TW202315950A - 用於預測肺癌治療的預後之生物標記及其用途 - Google Patents

Abstract

本發明係關於用於預測肺癌治療的預後之生物標記及其用途，尤其是非小細胞肺癌的治療。基於本發明確認在個體的特定基因中存在突變，即能夠預測在該個體中肺癌治療之預後，尤其是非小細胞肺癌。並且，本發明亦提供有助於肺癌治療的訊息，以決定緊接外科切除術後是否適用輔助療法。

Description

用於預測肺癌治療的預後之生物標記及其用途

本發明係關於用於預測肺癌治療的預後之生物標記及其用途，尤其是非小細胞肺癌治療的預後。更具體而言，本發明係用於預測在緊接外科切除術後接受過或預定接受輔助療法的肺癌患者的預後。

複製性造血（CH）係被定義為在白血病相關基因中，持有體細胞突變之來自於殖株（clone）之造血幹細胞（HSC）的擴增的狀態，其能夠藉由次世代定序（NGS）檢測出（參照文獻[Genovese G, Kahler AK, Handsaker RE, et al: Clonal hematopoiesis and blood-cancer risk inferred from blood DNA sequence. N Engl J Med 371:2477-87, 2014]；文獻[Park SJ, Bejar R: Clonal hematopoiesis in cancer. Exp Hematol 83:105-112, 2020]；及文獻[Jaiswal S, Ebert BL: Clonal hematopoiesis in human aging and disease. Science 366, 2019]）。CH的產生與老化有關聯，亦有可能在無血液惡性腫瘤的狀態下發現。其與吸菸、放射療法（RTx）及/或化學療法（CTx）中的暴露亦有很大的關聯性。並且，已知CH會使後續的心血管疾病及血液惡性腫瘤的發病率增加。

另一方面，肺癌係最常被診斷出的癌症，是在全世界上癌症相關死亡的主要原因。為了治療肺癌，在可能的情況下，優先藉由手術進行切除，但手術後5年存活率僅為65%。因此，為了藉由手術後進一步的治療、復發的早期發現等來提高存活率，能夠用以預測肺癌手術後預後之預測因子的開發極其重要。雖然已確認到年齡、性別及癌症期數之類的幾種預後因子，但隨著NGS時代，需要探索出新的因子。

[非專利文獻1] Jaiswal S, Ebert BL: Clonal hematopoiesis in human aging and disease, Science 366, 2019.

[非專利文獻2] Park SJ, Bejar R: Clonal hematopoiesis in cancer, Exp Hematol 83:105-112, 2020.

[非專利文獻3] Genovese G, Kahler AK, Handsaker RE, et al: Clonal hematopoiesis and blood-cancer risk inferred from blood DNA sequence, N Engl J Med 371:2477-87, 2014.

[發明所欲解決之問題]

本發明的目的為解決所有上述之問題點。

本發明的目的為，提供在肺癌患者中預測肺癌治療預後的方法或提供用於預測肺癌治療預後之資訊的方法。

本發明的另一目的為，提供用於在肺癌患者中預測肺癌治療預後之組合物。

本發明的又一目的為，用於在肺癌患者中預測肺癌治療預後之套組（kit）。

本發明的又一目的為，為了在肺癌患者中預測肺癌治療的預後，而提供能夠檢測出複製性造血的基因突變之基因分析用面板（panel）。

本發明的又一目的為，提供治療肺癌的方法或用於提供肺癌治療之資訊的方法。

本發明的目的並不限於以上提及之目的。藉由以下的說明，本發明的目的會變得更明確，並且能夠藉由發明申請專利範圍中所記載之手段及其組合來實現。 [解決問題之技術手段]

用於達成前述目的之本發明的代表性構成如下。

依本發明的一態樣，提供預測個體的肺癌治療預後的方法或提供用於預測個體的肺癌治療預後之資訊的方法，其包括藉由對分離自肺癌已接受過治療之個體的生物試樣的基因分析，來確認在個體中是否存在複製性造血之步驟。

依本發明的另一態樣，提供用於預測個體的肺癌治療預後之組合物，其包含作為有效成分的一製劑，該製劑用以利用分離自肺癌已接受過治療之個體的生物試本來決定複製性造血的存在。

依本發明的又一態樣，提供用於預測個體的肺癌治療預後之套組，其包含前述組合物。

依本發明的又一態樣，提供用於檢測複製性造血的基因突變之基因分析用面板，其包含前述組合物。

依本發明的又一態樣，提供治療肺癌的方法或提供用於肺癌的治療之資訊的方法，其包括在施用治療肺癌的治療劑前，藉由分離自個體的生物試本的基因分析，來決定在該個體中是否存在複製性造血之步驟。 [發明之效果]

基於本發明確認在個體的複製性造血（CH）相關基因中存在突變，則能夠預測在該個體中肺癌治療之預後，尤其非小細胞肺癌。並且，本發明能夠提供有助於肺癌治療的資訊，以決定緊接外科切除術後是否適用輔助療法、或決定是否施用用於肺癌治療之治療劑等，進而，在肺癌治療之候選藥物的臨床試驗中，能夠用於提供候選藥物對患者的有效性、安全性等的評估中有用的資訊。

在針對後述的本發明的詳細說明中，參照特定圖式，對能夠實施本發明之特定的具體實施例進行描述，但本發明並不限定於此，只要能夠適當說明，則僅受與其請求項所主張者等同的所有範圍以及所附請求項的限定。雖然本發明的各種具體實施例/實驗例互不相同，但應理解無需相互排他。例如，本說明書中所記載之特定形狀、結構及特徵在不脫離本發明的精神和範圍的情況下可以由一具體實施例/實驗例變更為另一具體實施例/實驗例，或者組合具體實施例/實驗例來具體地實現。本說明書中所使用之描述及學術用語，除非有特別的定義， 否則具有與本發明所屬領域通常使用的意思相同 。將會以解釋本說明書為目的而適用下述定義，以單數使用之用語在適當的情況下可包括複數形，反之亦然。 定義

本說明書中所使用之用語「約」係指對在該技術領域中被通常知識者已知的各個值的通常誤差範圍。並且，除非特別明示，否則表示本說明書中所使用之成分、條件、組成、量之所有數字、值及/或表達為近似值，其中反映了從本質上不同的事物獲得這樣的值所產生之測定的各種不確定性，因此應該被理解為由用語「約」修飾。

用語「複製性造血（Clonal haematopoiesis）」係指當在造血幹細胞中產生體細胞突變而獲得選擇性增殖的機會時，發生突變之殖株擴增而佔據白血球的一定部分之症狀。

用語「個體」可以與「患者」互換使用，可以為肺癌發病或者需要進行肺癌治療之哺乳動物，例如靈長類（例子：人）、伴侶動物（例子：狗、貓等）、家畜動物（例子：牛、豬、馬、羊、山羊等）及實驗室動物（例子：大鼠（rat）、小鼠（mouse）、天竺鼠（guineapig）等）。在本發明的一具體實施例中，個體為人。

用語「預後」係指由以肺癌之類的疾病的發病、復發、轉移性擴散、存活率、無病存活率、抗藥性或感受性為代表的肺癌所引起的死亡或進展的可能性等病程及痊愈與否。具體而言，預後可以指在肺癌患者中基於包括手術、抗癌化學療法、抗癌免疫療法、化學放射療法（chemoradiotherapy）或該等療法的組合之肺癌治療之存活預後。並且，肺癌治療的預後可以指針對用於患者的肺癌治療之治療劑的反應性。

用語「預測」係指事先判斷患者對抗癌化學療法、化學放射療法等治療法或肺癌治療劑較佳地或非較佳地反應而存活之可能性。預測存活預後能夠幫助患者選擇最適當的治療方法，且能夠確認對該治療方法是否較佳地反應，或者預測執行該治療方法之後患者能否長期存活。

用語「生物試樣」係從個體獲得之任意的生物樣本（biological sample），包括從要預測肺癌治療的預後之個體分離出的組織、腫瘤組織、肺腫瘤組織、血液、血清、血漿、淋巴液、唾液、痰、黏液或尿之類的試樣，但並不限定於此。

用語「輔助療法」包括化學療法（CTx）、化學放射療法（CRTx）、分子標靶療法、高頻熱療癌症治療、利用生物製劑等之免疫療法，只要在腫瘤去除手術前後執行而局部或全身地治療癌症時能夠輔助地使用，則可以包括任何療法。

用語「整體存活率」係指癌症患者接受手術之後5年間即使癌症復發或發生轉移仍存活之比率。

用語「無復發存活率」係指接受手術之後5年間在癌症無復發的狀態下存活之比率。

用語「誤義突變」係指在DNA鏈上的任一部位發生一個鹼基置換而mRNA的遺傳密碼發生變化，從而被指定為與原來者不同的胺基酸而對蛋白質產生影響之基因突變。

用語「框移突變」係指鹼基以非三的倍數個插入或缺失所引起之基因突變。

用語「無義突變」係指因一個鹼基置換而編碼任一胺基酸之原來的密碼子變為不編碼胺基酸之終止密碼子，從而蛋白質的合成在該密碼子所在之處中斷之基因突變。

用語「剪接突變」係指在轉錄之RNA分子內或個別地轉錄之RNA分子之間藉由選擇式剪接部位的使用而發生之突變。

用語「引子」係指能夠與互補模板（template）形成鹼基對（base pair）並作為用於複製模板股之起始點發揮作用之核酸序列。引子的序列無需一定與模板的序列準確一致，只要能夠充分互補而與模板雜交（hybridization）即可。引子能夠在適當的緩衝溶液及溫度下且在用於聚合反應之試劑及不同的4種核苷三磷酸（nucleoside triphosphate）的存在下引發DNA合成。PCR條件、正股及反股引子的長度可以以在本領域公知者為基礎變形。

用語「探針」係指能夠與試樣內的要檢測之標靶物質特異性結合之物質，且指能夠藉由前述結合特異性確認試樣內的標靶物質的存在之物質。探針可以以寡核苷酸探針、單鏈DNA探針、雙鏈DNA探針、RNA探針等的形態製作。適當的探針的選擇及雜交條件可以以在本領域公知者為基礎變形。

用語「反義核酸」係指具有對作為標靶之基因變異體的互補序列而能夠與標靶基因變異體形成二聚體之基於核酸的分子，其能夠用於檢測標靶基因變異體。為了增加檢測特異性，前述反義核酸可以選擇適當的長度。

用語「基因面板（gene panel）」係指能夠檢測複數個標的基因突變之複數個製劑係由一個面板所構成之基因突變檢測工具。

用語「用於治療肺癌的治療劑”或「肺癌治療劑」係指顯現出改善、減輕或治療肺癌發病之患者的症狀的效果之物質，只要顯著地顯現出肺癌細胞的形態學、生理學或基因學變化，則該等的物理性狀、化學性狀、生物學起源等不受特別限制。治療劑包括能夠用於前述輔助療法，亦即化學療法（CTx）、化學放射療法（CRTx）、分子標靶療法、利用生物製劑等之免疫療法等之所有種類的物質。

用語「臨床試驗」係指以人為對象研究醫藥品的適用之所有過程，不僅包括為了確認醫藥品的安全性、有效性等而執行的研究程序，還包括證明原創醫藥品（original drugs）與複製醫藥品的生體相等性之生體相等性試驗、對已被許可而市售中的醫藥品的臨床研究或副作用研究等。 用於肺癌 治療 預後的預測之複製性造血的診斷

本發明部分基於在接受肺癌治療之個體中是否存在複製性造血（Clonal haematopoiesis，CH）與肺癌治療的預後有顯著關聯性這點有驚人的發現。並且，確認到參與複製性造血之基因之中特定基因中的突變具有更大的關聯性。因此，本發明可以包括為了對肺癌預後的預測提供所需要的資訊而確認在對肺癌接受過治療之個體中是否存在複製性造血。並且，當按照本發明確認到在個體中存在複製性造血時，與不存在複製性造血之情況相比，顯示出肺癌治療的預後不良好。

依本發明的一實施例，有複製性造血之個體相較於沒有複製性造血之個體，其整體存活率更不良，即使適用傾向分數配對（PSM）方法排除除複製性造血以外的其他變數之後，具有複製性造血之患者相較於沒有複製性造血之患者，其整體存活率仍舊顯現出更不良的存活率（參照實施例6.3及圖2a至圖2c）。如此，複製性造血的存在在肺癌患者的治療中有可能作為不良預後的主要因子而發揮作用。

依本發明的另一實施例，肺癌所引起之死亡率與複製性造血的存在與否無關地相似，但與不具有複製性造血之患者相比，非肺癌死亡率及原因不明的的死亡率在具有複製性造血之患者中顯著地更高（參照實施例6.3及圖3a至圖3c）。並且，在接受過輔助療法之患者的情況下，複製性造血的存在與更不良的整體存活率有關聯，但在未接受輔助療法之患者的情況下，確認到複製性造血的存在對整體存活率不產生大的影響（參照實施例6.3及圖4a至圖4d）。這樣的結果證實了，因除肺癌的惡化以外的其他原因，例如心肺疾病、敗血病、中風等的發生而死亡率增加，複製性造血的存在本身會增加與輔助療法相關的不利結果，從而可能會更加惡化肺癌治療的預後。

因此，按照本發明確認複製性造血的存在與否，使得能夠預測肺癌治療的預後，同時有助於肺癌手術後適當的後續療法的選擇，從而能夠提高肺癌治療後個體的存活率。並且，在治療劑的施用前確認在個體中是否存在複製性造血，來選別用以評估輔助療法等肺癌治療中使用之治療劑的功效之個體，藉此能夠更高效且準確地進行治療劑的功效評估，且能夠降低此種治療劑之功效評估（例如，臨床試驗）的費用。例如，在召集用於治療劑的臨床試驗之患者組（受檢者）時，在治療劑的施用前確認在對象患者中是否存在複製性造血，並將存在複製性造血之患者從患者組中排除，從而能夠更高效且準確地進行肺癌治療劑的功效評估。進而，在治療劑的施用前確認在個體中是否存在複製性造血來選別針對肺癌治療中使用之治療劑的反應性高的個體，藉此能夠在個體中提高治療劑的功效，從而提高肺癌治療效果。 肺癌 治療 預後 的 預測方法

依本發明的一態樣，提供預測個體的肺癌治療預後之方法，其包括藉由分離自個體的生物試樣的基因分析來確認在個體中是否存在複製性造血之步驟。並且，提供用於預測個體的肺癌治療預後之資訊提供方法，其包括藉由分離自個體的生物試樣的基因分析來確認在個體中是否存在複製性造血之步驟。

作為發生與前述複製性造血相關的體細胞突變之基因，包括APC、ASXL1、ASXL2、ATM、BCL11B、BCOR、BCORL1、BIRC3、BRAF、BRCC3、CARD11、CASP8、CBL、CD58、CD79B、CNOT3、CREBBP、CUX1、DDX3X、DNMT3A、EP300、ETV6、EZH2、FAM46C、FBXW7、FLT3、FOXP1、GNAS、GNB1、GPS2、HIST1H1C、IDH2、IKZF1、IKZF2、JAK1、JAK2、JAK3、JARID2、KDM6A、KIT、KLHL6、KMT2D、KRAS、LUC7L2、MAP3K1、MPL、MYD88、NF1、NFE2L2、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、PDS5B、PDSS2、PHF6、PHIP、PIK3CA、PIK3R1、PPM1D、PRDM1、PRPF40B、PTEN、PTPN11、RAD21、RIT1、RPS15、SETD2、SETDB1、SF1、SF3A1、SF3B1、SMC1A、SMC3、SRSF2、STAG1、STAG2、STAT3、SUZ12、TBL1XR1、TET1、TET2、TNFAIP3、TNFRSF14、TP53、U2AF1、VHL、WT1、ZRSR2及CHEK2。依本發明的一具體實施例，可以進一步包括基於藉由利用分離自個體的生物試樣之基因分析在前述一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變決定複製性造血的存在與否之步驟。

在另一具體實施例中，前述一個或多個基因可以包括選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個。

在又一具體實施例中，前述一個或多個基因可以包括選自於由ASXL1、CBL、CHEK2、CUX1、DNMT3A、FOXP1、JAK2、KMT2D、MPL、NOTCH1、PPM1D、PRPF40B、SF3B1、TET2、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個。

在又一具體實施例中，前述一個或多個基因可以包括選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個。

在又一具體實施例中，前述一個或多個基因可以包括選自於由前述提及之基因所組成的群組中的任一基因，此時，前述一個或多個基因可以進一步包括選自於由除前述選擇之一個基因以外的剩餘基因所組成的群組中的一個或多個。作為一例，前述一個或多個基因可以包括DNMT3A。此時，前述一個或多個基因可以進一步包括選自於由ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個。並且，前述一個或多個基因可以進一步包括選自於由ASXL1、CBL、CHEK2、CUX1、FOXP1、JAK2、KMT2D、MPL、NOTCH1、PPM1D、PRPF40B、SF3B1、TET2、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個。並且，前述一個或多個基因可以進一步包括選自於由ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個。

依本發明的另一具體實施例，能夠基於在前述一個或多個基因中是否存在突變及變異等位基因頻率（variant allele frequency，VAF）來決定複製性造血的存在與否。例如，當藉由利用分離自個體的生物試樣之基因分析在前述基因群組的基因之中一個或多個基因中存在一個或多個的突變且變異等位基因頻率為一定水準以上，例如約1.8%以上、約1.9%以上或約2%以上時，能夠診斷為存在複製性造血。

前述「個體」可以指對肺癌接受過治療之患者。具體而言，個體可以指肺癌發病之患者。更具體而言，個體可以指接受腫瘤去除手術之前或接受腫瘤去除手術之後的患者。並且，個體可以為接受輔助療法之前的患者。

前述「肺癌」係指源自肺之腫瘤，可以包括鱗狀上皮癌（squamous cell carcinoma）、腺癌、大細胞癌（large cell carcinoma）之類的非小細胞癌及小細胞癌。具體而言，前述肺癌可以為非小細胞肺癌。更具體而言，前述個體的非小細胞肺癌可以為期數為I期、II期或其以後的期數。更具體而言，前述個體的非小細胞肺癌的期數可以為IA期、IB期、IIA期、IIB期、IIIA期或IIIB期，更具體而言，可以為IIB期。

