TW201814041A - 用於病毒專一性t細胞之活化及增生的平台 - Google Patents

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Abstract

本揭露內容的實施例係有關於供用於非HPV的病毒相關疾病與惡性腫瘤或非病毒相關疾病與惡性腫瘤的免疫療法之方法與組成物，諸如其中VST所編碼的一嵌合抗原受體係具非病毒性癌症專一性，及可使用病毒、病毒疫苗或溶瘤性病毒在試管內或活體內刺激VST。在特定實施例中，該等方法係有關於產生靶向HIV、EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV中的一或多種抗原之免疫細胞，包括其所具有的刺激步驟係採用IL-7與IL-15但非IL-2、IL-4或二者之方法。其他特定實施例係採用在特定細胞諸如共刺激細胞與特定抗原呈現細胞之存在下進行之刺激作用。

Description

用於病毒專一性T細胞之活化及增生的平台
本申請案係主張於2016年9月16日提申之美國暫准專利申請案序號62/395,438之優先權，該申請案在此完整地併入本案以為參考資料。 關於聯邦政府贊助的研究或開發之聲明
本發明係在美國國家衛生研究院/國家癌症研究所的3300028311與3300028312項下的政府贊助下進行。美國政府對於本發明擁有一定的權利。 技術領域
本揭露內容係至少涉及免疫學、細胞生物學、分子生物學及包括癌症醫學在內的醫學領域。
背景 抗原專一性T細胞之活化與增生需要3個訊號。訊號1需要T細胞受體(TCR)與其同源肽-MHC複合體結合。訊號2需要刺激T細胞表面上的共刺激型受體，及訊號3係衍生自細胞介素。需要約每7到14天一次的訊號來維持試管內抗原專一性T細胞之增生。在該等訊號中的任一者不存在下，T細胞將無法增生，而可能變成無反應性或死亡。尤其當活化來自癌症病患的腫瘤抗原專一性T細胞時，該等需求引發數項挑戰，癌症病患的腫瘤抗原專一性T細胞通常無反應性(沒有反應活化作用)或在其他情況下是功能異常的。
在抗原專一性T細胞的活化與增生方面，已被提及的主要挑戰包括：
1.腫瘤所引發的T細胞係無反應性。腫瘤使得循環T細胞變成無反應性，而難以在癌症病患血液中增生；及
2.若要單單增生抗原專一性CD4+與CD8+ T細胞，則需要使用在HLA第I類與第II類分子二者及共刺激型分子上表現腫瘤抗原之自體同源性抗原呈現細胞，重複進行抗原專一性T細胞的刺激作用。若刺激作用過強，則增生非專一性旁觀細胞(bystander cell)，而稀釋了抗原專一性T細胞。
自體同源性樹突細胞(DC)係強力的抗原呈現細胞，但其等的數目有限；其等不分裂，並且其等的單核細胞前體係佔血液單核細胞(PBMC)的10%以下。將需要大量的血液，方能獲得足以進行T細胞增生之樹突細胞(300毫升至1公升的血液)。
自體同源性EBV轉形的B淋巴母細胞樣細胞株(LCL)亦為極佳的抗原呈現細胞，但從病患建立LCL至少需要6個星期，並且LCL所表現的EBV抗原係具高度免疫生成性，而與較弱的EBV及非EBV抗原競爭。
本揭露內容論及與抗原專一性T細胞的活化及增生相關的各種議題，並且對於本領域使用有效的免疫療法來治療病毒相關疾病與惡性腫瘤之長期以來的需求，提供了緩解。
概要 本揭露內容係有關於涉及免疫系統細胞之方法與組成物，該等免疫系統細胞係按免疫性方式辨識特定標的。在一些實施例中，本發明係涉及建立病毒專一性T細胞(VST)(亦可稱作病毒抗原專一性T細胞或抗原專一性T細胞)，其靶向在一個體中引發免疫反應的一生物部分。在特定實施例中，本揭露內容係涉及建立VST，其靶向病毒抗原及包括病毒性疾病相關抗原在內。本揭露內容的實施例包括產生身為CD8+ T細胞、CD4+ T細胞之細胞，及產生不進行殺滅但產生一或多種細胞介素之細胞。在一些情況下，產生胞毒型T細胞的混合物，及在一些情況下，該混合物係靶向一種以上的病毒抗原，包括一種以上的病毒之一種以上的抗原在內。在特定實施例中，該病毒並非人類乳突狀瘤病病毒(HPV)。本揭露內容的實施例係有關於產生及/或增生非HPV的專一性T細胞。
本揭露內容的實施例係有關於用於提供個體療法之方法與組成物，該個體係感染非HPV病毒或罹患與HPV無關的病毒相關疾病與惡性腫瘤，包括與特定病毒相關的癌症在內。在特定實施例中，該揭露內容係有關於供用於過繼性細胞免疫治療之方法與組成物，該細胞免疫療法可靶向病毒相關的醫學病況並且對其具有治療性。
就特定方面而言，本揭露內容係有關建立靶向例如來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV的抗原之多種T細胞。本揭露內容係在對於例如來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV的抗原具專一性的T細胞株之產生方法上，提供了顯著且並非平淡無奇之增進，其中該病毒並非HPV。
在本揭露內容的一些實施例中，一個體係需要本發明的方法及/或組成物。在特定實施例中，一個體已暴露於例如EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV(該個體可能察覺或未察覺其存在)；或者該個體疑似已暴露於例如EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV，或者具有暴露之風險。在特定實施例中，該個體已罹患或疑似罹患EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV相關疾病，或具有罹患之風險；或者已接種例如EBV、CMV、腺病毒、VZV或牛痘病毒之疫苗。
在該方法的至少一部分之特定實施例中，與EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV相關的特定抗原，係以跨越特定抗原的一部分或全部之一或多種肽的形式呈現於抗原呈現細胞。可按可稱作肽混物(pepmix)之肽混合物庫的形式，將抗原肽提供予抗原呈現細胞。就揭露內容的特定方面而言，將各種肽混物匯集，以供暴露於抗原呈現細胞。在MHC分子上呈現該等抗原的抗原呈現細胞可在特定條件下暴露於末梢血液T細胞，而導致特定病毒抗原專一性T細胞之刺激作用。
在一些實施例中，提供用於刺激末梢血液細胞諸如末梢血液T細胞之方法，其中該方法係包括在介白素(IL)-7與IL-15存在下，及至少在一些情況下，在一或多種的其他細胞介素諸如IL-6及/或IL-12不存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞，其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。
對於一種非HPV病毒或對於來自非HPV病毒的一抗原具專一性之T細胞之刺激方法，係包括在IL-7與IL-15存在下，及選擇性地在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激病毒專一性或抗原專一性T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於該病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。
在一些情況下，提供用於非HPV病毒相關疾病的治療性T細胞之產生方法，該方法包括在介白素IL-7與IL-15中的一或多者存在下，及至少在一些情況下，選擇性地在一或多種的其他細胞介素諸如IL-6及/或IL-12不存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞之步驟；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV的病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中該刺激作用所產生之T細胞係對於非HPV相關疾病之病毒相關疾病與惡性腫瘤具治療性。
在特定實施例中，所提供之方法係產生用於HPV相關疾病以外的病毒相關疾病與惡性腫瘤之治療性T細胞，該方法包括在介白素IL-7與IL-15中的一或多者存在下，及選擇性地在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激病毒專一性或病毒抗原專一性T細胞之步驟；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中該刺激作用所產生之T細胞係對於一或多種病毒相關疾病與惡性腫瘤具治療性。
在一些情況下，所刺激的末梢血液T細胞係從先前的末梢血液細胞刺激作用中獲得，諸如在IL-7與IL-15存在下，及至少在一些情況下，在一或多種其他細胞介素諸如IL-6及/或IL-12存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV的病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。因此，在刺激末梢血液T細胞之前，該等方法可進一步包括在IL-7與IL-15存在下，及至少在一些情況下，在IL-6及/或IL-12存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液細胞，以產生末梢血液T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV的病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。
在一些實施例中，一或多種肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。在一些實施例中，該一或多種肽可為一肽庫，其亦可稱作該等肽之集合。在特定實施例中，該方法可產生對於EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV具專一性或對於來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV的一抗原具專一性之T細胞。在一些實施例中，該方法可增生對於EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV具專一性或對於來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV的一抗原具專一性之末梢血液T細胞中所存在的T細胞群體。
在本揭露內容的一或多種方法中所用的抗原呈現細胞係包括例如單核細胞、樹突細胞(DC)、B芽母細胞(BB)及/或末梢血液單核細胞(PBMC)。在特定實施例中，抗原呈現細胞係活化型T細胞。
