WO2011111820A1 - 肺癌または子宮頸癌の診断マーカー - Google Patents

肺癌または子宮頸癌の診断マーカー Download PDF

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WO2011111820A1
WO2011111820A1 PCT/JP2011/055777 JP2011055777W WO2011111820A1 WO 2011111820 A1 WO2011111820 A1 WO 2011111820A1 JP 2011055777 W JP2011055777 W JP 2011055777W WO 2011111820 A1 WO2011111820 A1 WO 2011111820A1
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cancer
seq
base sequence
nucleic acid
diagnostic marker
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PCT/JP2011/055777
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English (en)
French (fr)
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悟朗 寺井
統泰 光山
絵理 迫田
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株式会社インテックシステム研究所
独立行政法人産業技術総合研究所
社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Definitions

  • the present invention relates to a cancer diagnostic marker or a detection product thereof.
  • Cancer is one of the leading causes of death worldwide. According to the World Health Organization (WHO), approximately 13% (7.9 million) of deaths worldwide were reported to have died from cancer in 2007. In addition, the number of deaths due to cancer is expected to increase in the future. Under such circumstances, various cancer diagnostic markers have been researched and developed by researchers and experts all over the world for early diagnosis, prognosis or improvement of cancer. For example, ⁇ -fetoprotein, CEA, CA19-9, PSA, SCC and the like are conventionally used.
  • Classification of cancer diagnostic markers includes low molecular weight compounds, DNA (Deoxyribonucleic acid), mRNA (messenger ribonucleic acid), proteins, sugar chains, and the like.
  • Patent Document 1 describes that mRNA having a specific base sequence can be used as a diagnostic marker for lung cancer.
  • Patent Document 2 describes that mRNA encoding a specific CAPN10 can be used as a diagnostic marker for type 2 diabetes.
  • Patent Document 3 describes that GPC3 protein can be used as a diagnostic marker for liver cancer.
  • Patent Document 4 describes that a protein having a specific amino acid sequence can be used as a diagnostic marker for liver cancer.
  • Examples of methods for detecting a cancer diagnostic marker include immunoassay, real-time PCR, RT-PCR, Southern blot, Northern blot, and the like.
  • Patent Document 1 describes an inspection method using RT-PCR.
  • Patent Document 2 and Patent Document 3 describe inspection methods using real-time PCR.
  • Patent Document 4 describes a test method using an immunoassay.
  • cancer diagnostic markers are only one index for measuring the possibility of cancer, and even if the diagnostic result is negative, the cancer cannot be completely denied. Therefore, in the medical field, cancer may be evaluated by combining multiple types of cancer diagnostic markers. Therefore, a new cancer diagnostic marker is necessary to further improve the diagnostic accuracy.
  • the present invention has been made in view of the above circumstances, and an object thereof is to provide a novel cancer diagnostic marker.
  • a polynucleotide that hybridizes with a nucleic acid comprising the base sequence of SEQ ID NO: 1 or a part thereof, or a complementary strand thereof.
  • this polynucleotide can bind to mRNA strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, this polynucleotide can be used for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer.
  • a cancer diagnostic agent comprising a polynucleotide that hybridizes with a nucleic acid comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a part thereof, or a complementary strand thereof.
  • This cancer diagnostic agent contains a polynucleotide that has been demonstrated to be able to bind to mRNA that is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, if this diagnostic agent is used and further a diagnostic method known in the art is used, cancer can be diagnosed.
  • a cancer diagnostic kit comprising a cancer diagnostic agent having a polynucleotide that hybridizes with a nucleic acid comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a part thereof, or a complementary strand thereof.
  • This cancer diagnostic kit contains a cancer diagnostic agent having a polynucleotide that has been demonstrated to be able to bind to mRNA that is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in the examples described later. Therefore, using this cancer diagnostic kit makes it possible to diagnose cancer.
  • a cancer diagnostic marker comprising an RNA chain having the base sequence of SEQ ID NO: 1.
  • this cancer diagnostic marker is overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, if this cancer diagnostic marker and a diagnostic method known in the art are used, a cancer can be diagnosed.
  • a cancer diagnostic marker comprising an RNA chain having the base sequence from 1071st G to 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • this cancer diagnostic marker is overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, if this cancer diagnostic marker and a diagnostic method known in the art are used, a cancer can be diagnosed.
  • a cancer diagnostic marker comprising an RNA chain having the base sequence of SEQ ID NO: 1 or the 1071st G to 3379th A base sequence of SEQ ID NO: 1
  • a method for examining a subject's cancer comprising the step of detecting.
  • This method for examining cancer includes a step of detecting a cancer diagnostic marker which is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in the examples described later. Therefore, cancer can be diagnosed by using this method.
  • a cancer diagnostic marker comprising an RNA chain having the base sequence of SEQ ID NO: 1 or the 1071st G to 3379th A base sequence of SEQ ID NO: 1
  • a method for examining the prognosis of cancer in a subject comprising the step of detecting.
  • the method for examining the prognosis of cancer includes a step of detecting a cancer diagnostic marker that is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, if this method is used, the prognosis of cancer can be diagnosed.
  • a cancer diagnostic marker comprising an RNA chain having a base sequence of SEQ ID NO: 1 or a 1071st G to 3379th A base sequence of SEQ ID NO: 1 in a test sample derived from a subject.
  • an apparatus for diagnosing cancer provided with an output unit that outputs the result of the determination.
  • This cancer diagnostic apparatus includes a step of detecting a cancer diagnostic marker that is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in the examples described later. Therefore, if this apparatus is used, it becomes possible to diagnose cancer.
  • the above-described apparatus is an aspect of the present invention, and the apparatus of the present invention may be any combination of the above-described components.
  • the method, system, computer program, recording medium, etc. of the present invention have the same configuration.
  • a cancer comprising a computer comprising an RNA chain having a base sequence of SEQ ID NO: 1 or a 1071st G to a 3379th A base sequence of SEQ ID NO: 1 in a test sample derived from a subject Detecting a diagnostic marker; quantifying the amount of the cancer diagnostic marker based on a detection intensity of the cancer diagnostic marker; and determining whether the amount of the cancer diagnostic marker exceeds a predetermined threshold And a program for cancer diagnosis for executing the step of outputting the determination result.
  • This cancer diagnostic program includes a step of detecting a cancer diagnostic marker that is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, using this cancer diagnosis program makes it possible to diagnose cancer.
  • an antibody that binds to a nucleic acid comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a part thereof, or a complementary chain thereof.
  • this antibody can be used for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer.
  • the polynucleotide, the cancer diagnostic agent, the cancer diagnostic kit, the cancer diagnostic marker, the method for examining the cancer, the method for examining the prognosis of the cancer, the device for cancer diagnosis, the program for cancer diagnosis, And the antibody has a nucleotide sequence in which SEQ ID NO: 1 has a homology of 80% or more with respect to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, wherein one or several bases are deleted, substituted or substituted in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1
  • the present invention also provides a polynucleotide that hybridizes with a nucleic acid encoding mouse NKX1-2 ortholog protein, a complementary strand of the nucleic acid, or a part thereof.
  • this polynucleotide can bind to a nucleic acid encoding a mouse NKX1-2 ortholog protein that is strongly suggested to be overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, this polynucleotide can be used for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer.
  • a cancer diagnostic marker including mouse NKX1-2 ortholog protein is provided.
  • this cancer diagnostic marker is overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, if this cancer diagnostic marker and a diagnostic method known in the art are used, a cancer can be diagnosed.
  • the present invention also provides a mouse NKX1-2 ortholog protein-binding antibody that binds to a cancer diagnostic marker, including mouse NKX1-2 ortholog protein.
  • this mouse NKX1-2 ortholog protein-binding antibody can be used for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer.
  • the present invention also provides a polynucleotide that binds to a cancer diagnostic marker, including mouse NKX1-2 ortholog protein.
  • this polynucleotide can be used for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer.
  • cancer diagnosis can be performed by a method different from the conventional method. Or since the novel substance couple
  • FIG. 1 is a functional block diagram showing the overall configuration of the cancer diagnosis apparatus 1000.
  • FIG. 2 is a flowchart for explaining the operation of the cancer diagnosis apparatus 1000.
  • FIG. 3 is a view showing the positional relationship between the mouse NKX1-2 ortholog gene in the genomic DNA and the SCpair67633_L primer and the like.
  • FIG. 4 is a diagram showing the positional relationship between the position corresponding to the mouse NKX1-2 ortholog gene in mRNA, the position corresponding to the poly A signal, the intron, and various primers.
  • the cancer diagnostic marker according to the present embodiment is a cancer diagnostic marker including an RNA chain, which includes the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence from the 1070th G to the 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • RNA chain which includes the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence from the 1070th G to the 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • the RNA strand is overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later.
  • the expression of the RNA chain is not detected in adjacent normal cells, and it is strongly suggested that the expression specificity is high in lung cancer or cervical cancer. Therefore, the cancer diagnostic marker can be suitably used as a cancer diagnostic marker for lung cancer or cervical cancer.
  • the above-mentioned cancer diagnostic marker is used as a cancer diagnostic marker for cancer that overexpresses the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or the RNA chain comprising the 1070th G to 3379th A base sequence of SEQ ID NO: 1.
  • the 1070th G of SEQ ID NO: 1 refers to the 5 ′ terminal base on the 116_L primer side of the base sequence in which DNA amplification was observed by RT-PCR using 116_L primer and 20_R primer in the examples described later It corresponds to.
  • the 3379th A in SEQ ID NO: 1 is a base located at the 3 ′ end of SEQ ID NO: 1.
  • the cancer diagnostic marker comprises an RNA chain comprising a base sequence having 80% or more homology with the base sequence of SEQ ID NO: 1 or the base sequence of 1070th G to 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • the above 80% or more preferably has 85% or more homology with SEQ ID NO: 1, more preferably 90% or more, more preferably 95% or more. And more preferably 98% or more.
  • the above-mentioned RNA strand containing a base sequence having a homology of 80% or more is compared with the RNA strand containing the base sequence of SEQ ID NO: 1 or the 1070th G to 3379th A base sequence of SEQ ID NO: 1.
  • the higher the homology is, the closer to the RNA chain containing the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of 1079th G to 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • the above-mentioned cancer diagnostic marker is a nucleotide sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of 1070th G to 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • a cancer diagnostic marker having an RNA strand comprising
  • the above one or several is preferably 30, more preferably 20, more preferably 15, more preferably 10, and more preferably 5.
  • the number is preferably 4, more preferably 3, more preferably 2, and even more preferably 1.
  • RNA strand containing a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added is the base sequence of SEQ ID NO: 1 or the base sequence of A from the 3rd to the 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • the above-mentioned cancer diagnostic marker is used under stringent conditions with respect to a nucleic acid consisting of a base sequence complementary to the base sequence of SEQ ID NO: 1 or the base sequence of 1070th G to 3379th A of SEQ ID NO: 1.
  • a cancer diagnostic marker having an RNA chain containing the base sequence of the nucleic acid to be hybridized is included.
  • control sample for example, a cell that does not develop lung cancer and cervical cancer, a normal cell, or a sample derived therefrom. Indicates the state of being.
  • being significant means, for example, that a statistically significant difference between a control sample and a test sample is evaluated using a Student's t-test, and statistical analysis is performed when p ⁇ 0.05. Can be considered significant.
  • homology is the ratio of the number of identical amino acids in two or more amino acid sequences calculated according to a method known in the art. Before calculating the ratio, the amino acid sequences of the amino acid sequences to be compared are aligned, and a gap is introduced into a part of the amino acid sequence if necessary to maximize the same ratio. Nor do any conservative substitutions be considered identical. Further, it means the ratio of the same number of amino acids to all amino acid residues including overlapping amino acids in an optimally aligned state. Alignment methods, ratio calculation methods, and related computer programs are well known in the art and use common sequence analysis programs (eg GENETYX, GeneChip Sequence Analysis, etc.) Can be measured. In addition, “homology” is obtained by calculating the ratio of the same base in two or more DNA strands or two or more RNA strands according to a method known in the art as described above. is there.
  • stringent conditions means, for example, (1) low ionic strength and high temperature for washing, for example, 0.015 M sodium chloride / 0.0015 M sodium citrate / 0.005 at 50 ° C.
  • 1% sodium dodecyl sulfate 1% sodium dodecyl sulfate, (2) denaturing agents such as formamide during hybridization, eg 50% (vol / vol) formamide and 0.1% bovine serum albumin / 0.1% ficoll / 42 ° C.
  • the stringency of the hybridization reaction can be easily determined by those skilled in the art and generally depends on the probe length, the washing temperature, and the salt concentration. In general, longer probes require higher temperatures for proper annealing, and shorter probes require lower temperatures. In general, stringency is inversely proportional to salt concentration.
  • hybridization as applied to a polynucleotide means a property that allows pairing between nucleotides by hydrogen bonding between nucleotide bases.
  • Base pairs can occur in Watson-Crick base pairs, Hoogsteen base pairs, or any other sequence specific form. Base pairs include double strands forming a double stranded structure, three or more strands forming a multi-stranded complex, a single self-hybridizing strand, or any combination thereof.
  • Hybridization reactions can also occur in cases such as initiating PCR reactions or enzymatic cleavage of polynucleotides by ribozymes. When hybridization occurs in an antiparallel arrangement between two single stranded polynucleotides, the polynucleotides are said to be “complementary” or “complementary strands”.
  • cancer refers to a disease caused by normal cells undergoing mutation and continuing to grow. Malignant cancer cells arise from all organs and tissues throughout the body, and when cancer cells grow, they become a mass of cancer tissues and invade and destroy surrounding normal tissues.
  • Cancer is lung cancer, esophageal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, adrenal cancer, biliary tract cancer, breast cancer, colon cancer, small intestine cancer, cervical cancer, endometrial cancer, ovarian cancer, bladder cancer, prostate cancer, Ureteral cancer, renal pelvic cancer, ureteral cancer, penile cancer, testicular cancer, brain tumor, cancer of central nervous system, cancer of peripheral nervous system, head and neck cancer (oral cancer, pharyngeal cancer, laryngeal cancer, nasal cavity / sinus cancer, Salivary gland cancer, thyroid cancer, etc.), skin cancer, melanoma, thyroid cancer, salivary gland cancer, blood cancer, malignant lymphoma, carcinoma or sarcoma.
  • Lung cancer includes malignant tumors that occur in the trachea, bronchi, alveolar epithelial cells, etc., and can be classified pathologically into adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, large cell carcinoma, and small cell carcinoma.
  • Adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, and large cell carcinoma are also collectively referred to as non-small cell carcinoma because the mode of progression and therapeutic response differ between small cell carcinoma and other cancers.
  • diagnostic markers for lung cancer include CEA for adenocarcinoma, ProGRP for small cell carcinoma, and SCC or Shifra 21-1 for squamous cell carcinoma (latest medical course for nursing (2nd edition), Nakayama Bookstore, 84-92 (2008/8/29)).
  • CEA adenocarcinoma
  • ProGRP small cell carcinoma
  • SCC or Shifra 21-1 for squamous cell carcinoma
  • cervical cancer is cancer of the cervix (the part that is connected to the vagina at the bottom of the uterus), and can be classified pathologically into adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, and others.
  • Conventional diagnostic markers for cervical cancer are not useful for adenocarcinoma, but CA125 and CEA are used.
  • SCC urine hCG ⁇ -CF can be used in squamous cell carcinoma (latest medical course for nursing (2nd edition), Nakayama Shoten, 106-120 (2008/8/29)). However, even if the diagnostic result by these cancer diagnostic markers alone is negative, it cannot be completely denied cancer.
  • cancer can be diagnosed by performing a method for examining a subject's cancer in a test sample derived from the subject, including a step of detecting the cancer diagnostic marker.
  • lung cancer or cervical cancer can be diagnosed.
  • diagnosis of cancer includes diagnosis of non-specific cancer or diagnosis of specific cancer such as lung cancer and cervical cancer.
  • detection includes quantitative or non-quantitative detection. As non-quantitative detection, whether or not a cancer diagnostic marker specifically overexpressed in cancer exists is present. Measurement of whether or not there is more than a certain amount of cancer diagnostic marker specifically overexpressed in cancer, the amount of cancer diagnostic marker specifically overexpressed in cancer in other samples ( For example, the measurement compared with a control sample etc. can be mentioned. Quantitative detection can include measuring the concentration or amount of a cancer diagnostic marker that is specifically overexpressed in cancer. For detection, a substance capable of binding to the cancer diagnostic marker or a derived substance derived from the cancer diagnostic marker can be used.
  • the above-mentioned “detection” step is not particularly limited, but real-time PCR, RT-PCR, real-time RT-PCR, northern blotting, microarray, immunoassay, SAGE method, CAGE method, mass spectrometry, intermolecular interaction analysis And an analysis step using one or more methods selected from the group consisting of next-generation sequencers.
  • the cancer diagnostic marker can be detected by a procedure widely used in the diagnostic field. Since detection accuracy is higher than other methods, detection by real-time PCR is preferable. For example, since microarrays have poor accuracy, in general, they are not completely verified to be expressed only by being detected by the microarray, and verification experiments such as real-time PCR are required.
  • Real-time PCR is a method for monitoring nucleic acids amplified by PCR in real time.
  • a commercially available kit such as LightCycler 480 SYBR Green Master (Roche) or the procedure described in [Real-Time PCR Experiment Guide Well understood from Principles, Yodosha, Dec. 12, 2007].
  • Total RNA can be extracted from any cell using the guanidine thiocyanate method, commercially available reagents or kits.
  • Total RNA can also be purchased from Applied Biosystems or BioChain. Cells can be purchased from Sanko Junyaku Co., Ltd. or Takara Bio Inc.
  • Examples of the monitoring method include an intercalation method, a hybridization method, and a LUX (Light Upon eXtensyon) method.
  • a typical method of intercalation is a method that measures the amount of nucleic acid using the property that a fluorescent substance such as SYBR (r) Green I enters a double-stranded nucleic acid and emits light when irradiated with excitation light. is there. Since the intensity of fluorescence increases in proportion to the amount of nucleic acid, the amount of nucleic acid amplified can be determined by measuring the fluorescence intensity.
