WO2022243981A1 - MÉTODO PARA CUANTIFICAR mRNA SUBGENÓMICO Y DETERMINAR ACTIVIDAD DE REPLICACIÓN VIRAL - Google Patents

MÉTODO PARA CUANTIFICAR mRNA SUBGENÓMICO Y DETERMINAR ACTIVIDAD DE REPLICACIÓN VIRAL Download PDF

Info

Publication number
WO2022243981A1
WO2022243981A1 PCT/IB2022/054767 IB2022054767W WO2022243981A1 WO 2022243981 A1 WO2022243981 A1 WO 2022243981A1 IB 2022054767 W IB2022054767 W IB 2022054767W WO 2022243981 A1 WO2022243981 A1 WO 2022243981A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
virus
viral replication
sgrna
cov
quantifying
Prior art date
Application number
PCT/IB2022/054767
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Miguel Eduardo MANTILLA CÁRDENAS
Carlos Riveros
Original Assignee
Rivanima Therapeutics De Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Rivanima Therapeutics De Corp filed Critical Rivanima Therapeutics De Corp
Publication of WO2022243981A1 publication Critical patent/WO2022243981A1/es

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7042—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings
    • A61K31/7048—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having oxygen as a ring hetero atom, e.g. leucoglucosan, hesperidin, erythromycin, nystatin, digitoxin or digoxin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/56—Compounds containing cyclopenta[a]hydrophenanthrene ring systems; Derivatives thereof, e.g. steroids
    • A61K31/57—Compounds containing cyclopenta[a]hydrophenanthrene ring systems; Derivatives thereof, e.g. steroids substituted in position 17 beta by a chain of two carbon atoms, e.g. pregnane or progesterone
    • A61K31/573—Compounds containing cyclopenta[a]hydrophenanthrene ring systems; Derivatives thereof, e.g. steroids substituted in position 17 beta by a chain of two carbon atoms, e.g. pregnane or progesterone substituted in position 21, e.g. cortisone, dexamethasone, prednisone or aldosterone
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/007—Pulmonary tract; Aromatherapy
    • A61K9/0073—Sprays or powders for inhalation; Aerolised or nebulised preparations generated by other means than thermal energy
    • A61K9/0078—Sprays or powders for inhalation; Aerolised or nebulised preparations generated by other means than thermal energy for inhalation via a nebulizer such as a jet nebulizer, ultrasonic nebulizer, e.g. in the form of aqueous drug solutions or dispersions
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2300/00—Mixtures or combinations of active ingredients, wherein at least one active ingredient is fully defined in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Definitions

