WO2012177817A3 - Systèmes et procédés d'identification de génotype str de contributeur en fonction d'un échantillon d'adn ayant de multiples contributeurs - Google Patents

Systèmes et procédés d'identification de génotype str de contributeur en fonction d'un échantillon d'adn ayant de multiples contributeurs Download PDF

Info

Publication number
WO2012177817A3
WO2012177817A3 PCT/US2012/043441 US2012043441W WO2012177817A3 WO 2012177817 A3 WO2012177817 A3 WO 2012177817A3 US 2012043441 W US2012043441 W US 2012043441W WO 2012177817 A3 WO2012177817 A3 WO 2012177817A3
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
str
contributor
contributors
solutions
locus
Prior art date
Application number
PCT/US2012/043441
Other languages
English (en)
Other versions
WO2012177817A2 (fr
Inventor
Brons LARSON
Robert SCHREINER
Clifford Tureman LEWIS
Original Assignee
Vor Data Systems, Inc.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Vor Data Systems, Inc. filed Critical Vor Data Systems, Inc.
Priority to AU2012272910A priority Critical patent/AU2012272910A1/en
Priority to CN201280037245.0A priority patent/CN103917662A/zh
Priority to EP12802645.7A priority patent/EP2723900A4/fr
Priority to CA2877011A priority patent/CA2877011A1/fr
Priority to JP2014517137A priority patent/JP2014523580A/ja
Publication of WO2012177817A2 publication Critical patent/WO2012177817A2/fr
Publication of WO2012177817A3 publication Critical patent/WO2012177817A3/fr
Priority to HK14113020.1A priority patent/HK1199474A1/xx

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/40—Population genetics; Linkage disequilibrium

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Ecology (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Selon l'un de ses aspects, la présente invention concerne un procédé d'analyse d'un mélange d'ADN provenant d'au moins deux contributeurs, pour identifier au moins des génotypes STR d'un contributeur à une pluralité de loci STR. Des solutions possibles peuvent être déterminées indépendamment pour chaque locus STR, chaque solution comprenant le nombre de contributeurs, un génotype STR pour chaque contributeur à ce locus, un rapport d'abondance de leurs contributions respectives et un score de confiance. Les solutions les plus probables pour le locus STR ayant le score de confiance le plus élevé sont ensuite utilisées en tant qu'éléments donnés, en fonction desquels les solutions pour les autres loci STR peuvent être obtenues séquentiellement, dans chaque cas en utilisant comme éléments donnés les solutions les plus probables pour tous loci analysés auparavant. Les génotypes STR, qui partagent comme éléments donnés le nombre de contributeurs et le rapport d'abondance utilisés dans la solution la plus probable pour le locus STR analysé en dernier, sont émis.
PCT/US2012/043441 2011-06-22 2012-06-21 Systèmes et procédés d'identification de génotype str de contributeur en fonction d'un échantillon d'adn ayant de multiples contributeurs WO2012177817A2 (fr)

Priority Applications (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
AU2012272910A AU2012272910A1 (en) 2011-06-22 2012-06-21 Systems and methods for identifying a contributor's STR genotype based on a DNA sample having multiple contributors
CN201280037245.0A CN103917662A (zh) 2011-06-22 2012-06-21 根据具有多个供体的dna样本来识别供体的str的系统和方法
EP12802645.7A EP2723900A4 (fr) 2011-06-22 2012-06-21 Systèmes et procédés d'identification de génotype str de contributeur en fonction d'un échantillon d'adn ayant de multiples contributeurs
CA2877011A CA2877011A1 (fr) 2011-06-22 2012-06-21 Systemes et procedes d'identification de genotype str de contributeur en fonction d'un echantillon d'adn ayant de multiples contributeurs
JP2014517137A JP2014523580A (ja) 2011-06-22 2012-06-21 複数の寄与体を有するｄｎａ試料に基づいて寄与体のｓｔｒ遺伝子型を識別するためのシステムおよび方法
HK14113020.1A HK1199474A1 (en) 2011-06-22 2014-12-29 Systems and methods for identifying a contributors str genotype based on a dna sample having multiple contributors dna str

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201161499965P 2011-06-22 2011-06-22
US61/499,965 2011-06-22

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO2012177817A2 WO2012177817A2 (fr) 2012-12-27
WO2012177817A3 true WO2012177817A3 (fr) 2014-05-01

Family

ID=47423195

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/US2012/043441 WO2012177817A2 (fr) 2011-06-22 2012-06-21 Systèmes et procédés d'identification de génotype str de contributeur en fonction d'un échantillon d'adn ayant de multiples contributeurs

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20140052383A1 (fr)
EP (1) EP2723900A4 (fr)
JP (1) JP2014523580A (fr)
CN (1) CN103917662A (fr)
AU (1) AU2012272910A1 (fr)
CA (1) CA2877011A1 (fr)
HK (1) HK1199474A1 (fr)
WO (1) WO2012177817A2 (fr)

Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104156636A (zh) * 2014-07-30 2014-11-19 中南大学 一种基于后缀数组的模糊串联重复序列识别方法
US10957421B2 (en) * 2014-12-03 2021-03-23 Syracuse University System and method for inter-species DNA mixture interpretation
GB201511445D0 (en) * 2015-06-30 2015-08-12 Secr Defence Method for interrogating mixtures of nucleic acids
US20180355347A1 (en) * 2015-12-03 2018-12-13 Syracuse University Methods and systems for determination of the number of contributors to a dna mixture
USD810112S1 (en) * 2016-10-14 2018-02-13 Illumina, Inc. Display screen or portion thereof with animated graphical user interface
US10824611B2 (en) 2018-07-05 2020-11-03 Sap Se Automatic determination of table distribution for multinode, distributed database systems
CN112326773B (zh) * 2020-10-16 2024-01-12 华中科技大学鄂州工业技术研究院 一种高通量分析IgG糖肽的方法
CN112967759B (zh) * 2021-05-06 2023-11-14 内蒙古博佰网络科技有限公司 基于内存堆栈技术的dna物证鉴定str分型比对方法
CN113160892B (zh) * 2021-05-25 2023-12-01 北京众诚天合系统集成科技有限公司 一种混合dna分型亲缘关系确定方法及系统
CN114373507B (zh) * 2022-01-27 2022-07-05 中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心) 一种混合dna图谱的分析方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20020152035A1 (en) * 2001-02-02 2002-10-17 Perlin Mark W. Method and system for DNA mixture analysis
US20090226916A1 (en) * 2008-02-01 2009-09-10 Life Technologies Corporation Automated Analysis of DNA Samples

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB0130674D0 (en) * 2001-12-21 2002-02-06 Sec Dep Of The Home Department Improvements in and relating to interpreting data
JP5587197B2 (ja) * 2007-11-19 2014-09-10 フォレンジック サイエンス サービス リミテッド Ｄｎａ証拠の考察に関する改善

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20020152035A1 (en) * 2001-02-02 2002-10-17 Perlin Mark W. Method and system for DNA mixture analysis
US20090226916A1 (en) * 2008-02-01 2009-09-10 Life Technologies Corporation Automated Analysis of DNA Samples

Also Published As

Publication number Publication date
AU2012272910A1 (en) 2014-02-06
EP2723900A2 (fr) 2014-04-30
HK1199474A1 (en) 2015-07-03
CA2877011A1 (fr) 2012-12-27
WO2012177817A2 (fr) 2012-12-27
US20140052383A1 (en) 2014-02-20
JP2014523580A (ja) 2014-09-11
CN103917662A (zh) 2014-07-09
EP2723900A4 (fr) 2015-06-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2012177817A3 (fr) Systèmes et procédés d'identification de génotype str de contributeur en fonction d'un échantillon d'adn ayant de multiples contributeurs
WO2016145331A8 (fr) Procédés de spectrométrie de masse dépendante des données d'un mélange d'analytes biomoléculaires
Johnson et al. Evaluating methods for isolating total RNA and predicting the success of sequencing phylogenetically diverse plant transcriptomes
Patin et al. Effects of OTU clustering and PCR artifacts on microbial diversity estimates
Linderholm Ancient DNA: the next generation–chapter and verse
WO2017143155A3 (fr) Modification multiplex de cellules à l'aide d'une bancothèque d'acides nucléiques et de son analyse
ATE517192T1 (de) Verfahren zur isolierung von zellen
WO2016100955A3 (fr) Compositions et procédés d'appauvrissement ciblé, d'enrichissement et de séparation d'acides nucléiques utilisant les protéines du système cas/crispr
CA2867508C (fr) Analyse d'acide nucleique a base d'immunofluorescence et de fluorescence sur un echantillon unique
ATE522627T1 (de) Verfahren zur herstellung von nukleinsäuresonden
WO2010129019A3 (fr) Procédés et systèmes de séquençage en temps réel
WO2010144150A3 (fr) Procédés et systèmes analytiques en temps réel
WO2014151764A3 (fr) Procédés et compositions pour classification d'échantillons
CA2812115C (fr) Marqueurs epigenetiques de cancers colorectaux et methodes de diagnostic les utilisant
WO2012135815A3 (fr) Procédés et nécessaires pour détection d'acides nucléiques spécifiques de pathogène, exempts de cellules
WO2008080403A8 (fr) Enregistrement de sections d'images basé sur des traits
WO2006085778A3 (fr) Systeme et procede de priorisation d'informations
WO2013112677A3 (fr) Isolation par filtre coupe-bande pour analyse de masse ms3
WO2009148560A3 (fr) Procédés et compositions pour un séquençage d'acide nucléique
WO2009123762A3 (fr) Procédé de criblage de cellules individuelles pour la production d'agents biologiquement actifs
WO2017201102A8 (fr) Procédé de séquençage amélioré par identification de brin
WO2012103025A3 (fr) Procédés pour obtenir des cellules individuelles et leurs applications dans les technologies en -omiques
WO2008084409A3 (fr) Moyen d'identification d'une souche isolée à partir d'un échantillon clinique au niveau de l'espèce et/ou de la sous-espèce
WO2012159025A3 (fr) Analyse de conformation de chromosome
NZ610067A (en) Predicting progression to advanced age-related macular degeneration using a polygenic score

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 12802645

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A2

ENP Entry into the national phase

Ref document number: 2014517137

Country of ref document: JP

Kind code of ref document: A

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2012802645

Country of ref document: EP

ENP Entry into the national phase

Ref document number: 2012272910

Country of ref document: AU

Date of ref document: 20120621

Kind code of ref document: A

ENP Entry into the national phase

Ref document number: 2877011

Country of ref document: CA