TW202332763A

TW202332763A - 微生物菌群

Info

Publication number: TW202332763A
Application number: TW111146253A
Authority: TW
Inventors: 里羅伯特史汪; 帕宛庫瑪; 愛迪特亞巴哈拉; 席泰爾Ａ崔帕錫; 阿努布里特帕瑪爾; 約書亞Ｊ漢彌爾頓; 愛麗兒Ｒ布朗包格; 但丁Ｐ瑞奇; 漢斯理查威廉雷曼; 雅瑞安娜Ｍ席格勒; 詹姆士伯爾曼; 柴克瑞華特斯; 凱爾雅各比; 尼可拉斯Ｄ揚布魯特; 安德列斯葛勞爾; 艾蜜莉德拉班特康力
Original assignee: 美商聯邦生物公司
Priority date: 2021-12-01
Filing date: 2022-12-01
Publication date: 2023-08-16
Also published as: WO2023102091A2; WO2023102091A3; US20230165913A1

Abstract

本發明提供微生物菌群，其包含能夠在個體的胃腸道中穩定植入的產甲酸草酸桿菌( O. formigenes)以及其使用及製備方法。

Description

微生物菌群

本發明大體上關於用於向動物投與以降解疾病相關代謝受質的微生物菌群。

胃腸道沿其縱向長度包含各種生物生態位，具有不同的物理、化學及營養組成。由於此等不同的條件，特定的微生物群落在特定的生物生態位內建立。包含特定微生物群落的微生物物種對其局部環境高度敏感，並產生一系列生物活性分子，促進宿主植入、微生物間通訊、營養代謝以及競爭微生物物種的納入或排除。更複雜的是，個體之間人類胃腸道中的微生物物種及菌株存在很大差異，此歸因於許多因素，包括遺傳、飲食、抗生素及抗真菌劑的使用、手術干預(例如，胃旁路/腸切除術)、發炎性腸病及/或大腸急躁症以及其他環境影響的存在。然而，儘管存在此種個體間差異，但不同人類腸道微生物相的功能屬性在健康成年人中相對一致，且包含參與碳水化合物代謝、胺基酸代謝、醱酵及氧化磷酸化的核心代謝路徑。

經由使用抗生素、抗真菌劑以及最近的糞便微生物移植(「FMT」)來調節胃腸道中的微生物物種，已經成為臨床研究用於治療及/或預防某些疾病及病症的方法。舉例而言，Dodd等人( Nature, 2007, 551: 648-652)已經提出FMT作為治療劑來調節無菌小鼠血清中芳族胺基酸代謝物的含量，其會影響腸道滲透性及全身免疫力。在進一步的實例中，亦提議投與細菌組合物作為治療難養芽胞梭菌( Clostridium difficile)感染、潰瘍性結腸炎、膽汁鬱積性疾病及高草酸鹽尿症的方法。

作為治療各種疾病及/或病況的模式，需要包含複數種微生物物種的微生物組合物，該複數種微生物物種具有改善的治療功效且能夠在胃腸道各種生物生態位及不同個體的各種胃腸道環境中有效植入宿主、生長及將致病受質代謝為非致病代謝產物。此外，對於使用複雜的微生物群落來治療疾病的需求尚未得到滿足，該微生物群落可以在人類胃腸道中植入並共生地發揮作用以降解疾病相關的代謝受質。

本發明係關於用於減少受試者中草酸鹽之組合物及方法。在某些非限制性實施例中，本發明提供一種組合物，其包含至少1種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該至少一種菌株表現選自甲醯輔酶A轉移酶、草酸鹽-甲酸鹽反向運輸蛋白及草醯輔酶A脫羧酶的酶。在某些實施例中，該至少1種代謝草酸鹽的微生物菌株係來自草酸桿菌( Oxalobacter)屬。

在某些實施例中，該組合物包含至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株係同一物種之不同菌株。在某些實施例中，該至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株係不同物種之不同菌株。

在某些實施例中，該物種係產甲酸草酸桿菌( Oxalobacter formigenes/O. formigenes)，並且視情況其中代謝草酸鹽的微生物菌株之數目係3種或更多種。

在某些實施例中： a)至少一種菌株係低pH耐受性菌株； b)至少一種菌株係高草酸鹽耐受性菌株；及/或 c)至少一種菌株係高生長率菌株。

在某些非限制性實施例中，本發明提供一種組合物，其包含至少2種產甲酸草酸桿菌菌株，其中該等菌株中之各者包含一或多種以下功能：a)低pH耐受性菌株；b)高草酸鹽耐受性菌株；及/或c)高生長率菌株。

本發明進一步提供一種組合物，其包含至少3種產甲酸草酸桿菌菌株，其中：a)至少一種菌株係低pH耐受性菌株；b)至少一種菌株係高草酸鹽耐受性菌株；及c)至少一種菌株係高生長率菌株。

在某些實施例中，該低pH耐受性菌株可以在介於約4至約6之間的pH下代謝草酸鹽。在某些實施例中，該低pH耐受性菌株可以在約5的pH下代謝草酸鹽。在某些實施例中，該高草酸鹽耐受性菌株可以在介於約5 mM至約30 mM之間的濃度下代謝草酸鹽。在某些實施例中，該高草酸鹽耐受性菌株可以在約15 mM的濃度下代謝草酸鹽。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。在某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。

在某些實施例中，該組合物進一步包含一或多種代謝甲酸鹽的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含一或多種催化多醣醱酵的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含一或多種催化胺基酸醱酵的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含催化至少一種選自由甲烷、乙酸鹽、硫化物、丙酸鹽及琥珀酸鹽組成之群的分子之合成的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含催化結合型膽汁酸的去結合以產生初級膽汁酸的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含催化膽酸(CA)轉化為7-側氧基膽酸的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含催化7-側氧基膽酸轉化為7-β-膽酸(7βCA)的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含催化鵝去氧膽酸(CDCA)轉化為7-側氧基鵝去氧膽酸的微生物。在某些實施例中，該組合物進一步包含催化7-側氧基鵝去氧膽酸轉化為熊去氧膽酸(UDCA)的微生物。

在某些實施例中，該組合物包含：a)菌群I或其功能等效物；b)菌群II或其功能等效物；c)菌群III或其功能等效物；d)菌群IV或其功能等效物；e)菌群V或其功能等效物；f)菌群VI或其功能等效物；g)菌群VII或其功能等效物；h)菌群VIII或其功能等效物；i)菌群IX或其功能等效物；j)菌群X或其功能等效物；k)菌群XI或其功能等效物；l)菌群XII或其功能等效物；m)菌群XIII或其功能等效物；n)菌群XIV或其功能等效物；o)菌群XV或其功能等效物；p)菌群XVI或其功能等效物；q)菌群XVII或其功能等效物；r)菌群XVIII或其功能等效物；或s)菌群XIX或其功能等效物。

在某些實施例中，該組合物進一步包含第二組合物，該第二組合物包含奇特龍梭菌( Clostridium citroniae)、薩耶斯類桿菌( Bacteroides salyersiae)、卵形布勞特氏菌( Blautia obeum)、糞副類桿菌( Parabacteroides merdae)、迪氏副類桿菌( Parabacteroides distasonis)、龐大厭氧棒狀菌( Anaerostipes hadrus)、毛螺菌( Lachnospiraceae sp.) FBI00033、挑剔真桿菌( Eubacterium eligens)、齒雙叉桿菌( Bifidobacterium dentium)、魏氏布勞特氏菌( Blautia wexlerae)、食糖紡錘鏈桿菌( Fusicatenibacter saccharivorans)、諾德氏類桿菌( Bacteroides nordii)、產甲酸多爾氏菌( Dorea formicigenerans)、長鏈多爾氏菌( Dorea longicatena)、鼠糞類桿菌( Bacteroides stercorirosoris)、長雙叉桿菌( Bifidobacterium longum)、KRIBBI類桿菌( Bacteroides kribbi)、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌( Bacteroides thetaiotaomicron)、梭狀梭菌( Clostridium clostridioforme)、閃爍梭菌( Clostridium scindens)、人羅斯氏菌( Roseburia hominis)、福斯梭菌( Clostridium fessum)、伴生糞球菌( Coprococcus comes)、糞布勞特氏菌( Blautia faecis)、海瑟威亨蓋特拉菌( Hungatella hathewayi)、糞便類桿菌( Bacteroides stercoris)、產氣柯林斯氏菌( Collinsella aerofaciens)、外流亨蓋特拉菌( Hungatella effluvii)、青春雙叉桿菌( Bifidobacterium adolescentis)、鏈狀雙叉桿菌( Bifidobacterium catenulatum)、羅氏乳桿菌( Lactobacillus rogosae)、糞類桿菌( Bacteroides faecis)、芬氏類桿菌( Bacteroides finegoldii)、梭菌( Clostridiaceae sp.) FBI00191、糞瘤胃球菌( Ruminococcus faecis)、帕氏乳桿菌( Lachnoclostridium pacaense)、鮑氏梭菌( Clostridium bolteae)、鼠盲腸長鏈菌( Longicatena caecimuris)、緩慢愛格士氏菌( Eggerthella lenta)、馬賽布勞特氏菌( Blautia massiliensis)、溶木聚糖類桿菌( Bacteroides xylanisolvens)、普通類桿菌( Bacteroides vulgatus)、馬賽巨型球菌( Megasphaera massiliensis)、人糞丁酸單胞菌( Butyricimonas faecihominis)、泰伊艾森伯格菌( Eisenbergiella tayi)、腸胺基酸球菌( Acidaminococcus intestini)、蒂莫恩新興菌( Emergencia timonensis)、假小鏈雙叉桿菌( Bifidobacterium pseudocatenulatum)、霍氏真桿菌( Eubacterium hallii)、糞厭氧棒形菌( Anaerofustis stercorihominis)、凸腹真桿菌( Eubacterium ventriosum)、氫養布勞特氏菌( Blautia hydrogenotrophica)、毛螺菌FBI00290，或功能等效的微生物菌群。

在某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、FBI00290，或其功能等效物。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。

在某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。

在某些實施例中，該組合物進一步包含第三組合物，該第三組合物包含蒂莫恩錐尾桿菌( Acutalibacter timonensis)、昂氏別樣桿菌( Alistipes onderdonkii)、單形類桿菌( Bacteroides uniformis)、直腸真桿菌( Eubacterium rectale)、蒂莫恩別樣桿菌( Alistipes timonensis)、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌( Coprococcus eutactus)、沃氏嗜膽菌( Bilophila wadsworthia)、屎類桿菌( Bacteroides caccae)、沙氏別樣桿菌( Alistipes shahii)、排泄物副薩特氏菌( Parasutterella excrementihominis)、克拉副普雷沃菌( Paraprevotella clara)、華德薩特氏菌( Sutterella wadsworthensis)、馬賽薩特氏菌( Sutterella massiliensis)、不解糖吡咯單胞菌( Porphyromonas asaccharolytica)、布氏瘤胃球菌( Ruminococcus bromii)、解果膠單球菌( Monoglobus pectinilyticus)、瘤胃球菌( Ruminococcaceae sp.) FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌( Gordonibacter pamelaeae)、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌( Bacteroides fragilis)、糞考拉桿菌( Phascolarctobacterium faecium)、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌( Clostridium aldenense)、乳酸形成羅塞尼亞桿菌( Ruthenibacterium lactatiformans)、卵形類桿菌( Bacteroides ovatus)、雙歧雙叉桿菌( Bifidobacterium bifidum)、馬賽厭氧棍狀菌( Anaerotruncus massiliensis)、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌( Catabacter hongkongensis)、塞內加爾別樣桿菌( Alistipes senegalensis)、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌( Dielma fastidiosa)、惰性真桿菌( Eubacterium siraeum)、普氏棲糞桿菌( Faecalibacterium prausnitzii)、血蘇黎世桿菌( Turicibacter sanguinis)、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌( Methanobrevibacter smithii)、腸道巴恩斯氏菌( Barnesiella intestinihominis)、昂氏別樣桿菌、史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物。

在某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、FBI00292，或其功能等效物。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。

在某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。

在某些實施例中，該組合物進一步包含第四組合物，該第四組合物包含青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌、溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物。

在某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、FBI00271，或其功能等效物。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。在某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。

在某些實施例中，該組合物進一步包含第五組合物，該第五組合物包含腐爛別樣桿菌( Alistipes putredinis)、嗜琥珀酸小類桿菌( Dialister succinatiphilus)、嗜黏蛋白艾克曼氏菌( Akkermansia muciniphila)、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌( Dialister invisus)、馬賽類桿菌( Bacteroides massiliensis)、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌( Holdemanella biformis)、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌( Alistipes sp.) FBI00180、糞居類桿菌( Bacteroides coprocola)、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌( Eubacterium xylanophilum)、厭氧塞內加爾馬賽菌( Senegalimassilia anaerobia)，或其功能等效物。

在某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、FBI00281，或其功能等效物。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。

在某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。

此外，本發明提供一種微生物菌群，其包含以下中闡述之微生物菌株：表1、表2、表3、表4、表5、表6、表7、表8、表9、表10、表11、表12、表13、表14、表15、表16、表17、表18、表19，或其功能等效物。

本發明亦提供一種微生物菌群，其包含表22中闡述之微生物菌株或其功能等效物。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NOs: 1-148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NOs: 1-148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NOs: 1-148。在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與SEQ ID NOs: 1-148中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致。在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與SEQ ID NOs: 1-148中闡述之核苷酸序列一致。

本發明進一步提供包含本文揭示之微生物菌群的組合物。

在某些實施例中，本文揭示之組合物係醫藥組合物。

在某些實施例中，該組合物包含約5 × 10 ¹⁰至約5 × 10 ¹¹個活細胞。在某些實施例中，該組合物包含約5 × 10 ⁹至約5 × 10 ¹⁰個活細胞。在某些實施例中，該組合物包含約5 × 10 ¹¹至約5 × 10 ¹²個活細胞。在某些實施例中，該組合物包含至多約5 × 10 ¹²個活細胞。

在某些實施例中，該組合物包含約10%至約50%的代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約10%至約50%的產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約20%的產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約30%的產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約40%的產甲酸草酸桿菌菌株。

本發明進一步提供一種製造本文揭示之組合物或微生物菌群的方法。在某些實施例中，該方法包含獲得及摻合： a)第一組合物，其包含奇特龍梭菌、薩耶斯類桿菌、卵形布勞特氏菌、糞副類桿菌、迪氏副類桿菌、龐大厭氧棒狀菌、毛螺菌FBI00033、挑剔真桿菌、齒雙叉桿菌、魏氏布勞特氏菌、食糖紡錘鏈桿菌、諾德氏類桿菌、產甲酸多爾氏菌、長鏈多爾氏菌、鼠糞類桿菌、長雙叉桿菌、KRIBBI類桿菌、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌、梭狀梭菌、閃爍梭菌、人羅斯氏菌、福斯梭菌、伴生糞球菌、糞布勞特氏菌、海瑟威亨蓋特拉菌、糞便類桿菌、產氣柯林斯氏菌、外流亨蓋特拉菌、青春雙叉桿菌、鏈狀雙叉桿菌、羅氏乳桿菌、糞類桿菌、芬氏類桿菌、梭菌FBI00191、糞瘤胃球菌、帕氏乳桿菌、鮑氏梭菌、鼠盲腸長鏈菌、緩慢愛格士氏菌、馬賽布勞特氏菌、溶木聚糖類桿菌、普通類桿菌、馬賽巨型球菌、人糞丁酸單胞菌、泰伊艾森伯格菌、腸胺基酸球菌、蒂莫恩新興菌、假小鏈雙叉桿菌、霍氏真桿菌、糞厭氧棒形菌、凸腹真桿菌、氫養布勞特氏菌及毛螺菌FBI00290，或其功能等效物； b)第二組合物，其包含蒂莫恩錐尾桿菌、昂氏別樣桿菌、單形類桿菌、直腸真桿菌、蒂莫恩別樣桿菌、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌、沃氏嗜膽菌、屎類桿菌、沙氏別樣桿菌、排泄物副薩特氏菌、克拉副普雷沃菌、華德薩特氏菌、馬賽薩特氏菌、不解糖吡咯單胞菌、布氏瘤胃球菌、解果膠單球菌、瘤胃球菌FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌、糞考拉桿菌、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌、乳酸形成羅塞尼亞桿菌、卵形類桿菌、雙歧雙叉桿菌、馬賽厭氧棍狀菌、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌、塞內加爾別樣桿菌、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌、惰性真桿菌、普氏棲糞桿菌、血蘇黎世桿菌、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌、腸道巴恩斯氏菌、昂氏別樣桿菌及史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物； c)第三組合物，其包含青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌及溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物； d)第四組合物，其包含腐爛別樣桿菌、嗜琥珀酸小類桿菌、嗜黏蛋白艾克曼氏菌、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌、馬賽類桿菌、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌FBI00180、糞居類桿菌、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌及厭氧塞內加爾馬賽菌，或其功能等效物； e)第五組合物，其包含第一產甲酸草酸桿菌菌株； f)第六組合物，其包含第二產甲酸草酸桿菌菌株；及/或 g)第七組合物，其包含第三產甲酸草酸桿菌菌株。

在某些實施例中，該方法包含獲得及摻合： a)第一組合物，其包含FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、及FBI00290，或其功能等效物； b)第二組合物，其包含FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、及FBI00292，或其功能等效物； c)第三組合物，其包含FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、及FBI00271，或其功能等效物； d)第四組合物，其包含FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、及FBI00281，或其功能等效物； e)第五組合物，其包含FBI00067或其功能等效物； f)第六組合物，其包含FBI00133或其功能等效物；及/或 g)第七組合物，其包含FBI00289或其功能等效物。

在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NOs: 1-148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NOs: 1-148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NOs: 1-148。在某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NOs: 1-148。在某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 1-148。

在某些實施例中，該第四組合物藉由在蘇胺酸存在下生長微生物來獲得。在某些實施例中，各組合物包含凍乾保護劑。在某些實施例中，各組合物包含麥芽糊精、菊糖或其組合。在某些實施例中，該麥芽糊精的濃度為約8%。在某些實施例中，該菊糖的濃度為約0.5%。在某些實施例中，各組合物被單獨凍乾。

在某些實施例中，該功能等效物係基於表24中闡述之特徵。在某些實施例中，該功能等效物係基於表34中闡述之特徵。在某些實施例中，該功能等效物係基於表35中闡述之特徵。在某些實施例中，該功能等效物係基於表36中闡述之特徵。在某些實施例中，該功能等效物係基於表34-36中闡述之特徵。

在某些實施例中，該方法包含包含獲得及摻合微生物，該等微生物包含調節以下之基因：草酸鹽降解、草酸鹽抗性、甲酸鹽代謝、巨量養分之代謝、微生物代謝物之產生、交叉餵養活性及/或黏蛋白降解。在某些實施例中，該方法包含獲得及摻合微生物，該等微生物已知會預防疾病及/或在健康人類腸道中盛行。在某些實施例中，該方法包含獲得及摻合微生物，該等微生物利用表35中闡述之碳源。在某些實施例中，各種菌株可以視情況利用表35中闡述之碳源的子集。

在某些實施例中，各組合物使用接種密度調節來製備。在某些實施例中，各組合物在存在氣體覆蓋層的情況下培養或已經培養。在某些實施例中，各組合物在沒有氣體鼓泡的情況下培養或已經培養。

本發明亦提供一種利用本文所揭示之製造方法製備的組合物。

此外，本發明提供在有需要之個體中治療高草酸鹽尿症、在有需要之個體中降低發生高草酸鹽尿症之風險及/或在有需要之個體中減少尿液草酸鹽之方法。在某些實施例中，該等方法包含投與有效量之本文揭示之組合物或微生物菌群。

在某些實施例中，該高草酸鹽尿症係原發性高草酸鹽尿症、繼發性高草酸鹽尿症或腸源性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，該繼發性高草酸鹽尿症與腸切除手術相關。在某些實施例中，該高草酸鹽尿症係腸源性高草酸鹽尿症。

在某些實施例中，該等方法進一步包含投與至少一種抗細菌劑、抗病毒劑、抗真菌劑、消炎劑、免疫抑制劑、益菌助生質或其組合。在某些實施例中，該等方法進一步包含投與NOV-001、SYNB8802、OX-1、盧馬西蘭(Lumasiran)、奈多西蘭(Nedosiran)、BBP-711、CNK-336、PBGENE-PH1或其組合。在某些實施例中，該等方法進一步包含投與低草酸鹽飲食、高水合飲食、鈣補充劑或其組合。在某些實施例中，該組合物或該微生物菌群經口投與。

在某些實施例中，該等方法包含投與第一劑量的本文揭示之組合物或微生物菌群。

在某些實施例中，該等方法進一步包含投與抗生素治療。在某些實施例中，該抗生素治療投與約2天、約3天、約4天、約5天、約6天、或約7天。在某些實施例中，該抗生素係甲硝唑(metronidazole)、克拉黴素(clarithromycin)或其組合。在某些實施例中，該抗生素治療在投與該第一劑量之前1天完成。在某些實施例中，該抗生素治療在投與該第一劑量之前2天完成。

在某些實施例中，該等方法進一步包含投與腸道準備劑處理。在某些實施例中，該腸道準備劑處理在該抗生素治療之後投與該個體。在某些實施例中，該腸道準備劑處理在該第一劑量之前投與。

在某些實施例中，該第一劑量包含有效量之該組合物或該微生物菌群。在某些實施例中，該第一劑量包含約10 ¹²個活細胞。在某些實施例中，該第一劑量投與約1天。在某些實施例中，該第一劑量投與約2天。

在某些實施例中，該等方法進一步包含投與第二劑量的該組合物或該微生物菌群。在某些實施例中，該第二劑量包含有效量之該組合物或該微生物菌群。在某些實施例中，該第二劑量包含約10 ¹¹個活細胞。在某些實施例中，該第二劑量投與至多約8天。在某些實施例中，該第二劑量投與至多約10天。

在某些實施例中，該第一劑量經口投與。在某些實施例中，該第二劑量經口投與。

本發明亦提供一種套組，其包含本文揭示之該組合物或該微生物菌群。在某些實施例中，該套組包含有包含乾燥劑的容器。在某些實施例中，該容器包含厭氧條件。在某些實施例中，該容器係泡殼。在某些實施例中，該套組進一步包含用於投與該組合物或微生物菌群的書面說明。

本發明亦提供一種培養來自艾克曼氏菌屬( Akkermansiagenus)之微生物菌株的方法，其包含使該菌株與N-乙醯基半乳胺糖(GalNAc)接觸。在某些實施例中，該菌株係嗜黏蛋白艾克曼氏菌。

本發明亦提供微生物菌群，其包含表23、表24、表34、表35、表36中闡述之功能性質。最後，本發明提供微生物菌群，其包含FB-001或其功能等效物。

相關申請案之交叉引用本申請主張2021年12月1日申請之美國臨時專利申請案第63/285,010號及2022年2月1日申請之美國臨時專利申請申請案第63/305,476號的優先權，該等申請案各自之內容均以全文引用的方式併入，並主張其各自的優先權。

序列表本申請案含有序列表，該序列表已以XML格式以電子方式提交且以全文引用之方式併入本文中。該XML複本創建於2022年11月30日，名為091592.0106.xml，大小為393,216位元組。

本發明係關於用於減少個體中草酸鹽的組合物及方法。為了描述清楚，而不係限制，本節分為以下小節： (a)定義； (b)生物生態位； (c)物理區室； (d)代謝區室； (e)菌群； (f)活性微生物； (g)草酸鹽代謝活性微生物； (h)支持性微生物群落； (j)菌群設計； (k)製備方法； (i)醫藥組合物； (l)功能等效及相同的藥物產品； (m)治療應用； (n)治療高草酸鹽尿症的方法； (o)劑量； (p)組合療法； (q)套組；及 (r)例示性實施例。

定義除非另外定義，否則本文中所使用之所有技術及科學術語均具有熟習此項技術者通常所理解之含義。以下參考文獻為技術人員提供了本發明揭示之主題中使用的許多術語的一般定義：Singleton等人, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (第2版. 1994)；The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker編, 1988)；The Glossary of Genetics, 第5版, R. Rieger等人(編), Springer Verlag (1991)；及Hale及Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991)。如本文所用，除非另有說明，否則以下術語具有以下賦予其之含義。

應當理解，本文描述之本發明的態樣及實施例包括「包含」、「由……組成」及「基本上由……組成」的態樣及實施例。

術語「包含(comprises/comprising)」意欲具有在美國專利法(U.S. Patent Law)中屬於其之廣泛含義且可意謂「包括(includes/including)」及其類似術語。

為有助於對本發明之理解，下文定義多個術語及片語。

如本文所用，術語「一(a/an)」意謂「一或多個」並且包括複數，除非上下文係適當的。

如本文所用，術語「活性微生物」係指表現足量的一種或超過一種代謝酶以代謝引起或促成動物疾病之受質的微生物。

如本文所用，術語「生物質量」係指給定面積或體積中一種或超過一種微生物或菌群的總質量。

如本文所用，術語「微生物菌群(microbial consortia)」及「微生物菌群(microbial consortium)」可互換使用，且係指在培養物中擴增的兩種或更多種分離的微生物菌株的混合物，其中混合物中之一種微生物菌株對混合物中之另一種微生物菌株具有有益或所需作用。

如本文所用，術語「菌群」作為大寫術語使用以指本文描述的一或多種微生物菌群。

如本文所用，術語「胃腸道植入」或「植入」或「移植」係指在投與一種或超過一種微生物或微生物菌群之前，在不存在該一種或超過一種微生物或微生物菌群的胃腸道的一個或超過一個生態位中建立該一種或超過一種微生物或微生物菌群。胃腸道植入可能係短暫的，或可能係持久的。

如本文所用，術語「有效量」係指足以實現有益或所需結果的量。在某些實施例中，有效量可以改善複數種活性微生物中之一種或超過一種的胃腸道植入，增加複數種活性微生物中之一種或超過一種的生物質量，增加第一代謝受質的代謝或改善縱向穩定性。

如本文所用，術語「醱酵微生物」係指表現足量的一種或超過一種酶以在胃腸道生態位中催化醱酵反應的微生物。

如本文所用，術語「縱向穩定性」指儘管胃腸道生態位發生了短暫或長期的環境變化，但一種或超過一種微生物或微生物菌群在超過一個胃腸道生態位之一中仍能保持植入及具代謝活性。

如本文所用，術語「代謝(metabolism/metabolize/metabolization)」或其變體係指代謝受質向代謝產物的生化轉化。在某些實施例中，代謝包括異構化。

如本文所用，術語「微生物」或「微生物相」係指微生物有機體，包括但不限於細菌、古細菌、原生動物及單細胞真菌。

如本文所用，術語「醫藥組合物」係指活性劑與惰性或活性載劑之組合，此組合使得該組合物特別適合於活體內或離體診斷或治療用途。

如本文所用，術語「醫藥學上可接受之載劑」係指任一種標準醫藥載劑，諸如磷酸鹽緩衝鹽水溶液、水、乳液(諸如油/水或水/油乳液)，及各種類型的潤濕劑。組合物亦可包括穩定劑及防腐劑。關於載劑、穩定劑及佐劑的實例，參見例如Martin, Remington's Pharmaceutical Sciences, 第15版. Mack Publ. Co., Easton, PA [1975]。

如本文所用，「顯著地」或「顯著的」係指可量測參數的變化或改變達到統計學上顯著的程度，以根據適當的統計相關檢定所確定的。舉例而言，在某些非限制性實施例中，若根據例如學生t檢定、卡方檢定或曼惠特尼(Mann Whitney)檢定，變化或改變具有統計學顯著性，則該變化或改變係顯著的。

如本文所用，術語「標準化受質代謝分析」係指一般技術者已知的用於量化轉化為代謝產物的受質的量的實驗分析。

如本文所用，術語「個體」係指待由本文所描述之微生物菌群及組合物處理的有機體。此類有機體較佳包括(但不限於)哺乳動物(例如鼠類、猿猴、馬、牛、豬、犬、貓及其類似者)，且最佳包括人類。

如本文所用，術語「支持性群落」係指一種或超過一種微生物菌株，當與活性微生物一起投與時，其增強選自由以下組成之群的活性微生物的一種或超過一種特徵：胃腸道植入、生物質量、代謝受質代謝及縱向穩定性。

如本文所用，術語「合成微生物」指表現足量的一種或超過一種酶以在胃腸道生態位中催化由活性微生物產生的一種或超過一種代謝物及由醱酵微生物產生的一種或超過一種醱酵產物的組合。

在兩個或更多個核酸或多肽序列之情形下，當出於最大對應性進行比較及比對時，如使用下文所描述之序列比較演算法(例如BLASTP及BLASTN或技術人員可用之其他演算法)中之一者或藉由視覺檢查所量測，術語「一致性」或「序列一致性」百分比係指具有規定百分比之相同核苷酸或胺基酸殘基的兩個或更多個序列或子序列。視應用而定，「一致性」百分比可存在於所比較之序列區域，例如功能域，或者可替代地存在於待比較之兩個序列的全長上。

序列比較時，典型地，一個序列充當待與測試序列比較之參考序列。當使用序列比較演算法時，將測試序列及參考序列輸入至電腦中，必要時指定子序列座標，且指定序列演算法程式參數。隨後，序列比較演算法基於指定程式參數計算測試序列相對於參考序列之序列一致性百分比。

可以進行用於比較的序列的最佳比對，例如，藉由Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)的局部同源性演算法，藉由Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)的同源比對演算法，藉由Pearson & Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)的相似性搜尋方法，藉由此等演算法的電腦化實現(Wisconsin遺傳學套裝軟體, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wis.中的GAP、BESTFIT、FASTA及TFASTA)，或藉由目視檢查(一般參見Ausubel等人, 下文)。

適用於確定序列一致性及序列相似性百分比的演算法的一個實例係BLAST演算法，其描述於Altschul等人, J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)中。用於進行BLAST分析之軟體可經由國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information)(www.ncbi.nlm.nih.gov/)公開獲得。

當用於提及16S rRNA序列時，至少97%的「序列一致性」表明兩個微生物菌株可能屬於同一物種，而序列一致性低於97%的16S rRNA序列表明兩個微生物菌株可能屬於不同的物種，並且序列一致性低於95%的16S rRNA序列表明兩個微生物菌株可能屬於不同的屬(Stackebrandt E.及Goebel, B.M., Int J Syst Bact, 44 (1994) 846-849.)。

如本文所用，術語「功能等效」或「功能上等效」係指具有相似或相同作用(例如，草酸鹽的代謝)的微生物、微生物菌群及組合物。舉例而言，但不限於，可以催化高濃度草酸鹽的兩種不同的微生物菌群彼此功能等效。在某些非限制性實施例中，微生物、微生物菌群及功能等效的組合物可以基於表24中概述的特徵(參見實例部分)。

在通篇說明書中，在組合物描述為具有、包括或包含特定組分的情況下，或在製程及方法描述為具有、包括或包含特定步驟的情況下，經考慮，另外存在基本上由所敍述組分組成或由所敍述組分組成的本發明之組合物，且存在基本上由所敍述處理步驟組成或由所敍述處理步驟組成的根據本發明之製程及方法。

一般而言，除非另外規定，否則指明百分比之組合物係以重量計。此外，若變數未附定義，則隨後以該變數之先前定義為準。

生物生態位本文揭示了用於投與於動物的微生物菌群，其包含複數種活性微生物，此等微生物代謝引起或促成動物疾病的第一代謝受質。本文揭示之微生物菌群進一步包含有效量之微生物支持性群落，其代謝由複數種活性微生物產生的一種或超過一種代謝物，並且其中一種或超過一種代謝物抑制複數種活性微生物的代謝。與單獨投與複數種活性微生物相比，此等微生物菌群在投與動物時具有增強的特徵係有利的。微生物菌群的增強特徵包括改善的胃腸道植入、增加的生物質量、增加的第一代謝受質的代謝及改善的縱向穩定性中之一或多個。

本發明提供的微生物菌群能夠植入胃腸道中之一個或超過一個生態位中，其能夠在該一個或超過一個生態位中代謝引起或促成動物疾病的受質。此等生態位包含特定的微生物群落，該等微生物群落的組成根據一些環境因素而變化，包括但不限於微生物群落所棲息的胃腸道的特定物理區室、所棲息環境的化學及物理化學性質、所棲息環境的代謝受質組成以及其他共同棲息的微生物物種。

物理區室胃腸道包含許多物理區室。舉例而言，人類胃腸道包括口腔、咽、食道、胃、小腸(十二指腸、空腸、迴腸)、盲腸、大腸(升結腸、橫結腸、降結腸)及直腸。胰臟、肝臟、膽囊及相關的導管另外包含人類胃腸道的區室。舉例而言，此等區室中之各者具有可變的解剖形狀及尺寸、通氣、含水量、黏液分泌量、腔內抗微生物肽的存在以及蠕動運動的存在或不存在。此外，不同的胃腸道區室的pH值亦不同。在人類中，口腔、上胃、下胃、十二指腸、空腸、迴腸及結腸的pH範圍分別為6.5-7.5、4.0-6.5、1.5-4.0、7.0-8.5、4.0-7.0及4.0-7.0。胃腸道的區室在其氧合水平方面亦不同，其受到很大程度的波動。舉例而言，小鼠胃內的腔內氧分壓為約58 mm Hg，而遠端乙狀結腸的腔內氧分壓為約3 mm Hg (He等人, 1999)。胃腸道的氧氣含量高度決定了共生微生物利用的生化路徑。舉例而言，共生細菌在氧氣濃度高於5毫巴O ₂時利用有氧呼吸，在1-5毫巴的O ₂之間利用厭氧呼吸，並在O ₂濃度低於1毫巴時利用醱酵。微生物對O ₂含量的敏感性及其在有氧及/或厭氧條件下進行代謝反應的能力會影響特定胃腸道區室中植入的微生物物種。

代謝區室除了有助於胃腸道生態位的各種物理及化學環境外，不同的生態位亦包含不同的代謝受質。

可能存在於胃腸道生態位中的代謝受質可能包括但不限於草酸鹽、聚果糖、菊糖、葡萄糖醛酸木聚糖、阿拉伯糖基木聚糖、葡甘露聚糖、β-甘露聚糖、聚葡萄糖、澱粉、聚阿拉伯糖、木葡聚糖、半乳糖醛酸、β-葡聚糖、半乳甘露聚糖、鼠李半乳糖醛酸I、鼠李半乳糖醛酸II、阿拉伯半乳聚糖、黏蛋白O-連接聚糖、酵母α-甘露聚糖、酵母β-葡聚糖、幾丁質、海藻酸鹽、卟啉、昆布糖、角叉菜膠、瓊脂糖、交替糖、左聚糖、三仙膠、低聚半乳糖、玻尿酸、硫酸軟骨素、硫酸皮膚素、硫酸肝素、硫酸角質素、苯丙胺酸、酪胺酸、色胺酸、白胺酸、纈胺酸、異白胺酸、甘胺酸、脯胺酸、天冬醯胺酸、麩醯胺酸、天冬胺酸鹽、麩醯胺酸、半胱胺酸、離胺酸、精胺酸、絲胺酸、甲硫胺酸、丙胺酸、精胺酸、組胺酸、鳥胺酸、瓜胺酸、肉鹼、羥基脯胺酸、膽酸、鵝去氧膽酸、牛磺鵝去氧膽酸、甘胺鵝去氧膽酸、膽固醇、肉桂酸、香豆酸、芥子酸(sinapinic acid)、阿魏酸、咖啡酸、金雞納酸、漂木酸、兒茶素、表兒茶素、沒食子酸、五倍子酚(pyrogallol)、兒茶酚(catechol)、槲皮素(quercetin)、楊梅黃酮(myricetin)、山奈酚(campherol)、葉黃酮(luteolin)、芹鹼素(apigenin)、柚配質(naringenin)及橙皮苷(hesperidin)。

菌群本發明提供菌群，其包含複數種活性微生物及有效量之支持性微生物群落。在某些實施例中，該菌群包含表1-19中之任一者中所列的微生物相。以下提供表1-19：表 1. 菌群 I

腸胺基酸球菌	糞便類桿菌	氫養布勞特氏菌	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	糞便類桿菌	泥布勞特氏菌(Blautia luti)	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌
芬氏別樣桿菌(Alistipes finegoldii)	多形類桿菌	泥布勞特氏菌	脫硫脫硫弧菌(Desulfovibrio desulfuricans)	海瑟威亨蓋特拉菌
昂氏別樣桿菌	多形類桿菌	泥布勞特氏菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌
昂氏別樣桿菌	多形類桿菌	卵形布勞特氏菌	渾濁小類桿菌	蒂莫恩忽視菌(Neglecta timonensis)
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	卵形布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	單形類桿菌	卵形布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	單形類桿菌	卵形布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌
塞內加爾別樣桿菌	單形類桿菌	魏氏布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	迪氏副類桿菌
塞內加爾別樣桿菌	普通類桿菌	魏氏布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	普通類桿菌	魏氏布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
沙氏別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
蒂莫恩別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	苦杏仁苷梭菌(Clostridium amygdalinum)	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
糞厭氧棒形菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	緩慢愛格士氏菌	克拉副普雷沃菌
龐大厭氧棒狀菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	挑剔真桿菌	排泄物副薩特氏菌
龐大厭氧棒狀菌	青春雙叉桿菌	奇特龍梭菌	挑剔真桿菌	排泄物副薩特氏菌
人腸厭氧棍狀菌(Anaerotruncus colihominis)	青春雙叉桿菌	奇特龍梭菌	挑剔真桿菌	人羅斯氏菌
屎類桿菌	鏈狀雙叉桿菌	閃爍梭菌	挑剔真桿菌	人羅斯氏菌
屎類桿菌	齒雙叉桿菌	共生梭菌(Clostridium symbiosum)	霍氏真桿菌	人羅斯氏菌
解纖維素類桿菌(Bacteroides cellulosilyticus)	長雙叉桿菌	共生梭菌	直腸真桿菌	人羅斯氏菌
糞居類桿菌	長雙叉桿菌	共生梭菌	直腸真桿菌	布氏瘤胃球菌
芬氏類桿菌	長雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	直腸真桿菌	布氏瘤胃球菌
脆弱類桿菌	長雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	直腸真桿菌	布氏瘤胃球菌
馬賽類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	惰性真桿菌	布氏瘤胃球菌
馬賽類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	凸腹真桿菌	糞瘤胃球菌
諾德氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	伴生糞球菌	嗜木聚糖真桿菌	糞瘤胃球菌
油性類桿菌(Bacteroides oleiciplenus)	糞布勞特氏菌	伴生糞球菌	普氏棲糞桿菌	血蘇黎世桿菌
卵形類桿菌	糞布勞特氏菌	伴生糞球菌	普氏棲糞桿菌
薩耶斯類桿菌	糞布勞特氏菌	伴生糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌
糞便類桿菌	糞布勞特氏菌	規則糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌

表 2. 菌群 II

嗜黏蛋白艾克曼氏菌	普通類桿菌	苦杏仁苷梭菌	緩慢愛格士氏菌	產甲酸草酸桿菌
昂氏別樣桿菌	齒雙叉桿菌	奇特龍梭菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌
腐爛別樣桿菌	糞雙叉桿菌(Bifidobacterium faecale)	奇特龍梭菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	長雙叉桿菌	閃爍梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
蒂莫恩別樣桿菌	長雙叉桿菌	共生梭菌	直腸真桿菌	克拉副普雷沃菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	普氏棲糞桿菌	排泄物副薩特氏菌
韓國類桿菌(Bacteroides koreensis)	假小鏈雙叉桿菌	伴生糞球菌	食糖紡錘鏈桿菌	糞考拉桿菌
KRIBBI類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	規則糞球菌	食糖紡錘鏈桿菌	糞考拉桿菌
KRIBBI類桿菌	糞布勞特氏菌	脫硫脫硫弧菌	帕梅拉戈登氏桿菌	糞考拉桿菌
諾德氏類桿菌	糞布勞特氏菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕氏乳桿菌	人羅斯氏菌
卵形類桿菌	卵形布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	解果膠毛螺菌(Lachnospira pectinoschiza)	布氏瘤胃球菌
薩耶斯類桿菌	卵形布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	解果膠單球菌	布氏瘤胃球菌
多形類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	蒂莫恩忽視菌	糞瘤胃球菌
多形類桿菌	魏氏布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	產甲酸草酸桿菌	馬賽薩特氏菌
單形類桿菌	魏氏布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	產甲酸草酸桿菌	華德薩特氏菌

