TW201414475A

TW201414475A - 使用馬賽替尼治療以預測因子所識別的癌症患者亞群

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Publication number: TW201414475A
Application number: TW102136110A
Authority: TW
Inventors: Alain Moussy; Jean-Pierre Kinet; David Piquemal
Original assignee: Ab Science
Priority date: 2012-10-04
Filing date: 2013-10-04
Publication date: 2014-04-16
Also published as: SG11201502626PA; MX2015004264A; EA201500373A1; EA037368B1; WO2014053650A1; ZA201503054B; IL238107B; US20150272945A1; AU2013326463B2; DK2903616T3; SI2903616T1; US10238649B2; KR102149483B1; JP6234466B2; CN104968347A; JP2015532296A; CA2886979C; NZ706420A; BR112015007144A2; AR092899A1

Abstract

本發明係關於一種用於治療患者患有癌症，其中所述患者以酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合而予以治療。酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，和可選擇地與至少一抗腫瘤劑的劑量方案其包含治療有效量而予以給藥。本發明係關於一種方法，用於預測一個給定的患者對所述治療的治療反應，因此而識別基於這些預測因子可適用的患者亞群，這些預測因子有時也被稱為預測性生物標記。一種方法是基於疼痛程度的臨床標記。第二種方法是基於基因表現的預測生物標記，其係以本發明的化合物(即酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼)治療前所收集外周血細胞樣本中RNA表現而予以評估。有利之處在於，本發明係關於一種用於治療罹患胰臟癌之患者患有，其中所述患者係以酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇性地與至少一抗腫瘤劑，特別是吉西他濱組合而治療。

Description

使用馬賽替尼治療以預測因子所識別的癌症患者亞群

本發明係關於一種用於治療患者患有癌症，其中所述患者以酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合而予以治療。同時，本發明也係關於一種方法，用於預測一個給定的患者對所述治療的治療反應，因此而識別基於這些預測因子可適用的患者亞群，這些預測因子有時也被稱為預測性生物標記。

肥大細胞於腫瘤微環境、腫瘤發生和癌性疼痛中的角色

腫瘤發生、病情惡化、轉移的整個過程中，局部的宿主組織的微環境是一積極的參與者，並決定腫瘤細胞增生、血管新生、侵入和存活的程度。肥大細胞於癌症中腫瘤發生的角色還不是很清楚，然而為可能地假設肥大細胞之活化性會藉由增生一些分子增強腫瘤的侵襲性的分子而促進某些癌症的生長和擴散。例如，肥大細胞為直接關連於小鼠模型中胰臟癌(pancreatic cancer)的腫瘤發生，而顯示將肥大細胞浸潤於該腫瘤微環境中可預期其預後較差，儘管肥大細胞對於胰臟癌之發展的影響的確切機制仍不明確(Chang DZ et al.,Clin Cancer Res 2011；17：7015-7023)。因此，抑制肥大細胞功能或可證明於有足夠的肥大細胞參與之抑制癌症的生長具治療效果。究竟哪些癌症將受益於針對肥大細胞活性，在很大程度上仍是未知的或有爭議的。肥大細胞是否有利於或阻礙腫瘤的發生，取決於局部的基質條件，以及是否該被釋放的中介者促進了腫瘤細胞增生或誘導惡性細胞之凋亡[(Theoharides TC,et al.,Trends Immunol 2004；25：235-41)；(Samoszuk M,et al.,BMC Cancer 2005；21：121)；(Almholt K,et al.,Recent Results Cancer Res 2003；162：31-42)；(Gooch JL,et al.,Cancer Res 1998；15：4199-205)]。此外，相同於肥大細胞為抑制或促進腫瘤生長的雙重角色，高肥大細胞數為顯示出表示乳癌、非小細胞肺癌和卵巢癌是一很好的預後指標，[(Galinsky DS,et al.Crit Rev Oncol Hematol 2008；68：115-30)；(Ribatti D,et al.,Int Rev Cell Mol Biol 2009；275：89-131)，但與皮膚癌(黑色素瘤、和非黑色素瘤、和默克爾Merkel細胞瘤)[Grimbaldeston MA,et al.,Br J Dermatol 2004；150：895-903)；(Grimbaldeston MA,et al.,J Invest Dermatol 2000；115：317-20)]，口腔鱗狀細胞癌、幾種類型的淋巴瘤、及前列腺癌[(Galinsky DS,et al.,Crit Rev Oncol Hematol 2008；68：115-30)；(Ribatti D,et al.,Int Rev Cell Mol Biol 2009；275：89-131)]等相關的癌症則為預後較差。目前仍不清楚肥大細胞密度或肥大細胞活化程度是否為代表肥大細胞與相關症狀之關鍵因素，這兩個方面不一定彼此關聯[Hermine O,et al.,PLoS ONE.2008；3：e2266]。

肥大細胞與多種疾病相關疼痛有關，並已發展為癌症疼痛中的一個要角。肥大細胞已被連接到疼痛的病理，其疼痛為主要(predominant)症狀，但卻與客觀病理研究結果不成比例，亦即表示解剖異常無法單獨解釋該疼痛，其例子包括慢性胰腺炎、間質性膀胱炎、激躁性大腸症候群等。相較於沒有疾病相關疼痛的患者而言，這些狀況中的每一個分別與胰臟、膀胱、大腸中漸增的肥大細胞數目有關。雖然癌症疼痛的病因仍不清楚，目前的認識指出在癌症微環境中，癌症和免疫細胞產生並分泌介質(mediators)，以將初級傳入疼痛感受器(primary afferent nociceptor) 予以活化和敏感。施密特等人評論癌症疼痛的機制[Schmidt BL,et al.,Mol Interv.2010 Jun；10(3)：164-78]，總結出：癌症患者所經歷的症狀，係為細胞、組織以及系統在增生、侵襲和轉移期間所發生的變化之後果，而對此進行反應的免疫系統，對於癌症疼痛也有一明確的作用。

因此，雖然有證據顯示出在腫瘤發生(與肥大細胞不同，其自身即為增生之癌細胞)以及癌症疼痛時，有非直接相關的肥大細胞活動，其異源與不同性質，卻使進一步釐清標的肥大細胞之活動如何對癌症患者有治療上的影響變得，其最好成果係為存活時間的延長。此對於已和肥大細胞的增加確立關連性的癌症像是胰臟癌，特別明確。

癌症疼痛和藥物治療控制疼痛

癌性疼痛的病因是複雜的而仍然知之甚少。癌症疼痛可為嚴重的並令人衰弱，大大降低了預期壽命為衰減的病患之生活質量。考慮到特別是胰臟癌，腹部和背部的疼痛是一顯著的併發症，有近於75%不能手術切除之胰臟癌患者在診斷時飽受疼痛，在疾病晚期更增加為超過90%的患者需經歷此類疼痛[Hameed M,et al.,Cancers 2011,3,43-60]。在胰臟癌中的疼痛可能是內臟、體細胞、或起源於神經性，並由組織損傷、發炎、導管阻塞、和浸潤所產生。內臟傷害性疼痛係由上腹部內臟傷害所引起，此部位結構對伸展、缺血和發炎特別敏感，常常會產生位置不明的瀰漫性疼痛。體感性疼痛和神經性疼痛可能由腫瘤引起而擴展到周圍的腹膜、腹膜後、骨骼，以及在後一種情況下，包括神經如腰骶神經叢(lumbosacral plexus)。

鴉片類鎮痛藥常用於癌症疼痛管理，其機制是直接作用於中樞神經系統。然而，這也可能導致不希望的副作用，例如便秘、嗜睡、眩暈、呼吸困難、身體上或精神上的依賴。世界衛生組織(WHO)出版了一本鎮痛藥給藥之標準化方法，以「階梯止痛(analgesic ladder)」的形式[可於網路上獲得：www.who.int/cancer/palliative/painladder/en/(訪查日期為2012年3月13日)]控制慢性癌症疼痛。這種模式建議，如果發生疼痛，應即時按以下順序口服藥物：「非鴉片類(nonopioids)藥物如普拿疼(paracetamol)用於輕度疼痛；然後，在必要時，溫和的鴉片類藥物如可待因可用於輕度至中度疼痛，然後強鴉片類藥物如嗎啡用於中度至重度疼痛，直到患者解除疼痛。為了平息恐懼和焦慮，應使用佐劑藥物。為維持對止痛藥的自由度，給藥應為定期的，也就是每3-6小時而不是按需要」。這種逐步的方法是基於疼痛的嚴重程度而較不偏重疼痛的病理生理過程，雖然它已被推薦用以增加可用治療模式的療效，但在癌症中的多種類型之疼痛產生過程(內臟性疼痛、體感性疼痛、和神經性疼痛)也應納入考量[Hameed M,et al.,Cancers 2011,3,43-60]。

癌症疼痛和癌症患者的生活質量的評估

為了評估和記錄癌症疼痛，臨床醫生必須選擇合適的評估工具和程序。然而，目前還沒有普遍接受的癌症疼痛評估工具，或甚至這樣的工具應該評估什麼，也尚無共識。其結果是，現有工具所使用的範圍和項目存在巨大差異，這可能會影響整體的疼痛評估的有效性，也使研究之間的比較變得困難。疼痛評估工具可能是單面向或多面向。基於文獻回顧和專家工作組的意見，一般認為，單個項目單面向工具是最常用於癌症患者的疼痛評估工具。此外，針對疼痛程度變化的簡單評估和在臨床上對疼痛程度的評估，以視覺類比量表(Visual Analogue Scale,VAS)為基礎的工具已被證明為符合心理測量的要求[Jensen,MP,et al.,J Pain 2003；4(1)：2e21]。單面向的疼痛評估工具包括數字評定量表(0為「無痛」，10是「可想像之最劇烈疼痛」)、口頭描述性量表(「無痛」、「輕微疼痛」、」中度疼痛」、「劇烈疼痛」)、或視覺類比量表(一條100毫米的直線，最左邊以錨點標出「無痛」，最右邊以錨點標出「可想像之最劇烈疼痛」，讓病患於此線上指出最能代表其疼痛的程度)。每種量表有其優點和缺點，然而，大多自我陳述疼痛程度的測量彼此密切相關且在許多情況下，尤其是已獲得明確說明和實作機會時，可以互換使用。

主觀疼痛可分為至少四個具體的因素：疼痛程度、疼痛影響、疼痛緩解，疼痛質量[Jensen MP等，Chapman CR，Foley KM主編：癌症疼痛之當前和新興的問題：研究與實踐。紐約，NY：烏鴉出版社，1993，193-218頁]。疼痛程度反映一個人受傷害的程度，並為以描述本發明為目的之疼痛的最重要因素。對於一個患者而言，疼痛程度的評等是對大小量級之估計工作。患者通常能相對較快提供疼痛程度的估計值，而各項疼痛程度的測量在統計上而言，又傾向於彼此之間密切相關。疼痛程度因此可視為一相當同質化的面向，相對而言較易為大多數人用於測量。最常用的三種疼痛程度評估方法是口頭評定量表、視覺類比量表、和數字評定量表。較不常用的測量包括行為評定量表、圖形量表、箱形量表、和描述性差異n量表[Jensen MP等，Chapman CR，Foley KM主編：癌症疼痛之當前和新興的問題：研究與實踐。紐約，NY：烏鴉出版社，1993，193-218頁]。

在關於治療結果之研究的設定中，視覺類比量表(Visual Analogue Scales)可能為評估疼痛程度時最頻繁使用的工具。視覺類比量表包括一條線，通常為10厘米長，其端部被標記為疼痛的極端值(例如，「無疼痛」至「最大可能的疼痛」)。假設一視覺類比量表沿此線都標定有代表強度之形容詞或數字於特定的點上，它被稱為疼痛程度之圖形評定量表。患者被單純地要求指出沿線的哪一點最能代表他們的疼痛強度。通常，疼痛評估員允許患者練習使用評量，以確保評估作業已被理解。自無疼痛端至患者所標記處的距離係為該患者的疼痛程度評分。有很多證據支持疼痛程度之視覺類比量表的正確性。視覺類比量表直接與其他疼痛程度之自我陳述評量，以及觀察到的疼痛行為相關連[參見詹森，1993年和其中所含的引用]。由於視覺類比量表通常以毫米為評量，他們有大量的反應類別，即評量可以被視為具有101點，使其本質上即對疼痛程度的變化較反應類別有限的評量更為敏感。研究指出疼痛程度之視覺類比量表通常(但並不總是)比4或5點之口頭評定量表對於治療變化更為敏感。

多面向疼痛評估工具(有時也簡稱為疼痛評估問卷)提供了一種臨床疼痛評量，可擷取其感官、情感等超越疼痛程度基本評量範圍的其他性質組件。理論上，多面向的工具應該較為可靠，因此用於檢測與時間或與治療有關的疼痛變化可能更敏感，然而，他們比單面向工具更為複雜且完成作業冗長。此外，因多面向疼痛或生活質量(QOL)評估工具通常旨在評估臨床試驗中與生活質量相關的健康變化，其得分只在比較環境下例如比較治療組時，才具有資訊性，因此，一個單一的個人得分不被視為有資訊性。主要多面向疼痛或生活質量(QOL)評估工具用於癌症疼痛評估的例子包括：歐洲癌症治療與研究組織之30項生活品質核心問卷(EORTC QLQ C-30)；簡明疼痛量表(BPI)和麥吉爾疼痛調查問卷(McGill Pain Questionnaire)。

特別考量胰臟癌，則歐洲癌症治療與研究組織多面向工具無疑是最適用的，雖然這還有待實踐證明。歐洲癌症治療與研究組織之30項生活品質核心問卷(EORTC QLQ C-30)是30項自我陳述的問卷，用以評估癌症患者的生活質量[Aaronson,NK et al.,J Natl Cancer Inst 85(5)：365-76,1993]。重要的是，它是輔以疾病特定模塊，包括一個特別針對胰臟癌(QLQ-PAN26)的模塊，其中包括26個相關於疾病症狀、治療副作用和情緒問題的項目。 QLQ-C30問卷已經過驗證，但QLQ-PAN26模塊的尚未經過驗證，因為其仍需在一大型國際病患群組中進行心理測試。

在一般情況下，當目標是根據該參數來評估癌症疼痛程度或分類病患時，相關於實施多面向工具相關所增加的複雜性和病患的負擔，遠大於其優點。因此，單面向的工具於仍為最適當的可用疼痛評估選項而切合本發明描述疼痛的目的。

基因表現圖譜和治療亞群的鑑定

基因組中的變化導致染色體的各種畸變是所有惡性腫瘤的特徵。除了基因突變，腫瘤的持續生長也改變基因表現的水平。基因表現圖譜是同時測量成千上萬的基因表現(即活動)，建立一特定的生理/病理樣本之細胞功能或基因「指紋」的全貌。在癌症的背景下，基因表現圖譜已經被用於更準確地分類腫瘤；此外，比較表現圖譜可以辨識哪些亞群的基因持續上調或下調。因此，自基因表現圖譜導出的資訊有可能用於進行一客觀診斷，以識別與存活率相關的基因，而提供癌前病變之風險評估，並預測對某些治療的反應。在後者的例子中，已知所述患者的基因指紋時，人們即可回答有直接臨床意義的問題，例如一個患者對一藥物產生反應的機率。

胰臟癌(pancreatic cancer)概述

胰臟包含外分泌細胞(涉及產生用於消化食物的重要酵素)及內分泌細胞(產生激素如胰島素)。外分泌和內分泌細胞皆可形成腫瘤，其中以胰臟之外分泌細胞形成的腫瘤更為常見，並且預後更差。胰臟外分泌腫瘤絕大多數是腺癌(adenocarcinomas)。胰臟內分泌腫瘤(也被稱為胰島細胞瘤)是很不常見的，且大多是良性。

外分泌胰腺的癌症(以下簡稱為胰臟癌pancreatic cancer)是一種嚴重威脅生命的狀況。在大多數情況下，在疾病的早期階段是無症狀的，且只有少於20%的胰臟癌適合進行手術。接受腫瘤切除手術的患者中，只有20%患者將可存活至5年。胰臟癌的早期診斷非常困難，因為症狀各不相同，都是非特異性的。症狀主要是由質量效應(mass effect)造成，而非外分泌或內分泌功能的破壞，並取決於腫瘤的大小和位置，以及是否出現轉移。起始於胰臟頭部的癌症，係位於膽總管附近。這些癌症在其仍然相當小時即會壓縮到管道，這可能導致黃疸並讓這些腫瘤在早期階段被發現。若癌症起始於胰臟體部或尾部時，則不會壓縮到管道，直到他們已經散佈整個胰臟。到了這個時候，癌細胞可能也已經擴散至胰臟外，通常是肝臟，這也常會導致黃疸。所有常與胰臟癌相關的症狀可以有多個其他原因，進一步複雜化診斷的後果是，經常在確診時已是晚期的胰臟癌了。此外，具有醣類抗原19-9(CA19-9)之高表現量的侵襲性和轉移性胰臟癌對現有的化療和放療反應不佳，而美國東部腫瘤合作小組(Eastern Cooperative Oncology Group；ECOG)評分2的胰臟癌也與預後較差相關。轉移和局部晚期疾病患者在過去的幾十年裡死亡率仍居高不下，患者接受標準治療的確診後中位存活率分別為3-6個月和9-12個月。整體(overall)而言5年存活率低於5%。

