WO2011027075A1 - Identification du tropisme cellulaire de virus - Google Patents

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WO2011027075A1
WO2011027075A1 PCT/FR2010/051817 FR2010051817W WO2011027075A1 WO 2011027075 A1 WO2011027075 A1 WO 2011027075A1 FR 2010051817 W FR2010051817 W FR 2010051817W WO 2011027075 A1 WO2011027075 A1 WO 2011027075A1
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WO
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receptor
virus
hsa
expression
mir
Prior art date
Application number
PCT/FR2010/051817
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English (en)
Inventor
Charles-Henri Lecellier
Valérie Courgnaud
Manuella Bouttier
Diane Descamps
Gilles Collin
Original Assignee
Centre National De La Recherche Scientifique (C.N.R.S)
Assistance Publique-Hopitaux De Paris
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Publication date
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays

Definitions

  • the present invention relates to a method for characterizing the cellular tropism of a virus, including human immunodeficiency virus (HIV), and in particular the ability of the HIV virus to use CXCR4 and / or CCR5 receptors to enter cells. .
  • HIV human immunodeficiency virus
  • the entry of the HIV virus into cells involves several viral proteins including the gp41 and gp120 envelope proteins.
  • the first step in the replication cycle of the HIV virus involves the attachment of the virus to helper T4 cells by interaction of the gp120 protein with the CD4 cell protein.
  • the HIV virus must interact with a cellular co-receptor.
  • the most important co-receptors in vivo are the CXCR4 and CCR5 chemokine receptors.
  • the use of the different co-receptors is associated with the evolution of the immunodeficiency and, consequently, of the infection: at the beginning of the infection, the so-called R5 viruses interact with the co-receptor CCR5, then at a stage more advanced, some viruses use the co-receptor CXCR4 (so-called X4 virus).
  • the viral population comprises either a mixture of R5 and X4 viruses, or R5 / X4 double tropism viruses.
  • the R5 viruses can directly induce the onset of AIDS, however it is the appearance of X4 virus that is usually associated with the development of the disease. It is therefore essential to be able to detect early onset of X4 viruses in the patient.
  • the TROFILE test is a phenotypic test for the HIV virus proposed by Monogram Biosciences and Pfizer.
  • a vector library containing the regions encoding the HIV envelope of a patient is made. These vectors are then amplified and the envelope coding regions are cloned into a vector expressing an HIV virus lacking envelope protein and expressing the luciferase gene.
  • recombinant viruses obtained from these vectors are used to infect cells expressing CD4 and CCR5 or CXCR4. The ability of a virus to infect these cells is determined by measuring the light emission produced by luciferase.
  • the present invention stems from the unexpected finding by the inventors that the expression of miRNA in a cell susceptible to be infected by an HIV virus is modulated according to the co-receptor used by the HIV virus to enter the cell.
  • the present invention relates to an in vitro method for identifying microRNAs, or their target mRNAs, the expression of which, upon infection of cells with a virus using a cellular receptor and at least one cellular co-receptor for enter the cell, is specifically modified according to the cellular co-receptor used by the virus for its entry into the cells, comprising:
  • microRNAs whose level of expression is modulated upon infection by each of the viruses relative to the level of expression in uninfected cells; iii) compare the microRNAs identified in this way;
  • microRNAs whose modification of the level of expression is specific to the use of a co-receptor
  • v) optionally identify the target mRNAs of the microRNAs thus selected.
  • the invention also relates to an in vitro method for identifying a cellular co-receptor used by a virus using a cellular receptor and at least one cellular co-receptor to enter a cell, in a patient infected with the virus, comprising: i) contacting a sample of the patient likely to contain the virus with a test cell expressing a cellular receptor of the virus and at least one cellular co-receptor of the virus; ii) determining the expression level of at least one miRNA and / or at least one miRNA target mRNA in the test cell;
  • miRNA refers to an RNA class, typically 20 to 25 nucleotides in length, involved in the post-transcriptional regulation of specific genes by degrading or blocking the translation of mRNA from the transcription of these genes.
  • target mRNA of a miRNA is meant mRNA which is known or has been determined to be degraded or whose translation is blocked by said miRNA.
  • MiRNAS are notably described in Griffiths-Jones ((2004) Nucleic Acids Res 32: D109-D1 1 1), in Griffiths-Jones et al. ((2008) Nucleic Acids Res 36: D154-D158) and in the miRNA database (miRBase, http://microARN.sanger.ac.uk).
  • virus includes all types of viruses.
  • the virus may be selected from the group of viruses whose variants or species are more or less pathogenic, for example retroviruses, in particular the HIV virus, influenza viruses, coronaviruses, measles viruses, herpesviruses (including EBV, Simplex and CMV viruses), papillomaviruses.
  • retroviruses in particular the HIV virus, influenza viruses, coronaviruses, measles viruses, herpesviruses (including EBV, Simplex and CMV viruses), papillomaviruses.
  • the virus is a retrovirus selected from human retroviruses including HIV, HTLV-I and XMRV.
  • the virus is HIV, and in particular the HIV-1 and HIV-2 viruses (described in particular in the database HIV databases, http://www.hiv.lanl.gov/content/index).
  • the viruses used to carry out the infections may, for example, be prototype viruses such as the HIV-1, NL4.3, HIV-2 ROD or HIV-1 NLAD8 viruses or viruses. of a patient.
  • the HIV viruses according to the invention can use one or more co-receptors to enter the target cells.
  • the HIV viruses used use only one type of co-receptor to enter a cell.
  • the term "patient” refers to a human being infected with a virus.
  • the virus is HIV.
  • the patient may then have developed an AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome).
  • the patient is on anti-retroviral treatment, for example under HAART treatment (Highly Active Anti-retroviral Therapy).
  • receptor and “cell receptor” according to the invention denote a cell surface structure, generally a protein, involved in the recognition of a target cell by a virus and generally resulting in the attachment of this virus to the target cell.
  • co-receptor and “cellular co-receptor” include all of the cell surface proteins participating in the entry of the virus excluding the cellular receptor.
  • co-receptor When the virus is HIV, the terms “co-receptor” and “cellular co-receptor” more specifically encompass all of the cell surface proteins involved in the entry of the virus in addition to the interaction between the virus and the virus. CD4 cell receptor.
  • the entry of an HIV virus into a host cell involves fusion between the cell and viral membranes.
  • the co-receptor may be selected from the group consisting of CXCR4, CCR5, CCR3, CCR2, CCR1, CCR4, CCR8, CCR9, CXCR2, STRL33, V28, gpr1, gpr15 and ChemR23.
  • the co-receiver is CCR5 or CXCR4.
  • CXCR4 is also known as Fusin, LESTR and NPY3R.
  • CRCR4 preferably denotes the sequence of the human CXCR4 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 1 or any allelic or polymorphic variant thereof as well as the orthologous sequences present in other species.
  • the CXCR4 gene encodes the CXCR4 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 2 or any natural variant thereof.
  • CCR5 is also known as CKR-5 and CMKRB5.
  • the CCR5 gene preferably denotes the sequence of the human CCR5 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 3 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CCR5 gene encodes the CCR5 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 4 or any natural variant thereof.
  • CCR3 is also known as CC-CKR-3, CKR-3 and CMKBR3.
  • the CCR3 gene preferably refers here to the sequence of the human CCR3 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 5 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CCR3 gene encodes the CCR3 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 6 or any natural variant thereof.
  • CCR2 is also known as CCR2b and CMKBR2.
  • the CCR2 gene here preferably designates the sequence of the human CCR2 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 7 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CCR2 gene encodes the CCR2 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 8 or any natural variant thereof.
  • CCR1 is also known as CKR1 and CMKBR1.
  • the CCR1 gene here preferably designates the sequence of the human CCR1 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 9 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CCR1 gene encodes the CCR1 protein that may have the sequence represented by SEQ ID NO: 10 or any natural variant thereof.
  • CCR4 is also known as CKR-4.
  • the CCR4 gene preferably denotes the sequence of the human CCR4 gene whose mRNA sequence may for example be SEQ ID NO: 1 1 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other species. .
  • the CCR4 gene encodes the sequentially present CCR4 protein represented by SEQ ID NO: 12 or any naturally occurring variant thereof.
  • CCR8 is also known as ChemRI, TER1 and CMKBR8.
  • the CCR8 gene preferably refers here to the sequence of the human CCR8 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 13 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CCR8 gene encodes the CCR8 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 14 or any natural variant thereof.
  • CCR9 is also known as D6.
  • the CCR9 gene preferably refers here to the sequence of the human CCR9 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 15 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CCR9 gene encodes the CCR9 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 16 or any natural variant thereof.
  • CXCR2 is also known as IL-8RB.
