TW202417012A - 包含myc調節劑及檢查點抑制劑之組合療法 - Google Patents

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TW202417012A
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艾比蓋爾 伊麗莎白 威特
傑瑞米爾 戴爾 法拉利
亞當 華特 雪德格爾
威廉 湯姆斯 二世 史耐彼得斯
茱蒂 密雪爾 甘迺迪
哈德 貝拉葛塞爾
德芙妮 雅拉爾
李尤金
聖吉泰 薩格爾 帕拉庫提
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美商旗艦先鋒創新公司
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Abstract

本發明係關於組合療法。該組合療法可包含投與表現抑制子及免疫檢查點抑制劑。在一些實施例中,該表現抑制子包含結合MYC啟動子、錨定序列或超級強化子之靶向部分。在一些實施例中,該表現抑制子包含抑制轉錄或使DNA甲基化的效應部分。該等組合物及方法可用於例如治療諸如HCC及NSCLC之癌症。

Description

包含MYC調節劑及檢查點抑制劑之組合療法
基因表現之異常調節為(例如哺乳動物中,例如人類中之)許多疾病,例如贅瘤、神經病症、代謝病症及肥胖之潛在病因。轉錄因子MYC之異常調節在各種人類腫瘤及慢性肝病中起重要作用。MYC蛋白由於各種因素,例如缺乏確定的配位體結合位點、具有維持正常組織所必需的生理功能,而被視為「不可用藥(undruggable)」的。適於調節MYC基因表現之技術提供治療此等疾病之可行的替代方法。需要穩定地改變,例如減少諸如MYC之疾病相關基因之表現的新穎工具、系統及方法。
本發明提供例如包含表現抑制子及免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)之組合療法。
本發明尤其提供可用於調節,例如減少目標基因(例如MYC)表現之表現抑制子及表現抑制系統。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:結合目標基因啟動子,例如MYC啟動子之靶向部分,及視情況選用之效應部分,其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:結合目標基因座,例如MYC之靶向部分,及包含MQ1或其片段或變異體之效應部分,其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其結合位於MYC之超級強化子區域中之調節元件,及視情況選用之效應部分,其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其結合位於目標基因,例如MYC之超級強化子區域中之調節元件,及效應部分(例如KRAB或MQ1或其片段或變異體),其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其結合位於目標基因,例如MYC之超級強化子區域中之調節元件,其中該靶向部分包含鋅指域,其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其結合位於MYC之超級強化子區域中之調節元件,其中該靶向部分包含鋅指域或TAL效應域,及效應部分,其中該效應部分包含轉錄抑制子(例如,KRAB或其片段或變異體)或DNA甲基轉移酶(例如,MQ1或其片段或變異體);其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:結合目標基因座,例如MYC之靶向部分,其中該靶向部分包含鋅指域,其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其結合包含SEQ ID NO: 1、3、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、109、110或75、76、78、79、80、81、84、85、86之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座,其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其結合包含SEQ ID NO: 2或77、82、83之序列的至少16、17、18、19或20個核苷酸的基因體基因座,及其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。在一些實施例中,表現抑制子包含效應部分。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其中該靶向部分結合在SEQ ID NO: 4上游或下游1400 nt內之基因體基因座。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其中該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 4、77、82或83之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:靶向部分,其中該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83、96或108之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座。
在一些態樣中,本發明提供一種系統,其包含:包含第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS)),或結合與轉錄調節元件近接的序列;以及包含第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的第二表現抑制子,其中該第二表現抑制子結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列,或結合與錨定序列近接的序列。
在一些態樣中,本發明提供一種系統,其包含:包含第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS)),或結合與轉錄調節元件近接的序列;以及包含第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的第二表現抑制子,其中該第二表現抑制子結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座。
在一些實施例中,第一靶向部分特異性結合第一DNA序列且第二靶向部分特異性結合不同於第一DNA序列的第二DNA序列。在一些實施例中,第一效應部分不同於第二效應部分。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS))或結合與該轉錄調節元件近接之序列的靶向部分,該靶向部分包含CRISPR/Cas分子,例如包含無催化活性CRISPR/Cas蛋白;以及包含MQ1或其功能變異體或片段的效應部分。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中之基因體基因座的靶向部分,該靶向部分包含CRISPR/Cas分子,例如包含無催化活性CRISPR/Cas蛋白;以及包含KRAB、MQ1或其功能變異體或片段的效應部分,其中該表現抑制子能夠減少目標基因,例如MYC之表現。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中之錨定序列或結合與錨定序列近接之序列的靶向部分,該靶向部分包含CRISPR/Cas分子,例如包含無催化活性CRISPR/Cas蛋白;以及包含KRAB或其功能變異體或片段的效應部分。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:包含鋅指分子的靶向部分,該靶向部分結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS))或結合與該轉錄調節元件近接的序列;以及包含MQ1或其功能變異體或片段的效應部分。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:包含鋅指分子的靶向部分,該靶向部分結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列,或結合與錨定序列近接的序列;及包含KRAB或其功能變異體或片段的效應部分。
在一些態樣中,本發明提供一種表現抑制子,其包含:包含鋅指分子的靶向部分,該靶向部分結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座;及包含KRAB或其功能變異體或片段的效應部分。
在一些態樣中,本發明係關於一種編碼第一表現抑制子、第二表現抑制子、此兩者的核酸,或其組分(例如gRNA、mRNA)。在一些實施例中,編碼表現抑制系統的核酸為多順反子序列。在一些實施例中,多順反子序列為雙順反子序列。
在一些態樣中,本發明係關於一種載體,其包含本文所描述之核酸、系統或表現抑制子。在另一態樣中,本發明係關於一種脂質奈米粒子,其包含本文所描述之載體、核酸、系統或表現抑制子。在另一態樣中,本發明係關於一種反應混合物,其包含本文所描述之表現抑制子、系統、核酸、載體或脂質奈米粒子。在另一態樣中,本發明係關於一種醫藥組合物,其包含本文所描述之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或反應混合物。
在一些態樣中,本發明係關於一種降低目標基因表現的方法,其包含提供本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統及使目標基因及/或一或多種可操作地連接的轉錄控制元件與表現抑制子或表現抑制系統接觸,藉此降低目標基因表現。
在一些態樣中,本發明係關於一種治療個體之與目標基因(例如MYC)過度表現相關之病狀的方法,其包含將本文所描述之表現抑制子或系統、核酸或載體投與該個體,藉此治療該病狀。
在一些態樣中,本發明係關於一種治療個體之與目標基因(例如MYC)之異常調節相關之病狀的方法,其包含向該個體投與本文所描述之表現抑制子、系統、核酸或載體,藉此治療該病狀。
在一些態樣中,本發明提供一種降低目標基因(例如MYC)在細胞中之表現的方法,該方法包含:使該細胞與一系統接觸,藉此降低目標基因(例如MYC)在細胞中之表現,該系統包含:包含第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS));以及包含第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的第二表現抑制子,其中該第二表現抑制子結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或結合與錨定序列近接的序列。
在一些態樣中,本發明提供一種降低目標基因(例如MYC)在細胞中之表現的方法,該方法包含:使該細胞與一系統接觸,藉此降低目標基因(例如MYC)在細胞中的表現,該系統包含:包含第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS));以及包含第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的第二表現抑制子,其中該第二表現抑制子結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座。
本發明進一步部分地提供一種套組,其包含:a)容器,該容器包含含有表現抑制子的組合物,該表現抑制子包含結合目標基因、啟動子(例如MYC)的靶向部分及能夠調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的效應部分;及b)一組說明書,其包含用該組合物調節目標基因(例如MYC)在細胞內之表現的至少一種方法。
本發明進一步部分地提供一種套組,其包含:a)容器,該容器包含含有表現抑制子的組合物,該表現抑制子包含結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中之基因座的靶向部分及能夠調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的效應部分;以及b)一組說明書,其包含用該組合物調節目標基因(例如MYC)在細胞內之表現的至少一種方法。
在一些態樣中,套組包含a)容器,該容器包含含有一系統的組合物,該系統包含兩種表現抑制子,包含含有第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS))或結合與轉錄調節元件近接的序列;以及含有第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的表現抑制子,其中第二表現抑制子結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或結合與錨定序列近接的序列。
在一些態樣中,套組包含a)容器,該容器包含含有一系統的組合物,該系統包含兩種表現抑制子,包含含有第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS))或結合與轉錄調節元件近接的序列;以及含有第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的表現抑制子,其中該第二表現抑制子結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座。
在一些實施例中,套組進一步包含b)一組說明書,其包含用該組合物治療疾病或調節(例如減少)目標基因(例如MYC)在細胞內之表現的至少一種方法。在一些實施例中,套組可視情況包括用於該組合物的遞送媒劑(例如脂質奈米粒子)。可提供懸浮於賦形劑及/或遞送媒劑中的試劑,或試劑可作為各別組分提供,之後可與賦形劑及/或遞送媒劑合併。在一些實施例中,套組可視情況含有與組合物共投與的額外治療劑,以影響所要目標基因表現,例如調節MYC基因表現。雖然說明材料通常包含書面或印刷材料,但其不限於此。本發明考慮了能夠儲存此類說明書且將其傳達到最終使用者之任何介質。此類介質包括但不限於電子儲存介質(例如磁碟、磁帶、盒式磁碟、晶片)、光學介質(例如CD ROM)及其類似物。此類介質可包括提供此類說明材料之網際網路站點的位址。
任一種前述方法或組合物的額外特徵包括以下列舉的一或多個實施例。
熟習此項技術者將認識到,或僅使用常規實驗便能夠確定本文中所描述之本發明之特定實施例的許多同等物。此類同等物意欲由以下所列舉之實施例涵蓋。
本文中提及之所有公開案、專利申請案、專利及其他參考文獻(例如序列資料庫參考編號)以全文引用之方式併入。舉例而言,本文(例如本文的任何表中)所提及之所有GenBank、Unigene及Entrez序列以引用之方式併入。除非另外指明,否則本文中(包括本文的任何表中)指定之序列登錄號係指截至2020年12月15日之資料庫條目。當一種基因或蛋白質提及複數個序列登錄號時,涵蓋所有序列變異體。
所列 施例1.      一種表現抑制子,其包含: 結合MYC啟動子之靶向部分,及 視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 2.      如實施例1之表現抑制子,其中該靶向部分結合在SEQ ID NO: 4、199或201上游或下游1400、1200、1000、800、600、400或200 nt內的基因體基因座。 3.      如實施例1之表現抑制子,其中該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 4、77、82、83、85、199或201之序列之至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的基因體基因座。 4.      一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其結合包含SEQ ID NO: 3、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、109、110、75、76、78、79、80、81、84、85、86、190、191、192、200或202之序列之至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座,及 視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 5.      一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其結合包含SEQ ID NO: 2、77、82、83、199或201之序列之至少16、17、18、19或20個核苷酸的基因體基因座,及 視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 6.      一種表現抑制子,其包含: 結合MYC基因座的靶向部分,及 包含MQ1或其片段或變異體之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 7.      一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其結合MYC超級強化子區域中之基因座, 視情況選用之效應部分,例如包含DNA甲基轉移酶的效應部分,其中視情況地,該效應部分包含MQ1或其片段或變異體, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 8.      一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其結合MYC超級強化子區域中之基因座, 包含轉錄抑制子之效應部分,其中視情況該效應部分包含KRAB或其片段或變異體, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 9.      如實施例7或8之表現抑制子,其中該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110、83、199、201中之任一者之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座。 10.    如實施例7-9中任一項之表現抑制子,其中使用hg19參考基因體,該靶向部分結合包含GRCh37: chr8:129162465-129212140之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座。 11.    如實施例7-10中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96或108之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座。 12.    如實施例7-11中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含鋅指域或TAL效應域。 13.    一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其結合基因座,例如MYC基因座, 包含EZH2或其片段或變異體之第一效應部分,及 包含KRAB或其片段或變異體之第二效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少該基因座處之表現,例如減少MYC之表現。 14.    如實施例13之表現抑制子,其中該靶向部分結合MYC啟動子、超級強化子區域或錨定序列。 15.    如實施例13或14之表現抑制子,其中該靶向部分包含TAL效應域、CRISPR/Cas域或鋅指域。 16.    如實施例13-15中任一項之表現抑制子,其中第一效應部分係在第二效應子之N端,或其中第一效應子係在第二效應部分之C端。 17.    一種表現抑制子,其包含: 結合MYC基因座的靶向部分,其中該靶向部分包含鋅指域,及 視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 18.    一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其包含CRISPR/Cas域,例如包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質,該靶向部分結合可操作地連接至MYC基因的轉錄調節元件(例如啟動子、強化子、超級強化子或轉錄起始位點(TSS))或近接於該轉錄調節元件的序列;及 包含MQ1或其功能變異體或片段的效應部分。 19.    一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其包含CRISPR/Cas域,例如包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質,該靶向部分結合可操作地連接至MYC基因的轉錄調節元件(例如啟動子、強化子或轉錄起始位點(TSS))或近接於該轉錄調節元件的序列;及 包含MQ1或其功能變異體或片段的效應部分。 20.    一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其包含CRISPR/Cas域,例如包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質,該靶向部分結合可操作地連接至MYC基因的轉錄調節元件(例如啟動子、強化子或轉錄起始位點(TSS))或近接於該轉錄調節元件的序列;及 包含KRAB或其功能變異體或片段之效應部分。 21.    一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其包含CRISPR/Cas域,例如包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質,該靶向部分結合包含MYC基因之錨定序列介導性接合體(ASMC)的錨定序列,或結合近接於該錨定序列的序列;及 包含KRAB或其功能變異體或片段之效應部分。 22.    一種表現抑制子,其包含: 包含鋅指域的靶向部分,其結合可操作地連接至MYC基因的轉錄調節元件(例如啟動子、強化子或轉錄起始位點(TSS))或近接於該轉錄調節元件的序列;及 包含MQ1或其功能變異體或片段的效應部分。 23.    一種表現抑制子,其包含: 包含鋅指域的靶向部分,其結合可操作地連接至MYC基因的轉錄調節元件(例如啟動子、強化子或轉錄起始位點(TSS))或近接於該轉錄調節元件的序列;及 包含KRAB或其功能變異體或片段之效應部分。 24.    一種表現抑制子,其包含: 靶向部分,其結合包含SEQ ID NO: 190-192中之任一者之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的小鼠基因體基因座;及 視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC之表現。 25.    如實施例24之表現抑制子,其中該效應部分包含DNA甲基轉移酶,例如MQ1或其片段或變異體。 26.    如實施例24或25之表現抑制子,其中該靶向部分包含TAL效應域、CRISPR/Cas域、鋅指域、tetR域、巨核酸酶域或寡核苷酸。 27.    如實施例24-26中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含鋅指域或TAL效應域。 28.    如實施例24-27中任一項之表現抑制子,其中該表現抑制子包含選自SEQ ID NO: 160-165中之任一者的胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 29.    如實施例24-28中任一項之表現抑制子,其中該表現抑制子由以下編碼:選自SEQ ID NO: 166-168中之任一者之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 30.    如實施例24-29中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含根據SEQ ID NO: 154-156中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 31.    如實施例24-30中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含根據SEQ ID NO: 157-159中之任一者的核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 32.    如實施例24-31中任一項之表現抑制子,其中該效應部分為持久效應部分。 33.    如實施例24-32中任一項之表現抑制子,其中該效應部分為短暫效應部分。 34.    如實施例24-33中任一項之表現抑制子,其中該表現抑制子為融合分子。 35.    如實施例24-34中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含鋅指域,且該效應部分包含表觀遺傳修飾部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1或其片段或變異體。 36.    如實施例18-20、22或23中任一項之表現抑制子,其中該調節元件為調節元件叢集的一部分。 37.    如實施例18-20、22或23中任一項之表現抑制子,其中該調節元件位於非編碼區中。 38.    如實施例18-20、22或23中任一項之表現抑制子,其中該調節元件為例如遠離目標基因啟動子,例如MYC至少1,000 nt定位的遠端強化子。 39.    如實施例18-20、22、23或36-38中任一項之表現抑制子,其中該調節元件增加目標基因,例如MYC之表現。 40.    如實施例18-20、22、23或36-39中任一項之表現抑制子,其中該調節元件含有一或多個突變。 41.    如實施例18-20、22、23或36-40中任一項之表現抑制子,其中該調節元件含有至少一種疾病相關之單核苷酸多形現象(SNP)。 42.    如實施例18-20、22、23或36-41中任一項之表現抑制子,其中該轉錄調節元件經由強化子對接位點與目標基因(例如MYC)之啟動子相互作用。 43.    如實施例42之表現抑制子,其中該強化子對接位點包含根據SEQ ID NO: 71或72中之任一者之核苷酸序列或CCGCCATNTT (例如YY1結合模體)或AANATGGCGG (例如呈相反定向之YY1結合模體)之核苷酸序列。 44.    一種表現抑制子,其包含: 包含鋅指域的靶向部分,其結合包含MYC基因之錨定序列介導性接合體(ASMC)的錨定序列或結合近接於該錨定序列的序列;及 包含KRAB或其功能變異體或片段之效應部分。 45.    如實施例1-23或36-43中任一項之表現抑制子,其中該表現抑制子包含選自SEQ ID NO: 22-37、129、133、134、139-149或177-186中之任一者的胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 46.    如實施例1-23或36-45中任一項之表現抑制子,其中該表現抑制子由以下編碼:選自SEQ ID NO: 55-70、130、189或193-197中之任一者之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 47.    如實施例1-23或36-46中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含根據SEQ ID NO: 5-16或169-172中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 48.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該效應部分包含根據SEQ ID NO: 18、19或87之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 49.    如實施例1-12、17-19、22、36-42或44-47中任一項之表現抑制子,其中該效應部分為持久效應部分。 50.    如實施例1-23或36-48中任一項之表現抑制子,其中該效應部分為短暫效應部分。 51.    如實施例1-12、17-19、22、36-42或44-48中任一項之表現抑制子,其中該效應部分包含DNA甲基轉移酶,例如MQ1或其片段或變異體。 52.    如實施例1-23、36-47或49中任一項之表現抑制子,其中該效應部分包含轉錄抑制子,例如包含KRAB或其片段或變異體。 53.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含TAL效應域、CRISPR/Cas域、鋅指域、tetR域、巨核酸酶域或寡核苷酸。 54.    如實施例53之表現抑制子,其中該CRISPR/Cas域結合gRNA,例如所結合之基因體基因座包含SEQ ID NO: 1-4中任一者之序列之至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的gRNA,例如其中該gRNA包含含有SEQ ID NO: 1-4中任一者之序列之至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的序列。 55.    如實施例53之表現抑制子,其中該CRISPR/Cas域結合gRNA,例如所結合之基因體基因座包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的gRNA,例如其中該gRNA包含含有SEQ ID NO: 96-110中之任一者之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的序列。 56.    如實施例53-55中任一項之表現抑制子,其中該CRISPR/Cas域包含選自表1之Cas蛋白質或Cpf1蛋白質或其中任一者之變異體(例如突變體)。 57.    如實施例53-56中任一項之表現抑制子,其中該CRISPR/Cas域包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質,例如dCas9。 58.    如實施例53之表現抑制子,其中該鋅指域結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座,例如其中該gRNA包含含有SEQ ID NO: 96-110中之任一者之序列的至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸的序列。 59.    如實施例17、22、26-53或57中任一項之表現抑制子,其中該鋅指域包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個鋅指(且視情況不超過11、10、9、8、7、6或5個鋅指)。 60.    如實施例17、22、26-53、57或58中任一項之表現抑制子,其中該鋅指域包含1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9或9-10個鋅指。 61.    如實施例17、22、26-53或57-59中任一項之表現抑制子,其中該鋅指域包含3或9個鋅指。 62.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其為融合分子。 63.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其包含位於該靶向域與該效應域之間的連接子,視情況其中該連接子包含根據SEQ ID NO: 137或SEQ ID NO: 138之胺基酸序列。 64.    如實施例1-17、20、21、23、44-48、50或52-57中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含無催化活性的CRISPR/Cas域(例如dCas9)且該效應部分包含轉錄抑制子,例如KRAB或其片段或變異體。 65.    如實施例1-17、20、21、23、44-48、50、52或53-64中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含鋅指域,且該效應部分包含轉錄抑制子,例如KRAB或其片段或變異體。 66.    如實施例17、36-43、45-47、53或58-63中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含鋅指域,且該表現抑制子不包含效應部分。 67.    如實施例1-12、18-19、22、36-43、45-49、51或53-57中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含無催化活性的CRISPR/Cas域(例如dCas9)且該效應部分包含表觀遺傳修飾部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1或其片段或變異體。 68.    如實施例1-12、17-19、22、36-43、45-49、51、53或58-63中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分包含鋅指域,且該效應部分包含表觀遺傳修飾部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1或其片段或變異體。 69.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其包含SEQ ID NO: 22-37、129、133、134、139-149或177-186中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%一致性之序列。 70.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其:(i)包含一或多個核定位信號序列(NLS),或(ii)不包含NLS。 71.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其在N端包含第一NLS,例如其中該第一NLS具有SEQ ID NO: 88之序列。 72.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其在C端包含NLS,例如第二NLS,例如其具有SEQ ID NO: 89之序列。 73.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該第一及第二NLS具有相同序列。 74.    如實施例71-73中任一項之表現抑制子,其中該第一及第二NLS具有不同序列。 75.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其包含抗原決定基標籤。 76.    如實施例75之表現抑制子,其中該抗原決定基標籤為HA標籤。 77.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該錨定序列包含SEQ ID NO: 71或72之序列,或相對於其具有不超過8、7、6、5、4、3、2或1個改變之序列。 78.    如實施例1-77中任一項之表現抑制子,其中該錨定序列包含CCGCCATNTT (例如YY1結合模體)或AANATGGCGG (例如呈相反定向之YY1結合模體)序列,或相對於其具有不超過8、7、6、5、4、3、2或1個改變之序列。 79.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該錨定序列在與MYC基因相同之染色體上。 80.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該錨定序列位於MYC基因上游(例如在TSS上游或在啟動子上游)。 81.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該錨定序列與MYC基因(例如與MYC基因之TSS或啟動子)相距至少1、5、10、50、100或1000千鹼基。 82.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該錨定序列與MYC基因(例如與MYC基因之TSS或啟動子)相距0.1至0.5、0.1至1、0.1至5、0.1至10、0.1至50、0.1至100、0.1至500、0.1至1000、0.5至1、0.5至5、0.5至10、0.5至50、0.5至100、0.5至500、0.5至1000、1至5、1至10、1至50、1至100、1至500、1至1000、5至10、5至50、5至100、5至500、5至1000、10至50、10至100、10至500、10至1000、50至100、50至500、50至1000、100至500、100至1000或500至1000千鹼基。 83.    如實施例1-79、81或82中任一項之表現抑制子,其中目標序列位於MYC基因下游(例如TSS下游或啟動子下游)。 84.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分結合以下染色體座標的序列或與其近接的序列:128746342-128746364、128746321-128746343、128746525-128746547、128748014-128748036、129188878-129188900、129188958-129188980、129188960-129188982、129189067-129189089、129189457-129189479、129189554-129189576、129189679-129189701、129209511-129209533、129209643-129209665、129209658-129209680、129209856-129209878、129189452-129189474、129189190-129189212、129189274-129189296、129189421-129189443、128746405-128746425、128748069-128748089、129188825-129188845或129188822-129188842。 85.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中例如藉由ELISA所量測或經PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例7或實例28中之任一者中所描述,相比於在無表現抑制子存在下之甲基化,表現抑制子與目標基因座(例如MYC)之結合使目標基因座(例如MYC)中之位點處之甲基化增加10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%,其中視情況,分析甲基化之位點根據hg19參考基因體為chr8:129188693-129189048,例如包含根據SEQ ID NO: 123之序列。 86.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中例如經PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例28中所描述,表現抑制子與目標基因座(例如MYC)之結合使目標基因座(例如MYC)中之位點處之甲基化增加,持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25天或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂之時段。 87.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中例如藉由ELISA所量測或經PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例2至實例7或實例9中之任一者中所描述,相比於在無表現抑制子存在下之表現,表現抑制子與MYC基因座之結合使細胞中MYC之表現減少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 88.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中例如藉由ELISA所量測或經PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例2至實例7或實例9中之任一者中所描述,表現抑制子與MYC基因座之結合使MYC表現明顯地減少,持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25天或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂之時段。 89.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中表現抑制子與MYC基因座之結合在轉染後1、2、3、4、5、6、7、8、10、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80或96小時,使MYC表現明顯地減少。 90.    如實施例1-23或36-89中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分結合人類基因體基因座。 91.    如實施例24-43、49、51、53、56-57、59-62、66-68或70-89中任一項之表現抑制子,其中該靶向部分結合小鼠基因體基因座。 92.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中表現抑制子與MYC基因座之結合降低包含MYC基因座之細胞(例如癌細胞)的存活率。 93.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中使複數個細胞與表現抑制子或編碼表現抑制子之核酸接觸降低了該複數個細胞之存活率。 94.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中例如藉由CellTiter Glo所量測或經PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例2至實例7中之任一者中所描述,相較於在無第一表現抑制子存在下之存活率,存活率降低10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 95.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中投與表現抑制子引起至少5%、6%、7%、8%、9%、10%、12%、15%、17%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、75%目標細胞(例如癌細胞)之細胞凋亡。 96.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該複數個細胞包含複數個癌細胞及複數個非癌細胞及/或複數個感染細胞及複數個未感染細胞。 97.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中使該複數個細胞與表現抑制子或編碼表現抑制子之核酸接觸引起之複數個癌細胞之存活率降低超過其引起之複數個非癌細胞之存活率降低。 98.    如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中使該複數個細胞與表現抑制子或編碼表現抑制子之核酸接觸引起之複數個癌細胞之存活率降低超過其引起之複數個非癌細胞之存活率降低1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。 99.    如實施例92-98中任一項之表現抑制子,其中該等癌細胞為肺癌細胞、胃癌細胞、胃腸癌細胞、結腸直腸癌細胞、胰臟癌細胞或肝癌細胞。 100.  如實施例92-99中任一項之表現抑制子,其中該癌症為肝細胞癌(HCC)、纖維板層肝細胞癌(FHCC)、膽管癌、血管肉瘤、繼發性肝癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、腺癌、小細胞肺癌(SCLC)、大細胞(未分化)癌瘤、三陰性乳癌、胃腺癌、子宮內膜癌或胰臟癌。 101.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其在與複數個感染細胞及複數個未感染細胞接觸時,引起之複數個感染細胞之存活率降低超過其引起之複數個未感染細胞之存活率降低。 102.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中感染為病毒性的。 103.  如實施例102之表現抑制子,其中病毒感染為肝炎,例如B型肝炎。 104.  如實施例92-103中任一項之表現抑制子,其中感染細胞為人類肝細胞。 105.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,當在使用編碼表現抑制子之mRNA之LNP遞送的針對癌細胞(例如HCC細胞)存活率的分析中,例如在根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例12之分析中測試時,其具有0.04至0.4、0.04至0.1、0.1至0.2、0.2至0.3或0.3至0.4 μg/mL之EC50。 106.  如實施例1-104中任一項之表現抑制子,當在使用編碼表現抑制子之mRNA之LNP遞送的針對癌細胞(例如肺癌細胞)存活率的分析中,例如在根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例18之分析中測試時,其具有0.1至2.5、0.5至2.2、1.0至1.5、1.2至2 μg/mL之EC50。 107.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,當在使用編碼表現抑制子之mRNA之LNP遞送的針對癌細胞(例如HCC細胞)中MYC mRNA含量降低的分析中,例如在根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例12之分析中測試時,其具有0.004至0.08、0.004至0.01、0.01至0.02、0.02至0.04或0.04至0.08 μg/mL之EC50。 108.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,當在使用編碼表現抑制子之mRNA之LNP遞送的針對癌細胞(例如肺癌細胞)中MYC mRNA含量降低的分析中,例如在根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例18之分析中測試時,其具有0.04至0.1、0.04至0.09、0.05至0.09或0.06至0.8 μg/mL之EC50。 109.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,相較於未處理細胞中之蛋白質含量,其將細胞中之由目標基因,例如MYC編碼之蛋白質的含量降低至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。 110.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其能夠減小例如人類個體或哺乳動物模型中之腫瘤體積。 111.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中表現抑制子能夠在例如哺乳動物模型中,例如當在開始治療之後第20天量測時,與化學治療劑相比類似或更大程度地減小腫瘤體積,例如其中該表現抑制子以3 mg/kg之劑量每5天投與。 112.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中表現抑制子能夠在例如哺乳動物模型中,例如當在開始治療之後第20天量測時,與PBS對照組相比減小腫瘤體積,例如其中該表現抑制子以1 mg/kg、1.5 mg/kg或3 mg/kg每5天投與持續4次劑量,繼而每3天投與持續3次劑量。 113.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中例如在開始治療之後第20天,與用PBS治療之對照組相比,腫瘤體積減小至少約10%、20%、30%或40%。 114.  如實施例111-113中任一項之表現抑制子,其中化學治療劑為索拉非尼(sorafenib)或順鉑。 115.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其中該系統能夠與小分子MYC抑制劑相比類似或更大程度地減小腫瘤體積。 116.  如實施例115之表現抑制子,其中該小分子MYC抑制劑為MYCi975,其中例如在開始治療之後第20天,與用MYCi975治療之對照組相比,視情況腫瘤體積減小至少約10%、20%、30%或40%。 117.  如前述實施例中任一項之表現抑制子,其與治療開始時相比不引起體重降低,或引起的體重降低小於3%、2%或1%。 118.  一種系統,其包含: 如前述實施例中任一項之第一表現抑制子,及 第二表現抑制子,例如本文所描述之第二表現抑制子,例如如前述實施例中任一項之第二表現抑制子。 119.  一種系統,其包含: 第一表現抑制子,其包含第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至MYC基因的轉錄調節元件(例如啟動子、強化子或轉錄起始位點(TSS))或結合近接於該轉錄調節元件的序列,及 第二表現抑制子,其包含第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分,其中該第二表現抑制子結合包含MYC基因之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或結合近接於該錨定序列的序列。 120.  如實施例118或119之系統, 其中該轉錄調節元件包含啟動子,及 其中該錨定序列包含CTCF結合模體。 121.  如實施例118-120中任一項之系統,其中第二表現抑制子結合與CTCF結合模體相鄰之下游區域。 122.  如實施例118-120中任一項之系統,其中第二表現抑制子結合與CTCF結合模體相鄰之上游區域。 123.  如實施例118-122中任一項之系統,其中 該第一表現抑制子包含結合基因體基因座之靶向部分,該基因體基因座包含SEQ ID NO: 2、3、4、71、72、75至86或200至206之序列之至少16、17、18、19或20個核苷酸,或CCGCCATNTT (例如YY1結合模體)或AANATGGCGG (例如呈相反定向之YY1結合模體)之序列;及 該第二表現抑制子包含靶向部分,該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 2、3、4、71、72、75-86或200-206的至少16、17、18、19或20個核苷酸,或CCGCCATNTT (例如YY1結合模體)或AANATGGCGG (例如呈相反定向之YY1結合模體)之序列之基因體基因座。 124.  如實施例118-123中任一項之系統,其中 該第一表現抑制子包含結合基因體基因座之靶向部分,該基因體基因座包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者之序列之至少16、17、18、19或20個核苷酸。 125.  如實施例118-124中任一項之系統,其中, 該第一表現抑制子包含結合基因體基因座之靶向部分,該基因體基因座包含SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 72或SEQ ID NO: 83之序列中的至少16、17、18、19或20個核苷酸;及 該第二表現抑制子包含結合基因體基因座之靶向部分,該基因體基因座包含SEQ ID NO: 77之序列中的至少16、17、18、19或20個核苷酸。 126.  一種系統,其包含: 第一表現抑制子,其包含第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至MYC基因的啟動子或結合近接於該啟動子的序列,及 第二表現抑制子,其包含第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分,其中該第二表現抑制子結合MYC基因的強化子(例如超級強化子)。 127.  如實施例126之系統,其中, 該第一表現抑制子包含結合基因體基因座之靶向部分,該基因體基因座包含SEQ ID NO: 204之序列之至少16、17、18、19或20個核苷酸,及 該第二表現抑制子包含結合基因體基因座之靶向部分,該基因體基因座包含SEQ ID NO: 199或201中之任一者之序列中之至少16、17、18、19或20個核苷酸。 128.  一種減少MYC表現之系統,該系統包含: a)第一表現抑制子,其包含: i)第一靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 13之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第一效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 19或87之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 b)第二表現抑制子,其包含: i)第二靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 7 169或171之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第二效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 18之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 129.  如實施例128之系統,其中第一表現抑制子進一步包含第一核定位信號,例如SV40 NLS,例如根據SEQ ID NO: 135之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第一靶向部分之N端。 130.  如實施例128或129之系統,其中第一表現抑制子進一步包含第二核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第一效應部分之C端。 131.  如實施例128-130中任一項之系統,其中第二表現抑制子進一步包含第一核定位信號,例如SV40 NLS,例如根據SEQ ID NO: 135之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第二靶向部分之N端。 132.  如實施例128-131中任一項之系統,其中第二表現抑制子進一步包含第二核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第二效應部分之C端。 133.  如實施例128-132中任一項之系統,其中第一表現抑制子進一步包含位於第一靶向部分與第一效應部分之間的第一連接子,其中視情況第一連接子具有根據SEQ ID NO: 137之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 134.  如實施例128-133中任一項之系統,其中第二表現抑制子進一步包含位於第二靶向部分與第二效應部分之間的第二連接子,其中視情況第二連接子具有根據SEQ ID NO: 138之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 135.  如實施例128-134中任一項之系統,其中第一表現抑制子進一步包含該第一效應部分之胺基酸序列C端,例如具有至多30、25、20或18個胺基酸之序列,例如根據SEQ ID NO: 126之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 136.  如實施例128-132中任一項之系統,其中第二表現抑制子進一步包含該第二靶向部分之胺基酸序列N端,例如具有至多30、25、20或18個胺基酸之序列,例如根據SEQ ID NO: 128之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 137.  如實施例128-136中任一項之系統,其中第一表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 138.  如實施例128-137中任一項之系統,其中第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 24之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 139.  如實施例128-137中任一項之系統,其中第二靶向部分包含根據SEQ ID NO: 169之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 140.  如實施例128-137中任一項之系統,其中第二靶向部分包含根據SEQ ID NO: 171之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 141.  如實施例128-140中任一項之系統,其中第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 177或183之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 142.  如實施例128-140中任一項之系統,其中第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 179、185之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 143.  一種核酸,其編碼如實施例128-142中任一項之系統中的第一表現抑制子及第二抑制子。 144.  一種核酸,其編碼用於減少MYC表現的系統,該核酸包含: a)編碼第一表現抑制子的第一區域,該第一表現抑制子包含: i)第一靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 13之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第一效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 19或87之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 b)編碼第二表現抑制子的第二區域,該第二表現抑制子包含: i)第二靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 7之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第二效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 18之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 145.  如實施例144之核酸,其中該第一區域在該第二區域之5'。 146.  如實施例144之核酸,其中該第一區域在該第二區域之3'。 147.  如實施例145或146之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第一核定位信號,例如SV40 NLS,例如根據SEQ ID NO: 135之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第一靶向部分之N端。 148.  如實施例145-147中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第二核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第一效應部分之C端。 149.  如實施例145-148中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第一核定位信號,例如SV40 NLS,例如根據SEQ ID NO: 135之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第二靶向部分之N端。 150.  如實施例145-149中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第二核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第二效應部分之C端。 151.  如實施例145-150中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:位於第一靶向部分與第一效應部分之間的第一連接子,其中視情況第一連接子具有根據SEQ ID NO: 137之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 152.  如實施例145-151中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:位於第二靶向部分與第二效應部分之間的第二連接子,其中視情況第二連接子具有根據SEQ ID NO: 138之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 153.  如實施例145-152中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:該第一效應部分之胺基酸序列C端,例如具有至多30、25、20或18個胺基酸之序列,例如根據SEQ ID NO: 126之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 154.  如實施例145-153中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:該第二靶向部分之胺基酸序列N端,例如具有至多30、25、20或18個胺基酸,或一胺基酸P之序列。 155.  如實施例145-154中任一項之核酸,其中第一表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 156.  如實施例145-155中任一項之核酸,其中第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 24之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 157.  如實施例145-156中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一靶向部分的核苷酸序列,其中編碼第一靶向部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 46或131之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 158.  如實施例145-157中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一效應部分的核苷酸序列,其中編碼第一效應部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 52或132之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 159.  如實施例145-158中任一項之核酸,其中第二區域包含編碼第二靶向部分的核苷酸序列,其中編碼第二靶向部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 40之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 160.  如實施例145-159中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一效應部分的核苷酸序列,其中編碼第一效應部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 51之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 161.  如實施例145-160中任一項之核酸,其中第一區域包含根據SEQ ID NO: 63或130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 162.  如實施例145-161中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 57之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 163.  一種核酸,其編碼用於減少MYC表現的系統,該核酸包含: a)編碼第一表現抑制子的第一區域,該第一表現抑制子包含: i)第一靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 13之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第一效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 19或87之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 b)編碼第二表現抑制子的第二區域,該第二表現抑制子包含: i)第二靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 169之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第二效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 18之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 164.  一種核酸,其編碼用於減少MYC表現的系統,該核酸包含: a)編碼第一表現抑制子的第一區域,該第一表現抑制子包含: i)第一靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 13之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第一效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 19或87之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 b)編碼第二表現抑制子的第二區域,該第二表現抑制子包含: i)第二靶向部分,其具有根據SEQ ID NO: 171之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,及 ii)第二效應部分,其具有根據SEQ ID NO: 18之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 165.  如實施例163或164之核酸,其中該第一區域在該第二區域之5'。 166.  如實施例163或164之核酸,其中該第一區域在該第二區域之3'。 167.  如實施例163-166中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第一核定位信號,例如SV40 NLS,例如根據SEQ ID NO: 135之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第一靶向部分之N端。 168.  如實施例163-167中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第二核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第一效應部分之C端。 169.  如實施例163-168中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第一核定位信號,例如SV40 NLS,例如根據SEQ ID NO: 135之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第二靶向部分之N端。 170.  如實施例163-169中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:第二核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,例如該NLS位於該第二效應部分之C端。 171.  如實施例163-170中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:位於第一靶向部分與第一效應部分之間的第一連接子,其中視情況第一連接子具有根據SEQ ID NO: 137之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 172.  如實施例163-171中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:位於第二靶向部分與第二效應部分之間的第二連接子,其中視情況第二連接子具有根據SEQ ID NO: 138之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 173.  如實施例163-171中任一項之核酸,其中第一區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:該第一效應部分之胺基酸序列C端,例如具有至多30、25、20或18個胺基酸之序列,例如根據SEQ ID NO: 126之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 174.  如實施例163-173中任一項之核酸,其中第二區域進一步包含編碼以下的核苷酸序列:該第二靶向部分之胺基酸序列N端,例如具有至多30、25、20或18個胺基酸,或一胺基酸P之序列。 175.  如實施例163-174中任一項之核酸,其中第一表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 176.  如實施例144-175中任一項之核酸,其中第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 177或183之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 177.  如實施例144-176中任一項之核酸,其中第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 179或185之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 178.  如實施例144-177中任一項之核酸,其中第一表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列,且第二表現抑制子具有根據SEQ ID NO: 24、141、177、179、183或185之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性的序列。 179.  如實施例144-178中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一靶向部分的核苷酸序列,其中編碼第一靶向部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 46或131之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 180.  如實施例144-179中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一效應部分的核苷酸序列,其中編碼第一效應部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 52或132之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 181.  如實施例144-180中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 173之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 182.  如實施例144-181中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 175之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 183.  如實施例144-182中任一項之核酸,其中第二區域包含編碼第二效應部分的核苷酸序列,其中編碼第二效應部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 51之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 184.  如實施例144-183中任一項之核酸,其中第一區域包含根據SEQ ID NO: 63或130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 185.  如實施例144-184中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 189之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 186.  如實施例144-185中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 194之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,其中聚腺苷酸序列視情況選用。 187.  如實施例144-186中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一效應部分的核苷酸序列,其中編碼第一效應部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 52或132之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 188.  如實施例144-187中任一項之核酸,其中第一區域包含編碼第一靶向部分的核苷酸序列,其中編碼第一靶向部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 46或131之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 189.  如實施例144-188中任一項之核酸,其中第二區域包含編碼第二效應部分的核苷酸序列,其中編碼第二效應部分的核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 51之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 190.  如實施例144-189中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 189之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 191.  如實施例144-190中任一項之核酸,其中第二區域包含根據SEQ ID NO: 194之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 192.  如實施例144-191中任一項之核酸,其具有根據SEQ ID NO: 93、112之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 193.  如實施例144-192中任一項之核酸,其具有根據SEQ ID NO: 196或197之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 194.  如實施例118-193中任一項之系統或核酸,其中該第一表現抑制子包含該第一效應部分。 195.  如實施例118-194中任一項之系統或核酸,其中該第二表現抑制子包含該第二效應部分。 196.  如實施例118-195中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分具有與該第二效應部分不同之胺基酸序列。 197.  如實施例118-196中任一項之系統或核酸,其中第一效應部分為持久效應部分。 198.  如實施例118-125或144-197中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分為短暫效應部分。 199.  如實施例118-198中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分為表觀遺傳修飾部分。 200.  如實施例118-143、163-197或199中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分包含組蛋白甲基轉移酶。 201.  如實施例200之系統或核酸,其中該第一效應部分包含選自以下之蛋白質:SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即G9A)、EHMT1 (亦即GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2或其中任一者之功能變異體或片段,例如其中任一者之SET域。 202.  如實施例118-143、163-197或199中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分包含組蛋白去甲基酶(例如離胺酸去甲基酶)。 203.  如實施例202之系統或核酸,其中該第一效應部分包含選自以下之蛋白質:KDM1A (亦即LSD1)、KDM1B (亦即LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66 (或其中任一者之功能變異體或片段)。 204.  如實施例118-143、163-197或199中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分包含組蛋白脫乙醯基酶。 205.  如實施例204之系統或核酸,其中該第一效應部分包含選自以下之蛋白質:HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9或其中任一者之功能變異體或片段。 206.  如實施例118-197或200中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分包含DNA甲基轉移酶。 207.  如實施例206之系統或核酸,其中該第一效應部分包含選自以下之蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L或其中任一者之功能變異體或片段。 208.  如實施例118-143、160-196或198中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分為轉錄抑制部分,例如包含轉錄抑制子。 209.  如實施例198或199之系統或核酸,其中該第一效應部分包含選自以下之蛋白質:KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能變異體或片段。 210.  如實施例118-209中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分促進該轉錄調節元件或與其近接的序列的表觀遺傳修飾。 211.  如實施例118-210中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分催化該轉錄調節元件或與其近接的序列的表觀遺傳修飾。 212.  如實施例118-125、194或197-211中任一項之系統或核酸,其中該第二表現抑制子不包含效應部分。 213.  如實施例118-212中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分為短暫效應部分。 214.  如實施例118-125或194-211中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分為持久效應部分。 215.  如實施例118-211或214中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分為表觀遺傳修飾部分。 216.  如實施例118-125、194-211或214-215中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分包含組蛋白甲基轉移酶。 217.  如實施例216之系統或核酸,其中該第二效應部分包含選自以下之蛋白質:SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即G9A)、EHMT1 (亦即GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2或其中任一者之功能變異體或片段,例如其中任一者之SET域。 218.  如實施例118-125、194-211或214-215中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分包含組蛋白去甲基酶(例如離胺酸去甲基酶)。 219.  如實施例218之系統或核酸,其中該第二效應部分包含選自以下之蛋白質:KDM1A (亦即LSD1)、KDM1B (亦即LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66 (或其中任一者之功能變異體或片段。 220.  如實施例118-125、194-211或214-215中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分包含組蛋白脫乙醯基酶。 221.  如實施例220之系統或核酸,其中該第二效應部分包含選自以下之蛋白質:HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9或其中任一者之功能變異體或片段。 222.  如實施例118-125、194-211或214-215中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分包含DNA甲基轉移酶。 223.  如實施例222之系統或核酸,其中該第二效應部分包含選自以下之蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L或其中任一者之功能變異體或片段。 224.  如實施例118-211或213中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分為轉錄抑制部分。 225.  如實施例224之系統或核酸,其中該第二效應部分促進該錨定序列或與其近接的序列之表觀遺傳修飾。 226.  如實施例223或224之系統或核酸,其中該第二效應部分結合至一或多種內源性表觀遺傳修飾蛋白或一或多種內源性轉錄修飾蛋白。 227.  如實施例223-226中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分包含KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能變異體或片段。 228.  如實施例118-197、199-207、210-211、213或224-227中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分為持久效應部分,及 該第二效應部分為短暫效應部分。 229.  如實施例228之系統或核酸,其中該第一效應部分為表觀遺傳修飾部分。 230.  如實施例227或228之系統或核酸,其中該第二效應部分為轉錄抑制部分。 231.  如實施例227-230中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含組蛋白甲基轉移酶、組蛋白去甲基酶、組蛋白脫乙醯基酶、DNA甲基轉移酶、其中任一者之功能變異體或片段,或其中任一者之組合,及 該第二效應部分包含轉錄抑制子或其中任一者之功能變異體或片段。 232.  如實施例118-125、194、197、199-207、210-212或229中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含組蛋白甲基轉移酶、組蛋白去甲基酶、組蛋白脫乙醯基酶、DNA甲基轉移酶、其中任一者之功能變異體或片段,或其中任一者之組合,及 該第二表現抑制子不包含第二效應部分。 233.  如實施例118-125、199-207、210-211、213 214或224-231中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即G9A)、EHMT1 (亦即GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2、KDM1A (亦即LSD1)、KDM1B (亦即LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、其中任一者之功能變異體或片段,或其中任一者之組合,及 該第二效應部分包含KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12、其中任一者之功能變異體或片段,或其中任一者之組合。 234.  如實施例118-197、199、206-207、210-211、213、215、224-231或233中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含DNA甲基轉移酶,及 該第二效應部分包含轉錄抑制子。 235.  如實施例118-125、194、197、200、206-207、210-212或232中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含DNA甲基轉移酶,及 該第二表現抑制子不包含第二效應部分。 236.  如實施例118-125、200、206-207、210-235中任一項之系統或核酸,其中該第一效應部分包含MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L或其中任一者之功能變異體或片段。 237.  如實施例118-211、214、224-234或236中任一項之系統或核酸,其中該第二效應部分包含KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能變異體或片段。 238.  如實施例118-211、199、206-207、210-211、213、224-234或236-237中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含MQ1或其中任一者之功能變異體或片段,及 該第二效應子包含KRAB或其中任一者之功能變異體或片段。 239.  如實施例118-125、194、197、199-207或210-212、229、232、235或236中任一項之系統或核酸,其中: 該第一效應部分包含MQ1或其中任一者之功能變異體或片段,及 該第二表現抑制子不包含第二效應部分。 240.  如實施例118-200中任一項之系統或核酸,其中第一表現抑制子包含選自SEQ ID NO: 22-37、129、133、134、139-149、177-180或183-186中之任一者的胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 241.  如實施例118-198、200、206-211、213-216、222-223、236-237或240中任一項之系統或核酸,其中第二表現抑制子包含選自SEQ ID NO: 22-37、129、133、134、139-149、177-180或183-186中之任一者的胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 242.  如實施例118-198、200、206-211、213-216、222-223、236-237或240-241中任一項之系統或核酸,其中第一表現抑制子包含SEQ ID NO: 30、129、133之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,且第二表現抑制子包含SEQ ID NO: 24、134、141、177、179、183或185之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 243.  如實施例118-198、200、206-211、213-216、222-223、236-237或240-242中任一項之系統或核酸,其中第一表現抑制子由以下編碼:SEQ ID NO: 63或130之第一核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,且第二表現抑制子由以下編碼:SEQ ID NO: 57、189或194之第二核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 244.  如實施例118-198、200、206-211、213-216、222-223、236-237或240-243中任一項之系統或核酸,其中第一及第二抑制子由以下編碼:SEQ ID NO: 93、94、112、113、196或197之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 245.  如實施例244之系統或核酸,其包含SEQ ID NO: 91、92、121、122、181、182、187或188之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 246.  如實施例118-197、199、206-207、210-211、213、215、224-231、233-234、236-237或240-244中任一項之系統或核酸,其中: 該第一表現抑制子自N端至C端包含: (i)第一核定位信號,例如SV40 NLS;例如根據SEQ ID NO: 135的序列; (ii)第一靶向部分,例如鋅指結合域,例如ZF9;例如根據SEQ ID NO: 13的序列; (iii)第一效應部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1;例如根據SEQ ID NO: 19或87的序列; (iv)第二核定位信號,例如核質蛋白NLS;例如根據SEQ ID NO: 136的序列; 且該第二表現抑制子自N端至C端包含: (v)第三核定位信號,例如SV40NLS;例如根據SEQ ID NO: 135的序列; (vi)第二靶向部分,例如鋅指結合域,例如ZF3;例如根據SEQ ID NO: 7的序列; (vii)第二效應部分,例如KRAB,例如根據SEQ ID NO: 18的序列;及 (viii)第四核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136的序列。 247.  如實施例118-197、199、206-207、210-211、213、215、224-231、233-234、236-237或240-244中任一項之系統或核酸,其中: 該第一表現抑制子自N端至C端包含: (i)第一核定位信號,例如SV40 NLS;例如根據SEQ ID NO: 135的序列; (ii)第一靶向部分,例如鋅指結合域,例如ZF9;例如根據SEQ ID NO: 13的序列; (iii)第一效應部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1;例如根據SEQ ID NO: 19或87的序列; (iv)第二核定位信號,例如核質蛋白NLS;例如根據SEQ ID NO: 136的序列; 且該第二表現抑制子自N端至C端包含: (v)第三核定位信號,例如SV40NLS;例如根據SEQ ID NO: 135的序列; (vi)第二靶向部分,例如鋅指結合域,例如ZF54;例如根據SEQ ID NO: 169的序列; (vii)第二效應部分,例如KRAB,例如根據SEQ ID NO: 18的序列;及 (viii)第四核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136的序列。 248.  如實施例118-197、199、206-207、210-211、213、215、224-231、233-234、236-237或240-244中任一項之系統或核酸,其中: 該第一表現抑制子自N端至C端包含: (i)第一核定位信號,例如SV40 NLS;例如根據SEQ ID NO: 135的序列; (ii)第一靶向部分,例如鋅指結合域,例如ZF9;例如根據SEQ ID NO: 13的序列; (iii)第一效應部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1;例如根據SEQ ID NO: 19或87的序列; (iv)第二核定位信號,例如核質蛋白NLS;例如根據SEQ ID NO: 136的序列; 且該第二表現抑制子自N端至C端包含: (v)第三核定位信號,例如SV40NLS;例如根據SEQ ID NO: 135的序列; (vi)第二靶向部分,例如鋅指結合域,例如ZF67;例如根據SEQ ID NO: 171的序列; (vii)第二效應部分,例如KRAB,例如根據SEQ ID NO: 18的序列;及 (viii)第四核定位信號,例如核質蛋白NLS,例如根據SEQ ID NO: 136的序列。 249.  如實施例118-248中任一項之系統,其中相較於單獨該第一表現抑制子或單獨該第二表現抑制子,該系統能夠在更大程度上減少MYC之表現。 250.  如實施例128-194或242-249中任一項之系統,其中相較於單獨或組合之SEQ ID: 22、23、25-29、31-37之任一表現抑制子,該系統能夠在更大程度上減少MYC之表現。 251.  如實施例118-250中任一項之系統,其能夠減小例如人類個體或哺乳動物模型中之腫瘤體積。 252.  如實施例128-193或242-251中任一項之系統,其中該系統能夠在例如哺乳動物模型中,例如當在開始治療之後第20天量測時,與化學治療劑相比類似或更大程度地減小腫瘤體積,例如其中表現抑制子例如在經PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例15中所描述之模型系統中以3 mg/kg之劑量每5天投與。 253.  如實施例128-193或242-252中任一項之系統,其中該系統能夠在例如哺乳動物模型中,例如當在開始治療之後第15天量測時,與化學治療劑相比更大程度地減小腫瘤體積,例如其中表現抑制子例如在PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例14中所描述之模型系統中以6 mg/kg之劑量每5天投與。 254.  如實施例128-193或242-253中任一項之系統,其中例如在開始治療之後第20天,與用PBS治療之對照組相比,腫瘤體積減小至少約10%、20%、30%、40%、50%或60%。 255.  如實施例254之系統,其中化學治療劑為索拉非尼或順鉑。 256.  如實施例128-193或242-253中任一項之系統,其中該系統能夠與小分子MYC抑制劑相比類似或更大程度地減小腫瘤體積。 257.  如實施例256之系統,其中該小分子MYC抑制劑為MYCi975,其中例如在開始治療之後第20天,與用MYCi975治療之對照組相比,視情況腫瘤體積減小至少約10%、20%、30%或40%。 258.  如實施例118-257中任一項之系統,其與治療開始時相比不引起體重降低,或引起的體重降低小於3%、2%或1%。 259.  如實施例118-258中任一項之系統或核酸,其中該第一靶向部分選自TAL效應域、CRISPR/Cas域、鋅指域、tetR域、巨核酸酶或寡核苷酸。 260.  如實施例118-259中任一項之系統或核酸,其中該第二靶向部分選自TAL效應域、CRISPR/Cas域、鋅指域、tetR域、巨核酸酶或寡核苷酸。 261.  如實施例118-260中任一項之系統或核酸,其中該第一靶向部分包含CRISPR/Cas域(例如第一CRISPR/Cas域)。 262.  如實施例118-261中任一項之系統或核酸,其中該第二靶向部分包含第二CRISPR/Cas域(例如第二CRISPR/Cas域)。 263.  如實施例262之系統或核酸,其中:i)該第一CRISPR/Cas域結合第一嚮導RNA,ii)該第二CRISPR/Cas域結合第二嚮導RNA,或iii) (i)及(ii)兩者。 264.  如實施例262或263之系統或核酸,其中該第一CRISPR/Cas域不結合該第二嚮導RNA或以至少10、20、50、100、1000或10,000 nM之K D與其結合,且該第二CRISPR/Cas域不結合該第一嚮導RNA或以至少10、20、50、100、1000或10,000 nM之K D與其結合。 265.  如實施例260-264中任一項之系統或核酸,其中該第一CRISPR/Cas域包含與該第二CRISPR/Cas域不同之胺基酸序列。 266.  如實施例260-265中任一項之系統或核酸,其中第一或第二CRISPR/Cas域包含選自表1之Cas蛋白質或Cpf1蛋白質或其中任一者之變異體(例如突變體)的胺基酸序列。 267.  如實施例260-266中任一項之系統或核酸,其中該第一CRISPR/Cas域包含選自表1之Cas蛋白質或Cpf1蛋白質或其中任一者之變異體(例如突變體)之胺基酸序列,且該第二CRISPR/Cas域包含選自表1之不同Cas蛋白質或Cpf1蛋白質或其中任一者之變異體(例如突變體)之胺基酸序列。 268.  如實施例118-260中任一項之系統或核酸,其中該第一靶向部分包含鋅指域(例如,第一鋅指域)。 269.  如實施例118-260或268中任一項之系統或核酸,其中該第二靶向部分包含鋅指域(例如第二鋅指域)。 270.  如實施例118-261或268-269中任一項之系統或核酸,其中該第一靶向部分包含第一鋅指域,且該第二靶向部分包含第二鋅指域。 271.  如實施例268-270中任一項之系統或核酸,其中該第一鋅指域及該第二鋅指域結合相同基因體基因座,例如具有相同胺基酸序列。 272.  如實施例268-271中任一項之系統或核酸,其中該第一鋅指域及該第二鋅指域具有不同胺基酸序列或結合不同基因體基因座。 273.  如實施例118-261或267-272中任一項之系統或核酸,其中該第一鋅指分子包含至少1、2、3、4、5、7、8、9或10個鋅指(且視情況不超過11、10、9、8、7、6或5個鋅指)。 274.  如實施例267-273中任一項之系統或核酸,其中第一鋅指分子包含1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9或9-10個鋅指。 275.  如實施例268-274中任一項之系統或核酸,其中該第一鋅指域包含3或9個鋅指。 276.  如實施例268-275中任一項之系統或核酸,其中該第二鋅指域包含至少1、2、3、4、5、7、8、9或10個鋅指(且視情況不超過11、10、9、8、7、6或5個鋅指)。 277.  如實施例268-276中任一項之系統或核酸,其中第二鋅指域包含1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9或9-10個鋅指。 278.  如實施例268-277中任一項之系統或核酸,其中該第二鋅指域包含3或9個鋅指。 279.  如實施例118-278中任一項之系統或核酸,其中第一靶向部分包含TAL效應域(例如第一TAL效應域)。 280.  如實施例118-260或279中任一項之系統或核酸,其中第二靶向部分包含TAL效應域(例如第二TAL效應域)。 281.  如實施例279或280中任一項之系統或核酸,其中第一TAL效應域包含至少2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38或40個中心重複序列(且視情況不超過45、40、35、30、25、20、15或10個中心重複序列)。 282.  如實施例279-281中任一項之系統或核酸,其中第一TAL效應域包含2-40、5-40、10-40、15-40、20-40、25-40、30-40、35-40、2-35、5-35、10-35、15-35、20-35、25-35、30-35、2-30、5-30、10-30、15-30、20-30、25-30、2-25、5-25、10-25、15-25、20-25、2-20、5-20、10-20、15-20、2-15、5-15、10-15、2-10、5-10或2-5個中心重複序列。 283.  如實施例279-282中任一項之系統或核酸,其中第二TAL效應域包含至少2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38或40個中心重複序列(且視情況不超過45、40、35、30、25、20、15或10個中心重複序列)。 284.  如實施例279-283中任一項之系統或核酸,其中第二TAL效應域包含2-40、5-40、10-40、15-40、20-40、25-40、30-40、35-40、2-35、5-35、10-35、15-35、20-35、25-35、30-35、2-30、5-30、10-30、15-30、20-30、25-30、2-25、5-25、10-25、15-25、20-25、2-20、5-20、10-20、15-20、2-15、5-15、10-15、2-10、5-10或2-5個中心重複序列。 285.  如實施例118-284中任一項之系統或核酸,其中該第一靶向部分包含核酸(例如,第一核酸)。 286.  如實施例129-285中任一項之系統,其中該第二靶向部分包含核酸(例如第二核酸)。 287.  如實施例129-286中任一項之系統或核酸,其中該第一靶向部分包含多肽(例如第一多肽)。 288.  如實施例129-287中任一項之系統或核酸,其中該第二靶向部分包含多肽(例如第二多肽)。 289.  如實施例287或288之系統,其中該核酸共價連接至該多肽。 290.  如實施例288或289之系統,其中該核酸與該多肽非共價結合。 291.  如實施例275-290中任一項之系統或核酸,其中該核酸包含與轉錄調節元件或與其近接的序列互補,或相對於轉錄調節元件或與其近接的序列包含不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個錯配之序列。 292.  如實施例275-291中任一項之系統或核酸,其中該核酸包含與錨定序列或與其近接的序列互補,或相對於錨定序列或與其近接的序列包含不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個錯配之序列。 293.  如實施例275-292中任一項之系統,其中該核酸包含DNA、肽核酸(PNA)、肽-寡核苷酸結合物、鎖核酸(LNA)、橋接核酸(BNA)、聚醯胺、三螺旋體形成寡核苷酸、反義寡核苷酸、tRNA、mRNA、rRNA、miRNA、gRNA、siRNA或其他RNAi分子。 294.  如實施例275-293中任一項之系統,其中該核酸包含gRNA。 295.  如實施例275-294中任一項之系統,其中核酸包含與SEQ ID NO: 1-4中之任一者具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個位置之差異之序列。 296.  如實施例275-295中任一項之系統,其中第一核酸包含與SEQ ID NO: 1-4中之任一者具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個位置之差異之序列,且第二核酸包含與SEQ ID NO: 1-4中之任一者具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個位置之差異之序列。 297.  如實施例275-295中任一項之系統,其中第一核酸包含與SEQ ID NO: 96-110中之任一者具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個位置之差異之序列,且第二核酸包含與SEQ ID NO: 96-110中之任一者具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個位置之差異之序列。 298.  如實施例118-297中任一項之系統,其中該轉錄調節元件包含啟動子。 299.  如實施例118-298中任一項之系統,其中該轉錄調節元件包含強化子;例如超級強化子。 300.  如實施例118-299中任一項之系統,其中該錨定序列包含CTCF結合模體。 301.  如實施例118-300中任一項之系統,其中該錨定序列包含YY1結合模體。 302.  如實施例118-301中任一項之系統,其中該錨定序列包含SEQ ID NO: 71或72之序列,或相對於其具有不超過8、7、6、5、4、3、2或1個改變之序列。 303.  如實施例118-302中任一項之系統,其中該錨定序列包含CCGCCATNTT (例如YY1結合模體)或AANATGGCGG (例如呈相反定向之YY1結合模體)序列,或相對於其具有不超過8、7、6、5、4、3、2或1個改變之序列。 304.  如實施例118-303中任一項之系統,其中該錨定序列在與MYC基因相同之染色體上。 305.  如實施例118-304中任一項之系統,其中該錨定序列位於MYC基因上游(例如在TSS上游或在啟動子上游)。 306.  如實施例118-305中任一項之系統,其中該錨定序列與MYC基因(例如與MYC基因之TSS或啟動子)相距至少1、5、10、50、100或1000千鹼基。 307.  如實施例118-306中任一項之系統,其中該錨定序列與MYC基因(例如與MYC基因之TSS或啟動子)相距0.1至0.5、0.1至1、0.1至5、0.1至10、0.1至50、0.1至100、0.1至500、0.1至1000、0.5至1、0.5至5、0.5至10、0.5至50、0.5至100、0.5至500、0.5至1000、1至5、1至10、1至50、1至100、1至500、1至1000、5至10、5至50、5至100、5至500、5至1000、10至50、10至100、10至500、10至1000、50至100、50至500、50至1000、100至500、100至1000或500至1000千鹼基。 308.  如實施例118-303或305-307中任一項之系統,其中該錨定序列在與MYC基因不同之染色體上。 309.  如實施例118-308中任一項之系統,其中第二靶向部分以足以與內源多肽(例如CTCF或YY1)競爭結合的親和力結合錨定序列或與錨定序列近接的序列。 310.  如實施例118-309中任一項之系統,其中第一靶向部分結合以下染色體座標的序列或與其近接的序列:128746342-128746364、128746321-128746343或128746525-128746547。 311.  如實施例118-309中任一項之系統,其中第一靶向部分結合以下染色體座標的序列或與其近接的序列:128746405-128746425、128748069-128748089、129188825-129188845或129188822-129188842。 312.  如實施例118-311中任一項之系統,其中第二靶向部分結合染色體座標128748014-128748036的序列或與其近接的序列。 313.  如實施例118-311中任一項之系統,其中第二靶向部分結合以下染色體座標的序列或與其近接的序列:128746405-128746425、128748069-128748089、129188825-129188845或129188822-129188842。 314.  如實施例118-313中任一項之系統,其中該第一表現抑制子為融合分子。 315.  如實施例118-314中任一項之系統,其中該第二表現抑制子為融合分子。 316.  如實施例118-315中任一項之系統,其中該第一表現抑制子包含連接子。 317.  如實施例118-316中任一項之系統,其中該第二表現抑制子包含連接子。 318.  如實施例118-267或285-317中任一項之系統,其中: 第一表現抑制子包含:靶向部分,其包含第一CRISPR/Cas分子,例如包含無催化活性的第一CRISPR/Cas蛋白質;及效應部分,其包含表觀遺傳修飾部分;及 第二表現抑制子包含:靶向部分,其包含第二CRISPR/Cas分子,例如包含無催化活性的第二CRISPR/Cas蛋白質;及視情況選用之效應部分,其包含轉錄抑制子。 319.  如實施例118-260、268-278或285-317中任一項之系統,其中: 第一表現抑制子包含:包含第一鋅指域的靶向部分及包含表觀遺傳修飾部分的效應部分;及 第二表現抑制子包含:包含第二鋅指域的靶向部分及視情況選用之包含轉錄抑制子的效應部分。 320.  如實施例118-120、262、268或275-318中任一項之系統,其中: 第一表現抑制子包含:靶向部分,其包含CRISPR/Cas分子,例如包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質;及效應部分,其包含表觀遺傳修飾部分;及 第二表現抑制子包含:包含鋅指域的靶向部分及視情況選用之包含轉錄抑制子的效應部分。 321.  如實施例118-260、268或275-318中任一項之系統,其中: 第一表現抑制子包含:包含鋅指域的靶向部分及包含表觀遺傳修飾部分的效應部分;及 第二表現抑制子包含:靶向部分,其包含CRISPR/Cas域,例如包含無催化活性的CRISPR/Cas蛋白質;及視情況選用之效應部分,其包含轉錄抑制子。 322.  如實施例260、268-278或275-318中任一項之系統,其中鋅指域(例如,第一或第二鋅指域)包含1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9或9-10個鋅指,例如3或9個鋅指。 323.  如實施例322之系統,其中該表觀遺傳修飾部分包含DNA甲基轉移酶。 324.  如實施例118-323中任一項之系統,其中該表觀遺傳修飾部分包含MQ1或其功能變異體或片段。 325.  如實施例118-324中任一項之系統,其中該第二表現抑制子包含:包含轉錄抑制子之效應部分。 326.  如實施例118-323中任一項之系統,其中該轉錄抑制子包含KRAB或其功能變異體或片段。 327.  如實施例118-326中任一項之系統,其中第一表現抑制子包含SEQ ID NO: 28-33或35-37、145-149、151、152中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 328.  如實施例118-327中任一項之系統,其中第二表現抑制子包含SEQ ID NO: 22-27、34、139-144、150、177-180、183-186中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 329.  如實施例118-328中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合減少MYC在細胞中之表現。 330.  如實施例327之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,相比於在無第一表現抑制子存在下之表現,表現減少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 331.  如實施例326或327之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與轉錄調節元件之結合使MYC表現明顯地減少,持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25天或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂之時段。 332.  如實施例329-331中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件之結合在轉染後1、2、3、4、5、6、7、8、10、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80或96小時,使MYC表現明顯地減少。 333.  如實施例328-332中任一項之系統,其中第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合減少MYC在細胞中的表現。 334.  如實施例333之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,相比於在無第二表現抑制子存在下之表現,表現減少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 335.  如實施例333或334之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合使MYC表現明顯地減少,持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25天或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂之時段。 336.  如實施例334-335中任一項之系統,其中第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合在轉染後1、2、3、4、5、6、7、8、10、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80或96小時,使MYC表現明顯地減少。 337.  如實施例329-336中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合減少MYC在細胞中的表現。 338.  如實施例329-337中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合在轉染後1、2、3、4、5、6、7、8、10、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80或96小時,使MYC表現明顯地減少。 339.  如實施例337或338中任一項之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,相比於在無第一及第二表現抑制子存在下之表現,表現減少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 340.  如實施例329-339中任一項之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合使MYC表現明顯地減少,持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12小時,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25天,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂之時段。 341.  如實施例329-340中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合所引起的表現減少大於第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合個別地引起的表現減少。 342.  如實施例341之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合所引起之表現減少,超過個別的第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。 343.  如實施例329-342中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合所引起的表現減少,比起第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合個別地引起的表現減少,保持更長的時間(例如更多的小時數、天數或細胞分裂數)。 344.  如實施例343之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合所引起之表現減少,比起個別的第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合,係1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×更長(例如經小時數、天數或細胞分裂數度量)。 345.  如實施例329-344中任一項之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合使MYC表現明顯地減少,持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12小時,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25天,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂之時段。 346.  如實施例329-345中任一項之系統,其中第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合所引起的表現減少大於第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合個別地引起的表現減少。 347.  如實施例346之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合所引起之表現減少,超過個別的第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。 348.  如實施例329-347中任一項之系統,其中第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合所引起的表現減少,比起第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合個別地引起的表現減少,保持更長的時間(例如更多的小時數、天數或細胞分裂數)。 349.  如實施例348之系統,其中例如藉由QPCR或ELISA所量測,第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合所引起之表現減少,比起個別的第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合,係1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×更長(例如經小時數、天數或細胞分裂數度量)。 350.  如實施例329-349中任一項之系統,其中表現無限地明顯減少(例如,持續大於可以實驗方式量測的時段)。 351.  如實施例329-350中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合使包含轉錄調節元件或與其近接之序列的細胞存活率降低。 352.  如實施例329-351中任一項之系統,其中複數個細胞與第一表現抑制子或編碼第一表現抑制子的核酸接觸使該複數個細胞的存活率降低,視情況其中複數個細胞包含癌細胞及非癌細胞及/或感染細胞及未感染細胞。 353.  如實施例352之系統,其中例如藉由CellTiter Glo所量測,相較於在無第一表現抑制子存在下之存活率,存活率降低10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 354.  如實施例329-353中任一項之系統,其中,投與第一表現抑制子引起至少5%、6%、7%、8%、9%、10%、12%、15%、17%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、75%目標細胞(例如癌細胞)之細胞凋亡。 355.  如實施例329-354中任一項之系統,其中第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合使包含錨定序列或與其近接之序列的細胞存活率降低。 356.  如實施例329-355中任一項之系統,其中使複數個細胞與第二表現抑制子或編碼第二表現抑制子之核酸接觸降低了該複數個細胞之存活率。 357.  如實施例329-356中任一項之系統,其中第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合使包含轉錄調節元件或與其近接之序列的細胞存活率降低。 358.  如實施例329-357中任一項之系統,其中複數個細胞與第二表現抑制子或編碼第一表現抑制子的核酸接觸使該複數個細胞的存活率降低,視情況其中複數個細胞包含癌細胞及非癌細胞及/或感染細胞及未感染細胞。 359.  如實施例358之系統,其中例如藉由CellTiter Glo所量測,相較於在無第二表現抑制子存在下之存活率,存活率降低10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 360.  如實施例329-359中任一項之系統,其中,投與第二表現抑制子引起至少5%、6%、7%、8%、9%、10%、12%、15%、17%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、75%目標細胞(例如癌細胞)之細胞凋亡。 361.  如實施例329-360中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合使包含錨定序列或與其近接之序列之細胞的存活率降低。 362.  如實施例329-361中任一項之系統,其中第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合使細胞存活率降低。 363.  如實施例329-362中任一項之系統,其中使複數個細胞與系統或編碼該系統之核酸接觸降低了該複數個細胞之存活率。 364.  如實施例329-363之系統,其中例如藉由CellTiter Glo所量測,相較於在無系統存在下之存活率,存活率降低10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。 365.  如實施例329-364中任一項之系統,其中第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合所引起的存活率降低大於第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合個別地引起的存活率降低。 366.  如實施例329-365中任一項之系統,其中第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合所引起的存活率降低大於第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合個別地引起的存活率降低。 367.  如實施例366之系統,其中例如藉由CellTiter Glo所量測,第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合所引起之存活率降低,超過個別的第一表現抑制子與轉錄調節元件或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與錨定序列或與其近接的序列之結合1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。 368.  如實施例366或367之系統,其中例如藉由CellTiter Glo所量測,第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合及第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合所引起之存活率降低,超過個別的第一表現抑制子與啟動子或與其近接的序列之結合或第二表現抑制子與超級強化子或與其近接的序列之結合1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。 369.  如實施例329-368中任一項之系統,其中,投與第一表現抑制子及第二表現抑制子引起至少5%、6%、7%、8%、9%、10%、12%、15%、17%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、75%目標細胞(例如癌細胞)之細胞凋亡。 370.  如實施例329-369之系統,其中該複數個細胞包含複數個癌細胞及複數個非癌細胞。 371.  如實施例370之系統,其中使該複數個細胞與系統或編碼系統之核酸接觸引起之複數個癌細胞之存活率降低超過其引起之複數個非癌細胞之存活率降低。 372.  如實施例370或371之系統,其中使該複數個細胞與系統或編碼系統之核酸接觸引起之複數個癌細胞之存活率降低超過其引起之複數個非癌細胞之存活率降低1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。 373.  如前述實施例中任一項之表現抑制子或系統,其例如當根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例29分析時,不降低非癌細胞(例如初代肝細胞)之存活率超過5%、10%、15%或20%。 374.  如實施例373之表現抑制子或系統,其中在細胞與表現抑制子或系統接觸72小時之後分析存活率。 375.  如實施例374之表現抑制子或系統,其中該分析包含使非癌細胞與2.5、2、1.25、1、0.6或0.5 μg/ml表現抑制子或系統接觸。 376.  如實施例352-375中任一項之系統,其在與複數個感染細胞及複數個未感染細胞接觸時,引起之複數個感染細胞之存活率降低超過其引起之複數個未感染細胞之存活率降低及/或引起之複數個癌細胞之存活率降低超過其引起之複數個非癌細胞之存活率降低。 377.  