在一具體實施例中，前述肺癌治療預後可以指在個體中基於手術、抗癌化學療法、抗癌免疫療法、化學放射療法或該等療法的組合或包括其之肺癌治療之存活預後。例如，肺癌治療預後可以指基於在腫瘤去除手術前後進行之輔助療法或包含其之肺癌治療之整體存活率或無復發存活率。並且，肺癌治療預後可以包括腫瘤去除手術之後或緊接腫瘤去除手術後適用輔助療法之後的整體存活率或無復發存活率。

在另一具體實施例中，前述肺癌治療預後可以包括在對肺癌接受過治療之個體中針對手術後抗癌化學療法、放射療法等輔助療法的反應性、基於此之存活預後或該等兩者全部。抗癌化學療法可以指利用抗癌劑之治療療法。預後可以指在例如施用了包括鉑系藥物、紫杉烷系藥物、長春花屬生物鹼系藥物、抗代謝藥等之抗癌劑之肺癌患者中針對抗癌劑的反應性及/或基於此的存活預後。在肺癌患者的情況下，進行手術之後進行輔助療法，在具有相似的臨床特徵或相似的期數之患者中，針對各輔助療法的反應亦會多種多樣，在存活預後方面亦顯現出相當大的差異。當利用與前述複製性造血相關的基因突變標記時，能夠預測針對輔助療法的反應性及/或基於此的存活預後，隨之，能夠決定進一步所需的治療方法的進行方向。藉此，能夠明顯提高肺癌發病後的存活率。

在本發明的一實施例中，對基於接受過非小細胞肺癌手術之患者中是否存在CH之患者死亡率進行了確認，其結果，就患者死亡率而言，在非肺癌死亡率及原因不明的死亡率（而不是在肺癌死亡率）上確認到基於CH的存在之顯著差異，這樣的顯著差異證實了，在具有CH之患者中，與CH相關的多種不利的結果（例如，心肺疾病、敗血病、中風等）因CTx或RTx而增加，其結果可能會影響到存活。因此，對於接受肺癌治療之個體而言，CH的存在與否使得能夠選擇更適當的輔助療法。例如，在接受肺癌治療之個體之中被診斷為存在CH之患者的情況下，為了改善肺癌治療的預後，可以與通用的抗癌輔助療法或選別的抗癌輔助療法一同或單獨使用抗炎藥（例子：卡那單抗（canakinumab））。

在本發明的一具體實施例中，確認是否存在複製性造血之步驟可以在接受腫瘤去除手術之前、接受腫瘤去除手術之後、腫瘤去除手術後適用輔助療法之前或緊接腫瘤去除手術後適用輔助療法之後進行。例如，在接受腫瘤去除手術之前，藉由確認複製性造血的存在與否，能夠判斷代替外科切除術的化學療法或放射療法等是否更有利於患者的預後。作為另一例，在接受腫瘤去除手術之後，能夠判斷基於複製性造血的存在與否來適用進一步的輔助療法是否有助於患者的預後。作為又一例，在適用腫瘤去除手術及輔助療法之後，能夠依據複製性造血的存在與否及/或發生突變之基因的種類來決定進一步實施哪種補充療法。

與前述複製性造血相關的基因突變可以為誤義（missense）突變、框移（frameshift)突變、無義（nonsense）突變、剪接（splice）突變、核苷酸插入、缺失或置換、該等的組合等形態。

例如，前述DNMT3A基因的突變可以為選自下述表1中所記載之突變中的一個或多個，但並不限於此。 表1

前述TET2基因的突變可以為選自下述表2中所記載之突變中的一個或多個，但並不限於此。 表2

前述ASXL1基因的突變可以為選自下述表3中所記載之突變中的一個或多個，但並不限於此。 表3

前述PPM1D基因的突變可以為選自下述表4中所記載之突變中的一個或多個，但並不限於此。 表4

前述ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2基因的突變分別可以為下述表5中所記載之突變，但並不限於此。 表5

例如，前述JAK2基因5073770位置的突變可以為1849位的鹼基G被置換為T之誤義突變。

在本發明的一具體實施例中，本發明的方法可以進一步包括當藉由分離自個體的生物試樣的基因分析確認到存在前述突變時，決定為與不存在前述突變之情況相比，顯現出個體的肺癌治療預後不良好之步驟。

在本發明的一實施例中，追蹤觀察了肺癌患者的手術後輔助療法的治療經過，其結果，在存在前述CH相關基因突變之肺癌患者的情況下，與不具有CH相關基因突變之肺癌患者相比，顯現出手術後5年存活率在統計學上顯著低的傾向。

前述基因分析包括次世代定序分析法（Next Generation Sequencing，NGS）及基於PCR之方法，例如實時定量PCR、blocker PCR、數位滴式（droplet）PCR（ddPCR）、箝位PCR、ICE-COLD PCR、castPCR、ARMS PCR、BEAMing等，但並不限定於此。實施者可以無限制地利用公知的基因分析方法來檢測及識別與複製性造血相關的前述基因突變。較佳地，前述基因分析可以包括次世代定序分析法。例如，利用次世代定序分析法，能夠分析藉由全基因組序列分析（Whole Genome Sequencing）、全外顯體鹼基序列分析（Whole Exome Sequencing）、RNA鹼基序列分析（RNA Sequencing）等資料處理而生成之資訊。 組合物 、 套組 及 基因面板

依本發明的另一態樣，提供用於預測個體的肺癌治療預後之組合物，該組合物包含作為有效成分的製劑，該製劑用於利用分離自肺癌接受過治療之個體的生物試樣診斷複製性造血。前述組合物可以在依本發明之用於預測肺癌治療預後之複製性造血的診斷或預測肺癌治療的預後之方法中使用。

在一具體實施例中，前述製劑可以包含用於檢測在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個突變之製劑。

在另一具體實施例中，前述製劑可以包含用於檢測在選自於由ASXL1、CBL、CHEK2、CUX1、DNMT3A、FOXP1、JAK2、KMT2D、MPL、NOTCH1、PPM1D、PRPF40B、SF3B1、TET2、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個突變之製劑。

在又一具體實施例中，前述製劑可以包含用於檢測在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個突變之製劑。

在又一具體實施例中，前述製劑可以包含用於檢測在選自前述基因群組中的一個基因中是否存在突變之製劑，此時，前述製劑可以進一步包含用於檢測在選自於由除前述選擇之一個基因以外的剩餘的基因組成的群組中的一個或多個基因中是否存在突變之製劑。作為一例，前述製劑可以包含用於檢測在DNMT3A中是否存在突變之製劑，此時，前述製劑可以進一步包含用於檢測在選自於由ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在突變之製劑，或者，可以進一步包含用於檢測在選自於由ASXL1、CBL、CHEK2、CUX1、DNMT3A、FOXP1、JAK2、KMT2D、MPL、NOTCH1、PPM1D、PRPF40B、SF3B1、TET2、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在突變之製劑，或者，可以進一步包含用於檢測在選自於由ASXL1，TET2，PPM1D，SF3B1，ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在突變之製劑，或者，可以進一步包含用於檢測在選自於由ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在突變之製劑。

前述製劑可以包含能夠檢測例如從突變基因、來自於此的mRNA或突變基因編碼之蛋白質之製劑。

能夠檢測前述基因或mRNA表達之製劑可以為能夠與前述突變基因或mRNA互補結合之核苷酸序列，例如正股及反股引子、探針或反義核酸，但並不限定於此。具體而言，前述製劑可以為用於檢測複製性造血的基因突變之製劑，例如引子、探針或反義核酸。

作為能夠為了確認複製性造血相關基因之突變的存在而使用之製劑的例示，在下述表6至表9中提供探針的序列資訊。 表6

染色體	起始	停止	基因	探針序列	序列編碼
2	25564672	25564792	DNMT3A	GCGGGCGGCGGCGGCGGCGAGAGCAGAGGACGAGCCGGGACGCGGCGCCGCGGCACCAGGGCGCGCAGCCGGGCCGGCCCGACCCCACCGGCCATACGGTAATGAGCGCCGCTGCTGGCG	1
2	25537472	25537592	DNMT3A	CAGAGCCAACCAGGCCTGCAGCCTGAGCTCAGACCTCAGCTTTCTCTGGGCCCAGGCACCGGTCCTGAAGTGAGGTGACATTCATTTCACTACATCCTGTGACTGCACTCACTTCCTCCA	2
2	25537290	25537410	DNMT3A	GGGCCTCTGGGGGAGGCTGGGATTTCCCAGGGGCTGGTTGGGGTGGGAGGGAGGATGCGGGAAGCTTTCAAAGGAGAGAGAGGCTGTGAATGAAGAGAAGGGAGGAGGCGGAGGCAGCTG	3
2	25537170	25537290	DNMT3A	GAGGTCCCAGAAGTGGCACCCATTGGCCGCAGCGACACGGAGGGGAGACTGCTGCCACTCCAAGGCTCTCAGAGGCTGCTGGGGTAGGAGGTGGCCCTGAAGGGAGCCTGCCTCGGTTTC	4
2	25537050	25537170	DNMT3A	TCTGCTCTCTGGGGTGCTGGTGAGGCCAGAAGGAGGAGCAACACCCCAGGCCTCACAGGCCAGGTGTGGCCCTGGGCTGAGGGCCTGACCCAGGGAGGGTGGGGTGCTCCGCCCCACTGA	5
2	25536966	25537086	DNMT3A	CTGACCCAGGGAGGGTGGGGTGCTCCGCCCCACTGATCCTCTTCTCTCCCCCACAGGTGGAGCCATCGAAGCCCCCACCCACAGGCTGACAGAGGCACCGTTCACCAGAGGGCTCAACAC	6
2	25536846	25536966	DNMT3A	CGGGATCTATGTTTAAGTTTTAACTCTCGCCTCCAAAGACCACGATAATTCCTTCCCCAAAGCCCAGCAGCCCCCCAGCCCCGCGCAGCCCCAGCCTGCCTCCCGGCGCCCAGATGCCCG	7
2	25536726	25536846	DNMT3A	CCATGCCCTCCAGCGGCCCCGGGGACACCAGCAGCTCTGCTGCGGAGCGGGAGGAGGACCGAAAGGTGAGCAGCGGGCTCTGCTGGGGACCCTCTGGCCTGGGAGAGGGAGAGCCCTGTC	8
2	25523000	25523120	DNMT3A	GCCTGCAGGACGGAGAGGAGCAGGAGGAGCCGCGTGGCAAGGAGGAGCGCCAAGAGCCCAGCACCACGGCACGGAAGGTGGGGCGGCCTGGGAGGAAGCGCAAGCACCCCCCGGTGAGTG	9
2	25504380	25504500	DNMT3A	CCTCCCAGGGCCCTGCCAGGTTGTTTTGCATATGTGCATTTTAATTTCAAAAAGTCTTCCTTCCAAGCGTGTATGATGAAATGAGTAAATTGATTAATTGGCGTAACTTATTTTGCATGG	10
2	25504282	25504402	DNMT3A	TGGCGTAACTTATTTTGCATGGATCCAACCTAATGTTCATGCAGGATAGAGAACATTTCCAGAATACAAATTTCCAAACTTATTAAGAAGCTTTTATTCATTTATTATTCGACAAATATG	11
2	25504745	25504865	DNMT3A	TTGCTGTATTTGTAGCCCCTGGCCTGGGCACTCAAGGGCAGCAGATACCCTGTTTGCCTCCCTGAGTGCAGAGGTCCTGAGCCCACCCTAGTTGGGCTGACTCAACTGGAAATTTGGTTG	12
2	25504650	25504770	DNMT3A	GCTGACTCAACTGGAAATTTGGTTGTGACAGTGGCGTGGGGAGAGGGCTGGGTGATTGTATTCTGTGTACTGCCCAGCCCAGGCCTCTTCATCTGGGGACTTTTTGGCCTAACCCTGGAA	13
2	25504555	25504675	DNMT3A	GGGACTTTTTGGCCTAACCCTGGAAGCCTGGAAAGTTGCCCACTTTTCTCTTTCAGGTTAAGCCAGCAATTTCAGGGCCAACCGAGCTGTAAACATGTTAGTAATGAGGACAACTAGCAT	14
2	25505503	25505623	DNMT3A	ACTGATCTAACCCTCCTCTTGTGTATCTTTCTTACATTTGCAGGTGGAAAGCGGTGACACGCCAAAGGACCCTGCGGTGATCTCCAAGTCCCCATCCATGGCCCAGGACTCAGGCGCCTC	15
2	25505383	25505503	DNMT3A	AGAGCTATTACCCAATGGGGACTTGGAGAAGCGGAGTGAGCCCCAGCCAGAGGAGGGGAGCCCTGCTGGGGGGCAGAAGGGCGGGGCCCCAGCAGAGGGAGAGGGTGCAGCTGAGACCCT	16
2	25505263	25505383	DNMT3A	GCCTGAAGCCTCAAGAGCAGTGGAAAATGGCTGCTGCACCCCCAAGGAGGGCCGAGGAGCCCCTGCAGAAGCGGGTGAGTCCTCAGCACCAGGGGCAGCCTCTTCTGGGCCCACCAGCAT	17
2	25505144	25505263	DNMT3A	ACCCTGAGAGTCAGGGACTTGGCTCTCCAGCAGGTCCCAGGAAGGATGGTCTGGGTCGTGGCTAAAGGTCTGCTTGCCAAGGCTATGGCCTGGAGGCTACTGGCTGGATGCAGCCTGCG	18
2	25498330	25498450	DNMT3A	ACCAACGAACTGGTCCCTTTGTTCTTCCCTCTCCACAGGCAAAGAACAGAAGGAGACCAACATCGAATCCATGAAAATGGAGGCAAGTGTTCCACCCCCAGGGGCTCTGTGGATCCTGAT	19
2	25497882	25498002	DNMT3A	CGTCAGTGCCCACCCTAATGCCCTAATGTCTGTCTCTCTGTCCTAGGGCTCCCGGGGCCGGCTGCGGGGTGGCTTGGGCTGGGAGTCCAGCCTCCGTCAGCGGCCCATGCCGAGGCTCAC	20
2	25497762	25497882	DNMT3A	CTTCCAGGCGGGGGACCCCTACTACATCAGCAAGCGCAAGCGGGACGAGTGGCTGGCACGCTGGAAAAGGGAGGTGAGGCGCCTTCTGGCCTGGGCCCCAGCCCGTCCTGCAGAACTGGA	21
2	25475123	25475243	DNMT3A	CTAGACAAAGAAAATGTTCCCTCCCTCCCCCCCGCCGCCCCCCTCCCCTCCCAGTGGCCCCCTCCGCCCCCAGCCCCATCGCCCCCTTCCCCTCCCCCAAGACGGGCAGCTACTTCCAGA	22
2	25475003	25475123	DNMT3A	GCTTCAGGGCCGCGGCTCACACCTGAGCGCGACTGCAGAGGGGCTGCACCTGGCCTTATGGGTAGGTTCCTGGACGGAGCCCCGGGGAGACCGGGGGCGGGGAGGCGGCAGGGCCGGTGG	23
2	25472499	25472619	DNMT3A	ATCAAGGATTTCATTCTCCTTTGTAGGGATCCTGGAGCGGGTTGTGAGAAGGAATGGGCGCGTGGATCGTAGCCTGAAAGACGAGTGTGATACGGTGAAAGGATGGAGGCTGTGCAATGG	24
2	25471013	25471133	DNMT3A	TTGTTTCCCCAGGCTGAGAAGAAAGCCAAGGTCATTGCAGGAATGAATGCTGTGGAAGAAAACCAGGGGCCCGGGGAGTCTCAGAAGGTGGAGGAGGCCAGCCCTCCTGCTGTGCAGCAG	25
2	25470893	25471013	DNMT3A	CCCACTGACCCCGCATCCCCCACTGTGGCTACCACGCCTGAGCCCGTGGGGTCCGATGCTGGGGACAAGAATGCCACCAAAGCAGGCGATGACGAGCCAGAGTACGAGGTGAGCGGCTTC	26
2	25470538	25470658	DNMT3A	GTGACCACTGTGTAATGATTTCTGCTCCTTGGGGCTCCAGGACGGCCGGGGCTTTGGCATTGGGGAGCTGGTGTGGGGGAAACTGCGGGGCTTCTCCTGGTGGCCAGGCCGCATTGTGTC	27
2	25470418	25470538	DNMT3A	TTGGTGGATGACGGGCCGGAGCCGAGCAGCTGAAGGCACCCGCTGGGTCATGTGGTTCGGAGACGGCAAATTCTCAGTGGTAAGTTGTGGGGTTTGGCAGTAGCCTGGGGTGGGGGAAGG	28
2	25469913	25470033	DNMT3A	CCCCAGGTGTGTGTTGAGAAGCTGATGCCGCTGAGCTCGTTTTGCAGTGCGTTCCACCAGGCCACGTACAACAAGCAGCCCATGTACCGCAAAGCCATCTACGAGGTCCTGCAGGTGAGT	29
2	25469567	25469687	DNMT3A	AGCCTGTCCTGACAACCCCAACCCTGGCGTGTCACCCTCCAGGTGGCCAGCAGCCGCGCGGGGAAGCTGTTCCCGGTGTGCCACGACAGCGATGAGAGTGACACTGCCAAGGCCGTGGAG	30
2	25469447	25469567	DNMT3A	GTGCAGAACAAGCCCATGATTGAATGGGCCCTGGGGGGCTTCCAGCCTTCTGGCCCTAAGGGCCTGGAGCCACCAGAAGGTAAATGAGGGCACCCAGCTTTCTGGGACCCCTGCCCGCCA	31
2	25469103	25469223	DNMT3A	CCTGTCAGCCTGTAACTGACCTTGGCACCTGCTTTCCTCCTCCAGAAGAGAAGAATCCCTACAAAGAAGTGTACACGGACATGTGGGTGGAACCTGAGGCAGCTGCCTACGCACCACCTC	32
2	25468983	25469103	DNMT3A	CACCAGCCAAAAAGCCCCGGAAGAGCACAGCGGAGAAGCCCAAGGTCAAGGAGATTATTGATGAGCGCACAAGAGGTAGTTGGCCTGCTTCTGGAGAGGGTGGCACCAGGAGGCCTGCAT	33
2	25468851	25468971	DNMT3A	CGCGGCCTCCTCTGACGCCAGCTCTCCTCCCCTTGCAGAGCGGCTGGTGTACGAGGTGCGGCAGAAGTGCCGGAACATTGAGGGTAAGTTTGTTGCCTGGGAACTCTGGCACTCCTAGTG	34
2	25468101	25468221	DNMT3A	CCCCTCCCTCTGCTTTCCAGACATCTGCATCTCCTGTGGGAGCCTCAATGTTACCCTGGAACACCCCCTCTTCGTTGGAGGAATGTGCCAAAACTGCAAGGTAGGAGCACACCCACCCAG	35
2	25467405	25467525	DNMT3A	CTAGAACTGCTTTCTGGAGTGTGCGTACCAGTACGACGACGACGGCTACCAGTCCTACTGCACCATCTGCTGTGGGGGCCGTGAGGTGCTCATGTGCGGAAACAACAACTGCTGCAGGTG	36
2	25467115	25467235	DNMT3A	CTCCTCTGCTCACTGGGTCTCCTTCCAGGTGCTTTTGCGTGGAGTGTGTGGACCTCTTGGTGGGGCCGGGGGCTGCCCAGGCAGCCATTAAGGAAGACCCCTGGAACTGCTACATGTGCG	37
2	25466995	25467115	DNMT3A	GGCACAAGGGTACCTACGGGCTGCTGCGGCGGCGAGAGGACTGGCCCTCCCGGCTCCAGATGTTCTTCGCTAATAACCACGACCAGGAATTTGTGAGTGCTGGGCCTGGGGCGCGGTCTC	38
2	25466749	25466869	DNMT3A	GTTGTGCTCACTGCTTAGGACCCTCCAAAGGTTTACCCACCTGTCCCAGCTGAGAAGAGGAAGCCCATCCGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGTGAGGGGTGCAGGCCC	39
2	25464503	25464623	DNMT3A	CCAGGGAGATGGCTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGACTTGGGCATTCAGGTGGACCGCTACATTGCCTCGGAGGTGTGTGAGGACTCCAT	40
2	25464383	25464503	DNMT3A	CACGGTGGGCATGGTGCGGCACCAGGGGAAGATCATGTACGTCGGGGACGTCCGCAGCGTCACACAGAAGCATGTATGTCCATGCTGTGGGGCGCAGCCCGTCTTCCCCTCCCTGCACAC	41
2	25463493	25463613	DNMT3A	CTTTATCCTCCCAGATCCAGGAGTGGGGCCCATTCGATCTGGTGATTGGGGGCAGTCCCTGCAATGACCTCTCCATCGTCAACCCTGCTCGCAAGGGCCTCTACGGTAGGTACCATCCTG	42
2	25463245	25463365	DNMT3A	CTATGCAGACAGCCCCAGCTGATGGCTTTCTCTTCCGACCTCTCAGAGGGCACTGGCCGGCTCTTCTTTGAGTTCTACCGCCTCCTGCATGATGCGCGGCCCAAGGAGGGAGATGATCGC	43
2	25463125	25463245	DNMT3A	CCCTTCTTCTGGCTCTTTGAGAATGTGGTGGCCATGGGCGTTAGTGACAAGAGGGACATCTCGCGATTTCTCGAGGTATAGCCAGCAACCTTGGTTTGGCCAGCTCACTAATGGCTTCTA	44
2	25461981	25462101	DNMT3A	CGTCTCCTGTTTTGTAGTCCAACCCTGTGATGATTGATGCCAAAGAAGTGTCAGCTGCACACAGGGCCCGCTACTTCTGGGGTAACCTTCCCGGTATGAACAGGTTGGTGAAAGCTCCTG	45
2	25459779	25459899	DNMT3A	TTACAGTCTCTCTTCTGCCTCCTAGGCCGTTGGCATCCACTGTGAATGATAAGCTGGAGCTGCAGGAGTGTCTGGAGCATGGCAGGATAGCCAAGGTCAGCTCCAGCGTCTAGAACCTCT	46
2	25458574	25458694	DNMT3A	TTCAGCAAAGTGAGGACCATTACTACGAGGTCAAACTCCATAAAGCAGGGCAAAGACCAGCATTTTCCTGTCTTCATGAATGAGAAAGAGGACATCTTATGGTGCACTGAAATGGAAAGG	47
2	25457218	25457338	DNMT3A	CCTGGTCTGGCCAGCACTCACCCTGCCCTCTCTGCCTTTTCTCCCCCAGGGTATTTGGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGGCAGAGACTGCTGG	48
2	25457098	25457218	DNMT3A	GCCGGTCATGGAGCGTGCCAGTCATCCGCCACCTCTTCGCTCCGCTGAAGGAGTATTTTGCGTGTGTGTAAGGGACATGGGGGCAAACTGAGGTAGCGACACAAAGTTAAACAAACAAAC	49

