WO2015133800A1 - Egfr 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커 - Google Patents

Egfr 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커 Download PDF

Info

Publication number
WO2015133800A1
WO2015133800A1 PCT/KR2015/002054 KR2015002054W WO2015133800A1 WO 2015133800 A1 WO2015133800 A1 WO 2015133800A1 KR 2015002054 W KR2015002054 W KR 2015002054W WO 2015133800 A1 WO2015133800 A1 WO 2015133800A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
tyrosine kinase
cancer
egfr tyrosine
kinase inhibitor
prognosis
Prior art date
Application number
PCT/KR2015/002054
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
조병철
김한상
Original Assignee
연세대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 연세대학교 산학협력단 filed Critical 연세대학교 산학협력단
Publication of WO2015133800A1 publication Critical patent/WO2015133800A1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development

Definitions

  • the present invention relates to anticancer treatment response predictive markers for EGFR tyrosine kinase inhibitors.
  • Head and neck cancer is the sixth leading cause of cancer deaths worldwide, with 650,000 new cases diagnosed each year. About 60% of patients with squamous cell head and neck cancer will receive a locally advanced, multidisciplinary treatment that cannot be resected at diagnosis. In multi-faceted care, the majority (70%) of patients have local or local recurrence. In 10% of patients at diagnosis, distant metastasis is found. Most recurrent or metastatic disease will receive a single chemotherapy, combined chemotherapy or targeted therapy.
  • EGFR Epidermal growth factor receptor
  • EGFR inhibitors Targeted therapeutic agents, EGFR inhibitors, are largely divided into monoclonal antibodies and small molecule EGFR tyrosine kinase inhibitors.
  • the monoclonal antibody erbitux® (Cetuximab) is widely used for the treatment of metastatic head and neck cancer under US FDA approval, and is a small molecule EGFR tyrosine kinase inhibitor, gefitinib, erlotinib, and daco.
  • Nitinib and afatinib are currently in clinical studies in patients with metastatic head and neck cancer.
  • cetuximab in particular, has shown clinical anticancer effects in squamous cell head and neck cancer.
  • the addition of cetuximab to 5FU and platinum as a primary drug resulted in a median overall survival of 10.1 months compared to 7.4 months when only 5FU and platinum were used.
  • EGFR is known to be an important therapeutic target for head and neck cancer
  • the general drug response rate is known to be 10-15%, which is significantly lower than that of EGFR-targeted drugs in lung cancer.
  • the reason for this is that it is not known in which patient group the drug response is good, and therefore, there is a need for the discovery of biomarkers to select a patient group that can maximize the effect on the EGFR tyrosine kinase inhibitor.
  • the present invention was to find a gene group that differs between the drug response group and the drug non-response group for EGFR tyrosine kinase inhibitor by measuring gene expression in tumor tissue of head and neck cancer patients.
  • the gene expression of the inflammatory cytokines IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and / or PTGS2 was highly expressed in the non-drug group for EGFR tyrosine kinase inhibitor. . Therefore, when the gene or protein expression level is high in the patient's sample for predicting prognosis, the prognosis of cancer treatment by the EGFR tyrosine kinase inhibitor is predicted to be poor, and this is used for diagnosing the cancer prognosis of the patient or selecting an anticancer agent. It can be used as information.
  • the "pharmaceutical response group” means a patient with a progression-free survival for a drug longer than a certain period, the patient with a progression-free survival is less than the period is referred to as a "pharmaceutical non-response group" It is called.
  • the period of dividing the drug response group and the drug non-response group may vary depending on the type of drug, the severity and condition of the disease, and the like. For example, the drug response group has a period of 3 months, 4 months, 5 months, and 6 months. And drug non-responders. In one embodiment of the present invention divided the drug response group and the drug non-response group about 4 months before the progression-free survival period.
  • Determining that the expression level of the gene or protein is high when compared with the drug response group means that the statistical analysis is significantly higher than the mean expression level in the drug response group.
  • EGFR tyrosine kinase when the gene or protein expression level of one or more of IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and PTGS2 is higher than the gene or protein expression level in the drug response group for EGFR tyrosine kinase inhibitor.
  • IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and PTGS2 is higher than the gene or protein expression level in the drug response group for EGFR tyrosine kinase inhibitor.
  • a biological sample isolated from a cancer patient may include tumor tissue of a cancer patient, cells or nucleic acids separated therefrom; Blood, serum, plasma or proteins isolated therefrom.
  • the method for measuring the expression level of a gene or protein in the above method may be carried out including a known process for separating mRNA or protein from a biological sample using known techniques. Determination of the expression level of the gene is preferably to measure the level of mRNA, the determination of the expression level of the gene can be carried out through various methods known in the art. For example, RT-PCR (Sambrook et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)), Northern blotting (Peter B.
  • RNA is isolated from cells treated with a sample, and then single-stranded cDNA is prepared using oligo dT primers and reverse transcriptase. Then, single-stranded cDNA is used as a template, and PCR reaction is performed using a gene-specific primer set. Then, PCR amplification products can be electrophoresed, and the formed bands can be analyzed to measure changes in expression levels of genes.
  • protein expression levels can be measured through various immunoassay methods known in the art. For example, but not limited to radioimmunoassay, radioimmunoprecipitation, immunoprecipitation, enzyme-linked immunosorbentassay (ELISA), capture-ELISA, sandwich analysis.
  • the immunoassay or method of immunostaining is described in Enzyme Immunoassay, E. T. Maggio, ed., CRC Press, Boca Raton, Florida, 1980; Gaastra, W., Enzymelinked immunosorbent assay (ELISA), in Methods in Molecular Biology, Vol. 1, Walker, J.M.
  • the cancer may be head and neck cancer, in particular squamous head and neck cancer.
  • the EGFR tyrosine kinase inhibitor may be selected from gefitinib, erlotinib, daconitinib, and afatinib.
  • the gene expression level of proinflammatory cytokines such as IL6, IL8, PLA2G2A, PTGS2, etc., has been shown to predict the prognosis of cancer treatment by daconitinib, but the type of EGFR tyrosine kinase inhibitor Is not limited thereto.
  • the method identifies mutations in at least one gene selected from the group consisting of PIK3CA and PTEN from a biological sample isolated from a cancer patient and, if present, modulates the treatment of cancer with an EGFR tyrosine kinase inhibitor.
  • the prognosis may further include providing information as having a poor prognosis.
  • the presence of PI3K pathway mutations, ie PIK3CA or PTEN mutation together with the expression level of the proinflammatory cytokine, the prognostic prediction of cancer treatment by EGFR tyrosine kinase inhibitor More accurate (see FIG. 3).
  • the invention also predicts the prognosis of cancer treatment by an EGFR tyrosine kinase inhibitor comprising a probe or primer having a sequence complementary to one or more genes selected from the group consisting of IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and PTGS2. It provides a composition for.
  • composition is used to predict the prognosis of cancer treatment by confirming the expression level of the genes
  • composition according to the present invention will comprise a probe or primer having a sequence complementary to the gene.
  • probe refers to a linear oligomer of natural or modified monomers or linkages, including deoxyribonucleotides and ribonucleotides, capable of specific hybridization to a target nucleotide sequence, either naturally occurring or artificially It is synthesized. Probes of the invention are preferably single chain and oligodioxyribonucleotides.
  • primer refers to a single-stranded oligonucleotide that can act as a starting point for template-directed DNA synthesis under suitable conditions (ie, four different nucleoside triphosphates and polymerases) at a suitable temperature. it means. Suitable lengths of primers are typically 15-30 nucleotides, although varying with various factors, such as temperature and the use of the primer. Short primer molecules generally require lower temperatures to form hybrid complexes that are sufficiently stable with the template.
  • the sequence of the primer does not need to have a sequence that is completely complementary to some sequences of the template, and it is sufficient to have sufficient complementarity within a range capable of hybridizing with the template to perform the primer-specific function. Therefore, the primer in the present invention does not need to have a sequence that is perfectly complementary to the nucleotide sequence that is a template, and it is sufficient to have sufficient complementarity within a range capable of hybridizing to the gene sequence to act as a primer.