表 3. 菌群 III

嗜黏蛋白艾克曼氏菌	普通類桿菌	閃爍梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
人腸厭氧棍狀菌	普通類桿菌	共生梭菌	直腸真桿菌	布氏瘤胃球菌
屎類桿菌	普通類桿菌	共生梭菌	直腸真桿菌	布氏瘤胃球菌
屎類桿菌	青春雙叉桿菌	共生梭菌	直腸真桿菌	布氏瘤胃球菌
解纖維素類桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	惰性真桿菌	布氏瘤胃球菌
脆弱類桿菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	普氏棲糞桿菌	華德薩特氏菌
馬賽類桿菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	華德薩特氏菌
馬賽類桿菌	鏈狀雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	華德薩特氏菌
薩耶斯類桿菌	齒雙叉桿菌	伴生糞球菌	嗜糖厭氧產氫桿菌(Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans)	普通類桿菌
糞便類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	毛螺菌(Lachnospiraceae sp.)	奇特龍梭菌
糞便類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	長形產乳桿菌(Lactonifactor longoviformis)	緩慢愛格士氏菌
糞便類桿菌	長雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	蒂莫恩忽視菌	糞副類桿菌
多形類桿菌	長雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	產甲酸草酸桿菌	糞副類桿菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	長鏈多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌	緩慢愛格士氏菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	長鏈多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌	奇特龍梭菌
單形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	長鏈多爾氏菌	迪氏副類桿菌	單形類桿菌
單形類桿菌	弗氏檸檬酸桿菌(Citrobacter freundii)	緩慢愛格士氏菌	迪氏副類桿菌
單形類桿菌	苦杏仁苷梭菌	緩慢愛格士氏菌	迪氏副類桿菌

表 4. 菌群 IV

芬氏別樣桿菌	普通類桿菌	鮑氏梭菌	長鏈多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	鮑氏梭菌	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
人腸厭氧棍狀菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
屎類桿菌	溶木聚糖類桿菌	閃爍梭菌	緩慢愛格士氏菌	布氏瘤胃球菌
解纖維素類桿菌	雙歧雙叉桿菌	共生梭菌	挑剔真桿菌	布氏瘤胃球菌
糞居類桿菌	雙歧雙叉桿菌	共生梭菌	挑剔真桿菌	布氏瘤胃球菌
脆弱類桿菌	鏈狀雙叉桿菌	共生梭菌	挑剔真桿菌	布氏瘤胃球菌
卵形類桿菌	齒雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	挑剔真桿菌	華德薩特氏菌
薩耶斯類桿菌	長雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	霍氏真桿菌
糞便類桿菌	長雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	直腸真桿菌
糞便類桿菌	長雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	惰性真桿菌
糞便類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	凸腹真桿菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	規則糞球菌	普氏棲糞桿菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	規則糞球菌	普氏棲糞桿菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	規則糞球菌	海瑟威亨蓋特拉菌
單形類桿菌	氫養布勞特氏菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌
單形類桿菌	卵形布勞特氏菌	脫硫脫硫弧菌	蒂莫恩忽視菌
普通類桿菌	卵形布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌
普通類桿菌	苦杏仁苷梭菌	長鏈多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌

表 5. 菌群 V

腸胺基酸球菌	單形類桿菌	奇特龍梭菌	凸腹真桿菌	糞考拉桿菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	普通類桿菌	梭狀梭菌	惰性真桿菌	糞考拉桿菌
芬氏別樣桿菌	普通類桿菌	閃爍梭菌	嗜木聚糖真桿菌	馬賽腓塞亞菌(Phocea massiliensis)
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	水井坊梭菌(Clostridium swellfunianum)	普氏棲糞桿菌	馬賽腓塞亞菌
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	共生梭菌	普氏棲糞桿菌	不解糖吡咯單胞菌
腐爛別樣桿菌	腸道巴恩斯氏菌	共生梭菌	扭曲真桿菌(Faecalicatena contorta)	不解糖吡咯單胞菌
腐爛別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	食糖紡錘鏈桿菌	人羅斯氏菌
塞內加爾別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	食糖紡錘鏈桿菌	人羅斯氏菌
塞內加爾別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌	布氏瘤胃球菌
沙氏別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌	布氏瘤胃球菌
蒂莫恩別樣桿菌	鏈狀雙叉桿菌	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	糞瘤胃球菌
糞厭氧棒形菌	齒雙叉桿菌	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	糞瘤胃球菌
龐大厭氧棒狀菌	糞雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	外流亨蓋特拉菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
龐大厭氧棒狀菌	長雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
人腸厭氧棍狀菌	長雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	海瑟威亨蓋特拉菌	馬賽薩特氏菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	嗜糖厭氧產氫桿菌	華德薩特氏菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	華德薩特氏菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	帕氏乳桿菌	血蘇黎世桿菌
糞類桿菌	糞布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	解果膠毛螺菌
芬氏類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	解果膠毛螺菌
脆弱類桿菌	氫養布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	長形產乳桿菌
韓國類桿菌	泥布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	鼠盲腸長鏈菌
韓國類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	馬賽巨型球菌
KRIBBI類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌
KRIBBI類桿菌	魏氏布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌
馬賽類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	蒂莫恩忽視菌
諾德氏類桿菌	人糞丁酸單胞菌	泰伊艾森伯格菌	產甲酸草酸桿菌
油性類桿菌	香港卡塔桿菌	蒂莫恩新興菌	產甲酸草酸桿菌
卵形類桿菌	弗氏檸檬酸桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
薩耶斯類桿菌	阿爾頓梭菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌
糞便類桿菌	阿爾頓梭菌	霍氏真桿菌	糞副類桿菌
糞便類桿菌	苦杏仁苷梭菌	氧化還原真桿菌(Eubacterium oxidoreducens)	糞副類桿菌
多形類桿菌	鮑氏梭菌	直腸真桿菌	克拉副普雷沃菌
多形類桿菌	鮑氏梭菌	直腸真桿菌	排泄物副薩特氏菌
單形類桿菌	奇特龍梭菌	反芻真桿菌(Eubacterium ruminantium)	排泄物副薩特氏菌

表 6. 菌群 VI

腸胺基酸球菌	鼠糞類桿菌	丁酸單胞菌(Butyricimonas sp.) FBI00158	鉛黃腸球菌(Enterococcus casseliflavus)	鼠盲腸長鏈菌
腸胺基酸球菌	糞便類桿菌	香港卡塔桿菌	鉛黃腸球菌	馬賽巨型球菌
蒂莫恩錐尾桿菌	糞便類桿菌	葡萄牙檸檬酸桿菌(Citrobacter portucalensis)	耐久腸球菌(Enterococcus durans)	史氏甲烷短桿菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	多形類桿菌	梭菌FBI00191	耐久腸球菌	解果膠單球菌
昂氏別樣桿菌	多形類桿菌	阿爾頓梭菌	耐久腸球菌	解果膠單球菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	阿爾頓梭菌	糞腸球菌(Enterococcus faecalis)	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	單形類桿菌	鮑氏梭菌	屎腸球菌(Enterococcus faecium)	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	鮑氏梭菌	弗氏大腸桿菌(Escherichia flexneri)	產甲酸草酸桿菌
塞內加爾別樣桿菌	普通類桿菌	奇特龍梭菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	梭狀梭菌	霍氏真桿菌	糞副類桿菌
別樣桿菌FBI00180	溶木聚糖類桿菌	福斯梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
別樣桿菌FBI00238	腸道巴恩斯氏菌	福斯梭菌	直腸真桿菌	克拉副普雷沃菌
蒂莫恩別樣桿菌	青春雙叉桿菌	閃爍梭菌	惰性真桿菌	排泄物副薩特氏菌
糞厭氧棒形菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	凸腹真桿菌	排泄物副薩特氏菌
龐大厭氧棒狀菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	嗜木聚糖真桿菌	糞考拉桿菌
龐大厭氧棒狀菌	青春雙叉桿菌	伴生糞球菌	普氏棲糞桿菌	糞考拉桿菌
馬賽厭氧棍狀菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	普氏棲糞桿菌	不解糖吡咯單胞菌
屎類桿菌	雙歧雙叉桿菌	規則糞球菌	扭曲真桿菌	不解糖吡咯單胞菌
屎類桿菌	鏈狀雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	食糖紡錘鏈桿菌	人羅斯氏菌
解纖維素類桿菌	齒雙叉桿菌	規則糞球菌	食糖紡錘鏈桿菌	人羅斯氏菌
解纖維素類桿菌	長雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕梅拉戈登氏桿菌	瘤胃球菌FBI00097
糞居類桿菌	長雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕梅拉戈登氏桿菌	瘤胃球菌FBI00097
多氏類桿菌(Bacteroides dorei)	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00233
多氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
糞類桿菌	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
芬氏類桿菌	沃氏嗜膽菌	長鏈多爾氏菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
脆弱類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	帕氏乳桿菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	帕氏乳桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	泥布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	毛螺菌FBI00033	馬賽薩特氏菌
馬賽類桿菌	馬賽布勞特氏菌	蒂莫恩新興菌	毛螺菌FBI00071	華德薩特氏菌
馬賽類桿菌	卵形布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	毛螺菌FBI00150	華德薩特氏菌
諾德氏類桿菌	卵形布勞特氏菌	喜馬拉雅腸內桿菌(Enterobacter himalayensis)	毛螺菌FBI00290	血蘇黎世桿菌
卵形類桿菌	魏氏布勞特氏菌	霍氏腸內桿菌(Enterobacter hormaechei)	羅氏乳桿菌
薩耶斯類桿菌	魏氏布勞特氏菌	鉛黃腸球菌	羅氏乳桿菌
薩耶斯類桿菌	人糞丁酸單胞菌	鉛黃腸球菌	長形產乳桿菌

表 7. 菌群 VII

腸胺基酸球菌	多形類桿菌	葡萄牙檸檬酸桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
蒂莫恩錐尾桿菌	單形類桿菌	梭菌FBI00191	霍氏真桿菌	迪氏副類桿菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	單形類桿菌	阿爾頓梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
昂氏別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
昂氏別樣桿菌	普通類桿菌	鮑氏梭菌	惰性真桿菌	克拉副普雷沃菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	凸腹真桿菌	排泄物副薩特氏菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	普氏棲糞桿菌	排泄物副薩特氏菌
塞內加爾別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	嗜木聚糖真桿菌	糞考拉桿菌
沙氏別樣桿菌	腸道巴恩斯氏菌	梭狀梭菌	普氏棲糞桿菌	糞考拉桿菌
別樣桿菌FBI00180	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	扭曲真桿菌	不解糖吡咯單胞菌
別樣桿菌FBI00238	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
蒂莫恩別樣桿菌	青春雙叉桿菌	閃爍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	人羅斯氏菌
糞厭氧棒形菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
龐大厭氧棒狀菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	瘤胃球菌FBI00097
龐大厭氧棒狀菌	鏈狀雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00097
馬賽厭氧棍狀菌	齒雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00233
屎類桿菌	長雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
屎類桿菌	長雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
糞類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕氏乳桿菌	糞瘤胃球菌
芬氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
脆弱類桿菌	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00033	厭氧塞內加爾馬賽菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00071	馬賽薩特氏菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	毛螺菌FBI00290	華德薩特氏菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	羅氏乳桿菌	華德薩特氏菌
馬賽類桿菌	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	羅氏乳桿菌	血蘇黎世桿菌
諾德氏類桿菌	馬賽布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	長形產乳桿菌
卵形類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	鼠盲腸長鏈菌
薩耶斯類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	馬賽巨型球菌
鼠糞類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌
糞便類桿菌	人糞丁酸單胞菌	蒂莫恩新興菌	產甲酸草酸桿菌
多形類桿菌	香港卡塔桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌

表 8. 菌群 VIII

腸胺基酸球菌	多形類桿菌	人糞丁酸單胞菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌
蒂莫恩錐尾桿菌	多形類桿菌	香港卡塔桿菌	蒂莫恩新興菌	解果膠單球菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	單形類桿菌	葡萄牙檸檬酸桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	梭菌FBI00191	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
昂氏別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	霍氏真桿菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	直腸真桿菌	迪氏副類桿菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
塞內加爾別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	惰性真桿菌	糞副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	凸腹真桿菌	克拉副普雷沃菌
別樣桿菌FBI00180	腸道巴恩斯氏菌	奇特龍梭菌	普氏棲糞桿菌	排泄物副薩特氏菌
別樣桿菌FBI00238	青春雙叉桿菌	梭狀梭菌	嗜木聚糖真桿菌	排泄物副薩特氏菌
蒂莫恩別樣桿菌	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	普氏棲糞桿菌	糞考拉桿菌
糞厭氧棒形菌	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	扭曲真桿菌	糞考拉桿菌
龐大厭氧棒狀菌	雙歧雙叉桿菌	閃爍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
龐大厭氧棒狀菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
馬賽厭氧棍狀菌	鏈狀雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
屎類桿菌	齒雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
屎類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00097
糞居類桿菌	長雙叉桿菌	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00097
糞類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	瘤胃球菌FBI00233
芬氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
脆弱類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	沃氏嗜膽菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	糞瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	帕氏乳桿菌	糞瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00033	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
馬賽類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	毛螺菌FBI00071	厭氧塞內加爾馬賽菌
諾德氏類桿菌	氫養布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	毛螺菌FBI00290	馬賽薩特氏菌
卵形類桿菌	馬賽布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	羅氏乳桿菌	華德薩特氏菌
薩耶斯類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	羅氏乳桿菌	華德薩特氏菌
鼠糞類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	長形產乳桿菌	血蘇黎世桿菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	鼠盲腸長鏈菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	馬賽巨型球菌

表 9. 菌群 IX

腸胺基酸球菌	多形類桿菌	人糞丁酸單胞菌	挑剔真桿菌	蒂莫恩忽視菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	多形類桿菌	香港卡塔桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	梭菌FBI00191	霍氏真桿菌	產甲酸草酸桿菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	梭菌(Clostridiales sp. ) FBI00377	直腸真桿菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	直腸真桿菌	迪氏副類桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	惰性真桿菌	迪氏副類桿菌
塞內加爾別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	凸腹真桿菌	糞副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	嗜木聚糖真桿菌	糞副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	普氏棲糞桿菌	克拉副普雷沃菌
別樣桿菌FBI00180	腸道巴恩斯氏菌	奇特龍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	排泄物副薩特氏菌
別樣桿菌FBI00238	青春雙叉桿菌	梭狀梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	排泄物副薩特氏菌
蒂莫恩別樣桿菌	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	糞考拉桿菌
糞厭氧棒形菌	青春雙叉桿菌	閃爍梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	不解糖吡咯單胞菌
龐大厭氧棒狀菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	雙型霍爾德曼氏菌	不解糖吡咯單胞菌
龐大厭氧棒狀菌	鏈狀雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	外流亨蓋特拉菌	人羅斯氏菌
馬賽厭氧棍狀菌	齒雙叉桿菌	伴生糞球菌	外流亨蓋特拉菌	人羅斯氏菌
屎類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	外流亨蓋特拉菌	瘤胃球菌FBI00082 FBI00097
屎類桿菌	長雙叉桿菌	規則糞球菌	帕氏乳桿菌	瘤胃球菌FBI00233
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	帕氏乳桿菌	布氏瘤胃球菌
糞類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	毛螺菌FBI00033	布氏瘤胃球菌
芬氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	毛螺菌FBI00071	糞瘤胃球菌
脆弱類桿菌	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00290	糞瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	羅氏乳桿菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	羅氏乳桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
馬賽類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	鼠盲腸長鏈菌	馬賽薩特氏菌
諾德氏類桿菌	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	馬賽巨型球菌	華德薩特氏菌
卵形類桿菌	馬賽布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	華德薩特氏菌
薩耶斯類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	血蘇黎世桿菌
鼠糞類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	蒂莫恩忽視菌

表 10. 菌群 X

腸胺基酸球菌	多形類桿菌	人糞丁酸單胞菌	挑剔真桿菌	解果膠單球菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	多形類桿菌	香港卡塔桿菌	挑剔真桿菌	蒂莫恩忽視菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	梭菌FBI00191	霍氏真桿菌	蒂莫恩忽視菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	梭菌FBI00377	直腸真桿菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	直腸真桿菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	惰性真桿菌	產甲酸草酸桿菌
塞內加爾別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	凸腹真桿菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	嗜木聚糖真桿菌	迪氏副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	普氏棲糞桿菌	糞副類桿菌
別樣桿菌FBI00180	腸道巴恩斯氏菌	奇特龍梭菌	普氏棲糞桿菌	糞副類桿菌
別樣桿菌FBI00238	青春雙叉桿菌	梭狀梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	克拉副普雷沃菌
蒂莫恩別樣桿菌	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	排泄物副薩特氏菌
糞厭氧棒形菌	青春雙叉桿菌	閃爍梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	排泄物副薩特氏菌
龐大厭氧棒狀菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	糞考拉桿菌
龐大厭氧棒狀菌	鏈狀雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	雙型霍爾德曼氏菌	不解糖吡咯單胞菌
馬賽厭氧棍狀菌	齒雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	不解糖吡咯單胞菌
屎類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	外流亨蓋特拉菌	人羅斯氏菌
屎類桿菌	長雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	人羅斯氏菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	外流亨蓋特拉菌	瘤胃球菌FBI00082 FBI00097
糞類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕氏乳桿菌	瘤胃球菌FBI00233
芬氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	布氏瘤胃球菌
脆弱類桿菌	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00033	布氏瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00071	糞瘤胃球菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	毛螺菌FBI00290	糞瘤胃球菌
馬賽類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	羅氏乳桿菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
諾德氏類桿菌	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	羅氏乳桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
卵形類桿菌	馬賽布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	鼠盲腸長鏈菌	馬賽薩特氏菌
薩耶斯類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	馬賽巨型球菌	華德薩特氏菌
鼠糞類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	華德薩特氏菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	史氏甲烷短桿菌	血蘇黎世桿菌
糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌

表 11. 菌群 XI

腸胺基酸球菌	長雙叉桿菌	食糖紡錘鏈桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	沃氏嗜膽菌	帕梅拉戈登氏桿菌	血蘇黎世桿菌	產氣柯林斯氏菌
昂氏別樣桿菌	氫養布勞特氏菌	外流亨蓋特拉菌	青春雙叉桿菌	伴生糞球菌
腐爛別樣桿菌	馬賽布勞特氏菌	帕氏乳桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌
塞內加爾別樣桿菌	卵形布勞特氏菌	毛螺菌FBI00033	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌
沙氏別樣桿菌	魏氏布勞特氏菌	毛螺菌FBI00071	奇特龍梭菌	緩慢愛格士氏菌
別樣桿菌FBI00180	人糞丁酸單胞菌	毛螺菌FBI00290	普氏棲糞桿菌	緩慢愛格士氏菌
別樣桿菌FBI00238	香港卡塔桿菌	羅氏乳桿菌	雙型霍爾德曼氏菌	緩慢愛格士氏菌
蒂莫恩別樣桿菌	梭菌FBI00191	鼠盲腸長鏈菌	溶木聚糖類桿菌	泰伊艾森伯格菌
糞厭氧棒形菌	梭菌FBI00377	馬賽巨型球菌	青春雙叉桿菌	挑剔真桿菌
龐大厭氧棒狀菌	阿爾頓梭菌	史氏甲烷短桿菌	假小鏈雙叉桿菌	直腸真桿菌
馬賽厭氧棍狀菌	鮑氏梭菌	解果膠單球菌	糞布勞特氏菌	食糖紡錘鏈桿菌
屎類桿菌	梭狀梭菌	蒂莫恩忽視菌	昂氏別樣桿菌	帕梅拉戈登氏桿菌
糞居類桿菌	福斯梭菌	產甲酸草酸桿菌	奇特龍梭菌	外流亨蓋特拉菌
糞類桿菌	閃爍梭菌	產甲酸草酸桿菌	腐爛別樣桿菌	外流亨蓋特拉菌
芬氏類桿菌	產氣柯林斯氏菌	產甲酸草酸桿菌	沙氏別樣桿菌	帕氏乳桿菌
脆弱類桿菌	伴生糞球菌	迪氏副類桿菌	龐大厭氧棒狀菌	羅氏乳桿菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	規則糞球菌	糞副類桿菌	屎類桿菌	史氏甲烷短桿菌
馬賽類桿菌	渾濁小類桿菌	克拉副普雷沃菌	KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	解果膠單球菌
諾德氏類桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	排泄物副薩特氏菌	糞便類桿菌	蒂莫恩忽視菌
卵形類桿菌	難養迪爾莫菌	糞考拉桿菌	多形類桿菌	迪氏副類桿菌
薩耶斯類桿菌	產甲酸多爾氏菌	不解糖吡咯單胞菌	單形類桿菌	糞副類桿菌
鼠糞類桿菌	長鏈多爾氏菌	人羅斯氏菌	普通類桿菌	排泄物副薩特氏菌
糞便類桿菌	緩慢愛格士氏菌	瘤胃球菌FBI00082 FBI00097	溶木聚糖類桿菌	不解糖吡咯單胞菌
多形類桿菌	泰伊艾森伯格菌	瘤胃球菌FBI00233	青春雙叉桿菌	人羅斯氏菌
單形類桿菌	挑剔真桿菌	布氏瘤胃球菌	長雙叉桿菌	布氏瘤胃球菌
普通類桿菌	霍氏真桿菌	糞瘤胃球菌	假小鏈雙叉桿菌	糞瘤胃球菌
腸道巴恩斯氏菌	直腸真桿菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌	沃氏嗜膽菌	華德薩特氏菌
雙歧雙叉桿菌	惰性真桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌	卵形布勞特氏菌
鏈狀雙叉桿菌	凸腹真桿菌	馬賽薩特氏菌	魏氏布勞特氏菌
齒雙叉桿菌	嗜木聚糖真桿菌	華德薩特氏菌	阿爾頓梭菌

表 12. 菌群 XII

腸胺基酸球菌	單形類桿菌	鮑氏梭菌	普氏棲糞桿菌	排泄物副薩特氏菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	普通類桿菌	鮑氏梭菌	普氏棲糞桿菌	糞考拉桿菌
昂氏別樣桿菌	普通類桿菌	奇特龍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	糞考拉桿菌
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	梭狀梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	不解糖吡咯單胞菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	福斯梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
塞內加爾別樣桿菌	腸道巴恩斯氏菌	福斯梭菌	雙型霍爾德曼氏菌	人羅斯氏菌
沙氏別樣桿菌	青春雙叉桿菌	閃爍梭菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00082 FBI00097
沙氏別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	外流亨蓋特拉菌	瘤胃球菌FBI00082 FBI00097
別樣桿菌FBI00180	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	外流亨蓋特拉菌	瘤胃球菌FBI00233
別樣桿菌FBI00238	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
蒂莫恩別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕氏乳桿菌	布氏瘤胃球菌
糞厭氧棒形菌	鏈狀雙叉桿菌	規則糞球菌	帕氏乳桿菌	糞瘤胃球菌
龐大厭氧棒狀菌	齒雙叉桿菌	規則糞球菌	毛螺菌FBI00033	糞瘤胃球菌
龐大厭氧棒狀菌	長雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	毛螺菌FBI00071	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
馬賽厭氧棍狀菌	長雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	毛螺菌FBI00290	厭氧塞內加爾馬賽菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	羅氏乳桿菌	馬賽薩特氏菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	羅氏乳桿菌	華德薩特氏菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	鼠盲腸長鏈菌	華德薩特氏菌
糞類桿菌	沃氏嗜膽菌	長鏈多爾氏菌	馬賽巨型球菌	血蘇黎世桿菌
芬氏類桿菌	沃氏嗜膽菌	長鏈多爾氏菌	史氏甲烷短桿菌	多形類桿菌
脆弱類桿菌	糞布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	單形類桿菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	糞布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	阿爾頓梭菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	阿爾頓梭菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	馬賽布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	蒂莫恩忽視菌	凸腹真桿菌
馬賽類桿菌	卵形布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	蒂莫恩忽視菌	嗜木聚糖真桿菌
諾德氏類桿菌	卵形布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	產甲酸草酸桿菌	克拉副普雷沃菌
卵形類桿菌	魏氏布勞特氏菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌	排泄物副薩特氏菌
薩耶斯類桿菌	魏氏布勞特氏菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌	多形類桿菌
鼠糞類桿菌	人糞丁酸單胞菌	霍氏真桿菌	迪氏副類桿菌	梭菌FBI00377
糞便類桿菌	香港卡塔桿菌	直腸真桿菌	迪氏副類桿菌	惰性真桿菌
糞便類桿菌	梭菌FBI00191	直腸真桿菌	糞副類桿菌	糞副類桿菌

表 13. 菌群 XIII

表 14. 菌群 XIV

腸胺基酸球菌	單形類桿菌	奇特龍梭菌	惰性真桿菌	排泄物副薩特氏菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	單形類桿菌	奇特龍梭菌	反芻真桿菌	排泄物副薩特氏菌
芬氏別樣桿菌	普通類桿菌	梭狀梭菌	凸腹真桿菌	糞考拉桿菌
昂氏別樣桿菌	普通類桿菌	閃爍梭菌	嗜木聚糖真桿菌	糞考拉桿菌
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	水井坊梭菌	普氏棲糞桿菌	馬賽腓塞亞菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	共生梭菌	普氏棲糞桿菌	馬賽腓塞亞菌
腐爛別樣桿菌	腸道巴恩斯氏菌	共生梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
塞內加爾別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
塞內加爾別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
沙氏別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
沙氏別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
蒂莫恩別樣桿菌	鏈狀雙叉桿菌	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
糞厭氧棒形菌	齒雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
龐大厭氧棒狀菌	糞雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
龐大厭氧棒狀菌	長雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
人腸厭氧棍狀菌	長雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	嗜糖厭氧產氫桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕氏乳桿菌	馬賽薩特氏菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	華德薩特氏菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	解果膠毛螺菌	華德薩特氏菌
糞類桿菌	糞布勞特氏菌	產甲酸多爾氏菌	解果膠毛螺菌	血蘇黎世桿菌
芬氏類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	鼠盲腸長鏈菌	糞便類桿菌
脆弱類桿菌	氫養布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	馬賽巨型球菌	糞便類桿菌
韓國類桿菌	泥布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	多形類桿菌
韓國類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	多形類桿菌
KRIBBI類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	阿爾頓梭菌
KRIBBI類桿菌	魏氏布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	阿爾頓梭菌
馬賽類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	蒂莫恩忽視菌	鮑氏梭菌
諾德氏類桿菌	人糞丁酸單胞菌	泰伊艾森伯格菌	產甲酸草酸桿菌	鮑氏梭菌
油性類桿菌	香港卡塔桿菌	蒂莫恩新興菌	產甲酸草酸桿菌	糞副類桿菌
卵形類桿菌	弗氏檸檬酸桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌	糞副類桿菌
薩耶斯類桿菌	梭菌(Clostridiaceae sp.)	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌	克拉副普雷沃菌
直腸真桿菌	直腸真桿菌	霍氏真桿菌	迪氏副類桿菌	氧化還原真桿菌

表 15. 菌群 XV

表 16. 菌群 XVI

腸胺基酸球菌	單形類桿菌	奇特龍梭菌	凸腹真桿菌	排泄物副薩特氏菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	單形類桿菌	梭狀梭菌	惰性真桿菌	糞考拉桿菌
芬氏別樣桿菌	普通類桿菌	閃爍梭菌	嗜木聚糖真桿菌	糞考拉桿菌
昂氏別樣桿菌	普通類桿菌	水井坊梭菌	普氏棲糞桿菌	馬賽腓塞亞菌
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	共生梭菌	普氏棲糞桿菌	馬賽腓塞亞菌
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	共生梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
腐爛別樣桿菌	腸道巴恩斯氏菌	產氣柯林斯氏菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌
塞內加爾別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
塞內加爾別樣桿菌	青春雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
沙氏別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
沙氏別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	規則糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
蒂莫恩別樣桿菌	鏈狀雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
糞厭氧棒形菌	齒雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
龐大厭氧棒狀菌	糞雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	海瑟威亨蓋特拉菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
龐大厭氧棒狀菌	長雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	嗜糖厭氧產氫桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
人腸厭氧棍狀菌	長雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕氏乳桿菌	馬賽薩特氏菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	華德薩特氏菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	解果膠毛螺菌	華德薩特氏菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	解果膠毛螺菌	血蘇黎世桿菌
糞類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	鼠盲腸長鏈菌	糞便類桿菌
芬氏類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	馬賽巨型球菌	糞便類桿菌
脆弱類桿菌	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	多形類桿菌
韓國類桿菌	泥布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌	多形類桿菌
韓國類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	阿爾頓梭菌
KRIBBI類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	鮑氏梭菌
KRIBBI類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	蒂莫恩忽視菌	鮑氏梭菌
馬賽類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	產甲酸草酸桿菌	奇特龍梭菌
諾德氏類桿菌	人糞丁酸單胞菌	蒂莫恩新興菌	產甲酸草酸桿菌	氧化還原真桿菌
油性類桿菌	香港卡塔桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌	直腸真桿菌
卵形類桿菌	梭菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌	直腸真桿菌
薩耶斯類桿菌	阿爾頓梭菌	霍氏真桿菌	迪氏副類桿菌	反芻真桿菌
排泄物副薩特氏菌	克拉副普雷沃菌	糞副類桿菌	糞副類桿菌

表 17. 菌群 XVII

腸胺基酸球菌	單形類桿菌	鮑氏梭菌	扭曲真桿菌	人羅斯氏菌
蒂莫恩錐尾桿菌	普通類桿菌	奇特龍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	人羅斯氏菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	普通類桿菌	奇特龍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	瘤胃球菌FBI00097
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	梭狀梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	瘤胃球菌FBI00097
昂氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	福斯梭菌	帕梅拉戈登氏桿菌	瘤胃球菌FBI00233
腐爛別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	福斯梭菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
腐爛別樣桿菌	腸道巴恩斯氏菌	閃爍梭菌	雙型霍爾德曼氏菌	布氏瘤胃球菌
塞內加爾別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
沙氏別樣桿菌	青春雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	外流亨蓋特拉菌	糞瘤胃球菌
別樣桿菌FBI00180	青春雙叉桿菌	伴生糞球菌	外流亨蓋特拉菌	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
別樣桿菌FBI00238	雙歧雙叉桿菌	伴生糞球菌	帕氏乳桿菌	厭氧塞內加爾馬賽菌
蒂莫恩別樣桿菌	雙歧雙叉桿菌	規則糞球菌	帕氏乳桿菌	馬賽薩特氏菌
糞厭氧棒形菌	鏈狀雙叉桿菌	規則糞球菌	毛螺菌FBI00033	華德薩特氏菌
龐大厭氧棒狀菌	齒雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	毛螺菌FBI00071	華德薩特氏菌
龐大厭氧棒狀菌	長雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	毛螺菌FBI00290	血蘇黎世桿菌
馬賽厭氧棍狀菌	長雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	羅氏乳桿菌	糞便類桿菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	羅氏乳桿菌	糞便類桿菌
屎類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	長形產乳桿菌	多形類桿菌
糞居類桿菌	沃氏嗜膽菌	長鏈多爾氏菌	鼠盲腸長鏈菌	多形類桿菌
糞類桿菌	沃氏嗜膽菌	長鏈多爾氏菌	馬賽巨型球菌	單形類桿菌
芬氏類桿菌	糞布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	葡萄牙檸檬酸桿菌
脆弱類桿菌	糞布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	解果膠單球菌	梭菌FBI00191
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	氫養布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	產甲酸草酸桿菌	阿爾頓梭菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	馬賽布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	產甲酸草酸桿菌	阿爾頓梭菌
KRIBBI類桿菌/韓國類桿菌物種集群	卵形布勞特氏菌	蒂莫恩新興菌	產甲酸草酸桿菌	鮑氏梭菌
馬賽類桿菌	卵形布勞特氏菌	挑剔真桿菌	迪氏副類桿菌	惰性真桿菌
諾德氏類桿菌	魏氏布勞特氏菌	挑剔真桿菌	糞副類桿菌	凸腹真桿菌
卵形類桿菌	魏氏布勞特氏菌	霍氏真桿菌	糞副類桿菌	嗜木聚糖真桿菌
薩耶斯類桿菌	人糞丁酸單胞菌	直腸真桿菌	克拉副普雷沃菌	普氏棲糞桿菌
鼠糞類桿菌	香港卡塔桿菌	直腸真桿菌	排泄物副薩特氏菌	普氏棲糞桿菌
糞考拉桿菌	糞考拉桿菌	不解糖吡咯單胞菌	排泄物副薩特氏菌	不解糖吡咯單胞菌

表 18. 菌群 XVIII

屎類桿菌	長雙叉桿菌	閃爍梭菌	緩慢愛格士氏菌	糞副類桿菌
薩耶斯類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	共生梭菌	緩慢愛格士氏菌	布氏瘤胃球菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	普氏棲糞桿菌	布氏瘤胃球菌
多形類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	脫硫脫硫弧菌	蒂莫恩忽視菌
普通類桿菌	苦杏仁苷梭菌	長鏈多爾氏菌	產甲酸草酸桿菌
齒雙叉桿菌	奇特龍梭菌	緩慢愛格士氏菌	產甲酸草酸桿菌
長雙叉桿菌	奇特龍梭菌	緩慢愛格士氏菌	產甲酸草酸桿菌

表 19. 菌群 XIX

腸胺基酸球菌	糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌
蒂莫恩錐尾桿菌	糞便類桿菌	魏氏布勞特氏菌	泰伊艾森伯格菌	解果膠單球菌
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	多形類桿菌	人糞丁酸單胞菌	蒂莫恩新興菌	迪氏副類桿菌
昂氏別樣桿菌	多形類桿菌	香港卡塔桿菌	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
昂氏別樣桿菌	單形類桿菌	梭菌FBI00191	挑剔真桿菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	單形類桿菌	阿爾頓梭菌	霍氏真桿菌	產甲酸草酸桿菌
腐爛別樣桿菌	普通類桿菌	阿爾頓梭菌	直腸真桿菌	迪氏副類桿菌
塞內加爾別樣桿菌	普通類桿菌	鮑氏梭菌	直腸真桿菌	糞副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	鮑氏梭菌	惰性真桿菌	糞副類桿菌
沙氏別樣桿菌	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	凸腹真桿菌	克拉副普雷沃菌
別樣桿菌FBI00180	溶木聚糖類桿菌	奇特龍梭菌	嗜木聚糖真桿菌	排泄物副薩特氏菌
別樣桿菌FBI00238	腸道巴恩斯氏菌	梭狀梭菌	普氏棲糞桿菌	排泄物副薩特氏菌
蒂莫恩別樣桿菌	青春雙叉桿菌	福斯梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	糞考拉桿菌

糞厭氧棒形菌	青春雙叉桿菌	閃爍梭菌	食糖紡錘鏈桿菌	不解糖吡咯單胞菌

龐大厭氧棒狀菌	雙歧雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
龐大厭氧棒狀菌	鏈狀雙叉桿菌	產氣柯林斯氏菌	帕梅拉戈登氏桿菌	人羅斯氏菌
馬賽厭氧棍狀菌	齒雙叉桿菌	伴生糞球菌	雙型霍爾德曼氏菌	瘤胃球菌FBI00097
屎類桿菌	長雙叉桿菌	伴生糞球菌	外流亨蓋特拉菌	瘤胃球菌FBI00233
屎類桿菌	長雙叉桿菌	規則糞球菌	外流亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
糞居類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	渾濁小類桿菌	海瑟威亨蓋特拉菌	布氏瘤胃球菌
糞類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	嗜琥珀酸小類桿菌	帕氏乳桿菌	糞瘤胃球菌
芬氏類桿菌	假小鏈雙叉桿菌	難養迪爾莫菌	帕氏乳桿菌	糞瘤胃球菌
脆弱類桿菌	青春雙叉桿菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00033	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
KRIBBI類桿菌	沃氏嗜膽菌	產甲酸多爾氏菌	毛螺菌FBI00071	厭氧塞內加爾馬賽菌
KRIBBI類桿菌	沃氏嗜膽菌	長鏈多爾氏菌	毛螺菌FBI00290	馬賽薩特氏菌
馬賽類桿菌	糞布勞特氏菌	長鏈多爾氏菌	羅氏乳桿菌	華德薩特氏菌
諾德氏類桿菌	氫養布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	羅氏乳桿菌	華德薩特氏菌
卵形類桿菌	馬賽布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	鼠盲腸長鏈菌	血蘇黎世桿菌
薩耶斯類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	馬賽巨型球菌
鼠糞類桿菌	卵形布勞特氏菌	緩慢愛格士氏菌	史氏甲烷短桿菌

在某些實施例中，該菌群包含表1中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表2中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表3中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表4中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表5中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表6中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表7中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表8中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表9中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表10中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表11中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表12中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表13中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表14中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表15中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表16中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表17中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表18中列出的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含表19中列出的微生物相。

在某些實施例中，該菌群包含與表1中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表2中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表3中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表4中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表5中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表6中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表7中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表8中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表9中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表10中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表11中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表12中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表13中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含同與表14中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表15中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表16中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表17中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表18中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。在某些實施例中，該菌群包含與表19中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。

在某些實施例中，本文所描述之微生物菌群包含相對豐度為總微生物菌群的約90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、5%、1%、0.1%、0.01%、0.001%、0.0001%、0.00001%或0.000001%的微生物菌株。在某些實施例中，微生物菌株的相對豐度藉由總體基因體定序確定，並計算為分類為已鑑定微生物菌株的讀段百分比除以基因體大小。在某些實施例中，本發明的微生物菌株的相對豐度藉由總體基因體霰彈槍定序確定。

在某些實施例中，該菌群包含與表22中列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。以下提供表22：表 22. FB-001 藥物物質

