WO2021039932A1

WO2021039932A1 - 再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法、並びに診断用バイオマーカー

Info

Publication number: WO2021039932A1
Application number: PCT/JP2020/032470
Authority: WO
Inventors: 山村　隆; 大貴竹脇; 和貴郎佐藤; 正平服部; 亙須田; 幸子三宅
Original assignee: 学校法人順天堂; 国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター; 国立研究開発法人理化学研究所
Priority date: 2019-08-28
Filing date: 2020-08-27
Publication date: 2021-03-04
Also published as: JPWO2021039932A1

Abstract

本発明は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１）又は（２）を実施するステップと、を備える、再発寛解型多発性硬化症の診断方法に関する。（１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１等で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、（２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７等で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

Description

再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法、並びに診断用バイオマーカー

　本発明は、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法、並びに診断用バイオマーカーに関する。

　多発性硬化症（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ　Ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ：ＭＳ）は、自己免疫疾患のひとつで、髄鞘及び神経軸索を標的とする多発性炎症が惹起され、広汎な脱髄に起因する神経伝導障害を引き起こす疾患である。

　近年、腸内細菌叢は、腸管免疫系の細胞性及び体液性免疫に影響を及ぼす重要な因子であることが明らかとなってきている（非特許文献１）。また、ヒト糞便由来のクロストリジウムクラスターＸＩＶａ及びクラスターＩＶに属する細菌、並びにバクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ　ｆｒａｇｉｌｉｓ）がＦｏｘｐ３^＋制御性Ｔ細胞を誘導し、結腸炎及び実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）等の炎症状態を抑制することが報告されている（非特許文献２～４）。再発寛解型のＭＳ患者群と健常対照群とで、糞便に由来する腸内細菌叢を比較し、両群間でクロストリジウムクラスターＸＩＶａ及びＩＶに属するクロストリジウム種の量に有意差があることも報告されている（非特許文献５）。

Ｃｅｌｌ，２０１４年，１５７巻，ｐｐ．１２１－１４１Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１１年，３３１巻，ｐｐ．３３７－３４１Ｊ．　Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１０年，１８５巻，ｐｐ．４１０１－４１０８Ｎａｔｕｒｅ，２０１３年，５００巻，ｐｐ．２３２－２３６ＰＬｏＳ　Ｏｎｅ，２０１５年，１０巻、ｅ０１３７４２９

　多発性硬化症は、病態に応じて、再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）、二次進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）、非典型多発性硬化症（Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ）等のサブタイプに分類することができ、各サブタイプに応じた適切な治療を施すことが求められている。また、これらの多発性硬化症と関連する疾患として、視神経脊髄炎類縁疾患（ＮＭＯＳＤ）がある。ＮＭＯＳＤは、従来、多発性硬化症のサブタイプの一つとして分類されていたが、現在では独立した疾患として捉えられることもあり、抗アクアポリン４（ＡＱＰ４）抗体及び脊髄長大病変の存在を特徴とすることが知られている。

　本発明は、腸内細菌叢と、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症又は視神経脊髄炎類縁疾患との相関関係を明らかにすると共に、当該相関関係に基づいた再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法を提供することを目的とする。本発明はまた、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカー、並びに、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の治療剤を提供することも目的とする。

　本発明者らは、ＲＲＭＳ患者、ＳＰＭＳ患者、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者、ＮＭＯＳＤ患者及び健常人の５群間で腸内細菌叢を比較することにより、各群の腸内細菌叢の構成に統計上の有意差があることを見出した。また、ＲＲＭＳ患者とＳＰＭＳ患者の２群間で腸内細菌叢を比較することにより、各群の腸内細菌叢の構成に統計上の有意差があることを見出した。さらには、上記の群間比較において、腸内細菌叢における相対存在量が統計上有意に異なる細菌種を見出した。本発明は、これらの知見に基づくものである。

　すなわち、本発明は、例えば、下記［１］～［２８］に係る発明に関する。
［１］再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１）又は（２）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［２］再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（３）又は（４）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　（４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
［３］再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（５）又は（６）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［４］再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（７）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［５］二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（８）又は（９）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［６］二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１０）又は（１１）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　（１１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
［７］二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１２）又は（１３）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（１３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［８］二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１４）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［９］非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１５）又は（１６）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（１６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［１０］非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１７）又は（１８）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　（１８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
［１１］非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１９）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［１２］非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２０）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［１３］非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２１）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、視神経脊髄炎類縁疾患患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［１４］視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２２）又は（２３）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（２３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［１５］視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２４）又は（２５）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する
　（２５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する
［１６］視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２６）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
［１７］配列番号１、２、５～７、９、１１～１８、２０、２２～２５、２７、２８及び３１～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、再発寛解型多発性硬化症の診断用バイオマーカー。
［１８］配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、二次進行型多発性硬化症の診断用バイオマーカー。
［１９］配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、非典型多発性硬化症の診断用バイオマーカー。
［２０］配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカー。
［２１］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、２、５～７、９、１１～１８、２０、２２～２５、２７、２８及び３１～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、再発寛解型多発性硬化症の診断用バイオマーカーとしての使用。
［２２］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、二次進行型多発性硬化症の診断用バイオマーカーとしての使用。
［２３］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、非典型多発性硬化症の診断用バイオマーカーとしての使用。
［２４］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカーとしての使用。
［２５］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、再発寛解型多発性硬化症の予防又は治療剤。
［２６］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、７、９～１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、二次進行型多発性硬化症の予防又は治療剤。
［２７］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、非典型多発性硬化症の予防又は治療剤。
［２８］１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、視神経脊髄炎類縁疾患の予防又は治療剤。

　本発明はまた、下記［２－１］～［２－２８］にも関する。
［２－１］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、２、５～７、９、１１～１８、２０、２２～２５、２７、２８及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して再発寛解型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体。
［２－２］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－３］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する、非一時的記録媒体。
［２－４］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が再発寛解型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、再発寛解型多発性硬化症の診断システム。
［２－５］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、再発寛解型多発性硬化症の診断システム。
［２－６］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された二次進行型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－７］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された非典型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－８］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して二次進行型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体。
［２－９］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－１０］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する、非一時的記録媒体。
［２－１１］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が二次進行型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、二次進行型多発性硬化症の診断システム。
［２－１２］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、二次進行型多発性硬化症の診断システム。
［２－１３］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された再発寛解型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－１４］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された非典型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－１５］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して非典型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体。
［２－１６］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－１７］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する、非一時的記録媒体。
［２－１８］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が非典型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、非典型多発性硬化症の診断システム。
［２－１９］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、非典型多発性硬化症の診断システム。
［２－２０］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された再発寛解型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－２１］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された二次進行型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－２２］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された視神経脊髄炎類縁疾患患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が視神経脊髄炎類縁疾患患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－２３］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して視神経脊髄炎類縁疾患の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体。
［２－２４］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。
［２－２５］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する、非一時的記録媒体。
［２－２６］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が視神経脊髄炎類縁疾患へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える視神経脊髄炎類縁疾患の診断システム。
［２－２７］治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える、視神経脊髄炎類縁疾患の診断システム。
［２－２８］被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された非典型多発性硬化症患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させるプログラムが記録されたコンピュータ読み取り可能な非一時的記録媒体であって、上記判定するステップは、上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する、非一時的記録媒体。

　本発明によれば、腸内細菌叢に基づいた再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法の提供が可能となる。また、本発明によれば、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカー、並びに、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の治療剤の提供が可能となる。

５つの対象群における腸内細菌叢のα及びβ多様性を解析した結果を示す図である。５つの対象群における腸内細菌叢の門レベル及び属レベルでの細菌叢組成を解析した結果を示す図である。２群間比較において、ＥＤＳＳスコアと相対存在量とのスピアマンの相関関係を示した図である。２群間比較（グループ１とグループ２との比較）で有意差があった菌及びＯＴＵについて、ｌｏｇ１０（グループ１の平均相対存在量／グループ２の平均相対存在量）を解析した結果を示す図である。２群間比較において特定の細菌のＥＤＳＳスコアと相対存在量とのスピアマンの相関関係を示した図である。２群間比較において特定の細菌の相対存在量を示した図である。５群間のＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｒｅｃｔａｌｅのウィルコクソン順位和検定の結果及び相対存在量を示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）においてＥＤＳＳスコアと相対存在量とのスピアマンの相関関係を示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）においてＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉの相対存在量及び相対存在量とＥＤＳＳスコアとの相関関係を示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）において特定の細菌の相対存在量とＥＤＳＳスコアとの相関関係を示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）において特定の細菌の相対存在量を示した図である。２群間比較（ＲＲＭＳ群－ＨＣ群）における、ＫＥＧＧパスウェイ及びＫＥＧＧオントロジー（ＫＯ）の統計的処理の概要を示した図である。２群間比較（ＲＲＭＳ群－ＨＣ群）における、ＲＲＭＳ群で豊富又は欠乏しているＫＥＧＧパスウェイを示した図である。２群間比較（ＲＲＭＳ群－ＨＣ群）における、ＫＥＧＧパスウェイ解析の結果を示した図である。５群間比較においてアセテート－ＣｏＡ：アセトアセテートＣｏＡ－トランスフェラーゼβサブユニット（Ｋ１０３５）及びブチレートキナーゼ（Ｋ００９２９）の相対存在量を示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）における、ＫＥＧＧパスウェイ及びＫＥＧＧオントロジー（ＫＯ）の統計的処理の概要を示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）における、ＳＰＭＳ群で豊富又は欠乏しているＫＥＧＧパスウェイを示した図である。２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）における、ＫＥＧＧパスウェイ解析の結果を示した図である。５群間比較においてＤＮＡポリメラーゼＩＩＩサブユニットデルタ（Ｋ０２３４１）及びＤＮＡアデニンメチラーゼ（Ｋ０６２２３）の相対存在量を示した図である。糞便の代謝産物の測定に関するＨＣ群、ＲＲＭＳ群及びＳＰＭＳ群の人口統計及び特徴を示した図である。ＨＣ群、ＲＲＭＳ群及びＳＰＭＳ群の糞便の短鎖脂肪酸レベル及び酸化ストレス指標を解析した結果を示す図である。５つの対象群における細菌叢組成を門レベルで解析した結果を示す図である。５つの対象群における細菌叢組成を属レベルで解析した結果を示す図である。５つの対象群における細菌叢組成を属レベルで解析した結果を示す図である。ＳＰＭＳ群とＲＲＭＳ群とで存在量に有意差がある菌種及びＯＴＵについて、５群間比較を行った結果を示す図である。ＳＰＭＳ群とＲＲＭＳ群とで存在量に有意差がある菌種及びＯＴＵについて、５群間比較を行った結果を示す図である。ＨＣ群及びＳＰＭＳ群の糞便の酸化ストレス指標を解析した結果を示す図である。１６Ｓリードのマッピング解析のワークフローを示す図である。

