TW202122585A - 治療細菌感染的方法 - Google Patents

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Abstract

本發明提供用於治療和/或預防受試者中的細菌感染的方法和組合物，其中經由糞便微生物群移植(FMT)向受試者施用從供體受試者獲得的糞便樣品。糞便樣品含有靶向引起感染的細菌的噬菌體。在一些具體內容中，含有噬菌體的糞便樣品可以從先前具有相同感染但現在治癒的供體受試者獲得。

Description

治療細菌感染的方法
本公開涉及糞便微生物群移植(FMT)領域。
高度藥物抗性的腸桿菌，包括碳青黴烯抗性腸桿菌科(CRE)和耐萬古黴素的腸球菌 (VRE)，正在世界範圍內出現1 。在美國，已經在48個州確認了CRE感染，並且估計每100,000個人就有2.93個人，每年感染幾乎10,000次2 。腸桿菌科引起30%的與保健相關的感染。儘管它們對碳青黴烯類是易感染的3,4,5 ，但是具有直接碳青黴烯水解活性的新的β-內醯胺酶的細菌的出現在過去的十年中促成了CRE流行的增加6 。一些CRE細菌已經對大多數可用的抗生素具有抗性，並且攜帶這些細菌的患者處於嚴重感染的高風險和高死亡率中5 。目前，缺乏去定殖策略，並且靶向選擇性消化淨化導致短期益處和增加的對所用抗生素抗性的風險7 。
糞便微生物群移植(FMT)在治療復發性艱難梭菌感染(CDI)中是高度有效的8 ，並且近來已經作為腸道多藥抗性微生物的去定殖的有希望的療法出現9 。在具有不同研究方案的四個病例系列中，FMT導致CRE感染中33-50%的去定殖10-13 。然而，天然的和引入的微生物的命運以及在CRE受體中在FMT之後富集或清除的物種仍然不清楚11 。除了細菌群落之外，越來越多的證據顯示，由真核RNA和DNA病毒以及噬菌體組成的腸道真菌微生物組(真菌組)和病毒微生物組(病毒組)也與CDI中的FMT治療結果相關14 。迄今為止，關於FMT如何影響與FMT後的腸道微生物組有關的CRE運輸的資料是有限的。
FMT能恢復腸道微生物生態學，並且已被證實是治療復發性CDI的突破點。此外，正在進行臨床試驗以評價其用於其它病況包括治療多藥抗性微生物的用途。有大量證據表明腸道微生物群在腸道定殖和病原菌感染的控制中達到重要作用。此外，當噬菌體僅藉由細菌的裂解或溶原性感染而繁殖時，噬菌體具有根除多藥抗性微生物的潛能。
在一方面，本發明的特徵在於一種鑒定用於糞便微生物群移植(FMT)的供體受試者的方法，其包括：(a)分析從候選受試者獲得的糞便樣品以檢測糞便樣品中一種或多種預定種類的噬菌體的存在；以及(b)當在糞便樣品中檢測到一種或多種預定種類的噬菌體的存在時，將候選受試者確定為供體受試者。在一些具體內容中，所述方法還包括步驟(c)向需要FMT的受試者施用從供體受試者獲得的糞便材料。
在該方面的一些具體內容中，需要FMT的受試者患有細菌感染，例如復發性或抗生素抗性細菌感染。
在另一方面，本發明的特徵在於一種用於治療或預防需要FMT的受試者中的細菌感染的方法，其包括：(a)分析從作為建議的供體的個體獲得的糞便樣品，以檢測所述糞便樣品中一種或多種預定種類的噬菌體的存在，一旦確認所述糞便樣品中一種或多種預定種類的噬菌體的存在，尤其是以期望水準(例如，高於平均水準)存在時，選擇個體作為FMT供體；以及(b)向需要FMT的受試者施用來自供體的含有有效量的預定種類的噬菌體的經處理的糞便樣品。
在一些具體內容中，細菌感染是抗生素抗性細菌感染。在一些具體內容中，細菌感染由腸桿菌科中的細菌引起。在一些具體內容中，細菌感染由腸球菌屬、克雷伯氏菌屬或埃希氏菌屬中的細菌引起。在一些具體內容中，細菌感染由碳青黴烯抗性腸桿菌科(CRE)引起。在一些具體內容中，細菌感染由萬古黴素抗性腸球菌(VRE)引起。在一些具體內容中，細菌感染由肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumonia)、變種克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)或大腸埃希氏菌(Escherichia coli)引起。
在一些具體內容中，噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體KP34  (NCBI: txid674081)、KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)、Kp36病毒屬(NCBI: txid1920860)、克雷伯氏病毒Kp15 (NCBI: txid1985328)和克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)，或選自克雷伯氏菌噬菌體vB_Kpn_IME260 (NCBI: taxid 1912318)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KB57 (NCBI: taxid 1719140)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KpV52 (NCBI: taxid 1912321)、克雷伯氏菌病毒0507KN21  (NCBI: taxid 2169687)、克雷伯氏菌噬菌體F19 (NCBI: taxid 1416011)、克雷伯氏菌噬菌體K5 (NCBI: taxid 1647374)、克雷伯氏菌噬菌體Matisse  (NCBI: taxid 1675607)、克雷伯氏菌噬菌體Sugarland (NCBI: taxid 2053603)、克雷伯氏菌噬菌體PKP126 (NCBI: taxid 1654927)、克雷伯氏菌噬菌體K64-1  (NCBI: taxid 1439894)、克雷伯氏菌噬菌體KpV71  (NCBI: taxid 1796998)和克雷伯氏菌噬菌體Matisse (NCBI: taxid 1912318)。
在一些具體內容中，KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)中的噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體K5 (NCBI: txid1647374)、克雷伯氏菌噬菌體K11 (NCBI: txid532077)、克雷伯氏菌噬菌體vB_Kp1 (NCBI: txid1701804)、克雷伯氏菌噬菌體KP32 (NCBI: txid674082) 和克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289 (NCBI: txid1671396)。
在一些具體內容中，細菌感染由碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌引起，並且噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081)、KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)和KP36病毒屬(NCBI: txid1920860)。
在一些具體內容中，噬菌體包含基因組，所述基因組包含SEQ ID NOS: 1-324和333-335中的任一個，或列表6或7中的任一個的核酸序列。
在一些具體內容中，細菌感染由碳青黴烯抗性變種克雷伯氏菌引起，並且噬菌體選自克雷伯氏菌病毒Kp15 (NCBI: txid1985328)和克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)。
在一些具體內容中，噬菌體包含含有SEQ ID NOS: 325-332中任一個的核酸序列的基因組。
在一些具體內容中，細菌感染由碳青黴烯抗性大腸埃希氏菌引起，並且噬菌體包含含有SEQ ID NOS: 336-384中任一個的核酸序列的基因組。
在一些具體內容中，所述方法在步驟(a)之前還包括從候選受試者獲得糞便樣品的步驟。在一些具體內容中，候選受試者先前具有與需要FMT的受試者相同的細菌感染，並且現在被治癒。在一些具體內容中，供體受試者藉由糞便微生物群移植(FMT)治癒。在一些具體內容中，糞便樣品包含選自克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081)、KP32病毒屬 (NCBI: txid1985720)和KP36病毒屬(NCBI: txid1920860)的噬菌體。在一些具體內容中，糞便樣品包含含有SEQ ID NOS: 1-324和333-335中任一序列的噬菌體。
在一些具體內容中，糞便樣品包含選自克雷伯氏菌病毒Kp15 (NCBI: txid1985328)和克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147) 的噬菌體。在一些具體內容中，糞便樣品包含含有SEQ ID NOS: 325-332中任一序列的噬菌體。
在本文所述的方法的一些具體內容中，糞便樣品獲自糞便庫。
在本文所述的方法的一些具體內容中，所述方法還包括鑒定在需要FMT的受試者中引起細菌感染的細菌。
在本文所述的方法的一些具體內容中，將糞便材料或經處理的糞便樣品施用至需要FMT的受試者的小腸、迴腸和/或大腸。在其它具體內容中，藉由直接轉移至消化道來施用糞便材料或經處理的糞便樣品。在其它具體內容中，配製糞便材料或經處理的糞便樣品用於口服施用。在其它具體內容中，在食物攝入之前或與食物攝入一起施用糞便材料或經處理的糞便樣品。在進一步的具體內容中，需要FMT的受試者被進一步施用抗生素。
I. 引言
本發明提供了治療或預防需要FMT的受試者中的細菌感染的方法，該方法藉由向受試者施用含有抑制在受試者中引起細菌感染的細菌的噬菌體的經處理的糞便樣品來進行。可以首先從供體受試者獲得經處理的糞便樣品，分析其噬菌體含量，然後處理以備施用。在他們的研究過程中，本發明人在FMT後成功去定殖CRE的CRE陽性患者中進行了腸道細菌組，真菌組和病毒組的縱向和深入的宏基因組分析。如本文所述，研究了FMT前後的細菌-噬菌體相關性及其與治療結果的關聯。本發明人發現用於治療的噬菌體顯示出在噬菌體和引起感染的細菌之間的負相關。因此，對潛在供體糞便樣品中噬菌體種類的測定和分析可用於指導供體選擇。
II. 定義
如本文所用，術語“糞便微生物群移植(FMT)”是指一種醫療過程，在該過程中，將從健康個體獲得的含有活的糞便微生物(細菌，真菌等)的糞便物質轉移到受體的胃腸道中，以恢復已經被各種醫療條件瓦解或破壞的健康腸道微生物區系。通常，首先將來自健康供體的糞便物質處理成用於移植的適當形式，其可以藉由直接沉積到下胃腸道中，例如藉由大腸鏡，或藉由鼻插管，或藉由口服攝入包含乾燥和冷凍的糞便物質的包封材料來製備。艱難梭菌(Clostridium difficile)感染(CDI)是最常被FMT治療的病狀，儘管已經報導許多其它疾病和病症，包括消化系統和神經系統中的疾病和病症被FMT成功治療。
如本文所用，術語“抗菌”是指對細菌生長具有破壞性或抑制細菌生長的分子或試劑。
如本文所用，術語“噬菌體(bacteriophage)”或“噬菌體(phage)”是指噬菌體分離物，其中分離物的成員具有基本上相同的遺傳組成，例如在基因組中共有至少約90%、95%、99%、99.9%或更多序列同一性中的任一個。“噬菌體(bacteriophage)”或“噬菌體(phage)”是指親本噬菌體以及其子代或衍生物(例如遺傳工程化形式)。噬菌體可以是天然存在的噬菌體分離物，或合成的或工程化的噬菌體，包括載體，或編碼至少所有必需基因的核酸，或噬菌體的完整基因組以在宿主細菌內進行噬菌體的生命週期。
如本文所用，噬菌體“靶向(targeting)”或“靶向 (targets)”細菌是指噬菌體可感染細菌並抑制細菌生長。噬菌體可以是細菌的溶原性噬菌體，也可以是細菌的裂解性噬菌體。
如本文所用，術語“抑制(inhibiting)”或“抑制(inhibition)”是指對靶生物過程，例如靶基因的RNA/蛋白質表達、靶蛋白的生物活性、細胞信號轉導、細胞增殖等的任何可檢測的負面影響。通常，與對照相比，抑制反映在靶過程(例如細菌細胞的生長或增殖)或上述下游參數中的任一個中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更大的降低。“抑制”還包括100%的降低，即完全消除、預防或去除靶生物過程或信號。其它相對術語如“阻抑(suppressing)”、“阻抑(suppression)”、“降低(reducing)”和“降低(reduction)”在本發明中以類似的方式使用，是指降低至不同的水準(例如，與對照水準相比，至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更大的降低)直至完全消除靶生物過程或信號。另一方面，本發明中使用的術語如“活化(activate)”、“活化(activating)”、“活化(activation)”、“增加(increase)”、“增加(increasing)”、“促進(promote)”、“促進(promoting)”、“增強(enhance)”、“增強( enhancing)”或“增強(enhancement)”涵蓋靶過程或信號中的不同水準(例如，與對照水準相比，至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%或更大，例如3、5、8、10、20倍的增加)的正變化。
如本文所用，術語“治療(treatment) ”或“治療(treating) ”是指獲得有益或期望結果(包括臨床結果)的方法。有益或期望的臨床結果可包括但不限於緩解由疾病引起的一種或多種症狀，減少疾病的程度，穩定疾病(例如預防或延遲疾病的惡化)，預防或延遲疾病的傳播，延遲或減緩疾病的進展，改善疾病狀態，和降低治療疾病所需的一種或多種其它藥物的劑量。
如本文所用，術語“預防(prevention)”或“預防(preventing)”包括提供關於可能易患疾病但尚未診斷出疾病的受試者中疾病的發生或復發的預防。
如本文所用，術語“有效量”是指足以產生施用物質的預期效果的量。該效果可以包括生物過程中的期望變化以及預防、校正或抑制疾病/病況的症狀和相關併發症(例如，阻抑或預防細菌感染)進展至任何可檢測的程度。達到所需效果“有效”的確切量將取決於治療劑的性質、施用方式和治療目的，並且將由本領域技術人員使用已知技術來確定(參見，例如，Lieberman，Pharmaceutical Dosage Forms  (vols). 1-3, 1992)；Lloyd，The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding (1999)；以及Pickar，Dosage Calculations (1999))。
如本文所用，術語“受試者”是指動物，包括但不限於牛、山羊、綿羊、水牛、駱駝、驢、美洲駝、馬、豬、人、靈長類、鳥類、魚、騾、貓和狗。在一些具體內容中，受試者是人。
如本文所用，術語“約”表示為指定值的+/-10%的數值範圍。例如，“約10”表示10 +/-10×10%的數值範圍，即9至11。
III. 含有噬菌體的糞便物質
可以將含有噬菌體的糞便物質施用於具有細菌感染或具有細菌感染風險的受試者。糞便物質可以從供體受試者或糞便庫獲得。在FMT程序中，可以將糞便物質處理成用於預期遞送方式的適當形式。FMT供體可以是沒有任何已知疾病或病症，特別是消化道中的任何已知疾病或病症的健康個體，儘管通常對與受體相同家庭的成員給予一些優選。在一些具體內容中，糞便物質可包含一種類型的噬菌體或可包含兩種或更多種(例如，三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種或十種)不同類型的噬菌體。
細菌噬菌體：
噬菌體的實例包括但不限於普羅班多病毒(NCBI：txid1985720)、韋伯病毒(NCBI：txid1920860)、斯洛佩克病毒(NCBI:txid1985328)、克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)、克雷伯氏菌噬菌體K11 (NCBI: txid532077)、克雷伯氏菌噬菌體K5 (NCBI: txid1647374)、克雷伯氏菌噬菌體vB_Kp1 (NCBI: txid1701804)、克雷伯氏菌噬菌體KP32 (NCBI: txid674082)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289  (NCBI: txid1671396)、克雷伯氏菌噬菌體F19 (NCBI: txid1416011)、 克雷伯氏菌噬菌體NTUH-K2044-K1-1 (NCBI:txid1194091)、克雷伯氏菌噬菌體Kp2 (NCBI:txid1701805)、克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)、克雷伯氏菌噬菌體KpV41 (NCBI:txid1747282)、克雷伯氏菌噬菌體KpV475 (NCBI:txid1852657)、克雷伯氏菌噬菌體KpV71 (NCBI:txid1796998)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_SU503 (NCBI:txid1610834)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_SU552A (NCBI:txid1610835)、克雷伯氏菌噬菌體KLPN1 (NCBI:txid1647408)、克雷伯氏菌噬菌體Kp36 (NCBI:txid1129191)、埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)、埃希氏菌病毒HK97 (NCBI:txid37554)、埃希氏菌噬菌體HK633 (NCBI:txid1147147)、埃希氏菌病毒P1 (NCBI:txid10678)、埃希氏菌噬菌體mEpX2 (NCBI:txid1147154)、埃希氏菌噬菌體TL-2011b (NCBI:txid1124654)、埃希氏菌噬菌體HK75 (NCBI:txid906668)、埃希氏菌噬菌體K30 (NCBI:txid1041524)、埃希氏菌噬菌體HK446 (NCBI:txid1147145)、埃希氏菌病毒HK022 (NCBI:txid10742)、埃希氏菌噬菌體HK629 (NCBI:txid1147148)、腸桿菌噬菌體HK106 (NCBI:txid432198)、埃希氏菌噬菌體phiV10 (NCBI:txid343516)、埃希氏菌病毒P2 (NCBI:txid10679)、埃希氏菌噬菌體mEp234 (NCBI:txid1147157)、埃希氏菌噬菌體HK544 (NCBI:txid432201)、埃希氏菌噬菌體pro483 (NCBI:txid1649240)、埃希氏菌噬菌體HK542 (NCBI:txid432200)、埃希氏菌噬菌體Pollock (NCBI:txid1540097)、埃希氏菌病毒Lambda (NCBI:txid10710)、埃希氏菌噬菌體pro147 (NCBI:txid1649239)、埃希氏菌噬菌體Av-05 (NCBI:txid1527519)、埃希氏菌病毒Wphi (NCBI:txid103216)、埃希氏菌噬菌體HK639 (NCBI:txid906669)、埃希氏菌病毒Mu (NCBI:txid10677)、埃希氏菌噬菌體mEpX1 (NCBI:txid1147153)、埃希氏菌噬菌體64795_ec1 (NCBI:txid1837842)、腸桿菌噬菌體If1 (NCBI:txid10868)、腸桿菌噬菌體Bp7 (NCBI:txid1052121)、腸桿菌噬菌體RB69 (NCBI:txid12353)、埃希氏菌病毒N4 (NCBI:txid10752)、埃希氏菌病毒N15 (NCBI:txid40631)、埃希氏菌噬菌體FFH2 (NCBI:txid1446490)、埃希氏菌噬菌體phAPEC8 (NCBI:txid1229753)、埃希氏菌噬菌體ECBP5 (NCBI:txid1498172)、埃希氏菌噬菌體SUSP2 (NCBI:txid1718669)、埃希氏菌噬菌體121Q (NCBI:txid1555202)、埃希氏菌噬菌體wV8 (NCBI:txid576791)、埃希氏菌噬菌體QL01 (NCBI:txid1673871)、埃希氏菌噬菌體V5 (NCBI:txid399183)、埃希氏菌Stx1轉化噬菌體(NCBI:txid194948)、埃希氏菌噬菌體AR1 (NCBI:txid66711)、埃希氏菌噬菌體JSE (NCBI:txid576789)、腸桿菌噬菌體CC31 (NCBI:txid709484)、埃希氏菌病毒VR20 (NCBI:txid1913684)、埃希氏菌病毒VR26 (NCBI:txid1913686)、埃希氏菌病毒SU10 (NCBI:txid1987942)、埃希氏菌病毒K1H (NCBI:txid1911010)、埃希氏菌病毒ECB2 (NCBI:txid1987939)和埃希氏菌噬菌體WG01 (NCBI:txid1837931)。
在一些具體內容中，噬菌體靶向克雷伯氏菌屬(Klebsiella) 中的細菌，諸如肺炎克雷伯氏菌(例如，碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌)。這種噬菌體的實例包括但不限於，韋伯病毒(NCBI: txid1920860)、藥物病毒(NCBI: txid1920774)、普羅班多病毒(NCBI: txid1985720)、克雷伯氏菌噬菌體KLPN1 (NCBI: txid1647408)、克雷伯氏菌噬菌體KpV71 (NCBI: txid1796998)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_SU552A (NCBI: txid1610835)、克雷伯氏菌噬菌體NTUH-K2044-K1-1 (NCBI: txid1194091)、克雷伯氏菌噬菌體KpV41 (NCBI: txid1747282)、克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081)、克雷伯氏菌噬菌體F19 (NCBI: txid1416011)、克雷伯氏菌噬菌體Kp2 (NCBI: txid1701805)、克雷伯氏菌噬菌體KpV475 (NCBI: txid1852657)和克雷伯氏菌噬菌體vB_Kp1 (NCBI:txid1701804)。靶向克雷伯氏菌屬中的細菌，例如肺炎克雷伯氏菌(例如，碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌)的噬菌體可包含與SEQ ID NOS: 1-324和333-335中任一序列具有至少80% (例如，80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)的同一性的核酸序列。在其它具體內容中，靶向克雷伯氏菌屬中的細菌例如肺炎克雷伯氏菌的噬菌體，可以是以下表1中列出的任何種類。 表1：
噬菌體種類 靶細菌 Taxid
克雷伯氏菌噬菌體KLPN1 肺炎克雷伯氏菌 1647408
克雷伯氏菌噬菌體vB_Kp1 肺炎克雷伯氏菌 1701804
克雷伯氏菌噬菌體K11 肺炎克雷伯氏菌 532077
克雷伯氏菌噬菌體KP32 肺炎克雷伯氏菌 674082
克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289 肺炎克雷伯氏菌 1671396
克雷伯氏菌噬菌體K5 肺炎克雷伯氏菌 1647374
克雷伯氏菌噬菌體KpV71 肺炎克雷伯氏菌 1796998
克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_SU552A 肺炎克雷伯氏菌 1610835
克雷伯氏菌噬菌體NTUH-K2044-K1 肺炎克雷伯氏菌 1194091
克雷伯氏菌噬菌體KpV41 肺炎克雷伯氏菌 1747282
克雷伯氏菌噬菌體KP34 肺炎克雷伯氏菌 674081
克雷伯氏菌噬菌體F19 肺炎克雷伯氏菌 1416011
克雷伯氏菌噬菌體Kp2 肺炎克雷伯氏菌 1701805
克雷伯氏菌噬菌體KpV475 肺炎克雷伯氏菌 1852657
克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_SU503 肺炎克雷伯氏菌 1610834
在其它具體內容中，噬菌體靶向克雷伯氏菌屬中的細菌，例如變種克雷伯氏菌(例如，碳青黴烯抗性變種克雷伯氏菌)。這種噬菌體的實例包括但不限於斯洛佩克病毒(NCBI: txid1985328)、克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)。靶向克雷伯氏菌屬中的細菌，例如變種克雷伯氏菌(例如，碳青黴烯抗性變種克雷伯氏菌)的噬菌體，可以包含與SEQ ID NOS: 325-332中任一序列具有至少80% (例如，80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)的同一性的核酸序列。在其它具體內容中，靶向克雷伯氏菌屬中的細菌，例如變種克雷伯氏菌的噬菌體，可以是克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)。
在其它具體內容中，噬菌體靶向埃希氏菌屬中的細菌，例如大腸埃希氏菌(例如，碳青黴烯抗性大腸埃希氏菌)。這種噬菌體的實例包括但不限於埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)、埃希氏菌病毒HK97 (NCBI:txid37554)、埃希氏菌噬菌體HK633 (NCBI:txid1147147)、埃希氏菌病毒P1 (NCBI:txid10678)、埃希氏菌噬菌體mEpX2 (NCBI:txid1147154)、埃希氏菌噬菌體TL-2011b (NCBI:txid1124654)、埃希氏菌噬菌體HK75 (NCBI:txid906668)、埃希氏菌噬菌體K30 (NCBI:txid1041524)、埃希氏菌噬菌體HK446 (NCBI:txid1147145)、埃希氏菌病毒HK022 (NCBI:txid10742)、埃希氏菌噬菌體HK629 (NCBI:txid1147148)、腸桿菌噬菌體HK106 (NCBI:txid432198)、埃希氏菌噬菌體phiV10 (NCBI:txid343516)、埃希氏菌病毒P2 (NCBI:txid10679)、埃希氏菌噬菌體mEp234 (NCBI:txid1147157)、埃希氏菌噬菌體HK544 (NCBI:txid432201)、埃希氏菌噬菌體pro483 (NCBI:txid1649240)、埃希氏菌噬菌體HK542 (NCBI:txid432200)、埃希氏菌噬菌體Pollock (NCBI:txid1540097)、埃希氏菌病毒Lambda (NCBI:txid10710)、埃希氏菌噬菌體pro147 (NCBI:txid1649239)、埃希氏菌噬菌體Av-05 (NCBI:txid1527519)、埃希氏菌病毒Wphi (NCBI:txid103216)、埃希氏菌噬菌體HK639 (NCBI:txid906669)、埃希氏菌病毒Mu (NCBI:txid10677)、埃希氏菌噬菌體mEpX1 (NCBI:txid1147153)、埃希氏菌噬菌體64795_ec1 (NCBI:txid1837842)、腸桿菌噬菌體If1 (NCBI:txid10868)、腸桿菌噬菌體Bp7 (NCBI:txid1052121)、腸桿菌噬菌體RB69 (NCBI:txid12353)、埃希氏菌病毒N4 (NCBI:txid10752)、埃希氏菌病毒N15 (NCBI:txid40631)、埃希氏菌噬菌體FFH2 (NCBI:txid1446490)、埃希氏菌噬菌體phAPEC8 (NCBI:txid1229753)、埃希氏菌噬菌體ECBP5 (NCBI:txid1498172)、埃希氏菌噬菌體SUSP2 (NCBI:txid1718669)、埃希氏菌噬菌體121Q (NCBI:txid1555202)、埃希氏菌噬菌體wV8 (NCBI:txid576791)、埃希氏菌噬菌體QL01 (NCBI:txid1673871)、埃希氏菌噬菌體V5 (NCBI:txid399183)、埃希氏菌Stx1轉化噬菌體(NCBI:txid194948)、埃希氏菌噬菌體AR1 (NCBI:txid66711)、埃希氏菌噬菌體JSE (NCBI:txid576789)、腸桿菌噬菌體CC31 (NCBI:txid709484)、埃希氏菌病毒VR20 (NCBI:txid1913684)、埃希氏菌病毒VR26 (NCBI:txid1913686)、埃希氏菌病毒SU10 (NCBI:txid1987942)、埃希氏菌病毒K1H (NCBI:txid1911010)、埃希氏菌病毒ECB2 (NCBI:txid1987939)和埃希氏菌噬菌體WG01 (NCBI:txid1837931)。靶向埃希氏菌屬中的細菌，例如大腸埃希氏菌(例如，碳青黴烯抗性大腸埃希氏菌)的噬菌體，可以包含與SEQ ID NOS: 336-384中任一序列具有至少80% (如80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)的同一性的核酸序列。在其它具體內容中，靶向埃希氏菌屬中的細菌例如大腸埃希氏菌的噬菌體，可以是以下表2中列出的任何種類。 表2：