如實施例352-376中任一項之系統,其中該癌症為肝細胞癌(HCC)、纖維板層肝細胞癌(FHCC)、膽管癌、血管肉瘤、繼發性肝癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、腺癌、小細胞肺癌(SCLC)、大細胞(未分化)癌瘤、三陰性乳癌、胃腺癌、子宮內膜癌或胰臟癌。 378.  如實施例352-377中任一項之系統,其中該等癌細胞為肺癌細胞、胃癌細胞、胃腸癌細胞、結腸直腸癌細胞、胰臟癌細胞或肝癌細胞。 379.  如實施例352-378中任一項之系統,其中該等細胞為人類肺上皮細胞或人類肺纖維母細胞。 380.  如實施例352-379中任一項之系統,其中感染為病毒性的。 381.  如實施例380之系統,其中病毒感染為肝炎,例如B型肝炎。 382.  如實施例378-381中任一項之系統,其中感染細胞為人類肝細胞。 383.  如實施例352-382中任一項之系統,其中病毒感染為慢性感染。 384.  一種融合蛋白,其包含: 第一胺基酸區域,其包含編碼如實施例118-383中任一項之系統中之第一表現抑制子的序列;及 第二胺基酸區域,其包含編碼如實施例118-383中任一項之系統中之第二表現抑制子的序列。 385.  如實施例384之融合蛋白,其包含第三胺基酸區域,其中該第三胺基酸區域位於該第一胺基酸區域與該第二胺基酸區域之間。 386.  如實施例385之融合蛋白,其中第三胺基酸區域包含蛋白酶裂解肽序列,例如自裂解肽序列,例如T2A自裂解肽序列,例如根據SEQ ID NO: 120的序列。 387.  如實施例386之融合蛋白,其中第三胺基酸區域包含蛋白酶裂解肽序列,例如自裂解肽序列,例如串聯2A肽序列,例如tPT2A序列,例如根據SEQ ID NO: 124之序列。 388.  如實施例385之融合蛋白,其中該肽序列包含T2A肽序列及P2A肽序列。 389.  如實施例384-388中任一項之融合蛋白,其中: 第一表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列;及 第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 24或142之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列。 390.  如實施例384-388中任一項之融合蛋白,其中: 第一表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列;及 第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 177或183之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列。 391.  如實施例384-388中任一項之融合蛋白,其中: 第一表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 30或129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列;及 第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 179或185之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列。 392.  如實施例384-391中任一項之融合蛋白,其包含SEQ ID NO: 91、92、121或122之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 393.  如實施例384-392中任一項之融合蛋白,其包含SEQ ID NO: 181、182、187或188之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 394.  一種核酸,其包含編碼如實施例118-393中任一項之系統的序列。 395.  一種核酸,其包含編碼如實施例394之系統的序列。 396.  如實施例394或395之核酸,其包含: 第一區域,其包含編碼如實施例118-393中任一項之系統中之第一表現抑制子的序列;及 第二區域,其包含編碼如實施例118-393中任一項之系統中之第二表現抑制子的序列。 397.  如實施例394-396中任一項之核酸,其包含第三區域,其中該第三區域位於該第一區域與該第二區域之間。 398.  如實施例394-397中任一項之核酸,其中第三區域編碼核糖體跳讀序列。 399.  如實施例397或398之核酸,其中第三區域編碼tPT2A肽序列,例如根據SEQ ID NO: 124之序列。 400.  如實施例397-399中任一項之核酸,其中第三區域編碼蛋白酶裂解肽序列,例如自裂解肽序列,例如T2A自裂解肽序列,例如根據SEQ ID NO: 95的序列。 401.  如實施例397-400中任一項之核酸,其中第三區域編碼蛋白酶裂解肽序列,例如自裂解肽序列,例如串聯2A肽序列,例如tPT2A肽序列,例如根據SEQ ID NO: 124之序列。 402.  如實施例394-401中任一項之核酸,其中 第一表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 30、129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列;及 第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 24、142之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列。 403.  如實施例394-401中任一項之核酸,其中 第一表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 30、129之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列;及 第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 177、179、183或185之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列。 404.  如實施例394-403中任一項之核酸,其編碼SEQ ID NO: 91、92、121、122之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 405.  如實施例394-404中任一項之核酸,其編碼SEQ ID NO: 181、182、187、188之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 406.  如實施例394-405中任一項之核酸,其包含SEQ ID NO: 93、94、112或113之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 407.  如實施例394-406中任一項之核酸,其包含SEQ ID NO: 196、197之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 408.  一種核酸,其包含編碼如實施例1-407中任一項之表現抑制子或表現抑制系統的序列。 409.  如實施例394-408中任一項之核酸,其為RNA,例如mRNA。 410.  如實施例394-409中任一項之核酸,其包含N7-甲基化鳥苷,例如連接至RNA之5'端,例如經由逆向5'至5'三磷酸酯鍵聯。 411.  如實施例394-410中任一項之核酸,其包含5' UTR。 412.  如實施例394-411中任一項之核酸,其包含Kozak序列,例如介於5' UTR與編碼表現抑制子的序列之間。 413.  一種系統,其包含: 第一核酸,其包含編碼如實施例118-393中任一項之系統中之第一表現抑制子的序列;及 第二核酸,其包含編碼第二表現抑制子(例如如實施例118-393中任一項之系統中的第二表現抑制子)的序列。 414.  如實施例413之系統,其中第一核酸具有SEQ ID NO: 63、130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,且第二核酸具有SEQ ID NO: 57之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 415.  如實施例414之系統,其中第一核酸具有SEQ ID NO: 63、130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,且第二核酸具有SEQ ID NO: 189或194之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 416.  如實施例415之系統,其中第一核酸具有SEQ ID NO: 189、194之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列,且第二核酸具有SEQ ID NO: 63、130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95或99%一致性的序列,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 417.  如實施例394-416中任一項之核酸或系統,其中該核酸包含mRNA。 418.  一種載體,其包含編碼如前述實施例中任一項之系統或表現抑制子的核酸。 419.  一種脂質奈米粒子,其包含如前述實施例中任一項之系統、核酸、mRNA或載體。 420.  如實施例419之脂質奈米粒子,其包含可離子化脂質,例如陽離子脂質,例如MC3、SSOP。 421.  如實施例419或420之脂質奈米粒子,其進一步包含以下中的一或多者:中性脂質、可離子化含胺脂質、可生物降解之炔烴脂質、類固醇、磷脂、多元不飽和脂質、結構脂質(例如固醇)、PEG、膽固醇,或聚合物結合脂質。 422.  一種反應混合物,其包含如前述實施例中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體或脂質奈米粒子。 423.  如實施例422之反應混合物,其進一步包含細胞。 424.  一種醫藥組合物,其包含如前述實施例中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或反應混合物。 425.  一種減少細胞中之MYC基因表現的方法,該方法包含: 使該細胞(例如癌細胞)與如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、一或多種編碼該系統或表現抑制子之核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物接觸, 藉此減少該細胞中的MYC基因表現。 426.  一種治療有需要個體之癌症的方法,該方法包含: 將如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物投與該個體, 藉此治療該個體之癌症。 427.  一種減少有需要個體之腫瘤生長的方法,該方法包含: 將如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物投與該個體, 藉此減小該個體的腫瘤大小。 428.  如實施例427之方法,其中腫瘤生長的減少包含腫瘤體積相較於治療開始時的腫瘤體積減小。 429.  如實施例428之方法,其中與未經治療之個體相比,該個體中之腫瘤生長減小更大。 430.  一種增強或恢復癌症對激酶抑制劑(例如索拉非尼)敏感性的方法,該方法包含將本文所描述之表現抑制子或系統投與患有該癌症的個體。 431.  如實施例430之方法,其中投與表現抑制子或系統例如在癌細胞存活率分析,例如根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例38之分析中,使激酶抑制劑之IC 50降低10%、20%、30%或40%。 432.  如實施例430或431之方法,其中激酶抑制劑抑制VEGFR、PDGFR或RAF激酶中之一或多者(例如全部)。 433.  一種增加或恢復癌症對溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1之敏感性的方法,該方法包含向患有癌症之個體投與本文所描述之表現抑制子、系統或核酸(例如如實施例1-423中任一項之表現抑制子、系統或核酸),其中視情況投與該表現抑制子或系統例如在癌細胞存活率分析,例如根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例39之分析中,使溴域抑制劑之IC 50降低10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或95%。 434.  如實施例433之方法,其中該溴域抑制劑為或包含JQ1、BET672或必納昔布(birabresib)。 435.  一種增加或恢復癌症對MEK抑制劑,例如曲美替尼(Trametinib)之敏感性的方法,該方法包含向患有癌症之個體投與本文所描述之表現抑制子、系統或核酸(例如如實施例1-423中任一項之表現抑制子、系統或核酸),其中視情況投與該表現抑制子或系統例如在癌細胞存活率分析,例如根據PCT公開案WO/2022/132195中所描述之實例51之分析中,使MEK抑制劑之IC 50降低10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或95%。 436.  如實施例427-435中任一項之方法,其中該個體之腫瘤生長減少大於或類似於該個體用化學治療劑或小分子MYC抑制劑治療時之腫瘤大小減小。 437.  如實施例436之方法,其中化學治療劑為索拉非尼或順鉑。 438.  如實施例437之方法,其中小分子MYC抑制劑為MYCi975。 439.  一種減小有需要個體之腫瘤大小的方法,該方法包含: 將如1-424之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物投與該個體,其中腫瘤大小減小大於或類似於用化學治療劑治療該個體時之腫瘤大小減小。 440.  如439之方法,其中化學治療劑為索拉非尼或順鉑。 441.  如前述實施例中任一項之方法,其中與用化學治療劑或小分子MYC抑制劑治療時相比,個體不經歷任何顯著副作用。 442.  如實施例436-441中任一項之方法,其中化學治療劑為索拉非尼或順鉑。 443.  如實施例442之方法,其中小分子MYC抑制劑為MYCi975。 444.  如實施例426-443中任一項之方法,其中癌症為I期、II期、III期或IV期癌症。 445.  如前述實施例中任一項之方法,其中該個體之體重在治療前及治療後保持大致相同。 446.  如前述實施例中任一項之方法,其中與治療開始時相比,個體不經歷體重降低,或其中個體經歷小於3%、2%或1%之體重降低。 447.  如前述實施例中任一項之方法,其中與治療之前的個體體重相比,個體在治療後不經歷體重降低或增加。 448.  一種治療有需要個體之肝病的方法,該方法包含: 向該個體投與表現抑制子,其中該表現抑制子包含靶向部分,該靶向部分結合MYC基因座(例如MYC轉錄區域、MYC啟動子,或包含MYC基因之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或近接於該錨定序列的序列);及視情況選用之效應部分,例如本文所描述之效應部分; 藉此治療該個體的該肝病。 449.  如實施例448之方法,其進一步包含向該個體投與第二表現抑制子,該第二表現抑制子包含:靶向部分,該靶向部分結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列;及視情況選用之第二效應部分,例如本文所描述之效應部分,例如KRAB; 藉此治療該個體的該肝病。 450.  一種治療有需要個體之肝病的方法,該方法包含: 將如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物投與該個體, 藉此治療該個體的該肝病。 451.  如實施例450之方法,其中該肝病為慢性肝病。 452.  如實施例450或451之方法,其中肝病為病毒性或酒精相關的。 453.  如實施例450-452中任一項之方法,其中該肝病為肝炎或肝細胞癌。 454.  如實施例453之方法,其中肝細胞癌選自HCC亞型S1、HCC亞型S2或HCC亞型S3。 455.  如實施例453或454之方法,其中該肝細胞癌係HCC S1。 456.  如實施例453或454之方法,其中該肝細胞癌係HCC S2。 457.  如實施例450-456中任一項之方法,其中該肝病係由B型肝炎病毒或C型肝炎病毒引起。 458.  一種治療有需要個體之肺病的方法,該方法包含: 向該個體投與表現抑制子,其中該表現抑制子包含靶向部分,該靶向部分結合MYC基因座(例如MYC轉錄區域、MYC啟動子,或包含MYC基因之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或近接於該錨定序列的序列);及視情況選用之效應部分,例如本文所描述之效應部分; 藉此治療該個體之該肺病。 459.  如實施例458之方法,其進一步包含向該個體投與第二表現抑制子,該第二表現抑制子包含:靶向部分,該靶向部分結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座;及視情況選用之第二效應部分,例如本文所描述之效應部分,例如KRAB; 藉此治療該個體之該肺病。 460.  一種治療有需要個體之肺病的方法,該方法包含: 將如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物投與該個體, 藉此治療該個體之該肺病。 461.  如實施例459或460之方法,其中肺病為癌症,例如肺癌,例如肺癌瘤,例如非小細胞肺癌或小細胞肺癌。 462.  如實施例425-461中任一項之方法,其中接觸或投與包含向個體靜脈內投與。 463.  如實施例425-462中任一項之方法,其中接觸或投與包含腫瘤內遞送(例如注射)。 464.  如實施例425-463中任一項之方法,其中癌症之特徵在於MYC表現相對於參考表現量(例如相對於參考細胞之MYC表現,例如個體之在其他方面類似之非癌細胞)增加。 465.  如實施例426-464中任一項之方法,其中該癌症之特徵在於MYC基因之一部分或全部之複製。 466.  如實施例426-465中任一項之方法,其中癌症選自結腸直腸癌、乳癌、AML、前列腺癌、神經母細胞瘤、肺癌、子宮內膜癌、肝癌、淋巴瘤(例如伯基特氏淋巴瘤(Burkitt lymphoma))、子宮頸癌或胃癌。 467.  如實施例426-466中任一項之方法,其中癌症為人類絨毛膜激性腺素(hGG)分泌癌症。 468.  如實施例426-467中任一項之方法,其中該癌症為肝癌。 469.  如實施例426-468中任一項之方法,其中癌症為非反應性癌症,例如非反應性肝癌。 470.  如實施例426-469中任一項之方法,其中該癌症為非小細胞肺癌或小細胞肺癌。 471.  如實施例426-470中任一項之方法,其中癌症過度表現α-胎蛋白(AFP) (例如相對於參考細胞的AFP表現,例如個體之在其他方面類似的非癌細胞)。 472.  如實施例431-471中任一項之方法,其中癌症細胞之特徵在於存在例如包含MYC基因或包含含有MYC基因之錨定序列介導性接合體的超級強化子,其中視情況該癌症選自肝癌、結腸直腸癌、乳癌、AML、前列腺癌、神經母細胞瘤、肺癌或子宮內膜癌。 473.  如實施例471之方法,其中表現抑制子(例如第二表現抑制子)結合包含MYC基因之錨定序列介導性接合體(ASMC)的錨定序列,或結合近接於該錨定序列的序列。 474.  如實施例426-473中任一項之方法,其中癌症細胞之特徵在於不存在包含MYC基因或包含含有MYC基因的錨定序列介導性接合體的超級強化子。 475.  如實施例474之方法,其中表現抑制子(例如第一表現抑制子)結合MYC啟動子。 476.  如實施例426-475中任一項之方法,其中該癌症包含:包含超級強化子的細胞,該超級強化子包含MYC基因或包含含有MYC基因的錨定序列介導性接合體;及不包含超級強化子的細胞,該超級強化子包含MYC基因或包含含有MYC基因的錨定序列介導性接合體。 477.  如實施例426-476中任一項之方法,其中該癌症包含以MYC表現相對於參考表現量(例如相對於參考細胞的MYC表現,例如該個體之在其他方面類似的非癌細胞)增加為特徵的細胞,及不以MYC表現相對於參考表現量(例如相對於參考細胞的MYC表現,例如該個體之在其他方面類似的非癌細胞)增加為特徵,例如具有正常的MYC表現的細胞。 478.  如實施例426-477中任一項之方法,其中將表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物作為單藥療法投與。 479.  如實施例426-478中任一項之方法,其包含向個體投與複數個劑量之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物,例如至少2、3、4、5或6個劑量。 480.  如實施例426-477中任一項之方法,其包含以5天間隔向該個體投與複數個劑量之該表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子或醫藥組合物。 481.  如實施例426-480中任一項之方法,其包含: a)首先向該個體投與第一複數個劑量的本文所描述(例如實施例1-424中任一項)之表現抑制子或系統,其中視情況,在第一複數個劑量中之前一劑量之後的第5天投與第一複數個劑量中的各後續劑量; b)其次,停止投與該表現抑制子或系統一段時間(「藥物假期」),例如約2週,及 c)第三,向該個體投與第二複數個劑量的該表現抑制子或系統,其中視情況,在該第二複數個劑量中之前一劑量之後的第5天,投與該第二複數個劑量中的後續劑量。 482.  如實施例481之方法,其中第一複數個劑量包含4個劑量。 483.  如實施例480或481之方法,其中第二複數個劑量包含2個劑量。 484.  如實施例481-483中任一項之方法,其中個體在該藥物假期期間完全不接受治療劑。 485.  如實施例481-484中任一項之方法,其中該個體在該藥物假期期間接受第二治療劑。 486.  如實施例481-485中任一項之方法,其中該藥物假期為第一複數個劑量中之劑量投與之間的時間的至少兩倍。 487.  如實施例481-486中任一項之方法,其中該藥物假期為第二複數個劑量中之劑量投與之間的時間的至少兩倍。 488.  如實施例426-487中任一項之方法,其中在用表現抑制子或系統治療後腫瘤體積降低至不可偵測之水平。 489.  如實施例426-488中任一項之方法,腫瘤體積在停止用表現抑制子或系統治療之後降低(例如降低至不可偵測水平)。 490.  如實施例425-489中任一項之方法,其中癌症不會變得對表現抑制子或系統具有耐藥性,或在10、20、30、40、50或60天之時段內不會變得對表現抑制子或系統具有耐藥性。 491.  如實施例425-490中任一項之方法,其中癌細胞具有功能性細胞凋亡路徑。 492.  如實施例425-491中任一項之方法,其中癌細胞具有功能性凋亡蛋白酶3。 493.  如實施例492之方法,其中在向個體投與表現抑制子或系統下癌細胞中之凋亡蛋白酶3上調。 494.  如實施例425-493中任一項之方法,其中在向個體投與表現抑制子或系統下癌細胞中之Ki67下調。 495.  如實施例425-494中任一項之方法,其中在向個體投與表現抑制子或系統下癌細胞增殖降低。 496.  如實施例425-495中任一項之方法,其中該方法進一步包含: a. 使該細胞與第二治療劑接觸,或 b. 向該個體投與第二治療劑。 497.  如實施例496之方法,其中該第二治療劑不為結合MYC啟動子之表現抑制子。 498.  如實施例496或497之方法,其中第二治療劑不為如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、融合蛋白、核酸、載體、反應混合物、醫藥組合物或脂質奈米粒子。 499.  如實施例495-497中任一項之方法,其中第二治療劑為如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、融合蛋白、核酸、載體、反應混合物、醫藥組合物或脂質奈米粒子。 500.  如實施例496-498中任一項之方法,其中該第二治療劑為免疫療法、免疫檢查點及抗血管內皮生長因子療法中之一或兩者、全身化學療法、酪胺酸激酶抑制劑(例如索拉非尼)、促分裂原活化蛋白激酶激酶抑制劑(MEK抑制劑) (例如曲美替尼),或溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1或必納昔布。 501.  如實施例496-500中任一項之方法,其中第二治療劑為酪胺酸激酶抑制劑,例如索拉非尼。 502.  如實施例496-500中任一項之方法,其中該第二治療劑為溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1、必納昔布或BET 672。 503.  如實施例496-500中任一項之方法,其中第二治療劑為促分裂原活化蛋白激酶激酶抑制劑(MEK抑制劑),例如曲美替尼。 504.  如實施例496-503中任一項之方法,其中該方法進一步包含向該個體投與額外療法。 505.  如實施例504之方法,其中額外療法包含手術切除正位肝臟移植、射頻消融、光動力學療法(PDT)、雷射療法、近接療法、放射療法、經導管動脈化療栓塞或放射栓塞,或立體定向放射療法。 506.  如實施例496-505中任一項之方法,其中該第二治療劑係選自檢查點抑制劑或小分子。 507.  如實施例496-506中任一項之方法,其中該第二治療劑為化學治療劑,例如激酶抑制劑或溴域抑制劑,例如BET抑制劑。 508.  如實施例506或507之方法,其中第二治療劑係選自索拉非尼、JQ1、BET672、必納昔布或曲美替尼。 509.  如實施例496-507中任一項之方法,其中該表現抑制子、系統或核酸及該第二治療劑係同時投與。 510.  如實施例496-509中任一項之方法,其中該表現抑制子、系統或核酸及該第二治療劑係依序投與。 511.  如實施例504-509中任一項之方法,其中該額外療法同時投與。 512.  如實施例504-510中任一項之方法,其中該額外療法依序投與。 513.  如實施例496-512中任一項之方法,其中第二治療劑係與如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子、醫藥組合物或反應混合物同時投與。 514.  如實施例496-513中任一項之方法,其中第二治療劑係與如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、核酸、載體、脂質奈米粒子、醫藥組合物或反應混合物連續投與。 515.  如實施例496-514中任一項之方法,其中該表現抑制子、系統或核酸係靜脈內投與,且該第二療法係經口投與。 516.  如前述實施例中任一項之方法,其中該癌症為耐藥性或難治性之癌症。 517.  如前述實施例中任一項之方法,其中該癌症對激酶抑制劑(例如抑制VEGFR、PDGFR或RAF激酶中之一或多者的激酶抑制劑,例如索拉非尼)具有耐藥性或難治性。 518.  如前述實施例中任一項之方法,其中個體具有MYC超級強化子之擴增。 519.  一種套組,其包含:包含組合物的容器,該組合物包含如實施例1-424中任一項之表現抑制子、系統、一或多種編碼該系統或表現抑制子的核酸、載體、脂質奈米粒子、反應混合物或醫藥組合物;及一組說明書,其包含至少一種使用該組合物調節(例如減少)細胞內之MYC基因表現的方法。 520.  一種治療有需要個體之癌症的方法,該方法包含向該個體投與: (1)如實施例1-117或373-375中任一項之表現抑制子、如實施例118-142、194-383、413-417中任一項之系統、如實施例384-393中任一項之融合蛋白或編碼其之核酸(例如RNA,例如mRNA)、或如實施例143-248、259-288、291、292、394-412或417中任一項之核酸、如實施例418之載體、如實施例419-421中任一項之脂質奈米粒子或如實施例422或423之反應混合物;及 (2)免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)。 521.  一種治療有需要個體之癌症的方法,該方法包含向該個體投與: (1)編碼表現抑制子之核酸(例如RNA,例如mRNA),其中該表現抑制子包含: (a)     結合MYC基因座之靶向部分,及 (b)    視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC表現;及 (2)免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)。 522.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子、抗Tim3抗體分子及抗KIR抗體分子或抗BTLA抗體分子。 523.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-1抗體分子。 524.  如實施例523之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含表18之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 525.  如實施例523或524之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含重鏈可變區之抗體分子,該重鏈可變區包含: i)表18中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 208、211、214或217; ii)相對於表18中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 208、211、214或217,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表18中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 208、211、214或217,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 526.  如實施例523-525中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表18中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 209、212、215或218; ii)相對於表18中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 209、212、215或218,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表18中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 209、212、215或218,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 527.  如實施例523-526中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之測米匹單抗(cemiplimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 528.  如實施例523-526中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之多塔利單抗(dostarlimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 529.  如實施例523-526中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之納武單抗(nivolumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 530.  如實施例523-526中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之派立珠單抗(pembrolizumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 531.  如實施例523-526中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含表19或表20之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 532.  如實施例523之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含根據Kabat或Chothia之MIH4之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3的抗體分子。 533.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-L1抗體分子。 534.  如實施例533之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含表21或表22之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 535.  如實施例533或534之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表21中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 238、241或244; ii)相對於表21中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 238、241或244,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表21中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 238、241或244,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 536.  如實施例533-535中任一項之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表21中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 239、242或245; ii)相對於表21中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 239、242或245,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表21中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 239、242或245,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 537.  如實施例533之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之mAb 10F.9G2之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 538.  如實施例533之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之阿特珠單抗(atezolizumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3,例如表22之序列之CDR。 539.  如實施例533或538之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含:包含胺基酸序列GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 259)之HC CDR1、包含胺基酸序列AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 260)之HC CDR2及包含胺基酸序列RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 261)之HC CDR3;及/或包含胺基酸序列RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 262)之LC CDR1、包含胺基酸序列SASFLYS (SEQ ID NO: 263)之LC CDR2及包含胺基酸序列QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 264)之LC CDR3。 540.  如實施例533之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之阿維魯單抗(avelumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 541.  如實施例533之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之度伐魯單抗(durvalumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 542.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子。 543.  如實施例542之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含表23之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 544.  如實施例542或543之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表23中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 247; ii)相對於表23中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 247,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表23中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 247,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 545.  如實施例542-544中任一項之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表23中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 248; ii)相對於表23中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 248,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表23中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 248,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 546.  如實施例543之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含根據Kabat或Chothia之伊匹單抗(ipilimumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 547.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗LAG3抗體分子。 548.  如實施例547之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含表24之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 549.  如實施例547或548之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表24中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 250或280; ii)相對於表24中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 250或280,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表24中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 250或280,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 550.  如實施例547-549中任一項之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表24中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 251或281; ii)相對於表24中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 251或281,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表24中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 251或281,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 551.  如實施例547之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據Kabat或Chothia之瑞拉利單抗(relatlimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 552.  如實施例547之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據表25之瑞拉利單抗之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 553.  如實施例547之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據Kabat或Chothia之法澤利單抗(favezelimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 554.  如實施例548之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據表25之法澤利單抗之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 555.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-L2抗體分子。 556.  如實施例555之方法,其中該抗PD-L2抗體分子包含根據Kabat或Chothia之rHIgM12B7之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 557.  如實施例555或556之方法,其中該抗PD-L2抗體分子與包含根據Kabat或Chothia之rHIgM12B7之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3的抗體分子競爭結合PD-L2。 558.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗Tim3抗體分子。 559.  如實施例558之方法,其中該抗Tim3抗體分子包含根據Kabat或Chothia之MBG 453之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 560.  如實施例558或559之方法,其中該抗Tim3抗體分子與包含根據Kabat或Chothia之MBG453之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3的抗體分子競爭結合Tim3。 561.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗殺手IgG樣受體(KIR)抗體分子。 562.  如實施例561之方法,其中該抗KIR抗體分子包含表26之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 563.  如實施例561或562之方法,其中該抗KIR抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表26中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 277或279; ii)相對於表26中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 277或279,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表26中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 277或279,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 564.  如實施例561或562中任一項之方法,其中該抗KIR抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表26中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 278或279; ii)相對於表26中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 278或279,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表26中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 278或279,具有至少95%一致性的胺基酸序列。 565.  如實施例561之方法,其中該抗KIR抗體分子包含根據Kabat或Chothia之利瑞魯單抗(lirilumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 566.  如實施例561之方法,其中該抗KIR抗體分子與包含根據Kabat或Chothia之利瑞魯單抗之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3的抗體分子競爭結合BTLA。 567.  如實施例521之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗BTLA抗體分子。 568.  如實施例567之方法,其中該抗BTLA抗體分子包含根據Kabat或Chothia之TAB004之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。 569.  如實施例567或568之方法,其中該抗BTLA抗體分子與包含根據Kabat或Chothia之TAB004之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3的抗體分子競爭結合BTLA。 570.  如實施例567-569中任一項之方法,其中該抗BTLA抗體分子與揭示於美國專利8,518,405或9,845,362中之抗體分子競爭結合BTLA。 571.  如實施例521-570中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑抗體分子係藉由注射(例如皮下或靜脈內)投與。 572.  如實施例521-571中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑抗體分子係以約1 mg/kg至30 mg/kg或約100 mg至約2000 mg之劑量投與,例如每1、2、3、4、5、6或7週投與。 573.  如實施例521、522、533-536、538、571或572中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含阿特珠單抗之抗體分子,且以靜脈內輸注形式(例如,歷經30分鐘或歷經60分鐘)每2週投與(例如,以840 mg)。 574.  如實施例521、522、533-536、538、539、571或572中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含阿特珠單抗之抗體分子,且以靜脈內輸注形式(例如,歷經30分鐘或歷經60分鐘)每3週投與(例如,以1200 mg)。 575.  如實施例521、522、533-536、538、539、571或572中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含阿特珠單抗之抗體分子,且以靜脈內輸注形式(例如,歷經30分鐘或歷經60分鐘)每4週投與(例如,以1680 mg)。 576.  如實施例521-575中任一項之方法,其中在投與之後,該個體中之腫瘤體積減小。 577.  如實施例521-576中任一項之方法,其中在投與之後,該個體中之MYC mRNA含量減少。 578.  如實施例521-577中任一項之方法,其中在投與之後,該個體中之表面PD-L1蛋白質含量減少。 579.  如實施例521-578中任一項之方法,其中該靶向部分結合MYC啟動子。 580.  如實施例521-579中任一項之方法,其中該靶向部分結合包含以下中之任一者之序列中之至少16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座:SEQ ID NO: 83、2、3、75-86、97-107、109、110、190-192或199-202。 581.  如實施例521-580中任一項之方法,其中該癌症為肝細胞癌(HCC)、纖維板層肝細胞癌(FHCC)、膽管癌、血管肉瘤或繼發性肝癌。 582.  如實施例521-581中任一項之方法,其中該核酸包含RNA,例如mRNA。 583.  如實施例521-582中任一項之方法,其中: 該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83之序列中之至少16、17、18、19或20個核苷酸的基因體基因座,及 該表現抑制子包含該第一效應部分,其中該效應部分包含DNA甲基轉移酶。 584. 如實施例583之方法,其中該靶向部分包含鋅指域。 585. 如實施例583或584之方法,其中該靶向部分包含根據SEQ ID NO: 13之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 586. 如實施例583或584中任一項之方法,其中該效應部分包含MQ1或其功能變異體或片段。 587. 如實施例583-586中任一項之方法,其中該效應部分包含SEQ ID NO: 19或87之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 588. 如實施例583-587中任一項之方法,其中該效應部分包含SEQ ID NO: 129之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 589. 如實施例583-588中任一項之方法,其中該RNA包含編碼該靶向部分之核苷酸序列,其中編碼該靶向部分之該核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 131之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 590. 如實施例583-589中任一項之方法,其中該RNA包含編碼該效應部分之核苷酸序列,其中編碼該效應部分之該核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 132之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 591. 如實施例583-589中任一項之方法,其中該RNA包含根據SEQ ID NO: 130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 592.  如實施例583-591中任一項之方法,其中該RNA進一步編碼第二表現抑制子,其中該第二表現抑制子包含: 結合第二基因體基因座之第二靶向部分,及 第二效應部分。 593. 如實施例592之方法,其中該第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 77之序列之至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之第二基因體基因座。 594.  如實施例592或593之方法,其中該第二靶向部分包含鋅指域。 595. 如實施例592-594中任一項之方法,其中該第二靶向部分包含根據SEQ ID NO: 7之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 596. 如實施例592-595中任一項之方法,其中該第二效應部分包含KRAB或其功能變異體或片段。 597. 如實施例592-596中任一項之方法,其中該第二效應部分包含根據SEQ ID NO: 18之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 598. 如實施例592-597中任一項之方法,其中該第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 24之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 599. 如實施例592-598中任一項之方法,其中該RNA包含根據SEQ ID NO: 113之核苷酸序列。 600.  如實施例521-599中任一項之方法,其中該核酸調配於脂質奈米粒子(LNP)中,其中視情況該核酸囊封在該等LNP內部。 601.  如實施例521-600中任一項之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)以IV輸注形式投與,例如歷經80至120分鐘投與,例如每2週投與。 602.  如實施例521-601中任一項之方法,其中該核酸以約0.001 mg/kg至1.5 mg/kg或約0.002 mg/kg至1.5 mg/kg之劑量投與,例如每1、2、3、4、5、6或7週投與。 603.  如實施例521-602中任一項之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)及該檢查點抑制劑多肽係在不同天投與。 604.  如實施例521-603中任一項之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)及該檢查點抑制劑多肽係在同一天投與。 605.  如實施例604之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)係在該檢查點抑制劑多肽投與之前投與。 606.  如實施例604或605之方法,其中該檢查點抑制劑多肽在完成投與編碼表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)後1至24小時之間投與。 607.  如前述實施例中任一項之方法,其相比於單獨投與該免疫檢查點抑制劑多肽,使得腫瘤浸潤Treg細胞減少(例如減少約10%、20%、30%、40%或50%)。 608.  如前述實施例中任一項之方法,其相比於單獨投與該免疫檢查點抑制劑多肽,使得腫瘤中之CD3+CD4+CD25+CD127Lo細胞減少(例如減少約10%、20%、30%、40%或50%)。 609.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,未引起腫瘤浸潤Treg細胞增加。 610.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,未引起腫瘤中之CD3+CD4+CD25+CD127Lo細胞增加。 611.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,引起腫瘤浸潤T細胞增加。 612.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,引起腫瘤中之CD45+CD3+細胞增加。 613.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,引起腫瘤浸潤CD8+ T細胞增加。 614.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,引起腫瘤中之CD45+CD3+CD8+細胞增加。 615.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,引起活化腫瘤浸潤CD8+ T細胞增加。 616.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的含量,引起腫瘤中之CD45+CD3+CD8+CD69+細胞增加。 617.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的比率,引起腫瘤浸潤CD8+ T細胞相對於腫瘤浸潤Treg細胞之比率增加。 618.  如前述實施例中任一項之方法,其相對於投與之前的比率,引起活化腫瘤浸潤CD8+ T細胞相對於腫瘤浸潤Treg細胞之比率增加。 619.  如前述實施例中任一項之方法,其引起例如持續至少10、20、30、40、50、60或70天之完全緩解。 620.  如實施例619之方法,其中該個體在完全緩解時段期間未接受編碼該表現抑制子之該核酸或該免疫檢查點抑制劑多肽中之一或兩者。
定義 ( a / an ) 、該 ( the ) :如本文所用,除非上下文另外明確規定,否則單數形式「一」及「該」包括複數個提及物。
藥劑 :如本文所用,術語「藥劑」可用於指任何化學類別的化合物或實體,包括例如多肽、核酸、醣、脂質、小分子、金屬,或其組合或複合物。如熟習此項技術者自上下文將顯而易知,在一些實施例中,該術語可用於指一種實體,該實體為或包含細胞或生物體,或其部分、萃取物或組分。替代地或另外,如熟習此項技術者根據上下文將瞭解,在一些實施例中,該術語可用於指在自然中發現且/或從自然獲得的天然產物。在一些實施例中,再次如熟習此項技術者根據上下文將瞭解,該術語可用於指一或多種人造實體,其經設計、工程改造且/或經由人類手工操作來產生且/或在自然中未發現。在一些實施例中,藥劑可以分離或純形式使用;在一些實施例中,藥劑可以粗物質形式使用。在一些實施例中,有潛力的藥劑可以集合或庫形式,例如可經篩選以鑑別或表徵其內之活性劑之形式提供。在一些實施例中,術語「藥劑」可指為或包含聚合物的化合物或實體;在一些實施例中,該術語可指包含一或多種聚合物部分的化合物或實體。在一些實施例中,術語「藥劑」可指不為聚合物及/或實質上不含任何聚合物及/或實質上不含一或多種特定聚合部分之化合物或實體。在一些實施例中,該術語可指缺乏或實質上不含任何聚合部分之化合物或實體。
錨定序列 :如本文所用,術語「錨定序列」係指被成核劑識別的核酸序列,該成核劑充分結合以形成錨定序列介導性接合體,例如複合物。在一些實施例中,錨定序列包含一或多個CTCF結合模體。在一些實施例中,錨定序列不位於基因編碼區內。在一些實施例中,錨定序列位於基因間區域內。在一些實施例中,錨定序列不位於強化子或啟動子內。在一些實施例中,錨定序列位於距任何轉錄起始位點至少400 bp、至少450 bp、至少500 bp、至少550 bp、至少600 bp、至少650 bp、至少700 bp、至少750 bp、至少800 bp、至少850 bp、至少900 bp、至少950 bp或至少1 kb處。在一些實施例中,錨定序列位於與基因體印跡、單對偶基因表現及/或單對偶基因表觀遺傳標記不相關的區域內。在一些實施例中,錨定序列具有一或多種選自以下的功能,結合內源成核多肽(例如CTCF)、與第二錨定序列相互作用以形成錨定序列介導性接合體,或隔絕錨定序列介導性接合體外部的強化子。在本發明的一些實施例中,提供可特異性靶向一或多種特定錨定序列、而不靶向其他錨定序列(例如在不同背景中可以含有成核劑(例如CTCF)結合模體的序列)的技術;此類所靶向的錨定序列可稱為「目標錨定序列」。在一些實施例中,調節目標錨定序列的序列及/或活性,而不調節可作為靶向錨定序列存在於同一系統中(例如存在於同一細胞中及/或在一些實施例中,存在於同一核酸分子(例如同一染色體)上)之一或多種其他錨定序列的序列及/或活性。在一些實施例中,錨定序列包含或為成核多肽結合模體。在一些實施例中,錨定序列相鄰於成核多肽結合模體。
錨定序列介導性接合體 :如本文所用,術語「錨定序列介導性接合體」係指DNA結構,在一些情況下係指複合物,其經由一或多種多肽(諸如成核多肽)或一或多種蛋白質及/或核酸實體(諸如RNA或DNA)對DNA中之至少兩種錨定序列的實體相互作用或結合而出現及/或維持,該一或多種多肽或一或多種蛋白質及/或核酸實體結合錨定序列以使得錨定序列之間能夠達成空間近接及功能關聯(參見例如圖1)。
抗體分子 :如本文所用,術語「抗體」或「抗體分子」係指特異性結合特定抗原或與特定抗原具有免疫反應性,且至少包括免疫球蛋白之重鏈之可變域且亦可包括輕鏈之可變域之分子。抗體或抗體分子一般包含含有至少一種免疫球蛋白可變域序列的免疫球蛋白鏈或其片段。術語「抗體分子」包括例如單株抗體(包括具有免疫球蛋白Fc區之全長抗體)。在一實施例中,抗體分子包含全長抗體或全長免疫球蛋白鏈。在一實施例中,抗體分子包含全長抗體或全長免疫球蛋白鏈之抗原結合片段或功能片段。抗體及其抗原結合片段、變異體或衍生物包括但不限於:多株、單株、多特異性、人類、人源化、靈長類化或嵌合抗體、異結合抗體(例如雙特異性、三特異性及四特異性抗體、雙功能抗體、三功能抗體及四功能抗體)、單域抗體(sdAb)、抗原決定基結合片段(例如Fab、Fab'及F(ab') 2)、Fd、Fv、單鏈Fv (scFv)、rlgG、單鏈抗體、二硫鍵連接的Fv (sdFv)、含有V L或V H域之片段、藉由Fab表現庫產生之片段,及抗個體基因型(抗Id)抗體。抗體分子可為任何類型(例如IgG、IgE、IgM、IgD、IgA及IgY)、類別(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)或子類別之免疫球蛋白分子。此外,除非另外規定,否則術語「單株抗體」 (mAb)意欲包括能夠與目標蛋白特異性結合之完整分子以及抗體片段(諸如Fab及F(ab') 2片段)兩者。Fab及F(ab') 2片段缺乏完整抗體之Fc片段。
相關 / 結合 (associated with) :如該術語在本文中所用,若兩個事件或實體中之一者的存在、含量、形式及/或功能與另一者相關,則該兩個事件或實體彼此「相關(associated)」。舉例而言,在一些實施例中,若特定實體(例如多肽、基因標誌、代謝物、微生物等)的存在、含量、形式及/或功能與特定疾病、病症或病狀的發生率及/或對疾病、病症或病狀的易感性(例如在整個相關群體中)有關,則認為該特定實體與該疾病、病症或病狀相關。在一些實施例中,若兩個或更多個實體直接或間接相互作用,使得其彼此具有及/或保持實體接近性,則其彼此實體上「結合(associated)」。在一些實施例中,彼此實體上結合之兩個或更多個實體彼此共價連接;在一些實施例中,彼此實體上結合之兩個或更多個實體彼此不共價連接,但以非共價形式結合,例如藉助於氫鍵、凡得瓦爾力相互作用(van der Waals interaction)、疏水相互作用、磁性及其組合。在一些實施例中,當核酸至少部分地處於目標基因體或轉錄複合物內且目標基因體或轉錄複合物的形成或破壞對DNA序列中之基因的表現有影響時,DNA序列與目標基因體或轉錄複合物「相關」。
:如本文所用,術語「域」係指實體的一段或一部分。在一些實施例中,「域」與實體的特定結構特徵及/或功能特徵相關,使得當域在實體上與其親代實體的其餘部分分離時,其實質上或完全地保持特定結構特徵及/或功能特徵。替代或另外地,在一些實施例中,域可為實體的一部分或包括實體的一部分,其當與(親代)實體分離且與不同(接受者)實體連接時,實質上保持及/或賦予接受者實體一或多種結構特徵及/或功能特徵,該等特徵為其在親代實體中的特徵。在一些實施例中,域為或包含分子(例如小分子、碳水化合物、脂質、核酸、多肽等)的一段或一部分。在一些實施例中,域為多肽的一段或包含多肽的一段。在一些此類實施例中,域的特徵為特定的結構元件(例如特定胺基酸序列或序列模體、α-螺旋特徵、β-摺疊特徵、捲曲螺旋特徵、無規捲曲特徵等),及/或特定功能特徵(例如結合活性、酶活性、摺疊活性、信號傳導活性等)。
效應部分 :如本文所用,術語「效應部分」係指當定位於細胞核中的適當位點時,能夠改變目標基因表現的域。在一些實施例中,效應部分募集轉錄機器的組分。在一些實施例中,效應部分抑制轉錄因子或表現抑制因子的組分募集。在一些實施例中,效應部分包含表觀遺傳修飾部分(例如以表觀遺傳方式修飾目標DNA序列)。
表觀遺傳修飾部分 :如本文所用,「表觀遺傳修飾部分」係指當表觀遺傳修飾部分適當地定位於核酸(例如藉由靶向部分)時,改變以下的域:i)染色質的結構,例如二維結構;及/或ii)表觀遺傳標記(例如DNA甲基化、組蛋白甲基化、組蛋白乙醯化、組蛋白類小泛素化、組蛋白磷酸化及RNA相關緘默化中的一或多者)。在一些實施例中,表觀遺傳修飾部分包含影響一或多種表觀遺傳標記(例如提高或降低其水平)的酶或其功能片段或變異體。在一些實施例中,表觀遺傳修飾部分包含DNA甲基轉移酶、組蛋白甲基轉移酶、CREB結合蛋白(CBP),或其中任一者之功能片段。
表現控制序列 :如本文所用,術語「表現控制序列」係指增加或減少基因轉錄的核酸序列且包括但不限於啟動子及強化子。「強化序列」係指表現控制序列的一種亞型且增加基因轉錄的可能性。「緘默或抑制子序列」係指表現控制序列的一種亞型且降低基因轉錄的可能性。
表現抑制子 :如本文所用,術語「表現抑制子」係指具有一或多種功能性的藥劑或實體,其減少細胞中的目標基因表現且特異性結合DNA序列(例如與目標基因或可操作地連接至目標基因之轉錄控制元件相關的DNA序列)。表現抑制子包含至少一個靶向部分及視情況選用之一個效應部分。
表現抑制系統 :如本文所用,術語「表現抑制系統」係指減少細胞中之目標基因表現的複數種表現抑制子。在一些實施例中,表現抑制系統包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中第一表現抑制子與第二表現抑制子(或編碼第一表現抑制子及第二表現抑制子的核酸)一起存在於單一組合物、混合物或醫藥組合物中。在一些實施例中,表現抑制系統包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中第一表現抑制子及第二表現抑制子(或編碼第一表現抑制子及第二表現抑制子的核酸)存在於各別的組合物或醫藥組合物中。在一些實施例中,第一表現抑制子與第二表現抑制子同時存在於相同細胞中。在一些實施例中,第一表現抑制子與第二表現抑制子並非同時存在於相同細胞中,例如其依序存在。舉例而言,第一表現抑制子可在細胞中存在第一時段,且接著,第二表現抑制子可在細胞中存在第二時段,其中第一時段與第二時段可重疊或不重疊。
融合分子 :如本文所用,術語「融合分子」係指一種化合物,其包含共價連接的兩個或更多個部分,例如靶向部分及效應部分。融合分子及其部分可包含多肽、核酸、聚糖、小分子或本文所描述之其他組分的任何組合(例如靶向部分可包含核酸且效應部分可包含多肽)。在一些實施例中,融合分子為融合蛋白,例如包含一或多個經由肽鍵共價連接的多肽域。在一些實施例中,融合分子為結合物分子,其包含藉由除肽鍵或磷酸二酯鍵之外之共價鍵連接的靶向部分與效應部分(例如包含核酸的靶向部分與包含多肽的效應部分藉由除肽鍵或磷酸二酯鍵之外的共價鍵連接)。在一些實施例中,表現抑制子為融合分子或包含融合分子。
基因體複合物 :如本文所用,術語「基因體複合物」為一種複合物,其經由複數種蛋白質及/或其他組分(潛在地包括基因體序列元件)之間的相互作用使一或多個染色體上彼此間隔開的兩個基因體序列元件結合在一起。在一些實施例中,基因體序列元件為複合物之一或多種蛋白質組分所結合的錨定序列。在一些實施例中,基因體複合物可包含錨定序列介導性接合體。在一些實施例中,基因體序列元件可為或包含CTCF結合模體、啟動子及/或強化子。在一些實施例中,基因體序列元件包括啟動子及/或調節位點(例如強化子)中之至少一或兩者。在一些實施例中,複合物形成在基因體序列元件處成核且/或藉由一或多種蛋白質組分結合基因體序列元件而成核。如熟習此項技術者所瞭解,在一些實施例中,基因體位點經由複合物形成而發生的共定位(例如接合)使基因體序列元件處或附近的DNA拓樸結構(在一些實施例中,包括其間的DNA拓樸結構)發生改變。在一些實施例中,基因體複合物包含含有一或多個環的錨定序列介導性接合體。在一些實施例中,如本文所描述之基因體複合物藉由成核多肽(諸如CTCF及/或黏合素)發生成核。在一些實施例中,本文所描述之基因體複合物可包括例如以下中之一或多者:CTCF、黏合素、非編碼RNA(例如eRNA)、轉錄機制蛋白質(例如RNA聚合酶、一或多種轉錄因子,其例如選自由以下組成之群:TFIIA、TFIIB、TFIID、TFIIE、TFIIF、TFIIH等)、轉錄調節因子(例如介體、P300、強化子結合蛋白、抑制子結合蛋白、組蛋白修飾劑等)等。在一些實施例中,本文所描述之基因體複合物包括一或多種多肽組分及/或一或多種核酸組分(例如一或多種RNA組分),在一些實施例中,其可彼此相互作用及/或與一或多個基因體序列元件(例如錨定序列、啟動子序列、調節序列(例如強化子序列))相互作用以便將一連串基因體DNA限定於在不形成該複合物時其不會呈現之拓樸組態(例如環)。
免疫檢查點抑制劑多肽 :如本文所用,術語「免疫檢查點抑制劑多肽」係指抑制免疫檢查點分子之多肽。免疫檢查點分子通常可以下調或抑制抗腫瘤免疫反應。免疫檢查點分子包括但不限於計劃性細胞死亡蛋白1 (PD-1)、細胞毒性T淋巴球抗原4 (CTLA-4)、計劃性細胞死亡配位體1 (PD-L1,亦稱為B7H1)、PD-L2、KIR、BTLA、LAG-3及TIM-3,其直接抑制免疫細胞。在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含抗體分子。在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含複數個多肽鏈,例如其中該等鏈經由二硫橋鍵共價連接在一起。在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含肽。
部分 :如本文所用,術語「部分」係指具有如本文中所描述之特定結構及/或活性的經定義化學基團或實體。
調節劑 :如本文所用,術語「調節劑」係指包含一或多個靶向部分及一或多個效應部分的藥劑,其能夠改變(例如增加或減少)目標基因(例如MYC)表現。
MYC :如本文所用,術語「MYC基因座」係指編碼MYC多肽(例如NCBI登錄號NP002458.2中所揭示的多肽,或其突變體)的人類基因體之一部分、可操作地連接至MYC的啟動子(「MYC啟動子」),及形成包含MYC基因之ASMC的錨定序列。在一些實施例中,MYC基因座編碼具有NCBI登錄號NM-002467的核酸。在一些實施例中,MYC基因為原癌基因,且在一些實施例中,MYC基因為致癌基因。在某些情況下,MYC基因發現於染色體8上的8q24.21處。在某些情況下,MYC基因始於距短臂末端(pter) 128,816,862 bp處且終止於距短臂末端128,822,856 bp處。在某些情況下,MYC基因為約6 kb。在某些情況下,MYC基因編碼至少八種各別mRNA序列:5種交替剪接變異體及3種非剪接變異體。
核酸 :如本文所用,術語「核酸」在其最廣泛意義上係指併入或可併入寡核苷酸鏈中之任何化合物及/或物質。在一些實施例中,核酸為經由磷酸二酯鍵聯併入或可併入寡核苷酸鏈中之化合物及/或物質。如自上下文將顯而易知,在一些實施例中,「 核酸」係指個別核酸殘基(例如核苷酸及/或核苷);在一些實施例中,「 核酸」係指包含個別核酸殘基的寡核苷酸鏈。在一些實施例中,「 核酸」為或包含RNA;在一些實施例中,「 核酸」為或包含DNA。在一些實施例中,核酸為、包含一或多個天然核酸殘基或由一或多個天然核酸殘基組成。在一些實施例中,核酸為、包含一或多種核酸類似物或由一或多種核酸類似物組成。在一些實施例中,核酸類似物與核酸的不同之處在於其不使用磷酸二酯主鏈。舉例而言,在一些實施例中,核酸為、包含或由一或多個「 肽核酸」組成,其在此項技術中已知且主鏈中以肽鍵代替磷酸二酯鍵,其皆被視為在本發明之範疇內。替代或另外地,在一些實施例中,核酸具有一或多個硫代磷酸酯鍵聯及/或5'-N-胺基亞磷酸酯鍵聯而非磷酸二酯鍵。在一些實施例中,核酸為、包含或由一或多種天然核苷(例如腺苷、胸苷、鳥苷、胞苷、尿苷、去氧腺苷、去氧胸苷、去氧鳥苷及去氧胞苷)組成。在一些實施例中,核酸為、包含一或多種核苷類似物(例如2-胺基腺苷、2-硫代胸苷、肌苷、吡咯并-嘧啶、3-甲基腺苷、5-甲基胞嘧啶核苷、C-5丙炔基-胞嘧啶核苷、C-5丙炔基-尿苷、2-胺基腺苷、C5-溴尿苷、C5-氟尿苷、C5-碘尿苷、C5-丙炔基-尿苷、C5-丙炔基-胞嘧啶核苷、C5-甲基胞嘧啶核苷、2-胺基腺苷、7-脫氮腺苷、7-脫氮鳥苷、8-側氧基腺苷、8-側氧基鳥苷、0(6)-甲基鳥嘌呤、2-硫代胞嘧啶核苷、甲基化鹼基、插入鹼基及其組合)或由一或多種核苷類似物組成。在一些實施例中,相較於天然核酸中之糖,核酸包含一或多種經修飾之糖(例如2'-氟核糖、核糖、2'-去氧核糖、阿拉伯糖及己醣)。在一些實施例中,核酸具有編碼功能性基因產物(諸如RNA或蛋白質)的核苷酸序列。在一些實施例中,核酸包括一或多個內含子。在一些實施例中,核酸藉由以下中之一或多者製備:自天然來源分離、基於互補模板藉由聚合進行酶合成(活體內或活體外)、在重組細胞或系統中複製,及化學合成。在一些實施例中,核酸具有至少3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000個或更多個殘基的長度。在一些實施例中,核酸部分地或全部地為單股;在一些實施例中,核酸部分地或全部地為雙股。在一些實施例中,核酸具有包含至少一個元件的核苷酸序列,該至少一個元件編碼或為編碼多肽之序列的補體。在一些實施例中,核酸具有酶活性。
成核多肽 :如本文所用,術語「成核多肽」,或如本文所用,「接合體成核多肽」係指直接地或間接地與錨定序列結合且可與一或多種接合體成核多肽相互作用(可與錨定序列或其他核酸相互作用)以形成二聚體(或更高階結構)的蛋白質,該二聚體包含彼此可相同或可不相同的兩種或更多種此類接合體成核多肽。當與不同錨定序列結合的接合體成核多肽彼此間結合使得不同錨定序列在實體上維持彼此間近接時,藉此產生的結構為錨定序列介導之接合體。亦即,一種成核多肽-錨定序列與另一成核多肽-錨定序列在實體上緊密近接而相互作用,產生始於且終止於錨定序列的錨定序列介導性接合體(例如在一些情況下,為DNA環)。熟習此項技術者閱讀本說明書將立即瞭解,諸如「成核多肽」、「成核分子」、「成核蛋白質」、「接合體成核蛋白質」等術語有時可用於指接合體成核多肽。熟習此項技術者閱讀本說明書將類似地立即瞭解,兩種或更多種接合體成核多肽的組合體集合(在一些實施例中,其可包括相同藥劑的多個複本及/或在一些實施例中,複數種不同藥劑中之一或多者或各者)可稱為「複合物」、「二聚體」、「多聚體」等。
可操作地連接 :如本文所用,片語「可操作地連接」係指一種併接,其中所描述組分呈允許其以其預定方式發揮作用的關係。「 可操作地連接」至功能元件(例如基因)的轉錄控制元件係以在與轉錄控制元件相容之條件下達成功能元件(例如基因)表現及/或活性的方式結合。在一些實施例中,「 可操作地連接」的轉錄控制元件與所關注之編碼元件(例如基因)鄰接(例如共價連接);在一些實施例中,可操作地連接的轉錄控制元件相對於所關注之功能元件(例如基因)以反式發揮作用或在距其一定距離處以其他方式發揮作用。在一些實施例中,可操作地連接意謂同一核酸分子上包含兩種核酸序列。在另一實施例中,可操作地連接可進一步意謂兩種核酸序列在同一核酸分子上彼此近接,例如彼此在1000、500、100、50或10個鹼基對內或彼此直接相鄰。
肽、多肽、蛋白質 :如本文所用,術語「肽」、「多肽」及「蛋白質」係指包含藉由肽鍵或藉由除肽鍵之外的方式共價連接之胺基酸殘基的化合物。蛋白質或肽必須含有至少兩個胺基酸,且對可構成蛋白質或肽序列之胺基酸的最大數目無限制。多肽包括包含兩個或更多個胺基酸的任何肽或蛋白質,該等胺基酸彼此藉由肽鍵接合或藉由除肽鍵之外的方式接合。如本文所使用,該術語係指短鏈(其在此項技術中通常亦稱為例如肽、寡肽及寡聚物)及長鏈(其在此項技術中一般稱為蛋白質,其存在多種類型)。
醫藥組合物 :如本文所用,術語「醫藥組合物」係指與一或多種醫藥學上可接受之載劑一起調配的活性劑(例如調節劑,例如破壞劑)。在一些實施例中,活性劑以適合投與之單位劑量的量存在於治療方案中,其在向相關群體投與時顯示出統計學上顯著之實現預定治療作用的機率。在一些實施例中,醫藥組合物可專門調配為用於以固體或液體形式投與,包括適宜於以下之彼等醫藥組合物:經口投與,例如灌藥(水性或非水性溶液或懸浮液)、錠劑(例如靶向經頰、舌下及全身吸收之彼等錠劑)、集團、散劑、顆粒、用於向舌施用之糊劑;非經腸投與,例如藉由皮下、肌肉內、靜脈內或硬膜外注射以例如無菌溶液或懸浮液或持續釋放調配物形式投與;局部施用,例如以施用至皮膚、肺或口腔之乳膏、軟膏或控制釋放貼劑或噴霧形式施用;陰道內或直腸內,例如以子宮托、乳膏或泡沫形式;舌下;經眼;經皮;或經鼻、經肺及/或至其他黏膜表面。
近接 :如本文所用,「近接」係指兩個位點(例如核酸位點)接近,使得表現抑制子在第一位點的結合及/或表現抑制子對第一位點的修飾就對另一位點的結合及/或修飾而言將產生相同或實質上相同的作用。舉例而言,靶向部分可結合近接於強化子(第二位點)的第一位點,且與該靶向部分結合的效應部分可以表觀遺傳方式修飾第一位點,以便調節強化子對目標基因表現的影響,從而與結合及/或修飾第二位點(強化子序列)之情況實質上相同。在一些實施例中,近接於目標基因(例如外顯子、內含子,或目標基因內的剪接位點)、近接於可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件或近接於錨定序列的位點為距離目標基因(例如外顯子、內含子,或目標基因內的剪接位點)、轉錄控制元件或錨定序列小於5000、4000、3000、2000、1000、900、800、700、600、500、400、300、200、100、50或25個鹼基對(且視情況,距離目標基因(例如外顯子、內含子,或目標基因內的剪接位點)、轉錄控制元件或錨定序列至少20、25、50、100、200或300個鹼基對)。
特異性 :熟習此項技術者應瞭解,如本文所用,術語「特異性」當提及一種具有活性的藥劑時,意謂該藥劑在潛在目標實體或狀態之間進行區分。舉例而言,在一些實施例中,若藥劑在一或多種競爭替代目標存在下優先與其目標結合,則將其稱為「特異性」結合該目標。在一些實施例中,特異性相互作用取決於目標實體之特定結構特徵(例如抗原決定基、裂隙、結合位點)的存在。應瞭解,特異性不必為絕對的。在一些實施例中,特異性可相對於結合劑對一或多個其他潛在目標實體(例如競爭者)之特異性來評估。在一些實施例中,特異性係相對於參考特異性結合劑之特異性來評估。在一些實施例中,特異性係相對於參考非特異性結合劑之特異性來評估。在一些實施例中,藥劑或實體在結合其目標實體之條件下不以可偵測方式結合競爭替代目標。在一些實施例中,相較於競爭替代目標,結合劑以更高結合速率、更低解離速率、增加之親和力、減少之解離及/或增加之穩定性結合其目標實體。
特異性結合 :如本文所用,術語「特異性結合」係指在發生結合之環境中在可能的結合搭配物之間作出區分的能力。在一些實施例中,當存在其他潛在目標時與一種特定目標相互作用之結合劑稱為「 特異性結合」至與其相互作用之目標。在一些實施例中,藉由偵測或測定結合劑與其搭配物之間的結合程度來評估特異性結合;在一些實施例中,藉由偵測或測定結合劑-搭配物複合物的解離程度來評估特異性結合。在一些實施例中,藉由偵測或測定結合劑與替代相互作用競爭的能力來評估特異性結合,該替代相互作用發生於其搭配物與另一實體之間。在一些實施例中,藉由在整個濃度範圍內進行此類偵測或測定來評估特異性結合。
實質上 :如本文所用,術語「實質上」係指展現總或接近總範圍或程度之所關注特徵或特性之定性條件。一般熟習此項技術者應瞭解,生物學及化學現象很少(若曾有)進行完全及/或繼續進行至完全或很少達成或避免絕對結果。因此,術語「實質上」在本文的一些實施例中可用於捕捉多種生物學及化學現象中所固有之完整性的潛在缺乏。
症狀減少 :如本文所用,當特定疾病、病症或病狀之一或多種症狀的量值(例如強度、嚴重程度等)及/或頻率減少時,可使用片語「症狀減少」。在一些實施例中,將特定症狀發作的延遲視為症狀頻率降低之一種形式。
目標 :一種藥劑或實體,若在其與另一種藥劑或實體彼此接觸的條件下特異性結合所靶向之藥劑或實體,則其根據本發明被視為「靶向」另一種藥劑或實體。在一些實施例中,舉例而言,抗體(或其抗原結合片段)靶向其同源抗原決定基或抗原。在一些實施例中,具有特定序列的核酸靶向序列實質上互補的核酸。
目標基因 :如本文所用,術語「目標基因」意謂為了調節(例如調節表現)而被靶向的基因。在一些實施例中,目標基因為目標基因體複合物的一部分(例如其基因體序列的至少一部分作為目標基因體複合物之一部分的基因,例如位於錨定序列介導性接合體的內部),如本文所描述之一或多種調節劑靶向該基因體複合物。在一些實施例中,調節包含抑制目標基因的表現。在一些實施例中,藉由使目標基因或可操作地連接至目標基因的轉錄控制元件與本文所描述之表現抑制系統(例如表現抑制子)接觸來調節目標基因。在一些實施例中,目標基因異常表現(例如過度表現)於細胞,例如個體(例如患者)的細胞中。
靶向部分 :如本文所用,術語「靶向部分」意謂特異性靶向(例如結合)基因體序列元件(例如表現控制序列或錨定序列)的藥劑或實體。在一些實施例中,基因體序列元件近接於且/或可操作地連接至目標基因(例如MYC)。
治療劑 :如本文所用,片語「治療劑」係指當投與個體時,具有治療作用且/或引發所要生物學及/或藥理學作用的藥劑。在一些實施例中,治療劑為可用於緩解、改善、減輕、抑制、預防疾病、病症及/或病狀、延遲其發作、降低其嚴重程度及/或減小其一或多種症狀或特徵之發生率的任何物質。在一些實施例中,治療劑包含本文所描述之表現抑制系統,例如表現抑制子。在一些實施例中,治療劑包含編碼本文所描述之表現抑制系統(例如表現抑制子)的核酸。在一些實施例中,治療劑包含本文所描述之醫藥組合物。
治療有效量 :如本文所用之術語「治療有效量」意謂當作為治療方案之一部分投與時可引發所要生物反應的物質(例如,治療劑、組合物及/或調配物)之量。在一些實施例中,物質之治療有效量為當投與患有或易患疾病、病症及/或病狀之個體時,足以治療、診斷、預防該疾病、病症及/或病狀及/或延遲其發作的量。如一般熟習此項技術者將瞭解,物質的有效量可依據諸如所要生物學終點、待遞送的物質、目標細胞或組織等因素而變化。舉例而言,在一些實施例中,調配物中之化合物治療疾病、病症及/或病狀之有效量為緩解、改善、減輕、抑制、預防疾病、病症及/或病狀、延遲其發作、降低其嚴重程度及/或降低其一或多種症狀或特徵之發生率的量。在一些實施例中,治療有效量以單次劑量投與;在一些實施例中,需要多次單位劑量以遞送治療有效量。
陽離子脂質 :如本文所用,術語「陽離子脂質」係指能夠帶正電之脂質。例示性陽離子脂質包括攜帶正電荷的一或多個胺基。例示性陽離子脂質為可離子化的,使得視pH而定,其可以帶正電或中性形式存在。陽離子脂質之離子化可影響脂質奈米粒子在不同pH條件下之表面電荷。此電荷狀態可影響血漿蛋白質吸收、血液清除率及組織分佈(Semple, S. C.等人,Adv. Drug Deliv Rev 32:3-17 (1998))以及形成核內體裂解非雙層結構以細胞內遞送核酸之能力(Hafez, I. M.等35人,Gene Ther 8:1188-1196 (2001))。
中性脂質 :如本文所用,術語「中性脂質」係指在所選pH下以不帶電或中性兩性離子形式存在之多種脂質物種中之任一者。在生理pH下,此類脂質包括但不限於磷脂醯基膽鹼,諸如1,2-二硬脂醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DSPC)、1,2-二棕櫚醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DPPC)、1,2-二肉豆蔻醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DMPC)、1-棕櫚醯基-2-油醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(POPC)、1,2-二油醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DOPC),磷脂醯基乙醇胺,諸如1,2-二油醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺(DOPE),鞘磷脂(SM)、神經醯胺,類固醇,諸如固醇,及其衍生物。中性脂質可為合成或天然產生的。
帶電脂質 :如本文所用,術語「帶電脂質」係指與在有用的生理範圍(例如pH -3至pH -9)內之pH無關地以帶正電或帶負電形式存在的多種脂質物種中之任一者。帶電脂質可為合成或天然產生的。帶電脂質之實例包括磷脂醯絲胺酸、磷脂酸、磷脂醯甘油、磷脂醯肌醇、固醇半丁二酸酯、二烷基三甲銨-丙烷(例如DOTAP、DOTMA)、二烷基二甲胺基丙烷、乙基磷酸膽鹼、二甲基胺基乙烷胺甲醯基固醇(例如DCChol)。
脂質奈米粒子 :如本文所用,術語「脂質奈米粒子」係指包括指定脂質之至少一個尺寸數量級為奈米(例如1至1,000 nm)的粒子。脂質奈米粒子亦可包括核酸(例如mRNA)。在一些實施例中,脂質奈米粒子包括在調配物中,該調配物可用於將活性劑或治療劑,諸如核酸(例如mRNA)遞送至所關注之目標位點(例如細胞、組織、器官、腫瘤及其類似者)。在一些實施例中,脂質奈米粒子包含核酸。此類脂質奈米粒子通常包含核酸(例如mRNA)及一或多種選自中性脂質、帶電脂質、類固醇及聚合物結合脂質的賦形劑。在一些實施例中,活性劑或治療劑(諸如核酸)可囊封於脂質奈米粒子之脂質部分或由脂質奈米粒子之一些或全部脂質部分包封的水性空間中,從而保護該活性劑或治療劑免於酶降解或由宿主生物體或細胞之機制誘導之其他不合需要的作用,例如不良免疫反應。
相關申請案之交互參考本申請案主張2022年8月19日申請之美國臨時申請案63/371,970、2022年9月20日申請之美國臨時申請案63/376,386、2023年1月23日申請之美國臨時申請案63/481,073、2023年3月10日申請之美國臨時申請案63/489,633,及2023年5月12日申請之美國臨時申請案63/501,890的優先權,該等臨時申請案之全部內容以引用之方式併入本文中。
序列表本申請案含有序列表,該序列表已以XML格式以電子方式提交,且以全文引用之方式併入本文中。該XML複本創建於2023年8月15日,命名為O2057-7035WO_SL.xml且大小為424,111位元組。
本發明提供經由利用本文所描述之表現抑制子或系統調節(例如減少)細胞(例如個體或患者中之細胞)中之目標基因(例如MYC)表現的技術。
基因表現的異常調節可導致多種不同疾病及症候群,包括癌症、自體免疫、心血管疾病及肥胖症。特定而言,長久以來已知轉錄因子的過度表現會造成腫瘤發生,且近期研究表明過度表現的致癌轉錄因子可改變細胞的核心自調節迴路。
轉錄因子及主要細胞調節因子MYC在超過50%的人類癌症中頻繁地調節異常且在致瘤過程的幾乎每個態樣中皆起中心作用。除早期反應基因之外,MYC通常上調基因表現。MYC為最頻繁擴增的致癌基因,且其基因產物的表現升高與腫瘤攻擊性及不良臨床結果相關。c-MYC的含量升高可促進多種組織中的腫瘤發生。大多數腫瘤細胞的生長及增殖依賴於轉錄因子c-MYC。MYC過度表現亦與慢性肝病相關,例如病毒及酒精相關肝病。MYC過度表現量因特定的癌症亞型而異。不希望受理論束縛,調節(例如減少)罹患MYC異常調節病症之個體(例如整個個體,或特定目標組織或組織)中的MYC含量被認為可減輕或消除MYC異常調節病症之症狀。
本發明部分地提供一種表現抑制子,其包含:結合目標基因啟動子(例如MYC啟動子或可操作地連接至目標基因,例如MYC基因)的靶向部分,及當藉由靶向部分定位時能夠調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的效應部分。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子經由靶向部分特異性結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的表現控制元件(例如啟動子或強化子、抑制子或緘默子),且效應部分調節目標基因(例如MYC)的表現。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子經由靶向部分特異性結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或與錨定序列近接的序列,且效應部分調節目標基因(例如MYC)的表現。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子特異性結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座,且效應部分調節目標基因(例如MYC)的表現。
本發明進一步部分地提供一種表現抑制系統,其包含兩種或更多種各自包含靶向部分及視情況選用之效應部分的表現抑制子。在一些實施例中,靶向部分靶向兩種或更多種不同序列(例如各表現抑制子可靶向不同序列)。在一些實施例中,第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS)),且第二表現抑制子結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列。在一些實施例中,第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS)),且第二表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的表現控制元件(例如強化子、超級強化子、抑制子或緘默子)。在一些實施例中,第一表現抑制子結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列,且第二表現抑制子結合可操作地連接至目標基因的表現控制元件(例如強化子、超級強化子、抑制子或緘默子)。一般而言,藉由表現抑制系統調節目標基因(例如MYC)的表現涉及使第一表現抑制子及第二表現抑制子分別結合第一及第二DNA序列。第一及第二DNA序列的結合使第一及第二效應部分的功能性定位於彼等位點。不希望受理論所束縛,在一些實施例中,利用第一及第二抑制子部分的功能性穩定地抑制與第一及/或第二DNA序列相關或包含第一及/或第二DNA序列之目標基因的表現,例如其中第一及/或第二DNA序列為或包含目標基因或一或多個可操作地連接之轉錄控制元件的序列。在一些實施例中,表現抑制系統係由雙順反子核酸序列編碼。
本發明進一步提供編碼該等表現抑制子及/或表現抑制系統的核酸、包含表現抑制子及/或表現抑制系統的組合物,及遞送該等核酸的方法。進一步提供利用本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統增加細胞中之目標基因表現(例如MYC基因表現)的方法。
表現抑制子  如本文所述,本發明部分地提供用於調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的表現抑制子。在一些實施例中,表現抑制子可包含結合目標基因啟動子(例如MYC啟動子)的靶向部分及視情況選用之效應部分。在一些實施例中,靶向部分特異性結合目標DNA序列,例如MYC DNA序列,藉此將表現抑制子的功能性定位於DNA序列。在一些實施例中,表現抑制子包含一個靶向部分及一個效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含一個靶向部分及複數個效應部分(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個或更多個效應域(且視情況,少於20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2個效應域))。
表現抑制子可包含複數個效應部分,其中各效應部分包含與其他效應部分不同的功能性。舉例而言,表現抑制子可包含兩個效應部分,其中第一效應部分包含DNA甲基化酶功能性,且第二效應部分包含轉錄抑制子功能性。在一些實施例中,表現抑制子包含在降低目標基因(例如MYC)表現方面具有彼此互補之功能性的效應部分,其中該等功能性合起來能夠抑制表現且視情況不抑制表現或當個別地存在時對表現的抑制可忽略。在一些實施例中,表現抑制子包含複數個效應部分,其中各效應部分與各其他效應部分互補,各效應部分減少目標基因(例如MYC)表現。
在一些實施例中,表現抑制子包含效應部分的組合,在減少目標基因(例如MYC)表現方面,該等效應部分的功能性彼此協同發揮作用。不希望受理論束縛,在一些實施例中,對基因體基因座的表觀遺傳修飾累積起來,因為多種個別的轉錄活化表觀遺傳標記(例如多種不同類型的表觀遺傳標記及/或指定類型的更大範圍標記)合起來抑制表現比單獨的個別修飾更有效(例如使表現更大幅度的減少及/或使表現更持久的減少)。在一些實施例中,表現抑制子包含複數個效應部分,其中各效應部分與各其他效應部分互補,例如各效應部分減少目標基因(例如MYC)表現。在一些實施例中,表現抑制子(包含複數個彼此協同作用的效應部分)在抑制目標基因(例如MYC)表現方面比包含個別效應部分的表現抑制子更有效。在一些實施例中,包含該複數個效應部分的表現抑制子可有效減少目標基因(例如MYC)表現的有效性為包含個別效應部分之表現抑制子的至少1.05× (亦即,1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.55×、1.6×、1.65×、1.7×、1.75×、1.8×、1.85×、1.9×、1.95×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、30×、40×、50×、60×、70×、80×、90×或100×。
在一些實施例中,表現抑制子包含一或多個靶向部分,例如Cas域、TAL效應域或Zn指域。在一實施例中,當表現抑制系統包含相同類型的兩個或更多個靶向部分(例如兩個或更多個Cas域)時,該等靶向部分特異性結合兩種或更多種不同序列。舉例而言,在包含兩個或更多個Cas域的表現抑制系統中,可選擇或改變兩個或更多個Cas域,使得其僅明顯地結合與其目標序列對應的gRNA (例如與對應於另一Cas域之目標的gRNA結合不明顯)。
在一些實施例中,表現抑制子包含共價連接(例如藉由肽鍵共價連接)的靶向部分及效應部分。在一些實施例中,靶向部分及效應部分位於同一多肽鏈上,例如藉由一或多個肽鍵及/或一個連接子連接。在一些實施例中,表現抑制子為或包含融合分子,例如包含藉由肽鍵及/或連接子連接之靶向部分及效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含安置於同一多肽鏈上之效應部分之N端的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制子包含安置於同一多肽鏈上之效應部分之C端的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制子包含藉由非肽鍵共價連接的靶向部分及效應部分。在一些實施例中,靶向部分與效應部分藉由非肽鍵結合。在一些實施例中,表現抑制子包含一個靶向部分及複數個效應部分,其中靶向部分與複數個效應部分共價連接,例如藉由肽鍵共價連接(例如靶向部分與複數個效應部分皆藉由一系列共價鍵連接,但各個別部分與每個其他效應部分可以不共用共價鍵)。
在其他實施例中,表現抑制子包含非共價連接(例如彼此非共價結合)的靶向部分及效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含非共價結合至效應部分的靶向部分或反之亦然。在一些實施例中,表現抑制子包含一個靶向部分及複數個效應部分,其中靶向部分與至少一個效應部分非共價連接,例如彼此非共價結合,且其中靶向部分與至少一個其他效應部分共價連接,例如藉由肽鍵共價連接。
一般而言,如本文所描述之表現抑制子結合(例如經由靶向部分)近接於及/或可操作地連接至目標基因(例如MYC)的基因體序列元件。在一些實施例中,表現抑制子對基因體序列元件的結合調節(例如減少)目標基因(例如MYC)的表現。舉例而言,包含效應部分之表現抑制子結合基因體序列元件可調節(例如減少)目標基因(例如MYC)的表現,該效應部分募集轉錄機構的組分或抑制轉錄機構的組分募集。作為另一實例,包含具有酶活性之效應部分(例如表觀遺傳修飾部分)之表現抑制子的結合可經由效應部分的酶活性定位來調節(例如減少)目標基因(例如MYC)的表現。作為另一實例,表現抑制子對基因體序列元件的結合與表現抑制子的酶活性定位可對目標基因(例如MYC)之表現促成所得的調節(例如減少)。
在一些實施例中,表現抑制子包含效應部分,其中該效應部分包含選自以下的蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即,LSD1)、KDM1B (亦即,LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即,G9A)、EHMT1 (亦即,GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2、KRAB (例如KRAB域)、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,表現抑制子包含第一效應部分及第二效應部分,其中該第一效應部分包含選自以下的蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即,LSD1)、KDM1B (亦即,LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即,G9A)、EHMT1 (亦即,GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2、KRAB (例如KRAB域)、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其功能變異體或片段,且第二效應部分包含選自以下的不同蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即,LSD1)、KDM1B (亦即,LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即,G9A)、EHMT1 (亦即,GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2、KRAB (例如KRAB域)、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,本發明提供編碼如本文所描述之表現抑制子、表現抑制系統、靶向部分及/或效應部分的核酸序列。熟習此項技術者已知RNA的核酸序列與相應DNA序列一致,但其中胸腺嘧啶(T)通常被尿嘧啶(U)置換。應理解,當核苷酸序列由DNA序列(例如包含A、T、G、C)表示時,本發明亦提供相應的RNA序列(例如包含A、U、G、C),其中「U」置換「T」。本文中使用習知記法來描述聚核苷酸序列:單股聚核苷酸序列之左側末端為5'端;雙股聚核苷酸序列之左側方向稱為5'方向。
熟習此項技術者應瞭解,由於遺傳密碼的簡倂,可產生編碼包含如本文所描述之靶向部分及/或效應部分之表現抑制子的多種核苷酸序列,其中一些與本文所揭示之核酸序列具有類似性,例如90%、95%、96%、97%、98%或99%一致性。舉例而言,密碼子AGA、AGG、CGA、CGC、CGG及CGU皆編碼胺基酸精胺酸。因此,在本發明之核酸分子中的每個位置,在精胺酸由密碼子說明的情況下,可將密碼子改變成上述任一種相應密碼子而不改變所編碼的多肽。
在一些實施例中,編碼包含靶向部分及/或效應部分之表現抑制子的核酸內聚性可為密碼子最佳化之編碼區(根據哺乳動物(例如人類)中之密碼子使用來最佳化)的一部分或全部。在一些實施例中,編碼靶向部分及/或效應部分的核酸內聚性經密碼子最佳化以增加蛋白質表現及/或增加蛋白質表現的持續時間。在一些實施例中,藉由密碼子最佳化之核酸序列產生的蛋白質比藉由未經密碼子最佳化之核酸序列編碼時產生的蛋白質含量高至少1%、至少2%、至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少30%、至少40%或至少50%。
表現抑制系統  本發明之表現抑制系統可包含兩種或更多種表現抑制子。在一些實施例中,表現抑制系統包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12種或更多種表現抑制子(且視情況不超過15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2)。在一些實施例中,表現抑制系統靶向兩個或更多個不同序列(例如第1及第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12及/或其他DNA序列,且視情況不超過第20、第19、第18、第17、第16、第15、第14、第13、第12、第11、第10、第9、第8、第6、第5、第4、第3或第2序列)。在一些實施例中,表現抑制系統包含複數個表現抑制子,其中複數個表現抑制子中的各成員對複數個表現抑制子中之另一個成員的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中第一表現抑制子對第二表現抑制子的結合偵測不到,例如不結合。
在一些實施例中,本發明之表現抑制系統包含兩種或更多種表現抑制子,其中該等表現抑制子一起存在於組合物、醫藥組合物或混合物中。在一些實施例中,本發明之表現抑制系統包含兩種或更多種表現抑制子,其中一或多個表現抑制子不與至少一個其他表現抑制子混合。舉例而言,表現抑制系統可包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中第一表現抑制子於一個細胞之核中的存在與第二表現抑制子於同一細胞之核中的存在不重疊,其中表現抑制系統經由第一及第二表現抑制子之不重疊存在來達成MYC基因表現的降低。在一些實施例中,表現抑制系統使MYC基因表現達成的降幅大於單獨的第一或第二表現抑制子所達成之MYC基因表現的降幅。
在一些實施例中,表現抑制系統中的表現抑制子各自包含不同的靶向部分(例如第一、第二、第三或其他表現抑制子各自包含彼此不同的靶向部分)。舉例而言,表現抑制系統可包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中該第一表現抑制子包含第一靶向部分(例如Cas9域、TAL效應域或Zn指域),且第二表現抑制子包含不同於第一靶向部分的第二靶向部分(例如Cas9域、TAL效應域或Zn指域)。在一些實施例中,不同可意謂包含不同類型的靶向部分,例如第一靶向部分包含Cas9域,且第二DNA靶向部分包含Zn指域。在其他實施例中,不同可意謂包含相同類型之靶向部分的不同變異體,例如第一靶向部分包含第一Cas9域(例如來自第一物種)且第二靶向部分包含第二Cas9域(例如來自第二物種)。在一實施例中,當表現抑制系統包含相同類型的兩個或更多個靶向部分(例如兩個或更多個Cas9或ZF域)時,靶向部分特異性結合兩種或更多種不同序列。舉例而言,在包含兩個或更多個Cas9域的表現抑制系統中,可選擇或改變兩個或更多個Cas9域,使得其僅明顯地結合與其目標序列對應的gRNA (例如與對應於另一Cas9域之目標的gRNA結合不明顯)。在另一實例中,在包含兩個或更多個效應部分的表現抑制系統中,可選擇或改變兩個或更多個效應部分,使得其僅明顯地結合其目標序列(例如與另一效應部分之目標序列的結合不明顯)。
在一些實施例中,表現抑制系統包含三種或更多種表現抑制子且兩種或更多種表現抑制子包含相同的靶向部分。舉例而言,表現抑制系統可包含三種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均包含第一靶向部分且第三表現抑制子包含不同的第二靶向部分。在另一實例中,表現抑制系統可包含四種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均包含第一靶向部分且第三及第四表現抑制子包含不同的第二靶向部分。在另一實例中,表現抑制系統可包含五種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均包含第一靶向部分,第三與第四表現抑制子均包含不同的第二靶向部分,且第五表現抑制子包含不同的第三靶向部分。如上文所述,不同可意謂包含不同類型的靶向部分或包含相同類型之靶向部分的不同變異體。
在一些實施例中,表現抑制系統中的表現抑制子各自結合不同DNA序列(例如第一、第二、第三或其他表現抑制子各自結合彼此不同的DNA序列)。舉例而言,表現抑制系統可包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中第一表現抑制子結合第一DNA序列,且第二表現抑制子結合第二DNA序列。在一些實施例中,不同可意謂:一種表現抑制子所結合之DNA序列與另一種表現抑制子所結合之DNA序列之間存在至少一個不一致的位置,或一種表現抑制子所結合之DNA序列中存在的至少一個位置不存在於另一種表現抑制子所結合的DNA序列中。
在一些實施例中,第一DNA序列可位於第一基因體DNA股上且第二DNA序列可位於第二基因體DNA股上。在一些實施例中,第一DNA序列可位於與第二DNA序列相同的基因體DNA股上。
在一些實施例中,表現抑制系統包含三種或更多種表現抑制子且兩種或更多種表現抑制子結合相同的DNA序列。舉例而言,表現抑制系統可包含三種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均結合第一DNA序列且第三表現抑制子結合不同的第二DNA序列。在另一實例中,表現抑制系統可包含四種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均結合第一DNA序列且第三與第四表現抑制子均結合第二DNA序列。在另一實例中,表現抑制系統可包含五種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均結合第一DNA序列,第三與第四表現抑制子均結合第二DNA序列,且第五表現抑制子結合第三DNA序列。如上文所述,不同可意謂:一種表現抑制子所結合之DNA序列與另一種表現抑制子所結合之DNA序列之間存在至少一個不一致的位置,或一種表現抑制子所結合之DNA序列中存在的至少一個位置不存在於另一種表現抑制子所結合的DNA序列中。
在一些實施例中,表現抑制系統包含兩種或更多種(例如兩種)表現抑制子且複數種(例如兩種)表現抑制子包含結合不同DNA序列的靶向部分。在此類實施例中,第一靶向部分可結合第一DNA序列且第二DNA靶向部分可結合第二DNA序列,其中第一及第二DNA序列不同且不重疊。在一些此類實施例中,第一DNA序列與第二DNA序列相隔至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100個鹼基對(且視情況,不超過500、400、300、200、100、95、90、85、80、75、70、65、60、55或50個鹼基對)。在一些此類實施例中,第一DNA序列與第二DNA序列相隔不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100個鹼基對(且視情況,無鹼基對,例如第一及第二序列彼此直接相鄰)。
在一些實施例中,表現抑制系統中的表現抑制子各自包含不同的效應部分(例如第一、第二、第三或其他表現抑制子各自包含彼此不同的效應部分)。舉例而言,表現抑制系統可包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,其中第一表現抑制子包含第一效應部分(例如包含DNA甲基轉移酶或其功能片段),且第二表現抑制子包含與第一效應部分不同的第二效應部分(例如包含轉錄抑制子(例如KRAB)或其功能片段)。在一些實施例中,不同可意謂包含不同類型的效應部分。在其他實施例中,不同可意謂包含相同類型之效應部分的不同變異體,例如第一效應部分包含第一DNA甲基轉移酶(例如具有第一位點特異性或胺基酸序列)且第二效應部分包含第二DNA甲基轉移酶(例如具有第二位點特異性或胺基酸序列)。
在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一效應部分的第一表現抑制子及含有第二效應部分的第二表現抑制子,其中該第一效應部分包含選自以下的蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即,LSD1)、KDM1B (亦即,LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即,G9A)、EHMT1 (亦即,GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2、KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其功能變異體或片段;且第二效應部分包含選自以下的不同蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即,LSD1)、KDM1B (亦即,LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即,G9A)、EHMT1 (亦即,GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2、KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性(例如MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L或其中任一者之功能變異體或片段,且另一效應部分包含轉錄抑制活性(例如KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能變異體或片段),且第一或第二效應部分包含組蛋白甲基轉移酶活性,且另一效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性(例如HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9或其中任一者之功能變異體或片段)。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白甲基轉移酶活性且另一效應部分包含DNA甲基轉移酶活性(例如MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L或其中任一者的功能變異體或片段)。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性且另一效應部分包含轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白甲基轉移酶活性且另一效應部分包含轉錄抑制活性(例如KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能變異體或片段)。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含轉錄抑制活性且另一效應部分包含不同的轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性且另一效應部分包含相同的DNA甲基轉移酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性且另一效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去甲基酶活性且另一效應部分包含DNA甲基轉移酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白甲基轉移酶活性且另一效應部分包含DNA去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去甲基酶活性且另一效應部分包含轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去甲基酶活性且另一效應部分包含不同的組蛋白去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去甲基酶活性且另一效應部分包含相同的組蛋白去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性且另一效應部分包含DNA甲基轉移酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性且另一效應部分包含DNA去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性且另一效應部分包含轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性且另一效應部分包含不同的組蛋白去乙醯酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含組蛋白去乙醯酶活性且另一效應部分包含相同的組蛋白去乙醯酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性且另一效應部分包含DNA去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA去甲基酶活性且另一效應部分包含轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性且另一效應部分包含不同的DNA甲基轉移酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA甲基轉移酶活性且另一效應部分包含相同的DNA甲基轉移酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA去甲基酶活性且另一效應部分包含轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA去甲基酶活性且另一效應部分包含不同的DNA去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含DNA去甲基酶活性且另一效應部分包含相同的DNA去甲基酶活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含轉錄抑制活性且另一效應部分包含不同的轉錄抑制活性。在一些實施例中,第一或第二效應部分包含轉錄抑制活性且另一效應部分包含相同的轉錄抑制活性。
在一些實施例中,表現抑制系統包含三種或更多種表現抑制子且兩種或更多種表現抑制子包含相同的DNA靶向部分。舉例而言,表現抑制系統可包含三種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均包含第一效應部分且第三表現抑制子包含不同的第二效應部分。在另一實例中,表現抑制系統可包含四種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均包含第一效應部分且第三及第四表現抑制子包含不同的第二效應部分。在另一實例中,表現抑制系統可包含五種表現抑制子,其中第一及第二表現抑制子均包含第一效應部分,第三與第四表現抑制子均包含不同的第二效應部分,且第五表現抑制子包含不同的第三效應部分。如上文所述,不同可意謂包含不同類型的效應部分或包含相同類型之效應部分的不同變異體。
在一些實施例中,表現抑制系統中的兩種或更多種(例如所有)表現抑制子彼此間不共價結合,例如各表現抑制子不與任何其他表現抑制子共價結合。在另一個實施例中,表現抑制系統中的兩種或更多種表現抑制子彼此共價結合。在一實施例中,表現抑制系統包含安置於同一多肽上的第一表現抑制子及第二表現抑制子,例如呈融合分子形式,例如藉由肽鍵且視情況藉由連接子連接。在一些實施例中,肽為自裂解肽,例如T2A自裂解肽。在一實施例中,表現抑制系統包含藉由非肽鍵連接(例如彼此結合)的第一表現抑制子及第二表現抑制子。
連接子  如本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統可包含一或多個連接子。連接子可使靶向部分與效應部分連接、使效應部分與另一效應部分連接,或使靶向部分與另一靶向部分連接。連接子可為化學鍵,例如一或多個共價鍵或非共價鍵。在一些實施例中,連接子係共價的。在一些實施例中,連接子係非共價的。在一些實施例中,連接子係肽連接子。此類連接子的長度可為2-30、5-30、10-30、15-30、20-30、25-30、2-25、5-25、10-25、15-25、20-25、2-20、5-20、10-20、15-20、2-15、5-15、10-15、2-10、5-10或2-5個胺基酸,或長度大於或等於2、5、10、15、20、25或30個胺基酸(且視情況,長度至多50、40、30、25、20、15、10或5個胺基酸)。在一些實施例中,連接子可用於將第一域或部分與第二域或部分隔開,例如將DNA靶向部分與效應部分隔開。在一些實施例中,舉例而言,連接子可位於DNA靶向部分與效應部分之間,例如以提供二級及三級結構的分子柔順性。連接子可包含本文所描述之柔順性、剛性及/或可裂解連接子。在一些實施例中,連接子包括至少一個甘胺酸、丙胺酸及絲胺酸胺基酸以提供柔順性。在一些實施例中,連接子為疏水性連接子,諸如包括帶負電的磺酸酯基團、聚乙二醇(PEG)基團或焦磷酸二酯基團。在一些實施例中,連接子可裂解以選擇性地自調節劑釋放部分(例如多肽),但充分穩定以防止過早裂解。
在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子中的一或多個部分及/或域經由一或多個連接子連接。在一些實施例中,表現抑制可包含位於靶向部分與效應部分之間的連接子。在一些實施例中,連接子可具有ASGSGGGSGGARD (SEQ ID NO: 137)或ASGSGGGSGG (SEQ ID NO: 138)之序列。在一些實施例中,包含第一及第二抑制子的系統可包含位於第一靶向部分與第一效應部分之間的第一連接子及位於第二靶向部分與第二效應部分之間的第二連接子。在一些實施例中,第一及第二連接子可相同。在一些實施例中,第一及第二連接子可不同。在一些實施例中,第一連接子可包含根據SEQ ID NO: 137之胺基酸序列或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性之序列,且第二連接子可包含根據SEQ ID NO: 138之胺基酸序列或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性之序列。
如熟習此項技術者已知,常用的柔性連接子具有主要由Gly及Ser殘基之鏈段組成的序列(「GS」連接子)。柔性連接子可用於將需要某種程度之移動或相互作用的域/部分接合且可包括小的、非極性(例如Gly)或極性(例如Ser或Thr)胺基酸。併入Ser或Thr亦可藉由與水分子形成氫鍵來維持連接子在水溶液中之穩定性,且因此減少連接子與部分/域之間的不利相互作用。在一些實施例中,連接子為GS連接子或其變異體,例如G4S (SEQ ID NO: 207)。
剛性連接子可用於保持域/部分之間的固定距離且維持其獨立功能。當各域的空間間隔對於保持融合物中之一或多種組分的穩定性或生物活性至關重要時,剛性連接子亦可為可用的。剛性連接子可具有α螺旋結構或富Pro序列,(XP) n,其中X表示任何胺基酸,較佳為Ala、Lys或Glu。
可裂解連接子可在活體內釋放游離功能域。在一些實施例中,連接子可在特定條件下裂解,諸如在還原試劑或蛋白酶存在下裂解。活體內可裂解連接子可利用二硫鍵之可逆性質。一個實例包括兩個Cys殘基之間的凝血酶敏感性序列(例如PRS)。CPRSC之活體外凝血酶處理引起凝血酶敏感性序列裂解,而可逆的二硫鍵保持完整。此類連接子已知且描述於例如Chen等人2013. Fusion Protein Linkers: Property, Design and Functionality. Adv Drug Deliv Rev. 65(10): 1357-1369中。融合物中連接子之活體內裂解亦可藉由蛋白酶進行,該等蛋白酶在活體內在某些條件下、在特定細胞或組織中,或限於某些細胞隔室內表現。多種蛋白酶之特異性使得連接子在限定的隔室中較慢地裂解。在一些實施例中,可裂解連接子可為自裂解連接子,例如T2A肽連接子。在一些實施例中,連接子可包含「核糖體跳讀」序列,例如tPT2A連接子。
適用於本文所描述之連接子之分子實例包括帶負電的磺酸酯基團;脂質,諸如聚(--CH 2--)烴鏈,諸如聚乙二醇(PEG)基團、其不飽和變異體、其羥基化變異體、其醯胺化變異體或另外含N的變異體;非碳連接子;碳水化合物連接子;磷酸二酯連接子,或能夠使表現抑制子之兩種或更多種組分共價連接的其他分子。亦包括非共價連接子,諸如多肽連接(例如經由多肽之疏水性區域或多肽之疏水性延伸部分連接)之疏水性脂質球,諸如富含白胺酸、異白胺酸、纈胺酸或可能亦富含丙胺酸、苯丙胺酸或甚至酪胺酸、甲硫胺酸、甘胺酸或其他疏水性殘基的一系列殘基。表現抑制子中的組分可利用基於電荷的化學試劑連接,使得表現抑制子中的帶正電組分連接至帶負電荷的另一組分。
靶向部分  本發明提供例如包含靶向部分的表現抑制子,其特異性靶向(例如結合)近接於及/或可操作地連接至目標基因的基因體序列元件(例如啟動子、TSS或錨定序列)。靶向部分可特異性結合DNA序列,例如與目標基因(例如MYC)相關的DNA序列。特異性結合DNA序列的任何分子或化合物可用作靶向部分。
在一些實施例中,靶向部分靶向(例如結合)基因體複合物(例如ASMC)中的組分。在一些實施例中,靶向部分靶向(例如結合)可操作地連接至目標基因的表現控制序列(例如啟動子或強化子)。在一些實施例中,靶向部分靶向(例如結合)目標基因或目標基因的一部分。靶向部分的目標可稱為其目標組分。目標組分可為可操作地連接至目標基因的任何基因體序列元件或目標基因本身,包括但不限於啟動子、強化子、錨定序列、外顯子、內含子、UTR編碼序列、剪接位點或轉錄起始位點。在一些實施例中,靶向部分特異性結合一或多種目標錨定序列(例如細胞內)而不結合非靶向錨定序列(例如同一細胞內)。
在一些實施例中,靶向部分可為或包含CRISPR/Cas域、TAL效應域、Zn指域、肽核酸(PNA)或核酸分子。在一些實施例中,表現抑制子包含一個效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含複數個靶向部分,其中各靶向部分對另一靶向部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含複數個表現抑制子,其中複數個表現抑制子中的各成員包含靶向部分,其中各靶向部分對另一靶向部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一靶向部分的第一表現抑制子及含有第二靶向部分的第二表現抑制子,其中第一靶向部分對第二靶向部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一靶向部分的第一表現抑制子及含有第二靶向部分的第二表現抑制子,其中第一靶向部分對另一個第一靶向部分的結合偵測不到,例如不結合,且第二靶向部分對另一個第二靶向部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,本文所描述之組合物及方法中使用的靶向部分在單體(例如非二聚)狀態下發揮功能(例如結合DNA序列)。
在一些實施例中,靶向部分對目標組分的結合使目標組分對另一種轉錄因子、基因體複合物組分或基因體序列元件的結合親和力減小。在一些實施例中,靶向部分結合其目標序列的K D小於或等於500、450、400、350、300、250、200、150、100、50、40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02、0.01、0.005、0.002或0.001 nM (且視情況,K D為至少50、40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02、0.01、0.005、0.002或0.001 nM)。在一些實施例中,靶向部分結合其目標序列的K D為0.001 nM至500 nM,例如0.1 nM至5 nM,例如約0.5 nM。在一些實施例中,靶向部分結合非目標序列的K D為至少500、600、700、800、900、1000、2000、5000、10,000或100,000 nM (且視情況,對非目標序列的結合不明顯)。在一些實施例中,靶向部分不結合非目標序列。
在一些實施例中,靶向部分包含與目標組分(例如目標基因(例如MYC)的調節元件(例如啟動子或強化子))互補的核酸序列。在一些實施例中,靶向部分包含與目標組分至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%互補的核酸序列。
在一些實施例中,靶向部分可為或包含CRISPR/Cas域、TAL效應域、Zn指域或核酸分子。
