WO2008026927A3 - Procédé d'affichage des répertoires des récepteurs des lymphocytes t et b - Google Patents

Procédé d'affichage des répertoires des récepteurs des lymphocytes t et b Download PDF

Info

Publication number
WO2008026927A3
WO2008026927A3 PCT/NL2007/050429 NL2007050429W WO2008026927A3 WO 2008026927 A3 WO2008026927 A3 WO 2008026927A3 NL 2007050429 W NL2007050429 W NL 2007050429W WO 2008026927 A3 WO2008026927 A3 WO 2008026927A3
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
repertoire
allergen
ndn
gene segments
oligonucleotide
Prior art date
Application number
PCT/NL2007/050429
Other languages
English (en)
Other versions
WO2008026927A2 (fr
Inventor
Vries Nikolaas De
Original Assignee
Amc Amsterdam
Vries Nikolaas De
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Amc Amsterdam, Vries Nikolaas De filed Critical Amc Amsterdam
Publication of WO2008026927A2 publication Critical patent/WO2008026927A2/fr
Publication of WO2008026927A3 publication Critical patent/WO2008026927A3/fr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Abstract

La présente invention concerne un procédé de détermination de réarrangements génétiques des récepteurs de TCR ou BCR et de permettre la visualisation du répertoire des domaines CDR3 réarrangés V(D)J sur une matrice d'oligonucléotides d'un support solide. Le procédé permet de visualiser le résultat final du processus de recombinaison V(D)J et, en particulier, du processus de délétion et d'insertion qui a lieu dans la région hypervariable NDN, 1 à 13 nucléotides étant délétés des segments géniques V, D et/ou J par l'utilisation d'un oligonucléotide hybrideur marqué qui s'hybride sur ou à proximité étroite de la région NDN. Le procédé permet la détection du répertoire complet ou d'une partie sélectionnée du répertoire en choisissant et en combinant des amorces qui sont spécifiques de certains segments géniques V, D et/ou J encadrant le CDR3 de chaque côté. Le procédé de l'invention peut être utilisé ou appliqué dans le diagnostic d'une réponse immune contre un agent pathogène, un allergène ou un auto-allergène.
PCT/NL2007/050429 2006-08-30 2007-08-30 Procédé d'affichage des répertoires des récepteurs des lymphocytes t et b WO2008026927A2 (fr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP06119814.9 2006-08-30
EP06119814 2006-08-30

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO2008026927A2 WO2008026927A2 (fr) 2008-03-06
WO2008026927A3 true WO2008026927A3 (fr) 2008-04-24

Family

ID=37709507

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/NL2007/050429 WO2008026927A2 (fr) 2006-08-30 2007-08-30 Procédé d'affichage des répertoires des récepteurs des lymphocytes t et b

Country Status (1)

Country Link
WO (1) WO2008026927A2 (fr)

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9150905B2 (en) 2012-05-08 2015-10-06 Adaptive Biotechnologies Corporation Compositions and method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed PCR reactions
US9181590B2 (en) 2011-10-21 2015-11-10 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
US9217176B2 (en) 2008-11-07 2015-12-22 Sequenta, Llc Methods of monitoring conditions by sequence analysis
US9365901B2 (en) 2008-11-07 2016-06-14 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia
US9416420B2 (en) 2008-11-07 2016-08-16 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9499865B2 (en) 2011-12-13 2016-11-22 Adaptive Biotechnologies Corp. Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes
US9512487B2 (en) 2008-11-07 2016-12-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring health and disease status using clonotype profiles

