함을 구체적인 실험을 통해 확인하였다(도 5a).
실시예 4. 대장암 세포주에서 본 발명 miRNA 과발현에 따른 효과 확인
4-1. 본 발명 miRNA 과발현에 따른 대장암 세포 증식 억제 효과 확인
상기 실시예 2 및 실시예 3의 결과를 통해, 본 발명자들은 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1 asRNA를 억제하는 경우, 시험관 내(in vitro)에서 대장암의 성장 및 전이를 억제하는 것을 확인하였고, 이와 같은 AFAP1-AS1 및 MLK7-AS1 asRNA는 본 발명의 miRNA인 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p와 상호작용을 할 수 있음을 구체적인 실험을 통해 확인하였다.
본 발명 miRNA 들의 발현에 따른 효과를 확인하기 위하여, 대장암 세포주인 DLD-1 및 HT29 세포에 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p를 형질감염 시켰다. WST-1 세포 증식 분석을 수행했을 때, miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p를 공동으로 과발현 시켰을 때, DLD-1(도 6a 상측 패널) 및 HT29(도 8a 하측 패널) 세포의 생존력이 모두 감소함을 확인할 수 잇었다. 또한, 상기 miRNA를 각각 과발현 시킨 경우에도, 도 7a에 나타낸 바와 같이, 대장암 세포주의 증식능력이 모두 감소됨을 확인할 수 있었다. 본 발명 miRNA의 과발현은 도 6b 및 도 7b에 나타낸 바와 같이, 대장암 세포의 콜로니 형성을 감소시켰다.
4-2. 본 발명 miRNA의 증식 억제 메커니즘 확인
상기 실시예 4-1에서 확인한 본 발명 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p의 증식 억제가 어떠한 메커니즘을 통해 이루어지는지를 확인하기 위하여, 2개의 miRNA를 과발현한 세포주에서 증식관련 유전자에 대한 웨스턴 블롯팅을 수행하였다. 그 결과, 도 6c에 나타낸 바와 같이, p-AKT 및 p-ERK는 본 발명 miRNA의 과발현에 의해 발현이 억제됨을 확인하였다.
4-3. 본 발명 miRNA의 전이 억제 효과 및 메커니즘 확인
본 발명 miRNA의 과발현이 대장암의 전이에도 영향을 주는지 여부를 구체적으로 확인하기 위하여 DLD-1 및 HT29 대장암 세포주의 침윤 및 이동에 대한 miRNA 과발현 효과를 확인하였다. 트랜스웰(transwell) 분석을 수행한 결과, 도 6d에 나타낸 바와 같이, 세포의 침습능력이 miRNA 과발현 군에서 상당히 감소됨을 확인할 수 있었고, 도 7c에 나타낸 바와 같이, 침윤속도 또한 감소시킴을 확인할 수 있었다. 상처치유분석(wound-healing assay)를 수행했을 때에도 도 6e에 나타낸 바와 같이, 대조군에 비해 세포 이동성을 상당수준 억제함을 확인하였다. 본 발명 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p 각각의 과발현시켜 각각의 효과를 확인해 보았을때, 각각의 효과는 도 7d에 나타낸 바와 같이, 유사한 수준을 나타내었다.
상기와 같은 전이 억제효과의 메커니즘을 확인하기 위하여, 본 발명 miRNA를 과발현시켰을 때, 상피간엽이행(epithelial to mesenchymal transition, EMT) 관련 인자의 발현을 웨스턴 블롯팅을 수행하여 확인하였다. 그 결과, 도 6f에 나타낸 바와 같이, EMT관련 인자 중, E-cadherin의 발현이 증가하고 및 비멘틴(vimentin)의 발현이 저하됨을 확인할 수 있었다. 상기와 같은 결과를 통해 본 발명자들은 본 발명의 miRNA를 과발현 시키는 경우, 암세포의 전이를 억제할 수 있음을 확인하였고, 이는 EMT 관련 인자의 발현 조절을 통해 이루어지는 것을 구체적인 실험을 통해 확인하였다.
실시예 5. 본 발명 miRNA의 타겟 유전자 확인
본 발명의 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p의 표적 유전자를 확인하기 위하여 Target scan 7.1를 사용하였다. 이를 통해 도 9a에 나타낸 바와 같이, 2개의 최종적인 mRNA를 선정해낼 수 있었다. 그 과정은 보다 구체적으로 분석을 통하여 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p와 오버랩되는 30개의 mRNA 들을 처음 선발하였고, 서열분석 데이터로부터 발현이 상이하게 나타난 서열(Differentially Expressed seq)(fold change > 2, p < 0.05)인 17개의 mRNA를 선별하였다. 17개의 mRNA는 대조군에 비해 1차 대장암 세포주에서 발현이 증가되어 있었다. 본 발명자들은 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p을 녹다운 하거나 과발현 시키면서 상기 17개 mRNA의 발현변화를 확인하였다. 최종적으로 본 발명 miRNA의 타겟으로서, 2개의 유전자(SHMT2 및 IGFBP5)를 선별하였다. 발현수준을 확인했을 때, 도 8a에 나타낸 바와 같이, 대장암 세포주에서 miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현은 억제되는 것에 반해, miRNa-149-5p 및 miRNA-485-5p가 타겟으로 하는 유전자인 SHMT2 및 IGFBP5는 발현이 상향조절됨을 확인할 수 있었다. 스피어만 상관분석(Spearman correlation analysis)를 수행했을 때, 도 8b에 나타낸 바와 같이, 본 발명 miRNA들과 타겟으로 하는 유전자 사이의 상반되는 관계(negative relationship)을 가지고 있음을 확인하였다.