表7

染色體	起始	停止	基因	探針序列	序列編碼
4	106155077	106155197	TET2	GGATGGCCCCGAAGCAAGCCTGATGGAACAGGATAGAACCAACCATGTTGAGGGCAACAGACTAAGTCCATTCCTGATACCATCACCTCCCATTTGCCAGACAGAACCTCTGGCTACAAA	50
4	106156157	106156277	TET2	TTCAGGTTCCAGCAGCAATTTGCAAGCTCCTGGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTAAAACAAAATGAAATGAATGGTGCTTACTTCAAGCAAAGCTCAGTGTTCACTAAGGATTCCTTTTC	51
4	106156277	106156397	TET2	TGCCACTACCACACCACCACCACCATCACAATTGCTTCTTTCTCCCCCTCCTCCTCTTCCACAGGTTCCTCAGCTTCCTTCAGAAGGAAAAAGCACTCTGAATGGTGGAGTTTTAGAAGA	52
4	106156397	106156517	TET2	ACACCACCACTACCCCAACCAAAGTAACACAACACTTTTAAGGGAAGTGAAAATAGAGGGTAAACCTGAGGCACCACCTTCCCAGAGTCCTAATCCATCTACACATGTATGCAGCCCTTC	53
4	106156517	106156637	TET2	TCCGATGCTTTCTGAAAGGCCTCAGAATAATTGTGTGAACAGGAATGACATACAGACTGCAGGGACAATGACTGTTCCATTGTGTTCTGAGAAAACAAGACCAATGTCAGAACACCTCAA	54
4	106156637	106156757	TET2	GCATAACCCACCAATTTTTGGTAGCAGTGGAGAGCTACAGGACAACTGCCAGCAGTTGATGAGAAACAAAGAGCAAGAGATTCTGAAGGGTCGAGACAAGGAGCAAACACGAGATCTTGT	55
4	106156757	106156877	TET2	GCCCCCAACACAGCACTATCTGAAACCAGGATGGATTGAATTGAAGGCCCCTCGTTTTCACCAAGCGGAATCCCATCTAAAACGTAATGAGGCATCACTGCCATCAATTCTTCAGTATCA	56
4	106156877	106156997	TET2	ACCCAATCTCTCCAATCAAATGACCTCCAAACAATACACTGGAAATTCCAACATGCCTGGGGGGCTCCCAAGGCAAGCTTACACCCAGAAAACAACACAGCTGGAGCACAAGTCACAAAT	57
4	106156997	106157117	TET2	GTACCAAGTTGAAATGAATCAAGGGCAGTCCCAAGGTACAGTGGACCAACATCTCCAGTTCCAAAAACCCTCACACCAGGTGCACTTCTCCAAAACAGACCATTTACCAAAAGCTCATGT	58
4	106157117	106157237	TET2	GCAGTCACTGTGTGGCACTAGATTTCATTTTCAACAAAGAGCAGATTCCCAAACTGAAAAACTTATGTCCCCAGTGTTGAAACAGCACTTGAATCAACAGGCTTCAGAGACTGAGCCATT	59
4	106157237	106157357	TET2	TTCAAACTCACACCTTTTGCAACATAAGCCTCATAAACAGGCAGCACAAACACAACCATCCCAGAGTTCACATCTCCCTCAAAACCAGCAACAGCAGCAAAAATTACAAATAAAGAATAA	60
4	106155197	106155317	TET2	GCTCCAGAATGGAAGCCCACTGCCTGAGAGAGCTCATCCAGAAGTAAATGGAGACACCAAGTGGCACTCTTTCAAAAGTTATTATGGAATACCCTGTATGAAGGGAAGCCAGAATAGTCG	61
4	106157357	106157477	TET2	AGAGGAAATACTCCAGACTTTTCCTCACCCCCAAAGCAACAATGATCAGCAAAGAGAAGGATCATTCTTTGGCCAGACTAAAGTGGAAGAATGTTTTCATGGTGAAAATCAGTATTCAAA	62
4	106157477	106157597	TET2	ATCAAGCGAGTTCGAGACTCATAATGTCCAAATGGGACTGGAGGAAGTACAGAATATAAATCGTAGAAATTCCCCTTATAGTCAGACCATGAAATCAAGTGCATGCAAAATACAGGTTTC	63
4	106157597	106157717	TET2	TTGTTCAAACAATACACACCTAGTTTCAGAGAATAAAGAACAGACTACACATCCTGAACTTTTTGCAGGAAACAAGACCCAAAACTTGCATCACATGCAATATTTTCCAAATAATGTGAT	64
4	106157717	106157837	TET2	CCCAAAGCAAGATCTTCTTCACAGGTGCTTTCAAGAACAGGAGCAGAAGTCACAACAAGCTTCAGTTCTACAGGGATATAAAAATAGAAACCAAGATATGTCTGGTCAACAAGCTGCGCA	65
4	106157837	106157957	TET2	ACTTGCTCAGCAAAGGTACTTGATACATAACCATGCAAATGTTTTTCCTGTGCCTGACCAGGGAGGAAGTCACACTCAGACCCCTCCCCAGAAGGACACTCAAAAGCATGCTGCTCTAAG	66
4	106157957	106158077	TET2	GTGGCATCTCTTACAGAAGCAAGAACAGCAGCAAACACAGCAACCCCAAACTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCACAGGCCAATTAAGGTGGAACCTGGATGCAAGCCACATGCCTGTAT	67
4	106158077	106158197	TET2	GCACACAGCACCACCAGAAAACAAAACATGGAAAAAGGTAACTAAGCAAGAGAATCCACCTGCAAGCTGTGATAATGTGCAGCAAAAGAGCATCATTGAGACCATGGAGCAGCATCTGAA	68
4	106158197	106158317	TET2	GCAGTTTCACGCCAAGTCGTTATTTGACCATAAGGCTCTTACTCTCAAATCACAGAAGCAAGTAAAAGTTGAAATGTCAGGGCCAGTCACAGTTTTGACTAGACAAACCACTGCTGCAGA	69
4	106158317	106158437	TET2	ACTTGATAGCCACACCCCAGCTTTAGAGCAGCAAACAACTTCTTCAGAAAAGACACCAACCAAAAGAACAGCTGCTTCTGTTCTCAATAATTTTATAGAGTCACCTTCCAAATTACTAGA	70
4	106158437	106158557	TET2	TACTCCTATAAAAAATTTATTGGATACACCTGTCAAGACTCAATATGATTTCCCATCTTGCAGATGTGTAGGTAAGTGCCAGAAATGTACTGAGACACATGGCGTTTATCCAGAATTAGC	71
4	106155317	106155437	TET2	TGTGAGTCCTGACTTTACACAAGAAAGTAGAGGGTATTCCAAGTGTTTGCAAAATGGAGGAATAAAACGCACAGTTAGTGAACCTTCTCTCTCTGGGCTCCTTCAGATCAAGAAATTGAA	72
4	106158557	106158677	TET2	AAATTTATCTTCAGATATGGGATTTTCCTTCTTTTTTTAAATCTTGAGTCTGGCAGCAATTTGTAAAGGCTCATAAAAATCTGAAGCTTACATTTTTTGTCAAGTTACCGATGCTTGTGT	73
4	106158677	106158797	TET2	CTTGTGAAAGAGAACTTCACTTACATGCAGTTTTTCCAAAAGAATTAAATAATCGTGCATGTTTATTTTTCCCTCTCTTCAGATCCTGTAAAATTTGAATGTATCTGTTTTAGATCAATT	74
4	106158797	106158917	TET2	CGCCTATTTAGCTCTTTGTATATTATCTCCTGGAGAGACAGCTAGGCAGCAAAAAAACAATCTATTAAAATGAGAAAATAACGACCATAGGCAGTCTAATGTACGAACTTTAAATATTTT	75
4	106158917	106159037	TET2	TTAATTCAAGGTAAAATATATTAGTTTCACAAGATTTCTGGCTAATAGGGAAATTATTATCTTCAGTCTTCATGAGTTGGGGGAAATGATAATGCTGACACTCTTAGTGCTCCTAAAGTT	76
4	106159037	106159156	TET2	TCCTTTTCTCCATTTATACATTTGGAATGTTGTGATTTATATTCATTTTGATTCCCTTTTCTCTAAAATTTCATCTTTTTGATTAAAAAATATGATACAGGCATACCTCAGAGATATTG	77
4	106155437	106155557	TET2	ACAAGACCAAAAGGCTAATGGAGAAAGACGTAACTTCGGGGTAAGCCAAGAAAGAAATCCAGGTGAAAGCAGTCAACCAAATGTCTCCGATTTGAGTGATAAGAAAGAATCTGTGAGTTC	78
4	106155557	106155677	TET2	TGTAGCCCAAGAAAATGCAGTTAAAGATTTCACCAGTTTTTCAACACATAACTGCAGTGGGCCTGAAAATCCAGAGCTTCAGATTCTGAATGAGCAGGAGGGGAAAAGTGCTAATTACCA	79
4	106155677	106155797	TET2	TGACAAGAACATTGTATTACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTTCCGTGGAACACACACATGGTGAACTCCTGGAAAAAACACTGTCTCAATA	80
4	106155797	106155917	TET2	TTATCCAGATTGTGTTTCCATTGCGGTGCAGAAAACCACATCTCACATAAATGCCATTAACAGTCAGGCTACTAATGAGTTGTCCTGTGAGATCACTCACCCATCGCATACCTCAGGGCA	81
4	106155917	106156037	TET2	GATCAATTCCGCACAGACCTCTAACTCTGAGCTGCCTCCAAAGCCAGCTGCAGTGGTGAGTGAGGCCTGTGATGCTGATGATGCTGATAATGCCAGTAAACTAGCTGCAATGCTAAATAC	82
4	106156037	106156157	TET2	CTGTTCCTTTCAGAAACCAGAACAACTACAACAACAAAAATCAGTTTTTGAGATATGCCCATCTCCTGCAGAAAATAACATCCAGGGAACCACAAAGCTAGCGTCTGGTGAAGAATTCTG	83
4	106161458	106161578	TET2	AATAAAACGAGGTATGCCTGTATTTTTAAAAAAAGCTTTTTGTTAAAATTCAGGATATGTAATAGGTCTGTAGGAATAGTGAAATATTTTTGCTGATGGATGTAGATATATACGTGGATA	84
4	106162538	106162658	TET2	AGGAGCAGGTCCTAATGTGGCAGCTATTAGAGAAATCATGGAAGAAAGGTAATTAACGCAAAGGCACAGGGCAGATTAACGTTTATCCTTTTGTATATGTCAGAATTTTTCCAGCCTTCA	85
4	106162658	106162778	TET2	CACACAAAGCAGTAAACAATTGTAAATTGAGTAATTATTAGTAGGCTTAGCTATTCTAGGGTTGCCAACACTACACACTGTGCTATTCACCAGAGAGTCACAATATTTGACAGGACTAAT	86
4	106162778	106162898	TET2	AGTCTGCTAGCTGGCACAGGCTGCCCACTTTGCGATGGATGCCAGAAAACCCAGGCATGAACAGGAATCGGCCAGCCAGGCTGCCAGCCACAAGGTACTGGCACAGGCTCCAACGAGAGG	87
4	106162898	106163018	TET2	TCCCACTCTGGCTTTCCCACCTGATAATAAAGTGTCAAAGCAGAAAGACTGGTAAAGTGTGGTATAAGAAAAGAACCACTGAATTAAATTCACCTAGTGTTGCAAATGAGTACTTATCTC	88
4	106163018	106163138	TET2	TAAGTTTTCTTTTACCATAAAAAGAGAGCAAGTGTGATATGTTGAATAGAAAGAGAAACATACTATTTACAGCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTCGCTATCAATCACAGGTATACAAGTACT	89
4	106163138	106163258	TET2	TGCCTTTACTCCTGCATGTAGAAGACTCTTATGAGCGAGATAATGCAGAGAAGGCCTTTCATATAAATTTATACAGCTCTGAGCTGTTCTTCTTCTAGGGTGCCTTTTCATTAAGAGGTA	90
4	106163258	106163378	TET2	GGCAGTATTATTATTAAAGTACTTAGGATACATTGGGGCAGCTAGGACATATTCAGTATCATTCTTGCTCCATTTCCAAATTATTCATTTCTAAATTAGCATGTAGAAGTTCACTAAATA	91
4	106163378	106163498	TET2	ATCATCTAGTGGCCTGGCAGAAATAGTGAATTTCCCTAAGTGCCTTTTTTTTGTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTAAACAAGCAGTAGGTGGTGCTTTGGTCATAAGGGAAGATATAGTC	92
4	106163498	106163618	TET2	TATTTCTAGGACTATTCCATATTTTCCATGTGGCTGGATACTAACTATTTGCCAGCCTCCTTTTCTAAATTGTGAGACATTCTTGGAGGAACAGTTCTAACTAAAATCTATTATGACTCC	93
4	106163618	106163738	TET2	CCAAGTTTTAAAATAGCTAAATTTAGTAAGGGAAAAAATAGTTTATGTTTTAGAAGACTGAACTTAGCAAACTAACCTGAATTTTGTGCTTTGTGAAATTTTATATCGAAATGAGCTTTC	94
4	106161578	106161698	TET2	GAGATGAAGATCTTAATTATAGCTATGCAGCATAGATTTAGTCAAAGACATTTGAAAAGACAAATGTTAAATTAGTGTGGCTAATGACCTACCCGTGCCATGTTTTCCCTCTTGCAATGA	95
4	106163738	106163858	TET2	CCATTTTCACCCACATGTAATTTACAAAATAGTTCATTACAATTATCTGTACATTTTGATATTGAGGAAAAACAAGGCTTAAAAACCATTATCCAGTTTGCTTGGCGTAGACCTGTTTAA	96
4	106163858	106163978	TET2	AAAATAATAAACCGTTCATTTCTCAGGATGTGGTCATAGAATAAAGTTATGCTCAAATGTTCAAATATTTTGATTGCCTCTTGAATTCATTTGCTAATTGTATGTGTGTGTGTTTCTGTG	97
4	106161698	106161818	TET2	GATACCCCACACTGTGTAGAAGGATGGAGGGAGGACTCCTACTGTCCCTCTTTGCGTGTGGTTATTAAGTTGCCTCACTGGGCTAAAACACCACACATCTCATAGATAATATTTGGTAAG	98
4	106161818	106161938	TET2	TTGTAATCGTCTTCACTCTTCTCTTATCACCCACCCCTATCTTCCCACTTTTCCATCTTTGTTGGTTTGCAACAGCCCCTTCTTTTTGCCTGACTCTCCAGGATTTTCTCTCATCATAAA	99
4	106161938	106162058	TET2	TTGTTCTAAAGTACATACTAATATGGGTCTGGATTGACTATTCTTATTTGCAAAACAGCAATTAAATGTTATAGGGAAGTAGGAAGAAAAAGGGGTATCCTTGACAATAAACCAAGCAAT	100
4	106162058	106162178	TET2	ATTCTGGGGGTGGGATAGAGCAGGAAATTTTATTTTTAATCTTTTAAAATCCAAGTAATAGGTAGGCTTCCAGTTAGCTTTAAATGTTTTTTTTTTCCAGCTCAAAAAATTGGATTGTAG	101
4	106162178	106162298	TET2	TTGATACTACATATAATACATTCTAATTCCCTCACTGTATTCTTTGTTTAGTTTCATTTATTTGGTTTAAAATAATTTTTTATCCCATATCTGAAATGTAATATATTTTTATCCAACAAC	102
4	106162298	106162418	TET2	CAGCATGTACATATACTTAATTATGTGGCACATTTTCTAATAGATCAGTCCATCAATCTACTCATTTTAAAGAAAAAAAAATTTTAAAGTCACTTTTAGAGCCCTTAATGTGTAGTTGGG	103
4	106162418	106162538	TET2	GGTTAAGCTTTGTGGATGTAGCCTTTATATTTAGTATAATTGAGGTCTAAAATAATAATCTTCTATTATCTCAACAGAGCAAATTATTGAAAAAGATGAAGGTCCTTTTTATACCCATCT	104
4	106163977	106164097	TET2	GGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGCTATTAGGATTGAAAGAGTCATCTATACTGGTAAAGAAGGCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTAAGTGTGACTT	105
4	106164710	106164830	TET2	ATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAGTGAAGAGAAGCTACTGTGTTTGGTGCGGGAGCGAGCTGGCCACACCTGTGAGGCTGCAGTGATTGTGATTCTCATCCTGGTGTG	106
4	106164830	106164950	TET2	GGAAGGAATCCCGCTGTCTCTGGCTGACAAACTCTACTCGGAGCTTACCGAGACGCTGAGGAAATACGGCACGCTCACCAATCGCCGGTGTGCCTTGAATGAAGAGTAAGTGAAGCCCAG	107
4	106180731	106180851	TET2	ATAATGCTATCCATAGCAATGAATTTGGTCTTTTGATTTTTCAGGAGAACTTGCGCCTGTCAGGGGCTGGATCCAGAAACCTGTGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTCATGGAGCATG	108
4	106180851	106180971	TET2	TACTACAATGGATGTAAGTTTGCCAGAAGCAAGATCCCAAGGAAGTTTAAGCTGCTTGGGGATGACCCAAAAGAGGTTTGTTTACTTCCTGATGTATAATCGCTTTATTTTTCATAGAGA	109
4	106182900	106183020	TET2	ATTCACTTTATACAGGAAGAGAAACTGGAGTCTCATTTGCAAAACCTGTCCACTCTTATGGCACCAACATATAAGAAACTTGCACCTGATGCATATAATAATCAGGTAAGTTTAAATAAT	110
4	106190715	106190835	TET2	GTAAGAGTAAAACTAACTACTTTCGCATTCACACACACTTTTATTTTTCAGATTGAATATGAACACAGAGCACCAGAGTGCCGTCTGGGTCTGAAGGAAGGCCGTCCATTCTCAGGGGTC	111
4	106190835	106190955	TET2	ACTGCATGTTTGGACTTCTGTGCTCATGCCCACAGAGACTTGCACAACATGCAGAATGGCAGCACATTGGTAAGTTGGGCTGAGGACAGCTTAGCAGCTGTTGAGTCTGTTCTCACACTG	112
4	106193718	106193838	TET2	AGGTATGCACTCTCACTAGAGAAGACAATCGAGAATTTGGAGGAAAACCTGAGGATGAGCAGCTTCACGTTCTGCCTTTATACAAAGTCTCTGACGTGGATGAGTTTGGGAGTGTGGAAG	113
4	106193838	106193958	TET2	CTCAGGAGGAGAAAAAACGGAGTGGTGCCATTCAGGTACTGAGTTCTTTTCGGCGAAAAGTCAGGATGTTAGCAGAGCCAGTCAAGACTTGCCGACAAAGGAAACTAGAAGCCAAGAAAG	114
4	106193958	106194078	TET2	CTGCAGCTGAAAAGCTTTCCTCCCTGGAGAACAGCTCAAATAAAAATGAAAAGGAAAAGTCAGCCCCATCACGTACAAAACAAACTGAAAACGCAAGCCAGGCTAAACAGTTGGCAGGTA	115
4	106196122	106196241	TET2	TTTAAGTATCCTCACTAGCCTTCATAAAATAATCATCAACATCAAAGATACCTGTTTCTGTTCTCTCTTACCCTGTCCACAGAACTTTTGCGACTTTCAGGACCAGTCATGCAGCAGTC	116
4	106196292	106196412	TET2	GAGACCCCAGCAGCAGCAGCCACATCACCCTCAGACAGAGTCTGTCAACTCTTATTCTGCTTCTGGATCCACCAATCCATACATGAGACGGCCCAATCCAGTTAGTCCTTATCCAAACTC	117
4	106197372	106197492	TET2	CCAGCATAAGAGCATGAATGAGCCAAAACATGGCTTGGCTCTTTGGGAAGCCAAAATGGCTGAAAAAGCCCGTGAGAAAGAGGAAGAGTGTGAAAAGTATGGCCCAGACTATGTGCCTCA	118
4	106197492	106197612	TET2	GAAATCCCATGGCAAAAAAGTGAAACGGGAGCCTGCTGAGCCACATGAAACTTCAGAGCCCACTTACCTGCGTTTCATCAAGTCTCTTGCCGAAAGGACCATGTCCGTGACCACAGACTC	119
4	106197612	106197732	TET2	CACAGTAACTACATCTCCATATGCCTTCACTCGGGTCACAGGGCCTTACAACAGATATATATGATATCACCCCCTTTTGTTGGTTACCTCACTTGAAAAGACCACAACCAACCTGTCAGT	120
4	106196412	106196532	TET2	TTCACACACTTCAGATATCTATGGAAGCACCAGCCCTATGAACTTCTATTCCACCTCATCTCAAGCTGCAGGTTCATATTTGAATTCTTCTAATCCCATGAACCCTTACCCTGGGCTTTT	121
4	106196532	106196652	TET2	GAATCAGAATACCCAATATCCATCATATCAATGCAATGGAAACCTATCAGTGGACAACTGCTCCCCATATCTGGGTTCCTATTCTCCCCAGTCTCAGCCGATGGATCTGTATAGGTATCC	122
4	106196652	106196772	TET2	AAGCCAAGACCCTCTGTCTAAGCTCAGTCTACCACCCATCCATACACTTTACCAGCCAAGGTTTGGAAATAGCCAGAGTTTTACATCTAAATACTTAGGTTATGGAAACCAAAATATGCA	123
4	106196772	106196892	TET2	GGGAGATGGTTTCAGCAGTTGTACCATTAGACCAAATGTACATCATGTAGGGAAATTGCCTCCTTATCCCACTCATGAGATGGATGGCCACTTCATGGGAGCCACCTCTAGATTACCACC	124
4	106196892	106197012	TET2	CAATCTGAGCAATCCAAACATGGACTATAAAAATGGTGAACATCATTCACCTTCTCACATAATCCATAACTACAGTGCAGCTCCGGGCATGTTCAACAGCTCTCTTCATGCCCTGCATCT	125
4	106197012	106197132	TET2	CCAAAACAAGGAGAATGACATGCTTTCCCACACAGCTAATGGGTTATCAAAGATGCTTCCAGCTCTTAACCATGATAGAACTGCTTGTGTCCAAGGAGGCTTACACAAATTAAGTGATGC	126
4	106197132	106197252	TET2	TAATGGTCAGGAAAAGCAGCCATTGGCACTAGTCCAGGGTGTGGCTTCTGGTGCAGAGGACAACGATGAGGTCTGGTCAGACAGCGAGCAGAGCTTTCTGGATCCTGACATTGGGGGAGT	127
4	106197252	106197372	TET2	GGCCGTGGCTCCAACTCATGGGTCAATTCTCATTGAGTGTGCAAAGCGTGAGCTGCATGCCACAACCCCTTTAAAGAATCCCAATAGGAATCACCCCACCAGGATCTCCCTCGTCTTTTA	128