在一些實施例中，對於HPV以外的一病毒具專一性或對於來自HPV以外的一抗原具專一性之T細胞的刺激作用並非第一刺激步驟。受刺激的T細胞可能是先前刺激作用的產物。在特定實施例中，對於HPV以外的一病毒具專一性或對於HPV以外的一抗原具專一性之T細胞的刺激作用，係包括在介白素(IL)-7、IL-15存在下，及在一或多種類型的共刺激細胞之存在下，用抗原呈現細胞刺激病毒專一性或病毒抗原專一性T細胞。
在一些實施例中，該方法可產生之T細胞係對於非HPV的病毒具專一性，或對於非HPV抗原的一抗原具專一性。在一些實施例中，該方法可增生對於HPV以外的一病毒或一抗原具專一性之T細胞群體。
在特定實施例中，在IL-7與IL-15存在下之末梢血液T細胞的刺激作用，係選擇性地在IL-2不存在下進行。在一些實施例中，在IL-7與IL-15存在下之末梢血液T細胞的刺激作用，係選擇性地在至少IL-4不存在下進行；雖然在一些情況下，添加IL-4，例如用以增加CD4+ T細胞。在一些實施例中，在IL-7與IL-15存在下之末梢血液T細胞的刺激作用，係選擇性地在IL-6不存在下進行。在一些實施例中，在IL-7與IL-15存在下之末梢血液T細胞的刺激作用，係任擇地可在IL-7及/或IL-15不存在下進行。在一些實施例中，在IL-7與IL-15存在下之末梢血液T細胞的刺激作用，係選擇性地在IL-12不存在下進行。在一些實施例中，在IL-7與IL-15存在下之末梢血液T細胞的刺激作用，係選擇性地在IL-21不存在下進行。
在一些實施例中，用於本揭露內容的方法中之末梢血液T細胞可存在於末梢血液單核細胞(PBMC)群體中，或從其中獲得或分離出來。群體中的PBMC可為非附著型PBMC，或者可為耗乏CD45RA的PBMC(例如，以去除Treg、自然殺手細胞及初始T細胞之組合)。抗原呈現細胞例如可為樹突細胞、B芽母細胞或PBMC。
本揭露內容的方法所包括之方法係產生用於非HPV的病毒相關疾病與惡性腫瘤之治療性T細胞。細胞刺激作用可產生之T細胞係對於非HPV相關疾病的病毒相關疾病及惡性腫瘤具治療性。在一些實施例中，提供一種產生用於HPV相關疾病的治療性T細胞之方法，該方法包括：
(i)刺激末梢血液細胞，其中該方法係包括在介白素(IL)-7與IL-15存在下及選擇性地在IL-6及/或IL-12不存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞，其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列；或
(ii)在介白素(IL)-7與IL-15存在下及選擇性地在IL-6及/或IL-12不存在下，用抗原呈現細胞刺激從(i)所獲得的T細胞，其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於該病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中選擇性地重複進行(ii)一或多次；
(iii)在IL-7與IL-15存在下，及選擇性地在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激從(ii)所獲得的T細胞，其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於該病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中選擇性地重複進行(iii)一或多次。
在一些實施例中，(i)與(ii)中所用的抗原呈現細胞係單核細胞、樹突細胞(DC)、B芽母細胞(BB)或末梢血液單核細胞(PBMC)。在一些實施例中，(iii)中所用的抗原呈現細胞係活化型T細胞、樹突細胞(DC)、B芽母細胞(BB)或末梢血液單核細胞(PBMC)。在一些實施例中，(iii)中所用的抗原呈現細胞係不同於(i)及/或(ii)中所用的抗原呈現細胞。在較佳實施例中，(iii)中所用的抗原呈現細胞係活化型T細胞。
在特定實施例中，刺激作用係在共刺激細胞存在下進行。在一些實施例中，共刺激細胞係選自由下列所組成之群組之一或多種細胞類型：CD80+細胞、CD86+細胞、CD83+細胞、4-1BBL+細胞及其組合。共刺激細胞可為CD80+/CD86+/CD83+/4-1BBL+細胞。共刺激細胞可為HLA陰性淋巴母細胞樣細胞(HLA-negative lymphoblastoid cell)。
在一些特定實施例中，本揭露內容的方法係用於產生EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV專一性T細胞。在一些特定的實施例中，本揭露內容的方法係用於產生對於與EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV相關的疾病與惡性腫瘤具專一性之T細胞。
在一些實施例中，可自一個體獲得末梢血液T細胞，該個體係已知感染或疑似感染EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV，或者接種了EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV疫苗。可自一個體獲得抗原呈現細胞，該個體係已知感染或疑似感染EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV，或者接種了EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV疫苗。
在一些實施例中，可在不將該方法所產生的T細胞暴露於活化型B細胞之情況下，進行該方法，而該活化型B細胞係先前已暴露於一肽庫。
在一些實施例中，就意欲用所獲得的治療性T細胞進行治療之一個體而言，抗原呈現細胞可為自體同源性或同種異體性。
在一些實施例中，該一或多種肽所包含的序列係對應於至少EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV之一或多種蛋白的至少部分序列。該等肽可對應於該病毒蛋白內所存在的一鄰接胺基酸序列。肽的長度可至少或不超過8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個胺基酸之長度，或具有15個胺基酸之長度。該等肽的集合可形成一庫，及該庫中的肽可與其他肽在序列上有任何適宜量的重疊，例如重疊3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14個胺基酸。該等肽所包含的序列可對應於該病毒蛋白。
可分離及/或純化藉由本揭露內容的方法所產生之T細胞，如從其他細胞中分離/純化出來。
在一些實施例中，對於已暴露於一種非HPV病毒或罹患並非源自HPV的一種病毒相關疾病之一個體，提供藉由本揭露內容的方法所產生之一治療有效量的T細胞。就一相關方面而言，藉由本揭露內容的方法所產生之T細胞係供用於治療並非源自HPV的病毒相關疾病。就另一相關方面而言，藉由本揭露內容之方法所產生的T細胞之用途，係供用於製造非HPV的病毒相關疾病用的一治療藥物。
在特定實施例中，本揭露內容的方法係涵蓋使用病毒促進經一或多種基因工程受體例如嵌合抗原受體(CAR)改造的VST之增生作用。例如，若該病毒為VZV及VST係具VZV專一性(VZVST)，則在輸注後，VZV疫苗(如ZOSTAVAX或VARIVAX)可用於刺激經嵌合抗原受體改造的VZVST之增生作用。若VST對於一溶瘤性病毒諸如腺病毒、馬拉巴(maraba)病毒或牛痘或VSV具專一性，則該溶瘤性病毒(OV)不僅可殺滅腫瘤細胞，亦可刺激對於溶瘤性病毒具專一性之經嵌合抗原受體改造的T細胞。經嵌合抗原受體改造的OV專一性T細胞(CAR-OVST)然後可經由嵌合抗原受體殺滅未受感染或轉移的腫瘤細胞。
待治療的該個體可為人類。該個體可為一病患。該個體可能已暴露於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV，或者罹患一種EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV相關疾病。該疾病可為一贅生物，諸如任何類型的癌症。
該個體可能已接受、正在接受或將接受該疾病的一種附加療法，及在適當情況下係包括一種附加的癌症療法，諸如外科手術、放射線治療、荷爾蒙療法、化學療法、免疫療法或其組合。
該個體可能確定患有並非源自HPV的病毒相關癌症。
如本揭露內容之涉及細胞刺激步驟的方法可在試管內或離體進行。“試管內”一詞係意欲涵蓋在實驗室條件或在培養中使用材料、生物物質、細胞及/或組織進行的研究。“離體”係指某事存在於或發生於一生物體之外，如在人體或動物身體之外，其可指在從該生物體所取出的組織(如整個器官)或細胞上。
在一實施例中，提供用於刺激末梢血液細胞之一種方法，該方法係包括在介白素(IL)-7與IL-15存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一或多種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。
在一特定實施例中，提供產生病毒抗原專一性T細胞之一種方法，該方法包括在IL-7與IL-15(例如≥100奈克/毫升)存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞群體之步驟；其中該等抗原呈現細胞正暴露於或先前曾暴露於一肽庫，其中該等肽所包含的序列係對應於一或多種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。
在該方法的特定實施例中，一末梢血液T細胞群體之下列一或多者的位準係低於正常位準：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞(naïve cells)；及/或3)調節性T細胞，例如當從起始的PBMC或血球分離術產物(apheresis product)中耗乏CD45RA+細胞時。在特定情況下，從其獲得的PBMC或末梢血液T細胞係進行降低下列一或多者的位準之一步驟：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；及/或3)調節性T細胞。末梢血液T細胞可存在於末梢血液單核細胞(PBMC)群體中，或從其中獲得或分離出來。可從PBMC或一血球分離術產物中耗乏下列一或多者：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；及/或3)調節性T細胞。PBMC可為CD45RA耗乏型PBMC。該群體中的PBMC可為非附著型PBMC。在特定實施例中，例如可藉由附著力或藉由其他耗乏方法，耗乏PBMC中的抑制性骨髓樣細胞。
