WO2020256084A1 - 架橋型ヌクレオシド中間体の結晶及びその製造方法、並びに架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法 - Google Patents

架橋型ヌクレオシド中間体の結晶及びその製造方法、並びに架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法 Download PDF

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    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Definitions

  • the present disclosure relates to crystals of a crosslinked nucleoside intermediate and a method for producing the same, and a method for producing a crosslinked nucleoside amidite.
  • antisense method antigene method, aptamer method, siRNA method, etc. as treatment methods for diseases by nucleic acid drugs.
  • the furanose ring of the nucleoside sugar moiety has a distorted conformation called N-type or S-type instead of a planar structure, and is biased to a specific conformation due to a substituent on the ring.
  • N-type conformation is dominant. Imanishi et al. Succeeded in forcibly fixing the nucleoside conformation to N-type by cross-linking the 4'- and 2'-hydroxyl groups of the nucleoside sugar moiety.
  • LNA Locked Nucleic Acids
  • Patent Document 1 a method using a nucleoside as a raw material
  • Patent Document 2 a method using a sugar as a starting material
  • Patent Document 2 a method using a sugar as a starting material
  • Non-Patent Document 3 Among the existing methods for synthesizing crosslinked nucleosides, the following synthesis method has been proposed by Tohoku University as one of the most excellent methods (Non-Patent Document 3).
  • the existing method for synthesizing a crosslinked nucleoside (for example, the methods described in Patent Documents 1 and 2 and Non-Patent Document 2) aims to synthesize a crosslinked nucleoside amidite by a series of steps. Therefore, the stability and storage of reaction intermediates (hereinafter sometimes referred to as "crosslinked nucleoside intermediates”) have not been studied.
  • an object of the present disclosure is to provide a crystal of a compound that can be used as a crosslinked nucleoside intermediate that can be stably stored for a long period of time, and a method for producing the same.
  • Another object of the present disclosure is to provide a method for producing a crosslinked nucleoside amidite using crystals of the compound.
  • a compound having a specific substituent can be easily crystallized and can be stably stored as a crosslinked nucleoside intermediate in the form of the crystal.
  • R 1 represents a hydroxyl-protecting group and R 2 represents a leaving group.
  • Step 1 A step of protecting the hydroxyl group of the compound represented by the formula 1 to obtain the compound represented by the formula 2.
  • Step 2 A step of converting the 4-position dimethyldioxolanyl group of the compound represented by the formula 2 into an aldehyde group to obtain a compound represented by the formula 3.
  • Step 3 A step of reducing the compound represented by the formula 3 to make the 4-position aldehyde group a hydroxyl group to obtain the compound represented by the formula 4.
  • Step 4 A step of converting the 4-position hydroxyl group of the compound represented by the formula 4 into a leaving group to obtain a compound represented by the formula 5.
  • Step 5 A step of crystallizing the compound represented by the formula 5 from a crystallization solvent to obtain crystals of the compound represented by the formula 5.
  • R 1 represents a hydroxyl-protecting group and R 2 represents a leaving group.
  • Step 6 After suspending the crystals of the compound represented by the formula 5 obtained by the production method of any one of [5] to [7] in a solvent, the isopropylidene group of the compound is converted into an acetyl group.
  • Step 7 A step of condensing the compound represented by the formula 6 with a silylated base to obtain a compound represented by the formula 7
  • Step 8 A step of obtaining the compound represented by the formula 7 Step 8: Represented by the formula 7.
  • Step 9 A step of obtaining a compound represented by the formula 8 by performing a cyclization reaction at the same time as removing the protective group of the compound
  • Step 9 The hydroxyl group protecting group of the compound represented by the formula 8 is removed to obtain the compound represented by the formula 9.
  • Step 10 A step of introducing a protective group into the amino group at the base of the compound represented by the formula 9 as necessary to obtain the compound represented by the formula 10.
  • R 1 is a hydroxyl-protecting group
  • R 2 is a leaving group
  • R 3 is a hydrogen atom or amino-protecting group.
  • FIG. 1 shows a photograph of crystals of the compound represented by the formula 5.
  • FIG. 2 shows a powder X-ray diffraction spectrum of a crystal of a compound represented by the formula 5.
  • FIG. 3 shows the results of thermogravimetric measurement / differential thermal analysis of the crystals of the compound represented by the formula 5.
  • FIG. 4 shows the results of an accelerated test of crystals of the compound represented by the formula 5.
  • FIG. 5A shows the TLC analysis result of the solution of the crystal of the compound represented by the formula 3 obtained in step 2.
  • FIG. 5 (a) shows the TLC analysis result of the reaction solution of the compound represented by the formula c obtained under the conditions described in Non-Patent Document 3.
  • the present disclosure relates to crystals of a compound represented by the following formula 5.
  • R 1 represents a hydroxyl-protecting group and R 2 represents a leaving group.
  • the crystals of the present disclosure show the appearance as shown in FIG. 1 when observed with a microscope as described in Examples described later.
  • the crystals of the present disclosure have characteristic peaks in powder X-ray analysis.
  • the powder X-ray diffraction in the present specification shall be performed under the following conditions.
  • [Scanning range] 2 ⁇ 4.0 to 40 °
  • the crystals of the present disclosure are analyzed by a powder X-ray diffractometer using the conditions described above, they are characteristic in the vicinity of the diffraction angle (2 ⁇ ) as shown in Table 1 below, as described in Examples described later. It shows a peak (see FIG. 2).
  • the diffraction angle (2 ⁇ ) in powder X-ray diffraction may include an error range of less than 5%. Therefore, in addition to crystals in which the peak diffraction angles in powder X-ray diffraction completely match, crystals in which the peak diffraction angles match with an error of less than 5% are also included in the crystals of the present disclosure.
  • the diffraction angle (2 ⁇ ) of a peak with a relative intensity of 10% or more is 5.9 ⁇ 0.3, 11.4 ⁇ 0.6, 11.8 ⁇ 0.6, 13.2.
  • the crystals of the compound represented by the formula 5 of the present disclosure are analyzed by a thermogravimetric / differential thermal analysis (TG / DTA) apparatus (heating rate 5 ° C./min) as described in Examples described later. It has an endothermic peak at 124 ° C (see FIG. 3).
  • TG / DTA thermogravimetric / differential thermal analysis
  • thermogravimetric / differential thermal analysis in the present specification shall be performed under the following conditions.
  • Thermal analyzer STA7200 (Hitachi High-Tech Science)
  • Measurement conditions The temperature in the range of 30 to 190 ° C. is raised by 5 ° C. per minute, and the change in calorific value of the sample is measured.
  • Aluminum oxide is used as a reference.
  • the crystals of the compound represented by the formula 5 of the present disclosure can be stably stored at room temperature for a long period of time.
  • the long-term stability of the compound can be evaluated by carrying out an accelerated test under the conditions as described in Examples described later.
  • the crystals of the present disclosure show an HPLC purity of 90% or more even after the accelerated test, preferably 95% or more, more preferably 98% or more, still more preferably 99% or more, still more preferably 99.5. % Or more (see FIG. 4).
  • the present disclosure also relates to a method for producing a crystal of a compound represented by the formula 5, which comprises the following steps 1 to 5.
  • Step 1 A step of protecting the hydroxyl group of the compound represented by the formula 1 to obtain the compound represented by the formula 2.
  • Step 2 A step of converting the 4-position dimethyldioxolanyl group of the compound represented by the formula 2 into an aldehyde group to obtain a compound represented by the formula 3.
  • Step 3 A step of reducing the compound represented by the formula 3 to make the 4-position aldehyde group a hydroxyl group to obtain the compound represented by the formula 4.
  • Step 4 A step of converting the 4-position hydroxyl group of the compound represented by the formula 4 into a leaving group to obtain a compound represented by the formula 5.
  • Step 5 A step of crystallizing the compound represented by the formula 5 from a crystallization solvent to obtain crystals of the compound represented by the formula 5.
  • R 1 represents a hydroxyl-protecting group and R 2 represents a leaving group.
  • the compound represented by the formula 2 can be obtained by protecting the hydroxyl groups at the 3- and 5-positions of the compound represented by the formula 1 with a 4-substituted benzyl group.
  • the compound represented by the formula 5 of the present disclosure exhibits good crystallinity. Therefore, 4-fluorobenzyl group, 4-chlorobenzyl group, 4-bromobenzyl group, 4-iodobenzyl group.
  • 4-Halobenzyl groups such as groups and 4-nitrobenzyl groups are preferable.
  • 4-chlorobenzyl group, 4-bromobenzyl group, 4-iodobenzyl group, and 4-nitrobenzyl group are preferable and available because of the high crystallinity of the compound represented by the formula 5 of the present disclosure.
  • a 4-bromobenzyl group is preferable in terms of ease of use and cost.
  • the 4-substituted benzyl group may be introduced into the compound represented by the formula 1 according to a known method. For example, in the case of introducing a 4-bromobenzyl group, treatment with NaH at 0 ° C. for about 15 minutes to 3 hours in DMF and then reacting with 4-bromobenzyl bromide at room temperature for 1 hour to 24 hours is possible. Good.
  • the compound represented by the formula 1 is known, a commercially available compound can be used, or it can be synthesized by a known method (for example, J. Org. Chem. 2015, 80, 5337-5343).
  • Step 2 is a step of converting the 4-position dimethyldioxolanyl group of the compound represented by the formula 2 into an aldehyde group to obtain the compound represented by the formula 3.
  • a deprotecting agent is added in order to deprotect the dimethyldioxolanyl group at the 4-position to form a diol.
  • the deprotecting agent to be used acetic acid, trifluoroacetic acid, hydrochloric acid, sulfuric acid, iodine and the like can be used. Among these, acetic acid is preferably used because of its availability and handleability.
  • the amount of the deprotecting agent added can be appropriately set depending on the type of the deprotecting material, but in the case of acetic acid, for example, it is preferable to use the amount of the solvent. Further, as will be described later, it is preferable to use water as an auxiliary solvent because purification by crystallization is easy.
  • the ratio of the deprotecting agent to the auxiliary solvent is preferably about 10: 1 to 1: 1 on a volume basis, and more preferably 2: 1.
  • an oxidizing agent is used to oxidatively cleave the diol formed as a result of deprotecting the dimethyldioxolanyl group at the 4-position and convert it into an aldehyde group.
  • Available oxidizing agents include periodate such as sodium periodate and potassium periodate, lead tetraacetate and the like. Among these, from the viewpoint of cost, toxicity and the like, it is preferable to use 1 to 10 molar equivalents of sodium periodate with respect to the diol. Further, the amount used is more preferably 1 to 2 molar equivalents.
  • an additive may be used in order to increase the reactivity of the oxidizing agent.
  • the additive include iodine.
  • the reaction can be carried out at 0 to 100 ° C.
  • the reaction temperature is more preferably about 50 to 80 ° C.
  • the reaction may be carried out under the above conditions for 1 to 24 hours.
  • excess iodine and the like do not exist in the reaction system, and the solvent can be easily discarded after the reaction, which is suitable for industrial production.
  • the target compound represented by the formula 3 can be obtained in a high yield of 70 to 90% or more by crystallization without using a purification means such as chromatography. Can be done.
  • Step 3 is a step of reducing the compound represented by the formula 3 to make the 4-position aldehyde group a hydroxyl group to obtain the compound represented by the formula 4.
  • the type of reducing agent is not particularly limited, and for example, sodium borohydride, lithium aluminum hydride, borane derivative and the like can be used. Among these, sodium borohydride is preferably used from the viewpoint of cost and safety.
  • the amount of the reducing agent added can be appropriately adjusted depending on the type of the reducing agent. For example, in the case of sodium borohydride, it is preferable to use 0.25 to 10 molar equivalents, and more preferably 0.25 to 2 molar equivalents, relative to the compound represented by the formula 3. Under the above conditions, the reaction can be carried out at ⁇ 30 to 50 ° C., more preferably ⁇ 10 to 25 ° C. for 10 to 120 minutes.
  • the solvent in this step can be appropriately used according to the type of reducing agent or the like.
  • water can be used as the aqueous solvent
  • alcohol solvents such as methanol and ethanol as organic solvents
  • tetrahydrofuran 2-methyltetrahydrofuran
  • 4-methyltetrahydropyran and combinations thereof and water can be used.
  • Step 4 is a step of converting the hydroxyl group at the 4-position of the compound represented by the formula 4 into a leaving group to obtain the compound represented by the formula 5.
  • the leaving group introduced in this step is not particularly limited, but is preferably a substituent having high reactivity in the nucleophilic substitution reaction in order to efficiently carry out the cross-linking reaction.
  • a substituent include a 4-toluenesulfonyloxy group, a methanesulfonyloxy group, a chloromethanesulfonyloxy group, a trifluoromethanesulfonyloxy group, a halogeno group and the like.
  • the 4-toluenesulfonyloxy group is preferable because the leaving group-introducing reagent is easily available and inexpensive.
  • an organic solvent or a combination of water and an organic solvent can be appropriately selected according to the type of leaving group to be introduced.
  • an organic solvent a combination of a halogen-based solvent such as pyridine, dichloromethane, chloroform and an organic base such as triethylamine, and as an aqueous solvent, an organic base such as water-triethylamine, an aqueous sodium hydroxide solution, and an aqueous potassium hydroxide solution.
  • a Schottten-Baumann-type condition in combination with a halogen-based solvent such as dichloromethane or chloroform and an ether-based solvent such as tetrahydrofuran or 2-methyl tetrahydrofuran can also be used.
  • a halogen-based solvent such as dichloromethane or chloroform
  • an ether-based solvent such as tetrahydrofuran or 2-methyl tetrahydrofuran
  • the amount of the reagent for introducing the leaving group to be introduced can be appropriately selected depending on the type of the substituent and the solvent.
  • the reaction may be carried out at ⁇ 10 to 100 ° C., more preferably 0 to 60 ° C. for 1 to 24 hours.