  • the quantification method using real-time PCR is roughly divided into two quantification methods, an absolute quantification method and a relative quantification method, which can be used as appropriate.
  • RT-PCR Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction
  • a sequencer is a device that can measure the sequence structure of a DNA sequence, RNA sequence, or amino acid sequence, and includes a next-generation sequencer.
  • the “subject” means a human or other mammal (eg, rat, mouse, rabbit, cow, monkey, pig, horse, sheep, goat, dog, cat, guinea pig, hamster, etc.) or Including birds.
  • the test sample includes a sample derived from the body or excrement, for example, cells, blood, interstitial fluid, plasma, extravascular fluid, cerebrospinal fluid, synovial fluid, pleural fluid, ascites, serum, lymph fluid, body fluid. Saliva, urine, stool, sputum, pus, pathological sections or samples obtained from them (eg, cell culture fluid or extracted total sputum RNA).
  • a tissue or cell directly extracted from a diseased site or a sample obtained from the same because the diagnostic accuracy is further improved.
  • a substance capable of binding to the cancer diagnostic marker or a derived substance derived from the cancer diagnostic marker can be labeled with a labeling substance and used for real-time PCR, Northern blotting, or the like.
  • This labeling can be performed by a generally known method.
  • labeling substance it is possible to use labeling substances known to those skilled in the art, such as fluorescent dyes, enzymes, coenzymes, chemiluminescent substances, radioactive substances, etc., and specific examples include radioisotopes (32P, 14C, 125I, 3H, 131I, etc.), fluorescein, rhodamine, dansyl chloride, umbelliferone, luciferase, peroxidase, alkaline phosphatase, ⁇ -galactosidase, ⁇ -glucosidase, horseradish peroxidase, glucoamylase, lysozyme, saccharide oxidase, microperoxidase, Biotin and the like can be mentioned.
  • biotin it is preferable to further add avidin to which an enzyme such as alkaline phosphatase is bound after adding the biotin-labeled antibody.
  • diagnosis may be performed by combining two or more kinds of diagnostic markers.
  • diagnosis may be performed by combining two or more kinds of diagnostic markers.
  • cancer can be diagnosed by comprehensively evaluating the results obtained when a known diagnostic marker is examined and the results obtained when the cancer diagnostic marker is examined.
  • the diagnosis may be a diagnosis for examining the onset or progress of cancer, or a diagnosis for examining the prognosis of cancer.
  • various symptoms of cancer for example, bleeding, inflammation, swelling, lump, discomfort in the affected area, etc.
  • the diagnosis for examining the onset or progress of cancer is an important diagnosis for early detection of cancer and effective cancer treatment.
  • diagnosis that examines the progress of cancer becomes important.
  • the prognosis of cancer is generally a prediction or prospect of how the medical condition will progress after some kind of treatment.
  • the result of the diagnosis for examining the prognosis of cancer is an effective index for developing a cancer treatment plan.
  • the cancer suppressor drug can be screened.
  • cancer suppressive drugs for lung cancer or cervical cancer can be screened.
  • a cancer suppressor drug that overexpresses an RNA chain comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of 1070th G to 3379th A of SEQ ID NO: 1 can be screened.
  • the specific operation procedure of this screening is not particularly limited, for example, screening can be performed by measuring the increase / decrease in the amount of the cancer diagnostic marker before and after administration of a candidate substance for a cancer suppressant to a subject. In this case, if the amount of the cancer diagnostic marker is reduced after administering a candidate substance for a cancer suppressing drug to a subject, it can be said that the candidate substance has a function as a cancer suppressing drug.
  • FIG. 1 is a functional block diagram showing the overall configuration of the cancer diagnosis apparatus 1000.
  • the cancer diagnosis apparatus 1000 includes a cancer diagnosis marker analysis apparatus 100 that analyzes detection data of the cancer diagnosis marker in a test sample.
  • the cancer diagnosis apparatus 1000 includes an operation unit 102 for operating the cancer diagnosis marker analysis apparatus 100.
  • the cancer diagnostic apparatus 1000 includes a detection unit 104 that detects the cancer diagnostic marker in a test sample derived from a subject.
  • the cancer diagnosis apparatus 1000 includes an image display apparatus 106 that displays data output from the cancer diagnosis marker analysis apparatus 100 as an image.
  • the cancer diagnosis apparatus 1000 includes a printer 108 that prints data output from the cancer diagnosis marker analysis apparatus 100.
  • the cancer diagnosis apparatus 1000 includes a PC (personal computer) 110 that receives data output from the cancer diagnosis marker analysis apparatus 100.
  • the cancer diagnostic marker analysis apparatus 100 includes an acquisition unit 202 that acquires detection data of a cancer diagnostic marker of a test sample input from the detection unit 104.
  • the cancer diagnostic marker analyzer 100 includes a quantification unit 204 that quantifies the amount of the cancer diagnostic marker based on the detection intensity of the cancer diagnostic marker.
  • the cancer diagnostic marker analysis apparatus 100 includes a detection intensity database 206 that stores quantitative data of the comparative sample.
  • the cancer diagnostic marker analyzing apparatus 100 includes a comparison control unit 208 that compares the quantitative data of the cancer diagnostic marker of the test sample with the quantitative data of the comparative sample.
  • the cancer diagnostic marker analysis apparatus 100 includes a determination unit 210 that determines whether the amount of the cancer diagnostic marker exceeds a predetermined threshold.
  • the cancer diagnostic marker analysis apparatus 100 includes an output unit 212 that outputs a determination result.
  • FIG. 2 is a flowchart for explaining the operation of the cancer diagnosis apparatus 1000.
  • the detection unit 102 detects a cancer diagnostic marker using a thermal cycler and a spectrofluorometric method, and generates detection data.
  • This detection data is obtained by performing real-time PCR using a DNA primer set that can bind to a nucleic acid having the base sequence of SEQ ID NO: 1 against total RNA derived from a subject.
  • the detection data is the number of cycles when a predetermined fluorescence intensity is shown by real-time PCR.
  • the quantification unit 204 converts the detection data into quantitative data that can quantitatively represent the amount of the cancer diagnostic marker.
  • the quantitative data is, for example, the concentration of a cancer diagnostic marker. This concentration can be calculated from the number of cycles and initial conditions in detecting a cancer diagnostic marker.
  • the comparison control unit 208 compares the quantitative data of the cancer diagnostic marker of the test sample with the quantitative data of the comparative sample.
  • the quantitative data of the cancer diagnostic marker derived from the non-cancer specimen obtained from the detection intensity database 206 can be used as the quantitative data of the comparative sample. This comparison result is expressed as a percentage of the quantitative data of the comparative sample, with the quantitative data of the cancer diagnostic marker set to 100%.
  • the determination unit 210 acquires the comparison result from the comparison control unit 208, and determines that the cancer diagnosis is positive when the quantitative data of the cancer diagnosis marker of the test sample exceeds a predetermined threshold.
  • the predetermined threshold value can be the maximum value of quantitative data of cancer diagnostic markers derived from a plurality of non-cancer specimens.
  • the output unit 212 outputs the determination result of cancer positive or cancer negative from the determination unit 210 to the image display device 106 or the like outside the device, and the series of flow ends.
  • the cancer diagnostic apparatus 1000 can be suitably used for diagnosis of lung cancer, cervical cancer, or cancer in which the cancer diagnostic marker is overexpressed.
  • the detection unit 102 can detect cancer by RT-PCR, Northern blotting, microarray, immunoassay, SAGE method, CAGE method, mass spectrometry, intermolecular interaction analysis, or a method using a next-generation sequencer.
  • Detection data may be generated by detecting a diagnostic marker.
  • the detection data is not represented by the number of cycles but is represented by various numerical values proportional to the concentration of the cancer diagnostic marker.
  • the quantitative data converted from the detection data in the quantitative unit is also represented by various numerical values proportional to the concentration of the cancer diagnostic marker.
  • the quantitative data converted from the detection data by the quantitative unit 204 may not have a unit like a concentration, and may be a relative value.
  • the detection intensity database 206 may store quantitative data of cancer diagnostic markers of other test samples measured in the past.
  • the quantitative data of the cancer diagnostic marker of another test sample measured in the past can be used as the quantitative data of the comparative sample used by the comparison control unit 208 for comparison. If quantitative data is stored for those that have been determined to be cancer positive in the past and that have been determined to be cancer positive by a close examination by a clinician, they can be used as a positive control.
  • the comparison result obtained by the comparison control unit 208 can be expressed as a relative value as long as it represents the relationship between the quantitative data of the cancer diagnostic marker and the quantitative data of the comparative sample.
  • the output unit 212 includes the detection data, the quantitative data of the cancer diagnosis marker of the test sample, the quantitative data of the comparison sample, or a table representing the comparison result thereof, or the relationship between the cycle number and the fluorescence intensity. May be output to the image display device 106 or the like.
  • a negative control experiment may be performed in parallel using a sample that has been previously known to have no cancer diagnostic marker.
  • the cancer diagnostic marker of the test sample shows a predetermined concentration
  • the negative control shows a similar concentration or a predetermined concentration to the cancer diagnostic marker of the test sample, they are regarded as noise. .
  • a computer installed with a program capable of performing the above operations excluding the operation of the detection unit is connected to a device capable of performing real-time PCR capable of detecting a test sample, so that lung cancer, cervical cancer, or It can be used for diagnosis of cancer in which the above cancer diagnostic marker is overexpressed.
  • the device connected to the computer can detect the test sample, RT-PCR, Northern blotting, microarray, immunoassay, SAGE method, CAGE method, mass spectrometry, intermolecular interaction analysis, or An apparatus equipped with a next-generation sequencer may be used.
  • the program may be stored in a recording medium. If this recording medium is used, the program can be installed in the computer, for example.
  • the recording medium storing the program may be a non-transitory recording medium.
  • the non-transitory recording medium is not particularly limited, but may be a recording medium such as a CD-ROM.
  • Detection substance of cancer diagnostic marker> Another embodiment of the present invention is a nucleic acid detection substance that binds to a nucleic acid comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, a part of the nucleic acid, or a complementary strand thereof.
  • the type of the nucleic acid detection substance is not particularly limited as long as it is capable of binding to a nucleic acid, and includes a polynucleotide, protein, antibody, low molecular weight compound, etc., and is particularly preferably a polynucleotide.
  • a polynucleotide has excellent binding specificity with a nucleic acid, can be produced inexpensively or easily, and can be suitably used for a diagnostic technique with high detection accuracy such as real-time PCR.
  • a DNA strand is preferable. This is because it is excellent in stability and can be manufactured at a lower cost.
  • nucleic acid includes DNA bases, RNA bases, or equivalents thereof. This equivalent includes, for example, a DNA base or RNA base that has undergone chemical modification such as methylation, or a nucleic acid analog.
  • the “DNA strand” or “RNA strand” represents a form in which two or more DNA bases or RNA bases are linked.
  • a “base sequence” is a sequence of bases constituting a nucleic acid. Moreover, generally a base sequence can be represented by A (adenine), G (guanine), C (cytosine), and T (thymine).
  • A, G, C, and T are used to represent the base sequences of DNA strands and RNA strands. In the present specification, when the base sequence of an RNA chain is expressed, the above T is replaced with U (uracil).
  • the nucleotide generally includes A, G, C, T, or U.
  • the mRNA containing the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 is overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Further, in the examples described later, mRNA containing the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 was not detected in adjacent normal cells, which strongly suggests that the expression specificity is high in lung cancer or cervical cancer. And since the said nucleic acid detection substance can couple
  • cDNA complementary DNA
  • the nucleic acid detection substance can be suitably used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer also by binding to this cDNA.
  • the nucleic acid detection substance can also be suitably used as a diagnostic agent for cancer that overexpresses the mRNA.
  • the nucleic acid detection substance is a nucleic acid detection substance that binds to a nucleic acid comprising a base sequence having a homology of 80% or more with respect to the base sequence of SEQ ID NO: 1, a part of the nucleic acid, or a complementary strand thereof. Including.
  • the above 80% or more preferably has 85% or more homology with SEQ ID NO: 1, more preferably 90% or more, more preferably 95% or more. And more preferably 98% or more.
  • nucleic acid containing a base sequence having a homology of 80% or more is more similar to a nucleic acid containing a base sequence of SEQ ID NO: 1 as the homology with a nucleic acid containing the base sequence of SEQ ID NO: 1 is higher. It is because it will have.
  • the nucleic acid detection substance binds to a nucleic acid containing a base sequence in which one or several bases have been deleted, substituted or added in the base sequence of SEQ ID NO: 1, a part of the nucleic acid, or a complementary strand thereof.
  • the above one or several is preferably 30, more preferably 20, more preferably 15, more preferably 10, and more preferably 5. More preferably, it is 4, more preferably 3, more preferably 2, and even more preferably 1.
  • nucleic acid containing a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added has a smaller base deletion, substitution or addition to the nucleic acid containing the base sequence of SEQ ID NO: 1, This is because it has properties close to those of a nucleic acid containing the base sequence of SEQ ID NO: 1.
  • the nucleic acid detection substance is a nucleic acid containing a nucleic acid base sequence that hybridizes under stringent conditions to a nucleic acid consisting of a base sequence complementary to the base sequence of SEQ ID NO: 1, or a part of the nucleic acid, or Nucleic acid detection substances that bind to their complementary strands are included.
  • the nucleic acid detection substance includes SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, It may be a nucleic acid comprising the base sequence of SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, or SEQ ID NO: 27.
  • nucleic acids can be used for PCR reaction by hybridizing to the mRNA of SEQ ID NO: 1 or its cDNA in the examples described later. Therefore, these nucleic acids can be used as the nucleic acid detection substance.
  • the polynucleotide is preferably SEQ ID NO: 2 or SEQ ID NO: 3. This is because it has been demonstrated that it can be used for real-time PCR in Examples described later, and further, it can be used for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer.
  • the nucleic acid detection substance includes SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, It may be a nucleic acid containing a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the base sequence of SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, or SEQ ID NO: 27.
  • the number of one or several is preferably 5, more preferably 4, more preferably 3, more preferably 2, and still more preferably 1.
  • the nucleotide sequence of this nucleic acid detection substance is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, Any nucleotide sequence having higher homology to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, or SEQ ID NO: 27 should be capable of hybridizing to the mRNA of SEQ ID NO: 1 or its cDNA in the examples described later.
  • part of the nucleic acid means the base sequence from the 26th C to the 3379th A of the base sequence of SEQ ID NO: 1, the base from the 130th A to the 3379th A of the base sequence of SEQ ID NO: 1.
  • base sequence from 134th T to 3379th A of base sequence of SEQ ID NO: 1, base sequence of 136th A to 3379th A of base sequence of SEQ ID NO: 1, or base sequence of SEQ ID NO: 1 From the 157th T to the 3379th A base sequence (hereinafter also referred to as “the 26th to 3379th base sequence of the base sequence of SEQ ID NO: 1”), from the 26th base sequence of the SEQ ID NO: 1 A base sequence having 80% or more homology with the base sequence of the 3379th, etc., and one or several bases in the base sequence of the base sequence of SEQ ID NO: 1 from the 26th to the 3379th are deleted, substituted or Added base sequence, 26th to 3379th of the base sequence of SEQ ID NO: 1, etc.
  • nucleic acid consisting of a nucleotide sequence complementary to the base sequences
  • a nucleic acid having one or more nucleotide sequence selected from the group consisting of the nucleotide sequence of a nucleic acid that hybridizes under stringent conditions mRNA having the nucleotide sequence from the 26th to the 3379th of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 is specifically overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer by binding to a nucleic acid consisting of the nucleotide sequence from the 26th to 3379th nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or its complementary strand. . Similarly, it can also be used as a diagnostic agent for cancer overexpressing mRNA having the nucleotide sequence from the 26th to 3379th of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.
  • the “part of the nucleic acid” is the base sequence from the 1070th G to the 3379th A of SEQ ID NO: 1 (hereinafter also referred to as “the 1070th to 3379th base sequence”), the 1070th to 3379 A base sequence having 80% or more homology to the first base sequence, a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the base sequence from the 1070th to the 3379th base, from the 1070th base It includes a nucleic acid having one or more base sequences selected from the group consisting of nucleic acid base sequences that hybridize under stringent conditions to a nucleic acid base sequence complementary to the 3379th base sequence.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer by binding to a nucleic acid comprising the 1070th to 3379th nucleotide sequence or its complementary strand. Similarly, it can also be used as a diagnostic agent for cancer overexpressing mRNA having the 1070th to 3379th nucleotide sequences.
  • the “part of the nucleic acid” is the nucleotide sequence from the 1070th G to the 3325th T of SEQ ID NO: 1 (hereinafter also referred to as “the 1070th to 3325th nucleotide sequence”), the 1070th to 3325 thereof.
  • a base sequence having 80% or more homology to the first base sequence, a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the base sequence from the 1070th to the 3325th base, from the 1070th base It includes a nucleic acid having one or more base sequences selected from the group consisting of nucleic acid base sequences that hybridize under stringent conditions to a nucleic acid base sequence complementary to the 3325th base sequence.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer by binding to a nucleic acid comprising the 1070th to 3325th base sequences or its complementary strand. Similarly, it can also be used as a diagnostic agent for cancer that overexpresses the mRNA having the 1070th to 3325th base sequences.
  • the “part of the nucleic acid” is the base sequence from the 1070th G to the 2997th C of SEQ ID NO: 1 (hereinafter also referred to as “the 1070th to 2997th base sequence”), from the 1070th to 2997th.
  • a base sequence having 80% or more homology to the first base sequence, a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the base sequence from the 1070th to the 2997th base, from the 1070th base It includes a nucleic acid having one or more base sequences selected from the group consisting of nucleic acid base sequences that hybridize under stringent conditions to a nucleic acid base sequence complementary to the 2997th base sequence.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer by binding to a nucleic acid comprising the 1070th to 2997th nucleotide sequence or its complementary strand. Similarly, it can also be used as a diagnostic agent for cancer overexpressing mRNA having the 1070th to 2997th base sequences.