噬菌體種類 靶細菌 Taxid
埃希氏菌病毒186 大腸埃希氏菌 29252
埃希氏菌病毒HK97 大腸埃希氏菌 37554
埃希氏菌噬菌體HK633 大腸埃希氏菌 1147147
埃希氏菌病毒P1 大腸埃希氏菌 10678
埃希氏菌噬菌體mEpX2 大腸埃希氏菌 1147154
埃希氏菌噬菌體TL-2011b 大腸埃希氏菌 1124654
埃希氏菌噬菌體HK75 大腸埃希氏菌 906668
埃希氏菌噬菌體K30 大腸埃希氏菌 1041524
埃希氏菌噬菌體HK446 大腸埃希氏菌 1147145
埃希氏菌病毒HK022 大腸埃希氏菌 10742
埃希氏菌噬菌體HK629 大腸埃希氏菌 1147148
腸桿菌噬菌體 HK106 大腸埃希氏菌 432198
埃希氏菌噬菌體phiV10 大腸埃希氏菌 343516
埃希氏菌病毒P2 大腸埃希氏菌 10679
埃希氏菌噬菌體mEp234 大腸埃希氏菌 1147157
埃希氏菌噬菌體HK544 大腸埃希氏菌 432201
埃希氏菌噬菌體pro483 大腸埃希氏菌 1649240
埃希氏菌噬菌體HK542 大腸埃希氏菌 432200
埃希氏菌噬菌體Pollock 大腸埃希氏菌 1540097
埃希氏菌病毒Lambda 大腸埃希氏菌 10710
埃希氏菌噬菌體pro147 大腸埃希氏菌 1649239
埃希氏菌噬菌體Av-05 大腸埃希氏菌 1527519
埃希氏菌病毒Wphi 大腸埃希氏菌 103216
埃希氏菌噬菌體HK639 大腸埃希氏菌 906669
埃希氏菌病毒Mu 大腸埃希氏菌 10677
埃希氏菌噬菌體mEpX1 大腸埃希氏菌 1147153
埃希氏菌噬菌體64795_ec1 大腸埃希氏菌 1837842
腸桿菌噬菌體 If1 大腸埃希氏菌 10868
腸桿菌噬菌體 Bp7 大腸埃希氏菌 1052121
腸桿菌噬菌體 RB69 大腸埃希氏菌 12353
埃希氏菌病毒N4 大腸埃希氏菌 10752
埃希氏菌病毒N15 大腸埃希氏菌 40631
埃希氏菌噬菌體FFH2 大腸埃希氏菌 1446490
埃希氏菌噬菌體phAPEC8 大腸埃希氏菌 1229753
埃希氏菌噬菌體ECBP5 大腸埃希氏菌 1498172
埃希氏菌噬菌體SUSP2 大腸埃希氏菌 1718669
埃希氏菌噬菌體121Q 大腸埃希氏菌 1555202
埃希氏菌噬菌體wV8 大腸埃希氏菌 576791
埃希氏菌噬菌體QL01 大腸埃希氏菌 1673871
埃希氏菌噬菌體V5 大腸埃希氏菌 399183
埃希氏菌Stx1轉化噬菌體 大腸埃希氏菌 194948
埃希氏菌噬菌體AR1 大腸埃希氏菌 66711
埃希氏菌噬菌體JSE 大腸埃希氏菌 576789
腸桿菌噬菌體 CC31 大腸埃希氏菌 709484
埃希氏菌病毒VR20 大腸埃希氏菌 1913684
埃希氏菌病毒VR26 大腸埃希氏菌 1913686
埃希氏菌病毒SU10 大腸埃希氏菌 1987942
埃希氏菌病毒K1H 大腸埃希氏菌 1911010
埃希氏菌病毒ECB2 大腸埃希氏菌 1987939
埃希氏菌噬菌體WG01 大腸埃希氏菌 1837931
如實施例部分所述，用於治療的噬菌體應顯示出在噬菌體和引起感染的細菌之間的負相關(r值小於0) (參見，例如，圖1)。
本文所述的噬菌體可以是裂解性的或溶原性的。裂解性噬菌體具有在噬菌體複製後裂解出細菌宿主細胞的能力，並且噬菌體後代能夠感染新的細菌宿主細胞。相比之下，溶原性噬菌體將其病毒基因組與宿主DNA整合，與宿主的DNA一起複製。然後，溶原性噬菌體進行複製，導致宿主細胞裂解釋放噬菌體。
可以對從供體受試者獲得的糞便樣品進行處理，以獲得經處理的糞便樣品，該經處理的糞便樣品為FMT程序中的預期遞送方式的適當形式。例如，用於治療克雷伯氏菌感染的糞便樣品可以如下所述進行處理。將糞便樣品在LB肉湯中在37°C孵育過夜，然後以5,500g離心。將上清液過濾通過0.22μm。然後將溶液與2.5mL宿主細菌，即克雷伯氏菌(指數噬菌體)混合，並加入到10mL LB肉湯中，在37°C過夜孵育。然後藉由雙層瓊脂(DLA)方法篩選混合物中噬菌體的存在。藉由用無菌巴斯德移液管尖端挑取單個噬菌斑，將噬菌斑再懸浮於1mL LB肉湯中，在37°C下孵育1小時，滴定，並藉由DLA方法鋪板來純化具有陽性噬菌體的上清液。
在其它實例中，施用於受體的組合物可含有合成的噬菌體。合成的噬菌體可例如藉由以下來製備：由體外修飾的噬菌體基因組產生功能性噬菌體顆粒，轉化作為使噬菌體基因組DNA回到宿主細菌的手段，其中噬菌體顆粒由基因組DNA產生。重組DNA (rDNA)技術是指將來自兩種不同來源的DNA分子連接並將它們插入到宿主生物體中以產生供人類使用的產物的過程。重組DNA (或rDNA)藉由組合來自兩種或更多種來源的DNA來製備。在實踐中，該方法通常包括組合不同生物體(例如細菌和噬菌體)的DNA。儘管藉由分子複製技術，啟動子也可以與噬菌體的核酸可操作地連接。此外，可以促進噬菌體的表達和/或活性的其它組分也可以與噬菌體的核酸，例如編碼抗微生物多肽的核酸連接。
例如，當產生人工噬菌體時，可以遵循以下步驟：藉由限制酶消化分離遺傳物質；PCR擴增；連接DNA分子以產生在質粒載體內的重組DNA；藉由轉化感受態細菌細胞將重組DNA插入宿主細胞。質粒載體現在能夠複製，因為質粒通常具有複製起點。然而，既然DNA插入片段是載體長度的一部分，那麼DNA與載體一起被自動複製。進入細胞的每個重組質粒將在該細胞中形成自身的多個拷貝。
噬菌體濃度：
在一些具體內容中，待施用於需要的受試者的經處理的糞便樣品中的有益噬菌體的量表示為相對於樣品中所有噬菌體種類的總體水準的百分比。在一些具體內容中，有益噬菌體的量被確定為大於經處理的糞便樣品中總噬菌體的10% (例如，大於15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%或50%)。在一些情況下，隨後立即給予潛在的受體FMT，而無需任何進一步的治療或製備，例如施用有效量的抗生素。在一些具體內容中，當有益噬菌體的量不超過經處理的樣品中總噬菌體的5% (例如，4%、3%、2%或1%)時，FMT被評估為對潛在受體不可能有效。在一些具體內容中，噬菌體的量藉由定量聚合酶鏈式反應(PCR)來確定。在一些具體內容中，藉由內部轉錄間隔區2 (ITS2)測序測定樣品中存在的所有噬菌體種類的水準。
在一些具體內容中，經處理的糞便樣品包含104 、105 、106 、107 、108 、109 、1010 、1011 或1012 PFU/mL的每種噬菌體中的至少約任何一種。噬菌體的濃度可以使用已知的噬菌體滴定方案測定。在一些具體內容中，經處理的糞便樣品包含有效量的噬菌體。噬菌體的濃度根據載體和施用方法而變化。對於包含兩種或更多種不同類型噬菌體的經處理的糞便樣品，可選擇經處理的糞便樣品中不同噬菌體之間的相對PFU比率以最佳化經處理的糞便樣品的功效或增強不同噬菌體之間的協同作用。在一些具體內容中，每種噬菌體以約相等的PFU存在於經處理的糞便樣品中。在一些具體內容中，經處理的糞便樣品中的一種噬菌體以是另一種噬菌體的約1.5、2、3、4、5、10或更多PFU中的任一種存在。
抗生素類：
可以將一種或多種抗生素添加到經處理的糞便樣品中。抗生素的實例包括但不限於阿米卡星(amikacin)、慶大黴素(gentamicin)、卡那黴素(kanamycin)、新黴素(neomycin)、奈替米星(netilmicin)、妥布黴素(tobramycin)、巴龍黴素(paromomycin)、鏈黴素(streptomycin)、壯觀黴素(spectinomycin)、格爾德黴素(geldanamycin)、除草黴素(herbimycin)、利福昔明(rifaximin)、氯碳頭孢(loracarbef)、厄他培南(ertapenem)、多利培南(doripenem)、亞胺培南/西司他丁(imipenem/cilastatin)、美羅培南(meropenem)、頭孢羥氨苄(cefadroxil)、頭孢唑林(cefazolin)、頭孢噻吩(cefalotin)、頭孢氨苄(cefalexin)、頭孢克洛(cefaclor)、頭孢孟多(cefamandole)、頭孢西丁(cefoxitin)、頭孢丙烯(cefprozil)、頭孢呋辛(cefuroxime)、頭孢克肟(cefixime)、頭孢地尼(cefdinir)、頭孢托侖(cefditoren)、頭孢呱酮(cefoperazone)、頭孢噻肟(cefotaxime)、頭孢泊肟(cefpodoxime)、頭孢他啶(ceftazidime)、頭孢布坦(ceftibuten)、頭孢唑肟(ceftizoxime)、頭孢曲松(ceftriaxone)、頭孢吡肟(cefepime)、頭孢洛林酯(ceftaroline fosamil)、頭孢托羅(ceftobiprole)、替考拉寧(teicoplanin)、萬古黴素(vancomycin)、替拉黴素(telavancin)、達巴萬星(dalbavancin)、奧利萬星(oritavancin)、克林黴素(clindamycin)、林可黴素(lincomycin)、達托黴素(daptomycin)、阿奇黴素(azithromycin)、克拉黴素(clarithromycin)、地紅黴素(dirithromycin)、紅黴素(erythromycin)、羅紅黴素(roxithromycin)、醋竹桃黴素(troleandomycin)、替利黴素(telithromycin)、螺旋黴素(spiramycin)、氨曲南(aztreonam)、呋喃唑酮(furazolidone)、呋喃妥因(nitrofurantoin)、利奈唑胺(linezolid)、潑斯唑來(posizolid)、雷得唑來(radezolid)、特地佐利(torezolid)、阿莫西林(amoxicillin)、氨苄青黴素(ampicillin)、阿洛西林(azlocillin)、羧苄西林(carbenicillin)、氯灑西林(cloxacillin)、雙氯西林(dicloxacillin)、氟氯西林(flucloxacillin)、美洛西林(mezlocillin)、甲氧西林(methicillin)、萘夫西林(nafcillin)、苯唑西林(oxacillin)、青黴素g (penicillin g)、青黴素v (penicillin v)、呱拉西林(piperacillin)、青黴素g (penicillin g)、替莫西林(temocillin)、替凱西林(ticarcillin)、阿莫西林克拉維酸(amoxicillin clavulanate)、氨苄西林/舒巴坦(ampicillin/sulbactam)、呱拉西林/他唑巴坦(piperacillin/tazobactam)、替凱西林/克拉維酸(ticarcillin/clavulanate)、桿菌肽(bacitracin)、黏菌素(colistin)、多黏菌素b (polymyxin b)、環丙沙星(ciprofloxacin)、依諾沙星(enoxacin)、加替沙星(gatifloxacin)、吉米沙星(gemifloxacin)、左氧氟沙星(levofloxacin)、洛美沙星(lomefloxacin)、莫西沙星(moxifloxacin)、萘啶酸(nalidixic acid)、諾氟沙星(norfloxacin)、氧氟沙星(ofloxacin)、曲伐沙星(trovafloxacin)、格雷沙星(grepafloxacin)、司帕沙星(sparfloxacin)、替馬沙星(temafloxacin)、磺胺米隆(mafenide)、磺胺醋醯(sulfacetamide)、磺胺嘧啶(sulfadiazine)、磺胺嘧啶銀(silver sulfadiazine)、磺胺地索辛(sulfadimethoxine)、磺胺甲二唑(sulfamethizole)、磺胺甲惡唑(sulfamethoxazole)、磺胺二甲異惡唑(sulfanilimide)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、磺胺異惡唑(sulfisoxazole)、甲氧苄啶-磺胺甲惡唑 (tmp-smx)(trimethoprim-sulfamethoxazole (tmp-smx))、磺醯氨基可待因(sulfonamidochrysoidine)、地美環素(demeclocycline)、強力黴素(doxycycline)、米諾環素(minocycline)、米諾環素(minocycline)、四環素(tetracycline)、氯法齊明(clofazimine)、氨苯碸(dapsone)、卷麯黴素(capreomycin)、環絲氨酸(cycloserine)、乙胺丁醇 (bs)(ethambutol(bs))、乙硫異煙胺(ethionamide)、異煙肼(isoniazid)、吡嗪醯胺(pyrazinamide)、利福平(rifampicin)、利福布丁(rifabutin)、利福噴丁(rifapentine)、鏈黴素(streptomycin)、胂凡納明(arsphenamine)、氯黴素(chloramphenicol)、磷黴素(fosfomycin)、夫西地酸(fusidic acid)、甲硝噠唑(metronidazole)、莫匹羅星(mupirocin)、平板黴素(platensimycin)、奎奴普丁/達福普汀(quinupristin/dalfopristin)、甲碸黴素(thiamphenicol)、替加環素(tigecycline)、磺甲硝咪唑(tinidazole)和甲氧苄啶(trimethoprim)。
遞送：
可以根據FMT程序中的遞送方式將從供體受試者獲得的糞便樣品處理，配製並包裝成適當的形式，其可以藉由直接沉積在受體的下胃腸道中(例如，濕或半濕形式)或藉由口服攝取(例如，冷凍乾燥包封的)。在一些具體內容中，可以藉由直接轉移至消化道(例如，經由大腸鏡或經由鼻插管)來配製經處理的糞便樣品用於FMT。在一些具體內容中，經處理的糞便樣品可以藉由直腸沉積配製用於FMT。
在一些具體內容中，包含噬菌體的經處理的糞便樣品可以作為水溶液或凍乾粉末製劑儲存。遞送媒介物適於遞送或施用途徑。在一些具體內容中，遞送媒介物適於口服施用。在一些具體內容中，遞送媒介物適於直接轉移至消化道。在一些具體內容中，遞送媒介物進一步穩定噬菌體，和/或增強噬菌體抑制細菌感染的功效。
在一些具體內容中，遞送媒介物是緩衝液，例如磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)、Luria-Bertani肉湯、噬菌體緩衝液(100mM NaCl, 100mM Tris-HCl, 0.01% (w/v)明膠)或胰蛋白酶大豆肉湯(TSB)。在一些具體內容中，遞送媒介物包含食品級油和用於調節噬菌體組合物黏度的無機鹽。藥學上可接受的載體的實例是眾所周知的，並且藥學領域的技術人員可以容易地選擇適於特定施用途徑的載體(Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1985)。合適的藥用載體包括但不限於無菌水；鹽水，右旋糖；在水或鹽水中的右旋糖；每摩爾蓖麻油結合約30至約35摩爾環氧乙烷的蓖麻油和環氧乙烷的縮合產物；液體酸；低級烷醇；油，例如玉米油；花生油，芝麻油等，與乳化劑，例如脂肪酸的甘油單酯或甘油二酯，或磷脂，例如卵磷脂等；二醇；聚亞烷基二醇；在懸浮劑(例如羧甲基纖維素鈉)的存在下的水性介質；海藻酸鈉；聚(乙烯基吡咯烷酮)；等，單獨或與合適的分散劑如卵磷脂一起；聚氧乙烯硬脂酸酯；等。載體還可以含有輔劑，例如保存穩定劑、濕潤劑、乳化劑等以及滲透促進劑。最終的形式可以是無菌的，並且還能夠容易地藉由注射裝置，例如空心針。可以藉由適當選擇溶劑或賦形劑來實現和保持適當的黏度。
在一些具體內容中，遞送媒介物包含其它試劑、賦形劑或穩定劑以改善組合物的性質，其不降低噬菌體的有效性。合適的賦形劑和稀釋劑的實例包括但不限於乳糖、右旋糖、蔗糖、山梨糖醇、甘露糖醇、澱粉、阿拉伯樹膠、磷酸鈣、藻酸鹽、黃蓍膠、明膠、矽酸鈣、微晶纖維素、聚乙烯吡咯烷酮、纖維素、水、鹽溶液、糖漿、甲基纖維素、羥基苯甲酸甲酯和羥基苯甲酸丙酯、滑石、硬脂酸鎂和礦物油。製劑可以另外包括潤滑劑、濕潤劑、乳化劑和懸浮劑、防腐劑、甜味劑或調味劑。乳化劑的實例包括生育酚酯如生育酚聚乙二醇琥珀酸酯等、PLURONIC® 、基於聚氧乙烯化合物的乳化劑、司盤80和相關化合物以及本領域已知並批准用於動物或人類劑型的其它乳化劑。所述組合物(如藥物組合物)可以藉由採用本領域熟知的方法配製以在施用於個體後提供活性成分的快速、持續或延遲釋放。
在一些具體內容中，經處理的糞便樣品包含適於口服施用的遞送媒介物。在一些具體內容中，遞送媒介物是水性介質，例如去離子水、礦泉水、5%蔗糖溶液、甘油、葡聚糖、聚乙二醇、山梨糖醇，或保持噬菌體活力並且對動物(包括哺乳動物和人)無毒的此類其它製劑。在一些具體內容中，所述組合物藉由將純化的噬菌體製劑重懸浮在水性介質中來製備。
IV. 方法
本發明提供治療或預防需要FMT的受試者中的細菌感染的方法，其包括：(a)分析獲自潛在供體的糞便樣品以確定糞便樣品中一種或多種相關噬菌體的存在和/或相對量，從而確定潛在供體是否可適當地用作供體以提供在FMT中有利的糞便材料；(b)將已被認為適於FMT的糞便樣品處理成經處理的糞便樣品；以及(c)向需要FMT的受試者施用經處理的糞便樣品。可以分析來自需要FMT的受試者的糞便樣品以找到引起感染的細菌種類，這可以有助於確定從供體受試者獲得的糞便樣品中所需的噬菌體種類。可以分析來自供體受試者的糞便樣品，以發現該樣品是否含有預定種類的噬菌體。
如本文所述，經處理的糞便樣品中的噬菌體應靶向在有需要的受試者中引起細菌感染的細菌。可使用本領域中可用的一種或多種方法來分析並確定糞便樣品中存在的噬菌體的種類。例如，如本文所述，可以應用使用PCR的宏基因組測序來確定糞便樣品中存在的噬菌體的種類。本文所述的方法可進一步包括確定在受試者中引起感染的細菌的步驟。例如，在受試者經歷FMT之前，可以從受試者獲得糞便樣品並分析引起感染的細菌。一旦確定了細菌，就可以選擇靶向細菌的適當噬菌體，並且可以選擇來自含有適當噬菌體的供體受試者的糞便樣品。在一些具體內容中，經處理的糞便樣品可以藉由直接轉移至消化道來施用。在其它具體內容中，經處理的糞便樣品可經口施用，即在食物攝取之前或與食物攝取一起施用。
在一個實例中，靶向克雷伯氏菌屬中的細菌，例如肺炎克雷伯氏菌(例如，碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌)的噬菌體，可以包含與SEQ ID NOS: 1-324和333-335中任一序列具有至少80% (例如，80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)的同一性的核酸序列。在另一個實例中，靶向克雷伯氏菌屬中的細菌，例如變種克雷伯氏菌(例如，碳青黴烯抗性變種克雷伯氏菌)的噬菌體，可以包含與SEQ ID NOS: 325-332中任一序列具有至少80% (例如，80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)的同一性的核酸序列。在另一個實例中，靶向埃希氏菌屬中的細菌，例如大腸埃希氏菌(例如，碳青黴烯抗性大腸埃希氏菌)的噬菌體，可以包含與SEQ ID NOS: 336-384中任一序列具有至少80% (例如，80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)的同一性的核酸序列。在其它具體內容中，靶向細菌的噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體vB_Kpn_IME260 (NCBI: taxid 1912318)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KB57 (NCBI: taxid 1719140)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KpV52 (NCBI: taxid 1912321)、克雷伯氏菌病毒0507KN21 (NCBI: taxid 2169687)、克雷伯氏菌噬菌體F19 (NCBI: taxid 1416011)、克雷伯氏菌噬菌體K5 (NCBI: taxid 1647374)、克雷伯氏菌噬菌體Matisse (NCBI: taxid 1675607)、克雷伯氏菌噬菌體Sugarland (NCBI: taxid 2053603)、克雷伯氏菌噬菌體PKP126 (NCBI: taxid 1654927)、克雷伯氏菌噬菌體K64-1 (NCBI: taxid 1439894)、克雷伯氏菌噬菌體KpV71 (NCBI: taxid 1796998)和克雷伯氏菌噬菌體Matisse (NCBI: taxid 1912318)，並且可以包含與表6或7中列出的任一序列具有至少80% (例如，80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)同一性的多核苷酸序列。
在本文所述的方法中，可以從供體受試者獲得糞便樣品。例如，供體受試者可以是先前具有相同細菌感染(即，由相同細菌引起)並且現在治癒的受試者。例如，供體受試者可以藉由使用從另一個供體受試者獲得的糞便樣品的FMT來治癒。因此，供體受試者可能具有靶向需要噬菌體的受試者中的引起感染的細菌的適當噬菌體。在其它具體內容中，供體受試者可以簡單地是健康個體，而沒有任何已知的疾病或病症，特別是在消化道中。在另一個實例中，用於該方法的糞便樣品可以從糞便庫中獲得。糞便庫可具有從先前患有細菌感染且現在治癒的供體受試者獲得的各種糞便樣品。
本文所述的方法可用於治療或預防抗生素抗性的細菌感染，例如碳青黴烯抗性腸桿菌科(CRE)感染和萬古黴素抗性腸球菌(VRE)感染。細菌感染可以由腸桿菌科中的細菌引起，例如腸球菌屬、克雷伯氏菌屬(例如，肺炎克雷伯氏菌、變種克雷伯氏菌)或埃希氏菌屬(例如，大腸埃希氏菌)中的細菌。用於本文所述方法的噬菌體可以包含與SEQ ID NOS: 1-384中任一序列具有至少80% (例如80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)同一性的序列。用於本文所述方法的噬菌體可以是表1和2中所列的任何種類和克雷伯氏菌噬菌體KP27  (NCBI: Txid1129147)或表6或7中所示的任何種類。噬菌體可以施用於需要FMT的受試者的小腸、迴腸和/或大腸。在一些具體內容中，噬菌體可與抗生素組合施用。
V. 施用
可以對從供體受試者獲得的含有噬菌體的糞便樣品進行處理並施用於需要預防或治療受試者中的細菌感染的受試者。在一些具體內容中，含有噬菌體的糞便樣品可以被處理並配製用於口服施用。例如，受試者可以在食物攝入之前或與食物攝入一起攝入經處理的糞便樣品。在其它實例中，含有噬菌體的經處理的糞便樣品可藉由直接轉移至消化道來施用。例如，受試者可以經歷FMT，其中將經處理的糞便樣品遞送至受試者的小腸、迴腸和/或大腸。在其它具體內容中，含有噬菌體的經處理的糞便樣品也可配製用於直腸施用。
供體受試者可以是以前具有與受試者相同的細菌感染並且現在被治癒的受試者。例如，冷凍的或新鮮的糞便可以在施用當天使用來自單個供體受試者的糞便或使用來自多個供體受試者的混合物的糞便新鮮製備。可以用無菌鹽水(0.9%)稀釋糞便樣品。然後可以混合該溶液並用篩檢程序過濾。然後可以直接使用所得上清液作為新鮮的FMT溶液或作為冷凍的FMT溶液儲存，以便在另一天使用。
可以配製含有噬菌體的經處理的糞便樣品用於口服遞送。以下是膠囊化，冷凍乾燥的糞便微生物群的實例。處理在需氧條件下進行。使用商業混合器在無防腐劑的生理鹽水中產生糞便懸浮液。將漿液在200g下離心10分鐘以去除碎片。將分離的級分以6,000 × g離心15分鐘，並重懸至在鹽水中的海藻糖(濃度為5%和10%) 的原始體積的一半 (0.5mL)。將上清液凍乾並儲存在-80 °C。使用市售的酸抗性羥丙甲纖維素膠囊(DRCaps, Capsugel)。藉由使用包裝在00號膠囊內的填充的0號膠囊來製備雙包封膠囊。使用24孔填充劑(Capsugel)手動填充膠囊至最終濃度為約1011 個細胞/膠囊。將膠囊在-80°C儲存在50mL錐形管中直至需要。一旦從冷凍器中取出，就向容器中加入1克(g)矽膠罐(Dry Pak Industries, Encino, CA)。另一個實例是噬菌體的膠囊化製劑。分離的噬菌體在宿主中生長以藉由標準方法製備高滴度儲備液。高滴度噬菌體製劑藉由0.22μm篩檢程序過濾。將這些過濾物儲存在4°C下直至使用。藉由使用包裝在00號膠囊內的填充的0號膠囊來製備雙包封膠囊。使用24孔填充劑(Capsugel)手動填充膠囊至最終濃度為約3 × 1011 PFU/膠囊。
實施例：
實施例1， 具有相同細菌感染的受試者的匹配：
如圖1所示，受試者1和受試者2應該具有由相同細菌種類引起的感染，而不管引起抗生素抗性的細菌基因(該種類是否是抗生素抗性生物體)。引起感染的細菌可以進行PCR、宏基因組、16S測序和/或培養。該種類可以藉由MALDI生物分型鑒定來鑒定。在ChromID Carba Smart選擇性顯色培養基雙板(bioMèrieux, Marcy l'Etoile, France)中培養糞便樣品。將板在37 °C下孵育並在24小時後觀察生長。在生長的情況下，藉由MALDI Biotyper系統(Bruker Daltonik，Germany)進行碳青黴烯酶陽性菌落的鑒定試驗。
實施例2， 微生物組分析：
對來自具有CRE感染的三名受試者的FMT之前和FMT之後的糞便樣品進行微生物組分析。還對從FMT供體收集的樣品進行微生物組分析。此外，還包括來自四名健康受試者，以及其CRE感染狀態自發清除的三名對照的糞便樣品。用1mL ddH2 O預洗滌約100mg糞便樣品，並藉由以13,000 × g離心1分鐘使其沉澱。將糞便沉澱重懸於補充有1.6μL 2-巰基乙醇和500單位(U)裂解酶(Sigma)的800 μL TE緩衝液(pH7.5)中，並在37 °C下孵育60分鐘。然後將樣品以13,000 × g離心2分鐘，棄去上清液。預處理後，隨後使用Maxwell® RSC PureFood GMO和驗證試劑盒(Promega)根據製造商的說明書從沉澱中提取糞便DNA。簡言之，將1mL CTAB緩衝液加入到糞便沉澱中並渦旋30秒。然後將樣品在95 °C加熱5分鐘。之後，將樣品與珠以最大速度充分渦旋15分鐘。然後將40 μ L蛋白酶K和20 μ L RNA酶A加入到樣品中，並將混合物在70°C孵育10分鐘。然後藉由以13,000 × g離心5分鐘獲得上清液，並加入到用於DNA提取的Maxwell® RSC機器中。對提取的糞便DNA進行宏基因組測序。
實施例3， 病毒樣顆粒富集：
使用先前研究中描述的方案14 富集病毒樣顆粒(VLP)。將200mg糞便樣品加入400μL鹽水-鎂緩衝液(0.1M NaCl, 0.002%明膠，0.008M MgSO4 H2 O, 0.05M Tris pH7.5)中並渦旋10分鐘。然後將樣品以2,000xg離心並獲得懸浮液。為了除去細菌細胞和殘留的宿主，藉由一個0.45mm和兩個0.22mm篩檢程序進一步過濾懸浮液。將澄清的懸浮液與溶菌酶(1mg/mL，在37 °C下30分鐘)和氯仿(0.2x體積，在RT下10分鐘)依次孵育，以降解任何剩餘的細菌和宿主細胞膜。將包含1U基線零(Baseline zero) DNase (Epicenter)和10U TubroDNaseI (Ambion)的DNase混合物加入到樣品中，並將混合物在65 °C孵育10分鐘以消除非病毒保護的DNA。將VLP裂解(4% SDS加38mg/mL蛋白酶K，在56°C下20分鐘)，用CTAB (2.5% CTAB加0.5M NaCl，在65°C下10分鐘)處理，並用苯酚：氯仿pH8.0 (Invitrogen)提取核酸。將水性級分用等體積的氯仿洗滌一次，純化，並在柱(DNA Clean & Concentrator TM 89-5, Zymo Research)上濃縮。在測序之前，使用Phi29聚合酶(GenomiPhi V2試劑盒，GE Healthcare)擴增VLP DNA 2小時。對每個樣品進行四個獨立的反應，並彙集在一起以減少擴增偏差。
實施例4， 宏基因組測序和分析：