  • Step 5 is a step of performing a post-treatment operation on the synthetic reaction solution of the compound represented by the formula 5 to obtain crystals of the compound represented by the formula 5.
  • the crystallization solvent for the compound represented by the formula 5 include an alcohol solvent such as ethanol and a combination of various good solvents and poor solvents.
  • good solvents include ethyl acetate, tetrahydrofuran, pyridine, chloroform, acetonitrile, acetone, and derivatives thereof.
  • the poor solvent include hexane, alcohol, water, and derivatives thereof.
  • the isolation / purification operation may be performed after the step is completed, but it may not be performed.
  • the isolation / purification method include various chromatographies such as ion exchange and adsorption, and crystallization.
  • the compound obtained by the synthetic method of the present disclosure has high crystallinity, it is preferable to perform crystallization.
  • the compound represented by the formula 3 is preferably purified by crystallization. That is, it is preferable to further include a crystallization step between the steps 2 and 3.
  • the solvent for the reaction is preferably acetic acid-water.
  • crystals of the compound represented by the formula 3 are precipitated.
  • the target compound is precipitated as crystals as the reaction progresses, it is possible to prevent the formation of by-products due to decomposition due to the excessive reaction, and the purification effect is high. Therefore, in step 2, by-production and contamination of impurities can be suppressed without performing a complicated purification operation by chromatography (see FIG. 5A).
  • the crystals of the compound represented by the formula 5 of the present disclosure can be stably stored for a long period of time, they can be used as a crosslinked nucleoside intermediate. In addition, this crystal is suitable for industrial production because it does not require a purification step by chromatography.
  • a crosslinked nucleoside can be synthesized from the crystals of the compound represented by the formula 5 of the present disclosure by the following steps 6 to 10 in accordance with a known description such as Non-Patent Document 2.
  • Step 6 After suspending the crystals of the compound represented by the formula 5 in a solvent, the isopropylidene group of the compound is converted into an acetyl group to obtain the compound represented by the formula 6.
  • Step 7 Formula 6
  • a cyclization reaction is carried out at the same time as the removal of the protective group of the compound represented by the formula 7 to obtain the compound represented by the formula 7 by condensing the compound represented by the above formula with a silylated base.
  • Step 9 A step of removing the hydroxyl group-protecting group of the compound represented by the formula 8 to obtain a compound represented by the formula 9
  • Step 10 A step of obtaining the compound represented by the formula 9 If necessary, the compound represented by the formula 9
  • R 1 is a hydroxyl-protecting group
  • R 2 is a leaving group
  • R 3 is a hydrogen atom or amino-protecting group.
  • Base in the above formula can be a base such as 2-thiouracil, 5-propynyluracil, 5-propynylcytosine, 2,6-diaminopurine in addition to thymine, uracil, adenine, cytosine, 5-methylcytosine, and guanine.
  • these bases can undergo further chemical reactions during the process to be converted to other bases.
  • the amino group on these bases may be protected by an acyl group such as an acetyl group, a phenoxyacetyl group, a benzoyl group or an isobutyryl group or a protecting group such as a dimethylformamidino group.
  • Non-Patent Document 2 can be converted into the corresponding cross-linked nucleoside amidite.
  • the method for producing a crosslinked nucleoside of the present disclosure uses a crystal of a compound represented by the formula 5 that can be stably stored as a crosslinked nucleoside intermediate, various crosslinked nucleosides can be used as needed. Can be manufactured.
  • sodium periodate 30.1 g, 30.1 g, 50 mL of a 0.141 mol
  • aqueous solution (253 mL, dissolved by heating at 60 ° C.) was added.
  • 30 mL and the rest were added over 5 minutes and stirred at the same temperature for 3 hours.
  • the reaction mixture was cooled to 0 ° C., stirred for 45 minutes, and the precipitated solid (crystal) was collected by filtration.
  • the residue was dissolved in pyridine (dehydrated, 119 mL), 4-toluenesulfonyl chloride (22.7 g, 0.119 mol) was added, and the mixture was stirred at 30 ° C. for 17 hours.
  • deionized water (10 mL) and stirring the reaction solution was concentrated. Ethyl acetate was added to the residue, and the mixture was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution.
  • the thermal weight measurement / differential thermal analysis (TG / DTA) machine used was a thermal analyzer STA7200 (manufactured by Hitachi High-Tech Science Co., Ltd.), and the analysis conditions were as follows. Analytical conditions: The temperature was raised by 5 ° C. per minute in the range of 30 to 190 ° C., and the change in calorific value of the sample was measured. Aluminum oxide was used as a reference.
  • Step for Obtaining Compound Formula C from Compound Formula b A compound represented by formula c was produced from a compound represented by formula b according to the method described in Non-Patent Document 3.
  • the TLC result of the crystal of the compound 3A is shown in FIG. 5 (a), and the TLC result of the solution of the compound represented by the formula c described in Non-Patent Document 3 is shown in FIG. 5 (a). It was confirmed that when compound 3A was synthesized by the above method, the target crystal was precipitated as the reaction proceeded, and a highly pure compound 3A could be obtained by simply filtering the crystal without performing a chromatography operation. .. On the other hand, in the reaction mixture of the compounds represented by the formula c synthesized under the conditions described in Non-Patent Document 3, production of by-products was observed in addition to the compounds represented by the formula c. Since the compound represented by the formula c is non-crystalline, it has become clear that a chromatographic operation is required when further purification is performed to remove this by-product.
  • Example 2 Using the compound 5A produced in Example 1 as a raw material, various crosslinked nucleoside amidites of thymine, adenine, 5-methylcytosine, and guanine were produced.
  • Example 2-1 Production of thymine-crosslinked nucleoside amidite A thymine-crosslinked nucleoside amidite 11T was synthesized from compound 5A.
  • Acetonitrile (105 mL) was added to N, O-bis (trimethylsilyl) acetamide (33.9 mL, 0.139 mol) at .1 mmol), and the mixture was stirred at 85 ° C. for 1 hour.
  • reaction mixture was cooled to 0 ° C., trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate (9.89 mL, 54.7 mmol) was added, and the mixture was stirred at 85 ° C. for 4 hours.
  • the reaction mixture was cooled to 0 ° C., saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution was added, and the mixture was stirred.
  • the precipitated solid was removed by filtration through Celite and then extracted with ethyl acetate (remaining timine can be removed by washing the ethyl acetate layer with a 1 M aqueous sodium hydroxide solution and then a saturated aqueous solution of ammonium chloride).
  • the organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate and concentrated to give compound 7T.
  • Compound 8T (7.13 g, 11.7 mmol), ammonium formate (7.56 g, 0.12 mol) in methanol (120 mL), It was dissolved in ethyl acetate (120 mL), 20% by mass of palladium hydroxide-activated carbon (20% by mass Pd, 50% by mass of water) (3.57 g) was added, and the mixture was stirred at 60 ° C. for 4 hours.
  • Step to obtain compound 10T from compound 9T Compound 9T (4.23 g, 15.7 mmol) is dissolved in pyridine (dehydrated, 52.3 mL), dimethoxytrityl chloride (7.45 g, 22.0 mmol) is added, and 4 at room temperature. Stirred for hours. Methanol (5 mL) was added to the reaction mixture, and the mixture was stirred and concentrated. Ethyl acetate was added to the residue, washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate and concentrated.
  • N 6- Toluene 85 mL, 0.4 mol / L
  • benzoyl adenine 12.1 g, 50.6 mmol
  • N, O-bis (trimethylsilyl) acetamide 25 mL, 101 mmol
  • ammonium formate (21.9 g, 348 mmol) and deionized water (37 mL) were added, and the mixture was stirred at 60 ° C. until dissolved.
  • palladium hydroxide-activated carbon (2.9 g) was added at room temperature, and the mixture was stirred at 60 ° C. for 17 hours.
  • Base (R 3 ) N 6 -benzoyladenine
  • Step to Obtain Compound 11A from Compound 10A Pyridine (77 mL, 0.3 mol / L) was added to Compound 10A that had undergone azeotropic dehydration (pyridine 70 mL, 3 times), and then dimethoxytrityl chloride (dimethoxytrityl chloride) was stirred at room temperature. 9.6 g (28.2 mmol) was added, and the mixture was stirred at the same temperature for 1 hour. Subsequently, dimethoxytrityl chloride (11.8 g, 34.8 mmol) was added, and the mixture was stirred for 12 hours.
  • Acetic anhydride (30.0 g, 42.1 mmol) was added to compound 5A.
  • Sodium acetate (1.50 g, 18.3 mmol) was added to the reaction mixture, and the mixture was stirred until completely dissolved and then concentrated.
  • Compound 6A was dissolved in acetonitrile (ultra-dehydrated) (105 mL) and N 4 -benzoyl-5-methylcytosine (12.7 g, 55.4 mmol), N, O-bis (trimethylsilyl) acetamide (29.8 mL, 0.122 mol). was added, and the mixture was heated and stirred at 85 ° C. for 1 hour.
  • reaction mixture was ice-cooled, trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate (11.4 mL, 63.1 mmol) was added, and the mixture was heated and stirred at 85 ° C. for 8 hours.
  • the reaction mixture was ice-cooled, saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution (150 mL) was added, and the mixture was stirred until foaming subsided. Extraction was performed with ethyl acetate (150 mL), and the organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate and concentrated to obtain Compound 7C.
  • Compound 7C was dissolved in tetrahydrofuran (21 mL), and methanol (211 mL) and water were added.
  • Sodium oxide (8.42 g, 0.211 mol) was added, and the mixture was heated and stirred at 40 ° C. for 14 hours.
  • the reaction mixture was concentrated to a small amount, diluted with ethyl acetate (200 mL), and washed with 1 mol / L hydrochloric acid (100 mL) and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution (100 mL).
  • Compound 8C (16.07 g, 26.46 mmol) was dissolved in tetrahydrofuran (142 mL) and methanol (142 mL) to dissolve formic acid. Ammonium (16.8 g, 0.266 mol) was added and dissolved. 1 mol / L hydrochloric acid (26.4 mL, 26.4 mmol) and palladium hydroxide-activated carbon (8.04 g) were added, and the mixture was heated and stirred at 60 ° C. for 23 hours.
  • Compound 9C (9.15 g, 34.0 mmol) is pyridine (dehydrated) (dehydrated). It was dissolved in 118 mL), benzoic anhydride (15.4 g, 68.1 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 3 days. Ethanol (116 mL) and a 2 mol / L sodium hydroxide aqueous solution (174 mL, 0.348 mol) were added to the reaction solution, and after stirring for 1 hour, acetic acid (23 mL) was added.
  • Step to Obtain Compound 11C from Compound 10C Compound 10C (7.00 g, 18.7 mmol) was azeotroped with pyridine three times and then dissolved in pyridine (dehydrated) (62.3 mL). Dimethoxytrityl chloride (8.24 g, 24.3 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours, and then methanol (5 mL) was added to the reaction solution for concentration. Ethyl acetate (200 mL) was added to the residue, and the mixture was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution (50 mL).
  • Step to Obtain Compound 12C from Compound 11C Compound 11C (11.50 g, 17.02 mmol) was dissolved in dichloromethane (super-dehydrated) (85.1 mL), and N, N-diisopropylethylamine (6.02 mmol, 35.2 mmol), (2-Cyanoethyl) (N, N-diisopropyl) chlorophosphoroamidite (6.83 mL, 30.6 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours.
  • Acetic anhydride (30.0 g, 42.1 mmol) was added to compound 5A.
  • Sodium acetate (1.50 g, 18.3 mmol) was added to the reaction mixture, and the mixture was stirred until completely dissolved and then concentrated.
  • reaction mixture was ice-cooled, trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate (15.2 mL, 84.1 mmol) was added, and the mixture was heated and stirred at 85 ° C. for 7 hours.
  • the reaction mixture was ice-cooled, saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution was added, and the mixture was stirred until foaming subsided.
  • the mixture was extracted with ethyl acetate (150 mL), the organic layer was washed with 1 M aqueous sodium hydroxide solution, dried over anhydrous magnesium sulfate, and concentrated to obtain Compound 7G.
  • Compound 7G was dissolved in tetrahydrofuran (105 mL) and methanol (105 mL) was dissolved in methanol (105 mL). 421 mL) and a 25% by volume sodium methoxide methanol solution (80.9 mL) were added, and the mixture was heated and stirred at room temperature for 24 hours. The reaction solution was neutralized with 2M hydrochloric acid and then concentrated. Ethyl acetate was added to the residue, and the mixture was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution.
  • Compound 8G was dissolved in tetrahydrofuran (213 mL) and methanol (213 mL), and ammonium formate (26.9 g) was dissolved. , 0.427 mol) was added and dissolved.
  • Palladium hydroxide-activated carbon (13.5 g) was added, and the mixture was heated and stirred at 60 ° C. for 30 hours. Palladium hydroxide-activated carbon was removed by Celite filtration and washed with methanol (100 mL ⁇ 5).
  • Compound 9G was dissolved in 100 mM Tris-HCl (pH 7.5) (420 mL), and adenosine deaminase (37 ⁇ L, 42 units) was added. The mixture was stirred at 40 ° C. for 24 hours. Adenosine deaminase (37 ⁇ L, 42 units) was added and stirred at the same temperature for an additional 24 hours. The precipitated solid was collected by filtration, washed with water, and vacuum dried to obtain 10 G of compound (8.50 g, 28.8 mmol, 68.4%).
  • the residue was dissolved in pyridine (8.0 mL), ice-cooled isobutyryl chloride (336 ⁇ L, 3.18 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 20 hours. After adding deionized water and stirring, the reaction solution was concentrated. Ethyl acetate was added to the residue, washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate, and the organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate and concentrated.
  • the residue was dissolved in methanol (10.0 mL), acidic ammonium hydrogen fluoride (860 mg, 15.0 mmol) was added, and the mixture was heated and stirred at 60 ° C. for 17 hours.
  • Step to Obtain Compound 12G from Compound 11G Compound 11G (1.87 g, 5.12 mmol) was azeotroped with pyridine three times and then dissolved in pyridine (dehydrated) (17.1 mL). Dimethoxytrityl chloride (2.43 g, 7.17 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours, and then methanol (1 mL) was added to the reaction solution for concentration. Ethyl acetate (200 mL) was added to the residue, and the mixture was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution.
  • Step to Obtain Compound 13G from Compound 12G Compound 12G (3.20 g, 4.79 mmol) was dissolved in dichloromethane (super-dehydrated) (24.0 mL), and N, N-diisopropylethylamine (2.03 mL, 11.9 mmol), (2-Cyanoethyl) (N, N-diisopropyl) chlorophosphoroamidite (2.35 mL, 10.5 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 3 hours. The reaction solution was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution. The organic layer was dried over anhydrous magnesium sulfate and then concentrated.