本揭露內容所涵蓋的病毒係包括該等來自皰疹病毒科(Herpesviridae )者，或為一種痘病毒、腺病毒、多瘤病毒、慢病毒、桿狀病毒或其他溶瘤性病毒。在特定實施例中，該病毒係選自由下列所組成之群組：艾司坦氏-巴爾氏(Epstein-Barr)病毒(EBV)、細胞巨大病毒(CMV)、腺病毒、牛痘病毒及/或水痘帶狀疱疹病毒 (VZV)、HIV、流行性感冒病毒、馬拉巴(maraba)病毒、濾泡性口炎病毒(vesicular stomatitis virus)或其他任何溶瘤性病毒。
在特定實施例中， 在本揭露內容的方法中所用的抗原呈現細胞可為樹突細胞或PBMC。
在本揭露內容所涵蓋的方法中，一刺激步驟係在IL-6、IL-12、IL-2、IL-4、IL-21或其組合不存在下進行。在特定實施例中，一刺激步驟係在共刺激細胞存在下進行，諸如CD80+、CD86+、CD83+、4-1BBL+或其組合之共刺激細胞，或者其中共刺激細胞係HLV陰性淋巴母細胞樣細胞。刺激作用可在活化型T細胞、樹突細胞、PBMC或HLA陰性共刺激細胞存在下進行。刺激作用可在活化型T細胞、樹突細胞、PBMC或HLA陰性共刺激細胞存在下進行，而該刺激作用並非第一刺激步驟。對於該個體而言，活化型T細胞可為自體同源性。刺激作用可在肽混物(pepmix)、經肽混物脈衝的(pepmix-pulsed)自體同源性活化型T細胞存在下進行，在HLA陰性共刺激細胞存在下進行，或在二者存在下進行。在特定情況下，當刺激作用係在經肽混物脈衝的自體同源性活化型T細胞存在下、在HLA陰性共刺激細胞存在下或在二者存在下進行時，該刺激作用並非第一刺激步驟。在該等情況下，進行二次刺激作用，而第二刺激作用係在共刺激細胞與經肽混物脈衝的自體同源性活化型T細胞(AATC)存在下進行。
本揭露內容的方法中所用的肽庫可包含長度至少或不超過8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個或更多個胺基酸之肽。在特定情況下，該肽庫係包含長度為15個胺基酸之肽，及/或該庫中的肽可與其他肽在序列上有11個胺基酸之重疊。
在特定實施例中，藉由第一刺激步驟所產生的T細胞係進行一或多個後續刺激步驟，諸如在IL-7與IL-15存在下進行的一個後續刺激步驟。一後續刺激步驟可在活化型T細胞、共刺激細胞、IL-7及/或IL-15存在下進行。在特定情況下，在不將該方法所產生的T細胞暴露於活化型B細胞之情況下，進行該方法，而該活化型B細胞係先前已暴露於一肽庫。
在一些情況下，藉由該方法所產生的細胞係經改造而表現來自一表現載體的一基因產物，諸如經改造而表現一嵌合抗原受體、αß T細胞受體或其組合。
在特定情況下，對於已暴露於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV亦即對於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV呈現血清反應陽性之一個體，或者對於罹患EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV相關疾病之個體，提供藉由該方法所產生之一治療有效量的T細胞。就特定方面而言，該個體係確定患有EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV的一相關醫學病況。在特定實施例中，該癌症係非病毒性癌症。
在特定情況下，在該方法的一或多個步驟中不存在外源添加的IL-4、IL-2或二者。
在一實施例中，提供用於刺激非HPV的病毒專一性T細胞之一種方法，其包括在IL-7與IL-15存在下及在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激病毒專一性T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。
在另一實施例中，提供將所產生的治療性T細胞用於一病毒相關疾病或一非病毒相關疾病之一種方法，該方法包括在IL-7與IL-15中的一或多者存在下及在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激非HPV的病毒專一性T細胞之步驟；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中該刺激作用所產生之T細胞係對於該病毒相關疾病或惡性腫瘤具治療性。 該揭露內容係至少涵蓋下列各者： 1.一種用於刺激末梢血液細胞之方法，該方法係包括在介白素(IL)-7與IL-15存在下，用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於非人類乳突病毒(HPV)的一或多種病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。 2.一種產生病毒抗原專一性T細胞之方法，其包括在IL-7與IL-15存在下，用抗原呈現細胞刺激一末梢血液T細胞群體之步驟；其中該等抗原呈現細胞正暴露於或先前曾暴露於一肽庫，其中該等肽所包含的序列係對應於一或多種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。 3.如段落1或2之方法，其中IL-15的濃度係每毫升≥100奈克。 4.如段落1、2或3之方法，其中該刺激作用係在IL-6、IL-12、IL-2、IL-4、IL-7、IL-21或其組合不存在下進行。 5.如段落1至4中任一段落之方法，其中該末梢血液T細胞群體之下列一或多者的位準係低於正常位準：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；及/或3)調節性T細胞。 6.如段落5之方法，其中從其獲得的PBMC或末梢血液T細胞係進行一步驟，以降低下列一或多者的位準：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；及/或3)調節性T細胞。 7.如段落1至6中任一段落之方法，其中該病毒係來自皰疹病毒科(Herpesviridae )，或為一種痘病毒、腺病毒、多瘤病毒、慢病毒、桿狀病毒或其他溶瘤性病毒。 8.如段落1至7中任一段落之方法，其中該病毒係選自由下列所組成之群組：艾司坦氏-巴爾氏(Epstein-Barr)病毒(EBV)、細胞巨大病毒(CMV)、腺病毒、牛痘病毒及/或水痘帶狀疱疹病毒(VZV)、HIV、流行性感冒病毒、馬拉巴(maraba)病毒、濾泡性口炎病毒(vesicular stomatitis virus)及一種溶瘤性病毒。 9.如段落1至8中任一段落之方法，其中該等末梢血液T細胞係存在於末梢血液單核細胞(PBMC)群體中，或從其中獲得或分離出來。 10.如段落6或9之方法，其中從PBMC或血球分離術產物中耗乏下列一或多者：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；及/或3)調節性T細胞。 11.如段落10之方法，其中該等PBMC係CD45RA耗乏型PBMC及/或CD45RO耗乏型PBMC。 12.如段落6或段落9至11中任一段落之方法，其中群體中的該等PBMC可為非附著型PBMC。 13.如段落1至12中任一段落之方法，其中該等抗原呈現細胞係樹突細胞或PBMC。 14.如段落1至12中任一段落之方法，其中在共刺激細胞存在下進行一刺激步驟。 15.如段落14之方法，其中該等共刺激細胞係CD80+、CD86+、CD83+、4-1BBL+或其組合，或者其中該共刺激細胞係HLV陰性淋巴母細胞樣細胞。 16.如段落1至15中任一段落之方法，其中該刺激作用係在活化型T細胞、樹突細胞、PBMC或HLA陰性共刺激細胞存在下進行。 17.如段落16之方法，其中當該刺激作用係在活化型T細胞、樹突細胞、PBMC或HLA陰性共刺激細胞存在下進行時，該刺激作用並非第一刺激步驟。 18.如段落16或17之方法，其中該等活化型T細胞係與該個體自體同源。 19.如段落1至18中任一段落之方法，其中該刺激作用係在肽混物(pepmix)、經肽混物脈衝的自體同源性活化型T細胞存在下進行，在HLA陰性共刺激細胞存在下進行，或在二者存在下進行。 20.如段落19之方法，其中當刺激作用係在經肽混物脈衝的自體同源性活化型T細胞存在下、在HLA陰性共刺激細胞存在下或在二者存在下進行時，該刺激作用並非第一刺激步驟。 21.如段落1至20中任一段落之方法，其中該肽庫可包含長度至少或不超過8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個或更多個胺基酸之肽。 22.如段落1至21中任一段落之方法，其中該肽庫係包含長度為15個胺基酸之肽。 23.如段落1至22中任一段落之方法，其中該庫中的肽可與其他肽在序列上有11個胺基酸之重疊。 24.如段落1至23中任一段落之方法，其中藉由第一刺激步驟所產生的T細胞係進行一或多個後續刺激步驟。 25.如段落24之方法，其中一後續刺激步驟係在IL-7與IL-15存在下進行。 26.如段落24或25之方法，其中一後續刺激步驟係在活化型T細胞、共刺激細胞、IL-7及IL-15存在下進行。 27.如段落1至26中任一段落之方法，其中在不將該方法所產生的T細胞暴露於活化型B細胞之情況下，進行該方法，而該活化型B細胞係先前已暴露於一肽庫。 28.如段落1至27中任一段落之方法，其中該等細胞係經改造而表現來自一表現載體的一基因產物。 29.如段落29之方法，其中該等細胞係經改造而表現一嵌合抗原受體、γδT細胞受體或其組合。 30.如段落1至29中任一段落之方法，其中對於已暴露於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV亦即對於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV呈現血清反應陽性之一個體，或者對於罹患EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV相關疾病之個體，提供藉由該方法所產生之一治療有效量的T細胞。 31.如段落1至30中任一段落之方法，其中該個體係確定患有EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV的一相關醫學病況。 32.如段落1至31中任一段落之方法，其中在該方法的一或多個步驟中不存在外源添加的IL-4、IL-2或二者。 33.一種用於刺激非HPV的病毒專一性T細胞之方法，其包括在IL-7與IL-15存在下及在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激病毒專一性T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列。 34.一種產生用於一病毒相關疾病或一非病毒相關疾病的治療性T細胞之方法，該方法包括在IL-7與IL-15中的一或多者存在下及在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激非HPV的病毒專一性T細胞之步驟；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中該刺激作用所產生之T細胞係對於該病毒相關疾病具治療性。