　以下、本発明を実施するための形態について詳細に説明する。ただし、本発明は以下の実施形態に限定されるものではない。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカー、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラム及び診断システムは、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患に罹患した患者及び健常人の間において、腸内細菌叢の構成が有意に変化するという新規な知見に基づく。また、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患の治療剤は、再発寛解型多発性硬化症、二次進行型多発性硬化症、非典型多発性硬化症及び視神経脊髄炎類縁疾患に罹患した患者において、健常対照に比較して腸内細菌叢の構成が有意に変化するという新規な知見に基づく。

　多発性硬化症は、自己の免疫系が自己の正常な細胞及び組織に対して反応することにより引き起こされる疾患である自己免疫疾患の１つである。多発性硬化症には、急性増悪と寛解を繰り返す再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）、ＲＲＭＳ病態が一定期間続いた後に進行性の病態へと移行する二次進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）、ＭＳ特有の脳病変がほとんどない非典型多発性硬化症（Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ）等のサブタイプに分類できることが知られている。また、多発性硬化症に罹患する患者の中では、視神経炎及び脊髄炎を主な症候とする患者が含まれており、視神経脊髄炎類縁疾患（ＮＭＯＳＤ）として、多発性硬化症とは独立した疾患として分類されることがある。ＮＭＯＳＤは、抗アクアポリン４（ＡＱＰ４）抗体及び脊髄長大病変の存在を特徴とする。

〔診断方法〕
（再発寛解型多発性硬化症の診断方法）
　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者の腸内細菌叢の構成に基づく判定を行うものであるため、例えば、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること（第１、３及び４の実施形態）、及び再発寛解型多発性硬化症の治療効果を判定すること（第２の実施形態）に用いることができる。

　第１の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１）又は（２）を実施するステップと、を備える。
　（１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
　（２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第２の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（３）又は（４）を実施するステップと、を備える。
　（３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。
　（４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　第３の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（５）又は（６）を実施するステップと、を備える。
　（５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
　（６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第４の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（７）を実施するステップと、を備える。
　（７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　本明細書において、細菌の相対存在量とは、細菌叢全体に対し当該（特定の）細菌が占める割合を意味する。細菌の相対存在量は、例えば、細菌叢を構成する全細菌数と、細菌叢に含まれる特定の細菌の数から求めることができる。より具体的には、例えば、細菌叢に含まれる細菌に共通する塩基配列と各細菌種に特徴的な塩基配列とを有する遺伝子（例えば、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子）を網羅的に解読し、解読した遺伝子の総数、及び特定の細菌種に帰属される遺伝子の総数を、それぞれ細菌叢を構成する全細菌数、及び特定の細菌の数として、特定の細菌の相対存在量を求めることができる。

　後述の実施例で詳述するとおり、健常対照と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。同様に、健常対照と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び再発寛解型多発性硬化症の治療効果を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　なお、本明細書において、「同一性」とは、２つの塩基配列のアラインメント（例えば、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用したアラインメント）を行ったとき、一致する塩基の割合を意味する。

　真正細菌の１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子には、多くの生物種で塩基配列の保存度が高い領域（保存領域）の他に、特定の細菌種及びその近縁種に固有の塩基配列の領域（可変領域）が存在する。１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子には、Ｖ１～Ｖ９と呼ばれる９つの可変領域が知られている。可変領域の塩基配列を同定することにより、細菌種を特定することができる。１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列とは、Ｖ１可変領域及びＶ２可変領域の塩基配列である。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、（１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。同様に、（２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本明細書において、健常人における上記細菌の相対存在量は、予め測定しておいてもよい。健常人における上記細菌の相対存在量は、複数の健常人の平均値であってもよい。また、健常人における上記細菌の相対存在量の複数のデータと被験者の当該相対存在量のデータとから、統計解析（例えば、Ｗｅｌｃｈのｔ検定）により有意差の有無を解析することもできる。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、（３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定することができる。同様に、（４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定することができる。

　再発寛解型多発性硬化症の病態の改善の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本明細書において、治療前の被験者における上記細菌の相対存在量は、予め測定しておいてもよく、また治療後の被験者における上記細菌の相対存在量と略同時に測定してもよい。ここでいう「治療前」及び「治療後」とは、例えば、継続的な治療（例えば、定期的な投薬）を行っている期間の途中で施された治療（例えば、３回目の投薬）の前後を含む概念である。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法はまた、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、再発寛解型多発性硬化症の治療効果を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、ＳＰＭＳ患者と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。同様に、ＳＰＭＳ患者と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することを判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、（５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。同様に、（６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　本実施形態において、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　ＳＰＭＳ患者における上記細菌の相対存在量は、予め測定しておいてもよい。ＳＰＭＳ患者における上記細菌の相対存在量は、複数のＳＰＭＳ患者の平均値であってもよい。また、ＳＰＭＳ患者における上記細菌の相対存在量の複数のデータと被験者の当該相対存在量のデータとから、統計解析（例えば、Ｗｅｌｃｈのｔ検定）により有意差の有無を解析することもできる。

　本実施形態において、再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することを判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、（７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　本実施形態において、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における上記細菌の相対存在量は、予め測定しておいてもよい。Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における上記細菌の相対存在量は、複数のＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者の平均値であってもよい。また、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における上記細菌の相対存在量の複数のデータと被験者の当該相対存在量のデータとから、統計解析（例えば、Ｗｅｌｃｈのｔ検定）により有意差の有無を解析することもできる。

　本実施形態において、再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、再発寛解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

（二次進行型多発性硬化症の診断方法）
　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者の腸内細菌叢の構成に基づく判定を行うものであるため、例えば、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること（第５、７及び８の実施形態）、及び二次進行型多発性硬化症の治療効果を判定すること（第６の実施形態）に用いることができる。

　第５の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（８）又は（９）を実施するステップと、を備える。
　（８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
　（９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第６の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１０）又は（１１）を実施するステップと、を備える。
　（１０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。
　（１１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　第７の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１２）又は（１３）を実施するステップと、を備える。
　（１２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
　（１３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第８の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１４）を実施するステップと、を備える。
　（１４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　後述の実施例で詳述するとおり、健常対照と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。同様に、健常対照と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び二次進行型多発性硬化症の治療効果を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、（８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。同様に、（９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、（１０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定することができる。同様に、（１１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定することができる。

　二次進行型多発性硬化症の病態の改善の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法はまた、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、二次進行型多発性硬化症の治療効果を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、ＲＲＭＳ患者と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。同様に、ＲＲＭＳ患者と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、（１２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。同様に、（１３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　ＲＲＭＳ患者における上記細菌の相対存在量は、予め測定しておいてもよいＲＲＭＳ患者における上記細菌の相対存在量は、複数のＲＲＭＳ患者の平均値であってもよい。また、ＲＲＭＳ患者における上記細菌の相対存在量の複数のデータと被験者の当該相対存在量のデータとから、統計解析（例えば、Ｗｅｌｃｈのｔ検定）により有意差の有無を解析することもできる。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、（１４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

（非典型多発性硬化症の診断方法）
　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者の腸内細菌叢の構成に基づく判定を行うものであるため、例えば、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること（第９、１１～１３の実施形態）、及び再発寛解型多発性硬化症の治療効果を判定すること（第１０の実施形態）に用いることができる。

　第９の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１５）又は（１６）を実施するステップと、を備える。
　（１５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
　（１６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１０の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１７）又は（１８）を実施するステップと、を備える。
　（１７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。
　（１８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　第１１の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（１９）を実施するステップと、を備える。
　（１９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１２の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（２０）を実施するステップと、を備える。
　（２０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１３の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（２１）を実施するステップと、を備える。
　（２１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、視神経脊髄炎類縁疾患患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　後述の実施例で詳述するとおり、健常対照と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。同様に、健常対照と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び非典型多発性硬化症の治療効果を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、（１５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。同様に、（１６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、（１７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定することができる。同様に、（１８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定することができる。

　非典型多発性硬化症の病態の改善の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法はまた、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、非典型多発性硬化症の治療効果を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、ＲＲＭＳ患者と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、（１９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、ＳＰＭＳ患者と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、（２０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、ＮＭＯＳＤ患者と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、（２１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、視神経脊髄炎類縁疾患患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　ＮＭＯＳＤ患者における上記細菌の相対存在量は、予め測定しておいてもよい。ＮＭＯＳＤ患者における上記細菌の相対存在量は、複数のＮＭＯＳＤ患者の平均値であってもよい。また、ＮＭＯＳＤ患者における上記細菌の相対存在量の複数のデータと被験者の当該相対存在量のデータとから、統計解析（例えば、Ｗｅｌｃｈのｔ検定）により有意差の有無を解析することもできる。