將合格的糞便DNA和VLP DNA切成片段，藉由末端修復，添加A尾，純化，PCR擴增的過程製備測序文庫。用Novogene的PE150測序策略在Illumina Novaseq 6000上對糞便DNA文庫進行測序，每個樣品平均產生48 ± 5.3千萬個讀數(12G數據)。用Novogene的PE150測序策略在Illumina Novaseq 6000上對VLP文庫進行測序，每個樣品平均獲得25 ± 3.3千萬個讀數(6G數據)。
如下使用Trimmomatic v0.3615 對原始序列讀數進行過濾和品質修整：1) 用4: 8的品質滑動窗進行修整；2)剪裁序列以從起始去除20個鹼基，並從末端去除超過220個鹼基；3) 去除長度小於150bp的序列。然後藉由Kneaddata (網站： bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/Home，參考資料庫：GRCh38 p12)，使用預設參數過濾出人宿主污染讀數，以產生乾淨的讀數。
使用Kraken2 v2.0.7-β分別從糞便DNA宏基因組資料集和VLP DNA巨集基因組資料集確定真菌和病毒的分類譜。使用Jellyfish藉由計數參考文庫中不同的31-mer，從NCBI構建完整的NCBI真菌和病毒RefSeq資料庫16 ，其中讀數中的每個k-mer以精確的k-mer匹配映射到所有參考基因組的最低共同祖先。然後，藉由修剪與映射基因組相關的一般分類樹，將每個查詢以匹配的最高的k-mer總命中分類到分類單元。
也可以應用如下用於將樣品中的序列與已知序列的資料庫進行比較的分類法分配的其它方法。首先，可以藉由BLASTN相似性搜索針對定制資料庫進行序列比對(截止值e-值＜ 0.0001)。其次，Bowtie2將步進快速映射到資料庫中獲得的深度序列。使用Bowtie2 v.2.2.8使用以下參數將每個樣品的讀數映射到該資料集：-局部-maxins 800-k = 3。使用視圖和深度Samtools命令，僅考慮具有20以上的映射品質的讀數，計算基因組的每鹼基覆蓋度。
實施例5 ，噬菌體選擇標準：
噬菌體應顯示噬菌體與在從圖1中的受試者2或受試者3收集的任何一種糞便樣品中引起感染的細菌之間的負相關(r值小於0)。
細菌分離和全基因組測序：
為了分離CRE細菌，藉由特異性選擇性培養基(ChromID CARBA SMART, BioMérieux, France)從稀釋培養物(來自受體1的糞便樣品)中挑選菌落並劃線到新鮮瓊脂上以確保純度。將分離的複製重懸於PBS加甘油(20%)中並儲存在-80° C。對於動物實驗，將施用於小鼠的細菌接種物歸一化為總共109 CFU。藉由每天100 μ L經口管飼法將細菌施用於小鼠，持續2天。用QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen，Germany)提取菌株的基因組DNA，並立即在乾冰上送往BGI Genomics (中國深圳)進行WGS。使用Illumina HiSeq Xten PE150測序儀(Illumina，United States)，以高通量2 × 100bp配對末端測序策略進行測序。如前所述過濾讀數，並使用SPAdes軟體(Bankevich等人，2012)組裝得到的乾淨讀數。進一步檢查組裝的特性。
動物實驗：
使用6-8周齡的C57BL/6J雄性小鼠並將其隨機分配到實驗組和對照組。在所有實驗中，使用年齡和性別匹配的小鼠。將所有小鼠保持在嚴格的24小時光-暗迴圈，其中光照從上午6點至下午6點。對於抗生素處理，如前所述18 ，在小鼠的飲用水中給予組合萬古黴素(0.125g)-新黴素(0.25g) -甲硝噠唑(0.25g) -氨苄青黴素(0.25g，在250ml水中組合)兩周。在FMT當天，藉由從正常健康小鼠收集糞便製備新鮮的FMT。然後將糞便沉澱懸浮在100 μ L無菌PBS中，隨後用100 μ L懸浮液經口飼餵小鼠。
藉由VLP製備獲得病毒微生物部分移植(VMT)。將來自未處理的健康小鼠的糞便沉澱懸浮在300 μL無菌PBS中，並在2500g下離心10分鐘。然後使用0.45 μm篩檢程序，隨後使用0.22 μm篩檢程序去除含VLP的上清液中的細菌。使用100kDa離心篩檢程序以3220g進行5分鐘以捕獲過濾的糞便中的VLP，然後在相同條件下用PBS洗滌3次。然後，將篩檢程序上的VLP懸浮於100 μL PBS中，並用100 μ L懸浮液經口飼餵小鼠。所有實驗程序都經香港中文大學的動物倫理委員會批准。
實施例6 ，統計分析：
將細菌、病毒和真菌的豐度資料登錄到R.3.3.5中。使用phyloseq套裝程序進行豐富度，多樣性和稀疏性計算。在R (包ggplot2)中進行資料視覺化。應用皮爾森相關檢驗確定噬菌體與引起感染的細菌之間的相關性。對於皮爾森相關性，我們使用R中的cor.test函數進行顯著性檢驗並獲得P值(雙側)。小於0的r值表示負相關。
實施例7 ，人體臨床試驗設計：
至少間隔一周具有兩次或更多次CRE陽性的糞便或直腸拭子，並且在輸注FMT之前至少48小時沒有接受抗微生物治療的18歲或更大的患者，被募集到臨床試驗(NCT03479710)中。患有需要抗微生物治療的CRE或VRE的活動性感染、懷孕、活動性胃腸道感染或炎性病症，最近進行了腹內手術，具有短腸併發症，或使用改變胃腸蠕動的藥物的患者被排除在外。CRE感染被定義為存在對任何碳青黴烯類具有抗性的任何腸桿菌科。在本研究中，患者使用冷凍的供體糞便樣品接受2次FMT。在2-3分鐘內藉由食道-胃-十二指腸鏡(OGD)將在0.9%無菌鹽水中的100mL FMT溶液(原始糞便50g)輸注到遠端十二指腸或空腸中。在FMT之前和之後從患者收集糞便樣品。對於2次FMT，受體接受來自同一供體的FMT。用於輸注FMT的糞便獲自招募到香港中文大學醫學院糞便生物庫的供體。供體是來自一般人群的志願者，包括配偶或伴侶、一級親屬、其它親屬、朋友和潛在患者已知或未知的其它人。供體需要滿足一套合格標準，並藉由感染性疾病，包括CRE和VRE感染的篩查實驗室檢測。
實施例8 ，根除CRE腸道定殖的FMT：
在兩次連續的直腸拭子上檢測到的三名CRE陽性患者，其中CRE分離株在臨床上被鑒定為肺炎克雷伯氏菌，變種克雷伯氏菌和大腸埃希氏菌(表3)，在接受兩次FMT後均成功地清除CRE(圖2)。受體1 (女性，90歲)具有兩次相隔5天的FMT。在第一次FMT後的第11天，CRE被測試為陰性，並在第一次FMT後直到第5周保持陰性。然後她發展成足部潰瘍感染並在第一次FMT後6周至19周接受抗生素治療。受體1的CRE在第14和19周被測試為陽性。在第22周，在完成四個過程的Augmentin後再次測試為陰性。受體2 (男性，70歲)和受體3 (男性，74歲)各自在連續的天數接受兩次FMT，並且在FMT後第1周(受體2)和第5周(受體3)測試為CRE陰性。
表3 ，從受體分離的CRE種類：
受體 分離的CRE種類 Cre類型
1 肺炎克雷伯氏菌 oxa-181
2 肺炎克雷伯氏菌 NDM
大腸埃希氏菌 NDM
3 變種克雷伯氏菌 NDM
oxa-181：分離株中的blaOXA-181基因；NDM：分離株中的新德里金屬- β -內醯胺酶基因
實施例9 ，用於選擇治療CRE感染的FMT供體的供體和受體FMT前後的糞便微生物組譜：
CRE感染患者的細菌譜與健康對照顯著不同。我們首先藉由鳥槍宏基因組分析確定CRE感染患者和健康對照之間的糞便微生物組的差異。CRE感染患者的糞便特徵為與對照相比較低的細菌和真菌α多樣性(香農指數P ＜ 0.05；圖3A和3B)和較高水準的肺炎克雷伯氏菌(平均豐度0.24%對0.02%；曼-惠特尼P ＜ 0.05；圖3C)。
實施例10， 供體和受體FMT前後的糞便病毒譜：
為了探索在多次FMT之後患者的腸道病毒組的改變，我們富集糞便中的病毒樣顆粒(VLP)，隨後將從VLP富集的糞便製備物中提取的DNA測序。每個樣品平均得到13,886,857 ± 4,552,632個(平均值± s.d)乾淨的配對末端讀數。病毒組的α多樣性在個體之間表現出顯著的差異(圖4A)。FMT後，具有低基線多樣性指數的受體1和受體2的病毒組多樣性增加。然而，具有較高基線多樣性的受體3的病毒組多樣性在FMT治療後下降。與先前的觀察結果17-19 一致，結果突出了供體和受體之間噬菌體中存在的巨大的序列變異。在目水準上，有尾噬菌體目(Caudovirales)是在FMT之前在CRE感染的受試者中檢測到的主要細菌病毒(噬菌體) (圖4B)。
實施例11 ，與FMT相關的腸道病毒組與細菌組之間的相互作用：
噬菌體是已知的控制細菌種群並對細菌生態系統具有較大影響的天然捕食者。令人驚奇的是，在FMT之後，觀察到克雷伯氏菌豐度的顯著降低(在FMT之前臨床鑒定的CRE種類)，伴隨著克雷伯氏菌噬菌體的顯著增加(圖4C-4F)，並且大多數屬於藥物病毒(NCBI：txid1920774)、普羅班多病毒(NCBI：txid1985720)、韋伯病毒(NCBI：txid1920860)和斯洛佩克病毒(NCBI：txid1985328)。使用線性混合模型，我們發現在FMT後克雷伯氏菌噬菌體和克雷伯氏菌之間的負相關(圖6A-6C)。這些發現提供了一種潛在的機制，藉由該機制，FMT可以藉由裂解性噬菌體直接敲低克雷伯氏菌。克雷伯氏菌噬菌體的捕食和細菌-噬菌體共進化可以歸結於藉由FMT程序，CRE克雷伯氏菌在受體中的有效去定殖。
由於基於VLP的宏基因組分析的方法主要集中在取樣時的遊離噬菌體上，為了測試完整宏基因組中的噬菌體，我們然後進一步藉由使用Kraken分類和比對程序將完整巨集基因組序列與病毒資料庫進行比較來鑒定噬菌體。在FMT受體中，我們在FMT後的樣品中觀察到顯著增加水準的來自完整宏基因組和VLP的克雷伯氏菌噬菌體(藥物病毒(NCBI: txid1920774)和斯洛佩克病毒(NCBI: txid1985328)) (圖7A-7D；圖8A和8B)，其可能是來自供體的移植溫和性噬菌體，或由FMT觸發的新誘導的噬菌體原的結果。實例序列是例如SEQ ID NOS: 1-332。因此，噬菌體的捕食和細菌-噬菌體共進化可以促進藉由FMT，CRE克雷伯氏菌在受體中的有效去定殖。
僅在受體2 (攜帶CRE大腸埃希氏菌的唯一患者)中發現埃希氏菌病毒的相對豐度顯著增加(圖9；圖10A和10B)。FMT後CRE大腸埃希氏菌的清除表明噬菌體(埃希氏菌病毒)和細菌(大腸埃希氏菌)之間的反向相關(捕食者-獵物關係)。
實施例12，FMT在小鼠中使碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌去定殖並重建微生物群：
我們在小鼠體內平行研究中驗證了結果，所述小鼠特異性地飼餵碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌。將碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌引入抗生素處理的小鼠，並藉由經口管飼法用健康的糞便微生物群/病毒組級分處理兩次(圖11A)。在處理前用CRE密集地定殖所有小鼠。雖然PBS-、VMT-處理的動物在第5天仍定殖CRE，但用FMT處理的小鼠在第4天顯示CRE的清除(圖11C)。FMT導致碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌水準的漸進性降低，並在第5天和之後達到清除(圖11B)。使用宏基因組測序，我們首先表徵了糞便微生物群的分類組成。分類分析表明，克雷伯氏菌屬和埃希氏菌屬在第0天高度代表，在FMT處理後分別為約75%和20% (圖11C)。儘管對照小鼠的微生物群是Akkermansia主導的，但FMT/VMT在第5天使高度多樣化的群體成為可能(圖11C-E)。儘管有這些差異，FMT和VMT糞便微生物群落也類似地不同，藉由香農指數所定量的(圖11F)。
從人體臨床試驗，來自CRE患者的糞便樣品的縱向宏基因組分析已經證實了FMT後克雷伯氏菌噬菌體的繁盛。在本文中，我們發現10種克雷伯氏菌病毒(表6)在FMT處理的小鼠中顯示出比對照動物更高的相對豐度水準(圖12)和5種克雷伯氏菌病毒(表7)在VMT組中的富集(圖14)。進一步反映FMT後噬菌體-細菌相互作用的動力學，使用線性混合模型計算的10種克雷伯氏菌噬菌體和肺炎克雷伯氏菌之間的相關性主要為負相關(圖13)，這與人體樣品中的發現一致(圖6)。在這十種克雷伯氏菌病毒中，克雷伯氏菌噬菌體F19、克雷伯氏菌噬菌體KP34和克雷伯氏菌噬菌體PKP126也在人體臨床試驗中顯示與肺炎克雷伯氏菌呈負相關。這些發現與我們以前的發現一致，即FMT可以藉由噬菌體賦予克雷伯氏菌的直接敲低。
本申請中引用的所有專利、專利申請和其它出版物，包括GenBank登錄號或等同物，出於所有目的藉由援引加入本文。
非正式序列表：
表1：供體/FMT之前的樣品的大批DNA宏基因組序列中映射到靶向細菌肺炎克雷伯氏菌的克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)的序列
SEQ ID NO 序列 映射到以下的序列
1 GCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
2 AGAATCTGCCTTTTCGCGGACGTAAAGAAAATCATCCACCTTCGCCATCAGCTTATTCTGCCACTCCTGTTCCTCTTCGGAAACAGTTTCCTTTTCCGTGGTTTCTTCACTTGTATCATTTCCGGATATAACCGTTCCATCTGCTGTTGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
3 TTCCGACTCTGAAGGGCGACGAAAAGACTGGTGCAGAAATTATTCTGCGTGCACTGGAAGCACCGCTCCGTCAGATTGCAGCAAATGCTGGTCTGGAAGGCAGTGTTATCATCGACAAGATTCGGAGAAGCCGCAAGGTTGGTTATGGCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
4 ATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
5 AAGAGGGTTCGGGATGTCATTTTCGGGAAAAGTCAAAGAGGAACTTGCAGGACAGCTTAGTCTGGCAAGGCACTGTCAGGTGGCAGAACTGGCGGCACTGCTCTGTGGCTGTGGCCGTGTGGAAAAAATGTCGGATGGAAACAGGAAACT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
6 GTAAGAGAAGGAGGAAAAAAGTAATTATGATGAAATTCTTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
7 ATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
8 TCCAGCGGCAAAAAGAAAGTAAGTGAATATTGTTATAGTTTATACCAGTTTATCACAGACTGCGACATTCAGAGAAAATTGAAGGAACAGGAGCTTTCCTTCAAAGCAAAAGGGGAAAAAGCCCTGGAAAAGGAATACGCGCAGATATAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
9 ATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
10 CGCTTATCGGACTTACAAACATTTTCAACACAATCTCAACCAATATGCAGTTGAGGAGCAAGGAATTTGCATCGCTTAAATCTATCGGTATGACAAAGAAAGAATTTAACCGTATGATTCGCCTTGAAAGCCTTATGTACGGCATAAAAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
11 GAACGGGTTCGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
12 GGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
13 TGACGGAAAAGTTCCGCTGGAATATGCAGCCTTTTTGCTTACCCAGTATAAGGACATGCACACGGAAACTTACGATACGATGTCAGAAGTCCTGGAAAGGTATTATGCGGAAAAGAATACGATCACACGCATCCGCCAGAAATCTTCCGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
14 AAATTTGATAAATCCGAGCGAGATAAGGTTGAATACTTCGTCAGCGATATGTGGAGGACTTTTTCAGATATCAGTTCGGTTTGGTTCAAAAACGCAACGAAAATTGTTGATAAATACCACTGGATACGGCAGATTATGTACGCATTTGAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
15 GTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
16 CTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
17 AAATTTTGCAATCTGCCAAAAGTCACTTGCTTGAATGTAGCCGTATTGAAATTCTCATCCCAAAGTATTATACTGCTTTTTATAAAAAGGCACACACAAGCATACCGTGTCTTACTTTTCCCGACGCAAGCGCAAATGTTTGCACATCGG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
18 TCTGCCGCGGCATGGTGGCCATCGTGGTCTGCTCGCTGGTGCTGAGCCGCCTGTTTGGCATGAATGGTGTGTGGGCAGCGTTCCCGGCATCGGAACTGCTCACCGCAGTGCTGACCCTGTTTTTGCTGCTGCGCGGTAAAAAGAGATCGG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
19 GGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
20 GATAATCCAAATATGCAATCAGCGGTTGATAAACTATTAGGCATTGAGGAGTCAAAAATAACAGTAAGTCAGAAAGTTGCTCGTAGTGGTGATGATCGTGCAGTTGACGCTTTGAAAATGACTTCTGACCGTGTGGCTAAGTTTGAAAAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
21 TAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTGGCTTCTTGGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
22 TTTCATCACCCCTTTTATTTACTCCAAAATCGGCTCCACCAGCTCCGGGGCGGCTCTGGCTGCTGCCGTTCCGGCTCTGCCGGAACTACGCAATCCTCTGATTTTCTTCATGTTCTGTACCTCTTTCGTAAATTCCGATTCATAATGTAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
23 CAGCTCGTAGCCGTCATCAGTGGACTTGTAGGTGTACAGGGTATCAGCAATTGCGGTTACCTTGTCGGTGTCGGTAGCTGCATCGTTAACCTTTTTGCCGTCTACCTTGCGAACCTTGATTTCCTTGTTAGTGCCATCGGTAAAGTAAGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
24 TATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCAGATCGTAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
25 GAGCAGGCTACCTTCATTTTTGAACCTCTGAATGCAAAATCTATTGCACCAACGTTCTGTACCTCGTTGCACACTCTTACGCAGTCACCGCAGAGGATACACTTGTTGGCGTCCCTGGTGATAGATACAGAAGAATCATCGATACAAGGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
26 ACATATCCGCAGAATCCAGCCAGAAAAAGAGCTGGAGGAGGATTCTCATTAAGTAAGAGAAGGAGGAAAAAAGTAATTATGATGAAATTCTTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
27 CCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
28 CAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
29 CACCTGCACAGATCAGATTGTACTTGCTTCCCATTGGTCCTACGAATGTGTAGAGGGAAAGTGCCATGGTACGGATTTCTTTTCTCATCAGGTAAAGGTTTGCTGCGTAGTATTCGTTGTACACACCAACACCCTTTAAAATACAGGATG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
30 AGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
31 TGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
32 AGAGCACGGCCGGCGGCATCCGGCTGGACACCCTCTTCCTCGACGAGGGCTTCGGCTCCCTCGACGACGAGAGTCTGGAACAGGCCATCCGGGTCCTCTCCGGCCTGACCGAAGGCGACCGGCTCGTGGGCATCATCTCCCACGTCGCCG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
33 GATATGTACGAGATAGGCTTTGAATGGGACGATCATGTAAGACTTCGGGATACGCTGAAAAACATCAAAGGTAAATTTCTGCTGTCCTACAACGACTGCGATGAAATTCGTGAACTGTACAACGGATTTTCAATGTTTGATTTTTCCCGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
34 TAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTGGCTTCTTGGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
35 CGGCACGGTGCTCATGCCCACAGCATCGGCCCCCATGCCCGCAAAGGCACGGATCTCGGCGGCCGTTTCATAGCAGGGACCCATGAAGCCCAGATAAACGCCCTCTTGATAGGAAATGCCCAGCTCGTCGGCGGTCTGTTTGGCGAGATT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
36 AGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTATTGAAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
37 AGCAGGAAGAACCGATCACACCGGCGATGATACCGATGAACGGGTTCGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
38 GATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
39 CCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
40 GTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTGGCTTCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
41 GCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
42 GTCAACCAGAGCGATTCTTCCACTGGCGTTTCCTCTGCAATTGATGGTACTTGTGATATTGGTATGGCATCCAGAGAACTGAAAGATTCGGAAACCTCGCAGGGTGTTGTTTCCACAGTCATTGCAGTCGATGGGATTGCAGTCATTGTC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
43 GGGAAGAATTTTCGGCGAAACAGCCGCACTTATCTATACCGCGGGAACTATCGCCAAGTATGCAGGCCTTACAGACTCAGGACGTACCCTTTCTATCCATATGTATTCACTTTCAATCGAGGGACTTTATATGAACGAAGCAAGCGCTAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
44 TGGTTTTTCCATCAGGGCAAACGTCCCCTCTGAAACATAGGTATAGGTCAGCATGCTTTTTACCTCCATGCGCTTTGATATTTCCGGACTTGAGTATACCACGCAGCTATGGCAAAGAGCAAGCCGCAAAAGGCCCGCCCTTTGCGGCAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
45 GGGGGTCTTGGCGGCCACCACGGCGTTGCCGTAGGTCTCGCCCGGCACCCAGCCGAAGCCATCCATGATGCACAGAAGAACAGGTTTCTTTGCCATAAAATTGAATCTCCTTTGAATTTAACAAATCAGCGCCCGGCACAGCGCTGGAAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
46 GATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
47 GATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
48 CTTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
49 ATCTCTGCGGAGAAAGCGGCTGCGGTCTCTGTGCGTTAAAGCAGTTATCCAATGCGGGAATCACACATTTAAAGCTCGTCGGACGCGGAAACTATGCCAACTTTATGGAACGCGACATCCGGAATCTGCGCTGGGCACTCGATATTCTTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
50 CATGCATAACCGAGTCTCCATCCGGTCATTGCATGCGATTTGGAAAATCCGTTGATCACGATTGTTCGCTCCCTCATTCCCGGAATGGAGGCAATGGATACATGATTGTCCAGATAGGTCAGTTCCGCATAGATCTCGTCACTCAGGACA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
51 CTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
52 AATTATCATGATCGACTACCTTCAGCTGATGAGCGGAAGCGGAAAGAGTGATTCCCGTCAGCAGGAACTTTCTGATATTTCCCGTTCGCTTAAGGCACTTGCGAGAGAACTGAGCGTGCCGGTCAGTGCGCTTTCGCATCTGAGCCGTGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
