WO2004083423A1 - Thermisch stabile amidasen - Google Patents

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WO2004083423A1
WO2004083423A1 PCT/EP2004/001430 EP2004001430W WO2004083423A1 WO 2004083423 A1 WO2004083423 A1 WO 2004083423A1 EP 2004001430 W EP2004001430 W EP 2004001430W WO 2004083423 A1 WO2004083423 A1 WO 2004083423A1
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amidases
amidase
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amides
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Ksenia Egorova
Garabed Antranikian
Harald Trauthwein
Stefan Verseck
Uwe Dingerdissen
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Degussa Ag
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/40—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/78—Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5)
    • C12N9/80—Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5) acting on amide bonds in linear amides (3.5.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P41/00—Processes using enzymes or microorganisms to separate optical isomers from a racemic mixture
    • C12P41/006—Processes using enzymes or microorganisms to separate optical isomers from a racemic mixture by reactions involving C-N bonds, e.g. nitriles, amides, hydantoins, carbamates, lactames, transamination reactions, or keto group formation from racemic mixtures

Definitions

  • the invention relates to new amidases that can be isolated from thermophilic bacteria, in particular from thermophilic actinomycetes, such as.
  • thermophilic actinomycetes such as.
  • B. Pseudonocardia thermophila where the amidases obtained not only have high temperature stability, but are also distinguished by the enantioselective implementation of a broad spectrum of substrates.
  • Enzymatic methods are increasingly used in organic synthesis, especially when performing enantioselective syntheses, such as. B. in the production of optically pure pharmaceutical active ingredients, amino acids, acrylic acids or hydroxamic acids. Amidases are also involved in the breakdown of xenobiotic compounds.
  • Amidases catalyze the conversion of amides to their corresponding carboxylic acids and amines or to ammonia.
  • a number of bacterial amidases have been identified, including some amidases from mesophilic actinomycetes (Bhalla, TC, et al .; Science letters 11-12; 139-141, 1997; Hirrlinger, B .; et al. J. Bacteriol. 178, 3501-3507, 1996; Kobayashi, M., et al .; Eur. J.
  • thermostable amidase from thermophilic actinomycetes has been described.
  • thermoactive amidases have so far only been found in Klebsieila pneumoniae NCTR 1 (Nawaz, MS; J. Bacteriol. 178, 2397-2401, 1996) and in Sulfolobus solfataricus (d'Abusco, AS; Extremophiles, 5, 183-192, 2001) , Precisely the provision of further amidases, in particular of
  • thermostable amidases would be of great technical interest, since such enzymes open up a broad spectrum of technically feasible enzymatic reactions.
  • the object of the present invention was therefore to provide new, thermally stable amidases.
  • amidases which have an N-terminal sequence (SEQ ID No. 1)
  • the new amidases are e.g. B. from thermophilic bacteria, in particular from thermophilic actinomycetes, such as. B. from Pseudonocardia thermophila.
  • thermophilic bacteria in particular from thermophilic actinomycetes, such as. B. from Pseudonocardia thermophila.
  • an amidase with a molecular weight between 47 and 53 kDa constitutively expressed in Pseudonocardia thermophila can be isolated, which preferably occurs as a dimer with a molecular weight between 100 and 140 kDa.
  • the identification of further mutant or allelic variants of the amidases can e.g. B. using nucleic acid probes that form a DNA sequence coding for the amino acid sequence SEQ ID No. 1 or SEQ ID No. 2, are complementary.
  • Conditions e.g. B. at 60 ° C, 0.1xSSC, 0.1% SDS.
  • the native amidases found can indeed be identified by the N-terminal sequence SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2 or a homologous variant thereof, but at least the N-terminal sequence is not absolutely necessary for the amidase activity. Therefore, the present invention also encompasses those amidases described above, the N-terminal end of which is artificial is deleted.
  • the partial sequence SEQ ID No. 2 can be artificially deleted.
  • the present invention comprises amidases with an amino acid sequence according to SEQ ID No. 3 or an amino acid sequence with a homology of at least 50%, preferably with a homology of over 70%, in particular of over 80%.
  • the present invention further provides nucleic acids encoding an amidase according to the invention with a sequence according to SEQ ID No. 4, or with a nucleotide sequence with a homology of more than 60%, preferably more than 75%, particularly preferably more than 90%.
  • SEQ ID No. 4 encodes an amidase with an amino acid sequence SEQ ID No. Third
  • the amidases described can from a cell-free crude extract of thermophilic bacteria, the z. B. by ultrasound digestion of Pseudonocardia thermophila cells in a phosphate buffer can be cleaned as follows: a) centrifugation of the crude extract at 10,000 to 20,000 rpm and subsequent addition of a 1 M salt solution, preferably a KCI solution, b) chromatographic separation of the supernatant a hydrophobic column with a reverse gradient of a salt solution, preferably a KCI solution, from 1 M to 0 M, c) ultrafiltration of the fraction obtained from b), which shows amidase activity, on a 10 kDa cut off membrane, d) ion exchange chromatography c) obtained protein fraction with a gradient of 0 M to 0.5 M of a salt solution, preferably a NaCl
  • Solution e chromatography of the fraction obtained from d), which shows amidase activity, with a 0.1% saline solution, preferably a 150 mM NaCl solution, and desalt the purified amidase fraction.
  • Alkali halide salt solutions such as. B. NaCI or KCI solutions are used to carry out the individual chromatographic purification steps.
  • the chromatographic separations are preferably carried out between pH 6.5 and 8.0, the pH, e.g. B. can be adjusted by using a standard phosphate buffer (pH 7.2).
  • Ion exchange chromatography is preferably carried out at a pH between 7.5 and 8.5.
  • the amidase activity of the fractions obtained can be determined with the aid of a hydrolysis test, it being possible to use benzamide as the substrate.
  • the enzymatically generated products, benzoic acid and ammonia can be determined using HPLC (benzoic acid) or the phenyl hydrochloride method (detection of ammonium ions).
  • amidases according to the invention obtained in this way are notable for high temperature stability.
  • the specific activity of the enzyme suffers significantly at shorter reaction times of more than one hour only at temperatures around 80 ° C.
  • the amidases described have one
  • Optimal temperature between 50 and 75 ° C.
  • the amidases described also have an appreciable activity between 30 and 85 ° C, but the enzymes can preferably be used at reaction temperatures between 60 and 70 ° C.
  • the specific activity of the amidases according to the invention is retained over a wide pH range.
  • the amidases have a significant enzymatic activity between pH 3.5 and pH 11.5, the specific activity hardly falling from the optimum between pH 6.0 and 7.5 over the range of pH 4.5 and 10.0.