  • the design of such primers can be easily carried out by those skilled in the art with reference to the above-described nucleotide sequence, for example, by using a program for primer design (eg, PRIMER 3 program).
  • the present invention also provides a composition for predicting the prognosis of cancer treatment by EGFR tyrosine kinase inhibitors comprising an antibody that specifically binds to at least one protein selected from the group consisting of IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and PTGS2. to provide.
  • composition is used to predict the prognosis of cancer treatment by confirming the expression level of the proteins, and the composition according to the present invention includes an antibody that specifically binds to the proteins.
  • Antibodies specific for the proteins may include polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, human antibodies and humanized antibodies.
  • Examples of the antibody fragments include Fab, Fab ', F (ab') 2 and Fv fragments. ; Diabody; Linear antibodies (Zapata et al., Protein Eng. 8 (10): 1057-1062 (1995)); single chain antibody molecules; And multispecific antibodies formed from antibody fragments and the like.
  • Polyclonal antibodies can be prepared by injecting the mammal with one or more immunizing agents, if necessary, with an adjuvant. Typically, the immunizing agent and / or adjuvant is injected into the mammal several times by subcutaneous injection or intraperitoneal injection.
  • Antibodies can be prepared by the hybridoma method described in Kohler et al., Nature, 256: 495 (1975), or by recombinant DNA methods (see, eg, US Pat. No. 4,816,576). have.
  • Monoclonal antibodies are also described, for example, in Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991) and Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991). It can be isolated from phage antibody libraries using the techniques described.
  • Monoclonal antibodies in the present invention are specifically those in which a portion of the heavy and / or light chain is identical to the corresponding sequence of an antibody derived from a particular species or an antibody belonging to a particular antibody class or subclass, provided that it exerts the desired activity or Although homologous, the remainder of the chain (s) includes "chimeric" antibodies that are identical or homologous to antibodies from other species or to antibodies belonging to different antibody classes or subclasses or fragments of such antibodies (Morrison et. al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 6851-6855 (1984)).
  • composition for predicting prognosis of cancer treatment according to the present invention may be included in the form of a kit.
  • the kit may comprise probes, primers or antibodies capable of measuring the level or amount of one or more genes or protein expression levels or proteins selected from the group consisting of IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and PTGS2, and these The definition of is as described above.
  • kits necessary for PCR amplification such as buffers, DNA polymerases (eg, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis or Thermally stable DNA polymerases obtained from Pyrococcus furiosus (Pfu), DNA polymerase cofactors and dNTPs, and when the kits are subjected to an immunoassay, the kits of the invention may optionally contain secondary antibodies and labels It may include a substrate. Furthermore, the kits according to the invention can be produced in a number of separate packaging or compartments comprising the reagent components described above.
  • DNA polymerases eg, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis or Thermally stable DNA polymerases obtained from Pyrococcus furiosus (Pfu)
  • composition for predicting prognosis of cancer treatment of the present invention may be included in the form of a microarray.
  • a probe, primer, or antibody capable of measuring the expression level of the gene or protein is used as a hybridizable array element and immobilized on a substrate.
  • Preferred substrates may include suitable rigid or semi-rigid supports, such as membranes, filters, chips, slides, wafers, fibers, magnetic beads or nonmagnetic beads, gels, tubing, plates, polymers, microparticles and capillaries. have.
  • the hybridization array element is arranged and immobilized on the substrate, and such immobilization can be performed by a chemical bonding method or a covalent binding method such as UV.
  • the hybridization array element can be bonded to a glass surface modified to include an epoxy compound or an aldehyde group, and can also be bonded by UV at the polylysine coating surface.
  • the hybridization array element can be coupled to the substrate via a linker (eg, ethylene glycol oligomer and diamine).
  • the sample applied to the microarray of the present invention is a nucleic acid
  • it can be hybridized with the array element on the microarray.
  • Hybridization conditions may vary, and detection and analysis of the degree of hybridization may vary depending on the labeling substance.
  • Information for predicting the prognosis of cancer treatment by the EGFR tyrosine kinase inhibitor obtained by using the composition for predicting the prognosis of the cancer treatment to investigate the expression level of proinflammatory cytokines is PI3K pathway mutations, namely PIK3CA and PTEN. Analysis with information on whether one or more genes selected from the group consisting of mutations can be used to more accurately predict the prognosis of cancer treatment by EGFR tyrosine kinase inhibitors.
  • the prognosis of cancer treatment by EGFR tyrosine kinase inhibitors can be predicted. It can be usefully used for the selection of a medicament for treatment.
  • 1A to 1G show gene expression values corresponding to proinflammatory cytokines in drug response group (S) and non-response group (R) based on 4 months of progression free survival (PFS).
  • S drug response group
  • R non-response group
  • PFS progression free survival
  • Figure 2 is a heat map of the gene expression corresponding to inflammatory cytokines between drug response group (S) and non-response group (R) based on 4 months progression-free survival.
  • MRNA was extracted from the 12 tumor tissues for gene expression analysis. Concentration was measured by quantitative analysis and mRNA analysis using bioanalyzer was performed by qualitative analysis, and gene expression was measured by the sample that passed both qualitative and quantitative analysis.
  • NanoString® Technologies http://www.nanostring.com/ is a technology introduced in Nat Biotechnol. 2008 Mar; 26 (3): 317-25 in 2008. It is a technique that can quantitatively measure gene expression.
  • the mRNA extracted from the sample tissue and a capture probe were hybridized, and only the hybridized mRNA-capture probe molecule was selected and inserted into the data analyzer, and the gene expression value was quantitatively measured.
  • Six fluorescent substances are attached to the ends of the capture probes, and a combination thereof can be used to quantitatively measure the expression value of a desired gene.
  • Table 1 is a gene expression value is expressed to have a positive value from 0 to 5000, the higher the value indicates that the expression is higher.
  • FIG. 1 and FIG. 2 the data were analyzed.
  • gene expressions such as IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3, and PTGS2 resulted in drug response groups (no There was a difference between the disease period of 4 months or more) and the non-responder group (less than 4 months of the disease-free period).
  • the heatmap of FIG. 2 shows that the gene expression of IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 and PTGS2 is highly expressed in the non-responsive group to daconitinib. there was.
  • IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, and PTGS2 are pro-inflammatory cytokines, and in this study, there was a correlation between drug resistance and pro-inflammatory cytokine. .
  • Inflammatory cytokines have been reported to affect tumor formation, growth and metastasis (Klampfer L. Cytokines, inflammation and colon cancer. Current Cancer Drug Targets. 2011, 11, 451-464.) To date, there have been no reports of an increase in proinflammatory cytokines in the peri-tumor or serum of EGFR inhibitors. In this study, it was confirmed that an increase in inflammatory cytokines in the tumor region or serum may increase resistance to anticancer drugs. This seems to be based on the increase in proinflammatory cytokines that enhance the survival signal of tumor cells and weaken the apoptosis signal. Thus, increased expression of proinflammatory cytokines can be utilized as useful biomarkers for predicting the anticancer efficacy of EGFR inhibitors.
  • FIG. 3B shows disease free survival (PFS) and PIK3CA / PTEN / AKT1 mutation status.
  • Survival (OS) [FIG. 3C] shows disease-free survival (PFS) and survival (OS) according to inflammatory cytokine expression
  • FIG. 3D PIK3CA / PTEN / AKT1 mutation status and inflammatory cytokines Kaplan-Meier estimates of disease free survival (OS) and survival (OS) according to the expression of Cain are presented.

