WO2013017725A1 - Uso de redes neuronales artificiales para la detección de la formación de piedras en los riñones y para establecer la composición de dichas piedras - Google Patents

Uso de redes neuronales artificiales para la detección de la formación de piedras en los riñones y para establecer la composición de dichas piedras Download PDF

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WO2013017725A1
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stones
urine
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composition
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Manuel Valiente Malmagro
Montserrat LÓPEZ MESAS
Agustín ALONSO SÁNCHEZ
Josef Havel
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Universitat Autonoma De Barcelona
Masaryk University
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Definitions

  • the invention refers to the use of artificial neural networks for the detection of the formation of stones in the kidneys and to establish the composition of said stones. More particularly, the object of the invention focuses on a method of diagnosing lithiasis based on the study of various metabolic parameters present in the urine, by using the Artificial Neural Networks (ANN), constituting This method is an improved alternative to the classic statistical parametric studies used for the same purpose, since they recognize patterns within complex data sets.
  • ANN Artificial Neural Networks
  • the invention is an alternative that advantageously makes it possible to stipulate with a degree of almost absolute certainty whether or not the patient is a kidney stone maker, based on the analysis of several metabolic markers present in the urine.
  • the invention also proposes the use of ANN based on the aforementioned analysis, to establish, where appropriate, the origin and composition of the kidney stone and establish, with 96% safety, the type of stone formed, since not all the calculations are the same and the treatment on the patient will depend on the type of renal calculus that this lodge (calcium oxalate monohydrate, calcium oxalate dihydrate, hydroxyapatite, etc.).
  • the invention proposes the analysis by means of an ANN with a determined number and concrete metabolic markers present in the urine consisting, specifically, in the following:
  • Urination volume pH, creatinine levels, uric acid, urea, sodium, potassium, chloride, citrate, calcium, oxalate, magnesium, phosphate and proteinuria.
  • Urolithiasis is a common disease, which is characterized by a high prevalence and incidence and high morbidity that is increasing worldwide. Up to 20% of the population is affected by urolithiasis in some regions [1]. The five-year recurrence rate is between 44-75% [2]. This fact is due to the persistence of the urinary alteration, which causes the formation of kidney stones. This alteration can be diagnosed and treated by dietary changes, drug treatment or both, thus decreasing the aggressiveness of the disease and, consequently, the number of recurrences [3].
  • kidney stones are in 63% of cases the whole consisting of calcium oxalate monohydrate or calcium oxalate dihydrate. Hydroxyapatite represents 7% and its mixture with calcium oxalate represents 1 1%.
  • 24-hour urine analysis except in extreme cases, the diagnosis of any of the types of kidney stones discussed above is not easy. It has been published on several occasions that 24-hour urine is not the most suitable for a lithogen risk assessment [7] [8], since it masks the urinary changes that could serve to differentiate between stone-forming (SF) and healthy people (C). The 24-hour urine test is still used in the vast majority of hospitals, belittling other types of tests such as the 8-hour test.
  • the objective of the present invention is to study and evaluate the discriminatory power of urolithic parameters by means of ANN with the objective of evaluating the possibility of classifying each one in the urine, establishing a methodology to predict the possibility of suffering a lithiasic episode and contributing to adding knowledge in the pathophysiology of the disease.
  • This article serves the ANN to determine the risk of forming a kidney stone in part as the invention to be evaluated, but with the difference that it is based on only some of the parameters used, age, BMI, calcemia, calciu a, oxalu a , u cosuha, citratu a, urea, sodium in urine On the other hand they fail to determine the diagnosis so accurately. If they determine the cutt-off values.
  • the article includes a compilation of lithiasis promoters and inhibitors, covering several of the markers proposed for the invention.
  • the levels of various markers are evaluated by ANN to determine the risk of lithiasis.
  • the present invention is new for both areas of protection we have set: use of ANN with a specific set of markers to determine if a patient is a stone maker and use of ANN with those markers to establish the type of calculation. Therefore, while it is true that individually there is none of the proposed markers that is new, it is also true that the whole set is new.
  • the Stone-formers (SF) were recruited among patients attending the lithotripsy unit of the University Hospital of Bellvitge (HUB) between January 2004 and January 2008, regardless of the number of lithiasic episodes suffered.
  • the SFs had removed stones spontaneously or by extracorporeal shock wave lithotripsy (LEOC) and their kidney stones were analyzed by stereoscopic microscopy for the morphological and structural study, complemented by electron microscopy analysis incorporating X-ray dispersive energy microanalysis (SEM-EDAX), which allows microstructural observation and elementary analysis of the micro-zones of the observed sample [1 1].
  • LOC extracorporeal shock wave lithotripsy
  • the SFs were classified into four groups according to the main component of the stone: calcium oxalate monohydrate (COM), calcium oxalate dihydrate (COD), hydroxyapatite (PAH) and uric acid (AU). All patients were evaluated to exclude anyone suffering from systemic diseases, renal tubular acidosis, primary hyperoxaluria or urinary tract infections. The metabolic evaluation was carried out at least 2 months after its last lithiasic episode. The SF did not have any dietary or physical activity restriction nor did they take any medication that could influence mineral metabolism. Therefore 133 SF were included in the study. Among SF, 46 were classified as COM, 56 COD, 16 HAP and 16 AU.
  • Sodium, potassium and chloride were determined by selective indirect ion potentiometry using a Modular Analytical System (Roche Diagnostics).
  • Urea, creatinine, proteins, oxalat, citrate, calcium, phosphate, magnesium and uric acid were determined by molecular absorption spectrometry using a Modular Analytical System (Roche Diagnostics). The accuracy of each of the urine target collections was evaluated based on their urine creatinine content.