  • the CXCR2 gene preferably refers here to the sequence of the human CXCR2 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 17 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the CXCR2 gene encodes the CXCR2 protein that may have the sequence represented by SEQ ID NO: 18 or any natural variant thereof.
  • STRL33 is also known as Bonzo, CXCR6 and TYMSTR.
  • the STRL33 gene here preferably designates the sequence of the human STRL33 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 19 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other sequences. species.
  • the STRL33 gene encodes the STRL33 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 20 or any natural variant thereof.
  • V28 is also known as CMKBRL1, CX3CR1 and GPR13.
  • the V28 gene preferably denotes the sequence of the human V28 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 21 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other genes. species.
  • the V28 gene encodes the V28 protein that may have the sequence represented by SEQ ID NO: 22 or any natural variant thereof.
  • the gpr1 or GPR1 gene preferably denotes the sequence of the human gpr1 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 23 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in d other species.
  • the gpr1 gene encodes the gpr1 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 24 or any natural variant thereof.
  • gpr15 or GPR15 is also known as BOB.
  • the gpr15 gene preferably refers to the sequence of the human gpr15 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 25 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other genes. species.
  • the gpr15 gene encodes the gpr15 protein that may have the sequence represented by SEQ ID NO: 26 or any natural variant thereof.
  • Apj is also known as angiotensin-receptor-like, apelin receptor (APLNR) and AGTRL1.
  • the Apj gene preferably denotes the sequence of the human Apj gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 27 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other genes. species.
  • the Apj gene encodes the Apj protein that may have the sequence represented by SEQ ID NO: 28 or any natural variant thereof.
  • the ChemR23 gene is also known as CMKLR1 and DEZ.
  • the ChemR23 gene here preferably refers to the sequence of the human ChemR23 gene whose mRNA sequence may, for example, be SEQ ID NO: 29 or any allelic or polymorphic variant thereof, as well as the orthologous sequences present in other genes. species.
  • the ChemR23 gene encodes the ChemR23 protein that can have the sequence represented by SEQ ID NO: 30 or any natural variant thereof.
  • test cell is understood to mean any cell capable of being infected by a virus according to the invention.
  • virus when the virus is HIV, the test cell according to the invention expresses CD4, a first and at least one other co-receptor of the HIV virus as defined above.
  • the test cell according to the invention expresses CXCR4 and CCR5.
  • a test cell according to the invention can express naturally these receptors or be genetically modified to express these receptors.
  • the test cell according to the invention may for example be a dendritic cell, a cell derived from lymphoid (preferentially a T lymphocyte) or myeloid (preferentially a macrophage), an epithelial cell or a fibroblast cell line.
  • the test cell according to the invention is selected from the group comprising Jurkat cells (in particular described in Schneider et al., Int J Cancer (1997) 19 (5): 621 -6), for example the Jurkat E6 cell clone. -1 (ATCC No: TIB-152), Jurkat-CCR5 cells (especially described in Alkhatib et al (1996) Science 272: 1955-1958 and AIDS reagent NIBSC, UK). Even more preferentially, the test cell according to the invention is a Jurkat-CCR5 cell.
  • the level of microRNA expression or target mRNA expression level in the test cells can be measured by any techniques known to those skilled in the art. Many methods are known that make it possible to quantify RNA, for example, methods based on reverse transcription PCR (RT-PCR) using oligonucleotides specific for RNA sequences or methods allowing hybridization of these RNAs. duplicates or triplicates of these RNAs with probes under stringent conditions.
  • RT-PCR reverse transcription PCR
  • the stringent conditions according to the invention may comprise a hybridization step of 10 to 20 hours, preferably 16 hours, at a temperature of 40 to ⁇ ' ⁇ , preferably at 50 ° C., in the presence of an equivalent ionic strength. to that induced by a concentration of 500mM to 2M NaCl, preferably 1M NaCl.
  • buffer solutions such as Tris or MES, EDTA, Tween and BSA (bovine serum albumin).
  • the expression levels of the microRNAs or of their target mRNAs thus measured, in a test cell respectively infected with a first virus using a first co-receptor and with at least one other virus using another co-receptors, may make it possible to identify microRNAs or their target mRNA whose expression is modulated during infection by each of the viruses compared to uninfected cells.
  • the identification of microRNAs or their target mRNA whose expression is modulated during Infection with each virus can be performed by comparing the expression levels of the miRNAs or their target mRNAs measured after infection by each of the viruses with the level of expression of said miRNAs or said target mRNAs in uninfected cells.
  • a microRNA or its target mRNAs to be considered to have modulated expression when the test cells are infected with a virus, that expression is increased or decreased relative to the expression in the uninfected test cells of a log2 of the ratio (expression of said miRNA in infected cells / expression of said miRNA in uninfected cells) greater than 0.5 or less than -0.5 respectively.
  • microRNAs or their target mRNAs identified as having modulated expression during infection by each of the viruses can then be compared to select the miRNAs or their target mRNAs whose expression is specifically modified by the use of a receptor by the virus.
  • modification of the level of specific expression of the use of a co-receptor is meant a modification, increase or decrease, of the expression sufficient to identify the co-receptor used by the virus.
  • Uninfected test cells or "cells not infected with the patient's virus” means cells that have not been brought into contact with any virus whatsoever, but also cells infected with a virus, in particular a virus.
  • retroviruses whose cellular co-receptors are presented by the test cells but are distinct from the first co-receptor or at least one other co-receptor used by the virus to enter the test cell in the methods according to the invention.
  • this virus may be an HIV virus pseudotyped by a VSV type amphotropic envelope or the PFV-1 virus.
  • a miRNA or its target mRNA is increased upon infection with a first HIV virus using the CXCR4 co-receptor in Jurkat-CCR5 cells (expressing CXCR4 and CCR5) by the expression of miRNA or a target mRNA thereof in uninfected Jurkat-CCR5 cells and that the expression of this miRNA or a target mRNA thereof is not increased upon infection with a second HIV virus using the CCR5 co-receptor in Jurkat-CCR5 cells relative to the expression of the miRNA or one of its target mRNAs in the uninfected Jurkat-CCR5 cells, while increasing the expression of said miRNA or said target mRNA is specific for the use of the CXCR4 receptor by the HIV virus.
  • the present invention may also relate to an in vitro method for identifying microRNAs or their target mRNAs, the expression of which, upon infection of cells with a virus using a receptor and at least one cellular co-receptor for enter the cell, is specifically modified according to the cellular co-receptor used by the virus for its entry into the cells, comprising:
  • microRNAs whose modification of the level of expression is specific to the use of a co-receptor.
  • the expression levels of the microRNAs or their target mRNAs thus measured in a test cell after infection respectively with a virus using a first co-receptor and at least one other virus using another co-receptor can then be compared directly with each other. This comparison then makes it possible to identify the microRNAs or their target mRNA whose modification of the expression is specific to the use of the first coreceptor or at least one other co-receptor by the virus.
  • the methods according to the invention may also comprise an additional step making it possible to identify the target mRNAs of the characteristic micro-RNAs thus identified, the modification of the level of expression of which is specific to the use of a co-receptor by a virus for enter a cell.
  • the targets of miRNAs can be identified in databases, including miRBase (http://microrna.sanger.ac.uk/ and in particular described in Griffiths-Jones et al., (2008) Nucleic Acids Res 36, Griffiths-Jones and (2006) Nucleic Acids Res 34, Griffiths-Jones et al (2004) Nucleic Acids Research 32) and TargetScan (http://www.targetscan.org/ and in particular described in Lewis et al (2005) Cell 120). : 15-20, Grimson et al (2007) Molecular Cell 27: 91-105, Friedman et al (2009) Genome Research 19: 92-105).
  • patient sample that may include the HIV virus includes all biological fluids or tissues from a patient that may contain viruses such as, for example, peripheral blood, genital mucosa, lymphoid tissue, cerebral fluid - spinal, placenta or breast milk.
  • the sample can be put directly in contact with the test cells.
  • the viruses are extracted from the sample before contact with the host cells.
  • the viruses of the patients can come from primary isolates derived from a biological sample and be obtained by any method known to those skilled in the art, for example, the isolation of HIV viruses can be carried out by co-culture lymphocytes of patients infected with HIV with seronegative donor lymphocytes for HIV, in particular according to the technique described by Barre-Sinoussi et al.
  • Peripheral blood from an HIV-infected patient may also be treated to separate plasma from cells (as described in particular by Fang et al (1995) Proc Natl Acad Sci USA 92: 121 10-4).
  • the level of expression of at least one miRNA and / or at least one target mRNA of this miRNA is measured.
  • this miRNA and / or its target mRNA has been identified as having a modification of the level of expression specific to the use of the virus of a co-receptor.