  • amidases described here are insensitive to a large number of reagents and ions. So the amidases are e.g. B. insensitive to chelating agents such. B. EDTA or against detergents such as SDS or Triton. The dependence on ionic co-factors also does not appear to exist. By adding DTT, the enzymatic activity of the amidases can even be increased.
  • amidases according to the invention obtained and characterized differ significantly in their properties from the previously known microbial amidases, as can be seen from the exemplary compilation in Table 4. It is particularly noteworthy that the isolated enzyme from Pseudonocardia thermophila is the first known naturally occurring homotrimeric amidase.
  • AI aliphatic amides
  • Ar aromatic amides
  • Cy cyclic amides
  • As amino acid amides
  • nd not determined a) Trott et al .; Mi robiology 147, 1815-1824, 2001; b) Cheong, et al., Enzyme Microb. Technol. 26, 152-158, 2000; c) Mayaux et al., J. Bacteriol. 172, 6764-6773, 1990; d) Yamamoto et al., Appl. & Environments. Microbiol. 1, 152-155, 1996; e) Joeres et al., Appl. Microbiol. Biotechnol.
  • the enzymes can be used to hydrolyze both aliphatic, aromatic, cyclic, heterocyclic and amino acid amides.
  • aliphatic amides with one to ten carbon atoms aromatic amides with 5 to 12 carbon atoms
  • heterocyclic amines with 4 to 10 carbon atoms and with one to four heteroatoms, e.g. B. selected from the group N, S, O, P or L-amino acid amides can be implemented.
  • amidases described are characterized not only by the wide range of substrates, but also by a high enantioselectivity.
  • S enantiomers such as. B. of (hetero-) cyclic acids and especially aromatic, aliphatic or aromatic-aliphatic acids is preferred.
  • Lane 1 shows the results of an SDS-PAGE electrophoresis with different enzyme samples which were taken during the purification (lanes 2 to 5). Lanes 6 and 7 show a zymogram of the crude extract and the purified sample. Lane 1 is a molecular weight standard. 2 shows the result of the molecular weight determination of the native amidase by means of gel filtration. FIG. 3 shows the specific activity of a purified amidase according to the invention as a function of the reaction temperature, and FIG. 4 as a function of the pH. 5 shows the stability of the purified amidase at different temperatures. 6 shows the acetyltransferase activity based on exemplary substrates. FIG. 7 shows the enantioselective enzymatic reaction with 2-phenylpropionamide as the substrate.
  • Example 1 Cultivation of Pseudonocardia thermophila (DSMZ 43832)
  • the Pseudonocardia thermophila strain used was obtained from the German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (DSMZ, Braunschweig, Germany). Unless otherwise stated, the cells were as in Yamaki, T .; et al .; J. Ferment. Bioeng., 83, 474-477, 1997.
  • the medium (pH 7.2) contains per liter: 5g yeast extract, 4g soluble starch, 0.3g KH 2 PO 4 , 0.6g Na 2 HPO 4 , 0.1g MgSO 4 .7H 2 O, 5g NaCI.
  • the cells were harvested after 3 days of cultivation in a shake flask at 50 ° C, 150 rpm. The yield was 10 g cells (wet weight) per liter of medium.
  • amidase was purified at room temperature. 7 g of cell material (wet weight) were added twice with 60 mM K-Na phosphate buffer
  • the protein fraction obtained was then concentrated 12-fold and ultrafiltered through a 10 kDa cut-off membrane (Amicon).
  • the sample was then further purified via ion exchange chromatography.
  • a UNO-Q12 column BioRad
  • the purified protein being purified using a linear NaCI gradient (0 to 0.5 M NaCI in standard buffer pH 8.0).
  • the enzymatically active fractions were combined, concentrated twice and mixed using a preparative HiLoad 26/60 Superdex 200 column (Pharmacia, Sweden)
  • the protein fraction with amidase activity was collected and on a Sephadex PD-10 column (Pharmacia, Sweden) desalinated. Protein concentration was measured using bovine serum albumin as standard, as in Bradford, MM; Anal. Biochem. 71, 248-254, 1976.
  • the cleaning success was checked with a sodium dodecyl slphate-polyacrylamide (SDS-PAGE) gel electrophoresis.
  • SDS-PAGE sodium dodecyl slphate-polyacrylamide
  • the SDS gel was washed in 2.5% Triton X-100 for 60 minutes and then for 30 minutes at 60 ° C. in K-Na phosphate buffer (pH 7.0) containing 70 mM propionamide and 0.7 M hydroxylamine hydrochloride with the pH adjusted to 7.0 with 10 M NaOH. The gel was then washed in water for 2-3 seconds and covered with an acidic iron chloride solution (0.1 M FeCl 3 in 0.5 M HCl).
  • the iron applied reacts with the enzymatic hydroxamic acid to form a red-brown band.
  • the intensity of the color corresponds to the enzymatic activity of the amidase.
  • the activity test just described is also referred to in the description below as a zymogram.
  • Fig. 1 shows the results of SDS-PAGE electrophoresis with different samples (each 5 ug protein), from those obtained during the purification
  • Lane 1 shows the standard proteins
  • Lane 2 the crude extract
  • lane 3 a sample after purification on the phenyl-Sepharose column
  • lane 4 a sample after ion exchange chromatography on a UNO Q12 column
  • lane 5 a sample after cleaning on a Superdex 200 column.
  • Lanes 6 and 7 show the zymogram of the crude extract and the purified sample.
  • the enzymatically active amidase was obtained with a yield of 26.2%.
  • the specific activity was 19.5 U / mg protein based on benzamide as substrate.
  • the amidase activity was confirmed by HPLC analysis of the products of the enzymatically reacted benzamide.
  • the molecular weight of the amidase was determined by gel filtration on a Superdex 200 column (Amersham) using a 60 mM K-Na phosphate buffer (pH 7.2) containing 150 mM NaCl. The column was washed with blue dextran (2000 kDa), sweet potato ß-amylase (200 kDa), yeast alcohol dehydrogenase (150 kDa), bovine serum albumin (66 kaDa), carbonic anhydrase (29 kDa) and cytochrome c (12.4 kDa) (Sigma Aldrich, Germany) calibrated. The molecular weight of the native protein was determined to be about 110 kDa (see FIG. 2, lane 2). A zymogram (lane 3) was drawn up to check the enzymatic activity of the purified protein. Lane 1 contains the molecular weight standard.
  • the molecular weight of the enzyme was determined by SDS-PAGE electrophoresis to 50 kDa (see FIG. 1).
  • the enzymatic activity was checked using the zymogram (lane 6, crude extract and lane 7, purified enzyme).
  • the purified amidase is preferably present as a dimer from two identical approximately 50 kDa subunits.
  • the purified amidase was subjected to an endoproteinase Asp-N cleavage.
  • a peptide with the mass 1482u can then be isolated from the approx. 110 kDa protein, which was sequenced by means of Edman degradation. SEQ ID No.2 was obtained.