  • the ANN calculation was performed using Trajan Neural Network Simulator, version 3.0 D. (Trajan Software Ltd 1996-1998, United Kingdom). All calculations are performed on a standard PC with Microsoft Windows XP Professional operating system.
  • ANN represents a sophisticated computational modeling tool, which can be used to solve a wide variety of complex problems. ANN's appeal comes from its ability to learn and / or model very complex systems and also the possibility of being used as a tool for classification. Therefore, their real possibilities in science are high.
  • An ANN is a computational model formed from a number of individual units, artificial neurons or nodes, connected with coefficients (weights), j Wj, constituting the neural structure.
  • Many neural architecture networks can be used. Conventionally they consist of three or more layers, the input, the output and the hidden ones (Fig. 1).
  • Each layer has a different number of nodes.
  • the input layer receives information about the system (the nodes of this layer are simple distribution nodes, which do not alter the value of the input at all).
  • the hidden layer models the information entered in the input layer, while the output layer is responsible for observable or behavior. Entries, input ⁇ multiplied by the connection weights Wj j are first outlined , and then passes through a transfer function to output, out ⁇ . Determining the appropriate number of hidden layers and the number of hidden nodes in each layer is one of the most important tasks in the design of the ANN. Unlike the input and output layers, it is split without any prior knowledge of the number and size of the hidden layers. ANN use consists of two steps: "Training
  • training consists in defining the input and output data to the network. In general, it is necessary to adapt the data or normalize it to the network paradigm. This data is known as the training set. In this training phase, where real data should be used, the optimal structure, weight coefficients and network prejudices are sought. The preparation is considered complete when the neural networks reach the desired statistical accuracy, since they produce the necessary results for a given sequence of inputs. A good criterion to find the correct network structure and therefore to stop the learning process is to minimize the mean square error (RMS) as indicated in the following equation: where y!
  • RMS mean square error
  • N ⁇ M the element of the matrix (N ⁇ M) for the training or test set
  • N x M the element of the output matrix (N x M) of the neural network
  • N the number of variables in the model
  • M the number of samples.
  • RMS provides a unique number, which Summarize the global error. After verifying that the ANN works well in training data, it is important to check what you can do with the data you have not seen before. This is called verification. This test is essential to ensure that the network has not only memorized the training set, but has learned the general patterns involved in an application. At this stage other input data is sent to the network in order to assess whether the results can be predicted. In this case the results are already known, but are not shown to the network.
  • the expected value is compared with the experimental value to see how well it is working on the network. If the system does not give reasonable outputs for this set of tests, the training period is not over or the network is able to model the data, but it cannot be predicted.
  • the verification of the known data is as expected, in the final stage the unknown data are evaluated and the results are expected (classification of the unknown data is made).
  • the data for the calculation of ANN were randomly divided into: 1. Learning set, 2. Verification set, and 3. Test set.
  • the learning set consists of a series of samples (species) characterized by variables (characters) obtained through the analysis of urine samples. This set is used to search for the appropriate ANN architecture through which classification is possible. The process is based on finding wj j corresponding weights in order to minimize the RMS value is called learning or training. The accuracy of the model obtained with the most appropriate set of data, the architecture and the training procedure is also verified in another independent set of the samples of the so-called verification set. Finally, the obtained ANN model can be used to classify mainly unknown species (test set). Each game represents a matrix with the number of columns that correspond to the number of variables. The variables can have numerical values (results of the chemical analysis), but also nominal (not numerical), as well as the output.
  • the output was nominal, that is, it was the nomenclature name of the type of lithiasis. It may happen that the matrix cannot be completed because some values of the variables within the data sets are not known or cannot be obtained. Although these cases that contain the missing data are problematic, it can still be used in data analysis. There are several methods to manage the missing data (for example, by medium replacement, various types of interpolations and extrapolations).
  • Figure number 1 Shows a general scheme of the architecture of a four-layer ANN, having referred to it in the previous section of the explanation of the invention.
  • Figure number 2. Shows a Cartesian diagram of the search for the optimal architecture of an ANN for the detection of lithiasis, where the vertical axis indicates the RMS (mean square error) and the horizontal axis the number of nodes of the hidden layers .
  • Figure number 3. Shows a schematic of the optimal architecture of the ANN for the detection of lithiasis.
  • Figure number 4. Shows again a Cartesian diagram of the search for the optimal architecture for the COD and COM classification.
  • Figure number 5. Shows an outline of the optimal architecture of the ANN for the COD and COM classification.
  • the input was represented by 14 urine analysis parameters and as the output of the classification of kidney stone trainers and controls.
  • the first class, 1, contained the results of kidney stone trainers and contained 133 patients, including COM, COD, PAH and UA trainers, while the second, 0, corresponds to the control group, routine urine tests of 36 people healthy (no lithiasis).
  • Cross validation was used to verify ANN and prediction correction. Step by step, each sample was randomly removed from the training set and its classification was checked. Of 60 random cases covering 48 samples from group 1, 12 samples from each group COM, COD, PAH and UA and 12 cases from group 0, a 96% success in the classification was achieved. This excellent result is at least surprising, because it has been reported that 24-hour urine has a masking effect, but without a doubt the multivariate ANN approach can also potentially discriminate between cases and controls. Another issue is to distinguish between urine types of stone formers.
  • the 8-hour urine samples expressly provided only in some cases from the same subjects, 79 cases were subjected to ANN analysis, in the same way.
  • the same 14 urinalysis parameters were represented at the input and output as the classification of the COM stone formators, stone forming CODs and controls.