在一些實施例中,表現抑制子中的靶向部分包含不超過100、90、80、70、60、50、40、30或20個核苷酸(且視情況,至少10、20、30、40、50、60、70、80或90個核苷酸)。在一些實施例中,表現抑制子或融合分子的效應部分包含不超過2000、1900、1800、1700、1600、1500、1400、1300、1200、1100、1000、900、800、700、600、500、400、300、200或100個胺基酸(且視情況,至少50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800或1900個胺基酸)。在一些實施例中,表現抑制子或融合分子的效應部分包含100-2000、100-1900、100-1800、100-1700、100-1600、100-1500、100-1400、100-1300、100-1200、100-1100、100-1000、100-900、100-800、100-700、100-600、100-500、100-400、100-300、100-200、200-2000、200-1900、200-1800、200-1700、200-1600、200-1500、200-1400、200-1300、200-1200、200-1100、200-1000、200-900、200-800、200-700、200-600、200-500、200-400、200-300、300-2000、300-1900、300-1800、300-1700、300-1600、300-1500、300-1400、300-1300、300-1200、300-1100、300-1000、300-900、300-800、300-700、300-600、300-500、300-400、400-2000、400-1900、400-1800、400-1700、400-1600、400-1500、400-1400、400-1300、400-1200、400-1100、400-1000、400-900、400-800、400-700、400-600、400-500、500-2000、500-1900、500-1800、500-1700、500-1600、500-1500、500-1400、500-1300、500-1200、500-1100、500-1000、500-900、500-800、500-700、500-600、600-2000、600-1900、600-1800、600-1700、600-1600、600-1500、600-1400、600-1300、600-1200、600-1100、600-1000、600-900、600-800、600-700、700-2000、700-1900、700-1800、700-1700、700-1600、700-1500、700-1400、700-1300、700-1200、700-1100、700-1000、700-900、700-800、800-2000、800-1900、800-1800、800-1700、800-1600、800-1500、800-1400、800-1300、800-1200、800-1100、800-1000、800-900、900-2000、900-1900、900-1800、900-1700、900-1600、900-1500、900-1400、900-1300、900-1200、900-1100、900-1000、1000-2000、1000-1900、1000-1800、1000-1700、1000-1600、1000-1500、1000-1400、1000-1300、1000-1200、1000-1100、1100-2000、1100-1900、1100-1800、1100-1700、1100-1600、1100-1500、1100-1400、1100-1300、1100-1200、1200-2000、1200-1900、1200-1800、1200-1700、1200-1600、1200-1500、1200-1400、1200-1300、1300-2000、1300-1900、1300-1800、1300-1700、1300-1600、1300-1500、1300-1400、1400-2000、1400-1900、1400-1800、1400-1700、1400-1600、1400-1500、1500-2000、1500-1900、1500-1800、1500-1700、1500-1600、1600-2000、1600-1900、1600-1800、1600-1700、1700-2000、1700-1900、1700-1800、1800-2000、1800-1900或1900-2000個胺基酸。
如本文所揭示之表現抑制子或包含表現抑制子的系統可包含核酸,例如一或多種核酸。術語「核酸」係指併入或可併入寡核苷酸鏈中的任何化合物。在一些實施例中,核酸為經由磷酸二酯鍵聯併入或可併入寡核苷酸鏈中之化合物及/或物質。如自上下文將顯而易知,在一些實施例中,「核酸」係指個別核酸殘基(例如核苷酸及/或核苷);在一些實施例中,「核酸」係指包含個別核酸殘基的寡核苷酸鏈。在一些實施例中,「核酸」為或包含RNA;在一些實施例中,「核酸」為或包含DNA。在一些實施例中,核酸為或包含超過50%的核糖核苷酸且在本文中稱為核糖核酸(RNA)。在一些實施例中,核酸為、包含一或多個天然核酸殘基或由一或多個天然核酸殘基組成。在一些實施例中,核酸為、包含一或多種核酸類似物或由一或多種核酸類似物組成。在一些實施例中,核酸類似物與核酸的不同之處在於其不使用磷酸二酯主鏈。舉例而言,在一些實施例中,核酸為、包含一或多種「肽核酸」或由一或多種「肽核酸」組成,該等肽核酸在此項技術中已知且在主鏈中具有肽鍵而非磷酸二酯鍵且被認為在本發明之範疇內。可替代地或另外,在一些實施例中,核酸具有一或多個硫代磷酸酯鍵聯及/或5'-N-胺基亞磷酸酯鍵聯而非磷酸二酯鍵。在一些實施例中,核酸為、包含或由一或多種天然核苷(例如腺苷、胸苷、鳥苷、胞苷、尿苷、去氧腺苷、去氧胸苷、去氧鳥苷及去氧胞苷)組成。在一些實施例中,核酸為、包含一或多種核苷類似物(例如2-胺基腺苷、2-硫代胸苷、肌苷、吡咯并-嘧啶、3-甲基腺苷、5-甲基胞嘧啶核苷、C-5丙炔基-胞嘧啶核苷、C-5丙炔基-尿苷、2-胺基腺苷、C5-溴尿苷、C5-氟尿苷、C5-碘尿苷、C5-丙炔基-尿苷、C5-丙炔基-胞嘧啶核苷、C5-甲基胞嘧啶核苷、2-胺基腺苷、7-脫氮腺苷、7-脫氮鳥苷、8-側氧基腺苷、8-側氧基鳥苷、0(6)-甲基鳥嘌呤、2-硫代胞嘧啶核苷、甲基化鹼基、插入鹼基及其組合)或由一或多種核苷類似物組成。在一些實施例中,相較於天然核酸中的糖,核酸包含一或多種經修飾之糖(例如2'-氟核糖、核糖、2'-去氧核糖、阿拉伯糖及己醣)。在一些實施例中,核酸具有編碼功能性基因產物(諸如RNA或蛋白質)的核苷酸序列。在一些實施例中,核酸包括一或多個內含子。在一些實施例中,核酸藉由以下中之一或多者製備:自天然來源分離、基於互補模板藉由聚合進行酶合成(活體內或活體外)、在重組細胞或系統中複製,及化學合成。如本文所用,「重組」當用於描述核酸時,係指非天然存在的任何核酸。在一些實施例中,核酸具有至少3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000個或更多個殘基的長度。在一些實施例中,核酸可具有約2至約5000 nts、約10至約100 nts、約50至約150 nts、約100至約200 nts、約150至約250 nts、約200至約300 nts、約250至約350 nts、約300至約500 nts、約10至約1000 nts、約50至約1000 nts、約100至約1000 nts、約1000至約2000 nts、約2000至約3000 nts、約3000至約4000 nts、約4000至約5000 nts或其間任何範圍內的長度。在一些實施例中,核酸部分地或全部地為單股;在一些實施例中,核酸部分地或全部地為雙股。在一些實施例中,核酸具有包含至少一個元件的核苷酸序列,該至少一個元件編碼或為編碼多肽之序列的補體。在一些實施例中,核酸具有酶活性。
在一些實施例中,靶向部分包含或為核酸序列、蛋白質、蛋白質融合物,或膜易位多肽。在一些實施例中,靶向部分選自外源接合成核分子、編碼接合成核分子的核酸,或序列靶向性多肽與接合成核分子的融合物。接合成核分子可為例如CTCF、黏合素、USF1、YY1、TATA-box結合蛋白相關因子3 (TAF3)、ZNF143結合模體。在一些實施例中,靶向部分包含或為聚合物或聚合部分,例如核苷酸聚合物(諸如寡核苷酸)、肽核酸、肽-核酸混聚物、肽或多肽、聚醯胺、碳水化合物等。
在一些實施例中,靶向部分包含或為核酸。在一些實施例中,效應部分包含或為核酸。在一些實施例中,可包括於一個部分中的核酸可為或包含DNA、RNA及/或人工或合成核酸或核酸類似物或模擬物。舉例而言,在一些實施例中,核酸可為或包括以下中的一或多者:基因體DNA (gDNA)、互補DNA (cDNA)、肽核酸(PNA)、肽-核酸混聚物、肽-寡核苷酸結合物、鎖核酸(LNA)、橋接核酸(BNA)、聚醯胺、三螺旋體形成寡核苷酸、反義寡核苷酸、tRNA、mRNA、rRNA、miRNA、gRNA、siRNA或其他RNAi分子(例如靶向如本文所描述之非編碼RNA及/或靶向與如本文所描述之目標基因體複合物相關之特定基因的表現產物)等。適用於調節劑的核酸序列可包括經修飾的寡核苷酸(例如化學修飾,諸如改變主鏈鍵聯、糖分子及/或核酸鹼基的修飾)及/或人工核酸。在一些實施例中,核酸序列包括但不限於基因體DNA、cDNA、肽核酸(PNA)或肽寡核苷酸結合物、鎖核酸(LNA)、橋接核酸(BNA)、聚醯胺、形成三螺旋體的寡核苷酸、經修飾的DNA、反義DNA寡核苷酸、tRNA、mRNA、rRNA、經修飾的RNA、miRNA、gRNA,及siRNA或其他RNA或DNA分子。在一些實施例中,核酸可包括不為天然存在之DNA或RNA殘基的一或多個殘基,可包括不為磷酸二酯鍵的一或多個鍵聯(例如可為例如硫代磷酸酯鍵等),且/或可包括一或多個修飾,諸如2'O修飾,諸如2'-OmeP。可用於製備合成核酸的多種核酸結構係此項技術中已知的(參見例如WO2017/062862l及WO2014/012081),熟習此項技術者將瞭解此等核酸結構可根據本發明利用。
核酸的一些實例包括但不限於與目標基因(例如MYC)雜交的核酸(例如如本文在別處所述的gRNA或反義ssDNA)、與外源核酸雜交的核酸(諸如病毒DNA或RNA)、與RNA雜交的核酸、干擾基因轉錄的核酸、干擾RNA轉譯的核酸、使RNA穩定化或使RNA去穩定化(諸如經由靶向以達成降解)的核酸、干擾DNA或RNA結合因子(經由干擾其表現或其功能)的核酸、與細胞內蛋白質或蛋白質複合物連接且調節其功能的核酸等。
在一些實施例中,表現抑制子包含一或多種核苷類似物。在一些實施例中,核酸序列另外或作為替代方案可包括一或多種天然核苷,例如嘌呤或嘧啶,例如腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、胸腺嘧啶及尿嘧啶;一或多種核苷類似物。在一些實施例中,核酸序列包括一或多種核苷類似物。核苷類似物可包括但不限於諸如以下之核苷類似物:5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黃嘌呤、黃嘌呤、4-乙醯胞嘧啶、4-甲基苯并咪唑、5-(羧基羥基甲基)尿嘧啶、5-羧甲基胺基甲基-2-硫尿苷、5-羧甲基胺基甲基尿嘧啶、二氫尿嘧啶、二氫尿苷、β-D-半乳糖苷基Q核苷、肌苷、N6-異戊烯基腺嘌呤、1-甲基鳥嘌呤、1-甲基肌苷、2,2-二甲基鳥嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鳥嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-腺嘌呤、7-甲基鳥嘌呤、5-甲基胺基甲基尿嘧啶、5-甲氧基胺基甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖苷基Q核苷、5'-甲氧基羧基甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲基硫基-N6-異戊烯基腺嘌呤、尿嘧啶-5-氧基乙酸(v)、懷丁氧苷(wybutoxosine)、假尿嘧啶、Q核苷(queosine)、2-硫胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧基乙酸甲酯、尿嘧啶-5-氧基乙酸(v)、5-甲基-2-硫尿嘧啶、3-(3-胺基-3-N-2-羧丙基)尿嘧啶、(acp3)w、2,6-二胺基嘌呤、3-硝基吡咯、肌苷、硫尿苷、Q核苷(queuosine)、懷俄苷(wyosine)、二胺基嘌呤、異鳥嘌呤、異胞嘧啶、二胺基嘧啶、2,4-二氟甲苯、異喹啉、吡咯并[2,3-β]吡啶,及可與嘌呤或嘧啶側鏈鹼基配對的任何其他核苷類似物。
CRISPR/Cas域  在一些實施例中,靶向部分為或包含CRISPR/Cas域。CRISPR/Cas蛋白可包含CRISPR/Cas效應子及視情況選用之一或多種其他域。CRISPR/Cas域通常與涉及叢集之調節性間雜短回文重複(CRISPR)系統的蛋白質(例如Cas蛋白)具有結構及/或功能類似性。CRISPR/Cas域視情況包含嚮導RNA,例如單嚮導RNA (sgRNA)。在一些實施例中,CRISPR/Cas域所含的gRNA被CRISPR/Cas域非共價結合。
CRISPR系統係最初在細菌及古菌中發現的適應性防禦系統。CRISPR系統使用稱為CRISPR相關或「Cas」核酸內切酶(例如Cas9或Cpf1)之經RNA引導之核酸酶來裂解外來DNA。舉例而言,在典型CRISPR/Cas系統中,核酸內切酶藉由靶向單股或雙股DNA序列之序列特異性、非編碼「嚮導RNA」被引導至目標核苷酸序列(例如基因體中待進行序列編輯的位點)。已鑑別出三類(I-III) CRISPR系統。II類CRISPR系統使用單一Cas核酸內切酶(而非多種Cas蛋白)。一個第II類CRISPR系統包括II型Cas核酸內切酶,諸如Cas9、CRISPR RNA (「crRNA」)及反式活化crRNA (「tracrRNA」)。crRNA含有「嚮導RNA」,通常為對應於目標DNA序列的約20個核苷酸RNA序列。crRNA亦含有結合tracrRNA的區域,以形成被核糖核酸酶III裂解之部分雙股結構,產生crRNA/tracrRNA雜交體。crRNA/tracrRNA雜交體接著引導Cas9核酸內切酶識別並裂解目標DNA序列。目標DNA序列通常必須相鄰於對指定Cas核酸內切酶具特異性的「原間隔序列相鄰模體」(「PAM」);然而,PAM序列出現在整個指定基因體中。經自多種原核物種所鑑別之CRISPR核酸內切酶具有獨特的PAM序列要求;PAM序列之實例包括5'-NGG (化膿性鏈球菌(Streptococcus pyogenes))、5'-NNAGAA (嗜熱鏈球菌(Streptococcus thermophilus) CRISPR1)、5'-NGGNG (嗜熱鏈球菌CRISPR3)及5'-NNNGATT (腦膜炎奈瑟氏菌(Neisseria meningiditis))。一些核酸內切酶(例如Cas9核酸內切酶)與富含G之PAM位點(例如5'-NGG)相關,且在PAM位點上游(5') 3個核苷酸位置處對目標DNA進行鈍端裂解。另一II類CRISPR系統包括V型核酸內切酶Cpf1,其小於Cas9;實例包括AsCpf1 (來自胺基酸球菌屬種(Acidaminococcus sp.))及LbCpf1 (來自毛螺菌科種(Lachnospiraceae sp.))。與Cpf1相關的CRISPR陣列在無需tracrRNA的情況下被加工成成熟crRNA;換言之,Cpf1系統僅需Cpf1核酸酶及crRNA便可使目標DNA序列裂解。Cpf1核酸內切酶與富含T之PAM位點(例如5'-TTN)相關。Cpf1亦可識別5'-CTA PAM模體。Cpf1藉由引入具有4或5個核苷酸之5'懸垂部分的偏移或交錯雙股斷裂來裂解目標DNA,例如在編碼股上之PAM位點下游(3') 18個核苷酸及互補股上之PAM位點下游23個核苷酸位置處,利用5個核苷酸之偏移或交錯切割來裂解目標DNA;由此類偏移裂解產生的5個核苷酸之懸垂部分使得藉由利用同源重組之DNA插入進行的基因體編輯比在鈍端裂解之DNA處進行的插入更精確。參見例如Zetsche等人(2015) Cell, 163:759-771。
多種CRISPR相關(Cas)基因或蛋白質可用於本發明所提供之技術中且Cas蛋白之選擇將取決於該方法的特定條件。Cas蛋白的特定實例包括II類系統,包括Cas1、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9、Cas10、Cpf1、C2C1或C2C3。在一些實施例中,Cas蛋白(例如Cas9蛋白)可來自多種原核物種中的任一者。在一些實施例中,選擇特定Cas蛋白(例如特定Cas9蛋白)以識別特定原間隔序列相鄰模體(PAM)序列。在一些實施例中,DNA靶向部分包括序列靶向性多肽,諸如Cas蛋白,例如Cas9。在某些實施例中,Cas蛋白(例如Cas9蛋白)可自細菌或古菌獲得或使用已知方法合成。在某些實施例中,Cas蛋白可來自革蘭氏陽性細菌(gram-positive bacteria)或革蘭氏陰性細菌。在某些實施例中,Cas蛋白可來自鏈球菌屬(例如化膿性鏈球菌或嗜熱鏈球菌)、弗朗西斯菌屬(Francisella) (例如新兇手弗朗西斯菌(F. novicida))、葡萄球菌(例如金黃色葡萄球菌(S. aureus))、胺基酸球菌屬(例如胺基酸球菌屬種BV3L6)、奈瑟氏菌屬(例如腦膜炎奈瑟氏菌(N. meningitidis))、隱球菌屬(Cryptococcus)、棒狀桿菌屬(Corynebacterium)、嗜血桿菌屬(Haemophilus)、真桿菌屬(Eubacterium)、巴斯德氏菌屬(Pasteurella)、普氏菌屬(Prevotella)、韋榮氏球菌屬(Veillonella)或海桿菌屬(Marinobacter)。
在一些實施例中,為便Cas蛋白結合及/或發揮功能,Cas蛋白需要原間隔序列相鄰模體(PAM)存在於目標DNA序列中或在目標DNA序列附近。在一些實施例中,PAM自5'至3'為或包含NGG、YG、NNGRRT、NNNRRT、NGA、TYCV、TATV、NTTN或NNNGATT,其中N表示任何核苷酸,Y表示C或T,R表示A或G,且V表示A或C或G。在一些實施例中,Cas蛋白係表1中所列的蛋白質。在一些實施例中,Cas蛋白包含改變其PAM的一或多個突變。在一些實施例中,Cas蛋白包含E1369R、E1449H及R1556A突變或對應於該等位置之胺基酸的類似取代。在一些實施例中,Cas蛋白包含E782K、N968K及R1015H突變或對應於該等位置之胺基酸的類似取代。在一些實施例中,Cas蛋白包含D1135V、R1335Q及T1337R突變,或針對與該等位置對應之胺基酸的類似取代。在一些實施例中,Cas蛋白包含S542R及K607R突變,或針對與該等位置對應之胺基酸的類似取代。在一些實施例中,Cas蛋白包含S542R、K548V及N552R突變,或針對與該等位置對應之胺基酸的類似取代。 表1
名稱 物種 Aas # PAM 改變PAM 識別的突變 引起催化失效的突變
FnCas9 Cas9 新兇手弗朗西斯菌 1629 5'-NGG-3' Wt D11A/H969A/N995A
FnCas9 RHA Cas9 新兇手弗朗西斯菌 1629 5'-YG-3' E1369R/E1449H/R1556A D11A/H969A/N995A
SaCas9 Cas9 金黃色葡萄球菌( Staphylococcus aureus) 1053 5'-NNGRRT-3' Wt D10A/H557A
SaCas9 KKH Cas9 金黃色葡萄球菌 1053 5'-NNNRRT-3' E782K/N968K/R1015H D10A/H557A
SpCas9 Cas9 化膿性鏈球菌 1368 5'-NGG-3' Wt D10A/D839A/H840A/N863A
SpCas9 VQR Cas9 化膿性鏈球菌 1368 5'-NGA-3' D1135V/R1335Q/T1337R D10A/D839A/H840A/N863A
AsCpf1 RR Cpf1 胺基酸球菌屬種BV3L6 1307 5'-TYCV-3' S542R/K607R E993A
AsCpf1 RVR Cpf1 胺基酸球菌屬種BV3L6 1307 5'-TATV-3' S542R/K548V/N552R E993A
FnCpf1 Cpf1 新兇手弗朗西斯菌 1300 5'-NTTN-3' Wt D917A/E1006A/D1255A
NmCas9 Cas9 腦膜炎奈瑟氏菌 1082 5'-NNNGATT-3' Wt D16A/D587A/H588A/N611A
在一些實施例中,Cas蛋白經修飾以使核酸酶不活化,例如核酸酶缺陷型Cas。在一些實施例中,Cas蛋白為Cas9蛋白。儘管野生型Cas9在gRNA靶向的特定DNA序列處產生雙股斷裂(DSB),但可使用具有經修改之功能性的多種CRISPR核酸內切酶,例如:Cas9的「切口酶」形式僅產生單股斷裂;無催化活性的Cas9 (「dCas9」)不切割目標DNA。在一些實施例中,dCas結合DNA序列可藉由空間位阻來干擾該位點處的轉錄。在一些實施例中,DNA靶向部分為或包含無催化活性的Cas,例如dCas。在此項技術中已知多種無催化活性的Cas蛋白。在一些實施例中,dCas9包含在Cas蛋白之各核酸內切酶域中的突變,例如D10A及H840A突變。
在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D11A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含H969A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含N995A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D11A、H969A和N995A突變或類似的針對與該等位置對應之胺基酸的取代。
在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D10A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含H557A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D10A和H557A突變或類似的針對與該等位置對應之胺基酸的取代。
在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D839A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含H840A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含N863A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D10A、D839A、H840A和N863A突變或類似的針對與該等位置對應之胺基酸的取代。
在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含E993A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。
在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D917A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含E1006A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D1255A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D917A、E1006A和D1255A突變或類似的針對與該等位置對應之胺基酸的取代。
在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D16A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D587A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含H588A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含N611A突變或類似的針對與該位置對應之胺基酸的取代。在一些實施例中,無催化活性的Cas9蛋白(例如dCas9)包含D16A、D587A、H588A和N611A突變或類似的針對與該等位置對應之胺基酸的取代。
在另一態樣中,本發明係關於一種表現抑制子或多肽,其包含一或多個(例如一個)靶向部分及一或多個效應部分,其中一或多個靶向部分為或包含CRISPR/Cas域,包含Cas蛋白,例如無催化活性的Cas9蛋白,例如dCas9,或其功能變異體或片段。在一些實施例中,dCas9包含SEQ ID NO: 17之胺基酸序列: DKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD (SEQ ID NO: 17)
在一些實施例中,dCas9由SEQ ID NO: 50之核酸序列編碼: GACAAGAAGTACAGCATCGGCCTGGCCATCGGCACCAACAGCGTGGGCTGGGCCGTGATCACCGACGAGTACAAGGTGCCCAGCAAGAAGTTCAAGGTGCTGGGCAACACCGACCGGCACAGCATCAAGAAGAACCTGATCGGCGCCCTGCTGTTCGACAGCGGCGAGACCGCCGAGGCCACCCGGCTGAAGCGGACCGCCCGGCGGCGGTACACCCGGCGGAAGAACCGGATCTGCTACCTGCAGGAGATCTTCAGCAACGAGATGGCCAAGGTGGACGACAGCTTCTTCCACCGGCTGGAGGAGAGCTTCCTGGTGGAGGAGGACAAGAAGCACGAGCGGCACCCCATCTTCGGCAACATCGTGGACGAGGTGGCCTACCACGAGAAGTACCCCACCATCTACCACCTGCGGAAGAAGCTGGTGGACAGCACCGACAAGGCCGACCTGCGGCTGATCTACCTGGCCCTGGCCCACATGATCAAGTTCCGGGGCCACTTCCTGATCGAGGGCGACCTGAACCCCGACAACAGCGACGTGGACAAGCTGTTCATCCAGCTGGTGCAGACCTACAACCAGCTGTTCGAGGAGAACCCCATCAACGCCAGCGGCGTGGACGCCAAGGCCATCCTGAGCGCCCGGCTGAGCAAGAGCCGGCGGCTGGAGAACCTGATCGCCCAGCTGCCCGGCGAGAAGAAGAACGGCCTGTTCGGCAACCTGATCGCCCTGAGCCTGGGCCTGACCCCCAACTTCAAGAGCAACTTCGACCTGGCCGAGGACGCCAAGCTGCAGCTGAGCAAGGACACCTACGACGACGACCTGGACAACCTGCTGGCCCAGATCGGCGACCAGTACGCCGACCTGTTCCTGGCCGCCAAGAACCTGAGCGACGCCATCCTGCTGAGCGACATCCTGCGGGTGAACACCGAGATCACCAAGGCCCCCCTGAGCGCCAGCATGATCAAGCGGTACGACGAGCACCACCAGGACCTGACCCTGCTGAAGGCCCTGGTGCGGCAGCAGCTGCCCGAGAAGTACAAGGAGATCTTCTTCGACCAGAGCAAGAACGGCTACGCCGGCTACATCGACGGCGGCGCCAGCCAGGAGGAGTTCTACAAGTTCATCAAGCCCATCCTGGAGAAGATGGACGGCACCGAGGAGCTGCTGGTGAAGCTGAACCGGGAGGACCTGCTGCGGAAGCAGCGGACCTTCGACAACGGCAGCATCCCCCACCAGATCCACCTGGGCGAGCTGCACGCCATCCTGCGGCGGCAGGAGGACTTCTACCCCTTCCTGAAGGACAACCGGGAGAAGATCGAGAAGATCCTGACCTTCCGGATCCCCTACTACGTGGGCCCCCTGGCCCGGGGCAACAGCCGGTTCGCCTGGATGACCCGGAAATCCGAGGAGACCATCACCCCCTGGAACTTCGAGGAGGTGGTGGACAAGGGCGCCAGCGCCCAGAGCTTCATCGAGCGGATGACCAACTTCGACAAGAACCTGCCCAACGAGAAGGTGCTGCCCAAGCACAGCCTGCTGTACGAGTACTTCACCGTGTACAACGAGCTGACCAAGGTGAAGTACGTGACCGAGGGCATGCGGAAGCCCGCCTTCCTGAGCGGCGAGCAGAAGAAGGCCATCGTGGACCTGCTGTTCAAGACCAACCGGAAGGTGACCGTGAAGCAGCTGAAGGAGGACTACTTCAAGAAGATCGAGTGCTTCGACAGCGTGGAGATCAGCGGCGTGGAGGACCGGTTCAACGCCAGCCTGGGCACCTACCACGACCTGCTGAAGATCATCAAGGACAAGGACTTCCTGGACAACGAGGAGAACGAGGACATCCTGGAGGACATCGTGCTGACCCTGACCCTGTTCGAGGACCGGGAGATGATCGAGGAGCGGCTGAAAACCTACGCCCACCTGTTCGACGACAAGGTGATGAAGCAGCTGAAGCGGCGGCGGTACACCGGCTGGGGCCGGCTGAGCCGGAAGCTGATCAACGGCATCCGGGACAAGCAGAGCGGCAAGACCATCCTGGACTTCCTGAAATCCGACGGCTTCGCCAACCGGAACTTCATGCAGCTGATCCACGACGACAGCCTGACCTTCAAGGAGGACATCCAGAAGGCCCAGGTGAGCGGCCAGGGCGACAGCCTGCACGAGCACATCGCCAACCTGGCCGGCAGCCCCGCCATCAAGAAGGGCATCCTGCAGACCGTGAAGGTGGTGGACGAGCTGGTGAAGGTGATGGGCCGGCACAAGCCCGAGAACATCGTGATCGAGATGGCCCGGGAGAACCAGACCACCCAGAAGGGCCAGAAGAACAGCCGGGAGCGGATGAAGCGGATCGAGGAGGGCATCAAGGAGCTGGGCAGCCAGATCCTGAAGGAGCACCCCGTGGAGAACACCCAGCTGCAGAACGAGAAGCTGTACCTGTACTACCTGCAGAACGGCCGGGACATGTACGTGGACCAGGAGCTGGACATCAACCGGCTGAGCGACTACGACGTGGCCGCCATCGTGCCCCAGAGCTTCCTGAAGGACGACAGCATCGACAACAAGGTGCTGACCCGGAGCGACAAGGCCCGGGGCAAGAGCGACAACGTGCCCAGCGAGGAGGTGGTGAAGAAGATGAAGAACTACTGGCGGCAGCTGCTGAACGCCAAGCTGATCACCCAGCGGAAGTTCGACAACCTGACCAAGGCCGAGCGGGGCGGCCTGAGCGAGCTGGACAAGGCCGGCTTCATCAAGCGGCAGCTGGTGGAGACCCGGCAGATCACCAAGCACGTGGCCCAGATCCTGGACAGCCGGATGAACACCAAGTACGACGAGAACGACAAGCTGATCCGGGAGGTGAAGGTGATCACCCTGAAATCCAAGCTGGTGAGCGACTTCCGGAAGGACTTCCAGTTCTACAAGGTGCGGGAGATCAACAACTACCACCACGCCCACGACGCCTACCTGAACGCCGTGGTGGGCACCGCCCTGATCAAGAAGTACCCCAAGCTGGAGAGCGAGTTCGTGTACGGCGACTACAAGGTGTACGACGTGCGGAAGATGATCGCCAAGAGCGAGCAGGAGATCGGCAAGGCCACCGCCAAGTACTTCTTCTACAGCAACATCATGAACTTCTTCAAGACCGAGATCACCCTGGCCAACGGCGAGATCCGGAAGCGGCCCCTGATCGAGACCAACGGCGAGACCGGCGAGATCGTGTGGGACAAGGGCCGGGACTTCGCCACCGTGCGGAAGGTGCTGAGCATGCCCCAGGTGAACATCGTGAAGAAAACCGAGGTGCAGACCGGCGGCTTCAGCAAGGAGAGCATCCTGCCCAAGCGGAACAGCGACAAGCTGATCGCCCGGAAGAAGGACTGGGACCCCAAGAAGTACGGCGGCTTCGACAGCCCCACCGTGGCCTACAGCGTGCTGGTGGTGGCCAAGGTGGAGAAGGGCAAGAGCAAGAAGCTGAAATCCGTGAAGGAGCTGCTGGGCATCACCATCATGGAGCGGAGCAGCTTCGAGAAGAACCCCATCGACTTCCTGGAGGCCAAGGGCTACAAGGAGGTGAAGAAGGACCTGATCATCAAGCTGCCCAAGTACAGCCTGTTCGAGCTGGAGAACGGCCGGAAGCGGATGCTGGCCAGCGCCGGCGAGCTGCAGAAGGGCAACGAGCTGGCCCTGCCCAGCAAGTACGTGAACTTCCTGTACCTGGCCAGCCACTACGAGAAGCTGAAGGGCAGCCCCGAGGACAACGAGCAGAAGCAGCTGTTCGTGGAGCAGCACAAGCACTACCTGGACGAGATCATCGAGCAGATCAGCGAGTTCAGCAAGCGGGTGATCCTGGCCGACGCCAACCTGGACAAGGTGCTGAGCGCCTACAACAAGCACCGGGACAAGCCCATCCGGGAGCAGGCCGAGAACATCATCCACCTGTTCACCCTGACCAACCTGGGCGCCCCCGCCGCCTTCAAGTACTTCGACACCACCATCGACCGGAAGCGGTACACCAGCACCAAGGAGGTGCTGGACGCCACCCTGATCCACCAGAGCATCACCGGCCTGTACGAGACCCGGATCGACCTGAGCCAGCTGGGCGGCGAC (SEQ ID NO: 50)
在一些實施例中,靶向部分可包含含有gRNA或連接(例如共價連接)至gRNA的Cas域。gRNA為短合成RNA,其由為了Cas蛋白結合而必需的「支架」序列及使用者定義之針對基因體目標的約20個核苷酸之靶向序列構成。實務上,嚮導RNA序列通常設計成具有17至24個核苷酸(例如19、20或21個核苷酸)的長度且與靶向核酸序列互補。用於設計有效嚮導RNA的定製gRNA產生器及演算法可市購。亦已使用嵌合「單嚮導RNA」(「sgRNA」)達成基因編輯,該單嚮導RNA為經工程改造(合成)之單一RNA分子,其模擬天然存在之crRNA-tracrRNA複合物且含有tracrRNA (用於結合核酸酶)與至少一種crRNA (以將核酸酶引導至靶向編輯的序列)。亦已證明經化學修飾之sgRNA可有效用於Cas蛋白;參見例如Hendel等人(2015) Nature Biotechnol., 985 - 991。例示性嚮導RNA序列揭示於表2及表3中。
在一些實施例中,gRNA包含與目標基因相關之DNA序列互補的核酸序列。在一些實施例中,DNA序列係、包含或重疊可操作地連接至目標基因之表現控制元件。在一些實施例中,gRNA包含與目標基因相關之DNA序列至少90、95、99或100%互補的核酸序列。在一些實施例中,聯合包含Cas分子之DNA靶向部分使用的gRNA為sgRNA。
在一些實施例中,聯合CRISPR/Cas域使用的gRNA特異性結合與CTCF相關的目標序列。在一些實施例中,聯合CRISPR/Cas域使用的gRNA特異性結合與啟動子相關的目標序列。在一些實施例中,gRNA結合表2或表3中所列之目標序列。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子結合表2或表3中所列之目標序列。 表2:例示性gRNA序列
嚮導名稱 目標位點 目標序列 基因體座標
GD-28616 CTCF ATGATCTCTGCTGCCAGTAG (SEQ ID NO: 1) chr8:128746342-128746364 +
GD-28859 CTCF ATCGCGCCTGGATGTCAACG (SEQ ID NO: 2) chr8:128746321-128746343 -
GD-28862 CTCF ATTGTGCAGTGCATCGGATT (SEQ ID NO: 3) chr8:128746525-128746547 +
GD-28617 啟動子 GTCAAACAGTACTGCTACGG (SEQ ID NO: 4) chr8:128748014-128748036 +
表3:例示性gRNA序列
嚮導名稱 目標序列 基因體座標
GD-29833 TGCCACTTCCCCACTAACCC (SEQ ID NO: 96) GRCh37: chr8:129188878-129188900
GD-29834 GGCCACACAAGGAAGCTGCA (SEQ ID NO: 97) GRCh37: chr8:129188958-129188980
GD-29835 CCACACAAGGAAGCTGCAGG (SEQ ID NO: 98) GRCh37: chr8:129188960-129188982
GD-29836 TGATTGGAATGCAACCCGAA (SEQ ID NO: 99) GRCh37: chr8:129189067-129189089
GD-29837 TTTTGCCCTTGCTACCCCAA (SEQ ID NO: 100) GRCh37: chr8:129189457-129189479
GD-29838 AGCTGATGGTATCCACTAGG (SEQ ID NO: 101) GRCh37: chr8:129189554-129189576
GD-29839 CACATCCAAGAATGTAGTGG (SEQ ID NO: 102) GRCh37: chr8:129189679-129189701
GD-29840 GATACAGCCACAAAGCTCAC (SEQ ID NO: 103) GRCh37: chr8:129209511-129209533
GD-29841 ATTACATAACAGAATCCAGG (SEQ ID NO: 104) GRCh37: chr8:129209643-129209665
GD-29842 CCCTTGACTGTGCTGCCACC (SEQ ID NO: 105) GRCh37: chr8:129209658-129209680
GD-29843 CAGACGAGGAACCTGAACCC (SEQ ID NO: 106) GRCh37: chr8:129209856-129209878
GD-29844 AGAATCCCTTGGGGTAGCAA (SEQ ID NO: 107) GRCh37: chr8:129189452-129189474
GD-29914 CAGCACTCTCGCTGACCGCA (SEQ ID NO: 108) GRCh37: chr8:129189190-129189212
GD-29915 GTTGAGTCATGTGTACTCTG (SEQ ID NO: 109) GRCh37: chr8:129189274-129189296
GD-29916 AGGAACAGGATGTTACAACT (SEQ ID NO: 110) GRCh37: chr8:129189421-129189443
GD-28662 GGGGCCACTAGGGACAGGAT (SEQ ID NO: 111) GRCh37: chr19:55627120-55627139
在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一DNA靶向部分的第一表現抑制子及含有第二DNA靶向部分的第二表現抑制子,其中該第一DNA靶向部分包含或為第一CRISPR/Cas域且該第二DNA靶向部分包含或為第二CRISPR/Cas域。在一些實施例中,第一CRISPR/Cas域包含第一CRISPR/Cas蛋白及第一嚮導RNA,且第二CRISPR/Cas域包含第二CRISPR/Cas蛋白及第二嚮導RNA。在一些實施例中,第一CRISPR/Cas蛋白對第二嚮導RNA的結合不明顯(例如不結合),例如以至少10、20、50、100、1000或10,000 nM的K D結合,且第二CRISPR/Cas蛋白對第一嚮導RNA的結合不明顯(例如不結合),例如以至少10、20、50、100、1000或10,000 nM的K D結合。
TAL效應域  在一些實施例中,DNA靶向部分為或包含TAL效應域。TAL效應域,例如特異性結合DNA序列的TAL效應域,包含複數個TAL效應子重複序列或其片段,且視情況包含天然存在之TAL效應子重複序列的一或多個額外部分(例如複數個TAL效應域的N端及/或C端),其中各TAL效應子重複序列識別核苷酸。TAL效應蛋白可包含TAL效應域及視情況選用之一或多種其他域。多種TAL效應域已為熟習此項技術者所知且可市購,例如購自Thermo Fisher Scientific。
TALE為多種物種之細菌病原體所分泌的天然效應蛋白,該等物種包括調節宿主植物中之基因表現且促進細菌拓殖及存活的植物病原體黃單胞菌屬( Xanthomonas)。TAL效應子的特異性結合係基於通常33或34個胺基酸的串聯排列的幾乎一致的重複序列之中心重複域(重複-可變雙殘基RVD域)。
TAL效應子家族成員不同之處主要在於其重複序列的數目及次序。重複序列的數目在1.5至33.5個重複序列的範圍內且C端重複序列通常具有較短的長度(例如約20個胺基酸)且一般稱為「半重複序列」。TAL效應子中之各重複序列的特徵為一個重複序列與一個鹼基對的相關性,其中不同的重複序列類型展現不同的鹼基對特異性(一個重複序列識別目標基因序列上的一個鹼基對)。一般而言,重複序列數目愈小,則蛋白質-DNA相互作用愈弱。已顯示6.5個重複序列的數目足以活化報導基因之轉錄(Scholze等人,2010)。
重複序列間的變化主要存在於胺基酸位置12及13處,其因此稱為「高變」的且對與目標DNA啟動子序列相互作用之特異性負責,如列舉例示性重複可變雙殘基(RVD)及其與核酸鹼基目標之對應關係的表4中所示。 表4:RVD及核酸鹼基特異性
目標 可能的RVD胺基酸組合
A NI NN CI HI KI
G NN GN SN VN LN DN QN EN HN RH NK AN FN
C HD RD KD ND AD
T NG HG VG IG EG MG YG AA EP VA QG KG RG
因此,可修飾TAL效應子中的重複以靶向特定的DNA序列。其他研究已顯示RVD NK可靶向G。TAL效應子的目標位點亦傾向於包括與第一重複所靶向之5'鹼基側接的T,但此識別的確切機制未知。迄今為止已知超過113種TAL效應序列。來自黃單胞菌屬之TAL效應子的非限制性實例包括Hax2、Hax3、Hax4、AvrXa7、AvrXa10及AvrBs3。
相應地,本發明之TAL效應域中的TAL效應子重複序列可來源於任何細菌物種(例如黃單胞菌屬物種,諸如水稻黃單胞菌水稻白葉枯病變種( Xanthomonas oryzaepv. Oryzae)非洲菌株(Yu等人2011)、野油菜黃單胞菌變種( Xanthomonas campestrispv. raphani)菌株756C及水稻黃單胞菌水稻細條斑病變種( Xanthomonas oryzaepv. Oryzicola)菌株BLS256 (Bogdanove等人2011))的TAL效應子。如本文所用,根據本發明之TAL效應域包含RVD域以及亦來自天然存在之TAL效應子的側接序列(RVD域之N端及/或C端一側的序列)。其可包含比天然存在之TAL效應域中的RVD更多或更少的重複序列。本發明之TAL效應域基於上述代碼及此項技術中已知的其他代碼設計成靶向指定的DNA序列。TAL效應子重複序列(例如單體或模組)及其特定序列的數目係基於所要DNA目標序列來選擇。舉例而言,可移除或添加TAL效應子重複序列以便適合特定的目標序列。在一實施例中,本發明之TAL效應域包含6.5至33.5個TAL效應子重複序列。在一實施例中,本發明之TAL效應域包含8至33.5個TAL效應子重複序列,例如10至25個TAL效應子重複序列,例如10至14個TAL效應子重複序列。
在一些實施例中,TAL效應域包含對應於與DNA目標序列完全匹配的TAL效應子重複序列。在一些實施例中,重複序列與DNA目標序列上之目標鹼基對之間的錯配只要其讓表現抑制系統(例如包含TAL效應域的表現抑制子)發揮功能即被允許。一般而言,TALE結合與錯配數目負相關。在一些實施例中,相對於目標DNA序列,本發明之表現抑制子中的TAL效應域包含不超過7個錯配、6個錯配、5個錯配、4個錯配、3個錯配、2個錯配或1個錯配,且視情況無錯配。不希望受理論束縛,一般而言,TAL效應域中的TAL效應子重複序列數目愈小,則耐受的錯配數目愈小且仍允許表現抑制系統(例如包含TAL效應域的表現抑制子)發揮功能。認為結合親和力取決於匹配的重複序列-DNA組合之總和。舉例而言,具有25個或更多個TAL效應子重複序列的TAL效應域可能能夠耐受至多7個錯配。
除TAL效應子重複序列之外,本發明之TAL效應域可包含來源於天然存在之TAL效應子的額外序列。TAL效應域中之TAL效應子重複部分的各側上所包括的C端及/或N端序列長度可變化且可由熟習此項技術者選擇,例如基於Zhang等人(2011)的研究。Zhang等人描述基於Hax3源性TAL效應子之蛋白質的多種C端及N端截斷突變體且已鑑別出促成與目標序列之最佳結合及因此促成轉錄活化的關鍵元件。一般而言,發現轉錄活性與N端長度負相關。就C端而言,鑑別出對Hax 3序列之前68個胺基酸內之DNA結合殘基重要的元件。相應地,在一些實施例中,本發明之表現抑制子的TAL效應域中包括天然存在之TAL效應子中之TAL效應子重複序列的C端一側的前68個胺基酸。相應地,在一實施例中,本發明之TAL效應域包含:1)來源於天然存在之TAL效應子的一或多個TAL效應子重複序列;2)來自天然存在之TAL效應子、位於TAL效應子重複序列之N端側的至少70、80、90、100、110、120、130、140、150、170、180、190、200、220、230、240、250、260、270、280個或更多個胺基酸;及/或3)來自天然存在之TAL效應子、位於TAL效應子重複序列之C端側的至少68、80、90、100、110、120、130、140、150、170、180、190、200、220、230、240、250、260個或更多個胺基酸。
在一些實施例中,調節劑包含靶向部分,該靶向部分包含經工程改造之DNA結合域(DBD),例如包含TAL效應子重複序列的TAL效應子,該TAL效應子重複序列結合目標序列,例如可操作地連接至目標基因(例如MYC)的啟動子或轉錄起始位點(TSS)序列,例如與轉錄調節元件近接的序列,例如包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列,例如與錨定序列近接的序列。在一些實施例中,TAL效應域可經工程改造以將表觀遺傳效應部分載送至目標位點。
Zn指域  在一些實施例中,DNA靶向部分為或包含Zn指域。Zn指域包含Zn指,例如天然存在之Zn指,例如天然存在之Zn指或經工程改造之Zn指,或其片段。多種Zn指已為熟習此項技術者所知且可市購,例如購自Sigma-Aldrich。一般而言,Zn指域包含複數個Zn指,其中各Zn指識別三個核苷酸。Zn指蛋白可包含Zn指域及視情況選用之一或多種其他域。
在一些實施例中,Zn指分子包含非天然存在之Zn指蛋白,其經工程改造以結合所選的目標DNA序列。參見例如Beerli等人(2002) Nature Biotechnol. 20:135-141;Pabo等人(2001) Ann. Rev. Biochem. 70:313-340;Isalan等人(2001) Nature Biotechnol. 19:656-660;Segal等人(2001) Curr. Opin. Biotechnol. 12:632-637;Choo等人(2000) Curr. Opin. Struct. Biol. 10:411-416;美國專利第6,453,242號、第6,534,261號、第6,599,692號、第6,503,717號、第6,689,558號、第7,030,215號、第6,794,136號、第7,067,317號、第7,262,054號、第7,070,934號、第7,361,635號、第7,253,273號;及美國專利公開案第2005/0064474號、第2007/0218528號、第2005/0267061號,其全部以全文引用之方式併入本文中。
與天然存在之Zn指相比,經工程改造之Zn指可具有新穎的結合特異性。工程化方法包括但不限於合理設計及各種類型之選擇。合理設計包括例如使用包含三聯體(或四聯體)核苷酸序列及個別Zn指胺基酸序列之資料庫,其中各三聯體或四聯體核苷酸序列與結合特定三聯體或四聯體序列之鋅指的一或多個胺基酸序列相關。參見例如美國專利第6,453,242號及第6,534,261號,其以全文引用之方式併入本文中。
例示性選擇方法,包括噬菌體呈現及雙雜交體系統,揭示於美國專利第5,789,538號、第5,925,523號、第6,007,988號、第6,013,453號、第6,410,248號、第6,140,466號、第6,200,759號及第6,242,568號;以及國際專利公開案第WO 98/37186號、第WO 98/53057號、第WO 00/27878號及第WO 01/88197號,及第GB 2,338,237號。另外,針對鋅指蛋白之結合特異性的增強已描述於例如國際專利公開案第WO 02/077227號中。
另外,如此等及其他參考文獻中所揭示,鋅指及/或多指鋅指域可利用任何適合的連接子序列(包括例如長度為5個或更多個胺基酸的連接子)連接在一起。關於長度為6個或更多個胺基酸的例示性連接子序列,亦參見美國專利第6,479,626號、第6,903,185號及第7,153,949號。本文所描述之蛋白質可在蛋白質之個別鋅指之間包括適合連接子之任何組合。另外,針對鋅指結合域之結合特異性的增強已描述於例如共同擁有之國際專利公開案第WO 02/077227號中。
用於設計及構築融合蛋白(及編碼其的聚核苷酸)的Zn指及方法已為熟習此項技術者所知且詳細地描述於美國專利第6,140,0815號、第789,538號、第6,453,242號、第6,534,261號、第5,925,523號、第6,007,988號、第6,013,453號及第6,200,759號;國際專利公開案第WO 95/19431號、第WO 96/06166號、第WO 98/53057號、第WO 98/54311號、第WO 00/27878號、第WO 01/60970號、第WO 01/88197號、第WO 02/099084號、第WO 98/53058號、第WO 98/53059號、第WO 98/53060號、第WO 02/016536號及第WO 03/016496號。
在某些實施例中,DNA靶向部分包含Zn指域,該Zn指域包含結合(以序列特異性方式)至目標DNA序列的經工程改造之鋅指。在一些實施例中,Zn指域包含一個Zn指或其片段。在一些實施例中,Zn指域包含複數個Zn指(或其片段),例如2、3、4、5、6個或更多個Zn指(及視情況,不超過12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2個Zn指)。在一些實施例中,Zn指域包含至少三個Zn指。在一些實施例中,Zn指域包含四個、五個或六個Zn指。在一些實施例中,Zn指域包含8、9、10、11或12個Zn指。在一些實施例中,包含三個Zn指的Zn指域識別包含9或10個核苷酸的目標DNA序列。在一些實施例中,包含四個Zn指的Zn指域識別包含12至14個核苷酸的目標DNA序列。在一些實施例中,包含六個Zn指的Zn指域識別包含18至21個核苷酸的目標DNA序列。
在一些實施例中,靶向域包含雙手(two-handed) Zn指蛋白。雙手鋅指蛋白為其中鋅指的兩個叢集被中間胺基酸分隔的彼等蛋白質,使得兩個鋅指域結合兩個不連續的目標DNA序列。雙手型鋅指結合蛋白的一實例為SIP1,其中四個鋅指的叢集位於蛋白質的胺基端且三個Zn指的叢集位於羧基端(參見Remade等人(1999) EMBO Journal 18(18):5073-5084)。此等域中之鋅指的各叢集能夠結合獨特的目標序列且兩個目標序列之間的間距可包含多個核苷酸。
在一些實施例中,表現抑制子包含靶向部分,該靶向部分包含經工程改造之DNA結合域(DBD),例如包含Zn指(ZFN)的Zn指域,其結合目標序列,例如可操作地連接至目標基因(例如MYC)的啟動子或轉錄起始位點(TSS)序列,例如與轉錄調節元件近接的序列,例如包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列,例如與錨定序列近接的序列。在一些實施例中,ZFN可經工程改造以將表觀遺傳效應分子載送至目標位點。在一些實施例中,靶向部分包含含有2、3、4、5、6、7或8個鋅指的Zn指域。本文所揭示之例示性靶向部分的胺基酸序列列舉於表5中。編碼本文所揭示之例示性靶向部分的核苷酸序列列舉於表6中。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子或系統包含具有表5中所示之序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%一致之序列的靶向部分。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含表6中所示的序列,或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%一致的序列。 表5:例示性靶向部分的胺基酸序列
名稱 SEQ ID NO.    序列
ZF1 (aa) 5 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTKNSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF2 (aa) 6 LEPGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSHSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF3 (aa) 7 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF4 (aa) 8 LEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF5 (aa) 9 LEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF6 (aa) 10 LEPGEKPYKCPECGKSFSDPGALVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF7 (aa) 11 LEPGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTKNSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF8 (aa) 12 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRRDELNVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSKKALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF9 (aa) 13 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF10 (aa) 14 LEPGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDTLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF11 (aa) 15 LEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSKKALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF12 (aa) 16 LEPGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF54 (aa) 169 LEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTS
ZF61 (aa) 170 LEPGEKPYKCPECGKSFSQKSSLIAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHKNALQNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGKKTS
ZF67 (aa) 171 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGKKTS
ZF68 (aa) 172 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQKSSLIAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRRDELNVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGKKTS
表6:例示性靶向部分之核苷酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF1 (nt) 38 CTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTACAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCTCTAGAAGCGACAAACTGACCGAACATCAGAGGACCCACACCGGCGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAATGCGGCAAATCCTTCAGCACCAAGAACTCTCTGACAGAACACCAGAGAACACATACCGGAGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTCTCCCAGTCCGGCGATCTGAGGAGACACCAAAGAACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCCACCACCGGCGCTCTGACCGAGCACCAGAGAACACACACCGGCGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCAGCGACAGCGGCAATCTGAGAGTGCACCAAAGAACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCAGCCAGAGGGCCCATCTGGAGAGGCACCAAAGGACACACACCGGAGAAAAGCCCTACAAGTGTCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTAGCACAAGCGGCGAGCTGGTGAGGCATCAAAGGACCCACACCGGCGAAAAGCCCACCGGCAAAAAGACCAGC
ZF2 (nt) 39 CTGGAGCCCGGCGAGAAGCCCTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCTCCCCCGCCGATCTGACAAGACATCAGAGAACCCATACCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAATGTGGCAAGTCCTTTAGCGATCCCGGACATCTGGTGAGGCACCAGAGGACACACACCGGCGAAAAGCCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCTAGAAGCGACAATCTCGTGAGACACCAGAGAACCCACACCGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCAGCCAGAGCTCCTCTCTGGTGAGGCACCAAAGGACCCACACCGGCGAGAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGTGGCAAAAGCTTCAGCACCTCCCACTCTCTGACCGAGCATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCAGCAGAAATGACGCTCTGACAGAGCACCAAAGAACACATACCGGAGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTTTCTAGAAACGATGCTCTGACCGAACACCAAAGAACACACACCGGCGAAAAGCCTACCGGAAAAAAGACCAGC
ZF3 (nt) 40 CTGGAGCCCGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACAAACTGGTGAGGCATCAAAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGCAAATCCTTTTCCCAGAGGGCTCATCTGGAAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCGATCCCGGCCATCTGGTCAGACATCAGAGGACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAATCCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAGAGAACACACACCGGAGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACATCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTTCCGACTGCAGAGATCTGGCTAGACACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGC
ZF4 (nt) 41 CTGGAGCCCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCCACACCGGCCATCTGCTGGAACACCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTCAGCACCACCGGCAATCTGACAGTCCATCAGAGGACCCACACCGGAGAGAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCGACAAGAAGGATCTGACAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCAGAGCGGCGATCTGAGGAGACATCAAAGAACACATACCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCCGAATGCGGCAAGTCCTTCAGCCAGAGGGCCCATCTGGAAAGGCATCAGAGGACACACACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCTAGAAGCGACAAGCTGACCGAGCATCAGAGGACCCACACCGGAGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCAGCAGAACCGACACACTGAGAGATCACCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGC
ZF5 (nt) 42 CTGGAGCCCGGCGAGAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTTAGCCACACCGGCCATCTGCTGGAGCATCAAAGGACACACACCGGAGAAAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCAGCACCTCCGGCAATCTCACCGAACACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAACCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCACCAGCGGCAATCTGGTGAGACATCAAAGAACACATACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTCTCCCAACTGGCCCATCTGAGGGCCCACCAGAGGACACATACCGGAGAAAAACCCTACAAATGCCCCGAATGCGGAAAAAGCTTCTCCGAGAGAAGCCATCTGAGAGAGCACCAAAGGACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTAGCGATCCCGGACATCTGGTGAGACATCAGAGAACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAATGTGGCAAGTCCTTTAGCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAAAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGC
ZF6 (nt) 43 CTGGAGCCCGGCGAAAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCGACCCCGGCGCTCTGGTGAGACATCAAAGAACACATACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAATGTGGAAAATCCTTCAGCGAAAGAAGCCATCTGAGGGAACACCAGAGGACCCACACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGCCCCGAATGCGGAAAAAGCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCAACCATCAGAGAACACACACCGGCGAAAAGCCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTTAGCGAGAGGTCCCATCTGAGAGAGCACCAGAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTACAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTTAGCAGAAGCGACCATCTGACCAATCATCAAAGGACCCACACCGGAGAGAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTTTCCGATCCCGGCCACCTCGTGAGGCACCAAAGAACCCATACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCATCAGAGGACACACACCGGCGAAAAACCCACCGGCAAGAAAACCAGC
ZF7 (nt) 44 CTGGAGCCCGGAGAGAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCTAGAAATGACGCTCTGACAGAACACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTAGCGATTGCAGAGATCTGGCTAGACATCAGAGAACACACACCGGCGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCGACCCCGGCCATCTGGTGAGACATCAAAGGACACATACCGGAGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGCGGCCATCTCACCGAGCATCAAAGGACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAATGTGGCAAGTCCTTCTCTAGAGAGGATAATCTGCACACCCATCAGAGGACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGCCCCGAATGTGGAAAGTCCTTTTCCACCAAGAACTCTCTGACCGAGCATCAGAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTCAGCAGAGCCGACAATCTGACAGAGCACCAAAGAACACATACCGGCGAAAAGCCCACCGGCAAAAAGACCAGC
ZF8 (nt) 45 CTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTACAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCTCTAGATCCGACAAACTGACCGAACATCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAAGGGACGAGCTGAACGTGCATCAGAGAACACATACCGGCGAGAAGCCCTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAAAGCTTCTCTAGAAGCGATCATCTGACCAACCACCAGAGAACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGTGGAAAATCCTTCAGCTCCCCCGCCGATCTGACCAGACACCAAAGGACCCACACCGGCGAGAAGCCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTTTCCAGATCCGACCATCTGACCAATCATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTTCCAGCAAGAAGGCTCTGACCGAGCATCAAAGGACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTTAGCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAGAGGACACACACCGGAGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGC
ZF9 (nt) 46 CTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGC
ZF10 (nt) 47 CTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTACAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTAGCCAAAGCGGCGATCTGAGGAGACACCAAAGAACACACACCGGCGAGAAGCCCTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCCAGAGCGGCCATCTGACCGAGCATCAGAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCGAGAGATCCCATCTGAGAGAACACCAGAGGACACACACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCGATCCCGGCCATCTGGTGAGACATCAAAGGACACATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCAGAAACGACACACTCACCGAACACCAGAGGACCCACACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACACCAGAGGACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCTCCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAAAGAACACATACCGGAGAAAAGCCCACCGGAAAAAAGACCAGC
ZF11 (nt) 48 CTGGAGCCCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGAAAGAGCTTCAGCCATACCGGCCATCTGCTGGAACACCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCTCCTCCAAAAAGGCTCTCACCGAGCACCAGAGAACACATACCGGCGAAAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTTTCCGACTGTAGAGATCTGGCCAGACATCAAAGAACCCACACCGGAGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCATACCGGCCATCTGCTGGAGCACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCAGCAGAAATGACGCTCTGACCGAGCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAGTGTCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGCGGCGATCTGAGGAGACACCAGAGAACACACACCGGCGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTTAGCGACAGCGGCAATCTGAGGGTGCATCAAAGAACACACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACAAGC
ZF12 (nt) 49 CACCGGCGAAAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTCTCTAGAAGCGATCACCTCACCAATCATCAGAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTTAGCCAGCTGGCTCATCTGAGAGCTCACCAAAGAACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTTTCCCAGTCCAGCAACCTCGTCAGACATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGATCCGACAACCTCGTGAGGCACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAAAGCTTTTCTAGAAGCGACGAGCTGGTGAGACATCAAAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGGGCCCACCAGAGAACACATACCGGCGAAAAACCCACCGGCAAAAAGACAAGC
ZF12 (nt) 全長 115 CTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTATAAATGCCCCGAATGCGGAAAAAGCTTCAGCCAGTCCAGCTCTCTGGTGAGACATCAGAGGACACACACCGGCGAAAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTCTCTAGAAGCGATCACCTCACCAATCATCAGAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTTAGCCAGCTGGCTCATCTGAGAGCTCACCAAAGAACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTTTCCCAGTCCAGCAACCTCGTCAGACATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGATCCGACAACCTCGTGAGGCACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAAAGCTTTTCTAGAAGCGACGAGCTGGTGAGACATCAAAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGGGCCCACCAGAGAACACATACCGGCGAAAAACCCACCGGCAAAAAGACAAGC
ZF9 131 CUGGAGCCCGGCGAGAAACCUUACAAAUGCCCCGAGUGCGGCAAGAGCUUCAGCAGAAGCGACGAUCUGGUGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCUUACAAGUGUCCCGAAUGCGGAAAGUCCUUCAGCAGAGAGGACAAUCUGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCUUACAAGUGCCCCGAAUGCGGCAAAUCCUUUUCUAGAAGCGAUCAUCUGACCACCCACCAAAGAACACAUACCGGCGAGAAGCCUUACAAAUGUCCCGAGUGCGGAAAGUCCUUCUCCCAGAGAGCCAAUCUGAGGGCUCAUCAAAGGACCCAUACCGGCGAAAAGCCCUACAAAUGCCCCGAGUGCGGAAAAUCCUUCAGCCAGCUGGCCCAUCUGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCUAUAAGUGCCCCGAGUGUGGAAAAAGCUUUUCCCAGAGGGCCAAUCUGAGGGCCCAUCAGAGGACCCAUACCGGAGAGAAGCCUUAUAAAUGUCCCGAGUGCGGAAAAAGCUUCAGCGAGAGGAGCCAUCUGAGGGAACAUCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGC
ZF54 173 CTGGAGCCTGGAGAGAAACCCTACAAATGCCCGGAATGCGGGAAGTCCTTTTCCGAACGCTCGCACCTGAGGGAACACCAGAGAACTCACACCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCAGAATGCGGAAAGAGCTTTTCACGGTCGGACAACCTCGTGCGGCACCAACGCACTCATACCGGAGAGAAGCCGTACAAGTGTCCTGAGTGCGGAAAGTCATTCTCCGACTGCCGGGATTTGGCCCGCCACCAAAGAACACACACTGGCGAAAAGCCCTACAAGTGCCCGGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCACTTCCGGAGAGCTGGTCCGGCACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCTTACAAATGTCCAGAGTGCGGTAAAAGCTTCTCCACCACCGGCAACCTCACCGTGCACCAGCGGACCCACACTGGAGAAAAGCCGTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTCTCGCGATCCGATAAGCTTGTGCGGCATCAGAGAACGCACACTGGGGAAAAGCCTTATAAGTGTCCGGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCGCACTGACACCCTGCGGGACCATCAGCGCACCCATACCGGCAAAAAGACCTCT
ZF61 174 CTTGAACCCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGCCCGGAATGCGGAAAGAGCTTCAGCCAGAAGTCCTCGCTGATCGCGCACCAGAGGACTCACACCGGCGAAAAGCCATACAAGTGTCCTGAGTGTGGCAAATCCTTCTCGCACAAGAACGCACTGCAGAACCACCAGAGAACCCACACCGGGGAAAAGCCGTATAAGTGCCCCGAATGTGGAAAGTCGTTCAGCCAGTCATCCAACCTCGTGCGCCATCAAAGGACTCATACCGGAGAGAAACCTTACAAATGCCCTGAATGCGGCAAATCTTTCTCCCGGAATGATGCCCTGACCGAGCACCAGCGCACTCACACGGGAGAGAAGCCGTACAAATGTCCGGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCGACAAGAAGGACTTGACCAGACACCAGCGGACCCATACTGGCGAAAAACCCTATAAGTGTCCAGAGTGCGGGAAGTCCTTTAGCCAAGCCGGTCACCTCGCTTCCCACCAACGGACCCACACAGGAGAAAAGCCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCTCCGATAAGAAGGACCTGACTCGGCATCAGCGCACCCATACCGGAAAGAAAACCTCA
ZF67 175 CTGGAGCCTGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCAGAATGCGGAAAGAGCTTTTCACGGTCGGACAACCTCGTGCGGCACCAACGCACTCATACCGGAGAGAAGCCGTACAAGTGTCCTGAGTGCGGAAAGTCATTCTCCGACTGCCGGGATTTGGCCCGCCACCAAAGAACACACACTGGCGAAAAGCCCTACAAGTGCCCGGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCACTTCCGGAGAGCTGGTCCGGCACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCTTACAAATGTCCAGAGTGCGGTAAAAGCTTCTCCACCACCGGCAACCTCACCGTGCACCAGCGGACCCACACTGGAGAAAAGCCGTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTCTCGCGATCCGATAAGCTTGTGCGGCATCAGAGAACGCACACTGGGGAAAAGCCTTATAAGTGTCCGGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCGCACTGACACCCTGCGGGACCACCAGAGAACCCATACTGGCGAGAAGCCATACAAATGCCCGGAATGTGGAAAGAGTTTCTCGCGCGAGGACAACCTCCACACCCATCAGCGCACCCATACCGGCAAAAAGACCTCT
ZF68 176 CTGGAACCCGGAGAGAAACCCTACAAATGCCCAGAGTGCGGCAAATCGTTCTCACGGTCCGATCACCTCACCACCCACCAGAGGACCCATACCGGGGAGAAGCCTTACAAGTGTCCTGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCCAAAAGTCCTCGCTGATCGCACACCAGCGCACGCACACTGGGGAAAAGCCATATAAATGCCCGGAGTGTGGCAAATCCTTCTCCCGCCGCGACGAACTGAACGTGCACCAGAGAACCCACACTGGAGAGAAGCCGTATAAGTGTCCGGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCGCAATCCGGGGACCTTCGGAGACATCAGAGGACACACACTGGCGAAAAGCCCTATAAGTGCCCTGAGTGCGGGAAGTCCTTTAGCCAAGCCGGTCACCTGGCCTCCCACCAACGGACTCACACCGGCGAAAAACCGTACAAGTGCCCCGAATGCGGAAAGTCGTTCTCTACCTCCGGAAACTTGACCGAACACCAGCGGACCCACACCGGAGAAAAGCCGTACAAATGTCCTGAATGCGGCAAAAGCTTCAGCCAGGCCGGTCATCTCGCGAGCCATCAGCGGACTCATACTGGCAAAAAGACCTCA
在一些實施例中,表現抑制系統包含靶向部分,該靶向部分包含經工程改造之DNA結合域(DBD),例如包含Zn指(ZFN)的Zn指域,其結合目標序列,例如可操作地連接至目標基因(例如MYC)的啟動子或轉錄起始位點(TSS)序列,例如與轉錄調節元件近接的序列,例如包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列,例如與小鼠基因體中之錨定序列近接的序列。在一些實施例中,ZFN可經工程改造以將表觀遺傳效應分子載送至目標位點。在一些實施例中,靶向部分包含含有2、3、4、5、6、7或8個鋅指的Zn指域。本文所揭示之例示性靶向部分的胺基酸序列列舉於表7中。編碼本文所揭示之例示性靶向部分的核苷酸序列列舉於表8中。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子或系統包含具有表7中所示之序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%一致之序列的靶向部分。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含表8中所示的序列,或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%或99%一致的序列。 表7:例示性小鼠特異性靶向部分的胺基酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF15 (aa) 154 LEPGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDTLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF16 (aa) 155 LEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPTGKKTS
ZF17 (aa) 156 LEPGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHRTTLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPTGKKTS
表8:例示性小鼠特異性靶向部分之核苷酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF15 nt 157 CTTGAGCCCGGAGAAAAGCCATACAAATGTCCTGAATGCGGAAAGTCATTTTCTACGAGCGGCGAACTCGTGCGGCACCAAAGGACTCATACCGGCGAAAAGCCTTACAAATGCCCGGAGTGCGGAAAAAGCTTCTCCGAGCGCTCGCACTTGCGGGAACACCAGCGAACCCACACAGGGGAGAAACCGTATAAGTGCCCAGAGTGCGGCAAATCGTTCTCCCGGAACGACACCCTGACCGAACACCAACGCACTCATACTGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCTGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCCCGCGCCGATAACCTGACCGAGCACCAGCGGACCCATACCGGGGAAAAGCCGTACAAGTGTCCGGAATGCGGCAAAAGCTTCAGCACCTCGGGTTCCCTGGTCCGGCATCAGAGAACTCACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGTCCTGAGTGCGGGAAGTCCTTTTCATCGCCCGCGGACCTGACTAGACACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGCCCCGAATGTGGAAAGTCCTTCTCCGACTCCGGCAACCTCCGGGTGCACCAGCGCACCCACACTGGAGAGAAGCCGACCGGAAAGAAAACTTCC
ZF16 nt 158 CTGGAACCCGGAGAAAAACCTTATAAGTGCCCTGAATGCGGAAAGTCATTCTCGAGGTCGGACAAGCTCGTGCGGCACCAGAGGACACACACCGGGGAAAAGCCATACAAGTGTCCCGAATGTGGAAAGTCCTTCAGCCAACGCGCCAACCTGAGAGCTCATCAGCGGACTCACACTGGCGAAAAACCGTACAAATGCCCCGAATGCGGCAAAAGCTTCTCCCGCGCCGACAACTTGACCGAGCACCAGCGGACCCATACCGGCGAAAAGCCGTACAAGTGCCCGGAGTGTGGGAAGTCGTTCAGCCAGTCCTCTTCCCTCGTGCGCCACCAACGCACCCATACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGTCCTGAGTGTGGCAAATCATTCAGCGATAAGAAGGATCTTACCCGGCACCAACGGACTCATACCGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCGTCCCCGGCGGACCTGACTAGACACCAGCGCACCCACACCGGAGAAAAGCCCTACAAGTGCCCAGAGTGCGGGAAGTCCTTTTCCCAATCCGGTCACCTGACTGAGCACCAGAGAACCCACACGGGAGAGAAACCGACCGGAAAGAAAACCTCC
ZF17 nt 159 TTGGAACCCGGAGAAAAGCCATACAAATGCCCCGAATGCGGAAAGTCGTTCAGCCAGTCCGGCGACCTCAGACGGCACCAACGGACTCACACCGGCGAAAAACCGTACAAGTGCCCAGAGTGCGGCAAAAGCTTTAGCCAGTCGGGCGATCTGCGGAGACATCAGCGCACTCACACTGGTGAAAAGCCCTACAAGTGTCCTGAGTGCGGGAAGTCCTTCAGCGAGCGCTCCCATCTTCGCGAGCACCAGAGAACCCACACTGGAGAAAAACCTTATAAGTGCCCTGAGTGTGGCAAATCCTTCTCAACCACCGGCAACCTGACTGTGCACCAGCGGACCCACACAGGGGAGAAGCCTTACAAGTGCCCGGAGTGTGGGAAGTCATTCTCCCATCGGACGACCCTGACCAACCACCAGAGGACCCATACTGGCGAAAAGCCGTATAAGTGTCCGGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCCGACTCCGGAAACCTCAGGGTGCACCAACGCACCCACACCGGAGAGAAGCCGTACAAATGTCCCGAATGTGGAAAGTCCTTCTCCCAATCCTCTTCGCTGGTCCGGCACCAGCGAACTCATACCGGGGAAAAGCCCACCGGAAAGAAAACCTCG
核酸分子  在一些實施例中,靶向部分係或包含來自核酸酶的DNA結合域。舉例而言,已知歸巢核酸內切酶及大範圍核酸酶,諸如I-SceI、I-CeuI、PI-PspI、PI-Sce、I-SceIV、I-CsmI、I-PanI、I-SceII、I-PpoI、I-SceIII、I-CreI、I-TevI、I-TevII及I-TevIII的識別序列。亦參見美國專利第5,420,032號;第6,833,252號;Belfort等人(1997) Nucleic Acids Res. 25:3379-3388;Dujon等人(1989) Gene 82:115-118;Perler等人(1994) Nucleic Acids Res. 22:1125-1127;Jasin (1996) Trends Genet. 12:224-228;Gimble等人(1996);J. Mol. Biol. 263:163-180;Argast等人(1998) J. Mol. Biol. 280:345-353及New England Biolabs目錄。另外,歸巢核酸內切酶及大範圍核酸酶的DNA結合特異性可經工程改造以結合非天然目標位點。參見例如Chevalier等人(2002) Molec. Cell 10:895-905;Epinat等人(2003) Nucleic Acids Res. 31:2952-2962;Ashworth等人(2006) Nature 441:656-659;Paques等人(2007) Current Gene Therapy 7:49-66;美國專利公開案第2007/0117128號。
在一些實施例中,DNA靶向部分包含或為核酸。在一些實施例中,可包括於DNA靶向部分中的核酸可為或包含DNA、RNA及/或人工或合成核酸或核酸類似物或模擬物。舉例而言,在一些實施例中,核酸可為或包括以下中之一或多者:基因體DNA (gDNA)、互補DNA (cDNA)、肽核酸(PNA)、肽-寡核苷酸結合物、鎖核酸(LNA)、橋接核酸(BNA)、聚醯胺、形成三螺旋體之寡核苷酸、反義寡核苷酸、tRNA、mRNA、rRNA、miRNA、gRNA、siRNA或其他RNAi分子(例如靶向如本文所描述之非編碼RNA及/或靶向與如本文所描述之目標基因體複合物相關聯之特定基因的表現產物)等。在一些實施例中,核酸可包括不為天然存在之DNA或RNA殘基的一或多個殘基,可包括不為磷酸二酯鍵的一或多個鍵聯(例如可為例如硫代磷酸酯鍵等),且/或可包括一或多個修飾,諸如2'O修飾,諸如2'-OmeP。可用於製備合成核酸的多種核酸結構係此項技術中已知的(參見例如WO2017/062862l及WO2014/012081),熟習此項技術者將瞭解此等核酸結構可根據本發明利用。
適用於表現抑制子(例如DNA靶向部分)的核酸可包括但不限於DNA、RNA、經修飾的寡核苷酸(例如化學修飾,諸如改變主鏈鍵聯、糖分子及/或核酸鹼基的修飾),及人工核酸。在一些實施例中,核酸包括但不限於基因體DNA、cDNA、肽核酸(PNA)或肽寡核苷酸結合物、鎖核酸(LNA)、橋接核酸(BNA)、聚醯胺、形成三螺旋體之寡核苷酸、經修飾之DNA、反義DNA寡核苷酸、tRNA、mRNA、rRNA、經修飾之RNA、miRNA、gRNA及siRNA或其他RNA或DNA分子。
在一些實施例中,DNA靶向部分包含長度為約15-200、20-200、30-200、40-200、50-200、60-200、70-200、80-200、90-200、100-200、110-200、120-200、130-200、140-200、150-200、160-200、170-200、180-200、190-200、215-190、20-190、30-190、40-190、50-190、60-190、70-190、80-190、90-190、100-190、110-190、120-190、130-190、140-190、150-190、160-190、170-190、180-190、15-180、20-180、30-180、40-180、50-180、60-180、70-180、80-180、90-180、100-180、110-180、120-180、130-180、140-180、150-180、160-180、170-180、15-170、20-170、30-170、40-170、50-170、60-170、70-170、80-170、90-170、100-170、110-170、120-170、130-170、140-170、150-170、160-170、15-160、20-160、30-160、40-160、50-160、60-160、70-160、80-160、90-160、100-160、110-160、120-160、130-160、140-160、150-160、215-150、20-150、30-150、40-150、50-150、60-150、70-150、80-150、90-150、100-150、110-150、120-150、130-150、140-150、15-140、20-140、30-140、40-140、50-140、60-140、70-140、80-140、90-140、100-140、110-140、120-140、130-140、15-130、20-130、30-130、40-130、50-130、60-130、70-130、80-130、90-130、100-130、110-130、120-130、215-120、20-120、30-120、40-120、50-120、60-120、70-120、80-120、90-120、100-120、110-120、15-110、20-110、30-110、40-110、50-110、60-110、70-110、80-110、90-110、100-110、15-100、20-100、30-100、40-100、50-100、60-100、70-100、80-100、90-100、15-90、20-90、30-90、40-90、50-90、60-90、70-90、80-90、15-80、20-80、30-80、40-80、50-80、60-80、70-80、15-70、20-70、30-70、40-70、50-70、60-70、15-60、20-60、30-60、40-60、50-60、15-50、20-50、30-50、40-50、15-40、20-40、30-40、15-30、20-30或15-20個核苷酸或其間任何範圍的核酸。
效應部分  在一些實施例中,本發明之表現抑制子包含一或多個效應部分。在一些實施例中,效應部分當作為本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統的一部分使用時,減少目標基因在細胞中的表現。
在一些實施例中,效應部分具有與靶向部分結合無關的功能性。舉例而言,效應部分可靶向(例如結合)靶向部分所靶向之基因體序列元件或與該基因體序列元件近接的基因體複合物組分,或募集轉錄因子。作為另一實例,效應部分可包含酶活性,例如基因修飾功能性。
在一些實施例中,效應部分包含表觀遺傳修飾部分。在一些實施例中,效應部分包含DNA修飾功能性,例如DNA甲基轉移酶。在一些實施例中,效應部分為或包含選自以下的蛋白質:MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L,或其中任一者的功能變異體或片段。
在一些實施例中,效應部分包含轉錄抑制子。在一些實施例中,轉錄抑制子阻斷刺激或促進例如目標基因轉錄之因子募集。在一些實施例中,轉錄抑制子募集抑制例如目標基因轉錄的因子。在一些實施例中,效應部分(例如轉錄抑制子)為或包含選自以下的蛋白質:KRAB、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12,或其中任一者的功能變異體或片段。
在一些實施例中,效應部分促進表觀遺傳修飾,例如直接地或間接地促進表觀遺傳修飾。舉例而言,效應部分可藉由募集對染色質進行表觀遺傳修飾的內源蛋白來間接地促進表觀遺傳修飾。效應部分可藉由催化表觀遺傳修飾來直接促進表觀遺傳修飾,其中該效應部分包含酶活性且將表觀遺傳標記直接置於染色質上。
在一些實施例中,效應部分包含組蛋白修飾功能性,例如組蛋白甲基轉移酶、組蛋白去甲基酶或組蛋白去乙醯酶活性。在一些實施例中,效應部分為或包含選自以下的蛋白質:KDM1A (亦即,LSD1)、KDM1B (亦即,LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66,或其中任一者的功能變異體或片段。在一些實施例中,效應部分為或包含選自以下的蛋白質:HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9,或其中任一者的功能變異體或片段。
在一些實施例中,效應部分包含具有本文所描述之功能性的蛋白質。在一些實施例中,效應部分為或包含選自以下的蛋白質:KRAB (例如根據NP_056209.2或由NM_015394.5編碼之蛋白質);SET域(例如以下的SET域:SETDB1 (例如根據NP_001353347.1或由NM_001366418.1編碼之蛋白質);EZH2 (例如根據NP-004447.2或由NM_004456.5編碼之蛋白質);G9A (例如根據NP_001350618.1或由NM_001363689.1編碼之蛋白質);或SUV39H1 (例如根據NP_003164.1或由NM_003173.4編碼之蛋白質));組蛋白去甲基酶LSD1 (例如根據NP_055828.2或由NM_015013.4編碼之蛋白質);FOG1 (例如FOG1的N端殘基) (例如根據NP_722520.2或由NM_153813.3編碼之蛋白質);或KAP1 (例如根據NP_005753.1或由NM_005762.3編碼之蛋白質);其中任一者之功能片段或變異體,或序列與任一上述序列至少80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98或99%一致的多肽。
在一些實施例中,效應部分為或包含選自以下的蛋白質:DNMT3A (例如人類DNMT3A) (例如根據NP_072046.2或由NM_022552.4編碼之蛋白質);DNMT3B (例如根據NP_008823.1或由NM_006892.4編碼之蛋白質);DNMT3L (例如根據NP_787063.1或由NM_175867.3編碼之蛋白質);DNMT3A/3L複合物細菌MQ1 (例如根據CAA35058.1或P15840.3);其中任一者之功能片段,或序列與任一上述序列至少80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98或99%一致的多肽。
在另一態樣中,本發明係關於包含一或多個(例如一個)靶向部分及一或多個效應部分的表現抑制子或多肽,其中一或多個效應部分為或包含Krueppel相關盒(KRAB),例如根據NP_056209.2或由NM_015394.5編碼之蛋白質,或其功能變異體或片段。在一些實施例中,KRAB為合成KRAB構築體。在一些實施例中,KRAB包含SEQ ID NO: 18之胺基酸序列: DAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSV (SEQ ID NO: 18)
在一些實施例中,KRAB效應部分由SEQ ID NO: 51之核苷酸序列編碼。在一些實施例中,本文所描述之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 51之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 GACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTG (SEQ ID NO: 51)
在一些實施例中,本文所描述之多肽或表現抑制子中所用的KRAB為變異體,例如相對於SEQ ID NO: 18之KRAB序列包含一或多個突變的變異體。在一些實施例中,相對於SEQ ID NO: 18,KRAB變異體包含一或多個胺基酸取代、缺失或插入。
在一些實施例中,多肽或表現抑制子為包含效應部分(為或包含KRAB)及DNA靶向部分的融合蛋白。在一些實施例中,靶向部分為或包含鋅指域、TAL域或CRISPR/Cas域,例如包含CRISPR/Cas蛋白,例如dCas9蛋白。在一些實施例中,多肽或表現抑制子包含本文所描述之額外部分。在一些實施例中,多肽或表現抑制子減少目標基因(例如MYC)的表現。在一些實施例中,該多肽或表現抑制子可用於調節(例如減少)基因表現的方法、治療病狀的方法或對目標基因(例如MYC)或本文所描述之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾(例如代替表現抑制系統)的方法中。在一些實施例中,表現抑制系統包含兩種或更多種(例如兩種、三種或四種)表現抑制子,其中第一表現抑制子包含效應部分,該效應部分包含SEQ ID NO: 18之KRAB序列或其功能變異體或片段。
在另一態樣中,本發明係關於包含一或多個(例如一個)靶向部分及一或多個效應部分的表現抑制子或多肽,其中一或多個效應部分為或包含MQ1,例如細菌MQ1,或其功能變異體或片段。在一些實施例中,MQ1為柔膜菌綱螺原體屬( Mollicutes spiroplasma) MQ1。在一些實施例中,MQ1為胡蜂螺原體( Spiroplasma monobiae) MQ1。在一些實施例中,MQ1為來自菌株ATCC 33825且/或與Uniprot ID P15840對應的MQ1。在一些實施例中,MQ1包含SEQ ID NO: 19之胺基酸序列。在一些實施例中,MQ1包含SEQ ID NO: 87之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之效應域包含SEQ ID NO: 19或87,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 SKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGG (SEQ ID NO: 19) MSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGG (SEQ ID NO: 87)
在一些實施例中,MQ1由SEQ ID NO: 52或132之核苷酸序列編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 52、132之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 AGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGC (SEQ ID NO: 52) AGCAAGGUGGAGAACAAGACCAAGAAGCUGCGGGUGUUCGAGGCCUUCGCCGGCAUCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCUGGAGAAGGUGCGGAAGGACGAGUACGAGAUCGUGGGCCUGGCCGAGUGGUACGUGCCCGCCAUCGUGAUGUACCAGGCCAUCCACAACAACUUCCACACCAAGCUGGAGUACAAGAGCGUGAGCCGGGAGGAGAUGAUCGACUACCUGGAGAACAAGACCCUGAGCUGGAACAGCAAGAACCCCGUGAGCAACGGCUACUGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCUGAAGAUCAUCUACAACGCCAUCAAGCUGAGCGAGAAGGAGGGCAACAUCUUCGACAUCCGGGACCUGUACAAGCGGACCCUGAAGAACAUCGACCUGCUGACCUACAGCUUCCCCUGCCAGGACCUGAGCCAGCAGGGCAUCCAGAAGGGCAUGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCUGCUGUGGGAGAUCGAGCGGGCCCUGGACAGCACCGAGAAGAACGACCUGCCCAAGUACCUGCUGAUGGAGAACGUGGGCGCCCUGCUGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCUGAACCAGUGGAAGCAGAAGCUGGAGAGCCUGGGCUACCAGAACAGCAUCGAGGUGCUGAACGCCGCCGACUUCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGUGUUCAUGAUCAGCACCCUGAACGAGUUCGUGGAGCUGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCAUCAAGAAGGUGCUGAACAAGAUCGUGAGCGAGAAGGACAUCCUGAACAACCUGCUGAAGUACAACCUGACCGAGUUCAAGAAaACCAAGAGCAACAUCAACAAGGCCAGCCUGAUCGGCUACAGCAAGUUCAACAGCGAGGGCUACGUGUACGACCCCGAGUUCACCGGCCCCACCCUGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGAUCAAGAUCAAGGACGGCAGCAACAUCCGGAAGAUGAACAGCGACGAGACCUUCCUGUACAUCGGCUUCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGUGAACGAGAUCGAGUUCCUGACCGAGAACCAGAAGAUCUUCGUGUGCGGCAACAGCAUCAGCGUGGAGGUGCUGGAGGCCAUCAUCGACAAGAUCGGCGGC (SEQ ID NO: 132)
在一些實施例中,本文所描述之多肽或表現抑制子中所用的MQ1為變異體,例如相對於野生型MQ1 (例如SEQ ID NO: 19),包含一或多個突變的變異體。在一些實施例中,相對於野生型MQ1,例如SEQ ID NO: 19之MQ1,MQ1變異體包含一或多個胺基酸取代、缺失或插入。在一些實施例中,MQ1變異體包含K297P取代。在一些實施例中,MQ1變異體包含N299C取代。在一些實施例中,MQ1變異體包含E301Y取代。在一些實施例中,MQ1變異體包含Q147L取代(例如相對於野生型MQ1,具有減小的DNA甲基轉移酶活性)。在一些實施例中,MQ1變異體包含K297P、N299C及E301Y取代(例如相對於野生型MQ1,具有減小的DNA結合親和力)。在一些實施例中,MQ1變異體包含Q147L、K297P、N299C及E301Y取代(例如相對於野生型MQ1,具有減小的DNA甲基轉移酶活性及DNA結合親和力)。
在一些實施例中,多肽或表現抑制子為包含效應部分及靶向部分的融合蛋白,該效應部分為或包含MQ1,且該靶向部分為或包含鋅指域、TAL域或CRISPR/Cas域、dCas9域。在一些實施例中,多肽或表現抑制子包含本文所描述之額外部分。在一些實施例中,多肽或表現抑制子減少目標基因(例如MYC)的表現。在一些實施例中,該多肽或表現抑制子可用於調節(例如減少)基因表現的方法、治療病狀的方法或對目標基因(例如MYC)或本文所描述之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾(例如代替表現抑制系統)的方法中。在一些實施例中,表現抑制系統包含兩種或更多種(例如兩種、三種或四種)表現抑制子,其中第一表現抑制子包含效應部分,該效應部分包含MQ1,例如細菌MQ1,或其功能變異體或片段。
在另一態樣中,本發明係關於包含一或多個(例如一個)靶向部分及一或多個效應部分的表現抑制子或多肽,其中一或多個效應部分為或包含DNMT1,例如人類DNMT1,或其功能變異體或片段。在一些實施例中,DNMT1為人類DNMT1,例如對應於基因ID 1786,例如對應於UniProt ID P26358.2。在一些實施例中,DNMT1包含SEQ ID NO: 20之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之效應域包含根據SEQ ID NO: 20之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列: VDLRTLDVFSGCGGLSEGFHQAGISDTLWAIEMWDPAAQAFRLNNPGSTVFTEDCNILLKLVMAGETTNSRGQRLPQKGDVEMLCGGPPCQGFSGMNRFNSRTYSKFKNSLVVSFLSYCDYYRPRFFLLENVRNFVSFKRSMVLKLTLRCLVRMGYQCTFGVLQAGQYGVAQTRRRAIILAAAPGEKLPLFPEPLHVFAPRACQLSVVVDDKKFVSNITRLSSGPFRTITVRDTMSDLPEVRNGASALEISYNGEPQSWFQRQLRGAQYQPILRDHICKDMSALVAARMRHIPLAPGSDWRDLPNIEVRLSDGTMARKLRYTHHDRKNGRSSSGALRGVCSCVEAGKACDPAARQFNTLIPWCLPHTGNRHNHWAGLYGRLEWDGFFSTTVTNPEPMGKQGRVLHPEQHRVVSVRECARSQGFPDTYRLFGNILDKHRQVGNAVPPPLAKAIGLEIKLCMLAKARESASAKIKEEEAAKD (SEQ ID NO: 20)
在一些實施例中,DNMT1由SEQ ID NO: 53之核苷酸序列編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 53之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列: GTGGATCTGAGGACACTCGACGTGTTTAGCGGATGCGGCGGACTCTCCGAAGGCTTCCACCAAGCCGGAATTTCCGACACACTCTGGGCCATTGAGATGTGGGACCCCGCCGCTCAAGCCTTCAGACTGAATAATCCCGGCTCCACCGTGTTCACCGAGGACTGCAACATTCTGCTGAAGCTGGTGATGGCTGGCGAAACCACCAACTCTAGAGGCCAGAGGCTGCCCCAGAAGGGAGATGTGGAAATGCTCTGTGGAGGCCCTCCTTGCCAAGGCTTCTCCGGCATGAACAGGTTCAACTCTAGAACATACAGCAAGTTCAAGAACTCTCTGGTCGTGAGCTTTCTGAGCTACTGCGACTACTATAGACCTAGGTTCTTTCTGCTGGAGAACGTGAGAAATTTCGTGTCCTTCAAGAGGAGCATGGTGCTGAAGCTGACACTGAGGTGTCTGGTGAGGATGGGCTACCAGTGCACATTCGGAGTGCTGCAAGCTGGCCAGTACGGCGTGGCCCAGACCAGAAGGAGGGCCATCATTCTGGCTGCTGCCCCCGGCGAGAAACTCCCTCTGTTCCCCGAGCCCCTCCACGTGTTCGCCCCTAGAGCTTGCCAGCTGAGCGTGGTGGTCGACGATAAGAAGTTCGTGAGCAACATCACAAGGCTGTCCAGCGGACCCTTCAGAACCATTACCGTGAGGGATACCATGTCCGACCTCCCCGAGGTGAGGAATGGCGCCAGCGCTCTGGAGATTTCCTACAACGGCGAACCTCAGAGCTGGTTCCAAAGGCAGCTGAGAGGCGCTCAGTATCAGCCCATTCTGAGGGACCACATCTGCAAAGATATGAGCGCTCTGGTGGCCGCTAGAATGAGACATATTCCTCTGGCCCCCGGCAGCGACTGGAGAGATCTGCCCAATATTGAGGTGAGACTCAGCGACGGAACAATGGCTAGAAAACTGAGGTACACCCATCATGATAGAAAGAACGGAAGGAGCAGCAGCGGCGCTCTGAGAGGAGTGTGTAGCTGCGTGGAAGCTGGCAAGGCTTGCGATCCCGCCGCTAGGCAGTTCAATACCCTCATCCCTTGGTGTCTGCCTCACACCGGCAACAGACACAATCATTGGGCTGGACTGTATGGAAGGCTCGAATGGGACGGCTTTTTCAGCACCACCGTGACCAATCCCGAACCTATGGGCAAGCAAGGAAGGGTGCTCCACCCCGAGCAGCATAGAGTCGTGTCCGTGAGAGAATGCGCTAGAAGCCAAGGCTTCCCCGACACCTATAGACTGTTCGGCAACATTCTGGATAAGCACAGACAAGTGGGAAATGCTGTCCCTCCTCCTCTGGCCAAGGCTATCGGACTGGAGATCAAGCTGTGTATGCTCGCCAAAGCTAGGGAGAGCGCTTCCGCCAAGATTAAGGAGGAGGAGGCCGCCAAGGAC (SEQ ID NO: 53)
在一些實施例中,本文所描述之多肽或表現抑制子中所用的DNMT1為變異體,例如相對於SEQ ID NO: 20之DNMT序列包含一或多個突變的變異體。在一些實施例中,相對於野生型DNMT1,效應域包含一或多個胺基酸取代、缺失或插入。在一些實施例中,多肽為包含抑制域(其為或包含DNMT1)及靶向部分的融合蛋白。在一些實施例中,靶向部分為或包含鋅指域、TAL域或CRISPR/Cas域,例如dCas9域。在一些實施例中,表現抑制系統包含兩種或更多種(例如兩種、三種或四種)表現抑制子,其中第一表現抑制子包含效應部分,該效應部分包含DNMT1,或其功能變異體或片段。
在另一態樣中,本發明係關於包含一或多個(例如一個)靶向部分及一或多個效應部分的表現抑制子或多肽,其中該一或多個效應部分為或包含DNMT3a/3L複合物,或其功能變異體或片段。在一些實施例中,DNMT3a/3L複合物融合構築體。在一些實施例中,DNMT3a/3L複合物包含DNMT3A (例如人類DNMT3A) (例如根據NP_072046.2或由NM_022552.4編碼之蛋白質)。在一些實施例中,DNMT3a/3L複合物包含DNMT3L (例如根據NP_787063.1或由NM_175867.3編碼之蛋白質)。在一些實施例中,DNMT3a/3L包含SEQ ID NO: 21或SEQ ID NO: 114之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之效應域包含SEQ ID NO: 21或SEQ ID NO: 114,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 EWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACVSSGNSNANSRGPSFSSGLVPLSLRGSHMNPLEMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL (SEQ ID NO: 21) NHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACVSSGNSNANSRGPSFSSGLVPLSLRGSHMNPLEMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL (SEQ ID NO: 114)
在一些實施例中,DNMT3a/3L由SEQ ID NO: 54之核苷酸序列編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 54之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 AACCACGACCAGGAGTTCGACCCCCCCAAGGTGTACCCCCCCGTGCCCGCCGAGAAGCGGAAGCCCATCCGGGTGCTGAGCCTGTTCGACGGCATCGCCACCGGCCTGCTGGTGCTGAAGGACCTGGGCATCCAGGTGGACCGGTACATCGCCAGCGAGGTGTGCGAGGACAGCATCACCGTGGGCATGGTGCGGCACCAGGGCAAGATCATGTACGTGGGCGACGTGCGGAGCGTGACCCAGAAGCACATCCAGGAGTGGGGCCCCTTCGACCTGGTGATCGGCGGCAGCCCCTGCAACGACCTGAGCATCGTGAACCCCGCCCGGAAGGGCCTGTACGAGGGCACCGGCCGGCTGTTCTTCGAGTTCTACCGGCTGCTGCACGACGCCCGGCCCAAGGAGGGCGACGACCGGCCCTTCTTCTGGCTGTTCGAGAACGTGGTGGCCATGGGCGTGAGCGACAAGCGGGACATCAGCCGGTTCCTGGAGAGCAACCCCGTGATGATCGACGCCAAGGAGGTGAGCGCCGCCCACCGGGCCCGGTACTTCTGGGGCAACCTGCCCGGCATGAACCGGCCCCTGGCCAGCACCGTGAACGACAAGCTGGAGCTGCAGGAGTGCCTGGAGCACGGCCGGATCGCCAAGTTCAGCAAGGTGCGGACCATCACCACCCGGAGCAACAGCATCAAGCAGGGCAAGGACCAGCACTTCCCCGTGTTCATGAACGAGAAGGAGGACATCCTGTGGTGCACCGAGATGGAGCGGGTGTTCGGCTTCCCCGTGCACTACACCGACGTGAGCAACATGAGCCGGCTGGCCCGGCAGCGGCTGCTGGGCCGGAGCTGGAGCGTGCCCGTGATCCGGCACCTGTTCGCCCCCCTGAAGGAGTACTTCGCCTGCGTGAGCAGCGGCAACAGCAACGCCAACAGCCGGGGCCCCAGCTTCAGCAGCGGCCTGGTGCCCCTGAGCCTGCGGGGCAGCCACATGAATCCTCTGGAGATGTTCGAGACAGTGCCCGTGTGGAGAAGGCAACCCGTGAGGGTGCTGAGCCTCTTCGAGGACATTAAGAAGGAGCTGACCTCTCTGGGCTTTCTGGAATCCGGCAGCGACCCCGGCCAGCTGAAACACGTGGTGGACGTGACCGACACAGTGAGGAAGGACGTGGAAGAGTGGGGCCCCTTTGACCTCGTGTATGGAGCCACACCTCCTCTCGGCCACACATGCGATAGGCCTCCCAGCTGGTATCTCTTCCAGTTCCACAGACTGCTCCAGTACGCCAGACCTAAGCCCGGCAGCCCCAGACCCTTCTTCTGGATGTTCGTGGACAATCTGGTGCTGAACAAGGAGGATCTGGATGTGGCCAGCAGATTTCTGGAGATGGAACCCGTGACAATCCCCGACGTGCATGGCGGCTCTCTGCAGAACGCCGTGAGAGTGTGGTCCAACATCCCCGCCATTAGAAGCAGACACTGGGCTCTGGTGAGCGAGGAGGAACTGTCTCTGCTGGCCCAGAATAAGCAGTCCTCCAAGCTGGCCGCCAAGTGGCCCACCAAGCTGGTGAAGAACTGCTTTCTGCCTCTGAGGGAGTATTTCAAGTATTTCAGCACCGAACTGACCAGCAGCCTG (SEQ ID NO: 54)
在一些實施例中,本文所描述之多肽或表現抑制子中所用的DNMT3a/3L為變異體,例如相對於SEQ ID NO: 21或SEQ ID NO: 114之DNMT3a/3L包含一或多個突變的變異體。在一些實施例中,相對於SEQ ID NO: 21或SEQ ID NO: 114,DNMT3a/3L變異體包含一或多個胺基酸取代、缺失或插入。在一些實施例中,多肽或表現抑制子為包含效應部分(為或包含DNMT3a/3L)及靶向部分的融合蛋白。在一些實施例中,靶向部分為或包含鋅指域、TAL域或CRISPR/Cas域,例如dCas9域。在一些實施例中,表現抑制系統包含兩種或更多種(例如兩種、三種或四種)表現抑制子,其中第一表現抑制子包含效應部分,該效應部分包含DNMT3a/3L,或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,效應部分為或包含多肽。在一些實施例中,效應部分為或包含核酸。在一些實施例中,效應部分為化學試劑,例如調節胞嘧啶I或腺嘌呤(A)的化學試劑(例如亞硫酸氫鈉、亞硫酸氫銨)。在一些實施例中,效應部分具有酶活性(例如甲基轉移酶、去甲基酶、核酸酶(例如Cas9)或去胺酶活性)。效應部分可為或包含以下中的一或多者:小分子、肽、核酸、奈米粒子、適體,或具有不良PK/PD的醫藥劑。
在一些實施例中,效應部分可包含肽配位體、全長蛋白質、蛋白質片段、抗體、抗體片段及/或靶向適體。在一些實施例中,蛋白質可結合受體,諸如細胞外受體、神經肽、激素肽、肽藥物、毒性肽、病毒或微生物肽、合成肽,或促效劑或拮抗劑肽。
在一些實施例中,效應部分可包含抗原、抗體、抗體片段(諸如單域抗體)、配位體或受體,諸如升糖素樣肽-1 (GLP-1)、GLP-2受體2、膽囊收縮素B (CCKB)或生長抑素受體;肽治療劑,諸如結合特定細胞表面受體(諸如G蛋白偶聯受體(GPCR))或離子通道的彼等治療劑;合成肽或來自天然生物活性肽的肽類似物、抗微生物肽、成孔肽、靶向腫瘤的肽或細胞毒性肽,或降解肽或自摧毀肽,諸如誘導細胞凋亡的肽信號或光敏肽。
如本文所描述之效應部分中所用的肽或蛋白質部分亦可包括小抗原結合肽,例如抗原結合抗體或抗體樣片段,諸如單鏈抗體、奈米抗體(參見例如Steeland等人2016. Nanobodies as therapeutics: big opportunities for small antibodies. Drug Discov Today: 21(7):1076-113)。此類小抗原結合肽可結合例如胞溶質抗原、細胞核抗原或細胞器內抗原。
在一些實施例中,效應部分包含顯性負性(dominant negative)組分(例如顯性負性部分),例如識別且結合序列(例如錨定序列,例如CTCF結合模體)、但具有非活性(例如突變)二聚域(例如不能形成功能錨定序列介導性接合體的二聚域)的蛋白質,或結合基因體複合物之組分(例如轉錄因子亞單元等),從而防止形成功能轉錄因子等的蛋白質。舉例而言,可改變CTCF的鋅指域,以使得其結合特定錨定序列(藉由添加識別側接核酸的鋅指),同時改變均二聚域,以防止經工程改造之CTCF與內源形式之CTCF之間發生相互作用。在一些實施例中,顯性負性組分包含合成的成核多肽,其對目標錨定序列介導性接合體內的錨定序列具有選定的結合親和力。在一些實施例中,結合親和力可為與目標錨定序列結合之內源成核多肽(例如CTCF)的結合親和力的至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%,或更高或更低。合成成核多肽與相應的內源成核多肽可具有30-90%、30-85%、30-80%、30-70%、50-80%、50-90%胺基酸序列一致性。成核多肽可經由諸如競爭性結合來調節(例如破壞)例如與內源成核多肽競爭結合其錨定序列。
在一些實施例中,效應部分包含抗體或其片段。在一些實施例中,經由使用效應部分來改變目標基因(例如MYC)表現,該等效應部分為或包含一或多種抗體或其片段。在一些實施例中,經由使用效應部分來改變基因表現,該等效應部分為或包含一或多種抗體(或其片段)及dCas9。
在一些實施例中,效應部分中所用的抗體或其片段可為單株的。抗體可為融合物、嵌合抗體、非人源化抗體、部分或完全人源化抗體等。如熟習此項技術者所瞭解,所用抗體的形式可為相同或不同的,此視指定的目標而定。
在一些實施例中,效應部分包含接合成核分子、編碼接合成核分子的核酸,或其組合。接合成核分子可為例如CTCF、黏合素、USF1、YY1、TATA盒結合蛋白相關因子3 (TAF3)、ZNF143結合模體,或促進錨定序列介導性接合體形成的另一多肽。接合成核分子可為內源多肽或其他蛋白質,諸如轉錄因子,例如自體免疫調節因子(AIRE)、另一種因子,例如X-不活化特異性轉錄物(XIST),或經工程改造之多肽,該多肽經工程改造以識別所關注之特定DNA序列,例如具有用於序列識別的鋅指、白胺酸拉鏈或bHLH域。接合成核分子可調節錨定序列介導性接合體內或周圍的DNA相互作用(例如與靶向部分所靶向的基因體序列元件相關或包含靶向部分所靶向的基因體序列元件)。舉例而言,接合成核分子可將其他因子募集至改變錨定序列介導性接合體形成或斷裂的錨定序列。