  • the present invention is in the field of biotechnology, infectious diseases and medical diagnosis, particularly in the field of methods for the detection and quantification of biomarkers of viral replication and their application to the determination of the reduction of viral replication.
  • SARS-CoV-2 severe acute respiratory syndrome type-2 coronavirus
  • CQVID-19 SARS-CoV-2
  • COV1D-19 continues to be an unprecedented challenge for health authorities around the world, particularly due to the transmissibility and pathogenicity of the different virus variants.
  • RT-PCR reverse transcriptase-polymerase chain reaction
  • the detection of the virus by this means does not provide information related to the severity and course of the disease, as proposed in the article by Liu et al (Viral dynamics in mild and severe cases of COVID-19. Lancet Infectious Dis - March 19, 2020), where it was observed that patients with severe infection tend to have a higher viral load (on the order of 60 times more than that of patients with moderate infection) and a longer virus propagation period. . Additionally, in cases of moderate infection, a clearing of the virus earlier (90% of patients were negative by RT-PCR on day 10 from the onset of the disease), in contrast to cases of severe infection, where the test remained positive until after day 10. These Results suggest that the viral load of SARS-CoV -2 may be a useful biomarker to assess the severity and prognosis of the disease.
  • the present disclosure refers to a method for quantifying a biomarker of replication of a human respiratory virus, which is subgenomic mRNA.
  • the human respiratory virus is a coronavirus, and more particularly SARS-CoV-2.
  • the described method additionally allows monitoring of a drug delivery system to reduce viral replication of a respiratory virus in the mucosa of the upper and lower respiratory tract in a patient infected with said virus,
  • FIG. I Difference in viral replication between the group treated with the drug (ivermectin + dexamethasone) in white and the placebo group in black using the Wilcoxon-Mann-Whitney statistical test. A heterogeneous distribution of the sg RNA values is observed in the two groups and a shift to the left in the treatment group from the fifth day.
  • FIG. 2 Identification of subgenomic mRNA in Group 2. (placebo) at days 0, 3, 5 and 7 of treatment.
  • FIG. 3 Quantification of subgenomic mRNA in Group 1 (ivermectin + dexamethasone) at days 0, 3, 5 and 7 of treatment.
  • FIG. 4 Comparison between the behavior of Group 1 and Group 2. It is observed how the overlap between the two groups decreases progressively day by day until day 7, when no overlap is observed between the two groups.
  • FIG. 5 Calibration curve obtained from Ct values of four standards with plasmid concentrations of 10 2 , i 0 3 , 10 4 and 10 5 . The values of the standards and the interpolated values from qPCR results are observed.
  • FIG, 6 Schematic representation of the pORF plasmid with the insert of the amplified of the conserved region of the gene that corresponds to the subgenomic mRNA of interest.
  • FIG. 7 Result of the comparison between the antigen test and the quantification of sgRNA
  • a biomarker or biological marker is a substance or structure that can be objectively measured and evaluated and serves as an indicator of a biological or pathogenic process or as an indicator of response to a therapeutic intervention.
  • a human respiratory virus is selected from among, without being limited to, RNA viruses, respiratory syncytial virus, parainfluenza virus, metapneumovirus, rhinovirus, and coronavirus, where RNA virus is understood to be the virus that uses importin (IMP) a/b ⁇ and are selected from DENV 1-4, Western Child virus, Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) and influenza.
  • RNA virus is understood to be the virus that uses importin (IMP) a/b ⁇ and are selected from DENV 1-4, Western Child virus, Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) and influenza.
  • the coronavirus is selected from SARS-COV virus, SARS-COV-2 virus and MERS-CoV virus.
  • the virus is SARS-COV-2.
  • the method of the present disclosure comprises quantifying subgenomic mRNA (sgRNA) in a sample from a patient infected with a human respiratory virus.
  • the method comprises quantifying sgRNA from a coronavirus.
  • the coronavirus is SARS-CoV-2.
  • the SARS-CoV-2 sgRNA is selected from, but not limited to, S, 3, E, M, WHSA, 6, 7a, 7b, and 8.
  • the sgRNA is WHSA.
  • the quantification of the sgRNA according to the present disclosure can be carried out by any method known in the art.
  • the method for quantifying sgRNA comprises reverse transcribing rnRNA, amplifying cDNA obtained from reverse transcription, and quantifying the amplified cDNA by inserting into a plasmid having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1. , or a nucleotide sequence with 90 to 99% identity to SEQ ID NO: 1.
  • the RNA is extracted by any method known in the art.
  • a commercial RNA extraction kit is used.
  • the VN143 Viral RNA Mini Kit (Genolution) kit is used.
  • the extraction stage comprises an elution period of 120 seconds, an iisis temperature of 65 °C, and an additional lysis time of 30 seconds.
  • the kit comprises sgRNA primers selected from, but not limited to S, 3, E, M, WEISA, 6, 7a, 7b, and 8.
  • the initiators are selected from, without being limited to: TGTTTCTTCTGCATGTGCGAGC; (SEQ ID NO. 2) GAAATCTTTAACGTTCCATATC; (SEQ ID NO, 3) TGCATTGTTGATAATGTTGTTG: (SEQ ID NO. 4) TGAGTCACATCTGTGACATCAC; (SEQ ID NO. 5)
  • the specific primer is WHSA-29950R, which has the sequence: TCTCCTAAGAAGCTATTAAAAT (SEQ ID NO. 1 i).
  • the cDNA obtained from reverse transcription is amplified by qPCR with a kit known in the art or a commercial kit.
  • the PCR kit comprises AmpliTaq Gold DNA Polymerase (ThermoFisher Scientific) and primers that are selected from, but not limited to: CAAACCAACCAACTTTCGATCTCTCTTGTA; (SEQ ID NO. 12) TAAACTCTGAACTCACTTTCCATCC; (SEQ ID NO. 13) AGTGTTATAAACACTATTGCCGCAAC; (SEQ ID NO. 14) TGAGTCACATCTGTGACATCAC; (SEQ ID NO. 15) ATTCTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATG; (SEQ ID NO.
  • the amplification is performed with the forward primer FAM WHSA-00025F, which has the sequence 5'-CCAACCAACTTT CGATCTCTTGTA-3' BHQ1, and the reverse primer FAM WHSA-29925R, which has the sequence 5'-ATGGGGATAGCACTACTAAAATTA- 3' BHQ1.
  • the cDNA amplification conditions are 40 cycles of: i) 94 °C for 30 s, ii) 56 °C for 30 s, and iii) 72 °C for 1.5 min.
  • the amplified fragment is the cDNA that corresponds to the conserved fragment of SARS-CoV-2 called WHSA that has a sequence of 584 nucleotides as shown in SEQ ID NO: 22.
  • Quantification of the amplificate can be performed by any method known in the art, including but not limited to agarose gel electrophoresis, qPCR, and plasmid insertion. In a particular modality, the quantification is carried out by means of insertion in a pysmid where the amplified fragment is inserted in different known concentrations to generate a calibration curve and have a measure of the number of copies per milliliter per sample.
  • the amplified fragment is inserted at concentrations of 100, 1,000, 10,000, and 1,000,000 copies/ml.
  • the calibration curve is generated after measuring the Ct (cycle threshold) values of 4 standards with different concentrations of the p ⁇ asmid.
  • the concentrations of the plasmid are 10 and 10 3 , 10 4 and 10 s .
  • the number of sgRNA copies / mi is calculated using the equation of the line obtained by linear regression from the points of the calibration curve.
  • the non-replicating 2596 bp pORF pysmid is used, with cleavage regions for the Aflll and ii ' coRV enzymes.
  • the pyasmid with the insert for sgRNA quantification has the sequence shown in SEQ ID NO: 1 and is schematically illustrated in Figure 6. The sequence of the pysmid where it is shown is shown below. the Aflll and EcoRV regions are marked in bold and the insert sequence underlined.
  • a method for monitoring a drug delivery system for reducing viral replication of a respiratory virus in the mucosa of the upper and lower respiratory tract in a patient infected with said virus comprises quantify viral replication through sgRNA quantification in a sample from said patient, according to the method described above and compare the result of said quantification with that obtained from an untreated patient.
  • the delivery system comprises administering a drug to reduce viral replication.
  • the system comprises administering said drug in a device that delivers a therapeutically effective dose of said drug directly into the lungs, in the form of an inhalable mist.
  • the delivery system comprises administering an inhalable mist of a therapeutically effective dose of said medicament to the upper and lower respiratory tract mucosa.
  • the respiratory virus is a virus whose replication occurs in the respiratory tract, which is selected from, but not limited to, RNA viruses, respiratory syncytial viruses, parainfluenza virus, metapneum ovirus, rhinovirus, and coronavirus.
  • the coronavirus is selected from SARS-COV virus, SARS-CQV-2 virus, and MERS-CoV virus.
  • the virus is SARS-COV-2.
  • the drug that reduces viral replication is selected from, but not limited to, ivermectin, nitazoxinide, chloroquine, hydroxychloroquine, selamectin, doramectin, eprinomectin, abamectin, remdesivir, nafamostat, molnupiravir, bamlanivimab, bamlanivirnab/etesevimab combination therapy, lopinavir combination therapy -ritonavir, casirivimab, imdevimab, tociiizumab, etesevimab, VIR-7831, EXQ ⁇ CD24, MIR-19 and siRNA molecules, or combinations thereof.
  • the drug is an avermectin that is selected from among, without being limited to, ivermectin, selamectin, doramectin, eprinomectin, and abamectin.
  • the drug is ivermectin.
  • 1% ivermectin is administered by nebulization during the early phase of infection. Ivermectin is administered in a dose of 3 mL every 8 hours for 5 days.
  • a solution is prepared by mixing 3 mL of 1% ivermectin with 0.3 mL of dexamethasone solution (at a concentration of 4 mg / mL) and 3 mL of this solution is administered to the subject, directly into the lungs, as an inhalable mist, 3 times a day for 5 days.
  • the sample is obtained from naso-pharyngeal swab samples.
  • the sample is taken on days 0, 3, 5 and 7 of treatment with the drug to reduce viral replication and on the same days samples are taken from subjects who have received a placebo, and quantification is performed. of sgRNA as described above.
  • the results of the quantity of sgRNA obtained by qPCR for each sample from each patient are interpolated in the calibration curve.
  • a Log of sgRNA quantification less than or equal to 4 or a natural logarithm of sgRNA quantification less than or equal to 11, indicates a reduction in viral replication that can be correlated with the results of non-reactive patients.
  • CLIA chemiluminescent antigen
  • Viral RNA was extracted from nasopharyngeal swab samples from patients with a positive diagnosis for COVID-19 (by PCR test) and mild to moderate disease who were randomized into two groups, namely: Group 1: positive patients who received intervention with the drug to reduce viral replication, and Group 2: positive patients who received a placebo (0.9% normal saline solution).
  • the VN143 Viral RNA Mini Kit (Genolution) was used according to the manufacturer's instructions except for the following conditions that were adapted:
  • RT-PCR was performed with the specific primer for SARS-CoV-2 WHSA-29950R, which has the sequence: 5'-TCTCCTAAGAAGCTATTAAAAT-3'. Amplification was performed with the Superscript II kit (Thermo Fisher Scientific).
  • the cDNA obtained from reverse transcription was amplified by qPCR with the PCR kit comprising AmpliTaq Gold DNA Polymerase (ThermoFisher Scientific), with the forward primer FAM WHSA-00025F, which has the sequence 5'-CCAACCAACTTTCGATCTCTTGTA-3'BHQI, and the reverse primer FAM WHSA-29925R, which has the sequence 5'-ATGGGGATAGCACTACTAAAATTA-3'BHQI.
  • the amplification conditions were 40 cycles of: i) 94 °C for 30 s, ii) 56 °C for 30 s, and iii) 72 °C for 1.5 min.
  • the amplified fragment has a sequence of 584 nucleotides as shown in SEQ ID NO: 22.
  • the amplified fragment was inserted into the 2596 bp pORF piasmid.
  • the pORF plasmid has cut regions for the Afli ⁇ and EcoRV enzymes, where the amplified fragment is inserted, as seen in Figure 6,
  • the amplified fragment was inserted at four known concentrations (100, 1,000, 10,000, and 1,000,000 copies/ml.
  • the calibration curve was generated after measuring ios Ct values of four standards with different concentrations of the plasmid 10 z , 10 3 , 10 4 and 10 3 .
  • the calibration curve obtained is observed in the F1G. 5.
  • a randomized double-blind clinical study (ClinicalTrials.gov NCT04595136) was conducted with a total of 60 adults, with less than three days of symptoms and a positive test for SARS-CoV-2 determined by PCR. Thirty patients received a drug to reduce viral replication (Group 1) and thirty patients received a placebo (Group 2).
  • an ivermeetin solution for nebulization was prepared by mixing 3 ml. of 1% ivermeetin (10 mg/mL, provided by Vecol, Bogotá Colombia https://yccol.com.co) with 0.3 mL (1.2 mg) of dexamethasone solution (at 4 mg/mL), glycerol and propylene glycol.
  • Samples were taken from the two groups of patients and processed as described in Example 1. Samples were taken on days 0 (before starting the intervention), 3, 5 and 7 during treatment. The samples were analyzed by the RT-PCR test for COVID-19 and by sgRNA detection as described in Example 1.
  • the delivery system reduced viral replication, as measured by sgRNA, and consequently the load of active SARS Co V 2 viruses in the upper and lower respiratory tract by more than 90%, resulting in significant clinical improvement, including the severity and duration of the disease. Additionally, a statistically significant decrease in ia viral replication as measured by sgRNA was observed after administration of the combination of ivermectin and dexamethasone, compared to placebo.
  • FIG. 2 illustrates the behavior of sgRNA quantification on days 0, 3, 5 and 7 for Group 2 (placebo). As can be seen, there is no significant reduction in viral replication. In contrast, Figure 3 illustrates the behavior for Group
  • sgRNA is an appropriate biomarker to measure (quantify) viral replication and determine whether or not there is a reduction in viral replication in a patient infected with a respiratory virus, as a consequence of the administration of a medicament for reducing viral replication of said respiratory virus in the upper and lower respiratory tract.