表8

染色體	起始	停止	基因	探針序列	序列編碼
20	30946588	30946708	ASXL1	AACAGAAGAAGAAGAAGGAGCGCACGTGGGCCGAGGCCGCGCGCCTGGTGAGGCGGACAGCCGAGGGGGGCTCCGTGGGGCCCGGGGTGGGGGGGGCTCGCCGCGCACCCCCCCACTGGG	129
20	30954168	30954288	ASXL1	ACGTTTATATTTCTTCAGGTATTAGAAAACTACTCGGATGCTCCAATGACACCAAAACAGATTCTGCAGGTCATAGAGGCAGAAGGACTAAAGGAAATGAGGTTTGTATTGTTCTTGTTG	130
20	30954286	30954406	ASXL1	TGCTTAACATGAGGGTTTCATAGGATATGTGTCTTTCTGTAGTTGTAGTGATATGAGTAAGTACACCTGTGTATGTATTTGTGCTTCTGTGTCTGGTAGTGAGATGGAACTATCCATTTC	131
20	30956811	30956931	ASXL1	TTACAGTGGGACTTCCCCTCTCGCATGCCTCAATGCTATGCTACATTCCAATTCAAGAGGAGGAGAGGGGTTGTTTTATAAACTGCCTGGCCGAATCAGCCTTTTCACGCTCAAGGTAAG	132
20	30959880	30960000	ASXL1	TTGTAATTTGGCTCTGGGCAGAATTCTTGGCATAGTACGTGCTTTATGTGTGAACTGAATTATATTTCTTCATCTTAATTTTACAGGTGTGAGCCACTGCACCAGGCCCCTTCATCTTAA	133
20	30960000	30960120	ASXL1	TTTTAATATATCTTTGAATAAACACCATTGTATGAACCTGCTGTAAGCTTGGGAGTGGTCTGTTAGTCTACAGCTTGTGTCTGAGATGTGCTAATTGAATATTTGCTCAGTACCTCATCT	134
20	30960120	30960239	ASXL1	TAACTGCCTTTGGCTTTATGTTGCTTATCCTTCATAGTATCTTGTTCATTGGCCTTTTACATCCATAGGCATCACTTCTCTGATATTCGTTGTGCTCTTTTAATGGATTAATGGTTTGC	135
20	31015870	31015990	ASXL1	CTGCCTTGCTTTAAGAATTTGTAGGGTTTTGTTCACCTGAGTTGTACCTTGCTGTCACAGAAGGATGCCCTGCAGTGGTCTCGCCATCCAGCTACAGTGGAGGGAGAGGAGCCAGAGGAC	136
20	31015990	31016110	ASXL1	ACGGCTGATGTGGAGAGCTGTGGGTCTAATGAAGCCAGCACTGTGAGTGGTGAAAACGATGGTAAGGACCCTTTAATGGATGGGTGAGGGAGCCACAGCAGGCACTAGGGACTAACCTTT	137
20	31016116	31016236	ASXL1	CTCTCTTCCAGTATCTCTTGATGAAACATCTTCGAACGCATCCTGTTCTACAGAATCTCAGAGTCGACCTCTTTCCAATCCCAGGGACAGCTACAGAGCTTCCTCACAGGTAAGGAAGAG	138
20	31017127	31017247	ASXL1	TCTTGGAACGCAGGCGAACAAACAAAAGAAAAAGACTGGGGTGATGCTGCCTCGAGTTGTCCTGACTCCTCTGAAGGTAAACGGGGCCCACGTGGAATCTGCATCAGGTATGTGTAAACT	139
20	31017659	31017779	ASXL1	GCGGCTTGGTGATACTTTTGACCAGTGGAATGCTGTGCCTTCAGGGTTCTCGGGCTGCCACGCCGATGGCGAGAGCGGCAGCCCGTCCAGCAGCAGCAGCGGCTCTCTGGCCCTGGGCAG	140
20	31017779	31017899	ASXL1	CGCTGCTATTCGTGGCCAGGCCGAGGTCACCCAGGACCCTGCCCCGCTCCTGAGAGGCTTCCGGAAGCCAGCCACAGGTGAGTGGCGTGGCACTTATTTCTCTGCCTGTAAAGGGGGCCC	141
20	31019085	31019205	ASXL1	AAAAAGCTGAAATCTATACCTTGCTTCAAAAATCATAGGTCAAATGAAGCGCAACAGAGGGGAAGAAATAGATTTTGAGACACCTGGGTCCATTCTTGTCAACACCAACCTCCGTGCCCT	142
20	31019205	31019325	ASXL1	GATCAACTCTCGGACCTTCCATGCCTTACCATCACACTTCCAGCAGCAGCTCCTCTTCCTCCTGCCTGAAGTAGACAGACAGGTGCACATGGGCAGCCTCCCCTTTGCCTCTCTCTGGGT	143
20	31019373	31019493	ASXL1	TGATCCTTCTAGGTGGGGACGGATGGCCTGTTGCGTCTCAGCAGCAGTGCACTAAATAACGAGTTTTTTACCCATGCGGCTCAGAGCTGGCGGGAGCGCCTGGCTGATGGTATGTAGACT	144
20	31020621	31020740	ASXL1	TCCATAAGACAGACATTAATATCCCGAATGCACTTACTAGAAGAGGTTTATTTCTCCCTAGGTGAATTTACTCATGAGATGCAAGTCAGGATACGACAGGAAATGGAGAAGGAAAAGAA	145
20	31020742	31020862	ASXL1	TGGAACAATGGAAAGAAAAGTTCTTTGAAGACTACTATGGACAGAAGTAAGGCAGTTGGAGCTATGAGTCCTGGTCTGGGGTTTTGAGGGGATAGAGGTAGATGGTCTCAAAATAGCATA	146
20	31021043	31021163	ASXL1	TCCACTCTGGCCTGAAACTGATGGCTGTGATTTTGATTTGCAGGCTGGGTTTGACCAAAGAAGAGTCATTGCAGCAGAACGTGGGCCAGGAGGAGGCTGAAATCAAAAGTGGCTTGTGTG	147
20	31021163	31021283	ASXL1	TCCCAGGAGAATCAGTGCGTATACAGCGTGGTCCAGCCACCCGACAGCGAGATGGGCATTTTAAGAAACGCTCTCGGCCAGATCTCCGAACCAGAGCCAGAAGGAATCTGTACAAAAAAC	148
20	31021283	31021403	ASXL1	AGGAGTCAGAACAAGCAGGGGTTGCTAAGGATGCAAAATCTGTGGCCTCAGATGTTCCCCTCTACAAGGATGGGGAGGCTAAGACTGACCCAGCAGGGCTGAGCAGTCCCCATCTGCCAG	149
20	31021403	31021523	ASXL1	GCACATCCTCTGCAGCACCCGACCTGGAGGGTCCCGAATTCCCAGTTGAGTCTGTGGCTTCTCGGATCCAGGCTGAGCCAGACAACTTGGCACGTGCCTCTGCATCTCCAGACAGAATTC	150
20	31021523	31021643	ASXL1	CTAGCCTGCCTCAGGAAACTGTGGATCAGGAACCCAAGGATCAGAAGAGGAAATCCTTTGAGCAGGCGGCCTCTGCATCCTTTCCCGAAAAGAAGCCCCGGCTTGAAGATCGTCAGTCCT	151
20	31021643	31021763	ASXL1	TTCGTAACACAATTGAAAGTGTTCACACCGAAAAGCCACAGCCCACTAAAGAGGAGCCCAAAGTCCCGCCCATCCGGGTAGGAGACTGTTTGATTCCTGGCTGCCCTGGAGCCAGGTTTT	152
20	31022188	31022308	ASXL1	AGATCACCCAGTCAGTTAAAACTATTTTCTAATTCTTTTTTTGCAGATTCAACTTTCACGTATCAAACCACCCTGGGTGGTTAAAGGTCAGCCCACTTACCAGATATGCCCCCGGATCAT	153
20	31023268	31023388	ASXL1	CATACCATCTGTTGAGCCCCAGGTTGGAGAGGAGTGGGAGAAAGCTGCTCCCACCCCTCCTGCATTGCCTGGGGATTTGACAGCTGAGGAGGGTCTAGATCCTCTTGACAGCCTTACTTC	154
20	31023388	31023508	ASXL1	ACTCTGGACTGTGCCATCTCGAGGAGGCAGTGACAGCAATGGCAGTTACTGTCAACAGGTGGACATTGAAAAGCTGAAAATCAACGGAGACTCTGAAGCACTGAGTCCTCACGGTGAGTC	155
20	31023508	31023628	ASXL1	CACGGATACAGCCTCTGACTTTGAAGGTCACCTCACGGAGGACAGCAGTGAGGCTGACACTAGAGAAGCTGCAGTGACAAAGGGATCTTCGGTGGACAAGGATGAGAAACCCAATTGGAA	156
20	31023628	31023748	ASXL1	CCAATCTGCCCCACTGTCCAAGGTGAATGGTGACATGCGTCTGGTTACAAGGACAGATGGGATGGTTGCTCCTCAGAGCTGGGTGTCTCGAGTATGTGCGGTCCGCCAAAAGATCCCAGA	157
20	31023748	31023868	ASXL1	TTCCCTACTGCTGGCCAGTACTGAGTACCAGCCAAGAGCCGTGTGCCTGTCCATGCCTGGGTCCTCAGTGGAGGCCACTAACCCACTTGTGATGCAGTTGCTGCAGGGTAGCTTGCCCCT	158
20	31023868	31023988	ASXL1	AGAGAAGGTTCTTCCACCAGCCCACGATGACAGCATGTCAGAATCCCCACAAGTACCACTTACAAAAGACCAGAGCCATGGCTCGCTACGCATGGGATCTTTACATGGTCTTGGAAAAAA	159
20	31023988	31024108	ASXL1	CAGTGGCATGGTTGATGGAAGCAGCCCCAGTTCTTTAAGGGCTTTGAAGGAGCCTCTTCTGCCAGATAGCTGTGAAACAGGCACTGGTCTTGCCAGGATTGAGGCCACCCAGGCTCCTGG	160
20	31024108	31024228	ASXL1	AGCACCCCAAAAGAATTGCAAGGCAGTCCCAAGTTTTGACTCCCTCCATCCAGTGACAAATCCCATTACATCCTCTAGGAAACTGGAAGAAATGGATTCCAAAGAGCAGTTCTCTTCCTT	161
20	31024228	31024348	ASXL1	TAGTTGTGAAGATCAGAAGGAAGTCCGTGCTATGTCACAGGACAGTAATTCAAATGCTGCTCCAGGAAAGAGCCCAGGAGATCTTACTACCTCGAGAACACCTCGTTTCTCATCTCCAAA	162
20	31024348	31024468	ASXL1	TGTGATCTCCTTTGGTCCAGAGCAGACAGGTCGGGCCCTGGGTGATCAGAGCAATGTTACAGGCCAAGGGAAGAAGCTTTTTGGCTCTGGGAATGTGGCTGCAACCCTTCAGCGCCCCAG	163
20	31022308	31022428	ASXL1	CCCCACCACGGAGTCCTCCTGCCGGGGTTGGACTGGCGCCAGGACCCTCGCAGACATTAAAGCCCGTGCTCTGCAGGTCCGAGGGGCGAGAGGTCACCACTGCCATAGAGAGGCGGCCAC	164
20	31024468	31024588	ASXL1	GCCTGCGGACCCGATGCCTCTTCCTGCTGAGATCCCTCCAGTTTTTCCCAGTGGGAAGTTGGGACCAAGCACAAACTCCATGTCTGGTGGGGTACAGACTCCAAGGGAAGACTGGGCTCC	165
20	31024588	31024708	ASXL1	AAAGCCACATGCCTTTGTTGGCAGCGTCAAGAATGAGAAGACTTTTGTGGGGGGTCCTCTTAAGGCAAATGCCGAGAACAGGAAAGCTACTGGGCATAGTCCCCTGGAACTGGTGGGTCA	166
20	31024708	31024828	ASXL1	CTTGGAAGGGATGCCCTTTGTCATGGACTTGCCCTTCTGGAAATTACCCCGAGAGCCAGGGAAGGGGCTCAGTGAGCCTCTGGAGCCTTCTTCTCTCCCCTCCCAACTCAGCATCAAGCA	167
20	31024828	31024948	ASXL1	GGCATTTTATGGGAAGCTTTCTAAACTCCAACTGAGTTCCACCAGCTTTAATTATTCCTCTAGCTCTCCCACCTTTCCCAAAGGCCTTGCTGGAAGTGTGGTGCAGCTGAGCCACAAAGC	168
20	31024948	31025068	ASXL1	AAACTTTGGTGCGAGCCACAGTGCATCACTTTCCTTGCAAATGTTCACTGACAGCAGCACGGTGGAAAGCATCTCGCTCCAGTGTGCGTGCAGCCTGAAAGCCATGATCATGTGCCAAGG	169
20	31025068	31025188	ASXL1	CTGCGGTGCGTTCTGTCACGATGACTGTATTGGACCCTCAAAGCTCTGTGTATTGTGCCTTGTGGTGAGATAATAAATTATGGCCATGGGAAACATTGTATATTTAGTGTGTGTATTTTG	170
20	31022428	31022548	ASXL1	CACTGCCATCGGAGGGGGGGGTGGCCCGGGTGGAGGTGGCGGCGGGGCCACCGATGAGGGAGGTGGCAGAGGCAGCAGCAGTGGTGATGGTGGTGAGGCCTGTGGCCACCCTGAGCCCAG	171
20	31022548	31022668	ASXL1	GGGAGGCCCGAGCACCCCTGGAAAGTGTACGTCAGATCTACAGCGAACACAACTACTGCCGCCTTATCCTCTAAATGGGGAGCATACCCAGGCCGGAACTGCCATGTCCAGAGCTAGGAG	172
20	31022668	31022788	ASXL1	AGAGGACCTGCCTTCTCTGAGAAAGGAGGAAAGCTGCCTACTACAGAGGGCTACAGTTGGACTCACAGATGGGCTAGGAGATGCCTCCCAACTCCCCGTTGCTCCCACTGGGGACCAGCC	173.
20	31022788	31022908	ASXL1	ATGCCAGGCCTTGCCCCTACTGTCCTCCCAAACCTCAGTAGCTGAGAGATTAGTGGAGCAGCCTCAGTTGCATCCGGATGTTAGAACTGAATGTGAGTCTGGCACCACTTCCTGGGAAAG	174
20	31022908	31023028	ASXL1	TGATGATGAGGAGCAAGGACCCACCGTTCCTGCAGACAATGGTCCCATTCTGTCTCTAGTGGGAGATGATACATTAGAGAAAGGAACTGGCCAAGCTCTTGACAGTCATCCCACTATGAA	175
20	31023028	31023148	ASXL1	GGATCCTGTAAATGTGACCCCCAGTTCCACACCTGAATCCTCACCGACTGATTGCCTGCAGAACAGAGCATTTGATGACGAATTAGGGCTTGGTGGCTCATGCCCTCCTATGAGGGAAAG	176
20	31023148	31023268	ASXL1	TGATACTAGACAAGAAAACTTGAAAACCAAGGCTCTCGTTTCTAACAGTTCTTTGCATTGGATACCCATCCCATCGAATGATGAGGTAGTGAAACAGCCCAAACCAGAATCCAGAGAACA	177