接合成核分子亦可具有均二聚或雜二聚的二聚域。一或多種接合成核分子(例如經工程改造之內源接合成核分子)可相互作用而形成錨定序列介導性接合體。在一些實施例中,接合成核分子經工程改造以進一步包括使錨定序列介導性接合體穩定化的穩定域,例如內聚相互作用域。在一些實施例中,接合成核分子經工程改造以結合目標序列,例如調節目標序列結合親和力。在一些實施例中,接合成核分子經選擇或工程改造而對錨定序列介導性接合體內待錨定序列具有選定的結合親和力。
接合成核分子及其相應的錨定序列可經由使用以下加以鑑別:CTCF中含有不活化突變之細胞,及染色體構形捕捉方法或基於3C之方法,例如Hi-C或高通量定序,以在缺乏CTCF的情況下,檢查拓樸相關域,例如遠端DNA區域或基因座之間的拓樸相互作用。亦可鑑別長程DNA相互作用。額外分析可包括ChIA-PET分析,其利用誘鉺(諸如黏合素、YY1或USF1、ZNF143結合模體,及MS)鑑別與誘鉺相關的複合物。
在一些實施例中,效應部分包含蛋白質的DNA結合域。在一些實施例中,效應部分中的DNA結合域增強或改變調節劑的靶向,但不能單獨達成調節劑的完全靶向(例如靶向部分仍需達成調節劑的靶向)。在一些實施例中,DNA結合域增強調節劑的靶向。在一些實施例中,DNA結合域增強調節劑的功效。DNA結合蛋白具有熟習此項技術者已知的不同結構模體,例如其在結合DNA方面起關鍵作用。在一些實施例中,DNA結合域包含螺旋-轉角-螺旋(HTH)模體(抑制子蛋白質中通用的DNA識別模體)。此類模體包含兩個螺旋,其中之一識別側鏈提供結合特異性的DNA (亦稱為識別螺旋)。此類模體常用於調節涉及發育過程的蛋白質。有時,超過一種蛋白質競爭相同序列或識別相同DNA片段。不同蛋白質的不同之處可在於其對相同序列或DNA構象的親和力分別經由氫鍵、鹽橋及凡得瓦爾相互作用達成。
在一些實施例中,DNA結合域包含螺旋-髮夾-螺旋(HhH)模體。具有HhH結構模體的DNA結合蛋白可涉及非序列特異性DNA結合,該結合係經由蛋白質主鏈氮與DNA磷酸酯基團之間形成氫鍵而發生。
在一些實施例中,DNA結合域包含螺旋-環-螺旋(HLH)模體。具有HLH結構模體的DNA結合蛋白為轉錄調節性蛋白質且主要與廣泛範圍的發育過程有關。就殘基而言,HLH結構模體比HTH或HhH模體長。許多此等蛋白質相互作用而形成均二聚體及雜二聚體。結構模體係由兩個長螺旋區域構成,其中N端螺旋結合DNA,而複合區域允許蛋白質發生二聚。
在一些實施例中,DNA結合域包含白胺酸拉鏈模體。在一些轉錄因子中,針對DNA的二聚體結合位點形成白胺酸拉鏈。此模體包括兩個兩性螺旋(一個來自各亞單元),該等兩個螺旋彼此相互作用,產生左手捲曲螺旋超二級結構。白胺酸拉鏈為一個螺旋中之有規律間隔之白胺酸殘基與來自相鄰螺旋之白胺酸的交錯接合。涉及白胺酸拉鏈的螺旋大部分展現七聯體序列(abcdefg),其中殘基 ad具疏水性且其他殘基具親水性。白胺酸拉鏈模體可介導 二聚體或 二聚體形成。
在一些實施例中,DNA結合域包含Zn指域,其中Zn ++離子經2個Cys及2個His殘基配位。此類轉錄因子包括具有化學計量ββ 'α之三聚體。Zn ++配位的表觀效應為穩定化了小複合物結構而非疏水性核心殘基。各Zn指係以構形相同方式與雙螺旋之較大溝槽中的連續三重鹼基對鏈段發生相互作用。蛋白質-DNA相互作用係根據兩個因素確定:(i) α-螺旋與DNA鏈段之間的H鍵相互作用,大部分為Arg殘基與鳥嘌呤鹼基之間的H鍵相互作用。(ii)與DNA磷酸酯主鏈的H鍵相互作用,大部分為與Arg及His的H鍵相互作用。替代的Zn指模體將Zn ++與6個Cys螯合在一起。
在一些實施例中,DNA結合域包含TATA盒結合蛋白(TBP)。TBP最初鑑別為II類起始因子TFIID的組分。此等結合蛋白參與所有三種核RNA聚合酶的轉錄,充當其各者中的亞單元。TBP結構顯示具有89-90個胺基酸的兩個α/β結構域。TBP的C端或核心區域以高親和力結合至TATA共有序列(TATAa/tAa/t),該共有序列識別小溝槽決定子且促進DNA彎曲。TBP類似於分子鞍。結合側襯有10股反向平行β-摺疊中的中心8股。上表面含有四個α-螺旋且結合至轉錄機構之各種組分。
在一些實施例中,DNA結合域為或包含轉錄因子。轉錄因子(TF)可為模組化蛋白質,其含有負責特異性識別鹼基序列的DNA結合域及可活化或抑制轉錄的一或多種效應域。TF與染色質相互作用且募集充當或共活化因子或共抑制因子的蛋白質複合物。
在一些實施例中,效應部分包含一或多種RNA (例如gRNA)及dCas9。在一些實施例中,一或多種RNA經由dCas9及目標特異性嚮導RNA來靶向至基因體序列元件。如熟習此項技術者所瞭解,用於靶向的RNA可為相同或不同的,此視指定的目標而定。效應部分可包含適體,諸如寡核苷酸適體或肽適體。適體部分為寡核苷酸或肽適體。
效應部分可包含寡核苷酸適體。寡核苷酸適體為單股DNA或RNA (ssDNA或ssRNA)分子,其可以高親和力及特異性結合預先選擇的目標,包括蛋白質及肽。
寡核苷酸適體為可經由重複數輪之活體外選擇或等效地指數富集配位體系統性演變(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)工程改造,以便結合於諸如小分子、蛋白質、核酸及甚至細胞、組織及生物體之多種分子目標的核酸物種。適體提供有區別的分子識別且可由化學合成產生。另外,適體具有所需儲存特性,且在治療應用中引發極少免疫原性或無免疫原性。
DNA及RNA適體對各種目標均顯示強健的結合親和力。舉例而言,DNA及RNA適體已經選擇用於t溶菌酶、凝血酶、人類免疫缺乏病毒異側作用反應元件(HIV TAR)、氯化血紅素、干擾素γ、血管內皮生長因子(VEGF)、前列腺特異性抗原(PSA)、多巴胺及非經典致癌基因熱休克因子1 (HSF1)。
用於基於適體之血漿蛋白質概況分析的診斷技術包括適體血漿蛋白質體學。此技術能夠在未來實現多生物標記蛋白質量測,從而可有助於診斷性區分疾病相對於健康狀態。
效應部分可包含肽適體部分。肽適體具有一(或多)個可變短肽域,包括具有低分子量12-14 kDa之肽。肽適體可經設計以特異性結合且干擾細胞內之蛋白質-蛋白質相互作用。
肽適體為經選擇或經工程改造以結合特定目標分子之人工蛋白質。此等蛋白質包括可變序列之一或多種肽複合物。其通常分離自組合庫,且通常隨後藉由定向突變或數輪可變區突變誘發及選擇來改良。肽適體可活體內結合細胞蛋白質目標且發揮生物效應,包括干擾其靶向分子與其他蛋白質的正常蛋白質相互作用。特定而言,針對連接至轉錄因子活化域之目標蛋白來篩選連接至轉錄因子結合域之可變肽適體複合物。經由此選擇策略,肽適體活體內結合其目標係根據下游酵母標記基因之表現來偵測。此類實驗鑑別適體結合之特定蛋白質及適體破壞以引起既定表型之蛋白質相互作用。另外,經適當官能部分衍生化的肽適體可促使其目標蛋白質發生特異性轉譯後修飾,或改變目標的亞細胞定位。肽適體亦可活體外識別目標。已發現其可代替抗體用於生物感測器中且用於偵測含有非活性及活性蛋白質形式兩者之群體中的蛋白質之活性同功異型物。稱為蝌蚪體(tadpole) (其中肽適體「頭」共價連接至獨特的序列雙股DNA「尾」)之衍生物允許藉由對其DNA尾進行PCR (使用例如定量式即時聚合酶鏈反應)來定量混合物中的稀少目標分子。
可使用不同系統進行肽適體選擇,但當前最常使用酵母雙雜交系統。肽適體亦可選自藉由噬菌體呈現及其他表面呈現技術,諸如mRNA呈現、核糖體呈現、細菌呈現及酵母呈現構築之組合肽庫。此等實驗程序亦稱為生物淘選(biopanning)。在生物淘洗獲得之肽中,模擬抗原決定基可視為一種肽適體。自組合肽庫中淘選的肽已儲存於名為MimoDB之特殊資料庫中。
例示性效應部分可包括但不限於:泛素、作為泛素連接酶抑制劑的雙環肽、轉錄因子;DNA及蛋白質修飾酶,諸如拓樸異構酶;拓樸異構酶抑制劑,諸如拓朴替康(topotecan);DNA甲基轉移酶,諸如DNMT家族(例如DNMT3A、DNMT3B、DNMT3a/3L、MQ1);蛋白質甲基轉移酶(例如病毒離胺酸甲基轉移酶(vSET)、蛋白質-離胺酸N-甲基轉移酶(SMYD2)、去胺酶(例如APOBEC、UG1)、組蛋白甲基轉移酶,諸如zeste強化子同系物2 (EZH2)、PRMT1、組蛋白-離胺酸-N-甲基轉移酶(Setdb1)、組蛋白甲基轉移酶(SET2)、真染色質組蛋白-離胺酸N-甲基轉移酶2 (G9a)、組蛋白-離胺酸N-甲基轉移酶(SUV39H1)及G9a);組蛋白去乙醯酶(例如HDAC1、HDAC2、HDAC3)、在DNA去甲基化中起作用的酶(例如催化5-甲基胞嘧啶氧化成5-羥甲基胞嘧啶及更高價氧化衍生物的TET家族酶);蛋白質去甲基酶,諸如KDM1A及離胺酸特異性組蛋白去甲基酶1 (LSD1);解螺旋酶,諸如DHX9;去乙醯酶(例如長壽蛋白(sirtuin) 1、2、3、4、5、6或7)、激酶、磷酸酶;DNA插入劑,諸如溴化乙錠、SYBR綠及普羅黃素(proflavine);流出泵抑制劑,諸如肽模擬物,如苯丙胺酸精胺醯基β-萘基醯胺或喹啉衍生物;核受體活化劑及抑制劑、蛋白酶體抑制劑、針對諸如涉及溶酶體貯積病的酶之酶的競爭性抑制劑、蛋白質合成抑制劑、核酸酶(例如Cpf1、Cas9、鋅指核酸酶)、來自蛋白質的特定域(諸如KRAB域),及其中一或多者的融合物(例如dCas9-DNMT、dCas9-MQ1、dCas9-KRAB)。
在一些實施例中,可藉由熟習此項技術者已知之方法確定適用作效應部分的候選域。舉例而言,可藉由分析來測試候選效應部分,不論當候選效應部分存在於細胞核中且適當地定位(例如定位至目標基因或可操作地連接至該目標基因的轉錄控制元件,例如經由靶向部分)時,候選效應部分減少目標基因於細胞中的表現,例如降低目標基因所編碼之RNA轉錄物的含量(例如藉由RNASeq或北方墨點法所量測)或降低目標基因所編碼之蛋白質的含量(例如藉由ELISA所量測)。
在一些實施例中,表現抑制子包含複數個效應部分,其中各效應部分對另一效應部分的結合不可偵測,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一效應部分的第一表現抑制子及含有第二效應部分的第二表現抑制子,其中第一效應部分對第二效應部分的結合偵測不到,例如不結合。
在一些實施例中,表現抑制系統包含複數個表現抑制子,其中複數個表現抑制子中的各成員包含效應部分,其中各效應部分對另一效應部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一效應部分的第一表現抑制子及含有第二效應部分的第二表現抑制子,其中第一效應部分對第二效應部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有第一效應部分的第一表現抑制子及含有第二效應部分的第二表現抑制子,其中第一效應部分對另一個第一效應部分的結合偵測不到,例如不結合,且第二效應部分對另一個第二效應部分的結合偵測不到,例如不結合。在一些實施例中,用於本文所描述之組合物及方法中的效應部分在單體(例如非二聚)狀態下發揮功能。
在一些實施例中,效應部分為或包含表觀遺傳修飾部分,例如調節染色質之二維結構(亦即,以改變其二維呈現之方式調節染色質結構)的表觀遺傳修飾部分。
可用於本發明之方法及組合物中的表觀遺傳修飾部分包括影響表觀遺傳標記,例如DNA甲基化、組蛋白甲基化、組蛋白乙醯化、組蛋白類小泛素化、組蛋白磷酸化及RNA相關緘默化的藥劑。可靶向至如本文所描述之基因體序列元件的例示性表觀遺傳酶包括DNA甲基化酶(例如DNMT3a、DNMT3b、DNMT3a/3L、MQ1)、DNA去甲基化(例如TET家族)、組蛋白甲基轉移酶、組蛋白去乙醯酶(例如HDAC1、HDAC2、HDAC3)、長壽蛋白1、2、3、4、5、6或7、離胺酸特異性組蛋白去甲基酶1 (LSD1)、組蛋白-離胺酸-N-甲基轉移酶(Setdb1)、真染色質組蛋白-離胺酸N-甲基轉移酶2 (G9a)、組蛋白-離胺酸N-甲基轉移酶(SUV39H1)、zeste強化子同系物2 (EZH2)、病毒離胺酸甲基轉移酶(vSET)、組蛋白甲基轉移酶(SET2),及蛋白質-離胺酸N-甲基轉移酶(SMYD2)。此類表觀遺傳調節劑之實例描述於例如de Groote等人,Nuc. Acids Res. (2012):1-18中。
在一些實施例中,本文中有用的表現抑制子(例如包含表觀遺傳修飾部分的表現抑制子)包含或為Koferle等人,Genome Medicine 7.59 (2015):1-3中所描述的構築體,該文獻以引用的方式併入本文中。舉例而言,在一些實施例中,表現抑制子包含或為Koferle等人之表1中所發現的構築體,例如表1中所述的組蛋白去乙醯酶、組蛋白甲基轉移酶、DNA去甲基化或H3K4及/或H3K9組蛋白去甲基酶(例如dCas9-p300、TALE-TET1、ZF-DNMT3A或TALE-LSD1)。
在一些實施例中,效應部分包含基因編輯系統的組分,例如CRISPR/Cas域,例如Zn指域,例如TAL效應域。在一些實施例中,表觀遺傳修飾部分可包含多肽(例如肽或蛋白質部分),該多肽連接至gRNA及目標核酸酶,例如Cas9,例如野生型Cas9、切口酶Cas9 (例如Cas9 D10A)、無催化活性的Cas9 (dCas9)、eSpCas9、Cpf1、C2C1或C2C3,或編碼此類核酸酶的核酸。
如本文所用,「效應域之生物活性部分」為維持效應域之功能(例如完全地、部分地、最低程度地維持該功能)的部分(例如「最小」或「核心」域)。在一些實施例中,dCas9與表觀遺傳調節劑(諸如DNA甲基化酶或在DNA去甲基化中具有作用的酶,例如DNMT3a、DNMT3b、DNMT3L、DNMT抑制劑、其組合、TET家族酶、蛋白質乙醯基轉移酶或去乙醯酶、dCas9-DNMT3a/3L、dCas9-DNMT3a/3L/KRAB、dCas9/VP64)之一或多個效應域之全部或一部分的融合形成嵌合蛋白,其連接至多肽且可用於本文所描述之方法。包含此類嵌合蛋白的效應部分稱為基因修飾部分(由於其使用基因編輯系統組分Cas9)或表觀遺傳修飾部分(由於其使用表觀遺傳調節劑的效應域)。
在一些實施例中,所提供技術描述為包含特異性靶向目標基因之gRNA。在一些實施例中,目標基因為致癌基因、腫瘤抑制因子,或MYC異常調節病症相關基因。在一些實施例中,目標基因為MYC。
在一些實施例中,本文提供的技術包括將本文所描述之一或多個基因修飾部分(例如CRISPR系統組分)遞送至個體的方法,例如遞送至個體之細胞核或組織的方法,該遞送係藉由將此類部分與作為融合分子之一部分的靶向部分連接來達成。在一些實施例中,本文提供的技術包括藉由將一或多個基因修飾部分(例如CRISPR系統的組分)囊封於脂質奈米粒子中而將本文所描述之一或多個基因修飾部分(例如CRISPR系統的組分)遞送至個體(例如遞送至個體之細胞核或組織)的方法。
額外部分  表現抑制子可進一步包含一或多個額外部分(例如除一或多個靶向部分及一或多個效應部分之外)。在一些實施例中,額外部分係選自標記或監測部分、可裂解部分(例如位於DNA靶向部分與效應部分之間,或位於多肽之N端或C端多可裂解部分)、小分子、膜易位多肽,或醫藥劑部分。
例示性表現抑制子  以下例示性表現抑制子僅出於說明之目的而呈現且並不意欲為限制性的。
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含dCas9 (例如金黃色葡萄球菌dCas9)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1)的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 68之核酸序列(例如編碼表現抑制子之核酸(例如cDNA))編碼。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 119之核酸序列編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 68、119之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-MQ1核苷酸序列: GAGTTCGTGTACGGCGACTACAAGGTGTACGACGTGCGGAAGATGATCGCCAAGAGCGAGCAGGAGATCGGCAAGGCCACCGCCAAGTACTTCTTCTACAGCAACATCATGAACTTCTTCAAGACCGAGATCACCCTGGCCAACGGCGAGATCCGGAAGCGGCCCCTGATCGAGACCAACGGCGAGACCGGCGAGATCGTGTGGGACAAGGGCCGGGACTTCGCCACCGTGCGGAAGGTGCTGAGCATGCCCCAGGTGAACATCGTGAAGAAAACCGAGGTGCAGACCGGCGGCTTCAGCAAGGAGAGCATCCTGCCCAAGCGGAACAGCGACAAGCTGATCGCCCGGAAGAAGGACTGGGACCCCAAGAAGTACGGCGGCTTCGACAGCCCCACCGTGGCCTACAGCGTGCTGGTGGTGGCCAAGGTGGAGAAGGGCAAGAGCAAGAAGCTGAAATCCGTGAAGGAGCTGCTGGGCATCACCATCATGGAGCGGAGCAGCTTCGAGAAGAACCCCATCGACTTCCTGGAGGCCAAGGGCTACAAGGAGGTGAAGAAGGACCTGATCATCAAGCTGCCCAAGTACAGCCTGTTCGAGCTGGAGAACGGCCGGAAGCGGATGCTGGCCAGCGCCGGCGAGCTGCAGAAGGGCAACGAGCTGGCCCTGCCCAGCAAGTACGTGAACTTCCTGTACCTGGCCAGCCACTACGAGAAGCTGAAGGGCAGCCCCGAGGACAACGAGCAGAAGCAGCTGTTCGTGGAGCAGCACAAGCACTACCTGGACGAGATCATCGAGCAGATCAGCGAGTTCAGCAAGCGGGTGATCCTGGCCGACGCCAACCTGGACAAGGTGCTGAGCGCCTACAACAAGCACCGGGACAAGCCCATCCGGGAGCAGGCCGAGAACATCATCCACCTGTTCACCCTGACCAACCTGGGCGCCCCCGCCGCCTTCAAGTACTTCGACACCACCATCGACCGGAAGCGGTACACCAGCACCAAGGAGGTGCTGGACGCCACCCTGATCCACCAGAGCATCACCGGCCTGTACGAGACCCGGATCGACCTGAGCCAGCTGGGCGGCGACAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 68) AAGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGACAAGAAGTACAGCATCGGCCTGGCCATCGGCACCAACAGCGTGGGCTGGGCCGTGATCACCGACGAGTACAAGGTGCCCAGCAAGAAGTTCAAGGTGCTGGGCAACACCGACCGGCACAGCATCAAGAAGAACCTGATCGGCGCCCTGCTGTTCGACAGCGGCGAGACCGCCGAGGCCACCCGGCTGAAGCGGACCGCCCGGCGGCGGTACACCCGGCGGAAGAACCGGATCTGCTACCTGCAGGAGATCTTCAGCAACGAGATGGCCAAGGTGGACGACAGCTTCTTCCACCGGCTGGAGGAGAGCTTCCTGGTGGAGGAGGACAAGAAGCACGAGCGGCACCCCATCTTCGGCAACATCGTGGACGAGGTGGCCTACCACGAGAAGTACCCCACCATCTACCACCTGCGGAAGAAGCTGGTGGACAGCACCGACAAGGCCGACCTGCGGCTGATCTACCTGGCCCTGGCCCACATGATCAAGTTCCGGGGCCACTTCCTGATCGAGGGCGACCTGAACCCCGACAACAGCGACGTGGACAAGCTGTTCATCCAGCTGGTGCAGACCTACAACCAGCTGTTCGAGGAGAACCCCATCAACGCCAGCGGCGTGGACGCCAAGGCCATCCTGAGCGCCCGGCTGAGCAAGAGCCGGCGGCTGGAGAACCTGATCGCCCAGCTGCCCGGCGAGAAGAAGAACGGCCTGTTCGGCAACCTGATCGCCCTGAGCCTGGGCCTGACCCCCAACTTCAAGAGCAACTTCGACCTGGCCGAGGACGCCAAGCTGCAGCTGAGCAAGGACACCTACGACGACGACCTGGACAACCTGCTGGCCCAGATCGGCGACCAGTACGCCGACCTGTTCCTGGCCGCCAAGAACCTGAGCGACGCCATCCTGCTGAGCGACATCCTGCGGGTGAACACCGAGATCACCAAGGCCCCCCTGAGCGCCAGCATGATCAAGCGGTACGACGAGCACCACCAGGACCTGACCCTGCTGAAGGCCCTGGTGCGGCAGCAGCTGCCCGAGAAGTACAAGGAGATCTTCTTCGACCAGAGCAAGAACGGCTACGCCGGCTACATCGACGGCGGCGCCAGCCAGGAGGAGTTCTACAAGTTCATCAAGCCCATCCTGGAGAAGATGGACGGCACCGAGGAGCTGCTGGTGAAGCTGAACCGGGAGGACCTGCTGCGGAAGCAGCGGACCTTCGACAACGGCAGCATCCCCCACCAGATCCACCTGGGCGAGCTGCACGCCATCCTGCGGCGGCAGGAGGACTTCTACCCCTTCCTGAAGGACAACCGGGAGAAGATCGAGAAGATCCTGACCTTCCGGATCCCCTACTACGTGGGCCCCCTGGCCCGGGGCAACAGCCGGTTCGCCTGGATGACCCGGAAATCCGAGGAGACCATCACCCCCTGGAACTTCGAGGAGGTGGTGGACAAGGGCGCCAGCGCCCAGAGCTTCATCGAGCGGATGACCAACTTCGACAAGAACCTGCCCAACGAGAAGGTGCTGCCCAAGCACAGCCTGCTGTACGAGTACTTCACCGTGTACAACGAGCTGACCAAGGTGAAGTACGTGACCGAGGGCATGCGGAAGCCCGCCTTCCTGAGCGGCGAGCAGAAGAAGGCCATCGTGGACCTGCTGTTCAAGACCAACCGGAAGGTGACCGTGAAGCAGCTGAAGGAGGACTACTTCAAGAAGATCGAGTGCTTCGACAGCGTGGAGATCAGCGGCGTGGAGGACCGGTTCAACGCCAGCCTGGGCACCTACCACGACCTGCTGAAGATCATCAAGGACAAGGACTTCCTGGACAACGAGGAGAACGAGGACATCCTGGAGGACATCGTGCTGACCCTGACCCTGTTCGAGGACCGGGAGATGATCGAGGAGCGGCTGAAAACCTACGCCCACCTGTTCGACGACAAGGTGATGAAGCAGCTGAAGCGGCGGCGGTACACCGGCTGGGGCCGGCTGAGCCGGAAGCTGATCAACGGCATCCGGGACAAGCAGAGCGGCAAGACCATCCTGGACTTCCTGAAATCCGACGGCTTCGCCAACCGGAACTTCATGCAGCTGATCCACGACGACAGCCTGACCTTCAAGGAGGACATCCAGAAGGCCCAGGTGAGCGGCCAGGGCGACAGCCTGCACGAGCACATCGCCAACCTGGCCGGCAGCCCCGCCATCAAGAAGGGCATCCTGCAGACCGTGAAGGTGGTGGACGAGCTGGTGAAGGTGATGGGCCGGCACAAGCCCGAGAACATCGTGATCGAGATGGCCCGGGAGAACCAGACCACCCAGAAGGGCCAGAAGAACAGCCGGGAGCGGATGAAGCGGATCGAGGAGGGCATCAAGGAGCTGGGCAGCCAGATCCTGAAGGAGCACCCCGTGGAGAACACCCAGCTGCAGAACGAGAAGCTGTACCTGTACTACCTGCAGAACGGCCGGGACATGTACGTGGACCAGGAGCTGGACATCAACCGGCTGAGCGACTACGACGTGGCCGCCATCGTGCCCCAGAGCTTCCTGAAGGACGACAGCATCGACAACAAGGTGCTGACCCGGAGCGACAAGGCCCGGGGCAAGAGCGACAACGTGCCCAGCGAGGAGGTGGTGAAGAAGATGAAGAACTACTGGCGGCAGCTGCTGAACGCCAAGCTGATCACCCAGCGGAAGTTCGACAACCTGACCAAGGCCGAGCGGGGCGGCCTGAGCGAGCTGGACAAGGCCGGCTTCATCAAGCGGCAGCTGGTGGAGACCCGGCAGATCACCAAGCACGTGGCCCAGATCCTGGACAGCCGGATGAACACCAAGTACGACGAGAACGACAAGCTGATCCGGGAGGTGAAGGTGATCACCCTGAAATCCAAGCTGGTGAGCGACTTCCGGAAGGACTTCCAGTTCTACAAGGTGCGGGAGATCAACAACTACCACCACGCCCACGACGCCTACCTGAACGCCGTGGTGGGCACCGCCCTGATCAAGAAGTACCCCAAGCTGGAGAGCGAGTTCGTGTACGGCGACTACAAGGTGTACGACGTGCGGAAGATGATCGCCAAGAGCGAGCAGGAGATCGGCAAGGCCACCGCCAAGTACTTCTTCTACAGCAACATCATGAACTTCTTCAAGACCGAGATCACCCTGGCCAACGGCGAGATCCGGAAGCGGCCCCTGATCGAGACCAACGGCGAGACCGGCGAGATCGTGTGGGACAAGGGCCGGGACTTCGCCACCGTGCGGAAGGTGCTGAGCATGCCCCAGGTGAACATCGTGAAGAAAACCGAGGTGCAGACCGGCGGCTTCAGCAAGGAGAGCATCCTGCCCAAGCGGAACAGCGACAAGCTGATCGCCCGGAAGAAGGACTGGGACCCCAAGAAGTACGGCGGCTTCGACAGCCCCACCGTGGCCTACAGCGTGCTGGTGGTGGCCAAGGTGGAGAAGGGCAAGAGCAAGAAGCTGAAATCCGTGAAGGAGCTGCTGGGCATCACCATCATGGAGCGGAGCAGCTTCGAGAAGAACCCCATCGACTTCCTGGAGGCCAAGGGCTACAAGGAGGTGAAGAAGGACCTGATCATCAAGCTGCCCAAGTACAGCCTGTTCGAGCTGGAGAACGGCCGGAAGCGGATGCTGGCCAGCGCCGGCGAGCTGCAGAAGGGCAACGAGCTGGCCCTGCCCAGCAAGTACGTGAACTTCCTGTACCTGGCCAGCCACTACGAGAAGCTGAAGGGCAGCCCCGAGGACAACGAGCAGAAGCAGCTGTTCGTGGAGCAGCACAAGCACTACCTGGACGAGATCATCGAGCAGATCAGCGAGTTCAGCAAGCGGGTGATCCTGGCCGACGCCAACCTGGACAAGGTGCTGAGCGCCTACAACAAGCACCGGGACAAGCCCATCCGGGAGCAGGCCGAGAACATCATCCACCTGTTCACCCTGACCAACCTGGGCGCCCCCGCCGCCTTCAAGTACTTCGACACCACCATCGACCGGAAGCGGTACACCAGCACCAAGGAGGTGCTGGACGCCACCCTGATCCACCAGAGCATCACCGGCCTGTACGAGACCCGGATCGACCTGAGCCAGCTGGGCGGCGACAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 119)
在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 35或151之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 35、151之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-MQ1蛋白質序列: MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDKRPAATKKAGQAKKKKARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA (SEQ ID NO: 35) MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDKRPAATKKAGQAKKKKARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS (SEQ ID NO: 151)
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含dCas9 (例如化膿性鏈球菌dCas9)的靶向部分及包含KRAB (例如KRAB域)的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 67之核酸序列(例如編碼表現抑制子之核酸(例如cDNA))編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 67之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-KRAB核苷酸序列: AAGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGACAAGAAGTACAGCATCGGCCTGGCCATCGGCACCAACAGCGTGGGCTGGGCCGTGATCACCGACGAGTACAAGGTGCCCAGCAAGAAGTTCAAGGTGCTGGGCAACACCGACCGGCACAGCATCAAGAAGAACCTGATCGGCGCCCTGCTGTTCGACAGCGGCGAGACCGCCGAGGCCACCCGGCTGAAGCGGACCGCCCGGCGGCGGTACACCCGGCGGAAGAACCGGATCTGCTACCTGCAGGAGATCTTCAGCAACGAGATGGCCAAGGTGGACGACAGCTTCTTCCACCGGCTGGAGGAGAGCTTCCTGGTGGAGGAGGACAAGAAGCACGAGCGGCACCCCATCTTCGGCAACATCGTGGACGAGGTGGCCTACCACGAGAAGTACCCCACCATCTACCACCTGCGGAAGAAGCTGGTGGACAGCACCGACAAGGCCGACCTGCGGCTGATCTACCTGGCCCTGGCCCACATGATCAAGTTCCGGGGCCACTTCCTGATCGAGGGCGACCTGAACCCCGACAACAGCGACGTGGACAAGCTGTTCATCCAGCTGGTGCAGACCTACAACCAGCTGTTCGAGGAGAACCCCATCAACGCCAGCGGCGTGGACGCCAAGGCCATCCTGAGCGCCCGGCTGAGCAAGAGCCGGCGGCTGGAGAACCTGATCGCCCAGCTGCCCGGCGAGAAGAAGAACGGCCTGTTCGGCAACCTGATCGCCCTGAGCCTGGGCCTGACCCCCAACTTCAAGAGCAACTTCGACCTGGCCGAGGACGCCAAGCTGCAGCTGAGCAAGGACACCTACGACGACGACCTGGACAACCTGCTGGCCCAGATCGGCGACCAGTACGCCGACCTGTTCCTGGCCGCCAAGAACCTGAGCGACGCCATCCTGCTGAGCGACATCCTGCGGGTGAACACCGAGATCACCAAGGCCCCCCTGAGCGCCAGCATGATCAAGCGGTACGACGAGCACCACCAGGACCTGACCCTGCTGAAGGCCCTGGTGCGGCAGCAGCTGCCCGAGAAGTACAAGGAGATCTTCTTCGACCAGAGCAAGAACGGCTACGCCGGCTACATCGACGGCGGCGCCAGCCAGGAGGAGTTCTACAAGTTCATCAAGCCCATCCTGGAGAAGATGGACGGCACCGAGGAGCTGCTGGTGAAGCTGAACCGGGAGGACCTGCTGCGGAAGCAGCGGACCTTCGACAACGGCAGCATCCCCCACCAGATCCACCTGGGCGAGCTGCACGCCATCCTGCGGCGGCAGGAGGACTTCTACCCCTTCCTGAAGGACAACCGGGAGAAGATCGAGAAGATCCTGACCTTCCGGATCCCCTACTACGTGGGCCCCCTGGCCCGGGGCAACAGCCGGTTCGCCTGGATGACCCGGAAATCCGAGGAGACCATCACCCCCTGGAACTTCGAGGAGGTGGTGGACAAGGGCGCCAGCGCCCAGAGCTTCATCGAGCGGATGACCAACTTCGACAAGAACCTGCCCAACGAGAAGGTGCTGCCCAAGCACAGCCTGCTGTACGAGTACTTCACCGTGTACAACGAGCTGACCAAGGTGAAGTACGTGACCGAGGGCATGCGGAAGCCCGCCTTCCTGAGCGGCGAGCAGAAGAAGGCCATCGTGGACCTGCTGTTCAAGACCAACCGGAAGGTGACCGTGAAGCAGCTGAAGGAGGACTACTTCAAGAAGATCGAGTGCTTCGACAGCGTGGAGATCAGCGGCGTGGAGGACCGGTTCAACGCCAGCCTGGGCACCTACCACGACCTGCTGAAGATCATCAAGGACAAGGACTTCCTGGACAACGAGGAGAACGAGGACATCCTGGAGGACATCGTGCTGACCCTGACCCTGTTCGAGGACCGGGAGATGATCGAGGAGCGGCTGAAAACCTACGCCCACCTGTTCGACGACAAGGTGATGAAGCAGCTGAAGCGGCGGCGGTACACCGGCTGGGGCCGGCTGAGCCGGAAGCTGATCAACGGCATCCGGGACAAGCAGAGCGGCAAGACCATCCTGGACTTCCTGAAATCCGACGGCTTCGCCAACCGGAACTTCATGCAGCTGATCCACGACGACAGCCTGACCTTCAAGGAGGACATCCAGAAGGCCCAGGTGAGCGGCCAGGGCGACAGCCTGCACGAGCACATCGCCAACCTGGCCGGCAGCCCCGCCATCAAGAAGGGCATCCTGCAGACCGTGAAGGTGGTGGACGAGCTGGTGAAGGTGATGGGCCGGCACAAGCCCGAGAACATCGTGATCGAGATGGCCCGGGAGAACCAGACCACCCAGAAGGGCCAGAAGAACAGCCGGGAGCGGATGAAGCGGATCGAGGAGGGCATCAAGGAGCTGGGCAGCCAGATCCTGAAGGAGCACCCCGTGGAGAACACCCAGCTGCAGAACGAGAAGCTGTACCTGTACTACCTGCAGAACGGCCGGGACATGTACGTGGACCAGGAGCTGGACATCAACCGGCTGAGCGACTACGACGTGGCCGCCATCGTGCCCCAGAGCTTCCTGAAGGACGACAGCATCGACAACAAGGTGCTGACCCGGAGCGACAAGGCCCGGGGCAAGAGCGACAACGTGCCCAGCGAGGAGGTGGTGAAGAAGATGAAGAACTACTGGCGGCAGCTGCTGAACGCCAAGCTGATCACCCAGCGGAAGTTCGACAACCTGACCAAGGCCGAGCGGGGCGGCCTGAGCGAGCTGGACAAGGCCGGCTTCATCAAGCGGCAGCTGGTGGAGACCCGGCAGATCACCAAGCACGTGGCCCAGATCCTGGACAGCCGGATGAACACCAAGTACGACGAGAACGACAAGCTGATCCGGGAGGTGAAGGTGATCACCCTGAAATCCAAGCTGGTGAGCGACTTCCGGAAGGACTTCCAGTTCTACAAGGTGCGGGAGATCAACAACTACCACCACGCCCACGACGCCTACCTGAACGCCGTGGTGGGCACCGCCCTGATCAAGAAGTACCCCAAGCTGGAGAGCGAGTTCGTGTACGGCGACTACAAGGTGTACGACGTGCGGAAGATGATCGCCAAGAGCGAGCAGGAGATCGGCAAGGCCACCGCCAAGTACTTCTTCTACAGCAACATCATGAACTTCTTCAAGACCGAGATCACCCTGGCCAACGGCGAGATCCGGAAGCGGCCCCTGATCGAGACCAACGGCGAGACCGGCGAGATCGTGTGGGACAAGGGCCGGGACTTCGCCACCGTGCGGAAGGTGCTGAGCATGCCCCAGGTGAACATCGTGAAGAAAACCGAGGTGCAGACCGGCGGCTTCAGCAAGGAGAGCATCCTGCCCAAGCGGAACAGCGACAAGCTGATCGCCCGGAAGAAGGACTGGGACCCCAAGAAGTACGGCGGCTTCGACAGCCCCACCGTGGCCTACAGCGTGCTGGTGGTGGCCAAGGTGGAGAAGGGCAAGAGCAAGAAGCTGAAATCCGTGAAGGAGCTGCTGGGCATCACCATCATGGAGCGGAGCAGCTTCGAGAAGAACCCCATCGACTTCCTGGAGGCCAAGGGCTACAAGGAGGTGAAGAAGGACCTGATCATCAAGCTGCCCAAGTACAGCCTGTTCGAGCTGGAGAACGGCCGGAAGCGGATGCTGGCCAGCGCCGGCGAGCTGCAGAAGGGCAACGAGCTGGCCCTGCCCAGCAAGTACGTGAACTTCCTGTACCTGGCCAGCCACTACGAGAAGCTGAAGGGCAGCCCCGAGGACAACGAGCAGAAGCAGCTGTTCGTGGAGCAGCACAAGCACTACCTGGACGAGATCATCGAGCAGATCAGCGAGTTCAGCAAGCGGGTGATCCTGGCCGACGCCAACCTGGACAAGGTGCTGAGCGCCTACAACAAGCACCGGGACAAGCCCATCCGGGAGCAGGCCGAGAACATCATCCACCTGTTCACCCTGACCAACCTGGGCGCCCCCGCCGCCTTCAAGTACTTCGACACCACCATCGACCGGAAGCGGTACACCAGCACCAAGGAGGTGCTGGACGCCACCCTGATCCACCAGAGCATCACCGGCCTGTACGAGACCCGGATCGACCTGAGCCAGCTGGGCGGCGACAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGCCAGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 67)
在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 34或150之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 34、150之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-KRAB蛋白質序列: MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDKRPAATKKAGQAKKKKASDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA (SEQ ID NO: 34) MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDKRPAATKKAGQAKKKKASDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS (SEQ ID NO: 150)
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含dCas9 (例如金黃色葡萄球菌dCas9)的DNA靶向部分及包含DNMT1 (例如人類DNMT1)的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 69之核酸序列(例如編碼表現抑制子之核酸(例如cDNA))編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 69之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-DNMT1核苷酸序列 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGACAAGAAGTACAGCATCGGCCTGGCCATCGGCACCAACAGCGTGGGCTGGGCCGTGATCACCGACGAGTACAAGGTGCCCAGCAAGAAGTTCAAGGTGCTGGGCAACACCGACCGGCACAGCATCAAGAAGAACCTGATCGGCGCCCTGCTGTTCGACAGCGGCGAGACCGCCGAGGCCACCCGGCTGAAGCGGACCGCCCGGCGGCGGTACACCCGGCGGAAGAACCGGATCTGCTACCTGCAGGAGATCTTCAGCAACGAGATGGCCAAGGTGGACGACAGCTTCTTCCACCGGCTGGAGGAGAGCTTCCTGGTGGAGGAGGACAAGAAGCACGAGCGGCACCCCATCTTCGGCAACATCGTGGACGAGGTGGCCTACCACGAGAAGTACCCCACCATCTACCACCTGCGGAAGAAGCTGGTGGACAGCACCGACAAGGCCGACCTGCGGCTGATCTACCTGGCCCTGGCCCACATGATCAAGTTCCGGGGCCACTTCCTGATCGAGGGCGACCTGAACCCCGACAACAGCGACGTGGACAAGCTGTTCATCCAGCTGGTGCAGACCTACAACCAGCTGTTCGAGGAGAACCCCATCAACGCCAGCGGCGTGGACGCCAAGGCCATCCTGAGCGCCCGGCTGAGCAAGAGCCGGCGGCTGGAGAACCTGATCGCCCAGCTGCCCGGCGAGAAGAAGAACGGCCTGTTCGGCAACCTGATCGCCCTGAGCCTGGGCCTGACCCCCAACTTCAAGAGCAACTTCGACCTGGCCGAGGACGCCAAGCTGCAGCTGAGCAAGGACACCTACGACGACGACCTGGACAACCTGCTGGCCCAGATCGGCGACCAGTACGCCGACCTGTTCCTGGCCGCCAAGAACCTGAGCGACGCCATCCTGCTGAGCGACATCCTGCGGGTGAACACCGAGATCACCAAGGCCCCCCTGAGCGCCAGCATGATCAAGCGGTACGACGAGCACCACCAGGACCTGACCCTGCTGAAGGCCCTGGTGCGGCAGCAGCTGCCCGAGAAGTACAAGGAGATCTTCTTCGACCAGAGCAAGAACGGCTACGCCGGCTACATCGACGGCGGCGCCAGCCAGGAGGAGTTCTACAAGTTCATCAAGCCCATCCTGGAGAAGATGGACGGCACCGAGGAGCTGCTGGTGAAGCTGAACCGGGAGGACCTGCTGCGGAAGCAGCGGACCTTCGACAACGGCAGCATCCCCCACCAGATCCACCTGGGCGAGCTGCACGCCATCCTGCGGCGGCAGGAGGACTTCTACCCCTTCCTGAAGGACAACCGGGAGAAGATCGAGAAGATCCTGACCTTCCGGATCCCCTACTACGTGGGCCCCCTGGCCCGGGGCAACAGCCGGTTCGCCTGGATGACCCGGAAATCCGAGGAGACCATCACCCCCTGGAACTTCGAGGAGGTGGTGGACAAGGGCGCCAGCGCCCAGAGCTTCATCGAGCGGATGACCAACTTCGACAAGAACCTGCCCAACGAGAAGGTGCTGCCCAAGCACAGCCTGCTGTACGAGTACTTCACCGTGTACAACGAGCTGACCAAGGTGAAGTACGTGACCGAGGGCATGCGGAAGCCCGCCTTCCTGAGCGGCGAGCAGAAGAAGGCCATCGTGGACCTGCTGTTCAAGACCAACCGGAAGGTGACCGTGAAGCAGCTGAAGGAGGACTACTTCAAGAAGATCGAGTGCTTCGACAGCGTGGAGATCAGCGGCGTGGAGGACCGGTTCAACGCCAGCCTGGGCACCTACCACGACCTGCTGAAGATCATCAAGGACAAGGACTTCCTGGACAACGAGGAGAACGAGGACATCCTGGAGGACATCGTGCTGACCCTGACCCTGTTCGAGGACCGGGAGATGATCGAGGAGCGGCTGAAAACCTACGCCCACCTGTTCGACGACAAGGTGATGAAGCAGCTGAAGCGGCGGCGGTACACCGGCTGGGGCCGGCTGAGCCGGAAGCTGATCAACGGCATCCGGGACAAGCAGAGCGGCAAGACCATCCTGGACTTCCTGAAATCCGACGGCTTCGCCAACCGGAACTTCATGCAGCTGATCCACGACGACAGCCTGACCTTCAAGGAGGACATCCAGAAGGCCCAGGTGAGCGGCCAGGGCGACAGCCTGCACGAGCACATCGCCAACCTGGCCGGCAGCCCCGCCATCAAGAAGGGCATCCTGCAGACCGTGAAGGTGGTGGACGAGCTGGTGAAGGTGATGGGCCGGCACAAGCCCGAGAACATCGTGATCGAGATGGCCCGGGAGAACCAGACCACCCAGAAGGGCCAGAAGAACAGCCGGGAGCGGATGAAGCGGATCGAGGAGGGCATCAAGGAGCTGGGCAGCCAGATCCTGAAGGAGCACCCCGTGGAGAACACCCAGCTGCAGAACGAGAAGCTGTACCTGTACTACCTGCAGAACGGCCGGGACATGTACGTGGACCAGGAGCTGGACATCAACCGGCTGAGCGACTACGACGTGGCCGCCATCGTGCCCCAGAGCTTCCTGAAGGACGACAGCATCGACAACAAGGTGCTGACCCGGAGCGACAAGGCCCGGGGCAAGAGCGACAACGTGCCCAGCGAGGAGGTGGTGAAGAAGATGAAGAACTACTGGCGGCAGCTGCTGAACGCCAAGCTGATCACCCAGCGGAAGTTCGACAACCTGACCAAGGCCGAGCGGGGCGGCCTGAGCGAGCTGGACAAGGCCGGCTTCATCAAGCGGCAGCTGGTGGAGACCCGGCAGATCACCAAGCACGTGGCCCAGATCCTGGACAGCCGGATGAACACCAAGTACGACGAGAACGACAAGCTGATCCGGGAGGTGAAGGTGATCACCCTGAAATCCAAGCTGGTGAGCGACTTCCGGAAGGACTTCCAGTTCTACAAGGTGCGGGAGATCAACAACTACCACCACGCCCACGACGCCTACCTGAACGCCGTGGTGGGCACCGCCCTGATCAAGAAGTACCCCAAGCTGGAGAGCGAGTTCGTGTACGGCGACTACAAGGTGTACGACGTGCGGAAGATGATCGCCAAGAGCGAGCAGGAGATCGGCAAGGCCACCGCCAAGTACTTCTTCTACAGCAACATCATGAACTTCTTCAAGACCGAGATCACCCTGGCCAACGGCGAGATCCGGAAGCGGCCCCTGATCGAGACCAACGGCGAGACCGGCGAGATCGTGTGGGACAAGGGCCGGGACTTCGCCACCGTGCGGAAGGTGCTGAGCATGCCCCAGGTGAACATCGTGAAGAAAACCGAGGTGCAGACCGGCGGCTTCAGCAAGGAGAGCATCCTGCCCAAGCGGAACAGCGACAAGCTGATCGCCCGGAAGAAGGACTGGGACCCCAAGAAGTACGGCGGCTTCGACAGCCCCACCGTGGCCTACAGCGTGCTGGTGGTGGCCAAGGTGGAGAAGGGCAAGAGCAAGAAGCTGAAATCCGTGAAGGAGCTGCTGGGCATCACCATCATGGAGCGGAGCAGCTTCGAGAAGAACCCCATCGACTTCCTGGAGGCCAAGGGCTACAAGGAGGTGAAGAAGGACCTGATCATCAAGCTGCCCAAGTACAGCCTGTTCGAGCTGGAGAACGGCCGGAAGCGGATGCTGGCCAGCGCCGGCGAGCTGCAGAAGGGCAACGAGCTGGCCCTGCCCAGCAAGTACGTGAACTTCCTGTACCTGGCCAGCCACTACGAGAAGCTGAAGGGCAGCCCCGAGGACAACGAGCAGAAGCAGCTGTTCGTGGAGCAGCACAAGCACTACCTGGACGAGATCATCGAGCAGATCAGCGAGTTCAGCAAGCGGGTGATCCTGGCCGACGCCAACCTGGACAAGGTGCTGAGCGCCTACAACAAGCACCGGGACAAGCCCATCCGGGAGCAGGCCGAGAACATCATCCACCTGTTCACCCTGACCAACCTGGGCGCCCCCGCCGCCTTCAAGTACTTCGACACCACCATCGACCGGAAGCGGTACACCAGCACCAAGGAGGTGCTGGACGCCACCCTGATCCACCAGAGCATCACCGGCCTGTACGAGACCCGGATCGACCTGAGCCAGCTGGGCGGCGACAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGTCGGGCGGGGGTGGCTCAGTGGATCTGAGGACACTCGACGTGTTTAGCGGATGCGGCGGACTCTCCGAAGGCTTCCACCAAGCCGGAATTTCCGACACACTCTGGGCCATTGAGATGTGGGACCCCGCCGCTCAAGCCTTCAGACTGAATAATCCCGGCTCCACCGTGTTCACCGAGGACTGCAACATTCTGCTGAAGCTGGTGATGGCTGGCGAAACCACCAACTCTAGAGGCCAGAGGCTGCCCCAGAAGGGAGATGTGGAAATGCTCTGTGGAGGCCCTCCTTGCCAAGGCTTCTCCGGCATGAACAGGTTCAACTCTAGAACATACAGCAAGTTCAAGAACTCTCTGGTCGTGAGCTTTCTGAGCTACTGCGACTACTATAGACCTAGGTTCTTTCTGCTGGAGAACGTGAGAAATTTCGTGTCCTTCAAGAGGAGCATGGTGCTGAAGCTGACACTGAGGTGTCTGGTGAGGATGGGCTACCAGTGCACATTCGGAGTGCTGCAAGCTGGCCAGTACGGCGTGGCCCAGACCAGAAGGAGGGCCATCATTCTGGCTGCTGCCCCCGGCGAGAAACTCCCTCTGTTCCCCGAGCCCCTCCACGTGTTCGCCCCTAGAGCTTGCCAGCTGAGCGTGGTGGTCGACGATAAGAAGTTCGTGAGCAACATCACAAGGCTGTCCAGCGGACCCTTCAGAACCATTACCGTGAGGGATACCATGTCCGACCTCCCCGAGGTGAGGAATGGCGCCAGCGCTCTGGAGATTTCCTACAACGGCGAACCTCAGAGCTGGTTCCAAAGGCAGCTGAGAGGCGCTCAGTATCAGCCCATTCTGAGGGACCACATCTGCAAAGATATGAGCGCTCTGGTGGCCGCTAGAATGAGACATATTCCTCTGGCCCCCGGCAGCGACTGGAGAGATCTGCCCAATATTGAGGTGAGACTCAGCGACGGAACAATGGCTAGAAAACTGAGGTACACCCATCATGATAGAAAGAACGGAAGGAGCAGCAGCGGCGCTCTGAGAGGAGTGTGTAGCTGCGTGGAAGCTGGCAAGGCTTGCGATCCCGCCGCTAGGCAGTTCAATACCCTCATCCCTTGGTGTCTGCCTCACACCGGCAACAGACACAATCATTGGGCTGGACTGTATGGAAGGCTCGAATGGGACGGCTTTTTCAGCACCACCGTGACCAATCCCGAACCTATGGGCAAGCAAGGAAGGGTGCTCCACCCCGAGCAGCATAGAGTCGTGTCCGTGAGAGAATGCGCTAGAAGCCAAGGCTTCCCCGACACCTATAGACTGTTCGGCAACATTCTGGATAAGCACAGACAAGTGGGAAATGCTGTCCCTCCTCCTCTGGCCAAGGCTATCGGACTGGAGATCAAGCTGTGTATGCTCGCCAAAGCTAGGGAGAGCGCTTCCGCCAAGATTAAGGAGGAGGAGGCCGCCAAGGACGGAGGTGGCGGATCGGGAAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGTCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 69)
在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 36或152之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 36、152之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-DNMT1蛋白質序列: MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGKRPAATKKAGQAKKKKSGGGGSVDLRTLDVFSGCGGLSEGFHQAGISDTLWAIEMWDPAAQAFRLNNPGSTVFTEDCNILLKLVMAGETTNSRGQRLPQKGDVEMLCGGPPCQGFSGMNRFNSRTYSKFKNSLVVSFLSYCDYYRPRFFLLENVRNFVSFKRSMVLKLTLRCLVRMGYQCTFGVLQAGQYGVAQTRRRAIILAAAPGEKLPLFPEPLHVFAPRACQLSVVVDDKKFVSNITRLSSGPFRTITVRDTMSDLPEVRNGASALEISYNGEPQSWFQRQLRGAQYQPILRDHICKDMSALVAARMRHIPLAPGSDWRDLPNIEVRLSDGTMARKLRYTHHDRKNGRSSSGALRGVCSCVEAGKACDPAARQFNTLIPWCLPHTGNRHNHWAGLYGRLEWDGFFSTTVTNPEPMGKQGRVLHPEQHRVVSVRECARSQGFPDTYRLFGNILDKHRQVGNAVPPPLAKAIGLEIKLCMLAKARESASAKIKEEEAAKDGGGGSGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA (SEQ ID NO: 36) MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGKRPAATKKAGQAKKKKSGGGGSVDLRTLDVFSGCGGLSEGFHQAGISDTLWAIEMWDPAAQAFRLNNPGSTVFTEDCNILLKLVMAGETTNSRGQRLPQKGDVEMLCGGPPCQGFSGMNRFNSRTYSKFKNSLVVSFLSYCDYYRPRFFLLENVRNFVSFKRSMVLKLTLRCLVRMGYQCTFGVLQAGQYGVAQTRRRAIILAAAPGEKLPLFPEPLHVFAPRACQLSVVVDDKKFVSNITRLSSGPFRTITVRDTMSDLPEVRNGASALEISYNGEPQSWFQRQLRGAQYQPILRDHICKDMSALVAARMRHIPLAPGSDWRDLPNIEVRLSDGTMARKLRYTHHDRKNGRSSSGALRGVCSCVEAGKACDPAARQFNTLIPWCLPHTGNRHNHWAGLYGRLEWDGFFSTTVTNPEPMGKQGRVLHPEQHRVVSVRECARSQGFPDTYRLFGNILDKHRQVGNAVPPPLAKAIGLEIKLCMLAKARESASAKIKEEEAAKDGGGGSGKRPAATKKAGQAKKKKGS (SEQ ID NO: 152)
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含dCas9 (例如金黃色葡萄球菌dCas9)的DNA靶向部分及包含DNMT13a/3L的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 70之核酸序列(例如編碼表現抑制子之核酸(例如cDNA))編碼。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 70之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-DNMT3a/3L核苷酸序列 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGACAAGAAGTACAGCATCGGCCTGGCCATCGGCACCAACAGCGTGGGCTGGGCCGTGATCACCGACGAGTACAAGGTGCCCAGCAAGAAGTTCAAGGTGCTGGGCAACACCGACCGGCACAGCATCAAGAAGAACCTGATCGGCGCCCTGCTGTTCGACAGCGGCGAGACCGCCGAGGCCACCCGGCTGAAGCGGACCGCCCGGCGGCGGTACACCCGGCGGAAGAACCGGATCTGCTACCTGCAGGAGATCTTCAGCAACGAGATGGCCAAGGTGGACGACAGCTTCTTCCACCGGCTGGAGGAGAGCTTCCTGGTGGAGGAGGACAAGAAGCACGAGCGGCACCCCATCTTCGGCAACATCGTGGACGAGGTGGCCTACCACGAGAAGTACCCCACCATCTACCACCTGCGGAAGAAGCTGGTGGACAGCACCGACAAGGCCGACCTGCGGCTGATCTACCTGGCCCTGGCCCACATGATCAAGTTCCGGGGCCACTTCCTGATCGAGGGCGACCTGAACCCCGACAACAGCGACGTGGACAAGCTGTTCATCCAGCTGGTGCAGACCTACAACCAGCTGTTCGAGGAGAACCCCATCAACGCCAGCGGCGTGGACGCCAAGGCCATCCTGAGCGCCCGGCTGAGCAAGAGCCGGCGGCTGGAGAACCTGATCGCCCAGCTGCCCGGCGAGAAGAAGAACGGCCTGTTCGGCAACCTGATCGCCCTGAGCCTGGGCCTGACCCCCAACTTCAAGAGCAACTTCGACCTGGCCGAGGACGCCAAGCTGCAGCTGAGCAAGGACACCTACGACGACGACCTGGACAACCTGCTGGCCCAGATCGGCGACCAGTACGCCGACCTGTTCCTGGCCGCCAAGAACCTGAGCGACGCCATCCTGCTGAGCGACATCCTGCGGGTGAACACCGAGATCACCAAGGCCCCCCTGAGCGCCAGCATGATCAAGCGGTACGACGAGCACCACCAGGACCTGACCCTGCTGAAGGCCCTGGTGCGGCAGCAGCTGCCCGAGAAGTACAAGGAGATCTTCTTCGACCAGAGCAAGAACGGCTACGCCGGCTACATCGACGGCGGCGCCAGCCAGGAGGAGTTCTACAAGTTCATCAAGCCCATCCTGGAGAAGATGGACGGCACCGAGGAGCTGCTGGTGAAGCTGAACCGGGAGGACCTGCTGCGGAAGCAGCGGACCTTCGACAACGGCAGCATCCCCCACCAGATCCACCTGGGCGAGCTGCACGCCATCCTGCGGCGGCAGGAGGACTTCTACCCCTTCCTGAAGGACAACCGGGAGAAGATCGAGAAGATCCTGACCTTCCGGATCCCCTACTACGTGGGCCCCCTGGCCCGGGGCAACAGCCGGTTCGCCTGGATGACCCGGAAATCCGAGGAGACCATCACCCCCTGGAACTTCGAGGAGGTGGTGGACAAGGGCGCCAGCGCCCAGAGCTTCATCGAGCGGATGACCAACTTCGACAAGAACCTGCCCAACGAGAAGGTGCTGCCCAAGCACAGCCTGCTGTACGAGTACTTCACCGTGTACAACGAGCTGACCAAGGTGAAGTACGTGACCGAGGGCATGCGGAAGCCCGCCTTCCTGAGCGGCGAGCAGAAGAAGGCCATCGTGGACCTGCTGTTCAAGACCAACCGGAAGGTGACCGTGAAGCAGCTGAAGGAGGACTACTTCAAGAAGATCGAGTGCTTCGACAGCGTGGAGATCAGCGGCGTGGAGGACCGGTTCAACGCCAGCCTGGGCACCTACCACGACCTGCTGAAGATCATCAAGGACAAGGACTTCCTGGACAACGAGGAGAACGAGGACATCCTGGAGGACATCGTGCTGACCCTGACCCTGTTCGAGGACCGGGAGATGATCGAGGAGCGGCTGAAAACCTACGCCCACCTGTTCGACGACAAGGTGATGAAGCAGCTGAAGCGGCGGCGGTACACCGGCTGGGGCCGGCTGAGCCGGAAGCTGATCAACGGCATCCGGGACAAGCAGAGCGGCAAGACCATCCTGGACTTCCTGAAATCCGACGGCTTCGCCAACCGGAACTTCATGCAGCTGATCCACGACGACAGCCTGACCTTCAAGGAGGACATCCAGAAGGCCCAGGTGAGCGGCCAGGGCGACAGCCTGCACGAGCACATCGCCAACCTGGCCGGCAGCCCCGCCATCAAGAAGGGCATCCTGCAGACCGTGAAGGTGGTGGACGAGCTGGTGAAGGTGATGGGCCGGCACAAGCCCGAGAACATCGTGATCGAGATGGCCCGGGAGAACCAGACCACCCAGAAGGGCCAGAAGAACAGCCGGGAGCGGATGAAGCGGATCGAGGAGGGCATCAAGGAGCTGGGCAGCCAGATCCTGAAGGAGCACCCCGTGGAGAACACCCAGCTGCAGAACGAGAAGCTGTACCTGTACTACCTGCAGAACGGCCGGGACATGTACGTGGACCAGGAGCTGGACATCAACCGGCTGAGCGACTACGACGTGGCCGCCATCGTGCCCCAGAGCTTCCTGAAGGACGACAGCATCGACAACAAGGTGCTGACCCGGAGCGACAAGGCCCGGGGCAAGAGCGACAACGTGCCCAGCGAGGAGGTGGTGAAGAAGATGAAGAACTACTGGCGGCAGCTGCTGAACGCCAAGCTGATCACCCAGCGGAAGTTCGACAACCTGACCAAGGCCGAGCGGGGCGGCCTGAGCGAGCTGGACAAGGCCGGCTTCATCAAGCGGCAGCTGGTGGAGACCCGGCAGATCACCAAGCACGTGGCCCAGATCCTGGACAGCCGGATGAACACCAAGTACGACGAGAACGACAAGCTGATCCGGGAGGTGAAGGTGATCACCCTGAAATCCAAGCTGGTGAGCGACTTCCGGAAGGACTTCCAGTTCTACAAGGTGCGGGAGATCAACAACTACCACCACGCCCACGACGCCTACCTGAACGCCGTGGTGGGCACCGCCCTGATCAAGAAGTACCCCAAGCTGGAGAGCGAGTTCGTGTACGGCGACTACAAGGTGTACGACGTGCGGAAGATGATCGCCAAGAGCGAGCAGGAGATCGGCAAGGCCACCGCCAAGTACTTCTTCTACAGCAACATCATGAACTTCTTCAAGACCGAGATCACCCTGGCCAACGGCGAGATCCGGAAGCGGCCCCTGATCGAGACCAACGGCGAGACCGGCGAGATCGTGTGGGACAAGGGCCGGGACTTCGCCACCGTGCGGAAGGTGCTGAGCATGCCCCAGGTGAACATCGTGAAGAAAACCGAGGTGCAGACCGGCGGCTTCAGCAAGGAGAGCATCCTGCCCAAGCGGAACAGCGACAAGCTGATCGCCCGGAAGAAGGACTGGGACCCCAAGAAGTACGGCGGCTTCGACAGCCCCACCGTGGCCTACAGCGTGCTGGTGGTGGCCAAGGTGGAGAAGGGCAAGAGCAAGAAGCTGAAATCCGTGAAGGAGCTGCTGGGCATCACCATCATGGAGCGGAGCAGCTTCGAGAAGAACCCCATCGACTTCCTGGAGGCCAAGGGCTACAAGGAGGTGAAGAAGGACCTGATCATCAAGCTGCCCAAGTACAGCCTGTTCGAGCTGGAGAACGGCCGGAAGCGGATGCTGGCCAGCGCCGGCGAGCTGCAGAAGGGCAACGAGCTGGCCCTGCCCAGCAAGTACGTGAACTTCCTGTACCTGGCCAGCCACTACGAGAAGCTGAAGGGCAGCCCCGAGGACAACGAGCAGAAGCAGCTGTTCGTGGAGCAGCACAAGCACTACCTGGACGAGATCATCGAGCAGATCAGCGAGTTCAGCAAGCGGGTGATCCTGGCCGACGCCAACCTGGACAAGGTGCTGAGCGCCTACAACAAGCACCGGGACAAGCCCATCCGGGAGCAGGCCGAGAACATCATCCACCTGTTCACCCTGACCAACCTGGGCGCCCCCGCCGCCTTCAAGTACTTCGACACCACCATCGACCGGAAGCGGTACACCAGCACCAAGGAGGTGCTGGACGCCACCCTGATCCACCAGAGCATCACCGGCCTGTACGAGACCCGGATCGACCTGAGCCAGCTGGGCGGCGACAGCGCCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGCCGCCGCCGGCAGCAACCACGACCAGGAGTTCGACCCCCCCAAGGTGTACCCCCCCGTGCCCGCCGAGAAGCGGAAGCCCATCCGGGTGCTGAGCCTGTTCGACGGCATCGCCACCGGCCTGCTGGTGCTGAAGGACCTGGGCATCCAGGTGGACCGGTACATCGCCAGCGAGGTGTGCGAGGACAGCATCACCGTGGGCATGGTGCGGCACCAGGGCAAGATCATGTACGTGGGCGACGTGCGGAGCGTGACCCAGAAGCACATCCAGGAGTGGGGCCCCTTCGACCTGGTGATCGGCGGCAGCCCCTGCAACGACCTGAGCATCGTGAACCCCGCCCGGAAGGGCCTGTACGAGGGCACCGGCCGGCTGTTCTTCGAGTTCTACCGGCTGCTGCACGACGCCCGGCCCAAGGAGGGCGACGACCGGCCCTTCTTCTGGCTGTTCGAGAACGTGGTGGCCATGGGCGTGAGCGACAAGCGGGACATCAGCCGGTTCCTGGAGAGCAACCCCGTGATGATCGACGCCAAGGAGGTGAGCGCCGCCCACCGGGCCCGGTACTTCTGGGGCAACCTGCCCGGCATGAACCGGCCCCTGGCCAGCACCGTGAACGACAAGCTGGAGCTGCAGGAGTGCCTGGAGCACGGCCGGATCGCCAAGTTCAGCAAGGTGCGGACCATCACCACCCGGAGCAACAGCATCAAGCAGGGCAAGGACCAGCACTTCCCCGTGTTCATGAACGAGAAGGAGGACATCCTGTGGTGCACCGAGATGGAGCGGGTGTTCGGCTTCCCCGTGCACTACACCGACGTGAGCAACATGAGCCGGCTGGCCCGGCAGCGGCTGCTGGGCCGGAGCTGGAGCGTGCCCGTGATCCGGCACCTGTTCGCCCCCCTGAAGGAGTACTTCGCCTGCGTGAGCAGCGGCAACAGCAACGCCAACAGCCGGGGCCCCAGCTTCAGCAGCGGCCTGGTGCCCCTGAGCCTGCGGGGCAGCCACATGAATCCTCTGGAGATGTTCGAGACAGTGCCCGTGTGGAGAAGGCAACCCGTGAGGGTGCTGAGCCTCTTCGAGGACATTAAGAAGGAGCTGACCTCTCTGGGCTTTCTGGAATCCGGCAGCGACCCCGGCCAGCTGAAACACGTGGTGGACGTGACCGACACAGTGAGGAAGGACGTGGAAGAGTGGGGCCCCTTTGACCTCGTGTATGGAGCCACACCTCCTCTCGGCCACACATGCGATAGGCCTCCCAGCTGGTATCTCTTCCAGTTCCACAGACTGCTCCAGTACGCCAGACCTAAGCCCGGCAGCCCCAGACCCTTCTTCTGGATGTTCGTGGACAATCTGGTGCTGAACAAGGAGGATCTGGATGTGGCCAGCAGATTTCTGGAGATGGAACCCGTGACAATCCCCGACGTGCATGGCGGCTCTCTGCAGAACGCCGTGAGAGTGTGGTCCAACATCCCCGCCATTAGAAGCAGACACTGGGCTCTGGTGAGCGAGGAGGAACTGTCTCTGCTGGCCCAGAATAAGCAGTCCTCCAAGCTGGCCGCCAAGTGGCCCACCAAGCTGGTGAAGAACTGCTTTCTGCCTCTGAGGGAGTATTTCAAGTATTTCAGCACCGAACTGACCAGCAGCCTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA(SEQ ID NO: 70)
在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 37或153之胺基酸序列。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 37之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 dCas9-DNMT3a/3L蛋白質序列 MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSAGGGGSGGGGSGGGGSGPKKKRKVAAAGSNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACVSSGNSNANSRGPSFSSGLVPLSLRGSHMNPLEMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSLSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA (SEQ ID NO: 37) MAPKKKRKVGIHGVPAADKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVAAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKARGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSAGGGGSGGGGSGGGGSGPKKKRKVAAAGSNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACVSSGNSNANSRGPSFSSGLVPLSLRGSHMNPLEMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSLSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS (SEQ ID NO: 153)
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含Zn指域的靶向部分及包含KRAB (例如KRAB域)的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子係由SEQ ID NO: 55、56、57、58、59、60、189、194、195及196中之任一者的核酸序列(例如編碼表現抑制子的核酸(例如cDNA))編碼。此等例示性表現抑制子之核酸序列揭示於表9中。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 55-60、189、194-196中之任一者之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。在一些實施例中,核酸序列包含聚腺苷酸序列,且在其他實施例中,核酸缺乏聚腺苷酸序列。 表9:例示性ZF-KRAB效應子之核苷酸序列
名稱    SEQ ID NO. 序列
ZF1-KRAB (nt) 55 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTACAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCTCTAGAAGCGACAAACTGACCGAACATCAGAGGACCCACACCGGCGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAATGCGGCAAATCCTTCAGCACCAAGAACTCTCTGACAGAACACCAGAGAACACATACCGGAGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTCTCCCAGTCCGGCGATCTGAGGAGACACCAAAGAACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCCACCACCGGCGCTCTGACCGAGCACCAGAGAACACACACCGGCGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCAGCGACAGCGGCAATCTGAGAGTGCACCAAAGAACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCAGCCAGAGGGCCCATCTGGAGAGGCACCAAAGGACACACACCGGAGAAAAGCCCTACAAGTGTCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTAGCACAAGCGGCGAGCTGGTGAGGCATCAAAGGACCCACACCGGCGAAAAGCCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF2-KRAB (nt) 56 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAGCCCTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCTCCCCCGCCGATCTGACAAGACATCAGAGAACCCATACCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAATGTGGCAAGTCCTTTAGCGATCCCGGACATCTGGTGAGGCACCAGAGGACACACACCGGCGAAAAGCCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCTAGAAGCGACAATCTCGTGAGACACCAGAGAACCCACACCGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCAGCCAGAGCTCCTCTCTGGTGAGGCACCAAAGGACCCACACCGGCGAGAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGTGGCAAAAGCTTCAGCACCTCCCACTCTCTGACCGAGCATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCAGCAGAAATGACGCTCTGACAGAGCACCAAAGAACACATACCGGAGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTTTCTAGAAACGATGCTCTGACCGAACACCAAAGAACACACACCGGCGAAAAGCCTACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF3-KRAB (nt) 57 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACAAACTGGTGAGGCATCAAAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGCAAATCCTTTTCCCAGAGGGCTCATCTGGAAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCGATCCCGGCCATCTGGTCAGACATCAGAGGACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAATCCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAGAGAACACACACCGGAGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACATCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTTCCGACTGCAGAGATCTGGCTAGACACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF4-KRAB (nt) 58 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCCACACCGGCCATCTGCTGGAACACCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTCAGCACCACCGGCAATCTGACAGTCCATCAGAGGACCCACACCGGAGAGAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCGACAAGAAGGATCTGACAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCAGAGCGGCGATCTGAGGAGACATCAAAGAACACATACCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCCGAATGCGGCAAGTCCTTCAGCCAGAGGGCCCATCTGGAAAGGCATCAGAGGACACACACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCTAGAAGCGACAAGCTGACCGAGCATCAGAGGACCCACACCGGAGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCAGCAGAACCGACACACTGAGAGATCACCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF5-KRAB (nt) 59 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTTAGCCACACCGGCCATCTGCTGGAGCATCAAAGGACACACACCGGAGAAAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCAGCACCTCCGGCAATCTCACCGAACACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAACCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCACCAGCGGCAATCTGGTGAGACATCAAAGAACACATACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTCTCCCAACTGGCCCATCTGAGGGCCCACCAGAGGACACATACCGGAGAAAAACCCTACAAATGCCCCGAATGCGGAAAAAGCTTCTCCGAGAGAAGCCATCTGAGAGAGCACCAAAGGACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTAGCGATCCCGGACATCTGGTGAGACATCAGAGAACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAATGTGGCAAGTCCTTTAGCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAAAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF6-KRAB (nt) 60 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCGACCCCGGCGCTCTGGTGAGACATCAAAGAACACATACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAATGTGGAAAATCCTTCAGCGAAAGAAGCCATCTGAGGGAACACCAGAGGACCCACACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGCCCCGAATGCGGAAAAAGCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCAACCATCAGAGAACACACACCGGCGAAAAGCCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTTAGCGAGAGGTCCCATCTGAGAGAGCACCAGAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTACAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTTAGCAGAAGCGACCATCTGACCAATCATCAAAGGACCCACACCGGAGAGAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTTTCCGATCCCGGCCACCTCGTGAGGCACCAAAGAACCCATACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCATCAGAGGACACACACCGGCGAAAAACCCACCGGCAAGAAAACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF54-KRAB 189 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCTGGAGAGAAACCCTACAAATGCCCGGAATGCGGGAAGTCCTTTTCCGAACGCTCGCACCTGAGGGAACACCAGAGAACTCACACCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCAGAATGCGGAAAGAGCTTTTCACGGTCGGACAACCTCGTGCGGCACCAACGCACTCATACCGGAGAGAAGCCGTACAAGTGTCCTGAGTGCGGAAAGTCATTCTCCGACTGCCGGGATTTGGCCCGCCACCAAAGAACACACACTGGCGAAAAGCCCTACAAGTGCCCGGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCACTTCCGGAGAGCTGGTCCGGCACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCTTACAAATGTCCAGAGTGCGGTAAAAGCTTCTCCACCACCGGCAACCTCACCGTGCACCAGCGGACCCACACTGGAGAAAAGCCGTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTCTCGCGATCCGATAAGCTTGTGCGGCATCAGAGAACGCACACTGGGGAAAAGCCTTATAAGTGTCCGGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCGCACTGACACCCTGCGGGACCATCAGCGCACCCATACCGGCAAAAAGACCTCTGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAAACCCACCCCGACAGCGAAACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF61-KRAB 193 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTTGAACCCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGCCCGGAATGCGGAAAGAGCTTCAGCCAGAAGTCCTCGCTGATCGCGCACCAGAGGACTCACACCGGCGAAAAGCCATACAAGTGTCCTGAGTGTGGCAAATCCTTCTCGCACAAGAACGCACTGCAGAACCACCAGAGAACCCACACCGGGGAAAAGCCGTATAAGTGCCCCGAATGTGGAAAGTCGTTCAGCCAGTCATCCAACCTCGTGCGCCATCAAAGGACTCATACCGGAGAGAAACCTTACAAATGCCCTGAATGCGGCAAATCTTTCTCCCGGAATGATGCCCTGACCGAGCACCAGCGCACTCACACGGGAGAGAAGCCGTACAAATGTCCGGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCGACAAGAAGGACTTGACCAGACACCAGCGGACCCATACTGGCGAAAAACCCTATAAGTGTCCAGAGTGCGGGAAGTCCTTTAGCCAAGCCGGTCACCTCGCTTCCCACCAACGGACCCACACAGGAGAAAAGCCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCTCCGATAAGAAGGACCTGACTCGGCATCAGCGCACCCATACCGGAAAGAAAACCTCAGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAAACCCACCCCGACAGCGAAACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF67-KRAB 194 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCTGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCAGAATGCGGAAAGAGCTTTTCACGGTCGGACAACCTCGTGCGGCACCAACGCACTCATACCGGAGAGAAGCCGTACAAGTGTCCTGAGTGCGGAAAGTCATTCTCCGACTGCCGGGATTTGGCCCGCCACCAAAGAACACACACTGGCGAAAAGCCCTACAAGTGCCCGGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCACTTCCGGAGAGCTGGTCCGGCACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCTTACAAATGTCCAGAGTGCGGTAAAAGCTTCTCCACCACCGGCAACCTCACCGTGCACCAGCGGACCCACACTGGAGAAAAGCCGTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTCTCGCGATCCGATAAGCTTGTGCGGCATCAGAGAACGCACACTGGGGAAAAGCCTTATAAGTGTCCGGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCGCACTGACACCCTGCGGGACCACCAGAGAACCCATACTGGCGAGAAGCCATACAAATGCCCGGAATGTGGAAAGAGTTTCTCGCGCGAGGACAACCTCCACACCCATCAGCGCACCCATACCGGCAAAAAGACCTCTGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAAACCCACCCCGACAGCGAAACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF68-KRAB 195 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAACCCGGAGAGAAACCCTACAAATGCCCAGAGTGCGGCAAATCGTTCTCACGGTCCGATCACCTCACCACCCACCAGAGGACCCATACCGGGGAGAAGCCTTACAAGTGTCCTGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCCAAAAGTCCTCGCTGATCGCACACCAGCGCACGCACACTGGGGAAAAGCCATATAAATGCCCGGAGTGTGGCAAATCCTTCTCCCGCCGCGACGAACTGAACGTGCACCAGAGAACCCACACTGGAGAGAAGCCGTATAAGTGTCCGGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCGCAATCCGGGGACCTTCGGAGACATCAGAGGACACACACTGGCGAAAAGCCCTATAAGTGCCCTGAGTGCGGGAAGTCCTTTAGCCAAGCCGGTCACCTGGCCTCCCACCAACGGACTCACACCGGCGAAAAACCGTACAAGTGCCCCGAATGCGGAAAGTCGTTCTCTACCTCCGGAAACTTGACCGAACACCAGCGGACCCACACCGGAGAAAAGCCGTACAAATGTCCTGAATGCGGCAAAAGCTTCAGCCAGGCCGGTCATCTCGCGAGCCATCAGCGGACTCATACTGGCAAAAAGACCTCAGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAAACCCACCCCGACAGCGAAACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
在一些實施例中,表現抑制子包含含有Zn指域(例如具有根據SEQ ID NO: 5-10或169-172中之任一者的胺基酸序列)的靶向部分及含有KRAB (例如胺基酸序列SEQ ID NO: 18) (例如KRAB域)的效應部分。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 22、23、24、25、26、27、139-144、177-180或183-186中之任一者的胺基酸序列。此等例示性表現抑制子的蛋白質序列揭示於表10中。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 22-27、139-144、177-180、183-186中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 表10:例示性鋅指-KRAB效應子的胺基酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF1- KRAB (aa) 22 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTKNSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF2- KRAB (aa) 23 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSHSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF3- KRAB (aa) 24 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF4- KRAB (aa) 25 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF5- KRAB (aa) 26 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF6- KRAB (aa) 27 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSDPGALVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
 tPT2A片段3+ZF3-KRAB 134 PLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF1-KRAB (aa) 139 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTKNSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF2-KRAB (aa) 140 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSHSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF3-KRAB (aa) 141 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF4-KRAB (aa) 142 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF5-KRAB (aa) 143 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF6-KRAB (aa) 144 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSDPGALVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
ZF54-KRAB aa 177 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF61-KRAB aa 178 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQKSSLIAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHKNALQNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF67-KRAB aa 179 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF68-KRAB aa 180 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQKSSLIAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRRDELNVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
無HA標籤之ZF54-KRAB aa 183 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA標籤之ZF61-KRAB aa 184 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQKSSLIAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHKNALQNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA標籤之ZF67-KRAB aa 185 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA標籤之ZF68-KRAB aa 186 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQKSSLIAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRRDELNVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQAGHLASHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含Zn指域(例如由SEQ ID NO: 44-49或115中之任一者之核苷酸序列編碼的Zn指域)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1 (例如由SEQ ID NO: 52之核苷酸序列編碼的細菌MQ1))的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 61、62、63、64、65、66、116、117、118或130之核酸序列編碼。此等例示性表現抑制子之核酸序列揭示於表11中。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 61-66、116-118、130中之任一者之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。在一些實施例中,核酸序列包含聚腺苷酸序列,且在其他實施例中,核酸缺乏聚腺苷酸序列。舉例而言,在一些實施例中,本文所描述之核酸包含根據SEQ ID NO: 61-66、116-118或130中之任一者之序列(或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列),但其缺乏3'聚腺苷酸序列,或包含更短長度之3'聚腺苷酸序列。 表11:例示性ZF-MQ1效應子之核苷酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF7-MQ1 (nt) 61 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGAGAGAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCTAGAAATGACGCTCTGACAGAACACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTAGCGATTGCAGAGATCTGGCTAGACATCAGAGAACACACACCGGCGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCGACCCCGGCCATCTGGTGAGACATCAAAGGACACATACCGGAGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGCGGCCATCTCACCGAGCATCAAAGGACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAATGTGGCAAGTCCTTCTCTAGAGAGGATAATCTGCACACCCATCAGAGGACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGCCCCGAATGTGGAAAGTCCTTTTCCACCAAGAACTCTCTGACCGAGCATCAGAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGTGGCAAGAGCTTCAGCAGAGCCGACAATCTGACAGAGCACCAAAGAACACATACCGGCGAAAAGCCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF8- MQ1 (nt) 62 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTACAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCTCTAGATCCGACAAACTGACCGAACATCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAAGGGACGAGCTGAACGTGCATCAGAGAACACATACCGGCGAGAAGCCCTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAAAGCTTCTCTAGAAGCGATCATCTGACCAACCACCAGAGAACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGTGGAAAATCCTTCAGCTCCCCCGCCGATCTGACCAGACACCAAAGGACCCACACCGGCGAGAAGCCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTTTCCAGATCCGACCATCTGACCAATCATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTTCCAGCAAGAAGGCTCTGACCGAGCATCAAAGGACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTTAGCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAGAGGACACACACCGGAGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF9- MQ1 (nt) 63 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF10- MQ1 (nt) 64 AGTGTGGAAAAAGCTTTAGCCAAAGCGGCGATCTGAGGAGACACCAAAGAACACACACCGGCGAGAAGCCCTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCCAGAGCGGCCATCTGACCGAGCATCAGAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCGAGAGATCCCATCTGAGAGAACACCAGAGGACACACACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCGATCCCGGCCATCTGGTGAGACATCAAAGGACACATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCAGAAACGACACACTCACCGAACACCAGAGGACCCACACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACACCAGAGGACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCTCCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAAAGAACACATACCGGAGAAAAGCCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA   
ZF11- MQ1 (nt) 65 GCCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTTTCCGACTGTAGAGATCTGGCCAGACATCAAAGAACCCACACCGGAGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCATACCGGCCATCTGCTGGAGCACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCAGCAGAAATGACGCTCTGACCGAGCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAGTGTCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGCGGCGATCTGAGGAGACACCAGAGAACACACACCGGCGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTTAGCGACAGCGGCAATCTGAGGGTGCATCAAAGAACACACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACAAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF12- MQ1 (nt) 66 GACCCATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGATCCGACAACCTCGTGAGGCACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAAAGCTTTTCTAGAAGCGACGAGCTGGTGAGACATCAAAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGGGCCCACCAGAGAACACATACCGGCGAAAAACCCACCGGCAAAAAGACAAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF10-MQ1 (nt)全長 116 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTACAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTAGCCAAAGCGGCGATCTGAGGAGACACCAAAGAACACACACCGGCGAGAAGCCCTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCCAGAGCGGCCATCTGACCGAGCATCAGAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCGAGAGATCCCATCTGAGAGAACACCAGAGGACACACACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCAGCGATCCCGGCCATCTGGTGAGACATCAAAGGACACATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAATGCGGCAAGAGCTTTAGCAGAAACGACACACTCACCGAACACCAGAGGACCCACACCGGCGAGAAACCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACACCAGAGGACCCATACCGGAGAAAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAATCCTTCTCCACCCATCTGGATCTGATTAGACACCAAAGAACACATACCGGAGAAAAGCCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF11- MQ1 (nt)全長 117 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGAAAGAGCTTCAGCCATACCGGCCATCTGCTGGAACACCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCTCCTCCAAAAAGGCTCTCACCGAGCACCAGAGAACACATACCGGCGAAAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGTGGCAAATCCTTTTCCGACTGTAGAGATCTGGCCAGACATCAAAGAACCCACACCGGAGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCATACCGGCCATCTGCTGGAGCACCAGAGGACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAAAGCTTCAGCAGAAATGACGCTCTGACCGAGCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAGTGTCCCGAGTGTGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGCGGCGATCTGAGGAGACACCAGAGAACACACACCGGCGAGAAACCCTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTTAGCGACAGCGGCAATCTGAGGGTGCATCAAAGAACACACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACAAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF12- MQ1 (nt)全長 118 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCCTATAAATGCCCCGAATGCGGAAAAAGCTTCAGCCAGTCCAGCTCTCTGGTGAGACATCAGAGGACACACACCGGCGAAAAGCCTTATAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTCTCTAGAAGCGATCACCTCACCAATCATCAGAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTTAGCCAGCTGGCTCATCTGAGAGCTCACCAAAGAACCCATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGCCCCGAGTGTGGAAAATCCTTTTCCCAGTCCAGCAACCTCGTCAGACATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGATCCGACAACCTCGTGAGGCACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCTTACAAATGTCCCGAGTGTGGCAAAAGCTTTTCTAGAAGCGACGAGCTGGTGAGACATCAAAGAACCCATACCGGCGAAAAACCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGCAAATCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGGGCCCACCAGAGAACACATACCGGCGAAAAACCCACCGGCAAAAAGACAAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
無HA之ZF9-MQ1 130 GGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含Zn指域(例如包含SEQ ID NO: 11-14中之任一者的胺基酸序列)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1 (例如SEQ ID NO: 19))的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 28、29、30、31、32、33、129及145-149中之任一者的胺基酸序列。此等例示性表現抑制子的蛋白質序列揭示於表12中。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 28-33、129中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 表12:例示性ZF-MQ1效應子的胺基酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF7-MQ1 (aa) 28 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTKNSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF8- MQ1 (aa) 29 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRRDELNVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSKKALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF9- MQ1 (aa) 30 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF10- MQ1 (aa) 31 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDTLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF11- MQ1 (aa) 32 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSKKALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF12- MQ1 (aa) 33 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
無HA之ZF9-MQ1 129 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
 ZF9-MQ1+tPT2A之片段1 (aa) 133 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAATNFSLLKQAGDVEENPG
無HA之ZF7-MQ1 (aa) 145 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTKNSLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF8-MQ1 (aa) 146 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRRDELNVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSKKALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF10-MQ1 (aa) 147 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDTLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTHLDLIRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF11-MQ1 (aa) 148 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSKKALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHTGHLLEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDALTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA之ZF12-MQ1 (aa) 149 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含Zn指域(例如具有SEQ ID NO: 11-14中之任一者的胺基酸序列)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1 (例如SEQ ID NO: 87))的效應部分。
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含Zn指域(例如由SEQ ID NO: 166-168中之任一者之核苷酸序列編碼的Zn指域)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1 (例如由核苷酸序列SEQ ID NO: 52編碼的細菌MQ1))的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子由SEQ ID NO: 157、158或159之核酸序列編碼。此等例示性表現抑制子之核酸序列揭示於表13中。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 166-168中之任一者之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。在一些實施例中,核酸序列包含聚腺苷酸序列,且在其他實施例中,核酸缺乏聚腺苷酸序列。舉例而言,在一些實施例中,本文所描述之核酸包含根據SEQ ID NO: 166-168中之任一者之序列(或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列),但其缺乏3'聚腺苷酸序列,或包含更短長度之3'聚腺苷酸序列。 表13:例示性小鼠特異性ZF-MQ1效應子之核苷酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF15-MQ1 nt 166 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTTGAGCCCGGAGAAAAGCCATACAAATGTCCTGAATGCGGAAAGTCATTTTCTACGAGCGGCGAACTCGTGCGGCACCAAAGGACTCATACCGGCGAAAAGCCTTACAAATGCCCGGAGTGCGGAAAAAGCTTCTCCGAGCGCTCGCACTTGCGGGAACACCAGCGAACCCACACAGGGGAGAAACCGTATAAGTGCCCAGAGTGCGGCAAATCGTTCTCCCGGAACGACACCCTGACCGAACACCAACGCACTCATACTGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCTGAGTGTGGAAAGAGCTTCTCCCGCGCCGATAACCTGACCGAGCACCAGCGGACCCATACCGGGGAAAAGCCGTACAAGTGTCCGGAATGCGGCAAAAGCTTCAGCACCTCGGGTTCCCTGGTCCGGCATCAGAGAACTCACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGTCCTGAGTGCGGGAAGTCCTTTTCATCGCCCGCGGACCTGACTAGACACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGCCCCGAATGTGGAAAGTCCTTCTCCGACTCCGGCAACCTCCGGGTGCACCAGCGCACCCACACTGGAGAGAAGCCGACCGGAAAGAAAACTTCCGCCTCCGGTTCGGGAGGAGGCTCAGGAGGAGCGAGAGATTCCAAGGTCGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTTGCTGGCATCGGAGCCCAGAGGAAGGCCCTCGAGAAGGTCCGCAAGGATGAGTACGAGATCGTGGGACTCGCGGAGTGGTACGTGCCCGCCATTGTGATGTACCAGGCCATCCATAACAACTTCCACACTAAGCTGGAGTACAAGTCCGTGTCCCGGGAGGAAATGATTGACTACCTGGAGAATAAGACCCTGTCATGGAACTCTAAGAACCCCGTGTCGAACGGTTACTGGAAGAGAAAGAAGGATGACGAACTGAAGATTATCTACAACGCGATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTCTACAAGCGCACCTTGAAGAACATCGATCTGCTGACCTACTCCTTCCCGTGCCAAGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGGATGAAACGGGGCTCCGGTACTCGCAGCGGCTTGCTGTGGGAAATTGAGCGGGCCCTGGATAGCACCGAGAAGAACGACTTGCCGAAGTATCTTCTCATGGAAAACGTCGGGGCTCTCCTTCACAAGAAGAACGAGGAAGAACTGAACCAGTGGAAGCAAAAGCTGGAATCCCTCGGATACCAGAACTCCATTGAGGTCCTGAACGCCGCCGACTTCGGATCGTCGCAAGCCAGACGGAGGGTGTTCATGATTAGCACTCTGAACGAATTCGTGGAACTGCCGAAGGGCGACAAGAAGCCTAAGTCCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGTCCGAGAAGGACATTCTCAACAATCTGCTGAAGTACAACCTGACAGAGTTCAAGAAAACCAAGTCCAACATCAACAAGGCCTCCTTGATTGGTTACTCAAAGTTCAACAGCGAGGGATACGTGTACGACCCCGAATTCACTGGACCCACTCTGACCGCCTCCGGAGCAAACTCTAGGATTAAGATCAAGGACGGCTCCAACATCCGGAAGATGAACTCCGACGAAACCTTTCTGTACATCGGCTTCGACTCGCAAGACGGAAAGCGCGTGAACGAGATCGAATTTCTTACCGAAAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAATTCAATCTCCGTGGAAGTCCTGGAAGCGATTATCGACAAGATCGGAGGCAGTGGTGGAAAGCGCCCAGCAGCCACTAAGAAGGCCGGACAGGCCAAGAAGAAGAAGGGATCCTACCCTTACGATGTGCCGGATTACGCTTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF16-MQ1 nt 167 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAACCCGGAGAAAAACCTTATAAGTGCCCTGAATGCGGAAAGTCATTCTCGAGGTCGGACAAGCTCGTGCGGCACCAGAGGACACACACCGGGGAAAAGCCATACAAGTGTCCCGAATGTGGAAAGTCCTTCAGCCAACGCGCCAACCTGAGAGCTCATCAGCGGACTCACACTGGCGAAAAACCGTACAAATGCCCCGAATGCGGCAAAAGCTTCTCCCGCGCCGACAACTTGACCGAGCACCAGCGGACCCATACCGGCGAAAAGCCGTACAAGTGCCCGGAGTGTGGGAAGTCGTTCAGCCAGTCCTCTTCCCTCGTGCGCCACCAACGCACCCATACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGTCCTGAGTGTGGCAAATCATTCAGCGATAAGAAGGATCTTACCCGGCACCAACGGACTCATACCGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCGTCCCCGGCGGACCTGACTAGACACCAGCGCACCCACACCGGAGAAAAGCCCTACAAGTGCCCAGAGTGCGGGAAGTCCTTTTCCCAATCCGGTCACCTGACTGAGCACCAGAGAACCCACACGGGAGAGAAACCGACCGGAAAGAAAACCTCCGCCTCCGGTTCGGGAGGAGGCTCAGGAGGAGCGAGAGATTCCAAGGTCGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTTGCTGGCATCGGAGCCCAGAGGAAGGCCCTCGAGAAGGTCCGCAAGGATGAGTACGAGATCGTGGGACTCGCGGAGTGGTACGTGCCCGCCATTGTGATGTACCAGGCCATCCATAACAACTTCCACACTAAGCTGGAGTACAAGTCCGTGTCCCGGGAGGAAATGATTGACTACCTGGAGAATAAGACCCTGTCATGGAACTCTAAGAACCCCGTGTCGAACGGTTACTGGAAGAGAAAGAAGGATGACGAACTGAAGATTATCTACAACGCGATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTCTACAAGCGCACCTTGAAGAACATCGATCTGCTGACCTACTCCTTCCCGTGCCAAGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGGATGAAACGGGGCTCCGGTACTCGCAGCGGCTTGCTGTGGGAAATTGAGCGGGCCCTGGATAGCACCGAGAAGAACGACTTGCCGAAGTATCTTCTCATGGAAAACGTCGGGGCTCTCCTTCACAAGAAGAACGAGGAAGAACTGAACCAGTGGAAGCAAAAGCTGGAATCCCTCGGATACCAGAACTCCATTGAGGTCCTGAACGCCGCCGACTTCGGATCGTCGCAAGCCAGACGGAGGGTGTTCATGATTAGCACTCTGAACGAATTCGTGGAACTGCCGAAGGGCGACAAGAAGCCTAAGTCCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGTCCGAGAAGGACATTCTCAACAATCTGCTGAAGTACAACCTGACAGAGTTCAAGAAAACCAAGTCCAACATCAACAAGGCCTCCTTGATTGGTTACTCAAAGTTCAACAGCGAGGGATACGTGTACGACCCCGAATTCACTGGACCCACTCTGACCGCCTCCGGAGCAAACTCTAGGATTAAGATCAAGGACGGCTCCAACATCCGGAAGATGAACTCCGACGAAACCTTTCTGTACATCGGCTTCGACTCGCAAGACGGAAAGCGCGTGAACGAGATCGAATTTCTTACCGAAAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAATTCAATCTCCGTGGAAGTCCTGGAAGCGATTATCGACAAGATCGGAGGCAGTGGTGGAAAGCGCCCAGCAGCCACTAAGAAGGCCGGACAGGCCAAGAAGAAGAAGGGATCCTACCCTTACGATGTGCCGGATTACGCTTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF17-MQ1 nt 168 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCTTGGAACCCGGAGAAAAGCCATACAAATGCCCCGAATGCGGAAAGTCGTTCAGCCAGTCCGGCGACCTCAGACGGCACCAACGGACTCACACCGGCGAAAAACCGTACAAGTGCCCAGAGTGCGGCAAAAGCTTTAGCCAGTCGGGCGATCTGCGGAGACATCAGCGCACTCACACTGGTGAAAAGCCCTACAAGTGTCCTGAGTGCGGGAAGTCCTTCAGCGAGCGCTCCCATCTTCGCGAGCACCAGAGAACCCACACTGGAGAAAAACCTTATAAGTGCCCTGAGTGTGGCAAATCCTTCTCAACCACCGGCAACCTGACTGTGCACCAGCGGACCCACACAGGGGAGAAGCCTTACAAGTGCCCGGAGTGTGGGAAGTCATTCTCCCATCGGACGACCCTGACCAACCACCAGAGGACCCATACTGGCGAAAAGCCGTATAAGTGTCCGGAGTGCGGAAAGAGCTTCTCCGACTCCGGAAACCTCAGGGTGCACCAACGCACCCACACCGGAGAGAAGCCGTACAAATGTCCCGAATGTGGAAAGTCCTTCTCCCAATCCTCTTCGCTGGTCCGGCACCAGCGAACTCATACCGGGGAAAAGCCCACCGGAAAGAAAACCTCGGCCTCCGGTTCGGGAGGAGGCTCAGGAGGAGCGAGAGATTCCAAGGTCGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTTGCTGGCATCGGAGCCCAGAGGAAGGCCCTCGAGAAGGTCCGCAAGGATGAGTACGAGATCGTGGGACTCGCGGAGTGGTACGTGCCCGCCATTGTGATGTACCAGGCCATCCATAACAACTTCCACACTAAGCTGGAGTACAAGTCCGTGTCCCGGGAGGAAATGATTGACTACCTGGAGAATAAGACCCTGTCATGGAACTCTAAGAACCCCGTGTCGAACGGTTACTGGAAGAGAAAGAAGGATGACGAACTGAAGATTATCTACAACGCGATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTCTACAAGCGCACCTTGAAGAACATCGATCTGCTGACCTACTCCTTCCCGTGCCAAGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGGATGAAACGGGGCTCCGGTACTCGCAGCGGCTTGCTGTGGGAAATTGAGCGGGCCCTGGATAGCACCGAGAAGAACGACTTGCCGAAGTATCTTCTCATGGAAAACGTCGGGGCTCTCCTTCACAAGAAGAACGAGGAAGAACTGAACCAGTGGAAGCAAAAGCTGGAATCCCTCGGATACCAGAACTCCATTGAGGTCCTGAACGCCGCCGACTTCGGATCGTCGCAAGCCAGACGGAGGGTGTTCATGATTAGCACTCTGAACGAATTCGTGGAACTGCCGAAGGGCGACAAGAAGCCTAAGTCCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGTCCGAGAAGGACATTCTCAACAATCTGCTGAAGTACAACCTGACAGAGTTCAAGAAAACCAAGTCCAACATCAACAAGGCCTCCTTGATTGGTTACTCAAAGTTCAACAGCGAGGGATACGTGTACGACCCCGAATTCACTGGACCCACTCTGACCGCCTCCGGAGCAAACTCTAGGATTAAGATCAAGGACGGCTCCAACATCCGGAAGATGAACTCCGACGAAACCTTTCTGTACATCGGCTTCGACTCGCAAGACGGAAAGCGCGTGAACGAGATCGAATTTCTTACCGAAAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAATTCAATCTCCGTGGAAGTCCTGGAAGCGATTATCGACAAGATCGGAGGCAGTGGTGGAAAGCGCCCAGCAGCCACTAAGAAGGCCGGACAGGCCAAGAAGAAGAAGGGATCCTACCCTTACGATGTGCCGGATTACGCTTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