藥物物質(DS) (亦稱為共培養物，CoC)	菌株ID	菌株物種
DS1	FBI00001	奇特龍梭菌
FBI00002	薩耶斯類桿菌
FBI00010	卵形布勞特氏菌
FBI00013	糞副類桿菌
FBI00029	迪氏副類桿菌
FBI00032	龐大厭氧棒狀菌
FBI00033	毛螺菌FBI00033
FBI00034	挑剔真桿菌
FBI00043	齒雙叉桿菌
FBI00044	魏氏布勞特氏菌
FBI00048	食糖紡錘鏈桿菌
FBI00050	諾德氏類桿菌
FBI00051	產甲酸多爾氏菌
FBI00057	長鏈多爾氏菌
FBI00059	鼠糞類桿菌
FBI00060	長雙叉桿菌
FBI00070	KRIBBI類桿菌
FBI00071	毛螺菌FBI00071
FBI00076	多形類桿菌
FBI00079	梭狀梭菌
FBI00087	閃爍梭菌
FBI00093	人羅斯氏菌
FBI00102	福斯梭菌
FBI00109	伴生糞球菌
FBI00117	糞布勞特氏菌
FBI00120	海瑟威亨蓋特拉菌
FBI00125	糞便類桿菌
FBI00127	產氣柯林斯氏菌
FBI00128	外流亨蓋特拉菌
FBI00145	青春雙叉桿菌
FBI00162	鏈狀雙叉桿菌
FBI00174	羅氏乳桿菌
FBI00184	糞類桿菌
FBI00190	芬氏類桿菌
FBI00191	梭菌FBI00191
FBI00194	糞瘤胃球菌
FBI00198	帕氏乳桿菌
FBI00199	鮑氏梭菌
FBI00200	鼠盲腸長鏈菌
FBI00201	緩慢愛格士氏菌
FBI00205	馬賽布勞特氏菌
FBI00206	溶木聚糖類桿菌
FBI00211	普通類桿菌
FBI00220	馬賽巨型球菌
FBI00221	人糞丁酸單胞菌
FBI00236	泰伊艾森伯格菌
FBI00245	腸胺基酸球菌
FBI00248	蒂莫恩新興菌
FBI00251	假小鏈雙叉桿菌
FBI00254	霍氏真桿菌
FBI00267	糞厭氧棒形菌
FBI00278	凸腹真桿菌
FBI00288	氫養布勞特氏菌
FBI00290	毛螺菌FBI00290
DS2	FBI00004	蒂莫恩錐尾桿菌
FBI00012	昂氏別樣桿菌
FBI00015	單形類桿菌
FBI00018	直腸真桿菌
FBI00019	蒂莫恩別樣桿菌
FBI00021	KRIBBI類桿菌
FBI00038	規則糞球菌
FBI00040	沃氏嗜膽菌
FBI00046	屎類桿菌
FBI00061	沙氏別樣桿菌
FBI00066	排泄物副薩特氏菌
FBI00075	克拉副普雷沃菌
FBI00077	華德薩特氏菌
FBI00080	馬賽薩特氏菌
FBI00081	不解糖吡咯單胞菌
FBI00085	布氏瘤胃球菌
FBI00092	解果膠單球菌
FBI00097	瘤胃球菌FBI00097
FBI00099	帕梅拉戈登氏桿菌
FBI00112	單形類桿菌
FBI00132	帕梅拉戈登氏桿菌
FBI00137	脆弱類桿菌
FBI00140	糞考拉桿菌
FBI00149	解果膠單球菌
FBI00151	阿爾頓梭菌
FBI00176	乳酸形成羅塞尼亞桿菌
FBI00189	卵形類桿菌
FBI00197	雙歧雙叉桿菌
FBI00208	馬賽厭氧棍狀菌
FBI00212	阿爾頓梭菌
FBI00224	華德薩特氏菌
FBI00226	香港卡塔桿菌
FBI00229	塞內加爾別樣桿菌
FBI00233	瘤胃球菌FBI00233
FBI00235	沙氏別樣桿菌
FBI00237	難養迪爾莫菌
FBI00243	惰性真桿菌
FBI00244	普氏棲糞桿菌
FBI00258	血蘇黎世桿菌
FBI00260	直腸真桿菌
FBI00263	屎類桿菌
FBI00270	史氏甲烷短桿菌
FBI00273	腸道巴恩斯氏菌
FBI00277	昂氏別樣桿菌
FBI00292	史氏甲烷短桿菌
DS3	FBI00009	青春雙叉桿菌
FBI00011	長雙叉桿菌
FBI00016	假小鏈雙叉桿菌
FBI00020	多形類桿菌
FBI00025	伴生糞球菌
FBI00027	食糖紡錘鏈桿菌
FBI00030	緩慢愛格士氏菌
FBI00047	挑剔真桿菌
FBI00052	溶木聚糖類桿菌
FBI00053	羅氏乳桿菌
FBI00056	奇特龍梭菌
FBI00062	產氣柯林斯氏菌
FBI00078	卵形布勞特氏菌
FBI00096	緩慢愛格士氏菌
FBI00104	魏氏布勞特氏菌
FBI00110	帕氏乳桿菌
FBI00111	普通類桿菌
FBI00113	糞副類桿菌
FBI00115	產甲酸多爾氏菌
FBI00116	糞瘤胃球菌
FBI00123	人羅斯氏菌
FBI00124	龐大厭氧棒狀菌
FBI00126	青春雙叉桿菌
FBI00135	假小鏈雙叉桿菌
FBI00147	鮑氏梭菌
FBI00159	泰伊艾森伯格菌
FBI00167	長鏈多爾氏菌
FBI00170	緩慢愛格士氏菌
FBI00232	糞便類桿菌
FBI00255	海瑟威亨蓋特拉菌
FBI00271	溶木聚糖類桿菌
DS4	FBI00022	腐爛別樣桿菌
FBI00049	嗜琥珀酸小類桿菌
FBI00068	嗜黏蛋白艾克曼氏菌
FBI00069	布氏瘤胃球菌
FBI00152	渾濁小類桿菌
FBI00165	馬賽類桿菌
FBI00171	沃氏嗜膽菌
FBI00175	雙型霍爾德曼氏菌
FBI00177	排泄物副薩特氏菌
FBI00180	別樣桿菌FBI00180
FBI00182	糞居類桿菌
FBI00238	別樣桿菌FBI00238
FBI00269	腐爛別樣桿菌
FBI00274	嗜木聚糖真桿菌
FBI00281	厭氧塞內加爾馬賽菌
DS5 (DS-OF1)	FBI00067	產甲酸草酸桿菌
DS6 (DS-OF2)	FBI00133	產甲酸草酸桿菌
DS7 (DS-OF3)	FBI00289	產甲酸草酸桿菌

在某些實施例中，該菌群包含與表1-19中之任一者中所列出之微生物相至少90%或至少95%一致的微生物相。

在某些實施例中，菌群包含相對豐度為總微生物菌群的約90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%、5%、1%、0.1%、0.01%、0.001%、0.0001%、0.00001%或0.000001%的微生物菌株。在某些實施例中，微生物菌株的相對豐度藉由總體基因體定序確定，並計算為分類為已鑑定微生物菌株的讀段百分比除以基因體大小。在某些實施例中，本發明的微生物菌株的相對豐度藉由總體基因體霰彈槍定序確定。

活性微生物本文所描述之菌群包含複數種活性微生物，此等微生物能夠代謝導致或促成動物疾病的第一代謝受質。在某些實施例中，本發明提供能夠在4至8範圍內的pH下代謝第一代謝受質的微生物菌群。舉例而言，在某些非限制性實施例中，複數種活性微生物中之一種或超過一種能夠在以下範圍內的pH下代謝第一代謝受質：約4至約8、約4.2至約8、約4.4至約8、約4.6至約8、約4.8至約8、約5至約8、約5.2至約8、約5.4至約8、約5.6至約8、約5.8至約8、約6至約8、約6.2至約8、約6.4至約8、約6.6至約8、約6.8至約8、約7至約8、約7.2至約8、約7.4至約8、約7.6至約8、約7.8至約8、約4至約7、約4.2至約7、約4.4至約7、約4.6至約7、約4.8至約7、約5至約7、約5.2至約7、約5.4至約7、約5.6至約7、約5.8至約7、約6至約7、約6.2至約7、約6.4至約7、約6.6至約7、約6.8至約7、約4至約6、約4.2至約6、約4.4至約6、約4.6至約6、約4.8至約6、約5至約6、約5.2至約6、約5.4至約6、約5.6至約6、約5.8至約6、約4至約6、約4.2至約6、約4.4至約6、約4.6至約6、約4.8至約6、約5至約6、約5.2至約6、約5.4至約6、約5.6至約6、或約5.8至約6。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含一種微生物菌株，其在標準受質代謝分析中具有顯著不同的第一代謝受質代謝活性，該分析係在相差1個pH單位且在約4至約8的pH範圍內的兩個pH值下進行的。在某些實施例中，兩個pH值之間的差值為約1.0、約1.1、約1.2、約1.3、約1.4、約1.5、約1.6、約1.7、約1.8、約1.9、約2.0、約2.1、約2.2、約2.3、約2.4、約2.5、約2.6、約2.7、約2.8、約2.9、約3.0、約3.2、約3.3、約3.4、約3.5、約3.6、約3.7、約3.8、約3.9、或約4.0個pH單位。舉例而言，在某些非限制性實施例中，一種微生物菌株在標準受質代謝分析中在pH 4及pH 8、pH 5及pH 8、pH 6及pH 8、pH 7及pH 8、pH 4及pH 7、pH 5及pH 7、pH 6及pH 7、pH 4及pH 6、pH 5及pH 6或pH 4及pH 5下具有顯著不同的第一代謝受質代謝活性。

如本文所用，「較低的pH」或「低pH」係指在標準化受質代謝分析中，與另一個pH值相比其值較低的pH。舉例而言，與在pH 7.5下執行的標準化受質代謝分析相比，在pH 4.5下執行的標準化受質代謝分析具有較低的pH。如本文所用，「較高的pH」係指在標準化受質代謝分析中，與另一個pH值相比其值較高的pH。舉例而言，與在pH 4.5下執行的標準化受質代謝分析相比，在pH 7.5下執行的標準化受質代謝分析具有較高的pH。

如本文所用，「較高的第一代謝受質代謝活性」意謂微生物菌株的第一代謝受質代謝活性與相同微生物菌株在不同條件下的第一代謝受質代謝活性相比較高，及/或微生物菌株的第一代謝受質代謝活性與在相同條件下的不同微生物菌株的第一代謝受質代謝活性相比較高。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含具有顯著不同的第一代謝受質代謝活性的兩種微生物菌株。舉例而言，在某些非限制性實施例中，與複數種活性微生物中的另一種微生物菌株在相同較低pH下的第一代謝受質代謝活性相比，複數種活性微生物中之一種在較低pH下具有顯著較高的第一代謝受質代謝活性。在某些實施例中，分別與複數種活性微生物中的另一種微生物菌株在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的第一代謝受質代謝活性相比，複數種活性微生物中之一種在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的第一代謝受質代謝活性顯著較高。在某些實施例中，與複數種活性微生物中的另一種微生物菌株在相同較高pH下的第一代謝受質代謝活性相比，複數種活性微生物中之一種在較高pH下具有顯著較高的第一代謝受質代謝活性。在某些實施例中，分別與複數種活性微生物中的另一種微生物菌株在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的第一代謝受質代謝活性相比，複數種活性微生物中之一種在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的第一代謝受質代謝活性顯著較高。

在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低pH下的第一代謝受質代謝活性與其在較高pH下的第一代謝受質代謝活性相比顯著較高。舉例而言，在一些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下與其在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下相比具有顯著較高的第一代謝受質代謝活性。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高pH下的第一代謝受質代謝活性與其在較低pH下的第一代謝受質代謝活性相比顯著較高。舉例而言，在一些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下與其在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下相比具有顯著較高的第一代謝受質代謝活性。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在較低pH下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在較高pH下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。舉例而言，在某些非限制性實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高第一代謝受質代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高第一代謝受質代謝活性之另一微生物。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含一種微生物菌株，其在以第一代謝受質濃度進行的標準受質代謝分析中的第一代謝受質代謝活性與其在以不同的第一代謝受質濃度進行的標準受質代謝分析中的第一代謝受質代謝活性相比顯著不同，其中兩種第一代謝受質濃度之間的差異在100倍範圍內。在某些實施例中，兩種第一代謝濃度之間的差異為約1.2倍。舉例而言，在某些非限制性實施例中，兩種第一代謝受質濃度之間的差異為至少約1.2倍、約1.4倍、約1.6倍、約1.8倍、約2.0倍、約4倍、約6倍、約8倍、約10倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約60倍、約70倍、約80倍、約90倍或約100倍或更多倍。

如本文所用，「較低濃度的第一代謝受質」係指在標準化受質代謝分析中與另一受質濃度相比其值較低的受質濃度。如本文所用，「較高濃度的第一代謝受質」係指在標準化受質代謝分析中與另一受質濃度相比其值較高的受質濃度。

在某些實施例中，複數種活性微生物包括具有顯著不同的第一代謝受質代謝活性的兩種微生物菌株。舉例而言，在某些非限制性實施例中，與複數種活性微生物中的另一種微生物菌株在相同較低第一代謝受質濃度下的第一代謝受質代謝活性相比，複數種活性微生物中之一種在較低第一代謝受質濃度下具有顯著較高的第一代謝受質代謝活性。與複數種活性微生物中的另一種微生物菌株在相同較高第一代謝受質濃度下的第一代謝受質代謝活性相比，複數種活性微生物中之一種在較高第一代謝受質濃度下具有顯著較高的第一代謝受質代謝活性。

在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低第一代謝受質濃度下的第一代謝受質代謝活性與其在較高第一代謝受質濃度下的第一代謝受質代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高第一代謝受質濃度下的第一代謝受質代謝活性與其在較低第一代謝受質濃度下的第一代謝受質代謝活性相比顯著較高。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在較低第一代謝受質濃度下具有較高第一代謝受質代謝活性的活性微生物及在較高第一代謝受質濃度下具有較高第一代謝受質代謝活性的另一種微生物。舉例而言，在某些非限制性實施例中，較低第一代謝受質濃度與較高第一代謝受質濃度之間的差異為至少約1.2倍、約1.4倍、約1.6倍、約1.8倍、約2.0倍、約4倍、約6倍、約8倍、約10倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約60倍、約70倍、約80倍、約90倍，或約100倍或更多倍。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含具有顯著不同生長速率的兩種微生物菌株。舉例而言，在某些非限制性實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低pH下的生長速率與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在相同較低pH下的生長速率相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的生長速率分別與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的生長速率相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高pH下的生長速率與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在相同較高pH下的生長速率相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的生長速率分別與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的生長速率相比顯著較高。

在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低pH下的生長速率與其在較高pH下的生長速率相比顯著較高。舉例而言，在一些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的生長速率與其在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的生長速率相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高pH下的生長速率與其在較低pH下的生長速率相比顯著較高。舉例而言，在一些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的生長速率與其在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的生長速率相比顯著較高。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含一種微生物菌株，當在含有一定濃度的第一代謝受質濃度的培養基中培養時，其生長速率與在含有相同第一代謝受質濃度的相同培養基中培養的複數種活性微生物中的另一種微生物菌株的生長速率相比顯著較高。在某些實施例中，兩種生長速率之間的差異係至少約0.2倍、至少約0.4倍、至少約0.6倍、至少約0.8倍、至少約1.0倍、至少約1.2倍、至少約1.4倍、至少約1.6倍、至少約1.8倍或至少約2.0倍。

在某些實施例中，第一代謝受質可以選自但不限於草酸鹽及膽汁酸(例如，石膽酸(LCA)、去氧膽酸(DCA))。

在某些實施例中，本發明提供微生物菌群，其包含能夠將第一代謝受質代謝為一種或超過一種代謝物的複數種活性微生物。舉例而言，在某些非限制性實施例中，該一種或超過一種代謝物可以選自但不限於甲酸鹽、CO ₂及次級膽汁酸(例如，3-側氧基-去氧膽酸(3側氧基DCA)、3-側氧基-石膽酸(3側氧基LCA)、異-石膽酸(異-LCA)或異-去氧膽酸(異-DCA))。在某些實施例中，複數種活性微生物可以包含2至200種微生物菌株。舉例而言，在某些非限制性實施例中，微生物菌群包含2至10、2至15、2至20、2至25、2至30、2至35、2至40、2至45、2至50、2至75、2至100、2至125、2至150、2至175或2至200種活性微生物菌株。在某些實施例中，複數種活性微生物可以包含2至20種微生物菌株。

草酸鹽代謝活性微生物本文所描述之菌群包含複數種代謝草酸鹽的活性微生物。在某些實施例中，複數種代謝草酸鹽的活性微生物中之各種表現足夠量的一種或超過一種參與草酸鹽代謝的酶。舉例而言，在某些非限制性實施例中，一種或超過一種活性微生物表現甲醯輔酶A轉移酶( Frc)、草酸鹽-甲酸鹽反向運輸蛋白(例如， OxIT)及草醯輔酶A脫羧酶(例如， OxC)，及/或草酸脫羧酶(例如， OxD)。

在某些實施例中，該複數種代謝草酸鹽的活性微生物包含2至20種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該複數種代謝草酸鹽的活性微生物包含2至5種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該複數種代謝草酸鹽的活性微生物包含2至7種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該複數種代謝草酸鹽的活性微生物包含2至7種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該複數種代謝草酸鹽的活性微生物包含超過20種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含3種代謝草酸鹽的微生物菌株。在某些實施例中，2種或更多種活性微生物係同一物種之不同菌株。

在某些實施例中，該複數種代謝草酸鹽的活性微生物可以包含一或多種微生物物種，該一或多種微生物物種選自但不限於產甲酸草酸桿菌、雙叉桿菌( Bifidobacterium sp.)、齒雙叉桿菌、渾濁小類桿菌、嗜酸乳桿菌( Lactobacillus acidophilus)、加氏乳桿菌( Lactobacillus gasseri)、瑞士乳桿菌( Lactobacillus helveticus)、路氏乳桿菌( Lactobacillus reuteri)、緩慢愛格士氏菌、鼠李糖乳桿菌( Lactobacillus rhamnosus)、糞腸球菌、鶉雞腸球菌( Enterococcus gallinarum)、屎腸球菌、雷氏普羅威登斯菌( Providencia rettgeri)、嗜熱鏈球菌( Streptococcus thermophilus)、植物乳桿菌( Lactobacillus plantarum)、乾酪乳桿菌( Lactobacillus casei)、唾液乳桿菌( Lactobacillus salivarius)、約氏乳桿菌( Lactobacillus johnsii)、嬰兒雙叉桿菌( Bifidobacterium infantis)、動物雙叉桿菌( Bifidobacterium animalis)、生胞梭菌( Clostridium sporogenes)、乳明串珠菌( Leuconostoc lactis)或腸膜明串珠菌( Leuconostoc mesenteroides)。

在某些實施例中，本文所描述之菌群包含3種產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，本文所描述之菌群包含3種產甲酸草酸桿菌菌株，各自具有不同的表型性質。在某些實施例中，本文所描述之菌群包含3種產甲酸草酸桿菌菌株，其中1種菌株具有低pH耐受性，1種菌株具有高草酸鹽耐受性，且1種菌株具有高生長速率。在某些實施例中，低pH耐受性為約pH 5。在某些實施例中，高草酸鹽耐受性為約150 mM。在某些實施例中，高草酸鹽耐受性為約15 mM。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含產甲酸草酸桿菌菌株，其16S序列與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含產甲酸草酸桿菌菌株，其16S序列與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含三種產甲酸草酸桿菌菌株，其中第一種、第二種及第三種的各別16S序列與以下中闡述之核苷酸序列一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含三種產甲酸草酸桿菌菌株，其中第一種、第二種及第三種的各別16S序列與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含三種產甲酸草酸桿菌菌株，其中第一種、第二種及第三種的各別16S序列與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。

在一些實施例中，該複數種活性微生物包含16S序列與SEQ ID NO: 42中闡述之核苷酸序列至少約80%一致的產甲酸草酸桿菌菌株及16S序列與SEQ ID NO: 79中闡述之核苷酸序列至少約80%一致的產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含16S序列與SEQ ID NO: 42中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致的產甲酸草酸桿菌菌株，及16S序列與SEQ ID NO: 79中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致的產甲酸草酸桿菌菌株。

在一些實施例中，該複數種活性微生物包含16S序列與SEQ ID NO: 42中闡述之核苷酸序列至少約80%一致的產甲酸草酸桿菌菌株及16S序列與SEQ ID NO: 146中闡述之核苷酸序列至少約80%一致的產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含16S序列與SEQ ID NO: 42中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致的產甲酸草酸桿菌菌株，及16S序列與SEQ ID NO: 146中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致的產甲酸草酸桿菌菌株。

在一些實施例中，該複數種活性微生物包含16S序列與SEQ ID NO: 79中闡述之核苷酸序列至少80%一致的產甲酸草酸桿菌菌株及16S序列與SEQ ID NO: 146中闡述之核苷酸序列至少約80%一致的產甲酸草酸桿菌菌株。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含16S序列與SEQ ID NO: 79中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致的產甲酸草酸桿菌菌株，及16S序列與SEQ ID NO: 146中闡述之核苷酸序列至少約90%、至少約91%、至少約92%、至少約93%、至少約94%、至少約95%、至少約96%、至少約97%、至少約98%、或至少約99%一致的產甲酸草酸桿菌菌株。

如本文所用，「實質上代謝草酸鹽」、「草酸鹽的實質代謝」及其變體係指在活體外分析中草酸鹽的量在統計學上顯著減少。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種或超過一種能夠在4至8範圍內的pH下實質上代謝草酸鹽。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種或超過一種能夠在以下範圍內的pH代謝草酸鹽：約4至約8、約4.2至約8、約4.4至約8、約4.6至約8、約4.8至約8、約5至約8、約5.2至約8、約5.4至約8、約5.6至約8、約5.8至約8、約6至約8、約6.2至約8、約6.4至約8、約6.6至約8、約6.8至約8、約7至約8、約7.2至約8、約7.4至約8、約7.6至約8、約7.8至約8、約4至約7、約4.2至約7、約4.4至約7、約4.6至約7、約4.8至約7、約5至約7、約5.2至約7、約5.4至約7、約5.6至約7、約5.8至約7、約6至約7、約6.2至約7、約6.4至約7、約6.6至約7、約6.8至約7、約4至約6、約4.2至約6、約4.4至約6、約4.6至約6、約4.8至約6、約5至約6、約5.2至約6、約5.4至約6、約5.6至約6、約5.8至約6、約4至約6、約4.2至約6、約4.4至約6、約4.6至約6、約4.8至約6、約5至約6、約5.2至約6、約5.4至約6、約5.6至約6、或約5.8至約6。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含包含一種微生物菌株，其在標準草酸鹽代謝分析中具有顯著不同的草酸鹽代謝活性，該分析係在相差至少1個pH單位且在4至8的pH範圍內的兩個pH值下進行的。在某些實施例中，一種微生物菌株在標準草酸鹽代謝分析中在pH 4及pH 8、pH 5及pH 8、pH 6及pH 8、pH 7及pH 8、pH 4及pH 7、pH 5及pH 7、pH 6及pH 7、pH 4及pH 6、pH 5及pH 6或pH 4及pH 5下具有顯著不同的草酸鹽代謝活性。

在某些實施例中，草酸鹽代謝活性使用標準草酸鹽代謝分析進行偵測。在某些實施例中，草酸代謝活性使用量測草酸鹽氧化酶活性的比色酶分析來偵測。在某些實施例中，接種微生物菌株的培養基中草酸鹽豐度的相對變化使用商業草酸鹽分析套組(例如，Sigma-Aldrich，目錄號MAK315)進行量測。在某些實施例中，草酸鹽代謝活性使用液相層析-質譜法(LC-MS/MS)偵測。在某些實施例中，比較以下之間的草酸鹽豐度的相對變化：培育開始時(亦即t=0)與在約2小時、約4小時、約6小時、約8小時、約10小時、約12小時、約14小時、約16小時、約18小時、約24小時、約30小時、約36小時、約48小時、約60小時、約72小時、約84小時、約96小時、約120小時、或大約144小時培育之後。

如本文所用，「較高的草酸鹽代謝活性」意謂微生物菌株的草酸鹽代謝活性與相同微生物菌株在不同條件下的草酸鹽代謝活性相比較高，及/或微生物菌株的草酸鹽代謝活性與不同微生物菌株在相同條件下的草酸鹽代謝活性相比較高。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含具有顯著不同的草酸鹽代謝活性的兩種微生物菌株。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低pH下的草酸鹽代謝活性與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在相同較低pH下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的草酸鹽代謝活性與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高pH下的草酸鹽代謝活性與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在相同較高pH下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的草酸鹽代謝活性與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。

在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低pH下的草酸鹽代謝活性與其在較高pH下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下的草酸鹽代謝活性與其在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高pH下的草酸鹽代謝活性與其在較低pH下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在pH 7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8.0下的草酸鹽代謝活性與其在pH 4.0、4.5、5.0、5.5、6.0或6.5下相比顯著較高。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在較低pH下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在較高pH下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 4.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 5.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.0下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.5下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.6下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.7下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.8下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 7.9下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在pH 6.5下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在pH 8.0下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。

在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種或超過一種能夠在約0.75 mM至約40 mM草酸鹽的草酸鹽濃度下實質上代謝草酸鹽。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種或超過一種能夠在以下範圍內的草酸鹽濃度下實質上代謝草酸鹽：約0.75 mM至約40 mM、約1 mM至約40 mM、約2.5 mM至約40 mM、約5 mM至約40 mM、約7.5 mM至約40 mM、約10 mM至約40 mM、約15 mM至約40 mM、約20 mM至約40 mM、約25 mM至約40 mM、約30 mM至約40 mM、約0.75 mM至約30 mM、約1 mM至約30 mM、約2.5 mM至約30 mM、約5 mM至約30 mM、約7.5 mM至約30 mM、約10 mM至約30 mM、約15 mM至約30 mM、約20 mM至約30 mM、約25 mM至約30 mM、約0.75 mM至約25 mM、約1 mM至約25 mM、約2.5 mM至約25 mM、約5 mM至約25 mM、約7.5 mM至約25 mM、約10 mM至約25 mM、約15 mM至約25 mM、約20 mM至約25 mM、約0.75 mM至約20 mM、約1 mM至約20 mM、約2.5 mM至約20 mM、約5 mM至約20 mM、約7.5 mM至約20 mM、約10 mM至約20 mM、約15 mM至約20 mM、約0.75 mM至約15 mM、約1 mM至約15 mM、約2.5 mM至約15 mM、約5 mM至約15 mM、約7.5 mM至約15 mM、約10 mM至約15 mM、約0.75 mM至約10 mM、約1 mM至約10 mM、約2.5 mM至約10 mM、約5 mM至約10 mM、約7.5 mM至約10 mM、約0.75 mM至約5 mM、約1 mM至約5 mM、約2.5 mM至約5 mM、或約0.75 mM至約1 mM。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含一種微生物菌株，其在一種草酸鹽濃度下在標準活體外草酸鹽代謝分析中的草酸鹽代謝活性與其在以不同的草酸鹽濃度進行的標準活體外草酸鹽代謝分析中的草酸鹽代謝活性顯著不同，其中兩種草酸鹽濃度之間的差異在100倍以內。在某些實施例中，一種微生物菌株在以下列濃度進行的標準草酸鹽代謝分析中具有顯著不同的草酸鹽代謝活性：約0.75 mM草酸鹽及約40 mM草酸鹽、約1 mM及約40 mM、約2.5 mM及約40 mM、約5 mM及約40 mM、約7.5 mM及約40 mM、約10 mM及約40 mM、約15 mM及約40 mM、約20 mM及約40 mM、約25 mM及約40 mM、約30 mM及約40 mM、約0.75 mM及約30 mM、約1 mM及約30 mM、約2.5 mM及約30 mM、約5 mM及約30 mM、約7.5 mM及約30 mM、約10 mM及約30 mM、約15 mM及約30 mM、約20 mM及約30 mM、約25 mM及約30 mM、約0.75 mM及約25 mM、約1 mM及約25 mM、約2.5 mM及約25 mM、約5 mM及約25 mM、約7.5 mM及約25 mM、約10 mM及約25 mM、約15 mM及約25 mM、約20 mM及約25 mM、約0.75 mM及約20 mM、約1 mM及約20 mM、約2.5 mM及約20 mM、約5 mM及約20 mM、約7.5 mM及約20 mM、約10 mM及約20 mM、約15 mM及約20 mM、約0.75 mM及約15 mM、約1 mM及約15 mM、約2.5 mM及約15 mM、約5 mM及約15 mM、約7.5 mM及約15 mM、約10 mM及約15 mM、約0.75 mM及約10 mM、約1 mM及約10 mM、約2.5 mM及約10 mM、約5 mM及約10 mM、約7.5 mM及約10 mM、約0.75 mM及約5 mM、約1 mM及約5 mM、約2.5 mM及約5 mM、或約0.75 mM及約1 mM。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含具有顯著不同的草酸鹽代謝活性的兩種微生物菌株。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在相同較低草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在約0.75 mM、約1 mM、約2.5 mM、約5 mM或約7.5 mM的草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性分別與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在約0.75 mM、約1 mM、約2.5 mM、約5 mM或約7.5 mM的草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在相同較高草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在約15 mM、約20 mM、約25 mM、約30 mM或約40 mM的草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性分別與複數種活性微生物中之另一種微生物菌株在約15 mM、約20 mM、約25 mM、約30 mM或約40 mM的草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。

在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較低草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性與其在較高草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在約0.75 mM、約1 mM、約2.5 mM、約5 mM或約7.5 mM的草酸鹽下的草酸鹽代謝活性與其在約15 mM、約20 mM、約25 mM、約30 mM或約40 mM的草酸鹽下相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在較高草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性與其在較低草酸鹽濃度下的草酸鹽代謝活性相比顯著較高。在某些實施例中，複數種活性微生物中之一種在約15 mM、約20 mM、約25 mM、約30 mM或約40 mM的草酸鹽下的草酸鹽代謝活性與其在約0.75 mM、約1 mM、約2.5 mM、約5 mM或約7.5 mM的草酸鹽下相比顯著較高。

在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在較低濃度草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在較高濃度草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約0.75 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約40 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約1 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約40 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約2.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約40 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約40 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約7.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約40 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約0.75 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約30 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約1 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約30 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約2.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約30 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約30 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約7.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約30 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約0.75 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約25 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約1 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約25 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約2.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約25 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約25 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約7.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約25 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約0.75 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約20 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約1 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約20 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約2.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約20 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約20 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約7.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約20 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約0.75 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約15 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約1 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約15 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約2.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約15 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約15 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。在某些實施例中，該複數種活性微生物包含在約7.5 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之活性微生物及在約15 mM草酸鹽下具有較高草酸鹽代謝活性之另一微生物。

在某些實施例中，當在活體外草酸鹽代謝分析中測試時，本發明的複數種活性微生物將樣品中存在的草酸鹽濃度顯著減少至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、或至少約80%。

在某些實施例中，當向個體投與時，本發明的複數種活性微生物將血液、血清、膽汁、糞便或尿液樣品中存在的草酸鹽濃度與未治療的對照個體或投與前含量相比顯著減少至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、或至少約80%。血液、血清、膽汁、糞便或尿液樣品中的草酸鹽的濃度可以使用液相層析-質譜法(LC-MS)量測。

支持性微生物群落本發明的微生物菌群進一步包含支持性微生物群落，其增強複數種活性微生物之一種或超過一種特徵。舉例而言，在某些非限制性實施例中，支持性微生物群落增強了複數種活性微生物的胃腸道植入。在其他實施例中，支持性微生物群落增強了複數種活性微生物的生物質量。在其他實施例中，支持性微生物群落增強了複數種活性微生物對第一代謝受質的代謝。在其他實施例中，支持性微生物群落增強了複數種活性微生物的縱向穩定性。

本文揭示之支持性微生物群落代謝由複數種活性微生物產生的一種或超過一種代謝物，其中一種或超過一種代謝物抑制複數種活性微生物的代謝。舉例而言，在某些非限制性實施例中，支持性微生物群落代謝由複數種活性微生物產生的甲酸鹽，其中甲酸鹽的存在抑制複數種活性微生物對草酸鹽的代謝。在某些實施例中，本發明的支持性微生物群落催化多醣醱酵成由以下組成之群中的一種或超過一種：乙酸鹽、乙偶姻、2-酮戊二酸、丙酸鹽、1,3-丙二醇、琥珀酸鹽、乙醇、乳酸鹽、丁酸鹽、2,3-丁二醇、丙酮、丁醇、甲酸鹽、H ₂及CO ₂。在某些實施例中，在某些實施例中，支持性微生物群落催化胺基酸醱酵成由以下組成之群中的一種或超過一種：乙酸鹽、丙酸鹽、丁酸鹽、丁酸鹽、異丁酸鹽、2-甲基丁酸鹽、異戊酸鹽、異己酸鹽、3-苯基丙酸鹽、對羥基苯丙酸(phloretate)、3-(1H-吲哚-3-基)丙酸鹽、5-胺基戊酸鹽、H ₂、H ₂S及CO ₂。在某些實施例中，支持性群落催化由以下組成之群中的一種或超過一種的合成：由H ₂及CO ₂合成甲烷、由甲酸鹽及H ₂合成甲烷、由H ₂及CO ₂合成乙酸鹽、由甲酸鹽及H ₂合成乙酸鹽、由H ₂、CO ₂及硫酸鹽合成乙酸鹽及硫化物、由琥珀酸鹽合成丙酸鹽及CO ₂、由H ₂及反丁烯二酸鹽合成琥珀酸鹽；由甲酸鹽及反丁烯二酸鹽合成琥珀酸鹽、以及由乳酸鹽合成丁酸鹽、乙酸鹽、H ₂及CO ₂。在某些實施例中，本發明之支持性微生物群落催化結合型膽汁酸的去結合以產生初級膽汁酸、膽酸(CA)轉化為7-側氧基膽酸、7-側氧基膽酸轉化為7-β-膽酸(7βCA)、鵝去氧膽酸(CDCA)轉化為7-側氧基鵝去氧膽酸及/或7-側氧基鵝去氧膽酸轉化為熊去氧膽酸(UDCA)。

菌群設計在某些實施例中，本文揭示之微生物菌群被設計成滿足以下準則中之一項或超過一項： (i)能夠消除或減少引起或促成動物疾病的第一代謝受質含量； (ii)能夠代謝或轉化由第一種代謝受質代謝產生的一種或超過一種代謝物； (iii)能夠代謝人類飲食中常見的一種或超過一種營養素； (iv)能夠在胃腸道(GI)中實現獨特且潛在有益的生物學功能(例如，膽鹽水解酶活性或丁酸鹽生成)； (v)能夠植入動物胃腸道的各種生物生態位及物理及代謝區室； (vi)能夠在植入胃腸道後增加生物質量； (vii)能夠在動物胃腸道中具有縱向穩定性； (viii)能夠增加第一代謝受質的前驅物進入生物化學路徑的通量，該生物化學路徑將該前驅物轉化為並非第一代謝受質的代謝物； (ix)跨一種或超過一種分類門的組成微生物物種的多樣性；及 (x)在健康成人胃腸道中組成微生物物種的自然盛行。

在某些實施例中，本發明的微生物菌群被設計成包含能夠代謝導致或促成動物疾病的第一代謝受質的複數種活性微生物。在某些實施例中，第一代謝受質可以選自但不限於草酸鹽及膽汁酸(例如，石膽酸(LCA)、去氧膽酸(DCA))。在某些實施例中，微生物菌群被設計成能夠在胃腸道內發現的各種pH範圍(例如pH 4至8)內代謝第一代謝受質。在某些實施例中，微生物菌群被設計成能夠在存在各種濃度的第一代謝受質的情況下代謝第一代謝受質，因為其存在於胃腸道的不同區域中。

在某些實施例中，菌群係FB-001 (表22)或其功能等效物。在某些實施例中，FB-001由其功能定義。在某些實施例中，FB-001由表23及/或24中闡述之功能定義。在某些實施例中，FB-001由如表23及24中闡述之其功能定義。在某些實施例中，FB-001由如表23或24中闡述之其功能定義。在某些實施例中，FB-001由如表34、35及36中闡述之其功能定義。在某些實施例中，FB-001由如表34、35及36中之一或多個中闡述之其功能定義。在某些實施例中，FB-001由如表23、24、34、35及36中闡述之其功能定義。在某些實施例中，FB-001由如表23、24、34、35及36中之一或多個中闡述之其功能定義。在某些實施例中，確定FB-001功能的方法在實例6及7中提供。

製備方法本發明亦提供用於製備及/或製造本文所描述之微生物菌群的方法。圖14-16繪示了用於製備及製造本文所描述之微生物菌群的某些方法。

在某些實施例中，該等方法包含獲得供體糞便及製備糞便稀釋液。在某些實施例中，將糞便稀釋液鋪塗至瓊脂盤上。在某些實施例中，瓊脂盤包括厭氧培養基。在某些實施例中，瓊脂盤包括菌落。可以對此等菌落進行表徵及品質分析。舉例而言，但不限於，可以進行16s RNA及/或MALDI質譜分析。在某些實施例中，經表徵的菌落可以在培養液培養物中進一步擴增。生長及擴增後，微生物可以儲存在小瓶中以備進一步使用。

在某些實施例中，微生物可以在包括細胞培養基的生物反應器中進一步擴增。在某些實施例中，細胞培養基可以包括： a)大豆腖、D-纖維雙糖、酵母萃取物、右旋糖(葡萄糖)、一水合麥芽糖、七水合硫酸鎂、二水合氯化鈣、磷酸二氫鉀、磷酸氫二鉀、氯化鈉、碳酸氫鈉、揮發性脂肪酸溶液、一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽、氯化血紅素溶液、維生素溶液或其組合；或 b)大豆腖、D-纖維雙糖、酵母萃取物、右旋糖(葡萄糖)、一水合麥芽糖、七水合硫酸鎂、二水合氯化鈣、磷酸二氫鉀、磷酸氫二鉀、氯化鈉、硫酸銨、碳酸氫鈉、揮發性脂肪酸溶液、一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽、氯化血紅素溶液、維生素溶液或其組合。

在某些實施例中，細胞培養基係YCFAC。在某些實施例中，細胞培養基進一步包含蘇胺酸。

在某些實施例中，微生物可以在厭氧條件下在生物反應器中擴增。在某些實施例中，微生物可以在存在氣體覆蓋層的情況下在生物反應器中擴增。在某些實施例中，微生物可以在不存在氣體鼓泡的情況下在生物反應器中擴增。

在某些實施例中，該等方法包括在混合培養物中擴增微生物。

在某些實施例中，該等方法包含以第一混合培養物或組合物擴增微生物，包含： a)奇特龍梭菌、薩耶斯類桿菌、卵形布勞特氏菌、糞副類桿菌、迪氏副類桿菌、龐大厭氧棒狀菌、毛螺菌FBI00033、挑剔真桿菌、齒雙叉桿菌、魏氏布勞特氏菌、食糖紡錘鏈桿菌、諾德氏類桿菌、產甲酸多爾氏菌、長鏈多爾氏菌、鼠糞類桿菌、長雙叉桿菌、KRIBBI類桿菌、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌、梭狀梭菌、閃爍梭菌、人羅斯氏菌、福斯梭菌、伴生糞球菌、糞布勞特氏菌、海瑟威亨蓋特拉菌、糞便類桿菌、產氣柯林斯氏菌、外流亨蓋特拉菌、青春雙叉桿菌、鏈狀雙叉桿菌、羅氏乳桿菌、糞類桿菌、芬氏類桿菌、梭菌FBI00191、糞瘤胃球菌、帕氏乳桿菌、鮑氏梭菌、鼠盲腸長鏈菌、緩慢愛格士氏菌、馬賽布勞特氏菌、溶木聚糖類桿菌、普通類桿菌、馬賽巨型球菌、人糞丁酸單胞菌、泰伊艾森伯格菌、腸胺基酸球菌、蒂莫恩新興菌、假小鏈雙叉桿菌、霍氏真桿菌、糞厭氧棒形菌、凸腹真桿菌、氫養布勞特氏菌及毛螺菌FBI00290，或其功能等效物；或 b) FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、及FBI00290，或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包含以第二混合培養物或組合物擴增微生物，包含： a)蒂莫恩錐尾桿菌、昂氏別樣桿菌、單形類桿菌、直腸真桿菌、蒂莫恩別樣桿菌、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌、沃氏嗜膽菌、屎類桿菌、沙氏別樣桿菌、排泄物副薩特氏菌、克拉副普雷沃菌、華德薩特氏菌、馬賽薩特氏菌、不解糖吡咯單胞菌、布氏瘤胃球菌、解果膠單球菌、瘤胃球菌FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌、糞考拉桿菌、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌、乳酸形成羅塞尼亞桿菌、卵形類桿菌、雙歧雙叉桿菌、馬賽厭氧棍狀菌、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌、塞內加爾別樣桿菌、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌、惰性真桿菌、普氏棲糞桿菌、血蘇黎世桿菌、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌、腸道巴恩斯氏菌、昂氏別樣桿菌及史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物；或 b) FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、及FBI00292，或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包含以第三混合培養物或組合物擴增微生物，包含： a)青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌及溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物；或 b) FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、及FBI00271，或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包含以第四混合培養物或組合物擴增微生物，包含： a)腐爛別樣桿菌、嗜琥珀酸小類桿菌、嗜黏蛋白艾克曼氏菌、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌、馬賽類桿菌、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌FBI00180、糞居類桿菌、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌及厭氧塞內加爾馬賽菌，或其功能等效物；或 b) FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、及FBI00281，或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包括在單一培養物中擴增微生物。

在某些實施例中，該等方法包含以第一單一培養物(或第五組合物)擴增微生物，包含：a)第一產甲酸草酸桿菌菌株；或b) FBI00067或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包含以第二單一培養物(或第六組合物)擴增微生物，包含：a)第二產甲酸草酸桿菌菌株；或b) FBI00133或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包含以第三單一培養物(或第七組合物)擴增微生物，包含：a)第三產甲酸草酸桿菌菌株；或b) FBI00289或其功能等效物。

在某些實施例中，該等方法包含凍乾本文所描述之培養物及組合物。在某些實施例中，培養物及組合物包含凍乾保護劑。在某些實施例中，凍乾保護劑包含麥芽糊精。在某些實施例中，凍乾保護劑包括菊糖。在某些實施例中，凍乾保護劑包含麥芽糊精及菊糖。在某些實施例中，麥芽糊精以約8%的濃度存在。在某些實施例中，菊糖以約0.5%的濃度存在。

在某些實施例中，該等方法包含摻合及/或混合上述凍乾培養物及組合物。關於各組合物的菌株的附加資訊可以在表22中找到。

在某些實施例中，如表22中所描述之DS1使用圖23中所描述之方法製備。在某些實施例中，如表22中所描述之DS2使用圖24中所描述之方法製備。在某些實施例中，如表22中所描述之DS3使用圖25中所描述之方法製備。在某些實施例中，如表22中所描述之DS4使用圖26中所描述之方法製備。在某些實施例中，如表22中所描述之DS5-DS7 (亦即，產甲酸草酸桿菌的製造)使用圖22中所描述之方法製備。在某些實施例中，FB-001的製造包含單獨製造如圖22-26中所描述之DS1-DS7中之各者，隨後摻合以實現該等DS中之各者的均勻分佈。在某些實施例中，摻合DS1-DS7之後封裝用於經口投與。