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Abstract

式５で表される化合物の結晶である。上記式中、Ｒ１は水酸基の保護基、Ｒ２は脱離基を示す。

Description

架橋型ヌクレオシド中間体の結晶及びその製造方法、並びに架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法
　本開示は、架橋型ヌクレオシド中間体の結晶及びその製造方法、並びに架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法に関する。
　核酸医薬による疾病の治療法として、アンチセンス法、アンチジーン法、アプタマー法、ｓｉＲＮＡ法などがある。
　通常、ヌクレオシド糖部のフラノース環は平面構造ではなくＮ型、Ｓ型と呼ばれる歪んだコンフォメーションを取っており、環上の置換基により特定の配座に偏っている。例として、２’位に水酸基を有するリボヌクレオシドの場合にはＮ型のコンフォメーションが優位となる。
　今西らは、ヌクレオシド糖部の４’位と２’位水酸基を架橋することにより、ヌクレオシドのコンフォメーションを強制的にＮ型に固定することに成功した。結果として、この架橋型ヌクレオシドを含むＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ　Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ）は、相補的な配列の核酸と極めて安定な２重鎖を形成することが明らかとなった（特許文献１参照）。
　上記の特性等から、近年核酸医薬品の素材として、ＬＮＡに対する期待が高まっている。
　架橋型ヌクレオシド合成法の例としては、ヌクレオシドを原料とする方法（特許文献１）、糖を出発原料とする方法（特許文献２、非特許文献１、非特許文献２）が知られている。
　既存の架橋型ヌクレオシドの合成法の中でも、特に優れた方法の一つとして、東北大学によって以下の合成法が提唱されている（非特許文献３）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
特開平１０－３０４８８９号公報 特表２００２－５２１３１０号公報
Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．２００１，６６，８５０４－８５１２ Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ　１９９８，５４，３６０７－３６３０ 東北大学博士論文（１１３０１甲第１７０６８号、２０１６年）
　既存の架橋型ヌクレオシドの合成法（例えば特許文献１、２、非特許文献２に記載された方法）においては、一連の工程によって架橋型ヌクレオシドアミダイトを合成することを目的としている。そのため、反応中間体（以下、「架橋型ヌクレオシド中間体」ということがある）の安定性や保管等については、検討がなされていないことが現状である。
　しかし、発明者が検討を行ったところ、既存の架橋型ヌクレオシドの合成方法では、比較的不安定な反応中間体を経由しなければならないという課題が見出された。工業的に架橋型ヌクレオシドを製造する際には、特定の反応中間体から必要に応じて複数の架橋型ヌクレオシドを合成する必要があり、理想的には特定の反応中間体を安定に保管できることが望ましい。
　すなわち、本開示の課題は、長期間に渡って安定的に保管することができる架橋型ヌクレオシド中間体として用いることが可能な化合物の結晶及びその製造方法を提供することである。また、本開示の課題は、当該化合物の結晶を用いる架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法を提供することである。
　発明者は上記課題を解決すべく検討を行った結果、特定の置換基を有する化合物が容易に結晶化し、当該結晶の形態で架橋型ヌクレオシド中間体として安定に保管できることを発見した。
　すなわち、本開示は、以下で特定される発明に関する。
［１］以下の式５で表される化合物の結晶。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基を示す。
［２］粉末Ｘ線分析において、回折角（２θ）として５．９±０．３、１１．４±０．６、１１．８±０．６、１３．２±０．７、１６．２±０．８、１７．２±０．９、１８．５±０．９、１９．５±１．０、１９．７±１．０、２０．１±１．０、２０．４±１．０、２１．４±１．１、２２．０±１．１、２３．０±１．２、２４．１±１．２、２４．３±１．２、２６．４±１．３、２９．９±１．５（°）にピークを示す、［１］に記載の結晶。
［３］熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）装置により測定したとき、１２４℃に吸熱ピークを示す、［１］または［２］に記載の結晶。
［４］式５で表される前記化合物は架橋型ヌクレオシド中間体である、［１］～［３］のいずれか１つに記載の結晶。
［５］下記工程１から５を含む、式５で表される化合物の結晶の製造方法。
　工程１：式１で表される化合物の水酸基を保護し、式２で表される化合物を得る工程、
　工程２：式２で表される化合物の４位ジメチルジオキソラニル基をアルデヒド基へと変換し、式３で表される化合物を得る工程、
　工程３：式３で表される化合物を還元して４位アルデヒド基を水酸基とし、式４で表される化合物を得る工程、
　工程４：式４で表される化合物の４位水酸基を脱離基へと変換し、式５で表される化合物を得る工程、
　工程５：式５で表される化合物を結晶化溶媒から結晶化し、式５で表される化合物の結晶を得る工程
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基を示す。
［６］工程２と工程３との間に、結晶化工程を更に含む、［５］に記載の結晶の製造方法。
［７］式５で表される前記化合物は架橋型ヌクレオシド中間体である、［５］または［６］に記載の結晶の製造方法。
［８］以下の工程を含む、架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法。
　工程６：［５］～［７］のいずれか１つの製造方法によって得られる式５で表される化合物の結晶を溶媒に懸濁させた後、該化合物のイソプロピリデン基をアセチル基へと変換し、式６で表される化合物を得る工程
　工程７：式６で表される化合物をシリル化した塩基と縮合し、式７で表される化合物を得る工程
　工程８：式７で表される化合物の保護基の除去と同時に環化反応を行い、式８で表される化合物を得る工程
　工程９：式８で表される化合物の水酸基保護基を除去し、式９で表される化合物を得る工程
　工程１０：必要に応じて式９で表される化合物の塩基部のアミノ基に保護基を導入し、式１０で表される化合物を得る工程
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
 　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基、Ｒ3は水素原子またはアミノ基保護基を示す。
　本開示によれば、長期間に渡って安定的に保管することができる架橋型ヌクレオシド中間体として用いることが可能な化合物の結晶及びその製造方法を提供することができる。また、本開示によれば、当該化合物の結晶を用いる架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法を提供することができる。
図１は、式５で表される化合物の結晶の写真を示す。 図２は、式５で表される化合物の結晶の粉末Ｘ線回折スペクトルを示す。 図３は、式５で表される化合物の結晶の熱重量測定／示差熱分析結果を示す。 図４は、式５で表される化合物の結晶の加速試験結果を示す。 図５（ア）は、工程２により得られた式３で表される化合物の結晶の溶解液のＴＬＣ分析結果を示す。図５（イ）は、非特許文献３に記載の条件で得られた式ｃで表される化合物の反応液のＴＬＣ分析結果を示す。
　以下、本開示の実施形態について、図面を参照しながら具体的に説明する。本開示は以下の実施形態に限定されるものではなく、本開示の趣旨を逸脱しない範囲で、当業者の通常の知識に基づいて、以下の実施形態に対し変更、改良などが適宜加えられたものも本開示の範囲に入ることが理解されるべきである。
　本開示は、上述したように、以下の式５で表される化合物の結晶に関する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基を示す。
　本開示の結晶は、後述の実施例に記載の通り顕微鏡で観察すると、図１のような外観を示す。
　本開示の結晶は、粉末Ｘ線分析において特徴的なピークを有する。
　本明細書における粉末Ｘ線回折は、以下の条件で行うものとする。
［Ｘ線解析装置］Ｘ’Ｐｅｒｔ　ＰＲＯ　ＭＰＤ（スペクトリス）
［ターゲット］Ｃｕ
［Ｘ線管電流］４０ｍＡ
［Ｘ線管電圧］４５ｋＶ
［走査範囲］２θ＝４．０～４０°
　本開示の結晶を、上記に記載の条件を用いて粉末Ｘ線回折装置で分析すると、後述の実施例に記載の通り、以下の表１に示すような回折角（２θ）付近に特徴的なピークを示す（図２参照）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
　本開示の結晶を前記条件にて粉末Ｘ線回折装置で分析した場合、相対強度１０％以上のピークを、５．９、１１．４、１１．８、１３．２、１６．２、１７．２、１８．５、１９．５、１９．７、２０．１、２０．４、２１．４、２２．０、２３．０、２４．１、２４．３、２６．４、２９．９（°）に示す。
　一般に、粉末Ｘ線回折における回折角（２θ）は、５％未満の誤差範囲を含む場合がある。そのため、粉末Ｘ線回折におけるピークの回折角が完全に一致する結晶のほか、ピークの回折角が５％未満の誤差で一致する結晶も、本開示の結晶に包含される。粉末Ｘ線回折において、例えば、相対強度１０％以上のピークの回折角（２θ）は、５．９±０．３、１１．４±０．６、１１．８±０．６、１３．２±０．７、１６．２±０．８、１７．２±０．９、１８．５±０．９、１９．５±１．０、１９．７±１．０、２０．１±１．０、２０．４±１．０、２１．４±１．１、２２．０±１．１、２３．０±１．２、２４．１±１．２、２４．３±１．２、２６．４±１．３、２９．９±１．５（°）を示す。
　本開示の式５で表される化合物の結晶は、後述の実施例に記載の通り、熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）装置（昇温速度５℃／分）で分析したとき、１２４℃に吸熱ピークを有する（図３参照）。
　本明細書における熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）は、以下の条件で行うものとする。
［使用機器］熱分析装置ＳＴＡ７２００（日立ハイテクサイエンス）
［測定条件］３０～１９０℃の範囲を１分間あたり５℃ずつ昇温し、試料の熱量変化を測定する。リファレンスとして酸化アルミニウムを用いる。
　本開示の式５で表される化合物の結晶は、室温下で長期間に渡って安定に保管することができる。化合物の長期安定性については、後述の実施例に記載の通りの条件によって、加速試験を実施することで評価することができる。
　このとき、本開示の結晶は、前記加速試験後にあってもＨＰＬＣ純度９０％以上を示し、好ましくは９５％以上、更に好ましくは９８％以上、更に好ましくは９９％以上、更に好ましくは９９．５％以上を示す（図４参照）。
　また、本開示は、下記工程１から５を含む、式５で表される化合物の結晶の製造方法に関する。
　工程１：式１で表される化合物の水酸基を保護し、式２で表される化合物を得る工程、
　工程２：式２で表される化合物の４位ジメチルジオキソラニル基をアルデヒド基へと変換し、式３で表される化合物を得る工程、
　工程３：式３で表される化合物を還元して４位アルデヒド基を水酸基とし、式４で表される化合物を得る工程、
　工程４：式４で表される化合物の４位水酸基を脱離基へと変換し、式５で表される化合物を得る工程、
　工程５：式５で表される化合物を結晶化溶媒から結晶化し、式５で表される化合物の結晶を得る工程
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
 　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基を示す。
　式１で表される化合物を出発原料とし、前記工程１から５を含む合成法について、以下で詳細に記載する。
　式２で表される化合物は、式１で表される化合物の３位及び５位の水酸基を４－置換ベンジル基で保護することで得ることができる。４－置換ベンジル基の中でも、本開示の式５で表される化合物が良好な結晶性を示すことから、４－フルオロベンジル基、４－クロロベンジル基、４－ブロモベンジル基、４－ヨードベンジル基等の４－ハロベンジル基及び４－ニトロベンジル基が好ましい。これらの中でも、本開示の式５で表される化合物の結晶性の高さから、４－クロロベンジル基、４－ブロモベンジル基、４－ヨードベンジル基、４－ニトロベンジル基が好ましく、入手のし易さ、コストの点で４－ブロモベンジル基が好ましい。
　当該式１で表される化合物への４－置換ベンジル基の導入は公知の方法に従って行えばよい。例えば４－ブロモベンジル基を導入する場合であれば、ＤＭＦ中、０℃でＮａＨと１５分間～３時間ほど処理した後、臭化４－ブロモベンジルと室温で１時間～２４時間反応させればよい。また、水酸化ナトリウム水溶液、水酸化カリウム水溶液と、有機溶媒として、ジクロロメタン、クロロホルム等のハロゲン系溶媒、テトラヒドロフラン、２－メチルテトラヒドロフラン等のエーテル系溶媒との組み合わせによるショッテン・バウマン型条件を用いることもできる。さらに、Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ　Ｇｒｏｕｐｓ　ｉｎ　ＯＲＧＡＮＩＣ　ＳＹＮＴＨＥＳＩＳに記載されている種々の保護基導入法を用いることもできる。
　式１で表される化合物は公知であり、市販されているものを使用することもでき、公知の方法（たとえばＪ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．２０１５，８０，５３３７－５３４３）によって合成することもできる。
　工程２は、式２で表される化合物の４位ジメチルジオキソラニル基をアルデヒド基へと変換し、式３で表される化合物を得る工程である。
　本工程においては、４位のジメチルジオキソラニル基を脱保護してジオール体とするために、脱保護剤を添加する。使用する脱保護剤としては、酢酸、トリフルオロ酢酸、塩酸、硫酸、ヨウ素等を用いることができる。これらの中でも、その入手容易性及び取扱い性から、酢酸を用いることが好ましい。
　脱保護剤の添加量は脱保護材の種類によって適宜設定可能であるが、例えば酢酸の場合であれば溶媒量を用いることが好ましい。
　また、後述するように、結晶化による精製が容易であることから、水を補助溶媒として用いることが好ましい。脱保護剤と補助溶媒との比率は体積基準で１０：１～１：１程度が好ましく、２：１がより好ましい。
　本工程においては、４位のジメチルジオキソラニル基を脱保護した結果生じたジオール体を酸化的に開裂させてアルデヒド基へと変換するために、酸化剤を用いる。利用できる酸化剤としては、過ヨウ素酸ナトリウム、過ヨウ素酸カリウム等の過ヨウ素酸塩、四酢酸鉛等がある。これらの中でもコスト、毒性等の面から、ジオール体に対して１～１０モル当量の過ヨウ素酸ナトリウムを用いるのが好ましい。また、その使用量は１～２モル当量であるのがより好ましい。
　工程２においては、酸化剤の反応性を高めるため、添加剤を用いてもよい。添加剤としてはヨウ素等がある。
　上記工程２の反応条件の組み合わせの中でも、脱保護剤として酢酸、溶媒として水、酸化剤として過ヨウ素酸ナトリウムを用いることが好ましい。
　この条件を用いる場合、０～１００℃で反応を行うことができる。反応温度は、特に５０～８０℃程度がより好ましい。上記条件にて、１～２４時間反応させればよい。
　当該組み合わせを用いることにより、過剰なヨウ素等が反応系に存在せず、反応後の溶媒の廃棄が容易である等、工業的な生産に適している。また、式１で表される化合物を用いることにより、クロマトグラフィー等の精製手段を用いることなく、結晶化により７０～９０％以上という高い収率で目的の式３で表される化合物を得ることができる。
　工程３は、式３で表される化合物を還元して４位アルデヒド基を水酸基とし、式４で表される化合物を得る工程である。