表9

染色體	起始	停止	基因	探針序列	序列編碼
17	58677676	58677796	PPM1D	TCGAAGATAAACAATAGTTGGCCGGCGAGCGCCTAGTGTGTCTCCCGCCGCCGGATTCGGCGGGCTGCGTGGGACCGGCGGGATCCCGGCCAGCCGGCCATGGCGGGGCTGTACTCGCTG	178
17	58677796	58677915	PPM1D	GGAGTGAGCGTCTTCTCCGACCAGGGCGGGAGGAAGTACATGGAGGACGTTACTCAAATCGTTGTGGAGCCCGAACCGACGGCTGAAGAAAAGCCCTCGCCGCGGCGGTCGCTGTCTCA	179
17	58677926	58678046	PPM1D	CGCGGCCGTCGCCGGCCGCCCTTCCCGGCGGCGAAGTCTCGGGGAAAGGCCCAGCGGTGGCAGCCCGAGAGGCTCGCGACCCTCTCCCGGACGCCGGGGCCTCGCCGGCACCTAGCCGCT	180
17	58678046	58678166	PPM1D	GCTGCCGCCGCCGTTCCTCCGTGGCCTTTTTCGCCGTGTGCGACGGGCACGGCGGGCGGGAGGCGGCACAGTTTGCCCGGGAGCACTTGTGGGGTTTCATCAAGAAGCAGAAGGGTTTCA	181
17	58678166	58678286	PPM1D	CCTCGTCCGAGCCGGCTAAGGTTTGCGCTGCCATCCGCAAAGGCTTTCTCGCTTGTCACCTTGCCATGTGGAAGAAACTGGGTAAGTTCCCTGGCTTGTTTGGCGCCCGCCCCTTTTTCA	182
17	58700875	58700995	PPM1D	TTACAGCGGAATGGCCAAAGACTATGACGGGTCTTCCTAGCACATCAGGGACAACTGCCAGTGTGGTCATCATTCGGGGCATGAAGATGTATGTAGCTCACGTAGGTGACTCAGGGGTGG	183
17	58700995	58701115	PPM1D	TTCTTGGAATTCAGGATGACCCGAAGGATGACTTTGTCAGAGCTGTGGAGGTGACACAGGACCATAAGCCAGAACTTCCCAAGGAAAGAGAACGAATCGAAGGACTTGGTGGGAGGTAAC	184
17	58711155	58711275	PPM1D	TATCTTAGTTGTTGTATTTTAATCATTTAGATTATTTATGTGAACTCTTTATTTTTAGTGTAATGAACAAGTCTGGGGTGAATCGTGTAGTTTGGAAACGACCTCGACTCACTCACAATG	185
17	58711275	58711395	PPM1D	GACCTGTTAGAAGGAGCACAGTTATTGACCAGATTCCTTTTCTGGCAGTAGCAAGAGCACTTGGTAAGTAGGACTTAATTTGGTGAAATTATATTGAATTTTCTACAATATATGGTGGCA	186
17	58725228	58725348	PPM1D	GCTTTTTCTGCTCCCTTCCCCCAGGTGATTTGTGGAGCTATGATTTCTTCAGTGGTGAATTTGTGGTGTCACCTGAACCAGACACAAGTGTCCACACTCTTGACCCTCAGAAGCACAAGT	187
17	58725348	58725468	PPM1D	ATATTATATTGGGGAGTGATGGACTTTGGAATATGATTCCACCACAAGATGCCATCTCAATGTGCCAGGACCAAGAGGAGAAAAAATACCTGATGGTGAGATGTGATTGAATAACTTGAT	188
17	58733901	58734021	PPM1D	AGATGTAGTGGCAGCTAAATCTGAGTTACTTTCCTTCTCCTTGTTCTTTTGAATACAGGGTGAGCATGGACAATCTTGTGCCAAAATGCTTGTGAATCGAGCATTGGGCCGCTGGAGGCA	189
17	58734021	58734141	PPM1D	GCGTATGCTCCGAGCAGATAACACTAGTGCCATAGTAATCTGCATCTCTCCAGAAGTGGACAATCAGGGAAACTTTACCAATGAAGATGAGTTATACCTGAACCTGACTGACAGCCCTTC	190
17	58734141	58734261	PPM1D	CTATAATAGTCAAGAAACCTGTGTGATGACTCCTTCCCCATGTTCTACACCACCAGTCAAGGTATATAGTTCCATAGTTTTTAAGTTATGTTTTAATAGACACCAGTTCTTTGGTTAGCG	191
17	58734240	58734360	PPM1D	ACACCAGTTCTTTGGTTAGCGTCACCTGGAAACAATTTTTAAATTCTTACAGGATTTTGGATTTGAACTCGATTCAAGAAAGTGATGTAACTTATTATCAGAGAGCCATCTTTACATCAA	192
17	58734360	58734479	PPM1D	TACTAATCTGAATGCCAGCCATGTGTACAGCACTAATAAAAAGGTGATTGTGGGCCCTTAAGAATATTATTGTTTGCCATCTAATGCTATGAACATTATTTTTAAAGCATTTAGAAGTT	193
17	58740334	58740454	PPM1D	TTTTACCTTCTTATTTTTCAGTCACTGGAGGAGGATCCATGGCCAAGGGTGAATTCTAAGGACCATATACCTGCCCTGGTTCGTAGCAATGCCTTCTCAGAGAATTTTTTAGAGGTTTCA	194
17	58740454	58740574	PPM1D	GCTGAGATAGCTCGAGAGAATGTCCAAGGTGTAGTCATACCCTCAAAAGATCCAGAACCACTTGAAGAAAATTGCGCTAAAGCCCTGACTTTAAGGATACATGATTCTTTGAATAATAGC	195
17	58740574	58740694	PPM1D	CTTCCAATTGGCCTTGTGCCTACTAATTCAACAAACACTGTCATGGACCAAAAAAATTTGAAGATGTCAACTCCTGGCCAAATGAAAGCCCAAGAAATTGAAAGAACCCCTCCAACAAAC	196
17	58740694	58740814	PPM1D	TTTAAAAGGACATTAGAAGAGTCCAATTCTGGCCCCCTGATGAAGAAGCATAGACGAAATGGCTTAAGTCGAAGTAGTGGTGCTCAGCCTGCAAGTCTCCCCACAACCTCACAGCGAAAG	197
17	58740814	58740934	PPM1D	AACTCTGTTAAACTCACCATGCGACGCAGACTTAGGGGCCAGAAGAAAATTGGAAATCCTTTACTTCATCAACACAGGAAAACTGTTTGTGTTTGCTGAAATGCATCTGGGAAATGAGGT	198

其例示地提示對DNMT3A、TET2、ASXL1及PPM1D基因的NGS面板的所有序列中針對檢測出體細胞序列突變之染色體序列的探針序列資訊，前述突變檢測製劑並不限於此。

前述組合物可以用於分離自個體的生物試樣的基因分析，前述基因分析包括次世代定序分析法（Next Generation Sequencing，NGS）及基於PCR之方法，例如實時定量PCR、blocker PCR、數位滴式（droplet）PCR（ddPCR）、箝位PCR、ICE-COLD PCR、castPCR、ARMS PCR、BEAMing等，但並不限定於此。

並且，能夠檢測前述蛋白質之製劑可以為能夠與前述蛋白質特異性結合之單株抗體、多株抗體、嵌合（chimeric）抗體、該等抗體的片段（scFv）或適體（aptamer），但並不限定於此。

依本發明的又一態樣，提供用於預測個體的肺癌治療預後之套組，其包含前述組合物。

具體而言，前述套組由適合於分析方法之一種或其以上的其他構成成分組合物、溶液或裝置所構成。例如，前述套組可以為RT-PCR（Reverse transcription polymerase chain reaction）套組、DNA晶片套組、ELISA（Enzyme-linked immunosorbent assay）套組、蛋白質晶片套組或快速檢測（rapid）套組。

在一具體實施例中，前述套組中所包含之前述組合物可以為面板（panel）形態，但並不限定於此。

依本發明的又一態樣，提供基因分析用面板，其包含前述組合物。前述基因分析用面板可以以次世代定序分析法（NGS）為基礎，其可以用於探索與複製性造血相關的基因突變，或者，應用於與肺癌治療相關預後的預測。藉由基因分析用面板，實施者能夠對要進行鹼基序列分析之基因的區域，進而對要探索基因的突變之區域執行分析。並且，實施者藉由基因分析用面板，在一次分析中能夠執行對複數個標的基因的同時分析。基因分析用面板可以包含具有針對標的基因各自的互補鹼基序列之探針（probe），各個探針能夠藉由雜交反應（hybridization）對分離自個體的生物試樣內之標的基因區域特異性結合。例如，用於檢測與複製性造血相關的基因突變之基因分析用面板可以包含針對選自於由APC、ASXL1、ASXL2、ATM、BCL11B、BCOR、BCORL1、BIRC3、BRAF、BRCC3、CARD11、CASP8、CBL、CD58、CD79B、CNOT3、CREBBP、CUX1、DDX3X、DNMT3A、EP300、ETV6、EZH2、FAM46C、FBXW7、FLT3、FOXP1、GNAS、GNB1、GPS2、HIST1H1C、IDH2、IKZF1、IKZF2、JAK1、JAK2、JAK3、JARID2、KDM6A、KIT、KLHL6、KMT2D、KRAS、LUC7L2、MAP3K1、MPL、MYD88、NF1、NFE2L2、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、PDS5B、PDSS2、PHF6、PHIP、PIK3CA、PIK3R1、PPM1D、PRDM1、PRPF40B、PTEN、PTPN11、RAD21、RIT1、RPS15、SETD2、SETDB1、SF1、SF3A1、SF3B1、SMC1A、SMC3、SRSF2、STAG1、STAG2、STAT3、SUZ12、TBL1XR1、TET1、TET2、TNFAIP3、TNFRSF14、TP53、U2AF1、VHL、WT1、ZRSR2及CHEK2基因所組成的群組中的一個或多個基因的探針。以上的探針可以用於探索針對前述基因之鹼基序列突變。附著有探針之基因藉由PCR而擴增，從而能夠被製作成用於鹼基序列分析之資料庫（library），藉由次世代定序分析法，最終能夠檢測出有無針對前述基因的鹼基序列突變。

關於前述「複製性造血」、 「肺癌」、 「個體」、 「生物試樣」、 「預後」、 「預測」、 「突變」等相同構成的具體說明，請參照上述內容。 用於肺癌的 治療之 複製性造血的診斷

依本發明的又一態樣，提供治療肺癌的方法或提供用於治療肺癌之資訊的方法，其包括在施用治療肺癌的治療劑前，藉由分離自個體的生物試樣的基因分析，確認在前述個體中是否存在複製性造血之步驟。如上所述，在肺癌患者中，複製性造血的存在與否與肺癌治療的預後緊密相關，因此能夠在肺癌治療劑的施用前確認患者是否具有複製性造血來決定治療劑的施用與否，藉此能夠提高肺癌患者的存活率。

關於針對發生與前述複製性造血相關的體細胞突變之基因的構成，請參照本說明書的「肺癌治療預後的預測方法」中所描述之內容。

在一具體實施例中，前述確認是否存在複製性造血之步驟可以包括確認在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變，可以進一步包括基於此決定複製性造血的存在與否之步驟。

在另一具體實施例中，前述一個以上的基因可以包括選自於由ASXL1、CBL、CHEK2、CUX1、DNMT3A、FOXP1、JAK2、KMT2D、MPL、NOTCH1、PPM1D、PRPF40B、SF3B1、TET2、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個。

在又一具體實施例中，前述一個以上的基因可以包括選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個。

在又一具體實施例中，前述一個或多個基因可以包括選自於由前述提及之基因組成的群組中的任一基因，此時，前述一個或多個基因可以進一步包括選自於由除前述選擇之一個基因以外的剩餘的基因所組成的群組中的一個或多個。

在又一具體實施例中，能夠基於在前述一個或多個基因中是否存在突變及變異等位基因頻率（variant allele frequency，VAF）來決定複製性造血的存在與否。例如，當藉由利用分離自個體的生物試樣之基因分析，在前述基因群組的基因之中一個或多個基因中存在一個或多個的突變且變異等位基因頻率為一定水準以上，例如約1.8%以上、約1.9%以上或約2%以上時，可以分類為存在複製性造血之個體。

在又一具體實施例中，當決定為在前述個體中不存在複製性造血時，可以進一步包括施用肺癌治療劑之步驟。

在又一具體實施例中，當決定為在前述個體中存在複製性造血時，可以進一步包括決定肺癌治療劑的施用與否的步驟。例如，當決定為在前述個體中存在複製性造血時，可以決定為不施用肺癌治療劑或施用肺癌治療劑。