Families Citing this family (33)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2343083B1 (fr) 2003-06-27 2014-01-15 International Institute of Cancer Immunology, Inc. Procédé de diagnostic du cancer comprenant la mesure de la fréquence de cellules précurseurs des LTC de WTI
BRPI0808341A2 (pt) 2007-03-05 2014-07-01 Int Inst Cancer Immunology Inc Gene do receptor de célula t específico para antígeno de câncer, peptídeo codificado pelo gene e uso dos mesmos
US8691510B2 (en) 2008-11-07 2014-04-08 Sequenta, Inc. Sequence analysis of complex amplicons
US9506119B2 (en) 2008-11-07 2016-11-29 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of sequence determination using sequence tags
US9528160B2 (en) 2008-11-07 2016-12-27 Adaptive Biotechnolgies Corp. Rare clonotypes and uses thereof
EP2387627B1 (fr) 2009-01-15 2016-03-30 Adaptive Biotechnologies Corporation Profilage d'immunité adaptative et méthodes de génération d'anticorps monoclonaux
RU2539032C2 (ru) 2009-06-25 2015-01-10 Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер Способ измерения искусственного иммунитета
US9043160B1 (en) 2009-11-09 2015-05-26 Sequenta, Inc. Method of determining clonotypes and clonotype profiles
JP6066909B2 (ja) 2011-06-28 2017-01-25 株式会社癌免疫研究所 ペプチド癌抗原特異的ｔ細胞のレセプター遺伝子
US10385475B2 (en) 2011-09-12 2019-08-20 Adaptive Biotechnologies Corp. Random array sequencing of low-complexity libraries
CA2858070C (fr) 2011-12-09 2018-07-10 Adaptive Biotechnologies Corporation Diagnostic des malignites lymphoides et detection de maladie residuelle minimale
WO2013086462A1 (fr) * 2011-12-09 2013-06-13 Sequenta, Inc. Procédé de mesure de l'activation immunitaire
CN103184216B (zh) * 2011-12-27 2015-03-18 深圳华大基因科技有限公司 用于扩增免疫球蛋白重链cdr3编码序列的引物组合物及其用途
WO2013131074A1 (fr) * 2012-03-02 2013-09-06 Diogenix, Inc. Procédés et réactifs pour évaluer une maladie auto-immune et déterminer un répertoire d'anticorps
GB201203720D0 (en) * 2012-03-02 2012-04-18 Babraham Inst Method of identifying VDJ recombination products
ES2662128T3 (es) 2012-03-05 2018-04-05 Adaptive Biotechnologies Corporation Determinación de cadenas de receptor inmunitario emparejadas a partir de la frecuencia de subunidades coincidentes
CA2886647A1 (fr) 2012-10-01 2014-04-10 Adaptive Biotechnologies Corporation Evaluation de l'immunocompetence par la diversite des recepteurs de l'immunite adaptative et la caracterisation de la clonalite
US9708657B2 (en) 2013-07-01 2017-07-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for generating clonotype profiles using sequence tags
CA2941612A1 (fr) 2014-03-05 2015-09-11 Adaptive Biotechnologies Corporation Procedes dans lesquels on utilise des molecules synthetiques contenant des randomeres
US10066265B2 (en) 2014-04-01 2018-09-04 Adaptive Biotechnologies Corp. Determining antigen-specific t-cells
ES2777529T3 (es) 2014-04-17 2020-08-05 Adaptive Biotechnologies Corp Cuantificación de genomas de células inmunitarias adaptativas en una mezcla compleja de células
US10392663B2 (en) 2014-10-29 2019-08-27 Adaptive Biotechnologies Corp. Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from a large number of samples
US10246701B2 (en) 2014-11-14 2019-04-02 Adaptive Biotechnologies Corp. Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture
EP3224384A4 (fr) 2014-11-25 2018-04-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Caractérisation de la réponse immunitaire adaptative à la vaccination ou à l'infection à l'aide du séquençage du répertoire immunitaire
ES2858306T3 (es) 2015-02-24 2021-09-30 Adaptive Biotechnologies Corp Método para determinar el estado de HLA mediante secuenciación del repertorio inmunitario
WO2016161273A1 (fr) 2015-04-01 2016-10-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Procédé d'identification des récepteurs de lymphocytes t spécifiques à compatibilité humaine pour une cible antigénique
US10428325B1 (en) 2016-09-21 2019-10-01 Adaptive Biotechnologies Corporation Identification of antigen-specific B cell receptors
WO2018144410A1 (fr) * 2017-01-31 2018-08-09 Ludwig Institute For Cancer Research Ltd. Procédés améliorés de séquençage de récepteurs de cellules immunitaires
GB201718238D0 (en) * 2017-11-03 2017-12-20 Univ Oxford Innovation Ltd Method and system for determining the disease status of a subject
US11254980B1 (en) 2017-11-29 2022-02-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements
CN108229100B (zh) * 2018-05-22 2018-08-24 至本医疗科技（上海）有限公司 Dna重排区域及相应rna产物检测方法、设备以及存储介质
CN112424374A (zh) * 2018-06-11 2021-02-26 莫诺匡特私人有限公司 扩增方法
CN111808195A (zh) * 2020-06-30 2020-10-23 中国科学院心理研究所 抗n-甲基-d-天冬氨酸受体脑炎的b细胞抗体基因获取方法及其免疫组库研究