　本工程においては、還元剤を添加することが必要となる。還元剤の種類としては特に制限はないが、例えば水素化ホウ素ナトリウム、水素化リチウムアルミニウム、ボラン誘導体等、接触還元等を利用することができる。これらの中でも、コスト、安全性の点から、水素化ホウ素ナトリウムを用いることが好ましい。還元剤の添加量は、還元剤の種類により適宜調整可能である。例えば水素化ホウ素ナトリウムの場合、式３で表される化合物に対して０．２５～１０モル当量を用いるのが好ましく、０．２５～２モル当量を用いるのがより好ましい。上記条件にて、－３０～５０℃、より好ましくは－１０～２５℃にて１０～１２０分間反応を行うことができる。
　本工程における溶媒は、還元剤等の種類に合わせて適宜利用することができる。例えば水系溶媒として水、有機溶媒としてメタノール、エタノール等のアルコール溶媒やテトラヒドロフラン、２－メチルテトラヒドロフラン、４－メチルテトラヒドロピラン、およびこれらと水の組み合わせを利用することができる。
　工程４は、式４で表される化合物の４位の水酸基を脱離基に変換し、式５で表される化合物を得る工程である。
　本工程において導入される脱離基としては、特に制限はないが、架橋化反応を効率よく行うため、求核置換反応における反応性が高い置換基であることが好ましい。そのような置換基の例としては、４－トルエンスルホニルオキシ基、メタンスルホニルオキシ基、クロロメタンスルホニルオキシ基、トリフルオロメタンスルホニルオキシ基、ハロゲノ基等が挙げられる。これらの中でも脱離基導入試薬が入手しやすく安価な点から４－トルエンスルホニルオキシ基が好ましい。
　本工程において用いる溶媒は、導入する脱離基の種類に応じて適宜、有機溶媒や水と有機溶媒の組み合わせが選択可能である。具体的には、有機溶媒として、ピリジン、ジクロロメタン、クロロホルム等のハロゲン系溶媒とトリエチルアミン等の有機塩基との組み合わせや、水系溶媒として水－トリエチルアミン等の有機塩基、水酸化ナトリウム水溶液、水酸化カリウム水溶液と、有機溶媒として、ジクロロメタン、クロロホルム等のハロゲン系溶媒、テトラヒドロフラン、２－メチルテトラヒドロフラン等のエーテル系溶媒との組み合わせによるショッテン・バウマン型条件も利用可能である。これらの中でも毒性、コストの面から、ピリジン、水酸化ナトリウム水溶液－テトラヒドロフラン、水酸化ナトリウム水溶液－２－メチルテトラヒドロフランのうちのいずれかを用いることが好ましい。脱離基の導入試薬の使用量は、置換脱離基及び溶媒の種類に応じて適宜選択可能である。例えば脱離基として塩化４－トルエンスルホニル、溶媒としてピリジンを用いる場合には、式３で表される化合物に対して１～１０モル当量を用いるのが好ましいが、１～２モル当量を用いるのがより好ましい。上記条件にて、－１０～１００℃、より好ましくは０～６０℃にて１～２４時間反応させればよい。
　工程５は、式５で表される化合物の合成反応液に対して後処理操作を行い、式５で表される化合物の結晶を得る工程である。式５で表される化合物の結晶化溶媒としては、エタノール等のアルコール溶媒や種々の良溶媒と貧溶媒との組み合わせを例示することができる。良溶媒としては、酢酸エチル、テトラヒドロフラン、ピリジン、クロロホルム、アセトニトリル、アセトン、およびこれらの誘導体が例示される。また、貧溶媒としては、ヘキサン、アルコール、水、およびこれらの誘導体が例示される。
　上記の各工程では、必要がある場合には工程終了後に単離・精製操作を行ってもよいが、行わなくてもよい。単離・精製の方法としては、イオン交換、吸着などの各種クロマトグラフィーや結晶化が挙げられるが、本開示の合成法で得られる化合物は結晶性が高いため、結晶化を行うことが好ましい。
　特に、式３で表される化合物は、結晶化により精製を行うことが好ましい。すなわち、工程２と工程３との間に結晶化工程を更に含むことが好ましい。結晶化による精製を行う場合には、反応の溶媒は酢酸－水であることが好ましい。このとき、反応の進行に伴い、式３で表される化合物の結晶が析出する。
　このとき、反応の進行に伴って目的化合物が結晶として析出するので、過剰反応による分解で副生成物が生成するのを防ぐことができ、精製効果も高い。そのため、工程２においては、クロマトグラフィーによる煩雑な精製操作を行わずとも不純物の副生及び混入を抑制することができる（図５（ア）参照）。
　一方で、非特許文献３に記載された方法によって、上記の式ｂで表される化合物から式ｃで表される化合物を合成した場合には、不純物がより多く副生してしまう（図５（イ）参照）。さらに、式ｃで表される化合物は非結晶性であるため、精製を行う場合にはクロマトグラフィーによる煩雑な精製操作が必要となる。
　本開示の式５で表される化合物の結晶は、長期間に渡って安定的に保管することができるため、架橋型ヌクレオシド中間体として用いることができる。また、この結晶は、クロマトグラフィーによる精製工程が不要であるため、工業的製造に適している。
　本開示の式５で表される化合物の結晶は、非特許文献２等の公知の記載に従い、以下に示す工程６～１０によって、架橋型ヌクレオシドを合成することができる。
　工程６：式５で表される化合物の結晶を溶媒に懸濁させた後、該化合物のイソプロピリデン基をアセチル基へと変換し、式６で表される化合物を得る工程
　工程７：式６で表される化合物をシリル化した塩基と縮合し、式７で表される化合物を得る工程
　工程８：式７で表される化合物の保護基の除去と同時に環化反応を行い、式８で表される化合物を得る工程
　工程９：式８で表される化合物の水酸基保護基を除去し、式９で表される化合物を得る工程
　工程１０：必要に応じて式９で表される化合物の塩基部のアミノ基に保護基を導入し、式１０で表される化合物を得る工程
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
 　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基、Ｒ3は水素原子またはアミノ基保護基を示す。
　上記式中のＢａｓｅは、チミン、ウラシル、アデニン、シトシン、５－メチルシトシン、グアニン以外に２－チオウラシル、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、２，６－ジアミノプリンといった塩基であり得る。さらに、工程中においてこれらの塩基はさらに化学反応を受け別の塩基に変換され得る。
　これら塩基上のアミノ基はアセチル基、フェノキシアセチル基、ベンゾイル基、イソブチリル基、といったアシル基やジメチルホルムアミジノ基といった保護基で保護されていても良い。
　さらに、上記架橋型ヌクレオシドが、対応する架橋型ヌクレオシドアミダイトへと変換され得ることは、非特許文献２等の公知の記載により、当業者であれば容易に理解することができる。
　本開示の架橋型ヌクレオシドの製造方法は、安定的に保管することができる式５で表される化合物の結晶を架橋型ヌクレオシド中間体として用いているため、必要に応じて様々な架橋型ヌクレオシドを製造することができる。
　以下、実施例を記載するが、本発明は実施例の内容によって限定されない。
（実施例１）
＜化合物５Ａの結晶の製造＞
　化合物１Ａを出発原料として、以下の工程によって化合物５Ａの結晶を製造した。なお、式中、「ＢＰＭＯ」及び「ＯＭＰＢ」はともにＢＰＭ基が結合したＯ基を表す。また、「ＢＰＭ」はブロモ（フェニル）メチル（４－ブロモベンジルとも称される）を表す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
化合物１Ａから化合物２Ａ（式２で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基）を得る工程
　化合物１Ａ（２０．４３ｇ、７０．３７ｍｍｏｌ）をジメチルアセトアミド（脱水、３５２ｍＬ）に溶解し、０℃に冷却した。水素化ナトリウム（６０質量％油性、７．０４ｇ、０．１７６ｍｏｌ）を加え、１時間撹拌後、臭化４－ブロモベンジル（４４．０ｇ、０．１７６ｍｏｌ）を加え、室温で１７時間撹拌した。反応液にメタノール（１０ｍＬ）を加え撹拌後、濃縮した。残渣に酢酸エチルを加え水洗後、有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮し、化合物２Ａを得た。
化合物２Ａから化合物３Ａ（式３で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基）を得る工程
　化合物２Ａを酢酸（５０７ｍＬ）に６０℃で加熱溶解後、過ヨウ素酸ナトリウム（３０．１ｇ、０．１４１ｍｏｌ）水溶液（２５３ｍＬ、６０℃で加熱溶解）のうち５０ｍＬを添加した。５分後に３０ｍＬ、さらに残りを５分間かけて添加し、同温度で３時間撹拌した。反応液を０℃に冷却して４５分間撹拌後、析出した固体（結晶）をろ取した。酢酸：脱イオン水（体積比で２：１）、次いで脱イオン水で洗浄後、真空乾燥し、化合物３Ａの結晶（３３．１０ｇ、５９．５１ｍｍｏｌ、８４．５７％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，４００ＭＨｚ）；δ９．８９（１Ｈ，ｓ），７．４８－７．４４（４Ｈ，ｍ），７．２０－７．０９（４Ｈ，ｍ），５．８６（１Ｈ，ｄ），４．６６（１Ｈ，ｄ），４．６３（１Ｈ，ｔ），４．５２（１Ｈ，ｓ），４．４７（１Ｈ，ｄ），４．４１（１Ｈ，ｄ），４．３１（１Ｈ，ｄ），３．６６（１Ｈ，ｄ），３．６０（１Ｈ，ｄ），１．６０（３Ｈ，ｓ），１．３６（３Ｈ，ｓ）．
化合物３Ａから化合物４Ａ（式４で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基）を得る工程
　化合物３Ａの結晶（３３．１０ｇ、５９．５１ｍｍｏｌ）をメタノール（２９８ｍＬ）、テトラヒドロフラン（２９８ｍＬ）に懸濁し、０℃に冷却した。水素化ホウ素ナトリウム（５６３ｍｇ、１４．９ｍｍｏｌ）を少量ずつ添加し、５分間撹拌後、さらに同量の水素化ホウ素ナトリウム（５６３ｍｇ、１４．９ｍｍｏｌ）を添加し、２時間撹拌した。反応液を少量にまで濃縮後、残渣に酢酸エチルを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮し、化合物４Ａを得た。
化合物４Ａから化合物５Ａ（式５で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基）の結晶を得る工程
　化合物４Ａをピリジンで３回共沸後、残渣をピリジン（脱水、１１９ｍＬ）に溶解し、塩化４－トルエンスルホニル（２２．７ｇ、０．１１９ｍｏｌ）を加え、３０℃で１７時間撹拌した。脱イオン水（１０ｍＬ）を加え撹拌後、反応液を濃縮した。残渣に酢酸エチルを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮後、残渣をトルエンで３回共沸した。固化した残渣を酢酸エチル（５０ｍＬ）に溶解し、ヘキサン（１００ｍＬ）を少量ずつ添加した（結晶析出）。さらにヘキサンを（１００ｍＬ）添加し、終夜静置した。析出した固体をろ取、ヘキサンで洗浄後、真空乾燥し、化合物５Ａの結晶（３２．２２ｇ、４５．２０ｍｍｏｌ、７５．９５％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，４００ＭＨｚ）；δ７．７７（２Ｈ，ｄ），７．４５（２Ｈ，ｄ），７．４４（２Ｈ，ｄ），７．２９（２Ｈ，ｄ），７．１３（２Ｈ，ｄ），７．０８（２Ｈ，ｄ），５．６８（１Ｈ，ｄ），４．６３（１Ｈ，ｄ），４．５４（１Ｈ，ｄｄ），４．４４（１Ｈ，ｄ），４．４３（１Ｈ，ｄ），４．３８（１Ｈ，ｄ），４．３２（１Ｈ，ｄ），４．１４（１Ｈ，ｄ），３．５１（１Ｈ，ｄ），３．４８（１Ｈ，ｄ），２．４２（３Ｈ，ｓ），１．２９（３Ｈ，ｓ），１．２７（３Ｈ，ｓ）．
＜化合物５Ａの結晶の物性測定＞
　上記で得られた化合物５Ａの結晶について下記（１）～（４）の物性を測定した。
（１）結晶形の顕微鏡観察
　化合物５Ａの結晶の結晶形をデジタルマイクロスコープで観察した。使用したデジタルマイクロスコープはＤｉｎｏ－Ｌｉｔｅ　ＡＤ－４１１３ＺＴ（ＡｎＭｏ　Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ社製）、観察倍率は２３０倍を用いた。
（２）粉末Ｘ線分析
　化合物５Ａの結晶を、粉末Ｘ線分析に供した。使用した粉末Ｘ線分析機はスペクトリス株式会社製、分析条件は以下の通りであった。
［Ｘ線解析装置］Ｘ’Ｐｅｒｔ　ＰＲＯ　ＭＰＤ（スペクトリス株式会社）
［ターゲット］Ｃｕ
［Ｘ線管電流］４０ｍＡ
［Ｘ線管電圧］４５ｋＶ
［走査範囲］２θ＝４．０～４０°
　測定の結果を図２に示す。
　化合物５Ａは、図２に示す回折角（２θ）付近に特徴的なピークを示した。
（３）熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）
　化合物５Ａの結晶を、熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）に供した。使用した熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）機は、熱分析装置ＳＴＡ７２００（日立ハイテクサイエンス社製）、分析条件は以下の通りであった。
分析条件：３０～１９０℃の範囲を１分間あたり５℃ずつ昇温し、試料の熱量変化を測定した。リファレンスとして酸化アルミニウムを用いた。
　測定の結果を図３に示す。
　化合物５Ａの結晶は、１２４℃に吸熱ピークを示した。
（４）安定性の加速試験
　化合物５Ａの結晶を、安定性の加速試験に供した。当該加速試験の条件は、以下の通りである。
　化合物５Ａの結晶５０ｍｇをガラス製サンプル瓶に取り、８０℃で７日間加熱した。試料１ｍｇを５ｍＭトリエチルアンモニウムアセテート－７０体積％アセトニトリル１ｍＬに溶解し、高速液体クロマトグラフィーにより純度を測定した。
　また、比較対象として、化合物５Ａのアセトニトリル溶液を同条件にて加速試験に供した。化合物５Ａの結晶１０ｍｇをアセトニトリル１ｍＬに溶解し、８０℃で７日間加熱した。試料溶液を５ｍＭトリエチルアンモニウムアセテート－７０体積％アセトニトリルで１０倍に希釈し、高速液体クロマトグラフィーにより純度を測定した。
　結果を図４に示す。
　化合物５Ａは、８０℃、７日間加熱条件下、溶液状態では３５％にまで純度が減少したのに対し、結晶状態ではほとんど分解が起こらなかった。
　このことから、化合物５Ａは、結晶状態で保管する限り、特別な管理を行わない場合であっても、安定的に長期間保管できることが分かった。一方で、化合物５Ａであっても、既存の架橋型ヌクレオシド中間体の合成法と同じく、溶液状態では中間体を長期間安定的に保管することができないことがわかった。
＜本開示の工程２と非特許文献３に記載の工程との比較＞
　上記の方法で得た化合物３Ａの結晶と、非特許文献３に記載された条件で合成された式ｃで表される化合物の溶液の性状とを比較した。
式ｂ化合物から式ｃ化合物を得る工程
　非特許文献３に記載の方法に従い、式ｂで表される化合物から式ｃで表される化合物を製造した。
　ＴＬＣを用いて、不純物の生成量を確認した。ＴＬＣの条件は、以下の通りであった。
　ＴＬＣプレート：Ｍｅｒｃｋ社製ＴＬＣ　Ｓｉｌｉｃａ　ｇｅｌ　６０　Ｆ254
　展開溶媒：ヘキサン：酢酸エチル＝２：１（体積比）
　化合物３Ａの結晶のＴＬＣの結果を図５（ア）、非特許文献３に記載の式ｃで表される化合物の溶液のＴＬＣ結果を図５（イ）に記載した。
　上記の方法で化合物３Ａを合成すると、反応の進行に伴い目的物結晶が析出し、これをろ過するのみで、クロマトグラフィー操作を行うことなく、純度の高い化合物３Ａが得られることが確認された。
　これに対し、非特許文献３に記載の条件にて合成された式ｃで表される化合物の反応混合液では、式ｃで表される化合物の他に副生成物の生成が見られた。式ｃで表される化合物は非結晶性のため、この副生成物を除去するため更なる精製を行う場合、クロマトグラフィー操作が必要であることが明らかとなった。
（実施例２）
　実施例１にて製造した化合物５Ａを原料として用い、チミン、アデニン、５－メチルシトシン、グアニンの各種架橋型ヌクレオシドアミダイトを製造した。
（実施例２－１）チミン架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造
　化合物５Ａからチミン架橋型ヌクレオシドアミダイト１１Ｔを合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
化合物５Ａから化合物６Ａ（式６で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基）を得る工程
　化合物５Ａ（３３．１０ｇ、５９．５１ｍｍｏｌ）を酢酸（３６６ｍＬ）、無水酢酸（４５．０ｍＬ）に懸濁し、硫酸（０．３９３ｍＬ）の酢酸溶液（３０．０ｍＬ）を加え、室温で２時間撹拌した。反応液に酢酸ナトリウム（１．５０ｇ）を添加、撹拌後、濃縮し、残渣をトルエンで５回共沸した。残渣に酢酸エチルを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮し、化合物６Ａを得た。