  • this miRNA and / or its target mRNA has been identified by a method according to the invention.
  • the virus identification method in a patient according to the invention can be used to identify viruses using CXCR4 and / or CCR5.
  • this miRNA and / or its target mRNA will then have been identified as having a modification of the level of expression specific to the use by the HIV virus of the CXCR4 and / or CCR5 receptor.
  • this miRNA and / or its target mRNA will have been identified by the miRNA identification method according to the invention.
  • the method according to the invention is implemented to identify the presence or absence of viruses using the CXCR4 co-receptor in a patient.
  • the method according to the invention can also be performed several times on samples from the same patient taken at different times over time in order to identify the appearance of viruses using the CXCR4 receptor and thus to follow the evolution. of the disease in this patient.
  • the predetermined value may be a single value such as, for example, a level or average of expression levels of a given miRNA or a given target mRNA.
  • the predetermined value may be the value of the expression of a given miRNA or a given target mRNA in a cell expressing this co-receptor and infected with a reference virus known to use this co-receptor to enter the cell.
  • the predetermined value may be the value of the expression of a given miRNA or target mRNA in a cell expressing CXCR4 or CCR5 after infection with a reference HIV virus using CXCR4 or CCR5 to enter a cell.
  • the comparison between the obtained expression value and the predetermined value makes it possible to determine whether or not the studied virus uses the same co-receptor as the reference virus to enter the cells. For example, if the value obtained is close from the predetermined value, it is possible to deduce that a co-receptor used by the tested virus is identical to that used by the reference virus to enter the cells.
  • near value preferably means values that do not differ by more than 50%, 40%, 30%, 20% or 10% and even more preferably less than 5%.
  • the reference value may also be, for example, the value of the expression of a given miRNA or target mRNA in an uninfected cell and thus in the absence of infection by the patient's virus.
  • the expression of said miRNA or said target mRNA is modulated, increased or decreased, specifically after infection of the cell with a reference virus using a given co-receptor relative to the expression in an uninfected cell.
  • the increase or decrease in the expression value of a miRNA or a target mRNA of the same nature as that previously determined indicates a use of the same co-receptor by the viruses.
  • the step of comparing the level of expression with a determined value (iii) in the method for identifying a co-receptor used by a virus of an infected patient according to the invention is then preferably implemented by determining if the expression level of at least one miRNA and / or at least one miRNA target mRNA is increased or decreased relative to the level of expression of the at least one miRNA and / or the at least one target mRNA. miRNA in uninfected test cells.
  • measuring the expression of one or more target microRNAs or mRNAs, the expression of which has been shown to be specifically modified (increased or decreased) by reference HIV viruses using the CXCR4 co-receptor, in Uninfected cells can be compared to measurements of the expression of said target microRNAs or mRNAs in cells after infection with viruses of a patient. In the absence of predefined modulations of some microRNAs, this test will identify that CXCR4 is not a co-receptor used by the patient's HIV virus.
  • CXCR4 is a co-receptor used by the HIV virus of the patient
  • a virus may be a double-tropism virus for example , which can use CCR5 and CXCR4.
  • the miRNA whose expression is determined can be, for example, selected from the group consisting of hsa-miR-574-5p (in particular of SEQ ID NO: 31, ugagugugugugugugugugugugugu), hsa-miR-663 (in particular of SEQ ID NO : 32, aggcggggcgccgcgggaccgc), hsa-miR-149 * (in particular of SEQ ID NO: 33, agggagggacgggggcugugc), hsa-miR-575 (in particular of SEQ ID NO: 34, gagccaguuggacaggagc), hsa-miR-638 (in particular of SEQ ID NO: 35, agggaucgcgggcggguggcggccu), hsa-miR-181b (in particular of SEQ ID NO: 36, aacauucauugcugucggugggu), hsa-let-7g
  • the miRNAs whose expression is determined can also be allelic or polymorphic variants of SEQ ID NO: 31 to 40 as well as orthologous sequences present in other species derived from miRNAs of sequence SEQ ID NO: 31 to 40 and filling the same function, in particular regulating the expression of the same target mRNAs.
  • these miRNAs can derive miRNAs of SEQ ID NO: 31-40 sequence by one or more nucleic acid mutations.
  • the mRNA whose expression is determined can be, for example, selected from the group consisting of miRNA target mRNAs of SEQ ID NOs: 31 to 40 or miRNAs derived therefrom.
  • target mRNAs can be identified in databases as described above.
  • FIG. 1 Expression of hsa-miR-638 in response to infection with primary HIV-1 isolates of CXCR4, CCR5 tropism or dual tropism viruses.
  • Jurkat-CCR5 cells are infected with 4 DUAL isolates (dual 1, dual 2, dual 3, dual 4), 4 CXCR4 isolates (X4 1, X4 2, X4 3, X4 4) and 3 CCR5 isolates (R5 1, R5 2, R5 3).
  • the cells Three days post-infection, the cells are lysed and the RNAs are analyzed by RT-qPCR directed against hsa-miR-638.
  • the expression of hsa-miR-638 in the infected cells is normalized by the expression of uninfected Jurkat R5 control cells (NI).
  • the viruses used in this study are the HIV-1 NL4.3 and HIV-2 ROD prototype viruses both using the CXCR4 co-receptor, the HIV-1 NLAD8 virus using the CCR5 co-receptor, and viruses derived from isolates.
  • using the co-receptor CXCR4 (3 isolates named X4 1, X4 2, X4 3 and X4 4)
  • using the co-receptor CCR5 (3 isolates named R5 1, R5 2 and R5 3) or that can use both co-receptors CXCR4 and CCR5 receptors (four isolates named dual 1, dual 2, dual 3 and dual 4) as well as another retrovirus, PFV-1, using neither CD4 nor CXCR4 nor CCR5 for its entry.
  • Jurkat and Jurkat-CCR5 cell lines expressing CCR5 stably are used.
  • the Jurkat and Jurkat-CCR5 cells are infected for 3 days with two infectious doses of HIV-1 NL4.3, HIV-2 ROD in order to take into account modulations linked to the multiplicity of infection.
  • Jurkat-CCR5 cells are infected for 3 days with HIV-1 NLAD8 or PFV-1.
  • the Jurkat-CCR5 cells are infected for 3 days by the viruses X4 1, X4 2, X4 3 and X4 4, R5 1, R5 2, R5 3, dual 1, dual 2, dual 3 or dual 4.
  • Jurkat cells Uninfected CCR5 are used as a control (NI). Analysis of microRNA expression
  • RNAs Three days after infection with the prototype viruses, the RNAs are extracted and subjected to microRNA chip analysis (LC Sciences or Affymetrix).
  • hsa-miR-368 Three days after virus infection from primary isolates, the cells are lysed and the expression of hsa-miR-368 is analyzed by RT-qPCR. The expression of hsa- miR-368 in the infected cells is normalized to the expression of hsa-miR-368 in uninfected Jurkat-CCR5 control cells (NI).
  • microRNA expression is increased upon NL4.3 or ROD infection but is not increased upon NLAD8 infection.
  • the expression of 4 microRNAs is specifically decreased during infection with NL4.3 or ROD but is not decreased during NLAD8 infection (Table 4). No microRNA whose expression is increased or decreased specifically during NL4.3 or ROD infection is affected by PFV-1 infection.
  • Jurkat-CCR5 cells (expressing both the CXCR4 receptor and the CCR5 receptor) are infected with viruses derived from primary isolates using the CXCR4 co-receptor (X4 1, X4 2, X4 3 and X4 4), using the co-receiver CCR5 (R5 1, R5 2 and R5 3) or can use the two co-receivers CXCR4 and CCR5 (dual 1, dual 2, dual 3 and dual 4).
  • hsa-miR-638 in infected or uninfected cells (NI, control) is measured after 3 days. As expected and as shown in Figure 1, expression of hsa-miR-638 is not altered in uninfected cells. This expression is also not statistically modified in virus-infected cells using only CCR5 as a co-receptor to enter cells (R5 1, R5 2 and R5 3) (FIG.1). On the other hand, this expression is significantly increased in the cells having been infected by a virus capable of using the CXCR4 co-receptor to enter the cells (X4 1, X4 2, X4 3, X4 4, dual 1, dual 2, dual 3 and dual 4) (FIG 1).