胰腺癌(adenocarcinoma pancreatic cancer)的治療

胰臟癌的治療視其癌症的期別而定，如表1中所述。發病時侷限於胰臟且與周圍血管清楚地分開(即它是局部的、可切除)，選擇的治療方法是手術並結合術後化療和/或放療。當疾病包住或壓迫周圍的血管，或已延伸至相鄰的結構(即，局部晚期及不能切除者)，建議化療和/或放射治療。在少數情況下，當病人對治療反應良好，腫瘤可能隨後以手術切除。當疾病已經擴散到遠處器官(即轉移)，則建議化療。在大多數情況下，這些治療並不代表治癒。

化療可用於晚期不能切除癌症(局部晚期或轉移性)的患者，以及患者手術後之局部病灶，甚至作為一新輔助治療，用於在術前使腫瘤縮小。幾十年來，5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil；5-FU)是針對轉移性胰臟癌，使用最廣泛的化療藥物於，直到一項隨機研究顯示吉西他濱(健擇® Gemzar®，法國禮來Lilly公司)比5-氟尿嘧啶(5-FU)對症狀有益並延長生存期。吉西他濱，胞嘧啶(cytidine)核苷類似物，如今已成為局部晚期、不可切除、或轉移性胰臟癌患者之標準化全身性治療。然而，對於吉西他濱作為單一藥劑的療效仍需保持審慎，其隨機試驗中的中位存活率約6個月以及約20%的患者有12個月的存活率。吉西他濱的抗代謝物(CAS號碼95058-81-4；(4-氨基-1-[3,3-二氟-4-羥基-5-(羥甲基)四氫呋喃-2-基]-1H-嘧啶-2-酮鹽酸鹽)會於DNA複製過程中取代胞嘧啶而導致腫瘤細胞凋亡。吉西他濱的化學式如下式：

時至今日，許多臨床試驗已經探索了吉西他濱與其它細胞毒性和/或生物性標靶化合物的組合，但結果幾乎普遍是令人失望的，與吉西他濱單藥治療相比，顯示出很少或沒有效益。胰臟癌的成因，尚未被好好理解，但胰臟癌細胞和正常細胞之間的差異已被揭露，更新的藥物正試圖利用這些差異而攻擊特定目標。因此，越來越多的注意被導向生長因子的作用。多種生長因子和它們的受體於胰臟癌的進程中過度表現，如上皮生長因子(epithelial growth factor；EGF)，血小板衍生生長因子(platelet-derived growth factor；PDGF)，纖維母細胞生長因子(fibroblast growth factor；FGF)，血管內皮生長因子(vascular endothelial growth factor；VEGF)。細胞質酪氨酸激酶取消調控(deregulated)之表現也與預後不良及化療藥物抗性相關連。特別是，吉西他濱於胰臟癌的抗藥性往往與涉及腫瘤轉移之一種蛋白質粘著斑激酶(focal adhesion kinase；FAK)表現量高有關，而Src家族激酶(SFK)，包括SRC和Lyn的表現量及活性之提昇，經報告也出現在許多人類腫瘤細胞株和腫瘤組織中。此外，有證據指出發炎細胞的補充，包括藉由肥大細胞浸潤，會透過生產強化腫瘤侵襲性的，而利於癌症的生長和擴散。

表皮生長因子受體(EGFR)是幾種正在開發中藥物的標靶，包括厄洛替尼(erlotinib，得舒緩® Tarceva®)與吉西他濱的組合已被核准作為不能切除之胰臟癌患者的第一線治療。這種組合已被發現於臨床試驗中可緩和地延長存活率，其總存活率中位數(6.24個月)較吉西他濱單獨治療的時間長2週(5.91個月)，1年存活率為23%(吉西他濱單獨治療方式與其相比為17%，P=0.023)[Moore MJ,et al.,J Clin Oncol.2007 May 20；25(15)：1960-6]。

一多中心隨機第2/3期試驗已進行四藥組合化療方案 (FOLFIRINOX)(包括亞葉酸鈣leucovorin calcium、氟尿嘧啶fluorouracil、鹽酸伊立替康irinotecan hydrochloride和奧沙利鉑oxaliplatin)與吉西他濱(gemcitabine)的比較，以作為針對轉移性胰臟癌患者之第一線治療療效與安全性的確認[Conroy T,et al.,N Engl J Med.2011 May 12；364(19)：1817-25]。在該組合中之每一個藥物已被美國食品暨藥物管理局(FDA)核准治療癌症或癌症相關的情況。患者接受Folfirinox方案比吉西他濱之現行標準治療多存活4個月之長(亦即11.1個月相較於6.8個月)。與以吉西他濱治療的患者之緩解率為9.4%相比，以Folfirinox治療的患者之緩解率為31.6%。整體而言，Folfirinox具有存活率優勢，但也有顯著的毒性增加。此外，該研究設計存在一些可能的族群偏見，以及因沒有盲研究設計而可能的混亂影響。例如，研究設計只選擇具有良好的狀態(ECOG狀態評分為0或1)患者，且因伊立替康irinotecan有誘導毒性增加的風險，具有高膽紅素表現量之患者(典型表現為黃疸和於胰臟頭部有胰臟癌之患者常見的診斷標誌)被排除在外。這些治療處理限制背後的含義，以及與吉西他濱相較之下，Folfirinox所具備的更大毒性，都會有效地排除整體胰臟癌人口中相當大的比例，包括那些預後最差而無法忍受此療法之患者。。因此，Folfirinox作為年齡小於76歲、且具有良好表現狀態、無心臟缺血、膽紅素正常或接近正常水平之轉移性胰臟癌患者的第一線選擇是適當的。

馬賽替尼使胰臟癌細胞在體外對吉西他濱(再)致敏化

我們先前發現馬賽替尼和為核苷類似物之吉西他濱(健擇®，禮來公司)的組合，會抑制人類胰臟癌的生長。我們在體外和體內的研究顯示，馬賽替尼：使各種腫瘤細胞株對吉西他濱致敏化[Thamm DH,et al.2011 The Veterinary Journal,doi：10.1016/j.tvjl.2011.01.001]。

致敏對吉西他濱有抵抗力的胰臟癌細胞株[Humbert M,et al.(2010)PLoS ONE 5(3)：e9430.doi：10.1371/journal.pone.0009430]。

馬賽替尼加吉西他濱的組合於人類胰臟癌Nog-SCID小鼠模型表現出抗增生活性[Humbert M,et al.(2010)PLoS ONE 5(3)：e9430.doi：10.1371/journal.pone.0009430]。

這些結果支持了一個假設，即馬賽替尼可能通過化學增敏而增強吉西他濱於活體內的抗增生活性。一人類第2期的研究結果進一步增強了此理論自，在整體人口中，晚期胰臟癌患者接受馬賽替尼(9毫克/公斤/天)加上吉西他濱的組合相較於單用吉西他濱治療的患者，顯示出改善的疾病進展時間中位數[Mitry E,et al,2010.Cancer Chemotherapy and Pharmacology 66,395]。

本發明的目的在解決的技術問題是提供一種用於治療癌症的活性成分。

本發明的目的在解決的技術問題是提供一種活性成分，其可以改善先前的治療癌症方法。

本發明的目的是提供一適當的劑量、給藥途徑、每日攝入量，用於對癌症的有效治療。

本發明的目的在解決的技術問題是如何預測一位給定患者對於所述治療的治療反應，進而根據這些預測因子辨識出適用的患者亞群。

一預測因子是基於疼痛程度的臨床標記。因此，本發明旨在解決的技術問題是提供一種活性成分，可以改善用於治療相關於疼痛、或因治療疾病相關疼痛而有鴉片類鎮痛劑需求之癌症的先前技術方法。

另一個預測因子是根據透過外周血細胞樣本中的RNA 表現分析所得之基因表現圖譜。因此，本發明旨在解決的技術問題是提供一種活性成分，其可以改善先前技術方法，而用於有一特定基因或基因表現組合(即一基因/轉錄組體指紋)之患者的癌症治療。

儘管多次嘗試以吉西他濱為基礎發展組合化療方案，胰臟癌仍然是一種抗化療和高度侵襲性的腫瘤。就緩解化療引起的疾病相關症狀療效和存活時間而言，晚期胰臟癌的治療仍然是一個重大的挑戰。Folfirinox方案提供了一種發展組合療法的替代性骨幹，但高毒性卻可能限制它對大多數患者的使用。胰臟癌的持續預後不良和欠缺有效的治療，且特別是伴有疼痛的胰臟癌，在在突顯出一項尚未滿足的醫療需求：即是一種治療策略，能夠更有效改善飽受胰臟癌折磨之患者的臨床管理，而不會顯著增加毒性。考慮到胰臟癌的患者有限的預期壽命，無論是存活時間或生活質量的改善是非常有意義的目標。此外，能夠同時改善這兩個方面的治療是特別有價值的。

因此，本發明的目的在解決的技術問題是提供一種用於治療晚期胰臟癌的活性成分，其可以改善先前的技術方法。

本發明旨在解決的技術問題是提供一種活性成分，可以改善用於治療伴有疼痛、或因治療疾病相關疼痛而有鴉片類鎮痛劑需求之晚期胰腺癌(adenocarcinoma pancreatic cancer)的先前技術方法。

本發明的目的在解決的技術問題是提供一種活性成分，可以改善先前技術方法，而用於有一特定基因或基因表現預測因子(即一基因/轉錄組體的指紋)之晚期胰腺癌患者的癌症治療。

本發明係關於一種治療人類癌症患者的方法，其中該方法包括對於需要的人類患者給予以下之給藥：一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接的鹽類，可選擇地與至少一抗腫瘤劑相結合。

所謂「抗腫瘤劑」，於此提到係一用於治療癌症的藥物。例如描述於以下出處之化合物(compound)：Actualite Pharmaceutiques n°302(1992年10月)自38頁至39頁及41頁至43頁、或美國食品暨藥物管理局(USFDA)批准用於腫瘤的藥物清單、或國立職業安全與健康研究所(NIOSH)在醫療保健設置2012部所列出抗腫瘤劑及其其他有害藥物(DHHS出版編號2012-150)；其內容被納入參考文獻，且其係選自烷基化劑、抗有絲分裂劑、抗代謝劑、抗拓撲異構酶I劑、鉑類似物、抗菌劑、激素劑、抗血管新生劑、基因毒性劑、細胞毒性劑、生物劑，或一額外的酪氨酸激酶抑製劑。

特別地，所述該抗腫瘤劑包括但不限於：阿巴瑞克、醋酸阿比特龍、阿地白介素、六甲蜜胺(altretamine)、阿那曲唑、三氧化二砷、天門冬酰胺、阿西替尼、阿扎胞苷、鹽酸苯達莫司汀、貝伐單抗、蓓薩羅丁、比卡魯胺、leomycin、硼替佐米、brentuximab vedotin、補束剋、卡巴他賽、坎帕斯、Camptosar、卡培他濱、卡鉑、carfilzomib、卡莫司汀、西妥昔單抗、苯丁酸氮芥、順鉑、克拉屈濱(2CDA)、安妥明、crizotinib、環磷酰胺、阿糖胞苷(ARA-C)、阿糖胞苷、達卡巴嗪、放線菌素D、達沙替尼、柔紅黴素、decitibine、地加瑞克、地尼、多西他賽、多柔比星、表阿黴素、甲磺酸艾日布林、厄洛替尼、磷酸雌莫司汀、依托泊苷、依維莫司、依西美坦、氟尿苷、氟達拉濱、氟-5-尿嘧啶(5氟尿嘧啶)、氟尿苷脫氧核糖、氟他胺、氟維司群、吉非替尼、吉西他濱、吉妥單抗、羥基脲、替伊莫單抗、伊達比星、異環磷酰胺、imatinib、ipilimumab、伊立替康、伊沙匹隆、拉帕替尼、來曲唑、亞葉酸鈣、醋酸亮丙瑞林、洛莫司汀、氮芥、甲地孕酮(megestrol)、美法崙(melphalan)、巰基嘌呤(mercaptopurine)、甲氨蝶呤(methotrexate)、絲裂黴素(mitomycin)、米托坦(mitotane)、米托蒽醌(mitoxantrone)、奈拉濱(nelarabine)、尼洛替尼(nilotinib)、尼魯米特(nilutamide)、Nolvadex、奧法木單抗(ofatumumab)、奧沙利鉑(oxaliplatin)、紫杉醇(paclitaxel)、帕尼單抗(panitumumab)、帕唑帕尼(pazopanib)、培門冬酶(pegaspargase)、聚乙二醇干擾素α-2b(peginterferon alfa-2b)、培美曲塞(pemetrexed)、噴司他丁(pentostatin)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、plerixafor、pralatrexate、甲基芐肼(procarbazine)、Proleukin、羅米地辛(romidepsin)、sapacitabine、sipuleucel-T、索拉非尼(sorafenib)、鏈脲佐菌素(streptozocin)、舒尼替尼(sunitinib)、他莫昔芬(tamoxifen)、替莫唑胺(temozolomide)、temsirolimus、替尼泊苷(teniposide)、睾內酯(testolactone)、tezacitabine、硫鳥嘌呤(thioguanine)、塞替派(thiotepa)、托泊替康(topotecan)、枸櫞酸托瑞米芬(toremifene citrate)、曲妥珠單抗(trastuzumab)、曲普瑞林(triptorelin)、troxacitabine、戊柔比星(valrubicin)、Valstar、凡德他尼(vandetanib)、威羅菲尼(vemurafenib)、vinblastine長春鹼、硫酸長春新鹼(vincristine sulfate)，溫諾平(Vinorelbine)、長春瑞濱(vismodegib)，伏立諾他(vorinostat)、希羅達(xeloda)、ziv-aflibercept、唑來膦酸(zoledronic acid)、FOLFOX(奧沙利鉑+5氟尿嘧啶+甲酰四氫葉酸)(oxaliplatin+5 fluorouracil+folinic acid)、FOLFIRI(伊立替康+5氟尿嘧啶+亞葉酸)(irinotecan+5 fluorouracil+folinic acid)、FOLFIRINOX(奧沙利鉑+伊立替康+5氟尿嘧啶+甲酰四氫葉酸)(oxaliplatin+irinotecan+5 fluorouracil+folinic acid)，及其這些抗腫瘤劑的任何組合。

所謂「癌症治療」，在此提到患者為需要治療選自，但不限於以下的一種癌症，：急性淋巴細胞白血病(ALL)、急性髓細胞性白血病(AML)、腎上腺皮質癌、肛門癌、B細胞淋巴瘤、基底細胞癌、膽管細胞癌、膀胱癌、骨癌、腦幹膠質瘤、腦腫瘤、乳癌、子宮頸癌、慢性淋巴細胞性白血病(CLL)、慢性髓細胞性白血病(CML)、大腸癌(CRC)、子宮內膜癌、食道癌、眼癌、膽囊癌、胃癌、胃腸道間質瘤(GIST)、多形性膠質母細胞瘤(GBM)、毛細胞白血病、頭頸癌、心臟腫瘤、肝癌(HCC)、何杰金氏淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、喉癌、肥大細胞增多症、黑色素瘤、骨髓纖維化、骨髓發育不良症候群(MDS)、多發性骨髓瘤、非小細胞肺癌(NSCLC)、(小細胞)肺癌、黑色素瘤、鼻咽癌、神經內分泌腫瘤、神經母細胞瘤，口腔癌，口咽癌，卵巢癌，胰臟癌，鼻竇和鼻腔癌，副甲狀腺癌、陰莖癌、咽癌、垂體腺瘤、前列腺癌、直腸癌、腎細胞(腎)癌(RCC)、唾液腺腫瘤、皮膚癌(非黑色素瘤)、小腸癌、小淋巴細胞淋巴瘤(SSL)、軟組織肉瘤、鱗狀細胞癌、T細胞淋巴瘤、睾丸癌、咽喉癌、甲狀腺癌、三陰性乳房癌、尿道癌、子宮癌。

在一實施例中，本發明係關於如上所述之方法，其中一酪氨酸激酶抑製劑或一肥大細胞抑製劑係為一激酶活性抑製劑，酪氨酸激酶係選自：c-Kit、PDGFR、Lyn、Fyn及DDR1。