在又一具體實施例中，前述決定肺癌治療劑的施用與否之步驟可以綜合考慮複製性造血（CH）的存在與否以及顯著的血球計數異常、高VAF（＞10%）下的單一CH突變、多重CH突變，TP53及/或PPM1D的變異體、DNMT3A變異體、IDH1/2的熱點（hotspot）突變等而決定。此外，可以進一步考慮肺癌的期數、患者的年齡、病歷、目前併發症的種類及數量等。

當考慮上述中各種變數而決定為在前述個體中存在複製性造血時，可以進一步包括施用肺癌治療劑之步驟。例如，當在肺癌治療的施用前決定為在患者中存在複製性造血時，可以選擇施用對複製性造血產生之影響相對較少或增加與複製性造血相關的不利結果之概率更低的肺癌治療劑。

另一方面，依本發明的又一具體實施例，前述治療肺癌的治療劑包含用於臨床試驗之候選藥物。例如，依本發明之治療肺癌的方法可以適用於針對肺癌治療劑的臨床試驗。

因此，依本發明的又一態樣，提供治療肺癌的方法或治療肺癌之候選藥物的臨床試驗方法，其包括在將治療肺癌的候選藥物施用於個體之前，藉由分離自個體的生物試樣的基因分析來確認在前述個體中是否存在複製性造血之步驟。

在一具體例中，前述方法可以進一步包括當決定為在個體中不存在複製性造血時施用候選藥物之步驟。

在另一具體例中，前述方法可以進一步包括當決定為在個體中存在複製性造血時施用候選藥物之步驟。

例如，可以包括當將本發明的治療肺癌方法適用於針對肺癌治療劑的臨床試驗時，藉由從參與或預定參與針對肺癌治療劑的臨床試驗之個體中分離出的生物試樣的基因分析來確認在前述個體中是否存在複製性造血之步驟，藉由這樣的確認步驟，選別存在複製性造血之個體組，藉此能夠提高針對肺癌治療劑的臨床試驗的成功概率。

如上所述，已證明在肺癌患者中複製性造血的存在會導致對肺癌治療的不良預後，因此，按照本發明確認複製性造血的存在與否，能夠用於提高針對肺癌治療劑的臨床試驗的成功概率。醫藥品臨床試驗從臨床1期至許可為止平均需要10年以上的期間，因此，需長期評估醫藥品的安全性及有效性，此時，若除了由被試驗之醫藥品所引起的影響以外，還有對治療預後產生負面影響之其他隱藏的因子，則醫藥品的穩定性、有效性等可能會比實際更低地被評估或者被評估為患者之間顯現出大偏差，藉此，存在臨床試驗的成功概率下降的風險。因此，在醫藥品臨床試驗中選別均一的患者組亦是非常重要的。本發明能夠依據對肺癌治療預後起到負面作用之複製性造血的存在與否來選別臨床試驗患者組來提高臨床試驗的成功概率。

在一具體實施例中，當在前述個體中存在複製性造血時，與不存在複製性造血之情況相比，肺癌治療劑的安全性或有效性可能被過低地評估。

在另一具體實施例中，前述個體可以為進行過或正在進行針對肺癌治療劑的臨床試驗之個體。例如，針對肺癌治療劑的安全性、有效性等的評估可以藉由在個體中確認有無複製性造血並將存在複製性造血之個體組排除，或者，將存在複製性造血之個體組和不存在複製性造血之個體組區分來進行。

並且，前述個體可以為預定進行針對肺癌治療劑的臨床試驗之個體或被登記為臨床試驗候選之肺癌患者。例如，可以在用於肺癌治療劑的臨床試驗之患者（個體）選別過程中藉由確認有無複製性造血來將存在複製性造血之個體從臨床試驗中排除，或者，將存在複製性造血之個體組和不存在複製性造血之個體組另行選別後進行臨床試驗。

另一方面，在當決定為在個體中存在複製性造血時進一步包括施用候選藥物之步驟之前述臨床試驗方法中，可以選擇前述候選藥物對複製性造血的影響相對更小或增加與複製性造血相關的不利結果之概率更低的物質來施用。此時，對於施用於決定為存在複製性造血之個體之前述候選藥物，不僅評估對肺癌的治療功效及安全性，還有可能評估對複製性造血的影響。關於前述「複製性造血」、 「肺癌」、 「個體」、 「生物試樣」、 「突變」等相同構成的具體說明，請參照上述內容。

以下，藉由下述實施例對本發明進行更詳細的說明。但是，下述實施例僅用於例示本發明，本發明的範圍並不限於該等。 實施例

在下述實施例中，使用大規模單一中心連續手術群組（large-scale single center consecutive surgical cohort），評估對緊接外科切除術後接受輔助療法之肺癌患者的存活結果所產生之手術前存在複製性造血的臨床影響，尤其是非小細胞肺癌（NSCLC）患者。為了排除基於輔助療法及CH狀態的選擇偏差的可能性，使用了傾向分數配對（propensity score matching；PSM）方法。 實施例 1. 患 者組

在首爾娥山醫院的肺癌資料庫中研究了2011年1月至2017年12月之間接受過NSCLC手術之患者（1211名）的所有臨床記錄。本實施例是針對對期數為IIB期或III期NSCLC接受過輔助療法（adjuvant therapy）之患者進行的（圖1）。具體而言，在接受過NSCLC手術之1211名患者中排除369名患者，排除基準如下：i）在過去或目前存在除肺癌以外的惡性腫瘤之患者；ii）接受過手術前輔助療法（neoadjuvant therapy）之患者；iii）接受過次肺葉切除術（sublobar resection）（楔狀切除術（wedge resection）或肺節切除術（segmentectomy））之患者；iv）不完整切除患者；及v）手術後30天以內死亡的患者。

按照前述基準排除之後，識別出對期數為IIB期或III期NSCLC接受過輔助化學療法（CTx）或化學放射療法（CRTx）之563名患者。在該等中能夠確認到具有手術前收集並保管在韓國生物資源銀行網路（Korea Biobank Network）的首爾娥山醫院的組織細胞資源中心（Asan Bio-Resource Center）的血液樣品之424名患者。在該等樣品之中，9個樣品因樣品分解而被排除，將具有血液樣品之415名患者登記為最終群組（final cohort）。

為了在期數為IIB期患者中確認基於輔助療法之CH的臨床影響，進一步分析了未執行對期數為IIB期NSCLC的輔助療法之患者的血液樣品（圖1）。

本研究受到了首爾娥山醫院的臨床研究審議委員會的許可（2020-0906）。從所有參與者收到書面同意書。 實施例 2 . 樣品 處理及 定序

使用採集自本研究中登記之患者的來自於血液之DNA，執行了與包含下述89個基因之定製面板的標靶NGS（表10）。 表10

APC	ASXL1	ASXL2	ATM	BCL11B	BCOR	BCORL1	BIRC3
BRAF	BRCC3	CARD11	CASP8	CBL	CD58	CD79B	CNOT3
CREBBP	CUX1	DDX3X	DNMT3A	EP300	ETV6	EZH2	FAM46C
FBXW7	FLT3	FOXP1	GNAS	GNB1	GPS2	HIST1H1C	IDH2
IKZF1	IKZF2	JAK1	JAK2	JAK3	JARID2	KDM6A	KIT
KLHL6	KRAS	LUC7L2	MAP3K1	KMT2D	MPL	MYD88	NF1
NFE2L2	NOTCH1	NOTCH2	NRAS	PDS5B	PDSS2	PHF6	PHIP
PIK3CA	PIK3R1	PPM1D	PRDM1	PRPF40B	PTEN	PTPN11	RAD21
RIT1	RPS15	SETD2	SETDB1	SF1	SF3A1	SF3B1	SMC1A
SMC3	SRSF2	STAG1	STAG2	STAT3	SUZ12	TBL1XR1	TET1
TET2	TNFAIP3	TNFRSF14	TP53	U2AF1	VHL	WT1	ZRSR2
CHEK2

按照SureSelect XT HS Target Enrichment System（位於美國加利福尼亞州聖塔克拉拉的Agilent）協定準備了定序資料庫。按照製造廠商的協定，使用150 bp配對端（paired-end）在Illumina NovaSeq6000平台（位於美國加利福尼亞州聖地牙哥的Illumina）對資料庫進行了定序。Analysis ready BAM的平均覆蓋深度超過800倍。 實施例 3. 患 者的 手術前及 手術後 管理

良好地確立用於診斷、期數決定及外科切除之患者精密檢查，並按照廣泛使用之協定執行（參照文獻[Yun JK, Bok JS, Lee GD, et al: Long-term outcomes of upfront surgery in patients with resectable pathological N2 non-small-cell lung cancer. Eur J Cardiothorac Surg 58: 59-69, 2020]）。

當在電腦斷層攝影（CT）或正子發射斷層攝影（PET）中懷疑有臨床N2（cN2）疾病時，使用支氣管內視鏡超音波（EBUS）、縱膈腔鏡術（Mediastinoscopy）或內視鏡超音波（EUS）對可疑的結節執行了縱膈腔LN生檢。針對藉由生檢證明的N2疾病的治療計劃是由包括腫瘤醫學專家、放射線專家、胸部外科醫之多專業團隊（multidisciplinary team）所決定。對於研究樣品的患者，按照AJCC（American Joint Committee on Cancer）8版回顧性決定了期數（參照文獻[Detterbeck FC，Boffa DJ，Kim AW，et al： The Eighth Edition Lung Cancer Stage Classification。Chest 151：193-203，2017]）。

依據多專業團隊的判斷，對超過75歲或身體狀態不良的情況排除的所有II期及III期患者推薦輔助CTx。在使用基於鉑之療法之全身CTx中，推薦手術後在4週至6週期間共4次的週期進行治療。隨著從2008年起普邊使用標靶於對上皮生長因子受體（EGFR）具有活化突變之患者的療法，1次輔助CTx以後復發時，主要使用了酪胺酸激酶抑制劑。在對III期的輔助放射療法（RTx）時，在接受過完整切除術之患者的情況下施用50.4 Gy的總劑量，或者，在切緣陽性（positive resection margin）患者的情況下以1.8 Gy的一天劑量施用至55至60 Gy的總劑量。在接受過完整切除術之患者之中，具有單一N2結節轉移之相當多的患者省略了輔助RTx。

對所有患者之追蹤調查資訊為在手術後的兩年間每隔6個月，其以後每年藉由診所追蹤調查記錄來獲得。胸部CT掃描在所有臨床訪問時或懷疑有疾病復發時隨時執行。對復發事例的治療方式和化學療法則依據主治醫師的裁量來決定。 實施例 4 . 基因突變檢測 及 存活結果測定

在對期數為IIB期或III期NSCLC接受過輔助療法之患者中，將基於CH存在之存活結果作為主要終點（primary endpoint），將基於CH存在與否和輔助療法的執行與否之期數為IIB期患者的存活結果包含於次要終點（secondary end point）（圖1）。

選擇在CH中經常檢測到的89個基因進行檢查（基因目錄參照前述表10），當顯現出2%以上的變異等位基因頻率（variant allele frequency，VAF）時，定義為CH陽性。

為了對突變中潛在的驅動因素（potential driver，PD）突變進行分類，使用了以下基準：1）在COSMIC中，在「造血及淋巴球」類別的癌中報告超過1次，或者，在所有類別的癌中發生超過10次的任意體細胞突變；及2）具有功能喪失效果之任意的體細胞突變（框移（frameshift）、停止獲得（stop gain）、剪接供體/受體部位的突變。不滿足前述PD突變的基準之突變則分類為非PD突變。將作為結果的PD突變目錄示於下述表11中。 表11

基因	位置	突變分類	蛋白質變化	CDS
ASXL1	31022441	FRAME_SHIFT	p.642Gly_643Glyfs	c.1927_1928insG
ASXL1	31022286	STOP_GAINED	p.590Tyr_591GlninsTer???	c.1772_1773insA
ASXL1	31021211	STOP_GAINED	p.Arg404*	c.1210C＞T
ASXL1	31022441	FRAME_SHIFT	p.642Gly_643Glyfs	c.1927_1928insG
ASXL1	31023478	FRAME_SHIFT	p.987Asp_994Hisfs	c.2964_2971delCTCTGAAGCACTGAGTC
ASXL1	31024343	FRAME_SHIFT	p.1276Pro_1277Asnfs	c.3829_3830delC
ASXL1	31022402	FRAME_SHIFT	p.629His_637Thrfs	c.1888_1896delCACCACTGCCATAGAGAGGCGGC
ASXL1	31022927	FRAME_SHIFT	p.804Pro_805Thrfs	c.2413_2414insC
ASXL1	31022700	FRAME_SHIFT	p.728Ser_729Cysfs	c.2186_2187delG
ASXL1	31022463	FRAME_SHIFT	p.649Gly_650Glyfs	c.1949_1950delGT
ASXL1	31022441	FRAME_SHIFT	p.642Gly_643Glyfs	c.1927_1928insG
ASXL1	31022288	STOP_GAINED	p.Tyr591*	c.1773C＞A
ASXL1	31022936	FRAME_SHIFT	p.807Pro_808Alafs	c.2422_2423delC
ASXL1	31022441	FRAME_SHIFT	p.642Gly_643Glyfs	c.1927_1928insG
CBL	119148973	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.His398Arg	c.1193A＞G
CHEK2	29083949	FRAME_SHIFT	p.565Arg_566Glufs	c.1696_1697delC
CUX1	101459346	STOP_GAINED	p.Trp12*	c.36G＞A
DNMT3A	25463600	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	-	-
DNMT3A	25462077	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Pro777Arg	c.2330C＞G
DNMT3A	25468888	SPLICE_SITE_DONOR	-	-
DNMT3A	25468201	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	-	-
DNMT3A	25462018	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Asn797Asp	c.2389A＞G
DNMT3A	25463286	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Arg736His	c.2207G＞A
DNMT3A	25467168	FRAME_SHIFT	p.568Pro_569Glyfs	c.1706_1707delC
DNMT3A	25469079	FRAME_SHIFT	p.459Ser_460Thrfs	c.1378_1379insTA
DNMT3A	25469986	FRAME_SHIFT	p.351Ser_352Alafs	c.1055_1056delG
DNMT3A	25467449	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Gly543Cys	c.1627G＞T
DNMT3A	25467071	FRAME_SHIFT	p.600Trp_601Profs	c.1803_1804delG
DNMT3A	25469504	FRAME_SHIFT	p.416Ser_421Leufs	c.1251_1256delCGGGAATCCCGGT
DNMT3A	25457243	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Arg882Cys	c.2644C＞T
DNMT3A	25469527	FRAME_SHIFT	p.410Leu_414Glnfs	c.1233_1237delTCGGGGGG
DNMT3A	25462068	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Ile780Thr	c.2339T＞C
DNMT3A	25457243	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Arg882Cys	c.2644C＞T
DNMT3A	25458595	FRAME_SHIFT	p.858Leu_859Trpfs	c.2577_2578insA
DNMT3A	25470028	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	-	-
DNMT3A	25467470	FRAME_SHIFT	p.534Ser_535Tyrfs	c.1605_1606delC
DNMT3A	25457243	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Arg882Cys	c.2644C＞T
DNMT3A	25458595	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Trp860Arg	c.2578T＞C
DNMT3A	25463172	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Glu774Val	c.2321A＞T
DNMT3A	25467208	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	-	-
DNMT3A	25470472	FRAME_SHIFT	p.333Gly_334Lysfs	c.1001_1002delG
DNMT3A	25467190	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Cys562Tyr	c.1685G＞A
DNMT3A	25467023	SPLICE_SITE_DONOR	-	-
DNMT3A	25457159	FRAME_SHIFT	p.908Phe_909Alafs	c.2727_2728insTT
FOXP1	71026147	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Tyr492Cys	c.1475A＞G
FOXP1	71064710	FRAME_SHIFT	p.320Gln_321Serfs	c.963_964insAA
JAK2	5073770	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Val617Phe	c.1849G＞T
KMT2D	49434156	STOP_GAINED	p.Leu2466*	c.7397T＞A
MPL	43815009	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Trp515Leu	c.1544G＞T
NOTCH1	139390743	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Thr2483Met	c.7448C＞T
PPM1D	58740438	FRAME_SHIFT	p.447Asn_448Phefs	c.1344_1345delT
PPM1D	58740357	FRAME_SHIFT	p.420Ser_421Leufs	c.1263_1264insA
PPM1D	58740532	FRAME_SHIFT	p.479Lys_480Alafs	c.1438_1439insA
PPM1D	58740505	FRAME_SHIFT	p.470Pro_471Glufs	c.1411_1412insC
PPM1D	58740749	STOP_GAINED	p.Arg552*	c.1654C＞T
PPM1D	58740623	FRAME_SHIFT	p.509Gln_510Lysfs	c.1529_1530insA
PPM1D	58740694	FRAME_SHIFT	p.533Phe_534Lysfs	c.1600_1601delT
PRPF40B	50027317	FRAME_SHIFT	p.189Asp_190Aspfs	c.568_569insGATGACCTAGAGGGTGA
PRPF40B	50027317	FRAME_SHIFT	p.189Asp_190Aspfs	c.568_569insGATGACCTAGAGGGTGA
SF3B1	198267359	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Lys666Asn	c.1998G＞T
SF3B1	198267360	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Lys666Arg	c.1997A＞G
TET2	106157878	FRAME_SHIFT	p.926Val_927Phefs	c.2780_2781delT
TET2	106182979	FRAME_SHIFT	p.1339Leu_1340Alafs	c.4019_4020delT
TET2	106193794	FRAME_SHIFT	p.1418Pro_1420Tyrfs	c.4257_4259delTT
TET2	106196243	STOP_GAINED	p.Gln1526*	c.4576C＞T
TET2	106155853	FRAME_SHIFT	p.251Ile_252Asnfs	c.755_756insTT
TET2	106180853	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Tyr1294Cys	c.3881A＞G
TET2	106157989	FRAME_SHIFT	p.963Gln_964Thrfs	c.2891_2892insA
TET2	106157969	FRAME_SHIFT	p.956Leu_957Glnfs	c.2871_2872insA
TET2	106155281	FRAME_SHIFT	p.60Tyr_61Glyfs	c.183_184insT
TET2	106157789	FRAME_SHIFT	p.896Gln_897Glyfs	c.2691_2692delG
TET2	106157560	STOP_GAINED	p.Gln821*	c.2461C＞T
TNFAIP3	138197265	FRAME_SHIFT	p.255His_256Phefs	c.768_769insT
TNFAIP3	138196885	STOP_GAINED	p.Arg183*	c.547C＞T
TNFAIP3	138200309	FRAME_SHIFT	p.575Pro_581Alafs	c.1728_1734delGCATTCTTGCCACA
TP53	7574003	STOP_GAINED	p.Arg342*	c.1024C＞T
U2AF1	44524456	NON_SYNONYMOUS_CODING	p.Ser34Tyr	c.101C＞A
ZRSR2	15833956	FRAME_SHIFT	p.238Phe_239Tyrfs	c.715_716delT