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Abstract

L'invention concerne une méthode in vitro d'identification de microARN, ou de leurs ARNm cibles, dont l'expression, lors de l'infection de cellules par un virus utilisant un récepteur cellulaire et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans la cellule, est spécifiquement modifiée en fonction du co-récepteur cellulaire utilisé par le virus pour son entrée dans les cellules, comprenant : i) déterminer les niveaux d'expression de microARN dans une cellule test, exprimant un récepteur, un premier co-récepteur et au moins un autre co-récepteur, après infection respectivement par un premier virus utilisant le premier co-récepteur et par au moins un autre virus utilisant un autre co-récepteur; ii) identifier les microARN dont le niveau d'expression est modulé lors de l'infection par chacun des virus par rapport au niveau d'expression dans des cellules non infectées; iii) comparer les microARN ainsi identifiés; iv) sélectionner les microARN dont la modification du niveau d'expression est spécifique de l'utilisation d'un co-récepteur; v) éventuellement identifier les ARNm cibles des micro-ARN ainsi sélectionnés.

Description

Identification du tropisme cellulaire de virus Domaine de l'invention
La présente invention concerne une méthode de caractérisation du tropisme cellulaire d'un virus, notamment du Virus d'Immunodéficience Humaine (VIH), et en particulier de la capacité du virus VIH à utiliser les récepteurs CXCR4 et/ou CCR5 pour entrer dans les cellules.
Arrière-plan technique
L'entrée du virus VIH dans les cellules implique plusieurs protéines virales dont les protéines d'enveloppe gp41 et gp120. La première étape du cycle de réplication du virus VIH fait intervenir la fixation du virus aux lymphocytes T4 auxiliaires par interaction de la protéine gp120 avec la protéine cellulaire CD4. En outre, pour que la fusion des membranes virale et cellulaire se produise, le virus VIH doit interagir avec un co-récepteur cellulaire. Les co-récepteurs les plus importants in vivo sont les récepteurs de chimiokines CXCR4 et CCR5. L'utilisation des différents co-récepteurs est associée à l'évolution du déficit immunitaire et, par conséquent, de l'infection : au début de l'infection, les virus dits R5 interagissent avec le co-récepteur CCR5, puis à un stade plus avancé, certains virus utilisent le co-récepteur CXCR4 (virus dits X4). A ce stade, la population virale comprend soit un mélange de virus R5 et X4, soit des virus à double tropisme R5/X4. Dans certains cas, les virus R5 peuvent induire directement l'apparition d'un SIDA, toutefois c'est l'apparition de virus X4 qui est généralement associée au développement de la maladie. Il est donc essentiel de pouvoir détecter précocement l'apparition des virus X4 chez le patient.
Ainsi, un certain nombre de méthodes ayant pour but de déterminer le tropisme cellulaire des virus VIH ont été développées.
Par exemple, le test TROFILE (MONOGRAM) est un test phénotypique du virus VIH proposé par la société Monogram Biosciences et Pfizer. Tout d'abord, une librairie de vecteurs contenant les régions codant l'enveloppe des virus VIH d'un patient est réalisée. Ces vecteurs sont ensuite amplifiés et les régions codant l'enveloppe sont clonées dans un vecteur exprimant un virus VIH dépourvu de protéine d'enveloppe et exprimant le gène de la luciférase. Enfin, les virus recombinants obtenus à partir de ces vecteurs sont utilisés pour infecter des cellules exprimant CD4 et CCR5 ou CXCR4. La capacité d'un virus à infecter ces cellules est déterminée par mesure de l'émission de lumière produite par la luciférase. Ce test présente plusieurs inconvénients, comme signalé en novembre 2007 par le TRT-5 à l'Afssaps et à la HAS (Haute Autorité de la Santé). Il a tout d'abord un coût très élevé. De plus, le délai de réception des résultats est de quatre à cinq semaines, ce qui n'est pas compatible avec une prise de décision rapide en cas de changement de traitement. En outre, il n'est pas impossible qu'un changement de tropisme viral puisse intervenir chez certains patients dans un tel délai. Par ailleurs, aucun test Trofile n'est disponible pour les virus de types VIH-2.
Il existe donc un réel besoin de tests alternatifs simples, rapides, fiables et peu coûteux permettant de déterminer le tropisme cellulaire des virus VIH. L'objet de la présente invention est de fournir de tels tests. Résumé de l'invention
La présente invention découle de la mise en évidence inattendue, par les inventeurs, que l'expression de miRNA dans une cellule susceptible d'être infectée par un virus VIH est modulée en fonction du co-récepteur utilisé par le virus VIH pour entrer dans la cellule.
Ainsi, la présente invention concerne une méthode in vitro d'identification de microARN, ou de leurs ARNm cibles, dont l'expression, lors de l'infection de cellules par un virus utilisant un récepteur cellulaire et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans la cellule, est spécifiquement modifiée en fonction du co-récepteur cellulaire utilisé par le virus pour son entrée dans les cellules, comprenant :
i) déterminer les niveaux d'expression de microARN dans une cellule test, exprimant un récepteur, un premier co-récepteur et au moins un autre co-récepteur, après infection respectivement par un premier virus utilisant le premier co-récepteur et par au moins un autre virus utilisant un autre co-récepteur ;
ii) identifier les microARN dont le niveau d'expression est modulé lors de l'infection par chacun des virus par rapport au niveau d'expression dans des cellules non infectées ; iii) comparer les microARN ainsi identifiés ;
iv) sélectionner les microARN dont la modification du niveau d'expression est spécifique de l'utilisation d'un co-récepteur ;
v) éventuellement identifier les ARNm cibles des micro-ARN ainsi sélectionnés.
L'invention concerne également méthode in vitro d'identification d'un co-récepteur cellulaire utilisé par un virus utilisant un récepteur cellulaire et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans une cellule, chez un patient infecté par le virus, comprenant : i) mettre en contact un échantillon du patient susceptible de contenir le virus avec une cellule test exprimant un récepteur cellulaire du virus et au moins un co-récepteur cellulaire du virus ; ii) déterminer le niveau d'expression d'au moins un miRNA et/ou d'au moins un ARNm cible d'un miRNA dans la cellule test ;
iii) comparer le niveau d'expression à une valeur prédéterminée ;
iv) en déduire si le virus utilise ou non un co-récepteur cellulaire exprimé par la cellule test.
Description de l'invention
Le terme « miRNA » ou « microARN » se réfère à une classe d'ARN, généralement de 20 à 25 nucléotides de long, impliqués dans la régulation post- transcriptionelle de certains gènes spécifiques en dégradant ou bloquant la traduction de l'ARNm issu de la transcription de ces gènes. Par « ARNm cible » d'un miRNA, on entend un ARNm dont on sait ou dont on a déterminé qu'il est dégradé ou dont la traduction est bloquée par ledit miRNA. Les miRNAS sont notamment décrits dans Griffiths-Jones ((2004) Nucleic Acids Res 32:D109-D1 1 1 ), dans Griffiths-Jones et al. ((2008) Nucleic Acids Res 36:D154-D158)et dans la base de donnée sur les miRNA (miRBase, http://microARN.sanger.ac.uk).
L'expression « virus » telle qu'utilisée ici comprend tous les types de virus. En particulier le virus peut être sélectionné dans le groupe des virus dont des variants ou des espèces sont plus ou moins pathogènes, par exemple les rétrovirus en particulier le virus VIH, les virus de la grippe, les coronavirus, les virus de la rougeole, les herpesvirus (dont les virus EBV, Simplex et CMV), les papillomavirus. Préférentiellement, le virus est un rétrovirus sélectionné parmi les rétrovirus humains notamment VIH, HTLV-I et XMRV. Encore plus préférentiellement, le virus est le VIH et en particulier les virus VIH-1 et VIH- 2 (notamment décrits dans la base de donnée HIV databases, http://www.hiv.lanl.gov/content/index). Si le virus selon l'invention est le VIH, les virus utilisés pour réaliser les infections peuvent, par exemple, être des virus prototypes comme les virus VIH-1 , NL4.3, VIH-2 ROD ou VIH-1 NLAD8 ou des virus d'un patient. Les virus VIH selon l'invention peuvent utiliser un ou plusieurs co-récepteurs pour entrer dans les cellules cibles. Préférentiellement, dans les méthodes d'identification de micro-ARN selon l'invention, les virus VIH utilisés n'utilisent qu'un seul type de co-récepteur pour entrer dans une cellule.
Le terme « patient » désigne un être humain infecté par un virus. Préférentiellement, le virus est le VIH. Le patient peut alors avoir éventuellement développé un SIDA (Syndrome d'Immuno-Déficience Acquise). Eventuellement, le patient est sous traitement anti-rétroviral, par exemple sous traitement HAART (traitement anti- retroviral hautement actif (« Highly Active Anti-Retroviral Therapy »)). Les termes « récepteur » et « récepteur cellulaire » selon l'invention désigne une structure de surface cellulaire, en générale une protéine, intervenant dans la reconnaissance d'une cellule cible par un virus et aboutissant en générale à la fixation de ce virus à la cellule cible. Les termes « co-récepteur » et « co-récepteur cellulaire » regroupe l'ensemble des protéines cellulaires de surface participant à l'entrée du virus à l'exclusion du récepteur cellulaire.
