WO2004020626A1 - Verwendung von zellorganellen zur stabilisierung von biomolekülen und zellen - Google Patents

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WO2004020626A1 PCT/EP2003/008751 EP0308751W WO2004020626A1 WO 2004020626 A1 WO2004020626 A1 WO 2004020626A1 EP 0308751 W EP0308751 W EP 0308751W WO 2004020626 A1 WO2004020626 A1 WO 2004020626A1
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    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01N—PRESERVATION OF BODIES OF HUMANS OR ANIMALS OR PLANTS OR PARTS THEREOF; BIOCIDES, e.g. AS DISINFECTANTS, AS PESTICIDES OR AS HERBICIDES; PEST REPELLANTS OR ATTRACTANTS; PLANT GROWTH REGULATORS
    • A01N1/00—Preservation of bodies of humans or animals, or parts thereof
    • A01N1/02—Preservation of living parts
    • A—HUMAN NECESSITIES
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay

Definitions

  • the invention relates to the use of cell organelles for stabilizing biomolecules and cells.
  • nucleic acids are sensitive and can easily be decomposed or broken down in preparative and analytical processes. During mechanical manipulations, nucleic acids experience dynamic loads that impair their stability, especially at higher temperatures (28 - 36 ° C).
  • the chemical stabilization of nucleic acids by extracts of extremophilic bacteria is known. These extracts are isolated from halophilic and thermophilic bacteria. They contain compounds that attach to the nucleic acids and thereby stabilize them.
  • nucleic acids that were previously stored in non-stabilized media are separated electrophoretically or gel chromatographically, a large number of bands of nucleic acid fragments occur. Often, the degradation of the DNA has progressed to such an extent after a short time that a main band can no longer be recognized for a certain DNA.
  • this object is achieved by using cell organelles to stabilize biomolecules and cells in extracellular aqueous systems. It was found that nucleic acids that had been stored in the presence of cell organelles for a certain period of time are less degraded than those that were kept in the same medium for the same period of time. In addition, it was shown that the activity of biological systems in the presence of cell organelles is significantly higher than under the same conditions in their absence.
  • Cell organelles suitable for carrying out the invention include mitochondria, chloroplasts or mixtures thereof. They can be used in concentrations of at least 1 mg / ml, preferably 3 to 15 mg / ml, for example 5 to 10 mg / ml aqueous extracellular system.
  • Biomolecules to be stabilized according to the invention include nucleic acids, proteins, in particular enzymes, and glycoproteins.
  • prokaryotic cells such as E. Stabilize coli and eukaryotic cells advantageously by the use according to the invention or induce increased productivity in the presence of the cell organelles.
  • Eukaryotic cells include S. cerevisae, Aspergillus niger, yeast, egg cells, stem cells, embryonic stem cells, adult stem cells, umbilical cord stem cells.
  • Extracellular aqueous systems in the sense of the invention include the customary buffered solutions in which biomolecules or cells are stored, increased or reacted.
  • Such systems are, for example, cell proliferation systems, in vitro translation systems and in vitro transcription systems, cell cleaning systems, PCR, nucleic acid amplification systems, cleaning systems, nucleic acid ligation systems, systems in which cell nucleosions are carried out or cell nuclei are transferred to cored egg cells or cell fusions.
  • Stabilization can take place in stagnant, circulating and vibrating media.
  • These media are common media as used in biotechnology, genetic engineering and in particular the systems mentioned above. These media are known to the person skilled in the art.
  • Yeast cells were harvested in centrifuge beakers and centrifuged at 3,500 rpm for 5 minutes. The cells were washed with 40 ml of distilled water and centrifuged again at 6,000 rpm for 5 minutes. After the weight had been determined, they were resuspended in cell pellet soaked in 40 ml of sorbitol buffer and zymolyase (50 mg / 10 g cells) and agitated in a shaking water bath at 30 ° C. for 25 minutes. The spheroplasts formed here are centrifuged at 6,000 rpm for 5 minutes and then resuspended in 30 ml of 1.2 M sorbitol buffer.
  • the spheroplasts are in a mixture of 30 ml homogenization buffer [10MM Tris / HCL, pH 7.4, 0.5% BSA (W / V), 0.6M sorbitol, ImM EDTA, ImM PMSF] and 0.5% BSA and ImM PMSF (protease unit bitor) resuspended.
  • the suspension was homogenized with a Potter, filled with the same buffer and placed in SS34 tubes. It was centrifuged at 3,000 rpm (11,000 g) for 5 minutes. The supernatant above the cell debris was removed and centrifuged again at 4,000 rpm (19,000 g) for 5 minutes.
  • the resulting supernatant was finally centrifuged again at 10,000 rpm (12,000 g) for 10 minutes.
  • the pellet containing the mitochondria was taken up in SEM buffer (250 mM sucrose, ImM EDTA, 10 mM MOPS, pH 7.2 in a stock solution with IM-K phosphate buffer pH 7.4) and, after transfer, in Eppendorf pipettes Centrifuged for 5 min at 4,000 rpm, 2 ° C (1,200 g).
  • the supernatant obtained was centrifuged at 12,000 rpm (12,000 g) for 10 minutes and the pellet was taken up in SEM (0.1 ml / g cell protein). 10 ⁇ l of the mitochondrial preparation was mixed with 990 ⁇ l of a 6% SDS solution and the protein concentration was measured at a wavelength of 280nm.
  • the DNA was isolated according to Gene 42 (1986) 169-173). 5 x 10 8 yeast cells were centrifuged out of the culture, washed in water and resuspended in 150 ⁇ l SCE buffer. 10 ⁇ l of zymolyase solution were added and the mixture was incubated at 37 ° C. for 20 minutes and then centrifuged briefly in order to sediment the cells. The supernatant was removed and the pellet was suspended in 150 ⁇ l guanine hydrochloride solution. The mixture was kept at 65 ° C for 10 minutes and provided shaken. It was cooled to room temperature and 150 ml of cold ethanol (70%) was added, centrifuged for 5 minutes and the pellet was freed from the supernatant.