整體存活率（OS）以手術日與死亡日之間的時間間隔為基準計算，並研究國民安全死亡指數資料庫（Korean National Security Death Index Database）的記錄來決定。肺癌死亡率中包括因明確的腫瘤進展而引起的死亡。非肺癌死亡率被定義為並非由肺癌進展引起的、基於已知原因之死亡率。無復發存活率（RFS）以手術日與復發日之間的時間為基準計算，無復發的患者於已知為無復發之最近時點檢查並觀察。 實施例 5. 統計分析

連續變數以平均和標準偏差表示，類別變數以計數和百分率表示。個別母數分佈的常態性藉由Shapiro-Wilk檢定來評估。為了在連續變數方面比較兩個組，使用學生t-檢定或Wilcoxon等級和（rank-sum）檢定，對類別變數適用了卡方檢定或Fisher精確性檢定。傾向分數配對（PSM）後，使用McNemar檢定和成對樣本t-檢定分析了傾向分數配對。OS及RFS結果使用Kaplan-Meier曲線來定義。存活率的差異使用對數-等級檢定來分析。兩種原因各自的死亡是相互排他的，因此亞群之間的累積發生率函數值的顯著差異使用Gray檢定來評估。為了用於確認對存活結果產生之CH臨床影響之單變數及多變數分析，使用了Cox比例風險模型。本發明開發出了兩種類型的多變數Cox模型：為了調整對CH的靈敏度測試，將年齡、性別、抽菸履歷及併發症的數量作為共變數而包含（與下述實施例6.1的表13有關聯），為了在接受過輔助療法之患者中確認CH的預後效果，作為用於概度比檢定（likelihood ratio test）（在模型輸入的情況下，p值

0.10，且在模型維持的情況下，p值

0.05）之選擇程序，使用了向前型逐步選擇（與下述實施例6.3的表17有關聯）。對Cox回歸模型的比例風險假定藉由Schoenfeld殘差（residual）進行了測試。

為了盡可能調整來自於用於生成具有相似特性的兩個組（CH-陽性及CH-陰性）之回顧性非隨機群組之選擇偏差，適用了PSM。使用共12個變數（與下述實施例6.2的表14有關聯），使兩個組的臨床特性保持平衡。在PSM的情況下，以最鄰近配對及標準偏差0.25的卡尺（caliper）寬度選擇了具有相同的傾向分數之觀察對。使CH-陰性患者以2:1比例與CH-陽性患者隨機配對。組之間的平衡使用標準化平均差異（standardized mean difference，SMD）來評估。0.1以下的絕對標準化差異被視為顯現出理想的平衡，0.2以下的絕對標準化差異被視為顯現出允許的平衡。

所有統計計算使用利用「Survival」、 「MatchIt」、 「cmprsk」、 「dplyr」、 「sad」、 「ggplot2」、 「GGally」、 「survminer」及「rms」套裝之R版本4.0.2（位於奧地利維也納的The R Foundation for Statistical Computing）來執行。報告的所有P值為雙側。小於0.05的P值視為顯著。 實施例 6. 樣品分析結果 實施例 6.1. CH 的特性

在最終群組中，患者的平均年齡為60.2

8.3歲。在共415名的患者之中，在86名（20.7%）中發現了CH。CH的患病率在40～49歲、50～59歲、60～69歲及70～79歲患者中分別為10.4%、14.9%、23.8%及34.5%，隨著年齡增加而顯現出持續的增加（圖5a）。關於突變數量，單一突變在82.6%的患者中最常見，二個突變為14.0%，三個突變為3.5%（圖5b）。DNMT3A（33.0%）的突變最常見，ASXL1（13.2%）、TET2（11.3%）及PPM1D（7.5%）的突變緊接其後。該4個基因佔據所檢測到的所有突變的65.1%，除此以外，還存在SF3B1、ATM、TNFAIP3等的突變（圖5c）。對個別患者檢測到的CH突變的詳細事項總結於前述表1至表5中。

在基於對VAF的多個截止值（cut-off value）之靈敏度測試中，當VAF的截止值為1.8%以上時，P值在對OS的單變數及多變數（依據年齡、性別、抽菸履歷及併發症的量而調整）Cox分析中分別呈現出0.002及0.005的最低值（參照表示基於VAF值之對CH的靈敏度測試結果之下述表12）。但是，2%以上的VAF的截止值相較於1.8%以上的情況，具有相似的結果（在單變數及多變數分析的情況下，p值分別為0.006及0.012）（參照下述表12）。 表12

	數量		整體存活率
	單變數分析		多變數分析*
(+):(-)		HR*(95%CI)	P值		HR(95%CI)	P值
VAF≥1%	142:273		1.21(0.88-1.65)	0.243		1.18(0.86-1.63)	0.313
VAF≥1.5%	104:311		1.45(1.04-2.01)	0.028		1.42(1.01-1.99)	0.041
VAF≥1.8%	89:326		1.72(1.23-2.41)	0.002		1.67(1.19-2.35)	0.003
VAF≥2%	86:329		1.61(1.14-2.27)	0.006		1.56(1.10-2.21)	0.012
VAF≥5%	38:377		1.63(1.03-2.58)	0.035		1.55(0.98-2.46)	0.061
VAF≥10%	20:395		1.29(0.68-2.44)	0.440		1.19(0.63-2.27)	0.589
HR係指風險比；CI係指信賴區間；VAF係指變異等位基因部分。 *CH在多變數分析中依據年齡、性別、抽菸履歷及併發症的數量來調整。

在研究患者中，CH-PD及CH非-PD的患病率分別為16.3%（68/415）及6.0%（25/415），在具有CH突變之患者中為79.1%（68/86）及29.1%（25/86）。在該等患者中，還執行了靈敏度測試。其結果，在多變數分析中，在基於多個共變數之調整後，CH-PD亦仍被觀察為顯著的因子（p=0.006），而在多變數分析中，CH非-PD不顯著（p=0.399）（參照表示對CH、CH-PD及CH非-PD的靈敏度測試結果之下述表13）。 表13

	數量		整體存活率
	單變數分析		多變數分析*
(+):(-)		HR*(95%CI)	P值		HR(95%CI)	P值
1) 基於 突變的存在之分析
CH	86:329		1.61(1.14-2.27)	0.006		1.56(1.10-2.21)	0.012
CH-PD	68:347		1.72(1.19-2.48)	0.004		1.68(1.16-2.44)	0.006
CH非-PD	25:390		1.35(0.77-2.38)	0.296		1.28(0.72-2.27)	0.399
2) 基於 突變的數量之分析
CH
1:0	70:329		1.52(1.04-2.21)	0.029		1.46(1.00-2.15)	0.051
2:0	13:329		1.91(0.94-3.92)	0.075		1.84(0.89-3.78)	0.092
≥3:0	3:329		2.76(0.68-11.17)	0.156		3.25(0.79-13.33)	0.102
CH-PD
1:0	61:347		1.61(1.10-2.38)	0.015		1.57(1.06-2.34)	0.024
≥2:0	7:347		2.99(1.22-7.34)	0.017		2.97(1.20-7.37)	0.019
CH非-PD
1:0	21:390		1.36(0.74-2.51)	0.324		1.24(0.66-2.31)	0.503
2:0	4:390		1.31(0.32-5.29)	0.705		1.54(0.38-6.31)	0.545
CH係指複製性造血；PD係指潛在的驅動因素；HR係指風險比；CI係指信賴區間；VAF係指係指變異等位基因部分。 *CH在多變數分析中依據年齡、性別、抽菸履歷及併發症的數量來調整。

實施例 6.2 . 患者 特性

手術後平均追蹤調查期間為44.6

24.3個月。患者的基準線人口統計學及腫瘤特性示於下述表14（基於複製性造血的存在之接受過對期數為IIB期或III期的輔助療法之患者的基準線特性（最終群組））。PSM前，具有CH之患者（n=86）的年齡比不具有CH之患者（n=329）高（p＜0.001）。在兩個組之間，性別（p=0.367）、抽菸履歷（p=0.785）、併發症的數量（p=0.988）、EGFR突變的比率（p=0.501）、組織學分佈（p=0.647）及綜合期數（p=0.548）、輔助療法類型（p=0.146）沒有顯著差異。 表14

變數	整體 (n=415)	CH(+) (n=86)	CH(-) (n=329)	P值
年齡 ( 歲 )	60.2±8.3	63.0±8.2	59.5±8.2	0.001
性別 ( 男性 )	270(65.1)	60(69.8)	210(63.8)	0.367
抽 菸 履歷	248(59.8)	53(61.6)	195(59.3)	0.785
併發症的數量				0.988
0	225(54.2)	46(53.5)	179(54.4)
1	123(29.6)	26(30.2)	97(29.5)
≥2	67(16.1)	14(16.3)	53(16.1)
肺功能
FEV1＜60%	17(4.1)	4(4.7)	13(4.0)	1.000
DLCO＜60%	25(6.0)	6(7.0)	19(5.8)	0.871
組織學結構				0.647
ADC*		54(62.8)	220(66.9)
SqCC*		24(27.9)	87(26.4)
Others		8(9.3)	22(6.7)
最大腫瘤大小 (mm)	40.6±17.6	40.6±17.3	40.6±17.7	0.997
EGFR 突變				0.501
有	110(26.5)	22(25.6)	88(26.7)
無	124(29.9)	22(25.6)	102(31.0)
未確認	181(43.6)	42(48.8)	139(42.2)
病理 T 因子				0.280
T1	81(19.5)	22(25.6)	59(17.9)
T2	186(44.8)	32(37.2)	154(46.8)
T3	110(26.5)	25(29.1)	85(25.8)
T4	38(9.2)	7(8.1)	31(9.4)
病理 N 因子				0.791
N0	43(10.4)	9(10.5)	34(10.3)
N1	182(43.9)	35(40.7)	147(44.7)
N2	190(45.8)	42(48.8)	148(45.0)
期數				0.548
IIB	170(41.0)	31(36.0)	139(42.2)
IIIA	192(46.3)	44(51.2)	148(45.0)
IIIB	53(12.8)	11(12.8)	42(12.8)
輔助療法的 類型				0.146
CTx	248(59.8)	45(52.3)	203(61.7)
CRTx	167(40.2)	41(47.7)	126(38.3)
只要沒有特別明示，則資料以數(%)提示。CH係指複製性造血；FEV1係指第一秒內的強制呼氣量；DLCO係指一氧化碳擴散能力；ADC係指腺癌；SqCC係指鱗狀細胞癌；CRTx係指化學放射療法；CTx係指化學療法。

PSM後，以年齡（p=0.620）為代表之所有變數在兩個組中之間變得相似，且良好地保持平衡（所有SMD小於0.2）（參照表示傾向分數配對後基於複製性造血的存在之對期數為IIB期或III期接受過輔助療法之患者的基準線特性（最終群組）之下述表15）。 表15

變數	CH(+) (n=86)	CH(-) (n=172)	p值	ASMD
年齡 ( 歲 )	63.0±8.2	62.4±8.6	0.620	0.066
性別 ( 男性 )	60(69.8)	115(66.9)	0.742	0.063
抽 菸 履歷	53(61.6)	105(61.0)	1.000	0.012
併發症的數量			0.278	0.183
0	46(53.5)	74(43.0)
1	26(30.2)	62(36.0)
≥2	14(16.3)	36(20.9)
肺功能
FEV1＜60%	4(4.7)	5(2.9)	0.719	0.092
DLCO＜60%	6(7.0)	9(5.2)	0.778	0.073
組織學結構			0.777	0.093
ADC*	54(62.8)	114(66.3)
SqCC*	24(27.9)	41(23.8)
其他	8(9.3)	17(9.9)
最大腫瘤大小 (mm)	40.6±17.3	39.7±16.5	0.867	0.022
EGFR 突變			0.839	0.131
有	22(25.6)	14(22.6)
無	22(25.6)	20(32.3)
未確認	42(48.8)	28(45.2)
病理 T 因子			0.425	0.174
T1	22(25.6)	34(19.8)
T2	32(37.2)	82(47.7)
T3	25(29.1)	42(24.4)
T4	7(8.1)	14(8.1)
病理 N 因子			0.817	0.084
N0	9(10.5)	19(11.0)
N1	35(40.7)	63(36.6)
N2	42(48.8)	90(52.3)
期數			0.830	0.080
IIB	31(36.0)	61(35.5)
IIIA	44(51.2)	93(54.1)
IIIB	11(12.8)	18(10.5)
輔助療法的 類型			0.965	0.023
CTx	45(52.3)	92(53.5)
CRTx	41(47.7)	80(46.5)
只要沒有特別明示，則資料以數(%)提示。CH係指複製性造血；ASMD係指絕對標準化平均差異；FEV1係指第一秒內的強制呼氣量；DLCO係指一氧化碳擴散能力；ADC係指腺癌；SqCC係指鱗狀細胞癌；EGFR係指表皮生長因子受體；CRTx係指化學放射療法；CTx係指化學療法。

實施例 6.3. 存活率分析

在整體上，具有CH之45名患者（n=86）和不具有CH之124名患者（n=329）在追蹤調查結束時為止死亡，該等的5年OS比率分別為45.1%和61.9%。發生復發事件之患者在具有CH的情況和不具有CH之情況下分別為48名和161名，該等的5年RFS比率分別為39.1%和44.2%。將關於死亡原因的詳細資訊總結於下述表16中（整體觀察期間的死亡原因）。 表16

變數	整體 (=415)	CH(+) (n=86)	CH(-) (n=329)	p值
肺癌死亡率	106(25.5%)	23(26.7%)	83(25.2%)	0.882
肺癌非相關	33(8.0%)	11(12.8%)	22(6.7%)	0.101
心肺	23(5.3%)	8(9.3%)	14(4.3%)	0.112
二次惡性腫瘤	3(0.7%)	0	3(0.9%)	0.862
感染	4(1.0%)	1(1.2%)	3(0.9%)	1.000
中風	4(1.0%)	2(2.3%)	2(0.6%)	0.191
原因不明	36(8.7%)	12(14.0%)	24(7.3%)	0.082

將基於CH存在之Kaplan-Meier存活曲線標繪於圖2a至圖2c中。兩個組之間的RFS沒有顯著差異（p=0.251），但具有CH之患者的OS比不具有CH之患者更不良（p＜0.001）（圖2a及圖2b）。PSM後，具有CH之患者的存活率比不具有CH之患者更不良（p=0.029）（圖2c）。

依死亡原因，肺癌死亡率與CH無關地相似（p=0.568）（圖3a）。但是，具有CH之患者的非肺癌死亡率（p=0.042）及原因不明的死亡率（p=0.018）比不具有CH之患者在統計學上更高（圖3b及圖3c）。

在多變數Cox分析中，對於接受過輔助療法之進展的NSCLC患者的OS，CH的存在與小於60%的DLCO、EGFR突變的比率、組織學類型及綜合期數一同為重要的預後因子（風險比[HR][95%信賴區間]=1.62[1.10至2.38]，p=0.014）（參照表示在整體患者中對OS的單變數及多變數分析結果之下述表17）。在單變數分析中顯著的年齡和併發症的數量在基於以CH存在為代表的多個共變數之調整之後變得不顯著。 表17

	單變數分析		多變數分析
	HR*(95%CI)	P值		HR(95%CI)	P值
CH 的存在	1.61(1.14-2.27)	0.006		1.62(1.10-2.38)	0.014
年齡 ( 歲 )	1.02(1.00-1.04)	0.024
性別 ( 男性 )	1.06(0.77-1.46)	0.711
抽 菸 履歷	1.19(0.87-1.63)	0.265
併發症的數量
1:0	0.82(0.57-1.20)	0.307
≥2:0	1.97(1.36-2.85)	＜0.001
肺功能
FEV1＜60%	1.00(0.99-1.01)	0.435
DLCO＜60%	1.85(1.07-3.21)	0.027		2.24(1.18-4.24)	0.013
EGFR 突變
無:有	2.29(1.55-3.39)	＜0.001		3.28(1.84-5.84)	＜0.001
未確認:有	2.68(1.83-3.90)	＜0.001		3.95(2.36-6.60)	＜0.001
組織學結構
Sqcc:ADC	0.88(0.61-1.26)	0.482		2.10(1.24-3.54)	0.006
Others:ADC	1.38(0.79-2.40)	0.258		2.14(1.16-3.94)	0.014
期數
IIIA:IIB	1.83(1.29-2.58)	0.001		1.49(1.01-2.20)	0.045
IIIB:IIB	2.69(1.72-4.21)	＜0.001		1.98(1.19-3.30)	0.008
輔助療法
CTx:CRTx	0.78(0.57-1.05)	0.103
OS係指整體存活率；HR係指風險比；CI係指信賴區間；CH係指複製性造血；ADC係指腺癌；SqCC係指鱗狀細胞癌；CRTx係指化學放射療法；CTx係指化學療法。

為了確認在期數為IIB期基於輔助療法之CH的臨床影響，將患者分為接受過輔助療法之患者和未接受輔助療法之患者。在接受過對期數為IIB期NSCLC的輔助療法之患者的情況下，CH的存在與PSM前（p＜0.001）及PSM後（p=0.007）更不良的OS有關聯（圖4a及圖4b）。在未接受輔助療法之患者的情況下，具有CH之患者的預後比不具有CH之患者的預後顯著地更差（p=0.045），但在PSM後變得相似（p=0.452）（圖4c及圖4d）。將PSM前和後關於期數為IIB期患者的基準線特性的詳細事項示於下述表18中（PSM前和後，基於複製性造血的存在之接受過對期數IIB期NSCLC的輔助化學療法之患者的基準線特性）及表19（PSM前和後，基於複製性造血的存在之未接受對期數IIB期NSCLC的輔助化學療法之患者的基準線特性）。 表18