53 AACACATTGGAAGCTTCCTCGCCAATGCCATGGTCTGCCGTAATTAAGTAATAGTACGTGTAAAGCTCACTGGTCTTTTCGTTGTAGTTGACGGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
54 TCTCTCCCTTACGTCTTAATCTGAACACATTTCAGAGCTTATGATATCTAGCAGAAAATCTGCGATATCATTATACACCTCACGGCGGTTGGTTTCGATCACAAGCTCGTGACGTGCATTTTCGTATATCTTCAGCTCAACGTCACAGCC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
55 CAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
56 TACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
57 GACTCCACGGAACAAATTCGCTGTCTCCGTGTTCGCCTATTACATATGCGTGAATATTGCGTGGGTCAACCTCAAAATATTCGCCGAGAAGATATCTGAGCCGTGCCGTGTCAAGGGTAGTTCCCGTGCCGATGATGTTTGACGCATTAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
58 TAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
59 CCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
60 AAACCTATTGTAATCTTTGCAGTATGTATGGGTATAGTAAATGTAATCTTTGCTTTTGACTTAACAGGTTACGAAAGAAGAGTGCCAAGTGAAAATAATGTTGTAAGTATAGATGCCTTTGACTATATGGGACATATTAGTTACGATAGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
61 TCGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
62 TAAACCTCTTTGACCTATGAGACTTAAAAGAGGATAGTTCGTCAATTACAATCATATCGTAGTTAAAGGACAGTTCGCTCTTATTTATTAACCAGTCTACATTTTCCCTATTGAGTAAAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
63 TGAAATCCAAGGTGATGTTTTAACAGATATATATTCATATGGCAATATTTATAATTATATTCCTTTTTTTACAAGTGAAAATAAAATTTATTATAGTACAATTAAAAATGGAAAATTAAAAAAACCTGCCTTATTAAGTGGATGGGCAGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
64 TGCCCAACCGAAACCGCCCCATTTTTGCTTTGGCTTTTCAAGTTTGCGGTACATTTTAATCGGACTTGTCTGTGCCGCTCTGCCCACCGAAAATTCCATTATCAAACACGGAATTCCCAAAACAATAAGACAGATGATGTACACAAGCAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
65 GTCAGACATGGCAAGGCAAGTGAATATTCCCTACAGCGCACTATATAACAGCCTTTTCAACGAAAAACGGGATCGTGATCTGCGAGTAGATGAGTTTCTTACGGTATGCAAGTATCTGGATGTCGATCCGATGATCTTTTGGAAACCATG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
66 CAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
67 CAAAGACGGTACTTTAACATACCTGCGTCCGGACGGAAAAACACAGGTAACCGTAGAGTACGATGAGAACGGCAAACCGTTCCGTCTTGATGCGGTTGTTCTTTCCACTCAGCATGATCCGGAAGTATCCCAGGAGCAGATTCATGAGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
68 GCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTTTACCTAATTTC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
69 AGCGCGGTGGATTTGCCGCAGCCGGAGCCGCCCAGCAGCACCACCATTTCGCCCGGATTGATTTCCAGGTTGAAATCGTCCAACGCCTTGACGGTCGAACCGGGGTAGATCTTGTCTACACCAAGCATCTGCACACCGCCGCCGCGCGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
70 TCTTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
71 GAAAAGAAACCTCTTGGATATAGAAAAAATATCATATATGTACTATAATGAAACAGTGACAAAAAATGCACATAATGTGTGGGAAAGGTAATATCATGAAAGAAAAAAATGTGTCATTAGAGAATAAAGTGATTTTAGTAACCGGTGCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
72 CATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
73 GAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
74 TTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
75 TACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
76 ATAAAAACCGTCCTTTTTAAAGAAAATAGGGCAAGTCATATAATATATAACTCGCCCTTTGAGTTTGAATATATGACTGCAAATGCAGTTTTTATCTTAATTTAATATGAACCTCACGGAGCTGCTGTTCTGTTACCTCACCCGGTGAAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
77 GGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
78 TACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
79 GTGATATAAAGGTCAAACAGGTTCTTGAAGTTATCAAGATAGGTTCCTTTGATCGCATCTGTGGATGTGATTCCGTCTTCTTTGTACTCATAATAGATCGGAAGGTTTGCAAGGTGTGTCTTGAAGCGCCAGTCACTGGAAGAATCAAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
80 AAAAGCAGCGAATGAACTTCAGATACCCGTAAATACGCTGTACGGCTGGATCAGAAAAGTAAAAATCGGAAGCCTTGATATTGGCTGCGGAGAACGCAGCCCGGAAGAATCTCTGAATATCGCCGAAGAAAACCAGCAGCTGAGGAAGCG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
81 GGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGATGGTACAGGTGGACTTGCAGCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
82 CCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
83 CCGATTACCGTAAATAAAAATGGAAGCGGTACCGTTAAAATCAATAACGAAGAGGTAACGGATTCTAAAACTGTTGAAAAAGACAGTACGGTAGAACTGGAAGTTACCCCGGCAAAAGATACCTACATCAAGAAACTTGTAATCGGCGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
84 ATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
85 CGGAAAAGAACAGCCACAGACAGTACCGGTGTATGTGAAGTTTTCCAATGAGAGAGATCAGAAGCTCTCCATTTATACGGAAATCAGTGAAGCAGCAGATGGGCAGCTGACTGTGAAGAAAGTACCGTCGCAGAAGAAAGCGGCAGCTCA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
86 TGCTCCACAAGGCTTCGCTTTGATCTTAAAGATAAAAATTCTATTGACAAAGCTGCCTTAGAAAGAACCGATGGCATATTACAGGTAATGGAAGTTGCCGGGCAAACACAGGTTGTAATTGGTTCAAATGTTCAATATGTATACGATGAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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88 GAAGAATAAACATCTTCCTGTCCTTTAATTGTTGCAAATAGGGGGTACAAATGCGTCAAGTTATAGCTAGAGCTATTTGTATCCCCTGTTAGCATGGTTCTTCACCTGTATTTCTATTTCCTATTTCATTCTTTTGCCACAACCTTTTAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
89 GGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
90 TGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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100 TATTCGCTGTTTCCACAAAAAACCGGACGGAACTTCGGGGCTTCTTCCCTCTTGACAATTCCGGATCTTGAGATAAGAAGCAAGCCGCAGCTTCTTTCCCTCTTGTAAAATCCGGTCAAAACGGTTATGATAGAACCAAATAAAAAACAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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112 CGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
113 CCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
114 CCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
115 CGGCAAGGGCCAGATATTCCCCTGCGGCAAGCTCTGCCGCAGCATTGGTGTTGGCCGCAATGCCTTTGTTTTCGATCTTTTTGTATACGATGCGTTGATTCTTTGTCTGATATTCCTCCACGATGCGCTTCACATCGGCATGTTCTGCAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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120 GAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
121 CCACGGCGTTCGATACGACAAGCTCGGCGGCGCCCTTGCCTTTGCCGTGCGAAACGGCGCACAGGCTCAGCTCAATCACGCTGCCCTCGCTCGCATAGCGCGTGGCGTTGTCCAGTAGCAACTCAACCACCTGCGCCACCGCCGCGGCAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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123 GCAAGTCCACCTGTACTGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
124 CTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTTTACCTAATTTCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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130 ATACCTGCTTTCTTCCGGGAATACAGCGAAACGAAAGCGTGCCGGACTGTATTCCTGGAGTTTGATGAAAAATTTGAAATCACATACCCTATCGGGGTATCTAAAATATAGCGCGGATGAAAAGAAATGTCAATAAGCTGATAAAATATG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
131 GGATGGGAATTTATAATCTTCTGATGAAGACTGGAATGGGAATCTGGCCGTCTGGGATAATTGCCCTGCTGATTTTGCTTCAATACGGCGTGATGACTGGTGGAAGTGTGTCTACTATGCGTGCAGTCTGTATGTTTTTGATATCTGTAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
132 CTGGCCGTACATATCCGCAGAATCCAGCCAGAAAAAGAGCTGGAGGAGGATTCTCATTAAGTAAGAGAAGGAGGAAAAAAGTAATTATGATGAAATTCTTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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135 TCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
136 CATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
137 CTGCGAAAACGGCGGAAATTCCGTTATAAGAACACCGTTTTTCTTTATCCTGTTACGCAAATCCTCATTTGTTTTAAGGTAATTTGTTCCGAGACCGCAGCCGAGCACCGCAACGGTTTTCTTGTCCACGCTCAATGCGCCCTCATGCGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
138 CCTGTGCCTGGTTCTCTTCGCGGTGGGGCGGAGCTTTTGGTTCATGTTGTTGGTGTTCCTGCTGGCGGGGCTTATGCGCACCATCAAGGAGCCTGTGCTGGCCGCCTGGATGAACGACCATGTGGATGAGAAAATGCGCGCCACAGTCTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
139 GATGACCGCAGCCCTTCGGAAAGAGTTCGGTTTTCATCTTCCTTCGATATTCTGCATCACTTTTGGCCGTATCAAGAATATCGAGTGCCCAGCGCAGATTCCGGATGTCGCGTTCCATAAAGTTGGCATAGTTTCCGCGTCCGACGAGCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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146 TGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
147 GAATCACTCGAAGTACTGCGGCGAAAGTGATTGCCGGTTATTTTCATACAGAGGCAACTCATGTCGGCGGTTGTTATGATGCATATTCTGTTCGTGACAATGACGGCAGGATGTGGAAGATTATGCGTGACGCAAGCGTCCGTTGTGAAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
148 TGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
149 ATTGTTGTAATCTGCGCAGGTGCAAATCAAAAGCCCACCGAAAGCAGGCTTCAGCTTTTGCAGAAAAACGCAGTTGTATTTTCTTCAATTGTGCCAAAGGTTGTGCAAAGCGGTTTTGAGGGAATTTTCCTTGTTGCGACAAACCCCGTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
150 ACCTCCGCAGCTACCACCTGCCACTGGTCCGGCTCTACTCATCAGTTCCCGGAGCATCGTATCAACATCATCGACACCCCGGGCCACGTTGACTTTACCGTAGAGGTAGAGCGCTCCCTGCGTGTACTGGACGGTTCCGTAACCGTATTC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
151 TTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
152 TGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
153 TGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
154 ATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
155 ATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
156 ACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTTTACCTAATTTCTGTAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
157 CTTCTTTGCTCTGTTCCTGCAACATTGCAGTCAATTCACTGTTTCCTTTTGTCATACCCTGAATAATTGTTGATGTAAACTTTTTAATCTCCGGAATGATGCAACGAGAACCAAAATTAAACATCGCGTCAATCTCAGAAACACCGTTAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
158 ATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
159 CAGGTAAAAGTTCCGTATTTCGCACATACTCAGGTAAAAAAAGTAAAAGAAATTCAAAAGTATATGGTTTCCAATTTGCGCCAGCATTACACTCTTGAACAATTGTCCGAGCAATTTGACATTCCTCTTACTTCCATGAAAGCATGTTTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
160 CTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
161 GTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
162 TTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
163 TGTTCCTTTGAATTTATTGTAGCAGGAAGAACCGATCACACCGGCGATGATACCGATGAACGGGTTCGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
164 ACACTGTCCGGACCTTCATTGGTCGCAACAAACTGTTTTTTTAGTTCGATATAGGTTTTCTGATATTCTGTCATTGGTCGCACCTCCCATCAATCCCACCAGAAATACCAGACGGTGGACTGCCACAGGACATCTGCCAAGGAGCCAATG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
165 CTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
166 GACGATTCTCATGGCCACCTGCATCTTCTATGAATTCCTGCTTGCGAAAAAGTATCCGAGGGACAAACGGTTCTGCCATAATGCGCTGGTCTTTGCACCGGATAAGACCGTCCTCCAGTCGCTCCGTGAGATCATGACCTTTGATAAAAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
167 CTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
168 CGCTGAAGAATGACAGCCAATCCGGCAGCTTTGTTCCTTTGAATTTATTGTAGCAGGAAGAACCGATCACACCGGCGATGATACCGATGAACGGGTTCGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
169 GGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
170 GGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
171 AAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
172 ACACTTGTTGAGCGCCGCAGCGGTTGCGTCATTCCAGCTTCCATATTGGTTGAGCTGGCCGATACCCATCGACTGGCCCACCAGATCCTCGGCCTGCTGGGCAATAAACTCCGCTCGCGATGCATGGTCAACAAGCTCCTTGAGCGCCGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
173 AACAATAATTGCAGCAGTAATTGCAGCAGTAGCATCGTTAGTATCGGCAGGAATTGCATTGTATAATGCAAAAGATTCAAAAAAAGGAGCGGCACAAAGAGATGAAGTGAATAATAGAACAAATAGTGAAATAGCTATGTTTGAGCAAGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
174 TTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
175 ATCGGCGCTGTGCCTTCTCCGGAACCCTACCAGAAGCGCACCGCTCACGGCATGATCCTGGGCCTGAACCCCCACAGCTTTGTCAACCTGCCCGCTGAGGAGCAGGAAAAGCTGCTGAAGGAGTACGGCAGCCAGAAGGCCGCTGAAAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
176 GAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
177 AAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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179 ACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
180 AACATTGAAGAAATCAAAATGATTGATTTTTCCGATCTGAGCAATATGCGAAAGTTCGGATAATCTTAATTTAACAAATCAAATAAGTCCCCATCCCACTGTTTTAATTGCAAAAAACAGTGAATGGGGACTTTTTTCGATTATTCTATT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
181 AAACTGATGACCCTCTAAGTCCTTGATAACGTCGGCAAGATGACCGATAGCCGTGTGCTCGGGCGGCTGTGAGGAGTGTCCGCCCTTTGCGTTGACGCTTATTTCATAGTTTATGCTTCCCTTTTCGGCAATTCCCACGCCTGCAAGATT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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185 CAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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215 CCGTTATCTGAAAGAAATCAAAGCGTGATTTTGGATACATTTTAAAAGATAAGTACAAAAAATAAGAAGTGGGAGTCTTCACCGACTAAGATAAAAAGATACTGAACAGTTGTAGAAGGAGATAAAGAAAATGGGACAGATCAAAGTTGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
216 AGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTGGCTTCTTGGCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
217 AGCGGACTTGGCATGAACAACATGGTAATCACGATGTATGCGGATAATGACACGATCGTGAATGGGGGAAAGGTATGTAATATGAAGGAAATACGCGGTACAGAAGTGTACCGCTATTTTCAGGATAACGGATTGAATAAGGGATTATAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
218 ATTAAGTAAGAGAAGGAGGAAAAAAGTAATTATGATGAAATTCTTACAGAAATTAGGTAAAGCTTTGATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