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Otolaryngology (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

La presente divulgación se refiere a un método para cuantificar un biomarcador de la replicación de un virus humano respiratorio, que es mRNA subgenómico. El método descrito permite adicionalmente hacer seguimiento a un sistema de administración de un medicamento para reducir la replicación viral de un virus respiratorio en la mucosa del tracto respiratorio superior e inferior en un paciente infectado con dicho virus.

Description

MÉTODO PARA CUANTIFICAR mRNA SUBGENÓMICO Y DETERMINAR ACTIVIDAD DE REPLICACIÓN VIRAL
CAMPO TÉCNICO
La presente invención se encuentra en eí campo de ía biotecnología, ía infectología y el diagnóstico médico, en particular en el campo de métodos de detección y cuaníificación de biomarcadores de replicación viral y su aplicación a ía determinación de la reducción de ía replicación viral.
ANTECEDENTES
El SARS-CoV-2 (coronavims del síndrome respiratorio agudo severo tipo-2), causa ía enfermedad conocida como CQVID-l 9, que ha causado una emergencia de salud pública global. El COV1D-19 continúa siendo un desafío sin precedentes para las autoridades sanitarias de todo eí mundo debido particularmente a la transmisibilidad y patogenicidad de las diferentes variantes del virus.
Dada 1a necesidad de abordar ía problemática causada por 1a pandemia del COVID-19, existen múltiples estudios y aproximaciones para su prevención, diagnóstico y tratamiento. Pin particular, la reacción en cadena de la poíimerasa con transcriptasa reversa o RT-PCR (por sus siglas en inglés) se considera el estándar dorado clínico para la detección del SARS-CoV-2. Esta prueba establecida en el protocolo de Berlín (Gorman V, et al. Detection of2G19 novel coronavirus (2019-nCoV) by real -time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3) - 23 enero 2020), se basa en un primer taxnizaje de rutina mediante la prueba para el gen E, seguido de confirmación mediante 1a prueba para el gen RdRp.
Sin embargo, la detección del virus por este medio no proporciona información relacionada con la severidad y el curso de la enfermedad, como se propone en el artículo de Liu et al (Viral dynamics in mild and severe cases of COVID-19. Lancet Infecí Dis - marzo 19, 2020), en donde se observó que los pacientes con infección severa tienden a tener una carga viral más alta (del orden de 60 veces más que la de los pacientes con infección moderada) y un periodo de propagación del virus más prolongado. Adicionalmente, en los casos de infección moderada se encontró un aclaramiento del virus más temprano (90 % de los pacientes resultaron negativos por RT-PCR en el día 10 desde eí inicio de la enfermedad), en contraste con ios casos de infección severa, en donde la prueba seguía siendo positiva hasta después del día 10. Estos resultados sugieren que la carga viral del SARS-CoV -2 puede ser un biomarcador útil para evaluar la severidad y prognosis de la enfermedad.
En ese sentido, otros autores han sugerido que, dado que el RNA viral puede ser deteetable por RT-PCR hasta varias semanas después de la recuperación clínica, esta técnica no prueba solo la presencia de virus infecciosos, sino también de RNA viral residual, por lo cual se requieren metodologías alternativas para la determinación de la carga viral y su posible asociación con la capacidad de contagio. Tal es el caso del articulo de Perera eí ai (SARS-CoV -2 Virus Culture and Subgenomic RNA for Respiratory Specimens from Patients with Mild Coronavirus Disease. Emerging Infecüous Diseases;26(l l):270!-04 - noviembre 11, 2020), en donde se compararon los resultados de pacientes confirmados por RT-PCR, para la carga viral determinada mediante la cuantificaeión del número de copias del gen de laproteina N, cultivo del virus y detección de RNA subgenómico (sgRNA). Los resultados obtenidos mediante cultivo del víais y sgRNA tuvieron una concordancia moderada. El estudio mostró que, mientras que el RNA viral fue deteetable durante varias semanas por RT-PCR, el aislamiento del virus y la detección de sgRNA fueron positivos en los primeros 8 días desde el inicio de la enfermedad y raramente se detectaron después del día 8, lo que sugiere que los pacientes con enfermedad leve a moderada podrían sérmenos contagiosos 8 días después del inicio de los síntomas, a pesar de que la prueba RT-PCR siga siendo positiva.
Considerando que la duración de la capacidad de contagio después del inicio de la enfermedad o de la aparición de los síntomas aún es poco entendida, así como los efectos a largo plazo de la misma (conocidos como Síndrome post-COVID, COV1D crónico o long-haul COVID), persiste la necesidad de biomareadores que permitan diferenciar, entre otras cosas, los pacientes que son contagiosos de los que ya no lo son de manera oportuna, con eí propósito de prevenir nuevos contagios y al mismo tiempo establecer mejores políticas de alta médica para el aislamiento individual, así como para hacer un mejor seguimiento de las medidas de tratamiento. Dado que los sgRNA evidencian los intermediarios de la replicación del virus, se sugiere que estos pueden ser un biomarcador útil para suplir dichas necesidades. BREVE DESCRIPCION
La presente divulgación se refiere a un método para cuantificar un biomarcador de la replicación de un virus humano respiratorio, que es mRNA subgenómico. En un aspecto, el virus humano respiratorio es un coronavirus y más particularmente SARS-CoV-2. El método descrito permite adicionalmente hacer seguimiento de un sistema de administración de un medicamento para reducir la replicación viral de un virus respiratorio en la mucosa del tracto respiratorio superior e inferior en un paciente infectado con dicho viras,
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS
FIG. I Diferencia en la replicación viral entre el grupo tratado con el medicamento (ivermectina + dexametasona) en color blanco y el grupo placebo en color negro usando la prueba estadística de Wilcoxon-Mann-Whitney. Se observa una distribución heterogénea de los valores de sg RNA en los dos grupos y un desplazamiento hacia la izquierda en el grupo de tratamiento a partir del día quinto. FIG. 1A días 0 y 3; FIG. IB días 5 y 7.
FIG, 2 Ciiantificación de mRNA subgenómico en el Grupo 2. (placebo) a los días 0, 3, 5 y 7 de tratamiento.
FIG, 3 Cuantificación de mRNA subgenómico en el Grupo 1 (ivermectina + dexametasona) a los días 0, 3, 5 y 7 de tratamiento.
FIG. 4 Comparación entre el comportamiento del Grupo 1 y el Grupo 2. Se observa cómo el sobreiapamiento entre ios dos grupos disminuye progresivamente día a día hasta el día 7 en donde no se observa ningún sobreiapamiento entre los dos grupos.
FIG, 5 Curva de calibración obtenida a partir de los valores de Ct de cuatro estándares con concentraciones de plásmido de 102, i 03, 104 y 105. Se observan ios valores de los estándares y los valores interpolados a partir de resultados de qPCR. FIG, 6 Representación esquemática del plásrnido pORF con el inserto del amplificado de la región conservada del gen que corresponde al mRNA subgenómico de interés. FIG. 7 Resultado de la comparación entre la prueba de antígeno y la cuantificación de sgRNA