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

본 발명은 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후를 예측하기 위한 정보 제공 방법, 암 치료의 예후 예측용 조성물, 및 키트를 제공한다. 본 발명에 따르면 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 또는 단백질 발현 수준을 측정함으로써 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후를 예측할 수 있게 되므로 환자를 치료하기 위한 약제 선택을 위해 유용하게 활용될 수 있다.

Description

EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커
본 발명은 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커에 관한 것이다.
세계적으로 두경부암은 암 사망 원인의 6 번째를 차지하며 매년 65만명이 새로이 진단된다. 약 60%의 편평세포 두경부암 환자들이 진단 시부터 절제 불가능한 국소 진행성이며 다방면 치료를 받게 된다. 다방면 치료에도 대다수 (70%) 환자들이 국소 또는/그리고 국부 재발을 한다. 진단시의 10%의 환자들은 원격전이가 발견 된다. 대부분의 재발성 또는 전이성 질병은 단일 항암요법, 병합 항암요법 또는 표적치료를 받게 된다.
상피 성장인자 수용체(EGFR)은 편평세포 두경부암에서 과발현이 자주 확인 되며, 나쁜 예후와 관련성이 알려져 있다. 다른 여러 연구들에 의해서 EGFR 활성 신호 전달체계와 종양 생존의 관계는 잘 알려져 있다.
표적 치료제인 EGFR 억제제는 크게 단클론 항체와 소분자 EGFR 티로신 키나아제 (tyrosine kinase) 억제제로 나뉜다. 단클론 항체인 erbitux®(Cetuximab)는 US FDA 승인하에 전이성 두경부암의 치료제로 광범위하게 사용중에 있으며, 소분자 EGFR 티로신 키나아제 (tyrosine kinase) 억제제인 제피티닙(gefitinib), 에를로티닙(erlotinib), 다코니티닙(dacomitinib), 아파티닙(afatinib)은 현재 전이성 두경부암과 국소 진행성 두경부암 환자를 대상으로 임상 연구 중에 있다.
EGFR 표적 항체 치료제 중 특히 세툭시맙(Cetuximab)은 편평세포 두경부암에서 임상적 항암효과를 보여 주었다. 일차약제로 5FU 및 백금제제에 세툭시맙을 추가하였을 때 중앙 전체 생존값이 10.1개월로 5FU 및 백금제제만 사용하였을 때 7.4개월에 비해서 향상 되었다.
그러나, EGFR가 두경부암의 중요한 치료적 타겟으로 알려져 있음에도 일반적인 약제 반응률은 10~15%으로 알려져 있으며 이는 폐암에서 EGFR 표적치료제의 효과가 60~70% 인 것에 비해 현저히 낮은 수치이다. 그 이유는 어느 환자 군에서 약제 반응이 좋은지 알려져 있지 않기 때문인데, 따라서 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 효과를 극대화 할 수 있는 환자군을 선별하는 바이오마커의 발굴이 요구되고 있다.
본 발명의 목적은 EGFR 티로신 키나아제 억제제의 암 치료 효과에 대한 예후 예측 마커를 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 두경부암 환자의 종양 조직에서 유전자 발현을 측정하여 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 반응군과 약제 비반응군간에 차이가 나는 유전자군을 발굴하고자 하였다.
그 결과, 본 발명에서는 염증유발성 사이토카인인 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및/또는 PTGS2의 유전자 발현이 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 비반응군에서 높게 발현되고 있음을 확인할 수 있었다. 따라서, 예후 예측의 대상이 되는 환자의 시료에서 상기 유전자 또는 단백질 발현 수준이 높은 경우에는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후가 불량한 것으로 예측하고, 이를 환자의 암 예후 진단 또는 항암제의 선택을 위한 정보로 활용할 수 있다.
이에, 본 발명은
암 환자로부터 분리된 생물학적 시료로부터 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2 로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 단계;
상기 유전자 또는 단백질 발현 수준을 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 반응군에서의 유전자 또는 단백질 발현 수준과 비교하는 단계; 및
상기 유전자 또는 단백질 발현 수준이 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 반응군에서의 유전자 또는 단백질 발현 수준에 비해 높은 경우 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후가 불량한 것으로 판단하는 단계를 포함하는
EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후를 예측하기 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
본 발명에 있어서, “약제 반응군”은 약제에 대한 무진행생존기간 (Progression-free survival)이 특정 기간 이상인 환자를 의미하며, 무진행생존기간이 상기 기간 미만인 환자를 “약제 비반응군”이라 일컫는다. 약제 반응군과 약제 비반응군을 나누는 기간은 약제의 종류, 질환의 중증도 및 상태 등에 따라 달라질 수 있으나, 예를 들어, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월 등의 기간을 두고 약제 반응군과 약제 비반응군을 나눌 수 있을 것이다. 본 발명의 일 실시예에서는 무진행생존기간에 대해 4개월 전후로 약제 반응군과 약제 비반응군을 나누었다.
유전자 또는 단백질의 발현 수준이 약제 반응군과 비교할 때 높다고 판단하는 것은 약제 반응군에서의 평균 발현량 등과 비교하여 통계적 분석이 유의할 만큼 높은 경우를 의미한다.
본 발명에 있어서, IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2 중 하나 이상의 유전자 또는 단백질 발현 수준이 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 반응군에서의 유전자 또는 단백질 발현 수준에 비해 높은 경우 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 내성을 나타낼 가능성이 높으며, 이로써 암 치료의 예후가 불량한 것으로 예측할 수 있다. 하기 실시예에서는 암 환자의 종양 조직을 시료를 사용하여 이들의 유전자 수준을 비교하였으나, 이들 바이오마커의 경우 혈액 내에서도 검출가능하기 때문에 단백질 수준의 비교 또한 가능하다.