化合物６Ａから化合物７Ｔ（式７で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基、Ｂａｓｅ＝チミン）を得る工程
　化合物６Ａ、チミン（７．９６ｇ、６３．１ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｏ－ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（３３．９ｍＬ、０．１３９ｍｏｌ）にアセトニトリル（１０５ｍＬ）を加え、８５℃で１時間撹拌した。反応液を０℃に冷却後、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル（９．８９ｍＬ、５４．７ｍｍｏｌ）を加え、８５℃で４時間撹拌した。反応液を０℃に冷却後、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液を加え撹拌した。析出した固体をセライトろ過により除去後、酢酸エチルで抽出した（酢酸エチル層を１Ｍ水酸化ナトリウム水溶液、次いで飽和塩化アンモニウム水溶液で洗浄すると、残存するチミンを除去できる）。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮し、化合物７Ｔを得た。
化合物７Ｔから化合物８Ｔ（式８で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｂａｓｅ＝チミン）を得る工程
　化合物７Ｔにメタノール（２１１ｍＬ）を加え、水酸化ナトリウム（８．４２ｇ、０．２１１ｍｏｌ）を加え、４０℃で３時間撹拌した。反応液に飽和塩化アンモニウム水溶液を加え、酢酸エチルで抽出した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮後、残渣にエタノール（１５０ｍＬ）を加え、溶解するまで酢酸エチルを添加した。減圧下、酢酸エチルを留去し、析出した固体をろ取、エタノールで洗浄した。得られた固体を真空乾燥し、化合物８Ｔ（２０．００ｇ、３２．８８ｍｍｏｌ、７８．１％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，４００ＭＨｚ）；δ８．３９（１Ｈ，ｓ），７．４９（２Ｈ，ｄ），７．４６（２Ｈ，ｄ），７．４６（１Ｈ，ｄ），７．１８（２Ｈ，ｄ），７．１４（２Ｈ，ｄ），５．６４（１Ｈ，ｓ），４．６２－４．４５（５Ｈ，ｍ），４．０２－３．７８（５Ｈ，ｍ），１．７０（３Ｈ，ｄ）．
化合物８Ｔから化合物９Ｔ（式９で表される化合物、Ｂａｓｅ＝チミン）を得る工程
　化合物８Ｔ（７．１３ｇ、１１．７ｍｍｏｌ）、ギ酸アンモニウム（７．５６ｇ、０．１２ｍｏｌ）をメタノール（１２０ｍＬ）、酢酸エチル（１２０ｍＬ）に溶解し、２０質量％水酸化パラジウム－活性炭素（２０質量％Ｐｄ、５０質量％含水）（３．５７ｇ）を加え、６０℃で４時間撹拌した。触媒をセライトろ過により除去後、ろ液を濃縮し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー（シリカゲル１５０ｍＬ、クロロホルム：メタノール＝１０：１（体積比））により精製し、化合物９Ｔ（３．２２ｇ、１１．９ｍｍｏｌ、１０２％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（Ｄ2Ｏ，４００ＭＨｚ）；δ７．６６（１Ｈ，ｓ），５．６７（１Ｈ，ｓ），４．４９（１Ｈ，ｓ），４．２２（１Ｈ，ｓ），４．０５－４．０３（３Ｈ，ｍ），３．９６（１Ｈ，ｄ），１．９１（３Ｈ，ｓ）．
化合物９Ｔから化合物１０Ｔを得る工程
　化合物９Ｔ（４．２３ｇ、１５．７ｍｍｏｌ）をピリジン（脱水、５２．３ｍＬ）に溶解し、塩化ジメトキシトリチル（７．４５ｇ、２２．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で４時間撹拌した。反応液にメタノール（５ｍＬ）を加え撹拌後、濃縮した。残渣に酢酸エチルを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄後、有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮した。残渣をトルエンで３回共沸後、シリカゲルカラムクロマトグラフィー（シリカゲル２５０ｍＬ、ヘキサン：酢酸エチル＝１：１～１：２（体積比）～酢酸エチル）により精製し、化合物１０Ｔ（８．９９ｇ、１５．７ｍｍｏｌ、１００％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，４００ＭＨｚ）；δ８．５４（１Ｈ，ｓ），７．６５－６．８４（１４Ｈ，ｍ），５．６３（１Ｈ，ｓ），４．４３（１Ｈ，ｓ），４．２８（１Ｈ，ｄ），３．８８（２Ｈ，ｄ），３．８１（２Ｈ，ｄ），３．８０（６Ｈ，ｓ），３．５８（２Ｈ，ｄ），３．４７（２Ｈ，ｄ），２．３１（１Ｈ，ｄ），１．７０（３Ｈ，ｓ）．
化合物１０Ｔから化合物１１Ｔを得る工程
　化合物１０Ｔ（４．５０ｇ、７．８６ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（３．８６ｍＬ、１７．３ｍｍｏｌ）をジクロロメタン（脱水、３９．３ｍＬ）に溶解し、０℃に冷却した。２－シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジド（３．８６ｍＬ、１７．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間撹拌した。反応液を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄後、有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（シリカゲル２００ｍＬ、ヘキサン：酢酸エチル＝１：１（体積比））により精製し、化合物１１Ｔ（６．００ｇ、７．７６ｍｍｏｌ、９８．７％）を得た。
31Ｐ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，１６０ＭＨｚ）；δ１４９．９４，１４９．８０．
（実施例２－２）アデニン架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
化合物５Ａから化合物６Ａ（式６で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基）を得る工程
　化合物５Ａ（２４．０ｇ、３３．７ｍｍｏｌ）を酢酸（３４０ｍＬ、０．１ｍｏｌ／Ｌ）に懸濁し、室温で撹拌しながら無水酢酸（３５ｍＬ、２６２ｍｍｏｌ）、硫酸（０．３２ｍＬ、６．０７ｍｍｏｌ）の酢酸溶液（３７１ｍＬ）を順次加え、同温で３時間撹拌した。反応終了後、同温で 酢酸ナトリウム（１．２ｇ、１４．５ｍｍｏｌ）を加えた後、同温で５分撹拌後、濃縮した。残渣を、トルエン（３４０ｍＬ）で３回共沸した。得られた残渣を酢酸エチル（４００ｍＬ）に溶解させた後、飽和重曹水（１００ｍＬ）による洗浄を３回実施した。水層に対し、酢酸エチル（４００ｍＬ）による抽出を１回行った後、得られたすべての有機層を合わせ、硫酸マグネシウムによる乾燥と溶媒の減圧留去を順次行い、化合物６Ａを得た。
化合物６Ａから化合物７Ａ（式７で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基、Ｂａｓｅ＝Ｎ 6 －ベンゾイルアデニン）を得る工程
　化合物６Ａ、Ｎ6－ベンゾイルアデニン（１２．１ｇ、５０．６ｍｍｏｌ）にトルエン（８５ｍＬ、０．４ｍｏｌ／Ｌ）を加えた後、室温で撹拌しながらＮ，Ｏ－ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（２５ｍＬ、１０１ｍｍｏｌ）を加え、加熱還流下で１時間撹拌した。続いて、０℃に降温した後、同温でトリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル（７．９ｍＬ、４３．８ｍｍｏｌ）を添加し、加熱還流下で２時間撹拌した。反応終了後、０℃で酢酸エチル（３００ｍＬ）と１ｍｏｌ／Ｌ水酸化ナトリウム水溶液（１００ｍＬ）を加え、同温で５分撹拌した。続いて、析出した固体をろ過により除去した後、有機層と水層の分離を行った。得られた有機層を、１ｍｏｌ／Ｌ水酸化ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）で３回洗浄後、硫酸マグネシウムによる乾燥と溶媒の減圧留去を順次行い、化合物７Ａを得た。
化合物７Ａから化合物８Ａ（式８で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｂａｓｅ＝アデニン）を得る工程
　化合物７Ａに対し、メタノール：テトラヒドロフラン（９：１（体積比）、１７０ｍＬ）を加えた後、水酸化ナトリウム（６．７ｇ、１６９ｍｍｏｌ）を加え、４０℃で１時間撹拌した。反応終了後、同温で飽和塩化アンモニウム水溶液（１７０ｍＬ）を加えた後、同温で５分撹拌した。続いて、酢酸エチル（２００ｍＬ）を加え、撹拌した後、析出している固体をろ過により除去した。ろ液の濃縮後、残渣を酢酸エチル（４００ｍＬ）に溶解させた後、有機層と水層の分離を行った。得られた有機層に対して脱イオン水（１００ｍＬ）による洗浄を１回行った後、硫酸マグネシウムによる乾燥と溶媒の減圧留去を順次行った。得られた残渣に対し、メタノール（６７ｍＬ、０．５ｍｏｌ／Ｌ）を加え、加熱還流下で撹拌することで残渣を完全に溶解させた。その後、室温に降温し、終夜撹拌することで析出した結晶を回収した。得られた結晶をメタノール（２０ｍＬ）で２回洗浄し、化合物８Ａ（１４．３ｇ、２３．２ｍｍｏｌ、６８．７％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3, ４００ＭＨｚ）; δ８．３３（１Ｈ,ｓ）,７．９９（１Ｈ,ｓ）, ７．４７（２Ｈ,ｄ）,７．４１（２Ｈ,ｄ）,７．１８（２Ｈ,ｄ）,７．１０（２Ｈ,ｄ）, ６．０３（１Ｈ,ｓ）, ５．６３（２Ｈ,ｂｒｓ）, ４．８７（１Ｈ,ｓ）,４.５８（１Ｈ,ｄ）, ４．５７（２Ｈ,ｄｄ）, ４．４８（１Ｈ,ｄ）, ４．２６（１Ｈ,ｓ）, ４．１１（１Ｈ,ｄ）,３．９９（１Ｈ,ｄ）,３．８１（２Ｈ,ｄｄ）.
化合物８Ａから化合物９Ａ（式９で表される化合物、Ｂａｓｅ＝アデニン）を得る工程
　化合物８Ａ（１４．３ｇ、２３．２ｍｍｏｌ）に対し、酢酸エチル：メタノール（１：３（体積比）、６００ｍＬ）を加えた後、ギ酸アンモニウム（２１．９ｇ、３４８ｍｍｏｌ）と脱イオン水（３７ｍＬ）を加え、６０℃で溶解するまで撹拌した。その後、室温にて水酸化パラジウム－活性炭素（２．９ｇ）を加え、６０℃で１７時間撹拌した。続いて、ギ酸アンモニウム（７．３ｇ、１１６ｍｍｏｌ）と水酸化パラジウム－活性炭素（０．７ｇ）を追加し、６０℃で２４時間撹拌した。反応終了後、セライトろ過により触媒を除去後、溶媒の減圧留去を行い、化合物９Ａを得た。
化合物９Ａから化合物１０Ａ（式１０で表される化合物、Ｂａｓｅ（Ｒ 3 ）＝Ｎ 6 －ベンゾイルアデニン）を得る工程
　共沸脱水（ピリジン １００ｍＬ、３回）を行った化合物９Ａに対し、ピリジン（１１６ｍＬ、０．２ｍｏｌ／Ｌ）を加えた後、０℃でクロロトリメチルシラン（２０．６ｍＬ、１６２ｍｍｏｌ）を加え、同温で３０分撹拌した。次に、塩化ベンゾイル（１３．５ｍＬ、１１６ｍｍｏｌ）を同温で添加し、２１時間撹拌した。続いてメタノール（１１６ｍＬ）を添加した後、室温で５分撹拌し、その後、アンモニア水（３４ｍＬ）を加え、同温で２．５時間撹拌した。反応終了後、析出していた固体をろ過により除去した後、溶媒を減圧留去した。その後、ピリジン（１００ｍＬ）を添加し、５分撹拌した後、溶解しなかった固体をろ過により除去した。溶媒を減圧留去し、化合物１０Ａを得た。
化合物１０Ａから化合物１１Ａを得る工程
　共沸脱水（ピリジン７０ｍＬ、３回）を行った化合物１０Ａに対し、ピリジン（７７ｍＬ、０．３ｍｏｌ／Ｌ）を加えた後、室温で撹拌しながら塩化ジメトキシトリチル（９．６ｇ、２８．２ｍｍｏｌ）を加え、同温で１時間撹拌した。続いて、塩化ジメトキシトリチル（１１．８ｇ、３４．８ｍｍｏｌ）を加え、１２時間撹拌した。反応終了後、メタノール（８０ｍＬ）を加え、同温で５分撹拌した後、溶媒の減圧留去を行った。得られた残渣を酢酸エチル（３２０ｍＬ）に溶解させた後、脱イオン水（８０ｍＬ）による洗浄を１回実施した。硫酸マグネシウムによる乾燥と溶媒の減圧留去を順次行った後、中圧シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１００ｇ、酢酸エチル：ヘキサン＝６６：３４（体積比）～酢酸エチル）により精製し、化合物１１Ａ（９．４１ｇ、１３．７ｍｍｏｌ、５９．１％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3, ４００ＭＨｚ）; δ９．１０（１Ｈ，ｓ），８．７７（１Ｈ，ｓ），８．２８（１Ｈ，ｓ），８．０２（２Ｈ，ｄ），７．６３－７．２１（１２Ｈ，ｍ），６．８５（４Ｈ，ｄ），６．１３（１Ｈ，ｓ），４．４４（１Ｈ，ｄ），４．０４（２Ｈ，ｓ），３．６１（１Ｈ，ｄ），３．５６（１Ｈ，ｄ），２．６５（１Ｈ，ｄ）．
化合物１１Ａから化合物１２Ａを得る工程
　共沸脱水（トルエン７０ｍＬ、３回）を行った化合物１１Ａ（９．４１ｇ、１３．７ｍｍｏｌ）に対しジクロロメタン（７０ｍＬ）とＮ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（６．０ｍＬ、３４．３ｍｍｏｌ）を順次加えた後、０℃で撹拌しながら（２－シアノエチル）（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）クロロホスホロアミダイト（６．７ｍＬ、３０．１ｍｍｏｌ）を加え、室温で２．５時間撹拌した。反応終了後、０℃で飽和重曹水（５０ｍＬ）を加え、同温で５分撹拌した後、有機層と水層の分離を行った。水層に対して酢酸エチル（７０ｍＬ）による抽出を１回行った後、得られたすべての有機層を合わせ、硫酸マグネシウムによる乾燥と溶媒の減圧留去を順次行った。その後、中圧シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１００ｇ、酢酸エチル：ヘキサン＝６９：３１～９０：１０（体積比））により精製し、化合物１２Ａ（９．４ｇ、１０．６ｍｍｏｌ、７７．０％）を得た。
31Ｐ－ＮＭＲ（ＭｅＣＮ－ｄ3，１６０ＭＨｚ）；δ１４９．５４，１４９．０４．
（実施例２－３）５－メチルシトシン架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造
　化合物５Ａから５－メチルシトシン架橋型ヌクレオシドアミダイト１２Ｃを合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
化合物５Ａから化合物６Ａ（式６で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基）を得る工程
　化合物５Ａ（３０．０ｇ、４２．１ｍｍｏｌ）を酢酸（３６６ｍＬ）、無水酢酸（４５．０ｍＬ）に懸濁し、濃硫酸（３９６μＬ）の酢酸溶液（３０．０ｍＬ）をゆっくりと滴下後、室温で２時間撹拌した。反応液に酢酸ナトリウム（１．５０ｇ、１８．３ｍｍｏｌ）を加え、完全に溶解するまで撹拌後、濃縮した。残渣をトルエン－酢酸エチル（体積比で２：１）で共沸（４０ｍＬ×５）後、残渣に酢酸エチル（３００ｍＬ）を加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（１５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮した。残渣をトルエンで共沸（２０ｍＬ×３）し、化合物６Ａを得た。
化合物６Ａから化合物７Ｃ（式７で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基、Ｂａｓｅ＝Ｎ 4 －ベンゾイル－５－メチルシトシン）を得る工程