在一特定實施例中，酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，特別是甲磺酸鹽。

所謂「預測因子(predictor factor)」或「生物標記(biomarker)」，在此係作為一單一特徵或群組特徵而被評估為正常生物過程、致病過程、或對一治療介入藥物之反應的一項指標。在本發明中，術語「預測因子」或「生物標記」也可指術語預測生物標記、預後生物標記，分子標記、基因標記、基因預測組、基因指紋、轉錄指紋、基因印記(genetic print)、基因簽名(genetic signature)、癌症標記(biomarker)，腫瘤標記(tumor marker)，生物學標記(biological marker)、生化標記、生物學指標(biological indicator)。

根據一實施例，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者最初係基於疼痛程度的預測因子被選擇治療。

因此，在一實施例中，本發明係關於伴有疼痛的癌症、或因疾病治療之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥需求者的治療方法，對於需要的人類患者予以下之給藥：一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇與至少一抗腫瘤劑而組合。

在另一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者受癌症折磨，此癌症係伴有疼痛或因疾病治療之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥的需求，而其中疼痛係被定義為使用一(適當的)疼痛強度評估工具確認，至少一個非零疼痛程度之經報告之發生者。因此，若根據疼痛程度的預測因子，在缺少任何其他獨立預測因子時，對罹患不帶疼痛的癌症，或沒有因治療疾病之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥的需求的患者而言，所述治療方法是否不宜則尚不明顯。

在又一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者受癌症折磨，此癌症係伴有疼痛或因疾病治療之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥的需求，而其中疼痛係定義為如上所述，使用一(適當的)疼痛強度評估工具，包括但不限於：口頭評定量表、視覺類比量表、和數字評定量表、行為評定量表、圖形量表、箱形量表、和描述性差異n量表、歐洲癌症治療與研究組織對於胰臟癌之生活品質核心問卷(EORTC QLQ-PAN26)簡明疼痛量表(BPI)或麥吉爾疼痛調查問卷。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者受癌症折磨，此癌症係伴有疼痛，其需要治療疾病之相關疼痛的鴉片類鎮痛藥，其中疼痛係定義為至少有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度其得分大於5(例如於100毫米刻度中測量其VAS>5毫米，或5%)，或一VAS疼痛程度其得分大於10(例如於100毫米刻度中測量其VAS>10毫米，或10%)，或者甚至是一VAS疼痛程度其得分大於20(例如於100毫米刻度中測量其VAS>20毫米，或20%)之經報告之發生者。

在另一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者受癌症折磨，此癌症係伴有疼痛或因治療疾病之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥的需求，其中疼痛係定義為至少有一與所述VAS疼痛程度閾值等效之測量之經報告之發生者，或根據一多面向的或範疇性的(categorical)疼痛評估工具之疼痛程度評分，具有中度至無法忍受的疼痛之經報告之發生者。

在另一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者胰臟癌折磨，此癌症係伴有疼痛或因治療疾病之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥的需求，其中疼痛係定義為少有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度大於20(例如於100毫米刻度中測量其VAS>20毫米，或20%)之經報告之發生者。

根據一實施例，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者最初係基於基因表現的預測因子而被選擇治療。

根據一個實施例，所述基因表現的預測因子是來自一患者的血液樣本，以所述患者一整體的外周血樣本為佳。外周血是血液通過心臟、動脈、微血管和靜脈而循環。術語「全血」是用來相對於血液的一部分，透過分離血液的特定成分而取得。一個部分血液的例子即為外周血之單核細胞。因此，在一特定的實施例中所述基因表現的預測因子係來自以酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類於治療之前所收集之外周血細胞樣本。

因此，在一實施例中，本發明係關於一治療癌症的方法，其中一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合，對於需要的人類患者而予以給藥，其中所述患者之外周血有以下至少一上調或下調的基因：ACOX-1、TNFRSFS10B、RPS23、ABCC3、LYN、HIFlALPHA、ABCC1、IGJ、UBE2H、或PARP-2，或者其同源。

一給定患者的給定基因之上調或下調，係以Delta循環的閾(DCt)值量化，其為關於一或多種參考基因(reference genes)的基因表現水平。該等參考基因，或管家基因，其特徵為具備一恆定表現水平，因此以其作為一內部控制(internal control)。DCt值係與基因表現水平成反比，因此在基因上調的情況下，較低的DCt值表示一較大的表現水平，然而在基因下調的情況下，較高的DCt值表示一較小的表現水平。可理解的是，針對已定義的Delta循環的閾值截斷所作的細微修改會是不明顯的，例如在±10%或甚至±25%的範圍內，反映出最佳閾值可能就位於那些已測試的截斷附近，而所研究的患者族群僅是整體癌症族群中的一個代表隊列。

術語「同源性」被定義為一多核苷酸序列具有至少 80%，較佳者為85%，更佳者為90%，甚至更佳者為99%的基因序列(全長)相同程度。相同程度指的是兩個序列之間的序列同一性。相同程度可藉由比較每一個序列中一位置而定義，其可被對齊以進行比較。當被比較的序列中的相等位置被相同的鹼基佔據，則在此位置的分子為相同。各種比對算法和/或程式可用於確定兩個序列的同源性，包括FASTA和BLAST。

在另一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述病人至少有兩個基因伴隨上調或下調，其係選自：ACOX-1、TNFRSFS10B、RPS23、ABCC3、LYN、HIF1A、ABCC1、IGJ、 UBE2H、及PARP-2。例如，雙基因的組合包括，但不限於：伴隨ACOX-1和TNFRSF10B基因的上調，伴隨RPS23基因的下調和ACOX-1基因的上調，伴隨ABCC3和LYN基因的上調，伴隨HIF1A和TNFRSF10B基因的上調，伴隨ABCC1和IGJ基因的下調，伴隨UBE2H和PARP-2基因的下調。個別地，這些被調控的基因對被稱為「基因表現的預測因子」，而集體而言它們被稱為「基因指紋」或「轉錄指紋」。六對調控基因組成「基因/轉錄指紋」。被辨識為具有至少一基因表現預測因子的患者，即被認為存有此「基因/轉錄指紋」。在沒有任何其他獨立預測因子時，為任何缺乏所述基因/轉錄指紋的患者進行所述治療是否不宜則尚不明顯。

在一實施例中，伴隨ACOX-1和TNFRSF10B基因的上調對應於患者之ACOX-1的Delta循環(Delta Cycle)的閾值是小於或等於3.81，且TNFRSF10B的Delta循環的閾值是小於或等於7.63；較佳者對應於患者之ACOX-1的Delta循環的閾值是小於或等於3.36，且TNFRSF10B的Delta循環的閾值是小於或等於6.71；甚至更佳者對應於患者之ACOX-1的Delta循環的閾值是小於或等於3.05，且TNFRSF10B的Delta循環的閾值是小於或等於6.1。

在一實施例中，伴隨RPS23基因的下調和ACOX-1基因的上調對應於患者之RPS23的Delta循環的閾值是大於0.26，且對應於患者之ACOX-1的Delta循環的閾值是小於或等於3.81；較佳者對應於患者之RPS23的Delta循環的閾值是大於0.32，且ACOX-1的Delta循環的閾值是小於或等於3.36；甚至更佳者對應於患者之RPS23的Delta循環的閾值是大於0.35，且ACOX-1的Delta循環的閾值是小於或等於3.05。

在一實施例中，伴隨ABCC3和LYN基因的上調對應於患者之ABCC3的Delta循環的閾值是小於或等於5.38，且LYN的Delta循環的閾值是小於或等於2.06；較佳者對應於患者之ABCC3的Delta循環的閾值是小於或等於4.73，且LYN的Delta循環的閾值是小於或等於1.82；甚至更佳者對應於患者之ABCC3的Delta循環的閾值是小於或等於4.3，且LYN的Delta循環的閾值是小於或等於1.65。

在一實施例中，伴隨HIF1A和TNFRSF10B基因的上調對應於患者之HIF1A的Delta循環的閾值是小於或等於4.94，且TNFRSF10B的Delta循環的閾值是小於或等於7.06；較佳者對應於患者之HIF1A的Delta循環的閾值是小於或等於4.35，且TNFRSF10B的Delta循環的閾值是小於或等於6.22；甚至較佳者對應於患者之HIF1A的Delta循環的閾值是小於或等於3.95及TNFRSF10B的Delta循環的閾值是小於或等於5.65。

在一實施例中，伴隨ABCC1和IGJ基因的下調對應於患者之ABCC1的Delta循環的閾值是大於2.63，且IGJ的Delta循環的閾值是小於或等於5.29；較佳者對應於患者之ABCC1的Delta循環的閾值是大於3.15，且IGJ的Delta循環的閾值是小於或等於6.35；甚至更佳者對應於患者之ABCC1的Delta循環的閾值是大於3.5及IGJ的Delta循環的閾值是小於或等於7.05。

在一實施例中，伴隨UBE2H和PARP-2基因的下調對應於患者之UBE2H的Delta循環的閾值是大於2.78，且PARP-2的Delta循環的閾值是大於5.33；較佳者對應於患者之UBE2H的Delta循環的閾值是大於3.33，且PARP-2的Delta循環的閾值是大於6.39；甚至較佳者對應於患者之UBE2H的Delta循環的閾值是大於3.7及PARP-2的Delta循環的閾值是大於7.1。

在另一實施例中，本發明係關於一治療癌症的方法，其中一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合，對於需要的人類患者予以給藥，其中所述患者具有外周血的ACOX-1基因或其同源基因的上調。

在一實施例中，ACOX-1基因的上調，對應於患者Delta 循環的閾值是小於或等於3.81；較佳者其閾值是小於或等於3.36；甚至更佳者其閾值是小於或等於3.05。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中馬賽替尼給藥每日劑量為4.5到12.0毫克/公斤/天，而對於癌症患者的較佳實施例，為起始劑量每日6.0至7.5毫克毫克/公斤/天。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中馬賽替尼之劑量以1.5毫克/公斤/天之增量逐步上升，而達到為12.0毫克/公斤/天之最高劑量。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑、或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，係口服給藥。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑、或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，係給藥一天兩次。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，並包括所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類之有效劑量的超過三個月之長期給藥。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，係與所述的至少一種作為新佐劑、佐劑、伴隨或協力方案的抗腫瘤劑組合而給藥。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，係與所述的至少一種抗腫瘤劑分別、同時或依序使用於組合配置而給藥。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，係與至少一種選自市售藥物之抗腫瘤劑組合而予以給藥以治療胰臟癌。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者患有不可切除的胰腺癌(adenocarcinoma pancreatic cancer)或轉移性胰腺癌。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述胰臟癌患者係透過確定基因表現的預測因子或疼痛程度的預測因子，而被定義為需要至少一種選自下列之抗腫瘤劑：吉西他濱(健擇®；禮來公司)、厄洛替尼(得舒緩®；羅氏)、紫杉醇(汰癌勝®，Abraxane®；，必治妥施貴寶)、Folfirinox、5-氟尿嘧啶(5-FU)、卡培他濱、順鉑、奧沙利鉑、伊立替康、亞葉酸鈣，以及任何這些抗腫瘤劑的組合。

在一實施例中，所述至少一抗腫瘤劑是吉西他濱。

在一較佳的實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中使用一產品係由吉西他濱和馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類或水合物構成。

在一較佳的實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中馬賽替尼係以起始劑量6.0±1.5毫克/公斤/天，最大允許給藥劑量9.0毫克/公斤/天而每日給藥；而吉西他濱的給藥係以每週劑量為病人表面積之1000±250毫克/平方米，持續不超過七週作為開始，隨後以每28天中休息治療一星期、接著持續3週每週劑量1000±250毫克/平方米的循環而予以給藥。

根據另一實施例中，本發明係關於一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，用於如上所述的治療癌症方法，可選擇地與至少一抗腫瘤劑而組合。

根據另一實施例中，本發明係關於一種藥物組合物或試劑盒，包括酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，用於如上所述治療癌症的方法，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合。

根據另一實施例中，本發明係關於使用一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑而製備一藥物、或藥物組合物，用於治療所述癌症，其可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合。

根據另一實施例中，本發明係關於一種治療癌症、特別是人類患者的胰臟癌的治療管理計劃，其中所述管理計劃包括根據所述基因表現的預測因子辨識可治療的患者。

在一實施例中，所述基因表現治療管理計劃係應用於臟癌患者，其中假如病人存有至少一基因表現的預測因子，並因此被歸類為屬於定義的「基因/轉錄指紋」亞群，則所述患者係以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一個核苷類似物結合，特別是胞苷類似物，及特別是吉西他濱治療。假如該病人沒存有至少一基因表現的預測因子，並因此被歸類為屬於定義的「非基因/轉錄指紋」亞群，則所述患者係以至少有一核苷類似物，特別是胞苷類似物，及特別是吉西他濱治療。

在另一實施例中，上述基因表現治療管理計劃係應用於胰臟癌以外的其他癌症患者，其中假如病人存有至少一基因表現的預測因子，則所述患者係以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一抗腫瘤劑治療。假如病人不存有至少一基因表現的預測因子，則對患者以至少一個抗腫瘤劑治療。

根據另一實施例，本發明係關於一種治療癌症、特別是人類患者的胰臟癌治療管理計劃，基於疼痛程度所定義預測因子，其中所述的管理計劃包括：

a)決定該患者是否罹患伴有疼痛或需要至少一鴉片類鎮痛藥用於治療疾病相關疼痛之給藥，其疼痛程度定義最好是有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度於100毫米刻度其得分高於5毫米之經報告之發生者；以及可選擇地

b)決定所述疾病相關的疼痛是否定義為：在一個100毫米刻度視覺類比量表(VAS)上，其得分高於所述癌症的一預設值之經報告之發生者，而特別是胰臟癌，其在一個100毫米刻度視覺類比量表上的得分高於20毫米。

在一實施例中，所述疾病相關疼痛的所述預設值，係在 100毫米刻度上有20毫米之得分。

在一實施例中，上述基因表現治療管理計劃係應用於胰臟癌患者，其中，假如步驟(a)的結果是否定的，則對患者以至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱治療。假如步驟(a)的結果為肯定的，步驟(b)的結果是否定的，則對患者以至少一標靶表皮生長因子受體(EGFR)的藥物治療，特別是厄洛替尼，結合至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱；或以至少一有絲分裂抑製劑，特別是紫杉醇，結合至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱；或以至少一包括氟尿嘧啶、亞葉酸鈣、伊立替康或奧沙利鉑，且特別是Folfirinox的藥物組合進行治療。假如步驟(a)的結果是肯定的，步驟(b)的結果為肯定的，則對患者以至少一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱組合進行治療。

在另一實施例中，如上所述疼痛程度治療管理計劃，係應用於胰臟癌以外的其他癌症患者，其中，假如步驟(a)的結果是否定的，則對該患者以至少一抗腫瘤劑治療。假如步驟(a)的結果為肯定的而步驟(b)的結果是否定的，則對該患者以至少一抗腫瘤劑治療。假如步驟(a)的結果為肯定的且步驟(b)的結果為肯定的，則對該患者以至少一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，且特別是馬賽替尼治療，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合。

根據另一實施例，本發明係關於一用於治療癌症之全面治療管理計劃，特別是人類患者的胰臟癌，其中所述管理計劃包括基因表現治療管理計劃和疼痛程度治療管理計劃之序列應用，藉以辨識可治療的患者。因此，如上所述之疼痛程度治療管理計劃中，在決定患者是否存有如上所述之至少一基因表現預測因子時，步驟(a)之前會有步驟(a')。

在一實施例中，如上所述之全面性治療管理計劃係應用於胰臟癌，其中：假如步驟(a')的結果是肯定的，則對該患者以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，且特別是馬賽替尼治療，可選擇地與至少一核苷類似物，特別是胞嘧啶核苷類似物，且特別是吉西他濱組合。假如步驟(a')的結果是否定的，則會援用針對胰臟癌的疼痛程度治療管理計劃之步驟(a)。具體而言，所述管理計劃包括：

a)決定所述患者是否罹患胰臟癌，其伴有疼痛或有因治療疾病相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥之給藥需求，而其疼痛程度最好定義為：有一個在100毫米刻度的視覺類比量表(VAS)上，其得分高於5毫米之經報告之發生者；以及可選擇地

b)決定所述疾病相關的疼痛是否定義為：有一個在100毫米刻度的視覺類比量表上，其得分高於20毫米之經報告之發生者；假如步驟(a)的結果是否定的，則對患者以至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱治療；假如步驟(a)的結果為肯定的而步驟(b)的結果是否定的，則對患者以至少一標靶表皮生長因子受體(EGFR)的藥物，特別是厄洛替尼，與至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，特別是吉西他濱組合治療；或以至少一種有絲分裂抑製劑，且特別是紫杉醇，與至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱組合治療；或以至少一種包括氟尿嘧啶、亞葉酸鈣、伊立替康或奧沙利鉑，且特別是Folfirinox的藥物組合治療；假如步驟(a)的結果是肯定的且步驟(b)的結果是肯定的，則對患者以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，且特別是馬賽替尼治療，可選擇地與至少一核苷類似物，特別是胞嘧啶核苷類似物，且特別是吉西他濱組合。