在一些實施例中,表現抑制子包含:包含Zn指域(例如包含SEQ ID NO: 154-156中之任一者的胺基酸序列)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1 (例如SEQ ID NO: 19))的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 160-165中之任一者的胺基酸序列。此等例示性表現抑制子的蛋白質序列揭示於表14中。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含SEQ ID NO: 160-165中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。 表14:例示性ZF-MQ1效應子的胺基酸序列
名稱 SEQ ID NO. 序列
ZF15-MQ1 aa 160 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDTLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF16-MQ1 aa 161 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF17-MQ1 aa 162 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHRTTLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
無HA標籤之ZF15-MQ1 aa 163 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRNDTLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA標籤之ZF16-MQ1 aa 164 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDKKDLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSSPADLTRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGHLTEHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA標籤之ZF17-MQ1 aa 165 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSGDLRRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSHRTTLTNHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDSGNLRVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQSSSLVRHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
在一些實施例中,本發明提供一種表現抑制系統,其包含:包含第一ZF的第一靶向部分、包含DNA甲基轉移酶(例如MQ1或其功能片段)的第一效應部分、包含第二ZF的第二靶向部分,及包含KRAB (例如KRAB域)的第二效應部分。在一些實施例中,表現抑制系統係由編碼第一靶向部分及第一效應部分的第一核酸編碼,其中表現係由第一啟動子或IRES驅動;以及編碼第二靶向部分及第二效應部分的第二核酸,其中表現係由第二啟動子或IRES驅動。在一些實施例中,使用單順反子序列。在一些實施例中,編碼表現抑制系統的核酸為多順反子序列。在一些實施例中,多順反子序列為雙順反子序列。在一些實施例中,多順反子序列包含編碼第一表現抑制子的序列及編碼第二表現抑制子的序列。在一些實施例中,多順反子序列編碼可自裂解肽序列,例如2A肽序列,例如T2A肽序列、P2A序列。在一些實施例中,多順反子序列編碼T2A肽序列及P2A肽序列。在一些實施例中,多順反子序列編碼串聯2A序列,例如tPT2A序列。在一些實施例中,多順反子構築體自5'至3'編碼:(i)第一核定位信號,例如SV40 NLS;(ii)第一靶向部分,例如DNA結合域,例如鋅指結合域,例如ZF-9;(iii)第一效應部分,例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1;(iv)第二核定位信號,例如核質蛋白NLS;(v)連接子,例如tPT2A連接子;(vi)第三核定位信號,例如SV40NLS;(vii)第二靶向部分,例如DNA結合域,例如鋅指結合域,例如ZF-3;(viii)第二效應部分,例如轉錄抑制部分,例如KRAB;及(ix)第四核定位信號,例如核質蛋白NLS。在一些實施例中,雙順反子構築體進一步包含聚腺苷酸尾。在一些實施例中,在雙順反子基因構築體轉錄時,產生編碼第一表現抑制子及第二表現抑制子的單一mRNA轉錄物,該轉錄物在轉譯時裂解,例如在2A肽內的甘胺酸殘基之後裂解,作為兩種各別蛋白質產生第一表現抑制子及第二表現抑制子。在一些實施例中,第一及第二表現抑制子藉由「核糖體跳讀」分隔。在一些實施例中,在核糖體跳讀之後,第一表現抑制子及/或第二表現抑制子保持2A肽的片段。在一些實施例中,第一及第二表現抑制子的表現量相等。在一些實施例中,第一及第二表現抑制子的表現量不同。在一些實施例中,第一表現抑制子的蛋白質量在(大於或小於)第二表現抑制子之蛋白質量的1%、2%、5%或10%內。
在一些實施例中,與其中第一及第二表現抑制子由單順反子核酸編碼的在其他方面類似之系統相比,由雙順反子核酸編碼的系統使目標基因(例如MYC)在細胞中的表現減少至少1%、至少2%、至少3%、至少4%、至少5%、至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%。
在一些實施例中,雙順反子序列編碼SEQ ID NO: 91、92、121、122、181、182、187、188之胺基酸,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。在一些實施例中,表現抑制系統包含:包含Zn指域(例如包含SEQ ID NO: 7或13中之任一者的胺基酸序列)的靶向部分及包含MQ1 (例如細菌MQ1 (例如SEQ ID NO: 19)或KRAB,例如KRAB域(例如SEQ ID NO: 18))的效應部分。在一些實施例中,表現抑制子包含SEQ ID NO: 91、92、121、122、181、182、187、188中之任一者的胺基酸序列。此等例示性表現抑制系統的蛋白質序列揭示於表15中。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制系統包含SEQ ID NO: 91-92、121-122、181、182、187、188中之任一者之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
在一些實施例中,雙順反子序列包含SEQ ID NO: 93或112 (例如編碼表現抑制子的核酸(例如cDNA))或SEQ ID NO: 94或113 (例如編碼表現抑制子的核酸(例如cDNA))之核酸序列。在一些實施例中,雙順反子序列包含SEQ ID NO: 196 (例如編碼表現抑制子的核酸(例如cDNA))或SEQ ID NO: 197 (例如編碼表現抑制子的核酸(例如cDNA))之核酸序列。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含SEQ ID NO: 93、94、112、113、196或197之核酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。編碼此等例示性表現抑制系統的核酸序列揭示於表15中。在一些實施例中,核酸序列包含聚腺苷酸序列,且在其他實施例中,核酸缺乏聚腺苷酸序列。 表15:例示性表現抑制系統的胺基酸序列及編碼例示性表現抑制系統的核酸序列
名稱 SEQ ID NO: 序列
ZF9-MQ1+ZF3-KRAB (aa) 91 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA*SSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF3-KRAB+ZF9-MQ1(aa) 92 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA*SSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF9-MQ1+ZF3-KRAB (nt) 93 GCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAaACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCGGGTCCTACCCGTACGACGTGCCCGATTACGCCGCCACCAACTTCTCGCTGCTGAAGCAGGCCGGAGATGTGGAAGAAAACCCTGGACCTACCAGTGCCGGAAAGCTCGGTAGCGGAGAGGGTCGGGGAAGCCTGCTTACTTGCGGCGACGTGGAAGAGAACCCCGGTCCGCTGGAGGGTTCGTCCGGCTCCGGATCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACAAACTGGTGAGGCATCAAAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGCAAATCCTTTTCCCAGAGGGCTCATCTGGAAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCGATCCCGGCCATCTGGTCAGACATCAGAGGACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAATCCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAGAGAACACACACCGGAGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACATCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTTCCGACTGCAGAGATCTGGCTAGACACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF3-KRAB+ZF9-MQ1 (nt) 94 TATAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTTCCGACTGCAGAGATCTGGCTAGACACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCGGGTCCTACCCGTACGACGTGCCCGATTACGCCGCCACCAACTTCTCGCTGCTGAAGCAGGCCGGAGATGTGGAAGAAAACCCTGGACCTACCAGTGCCGGAAAGCTCGGTAGCGGAGAGGGTCGGGGAAGCCTGCTTACTTGCGGCGACGTGGAAGAGAACCCCGGTCCGCTGGAGGGTTCGTCCGGCTCCGGATCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
 ZF9-MQ1+ZF3-KRAB全nt序列 112 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAaACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCGGGTCCTACCCGTACGACGTGCCCGATTACGCCGCCACCAACTTCTCGCTGCTGAAGCAGGCCGGAGATGTGGAAGAAAACCCTGGACCTACCAGTGCCGGAAAGCTCGGTAGCGGAGAGGGTCGGGGAAGCCTGCTTACTTGCGGCGACGTGGAAGAGAACCCCGGTCCGCTGGAGGGTTCGTCCGGCTCCGGATCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACAAACTGGTGAGGCATCAAAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGCAAATCCTTTTCCCAGAGGGCTCATCTGGAAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCGATCCCGGCCATCTGGTCAGACATCAGAGGACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAATCCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAGAGAACACACACCGGAGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACATCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTTCCGACTGCAGAGATCTGGCTAGACACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF3-KRAB+ZF9-MQ1全nt序列 113 AGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAAAAACCTTACAAGTGCCCCGAGTGCGGAAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACAAACTGGTGAGGCATCAAAGGACACATACCGGAGAGAAGCCCTATAAGTGCCCCGAATGTGGCAAATCCTTTTCCCAGAGGGCTCATCTGGAAAGACACCAGAGGACCCATACCGGCGAAAAACCCTACAAATGTCCCGAGTGTGGAAAGAGCTTTTCCGATCCCGGCCATCTGGTCAGACATCAGAGGACACATACCGGCGAAAAGCCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAATCCTTCTCCAGAAGCGACAAGCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCTATAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGTCCTTTAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAGAGAACACACACCGGAGAGAAGCCTTATAAGTGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCTAGAGCCGACAATCTGACCGAACATCAAAGGACACACACCGGCGAGAAACCTTATAAATGCCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTTTCCGACTGCAGAGATCTGGCTAGACACCAGAGAACCCACACCGGCGAGAAACCCACCGGCAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAGACCCACCCCGACAGCGAGACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCGGGTCCTACCCGTACGACGTGCCCGATTACGCCGCCACCAACTTCTCGCTGCTGAAGCAGGCCGGAGATGTGGAAGAAAACCCTGGACCTACCAGTGCCGGAAAGCTCGGTAGCGGAGAGGGTCGGGGAAGCCTGCTTACTTGCGGCGACGTGGAAGAGAACCCCGGTCCGCTGGAGGGTTCGTCCGGCTCCGGATCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF09-MQ1-tPT2A-ZF54-KRAB nt 196 GGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCAAAGAAGAAGAGAAAGGTCGGAATTCATGGCGTGCCCGCAGCCGGCAGCAGCGGTTCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCGGGTCCGCCACCAACTTCTCGCTGCTGAAGCAGGCCGGAGACGTGGAAGAAAACCCTGGACCTACCAGTGCCGGAAAGCTCGGTAGCGGAGAGGGTCGGGGAAGCCTGCTTACTTGCGGCGACGTGGAAGAGAACCCCGGTCCGCTGGAGGGTTCGTCCGGCTCCGGATCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCTGGAGAGAAACCCTACAAATGCCCGGAATGCGGGAAGTCCTTTTCCGAACGCTCGCACCTGAGGGAACACCAGAGAACTCACACCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCAGAATGCGGAAAGAGCTTTTCACGGTCGGACAACCTCGTGCGGCACCAACGCACTCATACCGGAGAGAAGCCGTACAAGTGTCCTGAGTGCGGAAAGTCATTCTCCGACTGCCGGGATTTGGCCCGCCACCAAAGAACACACACTGGCGAAAAGCCCTACAAGTGCCCGGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCACTTCCGGAGAGCTGGTCCGGCACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCTTACAAATGTCCAGAGTGCGGTAAAAGCTTCTCCACCACCGGCAACCTCACCGTGCACCAGCGGACCCACACTGGAGAAAAGCCGTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTCTCGCGATCCGATAAGCTTGTGCGGCATCAGAGAACGCACACTGGGGAAAAGCCTTATAAGTGTCCGGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCGCACTGACACCCTGCGGGACCATCAGCGCACCCATACCGGCAAAAAGACCTCTGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAAACCCACCCCGACAGCGAAACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF54-KRAB-tPT2A-ZF09-MQ1 nt 197 GGGAAATAAGAGAGAAAAGAAGAGTAAGAAGAAATATAAGAGCCACCATGGCCCCAAAGAAGAAGAGAAAGGTCGGAATTCATGGCGTGCCCGCAGCCGGCAGCAGCGGTTCCCTGGAGCCTGGAGAGAAACCCTACAAATGCCCGGAATGCGGGAAGTCCTTTTCCGAACGCTCGCACCTGAGGGAACACCAGAGAACTCACACCGGCGAAAAACCCTATAAGTGCCCAGAATGCGGAAAGAGCTTTTCACGGTCGGACAACCTCGTGCGGCACCAACGCACTCATACCGGAGAGAAGCCGTACAAGTGTCCTGAGTGCGGAAAGTCATTCTCCGACTGCCGGGATTTGGCCCGCCACCAAAGAACACACACTGGCGAAAAGCCCTACAAGTGCCCGGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCACTTCCGGAGAGCTGGTCCGGCACCAGAGGACCCACACCGGGGAGAAGCCTTACAAATGTCCAGAGTGCGGTAAAAGCTTCTCCACCACCGGCAACCTCACCGTGCACCAGCGGACCCACACTGGAGAAAAGCCGTATAAATGCCCCGAATGCGGCAAGAGCTTCTCGCGATCCGATAAGCTTGTGCGGCATCAGAGAACGCACACTGGGGAAAAGCCTTATAAGTGTCCGGAGTGCGGCAAATCCTTCTCCCGCACTGACACCCTGCGGGACCATCAGCGCACCCATACCGGCAAAAAGACCTCTGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACGACGCCAAGAGCCTGACCGCCTGGAGCCGGACCCTGGTGACCTTCAAGGACGTGTTCGTGGACTTCACCCGGGAGGAGTGGAAGCTGCTGGACACCGCCCAGCAGATCCTGTACCGGAACGTGATGCTGGAGAACTACAAGAACCTGGTGAGCCTGGGCTACCAGCTGACCAAGCCCGACGTGATCCTGCGGCTGGAGAAGGGCGAGGAGCCCTGGCTGGTGGAGCGGGAGATCCACCAGGAAACCCACCCCGACAGCGAAACCGCCTTCGAGATCAAGAGCAGCGTGCCCAGCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCGGGTCCGCCACCAACTTCTCGCTGCTGAAGCAGGCCGGAGACGTGGAAGAAAACCCTGGACCTACCAGTGCCGGAAAGCTCGGTAGCGGAGAGGGTCGGGGAAGCCTGCTTACTTGCGGCGACGTGGAAGAGAACCCCGGTCCGCTGGAGGGTTCGTCCGGCTCCGGATCCCCCAAGAAGAAGCGGAAGGTGGGCATCCACGGCGTGCCCGCCGCCGGCAGCAGCGGATCCCTGGAGCCCGGCGAGAAACCTTACAAATGCCCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCAGAAGCGACGATCTGGTGAGGCACCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCTTACAAGTGTCCCGAATGCGGAAAGTCCTTCAGCAGAGAGGACAATCTGCACACCCACCAGAGAACACACACCGGAGAAAAGCCTTACAAGTGCCCCGAATGCGGCAAATCCTTTTCTAGAAGCGATCATCTGACCACCCACCAAAGAACACATACCGGCGAGAAGCCTTACAAATGTCCCGAGTGCGGAAAGTCCTTCTCCCAGAGAGCCAATCTGAGGGCTCATCAAAGGACCCATACCGGCGAAAAGCCCTACAAATGCCCCGAGTGCGGAAAATCCTTCAGCCAGCTGGCCCATCTGAGAGCCCACCAAAGGACACACACCGGAGAGAAACCCTATAAGTGCCCCGAGTGTGGAAAAAGCTTTTCCCAGAGGGCCAATCTGAGGGCCCATCAGAGGACCCATACCGGAGAGAAGCCTTATAAATGTCCCGAGTGCGGAAAAAGCTTCAGCGAGAGGAGCCATCTGAGGGAACATCAAAGAACCCACACCGGCGAAAAACCCACCGGAAAAAAGACCAGCGCTAGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGCCCGGGACAGCAAGGTGGAGAACAAGACCAAGAAGCTGCGGGTGTTCGAGGCCTTCGCCGGCATCGGCGCCCAGCGGAAGGCCCTGGAGAAGGTGCGGAAGGACGAGTACGAGATCGTGGGCCTGGCCGAGTGGTACGTGCCCGCCATCGTGATGTACCAGGCCATCCACAACAACTTCCACACCAAGCTGGAGTACAAGAGCGTGAGCCGGGAGGAGATGATCGACTACCTGGAGAACAAGACCCTGAGCTGGAACAGCAAGAACCCCGTGAGCAACGGCTACTGGAAGCGGAAGAAGGACGACGAGCTGAAGATCATCTACAACGCCATCAAGCTGAGCGAGAAGGAGGGCAACATCTTCGACATCCGGGACCTGTACAAGCGGACCCTGAAGAACATCGACCTGCTGACCTACAGCTTCCCCTGCCAGGACCTGAGCCAGCAGGGCATCCAGAAGGGCATGAAGCGGGGCAGCGGCACCCGGAGCGGCCTGCTGTGGGAGATCGAGCGGGCCCTGGACAGCACCGAGAAGAACGACCTGCCCAAGTACCTGCTGATGGAGAACGTGGGCGCCCTGCTGCACAAGAAGAACGAGGAGGAGCTGAACCAGTGGAAGCAGAAGCTGGAGAGCCTGGGCTACCAGAACAGCATCGAGGTGCTGAACGCCGCCGACTTCGGCAGCAGCCAGGCCCGGCGGCGGGTGTTCATGATCAGCACCCTGAACGAGTTCGTGGAGCTGCCCAAGGGCGACAAGAAGCCCAAGAGCATCAAGAAGGTGCTGAACAAGATCGTGAGCGAGAAGGACATCCTGAACAACCTGCTGAAGTACAACCTGACCGAGTTCAAGAAAACCAAGAGCAACATCAACAAGGCCAGCCTGATCGGCTACAGCAAGTTCAACAGCGAGGGCTACGTGTACGACCCCGAGTTCACCGGCCCCACCCTGACCGCCAGCGGCGCCAACAGCCGGATCAAGATCAAGGACGGCAGCAACATCCGGAAGATGAACAGCGACGAGACCTTCCTGTACATCGGCTTCGACAGCCAGGACGGCAAGCGGGTGAACGAGATCGAGTTCCTGACCGAGAACCAGAAGATCTTCGTGTGCGGCAACAGCATCAGCGTGGAGGTGCTGGAGGCCATCATCGACAAGATCGGCGGCCCCAGCGGCGGCAAGCGGCCCGCCGCCACCAAGAAGGCCGGCCAGGCCAAGAAGAAGAAGGGCAGCTACCCCTACGACGTGCCCGACTACGCCTGAGCGGCCGCTTAATTAAGCTGCCTTCTGCGGGGCTTGCCTTCTGGCCATGCCCTTCTTCTCTCCCTTGCACCTGTACCTCTTGGTCTTTGAATAAAGCCTGAGTAGGAAGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
ZF9-MQ1+ZF3-KRAB (aa) 121 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF3-KRAB+ZF9-MQ1(aa) 122 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRAHLERHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDPGHLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRADNLTEHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF09-MQ1-tPT2A-ZF54-KRAB aa 181 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
ZF54-KRAB-tPT2A-ZF09-MQ1 aa 182 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYA
無HA標籤之ZF09-MQ1-tPT2A-ZF54-KRAB aa 187 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
無HA標籤之ZF54-KRAB-tPT2A-ZF09-MQ1 aa 188 MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDNLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSDCRDLARHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTSGELVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSTTGNLTVHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDKLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRTDTLRDHQRTHTGKKTSASGSGGGSGGARDDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGSLEPGEKPYKCPECGKSFSRSDDLVRHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSREDNLHTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSRSDHLTTHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQLAHLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSQRANLRAHQRTHTGEKPYKCPECGKSFSERSHLREHQRTHTGEKPTGKKTSASGSGGGSGGARDSKVENKTKKLRVFEAFAGIGAQRKALEKVRKDEYEIVGLAEWYVPAIVMYQAIHNNFHTKLEYKSVSREEMIDYLENKTLSWNSKNPVSNGYWKRKKDDELKIIYNAIKLSEKEGNIFDIRDLYKRTLKNIDLLTYSFPCQDLSQQGIQKGMKRGSGTRSGLLWEIERALDSTEKNDLPKYLLMENVGALLHKKNEEELNQWKQKLESLGYQNSIEVLNAADFGSSQARRRVFMISTLNEFVELPKGDKKPKSIKKVLNKIVSEKDILNNLLKYNLTEFKKTKSNINKASLIGYSKFNSEGYVYDPEFTGPTLTASGANSRIKIKDGSNIRKMNSDETFLYIGFDSQDGKRVNEIEFLTENQKIFVCGNSISVEVLEAIIDKIGGPSGGKRPAATKKAGQAKKKKGS
在一些實施例中,表現抑制子包含核定位序列(NLS)。在一些實施例中,表現抑制子包含NLS,例如在N端包含SV40 NLS。在一些實施例中,表現抑制子包含NLS,例如在C末端處包含核質蛋白NLS。在一些實施例中,表現抑制子在N端包含第一NLS且在C端包含第二NLS。在一些實施例中,第一及第二NLS具有相同序列。在一些實施例中,第一及第二NLS具有不同序列。在一些實施例中,表現抑制抑制子包含SV40 NLS,例如表現抑制子包含根據PKKKRK (SEQ ID NO: 135)的序列。在一些實施例中,N端序列包含NLS及間隔子,例如具有根據MAPKKKRKVGIHGVPAAGSSGS (SEQ ID NO: 88)的序列。在一些實施例中,表現抑制子包含含有以下中之一或多者(例如任何兩者或全部三者)的C端序列:間隔子、核質蛋白核定位序列及HA標籤:例如SGGKRPAATKKAGQAKKKGSYPYDVPDYA (SEQ ID NO: 89)。在一些實施例中,表現抑制子包含抗原決定基標籤,例如HA標籤:YPYDVPDYA (SEQ ID NO: 90)。舉例而言,表現抑制子可包含抗原決定基標籤的兩個複本。
儘管抗原決定基標籤可用於多種研究背景中,但在治療背景中有時需要省略抗原決定基標籤。相應地,在一些實施例中,表現抑制子缺乏抗原決定基標籤。在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子包含本文提供之序列(或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列),但缺乏SEQ ID NO: 90之HA標籤。在一些實施例中,本文所描述之核酸包含本文提供之序列(或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列),但其缺乏編碼SEQ ID NO: 90之HA標籤之區域。在一些實施例中,表現抑制子包含核質蛋白NLS,例如表現抑制子包含KRPAATKKAGQAKKK (SEQ ID NO: 136)之序列。在一些實施例中,表現抑制子不包含NLS。在一些實施例中,表現抑制子不包含抗原決定基標籤。在一些實施例中,表現抑制子不包含HA標籤。在一些實施例中,表現抑制子不包含根據SEQ ID NO: 90之HA標籤序列。
在一些實施例中,本發明提供包含自裂解肽的表現抑制系統。最初發現於小核糖核酸病毒中的自裂解肽為長度在19至22個胺基酸之間的肽且通常發現於小核糖核酸病毒家族之一些成員中的兩種蛋白質之間。小核糖核酸病毒能夠利用自裂解蛋白質、自相同mRNA產生等莫耳含量的多個基因。已知此類自裂解蛋白質發現於病毒的其他屬種中,且熟習此項技術者在需要時基於本文提供的資訊能夠容易確定適用於本文所揭示之自裂解蛋白質的取代。在一些實施例中,表現抑制系統包含自裂解肽,例如2A自裂解肽。在一些實施例中,2A肽包含單個裂解位點,例如2A肽,例如P2A、T2A、E2A或F2A肽。在一些實施例中,自裂解肽,例如2A肽包含兩個裂解位點,例如pPT2A或P2A-T2A-E2A。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有複數個裂解位點的自裂解肽,例如T2A自裂解肽及P2A自裂解肽。在一些實施例中,2A肽在轉譯之後裂解。在一些實施例中,自裂解肽在裂解之後產生兩個或更多個片段。在一些實施例中,2A肽片段包含SEQ ID NO: 126-127之序列。在一些實施例中,2A自裂解肽包含SEQ ID NO: 120、124、125之序列或其衍生物。在一些實施例中,SEQ ID NO: 95包含自裂解肽序列。 PSSGGKRPAATKKAGQAKKKKGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPLEGSSGSGSPKKKRKVGIHGVPAAGSSGS (SEQ ID NO: 95) EGRGSLLTCGDVEENPGP (SEQ ID NO: 120) ATNFSLLKQAGDVEENPGPTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPGP (SEQ ID NO: 124) ATNFSLLKQAGDVEENPGP (SEQ ID NO: 125) ATNFSLLKQAGDVEENPG (SEQ ID NO: 126) PTSAGKLGSGEGRGSLLTCGDVEENPG (SEQ ID NO: 127) P
當然應瞭解,雖然2A序列(例如tPT2A序列(例如根據SEQ ID NO: 124)在科學文獻及本文中可稱為自裂解肽,但此係依據非限制性理論。根據另一非限制性理論,在一些實施例中,2A序列經由核糖體跳讀來起作用。舉例而言,編碼2A序列的mRNA可誘導核糖體跳讀,其中在轉譯2A區域的同時核糖體未能形成肽鍵,使得釋放轉譯產物的第一部分。核糖體接著產生轉譯產物的第二部分。總體而言,已明確確定,置於第一序列與第二序列之間的2A序列將引起包含第一序列之第一蛋白質及包含第二序列之不同第二蛋白質的產生。就藉以達成此的分子機制而言,本發明不受任何特定理論束縛。
功能特徵  本發明之表現抑制子或系統可用於減少細胞中之目標基因(例如MYC)之表現。一般而言,如本文所描述之表現抑制子或系統結合(例如經由靶向部分)近接至及/或可操作地連接至目標基因(例如MYC)的基因體序列元件。在一些實施例中,表現抑制子或系統對基因體序列元件的結合調節(例如減少)目標基因(例如MYC)的表現。舉例而言,包含效應部分的表現抑制子或系統結合基因體序列元件可調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現,該效應部分抑制轉錄機構的組分募集。作為另一實例,包含具有酶活性之效應部分(例如表觀遺傳修飾部分)之表現抑制子或系統的結合可經由效應部分的酶活性定位來調節(例如減少)目標基因(例如MYC)的表現。作為另一實例,表現抑制子或系統對基因體序列元件的結合與表現抑制子或系統的酶活性定位可對目標基因(例如MYC)之表現促成所得的調節(例如減少)。
在一些實施例中,降低表現包含降低目標基因(例如MYC)所編碼之RNA (例如mRNA)的含量。在一些實施例中,降低表現包含降低目標基因(例如MYC)所編碼之蛋白質的含量。在一些實施例中,降低表現包含降低目標基因(例如MYC)所編碼之mRNA與蛋白質的含量。在一些實施例中,與未接觸本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統或不包含本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統之細胞中的目標基因表現量相比,接觸本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統或包含本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統之細胞中的目標基因表現降低至少1.05× (亦即,1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.55×、1.6×、1.65×、1.7×、1.75×、1.8×、1.85×、1.9×、1.95×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、30×、40×、50×、60×、70×、80×、90×或100×。目標基因(例如MYC)的表現可藉由熟習此項技術者已知的方法,包括RT-PCR、ELISA、西方墨點法及實例2至實例9之方法分析。可藉由評估血液(例如全血)中的目標基因(例如MYC)含量,例如藉由以下文獻中的方法來評估個體中的目標基因(例如MYC)表現量,該個體例如患者,例如患有MYC異常調節病症的患者,例如患有肝病的患者、患有贅瘤及/或病毒或酒精相關肝病的患者,例如患有肝癌的患者,例如患有肝癌亞型S1或肝癌亞型S2的患者:Oglesbee等人,Clin Chem. 2013年10月;59(10):1461-9. Doi: 10.1373/clinchem.2013.207472或Deutsch等人,J Neurol Neurosurg Psychiatry. 2014年9月;85(9):994-1002. Doi: 10.1136/jnnp-2013-306788,該等文獻之內容以全文引用的方式併入本文中。
本發明之表現抑制子或系統可用於在某一時段內減少目標基因(例如MYC)在細胞中的表現。在一些實施例中,接觸表現抑制子或系統或包含表現抑制子或系統之細胞中的目標基因(例如MYC)表現明顯地減少至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時,或至少1、2、3、4、5、6、7、10、14或15天,或至少1、2、3、4或5週,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月,或至少1、2、3、4或5年(例如無限期地)。視情況,接觸表現抑制子或系統或包含表現抑制子或系統之細胞中的目標基因(例如MYC)表現明顯地減少不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1年。在一些實施例中,接觸表現抑制子或系統或包含表現抑制子或系統之細胞中的目標基因(例如MYC)表現在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次細胞分裂期間明顯減少。本發明之表現抑制子或系統可用於使目標啟動子(例如MYC啟動子)中的CpG核苷酸發生甲基化。在一些實施例中,MYC表現發生的轉錄變化與CpG甲基化百分比相關。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子或系統處理後,甲基化保持至少1天、至少2天、至少5天、至少7天、至少10天、至少15天或至少20天。
本發明之表現抑制子或系統可用於降低包含目標基因座(例如MYC基因座)之細胞的存活率。在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於減少包含目標基因座(例如MYC基因座)之複數個細胞的存活率。在一些實施例中,與未接觸表現抑制子或系統或不包含表現抑制子或系統之對照細胞群體中的活細胞數目相比,接觸表現抑制子或系統或包含表現抑制子或系統之活細胞的數目明顯減少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100%。
在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於減少包含癌細胞及非癌細胞之複數個細胞的存活率。在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於降低複數個癌細胞的存活率,降幅超過其降低複數個非癌細胞之存活率的降幅。在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於使複數個癌細胞之存活率降低超過其引起之複數個非癌細胞之存活率降低1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。
在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於降低包含感染細胞及未感染細胞之複數個細胞的存活率。在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於降低複數個感染細胞的存活率,降幅超過其降低複數個未感染細胞之存活率的降幅。在一些實施例中,本發明之表現抑制子或系統可用於使複數個感染細胞之存活率降低超過其引起之複數個未感染細胞之存活率降低1.05× (亦即1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.6×、1.7×、1.8×、1.9×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、50×或100×。
表現抑制系統可包含複數種表現抑制子,其中各表現抑制子包含功能性與另一表現抑制子之效應部分不同的效應部分。舉例而言,表現抑制系統可包含兩個表現抑制子,其中第一表現抑制子包含含有表觀遺傳修飾部分(例如DNA甲基轉移酶,例如MQ1)的第一效應部分且第二表現抑制子包含含有轉錄抑制子(例如KRAB)的第二效應部分。在一些實施例中,第二表現抑制子不包含第二效應部分。在一些實施例中,表現抑制系統包含含有效應部分之組合的表現抑制子,該等效應部分的功能性就抑制目標基因(例如MYC)表現而言彼此互補,其中該等功能性合起來能夠抑制表現且視情況當個別地存在時不抑制或可忽略地抑制表現。在一些實施例中,表現抑制系統包含複數個表現抑制子,其中各表現抑制子包含與各其他表現抑制子之效應部分互補的效應部分,例如各效應部分降低目標基因(例如MYC)表現。
在一些實施例中,表現抑制系統包含含有效應部分之組合的表現抑制子,該等效應部分的功能性就抑制目標基因(例如MYC)表現而言彼此協同作用。不希望受理論束縛,對基因體基因座的表觀遺傳修飾可累積起來,因為多種個別的抑制性表觀遺傳標記(例如多種不同類型的表觀遺傳標記及/或指定類型的更大範圍標記)合起來抑制表現比單獨的個別修飾更有效(例如使表現更大幅度的減少及/或使表現更持久的減少)。在一些實施例中,表現抑制系統包含複數個表現抑制子,其中各表現抑制子包含與各其他表現抑制子之效應部分協同作用的效應部分,例如各效應部分降低目標基因(例如MYC)表現。
在一些實施例中,表現抑制子或系統調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現,其藉由改變與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至其之表現控制序列相關的一或多種表觀遺傳標記來達成。在一些實施例中,改變包含降低與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至其之表現控制序列相關的表觀遺傳標記水平。表觀遺傳標記包括但不限於DNA甲基化、組蛋白甲基化及組蛋白去乙醯化。
在一些實施例中,改變表觀遺傳標記的水平使與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至其的表現控制序列相關的表觀遺傳標記水平降低,比未接觸表現抑制子或系統或不包含表現抑制子或系統之細胞中之與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至其之表現控制序列相關的表觀遺傳標記水平低至少1.05× (亦即,1.05倍)、1.1×、1.15×、1.2×、1.25×、1.3×、1.35×、1.4×、1.45×、1.5×、1.55×、1.6×、1.65×、1.7×、1.75×、1.8×、1.85×、1.9×、1.95×、2×、3×、4×、5×、6×、7×、8×、9×、10×、20×、30×、40×、50×、60×、70×、80×、90×或100×。表觀遺傳標記水平可藉由熟習此項技術者已知的方法分析,包括全基因體亞硫酸氫鹽定序、簡化表示亞硫酸氫鹽定序、亞硫酸氫鹽擴增子定序、甲基化陣列、焦磷酸定序、ChIP-seq或ChIP-qPCR。在一些實施例中,可利用亞硫酸氫鹽基因體定序,分析表觀遺傳標記(例如DNA甲基化)在根據hg19參考基因體的精確基因體座標處(例如根據hg19參考基因體在chr8:129188693-129189048之間)的變化(例如增加或降低)。在一些實施例中,可利用亞硫酸氫鹽基因體定序,分析表觀遺傳標記(例如DNA甲基化)在根據SEQ ID NO: 123的基因體位置處的變化(例如增加或降低)。 CAGAGAAGGAGGAAGTTAATTCACATTCTTAATTTTTTCTAAGGGCAAAAAAAAAAAAAAAATGCACCAGCTCATTTTCCATCTCTGCTTGGGTCATCAGTGTGCATTGTGAGCCTGTACAAAGGCCTTAGACGGGGAATGCTGCCGAGAGCATCACCTTTTATGTCTTCTTTTATATGAAATGTGCCACTTCCCCACTAACCCTGGCTCTGGGCTCTGCCTCTGCTCTCCTGATGGTGTGTTTATGGTGGATTCAGCATTCTGGGCCACACAAGGAAGCTGCAGGGGGTGTCCAAGTTCACATGTCCCCGCATTCCAGGCGAATGTTTCTGACATTGAGCAATGATATGGCTCT (SEQ ID NO: 123)
本發明之表現抑制子或系統可用於在某一時段內改變與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至其之表現控制序列相關之表觀遺傳標記在細胞中的水平。在一些實施例中,接觸表現抑制子或系統或包含表現抑制子或系統之細胞中之與目標基因或可操作地連接至其之表現控制序列相關的表觀遺傳標記水平明顯地降低至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時,或至少1、2、3、4、5、6、7、10或14天,或至少1、2、3、4或5週,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月,或至少1、2、3、4或5年(例如無限期地)。視情況,接觸表現抑制子或系統或包含表現抑制子或系統之細胞中之與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至其之表現控制序列相關的表觀遺傳標記水平明顯降低不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1年。
抑制子組合 在一些實施例中,表現抑制系統包含:包含第一效應部分的第一表現抑制子及包含第二效應部分的第二表現抑制子,其中第一效應部分與第二效應部分彼此不同。在一些實施例中,第一效應部分為或包含第一表觀遺傳修飾部分(例如增加或減少第一表觀遺傳標記)或其功能片段且第二效應部分為或包含第二表觀遺傳修飾部分(例如增加或減少第二表觀遺傳標記)或其功能片段。在一些實施例中,第一效應部分為或包含DNA甲基轉移酶或其功能片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能片段。在一些實施例中,第一效應部分為或包含組蛋白去乙醯酶或其功能片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能片段。在一些實施例中,第一效應部分為或包含組蛋白甲基轉移酶或其功能片段且第二效應部分n為或包含KRAB或其功能片段。在一些實施例中,第一效應部分為或包含組蛋白去甲基酶或其功能片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即LSD1)、KDM1B (亦即LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即G9A)、EHMT1 (亦即GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2或其中任一者之功能片段,且第二效應部分為或包含KRAB (例如KRAB域)、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含KRAB (例如KRAB域)、MeCP2、HP1、RBBP4、REST、FOG1、SUZ12或其中任一者之功能片段,且第二效應部分為或包含MQ1、DNMT1、DNMT3A1、DNMT3A2、DNMT3B1、DNMT3B2、DNMT3B3、DNMT3B4、DNMT3B5、DNMT3B6、DNMT3L、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC4、HDAC5、HDAC6、HDAC7、HDAC8、HDAC9、HDAC10、HDAC11、SIRT1、SIRT2、SIRT3、SIRT4、SIRT5、SIRT6、SIRT7、SIRT8、SIRT9、KDM1A (亦即LSD1)、KDM1B (亦即LSD2)、KDM2A、KDM2B、KDM5A、KDM5B、KDM5C、KDM5D、KDM4B、NO66、SETDB1、SETDB2、EHMT2 (亦即G9A)、EHMT1 (亦即GLP)、SUV39H1、EZH2、EZH1、SUV39H2、SETD8、SUV420H1、SUV420H2或其中任一者之功能片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含MQ1或其功能變異體或片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含DNMT3A或其功能變異體或片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含DNMT3B或其功能變異體或片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含DNMT3L或其功能變異體或片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能變異體或片段。
在一些實施例中,第一效應部分為或包含DNMT3a/3L複合物或其功能變異體或片段且第二效應部分為或包含KRAB或其功能變異體或片段。
目標位點  本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統可用於調節(例如減少)目標基因(例如MYC)於細胞(例如個體或患者之細胞)中的表現。目標基因(例如MYC)可為熟習此項技術者已知的任何基因。在一些實施例中,目標基因(例如MYC)與個體(例如哺乳動物,例如人類、牛、馬、綿羊、雞、大鼠、小鼠、貓或犬)的疾病或病狀相關。目標基因可包括編碼序列,例如外顯子,及/或非編碼序列,例如內含子、3'UTR或5'UTR。在一些實施例中,目標基因可操作地連接至轉錄控制元件。
適用於本文所描述之表現抑制子或系統的表現抑制子之靶向部分可結合(例如特異性結合):目標基因(例如MYC)內的任何位點、可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件、錨定序列(例如與目標基因近接的錨定序列或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(例如若錨定序列介導性接合體之破壞改變目標基因(例如MYC)的表現,則接合體可操作地連接至目標基因)相關的錨定序列),或位於超級強化子區域中的調節元件(例如位於MYC之超級強化子區域中的調節元件)。
在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子係在某一位點或在近接於該位點的位置結合。舉例而言,靶向部分可結合近接於抑制子(第二位點)的第一位點,且與該靶向部分相關的效應部分可以表觀遺傳方式修飾第一位點,以便調節強化子對目標基因表現的影響,從而與結合及/或修飾第二位點(強化子序列)之情況實質上相同。在一些實施例中,近接於目標基因(例如外顯子、內含子,或目標基因內的剪接位點)、近接於可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件或近接於錨定序列的位點為來自目標基因(例如MYC) (例如外顯子、內含子,或目標基因(例如MYC)內的剪接位點)、轉錄控制元件或錨定序列的小於5000、4000、3000、2000、1000、900、800、700、600、500、400、300、200、100、50或25個鹼基對(且視情況,來自目標基因(例如MYC) (例如外顯子、內含子,或目標基因內的剪接位點)、轉錄控制元件或錨定序列的至少20、25、50、100、200或300個鹼基對)。
在一些實施例中,靶向部分結合目標基因,例如MYC。在一些實施例中,DNA靶向部分結合目標基因(例如MYC)之外顯子內的位點。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因(例如MYC)之內含子內的位點。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因(例如MYC)之外顯子與內含子邊界處的位點,例如剪接位點。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因(例如MYC)之5'UTR內的位點。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因(例如MYC)之3'UTR內的位點。目標基因包括但不限於編碼MYC的基因。
在一些實施例中,靶向部分結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄控制元件,例如啟動子或強化子。在一些實施例中,靶向部分結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)之啟動子的一部分或該啟動子內的位點。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因(例如MYC)之轉錄起始位點。在一些實施例中,靶向部分結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)之強化子的一部分或該強化子內的位點。在一些實施例中,基因體複合物(例如ASMC)使兩個或更多個基因體序列元件共定位,其中該兩個或更多個基因體序列元件包括啟動子。啟動子通常為起始相關基因轉錄的序列元件。啟動子通常靠近基因的5'端,距離其轉錄起始位點不遠。如一般技術者所瞭解,真核細胞中之蛋白質編碼基因的轉錄通常始於一般轉錄因子(例如TFIID、TFIIE、TFIIH、FUSE、CT元件等)及介體結合核心啟動子序列成為起始前複合物,該起始前複合物將RNA聚合酶II引向轉錄起始位點,且在許多情形中保持結合至核心啟動子序列,甚至在RNA聚合酶逃逸及初級轉錄物開始延伸之後。在一些實施例中,啟動子包括諸如TATA、Inr、DPE或BRE之序列元件,但熟習此項技術者充分瞭解此類序列不一定為定義啟動子而必需的。熟習此項技術者熟悉與基因相關的多種正轉錄控制元件(例如強化子)或負轉錄控制元件(例如抑制子或緘默子)。在一些實施例中,轉錄控制元件為轉錄因子結合位點。通常,當同源調節蛋白結合此類轉錄控制元件時,來自相關基因的轉錄被改變(例如增加或減少)。在一些實施例中,靶向部分結合位於基因體座標GRCh37:chr8:129162465-129212140內的基因體序列。
在一些實施例中,靶向部分結合基因體序列元件所包含或部分包含的目標序列。在一些實施例中,基因體序列元件為或包含表現控制序列。在一些實施例中,基因體序列元件為或包含目標基因,例如MYC或目標基因(例如MYC)的一部分。在一些實施例中,靶向部分結合長度為至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個鹼基(且視情況,長度不超過40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21或20個鹼基)的目標序列。在一些實施例中,靶向部分結合長度為10-30、15-30、15-25、18-24、19-23、20-23、21-23或22-23個鹼基的目標序列。在一些實施例中,目標序列具有10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個鹼基的長度。在一些實施例中,基因體序列元件為或包含錨定序列。
各ASMC包含一或多個錨定序列,例如複數個。在一些實施例中,可操縱或改變錨定序列以調節(例如破壞)天然存在之基因體複合物(例如ASMC)或形成新基因體複合物(例如ASMC) (例如與外源或改變的錨定序列一起形成非天然存在之基因體複合物(例如ASMC))。在一些實施例中,錨定序列介導性接合體可斷裂以改變(例如抑制,例如降低)目標基因表現。此類斷裂可調節基因表現,例如藉由改變DNA的拓樸結構,例如藉由調節目標基因與轉錄控制元件(例如強化及緘默/抑制序列)相互作用的能力來調節基因表現。
在一些實施例中,靶向部分結合錨定序列,例如近接於目標基因(例如MYC)或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)相關的錨定序列(例如若錨定序列介導性接合體的破壞改變目標基因(例如MYC)表現,則接合體可操作地連接至目標基因(例如MYC))。一般而言,錨定序列為基因體複合物組分(例如成核多肽)所特異性結合的基因體序列元件。在一些實施例中,基因體複合物組分結合錨定序列引起成核複合物形成,例如ASMC形成。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因,例如MYC基因座。基因座通常定義為涵蓋轉錄區域、啟動子,及包含目標基因(例如MYC)之ASMC的錨定位點。在一些實施例中,靶向部分結合包含SEQ ID NO: 75-86或199-206中之任一者的序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 75-86中之任一者的序列且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 75-86中之任一者的序列,其中第一及第二靶向部分結合相同序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 75-86中之任一者的序列且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 75-86中之任一者的序列,其中第一及第二靶向部分結合不同序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83、203或206中之任一者之序列,且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 77之序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 77之序列,且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83、203或206中之任一者之序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83、203或206中之任一者之序列,且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 199、204或205中之任一者之序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 199、204或205中之任一者之序列,且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83、203或206中之任一者之序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83、203或206中之任一者之序列,且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 201之序列。在一些實施例中,編碼第一及第二表現抑制子的核酸包含編碼第一表現抑制子的第一區域,其中該第一區域位於編碼第二表現抑制子之第二區域的上游。在一些實施例中,編碼第一及第二表現抑制子的核酸包含編碼第一表現抑制子的第一區域,其中該第一區域在編碼第二表現抑制子之第二區域的下游。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 75-86或199-206中之任一者的序列,且第二靶向部分(例如包含gRNA的CRISPR/Cas域)結合包含SEQ ID NO: 1-4中之任一者的序列。在一些實施例中,靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者的序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者的序列且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者的序列,其中第一及第二靶向部分結合相同序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者的序列且第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者的序列,其中第一及第二靶向部分結合不同序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含SEQ ID NO: 96-110中之任一者的序列,且第二靶向部分(例如包含gRNA的CRISPR/Cas域)結合包含SEQ ID NO: 1-4中之任一者的序列。在一些實施例中,第一靶向部分結合包含表2、表3或表16中所揭示之任一SEQ ID No.的序列,且第二靶向部分(例如包含gRNA的CRISPR/Cas域)結合包含表2、表3或表16中所揭示之任一SEQ ID No.的序列。
例示性目標序列揭示於表16中。 表16:例示性目標序列
名稱 SEQ ID NO: 序列 基因體座標
ZF1-KRAB 75 GCTGGAAACCTTGCACCTCGG GRCh37: chr8:128746267-128746287
ZF2-KRAB 76 CTGCTGCCAGTAGAGGGCACA GRCh37: chr8:128746349-128746369
ZF3-KRAB 77 GCCCAGAGAGGGGGCGGAGGG GRCh37: chr8:128746405-128746425
ZF4-KRAB 78 ACGCGGGGAGCAACCAATCGC GRCh37: chr8:128746455-128746475
ZF5-KRAB 79 ACTGGCAGCAGAGATCATCGC GRCh37: chr8:128746339-128746359
ZF6-KRAB 80 GGGGGCAGGAGCAGGAGCGTC GRCh37: chr8:128746287-128746307
ZF7-MQ1    81 CAGCCTTAGCGAGGCGCCCTG GRCh37: chr8:128747885-128747905
ZF8-MQ1    82 ACTCACAGGACAAGGATGCGG GRCh37: chr8:128747990-128748010
ZF9-MQ1    83 AGCAAAAGAAAATGGTAGGCG GRCh37: chr8:128748069-128748089
ZF10-MQ1    84 ACTCAGCCGGGCAGCCGAGCA GRCh37: chr8:128748143-128748163
ZF11-MQ1    85 CGTACCAGGCTGCAGGGCGCC GRCh37: chr8:128747897-128747917
ZF12-MQ1    86 AGAGTGGAGGAAAGAAGGGTA GRCh37: chr8:128747829-128747849
ZF54-KRAB 199 ACGGGGAATGCTGCCGAGAGC GRCh37: chr8:129188825-129188845
ZF61-KRAB 200 ACCTGAACCCTGGAAATTATA GRCh37: chr8:129209866-129209888
ZF67-KRAB 201 TAGACGGGGAATGCTGCCGAG GRCh37: chr8:129188822-129188842
ZF68-KRAB 202 TGACATTGAGCAATGATATGG GRCh37: chr8:129189024-129189044
ZF09-MQ1-tPT2A-ZF54-KRAB目標序列1 203 AGCAAAAGAAAATGGTAGGCG GRCh37: chr8:128748069-128748089
ZF09-MQ1-tPT2A-ZF54-KRAB目標序列2 204 ACGGGGAATGCTGCCGAGAGC GRCh37: chr8:129188825-129188845
ZF54-KRAB-tPT2A-ZF09-MQ1目標序列1 205 ACGGGGAATGCTGCCGAGAGC GRCh37: chr8:129188825-129188845
ZF54-KRAB-tPT2A-ZF09-MQ1目標序列2 206 AGCAAAAGAAAATGGTAGGCG GRCh37: chr8:128748069-128748089
在一些實施例中,表現抑制子結合具有本文所示之序列(例如SEQ ID NO: 1-4、75-86、96-110或199-206中之任一者)的基因體基因座。應瞭解,在許多情況下,所結合的基因體基因座包含雙股DNA,且此基因座可藉由示出其有義股或其反義股的序列來描述。因此,具有指定間隔子序列的gRNA可促使表現抑制子結合特定基因體基因座,其中該基因體基因座中的一個股具有類似於或等同於間隔子序列的序列,且該基因體基因座中的另一個股具有互補序列。通常,gRNA對基因體基因座的結合將涉及基因體基因座的一些展開及gRNA間隔子與間隔子互補股的配對。
在一些實施例中,靶向部分結合小鼠基因體中之錨定序列,例如近接於目標基因(例如MYC)或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)相關的錨定序列(例如若錨定序列介導性接合體的破壞改變目標基因(例如MYC)表現,則接合體可操作地連接至目標基因(例如MYC))。一般而言,錨定序列為基因體複合物組分(例如成核多肽)所特異性結合的基因體序列元件。在一些實施例中,基因體複合物組分結合錨定序列引起成核複合物形成,例如ASMC形成。在一些實施例中,靶向部分結合目標基因,例如MYC基因座。基因座通常定義為涵蓋轉錄區域、啟動子,及包含目標基因(例如MYC)之ASMC的錨定位點。在一些實施例中,靶向部分結合包含SEQ ID NO: 190-192中之任一者的序列。在一些實施例中,靶向部分結合包含表17中所揭示之任一SEQ ID No.的序列。小鼠基因體中的例示性目標序列揭示於表17中。 表17:小鼠基因體中的例示性目標序列
名稱 SEQ ID NO: 序列 基因體座標
ZF15-MQ1 190 AACACAGTTCAGCCGAGCGCT GRCm38: chr15:61985053-61985073
ZF16-MQ1 191 CGAACAACCGTACAGAAAGGG GRCm38: chr15:61985079-61985099
ZF17-MQ1 192 GTAAACAGTAATAGCGCAGCA GRCm38: chr15:61985151-61985171
在一些實施例中,表現抑制子結合具有本文所示之序列(例如SEQ ID NO: 190-192中之任一者)的基因體基因座。應瞭解,在許多情況下,所結合的基因體基因座包含雙股DNA,且此基因座可藉由示出其有義股或其反義股的序列來描述。
在一個實施例中,錨定序列介導性接合體包含環,諸如染色體內環。在某些實施例中,錨定序列介導性接合體具有複數個環。一或多個環可包括第一錨定序列、核酸序列、轉錄控制序列及第二錨定序列。在另一個實施例中,至少一個環依次包括第一錨定序列、轉錄控制序列及第二錨定序列,或第一錨定序列、核酸序列及第二錨定序列。在又另一個實施例中核酸序列與轉錄控制序列中的一或兩者位於環內或環外。在另一實施例中,一或多個環包含轉錄控制序列。
在一些實施例中,錨定序列介導性接合體包括TATA盒、CAAT盒、GC盒或CAP位點。在一些實施例中,錨定序列介導性接合體包含複數個環,且其中錨定序列介導性接合體在一或多個環中包含錨定序列、核酸序列及轉錄控制序列中的至少一者。
在一些實施例中,染色質結構藉由取代、添加或刪除錨定序列內的一或多個核苷酸來修飾。在一些實施例中,染色質結構藉由取代、添加或刪除錨定序列介導性接合體之錨定序列內的一或多個核苷酸來修飾。在一些實施例中,藉由包括活化環或排除抑制環來抑制轉錄。在一個此類實施例中,錨定序列介導性接合體不包括減少核酸序列轉錄的轉錄控制序列。在一些實施例中,藉由包括抑制環或排除活化環來抑制轉錄。在一個此類實施例中,錨定序列介導性接合體包括減少核酸序列轉錄的轉錄控制序列。
錨定序列彼此可不鄰接。在使用非鄰接錨定序列的實施例中,第一錨定序列與第二錨定序列可相隔約500 bp至約500 Mb、約750 bp至約200 Mb、約1 kb至約100 Mb、約25 kb至約50 Mb、約50 kb至約1 Mb、約100 kb至約750 kb、約150 kb至約15 500 kb,或約175 kb至約500 kb。在一些實施例中,第一錨定序列與第二錨定序列相隔約500 bp、600 bp、700 bp、800 bp、900 bp、1 kb、5 kb、10 kb、15 kb、20 kb、25 kb、30 kb、35 kb、40 kb、45 kb、50 kb、55 kb、60 kb、65 kb、70 kb、75 kb、80 kb、85 kb、90 kb、95 kb、100 kb、125 kb、150 kb、175 kb、200 kb、225 kb、250 kb、275 kb、300 kb、350 kb、400 kb、500 kb、600 kb、700 kb、800 kb、900 kb、1 Mb、2 Mb、3 Mb、4 Mb、5 Mb、6 Mb、7 Mb、8 Mb、9 Mb、10 Mb、15 Mb、20 Mb、25 Mb、50 Mb、75 Mb、20 100 Mb、200 Mb、300 Mb、400 Mb、500 Mb或其間任何大小。
在一些更多實施例中,靶向部分引入以下中之至少一者:至少一個外源錨定序列;至少一個接合成核分子結合位點的變化,諸如藉由改變接合成核分子結合親和力;至少一種共同核苷酸序列,諸如CTCF結合模體、YY1結合模體、ZNF143結合模體或本文中提及的其他結合模體的定向變化;以及至少一種錨定序列,諸如CTCF結合模體、YY1結合模體、ZNF143結合模體或本文中提及的其他結合模體的取代、添加或缺失。
在一些實施例中,錨定序列包含成核多肽結合模體,例如CTCF結合模體:N(T/C/G)N(G/A/T)CC(A/T/G)(C/G)(C/T/A)AG(G/A) (G/T)GG(C/A/T)(G/A)(C/G)(C/T/A)(G/A/C) (SEQ ID NO: 71),其中N為任何核苷酸。
CTCF結合模體亦可呈相反定向,例如(G/A/C)(C/T/A)(C/G)(G/A)(C/A/T)GG(G/T)(G/A)GA(C/T/A)(C/G)(A/T/G)CC(G/A/T)N(T/C/G)N (SEQ ID NO: 72)。其中N為任何核苷酸。
在一些實施例中,錨定序列包含SEQ ID NO: 71或SEQ ID NO: 72或與SEQ ID NO: 71或SEQ ID NO: 72至少75%、至少80%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%一致的序列。
在一些實施例中,錨定序列包含成核多肽結合模體,例如YY1結合模體:CCGCCATNTT,其中N為任何核苷酸。
YY1結合模體亦可呈相反定向,例如AANATGGCGG,其中N為任何核苷酸。
在一些實施例中,錨定序列介導性接合體至少包含第一錨定序列及第二錨定序列。舉例而言,在一些實施例中,第一錨定序列及第二錨定序列可各自包含成核多肽結合模體,例如各包含CTCF結合模體。
在一些實施例中,第一錨定序列及第二錨定序列包含不同序列,例如第一錨定序列包含CTCF結合模體,且第二錨定序列包含除CTCF結合模體之外的錨定序列。在一些實施例中,各錨定序列包含成核多肽結合模體及位於成核多肽結合模體之一側或兩側的一或多個側接核苷酸。
可形成ASMC的兩個CTCF結合模體(例如鄰接或非鄰接的CTCF結合模體)可以任何定向存在於基因體中,例如相同定向(串聯) 5'-3' (左串聯,例如兩個包含SEQ ID NO: 71的CTCF結合模體)或3'-5' (右串聯,例如兩個包含SEQ ID NO: 72的CTCF結合模體),或收斂定向,其中一個CTCF結合模體包含SEQ ID NO: 71且另一個其餘模體包含SEQ ID NO: 72。
在一些實施例中,錨定序列包含與目標基因(例如MYC)相關的CTCF結合模體,其中該目標基因與疾病、病症及/或病狀,例如MYC異常調節病症,例如肝病症(例如肝癌)或肺癌相關。
在一些實施例中,本發明之方法包含調節(例如破壞)基因體複合物(例如ASMC),例如藉由修飾染色質結構,藉由取代、添加或刪除錨定序列(例如成核多肽結合模體)內的一或多個核苷酸。可特異性靶向一或多個核苷酸,例如靶向變化,以便在錨定序列(例如成核多肽結合模體)內達成取代、添加或刪除。
在一些實施例中,可藉由改變至少一種成核多肽結合模體之定向來改變基因體複合物(例如ASMC)。在一些實施例中,錨定序列包含成核多肽結合模體,例如CTCF結合模體,且靶向部分將變化引入至少一種成核多肽結合模體,例如改變針對成核多肽的結合親和力。
在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子或系統投與之前,目標基因(例如MYC)具有經定義的表現狀態,例如病變狀態。舉例而言,目標基因(例如MYC)在病變細胞中可具有高表現量。藉由破壞錨定序列介導性接合體,可減少目標基因(例如MYC)的表現。
適用於本文所描述之表現抑制系統中之表現抑制子的靶向部分可結合(例如特異性結合)包含至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸或鹼基對(且視情況,不超過50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10個核苷酸或鹼基對)的位點。在一些實施例中,DNA靶向部分結合包含10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸或鹼基對的位點。
本發明之表現抑制系統可包含兩種或更多種表現抑制子。在一些實施例中,表現抑制系統中的表現抑制子各自包含不同的靶向部分。
在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合目標基因(例如外顯子、內含子,或外顯子與內含子邊界(例如剪接位點))的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合目標基因(例如外顯子、內含子,或外顯子與內含子邊界(例如剪接位點))的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合目標基因(例如外顯子、內含子,或外顯子與內含子邊界(例如剪接位點))的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件(例如啟動子或強化子)的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合可操作地連接至目標基因之轉錄控制元件(例如啟動子或強化子)的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合可操作地連接至目標基因之轉錄控制元件(例如啟動子或強化子)的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合與目標基因(例如MYC)近接或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體相關之錨定序列的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件(例如啟動子或強化子)的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合與目標基因(例如MYC)近接或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體相關之錨定序列的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合目標基因(例如MYC) (例如外顯子、內含子,或外顯子與內含子邊界(例如剪接位點))的靶向部分。在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合與目標基因(例如MYC)近接或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體相關之錨定序列的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合與目標基因(例如MYC)近接或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體相關之錨定序列的靶向部分。
在一些實施例中,表現抑制系統包含:第一表現抑制子,其包含結合第一位點(例如可操作地連接至目標基因(例如MYC)的啟動子中的第一位點)的靶向部分;及第二表現抑制子,其包含結合第二位點(例如可操作地連接至目標基因(例如MYC)的啟動子中的第二位點)的靶向部分。第一位點與第二位點可為不同且不重疊的位點,例如第一位點與第二位點不共用共同的任何序列。第一位點與第二位點可為不同但重疊的位點,例如第一位點及第二位點包含不同序列,但共用共同的一些序列。
在一些實施例中,目標基因為MYC。在一些實施例中,MYC位於人類染色體8上。在一些實施例中,如本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統結合MYC的轉錄起始位點(TSS)。
其他組合物 核酸及載體本發明進一步部分地關於編碼本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統的核酸。在一些實施例中,表現抑制子可經由包含編碼表現抑制子之核酸的組合物提供,其中該核酸與足以達成表現抑制子在所關注之系統(例如特定細胞、組織、生物體等)中表現的其他序列相關。在一些實施例中,表現抑制系統可經由包含編碼表現抑制系統(例如表現抑制系統中的表現抑制子)之核酸的組合物提供,其中該核酸與足以達成表現抑制系統(例如表現抑制系統中的表現抑制子)在所關注之系統(例如特定細胞、組織、生物體等)中表現的其他序列相關。
在一些特定實施例中,本發明提供編碼表現抑制子或其多肽部分之核酸的組合物。在一些此類實施例中,所提供的核酸可為或包括如本文所描述之DNA、RNA或任何其他核酸部分或實體,且可藉由本文所述或者此項技術中另外可用之任何技術(例如合成、選殖、擴增、活體外或活體內轉錄等)製備。在一些實施例中,編碼表現抑制子或其多肽部分的所提供核酸可在操作上與一或多個複製、整合及/或表現信號相關,該等信號適於且/或足以達成所提供之核酸在所關注之系統(例如特定細胞、組織、生物體等)中的整合、複製及/或表現。
在一些實施例中,用於遞送本文所描述之表現抑制子的組合物為或包含載體,例如病毒載體,該載體包含編碼如本文所描述之表現抑制子或表現抑制子之一或多種組分的一或多種核酸。
在一些特定實施例中,本發明提供編碼表現抑制系統、一或多種表現抑制子或其多肽部分的核酸之組合物。在一些此類實施例中,所提供的核酸可為或包括如本文所描述之DNA、RNA或任何其他核酸部分或實體,且可藉由本文所述或者此項技術中另外可用之任何技術(例如合成、選殖、擴增、活體外或活體內轉錄等)製備。在一些實施例中,編碼表現抑制系統、一或多種表現抑制子或其多肽部分的所提供核酸可在操作上與一或多種複製、整合及/或表現信號相關,該等信號適於且/或足以達成所提供之核酸在所關注之系統(例如特定細胞、組織、生物體等)中的整合、複製及/或表現。
在一些實施例中,用於遞送本文所描述之表現抑制系統的組合物為或包含載體,例如病毒載體,該載體包含編碼表現抑制系統之一或多種組分(例如如本文所描述之表現抑制系統中的表現抑制子)的一或多種核酸。
在一些實施例中,用於遞送本文所描述之表現抑制子的組合物為或包含RNA,例如mRNA,該RNA包含編碼如本文所描述之表現抑制子或表現抑制子之一或多種組分的一或多種核酸。
在一些實施例中,用於遞送本文所描述之表現抑制系統的組合物為或包含RNA,例如mRNA,其包含編碼表現抑制系統之一或多種組分(例如如本文所描述之表現抑制系統中的表現抑制子)的一或多種核酸。
如本文所描述之核酸或編碼本文所描述之蛋白質的核酸可併入載體中。載體,包括來源於反轉錄病毒(諸如慢病毒)之載體,係實現長期基因轉移之適合工具,因為其允許轉殖基因之長期穩定整合及其在子細胞中之繁殖。載體之實例包括表現載體、複製載體、探針產生載體及定序載體。表現載體可以病毒載體形式提供給細胞。病毒載體技術在此項技術中已熟知且描述於多個病毒學及分子生物學手冊中。可用作載體之病毒包括但不限於反轉錄病毒、腺病毒、腺相關病毒、疱疹病毒及慢病毒。一般而言,適合載體含有在至少一種生物體中發揮功能之複製起點、啟動子序列、適宜限制性核酸內切酶位點及一或多種可選擇標記物。
天然或合成核酸的表現通常藉由將編碼所關注之基因的核酸可操作地連接至啟動子及將構築體併入表現載體來達成。載體可適於在真核生物中複製且整合。典型選殖載體含有可用於所要核酸序列表現之轉錄及轉譯終止子、起始序列及啟動子。
額外啟動子元件(例如強化序列)可調節轉錄起始頻率。通常,此等序列位於轉錄起始位點上游30-110 bp的區域中,但多種啟動子最近已顯示亦可在轉錄起始位點下游含有功能元件。
在一些實施例中,本文所描述之表現抑制子或系統作用於強化序列。在一些實施例中,強化序列為強化子、延伸段強化子、影子強化子、基因座控制區域(LCR)或超級強化子。在一些實施例中,超級強化子包含強化子及其他調節元件之叢集。在一些實施例中,此等序列位於轉錄起始位點上游或下游.2-2 Mb的區域中。在一些實施例中,該區域為非編碼區域。在一些實施例中,該區域含有至少一種與產生癌症之較高風險相關的SNP。在一些實施例中,該區域與目標基因(例如MYC)之長程調節相關。在一些實施例中,該區域具有細胞類型特異性。在一些實施例中,超級強化子藉由募集目標基因啟動子(例如MYC啟動子)來調節(例如增加或減少)目標基因表現,例如MYC表現。在一些實施例中,超級強化子與目標基因啟動子(例如MYC啟動子)經由強化子對接位點發生相互作用。在一些實施例中,強化子對接位點為錨定序列。在一些實施例中,強化子對接位點位於離目標基因啟動子(例如MYC啟動子)至少100 bp、200 bp、500 bp、1000 bp、1500 bp、2000 bp或3000 bp處。在一些實施例中,超級強化子區域具有至少100 bp、至少200 bp、至少300 bp、至少500 bp、至少1 kb、至少2 kb、至少3 kb、至少5 kb、至少10 kb、至少15 kb、至少20 kb或至少25 kb之長度。
啟動子元件之間的間距通常為靈活的,因此當元件相對彼此倒置或移動時,啟動子功能得以保持。在胸苷激酶(tk)啟動子中,啟動子元件之間的間距在活性開始下降之前可以增加至相隔50 bp。視啟動子而定,個別元件似乎可合作地或獨立地起活化轉錄功能。
適合啟動子之一個實例為即刻早期巨細胞病毒(CMV)啟動子序列。此啟動子序列為能夠驅使任何與其可操作地連接之聚核苷酸序列之高表現量的強組成型啟動子序列。在之一些實施例中,適合啟動子為延伸生長因子-1α (EF-1α)。然而,亦可使用其他組成型啟動子序列,包括但不限於猴病毒40 (SV40)早期啟動子、小鼠乳腺腫瘤病毒(MMTV)、人類免疫缺乏病毒(HIV)長末端重複序列(LTR)啟動子、MoMuLV啟動子、禽類白血病病毒啟動子、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus)即刻早期啟動子、勞斯肉瘤病毒(Rous sarcoma virus)啟動子,以及人類基因啟動子,諸如但不限於肌動蛋白啟動子、肌凝蛋白啟動子、血紅素啟動子及肌酸激酶啟動子。
本發明不應解釋為限於使用任何特定啟動子或啟動子類別(例如組成型啟動子)。舉例而言,在一些實施例中,考慮誘導型啟動子作為本發明之一部分。在一些實施例中,使用誘導型啟動子提供分子開關,該分子開關能夠開啟可操作地連接至其的聚核苷酸序列之表現(當需要此類表現時)。在一些實施例中,使用誘導型啟動子提供分子開關,當不需要表現時,該分子開關能夠關閉表現。誘導型啟動子之實例包括但不限於金屬硫蛋白啟動子、糖皮質激素啟動子、孕酮啟動子及四環素啟動子。
在一些實施例中,待引入之表現載體亦可含有可選標記基因或報導基因或兩者以有助於自設法經由病毒載體轉染或感染之細胞群體中鑑別及選擇表現細胞。在一些態樣中,可選標記物可攜載於單獨的DNA段上且用於共轉染程序。可選標記物與報導基因均可側接適當的轉錄控制序列以能夠在宿主細胞中表現。可用的可選標記物可包括例如耐抗生素性基因,諸如neo等。
在一些實施例中,報導基因可以用於鑑別潛在地經轉染的細胞及/或用於評估轉錄控制序列的功能性。一般而言,報導基因為不存在於(報導基因之)接受者來源中或由(報導基因之)接受者來源表現的基因,且該基因所編碼之多肽的表現體現為一些容易偵測的特性,例如酶活性或可視化螢光。在DNA已引入接受者細胞中之後的適合時間分析報導基因之表現。適合的報導基因可包括編碼螢光素酶、β-半乳糖苷酶、氯黴素乙醯基轉移酶、分泌性鹼性磷酸酶的基因,或綠色螢光蛋白基因(例如Ui-Tei等人,2000 FEBS Letters 479: 79-82)。適合的表現系統已熟知且可使用已知技術製備或商業購買。一般而言,顯示報導基因之最高表現量、具有最小5'側接區域的構築體經鑑別為啟動子。此類啟動子區域可連接至報導基因且用於評估藥劑調節啟動子驅動之轉錄的能力。
細胞 本發明進一步部分地關於包含本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統的細胞。熟習此項技術者已知的任何細胞(例如細胞株,例如適於表現重組多肽的細胞株)適於包含本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統。在一些實施例中,細胞(例如細胞株)可用於表現表現抑制子或表現抑制系統,例如本文所描述之表現抑制子。在一些實施例中,細胞(例如細胞株)可用於表現或擴增編碼表現抑制子或表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子)的核酸,例如載體。在一些實施例中,細胞包含編碼表現抑制子或表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子)的核酸。
在一些實施例中,細胞包含編碼表現抑制系統之第一組分(例如第一表現抑制子)的第一核酸,及編碼表現抑制系統之第二組分(例如第二表現抑制子)的第二核酸。在其中細胞包含編碼包含兩個或更多個表現抑制子之表現抑制系統之核酸的一些實施例中,編碼各表現抑制子的序列置於各別的核酸分子上,例如置於不同載體上,例如編碼第一表現抑制子的第一載體及編碼第二表現抑制子的第二載體。在一些實施例中,編碼各表現抑制子的序列置於相同核酸分子上,例如相同載體上。在一些實施例中,編碼表現抑制系統之核酸中的一些或全部整合於細胞之基因體DNA中。在一些實施例中,編碼表現抑制系統中之第一表現抑制子的核酸整合於細胞之基因體DNA中,且編碼表現抑制系統中之第二表現抑制子的核酸不整合於細胞之基因體DNA中(例如位於載體上)。在一些實施例中,編碼表現抑制系統中之第一及第二表現抑制子的核酸整合於細胞之基因體DNA中,例如整合於基因體DNA中之相同(例如相鄰或共定位)位點或不同位點。
可包含且/或表現本文所描述之表現抑制系統或表現抑制子的細胞實例包括但不限於肝細胞、神經元細胞、內皮細胞、肌細胞及淋巴球。
本發明進一步部分地關於藉由本文所描述之方法或製程所製造的細胞。在一些實施例中,本發明提供一種如下產生的細胞:提供本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統,提供細胞,及使該細胞與表現抑制子(或編碼表現抑制子的核酸,或包含該表現抑制子或核酸的組合物)或表現抑制系統(或編碼表現抑制系統的核酸,或包含該表現抑制系統或核酸的組合物)接觸。在一些實施例中,使細胞與表現抑制子接觸包含使該細胞與編碼表現抑制子的核酸在允許細胞產生表現抑制子的條件下接觸。在一些實施例中,使細胞與表現抑制子接觸包含使包含細胞的生物體與表現抑制子或編碼表現抑制子的核酸在允許細胞產生表現抑制子的條件下接觸。
不希望受理論所束縛,與尚未接觸表現抑制子或表現抑制系統的類似細胞相比,與本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統接觸的細胞可展現:目標基因(例如MYC)表現的減少及/或與以下相關之表觀遺傳標記的改變:目標基因(例如MYC)、可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄控制元件,或近接於目標基因或與可操作地連接至目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體相關的錨定序列。在一些實施例中,展現目標基因(例如MYC)表現之該降低及/或表觀遺傳標記之改變的細胞不包含表現抑制子或表現抑制系統。表現之減少及/或表觀遺傳標記之改變可持久存在,例如在與表現抑制子或表現抑制系統接觸之後,存在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時,或至少1、2、3、4、5、6、7、10或14天,或至少1、2、3、4或5週,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月,或至少1、2、3、4或5年(例如無限期地)。
在一些實施例中,在表現抑制子或表現抑制系統不再存在於細胞中之後,表現抑制子或表現抑制系統先前接觸之細胞中的表現之減少及/或表觀遺傳標記之改變得以保持,例如在表現抑制子或表現抑制系統不再存在於細胞中之後,保持至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時,或至少1、2、3、4、5、6、7、10或14天,或至少1、2、3、4或5週,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月,或至少1、2、3、4或5年(例如無限期地)。
製造表現抑制系統及/或表現抑制子的方法  在一些實施例中,表現抑制子包含或為蛋白質且因此可藉由蛋白質製造方法產生。在一些實施例中,表現抑制系統(例如表現抑制系統中的表現抑制子)包含一或多種蛋白質且因此可藉由蛋白質製造方法產生。如熟習此項技術者將瞭解,蛋白質或多肽(其可包括於如本文所描述之調節劑中)製造方法為此項技術中之常規方法。大體上參見Smales及James (編), Therapeutic Proteins: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology), Humana Press (2005);及Crommelin、Sindelar及Meibohm (編), Pharmaceutical Biotechnology: Fundamentals and Applications, Springer (2013)。
本發明組合物的蛋白質或多肽可利用標準固相技術、以生物化學方式合成。此類方法包括排他性固相合成、部分固相合成方法、片段縮合、經典溶液合成。當肽相對較短(例如10 kDa)時及/或當其無法藉由重組技術產生(亦即,不由核酸序列編碼)且因此涉及不同化學作用時,可使用此等方法。
固相合成程序在此項技術中已熟知且進一步由John Morrow Stewart及Janis Dillaha Young, Solid Phase Peptide Syntheses, 第2版, Pierce Chemical Company, 1984;及Coin, I.等人,Nature Protocols, 2:3247-3256, 2007描述。
對於較長肽而言,可使用重組方法。重組治療多肽製造方法在此項技術中為常規方法。大體上參見Smales及James (編), Therapeutic Proteins: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology), Humana Press (2005);及Crommelin、Sindelar及Meibohm (編), Pharmaceutical Biotechnology: Fundamentals and Applications, Springer (2013)。
用於產生治療性醫藥蛋白質或多肽之例示性方法涉及在哺乳動物細胞中表現,但亦可使用昆蟲細胞、酵母、細菌或其他細胞在適當啟動子控制下產生重組蛋白。哺乳動物表現載體可包含非轉錄元件,諸如複製起點、適合啟動子及其他5'或3'側接非轉錄序列,及5'或3'非轉譯序列,諸如必需核糖體結合位點、聚腺苷酸化位點、剪接供體及受體位點,及終止序列。衍生自SV40病毒基因體的DNA序列(例如SV40起點、早期啟動子、剪接位點及聚腺苷酸化位點)可用於提供異源DNA序列表現所需的其他基因元件。適用於細菌、真菌、酵母及哺乳動物細胞宿主的適當選殖及表現載體描述於Green及Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (第四版), Cold Spring Harbor Laboratory Press (2012)中。
在需要大量蛋白質或多肽的情況下,其可使用諸如以下文獻所述的技術產生:Brian Bray, Nature Reviews Drug Discovery, 2:587-593, 2003;及Weissbach及Weissbach, 1988, Methods for Plant Molecular Biology, Academic Press, NY, 第VIII章, 第421-463頁。
可利用各種哺乳動物細胞培養系統來表現及製造重組蛋白。哺乳動物表現系統之實例包括CHO細胞、COS細胞、HeLA及BHK細胞株。宿主細胞培養產生蛋白質治療劑之製程描述於Zhou及Kantardjieff (編), Mammalian Cell Cultures for Biologics Manufacturing (Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology), Springer (2014)中。本文所描述之組合物可包括編碼重組蛋白的載體,諸如病毒載體,例如慢病毒載體。在一些實施例中,載體(例如病毒載體)可包含編碼重組蛋白的核酸。本文所描述之組合物可包括脂質奈米粒子,該脂質奈米粒子囊封編碼重組蛋白的載體,諸如病毒載體,例如慢病毒載體。在一些實施例中,囊封載體(例如病毒載體)的脂質奈米粒子可包含編碼重組蛋白的核酸。
蛋白質治療劑之純化描述於Franks, Protein Biotechnology: Isolation, Characterization, and Stabilization, Humana Press (2013);及Cutler, Protein Purification Protocols (Methods in Molecular Biology), Humana Press (2010)。蛋白質治療劑之調配描述於Meyer (編), Therapeutic Protein Drug Products: Practical Approaches to formulation in the Laboratory, Manufacturing, and the Clinic, Woodhead Publishing Series (2012)。
蛋白質包含一或多個胺基酸。胺基酸包括可併入多肽鏈中(例如經由一或多個肽鍵的形成)的任何化合物及/或物質。在一些實施例中,胺基酸具有通式結構H 2N-C(H)I-COOH。在一些實施例中,胺基酸為天然存在之胺基酸。在一些實施例中,胺基酸為非天然胺基酸;在一些實施例中,胺基酸為D-胺基酸;在一些實施例中,胺基酸為L-胺基酸。「標準胺基酸」係指通常發現於天然存在之肽中之二十種標準L-胺基酸中的任一者。「非標準胺基酸」係指除標準胺基酸之外的任何胺基酸,無論其以合成方式製備或自天然來源獲得。在一些實施例中,相較於上述通式結構,胺基酸(包括多肽中之羧基及/或胺基端胺基酸)可含有結構修飾。舉例而言,在一些實施例中,相較於通式結構,可藉由(例如胺基、羧酸基、一或多個質子及/或羥基)甲基化、醯胺化、乙醯化、聚乙二醇化、糖基化、磷酸化及/或取代來修飾胺基酸。在一些實施例中,此類修飾可例如更改相比於含有在其他方面相同之未經修飾之胺基酸之多肽而言的含有經修飾之胺基酸之多肽的循環半衰期。在一些實施例中,與含有在其他方面相同的未經修飾胺基酸之多肽相比,此類修飾不能顯著改變含有經修飾胺基酸之多肽的相關活性。如自上下文顯而易知,在一些實施例中,術語「胺基酸」可用於指游離胺基酸;在一些實施例中,其可用於指多肽之胺基酸殘基。
醫藥組合物、調配物、遞送及投藥  本發明進一步部分地關於包含表現抑制子或表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子)的醫藥組合物;包含編碼表現抑制子或表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子)之核酸的醫藥組合物;及/或將表現抑制子或表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子)遞送至細胞、組織、器官及/或個體的組合物。
如本文所用,術語「醫藥組合物」係指與一或多種醫藥學上可接受之載劑(例如熟習此項技術者已知之醫藥學上可接受之載劑)一起調配的活性劑(例如表現抑制子或表現抑制子之核酸,例如表現抑制系統,例如表現抑制系統中的表現抑制子,或編碼其的核酸)。在一些實施例中,活性劑以適合投與之單位劑量的量存在於治療方案中,其在向相關群體投與時顯示出統計學上顯著之實現預定治療作用的機率。在一些實施例中,包含本發明之表現抑制子的醫藥組合物包含表現抑制子或編碼其的核酸。在一些實施例中,包含本發明之表現抑制系統的醫藥組合物包含表現抑制系統中之各種表現抑制子或編碼其的核酸(例如若表現抑制系統包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,則醫藥組合物包含第一及第二表現抑制子)。在一些實施例中,醫藥組合物包含表現抑制系統中之少於全部的表現抑制子,該表現抑制系統包含複數種表現抑制子。舉例而言,表現抑制系統可包含第一表現抑制子及第二表現抑制子,且第一醫藥組合物可包含第一表現抑制子或編碼其的核酸且第二醫藥組合物可包含第二表現抑制子或編碼其的核酸。在一些實施例中,醫藥組合物可包含一或多種表現抑制子或編碼其之核酸的共調配物。
在一些實施例中,醫藥組合物可專門調配為用於以固體或液體形式投與,包括適宜於以下之彼等醫藥組合物:經口投與,例如灌藥(水性或非水性溶液或懸浮液)、錠劑(例如靶向經頰、舌下及全身吸收之彼等錠劑)、集團、散劑、顆粒、用於向舌施用之糊劑;非經腸投與,例如藉由皮下、肌肉內、靜脈內或硬膜外注射以例如無菌溶液或懸浮液或持續釋放調配物形式投與;局部施用,例如以施用至皮膚、肺或口腔之乳膏、軟膏或控制釋放貼劑或噴霧形式施用;陰道內或直腸內,例如以子宮托、乳膏或泡沫形式;舌下;經眼;經皮;或經鼻、經肺及/或至其他黏膜表面。
如本文所用,術語「醫藥學上可接受」係指在合理醫學判斷範疇內,適合與人類及動物組織接觸而無過度毒性、刺激、過敏反應或其他問題或併發症、與合理益處/風險比相稱的彼等化合物、材料、組合物及/或劑型。
如本文所用,術語「醫藥學上可接受之載劑」意謂在將本發明化合物自身體之一個器官或部分攜帶或輸送至身體之另一器官或部分時所涉及的醫藥學上可接受之材料、組合物或媒劑,諸如液體或固體填充劑、稀釋劑、賦形劑或溶劑囊封材料。各載劑必須在與調配物之其他成分相容且對患者無害之意義上為「可接受的」。在一些實施例中,舉例而言,可充當醫藥學上可接受之載劑的材料包括:糖,諸如乳糖、葡萄糖及蔗糖;澱粉,諸如玉米澱粉及馬鈴薯澱粉;纖維素及其衍生物,諸如羧甲基纖維素鈉、乙基纖維素及乙酸纖維素;粉末狀黃蓍膠;麥芽;明膠;滑石;賦形劑,諸如可可脂及栓劑蠟;油類,諸如花生油、棉籽油、紅花油、芝麻油、橄欖油、玉米油及大豆油;二醇,諸如丙二醇;多元醇,諸如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇及聚乙二醇;酯,諸如油酸乙酯及月桂酸乙酯;瓊脂;緩衝劑,諸如氫氧化鎂及氫氧化鋁;海藻酸;無熱原質水;等張生理食鹽水;林格氏溶液(Ringer's solution);乙醇;pH緩衝溶液;聚酯、聚碳酸酯及/或聚酸酐;及醫藥調配物中採用之其他無毒相容物質。
如本文所用,術語「醫藥學上可接受之鹽」係指適合在醫藥背景下使用的此類化合物之鹽,亦即,在合理醫學判斷之範疇內,適合與人類及低等動物之組織接觸使用而無異常毒性、刺激、過敏反應及其類似者且與合理的益處/風險比相稱的鹽。醫藥學上可接受之鹽在此項技術中為吾人所熟知。舉例而言,S. M. Berge等人在J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)中詳細描述了醫藥學上可接受之鹽。在一些實施例中,醫藥學上可接受之鹽包括但不限於無毒酸加成鹽,其為胺基與無機酸或與有機酸形成之鹽或藉由使用此項技術中所用之其他方法(諸如離子交換)形成之鹽,無機酸諸如鹽酸、氫溴酸、磷酸、硫酸及過氯酸,有機酸諸如乙酸、順丁烯二酸、酒石酸、檸檬酸、丁二酸或丙二酸。在一些實施例中,醫藥學上可接受之鹽包括但不限於己二酸鹽、海藻酸鹽、抗壞血酸鹽、天冬胺酸鹽、苯磺酸鹽、苯甲酸鹽、硫酸氫鹽、硼酸鹽、丁酸鹽、樟腦酸鹽、樟腦磺酸鹽、檸檬酸鹽、環戊烷丙酸鹽、二葡糖酸鹽、十二基硫酸鹽、乙磺酸鹽、甲酸鹽、反丁烯二酸鹽、葡庚糖酸鹽、甘油磷酸鹽、葡糖酸鹽、半硫酸鹽、庚酸鹽、己酸鹽、氫碘化物、2-羥基-乙磺酸鹽、乳糖酸鹽、乳酸鹽、月桂酸鹽、月桂基硫酸鹽、蘋果酸鹽、順丁烯二酸鹽、丙二酸鹽、甲磺酸鹽、2-萘磺酸鹽、菸鹼酸鹽、硝酸鹽、油酸鹽、草酸鹽、棕櫚酸鹽、雙羥萘酸鹽、果膠酸鹽、過硫酸鹽、3-苯基丙酸鹽、磷酸鹽、苦味酸鹽、特戊酸鹽、丙酸鹽、硬脂酸鹽、丁二酸鹽、硫酸鹽、酒石酸鹽、硫氰酸鹽、對甲苯磺酸鹽、十一烷酸鹽、戊酸鹽及其類似鹽。代表性鹼金屬或鹼土金屬鹽包括鈉鹽、鋰鹽、鉀鹽、鈣鹽、鎂鹽及其類似者。在一些實施例中,適當時,醫藥學上可接受之鹽包括無毒銨、四級銨及使用相對離子形成之胺陽離子,該等相對離子諸如鹵離子、氫氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、具有1至6個碳原子之烷基、磺酸根及芳基磺酸根。
在各種實施例中,本發明提供本文所描述之醫藥組合物,其具有醫藥學上可接受之賦形劑。醫藥學上可接受之賦形劑包括可用於製備通常安全、無毒且合乎需要之醫藥組合物的賦形劑,且包括對於獸醫學用途以及人類醫藥用途可接受之賦形劑。此類賦形劑可為固體、液體、半固體,或在氣霧劑組合物情況下為氣態。
可依循習知製藥技術製造醫藥製劑:對於錠劑形式,必要時該等技術涉及研磨、混合、造粒及壓縮;或對於硬明膠膠囊形式,該等技術涉及研磨、混合及填充。當使用液體載劑時,製劑可呈糖漿、酏劑、乳液或水性或非水性溶液或懸浮液形式。此類液體調配物可直接經口投與。
在一些實施例中,醫藥組合物可調配成經由任何投藥途徑遞送至細胞及/或個體。向個體投與之模式可包括注射、輸注、吸入、鼻內、眼內、局部遞送、插管內(inter-cannular)遞送或攝入。注射包括但不限於靜脈內、肌肉內、動脈內、鞘內、心室內、囊內、眶內、心內、皮內、腹膜內、經氣管、皮下、表皮下、關節內、囊下、蛛網膜下、脊柱內、腦脊髓內,及胸骨內注射及輸注。在一些實施例中,投與包括氣霧劑吸入,例如利用霧化。在一些實施例中,投與為全身性(例如,經口、經直腸、經鼻、舌下、經頰或非經腸)、經腸(例如,全系統效應,但經由胃腸道遞送)或局部(例如,局部施用至皮膚,玻璃體內注射)。在一些實施例中,一或多種組合物全身性投與。在一些實施例中,投藥不為非經腸的且治療劑為非經腸治療劑。在一些實施例中,投與可為經支氣管(例如藉由支氣管滴注)、經頰、經皮(其可為或包含例如局部投與至真皮、皮內、皮間、穿皮等中之一或多者)、經腸、動脈內、皮內、胃內、髓內、肌肉內、鼻內、腹膜內、鞘內、靜脈內、室內、特定器官內(例如肝內)、經黏膜、經鼻、經口、經直腸、皮下、舌下、局部、經氣管(例如藉由氣管內滴注)、經陰道、經玻璃體等。在一些實施例中,投與可為單次給藥。在一些實施例中,投藥可涉及為間歇性(例如時間分隔開之複數個劑量)及/或週期性(例如由共同時間段分隔開之個別劑量)給藥之給藥。在一些實施例中,投與可涉及持續給藥(例如灌注)持續至少所選擇之時間段。在一些實施例中,在一次治療期間或在作為治療療程的一段時間內,可向個體給與六次、八次、十次、12次、15次或20次或更多次投藥。
在一些實施例中,可視需要提供投與,例如只要與疾病、病症或病狀相關的症狀持續存在。在一些實施例中,可指定在個體生命之剩餘時間內重複投藥。治療期可變化且可為例如一天、兩天、三天、一週、兩週、一個月、兩個月、三個月、六個月、一年或更長。
在一些實施例中,編碼表現抑制子之核酸(例如雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB)以約0.5至2 mg/mL,例如約0.5至1.5 mg/mL,例如約1 mg/mL之濃度存在於醫藥組合物中。
在一些實施例中,醫藥組合物(例如,包含編碼表現抑制子之核酸(例如雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB)的醫藥組合物)的體積為約2.5至7.5 ml,例如約3至7 ml、約4至6 ml或約5 ml。在一些實施例中,醫藥組合物在約5 ml體積中包含約5 mg之編碼表現抑制子之核酸。
在一些實施例中,醫藥組合物在標準生理食鹽水中稀釋至總體積250 mL。在某些實施例中,以5 mL體積包含1 mg/mL編碼表現抑制子之核酸(例如雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB)的醫藥組合物在標準生理食鹽水中稀釋至總體積250 mL。
除非另外規定,否則當使用mg (例如以mg/ml或mg/kg為單位)提供表現抑制子之濃度或劑量時,以mg為單位之質量係指核酸及LNP一起之質量。
給藥方案  在本發明之方法中,編碼表現抑制子之核酸、免疫檢查點抑制劑多肽或兩者可根據既定之給藥方案投與。給藥方案可包括既定之劑量、各劑量之間既定的時間間隔、既定的給藥期或其任何組合。給藥方案可基於以下而變化:例如所治療之病狀;疾病之嚴重程度;個體之個別參數,包括年齡、生理狀況、體型及體重;治療持續時間;待進行之治療類型(若存在);特定投藥途徑及類似因素。因此,本文所描述之藥劑的給藥方案可取決於此類各種參數。所投與之組合物的給藥方案亦可取決於如個體之性別、一般醫學狀況及待治療病症之嚴重程度之類其他因素而變化。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,可能需要以單次靜脈內輸注形式向個體提供在約1 mg/kg至6 mg/kg範圍內的劑量之本文所揭示之調節劑或調節劑之組合,但亦可按情形指示投與更低或更高的劑量。在一些實施例中,劑量可包括但不限於:0.001 mg/kg - 6 mg/kg、0.001 mg/kg - 5.5 mg/kg、0.001 mg/kg - 5 mg/kg、0.001 mg/kg - 4.5 mg/kg、0.001 mg/kg - 4 mg/kg、0.001 mg/kg - 3.5 mg/kg、0.001 mg/kg - 3 mg/kg、0.001 mg/kg - 2.5 mg/kg、0.001 mg/kg - 2 mg/kg、0.001 mg/kg - 1.5 mg/kg、0.001 mg/kg - 1 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.5 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.2 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.1 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.07 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.03 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.01 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.009 mg/kg、0.001 mg/kg - 0.005 mg/kg、0.002 mg/kg - 6.0 mg/kg、0.002 mg/kg - 5.0 mg/kg、0.002 mg/kg - 4 mg/kg、0.002 mg/kg - 3.0 mg/kg、0.002 mg/kg - 2.0 mg/kg、0.002 mg/kg - 1.0 mg/kg、0.002 mg/kg - 0.05 mg/kg、0.02 mg/kg - 6 mg/kg、0.02 mg/kg - 5 mg/kg、0.02 mg/kg - 4 mg/kg、0.02 mg/kg - 3 mg/kg、0.02 mg/kg - 2 mg/kg、0.02 mg/kg - 1 mg/kg、0.02 mg/kg - 0.05 mg/kg、0.05 mg/kg - 6 mg/kg、0.05 mg/kg - 5 mg/kg、0.05 mg/kg - 4 mg/kg、0.05 mg/kg - 3 mg/kg、0.05 mg/kg - 2 mg/kg、0.05 mg/kg - 1 mg/kg、0.05 mg/kg - 0.5 mg/kg、0.08 mg/kg - 6 mg/kg、0.08 mg/kg - 5 mg/kg、0.08 mg/kg - 4 mg/kg、0.08 mg/kg - 3 mg/kg、0.08 mg/kg - 2 mg/kg、0.08 mg/kg - 1 mg/kg、0.15 mg/kg - 6 mg/kg、0.15 mg/kg - 5 mg/kg、0.15 mg/kg - 4 mg/kg、0.15 mg/kg - 3 mg/kg、0.15 mg/kg - 2 mg/kg、0.15 mg/kg - 1 mg/kg、0.05 mg/kg - 0.5 mg/kg、1.0 mg/kg- 6mg/kg、1.0 mg/kg-5 mg/kg、1.0 mg/kg-4 mg/kg、1.0-3.0mg/kg、1.5 mg/kg-3.0mg/kg、1.0 mg/kg - 1.5 mg/kg、1.5 mg/kg - 3 mg/kg、3 mg/kg - 4 mg/kg、4 mg/kg - 5 mg/kg或5 mg/kg - 6 mg/kg。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑可以如下劑量投與:約0.001 mg/kg至約6 mg/kg、約0.001 mg/kg至約5.5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約4 mg/kg、約0.001 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約3 mg/kg、約0.001 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約2 mg/kg、約0.001 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約1 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.2 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.1 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.07 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.03 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.01 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.009 mg/kg、約0.001 mg/kg至約0.005 mg/kg、約0.002 mg/kg至約6 mg/kg、約0.002 mg/kg至約5.5 mg/kg、約0.002 mg/kg至約5 mg/kg、約0.002 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.002 mg/kg至約4 mg/kg、約0.002 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.002 mg/kg至約3 mg/kg、約0.002 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.002 mg/kg至約2 mg/kg、約0.002 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.002 mg/kg至約1 mg/kg、約0.002 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約6 mg/kg、約0.01 mg/kg至約5.5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約4 mg/kg、約0.01 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約3 mg/kg、約0.01 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約2 mg/kg、約0.01 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.01 mg/kg至約1 mg/kg、約0.01 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約6 mg/kg、約0.1 mg/kg至約5.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約4 mg/kg、約0.1 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約3 mg/kg、約0.1 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約2 mg/kg、約0.1 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約1 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約6 mg/kg、約0.5 mg/kg至約5.5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約4 mg/kg、約0.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約2 mg/kg、約0.5 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.5 mg/kg至約1 mg/kg、約1 mg/kg至約6 mg/kg、約1 mg/kg至約5.5 mg/kg、約1 mg/kg至約5 mg/kg、約1 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1 mg/kg至約4 mg/kg、約1 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1 mg/kg至約3 mg/kg、約1 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1 mg/kg至約2 mg/kg、約1 mg/kg至約1.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約6 mg/kg、約1.5 mg/kg至約5.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約4 mg/kg、約1.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約3 mg/kg、約1.5 mg/kg至約2.5 mg/kg、約2 mg/kg至約6 mg/kg、約2 mg/kg至約5.5 mg/kg、約2 mg/kg至約5 mg/kg、約2 mg/kg至約4.5 mg/kg、約2 mg/kg至約4 mg/kg、約2 mg/kg至約3.5 mg/kg、約2 mg/kg至約3 mg/kg、約2 mg/kg至約2.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約6 mg/kg、約2.5 mg/kg至約5.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約4 mg/kg、約2.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約3 mg/kg、約3 mg/kg至約6 mg/kg、約3 mg/kg至約5.5 mg/kg、約3 mg/kg至約5 mg/kg、約3 mg/kg至約4.5 mg/kg、約3 mg/kg至約4 mg/kg、約3 mg/kg至約3.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約6 mg/kg、約3.5 mg/kg至約5.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約4 mg/kg、約4 mg/kg至約6 mg/kg、約4 mg/kg至約5.5 mg/kg、約4 mg/kg至約5 mg/kg、約4 mg/kg至約4.5 mg/kg、約4.5 mg/kg至約6 mg/kg、約4.5 mg/kg至約5.5 mg/kg或約4.5 mg/kg至約5 mg/kg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約0.002 mg/kg、約0.01 mg/kg、約0.02 mg/kg、約0.05 mg/kg、約0.075 mg/kg、約0.08 mg/kg、約0.1 mg/kg、約0.125 mg/kg、約0.15 mg/kg、約0.175 mg/kg、約0.2 mg/kg、約0.25 mg/kg、約0.3 mg/kg、約0.35 mg/kg、約0.4 mg/kg、約0.45 mg/kg、約0.5 mg/kg、約0.08 mg/kg、約1 mg/kg、約1.5 mg/kg、約2 mg/kg、約2.5 mg/kg、約3 mg/kg、約3.5 mg/kg、約4 mg/kg、約4.5 mg/kg、約5 mg/kg、約5.5 mg/kg或約6 mg/kg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。在某些實施例中,給藥時段可在約80至120分鐘(±10分鐘)之間。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約12天、約13天、約14天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。劑量可視需要重複,例如每天一次(例如持續1至30天)、每3天一次(例如持續1至30天)、每5天一次(例如持續1至30天)、每週一次(例如持續1至6週或2至5週)。劑量可多次投與,例如一週一次或兩次,或每1或2週一次。