醫藥組合物本發明亦提供含有有效量之本文所描述之微生物菌群的醫藥組合物。該組合物可調配用於多種遞送系統。一或多種生理學上可接受之緩衝劑或載劑亦可以包括在組合物中以用於適當的調配。適用於本發明的調配物見於Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Philadelphia, Pa., 第17版, 1985。對於藥物遞送方法的簡要綜述，參見例如Langer (Science 249:1527-1533, 1990)。

在某些實施例中，本發明的微生物細胞藉由微濾及離心收集。在某些實施例中，微濾係用包含非反應性聚合物的膜進行的。舉例而言，在某些非限制性實施例中，該膜包含聚偏二氟乙烯、聚碸或硝化纖維素。在某些實施例中，用於微濾的膜具有約0.2至0.45 μm的孔徑。在某些實施例中，細胞以大約1000至30000、5000至30000、10000至30000、15000至30000、20000至30000、25000至30000、1000至25000、5000至25000、10000至25000、15000至25000、20000至25000、1000至20000、5000至20000、10000至20000、15000至20000、1000至15000、5000至15000、10000至15000、1000至10000、5000至10000、1000至5000 g的力離心。在某些實施例中，細胞濃縮至約1×10 ⁶CFU/毫升至1×10 ¹²CFU/毫升、1×10 ⁷CFU/毫升至1×10 ¹²CFU/毫升、1×10 ⁸CFU/毫升至1×10 ¹²CFU/毫升、1×10 ⁹CFU/毫升至1×10 ¹²CFU/毫升、1×10 ¹⁰CFU/毫升至1×10 ¹²CFU/毫升、1×10 ¹¹CFU/毫升至1×10 ¹²CFU/毫升、1×10 ⁶CFU/毫升至1×10 ¹¹CFU/毫升、1×10 ⁷CFU/毫升至1×10 ¹¹CFU/毫升、1×10 ⁸CFU/毫升至1×10 ¹¹CFU/毫升、1×10 ⁹CFU/毫升至1×10 ¹¹CFU/毫升、1×10 ¹⁰CFU/毫升至1×10 ¹¹CFU/毫升、1×10 ⁶CFU/毫升至1×10 ¹⁰CFU/毫升、1×10 ⁷CFU/毫升至1×10 ¹⁰CFU/毫升、1×10 ⁸CFU/毫升至1×10 ¹⁰CFU/毫升、1×10 ⁹CFU/毫升至1×10 ¹⁰CFU/毫升、1×10 ⁶CFU/毫升至1×10 ⁹CFU/毫升、1×10 ⁷CFU/毫升至1×10 ⁹CFU/毫升、1×10 ⁸CFU/毫升至1×10 ⁹CFU/毫升、1×10 ⁶CFU/毫升至1×10 ⁸CFU/毫升、1×10 ⁷CFU/毫升至1×10 ⁸CFU/毫升、或1×10 ⁶CFU/毫升至1×10 ⁷CFU/毫升。

在某些實施例中，本發明的微生物細胞係冷凍的。在某些實施例中，本發明的微生物細胞在冷凍前與一或多種冷凍保護劑(CPA)混合。在某些實施例中，細胞與CPA的比率為約25:1、10:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:10或1:25。在某些實施例中，CPA包含甘油、麥芽糊精、蔗糖、菊糖、海藻糖及海藻酸鹽中之一或多種。在某些實施例中，CPA進一步包含一或多種抗氧化劑。在某些實施例中，抗氧化劑選自半胱胺酸、抗壞血酸及核黃素的清單。

在某些實施例中，本發明的微生物細胞被凍乾。在某些實施例中，凍乾細胞用於製備本發明的經口投與劑量。在某些實施例中，初級乾燥在低於約-20℃下進行。在某些實施例中，初級乾燥之後係在較高溫度下的次級乾燥，例如高於0℃，高於5℃，或高於10℃。

與FB-001功能等效及相同的藥物產品 FB-001中包括的菌株在本文中利用16S RNA序列及功能特徵進行了描述。基於此，可以藉由篩選多個相同菌株以找到與包含FB-001之彼等具有等效功能的等效菌株來產生與FB-001等效的菌群。因此，相同的菌株在理論上可能具有不同的功能，可以使用本文所描述之16S RNA及Biolog篩選菌株，以使用本文所描述之收集方法自任何糞便收集物中鑑定功能相同及等效的菌株。

重要的是要注意FB-001被明確設計為在菌群中具有多個相同的菌株。如此做的原因係為了確保功能的冗餘；然而，只要在最終的藥物產品中以足夠的活細胞計數量包括一個本來冗餘的菌株，以在個體中實現活體內功能，此種冗餘並非等效的功能所要求的。因此，與FB-001等效或相同的菌群可以含有所有冗餘(參見表22)，或者替代地，每種菌株可以不含有冗餘或含有更少的冗餘，只要包括的菌株在個體中實現活體內功能即可。

在創建功能等效於FB-001的菌群的替代方法中，熟習此項技術者可以自健康的糞便供體中重建支持性微生物的菌群，並用一或多種產甲酸草酸桿菌菌株補充支持性微生物。在某些實施例中，支持性微生物將補充有兩種或更多種產甲酸草酸桿菌菌株或特別係三種產甲酸草酸桿菌菌株。支持性微生物可以包含10至200種微生物，只要此類支持性群落支持並促進產甲酸草酸桿菌菌株在個體中的生長、健康及植入即可。FB-001被設計為擁有148種微生物，以模擬一個完整、健康的微生物體。因此，等效的菌群可能包含大約148種微生物，包括產甲酸草酸桿菌菌株。然而，有趣的是，年長的個體通常擁有更小的微生物體；因此，與FB-001功能等效的菌群亦可能含有更少的微生物(例如30-40、40-50、50-60、60-70、70-80、8-90、90-100、100-110、110-120、120-130、130-140或140-150種微生物，包括產甲酸草酸桿菌菌株)。

治療應用 本發明提供了能夠植入胃腸道的一個或超過一個生態位中的菌群，在該一個或超過一個生態位中其能夠代謝引起或促成動物疾病的第一代謝受質。在某些實施例中，動物係人類。

在本發明之某些實施例中，當投與動物時，動物在投與該菌群之前用一或多種抗生素預處理。在某些實施例中，一或多種抗生素係選自胺苄青黴素(ampicillin)、恩諾沙星(enrofloxacin)、克拉黴素及甲硝唑。在某些實施例中，動物用聚乙二醇腸道準備程序預處理。

在某些實施例中，當投與於動物時，與自相同動物或自未投與微生物菌群的相應對照動物收集的預處理樣品相比，該菌群顯著減少血液、血清、膽汁、糞便或尿液中存在的第一代謝受質濃度。

在某些實施例中，菌群用於治療患有代謝疾病或病況或處於發生代謝疾病或病況風險中的個體。在某些實施例中，代謝疾病係原發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，代謝疾病係繼發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，代謝疾病係腸源性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，代謝疾病係與腸切除手術或IBD相關的繼發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，當投與個體時，與未治療的個體或投與前濃度相比，菌群將血液、血清、膽汁、糞便或尿液樣品中存在的草酸鹽濃度顯著減少至少約20%、至少約30%、至少約40%，至少約50%，至少約60%，至少約70%或至少約80%。

在某些實施例中，菌群顯著改變動物中存在的膽汁酸的概況及/或濃度。舉例而言，在某些非限制性實施例中，菌群顯著改變動物中Tβ-MCA、Tα-MCA、TUDCA、THDCA、TCA、7β-CA、7-側氧基-CA、TCDCA、Tω-MCA、TDCA、α-MCA、β-MCA、ω-MCA、Muro-CA、d4-CA、CA、TLCA、UDCA、HDCA、CDCA、DCA及LCA的概況及/或濃度。

在某些實施例中，本發明的高複雜性確定的腸道微生物群落可以用於治療患有膽汁淤積疾病的動物，諸如原發性硬化性膽管炎、原發性膽汁性膽管炎、進行性家族性肝內膽汁淤積或非酒精性脂肪變性肝炎。舉例而言，在某些非限制性實施例中，動物可以係哺乳動物，更具體地係人類。

在某些實施例中，菌群可以經由腸溶途徑投與。舉例而言，在某些非限制性實施例中，微生物菌群經口、經直腸(例如藉由灌腸劑、栓劑或結腸鏡)或藉由口腔或鼻管投與。

在某些實施例中，菌群係經口投與的。在某些實施例中，經口投與係藉由粉末。在某些實施例中，經口投與係藉由漿液。在某些實施例中，經口投與係藉由丸劑或膠囊。

在某些實施例中，可以將菌群投與至沿胃腸道的特定位置。舉例而言，在某些非限制性實施例中，可以將微生物菌群投與至一個或超過一個胃腸道位置，包括口腔、食道、胃、小腸(十二指腸、空腸、迴腸)、大腸(盲腸、升結腸、橫結腸、降結腸)或直腸。在某些實施例中，可以在胃腸道的所有區域投與微生物菌群。

治療高草酸鹽尿症的方法在某些實施例中，菌群用於治療高草酸鹽尿症。高草酸鹽尿症係一種代謝紊亂，其特徵係尿液草酸鹽(UOx)排泄顯著增加(＞40 mg/24h)，可導致腎結石形成並最終導致腎臟損傷。此係由於遺傳缺陷導致肝臟產生過量草酸鹽(原發性)，或由於自飲食中吸收過多草酸鹽(繼發性)。繼發性高草酸鹽尿症的進一步特徵係飲食(由於過量攝入草酸鹽或其前驅物)或腸源性高草酸鹽尿症(EH)。腸源性高草酸鹽尿症係一種複雜的醫學病況，其特徵係飲食草酸鹽的過量吸收，通常係由脂肪吸收不良引起的，例如胃繞道手術後，或由於潛在的胃腸道疾病導致腸道對草酸鹽的滲透性增加。二十四小時UOx排泄係一種既定的疾病生物標誌物，在臨床實踐中常規量測，以診斷及管理有EH及草酸鈣腎結石風險的患者。雖然UOx的增加會增加腎結石事件的風險，但咸信減少20%或更多會使腎結石的發生率降低25%或更多。以EH為特徵的UOx排泄增加(＞40 mg/24h)的發生係因為未被吸收的脂肪酸與小腸中的鈣結合，從而使其無法沈澱草酸鹽。可溶性草酸鹽因此在管腔中積累至相對高的濃度，並且可以被動地自結腸擴散至血液中以在尿液中排泄。草酸鈣結晶可在腎小管內沈澱，與上皮細胞結合，且造成阻塞。附著的晶體可被吞噬並轉胞吞入腎間質，藉此釋放可導致草酸鹽腎病變及潛在的腎功能進行性喪失的發炎介質。

在某些實施例中，雖然高草酸鹽尿症的表現可以係可變的，但第一個臨床表現通常係腎結石(腎石病)的發生，其可能會極度痛苦及虛弱，且有時需要手術切除。由於草酸鹽可以與鈣錯合形成不溶性晶體，長期升高的UOx含量係形成腎結石並最終損害腎臟的主要風險因素。無論腎結石發生的頻率如何，嚴重高草酸鹽尿症患者的草酸鹽腎病變可導致進行性腎臟惡化、慢性腎病(CKD)以及最終可能致命的終末期腎病(ESRD)。

近年來，EH的盛行率有所增加，影響了超過250,000名美國人。在2019年美國250,000名EH患者中，約60%係為治療肥胖而接受RYGB手術的結果。隨著近年來全球肥胖盛行率的增加，減重外科手術，尤其係RYGB，已成為一種廣泛使用的治療肥胖的手術。雖然RYGB手術可以對患者有利，包括延長預期壽命及降低肥胖相關癌症的風險，但其亦可能在手術後6至24個月內導致EH，接著可能發展為腎結石，且在嚴重的情況下，發展為腎臟損害。在對七項研究(包括RYGB前後的277名患者)的分析中，UOx增加36.4%被確定為RYGB後的關鍵結石風險因素。此外，與RYGB後6個月及12個月的術前水平相比，血漿草酸鹽及尿液草酸鈣過飽和度顯著增加。總的來說，尿液及血漿草酸鹽以及草酸鈣過飽和度等生物標誌物係EH、腎結石形成及腎臟損傷的極好預後指標，減少此等標誌物可能會引起改善的結果。

目前尚無批准用於減少EH患者UOx排泄的療法。EH患者的管理或標準照護選擇僅限於大量液體攝入以增加尿液輸出、糾正潛在的胃腸道疾病以減少脂肪吸收不良、強化飲食調整以減少草酸鹽的攝入以及使用鈣鹽結合胃腸道中的草酸鹽。對此等策略的依從性往往很低，且許多患者繼續經歷高草酸鹽尿症及復發性腎結石，並繼續處於長期顯著、不可逆及進行性腎損傷的風險中。

在某些實施例中，本文所描述之菌群包含一或多種產甲酸草酸桿菌菌株且可以投與個體以用於治療腸源性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，本文所描述之菌群包含一或多種產甲酸草酸桿菌菌株且可以投與個體以用於治療高草酸鹽尿症。在某些實施例中，本文所描述之菌群包含一或多種產甲酸草酸桿菌菌株且可以投與個體以用於治療原發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，本文所描述之菌群包含一或多種產甲酸草酸桿菌菌株且可以投與個體以用於治療繼發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，FB-001可以投與個體以用於治療腸源性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，FB-001可以投與個體以用於治療高草酸鹽尿症。在某些實施例中，FB-001可以投與個體以用於治療原發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，FB-001可以投與個體以用於治療繼發性高草酸鹽尿症。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含降低腸道滲透性( 圖 19)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含使SCFA的產量增加或產量等效於正常健康腸道( 圖 20)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含獨立於飲食減少尿液草酸鹽( 圖 20A- 圖 20D)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含草酸鹽降解( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ³fg/細胞/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ²fg/細胞/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ⁴fg/細胞/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ³mg/劑量/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ¹mg/劑量/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ²mg/劑量/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以大於10 ³mg/劑量/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。在某些實施例中，利用FB-001或其功能等效菌群對高草酸鹽尿症進行治療包含以至少10 ^-1mg/劑量/小時草酸鹽消耗的速率降解草酸鹽( 圖 21)。

劑量在某些實施例中，菌群作為單劑量或多劑量投與。在某些實施例中，菌群每天一次持續2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或1年投與。在某些實施例中，菌群每天投與多次。在某些實施例中，菌群每天兩次、每天三次、每天4次或每天5次投與。在某些實施例中，菌群被間歇性地投與。在某些實施例中，菌群每週一次、每月一次或當個體需要時投與。

在某些實施例中，菌群以有效劑量投與以允許植入及受質代謝。在某些實施例中，菌群以有效劑量投與以允許植入及草酸鹽代謝。在某些實施例中，菌群以有效劑量投與以允許植入及尿液草酸鹽減少。

在某些實施例中，菌群以第一起始劑量投與，接著係維持劑量。在某些實施例中，第一起始劑量投與1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天或10天。在某些實施例中，起始劑量投與1-3天。在某些實施例中，起始劑量投與2-4天。在某些實施例中，起始劑量投與2-3天。在某些實施例中，起始劑量投與3-5天。在某些實施例中，起始劑量投與4-6天。在某些實施例中，起始劑量投與5-7天。在某些實施例中，起始劑量投與1天。在某些實施例中，起始劑量投與3天。在某些實施例中，起始劑量投與2天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與5-10天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與7-12天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與10-14天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與14-21天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與21-28天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與14天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與21天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與28天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與約8天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與約7天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與約6天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與約9天。在某些實施例中，維持劑量在最後一次起始劑量後投與約10天。在某些實施例中，起始劑量投與2天，維持劑量投與6天(總共8天療程)。在某些實施例中，起始劑量投與2天，維持劑量投與7天(總共9天的療程)。在某些實施例中，起始劑量投與2天，維持劑量投與8天(總共10天的療程)。在某些實施例中，起始劑量投與2天，維持劑量投與9天(總共11天的療程)。在某些實施例中，起始劑量投與2天，維持劑量投與10天(總共12天的療程)。在某些實施例中，菌群係FB-001。在某些實施例中，起始劑量在用抗生素預處理之後，如下文組合療法部分所描述。在某些實施例中，起始劑量在用腸道準備劑預處理之後，如下文組合療法部分所描述。在某些實施例中，起始劑量在用抗生素及腸道準備劑預處理之後進行，如下文組合療法部分所描述。

在某些實施例中，FB-001 (亦即FB-001)藉由摻合含有148種微生物物種的七種凍乾DS並將其填充至包衣腸溶膠囊中來調配。在某些實施例中，膠囊以泡殼包裝或替代包裝提供以允許無氧暴露或低氧暴露(例如，包裝以維持厭氧微生物的生存力)。在某些實施例中，各膠囊含有5×10 ¹⁰至5×10 ¹¹個活細胞/膠囊的範圍。在某些實施例中，各膠囊含有5×10 ⁹至5×10 ¹⁰個活細胞/膠囊的範圍。在某些實施例中，各膠囊含有5×10 ¹¹至5×10 ¹²個活細胞/膠囊的範圍。在某些實施例中，FB-001在第1天及第2天經口給予至多10 ¹²個活細胞，並在第3天至第10天經口給予至多10 ¹¹個活細胞。在某些實施例中，麥芽糊精作為賦形劑包括在膠囊中。

在某些實施例中，FB-001包含大約10-15%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，FB-001包含大約15-20%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，FB-001包含大約20-25%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，FB-001包含大約25-30%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，FB-001包含大約30-35%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，FB-001包含大約35-40%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，FB-001包含大約45-50%產甲酸草酸桿菌。在某些實施例中，具有SEQ ID NOs: 42、79及146的16S RNA序列的三種產甲酸草酸桿菌菌株以大致相等的量提供。在某些實施例中，具有SEQ ID NOs: 42、79及146的16S RNA序列的三種產甲酸草酸桿菌菌株以不等量提供。在某些實施例中，具有SEQ ID NOs: 42、79及146的16S RNA序列的三種產甲酸草酸桿菌菌株以相似的量提供。在某些實施例中，具有SEQ ID NOs: 42、79及146的16S RNA序列的三種產甲酸草酸桿菌菌株以等量提供。

在某些實施例中，各膠囊的產甲酸草酸桿菌總含量以相對豐度計為約25-35%。在某些實施例中，各膠囊的產甲酸草酸桿菌總含量以相對豐度計為約20%、21%、22%、23%、24%或25%。在某些實施例中，各膠囊的產甲酸草酸桿菌總含量以相對豐度計為約15%、16%、17%、18%或19%。在某些實施例中，各膠囊的產甲酸草酸桿菌總含量以相對豐度計為約20%、21%、22%、23%、24%或25%。在某些實施例中，各膠囊的產甲酸草酸桿菌總含量以相對豐度計為約30%、31%、32%、33%、34%或35%。

在某些實施例中，各膠囊的產甲酸草酸桿菌總含量以相對豐度計為約32%。在某些實施例中，此轉化為以活細胞計數計40%的產甲酸草酸桿菌總含量。在某些實施例中，對於其餘菌株，相對豐度值範圍為18%至0.015%，或三個數量級。在某些實施例中，分佈係人類微生物體的典型分佈，其遵循冪律分佈，其中大多數物種處於低相對豐度。在某些實施例中，未偵測到菌株不應解釋為其不存在於藥物物質中。在某些實施例中，偵測到的60種菌株占FB-001 DP中偵測到的生物標誌物的95.932%。在某些實施例中，其餘的88種菌株因此占生物標誌物的4.068%。在某些實施例中，相對豐度概況預計會在批次之間發生變化，並且將在開發過程中繼續收集資料以瞭解變異性的大小。

在某些實施例中，各FB-001膠囊含有5×10 ¹⁰至5×10 ¹¹個活細胞/膠囊，具有大約40%的產甲酸草酸桿菌及活細胞計數基礎，其餘145種菌株的相對豐度值範圍為18%至0.015%。

在某些實施例中，劑量包含治療10天，由第1天及第2天10個膠囊(1×10^12個活細胞)的起始劑量及第3天至第10天1個膠囊(1×10^11個活細胞)的劑量組成。在某些實施例中，此給藥方案在本文所描述之抗生素預處理之後。在某些實施例中，用抗生素預處理包含用如本文所描述之500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素預處理。在某些實施例中，此給藥方案在如本文所描述之腸道準備劑預處理之後。在某些實施例中，腸道準備劑包含用MiraLax預處理。在某些實施例中，此給藥方案在如本文所描述之用抗生素預處理及用腸道準備劑預處理之後。

組合療法在某些實施例中，菌群可以與其他藥劑組合投與。在某些實施例中，菌群可以與抗微生物劑、抗真菌劑、抗病毒劑、抗寄生蟲劑或益菌助生質一起投與。在某些實施例中，菌群可以在投與抗微生物劑、抗真菌劑、抗病毒劑、抗寄生蟲劑或益菌助生質之後投與。在某些實施例中，投與可以在數小時或數天的時段內連續進行，或同時進行。

舉例而言，在某些非限制性實施例中，微生物菌群可以與一種或超過一種選自以下的抗細菌劑一起投與或預先投與：氟喹啉酮(fluoroquinolone)抗生素(環丙沙星(ciprofloxacin)、左氧氟沙星(Levaquin)、氧氟沙星(floxin)、加替沙星(tequin)、莫西沙星(avelox)及諾氟沙星(norflox))；頭孢菌素(cephalosporin)抗生素(頭孢力欣(cephalexin)、頭孢呋辛(cefuroxime)、頭孢卓西(cefadroxil)、頭孢若林(cefazolin)、塞吩頭孢菌素(cephalothin)、頭孢可若(cefaclor)、頭孢孟多(cefamandole)、頭孢西丁(cefoxitin)、頭孢丙烯(cefprozil)及頭孢比普(ceftobiprole))；青黴素(penicillin)抗生素(阿莫西林(amoxicillin)、胺苄青黴素、青黴素V、二氯噻青黴素(dicloxacillin)、卡本西林(carbenicillin)、萬古黴素(vancomycin)及二甲苯青黴素(methicillin))；四環素(tetracycline)抗生素(四環素、米諾四環素(minocycline)、氧四環素(oxytetracycline)及去氧羥四環素(doxycycline)；及碳青黴烯(carbapenem)抗生素(厄他培南(ertapenem)、多尼培南(doripenem)、亞胺培南(imipenem)/西司他丁(cilastatin)及美羅培南(meropenem))。

舉例而言，在某些非限制性實施例中，微生物菌群可以與選自以下的一種或超過一種抗病毒劑一起投與：阿巴卡韋(Abacavir)、無環鳥苷(Acyclovir)、阿德福韋(Adefovir)、安普那韋(Amprenavir)、阿紮那韋(Atazanavir)、西多福韋(Cidofovir)、達蘆那韋(Darunavir)、地拉韋定(Delavirdine)、去羥肌苷(Didanosine)、二十二烷醇(Docosanol)、依法韋侖(Efavirenz)、艾替拉韋(Elvitegravir)、恩曲他濱(Emtricitabine)、恩夫韋肽(Enfuvi1tide)、依曲韋林(Etravirine)、泛昔洛韋(Famciclovir)、福卡美(Foscamet)、福米韋森(Fomivirsen)、更昔洛韋(Ganciclovir)、茚地那韋(Indinavir)、碘苷(Idoxuridine)、拉米夫定(Lamivudine)、洛匹那韋馬拉韋羅(Lopinavir Maraviroc)、MK-2048、奈非那韋(Nelfinavir)、奈韋拉平(Nevirapine)、噴昔洛韋(Penciclovir)、拉替拉韋(Raltegravir)、利匹韋林(Rilpivirine)、利托那韋(Ritonavir)、沙奎那韋(Saquinavir)、司他夫定(Stavudine)、替諾福韋昔洛韋(Tenofovir Trifluridine)、纈樂昔洛韋(Valaciclovir)、纈更昔洛韋(Valganciclovir)、阿糖腺苷(Vidarabine)、伊巴西他濱(Ibacitabine)、阿曼他丁(Amantadine)、奧司他韋(Oseltamivir)、金剛乙胺(Rimantidine)、替拉那韋(Tipranavir)、紮西他濱(Zalcitabine)、齊多夫定(Zanamivir)、及齊多夫定(Zidovudine)。

在某些實施例中，微生物菌群可以與選自以下的一種或超過一種抗真菌劑一起投與：咪可納唑(miconazole)、酮康唑(ketoconazole)、克氯黴唑(clotrimazole)、亦可那唑(econazole)、奧莫康唑(omoconazole)、聯苯苄唑(bifonazole)、布康唑(butoconazole)、芬替康唑(fenticonazole)、異康唑(isoconazole)、肟可納唑(oxiconazole)、舍他康唑(sertaconazole)、硫可吖唑(sulconazole)及噻康唑(tioconazole)；三唑抗真菌劑，諸如氟康那唑(fluconazole)、艾妥可那唑(itraconazole)、艾沙康唑(isavuconazole)、雷夫康唑(ravuconazole)、泊沙康唑(posaconazole)、伏立康唑(voriconazok)、特康唑(terconazole)及阿巴康唑(albaconazole)；噻唑抗真菌劑，諸如阿巴芬淨(abafungin)；烯丙胺抗真菌劑，諸如特比萘芬(terbinafine)、萘替芬(naftifine)及布替萘芬(butenafine)；及棘白菌素(echinocandin)抗真菌劑，諸如阿尼芬淨(anidulafungin)、卡泊芬淨(caspofungin)及米卡芬淨(micafungin)；水蓼二醛(polygodial)；苯甲酸；環吡酮(ciclopirox)；托萘酯(tolnaftate)；十一碳烯酸；氟胞嘧啶或5-氟胞嘧啶；灰黃黴(griseofulvin)；及鹵普羅近(haloprogin)。

在某些實施例中，微生物菌群可以與選自以下的一種或超過一種消炎及/或免疫抑制劑一起投與：環磷醯胺(cyclophosphamide)、嗎替麥考酚酯(mycophenolate mofetil)、皮質類固醇、美沙拉敏(mesalazine)、美沙拉嗪(mesalamine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、柳氮磺胺吡啶衍生物、環孢菌素A (cyclosporin A)、巰基嘌呤(mercaptopurine)、硫唑嘌呤(azathiopurine)、普賴松(prednisone)、胺甲喋呤(methotrexate)、抗組織胺、糖皮質素、腎上腺素、茶鹼(theophylline)、色甘酸鈉(cromolyn sodium)、抗白三烯(anti-leukotriene)、抗膽鹼激導性劑(anticholinergics)、單株抗IgE、免疫調節肽、免疫調節小分子、免疫調節細胞介素、免疫調節抗體及疫苗。

在某些實施例中，菌群可以與選自以下但不限於以下的一種或超過一種益菌助生質一起投與：胺基酸、生物素、寡果醣、低聚半乳糖、菊糖、乳酮糖、甘露聚糖低聚醣、低聚果糖增濃之菊糖、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式-低聚半乳醣及低聚木醣。

在某些實施例中，本文所描述之菌群與NOV-001 (Novome)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與NOV-001 (Novome)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與NOV-001 (Novome)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與NOV-001 (Novome)同時投與。在某些實施例中，與NOV-001 (Novome)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與SYNB8802 (Synlogic)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與SYNB8802 (Synlogic)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與SYNB8802 (Synlogic)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與SYNB8802 (Synlogic)同時投與。在某些實施例中，與SYNB8802 (Synlogic)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與OX-1 (Oxidien)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與OX-1 (Oxidien)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與OX-1 (Oxidien)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與OX-1 (Oxidien)同時投與。在某些實施例中，與OX-1 (Oxidien)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與盧馬西蘭(Alnylam)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與盧馬西蘭(Alnylam)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與盧馬西蘭(Alnylam)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與盧馬西蘭(Alnylam)同時投與。在某些實施例中，與盧馬西蘭(Alnylam)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與奈多西蘭(Dicerna)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與奈多西蘭(Dicerna)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與奈多西蘭(Dicerna)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與奈多西蘭(Dicerna)同時投與。在某些實施例中，與奈多西蘭(Dicerna)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)同時投與。在某些實施例中，與BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與CNK-336 (Chinook)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與CNK-336 (Chinook)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與CNK-336 (Chinook)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與CNK-336 (Chinook)同時投與。在某些實施例中，與CNK-336 (Chinook)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與PBGENE-PH1 (Precision Bio)組合投與。在某些實施例中，菌群在投與PBGENE-PH1 (Precision Bio)之前投與。在某些實施例中，菌群在投與PBGENE-PH1 (Precision Bio)之後投與。在某些實施例中，菌群與投與PBGENE-PH1 (Precision Bio)同時投與。在某些實施例中，與PBGENE-PH1 (Precision Bio)組合投與之菌群係FB-001。

在某些實施例中，菌群與低草酸鹽飲食組合投與。在某些實施例中，菌群與高水合飲食組合投與。在某些實施例中，菌群與鈣補充劑組合投與。在某些實施例中，菌群與低草酸鹽飲食及與鈣補充劑組合投與。在某些實施例中，菌群係FB-001，並且FB-001與低草酸鹽飲食、與鈣補充劑或與低草酸鹽飲食及鈣補充劑組合投與。在某些實施例中，鈣補充劑包括具有足夠鈣而無需額外補充的飲食。

在某些實施例中，菌群與1)NOV-001、2) OX-1 (Oxidien)、盧馬西蘭(Alnylam)、奈多西蘭(Dicerna)、BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)、CNK-336 (Chinook)及PBGENE-PH1 (Precision Bio)中之一者、及2)低草酸鹽飲食組合投與。在某些實施例中，菌群與1)NOV-001、2) OX-1 (Oxidien)、盧馬西蘭(Alnylam)、奈多西蘭(Dicerna)、BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)、CNK-336 (Chinook)及PBGENE-PH1 (Precision Bio)中之一者、及2)高鈣飲食(包括但不限於鈣補充劑)組合投與。在某些實施例中，菌群與1)NOV-001、2) OX-1 (Oxidien)、盧馬西蘭(Alnylam)、奈多西蘭(Dicerna)、BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)、CNK-336 (Chinook)及PBGENE-PH1 (Precision Bio)中之一者、2)低草酸鹽飲食、及3)高鈣飲食(包括但不限於鈣補充劑)組合投與。在某些實施例中，FB-001與1)NOV-001、2) OX-1 (Oxidien)、盧馬西蘭(Alnylam)、奈多西蘭(Dicerna)、BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)、CNK-336 (Chinook)及PBGENE-PH1 (Precision Bio)中之一者、及2)低草酸鹽飲食組合投與。在某些實施例中，FB-001與1)NOV-001、2) OX-1 (Oxidien)、盧馬西蘭(Alnylam)、奈多西蘭(Dicerna)、BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)、CNK-336 (Chinook)及PBGENE-PH1 (Precision Bio)中之一者、及2)高鈣飲食(包括但不限於鈣補充劑)組合投與。在某些實施例中，FB-001與1)NOV-001、2) OX-1 (Oxidien)、盧馬西蘭(Alnylam)、奈多西蘭(Dicerna)、BBP-711 (Cantero/Bridge Bio)、CNK-336 (Chinook)及PBGENE-PH1 (Precision Bio)中之一者、2)低草酸鹽飲食、及3)高鈣飲食(包括但不限於鈣補充劑)組合投與。在本段內的某些實施例中，「組合」係指在投與菌群同時、之前或之後。在本段內的某些實施例中，「組合」係指在投與FB-001同時、之前或之後。

在某些實施例中，菌群的組合治療包含用抗生素進行預處理。在某些實施例中，抗生素的預處理包含2、3、4、5、6或7天的預處理。在某些實施例中，預處理為4、5或6天。在某些實施例中，預處理為5天。在某些實施例中，抗生素預處理包含500 mg甲硝唑。在某些實施例中，抗生素預處理包含500 mg克拉黴素。在某些實施例中，抗生素預處理包含500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素。在某些實施例中，抗生素預處理由500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素組成。在某些實施例中，抗生素的劑量可根據個體的身體質量進行調整。在某些實施例中，每12小時(Q12h)投與500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素。在某些實施例中，最後一次抗生素劑量與菌群投與之間存在1天的間隔。在某些實施例中，最後一次抗生素劑量與菌群投與之間存在2天的間隔。在某些實施例中，甲硝唑及/或克拉黴素可以替代一或多種具有相似或基本相似作用模式(例如抗細菌類型)的不同抗生素。在某些實施例中，若個體分別對甲硝唑及/或克拉黴素敏感或過敏，則甲硝唑及/或克拉黴素可以替代一或多種具有相似或基本相似作用模式(例如抗細菌類型)的不同抗生素。在某些實施例中，菌群係FB-001。在某些實施例中，菌群係FB-001，且預處理係作為5天Q12h預處理投與的500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素。在某些實施例中，菌群係FB-001，且預處理係作為5天Q12h預處理投與的500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素，且最後一次抗生素劑量與第一次FB-001劑量的投與之間存在1天的間隔。在某些實施例中，菌群係FB-001，且預處理係作為5天Q12h預處理投與的500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素，且最後一次抗生素劑量與第一次FB-001劑量的投與之間沒有間隔。

在某些實施例中，腸道準備劑(例如，MiraLax)在最後一次抗生素劑量之後的下午晚些時候或傍晚投與，其中最後一次抗生素劑量在同一天的早晨投與。在某些實施例中，腸道準備劑(例如，MiraLax)在500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素的最後一次劑量之後的下午晚些時候或傍晚投與，其中500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素的最後一次劑量在同一天的早晨投與。在某些實施例中，MiraLax在500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素的最後一次劑量之後至少8小時投與。在某些實施例中，甲硝唑及/或克拉黴素可以替代一或多種具有相似或基本相似作用模式(例如抗細菌類型)的不同抗生素。在某些實施例中，腸道準備劑係MiraLax。在某些實施例中，投與238 g MiraLax。在某些實施例中，MiraLax與調味水合飲料混合，諸如Gatorade、無糖Gatorade或類似品牌的類似物。在某些實施例中，MiraLax與大約2 L的調味水合飲料混合。在某些實施例中，MiraLax與大約1.5-2 L的調味水合飲料混合。在某些實施例中，MiraLax與大約1.9 L的調味水合飲料混合。在某些實施例中，個體每10-20分鐘消耗大約8盎司的經稀釋MiraLax。在某些實施例中，個體每10-15分鐘消耗大約8盎司的經稀釋MiraLax。在某些實施例中，經稀釋MiraLax在90-150分鐘內被個體完全消耗。在某些實施例中，經稀釋MiraLax在100-140分鐘內被個體完全消耗。在某些實施例中，經稀釋MiraLax在100-130分鐘內被個體完全消耗。在某些實施例中，經稀釋MiraLax在100-120分鐘內被個體完全消耗。在某些實施例中，經稀釋MiraLax在120分鐘內被個體完全消耗。在某些實施例中，菌群係FB-001。在某些實施例中，MiraLax預處理包含在500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素的最後一次劑量之後至少8小時，將238g MiraLax混合(亦即，稀釋)在大約1.9 L調味水合飲料(例如，零糖Gatorade)中，其在大約120分鐘內被個體完全消耗(例如，每10-20分鐘8盎司)；其中菌群在MiraLax投與後的第二天投與。在某些實施例中，菌群係FB-001並且MiraLax預處理包含在500 mg甲硝唑及500 mg克拉黴素的最後一次劑量之後至少8小時，將238g MiraLax混合(亦即，稀釋)在大約1.9 L調味水合飲料(例如，零糖Gatorade)中，其在大約120分鐘內被個體完全消耗(例如，每10-20分鐘8盎司)；其中FB-001在MiraLax投與後的第二天投與。

套組本發明揭示之主題提供了用於治療個體的高草酸鹽尿症、腸源性高草酸鹽尿症、原發性高草酸鹽尿症及繼發性高草酸鹽尿症的套組。在某些實施例中，套組包含有效量之本發明揭示之菌群或包含其的醫藥組合物。在某些實施例中，套組包含有效量之FB-001或包含其的醫藥組合物。在某些實施例中，套組包含有效量之與FB-001功能等效的菌群或包含其的醫藥組合物。在某些實施例中，套組包含有效量之與FB-001功能相同的菌群或包含其的醫藥組合物。在某些實施例中，套組包含有效量之與FB-001基本相似的菌群或包含其的醫藥組合物。在某些實施例中，套組包含有效量之與FB-001相似的菌群或包含其的醫藥組合物。在某些實施例中，套組包括無菌容器；此類容器可以係盒子、安瓿、瓶子、小瓶、管、袋、小袋、泡殼包裝或此項技術中已知的其他合適的容器形式。此類容器可由塑膠、玻璃、層壓紙、金屬箔或適合於容納藥劑之其他材料製成。在某些非限制性實施例中，套組包括厭氧容器以容納本文所描述之菌群。在某些非限制性實施例中，套組包括泡殼包裝以在不存在氧氣或存在有限量氧氣的情況下容納本文所描述之菌群。在某些非限制性實施例中，套組包括具有乾燥劑的泡殼包裝，以在不存在氧氣或存在有限量氧氣的情況下容納本文所描述之菌群。在某些非限制性實施例中，套組包括具有乾燥劑的瓶子，以在不存在氧氣或存在有限量氧氣的情況下容納本文所描述之菌群。

在某些實施例中，套組包括用於投與如本文所描述之菌群的說明。在某些實施例中，說明書包括投與起始劑量及維持劑量的指導。

在某些實施例中，套組包括儲存說明。在某些實施例中，儲存說明用於在大約-20℃下儲存。在某些實施例中，儲存說明用於在低於-5℃下儲存。在某些實施例中，儲存說明用於在低於大約-15至-20℃、-10至-20℃、-10至-15℃、-5至-10℃、0至-5℃、低於0℃或0至-20℃下儲存。在某些實施例中，儲存說明用於在低於大約4℃的溫度下儲存。在某些實施例中，儲存說明用於在室溫下儲存。