　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

（視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法）
　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、被験者の腸内細菌叢の構成に基づく判定を行うものであるため、例えば、視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること（第１４及び１６の実施形態）、及び再発寛解型多発性硬化症の治療効果を判定すること（第１５の実施形態）に用いることができる。

　第１４の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（２２）又は（２３）を実施するステップと、を備える。
　（２２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
　（２３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１５の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（２４）又は（２５）を実施するステップと、を備える。
　（２４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する。
　（２５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する。

　第１６の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の（２６）を実施するステップと、を備える。
　（２６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　後述の実施例で詳述するとおり、健常対照と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が増加する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列である細菌が同定された。同様に、健常対照と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び視神経脊髄炎類縁疾患の治療効果を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、（２２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。同様に、（２３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、（２４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定することができる。同様に、（２５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定することができる。

　視神経脊髄炎類縁疾患の病態の改善の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法はまた、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、視神経脊髄炎類縁疾患の治療効果を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　後述の実施例で詳述するとおり、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が減少する細菌として、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列である細菌が同定された。

　したがって、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を指標とすることにより、視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性を判定することが可能になる。判定精度をより高める観点から、上記同一性は、９８％、９９％又は９９．５％以上であることが好ましく、９９．７％以上であることがより好ましく、９９．９％以上であることが更に好ましく、１００％であることが更により好ましい。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、（２６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定することができる。

　視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性の判定にあたっては、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の少なくとも１種について、判定を行ってもよい。判定精度をより高める観点から、上記細菌の２種以上について判定を行ってもよく、上記細菌の全てについて判定を行ってもよい。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップを含み、当該細菌は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌である、視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性を判定するためのデータ収集方法と捉えることもできる。

　上述した診断方法の実施形態において、診断方法に使用する被験者由来の試料は、被験者の腸内細菌叢の構成を解析できる試料であればよく、被験者の糞便試料を用いることができる。糞便試料は、被験者の肛門から排泄された糞便であってもよく、被験者の腸（特に、大腸）から採取された排泄前の糞便であってもよい。

　配列番号１～４０について、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１－Ｖ２領域の塩基配列から同定される最も近い菌種を、表１及び２に示す。表１及び２中、同一性とは、各配列番号における塩基配列と菌種の塩基配列とのアラインメントを行った時に一致する塩基の割合を示す。－（ハイフン）は、同一性が９７％以上であることを示す。

　すなわち、配列番号１～２１、３１、３３、３５、３７～４０で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌は、それぞれ、表１及び２に示される菌種であってよい。

〔診断プログラム及び診断システム〕
（再発寛解型多発性硬化症の診断プログラム及び診断システム）
　上述した本発明に係る再発寛解型多発性硬化症の診断方法は、コンピュータを再発寛解型多発性硬化症の診断システムとして機能させる診断プログラムとして提供することもできる。

　第１～４の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、２、５～７、９、１１～１８、２０、２２～２５、２７、２８及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して再発寛解型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第１の実施形態において、基準値は、健常人における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第１の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が再発寛解型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（健常人における上記相対存在量）と比較し、（ｉ－１）上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、（ｉ－２）上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉ－１）又は（ｉ－２）に該当しない場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第２の実施形態において、被験者は、再発寛解型多発性硬化症の治療後の被験者であり、かつ基準値は、当該治療前の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　すなわち、第２の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかのいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　第２の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断システムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　第２の実施形態において、演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから、配列番号１、５～７、９、１１～１３、１５、１６、１８、２０、２２、２３、２５、２７及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（治療前の被験者における上記相対存在量）と比較し、（ｉ－３）上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、（ｉ－４）上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉ－３）又は（ｉ－４）に該当しない場合、被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されていないと判定するステップを実行してもよい。

　なお、第２の実施形態では、被験者は、再発寛解型多発性硬化症の治療前の被験者であり、かつ基準値は、当該治療後の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定するものであってもよい。

　第３の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して再発寛解型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第３の実施形態において、基準値は、ＳＰＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第３の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＳＰＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第３の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が再発寛解型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（ＳＰＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉ－５）上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、（ｉ－６）上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉ－５）又は（ｉ－６）に該当しない場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第４の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して再発寛解型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第４の実施形態において、基準値は、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第４の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第４の実施形態に係る再発寛解型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が再発寛解型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉ－７）上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉ－７）に該当しない場合、被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

（二次進行型多発性硬化症の診断プログラム及び診断システム）
　上述した本発明に係る二次進行型多発性硬化症の診断方法は、コンピュータを二次進行型多発性硬化症の診断システムとして機能させる診断プログラムとして提供することもできる。

　第５～８の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して二次進行型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第５の実施形態において、基準値は、健常人における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第５の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第５の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が二次進行型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（健常人における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉ－１）上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、（ｉｉ－２）上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉ－１）又は（ｉｉ－２）に該当しない場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第６の実施形態において、被験者は、二次進行型多発性硬化症の治療後の被験者であり、かつ基準値は、当該治療前の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　すなわち、第６の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　第６の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断システムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　第６の実施形態において、演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから、配列番号１、４、５、８～１０、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（治療前の被験者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉ－３）上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、（ｉｉ－４）上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉ－３）又は（ｉｉ－４）に該当しない場合、被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されていないと判定するステップを実行してもよい。

　なお、第６の実施形態では、被験者は、二次進行型多発性硬化症の治療前の被験者であり、かつ基準値は、当該治療後の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定するものであってもよい。

　第７の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して二次進行型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第７の実施形態において、基準値は、ＲＲＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＲＲＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が二次進行型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号２、１１、１４、２１及び３１～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（ＲＲＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉ－５）上記相対存在量が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、（ｉｉ－６）上記相対存在量が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉ－５）又は（ｉｉ－６）に該当しない場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第８の実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して二次進行型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第８の実施形態において、基準値は、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉ－７）上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は、二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉ－７）に該当しない場合、被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

（非典型多発性硬化症の診断プログラム及び診断システム）
　上述した本発明に係る非典型多発性硬化症の診断方法は、コンピュータを非典型多発性硬化症の診断システムとして機能させる診断プログラムとして提供することもできる。

　第９～１３の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して非典型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第９の実施形態において、基準値は、健常人における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第９の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第９の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が非典型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（健常人における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉｉ－１）上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、（ｉｉｉ－２）上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉｉ－１）又は（ｉｉｉ－２）に該当しない場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第１０の実施形態において、被験者は、非典型多発性硬化症の治療後の被験者であり、かつ基準値は、当該治療前の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　すなわち、第１０の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する。

　第１０の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断システムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　第１０の実施形態において、演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから、配列番号３、５、８、１３、１４、１６、１９及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（治療前の被験者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉｉ－３）上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、（ｉｉｉ－４）上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉｉ－３）又は（ｉｉｉ－４）に該当しない場合、被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されていないと判定するステップを実行してもよい。

　なお、第１０の実施形態では、被験者は、非典型多発性硬化症の治療前の被験者であり、かつ基準値は、当該治療後の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定するものであってもよい。

　第１１の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して非典型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第１１の実施形態において、基準値は、ＲＲＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、非典型型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第１１の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＲＲＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１１の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が非典型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（ＲＲＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉｉ－５）上記相対存在量が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＲＲＭＳ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉｉ－５）に該当しない場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第１２の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して非典型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第１２の実施形態において、基準値は、ＳＰＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第１２の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＳＰＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１２の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が非典型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（ＳＰＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉｉ－６）上記相対存在量が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＳＰＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉｉ－６）に該当しない場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第１３の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して非典型多発性硬化症の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第１３の実施形態において、基準値は、ＮＭＯＳＤ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＮＭＯＳＤ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第１３の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＮＭＯＳＤ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＮＭＯＳＤ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１３の実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が非典型多発性硬化症へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（ＮＭＯＳＤ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｉｉ－７）上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＮＭＯＳＤ患者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者は、非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｉｉ－７）に該当しない場合、被験者は非典型多発性硬化症に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

（視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラム及び診断システム）
　上述した本発明に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法は、コンピュータを視神経脊髄炎類縁疾患の診断システムとして機能させる診断プログラムとして提供することもできる。

　第１４～１６の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して視神経脊髄炎類縁疾患の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　第１４の実施形態において、基準値は、健常人における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、第１４の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された健常人における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　第１４の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が視神経脊髄炎類縁疾患へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（健常人における上記相対存在量）と比較し、（ｉｖ－１）上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、（ｉｖ－２）上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量が健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｖ－１）又は（ｉｖ－２）に該当しない場合、被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　第１５の実施形態において、被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患の治療後の被験者であり、かつ基準値は、当該治療前の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する。

　すなわち、第１５の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された治療前の被験者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、当該被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する。

　第１５の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断システムは、治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたかを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　第１５の実施形態において、演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから、配列番号５、１０、１２、１４、２１、２２及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（治療前の被験者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｖ－３）上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、又は、（ｉｖ－４）上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記相対存在量が治療前の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｖ－３）又は（ｉｖ－４）に該当しない場合、被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されていないと判定するステップを実行してもよい。

　なお、第１５の実施形態では、被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患の治療前の被験者であり、かつ基準値は、当該治療後の被験者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して多い場合、又は、上記相対存在量が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量が治療後の被験者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定するものであってもよい。

　第１６の実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力された基準値と比較して視神経脊髄炎類縁疾患の病態を判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。

　本実施形態において、基準値は、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における対応する塩基配列の相対存在量であり、上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　すなわち、本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断プログラムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得するステップ、取得した塩基配列データから、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の頻度を計算し、当該塩基配列の相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を予め入力されたＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における相対存在量と比較するステップ、比較結果に基づいて、被験者が、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いかを判定するステップ、及び得られた判定結果を出力するステップをコンピュータに実行させる。判定するステップでは、上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の相対存在量であり、かつ算出した相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、当該被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。