  • samples used in the ANN development were 28 by COM calculators, 30 for COD calculators and 15 for controls, in total 73.
  • the optimal ANN architecture was recorded again after the equation set forth in the paragraph of the explanation of the invention. It was found that the optimal number of nodes in this three-layer structure of ANN is equal to 6 ( Figure 4).
  • Cross validation After deletion of matrix outliers, cross validation was applied to verify the ANN and the accuracy of the prediction. All samples, one by one, in order to test the classification and the predictive power of the ANN, were arbitrarily excluded from the training set and were used to verify their classification. A 81% ranking was reached successfully. Classification of COM and COD is possible and it should be stressed that they represent almost 80% of cases.
  • Urination volume pH, creatinine levels, uric acid, urea, sodium, potassium, chloride, citrate, magnesium, oxalate, calcium, phosphate and proteinuria.
  • ANNs and the methodology developed can be applied for any purpose to other men in which it is possible to sufficiently determine characters (markers) of the specific disease.
  • Diagnosis of patients who create stones or controlled (without former patients who are healthy) The total number of urine samples used were 143, of which 1 15 of creators of stones and 28 of healthy people.
  • the creators of stone belonged to 4 groups mostly according to the largest component of the stone. 36 from Calcium Oxalate Monohydrate (COM), 47 from Calcium Oxalate Dihydrate (COD), 16 from Hydroxyapatite (HAP) and 16 from Uric Acid (UA).
  • COM Calcium Oxalate Monohydrate
  • COD Calcium Oxalate Dihydrate
  • HAP Hydroxyapatite
  • Uric Acid Uric Acid
  • the input values of group 1) and group 2) were considered separately and subjected to artificial intelligence analysis.
  • the output value represents the classification of the creators of stone and sound.

Abstract

R E S U M E N USO DE REDES NEURONALES ARTIFICIALES PARA LA DETECCIÓN DE LA FORMACIÓN DE PIEDRAS EN LOS RIÑONES Y PARA ESTABLECER SU COMPOSICIÓN, comprendiendo el análisis multivariado con Redes Neuronales Artificiales (ANN)a partir de una base de datos que comprende la utilización de entre 10 y 14 marcadores metabólicos presentes en la orina como parámetros de análisis, los cuales consisten en: Volumen de micción, pH, niveles de creatinina, ácido úrico, urea, sodio, potasio, cloruro, citrato, calcio, oxalato, magnesio, fosfato y proteinuria.

Description

USO DE REDES NEURONALES ARTIFICIALES PARA LA DETECCIÓN
DE LA FORMACIÓN DE PIEDRAS EN LOS RIÑONES Y PARA ESTABLECER LA COMPOSICIÓN DE DICHAS PIEDRAS
OBJETO DE LA INVENCIÓN La invención, tal como expresa el enunciado de la presente memoria descriptiva, se refiere al uso de redes neuronales artificiales para la detección de la formación de piedras en los ríñones y para establecer la composición de dichas piedras. Más en particular, el objeto de la invención se centra en un método de diagnóstico de la litiasis basado en el estudio de diversos parámetros metabólicos presentes en la orina, mediante la utilización de las Redes Neuronales Artificiales (Artificial Neural Network (ANN)), constituyendo dicho método una mejorada alternativa a los estudios paramétricos estadísticos clásicos utilizados para el mismo fin, puesto que reconocen patrones dentro de conjuntos complejos de datos. La invención es una alternativa que ventajosamente permite estipular con un grado de certeza prácticamente absoluto si el paciente es o no formador de cálculos renales, a partir de los análisis de varios marcadores metabólicos presentes en la orina.
Adicionalmente, la invención propone asimismo el uso de ANN a partir del análisis mencionado, para establecer, en su caso, el origen y composición del cálculo renal y establecer, con un 96% de segundad, el tipo de piedra formado, ya que no todos los cálculos son ¡guales y el tratamiento sobre el paciente dependerá del tipo de cálculo renal que este albergue (oxalato cálcico monohidrato, oxalato cálcico dihidrato, hidroxiapatita, etc.).
En concreto, para estas dos aplicaciones la invención propone el análisis mediante un ANN con un número determinado y concreto marcadores metabólicos presentes en la orina consistente, concretamente, en los siguientes:
Volumen de micción, pH, niveles de creatinina, ácido úrico, urea, sodio, potasio, cloruro, citrato, calcio, oxalato, magnesio, fosfato y proteinuria.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN
La urolitiasis es una enfermedad común, que se caracteriza por una alta prevalencia e incidencia y elevada morbilidad que está aumentando en todo el mundo. Hasta el 20% de la población se ve afectada por la urolitiasis en algunas regiones [1 ]. La tasa de recurrencia de cinco años se encuentra entre 44-75% [2]. Este hecho se debe a la persistencia de la alteración urinaria, que causa la formación de cálculos renales. Esta alteración puede ser diagnosticada y tratada por los cambios dietéticos, tratamiento farmacológico o ambos, disminuyendo así la agresividad de la enfermedad y, en consecuencia, el número de recurrencias [3].