Lorsque le virus est le VIH, les termes « co-récepteur » et « co-récepteur cellulaire » regroupent plus spécifiquement l'ensemble des protéines cellulaires de surface participant à l'entrée du virus en plus de l'interaction entre le virus et le récepteur cellulaire CD4. L'entrée d'un virus VIH dans une cellule hôte implique la fusion entre les membranes cellulaire et virale. En particulier, le co-récepteur peut être sélectionné dans le groupe constitué de CXCR4, CCR5, CCR3, CCR2, CCR1 , CCR4, CCR8, CCR9, CXCR2, STRL33, V28, gprl , gpr15 et ChemR23. Préférentiellement, le co-récepteur est CCR5 ou CXCR4.
CXCR4 est également connu sous les noms de Fusin, LESTR et NPY3R. Le gène
CRCR4 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CXCR4 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 1 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CXCR4 code la protéine CXCR4 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 2 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR5 est également connu sous les noms de CKR-5 et CMKRB5. Le gène CCR5 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR5 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 3 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR5 code la protéine CCR5 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 4 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR3 est également connu sous les noms de CC-CKR-3, CKR-3 et CMKBR3. Le gène CCR3 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR3 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 5 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR3 code la protéine CCR3 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 6 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR2 est également connu sous les noms de CCR2b et CMKBR2. Le gène CCR2 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR2 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 7 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR2 code la protéine CCR2 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 8 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR1 est également connu sous les noms de CKR1 et CMKBR1 . Le gène CCR1 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR1 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 9 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR1 code la protéine CCR1 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 10 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR4 est également connu sous le nom de CKR-4. Le gène CCR4 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR4 humain dont la séquence d'ARNm peut par exemple être la SEQ ID NO : 1 1 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR4 code la protéine CCR4 pouvant être de séquence représentée par SEQ ID NO : 12 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR8 est également connu sous les noms de ChemRI , TER1 et CMKBR8. Le gène CCR8 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR8 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 13 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR8 code la protéine CCR8 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 14 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CCR9 est également connu sous le nom de D6. Le gène CCR9 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CCR9 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 15 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CCR9 code la protéine CCR9 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 16 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
CXCR2 est également connu sous le nom de IL-8RB. Le gène CXCR2 désigne ici préférentiellement la séquence du gène CXCR2 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 17 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène CXCR2 code la protéine CXCR2 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 18 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
STRL33 est également connu sous les noms de Bonzo, CXCR6 et TYMSTR. Le gène STRL33 désigne ici préférentiellement la séquence du gène STRL33 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 19 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène STRL33 code la protéine STRL33 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 20 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
V28 est également connu sous les noms de CMKBRL1 , CX3CR1 et GPR13. Le gène V28 désigne ici préférentiellement la séquence du gène V28 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 21 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène V28 code la protéine V28 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 22 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
Le gène gprl ou GPR1 désigne ici préférentiellement la séquence du gène gprl humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 23 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène gprl code la protéine gprl pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 24 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci. gpr15 ou GPR15 est également connu sous le nom de BOB. Le gène gpr15 désigne ici préférentiellement la séquence du gène gpr15 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 25 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène gpr15 code la protéine gpr15 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 26 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
Apj est également connu sous les noms de angiotensin-receptor-like, apelin receptor (APLNR) et AGTRL1 . Le gène Apj désigne ici préférentiellement la séquence du gène Apj humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 27 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène Apj code la protéine Apj pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 28 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
Le gène ChemR23 est également connu sous les noms de CMKLR1 et DEZ. Le gène ChemR23 désigne ici préférentiellement la séquence du gène ChemR23 humain dont la séquence d'ARNm peut, par exemple, être la SEQ ID NO : 29 ou tout variant allélique ou polymorphique de celle-ci ainsi que les séquences orthologues présentes dans d'autres espèces. Le gène ChemR23 code la protéine ChemR23 pouvant avoir la séquence représentée par SEQ ID NO : 30 ou n'importe quel variant naturel de celle-ci.
Selon l'invention, on entend par « cellule test » toute cellule susceptible d'être infectée par un virus selon l'invention. Préférentiellement, quand le virus est le VIH, la cellule test selon l'invention exprime CD4, un premier et au moins un autre co-récepteur du virus VIH tel que défini ci-dessus. Encore préférentiellement, la cellule test selon l'invention exprime CXCR4 et CCR5. Une cellule test selon l'invention peut exprimer naturellement ces récepteurs ou être génétiquement modifiée afin d'exprimer ces récepteurs. La cellule test selon l'invention peut par exemple être une cellule dendritique, une cellule issue des lignées lymphoïde (préférentiellement un lymphocyte T) ou myéloïde (préférentiellement un macrophage), une cellule épithéliale ou un fibroblaste. Préférentiellement, la cellule test selon l'invention est sélectionnée dans le groupe comprenant les cellules Jurkat (notamment décrites dans Schneider et al. Int J Cancer (1997) 19(5) : 621 -6), par exemple le clone de cellule Jurkat E6-1 (ATCC No : TIB-152), les cellules Jurkat-CCR5 (notamment décrites dans Alkhatib et al. (1996) Science 272 : 1955-1958 et AIDS reagent NIBSC, UK). Encore plus préférentiellement, la cellule test selon l'invention est une cellule Jurkat-CCR5.
Les techniques permettant d'infecter une cellule test selon l'invention par un virus VIH sont bien connues de l'homme du métier et sont notamment décrites dans Barré- Sinoussi et al. ((1983) Science 220(4599) : 868-71 )).
Le niveau d'expression de microARN ou le niveau d'expression d'ARNm cible dans les cellules test peut être mesuré par toutes techniques connues de l'homme du métier. De nombreuses méthodes sont connues qui permettent de quantifier les ARN, par exemple, les méthodes fondées sur des PCR après transcription inverse (RT-PCR) utilisant des oligonucléotides spécifiques des séquences d'ARN ou des méthodes permettant l'hybridation de ces ARN, des duplicats ou triplicats de ces ARN avec des sondes sous conditions stringentes. Lorsque le niveau d'expression des ARNm cibles est mesuré, il est possible de réaliser une RT-PCR ou des puces cDNA spécifiques avec une seule sonde permettant la transcription inverse de toutes les ARNm. Les sondes selon l'invention sont préférentiellement déposées sur des microarrays. Les conditions stringentes peuvent facilement être déterminées par l'homme du métier. Par exemple, les conditions stringentes selon l'invention peuvent comprendre une étape d'hybridation de 10 à 20 heures, préférablement 16h, à une température de 40 à δΟ 'Ό, préférablement à 50 °C, en présence d'une force ionique équivalente à celle induite par une concentration de 500mM à 2M de NaCI, préférablement 1 M de NaCI. D'autres produits peuvent également être ajoutés comme des solutions tampon, telles le Tris ou MES, de l'EDTA, du Tween et du BSA (sérum albumine bovine).
Les niveaux d'expression des microARN ou de leurs ARNm cibles ainsi mesurés, dans une cellule test respectivement infectée par un premier virus utilisant un premier co- récepteur et par au moins un autre virus utilisant un autre co- récepteurs, peuvent permettre d'identifier les microARN ou leurs ARNm cibles dont l'expression est modulée lors de l'infection par chacun des virus par rapport à des cellules non infectées. L'identification des microARN ou de leurs ARNm cibles dont l'expression est modulée lors de l'infection par chacun de virus peut être réalisée en comparant les niveaux d'expression des miRNA ou de leurs ARNm cibles mesurés après infection par chacun des virus avec le niveau d'expression desdits miRNA ou desdits ARNm cibles dans des cellules non infectées. Préférentiellement, pour qu'un microARN ou ses ARNm cibles soient considérés comme ayant une expression modulée lors de l'infection des cellules tests par un virus, cette expression est augmentée ou diminuée par rapport à l'expression dans les cellules tests non infectées d'un log2 du rapport (expression dudit miRNA dans des cellules infectées/ expression dudit miRNA dans des cellules non infectées) supérieure à 0,5 ou inférieur à -0,5 respectivement.
Les microARN ou leurs ARNm cibles identifiés comme ayant une expression modulée lors de l'infection par chacun des virus peuvent ensuite être comparés afin de sélectionner les miRNA ou leurs ARNm cibles dont l'expression est modifiée spécifiquement par l'utilisation d'un co-récepteur par le virus.
Par «modification du niveau d'expression spécifique de l'utilisation d'un co- récepteur » selon l'invention on entend une modification, augmentation ou diminution, de l'expression suffisante pour permettre d'identifier le co-récepteur utilisé par le virus.