  • the isoelectric point was determined by isoelectric focusing using a Novex polyacrylamide gel (pH3-10) and using a Novex electrophoresis chamber based on the manufacturer's instructions (Novex, Invitrogen, the Netherlands). The isoelectric point of the purified amidase was thus determined to be pH 4.2.
  • the purified amidase was transferred from the SDS-PAGE gel by electroblotting to a PVDF blotting membrane.
  • the amino acid sequence of the N-terminal was determined by means of Edman degradation.
  • the SEQ ID No. was obtained. 1.
  • a 5 mM benzamide solution in 500 ⁇ l of a 60 mM K-Na phosphate buffer, pH 7.2 was used to carry out the hydrolysis assay.
  • the enzymatic reaction was carried out for one hour at 70 ° C. with the addition of 5 ⁇ g of the enzyme.
  • the reaction was stopped by cooling the reaction mixture on ice.
  • the concentration of the enzymatically obtained products was determined by means of HPLC and spectrometrically using the ammonia kit Spectroquant 114752 (Merck, Germany).
  • One unit (U) of amidase activity is defined as the amount of enzyme that catalyzes the formation of 1 ⁇ mol benzoic acid per minute.
  • the hydroxamic acid formation is stopped by incubating the amidase at 70 ° C. for 10 minutes in a mixture of 20 mM K-Na phosphate buffer, pH 7.2, 100 ⁇ l of a 50-100 mM amide and 0.7 M hydroxylamine solution ( to pH 7.0 with the addition of 10 M NaOH). The hydroxylamine solution became fresh prepared. After incubation at 50 ° C.-70 ° C. for 10 minutes, the reaction containers were placed on ice and 1 ml of an acidic iron chloride solution (0.1 M FeCl 3 in 50 ml of a 0.5 M HCl solution) was added. The amount of hydroxamate obtained was determined spectrometrically at a wavelength of 500 nm.
  • the temperature dependence of the amidase activity was determined under standard conditions at pH 7.2. The reaction temperatures were varied between 30 ° C and 90 ° C.
  • the pH optimum was determined based on the hydrolysis of benzamide (5 mM) at 70 ° C in a 50 mM buffer of sodium acetate (for pH 2-5) or sodium phosphate (for pH 5-13), using the pH from 10 M NaOH was successively adjusted to pH 13.
  • Example 6.2 Influence of metals and inhibitors To investigate the influence of certain reagents and ions on the amidase activity, a solution containing 5 ⁇ g of the amidase and the reagent or ion were preincubated for 1 h at 22 ° C. in 50 mM phosphate buffer. A 5 mM solution of benzamide in 50 mM phosphate buffer was then added until the final concentration of the reagent in the reaction mixture was 1 mM. The reaction was carried out at 70 ° C for 1 h. The catalytic activity was determined as described above.
  • Example 6.3 Investigation of the substrate specificity of the isolated amidase The substrate specificity of the amidase was tested at three different temperatures, taking into account the substrate used in each case.
  • the reaction mixture was reacted for 3 hours at 30 ° C., in the case of aliphatic and cyclic amides for 1 hour at 50 ° C. and for aromatic amide substrates for 1 hour at 70 ° C.
  • the enzymatic activity was then determined as described above. Each batch without enzyme was used as a control.
  • a chiral Chirobiotic T column (Astec, Whippany, USA) was used for the HPLC measurements. Ethanol and 20 mM potassium phosphate buffer, pH 7.2 with a volume ratio of 20:80 were used as solvents. The elution was carried out at room temperature with a flow rate of 0.8 ml min "1. The detection was carried out at a wavelength of 210 nm. The ammonia concentration was determined using the phenol hypochlorite method using the ammonia kit Spectroquant 114752 (Merck, Germany) examined, the amount of ammonia released was determined spectrometrically using ammonium chloride as standard.

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Abstract

Die Erfindung betrifft neue Amidasen, die aus thermophilen Bakterien isoliert werden können, insbesondere aus thermophilen Actinomyceten, wie z. B. Pseudonocardia thermophila, wobei sich die erhaltenen Amidasen nicht nur eine hohe Temperaturstabilität besitzen sondern sich auch durch die enantioselektive Umsetzung eines breiten Substratspektrums auszeichnen.

Description

Thermisch stabile Amidasen
Beschreibung
Die Erfindung betrifft neue Amidasen, die aus thermophilen Bakterien isoliert werden können, insbesondere aus thermophilen Actinomyceten, wie z. B. Pseudonocardia thermophila, wobei die erhaltenen Amidasen nicht nur eine hohe Temperaturstabilität besitzen, sondern sich auch durch die enantioselektive Umsetzung eines breiten Substratspektrums auszeichnen.
Enzymatische Verfahren halten zunehmenden Einzug in der Organischen Synthese, insbesondere bei der Durchführung enantioselektiver Synthesen, wie z. B. bei der Herstellung von optisch reinen pharmazeutischen Wirkstoffen, Aminosäuren, Acrylsäuren oder Hydroxamsäuren. Weiterhin sind Amidasen bei dem Abbau von xenobiotischen Verbindungen beteiligt.
Amidasen katalysieren dabei die Umsetzung von Amiden zu ihren korrespondierenden Carbonsäuren und Aminen bzw. zu Ammoniak. Inzwischen konnten eine Reihe von bakteriellen Amidasen identifiziert werden, darunter auch einige Amidasen aus mesophilen Actinomyceten (Bhalla, T.C., et al.; Science letters 11-12; 139-141 , 1997; Hirrlinger, B.; et al. J. Bacteriol. 178, 3501-3507, 1996; Kobayashi, M., et al.; Eur. J. Biochem., 217, 327-336, 1993 ; Kotlova, E. K.; et al. ; Biochemistry (Mose.) 64, 384-389, 1999 ; Mayaux, J.F. et al. ; J. Bacteriol. 173, 6694-6704, 1991 ; Mayaux, J.F.; J. Bacteriol. 172, 6764-6773, 1990; Nawaz, M.S., et al.; Appl. Environ. Microbiol., 60, 3343-3348, 1994), wobei allerdings keine thermostabile Amidase aus thermophilen Actinomyceten beschrieben wurde.
Thermoaktive Amidasen wurden demgegenüber bisher nur in Klebsieila pneumoniae NCTR 1 (Nawaz, M.S.; J. Bacteriol. 178, 2397-2401 , 1996) und in Sulfolobus solfataricus (d'Abusco, A.S.; Extremophiles, 5, 183-192, 2001) gefunden. Gerade die Bereitstellung von weiteren Amidasen, insbesondere von thermostabilen Amidasen wäre allerdings von großem technischen Interesse, da sich mit solchen Enzymen ein breiteres Spektrum an technisch durchführbaren enzymatischen Umsetzungen erschließt. Der vorliegenden Erfindung lag daher Aufgabe zu Grunde neue, thermisch stabile Amidasen bereit zu stellen.