La evaluación exacta de las alteraciones y su magnitud están obligados a aplicar tratamientos terapéuticos eficientes y a diagnosticar el riesgo de recurrencia en cada paciente [4] y el riesgo de la enfermedad litiásica, tanto en personas sanas como en personas con elevado riesgo de desarrollar dicha enfermedad, es decir, personas que sufren de hipercalciuria, hiperoxaluria, hiperuricosuria, acidosis tubular renal, etc, con la consiguiente ventaja en su prevención. Teniendo en cuenta la naturaleza de la mayoría de los componentes, los cálculos renales son en el 63% de los casos el conjunto constituido por oxalato cálcico monohidrato o dihidrato de oxalato de calcio. Hidroxiapatita representa el 7% y su mezcla con el oxalato de calcio representa el 1 1 %. El ácido úrico, como otro gran grupo, representa el 8% y el 1 1 % restante incluye a otros, donde el cálculo más representativo es estruvita (4%). [5] Hoy en día varias de las causas asociadas con cada piedra en el riñon se conocen. En estudios previamente publicados [6], el riesgo relativo de formación de cálculos aumentó debido al aumento o disminución de los niveles de algunos parámetros urinarios, sin establecer una relación importante entre todas las variables. Para el urólogo, es difícil predecir el episodio litiásico basado en la inspección de los resultados de la orina debido a la determinación de diferentes analitos en la orina, obteniendo multivariantes de datos que suele ser analizada por parámetros individuales.
En análisis de orina de 24h, excepto en casos extremos, el diagnóstico de cualquiera de los tipos de cálculos renales discutidos arriba no es fácil. Se ha publicado en varias ocasiones que la orina de 24 horas no es el más adecuado para una evaluación del riesgo litógeno [7] [8], ya que enmascara los cambios urinarios que podrían servir para diferenciar entre los formadores de cálculos (SF) y personas sanas (C). El análisis de orina de 24 horas todavía se utiliza en la gran mayoría de los hospitales, menospreciando a otros tipos de análisis como el de 8 horas.
Una mejor comprensión del sistema es posible analizando los datos recogidos por el uso de métodos de análisis multivariante. En este ámbito, las redes neuronales artificiales (Artificial Neural Network - ANN) que se inspiran en la neurobiología y en la forma cómo funciona el cerebro humano, se desarrollaron en el siglo pasado y pueden proporcionar la clasificación después de la determinación sistemática de muestras desconocidas, ya que son capaces de reconocer patrones en conjuntos de datos de alta complejidad [9]. En la actualidad, se encuentran numerosas o amplias aplicaciones en todas las ramas de la ciencia. Existen múltiples aplicaciones del ANN en Química, Bioquímica, Biología, y también en Medicina. ANN se utilizaron por ejemplo, en Microbiología, Ecología, Hidrobiología, Entomología, Clínica forense y extensamente en el diagnóstico médico. [10] El objetivo de la presente invención es estudiar y evaluar el poder discriminatorio de los parámetros urolitiásicos mediante ANN con el objetivo de evaluar la posibilidad de la clasificación de cada uno en la orina, establecer una metodología para predecir la posibilidad de sufrir un episodio litiásico y contribuir a añadir conocimiento en la fisiopatología de la enfermedad.
Con respecto al estado de la técnica, hay que señalar que por parte del solicitante se han encontrado algunas patentes sobre el diagnóstico de la litiasis, pero que están basadas en la detección de otros parámetros como por ejemplo albúmina en la orina (EP 0504409B1 ) o Vitamina D3 en plasma (RU2155347), determinando la existencia de un polimorfismo en el gen de la Osteopontina (JP2008000096), etc. basadas en parámetros metabólicos.
Asimismo existen diferentes artículos que versan sobre los factores de riesgo de la litiasis. Algunos de los cuales detallan el uso de redes neuronales para determinar el riesgo de desarrollar cálculos renales, siendo destacables los siguientes:
- Artificial neural networks for assessing the risk of urinary calcium stone among men. Dussol et al. Urol Res (2006) 34: 17-25
Este artículo hace servir los ANN para determinar el riesgo de formar un cálculo renal en parte como la invención a evaluar, pero con la diferencia de que se basa en sólo algunos de los parámetros utilizados, edad, IMC, calcemia, calciu a, oxalu a, u cosuha, citratu a, urea, sodio en orina Por otro lado no llegan a determinar con tanta exactitud el diagnóstico. Si determinan los valores cutt-off.
- Urinary analysis of nephrolithiasi markers. Barba et al. Journal of Chromatography B, (2002) 433-455.
En este documento se describen algunos de los biomarcadores que propone utilizar la presente invención, asociados a la formación de cálculos y como algunos de ellos sirven para establecer una relación con el tipo de cálculo formado. - Basavaraj et al., EAU-EBU Update series 5(2007) 126-136
El artículo recoge una compilación de promotores y de inhibidores de la litiasis, abarcando varios de los marcadores propuestos para la invención.
- Nephrolithiasis. Bushinsky et al, JASN May 1 , 1998 vol. 9 no. 5 917-924 Documento donde se incluyen marcadores coincidentes con los de la invención. Concretamente volumen de orina, pH, calcio, fosfato, sodio, ácido úrico, oxalato, citrato, creatinina.
- Batinic et al., Valué of the urinary stone promoters/inhibitors ratios in the estimation of the risk of urolithiasis. J Chem Inf Comput Sci
2000; 40:607—610
En este caso se evalúan los niveles de diversos marcadores mediante ANN para determinar el riesgo de litiasis.
Así pues, si bien es conocido el programa informático que analiza los datos y no resultará objeto de patente, así como también es conocida la utilización de ANN en algunos marcadores metabólicos para determinar el riesgo de litiasis, la presente invención es nueva para los dos ámbitos de protección que hemos fijado: uso de ANN con un conjunto determinado de marcadores para determinar si un paciente es formador de cálculos y uso de ANN con dichos marcadores para establecer el tipo de cálculo. Por tanto, si bien es cierto que individualmente no hay ninguno de los marcadores propuestos que sea nuevo, también es cierto que el conjunto entero si es nuevo.