  • the “part of the nucleic acid” is the nucleotide sequence of the 1070th C to 2685th T of SEQ ID NO: 1 (hereinafter also referred to as the “1070th to 2685th nucleotide sequence”), the 1070th to 2685 A base sequence having 80% or more homology to the first base sequence, a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the 1070 to 2685 base sequences, from the 1070th base It includes a nucleic acid having one or more base sequences selected from the group consisting of a nucleic acid base sequence that hybridizes under stringent conditions to a nucleic acid base sequence complementary to the 2685th base sequence.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer by binding to a nucleic acid comprising the 1070th to 2685th base sequence or its complementary strand. Similarly, it can also be used as a diagnostic agent for cancer that overexpresses mRNA having the 1070th to 2685th base sequences.
  • a part of the nucleic acid means the nucleotide sequence of the 2451st C to 2541st T of SEQ ID NO: 1 (hereinafter also referred to as “2451st to 2541st nucleotide sequence”), 2451th to 2541 A base sequence having 80% or more homology to the 2nd base sequence, a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the 2451st to 2541st base sequences, from the 2451st It includes a nucleic acid having one or more base sequences selected from the group consisting of nucleic acid base sequences that hybridize under stringent conditions to a nucleic acid base sequence complementary to the 2541st base sequence.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer by binding to a nucleic acid consisting of the nucleotide sequence from 2451st to 2541st nucleotide or its complementary strand. Similarly, it can also be used as a diagnostic agent for cancer that overexpresses mRNA having the nucleotide sequence from the 2451st position to the 2541st position.
  • the length of “part of the nucleic acid” is not particularly limited, but preferably has a length that allows PCR primers and probes to hybridize. This is because if the PCR primer or probe can be hybridized, the “part of the nucleic acid” can be detected by a method such as real-time PCR or Northern blot. PCR primers and probes are generally known to lose their specificity if they are too short (PCR front line, Takeo Sekiya et al., Kyoritsu Publishing Co., Ltd., 31-39 (1997)), genetic engineering In research in the field, PCR primers and probes containing 15 or more bases are often used. Therefore, the length of the “part of the nucleic acid” preferably includes 15 or more consecutive RNA bases, more preferably includes 20 or more consecutive RNA bases, and more preferably 25 or more consecutive. Of RNA bases, more preferably 30 or more consecutive RNA bases.
  • polynucleotide includes a DNA strand composed of a plurality of DNA bases or an RNA strand composed of a plurality of RNA bases. Moreover, it is preferable that it is the length which can be used when using as a PCR primer or a probe.
  • PCR primers and probes generally have a tendency to lose their specificity if they are too short, and are known to be unsuitable as PCR primers or probes (PCR method front line, Takeo Sekiya et al., Kyoritsu Shuppan Co., Ltd., 31-39 (1997)). Therefore, PCR primers and probes containing 15 or more bases are often used in genetic engineering research.
  • the “polynucleotide” preferably includes at least 15 consecutive nucleotides. In order to further improve the specificity, the number is preferably 18 or more, more preferably 20 or more, and still more preferably 25 or more.
  • the polynucleotide can be synthesized using a DNA / RNA synthesizer. In addition, after designing an arbitrary base sequence, it can also be purchased from a DNA or RNA synthesis contractor (for example, Invitrogen Corporation, Takara Bio Inc., etc.).
  • bond means a connection between substances.
  • the linkage may be either covalent or non-covalent, and includes, for example, ionic bonds, hydrogen bonds, hydrophobic interactions, or hydrophilic interactions. It also includes hybridization between DNA strands or RNA strands.
  • antibody refers to a molecule capable of specifically binding to a specific epitope on an antigen, and includes polyclonal antibodies and monoclonal antibodies.
  • the antibody can exist in various forms, for example, Fv, Fab, F (ab ′) 2 , Fab ′, diabody, single chain antibody (eg, scFv, dsFv), peptide containing CDR, Examples include a valent specific antibody (for example, a bivalent specific antibody), a chimeric antibody, a humanized antibody, or a human antibody.
  • bonded with the existing chemical synthetic drug substance or pharmaceutical formulation, or a sugar chain modification antibody may be sufficient.
  • Polyclonal antibodies can be used in mammals (eg, rats, mice, rabbits, cows, monkeys, pigs, horses, sheep, goats, dogs, cats, for example, to induce the production of serum containing polyclonal antibodies specific for the antigen. , Guinea pigs, hamsters, etc.), birds, etc., can be used to produce antibodies by administering an immunogen containing the antigen of interest. Immunization protocols are known in the art and may be performed by any method that elicits an immune response, depending on the animal host selected [Protein Experiment Handbook, Yodosha (2003): 86-91. ].
  • Monoclonal antibodies also refer to antibodies obtained from a substantially homogeneous antibody population. That is, the individual antibodies that make up the population include those that are identical except for naturally occurring mutations that may be present in small amounts.
  • monoclonal antibodies are highly specific, and unlike conventional polyclonal antibodies that typically include different antibodies that correspond to different epitopes, each monoclonal antibody corresponds to a single epitope of the antigen.
  • a monoclonal antibody can be prepared by a method similar to the hybridoma method described in [Kohler G, Milstein C., Nature. 1975 Aug 7; 256 (5517): 495-497.]. Alternatively, it can be produced by a method similar to the recombinant method described in US Pat. No. 4,816,567.
  • Cancer diagnostic marker protein and its detection substance Another embodiment of the present invention is a cancer diagnostic marker comprising mouse NKX1-2 ortholog protein.
  • mouse NKX1-2 ortholog protein In the examples described later, it is strongly suggested that the RNA strand encoding the mouse NKX1-2 ortholog protein is overexpressed in lung cancer or cervical cancer. Therefore, in lung cancer or cervical cancer cells, the presence of an excess RNA chain encoding mouse NKX1-2 ortholog protein promotes translation of mouse NKX1-2 ortholog protein, resulting in more mice than normal cells. NKX1-2 ortholog protein is thought to exist. In the examples described later, the expression of the RNA chain encoding mouse NKX1-2 ortholog protein is not detected in adjacent normal cells, which strongly suggests high expression specificity in lung cancer or cervical cancer. Therefore, a cancer diagnostic marker containing mouse NKX1-2 ortholog protein can be suitably used as a marker for cancer diagnosis of lung cancer or cervical cancer. The cancer diagnostic marker can also be used as a diagnostic agent for cancer that overexpresses the RNA chain.
  • the mouse NKX1-2 ortholog protein has one or several amino acid sequences in the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28, an amino acid sequence having 80% or more homology to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28, and the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28.
  • an amino acid sequence having 80% or more homology to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28, and the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28 is included.
  • the mouse NKX1-2 ortholog protein contains an amino acid sequence encoded by mRNA that is strongly suggested to be specifically overexpressed in lung cancer or cervical cancer in the examples described later. Therefore, this cancer diagnostic marker can be suitably used as a marker for diagnosing lung cancer, cervical cancer, or cancer that overexpresses the mRNA.
  • the mouse NKX1-2 ortholog protein is preferably an amino acid sequence having higher homology to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28. This is because the mouse NKX1-2 ortholog protein has a property closer to a protein containing the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28 as the homology to the protein containing the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28 is higher. Because.
  • amino acid side chain properties include hydrophobic amino acids (A, I, L, M, F, P, W, Y, V), hydrophilic amino acids (R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T), amino acids having aliphatic side chains (G, A, V, L, I, P), amino acids having hydroxyl group-containing side chains (S, T, Y), sulfur atom-containing side chains Amino acids (C, M) having carboxylic acid and amide-containing side chains (D, N, E, Q), amino acids having base-containing side chains (R, K, H), and aromatic-containing Amino acids having side chains (H, F, Y, W) can be mentioned (the parentheses indicate single letter amino acids).
  • hydrophobic amino acids A, I, L, M, F, P, W, Y, V
  • hydrophilic amino acids R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T
  • amino acids having aliphatic side chains G, A
  • Another embodiment of the present invention is a protein detection substance that binds to a cancer diagnostic marker including the mouse NKX1-2 ortholog protein. Since this protein detection substance can detect the above mouse NKX1-2 ortholog protein, it can be used as a diagnostic agent for lung cancer, cervical cancer or cancer that overexpresses the RNA chain encoding the mouse NKX1-2 ortholog protein. .
  • the protein detection substance is not particularly limited as long as it has a property capable of binding to a protein, and includes a polynucleotide, a protein, an antibody, a low molecular weight compound, etc., and an antibody is particularly preferable. This is because an antibody is excellent in binding specificity with a protein and can be suitably used for a general protein detection technique such as an immunoassay.
  • nucleic acid detection substance that binds to a nucleic acid encoding mouse NKX1-2 ortholog protein, a part of the nucleic acid, or a complementary strand thereof.
  • the type of the nucleic acid detection substance is not particularly limited as long as it can bind to the nucleic acid, and includes a polynucleotide, a protein, an antibody, a low molecular compound, or the like.
  • the RNA strand encoding the mouse NKX1-2 ortholog protein is specifically overexpressed in lung cancer or cervical cancer in Examples described later. Therefore, the nucleic acid detection substance can be used as a diagnostic agent for lung cancer or cervical cancer.
  • the nucleic acid detection substance can also be used as a diagnostic agent for cancer that overexpresses the RNA strand.
  • the mouse NKX1-2 ortholog protein represents a protein having a homeodomain and having 50% or more homology in amino acid sequence with the mouse NKX1-2 protein.
  • the amino acid sequence of the mouse NKX1-2 protein can be referred to in GenBank, which is a database of National Center for Biotechnology Information (NCBI).
  • GenBank which is a database of National Center for Biotechnology Information (NCBI).
  • NCBI National Center for Biotechnology Information
  • the mouse NKX1-2 gene is, for example, [Hong et al., Gene. 1997 Oct 1; 198 (1-2): 373-8.] Or [Rovescalli et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Feb 29; 97 (5): 1982-7.] Describes this.
  • the homeodomain is a region that encodes a protein site capable of binding to DNA, and is known to exist in virtually all eukaryotes from yeast to humans (cellular molecular organisms). (3rd edition), Educational company, 409-410 (1995/06)).
  • Cancer diagnostic agent> Another embodiment of the present invention is a cancer diagnostic agent containing the nucleic acid detection substance or protein detection substance. Since this cancer diagnostic agent has the above nucleic acid detection substance or protein detection substance, it can be suitably used for diagnosing lung cancer or cervical cancer. Further, one or several bases are deleted, substituted or added in the base sequence of SEQ ID NO: 1, a base sequence having 80% or more homology with the base sequence of SEQ ID NO: 1, or the base sequence of SEQ ID NO: One or more base sequences selected from the group consisting of a nucleic acid sequence that hybridizes under stringent conditions to a nucleic acid consisting of a base sequence complementary to the base sequence of SEQ ID NO: 1. It can also be suitably used as a diagnostic agent for cancer in which mRNA or a part thereof is overexpressed.
  • diagnostic agent refers to a substance that can be used for diagnosis of a disease or a possibility of a disease of a subject or examination of a disease-related substance in a test sample derived from a subject.
  • the method of using a cancer diagnostic agent is not particularly limited.
  • the nucleic acid detection material or the protein detection material is used to specifically overexpress in cancer. Cancer can be diagnosed by detecting the mRNA present.
  • the cancer diagnostic agent can be used as a cancer diagnostic kit containing the cancer diagnostic agent.
  • This cancer diagnostic kit can be suitably used for diagnosing a cancer that can be diagnosed by the above-described cancer diagnostic agent.
  • the cancer diagnostic kit may contain instructions describing how to use or use examples when using the above-mentioned cancer diagnostic agent for cancer diagnosis, a sentence describing the location of the instructions, or various buffers. .
  • RNA derived from lung, cervix, liver, uterus, large intestine, prostate, liver, or lymph tumor tissue purchased from Applied Biosystems (hereinafter sometimes referred to as “test sample”) and from adjacent normal tissue Total RNA (hereinafter sometimes referred to as “normal sample”) was purchased and used for detection of tissue-specific overexpression of mRNA by real-time PCR.
  • this mRNA has not been detected in adjacent normal tissues. This means that the expression level of mRNA is extremely small in the adjacent normal tissue, or mRNA is not present. Therefore, this mRNA can be said to be a highly specific and highly accurate diagnostic marker. Being a highly accurate diagnostic marker has an effect of making it less likely to generate false positives derived from adjacent normal cells when diagnosing cancer negative or positive, for example.
  • the SCpair67633_L primer and the SCpair67633_R primer can be excellent detection reagents for detecting the diagnostic marker.
  • Example 2 Sequence analysis of mRNA> The RNA sequence of the overexpressed mRNA of Example 1 was examined.
  • a gene encoding mouse NKX1-2 ortholog protein (hereinafter sometimes referred to as mouse NKX1-2 ortholog gene) is upstream of the DNA sequence corresponding to the SCpair67633_L primer and SCpair67633_R primer.
  • Exists FIG. 3
  • a poly A signal (AATAAA) is present downstream of the DNA sequences corresponding to the SCpair67633_L primer and the SCpair67633_R primer.
  • Human genomic DNA sequences can be referred to in GenBank, which is a database of National Center for Biotechnology Information (NCBI).
  • RNA transcription start point The transcription start point of the overexpressed mRNA of Example 1 was examined using the 5'RACE method. First, total RNA was extracted from HEK293, a human fetal kidney-derived cell line, using TRIzol reagent (invitrogen). The extraction operation was performed according to the protocol of TRIzol reagent. Specifically, only RNA was separated by guanidine isothiocyanate / phenol / chloroform, and the precipitate was collected by isopropanol.
  • 5'RACE method was performed according to the kit protocol using GeneRacer® Kit (Invitrogen Corporation). Specifically, it was performed as follows. Under the conditions described in the GeneRacer Kit manual, the above Total RNA was CIP-treated, then TAP-treated, and GeneRacer RNA Oligo was added. Then, reverse transcription reaction was performed with SuperScript III RT. At this time, GeneRacer Random primer included in the kit was used instead of GeneRacer Oligo dT primer described in the protocol.
  • PCR using GeneRacer 3'primer and Forward GSP and Nested PCR using GeneRacer 3'Nested primer and Forward Nested GSP were performed.
  • a DNA primer of AAGGCCACCAGCTGCTCGTAGGTGAA (SEQ ID NO: 4) was used for Reverse GSP primer
  • a DNA primer of AGGGTCCCTGGAGCTGGCATCTTTCC (SEQ ID NO: 5) was used for Reverse GSP nested primer.
  • a highly accurate thermostable enzyme was used to avoid mutagenesis.
  • the PCR product was subjected to agarose gel electrophoresis to confirm size, yield and single band. When RACE products with different sizes were confirmed, up to three fragments were cloned because there was a possibility of Alternative splicing.
  • the 257th, 258th, and 259th A, T, and G from the 5 'end are the start codons of the mouse NKX1-2 ortholog gene (in the 789 bp cDNA sequence, the base of the start codon). Is underlined).
  • this 789 bp cDNA was compared with the region encoding the mouse NKX1-2 ortholog protein of human genomic DNA. Then, it was found that an intron consisting of 1582 bp exists in the region encoding the mouse NKX1-2 ortholog protein of human genomic DNA. The relevant part of the intron was between the 470th G and the 471st A from the 5 ′ end of the above 789 bp cDNA.
  • real-time PCR was performed using 151_L primer: TCAAACCCCCTTTCCCTGTCT (SEQ ID NO: 30) and 151_R primer: AGAGTTTCAGATTTGTGCGGGG (SEQ ID NO: 31) corresponding to the DNA sequence corresponding to this intron.
  • 147_L primer TGTTCACCGACCCCTTCTCC (SEQ ID NO: 32)
  • 147_R primer CTCCGCATCCTCCTCCTCTTC (sequence No. 33) was used for real-time PCR.
  • DNA amplification was not observed in any real-time PCR. That is, the result of this real-time PCR also supports the presence of an intron between the 470th G and the 471st A from the 5 ′ end of the 789 bp cDNA.
  • FIG. 4 shows the positional relationship between the position corresponding to the mouse NKX1-2 ortholog gene, the position corresponding to the poly A signal, the intron, and the main primers used in this example on the mRNA.
  • 116_L primer GCCAATGTCCTCTTCCCGTC (SEQ ID NO: 6) and 20_R primer: AGGATTTGGTTGGAAAGCCACT (SEQ ID NO: 9) RT-PCR (Reverse Transcription PCR) was performed (FIG. 4).
  • the 116_L primer is a primer complementary to the DNA sequence in the mouse NKX1-2 ortholog gene near the stop codon (TGA).
  • the 20_R primer is a primer complementary to an upstream DNA sequence separated by 28 bases from the poly A signal.
  • the nucleotide sequence of the mRNA between 16_L primer and 20_R primers deduced from human genomic DNA base sequence is 2256bp of GCCAATGTCCTCTTCCCGTC CGCCGCCTCCTTCCCGCTGACGGCTGCCGCCCCCGGGAGCCCTTTCGCGCCGTTC CTTGGGCCTTCCTACCTGACC GTTCCAAATAACCTCCCCAGGC AATGGCTTCAAAGTAAAGCACCCT GTTTGGTATTATGGATTACATTCCATGACTATGATCTTGAAATATCTAGTTCTGTTATCAGGAATGATAGAAAATATTCCCCATTTCTCCTAAATTAAGTGAAGACTTCATGGTTCATGTGACTCTCATAATATTTGATAGTATGTATTATTTAATTACTTAATATCCACTAATTAGACTCTTTTCCTTCTAAAGAAGAATGTCCCCCAAACAACACATTGTAACTTTCTAAAAGACAGTTGGTTGGTGCCAGATGAGATTAAATGCAGTTACTCTACTAGATAATAT TCACCTTACACTTCGGTAAACACT
  • 37_R primer GGAGTGTTTACCGAAGTGTAAGGTGA (SEQ ID NO: 11), 51_R primer: AGGGTGCTTTACTTTGAAGCCATT (SEQ ID NO: 13), 96_R primer: GCCTGGGGAGGTTATTTGGAAC (SEQ ID NO: 19), or 116_R primer: GGTCAGGTAGGAAGGCCCA (SEQ ID NO: 19)
  • the primer sequence is underlined in the 2256 bp cDNA sequence).