上述內容已相當廣泛地概述了本發明的特徵與技術優點，以利於更加理解本發明的下列詳細描述。下文將說明本發明的其他特徵與優點，其等構成本發明的申請專利範圍之主體。本技術領域的嫻熟技術人員應理解，即可採用所揭露的概念與特定實施例作為基礎，供修改或設計用於實現本發明的相同目的之其他結構。本技術領域的嫻熟技術人員亦應理解，該等等效結構不偏離如所附申請專利範圍中所闡述之本發明的精神與範圍。當連同考量所附圖式時，從下列說明中將更加理解新穎特徵以及其他目的與優點；就本發明的組織與操作方法而言，據信該等新穎特徵即為本發明的特徵。然而，應當明確地理解，各圖式之提供僅為了說明與敘述之目的，而非意欲界定本發明之限制。
詳細說明 本申請案的範圍並非意欲受限於說明書中所述的過程、機器、生產、物質組成物、方式、方法及步驟的特定實施例。
根據長久以來的專利法慣例，本說明書及包括申請專利範圍中所用之“一(a)”與“一(an)”等詞當與“包含”一詞組合時，係表示“一或多個”。本發明的一些實施例可由本發明的一或多種元件、方法步驟及/或方法所組成，或實質上由本發明的一或多種元件、方法步驟及/或方法所組成。相對於本申請案中所述之其他任何方法或組成物而言，預期本申請案中所述之任一方法或組成物皆可實施。
本揭露內容係有關供用於需要EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV專一性T細胞的個體之治療性T細胞之產生與用途，包括在一個體中用於治療與該等病毒中的一或多者相關的醫學病況。在一些實施例中，本揭露內容係有關供一種非病毒性癌症所用的治療性T細胞之產生與用途；在該等情況下，在VST中表現一或多種嵌合抗原受體，及採用疫苗接種或溶瘤性病毒而經由其等的T細胞受體刺激CAR-VST。在特定實施例中，在IL-7與IL-15存在下，在抗原呈現細胞刺激之際產生治療性T細胞，其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於導向一或多種病毒抗原之一肽庫。
就特定方面而言，本揭露內容係克服與過繼性T細胞轉移相關之挑戰。例如，為克服腫瘤所引發的T細胞無反應性，本案發明者評估了不同的細胞介素組合，及確定至少在一些情況下，高劑量的IL-15與IL-7之組合有助於無反應性抗原專一性T細胞之增生(圖2)。因而就第一刺激作用而言，在IL7(10奈克/毫升)與IL15(100奈克/毫升)存在下，藉由用重疊的肽庫(例如包含重疊11個胺基酸及跨越所探討的蛋白之15聚體胺基酸之肽混物(pepmix))脈衝PBMC，而活化抗原專一性T細胞。本案發明者在此評估了來自數種不同病毒之抗原，以製備病毒專一性T細胞(VST)。
為了克服抗原呈現細胞的一個問題，本案發明者評估了一種抗原呈現細胞複合體，其中經肽脈衝的自體同源性活化型T細胞提供訊號1(T細胞受體(TCR)與其同源肽-MHC複合體結合)，而一種HLA陰性LCL提供共刺激作用(訊號2)。一種任擇的人工共刺激型細胞株係HLA陰性K562細胞株，其通常經改造而表現例如CD80、CD86、CD83及4-1BB配位體。在該情況下，係在一種不同細胞類型上，按反式提供共刺激作用。在該等情況下，必須不存在HLA抗原，因為該等分子係強力的抗原並可活化同種異體專一性T細胞，而EV-LCL自然地表現一系列的共刺激分子。
該策略可引發刺激性抗原專一性VST之對數增生作用。因為在一些捐贈者中，該策略強力地增生了自然殺手細胞，因此本案發明者亦引入一個耗乏步驟。例如，可耗乏PBMC中的CD45RA+ T細胞。這不僅耗乏自然殺手細胞，亦耗乏初始T細胞與天然的調節性T細胞。從CD45RA耗乏型PBMC所產生的VST具有較高的抗原專一性，所顯示的增生倍數較大，及所具有的自然殺手細胞數目最少。此外，就一些個體而言，本案發明者唯有先從PBMC中耗乏RA+ T細胞時，方能產生VST。 I.病毒抗原及產生肽混物(pepmix)
本揭露內容的方法係使用對於T細胞呈現肽混合物之抗原呈現細胞。該等“加載型”抗原呈現細胞之產生係在暴露於末梢血液T細胞以進行刺激之前，及該等加載型抗原呈現細胞可由或不由進行末梢血液T細胞的刺激步驟之該個體或實體來產生。因而，在一些實施例中，對於抗原呈現細胞提供一有效量的肽庫，作為最終產生治療性病毒專一性T細胞(VST)或抗原專一性T細胞之方法的一部分。在本揭露內容的方法中，在一刺激步驟之前，抗原呈現細胞係暴露於一足量的肽庫。在特定情況下，該庫係包含跨越該同一抗原的一部分或全部之肽的混合物(“肽混物(pepmix)”)。在特定實施例中，用於抗原呈現細胞的肽並非天然的。
當所使用之庫係來自一或多種抗原的肽混合物時，該等不同的肽可來自一特定蛋白的任一部分，但在特定情況下，該等肽係跨越該蛋白的大部分或全部長度，其中該等肽的序列係至少部分重疊，以利於覆蓋該特定抗原的整個所欲區域。在一些情況下，該等肽係跨越該等肽所對應個別抗原的一或多種已知抗原決定位或域之長度。特定區域可由跨越該區域長度的該等肽所覆蓋，該區域例如包括諸如一個N端域、C端域、細胞外域或細胞內域之一區域。
衍生出該等肽之抗原可為EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV之任一類型的抗原，但在特定實施例中，該等抗原係促成胞毒型T細胞分別靶向EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV感染相關的醫學病況。在特定實施例中，該等肽係衍生自至少一類型的EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒或VZV之一或多種抗原的至少一部份，或者具有與其對應之序列。在一些情況下，肽混物(pepmix)庫所包括的肽係對應於來自單一病毒之一或多種抗原，而該等肽的序列可能覆蓋或可能不覆蓋所論及的整個抗原。在其他情況下，肽混物庫所包括的肽係對應於來自一種以上的病毒之一或多種抗原，而該等肽的序列可能覆蓋或可能不覆蓋所論及的整個抗原。肽混物可富集或不富集對應於一或多種特定抗原的一或多種特定區域之肽或對應於一或多種特定抗原中的整體之肽。
本揭露內容中所採用的肽混物(pepmix)例如可來自市售的肽庫及/或可合成產生。可用的庫之實例係包括該等來自JPT技術公司(美國維吉尼亞州史普林菲爾德(Springfield))或美天旎生物科技(Miltenyi Biotec)公司(美國加州奧本(Auburn))者。例如基於病毒抗原的已知序列，本技術領域的嫻熟技術人員將具有充分資訊而能產生對應於其等個別例示性序列之肽。例如基於來自該等眾所周知的病毒之抗原的已知序列，本技術領域的嫻熟技術人員將具有充分資訊而能產生對應於其等個別例示性序列之肽。
在特定實施例中，一庫係由對應於其等個別抗原之特定長度的肽所組成，雖然在一些情況下，一庫係由具有二或多種不同長度的肽混合物所組成。該等肽可具有一特定長度及其等的序列可有一特定量的重疊，雖然在一些庫中的重疊長度可能有所變化。在特定實施例中，該等肽的長度係例如至少7，8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個或更多個胺基酸。在特定實施例中，該等肽之間的重疊長度係例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33或34個胺基酸。在特定實施例中，該等肽的長度係15個胺基酸，而彼此間的重疊為11個胺基酸。由不同肽組成的混合物可按任何比例包括不同的肽，儘管在一些實施例中，混合物中所存在的各特定肽之數目係實質上彼此相同。雖然該等肽在序列上對於一抗原的覆蓋範圍可能是隨機及實質上甚至覆蓋一抗原的一特定區域，在一些實施例中，可富集一庫中的一或多種特定肽，例如諸如已知編碼一抗原決定位或其一部分之一或多種肽。
在特定實施例中，用於一特定抗原蛋白之肽混物(pepmix)係例如包含長度為8至10個胺基酸之所有可能的HLA第I類抗原決定位。在特定實施例中，使用更長的肽，以覆蓋一特定肽之所有第II類抗原決定位。在一些情況下，抗原決定位的長度範圍係12至25個胺基酸。 II.產生與使用治療性VST之方法 A.產生治療性VST
就特定方面而言，本揭露內容係有關建立靶向來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV中之至少一者的一或多種抗原之VST。
在產生T細胞之方法中，起初可用抗原呈現細胞刺激末梢血液T細胞，該等抗原呈現細胞已暴露於跨越至少一種病毒抗原的一部分或全部之一或多種肽。可按一庫的肽混合物之形式，將抗原肽提供予抗原呈現細胞，及可對於相同的抗原呈現細胞集合提供多種肽混物(pepmix)庫。在一些實施例中，該集合係同時包括免疫顯性與亞顯性抗原。
在本揭露內容的實施例中，產生治療性T細胞及提供予一個體，該個體係感染一病毒或具有罹患一病毒相關醫學病況之風險，而該病毒相關醫學病況係間接或直接由一病毒感染引起；或者提供予罹患一種非病毒感染性腫瘤之一個體。在產生治療性T細胞之方法中，末梢血液T細胞係在特定條件下與抗原呈現細胞混合，該等抗原呈現細胞所加載的一肽庫係跨越來自一或多種病毒之一或多種抗原的一部分或全部。在特定實施例中，就刺激步驟而言，該等T細胞係位於一PBMC群體內。
因而，雖然末梢血液T細胞的來源可為任何種類，在特定實施例中，該來源為PBMC；及在一些情況下，在該等方法中使用多種的PBMC，其中多種的PBMC係包含末梢血液T細胞。末梢血液T細胞至少可部分從PBMC分離或純化出來。在一些情況下，PBMC係非附著型；及在一些情況下，PBMC係CD45RA耗乏型(其中耗乏作用係在PBMC暴露於抗原呈現細胞之前進行)。在特定實施例中，與正常標準相比，末梢血液T細胞所具有的CD45RA陽性細胞數目較少。藉由使用技術領域中的標準方法，例如包括磁性標記與分離作用(例如使用Miltenyi® Biotec管柱或StemSepTM 磁珠)，可將末梢血液T細胞或PBMC中的特定細胞耗乏。如本申請案中所用之“耗乏”一詞，係指在末梢血液T細胞或PBMC中實質上不具有CD45RA陽性細胞。在一些情況下，“耗乏”係指相較於在原始的末梢血液T細胞或PBMC集合中之CD45RA陽性細胞數目，CD45RA陽性細胞減少了一特定百分比。原始的末梢血液T細胞或PBMC集合中的CD45RA陽性細胞數目之減少，係因為在末梢血液T細胞或PBMC集合上進行特異性操作，而移除CD45RA陽性細胞。在一些情況下，在原始的末梢血液T細胞或PBMC集合上進行操作以移除CD45RA陽性細胞之後，相較於原始集合，CD45RA陽性及/或CD45RO陽性細胞減少了至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%。在一些實施例中，可使用磁珠或塑料黏著作用，移除骨髓樣細胞。