본 발명에 있어서, 암 환자로부터 분리된 생물학적 시료는 암 환자의 종양 조직, 이로부터 분리된 세포 또는 핵산; 혈액, 혈청, 혈장 또는 이로부터 분리된 단백질 등을 포함한다.
상기 방법에서 유전자 또는 단백질의 발현 수준 측정하는 방법은 공지의 기술을 이용하여 생물학적 시료로부터 mRNA 또는 단백질을 분리하는 공지의 공정을 포함하여 수행될 수 있다. 상기 유전자의 발현 수준 측정은 바람직하게는 mRNA의 수준을 측정하는 것이며, 유전자의 발현 수준의 측정은 당업계에 공지된 다양한 방법을 통해 실시될 수 있다. 예를 들어, RT-PCR(Sambrook 등, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)), 노던블롯팅(Peter B. Kaufma et al., Molecular and Cellular Methods in Biology and Medicine, 102-108, CRC press), cDNA 마이크로어레이를 이용한 혼성화 반응(Sambrook 등, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)) 또는 인 시투(in situ) 혼성화 반응(Sambrook 등, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001))을 이용하여 실시할 수 있다.
예를 들어, RT-PCR 프로토콜에 따라 실시하는 경우에는 우선, 시료를 처리한 세포에서 총 RNA를 분리한 다음, 올리고 dT 프라이머 및 역전사효소를 이용하여 단일가닥 cDNA를 제조한다. 이어, 단일가닥 cDNA를 주형으로 이용하고, 유전자-특이적 프라이머 세트를 이용하여 PCR 반응을 실시한다. 그런 다음, PCR 증폭 산물을 전기영동하고, 형성된 밴드를 분석하여 유전자의 발현량 변화를 측정할 수 있다.
또한, 단백질 발현 수준은 당업계에 공지된 다양한 면역분석 방법을 통해 측정할 수 있다. 예를 들어, 방사능면역분석, 방사능면역침전, 면역침전, ELISA(enzyme-linked immunosorbentassay), 캡처-ELISA, 샌드위치 분석을 포함하지만, 이에 한정되는 것은 아니다. 상기 면역분석 또는 면역염색의 방법은 Enzyme Immunoassay, E. T. Maggio, ed., CRC Press, Boca Raton, Florida, 1980; Gaastra, W., Enzymelinked immunosorbent assay(ELISA), in Methods in Molecular Biology, Vol. 1, Walker, J.M. ed., Humana Press, NJ, 1984; 및 Ed Harlow and David Lane, Using Antibodies:A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999에 기재되어 있다.본 발명에 있어서, 상기 암은 두경부암, 특히 편평상피 두경부암일 수 있다.
한편, 상기 EGFR 티로신 키나아제 억제제는 제피티닙(gefitinib), 에를로티닙(erlotinib), 다코니티닙(dacomitinib) 및 아파티닙(afatinib)으로부터 선택되는 것일 수 있다. 본 발명의 일 실시예에서는, IL6, IL8, PLA2G2A, PTGS2 등의 염증유발성 사이토카인의 유전자 발현 수준으로 다코니티닙에 의한 암 치료의 예후를 예측할 수 있음을 보였으나, EGFR 티로신 키나아제 억제제의 종류가 이에 제한되는 것은 아니다.
한 구체예에서, 상기 방법은 암 환자로부터 분리된 생물학적 시료로부터 PIK3CA 및 PTEN으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이 여부를 확인하고 상기 유전자의 돌연변이가 있는 경우 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후가 불량한 것으로 정보를 제공하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 하기 실시예에서 확인할 수 있는 바와 같이, 상기 염증 유발성 사이토카인의 발현 정도와 함께 PI3K 경로 돌연변이, 즉, PIK3CA 또는 PTEN의 돌연변이 유무를 확인하게 되면 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측이 보다 더 정확해질 수 있다(도 3 참조).
본 발명은 또한 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자에 대하여 상보적인 서열을 갖는 프로브 또는 프라이머를 포함하는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 상기 유전자들의 발현 수준을 확인함으로써 암 치료의 예후 예측을 하는데 사용되는 것으로, 본 발명에 따른 조성물은 상기 유전자에 대하여 상보적인 서열을 갖는 프로브 또는 프라이머를 포함하게 된다.
용어 “프로브”는 자연의 또는 변형된 모노머 또는 연쇄(linkages)의 선형 올리고머를 의미하며, 디옥시리보뉴클레오타이드 및 리보뉴클레오타이드를 포함하고 타깃 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화 할 수 있으며, 자연적으로 존재하거나 또는 인위적으로 합성된 것이다. 본 발명의 프로브는 바람직하게는 단일쇄이며, 올리고디옥시리보뉴클레오타이드이다.
용어 “프라이머”는 적합한 온도에서 적합한 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는단일-가닥 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 요소, 예컨대, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변화가 있지만 전형적으로 15-30 뉴클레오타이드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다.
프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 따라서 본 발명에서의 프라이머는 주형인 뉴클레오티드 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 이 유전자 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 이러한 프라이머의 디자인은 상술한 뉴클레오티드 서열을 참조하여 당업자에 의해 용이하게 실시할 수 있으며, 예컨대, 프라이머 디자인용 프로그램(예: PRIMER 3 프로그램)을 이용하여 할 수 있다.
본 발명은 또한 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 상기 단백질들의 발현 수준을 확인함으로써 암 치료의 예후 예측을 하는데 사용되는 것으로, 본 발명에 따른 조성물은 상기 단백질들에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 포함하게 된다.