Por otra parte, respecto al primer aspecto de la invención, si bien se ha constatado que existen documentos que mencionan la utilización de algunos de los marcadores que utiliza la invención, ésta aporta soluciones al problema planteado que superan lo ya conocido, ya que mediante la utilización concreta del conjunto de marcadores que utiliza permite diagnosticar correctamente a los pacientes con una acierto del 100% (hasta ahora no conseguido en el Estado de la Técnica).
Respecto al segundo aspecto de la invención, no se han encontrado documentos que describan conjuntos de marcadores, que permitan establecer la composición/origen de la piedra. La invención propone el uso de un número concreto y determinado de marcadores para establecer con un 96% de éxito la composición de esta.
EXPLICACIÓN DE LA INVENCIÓN
Metodología Selección de los pacientes litiásicos (Stone-formers; SF) y análisis de los cálculos renales.
Los Stone-formers (SF) fueron reclutados entre los pacientes que acuden a la unidad de litotricia del Hospital Universitari de Bellvitge (HUB) entre enero de 2004 y enero de 2008, independientemente del número de episodios litiásicos padecidos.
Los SF habían eliminado piedras de forma espontánea o mediante litotricia extracorporea por ondas de choque (LEOC) y sus cálculos renales se analizaron mediante microscopía estereoscópica para el estudio morfológico y estructural, complementados por análisis de microscopía electrónica que incorpora microanálisis de energía dispersiva de rayos X (SEM-EDAX), que permite observación microestructural y análisis elemental de las micro-zonas de la muestra observada [1 1 ].
Tras el análisis, los SF se clasificaron en cuatro grupos de acuerdo con el principal componente de la piedra: oxalato cálcico monohidrato (COM), oxalato cálcico dihidrato (COD), hidroxiapatita (HAP) y ácido úrico (UA). Todos los pacientes fueron evaluados para excluir cualquiera que padeciera enfermedades sistémicas, acidosis tubular renal, hiperoxaluria primaria o infecciones del tracto urinario. La evaluación metabólica se realizó por lo menos 2 meses después de su último episodio litiásico. Los SF no tuvieron ninguna restricción dietética ni de actividad física ni tomaban ningún medicamento que pudiera influir en el metabolismo mineral. Por lo tanto 133 SF se incluyeron en el estudio. Entre SF, 46 fueron clasificados como COM, 56 COD, 16 HAP y 16 AU.
Controles El grupo de control, reclutado entre enero de 2004 y enero de
2008, estaba compuesto por 36 voluntarios sanos sin antecedentes personales de piedras y que no estaba tomando medicamentos que pudieran influir en el metabolismo mineral. Ellos fueron analizados en términos de características personales y se llevo a cabo correctamente las colecciones de la orina.
Análisis de muestras de orina Muestras de orina de 24h y 8h fueron recogidas en frascos estériles que contenían timol como preservativo, y refrigerados inmediatamente. Después de la recolección, se registró el volumen. Una recolección de orina de 2h se llevó a cabo después de un ayuno durante la noche, y se midió el pH inmediatamente con un electrodo de cristal (Crison pH-metro).
Sodio, potasio y cloruro fueron determinados por potenciometría indirecta selectiva de iones usando un Sistema Analítico Modular (Roche Diagnostics). La urea, creatinina, proteínas, oxalat, citrato, calcio, fosfato, magnesio y ácido úrico se determinaron por espectrometría de absorción molecular usando un Sistema Analítico Modular (Roche Diagnostics). La precisión de cada una de las colecciones de orina dianas se evaluó sobre la base de su contenido de creatinina de la orina.
Análisis Multivariable Cálculo y programa de ANN
El cálculo ANN se realizó utilizando Trajan Neural Network Simulator, versión 3.0 D. (Trajan Software Ltd 1996-1998, Reino Unido). Todos los cálculos se realizan en un PC estándar con sistema operativo Microsoft Windows XP Professional.
ANN representa una sofisticada herramienta de modelado computacional, que se puede utilizar para resolver una amplia variedad de problemas complejos. El atractivo de ANN proviene de su capacidad de aprendizaje y/o modelado de sistemas muy complejos y también de la posibilidad de ser utilizado como una herramienta para la clasificación. Por lo tanto, sus posibilidades reales en la ciencia son altas.
Un gran contraste entre los programas de ordenador convencionales y el ANN se refleja en que los primeros pueden realizar sólo las tareas para las que fueron diseñadas específicamente, mientras que el ANN es una especie de máquina de aprendizaje generalizada que puede, en principio, aprender casi cualquier cosa. La teoría ANN ha sido ampliamente discutida en la literatura, así que aquí describiremos brevemente la ¡dea básica de esta metodología sólo para dilucidar la base necesaria.
Un ANN es un modelo computacional formado a partir de un cierto número de unidades individuales, las neuronas artificiales o nodos, conectados con coeficientes (pesos), w¡j, que constituyen la estructura neuronal. Muchas redes de arquitectura neuronales pueden ser utilizadas. Convencionalmente están constituidas por tres o más capas, la de entrada, la de salida y las ocultas (Fig. 1 ).