在另一實施例中，如上所述用於治療癌症之全面性的治療管理計劃係應於胰臟癌以外的其他癌症患者，其中假如步驟(a')的結果是肯定的，則對該患者係以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，且特別是馬賽替尼治療，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合。假如步驟(a')的結果是否定的，則援用癌症疼痛程度治療管理計劃之步驟(a)，具體而言，其中所述管理計劃包括：

a)決定所述患者是否罹患伴有疼痛或有因治療疾病相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥之給藥需求，而其疼痛程度最好定義為：有一個在100毫米刻度的視覺類比量表(VAS)上，其得分高於5毫米之經報告之發生者；以及可選擇地

b)決定所述疾病相關的疼痛是否定義為：有一個在100毫米刻度的視覺類比量表(VAS)上，其得分高於所述癌症的一預設值之經報告之發生者；假如步驟(a)的結果為否定的，則該患者以至少一抗腫瘤劑而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的而步驟(b)的結果是否定的，則對患者以至少一抗腫瘤劑治療；假如步驟(a)的結果為肯定的且步驟(b)的結果是肯定的，則對患者以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，且特別是馬賽替尼而治療，可選擇地與至少一抗腫瘤劑組合。

圖3顯示胰臟癌患者之治療管理計劃，其相關於疼痛程度和基因表現的個別預測因子，以及一納入此二種預測因子為考量的全面性治療管理計劃。

在附圖中

圖1：以多變量分析死亡風險比與VAS評分；圖2：VAS量表和用戶操作指南的例子。

圖3：根據基於疼痛強程度的預測因子和基因表達現的治療管理計劃；圖4：「疼痛」亞群(多變量分析)的存活概機率估計

圖5：「無疼痛，無嗎啡」亞群(多變量分析)的存活概機率

圖6：「低於中度疼痛」亞群(多變量分析)的存活機率之採用Kaplan-Meier存活機率的估計

圖7-「基因指紋」的亞群(多變量分析)的存活概機率

圖8-「非基因指紋」的亞群(多變量分析)的存活機率

酪氨酸激酶係為受體型或非受體型蛋白質，其能將ATP的末端磷酸轉移至蛋白質的酪氨酸殘基從而活化或非活化訊號轉導途徑。已知這些蛋白質參與了許多細胞機制，在有干擾的情況下，會導致諸如異常的細胞增生、遷移，以及發炎反應。酪氨酸激酶抑製劑是一種抑制酪氨酸激酶的藥物，從而干擾了細胞內的訊號傳導過程。阻止這種過程可以阻止細胞的生長和分裂。

在一實施例中，本發明的酪氨酸激酶抑製劑具有如下化學式[A]：其中R1和R2係個別選自：氫素、鹵素、直鏈或支鏈烷、包含1至10個碳原子的烷基、三氟甲基、烷氧基、氰基、二烷胺基以及一溶解基團

m是0-5，n是0-4；基團R 3是下列之一：(i)在一或多個取代基如鹵素、含1至10個碳原子的烷基、三氟甲基、氰基、及烷氧基的任一環位置，承載任何組合的一個芳基如苯基或其取代物變體；(ii)一雜芳基，如2，3，或4-吡啶基團，其可以附加承載一或多個取代基，如鹵素、含1至10個碳原子的烷基、三氟甲基、及烷氧基烷基的任何組合；(iii)一五元環的芳香族雜環基團諸如2-噻吩基、3-噻吩基、2-噻唑基、4-噻唑基、5-噻唑基，其可附加承載一或多個取代基取代如鹵素、含有1至10個碳原子的烷基、三氟甲基，烷氧基的任何組合；或其藥學上可接受的鹽類或溶劑化物。

式[A]的酪氨酸激酶抑製劑作為c-Kit抑製劑使用尤佳。

除非另有規定，本文所使用之下列術語定義如下：如本文所用，術語「芳基」是指單環或者包括碳和氫原子的多環芳族基團。合適的芳基例子包括，但不限於，苯基、甲苯基、蒽基、芴基、茚基、薁基、萘基，以及苯結合的碳環部分 (benzo-fused carbocyclic moieties)如5,6,7,8-四氫萘基。一芳基可以一個或多個取代基而未取代的或是取代的芳基。在一實施例中，芳基是單環，其中該環包括6個碳原子，在本文中歸因作為「(C₆)芳基」。

如本文所用，術語「烷基」是指飽和的直鏈或支鏈之非環碳氫化合物，其具有1至10個碳原子。代表性的飽和直鏈烷基包括甲基，乙基，正丙基，正丁基，正戊基，正己基，正庚基，正辛基，正壬基和正癸基，而飽和支鏈烷基包括異丙基，仲丁基丁基，異丁基，叔丁基，異戊基，2-甲基丁基，3-甲基丁基，2-甲基戊基，3-甲基戊基，4-甲基戊基，2-甲基己基，3-甲基己基，4-甲基己基，5-甲基己基，2,3-二甲基丁基，2,3-二甲基戊基，2,4-二甲基戊基，2,3-二甲基己基，2,4-二甲基己基，2,5-二甲基己基，2,2-二甲基戊基，2,2-甲基己基，3,3-二甲基戊基，3,3-二甲基己基，4,4-二甲基己基，2-乙基戊基，3-乙基戊基，2-乙基己基，3-乙基己基，4-乙基己基，2-甲基-2-乙基戊基，2-甲基-3-乙基戊基，2-甲基-4-乙基戊基，2-甲基-2-乙基己基，2-甲基-3-乙基己酯，2-甲基-4-乙基己基，2,2-diethylpentyl，3,3-二乙基己基，2,2-二乙基己基，3-1,3-二乙基己基等。包括在本發明化合物中的烷基基團可選擇性地以一或多個取代基取代。

如本文所用，術語「烷氧基」是指一烷基藉由一氧原子連接另一部分。烷氧基的例子包括甲氧基，異丙氧基，乙氧基、叔丁氧基等。烷氧基基團可選擇性地以一或多個取代基取代。

如本文所用，術語「雜芳基」或類似的術語是指單環或多環雜芳環，它包括碳原子的環部件和一或多個雜原子的環部件(諸如，例如，氧，硫或氮)。通常情況下，雜芳基具有1至約5個雜原子的環部件和1至約14個碳原子的環部件。代表的雜芳基包括吡啶基，1-氧代-吡啶基，呋喃基，苯並[1,3]間二氧雜環戊烯基，苯並[1,4]二氧雜環戊烯基，噻吩基，吡咯基，噁唑基，咪唑基，噻唑基，異噁唑基，噻唑基，喹啉基，吡唑基，異噻唑基，噠嗪基，嘧啶基，吡嗪基，三嗪基，三唑基，噻二唑基，異喹啉基，吲唑基，苯並噁唑基，苯並呋喃基，中氮茚基，咪唑並吡啶基，四唑基，苯並咪唑基，苯並噻唑基，苯並噻二唑基，苯並惡二唑基，吲哚基，四氢吲哚基，氮雜吲哚，咪唑並吡啶基，喹唑啉基，嘌呤基，吡咯並[2,3]嘧啶基，吡唑並[3,4]嘧啶基，咪唑並〔1,2-a]吡啶基，和苯並噻吩基。一個雜原子可使用本技術領域的普通技術人員所公知的保護基團予以取代，例如，在氮上的氫可被取代為叔丁氧基碳基(tert-butoxycarbonyl group)。雜芳基可選擇性地以一或多個取代基取代。此外，氮或硫的雜原子的環部件可被氧化。在一實施例中，該雜芳環係選自5-8部件(membered)的單環雜芳基環。一雜芳基或雜芳基環與另一群組的連接點，可以是在該雜芳基或雜芳基環的一碳原子或一雜原子。

如本文所用的術語「雜環」，是泛指雜環烷基和雜芳基。

如本文所用，術語「雜環烷基」是指可以是飽和的或不飽和的，但非芳族的一單環或多環基，其具有至少一個選自O，N或S的雜原子，且具有2-11個碳原子其。雜環基團的例子包括(但不限於)：哌啶基，哌嗪基，2-氧代哌嗪基，2-氧代哌啶基，2-氧代吡咯烷基，4-哌啶酮基，吡咯烷基，海因基，戊內醯胺valerolactamyl，環氧乙烷基，氧雜環丁烷基，四氫吡喃基，四氫噻喃基，四氫吡啶基tetrahydropyrindinyl，tetrahydropyrindinyl，四氫嘧啶基，四氫噻喃基碸，亞碸四氫噻喃基，嗎啉基，硫代嗎啉基，硫代嗎啉基亞碸，硫代嗎啉基碸，1,3-二氧戊環，四氫呋喃基，二氫呋喃-2-酮，四氫噻吩基，以及四氫-1,1-二氧代噻吩基。通常情況下，單環雜環基團，具有3至7個部件。優選的3至7元單環雜環基團，應具有5或6個環原子。一個雜原子可使用本技術領域的普通技術人員所公知的甲用保護基團予以取代，例如，在氮上的氫可被取代的為叔丁氧基羰基。此外，雜環基可選擇性地以一或多個取代基取代。此外，一雜芳基環與另一群組的連接點，可以是該雜芳基環的任一碳原子或一雜原子。此定義僅關注此替代的雜環基團之穩定異構體。

如本文所用，術語「取代基」或「取代的」，是指一化合物或基上的氫基團，被替換為任何所需的基，而其在未受保護的形式或以保護基保護時，在反應狀況下基本穩定。優選的取代基例子是那些可在範例化合物中和本文所公開實施例中找到的例子，以及鹵素(氯，碘，溴或氟)，烷基，鏈烯基，炔基，羥基，烷氧基，硝基，硫醇，硫醚，亞胺，氰基，醯胺基、膦酸，膦羧基，羧基，硫代羰基，磺酰基，磺酰胺，酮，醛，酯，氧(-O)，鹵代烷基(例如三氟甲基)，環烷基，其可以是單環或稠合或非稠合的多環(例如，環丙基，環丁基，環戊基，或環己基)或雜環烷基，其可以是單環或稠合或非稠合的多環(例如，吡咯烷基，哌啶基，哌嗪基，嗎啉基，噻嗪基)，單環或稠合的非稠合多環芳基或雜芳基(例如，苯基，萘基，吡咯基，吲哚基，呋喃基，噻吩基，咪唑基，噁唑基，異噁唑基，噻唑基，三唑基，四唑基，吡唑基，吡啶基，喹啉基，異喹啉基，吖啶基，吡嗪基，噠嗪基，嘧啶基，苯並咪唑基，苯並噻吩基，或苯並呋喃基)，胺基(一級，二級或三級)，CO₂CH₃，CONH₂，OCH₂CONH₂，NH₂，SO₂NH₂，OCHF₂，CF₃，OCF₃；而這些部分也可以選擇性地以稠合的環結構或橋，例如-OCH₂O取代。這些取代基可進一步選擇性地以選自這些基團的取代基取代。在某些實施例中，術語「取代基」或形容詞「取代的」是指選自下列取代基：烷基，鏈烯基，炔基，環烷基，環烯基，雜環烷基，芳基，雜芳基，芳烷基，雜芳烷基，鹵烷基，-C(O)NR₁₁R₁₂，NR₁₃C(O)R₁₄，暈，OR₁₃，氰基，硝基，鹵代烷，-C(O)R₁₃，-NR₁₁R₁₂，-SR₁₃，-C(O)OR₁₃，-OC(O)R₁₃，NR₁₃C(O)NR₁₁R₁₂，-OC(O)NR₁₁R₁₂，-NR₁₃C(O)OR₁₄，-S(O)rR₁₃，-NR₁₃S(O)rR₁₄，-OS(O)rR₁₄，S(O)rNR₁₁R₁₂，-O，-S，以及-N-R₁₃，其中r是1或2；R₁₁和R₁₂，其每個出現例個別為，H，可選擇性取代的烷基、可選擇性取代的烯基、可選擇性取代的炔基、可選擇性取代的環烷基、可選擇性取代的環烯基、可選擇性取代的環炔基、可選擇性取代的雜環烷基、可選擇性取代的芳基、可選擇性取代的雜芳基、可選擇性取代的芳烷基、或可選擇性取代的雜芳烷基(Heteroaralkyl)；或R₁₁和R₁₂以及其所連接的氫基一起，係可選擇性取代的雜環烷基或可選擇性取代的雜芳基；而R₁₃和R₁₄，其每個出現例個別為，H，可選擇性取代的烷基、可選擇性取代的烯基、可選擇性取代的炔基、可選擇性取代的環烷基、可選擇性取代的環烯基、可選擇性取代的雜環烷基、可選擇性取代的芳基、可選擇性取代的雜芳基、可選擇性取代的芳烷基、或可選擇性取代的雜芳烷基。

在某些實施例中，術語「取代基」或形容詞「取代的」是指一個溶解基團。

術語「溶解基團」是指任何一群組，其可以大致上被離子化，而使化合物可溶解在所希望的溶劑，例如，水或含有水的溶劑中。此外，溶解基團可以是一個增加化合物或複合物親脂性的群組。通常情況下，溶解基團係選自以一或多個雜原子如N，O，S所取代的烷基基團，該每種雜原子係可選擇地被以烷氧基，氨基，烷基氨基，二烷基氨基，羧基，氰基所獨立取代之烷基基團而取代，或以環雜烷基或雜芳基，或磷酸鹽，或硫酸鹽，或羧酸所取代。例如，所謂「溶解基團」是指本文中的以下之一：一烷基、環烷基、芳基、雜芳基團，其包括至少一個氮或氧之雜原子，或該基團係被至少一個胺基或氧代基團所取代；；一個氨基基團，可以是飽和環狀氨基，其可以被一包括烷基，烷氧基羰基，鹵素，鹵代烷基，羥烷基，氨基，單烷基氨基，二烷基氨基，氨基甲酰基，一烷基和二烷基氨基甲酰基的基團所取代；下列a)至i)結構中的其中之一顯示，其中該波浪線和該箭頭線，對應連接化學式[A]之核心結構的連接點：

術語「環烷基」是指具有3至10個碳原子的飽和環狀烷基自由基。代表性的環烷基包括環丙基，1-甲基環丙基，環丁基，環戊基，環己基，環庚基，環辛基，環壬基，和環癸基。環烷基基團可選擇地被一個或多個取代基取代。

術語「鹵素」是指-氟F，-氯Cl，-溴Br或碘-I。

在一個特定的實施例中，本發明的酪氨酸激酶抑製劑具有通式[B] 其中：R1係獨立地選自氫，鹵素，直鏈或支鏈的烷基，含有1至10個碳原子的環烷基團，三氟甲基，烷氧基，胺基，烷基氨基，二烷基氨基，溶解基團，而m是0-5。

在一實施例中，酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，較佳地為馬賽替尼甲磺酸。

馬賽替尼是一種有效的抗肥大細胞活性的一c-Kit/PDGFR抑製劑。

新的有效而和具選擇性c-Kit與血小板衍生生長因子受體(PDGFR)抑製劑是2-(3-氨基芳基)氨基-4-芳基噻唑，其描述於AB科學(AB Science)的PCT申請WO2004/014903中。

馬賽替尼是小分子藥物，選擇性地抑制特定的酪氨酸激酶如c-Kit、PDGFR、Lyn、Fyn及DDR1而不抑制在治療劑量中，伴有已知毒性的激脢(即可能歸因於酪氨酸激酶抑製劑心臟毒性，包括ABL、KDR和SRC之酪氨酸激酶或酪氨酸激酶受體)[Dubreuil et al.,2009,PLoS ONE 2009.4(9)：e7258；Davis et al.,Nat Biotechnol 2011,29(11)：1046-51]。馬賽替尼的化學名稱為4-(4-甲基哌嗪-1-基甲基)-N-[4-甲基-3-(4-吡啶3ylthiazol-2-基氨基)苯基]苯甲酰胺-其CAS號為790299-79-5，結構如下所示。馬賽替尼最初係描述於US7423055和EP1525200B1中。甲磺酸馬賽替尼的詳細合成過程參見WO2008/098949。