상기 단백질들에 대해 특이적인 항체로는 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체, 인간항체 및 인간화 항체를 사용할 수 있다.상기 항체 단편의 예로는 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편; 디아바디(diabody); 선형 항체(Zapata et al.,Protein Eng.8(10):1057-1062(1995));단일쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이성 항체 등이 포함된다.
폴리클로날 항체의 제조방법은 당업자에게 공지되어 있다. 폴리클로날 항체는 포유동물에 1회 이상 면역화제를 주입, 필요한 경우 면역보강제와 함께 주입하여 제조할 수 있다. 통상, 면역화제 및(또는) 면역보강제는 포유동물에 피하주사 또는 복강내 주사로 수 회 주입된다. 항체는 문헌(Kohler et al., Nature, 256:495 (1975))에 기재된 하이브리도마 방법으로 제조할 수 있거나, 또는 재조합 DNA 방법(예를 들어, 미국특허 제4,816,576호 참조)으로 제조할 수 있다.
모노클로날 항체는 또한 예를 들어, 문헌(Clackson et al., Nature,352:624-628(1991) 및 Marks et al.,J.Mol.Biol.,222:581-597(1991))에 기재된 기술을 이용하여 파지항체 라이브러리로부터 단리할 수 있다. 본 발명에서의 모노클로날 항체는 구체적으로, 목적하는 활성을 발휘한다면 중쇄 및(또는) 경쇄의 일부분이 특정 종으로부터 유래된 항체 또는 특정 항체 클래스 또는 서브클래스에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이 있지만, 쇄(들)의 나머지는 다른 종으로부터 유래된 항체 또는 다른 항체 클래스 또는 서브클래스에 속하는 항체 또는 그러한 항체의 단편과 동일하거나 상동성이 있는 "키메라" 항체를 포함한다(Morrison et al., Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984)).
본 발명에 따른 암 치료의 예후 예측용 조성물은 키트의 형태로 포함될 수 있다.
상기 키트는 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 또는 단백질 발현 수준 또는 단백질의 양을 측정할 수 있는 프로브, 프라이머 또는 항체를 포함할 수 있고, 이들의 정의는 상술한 바와 같다.
상기 키트가 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소(예컨대, Thermus aquaticus(Taq), Thermus thermophilus(Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus(Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합효소보조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있으며, 상기 키트가 면역 분석에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, 이차항체 및 표지의 기질을 포함할 수 있다. 나아가, 본 발명에 따른 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.
또한, 본 발명의 암 치료의 예후 예측용 조성물은 마이크로어레이의 형태로 포함될 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 측정할 수 있는 프로브, 프라이머, 또는 항체는 혼성화 어레이 요소(hybridizable array element)로서 이용되며, 기질(substrate) 상에 고정화된다. 바람직한 기질은 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예컨대, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 파이버, 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함할 수 있다. 상기 혼성화 어레이 요소는 상기 기질 상에 배열되고 고정화되며, 이와 같은 고정화는 화학적 결합 방법 또는 UV와 같은 공유 결합적 방법에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어, 상기 혼성화 어레이 요소는 에폭시 화합물 또는 알데히드기를 포함하도록 변형된 글래스 표면에 결합될 수 있고, 또한 폴리라이신 코팅 표면에서 UV에 의해 결합될 수 있다. 또한, 상기 혼성화 어레이 요소는 링커(예: 에틸렌 글리콜 올리고머 및 디아민)를 통해 기질에 결합될 수 있다.
한편, 본 발명의 마이크로어레이에 적용되는 시료가 핵산일 경우에는 표지될 수 있고, 마이크로어레이 상의 어레이 요소와 혼성화 될 수 있다. 혼성화 조건은 다양할 수 있으며, 혼성화 정도의 검출 및 분석은 표지 물질에 따라 다양하게 실시될 수 있다.
염증 유발성 사이토카인의 발현 정도를 조사하기 위한 상기 암 치료의 예후 예측용 조성물을 이용하여 얻게 되는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후를 예측하기 위한 정보는 PI3K 경로 돌연변이, 즉 PIK3CA 및 PTEN으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이 여부에 대한 정보와 함께 분석함으로써, EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측을 보다 정확하게 할 수 있다.
본 발명에 따르면 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 또는 단백질 발현 수준을 측정함으로써 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후를 예측할 수 있게 되므로 환자를 치료하기 위한 약제 선택을 위해 유용하게 활용될 수 있다.
도 1a 내지 도 1g은 무진행 생존기간(progression free survival, PFS) 4개월을 기준으로 약제 반응군 (S)과 비반응군 (R)에서의 염증유발성 사이토카인에 해당하는 유전자 발현 값을 나타낸 것이다(각각, IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2).
도 2는 무진행 생존기간 4개월을 기준으로 약제 반응군 (S)과 비반응군 (R) 사이에서 염증유발성 사이토카인에 해당하는 유전자 발현을 heatmap 형태로 도식화 한 것이다.
도 3a는 전체 환자에 대한 무진행 생존기간(PFS)과 생존기간(OS) (n=48), 도 3b는 PIK3CA/PTEN/AKT1 돌연변이 상태에 따른 무진행 생존기간(PFS)과 생존기간(OS) (n=33), 도 3c는 염증유발성 사이토카인 발현에 따른 무진행 생존기간(PFS)과 생존기간(OS) (n=20), 도 3d는 PIK3CA/PTEN/AKT1 돌연변이 상태와 염증유발성 사이토카인 발현에 따른 무진행 생존기간(PFS)과 생존기간(OS) (n=33)의 Kaplan-Meier 예측치를 각각 나타낸 것이다.