Cada capa tiene un número diferente de nodos. La capa de entrada recibe la información sobre el sistema (los nodos de esta capa son simples nodos de distribución, que no alteran el valor de la entrada en absoluto). La capa oculta modeliza la información introducida en la capa de entrada, mientras que la capa de salida es la responsable observable o comportamiento. Las entradas, input¡, multiplicado por los pesos de conexión w¡j, primero son resumidos y a continuación, pasa a través de una función de transferencia para producir la salida, out¡. La determinación del número apropiado de capas ocultas y el número de nodos ocultos en cada capa es una de las tareas más importantes en el diseño de la ANN. A diferencia de las capas de entrada y salida, se parte sin ningún conocimiento previo del número y tamaño de las capas ocultas. uso de ANN consta de dos pasos: "Entrenamiento
"predicción". En primer lugar, la "formación" consiste en la definición de los datos de entrada y salida a la red. Por lo general, es necesario adaptar los datos o normalizarlos al paradigma de la red. Estos datos se conocen como el set de entrenamiento. En esta fase de entrenamiento, donde datos reales deben ser utilizados, la estructura óptima, coeficientes de peso y los prejuicios de la red son buscados. La preparación se considera completa cuando las redes neuronales alcanzan la precisión estadística deseada, ya que producen los resultados necesarios para una secuencia dada de inputs. Un buen criterio para encontrar la estructura de red correcta y por lo tanto para detener el proceso de aprendizaje es minimizar el error cuadrático medio (RMS) como se indica en la ecuación siguiente:
Figure imgf000010_0001
donde y¡j es el elemento de la matriz (N χ M) para el conjunto de entrenamiento o de prueba, y out es el elemento de la matriz de salida (N x M) de la red neuronal, donde N es el número de variables en el modelo y M es el número de muestras. RMS proporciona un número único, que resume el error global. Después de comprobar que la ANN funciona bien en los datos de entrenamiento, es importante comprobar lo que puede hacer con los datos que no ha visto antes. Esto se llama verificación. Esta prueba es fundamental para asegurar que la red no sólo ha memorizado el conjunto de entrenamiento, sino que ha aprendido los patrones generales que participan dentro de una aplicación. En esta etapa otros datos de entrada se envían a la red a fin de evaluar si se puede predecir los resultados. En este caso los resultados son ya conocidos, pero no se muestran a la red. El valor esperado se compara con el experimental para ver lo bien que está funcionando en la red. Si el sistema no da salidas razonables para este conjunto de pruebas, el período de formación no ha terminado o la red es capaz de modelar los datos, pero no se pueden predecir. Cuando la verificación de los datos conocidos es la esperada, en la etapa final de los datos desconocidos son evaluados y los resultados son previstos (se hace la clasificación de los datos desconocidos).
Los datos para el cálculo de ANN fueron divididos al azar en: 1 . Set de Aprendizaje, 2. Set de verificación, y 3. Set de prueba.
El set de aprendizaje consiste en una serie de muestras (especies) que se caracteriza por variables (caracteres) obtenidos mediante el análisis de las muestras de orina. Este conjunto se utiliza para la búsqueda de la arquitectura adecuada de ANN mediante el cual la clasificación es posible. El proceso que se basa en la búsqueda de pesos w¡j correspondientes con el fin de minimizar el valor de RMS se llama aprendizaje o formación. La exactitud del modelo obtenido con el conjunto más adecuado de datos, la arquitectura y el procedimiento de formación también está verificada en otro conjunto independiente de las muestras de la llamada set de verificación. Por último, el modelo de ANN obtenido puede ser utilizado para clasificar las especies principalmente desconocido (set de prueba). Cada juego representa una matriz con el número de columnas que corresponden al número de variables. Las variables pueden tener valores numéricos (resultados del análisis químico), sino también nominales (no numérico), así como la salida. En nuestro caso la salida era nominal, es decir, que era el nombre de nomenclatura del tipo de litiasis. Puede suceder que la matriz no se pueda completar debido a que algunos valores de las variables dentro de los conjuntos de datos no se conocen o no se pueden obtener. Aunque estos casos que contienen los datos que faltan son problemáticos, todavía se puede utilizar en el análisis de datos. Existen varios métodos para gestionar los datos que faltan (por ejemplo, mediante la sustitución media, varios tipos de interpolaciones y extrapolaciones).
DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS
Para complementar la descripción que se está realizando de la invención, y para ayudar a una mejor comprensión de las características que la distinguen, se acompaña la presente memoria descriptiva, como parte integrante de la misma, de un juego de planos en los que se ha representado lo siguiente:
La figura número 1 .- Muestra un esquema general de la arquitectura de un ANN de cuatro capas, habiéndose aludido a ella en el apartado anterior de la explicación de la invención.
La figura número 2.- Muestra un diagrama cartesiano de la búsqueda de la arquitectura óptima de un ANN para la detección de litiasis, donde el eje vertical señala los RMS (error cuadrático medio) y el eje horizontal el número de nodos de las capas ocultas.
La figura número 3.- Muestra un esquema de la arquitectura óptima del ANN para la detección de litiasis.
La figura número 4.- Muestra nuevamente un diagrama cartesiano de la búsqueda de la arquitectura óptima para la clasificación COD y COM. La figura número 5.- Muestra un esquema de la arquitectura óptima del ANN para la clasificación COD y COM. EJEMPLOS
- Caso (1 ) Muestra de orina 24 horas
Preparación de la base de datos para el análisis multivahado con Redes Neuronales Artificiales (ANN).
La entrada estuvo representada por 14 parámetros de análisis de orina y como la salida de la clasificación de los formadores de cálculos renales y los controles. La primera clase, 1 , figuraban los resultados de los formadores de cálculos renales y contenía 133 pacientes, incluyendo COM, COD, HAP y formadores UA, mientras que el segundo, 0, corresponde al grupo de control, análisis rutinarios de orina de 36 personas sanas (sin litiasis).