DESCRIPCIÓN DETALLADA Método para cuantificar un bi omarcador de la replicad ón viral
La presente divulgación se refiere a un método para cuantificar un biomarcador de la replicación de un virus humano respiratorio, que es mRNA subgenómico. Para efectos de la presente divulgación, un biomarcador o marcador biológico es una sustancia o estructura que puede medirse y evaluarse objetivamente y sirve como indicador de un proceso biológico o patogénico o como indicador de 1a respuesta a una intervención terapéutica. En el contexto de ía presente divulgación, un virus humano respiratorio se selecciona entre, sin limitarse a virus de RNA, virus respiratorio sincitial, virus de parainfluenza, metapneumovirus, rinovirus y coronavirus, en donde se entiende por virus RNA a ios viras que usan importina (IMP) a/bΐ y se seleccionan entre DENV 1-4, virus del Niio Occidental, virus de la encefalitis equina venezolana (VEEV) y la influenza. En un aspecto particular de la presente divulgación, el coronavirus se selecciona entre virus del SARS-COV, viras del SARS-COV-2 y virus del MERS-CoV. En otro aspecto particular, el virus es SARS-COV-2.
En una modalidad, el método de la presente divulgación comprende cuantificar mRNA subgenómico (sgRNA) en una muestra de un paciente infectado con un viras humano respiratorio. En una modalidad particular, el método comprende cuantificar sgRNA de un coronavirus. En otra modalidad particular el coronavirus es SARS-CoV-2. En otra modalidad particular, el sgRNA de SARS-CoV-2 se selecciona entre, sin limitarse a S, 3, E, M, WHSA, 6, 7a, 7b y 8. En otra modalidad particular, el sgRNA es WHSA. Método para ciiantiflcar sgRNA
La cuantificación del sgRNA de acuerdo con la presente divulgación se puede realizar mediante cualquier método conocido en ia técnica.
En una modalidad, el método para cuantificar sgRNA comprende transcribir de forma inversa rnRNA, amplificar el cDNA obtenido de la transcripción inversa y cuantificar el cDNA amplificado mediante inserción en un plásmido que tiene la secuencia de nucleótidos que se muestra en la SEQ ID NO: 1, o una secuencia de nucíeótidos con 90 a 99 % de identidad de la SEQ ID NO: 1.
Para efectos de ia presente divulgación, el RNA se extrae mediante cualquier método conocido en la técnica. En una modalidad, se emplea un kit comercial para la extracción del RNA. En una modalidad particular, se emplea el kit VN143 Viral RNA Mini Kit (Genolution). En otra modalidad particular, la etapa de extracción comprende un periodo de elución de 120 segundos, temperatura de iisis de 65 °C y tiempo de lisis adicional de 30 segundos.
La transcripción reversa se realiza con cualquier kit de reacción de PCR conocido en la técnica. En una modalidad, el kit comprende iniciadores para sgRNA que se seleccionan entre, sin limitarse a S, 3, E, M, WEISA, 6, 7a, 7b y 8.
En una modalidad particular ios iniciadores se seleccionan entre, sin limitarse a: TGTTTCTTCTGCATGTGCGAGC ; (SEQ ID NO. 2) GAAATCTTTAACGTTCCATATC; (SEQ ID NO, 3) TGCATTGTTGATAATGTTGTTG: (SEQ ID NO. 4) TGAGTCACATCTGTGACATCAC; (SEQ ID NO. 5)
A ATCTTCT A ATTC A A A AGGTG A ; (SEQ ID NO. 6) TGACCACATCTTGAAGTTTTCC; (SEQ ID NO. 7) AGTATTATTGGGTAAACCTTGG; (SEQ ID NO. 8) TTTTTTTTTTGTCATTCTCCTAAGAAGC; (SEQ ID NO. 9} CTCTCCTAAGAAGCTATTAAAATT (SEQ ID NO. 10) o TCTCCTAAGAAGCTATTAAAAT (SEQ ID NO. II). En otra modalidad particular el iniciador específico es WHSA-29950R, que tiene la secuencia: TCTCCTAAGAAGCTATTAAAAT (SEQ ID NO. 1 i).
En una modalidad el cDNA obtenido de la transcripción reversa se amplifica por qPCR con un kit conocido en la técnica o un kit comercial. En una modalidad particular el kit de PCR comprende AmpliTaq Gold DNA Poíimerasa (ThermoFisher Scientifíc) e iniciadores que se seleccionan entre, sin limitarse a: CAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTA; (SEQ ID NO. 12) TAAACTCTGAACTCACTTTCCATCC; (SEQ ID NO. 13) AGTGTTATAAACACTATTGCCGCAAC; (SEQ ID NO. 14) TGAGTCACATCTGTGACATCAC; (SEQ ID NO. 15) ATTCTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATG; (SEQ ID NO. 16) ATGTAGTTACGAGAATTCATTCTGC; (SEQ ID NO. 17) ACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAG (SEQ ID NO. 18) CATGGGGATAGCACTACTAAAATTAA (SEQ ID NO. 19); CCAACCAACTTTCGATCTCTTGTA (SEQ ID NO. 20); y, ATGGGGATAGCACTACTAAAATTA (SEQ ID NO. 21),
En otra modalidad particular, la amplificación se realiza con el iniciador forward FAM WHSA-00025F, que tiene la secuencia 5 '-CCAACCAACTTT CGATCTCTTGTA-3 ' BHQ1, y el iniciador reverse FAM WHSA-29925R, que tiene la secuencia 5'- ATGGGGATAGCACTACTAAAATTA-3' BHQ1. En otra modalidad particular, las condiciones de amplificación del cDNA son 40 ciclos de: i) 94 ° C por 30 s, ii) 56 ° C por 30 s, y iii) 72 ° C por 1 .5 min.
En una modalidad particular, el fragmento amplificado es el cDNA que corresponde al fragmento conservado del SARS-CoV-2 denominado WHSA que tiene una secuencia de 584 nucleótidos como se muestra en la SEQ ID NO: 22.
La cuantificación del amplificado puede realizarse por cualquier método conocido en la técnica, que incluye pero no se limita a electroforesis en geíes de agarosa, qPCR e inserción en plásmidos. En una modalidad particular, ia cuaníificación se realiza mediante inserción en un píásmido en donde eí fragmento amplificado se inserta en diferentes concentraciones conocidas para generar una curva de calibración y tener una medida deí número de copias por mililitro por muestra.
En una modalidad particular, el fragmento amplificado se inserta en concentraciones de 100, 1000, 10000 y 1000000 de copias/mi. En una modalidad particular, la curva de calibración se genera después de medir los valores de Ct (umbral de ciclo - del inglés cycle threshold) de 4 estándares con diferentes concentraciones del píásmido. En una modalidad particular, las concentraciones deí píásmido son 10 y 103, 104 y 10s.
En una modalidad particular de 1a presente divulgación, el número de copias de sgRNA / mi se calcula medrante la ecuación de la recta obtenida por regresión lineal a partir de ios puntos de la curva de calibración.
En una modalidad se emplea el píásmido no replicativo pORF de 2596 bp, con regiones de corte para las enzimas Aflll y ií'coRV. En una modalidad particular, el píásmido con el inserto para la cuantificación de sgRNA tiene la secuencia que se muestra en la SEQ ID NO: 1 y se ilustra de manera esquemática en la Figura 6, A continuación se muestra la secuencia del píásmido en donde se señalan las regiones de Aflll y EcoRV en negrilla y ía secuencia del inserto subrayada.
CTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGTGGATAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCTGATACCGC TCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCGAGGAAGCGGAAGAGCGCCC AATACGCAAACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATTCATTAATGCAGCTGGCACGACAGGTTT CCCG ACTGG AAAGCGGGCAGT G AGCGCAACGCAATT AATACGCGT ACCGCTAGCCAGG AAG A GTÍTGTAGAAACGCAAAAAGGCCATCCGTCAGGATGGCCTTCTGCTTAGTTTGATGCCTGGCAG TÍTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCACAACGTTCAAATCCGCTCCC GGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAG T CTT CCG ACT G AGCCTTT CGTTTT ATTT G ATGCCT G GCAGTT CCCTACTCTCG CGTT AACGCT AG C