在一些實施例中,以多次靜脈內輸注形式向個體提供在約0.002 mg/kg至6 mg/kg範圍內的劑量之本文所揭示之調節劑或調節劑之組合,但亦可按情形指示投與更低或更高的劑量。在一些實施例中,以多次靜脈內輸注形式向個體提供在約0.001 mg/kg至6 mg/kg範圍內的劑量之本文所揭示之調節劑或調節劑之組合,但亦可按情形指示投與更低或更高的劑量。在一些實施例中,以多次靜脈內輸注形式向個體提供在約1 mg/kg至6 mg/kg範圍內的劑量之本文所揭示之調節劑或調節劑之組合,但亦可按情形指示投與更低或更高的劑量。
如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以每3至5天一次劑量之形式投與,重複總共至少3次劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以3 mg/kg每5天投與持續25天。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以1.0至5.0 mg/kg每3至5天投與持續1至10個劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以1.0至3.0 mg/kg每5天投與持續3次劑量,隨後每3天投與持續3次劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以1.0至3.0 mg/kg每5天投與持續4次劑量,隨後每3天投與持續3次劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.001 mg/kg至1.5 mg/kg每14天投與。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.002 mg/kg至1.5 mg/kg每14天投與。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以6 mg/kg每5天投與持續1至10次劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以3 mg/kg每5天投與持續1至10次劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以1.5 mg/kg每5天投與持續2次劑量,以3 mg/kg每5天投與持續3次劑量,以3 mg/kg每3天投與持續1次劑量。替代地,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以6 mg/kg每5天投與,或以1.5 mg/kg一天一次投與持續5天,其中停止2天。給藥時程可視情況以其他時間間隔重複且可經由各種非經腸途徑,在適當調節劑量及時程的情況下給與劑量。
在一些實施例中,調節劑或調節劑之組合之給藥可包括1.0 mg/kg至6.0 mg/kg之間的劑量,視情況每週、每週兩次或每隔一週給出。在一些實施例中,調節劑或調節劑之組合之給藥可包括0.001 mg/kg至1.5 mg/kg之間的劑量,視情況每週、每週兩次或每隔一週給出。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.001 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.002 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.02 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.05 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.08 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.125 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以0.15 mg/kg投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可例如藉助於靜脈內輸注每兩週投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以靜脈內輸注形式(例如歷經約80-120分鐘(±10分鐘))每兩週投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以靜脈內輸注形式(例如歷經約80-120分鐘(±10分鐘))每兩週投與。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以靜脈內輸注形式每2週一次投與(例如在28天/4週週期之第1天及第15天投與)。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以約0.02 mg/kg與0.15 mg/kg之間以靜脈內輸注形式(例如歷經約80-120分鐘(±10分鐘))在28天週期內每2週一次投與(例如在各28天週期之第1天及第15天投與)。在一些實施例中,如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合可以約0.002 mg/kg與0.15 mg/kg之間以靜脈內輸注形式(例如歷經約80-120分鐘(±10分鐘))在28天週期內每2週一次投與(例如在各28天週期之第1天及第15天投與)。
在一些實施例中,當個體經歷2級輸注相關反應時,靜脈內輸注可中斷以進行治療及/或輸注時間可延長。在某些實施例中,向經歷2級輸注相關反應之個體投與抗組織胺、法莫替丁(famotidine)或等效物、皮質類固醇及支氣管擴張療法中的一或多者之治療。
在一些實施例中,當個體在靜脈內輸注期間經歷3級或4級輸注相關反應時,停止靜脈內輸注。在某些實施例中,可向經歷3級或4級輸注相關反應之個體投與以下中之一或多者:靜脈內生理食鹽水、甲基普賴蘇穠(例如,100 mg,例如靜脈內)或類固醇等效物、苯海拉明(diphenhydramine) (例如,50 mg,例如靜脈內)、支氣管擴張療法及腎上腺素。
在一些實施例中,當個體經歷1級(例如輕微短暫反應;不指示需要輸注中斷;不指示需要干預)輸注反應或過敏時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含使輸注速率降低50%或停止輸注直至症狀恢復。在一些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷1級(例如輕微短暫反應;不指示需要輸注中斷;不指示需要干預)輸注反應或過敏而中斷,則投與方法包含在個體症狀消退之後以反應之前50%的速率恢復且一旦耐受50%速率可增加至全速率。
在某些實施例中,當個體經歷2級(例如,指示需要療法或輸注中斷但迅速對症狀治療起反應)輸注反應或過敏時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷2級(例如,指示需要療法或輸注中斷但迅速對症狀治療起反應)輸注反應或過敏而停止時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法可在持續觀測下以先前速率之50%重新開始。在一些實施例中,當前驅用藥之後重新開始之輸注速率下,個體經歷復發2級(例如,指示需要療法或輸注中斷但迅速對症狀治療起反應)輸注反應或過敏時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法中止(例如,永久地)。
在某些實施例中,當個體經歷3級(例如,長期;初始改善之後症狀復發)或4級輸注反應或過敏時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法中止(例如永久地)。在某些實施例中,當個體經歷3級(例如,長期;初始改善之後症狀復發)或4級輸注反應或過敏時,在投與本文所揭示之表現抑制子之方法中止(例如永久地)之後,視需要向個體投與補充氧、流體及急救措施。
在一些實施例中,當個體經歷2級(例如無痛水腫)輸注部位滲出時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止輸注(例如即刻)。在一些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷2級(例如無痛水腫)輸注部位滲出而中斷,則投與方法包含在確立遠離初始受影響部位之血管通路之後以全速率恢復。
在某些實施例中,當個體經歷3級(例如伴隨相關症狀之紅斑)輸注部位滲出時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止輸注(例如即刻)。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷3級(例如伴隨相關症狀之紅斑)輸注部位滲出而中斷,則個體接受以下中之一或兩者:1)感染性疾病諮詢,及2)整形手術諮詢。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷3級(例如伴隨相關症狀之紅斑)輸注部位滲出而中斷,則可在消退至≤2級(例如無痛水腫)時恢復投與方法。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷3級(例如伴隨相關症狀之紅斑)輸注部位滲出而中斷,則投與方法包含在確立遠離初始受影響部位之血管通路之後以先前速率之50%恢復,同時持續觀測。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷3級(例如伴隨相關症狀之紅斑)輸注部位滲出而中斷,則投與方法中止(例如永久地)。
在某些實施例中,當個體經歷4級輸注部位滲出時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止輸注(例如即刻),例如永久地。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷4級輸注部位滲出而中斷,則個體接受以下中之一或兩者:1)感染性疾病諮詢,及2)整形手術諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷1級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)時,個體接受眼科諮詢。在某些實施例中,當個體經歷1級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法繼續。
在某些實施例中,當個體經歷2級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止輸注。在一些實施例中,當個體經歷2級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)時,個體接受緊急的眼科諮詢。在某些實施例中,當投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷2級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)而中斷時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在7天內及眼科諮詢下眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)消退至≤1級時劑量不減少地恢復投與。在某些實施例中,當投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷2級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)而中斷時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在大於7天但小於14天內及眼科諮詢下眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)消退至<1級時劑量減少(例如下一較低劑量)地恢復投與。在一些實施例中,當投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷2級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)而中斷時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含當2級治療相關眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)對局部療法不起反應且在14天內不改善至≤1級時中止投與(例如永久地)。
在某些實施例中,當個體經歷3級或4級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與(例如永久地)。在一些實施例中,當個體經歷3級或4級眼部不良事件(例如葡萄膜炎、眼痛、視力模糊)時,個體接受緊急的眼科諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷1級(例如症狀性;僅臨床或診斷性觀測;不指示需要干預)肺炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含繼續投與或停止投與。在一個實施例中,當個體經歷1級(例如症狀性;僅臨床或診斷性觀測;不指示需要干預)肺炎時,個體接受以下中之一或兩者:1)肺部諮詢,及2)肺部及感染檢查。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷1級(例如症狀性;僅臨床或診斷性觀測;不指示需要干預)肺炎而中斷,則投與本文所揭示之表現抑制子之方法可例如在放射照相改善跡象下恢復。
在某些實施例中,當個體經歷2級(例如症狀性;指示需要醫療干預;限制重要日常生活活動(ADL))肺炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一個實施例中,當個體經歷2級(例如症狀性;指示需要醫療干預;限制重要ADL)肺炎時,個體接受以下中之一或兩者:1)肺部諮詢,及2)肺部及感染檢查。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷1級(例如症狀性;僅臨床或診斷性觀測;不指示需要干預)肺炎而中斷,則投與本文所揭示之表現抑制子之方法可在消退至≤1級時恢復。在某些實施例中,若投與方法(例如IV輸注)由於個體經歷1級(例如症狀性;僅臨床或診斷性觀測;不指示需要干預)肺炎而中斷,則投與本文所揭示之表現抑制子之方法可以下一較低劑量恢復。
在某些實施例中,當個體經歷3級(例如嚴重症狀;限制自理ADL;指示需要吸氧)或4級肺炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在一個實施例中,當個體經歷3級(例如嚴重症狀;限制自理ADL;指示需要吸氧)或4級肺炎時,個體接受以下中之一或兩者:1)肺部諮詢,及2)肺部及感染檢查。
在一些實施例中,當個體經歷2級(例如症狀性,不需要干預)跛行時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在無改變之情況下繼續。
在某些實施例中,當個體經歷3級或4級(例如失能性)跛行時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久中止。
在一些實施例中,當個體經歷2級高血壓(例如,收縮BP 140至159 mmHg或舒張BP 90至99 mmHg (若先前在正常限值內(WNL));所指示需要之基線醫療干預變化;復發或持久(≥24小時);症狀性增加>20 mmHg (舒張)或增加至>140/90 mmHg;起始指示需要之單藥療法)高血壓時,可投與抗高血壓療法。在一些實施例中,當個體經歷2級高血壓(例如,收縮BP 140至159 mmHg或舒張BP 90至99 mmHg (若先前WNL);所指示需要之基線醫療干預變化;復發或持久(≥24小時);症狀性增加>20 mmHg (舒張)或增加至>140/90 mmHg;起始指示需要之單藥療法)高血壓時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在無改變之情況下繼續。
在一些實施例中,當個體經歷3級(例如,收縮BP ≥160 mmHg或舒張BP ≥100 mmHg;指示需要醫療干預;指示需要超過一種藥物或比此前使用更密集之療法)高血壓時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若即使利用最佳高血壓療法,3級高血壓仍持續>7天,停止投與。在一些實施例中,當個體經歷3級(例如,收縮BP ≥160 mmHg或舒張BP ≥100 mmHg;指示需要醫療干預;指示需要超過一種藥物或比此前使用更密集之療法)高血壓時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法可在消退至≤2級時恢復。在一些實施例中,當個體經歷3級(例如,收縮BP ≥160 mmHg或舒張BP ≥100 mmHg;指示需要醫療干預;指示需要超過一種藥物或比此前使用更密集之療法)高血壓時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法可在較低劑量下恢復。
在一些實施例中,當個體經歷4級高血壓時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久地停止投與。在一些實施例中,當個體經歷4級高血壓時,個體接受心臟病諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷2級(平均QTc 450至480 ms) ECG QTc間期延長時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與,直至消退或≤1級或基線(例如在投與之前收集的ECG)。在某些實施例中,當個體經歷2級(平均QTc 450至480 ms) ECG QTc間期延長時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法可在無改變之情況下恢復。
在某些實施例中,當個體經歷3級(平均QTc 481至500 ms) ECG QTc間期延長時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷3級(平均QTc 481至500 ms) ECG QTc間期延長時,個體接受心臟病諮詢。在某些實施例中,當個體經歷3級(平均QTc 481至500 ms) ECG QTc間期延長時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在≤7天內消退至≤1級或<30 ms相對於基線QTc差異時恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷3級(平均QTc 481至500 ms) ECG QTc間期延長時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在較低劑量下恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷4級(多形性心室心動過速(Torsade de pointes);多形性心室性心搏過速;嚴重心律不整之病徵/症狀) ECG QTc間期延長時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷4級(多形性心室心動過速;多形性心室性心搏過速;嚴重心律不整之病徵/症狀) ECG QTc間期延長時,個體接受心臟病諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷2級或更高級別心肌炎或心臟缺血/梗塞時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級或更高級別心肌炎或心臟缺血/梗塞時,個體接受心臟病諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷任何級別之動脈血栓栓塞事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級心血管病症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級心血管病症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級或基線時以較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級心血管病症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若2級心血管病症不消退至≤1級或基線,永久地停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷3級或更高級別心血管病症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級心血管病症時,個體接受心臟病諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷腹瀉或結腸炎時,在腹部痙攣、稀糞或明顯腹瀉之首個跡象時向個體投與止瀉藥品。在一個實施例中,當個體經歷1級(例如相較於基線增加<4次大便/天;相較於基線造瘺輸出輕度增加)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在無改變之情況下繼續。
在某些實施例中,當個體經歷2級(例如相較於基線增加4-6次大便/天;相較於基線造瘺輸出中度增加;限制重要ADL)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級(例如相較於基線增加4-6次大便/天;相較於基線造瘺輸出中度增加;限制重要ADL)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時不改變劑量地恢復投與。
在一些實施例中,當個體經歷3級(例如相較於基線增加≥7次大便/天;指示需要住院;相較於基線造瘺輸出重度增加;限制自理ADL)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷3級(例如相較於基線增加≥7次大便/天;指示需要住院;相較於基線造瘺輸出重度增加;限制自理ADL)腹瀉或結腸炎時,個體接受GI諮詢。在某些實施例中,當個體經歷3級(例如相較於基線增加≥7次大便/天;指示需要住院;相較於基線造瘺輸出重度增加;限制自理ADL)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時不改變劑量地恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷3級(例如相較於基線增加≥7次大便/天;指示需要住院;相較於基線造瘺輸出重度增加;限制自理ADL)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷3級(例如相較於基線增加≥7次大便/天;指示需要住院;相較於基線造瘺輸出重度增加;限制自理ADL)腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若3級腹瀉或結腸炎不消退至≤1級,永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷4級腹瀉或結腸炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷4級腹瀉或結腸炎時,個體接受GI諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷1級胃腸穿孔時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷1級胃腸穿孔時,個體接受以下中之一或兩者:1) GI諮詢,及2)一般手術諮詢。在某些實施例中,當個體經歷1級胃腸穿孔時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在1級胃腸穿孔消退時恢復投與。
在一些實施例中,當個體經歷2、3或4級胃腸穿孔時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級(例如,指示需要醫療干預)失血或出血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級(例如,指示需要醫療干預)失血或出血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時不改變劑量地恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級(例如,指示需要醫療干預)失血或出血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級(例如,指示需要醫療干預)失血或出血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若2級失血或出血不消退至≤1級,永久停止投與。
在某些實施例中,當個體經歷3級(例如指示需要輸血)或4級失血或出血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 3.0 - 5.0 × ULN;若基線異常,> 3.0 - 5.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 3.0 - 5.0 × ULN;若基線異常,> 3.0 - 5.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時在無改變之情況下恢復投與(例如在第一次或第二次出現時)。在某些實施例中,當個體經歷2級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 3.0 - 5.0 × ULN;若基線異常,> 3.0 - 5.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含以較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 3.0 - 5.0 × ULN;若基線異常,> 3.0 - 5.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在無改變之情況下恢復投與(例如在第三次出現時)。
在某些實施例中,當個體經歷3級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 5.0 - 20.0 × ULN;若基線異常,> 5.0 - 20.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 5.0 - 20.0 × ULN;若基線異常,> 5.0 - 20.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在7天內消退至≤1級或基線時以下一較低劑量恢復投與(例如,在第一次出現時)。在某些實施例中,當個體經歷第二次出現的3級AST及/或ALT升高(例如,若基線正常,> 5.0 - 20.0 × ULN;若基線異常,> 5.0 - 20.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷4級AST及/或ALT升高(若基線正常,> 20.0 × ULN;若基線異常,> 20.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級總膽紅素升高(例如若基線正常,> 1.5 - 3.0 × ULN;若基線異常,> 1.5 - 3.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級總膽紅素升高(例如若基線正常,> 1.5 - 3.0 × ULN;若基線異常,> 1.5 - 3.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時以下一較低劑量恢復投與(例如,在第一次出現時)。在某些實施例中,當個體經歷第二次出現的2級總膽紅素升高(例如若基線正常,> 1.5 - 3.0 × ULN;若基線異常,> 1.5 - 3.0 ×基線)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在某些實施例中,當個體經歷3級(例如若基線正常,> 3.0 - 10.0 × ULN;若基線異常,> 3.0 - 10.0 ×基線)或4級(若基線正常,> 10.0 × ULN;若基線異常,> 10.0 ×基線)總膽紅素升高時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在某些實施例中,若3級或4級高膽紅素血症僅歸因於間接(非結合)組分,且溶血作為病因已根據機構指南(例如,評述末梢血液塗片及結合球蛋白測定)被排除,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與,直至3級或4級高膽紅素血症消退至≤1級,且隨後視情況恢復投與。在某些實施例中,同時AST/ALT及總膽紅素升高之管理應基於兩者中級別更高者。
在一些實施例中,當個體經歷3級無症狀澱粉酶及/或脂肪酶升高(例如> 5.0 ×正常上限(ULN);與胰臟炎之症狀或臨床表現無關)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級無症狀澱粉酶及/或脂肪酶升高時,個體接受GI諮詢。在某些實施例中,當個體經歷3級無症狀澱粉酶及/或脂肪酶升高(例如> 5.0 ×正常上限(ULN);與胰臟炎之症狀或臨床表現無關)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在14天內消退至≤2級時以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷3級無症狀澱粉酶及/或脂肪酶升高(例如> 5.0 ×正常上限(ULN);與胰臟炎之症狀或臨床表現無關)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若3級無症狀澱粉酶及/或脂肪酶升高不在14天內消退至≤2級,永久停止投與。在某些實施例中,疑似經歷或經鑑別為經歷≥3級澱粉酶及/或脂肪酶之個體接受CT掃描或其他成像研究以在第一次出現1週內評估胰臟、肝臟及膽囊。
在一些實施例中,當個體經歷2級(例如藉由放射性證據確認)胰臟炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級(例如藉由放射性證據確認)胰臟炎時,個體接受GI諮詢。在一些實施例中,當個體經歷2級(例如藉由放射性證據確認)胰臟炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至1級時以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級(例如藉由放射性證據確認)胰臟炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若2級胰臟炎不消退至1級,永久停止投與。
在某些實施例中,當個體經歷3或4級胰臟炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3或4級胰臟炎時,個體接受GI諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷2級血清肌酐(例如> 1.5 - 3.0 ×基線;> 1.5 - 3.0 × ULN)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級血清肌酐(例如> 1.5 - 3.0 ×基線;> 1.5 - 3.0 × ULN)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級血清肌酐(例如> 1.5 - 3.0 ×基線;> 1.5 - 3.0 × ULN)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若2級血清肌酐不消退至1級,永久停止投與。
在某些實施例中,當個體經歷3級血清肌酐(例如> 3.0 ×基線;> 3.0 - 6.0 × ULN)或4級血清肌酐(> 6.0 × ULN)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級或3級肌肉骨胳時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級或3級肌肉骨胳時,個體接受風濕病諮詢。在一些實施例中,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級或3級肌肉骨胳時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含若2級或3級肌肉骨胳不消退至≤1級,永久停止投與。
在某些實施例中,當個體經歷4級肌肉骨胳時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷4級肌肉骨胳時,個體接受風濕病諮詢。在一些實施例中,當個體經歷4級肌肉骨胳時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷4級肌肉骨胳時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在諮詢風濕病學家的情況下以下一較低劑量恢復投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級甲狀腺低能症或甲狀腺高能症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含不改變劑量地繼續投與。
在某些實施例中,當個體經歷3級甲狀腺低能症或甲狀腺高能症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級甲狀腺低能症或甲狀腺高能症時,個體接受內分泌諮詢。在一些實施例中,當個體經歷3級甲狀腺低能症或甲狀腺高能症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時在適當管理的情況下不改變劑量地恢復投與。
在一些實施例中,當個體經歷4級甲狀腺低能症或甲狀腺高能症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級或3級內分泌病症(例如甲狀腺炎、甲狀腺低能症、垂體炎、胰島素缺乏型糖尿病、原發性腎上腺機能不全)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級或3級內分泌病症(例如甲狀腺炎、甲狀腺低能症、垂體炎、胰島素缺乏型糖尿病、原發性腎上腺機能不全)時,個體接受內分泌諮詢。在一些實施例中,當個體經歷2級或3級內分泌病症(例如甲狀腺炎、甲狀腺低能症、垂體炎、胰島素缺乏型糖尿病、原發性腎上腺機能不全)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時在適當管理的情況下不改變劑量地恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷4級內分泌病症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷4級內分泌病症時,個體接受內分泌諮詢。在一些實施例中,當個體經歷4級內分泌病症(例如腎上腺機能不全、ACTH缺乏或葡萄糖不耐),該病症消退或分別用生理激素替代物(例如皮質類固醇或甲狀腺激素)或葡萄糖控制劑充分控制時,可繼續用本文所揭示之表現抑制子治療。
在一些實施例中,當個體經歷1級神經學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷1級神經學不良事件時,個體接受神經學諮詢。在某些實施例中,當個體疑似患有格-巴二氏症候群(Guillain-Barre syndrome)、腦炎、無菌性腦膜炎、橫向脊髓炎或周邊神經病變中之一或多者時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體疑似患有格-巴二氏症候群、腦炎、無菌性腦膜炎、橫向脊髓炎或周邊神經病變中之一或多者時,個體接受神經學諮詢。在某些實施例中,當個體經歷1級神經學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含不改變劑量地繼續投與。在一些實施例中,當個體經歷1級神經學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含且停止投與,該方法包含在不良事件消退時不改變劑量地恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷2級神經學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷2級神經學不良事件時,個體接受神經學諮詢。在某些實施例中,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在回應於2級神經學不良事件停止投與之後,以下一較低劑量恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷2級神經學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在某些實施例中,當個體經歷3級或4級神經學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在一些實施例中,當個體經歷3級或4級神經學不良事件時,個體接受神經學諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷1級皮膚學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含不改變劑量地繼續投與。在某些實施例中,當個體經歷1級皮膚學不良事件時,個體接受局部療法。
在某些實施例中,當個體經歷2級皮膚學不良事件時(例如,在第一次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含不改變劑量地繼續投與。在某些實施例中,當個體經歷2級皮膚學不良事件時(例如,在第一次出現時),個體接受局部療法。在某些實施例中,當個體經歷在局部療法後7天內未消退之2級皮膚學不良事件時(例如,在第一次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷2級皮膚學不良事件時(例如在第二次或第三次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷2級皮膚學不良事件時(例如在第二次或第三次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時以下一較低劑量恢復投與。在一些實施例中,當個體經歷2級皮膚學不良事件時(例如在第四次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷3級皮膚學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級皮膚學不良事件時,個體接受局部療法及/或全身療法。在某些實施例中,當個體經歷2級皮膚學不良事件時(例如,在第一次出現時),個體接受局部療法。在某些實施例中,當個體經歷3級皮膚學不良事件時,個體接受皮膚學諮詢。在一些實施例中,當個體經歷3級皮膚學不良事件時(例如,在第一或第二次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在消退至≤1級時以下一較低劑量恢復投與。在一些實施例中,當個體經歷3級皮膚學不良事件時(例如,在第三次出現時),投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷4級皮膚學不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在一些實施例中,當個體經歷4級皮膚學不良事件時,個體接受皮膚學諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷1級或2級大皰性皮膚炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷1級或2級大皰性皮膚炎時,個體接受皮膚學諮詢。在某些實施例中,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含恢復投與。在某些實施例中,投與本文所揭示之表現抑制子之方法不包含恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷3級或4級大皰性皮膚炎時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級或4級大皰性皮膚炎時,個體接受皮膚學諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷任何級別之史蒂芬斯-強森症候群(Stevens-Johnson Syndrome,SJS)、萊氏症候群(Lyell syndrome)/中毒性表皮壞死溶解(TEN)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在某些實施例中,當個體經歷任何級別之史蒂芬斯-強森症候群(SJS)、萊氏症候群/中毒性表皮壞死溶解(TEN)時,個體接受皮膚學諮詢。
在一些實施例中,當個體經歷3級或4級嗜中性球減少症(例如絕對嗜中性球計數(ANC))時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級或4級嗜中性球減少症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含3級或4級嗜中性球減少症在7天內消退至≤1級或基線時以下一較低劑量恢復投與。
在一些實施例中,當個體經歷3級發熱性嗜中性球減少症(例如NC<1000/mm 3,伴隨單一溫度>38.3℃ (101℉),或持續溫度≥38℃ (100.4℉)超過1小時)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級或4級嗜中性球減少症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含退燒及3級發熱性嗜中性球減少症(例如NC<1000/mm 3,伴隨單一溫度>38.3℃ (101℉),或持續溫度≥38℃ (100.4℉)超過1小時)改善至≤1級或基線時以下一較低劑量恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷4級發熱性嗜中性球減少症(例如其中個體經歷ANC<500/mm3,伴隨單一溫度>38.5℃ (101℉),或持續溫度≥38℃ (100.4℉)超過1小時)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷3級血小板減少症(例如< 50,000 - 25,000/mm 3)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在一些實施例中,當個體經歷3級血小板減少症(例如< 50,000 - 25,000/mm 3)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含3級血小板減少症(例如< 50,000 - 25,000/mm 3)消退至≤2級或基線時以下一較低劑量恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷4級血小板減少症(例如< 25,000/mm 3)時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
在一些實施例中,當個體經歷3級(<8.0 g/dL)或4級貧血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷3級(<8.0 g/dL)或4級貧血時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在≤7天內3級(<8.0 g/dL)或4級貧血消退至≤2級或基線時不改變劑量地恢復投與。
在一些實施例中,當個體經歷任何級別之淋巴球減少症時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含不改變劑量地繼續投與。
在一些實施例中,當個體經歷本文中未揭示之3級不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷本文中未揭示之3級不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含在不良事件消退至≤1級時,不改變劑量地恢復投與。在某些實施例中,當個體經歷本文中未揭示之3級不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含以下一較低劑量恢復投與。
在某些實施例中,當個體經歷本文中未揭示之4級不良事件時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在一些實施例中,當個體經歷不與臨床後遺症相關且在其發作72小時內經適當管理之後得到校正的孤立4級電解質異常時,不需要停止投與。在一些實施例中,當個體經歷72小時內經適當管理之後不消退至≤1級的孤立4級電解質異常時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。在一些實施例中,當個體經歷與臨床後遺症相關的孤立4級電解質異常時,投與本文所揭示之表現抑制子之方法包含永久停止投與。
一般技術者將認識到,可在選擇如本文所揭示之調節劑或調節劑之組合的劑量時考慮多種因素,諸如年齡、性別、體重、待治療之病症的嚴重程度,且投與之劑量及/或頻率可在療法過程期間增加或降低。劑量可視需要重複,在少至2至8次劑量之後觀測到腫瘤體積減小之跡象。與順鉑、索拉非尼或小分子比較物相比,本文所揭示之投藥劑量及時程對個體之整體體重顯示極小影響。本發明方法可包括每隔一定時間使用CT及/或PET/CT或MRI量測腫瘤反應。亦可監測腫瘤標記物的血液含量。需要時,可根據成像結果及/或標記物血液含量來調節劑量及/或投藥時程。
在一些實施例中,本文所揭示之組合物可與一或多種選自以下之治療劑或方法組合投與,以治療疾病或病症:免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子(例如抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)或肽)、手術切除、正位肝臟移植、射頻消融、免疫療法、免疫檢查點加抗血管內皮生長因子組合療法、光動力療法(PDT)、雷射療法、近接療法、放射療法、經導管動脈化學或放射栓塞、立體定向放射療法、化學療法及/或全身化學療法,或其任何組合。
在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子(例如抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)或肽),及一或多種酪胺酸激酶抑制劑(TKI),例如索拉非尼;溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1,例如BET672,例如必納昔布;MEK抑制劑,(例如曲美替尼)。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗PD-1抗體分子及酪胺酸激酶抑制劑(TKI),例如索拉非尼。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗PD-1抗體分子及溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1,例如BET672,例如必納昔布。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗PD-1抗體分子及MEK抑制劑,(例如曲美替尼)。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗PD-L1抗體分子及酪胺酸激酶抑制劑(TKI),例如索拉非尼。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗PD-L1抗體分子及溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1,例如BET672,例如必納昔布。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗PD-L1抗體分子及MEK抑制劑,(例如曲美替尼)。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗CTLA-4抗體分子及酪胺酸激酶抑制劑(TKI),例如索拉非尼。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗CTLA-4抗體分子及溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1,例如BET672,例如必納昔布。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗CTLA-4抗體分子及MEK抑制劑,(例如曲美替尼)。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗LAG3抗體分子及酪胺酸激酶抑制劑(TKI),例如索拉非尼。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗LAG3抗體分子及溴域抑制劑,例如BET抑制劑,例如JQ1,例如BET672,例如必納昔布。在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子可與以下組合投與:抗LAG3抗體分子及MEK抑制劑,(例如曲美替尼)。
例示性抗體分子揭示於部分「組合療法」中,舉例而言,抗體分子之部分揭示於表18至表26中。
在一些實施例中,組合物與以下組合投與:免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子(例如抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)或肽)。在某些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子(例如抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)。
在某些實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)藉由注射(例如皮下或靜脈內)投與,例如,以下列劑量投與:約1至30 mg/kg、約1至約20 mg/kg、約1至約15 mg/kg、約1至約10 mg/kg、約1至約5 mg/kg、約2至30 mg/kg、約2至約20 mg/kg、約2至約15 mg/kg、約2至約10 mg/kg、約2至約5 mg/kg、約5至約30 mg/kg、約5至約20 mg/kg、約5至約15 mg/kg、約5至約10 mg/kg、約10至約30 mg/kg、約10至約20 mg/kg、約10至約15 mg/kg、約3 mg/kg或約2 mg/kg)。給藥時程可自例如一週一次至每2、3或4週一次變化。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約10至20 mg/kg之劑量每隔一週投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約10至20 mg/kg之劑量每三週投與。在一個實施例中,劑量為例如每2週、每3週或每4週約1至5 mg/kg。在一個實施例中,劑量為例如每2週、每3週或每4週小於5 mg/kg、小於4 mg/kg、小於3 mg/kg、小於2 mg/kg或小於1 mg/kg。在一個實施例中,劑量為例如每2週、每3週或每4週約2 mg/kg。
在一些實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)之劑量為均一劑量。在一些實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)藉由注射(例如皮下或靜脈內)投與,例如以如下劑量(例如均一劑量)投與:約100 mg至2000 mg,(例如約100 mg至約1900 mg、約100 mg至約1800 mg、約100 mg至約1700 mg、約100 mg至約1600 mg、約100 mg至約1500 mg、約100 mg至約1400 mg、約100 mg至約1300 mg、約100 mg至約1200 mg、約100 mg至約1100 mg、約100 mg至約1000 mg、約100 mg至約900 mg、約100 mg至約800 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約200 mg、約200 mg至約20000 mg、約200 mg至約1900 mg、約200 mg至約1800 mg、約200 mg至約1700 mg、約200 mg至約1600 mg、約200 mg至約1500 mg、約200 mg至約1400 mg、約200 mg至約1300 mg、約200 mg至約1200 mg、約200 mg至約1100 mg、約200 mg至約1000 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約300 mg、約300 mg至約2000 mg、約300 mg至約1900 mg、約300 mg至約1800 mg、約300 mg至約1700 mg、約300 mg至約1600 mg、約300 mg至約1500 mg、約300 mg至約1400 mg、約300 mg至約1300 mg、約300 mg至約1200 mg、約300 mg至約1100 mg、約300 mg至約1000 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約400 mg、約400 mg至約2000 mg、約400 mg至約1900 mg、約400 mg至約1800 mg、約400 mg至約1700 mg、約400 mg至約1600 mg、約400 mg至約1500 mg、約400 mg至約1400 mg、約400 mg至約1300 mg、約400 mg至約1200 mg、約400 mg至約1100 mg、約400 mg至約1000 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約500 mg、約500 mg至約2000 mg、約500 mg至約1900 mg、約500 mg至約1800 mg、約500 mg至約1700 mg、約500 mg至約1600 mg、約500 mg至約1500 mg、約500 mg至約1400 mg、約500 mg至約1300 mg、約500 mg至約1200 mg、約500 mg至約1100 mg、約500 mg至約1000 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約600 mg、約600 mg至約2000 mg、約600 mg至約1900 mg、約600 mg至約1800 mg、約600 mg至約1700 mg、約600 mg至約1600 mg、約600 mg至約1500 mg、約600 mg至約1400 mg、約600 mg至約1300 mg、約600 mg至約1200 mg、約600 mg至約1100 mg、約600 mg至約1000 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約700 mg、約700 mg至約2000 mg、約700 mg至約1900 mg、約700 mg至約1800 mg、約700 mg至約1700 mg、約700 mg至約1600 mg、約700 mg至約1500 mg、約700 mg至約1400 mg、約700 mg至約1300 mg、約700 mg至約1200 mg、約700 mg至約1100 mg、約700 mg至約1000 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約800 mg、約800 mg至約2000 mg、約800 mg至約1900 mg、約800 mg至約1800 mg、約800 mg至約1700 mg、約800 mg至約1600 mg、約800 mg至約1500 mg、約800 mg至約1400 mg、約800 mg至約1300 mg、約800 mg至約1200 mg、約800 mg至約1100 mg、約800 mg至約1000 mg、約800 mg至約900 mg、約900 mg至約1900 mg、約900 mg至約1800 mg、約900 mg至約1700 mg、約900 mg至約1600 mg、約900 mg至約1500 mg、約900 mg至約1400 mg、約900 mg至約1300 mg、約900 mg至約1200 mg、約900 mg至約1100 mg、約900 mg至約1000 mg、約1000 mg至約2000 mg、約1000 mg至約1900 mg、約1000 mg至約1800 mg、約1000 mg至約1700 mg、約1000 mg至約1600 mg、約1000 mg至約1500 mg、約1000 mg至約1400 mg、約1000 mg至約1300 mg、約1000 mg至約1200 mg、約1000 mg至約1100 mg、約1100 mg至約1900 mg、約1100 mg至約1800 mg、約1100 mg至約1700 mg、約1100 mg至約1600 mg、約1100 mg至約1500 mg、約1100 mg至約1400 mg、約1100 mg至約1300 mg、約1100 mg至約1200 mg、約1200 mg至約2000 mg、約1200 mg至約1900 mg、約1200 mg至約1800 mg、約1200 mg至約1700 mg、約1200 mg至約1600 mg、約1200 mg至約1500 mg、約1200 mg至約1400 mg、約1200 mg至約1300 mg、約1300 mg至約1900 mg、約1300 mg至約1800 mg、約1300 mg至約1700 mg、約1300 mg至約1600 mg、約1300 mg至約1500 mg、約1300 mg至約1400 mg、約1400 mg至約2000 mg、約1400 mg至約1900 mg、約1400 mg至約1800 mg、約1400 mg至約1700 mg、約1400 mg至約1600 mg、約1400 mg至約1500 mg、約1500 mg至約2000 mg、約1500 mg至約1900 mg、約1500 mg至約1800 mg、約1500 mg至約1700 mg、約1500 mg至約1600 mg、約1600 mg至約2000 mg、約1600 mg至約1900 mg、約1600 mg至約1800 mg、約1600 mg至約1700 mg或約1800 mg至約1900 mg)。給藥時程(例如均一給藥時程)可在例如每週一次至每2、3、4、5或6週一次之間變化。給藥時程(例如均一給藥時程)可在例如每週1、2、3、4、5、6、7次或更多次持續1、2、3、4、5、6週或更多週內變化。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約200 mg之劑量,例如每三週一次或每四週一次投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約300 mg至400 mg之劑量,例如每三週一次或每四週一次投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約300 mg之劑量,例如每三週一次,例如藉助於靜脈內輸注投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約200 mg之劑量,例如每三週一次,例如藉助於靜脈內輸注投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約400 mg之劑量,例如每四週一次,例如藉助於靜脈內輸注投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約300 mg之劑量,例如每四週一次,例如藉助於靜脈內輸注投與。在一個實施例中,抗體分子(例如抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA-4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子,及抗Tim3抗體分子,及抗KIR抗體分子,或抗BTLA抗體分子)以約400 mg之劑量,例如每三週一次,例如藉助於靜脈內輸注投與。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含測米匹單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約35-500 mg、約35 mg至約450 mg、約35 mg至約400 mg、約35 mg至約350 mg、約35 mg至約300 mg、約35 mg至約250 mg、約35 mg至約200 mg、約35 mg至約150 mg、約35 mg至約100 mg、約35 mg至約50 mg、約40 mg至約500 mg、約40 mg至約450 mg、約40 mg至約400 mg、約40 mg至約350 mg、約40 mg至約300 mg、約40 mg至約250 mg、約40 mg至約200 mg、約40 mg至約150 mg、約40 mg至約100 mg或約40 mg至約50 mg、約75 mg至約500 mg、約75 mg至約450 mg、約75 mg至約400 mg、約75 mg至約350 mg、約75 mg至約300 mg、約75 mg至約250 mg、約75 mg至約200 mg、約75 mg至約150 mg、約75 mg至約100 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg或約400 mg至約500 mg或約50、約100、約150、約200、約250、約300、約350、約400、約450或約500 mg)。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約35 mg、約40 mg、約50 mg、約100 mg、約150 mg、約200 mg、約250 mg、約300 mg、約350 mg、約400 mg、約450 mg或約500 mg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含測米匹單抗且以靜脈內輸注形式每3週(例如,歷經30分鐘)投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為以靜脈內輸注形式每3週歷經30分鐘以350 mg投與之測米匹單抗。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含多塔利單抗-gxly,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約50-600 mg、約75 mg至約600 mg、約75 mg至約550 mg、約75 mg至約500 mg、約75 mg至約450 mg、約75 mg至約400 mg、約75 mg至約350 mg、約75 mg至約300 mg、約75 mg至約250 mg、約75 mg至約200 mg、約75 mg至約150 mg、約75 mg至約100 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約550 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約600 mg、約150 mg至約550 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約450 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約350 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約550 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約250 mg至約600 mg、約250 mg至約550 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約550 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約600 mg、約350 mg至約550 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約550 mg、約400 mg至約500 mg、約400 mg至約450 mg、約450 mg至約600 mg、約450 mg至約550 mg、約450 mg至約500 mg、約500 mg至約600 mg或約500 mg至約550 mg或約100-1500 mg、約100 mg至約1400 mg、約100 mg至約1350 mg、約100 mg至約1300 mg、約100 mg至約1250 mg、約100 mg至約1200 mg、約100 mg至約1150 mg、約100 mg至約1100 mg、約100 mg至約1050 mg、約100 mg至約1000 mg、約100 mg至約950 mg、約100 mg至約900 mg、約100 mg至約850 mg、約100 mg至約800 mg、約100 mg至約750 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約650 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約550 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約200 mg至約1500 mg、約200 mg至約1450 mg、約200 mg至約1400 mg、約200 mg至約1350 mg、約200 mg至約1300 mg、約200 mg至約1250 mg、約200 mg至約1200 mg、約200 mg至約1150 mg、約200 mg至約1100 mg、約200 mg至約1050 mg、約200 mg至約1000 mg、約200 mg至約950 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約850 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約750 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約650 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約550 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約300 mg至約1500 mg、約300 mg至約1450 mg、約300 mg至約1400 mg、約300 mg至約1350 mg、約300 mg至約1300 mg、約300 mg至約1250 mg、約300 mg至約1200 mg、約300 mg至約1150 mg、約300 mg至約1100 mg、約300 mg至約1050 mg、約300 mg至約1000 mg、約300 mg至約950 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約850 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約750 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約650 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約550 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約400 mg至約1500 mg、約400 mg至約1450 mg、約400 mg至約1400 mg、約400 mg至約1350 mg、約400 mg至約1300 mg、約400 mg至約1250 mg、約400 mg至約1200 mg、約400 mg至約1150 mg、約400 mg至約1100 mg、約400 mg至約1050 mg、約400 mg至約1000 mg、約400 mg至約950 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約850 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約750 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約650 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約550 mg、約400 mg至約500 mg、約400 mg至約450 mg、約500 mg至約1500 mg、約500 mg至約1450 mg、約500 mg至約1400 mg、約500 mg至約1350 mg、約500 mg至約1300 mg、約500 mg至約1250 mg、約500 mg至約1200 mg、約500 mg至約1150 mg、約500 mg至約1100 mg、約500 mg至約1050 mg、約500 mg至約1000 mg、約500 mg至約950 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約850 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約750 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約650 mg、約500 mg至約600 mg、約500 mg至約550 mg、約600 mg至約1500 mg、約600 mg至約1450 mg、約600 mg至約1400 mg、約600 mg至約1350 mg、約600 mg至約1300 mg、約600 mg至約1250 mg、約600 mg至約1200 mg、約600 mg至約1150 mg、約600 mg至約1100 mg、約600 mg至約1050 mg、約600 mg至約1000 mg、約600 mg至約950 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約850 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約750 mg、約600 mg至約700 mg、約600 mg至約650 mg、約700 mg至約1500 mg、約700 mg至約1450 mg、約700 mg至約1400 mg、約700 mg至約1350 mg、約700 mg至約1300 mg、約700 mg至約1250 mg、約700 mg至約1200 mg、約700 mg至約1150 mg、約700 mg至約1100 mg、約700 mg至約1050 mg、約700 mg至約1000 mg、約700 mg至約950 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約850 mg、約700 mg至約800 mg、約700 mg至約750 mg、約800 mg至約1500 mg、約800 mg至約1450 mg、約800 mg至約1400 mg、約800 mg至約1350 mg、約800 mg至約1300 mg、約800 mg至約1250 mg、約800 mg至約1200 mg、約800 mg至約1150 mg、約800 mg至約1100 mg、約800 mg至約1050 mg、約800 mg至約1000 mg、約800 mg至約950 mg、約800 mg至約900 mg、約800 mg至約850 mg、約900 mg至約1500 mg、約900 mg至約1450 mg、約900 mg至約1400 mg、約900 mg至約1350 mg、約900 mg至約1300 mg、約900 mg至約1250 mg、約900 mg至約1200 mg、約900 mg至約1150 mg、約900 mg至約1100 mg、約900 mg至約1050 mg、約900 mg至約1000 mg、約900 mg至約950 mg、約1000 mg至約1500 mg、約1000 mg至約1450 mg、約1000 mg至約1400 mg、約1000 mg至約1350 mg、約1000 mg至約1300 mg、約1000 mg至約1250 mg、約1000 mg至約1200 mg、約1000 mg至約1150 mg、約1000 mg至約1100 mg、約1000 mg至約1050 mg、約1100 mg至約1500 mg、約1100 mg至約1450 mg、約1100 mg至約1400 mg、約1100 mg至約1350 mg、約1100 mg至約1300 mg、約1100 mg至約1250 mg、約1100 mg至約1200 mg、約1100 mg至約1150 mg、約1200 mg至約1500 mg、約1200 mg至約1450 mg、約1200 mg至約1400 mg、約1200 mg至約1350 mg、約1200 mg至約1300 mg、約1200 mg至約1250 mg、約1300 mg至約1500 mg、約1300 mg至約1450 mg、約1300 mg至約1400 mg、約1300 mg至約1350 mg、約1400 mg至約1500 mg或約1400 mg至約1450 mg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約50 mg、約100 mg、約200、約300、約400、約500、約600 mg、約700、約800、約900、約100、約1200、約1300、約1400或約1500 mg)。
劑量可在既定給藥時段內投與。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含多塔利單抗-gxly,且對於前4次劑量以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週投與,且對於後續劑量(例如在劑量4之後3週開始的劑量5)以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每6週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含多塔利單抗-gxly,且對於前4次劑量以靜脈內輸注形式歷經30分鐘每3週以500 mg投與,且對於後續劑量(例如在劑量4之後3週投與的劑量5)以靜脈內輸注形式歷經30分鐘每6週以1,000 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子以約100、約200、約300、約400、約500或約600 mg)投與持續4次劑量(例如每三週1次劑量),且後續劑量(例如劑量5開始)以約100-1500 mg投與。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約24-600 mg、約24 mg至約550 mg、約24 mg至約500 mg、約24 mg至約450 mg、約24 mg至約400 mg、約24 mg至約350 mg、約24 mg至約300 mg、約24 mg至約250 mg、約24 mg至約200 mg、約24 mg至約150 mg、約24 mg至約100 mg、約24 mg至約50 mg、約50 mg至約600 mg、約50 mg至約550 mg、約50 mg至約500 mg、約50 mg至約450 mg、約50 mg至約400 mg、約50 mg至約350 mg、約50 mg至約300 mg、約50 mg至約250 mg、約50 mg至約200 mg、約50 mg至約150 mg、約50 mg至約100 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約550 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約600 mg、約150 mg至約550 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約450 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約350 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約550 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約250 mg至約600 mg、約250 mg至約550 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約550 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約600 mg、約350 mg至約550 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約550 mg、約400 mg至約500 mg、約400 mg至約450 mg、約450 mg至約600 mg、約450 mg至約550 mg或約450 mg至約500 mg、約0.5-5 mg/kg (例如約0.5 mg/kg至約4.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約4.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約3.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約3.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約2.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約2.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約1.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約1.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.75 mg/kg至約5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約4 mg/kg、約0.75 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約3 mg/kg、約0.75 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約2 mg/kg、約0.75 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約1 mg/kg、約1 mg/kg至約5 mg/kg、約1 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1 mg/kg至約4 mg/kg、約1 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1 mg/kg至約3 mg/kg、約1 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1 mg/kg至約2 mg/kg、約1 mg/kg至約1.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約4 mg/kg、約1.25 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約3 mg/kg、約1.25 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約2 mg/kg、約1.25 mg/kg至約1.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約4 mg/kg、約1.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約3 mg/kg、約1.5 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約2 mg/kg、約2 mg/kg至約5 mg/kg、約2 mg/kg至約4.5 mg/kg、約2 mg/kg至約4 mg/kg、約2 mg/kg至約3.5 mg/kg、約2 mg/kg至約3 mg/kg、約2 mg/kg至約2.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約4 mg/kg、約2.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約3 mg/kg、約3 mg/kg至約5 mg/kg、約3 mg/kg至約4.5 mg/kg、約3 mg/kg至約4 mg/kg、約3 mg/kg至約3.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約4 mg/kg、約4 mg/kg至約5 mg/kg或約4 mg/kg至約4.5 mg/kg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約50、約100、約150、約200、約240、約300、約350、約400、約450、約480、約500、約550或約600 mg或約0.8 mg/kg、約1.0 mg/kg、約1.5 mg/kg、約2.0 mg/kg、約2.5 mg/kg、約3.0 mg/kg、約3.5 mg/kg、約4.0 mg/kg、約4.5 mg/kg或約5.0 mg/kg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每2週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每4週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每2週以240投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週以360 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每4週以480 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每2週以3 mg/kg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週以3 mg/kg投與之納武單抗。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週以1 mg/kg投與。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約20 mg至約500 mg、約20 mg至約450 mg、約20 mg至約400 mg、約20 mg至約350 mg、約20 mg至約300 mg、約20 mg至約250 mg、約20 mg至約200 mg、約20 mg至約150 mg、約20 mg至約100 mg、約20 mg至約50 mg、約50 mg至約500 mg、約50 mg至約450 mg、約50 mg至約400 mg、約50 mg至約350 mg、約50 mg至約300 mg、約50 mg至約250 mg、約50 mg至約200 mg、約50 mg至約150 mg、約50 mg至約100 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約450 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約350 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg或約400 mg至約500 mg或約400 mg至約450 mg或約0.5-5 mg/kg (例如約0.5 mg/kg至約4.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約4.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約3.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約3.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約2.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約2.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約1.8 mg/kg、約0.5 mg/kg至約1.3 mg/kg、約0.5 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.75 mg/kg至約5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約4.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約4 mg/kg、約0.75 mg/kg至約3.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約3 mg/kg、約0.75 mg/kg至約2.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約2 mg/kg、約0.75 mg/kg至約1.5 mg/kg、約0.75 mg/kg至約1 mg/kg、約1 mg/kg至約5 mg/kg、約1 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1 mg/kg至約4 mg/kg、約1 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1 mg/kg至約3 mg/kg、約1 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1 mg/kg至約2 mg/kg、約1 mg/kg至約1.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約4 mg/kg、約1.25 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約3 mg/kg、約1.25 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1.25 mg/kg至約2 mg/kg、約1.25 mg/kg至約1.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約4 mg/kg、約1.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約3 mg/kg、約1.5 mg/kg至約2.5 mg/kg、約1.5 mg/kg至約2 mg/kg、約2 mg/kg至約5 mg/kg、約2 mg/kg至約4.5 mg/kg、約2 mg/kg至約4 mg/kg、約2 mg/kg至約3.5 mg/kg、約2 mg/kg至約3 mg/kg、約2 mg/kg至約2.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約4 mg/kg、約2.5 mg/kg至約3.5 mg/kg、約2.5 mg/kg至約3 mg/kg、約3 mg/kg至約5 mg/kg、約3 mg/kg至約4.5 mg/kg、約3 mg/kg至約4 mg/kg、約3 mg/kg至約3.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約4.5 mg/kg、約3.5 mg/kg至約4 mg/kg、約4 mg/kg至約5 mg/kg或約4 mg/kg至約4.5 mg/kg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約50、約100、約150、約200、約250、約300、約350、約400、約450或約500 mg或約0.8 mg/kg、約1.0 mg/kg、約1.5 mg/kg、約2.0 mg/kg、約2.5 mg/kg、約3.0 mg/kg、約3.5 mg/kg、約4.0 mg/kg、約4.5 mg/kg或約5.0 mg/kg。在一些實施例中,劑量可為約0.5-5 mg/kg直至200 mg。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每6週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週以200 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每6週以400 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘(-5/+10分鐘))約每3週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘(-5/+10分鐘))約每6週投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘(-5/+10分鐘))每3週以200 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘(-5/+10分鐘))每6週以400 mg投與。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每3週以2 mg/kg (例如直至200 mg)投與。在一些實施例中,當投與雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB及派立珠單抗兩者時,將在完成雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB輸注後至少1小時(及視情況小於3小時)投與派立珠單抗輸注。
在一些實施例中,當個體經歷與派立珠單抗有關之免疫相關不良事件時,個體將根據美國國家癌症研究院通用不良事件術語準則(National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events,NCI-CTCAE)版本5分級。
在一些實施例中,經歷與派立珠單抗有關之免疫相關不良事件的個體接受以下中之一或多者:全身性皮質類固醇(例如1至2 mg/天,例如普賴松(prednisone)或等效物),例如直至改善至1級或更低。在一些實施例中,接受全身性皮質類固醇之個體在改善至1級或更低時在至少1個月內減藥(taper)。在一些實施例中,一旦個體在臨床上穩定,不良事件消退至≤1級,且普賴松以10 mg/天(或等效物)或更低投與,可恢復派立珠單抗之投與。
在一些實施例中,當個體經歷2級肺炎(例如免疫相關不良事件)時,停止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷2級肺炎時,停止投與派立珠單抗之方法,直至肺炎完全或部分消退(例如,0級或1級)且在皮質類固醇減藥後。在一些實施例中,在起始類固醇之約12週內未發生不良事件之完全或部分消退之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,在起始類固醇之12週內不能將普賴松減少至10 mg/天或更少(或等效物)之經歷2級肺炎之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷3級或4級肺炎(例如免疫相關不良事件)時,中止投與派立珠單抗之方法(例如永久地)。
在一些實施例中,當個體經歷2級或3級結腸炎(例如免疫相關不良事件)時,停止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷2級或3級結腸炎時,停止投與派立珠單抗之方法,直至結腸炎完全或部分消退(例如,0級或1級)且在皮質類固醇減藥後。在一些實施例中,在起始類固醇之約12週內未發生不良事件之完全或部分消退之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,在起始類固醇之12週內不能將普賴松減少至10 mg/天或更少(或等效物)之經歷2級或3級結腸炎之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷4級結腸炎(例如免疫相關不良事件)時,中止投與派立珠單抗之方法(例如永久地)。
在一些實施例中,當個體經歷3級或4級內分泌病變(例如免疫相關不良事件)時,停止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷3級或4級內分泌病變(例如免疫相關不良事件)時,停止投與派立珠單抗之方法,直至個體在臨床上穩定。
在一些實施例中,當個體經歷伴隨腎功能障礙以及2級或3級血液肌酸增加之腎炎時,停止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷伴隨腎功能障礙以及2級或3級血液肌酸增加之腎炎時,停止投與派立珠單抗之方法,直至2級或3級血液肌酸增加完全或部分消退(例如,0級或1級)且在皮質類固醇減藥後。在一些實施例中,在起始類固醇之約12週內未發生不良事件之完全或部分消退之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,在起始類固醇之12週內不能將普賴松減少至10 mg/天或更少(或等效物)之經歷伴隨腎功能障礙以及2級或3級血液肌酸增加之腎炎之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷伴隨腎功能障礙以及4級血液肌酸增加之腎炎時,永久性中止投與派立珠單抗之方法。
在一些實施例中,當個體疑似經歷或鑑別為經歷剝脫性皮膚病狀(例如疑似史蒂芬斯-強森症候群(SJS)、中毒性表皮壞死溶解(TEN)或伴隨酸性球增多及全身性症狀之藥物疹(DRESS))時,停止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體疑似經歷剝脫性皮膚病狀(例如SJS、TEN或DRESS)時,停止投與派立珠單抗之方法,直至疑似剝脫性皮膚病狀(例如SJS、TEN或DRESS)完全或部分消退(例如,0級或1級)且在皮質類固醇減藥後。在一些實施例中,在起始類固醇之約12週內未發生疑似不良事件之完全或部分消退之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,在起始類固醇之12週內不能將普賴松減少至10 mg/天或更少(或等效物)之疑似經歷剝脫性皮膚病狀(例如SJS、TEN或DRESS)之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體患有或鑑別為患有剝脫性皮膚病狀(例如SJS、TEN或DRESS)時,永久性中止投與派立珠單抗之方法。
在一些實施例中,當個體疑似經歷2級、3級或4級心肌炎時,永久性中止投與派立珠單抗之方法。
在一些實施例中,當個體經歷2級神經毒性時,停止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷2級神經毒性時,停止投與派立珠單抗之方法,直至神經毒性完全或部分消退(例如,0級或1級)且在皮質類固醇減藥後。在一些實施例中,在起始類固醇之約12週內未發生不良事件之完全或部分消退之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,在起始類固醇之12週內不能將普賴松減少至10 mg/天或更少(或等效物)之經歷2級神經毒性之個體中,中止投與派立珠單抗之方法。在一些實施例中,當個體經歷3級或4級神經毒性時,中止投與派立珠單抗之方法(例如永久地)。
在一些實施例中,當個體經歷1級或2級輸注相關反應時,投與派立珠單抗之方法可中斷及/或輸注時間可延長(例如降低輸注速率)。在某些實施例中,當個體經歷3級或4級輸注相關反應時,中止投與派立珠單抗之方法(例如永久地)。
在一些實施例中,當個體經歷2級血清肌酐(例如> 1.5 - 3.0 ×基線;> 1.5 - 3.0 × ULN)時,投與派立珠單抗之方法包含停止投與。在某些實施例中,當個體經歷2級血清肌酐(例如> 1.5 - 3.0 ×基線;> 1.5 - 3.0 × ULN)時,投與派立珠單抗之方法包含在消退至≤1級時恢復投與而不調節劑量。在某些實施例中,當個體經歷2級血清肌酐(例如> 1.5 - 3.0 ×基線;> 1.5 - 3.0 × ULN)時,投與派立珠單抗之方法包含在2級血清肌酐不消退至1級之情況下,永久停止投與。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約80 mg至約2000 mg、約100 mg至約1900 mg、約100 mg至約1800 mg、約100 mg至約1700 mg、約100 mg至約1600 mg、約100 mg至約1500 mg、約100 mg至約1400 mg、約100 mg至約1300 mg、約100 mg至約1200 mg、約100 mg至約1100 mg、約100 mg至約1000 mg、約100 mg至約900 mg、約100 mg至約800 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約200 mg、約200 mg至約20000 mg、約200 mg至約1900 mg、約200 mg至約1800 mg、約200 mg至約1700 mg、約200 mg至約1600 mg、約200 mg至約1500 mg、約200 mg至約1400 mg、約200 mg至約1300 mg、約200 mg至約1200 mg、約200 mg至約1100 mg、約200 mg至約1000 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約300 mg、約300 mg至約2000 mg、約300 mg至約1900 mg、約300 mg至約1800 mg、約300 mg至約1700 mg、約300 mg至約1600 mg、約300 mg至約1500 mg、約300 mg至約1400 mg、約300 mg至約1300 mg、約300 mg至約1200 mg、約300 mg至約1100 mg、約300 mg至約1000 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約400 mg、約400 mg至約2000 mg、約400 mg至約1900 mg、約400 mg至約1800 mg、約400 mg至約1700 mg、約400 mg至約1600 mg、約400 mg至約1500 mg、約400 mg至約1400 mg、約400 mg至約1300 mg、約400 mg至約1200 mg、約400 mg至約1100 mg、約400 mg至約1000 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約500 mg、約500 mg至約2000 mg、約500 mg至約1900 mg、約500 mg至約1800 mg、約500 mg至約1700 mg、約500 mg至約1600 mg、約500 mg至約1500 mg、約500 mg至約1400 mg、約500 mg至約1300 mg、約500 mg至約1200 mg、約500 mg至約1100 mg、約500 mg至約1000 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約600 mg、約600 mg至約2000 mg、約600 mg至約1900 mg、約600 mg至約1800 mg、約600 mg至約1700 mg、約600 mg至約1600 mg、約600 mg至約1500 mg、約600 mg至約1400 mg、約600 mg至約1300 mg、約600 mg至約1200 mg、約600 mg至約1100 mg、約600 mg至約1000 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約700 mg、約700 mg至約2000 mg、約700 mg至約1900 mg、約700 mg至約1800 mg、約700 mg至約1700 mg、約700 mg至約1600 mg、約700 mg至約1500 mg、約700 mg至約1400 mg、約700 mg至約1300 mg、約700 mg至約1200 mg、約700 mg至約1100 mg、約700 mg至約1000 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約800 mg、約800 mg至約2000 mg、約800 mg至約1900 mg、約800 mg至約1800 mg、約800 mg至約1700 mg、約800 mg至約1600 mg、約800 mg至約1500 mg、約800 mg至約1400 mg、約800 mg至約1300 mg、約800 mg至約1200 mg、約800 mg至約1100 mg、約800 mg至約1000 mg、約800 mg至約900 mg、約900 mg至約1900 mg、約900 mg至約1800 mg、約900 mg至約1700 mg、約900 mg至約1600 mg、約900 mg至約1500 mg、約900 mg至約1400 mg、約900 mg至約1300 mg、約900 mg至約1200 mg、約900 mg至約1100 mg、約900 mg至約1000 mg、約1000 mg至約2000 mg、約1000 mg至約1900 mg、約1000 mg至約1800 mg、約1000 mg至約1700 mg、約1000 mg至約1600 mg、約1000 mg至約1500 mg、約1000 mg至約1400 mg、約1000 mg至約1300 mg、約1000 mg至約1200 mg、約1000 mg至約1100 mg、約1100 mg至約1900 mg、約1100 mg至約1800 mg、約1100 mg至約1700 mg、約1100 mg至約1600 mg、約1100 mg至約1500 mg、約1100 mg至約1400 mg、約1100 mg至約1300 mg、約1100 mg至約1200 mg、約1200 mg至約2000 mg、約1200 mg至約1900 mg、約1200 mg至約1800 mg、約1200 mg至約1700 mg、約1200 mg至約1600 mg、約1200 mg至約1500 mg、約1200 mg至約1400 mg、約1200 mg至約1300 mg、約1300 mg至約1900 mg、約1300 mg至約1800 mg、約1300 mg至約1700 mg、約1300 mg至約1600 mg、約1300 mg至約1500 mg、約1300 mg至約1400 mg、約1400 mg至約2000 mg、約1400 mg至約1900 mg、約1400 mg至約1800 mg、約1400 mg至約1700 mg、約1400 mg至約1600 mg、約1400 mg至約1500 mg、約1500 mg至約2000 mg、約1500 mg至約1900 mg、約1500 mg至約1800 mg、約1500 mg至約1700 mg、約1500 mg至約1600 mg、約1600 mg至約2000 mg、約1600 mg至約1900 mg、約1600 mg至約1800 mg、約1600 mg至約1700 mg或約1800 mg至約1900 mg。劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約80 mg、約100 mg、約200 mg、約300 mg、約400 mg、約500 mg、約600 mg、約700 mg、約800 mg、約900 mg、約1000 mg、約1100 mg、約1200 mg、約1300 mg、約1400 mg、約1600 mg、約1800 mg或約2000 mg。
劑量可在既定給藥時段內投與。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘或歷經約60分鐘)約每2週投與(例如以約840 mg)。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘或歷經約60分鐘)約每3週投與(例如以約1200 mg)。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘或歷經約60分鐘)約每4週投與(例如以約1680 mg)。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘或歷經60分鐘)每2週投與(例如以840 mg)。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘或歷經60分鐘)每3週投與(例如以1200 mg)。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘或歷經60分鐘)每4週投與(例如以1680 mg)。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿維魯單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約80 mg至約1000 mg、約100 mg至約1000 mg、約100 mg至約900 mg、約100 mg至約800 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約200 mg、約200 mg至約1000 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約300 mg、約300 mg至約1000 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約400 mg、約400 mg至約1000 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約500 mg、約500 mg至約1000 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約600 mg、約600 mg至約1000 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約700 mg、約700 mg至約1000 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約800 mg、約800 mg至約1000 mg或約800 mg至約900 mg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約80 mg、約100 mg、約150 mg、約200 mg、約250 mg、約300 mg、約350 mg、約400 mg、約450 mg、約500 mg、約550 mg、約600 mg、約650 mg、約700 mg、約750 mg、約800 mg、約850 mg、約900 mg、約950 mg或約1000 mg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿維魯單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經60分鐘)每2週投與。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿維魯單抗,且以靜脈內輸注形式歷經60分鐘每2週以800 mg投與。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含度伐魯單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約150 mg至約2000 mg、約150 mg至約1900 mg、約150 mg至約1800 mg、約150 mg至約1700 mg、約150 mg至約1600 mg、約150 mg至約1500 mg、約150 mg至約1400 mg、約150 mg至約1300 mg、約150 mg至約1200 mg、約150 mg至約1100 mg、約150 mg至約1000 mg、約150 mg至約900 mg、約150 mg至約800 mg、約150 mg至約700 mg、約150 mg至約600 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約20000 mg、約200 mg至約1900 mg、約200 mg至約1800 mg、約200 mg至約1700 mg、約200 mg至約1600 mg、約200 mg至約1500 mg、約200 mg至約1400 mg、約200 mg至約1300 mg、約200 mg至約1200 mg、約200 mg至約1100 mg、約200 mg至約1000 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約300 mg、約300 mg至約2000 mg、約300 mg至約1900 mg、約300 mg至約1800 mg、約300 mg至約1700 mg、約300 mg至約1600 mg、約300 mg至約1500 mg、約300 mg至約1400 mg、約300 mg至約1300 mg、約300 mg至約1200 mg、約300 mg至約1100 mg、約300 mg至約1000 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約400 mg、約400 mg至約2000 mg、約400 mg至約1900 mg、約400 mg至約1800 mg、約400 mg至約1700 mg、約400 mg至約1600 mg、約400 mg至約1500 mg、約400 mg至約1400 mg、約400 mg至約1300 mg、約400 mg至約1200 mg、約400 mg至約1100 mg、約400 mg至約1000 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約500 mg、約500 mg至約2000 mg、約500 mg至約1900 mg、約500 mg至約1800 mg、約500 mg至約1700 mg、約500 mg至約1600 mg、約500 mg至約1500 mg、約500 mg至約1400 mg、約500 mg至約1300 mg、約500 mg至約1200 mg、約500 mg至約1100 mg、約500 mg至約1000 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約600 mg、約600 mg至約2000 mg、約600 mg至約1900 mg、約600 mg至約1800 mg、約600 mg至約1700 mg、約600 mg至約1600 mg、約600 mg至約1500 mg、約600 mg至約1400 mg、約600 mg至約1300 mg、約600 mg至約1200 mg、約600 mg至約1100 mg、約600 mg至約1000 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約700 mg、約700 mg至約2000 mg、約700 mg至約1900 mg、約700 mg至約1800 mg、約700 mg至約1700 mg、約700 mg至約1600 mg、約700 mg至約1500 mg、約700 mg至約1400 mg、約700 mg至約1300 mg、約700 mg至約1200 mg、約700 mg至約1100 mg、約700 mg至約1000 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約800 mg、約800 mg至約2000 mg、約800 mg至約1900 mg、約800 mg至約1800 mg、約800 mg至約1700 mg、約800 mg至約1600 mg、約800 mg至約1500 mg、約800 mg至約1400 mg、約800 mg至約1300 mg、約800 mg至約1200 mg、約800 mg至約1100 mg、約800 mg至約1000 mg、約800 mg至約900 mg、約900 mg至約1900 mg、約900 mg至約1800 mg、約900 mg至約1700 mg、約900 mg至約1600 mg、約900 mg至約1500 mg、約900 mg至約1400 mg、約900 mg至約1300 mg、約900 mg至約1200 mg、約900 mg至約1100 mg、約900 mg至約1000 mg、約1000 mg至約2000 mg、約1000 mg至約1900 mg、約1000 mg至約1800 mg、約1000 mg至約1700 mg、約1000 mg至約1600 mg、約1000 mg至約1500 mg、約1000 mg至約1400 mg、約1000 mg至約1300 mg、約1000 mg至約1200 mg、約1000 mg至約1100 mg、約1100 mg至約1900 mg、約1100 mg至約1800 mg、約1100 mg至約1700 mg、約1100 mg至約1600 mg、約1100 mg至約1500 mg、約1100 mg至約1400 mg、約1100 mg至約1300 mg、約1100 mg至約1200 mg、約1200 mg至約2000 mg、約1200 mg至約1900 mg、約1200 mg至約1800 mg、約1200 mg至約1700 mg、約1200 mg至約1600 mg、約1200 mg至約1500 mg、約1200 mg至約1400 mg、約1200 mg至約1300 mg、約1300 mg至約1900 mg、約1300 mg至約1800 mg、約1300 mg至約1700 mg、約1300 mg至約1600 mg、約1300 mg至約1500 mg、約1300 mg至約1400 mg、約1400 mg至約2000 mg、約1400 mg至約1900 mg、約1400 mg至約1800 mg、約1400 mg至約1700 mg、約1400 mg至約1600 mg、約1400 mg至約1500 mg、約1500 mg至約2000 mg、約1500 mg至約1900 mg、約1500 mg至約1800 mg、約1500 mg至約1700 mg、約1500 mg至約1600 mg、約1600 mg至約2000 mg、約1600 mg至約1900 mg、約1600 mg至約1800 mg、約1600 mg至約1700 mg或約1800 mg至約1900 mg或約1至約30 mg/kg、約1至約20 mg/kg、約1至約15 mg/kg、約1至約10 mg/kg、約1至約5 mg/kg、約2至30 mg/kg、約2至約20 mg/kg、約2至約15 mg/kg、約2至約10 mg/kg、約2至約5 mg/kg、約5至約30 mg/kg、約5至約20 mg/kg、約5至約15 mg/kg、約5至約10 mg/kg、約10至約30 mg/kg、約10至約20 mg/kg或約10至約15 mg/kg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約100 mg、約200 mg、約300 mg、約400 mg、約500 mg、約600 mg、約800 mg、約900 mg、約1000 mg、約1200 mg、約1400 mg、約1600 mg、約1800 mg或約2000 mg或約1 mg/kg、約5 mg/kg、約10 mg/kg、約15 mg/kg、約20 mg/kg、約25 mg/kg或約30 mg/kg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含度伐魯單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經60分鐘)每4週投與(例如以1500 mg)。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含度伐魯單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經60分鐘)每2週投與。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含度伐魯單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經60分鐘)每3週投與。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含度伐魯單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經60分鐘)每2週以10 mg/kg投與。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含度伐魯單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經60分鐘)每3週以20 mg/kg投與。