變數	未調整之群組		PSM-調整之群組
CH(+) (n=31)	CH(-) (n=139)	p值		CH(+) (n=31)	CH(-) (n=62)	p值	ASMD
年齡 ( 歲 )	61.3±8.5	59.3±7.4	0.187		61.3±8.5	60.0±7.5	0.464	0.122
性別 ( 男性 )	18(58.1)	100(71.9)	0.193		18(58.1)	33(53.2)	1.000	＜0.001
抽 菸 履歷	16(51.6)	88(63.3)	0.315		16(51.6)	30(48.4)	0.942	0.065
併發症的數量			0.764				0.750	0162
0	19(61.3)	79(56.8)			19(61.3)	41(66.1)
1	8(25.8)	45(32.4)			8(25.8)	16(25.8)
≥2	4(12.9)	15(10.8)			4(12.9)	5(8.1)
肺功能
FEV1＜60%	1(3.2)	4(2.9)	1.000		1(3.2)	1(1.6)	1.000	0.105
DLCO＜60%	2(6.5)	7(5.0)	1.000		2(6.5)	4(6.5)	1.000	＜0.001
組織學結構			0.419				0.736	0.171
ADC*	19(61.3)	83(59.7)			19(61.3)	43(69.4)
SqCC*	9(29.0)	50(36.0)			9(29.0)	5(8.1)
其他	3(9.7)	6(4.3)			3(9.7)	14(22.6)
最大腫瘤大小 (mm)	36.3±14.5	36.0±12.8	0.906		36.3±14.5	35.4±12.4	0.742	0.071
EGFR 突變			0.798				0.839	0.131
有	6(19.4)	32(23.0)			6(19.4)	14(22.6)
無	9(29.0)	33(23.7)			9(29.0)	20(32.3)
未確認	16(51.6)	74(53.2)			16(51.6)	28(45.2)
輔助 化學療法			0.795				1.000	0.045
CTx	26(83.9)	111(79.9)			26(83.9)	53(85.5)
CRTx	5(16.1)	28(20.1)			5(16.1)	9(14.5)
只要沒有特別明示，則資料以數(%)提示。CH係指複製性造血；ASMD係指絕對標準化平均差異；FEV1係指第一秒內的強制呼氣量；DLCO係指一氧化碳擴散能力；ADC係指腺癌；SqCC係指鱗狀細胞癌；EGFR係指上皮生長因子受體；CRTx係指化學放射療法；CTx係指化學療法。

表19

變數	未調整之群組		PSM-調整之群組
CH(+) (n=28)	CH(-) (n=91)	p值		CH(+) (n=28)	CH(-) (n=56)	p值	ASMD
年齡 ( 歲 )	70.9±7.1	65.0±7.6	＜0.001		70.9±7.1	69.4±6.2	0.452	0.173
性別 ( 男性 )	17(60.7)	57(62.6)	1.000		17(60.7)	35(62.5)	1.000	0.037
抽 菸 履歷	17(60.7)	57(62.6)	1.000		17(60.7)	33(58.9)	1.000	0.036
併發症的數量			0.780				0.727	0.186
0	12(42.9)	38(41.8)			12(42.9)	20(35.7)
1	10(35.7)	38(41.8)			10(35.7)	25(44.6)
≥2	6(21.4)	15(16.5)			6(21.4)	11(19.6)
肺功能
FEV1＜60%	2(7.1)	5(5.5)	0.565		2(7.1)	3(5.4)	1.000	0.074
DLCO＜60%	2(7.1)	6(6.6)	1.000		2(7.1)	3(5.4)	1.000	0.074
組織學結構			0.913				0.948	0.076
ADC*	18(64.3)	51(56.0)			18(64.3)	34(60.7)
SqCC*	8(28.6)	24(26.4)			8(28.6)	20(35.7)
其他	4(14.3)	16(17.6)			4(14.3)	2(3.6)
最大腫瘤大小 (mm)	39.5±15.0	43.2±16.2	0.288		39.5±15.0	41.9±16.5	0.572	0.132
EGFR 突變			0.913
有	16(57.1)	51(56.0)			16(57.1)	30(53.6)
無	8(28.6)	24(26.4)			8(28.6)	15(26.8)
未確認	4(14.3)	16(17.6)			4(14.3)	11(19.6)	0.833	0.143
只要沒有特別明示，則資料以數(%)提示。CH係指複製性造血；ASMD係指絕對標準化平均差異；FEV1係指第一秒內的強制呼氣量；DLCO係指一氧化碳擴散能力；ADC係指腺癌；SqCC係指鱗狀細胞癌；EGFR係指上皮生長因子受體。

實施例 7. 觀察

藉由上面的實施例，本發明在進展的非小細胞肺癌（NSCLC）患者中調查了複製性造血（CH）的患病率和特性。並且，在整體患者和PSM後患者中，評估了對存活結果產生之手術前存在之CH的臨床影響。

其結果，確認到21%的患者在手術前具有CH，其隨著年齡增大而增加。與CH存在相關的基因的突變中DNMT3A的突變最常見，ASXL1、TET2及PPM1D緊接其後。並且，CH-PD佔據CH的3/4，與CH本身相比，作為對整體存活率（OS）更重要的預後因子發揮作用。手術前CH的存在與整體死亡率的增加有很大的關聯，尤其是非肺癌死亡率及原因不明的死亡率。依多變數Cox分析，確認到CH的存在在對進展期NSCLC緊接手術後接受輔助療法之患者之間是重要的預後因子。CH的預後效果在於為了適當調整兩個組之間的基準線共變數而採取了嚴格的風險-調整方法論之後亦相同。

自從健康的老年女性中非隨機X染色體非活化的最初檢測以來，對CH的研究和本發明的理解在過去幾年間得到了很大的發展。依以往的多種研究，CH作為與老化相關而常發生的現象，在進展的固態腫瘤患者中與後續的血液惡性腫瘤、心血管疾病及壞的預後有緊密的關聯。癌患者的CH比率比健康人更高，CH與更短的患者存活有關聯。推測這可能是因為對惡性腫瘤的高遺傳預先傾向性、長期暴露於致癌環境及使用遺傳毒性療法之癌相關療法。尤其，在癌相關療法中，認為CH與CTx及RTx具有相當大的關聯，這表示局部及全身治療能夠促進造血幹細胞（HSC）的殖株增殖（clonal outgrowth）。在這樣的觀點上，本發明假定手術前存在之CH藉由癌相關治療增加誘發與CH相關的不利結果之一系列過程而導致不良的存活結果。

在依一實施例之存活分析中，CH的存在與不良的OS（p=0.001）具有相當大的關聯（圖2a）。但是，當考慮到CH與年齡之間的正相關時，僅靠該結果，無法斷定CH對OS的效果。為了克服該問題，本發明執行了兩種類型的統計調整。其結果，與多變數分析相關的年齡、性別、抽菸履歷及併發症的數量的調整後， CH作為預後預測因子的效果亦仍顯著（p=0.012）（前述表12）。並且，在多變數分析中，藉由向前型逐步選擇，CH（而不是年齡）被包含為最終預後因子，這一事實暗示著與年齡相比，CH與存活有更緊密的關聯（前述表17）。PSM後，以年齡為代表的所有的臨床變數與CH無關地變得相似，具有CH之患者的OS比不具有CH之患者仍不良（p=0.029）（圖2c）。因此，本發明能夠得出如下結論：在對進展期NSCLC接受過輔助療法之患者中，CH的存在為對OS的獨立預後因子。

在死亡原因方面，本發明發現在非肺癌死亡率（p=0.042）和原因不明的死亡率（p=0.018）（而不是肺癌死亡率（p=0.568））上呈現出基於CH存在之顯著差異。由結束輔助療法之患者中對手術後監視的良好順應性判斷時，推測原因不明的死亡是由急性事件，例如心肺疾病、敗血病、中風所引起，而不是由比較緩慢的癌症進展所引起。因此，這樣的發現證實了，在具有CH之患者中，與CH相關的各種不利結果因CTx或RTx而增加，其結果對存活產生影響。

包含基於鉑之化合物的大部分細胞毒性化學療法劑，例如順鉑等將DNA複製器官作為標靶。以往的化學療法設計成殺死快速分裂的細胞，其引起嚴重的DNA損傷以殺滅細胞。但是，TP53、PPM1D及CHEK2之類的癌相關基因突變藉由DNA的損傷而損壞應被活化的細胞殺滅過程，儘管有細胞毒性藥物的作用，亦會使得具有損傷的DNA之造血幹細胞（HSC）能夠繼續存活。因此，認為與癌相關的治療法對新興CH殖株的進化軌跡產生影響。最近的研究藉由順序取樣（sequential sampling）來評估對癌症治療的CH殖株機制，並報告了對在DNA損傷反應（DDR）基因中發生了突變之殖株優先選擇癌症治療，該等殖株在沒有細胞毒性或放射療法的情況下競爭適合度（competitive fitness）比非-DDR基因突變更低。

在關注於CH突變的近期研究中，基於與血液惡性腫瘤中的PD、CH-PD或CH非-PD的相關性，對CH進行分類之後，報導了其影響。依Coombs等的報導，CH本身並不顯現出獨立的預後效果，但在CH-PD的情況下，與年齡、性別及抽菸無關地，顯現出與更不良的預後有關聯。與這樣的結果局部一致地，在本發明的多變數分析中，CH-PD（p=0.003）中的預後效果比CH本身（p=0.012）更加顯著（前述表13）。進而，與CH本身不同地，CH-PD的負面預後效果隨著突變數量增加而逐漸增加，其表示CH-PD為與CH本身相比對OS更敏感的預後因子（前述表13）。尤其，在本研究中，CH-PD的比率（79.1%）高於以往的其他研究中的比率（52%-67%），這可能是因為肺癌患者中目前/過去抽菸者的比率更高。在本發明發明中不僅CH-PD，CH本身亦被作為對OS的獨立預後因子而出現之主要原因（圖2c）。

考慮到上述情況，醫師應該如下述那樣管理被處方輔助療法的具有CH突變之肺癌患者。第一，應該區分發生不利結果之風險高的患者和風險低的患者。關於高風險CH，雖然並沒有明確的定義，但將顯著的血球計數異常、高VAF（＞10%）下的單一CH突變、多重CH突變、TP53及/或PPM1D的變異體、DNMT3A變異體及IDH1/2的熱點（hotspot）突變的患者視為高風險組。第二，儘管有由CH所引起之存活損失的風險，但必須將輔助療法對預後有利的患者組進行細化（elaboration）。考慮此，本發明依據綜合期數將接受過輔助療法之患者進行階層化之後，執行了亞群分析。與整體期數無關地，具有CH突變之患者比不具有CH之患者具有更不良的存活結果（圖6a至圖6c），在IIB期患者中尤其觀察到顯著差異（5年比率：48.5%:73.8%，p＜0.001）（圖4a），其在PSM後亦仍顯著（5年比率：48.5%:74.3%）（圖4b）。但是，CH的存在在PSM後未接受輔助療法之期數IIB期患者中未對OS的顯著差異產生影響（5年比率：41.6%:53.7%）（圖4d）。這樣的結果表示手術前CH突變可能會藉由輔助療法增加與CH相關的不利結果，以導致不良的存活結果。因此，當考慮到輔助療法的存活利益為4%至15%範圍時，本發明認為在期數II期NSCLC患者中應該利用多專業方法更慎重地決定輔助療法。相反地，抑制相關的不利結果的進展之治療可能會成為用於管理具有CH突變之肺癌患者之良好的補充療法。例如，已報告對IL-1

的人源化單株抗體亦即抗炎藥卡那單抗在具有粥狀硬化症疾病之高風險患者中減少心血管事故和肺癌發病率。在為了治療而必須進行全身療法之期數III期的患者的情況下，分子標靶干預（molecularly targeted intervention）的攻擊性使用可能會成為具有高風險CH突變之患者的替代方案。最後，在具有高風險CH突變之患者的情況下，需要對個別化的追蹤調查期間及心血管疾病或二次惡性腫瘤之類的CH不利結果進行徹底的監視。

綜上所述，手術前存在的CH突變對緊接手術後接受輔助療法之NSCLC患者產生重要的臨床影響，其會減少存活結果。

無

圖1表示本發明的一實施例中所使用之CONSORT（Consolidated Standards of Reporting Trials）圖。

圖2a及圖2b分別表示在整體群組（cohort）中基於複製性造血（CH）突變存在之患者的整體存活率及無復發存活率。圖2c表示傾向分數配對（PSM）後基於CH突變存在之患者的整體存活率。

圖3表示基於CH存在之累積死亡率。具體而言，圖3a、圖3b及圖3c分別表示基於CH存在之累積肺癌死亡率、基於CH存在之累積非肺癌死亡率及基於CH存在之原因不明的累積死亡率。

圖4a及圖4b分別表示在PSM前和後IIB期肺癌已接受過輔助療法之患者中基於CH突變存在之整體存活率。圖4c及圖4d分別表示在PSM前和後IIB期肺癌未執行輔助療法之患者中基於CH突變存在之整體存活率（Tx，Treatment）。

圖5a至圖5c表示在整體群組中確認之CH突變的特性。圖5a表示在群組中基於患者的年齡之CH患病率。圖5b表示每個患者所持有的突變的數量。圖5c表示各CH基因的突變數量。

圖6a至圖6c分別表示在期數IIB期、IIIA期及IIIB期中基於CH突變存在之患者的整體存活率。

無。

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Claims (32)

1. 一種提供用於預測一個體的肺癌治療預後之資訊的方法，其包括藉由對分離自肺癌已接受過治療之該個體的一生物試樣的基因分析，來決定在該個體中是否存在複製性造血之步驟。
2. 如請求項1所述之方法，其中該決定是否存在複製性造血之步驟包括確認在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變。
3. 如請求項2所述之方法，其中該一個或多個基因包括選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個。
4. 如請求項2所述之方法，其中該一個或多個基因包括DNMT3A。
5. 如請求項2所述之方法，其進一步包括基於在該一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變及變異等位基因頻率（variant allele frequency，VAF）來決定是否存在複製性造血之步驟。
6. 如請求項5所述之方法，其進一步包括當在該一個或多個基因中存在一個或多個的突變且該變異等位基因頻率為大於或等於約1.8%時決定為存在複製性造血之步驟。
7. 如請求項1所述之方法，其中在該個體中存在複製性造血時代表相較於不存在複製性造血之情況，該個體肺癌治療的預後不良好。
8. 如請求項1所述之方法，其中該預後包括腫瘤去除手術之後或緊接腫瘤去除手術後適用輔助療法之後的整體存活率或無復發存活率。
9. 如請求項1所述之方法，其中該個體以腫瘤去除手術、化學療法、化學放射療法、抗癌免疫療法或該等的組合進行治療。
10. 如請求項1所述之方法，其中該肺癌為非小細胞肺癌。
11. 如請求項10所述之方法，其中該非小細胞肺癌為I期、II期或其以後的期數。
12. 如請求項1所述之方法，其中該個體為已接受過腫瘤去除手術之肺癌患者。
13. 如請求項12所述之方法，其中該決定是否存在複製性造血之步驟在接受腫瘤去除手術之前、接受腫瘤去除手術之後、腫瘤去除手術後適用輔助療法之前或緊接腫瘤去除手術後適用輔助療法之後進行。
14. 如請求項1所述之方法，其中該突變為誤義 (missense)突變、框移 (frameshift)突變、無義 (nonsense)突變、剪接 (splice)突變、核苷酸添加、缺失或置換或該等的組合。
15. 如請求項1所述之方法，其中該基因分析包括次世代定序分析法 (Next Generation Sequencing, NGS)。
16. 一種用於預測一個體的肺癌治療預後之組合物，其包含作為有效成分的一製劑，該製劑用以利用分離自肺癌已接受過治療之該個體的一生物試樣來決定複製性造血的存在。
17. 如請求項16所述之組合物，其中該製劑包括用於檢測在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變之製劑。
18. 如請求項16所述之組合物，其中該製劑包括用於檢測在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、SF3B1、ATM及TNFAIP3所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變之製劑。
19. 如請求項16所述之組合物，其中該肺癌為非小細胞肺癌。
20. 如請求項19所述之組合物，其中該非小細胞肺癌為I期、II期或其以後的期數。
21. 如請求項16所述之組合物，其中複製性造血的存在顯示不良好的肺癌治療預後。
22. 如請求項16所述之組合物，其中該突變為誤義 (missense)突變、框移 (frameshift)突變、無義 (nonsense)突變或剪接 (splice)突變、核苷酸添加、缺失或置換或該等的組合。
23. 如請求項16所述之組合物，其中該製劑包含用於檢測複製性造血的基因突變之引子、探針或反義核酸。
24. 一種用於預測一個體的肺癌治療預後之套組，其包含如請求項16至請求項23中之任一項所述之組合物。
25. 一種用於檢測複製性造血的基因突變之基因分析用面板，其包含如請求項16至請求項23中之任一項所述之組合物。
26. 一種治療肺癌的方法，其包括在施用一治療肺癌的治療劑前，藉由分離自該個體的一生物試樣的基因分析，來決定在該個體中是否存在複製性造血之步驟。
27. 如請求項26所述之方法，其中該決定是否存在複製性造血之步驟包括確認在選自於由DNMT3A、ASXL1、TET2、PPM1D、ATM、BCL11B、CARD11、CBL、CD79B、CHEK2、CUX1、ETV6、FOXP1、JAK2、KMT2D、MAP3K1、MPL、NF1、NOTCH1、NOTCH2、PHIP、PRPF40B、RAD21、SETD2、SF3B1、TET1、TNFAIP3、TP53、U2AF1及ZRSR2所組成的群組中的一個或多個基因中是否存在一個或多個的突變。
28. 如請求項27所述之方法，其進一步包括當在該一個或多個基因中存在一個或多個的突變且變異等位基因頻率（variant allele frequency，VAF）為大於或等於約1.8%時決定為存在複製性造血之步驟。
29. 如請求項26所述之方法，其進一步包括當決定為在該個體中不存在複製性造血時施用一肺癌治療劑之步驟。
30. 如請求項26所述之方法，其中該治療肺癌的治療劑包含用於臨床試驗之候選藥物。
31. 如請求項26所述之方法，其進一步包括當決定為在該個體中存在複製性造血時施用一肺癌治療劑之步驟。
32. 如請求項31所述之方法，其中該治療肺癌之治療劑包含用於臨床試驗之候選藥物。

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