ATGG AT GTTTT CCC AGT CACG ACGTT GT A AAACG ACGGCCAGT CTT AAG CTCG GG CCCCAAAT A AT G ATTTT ATTTT G ACTG AT AGI G ACCT GTT CGTTGCAACAAATT G AT G AG CAAT G CTTTTTTAT A ATGCCAACTTT GTACAAAAAAGTTGGCCCAACCAACTTT CG AT CT CTT GT AATTTGTTT AT GAG AA TCTTCACAATTGGAACrGTAACrSTGAAGCAAGGTGAAATCAAGGATGCTACTCCTTCAGATTTT GTT CGCGCT ACTGCAACG ATACCG AT ACAAGCCT CACT CCCTTT CGG ATGGCTT ATT GTTGGCGT
C ACT CT CCAAG GGT GTT CACTTT GTTT G C AACTT G CT GTT GTT GTTT GT AAC AGTTT ACT CAC ACC TTTTGCTCGTTGCTGCTGGCCTTGAAGCCCCTTTTCTCTATGTTATGCTTTAGTCTACTTCTTGCA
GAGTATAAACTTTGTAAGAATAATAATGAGGCTTTGGCTTTGCTGGAAATGCCGTTCCAAAAAC
CCATTACTTTATGATGCCAACTATnTCTTTGCTGGCATACTAATTGTTACGACTATTGTATACCTTA
CAATAGTGTAACTTCTTCAATTGTCATTACTTCAGGTGATGGCACAACAAGTCCTATTTCTTACCCC
TATCGTGATGATTTTAATTGCCCAACTTTCTTGTACAAAGTTGGCATTATAAGAAAGCATTGCTTATCAAT
TTG7TG CAACG AAC AG GT C ACT AI CAGT CAAAAT AAAAT C ATT ATTT G CC AI CCAG CTG ATAT CCCCTAT AGI
GAGTCGTATTACATGGTCATAGCTGTTTCCTGGCAGCTCTGGCCCGTGTCTCAAAATCTCTGATGTTACATT
GCACAAGATAAAAATATATCATCATGCCTCCTCTAGACCAGCCAGGACAGAAATGCCTCGACTTCGCTGCT
GCCCAAGGTTGCCGGGTGACGCACACCGTGGAAACGGATGAAGGCACGAACCCAGTGGACATAAGCCT
GTTCGGTTCGTAAGCTGTAATGCAAGTAGCGTATGCGCTCACGCAACTGGTCCAGAACCTTGACCGAACG
CAGCGGTGGTAACGGCGCAGTGGCGGTTÍTCATGGCÍTGTTATGACTGTTTTTTTGGGGTACAGTCTATG
CCTCGGGCATCCAAGCAGCAAGCGCG7TACGCCGTGGGTCGATGTTTGATGTTATGGAGCAGCAACGAT
GTTACGCAGCAGGGCAGTCGCCCTAAAACAAAGTTAAACATCATGAGGGAAGCGGTGATCGCCGAAGTA
TCGACTCAACTATCAGAGGTAGTTGGCGTCATCGAGCGCCATCTCGAACCGACGTTGCTGGCCGTACATTT
GTACGGCTCCGCAGTGGATGGCGGCCTGAAGCCACACAGTGATATTGATTTGCTGGTTACGGTGACCGTA
AG G CTTG AT G AAACAACG CG G CG AG CTTTG AT CAACG ACCTTTT G G AAACTT CG G CTT CCCCT G G AG AG
AGCGAGATTCTCCGCGCTGTAGAAGTCACCATTGTTGTGCACGACGACATCATTCCGTGGCGTTATCCAGC
TAAGCGCGAACTGCAATTTGGAGAATGGCAGCGCAATGACATTCTTGCAGGTATCTTCGAGCCAGCCACG
ATCGACATTGATCTGGCTATCTTGCTGACAAAAGCAAGAGAACATAGCGTTGCCTTGGTAGGTCCAGCGG
CGGAGGAACTCTTTGATCCGGTTCCTGAACAGGATCTATTTGAGGCGCTAAATGAAACCTTAACGCTATG
GAACTCGCCGCCCGACTGGGCTGGCGATGAGCGAAATGTAGTGCTTACGTTGTCCCGCATTTGGTACAGC
GCAGTAACCGGCAAAATCGCGCCGAAGGATGTCGCTGCCGACTGGGCAATGGAGCGCCTGCCGGCCCA
GTATCAGCCCGTCATACÍTGAAGCTAGACAGGCTTATCTTGGACAAGAAGAAGATCGCÍTGGCCTCGCGC
GCAGATCAGTTGGAAGAATTTGTCCACTACGTGAAAGGCGAGATCACCAAGGTAGTCGGCAAATAACCC
TCGAGCCACCCATGACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTACGCGTCGTTCCACTGAGCGTCAGACCCCGTAG
Figure imgf000009_0001
CCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAAGGTAACTGGCTTCA
GCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCÍTCTAGTGTAGCCGTAGTTAGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTA
GCACCGCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCT
TACCGGGTTGGACTCAAGACGATAGTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGT
GCACACAGCCCAGCTTGGAGCGAACGACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCATTGAGAA
AGCGCCACGCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTATCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAG
AGCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCrTTATAGTCCTGTCGGGTTrCGCCACCTCTG
ACTTGAGCGTCGATTÍTTGTGATGCfCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAAAAACGCCAGCAACGCGG
CCTTTTTACG GTTCCTG G CCTTTTG CT G G CCTTTT G CTCACAT GTT
Método para hacer seguimiento a un sistema de administración de un medicamento para reducir la replicación viral de un virus respiratorio en la mucosa del tracto respiratorio superior e inferior
En un aspecto adicional de la presente divulgación, se describe un método para hacer seguimiento a un sistema de administración de un medicamento para reducir la replicación viral de un virus respiratorio en la mucosa del tracto respiratorio superior e inferior en un paciente infectado con dicho virus, en donde dicho método comprende cuantifícar la replicación viral a través de la cuantificación de sgRNA en una muestra de dicho paciente, de acuerdo con el método descrito anteriormente y comparar el resultado de dicha cuantificación con el obtenido de un paciente no tratado.
En una modalidad el sistema de administración comprende administrar un medicamento para reducir la replicación viral. En otra modalidad, el sistema comprende administrar dicho medicamento en un dispositivo que libera una dosis terapéuticamente efectiva de dicho medicamento directamente en los pulmones, en forma de una niebla inhalable. En otra modalidad, el sistema de administración comprende administrar una niebla inhalable de una dosis terapéuticamente efectiva de dicho medicamento en la mucosa deí tracto respiratorio superior e inferior.
En una modalidad, el virus respiratorio es un viras cuya replicación ocurre en el tracto respiratorio, que se selecciona entre, sin limitarse a virus de RNA, viras respiratorio sincitial, virus de parainfluenza, metapneum ovirus, rinovirus y coronavirus. En una modalidad particular, el coronavirus se selecciona entre virus del SARS-COV, virus del SARS-CQV-2 y viras del MERS-CoV. En otra modalidad particular, el virus es SARS- COV-2.
En una modalidad, el medicamento que reduce la replicación viral se selecciona entre, sin limitarse a ivermectina, nitazoxinida, cloroquina, hidroxicloroquina, selamectina, doramectina, eprinomectina, abamectina remdesivir, nafamostat, molnupiravir, bamlanivimab, bamlanivirnab/etesevimab terapia combinada, terapia combinada lopinavir-ritonavir, casirivimab, imdevimab, tociiizumab, etesevimab, VIR-7831, EXQ~ CD24, MIR-19 y moléculas de siRNA, o combinaciones de los mismos. En una modalidad particular el medicamento es una avermectina que se selecciona entre, sin limitarse a ivermectina, selamectina, doramectina, eprinomectina y abamectina. En otra modalidad particular, el medicamento es ivermectina.
En una modalidad se administra ivermectina al 1 % por nebulización durante la fase temprana de la infección. La ivermectina se administra en dosis de 3 mL cada 8 horas durante 5 días. En otra modalidad, se prepara una solución mezclando 3 mL de ivermectina al 1 % con 0,3 mL de solución de dexametasona (en concentración de 4 mg / mL) y se administran 3 mL de esta solución al sujeto, directamente a los pulmones, en forma de una niebla inhaíabíe, 3 veces al día durante 5 días.
En una modalidad, para la cuantifi catión de sgRNA, la muestra se obtiene de muestras de hisopado naso-faríngeo. En otra modalidad particular, la muestra se toma a los días 0, 3, 5 y 7 del tratamiento con el medicamento para reducir la repiicación viral y en los mismos días se toman muestras de sujetos que han recibido un placebo, y se realiza la cuantificación de sgRNA tal como se describió anteriormente. En una modalidad particular, en la curva de calibración se interpolan los resultados de cantidad de sgRNA obtenidos por qPCR para cada muestra de cada paciente.
En otra modalidad particular, un Log de la cuantificación de sgRNA menor o igual a 4 o un logaritmo natural de la cuantificación de sgRNA menor o igual a 11, indica una reducción de la repiicación viral que se puede correlacionar con los resultados de pacientes no reactivos para antígeno por quimioluminiscencia (CLÍA).
La presente invención será presentada en detalle a través de los siguientes ejemplos, los cuales son suministrados solamente con propósitos ilustrativos y no con el objetivo de limitar su alcance.
EJEMPLOS
Ejemplo l. Método de detección de mKNÁ subgenómko
Extracción de RNA