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1993017126A1 (fr) * 1992-02-19 1993-09-02 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Nouvelles configurations d'oligonucleotides et utilisation de ces configurations pour le tri, l'isolement, le sequençage et la manipulation des acides nucleiques
WO1997027317A1 (fr) * 1996-01-23 1997-07-31 Affymetrix, Inc. Evaluation rapide de difference d'abondance d'acides nucleiques, avec un systeme d'oligonucleotides haute densite
WO2000026412A1 (fr) * 1998-11-02 2000-05-11 Kenneth Loren Beattie Analyse d'acides nucleiques par hybridation en tandem ciblee sur des sequences
WO2001018241A1 (fr) * 1999-08-22 2001-03-15 Dot Diagnostics B.V. Technique perfectionnee de detection de nucleotides et dispositifs utilises
WO2004033728A2 (fr) * 2002-10-11 2004-04-22 Erasmus Universiteit Rotterdam Amorces d'amplification d'acides nucleiques pour etudes de la clonalite basee sur la pcr
WO2004060145A2 (fr) * 2002-12-31 2004-07-22 Baylor College Of Medicine Isolement et identification de lymphocytes t a reactivite croisee
US20040229252A1 (en) * 2003-02-19 2004-11-18 Affmetrix, Inc. Genotyping the T cell receptor
WO2005098021A1 (fr) * 2004-04-06 2005-10-20 Flinders Technologies Pty. Ltd. Detection de cibles a l'aide d'acides nucleiques ayant a la fois une region variable et une region conservee

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1993017126A1 (fr) * 1992-02-19 1993-09-02 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Nouvelles configurations d'oligonucleotides et utilisation de ces configurations pour le tri, l'isolement, le sequençage et la manipulation des acides nucleiques
WO1997027317A1 (fr) * 1996-01-23 1997-07-31 Affymetrix, Inc. Evaluation rapide de difference d'abondance d'acides nucleiques, avec un systeme d'oligonucleotides haute densite
WO2000026412A1 (fr) * 1998-11-02 2000-05-11 Kenneth Loren Beattie Analyse d'acides nucleiques par hybridation en tandem ciblee sur des sequences
WO2001018241A1 (fr) * 1999-08-22 2001-03-15 Dot Diagnostics B.V. Technique perfectionnee de detection de nucleotides et dispositifs utilises
WO2004033728A2 (fr) * 2002-10-11 2004-04-22 Erasmus Universiteit Rotterdam Amorces d'amplification d'acides nucleiques pour etudes de la clonalite basee sur la pcr
WO2004060145A2 (fr) * 2002-12-31 2004-07-22 Baylor College Of Medicine Isolement et identification de lymphocytes t a reactivite croisee
US20040229252A1 (en) * 2003-02-19 2004-11-18 Affmetrix, Inc. Genotyping the T cell receptor
WO2005098021A1 (fr) * 2004-04-06 2005-10-20 Flinders Technologies Pty. Ltd. Detection de cibles a l'aide d'acides nucleiques ayant a la fois une region variable et une region conservee

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
STINISSEN P ET AL: "Vaccination with autoreactive T cell clones in multiple sclerosis: Overview of immunological and clinical data", JOURNAL OF NEUROSCIENCE RESEARCH, WILEY-LISS, US, vol. 45, no. 4, 15 August 1996 (1996-08-15), pages 500 - 511, XP002091572, ISSN: 0360-4012 *