在某些實施例中，套組包括用於將菌群維持在無氧或低氧條件下的說明。

在某些實施例中，套組包括低草酸鹽及/或高鈣飲食的說明。在某些實施例中，套組包括保持水合的說明。

在某些實施例中，套組包括關於個體在使用菌群治療期間遠離所有抗生素的說明。

在某些實施例中，套組包括FB-001及用於投與FB-001的說明。

例示性實施例在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種包含微生物菌群之組合物，該微生物菌群包含至少1種代謝草酸鹽的微生物菌株，其中該至少一種菌株表現選自甲醯輔酶A轉移酶、草酸鹽-甲酸鹽反向運輸蛋白及草醯輔酶A脫羧酶的酶。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該至少1種代謝草酸鹽的微生物菌株係來自草酸桿菌屬。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株，其中該至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株係同一物種之不同菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株，其中該至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株係不同物種之不同菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該物種係產甲酸草酸桿菌，並且視情況其中代謝草酸鹽的微生物菌株之數目係3種或更多種。在本文揭示之組合物之某些實施例中， a)至少一種菌株係低pH耐受性菌株； b)至少一種菌株係高草酸鹽耐受性菌株；及/或 c)至少一種菌株係高生長率菌株。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種組合物，其包含至少2種產甲酸草酸桿菌菌株，其中該等菌株中之各者包含一或多種以下功能： a)低pH耐受性菌株； b)高草酸鹽耐受性菌株；及/或 c)高生長率菌株。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種組合物，其包含至少3種產甲酸草酸桿菌菌株，其中：a)至少一種菌株係低pH耐受性菌株；b)至少一種菌株係高草酸鹽耐受性菌株；及c)至少一種菌株係高生長率菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該低pH耐受性菌株可以在介於約4至約6之間的pH下代謝草酸鹽。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該低pH耐受性菌株可以在約5的pH下代謝草酸鹽。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該高草酸鹽耐受性菌株可以在介於約5 mM至約30 mM之間的濃度下代謝草酸鹽。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該高草酸鹽耐受性菌株可以在約15 mM的濃度下代謝草酸鹽。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含一或多種代謝甲酸鹽的微生物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含一或多種催化多醣醱酵的微生物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含一或多種催化胺基酸醱酵的微生物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含催化至少一種選自由甲烷、乙酸鹽、硫化物、丙酸鹽及琥珀酸鹽組成之群的分子之合成的微生物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含催化以下的微生物：a)結合型膽汁酸的去結合以產生初級膽汁酸；b)膽酸(CA)轉化為7-側氧基膽酸；c) 7-側氧基膽酸轉化為7-β-膽酸(7βCA)；d)鵝去氧膽酸(CDCA)轉化為7-側氧基鵝去氧膽酸；及/或e) 7-側氧基鵝去氧膽酸轉化為熊去氧膽酸(UDCA)。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含：a)菌群I或其功能等效物；b)菌群II或其功能等效物；c)菌群III或其功能等效物；d)菌群IV或其功能等效物；e)菌群V或其功能等效物；f)菌群VI或其功能等效物；g)菌群VII或其功能等效物；h)菌群VIII或其功能等效物；i)菌群IX或其功能等效物；j)菌群X或其功能等效物；k)菌群XI或其功能等效物；l)菌群XII或其功能等效物；m)菌群XIII或其功能等效物；n)菌群XIV或其功能等效物；o)菌群XV或其功能等效物；p)菌群XVI或其功能等效物；q)菌群XVII或其功能等效物；r)菌群XVIII或其功能等效物；或s)菌群XIX或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含第二組合物，該第二組合物包含奇特龍梭菌、薩耶斯類桿菌、卵形布勞特氏菌、糞副類桿菌、迪氏副類桿菌、龐大厭氧棒狀菌、毛螺菌FBI00033、挑剔真桿菌、齒雙叉桿菌、魏氏布勞特氏菌、食糖紡錘鏈桿菌、諾德氏類桿菌、產甲酸多爾氏菌、長鏈多爾氏菌、鼠糞類桿菌、長雙叉桿菌、KRIBBI類桿菌、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌、梭狀梭菌、閃爍梭菌、人羅斯氏菌、福斯梭菌、伴生糞球菌、糞布勞特氏菌、海瑟威亨蓋特拉菌、糞便類桿菌、產氣柯林斯氏菌、外流亨蓋特拉菌、青春雙叉桿菌、鏈狀雙叉桿菌、羅氏乳桿菌、糞類桿菌、芬氏類桿菌、梭菌FBI00191、糞瘤胃球菌、帕氏乳桿菌、鮑氏梭菌、鼠盲腸長鏈菌、緩慢愛格士氏菌、馬賽布勞特氏菌、溶木聚糖類桿菌、普通類桿菌、馬賽巨型球菌、人糞丁酸單胞菌、泰伊艾森伯格菌、腸胺基酸球菌、蒂莫恩新興菌、假小鏈雙叉桿菌、霍氏真桿菌、糞厭氧棒形菌、凸腹真桿菌、氫養布勞特氏菌、毛螺菌FBI00290，或功能等效的微生物菌群。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、FBI00290，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含第三組合物，該第三組合物包含蒂莫恩錐尾桿菌、昂氏別樣桿菌、單形類桿菌、直腸真桿菌、蒂莫恩別樣桿菌、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌、沃氏嗜膽菌、屎類桿菌、沙氏別樣桿菌、排泄物副薩特氏菌、克拉副普雷沃菌、華德薩特氏菌、馬賽薩特氏菌、不解糖吡咯單胞菌、布氏瘤胃球菌、解果膠單球菌、瘤胃球菌FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌、糞考拉桿菌、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌、乳酸形成羅塞尼亞桿菌、卵形類桿菌、雙歧雙叉桿菌、馬賽厭氧棍狀菌、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌、塞內加爾別樣桿菌、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌、惰性真桿菌、普氏棲糞桿菌、血蘇黎世桿菌、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌、腸道巴恩斯氏菌、昂氏別樣桿菌、史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、FBI00292，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含第四組合物，該第四組合物包含青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌、溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、FBI00271，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含第五組合物，該第五組合物包含腐爛別樣桿菌、嗜琥珀酸小類桿菌、嗜黏蛋白艾克曼氏菌、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌、馬賽類桿菌、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌FBI00180、糞居類桿菌、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌、厭氧塞內加爾馬賽菌，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物進一步包含FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、FBI00281，或其功能等效物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種微生物菌群，其包含以下中闡述之微生物菌株：表1、表2、表3、表4、表5、表6、表7、表8、表9、表10、表11、表12、表13、表14、表15、表16、表17、表18、表19，或其功能等效物。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種微生物菌群，其包含表22中闡述之微生物菌株或其功能等效物。

在本文揭示之微生物菌群之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NOs: 1-148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NOs: 1-148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NOs: 1-148。

在本文揭示之微生物菌群之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與SEQ ID NOs: 1-148中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致。

在本文揭示之微生物菌群之某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與SEQ ID NOs: 1-148中闡述之核苷酸序列一致。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種組合物，其包含本文揭示之微生物菌群。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物係醫藥組合物。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含約5 × 10 ¹⁰至約5 × 10 ¹¹個活細胞。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含約5 × 10 ⁹至約5 × 10 ¹⁰個活細胞。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含約5 × 10 ¹¹至約5 × 10 ¹²個活細胞。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含至多約5 × 10 ¹²個活細胞。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含約10%至約50%的代謝草酸鹽的微生物菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約10%至約50%的產甲酸草酸桿菌菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約20%的產甲酸草酸桿菌菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約30%的產甲酸草酸桿菌菌株。

在本文揭示之組合物之某些實施例中，該組合物包含以活細胞計數計約40%的產甲酸草酸桿菌菌株。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種製造本文揭示之組合物或微生物菌群的方法。在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該方法包含獲得及摻合： a)第一組合物，其包含奇特龍梭菌、薩耶斯類桿菌、卵形布勞特氏菌、糞副類桿菌、迪氏副類桿菌、龐大厭氧棒狀菌、毛螺菌FBI00033、挑剔真桿菌、齒雙叉桿菌、魏氏布勞特氏菌、食糖紡錘鏈桿菌、諾德氏類桿菌、產甲酸多爾氏菌、長鏈多爾氏菌、鼠糞類桿菌、長雙叉桿菌、KRIBBI類桿菌、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌、梭狀梭菌、閃爍梭菌、人羅斯氏菌、福斯梭菌、伴生糞球菌、糞布勞特氏菌、海瑟威亨蓋特拉菌、糞便類桿菌、產氣柯林斯氏菌、外流亨蓋特拉菌、青春雙叉桿菌、鏈狀雙叉桿菌、羅氏乳桿菌、糞類桿菌、芬氏類桿菌、梭菌FBI00191、糞瘤胃球菌、帕氏乳桿菌、鮑氏梭菌、鼠盲腸長鏈菌、緩慢愛格士氏菌、馬賽布勞特氏菌、溶木聚糖類桿菌、普通類桿菌、馬賽巨型球菌、人糞丁酸單胞菌、泰伊艾森伯格菌、腸胺基酸球菌、蒂莫恩新興菌、假小鏈雙叉桿菌、霍氏真桿菌、糞厭氧棒形菌、凸腹真桿菌、氫養布勞特氏菌及毛螺菌FBI00290，或其功能等效物； b)第二組合物，其包含蒂莫恩錐尾桿菌、昂氏別樣桿菌、單形類桿菌、直腸真桿菌、蒂莫恩別樣桿菌、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌、沃氏嗜膽菌、屎類桿菌、沙氏別樣桿菌、排泄物副薩特氏菌、克拉副普雷沃菌、華德薩特氏菌、馬賽薩特氏菌、不解糖吡咯單胞菌、布氏瘤胃球菌、解果膠單球菌、瘤胃球菌FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌、糞考拉桿菌、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌、乳酸形成羅塞尼亞桿菌、卵形類桿菌、雙歧雙叉桿菌、馬賽厭氧棍狀菌、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌、塞內加爾別樣桿菌、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌、惰性真桿菌、普氏棲糞桿菌、血蘇黎世桿菌、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌、腸道巴恩斯氏菌、昂氏別樣桿菌及史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物； c)第三組合物，其包含青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌及溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物； d)第四組合物，其包含腐爛別樣桿菌、嗜琥珀酸小類桿菌、嗜黏蛋白艾克曼氏菌、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌、馬賽類桿菌、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌FBI00180、糞居類桿菌、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌及厭氧塞內加爾馬賽菌，或其功能等效物； e)第五組合物，其包含第一產甲酸草酸桿菌菌株； f)第六組合物，其包含第二產甲酸草酸桿菌菌株；及/或 g)第七組合物，其包含第三產甲酸草酸桿菌菌株。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該方法包含獲得及摻合： a)第一組合物，其包含FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、及FBI00290，或其功能等效物； b)第二組合物，其包含FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、及FBI00292，或其功能等效物； c)第三組合物，其包含FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、及FBI00271，或其功能等效物； d)第四組合物，其包含FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、及FBI00281，或其功能等效物； e)第五組合物，其包含FBI00067或其功能等效物； f)第六組合物，其包含FBI00133或其功能等效物；及/或 g)第七組合物，其包含FBI00289或其功能等效物。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NOs: 1-148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NOs: 1-148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NOs: 1-148。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NOs: 1-148。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 1-148。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該第四組合物藉由在蘇胺酸存在下生長微生物來獲得。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各組合物包含凍乾保護劑。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各組合物包含麥芽糊精、菊糖或其組合。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該麥芽糊精的濃度為約8%。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該菊糖的濃度為約0.5%。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各組合物被單獨凍乾。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該功能等效物係基於表24中闡述之特徵。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該功能等效物係基於表34中闡述之特徵。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該功能等效物係基於表35中闡述之特徵。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該功能等效物係基於表36中闡述之特徵。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該功能等效物係基於表34-36中闡述之特徵。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該方法包含包含獲得及摻合微生物，該等微生物包含調節以下之基因：草酸鹽降解、草酸鹽抗性、甲酸鹽代謝、巨量養分之代謝、微生物代謝物之產生、交叉餵養活性及/或黏蛋白降解。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該方法包含獲得及摻合微生物，該等微生物已知會預防疾病及/或在健康人類腸道中盛行。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，該方法包含獲得及摻合微生物，該等微生物利用表35中闡述之碳源。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各種菌株可以視情況利用表35中闡述之碳源的子集。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各組合物使用接種密度調節來製備。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各組合物在存在氣體覆蓋層的情況下培養或已經培養。

在本文揭示之製造方法的某些實施例中，各組合物在沒有氣體鼓泡的情況下培養或已經培養。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種利用本文所揭示之製造方法製備的組合物。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種在有需要之個體中治療高草酸鹽尿症之方法，其包含投與有效量之本文揭示之組合物或微生物菌群。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種在有需要之個體中降低發生高草酸鹽尿症之風險的方法，其包含投與有效量之本文揭示之組合物或微生物菌群。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種在有需要之個體中減少尿液草酸鹽之方法，其包含投與有效量之本文揭示之組合物或微生物菌群。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該高草酸鹽尿症係原發性高草酸鹽尿症、繼發性高草酸鹽尿症或腸源性高草酸鹽尿症。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該繼發性高草酸鹽尿症與腸切除手術相關。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該高草酸鹽尿症係腸源性高草酸鹽尿症。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該方法進一步包含投與至少一種抗細菌劑、抗病毒劑、抗真菌劑、消炎劑、免疫抑制劑、益菌助生質或其組合。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該方法進一步包含投與NOV-001、SYNB8802、OX-1、盧馬西蘭、奈多西蘭、BBP-711、CNK-336、PBGENE-PH1或其組合。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該方法進一步包含投與低草酸鹽飲食、高水合飲食、鈣補充劑或其組合。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該組合物或該微生物菌群經口投與。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種在有需要之個體中治療高草酸鹽尿症之方法，其包含投與第一劑量的本文所揭示之組合物或微生物菌群。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種在有需要之個體中降低發生高草酸鹽尿症之風險的方法，其包含投與第一劑量的本文所揭示之組合物或微生物菌群。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種在有需要之個體中減少尿液草酸鹽之方法，其包含投與第一劑量的本文所揭示之組合物或微生物菌群。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該方法進一步包含投與抗生素治療。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該抗生素治療投與約2天、約3天、約4天、約5天、約6天、或約7天。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該抗生素係甲硝唑、克拉黴素或其組合。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該抗生素治療在投與該第一劑量之前1天完成。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該抗生素治療在投與該第一劑量之前2天完成。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該方法進一步包含投與腸道準備劑處理。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該腸道準備劑處理在該抗生素治療之後投與該個體。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該腸道準備劑處理在該第一劑量之前投與。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第一劑量包含有效量之該組合物或該微生物菌群。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第一劑量包含約10 ¹²個活細胞。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第一劑量投與約1天。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第一劑量投與約2天。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該方法進一步包含投與第二劑量的本文所揭示之組合物或微生物菌群。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第二劑量包含有效量之該組合物或該微生物菌群。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第二劑量包含約10 ¹¹個活細胞。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第二劑量投與至多約8天。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第二劑量投與至多約10天。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第一劑量經口投與。

在本文揭示之方法之某些實施例中，該第二劑量經口投與。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種套組，其包含本文揭示之組合物或微生物菌群。

在本文揭示之套組之某些實施例中，該套組包含有包含乾燥劑的容器。

在本文揭示之套組之某些實施例中，該容器包含厭氧條件。

在本文揭示之套組之某些實施例中，該容器係泡殼。

在本文揭示之套組之某些實施例中，該套組進一步包含用於投與該組合物或微生物菌群的書面說明。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關一種培養來自艾克曼氏菌屬之微生物菌株的方法，其包含使該菌株與N-乙醯基半乳胺糖(GalNAc)接觸。

在本文揭示之培養方法之某些實施例中，該菌株係嗜黏蛋白艾克曼氏菌。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關微生物菌群，其包含表23中闡述之功能性質。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關微生物菌群，其包含表24中闡述之功能性質。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關微生物菌群，其包含表34中闡述之功能性質。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關微生物菌群，其包含表35中闡述之功能性質。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關微生物菌群，其包含表36中闡述之功能性質。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關微生物菌群，其包含FB-001或其功能等效物。

在某些非限制性實施例中，本發明係有關如本文所描述之任何方法或組合物。

實例實例 1 ：菌群設計雖然之前已經製造了兩種或更多種微生物菌株的微生物菌群，但存在阻礙製造及臨床功效的侷限性。具體而言，製造限制阻礙了能夠植入胃腸道並建立功能性微生物相系統的大型菌群的設計及生成。

供體來源之微生物菌株的分離 .使用PCT/US2021/021790中描述的方法分離及鑑定微生物菌株。

菌群的產生 .使用PCT/US2021/021790中描述的分離及鑑定方法鑑定的微生物菌株，製作了30多個大型菌群，並檢查了其代謝草酸鹽的功能能力、不存在噬菌體、可接受的內毒素含量以及其在多菌株藥物物質中製造的能力。有大量實驗性大型菌群的原因係，鑒於上述考慮，尚不清楚哪種微生物菌株組合係最佳的。更重要的是，無法用演算法預測微生物菌株的最佳組合，需要濕實驗室工作來確定功效及可製造性。

表1-19中提供了十九種例示性菌群。

使用活體外及/或體內分析測試包含上述各種菌群的藥物產品代謝草酸鹽的能力。

在例示性實驗中，對無菌小鼠進行了活體外研究。確定飲食及現有的胃腸道微生物相是否對菌群在活體內減少草酸鹽的功效有影響。無菌小鼠被分為三組：1)飲食係精製含糖飲食，2)飲食係複雜的基於穀物之飲食，以及3)飲食係複雜的基於穀物之飲食且小鼠經人類FMT拓殖。接著給予第1-3組的小鼠菌群I-VIII中之一者。精製含糖飲食(亦稱為Ox36飲食)由以下組成：316.22 g/kg蔗糖、280 g/kg玉米澱粉、200 g/kg酪蛋白、50 g/kg玉米油、35 g/kg菊糖、35 g/kg果膠、25 g/kg纖維素、16.23 g/kg氯化鈉、13.37 g/kg礦物質混合物(Ca-P缺乏)、11.4 g/kg磷酸二氫鉀、10 g/kg維生素混合物(Teklad)、3.72 g/kg草酸鈉、3 g/kg DL-甲硫胺酸、1.05 g/kg氯化鈣及0.01 g/kg乙氧喹(抗氧化劑)。如所調配的，Ox36飲食含有0.372%的草酸鈉、1.88%的NaCl、2.5%的纖維素、3.5%的菊糖及3.5%的果膠，且該飲食的營養分解為58.3%的碳水化合物、17.7%的蛋白質及5.2%的脂肪(按重量計)。此種複雜的基於穀物之飲食由以下組成：22.7重量%的蛋白質、40.3重量%的碳水化合物、5重量%的脂肪，且使用PMI實驗室高壓滅菌嚙齒動物飲食(Envigo目錄號5010)添加草酸鈉及氯化鈉製成(最終產物由970.82 g/Kg PMI實驗室高壓滅菌嚙齒動物飲食、21.5 g/Kg草酸鈉及7.68 g/Kg氯化鈉組成)。

在此等實驗中，無菌C57Bl/6小鼠被飼餵精製含糖飲食或複雜的基於穀物之飲食以誘發高草酸鹽尿症。一週後，經由經口管飼法將菌群I-VIII中之一種引入小鼠。此後對小鼠進行取樣以確定微生物體組成及尿液草酸鹽含量。具體來說，在第-7天，小鼠開始飲食，在第0天，對小鼠進行管飼，在第7天，取糞便樣本並量測食物消耗，以及在第14天，將小鼠取下來，從而收集尿液及糞便及血清樣品、盲腸影像，以及腎臟/肝臟檢查及/或影像在可能的情況下獲取。此等實驗的陰性對照係用PBS而非菌群進行管飼。

藉由LC-MS/MS自在第14天獲取的尿液樣品中量測草酸鹽及肌酸酐。

表20及21中提供了來自管飼菌群的複雜的基於穀物之飲食的小鼠的代表性資料。表 20. 草酸鹽尿液濃度， µM

處理	R1	R2	R3	R4	R5	平均值	SD	CV，%
PBS對照	9,157	3,962	6,452	6,999	6,778	6,669	1,850	27.73
菌群I	1,313	1,858	3,874	3,517		2,640	1,247	47.23
菌群II	2,118	3,270	4,237	3,422		3,261	873	26.76
菌群III	1,468	1,783	2,153	2,353		1,939	393	20.27
菌群IV	972	1,596	1,249	713		1,132	379	33.46
菌群V	1,173	750	846	801		893	191	21.42

表 21. 肌酸酐尿液濃度， µM

處理	R1	R2	R3	R4	R5	平均值	SD	CV，%
PBS對照	2,563	3,346	3,977	4,129	2,906	3,384	673	19.88
菌群I	1,417	1,413	1,820	1,975		1,656	286	17.25
菌群II	1,702	1,822	2,218	1,476		1,805	311	17.22
菌群III	1,449	1,363	1,661	1,723		1,549	171	11.03
菌群IV	1,219	1,304	1,190	1,245		1,239	49	3.92
菌群V	923	897	1,264	1,250		1,084	201	18.51

此外，令人驚訝的是看到，菌群減少尿液草酸鹽的能力與飲食無關。來自飼餵複雜的基於穀物之飲食或精製含糖飲食的經菌群VI ( 圖 1A)或VIII ( 圖 1B)管飼的小鼠的代表性資料表明，菌群減少尿液草酸鹽的能力與飲食無關。

另一個未知的問題係胃腸道中現有的微生物相是否會影響菌群的功效。因此，在開始草酸鹽飲食(精製含糖飲食或複雜的基於穀物之飲食)之前，在經人類FMT拓殖的無菌小鼠中重複了上述實驗。如圖 1C所示，預先存在的微生物相不會影響菌群的功效(本實例中為菌群VII)。無論現有的微生物相如何，該菌群都能對減少尿液草酸鹽含量產生積極影響，此係出乎意料的，因為文獻表明，有必要使用抗生素消除現有的微生物相，以使微生物相產品植入胃腸道並發揮作用。

雖然表20顯示菌群V在草酸鹽代謝及降解方面最有效(亦即，菌群V的尿液草酸鹽濃度最低)，但需要對菌群進行額外的調查及修改以設計用於治療疾病的產品，特別係導致或因有效代謝及降解胃腸道中草酸鹽的能力下降或不能有效代謝及降解胃腸道中草酸鹽而引起的疾病。因此，對菌群V進行了修改以確定哪些微生物相提供了功能性益處，包括但不限於菌群生長、草酸鹽代謝及降解、菌群植入及菌群存活，以及哪些微生物相係不需要的，或對接受菌群作為疾病治療的患者提供不利作用，或對菌群的整體功能不利(包括但不限於菌群生長、草酸鹽代謝及降解、菌群植入及菌群存活)。此種設計及調查的菌群的實例係菌群IX-XVI。

在設計及測試的菌群IX-XVI中，菌群IX被選為臨床開發的先導物。隨著菌群的變化而做出的關鍵變化係為了修改疾病的治療，特別係導致或因有效代謝及降解胃腸道中草酸鹽的能力下降或不能有效代謝及降解胃腸道中草酸鹽而引起的疾病，包括去除弗氏檸檬酸桿菌菌株，因為經由實驗確定其係兼性厭氧菌(參見例如菌群XIII及XV之間以及菌群XXIV及XIII及XII之間的菌株去除)，一種KRIBBI類桿菌經不同的KRIBBI類桿菌物種集群替換(參見例如菌群XV及XVI之間的菌株替換)，一種糞布勞特氏菌物種經不同的糞布勞特氏菌物種替換(參見例如菌群XV及XVI之間的菌株替換)，基於全基因體定序簇確定為重複菌株的菌株(參見例如菌群XVII及XVI之間的菌株去除)，一種青春雙叉桿菌經替代青春雙叉桿菌替換以改善培養物的生長(參見例如菌群X及XII之間的菌株替換)，一種假小鏈雙叉桿菌經替代雙叉桿菌屬(Bifidobacterium)假小鏈雙叉桿菌替換以改善培養物的生長(參見例如菌群X及XII之間的菌株替換)，一種溶木聚糖類桿菌經替代溶木聚糖類桿菌替換以改善培養物的生長(參見例如菌群X及XII之間的菌株替換)，一種奇特龍梭菌經替代奇特龍梭菌替換以改善培養物的生長(參見例如菌群X及XII之間的菌株替換)，一種糞布勞特氏菌經另一種糞布勞特氏菌替換以鑑定能夠充分生長以產生主細胞庫的布勞特氏菌菌株(參見例如菌群X及XII之間的菌株替換)，去除雙型霍爾德曼氏菌以消除噬菌體風險，因為雖然噬菌體未在共培養物中偵測到，但使用生物資訊學方法偵測到噬菌體(參見例如菌群X及XII之間的菌株替換)，以及去除普氏棲糞桿菌以消除噬菌體風險，因為雖然噬菌體未在共培養物中偵測到，但使用生物資訊學方法偵測到噬菌體(參見例如，菌群X及XII之間的菌株替換)。

實例 2 ：產甲酸草酸桿菌微生物相 產甲酸草酸桿菌係草酸鹽降解及代謝的關鍵活性微生物相，且其包括在菌群I-XIX中。然而，如上表1-19所示，某些菌群中之產甲酸草酸桿菌在各菌群中列出了三次。如此做之原因係因為產甲酸草酸桿菌有多種菌株，並且經由實驗確定，鑑定出的不同菌株具有不同的生理學，直接影響在胃腸道中之植入及功能。為菌群I-XIX選擇的三種產甲酸草酸桿菌菌株包含1)一種具有低pH耐受性的菌株，2)一種具有高草酸鹽耐受性的菌株，以及3)一種具有高生長速率的菌株。

雖然滿足上述1-3準則的任何一組產甲酸草酸桿菌菌株都可以用於旨在增加草酸鹽代謝及降解的菌群中，但菌群I-XIX中使用的菌株包含SEQ ID NO:42、SEQ ID NO: 79及SEQ ID NO: 146的16S RNA序列。

實例 3 ：藥物產品設計及製造如實例1所示，本文所描述之菌群被設計為複雜的厭氧微生物相群落，可以植入胃腸道並發揮作用。然而，熟習此項技術者已知的先前方法不能製造如此大的菌群。因此，需要新的製造方法來生長離散組(亦即藥物物質)中的微生物相，接著形成最終藥物產品。

習知地，活的生物治療產品(LBP)一次製造一種菌株(亦即單一菌株製造)。單一菌株的製造需要對各單一菌株進行醱酵放大，接著進行凍乾以製備個別的藥物物質(各「DS」)。此後，將個別凍乾菌株的多個DS摻合成混合物並填充至膠囊或其他合適的包裝/填充物中以製成最終藥物產品(「DP」)。雖然此適用於小型菌群，但單獨生長100+種菌株、製作100+個DS，接著將100+個DS摻合成穩定的DP係不可行的。除了穩定性限制外，目前的技術亦需要1年或更長時間才能製造出單個DP。因此，對於如菌群IX中提供的包含100+種菌株、且較佳145+種菌株的DP而言，使用當前技術的習知製造並非一種選擇。

由於菌群如實例1及2中所述進行設計及修改，因此開發了能夠製造145+菌株菌群的製造方法，此等菌株菌群包含超過90種物種，以及在人類胃腸道微生物體中發現的4個或更多個或6個分類門。更重要的是，開發了針對菌群IX進行修改的方法，該菌群包含類桿菌門(Bacteroidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、放線菌門(Actinobacteria)、變形菌門(Proteobacteria)及古細菌(Archaea)的分類門中的大約99種物種。本文開發及描述的方法係混合共培養方法，能夠在一種共培養物中穩定生長超過50種菌株，以生成具有超過50種菌株的DS。

根據生長速率選擇用於共培養的菌株，並且製造最初設計為在整個製造製程的不同時間將菌株添加至共培養物中，以實現各種菌株的最佳生長。此種方法被稱為「添加時間」製造。此種最初方法背後的基本原理係確保菌株在胃腸道中復蘇以增加植入的功效(亦即允許在菌株被排出之前植入。凍乾菌株的最佳復蘇及植入需要將菌株保持在「活性狀態」(亦即活躍生長狀態)。然而，此種「添加時間」製造方法並不成功，因為本文所描述之菌群中菌株的增長率變化很大，此使得共培養中的不同菌株難以同時實現指數增長。因此，確定需要進行額外的實驗以瞭解各種菌株的獨特生長動力學，以便能夠根據生長速率對菌株進行分格，並進一步修改添加至生物反應器的時間。在8種不同的接種密度下，使用HTP厭氧生長動力學分析對菌群IX-XVI中之各者中的各個別菌株進行生長動力學分析。

雖然瞭解各種菌株獨特生長動力學的實驗證明對添加時間製造有幫助，但最終證明，自凍乾粉末至生物反應器中活性菌群的菌株生長高度可變的性質對於添加時間方法來說並非期望的。

因此，開發了第二種共培養方法。第二種方法並非應用不同的添加時間，而是使用各種菌株的接種密度調整來同步生長及控制共培養收集時的菌株分佈(「接種密度」製造)。使用為菌群，特別係菌群IX-XVI中各種菌株確定的獨特生長動力學，為各種菌株確定最佳生長區。在如此做的過程中，若各種菌株在初始時間點根據接種密度(亦即添加至共培養物中的每種菌株的細胞數)添加至培養物中，則確定共培養係有效及可能的，使得某些菌株的較高接種密度導致此類菌株的生長滯後時間更短。基於此，緩慢生長菌株的接種密度較高及快速生長菌株的接種密度較低導致同步收集時間。如圖 2A及圖 2B中的實例所示，修改個別菌株的接種密度可以控制菌株分佈並改善共培養中的菌株恢復(亦即，藉由調整接種密度來實現菌株的均勻分佈以及較高數目的菌株恢復)。圖 2A顯示了21種快速生長菌株的共培養實例，其中21種菌株中只有4種在最終產品中無法被總體基因體學偵測到。然而，重要的是要注意，即使在最終產品中未偵測到菌株，該菌株仍可能提供群落優勢，以允許在最終產品中可偵測到的其他菌株更有效及更穩健地生長。圖 2B顯示了圖 2A中顯示的進一步修改的實驗，其中修改了收集時間及菌株偵測。如所示，不同的生長及培養時間引起了更好的菌株分佈以及偵測到所有21種菌株。

需要進一步改進共培養過程以改進醱酵。舉例而言，進行了額外的修改以控制pH值並實現基於生物反應器容器的生長條件(亦即，容器類型及容器大小)。

使用本文開發及描述之方法，菌群IX-XVI各自僅使用7個DS製造。一種例示性7 DS藥物產品包含：3個產甲酸草酸桿菌單一培養物(參見實例2中描述的3個產甲酸草酸桿菌培養物的3種表型)、DS1的菌株(例如，列於表22中)、DS2的菌株(例如，列於表22中)、DS3的菌株(例如，列於表22中)、DS4的菌株(例如，列於表22中)。

為了在不對所有菌株的整個基因體進行定序的情況下識別各DS，以及為了確保在整個共培養過程中正常生長，開發了識別物菌株。對於DS1，識別物菌株係多形類桿菌、假小鏈雙叉桿菌及馬賽巨型球菌。對於DS2，識別物菌株係卵形類桿菌、普氏棲糞桿菌及糞考拉桿菌。對於DS3，識別物菌株係魏氏布勞特氏菌、龐大厭氧棒狀菌及鮑氏梭菌。對於DS4，識別物菌株係雙型霍爾德曼氏菌、排泄物副薩特氏菌及渾濁小類桿菌。

如本文所述，在共培養結束時偵測到的菌株數目可能少於在培養開始時添加的菌株數目。此可能係偵測方法有限的結果。此外，雖然在共培養過程結束時可能無法偵測到所有菌株，但包含未偵測到的菌株對於偵測到的其他菌株的存活及繁殖仍然至關重要。

在一個實驗中，DS1由54種初始菌株組成，且在共培養過程結束時偵測到50種菌株；DS2由47種初始菌株組成，且在共培養過程結束時偵測到39種菌株；DS3由33種初始菌株組成，且在共培養過程結束時偵測到30種菌株；以及DS4由14種初始菌株組成，且在共培養過程結束時偵測到11種菌株。因此，在此實驗中，共培養開始時可偵測到148株，而在培養結束時偵測到130株。

148種菌株中之130種的此成就係經由開發醱酵過程實現的，該醱酵過程允許不同菌株在共培養中的最佳生長。研究的變量包括各種菌株的生長動力學、各種菌株的營養需求、各DS中營養來源的競爭、最佳起始接種物濃度的選擇以實現各DS中的菌株生長及分佈。舉例而言，執行生長曲線並將其用於定義DS桶以及起始接種物組成。此顯示在圖 3A及圖 3B中。圖 3A顯示了根據緩慢及快速生長的菌株將菌株隔離至4個DS桶中的設計。圖 3B顯示了用於快速及非常快速生長菌株的起始接種物種菌設計。舉例而言，使用菌株隔離及接種物種菌設計方法的5次迭代，DS1能夠將其產量自共培養過程結束時偵測到的大約54種菌株中之35種提高至共培養過程結束時偵測到的54種菌株中之50種。

需要進行額外的實驗才能成功地大規模製造DS。舉例而言，對培養基中使用的滅菌程序及原材料、生物反應器(亦即醱酵罐)中的氣體溶解度、葉輪引起的剪切應力及生物反應器中的氣體鼓泡以及質量傳遞及混合時間進行了實驗。此等因素中之各者對於開發可以成功地產生複雜菌群(諸如本文所描述之任何菌群)的過程都係必要的。舉例而言，經由實驗確定氮氣鼓泡導致較高的剪切及受影響的氣體溶解度。因此，進行實驗以調整鼓泡器的速度、鼓泡器的位置以及將鼓泡替換為氣體覆蓋層。資料顯示，氣體覆蓋層係提供成功的DS共培養的唯一方法。舉例而言，來自不同鼓泡條件的資料僅允許偵測到來自DS1的54種菌株中的至多36種，而氣體覆蓋層允許在共培養結束時偵測到另外11種物種(亦即54種菌株中的47種)。

必須開發的製造製程的下一步係一種以保持菌株穩定性及活性的方式儲存最終產品的方法。對冷凍及凍乾方法進行了研究，以確定什麼可以保存各DS菌株的活性及生存力。

為了確定凍乾是否比冷凍更好地保存各DS中菌株的活性及生存力，必須開發凍乾製程，因為對於本文提供的DS及菌群的複雜性而言，此項技術中尚無任何已知的凍乾製程。為了開發各DS的凍乾製程而研究的關鍵變量包括但不限於：培養液或替代微生物相懸浮培養基的配方、凍乾製程期間防止氧氣污染的方法、賦形劑:培養液比率、在凍乾之前冷凍微生物相懸浮液的參數、凍乾的循環參數、滅菌要求、凍乾儲存後復蘇微生物相的方法、復蘇微生物相的緩衝液以及凍乾DS的儲存。

舉例而言，高通量的箔覆蓋盤被用作凍乾DS儲存的測試選項之一。此被認為係可行的，因為鋁箔蓋應該可以防止氧氣暴露。然而，確定箔覆蓋盤實際上不能防止氧氣污染，因為沒有辦法部分塞住盤。研究的另一種儲存方法係帶有多工塞子的玻璃及塑膠托盤小瓶。此種方法的理論優勢被假設為能夠進行高通量篩選而無需個別地塞住各小瓶，因為多工塞子可以一步推入小瓶中。然而，此種方法被證明係無效的，因為隨著多工塞子的移除發生了氧氣污染。在探索了保存凍乾產品的其他選項後，確定帶有個別塞子的個別玻璃小瓶可以長期儲存而不會受到氧氣污染。

藉由第二個實例，有必要確定凍乾緩衝液/培養基的正確配方。研究了以下凍乾保護劑以確定各種DS的正確配方：山梨糖醇、麥芽糊精、OPS診斷緩衝液、蔗糖、菊糖、藻酸鹽、甘露糖醇、海藻糖及脫脂乳。舉例而言，圖 4A顯示了基於不同凍乾保護劑的DS2不同生存力的實例，而圖 4B顯示了基於不同凍乾保護劑的DS1不同生存力的實例。如圖 5A(DS2)及圖 5B(DS1)所示，亦研究了還原劑的添加，包括但不限於半胱胺酸鹽酸鹽及核黃素。測試的其他凍乾調配物包括8%麥芽糊精+0.5%菊糖+RA、5%蔗糖+10%甘油+0.3%菊糖+RA、7%海藻糖+8%麥芽糊精+RA、3%蔗糖+5%麥芽糊精+0.5%菊糖+RA、5%麥芽糊精+OPS診斷緩衝液+0.5%菊糖+RA及5%麥芽糊精+10%甘油+0.3%菊糖+RA。

基於凍融及凍乾實驗，資料表明10-12%的固體係選定的劑量。然而，進行了額外的實驗以確定更低的劑量是否可以。圖 6A中顯示了DS2上的一個例示性實驗，而圖 6B中顯示了第二個例示性實驗。

接著進行發現以確定細胞復蘇的成功率。使用厭氧菌系統YCFAC培養基進行細胞復蘇，並使用100倍稀釋凍乾粉進行稀釋方案(例如，將50 mg (0.05 g)粉末稀釋在5.0 mL的YCFAC培養基中)。接著使用流動式細胞測量術及庫爾特計數器(Coulter Counter)偵測復蘇。

此處進行的實驗及產生的資料確定凍乾材料在小鼠中產生相當的菌株拓殖。

實例 4 ： EH 小鼠模型及菌群的功效 如本文所述，腸源性高草酸鹽尿症(EH)係由飲食草酸鹽的過量吸收導致尿液草酸鹽(UOx)含量升高引起的。一旦被吸收，草酸鹽會與鈣錯合形成不溶性晶體，因此長期升高的UOx含量係形成腎結石及進展為腎損傷的主要風險因素。目前尚無批准的EH療法；標準照護選項僅限於依從性相對較低的支持性措施及飲食限制。人類胃腸道中的大多數草酸鹽降解係由產甲酸草酸桿菌進行的，產甲酸草酸桿菌係一種挑剔的人類共生菌，其代謝飲食草酸鹽作為其主要能量來源。然而，據推測，抗生素使用的增加及西方飲食減少了產甲酸草酸桿菌的盛行率。初步人類研究探索了經口給予產甲酸草酸桿菌的治療用途，並證明產甲酸草酸桿菌的植入有限，導致UOx減少的持久性降低。因此，吾人推斷，多種胃腸道共生菌群的代謝支持將使得能夠實現產甲酸草酸桿菌的植入及草酸鹽的最大降解。為此，如本文所述設計微生物菌群，模擬健康人類微生物體的分類學、種系發生及功能結構。此等菌群不僅富含產甲酸草酸桿菌以最大化草酸鹽代謝，而且亦含有許多細菌物種以支持甲酸鹽的代謝，甲酸鹽係草酸鹽代謝的副產物。藉由評估此等菌群在飲食誘導的高草酸鹽尿症(HO)小鼠模型中植入及減少UOx的能力，部分選擇了候選者用於臨床開發。

方法 .總體基因體學及液相層析-質譜法(LC-MS)分別用於評估細菌物種及尿液代謝物。對來自各項研究的選定糞便樣品進行總體基因體定序，以評估產甲酸草酸桿菌植入、物種豐富度及群落特異性菌株級植入。LC-MS用於評估收集的終末點尿液樣品中的草酸鹽及肌酸酐含量。

分離及處理 .分離細菌菌株以創建合成菌群：將用於創建菌群的細菌菌株自在厭氧條件下收集的健康人類糞便樣品中分離出，均質化，接著使用全基因體定序(WGS)鑑定各樣品中的細菌種類。自彼此，鑑定了細菌菌株及其豐度。

接著處理糞便樣品並分離細菌菌株用於在適當的培養基(例如BHI、血瓊脂)上培養。草酸鹽降解物的分離及特定於代謝EH相關路徑的菌株與挑剔及獨特的菌株以及與健康腸道微生物體相關的菌株被優先考慮。培養後，使用總體基因體學對菌株進行純化及定序。自培養的、分離的菌株中，根據吾人的細菌的概念創建了治療腸源性高草酸鹽尿症的群落，以填充腸道中的關鍵功能生態位，支持正常的GI生理機能，支持諸如產甲酸草酸桿菌的特殊菌株的植入，並降解草酸鹽。

合成菌群的多樣性：創建菌群以支持產甲酸草酸桿菌在胃腸道中的植入，且各菌群都含有獨特的物種及菌株以涵蓋各種代謝表型(例如膽汁酸代謝、短鏈脂肪酸合成、草酸鹽降解)。一組核心的31種細菌菌株在合成菌群之間係相似的，且各群落都有其獨特的標籤，如文氏圖所示。如圖 7A及圖 7B所示，所創建的各菌群中存在的物種數目在40至103種物種範圍內，且菌株數目在75至195種範圍內。物種及菌株包含不同比例的門級多樣性，其中類桿菌門與厚壁菌門的比率在51%至96%範圍內，表明一般組成不同。

EH 模型開發 .創建了飲食誘導的EH小鼠模型。用於誘導EH的飲食組分：創建三種飲食(Ox36、5021+0.875%草酸鹽在飲用水(DW)中及5010 1.51)以在具有不同熱量攝入及草酸鈉的無菌小鼠中誘導EH三週。飲食1 (Ox36)：脂肪(%千卡)：13.5，碳水化合物(%千卡)：66.0，蛋白質(%千卡)：20.5，纖維(%)：6.0，以及草酸鈉(g/kg)：3.7。飲食2 (5021)：脂肪(%千卡)：23.7，碳水化合物(%千卡)：53.2，蛋白質(%千卡)：23.1，纖維(%)：3.7，以及草酸鈉(g/kg)：在飲用水中。飲食3 (5010 1.51)：脂肪(%千卡)：15.0，碳水化合物(%千卡)：54.3，蛋白質(%千卡)：30.6，纖維(%)：4.2，以及草酸鈉(g/kg)：21.5。

在無菌及人類化小鼠中誘導 EH ：收集終末尿液樣品以量測UOx (尿液草酸鹽)。BioIVT10被確定為可能的FMT樣品，用於開發及人類化、無菌的EH模型，因為糞便樣品無法控制草酸鹽排泄並且不存在產甲酸草酸桿菌。此糞便樣品表明，當其在無菌小鼠中拓殖時，其不能降解草酸鹽，而當補充產甲酸草酸桿菌時，其能夠降解草酸鹽。此外，此材料顯示不存在產甲酸草酸桿菌。參見圖 8A及圖 8B。

合成菌群降低 EH 誘導的小鼠模型中的 UOx 及 UOx:UCr 比率：上述三種飲食在開發微生物菌群以治療EH時進行了測試。在第1天，經由管飼法給予所有小鼠以200 µL的各菌群。使用了兩組小鼠：1) Taconic無菌C57BL/6NTac F (7-9週齡)，其係無菌的，及2)人類化的Taconic無菌C57BL/6NTac F (7-9週齡)。對於無菌小鼠，飲食EH誘導自第-7天開始，菌群給予自第1天開始，且糞便及尿液收集的終點在第15天。對於人類化小鼠，FMT在第-21天時投與，飲食EH誘導在第-14天時開始，抗生素治療在第-7天時發生，群給予在第1天時開始，且糞便及尿液收集的終點在第15天時。結果表明，在使用無菌小鼠時，在所有飲食中觀察到尿液草酸鹽含量顯著增加3-5倍。此外，5010 1.51飲食用於人類化模型，其中小鼠經FMT拓殖。使用了含有及不含產甲酸草酸桿菌的三種不同的FMT材料，且顯示出，與對照相比，不存在產甲酸草酸桿菌的FMT無法減少草酸鹽降解。