El RNA viral se extrajo de muestras de hisopado nasofaríngeo de pacientes con diagnóstico positivo para COVID-19 (mediante prueba PCR) y enfermedad leve a moderada que se distribuyeron aleatoriamente en dos grupos, a saber: Grupo 1 : pacientes positivos que recibieron intervención con el medicamento para reducir la repiicación viral, y Grupo 2: pacientes positivos que recibieron un placebo (solución salina normal 0,9 %). Se empleó el kit VN143 Viral RNA Mini Kit (Genolution) de acuerdo con las instrucciones del fabricante a excepción de las siguientes condiciones que fueron adaptadas:
* periodo de elución: 120 segundos,
• temperatura de lisis: 65 °C y
® tiempo de lisis adicional: 30 segundos.
RT-PCR y aPCR
La RT-PCR se realizó con el iniciador específico para SARS-CoV-2 WHSA-29950R, que tiene la secuencia: 5'-TCTCCTAAGAAGCTATTAAAAT-3'. La amplificación se realizó con el kit Superscript II (Thermo Fisher Scientific).
El cDNA obtenido de la transcripción reversa se amplificó por qPCR con el kit de PCR que comprende AmpliTaq Gold DNA Polimerasa (ThermoFisher Scientific), con el iniciador forward FAM WHSA-00025F, que tiene la secuencia 5'- CCAACCAACTTTCGATCTCTTGTA-3' BHQI, y el iniciador reverse FAM WHSA- 29925R, que tiene la secuencia 5 '-ATGGGGATAGCACTACTAAAATTA-3 ' BHQI. Las condiciones de amplificación fueron de 40 ciclos de: i) 94 ° C por 30 s, ii) 56 ° C por 30 s, y iii) 72 ° C por 1.5 min.
El fragmento amplificado tiene una secuencia de 584 nucleótidos como se muestra en la SEQ ID NO: 22.
Curva de calibración
Se insertó el fragmento amplificado en el piásmido pORF de 2596 bp. El plásrnido pORF tiene regiones de corte para las enzimas Aflií y EcoRV, en donde se inserta el fragmento amplificado, tal como se obsesiva en la Figura 6,
El fragmento amplificado se insertó en cuatro concentraciones conocidas (100, 1000, 10000 y 1000000 de copias / mi. La curva de calibración se generó después de medir ios valores de Ct de cuatro estándares con diferentes concentraciones del plásmido 10z, 103, 104 y 103. La curva de calibración obtenida se observa en la F1G. 5.
Ejemplo 2. Seguimiento de un tratamiento anti-viral por determinación de la replicaeión viral
Se realizó un estudio clínico doble ciego aleatorizado (ClinicalTrials.gov NCT04595136) con un total de 60 adultos, con menos de tres días de sintomatología y prueba positiva para SARS-CoV-2 determinada por PCR. Treinta pacientes recibieron un medicamento para reducir la replicaeión viral (Grupo 1) y treinta pacientes recibieron un placebo (Grupo 2).
Los sujetos infectados con SARS CoV 2 que calificaron para ser incluidos en el estudio, recibieron ivermeetina al 1 % administrada en forma de nebulización durante la fase temprana de la infección a dosis de 3 mL (0,03 g) cada 8 horas, durante 5 días.
De manera similar, una solución de ivermeetina para nebulización se preparó mezclando 3 mi. de ivermeetina al 1 % (10 mg / mL, proporcionada por Vecol, Bogotá Colombia htps://yccol.com.co) con 0,3 mL (1,2 mg) de solución de dexametasona (a 4 mg /mL), glicerol y propilenglicol.
Se administraron 3 mL de la solución al sujeto directamente en los pulmones en forma de una niebla inhalable. La ivermeetina combinada con dexametasona se administró por un nebulizador 3 veces ai día durante 5 días.
Se tomaron muestras de los dos grupos de pacientes y se procesaron tal como se describe en el Ejemplo 1. Las muestras se tomaron los días 0 (antes de iniciar la intervención), 3, 5 y 7 durante el tratamiento. Las muestras fueron analizadas mediante la prueba RT-PCR para COVID-19 y por detección de sgRNA como se describe en el Ejemplo 1.
Para la solución de ivermeetina, el sistema de administración redujo la replicaeión viral, medida por sgRNA y consecuentemente la carga de viras SARS Co V 2 activos en el tracto respiratorio superior e inferior en más del 90 %, dando como resultado una mejoría clínica significativa, incluyendo la severidad y la duración de la enfermedad. Adicionalmente, se observó una disminución estadísticamente significativa en ia replicación viral medida por sgRNA después de la administración de la combinación de ivermectina y dexametasona, en comparación con un placebo.
En la F1G. 1 se puede observar la diferencia en la replicación viral entre el Grupo 1 (ivermectina + dexametasona) y el Grupo 2 (placebo) usando la prueba estadística de Wilcoxon-Mann-Whitney. Se observa una distribución heterogénea de los valores de sg RNA en los dos grupos (placebo en negro vs. medicamento en blanco), con un desplazamiento hacia la izquierda en el grupo de tratamiento a partir del día quinto (FIG. 1 B)
La FIG. 2 ilustra el comportamiento de la cuantificación del sgRNA en los días 0, 3, 5 y 7 para el Grupo 2 (placebo). Como se puede observar, no hay una reducción significativa de la replicación viral. En contraste, la Figura 3 ilustra el comportamiento para el Grupo
1 (ivermectina + dexametasona), en donde se puede observar una reducción significativa de 1a replicación viral después del día 3, con una disminución de entre 6 y 7 unidades logarítmicas hacia el día 7. Adicionalmente fue posible observar que la reducción de la replicación viral se asocia directamente con la severidad de los síntomas, 1a cual también tuvo una reducción significativa en eí Grapo 1, en comparación con el Grupo 2.
Si se establece un punto de corte arbitrario en Log de la cuantificación de sgRNA igual a 4 en el día 7, entre el paciente con el mayor valor cuantificado de sgRNA del Grupo 2 en comparación con el Grupo 1, se observará que más del 50 % de los pacientes del Grapo
2 exhibe mayor replicación viral que los pacientes del Grapo 1 , lo que permite ilustrar el efecto del medicamento (reducción de la replicación viral), dado que existe una diferencia estadísticamente significativa en la disminución de sgNA entre los dos grupos (p=0.02434), como se puede observar en la FIG. 4 que ilustra cómo el sobrelapamiento entre los dos grupos disminuye progresivamente día a día hasta el día 7 en donde no se observa ningún sobrelapamiento entre los dos grupos.
Finalmente, se utilizaron contra muestras previamente analizadas por RT-PCR y sgRNA para realizar la prueba de antígenos por quimioluminiscencia. Con los datos obtenidos se encontraron evidencias que correlacionan estos hallazgos con los resultados de pacientes no reactivos para antígeno por CLIA. Corno se observa en la FIG. 7, las muestras con un valor de Ln de la cuantiílcación de sgRNA menor o igual a 11 se correlacionan con resultados no reactivos en la prueba de antigenos. Los resultados obtenidos están en concordancia con el hecho de que al cesar la replicación viral (menor número de copias de sgRNA), también se detiene la producción de ia proteina N detectada mediante la prueba de antigenos. La ventaja de la cuantificación de sgRNA como biomarcador, tal como se describe en la presente divulgación, es que permite detectar virus activos (resultado “reactivo” en la prueba de antígenos) y adicionalmente permite hacer una cuantificación de los mismos.
De acuerdo con lo anterior, se sugiere que el sgRNA es un biomarcador apropiado para medir (cuantificar) la replicación viral y determinar si hay o no reducción de la replicación viral en un paciente infectado con un virus respiratorio, como consecuencia de la administración de un medicamento para reducir la replicación viral de dicho virus respiratorio en el tracto respiratorio superior e inferior.