Die Aufgabe wird durch Amidasen gelöst, die eine N-terminale Sequenz (SEQ ID No. 1)
I H M P D P D A V (SEQ ID No. 1)
und / oder eine Aminosäuresequenz
D G L P V G L M I V G K H F (SEQ ID No. 2)
oder eine Sequenz mit einer Homologie von über 50%, bevorzugt von über 70%, besonders bevorzugt von über 80%, zu SEQ ID No. 1 und / oder SEQ ID No. 2 enthalten.
Die neuen Amidasen sind z. B. aus thermophilen Bakterien, insbesondere aus thermophilen Actinomyceten, wie z. B. aus Pseudonocardia thermophila erhältlich. So kann eine in Pseudonocardia thermophila konstitutiv exprimierte Amidase mit einem Molekulargewicht zwischen 47 und 53 kDa isoliert werden, die bevorzugt als Dimer mit einem Molekulargewicht zwischen 100 und 140 kDa auftritt.
Die Identifikation weiterer mutanter oder alleler Varianten der Amidasen kann z. B. anhand von Nukleinsäuresonden erfolgen, die zu einer DNA-Sequenz, codierend für die Aminosäuresequenz SEQ ID No. 1 oder SEQ ID No. 2, komplementär sind.
Die Hybridisierung einer solchen Sonde erfolgt dabei unter stringenten
Bedingungen, z. B. bei 60°C, 0,1xSSC, 0.1 % SDS.
Die gefundenen nativen Amidasen können zwar durch die N-terminale Sequenz SEQ ID No. 1 und die SEQ ID No. 2 oder einer homologen Variante davon identifiziert werden, aber für die Amidaseaktivität ist zumindest die N-terminale Sequenz nicht zwingend erforderlich. Daher umfasst die vorliegende Erfindung auch solche, oben beschriebenen Amidasen, deren N-terminales Ende künstlich deletiert ist. Ebenso kann auch die Teilsequenz SEQ ID No. 2 künstlich deletiert werden. Weiterhin umfasst die vorliegende Erfindung Amidasen mit einer Aminosäuresequenz gemäß SEQ ID No. 3 bzw. einer Aminosäuresequenz mit einer Homologie von mindestens 50 % dazu, bevorzugt mit einer Homologie von über 70 %, insbesondere von über 80 % dazu.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung stellen Nukleinsäuren codierend eine erfindungsgemäße Amidase mit einer Sequenz gemäß SEQ ID No. 4, oder mit einer Nukleotidsequenz mit einer Homologie von über 60 %, bevorzugt von über 75 %, insbesondere bevorzugt von über 90 % dazu, dar. SEQ ID No. 4 codiert eine Amidase mit einer Aminosäuresequenz SEQ ID No. 3.
Die beschriebenen Amidasen können aus einem zellfreien Rohextrakt thermophiler Bakterien, der z. B. durch Ultraschallaufschluss von Pseudonocardia thermophila Zellen in einem Phosphatpuffer erhältlich ist, wie folgt gereinigt werden: a) Zentrifugation des Rohextraktes bei 10000 bis 20000 rpm und anschließende Zugabe einer 1 M Salzlösung, bevorzugt einer KCI-Lösung, b) chromatographische Trennung des Überstandes an einer hydrophoben Säule mit einem reversen Gradienten einer Salzlösung, bevorzugt einer KCI-Lösung, von 1 M bis 0 M, c) Ultrafiltration der aus b) erhaltenen Fraktion, die Amidaseaktivität zeigt, an einer 10 kDa cut off Membran, d) lonenaustauschchromatographie der aus c) erhaltenen Proteinfraktion mit einem Gradienten von 0 M bis 0,5 M einer Salzlösung, bevorzugt einer NaCI-
Lösung e) Chromatographie der aus d) erhaltenen Fraktion, die Amidaseaktivität zeigt, mit einer 0,1 %igen Salzlösung, bevorzugt einer 150 mM NaCI-Lösung, und entsalzen der gereinigten Amidasefraktion.
Bevorzugt werden Alkalihalogenid-Salzlösungen, wie z. B. NaCI oder KCI - Lösungen zur Durchführung der einzelnen chromatographischen Reinigungsschritten verwendet. Die chromatographischen Trennungen werden bevorzugt zwischen pH 6,5 und 8,0 durchgeführt, wobei der pH-Wert, z. B. durch Verwendung eines Standard Phosphatpuffers (pH 7,2) eingestellt werden kann. Die lonenaustauschchromatographie wird bevorzugt bei einem pH-Wert zwischen 7,5 und 8,5 durchgeführt.
Die Amidaseaktivität der erhaltenen Fraktionen kann mit Hilfe eines Hydrolyse- Tests bestimmt werden, wobei als Substrat Benzamid verwendet werden kann. Die enzymatisch entstehenden Produkte, Benzoesäure und Ammoniak, können mittels HPLC (Benzoesäure) bzw. mit der Phenyl-hydrochlorid Methode (Nachweis von Ammoniumionen) bestimmt werden.
Die so gewonnenen erfindungsgemäßen Amidasen zeichnen sich durch eine hohe Temperaturstabilität aus. Die spezifische Aktivität des Enzyms leidet bei kürzeren Reaktionszeiten von mehr als einer Stunde erst bei Temperaturen um 80 °C signifikant. Weiterhin besitzen die beschriebenen Amidasen ein
Temperaturoptimum zwischen 50 und 75 °C. Die beschriebenen Amidasen zeigen darüber hinaus eine nennenswerte Aktivität zwischen 30 und 85 °C, bevorzugt sind die Enzyme allerdings bei Reaktionstemperaturen zwischen 60 und 70 °C verwendbar.
Weiterhin bleibt auch die Spezifische Aktivität der erfindungsgemäßen Amidasen über einen weiten pH-Wertbereich erhalten. So besitzen die Amidasen eine signifikante enzymatische Aktivität zwischen pH 3,5 und pH 11 ,5, wobei die spezifische Aktivität vom Optimum zwischen pH 6,0 und 7,5 über den Bereich von pH 4,5 und 10,0 kaum abfällt.
Durch das hohe Temperaturoptimum, die gute thermische Stabilität und den großen pH-Wertbereich in dem die Enzyme aktiv sind, erschließt sich ein interessanter Spielraum für die Optimierung Amidase katalysierter Prozesse, wie der Hydrolyse von Amiden. Es kann darüber hinaus gezeigt werden, dass die hier beschriebenen Amidasen unempfindlich gegenüber einer großen Zahl von Reagenzien und Ionen sind. So sind die Amidasen z. B. unempfindlich gegenüber Chelatbildnern wie z. B. EDTA oder gegenüber Detergenzien wie SDS oder Triton. Auch die Abhängigkeit von ionischen Co-Faktoren scheint nicht gegeben zu sein. Durch Zugabe von DTT kann sogar die enzymatische Aktivität der Amidasen gesteigert werden.