  • the primers listed in Table 2 are primers designed to be downstream from the transcription start point, not including the region corresponding to the intron, and upstream from the poly A signal.
  • the one with L at the end of ID is a forward primer
  • the one with R at the end of ID is a reverse primer.
  • a poly A signal exists further downstream of the DNA sequences corresponding to the SCpair67633_L primer and the SCpair67633_R primer. In general, it is known that when this poly A signal is present, transcription is terminated about 20 bases downstream.
  • pseudogenes of the mouse NKX1-2 ortholog gene can be confirmed in human genomic DNA.
  • a pseudogene generally encodes a gene product, but is now thought to have lost its function.
  • the DNA sequence 5′AATAAATTCTTTTTGTAGTAAATTTA 3 ′ (hereinafter also referred to as “similar DNA sequence”) is obtained. It was similar. And, downstream from the 3 ′ end of this similar DNA sequence was not similar. Furthermore, the 3 ′ end of this similar DNA sequence is located 20 bases downstream of the poly A signal. Therefore, the 3 ′ end of this similar DNA sequence is considered to be a transcription termination point.
  • Example 2 (2-3) Summary of mRNA sequence analysis Based on the above results, the positions of the transcription start point, intron, and transcription termination point were set, and when the published base sequence of genomic DNA was referenced, overexpression of Example 1 was observed.
  • the base sequence of the mRNA is estimated to be 3379 bp of (SEQ ID NO: 1).
  • the base sequence of the overexpressed mRNA in Example 1 is a base in which 25 bp, 129 bp, 133 bp, 135 bp, or 156 bp of the 5 ′ terminal base is deleted compared to this 3379 bp base sequence.
  • Sequence base sequence from 26th C to 3379th A of base sequence of SEQ ID NO: 1, base sequence of 130th A to 3379th A of base sequence of SEQ ID NO: 1, 134 of base sequence of SEQ ID NO: 1)
  • mice The amino acid sequence of overexpressing mice is encoded by mRNA NKX1-2 ortholog protein is assumed to EmuerueidaburyukyudijijieikeieieiPiesueichieichikeiaiesuefuesubuierudiaierudiPikyukeiefutiarueieieruPieibuiaruPiEipiaruieiarukeiesuerueiibuiieijikeidieiesuesuarudiPibuiarukyueruitiPidieieiJipijieijikyuEiesupieruijiesuieiiiiidieiidiPiaruaruaruPiarueruaruiarueieiaruerueruPijierueiaruesuPidieiPieijieierueiesujiiPishiidijijijiJipibuiaruesuPipijiesupijie
  • results strongly suggested that the mRNA having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 was specifically overexpressed in lung cancer or cervical cancer. Therefore, it is considered that the mRNA having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 can be used for cancer diagnosis as a cancer diagnostic marker for lung cancer or cervical cancer.
  • a nucleic acid primer or nucleic acid probe that can detect this mRNA is considered to be a cancer diagnostic agent that can be used for diagnosis of lung cancer or cervical cancer and prognosis.
  • primers that could be used for PCR reactions in the examples can be used.
  • mouse NKX1-2 ortholog protein can also be used for cancer diagnosis as a cancer diagnostic marker for lung cancer or cervical cancer.
  • the antibody that binds to the mouse NKX1-2 ortholog protein is considered to be a cancer diagnostic agent that can be used for diagnosis of lung cancer or cervical cancer and prognosis.

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Abstract

　従来とは異なる原理を備える癌の診断手段、新しい癌診断マーカー、または検出精度の優れた癌の診断手段を明らかにする。　配列番号１の塩基配列、配列番号１の塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列、配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と、ハイブリダイズするポリヌクレオチドを癌の診断に用いる。

Description

肺癌または子宮頸癌の診断マーカー
　本発明は、癌診断マーカーまたはその検出物に関する。
　癌は、全世界において主要な死亡原因の１つである。WHO（世界保健機構）によると2007年には全世界の死因の約13％（790万人）が、癌が原因で死亡したと報告されている。また、癌による死者は今後も増加していくと予測されている。そのような中、世界中の研究者や専門家によって、癌の早期診断や予後診断または改善のために種々の癌診断マーカーが研究、開発されてきた。例えば、αフェトプロテイン、CEA、CA19-9、PSA、SCCなどが従来使用されている。
　癌診断マーカーの性質を分類すると、低分子化合物、DNA(Deoxyribonucleic acid)、mRNA(messenger ribonucleic acid)、蛋白質、糖鎖などが挙げられる。例えば、特許文献１には特定の塩基配列を有するmRNAが、肺癌の診断マーカーとして使用できることが記載されている。特許文献２には特定のCAPN10をコードするmRNAが、２型糖尿病の診断マーカーとして使用できることが記載されている。特許文献３にはGPC3蛋白質が、肝臓癌の診断マーカーとして使用できることが記載されている。特許文献４には特定のアミノ酸配列を有する蛋白質が、肝臓癌の診断マーカーとして使用できることが記載されている。
　癌診断マーカーの検出方法としては、免疫測定法、リアルタイムPCR、RT-PCR、サザンブロット、ノーザンブロットなどが挙げられる。例えば、特許文献１にはRT-PCRによる検査方法が記載されている。特許文献２および特許文献３にはリアルタイムPCRによる検査方法が記載されている。特許文献４には免疫測定法による検査方法が記載されている。
特許4392163号明細書 特許4214235号明細書 特許4283227号明細書 特許4280814号明細書
　しかしながら、上記文献記載の従来技術は、以下の点で改善の余地を有していた。
　従来の癌診断マーカーは種々あるが、それらを使用しても癌を検出できない場合があった。例えば、癌の発症メカニズムは複雑であるため、癌が発症または進行していても従来の癌マーカーが通常通りに増加しないことがあった。そのため、従来とは異なる原理を備える、癌の診断手段が必要であった。
　また、従来の癌診断マーカーは癌の可能性を計るための指標のひとつに過ぎず、診断結果が陰性であってもそれだけで癌を完全に否定できるわけではなかった。そのため、医療現場では複数種の癌診断マーカーを組み合わせて癌を評価することがある。従って、より診断精度を高めるために、新しい癌診断マーカーが必要であった。
　さらに、癌の治療や、癌の進行を止めるには早期発見が重要である。しかし、早期の癌の場合には、被検試料中に存在する癌診断マーカーの量が微量である場合が多く、検出することは容易ではない。そのため、微量の癌診断マーカーを検出可能な、検出精度の優れた癌の診断手段が必要であった。
　加えて、従来の癌診断マーカーは正常細胞において偽陽性を示す事があった。そのため、正常細胞で検出され難い、癌に特異的な癌診断マーカーが必要であった。
　本発明は上記事情に鑑みてなされたものであり、新規の癌診断マーカーを提供することを目的とする。
　本発明によれば、配列番号１の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と、ハイブリダイズするポリヌクレオチドが提供される。
　このポリヌクレオチドは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されているmRNAと結合できることが実証されている。そのため、このポリヌクレオチドは、肺癌または子宮頸癌の癌診断に利用することができる。
　また、本発明によれば、配列番号１の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と、ハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む癌診断薬が提供される。
　この癌診断薬は、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されているmRNAと結合できることが実証されているポリヌクレオチドを含む。そのため、この診断薬を用いて、さらに当該技術分野で公知の診断手法を利用すれば、癌の診断が可能になる
　また、本発明によれば、配列番号１の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と、ハイブリダイズするポリヌクレオチドを有する癌診断薬を含む癌診断用キットが提供される。
　この癌診断用キットは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されているmRNAと結合できることが実証されているポリヌクレオチドを有する癌診断薬を含む。そのため、この癌診断用キットを用いれば、癌の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、配列番号１の塩基配列を有するRNA鎖を含む、癌診断マーカーが提供される。
　この癌診断マーカーは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。そのため、この癌診断マーカーおよび当該技術分野で公知の診断手法を利用すれば、癌の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、配列番号１の1071番目のGから3379番目のAの塩基配列を有するRNA鎖を含む、癌診断マーカーが提供される。
　この癌診断マーカーは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。そのため、この癌診断マーカーおよび当該技術分野で公知の診断手法を利用すれば、癌の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、被験者由来の被検試料中において、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1071番目のGから3379番目のAの塩基配列を有するRNA鎖を含む、癌診断マーカーを検出する工程を含む、被験者の癌を検査する方法が提供される。
　この癌を検査する方法は、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている癌診断マーカーを検出する工程を含む。そのため、この方法を用いれば癌の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、被験者由来の被検試料中において、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1071番目のGから3379番目のAの塩基配列を有するRNA鎖を含む、癌診断マーカーを検出する工程を含む、被験者の癌の予後を検査する方法が提供される。
　この癌の予後を検査する方法は、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている癌診断マーカーを検出する工程を含む。そのため、この方法を用いれば癌の予後の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、被験者由来の被検試料中の配列番号１の塩基配列または配列番号１の1071番目のGから3379番目のAの塩基配列を有するRNA鎖を含む、癌診断マーカーを検出する検出部と、上記癌診断マーカーの検出強度に基づいて上記癌診断マーカーの量を定量化する定量部と、上記癌診断マーカーの量が所定の閾値を越えているかどうかを判定する判定部と、上記判定の結果を出力する出力部とを備えた、癌診断用装置が提供される。
　この癌診断用装置は、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている癌診断マーカーを検出する工程を含む。そのため、この装置を利用すれば癌の診断が可能になる。
　なお、上記の装置は本発明の一態様であり、本発明の装置は、以上の構成要素の任意の組合せであってもよい。また、本発明の方法、システム、コンピュータプログラム、記録媒体なども、同様の構成を有する。
　また、本発明によれば、コンピュータに、被験者由来の被検試料中の配列番号１の塩基配列または配列番号１の1071番目のGから3379番目のAの塩基配列を有するRNA鎖を含む、癌診断マーカーを検出するステップと、前記癌診断マーカーの検出強度に基づいて前記癌診断マーカーの量を定量化するステップと、前記癌診断マーカーの量が所定の閾値を越えているかどうかを判定するステップと、前記判定の結果を出力するステップとを実行させるための、癌診断用プログラムが提供される。
　この癌診断用プログラムは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている癌診断マーカーを検出するステップを含む。そのため、この癌診断用プログラムを利用すれば癌の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、配列番号１の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と結合する抗体が提供される。
　この抗体と結合する核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖は、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。そのため、この抗体は肺癌または子宮頸癌の癌診断に利用することができる。
　なお、上記ポリヌクレオチド、上記癌診断薬、上記癌診断用キット、上記癌診断マーカー、上記癌を検査する方法、上記癌の予後を検査する方法、上記癌診断用装置、上記癌診断用プログラム、および上記抗体は、上記配列番号１が、配列番号１の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列であっても、当業者であれば当然同様の作用効果が得られることが容易に想定できる。
　また、本発明によれば、マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質をコードする核酸もしくはその核酸の相補鎖、またはそれらの一部と、ハイブリダイズするポリヌクレオチドが提供される。
　このポリヌクレオチドは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されているマウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質をコードする核酸と結合できることが実証されている。そのため、このポリヌクレオチドは、肺癌または子宮頸癌の癌診断に利用することができる。
　また、本発明によれば、マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質を含む、癌診断マーカーが提供される。
　この癌診断マーカーは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。そのため、この癌診断マーカーおよび当該技術分野で公知の診断手法を利用すれば、癌の診断が可能になる。
　また、本発明によれば、マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質を含む、癌診断マーカーに結合するマウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質結合性抗体が提供される。
　このマウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質結合性抗体が結合できる癌診断マーカーは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。そのため、このマウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質結合性抗体は肺癌または子宮頸癌の癌診断に利用することができる。
　また、本発明によれば、マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質を含む、癌診断マーカーに結合するポリヌクレオチドが提供される。
　このポリヌクレオチドが結合できる癌診断マーカーは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。そのため、このポリヌクレオチドは肺癌または子宮頸癌の癌診断に利用することができる。
　本発明によれば、新規の癌診断マーカーが提供されるため、従来とは異なる方法で癌診断が可能になる。または、その癌診断マーカーに結合する新規の物質が提供されるため、新規の癌診断薬が得られる。
図１は癌診断用装置1000の全体構成を示した機能ブロック図である。 図２は癌診断用装置1000の動作について説明するためのフローチャートである。 図３はゲノムDNAにおけるマウスNKX1-2オルソログ遺伝子と、SCpair67633_Lプライマー等との位置関係を示した図である。 図４はmRNAにおけるマウスNKX1-2オルソログ遺伝子に相当する位置、ポリAシグナル、イントロンに相当する位置、および各種プライマー等との位置関係を示した図である。
　以下、本発明の実施の形態について詳細に説明する。なお、同様な内容については、繰り返しの煩雑を避けるために適宜説明を省略する。
　＜実施形態１：癌診断マーカー＞
　本実施形態に係る癌診断マーカーは、配列番号１の塩基配列、または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含む、RNA鎖を含む癌診断マーカーである。ここで、後述する実施例で上記RNA鎖が肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。また、後述する実施例で上記RNA鎖は隣接正常細胞では発現が検出されず、肺癌または子宮頸癌における発現の特異性が高いことが強く示唆されている。そのため、上記癌診断マーカーは肺癌または子宮頸癌の癌診断マーカーとして好適に使用できる。また、上記癌診断マーカーは、同様に配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖を、過剰発現している癌の癌診断マーカーとしても使用できる。なお、配列番号１の1070番目のGとは、後述する実施例において、116_Lプライマーおよび20_Rプライマーを用いたRT-PCRでDNAの増幅が見られた塩基配列の116_Lプライマー側の５'末端の塩基に相当する。また配列番号１の3379番目のAとは、配列番号１の３'末端に位置する塩基である。