두경부암에서 EGFR 티로신 키나아제 억제제의 사용에 따른 치료적 예후와 관련된 마커를 발견하기 위해 본 발명자들은 여러 유전자의 발현을 나노스트링(NanoString®) 방법을 적용하여 수행하였다.
본 연구에서는 EGFR 티로신 키나아제 억제제인 다코미티닙(dacomitinib)을 투여받은 48명의 재발성/전이성 편평상피 두경부암 환자를 대상으로 하여 진행하였다. 이들은 3.9 개월의 무질병 생존기간(PFS)와 8.2 개월의 생존기간(overall survival, OS)을 보였으며, 이중 유전자 발현 분석이 가능한 환자의 종양 조직의 수는 12개였다. 본 연구에서는 도 1 및 2의 데이터는 무질병생존기간이 4개월 이상인 경우를 약제 반응군, 4개월 미만인 경우를 약제 비반응군으로 나눠 분석하였으나, 실험 당시 실험자는 임상데이터에 대해서는 모르는 상태로 실험을 진행하였다.
(종양 조직에서 mRNA의 추출)
유전자 발현 분석을 위해 상기 12개의 종양 조직에서 mRNA을 추출하였다. 정량적인 분석으로 농도를 측정하며 정성적인 분석으로 bioanalyzer를 이용하여 mRNA의 분절화(fragmentation) 정도를 측정하여 정성, 정량적 분석이 모두 통과된 시료로 유전자 발현을 측정하였다.
(나노스트링을 이용한 유전자 발현 측정 및 분석)
나노스트링(NanoString® Technologies, http://www.nanostring.com/)은 2008년 네이쳐 바이오테크 (Nat Biotechnol. 2008 Mar;26(3): 317-25)에 소개된 기술로서, 극소량의 RNA로도 유전자 발현을 정량적으로 측정할 수 있는 기술이다.
먼저 시료 조직에서 추출된 mRNA와 캡처 프로브(capture probe)를 혼성화시키고, 혼성화된 mRNA-캡처 프로브 분자만을 선별하여 이를 데이터 분석기에 삽입한 후 유전자 발현값을 정량적으로 측정하였다. 캡처 프로브의 말단에는 6개의 형광물질이 부착되어 있어 이들의 조합으로 원하는 유전자의 발현값을 정량적으로 측정할 수 있다.
(유전자 발현의 분석)
나노스트링(NanoString®) 방법을 통해 유전자 발현을 측정한 결과, 하기 표 1과 같은 결과를 얻을 수 있었다.
표 1
비반응군1 비반응군 2 비반응군 3 비반응군 4 비반응군 5 비반응군 6 비반응군 7 반응군 1 반응군 2 반응군 3 반응군 4 반응군 5
IL1A 98.29 262.74 196.34 140.79 101.49 101.3 22.56 12.13 6.75 71.21 69.02 9.09
TNF 33.46 62.2 100.69 70.83 82.09 82.3 75.21 20.04 28.35 44.15 113.38 25.67
IL8 707.38 1677.26 503.45 197.8 252.23 373.53 185.01 93.86 93.17 158.09 36.97 48.66
IL6 417.21 146.92 105.72 2.59 5.97 56.98 73.7 1.05 2.03 52.7 2.46 2.67
PTGS2 241.02 4512.73 213.96 70.83 123.88 322.88 189.53 11.07 14.85 266.33 27.11 8.02
MMP3 151.62 229.5 178.72 109.7 122.38 240.58 43.62 7.38 8.78 121.06 39.44 13.9
PLA2G2A 1326.39 561.95 244.17 99.33 594 645.76 2451.8 45.35 15.53 431.54 69.02 96.79
표 1은 유전자 발현값을 0 내지 5000까지의 양의 값을 갖도록 표시한 것으로 값이 높을수록 발현이 높음을 나타낸다.
이를 [도 1] 및 [도 2]로 도식화하여 데이터를 분석한 결과, [도 1]에 도식화된 것처럼 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2 와 같은 유전자 발현이 약제 반응군(무질병 기간 4개월 이상)와 약제 비반응군 (무질병 기간 4개월 미만)에서 차이가 났음을 확인할 수 있었다.
이를 하나의 그림으로 보기 위해 [도 2]의 heatmap으로 표시한 결과 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2의 유전자 발현이 다코니티닙에 대한 비반응군에서 높게 발현되고 있음을 확인할 수 있었다.
특히 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF 및 PTGS2는 염증유발성 사이토카인(pro-inflammatory cytokine)으로서 본 연구에서는 약제 저항성과 염증유발성 사이토카인(pro-inflammatory cytokine)간의 상관성이 있음을 확인할 수 있었다.
염증유발성 사이토카인 (proinflammatory cytokine)은 종양 형성, 성장과 전이에 영향을 미친다고 보고된 바 있으나(Klampfer L. Cytokines, inflammation and colon cancer. Current Cancer Drug Targets. 2011, 11, 451-464.), 현재까지 종양 주변부 또는 혈청내의 염증유발성 사이토카인의 증가가 EGFR 억제제의 항암 효능과 관련된다는 보고는 없었다. 본 연구를 통해 종양 부변부 또는 혈청내 염증유발성 사이토카인의 증가는 항암제에 대한 저항성을 증가시킬 수 있음이 확인되었다. 이는 염증유발성 사이토카인의 증가가 종양 세포의 생존 시그날을 강화하고 세포 고사 시그날을 약화시키는 것에 근거하는 것으로 보인다. 따라서, 염증유발성 사이토카인의 발현 증가는 EGFR 억제제의 항암 효능을 예측하는 유용한 바이오마커로 활용될 수 있다.
(PI3K 경로 변이와의 관련성)
염증유발성 사이토카인 발현과 PI3K 경로 돌연변이에 대한 데이터를 모두 얻을 수 있었던 환자 20명을 대상으로 조사한 결과, 염증유발성 사이토카인 발현과 PI3K 경로 돌연변이 간의 상관 관계는 없었다.
다만, [도 3]에서 볼 수 있는 바와 같이, PI3K 경로 돌연변이와 염증유발성 사이토카인 발현을 모두 확인할 경우 통계적으로 보다 유의한 결과를 얻을 수 있는 것으로 나타나, 결과적으로 암 치료 예후 예측의 정확성을 높일 수 있는 것으로 확인되었다.
[도 3a]는 전체 환자(n=48)에 대한 무질병 생존기간(PFS)과 생존기간(OS), [도 3b]는 PIK3CA/PTEN/AKT1 돌연변이 상태에 따른 무질병 생존기간(PFS)과 생존기간(OS), [도 3c]는 염증유발성 사이토카인 발현에 따른 무질병 생존기간(PFS)과 생존기간(OS), [도 3d]는 PIK3CA/PTEN/AKT1 돌연변이 상태와 염증유발성 사이토카인 발현에 따른 무질병 생존기간(PFS)과 생존기간(OS)의 Kaplan-Meier 예측치를 나타낸 것이다.
[도 3b] 및 [도 3c]에 비해 [도 3d]의 통계적 유의성이 더 높아진 것을 p 값을 통해 확인할 수 있다.