Par « cellules tests non infectées » ou « cellules non infectées par le virus du patient », on entend des cellules n'ayant pas été mises en contact avec un virus quelque qu'il soit mais également les cellules infectées par un virus, notamment un rétrovirus, dont les co-récepteurs cellulaires sont présentés par les cellules test mais sont distincts du premier co-récepteur ou du au moins un autre co-récepteur utilisé par le virus pour entrer dans la cellule test dans les méthodes selon l'invention. Par exemple, ce virus peut être un virus VIH pseudotypé par une enveloppe amphotrope type VSV ou le virus PFV-1 .
Par exemple, si l'expression d'un miRNA ou d'un de ses ARNm cibles est augmentée lors d'une infection avec un premier virus VIH utilisant le co-récepteur CXCR4 dans des cellules Jurkat-CCR5 (exprimant CXCR4 et CCR5) par rapport à l'expression du miRNA ou d'un de ses ARNm cibles dans des cellules Jurkat-CCR5 non infectées et que l'expression de ce miRNA ou d'un de ses ARNm cibles n'est pas augmentée lors d'une infection avec un deuxième virus VIH utilisant le co-récepteur CCR5 dans des cellules Jurkat-CCR5 par rapport à l'expression du miRNA ou d'un de ses ARNm cibles dans les cellules Jurkat-CCR5 non infectées, alors l'augmentation de l'expression dudit miRNA ou dudit ARNm cible est spécifique de l'utilisation du récepteur CXCR4 par le virus VIH.
La présente invention peut concerner également une méthode in vitro d'identification de microARN ou de leurs ARNm cibles dont l'expression, lors de l'infection de cellules par un virus utilisant un récepteur et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans la cellule, est spécifiquement modifiée en fonction du co-récepteur cellulaire utilisé par le virus pour son entrée dans les cellules, comprenant :
i) déterminer les niveaux d'expression de microARN dans une cellule test, exprimant le récepteur, un premier co-récepteur et au moins un autre co-récepteur, après infection respectivement par un premier virus utilisant le premier co-récepteur et par au moins un autre virus utilisant un autre co-récepteur;
ii) comparer les niveaux d'expression des micro-ARN ainsi déterminés ;
iii) identifier les microARN dont la modification du niveau d'expression est spécifique de l'utilisation d'un co-récepteur.
Les niveaux d'expression des microARN ou de leurs ARNm cibles ainsi mesurés dans une cellule test après infection respectivement par un virus utilisant un premier co- récepteur et au moins un autre virus utilisant un autre co-récepteur peuvent alors être comparés directement entre eux. Cette comparaison permet alors d'identifier les microARN ou leur ARNm cibles dont la modification de l'expression est spécifique de l'utilisation du premier corécepteur ou du au moins un autre co-récepteur par le virus.
Les méthodes selon l'invention peuvent également comprendre un étape supplémentaire permettant d'identifier les ARNm cibles des micro-ARN caractéristiques ainsi identifiés dont la modification du niveau d'expression est spécifique de l'utilisation d'un co-récepteur par un virus pour entrer dans une cellule. Les cibles des miRNA peuvent être identifiées dans des bases de données, notamment miRBase (http://microrna.sanger.ac.uk/ et notamment décrite dans Griffiths-Jones et al. (2008) Nucleic Acids Res 36, Griffiths-Jones et al. (2006) Nucleic Acids Res 34, Griffiths-Jones et al. (2004) Nucleic Acids Research 32) et TargetScan (http://www.targetscan.org/ et notamment décrite dans Lewis et al. (2005) Cell 120: 15-20, Grimson et al. (2007) Molecular Cell 27: 91 -105, Friedman et al. (2009) Génome Research 19: 92-105).
L'expression « échantillon du patient susceptible de comprendre le virus VIH » comprend tous les liquides ou tissus biologiques provenant d'un patient et pouvant contenir des virus comme par exemple, le sang périphérique, les muqueuses génitales, les tissus lymphoïdes, le liquide céphalo-rachidien, le placenta ou le lait maternel. L'échantillon peut être mis directement en contact avec les cellules test. Préférentiellement, les virus sont extraits de l'échantillon avant contact avec les cellules hôtes. Par exemple, les virus des patients peuvent provenir d'isolats primaires issus d'un échantillon biologique et être obtenus par toutes méthodes connues de l'homme du métier, par exemple, l'isolement des virus VIH peut s'effectuer par co-culture des lymphocytes de patients infectées par le VIH avec des lymphocytes de donneurs séronégatifs pour le VIH notamment selon la technique décrite par Barre-Sinoussi et al ((1983) Science 220(4599):868-71 ). Le sang périphérique d'un patient infecté par le virus VIH peut également être traité de manière à séparer le plasma des cellules (comme cela est notamment décrit par Fang et al. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:121 10-4).
Afin de mettre en œuvre la méthode d'identification d'un co-récepteur cellulaire utilisé par un virus utilisant un récepteur cellulaire et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans une cellule chez un patient, le niveau d'expression d'au moins un miRNA et/ou d'au moins un ARNm cible de ce miRNA est mesuré. De préférence ce miRNA et/ou son ARNm cible a été identifié comme ayant une modification du niveau d'expression spécifique de l'utilisation par le virus d'un co-récepteur. De préférence ce miRNA et/ou son ARNm cible aura été identifié par une méthode selon l'invention.
En particulier, la méthode d'identification de virus chez un patient selon l'invention peut être utilisée pour identifier des virus utilisant CXCR4 et/ou CCR5. De préférence ce miRNA et/ou son ARNm cible aura alors été identifié comme ayant une modification du niveau d'expression spécifique de l'utilisation par le virus VIH du récepteur CXCR4 et/ou CCR5. De préférence ce miRNA et/ou son ARNm cible aura été identifié par la méthode d'identification de miRNA selon l'invention.
Préférentiellement, la méthode selon l'invention est mise en œuvre pour identifier la présence ou l'absence de virus utilisant le co-récepteur CXCR4 chez un patient. La méthode selon l'invention peut aussi être réalisée à plusieurs reprises sur des échantillons issus d'un même patient prélevés à différents moments au cours du temps afin d'identifier l'apparition de virus utilisant le récepteur CXCR4 et ainsi de suivre l'évolution de la maladie chez ce patient.
La valeur prédéterminée peut être une valeur unique comme, par exemple, un niveau ou une moyenne de niveaux d'expression d'un miRNA donné ou d'un ARNm cible donné.
Par exemple, afin d'identifier un virus utilisant un co-récepteur donnée, la valeur prédéterminée peut être la valeur de l'expression d'un miRNA donné ou d'un ARNm cible donné dans une cellule exprimant ce co-récepteur et infectée par un virus de référence connu pour utiliser ce co-récepteur pour entrer dans la cellule. Par exemple, afin d'identifier des virus utilisant CXCR4 et/ou CCR5 chez un patient, la valeur prédéterminée peut être la valeur de l'expression d'un miRNA donné ou d'un ARNm cible donné dans une cellule exprimant CXCR4 ou CCR5 après infection avec un virus VIH de référence utilisant CXCR4 ou CCR5 pour entrer dans une cellule.
La comparaison entre la valeur d'expression obtenue et la valeur prédéterminée permet de déterminer si le virus étudié utilise ou non le même co-récepteur que le virus de référence pour entrer dans les cellules. Par exemple, si la valeur obtenue est proche de la valeur prédéterminée, il est possible de déduire qu'un co-récepteur utilisé par le virus testé est identique à celui utilisé par le virus de référence pour entrer dans les cellules. Par valeur proche on entend préférentiellement des valeurs ne différant pas de plus de 50%, 40%, 30%, 20% ou 10% et encore plus préférentiellement de moins de 5%.
La valeur de référence peut également être, par exemple, la valeur de l'expression d'un miRNA donné ou d'un ARNm cible donné dans une cellule non infectée et donc en absence d'infection par le virus du patient. De préférence, il aura alors été préalablement montré que l'expression dudit miRNA ou dudit ARNm cible est modulée, augmentée ou diminuée, de façon spécifique après infection de la cellule avec un virus de référence utilisant un co-récepteur donné par rapport à l'expression dans une cellule non infectée. L'augmentation ou la diminution de la valeur d'expression d'un miRNA ou d'un ARNm cible de même nature que celle préalablement déterminée indique alors une utilisation d'un même co-récepteur par les virus. Par expression augmentée ou diminuée de même nature, on entend préférentiellement des valeurs de log2 du rapport (expression dudit miRNA et/ou d'un ARNm cible dans des cellules infectées/ expression dudit miRNA et/ou d'un ARNm cible dans des cellules non infectées) de même signe (négative ou positive respectivement). L'étape de comparaison du niveau d'expression à une valeur déterminée (iii) dans la méthode d'identification d'un co-récepteur utilisé par un virus d'un patient infecté selon l'invention est alors préférentiellement mise en œuvre en déterminant si le niveau d'expression d'au moins un miRNA et/ou au moins un ARNm cible d'un miRNA est augmenté ou diminué par rapport au niveau d'expression du au moins un miRNA et/ou du au moins un ARNm cible d'un miRNA dans des cellules tests non infectées.