　化合物６Ａをアセトニトリル（超脱水）（１０５ｍＬ）に溶解し、Ｎ4－ベンゾイル－５－メチルシトシン（１２．７ｇ、５５．４ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｏ－ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（２９．８ｍＬ、０．１２２ｍｏｌ）を加え、８５℃で１時間加熱撹拌した。反応液を氷冷後、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル（１１．４ｍＬ、６３．１ｍｍｏｌ）を加え、８５℃で８時間加熱撹拌した。反応液を氷冷後、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（１５０ｍＬ）を加え、発泡が収まるまで撹拌した。酢酸エチル（１５０ｍＬ）で抽出し、有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮し、化合物７Ｃを得た。
化合物７Ｃから化合物８Ｃ（式８で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｂａｓｅ＝５－メチルシトシン）を得る工程
　化合物７Ｃをテトラヒドロフラン（２１ｍＬ）に溶解し、メタノール（２１１ｍＬ）、水酸化ナトリウム（８．４２ｇ、０．２１１ｍｏｌ）を加え、４０℃で１４時間加熱撹拌した。反応液を少量にまで濃縮した後、酢酸エチル（２００ｍＬ）で希釈し、１ｍｏｌ／Ｌ塩酸（１００ｍＬ）、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（１００ｍＬ）で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮した。残渣をアセトン（３０ｍＬ）に溶解し、脱イオン水（１５ｍＬ）を添加した。溶液が透明になるまでアセトンを加えた後、析出した固体をろ取した。固体を５０体積％エタノールで洗浄後、真空乾燥し、化合物８Ｃ（１８．７１ｇ、３０．８１ｍｍｏｌ、７３．１７％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，４００ＭＨｚ）；δ８．５４（１Ｈ，ｓ），７．５０－７．４２（５Ｈ，ｍ），７，１９－７．１１（４Ｈ，ｍ），５．７１（１Ｈ，ｓ），４．７１（１Ｈ，ｓ），４．６０－４．５２（３Ｈ，ｍ），４．３８（１Ｈ，ｄ），４．００（１Ｈ，ｄ），３．８７－３．７９（４Ｈ，ｍ），３．７１（２Ｈ，ｓ），１．６７（３Ｈ，ｄ）．
化合物８Ｃから化合物９Ｃ（式９で表される化合物、Ｂａｓｅ＝５－メチルシトシン）を得る工程
　化合物８Ｃ（１６．０７ｇ、２６．４６ｍｍｏｌ）をテトラヒドロフラン（１４２ｍＬ）、メタノール（１４２ｍＬ）に溶解し、ギ酸アンモニウム（１６．８ｇ、０．２６６ｍｏｌ）を加え、溶解した。１ｍｏｌ／Ｌ塩酸（２６．４ｍＬ、２６．４ｍｍｏｌ）、水酸化パラジウム－活性炭素（８．０４ｇ）を加え、６０℃で２３時間加熱撹拌した。脱イオン水（２７ｍＬ）を加え、析出物を溶解した後、セライトろ過により水酸化パラジウム－活性炭素を除去し、５０体積％メタノール（１００ｍＬ×５）で洗浄した。ろ液、洗浄液を濃縮し、残渣を脱イオン水（１００ｍＬ）に溶解し、Ｄｏｗｅｘ５０Ｗ×８（Ｈ+型）カラム（６０ｍＬ）に吸着させた。カラムを水洗後、０．２－０．５ｍｏｌ／Ｌアンモニア水で溶出した。目的物を含むフラクションを濃縮後、真空乾燥し、化合物９Ｃ（６．８３ｇ、２５．４ｍｍｏｌ、９６．０％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（Ｄ2Ｏ，４００ＭＨｚ）；δ７．６２（１Ｈ，ｓ），５．６６（１Ｈ，ｓ），４．４６（１Ｈ，ｓ），４．１９（１Ｈ，ｓ），４．０４（１Ｈ，ｄ），４．０４（２Ｈ，ｓ），３．９６（１Ｈ，ｄ），１．９８（３Ｈ，ｓ）．
化合物９Ｃから化合物１０Ｃ（式１０で表される化合物、Ｂａｓｅ（Ｒ 3 ）＝Ｎ 4 －ベンゾイル－５－メチルシトシン）を得る工程
　化合物９Ｃ（９．１５ｇ、３４．０ｍｍｏｌ）をピリジン（脱水）（１１８ｍＬ）に溶解し、無水安息香酸（１５．４ｇ、６８．１ｍｍｏｌ）を加え、室温で３日間撹拌した。反応液にエタノール（１１６ ｍＬ）、２ｍｏｌ／Ｌ水酸化ナトリウム水溶液（１７４ｍＬ、０．３４８ｍｏｌ）を加え、１時間撹拌後、酢酸（２３ｍＬ）を添加した。反応液を濃縮後、残渣を脱イオン水で２回共沸した。残渣を脱イオン水（２５ｍＬ）に溶解し、析出した固体をろ取、水洗した。得られた固体を脱イオン水から再結晶化し、化合物１０Ｃ（１０．１９ｇ、２７．２９ｍｍｏｌ、８０．３％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＤＭＳＯ－ｄ６，４００ＭＨｚ）；δ８．１５－７．４５（６Ｈ，ｍ），５．６７（１Ｈ，ｄ），５．４６（１Ｈ，ｓ），５．２２（１Ｈ，ｔ），４．１７（１Ｈ，ｓ），３．９０（１Ｈ，ｄ），３．８３－３．６３（４Ｈ，ｍ），２．００（３Ｈ，ｓ）．
化合物１０Ｃから化合物１１Ｃを得る工程
　化合物１０Ｃ（７．００ｇ、１８．７ｍｍｏｌ）をピリジンで３回共沸後、ピリジン（脱水）（６２．３ｍＬ）に溶解した。塩化ジメトキシトリチル（８．２４ｇ、２４．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間撹拌後、反応液にメタノール（５ｍＬ）を加え濃縮した。残渣に酢酸エチル（２００ｍＬ）を加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮し、残渣をトルエン（２０ｍＬ×３）で共沸した。残渣を以下の条件で中圧シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１００ｇ、ヘキサン：酢酸エチル＝２：１～１：１～１：３（体積比））により精製し、化合物１１Ｃ（１２．１４ｇ、１８．００ｍｍｏｌ、９６．２６％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，４００ＭＨｚ）；δ８．３２（２Ｈ，ｄ），７．８３（１Ｈ，ｓ），７．５５－７．２５（１２Ｈ，ｍ），６．８９－６．８５（４Ｈ，ｍ），５．７０（１Ｈ，ｓ），４．４７（１Ｈ，ｓ），４．２９（１Ｈ，ｄ），３．８５（２Ｈ，ｄｄ），３．８１（６Ｈ，ｓ），３．６２（１Ｈ，ｄ），３．４８（１Ｈ，ｄ），１．９０（３Ｈ，ｓ），１．８６（１Ｈ，ｄ）．
化合物１１Ｃから化合物１２Ｃを得る工程
　化合物１１Ｃ（１１．５０ｇ、１７．０２ｍｍｏｌ）をジクロロメタン（超脱水）（８５．１ｍＬ）に溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（６．０２ｍｍｏｌ、３５．２ｍｍｏｌ）、（２－シアノエチル）（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）クロロホスホロアミダイト（６．８３ｍＬ、３０．６ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間撹拌した。反応液をクロロホルム（１００ ｍＬ）で希釈後、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液－飽和塩化ナトリウム水溶液（５０ｍＬ＋５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮した。残渣を以下の条件で中圧シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１００ｇ、ヘキサン：酢酸エチル＝３：１～２：１～１：１（体積比））により精製し、化合物１２Ｃ（１０．７０ｇ、１２．２２ｍｍｏｌ、７１．８０％）を得た。
31Ｐ－ＮＭＲ（ＣＤＣｌ3，１６０ＭＨｚ）；δ１５０．１０，１５０．０４．
（実施例２－４）グアニン架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造
　化合物５Ａからグアニン架橋型ヌクレオシドアミダイト１３Ｇを合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
化合物５Ａから化合物６Ａ（式６で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基）を得る工程
　化合物５Ａ（３０．０ｇ、４２．１ｍｍｏｌ）を酢酸（３６６ｍＬ）、無水酢酸（４５．０ｍＬ）に懸濁し、濃硫酸（３９６μＬ）の酢酸溶液（３０．０ｍＬ）をゆっくりと滴下後、室温で２時間撹拌した。反応液に酢酸ナトリウム（１．５０ｇ、１８．３ｍｍｏｌ）を加え、完全に溶解するまで撹拌後、濃縮した。残渣をトルエン－酢酸エチル（体積比で２：１）で共沸（４０ｍＬ×５）後、残渣に酢酸エチル（３００ｍＬ）を加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（１５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮した。残渣をトルエンで共沸（２０ｍＬ×３）し、化合物６Ａを得た。
化合物６Ａから化合物７Ｇ（式７で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｒ 2 ＝４－トルエンスルホニルオキシ基、Ｂａｓｅ＝２－アミノ－クロロプリン）を得る工程
　化合物６Ａをアセトニトリル（超脱水）（１０５ｍＬ）に溶解し、２－アミノ－６－クロロプリン（１０．７ｇ、６３．１ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｏ－ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（３３．９ｍＬ、０．１３７ｍｏｌ）を加え、８５℃で１時間加熱撹拌した。反応液を氷冷後、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル（１５．２ｍＬ、８４．１ｍｍｏｌ）を加え、８５℃で７時間加熱撹拌した。反応液を氷冷後、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液を加え、発泡が収まるまで撹拌した。酢酸エチル（１５０ｍＬ）で抽出し、有機層を１Ｍ水酸化ナトリウム水溶液で洗浄後、無水硫酸マグネシウム上乾燥、濃縮し、化合物７Ｇを得た。
化合物７Ｇから化合物８Ｇ（式８で表される化合物、Ｒ 1 ＝４－ブロモベンジル基、Ｂａｓｅ＝２－アミノ－６－メトキシプリン）を得る工程
　化合物７Ｇをテトラヒドロフラン（１０５ｍＬ）に溶解し、メタノール（４２１ｍＬ）、２５体積％ナトリウムメトキシドメタノール溶液（８０．９ｍＬ）を加え、室温で２４時間加熱撹拌した。反応液を２Ｍ塩酸で中和後、濃縮した。残渣に酢酸エチルを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮した。残渣を酢酸エチルに溶解し、活性炭（１．０ｇ）を加え、６０℃で１時間加熱撹拌した。活性炭をセライトろ過により除去後、ろ液を濃縮し、化合物８Ｇを得た。
化合物８Ｇから化合物９Ｇ（式９で表される化合物、Ｂａｓｅ＝２－アミノ―６－メトキシプリン）を得る工程
　化合物８Ｇをテトラヒドロフラン（２１３ｍＬ）、メタノール（２１３ｍＬ）に溶解し、ギ酸アンモニウム（２６．９ｇ、０．４２７ｍｏｌ）を加え、溶解した。水酸化パラジウム-活性炭素（１３．５ｇ）を加え、６０℃で３０時間加熱撹拌した。セライトろ過により水酸化パラジウム－活性炭素を除去し、メタノール（１００ｍＬ×５）で洗浄した。ろ液、洗浄液を濃縮後、残渣を脱イオン水（３００ｍＬ）に溶解し、トルエンで洗浄した。溶液をＩＲＡ９３（ＯＨ-型）カラム（１５０ｍＬ）に通過、水洗し後、濃縮し、化合物９Ｇを得た。
化合物９Ｇから化合物１０Ｇ（式９で表される化合物、Ｂａｓｅ＝グアニン）を得る工程
　化合物９Ｇを１００ｍＭ　Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）（４２０ｍＬ）に溶解し、アデノシンデアミナーゼ（３７μＬ、４２ｕｎｉｔｓ）を加え、４０℃で２４時間撹拌した。アデノシンデアミナーゼ（３７μＬ、４２ｕｎｉｔｓ）を追加し、同温度でさらに２４時間撹拌した。析出した固体をろ取、水洗後、真空乾燥し、化合物１０Ｇ（８．５０ｇ、２８．８ｍｍｏｌ、６８．４％）を得た
1Ｈ－ＮＭＲ（ＤＭＳＯ－ｄ6，４００ＭＨｚ）；δ１０．６３（１Ｈ，ｓ），７．７９（１Ｈ，ｓ），６．５６（２Ｈ，ｓ），５．６８－５．６７（２Ｈ，ｍ），５．０３（１Ｈ，ｔ），４．２８（１Ｈ，ｓ），４．１４（１Ｈ，ｄ），３．８８（１Ｈ，ｄ），３．７７（２Ｈ，ｍ），３．７１（１Ｈ，ｄ）．
化合物１０Ｇから化合物１１Ｇ（式（１０）で表される化合物、Ｂａｓｅ（Ｒ 3 ）＝Ｎ 2 －イソブチリルグアニン）を得る工程
　化合物１０Ｇ（６００ｍｇ、２．０３ｍｍｏｌ）をＮ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（脱水）（４．１ｍＬ）に溶解し、ｔｅｒｔ－ブチルクロロジメチルシラン（１．２２ｇ、８．０９ｍｍｏｌ）を加え、室温で２０時間撹拌した。反応液を酢酸エチルで希釈、水洗後、有機層を無水硫酸マグネシウム上で乾燥、濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１００ｍＬ、クロロホルム：メタノール＝２０：１（体積比））により精製した。
　残渣をピリジン（８．０ｍＬ）に溶解し、氷冷化塩化イソブチリル（３３６μＬ、３．１８ｍｍｏｌ）を加え、室温で２０時間撹拌した。脱イオン水を加え撹拌後、反応液を濃縮した。残渣に酢酸エチルを加え、飽和重曹水で洗浄後、有機層を無水硫酸マグネシウム上で乾燥、濃縮した。残渣をトルエンで３回共沸後、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2 １００ｍＬ、クロロホルム：メタノール＝５０：１（体積比））により精製した。
　残渣をメタノール（１０．０ｍＬ）に溶解し、酸性フッ化水素アンモニウム（８６０ｍｇ、１５．０ｍｍｏｌ）を加え、６０℃で１７時間加熱撹拌した。反応液にシリカゲルを加え溶媒を留去したのち、シリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１００ｍＬ、クロロホルム：メタノール＝１０：１～５：１（体積比））により精製し、化合物１１Ｇ（０．５３ｇ、１．５ｍｍｏｌ、７４％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＤＭＳＯ－ｄ6，４００ＭＨｚ）；δ１２．１１（１Ｈ，ｓ），１１．７７（１Ｈ，ｓ），８．０９（１Ｈ，ｓ），５．８０（１Ｈ，ｓ），５．７３（１Ｈ，ｄ），５．０６（１Ｈ，ｔ），４．３７（１Ｈ，ｓ），４．１５（１Ｈ，ｄ），３．９２－３．７２（４Ｈ，ｍ），２．７７（１Ｈ，ｍ），１．１２（６Ｈ，ｄ）．
化合物１１Ｇから化合物１２Ｇを得る工程
　化合物１１Ｇ（１．８７ｇ、５．１２ｍｍｏｌ）をピリジンで３回共沸後、ピリジン（脱水）（１７．１ｍＬ）に溶解した。塩化ジメトキシトリチル（２．４３ｇ、７．１７ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間撹拌後、反応液にメタノール（１ｍＬ）を加え濃縮した。残渣に酢酸エチル（２００ｍＬ）を加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮し、残渣をトルエン（２０ｍＬ×３）で共沸した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2１５０ｇ、ヘキサン：酢酸エチル＝１：１～１：３（体積比）～酢酸エチル）により精製し、化合物１２Ｇ（３．２７ｇ、４．９０ｍｍｏｌ、９５．７％）を得た。
1Ｈ－ＮＭＲ（ＤＭＳＯ－ｄ6，４００ＭＨｚ）；δ１２．０５（１Ｈ，ｓ），８．９３（１Ｈ，ｓ），７．８８（１Ｈ，ｓ），７．４４－７．１３（９Ｈ，ｍ），６．７９（４Ｈ，ｍ），５．７８（１Ｈ，ｓ），４．６０（１Ｈ，ｓ），４．４４（１Ｈ，ｓ），４．０５（１Ｈ，ｄ），３．９９（１Ｈ，ｄ），３．７４（３Ｈ，ｓ），３．７４（３Ｈ，ｓ），３．６１（１Ｈ，ｄ），３．５５（１Ｈ，ｄ），２．６４（１Ｈ，ｍ），１．２４（３Ｈ，ｄ），１．２３（３Ｈ，ｄ）．
化合物１２Ｇから化合物１３Ｇを得る工程
　化合物１２Ｇ（３．２０ｇ、４．７９ｍｍｏｌ）をジクロロメタン（超脱水）（２４．０ｍＬ）に溶解し、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（２．０３ｍＬ、１１．９ｍｍｏｌ）、（２－シアノエチル）（Ｎ，Ｎ－ジイソプロピル）クロロホスホロアミダイト（２．３５ｍＬ、１０．５ｍｍｏｌ）を加え、室温で３時間撹拌した。反応液を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウム上乾燥後、濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ2２００ｇ、ヘキサン：酢酸エチル＝１：１～１：２（体積比））により精製し、化合物１３Ｇ（３．３６ｇ、３．８７ｍｍｏｌ、８０．８％）を得た。
31Ｐ－ＮＭＲ（ＭｅＣＮ－ｄ3，１６０ＭＨｚ）；δ１４９．０９，１４８．７４．