在一些實施例中提供產生T細胞一種方法，該T細胞係靶向來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV之至少一抗原，及其一般藉由用多種抗原呈現細胞接觸多種PBMC而進行，該等抗原呈現細胞係加載來自一肽庫之肽及其係對應於來自EBV、CMV、腺病毒、牛痘及/或VZV之一或多種特定的病毒抗原。在特定實施例中，藉由該二細胞群體之接觸而得以增生T細胞。在特定實施例中，該刺激步驟係在一或多種特定的細胞介素存在下進行。在特定實施例中，該一或多種細胞介素係IL-7及/或IL-15；雖然在任擇的實施例中，細胞介素係選自由IL-2、IL-15、IL-7、IL-21、IL-12、IL-6、IL-4及其組合所組成之群組。在特定實施例中，該方法的一或多個步驟並非在IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12及/或IL-21存在下進行，雖然任擇地可使用IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12及/或IL-21。當提及存在一細胞介素時，係指存在所添加的外源性細胞介素，亦即排除存在於細胞培養物中或由所培養細胞分泌的任何細胞介素。在一些實施例中，進一步將該等肽界定為在序列中重疊而跨越一種非HPV的病毒抗原的一部分或全部之該等肽。例如，就特定方面而言，該等肽係重疊至少10個胺基酸，及特別是重疊11個胺基酸；及在一些實施例中，該等肽的長度係至少12個胺基酸或更長，及特別是15個胺基酸之長度。
納入細胞培養中之一特定細胞介素的一適當量或適當濃度之選擇，係位於本領域人員或普通技術人員的能力範圍內。舉例而言，下列係特定介白素之清單及可使用的適當濃度之實例：
介白素6(IL-6)：50至150奈克/毫升，約50奈克/毫升、60奈克/毫升、70奈克/毫升、80奈克/毫升、90奈克/毫升、100奈克/毫升、110奈克/毫升、120奈克/毫升、130奈克/毫升、140奈克/毫升或150奈克/毫升中之一者；
介白素7(IL-7)：5至15奈克/毫升，約5奈克/毫升、6奈克/毫升、7奈克/毫升、8奈克/毫升、9奈克/毫升、10奈克/毫升、11奈克/毫升、12奈克/毫升、13奈克/毫升、14奈克/毫升或15奈克/毫升中之一者；
介白素12(IL-12)：5至15奈克/毫升，約5奈克/毫升、6奈克/毫升、7奈克/毫升、8奈克/毫升、9奈克/毫升、10奈克/毫升、11奈克/毫升、12奈克/毫升、13奈克/毫升、14奈克/毫升或15奈克/毫升中之一者；
介白素15(IL-15)：5至15奈克/毫升，約5奈克/毫升、6奈克/毫升、7奈克/毫升、8奈克/毫升、9奈克/毫升、10奈克/毫升、11奈克/毫升、12奈克/毫升、13奈克/毫升、14奈克/毫升或15奈克/毫升中之一者。
下列之表1係提供本揭露內容的特定方法實施例之實例。
表1：一方法之元件實例
因而，在特定實施例中，T細胞群體(其中該群體所包含者可部分、大部分或實質上皆為T細胞或其中T細胞群體係位於另一細胞群體諸如PBMC當中)係暴露於一抗原呈現細胞群體，以產生具特定特徵之T細胞株，該等特徵係至少包括：a)靶向病毒抗原之有效性；b)多株性；c)TH1型偏移；d)分化程度最低的記憶類型；或e)其等之組合。在特定實施例中，該等細胞可為分化程度最低者，但在一些情況下，其等可能並非全部如此，而大部分可能有某種程度的分化。
在一些情況下，可進行一次以上的T細胞刺激，而該細胞群體在不同的刺激步驟中所暴露之條件可能相同或不同。在特定實施例中，第一刺激作用的條件係不同於包括第二刺激作用及/或第三刺激作用在內的後續刺激作用。在特定實施例中，該方法的第一刺激步驟所使用的抗原呈現細胞係加載肽混物(pepmix)的樹突細胞或加載肽混物的末梢血液單核細胞，及使用IL-7與IL-15，雖然在任擇的實施例中，該步驟使用選自IL15、IL-7、IL21、IL12、IL-6及/或IL-4之一或多種細胞介素。該刺激步驟可選擇性地重複進行一或多次。
在該等方法的特定實施例中，在末梢血液T細胞(或PBMC)最初暴露於肽混物(pepmix)或抗原呈現細胞之後的8至10天之間，可在第8天、第9天或第10天但不得更遲，進行PBMC的再刺激作用，而後續的再刺激作用可在第15天、第16天或第17天進行(參見作為特定實施例的一實例之圖7)。
在一些情況下，在第一刺激步驟(包括選擇性地重複進行第一刺激步驟)之後的一個刺激步驟中，在第一刺激作用後獲得之所生成的T細胞(及其等可能位於一異質的細胞群體當中)，可暴露於加載肽混物(pepmix)的樹突細胞或加載肽混物的末梢血液單核細胞及/或經肽混物(pepmix)脈衝的自體同源性活化型T細胞及/或HLA陰性共刺激細胞。通常，在第8至10天，在用經肽混物(pepmix)脈衝的AATC連同HLA-ve共刺激細胞進行之第二刺激作用後，產生充足的細胞。有時，可能需要第三刺激作用，其係使用相同抗原呈現複合體。可用於任一刺激步驟中之共刺激細胞係至少包括表現CD86、4-1BB及/或CD83之細胞，及/或HLA陰性淋巴母細胞樣細胞。在特定情況下，該等共刺激細胞可為經基因改造的K562細胞。
在一些實施例中，在該方法的步驟期間，將培養中的細胞予以改造。在特定實施例中，細胞經改造而含有表現一基因產物之多核苷酸，該基因產物使得細胞在一特定目的或功能上具有效用或更有效用，例如諸如有效或更有效靶向一特定標的及/或提高T細胞媒介型細胞毒性之功能。在特定實施例中，該等細胞經改造而表現一特定的非天然受體，使T細胞得以有效或更有效地靶向所欲的一標的細胞，諸如表現一特定抗原者。在特定實施例中，該等細胞係經改造而表現一嵌合抗原受體(CAR)等等。在該方法期間的特定時間點，該等細胞可經改造而表現一表現載體(可為病毒型(包括逆轉錄病毒型、慢病毒型、腺病毒型、腺相關病毒型等等)或非病毒型，如一種轉位子諸如piggyBac)，諸如例如在培養第2天與第5天之間將載體導入，以便該載體在具有長期重建群體潛力的T細胞中表現。在特定實施例中，該等細胞係在各次刺激作用後之約3天之內，暴露於表現載體，但在該等情況下，改造作用係發生在分化程度較高且長期潛力較低的T細胞(就特定情況而言，其係合乎需求的，諸如當基因改造細胞的長期表現並非合乎需求時，例如在轉殖基因具有潛在毒性之情況)。
在特定實施例中，該等細胞係經改造而表現靶向一癌症抗原之嵌合抗原受體，諸如EphA2、HER2、GD2、第3型磷脂肌醇蛋白聚醣、5T4、8H9、αv β6 整合蛋白(integrin)、B細胞成熟抗原(BCMA)B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ輕鏈、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎兒AchR、葉酸鹽受體α、GD2、GD3、HLA-AIMAGEA1、HLA-A2、IL11Ra、IL13Ra2、KDR、Lambda、路易士(Lewis)-Y、MCSP、間皮素、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2D配位體、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、Sp17、SURVIVIN、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、胚性癌抗原、HMW-MAA、VEGF受體，及/或存在於腫瘤的細胞外基質之其他例示性抗原，諸如纖連蛋白的癌胚胎變異體、細胞黏合素(tenascin)或腫瘤的壞死區域其他腫瘤相關抗原，或者例如經由腫瘤的基因體分析及/或差異表現研究所辨識出之可靶向的突變作用。 B.使用治療性VST
在特定實施例中，對於有需要的一個體提供藉由本揭露內容的方法所產生之細胞，以治療一醫學病況，或靶向一病毒感染或病毒相關癌症或非病毒相關癌症，其中一醫學病況尚無可檢測或已顯出的症狀。如本申請案中所用之“治療(treatment)”或“治療(treating)”，係包括對於一疾病或病理狀況的症狀或病理之任何有益或所欲的效應，及可包括在所治療的疾病或病況之一或多種可測量的標記上之甚至最微小的降低。治療可選擇性地涉及減輕或改善該疾病或病況的症狀，或延遲該疾病或病況的進程。“治療”不一定表示完全根除或治癒該疾病或病況或其相關症狀。
在揭露內容所涵蓋的方法中，使用治療性T細胞來治療由非HPV的單一病毒所直接或間接引發之病毒相關疾病，或者在其他情況下提供予對於非HPV的單一病毒呈現血清反應陽性之一個體。在其他情況下，使用治療性T細胞來治療由一種以上的病毒所直接或間接引發之疾病。在治療性T細胞的集合中，各T細胞及其子代僅對於來自一病毒的一抗原上之一肽具專一性，而在產生治療性T細胞的集合之際，即增生了集體具有多重專一性之T細胞殖株群體，例如諸如對於各病毒抗原中的多個抗原決定位具有專一性。
在本揭露內容的至少一些方法中，對於一個體，例如已知罹患或疑似罹患或易於罹患EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV相關疾病之一個體，投予一治療有效量之所產生的VST。在特定實施例中，該等細胞例如藉由注射投予，諸如靜脈內、肌內、皮內、皮下、腹膜內注射等等。在一些實施例中，VST可為多株CD4+與CD8+ VST。對於該個體而言，末梢血液單核細胞(PBMC)可為同種異體性或為自體同源性。
在特定情況下，本揭露內容的細胞係用於治療贅生物，而該贅生物可為良性、惡性，或為一種可能轉成癌症的癌前病灶。因而，可用本揭露內容的方法所產生之細胞治療之一個體可能處於癌前病灶期，及/或處於該病灶轉為惡性之後。該個體可能患有早期或晚期癌症，而嫻熟技術人員明瞭，可針對癌症的不同期程，諸如藉由使用來自早期癌症相對於晚期癌症相關抗原之抗原呈現細胞的肽，來量身訂製產生細胞的方法。在特定實施例中，該癌症可能是原發性、轉移性、復發性、難治性癌症等。
在一些情況下，在投予該等細胞之前，可確定與該醫學病況相關聯的一或多種病毒；雖然在一些情況下，並未確定病毒類型。在特定實施例中，該等EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV專一性細胞，係分別對於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV陽性個體具有活性。在一些情況下，本申請案中所涵蓋之對於該等病毒中的一者具專一性之細胞，係用針對一非病毒腫瘤的受體進行基因改造，然後輸注用於治療該非病毒腫瘤，因此該病毒或病毒抗原可用於刺激活體內的T細胞增生作用，例如藉由疫苗接種或使用溶瘤性病毒或內源性病毒。