219 CCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTTTACCTAAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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221 CCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTAGATCGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
222 AATGGTAGTAAGGTTATTGAGTCTGAGGTGGATACGACCAGTCAATCGATGAGCCTATCAAGTAGCCTTTCGGAGAGCACATCAGAAGTGGTATCAGAATCCATCTCTCTCTCTGAAGAAGCTTCCGCTTCCTTATCGGAAGAAGCCTCA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
223 CTGATCCGTTTTCAGGGAATTTTTGAGCATTCGGCGGTCCAGTCCAAGACCGTCCAGGAATATATGTTTATGCTGATATTCATTATTCCGGGATATTTACTTCTTTATCAGGCCTTTGATCTTTATACACCGATGCGAATGCAGGGGCGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
224 GTGACGGAGCAAGGCCCGGGCGGCAAGATGATGCGCATCAGCCCCAAGGTGGATCACAAGTTGGGCTCGGCAAGCGCGGTTTACGATTCGGCCAGCGGGTGCTATCGCTGTGGGTGGCAGATCGAAAACGGCGACCAAATCACAGTCACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
225 CAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
226 CCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
227 ACCTCGCCCTTCACGCCGATGATATCGCCCACGTCCAGCTTCTTGAAGGCGGCATAAGGCTCTTCGCCCAGCTCATCGCGGCGGACGTACAGCTGAATGTCGCCCTTATCGTCCCGCAGGTGGGCAAAGCTTGCCTTGCCCATTACGCGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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231 ACGACTCCGCAAACCGCGGCCACTTCTACAAACAGGTTTTCTCTGCTTATGAGTCGTTTCTCGTCATTGCCAGCTCGGTTTTGATTGTGTTTGTCCGTCCGTTTTCCGACTTGCTGATTAGTACCAGCACTTACACAGAATATGCGGATG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
232 GTTAGTGCGCCCTGTGGTCCTTTTAATAAGTATTATGGGTGTGAAAAAGGAATAATGTCGCCGCTTTACACCGTTTATAAATATATCGATTGTTCTACGGATTATACCGAATACCTTTCGTACTTCTTTTCTTCCGCAAATTGGCATCGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
233 TGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
234 CCCGTTGAAGCAGTCCACTGCCAGTTCTTTGTAGAAATCTTGCACAGTGCCCACACTGCCATTATAGGAGCCTTAAGTAAAACCTCCAGTCCCATAACAATCAGCATCTGTACCTGTGTAATATCATTTGTAGAACGTGTAATTAAACTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
235 TCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGCTTTACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
236 AAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
237 TGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
238 TGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
239 AGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
240 GCACCGATCTTCAGTTTCCGGATGATCTTGTTTTTCTTTTTTGATGCACCTTCCCCCACATAGAGATATGGATACCATTTCATATTTTTTCCTTTCTCCTGCCATCGAATTCTTGTTCTATTTTACCAGACACAGAAACATAATGCAACG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
241 CTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
242 GCTGTCTTCGCATGGTTATCCACCAACAAGAGCAGGGGCAGAACAGGCATATCAGGATTACATGGATGGAAAGATTGATGTTCCAGAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
243 TTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
244 GGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCTGTATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
245 GTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
246 GATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACAGGTAACATCAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
247 AGAAGCTGTTAAGATGATGGCAAGAATCGCTGAACGTACAGAGAAGGAAATCAACTACCGCAAACGTTTCAATGATATGGCTAAATACACTGACCCAGGTATCACAGACGCTATCTGCCATGCTACCTGCAGCACAGCTTACGACCTCGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
248 TGATACCGATGAACGGGTTCGCAATTTTGCTGAATGCAATGTAAGCAGTTGTACCTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
249 CTTCTTCAAGAGTTTTGATAACAGATACAGCACCTACAGACAGCAGAGTTGTCAGCATCAGCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
250 CAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
251 GCCAAGAAGCCAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
252 CCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
253 CAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAATGCAAGCAACAGGTAACATCAAAGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
254 TACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
255 GCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGATACCACAGATAGGAAGGCAAGCAACA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
256 AAATGCGCTATGATCACGAAATTACAGATGAGGAGACGGCTTATCTGGCCGTACATATCCGCAGAATCCAGCCAGAAAAAGAGCTGGAGGAGGATTCTCATTAAGTAAGAGAAGGAGGAAAAAAGTAATTATGATGAAATTCTTACAGAA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
257 CTTCCGATAAACGAATATATTTGATTATCCGCCAAAAATTTGTTGAATTCTCGGCGGATTTGCGTTATTATTACATAGGTAACCGCTTGAATATCAAAACGGAAATTTTACCACGGTAAGGCTGTGAAATTGCGGCCGTATGCTTTAGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
258 CGGGTCATGATTCTGGACGAGGCGACCTCCTCCGTCGATACCCGAACCGAAATCCAGATTCAAAAGGCAATGGATCACCTCATGGAGGGCAGAACCAGCTTCATCATTGCCCATCGGCTTTCGACCATCCGAAATGCAGATTTGATTCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
259 CAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
260 CAGAGCTGCAAGTCCACCTGTACCGTCGTTGTCTTCGGACATACCAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
261 TCAGAATATGGATCTGTCTCAATGTCCTTTGGAATGTATGATACCTATTATAATCCCTATACGTATGCATACAGCTACCCAGGAAGTGCAGGCGTGAACCATGCAATAACTCTGATTGGCTGGGATGACAATTATTCCAGGGAGAATTTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
262 CTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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266 TGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
267 TTAAACCCATACAAGGCCACCGCATACAGGAATGCCACAATCGTAAAAATCACCGTATGAGGGAATATCTTCCCTATGAGGCTCACCGTAAGCGAATTTCCACCCATCTGCAACCATTCGCGGGCCGTCGAGTATTTAATCTCGGAACCG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
268 CCGAAAAAAGAGAAAAATACAAAGAAACTGCTTTTTGTGTTATAATACCAGTACATTATGAGCAGGTAATGAACTGTGAAGTATTTTTTCAGTTATGATAAATATACAGTTTTGTTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
269 CACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCAGGA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
270 CAACACCGATACCGATTGCAAACAGGATAGCCATGTTATCGATCAGAGCTCCACCTGCTTTCACTAAATAGAAACCAATCTGCTGTACAATACCTACTACGTCACCACCCTGCATGGTAGATGGGCAAAGAGCATATCCAAGACCCATCA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
271 TACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
272 TGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
273 ATAGCCGAAAGTCCAGCATCTCCTATGGTATTGCCTACAAAATATCCATCCACTATCGCATATATTCCTGATAATGCAAATGCTATAATAGATGGAATAACATATTTAAAAAATAATGATTTATGATTCATTTTTCTTACAATCTCCTT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
274 GCGCAATCTCAGGAATCAGGACTATTGTCTGTTTTCCCTGGGCGATCGTGCTCTCGATCAATTTCATATATACCTGGGTTTTCCCACTTCCTGTCACGCCCTCAATCAACATTGGACGGGGAAATGGCTTTTCCCACTCTTCCAGAATCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
275 GGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTG 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
276 CGTTGAGCGAGGAGATCTGCCCGCGCAGCGGGATGCTGACGAGAAAGTCACACTTTTCCCGCACCAGCCGGCTGATGCCGGTGCCCTCCGACCCGATGACGATGCAGGCCGGGCCGGTCAGATCCGTTTTCCACAGCTCGTTTGCGCCCT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
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317 GTTCAATGCTTGTTACCTTCTCTACAACCGGTTCCGGCTTTGGCTGTGCATTGACAGGCTTCTTACGCATTGTGTTTCTATTGTTATTGTTATTGTTGTTCTTATTATTGTTCTTGCCGTTTCTGGATGTATTTCTTCCTTCAAAATCTC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
318 TGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGACGGTACAGGTGGACTTGCAGCTCTGGC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
319 CTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGATAACATGGCTATCCTGTTTGCAATCGGTATCGGTGTTGGTATGTCCGAAGACAACGAC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
320 ATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
321 CCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGAGATCGGAAGAGCGTCGTGGAGGGACA 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
322 ATGTTACCTGTTGCTTGCCTTCCTATCTGTGGTATCCTGATGGGTCTTGGATATGCTCTTTGCCCATCTACCATGCAGGGTGGTGACGTAGTAGGTATTGTACAGCAGATTGGTTTCTATTTAGTGAAAGCAGGTGGAGCTCTGATCGAT 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
323 CAGGCGAAGAATGTGCCCTGCTGGTTGCAGCCCGCGTAAAATACCTCGCTTTTCTGCCCGATGCCAACGCTGTGCAGCTGGCCTTCCAGCCAGCTTACGCTGCGGCCGGAGGCTTTCAGGTTGTCTTCCATCAGCTGCCCGTCCAGAATC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
324 AGGAATTCTGACGGTAACGGTCGTTCCGACATCAAGCTCACTTTCGATTTTAATGCCGTAACGCTCGCCGAAGTAGATTTTCAAACGGTCGTCAACATTCTTGACACCGATACCCTTTGAGTCGCTCCTGCCCTTTTCAAGCACCTGCC 克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI:txid674081)
表2：供體/FMT之前的樣品的全群落宏基因組序列中映射到靶向變種克雷伯氏菌的克雷伯氏菌病毒KP27 (NCBI:txid1129147)的序列
SEQ ID NO 序列 映射到以下的序列
325 TTTGTGGCGGGGTGCAGGGGCGGCAGCGCACTGCTGGGGTCAAGGGGCAACGCCCATTGGCAGGTTAAGGGCGGCAGCCATTATCGGGTCAAGGACGAAGTGCCTTGGCAGGTTGAGAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
326 CCTTTGTGGCGGGGTGCAGGGGCGGCAGCGCACTGCTGGGGTCAAGGGGCAACGCCCATTGGCAGGTTAAGGGCGGCAGCCATTATCGGGTCAAGGACGAAGTGCCTTGGCAGGTTGAGAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGT 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
327 GGGTGTAGTTGGGGCCGTCCGGCTCAAAGGTGCGGGTGCGCAGGGCGTCGGCAAAACTCTTGCCCTGACTCATCAGGTCGTAGATGGTATCGGTCTGGTCGCCGTTGGTCACAATGTGGGTCTTGCCAAGGGTCAGCACCGGATTATAAA 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
328 CTCAACCTGCCAAGGCACTTCGTCCTTGACCCGATAATGGCTGCCGCCCTTAACCTGCCAATGGGCGTTGCCCCTTGACCCCAGCAGTGCGCTGCCGCCCCTGCACCCCGCCACAAAGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGT 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
329 AAGTACACCACCAACTATTCCAATACCGCTTCCTGCAATCCCACCTTTTATAGCACCACCCACAGTATCTACGAAAGTTTCTTTCCAATTTACCTTTCTATCCAAAATCACCTGTGTTACTATTGACGAAGTAAAAGAAACAACACCACC 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
330 GGAAATTTCCAACAATAATTGCAGGGGCAATCAGTGGTGGTGTTGTTTCTTTTACTTCGTCAATAGTAACACAGGTGATTTTGGATAGAAAGGTAAATTGGAAAGAAACTTTCGTAGATACTGTGGGTGGTGCTATAAAAGGTGGGATTG 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
331 TTACTGAGTATCCAAAAACACTTAACAGATATAATTATTGTTGGAATAATTCCTTAATATATGTGGATTATGATGGGAAATTTCCAACAATAATTGCAGGGGCAATCAGTGGTGGTGTTGTTTCTTTTACTTCGTCAATAGTAACACAGG 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
332 GCCCCTGTAGCACCTGTAGCAAGTACACCACCAACTATTCCAATACCGCTTCCTGCAATCCCACCTTTTATAGCACCACCCACAGTATCTACGAAAGTTTCTTTCCAATTTACCTTTCTATCCAAAATCACCTGTGTTACTATTGACGAA 克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI:txid1129147)
表3：供體/FMT之前的樣品的大批DNA宏基因組序列中映射到靶向細菌肺炎克雷伯氏菌的克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289 (NCBI:txid1671396)的序列
SEQ ID NO 序列 映射到以下的序列
333 GACTTTATCTTTACCACCTTCTGCTGATTCAAGAGTTTTAGCATTTTGATCAGCTTTCAGGTCAATTGTTTTCTTTTTGCTTTCACCAAGAGCTTTCATTTCGATAATCATCTTAGCTTTTGTATCTTTAATTTCAATTGTCATTGTCAA 克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289 (NCBI:txid1671396)
334 AGAGTTTTAGCATTTTGATCAGCTTTCAGGTCAATTGTTTTCTTTTTGCTTTCACCAAGAGCTTTCATTTCGATAATCATCTTAGCTTTTGTATCTTTAATTTCAATTGTCATTGTCAAATCAAATTGATCAATCACCTGCTCAAGTTGT 克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289 (NCBI:txid1671396)
表4：供體/FMT之前的樣品的大批DNA宏基因組序列中映射到靶向細菌肺炎克雷伯氏菌的克雷伯氏菌噬菌體KLPN1 (NCBI:txid1647408)的序列
SEQ ID NO 序列 映射到以下的序列
335 AAAGGTTACCTCGCTGCCAGCTTTTGCATATGGATTGTTCAAGATTGCACTAAGGTCTACTTTACCTTTGTGCGGCTCATCAACTGCATCTGTAGCAACCAGGAGATCCATACGTCCTACCATCTCTTTCAGGCTTCTCACACCCAGTTT 克雷伯氏菌噬菌體KLPN1 (NCBI:txid1647408)
表5：供體/FMT之前的樣品的大批DNA宏基因組序列中映射到靶向細菌大腸埃希氏菌的埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)的序列
SEQ ID NO 序列 映射到以下的序列
336 AGCAGCGCATCCTGAGAGCGGCACGGGTGCCAGCGCTTGCCATCCTTCCCCATAATCCAGCCATGACCGCAGTGCATTGCAGGACTTTGCTTAACGAGCAGTGATGCAAAAGATGGTTCTTTAGTCAGCATAACCACCTCAGATCAGACC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
337 GCGTCCACATGAAATTCAAATTTATCCTTGAAACGAATATTCTGGATGGCCAGATAGCTGGAAGCATGTTCCAGTTCTTTTTCCAGAGTGATCATATCTTTTCCCTGACTTAAGGAGATCCGGAAAAATTTAGCCAGAAGAGAGACCATC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
338 GTCATCGTCGCGATCGATGCAAGTGAGAACATTTTATTCTTCCAGATATTCTTCAGTCCCTGCATTATCGTGTAGAAAAATGTACTAATCCTCATCGCTATAATCACCCTCGCTGTCCTCAACGACAACGC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
339 TAGAAAGCATCCTGCACCACGCGGCGCTTGACGCTCTCCGTCCAGCTTTCGTCCCAGCGGTCAACGGAAAACGCCCACGCCAGATATGGCAGAAAGCTGACCGGACACGTTGCCGGGTTCCACAAGTCGCGTAGCGGCACCTGCAGATCG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
340 GATCCAAACATCAATGGGGACAATGGTGTCGCTGCCGCCCCAGACGCTGTAGAGATCGTGGAAAATACCGCCGCCGACACCGCACGCGCCGTAGGAAACACAGATTTTATGATCGGGGGCAGACTCATACGCCCGAAGTGCAGGCATACG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
341 TCTTCTTTCCACCCATATTGTGTCGGATGTGGAACAGATTGCAGATAAAATTCTGATGATGAAAGAGGGGCAGCTTATTTTTGAAGGGACCAGACAGGAAACAGGAAGTGATCTGGAAAAGCTTTATCTTGAAAAATTTGGGGAGGTGAA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
342 TCGAAGAAACCAGCCAGGCATTTTCCGCCCTGAAAAACACCCTCGACAAAACCGAAAGTTTCAGCCAGCCGCGACGTACAAAAGCCAGTGGCGGTGGTGGCGACGAGCTGCTGACCGACTGCTGATAAACCGCAGACCGAAACCGGGCGG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