Die gewonnenen und charakterisierten erfindungsgemäßen Amidasen unterscheiden sich in ihren Eigenschaften deutlich von den bisher bekannten mikrobiellen Amidasen, wie aus der exemplarischen Zusammenstellung in Tab. 4 ersichtlich ist. Es ist dabei insbesondere bemerkenswert, dass das isolierte Enzym aus Pseudonocardia thermophila die erste bekannte natürlich vorkommende homotrimere Amidase ist.
Tab. 4
Figure imgf000007_0001
Tab. 4 Fortsetzung
Figure imgf000008_0001
AI = Alip atische Amide, Ar = Aromatische Amide, Cy = Cyclische Amide, As = Aminosäureamide, n.d. = nicht bestimmt a) Trott et al.; Mi robiology 147, 1815-1824, 2001 ; b) Cheong, et al., Enzyme Microb. Technol. 26, 152-158, 2000 ; c) Mayaux et al., J. Bacteriol. 172, 6764-6773, 1990 ; d) Yamamoto et al., Appl. & Environ. Microbiol. 1 , 152-155, 1996; e) Joeres et al., Appl. Microbiol. Biotechnol. 40, 606-610, 1994, f) Skouloubris, et al., Mol. Microbiol. 25, 989-998, 1997 ; g) Nawaz et al., J. Bacteriol. 178, 2397-2401 , 1996 ; h) Hermes et al., Appl. & Environ. Microbiol. 1, 153-159, 1994; i) Boshoff et al., J. Bacteriol. 180, 5809-5814, 1998; j) Komeda et al., Eur. J. Biochem. 267, 2028-2035, 2000 ; k) Nawaz et al., Appl. Biochem. & Biotechnol. 28/29, 865-875, 1991 ; I) Ciskanik et al., Appl. Environ. Microbiol. 61 , 998-1003, 1995, m) Kobayashi et al., Eur. J. Biochem., 217, 327-336, 1993 ; n) Kotlova et al., Biochemistry (Mose), 64, 384-389, 1999 ; o) Hirrlinger et al., J. Bacteriol. 178, 3501-3507, 1996 ; p) Nawaz et al., Appl. Envirion. Microbiol. 60, 3343-3348, 1994; q) Bhalla et al., Science letters, 11-12, 139-142, 1997 ; r) Mayaux et al., J. Bacteriol., 173, 6694-6704, 1991 ; s) Neumann et al., Appl. Microbiol. & Biotechnol. 58, 773-780, 2002; t) d'Abusco et al., Extremophiles, 5, 183-192, 2001
Ein großer Vorteil der neuen Amidasen ist deren breites Substratspektrum. So lassen sich mit den Enzymen sowohl aliphatische, aromatische, cyclische, heterocyclische und Aminosäureamide hydrolysieren. Wobei insbesondere aliphatische Amide mit ein bis zehn Kohlenstoffatomen, aromatische Amide mit 5 bis 12 Kohlenstoffatomen, heterocyclische Amine mit 4 bis 10 Kohlenstoffatomen und mit ein bis vier Heteroatomen, z. B. ausgewählt aus der Gruppe N, S, O, P oder L-Aminosäureamide umgesetzt werden können.
Die beschriebenen Amidasen zeichnen sich neben dem breiten Substratspektrum auch durch eine hohe Enantioselektivität aus. Insbesondere die Herstellung von S- Enantiomeren, wie z. B. von (hetero-)cyclischen Säuren und insbesondere aromatischen, aliphatischen oder aromatisch-aliphatischen Säuren, ist bevorzugt.
Kurze Beschreibung der Figuren:
Fig. 1 zeigt die Ergebnisse einer SDS-PAGE Elektrophorese mit unterschiedlichen Enzymproben, die während der Aufreinigung entnommen wurden (Bahnen 2 bis 5). Die Bahnen 6 und 7 zeigen ein Zymogram des Rohextraktes und der aufgereinigten Probe. Bahn 1 ist ein Molekulargewichtsstandard. Fig. 2 zeigt das Ergebnis der Molekulargewichtsbestimmung der nativen Amidase mittels Gelfiltration. Fig. 3 zeigt die Spezifische Aktivität einer erfindungsgemäßen, gereinigten Amidase in Abhängigkeit von der Reaktionstemperatur, Fig.4 in Abhängigkeit vom pH-Wert. Fig. 5 zeigt die Stabilität der gereinigten Amidase bei unterschiedlichen Temperaturen. In Fig. 6 ist die Acetyltransferase-Aktivität bezogen auf beispielhafte Substrate wiedergegeben. In Fig. 7 ist die enantioselektive enzymatische Umsetzung mit 2-Phenylpropionamid als Substrat gezeigt.
Im folgenden werden einige Ausführungsbeispiele gegeben, die allerdings nicht einschränkend zu verstehen sind. Beispiel 1 : Kultivierung von Pseudonocardia thermophila (DSMZ 43832)
Der verwendete Pseudonocardia thermophila Stamm wurde von der Deutschen Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ, Braunschweig, Germany) bezogen. Die Zellen wurden, sofern nichts anderweitig erwähnt ist, wie in Yamaki, T.; et al.; J. Ferment. Bioeng., 83, 474-477, 1997 beschrieben, kultiviert. Das Medium (pH 7.2) enthält pro Liter: 5g Hefeextrakt, 4g lösliche Stärke, 0,3g KH2PO4, 0,6g Na2HPO4, 0,1g MgSO4 .7H2O, 5g NaCI. Die Zellen wurden nach 3 Tagen Kultivierung in einem Schüttelkolben bei 50 °C, 150 rpm geerntet. Die Ausbeute betrug 10g Zellen (Nassgewicht) pro Liter Medium.