　また、上記癌診断マーカーは、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列を含むRNA鎖を有している癌診断マーカーを含む。ここで、上記８０％以上は、好ましくは配列番号１に対して８５％以上の相同性を有しており、より好ましくは９０％以上の相同性を有しており、より好ましくは９５％以上の相同性を有しており、さらに好ましくは９８％以上である。なぜならば、上記８０％以上の相同性を有する塩基配列を含むRNA鎖は、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖に対して相同性が高いほど、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖に近い性質を有していることになるからである。
　また、上記癌診断マーカーは、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列において、１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を含むRNA鎖を有している癌診断マーカーを含む。ここで、上記１若しくは数個とは、好ましくは３０個であり、より好ましくは２０個であり、より好ましくは１５個であり、より好ましくは１０個であり、より好ましくは５個であり、好ましくは４個であり、より好ましくは３個であり、より好ましくは２個であり、さらに好ましくは１個である。なぜならば、上記１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を含むRNA鎖は、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖に対して塩基の欠失、置換若しくは付加が少ないほど、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖に近い性質を有していることになるからである。
　また、上記癌診断マーカーは、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列に、相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列を含むRNA鎖を有している癌診断マーカーを含む。
　本明細書において「過剰発現」とは、コントロール試料（例えば、肺癌および子宮頸癌を発症していない細胞、正常細胞、またはそれらに由来する試料等）の発現量に比べて有意に多くの発現をしている状態を表す。ここで、有意であることは、例えばコントロール試料と被検試料との間の統計学的有意差をスチューデント（Student）のｔ検定を使用して評価し、p<0.05であるときに統計学的に有意であると見なす事ができる。
　本明細書において「相同性」とは、２つもしくは複数間のアミノ酸配列の同一のアミノ酸数の割合を、当該技術分野で公知の方法に従って算定したものである。割合を算定する前には、比較するアミノ酸配列群のアミノ酸配列を整列させ、同一の割合を最大にするために必要である場合はアミノ酸配列の一部に間隙を導入する。また、いかなる保存的置換も同一と考えない。また、最適に整列した状態において、オーバーラップするアミノ酸を含めた全アミノ酸残基に対する、同一のアミノ酸数の割合を意味する。整列のための方法、割合の算定方法、およびそれらに関連するコンピュータプログラムは、当該技術分野で従来からよく知られており、一般的な配列分析プログラム（例えば、GENETYX、GeneChip Sequence Analysisなど）を使用して測定することができる。また「相同性」は、２つもしくは複数間のDNA鎖、または２つもしくは複数間のRNA鎖において、同一の塩基の割合を、上記と同様に当該技術分野で公知の方法に従って算定したものである。
　本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、例えば（１）洗浄のための低イオン強度と高温度、例えば、５０℃において０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いる、（２）ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃において５０％（vol/vol）ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭリン酸ナトリウムバッファー(ｐＨ６．５)、および７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを用いる、または（３）４２℃において５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハート液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、および１０％のデキストラン硫酸と、４２℃において０．２ｘＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中での洗浄および５５℃のホルムアミド、次いで５５℃におけるＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣにてストリンジェントな洗浄を含む条件であっても良い。なお、ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、当業者によって容易に決定でき、一般的にプローブ長、洗浄温度、および塩濃度に依存する。一般に、長いプローブは適当なアニーリングのために高温を必要とし、短いプローブは低温を必要とする。また一般に、ストリンジェンシーは塩濃度に逆比例する。
　本明細書においてポリヌクレオチドに適用される場合の「ハイブリダイズ」とは、ヌクレオチドの塩基間の水素結合等によってヌクレオチド間の対ができる性質のことを表す。塩基対はワトソン・クリック型塩基対、フーグスティーン型塩基対、または任意の他の配列特異的な形で生じうる。塩基対は二本鎖構造を形成する二本鎖、複数本鎖複合体を形成する３本以上の鎖、単一の自己ハイブリダイズ鎖、またはこれらの任意の組み合わせを含む。ハイブリダイゼーション反応は、PCR反応の開始またはリボザイムによるポリヌクレオチドの酵素的切断のような場合にも起こりうる。ハイブリダイゼーションが２つの１本鎖ポリヌクレオチド間において逆平行配置で生じる場合、それらのポリヌクレオチドは「相補的である」または「相補鎖」と言われる。
　本明細書において「癌」とは、正常な細胞が突然変異を起こして増殖を続けることで起こる疾患である。悪性の癌細胞は全身のあらゆる臓器や組織から生じ、癌細胞が増殖すると、癌組織のかたまりとなって周囲の正常な組織に侵入し破壊する。癌は、肺癌、食道癌、胃癌、肝臓癌、膵臓癌、腎臓癌、副腎癌、胆道癌、乳癌、大腸癌、小腸癌、子宮頸癌、子宮体癌、卵巣癌、膀胱癌、前立腺癌、尿管癌、腎盂癌、尿管癌、陰茎癌、精巣癌、脳腫瘍、中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、頭頸部癌（口腔癌、咽頭癌、喉頭癌、鼻腔・副鼻腔癌、唾液腺癌、甲状腺癌等）、皮膚癌、メラノーマ、甲状腺癌、唾液腺癌、血液の癌、悪性リンパ腫、癌腫または肉腫などを含む。
　また、肺癌とは気管、気管支、肺胞の上皮細胞等に発生する悪性腫瘍を含み、病理学的には、腺癌、扁平上皮癌、大細胞癌、小細胞癌に分類できる。進展形式や治療反応性などが小細胞癌とその他の癌とでは異なるため、腺癌、扁平上皮癌および大細胞癌はまとめて非小細胞癌とも呼ばれる。カルチノイドや円柱種など、小細胞癌および非小細胞癌に含まれない少数の腫瘍もある。従来の肺癌の診断マーカーとしては、腺癌ではCEA、小細胞癌ではProGRP、扁平上皮癌ではSCCまたはシフラ21-1が使用可能である（看護のための最新医学講座(第2版)、中山書店、84-92(2008/8/29)）。しかしながら、それらは癌の可能性を計るための指標のひとつに過ぎず、診断結果が陰性であってもそれだけで癌を完全に否定できるわけではない。また、CEA等、偽陽性を示しやすい診断マーカーも存在する。そのため、他の種々の癌診断マーカーと組み合わせて評価することが多い。
　また、子宮頸癌とは子宮頸部(子宮の下部にあって膣とのつながっている部分)の癌であり、病理学的には、腺癌、扁平上皮癌、その他に分類できる。従来の子宮頸癌の診断マーカーとしては、腺癌では有用なものがないがCA125やCEAが利用されている。また、扁平上皮癌ではSCC尿中hCGβ-CFが使用可能である（看護のための最新医学講座(第2版)、中山書店、106-120(2008/8/29)）。但し、これら癌診断マーカー単独による診断結果が陰性であってもそれだけで癌を完全に否定できるわけではない。
　また、被験者由来の被検試料中において、上記癌診断マーカーを検出する工程を含む被験者の癌を検査する方法を行えば、癌の診断ができる。特に、肺癌または子宮頸癌の診断ができる。また、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖を、過剰発現している癌の診断ができる。
　なお本明細書において「癌の診断」は、非特定の癌であることの診断、または肺癌や子宮頸癌など特定の癌であることの診断を含む。また、本明細書において「検出」とは、定量的または非定量的な検出を含み、非定量的な検出としては、単に癌で特異的に過剰発現している癌診断マーカーが存在するか否かの測定、癌で特異的に過剰発現している癌診断マーカーが一定の量以上存在するか否かの測定、癌で特異的に過剰発現している癌診断マーカーの量を他の試料（例えば、コントロール試料など）と比較する測定などを挙げることができる。定量的な検出としては、癌で特異的に過剰発現している癌診断マーカーの濃度または量の測定などを挙げることができる。また、検出には上記癌診断マーカーまたは上記癌診断マーカー由来の派生物質に結合可能な物質を使用することができる。
　また、上記「検出」の工程は特に限定しないが、リアルタイムPCR、RT-PCR、リアルタイムRT-PCR、ノーザンブロッティング、マイクロアレイ、免疫測定法、ＳＡＧＥ法、ＣＡＧＥ法、質量分析法、分子間相互作用解析、および次世代シークエンサーからなる群から選ばれる１種以上の方法を用いた解析工程を含んでいても良い。この場合、診断分野において汎用されている手順で上記癌診断マーカーを検出することができる。なお、他の方法に比べて検出精度が高いため、リアルタイムPCRで検出することが好ましい。例えば、マイクロアレイは精度が悪いため、一般にはマイクロアレイで検出されただけでは発現していることが完全に実証されたことにはならず、リアルタイムPCRなどの実証実験が必要になる。さらに、マイクロアレイでは発現強度がいくつ以上の数値なら発現していると考えるかについて明確な基準がない。また、仮にマイクロアレイで高い数値が得られたとしても、クロスハイブリの可能性が否定できないため結局はリアルタイムPCRなどの実証実験が必要となる。また、リアルタイムPCRであれば微量の癌診断マーカーも検出可能である。
　リアルタイムPCRは、PCRによって増幅する核酸をリアルタイムでモニタリングする方法である。例えば、LightCycler480 SYBR Green I Master(Roche)等の市販のキットや、[原理からよくわかるリアルタイムPCR実験ガイド、羊土社、2007/12]に記載の手順によって行うことができる。なお、トータルRNAは任意の細胞からグアニジンチオシアネート法、市販の試薬またはキットを使用して抽出できる。また、トータルRNAはApplied Biosystems社やBioChain社等から購入することもできる。細胞は、三光純薬株式会社やタカラバイオ株式会社等から購入できる。上記モニタリングの方法としては、インターカレーション法、ハイブリダイゼーション法、LUX(Light Upon eXtensyon)法などが挙げられる。インターカレーション法の典型的な方法は、SYBR(r) Green Iなどの蛍光物質が二本鎖の核酸に入り込み、励起光の照射によって発光を発する特性を利用して核酸量を測定する方法である。蛍光の強さは核酸の量に比例して強くなるため、蛍光強度を測定することによって核酸の増幅量を知る事ができる。また、リアルタイムPCRを使用した定量方法では、大きく分けて絶対定量法と相対定量法の2つの定量方法がありそれらを適宜使用できる。
　RT-PCR（Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction）は、RNA鎖を鋳型に逆転写を行い、生成されたcDNAに対してPCRを行う方法である。分子間相互作用解析とは、例えばBiacoreシステムを利用した方法が挙げられる。シークエンサーとは、DNA配列、RNA配列、またはアミノ酸配列の配列構造を計測できる装置のことであり、次世代シークエンサーを含む。
　また、本明細書において「被検者」とは、ヒトもしくはその他哺乳動物（例えば、ラット、マウス、ウサギ、ウシ、サル、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、モルモット、ハムスターなど）または鳥類を含む。また、被検試料とは身体や排泄物由来の試料を含み、例えば、細胞、血液、間質液、血漿、血管外液、脳脊髄液、滑液、胸膜液、腹水、血清、リンパ液、体液、唾液、尿、便、痰、膿、病理切片またはそれらから得られる試料（例えば、細胞の培養液や抽出されたtotal RNAなど）を含む。被検試料としては、より診断精度が上がるため、疾患部位から直接的に抽出された組織もしくは細胞、またはそれらから得られる試料を使用することが好ましい。
　上記検出の態様のひとつとして、上記癌診断マーカーまたは上記癌診断マーカー由来の派生物質に結合可能な物質を標識物質で標識し、リアルタイムPCRやノーザンブロッティング等に使用することができる。この標識は通常知られている方法により行うことが可能である。標識物質としては、蛍光色素、酵素、補酵素、化学発光物質、放射性物質などの当業者に公知の標識物質を用いることが可能であり、具体的な例としては、ラジオアイソトープ(32P、14C、125I、3H、131Iなど)、フルオレセイン、ローダミン、ダンシルクロリド、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ、ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ、β-グルコシダーゼ、ホースラディッシュパーオキシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカリドオキシダーゼ、マイクロペルオキシダーゼ、ビオチンなどを挙げることができる。標識物質としてビオチンを用いる場合には、ビオチン標識抗体を添加後に、アルカリホスファターゼなどの酵素を結合させたアビジンをさらに添加することが好ましい。
　また、本明細書において診断の方法としては、２種以上の診断マーカーを組み合わせて診断しても良い。そのように組み合わせて使用した場合、例えば、上記癌診断マーカーで癌であることが診断された被検試料に対して、さらに公知の診断マーカーで癌の種類を診断することが可能である。それとは逆に、公知の診断マーカーで癌であることが診断された被検試料に対して、さらに上記癌診断マーカーで肺癌または子宮頸癌であるかどうかを診断することも可能である。また、公知の診断マーカーを検査したときの結果と、上記癌診断マーカーを検査したときの結果を総合的に評価して癌を診断することができる。
　また、上記診断は癌の発症もしくは経過状況を検査するための診断、または癌の予後を検査するための診断であっても良い。通常、癌の発症前において何らかの癌診断を行わない場合、癌の種々の症状（例えば、出血、炎症、腫れ、しこり、患部の違和感等）が現れるまで気付かず、気付いた頃にはすでに手遅れになっているケースがある。従って、癌の発症もしくは経過状況を検査するための診断は、癌を早期発見でき効果的な癌治療を始めるための重要な診断である。また、癌に発症していることがわかった後も、種々の抗癌剤の効果を検証することや、癌の治療効果を検証するために、癌の経過状況を検査する診断が重要になってくる。また癌の予後とは、一般に、何らかの治療を行った後、病状がどのような経過をたどるかの予測や見通しのことである。癌の予後を検査するための診断の結果は、癌の治療計画の策定に有効な指標となる。
　また、上記癌診断マーカーを検出する工程を含む、癌抑制薬剤のスクリーニング方法を行えば、癌抑制薬剤をスクリーニングすることができる。特に、肺癌または子宮頸癌の癌抑制薬剤をスクリーニングすることができる。また、配列番号１の塩基配列または配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列を含むRNA鎖を、過剰発現している癌抑制薬剤をスクリーニングすることができる。このスクリーニングの具体的な操作手順は特に限定しないが、例えば、被験者に癌抑制薬剤の候補物質を投与前後の、上記癌診断マーカーの量の増減を測定することでスクリーニングが可能である。この場合、被験者に癌抑制薬剤の候補物質を投与後に上記癌診断マーカーの量が減少していれば、上記候補物質が癌抑制薬剤としての機能を有している可能性が高いといえる。
　図１は、癌診断用装置１０００の全体構成を示した機能ブロック図である。癌診断用装置１０００は、被検試料における上記癌診断マーカーの検出データを解析する癌診断マーカー解析装置１００を備える。癌診断用装置１０００は、癌診断マーカー解析装置１００を操作するための操作部１０２を備える。癌診断用装置１０００は、被験者由来の被検試料中の上記癌診断マーカーを検出する検出部１０４を備えている。
　また、癌診断用装置１０００は、癌診断マーカー解析装置１００から出力されるデータを画像表示する画像表示装置１０６を備える。癌診断用装置１０００は、癌診断マーカー解析装置１００から出力されるデータを印刷するプリンタ１０８を備える。癌診断用装置１０００は、癌診断マーカー解析装置１００から出力されるデータを受信するＰＣ（パーソナルコンピュータ）１１０を備える。
　一方、癌診断マーカー解析装置１００は、検出部１０４から入力される被検試料の癌診断マーカーの検出データを取得する取得部２０２を備える。癌診断マーカー解析装置１００は、癌診断マーカーの検出強度に基づいてその癌診断マーカーの量を定量化する定量部２０４を備えている。
　また、癌診断マーカー解析装置１００は、比較試料の定量データを格納する検出強度データベース２０６を備える。癌診断マーカー解析装置１００は、被検試料の癌診断マーカーの定量データと、比較試料の定量データとを比較する、比較対照部２０８を備える。
　さらに、癌診断マーカー解析装置１００は、癌診断マーカーの量が所定の閾値を越えているかどうかを判定する判定部２１０を備えている。癌診断マーカー解析装置１００は、判定の結果を出力する出力部２１２を備えている。
　図２は癌診断用装置１０００の動作を説明するためのフローチャートである。検出部１０２は、サーマルサイクラーと分光蛍光光度法を用いて、癌診断マーカーを検出し、検出データを生成する。この検出データは、被験者由来のtotal RNAに対して配列番号１の塩基配列を有する核酸に結合可能なDNAプライマーセットを用い、リアルタイムPCRを行うことで得られる。上記検出データは、リアルタイムPCRで所定の蛍光強度を示したときのサイクル数である。
　また、定量部２０４が、上記検出データを、癌診断マーカーの量を定量的に表すことのできる定量データに変換する。定量データとは、例えば癌診断マーカーの濃度である。この濃度は、サイクル数および癌診断マーカーを検出する際の初期条件から計算できる。
　また、比較対照部２０８が、被検試料の癌診断マーカーの定量データと、比較試料の定量データとを比較する。ここで比較試料の定量データは、検出強度データベース２０６から取得した非癌検体由来の癌診断マーカーの定量データを使用できる。この比較結果は、癌診断マーカーの定量データを100％に設定し、対する比較試料の定量データの百分率で表す。
　また、判定部２１０は、比較対照部２０８から上記比較結果を取得し、被検試料の癌診断マーカーの定量データが、所定の閾値を越えている場合、癌陽性と判定する。所定の閾値は、複数の非癌検体由来の癌診断マーカーの定量データの最高値とすることができる。
　また、出力部２１２は、判定部２１０から癌陽性または癌陰性の判定結果を装置の外部の画像表示装置１０６等に出力し、一連のフローが終了する。
　そして、この癌診断用装置１０００は、肺癌、子宮頸癌、または上記癌診断マーカーが過剰発現している癌の診断に好適に使用できる。
　また、変形例として、検出部１０２は、RT-PCR、ノーザンブロッティング、マイクロアレイ、免疫測定法、ＳＡＧＥ法、ＣＡＧＥ法、質量分析法、分子間相互作用解析、または次世代シークエンサーを用いた方法で癌診断マーカーを検出し、検出データを生成しても良い。その場合、検出データはサイクル数ではなく、癌診断マーカーの濃度に比例した種々の数値で表される。加えて、定量部で検出データから変換される定量データも同様に癌診断マーカーの濃度に比例した種々の数値で表される。
　別の変形例として、定量部２０４で検出データから変換される定量データは、濃度のように単位を有するものでなくても良く、相対値であっても良い。
　別の変形例として、検出強度データベース２０６には過去に測定した別の被検試料の癌診断マーカーの定量データが格納されていても良い。この場合、比較対照部２０８が比較に使用するための比較試料の定量データは、過去に測定した別の被検試料の癌診断マーカーの定量データを使用することができる。そして、過去に癌陽性であると判定されたもので、さらに臨床医による精密検査でも癌陽性であると判定されたものについて、その定量データを格納しておけば、ポジティブコントロールとして利用できる。
　別の変形例として、比較対照部２０８で得られる比較結果は、癌診断マーカーの定量データと比較試料の定量データとの関係を表すものであれば、相対値で表すこともできる。
　別の変形例として、出力部２１２は、上記検出データ、被検試料の癌診断マーカーの定量データ、比較試料の定量データ、もしくはそれらの比較結果を表した表、またはサイクル数と蛍光強度の関係を示すプロット図を、画像表示装置１０６等に出力しても良い。
　別の変形例として、検出精度を上げるために、あらかじめ癌診断マーカーが存在しないことがわかっている試料を用いて、ネガティブコントロール実験を平行して行っていても良い。この場合、仮に被検試料の癌診断マーカーが所定の濃度を示したとしても、ネガティブコントロールが被検試料の癌診断マーカーに類似の濃度、または所定の濃度を示した場合、それらはノイズとする。
　また、検出部の動作を除いた以上の動作を実行可能なプログラムがインストールされたコンピュータは、被検試料を検出可能なリアルタイムPCRを実行できる装置と接続することで、肺癌、子宮頸癌、または上記癌診断マーカーが過剰発現している癌の診断に用いることができる。なお、上記コンピュータに接続する装置は、被検試料を検出可能であれば、RT-PCR、ノーザンブロッティング、マイクロアレイ、免疫測定法、ＳＡＧＥ法、ＣＡＧＥ法、質量分析法、分子間相互作用解析、または次世代シークエンサーを備えた装置であっても良い。また上記プログラムは、記録媒体に記憶させてもよい。この記録媒体を用いれば、例えば上記コンピュータに上記プログラムをインストールすることができる。ここで、上記プログラムを記憶した記録媒体は、非一過性の記録媒体であっても良い。非一過性の記録媒体は特に限定されないが、例えばＣＤ－ＲＯＭ等の記録媒体であっても良い。
　＜実施形態２：癌診断マーカーの検出物質＞