Cited By (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9217176B2 (en) 2008-11-07 2015-12-22 Sequenta, Llc Methods of monitoring conditions by sequence analysis
US9228232B2 (en) 2008-11-07 2016-01-05 Sequenta, LLC. Methods of monitoring conditions by sequence analysis
US9347099B2 (en) 2008-11-07 2016-05-24 Adaptive Biotechnologies Corp. Single cell analysis by polymerase cycling assembly
US9365901B2 (en) 2008-11-07 2016-06-14 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia
US9416420B2 (en) 2008-11-07 2016-08-16 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9512487B2 (en) 2008-11-07 2016-12-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9523129B2 (en) 2008-11-07 2016-12-20 Adaptive Biotechnologies Corp. Sequence analysis of complex amplicons
US9181590B2 (en) 2011-10-21 2015-11-10 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
US9279159B2 (en) 2011-10-21 2016-03-08 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
US9499865B2 (en) 2011-12-13 2016-11-22 Adaptive Biotechnologies Corp. Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes
US9150905B2 (en) 2012-05-08 2015-10-06 Adaptive Biotechnologies Corporation Compositions and method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed PCR reactions
US9371558B2 (en) 2012-05-08 2016-06-21 Adaptive Biotechnologies Corp. Compositions and method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed PCR reactions

Also Published As

Publication number Publication date
WO2008026927A2 (fr) 2008-03-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2008026927A3 (fr) Procédé d'affichage des répertoires des récepteurs des lymphocytes t et b
Komuro et al. Genomic and chromosomal distribution patterns of various repeated DNA sequences in wheat revealed by a fluorescence in situ hybridization procedure
Delmont et al. Accessing the soil metagenome for studies of microbial diversity
HRP20170670T1 (hr) Herbicidno tolerantne biljke soje i postupci za njihovu identifikaciju
DE602005020943D1 (de) Verfahren und zusammensetzungen zum nachweis von nukleinsäuren in einer biologischen probe
WO2002072773A3 (fr) Methodes et compositions pour amplification de sequences d'arn
Moura-Melo et al. Targeting helicase-dependent amplification products with an electrochemical genosensor for reliable and sensitive screening of genetically modified organisms
NZ616407A (en) Method and product for localised or spatial detection of nucleic acid in a tissue sample
WO2010129937A3 (fr) Méthodes de détection de variations génétiques dans des échantillons d'adn
WO2007136736A3 (fr) Procédés de tri et de synthèse d'acides nucléiques
WO2004070001A3 (fr) Dosage et compositions destines a la detection d'acides nucleiques de bacillus anthracis
WO2009140802A8 (fr) Sondes de test, puces à oligonucléotides courantes, procédé de détection d'acide nucléique et leurs utilisations
WO2008080029A3 (fr) Procédés et compositions pour l'amplification d'acide nucléique
WO2012170725A3 (fr) Matériels et méthode pour l'identification de vecteurs d'amyotrophie spinale
WO2011017596A3 (fr) Compositions et procédés pour identifier et détecter des sites de translocation et de jonctions de fusion d'adn
WO2012046981A3 (fr) Détection par pcr en temps réel de polymorphismes nucléotidiques simples
WO2009000912A3 (fr) Micro-arrangement de gène de fusion
Hunter et al. Selective removal of human DNA from metagenomic DNA samples extracted from dental plaque
WO2001088189A3 (fr) Technique d'empreinte d'adn aflp$m(3) basee sur des microsatellites
WO2008102760A1 (fr) Sonde pour la détection d'une mutation dans le gène abl et son utilisation
WO2009105592A3 (fr) Compositions et procédés pour la détection d'acide nucléique de propionibacterium acnes
Posteraro et al. Rapid detection of clarithromycin resistance in Helicobacter pylori using a PCR-based denaturing HPLC assay
Manzanares-Palenzuela et al. Electrochemical detection of magnetically-entrapped DNA sequences from complex samples by multiplexed enzymatic labelling: Application to a transgenic food/feed quantitative survey
Souza et al. A novel high-resolution melting analysis-based method for Yersinia pseudotuberculosis genotyping
WO2006137939A3 (fr) Compositions et methode de detection de streptocoques du groupe a

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 07808562

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A2

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: RU

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 07808562

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A2