Búsqueda de la arquitectura ANN óptima
El total de los datos del análisis de orina de 24 horas (169 casos) fueron sometidos a análisis de ANN. En la prueba de capacitación, 26 casos fueron clasificados erróneamente y por lo tanto, fueron eliminados. Así, el número total de muestras utilizadas por último, en el desarrollo ANN fue de 1 15 y 28, total 143. Después de quitarlos, la arquitectura óptima ANN fue buscada de nuevo después de la ecuación (1 ). Se encontró que el número óptimo de nodos en esta estructura de tres capas de ANN era igual a 7 (Figura 2), por lo tanto la arquitectura óptima (Figura 3) se encontró que era 14, 7, 1 , es decir, número de entradas( referenciadas con (a)), número de nodos en la capa oculta (referenciada con (b)), clasificación ( referenciada con (c)), y la clasificación lograda en la prueba de capacitación, por todas las muestras de orina, mostró un 100% de éxito. Validación cruzada
La validación cruzada fue utilizada para verificar ANN y la corrección de la predicción. Paso a paso, cada muestra fue eliminada al azar del conjunto de formación y su clasificación se comprobó. De 60 casos al azar que abarca 48 muestras del grupo 1 , 12 muestras de cada grupo COM, COD, HAP y UA y 12 casos del grupo 0, se alcanzó un 96% de éxito en la clasificación. Este excelente resultado es al menos sorprendente, porque se ha informado de que la orina de 24 horas tiene un efecto de enmascaramiento, pero sin duda el enfoque multivariado ANN puede también discriminar potencialmente entre los casos y controles. Otra cuestión es distinguir mediante la orina entre los tipos de formadores de cálculos.
- Caso (2): Muestra de orina 8 horas Como se ha mencionado anteriormente, los formadores piedra de oxalato de calcio representan alrededor del 70% de los casos urolitiásicos.
Usando una base de datos más sencilla, sólo teniendo en cuenta los controles, y los formadores de piedra COM COD, tenemos un éxito del 72%, es decir, distinguir entre COM, COD y los controles.
Las muestras de orina de 8 horas (orina nocturna) expresamente proporcionados sólo en algunos casos desde los mismos sujetos, 79 casos fueron sometidos a análisis de ANN, de la misma manera. Los mismos 14 parámetros de análisis de orina fueron representados en la entrada y la salida como la clasificación de los formadores de cálculos COM, COD formadores de piedra y controles. En la prueba de la formación, era necesario eliminar seis muestras, debido a una mala clasificación. Así, el número total de muestras utilizadas por último, en el desarrollo ANN fue de 28 por formadores de cálculos COM, 30 para formadores de cálculos COD y 15 para los controles, eN total 73. La arquitectura óptima ANN se registró de nuevo después de la ecuación expuesta en el párrafo de la explicación de la invención. Se encontró que el número óptimo de nodos en esta estructura de tres capas de ANN es igual a 6 (Figura 4). Se garantiza la eliminación del "sobre-entrenamiento" y por lo tanto la predicción fiable. Así, la arquitectura óptima (Figura 5) se encontró que era 14, 6, 3, es decir, número de entradas (a), el número de nodos en la capa oculta (b), la clasificación (c), y clasificación adquirida en la prueba de capacitación demostró, por toda la orina muestras, un 100% de éxito.
Validación cruzada Después de la supresión de outliers de la matriz, la validación cruzada se aplicó para verificar la ANN y la exactitud de la predicción. Todas las muestras, una a una, con el fin de probar la clasificación y el poder de predicción de la ANN, fueron excluidas arbitrariamente del conjunto de entrenamiento y se utilizaron para la verificación de su clasificación. Se llegó a un 81 % de clasificación con éxito. Clasificación del COM y COD es posible y hay que subrayar que representan casi el 80% de los casos.
Los mejores resultados se obtuvieron a pesar del menor número de muestras que en el caso de la orina de 24 horas.
Los parámetros o marcadores concretos utilizados en ambos casos fueron los siguientes:
Volumen de micción, pH, niveles de creatinina, ácido úrico, urea, sodio, potasio, cloruro, citrato, magnesio, oxalato, calcio, fosfato y proteinuria.
Conclusiones El uso de Redes Neuronales Artificiales para la identificación del tipo de litiasis se puso a prueba. Se encontró que las variables seleccionadas en este estudio son representativas y contienen suficiente capacidad para resolver y por lo tanto suficiente para la correcta clasificación de ANN y su predicción, suponiendo que el número de muestras en el conjunto de entrenamiento sea lo suficientemente alta.
En general, cuanto mayor es el número de muestras (pacientes), la predicción es mejor. Los datos en todos los casos estudiados fueron exitosos, no sólo en el modelaje de la ANN, sino también en la predicción y la identificación de las especies nuevas y desconocidas.
En general, las ANN y la metodología desarrollada pueden ser aplicados para cualquier objeto a otros hombres en los que es posible determinar suficientemente caracteres (marcadores) de la enfermedad específica.
En conclusión, con una suficientemente extensa y fiable base de datos, la utilización de Redes Neuronales Artificiales permite la identificación rápida del tipo de litiasis abriendo nuevas posibilidades para el diagnóstico médico.
A continuación se detalla otro ejemplo comparativo que muestra la diferencia mejora respecto de los sistemas ya conocidos, al tener en cuenta el conjunto completo de marcadores, lo cual supone un factor clave para detectar la enfermedad de piedras en multi parámetros.
En dicho ejemplo, se ha considerado, para muestras de orina de 24 horas, para evaluar la solidez del método reivindicado para el diagnóstico de cálculos renales, dos conjuntos diferentes de parámetros.