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Abstract

Zellorganellen werden zur Stabilisierung von Biomolekülen und Zellen in extrazellulären wässrigen Systemen eingesetzt.

Description

Verwendung von Zellorganellen zur Stabilisierung von Biomolekülen und Zellen
Beschreibung
Die Erfindung betrifft die Verwendung von Zellorganellen zur Stabilisierung von Biomolekülen und Zellen.
Biologische Moleküle wie Nukleinsäuren sind empfindlich und können in präparativen und analytischen Verfahren leicht zersetzt oder abgebaut werden. Bei mechanischen Manipulationen erfahren Nukleinsäuren dynamische Belastungen, die die Stabilität derselben insbesondere bei höheren Temperaturen (28 - 36°C) beeinträchtigen. Bekannt ist die chemische Stabilisierung von Nukleinsäuren durch Extrakte von extremophilen Bakterien. Diese Extrakte werden aus halo- und thermophilen Bakterien isoliert. Sie enthalten Verbindungen, die sich an den Nukleinsäuren anlagern und sie dadurch stabilisieren.
Werden Nukleinsäuren, die zuvor in nichtstabilisierten Medien gelagert wurden, elektrophoretisch oder gelchroma- tographisch getrennt, tritt eine Vielzahl von Banden von Nukleinsäurebruchstücken auf. Häufig ist die Degradation der DNA nach kurzer Zeit bereits soweit fortgeschritten, daß bei einer bestimmten DNA eine Hauptbande schon nicht mehr erkannt werden kann.
Es besteht daher das Bedürfnis nach weiteren Verfahrensweisen, biologische Moleküle wie Nukleinsäuren, Proteine, Glykoproteine und Zellen während der Lagerung und der Verwendung in wässrigen Systemen zu stabilisieren.
Überraschend wird diese Aufgabe gelöst durch die Verwendung von Zellorganellen zur Stabilisierung von Biomolekülen und Zellen in extrazellulären wässrigen Systemen. Es konnte festgestellt werden, daß Nukleinsäuren, die über einen gewissen Zeitraum in Gegenwart von Zellorganellen gelagert wurden, weniger degradiert sind als solche, die über denselben Zeitraum im gleichen Medium gehalten wurden. Darüber hinaus zeigte sich, daß die Aktivität biologischer Systeme in Gegenwart von Zellorganellen deutlich höher ist als unter denselben Bedingungen in deren Abwesenheit .
Zur Durchführung der Erfindung geeignete Zellorganellen umfassen Mitochondrien, Chloroplasten oder deren Gemische. Sie können in Konzentrationen von mindestens 1 mg/ml, vorzugsweise 3 bis 15 mg/ml, beispielsweise 5 bis 10 mg/ml wässriges extrazelluläres System eingesetzt werden.
Erfindungsgemäß zu stabilisierende Biomoleküle umfassen Nukleinsäuren, Proteine, insbesondere Enzyme, und Glykoproteine. Darüber hinaus lassen sich auch prokaryotische Zellen wie E . coli und eukaryotische Zellen durch die erfindungsgemäße Verwendung vorteilhaft stabilisieren oder in Gegenwart der Zellorganellen zu eine gesteigerten Produktivität veranlassen. Eukaryotische Zellen schließen S . cerevisae, Aspergillus niger , Hefe, Eizellen, Stammzellen, embryonale Stammzellen, adulte Stammzellen, Nabel - schnurstammzellen ein. Extrazelluläre wässrige Systeme im Sinne der Erfindung umfassen die üblichen gepufferten Lösungen, in denen Biomoleküle oder Zellen gelagert, vermehrt oder zur Reaktion gebracht werden. Solche Systeme sind beispielsweise Zell- vermehrungssysteme, in vitro-Translationssyste e und in vitro-Transkriptionssysteme, Zeilreinigungssysteme, PCR- , Nukleinsäurevermehrungssysteme, Reinigunssysteme, Nu- kleinsäure-Ligationssysteme, Systeme, in denen Zellent- kernungen vorgenommen werden oder Zellkerne auf entkernte Eizellen übertragen werden oder Zellfusionen erfolgen.
Die Stabilisierung kann in stagnierenden, zirkulierenden und vibrierenden Medien erfolgen. Diese Medien sind übliche Medien wie sie in der Biotechnologie, der Gentechnologie und insbesondere den zuvor genannten Systemen eingesetzt werden. Diese Medien sind dem Fachmann bekannt.
Die folgenden Beispiele dienen der weiteren Erläuterung der Erfindung.
Beispiel 1 - Isolierung von Mitochondrien.