馬賽替尼的主要標靶激酶為c-Kit，因其已顯示對於野生型和近膜突變的c-Kit受體可施加一強的抑製作用，從而導致依賴c-Kit訓號之細胞株之細胞週期休止和凋亡[Dubreuil et al.,2009,PLoS ONE,4(9)：e7258]。在體外實驗中，馬賽替尼對於c-Kit表現出高活性和選擇性，以半抑制濃度(IC50)200±40 nm抑制重組人類野生型c-Kit，並對表現人類或小鼠野生型c-Kit之Ba/F3細胞，以IC50，150±80 nm阻隔幹細胞因子誘導的增生和c-Kit酪氨酸之磷酸化。除了它的抗增生特性，馬賽替尼也可透過其標靶Lyn和Fyn(轉導途徑的關鍵組成，其導致IgE誘發之去顆粒化)而調節肥大細胞的活化[(Gilfillan et al.,2006,Nat Rev Immunol,6：218-230)；(Gilfillan et al.,2009,Immunological Reviews,228：149-169)]。這也可在抑制人類臍血肥大細胞經FcεRI介導之去顆粒化中觀察到[Dubreuil et al.,2009,PLoS ONE；4(9)：e7258]。馬賽替尼也是一種PDGFR α和β受體的抑製劑。重組化驗顯示馬賽替尼係以IC50值540±60 nM和800±120 nM而抑制PDGFR α和β的體外蛋白激酶活動。於表現PDGFR α之Ba/F3細胞中，馬賽替尼係以IC50值300±5 nM抑制了PDGF-BB刺激的增生和PDGFR α之酪氨酸磷酸化。此外，馬賽替尼與盤狀結構域受體家族成員1激酶(discoidin domain receptor family member 1，DDR1)強烈相互作用，導致DDR1自體磷酸化之顯著抑制作用。雖然DDR1的生理功能尚未完全闡明，DDR1的訊號似乎涉及細胞與細胞外基質的相互作用，並控制粘附作用和細胞運動性，這兩者都是癌細胞基本特徵。這些功能的失調與許多人類癌症患者的腫瘤發展和預後不良相關。馬賽替尼已顯示出，會強固鏈結DDR1受體，而抑制其活動，[Davis et al.,Nat Biotechnol 2011,29(11)：1046-51]。馬賽替尼可從而減緩腫瘤細胞的歸巢和拓殖。

本發明係關於一治療人類患者癌症的方法，其中所述方法包括予以需要的人類患者給藥，一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受之鹽類，可選擇性地與至少一抗腫瘤劑組合。

在本發明中，術語「治療」(及其各種語法形式)是指預防、治療、扭轉、減弱、減緩、最小化、抑制或停止該疾病狀態、疾病進程、疾病病原體(例如，細菌或病毒)或其他異常狀況的有害影響。例如，治療可能包括減緩一種疾病的症狀(即，不一定所有的症狀)或減弱疾病的進程。

發明者已令人驚訝地顯示，馬賽替尼加上吉西他濱的組合，為一以疼痛強度作為一非依賴的預測因子，高度相異之胰臟癌患者亞群提供了治療效益。

基於前述體外和初步體內資料，進行一隨機安慰劑對照第3期研究(AB07012)，以確定馬賽替尼聯合吉西他濱與吉西他濱單藥作為中晚期患者/轉移性胰臟癌之第一線治療(見例1)之療效和安全性。人們強烈預測，以馬賽替尼治療的患者，其存活率上的任何改善之主要有關作用機制，係由馬賽替尼所誘導之胰臟癌細胞對吉西他濱的致敏化。因此，受益於馬賽替尼加上吉西他濱之組合的患者族群，將會緊密對照吉西他濱治療受益患者族群，無論如患者的表現狀態、年齡、腫瘤位置等亞群變量為何；亦即所有患者皆為局部晚期(不能手術切除的第二期或第三期)或轉移性之胰腺癌(第四期)。

從AB07012研究結果顯示，在修改後的治療意向 (MITT)族群中，以馬賽替尼加上吉西他濱聯合治療的患者與接受吉西他濱加上安慰劑，亦即吉西他濱作為單一藥劑的患者相較，並沒有存活率的優勢(見例1)。出乎意外地，根據疼痛程度分級之總存活率次級探索性分析生存期存活率顯示，相較於吉西他濱作為一單一藥劑，馬賽替尼加上吉西他濱的組合改善了伴有疼痛或因治療此疾病相關的疼痛而有鴉片類鎮痛藥需求之胰臟癌患者亞群。這些數據也顯示，沒有先例，疼痛程度是生存期存活率接受吉西他濱作為一單一藥劑(目前的標準治療)的胰臟癌患者之總存活率的主要預後因素。具體來說，數據顯示對接受吉西他濱作為一單一藥劑(即安慰劑加上吉西他濱治療組)的患者而言，在基線上表現出疾病相關疼痛的患者和那些沒有此疾病相關疼痛或因治療此疾病相關的疼痛而有鴉片類鎮痛藥需求的患者之間，有10個月的存活時間差異(中位OS分別為5.4個月與15.4個月)(見例1)。此外，根據疼痛程度跟循對整體存活率的風險比率之發展，其顯示接受馬賽替尼加上吉西他濱的患者與接受安慰劑加上吉西他濱的患者相比，患者的存活機率隨疼痛程度增加而存活率提高。此關係可見於死亡風險比的曲線，定義為馬賽替尼加上吉西他濱下的死亡機率比安慰劑加上吉西他濱死亡的機率，與VAS評分(圖1)。隨VAS評分自20毫米增加，直至達到一水平頂(或水平漸近線)，死亡風險比呈下降趨勢。在VAS評分為55毫米時，患者的數目顯著減少，因此不適合再進一步分析風險比。這些結果都支持將整體族群劃分為VAS[0；5]、VAS]5；20]及VAS>20三個VAS疼痛程度亞族群之選擇(見例1)。

這些發現是沒有先例而被認為重要的，因為癌症患者的疼痛程度對於預測治療的意義是前所未知的。事實上，一先前評估厄洛替尼(得舒緩®，EGFR生長因子的抑製劑)加上吉西他濱用於胰臟癌的研究顯示，對相同的「疼痛」亞群並沒有存活率利益[Moore MJ,et al.,J Clin Oncol.2007 May 20；25(15)：1960-6]。這是於馬賽替尼加上吉西他濱的組合直接對比的結果。數據也指出所觀察到的組合療法之治療益處的作用反應機制有一相對緩慢的開始，因此，需要一最小曝露時間，以達到最佳的治療好處。

此結果已非從研究AB07012之前的所得知識或一般的科學文獻所能預測。此外，這些研究結果和馬賽替尼加上吉西他濱的組合對胰臟癌作用之主要機制的初步了解是非常矛盾的，亦即馬賽替尼誘導胰臟癌細胞對吉西他濱的致敏化[Humbert M,et al.(2010)PLoS ONE 5(3)：e9430.doi：10.1371/journal.pone.0009430]。這些數據有效地表明，在胰臟癌治療之體內臨床設置，提高胰臟癌細胞的致敏化並非是馬賽替尼作用的首要機制，因為：(i)根據患者的疾病相關的疼痛程度，其反應應該無異質性；及(ii)如此效果應可期待有一相對快速的開始，從而表現出改善的無惡化存活率生存期存活率，然情況並非如此。

研究AB07012的數據(見例1)導致令人驚奇的發現，一高度不同的胰臟癌患者亞群對於馬賽替尼加上吉西他濱的組合有所反應，其區分係根據疾病相關疼痛的程度(強度)所設定。此外，與預期相反，此反應的療效開始相較於疾病進程的替代措施係相對緩慢，其效果表現在長期存活(即總存活率)，而不是短期的疾病進程時間(即無惡化之存活率)。所有這些研究結果皆指向，所觀察到之治療效益的起源係為次級作用機制(稱為次級係因為它們不直接作用於癌細胞自身，而是於細胞及腫瘤細胞依賴增殖和轉移的信號轉導途徑)，或者更可能為眾多次級作用機制的集合效應。

在本發明中似乎可見先前理論之脈絡，選擇性地讓馬賽替尼與至少一抗腫瘤劑組合給藥，可促進伴有疼痛或因治療疾病相關的疼痛而有鴉片類鎮痛藥需求之癌症患者亞群的存活率，其係透過但不限於下列作用：經由調控腫瘤微環境且特別是透過調節肥大細胞的活性；調節免疫刺激介導之抗癌效應、以及抗轉移效果來控制腫瘤增生。直接或推定證據顯示，馬賽替尼的影響與這些次級作用機制中的每一個皆有連結。

特別相關的是，馬賽替尼通過c-Kit抑制作用，發揮一直接對於肥大細胞的抗增生和前凋亡作用，因此，間接減少一系列對腫瘤生長和腫瘤侵襲重要的前發炎和促前血管新生的細胞激素和趨化激素。除了其抗增生特性，馬賽替尼也可以通過其標靶Lyn和Fyn(導致IgE引起的肥大細胞脫顆粒傳導途徑的關鍵組成部分)而調節肥大細胞的活性[Gilfillan,2006；Gilfillan,2009]。這可見於人類臍帶血肥大細胞中FcεRI介導之脫顆粒的抑制作用[Dubreuil et al.,2009]。馬賽替尼也極力與DDR1作用，其為一與一些人類癌症之腫瘤進程和預後不良有關之去調節能力激酶[Davis et al.,Nat Biotechnol 2011,29(11)：1046-51]。馬賽替尼因此可減緩腫瘤細胞的歸巢和拓殖。

有證據指出，發炎細胞的添補作用，特別是肥大細胞浸潤，會藉由製造增強腫瘤侵襲的分子而促進某些癌症的生長和擴散。因此，抑制肥大細胞功能可證明有限制癌生長的效益，包括胰臟癌。此外，發炎反應和胰臟癌的發展之間有一種已知之關聯性，其肥大細胞對慢性發炎性疾病的免疫病理機制而言，具有重要作用。事實上，在小鼠模型中，肥大細胞與胰臟癌腫瘤的發展有直接的連結，其顯示出高程度肥大細胞浸潤到腫瘤微環境可預測出不良的臨床結果，雖然肥大細胞對胰臟癌發展有利的確切機制尚不明確[Chang DZ et al.,Clin Cancer Res 2011；17：7015-7023]。

在腫瘤發生、病情惡化、轉移的整體過程中，局部宿主組織微環境是一個活躍的部分，並可確定腫瘤細胞增生、血管新生、侵襲和存活的程度。然而，肥大細胞在癌症腫瘤發展中所扮演的角色，尚未得到很好的了解，而其對於腫瘤發展的助益或損害，則顯示出有衝突的數據，這取決於局部基質條件和所釋放的介質釋放是否促進腫瘤細胞的增生或誘導惡性細胞凋亡[(Theoharides TC,et al.,Trends Immunol 2004；25：235-41)；(Samoszuk M,et al.,BMC Cancer 2005；21：121)；(Almholt K,et al.,Recent Results Cancer Res 2003；162：31-42)；(Gooch JL,et al.,Cancer Res 1998；15：4199-205)]。

關於肥大細胞在胰臟癌之腫瘤發展和侵襲的角色之科學證據內容，以及肥大細胞於在癌症疼痛之新興角色，皆為我們得自AB07012的研究提供了印證。此外，無論先前理論所述為何，研究AB07012的數據表明，在肥大細胞活化、胰臟癌病理以及胰臟癌疼痛之間，存在過去尚未闡明的關係。即謂，在胰臟癌中的肥大細胞活動與胰臟癌的不良臨床結果有關聯、癌性疼痛則與臨床預後不良有關聯、而肥大細胞活動則與癌性疼痛有關聯。因此在胰臟癌中，疾病相關疼痛的發端可以視為肥大細胞活動的標記，並暗示癌症病理已進入更具侵略性的階段。在這種情況下，我們認為在某種程度上，癌症患者(特別是胰臟癌患者)的疾病相關疼痛，係腫瘤微環境中變化的癌症引起之神經病理學副產物；該變化係驅動疾病進程和轉移的原因，其中包括肥大細胞的添補或增加肥大細胞的活性。

針對本發明而言，疾病相關疼痛之時間和嚴重程度可以視為癌症病理的一標記，其增加的肥大細胞活動係腫瘤進程和疾病相關疼痛的部分原因。因此，抑制肥大細胞活動，對有疾病相關疼痛或因治療疾病相關的疼痛而有鴉片類鎮痛藥需求的癌症患者亞群而言，是一項合理的治療目標。此在馬賽替尼與吉西他濱結合給藥可提高有疾病相關疼痛的胰臟癌患者亞群之整體存活率之意外發現中，係為顯而易見的。此外，研究AB07012數據表明，馬賽替尼加上吉西他濱降低了無疾病相關疼痛和治療疾病相關疼痛的鴉片類鎮痛藥需求之胰臟癌患者亞群的整體存活率。因此，根據疼痛強度的預測因子，並在沒有任何其他獨立預測因子的情況下，以馬賽替尼治療後者的患者亞群是不宜的。

因此，一與一般胰臟癌族群高度不同的亞群，已被證明可使用本發明之至少一種的化合物(即一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼)與至少一種抗腫瘤劑(特別是吉西他濱)組合給藥。此亞群可透過疾病相關疼痛程度評估而辨識，例如，但不限於，至少一個非零的視覺類比量表(VAS)疼痛程度得分(特別是具有VAS>20之截斷斷(cut-off)，例如於100毫米刻度中高於20毫米者)，或該疼痛程度閾值(threshold)之相等度量之經報告知發生者。此亞群定義了本發明相關患者之一個實施例。

一些生化標記都伴有疼痛，其中的一或多個標記，可作為代用標記，用於客觀地支持上述疼痛程度預測因子。此類生化標記包括，但不限於：神經生長因子(NGF)、緩激肽(bradykinin)、類胰蛋白酶(tryptase)、組胺(histamine)、神經營養因子-3(NT-3)、和腦源性神經營養因子(BDNF)。然而，疼痛的生化標記已知是可變的，至今尚無確鑿證據表明，其能夠量化地辨識經歷疾病相關疼痛的癌症患者。與此類似，已知的肥大細胞體內生化標記，例如，但並不限於：絕對肥大細胞數或類胰蛋白酶水平，則顯示出與肥大細胞活性關聯不高[Hermine O,et al.,PLoS ONE.2008；3：e2266]。因此，在缺乏肥大細胞活化或疾病相關疼痛的可靠代用生化標記之下，單面向工具仍然是最合適的疼痛評估之可用選項，即使這代表了一相對主觀的疼痛程度計量或不直接的肥大細胞參與證據。

針對本發明而言，也可根據其它涉及肥大細胞添補或肥大細胞活化增加之癌症的發現(即伴隨的肥大細胞活動增加、癌症臨床預後不良，以及疾病相關疼痛)而予以概括。明確地說，疾病相關疼痛的發端係作為肥大細胞活動的標記，並暗示腫瘤微環境的變化(其為驅動疾病進展和轉移的原因)。然而，關於體內肥大細胞所介導的腫瘤發生和轉移，以及其伴隨的任何給定癌症之疾病相關疼痛的發端，其相關知識之匱乏，卻讓本領域的所有技術人員在伴有疼痛的癌症治療中，排除了應用針對肥大細胞活動之原則，而只進行探試式的「試驗和錯誤」(「trial and error」)。

在研究AB07012中，關於一患者亞群(其係透過疼痛程度的預測因子而定義)之治療的主要發現，可總結如下(見例1)。

伴有「痛苦」之胰臟癌亞群在這項研究中係被定義為：這些患者的基線視覺類比量表(VAS)疼痛程度評分大於20(即在100毫米刻度量表上測得VAS>20毫米)。此線性量表可提供患者所感知之疼痛幅度的視覺表示(圖2)。一100毫米長、無參考標記的線代表該幅度。其一端表示無疼痛(0值)，另一端為可想像的最嚴重疼痛(100值)。在基線上，每個病人被要求在VAS量表上畫出一條垂直線指出其經歷的疼痛程度水平。無疼痛或其疼痛可被忽略的患者，則被認為其垂直線會位於VAS量表的0和5之間。

此處所表示之任何VAS評分係指在線性刻度上的絕對幅度或等值的百分比，例如：一VAS疼痛程度得分20者，係對應於100毫米刻度量表上之指定疼痛水平為20毫米者，又或在所述量表中為20%。針對本發明而言，此疼痛程度閾值的任何等效測量皆為有效，例如，但不限於：一單面向疼痛程度評估工具的分數>20%、在一疼痛分類標準中為中度疼痛、或在一多面向疼痛評估工具中至少評等為中度疼痛。

此疼痛強度閾值的另一種解釋為，所述癌症患者至少有中等程度的疾病相關疼痛。如上文所述的實施例中，疼痛程度的預測因子，係根據下列原因而定義：(1)此閾值是約(四捨五入至最接近的十位數)研究族群的中位疼痛程度(族群的50%)；(2)VAS疼痛程度為20毫米，與死亡風險比水平頂(或水平漸近線)一致(見圖1)，(3)此閾值已於先前文獻中提及，作為疼痛程度截斷(cut-off)。

針對VAS疼痛程度為VAS>20或相等測量值之亞群(以下稱作「疼痛亞群」)，在與馬賽替尼聯合給藥時，吉西他濱的效果最好。就中位總存活和死亡風險比而言，以馬賽替尼加上吉西他濱組合治療伴有VAS>20程度疼痛之胰臟癌患者，有統計上的顯著效益。