　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断システムは、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を網羅的に解読した塩基配列データを取得する入力手段と、取得した塩基配列データに基づいて、被験者が視神経脊髄炎類縁疾患へ罹患している、又は罹患する危険性が高いことを判定する演算手段と、上記演算手段で得られた判定結果を出力する出力手段を備える。

　演算手段（例えば、ＣＰＵ）は、入力した塩基配列データから配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列の少なくとも１つについて、当該塩基配列の出現頻度から相対存在量を算出するステップ、算出した相対存在量を、記憶装置（例えば、ＲＯＭ、ＲＡＭ）から読み出した基準値（Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における上記相対存在量）と比較し、（ｉｖ－５）上記相対存在量が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する塩基配列であり、かつ上記被験者における上記相対存在量がＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、被験者は、視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定するステップを実行するものである。演算手段はまた、（ｉｖ－５）に該当しない場合、被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患していない、又は罹患する危険性が高くないと判定するステップを実行してもよい。

　上述した診断プログラム及び診断システムの実施形態において、診断プログラムは、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に記録されていてもよい。すなわち、本実施形態に係るコンピュータ読み取り可能な記録媒体は、上述したプログラムが記録されている。記録媒体は、非一時的記録媒体であってもよい。コンピュータ読み取り可能な記録媒体としては、例えば、コンピュータのＲＯＭ若しくはハードディスク、ネットワークに接続されたサーバ・コンピュータ等に設けられた外部記憶装置、又はフレキシブルディスク、メモリーカード、光磁気ディスク等の可搬記録媒体が挙げられる。

　入力手段は、網羅的に解読した塩基配列データをコンピュータに入力するためのものであって、例えば、マウス、キーボード、データ伝送回線、モデム等の各種インターフェースが挙げられる。判定結果は、例えば、ディスプレイ、プリンタ等の出力手段に出力される。判定結果はまた、他の情報処理端末へのデータ転送回線等を介して出力されてもよい。

〔診断用バイオマーカー及びその使用〕
（再寛容解型多発性硬化症の診断用バイオマーカー及びその使用）
　本実施形態に係る再寛容解型多発性硬化症の診断用バイオマーカーは、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌からなる。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。また、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、ＳＰＭＳ患者と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。また、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、ＳＰＭＳ患者と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　したがって、上記相対存在量の多寡に基づき、上記腸内細菌をバイオマーカーとして使用することができる。本実施形態のバイオマーカーによれば、例えば、再寛容解型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び再寛容解型多発性硬化症の治療効果を判定することなど、再寛容解型多発性硬化症を診断することができる。

（二次進行型多発性硬化症の診断用バイオマーカー及びその使用）
　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の診断用バイオマーカーは、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌からなる。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。また、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、ＲＲＭＳ患者と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。また、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、ＲＲＭＳ患者と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列である腸内細菌は、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。

　したがって、当該相対存在量の多寡に基づき、上記腸内細菌をバイオマーカーとして使用することができる。本実施形態のバイオマーカーによれば、例えば、二次進行型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び二次進行型多発性硬化症の治療効果を判定することなど、二次進行型多発性硬化症を診断することができる。

（非典型多発性硬化症の診断用バイオマーカー及びその使用）
　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の診断用バイオマーカーは、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌からなる。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。また、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、ＲＲＭＳ患者と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列である腸内細菌は、ＳＰＭＳ患者と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列である腸内細菌は、ＮＭＯＳＤ患者と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が増加する。

　したがって、当該相対存在量の多寡に基づき、上記腸内細菌をバイオマーカーとして使用することができる。本実施形態のバイオマーカーによれば、例えば、非典型多発性硬化症への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び非典型多発性硬化症の治療効果を判定することなど、非典型多発性硬化症を診断することができる。

（視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカー及びその使用）
　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカーは、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌からなる。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が増加する。また、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が減少する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列である腸内細菌は、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が減少する。

　したがって、当該相対存在量の多寡に基づき、上記腸内細菌をバイオマーカーとして使用することができる。本実施形態のバイオマーカーによれば、例えば、視神経脊髄炎類縁疾患への罹患の有無又は罹患の危険性を判定すること、及び視神経脊髄炎類縁疾患の治療効果を判定することなど、視神経脊髄炎類縁疾患を診断することができる。

〔予防又は治療剤〕
（再発寛容型多発性硬化症の予防又は治療剤）
　本実施形態に係る再発寛容型多発性硬化症の予防又は治療剤は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する細菌、及び細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。本実施形態に係る予防又は治療剤は、当該腸内細菌又はこれら由来の生理活性物質を含有することから、再発寛容型多発性硬化症の予防又は治療（病態の改善、緩和、寛解）に適する。
（二次進行型多発性硬化症の予防又は治療剤）

　本実施形態に係る二次進行型多発性硬化症の予防又は治療剤は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、７、９～１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する細菌、及び細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号４、９及び１０のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＳＰＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。本実施形態に係る予防又は治療剤は、当該腸内細菌又はこれら由来の生理活性物質を含有することから、二次進行型多発性硬化症の予防又は治療（病態の改善、緩和、寛解）に適する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７のいずれかで特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＲＲＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。再発寛容型多発性硬化症の病態の多くは二次進行型多発性硬化症の病態に移行するため、本実施形態に係る予防又は治療剤は、二次進行型多発性硬化症の予防又は治療（病態の改善、緩和、寛解）にも適する。

（非典型多発性硬化症の予防又は治療剤）
　本実施形態に係る非典型多発性硬化症の予防又は治療剤は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する細菌、及び細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者で有意に相対存在量が減少する。本実施形態に係る予防又は治療剤は、当該腸内細菌又はこれら由来の生理活性物質を含有することから、非典型多発性硬化症の予防又は治療（病態の改善、緩和、寛解）に適する。

（視神経脊髄炎類縁疾患の予防又は治療剤）
　本実施形態に係る視神経脊髄炎類縁疾患の予防又は治療剤は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する細菌、及び細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する。

　上述のとおり、１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列である腸内細菌は、健常対照と比較してＮＭＯＳＤ患者で有意に相対存在量が減少する。本実施形態に係る予防又は治療剤は、当該腸内細菌又はこれら由来の生理活性物質を含有することから、視神経脊髄炎類縁疾患の予防又は治療（病態の改善、緩和、寛解）に適する。

　有効成分である腸内細菌は、例えば、ヒトの腸内細菌叢を構成する腸内細菌を単離培養し、単離された腸内細菌の１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１領域－Ｖ２領域の塩基配列を解析し、所望の塩基配列を有する腸内細菌を特定することにより得ることができる。また、既知菌種と９７％以上の類似度を有する腸内細菌は、当該菌種と同一種であるため、当該菌種をＡＴＣＣ等の細胞バンクから購入してもよい。腸内細菌由来の生理活性物質は、当該腸内細菌を培養し、培地中に分泌された生理活性物質を精製又は単離することで得ることができる。また、当該腸内細菌を接種及び定着させたマウス等の動物の腸管内容物から精製又は単離することで得ることもできる（Ｉｎ　ｖｉｖｏ方法）。

　予防又は治療剤は、有効成分のみで構成してもよく、また薬学的に許容される担体（賦形剤、結合剤、崩壊剤、充填剤、乳化剤、流動添加調節剤等）又は添加剤（等張化剤、滑沢剤、矯味矯臭剤、可溶化剤、懸濁剤、希釈剤、界面活性剤、安定剤、吸収促進剤、増量剤、ｐＨ調整剤、保湿剤、吸着剤、崩壊抑制剤、コーティング剤、着色剤、保存剤、抗酸化剤、香料、風味剤、甘味剤、緩衝剤、無痛化剤等）を更に含有していてもよい。

　予防又は治療剤の剤形は、投与方法、処方条件に応じて適宜選択してよい。剤形としては、例えば、錠剤、丸剤、顆粒剤、散剤、カプセル剤、ドロップ剤、舌下剤、トローチ剤、液剤等を挙げることができる。また、有効成分を大腸に効率良く送達するという観点から、製剤には腸溶性コーティングを施してもよい。腸溶性コーティングとしては、公知のものを特に制限なく使用することができる。

　予防又は治療剤の投与方法としては、経口投与、非経口投与のいずれであってもよい。非経口投与の場合は、腸管内に直接投与してもよい。

　予防又は治療剤の投与量は、例えば、ヒト成人男子（体重６０ｋｇ）に投与する場合、有効成分量換算で、通常０．００１ｍｇ～５０００ｍｇ／日／人であり、好ましくは０．０１ｍｇ～５００ｍｇ／日／人である。複数回に分割して投与してもよい。

　以下、実施例に基づいて本発明をより具体的に説明する。ただし、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。