Claims (13)

  1. 암 환자로부터 분리된 생물학적 시료로부터 IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 단계;
    상기 유전자 또는 단백질 발현 수준을 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 반응군에서의 유전자 또는 단백질 발현 수준과 비교하는 단계; 및
    상기 유전자 또는 단백질 발현 수준이 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 대한 약제 반응군에서의 유전자 또는 단백질 발현 수준에 비해 높은 경우 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후가 불량한 것으로 정보를 제공하는 단계를 포함하는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후를 예측하기 위한 정보 제공 방법.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 암은 두경부암인 정보 제공 방법.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 암은 편평상피 두경부암인 정보 제공 방법.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 EGFR 티로신 키나아제 억제제는 제피티닙(gefitinib), 에를로티닙(erlotinib), 다코니티닙(dacomitinib) 및 아파티닙(afatinib)으로부터 선택되는 것인 정보 제공 방법.
  5. 제1항에 있어서,
    상기 방법은 추가로
    암 환자로부터 분리된 생물학적 시료로부터 PIK3CA 및 PTEN으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이 여부를 확인하고 상기 유전자의 돌연변이가 있는 경우 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후가 불량한 것으로 정보를 제공하는 단계를 포함하는 정보 제공 방법.
  6. IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자에 대하여 상보적인 서열을 갖는 프로브 또는 프라이머를 포함하는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 암은 두경부암인 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  8. 제6항에 있어서,
    상기 암은 편평상피 두경부암인 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  9. 제6항에 있어서,
    상기 EGFR 티로신 키나아제 억제제는 제피티닙(gefitinib), 에를로티닙(erlotinib), 다코니티닙(dacomitinib) 및 아파티닙(afatinib)으로부터 선택되는 것인 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  10. IL6, IL8, PLA2G2A, IL1A, TNF, MMP3 및 PTGS2로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  11. 제10항에 있어서,
    상기 암은 두경부암인 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  12. 제10항에 있어서,
    상기 암은 편평상피 두경부암인 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
  13. 제10항에 있어서,
    상기 EGFR 티로신 키나아제 억제제는 제피티닙(gefitinib), 에를로티닙(erlotinib), 다코니티닙(dacomitinib) 및 아파티닙(afatinib)으로부터 선택되는 것인 EGFR 티로신 키나아제 억제제에 의한 암 치료의 예후 예측용 조성물.
PCT/KR2015/002054 2014-03-04 2015-03-03 Egfr 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커 WO2015133800A1 (ko)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020140025699A KR101622454B1 (ko) 2014-03-04 2014-03-04 Egfr 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커
KR10-2014-0025699 2014-03-04