Hefezellen wurden in Zentrifugenbechern geerntet und 5 Min. lang bei 3.500 UpM zentrifugiert. Die Zellen wurden mit 40 ml destilliertem Wasser gewaschen und erneut 5 Min. lang bei 6.000 UpM zentrifugiert. Nach Gewichtsbestimmung wurden diese in mit 40 ml Sorbitolpuffer und Zy- molyase (50mg/10g Zellen) getränktem Zellpellet resuspendiert und 25 Min. bei 30°C im Schüttelwasserbad bewegt. Die hierbei gebildeten Sphäroplasten werden 5 Min. lang bei 6.000 UpM zentrifugiert und anschließend in 30ml 1,2M Sorbitolpuffer resuspendiert. Nach erneutem fünfminütigen Zentrifugieren bei 6.000 UpM werden die Sphäroplasten in einer Mischung aus 30ml Homogenisationspuffer [lOmM Tris/HCL, pH 7 , 4 , 0,5% BSA (W/V) , 0 , 6M Sorbitol, ImM EDTA, ImM PMSF] und 0,5% BSA und ImM PMSF (Proteaseinhi- bitor) resuspendiert. Die Suspension wurde mit einem Potter homogenisiert, mit demselben Puffer aufgefüllt und in SS34-Röhrchen gegeben. Es wurde 5 Min. lang bei 3.000 UpM (11.000g) zentrifugiert. Der Überstand über den Zelltrümmern wurde entnommen und erneut 5 Min. lang bei 4.000 UpM (19.000g) zentrifugiert. Der erhaltene Überstand wurde schließlich ein weiteres Mal 10 Min. lang bei 10000 UpM (12.000g) zentrifugiert. Das die Mitochondrien enthaltene Pellet wurde in SEM-Puffer (250mM Sucrose, ImM EDTA, lOmM MOPS, pH 7,2 in einer Stammlösung mit IM-K-Phosphat- Puffer pH 7 , 4 ) aufgenommen und nach Überführung in Eppen- dorf-Pipetten 5 Min. lang bei 4.000 UpM, 2°C (1.200g) zentrifugiert. Der erhaltene Überstand wurde 10 Min. lang bei 12.000 UpM (12.000g) zentrifugiert und das Pellet in SEM aufgenommen (0,1 ml/g Zellprotein) . lOμl der Mito- chondrien-Präparation wurde mit 990μl einer 6%igen SDS- Lösung vermischt und die Proteinkonzentration bei einer Wellenlänge von 280nm gemessen.
Beispiel 2 -Isolierung der DNA
Die Isolierung der DNA erfolgte gemäß Gene 42 (1986) 169- 173) . 5 x 108 Hefezellen wurden aus der Kultur abzentrifu- giert, in Wasser gewaschen und in 150μl SCE- Puffer resuspendiert. Es wurden lOμl Zymolyase-Lösung zugesetzt und das Gemisch 20 Min. lang bei 37°C inkubiert und anschließend kurz zentrifugiert, um die Zellen zur Sedimentation zu bringen. Der Überstand wurde abgenommen und das Pellet in 150μl Guaninhydrochlorid-Lösung suspendiert. Das Gemisch wurde 10 Min. bei 65°C gehalten und vorsieh- tig geschüttelt. Es wurde auf Raumtemperatur abgekühlt und 150 ml kaltes Ethanol (70%) zugesetzt, 5 Min. lang zentrifugiert und das Pellet vom Überstand befreit. Es wurden 10 x 0,3ml TrisEDTA zugegeben bis sich das Pellet verflüssigt hatte, anschließend wurden 3μl Proteinase K- Lösung (5 mg/ml) und lh lang bei 37°C inkubiert. Anschließend wurde die DNA 2x mit 0,5ml Phe- nol/Chloroform/lsoamylalkohol (25:24:1) extrahiert. Zu der wäßrigen Phase wurden 30μl 3M NaOAc und 600μl Ethanol (70%) gegeben und das Gemisch 15 Min. lang bei -70°C gehalten. Anschließend wurde 10 Min. lang zentrifugiert, das erhaltene Pellet mit Ethanol (70%) gewaschen, getrocknet und mit 50μl TrisEDTA, pH 8 aufgenommen.
Beispiel 3 - Untersuchung der Stabilität der DNA
Die folgenden Untersuchungen wurden mit vier DNA-Proben durchgeführt, die gemäß Beispiel 1 isoliert worden waren. In allen Proben wurden lOμl der DNA eingesetzt, was etwa 2,5μg DNA je Probe entsprach. Probe A wurde direkt nach der Isolierung auf ein Elektrophoresegel aufgetragen und diente als Kontrolle. Probe B wurde 12h bei 36°C gelagert, mit lOμl Mitochondrien versetzt und auf das Elektrophoresegel aufgetragen. Probe C wurde erhalten, indem DNA und Mitochondrien im Gemisch 12h lang bei 28°C inkubiert wurden. Bei Probe D wurde in gleicher Weise verfahren, wobei die Inkubation bei 36°C erfolgte. Nachdem alle Proben auf das Elektrophoresegel (PAA/SDS) aufgetragen waren wurde die Elektrophorese eine Stunde lang bei 200 Volt und einer Stromstärke von anfänglich 110 mA bis später 70 mA durchgeführt. Die Auswertung der Elektrophorese ergab im Falle der Probe A eine sehr geringe Degradation. Die eine Bande der hochmolekularen DNA war scharf auf dem Gel zu sehen. Demgegenüber fehlte die Ausbildung einer scharfen Bande bei der Probe B. Vielmehr zeigte sich eine unspezifische Färbung über den gesamten Verlauf der Bahn. Die Proben C und D (in Gegenwart von Mitochondrien) zeigten scharfe Banden für die hochmolekulare DNA. Die Degradation war in diesen Proben sehr viel geringer als in Probe B.
Es kann somit festgestellt werden, daß die Zugabe von Mitochondrien eine stabilisierende Wirkung auf die DNA hatte.