Estos dos conjuntos de variables han sido seleccionados teniendo en cuenta: 1 ) - Los parámetros señalados en la referencia: ephrolithiasis. Bushinsky et al, JASN May 1 , 1998 vol. 9 no. 5 917-924, donde 9 parámetros de orina (Volume, pH, Creatinine, Uric acid, Sodium, Citrate, Oxalate, Calcium and Phosphate) fueron incluidos para evaluar su potencial de riesgo urolitiasis.
2) - y los 14 parámetros de orina procedentes del análisis de protocolo del hospital (Volume, pH, Creatinine, Uric acid, Sodium, Citrate, Oxalate, Calcium, Phosphate, Urea, Proteinuria, Potassium, Chloride and Magnesium), el cual incluye los 9 parámetros del primer grupo.
Diagnóstico de pacientes que crean piedras o controlados (sin ex pacientes que estén sanos) El número total de muestras de orina usadas fueron 143, de las cuales 1 15 de creadores de piedras y 28 de personas sanas.
Los creadores de piedra pertenecían a 4 grupos mayoritariamente acorde con el componente más grande de la piedra. 36 de Calcium Oxalate Monohydrate (COM), 47 de Calcium Oxalate Dihydrate (COD), 16 de Hydroxyapatite (HAP) y 16 de Uric Acid (UA).
Los valores de entrada del grupo 1 ) y grupo 2) fueron considerados por separado y sometidos a análisis de inteligencia artificial. El valor de salida representa la clasificación de los creadores de piedra y sanos. La clasificación lograda en la prueba de preparación, para todas las muestras de orina, representó un éxito del 100%.
Para el diagnóstico de esta enfermedad, 50 casos al azar que abarcan 40 muestras de los creadores de piedra, 12 muestras de cada grupo de COM, COD, HAP y UA y 10 casos del grupo control, en el caso del grupo 1 ) sólo un 78% del diagnóstico se logró con éxito, mientras que para el grupo de 2) un 96% se ha realizado correctamente, como muestra la tabla n° 1 siguiente: Diagnóstico de litiasis mediante el uso de ANN
Grupo 1 Grupo 2
Variables o Volumen, Volumen,
marcadores utilizados pH, pH,
Creatinina, Creatinina,
Ácido úrico, Sodio, Ácido úrico, Sodio,
Citrato, Citrato,
Oxalato, Oxalato,
Calcio, Calcio,
y Fosfato Fosfato
Urea, Proteinuria,
Potasio,
Cloruro,
y Magnesio
Porcentaje de éxito en 78% 96%
el diagnóstico
Tabla 1 En resumen, pues, lo que la presente invención propone es el uso de redes neuronales artificiales o ANN para la detección de la formación de piedras en los ríñones así como para establecer su composición, comprendiendo para ello el análisis multivariado con dichas Redes Neuronales Artificiales (ANN) a partir de una base de datos en la que se incluyen como parámetros de análisis más de 9 y hasta 14 marcadores metabólicos presentes en la orina, siendo dichos marcadores los siguientes:
Volumen de micción,
pH,
niveles de creatinina,
ácido úrico,
urea,
sodio,
potasio, cloruro,
citrato,
calcio,
oxalato,
magnesio,
fosfato
y proteinuria.
Descrita suficientemente la naturaleza de la presente invención, así como la manera de ponerla en práctica, no se considera necesario hacer más extensa su explicación para que cualquier experto en la materia comprenda su alcance y las ventajas que de ella se derivan, haciéndose constar que, dentro de su esencialidad, podrá ser llevada a la práctica en otras formas de realización que difieran en detalle de la indicada a título de ejemplo, y a las cuales alcanzará igualmente la protección que se recaba siempre que no se altere, cambie o modifique su principio fundamental.
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Claims

R E I V I N D I C A C I O N E S
1 - USO DE REDES NEURONALES ARTIFICIALES PARA LA DETECCIÓN DE LA FORMACIÓN DE PIEDRAS EN LOS RIÑONES Y PARA ESTABLECER SU COMPOSICIÓN, caracterizado porque comprende el análisis multivariado con Redes Neuronales Artificiales (ANN) a partir de una base de datos que comprende la utilización de, al menos, 10 marcadores metabólicos presentes en la orina como parámetros de análisis, de entre cualesquiera de los siguientes: Volumen de micción, pH, niveles de creatinina, ácido úrico, urea, sodio, potasio, cloruro, citrato, calcio, oxalato, magnesio, fosfato y proteinuria.
2 - USO DE REDES NEURONALES ARTIFICIALES PARA LA DETECCIÓN DE LA FORMACIÓN DE PIEDRAS EN LOS RIÑONES Y PARA ESTABLECER SU COMPOSICIÓN, según la reivindicación 1 , caracterizado porque comprende el análisis multivariado con Redes Neuronales Artificiales (ANN) a partir de una base de datos que comprende la utilización de entre 10 y 14 marcadores metabólicos presentes en la orina como parámetros de análisis, de entre los siguientes: Volumen de micción, pH, niveles de creatinina, ácido úrico, urea, sodio, potasio, cloruro, citrato, calcio, oxalato, magnesio, fosfato y proteinuria.
3 - USO DE REDES NEURONALES ARTIFICIALES PARA LA DETECCIÓN DE LA FORMACIÓN DE PIEDRAS EN LOS RIÑONES Y PARA ESTABLECER SU COMPOSICIÓN, según reivindicaciones anteriores, caracterizado porque comprende el análisis multivariado con Redes Neuronales Artificiales (ANN) a partir de una base de datos que comprende la utilización de 14 marcadores metabólicos presentes en la orina como parámetros de análisis, siendo los siguientes: Volumen de micción, pH, niveles de creatinina, ácido úrico, urea, sodio, potasio, cloruro, citrato, calcio, oxalato, magnesio, fosfato y proteinuria.
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