343 TCCCTGATGTGGATCCGAAGCGGGTGCGCGAGCTGATGCGCCTTGAGCAGACGGTTTCCGATGCGCGCCTGCGCAACGCCATCAAGACCGGCATGGCGGAAACCAATGCAGAGCTTTACGACTACCGGCTGCGCCAGATTGCCGCCGGGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
344 ATCAGGCAGGCCACCGACAGACCATTCGACGGTGAGCGCGTCATCGTCGAGGCCGAGGTCAATCGCCGCCGCGCCATTCATGCCGCCGCCGCGATAGTTTTCGAGCTTGCGGGTCAGCTTCGGCAGCGTCACGGATTCAACAACGCCCAT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
345 CCACCGCAACAGCCTACGCCACCGCGCGCGCACTCGGCCTGCGTGCCTATATCGACCAGACCGTCGGCTGGCACAAAACCCTGTCTAACGTCGGCGTGCAGGGTGTTACCGGCATCAGTGCGTCAGTGTTTTGGGATTTGCAGGCATCCG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
346 CGAACTGAGAAGCGATAAAGCTAAAAAAGCACGCTTTCATGCCGAGGCCATCGACCCGGAAAAGGGCAGCGCTACCGGCTATGTCGCTAAATACATTTCCAAAAATATTGACGGTTATGCACTTGATGGCGAGCTCGACGACGAAAGCGG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
347 TGGTCAGCACCATTGCCAAGCGCAATAAACTGACGGCCAGTGTCGCGGATTCACTGAAAAAAAAACCGGTACCGCATATAGACCCGTCGCAGGAGACC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
348 TGGTCAGCACCATTGCAAAGCGCAATAAACTGACGGCCAGTGTCGCGGATTCACTGAAAAAAATACCGGTACCGCATATCGACCAGTCGCAGGAGTCCGACGCCGTATTTCTGACCCGGCTCGCTGACCGCAACGGGGCGGCGGTGTCAG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
349 TGATGTCGGGCGTGCTGCTGCTGCCCGTGCGGACCGGAACGGGGGCTTTCTACCGCAAGCGGATCGGCCGCGTCCTCCTGGCGCTGGTCTTCTGGTCGCTGACGCTGCCCGTGCTCTACTACCTGTATATGCGCTACGTCGGGACCTC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
350 TTCTACGCTCCCGGCGGAAAACCGGACGGCATCAAAATCGTGCCACTGAGTGAGGTCGCCACAAAGGATGACTTTTTCAACATCAAGAAAGCCAGCGCCGCCGACCTGATGGACGCGCACCGCGTACCGTTCCAGCTCATGGGCGGCAAG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
351 CAGCGACGATGCGCGCCTGAATGATGTGCATGAGGCGGTGACCACCGTCAGCGAACATGTGCAGACCAACCTGACCAAGCAAGACGAGCGCCTTTCCGCTATGGAAACCGCGTTTGCCACCTTCAAACAGGAGCTGACCGGCAAGGTCGA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
352 TGCATCGACTGATAAGGCAGGGTGCGACGTTCAAACACAAACATTCCAAGAGCAAGCATCATCATCAGCCTCCTTAATCGTGCATCATGCTAGCGCGGGCTTTGGCTCGCTTGTCGCGTTCATATTTTTCTAACGCATCCTGCAACTGGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
353 AGAAAGGTGCTTTCTCTCCAGCCTGAGTGCGTGCGTTTTGATGTTTATCGCACTGCTGCGGTACTGGAGCAAAATCAGGGCAGTCAACGAGCCAATGCCTTTTTTATCAGCTTTTGCAAAAATGCATTGCCCCGTCTTGAACTGGTCGCC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
354 CGAAAGCGGTATCAAGCTCACCACCGATTGCCAGCAGCAGAACCTGCTCACCGACCGAGGGAGCCCACCACGTCCGCGAACGACCGGCGCGGGTGGTCAGCCAGTTCAGCCATGTTGTCTGGATCCCGCCGCTTTGTACGCGGCACAGCC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
355 GCCCGACTTTTCCAGCTTGCTGGTGATAGGTTCCAGATGCTTGGGGATGACATTTTTGATGAGCACGTTGCCGCCTGTGATCGTGGCGGCGACCATGTAGCTGCCGGCCTCGATCTGATCCGGGATGATGGAATAGGTGCAGCCGTGCAT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
356 CTTCTAAAAATTTCAAAATTCCCTGATAAATCTCTCCGGAATCAGAATATTTCTGCTCTGCCACTTCCTCTGACAGCTTGGATGTATCGATCCAATTCTTCGAAATGGCATAATTTAAATACTGGTTCAGATTGATCGTTTCCTCTTTTG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
357 CGAAAGCGGTATCAAGCTCACCACCGATTGCCAGCAGCAGAACCTGCTCACCGACCGAGGGAGCCCACCACGTCCGCGAACGACCGGCGCGGGTGGTCAGCCAGTTCAGCCATGTTGTCTGGATCCCGCCGCTTTGTACGCGGCACAGCC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
358 GGTGCTTCATATGGAGCATGGCGGTGGAAATAATTCTACGTTTACTACCCGTGTAGTAACTTCTGCAGGATCCGACACCTATTCAGTTATTGCTGCGGCACTTTCTTCTCTGAAAGGTCCGAAACATGGCGGTGCCAATATCAAAGTAGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
359 AAAACCAACCAACAAACTCAACGTATATCCACAGTACGGAGCCAGATAAAGTCCGAAAGGGAAATAAATAATAGCTCCGGCAATAGATTGGGTGATATAATTAGTCAGACTCATCCTACCATAATAACGAAGATTTGATACAAAATTCTT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
360 GGTACGCATCCCGGTAATATCGACATACATTTCGCCAGCGTCGCCGGTCTCAAAGCTGATGGCGGTAAGCCGGATGCGCGGCTCCCACTTCTGGATAGCCGAATAGCACGCCACCATAATTTGCAGCCTGAGCGCCGGGTTTTGCGGCAT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
361 ATACGCAGGCGGTTTGCCGACCCGGTCATTAGACGCCCAGCGGTAATTCTTCGAGTGCTGCATCGACTGATAAGGCAGGGTGCGACGTTCAAACACAAACATTCCAAGAGCAAGCATCATCATCAGCCTCCTTAATCGTGCATCATGCTA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
362 AAAACAGGATGAGAATCTGAAAGATCCTAACGCAGATCCAGAAGTTATGGAATTATTCAACGAAGTTTATACCAAATGGATGGGAAGTACATTAGTCAAGAATCTATATTCCAAAGTGCTTATTACACTGGGAATGGAGTATCTGGACAC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
363 GTTCTGCTACGCGGATCCCGAAAATACGAATCTCTTCACGGTGCAGCTTCGCGCGGATACGCGCCCATAAGCCAGTAAGATAGCTTTGTGTATCTGCCGGGCTGGCTCCGTTCCATTTGCTGTTACGGTAGCCCGCTTTGGTGGTGGCGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
364 CGTTCAGTTTGGCGAGCTGGGTCAGATAGGCATTGAACTTAAAACGGGTTTCCTGACGCATAGTATTTCCTGTTTGAATTAATCGGTTAGTCACAGCATCGGGCGGGGTTGCCGCCCGGTTTCGGTCTGCGGTTTATCAGCAGTCGGTCA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
365 CGTTCAGTTTGGCGAGCTGGGTCAGATAGGCATTGAACTTAAAACGGGTTTCCTGACGCATAGTATTTCCTGTTTGAATTAATCGGTTAGTCACAGCATCGGGCGGGGTTGCCGCCCGGTTTCGGTCTGCGGTTTATCAGCAGTCGGTCA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
366 ATCGCCGTCACGGCGCTCAGGTAGTGGAAAACACGCACATTCTCGCCGTCGATTTCCTCGGCGTCAGGCACGTCGGCCAGTGTCTTAAACCCGGCGGCAATCTGGCGCAGCCGGTAGTCGTAAAGCTCTGCATTGGTTTCCGCCATGCCG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
367 TCGACTACGACTATACGCCGGTTCCACCACTGGAAAGCCTGACCCTGCGCCAGCGTATCACCGATAAATATCTGGTGAATCTGGCCGAATCGGTCAACAGCTAAGGAGCCTGAAACAACATGGCACTACCCCGCAAACTCAAATATATGA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
368 TAATACCGTCGACAATGTCACGGATAAGCGATGCGGTGATGGGCTTGTCGACCGCCCACATGTGCGCCTCGGCCATTGTGTCGGCCAGCACCTGAGCGGTGCGGGTGTAGTTCTCAAACAGGAAAAGCGGGTCATCAGAACAGGTGCGGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
369 TAGACCGTTACCGGCGCGCCACCGATAAACTGAAACTGACGAATATGCCAGCGCGCGGCCCAGGCAGAAACGGCAGGTGCGGTCTCTTTCAACAGTTCGCCGCTTTCGTCGTCGAGCTCGCCATCAAGTGCATAACCGTCAATATTTTTG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
370 GTGCCGTGAAAACCGAATTGTGAAAAAGTGTCCAGTGCTGCGCTAAGAATCGCTTTTTTCTTCGCGCTTACTGCGCGCGCACGTTTACCCGTTGTTTTCACTGCGCCTTGCGTCATGCGCTCTCCCCTCTTGTAGATTGGCAACAGGATA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
371 CTCTGGAAATGCTTCAAATTTTCTGGGATAACGGAAAGAGCTTTAATGAAGCTGATTCTGTGAGATATCTGTTCAGAAACGGGAAAATTCAGACGGAGTTTGAACTTCCGGAGAATACCACAATGCTTCGCCTTGATCCGGGCGAAATGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
372 CTGATCAGCGGCATGATCAGATAAAGTCCTATCAGCATATAGAGATACCAGAGCGGCGTGGTGTCGTAGCAGAAGTTGAAGACGAAGGTCCCCATCTTGTGCAGCGTCGCTTCGCCGGTGAACAGCGCGGGGTCGATCGACGGACTGGAG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
373 AGTCGTTTACCTCCCTGAACCTGTCCTGCAGGGGTGACAGCTCGTTACGCACAAATACTTTTGCCACCTTCTCAACGTCACCGAGCGAACCGATATTCTCGGGCTTGCCGCCCATGAGCTGGAACGGTACGCGGTGCGCGTCCATCAGGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
374 CCATTCCAACAAGGAAAGGAGCCCAATATGGAATTTATCAGAGAAGATTGTATTTACGCAAGACAGTCAGTAGACCGCAAGGACAGTATCAGCATTGAAAGTCAGATCGACTTTTGCAAGTATGAATTGAAAGGTGGGAGCTGCCGGGTA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
375 AGCTCGCTTGGTGGGTATCAGGCTTATCAGCCTGTCACGGCTCCCGCCGGTCGTACCTATATTGACCAGAGCAGCCCGACCTATCAAATCAACCTGCCGGGTGGTGGCGCGCCGGGTGGTCAATTGGGTAACCAGTTGCAGGATGCGTT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
376 CACGCTGGAAGTTGACGATCCGGCGATGGTAGCAAAGCAGATGGAACTGGTGCTGGAAGGCTGTGTAAGCCGAATGCGGGTGAATCGTCGCCAGGCGGATGTCGACACTGCACATCGGCTGGCGGAAGATATCCTGCGCTTCGCCCGCTG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
377 CAAGAAGTAAAAAGATGAAAAGAAAAATATTAGTTACTGTTCACATACCACTATCCCGCGAGGTGTTTTGGCATGAATATGCCAAAATCCCGAGACATACAAGCCAAAATTCCATTGCCGCAGGCAATCTGGAATGAATTTTGGCAAAGT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
378 CAGGAGCTCGCACGCGCGATTCGCAACCTCATCCGCTCAGGTGTGGTGACTGAGGTTGATACCGTGCAGGGGCTGTGCCGCGTACAAAGCGGCGGGATCCAGACAACATGGCTGAACTGGCTGACCACCCGCGCCGGTCGTTCGCGGACG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
379 TAAACCATGACGAGCCCCGCACAGCGTCACATGATGCGGGTCTCGGCCTCTCAAGCCGCGCAGCGGGAACAAGCCCCGCTGCGCCATGCAACCGCCTACGAGCAGATGCTGGTAAAGCTGGCCGATGACCGTCGCACGTTAAAAACCATC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
380 GTCAGAGCATGCGCGACATACTGCTGACGCCGGTCGGCTCGCGGGTGATGCGCCGTGAATATGGCTCGCTTCTGTCGGCGCTGATTGATATGCCGCAAAACCCGGCGCTCAGGCTGCAAATTATGGTGGCGTGCTATTCGGCTATCCAGA 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
381 GAGTTGATTATGGCTAGTGACAGTGAACTCATTCGCCAGACTGCCGGAACTGCTTTTGATATGTGGCAAAAGTTCGCTTTTACATTTGTACTGGTTGCTTCTTTTGTATTGCTTTATCAACGGGATAGGTTCAAGAATTTTGTATCAAAT 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
382 ATCTTCTGCAACGCACTTCAGGCATAAAATTGCGCTATATCACATCTACTGGAGATACTTTGCCGGTAGAATGGATAAAAGAGACAGAGAAAATGCTTACTGGAACCATAGTGGTGCCGATGTACGGAATTACCGAATGTAAGAGAGTGG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
383 GCTAAACGGTCATGAATTTATCGCCGGGCGACAGGCTTGCCCGGTCAGACAACCCGATTTAACCAAACAGGAAAGACTATGCGTCAGGAAACCCGTTTTAAATTCAATGCCTACATGTCCCGCGTTGCTGAGTTGAACGGCATAGACCCG 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
384 GAGAATGCGCGGCTTAACGCCGGTGACCGCTTCGGCAGTCAACAGCGCCTTGATACCGGTGTATTTACCGTTCTCATCCGTGCCGCCGATGATATTGGAAATGGTCTGCGCTTCCGCGTCTTCTCCGGTACCTTCGGCAACACGCACGAC 埃希氏菌病毒186 (NCBI:txid29252)
表6 ：小鼠糞便巨集基因組資料中分類為克雷伯氏菌噬菌體vB_Kpn_IME260 (NCBI: taxid 1912318)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KB57 (NCBI: taxid 1719140)、克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KpV52 (NCBI: taxid 1912321) 、克雷伯氏菌病毒0507KN21 (NCBI: taxid 2169687)、克雷伯氏菌噬菌體F19 (NCBI: taxid 1416011)、克雷伯氏菌噬菌體K5 (NCBI: taxid 1647374)、克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: taxid 674081)、克雷伯氏菌噬菌體Matisse (NCBI: taxid 1675607) 、克雷伯氏菌噬菌體Sugarland (NCBI: taxid 2053603)和克雷伯氏菌噬菌體PKP126 (NCBI: taxid 1654927)的序列
FMT之後的樣品的全群落宏基因組中的克雷伯氏菌病毒（靶向細菌肺炎克雷伯氏菌）序列 備註
GAGGGAAGGAGACACAGTGGTTATAACGGAACTGACCCGGCTAGGGCGTTCTGTAAAGGAACTGTTCACCATCATCGAGAGGGTGCATGATGCCGGAGCCTCGATAAAGTCGCTCCGTGAGACTTGGCTTGACACCACCACACCGCAGGG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
GCCGTTGAGAAACTGAACGAGGGCGGCATATTGGCTTTCGTCACATCAAGAGGTATCGCTGACACACAAGGCAACCAATTCGTGCGTGACTATCTTGTACACCGTTGCAATCTGATTACGGCATTACGTTTGTCTGATAGCCTGTTCATG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
GGTTCGCAAATCACGTTCAATATCGGACCGTATGCCGCTCGGAATTTGGAGCTTGGCAACGATTTCGTTAAATTTGACGCAACGTTTAACGGTGTCGCTGAAAGTATTCAGGTTCCCGTCGGCAACATAGAGGCGGTGTTTGTCAGAGAG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
GCTTCTGCAATGGCTGTTTCTGAGCTTTCAGCACGTATTTGCAATGTTTGGGGCAACGATCCTGGTGCCTACCCTGACGGGCTTACCCGTTTCGGTGGCACTTTTTGCAAGCGGTGTGGGAACGCTGATTTATACGTTTGTGACAAAGCG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
AATCAAGTCTCCTGATGAATATCAAAAAAAGGCGGCTGAAATTAAAGCAACACAGCTACTTGGCATAGAATTACTTTCCAGCGTTTATATGCTTGCTATTTTGAATATGATTCTTATGGGTGATGGCAGTTCAAATATTTTGAA 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
ATGACTCATATCTGACACCGCCGTTAAACCGCGTACGGCAGTCTCTACCGTGCGGGCAAAGTTGGGGGAATCCATGGTGTGGGCAATATTCAACGAACCTAAATTGCAGGAAATATCATGACCTGTACGGGCATAGTCGAGATTCTCGTC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
ACCGTATTTACGACTCGCTGTGACACATTATTTGGTGCGACGTATTGTGTAATGGCTCCAGAACATCCTTATGTGGACGAGATTACAACTTCAGAACAGAAGGAAGCTGTTGATGCCTATAAAGCCATCTGCGCAACGAAATCCGATCTG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
CGGCCTCTTAATTGGTGTAACTGCGAAAGGCCGAAGCGTTCTGCGTTTTCAATAAGCATTACCGAGGCGTTCGGCACATTCACTCCAACCTCGATGACAGTTGTGGCTACCATGATGTGTGCCTGTCCGGATGCAAATAATTGCATCTGA 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
AATCCCGATGTCAAGTCGATATTTGATTTCCGGTATGAAGACTTCTCACTTGAAGATTATGATCCTCATCCACACATTAAAGCCATTGTAGCCGTATGATTGCAGAACGACCTCAAGTAATATCGATAATTGTGGCCTGCGCCGGTGCAG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
GGTATAATACACCTTCCAGTTCGTGTGCTGATCCAAAAGTGCCTTCAGCTCCAGTACAATAGCCAGGTCCAAATCCTTTTCCTGAACCCCCAGCTTAATTGCCCCCGGCTGTCCGCCCCCATGGCCGGCATCAATCACCAGTACCTTTTC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
ACTCCATCAGGATCATCCAGGGTATCGCCCCTTACTACGAGAAGTACCACTTTGTCTCCATCTCCCCCGAGATGTGCCGCCTGGCCGTGACCATGAGCGAGCGGTACATCACCGACCGCTTCCTGCCCGACAAGGCCATCGACCTCATTG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
ACCAGCTCTGAAAGCCGCATTAGTAATTTTCTCTTGTGGGAGCTTGCCTATAGTGAGCTCTACTTTACCTCCGTTTTATGGCCGGATTTTGGTAAAAGAGAATTTAAAGAAGCATTATTGTGGTACGCATCAAGAGAAAGGCGCTTTGGT 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
CATGGTTTTTACCCCAGAATAGAGAGAGAATCTATCTTGTCGGACGTCTTGCAAAAAAATGTACCGGAGACGTATTTCCTTTCCCGGCGCCGGGTGGAATGCATGGTTCGTTCGGGAAAGATGCGACTGCTGCCTCTGTATGTGGAACAA 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
CTTTTTGCAAGAAATCTTCAAATCGGAGACTCAGGAGACGTAGACCTTTTTATCCGAACCAGCTCTGAAAGCCGCATTAGTAATTTTCTCTTGTGGGAGCTTGCCTATAGTGAGCTCTACTTTACCTCCGTTTTATGGCCGGATTTTGGT 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
AAAATCGATTGCTTGCAAGATCTGGTACGTAAATTCAGTGTAAGAGATCCCTACTTCTAAACGGCTAGCAACAACTTCTTTATTCAACATCGTATTAACGTTGAACAATTTACCATAATCGCGCAAGAAATCTAATAAACTGATCTCTTT 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
TTTACCTACCCCCGGCGGCCCTACCAGGCAGAGGATCGGTCCCTTGATTTTGTTGACACGGCTTTGAACCGCAAGATACTCAAGGATACGATCTTTCACGCGCTCCAGACCATAATGGTCGGTATCAAGGATTTCCTGCGCCTGACGCAG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
TAAAAAGGCCGTTACATTGCCACTTGGTTCTTCTAGAAATTTCAACAGACTGTTAGCGGCACTGATCGTCATCTTTTCAGCATTTTGAATGATAAAAAGCTTCCGATTGCTCTCGACCCCACTTTTGACGAATTCAGCTTTCAAATATCT 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