在該方法的刺激步驟中，在抗原呈現細胞係同時加載不同病毒的抗原肽混物(pepmix)之情況下，當投予經由該等抗原呈現細胞所增生的T細胞時，其結果係取決於該個體是否曾經暴露於該病毒。例如，在特定實施例中，若一個體感染一特定病毒，則僅該病毒的專一性T細胞會發生反應，這是因為感染作用最初曾刺激T細胞對於該病毒產生反應之故。該等T細胞將在該個體中增生，然後成為記憶T細胞，及其數目將高於例如未曾被活化的另一病毒專一性T細胞。
所治療的該個體可能已知患有一病毒相關疾病、疑似患有一病毒相關疾病或具有罹患一病毒相關疾病之風險。所治療的一個體體內可能已有該病毒存在，但尚未出現該病毒相關醫學病況的任何不良症狀。在使其等暴露於非HPV病毒的環境或事件中，該個體可能面臨罹患一種非HPV病毒相關疾病之風險。
在一些實施例中，對於有需要的一個體投予藉由本揭露內容的方法所產生之細胞一或多次。只要後續投予作用可有效對抗癌症，多次投予作用之間的時間長度可為任何適宜的期間，包括數天、數星期、數月或數年。在對於該個體投予細胞一次以上之情況下，該等細胞所靶向的抗原，可能與先前投予作用中所用細胞所靶向之抗原相同或不同。例如，在首次投予細胞時，其等可靶向一病毒抗原，而在另一次投予細胞時，該等細胞則靶向一種不同的抗原，至少在一些情況下，包括靶向來自一種不同病毒的一種不同抗原。
在一些情況下，藉由技術領域中的任何適宜方式，選擇性地檢測一個體是否受到病毒感染。例如，可採用感染診斷方法，諸如使用PCR進行之DNA測試、南方印漬雜合法及/或原位雜合法，及該等方法可與或不與其他方法合併使用。
在特定實施例中，該個體的免疫功能低下(其例如可定義為一個體的免疫系統抵抗感染性疾病或癌症之能力受損或完全缺乏)。在特定實施例中，該免疫功能低下的個體例如曾接受幹細胞移植(包括造血幹細胞移植在內)；或曾接受器官移植及/或曾進行一或多種癌症治療，包括化學療法或放射線治療；或曾感染HIV。在一些情況下，該個體罹患或遺傳得到免疫不全症。在一些實施例中，對於因所罹患的疾病及/或因疾病的治療而免疫功能低下的該等個體，提供本揭露內容的方法及/或組成物。 A.艾司坦氏-巴爾氏(Epstein-Barr)病毒
艾司坦氏-巴爾氏(Epstein-Barr)病毒(EBV)亦稱為人類疱疹病毒第四型(HHV-4)，係人類皰疹病毒科(Herpesviridae )的八種已知病毒中之一種。EBV引起感染性單核白血球增多症；一些癌症類型(至少包括何杰金氏(Hodgkin)淋巴瘤、柏基特氏(Burkitt)淋巴瘤、胃癌、鼻咽癌、自然殺手細胞/T細胞淋巴瘤、瀰漫性大型B細胞淋巴瘤及平滑肌肉瘤)；及與人類免疫不全症病毒(HIV)相關的特定病況，實例包括毛狀白斑病及中樞神經系統淋巴瘤。在本揭露內容的方法中，使用該等細胞治療EBV感染或一或多種EBV相關醫學病況。
雖然EBV編碼約90種蛋白，其中的一有限部分係在EBV相關惡性腫瘤中表現。約有80個基因涉及病毒裂解循環，及約有9個基因係與病毒潛伏期相關聯。在一些腫瘤中，僅表現4個EBV基因；而在其他腫瘤中，僅表現2個。最近，已顯示一些腫瘤進行頓挫型病毒複製作用及表現早期病毒蛋白，並且亦顯示其等表現來自該裂解循環之意料之外的轉錄本。所提供的所有該等轉錄本可能編碼VST之潛在標的抗原。通常可靶向被視為EBV第二型潛伏期抗原之LMP1、LMP2、BARF1及EBNA1。然而，在一些情況下，亦可靶向早期病毒蛋白，諸如例如由BZLF1、BRLF1、BMLF1或意料之外的轉錄本諸如BXLF1/2所編碼者。 B.細胞巨大病毒
細胞巨大病毒(CMV)亦稱為人類疱疹病毒第五型，係皰疹病毒科(Herpesviridae )的一種病毒。細胞巨大病毒感染一般不會引發疾病，除非受感染的個體係嬰兒或免疫功能低下者(諸如接受器官或組織或細胞移植者，例如包括在同種異體的骨髓移植之後)。雖然藉由本揭露內容的方法所產生之細胞可靶向細胞巨大病毒的任何抗原，在特定實施例中，該抗原係前早期抗原IE1及被膜蛋白pp65。 C.腺病毒
腺病毒可引起普通感冒、喉嚨痛(咽喉炎)、支氣管炎、肺炎、腹瀉、火眼(結膜炎)、發燒、膀胱炎、腸胃炎及神經性疾病。健康個體鮮少罹患腺病毒相關的嚴重疾病或因而死亡。然而，對於嬰兒以及免疫系統衰弱或目前患有呼吸道或心臟病的人士而言，發生源自腺病毒感染的嚴重疾病之風險較高。
本揭露內容的細胞可靶向任何腺病毒抗原，但在特定實施例中，該抗原係六鄰體及/或五鄰體。 D.牛痘病毒
牛痘病毒(亦稱為VACV或VV)係引起牛的牛痘之一種痘病毒，但也提供了用有效的天花疫苗，可用藉由本揭露內容的方法所產生之細胞治療天花。雖然藉由本揭露內容的方法所產生之細胞可靶向牛痘病毒的任何抗原，在特定情況下，該等抗原係E3L、A10L/121L、H3L/093L、G5R/074R、C7L/018R、B22R/189R、D8L、E5R、E4L、f17R、A17L及/或L4R。 E.水痘帶狀疱疹病毒
水痘帶狀疱疹病毒(VZV)係已知感染人類與脊椎動物的八種疱疹病毒中之一種。VZV在兒童、青少年及年輕人中引起水痘，並在成人與一些兒童中引起帶狀疱疹(herpes zoster)(帶狀疱疹(shingle))。VZV有許多名稱，包括水痘(chickenpox)病毒、水痘(varicella)病毒、帶狀疱疹病毒及人類疱疹病毒第三型(HHV-3)。
可使用作為肽(或其序列)來源之VZV抗原係包括殼體、套膜或可溶性抗原中之任一者。具體實例係包括V抗原、S抗原、IE61、IE62、IE63、gE及ORF10。
VZV(VARIVAX®與ZOSTAVAX®)之疫苗係包括在人類引起有限感染之活減毒病毒。 III.藥學組成物
如本揭露內容，“藥學組成物 ”一詞係有關於用於投予至 一個體之一組成物。在一較佳實施例中，該藥學組成物係包含一組成物，而該組成物所包含的治療性免疫細胞係供非經腸、經皮、血管腔內、動脈內、髓鞘內或靜脈內投予，或供直接注射至一癌症中。尤其設想該藥學組成物係經由輸注或注射而投予該個體。適宜的組成物可藉由不同方式投予， 如藉由靜脈內、皮下、腹膜內、肌內、局部或皮內方式投予。
本揭露內容的藥學組成物可進一步包括一種藥學上可接受的載劑。適宜的藥學載劑之實例係技術領域中所眾所周知，及包括磷酸鹽緩衝型鹽水溶液，並且細胞可連同供輸注用的蛋白諸如人類血清白蛋白而位於適於輸注用的無菌緩衝液中。
給藥方式將由已獲得地方與聯邦相關主管機關核准的臨床操作程序決定。如醫療領域眾所周知者，用於一病患之劑量將依眾多因素而定，例如包括病患體型與體表面積。所投予的一特定劑量可位於每平方公尺為5x106 至每平方公尺為5x109 之範圍內。可藉由定期評估來監測進展。
在涉及產生抗病毒抗原的VST之本揭露內容的特定實施例中，本揭露內容的方法在臨床方面係與有效治療一或多種病毒相關醫學病況之其他藥劑併用。 IV.本揭露內容之套組
在一套組中可包含本申請案中所述之任一組成物。在一非限制性實例中，在一套組中可包含一肽混物(pepmix)庫，可在該套組中提供任何類型的細胞，及/或在該套組中提供用於操作肽混物及/或細胞之試劑。在該套組中可包括細胞介素或用於產生其等的構件(諸如其等的編碼載體)。可包括細胞培養試劑及/或器具。該等組分係在適宜的容器構件中提供。
該等套組可包含本發明之一適當等分的組成物。該等套組的組分可包裝在水性介質中，或以冷凍乾燥形式包裝。該等套組的容器構件通常包括至少一個小瓶、試管、燒瓶、瓶子、注射器或其他容器構件，其中可放置組分，及較佳經適當地分裝成等分。當套組中具有一種以上的組分時，則該套件通常包含第二個、第三個或其他附加的容器，及可將附加組分分開放置其中。然而，可將各種的組分組合包含於一小瓶中。本發明的套組亦通常包括將組分緊密封閉之容器構件，以供商業銷售之用。該等容器可包括射出成型或吹氣成型的塑膠容器，並將所需的小瓶存放在其中。
然而，套組的組分可按乾燥粉末形式提供。當試劑及/或組分係以乾燥粉末形式提供時，可藉由添加一適宜溶劑而將該粉末重新組成。亦設想可在另一容器構件中提供該溶劑。
在一些情況下，可在該套組中包括用於檢測病毒感染之試劑及/或裝置。實例包括拭棉、刮勺、細胞採樣刷、載玻片、蓋玻片、細胞樣本收集容器等等。可在套組中包括用於病毒感染之其他藥物。 實例
呈現下列實例係為了更完整說明本發明的較佳實施例。然而，不應在任何方面將其等解釋為限制本發明的寬廣範圍。 例1 治療性T細胞之產生
在本揭露內容的一些實施例中，藉由所提供的一機制可迅速產生包括多株(例如CD4+與CD8+)VST在內之T細胞的單一製劑，其對於衍生自證實可致死的一或多種人類病毒之多種抗原持續具有專一性。本揭露內容即可適用於臨床應用，及可按“成品”抗病毒劑形式使用，包括用於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒及/或VZV者。本方法與組成物即可適用於臨床應用，並且可用於個體作為一種安全有效的抗病毒劑。
在特定實施例中，在特定的輔助性細胞介素存在或不存在下，用單核細胞所衍生的樹突細胞及加載跨越抗原蛋白之肽混物(pepmix)(重疊11個胺基酸(aa)的15聚體之肽庫)，刺激末梢血液T細胞。所產生的T細胞株可用加載肽混物的活化型細胞進一步進行增生。
在該等方法的特定實施例中，細胞介素IL-7與IL-15等細胞介素之存在對於該方法是有用的。該等T細胞株具有下列的所欲特性：多株性、多重T細胞子集呈現(包括記憶區劃)與TH1型偏移及消滅病毒標的。本揭露內容已表明可能從罹患病毒相關癌症的病患強力產生導向病毒的T細胞株。因為該技術具有可擴展性並且符合優良製造規範，該等細胞株係適用於罹患病毒相關醫學病況之病患的過繼性細胞免疫療法。
就該等方法的細節而言，在特定情況下，樹突細胞係加載病毒抗原肽混物(pepmix)庫。在該等情況下，該等細胞株可辨識一或多種病毒抗原。至少在特定情況下，T細胞之增生係在IL-7與IL-15存在下進行，而非在IL-2存在下。在該方法的條件下，各刺激與增生步驟可能在或可能不在IL-7與IL-15之存在下進行 。在一些實施例中，在用樹突細胞進行初始產生/增生後之病毒專一性T細胞的增生作用，係在共刺激細胞(CD80/CD86/CD83/4-1BBL或其他)及IL-7與IL-15存在下，採用加載肽混物之自體同源的多株活化型T細胞。當採用該等條件時，T細胞的增生速率係比該等條件不存在時更快，並且不喪失專一性。 例 2 非HPV抗原專一性T細胞之產生
就該等方法的細節而言，本申請案中所述之方法係用於產生抗原專一性免疫細胞諸如T細胞，其係對於HPV以外的病毒具專一性。在特定實施例中，該方法係至少對於EBV、CMV、腺病毒、VZV、牛痘病毒、HIV、BK及HHV6具有效用，雖然該方法也可能對於其他病毒具有效用。相較於技術領域中的已知方法，該等方法之修改解決了不足之處，諸如例如在一些病毒專一性抗原專一性T細胞株中之低頻率的病毒專一性抗原專一性T細胞及/或高頻率的自然殺手細胞。
在第一刺激作用中，在特定實施例中並不存在DC，如同本技術領域的其他方法一樣。在該方法的步驟中使用作為T細胞來源之的PBMC可耗乏特定細胞，例如諸如耗乏CD45RA+細胞。