１．試験方法
［１．患者、臨床データ及び健常対照］
　９８名全てのＭＳ患者は、マクドナルド基準を満たした。ＭＳ患者を、臨床的方法及び磁気共鳴映像（ｍａｇｎｅｔｉｃ　ｒｅｓｏｎａｎｃｅ　ｉｍａｇｉｎｇ、ＭＲＩ）に基づく方法により、３つの臨床的な表現型に分類した。楕円形の病変、脳梁下の条線及び単離されたＵ－ｆｉｂｅｒ病変といった初見と一致するＭＳ特有の脳のＭＲＩ病変をもつ患者は、ウェスタンタイプのＭＳとして分類された。ウェスタンタイプのＭＳである７７名のＭＳ患者において、ＲＲＭＳは、再発寛解型の臨床経過に基づいて定義され、ＳＰＭＳは、悪化する神経障害が継続する期間の確立に基づき、主治医によって、レトロスペクティブに診断された。本研究における全ＮＭＯＳＤ患者は、セルベースアッセイ又はｅｎｚｙｍｅ－ｌｉｎｋｅｄ　ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ　ａｓｓａｙ（ＥＬＩＳＡ）によって確認された血清抗ＡＱＰ４抗体に対して陽性であり、ＮＭＯＳＤの国際的な総意に基づく診断基準を満たした。本研究において、「寛解状態」とは、３０日以上臨床的に安定な状態として定義され、「再発状態」は、２４時間以上継続する神経症候が示された神経の憎悪の開始後３０日以内の期間として定義された。試験への登録時に再発アクティブな患者はいなかった。ＡＲＲは、サンプル収集前１年の再発回数として定義した。ＥＤＳＳスコアは、厚生労働省によって規定された希少難治性疾患の年間の申請フォームを用い、主治医によって記載されたものが記録された。感染症に罹患し、糞便サンプルの回収中に抗生物質で治療された患者は、本研究から除外された。１２名のＲＲＭＳ患者、１名のＳＰＭＳ患者及び２名のＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ患者は、少なくともサンプリング前の２か月以内に免疫治療を受けていなかった。１０４名の日本人健康成人のうち５５才に年齢調整された健康成人の糞便サンプルから、１６Ｓ配列及びメタゲノム配列を得た。さらに、１２名のＲＲＭＳ患者、９名のＳＰＭＳ患者及び８名の新たにリクルートされた健康成人から、代謝解析のための糞便サンプルを得た。表３及び図２０に、登録された患者及び健常対照の詳細な臨床的特徴を示した。

［２．ＤＮＡの準備］
　回収された糞便サンプルは、直ちに使い捨ての酸素吸収剤及び二酸化炭素発生剤を含有するプラスチックバッグ（プラスチックバッグ内は、酸素感受性嫌気性細菌が生存可能な環境である。）に入れて、４℃の温度を維持しながら、実験室へ運搬した。実験室において、２０％グリセロールを含有するリン酸緩衝生理食塩水に糞便を懸濁させ、直ちに液体窒素で凍結させ、使用するまで－８０℃で保管した。細菌のＤＮＡは、酵素溶解法に従って、糞便サンプルから単離され、精製された。

［３．１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１－Ｖ２領域の配列決定］
　１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１－Ｖ２領域を、フォワードプライマー２７Ｆｍｏｄ（バーコード配列を含む、配列番号４１：５’－ａｇｒｇｔｔｔｇａｔｙｍｔｇｇｃｔｃａｇ－３’）及びリバースプライマー３３８Ｒ（配列番号４２：５’－ｔｇｃｔｇｃｃｔｃｃｃｇｔａｇｇａｇｔ－３’）を用いて、ＰＣＲで増幅した。２５０μＭ　ｄＮＴＰｓ及び１Ｕ　Ｅｘ　Ｔａｑ　ポリメラーゼ（タカラバイオ社製）の存在下、１０ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．３）、５０ｍＭ　ＫＣｌ、１．５ｍＭ　ＭｇＣｌ_２、フォワードプライマー（０．２μＭ）、リバースプライマー（０．２μＭ）及び鋳型ＤＮＡ（＜２０ｎｇ）を含有する１×Ｅｘ　Ｔａｑ　ＰＣＲバッファー（５０μＬ）を用いて、ＰＣＲを実施した。ＰＣＲは、９７００　ＰＣＲ　Ｓｙｓｔｅｍ（ライフテクノロジージャパン社製）を用いて、初期変性（９６℃、２分間）を行った後、変性（９６℃、３０秒間）、アニーリング（５５℃、４５秒間）及び伸長（７２℃、１分間）を２５サイクル繰り返し、最終伸長（７２℃）で実施した。

　ＰＣＲ増幅産物を、ＡＭＰｕｒｅ　ＸＰ　ｍａｇｎｅｔｉｃ　ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｂｅａｄｓ（Ｂｅｃｋｍａｎ　Ｃｏｕｌｔｅｒ　Ｉｎｃ．社製）を用いて精製し、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ　ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ　ｄｓＤＮＡ　Ａｓｓａｙ　Ｋｉｔ（ライフテクノロジージャパン社製）を用いて定量した。ＰＣＲ増幅産物量が同量となるように、各ＰＣＲ増幅産物を混合し、ＭｉＳｅｑ（２×３００　ペアードエンドラン）を用いてマルチプレックスアンプリコンシーケンス解析を行い、取扱説明書に記載のプロトコルに従い、塩基配列が決定された。

［４．メタゲノムの配列決定］
　ＩｏｎＰｒｏｔｏｎ（２００塩基リード、Ｐｒｏｔｏｎ　Ｉ　Ｃｈｉｐ）プラットフォームで、ゲノム全体のショットガンシーケンス解析を行い、取扱説明書に記載のプロトコルに従い、塩基配列が決定された。

［５．１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１－Ｖ２領域の塩基配列の解析］
　２つのペアードエンドリードは、重複配列に基づくｆａｓｔｑ－ｊｏｉｎプログラムを用いて統合された。平均クオリティ値が２５未満で両方のユニバーサルプライマーと不正確な一致であるリードは、除去された。フィルターをパスしたリードは、両方のプライマー配列を切り取った後に用いられた。キメラの確認及び１６ｓ　ｒＲＮＡデータの分類の帰属のために、３つの利用可能な公共のデータベース（Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ　Ｄａｔａｂａｓｅ　Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＲＤＰ）ｖ．１０．２７、ＣＯＲＥ（ｈｔｔｐ：／／ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ．ｏｓｕ．ｅｄｕ／）及びＮＣＢＩ　ＦＴＰ（ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／、２０１１年１２月））からデータベースを構築した。３つのデータベースの代表的な配列でＢＬＡＳＴマッチ箇所が９０％未満であるリードは、キメラとみなされ、除去された。フィルターされたリードは、非特許文献５に記載の方法に基づいて、品質管理手順にしたがって得ることができる。具体的には、３０００個の高品質１６Ｓリード（平均クオリティ値＞２５）は、各サンプルの全てのフィルターをパスしたリードからランダムに選択され、両方のプライマーは除去された。

　アルファ多様性を評価するために、各サンプルの操作上の分類単位（Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ　Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ　Ｕｎｉｔ、ＯＴＵ）の数は、閾値が９７％の同一性である３０００個の１６Ｓリードをクラスタリングすることによって得られた。ベータ多様性を解析するため、系統樹に基づく計測手法であるＵｎｉＦｒａｃ距離解析が用いられた。種レベルの分類帰属を明らかにするため、１６Ｓリードは、ＢＬＡＳＴ（９７％以上の同一性、９０％以上のカバー率）を用いた８７５５８個の非冗長性のＦＬ－１６Ｓ配列に対する類似検索に基づき、非特許文献５に記載された８７５５８個のＦＬ－１６Ｓ配列にマッピングされた。１６ＳリードによってマッピングされたＦＬ－１６Ｓ配列は、ＵＳＥＡＲＣＨ５（閾値：９７％の同一性）を用いてさらにクラスタリングされ、種レベルでＯＴＵと同等のＦＬ－１６Ｓクラスタを生成し、本研究で“ｃｌｕｓｔｅｒ”と定義された。１６Ｓリードの分類帰属はマッピングされた９７％のＦＬ－１６Ｓクラスタに基づいて行われた。マッピングされていない１６Ｓリードは、“ｕｎｍａｐｐｅｄ＿ＯＴＵ”として定義されたＯＴＵを得るため、ＵＳＥＡＲＣＨ５（閾値：９７％の同一性）を用いて既存のクラスタリングがなされ、１６Ｓデータベースに対する類似探索に基づく高レベル分類群（種レベルより上）に帰属された。各クラスタにマッピングされた１６Ｓリード及び各ｕｎｍａｐ＿ＯＴＵで形成された１６Ｓリードの数が、種、門及び属レベルでの細菌叢組成を評価するために用いられた。図２８に、１６Ｓシーケンシングに関する統計の概要を示した。

［６．メタゲノム配列の解析］
　Ｉｏｎ　Ｐｒｏｔｏｎリードにおいて、低品質リード（平均クオリティ値２０未満又は７５塩基対未満）が除去され、正確な複製物、５’／３’複製物、逆相補的で正確な複製物及び逆相補的な５’／３’複製物が、ＰＲＩＮＳＥＱで除去された。ヒト由来のリードは、Ｂｏｗｔｉｅ２でヒトゲノム（ＨＧ１９）にマッピングすることにより除去された。高品質リードは、ＭＥＧＡＨＩＴ（ｖ．１．１．０３、ＧＳ　ＦＬＸシーケンサー）を用いてコンティグにつなぎ合わせた。５００塩基対未満の長さのコンティグは、除去された。遺伝子予測は、Ｐｒｏｄｉｇａｌを用いて行われた。予測遺伝子のヌクレオチド配列は、ＣＤ－ＨＩＴ－ｅｓｔ　ｖ．４．６を用いてクラスタリングされた（９５％以上の配列同一性、９０％以上のカバー率）。クラスタリングされた遺伝子の配列は、タンパク質に翻訳された。予測されたタンパク質の機能的アノテーションは、ＫＥＧＧデータベースに対し、ＢＬＡＳＴＰ　ｖ．２．２．２６を用いて行われた（Ｅ値：０．００００５）。ｂｏｗｔｉｅ２を用いて、５０Ｋの高品質リードを非冗長性の遺伝子セットにマッピングし、各サンプルでの定量化された機能組成を得た。さらに、非特許文献（ＤＮＡ　ｒｅｓｅａｒｃｈ：ａｎ　ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ　ｊｏｕｒｎａｌ　ｆｏｒ　ｒａｐｉｄ　ｐｕｂｌｉｃａｔｏｎ　ｏｆ　ｒｅｐｏｒｔｓ　ｏｎ　ｇｅｎｅｓ　ａｎｄ　ｇｅｎｏｍｅｓ，２０１６年，２３巻，ｐ１２５－１３３）に記載の条件のもと、５０Ｋの高品質リードを６１４９個の参照ゲノムにマッピングすることにより、細菌叢組成を定量的に評価した。