合成菌群降低了 EH 誘導的小鼠模型中的 UOx 及 UOx:UCr 比率 .在確定可以在無菌小鼠中誘導高草酸鹽尿症之後，是否可以藉由投與本文所描述之菌群來控制草酸鹽排泄的問題。為此，藉由提供上述三種飲食中之一種，誘導無菌小鼠的高草酸鹽尿症7天，給予單劑量的菌群之一，接著在14天後安樂死以收集終末尿液。飲食顯示出有效誘導高草酸鹽尿症。平均而言，本文所描述之菌群減少了收集的終末尿液樣品中的草酸鹽含量。由於收集了點尿樣品，草酸鹽與肌酸酐的比率被計算為更穩健的EH量度，並且在所有飲食中，基於盛行情況的群落及多樣性群落均持續降低了UOx:UCr比率。菌群中UOx:UCr的平均減少%在40%至55%之間。參見圖 9。

如上所述，亦藉由使用不能降解草酸鹽的糞便樣本向無菌小鼠提供FMT來創建人類化小鼠。此等小鼠被提供了複雜的高草酸鹽飲食，接著用抗生素進行了預處理以減少宿主微生物體。在1週的抗生素療程後，向小鼠給予本文所描述之菌群之一。本文所描述之菌群具有不同程度的草酸鹽減少。

各種 EH 誘導模型中的菌群植入：使用總體基因體定序評估了產甲酸草酸桿菌及其他菌群成員的植入。在所有測試的飲食中，產甲酸草酸桿菌均植入至穩健含量，且基於盛行情況的群落及多樣性群落以最大的相對豐度植入。此外，如物種豐富度圖所示，基於盛行情況的群落及多樣性群落中更大比例的菌株及物種植入至可偵測含量。最後，與五個合理設計的合成菌群相比，多樣性群落具有更大的物種豐富度，該五個合理設計的合成菌群自多樣性程度不同的供體糞便樣品創建，用產甲酸草酸桿菌強化，以控制「人類化」模型中消化道基線的草酸鹽代謝，表明在一個複雜的模型中，多樣性群落穩定地植入並取代了先前在無菌小鼠中建立的人類群落。參見圖 10A、圖 10B、圖 10C及圖 10D。

基於此等實驗，確定此實驗中使用的五個合理設計的合成菌群具有不同程度的多樣性，且能夠不同程度地控制胃腸道中的草酸鹽代謝。進一步表明，本文所描述之不同菌群能夠在給予後植入。具體而言，本文所描述之實驗表明產甲酸草酸桿菌係能夠植入的微生物之一。此外，顯示本文所描述之菌群能夠在不同程度上減少飲食誘導的EH模型中的草酸鹽排泄(UOx及UOx:Ucr比率)，並且群落V，亦即此實例5中描述的具有最大多樣性的菌群，有能力穩定地植入產甲酸草酸桿菌，治療性地減少UOx，並引起健康的人類微生物體。

實例 5 ：蘇胺酸營養缺陷型微生物的製造 某些微生物係營養缺陷型。此意味著微生物無法合成其生長所需的特定有機化合物。某些微生物無法自行合成的一種此類有機化合物係蘇胺酸。此外，雖然一些微生物本身並非蘇胺酸營養缺陷型，但其係蘇胺酸的低效生產者，阻礙了在常用生長培養基中的有效生長。

N-乙醯基半乳胺糖(GalNAc)係半乳糖的胺基糖衍生物，其通常係在特定形式的蛋白質O-糖基化中連接絲胺酸或蘇胺酸的第一個單醣。雖然可以在不添加蘇胺酸的情況下用GalNAc補充某些小批量生長培養基以生長蘇胺酸營養缺陷型，但此種補充對於大批量製造來說並非較佳的，因為GalNAc昂貴並且需要大量才能有效生長需要此類半乳糖衍生物的微生物。此外，某些培養基，諸如YCFAC培養基即使在存在GalNAc的情況下亦不能有效地生長某些蘇胺酸營養缺陷型。

因此，需要一種改善蘇胺酸低效生產者的擴增及生長的方法，以有效地生長此類微生物。

包括在本文所描述之菌群中之一種此類微生物係嗜黏蛋白艾克曼氏菌。艾克曼氏菌本身不能合成蘇胺酸，且因此無法在缺乏GalNAc來源(或可代謝為GalNAc的主要來源)的培養物中有效擴展及生長。此外，GalNAc係艾克曼氏菌的較佳碳源，且因此有效生長及製造艾克曼氏菌的已知方法包含向生長培養基中添加GalNAc。

因此，實驗旨在確定在沒有大量GalNAc的情況下大批量生長艾克曼氏菌的新方法。具體而言，測試了三種不同的生長培養基：YCFAC+GalNAc、YCFAC+GalNAc+蘇胺酸及YCFAC+蘇胺酸。由於BHI係一種基於動物的培養基，含有蘇胺酸，因此BHI培養基被用作陽性對照(特別係BHI培養基+GalNAc+氯化血紅素+維生素K)。由於GalNAc係艾克曼氏菌的較佳碳源，因此預計所有培養基都需要其以允許微生物的擴增及生長；然而，若亦添加蘇胺酸，預期的問題係需要多少GalNAc，而並非是否需要GalNAc。令人驚訝的是，確定1) YCFAC+0.5 g/L GalNAc不支持艾克曼氏菌生長，2) YCFAC+0.5 g/L GalNAc+10 mM蘇胺酸確實支持生長，並且3)僅YCFAC+10 mM蘇胺酸支持艾克曼氏菌的生長。在此等實驗中，使用在YCFAC中含有0.5 g/L GalNAc的種菌培養物啟動細胞生長，接著轉移至大型醱酵罐中以使用上述3種培養基進行生長及擴增。

然而，本文所描述之某些菌群包含超過100種不同的微生物，艾克曼氏菌僅係超過100種不同微生物中之一種。此外，本文所描述之製造方法允許在單個大批量培養物中(例如，在醱酵罐中)生長及製造多種微生物。當艾克曼氏菌係唯一的具有GalNAc較佳碳源的蘇胺酸營養缺陷型微生物時，問題就變成了如何在大型共培養物中生長艾克曼氏菌。因此，設計了一項實驗以確定是否有可能使用單獨的艾克曼氏菌開始種菌培養，接著將其與多種微生物的第二種菌培養物相結合以進行大批量擴增。

此實驗包含：1)首先生長種菌培養物，使艾克曼氏菌開始在10mL的小培養物(亦即種菌培養物)中生長，接著擴展到大批量醱酵罐中，2)與艾克曼氏菌種菌培養同時進行，將藥物物質中所有其他微生物的第二個100 mL種菌培養物單獨培養，3)將100 mL種菌共培養物及10 mL艾克曼氏菌種菌培養物合併至一個大批量醱酵罐(例如1 L或更大)中，以及4)偵測藥物物質的菌株，並評估了艾克曼氏菌在共培養物中生長及擴增的能力。此實驗的圖解如圖 11A所示。

如圖 12所示，令人驚訝的是，與補充有GalNAc、氯化血紅素及維生素K的BHI培養基相比，艾克曼氏菌無法在補充有GalNAc、氯化血紅素及維生素K的YCFAC培養基中生長(偵測到0.0000%艾克曼氏菌)。因此，確定YCFAC+GalNAc不能支持艾克曼氏菌的生長。於是問題就變成了添加蘇胺酸是否可以恢復艾克曼氏菌的生長。

下一個問題係若添加蘇胺酸是否需要GalNAc。具體而言，問題係與包含YCFAC+10 mM蘇胺酸+0.5 g/L GalNAc (48小時生長)的培養基相比，艾克曼氏菌在YCFAC+10 mM蘇胺酸(72小時生長)中如何生長。令人驚訝地發現，結果顯示在具有及沒有GalNAc的情況下的生長相當(沒有GalNAc的OD為0.25，具有GalNAc的OD為0.35)。

與上文所述及圖 11A所示類似的共培養實驗旨在評估對GalNAc及蘇胺酸的需求。在此實驗中，使用了兩種種菌培養物：1)在YCFAC+10 mM蘇胺酸+0.5 g/L GalNAc中生長的艾克曼氏菌種菌，及2)僅在YCFAC中生長的藥物物質中的其他微生物(14種微生物)。接著將種菌培養物合併至包含YCFAC+10 mM蘇胺酸(亦即無GalNAc)的大批量醱酵罐中。參見圖 11B。此研究表明，在大批量醱酵罐中存在10 mM蘇胺酸時不需要GalNAc，以便艾克曼氏菌與其他非蘇胺酸營養缺陷型微生物共培養。此外，在10 mM蘇胺酸YCFAC培養基中，在所有生長時間點都偵測到艾克曼氏菌( 圖 13)。

額外的實驗進一步表明，種菌培養物中甚至不需要GalNAc即可實現艾克曼氏菌生長。

鑒於GalNAc係艾克曼氏菌的較佳碳源，在沒有GalNAc的情況下生長艾克曼氏菌的能力非常令人驚訝。此外，在不含GalNAc的培養基中生長艾克曼氏菌的能力提供了一種製造包含GalNAc的微生物藥物產品的方法，其中艾克曼氏菌在多種微生物的共培養物中生長。

實例 6 ：臨床候選者選擇 如上所述，菌群IX被選為臨床試驗的臨床候選者並命名為FB-001。FB-001包含148種不同的厭氧微生物菌株，旨在模擬人類微生物體的代謝及種系發生多樣性( 圖 17)，並被分成7種不同的藥物物質用於製造目的。表22顯示了7種不同的藥物物質。藉由16S rRNA基因定序及RCB的全基因體定序鑑別物種。該菌群中的物種涵蓋健康成年人胃腸道中發現的六個主要門類(King, Desai等人. 2019)，但特意規定了一個例外，亦即梭桿菌門(Fusobacteria)，其係一種通常與人類感染相關並富含機會性病原體的門。148種菌株包含10個不同的綱、18個目、26個科及59個屬。

在凍乾之前，將含有FB-001微生物菌株的細胞集結粒重懸於具有凍乾保護劑的YCFAC培養基中，接著凍乾。選擇YCFAC培養基及凍乾保護劑以在凍乾步驟期間穩定DS。選擇8%麥芽糊精+0.5%菊糖的凍乾保護劑組合用於最終DS調配物，因為其在調配物開發研究中證明了FB-001微生物菌株的高活力。

在DP製造過程中亦添加了麥芽糊精作為填充劑。

囊封DP的膠囊係腸溶包衣的，且選擇用於在小腸中釋放DP並在其通過胃腸道時抵抗胃酸。此等膠囊的溶離根據USP＜701＞在pH為1.2時進行測試，並顯示2小時內沒有崩解。在pH為6.8時，膠囊會在30分鐘內完全崩解，此係FB-001 DP(羥丙基甲基纖維素[HPMC]膠囊COA)在胃腸道中的目標釋放pH。

FB-001 的功能性質 .FB-001係使用7種個別的藥物物質(DS)製造的，此等藥物物質總共含有148種厭氧微生物菌株，並且富含在人類胃腸道中發揮有益或正常化功能的物種。

此等有益或正常化功能中的第一個係草酸鹽降解，此係FB-001的主要EH疾病緩解機制。產甲酸草酸桿菌係人類胃腸道中草酸鹽降解的主要驅動因素。產甲酸草酸桿菌使用草酸鹽作為其唯一能源，代謝大量濃度的草酸鹽以用於能量產生及生物質量生產。草酸鹽的代謝由一系列酶及轉運反應介導，此等反應最終消耗草酸鹽並釋放CO ₂及甲酸鹽。

甲酸鹽作為草酸鹽代謝的副產物，若不被去除，最終可以抑制活體外草酸鹽的進一步代謝。因此，FB-001亦含有能夠降解甲酸鹽的菌株。此等利用甲酸鹽的細菌有助於清除草酸鹽代謝的潛在抑制代謝副產物。

FB-001亦含有草酸鹽抗性菌株，能夠在草酸鹽濃度比生理上正常草酸鹽濃度高出一個數量級或更高的情況下生長。儘管EH患者胃腸道內的游離草酸鹽含量可能升高，但FB-001菌群中此種草酸鹽耐受性菌株的富集可能支持穩定的植入，因為關鍵的草酸營養菌的豐度會隨著草酸鹽濃度的峰值而自然增加。

FB-001菌群專門設計用於含有種系發生多樣的微生物物種，此等微生物物種互惠發揮作用，以最大限度地提高草酸鹽的代謝通量(主要機制)並改善與吸收不良相關的微生態失調(次要機制)。為確保此兩種機制的執行，FB-001菌群富含草酸鹽降解菌株以減少胃腸道中的游離草酸鹽濃度，以及旨在藉由恢復基本代謝功能以減少任何未降解草酸鹽吸收不良來支持群落的眾多物種。構成FB-001菌群的菌株係根據其預測的執行各種支持性代謝功能的能力來選擇的，此等功能將有助於植入，而不管患者生理或飲食的差異。未被宿主細胞消化或利用的巨量養分及飲食分子的代謝可能導致代謝產物的釋放，此等產物為微生物體群落的其他成員提供食物。

評估了FB-001中的其他菌株在胃腸道中的獨特及潛在有益的生物學功能，包括短鏈脂肪酸(SCFA)之產生、交叉餵養活性及黏蛋白降解。SCFA被宿主吸收，並被認為藉由充當結腸細胞、腸細胞及肝細胞的關鍵能量受質而賦予一系列促進健康的功能，同時亦充當信號傳導分子，被主要針對腸黏膜固有層中腸內分泌及免疫細胞的特定G蛋白偶聯受體識別。評估了FB-001中的菌株的交叉餵養活性，此係細菌產生副產物來餵養其他細菌的過程。交叉餵養可穩定腸道微生物體並創造新的生態位。亦評估了FB-001中的菌株的假定保護及/或抗發炎性質。

表23總結了FB-001中有助於此等功能性質中之各者的菌株數目，且與各FB-001物種相關的特徵總結在表24中。表 23. FB-001 DP 之功能性質

性質	分類	FB-001 DP菌株之數目
草酸鹽及甲酸鹽代謝	草酸鹽降解	7
草酸鹽抗性	38
甲酸鹽代謝	45
支持代謝功能	巨量養分之代謝	98
微生物代謝物之產生	70
短鏈脂肪酸之產生	131
交叉餵養活性	12
黏蛋白降解	4
對疾病的推定保護作用	22
在健康人類腸道中之盛行情況	97

表 24. FB-001 藥物產品中包括的物種及特徵

物種(按門)	#菌株	草酸鹽降解	草酸鹽抗性	甲酸鹽代謝	巨量養分之代謝	微生物代謝物之產生	短鏈脂肪酸之產生	交叉餵養活性	黏蛋白降解	對疾病的推定保護作用	已知在健康人類腸道中之盛行情況
放線菌綱
青春雙叉桿菌	3				●	●	●				●
雙歧雙叉桿菌	1				●			●	●		●
鏈狀雙叉桿菌	1				●	●	●				●
齒雙叉桿菌	1	●			●	●	●				●
長雙叉桿菌	2				●	●	●			●	●
假小鏈雙叉桿菌	3	●			●	●	●				●
產氣柯林斯氏菌	2			●	●	●	●				●
緩慢愛格士氏菌	4		●	●	●		●				●
帕梅拉戈登氏桿菌	2			●	●		●				●
厭氧塞內加爾馬賽菌	1			●
類桿菌門
昂氏別樣桿菌	2				●	●	●			●	●
腐爛別樣桿菌	2					●	●				●
塞內加爾別樣桿菌	1				●						●
沙氏別樣桿菌	2				●		●			●	●
蒂莫恩別樣桿菌	1			●	●		●				●
別樣桿菌FBI00180	1						●		●
別樣桿菌FBI00238	1						●
屎類桿菌	2				●		●			●	●
糞居類桿菌	1										●
糞類桿菌	1			●		●	●				●
芬氏類桿菌	1			●							●
脆弱類桿菌	1				●		●				●
KRIBBI類桿菌	2			●	●		●
馬賽類桿菌	1				●		●				●
諾德氏類桿菌	1						●				●
卵形類桿菌	1			●	●					●	●
薩耶斯類桿菌	1			●			●				●
鼠糞類桿菌	1			●			●
糞便類桿菌	2				●	●	●				●
多形類桿菌	2		●	●	●	●	●	●			●
單形類桿菌	2				●		●	●			●
普通類桿菌	2			●	●	●	●				●
溶木聚糖類桿菌	3		●	●	●	●	●				●
腸道巴恩斯氏菌	1									●	●
人糞丁酸單胞菌	1				●	●	●
迪氏副類桿菌	1		●		●	●	●				●
糞副類桿菌	2				●		●				●
克拉副普雷沃菌	1			●	●	●	●				●
不解糖吡咯單胞菌	1						●				●
廣古菌門(Euryarchaeota)
史氏甲烷短桿菌	2			●	●	●	●				●
腸胺基酸球菌	1					●	●				●
蒂莫恩錐尾桿菌	1		●				●
糞厭氧棒形菌	1		●		●	●	●				●
龐大厭氧棒狀菌	2				●	●	●	●			●
馬賽厭氧棍狀菌	1			●	●						●
糞布勞特氏菌	1		●			●	●				●
氫養布勞特氏菌	1			●		●	●				●
馬賽布勞特氏菌	1			●		●	●
卵形布勞特氏菌	2		●		●	●	●			●	●
魏氏布勞特氏菌	2			●	●	●	●			●
香港卡塔桿菌	1		●		●						●
梭菌FBI00191	1						●
阿爾頓梭菌	2		●		●		●				●
鮑氏梭菌	2		●	●	●		●				●
奇特龍梭菌	2		●		●		●				●
梭狀梭菌	1						●				●
福斯梭菌	1						●
閃爍梭菌	1				●		●
伴生糞球菌	2				●	●	●				●
規則糞球菌	1						●				●
渾濁小類桿菌	1						●				●
嗜琥珀酸小類桿菌	1		●		●	●	●
難養迪爾莫菌	1				●
產甲酸多爾氏菌	2			●	●		●				●
長鏈多爾氏菌	2				●		●				●
泰伊艾森伯格菌	2					●	●
蒂莫恩新興菌	1				●	●
挑剔真桿菌	2				●		●			●
霍氏真桿菌	1				●	●	●				●
直腸真桿菌	2				●		●	●			●
惰性真桿菌	1				●
凸腹真桿菌	1				●					●	●
嗜木聚糖真桿菌	1				●	●	●				●
普氏棲糞桿菌	1			●	●	●	●		●	●	●
食糖紡錘鏈桿菌	2					●	●
雙型霍爾德曼氏菌	1					●				●	●
外流亨蓋特拉菌	1						●
海瑟威亨蓋特拉菌	2				●	●	●
帕氏乳桿菌	2						●
毛螺菌FBI00033	1						●
毛螺菌FBI00071	1						●
毛螺菌FBI00290	1						●
羅氏乳桿菌	2						●
鼠盲腸長鏈菌	1						●
馬賽巨型球菌	1			●		●	●
解果膠單球菌	2		●		●	●	●
糞考拉桿菌	1		●			●	●
人羅斯氏菌	2		●		●	●	●			●	●
瘤胃球菌FBI00097	1					●	●
瘤胃球菌FBI00233	1					●	●
布氏瘤胃球菌	2		●		●		●	●			●
糞瘤胃球菌	2		●		●	●	●
乳酸形成羅塞尼亞桿菌	1				●	●	●
血蘇黎世桿菌	1						●			●
變形菌門
沃氏嗜膽菌	2			●	●		●
產甲酸草酸桿菌	3	●	●
排泄物副薩特氏菌	2			●		●	●				●
馬賽薩特氏菌	1		●	●		●	●
華德薩特氏菌	2		●	●			●				●
疣微菌門(Verrucomicrobia)
嗜黏蛋白艾克曼氏菌	1				●		●	●	●		●

甲酸鹽代謝 .FB-001 DP菌群亦含有利用甲酸鹽的細菌，以維持經由該途徑的最大碳通量。甲酸鹽作為草酸鹽代謝的副產物，若不被去除，最終可以抑制活體外草酸鹽的進一步代謝。在人類胃腸道中發現的共生細菌物種(諸如產甲烷菌)可以在存在由微生物醱酵罐產生的氫氣的情況下經由還原為甲烷來有效去除甲酸鹽。因此，FB-001菌群包括史氏甲烷短桿菌(DS-CoC2)，此係腸道中最盛行及最豐富的古細菌產甲烷菌，且係一種能有效代謝甲酸鹽的菌種；以及產乙酸的腸道共生菌氫養布勞特氏菌(DS-CoC1)，其利用甲酸鹽生成用於短鏈脂肪酸(SCFA)合成的乙酸鹽；以及一組表現將甲酸鹽氧化成CO ₂的細胞色素依賴性甲酸鹽脫氫酶的厭氧菌(例如，薩特氏菌屬( Sutterella)及副薩特氏菌屬( Parasutterella)，發現於DS-CoC2及DS-CoC4中)。因此，此等利用甲酸鹽的細菌有助於清除草酸鹽代謝的潛在抑制代謝副產物。

支持性代謝功能 .FB-001亦含有多種功能廣泛的共生菌，可在胃腸道中發揮獨特且潛在有益的生物學功能，包括巨量養分的代謝、短鏈脂肪酸之產生、交叉餵養活性及黏蛋白降解。

FB-001 DP 的組成 .FB-001 DP係一種高度複雜的混合醱酵的148種微生物菌株，因其在支持健康胃腸道方面的潛在作用而被選中。為了支持臨床研究，FB-001 DP使用總體基因體定序對最終DP中個別物種的相對豐度以及產甲酸草酸桿菌的總含量進行了表徵。在總體基因體定序及分析中，首先藉由對所關注之菌株特有的預先指定的生物標誌物(DNA短序列)的陽性鑑別，確認菌株存在於樣品中。接著，總體基因體定序的結果被報導為各種菌株的相對豐度，其近似於屬於各種菌株的基因體複本的百分比，且可以在0至100%範圍內。接著藉由將偵測到的生物標誌物的數目及頻率與菌株特異性生物標誌物的總數及定序讀段的數目進行比較來計算相對豐度。FB-001 DP中各種菌株的百分比貢獻包含由16S RNA及碳源分析鑑別的三種產甲酸草酸桿菌菌株的主要部分，如下所述：以相對豐度計約32%產甲酸草酸桿菌(亦即，以活細胞計數計大約40%)，而其他145種菌株的相對豐度值在18%到0.015%之間(典型人類微生物組的分佈)。

FB-001 DP作為單批製造。收集DP的單個膠囊並在-20℃±5下儲存，直至萃取DNA。藉由霰彈槍總體基因體學對FB-001 DP進行定序，且分析DP的總體基因體序列以確定FB-001 DP的組成。結果報導為各種菌株的相對豐度。相對豐度近似於屬於各種菌株的FB-001 DP基因體複本的百分比，且可以在0至100%範圍內。148種菌株中共有60種被偵測出達到或超過其合格偵測極限，包括來自DS-CoC1的21種、來自DS-CoC2的13種、來自DS-CoC3的16種、來自DS-CoC4的7種、以及DS-OF1、DS-OF2及DS-OF3中之各者。未偵測到菌株不應解釋為藥物物質中不存在該菌株。偵測到的60種菌株占FB-001 DP中偵測到的生物標誌物的95.932%。因此，其餘88種菌株占生物標誌物的4.068%。預計批次之間的相對豐度分佈會有所不同，並且在開發過程中將繼續收集資料以瞭解變異性的大小。此外，確切的百分比不應被解釋為限制性或排他性的；相反，各批DP的微生物分佈可能因共培養中細菌的自然生長而異。表25提供了一批FB-001中微生物相對豐度概況的實例。表 25. FB-001 DP 批次的相對豐度概況

菌株	相對豐度(%)	菌株	相對豐度(%)	菌株	相對豐度(%)
FBI00180	18	FBI00245	0.076	FBI00097	＜ LoD
FBI00289	11	FBI00043	0.063	FBI00099	＜ LoD
FBI00067	11	FBI00237	0.059	FBI00109	＜ LoD
FBI00133	10	FBI00206	0.052	FBI00113	＜ LoD
FBI00038	4.3	FBI00032	0.04	FBI00115	＜ LoD
FBI00175	4.1	FBI00243	0.038	FBI00117	＜ LoD
FBI00255	3.9	FBI00116	0.035	FBI00123	＜ LoD
FBI00120	3.3	FBI00002	0.032	FBI00126	＜ LoD
FBI00177	2.5	FBI00167	0.031	FBI00127	＜ LoD
FBI00212	2.4	FBI00068	0.015	FBI00132	＜ LoD
FBI00025	2.2	FBI00010	＜ LoD	FBI00137	＜ LoD
FBI00060	1.8	FBI00011	＜ LoD	FBI00145	＜ LoD
FBI00048	1.6	FBI00012	＜ LoD	FBI00149	＜ LoD
FBI00104	1.5	FBI00013	＜ LoD	FBI00159	＜ LoD
FBI00151	1.5	FBI00015	＜ LoD	FBI00162	＜ LoD
FBI00220	1.1	FBI00018	＜ LoD	FBI00165	＜ LoD
FBI00004	1	FBI00019	＜ LoD	FBI00170	＜ LoD
FBI00020	0.93	FBI00021	＜ LoD	FBI00174	＜ LoD
FBI00251	0.91	FBI00022	＜ LoD	FBI00182	＜ LoD
FBI00016	0.73	FBI00030	＜ LoD	FBI00184	＜ LoD
FBI00079	0.72	FBI00033	＜ LoD	FBI00189	＜ LoD
FBI00102	0.71	FBI00034	＜ LoD	FBI00190	＜ LoD
FBI00233	0.65	FBI00040	＜ LoD	FBI00191	＜ LoD
FBI00171	0.64	FBI00044	＜ LoD	FBI00194	＜ LoD
FBI00029	0.63	FBI00046	＜ LoD	FBI00200	＜ LoD
FBI00076	0.56	FBI00047	＜ LoD	FBI00201	＜ LoD
FBI00147	0.53	FBI00049	＜ LoD	FBI00208	＜ LoD
FBI00128	0.5	FBI00050	＜ LoD	FBI00221	＜ LoD
FBI00197	0.49	FBI00051	＜ LoD	FBI00224	＜ LoD
FBI00110	0.47	FBI00052	＜ LoD	FBI00229	＜ LoD
FBI00112	0.47	FBI00053	＜ LoD	FBI00235	＜ LoD
FBI00135	0.47	FBI00056	＜ LoD	FBI00236	＜ LoD
FBI00226	0.44	FBI00057	＜ LoD	FBI00238	＜ LoD
FBI00199	0.43	FBI00059	＜ LoD	FBI00244	＜ LoD
FBI00152	0.43	FBI00061	＜ LoD	FBI00248	＜ LoD
FBI00027	0.42	FBI00066	＜ LoD	FBI00254	＜ LoD
FBI00211	0.4	FBI00069	＜ LoD	FBI00258	＜ LoD
FBI00232	0.37	FBI00070	＜ LoD	FBI00260	＜ LoD
FBI00111	0.31	FBI00071	＜ LoD	FBI00267	＜ LoD
FBI00140	0.3	FBI00075	＜ LoD	FBI00269	＜ LoD
FBI00263	0.25	FBI00077	＜ LoD	FBI00270	＜ LoD
FBI00124	0.24	FBI00078	＜ LoD	FBI00271	＜ LoD
FBI00001	0.23	FBI00080	＜ LoD	FBI00273	＜ LoD
FBI00198	0.21	FBI00081	＜ LoD	FBI00274	＜ LoD
FBI00176	0.2	FBI00085	＜ LoD	FBI00277	＜ LoD
FBI00125	0.2	FBI00087	＜ LoD	FBI00278	＜ LoD
FBI00205	0.17	FBI00092	＜ LoD	FBI00288	＜ LoD
FBI00062	0.096	FBI00093	＜ LoD	FBI00290	＜ LoD
FBI00281	0.095	FBI00096	＜ LoD	FBI00292	＜ LoD
FBI00009	0.09

製程開發 .開發DP製造過程中的摻合製程以創建DS的均勻混合物。在開發階段期間，測試了用於混合DS的摻合-篩分-摻合技術。使用此種技術，將幾種DS在Turbula混合器中以43 rpm摻合15分鐘，接著經由#50篩篩分材料。該材料再次以43 rpm摻合15分鐘。自容器的頂部、中部及底部取出摻合材料的等分試樣，並藉由相對豐度評估TCC、VCC及應力分佈。摻合研究結果表明，DS材料採用摻合-篩分-摻合技術進行了均勻混合。混合容器頂部、中部及底部的三種產甲酸草酸桿菌菌株的VCC/g、TCC/g及相對豐度非常相似，此表明摻合容器中DSs的均勻摻合。

圖 14提供了共培養製造方法的圖式。

DS1 的製造 .具有碳水化合物之酵母酪腖脂肪酸(YCFAC)培養基，pH 7，以1×濃度分批製備，各批4 L，用於種菌1醱酵及種菌2醱酵。藉由將表26中所示的組分添加至3.46 kg注射用水中，煮沸5至10分鐘，接著使培養基冷卻來製備培養基。在達到50℃或更低的溫度後，用N ₂鼓泡培養基，同時按以下順序添加其餘組分：碳酸氫鈉、50×揮發性脂肪酸溶液、一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽、0.5%氯化血紅素溶液及25×維生素溶液。用10 N NaOH或硫酸將pH調節至7，並將培養基在122.5℃高壓滅菌45分鐘。接種前將培養基在37℃培育至少24小時以進行污染檢查。表 26. YCFAC 培養基

試劑描述	數量/4.0L培養基	單位	最終濃度(1X)	添加
大豆腖	40.00	g	1% w/w	在3.46 kg注射用水(WFI)中煮沸5至10分鐘
D-纖維雙糖	8.00	g	0.2% w/w
酵母萃取物	10.00	g	0.25% w/w
右旋糖(葡萄糖)	20.00	g	0.5% w/w
一水合麥芽糖	8.00	g	0.2% w/w
七水合硫酸鎂	0.36	g	0.009% w/w
二水合氯化鈣	0.36	g	0.009% w/w
磷酸二氫鉀	1.80	g	0.045% w/w
磷酸氫二鉀	1.80	g	0.045% w/w
氯化鈉	3.60	g	0.09% w/w
碳酸氫鈉(7.5%)	213.0	mL	5.325% w/w	在培養基冷卻至50℃或更低後添加
揮發性脂肪酸溶液(50X)	11.56	mL	1X揮發性脂肪酸溶液 ^b
一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽	4.0	g	0.1% w/w
氯化血紅素溶液(0.5% w/w)	8.00	mL	0.2% w/w
維生素溶液(25X)	160.00	mL	1X維生素溶液

亦製備了5×濃縮培養基用於主醱酵。使用與表26中所述相同的比例，放大至5×來製備5×原料。在主醱酵過程之前將5×培養基稀釋至1×濃度。

再懸浮培養基亦經製備，且包含具有還原劑L-半胱胺酸鹽酸鹽及核黃素，pH 7的YCFAC培養基。為了製備再懸浮培養基，每kg YCFAC培養基添加0.6 g核黃素及2.0 g半胱胺酸鹽酸鹽。攪拌培養基直至完全溶解，接著用10 N NaOH或硫酸滴定以獲得最終pH 7。用0.22 µm聚醚碸(PES)過濾器過濾培養基。YCFAC培養基中核黃素的最終濃度為0.06%，且L-半胱胺酸鹽酸鹽的最終濃度為0.2%。

製備用於YCFAC培養基的揮發性脂肪酸溶液(50×)，且其包含冰醋酸(50×濃度為65.7%w/w；1×濃度為1.31%w/w)、丙酸(50×濃度為24.2%w/w；1×濃度為0.48%w/w)，異丁酸(50×濃度為3.1%w/w；1×濃度為0.06%w/w)，正戊酸(50×濃度為3.5%w/w；1×濃度為0.07%w/w)及異戊酸(50×濃度為3.5%w/w；1×濃度為0.07%w/w)。

YCFAC培養基的維生素溶液(25×)包含生物素粉末(1.31數量/6 kg WFI (g))、葉酸(1.31數量/6 kg WFI (g))、鹽酸吡哆醇(6.56數量/6 kg WFI (g))、硫胺素-HCl-2H ₂O (3.28數量/6 kg WFI (g))、核黃素(0.13數量/6 kg WFI (g))、菸鹼酸(3.28數量/6 kg WFI (g))、D-泛酸鈣(3.28數量/6 kg WFI (g))、維生素B12 (0.07數量/6 kg WFI (g))、4-胺基苯甲酸(3.28數量/6 kg WFI (g))及DL-α-硫辛酸(3.28數量/6 kg WFI (g))。

意欲用於FB-001 DS-CoC1的微生物菌株係自廣泛的供體篩選後獲得的糞便樣本中分離出來的。圖 15提供了菌株分離及純化過程、RCB儲存及RCB屬性/純度測試。整個糞便樣品均質化及等分係在厭氧條件下進行的，首先係在收集後15至30分鐘內將糞便樣本轉移至厭氧室，接著均質化並加入1:1的PBS及50%甘油溶液，接著等分至6至9個單獨的冷凍小瓶中，並轉移至≤-65℃儲存直至進一步處理。

為了分離個別菌株，將糞便樣本連續稀釋，且接著鋪塗至各種含有厭氧微生物培養基的瓊脂盤上(計為第1代)。將盤在37℃厭氧條件下培育。自此等初始生長盤中挑選單個菌落，用於在適當的微生物培養瓊脂培養基盤上進一步分離(計為第2代)。37℃培育後，若單菌落接種得到形態均一的分離菌落，則進一步表徵培養物以進行菌株鑑別。藉由16S rRNA基因定序或藉由使用高通量基質輔助雷射脫附/離子化-飛行時間光譜法創建及分析蛋白質體學指紋來進行初步菌株鑑定。若單菌落鋪塗導致多菌落形態，則自此鋪塗中挑選各獨特的菌落類型，以便在適當的培養瓊脂盤上進一步分離，直至實現均勻的菌落形態(計為第3代或更多代)。各種菌株在FB-001 DS-CoC1以及瓊脂及培養液培養基中的繼代歷史列於表27中。表 27. FB-001DS-CoC1 中使用之研究細胞庫之分離

FBI菌株ID	RCB瓊脂繼代	RCB培養液繼代
瓊脂類型	繼代次數	培養液類型	繼代次數
FBI00001	雙叉桿菌選擇性瓊脂(Bifidobacterium selective agar)+40 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0 + 40 mM草酸鹽	1
雙叉桿菌選擇性瓊脂	2
FBI00002	雙叉桿菌選擇性瓊脂+40 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0 + 40 mM草酸鹽	1
雙叉桿菌選擇性瓊脂	2
FBI00010	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00013	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00029	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00032	雙叉桿菌選擇性瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00033	YCFAC-B瓊脂+20 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0 + 20 mM草酸鹽	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2
YCFAC瓊脂	1
FBI00034	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00043	增強型梭菌瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00044	巧克力瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00048	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00050	雙叉桿菌選擇性瓊脂+40 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0 + 40 mM 草酸鹽	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2
FBI00051	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00057	增強型梭菌瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00059	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00060	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00070	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0 + 40 mM 草酸鹽	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00071	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00076	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00079	巧克力瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00087	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
	YCFAC瓊脂	1
FBI00093	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00102	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00109	YCFAC-B瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00117	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	2
YCFAC瓊脂	1
FBI00120	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00125	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00127	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00128	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00145	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00162	增強型梭菌瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00174	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00184	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00190	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00191	OxyPras加布氏桿菌(brucella)血瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0 + BBL™ 維生素K1-氯化血紅素溶液	1
FBI00194	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00198	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00199	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00200	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00201	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00205	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00206	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00211	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00220	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00221	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00236	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC pH 6.0	1
FBI00245	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0 + BBL™ 維生素K1-氯化血紅素溶液	1
FBI00248	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00251	增強型梭菌瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00254	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00267	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00278	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00288	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	2
YCFAC瓊脂	3
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00290	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	2

縮寫：FBI=Federation Bio分離株；RCA=增強型梭菌瓊脂；RCB=研究細胞庫；YCFAC=具有碳水化合物之酵母酪腖脂肪酸

為了儲存FB-001 DS-CoC1中使用的RCB，將單一培養物接種至含有適當培養液培養基的培養管中，並在37℃厭氧條件下培育，直至觀察到足夠的生長。添加無菌甘油溶液以達到25%的最終甘油濃度，隨後將約0.2 mL等分至2D條碼冷凍小瓶中。自厭氧氣體室中取出冷凍管後，立即掃描小瓶底部的2D條碼，且將小瓶轉移至≤-65℃，作為RCB儲存的最後一步。

冷凍至少10小時後，自冰箱中取出一小瓶各純化的冷凍RCB，且在厭氧條件下解凍，接著接種至含有適當生長培養基的瓊脂盤上。將盤在37℃厭氧條件下培育。觀察盤上的生長以確認各純化分離物的復蘇及均一的菌落形態。在確認各RCB的均一菌落形態後，藉由16S rRNA基因定序分析個別菌落(參見序列表)。使用全基因體定序繼而基因體組裝進一步表徵RCB。使用16S rRNA基因序列及全基因體組裝進行菌株級鑑別。

FB-001 DS-CoC1中包含各種菌株的明確準則被證明對至少2種FDA批准的抗生素敏感。FB-001 DS-CoC1中的厭氧微生物針對多種FDA批准的臨床相關抗細菌劑進行了測試，其中大多數對厭氧菌表現出特別有效的活性。發現FB-001 DS-CoC1中的所有菌株在活體外對2種或更多種臨床相關抗生素表現出敏感性，此意味著一種直接的生物控制方式。重要的是，FB-001 DS-CoC1中沒有菌株對克林達黴素及阿莫西林-棒酸鹽均有耐藥性，表明該2種藥劑的組合可以覆蓋所有FB-001 DS-CoC1菌株。

圖 16中描述之Fgu. DS-CoC1菌株產生MCB的第一步包括藉由在YCFAC瓊脂盤上鋪塗，接著在37℃的厭氧條件下培育來復蘇各RCB。分離的菌落用於接種30至45 mL YCFAC培養液中的MCB預培養物，並在37℃厭氧培育。各MCB在儲存前在YCFAC培養液中繼代2至3次。使用總細胞計數及活細胞計數監測預培養物的生長，以確定適合MCB培養的時間、接種及培養體積。藉由在整個培養過程中培育無菌瓊脂盤或培養液來進行無菌監測。MCB培養物的收集目標係每毫升2×10 ⁸個細胞的最小總細胞計數。需要時，藉由離心收集細胞以濃縮生物質量。在將來自MCB培養物的細胞等分至2D條碼冷凍小瓶中之前，將無菌甘油作為冷凍保護劑添加至最終濃度為25% v/v。掃描冷凍小瓶的條碼並輸入電子庫存系統，接著將小瓶轉移至在≤-65℃下長期儲存。所有MCB都儲存在至少2個物理上不同的位置。

DS2 的製造 .用於DS1的相同YCFAC培養基用於DS2。類似地，使用與上文針對DS1所描述相同的一般菌株分離方法。表28中提供了用於DS2菌株的特定瓊脂類型、繼代及培養液類型。表 28. FB-001DS-CoC2 中使用之研究細胞庫之分離

FBI菌株ID	RCB瓊脂繼代	RCB培養液繼代
瓊脂類型	繼代次數	培養液類型	繼代次數
FBI00004	YCFAC-B瓊脂+80 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0 + 80 mM 草酸鹽	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2
FBI00012	類桿菌膽汁七葉苷瓊脂(Bacteroides bile esculin agar)	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00015	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00018	雙叉桿菌選擇性瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00019	類桿菌膽汁七葉苷瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00021	YCFAC-B瓊脂+80 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0 + 80 mM 草酸鹽	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2
FBI00038	巧克力瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00040	類桿菌膽汁七葉苷瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00046	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00061	類桿菌膽汁七葉苷	2	YCFAC，pH 6.0	1
具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	1
FBI00066	類桿菌膽汁七葉苷	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00075	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00077	乳桿菌MRS瓊脂+20 mM草酸鹽	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC	1
FBI00080	乳桿菌MRS瓊脂+40 mM草酸鹽	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00081	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00085	增強型梭菌瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00092	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00097	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	2
	YCFAC瓊脂	2
FBI00099	巧克力瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00112	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00132	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1
FBI00137	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00140	YCFAC-BO 160 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0 + 80 mM草酸鹽	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2
FBI00149	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00151	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2
FBI00176	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00189	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00197	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00208	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00212	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00224	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00226	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0，具有BBL™維生素K1-氯化血紅素溶液	1
FBI00229	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	4	具有氯化血紅素及維生素K之硫乙醇酸鹽培養液	1
FBI00233	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0，具有BBL™維生素K1-氯化血紅素溶液	1
FBI00235	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00237	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00243	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00244	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂+40 mM草酸鹽	3
YCFAC瓊脂	1
FBI00258	改良的埃格思-加尼翁培養基瓊脂(Modified Eggerth-Gagnon medium agara)	3	具有氯化血紅素及維生素K之硫乙醇酸鹽培養液	1
FBI00260	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00263	改良的埃格思-加尼翁培養基瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00270	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂+抗生素	2	SAB mediac	1
具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	3
FBI00273	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00277	具有氯化血紅素及維生素K之腦心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00292	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	3	SAB mediac	1