可在特定細胞介素或其組合之存在下，進行該方法的任一步驟之細胞培養，並且該等細胞介素可能需要達到特定位準。在特定實施例中，該方法的一或多個步驟係在高劑量(100奈克至1000奈克/毫升)的IL15與IL-7存在下進行。在特定情況下，在該方法的一或多個步驟中使用共刺激細胞。雖然可使用多種的共刺激細胞，在特定實施例中，所使用的細胞係HLA陰性LCL。
圖1述及本揭露內容用於產生病毒專一性T細胞之方法的步驟。如圖1所示，在第0天PBMC(其可耗乏或不耗乏特定細胞諸如CD45RA+ T細胞)係用病毒肽進行脈衝；就EBV的一實例而言，所使用的肽涵蓋LMP1、LMP2、EBNA1及/或BARF1的一部份或全部。在用肽脈衝任一類的PBMC之第一步驟中，可能存在細胞介素，包括一或多種特定的細胞介素，包括特定細胞介素之組合。就一實例而言，在原本的脈衝步驟中係使用IL7及/或IL15，包括人類IL15(IL15H)在內。在該第一步驟中，可能存在或者也可能不存在共刺激細胞，共刺激細胞係包括經輻射照射的HLA-ve LCL在內。在第二刺激作用中，該等細胞係暴露於經肽脈衝且經輻射照射的自體同源抗原T細胞，及至少在一些情況下，亦暴露於共刺激細胞諸如HLA-ve LCL。該步驟可在或可不在一或多種細胞介素存在下進行，包括在細胞介素的特定組合存在下，諸如IL7及/或IL15，及包括IL15H在內。在持續培養一段適當時間諸如數天之後，可使用或可冷凍保存該等細胞。
如上所述，本揭露內容的實施例係增進技藝中所用的特定方法。圖2所顯示之結果係在IL-7與IL-15存在下，而非在IL-4與IL-7存在下，所產生的EB病毒專一性T細胞(EBVST)的專一性提高。
僅作為一實例，本揭露內容的方法之研發係為了淋巴瘤病患，其等的T細胞對於在其等腫瘤細胞中表現之病毒抗原無反應性。本揭露內容之方法的具體實施例增進淋巴瘤病患EBVST的抗原專一性，及藉由在一或多個步驟中至少使用IL-15而促成克服無反應性(圖3)。因而，使用IL-15而非IL-4增加了病患EBVST中的抗原專一性T細胞之頻率。然而，至少在一些情況下，在培養中曾使用IL-15之病患EBVST缺乏專一性，因而對於劑量或IL-15進行最佳化。例如就誘發非專一性T細胞之增生而言，IL-15劑量被質疑是否過高。事實上，一個最佳化研究(圖4)顯示，較高的IL-15劑量(100奈克/毫升相較於5奈克/毫升的標準劑量)更能提高專一性。圖5係顯示高劑量的IL-15增加中樞記憶性EBVST。
解決了來自一些病患與健康捐贈者的EBVST中之過量的自然殺手細胞過度生長之問題。在自然殺手細胞優先過度生長之情況下，其在特定情況下可歸因於IL-15之存在(就生長於IL-15與IL-7中的細胞株而言，自然殺手細胞群體數目似乎加劇)；及/或可歸因於使用K562cs(經輻射照射的HLA陰性K562細胞及其經基因改造而表現CD80、CD83、CD86及4-1BBL)(圖6)或使用IL15與K562細胞之組合。為解決這個問題，發展出避免過量的自然殺手細胞過度生長之條件。在特定實施例中，在T細胞活化作用之前，採用從PBMC耗乏CD45RA+細胞之耗乏作用。CD45RA係一種初始T細胞標記，也在天然的調節性T細胞與自然殺手細胞上表現，因此該耗乏作用應移除自然殺手細胞。在其他實施例中，經由將表現CD45RA的細胞耗乏，而使得CD45RO陽性細胞富集。此外，尤其在癌症病患中，該步驟應移除可抑制抗原專一性T細胞過度生長之調節性T細胞，並且也移除可成長為旁觀細胞而稀釋抗原專一性T細胞之初始細胞。可藉由任何適宜方法進行耗乏作用，但在特定實施例中，使用磁性標記與分離作用進行耗乏作用(例如使用Miltenyi®Biotec管柱)。藉由使用磁珠或奈米微泡，亦可進行藉由抗體而耗乏細胞之耗乏作用。
圖7顯示從CD45RA耗乏型PBMC產生肽混物(pepmix)活化型EBVST。如圖7所示，將完整PBMC中的CD45RA耗乏，及從第0天或第1天開始，在IL-7與IL-15存在下，在耗乏型細胞中添加第一刺激作用(S1)EBV肽混物，以產生EBVST。在第一刺激作用結束時及在第二刺激作用S2開始之際(例如在第8天與第10天之間)，EBVST係在IL-7與IL-15存在下，但在IL-2不存在下，暴露於足量之EBV-肽混物脈衝型ATC及足量的共刺激細胞(諸如K562cs細胞)，以產生所欲的肽混物活化型EBVST。圖8所顯示的結果係CD45RA耗乏作用(使用Miltenyi®管柱與GMP等級CD45RA複合型珠而耗乏來自健康捐贈者的CD45RA+PBMC)，降低了EBVST中之CD3- CD56+自然殺手細胞的頻率。在此之後，EBVST的增生作用增加(圖9)。圖10係說明在第二刺激步驟結束時，在來自健康捐贈者的EBVST進行CD45RA耗乏作用之後，EBVST的增生倍數增加。此外，在第二刺激作用結束時(例如第16天)，CD45RA耗乏作用提高EBVST的抗原專一性(圖11與12，二者均顯示健康捐贈者之數據)。CD45RA耗乏型EBVST的抗原專一性之提高，係在第三刺激作用後仍然維持(圖13)。
在淋巴瘤病患中進行CD45RA耗乏效應之特徵分析，淋巴瘤病患之選擇係因為在未經耗乏之下，其等所生長的EBVST顯示高頻率的自然殺手細胞；或者因為其等無法產生或顯示抗原專一性。圖14係顯示在第二刺激步驟結束時之五名淋巴瘤病患中的自然殺手細胞總數，表明CD45RA耗乏作用降低了淋巴瘤病患EBVST中的自然殺手細胞群體之過度生長，及該耗乏作用提高抗原專一性T細胞的頻率(藉由在第二刺激作用結束時之IFN-γ釋出ELIspot分析所說明)(圖15)。該實驗係在樹突細胞不存在下進行第一刺激作用。類似於健康捐贈者的結果，CD45RA耗乏作用提高了來自淋巴瘤病患的EBVST之抗原專一性(圖16)。淋巴瘤病患的EBVST之增生作用係示於圖17。此外，CD45RA耗乏作用增進對抗經肽混物脈衝的自體同源性活化型T細胞(aATC)之細胞溶解活性；在20：1之效應因子相對於標的之比例，觀察裂解百分比(圖18)。
圖19係說明具EBV、CMV、腺病毒、BKG病毒及HHV6專一性的多病毒專一性T細胞之產生。僅作為一實例，肽混物(pepmix)所包括的肽，就EBV而言係來自EBNA1、LMP2及BZLF1；就CMV而言係IE與pp65；就腺病毒而言係六鄰體與五鄰體，就BK而言係LT與VP1，及就HHV6而言係U11、U14及U90。如圖19所示，在第0天，所包含的肽跨越該等病毒抗原中的各者之一部分或全部之肽混物，係在IL7與高劑量IL15存在下暴露於PBMC。當第二刺激作用在第9天開始時，肽混物活化型ATC與共刺激細胞(諸如K562cs細胞)係在IL7與高劑量IL15存在下，暴露於該等細胞。當進行諸如在第16天開始的第三刺激步驟時，另一回合的肽混物活化型ATC與共刺激細胞(諸如K562cs細胞)係在IL7與IL15H存在下，暴露於該等細胞，最終產生多病毒(m)VST(D23)細胞。
圖20係顯示在該方法實施例的後續刺激步驟及之後的總增生倍數。檢視多病毒專一性T細胞的抗原專一性，及增生了對於所有五種病毒具有專一性之T細胞(圖21)。
在特定實施例中，可使用本揭露內容的方法，產生經嵌合抗原受體改造的T細胞。圖22係顯示在第一刺激作用後的VZV專一性VST之增生，再度將本揭露內容的方法與該等採用樹突細胞者比較；在DC初始化VST與PBMC初始化VST的增生作用之間，或在第二刺激作用之後的VZVST增生作用之間，並無顯著的差異(圖23)。圖24與25顯示VZV專一性VST在第一刺激作用後之第8天的專一性(圖24)及在第二刺激作用後之第16天的專一性(圖25)。在特定情況下，及不受任何理論束縛之下，該結果係因為若該等抗原不在腫瘤細胞中表現，則其等並非無反應性。
總而言之，在本實例的具體展示中，在本申請案中，將在IL4/7中用樹突細胞增生的EBVST與本申請案所涵蓋的方法相比較。如其中所示，除了免除在第一刺激作用中對於樹突細胞之需求之外，高劑量IL-15與IL-7提高了健康捐贈者與病患中的EBVST增生倍數，以及增加了健康捐贈者與病患中之EBV-抗原專一性T細胞的頻率。該策略對於多種病毒(EBV、CMV、腺病毒、BK病毒、HHV6及VZV)具有效用，也對於逆轉錄病毒所轉導的病毒專一性T細胞具有效用。最後，本申請案中所示的數據係顯示例如CD45RA耗乏作用導致範圍更廣且更高的抗原專一性，及減少EBVST中的自然殺手細胞群體。 例3 HIV抗原專一性T細胞之產生
在一實施例中，用本揭露內容的方法產生HIV抗原專一性T細胞。圖26係說明從HIV血清反應陽性捐贈者產生HIV專一性T細胞之一實施例。圖27係顯示在第二刺激作用中，用K562細胞獲致最佳的細胞增生作用。其中，在只有二次刺激作用(15至16天)+1星期的樹突細胞之後的結果。在第二刺激作用期間，在K562存在下的增生作用係高於K562不存在者。圖28係顯示在K562存在下，在僅經過二次刺激作用之後，HIV抗原專一性T細胞(HIVST)的數目即增生至具臨床價值。
圖29係顯示HIVST係具有多種HIV抗原專一性。在ELIspot分析中，藉由回應各HIV抗原的個別肽混物(pepmix)之干擾素(IFN)-γ分泌作用，而評估HIVST的專一性。在ELIspot分析中，藉由回應各HIV抗原的個別肽混物之干擾素(IFN)-γ分泌作用，而評估HIVST的專一性。所有細胞株係對於三種抗原中的所有者具多重專一性。在第一次驗證中，在第一刺激作用後觀察到等效的抗原專一性。並未因為在第二刺激作用期間添加K562而喪失專一性。在第二次刺激結束前，即顯出高劑量IL-15之優勢。就第二次驗證而言，第一刺激作用後的背景值高。在臂2(高IL-15)的GAG、POL及NEF所觀察到的專一性係高於臂1(低IL-15)。所包括的一陰性對照組係每1x105 個HIVST中的斑點少於10個。
圖30係顯示HIVST包含混合的CD4+與CD8+ T細胞。儘管有一定比例的CD4+ T細胞，但是該等細胞株主要為CD3+CD8+ T細胞。該等T細胞株含有CD3−CD56+自然殺手細胞之亞群體。在第一次驗證中，在臂1中存在相近的表現型，即較多的CD3-CD56+CD16+自然殺手細胞及較少的CD3+ T細胞。在第二次驗證中，在臂2(高IL-15)中之CD4+相對於CD8+細胞的比例較高(更為平衡及少量的自然殺手細胞)。已知CD4T細胞在有助於記憶、持續性及效應子功能方面協助CD8T細胞，因此對於針對HIV的任何T細胞免疫療法而言，使用CD4T細胞係至關重要的。雖然輸注微小百分比的CD4 T細胞可能看似有悖常理，過去曾輸注非CD4耗乏型T細胞，並且未觀察到病毒載量的顯著增加。
圖31係顯示HIVST能溶解經抗原脈衝及受到HIV感染的標的。為評估HIVST的細胞溶解專一性，本案發明者將HIVST與一組的51 鉻(51 Cr)標記的自體同源肽混物(pepmix)-ATC標的細胞一起培養。重要之處在於HIVST係具有專一性，因為未觀察到單獨存在的活化型自體同源標的細胞之裂解。使用4小時的51 鉻釋出分析，測量HIVST溶解抗原表現型標的之能力。由自體同源PHA母細胞所組成之標的細胞係用培養基或Gag、Pol或Nef肽混物進行脈衝及加載鉻。HIVST係與僅用其專一性抗原進行脈衝之標的細胞一起培養，抗原專一性係預先藉由IFN- γELIspot分析確定。