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2015133800A1 true WO2015133800A1 (ko) 2015-09-11

Family

ID=54055544

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/KR2015/002054 WO2015133800A1 (ko) 2014-03-04 2015-03-03 Egfr 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커

Country Status (2)

Country Link
KR (1) KR101622454B1 (ko)
WO (1) WO2015133800A1 (ko)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102055350B1 (ko) 2017-09-28 2019-12-13 고려대학교 산학협력단 대장암의 항암제 내성 진단용 바이오마커 및 이의 용도

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010064702A1 (ja) 2008-12-05 2010-06-10 国立大学法人 東京大学 癌の予後を予測するためのバイオマーカー
CA2856594A1 (en) 2011-11-25 2013-05-30 Integragen A method for predicting responsiveness to a treatment with an egfr inhibitor

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ABDUL, R. A. R. ET AL.: "A phase II trial of dacomitinib, an oral pan-human EGF receptor (HER) inhibitor, as first-line treatment in recurrent and/or metastatic squamous- cell carcinoma of the head and neck", ANN. ONCOL., vol. 24, no. 3, 28 October 2012 (2012-10-28), pages 761 - 769 *
DORSEY, K. ET AL.: "Promising new molecular targeted therapies in head and neck cancer", DRUGS, vol. 73, no. 4, 1 March 2013 (2013-03-01), pages 315 - 325 *
ISHIGURO, Y. ET AL.: "Epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibition up-regulates interleukin-6 in cancer cells and induces subsequent development of interstitial pneumonia", ONCOTARGET., vol. 4, no. 4, 1 April 2013 (2013-04-01), pages 550 - 559, XP055222937 *
JI, W. ET AL.: "Mechanisms of acquired resistance to EGFR-tyrosine kinase inhibitor in Korean patients with lung cancer", BMC CANCER, vol. 13, no. 606, 27 December 2013 (2013-12-27), pages 1 - 8, XP021172221, ISSN: 1471-2407 *
KIM, H. S. ET AL.: "Phase II clinical and exploratory biomarker study of dacomitinib in patients with recurrent and/or metastatic squamous cell carcinoma of head and neck", CLIN. CANCER. RES., vol. 21, no. 3, 25 November 2014 (2014-11-25), pages 544 - 552, XP055222941, ISSN: 1078-0432 *
MARKOVIC, A. ET AL.: "Current role of EGF receptor monoclonal antibodies and tyrosine kinase inhibitors in the management of head and neck squamous cell carcinoma", EXPERT. REV. ANTI CANCER THER., vol. 12, no. 9, 1 September 2012 (2012-09-01), pages 1149 - 1159 *

Also Published As

Publication number Publication date
KR20150104264A (ko) 2015-09-15
KR101622454B1 (ko) 2016-05-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20200332368A1 (en) Nano46 genes and methods to predict breast cancer outcome
WO2010064702A1 (ja) 癌の予後を予測するためのバイオマーカー
EP2726635B1 (en) Multigene prognostic assay for lung cancer
KR101566368B1 (ko) 암 검출을 위한 소변 유전자 발현 비율
JP2019004907A (ja) メラノーマ癌の予後予測
WO2011122857A2 (ko) 유방암 예후 예측을 위한 조성물 및 이를 포함하는 키트
AU2012345789A1 (en) Methods of treating breast cancer with taxane therapy
CA2923166A1 (en) Methods and kits for predicting outcome and methods and kits for treating breast cancer with radiation therapy
US20150344962A1 (en) Methods for evaluating breast cancer prognosis
CA2912445A1 (en) Methods to predict risk of recurrence in node-positive early breast cancer
KR101847815B1 (ko) 삼중음성유방암의 아형 분류 방법
US20110183859A1 (en) Inflammatory genes and microrna-21 as biomarkers for colon cancer prognosis
KR101704533B1 (ko) 간암 바이오마커로서의 ＥＲＲγ 및 이의 용도
WO2015133800A1 (ko) Egfr 티로신 키나아제 억제제에 대한 항암 치료 반응 예측 마커
WO2010085124A2 (ko) 간암진단과 재발 및 생존 예측용 마커, 이를 포함한 키트 및 상기 마커를 이용한 간암환자 예후 예측
KR20120031740A (ko) 위암 환자의 항암제 민감성을 예측하기 위한 키트 및 방법
KR20090025898A (ko) 폐암 환자의 폐암 재발 위험을 예측하기 위한 마커, 키트,마이크로어레이 및 방법
KR101345374B1 (ko) １기 폐암 환자의 병기 구분용 마커, 상기 마커에 대한프라이머를 포함하는 키트, 상기 마커 또는 상기 마커에대한 항체를 포함하는 마이크로어레이, 및 １기 폐암환자의 병기를 구분하는 방법
US20150275313A1 (en) Marker for diagnosis of bladder cancer recurrence
KR101054953B1 (ko) 간암을 진단 및 치료하기 위한 분자인 ｓｎｘ１４, 그를 포함하는 키트
KR101833983B1 (ko) DOCK10 유전자의 mRNA 또는 이들 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암의 예후 예측용 조성물, 이를 포함하는 키트 및 이들의 이용
Cohen et al. Genomics and Proteomics in Neuro-Oncology
EP2814982B9 (en) New method for prognosing the survival of patients suffering from chronic myelomonocytic leukaemia
IL285031A (en) Diagnosis of inflammatory bowel diseases
WO2005043167A2 (en) Method for distinguishing aml subtypes with differents gene dosages

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 15758806

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 15758806

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1