在一些實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含伊匹單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約1至約30 mg/kg、約1至約20 mg/kg、約1至約15 mg/kg、約1至約10 mg/kg、約1至約5 mg/kg、約2至30 mg/kg、約2至約20 mg/kg、約2至約15 mg/kg、約2至約10 mg/kg、約2至約5 mg/kg、約5至約30 mg/kg、約5至約20 mg/kg、約5至約15 mg/kg、約5至約10 mg/kg、約10至約30 mg/kg、約10至約20 mg/kg或約10至約15 mg/kg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約1 mg/kg、約5 mg/kg、約10 mg/kg、約15 mg/kg、約20 mg/kg、約25 mg/kg或約30 mg/kg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含伊匹單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經90分鐘)每3週投與(例如持續4次劑量),隨後每12週投與(例如至多3年)。在一些實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含伊匹單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經90分鐘)每3週以10 mg/kg投與(例如持續4次劑量),隨後以靜脈內輸注形式每12週以10 mg/kg投與(例如至多3年)。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含瑞拉利單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約30 mg至約300 mg、約30 mg至約290 mg、約30 mg至約250 mg、約30 mg至約200 mg、約30 mg至約150 mg、約30 mg至約100 mg、約30 mg至約50 mg、約50 mg至約300 mg、約50 mg至約250 mg、約50 mg至約200 mg、約50 mg至約150 mg、約50 mg至約100 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg或約250 mg至約300 mg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約30 mg、約50 mg、約100 mg、約150 mg、約200 mg、約250 mg或約300 mg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含瑞拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每4週投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含瑞拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每4週以160 mg投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含瑞拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每4週與抗PD-1抗體分子(例如納武單抗(例如以480 mg))進一步組合投與。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗(ieramilimab),且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約40 mg至約900 mg、約40 mg至約890 mg、約40 mg至約865 mg、約40 mg至約840 mg、約40 mg至約815 mg、約40 mg至約790 mg、約40 mg至約765 mg、約40 mg至約740 mg、約40 mg至約715 mg、約40 mg至約690 mg、約40 mg至約665 mg、約40 mg至約640 mg、約40 mg至約615 mg、約40 mg至約590 mg、約40 mg至約565 mg、約40 mg至約540 mg、約40 mg至約515 mg、約40 mg至約490 mg、約40 mg至約465 mg、約40 mg至約440 mg、約40 mg至約415 mg、約40 mg至約390 mg、約40 mg至約365 mg、約40 mg至約340 mg、約40 mg至約315 mg、約40 mg至約290 mg、約40 mg至約265 mg、約40 mg至約240 mg、約40 mg至約215 mg、約40 mg至約190 mg、約40 mg至約165 mg、約40 mg至約140 mg、約40 mg至約115 mg、約40 mg至約90 mg、約40 mg至約65 mg、約40 mg至約50 mg、約50 mg至約900 mg、約50 mg至約850 mg、約50 mg至約800 mg、約50 mg至約750 mg、約50 mg至約700 mg、約50 mg至約650 mg、約50 mg至約600 mg、約50 mg至約550 mg、約50 mg至約500 mg、約50 mg至約450 mg、約50 mg至約400 mg、約50 mg至約350 mg、約50 mg至約300 mg、約50 mg至約250 mg、約50 mg至約200 mg、約50 mg至約150 mg、約50 mg至約100 mg、約100 mg至約900 mg、約100 mg至約850 mg、約100 mg至約800 mg、約100 mg至約750 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約650 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約550 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約900 mg、約150 mg至約850 mg、約150 mg至約800 mg、約150 mg至約750 mg、約150 mg至約700 mg、約150 mg至約650 mg、約150 mg至約600 mg、約150 mg至約550 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約450 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約350 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約850 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約750 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約650 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約550 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約250 mg至約900 mg、約250 mg至約850 mg、約250 mg至約800 mg、約250 mg至約750 mg、約250 mg至約700 mg、約250 mg至約650 mg、約250 mg至約600 mg、約250 mg至約550 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約850 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約750 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約650 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約550 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約900 mg、約350 mg至約850 mg、約350 mg至約800 mg、約350 mg至約750 mg、約350 mg至約700 mg、約350 mg至約650 mg、約350 mg至約600 mg、約350 mg至約550 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約850 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約750 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約650 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約550 mg、約400 mg至約500 mg、約400 mg至約450 mg、約450 mg至約900 mg、約450 mg至約850 mg、約450 mg至約800 mg、約450 mg至約750 mg、約450 mg至約700 mg、約450 mg至約650 mg、約450 mg至約600 mg、約450 mg至約550 mg、約450 mg至約500 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約850 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約750 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約650 mg、約500 mg至約600 mg、約500 mg至約550 mg、約550 mg至約900 mg、約550 mg至約850 mg、約550 mg至約800 mg、約550 mg至約750 mg、約550 mg至約700 mg、約550 mg至約650 mg、約550 mg至約600 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約850 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約750 mg、約600 mg至約700 mg、約600 mg至約650 mg、約650 mg至約900 mg、約650 mg至約850 mg、約650 mg至約800 mg、約650 mg至約750 mg、約650 mg至約700 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約850 mg、約700 mg至約800 mg、約700 mg至約750 mg、約750 mg至約900 mg、約750 mg至約850 mg、約750 mg至約800 mg、約800 mg至約900 mg、約800 mg至約850 mg或約850 mg至約900 mg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約40 mg、約50 mg、約100 mg、約150 mg、約200 mg、約250 mg、約300 mg、約350 mg、約400 mg、約450 mg、約500 mg、約550 mg、約600 mg、約650 mg、約700 mg、約750 mg、約800 mg、約850 mg或約900 mg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每3週投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每3週以400 mg投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每3週與抗PD-1抗體分子進一步組合投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每4週投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每4週以800 mg投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經30分鐘)每4週與抗PD-1抗體分子進一步組合投與。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含法澤利單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約40 mg至約900 mg、約40 mg至約890 mg、約40 mg至約865 mg、約40 mg至約840 mg、約40 mg至約815 mg、約40 mg至約790 mg、約40 mg至約765 mg、約40 mg至約740 mg、約40 mg至約715 mg、約40 mg至約690 mg、約40 mg至約665 mg、約40 mg至約640 mg、約40 mg至約615 mg、約40 mg至約590 mg、約40 mg至約565 mg、約40 mg至約540 mg、約40 mg至約515 mg、約40 mg至約490 mg、約40 mg至約465 mg、約40 mg至約440 mg、約40 mg至約415 mg、約40 mg至約390 mg、約40 mg至約365 mg、約40 mg至約340 mg、約40 mg至約315 mg、約40 mg至約290 mg、約40 mg至約265 mg、約40 mg至約240 mg、約40 mg至約215 mg、約40 mg至約190 mg、約40 mg至約165 mg、約40 mg至約140 mg、約40 mg至約115 mg、約40 mg至約90 mg、約40 mg至約65 mg、約40 mg至約50 mg、約50 mg至約900 mg、約50 mg至約850 mg、約50 mg至約800 mg、約50 mg至約750 mg、約50 mg至約700 mg、約50 mg至約650 mg、約50 mg至約600 mg、約50 mg至約550 mg、約50 mg至約500 mg、約50 mg至約450 mg、約50 mg至約400 mg、約50 mg至約350 mg、約50 mg至約300 mg、約50 mg至約250 mg、約50 mg至約200 mg、約50 mg至約150 mg、約50 mg至約100 mg、約100 mg至約900 mg、約100 mg至約850 mg、約100 mg至約800 mg、約100 mg至約750 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約650 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約550 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約900 mg、約150 mg至約850 mg、約150 mg至約800 mg、約150 mg至約750 mg、約150 mg至約700 mg、約150 mg至約650 mg、約150 mg至約600 mg、約150 mg至約550 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約450 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約350 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約900 mg、約200 mg至約850 mg、約200 mg至約800 mg、約200 mg至約750 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約650 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約550 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約250 mg至約900 mg、約250 mg至約850 mg、約250 mg至約800 mg、約250 mg至約750 mg、約250 mg至約700 mg、約250 mg至約650 mg、約250 mg至約600 mg、約250 mg至約550 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約900 mg、約300 mg至約850 mg、約300 mg至約800 mg、約300 mg至約750 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約650 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約550 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約900 mg、約350 mg至約850 mg、約350 mg至約800 mg、約350 mg至約750 mg、約350 mg至約700 mg、約350 mg至約650 mg、約350 mg至約600 mg、約350 mg至約550 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg、約400 mg至約900 mg、約400 mg至約850 mg、約400 mg至約800 mg、約400 mg至約750 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約650 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約550 mg、約400 mg至約500 mg、約400 mg至約450 mg、約450 mg至約900 mg、約450 mg至約850 mg、約450 mg至約800 mg、約450 mg至約750 mg、約450 mg至約700 mg、約450 mg至約650 mg、約450 mg至約600 mg、約450 mg至約550 mg、約450 mg至約500 mg、約500 mg至約900 mg、約500 mg至約850 mg、約500 mg至約800 mg、約500 mg至約750 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約650 mg、約500 mg至約600 mg、約500 mg至約550 mg、約550 mg至約900 mg、約550 mg至約850 mg、約550 mg至約800 mg、約550 mg至約750 mg、約550 mg至約700 mg、約550 mg至約650 mg、約550 mg至約600 mg、約600 mg至約900 mg、約600 mg至約850 mg、約600 mg至約800 mg、約600 mg至約750 mg、約600 mg至約700 mg、約600 mg至約650 mg、約650 mg至約900 mg、約650 mg至約850 mg、約650 mg至約800 mg、約650 mg至約750 mg、約650 mg至約700 mg、約700 mg至約900 mg、約700 mg至約850 mg、約700 mg至約800 mg、約700 mg至約750 mg、約750 mg至約900 mg、約750 mg至約850 mg、約750 mg至約800 mg、約800 mg至約900 mg、約800 mg至約850 mg或約850 mg至約900 mg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約40 mg、約50 mg、約100 mg、約150 mg、約200 mg、約250 mg、約300 mg、約350 mg、約400 mg、約450 mg、約500 mg、約550 mg、約600 mg、約650 mg、約700 mg、約750 mg、約800 mg、約850 mg或約900 mg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含法澤利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每3週投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含法澤利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每3週以800 mg投與。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子包含法澤利單抗,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約90分鐘)每3週與抗PD-1抗體分子進一步組合投與。
在一些實施例中,抗KIR抗體分子包含利瑞魯單抗,且根據包含在既定時段內以既定時間間隔週期性投與的既定劑量之給藥方案投與。
劑量可在既定範圍內。舉例而言,劑量可為約0.003-15 mg/kg、約0.003 mg/kg至約14.75 mg/kg、約0.003 mg/kg至約14 mg/kg、約0.003 mg/kg至約13 mg/kg、約0.003 mg/kg至約12 mg/kg、約0.003 mg/kg至約11 mg/kg、約0.003 mg/kg至約10 mg/kg、約0.003 mg/kg至約9 mg/kg、約0.003 mg/kg至約8 mg/kg、約0.003 mg/kg至約7 mg/kg、約0.003 mg/kg至約6 mg/kg、約0.003 mg/kg至約5 mg/kg、約0.003 mg/kg至約4 mg/kg、約0.003 mg/kg至約3 mg/kg、約0.003 mg/kg至約2 mg/kg、約0.003 mg/kg至約1 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.85 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.75 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.7 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.65 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.6 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.55 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.45 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.4 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.35 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.3 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.25 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.2 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.15 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.1 mg/kg、約0.003 mg/kg至約0.05 mg/kg、約0.015 mg/kg至約15 mg/kg、約0.015 mg/kg至約14 mg/kg、約0.015 mg/kg至約13 mg/kg、約0.015 mg/kg至約12 mg/kg、約0.015 mg/kg至約11 mg/kg、約0.015 mg/kg至約10 mg/kg、約0.015 mg/kg至約9 mg/kg、約0.015 mg/kg至約8 mg/kg、約0.015 mg/kg至約7 mg/kg、約0.015 mg/kg至約6 mg/kg、約0.015 mg/kg至約5 mg/kg、約0.015 mg/kg至約4 mg/kg、約0.015 mg/kg至約3 mg/kg、約0.015 mg/kg至約2 mg/kg、約0.015 mg/kg至約1 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.85 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.75 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.7 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.65 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.6 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.55 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.45 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.4 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.35 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.3 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.25 mg/kg、約0.015 mg/kg至約0.2 mg/kg、約0.1 mg/kg至約15 mg/kg、約0.1 mg/kg至約14 mg/kg、約0.1 mg/kg至約13 mg/kg、約0.1 mg/kg至約12 mg/kg、約0.1 mg/kg至約11 mg/kg、約0.1 mg/kg至約10 mg/kg、約0.1 mg/kg至約9 mg/kg、約0.1 mg/kg至約8 mg/kg、約0.1 mg/kg至約7 mg/kg、約0.1 mg/kg至約6 mg/kg、約0.1 mg/kg至約5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約4 mg/kg、約0.1 mg/kg至約3 mg/kg、約0.1 mg/kg至約2 mg/kg、約0.1 mg/kg至約1 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.85 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.75 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.7 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.65 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.6 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.55 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.45 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.4 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.35 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.3 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.25 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.2 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.15 mg/kg、約0.3 mg/kg至約15 mg/kg、約0.3 mg/kg至約14 mg/kg、約0.3 mg/kg至約13 mg/kg、約0.3 mg/kg至約12 mg/kg、約0.3 mg/kg至約11 mg/kg、約0.3 mg/kg至約10 mg/kg、約0.3 mg/kg至約9 mg/kg、約0.3 mg/kg至約8 mg/kg、約0.3 mg/kg至約7 mg/kg、約0.3 mg/kg至約6 mg/kg、約0.3 mg/kg至約5 mg/kg、約0.3 mg/kg至約4 mg/kg、約0.3 mg/kg至約3 mg/kg、約0.3 mg/kg至約2 mg/kg、約0.3 mg/kg至約1 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.85 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.75 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.7 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.65 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.6 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.55 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.45 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.4 mg/kg、約0.8 mg/kg至約15 mg/kg、約0.8 mg/kg至約14 mg/kg、約0.8 mg/kg至約13 mg/kg、約0.8 mg/kg至約12 mg/kg、約0.8 mg/kg至約11 mg/kg、約0.8 mg/kg至約10 mg/kg、約0.8 mg/kg至約9 mg/kg、約0.8 mg/kg至約8 mg/kg、約0.8 mg/kg至約7 mg/kg、約0.8 mg/kg至約6 mg/kg、約0.8 mg/kg至約5 mg/kg、約0.8 mg/kg至約4 mg/kg、約0.8 mg/kg至約3 mg/kg、約0.8 mg/kg至約2 mg/kg、約0.8 mg/kg至約1 mg/kg、約0.8 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.8 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.8 mg/kg至約0.85 mg/kg、約1 mg/kg至約15 mg/kg、約1 mg/kg至約14 mg/kg、約1 mg/kg至約13 mg/kg、約1 mg/kg至約12 mg/kg、約1 mg/kg至約11 mg/kg、約1 mg/kg至約10 mg/kg、約1 mg/kg至約9 mg/kg、約1 mg/kg至約8 mg/kg、約1 mg/kg至約7 mg/kg、約1 mg/kg至約6 mg/kg、約1 mg/kg至約5 mg/kg、約1 mg/kg至約4 mg/kg、約1 mg/kg至約3 mg/kg、約1 mg/kg至約2 mg/kg、約5 mg/kg至約15 mg/kg、約5 mg/kg至約14 mg/kg、約5 mg/kg至約13 mg/kg、約5 mg/kg至約12 mg/kg、約5 mg/kg至約11 mg/kg、約5 mg/kg至約10 mg/kg、約5 mg/kg至約9 mg/kg、約5 mg/kg至約8 mg/kg、約5 mg/kg至約7 mg/kg、約5 mg/kg至約6 mg/kg、約8 mg/kg至約15 mg/kg、約8 mg/kg至約14 mg/kg、約8 mg/kg至約13 mg/kg、約8 mg/kg至約12 mg/kg、約8 mg/kg至約11 mg/kg、約8 mg/kg至約10 mg/kg、約8 mg/kg至約9 mg/kg、約12 mg/kg至約15 mg/kg、約12 mg/kg至約14 mg/kg或約12 mg/kg至約13 mg/kg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約0.003 mg/kg、約0.01 mg/kg、約0.05 mg/kg、約0.1 mg/kg、約0.5 mg/kg、約1 mg/kg、約1.5 mg/kg、約2 mg/kg、約2.5 mg/kg、約3 mg/kg、約3.5 mg/kg、約4 mg/kg、約4.5 mg/kg、約5 mg/kg、約5.5 mg/kg、約6 mg/kg、約6.5 mg/kg、約7 mg/kg、約7.5 mg/kg、約8 mg/kg、約8.5 mg/kg、約9 mg/kg、約9.5 mg/kg、約10 mg/kg、約10.5 mg/kg、約11 mg/kg、約11.5 mg/kg、約12 mg/kg、約12.5 mg/kg、約13 mg/kg、約13.5 mg/kg或約14 mg/kg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以如下劑量投與:約0.1 mg/kg至約15 mg/kg、約0.1 mg/kg至約14.75 mg/kg、約0.1 mg/kg至約14 mg/kg、約0.1 mg/kg至約13 mg/kg、約0.1 mg/kg至約12 mg/kg、約0.1 mg/kg至約11 mg/kg、約0.1 mg/kg至約10 mg/kg、約0.1 mg/kg至約9 mg/kg、約0.1 mg/kg至約8 mg/kg、約0.1 mg/kg至約7 mg/kg、約0.1 mg/kg至約6 mg/kg、約0.1 mg/kg至約5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約4 mg/kg、約0.1 mg/kg至約3 mg/kg、約0.1 mg/kg至約2 mg/kg、約0.1 mg/kg至約1 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.85 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.75 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.7 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.65 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.6 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.55 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.45 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.4 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.35 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.3 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.25 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.2 mg/kg、約0.1 mg/kg至約0.15 mg/kg、約0.3 mg/kg至約15 mg/kg、約0.3 mg/kg至約14 mg/kg、約0.3 mg/kg至約13 mg/kg、約0.3 mg/kg至約12 mg/kg、約0.3 mg/kg至約11 mg/kg、約0.3 mg/kg至約10 mg/kg、約0.3 mg/kg至約9 mg/kg、約0.3 mg/kg至約8 mg/kg、約0.3 mg/kg至約7 mg/kg、約0.3 mg/kg至約6 mg/kg、約0.3 mg/kg至約5 mg/kg、約0.3 mg/kg至約4 mg/kg、約0.3 mg/kg至約3 mg/kg、約0.3 mg/kg至約2 mg/kg、約0.3 mg/kg至約1 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.85 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.8 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.75 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.7 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.65 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.6 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.55 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.5 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.45 mg/kg、約0.3 mg/kg至約0.4 mg/kg、約0.8 mg/kg至約15 mg/kg、約0.8 mg/kg至約14 mg/kg、約0.8 mg/kg至約13 mg/kg、約0.8 mg/kg至約12 mg/kg、約0.8 mg/kg至約11 mg/kg、約0.8 mg/kg至約10 mg/kg、約0.8 mg/kg至約9 mg/kg、約0.8 mg/kg至約8 mg/kg、約0.8 mg/kg至約7 mg/kg、約0.8 mg/kg至約6 mg/kg、約0.8 mg/kg至約5 mg/kg、約0.8 mg/kg至約4 mg/kg、約0.8 mg/kg至約3 mg/kg、約0.8 mg/kg至約2 mg/kg、約0.8 mg/kg至約1 mg/kg、約0.8 mg/kg至約0.95 mg/kg、約0.8 mg/kg至約0.9 mg/kg、約0.8 mg/kg至約0.85 mg/kg、約1 mg/kg至約15 mg/kg、約1 mg/kg至約14 mg/kg、約1 mg/kg至約13 mg/kg、約1 mg/kg至約12 mg/kg、約1 mg/kg至約11 mg/kg、約1 mg/kg至約10 mg/kg、約1 mg/kg至約9 mg/kg、約1 mg/kg至約8 mg/kg、約1 mg/kg至約7 mg/kg、約1 mg/kg至約6 mg/kg、約1 mg/kg至約5 mg/kg、約1 mg/kg至約4 mg/kg、約1 mg/kg至約3 mg/kg、約1 mg/kg至約2 mg/kg、約5 mg/kg至約15 mg/kg、約5 mg/kg至約14 mg/kg、約5 mg/kg至約13 mg/kg、約5 mg/kg至約12 mg/kg、約5 mg/kg至約11 mg/kg、約5 mg/kg至約10 mg/kg、約5 mg/kg至約9 mg/kg、約5 mg/kg至約8 mg/kg、約5 mg/kg至約7 mg/kg、約5 mg/kg至約6 mg/kg、約8 mg/kg至約15 mg/kg、約8 mg/kg至約14 mg/kg、約8 mg/kg至約13 mg/kg、約8 mg/kg至約12 mg/kg、約8 mg/kg至約11 mg/kg、約8 mg/kg至約10 mg/kg、約8 mg/kg至約9 mg/kg、約12 mg/kg至約15 mg/kg、約12 mg/kg至約14 mg/kg或約12 mg/kg至約13 mg/kg或約1 mg至約700 mg、約1 mg至約690 mg、約1 mg至約650 mg、約1 mg至約600 mg、約1 mg至約550 mg、約1 mg至約500 mg、約1 mg至約450 mg、約1 mg至約400 mg、約1 mg至約350 mg、約1 mg至約300 mg、約1 mg至約250 mg、約1 mg至約200 mg、約1 mg至約150 mg、約1 mg至約100 mg、約1 mg至約50 mg、約1 mg至約25 mg、約15 mg至約700 mg、約15 mg至約650 mg、約15 mg至約600 mg、約15 mg至約550 mg、約15 mg至約500 mg、約15 mg至約450 mg、約15 mg至約400 mg、約15 mg至約350 mg、約15 mg至約300 mg、約15 mg至約250 mg、約15 mg至約200 mg、約15 mg至約150 mg、約15 mg至約100 mg、約15 mg至約50 mg、約50 mg至約0 mg、約50 mg至約700 mg、約50 mg至約650 mg、約50 mg至約600 mg、約50 mg至約550 mg、約50 mg至約500 mg、約50 mg至約450 mg、約50 mg至約400 mg、約50 mg至約350 mg、約50 mg至約300 mg、約50 mg至約250 mg、約50 mg至約200 mg、約50 mg至約150 mg、約50 mg至約100 mg、約100 mg至約700 mg、約100 mg至約650 mg、約100 mg至約600 mg、約100 mg至約550 mg、約100 mg至約500 mg、約100 mg至約450 mg、約100 mg至約400 mg、約100 mg至約350 mg、約100 mg至約300 mg、約100 mg至約250 mg、約100 mg至約200 mg、約100 mg至約150 mg、約150 mg至約700 mg、約150 mg至約650 mg、約150 mg至約600 mg、約150 mg至約550 mg、約150 mg至約500 mg、約150 mg至約450 mg、約150 mg至約400 mg、約150 mg至約350 mg、約150 mg至約300 mg、約150 mg至約250 mg、約150 mg至約200 mg、約200 mg至約700 mg、約200 mg至約650 mg、約200 mg至約600 mg、約200 mg至約550 mg、約200 mg至約500 mg、約200 mg至約450 mg、約200 mg至約400 mg、約200 mg至約350 mg、約200 mg至約300 mg、約200 mg至約250 mg、約250 mg至約700 mg、約250 mg至約650 mg、約250 mg至約600 mg、約250 mg至約550 mg、約250 mg至約500 mg、約250 mg至約450 mg、約250 mg至約400 mg、約250 mg至約350 mg、約250 mg至約300 mg、約300 mg至約700 mg、約300 mg至約650 mg、約300 mg至約600 mg、約300 mg至約550 mg、約300 mg至約500 mg、約300 mg至約450 mg、約300 mg至約400 mg、約300 mg至約350 mg、約350 mg至約700 mg、約350 mg至約650 mg、約350 mg至約600 mg、約350 mg至約550 mg、約350 mg至約500 mg、約350 mg至約450 mg、約350 mg至約400 mg、約400 mg至約700 mg、約400 mg至約650 mg、約400 mg至約600 mg、約400 mg至約550 mg、約400 mg至約500 mg、約400 mg至約450 mg、約450 mg至約700 mg、約450 mg至約650 mg、約450 mg至約600 mg、約450 mg至約550 mg、約450 mg至約500 mg、約500 mg至約700 mg、約500 mg至約650 mg、約500 mg至約600 mg、約500 mg至約550 mg、約550 mg至約700 mg、約550 mg至約650 mg、約550 mg至約600 mg、約600 mg至約700 mg、約600 mg至約650 mg或約650 mg至約700 mg。
劑量可為既定值。舉例而言,劑量可為約0.1 mg/kg、約0.5 mg/kg、約1 mg/kg、約1.5 mg/kg、約2 mg/kg、約2.5 mg/kg、約3 mg/kg、約3.5 mg/kg、約4 mg/kg、約4.5 mg/kg、約5 mg/kg、約5.5 mg/kg、約6 mg/kg、約6.5 mg/kg、約7 mg/kg、約7.5 mg/kg、約8 mg/kg、約8.5 mg/kg、約9 mg/kg、約9.5 mg/kg、約10 mg/kg、約10.5 mg/kg、約11 mg/kg、約11.5 mg/kg、約12 mg/kg、約12.5 mg/kg、約13 mg/kg、約13.5 mg/kg或約14 mg/kg或約1 mg、約5 mg、約10 mg、約20 mg、約30 mg、約40 mg、約50 mg、約100 mg、約150 mg、約200 mg、約250 mg、約300 mg、約350 mg、約400 mg、約450 mg、約500 mg、約550 mg、約600 mg、約650 mg、約700 mg。
劑量可投與既定給藥時段(例如投與單次輸注所花費之時間長度)。舉例而言,給藥時段可為約5分鐘、約10分鐘、約15分鐘、約20分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約60分鐘、約75分鐘、約90分鐘、約2小時、約2.5小時、約3小時、約4小時或約6小時。
多次劑量可以既定的時間間隔投與。舉例而言,各劑量之間的時間間隔可為約1天、約2天、約3天、約5天、約7天、約10天、約2週、約3週、約4週、約5週、約6週、約8週、約10週或約12週。
在一些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘)投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以0.3 mg/kg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以1 mg/kg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以3 mg/kg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以10 mg/kg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以10 mg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以20 mg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以70 mg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以200 mg投與。在某些實施例中,抗BTLA抗體分子包含TAB004,且以靜脈內輸注形式(例如歷經約30分鐘至約60分鐘) (例如每2、3、4、5或6週)以500 mg投與。
在一些實施例中,將在各劑量之表現抑制子之前(例如在開始輸注之前)向個體投與前驅用藥。在某些實施例中,前驅用藥在開始輸注之前至少60分鐘提供。在一些實施例中,前驅用藥係選自以下中之一或多者:口服乙醯胺苯酚(例如500 mg)、靜脈內H1阻斷劑(例如苯海拉明50 mg或等效物)及靜脈內皮質類固醇(例如地塞米松(dexamethasone) 10 mg或等效物)。在一些實施例中,靜脈內皮質類固醇(例如地塞米松10 mg或等效物)在開始輸注之前至少60分鐘提供。
在一些實施例中,本文所描述之治療方法包含對個體之腫瘤成像。在一些實施例中,進行例如利用對比或磁共振成像(MRI)之電腦斷層攝影(CT)掃描以對個體腫瘤成像。CT掃描可例如每6週(±1週)或每3個月(±3週)進行。在一些實施例中,個體反應對於HCC根據改良實體腫瘤反應評估準則(mRECIST)或對於非HCC實體腫瘤藉由RECIST 1.1加以評估。在一些實施例中,基於相隔至少4週進行的2個腫瘤成像評估,認為個體達成完全反應(CR)。
在一些實施例中,本文所描述之治療方法包含確定不良事件(包括SAE)之發生率或嚴重程度、實驗室異常、心電圖(ECG)變化、細胞介素、C反應蛋白(CRP)及補體。在一些實施例中,本文所描述之治療方法包含收集血漿樣品、血液樣品或腫瘤活檢樣品。
根據本發明之醫藥組合物可以治療有效量進行遞送。精確的治療有效量為就治療功效而言將在指定個體中產生最有效結果之組合物的量。此量將視多種因素而變化,該等因素包括但不限於治療性化合物之特徵(包括活性、藥物動力學、藥效學及生物可用性)、個體之生理狀況(包括年齡、性別、疾病類型及階段、一般身體狀況、對給定劑量之反應性及藥品類型)、調配物中之一或多種醫藥學上可接受之載劑的性質及/或投與途徑。
在一些態樣中,本發明提供遞送治療劑的方法,其包含向個體投與如本文所描述之組合物,其中調節劑為治療劑且/或其中相對於治療劑不存在下的基因表現,治療劑的遞送引起基因表現發生變化。
如本文之各種實施例中所提供之方法可用於本文所描述之任一些態樣中。在一些實施例中,一或多種組合物靶向特定細胞或一或多種特定組織。
舉例而言,在一些實施例中,一或多種組合物靶向肝、上皮、結締組織、肌肉、生殖及/或神經組織或細胞。在一些實施例中,組合物靶向以下之細胞或組織:特定器官系統,例如心血管系統(心臟、血管結構);消化系統(食道、胃、肝臟、膽囊、胰臟、腸、結腸、直腸及肛門);內分泌系統(下視丘、腦垂腺、松果體或松果體腺、甲狀腺、副甲狀腺、腎上腺);排泄系統(腎臟、輸尿管、膀胱);淋巴系統(淋巴、淋巴結、淋巴管、扁桃體、腺樣體、胸腺、脾臟);表皮系統(皮膚、毛髮、指甲);肌肉系統(例如骨骼肌);神經系統(腦、脊髓、神經);生殖系統(卵巢、子宮、乳腺、睪丸、輸精管、儲精囊、前列腺);呼吸系統(咽、喉、氣管、支氣管、肺、膈膜);骨骼系統(骨、軟骨);及/或其組合。
在一些實施例中,本發明之組合物穿越血腦障壁、胎盤膜或血液-睪丸障壁。
在一些實施例中,如本文所提供的醫藥組合物係全身性投與。
在一些實施例中,投藥不為非經腸的且治療劑為非經腸治療劑。
本文所提供之方法及組合物可包含藉由足以緩解疾病、病症及/或病狀之症狀的方案投與的醫藥組合物。在一些態樣中,本發明提供藉由投與如本文所描述之組合物來遞送治療劑的方法。
本發明之醫藥用途可包括如本文所描述之組合物(例如調節劑,例如破壞劑)。
在一些實施例中,相較於單獨的活性劑,本發明之醫藥組合物具有改良之PK/PD,例如提高之藥物動力學或藥效學,諸如改良之靶向、吸收或運輸(例如改良至少5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、75%、80%、90%或更高百分比)。在一些實施例中,相較於單獨的治療劑,醫藥組合物具有減少的非所需作用,諸如減少的向非目標位置之擴散、脫靶活性或有毒代謝(例如相較於單獨的活性劑,減少至少5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、75%、80%、90%或更高百分比)。在一些實施例中,相較於單獨的活性劑,組合物增加治療劑之功效及/或減少治療劑之毒性(例如至少5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%、75%、80%、90%或更高百分比)。
所調配的本文所描述之醫藥組合物可例如包括載劑,諸如醫藥載劑及/或聚合載劑,例如奈米粒子、脂質體或囊泡,且藉由已知方法遞送至有需要個體(例如人類或非人類農畜或家畜,例如牛、犬、貓、馬、禽)。此類方法包括轉染(例如脂質介導之轉染、陽離子型聚合物、磷酸鈣);電穿孔或膜破壞(例如核轉染)及病毒遞送(例如慢病毒、反轉錄病毒、腺病毒、AAV)之其他方法。遞送方法亦描述於例如Gori等人,Delivery and Specificity of CRISPR/Cas9 Genome Editing Technologies for Human Gene Therapy. Human Gene Therapy. 2015年7月, 26(7): 443-451. Doi:10.1089/hum.2015.074;及Zuris等人Cationic lipid-mediated delivery of proteins enables efficient protein-based genome editing in vitro and in vivo. Nat Biotechnol. 2014年10月30日;33(1):73-80中。
脂質奈米粒子  如本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統可使用包括粒子的任何生物學遞送系統/調配物(例如奈米粒子遞送系統)遞送。奈米粒子包括尺寸(例如直徑)大小在約1與約1000奈米之間、約1與約500奈米之間、約1與約100 nm之間、約30 nm與約200 nm之間、約50 nm與約300 nm之間、約75 nm與約200 nm之間、約100 nm與約200 nm之間及其間任何範圍之間之粒子。奈米粒子具有奈米級尺寸之複合結構。在一些實施例中,奈米粒子通常為球形的,但取決於奈米粒子組合物,不同形態為可能的。與奈米粒子外部環境接觸的奈米粒子部分通常鑑別為奈米粒子之表面。在一些實施例中,奈米粒子具有25 nm與200 nm之間的最大尺寸範圍。如本文所描述之奈米粒子包含可以任何形式提供的遞送系統,包括但不限於固體、半固體、乳液或膠態奈米粒子。奈米粒子遞送系統可包括但不限於基於脂質之系統、脂質體、微胞、小胞、胞外體或基因槍。在一個實施例中,奈米粒子為脂質奈米粒子(LNP)。在一些實施例中,LNP為包含複數個脂質分子之粒子,該等脂質分子彼此藉由分子間力以實體方式結合。
在一些實施例中,LNP可包含多種組分,例如3至4種組分。在一個實施例中,表現抑制子或包含該表現抑制子的醫藥組合物(或編碼其的核酸,或包含該表現抑制子核酸的醫藥組合物)囊封於LNP中。在一個實施例中,表現抑制系統或包含該表現抑制系統(或編碼其之核酸,或包含該表現抑制系統核酸之醫藥組合物)的醫藥組合物囊封於LNP中。在一些實施例中,編碼第一表現抑制子的核酸與編碼第二表現抑制子的核酸存在於同一LNP中。在一些實施例中,編碼第一表現抑制子的核酸與編碼第二表現抑制子的核酸存在於不同LNP中。可根據Rosin等人,Molecular Therapy, 第19卷, 第12期, 第1286-2200頁, 2011年12月)使用及/或調適LNP製備及調節劑囊封。在一些實施例中,本文所揭示之脂質奈米粒子組合物可用於mRNA所編碼之蛋白質的表現。在一些實施例中,核酸當存在於脂質奈米粒子中時,在水溶液中抵抗核酸酶的降解作用。
在一些實施例中,LNP調配物可包括CCD脂質、中性脂質及/或輔助脂質。在一些實施例中,LNP調配物包含可離子化脂質。在一些實施例中,可離子化脂質可為陽離子脂質、可離子化陽離子脂質,或可容易質子化的含胺脂質。在一些實施例中,脂質為陽離子脂質,視pH而定,其可以帶正電或中性形式存在。在一些實施例中,陽離子脂質為能夠在例如生理條件下帶正電之脂質。在一些實施例中,脂質粒子包含陽離子脂質與以下中之一或多者的調配物:中性脂質、可離子化含胺脂質、可生物降解的炔烴脂質、類固醇、包括多元不飽和脂質之磷脂、結構性脂質(例如固醇)、PEG、膽固醇及聚合物結合脂質。
在一些實施例中,LNP調配物(例如MC3及/或SSOP)包括膽固醇、PEG及/或輔助脂質。LNP可為例如在一些實施例中實質上呈球形的微球體(包括單層及多層囊泡、層狀相脂質雙層)。
在一些實施例中,LNP可包含水性核心,例如包含編碼如本文所揭示之表現抑制子或系統的核酸。在本發明之一些實施例中,LNP調配物之運載物包括至少一種嚮導RNA。在一些實施例中,運載物(例如編碼如本文所揭示之表現抑制子或系統的核酸)可吸附至LNP (例如包含陽離子脂質的LNP)的表面。在一些實施例中,運載物(例如編碼如本文所揭示之表現抑制子或系統的核酸)可與LNP結合。在一些實施例中,運載物(例如編碼如本文所揭示之表現抑制子或系統的核酸)可囊封(例如完全地囊封及/或部分地囊封)於LNP中。
在一些實施例中,包含運載物的LNP可針對全身遞送來投與,例如遞送治療有效劑量的運載物,從而可使得活性劑在生物體內廣泛暴露。脂質奈米粒子的全身遞送可藉由此項技術中已知的任何方式達成,包括例如靜脈內、動脈內、皮下及腹膜內遞送。在一些實施例中,脂質奈米粒子的全身遞送係藉由靜脈內遞送達成。在一些實施例中,包含運載物的LNP可針對局部遞送來投與,例如將活性劑直接遞送至生物體內的目標部位。在一些實施例中,LNP可局部遞送至疾病部位(例如腫瘤)、其他目標部位(例如發炎部位),或遞送至目標器官,例如肝臟、肺、胃、結腸、胰臟、子宮、乳房、淋巴結及其類似器官。在一些實施例中,如本文所揭示之LNP可局部遞送至特定細胞,例如肝細胞、星形細胞、庫弗細胞(Kupffer cell)、內皮細胞、肺泡細胞及/或上皮細胞。在一些實施例中,如本文所揭示之LNP可局部遞送至特定腫瘤部位,例如皮下、正位。
LNP可作為分散相調配於乳液、微胞中,或作為內相調配於懸浮液中。在一些實施例中,LNP為可生物降解的。在一些實施例中,LNP在治療有效劑量下、在活體內不能累積至細胞毒性含量或產生毒性。在一些實施例中,LNP在治療有效劑量下重複投與之後,在活體內不能累積至細胞毒性含量或產生毒性。在一些實施例中,LNP在治療有效劑量下不產生導致實質性副作用的先天性免疫反應。
在一些實施例中,所用LNP包含式4-(二甲胺基)丁酸(6Z,9Z,28Z,31Z)-三十七碳-6,9,28,31-四烯-19-基酯或ssPalmO-苯基-P4C2 (ssPalmO-Phe,SS-OP)。在一些實施例中,LNP調配物包含式4-(二甲胺基)丁酸(6Z,9Z,28Z,31Z)-三十七碳-6,9,28,31-四烯-19-基酯(MC3)、1,2-二油醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DOPC)、膽固醇、1,2-二肉豆蔻醯基-rac-甘油基-3-甲氧基聚乙二醇-2000 (PEG2k-DMG),例如MC3 LNP或ssPalmO-苯基-P4C2 (ssPalmO-Phe,SS-OP)、1,2-二油醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DOPC)、膽固醇、1,2-二肉豆蔻醯基-rac-甘油基-3-甲氧基聚乙二醇-2000 (PEG2k-DMG),例如SSOP-LNP。
脂質體為球狀囊泡結構,其由包圍內部水性隔室之單層或多層脂質雙層及相對不可滲透之外部親脂性磷脂雙層構成。脂質體可為陰離子、中性或陽離子型。脂質體為生物相容性的,無毒性,可遞送親水性及親脂性藥物分子,保護其運載物免被血漿酶降解,且跨越生物膜及血腦障壁(BBB)轉運其載荷(關於評述,參見例如Spuch及Navarro, Journal of Drug Delivery, 第2011卷, 文章ID 469679, 第12頁, 2011. Doi:10.1155/2011/469679)。
囊泡可由若干種不同類型的脂質製成;然而,磷脂最常用於產生脂質體作為藥物載劑。囊泡可包含但不限於DOTMA、DOTAP、DOTIM、DDAB,其單獨或連同膽固醇一起產生DOTMA及膽固醇、DOTAP及膽固醇、DOTIM及膽固醇以及DDAB及膽固醇。用於製備多層囊泡脂質之方法係此項技術中已知的(參見例如美國專利第6,693,086號,其關於多層囊泡脂質製備之教示內容以引用的方式併入本文中)。雖然當脂質膜與水性溶液混合時,囊泡形成可為自發的,但其亦可藉由使用均質機、超音波發生器或擠出設備以振盪形式施加力來加快(關於綜述,參見例如Spuch及Navarro, Journal of Drug Delivery, 第2011卷, 文章ID 469679, 第12頁, 2011. Doi:10.1155/2011/469679)。擠出之脂質可藉由經大小遞減之過濾器擠出來製備,如Templeton等人,Nature Biotech, 15:647-652, 1997中所述,該文獻中關於擠出脂質製備之教示內容以引用的方式併入本文中。
本文所提供之方法及組合物可包含藉由足以緩解疾病、病症及/或病狀之症狀的方案投與的醫藥組合物。在一些態樣中,本發明提供藉由投與如本文所描述之組合物來遞送治療劑的方法。
用途  本發明進一步關於本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統之用途。此外,在一些實施例中,所提供的此類技術可用於達成例如細胞中之目標基因(例如MYC)表現的調節,例如抑制,例如能夠控制目標基因,例如控制MYC活性、遞送及基因表現頻率。在一些實施例中,細胞為哺乳動物(例如人類)細胞。在一些實施例中,細胞為體細胞。在一些實施例中,細胞為初代細胞。舉例而言,在一些實施例中,細胞為哺乳動物體細胞。在一些實施例中,哺乳動物體細胞為初代細胞。在一些實施例中,哺乳動物體細胞為非胚胎細胞。
在一些實施例中,本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統可用於治療有需要個體之癌症。在一些實施例中,癌症為肝細胞癌(HCC)、纖維板層肝細胞癌(FHCC)、膽管癌、血管肉瘤、繼發性肝癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、腺癌、小細胞肺癌(SCLC)、大細胞(未分化)癌瘤、三陰性乳癌、胃腺癌、子宮內膜癌或胰臟癌。在一些實施例中,癌症為轉移性、晚期的(已知與MYC致癌基因相關之不可切除或復發性實體腫瘤類型(例如包括但不限於肝細胞癌(HCC)、膀胱癌、肺癌、胰臟癌、卵巢癌、子宮癌、子宮內膜癌、胃癌、食道癌、肝膽癌、結腸直腸癌及神經母細胞瘤),該癌症已在標準照護療法下進展、在其後復發、難以用其治療或對其不耐受,或不存在替代治療。
在一些實施例中,患有癌症(例如本文所描述之癌症)之個體已在至少1種先前全身性療法下進展、在其後復發、難以用其治療或對其不耐受。在某些實施例中,個體不存在可用標準照護療法。
在某些實施例中,個體具有至少1個根據RECIST 1.1之可量測病變。
在一些實施例中,個體包含0或1之東部腫瘤協作組(Eastern Cooperative Oncology Group,ECOG)活動狀態,其中0級=活動能力完全正常,能夠毫無限制地從事所有疾病前行為;1級=劇烈的體力活動受限制,但能走動,且能夠從事輕型或久坐性質之工作,例如輕體力家務或辦公室工作;2級=能走動且能夠完全自理,但無法從事任何工作活動,及/或超過50%之清醒時間能起床走動;3級=僅能有限地自理,及/或超過50%之清醒時間受限於床或椅;4級=完全失能,及/或無法進行任何自理,及/或完全受限於床或椅;5級=死亡。
在一些實施例中,個體之預測壽命預期小於3個月(例如小於2個月、小於1個月、小於25天、小於20天、小於10天)。
在一些實施例中,個體在至少28天內未接受化學療法或免疫療法、進行手術或接受局部療法(TACE、TAE、HAI、放射、放射栓塞或消融)。在某些實施例中,個體已自與先前治療相關之任何毒性恢復。在一些實施例中,個體已自與先前療法相關的任何毒性恢復至≤1級或基線。
在某些實施例中,個體患有或已鑑別為患有慢性B型肝炎,且必須已接受針對B型肝炎病毒(HBV)之抗病毒療法持續至少12週,且HBV病毒負荷必須在研究藥物之第一次給藥之前<500 IU/mL。在一些實施例中,病毒負荷<500 IU/mL之進行積極HBV療法之個體將在整個治療中繼續利用相同療法。
在一些實施例中,患有或鑑別為患有C型肝炎病毒(HCV)之個體未接受抗C型肝炎療法。在某些實施例中,患有或鑑別為患有HCV之個體已接受抗C型肝炎療法,但未實現血清轉化。
在某些實施例中,患有或鑑別為患有HBV/HCV共感染之個體必須滿足B型肝炎之治療及病毒負荷要求(例如必須已接受針對B型肝炎病毒(HBV)之抗病毒療法持續至少12週,且HBV病毒負荷必須在研究藥物之第一次給藥之前<500 IU/mL)。
在一些實施例中,個體具有充分器官功能。在一些實施例中,充分器官功能包括但不限於: a.   絕對嗜中性球計數(ANC) ≥ 1500/mm3; b.  在研究藥物之第一次給藥7天內無輸血或紅血球生成素下,血紅素≥ 8.5 g/dL; c.   無輸血下,血小板計數≥ 75,000/mm3; d.  總膽紅素≤ 1.5 mg/dL及/或≤ 2.0 mg/dL; e.   AST及ALT ≤ 3 × ULN及/或≤ 5 ×ULN; f.   國際標準化比值(INR)≤1.5; g.  按照改良膳食腎病(MDRD)方程式(例如GFR (mL/min/1.73 m2) = 175 × (Scr)-1.154 × (年齡)-0.203 × (若女性,0.742) × (若非裔美國黑人,1.212) (Levey等人A new equation to estimate glomerular filtration rate, Ann Intern Med, 150: 604-12 (2009))),估算腎小球濾過率(eGFR) ≥ 30 mL/min/1.73 m2。
在一些實施例中,個體患有HCC。在某些實施例中,HCC已以放射照相、組織學或細胞學方式確認。在一些實施例中,HCC為BCLC B期(中間狀態)或C期(晚期),例如不適合於局部療法、難以用局部療法治療及/或不適合於治癒性治療之BCLC B期或C期癌症。在某些實施例中,個體患有神經營養性酪胺酸受體激酶(NTRK)融合陽性的HCC。在一些實施例中,患有NTRK-HCC之個體已在NTRK導向療法下進展、在其後復發、難以用其治療或對其不耐受。在某些實施例中,個體患有肝硬化(例如潛在肝硬化)。在一些實施例中,肝硬化(例如潛在肝硬化)得到良好補償(例如C-P A類:評分5-6)。在某些實施例中,個體無肝性腦病跡象(例如在投與表現抑制子或表現抑制系統7天內確認)。
在一些實施例中,個體已接受HCC之至少一種但不超過3種先前全身性療法,無可用的後續標準照護療法。在某些實施例中,個體已知為NTRK融合陽性。
在一些實施例中,個體具有在正常限度內之總三碘甲狀腺素(T3)或游離T3及游離甲狀腺素(T4)。在一些實施例中,個體患有經甲狀腺替代療法良好控制之預先存在的甲狀腺低能症。
在一些實施例中,個體不患有一或多種排除個體使用本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統治療的病狀。在某一實施例中,個體不具有中樞神經系統(CNS)轉移或癌性腦膜炎之病史。在某些實施例中,個體不具有CNS轉移或癌性腦膜炎之病史。在某些實施例中,個體具有CNS轉移或癌性腦膜炎病史且已完成局部療法,且在投與本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統之前至少4週(例如至少4週、至少5週、至少6週或更多)中止使用皮質類固醇。在一些實施例中,個體在最近3年內(例如,在最近2.5年內、在最近2年內、在最近1.5年內、在最近1年內或在最近0.5年內)不具有其他惡性病的病史。
在一些實施例中,個體不具有非黑色素瘤皮膚癌(鱗狀或基底細胞)、乳或子宮頸原位癌之病史。在一些實施例中,個體具有已得到充分治療的非黑色素瘤皮膚癌(鱗狀或基底細胞)、乳或子宮頸原位癌之病史。
在一些實施例中,個體正在接受針對此前治療之非HCC癌症的抗癌激素療法。
在某些實施例中,個體在投與第一劑量之本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統之前14天內不患有需要全身性療法之活動性未得到控制的細菌、病毒或真菌感染,或活動性COVID-19感染。在某些實施例中,個體在投與第一劑量之本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統之前14天內SARS-CoV2測試未呈陽性。
在一些實施例中,個體不具有或尚未鑑別為具有人類免疫缺乏病毒(HIV)。在某些實施例中,個體不具有先前實體器官移植之病史。在某些實施例中,個體不具有造血幹細胞移植(HSCT)之病史。
在某些實施例中,個體不具有在過去6個月內>II類紐約心臟協會(New York Heart Association,NYHA)之充血性心臟衰竭、活動性冠狀動脈疾病(心肌梗塞、不穩定絞痛症、冠狀動脈繞道移植[CABG]或經皮管內冠狀血管成形術[PTCA])、需要治療之心室心律不整、未得到控制的高血壓(收縮血壓>160 mmHg及/或舒張血壓>100 mmHg)之病史或高血壓危象病史。在某些實施例中,個體不具有>450 ms (男性)或>470 ms (女性)之QTc間期。在某些實施例中,個體具有≤450 ms (男性)或≤470 ms (女性)之QTc間期。
在某些實施例中,個體尚未接受先前的靶向MYC之療法(例如MYC啟動子溴域抑制劑、MYC mRNA降解療法、MC蛋白酶體降解靶向療法,及特異性抑制MYC之轉錄、轉譯或生物合成之療法)。
在某些實施例中,個體患有或鑑別為患有HCC,且個體不患有/具有或已鑑別為不患有/具有a)混合組織學膽管癌及HCC或纖維板層變異體HCC;b)具有以下中之一或多者(例如一者、兩者或全部)之成像發現:i) ≥50%肝佔據率之肝細胞癌,ii)清晰膽管內侵襲,iii) Vp4門靜脈侵襲(例如涉及門靜脈之主幹的血栓);c)體檢時臨床上明顯的腹水;d)在過去3個月內需要放液穿刺術之腹水病史;e)在過去3個月內之食道或胃靜脈曲張出血;f)在過去3個月內的肝性腦病病史。在某些實施例中,個體不接受或服用利福昔明(rifaximin)或乳酮糖以控制肝性腦病。
在一些實施例中,個體在投與第一劑量之本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統30天內未接受活毒疫苗。在一些實施例中,個體在投與第一劑量之本文所描述之表現抑制子或表現抑制系統14天內未接受mRNA疫苗。
在一些實施例中,個體先前未接受免疫療法,包括抗PD-1抗體分子或抗PD-L1抗體分子。
在某些實施例中,個體不患有需要全身性治療之活動性自體免疫疾病。在某些實施例中,患有或鑑別為患有需要替代療法之自體免疫甲狀腺低能症、糖尿病、垂體或腎上腺機能不全的個體可入選。
在一些實施例中,個體不具有導致療法中止之對單株抗體之過敏反應/過敏性之病史。
在某些實施例中,接受本文所描述之療法之個體不經歷以下中之一或多者: i)    任何5級血液學不良事件(AE); ii)   ≥7天之4級嗜中性球減少症及血小板減少症; iii)  持續超過48小時之3級+發熱性嗜中性球減少症;或 iv)   與需要輸血之出血/失血相關的3級+血小板減少症。
在一些實施例中,接受本文所描述之療法之個體不經歷以下中之一或多者: i)    在提供局部療法後7天內不改善至1級或需要全身性治療之2級眼痛或視力降低; ii)   在提供皮質類固醇後7天內不改善至1級的2級肺炎; iii)  2級心肌炎; iv)   任何4級或5級非血液學AE; v)    持續>72小時之3級非實驗室值毒性(不包括由醫療干預控制之噁心、嘔吐、腹瀉及/或皮膚毒性、疲乏、發熱或發冷); vi)   未藉由藥品控制之3級高血壓; vii)   2級胃腸(GI)道穿孔; viii)  需要手術干預之3級創傷開裂; ix)    3級血栓栓塞事件; x)     需要醫療干預或住院之任何3級非血液學實驗室值; xi)    天冬胺酸轉胺酶(AST)/丙胺酸轉胺酶(ALT) > 10 ×正常上限(ULN);或 xii)   3級肝衰竭。
在一些實施例中,接受本文所描述之療法之個體接受以下中之一或多者:1)開始療法之前的腫瘤評估;2)每6週(±1週),例如第一年;及3)每3個月(±3週),例如開始治療之後1年開始,直至疾病進展。
在某些實施例中,針對療法之PK/PD,例如藥物動力學或藥效學,分析接受或預期接受本文所描述之療法的個體。在一些實施例中,個體之基線AFP含量<400 ng/mL。在某些實施例中,個體之基線AFP含量≥400 ng/mL。
在一些實施例中,接受或預期接受本文中所描述之療法的個體患有或鑑別為患有由HBV引起之HCC。在一些實施例中,接受或預期接受本文中所描述之療法的個體患有或鑑別為患有由HCV引起之HCC。
在一些實施例中,在用本文所描述之療法治療之後,個體經歷歐洲癌症研究與治療組織(European Organisation for Research and Treatment of Cancer,EORTC) QLC-C30或EORTC QLQ-HCC18評分之改善。
在一些實施例中,個體不產生可偵測含量之抗藥物抗體。
組合療法 本發明提供例如包含本文所描述之表現抑制子及免疫檢查點抑制劑多肽之組合療法。
在一些態樣中,本發明提供一種治療有需要個體之癌症的方法,該方法包含向該個體投與: (1)編碼本文所描述之表現抑制子的核酸(例如RNA,例如mRNA),及 (2)免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子。在一些實施例中,抗體分子為抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3、抗PD-L2、抗Tim3、抗抑制殺手IgG樣受體(KIR)或抗B及T淋巴球弱化子(BTLA)抗體分子。在一些實施例中,抗體分子為抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4或抗LAG3抗體分子。
在一些實施例中,檢查點抑制劑多肽,例如包含表18至表26中所列出之任何抗體分子胺基酸序列之CDR的抗體分子,係在完成投與編碼本文所描述之表現抑制子之核酸(例如RNA,例如mRNA)之後至少1小時(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時)投與(例如靜脈內)。在一些實施例中,檢查點抑制劑多肽,例如包含表18至表26中所列出之任何抗體分子胺基酸序列之CDR的抗體分子,係在完成投與編碼本文所描述之表現抑制子之核酸(例如RNA,例如mRNA)之後至少24小時(例如至少24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1小時))內投與(例如靜脈內)。在一些實施例中,檢查點抑制劑多肽,例如包含表18至表26中所列出之任何抗體分子胺基酸序列之CDR的抗體分子,係在完成投與編碼本文所描述之表現抑制子之核酸(例如RNA,例如mRNA)之後1至3小時之間投與(例如靜脈內)。在一些實施例中,檢查點抑制劑多肽,例如包含表18至表26中所列出之任何抗體分子胺基酸序列之CDR的抗體分子,係在完成投與編碼本文所描述之表現抑制子之核酸(例如RNA,例如mRNA)之後至少1小時(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時)起始投與(例如靜脈內)。
在一些實施例中,抗體分子包含抗PD-1抗體分子。
在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含:表18中所列之任何抗PD-1抗體分子胺基酸序列之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表18中所列之任何抗PD-1抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。
在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含表18中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 208、210、211、213、214、216、217或219。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含相對於表18中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 208、210、211、213、214、216、217或219,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含與表18中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 208、210、211、213、214、216、217或219,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含重鏈,該重鏈包含表18中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 208、211、214或217。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含重鏈,該重鏈包含相對於表18中所列之任何重鏈,例如SEQ ID No: 208、211、214或217,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾之胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含重鏈,該重鏈包含與表18中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 208、211、214或217,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含表18中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 209、210、212、213、215、216、218或219。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含相對於表18中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 209、210、212、213、215、216、218或219,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含與表18中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 209、210、212、213、215、216、218或219,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含表18中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 209、212、215或218。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含相對於表18中所列之任何輕鏈,例如SEQ ID No: 209、212、215或218,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含與表18中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 209、212、215或218,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含: i)包含SEQ ID NO: 208之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 209之胺基酸序列之輕鏈可變域; ii)包含SEQ ID NO: 211之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 212之胺基酸序列之輕鏈可變域; iii)包含SEQ ID NO: 214之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 215之胺基酸序列之輕鏈可變域;或 iv)包含SEQ ID NO: 217之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 218之胺基酸序列之輕鏈可變域。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為WO2008156712A1中所描述之抗PD-1抗體分子,該文獻以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為WO2004004771A1中所描述之抗PD-1抗體分子,該文獻以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為美國專利8,008,449或WO2006121168A1中所描述之抗PD-1抗體分子,該等文獻各自以全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為美國專利9,987,500中所描述之抗PD-1抗體分子,例如抗體H4H7798N,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為測米匹單抗。測米匹單抗之替代名稱為REGN2810及利比優(Libtayo)。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為測米匹單抗(CAS登記號:1801342-60-8)。測米匹單抗及其他特異性結合PD-1之抗體揭示於美國專利9,987,500,例如抗體H4H7798N,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含測米匹單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與美國專利9,987,500中所揭示之抗PD-1抗體分子,例如抗體H4H7798N競爭結合的抗體,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗。納武單抗之替代名稱為ONO-4538、BMS-936558、MDX1106及Opdivo®。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為納武單抗(CAS登記號:946414-94-4)。納武單抗及其他特異性結合PD-1之抗體揭示於WO2004004771A1、美國專利8,008,449、WO2006121168A1,該等文獻各自以全文引用的方式併入本文中。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含納武單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與WO2004004771A1、美國專利8,008,449、WO2006121168A1中所揭示之抗PD-1抗體分子競爭結合的抗體,該等文獻各自以全文引用的方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗。派立珠單抗之替代名稱為MK-3475、藍布洛利珠單抗(lambrolizumab)及Keytruda®。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為派立珠單抗(CAS登記號:1374853-91-4)。派立珠單抗及其他特異性結合PD-1之抗體揭示於WO2008156712A1,該文獻以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含派立珠單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與WO2008156712A1中所揭示之抗PD-1抗體分子競爭結合的抗體,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含多塔利單抗。多塔利單抗之替代名稱為TSR-042、WBP-285、多塔利單抗-gxly及Jemperli®。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為多塔利單抗(CAS登記號:2022215-59-2)。多塔利單抗及其他特異性結合PD-1之抗體揭示於美國專利US 11,155,624,該文獻之內容以全文併入本文中。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含多塔利單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與多塔利單抗競爭結合的抗體。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與美國專利US 11,155,624中所揭示之抗PD-1抗體分子競爭結合的抗體,該文獻之內容以全文併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含MIH4。在一個實施例中,抗PD-1抗體分子包含MIH4之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與MIH4競爭結合的抗體。 18 靶向 PD - 1 之例示性抗體分子
描述 序列 SEQ ID No.
測米匹單抗HC EVQLLESGGVLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNFGMTWVRQAPGKGLEWVSG ISGGGRDTYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLKGEDTAVYYCVKWG NIYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYF PEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTC NVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMI SRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVV SVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPP SQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGS FFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK 208
測米匹單抗LC DIQMTQSPSSLSASVGDSITITCRASLSINTFLNWYQQKPGKAPNLLIYA ASSLHGGVPSRFSGSGSGTDFTLTIRTLQPEDFATYYCQQSSNTPFTFGP GTVVDFRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKV DNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQG LSSPVTKSFNRGEC 209
測米匹單抗 EVQLLESGGVLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNFGMTWVRQAPGKGLEWVSG ISGGGRDTYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLKGEDTAVYYCVKWG NIYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYF PEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTC NVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMI SRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVV SVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPP SQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGS FFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK DIQMTQSPSSLSASVGDSITITCRASLSINTFLNWYQQKPGKAPNLLIYA ASSLHGGVPSRFSGSGSGTDFTLTIRTLQPEDFATYYCQQSSNTPFTFGP GTVVDFRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKV DNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQG LSSPVTKSFNRGEC 210
多塔利單抗HC EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYDMSWVRQAPGKGLEWVST ISGGGSYTYYQDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCASPY YAMDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFP EPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCN VDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMIS RTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVS VLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPS QEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSF FLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK 211
多塔利單抗LC DIQLTQSPSFLSAYVGDRVTITCKASQDVGTAVAWYQQKPGKAPKLLIYW ASTLHTGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQHYSSYPWTFGQ GTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKV DNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQG LSSPVTKSFNRGEC 212
多塔利單抗 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYDMSWVRQAPGKGLEWVST ISGGGSYTYYQDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCASPY YAMDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFP EPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCN VDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMIS RTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVS VLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPS QEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSF FLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK DIQLTQSPSFLSAYVGDRVTITCKASQDVGTAVAWYQQKPGKAPKLLIYW ASTLHTGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQHYSSYPWTFGQ GTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKV DNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQG LSSPVTKSFNRGEC 213
納武單抗HC QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAV IWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATND DYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDH KPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTP EVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLT VLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEE MTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLY SRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK 214
納武單抗LC EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYD ASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQ GTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKV DNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQG LSSPVTKSFNRGEC 215
納武單抗 QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAV IWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATND DYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDH KPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTP EVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLT VLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEE MTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLY SRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYD ASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQ GTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKV DNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQG LSSPVTKSFNRGEC 216
派立珠單抗HC QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGG INPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRD YRFDMGFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVK DYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKT YTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDT LMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTY RVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYT LPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDS DGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK 217
派立珠單抗LC EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRL LIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPL TFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKV QWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEV THQGLSSPVTKSFNRGEC 218
派立珠單抗 QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGG INPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRD YRFDMGFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVK DYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKT YTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDT LMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTY RVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYT LPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDS DGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRL LIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPL TFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKV QWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEV THQGLSSPVTKSFNRGEC 219
19 靶向 PD - 1 之例示性抗體分子之例示性 Kabat CDR
多肽 HC CDR1 HC CDR2 HC CDR3 LC CDR1 LC CDR2 LC CDR3
測米匹單抗 NFGMT (SEQ ID NO: 220) GISGGGRDTYFADSVKG (SEQ ID NO: 221) WGNIYFDY (SEQ ID NO: 222) RASLSINTFLN (SEQ ID NO: 223) AASSLHG (SEQ ID NO: 224) QQSSNTPFT (SEQ ID NO: 225)
多塔利單抗 SYDMS (SEQ ID NO: 226) TISGGGSYTYYQDSVKG (SEQ ID NO: 227) PYYAMDY (SEQ ID NO: 228) KASQDVGTAVA (SEQ ID NO: 229) WASTLHT (SEQ ID NO: 230) QHYSSYPWT (SEQ ID NO: 231)
20 靶向 PD - 1 之例示性抗體分子之例示性 CDR
多肽 HC CDR1 HC CDR2 HC CDR3 LC CDR1 LC CDR2 LC CDR3
RMP1-14 SSYRWN (SEQ ID NO: 232) YINSAGISNYNPSLKR (SEQ ID NO: 233) SDNMGTTPFTY (SEQ ID NO: 234) RSSKSLLYSDGKTYLN (SEQ ID NO: 235) WMSTRAS (SEQ ID NO: 236) QQGLEFPT (SEQ ID NO: 237)
在一些實施例中,PD-1抑制劑為抗PD-1多肽。
在一個實施例中,抗PD-1多肽包含特異性結合PD-1之融合蛋白。在一些實施例中,抗PD-1融合蛋白包含靶向域及Fc區。在一些實施例中,靶向域包含PD-L2細胞外域之一部分。在一些實施例中,Fc區包含人類IgG1之Fc域。在一些實施例中,抗PD-1融合蛋白包含AMP-224。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含抗PD-L1抗體分子。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗PD-L1抗體分子,該抗體分子包含表21中所列之任何抗PD-L1抗體分子胺基酸序列之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表21中所列之任何抗PD-L1抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗PD-L1抗體分子,該抗體分子包含表22中所列之任何抗PD-L1抗體分子胺基酸序列之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表22中所列之任何抗PD-L1抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。
在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含表21中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 238、240、241、243、244或246。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含相對於表21中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 238、240、241、243、244或246,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含與表21中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 238、240、241、243、244或246,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含重鏈,該重鏈包含表21中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 238、241或244。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含重鏈,該重鏈包含相對於表21中所列之任何重鏈,例如SEQ ID NO: 238、241或244,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含重鏈,該重鏈包含與表21中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 238、241或244,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含表21中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 239、240、242、243、245或246。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含相對於表21中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 239、240、242、243、245或246,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含與表21中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 239、240、242、243、245或246,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含表21中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 239、242或245。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含相對於表21中所列之任何輕鏈,例如SEQ ID NO: 239、242或245,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含與表21中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 239、242或245,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含: i)包含SEQ ID NO: 238之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 239之胺基酸序列之輕鏈可變域; ii)包含SEQ ID NO: 241之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 242之胺基酸序列之輕鏈可變域;或 iii)包含SEQ ID NO: 244之胺基酸序列之重鏈可變域,及包含SEQ ID NO: 245之胺基酸序列之輕鏈可變域。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含美國專利8,217,149中所描述之抗PD-L1抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含美國專利8,952,136中所描述之抗PD-L1抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含美國專利9,624,298中所描述之抗PD-L1抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含美國專利7,943,743中所描述之抗PD-L1抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗。阿特珠單抗之替代名稱為MPDL3280A、RG7446及Tecentriq®。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子為阿特珠單抗(CAS登記號:1380723-44-3)。阿特珠單抗及其他特異性結合PD-L1之抗體揭示於美國專利8,217,149,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿特珠單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子包含與美國專利8,217,149中所揭示之抗PD-L1抗體分子競爭結合的抗體,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為包含以下之抗PD-L1抗體分子:包含胺基酸序列GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 259)之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、包含胺基酸序列AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 260)之重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及包含胺基酸序列RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 261)之重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或包含胺基酸序列RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 262)之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、包含胺基酸序列SASFLYS (SEQ ID NO: 263)之輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及包含胺基酸序列QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 264)之輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為包含以下之抗PD-L1抗體分子:重鏈互補決定區1 (HC CDR1),其包含與胺基酸序列GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 259)具有至少80% (例如至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列一致性之胺基酸序列;重鏈互補決定區2 (HC CDR2),其包含與胺基酸序列AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 260)具有至少80% (例如至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列一致性之胺基酸序列;及重鏈互補決定區3 (HC CDR3),其包含與胺基酸序列RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 261)具有至少80% (例如至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列一致性之胺基酸序列;及/或輕鏈互補決定區1 (LC CDR1),其包含與胺基酸序列RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 262)具有至少80% (例如至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列一致性之胺基酸序列;輕鏈互補決定區2 (LC CDR2),其包含與胺基酸序列SASFLYS (SEQ ID NO: 263)具有至少80% (例如至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列一致性之胺基酸序列;及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3),其包含與胺基酸序列QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 264)具有至少80% (例如至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列一致性之胺基酸序列。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿維魯單抗。阿維魯單抗之替代名稱為MSB0010718C及Bavencio®。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子為阿維魯單抗(CAS登記號:1537032-82-8)。阿維魯單抗及其他特異性結合PD-L1之抗體揭示於美國專利9,624,298及PCT公開案第WO2013/079174號,該等文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含阿維魯單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含經PCT公開案第WO2013/079174號中所描述之A09-246-2之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列,該文獻以全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中,抗體分子為US20180369377A1中所描述之抗體分子,該文獻以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子為與美國專利9,624,298或PCT公開案第WO2013/079174號中所揭示之抗PD-L1抗體分子競爭結合的抗體,該等文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含BMS-936559。BMS-936559之替代名稱為MDX 1105。BMS-936559及其他特異性結合PD-L1之抗體揭示於美國專利7,943,743,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含BMS-936559之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-1抗體分子為與美國專利7,943,743中所揭示之抗PD-L1抗體分子競爭結合的抗體,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子包含MKP1A07310。在一個實施例中,抗PD-L1抗體分子包含MKP1A07310之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗PD-L1抗體分子為與MKP1A07310競爭結合的抗體。 21 靶向 PD - L1 之例示性抗體分子
描述 序列 SEQ ID No.
阿特珠單抗HC EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK 238
阿特珠單抗LC DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC 239
阿特珠單抗 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC 240
阿維魯單抗HC EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYIMMWVRQAPGKGLEWVSSIYPSGGITFYADTVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARIKLGTVTTVDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK 241
阿維魯單抗LC QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTRVFGTGTKVTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS 242
阿維魯單抗 EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYIMMWVRQAPGKGLEWVSSIYPSGGITFYADTVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARIKLGTVTTVDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKQSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTRVFGTGTKVTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS 243
度伐魯單抗HC EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGGWFGELAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK 244
度伐魯單抗LC EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQRVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSLPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC 245
度伐魯單抗 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGGWFGELAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQRVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSLPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC 246
22 靶向 PD - L1 之抗體分子之例示性 CDR
多肽 HC CDR1 HC CDR2 HC CDR3 LC CDR1 LC CDR2 LC CDR3
阿特珠單抗 GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 259) AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 260) RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 261) RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 262) SASFLYS (SEQ ID NO: 263) QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 264)
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含抗CTLA-4抗體分子。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗CTLA-4抗體分子,該抗體分子包含表23中所列之任何CTLA-4抗體分子胺基酸序列之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表23中所列之任何CTLA-4抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。
在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含表23中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 247或249。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含相對於表23中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 247或249,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含與表23中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 247或249,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含重鏈,該重鏈包含表23中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 247。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含重鏈,該重鏈包含相對於表23中所列之任何重鏈,例如SEQ ID NO: 247,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含重鏈,該重鏈包含與表23中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 247,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含表23中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 248或249。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含相對於表23中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 248或249,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含與表23中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 248或249,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含表23中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 248。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含相對於表23中所列之任何輕鏈,例如SEQ ID NO: 248,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含與表23中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 248,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一些實施例中,抗CTLA-4抗體分子為美國專利5,811,097中所描述之抗CTLA-4抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗CTLA-4抗體分子為美國專利7,605,238中所描述之抗CTLA-4抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗CTLA-4抗體包含伊匹單抗。伊匹單抗之替代名稱為BMS-734016、MDX-010、MDX-101及Yervoy®。在一些實施例中,抗CTLA-4抗體為伊匹單抗(CAS登記號:477202-00-9)。伊匹單抗及其他特異性結合CTLA-4之抗體揭示於美國專利5,811,097及美國專利7,605,238,該等文獻中之各者以全文引用的方式併入本文中。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含伊匹單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗CTLA-4抗體為與美國專利5,811,097或美國專利7,605,238中所揭示之抗CTLA-4抗體競爭結合的抗體,該等文獻中之各者以全文引用的方式併入本文中。
在一些實施例中,抗CTLA-4抗體包含曲美木單抗(tremelimumab)。曲美木單抗之替代名稱為替西木單抗(ticilimumab)及CP-675,206。在一些實施例中,抗CTLA-4抗體為曲美木單抗(CAS登記號:745013-59-6)。曲美木單抗及其他特異性結合CTLA-4之抗體揭示於美國專利7,605,238,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗CTLA-4抗體分子包含曲美木單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗CTLA-4抗體為與美國專利7,605,238中所揭示之抗CTLA-4抗體競爭結合的抗體,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。 23 靶向 CTLA - 4 之例示性抗體分子
描述 序列 SEQ ID No.
伊匹單抗HC QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYTMHWVRQA PGKGLEWVTF ISYDGNNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAED TAIYYCARTG WLGPFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS CDKTHTCPPC PAPELLGGPS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPREEQYNST YRVVSVLTVL HQDWLNGKEY KCKVSNKALP APIEKTISKA KGQPREPQVY TLPPSRDELT KNQVSLTCLV KGFYPSDIAV EWESNGQPEN NYKTTPPVLD SDGSFFLYSK LTVDKSRWQQ GNVFSCSVMH EALHNHYTQK SLSLSPGK 247
伊匹單抗LC EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVG SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GAFSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYCQ QYGSSPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC 248
伊匹單抗 QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYTMHWVRQA PGKGLEWVTF ISYDGNNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAED TAIYYCARTG WLGPFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS CDKTHTCPPC PAPELLGGPS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPREEQYNST YRVVSVLTVL HQDWLNGKEY KCKVSNKALP APIEKTISKA KGQPREPQVY TLPPSRDELT KNQVSLTCLV KGFYPSDIAV EWESNGQPEN NYKTTPPVLD SDGSFFLYSK LTVDKSRWQQ GNVFSCSVMH EALHNHYTQK SLSLSPGK    EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVG SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GAFSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYCQ QYGSSPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC 249
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含抗LAG3抗體分子。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗LAG3抗體分子,該抗體分子包含表24中所列之任何LAG3抗體分子胺基酸序列之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表24中所列之任何LAG3抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。
在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含表24中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 250、252、280、282、283或285。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含相對於表24中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 250、252、280、282、283或285,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含與表24中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 250、252、280、282、283或285,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含重鏈,該重鏈包含表24中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 250、280或283。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含重鏈,該重鏈包含相對於表24中所列之任何重鏈,例如SEQ ID NO: 250、280或283,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含重鏈,該重鏈包含與表24中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 250、280或283,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含表24中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 251、252、281、282、284或285。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含相對於表24中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 251、252、280、282、283或285,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含與表24中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 251、252、280、282、283或285,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含表24中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 251、281或284。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含相對於表24中所列之任何輕鏈,例如SEQ ID NO: 251、281或284,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含與表24中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 251、281或284,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一些實施例中,抗LAG3抗體分子為WO2015042246A1中所描述之抗LAG3抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,抗LAG3抗體分子為美國專利9,505,839中所描述之抗LAG3抗體分子,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,抗LAG3抗體包含瑞拉利單抗。瑞拉利單抗之替代名稱為BMS-986016及瑞拉利單抗-rmbw。在一些實施例中,抗LAG3抗體為瑞拉利單抗(CAS登記號:1673516-98-7)。瑞拉利單抗及其他特異性結合LAG3之抗體揭示於WO2015042246A1及美國專利9,505,839,該等文獻中之各者以全文引用的方式併入本文中。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含瑞拉利單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗LAG3抗體為與WO2015042246A1或美國專利9,505,839中所揭示之抗LAG3抗體競爭結合的抗體,該等文獻中之各者以全文引用的方式併入本文中。
在一些實施例中,抗LAG3抗體包含埃拉利單抗。埃拉利單抗之替代名稱為LAG525。在一些實施例中,抗LAG3抗體為埃拉利單抗(2137049-37-5)。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含埃拉利單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,抗LAG3抗體包含REGN3767。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含REGN3767之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,抗LAG3抗體包含Sym022。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含Sym022之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,抗LAG3抗體包含法澤利單抗。法澤利單抗之替代名稱為MK-4280及瑪維澤利單抗(mavezelimab)。在一些實施例中,抗LAG3抗體為法澤利單抗(CAS登記號:2231068-83-8)。在一個實施例中,抗LAG3抗體分子包含法澤利單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,抗LAG3抗體為與包含以下的抗體競爭結合LAG3之抗體:表24中所列之任何LAG3抗體分子胺基酸序列之互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表24中所列之任何LAG3抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。 24 靶向 LAG3 之例示性抗體分子
描述 序列 SEQ ID No.