　本発明の他の実施形態は、配列番号１の塩基配列を含む核酸もしくはその核酸の一部、またはそれらの相補鎖と結合する核酸検出物質である。この核酸検出物質は、核酸に結合できる性質のものであればその種類は特に限定せず、ポリヌクレオチド、蛋白質、抗体、または低分子化合物などを含むが、特にポリヌクレオチドであることが好ましい。なぜならば、ポリヌクレオチドは核酸との結合特異性に優れ、安価または容易に製造でき、またリアルタイムPCRのような検出精度の高い診断手法に好適に使用できるためである。またポリヌクレオチドの中でも、DNA鎖であることが好ましい。なぜならば、安定性に優れ、より安価に製造できるためである。
　なお、本明細書において「核酸」とは、DNA塩基、RNA塩基またはそれらの等価物から構成されているものを含む。この等価物とは、例えばDNA塩基またはRNA塩基がメチル化等の化学修飾を受けているもの、または核酸アナログを含む。また、「DNA鎖」または「RNA鎖」とは、DNA塩基またはRNA塩基が２個以上連結した形態のことを表す。「塩基配列」とは核酸を構成する塩基の配列である。また、一般的に塩基配列は、A（アデニン）、G（グアニン）、C（シトシン）、T（チミン）によって表すことができる。例えば、代表的なデータベースであるNCBI Reference Sequenceにおいて、DNA鎖およびRNA鎖の塩基配列を表すときにA、G、C、Tが用いられている。なお、本明細書においてRNA鎖の塩基配列を表現する場合には、上記TをU（ウラシル）に読み換えるものとする。また、ヌクレオチドとは、一般的にA、G、C、T、またはUを含む。
　ここで、後述する実施例で配列番号１の塩基配列を含むmRNAが、肺癌または子宮頸癌で過剰発現していることが強く示唆されている。また、後述する実施例で配列番号１の塩基配列を含むmRNAは隣接正常細胞では発現が検出されず、肺癌または子宮頸癌における発現の特異性が高いことが強く示唆されている。そして、上記核酸検出物質はこのmRNAに結合できるため、肺癌または子宮頸癌の診断薬として好適に使用できる。また、後述する実施例で、上記mRNAから調整したcDNA(complementary DNA)に対して結合するプライマーを用いて、上記mRNAを検出または定量できることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質はこのcDNAと結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として好適に使用できる。また、上記核酸検出物質は、同様に上記mRNAを過剰発現している癌の診断薬としても好適に使用できる。
　また、上記核酸検出物質は、配列番号１の塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列を含む核酸もしくはその核酸の一部、またはそれらの相補鎖と結合する核酸検出物質を含む。ここで、上記８０％以上は、好ましくは配列番号１に対して８５％以上の相同性を有しており、より好ましくは９０％以上の相同性を有しており、より好ましくは９５％以上の相同性を有しており、さらに好ましくは９８％以上である。なぜならば、上記８０％以上の相同性を有する塩基配列を含む核酸は、配列番号１の塩基配列を含む核酸に対して相同性が高いほど、配列番号１の塩基配列を含む核酸に近い性質を有していることになるからである。
　また、上記核酸検出物質は、配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を含む核酸もしくはその核酸の一部、またはそれらの相補鎖と結合する核酸検出物質を含む。ここで、上記１若しくは数個とは、好ましくは３０個であり、より好ましくは２０個であり、より好ましくは１５個であり、より好ましくは１０個であり、より好ましくは５個であり、より好ましくは４個であり、より好ましくは３個であり、より好ましくは２個であり、さらに好ましくは１個である。なぜならば、上記１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を含む核酸は、配列番号１の塩基配列を含む核酸に対して塩基の欠失、置換若しくは付加が少ないほど、配列番号１の塩基配列を含む核酸に近い性質を有していることになるからである。
　また、上記核酸検出物質は、配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列を含む核酸もしくはその核酸の一部、またはそれらの相補鎖と結合する核酸検出物質を含む。
　また、上記核酸検出物質は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、または配列番号２７の塩基配列を含む核酸であっても良い。これらの核酸は、後述する実施例で配列番号１のmRNAまたはそのcDNAにハイブリダイズし、PCR反応に使用できることが実証されている。そのため、これらの核酸は上記核酸検出物質として使用できる。また、上記ポリヌクレオチドとして好ましくは、配列番号２または配列番号３である。なぜならば、後述する実施例でリアルタイムPCRに使用できることが実証されており、さらには肺癌または子宮頸癌の癌診断に使用できることが実証されているためである。
　また、上記核酸検出物質は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、または配列番号２７の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を含む核酸であっても良い。ここで、この１若しくは数個とは、好ましくは５個であり、より好ましくは４個であり、より好ましくは３個であり、より好ましくは２個であり、さらに好ましくは１個である。なぜならば、この核酸検出物質の塩基配列が、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、または配列番号２７の塩基配列に対してより相同性の高い塩基配列であれば、後述する実施例で配列番号１のmRNAまたはそのcDNAにハイブリダイズできることが実証されているDNAプライマーに、より近い性質を有していることになるからである。
　また、上記「その核酸の一部」は、配列番号１の塩基配列の26番目のCから3379番目のAの塩基配列、配列番号１の塩基配列の130番目のAから3379番目のAの塩基配列、配列番号１の塩基配列の134番目のTから3379番目のAの塩基配列、配列番号１の塩基配列の136番目のAから3379番目のAの塩基配列、または配列番号１の塩基配列の157番目のTから3379番目のAの塩基配列（以下「配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列」と称することもある）、その配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、その配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、その配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有する核酸を含む。上記配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列を有するmRNAは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現していることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質は、この配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列からなる核酸またはその相補鎖と結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、同様に上記配列番号１の塩基配列の26番目から3379番目等の塩基配列を有するmRNAを過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　また「その核酸の一部」は、配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列（以下「1070番目から3379番目の塩基配列」と称することもある）、その1070番目から3379番目の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、その1070番目から3379番目の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、その1070番目から3379番目の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有する核酸を含む。上記1070番目から3379番目の塩基配列を有するmRNAは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現していることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質は、1070番目から3379番目の塩基配列からなる核酸またはその相補鎖と結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、同様に上記1070番目から3379番目の塩基配列を有するmRNAを過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　また「その核酸の一部」は、配列番号１の1070番目のGから3325番目のTの塩基配列（以下「1070番目から3325番目の塩基配列」と称することもある）、その1070番目から3325番目の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、その1070番目から3325番目の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、その1070番目から3325番目の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有する核酸を含む。上記1070番目から3325番目の塩基配列を有するmRNAは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現していることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質は、1070番目から3325番目の塩基配列からなる核酸またはその相補鎖と結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、同様に上記1070番目から3325番目の塩基配列を有するmRNAを過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　また「その核酸の一部」は、配列番号１の1070番目のGから2997番目のCの塩基配列（以下「1070番目から2997番目の塩基配列」と称することもある）、その1070番目から2997番目の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、その1070番目から2997番目の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、その1070番目から2997番目の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有する核酸を含む。上記1070番目から2997番目の塩基配列を有するmRNAは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現していることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質は、1070番目から2997番目の塩基配列からなる核酸またはその相補鎖と結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、同様に上記1070番目から2997番目の塩基配列を有するmRNAを過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　また「その核酸の一部」は、配列番号１の1070番目のCから2685番目のTの塩基配列（以下「1070番目から2685番目の塩基配列」と称することもある）、その1070番目から2685番目の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、その1070番目から2685番目の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、その1070番目から2685番目の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有する核酸を含む。上記1070番目から2685番目の塩基配列を有するmRNAは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現していることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質は、1070番目から2685番目の塩基配列からなる核酸またはその相補鎖と結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、同様に上記1070番目から2685番目の塩基配列を有するmRNAを過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　さらに「その核酸の一部」は、配列番号１の2451番目のCから2541番目のTの塩基配列（以下「2451番目から2541番目の塩基配列」と称することもある）、その2451番目から2541番目の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、その2451番目から2541番目の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、その2451番目から2541番目の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有する核酸を含む。上記2451番目から2541番目の塩基配列を有するmRNAは、後述する実施例で肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現していることが強く示唆されている。従って、上記核酸検出物質は、2451番目から2541番目の塩基配列からなる核酸またはその相補鎖と結合することによっても、肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、同様に上記2451番目から2541番目の塩基配列を有するmRNAを過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　加えて「その核酸の一部」の長さは特に限定しないが、PCRプライマーやプローブがハイブリダイズできる長さを有していることが好ましい。PCRプライマーやプローブがハイブリダイズできれば、リアルタイムPCRやノーザンブロット等の方法で上記「その核酸の一部」を検出できるためである。PCRプライマーやプローブは、一般的には、短すぎると特異性が失われることが知られており（PCR法最前線、関谷剛男ら、共立出版株式会社、31-39（1997））、遺伝子工学分野の研究では１５個以上の塩基を含むPCRプライマーやプローブが使用されることが多い。そのため、上記「その核酸の一部」の長さは、好ましくは連続した１５個以上のRNA塩基を含み、より好ましくは連続した２０個以上のRNA塩基を含み、より好ましくは連続した２５個以上のRNA塩基を含み、さらに好ましくは連続した３０個以上のRNA塩基を含む。
　本明細書において「ポリヌクレオチド」は、複数のDNA塩基からなるDNA鎖、または複数のRNA塩基からなるRNA鎖を含む。また、PCRプライマーやプローブとして使用した場合に使用可能な長さであることが好ましい。PCRプライマーやプローブは、一般的には短すぎると特異性が失われる傾向があり、PCRプライマーやプローブとして適さないことが知られている（PCR法最前線、関谷剛男ら、共立出版株式会社、31-39（1997））。そのため、遺伝子工学分野の研究では１５個以上の塩基を含むPCRプライマーやプローブが使用されることが多い。そのため、上記「ポリヌクレオチド」は少なくとも連続した１５個以上のヌクレオチドを含むことが好ましい。また、より特異性を向上させるためには連続した１８個以上であることが好ましく、連続した２０個以上であることがより好ましく、連続した２５個以上であることがさらに好ましい。なお、ポリヌクレオチドは、DNA/RNA合成装置を用いて合成可能である。その他、任意の塩基配列を設計後、DNAまたはRNA合成の受託会社（例えば、インビトロジェン株式会社やタカラバイオ株式会社等）から購入することもできる。
　本明細書において「結合する」とは、物質間の連結を意味する。連結は共有結合または非共有結合のいずれであってもよく、たとえば、イオン結合、水素結合、疎水性相互作用、または親水性相互作用が挙げられる。また、DNA鎖またはRNA鎖の間におけるハイブリダイズを含む。
　本明細書において「抗体」は、抗原上の特定のエピトープに特異的に結合することができる分子を指し、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体を含む。また、抗体は様々な形態で存在することができ、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ'）２、Ｆａｂ'、diabody、一本鎖抗体（例えば、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ）、CDRを含むペプチド、多価特異的抗体（例えば、二価特異的抗体）、キメラ抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体などが挙げられる。また、既存の化学合成医薬品原体または医薬品製剤に結合した低分子抗体、もしくは糖鎖改変抗体の形態であってもよい。
　ポリクローナル抗体は、例えば、抗原に特異的なポリクローナル抗体を含む血清の産生を誘導するために、哺乳動物（例えば、ラット、マウス、ウサギ、ウシ、サル、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、モルモット、ハムスターなど）や鳥類等に、目的の抗原を含む免疫原を投与することによって抗体を生成することが可能である。免疫プロトコルは、当該技術分野で公知であり、選択する動物宿主に伴い、免疫応答を誘発する任意の方法によって実施される場合がある[タンパク質実験ハンドブック, 羊土社(2003):86-91.]。
　また、モノクローナル抗体は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指す。すなわち、集団を構成する個々の抗体が、少量存在しうる自然に生じることが可能な突然変異を除いて、同一であるものを含む。一般的にモノクローナル抗体は高度に特異的であり、異なるエピトープに対応する異なる抗体を典型的に含む通常のポリクローナル抗体とは異なり、各モノクローナル抗体は抗原の単一のエピトープに対応する。また、モノクローナル抗体は、[Kohler G, Milstein C., Nature. 1975 Aug 7;256(5517):495-497.]に掲載されているようなハイブリドーマ法と同様の方法によって作ることができる。あるいは、米国特許第4816567号に記載されているような組換え法と同様の方法によって作ることができる。または、 [Clackson et al., Nature. 1991 Aug 15;352(6336):624-628.]もしくは[Marks et al., J Mol Biol. 1991 Dec 5;222(3):581-597.]に記載されているような技術と同様の方法を用いてファージ抗体ライブラリから単離してもよい。
　＜実施形態３：癌診断マーカー蛋白質およびその検出物質＞
　本発明の他の実施形態は、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質を含む、癌診断マーカーである。マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードするRNA鎖は、後述する実施例において、肺癌または子宮頸癌で過剰発現することが強く示唆されている。従って、肺癌または子宮頸癌の細胞では、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードするRNA鎖が過剰に存在するために、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質の翻訳が促進され、通常の細胞よりも多くのマウスNKX1-2オルソログ蛋白質が存在するものと考えられる。また、後述する実施例でマウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードするRNA鎖は、隣接正常細胞では発現が検出されず、肺癌または子宮頸癌における発現の特異性が高いことが強く示唆されている。そのため、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質を含む癌診断マーカーは、肺癌または子宮頸癌の癌診断のためのマーカーとして好適に使用できる。また、上記癌診断マーカーは、同様に上記RNA鎖を過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　また、上記マウスNKX1-2オルソログ蛋白質は、配列番号２８のアミノ酸配列、配列番号２８のアミノ酸配列に対して８０％以上の相同性を有するアミノ酸配列、配列番号２８のアミノ酸配列において１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、配列番号２８のアミノ酸配列をコードする塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列にコードされるアミノ酸配列、からなる群から選ばれる１種以上のアミノ酸配列を含んでいても良い。この場合、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質は、後述する実施例において肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現することが強く示唆されているmRNAにコードされているアミノ酸配列を含む。そのため、この癌診断マーカーは、肺癌、子宮頸癌または上記mRNAを過剰発現している癌の診断のためのマーカーとして好適に使用できる。なお、上記マウスNKX1-2オルソログ蛋白質は配列番号２８のアミノ酸配列に対してより相同性の高いアミノ酸配列であることが好ましい。なぜならば、上記マウスNKX1-2オルソログ蛋白質は、配列番号２８のアミノ酸配列を含む蛋白質に対して相同性が高いほど、配列番号２８のアミノ酸配列を含む蛋白質に近い性質を有していることになるからである。