［７．硫黄メタボロミクスの解析］
　回収された糞便サンプルは、直ちに使い捨ての酸素吸収剤及び二酸化炭素発生剤を含有するプラスチックバッグ（プラスチックバッグ内は、酸素感受性嫌気性細菌が生存可能な環境である。）に入れて、４℃の温度を維持しながら、実験室へ運搬した。実験室において、糞便サンプルを凍結させ、使用するまで－８０℃で保管した。

　硫黄メタボローム解析は、液体クロマトグラフィータンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）装置（島津製作所社製、Ｎｅｘｅｒａ　ＵＨＰＬＣシステム／オンラインＬＣ－ＭＳ　８０４０）を用いて、サルファ－インデックスサービス（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｕｇｌｅｎａ．ｊｐ／ｓｕｌｆｕｒｉｎｄｅｘ／）によって、非特許文献（Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，２０１５年，１１９巻、ｐ３１０－３１３及びＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ　ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１９年，９巻、ｐ１８９５）に記載の方法で行われた。簡潔に言えば、サンプル中の硫黄を含む化合物がメタノールを加えることによって除去され、モノブロモビマンをもつ蛍光誘導体に変換された。標的の代謝物レベルは、マスクロマトグラフィーによってピーク領域が決定され、内部基準（Ｄ－ショウノウ－１０－スルホン酸）のピーク領域で標準化した後に相対量として表現された。

［８．糞便のＳＣＦＡの定量化］
　ＳＣＦＡ解析には、硫黄インデックスの解析のために準備された溶液が一部利用され、溶液１０μｌがＭｉｌｌｉ－Ｑ水４０μｌに添加された。次に、５０ｍＭ３－ニトロフェニルヒドラジン塩酸塩（７５％メタノール）５０μｌ、７．５％ピリジン（７５％メタノール）及び内部基準（７５％メタノール）が、溶液に添加された。室温で３０分間混合した後、ギ酸５μｌが添加された。得られた溶液は、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳメソッドパッケージ短鎖脂肪酸（島津製作所社製、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｎ．ｓｈｉｍａｄｚｕ．ｃｏ．ｊｐ／ｌｃｍｓ／ｔｑ－ｏｐｔｉｏｎ／ｍｐ＿ｆａｔｔｙａｃｉｄ－ｓｃ．ｈｔｍ）を用いて、製造販売会社で推奨される手順に従って、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ解析に利用された。

［９．統計解析］
　全ての統計解析には、Ｒ（ｖｅｒｓｉｏｎ３．３．３）又はＰｒｉｓｍ（グラフパッドソフトウェア社製）を使用した。ウィルコクソン順位和検定はＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法により対象群間の細菌叢データを比較するために用いられた。スピアマンの相関係数解析は、相関関係を評価するために用いられた。クラスカルウォリス検定及びカイ二乗検定は、患者の人口統計データの比較に用いられた。フィッシャーの正確確率検定は、豊富な又は欠乏している代謝パスウェイの選択に用いられた。ノンパラメトリック多変量分散解析（ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎａｌ　ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｖａｒｉａｎｃｅ、ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ）は、細菌叢全体の組成の比較に用いられた。有意水準は、ｐ値０．０５未満に設定した。

２．結果
［１．患者と健常対照の人口統計プロファイル］
　６２名のＲＲＭＳ患者（平均年齢：３９．０才）、１５名のＳＰＭＳ患者（平均年齢４３．３才）、２１名のＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ群患者（平均年齢：４２．３才）、２０名のＮＭＯＳＤ患者（平均年齢：４３．１才）及び５５名の健常対照（ＨＣ、平均年齢：４０．０才）が、リクルートされた。表３に、対象の人口統計を示した。

　全ての対象群間における年齢及びｂｏｄｙ　ｍａｓｓ　ｉｎｄｅｘ（ＢＭＩ）、並びに４つの患者群間における発病年齢に有意差はなかった。一方、性別は、４つの患者群とＨＣ群との間で有意差があったが（ｐ＜０．０００１）、ＨＣ群の男女間でのＵｎｉＦｒａｃ解析に基づく腸内細菌叢組成に有意差はなかったため、腸内細菌叢組成には影響を与えないと考えられる（表４）。同様に、免疫治療もまた、ＲＲＭＳ群において免疫治療を受けている患者と免疫治療を受けていない患者とで腸内細菌叢組成に有意差はないため、腸内細菌叢組成には影響を与えないと考えられる（表４）。罹患期間、再発頻度（ａｎｎｕａｌ　ｒｅｌａｐｓｅ　ｒａｔｅ、ＡＲＲ）及びｅｘｐａｎｄｅｄ　ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ　ｓｔａｔｕｓ　ｓｃａｌｅ（ＥＤＳＳ）スコアは、４つの患者群間で有意に異なっており、これは、他の３つの患者群とは異なるＳＰＭＳの性質によるものである可能性がある。この結果は、これらの検査項目と腸内細菌叢との関連を示唆する。さらなる臨床情報は、ＳＴＡＲメソッド（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｃｅｌｌ．ｃｏｍ／ｓｔａｒ－ｍｅｔｈｏｄｓ）で提供される。本研究は、精神・神経医療研究センター及び早稲田大学の各研究倫理委員会に認可された。全ての被験者からインフォームドコンセントを得た。

［２．５群間の腸内細菌叢におけるα及びβ多様性の比較］
　Ｍｉｓｅｑを用いた１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子Ｖ１－Ｖ２領域のアンプリコンシーケンス解析によって、５つの対象群から、合計２５１７９４７個の高品質１６Ｓリードを得た。これらのうち、１サンプルあたり３０００リード（１１８サンプルの合計で３５４０００個のリード）をランダムに選択し、α及びβ多様性の評価に用いた（ＳＴＡＲメソッド参照）。４つの指標（観察されたＯＴＵ数、Ｃｈａｏ－１、ＡＣＥ及びＳｈａｎｎｏｎ指数）は、５群のいずれのペアにおいても有意差を示さなかった（図１（Ａ）～（Ｄ））。これらの結果は、５群間でα多様性に有意差はないことを示した。

　次に、１６Ｓデータを用いたＵｎｉＦｒａｃ距離解析に基づいて、５群のβ多様性を評価した（図１（Ｅ））。上述のとおり、患者とＨＣ群とのβ多様性の違いは、性比及び免疫治療の違いによってほとんど影響を受けなかった（表４）。

［３．５群の腸内細菌叢における分類帰属及び定量］
　１６Ｓデータに基づき、様々な分類レベルで細菌存在量を比較した。各サンプルの分類帰属や存在量の定量は、１６Ｓリードを細菌の１６Ｓデータベースにマッピングすることにより行った。

　１６Ｓデータに基づく門レベルの分類帰属は、少なくとも１つの対象群で平均相対存在量０．１％以上である６つの支配的な門を示した（図２及び２２）。１６Ｓデータに基づくと、ＲＲＭＳ群－ＨＣ群間のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓの存在量（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．０４３６）、並びに、ＲＲＭＳ群－ＨＣ群間及びＮＭＯＳＤ群－ＨＣ群間のＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａの存在量（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．０２７５，０．０４２５）において、有意差が観察された。

　１６Ｓデータに基づく属レベルの分類帰属は、平均相対存在量０．５％以上である２３個の属を同定した（図２、２３及び２４）。１６Ｓデータに基づくと、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの存在量は、ＨＣ群と比較してＲＲＭＳ群で高く（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．０４７５）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの存在量は、ＨＣ群と比較して、ＲＲＭＳ群及びＳＰＭＳ群で有意に高かった（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．０１１０，０．０１１０）。Ｍｅｇａｍｏｎａｓの存在量は、ＨＣ群と比較して、ＲＲＭＳ群で減少していた（ウィルコクソン検定、ｐ＝０．０１０２）。さらに、ＨＣ群と比較して、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａの存在量は、ＳＰＭＳ群で減少し、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓの存在量は、ＮＭＯＳＤ群で増加していた（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．０４２０，０．０１９１）。

　１６Ｓデータに基づく種レベルの帰属は、少なくとも１つの対象群で相対存在量０．１％以上である２００個の種等価なクラスタを示した（既知の種と９７％以上の同一性でマップされたクラスタ１３９個と既知の種と９７％未満の同一性であるＯＴＵ６１個との合計）。異なる対象群間で存在量に有意差がある、１６Ｓに基づくすべての種同位のクラスタが、表５～７に示されている。

　表５～７では、１６Ｓ解析に基づき、異なる被験者群間で増加又は減少を示した５２個の種を示した（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＜０．０５）。統計的処理は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。表５～７において、－（ハイフン）は、対応する最も近い既知の菌種の１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１－Ｖ２領域との同一性が９７％以上であることを示す。Ｎ／Ａは、ｎｏｔ　ａｐｐｌｉｃａｂｌｅ（対象外）を意味する。下線は、有意に正又は負の相関があることを示す。

　図２は、５つの対象群における腸内細菌叢の門レベル及び属レベルでの細菌叢組成を解析した結果を示す図である。１６Ｓ解析に基づき、５群の門及び属の平均存在量と５群間での存在量の変化を解析した。平均存在量は、３０００　１６Ｓリードから計算された。色のついたセルの属は、ＨＣ群と比較して存在量に有意差があるものを示す。Ｎ／Ａは、ｎｏｔ　ａｐｐｌｉｃａｂｌｅ（対象外）を意味する。ｐ＜０．０５は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

　図２２は、それぞれ、１６Ｓ解析に基づき、ＨＣ群、ＲＲＭＳ群、ＳＰＭＳ群、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ群及びＮＭＯＳＤ群の間で、細菌叢組成を門レベルで比較した結果を示す図である。平均相対存在量が少なくとも１つの対象群で０．１％を超える門を示した。各箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５、＊＊：ｐ＜０．０１及び＊＊＊：ｐ＜０．００１は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