Beispiel 2: Reinigung der Amidase:
Die Aufreinigung der Amidase erfolgte bei Raumtemperatur. 7g Zellmaterial (Nassgewicht) wurden dazu 2 mal mit 60 mM K-Na Phosphatpuffer
(Standardpuffer), pH 7.2 gewaschen, in 50 ml des Puffers resuspendiert und mittels Ultraschall aufgeschlossen. Nach 20-minütiger Zentrifugation bei 13000rpm, wurde eine 1 M KCI-Lösung zu dem zellfreien Extrakt gegeben. Der Überstand (50ml) wurde auf eine hydrophobe Phenyl-Sepharose Fast FIow Säule (Pharmacia, Sweden) gegeben, die mit einem 1 M KCI Standardpuffer equilibriert war. Das Protein wurde dann mit einem linearen reversen Gradienten einer 1 M KCI bis 0 M KCI -Lösung eluiert. Die Amidase enthaltenden Fraktionen wurden vereinigt und gegen 2 L Standardpuffer (pH 8,0) dialysiert. Anschließend wurde die erhaltene Proteinfraktion auf das 12-fache konzentriert und durch eine 10 kDa cut-off Membran (Amicon) ultrafiltriert. Die Probe wurde dann über eine lonenaustausch-Chromatographie weiter gereinigt. Dazu wurde eine UNO-Q12 Säule (BioRad) verwendet, wobei das gereinigte Protein mit Hilfe eines linearen NaCI-Gradienten (0 bis 0,5 M NaCI in Standardpuffer pH 8,0) gereinigt wurde. Die enzymatisch aktiven Fraktionen wurden vereinigt, 2-fach konzentriert und über eine preparative HiLoad 26/60 Superdex 200 Säule (Pharmacia, Sweden), mit
Standardpuffer, pH 7,2, enthaltend 150 mM NaCI, fraktioniert. Die Proteinfraktion mit Amidaseaktivität wurden gesammelt und über eine Sephadex PD-10 Säule (Pharmacia, Sweden) entsalzt. Die Proteinkonzentration wurde mit Rinderserumalbumin als Standard, wie in Bradford, M.M.; Anal. Biochem. 71 , 248- 254, 1976 beschrieben, bestimmt.
Das Ergebnis der Reinigung ist in Figur 1 und Tabelle 1 dargestellt.
Der Reinigungserfolg wurde dabei mit einer sodium dodecyl slphate- polyacrylamide (SDS-PAGE) Gelelktrophorese überprüft. Dazu wurde ein vorgefertigtes Gel (Novex, Invitrogen, Niederlande) mit einem Tris-Glycin Gradienten von 4-20% verwendet. Als Standardproteine wurden Phosphorilase b (94kDa), Bovine Albumin (67kDa), Chicken Ovalbumin (43kDa), Carbonic Anhydrase (30kDa), Soybean Trypsin Inhibitor (20.1 kDa) und Bovine α- Lactalbumin (14.4kDa) (Pharmacia, Schweden) verwendet. Die Proteinbanden wurden mit Coomassie Blue R-250 angefärbt.
Um die Amidaseaktivität auf dem Gel zu verifizieren wurde das SDS-Gel in 2,5% Triton X-100 60 Minuten gewaschen und anschließend 30 Minuten bei 60 °C in K- Na-Phosphat Puffer (pH 7,0) enthaltend 70 mM Propionamid und 0,7 M Hydroxylaminhydrochlorid, wobei der pH-Wert mit 10 M NaOH auf 7,0 eingestellt wurde, inkubiert. Das Gel wurde danach in Wasser für 2-3 sec. gewaschen und mit einer sauren Eisenchlorid-Lösung (0.1 M FeCI3 in 0.5 M HCI) bedeckt.
Das aufgetragene Eisen reagiert mit der enzymatisch entstehenden Hydroxamsäure unter Bildung einer rot-braunen Bande. Die Intensität der Färbung entspricht der enzymatischen Aktivität der Amidase. Der eben beschriebene Aktivitätstest wird im folgenden in der Beschreibung auch als Zymogram bezeichnet.
Fig. 1 zeigt die Ergebnisse einer SDS-PAGE Elektrophorese mit unterschiedlichen Proben (jeweils 5 μg Protein), aus den während der Reinigung erhaltenen
Fraktionen. Die Proteine wurden mit Coomassie Blue angefärbt. Die Bahn 1 zeigt die Standardproteine, Bahn 2 den Rohextrakt, Bahn 3 eine Probe nach Reinigung an der Phenyl-Sepharose Säule, Bahn 4 eine Probe nach lonenaustausch- Chromatographie an einer UNO Q12 Säule, Bahn 5 eine Probe nach Reinigung an einer Superdex 200 Säule. Die Bahnen 6 und 7 zeigen das Zymogram des Rohextraktes und der aufgereinigten Probe.
Tab.1 : Ergebnisse zur Reinigung der Amidase aus Pseudonocardia thermophila.
Figure imgf000012_0001
Ein U der Amidase katalysiert die Bildung von 1 μmol Benzoesäure pro Minute und pro mg
Protein unter Standardbedingungen. b) Nach Kultivierung bei 50°C, Zentrifugation der 1 -Liter-Kultur (7g Zellmaterial (Nassgewicht)), zweimaliges Waschen mit Standardpuffer (pH 7,2) und Ultraschallaufschluss.
Mit dem beschriebenen Reinigungsverfahren wurde die enzymatisch aktive Amidase mit einer Ausbeute von 26,2 % erhalten. Die Spezifische Aktivität betrug 19,5 U/mg Protein bezogen auf Benzamid als Substrat. Die Amidaseaktivität wurde durch eine HPLC-Analyse der Produkte des enzymatisch umgesetzten Benzamids bestätigt.
Beispiel 3: Bestimmung des Molekulargewichts der Amidase
Das Molekulargewicht der Amidase wurde mittels Gelfiltration an einer Superdex 200 Säule (Amersham) unter Verwendung eines 60 mM K-Na-Phosphatpuffers (pH 7,2), enthaltend 150 mM NaCI, bestimmt. Die Säule wurde mit Blue Dextran (2000 kDa), Sweet Potato ß-Amylase (200 kDa), Yeast Alcohol Dehydrogenase (150 kDa), Bovine Serum Albumin (66 kaDa), Carbonic Anhydrase (29 kDa) und Cytochrome c (12,4 kDa) (Sigma Aldrich, Deutschland) kalibriert. Das Molekulargewicht des nativen Proteins wurde so auf ca. 110 kDa bestimmt (siehe dazu Fig. 2, Bahn 2). Zur Überprüfung der enzymatischen Aktivität des gereinigten Proteins wurde ein Zymogram (Bahn 3) erstellt. Bahn 1 enthält den Molekulargewichtsstandard.
Demgegenüber wurde das Molekulargewicht des Enzyms mittels SDS-PAGE Elektrophorese auf 50 kDa bestimmt (siehe dazu Fig. 1). Die enzymatische Aktivität wurde anhand des Zymograms (Bahn 6, Rohextrakt und Bahn 7, gereinigtes Enzym) überprüft.
Aus den Ergebnissen kann geschlossen werden, dass die gereinigte Amidase bevorzugt als Dimer aus zwei identischen ca. 50 kDa großen Untereinheiten vorliegt.