　なお、上記マウスNKX1-2オルソログ蛋白質のアミノ酸配列が、配列番号２８のアミノ酸配列に対して１若しくは数個の置換がある場合には、アミノ酸側鎖の性質が保存されている別のアミノ酸に置換していることが好ましい。例えばアミノ酸側鎖の性質としては、疎水性アミノ酸（A、I、L、M、F、P、W、Y、V）、親水性アミノ酸（R、D、N、C、E、Q、G、H、K、S、T）、脂肪族側鎖を有するアミノ酸（G、A、V、L、I、P）、水酸基含有側鎖を有するアミノ酸（S、T、Y）、硫黄原子含有側鎖を有するアミノ酸（C、M）、カルボン酸及びアミド含有側鎖を有するアミノ酸（D、N、E、Q）、塩基含有側鎖を有するアミノ離（R、K、H）、および、芳香族含有側鎖を有するアミノ酸（H、F、Y、W）を挙げることができる（括弧内はいずれもアミノ酸の一文字標記を表す）。これらの各グループ内のアミノ酸同士の置換は保存的置換と総称される。あるアミノ酸配列に対する１または複数個のアミノ酸残基の欠失、付加、または他のアミノ酸による置換により修飾されたアミノ酸配列を有するポリペプチドがその生物学的活性を維持することはすでに知られている(Mark et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 1984 Sep;81(18):5662-5666.、Zoller et al., Nucleic Acids Res. 1982 Oct 25;10(20):6487-6500.、Wang et al., Science. 1984 Jun 29;224(4656):1431-1433.)。
　本発明の他の実施形態は、上記マウスNKX1-2オルソログ蛋白質を含む癌診断マーカーに結合する蛋白質検出物質である。この蛋白質検出物質は、上記のマウスNKX1-2オルソログ蛋白質を検出できるため、肺癌、子宮頸癌または上記マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードするRNA鎖を過剰発現している癌の診断薬として使用できる。なお、この蛋白質検出物質は、蛋白質に結合できる性質のものであればその種類は特に限定せず、ポリヌクレオチド、蛋白質、抗体、または低分子化合物などを含むが、特に抗体であることが好ましい。なぜならば、抗体は蛋白質との結合特異性に優れ、また免疫測定法のような一般的な蛋白質の検出手法に好適に使用できるためである。
　本発明の他の実施形態は、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードする核酸もしくはその核酸の一部、またはそれらの相補鎖と結合する核酸検出物質である。この核酸検出物質は、核酸に結合できる性質のものであればその種類は特に限定せず、ポリヌクレオチド、蛋白質、抗体、または低分子化合物などを含む。ここで、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードするRNA鎖は、後述する実施例において、肺癌または子宮頸癌で特異的に過剰発現することが強く示唆されている。そのため、上記核酸検出物質は肺癌または子宮頸癌の診断薬として使用できる。また、上記核酸検出物質は、同様に上記RNA鎖を過剰発現している癌の診断薬としても使用できる。
　本明細書においてマウスNKX1-2オルソログ蛋白質とは、ホメオドメインを持ち、マウスのNKX1-2蛋白質にアミノ酸配列で５０％以上の相同性を有する蛋白質を表す。マウスのNKX1-2蛋白質のアミノ酸配列は、National Center for Biotechnology Information(NCBI)のデータベースであるGenBank等で参照できる。マウスのNKX1-2遺伝子は、例えば[Hong et al., Gene. 1997 Oct 1;198(1-2):373-8.]や[Rovescalli et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Feb 29;97(5):1982-7.]にその様態が記載されている。また、ホメオドメインとは、DNAに結合しうる蛋白質部位をコードする領域のことであり、酵母からヒトに至るまで事実上すべての真核生物で存在することが知られている（細胞の分子生物学(第3版)、教育社、409-410(1995/06)）。
　＜実施形態４：癌診断薬＞
　本発明の他の実施形態は、上記核酸検出物質または蛋白質検出物質を含む癌診断薬である。この癌診断薬は上記核酸検出物質または蛋白質検出物質を有しているため、肺癌または子宮頸癌を診断するために好適に使用できる。また、配列番号１の塩基配列、配列番号１の塩基配列に対して８０％以上の相同性を有する塩基配列、配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を含むmRNA、またはその一部が過剰発現している癌の診断薬としても好適に使用できる。
　本明細書において「診断薬」とは、被検者の疾患もしくは疾患可能性の診断、または被験者由来の被検試料における疾患関連物質の検査に関して使用可能な物質を表す。また、本明細書において癌診断薬の使用方法は特に限定しないが、例えば、被検者由来の被検試料において、上記核酸検出物質または蛋白質検出物質を用いて癌で特異的に過剰発現しているmRNAを検出することで癌の診断ができる。
　また、上記癌診断薬は上記癌診断薬を含む癌診断用キットとして使用できる。この癌診断用キットは、上記癌診断薬によって診断できる癌を診断するために好適に使用できる。なおこの癌診断用キットは、上記癌診断薬を癌診断に用いる際の使用方法もしくは使用例を記載した指示書、その指示書の所在を記載した文面、または種々のバッファーを含んでいても良い。
　以上、本発明の実施形態について述べたが、これらは本発明の例示であり、上記以外の様々な構成を採用することもできる。また、上記実施形態に記載の構成を組み合わせて採用することもできる。
　以下、本発明を実施例によりさらに説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
　＜実施例１：リアルタイムPCRによるmRNAの検出＞
　Applied Biosystems社から購入した肺、子宮頸、肝臓、子宮、大腸、前立腺、肝臓、またはリンパの腫瘍組織由来のtotal RNA（以下「被検試料」と称することもある）と、隣接正常組織由来のtotal RNA（以下「正常試料」と称することもある）を購入し、リアルタイムPCRによるmRNAの組織特異的な過剰発現の検出に用いた。
　（１－１）RNAの逆転写
　QuantiTect Rev. Transcription Kit(QUIAGEN)を用いて、被検試料および正常試料に対して逆転写反応を行い、被検試料由来のcDNAと正常試料由来のcDNAを合成した。この逆転写反応にはランダムプライマーを用いて行った。反応時間等はキットのプロトコール通りに行った。
　（１－２）リアルタイムPCR
　LightCycler480 SYBR Green I Master(Roche)を用いて、被検試料由来のcDNAと正常試料由来のcDNAに対してリアルタイムPCRを行った。プライマーはSCpair67633_Lプライマー：CCTTGCCACTTTTGCTTGGA（配列番号２）およびSCpair67633_Rプライマー：ACTGGGGACCTCTGGGTTTCT（配列番号３）を使用した。また、cDNAの確認と定量に使用するために内在性の遺伝子GAPDHに対するリアルタイムPCRも同時に行った。反応時間等はキットのプロトコール通りに行った。
　リアルタイムPCRの結果を表１に示す。肺の腫瘍組織において、リアルタイムPCRの２９サイクル目に増幅されたcDNAが確認された。そのcDNAの量を１００％としたとき、子宮頸の腫瘍組織は１１２％、肝臓の腫瘍組織は０．５０％、子宮の腫瘍組織は０．８０％であった。その他の腫瘍組織、隣接正常組織では検出されなかった（表１中ではnonと記す）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
　（１－３）結果の考察
　上記の結果より、肺と子宮頸の腫瘍組織において、過剰発現しているmRNAの存在が明らかになった。従って、この過剰発現しているmRNAは、肺癌と子宮頸癌を検出するための診断マーカーとなると考えられる。
　またこのmRNAは、隣接正常組織において検出されていない。このことは、隣接正常組織においてmRNAの発現量が極めて少ないか、またはmRNAが存在していないことを意味する。従って、このmRNAは特異性の高い高精度の診断マーカーであるといえる。高精度の診断マーカーであることは、例えば、癌の陰性または陽性を診断する際に、隣接正常細胞由来の偽陽性を発生しにくくする効果がある。加えて、SCpair67633_LプライマーおよびSCpair67633_Rプライマーは、その診断マーカーを検出するための優れた検出試薬となり得る。
　＜実施例２：mRNAの配列解析＞
　実施例１の過剰発現しているmRNAのRNA配列を調査した。なお、ヒトのゲノムDNAにおいては、上記のSCpair67633_LプライマーとSCpair67633_Rプライマーに対応するDNA配列の上流には、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードする遺伝子（以下マウスNKX1-2オルソログ遺伝子と称することもある）が存在する（図３）。また、SCpair67633_LプライマーとSCpair67633_Rプライマーに対応するDNA配列の下流には、ポリAシグナル（AATAAA）が存在する。ヒトのゲノムDNA配列は、National Center for Biotechnology Information(NCBI)のデータベースであるGenBank等で参照できる。
　（２－１）mRNAの転写開始点の解析
　実施例１の過剰発現しているmRNAについて、５'RACE法を用いて転写開始点を調べた。まず、ヒト胎児腎臓由来細胞株のHEK293から、TRIzol試薬(invitrogen)を用いてtotal RNAを抽出した。抽出操作はTRIzol試薬のプロトコール通りに行った。具体的には、グアニジンイソチオシアネート／フェノール／クロロホルムによってRNAだけを分離し、イソプロパノールにより沈殿回収を行った。
　次に、GeneRacer Kit(インビトロジェン株式会社)を使用しキットのプロトコール通りに５'RACE法を行った。具体的には、以下のように行った。GeneRacer Kitマニュアル記載の条件で、上記のTotal RNAに対してCIP処理し、次にTAP処理し、GeneRacer RNA Oligoを付加させた。そして、SuperScript III RTで逆転写反応を行った。このとき、プロトコールに記載のGeneRacer Oligo dT primerに変えてキット付属のGeneRacer Random primerを使用した。
　さらに、GeneRacer 3' primerとForward GSPを用いてのPCR、GeneRacer 3' Nested primerとForward Nested GSPを用いてのNested PCRを実施した。このとき、Reverse GSP primerにはAAGGCCACCAGCTGCTCGTAGGTGAA（配列番号４）のDNAプライマーを、Reverse GSP nested primerにはAGGGTCCCTGGAGCTGGCATCTTTCC（配列番号５）のDNAプライマーを使用した。また、変異導入を避けるために正確性の高い耐熱性酵素を使用した。PCR産物をアガロースゲル電気泳動に供し、サイズ、収量およびシングルバンドであるか否かを確認した。サイズの異なるRACE productが確認された場合には、Alternative splicingの可能性もあるので３つのフラグメントまでをクローニングした。
　次に、PCR4Blunt-TOPOへクローニングした。そして、得られたクローンのインサートサイズを確認し、目的のインサートをもつと思われるRecombinantクローンについてインサート全DNA配列の解析を実施した。その結果、CCCGAGCCCAGGCAAGCGGCCGCGGCACAGCGCCTGATAGTCCCGAGGCTGGCCCGGGCTGCGCCGGTGCCAATCGGCGCGCAGCCCCCCGCGGCGCTCTCCCCGCCCCGCCTCCCCGCCCCCCTCCCCAGCTTCACTTGGCAGCGCGGACCCGGCTCCTGGCTGGAAAGCTACCGCCAAGCCACAGCCGAAGGCAAGCCCGAGCGGCGCCATCCCCAACCCCGCGCCGCCGACCGCCGGCCCGTGGGCGACGGGCATGCTGGCATGGCAGGACGGCGGGGCCAAGGCGGCTCCCTCCCACCACAAGATTTCTTTCTCTGTCCTGGACATCCTGGACCCACAGAAATTCACCCGCGCAGCGCTCCCTGCCGTGCGCCCGGCTCCCCGGGAAGCCAGGAAAAGTTTGGCGGAGGTCGAAGCGGGGAAAGATGCCAGCTCCAGGGACCCTGTCCGACAGCTGGAGACCCCTGATGCTGCGGGCCCAGGCGCCGGCCAGGCGTCCCCCCTGGAGGGTTCCGAGGCGGAAGAGGAGGAGGATGCGGAGGATCCGAGGAGGCCGCGGCTGCGGGAGCGGGCTGCGCGCTTGCTGCCGGGCCTAGCGCGCTCACCTGACGCCCCGGCCGGGGCATTGGCGTCTGGGGAGCCCTGCGAGGACGGCGGGGGCGGCCCTGTGAGGTCCCCCCCGGGATCCCCCGGCTCCCCGCGTCCCAGGCGCCGGCGCCTGGAGCCCAACTGCGCCAAGCCGCGGCGCGCGCGCACCGCC（配列番号２９）からなる763bpのcDNAの配列が明らかになった。この763bpのcDNAのうち、５'末端から257番目、258番目、259番目のA、T、GがマウスNKX1-2オルソログ遺伝子の開始コドンである（上記789bpのcDNAの配列中、開始コドンの塩基を下線で示す）。
　またこのDNA配列解析の結果、上記789bpのcDNAとは別に、この789bpのcDNAと比較して５'末端側の塩基の25bp、129bp、133bp、135bp、または156bpが欠失しているクローンが５種類存在していた（上記789bpのcDNAの配列中、欠失しているクローンの５'末端の塩基を下線で示す）。これは、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードするmRNAは、転写開始点に少なくとも６つのバリエーションが存在するためと考えられる。
　一方で、この789bpのcDNAを、ヒトのゲノムDNAのマウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードする領域と比較した。すると、ヒトのゲノムDNAのマウスNKX1-2オルソログ蛋白質をコードする領域には、1582bpからなるイントロンが存在することがわかった。イントロンの該当箇所は、上記の789bpのcDNAの５'末端から470番目のGと471番目のAの間であった。
　また、このイントロンに相当するDNA配列内に対応するプライマーである、151_Lプライマー：TCAAACCCCCTTTCCCTGTCT（配列番号３０）および151_Rプライマー：AGAGTTTCAGATTTGTGCGGGG（配列番号３１）を用いて、リアルタイムPCRを行った。加えて、上記イントロンに相当するDNA配列内に対応するプライマーである、147_Lプライマー：TGTTCACCGACCCCTTCTCC（配列番号３２）、および上記イントロンよりも下流のDNA配列に対応するプライマーである、147_Rプライマー：CTCCGCATCCTCCTCCTCTTC（配列番号３３）を用いて、リアルタイムPCRを行った。その結果、いずれのリアルタイムPCRにおいても、DNAの増幅は見られなかった。即ち、このリアルタイムPCRの結果からも、上記の789bpのcDNAの５'末端から470番目のGと471番目のAの間に、イントロンが存在することが支持される。
　なお、mRNA上における、マウスNKX1-2オルソログ遺伝子に相当する位置、ポリAシグナル、イントロンに相当する位置、および本実施例で用いた主なプライマー等の位置関係を図４に示す。
　（２－２）mRNAの転写終結点の解析
　（２－２－１）ポリAシグナルより上流
　上述のTotal RNAを鋳型として、116_Lプライマー：GCCAATGTCCTCTTCCCGTC（配列番号６）と20_Rプライマー：AGGATTTGGTTGGAAAGCCACT（配列番号９）を用いたRT-PCR（Reverse Transcription PCR）を行った（図４）。116_LプライマーはマウスNKX1-2オルソログ遺伝子内にあって、終始コドン（TGA）近傍のDNA配列に相補的なプライマーである。20_RプライマーはポリAシグナルから２８塩基隔てた上流のDNA配列に相補的なプライマーである。
　その結果、約2310bpのDNAの増幅が確認できた。これは、ヒトのゲノムDNAに存在する、116_Lプライマーに相補的なDNA配列から、20_Rプライマーに相補的なDNA配列の間の長さに等しい。即ち、ヒトのゲノムDNAにおいて、この間に転写終結点はなく、DNAはすべて転写されていると考えられる。そして、ヒトのゲノムDNAの塩基配列から推定される16_Lプライマーと20_Rプライマーの間のmRNAの塩基配列は、GCCAATGTCCTCTTCCCGTCCGCCGCCTCCTTCCCGCTGACGGCTGCCGCCCCCGGGAGCCCTTTCGCGCCGTTCCTTGGGCCTTCCTACCTGACCCCCTTCTACGCCCCGCGTCTATGAATCCGGAGCCCCCTGGCCCCTCTTTCGCGGGATTCACGAGGGATTGGCATCGTCGTGTGCCCTCGGCTCCTCCACCGGGGGTGCAGGTGCGCGGGTGTCAGCGCACCCCTGCCCGCCGCGCGCACCCGCGATCCTCGCGGGCCACCAAGGGGTCAGGGATCTGCCGTCCTTCAAAGTGTCCGGGGACGGAGGCTGACCTCAAGCCTTGCCGTTTCTGGACCTTGCTGTTCACTTTGGGTCAGGTTTAATTCAGTTCAGGGGCTAGTTTTTGAGGGTCTGGGTGTTCGGCGCGGGGCTAACCAAGATGCCAGGAGGGAAATACAGGGAGCAGAGACGCCCTGGCTGCCAGCTGCTGGCGGCTAGGATGGAACCTTTAAAGGTGCTGGCTCATCAGAGGGTGAGAAACAGTCTCTGTTCACAACTGACAGCTTCCCCTCCTCGTGCTCGATGGTTCAGCCCAAACCCAGAGAGTTCTTCCAAATCCTGAACGAGGCTGGGGAGAGCTTGGTCCTGGAGCACAGACGGCCGCTCTGAAACGGACTATTTTTAAAATGCATAAAACTCCACATTTCTAGATCTTTACTTAAGATTCGGACTGGAACACAATACTTGTTCCAAATAACCTCCCCAGGCTATTCCTGAGAGAGGGGGTACCTTGGTTTTTGGAGTAGGCCAGAAGTTTGTGGTAGGAAAGGTGACTGATTTGCAGCTAGACTCACCTGCTAAAGTAGACACGGGTCTGTTGCACTGCAGGTTTTGAGAACAGCCTGGACCAAACCACACAGTGACCCCAAAGGCATAAAAATGATAATGAAGGCAGCGATGGCTCAACTAATATCATGAAGTCTATGCATGAGGCTGCCTACTTTGATTTGCAGTAGTTGATACTTTAAAACTTCAGTCCTGGCTTATCTGCCTGTCCCAGGGATTCCTGGGCTCCCAATAGTGAGCCAGGATGGGGAAGAGCTAGCTCCATCAGCACACACTACATGTGGACAGTTGGACTGGACTGTTTTTTAAAAGCACAAACTCAACATTTTTAGATCTTCGTCTAGGATTCTGACTTGAAAACAATTCTTGTTACAAACAGACTCTTTATGGTGGTGAACAAGCAGAGATTGTAAGGGCCCATGAAAGCAATACTTGGGTGTGAAGAGCCGTCATATTCCTAATGGATTCACCTCCAGGAATCTGATACATGGACATGCATTTTAACTGCTGCTTTTATTACCTCCCTTAAAAAATTAGTTCTGTGAAATTCCCTTGCCACTTTTGCTTGGAATACATTTCCTTTAGTTTTCTACCTAATATAATCTTGTAGCCCACGTCTCAGAAACCCAGAGGTCCCCAGTTGTGTCATGTATGTTTCATTCTCACTTTTGATTACTTGAGGCCAGCCGAGATCTGTGTGGATACCATATTCCTTGCTATTTTTTGGTAGCCTGTGCTACTAACAATCAAATTTAATGGTCAATGGCTTCAAAGTAAAGCACCCTGTTTGGTATTATGGATTACATTCCATGACTATGATCTTGAAATATCTAGTTCTGTTATCAGGAATGATAGAAAATATTCCCCATTTCTCCTAAATTAAGTGAAGACTTCATGGTTCATGTGACTCTCATAATATTTGATAGTATGTATTATTTAATTACTTAATATCCACTAATTAGACTCTTTTCCTTCTAAAGAAGAATGTCCCCCAAACAACACATTGTAACTTTCTAAAAGACAGTTGGTGCCAGATGAGATTAAAAATGCAGTTACTCTACTAGATAATATTCACCTTACACTTCGGTAAACACTCCTTTAATAACTATTTGTTGGTTTCTCAAAAGCAATATCCCATATTAAACAGACAATTCAAATGTGACAATTCCTCTGTAACAAAGAAGCTGAATTCTGTAATAAATGGGAAACATTTCATTCCAGTCTTCTCAGGTACCAGAATCATGGACTTCAGTAGAAGAGAGGGAATAGGGAGAGAGGTGGGAGGCTGATCTGTTCGTGGCCCAGCACGGTGCTGTAATTCCTGACCCTTCTGGTTTCCACAGATCATTGCAGAGTAATGCTTGAAGCGTGTGACTTTGGACTTCTGCTGCTTTAAAAGGCCCAGTGGCTTTCCAACCAAATCCT（配列番号２９）の2256bpである。
　また、上記の20_Rプライマーに変えて、37_Rプライマー：GGAGTGTTTACCGAAGTGTAAGGTGA（配列番号１１）、51_Rプライマー：AGGGTGCTTTACTTTGAAGCCATT（配列番号１３）、96_Rプライマー：GCCTGGGGAGGTTATTTGGAAC（配列番号１９）、または116_Rプライマー：GGTCAGGTAGGAAGGCCCAAG（配列番号７）を使用した場合においても、ヒトのゲノムDNAにおいて対応する長さに等しいDNAの増幅が確認できた（上記2256bpのcDNAの配列中、上記プライマーの配列を下線で示す）。
　また、表２に記載のプライマーをID毎にセットで使用した場合もDNAの増幅が確認できた。表２に記載のプライマーは、転写開始点より下流であり、イントロンに相当する領域を含まず、且つポリAシグナルより上流に位置するように設計したプライマーである。表２中、IDの末尾にLがあるものがフォワードプライマー、IDの末尾にRがあるものがリバースプライマーである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