雖然已詳細說明了本發明及其優點，應理解可對本發明進行各種改變、取代及變更，而不偏離由所附申請專利範圍界定之本發明的精神與範圍。此外，本申請案的範圍並非意欲受限於說明書中所述的過程、機器、生產、物質組成物、方式、方法及步驟的特定實施例。如本技術領域的一般技術人員從本發明的揭露內容即可明瞭，若目前已有或日後研發出之過程、機器、生產、物質組成物、方式、方法或步驟所執行的功能或所達到的結果係與本申請案中所述對應實施例實質上相同，即可如本發明使用之。因此，所附申請專利範圍係意欲將該等過程、機器、生產、物質組成物、方式、方法或步驟包括在其等的範圍內。
(無)
為了更完整地瞭解本發明，現在將參照所附圖式進行下列說明。
圖1係說明本揭露內容的病毒專一性T細胞(VST)產生方法之一般實施例。
圖2係顯示相較於採用IL-4與IL-7的已知方法，本揭露內容採用IL-7與IL-15之方法的專一性提高。
圖3係顯示在IL-7與IL-15存在下生長之淋巴瘤病患EBVST的專一性提高。
圖4係顯示高劑量的IL-15提高VST的專一性。
圖5係顯示高劑量的IL-15增加中樞記憶性EBVST。
圖6係顯示在來自一些患者的EBVST中之過量的自然殺手細胞過度生長。
圖7係說明從CD45RA耗乏型PBMC產生肽混物(pepmix)活化型EBVST。
圖8係顯示CD45RA耗乏作用降低從健康捐贈者所增生的EBVST中之CD3-CD56+自然殺手細胞的頻率。
圖9係顯示CD45RA+細胞之移除提高了EBVST增生作用。
圖10係顯示CD45RA耗乏作用提高了EBVST的增生倍數。
圖11係顯示在第二刺激作用結束(在第16天)時，CD45RA耗乏作用增進了EBVST的抗原專一性。
圖12係顯示CD45RA耗乏作用增進了EBVST的抗原專一性。
圖13係顯示在第三刺激作用後，CD45RA耗乏型EBVST所增加的抗原專一性仍然維持。
圖14係顯示CD45RA耗乏作用減少自然殺手細胞群體在淋巴瘤病患EBVST中之過度生長。
圖15係顯示CD45RA耗乏作用增加淋巴瘤病患EBVST中的抗原專一性T細胞之頻率。
圖16係顯示CD45RA耗乏作用提高來自淋巴瘤病患的EBVST中之抗原專一性。
圖17係顯示CD45RA耗乏作用對於淋巴瘤病患的EBVST增生作用之效應。
圖18係顯示CD45RA耗乏作用提高對抗經肽混物(pepmix)脈衝的自體同源性活化型T細胞(aATC)之細胞溶解活性。
圖19係說明產生具EBV、CMV、腺病毒、BK病毒及HHV6專一性的T細胞(多病毒專一性T細胞)之一實施例。
圖20係顯示多病毒專一性T細胞之增生。
圖21係顯示多病毒專一性T細胞之抗原專一性。
圖22係顯示在第一刺激作用後的VZV專一性VST之增生。
圖23係顯示在第二刺激作用後的VZVST之增生。
圖24係顯示在第一刺激作用(在第8天)後之VZVST專一性。
圖25係顯示在第二刺激作用(在第16天)後之VZVST專一性。
圖26係說明從HIV血清反應陽性捐贈者產生HIV專一性T細胞。
圖27係顯示在第二刺激作用中，使用K562細胞獲致的最佳增生作用。
圖28係顯示在K562存在下，HIV抗原專一性T細胞(HIVST)僅在二次刺激作用後即增生達到具臨床價值之數目。
圖29係顯示HIVST係對於多種HIV抗原具有專一性。
圖30係顯示HIVST包含混合的CD4+與CD8+ T細胞。
圖31係顯示HIVST可溶解經抗原脈衝及感染HIV的標的。

Claims (31)

  1. 一種產生病毒抗原專一性T細胞之方法，其包括在IL-7與IL-15存在下，用抗原呈現細胞刺激一末梢血液T細胞群體之步驟，其中該等抗原呈現細胞正暴露於或先前曾暴露於一肽庫，其中該等肽所包含的序列係對應於一或多種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中該方法係包括下列一或多者： (a)該方法係在IL-4不存在下進行； (b)IL-15的濃度係每毫升≥100奈克；及 (c)該方法係包括從末梢血液T細胞中耗乏CD45RA陽性細胞。
  2. 如請求項1之方法，其中該刺激作用係在IL-6、IL-12、IL-2、IL-21或其組合不存在下進行。
  3. 如請求項1或2之方法，其中該末梢血液T細胞群體之下列一或多者的位準係低於正常位準：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞(bystander cell)之初始細胞(naïve cells)；及/或3)調節性T細胞。
  4. 如請求項3之方法，其中末梢血液單核細胞(PBMC)或從其獲得的末梢血液T細胞係進行一步驟，以降低下列一或多者的位準：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；3)調節性T細胞及/或4)抑制性骨髓樣細胞。
  5. 如請求項1至4中任一項之方法，其中該病毒係來自皰疹病毒科(Herpesviridae )，或為一種痘病毒、腺病毒、多瘤病毒、慢病毒、桿狀病毒或其他溶瘤性病毒。
  6. 如請求項1至5中任一項之方法，其中該病毒係選自由下列所組成之群組：艾司坦氏-巴爾氏(Epstein-Barr)病毒 (EBV)、細胞巨大病毒(CMV)、腺病毒、牛痘病毒及/或水痘帶狀疱疹病毒 (VZV)、HIV、流行性感冒病毒、馬拉巴(maraba)病毒、濾泡性口炎病毒(vesicular stomatitis virus)及一種溶瘤性病毒。
  7. 如請求項1至7中任一項之方法，其中該等末梢血液T細胞係存在於一PBMC群體中，或從其中獲得或分離出來。
  8. 如請求項4或7之方法，其中該等PBMC或血球分離術產物(apheresis product)耗乏下列一或多者：1)自然殺手細胞；2)可成長為旁觀細胞之初始細胞；及/或3)調節性T細胞。
  9. 如請求項4或請求項7至8中任一項之方法，其中群體中的該等PBMC為非附著型PBMC。
  10. 如請求項1至9中任一項之方法，其中該等抗原呈現細胞係樹突細胞或PBMC。
  11. 如請求項1至10中任一項之方法，其中在共刺激細胞存在下進行一刺激步驟。
  12. 如請求項11之方法，其中該等共刺激細胞係CD80+、CD86+、CD83+、4-1BBL+或其組合，或者其中該等共刺激細胞係HLA陰性淋巴母細胞樣細胞(HLA-negative lymphoblastoid cell)。
  13. 如請求項1至12中任一項之方法，其中該刺激作用係在活化型T細胞、樹突細胞、PBMC或HLA陰性共刺激細胞存在下進行。
  14. 如請求項13之方法，其中當該刺激作用係在活化型T細胞、樹突細胞、PBMC或HLA陰性共刺激細胞存在下進行時，該刺激作用並非第一刺激步驟。
  15. 如請求項13或14之方法，其中該等活化型T細胞係與該個體自體同源。
  16. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該刺激作用係在肽混物(pepmix)、經肽混物脈衝的(pepmix-pulsed)自體同源性活化型T細胞存在下進行，在HLA陰性共刺激細胞存在下進行，或在二者存在下進行。
  17. 如請求項16之方法，其中當刺激作用係在經肽混物脈衝的自體同源性活化型T細胞存在下、在HLA陰性共刺激細胞存在下、或在二者存在下進行時，該刺激作用並非第一刺激步驟。
  18. 如請求項1至17中任一項之方法，其中該肽庫包含長度至少或不超過8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個或更多個胺基酸之肽。
  19. 如請求項1至18中任一項之方法，其中該肽庫係包含長度為15個胺基酸之肽。
  20. 如請求項1至19中任一項之方法，其中該庫中的肽與其他肽在序列上有11個胺基酸之重疊。
  21. 如請求項1至20中任一項之方法，其中藉由第一刺激步驟所產生的T細胞係進行一或多個後續刺激步驟。
  22. 如請求項21之方法，其中一後續刺激步驟係在IL-7與IL-15存在下進行。
  23. 如請求項21或22之方法，其中一後續刺激步驟係在活化型T細胞、共刺激細胞、IL-7及IL-15存在下進行。
  24. 如請求項1至23中任一項之方法，其中在不將該方法所產生的T細胞暴露於活化型B細胞之情況下，進行該方法，而該活化型B細胞係先前已暴露於一肽庫。
  25. 如請求項1至24中任一項之方法，其中該等細胞係經改造而表現來自一表現載體的一基因產物。
  26. 如請求項25之方法，其中該等細胞係經改造而表現一嵌合抗原受體、αß T細胞受體或其組合。
  27. 如請求項1至26中任一項之方法，其中提供一治療有效量之由該方法所產生的T細胞至一個體，該個體已暴露於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV，亦即對於EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV呈現血清反應陽性，或者罹患EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV相關疾病。
  28. 如請求項1至27中任一項之方法，其中該個體係確定患有EBV、CMV、腺病毒、牛痘病毒、HIV及/或VZV的一相關醫學病況。
  29. 如請求項1至28中任一項之方法，其中在該方法的一或多個步驟中不存在外源添加的IL-4、IL-2、或二者。
  30. 一種用於刺激非HPV的病毒專一性T細胞之方法，其包括在IL-7與IL-15存在下，但在IL-4不存在下，及在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激病毒專一性T細胞；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，及其中該等抗原呈現細胞係耗乏CD45RA陽性細胞。
  31. 一種產生用於一病毒相關疾病或一非病毒相關疾病的治療性T細胞之方法，該方法包括在IL-7與IL-15中的一或多者存在下，但在IL-4不存在下，及在共刺激細胞存在下，用抗原呈現細胞刺激非HPV的病毒專一性T細胞之步驟；其中該等抗原呈現細胞先前曾暴露於一或多種肽，其中該等肽所包含的序列係對應於一種非HPV病毒之一或多種蛋白的至少部分序列，其中該刺激作用所產生之T細胞係對於該病毒相關疾病具治療性，其中該等抗原呈現細胞係耗乏CD45RA陽性細胞。
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