針對VAS疼痛程度<5或相等測量值，且不因疾病相關疼痛而需要鴉片類鎮痛藥之亞群(以下簡稱「無疼痛，無嗎啡亞群」)，吉西他濱單獨運作的效果最好；表示缺乏任何其他獨立預測因子時，此亞群不宜以馬賽替尼加上吉西他濱治療。就中位總存活和死亡風險而言，觀察所得以馬賽替尼加上吉西他濱組合治療「無疼痛，無嗎啡」亞群會有負面的治療效果。

針對VAS疼痛程度為5<VAS<20或相等測量值之亞群(以下簡稱為「低於中位疼痛值的亞族群」)就風險比而言，有一統計上的顯著效益，然而，就中位總存活而言，未觀察到明顯差異。對於此疼痛程度亞群，由於馬賽替尼與吉西他濱的組合於其存活似乎沒有任何傷害或利益的增加，指出此亞群為中性(即假如以馬賽替尼給藥，並不會造成任何傷害)。

在馬賽替尼加上吉西他濱治療組中，「疼痛」亞群之因意外事件的死亡頻率較安慰劑加上吉西他濱的治療組減少(低兩倍)(分別為10.9%和21.9%)。馬賽替尼加上吉西他濱的組合之毒性與馬賽替尼的已知安全性狀態一致，皆在可管理之範圍，而任何危及生命之意外事件風險，已藉由預測其發生以及實施適當的醫療方案大大減輕，特別是針對急性噬中性白血球細胞低下症(severe neutropenia)。

在本發明的一個可能的實施例中，使用本發明的至少一種化合物治療胰臟癌，需取決但不限於下列準則：

‧假如病人至少有一次符合「疼痛」亞群標準其VAS疼痛程度>20，或相等測量值，則表示可實施治療。

‧至少可詢問一問題，用以排除和胰臟癌無關的疼痛，例如，患者可能會被要求指出其疼痛的區域位置。

‧嚴格遵守不治療「無疼痛，無嗎啡」亞群之規則，在缺乏任何其他的獨立預測因子下，將可保護馬賽替尼加上吉西他濱的組合顯示對其有不利影響的患者。

這些準則和為診斷纖維肌痛(fibromyalgia)的慢性疼痛條件所建立的那些準則相似，所建立的診斷標準為，首先排除其他可能造成相關疼痛症狀的標的條件，然後評估病人的疼痛(通過病人問卷調查和身體檢查)。

中性的患者亞群(低於中位的疼痛，VAS20，或相等測量值之疼痛強度)，其在風險比上具有統計上的非顯著好處，提供了介於指示治療之亞群和不宜治療的亞群之間一大緩衝區。就治療造成的有害/無害而言，由於「無疼痛，無嗎啡」與「疼痛」(VAS>20)之狀況具有高度的區別性，診斷決策遂成為一種「二元」指標。在錯誤治療屬於「低於中位疼痛」亞群患者的情況下，並不會對其存活造成損害，因為唯一的增加風險係來自可管理的毒性。

針對本發明而言，對「疼痛」(VAS>20)亞群胰臟癌患者之有效治療選項並不存在。研究AB07012的數據凸顯了該論述的可信度，其顯示在接受吉西他濱作為單一藥劑的患者之存活時間中，有一與疼痛程度相關的差異，其所觀察到之「「疼痛」」與「「無疼痛，無嗎啡」」亞群之間的時間差為10.0個月(即「「疼痛」」亞群的患者存活時間較短)(見例1)。此外，在一評估厄洛替尼加上吉西他濱的研究中，相當於「疼痛」之亞群並無存活率效益的報告，而VAS疼痛強度<20的患者則有明顯效益。最後，Folfirinox對於「疼痛」(VAS>20)之胰臟癌患者亞群，其「」效益最多只能以未知形容，因為該研究的分析並未將疼痛列為因子，而以所知的，疼痛程度對胰臟癌患者存活有重大影響(如研究AB07012的發現所揭露)此一遺漏很可能會對Folfirinox的存活率數據產生負面衝擊。

進一步考量研究AB07012之安全性分析，兩治療組之意外事件(AE)的整體頻率相似，而馬賽替尼加上吉西他濱治療組比安慰劑加上吉西他濱組的危急和嚴重意外事件頻率較高。發生在馬賽替尼加上吉西他濱治療組的停藥、暫時中斷和減少劑量情況，比安慰劑加上吉西他濱組更為頻繁。發生在個別組中的導致永久停藥之意外事件分別為42%與27%的患者(p值=0.002)。其中，馬賽替尼加上吉西他濱治療組有32%的暫時中斷用藥歸咎於意外事件而只有16%的馬賽替尼加上吉西他濱治療的患者報告劑量減少。如此似乎以更頻繁減少馬賽替尼使用的劑量或降低馬賽替尼的起始劑量等方式，可以部分地避免非嚴重AE引起的暫時中斷用藥。因此，馬賽替尼加上吉西他濱治療組(P=0.001)與研究藥物的接觸顯著較低。在整體族群中，馬賽替尼加吉西他濱治療組的患者與吉西它濱的接觸，比安慰劑加吉西他濱治療組的患者減少了約35%，而在各種疼痛程度亞群中，皆觀察到類似的趨勢。綜觀這些對安全性和藥物接觸的觀察指出，給藥劑量馬賽替尼9毫克/公斤/天並非適合高服藥配合度(good patient compliance)的最佳劑量，部分是由於與該組合物相關的額外毒性。同時考量與所推論的馬賽替尼作用機制有關新見解，馬賽替尼劑量6毫克/公斤/天被認為是最佳的起始劑量，並允許對在未限制毒性時沒有明顯反應的患者升級劑量。

發明者還表明，基因表現是一改進馬賽替尼加吉西他濱治療胰臟癌患者的存活率之獨立預測因子。因此，本發明也與人類患者中治療癌症的方法相關，其中所述方法包括給予需要的人類患者，一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇地與至少一種抗腫瘤劑相結合的，其中所述患者最初係根據基因表現的預測因子而被選擇治療。

在以馬賽替尼治療前，與研究AB07012並行進行了一項所採集外周血細胞樣本中的RNA表現之輔助藥物基因學分析，其旨在辨識整體存活率和療效的基因表現模式預測。基因組的分析(由Skuldtech進行，蒙彼利埃，法國)包括使用新一代測序的高產能方法對RNA表現的全轉錄分析(獨立進行三次)。此分析同時測量研究AB070125中隨機之患者亞群血液樣本中的大量基因之表現水平。首先對整體族群進行分析，不論其治療得給藥為何，繼而分析每個治療組，亦即馬賽替尼或安慰劑組，以根據治療方式來確定可能的遺傳趨勢。此輔助研究的目標是揭露以馬賽替尼治療的患者和以安慰劑治療的患者相較之延長生存期存活率的生物標記預測(即增長OS)。

特別是，RNA血液樣本的採集和分析，導致隔離出一個基因表現圖譜，其指出在55%的患者中有侵略性的疾病進程，對整體存活率而言具備高度預測性，並進一步與治療交互作用。此輔助藥物基因學資料庫包含研究AB07012中隨機119名患者的血液RNA樣本(根據治療方式1：1的比例)，以檢測與治療效果相關的基因表現。第一步，針對RNA的表現水平與總存活率之間可能的相關性，對各治療類型進行了完整的人類基因組(~27,000個基因)生存期存活率分析。RNA血液樣本係使用PAXgene血液RNA系統(PAXgene Blood RNA System)所採集，並建立三個獨立的數位基因表現(Digital Gene Expression，DGE)(DGE)資料庫，收集下列患者狀態的四種匯集之RNA樣本：-在馬賽替尼加吉西他濱治療組存活4個月的患者-在安慰劑加吉西他濱治療組存活4個月的患者-在馬賽替尼加吉西他濱治療組存活>15個月的患者-在安慰劑加吉西他濱治療組存活>15個月的患者生成的基因組資料庫的結果包括119位修正過的意向性治療患者，其中169個基因係透過使用edgeR方法(其具有1.5倍的變化和一調整為<10%之p值標準的偽發現率)進行差異表現分析而定義。

第二步，執行的是即時定量聚合酶鏈鎖反應(real time quantitative polymerase chain reaction或qPCR)，它可決定一基因之確定循環閾值(Ct)，所述值係以一管家(housekeeping)或參考基因之表現水平所標準化，而給出一Delta Ct(DCt)值。管家基因是一個生物體的所有細胞在正常和病理生理條件下表現出的基因。這些基因通常以相對恆定的水平表現。較佳的狀況為，標準化係基於兩個管家基因的表現水平，特別是基於B2M和GAPDH基因的表現水平。因此，當兩個管家基因(例如，B2M和GAPDH基因)被用於標準化一給定的基因之Ct值，所述基因之DCT的計算方法如下：DCt=Ct(gene)-[Ct(B2M)+Ct(GAPDH)]/2。高DCT值對應於一相對較低的基因表現水平。AB07012試驗之輔助藥物基因學研究的主要方法面項和關於患者亞群的治療後續結果，係透過基因表現的預測因子而定義，總結如下(見例2的更多詳細資訊)。

關於基因表現的測量，在一個實施例中，一個基因的表現水平係作為所述基因的蛋白質水平來測量。在該情況下，該蛋白質水平較佳的測量方法係透過採用基於抗體之檢測方法，如免疫化學組織或西方墨點分析。

在另一實施例中，一基因的表現水平係作為所述基因的RNA轉錄水平或cDNA來測量。在這種情況下，RNA轉錄或cDNA的水平係透過採用基於核酸的檢測方法，如微陣列、定量PCR、DNA晶片、以標記探針雜交、或側流免疫測定，特別是側流試紙試紙測定。較佳狀況下，該基因的表現水平係為透過在所述基因的RNA轉錄或cDNA上執行即時定量PCR測量所得。一即時定量PCR係為一其中擴增的DNA係隨著反應進行而即時檢測的PCR。此檢測是通過螢光信號的積累而執行。Ct(循環閾值)係定義為越過閾值的螢光信號(即超過背景水平)所需的PCR循環數。因此，在定量PCR中使用了一正向和一反向引子(primer)、和一報導子(reporter)，其較佳狀況應為一DNA螢光嵌人物。有利的是，所使用的引子係基因編碼區內雜交之專屬引子。

以下係用來定義一組基因表現預測因子的方法和分析過程之一總結，因此，馬賽替尼的患者亞群係最可能有治療益處。

- 此分析同時測量從研究AB07012中隨機之119名患者採集的外周血液細胞樣本的大量基因之表現水平(馬賽替尼和安慰劑治療的患者的比例為1：1)。

- 僅於第0週(基線)採集一次分析樣品。

- 使用PAXgene^TM血液RNA系統採集病患的血液樣本，而RNA的抽取係根據製造商建議使用PAXgene Blood RNA Kit V.2(PreAnalitix)。RNA的完整性控制係使用真核細胞總RNA 6000 納米晶片(安捷倫科技，帕洛阿爾托，美國)的2100生物分析儀(2100 Bioanalyzer，安捷倫科技)進行。RNA的量係使用的NanoDrop ND-1000分光光度計控制。純化的RNA係保存在-80℃。

- 進行數位基因表現(DGE)實驗以選擇一組推定的生物標記。生物標記的驗證係在COBAS平台(LC480，羅氏診斷ROCHE Diagnostics)上使用即時PCR，並採用適當的生物統計方法篩選最好的生物標記。

- RNA係根據羅氏診斷的步驟被反轉錄。假定生物標記之基因表現水平則透過即時PCR檢視。

- DGE分析的結果，從119名修正治療意向的患者之基因組資料庫中選出169個基因。

-每個基因皆被指定三個DCt的截斷斷：中位數、Q1(第一四分位數，P25)和Q3(第三個四分位數，P75)。所謂「「中位數DCt」」，是指所有被測患者的DCt之中位數。針對每個截斷斷(少於截斷cut-off/多於截斷cut-off)，使用一多變量模型以解釋治療組之間的整體存活率差異。假如治療組的效果是顯著的(P<5%)，則其可得出結論，該被檢視的基因，因治療組而異有不同的存活率效果，且該基因被保留以供進一步分析。而由於基因KIT的重要性，此基因將會被選擇，不論其顯著性的水平為何。

- 多變量分析依序微調基因選擇，降為截斷斷值相關的64個基因。

- 此64個基因之所有可能的雙基因組合及其各自的截斷斷值則被再次調整，以進行多變量模型。

- 每個組合是根據以Cox模型所提供之卡方檢驗之p值，計算出組合鑑別度而予以分類。一用於保留一給定雙基因組合的富家標準，係此微調之亞群應至少包括40個病患(總樣本的1/3)。

- 在6個已驗證的基因表現預測因子(即以p值<0.00001調控的基因對)中發現的10個獨立基因為：ACOX-1、TNFRSFS10B、RPS23、ABCC3、LYN、HIF1ALPHA、ABCC1、IGJ、UBE2H、和 PARP-2。

這些基因的表現水平係使用基因編碼區內雜交之專屬引子，以即時定量聚合酶鏈鎖反應(real time quantitative polymerase chain reaction或qPCR)測量。

￭在ACOX-1基因例中，引子擴增的序列係位於核苷酸73938893及核苷酸73939007之間的17號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在TNFRSF10B基因例中，引子所擴的增序列係位於核苷酸22877657及核苷酸22877728之間的8號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在RPS23基因例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸81,571,951及核苷酸81,572,049之間的5號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC sourc)。

￭在ABCC3基因例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸48762132及核苷酸48762221之間的17號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在LYN基因例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸56854522及核苷酸56860210之間的8號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在HIF1A基因於此例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸62214901及核苷酸62214976之間的14號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在ABCC1基因於此例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸16,177,368及核苷酸16,180,772之間的16號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在IGJ基因於此例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸71521360及核苷酸71521432之間的4號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在UBE2H基因於此例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸129,470,836及核苷酸129,470,925之間的7號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

￭在PARP-2基因於此例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸20,825,213及核苷酸20,825,283之間的14號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

在一實施例中，可以使用以下的引子進行即時定量PCR：

●GAPDH

○正向引子(primer forward)：ATGGGGAAGGTGAAGGTCG(SEQ ID NO：1)

○反向引子(primer reverse)：GGGGTCATTGATGGCAACAATA(SEQ ID NO：2)

●B2M

○正向引子：GCTCAGTAAAGACACAACCATCC(SEQ ID NO：3)

○反向引子：CATCTGTGGATTCAGCAAACC(SEQ ID NO：4)

●ABCC1

○正向引子：CCAGTGGGGATCGGACAGA(SEQ ID NO：5)

○反向引子：AGGGGATCATCGAAGAGGTAAAT(SEQ ID NO：6)

●ACOX1

○正向引子：TTTCTTCACTGCAGGGCTTT(SEQ ID NO：7)

○反向引子：GGAAAGGAGGGATTTTGAGC(SEQ ID NO：8)

●HIF1A

○正向引子：TTTTGCTCTTTGTGGTTGGA(SEQ ID NO：9)

○反向引子：CCTGGTCCACAGAAGATGTTT(SEQ ID NO：10)

●IGJ

○正向引子：GGACATAACAGACTTGGAAGCA(SEQ ID NO：11)

○反向引子：TGGCAATTTCTTACACTAACCTGA(SEQ ID NO：12)

●TNFRSF10B

○正向引子：GGTTTCATATTTAATTTGGTCATGG(SEQ ID NO：13)

○反向引子：CAAACAAGGAAGCACATTGTGTA(SEQ ID NO：14)

●RPS23

○正向引子：GATTTGGTCGCAAAGGTCAT(SEQ ID NO：15)

○反向引子：TGCCTTTGTATAGGGCCAAA(SEQ ID NO：16)

●ABCC3

○正向引子：GGAGGACATTTGGTGGGCTTT(SEQ ID NO：17)

○反向引子：CCCTCTGAGCACTGGAAGTC(SEQ ID NO：18)

●LYN

○正向引子：ATCCAACGTCCAATAAACAGCA(SEQ ID NO：19)

○反向引子：AAGGCTACCACAATGTCTCCT(SEQ ID NO：20)

●PARP2

○正向引子：GGGAAAGGAATCTACTTTGCTG(SEQ ID NO：21)

○反向引子：TTCTTTAGGCGAGAGGCAAA(SEQ ID NO：22)

●UBE2H

○正向引子：CGCAGGTTTTCCACTCATCT(SEQ ID NO：23)

○反向引子：ATGGCCATTTCTTCCCAAG(SEQ ID NO：24)

所使用的兩個管家基因是B2M和GAPDH。在B2M基因例中，引子所擴增的序列係位於核苷酸45010919及核苷酸45010990之間的15號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

在GAPDH基因例中，引子所擴增序列係位於核苷酸6643999及核苷酸6645738之間的12號染色體上(Assembly Feb.2009 GRch37/hg19,UCSC source)。