Claims (8)

  1. 　式５で表される化合物の結晶。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
     　上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基を示す。
  2. 　粉末Ｘ線分析において、回折角（２θ）として５．９±０．３、１１．４±０．６、１１．８±０．６、１３．２±０．７、１６．２±０．８、１７．２±０．９、１８．５±０．９、１９．５±１．０、１９．７±１．０、２０．１±１．０、２０．４±１．０、２１．４±１．１、２２．０±１．１、２３．０±１．２、２４．１±１．２、２４．３±１．２、２６．４±１．３、２９．９±１．５（°）にピークを示す、請求項１に記載の結晶。
  3. 　熱重量測定／示差熱分析（ＴＧ／ＤＴＡ）装置により測定したとき、１２４℃に吸熱ピークを示す、請求項１または２に記載の結晶。
  4. 　式５で表される前記化合物は架橋型ヌクレオシド中間体である、請求項１～３のいずれか１項に記載の結晶。
  5. 　下記工程１から５を含む、式５で表される化合物の結晶の製造方法。
    　工程１：式１で表される化合物の水酸基を保護し、式２で表される化合物を得る工程、
    　工程２：式２で表される化合物の４位ジメチルジオキソラニル基をアルデヒド基へと変換し、式３で表される化合物を得る工程、
    　工程３：式３で表される化合物を還元して４位アルデヒド基を水酸基とし、式４で表される化合物を得る工程、
    　工程４：式４で表される化合物の４位水酸基を脱離基へと変換し、式５で表される化合物を得る工程、
    　工程５：式５で表される化合物を結晶化溶媒から結晶化し、式５で表される化合物の結晶を得る工程
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
     上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基を示す。
  6. 　工程２と工程３との間に、結晶化工程を更に含む、請求項５に記載の結晶の製造方法。
  7. 　式５で表される前記化合物は架橋型ヌクレオシド中間体である、請求項５または６に記載の結晶の製造方法。
  8. 　以下の工程を含む、架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法。
    　工程６：請求項５～７のいずれか１項の製造方法によって得られる式５で表される化合物の結晶を溶媒に懸濁させた後、該化合物のイソプロピリデン基をアセチル基へと変換し、式６で表される化合物を得る工程
    　工程７：式６で表される化合物をシリル化した塩基と縮合し、式７で表される化合物を得る工程
    　工程８：式７で表される化合物の保護基の除去と同時に環化反応を行い、式８で表される化合物を得る工程
    　工程９：式８で表される化合物の水酸基保護基を除去し、式９で表される化合物を得る工程
    　工程１０：必要に応じて式９で表される化合物の塩基部のアミノ基に保護基を導入し、式１０で表される化合物を得る工程
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
     上記式中、Ｒ1は水酸基の保護基、Ｒ2は脱離基、Ｒ3は水素原子またはアミノ基保護基を示す。
PCT/JP2020/024037 2019-06-19 2020-06-18 架橋型ヌクレオシド中間体の結晶及びその製造方法、並びに架橋型ヌクレオシドアミダイトの製造方法 WO2020256084A1 (ja)