Claims

CAPÍTULO REIVINDICATORIO
1. Un método para cuantificar 1a repiicación viral en una muestra de un paciente infectado con un virus respiratorio, que comprende cuantificar mRNA subgenómico (sgRNA) en dicha muestra.
2. El método según la Reivindicación 1, en donde el virus respiratorio se selecciona entre virus de RNA, influenza, virus respiratorio smcitial, virus de parainfluenza, metapneumovirus, rinovirus, coronavirus.
3. El método según la Reivindicación 2, en donde el coronavirus se selecciona entre virus del SARS-COV, virus del SARS-COV-2 y virus del MERS-CoV.
4. El método según la Reivindicación 3, en donde el coronavirus es SARS-CoV-2.
5. Un método para hacer seguimiento a un sistema de administración de un medicamento para reducir la repiicación viral de un viras respiratorio en la mucosa del tracto respiratorio superior e inferior en un paciente infectado con dicho virus, que comprende cuantificar la repiicación viral de acuerdo con el método de la Reivindicación 1
6. Ei método según la Reivindicación 5, en donde un Log de la cuantifícación de sgRNA menor o igual a 4 o un logaritmo natural de la cuantifícación de sgRNA menor o igual a 11, indica una reducción de la repiicación viral que se puede correlacionar con ios resultados de pacientes no reactivos para antígeno por quimiolummiscencia.
PCT/IB2022/054767 2020-05-22 2022-05-21 MÉTODO PARA CUANTIFICAR mRNA SUBGENÓMICO Y DETERMINAR ACTIVIDAD DE REPLICACIÓN VIRAL WO2022243981A1 (es)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202063028714P 2020-05-22 2020-05-22
US202163182125P 2021-04-30 2021-04-30
US17/327,306 2021-05-21
US17/327,306 US20210361688A1 (en) 2020-05-22 2021-05-21 System, method and use of a certain medication for reducing viral replication in the airways mucosae

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2022243981A1 true WO2022243981A1 (es) 2022-11-24

Family

ID=78607660

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/IB2021/054451 WO2021234668A1 (en) 2020-05-22 2021-05-21 System, method and use of a certain medication for reducing viral replication in the airways mucosae
PCT/IB2022/054767 WO2022243981A1 (es) 2020-05-22 2022-05-21 MÉTODO PARA CUANTIFICAR mRNA SUBGENÓMICO Y DETERMINAR ACTIVIDAD DE REPLICACIÓN VIRAL

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/IB2021/054451 WO2021234668A1 (en) 2020-05-22 2021-05-21 System, method and use of a certain medication for reducing viral replication in the airways mucosae

Country Status (12)