有利的是，為進行即時定量PCR，選擇了引子，大小(較佳狀況係介於80至150個核苷酸之間)，Tm(熔點溫度，較佳狀況係60℃±1℃)，GC%(G或C核苷酸百分比，較佳狀況係3'之GC%約~60%)，3'和5'自我互補性和穩定性(較佳狀況係低於4個核苷酸)，產物大小範圍和熱力參數(根據引子的Tm和鈉鹽濃度之次級結構演化)而允許同時檢測。

- 確定此10個基因和6個基因表現預測因子後，終於可套用一匯集策略而找出最常見的/特定基因表現圖譜，並丟棄個體的差異或離群項目(例如，由於樣本操作錯誤)。在流行病學中，當個別研究太小無法進行明的結論時，樣本庫(sample pooling)是一種經常使用的方法。

- 因此，最顯著的雙基因組合會首先被選擇(然後記錄其以下資訊：患者亞群、風險比(HR)、Cox模型的p值。接下來，第二個最重要的雙基因的組合被加入，以便增加樣本大小和分析效力。並記錄如上所述的相同訊息。當增加一新的組合之後沒有(或很少)更多患者加入樣本大小，而風險比和/或p值被保留的狀況下(見例2，表5)，則選擇過程被停止。

- 選定六組(共66例患者)具有最終選擇之雙基因組合(以下簡稱分別為「基因表現預測因子」或統稱為「基因/轉錄指紋」)後，則其過程被停止，此六組為：基因ACOX-1和TNFRSF10B的伴隨上調，其患者的ACOX-1 Delta循環閾值小於或等於3.05及其TNFRSF10B的Delta循環閾值小於或等於6.1(HR=0.19，p-value=0.0091)。

基因RPS23的伴隨下調和基因ACOX-1的伴隨上調，其患者的RPS23的Delta循環閾值大於0.35和基因ACOX-1的Delta循環閾值小於或等於3.05(HR=0.20，p-value=0.00046)。

基因ABCC3和LYN的伴隨上調，其患者的ABCC3的Delta循環閾值小於或等於4.3及其LYN的Delta循環閾值小於或等於1.65(HR=0.19，p-value=0.00025)。

基因HIF1A和TNFRSF10B的伴隨上調，其患者的HIF1A的Delta循環閾值小於或等於4.3及其LYN的Delta循環閾值小於或等於1.65(HR=0.19，p-value=0.00013)。

基因ABCC1的伴隨下調和基因IGJ的伴隨上調，其患者的ABCC1的Delta循環閾值大於3.5和基因IGJ的Delta循環閾值小於或等於7.05(HR=0.19，p-value=0.000011)。

基因UBE2H和PARP-2伴隨下調，其患者的UBE2H的Delta循環閾值大於3.7及其PARP-2的Delta循環閾值大於7.1(HR=0.192，p-value=0.000004)。

請注意，可以理解的是，對上述定義的截斷之輕微修改已包含在此截斷(例如，所述截斷cut-offs的±10%或甚至±25%)，以反映這樣一個事實上其最佳閾值可設在接近那些截斷測試處，而該患者屬性群僅為一般癌症族群代表。

OS係在被辨別為存有至少一基因表現預測因子的亞群中進行分析，該亞群以下稱作「基因指紋」或「轉錄指紋」亞群(65名患者)，而與其相對者，即患者沒有呈現任何基因表現預測因子，以下稱作「非基因指紋」或「非轉錄指紋」亞群(53名患者)。

「「基因指紋」」亞群分析顯示，與接受安慰劑加吉西他濱的患者之4.7個月相比(多變量分析)馬賽替尼加吉西他濱治療組中的患者有12.9個月的一中位OS。經過調整基線特徵的差異，中位OS的差異證明有統計上的意義(p值<0.000001)，其死亡的風險比(定義為於馬賽替尼加吉西他濱下死亡的機率比上安慰劑加吉西他濱下死亡的機率)為0.17，信賴區間95%[0.09；0.34]。因此，患者存有至少一前述基因表現預測因子，並因此確定為屬於所定義的「「基因指紋」」的亞群，當以馬賽替尼加吉西他濱的組合治療時，與吉西他濱單獨相比，減少83%的死亡風險。考慮較高信賴區間邊界之最壞的情況下，亦即0.34，以馬賽替尼加吉西他濱治療時，「「基因指紋」」亞群患者的死亡風險仍減少66%。「「基因指紋」」亞群的Kaplan-Meier估計清楚地表明，以馬賽替尼加吉西他濱治療與吉西他濱單獨治療相比，其存活機率始終較高且其存活率為6至24個月(見例2，圖7)。

相反的，「非基因指紋」亞群的分析顯示，與接受安慰劑加吉西他濱患者之13.2個月比較(多變量分析)，馬賽替尼加吉西他濱治療的中位OS為5.6個月其為。中位OS差異有統計上的顯著意義(p值=0.000036)，其死亡風險比(定義為使用馬賽替尼加吉西他濱的死亡機率比安慰劑加吉西他濱的死亡機率)4.24，多變量模型中之信賴區間為95%[2.11；8.52](見例2，圖8)。因此，與吉西他濱單獨治療相較之下，以馬賽替尼加吉西他濱的組合治療沒有至少一前述基因表現預測因子的患者時，其死亡風險較高。因此，前述任何「非基因指紋」患者亞群的治療，在缺少任何其他肯定的預測因子時是不宜的。

據觀察，基因組數據和基線VAS疼痛程度狀態(即關於疼痛程度預測因子)之間沒有相關性。此對於全體基因組人口族群(119患者)、「基因指紋」和「非基因指紋」亞群而言，皆可成立。雖然過去已有理論提出，但就本發明而言，疼痛程度預測因子和基因表現似乎係與的分別獨立的疾病進程機制相關連。因此，馬賽替尼治療對一患者有療效，可能其一預測因子是陽性，但另一則為陰性，也就是說，並不相悖。

考量基因表現作為一獨立的預測因子，治療管理計劃僅為一二元選擇：對於那些被證實有適當基因指紋的患者施以馬賽替尼給藥，可選擇性地與至少一種抗腫瘤劑組合；對其缺乏所述基因指紋患者不以馬賽替尼給藥。疼痛強度預測因子之治療管理計劃則更為複雜，必須對疼痛強度和現存的治療方案考量不同的閾值。因此，在本發明的一實施例中，特定和獨立預測因子的發現引導我們根據圖3呈現的方案對胰臟癌患者提出一個新的治療管理計劃。

因此，在一第一實施例中，本發明係關於一治療人類患者癌症的方法，其中該方法包括對於需要的人類患者予以以下之給藥：一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇性地與至少一抗腫瘤劑組合。

本發明的化合物和至少一可選的抗腫瘤劑可分別、同時、或依時間順序給藥。

根據一特定實施例中，所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，係與至少一抗腫瘤劑組合給藥，用於癌症治療，其中所述該患者係未使用過(naïve)所述至少一抗腫瘤劑，或對所述至少一抗腫瘤劑的治療有反應。

在另一個實施例中，所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，係與至少一抗腫瘤劑組合給藥，用於癌症治療，其中所述該患者對所述的至少一抗腫瘤劑是難治性或抗藥性。

本發明也關於一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑、或c-Kit抑製劑，特別是如上所述，特別是馬賽替尼，可選擇性地與至少一抗腫瘤劑相組合，用於作為一藥物(medicament)或藥物組合物(pharmaceutical composition)在如上所述一方法中使用。

本發明係關於及一個試劑盒，包含至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是如上所述，特別是馬賽替尼，可選擇性地加上至少一抗腫瘤劑，用於如本說明書和實施例所述之一癌症治療方法。

在一實施例中，本發明係關於如上所述的一種方法，其中一酪氨酸激酶抑製劑或肥大細胞抑製劑係為一激酶活動的抑製劑，選自下列酪氨酸激酶：c-Kit、PDGFR、Lyn、Fyn及DDR1。

根據一實施例，本發明係關於一如上所述的方法，其中所述患者最初係根據疼痛程度的預測因子而被選擇治療。

因此，在一實施例中，本發明係關於一人類患者的癌症治療方法，該癌症係伴有疼痛或因治療疾病之相關疼痛而有的鴉片類鎮痛藥之給藥需求，其中一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可用於對需要的患者給藥，並可選擇性地與至少一抗腫瘤劑組合。

在一實施例中，非零的視覺類比量表(VAS)疼痛程度得分，或疼痛程度的等效測量，則所述患者被認為屬於所指示的治療亞群。

在其它實施例中，假如所述患者發生至少一次疾病相關疼痛，其被定義為VAS疼痛程度至少有一個得分大於5(例如在100毫米刻度上的測量為VAS>5毫米，或5%)，或VAS疼痛程度的得分大於10(例如在100毫米刻度上的測量為VAS>10毫米，或10%)或甚至VAS疼痛程度的得分大於20(例如在100毫米刻度上的測量為VAS>20毫米，或20%)，則所述患者被認為是屬於所指示的治療亞群。

在另一實施例中，假如所述患者發生至少一次疾病相關疼痛，其被定義為與VAS疼痛程度得分大於20的閥值(threshold)相等，則所述患者被認為屬於所指示的治療亞群。假如所述患者發生至少一次分類為中度至無法忍耐的疾病相關疼痛，則所述患者也會被認為屬於所指示的治療亞群。

在一實施例中，個別疾病相關的疼痛程度之定義和評估為如上所揭露。

在另一實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中患者罹患伴有疼痛的胰臟癌，或因治療疾病相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥之給藥需求，且其中該疾病有關的疼痛係定義為至少有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度在100毫米刻度上得分高於20毫米之經報告之發生者(例如在100毫米刻度上的測量為VAS>20毫米，或20%)。

在一實施例中，假如缺少任何其他的獨立預測因子，所述患者也沒有疾病相關疼痛和對於疾病的治療沒有鴉片類鎮痛藥之需求，則所述患者的治療被認為是不宜的。

根據一實施例，本發明係關於如上所述的方法，其中所述患者最初係根據基因表現的預測因子而被選擇治療。

根據一實施例，其中基因表現預測因子是得自於治療前所收集的外周血細胞樣本中之RNA的表現分析，該治療係以酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類予以給藥。

根據一實施例，所述患者會被認為屬於所指示的治療亞群，假如其在予以本發明的化合物給藥之前所收集之外周血細胞樣本的基因表現顯示至少兩個選自以下之基因伴隨上調或下調係：ACOX-1、TNFRSFS-10B、RPS23、ABCC3、LYN、HIF-1A、ABCC1、IGJ、UBE-2H、或PARP-2。例如，雙基因的組合包括，但不限於：伴隨上調的基因ACOX-1和基因TNFRSF10B，伴隨下調的基因RPS23和上調基因ACOX1，伴隨上調的基因ABCC3和基因LYN，伴隨上調的基因HIF1A和基因TNFRSF10B，伴隨下調的基因ABCC1和基因IGJ，伴隨下調的基因UBE2H和基因PARP-2。

在一實施例中，伴隨ACOX-1基因和TNFRSF10B基因的上調對應於患者Delta循環閾值ACOX-1小於或等於3.81和TNFRSF10B小於或等於7.63，較佳地對應患者Delta循環閾值ACOX-1是小於或等於3.36和TNFRSF10B小於或等於6.71，甚至更佳地對患者Delta循環閾值ACOX-1小於或等於3.05和TNFRSF10B小於或等於6.1。

在一實施例中，伴隨RPS23基因的下調和ACOX-1基因的上調對應於患者Delta循環的閾值RPS23大於0.26和ACOX-1小於或等於3.81，較佳地對患者Delta循環閾值RPS23大於0.32和ACOX-1小於或等於3.36，甚至更佳地對患者Delta循環閾值RPS23大於0.35和ACOX-1小於或等於3.05。

在一實施例中，伴隨ABCC3基因和LYN基因的上調對應患者Delta循環閾值ABCC3小於或等於5.38和LYN小於或等於2.06，較佳地對患者Delta循環閾值ABCC3小於或等於4.73和LYN小於或等於1.82，甚至更佳地對患者之Delta循環的閾值於ABCC3是小於或等於4.3和於LYN是小於或等於1.65。

在一實施例中，伴隨HIF1A基因和TNFRSF10B基因的上調對應患者Delta循環閾值HIF1A小於或等於4.94和 TNFRSF10B小於或等於7.06，較佳地對患者Delta循環閾值HIF1A小於或等於4.35和TNFRSF10B小於或等於6.22，甚至更佳地對患者Delta循環閾值HIF1A小於或等於3.95和TNFRSF10B是小於或等於5.65。

在一實施例中，伴隨ABCC1基因和IGJ基因的下調對應患者Delta循環閾值ABCC1大於2.63和IGJ小於或等於5.29，較佳地對患者Delta循環閾值ABCC1是大於3.15和IGJ小於或等於6.35，甚至更佳地對患者Delta循環的閾值於ABCC1大於3.5和IGJ小於或等於7.05。

在一實施例中，伴隨UBE2H基因和PARP-2基因的下調對應患者Delta循環閾值UBE2H是大於2.78和PARP-2大於5.33，較佳地對患者Delta循環閾值UBE2H大於3.33和PARP-2大於6.39，甚至更佳地對患者Delta循環閾值UBE2H大於3.7和PARP-2大於7.1。

在另一實施例中，本發明係關於治療癌症的一種方法，其中一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇性與至少一抗腫瘤劑相組合，對需要的人類患者予以給藥，其中所述患者有外周血之ACOX1基因的上調，或其同源。

在一實施例中，ACOX-1基因的上調對應患者Delta循環閾值小於或等於3.81，較佳地是小於或等於3.36，和甚至更佳地是小於或等於3.05。

馬賽替尼的一種較佳的鹽類是甲磺酸馬賽替尼。

根據另一實施例，本發明的化合物每日給藥劑量為4.5 到12.0毫克/公斤/天，其較佳的每日起始劑量為6.0至7.5毫克/公斤/天。

可選擇地，本發明的化合物之劑量係以1.5毫克/公斤/ 天之增量逐步上升，而達到12.0毫克/公斤/天之最高劑量。

可選擇地，本發明的化合物之劑量係為1.5毫克/公斤/ 天之減量逐步減少，而達到為4.5毫克/公斤/天之最低劑量。

劑量調整可視為一動態的過程，其患者接受多次的增加和/或減少，以最佳化整個治療過程中反應與毒性之間的平衡，該兩者都可能在時間的經過和接觸藥物期間中改變。假如為劑量進行提升，其建議的將起始劑量為6.0毫克/公斤/天以1至2毫克/公斤/天之劑量增加，直到12.0毫克/公斤/天之最高劑量，該期間則視臨床觀察而定。例如，一所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，較佳地是馬賽替尼甲磺酸的單一劑量增量，可能需要1至2個月。於此還可以設想，為了充分獲得所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類之一患者最佳化劑量的治療效益，可實施小於1至2毫克/公斤/天的增量。在適當的例子中應考慮減少劑量以降低毒性。

本文中指出的任何劑量是指其活性成分量，而非其鹽的形式。

鑑於所描述的劑量方案中使用的馬賽替尼劑量毫克/公斤/天，是指馬賽替尼活性成分的量，甲磺酸馬賽替尼之藥學上可接受的鹽的成分變化將不會改變所述劑量方案。

本發明的所述化合物較佳為以口服方式給藥。

本發明的所述化合物較佳為給藥一天兩次。

有利的狀況為，使用包括所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽之一有效劑量長期給藥，超過3個月以上，較佳為6個月以上。

在一較佳的實施例中，本發明係關於如上所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，用於治療不能切除的晚期或轉移性胰腺癌者之給藥，並可選擇性地與至少一抗腫瘤劑組合，而其所述患者是透過基因表現或疼痛程度的預測因子而定義為有該需要。

該至少一種抗腫瘤劑可作為治療癌症的一種藥物 (medicament)，且最好選自下列群組，包括：吉西他濱(健擇®；禮來公司)、厄洛替尼(得舒緩®；羅氏)、紫杉醇(汰癌勝®，Abraxane®；必治妥施貴寶)、Folfirinox、5-氟尿嘧啶(5-FU)、卡培他濱、順鉑、奧沙利鉑、伊立替康、亞葉酸鈣，以及任何這些抗腫瘤劑的組合。

根據一特定的實施例，本發明也關於一治療胰臟癌的方法，其中一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇性地與吉西他濱組合給藥。