Par exemple, la mesure de l'expression d'un ou plusieurs microARN ou ARNm cible, dont l'expression a été montrée comme étant spécifiquement modifiée (augmentée ou diminuée) par des virus VIH de référence utilisant le co-récepteur CXCR4, dans des cellules non infectées peut être comparée a des mesures de l'expression desdits microARN ou ARNm cibles dans des cellules après infection par des virus d'un patient. En cas d'absence de modulations prédéfinies de certains microARN, ce test identifiera que CXCR4 n'est pas un co-récepteur utilisé par un virus VIH du patient. Inversement, si les modulations prédéfinies (augmentation ou diminution) sont observées, le test identifiera que CXCR4 est un co-récepteur utilisé par le virus VIH du patient, il peut être noté qu'un tel virus peut être un virus à double tropisme par exemple, pouvant utiliser CCR5 et CXCR4.
Le miRNA dont l'expression est déterminée peut être, par exemple, sélectionné dans le groupe constitué de hsa-miR-574-5p (notamment de SEQ ID NO : 31 , ugagugugugugugugagugugu), hsa-miR-663 (notamment de SEQ ID NO : 32, aggcggggcgccgcgggaccgc), hsa-miR-149* (notamment de SEQ ID NO : 33, agggagggacgggggcugugc), hsa-miR-575 (notamment de SEQ ID NO : 34, gagccaguuggacaggagc), hsa-miR-638 (notamment de SEQ ID NO : 35, agggaucgcgggcggguggcggccu), hsa-miR-181 b (notamment de SEQ ID NO : 36, aacauucauugcugucggugggu), hsa-let-7g (notamment de SEQ ID NO : 37, ugagguaguaguuuguacaguu), hsa-miR-30a (notamment de SEQ ID NO : 38, uguaaacauccucgacuggaag), hsa-miR-148a (notamment de SEQ ID NO : 39, ucagugcacuacagaacuuugu) et hsa-miR-9* (notamment de SEQ ID NO : 40, auaaagcuagauaaccgaaagu). Préférentiellement, le mi-RNA dont l'expression est déterminée est hsa-miR-638.
Les miRNA dont l'expression est déterminée peuvent également être des variants allélique ou polymorphique des SEQ ID NO : 31 à 40 ainsi que des séquences orthologues présentes dans d'autres espèces dérivant des miRNA de séquence SEQ ID NO : 31 à 40 et remplissant la même fonction, en particulier régulant l'expression des même ARNm cibles. Par exemple, ces miRNA peuvent dériver des miRNA de séquence SEQ ID NO : 31 à 40 par une ou plusieurs mutations d'acides nucléiques.
L'ARNm dont l'expression est déterminée peut être, par exemple, sélectionné dans le groupe constitué des ARNm cibles des miRNA de SEQ ID NO : 31 à 40 ou des miRNA en dérivant. En particulier, les ARNm cibles peuvent être identifiés dans des bases de données comme décrit ci-dessus.
Par exemple, une augmentation de l'expression d'au moins un miRNA sélectionné dans le groupe comprenant hsa-miR574-5p, hsa-miR-663, hsa-miR-149*, hsa-miR-575, hsa-miR-638 ou une diminution de l'expression d'au moins un microARN sélectionné dans le groupe comprenant hsa-miR-181 b, hsa-let-7g, hsa-miR-30a, hsa-miR-148a et hsa-miR-9* indique que CXCR4 est un co-récepteur utilisé par un virus VIH du patient. Au contraire, une absence d'augmentation de l'expression d'au moins un miRNA sélectionné dans le groupe comprenant hsa-miR574-5p, hsa-miR-663, hsa-miR-149*, hsa-miR-575, hsa-miR-638 ou une absence de diminution de l'expression d'au moins un microARN sélectionné dans le groupe comprenant hsa-miR-181 b, hsa-let-7g, hsa-miR-30a, hsa- miR-148a et hsa-miR-9* indique que CXCR4 n'est pas un co-récepteur utilisé par un virus du patient. FIGURE
FIG. 1 : Expression de hsa-miR-638 en réponse à l'infection par des isolats primaires HIV-1 de tropisme CXCR4, CCR5 ou des virus à double tropisme (dual). Des cellules Jurkat-CCR5 sont infectées par 4 isolats DUAL (dual 1 , dual 2, dual 3, dual 4), 4 isolats CXCR4 (X4 1 , X4 2, X4 3, X4 4) et 3 isolats CCR5 (R5 1 , R5 2, R5 3). Trois jours post-infection, les cellules sont lysées et les ARN sont analysés par RT-qPCR dirigée contre le hsa-miR-638. L'expression de hsa-miR-638 dans les cellules infectées est normalisée par l'expression de cellules contrôles Jurkat R5 non infectées (NI).
EXEMPLES
MATERIEL ET METHODES Virus et lignées cellulaires
Les virus utilisés dans cette étude sont les virus prototypes VIH-1 NL4.3 et VIH-2 ROD utilisant tous les deux le co-récepteur CXCR4, le virus VIH-1 NLAD8 utilisant le co- récepteur CCR5 et des virus issus d'isolats primaires utilisant le co-récepteur CXCR4 (3 isolats nommés X4 1 , X4 2, X4 3 et X4 4), utilisant le co-récepteur CCR5 (3 isolats nommés R5 1 , R5 2 et R5 3) ou pouvant utiliser les deux co-récepteurs CXCR4 et CCR5 (4 isolats nommés dual 1 , dual 2, dual 3 et dual 4) ainsi qu' un autre rétrovirus, le PFV-1 , n'utilisant ni CD4, ni CXCR4 ni CCR5 pour son entrée.
Les lignées cellulaires Jurkat et Jurkat-CCR5 exprimant CCR5 de manière stable sont utilisées.
Infection
- infection par les virus prototypes
Les cellules Jurkat et Jurkat-CCR5 sont infectées pendant 3 jours par deux doses infectieuses de VIH-1 NL4.3, VIH-2 ROD afin de tenir compte des modulations liées à la multiplicité d'infection. Les cellules Jurkat-CCR5 sont infectées pendant 3 jours par VIH-1 NLAD8 ou PFV-1 .
- infection par les virus issus d'isolats primaires
Les cellules Jurkat-CCR5 sont infectées pendant 3 jours par les virus X4 1 , X4 2, X4 3 et X4 4, R5 1 , R5 2, R5 3, dual 1 , dual 2, dual 3 ou dual 4. Des cellules Jurkat- CCR5 non infectées sont utilisées en tant que témoin (NI). Analyse de l'expression des microARN
- Analyse par puce micro-ARN
Trois jours après infection par les virus prototypes, les ARN sont extraits et soumis à analyse par puces microARN (LC Sciences ou Affymetrix).
- Analyse de l'expression de hsa-miR-638 par RT-PCR
Trois jours après infection par les virus issus d'isolats primaires, les cellules sont lysées et l'expression de hsa-miR-368 est analysée par RT-qPCR. L'expression de hsa- miR-368 dans les cellules infectées est normalisée par rapport à l'expression de hsa-miR- 368 dans des cellules contrôles Jurkat-CCR5 non infectées (NI).
RESULTATS
Exemple 1 : identification des micro-ARN
Les modulations de l'expression des microARN induites par les virus prototypes VIH-1 NL4.3 et VIH-2 ROD, utilisant tous deux le co-récepteur CXCR4, ont été étudiées. Afin de limiter les variations inter-individus et de travailler avec un fond génétique identique (et donc un répertoire de microARN comparable), ces modulations sont étudiées à la fois au cours de l'infection de la lignée cellulaire Jurkat et de la lignée Jurkat exprimant CCR5. Trois jours après l'infection, les ARN des cellules Jurkat sont extraits et soumis à analyse par puces microARN. Le Tableau 1 met en évidence une sous- population de microARN modulés à la fois par VIH-1 NL4.3 et VIH-2 ROD.
Figure imgf000015_0001
Figure imgf000015_0002
Tableau 1 . Modulations significatives (p<0,01 ) du répertoire de microARN cellulaires induites lors d'une infection par VIH-1 NL4.3 et VIH-2 ROD de cellules Jurkat et Jurkat-CCR5 à 1 et 100 TCID50 L'infection de cellules Jurkat-CCR5 par VIH-1 NLAD8 (de tropisme R5, Tableau 2) et par le rétrovirus PFV-1 témoin n'utilisant ni CD4, ni CXCR4 ni CCR5 pour son entrée entraîne également des modulations de l'expression de microARN.