縮寫：FBI=Federation Bio分離株；RCB=研究細胞庫；YCFAC=具有碳水化合物之酵母酪腖脂肪酸，YCFAC-B=具有碳水化合物及綿羊血之酵母酪腖脂肪酸；YCFAC-BO=具有碳水化合物、綿羊血及草酸鹽之酵母酪腖脂肪酸 ^a改良的埃格思-加尼翁培養基瓊脂在內部製備，且由蛋白腖(1% w/v)、Na ₂HPO ₄(0.32% w/v)、黏蛋白(0.2% w/v)、BactoAgar (1.5% w/v)及綿羊血(5% v/v)組成，pH 7.45。 ^b用於分離FBI00270的抗生素包括萬古黴素(100 µg/mL)、青黴素100單位/mL、鏈黴素(streptomycin) (100 µg/mL)及兩性黴素B (amphotericin B) (0.25 µg/mL)。 ^cSAB培養基按照(Khelaifia, Raoult等人. 2013)中的描述製備。

DS2菌株的表徵及儲存如上文針對DS1所述進行。重要的是要注意，雖然並非所有DS2菌株都像DS1菌株一樣對克林達黴素及阿莫西林-棒酸鹽都敏感，但所有菌株仍然對至少2種FDA批准的抗生素敏感。

DS3 的製造 .用於DS1的相同YCFAC培養基用於DS2。類似地，使用與上文針對DS1所描述相同的一般菌株分離方法。表29中提供了用於DS2菌株的特定瓊脂類型、繼代及培養液類型。表 29. FB-001DS-CoC3 中使用之研究細胞庫之分離

FBI菌株ID	RCB瓊脂繼代	RCB培養液繼代
瓊脂類型	繼代次數	培養液類型	繼代次數
FBI00009	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00011	雙叉桿菌選擇性瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00016	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00020	雙叉桿菌選擇性瓊脂+40 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0，具有40 mM草酸鹽	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00025	巧克力瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00027	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00030	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00047	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00052	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0，具有40 mM草酸鹽	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00053	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0，具有40 mM草酸鹽	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00056	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0，具有80 mM草酸鹽	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00062	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00078	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00096	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00104	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
FBI00110	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00111	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC瓊脂	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00113	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00115	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	2
YCFAC瓊脂	3
FBI00116	雙叉桿菌選擇性瓊脂+40 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0，具有40 mM草酸鹽	1
雙叉桿菌選擇性瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00123	YCFAC-BO 160 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	2
FBI00124	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00126	YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00135	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00147	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00159	YCFAC-BO 160 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	2
FBI00167	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00170	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	2
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00232	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	4	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00255	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00271	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1

縮寫：FBI=Federation Bio分離株；RCB=研究細胞庫；YCFAC=具有碳水化合物之酵母酪腖脂肪酸，YCFAC-B=具有碳水化合物及綿羊血之酵母酪腖脂肪酸；YCFAC-BO=具有碳水化合物、綿羊血及草酸鹽之酵母酪腖脂肪酸

DS3菌株的表徵及儲存如上文針對DS1所述進行。重要的是要注意，雖然並非所有DS2菌株都像DS1菌株一樣對克林達黴素及阿莫西林-棒酸鹽都敏感，但所有菌株仍然對至少2種FDA批准的抗生素敏感。

DS4 的製造 .YCFAC培養基具有硫酸銨，pH 7，用於種菌1醱酵，以1×濃度分批製備，每批4 L。培養基藉由將表30中所示的組分添加至3.46 kg注射用水中，且煮沸5至10分鐘來製備。接著將培養基用N ₂鼓泡至少30分鐘並使其冷卻。達到50℃或更低的溫度後，在繼續鼓泡的同時按以下順序加入其餘組分：碳酸氫鈉、50×揮發性脂肪酸溶液、一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽及0.5%氯化血紅素溶液。用10 N NaOH或硫酸將培養基調節至pH 7，並在122.5℃下高壓滅菌45分鐘。使用0.22 µm過濾器過濾維生素溶液(25×)，並在滅菌後添加。接種前將培養基在37℃下培育至少24小時以進行污染檢查。表 30. 用於種菌 1 醱酵的具有碳水化合物培養基組成之酵母酪腖脂肪酸 (1X)

試劑描述	數量/4.0 L培養基	單位	最終濃度(1X)	添加
大豆腖	40.00	g	1% (w/w)	在3.46 kg WFI中煮沸5至10分鐘；開始鼓泡
D-纖維雙糖	8.00	g	0.2% (w/w)
酵母萃取物	10.00	g	0.25% (w/w)
右旋糖(葡萄糖)	20.00	g	0.5% (w/w)
一水合麥芽糖	8.00	g	0.2% (w/w)
七水合硫酸鎂	0.36	g	0.009% (w/w)
二水合氯化鈣	0.36	g	0.009% (w/w)
磷酸二氫鉀	1.80	g	0.045% (w/w)
磷酸氫二鉀	1.80	g	0.045% (w/w)
氯化鈉	3.60	g	0.09% (w/w)
硫酸銨	3.60	g	0.09% (w/w)
碳酸氫鈉(7.5% w/w)	213	mL	5.325% (w/w)	在培養基冷卻至50℃或更低後添加(鼓泡繼續)
揮發性脂肪酸溶液(50X)	11.6	mL	1X揮發性脂肪酸溶液
一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽	4.0	g	0.1%
氯化血紅素溶液(0.5% w/w)	8.00	mL	0.2% w/w氯化血紅素
維生素溶液(25X)	160.00	mL	1X維生素溶液	滅菌後添加

YCFAC培養基具有硫酸銨、蘇胺酸及N-乙醯基半乳胺糖，pH 7.4，用於種菌2醱酵(第1階段及第2階段)，以1×濃度分批製備，每批4 L。培養基藉由將表31中所示的組分添加至3.46 kg注射用水中，且煮沸5至10分鐘來製備。接著將培養基用N ₂鼓泡至少30分鐘並使其冷卻。達到50℃或更低的溫度後，在繼續鼓泡的同時按以下順序加入其餘組分：碳酸氫鈉、50×揮發性脂肪酸溶液、一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽及0.5%氯化血紅素溶液。用10 N NaOH或硫酸將培養基調節至pH 7，並在122.5℃下高壓滅菌45分鐘。滅菌後添加無菌25×維生素溶液(25×)、蘇胺酸溶液及N-乙醯基半乳胺糖溶液。接種前將培養基在37℃下培育至少24小時以進行污染檢查。表 31. 用於種菌 2 醱酵的具有碳水化合物培養基組成之酵母酪腖脂肪酸 (1X)

試劑描述	數量/4.0 L培養基	單位	最終濃度(1X)	添加
大豆腖	40.00	g	1% (w/w)	在3.46 kg WFI中煮沸5至10分鐘；開始鼓泡
D-纖維雙糖	8.00	g	0.2% (w/w)
酵母萃取物	10.00	g	0.25% (w/w)
右旋糖(葡萄糖)	20.00	g	0.5% (w/w)
一水合麥芽糖	8.00	g	0.2% (w/w)
七水合硫酸鎂	0.36	g	0.009% (w/w)
二水合氯化鈣	0.36	g	0.009% (w/w)
磷酸二氫鉀	1.80	g	0.045% (w/w)
磷酸氫二鉀	1.80	g	0.045% (w/w)
氯化鈉	3.60	g	0.09% (w/w)
硫酸銨	3.60	g	0.09% (w/w)
碳酸氫鈉(7.5% w/w)	213	mL	5.325% (w/w)	在培養基冷卻至50℃或更低後添加(鼓泡繼續)
揮發性脂肪酸溶液(50X)	11.6	mL	1X揮發性脂肪酸溶液
一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽	4.0	g	0.1%
氯化血紅素溶液(0.5% w/w)	8.00	mL	0.2% w/w氯化血紅素
維生素溶液(25X)	160.00	mL	1X維生素溶液	滅菌後添加
N-乙醯基半乳胺糖溶液(1% w/w)	20	mL	0.5% (w/w)
蘇胺酸	59.6	g	1.5% (w/w)

用於主要醱酵的具有硫酸銨及蘇胺酸、pH 7的YCFAC培養基以5×製備。5×培養基藉由將表32中所示的組分添加至40.0 kg注射用水中，混合，接著高壓滅菌來製備。接種前將培養基在37℃培育至少24小時以進行污染檢查。將5X溶液泵入醱酵罐後，添加50×揮發性脂肪酸溶液、蘇胺酸溶液、25×維生素溶液、L-半胱胺酸鹽酸鹽溶液及WFI，最終濃度為1×。表 32. 具有碳水化合物培養基組成之酵母酪腖脂肪酸 (5X)

試劑描述	數量/60.0 kg YCFAC (5X)培養基	單位	最終濃度(1X)
大豆腖	3.00	kg	1% (w/w)
D-(+)纖維雙糖	600	g	0.2% (w/w)
酵母萃取物	750	g	0.25% (w/w)
右旋糖(葡萄糖)	1.50	kg	0.5% (w/w)
一水合麥芽糖	600.0	g	0.2% (w/w)
七水合硫酸鎂	27.0	g	0.009% (w/w)
二水合氯化鈣	27.0	g	0.009% (w/w)
磷酸二氫鉀	135	g	0.045% (w/w)
磷酸氫二鉀	135	g	0.045% (w/w)
氯化鈉	270	g	0.09% (w/w)
硫酸銨	270	g	0.09% (w/w)
碳酸氫鈉(7.5% w/w)	16.0	kg	5.33% (w/w)
氯化血紅素溶液(0.5% w/w)	600	mL	0.2% (w/w)
揮發性脂肪酸溶液(50X)	1X
一水合L-半胱胺酸鹽酸鹽溶液(3% w/w)	3.32% (w/w)
維生素溶液(25X)	1X
蘇胺酸溶液(7.2% w/w)	4.0% (w/w)

表33中提供了用於DS2菌株的特定瓊脂類型、繼代及培養液類型。表 33. FB-001DS-CoC4 中使用之研究細胞庫之分離

FBI菌株ID	RCB瓊脂繼代	RCB培養液繼代
瓊脂類型	繼代次數	培養液類型	繼代次數
FBI00022	類桿菌膽汁七葉苷瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00049	YCFAC-B瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00068	碳酸氫鹽緩衝基礎培養基瓊脂 ^a	2	YCFAC，pH 6.0	2
YCFAC-B瓊脂	1
FBI00069	雙叉桿菌選擇性瓊脂+40 mM草酸鹽	1	YCFAC，pH 6.0	1
雙叉桿菌選擇性瓊脂	2
FBI00152	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0，具有BBL™維生素K1-氯化血紅素溶液	1
FBI00165	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00171	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1	YCFAC，pH 6.0	2
YCFAC-BO 80 mM瓊脂	1
YCFAC-BO 40 mM瓊脂	1
FBI00175	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0，具有BBL維生素K1-氯化血紅素溶液	1
FBI00177	類桿菌膽汁七葉苷瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00180	類桿菌膽汁七葉苷瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00182	YCFAC-B瓊脂	2	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00238	具有5%綿羊血之哥倫比亞瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00269	具有氯化血紅素及維生素K之腦-心浸液瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00274	YCFAC-BO 80 mM瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1
FBI00281	增強型梭菌瓊脂	3	YCFAC，pH 6.0	1

縮寫：FBI=Federation Bio分離株；RCA=增強型梭菌瓊脂；RCB=研究細胞庫；YCFAC=具有碳水化合物之酵母酪腖脂肪酸，YCFAC-B=具有碳水化合物及綿羊血之酵母酪腖脂肪酸；YCFAC-BO=具有碳水化合物、綿羊血及草酸鹽之酵母酪腖脂肪酸；如Derrien 2004 (Derrien, Vaughan等人. 2004)中所述製備碳酸氫鹽緩衝基礎培養基。

DS4菌株的表徵及儲存如上文針對DS1所述進行。重要的是要注意，雖然並非所有DS2菌株都像DS1菌株一樣對克林達黴素及阿莫西林-棒酸鹽都敏感，但所有菌株仍然對至少2種FDA批准的抗生素敏感。

實例 7 ： DS1-7 的功能表徵FB-001經由16S序列一致性、巨量養分利用、代謝物產生及個別菌株的Biolog分析來表徵。在物種層面上，FB-001的特徵係代表100種物種的16S rRNA基因的DNA序列。16S序列長度因菌株而異，自最小的1177 bp(FBI00109，伴生糞球菌)至最大的1532 bp (FBI00087，閃爍梭菌)。148個16S DNA序列唯一地鑑別了FB-001中148種菌株中的大多數，但密切相關的菌株除外，諸如具有相同的16S序列的兩種產甲酸草酸桿菌菌株(FBI00133及FBI00289)。為提供表型表徵，Biolog分析用於表徵FB-001中的菌株，如下所述。

Biolog表型分析用於確定FB-001菌株的獨特巨量養分標籤。此等資料提供了各種菌株生長特徵的經驗表徵。根據吾人的Biolog分析，FB-001的148種菌株符合幾大類生長特徵：98種菌株顯示陽性生長標籤；41種菌株沒有陽性生長標籤；由於生長不足，9種未使用Biolog進行測試。表34顯示了具有陽性生長標籤的98種菌株，其中列出了支持生長的特定巨量養分以及各種菌株的屬種鑑別。在具有陽性生長標籤的98種菌株中，60種針對PM1及2盤的96孔盤格式中存在的190種個別的碳及能量來源進行了測試，且其餘38種僅使用2盤進行了測試。各96孔盤含有一個陰性對照孔，該孔沒有任何額外的碳及能量來源。此分析中任何單一菌株使用的受質總數顯示出極大的多樣性，自1至59種產生生長的受質不等。此外，在至少一種受質上生長的98種菌株中之各種都呈現出完全獨特的生長指紋或相對於該組中的每一其他菌株允許生長受質的組合。表 34. 在 98 種具有陽性生長特徵的菌株中藉由 Biolog 分析對菌株級巨量養分利用的表徵。對於每種菌株，所測試的Biolog PM盤連同屬的物種屬性及支持生長的巨量養分一起給出。陽性生長定義為在600 nm處的光密度比不含供應的碳及能源的陰性對照增加0.1或更多。

菌株	PM	巨量養分生長
FBI00001	1,2	2-去氧-D-核糖；D-果糖；D-果糖-6-磷酸鹽；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-核糖；D-葡萄糖二酸；D-海藻糖；D-木糖；肌苷；L-阿拉伯糖；L-半乳糖酸-g-內酯；麥芽糖；黏液酸；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；蔗糖；胸苷；尿苷；a-D-葡萄糖；b-D-阿洛糖
FBI00002	1,2	D-半乳糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖
FBI00004	1,2	D-葡萄糖-6-磷酸鹽；麥芽糖；麥芽三糖
FBI00010	1,2	D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-岩藻糖；D-半乳糖；D-甘露糖；D-棉子糖；D-核糖；D-山梨糖醇；D-木糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-鼠李糖；麥芽糖；麥芽三糖；水蘇糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖
FBI00013	1,2	己酸；D-蜜二糖；L-焦麩胺酸；桉樹酸；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-L-麩胺酸；草酸；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖
FBI00015	1,2	3-羥基2-丁酮；3-甲基葡萄糖；苦杏仁苷(Amygdalin)；熊果素(Arbutin)；D-纖維雙糖；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-蜜二糖；D-棉子糖；菊糖(Inulin)；L-半乳糖酸-g-內酯；乳酮糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖(Palatinose)；柳苷(Salicin)；a-D-乳糖；a-甲基-D-半乳糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00025	1,2	D-果糖；D-岩藻糖；D-半乳糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-木糖；糖原；L-阿拉伯糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；水蘇糖；蔗糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖
FBI00027	1,2	D-纖維雙糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-棉子糖；L-酒石酸；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；巴拉金糖；果膠；水蘇糖；蔗糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-半乳糖苷；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-木糖苷
FBI00030	1,2	D-甘露糖醇；D-海藻糖；D-木糖；糖原；巴拉金糖；a-D-乳糖
FBI00033	1,2	乳酮糖；a-D-乳糖
FBI00044	1,2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-甘露糖醇；D-蜜三糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-山梨糖醇；D-海藻糖；D-木糖；苦杏仁糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷
FBI00046	1,2	D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜三糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-核糖；D-海藻糖；D-木糖；苦杏仁糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；尿苷；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00047	1,2	D-葡萄糖酸
FBI00048	1,2	熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-胺基葡萄糖酸；D-蜜二糖；D-棉子糖；苦杏仁糖；L-阿拉伯糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；桉樹酸；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷
FBI00050	1,2	3-甲基葡萄糖；苦杏仁苷；硫酸軟骨素C；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-木糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；菊糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-來蘇糖；L-鼠李糖；乳酮糖；昆布糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖；果膠；水蘇糖；蔗糖；胸苷；尿苷；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00051	1,2	D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-山梨糖醇；菊糖；L-阿拉伯糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-酒石酸；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；a-D-葡萄糖
FBI00053	1,2	D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖醛酸；L-半乳糖酸-g-內酯
FBI00057	1,2	熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-葡萄糖胺；D-棉子糖；D-山梨糖醇；L-阿拉伯糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；水蘇糖；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；m-肌醇
FBI00059	1,2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-核糖；L-岩藻糖；乳酮糖；昆布糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；果膠；a-D-乳糖；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00070	1,2	3-0-b-D-乳-哌喃醣基-D-阿拉伯糖；苦杏仁苷；熊果素；硫酸軟骨素C；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-果糖-6-磷酸鹽；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖-1-磷酸鹽；D-葡萄糖-6-磷酸鹽；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜三糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-核糖；D-海藻糖；D-木糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-鼠李糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；胸苷；松二糖；尿苷；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-半乳糖苷；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷；g-環糊精
FBI00078	1,2	D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-核糖；D-山梨糖醇；D-木糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-來蘇糖；L-鼠李糖；L-山梨糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；果膠；景天庚酮聚糖(Sedoheptulosan)；水蘇糖；蔗糖；木糖醇；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00079	1,2	5-酮基-D-葡萄糖酸；苦杏仁苷；熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖酸-g-內酯；D-半乳糖；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖-1-磷酸鹽；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-核糖酸-1,4-內酯；D-核糖；D-葡萄糖二酸；D-木糖；苦杏仁糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；黏液酸；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；果膠；柳苷；蔗糖；胸苷；尿苷；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷
FBI00087	1,2	D-阿拉伯糖醇；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖酸；D-核糖；D-山梨糖醇；D-木糖；L-阿拉伯糖；蔗糖；a-D-葡萄糖
FBI00102	1,2	苦杏仁苷；硫酸軟骨素C；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-核糖；D-海藻糖；D-木糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；菊糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-鼠李糖；乳酮糖；昆布糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖；果膠；柳苷；蔗糖；松二糖；尿苷；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00104	1,2	苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-山梨糖醇；D-木糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-鼠李糖；麥芽糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；水蘇糖；尿苷；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖
FBI00109	1,2	熊果素；D-果糖；D-半乳糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-山梨糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；柳苷；水蘇糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-甲基-D-葡萄糖苷
FBI00110	1,2	5-酮基-D-葡萄糖酸；熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-果糖-6-磷酸鹽；D-半乳糖；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-甘露糖；D-蜜三糖；D-棉子糖；D-核糖；D-海藻糖；D-木糖；苦杏仁糖；肌苷；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；巴拉金糖；柳苷；水蘇糖；蔗糖；胸苷；松二糖；a-D-葡萄糖；b-D-阿洛糖；b-甲基-D-葡萄糖苷
FBI00113	1,2	熊果素；N-乙醯基-D-半乳胺糖；a-甲基-D-半乳糖苷
FBI00115	1,2	D-果糖；D-半乳糖；D-木糖；L-阿拉伯糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；松二糖；a-D-葡萄糖
FBI00117	1,2	熊果素；麥芽三糖
FBI00125	1,2	硫酸軟骨素C；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-甘露糖；苦杏仁糖；乳酮糖；昆布糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；果膠；蔗糖；a-環糊精；a-D-葡萄糖；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00128	1,2	1,2-丙二醇；D-果糖-6-磷酸鹽；a-D-葡萄糖
FBI00137	1,2	D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-木糖；糊精；糖原；菊糖；L-岩藻糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；蔗糖；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00147	1,2	2-去氧-D-核糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-阿洛酮糖；D-棉子糖；D-核糖；D-山梨糖醇；D-海藻糖；D-木糖；L-阿拉伯糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；水蘇糖；蔗糖；胸苷；尿苷；a-D-葡萄糖
FBI00165	1,2	N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸
FBI00167	1,2	苦杏仁苷；熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-棉子糖；D-山梨糖醇；苦杏仁糖；L-阿拉伯糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；柳苷；水蘇糖；蔗糖；胸苷；尿苷；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-甲基-D-葡萄糖苷；m-肌醇
FBI00174	1,2	腺苷；D-果糖-6-磷酸鹽；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖-1-磷酸鹽；D-葡萄糖醛酸；D-蜜三糖；D-海藻糖；肌苷；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；昆布糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；果膠
FBI00180	1,2	菊糖；b-D-阿洛糖
FBI00182	1,2	苦杏仁苷；熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；糊精；二羥基丙酮；苦杏仁糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-鼠李糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00184	1,2	苦杏仁苷；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-海藻糖；苦杏仁糖；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；尿苷；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00189	1,2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-甘露糖醇；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-山梨糖醇；D-海藻糖；苦杏仁糖；糖原；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；巴拉金糖；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷；g-環糊精
FBI00190	1,2	苦杏仁苷；熊果素；硫酸軟骨素C；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-果糖-6-磷酸鹽；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖-1-磷酸鹽；D-葡萄糖-6-磷酸鹽；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜三糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-海藻糖；D-木糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；甘胺醯基-L-天冬胺酸；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-鼠李糖；乳糖醇；乳酮糖；昆布糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；胸苷；松二糖；尿苷；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-半乳糖苷；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷
FBI00191	1,2	D-海藻糖；L-阿拉伯糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；a-環糊精；b-環糊精
FBI00194	1,2	熊果素；D-阿拉伯糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-山梨糖醇；D-海藻糖；苦杏仁糖；L-岩藻糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖
FBI00198	1,2	2-去氧腺苷；熊果素；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜三糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-核糖；D-海藻糖；D-木糖；肌苷；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；水蘇糖；胸苷；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；b-D-阿洛糖
FBI00199	1,2	D-果糖；D-半乳糖酸-g-內酯；D-半乳糖；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖-1-磷酸鹽；D-葡萄糖-6-磷酸鹽；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-阿洛酮糖；D-棉子糖；D-核糖；D-山梨糖醇；D-海藻糖；D-木糖；L-阿拉伯糖；L-絲胺酸；L-酒石酸；乳酮糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；水蘇糖；蔗糖；尿苷；a-D-葡萄糖
FBI00200	1,2	D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖醛酸；L-半乳糖酸-g-內酯；果膠
FBI00201	1,2	糊精；糖原；菊糖；昆布糖；g-環糊精
FBI00205	1,2	3-0-b-D-乳-哌喃醣基-D-阿拉伯糖；熊果素；D-阿拉伯糖；D-果糖；D-半乳糖；D-葡萄糖酸；D-甘露糖醇；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-山梨糖醇；D-木糖；L-岩藻糖；L-鼠李糖；L-酒石酸；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；桉樹酸；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；m-肌醇
FBI00220	1,2	D-阿拉伯糖醇；D-果糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-甘露糖醇；D-木糖；L-絲胺酸；麥芽糖；麥芽三糖；丙酮酸；蔗糖；a-D-葡萄糖
FBI00232	1,2	硫酸軟骨素C；D-半乳糖；糖原；菊糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；果膠；蔗糖；a-環糊精；b-環糊精；g-環糊精
FBI00235	1,2	1,2-丙二醇；2-羥基苯甲酸；5-酮基-D-葡萄糖酸；乙酸；苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-岩藻糖；D-核糖；D-塔格糖；D-蘇胺酸；L-阿拉伯糖醇；L-精胺酸；L-焦麩胺酸；L-鼠李糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-L-麩胺酸；草酸；金雞納酸；癸二酸；水蘇糖；琥珀醯胺酸；松二糖；a-D-乳糖；a-羥基戊二酸-g-內酯；a-酮基-丁酸；a-酮基-戊酸；a-甲基-D-半乳糖苷；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-甲基-D-木糖苷；d-胺基戊酸；g-胺基丁酸；g-羥基丁酸
FBI00236	1,2	D-半乳糖；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-海藻糖；L-岩藻糖；麥芽糖；麥芽三糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；水蘇糖；松二糖；a-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-木糖苷
FBI00245	1,2	苦杏仁苷；硫酸軟骨素C；D-阿拉伯糖；D-纖維雙糖；D-果糖；D-半乳糖；D-半乳糖醛酸；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-葡萄糖醛酸；D-甘露糖；D-蜜三糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-核糖；D-葡萄糖二酸；D-海藻糖；D-木糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；菊糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；L-半乳糖酸-g-內酯；L-麩醯胺酸；L-組胺酸；L-焦麩胺酸；L-鼠李糖；乳糖醇；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；甘露聚糖；黏液酸；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；巴拉金糖；果膠；丙酮酸；柳苷；水蘇糖；蔗糖；松二糖；尿苷；a-環糊精；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-酮基-丁酸；a-酮基-戊二酸；a-甲基-D-半乳糖苷；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖苷；g-環糊精
FBI00263	1,2	D-半乳糖；D-葡萄糖胺；D-甘露糖；D-蜜二糖；D-棉子糖；D-海藻糖；L-阿拉伯糖；L-岩藻糖；乳酮糖；麥芽糖醇；麥芽糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；N-乙醯基-神經胺糖酸；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-D-葡萄糖；a-D-乳糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00269	1,2	D,L-a-甘油-磷酸鹽；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖醛酸；糊精；明膠；糖原；菊糖；昆布糖；g-環糊精
FBI00278	1,2	糖原；胸苷
FBI00281	1,2	D-核糖；N-乙醯基-神經胺糖酸
FBI00290	1,2	糖原
FBI00009	2	乙醯胺；D-棉子糖；g-環糊精
FBI00011	2	4-羥基苯甲酸；癸酸；D,L-肉鹼；D,L-章魚胺；D-葡萄糖胺；D-核糖酸-1,4-內酯；二羥基丙酮；甘胺酸；菊糖；L-丙胺醯胺；L-精胺酸；L-組胺酸；L-高絲胺酸；N-乙醯基-L-麩胺酸；腐胺；金雞納酸；松二糖
FBI00016	2	D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-棉子糖；糊精；糖原；乳糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；水蘇糖；a-環糊精；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00020	2	苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；苦杏仁糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；巴拉金糖；柳苷；水蘇糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00021	2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-阿拉伯糖醇；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；苦杏仁糖；糖原；乳糖醇；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；松二糖；a-環糊精；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00029	2	苦杏仁苷；熊果素；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；菊糖；乳糖醇；昆布糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；柳苷；水蘇糖；松二糖；a-環糊精；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00032	2	5-酮基-D-葡萄糖酸；熊果素；D-葡萄糖胺；菊糖；L-山梨糖；L-酒石酸；乳糖醇；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-胺基葡萄糖醇；巴拉金糖；果膠；柳苷；松二糖；a-甲基-D-甘露糖苷
FBI00043	2	2-羥基苯甲酸；苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-核糖酸-1,4-內酯；糊精；二羥基丙酮；甘胺酸；L-白胺酸；麥芽糖醇；N-乙醯基-神經胺糖酸；草醯琥珀酸；巴拉金糖；金雞納酸；癸二酸；水蘇糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00049	2	b-環糊精；g-環糊精
FBI00052	2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；苦杏仁糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；巴拉金糖；柳苷；松二糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00056	2	苦杏仁苷；D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-神經胺糖酸；巴拉金糖；水蘇糖；松二糖；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00060	2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；乳糖醇；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；巴拉金糖；柳苷；松二糖；a-環糊精；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00062	2	糊精；乳糖醇；麥芽糖醇；巴拉金糖；柳苷；水蘇糖；松二糖；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00075	2	b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00076	2	苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；苦杏仁糖；糖原；菊糖；昆布糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；巴拉金糖；果膠；柳苷；松二糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00080	2	苦杏仁苷；熊果素；D-蜜三糖；D-棉子糖；糊精；L-精胺酸；昆布糖；麥芽糖醇；N-乙醯基-神經胺糖酸；果膠；水蘇糖；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00111	2	D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-棉子糖；水蘇糖；b-D-阿洛糖
FBI00112	2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；菊糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；柳苷；a-環糊精；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00116	2	苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-棉子糖；苦杏仁糖；巴拉金糖；果膠；水蘇糖；松二糖
FBI00124	2	D-葡萄糖胺；D-棉子糖；乳糖醇；果膠；水蘇糖；a-甲基-D-甘露糖苷
FBI00126	2	熊果素；D-葡萄糖胺；D-塔格糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；果膠
FBI00127	2	苦杏仁苷；熊果素；乳糖醇；果膠；柳苷；松二糖；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00135	2	苦杏仁苷；D-葡萄糖胺；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸
FBI00140	2	糊精；苦杏仁糖；糖原；昆布糖；水蘇糖；a-環糊精；b-環糊精；g-環糊精
FBI00145	2	苦杏仁苷；熊果素；D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；乳糖醇；柳苷；水蘇糖；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00151	2	2-去氧-D-核糖；D-阿拉伯糖；D-果糖；D-葡萄糖酸；D-葡萄糖胺；D-甘露糖；D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；L-異白胺酸；麥芽糖醇；麥芽糖；麥芽三糖；甘露聚糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；巴拉金糖；果膠；水蘇糖；蔗糖；松二糖；a-環糊精；a-D-葡萄糖；b-環糊精；b-D-阿洛糖；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00152	2	D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；昆布糖；水蘇糖；a-環糊精；b-環糊精；g-環糊精
FBI00175	2	D-阿拉伯糖；D-阿拉伯糖醇
FBI00197	2	苦杏仁苷；熊果素；硫酸軟骨素C；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；苦杏仁糖；乳糖醇；昆布糖；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；果膠；柳苷；水蘇糖；松二糖；a-環糊精；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；b-甲基-D-葡萄糖醛酸；b-甲基-D-木糖苷；g-環糊精
FBI00206	2	苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-葡萄糖胺；D-蜜三糖；D-棉子糖；糊精；苦杏仁糖；糖原；菊糖；乳糖醇；麥芽糖醇；N-乙醯基-D-半乳胺糖；巴拉金糖；果膠；柳苷；水蘇糖；松二糖；a-環糊精；a-甲基-D-葡萄糖苷；a-甲基-D-甘露糖苷；b-環糊精；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00211	2	苦杏仁苷；D-棉子糖；糖原；乳糖醇；麥芽糖醇；巴拉金糖；松二糖；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00212	2	3-甲基葡萄糖；4-羥基苯甲酸；苦杏仁苷；熊果素；D-阿拉伯糖；D-阿拉伯糖醇；D-蜜三糖；糊精；糖原；菊糖；L-異白胺酸；L-離胺酸；L-甲硫胺酸；乳糖醇；麥芽糖醇；巴拉金糖；松二糖；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-D-阿洛糖；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精；i-赤藻糖醇
FBI00243	2	二級丁基胺
FBI00251	2	D-棉子糖；糊精；糖原；乳糖醇；巴拉金糖；柳苷；松二糖；b-甲基-D-半乳糖苷；g-環糊精
FBI00255	2	熊果素；D-阿拉伯糖；D-蜜三糖；D-棉子糖；菊糖；水蘇糖；b-環糊精；b-甲基-D-葡萄糖醛酸；b-甲基-D-木糖苷；g-環糊精
FBI00267	2	D,L-章魚胺；二級丁基胺
FBI00271	2	3-甲基葡萄糖；熊果素；D,L-肉鹼；D-阿拉伯糖；D-阿拉伯糖醇；D-棉子糖；D-核糖酸-1,4-內酯；D-酒石酸；苦杏仁糖；糖原；羥基-L-脯胺酸；伊康酸；L-組胺酸；L-異白胺酸；L-纈胺酸；昆布糖；金雞納酸；癸二酸；山梨酸；水蘇糖；琥珀醯胺酸；b-羥基丁酸；b-甲基-D-半乳糖苷
FBI00274	2	D-核糖酸-1,4-內酯；L-組胺酸；L-高絲胺酸；金雞納酸

Biolog盤的單一碳源條件係限制性的，且預計不會促進具有更複雜生長要求的菌株的生長。由在所進行的Biolog分析中沒有陽性生長標籤的41種FB-001菌株及由於生長不足而未使用Biolog測試的9種菌株觀察到了此點。在此等組合的50種菌株中，23種僅用2個盤進行了測試，18種使用PM1及2個盤兩者進行了測試，而9種挑剔的菌株未能達到進行Biolog分析所需的濁度，且下面將對其進行更詳細的描述。在複雜生長培養基中達到足夠生長OD但在測試的Biolog盤中未顯示陽性生長的41種菌株顯示在表35中。此等菌株通常在複雜YCFAC培養基上生長，並且在此培養基中的生長資料作為在指定時間內達到的OD600提供。有關培養此等菌株的更多資訊可在主要文獻中獲得，並亦在表35中進行了總結。簡而言之，對於各種菌株，吾人提供已知的巨量養分利用、代謝物產生及草酸鹽-甲酸鹽特徵。巨量養分描述了給定菌株生物質量的主要貢獻因素，而代謝物產生描述了在培養過程中積累的排泄小分子，且草酸鹽-甲酸鹽側重於降解或抵抗此等分子存在的能力。若預測巨量養分係生長受質，但在Biolog分析中未直接觀察到生長，則預計需要第二種營養素，諸如維生素或替代氮源，可由所用YCFAC配方提供用於常規生長。表 35. 根據 Biolog 分析未顯示陽性生長特徵的 41 種菌株的表徵

菌株	PM	YCFAC OD ₆₀₀	培育時間(h)	巨量養分
FBI00068	1,2	0.573	72	黏蛋白o-連接聚糖
FBI00012	1,2	0.788	68	吲哚；甘露糖；棉子糖
FBI00277	1,2	1.097	68	吲哚；甘露糖；棉子糖
FBI00022	1,2	0.342	72	N/A
FBI00229	1,2	0.186	72	甘露糖
FBI00061	1,2	0.047	72	甘露糖；棉子糖
FBI00238	1,2	0.251	72	N/A
FBI00288	1,2	0.877	66.6	N/A
FBI00038	1,2	0.512	72	乙酸鹽；纖維雙糖；果糖；葡萄糖；乳糖；麥芽糖；甘露糖；棉子糖；澱粉
FBI00170	1,2	0.067	72	乙酸鹽；精胺酸；裂環落葉松脂醇雙葡萄糖苷(secoisolariciresinol diglucoside)
FBI00096	1,2	0.068	72	乙酸鹽；精胺酸；裂環落葉松脂醇雙葡萄糖苷
FBI00159	1,2	0.063	68	N/A
FBI00018	1,2	0.799	72	乙酸鹽；阿拉伯糖基木聚糖；精胺酸；菊糖；澱粉；茬酚橙(xo)
FBI00099	1,2	0.094	72	精胺酸；甲硫胺酸
FBI00081	1,2	0.612	72	N/A
FBI00071	1,2	1.066	70.7	N/A
FBI00097	1,2	0.179	72	N/A
FBI00233	1,2	0.432	72	N/A
FBI00019	2	0.12	72	吲哚
FBI00208	2	0.768	70	菊糖；甘露糖
FBI00162	2	1.146	70	N/A
FBI00171	2	0.164	72	N/A
FBI00221	2	0.963	70	葡萄糖
FBI00226	2	0.097	72	阿拉伯糖；葡萄糖；甘露糖；木糖
FBI00040	2	0.056	72	N/A
FBI00237	2	0.053	71.8	N/A
FBI00248	2	1.13	71.8	N/A
FBI00260	2	1.153	72	乙酸鹽；阿拉伯糖基木聚糖；精胺酸；菊糖；澱粉；茬酚橙
FBI00244	2	0.114	71.8	乙酸鹽；精胺酸；硫酸軟骨素；果糖；半乳糖醛酸；葡萄糖；菊糖；麥芽糖；澱粉
FBI00132	2	0.154	72	精胺酸；甲硫胺酸
FBI00120	2	0.735	72	澱粉
FBI00092	2	0.15	87.8	阿拉伯糖；木糖
FBI00149	2	0.157	87.8	阿拉伯糖；木糖
FBI00177	2	0.082	87.8	N/A
FBI00066	2	0.09	87.8	N/A
FBI00093	2	0.896	71.8	澱粉
FBI00123	2	1.4	71.8	澱粉
FBI00069	2	0.11	72	澱粉
FBI00085	2	0.733	72	澱粉
FBI00224	2	0.047	70	半胱胺酸
FBI00077	2	0.062	72	半胱胺酸

雖然大多數菌株顯示出Biolog或YCFAC標籤，但九種最挑剔的菌株需要更多表徵，此處提供了此等表徵。在此等九種菌株中，兩種係史氏甲烷短桿菌的分離株(FBI00270及FBI00292)，此係FB-001中唯一的古細菌菌株。史氏甲烷短桿菌藉由利用CO ₂+H ₂或甲酸鹽(HCO ₂ ⁻)作為巨量養分，經由產甲烷作用(產生CH ₄)生長。由於此等特定的生長條件及種系發生，史氏甲烷短桿菌的生長可能具有挑戰性，但很容易鑑別。另外兩種菌株係產甲酸草酸桿菌菌株FBI0133及FBI0289，其可以很容易地利用補充有20 mM草酸鈉的YCFAC生長。

菌株FBI00258血蘇黎世桿菌最容易經由其獨特的絲狀細胞形狀進行鑑別，絲狀生長促成在分散培養物中觀察到缺乏渾濁。對於菌株FBI00254霍氏真桿菌、FBI00034挑剔真桿菌、FBI00176乳酸形成羅塞尼亞桿菌及FBI00273腸道巴恩斯氏菌，鑑別係在複雜培養基的四種配方上在差異鋪塗的情況下進行的(表36)。表 36. 菌株 FBI00176 乳酸形成羅塞尼亞桿菌 及 FBI00273 腸道巴恩斯氏菌之七天生長評分

菌株ID	YCFAC	YCFAC-B	BHI	CBA
FBI00273	+	-	-	+
FBI00176	+	-	+	+
FBI00254	+	+	-	+
FBI00034	+	+	-	+

PM1盤含有以下分子：L-阿拉伯糖；N-乙醯基-D-葡萄糖胺；D-葡萄糖二酸；琥珀酸；D-半乳糖；L-天冬胺酸；L-脯胺酸；D-丙胺酸；D-海藻糖；D-甘露糖；半乳糖醇；D-絲胺酸；D-山梨糖醇；甘油；L-岩藻糖；D-葡萄糖醛酸；D-葡萄糖酸；D,L-a-甘油-磷酸鹽；D-木糖；L-乳酸；甲酸；D-甘露糖醇；L-麩胺酸；D-葡萄糖-6-磷酸鹽；D-半乳糖酸-g-內酯；D,L-蘋果酸；D-核糖；Tween 20；L-鼠李糖；D-果糖；乙酸；a-D；葡萄糖；麥芽糖；D-蜜二糖；胸苷；L-天冬醯胺酸；D-天冬胺酸；D-胺基葡萄糖酸；1,2-丙二醇；Tween 40；a-酮基-戊二酸；a-酮基-丁酸；a-甲基-D-半乳糖苷；a-D-乳糖；乳酮糖；蔗糖；尿苷；L-麩醯胺酸；m-酒石酸；D-葡萄糖-1-磷酸鹽；D-果糖-6-磷酸鹽；Tween 80；a-羥基戊二酸-g-內酯；a-羥基丁酸；b-甲基-D-葡萄糖苷；核糖醇；麥芽三糖；2-去氧腺苷；腺苷；甘胺醯基-L-天冬胺酸；檸檬酸；m-肌醇；D-蘇胺酸；延胡索酸；溴琥珀酸；丙酸；黏液酸；乙醇酸；乙醛酸；D-纖維雙糖；肌苷v甘胺醯基-L-麩胺酸；1,2,3-丙三甲酸；L-絲胺酸；L-蘇胺酸；L-丙胺酸；L-丙胺醯基-甘胺酸；乙醯乙酸；N-乙醯基-b-D-甘露胺糖；琥珀酸單甲酯；丙酮酸甲酯；D-蘋果酸；L-蘋果酸；甘胺醯基-L-脯胺酸；p-羥基苯基乙酸；m-羥基苯基乙酸；酪胺；D-阿洛酮糖；L-來蘇糖；葡糖苷酸醯胺(Glucuronamide)；丙酮酸；L-半乳糖酸-g-內酯；D；半乳糖醛酸；苯基乙基-胺；2-胺基乙醇。