GGACCGTATGCCGCTCGGAATTTGGAGCTTGGCAACGATTTCGTTAAATTTGACGCAACGTTTAACGGTGTCGCTGAAAGTATTCAGGTTCCCGTCGGCAACATAGAGGCGGTGTTTGTCAGAGAGACCGGCTTTGGCATCCCGTTCGAG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
CAGCGTCCGATATTTGATCGGCCACTTTGTCGGGGTGTCCTTCAGACACCGATTCGGATGTGAATAAATATCCCATTCTAAATTGAAAATTAAGAATTAAAAATTAAAAGTTAATTCGTTAACAACCTTGGGAAGTTATCAGAGTAGATA 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
AGCTTGGCAACGATTTCGTTAAATTTGACGCAACGTTTAACGGTGTCGCTGAAAGTATTCAGGTTCCCGTCGGCAACATAGAGGCGGTGTTTGTCAGAGAGACTGGCTTTGGCATCCCGTTCAAGGTCAAACTTAAACCTGACCAAGAAC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
AAGGCCCGCGAGGCTGCCCGCAAAGCCCGCGAGATGACCCGCCGCAAGAACGTGCTTGACTCGTTTAGTATGCCCGGCAAGCTGGCCGACTGCGCCAGCAAGGATGCCTCCCAGTCCGAAATCTTCATTGTAGAGGGCGACTCGGCAGGT 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
GGGGAATATCGGAGGCCATGACCGGATCAAAGCGGTGGTGGATACGGCAAAAGAGCGGGGAATTCCGATCCGTGTGGGCGTAAACAGCGGCTCTCTGGAAAAAGAGCTGGTGGAAAAATACCATGGAGTTACAGCGGAAGGAATCGTAGA 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
AGCACGTGCTCTATGCAGCATGCTGCTGGCGCATCAAGCCTGTCGAAAAACAGCCCTGAGTGCTTGTCGAAGAATGATACAAAGCGATGGCCCATTTTGTTTATGGTGAGCACCTCCTGCTCATCCTCCGGCATCCGCTCGCTTACCGGA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CGACTATTCAAAATCGCACAGCGCATCAAAGGGCCAACCTTCGATAAATACTCTCATTCGCCGTCGCAGGCTATCGACGTGCTGGAAGTTGCAATATTCGGCGAGGATGAATCTTGCCGCGCCGCCATGCTCGCAGCCGCCCCGCAGCTA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AAACTGGCAAAAGTCATTCGGGAGTTCAACGAAGAAGACGAAAGGCCATTAGCAAAAATGGCGCGGATCATTCGTGATAATCCACACCCGACAAACGAATGCGACATGCCGAAAGCGCAGCCAGTGCCGGATGACTACCAGCACCTACGA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
ATCCTCCGGCATCCGCTCGCTTACCGGAATCCATTTACCCGGCGCGGTGGCGGGTTCACTGCCGGGTAGCTGCGGGGCGGCTGCGAGCATGGCGGCGCGGCAAGATTCATCCTCGCCGAATATTGCAACTTCCAGCACGTCGATAGCCTG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CTCCTGCGGTGCGGCCGGCAGCGGCATCCAGTGAGTTACCAGCACGTGCTCTATGCAGCATGCTGCTGGCGCATCAAGCCTGTCGAAAAACAGCCCTGAGTGCTTGTCGAAGAATGATACAAAGCGATGGCCCATTTTGTTTATGGTGAG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
ACGGCAAAAACGGGAAATACAATGTCACGGAGCGTGTACGAGGATGGACAGATGAAGACGAAATTGGGTTATTCGTCCAGGTCGGCGCGATTCTGCGAGGTGAATCAGAAATCACCTGGGGGGAGCCACTTTATCTCTCTGGAGTCGTCA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GAGTGCTTGTCGAAGAATGATACAAAGCGATGGCCCATTTTGTTTATGGTGAGCACCTCCTGCTCATCCTCCGGCATCCGCTCGCTTACCGGAATCCATTTACCCGGCGCGGTGGCGGGTTCACTGCCGGGTAGCTGCGGGGCGGCTGCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TGAGACGACAAATCCCTGGTTGATAATTGTGGTTAGCTTGGAAAGGTCGTCCGCACTTGTGCCGTACTGCCTTGTCGCTCTTTCCAGTCTCGCATACAGCGACGCTGTGGCATCTAAACTTCCTCTCGTTTGCTGTGTAATGTTGAATAC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GCCACGCGCAGCAGCCGGTACTGCAGCCAGTGATGTTTATTGATGGTGACATTTCATCCGAGGACGCCGATAAACTGGCAAAAGTCATTCGGGAGTTCAACGAAGAAGACGAAAGGCCATTAGCAAAAATGGCGCGGATCATTCGTGATA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AGACGAAAGGCCATTAGCAAAAATGGCGCGGATCATTCGTGATAATCCACACCCGACAAACGAATGCGACATGCCGAAAGCGCAGCCAGTGCCGGATGACTACCAGCACCTACGAGAGCTCTACCACGCGCAGGAAAAGCGACTATTCAA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GAATGCGACATGCCGAAAGCGCAGCCAGTGCCGGATGACTACCAGCACCTACGAGAGCTCTACCACGCGCAGGAAAAGCGACTATTCAAAATCGCACAGCGCATCAAAGGGCCAACCTTCGATAAATACTCTCATTCGCCGTCGCAGGCT 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CAGCCAGTGATGTTTATTGATGGTGACATTTCATCCGAGGACGCCGATAAACTGGCAAAAGTCATTCGGGAGTTCAACGAAGAAGACGAAAGGCCATTAGCAAAAATGGCGCGGATCATTCGTGATAATCCACACCCGACAAACGAATGC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GGCATCCAGTGAGTTACCAGCACGTGCTCTATGCAGCATGCTGCTGGCGCATCAAGCCTGTCGAAAAACAGCCCTGAGTGCTTGTCGAAGAATGATACAAAGCGATGGCCCATTTTGTTTATGGTGAGCACCTCCTGCTCATCCTCCGGC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AATAGAGATCGCCCGTGCGTAAACCAGCCTCAACGTGACCAACAGGAATACGCTGATAAAACGCCGCCAGGCTGGTTGCCAGCGTCGTTGTTGTGTCGCCGTGAACCAGCACGACGTCTGGTTTGAACTCGGCAAGAATAGGTTTTAGCC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CGCGGATCATTCGTGATAATCCACACCCGACAAACGAATGCGACATGCCGAAAGCGCAGCCAGTGCCGGATGACTACCAGCACCTACGAGAGCTCTACCACGCGCAGGAAAAGCGACTATTCAAAATCGCACAGCGCATCAAAGGGCCAA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CTTCTGCTGCAGCAACCCTTCGCCGGCGGGCTGCATGCTTTCGACGATAATCTGGTAGTCGCCGCGCGGCTCATACAGCGTGATGTTGGCGCGAACCAGCACCTGCTGCCCGTGCTGCGGGCGGAACGTGACCCGGCGGTTGCTGTTGCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AGACCGATTATCTCGATCTCTATCAGGTACACTGGCCGCAGCGCCCAACCAACTGTTTCGGCAAACTGGGCTACACCTGGGCCGATTCCGCGCCGGTCGTCACTCTCCTGGATACGCTGGATGCTCTGGCTGAATTCCAGCGTGCCGGCA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CCCTCATCAACATCATAAAAACGCGTAATCAGGCTGGCGATGGTAGATTTACCTGACCCTGAGCGCCCTACCAGCGCCACGGTTTTCCCTTCCGGAATATTGAGGTCAATATTGCGCAACGCAGCGACTTCACGCCCCGGATATCTGAAG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CATCGTTACTCTTATCAAACGACAGCGTGTTAATGCCCATCAGTTCTCCCAGCGAGTTCACCAGCGCGCCGCCAGAGTTACCGTGGTTAATGGAAGCATCGGTTTGTAGGAAGTTTTGCCGCCCGGTCGGGTTCAGACCGATTCGCCCCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
ATTTTCGATAAAGATGGTTTCGCCCGGTTGAACCAGTGACGCGGCAAACTCGGCGAGTTCACGCTTCAGCGTATAGTTGCTCATCATACGGGTTTCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAGCCATGTGCACGGCGGAGGTAACT 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CAGCTCACCGATGAAGGAAAAAAAATCTATTCCAGTATTGAGCTGCATCCGCAGTTTGCCCTTAACGGTAAGGCGTATGTGGTCGGCCTGGCGATGACGGACACCCCGGCAAGTCTGGGGACTGAGCGCCTTAAATTTGCCGCGCAGCAG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TTCCGGCGCACAGACGTATTCCGCTCTATCGCCACGCGCAGCAGCCGGTACTGCAGCCAGTGATGTTTATTGATGGTGACATTTCATCCGAGGACGCCGATAAACTGGCAAAAGTCATTCGGGAGTTCAACGAAGAAGACGAAAGGCCAT 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GCATCAAAGGGCCAACCTTCGATAAATACTCTCATTCGCCGTCGCAGGCTATCGACGTGCTGGAAGTTGCAATATTCGGCGAGGATGAATCTTGCCGCGCCGCCATGCTCGCAGCCGCCCCGCAGCTACCCGGCAGTGAACCCGCCACCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GAAAGCGTGAACTCAATTTTTTTCGCCTTACCATAGCGATCAAACTCCTGATGCGTTTCCTGCAAGCCCGTGATGACATACATTCCGTAAATGGATCCGACGCCATCTATGAGCGGCCAGGCCAGCCCGGTGTAGGCCATTGTCGAGACG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CAGCAGGTTAGCTTGAACGGTAAGTTGATCGGCACCAGGTCTGGGTGGCAGATTTTCTTTCTGTCGGGCTTCATTACGGGACATCAGCCCGTTCTGAGTCATCGTTGAATAAAACGCAGCACGAGCGGCACTGTCCGCACGACGCAGCCC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CCTGTCGAAAAACAGCCCTGAGTGCTTGTCGAAGAATGATACAAAGCGATGGCCCATTTTGTTTATGGTGAGCACCTCCTGCTCATCCTCCGGCATCCGCTCGCTTACCGGAATCCATTTACCCGGCGCGGTGGCGGGTTCACTGCCGGG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TGGAGTAACTCCGGCTGGAGCACGCTGGCAGCGCAGAACCCGAAGTCCGGCAAATACATCATTCAGGCCACGAAGACATCCAGCGGCTCAACGGCCTGTGACCAGGTGGTGAAGCTGACGGGTGGCCAGACGTACCGCGTGGGTGCCTGG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AAGATAGTTTTGGTTTAACTCCGGTTTCTCCGCTGAAACGGACCTCGATGGTAACTGGTCGCGCGAAACAGCGGCGTGCCTATACCTCGACACCAACCCAAACAGATATGGCATGGATTTTTAATGATGCGCAAGCTCAGGCCTTTGAAG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
ATAGGGGGTCAATTTGTTGAGAATATCCAGTATGGCCACGAACACCTCCACGGCGATGATCCCGCCGCTGTCACGGTCGACCAGCTCCAGACGGTCGCCTGCGTAATCGACATACATCTTGTCGCCGGCCTTGTGTTCCAGATGCGCTAT 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TACCAGCACCTACGAGAGCTCTACCACGCGCAGGAAAAGCGACTATTCAAAATCGCACAGCGCATCAAAGGGCCAACCTTCGATAAATACTCTCATTCGCCGTCGCAGGCTATCGACGTGCTGGAAGTTGCAATATTCGGCGAGGATGAA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CGGACAGCGGAACGGGGATTTCCCGGGAAGAGCGGCAGAAGCTGTTTCAGCGGTTCTACCGGGGCGGCAATGCGGCGGAGGATAGCGTGGGCATCGGCCTGGCACTGGCCAAAGAGGTGGTGGAACAACAACATGGGCATATTCAGGTGG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GGCGGAATATTCTTTGGAAGAAGTTTCACAGCCGATTGGTATTACAGGGTATGAATTAAGCAATGCGCTCAGCAAAGAATATCAACATAGTCTTCCTACAATAGAAACGCTGGAGTCTGAAGTCGCAAAAATGATGGATACAAAATAGTC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GGTCAGCAGCATGACGCAGCGGTCGATGCCGATGCCCATGCCGCCCGTGGGGGGCAGGCCGTATTCCAGGGCGGTGAGGAAGTCCTCGTCCATCATGCCCGCCTCGTCGTCCCCCTTGGCCCGCAGCTCCACCTGCTTCTGGAACCGCTG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GGCGTAATAGACCAGACCACTGCAATCAAATCCGGTGCGCGGAGAGGTCCCGCCCCAGCGATAAGGTTTGCCAATCTGATCCATCAACTTTGACATCGCGGTGCTTTGCGCTTTTTGTACCCGCGCTTTATGCGCATCGGCGATAGTCAG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TATGGTGAGCACCTCCTGCTCATCCTCCGGCATCCGCTCGCTTACCGGAATCCATTTACCCGGCGCGGTGGCGGGTTCACTGCCGGGTAGCTGCGGGGCGGCTGCGAGCATGGCGGCGCGGCAAGATTCATCCTCGCCGAATATTGCAAC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TCGGTTTAGCGTGTCGGTGAACATTTTTTCAACATTCTCATCCCTTATATCGTTCCAGGCTGAGAGTTTTTCAAGTGTTGAGTATTCACTAGTCCCGCGATAGTTCTCTAATAGCTGCCCCGTGGTCAGGCCCGGCTGCGCAACACAGAG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AGGCGAAAACGTAGCCCCGCGACTGCAACAGCTCGCGCAGCGGCTCATGGTTCTCGATAATTCCGTTATGCACGACCACAATATGGTCAGAAACATGCGGATGCGCGTTGCCTTCAGAGGGTTCGCCGTGCGTCGCCCAGCGGGTATGGG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGNATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGCCCGGACATCGTCTCGCCCTGCT 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GGGCGGCTTTATTATGTGCGGCGTGCTGTTCTGCCTGGTTTCTTTTATCGTGAAGAAAGCGGGGACCGGCTGGCTGGACGTGCTGTTTCCACCTGCGGCAATGGGCGCAATCGTTGCCGTCATCGGTCTGGAGCTGGCGGGCGTAGCTGC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CTGTCGGAGAGAATGCTGTGGTCGGTGCCGGTAGCGTGGTTACCCGCGATGTTCCGCCCATGACCATTGTAGCTGGTAATCCGGCAAAGATAATCAGAAAAATAGACGAAAAATAAACCTATAGTGATGATTGAGAACAAGGAAATAAGC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AGGATGAATCTTGCCGCGCCGCCATGCTCGCAGCCGCCCCGCAGCTACCCGGCAGTGAACCCGCCACCGCGCCGGGTAAATGGATTCCGGTAAGCGAGCGGATGCCGGAGGATGAGCAGGAGGTGCTCACCATAAACAAAATGGGCCATC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AATGGACATTTCACCATACTTACAATGGTACTCCCCAAGGAGGTATCATCAGTCCTATACTGGCGAATATCTACCTTGATAAACTGGATAAGTATATTGTGGAATATATCTCGAAGTTCAACAAGGGTAAGGCGCGGAAACGCAATCCCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CGAAGGCTTACACCGGAACAGCGTCTTCTATCGTGGTCGTTCTGGATCCAGGGCACGGCGGAAAGGATAATGGCGCATCAGCGAATGGTCTGATAGAAAAAAATATCAACCTGAAGATTGCGCAGGCATGTAAGGCTGAATTAGAGAAGC 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TTCACATTTAAATAAGTATCTTGTTGTCCTGCAAAACTCGCATCAGGTAGATCTTCAGCTGTTGCAGAGCTGCGCACTGCCACATCAGCTTCTTTCATACCATATTCTCCACTCAAAATTTCATATGCTTGAAAAATCTCTTTGCGTAAA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
AAACTTTTAATAAAGCAGAAAAAAGCTTTAAATTATTCTGATAAATGGCAACTTGATGGCAGTTTAGCAAAAGGCGCAGCCATGAATAACGATAACATGAAGTTATACCTTAGAGCGTTTAACAGTGAATGTGATGTATTGATTTCAAAA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
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TTCGATAAATACTCTCATTCGCCGTCGCAGGCTATCGACGTGCTGGAAGTTGCAATATTCGGCGAGGATGAATCTTGCCGCGCCGCCATGCTCGCAGCCGCCCCGCAGCTACCCGGCAGTGAACCCGCCACCGCGCCGGGTAAATGGATT 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
CTGGAATCTAACGGCGATCTGTATAACTGCGATCACTTTGTTTATCCGGAGCATAAGCTGGGTAATATTCATCAGCAGAGCATCCGCGAGCTGAATAATAGCGAGCAGGCCATCGCCTTTGGTCAGACACAACAAGAGACGCTAACGGCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
TCCCCTCTGCCGTGGTCACGCGCGTGGTCAGGCTACTGATGGCCCCGGCGTTGGCGGCAATATTCACTTCATCCGTGATATCCACAAAATAGAAGTCGTCAAAATACTGAGAGCCAGACTTCAGGGAAGAGTAGATAGCCACATCAACCA 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
ACTGGAAGAGCCTTAATCTTAACGGCCCAATTGTCGATAAACACTCTACCGGCGGCGTAGGCGATGTGACTTCCCTGATGCTGGGGCCGATGGTCGCTGCCTGCGGCGGCTATGTACCGATGATCTCCGGGCGCGGACTCGGTCATACCG 克雷伯氏菌噬菌體_vB_KpnM_KB57
GTCGAAGCGAAAGACGCGACTCCGGCACAAAAAGAGATCAAAGAAATCAATGCCGGCATGTACTGTTTTAAAAATAAGGATCTTTTCGAAGGTCTGAAAAAATTAACCAATGACAATGCTCAAAAGGAGTATTACTTAACGGATCTAGCG 克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KpV52
GGGTCGCGGATCGCGCCGCCAAGGCAGGTTGCGGCCCCGCCAAACGGCTCTATCTCCGTAGGATGGTTGTGCGTCTCATTCTTGAAATTCACCAGCCATTCCTCCGTCTGTCCATCCACTTCAACCGGAACGACAATCGAGCAGGCGTTG 克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnM_KpV52
GATGAAGATGTACTATGTGGGACCGCAATGTCGCCATGAACGCCCGCAAAAGGGCAGAATGCGTATCTTCAATCAGTTTGGTGTTGAGGTCATCGGTGCCAAAAGTCCGTTGCTGGATGTGGAAACGATTGCACTTGGATGGTCGTTTAT Klebsiella virus 0507KN21
AGCCCATTGGCGGAACTGGACTCCACGCGGGTTACGGATGCGGAATCCTACTGCAAGAATCATTTCGAGCGAGTAGAATTTCACGGAGTATTGTTTGCCATCGGAGGCAGTTGTAAAGAAATCCTTTACAACTGAATTGTATAACAATTC Klebsiella virus 0507KN21
AAACATAACACCCTGCTGATCAGTGCCGGTTCTACGTTCTACGGCTGCGCGGCACTGGTGAACATTCCGCCGTCGCTGTTTGCATCGTGCCCGCTTATCACCGCATTCGGCGCAACGTTCCAGAATACCGGCGTGGTGGAAATACCGGAA 克雷伯氏菌噬菌體K5
GGTCCAGCTCCAGTTCTCCCCCAAGAAGCCGCAGCAAGGTGGTCTTCCCTGCCCCGTTGATCCCCACCACCCCAATCTTTTCTCTGCCTTTTATCTCAAAATCAATGTGGGACAGCACCTGAATCCCTCCCAGGGAGATCGGAAGAGCAC 克雷伯氏菌噬菌體K5
CAGTTCTGCCGACCAGCGATAATCACCTTGCTTGTTCGCTTCTTGCGCCAGGTTGATGACGCGGGCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATA 克雷伯氏菌噬菌體K5
ATATACATCAAACGATATACCCAACTCCTCAAACGAGTCCTTGATTATCTTGTGGTAGCGGTCAACGATATCCTGTGGAGTCACACCCTCGCGGCGTGCCTTTATAGTGATAGGCACACCGTGCTCGTCGCTTCCGCCTACCATCACAAC 克雷伯氏菌噬菌體K5
CGCATGATTGACGAACTTGCCAAGGAGAGCAGGAACAGAAGTATGAACGACAAGAAGCGGAAGGATGAATAGTAAACTAACACATGGCTCTCTGTTCAGCGGCATTGGTGGTCCAGAAATAGCTGCTGAAATGATGGGCTGGAAAAACGT 克雷伯氏菌噬菌體K5
AGTATGAAGAGATAAGATGCAAGCCAGATTTAATCGAGCCTTTTCACCGCCGGAGAACTTATGATAGGAGCCACAGTCAATGCCGTCGCGCATCACCTGAACTGAAATCTTATCTCTCAGCTTACCAGTCTTGGTTACAGTGAATCCTTC 克雷伯氏菌噬菌體K5