Claims

Patentansprüche
1. Verwendung von Zellorganellen zur Stabilisierung von Biomolekülen und Zellen in extrazellulären wässrigen Medien.
2. Verwendung nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Zellorganellen Mitochondrien, Chloroplasten oder deren Gemische sind.
3. Verwendung nach einem der Ansprüche 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, daß das wässrige Medium ein biologisches Reaktionssystem ist, in dem die Zellorganellen von der zu stabilisierenden Nukleinsäure durch eine für Zellorganellen undurchlässige Membran getrennt sind.
4. Verwendung nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, daß das wässrige Medium ein Zeilvermehrungssystem, ein in vitro-Translations- und in vitro-Transkriptionssystem, Zeilreinigungssystem, ein PCR-, Nukleinsäurevermehrungssystem, Nukleinsäu- rereinigunssystem, Nukleinsäure-Ligationssystem ist.
5. Verwendung nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, daß das wässrige Medium ein Medium ist, in dem Zellentkernungen vorgenommen werden, Zellkerne auf entkernte Eizellen übertragen werden oder Zellfusionen erfolgen. Verwendung nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, daß die Konzentration der Zellorganellen in dem extrazellulären wässrigen Medium mindestens 1 mg/ml, insbesondere 4 mg/ml, beträgt.
PCT/EP2003/008751 2002-08-09 2003-08-07 Verwendung von zellorganellen zur stabilisierung von biomolekülen und zellen WO2004020626A1 (de)

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DE2003133389 DE10333389A1 (de) 2003-07-23 2003-07-23 Physikalische, chemische, biochemische und biotechnische Verfahren und Prozesse in Anwesenheit von Mitochondrien

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Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2002000599A1 (de) * 2000-06-27 2002-01-03 Qiagen Gmbh Neue kompositionen für die isolierung und/oder stabilisierung von nukleinsäuren in biologischen materialien

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