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EP20827632.9A EP3988558A4 (en) 2019-06-19 2020-06-18 CROSSLINKED NUCLEOSIDE INTERMEDIATE CRYSTAL AND METHOD FOR PRODUCTION THEREOF, AND METHOD FOR PRODUCTION OF CROSSLINKED NUCLEOSIDE AMIDITE
CA3142593A CA3142593A1 (en) 2019-06-19 2020-06-18 Crosslinked nucleoside intermediate crystal and method for producing same, and method for producing crosslinked nucleoside amidite
US17/608,780 US20220315617A1 (en) 2019-06-19 2020-06-18 Crosslinked Nucleoside Intermediate Crystal And Method For Producing Same, And Method For Producing Crosslinked Nucleoside Amidite
CN202080040731.2A CN113924308A (zh) 2019-06-19 2020-06-18 交联型核苷中间体的结晶及其制造方法以及交联型核苷亚磷酰胺的制造方法
KR1020227000752A KR20220024461A (ko) 2019-06-19 2020-06-18 가교형 뉴클레오시드 중간체의 결정 및 그의 제조 방법, 그리고 가교형 뉴클레오시드 아미다이트의 제조 방법

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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH10304889A (ja) 1997-03-07 1998-11-17 Takeshi Imanishi 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
JP2002521310A (ja) 1997-09-12 2002-07-16 エクシコン エ／エス オリゴヌクレオチド類似体

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TR200604211T1 (tr) * 1999-02-12 2007-02-21 Daiichi Sankyo Company Limiteddaiichi Sankyo Company Limited Yeni nükleosid ve oligonükleotid analoglarıYeni nükleosid ve oligonükleotid analogları

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH10304889A (ja) 1997-03-07 1998-11-17 Takeshi Imanishi 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
JP2002521310A (ja) 1997-09-12 2002-07-16 エクシコン エ／エス オリゴヌクレオチド類似体

Non-Patent Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"Ph. D Thesis", 2016, TOHOKU UNIVERSITY
FUKUYAMA, KEI: "Development of Efficient Synthetic Methods for C4- Tetrasubstituted Nucleoside Derivatives with Pharmacological Activities", TOHOKU UNIVERSITY DOCTORAL DISSERTATION, 25 March 2016 (2016-03-25), pages 1 - 102, XP055773874, Retrieved from the Internet <URL:http://hdl.handle.net/10097/64032> *
J. ORG. CHEM., vol. 66, 2001, pages 8504 - 8512
J. ORG. CHEM., vol. 80, 2015, pages 5337 - 5343
KOSHIKIN, ALEXEI A. ET AL.: "A Simplified and Efficient Route to 2'-0, 4'- C-Methylene-Linked Bicyclic Ribonucleosides (Locked Nucleic Acid", J. ORG. CHEM., vol. 66, 2001, pages 8504 - 8512, XP055319074, DOI: 10.1021/jo010732p *
KOSHIKIN, ALEXEI A. ET AL.: "LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the Adenine, Cytosine, Guanine, 5-Methylcytosine, Thymine and Uracil Bicyclonucleoside Monomers", OLIGOMERISATION, AND UNPRECEDENTED NUCLEIC ACID RECOGNITION, TETRAHEDRON, vol. 54, 1998, pages 3607 - 3630, XP002268966, DOI: 10.1016/S0040-4020(98)00094-5 *
See also references of EP3988558A4
TETRAHEDRON, vol. 54, 1998, pages 3607 - 3630
WAGA, YOSHIAKI ET AL.: "Studies on sugar-modified nucleosides", PART I. SYNTHESIS OF 4'-C- METHYLNUCLEOSIDES , BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND BIOCHEMISTRY, vol. 57, no. 9, 1993, pages 1433 - 1438, XP000917028 *

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