Country Link
US (1) US20210361688A1 (es)
EP (1) EP4153157A4 (es)
JP (1) JP2023526547A (es)
KR (1) KR20230074065A (es)
CN (1) CN116033894A (es)
AU (1) AU2021276693A1 (es)
BR (1) BR112022023746A2 (es)
CA (1) CA3179698A1 (es)
IL (1) IL298410A (es)
MX (1) MX2022014675A (es)
UY (1) UY39226A (es)
WO (2) WO2021234668A1 (es)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP4103218A4 (en) * 2020-02-10 2024-05-01 Oncoimmune Inc METHOD OF USING SOLUBLE CD24 TO TREAT SARS-COV-2 INFECTIONS
WO2021234668A1 (en) * 2020-05-22 2021-11-25 Riveros Carlos Alberto System, method and use of a certain medication for reducing viral replication in the airways mucosae
US11857617B2 (en) 2021-05-10 2024-01-02 Topelia Aust Limited (652 771 670) Methods for treating, ameliorating or preventing infections using drug and vaccination combination treatment
KR20240035513A (ko) 2021-07-09 2024-03-15 알리고스 테라퓨틱스 인코포레이티드 항바이러스 화합물
WO2023003003A1 (ja) * 2021-07-20 2023-01-26 興和株式会社 新規吸入剤
CN114957078A (zh) * 2022-01-19 2022-08-30 广州谷森制药有限公司 一种氘代医药中间体的制备方法
WO2023192779A2 (en) * 2022-03-31 2023-10-05 Asavi Llc Combined prevention and treatment of patients with respiratory diseases caused by rna viral infections

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050095582A1 (en) * 2003-11-03 2005-05-05 Diagnostic Hybrids, Inc. Compositions and methods for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB0302218D0 (en) * 2003-01-30 2003-03-05 Chiron Sri Vaccine formulation & Mucosal delivery
EP2215108A4 (en) * 2007-10-23 2012-07-04 Univ Colorado COMPETITIVE INHIBITORS OF THE EXPRESSION OF THE CONSTANT CHAIN AND / OR THE ECTOPIC CLIP BINDING
WO2010142017A1 (en) * 2009-06-09 2010-12-16 Defyrus, Inc . Administration of interferon for prophylaxis against or treatment of pathogenic infection
US11491123B2 (en) * 2016-06-23 2022-11-08 Health Research, Inc. Pharmaceutical compositions with antiflaviviral activity
JP7466907B2 (ja) * 2017-10-18 2024-04-15 ヴァーシテック・リミテッド 広域スペクトルの抗ウイルス治療のための組成物及び方法
EP4117657A4 (en) * 2020-03-13 2024-04-24 Univ Monash VIRAL INHIBITION
WO2021234668A1 (en) * 2020-05-22 2021-11-25 Riveros Carlos Alberto System, method and use of a certain medication for reducing viral replication in the airways mucosae

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050095582A1 (en) * 2003-11-03 2005-05-05 Diagnostic Hybrids, Inc. Compositions and methods for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ALEXANDERSEN, S. ET AL.: "SARS-CoV-2 genomic and subgenomic RNAs in diagnostic samples are not an indicator of active replication", NATURE COMMUNICATIONS, vol. 11, no. 1, 2020, pages 1 - 13, XP055834623, DOI: 10.1038/s41467-020-19883-7 *
LONG SAMUEL, OOI ENG EONG: "SARS-CoV-2 Subgenomic RNAs: Characterization, Utility, and Perspectives", VIRUSES, vol. 13, no. 10, 1 January 2021 (2021-01-01), pages 1923, XP093009715, DOI: 10.3390/v13101923 *
PERERA, R. ET AL.: "SARS-CoV-2 virus culture and subgenomic RNA for respiratory specimens from patients with mild coronavirus disease", EMERGING INFECTIOUS DISEASES, vol. 26, no. 11, 2020, pages 2701, XP055834576, DOI: 10.3201/eid2611.203219 *
WöLFEL ROMAN; CORMAN VICTOR M.; GUGGEMOS WOLFGANG; SEILMAIER MICHAEL; ZANGE SABINE; MüLLER MARCEL A.; NIEMEYER DANIELA; : "Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019", NATURE, NATURE PUBLISHING GROUP UK, LONDON, vol. 581, no. 7809, 1 April 2020 (2020-04-01), London, pages 465 - 469, XP037147952, ISSN: 0028-0836, DOI: 10.1038/s41586-020-2196-x *

Also Published As

Publication number Publication date
CA3179698A1 (en) 2021-11-25
EP4153157A4 (en) 2024-06-05
CN116033894A (zh) 2023-04-28
UY39226A (es) 2021-12-31
AU2021276693A1 (en) 2023-01-05
EP4153157A1 (en) 2023-03-29
MX2022014675A (es) 2023-02-14
KR20230074065A (ko) 2023-05-26
US20210361688A1 (en) 2021-11-25
WO2021234668A1 (en) 2021-11-25
BR112022023746A2 (pt) 2023-02-07
IL298410A (en) 2023-01-01
JP2023526547A (ja) 2023-06-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2022243981A1 (es) MÉTODO PARA CUANTIFICAR mRNA SUBGENÓMICO Y DETERMINAR ACTIVIDAD DE REPLICACIÓN VIRAL
Schmitt et al. COVID-19 and cellular senescence
Lv et al. Dynamic change process of target genes by RT-PCR testing of SARS-Cov-2 during the course of a Coronavirus Disease 2019 patient
Safari et al. CRISPR systems: Novel approaches for detection and combating COVID-19
EP4012050A1 (en) Composition, kit and method for detecting and typing viruses causing respiratory tract infection and application of composition, kit and method
Proenca-Modena et al. High rates of detection of respiratory viruses in tonsillar tissues from children with chronic adenotonsillar disease
US9439923B2 (en) Compositions and methods for treating retrovirus infections
Brandt et al. Consistent detection of bovine papillomavirus in lesions, intact skin and peripheral blood mononuclear cells of horses affected by hoof canker
Vermillion et al. Inhaled remdesivir reduces viral burden in a nonhuman primate model of SARS-CoV-2 infection
JP2011506484A5 (es)
De Meyer et al. Characterization of telaprevir treatment outcomes and resistance in patients with prior treatment failure: results from the REALIZE trial
Sulkowski et al. Continued therapy with ABI-H0731+ NrtI results in sequential reduction/loss of HBV DNA, HBV RNA, HBeAg, HBcrAg and HBsAg in HBeAg-positive patients
Chawla et al. Oral manifestations associated with COVID-19 disease: an observational cross sectional study
Ikeda et al. Multicenter, single-blind, randomized controlled study of the efficacy and safety of favipiravir and nafamostat mesilate in patients with COVID-19 pneumonia
Lee et al. Human rhinovirus serotypes in the nasal washes and mucosa of patients with chronic rhinosinusitis
Maggi et al. Xenotropic murine leukaemia virus-related virus is not found in peripheral blood cells from treatment-naive human immunodeficiency virus-positive patients
Tapia et al. Performance of saliva samples for COVID-19 diagnosis by using the AllplexTM 2019-nCoV assay kit
Gonçalves et al. COVID-19 diagnosis by RT-qPCR in alternative specimens
Kömürcü et al. The effect of q-RT-PCR analysis method on saline gargle samples in SARS-CoV-2 clinical diagnostic methods
Sousa et al. Low prevalence of influenza A strains with resistance markers in Brazil during 2017–2019 seasons
de Oliveira et al. Alternative SARS-CoV-2 detection protocol from self-collected saliva for mass diagnosis and epidemiological studies in low-incoming regions
US20230285435A1 (en) Compositions and methods for treating viral infections
Alsaleh et al. Efficacy of povidone-iodine nasal rinse and mouth wash in COVID-19 management: a prospective, randomized pilot clinical trial (povidone-iodine in COVID-19 management)
Chatterjee et al. A review on the SARS-CoV-2 mediated global pandemic: proximal origin, pathogenicity and therapeutic approaches
Tandon et al. SARS-CoV-2 Accelerated Clearance Using a Novel Nitric Oxide Nasal Spray (NONS) Treatment

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 22804184

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 22804184

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1