Weiterhin wurde die gereinigte Amidase einer Endoproteinase Asp-N-Spaltung unterworfen. Im Anschluss kann aus dem ca. 110 kDa Protein ein Peptid mit der Masse 1482u isoliert werden, das mittels Edman-Abbau sequenziert wurde. Erhalten wurde die SEQ ID No.2.
Beispiel 4: Bestimmung des isoelektrischen Punktes
Der isoelektrische Punkt wurde mittels isoelektrischer Fokussierung mit einem Novex Polyacrylamidgel (pH3-10) und unter Verwendung einer Novex Elektrophoresekammer anhand den Angaben des Herstellers (Novex, Invitrogen, Niederlande) bestimmt. Der isoelektrische Punkt der gereinigten Amidase wurde so mit pH 4,2 ermittelt.
Beispiel 5: N-terminale Sequenzierung der gereinigten Amidase
Die gereinigte Amidase wurde vom SDS-PAGE Gel durch Elektroblotting auf eine PVDF blotting Membran überführt. Die Aminosäuresequenz des N-terminalen Endes des so erhaltenen Enzyms wurde mittels Edman-Abbau bestimmt. Erhalten wurde die SEQ ID No. 1.
Ein Sequenzvergleich mit anderen N-terminalen Enden bekannter Amidasen ergab keine signifikanten Homologien.
Weiterhin wurde die gereinigte trimere Amidase einer Endoproteinase Asp-N Spaltung unterworfen. Im Anschluss kann aus dem ca. 150 kDa Protein ein Peptid mit der Masse 1482u isoliert werden, dass mittels Edman-Abbau sequenziert wurde. Erhalten wurde die SEQ ID No. 2.
Beispiel 6: Enzym-Assays
Allgemeines: Assay zur Bestimmung der hydrolytischen Aktivität
Zur Durchführung des Hydrolyse-Assays wurde, sofern nicht anders erwähnt, eine 5 mM Benzamid-Lösung in 500 μl eines 60 mM K-Na-Phosphatpuffers, pH 7,2, verwendet. Die enzymatische Umsetzung erfolgte eine Stunde bei 70 °C unter Zugabe von 5 μg des Enzyms. Die Reaktion wurde durch Kühlung des Reaktionsansatzes auf Eis gestoppt. Die Konzentration der enzymatisch erhaltenen Produkte (Benzoesäure und Ammoniak) wurde mittels HPLC und spektrometrisch unter Verwendung des Ammoniak Kits Spectroquant 114752 (Merck, Deutschland) bestimmt. Eine Unit (U) an Amidaseaktivität wird definiert als die Enzymmenge, die die Bildung von 1 μmol Benzoesäure pro Minute katalysiert.
Assay zur Bestimmung der Acyltransferase Aktivität
Die Hydroxamsäure Bildung wird durch 10-minütige Inkubation der Amidase bei 70 °C in einer Mischung aus 20 mM K-Na-Phosphat Puffer, pH 7,2, 100 μl einer 50-100 mM Amid- und 0,7 M Hydroxylaminlösung (eingestellt auf pH 7,0 unter Zugabe von 10 M NaOH) bestimmt. Die Hydroxylaminlösung wurde dazu frisch präpariert. Nach 10-minütiger Inkubation bei 50 °C - 70 °C wurden die Reaktionsbehälter auf Eis gestellt und 1 ml einer sauren Eisenchloridlösung (0.1 M FeCI3 in 50 ml einer 0.5 M HCI-Lösung) zugegeben. Die erhaltene Menge an Hydroxamat wurde spektrometrisch bei einer Wellenlänge von 500 nm bestimmt.
Beispiel 6.1 : Einfluss von Temperatur und pH-Wert
Die Temperaturabhängigkeit der Amidaseaktivität wurde unter Standardbedingungen bei pH 7.2 bestimmt. Dabei wurden die Reaktionstemperaturen zwischen 30 °C und 90 °C variiert.
Die Ergebnisse sind in Fig. 3 graphisch dargestellt, es wurde ein Temperaturoptimum bei ca. 70 °C ermittelt.
Weiterhin wurde die Temperaturstabilität der Enzyme zwischen 50 °C und 80 °C über einen längeren Zeitraum überprüft. Die isolierte Amidase zeigt eine ausgezeichnete thermische Stabilität bei 60 °C (obere Kurve, Fig. 5) und immer noch eine gute Stabilität bei 70 °C (mittlere Kurve, Fig. 5). Bei einer Reaktionstemperatur von 80 °C lässt die enzymatische Aktivität bei pH 7,2 allerdings schnell nach (untere Kurve, Fig. 5).
Das pH-Wert Optimum wurde anhand der Hydrolyse von Benzamid (5 mM) bei 70 °C in einem 50 mM Puffer aus Natriumacetat (für pH 2-5) oder Natriumphosphat (für pH 5-13), wobei der pH-Wert unter Verwendung von 10 M NaOH sukzessive bis auf pH 13 eingestellt wurde, durchgeführt.
Die Ergebnisse sind in Fig. 4 graphisch dargestellt, es wurde ein pH-Wert Optimum bei ca. 7 ermittelt.
Beispiel 6.2: Einfluss von Metallen und Inhibitoren Zur Untersuchung des Einflusses bestimmter Reagenzien und Ionen auf die Amidaseaktivität wurde eine Lösung enthaltend 5 μg der Amidase und das Reagenz oder Ion 1 h bei 22 °C in 50 mM Phosphat-Puffer vorinkubiert. Anschließend wurde eine 5 mM Lösung Benzamid in 50 mM Phosphat-Puffer zugegeben bis die Endkonzentration des Reagenz im Reaktionsansatz 1 mM betrug. Die Reaktion erfolgte 1 h bei 70 °C. Die katalytische Aktivität wurde wie oben beschrieben bestimmt.
Die Ergebnisse sind in Tabelle 2 zusammengefasst:
Tab. 2:
Figure imgf000016_0001
Beispiel 6.3: Untersuchung der Substratspezifität der isolierten Amidase Die Substratspezifität der Amidase wurde bei drei unterschiedlichen Temperaturen unter Berücksichtigung des jeweils verwendeten Substrates getestet. Zur Hydrolyse von Aminosäureamiden wurde die Reaktionsmischung 3 h bei 30 °C umgesetzt, im Falle der aliphatischen und cyclischen Amide eine 1 h bei 50 °C und bei aromatischen Amidsubstraten 1 h bei 70 °C. Die enzymatische Aktivität wurde dann, wie oben beschrieben, bestimmt. Als Kontrolle wurde jeder Ansatz ohne Enzym verwendet.