　図２３及び２４は、それぞれ、１６Ｓ解析に基づき、ＨＣ群、ＲＲＭＳ群、ＳＰＭＳ群、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ群及びＮＭＯＳＤ群の間で、細菌叢組成を属レベルで比較した結果を示す図である。平均相対存在量が少なくとも１つの対象群で０．５％を超える属を示した。各箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５、＊＊：ｐ＜０．０１及び＊＊＊：ｐ＜０．００１は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

［４．２群間で存在量に有意差がある細菌種の特徴］
　ＨＣ群、ＲＲＭＳ群、ＳＰＭＳ群、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ群及びＮＭＯＳＤ群のうちの２群間において、１６Ｓ解析に基づき、細菌種の存在量とＥＤＳＳスコアとでスピアマンの相関関係を評価し、患者の臨床的重症度と相関する具体的な菌種を同定した。（図３～７及び表５～７）。

　図３は、２群間比較において、ＥＤＳＳスコアと相対存在量とのスピアマンの相関関係を示した図である。図４は、２群間比較（グループ１とグループ２との比較）で有意差があった菌及びＯＴＵについて、ｌｏｇ１０（グループ１の平均相対存在量／グループ２の平均相対存在量）を解析した結果を示す図である。図５は、２群間比較において特定の細菌のＥＤＳＳスコアと相対存在量とのスピアマンの相関関係を示した図である。図６は、２群間比較において特定の細菌の相対存在量を示した図である。図７は、５群間のＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｒｅｃｔａｌｅのウィルコクソン順位和検定の結果及び相対存在量を示した図である。各箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５、＊＊：ｐ＜０．０１及び＊＊＊：ｐ＜０．００１は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

　Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ　ｃｌｕｓｔｅｒ　ＸＩＶａに属し、腸内の代表的なブチレート源であると報告されている。この報告は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅがＲＲＭＳの発病において重要な役割を果たすことを示唆する。

［５．ＳＰＭＳ群とＲＲＭＳ群とで存在量に有意差がある細菌種の特徴］
　１６Ｓ解析に基づいた２００個の種レベルのクラスタの量を、ＳＰＭＳ群とＲＲＭＳ群で比較し、ＳＰＭＳの発症に関わる菌種を探索した。その結果、１４種が、ＲＲＭＳ群とＨＣ群との間で、存在量に有意な差があった（ウィルコクソン検定、ｐ＜０．０５）（図８及び表８）。１４種のうち、１０種は、ＲＲＭＳ群よりもＳＰＭＳ群で存在量が多く、残りの４種は、ＲＲＭＳ群よりもＳＰＭＳ群で存在量が少なかった。

　表８では、１６Ｓ解析に基づき、ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群間で増加又は減少を示した１４個の種を示した（ウィルコクソン検定、ｐ値＜０．０５）。統計的処理は、ウィルコクソンの順位和検定に基づいた。すなわち、表８に示したＳＰＭＳ群とＲＲＭＳ群との比較（２群間比較）にあたっては、多群間比較のp値補正の点から、表５～７に結果を示した５群の総当たりによる比較とは異なる統計的処理を用いた。表８において、－（ハイフン）は、対応する最も近い既知の菌種の１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１－Ｖ２領域との同一性が９７％以上であることを示す。Ｎ／Ａは、ｎｏｔ　ａｐｐｌｉｃａｂｌｅ（対象外）を意味する。

　図８は、２群間比較（ＳＰＭＳ群－ＲＲＭＳ群）においてＥＤＳＳスコアと相対存在量とのスピアマンの相関関係を示した図である。１６Ｓ解析に基づき、７７人のＲＲＭＳ患者又はＳＰＭＳ患者において、ＳＰＭＳ群（対　ＲＲＭＳ群）で増加又は減少した１４個の種の相対存在量とＥＤＳＳスコアとのスピアマンの相関係数を求めた。

　７７人のＲＲＭＳ患者又はＳＰＭＳ患者において、上記１４種の相対存在量とＥＤＳＳスコアとでスピアマンの相関関係を評価した。その結果、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（ｍａｐｐｅｄ＿ＣＬ５８、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）の相対存在量が、ＥＤＳＳスコアと最も強い負の相関を示した（スピアマンの相関解析、ｐ＝０．０００５）（図８及び９）。Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ　ｃｌｕｓｔｅｒ　ＩＶに属し、強い抗炎症効果を示す。この知見は、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉがＳＰＭＳの発病に関わることを示唆する。

　一方、ｕｎｍａｐｐｅｄ＿ＯＴＵ３８８、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｈａｔｈｅｗａｙｉ（ｍａｐｐｅｄ＿ＣＬ４４６）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ　ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　８　１　５７ＦＡＡ（ｍａｐｐｅｄ＿ＣＬ２０６）及びＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ　ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１　４　５６ＦＡＡ（ｍａｐｐｅｄ＿ＣＬ６２）の相対存在量は、ＥＤＳＳスコアと有意な正の相関を示し（スピアマンの相関係数：それぞれｐ＝０．０２６４，０．００２７，０．００３３，０．０１３３）（（図８及び１０）、ＲＲＭＳ群と比較してＳＰＭＳ群で増加していた（ウィルコクソン検定、それぞれｐ＝０．００８１，ｐ＝０．０２２８，ｐ＝０．０３１１，ｐ＝０．００６７）（図１１、２５及び２６）。

　図９及び１１において、箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５及び＊＊：ｐ＜０．０１は、スピアマンの相関係数又はウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

［６．ＲＲＭＳにおける腸内細菌叢の機能プロファイル］
　メタゲノム配列データを用いて、全てのサンプルの機能解析を行った。最初に、Ｋｙｏｔｏ　Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ　ｏｆ　Ｇｅｎｅｓ　ａｎｄ　Ｇｅｎｏｍｅｓ（ＫＥＧＧ）データベースに基づいて、ＲＲＭＳ群とＨＣ群とで腸内細菌叢の機能プロファイルを比較し、ＲＲＭＳにおける腸内細菌叢の機能的特徴を同定した。５つの対象群における、合計６１６３個のＫＥＧＧオントロジー（ＫＯ）が検出された。ＨＣ群と比較すると、そのうちの９７個がＲＲＭＳ群で有意に豊富であり（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＜０．０５）、１１７個がＲＲＭＳ群で有意に欠乏していた（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＜０．０５）（図１２）。検出された３５０個のＫＥＧＧパスウェイのうち、８３個のパスウェイは、９７個のＲＲＭＳで豊富なＫＯのうち少なくとも１つ又は１１７個のＲＲＭＳで欠乏するＫＯのうち少なくとも１つを含むことが示された。

　８３個のパスウェイを、フィッシャーの正確確率検定によるｐ値の昇順で並べ、ＲＲＭＳで欠乏するＫＯの数に対するＲＲＭＳで豊富なＫＯの数の割合を比較した（図１３）。ＲＲＭＳで欠乏するＫＯの数に対するＲＲＭＳで豊富なＫＯの数の割合が２個のパスウェイ間で等しいとき、ウィルコクソン検定（ＲＲＭＳ対ＨＣ）に基づく最も低いｐ値であるＫＯを含むパスウェイが、図１３に示すように、より高くランク付けされた。図１２に、多くのＲＲＭＳで豊富なＫＯを含む５個のパスウェイ及び多くのＲＲＭＳで欠乏するＫＯを含む１７個のパスウェイ（フィッシャーの正確確率検定、ｐ＜０．５）を示した。フィッシャーの正確確率検定によるｐ値に基づくトップの５個のパスウェイ及び２個のパスウェイ（ブタノエート代謝及びプロパノエート代謝）は、短鎖脂肪酸（ｓｈｏｒｔ－ｃｈａｉｎ　ｆａｔｔｙ　ａｃｉｄ、ＳＣＦＡ）の生合成に密接に関わっていた。これらのパスウェイのうち、ブタノエート（ブチレート）代謝パスウェイは腸の制御性Ｔ細胞を誘導し、ＣＮＳ炎症を抑えることから、ブタノエート（ブチレート）代謝パスウェイに着目した。このパスウェイには、ＲＲＭＳで欠乏するＫＯ（Ｋ００２４０、Ｋ００２４０、Ｋ０１０３５及びＫ１８１１８）に含まれる４個の酵素（ＥＣ１．３．５．１、ＥＣ１．３．５．４、ＥＣ２．８．３．８及びＥＣ２．８．３．１８（図１４）があったが、ＲＲＭＳで豊富なＫＯに含まれる酵素はなかった。この結果から、ＲＲＭＳ患者の腸内では、ブチレートを産生する能力が減少していることが示唆された。さらに、２個の末端酵素である、ブチリル－ＣｏＡ：アセテート－ＣｏＡ　トランスフェラーゼ（ＥＣ２．８．３．８；Ｋ０１０３４、Ｋ０１０３５及びＫ１９７０９）及びブチレートキナーゼ（ＥＣ２．７．２．７；Ｋ００９２９）の存在量を評価した。これらの末端酵素は、ある腸内細菌種のブチレート生合成と密接に関連しているものである。ブチリル－ＣｏＡ：アセテート－ＣｏＡトランスフェラーゼ（ＥＣ２．８．３．８）に含まれる３個のＫＯ（Ｋ０１０３４、Ｋ０１０３５及びＫ１９７０９）のうち、最も支配的なＫ０１０３５に注目した。図１５に示すように、アセテート－ＣｏＡ：アセトアセテートＣｏＡ－トランスフェラーゼ　ベータ　サブユニット（Ｋ０１０３５）の存在量は、ＨＣ群又はＡｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ群と比較して、ＲＲＭＳ群で減少していた（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値：それぞれ０．００１５，０．００６４）。この結果は、ＲＲＭＳ患者の腸内で、ブチレートを産生する能力が減少していることをサポートする。