瑞拉利單抗HC QVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGGSFS DYYWNWIRQP PGKGLEWIGE INHRGSTNSN PSLKSRVTLS LDTSKNQFSL KLRSVTAADT AVYYCAFGYS DYEYNWFDPW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPCSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTKT YTCNVDHKPS NTKVDKRVES KYGPPCPPCP APEFLGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSQED PEVQFNWYVD GVEVHNAKTK PREEQFNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKGLPS SIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSQEEMTK NQVSLTCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLYSRL TVDKSRWQEG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSLGK 250
瑞拉利單抗LC EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ RSNWPLTFGQ GTNLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC 251
瑞拉利單抗 QVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGGSFS DYYWNWIRQP PGKGLEWIGE INHRGSTNSN PSLKSRVTLS LDTSKNQFSL KLRSVTAADT AVYYCAFGYS DYEYNWFDPW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPCSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTKT YTCNVDHKPS NTKVDKRVES KYGPPCPPCP APEFLGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSQED PEVQFNWYVD GVEVHNAKTK PREEQFNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKGLPS SIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSQEEMTK NQVSLTCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLYSRL TVDKSRWQEG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSLGK EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ RSNWPLTFGQ GTNLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC 252
法澤利單抗HC QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGYTFT DYNVDWVRQA RGQRLEWIGD INPNDGGTIY AQKFQERVTI TVDKSTSTAY MELSSLRSED TAVYYCARNY RWFGAMDHWG QGTTVTVSSA STKGPSVFPL APCSRSTSES TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTKTY TCNVDHKPSN TKVDKRVESK YGPPCPPCPA PEFLGGPSVF LFPPKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSQEDP EVQFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQFNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVSNKGLPSS IEKTISKAKG QPREPQVYTL PPSQEEMTKN QVSLTCLVKG FYPSDIAVEW ESNGQPENNY KTTPPVLDSD GSFFLYSRLT VDKSRWQEGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSLGK 280
法澤利單抗LC DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKASQSLD YEGDSDMNWY LQKPGQPPQL LIYGASNLES GVPDRFSGSG SGTDFTLKIS RVEAEDVGVY YCQQSTEDPR TFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC 281
法澤利單抗 QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGYTFT DYNVDWVRQA RGQRLEWIGD INPNDGGTIY AQKFQERVTI TVDKSTSTAY MELSSLRSED TAVYYCARNY RWFGAMDHWG QGTTVTVSSA STKGPSVFPL APCSRSTSES TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTKTY TCNVDHKPSN TKVDKRVESK YGPPCPPCPA PEFLGGPSVF LFPPKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSQEDP EVQFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQFNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVSNKGLPSS IEKTISKAKG QPREPQVYTL PPSQEEMTKN QVSLTCLVKG FYPSDIAVEW ESNGQPENNY KTTPPVLDSD GSFFLYSRLT VDKSRWQEGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSLGK DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKASQSLD YEGDSDMNWY LQKPGQPPQL LIYGASNLES GVPDRFSGSG SGTDFTLKIS RVEAEDVGVY YCQQSTEDPR TFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC 282
埃拉利單抗HC QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGFTLT NYGMNWVRQA RGQRLEWIGW INTDTGEPTY ADDFKGRFVF SLDTSVSTAY LQISSLKAED TAVYYCARNP PYYYGTNNAE AMDYWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTKTYTCNV DHKPSNTKVD KRVESKYGPP CPPCPAPEFL GGPSVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSQEDPEVQF NWYVDGVEVH NAKTKPREEQ FNSTYRVVSV LTVLHQDWLN GKEYKCKVSN KGLPSSIEKT ISKAKGQPRE PQVYTLPPSQ EEMTKNQVSL TCLVKGFYPS DIAVEWESNG QPENNYKTTP PVLDSDGSFF LYSRLTVDKS RWQEGNVFSC SVMHEALHNH YTQKSLSLSL G 283
埃拉利單抗LC DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSSSQDIS NYLNWYLQKP GQSPQLLIYY TSTLHLGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQQ YYNLPWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC 284
埃拉利單抗 QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGFTLT NYGMNWVRQA RGQRLEWIGW INTDTGEPTY ADDFKGRFVF SLDTSVSTAY LQISSLKAED TAVYYCARNP PYYYGTNNAE AMDYWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTKTYTCNV DHKPSNTKVD KRVESKYGPP CPPCPAPEFL GGPSVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSQEDPEVQF NWYVDGVEVH NAKTKPREEQ FNSTYRVVSV LTVLHQDWLN GKEYKCKVSN KGLPSSIEKT ISKAKGQPRE PQVYTLPPSQ EEMTKNQVSL TCLVKGFYPS DIAVEWESNG QPENNYKTTP PVLDSDGSFF LYSRLTVDKS RWQEGNVFSC SVMHEALHNH YTQKSLSLSL G DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSSSQDIS NYLNWYLQKP GQSPQLLIYY TSTLHLGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQQ YYNLPWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC 285
25 靶向 LAG3 之抗體分子之例示性 Kabat CDR
多肽 HC CDR1 HC CDR2 HC CDR3 LC CDR1 LC CDR2 LC CDR3
瑞拉利單抗 DYYWN (SEQ ID NO: 253) EINHRGSTNSNPSLKS (SEQ ID NO: 254) GYSDYEYNWFDP (SEQ ID NO: 255) RASQSISSYLA (SEQ ID NO: 256) DASNRAT (SEQ ID NO: 257) QQRSNWPLT (SEQ ID NO: 258)
法澤利單抗 DYNVD (SEQ ID NO: 265) DINPNDGGTIYAQKFQE (SEQ ID NO: 266) NYRWFGAMDH (SEQ ID NO: 267) KASQSLDYEGDSDMN (SEQ ID NO: 268) GASNLES (SEQ ID NO: 269) QQSTEDPRT (SEQ ID NO: 270)
埃拉利單抗 NYGMN (SEQ ID NO: 271) WINTDTGEPTYADDFKG (SEQ ID NO: 272) NPPYYYGTNNAEAMDY (SEQ ID NO: 273) SSSQDISNYLN (SEQ ID NO: 274) YTSTLHL (SEQ ID NO: 275) QQYYNLPWT (SEQ ID NO: 276)
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含PD-L2抑制劑。
在一些實施例中,PD-L2抑制劑包含抗PD-L2抗體分子。
在一些實施例中,抗PD-L2抗體分子包含rHIgM12B7。在一個實施例中,抗PD-L2抗體分子包含rHIgM12B7之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含Tim-3抑制劑。
在一些實施例中,Tim3抑制劑包含抗Tim3抗體分子。
在一些實施例中,抗Tim3抗體分子包含MBG 453。在一個實施例中,抗Tim3抗體分子包含MBG 453之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含殺手IgG樣受體(KIR)抑制劑。
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽為抗KIR抗體分子,該抗體分子包含表26中所列之任何KIR抗體分子胺基酸序列之重鏈互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表26中所列之任何KIR抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。
在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含表26中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 277或279。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含相對於表26中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 277或279,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含與表26中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 277或279,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含重鏈,該重鏈包含表26中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 277。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含重鏈,該重鏈包含相對於表26中所列之任何重鏈,例如SEQ ID NO: 277,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含重鏈,該重鏈包含與表26中所列之任何重鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 277,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含表26中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 278或279。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含相對於表26中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 278或279,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含與表26中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 278或279,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含表26中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 278。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含相對於表26中所列之任何輕鏈,例如SEQ ID NO: 278,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含輕鏈,該輕鏈包含與表26中所列之任何輕鏈之胺基酸序列,例如SEQ ID NO: 278,具有至少95%一致性之胺基酸序列。
在一些實施例中,KIR抑制劑包含抗KIR抗體分子。
在一些實施例中,抗KIR抗體分子包含利瑞魯單抗。在一些實施例中,抗KIR抗體為利瑞魯單抗(CAS登記號:1000676-41-4)。在一個實施例中,抗KIR抗體分子包含利瑞魯單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。
在一些實施例中,抗KIR抗體為與包含以下的抗體競爭結合的抗體:表26中所列之任何KIR抗體分子胺基酸序列之互補決定區1 (HC CDR1)、重鏈互補決定區2 (HC CDR2)及重鏈互補決定區3 (HC CDR3);及/或表26中所列之任何KIR抗體分子胺基酸序列之輕鏈互補決定區1 (LC CDR1)、輕鏈互補決定區2 (LC CDR2)及輕鏈互補決定區3 (LC CDR3)。在一些實施例中,抗KIR抗體為與包含以下的抗體競爭結合的抗體:表26中所列之任何KIR抗體分子胺基酸序列之HC或LC。 26 靶向 KIR 之例示性抗體分子
描述 序列 SEQ ID No.
利瑞魯單抗HC QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS FYAISWVRQA PGQGLEWMGG FIPIFGAANY AQKFQGRVTI TADESTSTAY MELSSLRSDD TAVYYCARIP SGSYYYDYDM DVWGQGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TKTYTCNVDH KPSNTKVDKR VESKYGPPCP PCPAPEFLGG PSVFLFPPKP KDTLMISRTP EVTCVVVDVS QEDPEVQFNW YVDGVEVHNA KTKPREEQFN STYRVVSVLT VLHQDWLNGK EYKCKVSNKG LPSSIEKTIS KAKGQPREPQ VYTLPPSQEE MTKNQVSLTC LVKGFYPSDI AVEWESNGQP ENNYKTTPPV LDSDGSFFLY SRLTVDKSRW QEGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSLGK 277
利瑞魯單抗LC EIVLTQSPVT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ RSNWMYTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC 278
利瑞魯單抗 QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS FYAISWVRQA PGQGLEWMGG FIPIFGAANY AQKFQGRVTI TADESTSTAY MELSSLRSDD TAVYYCARIP SGSYYYDYDM DVWGQGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TKTYTCNVDH KPSNTKVDKR VESKYGPPCP PCPAPEFLGG PSVFLFPPKP KDTLMISRTP EVTCVVVDVS QEDPEVQFNW YVDGVEVHNA KTKPREEQFN STYRVVSVLT VLHQDWLNGK EYKCKVSNKG LPSSIEKTIS KAKGQPREPQ VYTLPPSQEE MTKNQVSLTC LVKGFYPSDI AVEWESNGQP ENNYKTTPPV LDSDGSFFLY SRLTVDKSRW QEGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSLGK EIVLTQSPVT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ RSNWMYTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC 279
在一些實施例中,免疫檢查點抑制劑多肽包含BTLA抑制劑。
在一些實施例中,Tim3抑制劑包含抗BTLA抗體分子。
在一些實施例中,抗BTLA抗體包含TAB004。庫達利單抗(cudarolimab)之替代名稱為JS004。TAB004及其他特異性結合BTLA之抗體揭示於美國專利8,518,405及9,845,362,該等文獻中之各者之內容以全文引用之方式併入本文中。在一個實施例中,抗BTLA抗體分子包含曲美木單抗之一或多個CDR序列(或共同地所有CDR序列)、重鏈或輕鏈可變區序列或重鏈或輕鏈序列。在一些實施例中,抗BTLA抗體為與美國專利8,518,405或9,845,362中所揭示之抗BTLA抗體競爭結合的抗體,該等文獻中之各者之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些態樣中,本發明提供一種治療有需要個體之癌症的方法,該方法包含向該個體投與: (1)編碼本文所描述之表現抑制子的核酸(例如RNA,例如mRNA),及 (2)一或多種(例如1、2、3、4或更多種)免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)。
在一些實施例中,一或多種免疫檢查點抑制劑多肽各自獨立地為抗體分子。在一些實施例中,一或多種抗體分子獨立地選自抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3、抗PD-L2、抗Tim3、抗KIR及抗BTLA抗體分子。在一些實施例中,一或多種免疫檢查點抑制劑多肽包含2種抗體分子。在一些實施例中,兩種抗體分子獨立地選自抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2、抗Tim3、抗KIR及抗BTLA。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及不同的第二抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及不同的第二抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)及不同的第二抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗LAG3抗體分子(例如本文所描述之抗LAG3抗體分子)及不同的第二抗LAG3抗體分子(例如本文所描述之抗LAG3抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)及不同的第二抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)及不同的第二抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)及不同的第二抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)及不同的第二抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗LAG3抗體分子(例如本文所描述之抗LAG3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-1抗體分子)及抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及抗LAG3抗體分子(例如本文所描述之抗LAG3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L1抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L1抗體分子)及抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)及抗LAG3抗體分子(例如本文所描述之抗LAG3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)及抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)及抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)及抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子(例如本文所描述之抗CTLA-4抗體分子)及抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)及抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)及抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗PD-L2抗體分子(例如本文所描述之抗PD-L2抗體分子)及抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)及抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)。在一些實施例中,2種抗體分子包含抗Tim3抗體分子(例如本文所描述之抗Tim3抗體分子)及抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
在一些實施例中,2種抗體分子包含抗KIR抗體分子(例如本文所描述之抗KIR抗體分子)及抗BTLA抗體分子(例如本文所描述之抗BTLA抗體分子)。
調節基因表現 本發明進一步部分地關於一種調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的方法,該方法包含:提供本文所描述之表現抑制子(或編碼其的核酸,或包含該表現抑制子核酸的醫藥組合物)或表現抑制系統(或編碼其的核酸,或包含該表現抑制系統或核酸的醫藥組合物),以及使目標基因(例如MYC)及/或可操作地連接的轉錄控制元件與表現抑制子或表現抑制系統接觸。在一些實施例中,調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現包含:相較於參考值(例如目標基因(例如MYC)在表現抑制子或表現抑制系統缺乏情況下的轉錄),調節目標基因(例如MYC)的轉錄。在一些實施例中,離體使用調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的方法,例如針對來自個體(例如哺乳動物個體,例如人類個體)之細胞使用。在一些實施例中,活體內使用調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現的方法,例如針對哺乳動物個體(例如人類個體)使用。在一些實施例中,活體外使用調節(例如減少)目標基因例如MYC)表現的方法,例如針對本文所描述之細胞或細胞株使用。
本發明進一步部分地關於一種治療個體之與目標基因(例如MYC)之異常調節(例如過度表現)相關之病狀的方法,其包含向該個體投與本文所描述之表現抑制子(或編碼其的核酸,或包含該表現抑制子核酸的醫藥組合物)或表現抑制系統(或編碼其的核酸,或包含該表現抑制系統或核酸的醫藥組合物)。與特定基因之過度表現相關聯的病狀為熟習此項技術者所知。此類病狀包括但不限於代謝病症、癌症(例如實體腫瘤)及肝炎。
如本文所提供的方法及組合物可藉由穩定地或暫時地改變(例如減少)目標基因(例如MYC)轉錄來治療與目標基因(例如MYC)之過度表現或異常調節相關的病狀。在一些實施例中,此類調節保持至少約1小時至約30天、或至少約2小時、6小時、12小時、18小時、24小時、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天或更長時間或其間的任何時間。在一些實施例中,此類調節保持至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時,或至少1、2、3、4、5、6或7天,或至少1、2、3、4或5週,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月,或至少1、2、3、4或5年(例如永久地或無限期地)。視情況,此類調節保持不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1年。
在一些實施例中,相對於未接觸組合物或未經方法處理之細胞中的目標基因表現,本文所提供之方法或組合物可使目標基因(例如MYC)在細胞中之表現減少至少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100% (且視情況,至多100%)。
在一些實施例中,本文提供的方法可藉由破壞與該目標基因相關的基因體複合物(例如錨定序列介導性接合體)來調節(例如減少)目標基因(例如MYC)表現。與錨定序列介導性接合體相關的基因可至少部分地處於接合體內(亦即,逐序列位於第一及第二錨定序列之間),或其可處於接合體外部,使得其並非逐序列位於第一及第二錨定序列之間,而係位於同一染色體上且至少與第一或第二錨定序列充分近接,以便可藉由控制錨定序列介導性接合體之拓樸結構來調節其表現。一般熟習此項技術者應瞭解,在一些實施例中,兩個元件之間(例如基因與錨定序列介導性接合體之間)之三維空間距離的相關性可大於就鹼基對而言的距離。在一些實施例中,處於外部但相關的基因位於距第一或第二錨定序列2 Mb內、1.9 Mb內、1.8 Mb內、1.7 Mb內、1.6 Mb內、1.5 Mb內、1.4 Mb內、1.3 Mb內、1.3 Mb內、1.2 Mb內、1.1 Mb內、1 Mb內、900 kb內、800 kb內、700 kb內、500 kb內、400 kb內、300 kb內、200 kb內、100 kb內、50 kb內、20 kb內、10 kb內或5 kb內。
在一些實施例中,調節基因(例如MYC)表現包含改變轉錄控制序列對基因(例如MYC)的可及性。轉錄控制序列(不論處於錨定序列介導性接合體內部或外部)可為強化序列或緘默(或抑制)序列。
在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的基因異常調節病症,例如MYC基因異常調節病症,例如與MYC基因異常調節相關的症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的MYC基因異常調節病症或與MYC基因異常調節病症相關的症狀。在一些實施例中,該病症與MYC異常調節(例如MYC過度表現)相關。在一些實施例中,該病症與AFP異常調節(例如AFP過度表現)相關。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於使目標基因(例如MYC)之啟動子發生甲基化,以治療有需要個體(例如患者)的基因異常調節病症,例如MYC基因異常調節病症,例如與MYC基因異常調節相關的症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可選擇性地影響細胞存活率,該細胞異常地表現由目標基因(例如MYC)編碼的多肽。
在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的肝病症或與肝病症相關的病症,例如症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的肺病症或與肝病症相關的病症,例如症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的贅瘤病症,例如與贅瘤病症相關的病症或症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的病毒感染相關病症,例如與病毒感染相關病症相關的病症或症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)的酒精濫用相關病症,例如與酒精濫用相關病症有關的病症或症狀。在一些實施例中,所提供的此類技術可用於治療有需要個體(例如患者)之與病毒感染或酒精濫用相關的贅瘤病症,例如與病毒感染或酒精濫用相關之贅瘤病症有關的病症或症狀。
在一些實施例中,所治療之病狀為贅瘤。在一些實施例中,所治療之病狀為腫瘤發生。在一些實施例中,所治療之病狀為癌症。在一些實施例中,癌症與不良預後相關。在一些實施例中,癌症與MYC異常調節(例如MYC過度表現)相關。在一些實施例中,癌症與AFP異常調節(例如AFP過度表現)相關。在一些實施例中,癌症為乳癌、肝癌、結腸直腸癌、肺癌、胰臟癌、胃癌及/或子宮癌。在一些實施例中,癌症與感染,例如病毒感染,例如細菌感染相關。在一些實施例中,癌症與酒精濫用相關。在一些實施例中,癌症為肝癌。
在一些實施例中,癌細胞為肺癌細胞、胃癌細胞、胃腸癌細胞、結腸直腸癌細胞、胰臟癌細胞或肝癌細胞。在一些實施例中,癌症為肝細胞癌(HCC)、纖維板層肝細胞癌(FHCC)、膽管癌、血管肉瘤、繼發性肝癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、腺癌、小細胞肺癌(SCLC)、大細胞(未分化)癌瘤、三陰性乳癌、胃腺癌、子宮內膜癌或胰臟癌。在一些實施例中,癌症為轉移性、晚期的(已知與MYC致癌基因相關之不可切除或復發性實體腫瘤類型(例如包括但不限於肝細胞癌(HCC)、膀胱癌、肺癌、胰臟癌、卵巢癌、子宮癌、子宮內膜癌、胃癌、食道癌、肝膽癌、結腸直腸癌及神經母細胞瘤),該癌症已在標準照護療法下進展、在其後復發、難以用其治療或對其不耐受,或不存在替代治療。
在一些實施例中,癌症係藉由常用巴塞羅那臨床肝癌(Barcelona Clinic Liver Cancer,BCLC)分級系統分類之HCC。BCLC分級系統將HCC患者分類成以下類別:極初期(0)、初期(A)、中期(B)、晚期(C)及末期(D),其引導管理決策。BCLC分類係基於腫瘤負荷程度、肝病嚴重程度(柴爾德-特科特-普格(Child-Turcotte-Pugh)分類(「C-P評分」))及患者之活動狀態。
早期(BCLC 0期或A期)之患者可藉由手術切除腫瘤來管理。對於患有中期(BCLC B期) HCC之患者,考慮經動脈療法。對於患有晚期疾病(BCLC C期)或患有中期疾病(BCLC B期)且在經動脈療法之後進展之患者,建議全身性療法。一線全身性療法包括阿特珠單抗加貝伐單抗(bevacizumab)、索拉非尼或樂伐替尼(lenvatinib)。用於進展或對一線療法不耐受之患者的可能第二線療法包括索拉非尼、瑞戈非尼(regorafenib)、樂伐替尼、雷莫蘆單抗(ramucirumab)、卡博替尼(cabozantinib)及檢查點抑制劑(派立珠單抗或納武單抗加伊匹單抗)。因此,在一些實施例中,待用本文所描述之療法治療之個體為在接受療法之後進展、在其後復發、難以用其治療或對其不耐受的個體,該療法選自阿特珠單抗加貝伐單抗、索拉非尼、樂伐替尼、索拉非尼、瑞戈非尼、樂伐替尼、雷莫蘆單抗、卡博替尼及檢查點抑制劑(派立珠單抗或納武單抗加伊匹單抗)。在一線療法後進展之後的最佳方案為未知的。僅接受支援性護理之患有末期(D期) HCC之患者存在極其有限的選擇方案。BCLC分級系統考慮以下變數: •  腫瘤階段; •  肝臟之功能狀態; •  身體狀態;及 •  癌症相關症狀。
基於上文所提及之變數來鑑別五個階段(0及A至D)。
C-P評分用於估計患有肝硬化之患者之死亡風險且由以下因素組成:總膽紅素含量、白蛋白、凝血酶原時間及INR、腹水程度及肝性腦病級別。在一些實施例中,在患者篩檢、在週期第1天給藥前、第一年每6週、每3個月直至疾病進展、治療結束/提前終止問診,及如臨床上所指示需要時進行C-P評分。在一些實施例中,若參與者產生尤其受關注之肝不良事件,則根據臨床實踐頻繁進行C-P評分,直至AE消退。針對精神狀態之半定量分級,根據西黑文(West Haven)準則分級肝性腦病:1級:輕微意識喪失;欣快或焦慮;注意力持續時間縮短;加法或減法表現受損;2級:昏沉或冷漠;關於時間或位置的極小迷失;細微性格變化;不當行為;3級:嗜睡至半昏迷,但對言語刺激有反應。混淆;嚴重迷失;4級:昏迷(對言語或有害刺激無反應)。
在一些實施例中,所治療之病狀為肝病。在一些實施例中,所治療之病狀與MYC異常調節(例如MYC過度表現)相關。在一些實施例中,所治療之病狀為慢性疾病。在一些實施例中,所治療之病狀為慢性肝病。在一些實施例中,所治療之病狀為病毒感染。在一些實施例中,所治療之病狀為酒精濫用相關病症。
在一些實施例中,所治療之病狀為肺病。在一些實施例中,所治療之病狀與MYC異常調節(例如MYC過度表現)相關。在一些實施例中,所治療之病狀為慢性疾病。在一些實施例中,所治療之病狀為慢性肺病。在一些實施例中,所提供之此類技術可用於治療或減少肺癌生長、轉移、耐藥性及/或癌症幹細胞(CSC)維持。在一些實施例中,所治療之病狀為癌瘤,例如非小細胞肺癌(NSCLC)。在一些實施例中,慢性肺病與菸草濫用相關。
在一些實施例中,癌症為肝癌亞型S1 (HCC S1)、肝癌亞型S2 (HCC S2)或肝癌亞型S3 (HCC S2)。在一些實施例中,HCC亞型與MYC過度表現相關。在一些實施例中,癌症為HCC S1或HCC S2。在一些實施例中,癌症亞型與侵襲性腫瘤及不良臨床結果相關。
在一些實施例中,本發明提供可針對個體、基於個體中之HCC亞型設計的治療方案,例如基於個體中之HCC亞型定製治療攻擊性的個人化方案。在一些實施例中,本發明提供一種使用本文所揭示之表現抑制子或表現抑制系統治療的方法,該方法包含鑑別患者中的HCC亞型,及基於HCC亞型鑑別來確定該等表現抑制子及/或表現抑制系統的劑量及投與時程。
本文描述向個體遞送藥劑或如本文所揭示之組合物以治療病症的方法,使得該個體遭受的副作用或全身毒性與化學療法治療相比極小。在一些實施例中,個體當用本文所描述之藥劑及/或組合物治療時,未經歷與化學療法通常相關的任何顯著副作用。在一些實施例中,個體當用本文所描述之藥劑及/或組合物治療時,未經歷顯著副作用,包括但不限於禿髮、噁心、嘔吐、食慾不振、酸痛、嗜中性球減少症、貧血、血小板減少症、眩暈、疲勞、便秘、口腔潰瘍、皮膚發癢、脫皮、神經及肌肉損傷、聽覺變化、體重減輕、腹瀉、免疫抑制、淤血、心臟損傷、出血、肝損傷、腎損傷、水腫、口腔及咽喉生瘡、不育、纖維化、脫髮、濕性脫皮、黏膜乾燥、眩暈及腦病變。在一些實施例中,個體當用本文所描述之藥劑及/或組合物治療時,未顯示顯著的體重減輕。
本文所描述之藥劑及組合物可投與個體,例如哺乳動物,例如活體內投與,以治療或預防如本文所描述之多種病症。該病症包括涉及以MYC之表現模式改變為特徵之細胞的病症。
表觀遺傳修飾 本發明進一步部分地關於一種對目標基因、可操作地連接至目標基因之轉錄控制元件或錨定序列(例如近接於目標基因或與可操作地連接至目標基因之錨定序列介導性接合體相關的錨定序列)進行表觀遺傳修飾的方法,該方法包含:提供表現抑制子(或編碼其的核酸)或表現抑制系統(例如表現抑制子),或編碼其的核酸,或包含該表現抑制子(或編碼其的核酸)或表現抑制系統或核酸的醫藥組合物;以及使目標基因或可操作地連接至目標基因的轉錄控制元件與表現抑制子或表現抑制系統接觸,藉此對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾。
在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法包含增加或減少目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件的DNA甲基化。在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法包含增加或減少與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件相關之組蛋白的組蛋白甲基化。在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法包含減少與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件相關之組蛋白的組蛋白乙醯化。在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法包含增加或減少與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件相關之組蛋白的組蛋白類小泛素化。在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法包含增加或減少與目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件相關之組蛋白的組蛋白磷酸化。
在一些實施例中,相對於未接觸組合物或未經方法處理之細胞中的該位點之表觀遺傳修飾水平,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法可使表觀遺傳修飾水平降低至少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100% (且視情況,高達100%)。在一些實施例中,相對於未接觸組合物或未經方法處理之細胞中的該位點之表觀遺傳修飾水平,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾的方法可使表觀遺傳修飾水平增加至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、300、400、500、600、700、800、900或1000% (且視情況,至多200、300、400、500、600、700、800、900、1000或2000%)。在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件的表觀遺傳修飾可修改目標基因(例如MYC)之表現量,例如如本文所述。
在一些實施例中,藉由本文所描述之方法產生的表觀遺傳修飾保持至少約1小時至約30天,或至少約2小時、6小時、12小時、18小時、24小時、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天或更長,或其間的任何時間。在一些實施例中,此類調節保持至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時,或至少1、2、3、4、5、6或7天,或至少1、2、3、4或5週,或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月,或至少1、2、3、4或5年(例如無限期地)。視情況,此類調節保持不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1年。
在一些實施例中,對目標基因(例如MYC)或可操作地連接至目標基因(例如MYC)之轉錄控制元件進行表觀遺傳修飾之方法中使用的表現抑制子或表現抑制系統包含含有效應部分的表現抑制子,該效應部分為或包含表觀遺傳修飾部分。
舉例而言,效應部分可為或包含具有DNA甲基轉移酶活性的表觀遺傳修飾部分,且內源或天然存在之目標序列(例如目標基因,例如MYC,或轉錄控制元件)可經改變以增加其甲基化(例如減少轉錄因子與目標基因(例如MYC)或轉錄控制元件之一部分的相互作用,減少成核蛋白質與錨定序列的結合,及/或破壞或阻礙錨定序列介導性接合體),或可經改變以減少其甲基化(例如增加轉錄因子與目標基因(例如MYC)或轉錄控制元件之一部分的相互作用,增加成核蛋白質與錨定序列的結合,及/或促進或增加錨定序列介導性接合體的強度)。
套組 本發明進一步部分地關於一種套組,其包含表現抑制子或表現抑制系統,例如本文所描述之表現抑制子,及免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)。在一些實施例中,套組包含表現抑制子或表現抑制系統(例如表現抑制系統中的表現抑制子)、免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽),及該表現抑制子或表現抑制系統及免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)之使用說明書。在一些實施例中,套組包含編碼表現抑制子的核酸或編碼表現抑制系統或其組分(例如表現抑制系統中之表現抑制子)的核酸、免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽),及該表現抑制子(及/或該核酸)及/或該表現抑制系統(及/或該核酸)及免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)的使用說明書。在一些實施例中,套組包含細胞,該細胞包含編碼表現抑制子的核酸或編碼表現抑制系統或其組分(例如表現抑制系統中的表現抑制子)的核酸;及該細胞、核酸及/或該表現抑制子或表現抑制系統的使用說明書。
在一些態樣中,套組包含a)容器,該容器包含含有一系統的組合物,該系統包含兩種表現抑制子,包含含有第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS))或結合與轉錄調節元件近接的序列;以及含有第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的表現抑制子,其中第二表現抑制子結合包含目標基因(例如MYC)之錨定序列介導性接合體(ASMC)中的錨定序列或結合與錨定序列近接的序列。
在一些態樣中,套組包含a)容器,該容器包含含有一系統的組合物,該系統包含兩種表現抑制子,包含含有第一靶向部分及視情況選用之第一效應部分的第一表現抑制子,其中該第一表現抑制子結合可操作地連接至目標基因(例如MYC)的轉錄調節元件(例如啟動子或轉錄起始位點(TSS))或結合與轉錄調節元件近接的序列;以及含有第二靶向部分及視情況選用之第二效應部分的表現抑制子,其中該第二表現抑制子結合位於目標基因(例如MYC)之超級強化子區域中的基因體基因座。
在一些實施例中,套組進一步包含b)一組說明書,其包含用該組合物治療疾病或調節(例如減少)目標基因(例如MYC)在細胞內之表現的至少一種方法。在一些實施例中,套組可視情況包括用於該組合物的遞送媒劑(例如脂質奈米粒子)。可提供懸浮於賦形劑及/或遞送媒劑中的試劑,或試劑可作為各別組分提供,之後可與賦形劑及/或遞送媒劑合併。在一些實施例中,套組可視情況含有與組合物共投與的額外治療劑,以影響所要目標基因表現,例如調節MYC基因表現。雖然說明材料通常包含書面或印刷材料,但其不限於此。考慮能夠儲存此類說明書且將其傳達到最終使用者之任何介質。此類介質包括但不限於電子儲存介質(例如磁碟、磁帶、盒式磁碟、晶片)、光學介質(例如CD ROM)及其類似物。此類介質可包括提供此類說明材料之網際網路站點的位址。
在一些實施例中,套組包含單位劑量之表現抑制子、表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子),或單位劑量之編碼表現抑制系統(例如本文所描述之表現抑制子)之核酸(例如載體)。
以下實例係為了進一步說明本發明之一些實施例而提供,但並不意欲其限制本發明之範疇;應瞭解,根據其例示性性質,可替代地使用熟習此項技術者已知之其他程序、方法或技術。
實例 實例 1. ZF9 - MQ1 _ ZF3 - KRAB 下調人類 HCC 細胞株中之 PD - L1 表現此研究之目的為確定ZF9-MQ1_ZF3-KRAB處理對干擾素-γ (IFN-γ)刺激之人類HCC細胞株(Hep 3B及SK-HEP-1)之表面蛋白質及mRNA PD-L1表現的影響。已知MYC藉由直接結合於免疫檢查點基因產物CD47及PD-L1之啟動子來增加該等基因產物在多種癌症中之表現,藉此防止高增殖性癌細胞引發免疫反應而調節免疫抑制。MYC驅動癌細胞借用此機制以避開免疫偵測。因此,抑制MYC代表一種恢復針對腫瘤之宿主免疫反應的機制,以及一種增強免疫檢查點抑制劑之作用的方法。
為進行評估,使用SSOP脂質調配所有測試物品進行細胞遞送。脂質奈米粒子(LNP)根據斯派克調配方案(spark formulations protocol)中所概述之步驟使用NanoAssemblr® Spark TM調配。將Hep 3B細胞及SK-HEP-1細胞維持在具有10% FBS之EMEM培養基中。當其達到80%匯合度時,使其以1:3進行繼代。使用80%匯合燒瓶製備Hep 3B或SK-HEP-1細胞之單細胞懸浮液,隨後將其於生長培養基中以100,000個細胞/孔塗鋪於12孔盤中。細胞一式兩份地處理以進行表面PD-L1表現分析及PD-L1之mRNA分析。細胞連續暴露於1 μg/ml之ZF9-MQ1_ZF3-KRAB或非編碼短mRNA處理48小時。亦保留未經處理之細胞子集作為陰性對照組。在ZF9-MQ1_ZF3-KRAB或非編碼mRNA處理之24小時培育期後,用50 ng/ml之人類IFN-γ刺激細胞。用IFN-γ刺激24小時後(與ZF9-MQ1_ZF3-KRAB或非編碼短mRNA一起培育總計48小時),收集一個盤中之細胞進行表面PD-L1表現之流動式細胞測量術分析(抗人類PD-L1抗體(BV711)),同時用RLT Plus溶解緩衝液溶解第二個盤以使用RNeasy Plus 96套組進行mRNA提取。將溶解之樣品結合至RNA管柱,用緩衝液洗滌且用無RNA酶之水自管柱溶離出來。隨後用RT Lunascript將全RNA轉化為cDNA。隨後經由ΔΔCT qPCR用MYC (目標)或PD-L1 (目標)及GAPDH (參考)探針分析cDNA。
在經由SSOP LNP遞送ZF9-MQ1_ZF3-KRAB (DS,經HA標記;MR-30723)或陰性對照mRNA (非編碼短mRNA;MR-30626)處理之後48小時,評估表面PD-L1蛋白質表現(流動式細胞測量術)以及PD-L1及MYC mRNA表現量(RT-PCR)。在用ZF9-MQ1_ZF3-KRAB或陰性對照mRNA處理24小時之後,細胞用50 ng/ml之IFN-γ刺激24小時。
用ZF9-MQ1_ZF3-KRAB處理會下調在Hep 3B及SK-HEP-1細胞中之由IFN-γ處理誘導之PD-L1之表面蛋白表現以及mRNA表現量(圖2A至圖2D)。用ZF9-MQ1_ZF3-KRAB處理會下調HCC細胞株之與IFN-γ處理無關的MYC之mRNA表現量。此結果表明,減少PD-L1配位體表現將允許宿主免疫細胞選擇性殺傷腫瘤細胞且防止腫瘤微環境內之免疫抑制。此等資料表明,經由ZF9-MQ1_ZF3-KRAB進行之PD-L1抑制與抗PD-1處理之組合應進一步增加HCC中之抗腫瘤效應。
實例 2. 48 小時 ZF9 - MQ1 _ ZF54 - KRAB 處理會減少人類非小細胞肺癌細胞株中之 MYC mRNA 含量及細胞表面 PD - L1 表現在此實例中,在來自人類肺癌細胞株H2009或H460之細胞中,在用PBS (未處理)或1 μg/ml之調配於含有二硫烷二基雙(乙烷-2,1-二基)雙(哌啶-1,4-二基)雙(乙烷-2,1-二基)雙(氧基)雙(2-側氧基乙烷-2,1-二基)雙(4,1-伸苯基)二油酸酯(SS-OP)之LNP中之零亂RNA (對照)或MR-32054 (編碼ZF9-MQ1_ZF54-KRAB之雙順反子mRNA)處理24小時,接著用媒劑(無IFNγ)或10 ng/ml IFNγ (IFNg)再處理24小時之後獲取MYC mRNA含量及細胞表面PD-L1表現量。
用於評估MYC mRNA含量之qRT-PCR:加工全細胞RNA以產生互補DNA (cDNA) (使用聚腺苷酸引子),隨後將其用於反轉錄聚合酶連鎖反應(RT-PCR)分析,該分析使用對人類MYC mRNA轉錄本具有特異性的Taqman探針(Thermo Fisher)。使用GAPDH mRNA轉錄本含量在各組中進行標準化。
用於評估PD-L1表面表現量之流動式細胞測量術:細胞用LIVE/DEAD™可固定湖綠色(Invitrogen)進行與BV711 (Biolegend)結合之抗PD-L1抗體分子或同型對照物染色。使用流動式細胞測量術(Aurora cytek免疫細胞儀)捕捉活細胞中之PD-L1表現。使用FlowJo軟體(BD)分析表面PD-L1含量之中值強度。
此等資料顯示,在H2009細胞中之實驗的最後24小時期間,在有或沒有IFNγ處理之情況下,MR-32054之48小時處理會減少MYC mRNA含量及細胞表面PD-L1表現(圖3A及圖3B) (相較於同樣條件下之未處理組,MYC:在有或沒有IFNγ之情況下,約97%下調,PD-L1:在有或沒有IFNγ之情況下,分別地,73%或48%下調)。此等資料亦顯示,在H460細胞中之實驗的最後24小時期間,在有或沒有IFNγ處理之情況下,MR-32054之48小時處理會減少MYC mRNA含量及細胞表面PD-L1表現(圖4A及圖4B) (相較於同樣條件下之未處理組,MYC:在有或沒有IFNγ之情況下,分別地,95%或87%下調,PD-L1:在有或沒有IFNγ之情況下,分別地,59%或12%下調)。
實例 3. 小鼠 HCC 細胞株中 ZF17 - MQ1 減少 MYC 蛋白 mRNA 產生 同時增加 MYC 啟動子 甲基化此研究說明ZF17-MQ1在肝細胞癌模型中之用途。在此實例中,使用小鼠肝細胞癌細胞株HEPA1-6評估靶向小鼠之MYC IGD之表現抑制子。表現抑制子經研發作為靶向小鼠基因體的ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之替代物,且評估其下調MYC mRNA及蛋白質含量以及降低小鼠HCC細胞存活率之能力。
產生一小組小鼠替代表現抑制子且藉由以10,000個細胞/孔接種於複製盤中進行mRNA或存活率分析來在HEPA1-6細胞中進行篩選。用0.6或1.2 μg/mL之候選表現抑制子一式三份地處理96孔盤。培育細胞72小時。培育期之後,用Cell-Titer Glo溶解一個96孔盤且使用Glo Max定量冷光,其中高冷光值指示高細胞存活率且低值指示低細胞存活率。用RLT Plus溶解緩衝液溶解第二個96孔盤,以便使用RNeasy Plus 96套組進行mRNA提取。使溶解的樣品結合至RNA管柱,用緩衝液洗滌且溶離出來。隨後使用RT Lunascript將mRNA轉化為cDNA。隨後使用MYC (目標)及GAPDH (參考)探針,經由ΔΔCT qPCR分析cDNA。此篩選指示ZF17-MQ1為靶向小鼠IGD中之MYC之可能表現抑制子。在96小時對ZF17-MQ1重複進行RNA及存活率分析,且藉由用ZF17-MQ1或對照GFP mRNA轉染12孔盤中之100,000個細胞來分析MYC蛋白質含量。培育細胞24或48小時。隨後將細胞溶解於RIPA緩衝液中且利用Pierce BCA蛋白質分析(23225)定量蛋白質含量。各樣品負載等量的蛋白質且使用Invitrogen NuPAGE微型凝膠系統按大小加以分離。隨後使用Invitrogen IBlot2凝膠轉移裝置將蛋白質轉移至PVDF膜上。用抗MYC抗體(ABCAM,ab32072)探測膜隔夜。抗肌動蛋白抗體(Cell Signaling,8H10D10)用作內參考物。隨後使用針對MYC及肌動蛋白抗體物種的螢光二級抗體、用LICOR成像系統將信號可視化且定量。
使用定量甲基化PCR (qMSP)測定由ZF17-MQ1進行之MYC啟動子之中靶甲基化。用ZF17-MQ1處理細胞24或48小時,且使用Qiagen DNeasy套組來製備DNA。隨後使用ZYMO gold轉化套組將DNA進行亞硫酸氫鹽轉化。隨後使用對甲基化MYC啟動子DNA具有特異性之PCR引子擴增經轉化DNA。使用ΔΔCT相對於肌動蛋白持家(house keeping)對照組及陽性100%甲基化對照組來定量此信號。此研究發現用ZF17-MQ1處理之後甲基化信號顯著增加。
用ZF17-MQ1處理會引起HEPA1-6細胞中MYC mRNA含量之顯著減少(圖5A)。ZF17-MQ1處理亦觸發此等細胞中MYC啟動子之甲基化增加(圖5B)。
此研究發現ZF17-MQ1靶向小鼠MYC IGD。小鼠HCC細胞HEPA1-6中之ZF17-MQ1處理顯示由MYC啟動子甲基化之增加而引起的MYC mRNA、細胞存活率及MYC蛋白質含量之顯著下調。
實例 4. ZF17 - MQ1 減少小鼠同基因型模型中之皮下移植 HCC 腫瘤細胞生長在此實例中,藉由將HEPA1-6腫瘤細胞植入左側腹,在雌性C57/BL6中誘導疾病。當平均腫瘤體積達到大約200 mm 3時,開始處理。將小鼠分成處理組(各7至8隻小鼠),使得各組的平均腫瘤體積大致相等。向小鼠靜脈內注射PBS,3 mg/kg之ZF17-MQ1,或50 mg/kg之陽性對照標準照護療法藥物索拉非尼(每天)。ZF17-MQ1每5天給藥一次,持續4次劑量,隨後停藥2週且提供另外兩次劑量。所有動物每日稱重且目測評估。每週量測腫瘤大小3次。
結果顯示ZF17-MQ1顯著地減少動物腫瘤負荷且在藥物假期之後,重新對動物給藥會引起完全腫瘤耗乏。此等資料顯示,表現抑制子可有效減少在免疫勝任型動物中產生的HCC腫瘤移植物之腫瘤負荷。
實例 5. 表現抑制子加抗 PD - 1 抗體分子或抗 PD - L1 抗體分子之組合顯示在減少小鼠中皮下移植 HCC 腫瘤細胞之腫瘤負荷方面的益處及耐受性在此實例中,測試ZF17-MQ1與免疫檢查點阻斷劑抗PD-1抗體分子及抗PD-L1抗體分子之組合減少活體內Hepa1-6腫瘤負荷之能力。
在此實例中,藉由將Hepa 1-6腫瘤細胞植入左側腹,在九十二(92)隻雌性C57B/6小鼠中誘導疾病。當平均腫瘤體積達到大約100至150 mm 3時,開始處理。將小鼠分成處理組,使得各組之平均腫瘤體積大致相等。對小鼠IV、IP或PO注射測試物品。所有動物每日稱重且目測評估。在星期一、星期三及星期五或每週3次量測腫瘤大小。在此研究中,藉由以1 mg/kg Q5D給藥,使用B6小鼠中之Hepa1.6肝細胞癌皮下移植模型評估陰性對照GFP mRNA及測試物品ZF17-MQ1 mRNA (MR-30296)對腫瘤生長的影響。單獨且與抗PD-1或PD-L1免疫檢查點抑制劑抗體分子(分別為bioXcell純系RMP1-14及10F.9G2,以10 mg/kg每週給藥一次)組合評估測試藥劑。
相對於PBS對照物及陰性對照GFP mRNA (p<0.0001),用1 mg/kg之ZF17-MQ1處理會顯著地減少腫瘤生長。相對於PBS (p=0.0002)及GFP對照物(p<0.0001),用10 mg/kg之抗PD-1療法處理會顯著地減少腫瘤負荷。相對於PBS (p=0.0001)及GFP對照物(p<0.0001),用10 mg/kg之抗PD-L1療法處理會顯著地減少腫瘤負荷。相對於PBS (p=0.0001)及GFP對照物(p<0.0001),ZF17-MQ1與抗PD-1或抗PD-L1療法之組合顯著地減少腫瘤負荷(圖6A)。值得重視地,ZF17-MQ1與抗PD-1之組合相比於單獨用任一藥劑處理減少了腫瘤負荷,且ZF17-MQ1與抗PD-L1之組合相對於單獨用任一藥劑處理減少了腫瘤負荷。所有組合之動物體重耐受性良好(圖6B)。
此等結果顯示,與個別地提供任一類別之藥劑的療法相比,包括MYC之表觀遺傳調節劑及免疫檢查點抑制劑的組合療法在減少肝源性腫瘤生長方面呈現優良功效。
實例 6. 表現抑制子加抗 PD - 1 抗體分子或抗 PD - L1 抗體分子之組合顯示在減少小鼠中皮下移植結腸腺癌細胞之腫瘤負荷方面的益處及耐受性在此實例中,在小鼠中測試ZF17-MQ1與免疫檢查點抑制劑抗體分子抗PD-1及抗PD-L1之組合減少由皮下移植MC-38細胞(一種鼠類結腸腺癌細胞株)產生之活體內腫瘤負荷的能力。
在此實例中,藉由將MC-38腫瘤細胞植入左側腹,在八十二(82)隻雌性C57B/6小鼠中誘導疾病。當平均腫瘤體積達到大約100至150 mm 3時,開始處理。將小鼠分成處理組,使得各組的平均腫瘤體積大致相等。對小鼠IV、IP或PO注射測試物品。所有動物每日稱重且目測評估。在星期一、星期三及星期五或每週3次量測腫瘤大小。在此研究中,藉由以3 mg/kg Q5D給藥,使用B6小鼠中之MC38皮下移植模型評估陰性對照GFP mRNA及測試物品ZF17-MQ1 mRNA (MR-30296)對腫瘤生長的影響。單獨且與抗PD-1或PD-L1治療劑(每週兩次以10 mg/kg給藥)組合評估測試藥劑。
相對於PBS對照物(p=0.0003),用3 mg/kg之ZF17-MQ1處理會顯著地減少腫瘤生長。相對於PBS (p<0.0001)及GFP對照物(p=0.0348),用10 mg/kg之抗PD-1療法處理會顯著地減少腫瘤負荷。相對於PBS (p<0.0001)及GFP對照物(p=0.0126),用10 mg/kg之抗PD-L1療法處理會顯著地減少腫瘤負荷。值得重視地,相對於單獨ZF17-MQ1 (p=0.0050)及單獨抗PD-1 (p=0.0028),ZF17-MQ1與抗PD-1療法之組合顯著地減少腫瘤負荷(圖7A)。所有組合之動物體重耐受性良好(圖7B)。
此等結果指示,與個別地提供任一類別之藥劑的療法相比,包括MYC之表觀遺傳調節劑及免疫檢查點抑制劑的組合療法在減少結腸源性腫瘤生長方面呈現優良功效。與先前實例之結果相結合,此等結果表明,此類組合療法可有效地阻止廣泛多種腫瘤類型之生長。
實例 7. 在負載皮下移植之路易 ( Lewis ) 肺癌細胞之小鼠中 ZF17 - MQ1 及檢查點抑制劑抗體之組合相比於單藥療法以更大程度抑制腫瘤生長此實例展現表現抑制子與免疫檢查點抑制劑抗體分子之組合在肺癌之動物模型中之用途。
用以下處理負載皮下路易肺癌(LLC1)腫瘤之C56Bl6/J小鼠:PBS (媒劑)、ZF17-MQ1 (MR-30296,調配於MC3中)、GFP mRNA (調配於MC3中)、抗PD-1 (RMP1-14)抗體分子、抗PD-L1抗體分子(10F.9G2)、ZF17-MQ1 + 抗PD-1之組合,或ZF17-MQ1 + 抗PD-L1之組合,且量測腫瘤生長(圖8及圖9)。靜脈內投與PBS及LNP,且腹膜內投與抗體。亦量測小鼠體重(圖10)。
劑量/方案:ZF17-MQ1、GFP LNP及PBS以3 mg/kg、Q5D投藥6次。抗體以10 mg/kg、Q3D投與3週。亦量測體重。
腫瘤量測:每週兩次量測腫瘤之長度及寬度。腫瘤體積按照寬度 2×長度/2來計算。每日量測體重。
此等結果顯示在LLC1皮下腫瘤模型中,ZF17-MQ1處理會抑制腫瘤生長。在第22天,經PBS處理之小鼠將結束研究時,PBS、ZF17-MQ1、GFP mRNA、抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、ZF17-MQ1 + 抗PD-1及ZF17-MQ1 + 抗PD-L1組中,平均腫瘤體積分別為2005 mm 3、1289 mm 3、2077 mm 3、1025 mm 3、1315 mm 3、843 mm 3、724 mm 3。儘管經ZF17-MQ1處理之小鼠中之平均腫瘤體積與經抗PD-1或抗PD-L1處理之小鼠不可區分,但ZF17-MQ1與抗PD-1或抗PD-L1之組合顯著不同於ZF17-MQ1、抗PD-1或抗PD-L1處理,指示組合療法在此模型中相比於單藥療法以更大程度展現活性(圖8至圖10)。
此等結果展現,相比於單藥療法,ZF17-MQ1與抗PD-1抗體分子或抗PD-L1抗體分子之組合更有效地抑制活體內LLC1皮下腫瘤模型之腫瘤生長。
實例 8. 在負載皮下移植之結腸癌細胞之小鼠中 ZF17 - MQ1 及檢查點阻斷抗體之組合相比於單藥療法以更大程度抑制腫瘤生長此實例展現表現抑制子與免疫檢查點抑制劑抗體分子之組合在結腸癌之小鼠模型中之用途。
用以下處理負載皮下CT26腫瘤之C56Bl6/J小鼠:PBS (媒劑)、ZF17-MQ1 (MR-30296,調配於MC3中)、GFP mRNA (調配於MC3中)、抗PD-1 (RMP1-14)抗體分子、抗PD-L1抗體分子(10F.9G2)、ZF17-MQ1 + 抗PD-1之組合,或ZF17-MQ1 + 抗PD-L1之組合,且量測腫瘤生長(圖11及圖12)。靜脈內投與PBS及LNP,且腹膜內投與抗體。亦量測小鼠體重(圖13)。
劑量/方案:ZF17-MQ1、GFP LNP及PBS以3 mg/kg、Q5D投藥6次。抗體以10 mg/kg、Q3D投與3週。亦量測體重。
腫瘤量測:每週兩次量測腫瘤之長度及寬度。腫瘤體積按照寬度 2×長度/2來計算。每日量測體重。
此等結果顯示在CT26皮下腫瘤模型中,ZF17-MQ1處理抑制腫瘤生長。在經PBS處理之小鼠將結束研究時,PBS、ZF17-MQ1、GFP mRNA、抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子及ZF17-MQ1 + 抗PD-L1抗體分子組中,平均腫瘤體積分別為2169 mm 3、1503 mm 3、2093 mm 3、1375 mm 3、1203 mm 3、907 mm 3、832 mm 3。儘管經ZF17-MQ1處理之小鼠中之平均腫瘤體積與經抗PD-1抗體分子或抗PD-L1抗體分子處理之小鼠不可區分,但ZF17-MQ1與抗PD-1抗體分子或抗PD-L1抗體分子之組合顯著不同於ZF17-MQ1、抗PD-1抗體分子或抗PD-L1抗體分子處理,指示組合療法在此模型中相比於單藥療法以更大程度展現活性(圖9至圖11)。
此等結果展現,相比於單藥療法,ZF17-MQ1與抗PD-1抗體分子或抗PD-L1抗體分子之組合更有效地抑制活體內CT26 SQ腫瘤模型之腫瘤生長。
實例 9. NSCLC 中, 派立珠單抗治療下 MYC 過度表現與存活機率降低相關分析來自Tempus實驗室之人類患者NSCLC腫瘤資料。分析來自腫瘤樣品之活檢體的MYC mRNA含量且與報導疾病進展時間之資料相比較。圖14顯示與表現不足相比,過度表現MYC之患者的存活機率降低。此等結果表明,具有較高MYC mRNA含量之患者在使用派立珠單抗時存活率較差(傾向不同)。
實例 10. 雙順反子 ZF9 - MQ1 _ ZF3 - KRAB 劑量單藥療法若參與者接受至少1次劑量之雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB且完成28天劑量限制性毒性(DLT)觀測期,則參與者將被視為可評估DLT (除非參與者因為其在DLT期結束之前經歷5級毒性而未完成DLT期,在此情況下其將仍然可評估DLT)。
在提供知情同意書之後,參與者將經歷篩選評估(在入選之前至多28天)。
一旦入選研究,則將經由靜脈內輸注每2週一次(各28天週期之第1天及第15天)投與雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB。雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB將為包含5 mg/5 ml之單位劑量(1 mg/mL濃度)的用於靜脈內投與之LNP水性乳液。對於部分1中之第一劑量水平,將在各劑量之雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之前在開始輸注之前至少60分鐘投與前驅用藥,包括但不限於口服乙醯胺苯酚(例如500 mg)、靜脈內H1阻斷劑(例如苯海拉明,例如50 mg,或等效物)及靜脈內皮質類固醇(例如地塞米松,例如10 mg,或等效物)。對於劑量水平2及更高劑量,除可在與發起人醫學監測者討論之後由研究人員酌情添加的靜脈內皮質類固醇(例如地塞米松,例如10 mg,或等效物)外,需要相同前驅用藥。
雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之第一劑量將在劑量遞增期間在醫院環境中投與。在劑量遞增期間將使用前哨(sentinel)給藥策略。劑量遞增將以0.02 mg/kg開始且計劃繼續至0.05 mg/kg、0.08 mg/kg、0.125 mg/kg及0.15 mg/kg之臨時劑量水平(大約總共5個劑量水平)。
在第二週期完成之後,個別參與者可考慮以高於指派給其之劑量的雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之劑量進行治療。參與者必須在指定初始劑量水平下未經歷任何≥2級的通用不良事件術語準則(CTCAE)不良事件達至少2個療法週期,才能以更高劑量治療。可基於藥物動力學、藥效學、臨床觀測及/或安全性觀測使用所提出範圍內之中間劑量水平。任何中間劑量水平將低於下一計劃劑量遞增水平。MTD為≤1/6參與者經歷DLT之劑量水平,或若在任何劑量水平下未觀測到DLT,則MTD為所測試的最高劑量水平。
將在基線時及第一年中的每6週(±1週)且隨後每3個月(±3週),藉由使用對比劑進行的電腦斷層攝影(CT)掃描或磁共振成像(MRI)來進行腫瘤成像,直至出現疾病進展。另外,若歸因於臨床或症狀惡化而懷疑出現疾病進展,則將進行腫瘤成像以確認疾病進展。基於研究人員評估,對於HCC參與者根據改良實體腫瘤反應評估準則(mRECIST),且對於非HCC實體腫瘤參與者根據RECIST 1.1來評估反應。
將投與雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB直至出現疾病進展、不可接受之毒性(包括DLT)、撤回同意書、研究人員決定之參與者退出、死亡、開始後續治療,或直至2年(以先發生者為準)。只要參與者經研究人員所判斷在臨床上受益,則參與者可在確認疾病進展之後繼續研究治療。
根據相隔至少4週進行的2次腫瘤成像評估達成完全反應(CR)之參與者可在確認CR之後在研究人員判斷下中止研究治療。
將繼續每12週一次監測由於除疾病進展以外之原因而中止研究藥物之參與者之疾病狀態,直至開始新的抗癌療法、出現疾病進展、撤回同意書、死亡或研究結束(以先發生者為準)。將追蹤參與者之OS直至死亡、撤回同意書、直至2年或研究結束(以先發生者為準)。
安全性評估將包括不良事件(包括SAE)之發生率、嚴重程度;實驗室異常;心電圖(ECG)變化;細胞介素;C反應蛋白(CRP);及補體。將收集血漿樣品以評估PK。可收集血液樣品及腫瘤活檢樣品(若可獲得)。
不良事件將根據美國國家癌症研究院(National Cancer Institute,NCI) CTCAE版本5.0分級。潛在疾病之進展將不視為AE,除非研究人員認為與研究藥物相關。將自簽署知情同意書時開始收集不良事件,直至最後一次投與研究藥物後30天或開始新的抗癌療法(以先發生者為準)。在停止研究藥物之後,將跟蹤>1級之不良事件直至AE消退至≤1級或基線或直至開始新的抗癌療法(以先發生者為準)。
實例 11. 用於治療個體的雙順反子 ZF9 - MQ1 _ ZF3 - KRAB 及檢查點抑制劑之組合參與者將每2週(各28天/4週週期之第1天及第15天)經由靜脈內輸注來接受雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB。將在第1週期第1天開始接受檢查點抑制劑。在投與雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之同一天,在完成雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB輸注之後至少1小時且較佳不超過3小時投與檢查點抑制劑。
在一些實施例中,檢查點抑制劑包含派立珠單抗。派立珠單抗將以每6週400 mg之IV輸注形式歷經30分鐘(-5/+10分鐘)投與。投與雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB及派立珠單抗兩者之日時,將在完成雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB輸注後至少1小時且視情況小於3小時投與派立珠單抗輸注。
在一些實施例中,檢查點抑制劑包含阿特珠單抗。在某些實施例中,阿特珠單抗可以每2週840 mg之IV輸注形式歷經約30分鐘或約60分鐘投與。在一些實施例中,阿特珠單抗可以每3週1200 mg之IV輸注形式歷經約30分鐘或約60分鐘投與。在一些實施例中,阿特珠單抗可以每4週1650 mg之IV輸注形式歷經約30分鐘或約60分鐘投與。投與雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB及阿特珠單抗兩者之日時,將在完成雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB輸注後至少1小時且視情況小於3小時投與阿特珠單抗輸注。
類似於實例10,對於部分2中之第一劑量水平,將在各劑量之雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之前在開始輸注之前至少60分鐘投與前驅用藥,包括但不限於口服乙醯胺苯酚(例如500 mg)、靜脈內H1阻斷劑(例如苯海拉明,例如50 mg,或等效物)及靜脈內皮質類固醇(例如地塞米松,例如10 mg,或等效物)。對於劑量水平2及更高,除可在與發起人醫學監測者討論之後由研究人員酌情添加的靜脈內皮質類固醇(例如地塞米松,例如10 mg,或等效物)外,需要相同前驅用藥。
在安全性導入期期間,雙順反子ZF9-MQ1_ZF3-KRAB之第一劑量將在醫院投與,且參與者將在其初始輸注之後至少24小時加以觀測,且隨後若在研究人員判斷下臨床上穩定,則出院回家。在安全性導入期間給定參與者之後續劑量(初始後劑量)及在劑量擴增期間之所有劑量可在輸注中心門診投與,且若參與者在輸注期間及在輸注之後在臨床上穩定,則可出院回家。安全性導入期之所有3名參與者之入選及治療可同時進行。
在第一年每6週(±1週),隨後每3個月(±3週)直至疾病進展,藉由利用對比或MRI之CT掃描進行腫瘤成像。另外,若歸因於臨床或症狀惡化懷疑疾病進展,則將進行腫瘤成像以確認疾病進展。投與研究藥物將繼續直至疾病進展、不可接受之毒性(包括DLT)、撤回同意書、研究人員判斷之參與者退出、死亡、開始後續治療,或直至2年(以先發生者為準)。根據相隔至少4週進行的2個腫瘤成像評估達成CR之參與者可在確認CR之後在研究人員判斷下中止研究治療。只要參與者經研究人員所判斷在臨床上受益,參與者可在確認疾病進展之後繼續研究治療。
每12週(±3週)繼續監測由於除疾病進展以外之原因而中止研究藥物之參與者的疾病狀態,直至開始新抗癌療法、疾病進展、撤回同意書、死亡或研究結束(以先發生者為準)。將追蹤參與者之OS直至死亡、撤回同意書、直至2年或研究結束(以先發生者為準)。
將自簽署知情同意書時直至最後一次投與研究藥物後30天或開始新抗癌療法(以先發生者為準)收集不良事件。
實例 12. 肝細胞癌 ( HCC ) Hepa1 - 6 同基因型小鼠模型中的 ZF17 - MQ1 及檢查點阻斷抗體之組合 用於使用流動式細胞測量術評估腫瘤微環境中之浸潤免疫細胞 .此實例展現在HCC (Hepa1-6)之同基因型小鼠模型中使用表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑抗體(抗PD-1抗體分子)之組合,以評估浸潤免疫細胞群體之改變。
用以下處理負載皮下Hepa1-6腫瘤之C57B/6小鼠:PBS (媒劑對照組)、ZF17-MQ1 (MR-30296,調配於MC3中)、GFP mRNA (調配於MC3中)、抗PD-1 (純系RMP1-14)抗體分子,或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子之組合。靜脈內投與PBS、GFP mRNA或ZF17-MQ1,且腹膜內投與抗PD-1抗體分子。GFP-mRNA及ZF17-MQ1 mRNA以2 mg/kg、Q5D投與4次劑量。抗PD-1抗體分子以10 mg/kg、QW投與3次劑量。每週量測腫瘤生長三次(圖15A)。亦每日量測小鼠體重(圖15B)。此等結果顯示,當相比於PBS或GFP mRNA處理時,單獨或與抗PD-1抗體分子組合之ZF17-MQ1抑制Hepa1-6皮下腫瘤模型中之腫瘤生長。
在開始處理後第16天,處死小鼠且收集腫瘤且解離,以使用流動式細胞測量術量測腫瘤免疫細胞概況(圖16A至圖16H)。當相比於經PBS處理之對照組時,用ZF17-MQ1、抗PD-1抗體分子或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子之組合處理使CD8 T細胞總體增加(圖16D)。另外,抗PD-1抗體分子或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子之組合增加總體T細胞計數(圖16B)。ZF17-MQ1相比於PBS對照組顯著地減少浸潤腫瘤之抑制性調節T細胞(Treg)之百分比(圖16E)。另外,ZF17-MQ1與抗PD-1抗體分子之組合顯著地減少單獨抗PD-1抗體分子下觀測到之Treg的誘導(圖16E)。抑制性Treg之此增加引起抗PD-1抗體分子之不完全有效性及對其之潛在耐藥性。此等資料顯示ZF17-MQ1能夠顯著增加CD8+ T細胞相對於Treg之比率或活化CD8+ T細胞相對於Treg之比率(圖16G及圖16H)。此等結果展現單獨或與抗PD-1抗體分子組合之ZF17-MQ1能夠接合細胞毒性T細胞,同時抑制抑制性Treg,以更有效地利用後天性免疫系統來抑制Hepa1-6腫瘤生長。
實例 13. 肝細胞癌 ( HCC ) Hepa1 - 6 同基因型小鼠模型中免疫細胞耗乏與 ZF17 - MQ1 及檢查點阻斷抗體之組合 用於評估後天性及先天性免疫性對腫瘤生長抑制之貢獻 .此實例展現表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑抗體分子(抗PD-1)之組合在HCC之Hepa1-6同基因型小鼠模型中之使用。為了評估免疫細胞對單獨或與抗PD-1抗體分子組合之ZF17-MQ1之腫瘤生長抑制的貢獻,同基因型小鼠模型為用抗CD4抗體、抗CD8抗體或自然殺手1.1抗體耗乏之T細胞或自然殺手(NK)細胞。
將1×10 7個Hepa1-6細胞皮下接種至八十(80)隻雌性C57BL/6小鼠的左側腹。當腫瘤達到156.7 mm 3之平均體積(標準偏差±49.6 mm 3,範圍48.1至372.3 mm 3)時開始處理。使負載皮下Hepa1-6腫瘤之C57B/6小鼠保持未處理(對照組)或用抗CD4 (純系GK1.5)、抗CD8α (純系2.43)或抗NK1.1 (純系PK136)抗體預處理兩次(400 μg Q5Dx2)。預處理後,隨後將小鼠(未處理及預處理)分成各8隻小鼠之10個子組。研究如下進行:未處理(對照)小鼠投與:ZF17-MQ1 (MR-30296,調配於MC3中) (組1)、GFP mRNA (調配於MC3中) (組2)、抗PD-1 (純系RMP1-14)抗體分子(組3),或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子之組合(組4);抗CD8α預處理組投與:ZF17-MQ1 (組5)或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子(組6);抗CD4預處理組投與:ZF17-MQ1 (組7)或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子(組8);且抗NK1.1預處理組投與:ZF17-MQ1 (組9)或ZF17-MQ1 + 抗PD-1抗體分子(組10)。GFP mRNA及ZF17-MQ1 mRNA以2 mg/kg、Q5D靜脈內投與4次劑量。抗PD-1抗體分子以10 mg/kg、Q5D腹膜內投與4次劑量。每週量測腫瘤生長三次。
此等結果顯示,相比於單獨用ZF17-MQ1或抗PD-1抗體分子處理,與抗PD-1抗體分子組合投與ZF17-MQ1能夠更有效且更快地消除所有八隻小鼠中之腫瘤。值得注意地,在研究終止時在消除了腫瘤之小鼠中之任一者中未發現經消除腫瘤之再生長。在用抗CD4或抗CD8α預處理之後用ZF17-MQ1處理不如單獨ZF17-MQ1或ZF17-MQ1 + 抗NK1.1有效(圖17A)。ZF17-MQ1組未顯示單隻離群小鼠之資料,由圖17A內之「星形」指示。類似地,在抗NK1.1預處理組中,相比於抗CD4或抗CD8α組,投與ZF17-MQ1與抗PD-1抗體分子之組合的經預處理之子組展現更大的功效(圖17B)。此等資料顯示單獨或與抗PD-1抗體分子組合之ZF17-MQ1之功效可部分地經由後天性但非先天性免疫性驅動。此等資料與實例12中之腫瘤浸潤淋巴球資料一致。
實例 14. 使用肝細胞癌 ( HCC ) Hepa1 - 6 小鼠同基因型模型評估 ZF17 - MQ1 之免疫記憶. 此實例展現在HCC (Hepa1-6)之同基因型小鼠模型中使用單獨或與免疫檢查點抑制劑抗體(抗PD-1)組合之表現抑制子(ZF17-MQ1)產生針對Hepa1-6之免疫記憶。
將負載皮下Hepa1-6腫瘤之C57B/6小鼠分成4組(處理組各20隻小鼠,且PBS對照組10隻小鼠)。處理組接受ZF17-MQ1 (MR-30296,調配於MC3中;3 mg/kg IV Q5Dx6)、抗PD-1抗體分子(純系RMP1-14;10 mg/kg IP BIWx4),或ZF17-MQ1加抗PD-1抗體分子之組合。在處理大約30天之後,投與單獨抗PD-1抗體分子及組合處理(ZF17-MQ1加抗PD-1抗體分子)之組20/20腫瘤消除,而ZF17-MQ1組14/20腫瘤消除(圖18A)。經根據體重(BW)相對於基線之變化百分比所見,處理方案在研究過程中耐受良好(圖18B)。
為進一步評估ZF17-MQ1之免疫記憶,用Hepa1-6細胞及小鼠肺癌LL/2細胞(對照組)對先前處理之小鼠(例如ZF17-MQ1、抗PD-1抗體分子,及ZF17-MQ1及抗PD-1抗體分子之組合)進行(再)挑戰。在任何處理方案之最後一次給藥之後約70天,用小鼠癌細胞對年齡匹配之未經Hepa1-6細胞處理(naïve)之小鼠,及無可見Hepa1-6腫瘤之先前處理之小鼠進行(再)挑戰:左後側(left hind flank):小鼠肝癌Hepa1-6細胞(圖19A),及右後側:小鼠肺癌LL/2細胞(圖19B)。未處理小鼠在兩側生長Hepa1-6及LL/2腫瘤兩者。所有組中之先前處理之小鼠生長LL/2腫瘤,但Hepa1-6腫瘤未能在左側產生。此等結果展現單獨或與抗PD1組合之ZF17-MQ1能夠針對先前之Hepa1-6細胞暴露建立免疫記憶。
同等物應瞭解,雖然本發明已結合其實施方式描述,但前述描述意欲說明且不限制本發明之範疇,本發明之範疇係由隨附申請專利範圍之範疇定義。一些態樣、優勢及修改屬於以下申請專利範圍之範疇內。
該專利或申請案含有至少一張彩製圖。在申請且支付必要費用後,專利局將提供附有彩圖之此專利或專利申請公開案之複本。 本發明實施例之以下詳細描述當結合隨附圖式閱讀時將得到更好的理解。為了說明本發明之目的,附圖中顯示當前例示性實施例。然而,應瞭解,本發明不限於附圖中所示實施例之精確佈置及執行。 圖1描繪基於MYC啟動子之持久阻斷及CTCF/TF位點之短暫(48/72小時)阻斷之雙目標方法的示意圖,該持久阻斷使用與DNA甲基轉移酶融合的DBD,該短暫阻斷使用DBD或與短期效應子融合的DBD。 圖2A為顯示相對於未處理對照組之IFNγ刺激之HCC細胞株(Hep 3B)之PD-L1 mRNA表現的條形圖,且顯示ZF9-MQ1_ZF3-KRAB (原料藥(DS))誘導PD-L1 mRNA表現減少。此研究如實例1中所描述進行。 圖2B為顯示相對於未處理對照組之IFNγ刺激之HCC細胞株(SK-HEP-1)之PD-L1 mRNA表現的條形圖,且顯示ZF9-MQ1_ZF3-KRAB (原料藥(DS))誘導PD-L1 mRNA表現減少。此研究如實例1中所描述進行。 圖2C為顯示相對於未處理對照組之IFNγ刺激之HCC細胞株(Hep 3B)之PD-L1表面表現的條形圖,且顯示ZF9-MQ1_ZF3-KRAB (原料藥(DS))誘導PD-L1表面表現減少。此研究如實例1中所描述進行。 圖2D為顯示相對於未處理對照組之IFNγ刺激之HCC細胞株(SK-HEP-1)之PD-L1表面表現的條形圖,且顯示ZF9-MQ1_ZF3-KRAB (原料藥(DS))誘導PD-L1表面表現減少。此研究如實例1中所描述進行。 圖3A為顯示在無處理(未處理)、對照物(零亂(scrambled))或表現抑制子(ZF9-MQ1_ZF54-KRAB)之後48小時之後H2009細胞中的MYC mRNA表現的圖式。此研究如實例2中所描述進行。 圖3B為顯示在無處理(未處理)、對照物(零亂)或表現抑制子(ZF9-MQ1_ZF54-KRAB)之後48小時之後H2009細胞中的PD-L1表現的圖式。此研究如實例2中所描述進行。 圖4A為顯示在無處理(未處理)、對照物(零亂)或表現抑制子(ZF9-MQ1_ZF54-KRAB)之後48小時之後H460細胞中的MYC mRNA表現的圖式。此研究如實例2中所描述進行。 圖4B為顯示在無處理(未處理)、對照物(零亂)或表現抑制子(ZF9-MQ1_ZF54-KRAB)之後48小時之後H460細胞中的PD-L1表現的圖式。此研究如實例2中所描述進行。 圖5A為顯示在用表現抑制子ZF17-MQ1處理之後24及48小時Hepa1.6細胞中MYC mRNA表現顯著減少的條形圖。此研究如實例3中所描述進行。 圖5B為顯示用表現抑制子ZF-MQ1處理之後24及48小時Hepa1.6 DNA甲基化之顯著增加的條形圖。此研究如實例3中所描述進行。 圖6A為顯示皮下異種移植腫瘤模型中之Hepa1-6腫瘤體積的圖式。圖式顯示表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-1及抗PD-L1抗體分子)組合減少活體內腫瘤負荷。此研究如實例5中所描述進行。 圖6B為顯示同基因型小鼠腫瘤模型中之Hepa1-6相對於基線之體重(BW)變化百分比的圖式。此研究如實例5中所描述進行。 圖7A為顯示皮下異種移植腫瘤模型中之MC38腫瘤體積的圖式。圖式顯示表現抑制子與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-1及抗PD-L1抗體分子)組合減少活體內腫瘤負荷。此研究如實例6中所描述進行。 圖7B為顯示MC38皮下異種移植模型中相對於基線之體重(BW)變化百分比的圖式。此研究如實例6中所描述進行。 圖8為顯示LLC1皮下腫瘤模型中腫瘤體積之圖式。該圖式顯示表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-1抗體分子)組合顯著抑制腫瘤生長。此研究如實例7中所描述進行。 圖9為顯示LLC1皮下腫瘤模型中腫瘤體積之圖式。該圖式顯示表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-L1抗體分子)組合顯著抑制腫瘤生長。此研究如實例7中所描述進行。 圖10為顯示LLC1皮下腫瘤模型中相對於基線之體重(BW)變化百分比的圖式。此研究如實例7中所描述進行。 圖11為顯示CT26皮下腫瘤模型中腫瘤體積的圖式。該圖式顯示表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-1抗體分子)組合顯著抑制腫瘤生長。此研究如實例8中所描述進行。 圖12為顯示CT26皮下腫瘤模型中腫瘤體積之圖式。該圖式顯示表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-L1抗體分子)組合顯著抑制腫瘤生長。此研究如實例8中所描述進行。 圖13為顯示CT26皮下腫瘤模型中相對於基線之體重(BW)變化百分比的圖式。此研究如實例8中所描述進行。 圖14為顯示用派立珠單抗治療下存活機率降低的圖式。MYC過度表現及至進展時間之單變數卡本-麥爾(Kaplan-Meier)分析。已省略大於99百分位數及小於30天的至進展時間條目。 圖15A為顯示Hepa1-6皮下腫瘤模型中腫瘤體積的圖式。該圖式顯示表現抑制子(ZF17-MQ1)單獨或與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-1抗體分子)組合抑制腫瘤生長。此研究如實例12中所描述進行。 圖15B為顯示Hepa1-6皮下腫瘤模型中相對於基線之體重(BW)變化百分比的圖式。此研究如實例12中所描述進行。 圖16A為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內之總活細胞中之CD45細胞群體%的圖區。此實例如實例12中所描述進行。 圖16B為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內之CD45+細胞群體內之CD3+細胞%的圖區。此實例如實例12中所描述進行。 圖16C為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內之CD45+細胞群體內之CD3+CD4+細胞%的圖區。*p<0.05,**p<0.005,***p<0.001,****p<0.0001。此實例如實例12中所描述進行。 圖16D為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內之CD45+細胞群體內之CD3+CD8+細胞%的圖區。*p<0.05,**p<0.005,***p<0.001,****p<0.0001。此實例如實例12中所描述進行。 圖16E為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內之CD45+細胞群體內之CD3+CD4+CD25+CD127Lo (Treg)細胞%的圖區。*p<0.05,**p<0.005,***p<0.001,****p<0.0001。此實例如實例12中所描述進行。 圖16F為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內CD45+細胞群體內之活化CD8 T細胞(CD3+CD8+CD69+) %的圖區。*p<0.05,**p<0.005,***p<0.001,****p<0.0001。此實例如實例12中所描述進行。 圖16G為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內CD8+ T細胞相對於Treg (調節T細胞群體)之比率的圖區。*p<0.05,**p<0.005,***p<0.001,****p<0.0001。此實例如實例12中所描述進行。 圖16H為顯示Hepa1-6皮下腫瘤內活化CD8 T細胞(CD3+CD8+CD69+群體)相對於Treg (調節T細胞群體)之比率的圖區。*p<0.05,**p<0.005,***p<0.001,****p<0.0001。此實例如實例12中所描述進行。 圖17A為顯示Hepa1-6皮下腫瘤模型中腫瘤體積的圖式。該圖式顯示T細胞耗乏及NK細胞耗乏對表現抑制子(ZF17-MQ1)之功效的影響。圖式按降序顯示第17天之GFP、ZF17-MQ1 + 抗CD4、ZF17-MQ1 + 抗CD8α、ZF17-MQ1、ZF17-MQ1 + 抗NK1.1組之腫瘤生長。星形指示ZF17-MQ1組資料之一個離群小鼠資料未包括於圖式中。此研究如實例13中所描述進行。 圖17B為顯示Hepa1-6皮下腫瘤模型中腫瘤體積的圖式。該圖式顯示T細胞耗乏及NK細胞耗乏對表現抑制子(ZF17-MQ1)與免疫檢查點抑制劑多肽(抗PD-1抗體分子)組合之功效的影響。星形指示ZF17-MQ1組資料之一個離群小鼠資料未包括於圖式中。此研究如實例13中所描述進行。 圖18A為顯示在用表現抑制子(ZF17-MQ1)、抗PD-1抗體分子或其組合處理下Hepa1-6皮下腫瘤模型中腫瘤體積的圖式。此研究如實例14中所描述進行。 圖18B為顯示Hepa1-6皮下腫瘤模型中相對於基線之體重(BW)變化百分比的圖式。此研究如實例14中所描述進行。 圖19A為顯示在Hepa1-6細胞(再)挑戰下Hepa1-6皮下腫瘤模型中的腫瘤體積的圖式。此研究如實例14中所描述進行。 圖19B為顯示在LL/2細胞作為對照物挑戰下Hepa1-6皮下腫瘤模型中的腫瘤體積的圖式。此研究如實例14中所描述進行。
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Claims (83)

  1. 一種治療有需要個體之癌症的方法,該方法包含向該個體投與: (1)編碼表現抑制子之核酸(例如RNA,例如mRNA),其中該表現抑制子包含: (a)     結合MYC基因座之靶向部分,及 (b)     視情況選用之效應部分, 其中該表現抑制子能夠減少MYC表現;及 (2)免疫檢查點抑制劑多肽(例如抗體分子或肽)。
  2. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-1抗體分子、抗PD-L1抗體分子、抗CTLA4抗體分子、抗LAG3抗體分子、抗PD-L2抗體分子、抗Tim3抗體分子及抗KIR抗體分子或抗BTLA抗體分子。
  3. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-1抗體分子。
  4. 如請求項3之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含表18之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  5. 如請求項3或4之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含重鏈可變區之抗體分子,該重鏈可變區包含: i)表18中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 208、211、214或217; ii)相對於表18中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 208、211、214或217,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表18中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 208、211、214或217,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  6. 如請求項3至5中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表18中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 209、212、215或218; ii)相對於表18中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 209、212、215或218,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表18中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 209、212、215或218,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  7. 如請求項3至6中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之測米匹單抗(cemiplimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  8. 如請求項3至6中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之多塔利單抗(dostarlimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  9. 如請求項3至6中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之納武單抗(nivolumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  10. 如請求項3至6中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之派立珠單抗(pembrolizumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  11. 如請求項3至6中任一項之方法,其中該抗PD-1抗體分子包含表19或表20之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  12. 如請求項3之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含根據Kabat或Chothia之MIH4之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3的抗體分子。
  13. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-L1抗體分子。
  14. 如請求項13之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含表21之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  15. 如請求項13或14之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表21中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 238、241或244; ii)相對於表21中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 238、241或244,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表21中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 238、241或244,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  16. 如請求項13至15中任一項之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表21中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 239、242或245; ii)相對於表21中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 239、242或245,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表21中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 239、242或245,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  17. 如請求項13之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之mAb 10F.9G2之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  18. 如請求項13之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之阿特珠單抗(atezolizumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3,例如表22之序列之CDR。
  19. 如請求項13或18之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含:包含胺基酸序列GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 259)之HC CDR1、包含胺基酸序列AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 260)之HC CDR2及包含胺基酸序列RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 261)之HC CDR3;及/或包含胺基酸序列RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 262)之LC CDR1、包含胺基酸序列SASFLYS (SEQ ID NO: 263)之LC CDR2及包含胺基酸序列QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 264)之LC CDR3。
  20. 如請求項13之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之阿維魯單抗(avelumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  21. 如請求項13之方法,其中該抗PD-L1抗體分子包含根據Kabat或Chothia之度伐魯單抗(durvalumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  22. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗CTLA-4抗體分子。
  23. 如請求項22之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含表23之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  24. 如請求項22或23之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表23中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 247; ii)相對於表23中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 247,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表23中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 247,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  25. 如請求項22至24中任一項之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表23中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 248; ii)相對於表23中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 248,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表23中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 248,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  26. 如請求項23之方法,其中該抗CTLA-4抗體分子包含根據Kabat或Chothia之伊匹單抗(ipilimumab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  27. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗LAG3抗體分子。
  28. 如請求項27之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含表24之序列之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  29. 如請求項27或28之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含重鏈可變區,該重鏈可變區包含: i)表24中所列之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 250或280; ii)相對於表24中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 250或280,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表24中所提供之任何重鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No.: 250或280,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  30. 如請求項27至29中任一項之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含輕鏈可變區,該輕鏈可變區包含: i)表24中所列之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 251或281; ii)相對於表24中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 251或281,具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列;或 iii)與表24中所提供之任何輕鏈可變區之胺基酸序列,例如SEQ ID No: 251或281,具有至少95%一致性的胺基酸序列。
  31. 如請求項27之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據Kabat或Chothia之瑞拉利單抗(relatlimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  32. 如請求項27之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據表25之瑞拉利單抗之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  33. 如請求項27之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據Kabat或Chothia之法澤利單抗(favezelimab)之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  34. 如請求項28之方法,其中該抗LAG3抗體分子包含根據表25之法澤利單抗之HC CDR1、HC CDR2、HC CDR3、LC CDR1、LC CDR2及LC CDR3。
  35. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗PD-L2抗體分子。
  36. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗Tim3抗體分子。
  37. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗殺手IgG樣受體(KIR)抗體分子。
  38. 如請求項1之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為抗體分子,該抗體分子包含抗BTLA抗體分子。
  39. 如前述請求項中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑抗體分子係藉由注射(例如皮下或靜脈內)投與。
  40. 如前述請求項中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑抗體分子係例如每1、2、3、4、5、6或7週以約1 mg/kg至30 mg/kg或約100 mg至約2000 mg之劑量投與。
  41. 如請求項1、2、13至18、38或39中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含阿特珠單抗之抗體分子,且每2週以靜脈內輸注形式(例如,歷經30分鐘或歷經60分鐘)投與(例如,840 mg)。
  42. 如請求項1、2、13至19、38或39中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含阿特珠單抗之抗體分子,且每3週以靜脈內輸注形式(例如,歷經30分鐘或歷經60分鐘)投與(例如,1200 mg)。
  43. 如請求項1、2、13至19、38或39中任一項之方法,其中該免疫檢查點抑制劑多肽為包含阿特珠單抗之抗體分子,且每4週以靜脈內輸注形式(例如,歷經30分鐘或歷經60分鐘)投與(例如,1680 mg)。
  44. 如前述請求項中任一項之方法,其中在投與之後,該個體中之腫瘤體積減小。
  45. 如前述請求項中任一項之方法,其中在投與之後,該個體中之MYC mRNA含量減少。
  46. 如前述請求項中任一項之方法,其中在投與之後,該個體中之表面PD-L1蛋白質含量減少。
  47. 如前述請求項中任一項之方法,其中該靶向部分結合MYC啟動子。
  48. 如前述請求項中任一項之方法,其中該靶向部分結合包含以下中之任一者之序列中之至少16、17、18、19或20個核苷酸之基因體基因座:SEQ ID NO: 83、2、3、75-86、97-107、109、110、190-192或199-202。
  49. 如前述請求項中任一項之方法,其中該癌症為肝細胞癌(HCC)、纖維板層肝細胞癌(FHCC)、膽管癌、血管肉瘤或繼發性肝癌。
  50. 如前述請求項中任一項之方法,其中該核酸包含RNA,例如mRNA。
  51. 如前述請求項中任一項之方法,其中: 該靶向部分結合包含SEQ ID NO: 83之序列中之至少16、17、18、19或20個核苷酸的基因體基因座,及 該表現抑制子包含第一效應部分,其中該效應部分包含DNA甲基轉移酶。
  52. 如請求項51之方法,其中該靶向部分包含鋅指域。
  53. 如請求項51或52之方法,其中該靶向部分包含根據SEQ ID NO: 13之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  54. 如請求項51至53中任一項之方法,其中該效應部分包含MQ1或其功能變異體或片段。
  55. 如請求項51至54中任一項之方法,其中該效應部分包含SEQ ID NO: 19或87之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  56. 如請求項51至55中任一項之方法,其中該效應部分包含SEQ ID NO: 129之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  57. 如請求項51至55中任一項之方法,其中該RNA包含編碼該靶向部分之核苷酸序列,其中編碼該靶向部分之該核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 131之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  58. 如請求項51至57中任一項之方法,其中該RNA包含編碼該效應部分之核苷酸序列,其中編碼該效應部分之該核苷酸序列包含根據SEQ ID NO: 132之序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  59. 如請求項51至58中任一項之方法,其中該RNA包含根據SEQ ID NO: 130之核苷酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  60. 如請求項51至59中任一項之方法,其中該RNA進一步編碼第二表現抑制子,其中該第二表現抑制子包含: 結合第二基因體基因座之第二靶向部分,及 第二效應部分。
  61. 如請求項61之方法,其中該第二靶向部分結合包含SEQ ID NO: 77之序列中之至少14、15、16、17、18、19或20個核苷酸之第二基因體基因座。
  62. 如請求項60或61之方法,其中該第二靶向部分包含鋅指域。
  63. 如請求項60至62中任一項之方法,其中該第二靶向部分包含根據SEQ ID NO: 7之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  64. 如請求項60至63中任一項之方法,其中該第二效應部分包含KRAB或其功能變異體或片段。
  65. 如請求項60至64中任一項之方法,其中該第二效應部分包含根據SEQ ID NO: 18之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  66. 如請求項60至65中任一項之方法,其中該第二表現抑制子包含根據SEQ ID NO: 24之胺基酸序列,或與其具有至少80、85、90、95、99或100%一致性,或與其具有不超過20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個位置之差異的序列。
  67. 如請求項60至66中任一項之方法,其中該RNA包含根據SEQ ID NO: 113之核苷酸序列。
  68. 如前述請求項中任一項之方法,其中該核酸調配於脂質奈米粒子(LNP)中,其中視情況該核酸囊封在該等LNP內部。
  69. 如前述請求項中任一項之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA) 係例如每2週以IV輸注形式,例如歷經80至120分鐘投與。
  70. 如前述請求項中任一項之方法,其中該核酸係例如每1、2、3、4、5、6或7週以約0.001 mg/kg至1.5 mg/kg或約0.002 mg/kg至1.5 mg/kg之劑量投與。
  71. 如前述請求項中任一項之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)及該檢查點抑制劑多肽係在不同天投與。
  72. 如前述請求項中任一項之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)及該檢查點抑制劑多肽係在同一天投與。
  73. 如請求項72之方法,其中編碼該表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)係在該檢查點抑制劑多肽投與之前投與。
  74. 如請求項72或73之方法,其中該檢查點抑制劑多肽在完成投與編碼表現抑制子之該核酸(例如RNA,例如mRNA)後1至24小時之間投與。
  75. 如前述請求項中任一項之方法,相比於單獨投與該免疫檢查點抑制劑多肽,其導致腫瘤浸潤Treg細胞減少(例如減少約10%、20%、30%、40%或50%)。
  76. 如前述請求項中任一項之方法,相對於該投與之前的含量,其未導致腫瘤浸潤Treg細胞增加。
  77. 如前述請求項中任一項之方法,相對於該投與之前的含量,其導致腫瘤浸潤T細胞增加。
  78. 如前述請求項中任一項之方法,相對於該投與之前的含量,其導致腫瘤浸潤CD8+ T細胞增加。
  79. 如前述請求項中任一項之方法,相對於該投與之前的含量,其導致活化腫瘤浸潤CD8+ T細胞增加。
  80. 如前述請求項中任一項之方法,相對於該投與之前的比率,其導致腫瘤浸潤CD8+ T細胞相對於腫瘤浸潤Treg細胞之比率增加。
  81. 如前述請求項中任一項之方法,相對於該投與之前的比率,其導致活化腫瘤浸潤CD8+ T細胞相對於腫瘤浸潤Treg細胞之比率增加。
  82. 如前述請求項中任一項之方法,其導致例如持續至少10、20、30、40、50、60或70天之完全緩解。
  83. 如請求項82之方法,其中該個體在完全緩解時段期間未接受編碼該表現抑制子之該核酸或該免疫檢查點抑制劑多肽中之一或兩者。
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