PM2盤含有以下分子：硫酸軟骨素C；a-環糊精；b-環糊精；g-環糊精；糊精；明膠；糖原；菊糖；昆布糖；甘露聚糖；果膠；N-乙醯基-D-半乳胺糖；N-乙醯基-神經胺糖酸；b-D-阿洛糖；苦杏仁苷；D-阿拉伯糖；D-阿拉伯糖醇；L-阿拉伯糖醇；熊果素；2-去氧-D-核糖；i-赤藻糖醇；D-岩藻糖；3-0-b-D-乳-哌喃醣基-D-阿拉伯糖；苦杏仁糖；L-葡萄糖；乳糖醇；D-蜜三糖；麥芽糖醇；a-甲基-D-葡萄糖苷；b-甲基-D-半乳糖苷；3-甲基葡萄糖；b-甲基-D-葡萄糖醛酸；a-甲基-D-甘露糖苷；b-甲基-D-木糖苷；巴拉金糖；D-棉子糖；柳苷；景天庚酮聚糖；L-山梨糖；水蘇糖；D-塔格糖；松二糖；木糖醇；N-乙醯基-D-胺基葡萄糖醇；g-胺基丁酸；d-胺基戊酸；丁酸；癸酸；己酸；焦檸檬酸；檸蘋果酸；D-葡萄糖胺；2-羥基苯甲酸；4-羥基苯甲酸；b-羥基丁酸；g-羥基丁酸；a-酮基-戊酸；伊康酸；5-酮基-D-葡萄糖酸；D-乳酸甲酯；丙二酸；桉樹酸；草酸；草醯琥珀酸；金雞納酸；D-核糖酸-1,4-內酯；癸二酸；山梨酸；琥珀醯胺酸；D-酒石酸；L-酒石酸；乙醯胺；L-丙胺醯胺；N-乙醯基-L-麩胺酸；L-精胺酸；甘胺酸；L-組胺酸；L-高絲胺酸；羥基-L-脯胺酸；L-異白胺酸；L-白胺酸；L-離胺酸；L-甲硫胺酸；L-鳥胺酸；L-苯丙胺酸；L-焦麩胺酸；L-纈胺酸；D,L-肉鹼；二級丁基胺；D.L-章魚胺；腐胺；二羥基丙酮；2,3-丁二醇；2,3-丁二酮；3-羥基2-丁酮。

細胞懸浮液的製備及 PM 微定量盤接種 .AN IF-0a接種液(1.2×)藉由以下方式製備：將1.5 ml 1 M NaHCO ₃、0.15 ml 0.4 M巰基乙酸鹽及0.15 ml 1 mM亞甲基綠添加至一瓶IF-0a GN/GP基礎接種液(1.2×)，總計125 ml AN IF-0a接種液(1.2×)。當亞甲基綠指示劑自氧化(綠色)形式變為還原(無色)形式時，確認接種液在無色時完全脫氧。自包裝中取出PM微定量盤，放入厭氧室中。並允許與無氧氣體混合物(5% CO ₂、5% H ₂、90% N ₂)平衡兩天以變為厭氧。PM接種液的製備包含：1)準備含有10 ml 1.2× AN IF-0a的試管，2)如下所述製備接種液，以及3)將接種液分配至小瓶中。

PM 微定量盤的接種 .以下所有步驟均在含有5% CO ₂、5% H ₂、90% N ₂的嚴格厭氧氛圍中進行。第1步：製備細胞懸浮液(a.藉由以下方式將研究細胞庫(RCB)中的菌株重劃線至四個YCFAC培養基盤上：大量劃線並讓細胞在37℃下在含5% CO ₂、5% H ₂、90% N ₂的氛圍中生長1-7天；b.細胞使用無菌拭子自瓊脂盤上收集並轉移至含有10 ml 1.2× AN IF-0a的試管中。用拭子輕輕攪拌細胞懸浮液以獲得均勻的懸浮液。懸浮液的濁度在濁度計中量測，且加入細胞以達到40% T的密度(透光率)。第2步：接種PM 1及2 (a.為各種菌株準備及標記微定量盤；b.將1.5ml細胞懸浮液(Mix A)添加至22.5 ml AN PM1,2接種液(Mix B)中，總計24.0 ml。最終細胞密度係40% T的1:16稀釋；c.PM微定量盤藉由多通道移液器自24ml AB混合物中厭氧接種，每孔100 ml等分試樣)。

培育及資料收集 .在整個培育過程中，所有培養物都保持在37℃及厭氧條件下。使用Agilent Biostack微定量盤讀取器，每2小時讀取600 nm (OD600)下的光密度，量測細胞的生長，持續50-90小時，取決於整個盤達到生長停滯期的時間。 * * *

儘管已經相對於若干所描述之實施例以一定長度及一些特殊性描述了本發明，但並非意欲本發明應受限於任何此類細節或實施例或任何特定實施例，而是應該參考隨附申請專利範圍進行解釋，以便鑒於先前技術提供對此類申請專利範圍之儘可能最廣泛的解釋，且因此有效地涵蓋本發明之預期範疇。

本文提及的所有出版物、專利申請、專利及其他參考文獻均以全文引用的方式併入。在有矛盾的情況下，將以本發明(包括定義)為準。另外，章節標題、材料、方法及實例僅為說明性的而不意欲為限制性的。

圖 1A、圖 1B及圖 1C. 圖1A顯示了飼餵精製的含糖飲食並用本文所描述之菌群管飼的小鼠尿液草酸鹽的減少。圖1B顯示了飼餵複雜的無穀物飲食並用本文所描述之菌群管飼的小鼠尿液草酸鹽的減少。圖1A及圖1B共同顯示使用本文所描述之菌群減少尿液草酸鹽的功效與飲食無關。圖1C顯示在用本文所描述之菌群治療之前動物中存在的胃腸道微生物相不影響菌群減少尿液草酸鹽含量的能力。圖 2A及圖 2B. 圖2A顯示了一例示性共培養實驗，而圖2B顯示了一例示性共培養實驗，該實驗經過修改以在共培養後產生100%的菌株偵測。圖 3A及圖 3B. 圖3A顯示了菌群的DS桶設計，而圖3B顯示了在共培養後視接種種菌而定的菌株產量。圖 4A及圖 4B. 圖4A及圖4B顯示了不同凍乾賦形劑的實例。圖 5A及圖 5B. 圖5A及圖5B顯示了不同凍乾賦形劑及還原劑的實例。圖 6A及圖 6B. 圖6A及圖6B顯示了不同凍乾賦形劑的實例。圖 7A及圖 7B. 圖7A係顯示本文設計及揭示之五種代表性菌群的重疊微生物的文氏圖(venn diagram)。圖7B顯示了5種代表性菌群中之各者中微生物類型的細分。圖 8A及圖 8B。圖8A顯示繪製不同飲食(如實例 4中所描述之對照及草酸鹽飲食)的無菌小鼠中EH誘導的圖式。圖8B係顯示產甲酸草酸桿菌的相對豐度及草酸鹽降解的圖式。圖 9. 圖9顯示了飼餵草酸鹽飲食的無菌及「人類化」小鼠的草酸鹽及Ox:Cr比率。圖 10A- 圖 10D. 圖10A顯示了在給予群落I (基於盛行情況的群落)、群落II (2個供體群落)、群落III (代謝A群落)、群落4 (代謝B群落)或群落5 (多樣性群落)之後產甲酸草酸桿菌的相對豐度。圖10B顯示了飼餵Ox36飲食繼而給予五種代表性菌群之一的小鼠的物種豐富度。圖10C顯示了飼餵5021+0.875% Ox飲食繼而給予五種代表性菌群之一的小鼠的物種豐富度。圖10D顯示了給予五種代表性菌群之一的人類化小鼠的物種豐富度。圖 11A及圖 11B. 圖11A及圖11B顯示了實例5中描述的研究的實驗設計示意圖。圖 12. 圖12顯示YCFAC+GalNAc不能支持艾克曼氏菌的生長。圖 13. 圖13顯示蘇胺酸在沒有GalNAc的情況下支持艾克曼氏菌的生長。圖 14. 圖14顯示了共培養製造方法的示意圖。圖 15. 圖15顯示了菌株分離及純化過程、RCB儲存及RCB屬性/純度測試的概述。圖 16. 圖16顯示了一種生成主細胞庫(MCB)的方法。圖 17. 圖17顯示了表明FB-001菌群的分類組成的種系發生樹。圖 18A- 圖 18C. 圖18A-圖18C顯示了總結本文揭示之微生物菌群的菌株及物種的表格。圖 19A及圖 19B. 圖19A顯示了FB-001對降低腸道滲透性的影響，而圖19B顯示了FB-001產生短鏈脂肪酸(SCFA)的能力，其水平與正常的健康腸道相當。丁酸鹽係一種SCFA，很重要，因為其支持胃腸道上皮細胞健康、能量代謝及細胞信號傳導，以改善障壁功能。圖 20A- 圖 20D. 圖20A-20D顯示FB-001在不同飲食中將活體內尿液草酸鹽(UrOx)減少35-68% (亦即，FB-001及DS1-DS4能夠減少尿液草酸鹽，與飲食及現有微生物相無關)。圖20A顯示了研究設計的描述。圖20B顯示了飼餵複雜的基於穀物之飲食的小鼠的草酸鹽:肌酸酐比率。圖20C顯示了飼餵精製高糖飲食的小鼠的草酸鹽:肌酸酐比率。圖20D顯示了人類化小鼠的草酸鹽:肌酸酐比率。圖 21. 圖21顯示了利用FB-001與Novome的WW554及WW626高草酸鹽尿症藥物產品以及Synlogics 8802藥物產品相比的草酸鹽降解率(每個細胞)的數學模型進行的比較。資料顯示，FB-001能夠以明顯高於其他藥物產品的速率實現草酸鹽消耗，並表明其將更有效地治療有需要之個體的高草酸鹽尿症。圖 22. 圖22顯示了本文所描述之菌群生產中用於產甲酸草酸桿菌的製造製程。此外，FB-001的DS5-DS7 (亦即三種產甲酸草酸桿菌藥物物質)使用此製造製程進行GMP及非GMP製造。圖 23. 圖23顯示了本文所描述之菌群生產中用於DS1的製造製程。此外，FB-001的DS1將此製造製程用於GMP及非GMP製造。圖 24. 圖24顯示了本文所描述之菌群生產中用於DS2的製造製程。此外，FB-001的DS2將此製造製程用於GMP及非GMP製造。圖 25. 圖25顯示了本文所描述之菌群生產中用於DS3的製造製程。此外，FB-001的DS3將此製造製程用於GMP及非GMP製造。圖 26. 圖26顯示了本文所描述之菌群生產中用於DS4的製造製程。此外，FB-001的DS4將此製造製程用於GMP及非GMP製造。

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Claims

一種包含微生物菌群之組合物，該微生物菌群包含至少1種代謝草酸鹽的微生物菌株，其中該至少一種菌株表現選自甲醯輔酶A轉移酶、草酸鹽-甲酸鹽反向運輸蛋白及草醯輔酶A脫羧酶的酶。
如請求項1之組合物，其中該至少1種代謝草酸鹽的微生物菌株係來自草酸桿菌( Oxalobacter)屬。
如請求項1或2之組合物，其包含至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株，其中該至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株係同一物種之不同菌株。
如請求項1或2之組合物，其包含至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株，其中該至少3種代謝草酸鹽的微生物菌株係不同物種之不同菌株。
如請求項3或4中任一項之組合物，其中該物種係產甲酸草酸桿菌( Oxalobacter formigenes/O. formigenes)，並且視情況其中代謝草酸鹽的微生物菌株之數目係3種或更多種。
如請求項3至5中任一項之組合物，其中： a)至少一種菌株係低pH耐受性菌株； b)至少一種菌株係高草酸鹽耐受性菌株；及/或 c)至少一種菌株係高生長率菌株。
一種組合物，其包含至少2種產甲酸草酸桿菌菌株，其中該等菌株中之各者包含一或多種以下功能： a)低pH耐受性菌株； b)高草酸鹽耐受性菌株；及/或 c)高生長率菌株。
一種組合物，其包含至少3種產甲酸草酸桿菌菌株，其中 a)至少一種菌株係低pH耐受性菌株； b)至少一種菌株係高草酸鹽耐受性菌株；及 c)至少一種菌株係高生長率菌株。
如請求項6至8中任一項之組合物，其中該低pH耐受性菌株可以在介於約4至約6之間的pH下代謝草酸鹽。
如請求項9之組合物，其中該低pH耐受性菌株可以在約5的pH下代謝草酸鹽。
如請求項6至10中任一項之組合物，其中該高草酸鹽耐受性菌株可以在介於約5 mM至約30 mM之間的濃度下代謝草酸鹽。
如請求項11之組合物，其中該高草酸鹽耐受性菌株可以在約15 mM的濃度下代謝草酸鹽。
如請求項1至12中任一項之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。
如請求項1至13中任一項之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。
如請求項1至14中任一項之組合物，其中各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 79、或SEQ ID NO: 146。
如請求項1至15中任一項之組合物，其進一步包含一或多種代謝甲酸鹽的微生物。
如請求項1至16中任一項之組合物，其進一步包含一或多種催化多醣醱酵的微生物。
如請求項1至17中任一項之組合物，其進一步包含一或多種催化胺基酸醱酵的微生物。
如請求項1至18中任一項之組合物，其進一步包含催化至少一種選自由甲烷、乙酸鹽、硫化物、丙酸鹽及琥珀酸鹽組成之群的分子之合成的微生物。
如請求項1至19中任一項之組合物，其進一步包含催化以下的微生物： a)結合型膽汁酸的去結合以產生初級膽汁酸； b)膽酸(CA)轉化為7-側氧基膽酸； c) 7-側氧基膽酸轉化為7-β-膽酸(7βCA)； d)鵝去氧膽酸(CDCA)轉化為7-側氧基鵝去氧膽酸；及/或 e) 7-側氧基鵝去氧膽酸轉化為熊去氧膽酸(UDCA)。
如請求項1至20中任一項之組合物，其中該組合物包含： a)菌群I或其功能等效物； b)菌群II或其功能等效物； c)菌群III或其功能等效物； d)菌群IV或其功能等效物； e)菌群V或其功能等效物； f)菌群VI或其功能等效物； g)菌群VII或其功能等效物； h)菌群VIII或其功能等效物； i)菌群IX或其功能等效物； j)菌群X或其功能等效物； k)菌群XI或其功能等效物； l)菌群XII或其功能等效物； m)菌群XIII或其功能等效物； n)菌群XIV或其功能等效物； o)菌群XV或其功能等效物； p)菌群XVI或其功能等效物； q)菌群XVII或其功能等效物； r)菌群XVIII或其功能等效物；或 s)菌群XIX或其功能等效物。
如請求項1至20中任一項之組合物，其進一步包含第二組合物，該第二組合物包含奇特龍梭菌( Clostridium citroniae)、薩耶斯類桿菌( Bacteroides salyersiae)、卵形布勞特氏菌( Blautia obeum)、糞副類桿菌( Parabacteroides merdae)、迪氏副類桿菌( Parabacteroides distasonis)、龐大厭氧棒狀菌( Anaerostipes hadrus)、毛螺菌( Lachnospiraceae sp.) FBI00033、挑剔真桿菌( Eubacterium eligens)、齒雙叉桿菌( Bifidobacterium dentium)、魏氏布勞特氏菌( Blautia wexlerae)、食糖紡錘鏈桿菌( Fusicatenibacter saccharivorans)、諾德氏類桿菌( Bacteroides nordii)、產甲酸多爾氏菌( Dorea formicigenerans)、長鏈多爾氏菌( Dorea longicatena)、鼠糞類桿菌( Bacteroides stercorirosoris)、長雙叉桿菌( Bifidobacterium longum)、KRIBBI類桿菌( Bacteroides kribbi)、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌( Bacteroides thetaiotaomicron)、梭狀梭菌( Clostridium clostridioforme)、閃爍梭菌( Clostridium scindens)、人羅斯氏菌( Roseburia hominis)、福斯梭菌( Clostridium fessum)、伴生糞球菌( Coprococcus comes)、糞布勞特氏菌( Blautia faecis)、海瑟威亨蓋特拉菌( Hungatella hathewayi)、糞便類桿菌( Bacteroides stercoris)、產氣柯林斯氏菌( Collinsella aerofaciens)、外流亨蓋特拉菌( Hungatella effluvii)、青春雙叉桿菌( Bifidobacterium adolescentis)、鏈狀雙叉桿菌( Bifidobacterium catenulatum)、羅氏乳桿菌( Lactobacillus rogosae)、糞類桿菌( Bacteroides faecis)、芬氏類桿菌( Bacteroides finegoldii)、梭菌( Clostridiaceae sp.) FBI00191、糞瘤胃球菌( Ruminococcus faecis)、帕氏乳桿菌( Lachnoclostridium pacaense)、鮑氏梭菌( Clostridium bolteae)、鼠盲腸長鏈菌( Longicatena caecimuris)、緩慢愛格士氏菌( Eggerthella lenta)、馬賽布勞特氏菌( Blautia massiliensis)、溶木聚糖類桿菌( Bacteroides xylanisolvens)、普通類桿菌( Bacteroides vulgatus)、馬賽巨型球菌( Megasphaera massiliensis)、人糞丁酸單胞菌( Butyricimonas faecihominis)、泰伊艾森伯格菌( Eisenbergiella tayi)、腸胺基酸球菌( Acidaminococcus intestini)、蒂莫恩新興菌( Emergencia timonensis)、假小鏈雙叉桿菌( Bifidobacterium pseudocatenulatum)、霍氏真桿菌( Eubacterium hallii)、糞厭氧棒形菌( Anaerofustis stercorihominis)、凸腹真桿菌( Eubacterium ventriosum)、氫養布勞特氏菌( Blautia hydrogenotrophica)、毛螺菌FBI00290、或功能等效的微生物菌群。
如請求項1至20或22中任一項之組合物，其進一步包含FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、FBI00290，或其功能等效物。
如請求項22或23之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。
如請求項22至24中任一項之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。
如請求項22至25中任一項之組合物，其中各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 63、SEQ ID NO: 70、SEQ ID NO: 71、SEQ ID NO: 74、SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO: 77、SEQ ID NO: 83、SEQ ID NO: 89、SEQ ID NO: 94、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 103、SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ ID NO: 107、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 109、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 111、SEQ ID NO: 113、SEQ ID NO: 115、SEQ ID NO: 116、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 128、SEQ ID NO: 129、SEQ ID NO: 130、SEQ ID NO: 131、SEQ ID NO: 136、SEQ ID NO: 143、SEQ ID NO: 145、或SEQ ID NO: 147。
如請求項1至20及22至26中任一項之組合物，其進一步包含第三組合物，該第三組合物包含蒂莫恩錐尾桿菌( Acutalibacter timonensis)、昂氏別樣桿菌( Alistipes onderdonkii)、單形類桿菌( Bacteroides uniformis)、直腸真桿菌( Eubacterium rectale)、蒂莫恩別樣桿菌( Alistipes timonensis)、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌( Coprococcus eutactus)、沃氏嗜膽菌( Bilophila wadsworthia)、屎類桿菌( Bacteroides caccae)、沙氏別樣桿菌( Alistipes shahii)、排泄物副薩特氏菌( Parasutterella excrementihominis)、克拉副普雷沃菌( Paraprevotella clara)、華德薩特氏菌( Sutterella wadsworthensis)、馬賽薩特氏菌( Sutterella massiliensis)、不解糖吡咯單胞菌( Porphyromonas asaccharolytica)、布氏瘤胃球菌( Ruminococcus bromii)、解果膠單球菌( Monoglobus pectinilyticus)、瘤胃球菌( Ruminococcaceae sp.) FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌( Gordonibacter pamelaeae)、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌( Bacteroides fragilis)、糞考拉桿菌( Phascolarctobacterium faecium)、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌( Clostridium aldenense)、乳酸形成羅塞尼亞桿菌( Ruthenibacterium lactatiformans)、卵形類桿菌( Bacteroides ovatus)、雙歧雙叉桿菌( Bifidobacterium bifidum)、馬賽厭氧棍狀菌( Anaerotruncus massiliensis)、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌( Catabacter hongkongensis)、塞內加爾別樣桿菌( Alistipes senegalensis)、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌( Dielma fastidiosa)、惰性真桿菌( Eubacterium siraeum)、普氏棲糞桿菌( Faecalibacterium prausnitzii)、血蘇黎世桿菌( Turicibacter sanguinis)、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌( Methanobrevibacter smithii)、腸道巴恩斯氏菌( Barnesiella intestinihominis)、昂氏別樣桿菌、史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物。
如請求項1至20及22至27中任一項之組合物，其進一步包含FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、FBI00292，或其功能等效物。
如請求項27或28之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。
如請求項27至29中任一項之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。
如請求項27至30中任一項之組合物，其中各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 27、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 66、SEQ ID NO: 78、SEQ ID NO: 81、SEQ ID NO: 82、SEQ ID NO: 85、SEQ ID NO: 86、SEQ ID NO: 96、SEQ ID NO: 101、SEQ ID NO: 105、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO: 114、SEQ ID NO: 117、SEQ ID NO: 118、SEQ ID NO: 119、SEQ ID NO: 121、SEQ ID NO: 122、SEQ ID NO: 124、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO: 127、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO: 135、SEQ ID NO: 138、SEQ ID NO: 140、SEQ ID NO: 142、或SEQ ID NO: 148。
如請求項1至20及22至31中任一項之組合物，其進一步包含第四組合物，該第四組合物包含青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌、溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物。
如請求項1至20及22至32中任一項之組合物，其進一步包含FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、FBI00271，或其功能等效物。
如請求項32或33之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。
如請求項32至34中任一項之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。
如請求項32至35中任一項之組合物，其中各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 64、SEQ ID NO: 65、SEQ ID NO: 67、SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO: 69、SEQ ID NO: 72、SEQ ID NO: 73、SEQ ID NO: 75、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO: 84、SEQ ID NO: 88、SEQ ID NO: 91、SEQ ID NO: 92、SEQ ID NO: 120、SEQ ID NO: 132、或SEQ ID NO: 139。
如請求項1至20及22至36中任一項之組合物，其進一步包含第五組合物，該第五組合物包含腐爛別樣桿菌( Alistipes putredinis)、嗜琥珀酸小類桿菌( Dialister succinatiphilus)、嗜黏蛋白艾克曼氏菌( Akkermansia muciniphila)、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌( Dialister invisus)、馬賽類桿菌( Bacteroides massiliensis)、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌( Holdemanella biformis)、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌( Alistipes sp.) FBI00180、糞居類桿菌( Bacteroides coprocola)、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌( Eubacterium xylanophilum)、厭氧塞內加爾馬賽菌( Senegalimassilia anaerobia)，或其功能等效物。
如請求項1至20及22至37中任一項之組合物，其進一步包含FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、FBI00281，或其功能等效物。
如請求項37或38之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。
如請求項37至39中任一項之組合物，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。
如請求項37至40中任一項之組合物，其中各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 87、SEQ ID NO: 90、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO: 95、SEQ ID NO: 97、SEQ ID NO: 98、SEQ ID NO: 99、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 137、SEQ ID NO: 141、或SEQ ID NO: 144。
一種微生物菌群，其包含以下中闡述之微生物菌株：表1、表2、表3、表4、表5、表6、表7、表8、表9、表10、表11、表12、表13、表14、表15、表16、表17、表18、表19，或其功能等效物。
一種微生物菌群，其包含表22中闡述之微生物菌株或其功能等效物。
如請求項42或43之微生物菌群，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NOs: 1-148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NOs: 1-148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NOs: 1-148。
如請求項42至44中任一項之微生物菌群，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與SEQ ID NOs: 1-148中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致。
如請求項42至45中任一項之微生物菌群，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與SEQ ID NOs: 1-148中闡述之核苷酸序列一致。
一種組合物，其包含如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
如請求項1至41及47中任一項之組合物，其係醫藥組合物。
如請求項1至41、47及48中任一項之組合物，其包含約5 × 10 ¹⁰至約5 × 10 ¹¹個活細胞。
如請求項1至41、47及48中任一項之組合物，其包含約5 × 10 ⁹至約5 × 10 ¹⁰個活細胞。
如請求項1至41、47及48中任一項之組合物，其包含約5 × 10 ¹¹至約5 × 10 ¹²個活細胞。
如請求項1至41、47及48中任一項之組合物，其包含至多約5 × 10 ¹²個活細胞。
如請求項1至41及47至52中任一項之組合物，其中該組合物包含約10%至約50%的代謝草酸鹽的微生物菌株。
如請求項1至41及47至53中任一項之組合物，其中該組合物包含以活細胞計數計約10%至約50%的產甲酸草酸桿菌菌株。
如請求項1至41及47至54中任一項之組合物，其中該組合物包含以活細胞計數計約20%的產甲酸草酸桿菌菌株。
如請求項1至41及47至55中任一項之組合物，其中該組合物包含以活細胞計數計約30%的產甲酸草酸桿菌菌株。
如請求項1至41及47至56中任一項之組合物，其中該組合物包含以活細胞計數計約40%的產甲酸草酸桿菌菌株。
一種製造如請求項1至41及47至57中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群的方法，該方法包含獲得及摻合： a)第一組合物，其包含奇特龍梭菌、薩耶斯類桿菌、卵形布勞特氏菌、糞副類桿菌、迪氏副類桿菌、龐大厭氧棒狀菌、毛螺菌FBI00033、挑剔真桿菌、齒雙叉桿菌、魏氏布勞特氏菌、食糖紡錘鏈桿菌、諾德氏類桿菌、產甲酸多爾氏菌、長鏈多爾氏菌、鼠糞類桿菌、長雙叉桿菌、KRIBBI類桿菌、毛螺菌FBI00071、多形類桿菌、梭狀梭菌、閃爍梭菌、人羅斯氏菌、福斯梭菌、伴生糞球菌、糞布勞特氏菌、海瑟威亨蓋特拉菌、糞便類桿菌、產氣柯林斯氏菌、外流亨蓋特拉菌、青春雙叉桿菌、鏈狀雙叉桿菌、羅氏乳桿菌、糞類桿菌、芬氏類桿菌、梭菌FBI00191、糞瘤胃球菌、帕氏乳桿菌、鮑氏梭菌、鼠盲腸長鏈菌、緩慢愛格士氏菌、馬賽布勞特氏菌、溶木聚糖類桿菌、普通類桿菌、馬賽巨型球菌、人糞丁酸單胞菌、泰伊艾森伯格菌、腸胺基酸球菌、蒂莫恩新興菌、假小鏈雙叉桿菌、霍氏真桿菌、糞厭氧棒形菌、凸腹真桿菌、氫養布勞特氏菌及毛螺菌FBI00290，或其功能等效物； b)第二組合物，其包含蒂莫恩錐尾桿菌、昂氏別樣桿菌、單形類桿菌、直腸真桿菌、蒂莫恩別樣桿菌、KRIBBI類桿菌、規則糞球菌、沃氏嗜膽菌、屎類桿菌、沙氏別樣桿菌、排泄物副薩特氏菌、克拉副普雷沃菌、華德薩特氏菌、馬賽薩特氏菌、不解糖吡咯單胞菌、布氏瘤胃球菌、解果膠單球菌、瘤胃球菌FBI00097、帕梅拉戈登氏桿菌、單形類桿菌、帕梅拉戈登氏桿菌、脆弱類桿菌、糞考拉桿菌、解果膠單球菌、阿爾頓梭菌、乳酸形成羅塞尼亞桿菌、卵形類桿菌、雙歧雙叉桿菌、馬賽厭氧棍狀菌、阿爾頓梭菌、華德薩特氏菌、香港卡塔桿菌、塞內加爾別樣桿菌、瘤胃球菌FBI00233、沙氏別樣桿菌、難養迪爾莫菌、惰性真桿菌、普氏棲糞桿菌、血蘇黎世桿菌、直腸真桿菌、屎類桿菌、史氏甲烷短桿菌、腸道巴恩斯氏菌、昂氏別樣桿菌及史氏甲烷短桿菌，或其功能等效物； c)第三組合物，其包含青春雙叉桿菌、長雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、多形類桿菌、伴生糞球菌、食糖紡錘鏈桿菌、緩慢愛格士氏菌、挑剔真桿菌、溶木聚糖類桿菌、羅氏乳桿菌、奇特龍梭菌、產氣柯林斯氏菌、卵形布勞特氏菌、緩慢愛格士氏菌、魏氏布勞特氏菌、帕氏乳桿菌、普通類桿菌、糞副類桿菌、產甲酸多爾氏菌、糞瘤胃球菌、人羅斯氏菌、龐大厭氧棒狀菌、青春雙叉桿菌、假小鏈雙叉桿菌、鮑氏梭菌、泰伊艾森伯格菌、長鏈多爾氏菌、緩慢愛格士氏菌、糞便類桿菌、海瑟威亨蓋特拉菌及溶木聚糖類桿菌，或其功能等效物； d)第四組合物，其包含腐爛別樣桿菌、嗜琥珀酸小類桿菌、嗜黏蛋白艾克曼氏菌、布氏瘤胃球菌、渾濁小類桿菌、馬賽類桿菌、沃氏嗜膽菌、雙型霍爾德曼氏菌、排泄物副薩特氏菌、別樣桿菌FBI00180、糞居類桿菌、別樣桿菌FBI00238、腐爛別樣桿菌、嗜木聚糖真桿菌及厭氧塞內加爾馬賽菌，或其功能等效物； e)第五組合物，其包含第一產甲酸草酸桿菌菌株； f)第六組合物，其包含第二產甲酸草酸桿菌菌株；及/或 g)第七組合物，其包含第三產甲酸草酸桿菌菌株。
一種製造如請求項1至41及47至57中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群的方法，該方法包含獲得及摻合： a)第一組合物，其包含FBI00001、FBI00002、FBI00010、FBI00013、FBI00029、FBI00032、FBI00033、FBI00034、FBI00043、FBI00044、FBI00048、FBI00050、FBI00051、FBI00057、FBI00059、FBI00060、FBI00070、FBI00071、FBI00076、FBI00079、FBI00087、FBI00093、FBI00102、FBI00109、FBI00117、FBI00120、FBI00125、FBI00127、FBI00128、FBI00145、FBI00162、FBI00174、FBI00184、FBI00190、FBI00191、FBI00194、FBI00198、FBI00199、FBI00200、FBI00201、FBI00205、FBI00206、FBI00211、FBI00220、FBI00221、FBI00236、FBI00245、FBI00248、FBI00251、FBI00254、FBI00267、FBI00278、FBI00288、及FBI00290，或其功能等效物； b)第二組合物，其包含FBI00004、FBI00012、FBI00015、FBI00018、FBI00019、FBI00021、FBI00038、FBI00040、FBI00046、FBI00061、FBI00066、FBI00075、FBI00077、FBI00080、FBI00081、FBI00085、FBI00092、FBI00097、FBI00099、FBI00112、FBI00132、FBI00137、FBI00140、FBI00149、FBI00151、FBI00176、FBI00189、FBI00197、FBI00208、FBI00212、FBI00224、FBI00226、FBI00229、FBI00233、FBI00235、FBI00237、FBI00243、FBI00244、FBI00258、FBI00260、FBI00263、FBI00270、FBI00273、FBI00277、及FBI00292，或其功能等效物； c)第三組合物，其包含FBI00009、FBI00011、FBI00016、FBI00020、FBI00025、FBI00027、FBI00030、FBI00047、FBI00052、FBI00053、FBI00056、FBI00062、FBI00078、FBI00096、FBI00104、FBI00110、FBI00111、FBI00113、FBI00115、FBI00116、FBI00123、FBI00124、FBI00126、FBI00135、FBI00147、FBI00159、FBI00167、FBI00170、FBI00232、FBI00255、及FBI00271，或其功能等效物； d)第四組合物，其包含FBI00022、FBI00049、FBI00068、FBI00069、FBI00152、FBI00165、FBI00171、FBI00175、FBI00177、FBI00180、FBI00182、FBI00238、FBI00269、FBI00274、及FBI00281，或其功能等效物； e)第五組合物，其包含FBI00067或其功能等效物； f)第六組合物，其包含FBI00133或其功能等效物；及/或 g)第七組合物，其包含FBI00289或其功能等效物。
如請求項58至59中任一項之方法，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其(a)與以下中闡述之核苷酸序列至少約80%一致：SEQ ID NOs: 1-148，(b)與以下中闡述之核苷酸序列至少約90%一致：SEQ ID NOs: 1-148，或(c)與以下中闡述之核苷酸序列至少約96%一致：SEQ ID NOs: 1-148。
如請求項58至60中任一項之方法，其中各菌株包含16s RNA核苷酸序列，其與以下中闡述之核苷酸序列至少約97%一致或98.5%一致：SEQ ID NOs: 1-148。
如請求項58至61中任一項之方法，其中各菌株包含與以下中闡述之核苷酸序列一致的16s RNA核苷酸序列：SEQ ID NO: 1-148。
如請求項58至62中任一項之方法，其中該第四組合物藉由在蘇胺酸存在下生長微生物來獲得。
如請求項58至63中任一項之方法，其中各組合物包含凍乾保護劑。
如請求項58至64之方法，其中各組合物包含麥芽糊精、菊糖或其組合。
如請求項65之方法，其中該麥芽糊精的濃度為約8%。
如請求項65或66之方法，其中該菊糖的濃度為約0.5%。
如請求項58至67中任一項之方法，其中各組合物被單獨凍乾。
如請求項58至68中任一項之方法，其中該功能等效物係基於表24中闡述之特徵。
如請求項58至69中任一項之方法，其中該功能等效物係基於表34中闡述之特徵。
如請求項58至70中任一項之方法，其中該功能等效物係基於表35中闡述之特徵。
如請求項58至71中任一項之方法，其中該功能等效物係基於表36中闡述之特徵。
如請求項58至72中任一項之方法，其中該功能等效物係基於表34-36中闡述之特徵。
如請求項58至73中任一項之方法，其包含獲得及摻合微生物，該等微生物包含調節以下之基因：草酸鹽降解、草酸鹽抗性、甲酸鹽代謝、巨量養分之代謝、微生物代謝物之產生、交叉餵養活性及/或黏蛋白降解。
如請求項68至74中任一項之方法，其包含獲得及摻合微生物，該等微生物已知會預防疾病及/或在健康人類腸道中盛行。
如請求項68至75中任一項之方法，其包含獲得及摻合微生物，該等微生物利用表35中闡述之碳源。
如請求項76之方法，其中各種菌株可以視情況利用表35中闡述之碳源的子集。
如請求項58至77中任一項之方法，其中各組合物使用接種密度調節來製備。
如請求項58至78中任一項之方法，其中各組合物在存在氣體覆蓋層的情況下培養或已經培養。
如請求項58至79中任一項之方法，其中各組合物在沒有氣體鼓泡的情況下培養或已經培養。
一種組合物，其利用如請求項58至80中任一項之方法製備。
一種在有需要之個體中治療高草酸鹽尿症之方法，其包含投與有效量之如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
一種在有需要之個體中降低發生高草酸鹽尿症之風險的方法，其包含投與有效量之如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
一種在有需要之個體中減少尿液草酸鹽之方法，其包含投與有效量之如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
如請求項82或83之方法，其中該高草酸鹽尿症係原發性高草酸鹽尿症、繼發性高草酸鹽尿症或腸源性高草酸鹽尿症。
如請求項85之方法，其中該繼發性高草酸鹽尿症與腸切除手術相關。
如請求項82、83或85中任一項之方法，其中該高草酸鹽尿症係腸源性高草酸鹽尿症。
如請求項82至87中任一項之方法，其進一步包含投與至少一種抗細菌劑、抗病毒劑、抗真菌劑、消炎劑、免疫抑制劑、益菌助生質或其組合。
如請求項82至88中任一項之方法，其進一步包含投與NOV-001、SYNB8802、OX-1、盧馬西蘭(Lumasiran)、奈多西蘭(Nedosiran)、BBP-711、CNK-336、PBGENE-PH1或其組合。
如請求項82至89中任一項之方法，其進一步包含投與低草酸鹽飲食、高水合飲食、鈣補充劑或其組合。
如請求項82至90中任一項之方法，其中該組合物或該微生物菌群經口投與。
一種在有需要之個體中治療高草酸鹽尿症之方法，其包含投與第一劑量的如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
一種在有需要之個體中降低發生高草酸鹽尿症之風險的方法，其包含投與第一劑量的如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
一種在有需要之個體中減少尿液草酸鹽之方法，其包含投與第一劑量的如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
如請求項92或93之方法，其中該高草酸鹽尿症係原發性高草酸鹽尿症、繼發性高草酸鹽尿症或腸源性高草酸鹽尿症。
如請求項95之方法，其中該繼發性高草酸鹽尿症與腸切除手術相關。
如請求項92、93或95中任一項之方法，其中該高草酸鹽尿症係腸源性高草酸鹽尿症。
如請求項92至97中任一項之方法，其進一步包含投與抗生素治療。
如請求項98之方法，其中該抗生素治療投與約2天、約3天、約4天、約5天、約6天、或約7天。
如請求項98或99之方法，其中該抗生素係甲硝唑(metronidazole)、克拉黴素(clarithromycin)或其組合。
如請求項98至100中任一項之方法，其中該抗生素治療在投與該第一劑量之前1天完成。
如請求項98至100中任一項之方法，其中該抗生素治療在投與該第一劑量之前2天完成。
如請求項92至102中任一項之方法，其進一步包含投與腸道準備劑處理。
如請求項103之方法，其中該腸道準備劑處理在該抗生素治療之後投與該個體。
如請求項103或104之方法，其中該腸道準備劑處理在該第一劑量之前投與。
如請求項92至105中任一項之方法，其中該第一劑量包含有效量之該組合物或該微生物菌群。
如請求項92至106中任一項之方法，其中該第一劑量包含約10 ¹²個活細胞。
如請求項92至107中任一項之方法，其中該第一劑量投與約1天。
如請求項92至108中任一項之方法，其中該第一劑量投與約2天。
如請求項92至109中任一項之方法，其進一步包含投與第二劑量的如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
如請求項110之方法，其中該第二劑量包含有效量之該組合物或該微生物菌群。
如請求項110或111之方法，其中該第二劑量包含約10 ¹¹個活細胞。
如請求項110至112中任一項之方法，其中該第二劑量投與至多約8天。
如請求項110至113中任一項之方法，其中該第二劑量投與至多約10天。
如請求項92至114之方法，其中該第一劑量經口投與。
如請求項92至115之方法，其中該第二劑量經口投與。
一種套組，其包含如請求項1至41、47至57或81中任一項之組合物或如請求項42至46中任一項之微生物菌群。
如請求項117之套組，其中該套組包含有包含乾燥劑的容器。
如請求項118之套組，其中該容器包含厭氧條件。
如請求項119之套組，其中該容器係泡殼。
如請求項120之套組，其進一步包含用於投與該組合物或微生物菌群的書面說明。
一種培養來自艾克曼氏菌屬( Akkermansiagenus)之微生物菌株的方法，其包含使該菌株與N-乙醯基半乳胺糖(GalNAc)接觸。
如請求項122之方法，其中該菌株係嗜黏蛋白艾克曼氏菌。
一種微生物菌群，其包含表23中闡述之功能性質。
一種微生物菌群，其包含表24中闡述之功能性質。
一種微生物菌群，其包含表34中闡述之功能性質。
一種微生物菌群，其包含表35中闡述之功能性質。
一種微生物菌群，其包含表36中闡述之功能性質。
一種微生物菌群，其包含FB-001或其功能等效物。
一種如本文所描述之任何方法或組合物。