miRNA-145-5p 및 miRNA-485-5p가 AGO2-miRNA RISC에 의해 2개의 표적 유전자에 직접 결합하는지 여부를 확인하기 위해, 본 발명자들은 miRNA-145-5p, miRNA-488-5p 각각을 과발현 시키거나 모두를 과발현 시키면서 AG02 RNP IP를 수행하였다. 그 결과, SHMT2 및 IGFBP5는 도 8c에 나타낸 바와 같이, miRNA-145-5p, miRNA-488-5p가 각각 또는 모두 과발현된 대장암 세포주인 DLD-1에서 농축되어 있었다.
본 발명의 miRNA 중, miRNA-149-5p가 잠재적인 결합 부위를 표적화 함으로써, SHMT2 및 IGFBP5를 억제하는지 여부를 확인하기 위하여, 도 9b 및 도 9c에 나타낸 바와 같이, 루시페라아제 리포터 서열을 설계하였다. 각각의 리포터를 대조군 또는 miRNA-149-5p 과발현 군 DLD-1 세포에 형질도입한 다음, 루시퍼라제 활성 수준을 확인하였다. 그 결과, 도 8d에 나타낸 바와 같이, miRNA-149-5p의 과발현이 야생형에서 루시퍼라제 발현을 억제함을 보여주었다. 그러나, 루시페라아제 발현은 돌연변이 리포터에 의해 영향을 받지 않았다.
상기와 같은 실험을 miRNA-485-5p에 수행하였다. 루시퍼라제 리포터 서열을 도 9d에 나타낸 바와 같이 설계하였으며, DLD-1 세포내로 형질도입한 다음, 루시퍼라제 활성 수준을 확인하였다. 그 결과, 도 8e에 나타낸 바와 같이, miRNA-485-5p의 과발현이 야생형에서 루시퍼라제 발현을 억제함을 보여주었다. 그러나, 루시페라아제 발현은 돌연변이 리포터에 의해 영향을 받지 않았다.
추가적으로 수행한 웨스턴 블롯팅 결과는 도 8f 및 도 9e에 나타낸 바와 같이, miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 과발현에 의해 SHMT2 및 IGFBP5의 발현이 감소하는 것을 확인시켜 주었다. 본 발명자들은 상기와 같은 결과를 통해 본 발명의 miRNA들이 SHMT2 및 IGFBP5를 타겟으로 하고 있으며, 과발현되는 경우 타겟 유전자의 발현을 억제하는 것을 확인하였다.
상기 진술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.

Claims (18)

  1. miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 대장암의 예방 또는 치료용 조성물은 p-AKT 및 p-ERK으로 이루어진 그룹에서 선택되는 하나 이상의 단백질 수준을 억제하는 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 miRNA-149-5p는 서열번호 1로 표시되는 염기서열로 이루어진 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 miRNA-485-5p는 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어진 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  5. 제1항에 있어서,
    상기 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p는 SHMT2 및 IGFBP5로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 발현 수준을 억제하는 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  6. miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 유효성분으로 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 E-cadherin의 단백질의 수준을 증진시키는 것인, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  8. 제6항에 있어서,
    상기 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 비멘틴(Vimentin) 단백질의 수준을 억제하는 것인, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  9. 제6항에 있어서,
    상기 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 대장암의 세포 이동 및 침윤을 억제하는 것을 특징으로 하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
  10. miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 마커 조성물.
  11. 제10항의 마커 조성물을 포함하는, 대장암의 진단용 또는 진행 진단용 키트.
  12. (a) 대상체 유래의 시료에서 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (b) miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 발현 수준을 측정한 결과, 정상 대조군 보다 감소한 경우, 대장암의 판정 또는 대장암이 진행 중이라고 판정하는 단계를 포함하는, 대장암 또는 대장암 진행 정도의 진단을 위한 정보제공방법.
  13. a) in vitro 상에서 세포에 후보물질을 처리하는 단계;
    b) 상기 세포에서 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준을 측정하는 단계;
    c) 상기 후보물질 비처리군에 비해 SHMT2 및 IGFBP5의 발현 수준이 억제된 후보물질을 대장암의 치료용 물질로 선정하는 단계를 포함하는, 대장암의 치료제 스크리닝 방법.
  14. 제13항에 있어서,
    상기 후보물질은 핵산으로서, siRNA, shRNA, microRNA, 안티센스 RNA, 앱타머(aptamer), DNA(locked nucleic acid), PNA(peptide nucleic acid) 및 모폴리노(morpholino)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 스크리닝 방법.
  15. miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료 방법.
  16. 대장암의 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도.
  17. miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p를 이를 필요로 하는 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암의 전이 예방 또는 치료 방법.
  18. 대장암의 전이 예방 또는 치료용 약제의 제조를 위한 miRNA-149-5p 및 miRNA-485-5p의 용도.
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