CAAGCCCCAAACAGGTCCGCCATGCTGCCCACAAAGATGCGCTGGGGCTTCTTCATCTGGGCAGGGTCCCCCAGGCGGTAGCGGTGCAAGGTGGGCTTGAAGCCGAAGGGGAAGGGGGCGACCACCTCCTTGCCATTCTTCCTGAGGACA 克雷伯氏菌噬菌體K5
CCATCCGTAAGCGGTTCTTCATGGTGATGCGCTGCGATGGGAAGCCGATTGTATGGCCGGAAGCCACTCATGGAGATCCGAAATCACCGGCGGTGCTAGCTGGCAAACTGGCACCATGGCGCACAGCTGCGGAATGCATCGACTGGTCCA 克雷伯氏菌噬菌體K5
CGCCTGGCCGATACGATCCAGACGACCAATACGCTGCTCCAGTAGATCCGGGTTGAATGGCAGGTCAAACATCACCATGTGGCTGGCGAACTGGAAGTTACGTCCTTCAGAACCGATTTCTGAGCACAGCAGTACCTGTGCGCCGGTGTC 克雷伯氏菌噬菌體K5
CTCCTTCGATATAAATATTCTGCGTCTCATCCCAGTTTTTAGACTTTTCTTTATTTGGTTTTAAAGTCGCAGTGGTTGGTTGTTGAGCTAACTTCATTGCTTGTTTTTTACCGTTCCACGTAAAGTTATATCGCTCGGGAGAATCATCTA 克雷伯氏菌噬菌體K5
AGCCCCATCTCTTTCCCGAGCTTACGGTGGTCGCGCTTCTTAGCTTCCTCAAGAAGAGTGAGGTATTCATCGAGCATCTTTTTCTTTGGGAAAGTGATGCCGTATACTCTGACGAGCTGTCCTCTCTTTTCGTCACCGCGCCAATAAGCG 克雷伯氏菌噬菌體K5
ACCCACTCGCCTCCCCAGCCGACGACCGAGGAGATGCCCCGCTCGTTGAGCTGGTTCGCGGCCACCTGGTCGAACCCGCGGCTCTTGGAGCCCTCGGCGAAGCGCTGGCGCACGACGGGGACGGCGCGGTTGCTCCACCCCTCGAAGGGC 克雷伯氏菌噬菌體K5
CACGCCTTTGCCTCGGCCTCGGTCTTACCGTAACAGTGCAGGGTGCGTTTTTCTCCGTCCGGATCGCCAATCTCCACCTTGATTTTCTTTTTGTTGTCGGGTTGTAGGCTAACCACTTTCAGCTTAATTTTCACGTCCTCGGCTTTCTGT 克雷伯氏菌噬菌體K5
ATAGCCACTATGATTGTAGTAGGGCTATATTTATTACCGATATTGTTTTGAACAATTAAAACTGGTCTAACTCCTCCTTGTTCAGAACCTACCGTAGTTTCCAGATCAGCATAATAGATTTGACCTCTTAGTATATGATTGTACATATCG 克雷伯氏菌噬菌體KP34
GTCTCAAAACGTTCGCCGTTGTTATTGTTTACAATCTGCACTTTCTCACCGGCAATCAAATTTGCAGCATCCATCAGATCTTCATCGATAGTAATGCTACCCATATAATTCAAATTAGCTTCCGTCACACGTACACAGTGCAACTTTGAC 克雷伯氏菌噬菌體Matisse   
CGACCAGACAGCCTACCAGCAGCGACAGGCGCGCGCCGTACATCAGGCGCGACAGGATATCGCGGCCAACGTCATCGGTGCCGAGCAGGTGGGACATGCTGCCGCCCTCCTGCCAGAACGGCGGAGCCAGCAGCGCATCGCGGAACTGAT 克雷伯氏菌噬菌體PKP126
ACACCTTCCCAGGCAAGGCTTGAGTGGCCTCAAACTCCAACAGTCATCCCCACCCAGCACCCATTGAGACGCTGGGGTGCCTTGCCACATGGCTACGTGGAGATGTATTCAGGGAAACACTGAATGAGCCAGGATGGAAGCAGAGTCCAC 克雷伯氏菌_噬菌體 F19
TGTCCTGTGGACAGACAGATATGCACCTCCCACCGCAAGCGGCGGGCCCCGACCGGAGCCACTTTAGTTACAACACTCAAATACAACCACCAGAAAAACCCCGGTCCCGCGCAGAACTGAAACCACAAAGCCCCTCCTCATAACTGAAAA 克雷伯氏菌_噬菌體F19
ATAATAATGACCACTCTGTTTTCAGGGTGGTTTTTTATTTAAGCCGATCAAGCTCAATTTTTAGGAAAAGGGCCTTAGATATGGTTAAATAAGAGTAAAAAGGAGATTTGCGATGAAAGATGAGGTAAAGTGGCGCCAGAAAAATTTATT 克雷伯氏菌_噬菌體 F19
TGCCCCTGCTTAGCTGTGCGGCGACGGCATTGTAGTCAAGCGAGGCGAAGCCGAGGAGAGACGTGGTCATTTCCCTGTCGAGCGGGAACGAGTTTCCGTACCCTGCGGCCGAGCCGAGAGGATTCTGGTCCGTTACATTATATGCCCCGT 克雷伯氏菌_噬菌體F19
TTCTTTTTTCTCATACTGTTTATCCTTTCGACAATTGTCAATTTATATTTTCACTTTACATTTCCAAATAGACAATGTAACTTATACTCATTGCCCCCCACAATCATAATACCGTCAATATAATTGTGTAGTTTTAAGCAACCGATTGTG 克雷伯氏菌_噬菌體F19
AGATAGGATACTAATCATTGCTGGAATAACAACTTTCCTTTGTTCCTCTAAACATCTGAATTTCTTATTTTTCTCCTGTTCAAATGATAAGCATACAAAATATAATTTATCTAAACATAAAAAATAAAAAGCAAAAATTCCCTTAGGTTT 克雷伯氏菌_噬菌體F19
CATTGGCTTGAGGCAACTGCGCCCATTGATCGGGGCTGGAATACCCTGCTGAATCTGCGTTCATGGGCAATGGTCGGCAGCGGCCTCGTGGCAATATGGTCAGTTCGTCATCCGCGCTTTTTGATGCGCTGGGCAAAACGCAGCCTCGGT 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
ACTATTCTGCAAATTAAGGGTTCATTATTTGTTGGTCAGTTGTTGCTTTCCACTGCAAGGCTTTAAAAAATAAATAAAGGTATCTTCAGAATTCCAACATTTGGAATTTGAAGATACCTTTTTAGTTTCCTTATAAATTAGGGGGTGTAA 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
GGCAGCGGCGGACCACAGTTTCGCGGCGACGTGGCGGTGAAGGGCGATCGAATTGTGGATATGGCCCCGGCGCTGAACCTGGCGGCGGAGCAGGTGATTGACGGGCAGGGGCGCGTGCTGGCTCCCGGATTTATCGATGTGCATACCCAT 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
GGAAGGCGTGGCGCGGCCTGGGCTTGGTCGCATGGATGACGACGGGGTCGGGGTGGTCCGGCGATGGAGGCGGGGCAGAGGACGGGCGGGGCAGGGGAGCGCCGGCGAGCTGCGGTAGAAGATGGCCGGGTCCAGCGAGAGCTCCTGTAG 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
ACCCGGGATCAAACCTACAACCATATCCCACATGGTAGCGGGAGTACCGTTCACATTAATCAGTTCGCTTGCACCCGGAGCGGCTGTAGCAGCCTGTCCCAACATCGTAGCGCCGGTAAAACCGTCCACTACCTGTCCGCCACCGATACC 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
ATCTCATCTCTTAATAGTTCATTAATCAATGTCATTTCATTCATAGGCATGATCAGTGAAAAAAGACTGGAAATCATAAGAGATAATGACATTACAATAAATTCTTTTTTTTCATGAAATGATAGTTTTTGAGCTCGTTCACCTTGCAAC 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
ATGCACTCTTTTTTGCGCAAAAAGGGCTACGCGTGGAATTTATCGACCTTGATACCACCACAGTTACGACTGATAAGAAGTGGTTGATCTGTATTTTAGAGCAATTGATCTTCAATGCGATCAAATATACCAACACTGGAACGATCACGT 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
CATTGGCTTGAGGCAACTGCGCCCATTGATCGGGGCTGGAATACCCTGCTGAATCTGCGTTCATGGGCAATGGTCGGCAGCGGCCTCGTGGCAATATGGTCAGTTCGTCATCCGCGCTTTTTGATGCGCTGGGCAAAACGCAGCCTCGGT 克雷伯氏菌噬菌體Sugarland
表7： 小鼠糞便巨集基因組資料中分類為克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260 (NCBI: taxid 1912318)、克雷伯氏菌_噬菌體_K64-1  (NCBI: taxid 1439894)、克雷伯氏菌_病毒_0507KN21  (NCBI: taxid 2169687)、克雷伯氏菌_噬菌體_KpV71(NCBI: taxid 1796998)和克雷伯氏菌_噬菌體_Matisse (NCBI: taxid 1912318)的序列
VMT之後的樣品的全群落宏基因組中的克雷伯氏菌病毒（靶向細菌肺炎克雷伯氏菌）序列 備註
ATGCCGCTCGGAATTTGGAGCTTGGCAACGATTTCGTTAAATTTGACGCAACGTTTAACGGTGTCGCTGAAAGTATTCAGGTTCCCGTCGGCAACATAGAGGCGGTGTTTGTCAGAGAGACCGGCTTTGGCATCCCGTTCGAGGTCAAAC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
CTTCGGCAGTACAATATCAGGATTTCCCGGCAGCTTCCTTACCTGAACGCGGAAACGCAAACCTCGTGAGAAAAGATACTTCCGCACAATCAGTTCCGGTTTGGTATCCTTTCCCTTGATAGCCGCCATACAGCGGCTACGCTGCTCCGG 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
TACAGGCACTGTTTTTGGCCGCGGTTCCCGATCAATTCCTTTGCAAGCTTCAGCCGTTGTCCTTCACCGCCGGATAAGGTAGTCAAAGGCTGGCCAAGCTGCAGATAGCCAAGTCCCACATCCTGCAATAGAGCCAAGATTCCCGTGATC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
TCTTCAAATCGGAGACTCAGGAGACGTAGACCTTTTTATCCGAACCAGCTCTGAAAGCCGCATTAGTAATTTTCTCTTGTGGGAGCTTGCCTATAGTGAGCTCTACTTTACCTCCGTTTTATGGCCGGATTTTGGTAAAAGAGAATTTA 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
ACCATCAACTAAGAGATAACGGTAGCTAAAATCTTGCGCCATCCGGACCATCGATTCATAGATCGCCGAGTCCCCATGCGGGTGGTACTTACCCATAACATCCCCAACGATCCGGGCTGATTTCTTATATGGTTTATCCGGAGTCACACC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
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AACGATTTCGTTAAATTTGACGCAACGTTTAACGGTGTCGCTGAAAGTATTCAGGTTCCCGTCGGCAACATAGAGGCGGTGTTTGTCAGAGAGACCGGCTTTGGCATCCCGTTCGAGGTCAAACTTAAACCTGACCAAGAACCCGCGCCC 克雷伯氏菌_噬菌體_vB_Kpn_IME260
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CGACGTTATAAACAATGTGTTCTGCACACTCTTCTAAAGTGAAAAAATCATAGAAATACTGCCGAAATTCTTCTAACCATTCCTCTGTGAAATATTCTGGATCAAGTTCAACTTTTACTTTGTCACGTCTTACTAATTCAATTTCAAATT 克雷伯氏菌_噬菌體_K64-1
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CGATTTTCGCCCGTAGCTCGGCAATCTCTTTGCGCAGCCGCTCCTCCTCCAGCAGCTGCGCCGGTTCGCTTTTGCTAATACTCTCCAGATCTTCTTCCAGAGCATGCAGCTCCCGGCGCTTACCGGCGGTCATCGCCGTGCGCCGCGCCA 克雷伯氏菌_噬菌體_K64-1
AACTTCTTCCCCTTGCGTTTAAATTCAGGGAAGATAGCTCCGGTCATCGTACCGGATGAATCAAACTCCGTCGGGTAACAATTACCGGCCCGTACGATATCTACAGCCACCTTCTCCCCGGTAAGGTATGGCTTAAAGCAAATACCACCA 克雷伯氏菌_噬菌體_K64-1
GCCCCCGGATTCGGACAGCGCGGCATCGAAGGCAAATTCTCAGCGCTCAAATGGCTTCGTGAGCACGACATACCCACGCTCGGAATATGCCTCGGTATGCAGTGTATGGTCATCGAATACGCCCGCAACGTACTCGGACTTCAGCAGGCC 克雷伯氏菌_噬菌體_K64-1
GCAGGGATCGTGCTGCAAGGGACTGAGATCAAATCGATCCGCAACAGTCGGATCAATCTAAAAGACGGCTTTGTTCGTATCCGTAATGGAGAAGACTATTTGTATAATGTTCATATAAGTCCTTATGAACAGGGAAACATTTTTAATCAT 克雷伯氏菌_病毒_0507KN21
AATATGGGAATGGTCAGCGGGATCCTGCCCGTTGTCGGCGTGCCCCTTCCCTTTATGAGTTACGGCGGTACTGCGCTTCTGATTTTAGGCATCTGCTGCGGACTGCTGATGAAAATTTCCGCCGGACGCCGCATAAAAGAATCTTTGTAC 克雷伯氏菌_病毒_0507KN21
CTATCTGCGCACCTTCCGCTTCACGGGCGACCTGTGGGCTGTGCCGGAGGGCACTCCCATCTTCCCCCGGGAGCCCTTCCTCACCGTCCGCGCCCCCGCCATTGAGGCCCAGTTCATCGAGACCTTCCTGCTGCTCACCCTCAACCACCA 克雷伯氏菌_病毒_0507KN21
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ATTCATCGCATGCAGAATACGGCGATGAACAGGCTTCATTCCATCACGAACATCAGGCAGTGCACGATCTACGATTACAGACATTGAATAGTCCAGAAAGGAGGTTTTCATTTCTTTTGAAATATCTACCTGAATCAGTTTTTCCTTATT 克雷伯氏菌_病毒_0507KN21
AGATGGGGCTGGAGGACAAGGAAAATGCCTACCCCTGCCAGCTTTCAGGGGGCCAGTGCCAGCGTGTGGCCATTGCAAGGGCATTGGCCCTGAATCCCCAGATCCTGTTCTTTGACGAGCCTACCTCGGCGCTGGATCCGGAACTGACAG 克雷伯氏菌_噬菌體_KpV71
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ACCATCAACTAAGAGATAACGGTAGCTAAAATCTTGCGCCATCCGGACCATCGATTCATAGATCGCCGAGTCCCCATGCGGGTGGTACTTACCCATAACATCCCCAACGATCCGGGCTGATTTCTTATATGGTTTATCCGGAGTCACACC 克雷伯氏菌_噬菌體_Matisse
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GCTCTGAAAGCCGCATTAGTAATTTTCTCTTGTGGGAGCTTGCCTATAGTGAGCTCTACTTTACCTCCGTTTTATGGCCGGATTTTGGTAAAAGAGAATTTAAAGAAGCATTATTGTGGTACGCATCAAGAGAAAGGCGCTTTGGTAAGA 克雷伯氏菌_噬菌體_Matisse
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應理解，在此描述的實施例和具體內容僅用於說明目的，並且根據其的各種修改或變化將被建議給本領域技術人員，並且將被包括在本申請的精神和範圍以及所附請求項的範圍內。
相關申請：
本申請要求2019年12月11日提交的美國臨時專利申請第62/946,781號的優先權，其內容藉由援引加入本文以用於所有目的。
圖1：描述選擇治療細菌感染的組合物的方法的流程圖。選擇用於治療受試者1的噬菌體的方法包括：從先前的群組中鑒定還具有與受試者1相同的細菌感染並且藉由接收來自第三受試者的FMT而治癒的第二受試者(或受試者的組合)；表徵第二和第三受試者的微生物組組成；病毒樣顆粒富集；基因組學測序/PCR以鑒定細菌和病毒組成；進行生物資訊學分析；鑒定對細菌特異的噬菌體；以及施用包含一種或多種所鑒定的所述噬菌體的組合物。
圖2：用於供體和受體的樣品收集的時間線，顯示樣品收集時間和基於來自受體的直腸拭子的CRE結果。
圖3A-3C: CRE感染的受試者和健康對照中的微生物組組成。(3A)細菌的多樣性；(3B)真菌的多樣性；和(3C)肺炎克雷伯氏菌的相對豐度。
圖4A-4F：供體和受體的病毒組成的分析，以及細菌和病毒之間的相關性。(4A)供體、受體FMT之前和受體FMT之後在不同時間的病毒組的α多樣性(香農多樣性（Shannon’s diversity）)；(4B)病毒組在目水準上的相對豐度；(4C)克雷伯氏菌在FMT後的改變；和(4D-4F) FMT後三個受體中克雷伯氏菌噬菌體的相對豐度的改變。
圖5A-5D：克雷伯氏菌噬菌體的改變。在屬(5A)普羅班多病毒(Przondovirus)(NCBI：txid1985720)，(5B)藥物病毒(Drulisvirus)(NCBI：txid1920774)，(5C)韋伯病毒(Webervirus) (NCBI：txid1920860) (在受體1和2中)，和(5D)斯洛佩克病毒(Slopekvirus) (NCBI：txid1985328) (在受體3中)中，接收FMT後克雷伯氏菌噬菌體增加。
圖6A-6C：克雷伯氏菌和克雷伯氏菌噬菌體之間的關係。黑線表示具有線性函數的回歸。
圖7A-7D：克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081) 和克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)噬菌體的改變。來自大批DNA宏基因組序列的結果。
圖8A和8B：供體以及受體FMT之前和之後的克雷伯氏菌噬菌體的相對豐度。(8A) 來自VLP DNA宏基因組序列的結果；(8B)來自大批DNA宏基因組序列的結果。
圖9：三個受體中的埃希氏菌噬菌體的改變。來自VLP DNA宏基因組序列的結果。
圖10A和10B： 供體以及受體FMT之前和FMT之後中的10種埃希氏菌噬菌體的相對豐度，其顯示FMT後受體中最顯著的增加。 (10A)來自VLP宏基因組序列的結果；(10B)來自大批DNA宏基因組序列的結果。
圖11A-11F：FMT在小鼠中去定殖碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌並重建微生物群。(A)肺炎克雷伯氏菌攻擊和FMT/VMT治療的實驗方案。 (B)與第0天相比，肺炎克雷伯氏菌的相對豐度。(C) (D) (E)治療小鼠(每組n = 5隻小鼠)的屬水準上的糞便微生物群組成。(F)使用大批宏基因組測序數據評估細菌多樣性。
圖12：用PBS和FMT處理的小鼠糞便中克雷伯氏菌病毒的相對豐度水準。
圖13：用PBS和VMT處理的小鼠糞便中肺炎克雷伯氏菌和克雷伯氏菌噬菌體之間的關係。線表示具有線性函數的回歸。
圖14：用PBS和VMT處理的小鼠糞便中克雷伯氏菌病毒的相對豐度水準。
圖15：用PBS和VMT處理的小鼠糞便中肺炎克雷伯氏菌和克雷伯氏菌噬菌體之間的關係。線表示具有線性函數的回歸。

Claims (31)

  1. 一種用於鑒定糞便微生物群移植(FMT)供體受試者的方法，所述方法包括： (a)分析獲自候選受試者的糞便樣品以檢測所述糞便樣品中一種或多種預定種類的噬菌體的存在；和 (b)當在所述糞便樣品中檢測到所述一種或多種預定種類的噬菌體的存在時，將所述候選受試者確定為供體受試者。
  2. 如請求項1所述的方法，其還包括步驟(c)將從所述供體受試者獲得的糞便材料施用於需要FMT的受試者。
  3. 如請求項2所述的方法，其中所述需要FMT的受試者患有細菌感染。
  4. 一種治療或預防需要FMT的受試者中的細菌感染的方法，所述方法包括： (a)分析糞便樣品以檢測所述糞便樣品中一種或多種預定種類的噬菌體的存在；和 (b)向需要FMT的受試者施用含有所述預定種類的噬菌體的經處理的糞便樣品。
  5. 如請求項3或4所述的方法，其中所述細菌感染是抗生素抗性細菌感染。
  6. 如請求項3-5中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由腸桿菌科中的細菌引起。
  7. 如請求項3-6中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由腸球菌屬、克雷伯氏菌屬或埃希氏菌屬中的細菌引起。
  8. 如請求項3-7中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由碳青黴烯抗性腸桿菌科(CRE)引起。
  9. 如請求項3-7中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由耐萬古黴素抗性腸球菌(VRE)引起。
  10. 如請求項3-9中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由肺炎克雷伯氏菌、變種克雷伯氏菌或大腸埃希氏菌引起。
  11. 如請求項1-10中任一項所述的方法，其中所述噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081)、KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)、KP36病毒屬(NCBI: txid1920860)、克雷伯氏菌病毒Kp15 (NCBI:txid1985328)、克雷伯氏菌噬菌體Kp27 (NCBI: txid1129147)。
  12. 如請求項11所述的方法，其中所述KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)中的噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體K5 (NCBI: txid1647374)、克雷伯氏菌噬菌體K11 (NCBI: txid532077)、克雷伯氏菌噬菌體vB_Kp1 (NCBI: txid1701804)、克雷伯氏菌噬菌體KP32  (NCBI: txid674082)和克雷伯氏菌噬菌體vB_KpnP_KpV289 (NCBI: txid1671396)。
  13. 如請求項3-12中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由碳青黴烯抗性肺炎克雷伯氏菌引起，並且所述噬菌體選自克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081)、KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)，和KP36病毒屬(NCBI: txid1920860)。
  14. 如請求項13所述的方法，其中所述噬菌體包含含有SEQ ID NOS: 1-324和333-335中任一項的核酸序列的基因組。
  15. 如請求項3-12中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由碳青黴烯抗性變種克雷伯氏菌引起，並且所述噬菌體選自克雷伯氏菌病毒Kp15 (NCBI: txid1985328)和克雷伯氏菌噬菌體KP27 (NCBI: txid1129147)。
  16. 如請求項15所述的方法，其中所述噬菌體包含含有SEQ ID NOS: 325-332中任一項的核酸序列的基因組。
  17. 如請求項3-12中任一項所述的方法，其中所述細菌感染由碳青黴烯抗性大腸埃希氏菌引起，並且所述噬菌體包含含有SEQ ID NOS: 336-384中任一項的核酸序列的基因組。
  18. 如請求項1-17中任一項所述的方法，還包括在步驟(a)之前從候選受試者獲得糞便樣品的步驟。
  19. 如請求項1-18中任一項所述的方法，其中所述候選受試者先前具有與需要FMT的受試者相同的細菌感染且現在被治癒。
  20. 如請求項19所述的方法，其中所述供體受試者藉由糞便微生物群移植(FMT)治癒。
  21. 如請求項1-20中任一項所述的方法，其中所述糞便樣品包含選自克雷伯氏菌噬菌體KP34 (NCBI: txid674081)、KP32病毒屬(NCBI: txid1985720)和KP36病毒屬(NCBI: txid1920860)的噬菌體。
  22. 如請求項21所述的方法，其中所述糞便樣品包含含有SEQ ID NOS: 1-324和333-335中任一序列的噬菌體。
  23. 如請求項1-20中任一項所述的方法，其中所述糞便樣品包含選自克雷伯氏病毒Kp15 (NCBI: txid1985328)和克雷伯氏菌噬菌體Kp27 (NCBI: txid1129147)的噬菌體。
  24. 如請求項23所述的方法，其中所述糞便樣品包含含有SEQ ID NOS: 325-332中任一序列的噬菌體。
  25. 如請求項1-24中任一項所述的方法，其中所述糞便樣品從糞便庫中獲得。
  26. 如請求項1-25中任一項所述的方法，其還包括鑒定在需要FMT的受試者中引起細菌感染的細菌。
  27. 如請求項1-26中任一項所述的方法，其中將所述糞便材料或所述經處理的糞便樣品施用至需要FMT的受試者的小腸、迴腸和/或大腸。
  28. 如請求項1-27中任一項所述的方法，其中所述糞便材料或所述經處理的糞便樣品藉由直接轉移至所述消化道而施用。
  29. 如請求項1-27中任一項所述的方法，其中所述糞便材料或所述經處理的糞便樣品被配製用於口服施用。
  30. 如請求項29所述的方法，其中所述糞便材料或所述經處理的糞便樣品在食物攝入之前施用或與食物攝入一起施用。
  31. 如請求項1-30中任一項所述的方法，其中對需要FMT的受試者進一步施用抗生素。
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