［７．ＳＰＭＳにおける腸内細菌叢の機能プロファイル］
　ＳＰＭＳ群とＲＲＭＳ群とで腸内細菌叢の機能プロファイルを比較し、ＳＰＭＳの発病に関わる細菌の機能を明らかにした。検出された合計６１６３個のＫＯのうち、ＳＰＭＳ群では、ＲＲＭＳ群と比較して、３８個が著しく豊富であり、１４個が著しく欠乏していた（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＜０．０５）（図１６）。３５０個のＫＥＧＧパスウェイのうち、３８個のパスウェイは、ＳＰＭＳで豊富なＫＯのうち少なくとも１つ又はＳＰＭＳで欠乏するＫＯのうち少なくとも１つを含んでいた（図１７）。３８個のパスウェイを、フィッシャーの正確確率検定によるｐ値の昇順で並べ、ＳＰＭＳで欠乏するＫＯの数に対するＳＰＭＳで豊富なＫＯの数の割合を比較した（図１７）。ＳＰＭＳで欠乏するＫＯの数に対するＳＰＭＳで豊富なＫＯの数の割合が２個のパスウェイ間で等しいとき、ウィルコクソン検定（ＳＰＭＳ対ＲＲＭＳ）に基づく最も低いｐ値であるＫＯを含むパスウェイが、図１７に示すように、より高くランク付けされた。図１６に、多くのＳＰＭＳで豊富なＫＯを含む４個のパスウェイ（フィッシャーの正確確率検定、ｐ値＜０．５）を示した。これらのパスウェイのうち、ミスマッチ修復パスウェイが、フィッシャーの正確確率検定によるｐ値に基づくトップのパスウェイだった（図１６及び１７）。複製及び修復に関わる細菌の機能が豊富であることは、腸内の菌叢宿主細胞のＤＮＡ損傷の増加を示唆した。このパスウェイには、ＳＰＭＳで豊富なＫＯ（Ｋ０２３４１及びＫ０６２２３）に含まれる２個の酵素（ＤｐｏＩＩＩ及びＤａｍ（図１８））はあったが、ＳＰＭＳで欠乏するＫＯに含まれる酵素はなかった。ＳＰＭＳ群におけるＤＮＡポリメラーゼＩＩＩサブユニットデルタ（Ｋ０２３４１）の存在量は、ＲＲＭＳ群、Ａｔｙｐｉｃａｌ　ＭＳ群又はＮＭＯＳＤ群と比較して、著しく増加し（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値：それぞれ０．０１１４，０．０４４０，０．０４４０）（図１９）、ＳＰＭＳ群におけるＤＮＡアデニンメチラーゼ（Ｋ０６２２３）の存在量は、ＲＲＭＳ群又はＨＣ群と比較して、著しく増加していた（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値：それぞれ０．０３０９，０．０４４２）（図１９）。この結果は、ＳＰＭＳ患者の腸内の菌叢宿主細胞のＤＮＡ損傷の増加を示唆した。なお、図１９において、各箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５、＊＊：ｐ＜０．０１及び＊＊＊：ｐ＜０．００１は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

　次に、サブカテゴリレベルで３大栄養素の代謝に関わるメタゲノム配列による機能を比較し、腸内細菌叢を通して食事と自己免疫疾患の発病との関連性を評価した。アミノ酸代謝及び脂質代謝については、５つの対象群間で有意差はなかったが（図１９）、炭水化物代謝については、ＳＰＭＳ患者の腸では、ＨＣ群の腸と比較して、有意に減少していた（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．０００９）（図１９）。

［８．ＲＲＭＳ患者及びＳＰＭＳ患者の糞便の短鎖脂肪酸レベル］
　１２名のＲＲＭＳ患者（平均年齢：３９．０才）、９名のＳＰＭＳ患者（平均年齢：３８．７才）及び８名のＨＣ（平均年齢：３６．５才）から得られた糞便サンプルを、液体クロマトグラフ質量分析計（ｌｉｑｕｉｄ　ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－ｍａｓｓ　ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ、ＬＣ－ＭＳ）で分析し、腸内のＳＣＦＡレベルを決定した。被験者の人口統計は、図２０に示した。ＲＲＭＳ群における糞便の酢酸、プロピオン酸及び酪酸のレベルは、ＨＣ群と比較して、有意に低かった（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値：それぞれ０．０１６５，０．００９０，０．００２１）（図２１）。なお、図２０及び２１において、各箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５及び＊＊：ｐ＜０．０１は、多群比較のためのＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を用いたウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

［９．ＲＲＭＳ患者及びＳＰＭＳ患者の糞便の酸化ストレスマーカーレベル］
　ＳＣＦＡの測定に用いられたものと同様の糞便サンプルにおいて、特に非ペルスルフィドに対するペルスルフィドの割合に注目し、ＬＣ－ＭＳを用いて硫黄のメタボロミクスを分析し、腸内の酸化マーカーレベルを決定した（図２０）。非ペルスルフィドに対するシステイン（又はグルタチオン）ペルスルフィドの割合は、酸化状態の環境下では増加し、酸化ストレスマーカーとして用いられうることが報告されている。これは、チオール類のシステイン及びグルタチオンは体内の主要な抗酸化剤であり、酸化ストレスを低減するため、ペルスルフィドに変化することが理由であると考えられる。本研究では、ＳＰＭＳ群におけるシステインに対するシステインペルスルフィド（システイン－Ｓ）の割合は、ＨＣ群と比較して、有意に高かった（ウィルコクソン検定、調整されたｐ値＝０．００４５７）（図２１）。次に、ＳＰＭＳ群（９人、平均年齢：３８．７才）及びＨＣ群（７人、平均年齢：３５．７才）のグルタチオン（ＧＳＨ）に対するグルタチオンペルスルフィド（ＧＳ－Ｓ２－ＳＧ）の割合を分析した（図２７）。なお、この割合は、ＧＳＨの検出限界が原因で、１人の健常対照において評価をすることができなかった。ＳＰＭＳ群におけるＧＳＨに対するＧＳ－Ｓ２－ＳＧの割合もまた、ＨＣ群と比較して、有意に高かった（ウィルコクソン検定、ｐ値＝０．００４３２）（図２７）。これらの結果は、高められたＤＮＡミスマッチ修復能は、ＳＰＭＳ患者の腸内の過剰な酸化ストレスによって引き起こされうるという知見をサポートした。なお、図２７において、各箱ひげ図におけるプロットは、中央値、四分位範囲、最小値及び最大値を示した。＊：ｐ＜０．０５は、ウィルコクソンの順位和検定に基づいた。

Claims

　再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１）又は（２）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（３）又は（４）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、６、１２、１３、１６、２０及び２８で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　（４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の再発寛解型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（５）又は（６）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　再発寛解型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（７）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は再発寛解型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（８）又は（９）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１０）又は（１１）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、５、８、１３、１４、１６、２１、２６、２９及び３０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　（１１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、９及び１０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の二次進行型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１２）又は（１３）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２、１１、２１及び３１～３７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（１３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１４及び３８～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　二次進行型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１４）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は二次進行型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１５）又は（１６）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（１６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１７）又は（１８）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１７）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、８、１３、１４、１６及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　（１８）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の非典型多発性硬化症の病態は治療により改善されたと判定する
　非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（１９）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（１９）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５、１７及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、再発寛解型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２０）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２０）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号２１で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、二次進行型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　非典型多発性硬化症の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２１）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２１）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、視神経脊髄炎類縁疾患患者における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は非典型多発性硬化症に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２２）又は（２３）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２２）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　（２３）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法であって、
　治療前及び治療後に被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２４）又は（２５）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２４）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１２、１４、２１及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して少ない場合、前記被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する
　（２５）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量を治療前後で比較して、治療後の当該相対存在量が治療前に比較して多い場合、前記被験者の視神経脊髄炎類縁疾患の病態は治療により改善されたと判定する
　視神経脊髄炎類縁疾患の診断方法であって、
　被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、
　以下の（２６）を実施するステップと、を備える、診断方法。
　（２６）１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１５で特定される塩基配列と９７％以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、非典型多発性硬化症患者における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は視神経脊髄炎類縁疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する
　配列番号１、２、５～７、９、１１～１８、２０、２２～２５、２７、２８及び３１～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、再発寛解型多発性硬化症の診断用バイオマーカー。
　配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、二次進行型多発性硬化症の診断用バイオマーカー。
　配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、非典型多発性硬化症の診断用バイオマーカー。
　配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の同一性を有する腸内細菌からなる、視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカー。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、２、５～７、９、１１～１８、２０、２２～２５、２７、２８及び３１～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、再発寛解型多発性硬化症の診断用バイオマーカーとしての使用。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１、２、４、５、８～１１、１３、１４、１６、２１、２６、２９～４０で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、二次進行型多発性硬化症の診断用バイオマーカーとしての使用。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３、５、８、１３～１７、１９、２１及び２４で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、非典型多発性硬化症の診断用バイオマーカーとしての使用。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号５、１０、１２、１４、１５、２１、２２及び２６で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する腸内細菌の、視神経脊髄炎類縁疾患の診断用バイオマーカーとしての使用。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号７、９、１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、再発寛解型多発性硬化症の予防又は治療剤。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号４、７、９～１１、１５、１８、２２、２３、２５及び２７で特定される塩基配列のいずれかと９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、二次進行型多発性硬化症の予防又は治療剤。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号３又は１９で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、非典型多発性硬化症の予防又は治療剤。
　１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列が、配列番号１０又は２２で特定される塩基配列と９７％以上の相同性を有する細菌、及び前記細菌に由来する生理活性物質からなる群より選択される少なくとも１種を有効成分として含有する、視神経脊髄炎類縁疾患の予防又は治療剤。