Die getesteten Substrate und die dazugehörige Amidaseaktivität sind in Tabelle 3 wiedergegeben:
Tab. 3
Figure imgf000017_0001
Figure imgf000018_0001
Beispiel 6.4: Untersuchung der Enantioselektivität der isolierten Amidase
Dazu wurden 10 μg der gereinigten Amidase mit einer 5 mM racemischen 2- Phenylpropionamid Lösung 3 h bei 70 °C inkubiert, wobei das Endvolumen des Reaktionsansatzes 500 μl betrug. In 30-minütigen Abständen wurden dem
Reaktionsansatz Proben entnommen und durch eine HPLC-Messung analysiert. Die Produktbestimmung und die Quantifizierung der R- und S- Stereoisomere des 2-phenylpropionamids wurden durch Injektion definierter Mengen der entsprechenden Reinsubstanzen als Standard ermittelt. Der Enantiomerenüberschuss (ee) wurde anhand des Peakflächenverhältnisses erhalten durch die chirale HPLC-Messung errechnet (eep = (S-R)/S+R); eep(%)= (S-R)/S+R) x 100; mit p = Produkt).
Für die HPLC Messungen wurde eine chirale Chirobiotic T Säule (Astec, Whippany, USA) benutzt. Als Solvent wurde Ethanol und 20 mM Kaliumphosphat- Puffer, pH 7,2 mit einem Volumenverhältnis von 20:80 eingesetzt. Die Eluation erfolgte bei Raumtemperatur mit einer Flussgeschwindigkeit von 0,8 ml min"1. Die Detektion erfolgte bei einer Wellenlänge von 210 nm. Die Ammoniak- Konzentration wurde mit der Phenol-hypochlorid Methode unter Verwendung des Ammoniak Kits Spectroquant 114752 (Merck, Deutschland) untersucht, wobei die freigesetzte Ammoniakmenge spektrometrisch unter Verwendung von Ammoniumchlorid als Standard bestimmt wurde.
Die Ergebnisse der Messungen sind in Fig. 7 graphisch dargestellt (S -Enantiomer obere Kurve; R -Enantiomer untere Kurve). Die gereinigte Amidase ist im Hinblick auf 2-Phenylpropionamid als Substrat hoch S-selektiv. Nach 60 Minuten war der Wert für den Enantiomerenüberschuss eep größer 95, bei einem Umsatz von 50%.

Claims

Patentansprüche:
1. Mono- oder multimere Amidasen dadurch gekennzeichnet, dass die
Amidase eine N-terminale Sequenz SEQ ID No. 1 oder eine N-terminale Sequenz mit einer Homologie von über 50% zu SEQ ID No. 1 enthält.
2. Mono- oder multimere Amidasen dadurch gekennzeichnet, dass die Amidase eine Sequenz SEQ ID No. 2 oder eine Sequenz mit einer
Homologie von über 50% zu SEQ ID No. 2 enthält.
3. Mono- oder multimere Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 und 2 dadurch gekennzeichnet, dass die Amidase eine N-terminale Sequenz SEQ ID No. 1 und die SEQ ID No. 2 oder eine N-terminale Sequenz mit einer
Homologie von über 50% zu SEQ ID No. 1 und eine Sequenz mit einer Homologie von über 50% zu SEQ ID No. 2 enthält.
4. Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 3 mit einem Molekulargewicht des nativen monomeren Enzyms zwischen 47 und 53 kDa.
5. Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass das Enzym aus thermophilen Bakterien erhältlich ist.
6. Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass das Enzym aus Actinomyceten erhältlich ist.
7. Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass das Enzym aus Pseudonocardia thermophila erhältlich ist.
Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 7 erhältlich nach einem Verfahren umfassend die Verfahrensschritte a) Zentrifugation des zellfreien Rohextraktes eines thermophilen Bakteriums bei 10000 bis 20000 rpm und anschließende Zugabe einer 1 M Salzlösung, b) chromatographische Trennung des Überstandes an einer hydrophoben Säule mit einem reversen Gradienten einer Salzlösung von 1 M bis 0 M, c) Ultrafiltration der aus b) erhaltenen Fraktion, die Amidaseaktivität zeigt, an einer 10 kDa cut off Membran, d) lonenaustauschchromatographie des aus c) erhaltenen Proteinfraktion mit einem Gradienten von 0 M bis 0,5 M einer Salzlösung, e) Chromatographie der aus d) erhaltenen Fraktion, die Amidaseaktivität zeigt, mit einer 100 bis 200 mM Salzlösung und entsalzen der gereinigten Amidasefraktion.
9. Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass das N-terminale Ende der Amidase enthaltend die SEQ ID No. 1 oder eine Sequenz mit einer Homologie von über 50% zu SEQ ID No. 1 ganz oder teilweise deletiert ist.
10. Amidasen gemäß einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass die SEQ ID No. 2 oder eine Sequenz mit einer Homologie von über
50% zu SEQ ID No. 2 der Amidase ganz oder teilweise deletiert ist.
11. Amidasen nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass das Enzym als Monomer oder Dimer, bestehend aus zwei monomeren Amidaseeinheiten gemäß einem der Ansprüche 1 bis 10, vorliegt.
12. Amidasen nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass das Enzym eine Aminosäuresequenz gemäß SEQ ID No. 3 oder eine Aminosäuresequenz mit einer Homolgie von mindestens 50 % dazu besitzt.
13. Nukleinsäuren codierend eine erfindungsgemäße Amidase gemäß einem der Ansprüche 1 bis 12, dadurch gekennzeichent, dass die Nukleinsäure eine Sequenz gemäß SEQ ID No. 4 oder eine Nukleotidsequenz mit einer Homologie von über 60 % dazu besitzt.
14. Verwendung von Amidasen gemäß einem der vorherigen Ansprüche zur Hydrolyse von Amiden oder zur Acylierung.
15. Verwendung von Amidasen gemäß Anspruch 14 zur Hydrolyse von aliphatischen Amiden, aromatischen Amiden, cyclischen Amiden, heterocyclischen Amiden oder Aminosäureamiden.
16. Verwendung von Amidasen gemäß Anspruch 15 zur enantioselektiven Hydrolyse von Amiden.
17. Verwendung von Amidasen gemäß Anspruch 16 zur Herstellung von S- stereoisomeren Säuren.
18. Verfahren zur enzymatisch-katalytischen Hydrolyse von Amiden dadurch gekennzeichnet, dass die Reaktion durch eine Amidase gemäß den
Ansprüchen 1 bis 13 katalysiert wird.
19. Verfahren gemäß Anspruch 18, dadurch gekennzeichnet, dass die Umsetzung bei einer Temperatur zwischen 30 °C und 85 °C durchgeführt wird.
20. Verfahren gemäß Anspruch 19, dadurch gekennzeichnet, dass die Umsetzung bei einer Temperatur zwischen 50 °C und 75 °C durchgeführt wird.
1. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 18 bis 20, dadurch gekennzeichnet, dass die Umsetzung bei einem pH-Wert zwischen 3,5 und 11 ,5 erfolgt.
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