　（２－２－２）ポリAシグナルより下流
　ヒトのゲノムDNAにおいて、SCpair67633_LプライマーとSCpair67633_Rプライマーに対応するDNA配列のさらに下流には、ポリAシグナル（AATAAA）が存在する。一般的に、このポリAシグナルが存在すると、２０塩基程度下流で転写が終結することが知られている。
　また、ヒトのゲノムDNAには、マウスNKX1-2オルソログ遺伝子の偽遺伝子と思われる領域が２種類確認できる。２種類の偽遺伝子はＸ染色体q23と、11番染色体p12に存在する。偽遺伝子とは、一般的にはかつては遺伝子産物をコードしていたが、現在はその機能を失っていると考えられているものである。形成方法にはいくつかあるが、ひとつの方法としては、機能している遺伝子から転写されたmRNAの３'末端から、レトロポゾンの逆転写酵素によって作られたcDNAがゲノム内に挿入されてできたとされている。このゲノム内に挿入されてできた偽遺伝子は、mRNAを経てできているため、この偽遺伝子の配列からmRNAの転写終結点が予測できる。
　ここで、上記のポリAシグナルおよびその下流のDNA配列と、２種類の偽遺伝子の配列を比較すると、DNA配列５'AATAAATTCTTTTTGTAGTAAATTTA３'（以下「類似していたDNA配列」と称することもある）が類似していた。そして、この類似していたDNA配列の３'末端より下流は類似していなかった。さらに、この類似していたDNA配列の３'末端はポリAシグナルの２０塩基下流に位置している。従って、この類似していたDNA配列の３'末端が転写終結点であると考えられる。
　さらに、上記の類似していたDNA配列の３'末端の、さらに下流に設計したSCpair67633_dw_Lプライマー：CCCCAAAACAGCCTGGTAGGT（配列番号３４）、およびSCpair67633_dw_Rプライマー：GCTCCTCGGCTATGTGGTTTC（配列番号３５）を用いてリアルタイムPCRを行った。その結果、DNAの増幅がみられなかった。さらに、上記の類似していたDNA配列の３'末端をまたぐように設計した14_Lプライマー：TCCTTAGACTCAATCTATTGGTGTGTTTG（配列番号３６）、および14_Rプライマー：TGAAAGCATTGCTAATAGAGAACAAGG（配列番号３７）でリアルタイムPCRを行った場合も、DNAの増幅がみられなかった。従って、これらのリアルタイムPCRの結果からも、上記の類似していたDNA配列の３'末端が転写終結点であることが支持される。
　（２－３）mRNAの配列解析のまとめ
　以上の結果より転写開始点、イントロン、転写終結点の位置を設定し、公開されているゲノムDNAの塩基配列を参照すると、実施例１の過剰発現しているmRNAの塩基配列は、CCCGAGCCCAGGCAAGCGGCCGCGGCACAGCGCCTGATAGTCCCGAGGCTGGCCCGGGCTGCGCCGGTGCCAATCGGCGCGCAGCCCCCCGCGGCGCTCTCCCCGCCCCGCCTCCCCGCCCCCCTCCCCAGCTTCACTTGGCAGCGCGGACCCGGCTCCTGGCTGGAAAGCTACCGCCAAGCCACAGCCGAAGGCAAGCCCGAGCGGCGCCATCCCCAACCCCGCGCCGCCGACCGCCGGCCCGTGGGCGACGGGCATGCTGGCATGGCAGGACGGCGGGGCCAAGGCGGCTCCCTCCCACCACAAGATTTCTTTCTCTGTCCTGGACATCCTGGACCCACAGAAATTCACCCGCGCAGCGCTCCCTGCCGTGCGCCCGGCTCCCCGGGAAGCCAGGAAAAGTTTGGCGGAGGTCGAAGCGGGGAAAGATGCCAGCTCCAGGGACCCTGTCCGACAGCTGGAGACCCCTGATGCTGCGGGCCCAGGCGCCGGCCAGGCGTCCCCCCTGGAGGGTTCCGAGGCGGAAGAGGAGGAGGATGCGGAGGATCCGAGGAGGCCGCGGCTGCGGGAGCGGGCTGCGCGCTTGCTGCCGGGCCTAGCGCGCTCACCTGACGCCCCGGCCGGGGCATTGGCGTCTGGGGAGCCCTGCGAGGACGGCGGGGGCGGCCCTGTGAGGTCCCCCCCGGGATCCCCCGGCTCCCCGCGTCCCAGGCGCCGGCGCCTGGAGCCCAACTGCGCCAAGCCGCGGCGCGCGCGCACCGCCTTCACCTACGAGCAGCTGGTGGCCTTGGAGAACAAGTTCCGGGCCACGCGCTACCTGTCAGTGTGCGAGCGCCTGAACCTCGCGCTGTCTCTCAGCCTCACCGAGACGCAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAATCGCAGGACCAAGTGGAAGAAGCAGAACCCGGGTGCCGACGGCGCGGCGCAGGTGGGGGGTGGCGCGCCCCAGCCAGGGGCGGCGGGGGGCGGCGGCGGCGGCGGCTCGGGGGGCAGTCCTGGCCCTCCCGGCACCGGCGCTCTGCACTTCCAGACTTTCCCCTCCTACTCCGCGGCCAATGTCCTCTTCCCGTCCGCCGCCTCCTTCCCGCTGACGGCTGCCGCCCCCGGGAGCCCTTTCGCGCCGTTCCTTGGGCCTTCCTACCTGACCCCCTTCTACGCCCCGCGTCTATGAATCCGGAGCCCCCTGGCCCCTCTTTCGCGGGATTCACGAGGGATTGGCATCGTCGTGTGCCCTCGGCTCCTCCACCGGGGGTGCAGGTGCGCGGGTGTCAGCGCACCCCTGCCCGCCGCGCGCACCCGCGATCCTCGCGGGCCACCAAGGGGTCAGGGATCTGCCGTCCTTCAAAGTGTCCGGGGACGGAGGCTGACCTCAAGCCTTGCCGTTTCTGGACCTTGCTGTTCACTTTGGGTCAGGTTTAATTCAGTTCAGGGGCTAGTTTTTGAGGGTCTGGGTGTTCGGCGCGGGGCTAACCAAGATGCCAGGAGGGAAATACAGGGAGCAGAGACGCCCTGGCTGCCAGCTGCTGGCGGCTAGGATGGAACCTTTAAAGGTGCTGGCTCATCAGAGGGTGAGAAACAGTCTCTGTTCACAACTGACAGCTTCCCCTCCTCGTGCTCGATGGTTCAGCCCAAACCCAGAGAGTTCTTCCAAATCCTGAACGAGGCTGGGGAGAGCTTGGTCCTGGAGCACAGACGGCCGCTCTGAAACGGACTATTTTTAAAATGCATAAAACTCCACATTTCTAGATCTTTACTTAAGATTCGGACTGGAACACAATACTTGTTCCAAATAACCTCCCCAGGCTATTCCTGAGAGAGGGGGTACCTTGGTTTTTGGAGTAGGCCAGAAGTTTGTGGTAGGAAAGGTGACTGATTTGCAGCTAGACTCACCTGCTAAAGTAGACACGGGTCTGTTGCACTGCAGGTTTTGAGAACAGCCTGGACCAAACCACACAGTGACCCCAAAGGCATAAAAATGATAATGAAGGCAGCGATGGCTCAACTAATATCATGAAGTCTATGCATGAGGCTGCCTACTTTGATTTGCAGTAGTTGATACTTTAAAACTTCAGTCCTGGCTTATCTGCCTGTCCCAGGGATTCCTGGGCTCCCAATAGTGAGCCAGGATGGGGAAGAGCTAGCTCCATCAGCACACACTACATGTGGACAGTTGGACTGGACTGTTTTTTAAAAGCACAAACTCAACATTTTTAGATCTTCGTCTAGGATTCTGACTTGAAAACAATTCTTGTTACAAACAGACTCTTTATGGTGGTGAACAAGCAGAGATTGTAAGGGCCCATGAAAGCAATACTTGGGTGTGAAGAGCCGTCATATTCCTAATGGATTCACCTCCAGGAATCTGATACATGGACATGCATTTTAACTGCTGCTTTTATTACCTCCCTTAAAAAATTAGTTCTGTGAAATTCCCTTGCCACTTTTGCTTGGAATACATTTCCTTTAGTTTTCTACCTAATATAATCTTGTAGCCCACGTCTCAGAAACCCAGAGGTCCCCAGTTGTGTCATGTATGTTTCATTCTCACTTTTGATTACTTGAGGCCAGCCGAGATCTGTGTGGATACCATATTCCTTGCTATTTTTTGGTAGCCTGTGCTACTAACAATCAAATTTAATGGTCAATGGCTTCAAAGTAAAGCACCCTGTTTGGTATTATGGATTACATTCCATGACTATGATCTTGAAATATCTAGTTCTGTTATCAGGAATGATAGAAAATATTCCCCATTTCTCCTAAATTAAGTGAAGACTTCATGGTTCATGTGACTCTCATAATATTTGATAGTATGTATTATTTAATTACTTAATATCCACTAATTAGACTCTTTTCCTTCTAAAGAAGAATGTCCCCCAAACAACACATTGTAACTTTCTAAAAGACAGTTGGTGCCAGATGAGATTAAAAATGCAGTTACTCTACTAGATAATATTCACCTTACACTTCGGTAAACACTCCTTTAATAACTATTTGTTGGTTTCTCAAAAGCAATATCCCATATTAAACAGACAATTCAAATGTGACAATTCCTCTGTAACAAAGAAGCTGAATTCTGTAATAAATGGGAAACATTTCATTCCAGTCTTCTCAGGTACCAGAATCATGGACTTCAGTAGAAGAGAGGGAATAGGGAGAGAGGTGGGAGGCTGATCTGTTCGTGGCCCAGCACGGTGCTGTAATTCCTGACCCTTCTGGTTTCCACAGATCATTGCAGAGTAATGCTTGAAGCGTGTGACTTTGGACTTCTGCTGCTTTAAAAGGCCCAGTGGCTTTCCAACCAAATCCTTAGACTCAATCTATTGGTGTGTTTGTCTAATAAATTCTTTTTGTAGTAAATTTA（配列番号１）の3379bpと推定される。または、実施例１の過剰発現しているmRNAの塩基配列は、この3379bpの塩基配列と比較して５'末端側の塩基の25bp、129bp、133bp、135bp、または156bpが欠失している塩基配列（配列番号１の塩基配列の26番目のCから3379番目のAの塩基配列、配列番号１の塩基配列の130番目のAから3379番目のAの塩基配列、配列番号１の塩基配列の134番目のTから3379番目のAの塩基配列、配列番号１の塩基配列の136番目のAから3379番目のAの塩基配列、または配列番号１の塩基配列の157番目のTから3379番目のAの塩基配列）であると推定される。
　また、過剰発現しているmRNAにコードされているマウスNKX1-2オルソログ蛋白質のアミノ酸配列はMLAWQDGGAKAAPSHHKISFSVLDILDPQKFTRAALPAVRPAPREARKSLAEVEAGKDASSRDPVRQLETPDAAGPGAGQASPLEGSEAEEEEDAEDPRRPRLRERAARLLPGLARSPDAPAGALASGEPCEDGGGGPVRSPPGSPGSPRPRRRRLEPNCAKPRRARTAFTYEQLVALENKFRATRYLSVCERLNLALSLSLTETQVKIWFQNRRTKWKKQNPGADGAAQVGGGAPQPGAAGGGGGGGSGGSPGPPGTGALHFQTFPSYSAANVLFPSAASFPLTAAAPGSPFAPFLGPSYLTPFYAPRL（配列番号２８）と推定される。
　（２－４）結果の考察
　以上の結果より、肺癌または子宮頸癌において、配列番号１の塩基配列のmRNAが特異的に過剰発現していることが強く示唆された。従って、配列番号１の塩基配列のmRNAは肺癌または子宮頸癌の癌診断マーカーとして癌の診断に利用できると考えられる。そして、このmRNAを検出できる核酸プライマーまたは核酸プローブ等は、肺癌または子宮頸癌の診断や予後の診断に使用可能な癌診断薬になると考えられる。例えば、実施例でPCR反応に使用可能であったプライマーを使用できる。
　また、マウスNKX1-2オルソログ蛋白質も肺癌または子宮頸癌の癌診断マーカーとして癌の診断に利用できると考えられる。そして、このマウスNKX1-2オルソログ蛋白質に結合する抗体等は、肺癌または子宮頸癌の診断や予後の診断に使用可能な癌診断薬になると考えられる。
　以上、本発明を実施例に基づいて説明した。この実施例はあくまで例示であり、種々の変形例が可能なこと、またそうした変形例も本発明の範囲にあることは当業者に理解されるところである。

Claims (19)

  1. 　ａ）配列番号１の塩基配列、
    　ｂ）配列番号１の塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列、
    　ｃ）配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、
    　ｄ）配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、
    　からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と、ハイブリダイズするポリヌクレオチド。
  2. 　請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む癌診断薬。
  3. 　請求項２に記載の癌診断薬であって、
    　前記一部が、連続した１５個以上の塩基を含む癌診断薬。
  4. 　請求項２に記載の癌診断薬であって、
    　前記癌が肺癌または子宮頸癌を含む癌診断薬。
  5. 　請求項２に記載の癌診断薬を含む癌診断用キット。
  6. 　ｅ）配列番号１の塩基配列、
    　ｆ）配列番号１の塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列、
    　ｇ）配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、
    　ｈ）配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、
    　からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有するＲＮＡ鎖を含む、癌診断マーカー。
  7. 　ｉ）配列番号１の1070番目のGから3379番目のAの塩基配列、
    　ｊ）前記ｉ）の塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列、
    　ｋ）前記ｉ）の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、
    　ｌ）前記ｉ）の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、
    　からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を有するＲＮＡ鎖を含む、癌診断マーカー。
  8. 　請求項６に記載の癌診断マーカーであって、
    　前記ＲＮＡ鎖が、肺癌または子宮頸癌の細胞で過剰発現しているＲＮＡ鎖である、
    　癌診断マーカー。
  9. 　被験者由来の被検試料中において、請求項６に記載の癌診断マーカーを検出する工程を含む、被験者の癌を検査する方法。
  10. 　請求項９に記載の方法であって、
    　リアルタイムＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、マイクロアレイ、免疫測定法、ＳＡＧＥ法、ＣＡＧＥ法、質量分析法、分子間相互作用解析、およびシークエンサーからなる群から選ばれる１種以上の方法を用いた解析工程、
    　をさらに含む、被験者の癌を検査する方法。
  11. 　被験者由来の被検試料中において、請求項６に記載の癌診断マーカーを検出する工程を含む、被験者の癌の予後を検査する方法。
  12. 　ｍ）被験者由来の被検試料中の請求項６に記載の癌診断マーカーを検出する検出部と、
    　ｎ）前記癌診断マーカーの検出強度に基づいて前記癌診断マーカーの量を定量化する定量部と、
    　ｏ）前記癌診断マーカーの量が所定の閾値を越えているかどうかを判定する判定部と、
    　ｐ）前記判定の結果を出力する出力部と、
    　を備えた、癌診断用装置。
  13. 　コンピュータに、
    　ｑ）被験者由来の被検試料中の請求項６に記載の癌診断マーカーを検出するステップと、
    　ｒ）前記癌診断マーカーの検出強度に基づいて前記癌診断マーカーの量を定量化するステップと、
    　ｓ）前記癌診断マーカーの量が所定の閾値を越えているかどうかを判定するステップと、
    　ｔ）前記判定の結果を出力するステップと、
    　を実行させるための、癌診断用プログラム。
  14. 　ｕ）配列番号１の塩基配列、
    　ｖ）配列番号１の塩基配列に対して、８０％以上の相同性を有する塩基配列、
    　ｗ）配列番号１の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列、
    　ｘ）配列番号１の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列、
    　からなる群から選ばれる１種以上の塩基配列を含む核酸もしくはその一部、またはそれらの相補鎖と、結合する抗体。
  15. 　マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質をコードする核酸もしくはその核酸の相補鎖、またはそれらの一部と、ハイブリダイズするポリヌクレオチド。
  16. 　マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質を含む、癌診断マーカー。
  17. 　請求項１６に記載の癌診断マーカーであって、前記マウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質が、
    　ｙ）配列番号２８のアミノ酸配列、
    　ｚ）配列番号２８のアミノ酸配列に対して８０％以上の相同性を有するアミノ酸配列、
    　ａ'）配列番号２８のアミノ酸配列において１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列、
    　ｂ'）配列番号２８のアミノ酸配列をコードする塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列にコードされるアミノ酸配列、
    　からなる群から選ばれる１種以上のアミノ酸配列を含む、癌診断マーカー。
  18. 　請求項１６に記載の癌診断マーカーに結合するマウスＮＫＸ１－２オルソログ蛋白質結合性抗体。
  19. 　請求項１６に記載の癌診断マーカーに結合するポリヌクレオチド。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114150066A (zh) * 2020-03-30 2022-03-08 中国医学科学院肿瘤医院 用于肺癌诊断的试剂盒、装置及方法

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP6711968B2 (ja) * 2014-01-10 2020-06-17 学校法人順天堂 子宮体がんのリンパ節転移能の評価方法
JPWO2015115545A1 (ja) * 2014-01-31 2017-03-23 学校法人順天堂 乳がんの転移又は再発リスクの評価方法
JPWO2015115544A1 (ja) * 2014-01-31 2017-03-23 学校法人順天堂 大腸がんの転移又は再発リスクの評価方法
SG11201908865WA (en) * 2017-06-29 2019-10-30 Quanticision Diagnostics Inc Apparatus and method for absolute quantification of biomarkers for solid tumor diagnosis

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003029271A2 (en) * 2001-09-24 2003-04-10 Nuvelo Novel nucleic acids and polypeptides
JP4392163B2 (ja) * 2000-06-21 2009-12-24 日立化成工業株式会社 肺癌用遺伝子マーカー

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP4392163B2 (ja) * 2000-06-21 2009-12-24 日立化成工業株式会社 肺癌用遺伝子マーカー
WO2003029271A2 (en) * 2001-09-24 2003-04-10 Nuvelo Novel nucleic acids and polypeptides

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BAE YK ET AL.: "Expression of saxl/nkx1.2 and sax2/nkx1.1 in zebrafish", GENE. EXPR. PATTERNS., vol. 4, no. 4, 2004, pages 481 - 486 *
DATABASE GENBANK [online] 5 March 2010 (2010-03-05), "Definition:Homo sapiens NK1 homeobox 2(NKX1-2)", retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ 226437601?sat=13&satkey=9980579 Database accession no. NM_001146340 *
ROVESCALLI AC ET AL.: "The mouse Nkx-1.2 homeobox gene: alternative RNA splicing at canonical and noncanonical splice sites", PROC. NATL. ACAD. SCI. USA, vol. 97, no. 5, 2000, pages 1982 - 1987 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114150066A (zh) * 2020-03-30 2022-03-08 中国医学科学院肿瘤医院 用于肺癌诊断的试剂盒、装置及方法

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