Figure imgf000016_0001
Tableau 2. Modulations significatives (p<0,01 ) du répertoire de microARN cellulaires induites lors de l'infection VIH-1 NLAD8. Par comparaison de ces tableaux, on peut constater que l'expression de neuf microARN est systématiquement diminuée lors de l'infection, quelque soit le VIH et son tropisme (Tableau 3). L'expression de ces microARN n'est pas affectée par l'infection par PFV-1 .
Figure imgf000017_0001
Tableau 3. Modulations significatives (p<0,01 ) du répertoire de microARN cellulaires induites lors de l'infection par NL4.3, ROD et NLAD8.
Par ailleurs, l'expression de 5 microARN est augmentée lors de l'infection par NL4.3 ou ROD mais n'est pas augmentée lors de l'infection par NLAD8. Enfin, l'expression de 4 microARN est spécifiquement diminuée lors de l'infection par NL4.3 ou ROD mais n'est pas diminuée lors de l'infection par NLAD8 (Tableau 4). Aucun microARN dont l'expression est augmentée ou diminuée spécifiquement lors de l'infection par NL4.3 ou ROD n'est affecté lors de l'infection par PFV-1 .
Figure imgf000017_0002
Tableau 4. Modulations significatives (p<0,01 ) du répertoire de microARN cellulaires induites spécifiquement lors de l'infection par NL4.3 et ROD (Augmentée, microARN dont l'expression est augmentée lors de l'infection, Diminuée : microARN dont l'expression est diminuée lors de l'infection).
Ces résultats illustrent l'importance des modulations du répertoire de microARN cellulaires induites par l'entrée du virus. Ces analyses mettent également en évidence la possibilité, grâce aux méthodes selon l'invention, de distinguer l'utilisation d'un certain type de co-récepteur (ici CXCR4 ou CCR5) par le VIH sur la base des changements du répertoire cellulaire de microARN. Exemple 2 :
Afin de valider les résultats ainsi obtenus, des cellules Jurkat-CCR5 (exprimant à la fois le récepteur CXCR4 et le récepteur CCR5) sont infectées par des virus issus d'isolats primaires utilisant le co-récepteur CXCR4 (X4 1 , X4 2, X4 3 et X4 4), utilisant le co-récepteur CCR5 (R5 1 , R5 2 et R5 3) ou pouvant utiliser les deux co-récepteurs CXCR4 et CCR5 (dual 1 , dual 2, dual 3 et dual 4).
L'expression de hsa-miR-638 dans les cellules infectées ou non infectées (NI, témoin) est mesurée après 3 jours. Comme attendu et comme indiqué dans la figure 1 , l'expression de hsa-miR-638 n'est pas modifiée dans les cellules non infectées. Cette expression n'est pas non plus statistiquement modifiée dans les cellules infectées par des virus utilisant uniquement CCR5 comme co-récepteur pour entrer dans les cellules (R5 1 , R5 2 et R5 3) (FIG. 1 ). Par contre, cette expression est significativement augmentée dans les cellules ayant été infectées par un virus capable d'utiliser le co-récepteur CXCR4 pour entrer dans les cellules (X4 1 , X4 2, X4 3, X4 4, dual 1 , dual 2, dual 3 et dual 4) (FIG. 1 ).
Ces résultats indiquent que seule une infection faisant intervenir le co-récepteur CXCR4 induit une augmentation de l'expression de hsa-miR-638.
Ces résultats confirment donc les données obtenues dans l'exemple 1 et prouvent, si besoin était, que le niveau d'expression de ce micro-ARN dans une cellule infectée permet de déterminer le co-récepteur utilisé par le virus pour infecter cette cellule et permet donc d'identifier le tropisme de ce virus.

Claims

REVENDICATIONS
1. Méthode in vitro d'identification de microARN, ou de leurs ARNm cibles, dont l'expression, lors de l'infection de cellules par un virus utilisant un récepteur cellulaire et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans la cellule, est spécifiquement modifiée en fonction du co-récepteur cellulaire utilisé par le virus pour son entrée dans les cellules, comprenant :
i) déterminer les niveaux d'expression de microARN dans une cellule test, exprimant un récepteur, un premier co-récepteur et au moins un autre co-récepteur, après infection respectivement par un premier virus utilisant le premier co-récepteur et par au moins un autre virus utilisant un autre co-récepteur ;
ii) identifier les microARN dont le niveau d'expression est modulé lors de l'infection par chacun des virus par rapport au niveau d'expression dans des cellules non infectées ; iii) comparer les microARN ainsi identifiés ;
iv) sélectionner les microARN dont la modification du niveau d'expression est spécifique de l'utilisation d'un co-récepteur ;
v) éventuellement identifier les ARNm cibles des micro-ARN ainsi sélectionnés.
2. Méthode selon la revendication 1 , dans laquelle la cellule test exprime un premier et un deuxième co-récepteurs et est infectée par un premier virus utilisant le premier co-récepteur et un deuxième virus utilisant le deuxième co-récepteur pour entrer dans la cellule.
3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle les virus sont des rétrovirus.
4. Méthode selon l'une des revendications 1 à 3, dans laquelle les virus sont des virus VIH.
5. Méthode selon la revendication 4, dans laquelle le co-récepteur utilisé par un des virus VIH est sélectionné dans le groupe constitué de CXCR4, CCR5, CCR3, CCR2, CCR1 , CCR4, CCR8, CCR9, CXCR2, STRL33, V28, gprl , gprl 5 et ChemR23.
6. Méthode selon la revendication 5, dans laquelle le co-récepteur utilisé par le premier virus VIH est CXCR4 et le co-récepteur utilisé par le deuxième virus VIH et CCR5.
7. Méthode selon l'une des revendications 4 à 6, dans laquelle les cellules test sont les cellules Jurkat-CCR5.
8. Méthode in vitro d'identification d'un co-récepteur cellulaire utilisé par un virus utilisant un récepteur cellulaire et au moins un co-récepteur cellulaire pour entrer dans une cellule, chez un patient infecté par le virus, comprenant :
i) mettre en contact un échantillon du patient susceptible de contenir le virus avec une cellule test exprimant un récepteur cellulaire du virus et au moins un co-récepteur cellulaire du virus ;
ii) déterminer le niveau d'expression d'au moins un miRNA et/ou d'au moins un
ARNm cible d'un miRNA dans la cellule test ;
iii) comparer le niveau d'expression à une valeur prédéterminée ;
iv) en déduire si le virus utilise ou non un co-récepteur cellulaire exprimé par la cellule test.
9. Méthode selon la revendication 8, dans laquelle la valeur prédéterminée est le niveau d'expression du miRNA ou de l'ARNm dans une cellule test non infectée.
10. Méthode selon la revendication 8 ou 9, dans laquelle le virus est le virus VIH et dans laquelle la cellule test exprime le récepteur cellulaire CD4.
11. Méthode selon la revendication 10, dans laquelle la cellule test exprime un co- récepteur cellulaire sélectionné dans le groupe constitué de CXCR4, CCR5, CCR3, CCR2, CCR1 , CCR4, CCR8, CCR9, CXCR2, STRL33, V28, gprl , gpr15 et ChemR23.
12. Méthode selon la revendication 10, dans laquelle la cellule test exprime CXCR4.
13. Méthode selon l'une des revendication 10 à 12, dans laquelle le microARN est sélectionné dans le groupe constitué de hsa-miR574-5p, hsa-miR-663, hsa-miR-149*, hsa-miR-575, hsa-miR-638, hsa-miR-181 b, hsa-let-7g, hsa-miR-30a, hsa-miR-148a et hsa-miR-9*.
14. Méthode selon la revendication 13, dans laquelle une augmentation de l'expression d'au moins un microARN sélectionné dans le groupe comprenant hsa- miR574-5p, hsa-miR-663, hsa-miR-149*, hsa-miR-575, hsa-miR-638 ou une diminution de l'expression d'au moins un microARN sélectionné dans le groupe comprenant hsa- miR-181 b, hsa-let-7g, hsa-miR-30a, hsa-miR-148a et hsa-miR-9* indique que CXCR4 est un co-récepteur utilisé par le virus VIH.
15. Méthode selon l'une des revendications 8 à 14, dans laquelle le niveau d'expression des microARN ou la quantité de mRNA est mesuré(e) par RT-PCR ou à l'aide d'une micropuce.
16. Méthode selon l'une des revendications 10 à 15, dans laquelle les cellules test sont sélectionnées dans le groupe constitué des cellules Jurkat et des cellules Jurkat- CCR5.
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