關於最佳給藥方案，取決於年齡、個體條件、給藥模式、和臨床上的設置，所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類的有效劑量，其在胰臟癌之人類患者的每個OS是4.5至9.0毫克/公斤/天，最好是每日兩個攝入量。根據本發明發現，胰臟癌的成人患者，其所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽之較佳起始劑量為6.0至7.5毫克/公斤/天。針對在對治療反應評估後有不適反應且沒有限量毒性的患者，所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類劑量之逐步增量，可考量最高劑量9.0毫克/公斤/天，而仍屬於安全範圍，而只要他們從治療中獲益且沒有限量毒性，患者可被長期治療。對於經歷治療相關毒性的患者，所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類在不耐症患者中的劑量，可以為1.5毫克/公斤/天之逐步減量而達到4.5毫克/公斤/天之最低劑量，只要他們從治療中獲益且所述劑量並無限量的毒性。

在另一實施例中，所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，給藥的每日起始劑量為6.0至7.5毫克/公斤/天，吉西他濱的療程以每週的劑量於病人表面積為1000±250毫克/平方米作為一個開始，隨後以每週劑量1000±250毫克/平方米共3週為一週期，隨後休息一個星期的治療共28天，連續七週(從3到7週)。針對吉西他濱，應了解的是上述的給藥方案已包括微量之修改。例如，每28天一個週期係表示接受治療3週和停止治療1週。

根據一特定實施例中，本發明的組合物是一種口服組合物。

如本領域技術人員所周知的，各種形式的賦形劑能被使用適用於給藥模式，適合於給藥的方式，和其中一些可以促進活性分子之有效性，例如，藉由促進一釋放用數據圖表表示而給與這些活性分子對於所需的治療整體更有效地。

因此，本發明的藥物組合物能夠以各種形式給藥，更特別地，例如以可注射、粉末化或攝取的形式，例如通過肌內、靜脈、皮下、皮內注射、口服、局部、直腸、陰道、眼、鼻、經皮或腸胃外途徑。較佳的路徑是口服給藥。值得注意的是，本發明涵蓋根據使用本發明所述的一化合物而製造藥物組成物。

此藥物可以採取適量的適於口服給藥的藥物組成物(compositions)形式，其可使用本領域所周知的藥學上可接受的載體。這樣的載體讓藥物組合物可以配製成片劑、丸劑、糖錠劑、膠囊、液體、凝膠劑、糖漿劑、乳漿劑(slurries)、懸浮液、和類似物給患者攝取。除活性成分外，這些藥物組成物可以包含合適的藥學上可接受的載體，其包括利於處理活性化合物成可在藥學上使用的製劑之賦形劑和輔助劑。對於劑型和給藥於技術上的進一步細節，可見於在最新版本的丙明通藥物科學(Remington's Pharmaceutical Sciences，Maack出版公司，伊斯頓，賓夕法尼亞州)。

本發明進一步以下列實施例說明。

在這些實施例中所呈現的數據，以及部分的專利描述，部分是取自初步分析，並藉此表示一個近似最終的，經過驗證的數據集。

例1：以隨機之安慰劑控制組之第3期研究而評估馬賽替尼與吉西他濱組合治療晚期/轉移性胰臟癌的患者之療效和安全性

在此示跡中，由AB科學執行而評估馬賽替尼與吉西他濱組合在胰臟癌治療的療效和安全性之發展計劃，係基於以下臨床研究：研究AB07012「一項前瞻性、多中心、隨機、雙盲、安慰劑控制、2-平行組之第3期研究，比較9毫克/公斤/天之馬賽替尼及吉西他濱的組合與安慰劑及吉西他濱的組合之於治療晚期/轉移性胰臟癌患者的療效和安全性」。療效和安全性分析的截斷日期為2012年3月1日，對應於揭盲(unblinding)日期。

AB07012研究族群之描述

治療意向(ITT)族群被定義為所有隨機患者，不論其是否已接受過研究中的治療。mITT(改良治療意向)族群包括所有ITT患者，除了為維持完整紀錄非治療相關的原因而過早撤出研究的患者。研究AB07012之ITT族群包括353例患者，從2008年11月11日記錄至2010年7月6日(包括最後一個患者)：馬賽替尼加吉西他濱治療組的175例患者和安慰劑加吉西他濱治療組的178例患者。臨床療效係在mITT族群上分析，定義為不包括5名患者的ITT族群而。兩位馬賽替尼加吉西他濱治療組的患者未接受馬賽替尼或吉西他濱治療。兩位安慰劑加吉西他濱治療組的患者，其中一人並非已安慰劑或吉西他濱治療，而另一人接受吉西他濱但無安慰劑的治療。所排除的第五名患者係被分配到安慰劑加吉西他濱治療組，但其並沒有胰臟癌。

因此，mITT族群包括348例患者：

-以馬賽替尼加吉西他濱治療的173例患者

-以安慰劑加吉西他濱治療的175例患者

根據疼痛程度的預測因子而被分析其臨床療效的族群之描述

基線特徵治療類型和功效的分析呈現出三個亞群，其定義如下：

- 「疼痛」：有疾病相關疼痛的患者，其疼痛係定義為視覺類比量表(VAS)疼痛程度評分>20(N=137：分別為64和73在馬賽替尼加吉西他濱，與安慰劑加吉西他濱治療組)。

- 「無疼痛，無嗎啡」：有疾病相關疼痛的患者，其疼痛定義為VAS[0-5]，且沒有鴉片類鎮痛藥5之需要(N=68：34例患者分別在馬賽替尼加吉西他濱，和安慰劑加吉西他濱治療組)。

- 「低於中度疼痛」：所有不屬於「疼痛」和「無疼痛，無嗎啡」亞群之其他患者(N=107：57和50例分別在馬賽替尼加吉西他濱，和安慰劑加吉西他濱治療組)。

如上所述的「疼痛」亞群，其係基於以下原因：

- 在研究AB07012的整體(overall)存活率多變量分析中，疼痛程度被辨識為影響整體存活率的主要因素(變量)。此外，在疼痛程度的變量和施予患者的組合治療之間發現相互作用。

- 從研究AB07012對整體存活率的結果表明，馬賽替尼加吉西他濱與安慰劑加吉西他濱相比，顯著提高伴有疼痛強度VAS的疼痛強度>20毫米的胰臟癌患者之總存活率。

整體存活率的結果表明於安慰劑加吉西他濱治療組其OS下降則疼痛程度增加。VAS疼痛程度為20毫米正好與死亡風險比的水平頂(plateau)(或水平漸近線)一致。

- 在一項Moore等人研究胰臟癌治療的類似研究報告中，20毫米的VAS作為VAS疼痛評估截斷。在這項研究中，對於VAS>20，風險比為1.00之患者，其以厄洛替尼加吉西他濱的組合與接受安慰劑加吉西他濱相比對其整體存活率並沒有表現出任何額外的好處(95%CI[0.78；1.27])[Moore MJ,et al.,J Clin Oncol.2007 May 20；25(15)：1960-6]。

其他一些出版物在科學文獻中報導的臨床結果，包括VAS評分在20毫米之截斷[(Marineo G.J Pancreas 2003；4(1)：1-10)；(Zaza C,et al.,J Pain Symptom Manage,2002；24：526-542)]。

臨床療效評價係通過分析總人口和上述之疼痛程度亞群的總存活率(OS)。疼痛程度評估採用視覺類比量表，其線性刻度提供了患者感知疼痛幅度一個視覺表示形式。一沒有參考點的100毫米長線代表的疼痛幅度。一個末端表示無疼痛(其值為0)，另一個是可以想像的最嚴重的疼痛(其值為100)。於實際操作中，接受研究性治療(即基線)之前，每個病人被要求在VAS刻度上畫一條垂直線指出此時他們所經歷的疼痛感覺。一般認為，若病人無痛苦，或微不足道的痛苦，其基線之一垂直線係為於VAS刻度上0和5之間。

研究分析AB07012之整體存活率療效

整體存活率是這項研究的主要終點。OS係從隨機之日起至死亡記錄之日而測量。如果沒有觀察到死亡，OS之資料會在患者的已知最後存活日期日被審查。OS係在每個基線特徵被調查，透過單變量分析接受安慰劑加吉西他濱治療的患者，以確定可能影響整體存活率的治療外之獨立變數。在OS結果(統計意義在5%，數據未顯示)的主要區別係觀察基線特徵：疼痛程度之VAS尺度、局部晚期/轉移性腫瘤、白蛋白水平(正常/異常)、胰臟體部之原發性腫瘤的位置。總生存期存活率的影響最大參數是疼痛程度。雖然疾病有關的疼痛之前曾與整體存活率相關聯，但疼痛程度從未被證實係整體存活率的最重要因素。疼痛程度影響胰臟癌患者的總存活率已被視為一個重大發現。因為這些變量，特別是疼痛程度，清楚顯示以安慰劑加吉西他濱之組合治療對患者整體存活率的影響，它被預期於兩個組合治療方式之間在基線特徵之任何差異也將影響整體存活率。即使以兩個變量(此地、區域和轉移/局部晚期)分為不同等級，一單變量模型是不適合的，因此為了確認組合治療對整體存活率的效果而以多變量Cox模型取代。在整體人口族群中，整體存活率從多變量Cox分析得到的結果如下而分成三個VAS疼痛程度亞群(「疼痛」、「無疼痛，無嗎啡」、和「低於中度疼痛」)。

以多變量整體存活率分析而確認疼痛程度的預測因子

對整體存活率和療效之每個變量的影響經多變量模型的建構而進行了研究，其中變量的選擇係通過一個使用5%閾值加入和維護變量的循序漸進過程。最終的多變量模型包括以下幾個因素：

- 任意重要性水平的治療組。

- 以「階梯式」多變量模型選擇因子：局部晚期/轉移性腫瘤、胰臟體部之原發性腫瘤的位置、白蛋白水平(正常/異常)、以及分配給三個VAS疼痛程度亞群(如上所述)的VAS疼痛評估。

- 其交互作用係經由Kaplan-Meier法估計(藉治療組別和因子方式)而以圖形化驗證。

表2總結對於整體人口族群藉由多變量分析之Cox模型確定具統計學上有顯著性的變量。

從這個多變量模型得到的結果顯示組合治療對於在整體人口的存活率並沒有影響，但從四個變量中顯露一個顯著的影響：疼痛程度(P<0.001)、白蛋白水平(P<0.001)，腫瘤的分類為轉移性或局部晚期(P=0.016)、胰臟體部之原發性腫瘤的位置(P=0.021)。因此，對於OS這些變量保留在多變量模型中。令人驚訝的是，這些數據發現，根據所述在基線之VAS亞群的疼痛程度是一個關鍵變量，其對胰臟癌患者之OS具有顯著影響。按照如先前所作之整體人口族群相同的程序，因此在亞群中期多變量分析係根據基線VAS疼痛程度之亞群而執行。表3總結了在總人口中之OS的多變量分析結果，以及三者中每一個VAS疼痛程度亞群。

從多變量分析結果證實，針對整體人口族群，其患者以馬賽替尼加吉西他濱治療的患者與安慰劑加吉西他濱治療組相較並無無統計學上顯著的存活率優勢。根據我們的研究結果基線疼痛程度係與OS密切相關，此參數被進一步研究，以確定在治療組合類型和整體總存活的變量之間是否存在任何交互作用，亦即OS作為VAS疼痛程度評分的功能是分析兩個治療組(馬賽替尼與安慰劑)。相似的曲線對應於兩個變量之間並沒有交互作用，然而分離的曲線係指出有交互作用。VAS尺度評估揭露出疼痛程度和使用的治療組合之間有顯著和強烈的交互作用，其對「疼痛」亞群藉p值為0.010和「無疼痛，無嗎啡」亞群藉p值為0.041而證明(表3)。交互作用之圖形驗證表明，以馬賽替尼加吉西他濱治療組較安慰劑加吉西他濱治療組之患者VAS>20的中位OS較低，其風險比為0.61(95% CI[0.42：0.88])(圖4)。相反地，患者為VAS[0；5](即「無疼痛，無嗎啡」亞群)以安慰劑加吉西他濱治療組與馬賽替尼加吉西他濱治療組相比以其中位OS較高，其風險比為1.63(95% CI[0.94：2.85])(圖5)。這凸顯了對於癌症患者分析OS之疼痛程度變量係至關重要。

在整體人口族群中，對整體存活率的多變量分析顯示組合治療之以P值為0.740和對於死亡風險比其95%的置信區間為0.90(95%CI[0.71；1.14])並沒有顯著影響。患者以馬賽替尼加吉西他濱組合治療其中位OS為7.7個月(95%CI[6.1；10.6])，而患者接受安慰劑加吉西他濱其中位OS為7.0個月(95%CI[5.8；9.6])。對於馬賽替尼加吉西他濱其OS率在6、12、18、和24個月分別為59.2%、32.1%、17.3%、和9.5%，而對於安慰劑加吉西他濱其OS率在6、12、18、和24個月分別為56.0%、28.5%、14.5%、和7.5%。

在「疼痛」亞群，(患者與疾病相關的疼痛定義為VAS> 20)，馬賽替尼加吉西他濱的組合與安慰劑加吉西他濱相比，顯著提高胰臟癌患者其疼痛程度VAS評分>20整體之存活率，其係以一個p值0.01作為證明。死亡風險比(定義為以馬賽替尼加吉西他濱下的死亡率比安慰劑加吉西他濱的死亡率)為0.61(95% CI[0.42；0.88])，這意味著以馬賽替尼加吉西他濱與安慰劑加吉西他濱治療的患者相比其死亡風險具有39%的顯著下降。考慮到較高的信賴區間邊界之最壞的情況下，即0.88，「疼痛」亞群患者以馬賽替尼加吉西他濱治療時的死亡風險仍減少了12%。馬賽替尼加吉西他濱治療組的中位OS為8.1個月，然而安慰劑加吉西他濱治療組的中位OS僅有5.4個月。以馬賽替尼加吉西他濱治療組6、12、18、和24個月的存活率分別為58.2%、32.2%、17.2%、和6.4%，以安慰劑加吉西他濱治療組為43.9%、17.8%、7.8%、和2.0%。Kaplan-Meier法估計這個亞群的多變量模型如圖4所示。馬賽替尼加吉西他濱治療比上安慰劑加吉西他濱的治療優勢可在多變量模型中清楚地看到，其中馬賽替尼加吉西他濱的存活率始終較高。

相較於在「無疼痛，無嗎啡」亞群(患者之疾病相關的疼痛定義為VAS[0-5]，沒有用於治療疾病相關的疼痛鴉片類鎮痛藥的需求)之安慰劑加吉西他濱治療組於胰臟癌患者之整體的存活率為顯著增加，馬賽替尼加吉西他濱組，p值為0.041和死亡的風險比為1.63(95%CI[0.94；2.85])。支持這種多變量分析的結論是，在缺少任何其他獨立預測因子，以馬賽替尼加吉西他濱治療沒有疼痛，或沒有治療疾病相關的疼痛而需要鴉片類鎮痛藥的胰臟癌的患者是不宜的。

Kaplan-Meier法估計這個亞群的多變量模型，如圖5所示。

「低於中度疼痛」亞群(即患者與疾病相關的疼痛定義為5<VAS<20)之治療沒有經由多變量Cox模型驗證為有顯著影響，其整體存活率以p值為0.976和死亡風險比0.95(95% CJ [0.63；1.41])。因此，我們認為這部分亞群為中性。Kaplan-Meier法估計這個亞群的多變量模型如圖6所示。Kaplan-Meier存活率曲線可以明顯看出，兩條曲線存活概率幾乎是相同的，因此以馬賽替尼加吉西他濱治療「低於中位數的疼痛」亞群係為中性。當考慮到治療的「無疼痛，無嗎啡」亞群不宜以馬賽替尼加吉西他濱予以治療，這是重要的，因此，「低於中度疼痛」亞群有效地代表治療和非治療閾值之間一個大的緩衝區對於，大大減輕患者接受治療，對其存活率損害的任何風險。

此外，它指出，患者的疾病相關疼痛被定義為VAS>20 時，最終可能需要鴉片類鎮痛藥，以應付他們的疼痛，隨後他們的疼痛可能會減少為VAS評分5毫米。然而，這種的患者亞群，定義為「無疼痛，但對鴉片類鎮痛藥有需求」，也顯示出是中性亞群(數據未示出)。

AB07012安全性分析研究

在患者為「疼痛」(VAS>20)亞群的兩個治療組的意外事件(AE)頻率是相似的(100%)。馬賽替尼治療組之危急的(serious)意外事件和嚴重(severe)意外事件的頻率(在患者中分別為68.8%和85.9%)比安慰劑治療組(分別為56.2%和71.2%)為高。馬賽替尼加吉西他濱治療組因意外事件導致吉西他濱停藥或中斷比安慰劑加吉西他濱組更頻繁。這些趨勢在總人口族群中係重複，即於兩治療組之危急的(serious)意外事件和嚴重(severe)意外事件的頻率相似，而吉西他濱治療的停藥或中斷亦同，在馬賽替尼加吉西他濱治療組中比在安慰劑加吉西他濱治療組為高。

馬賽替尼加吉西他濱治療組暴露在吉西他濱和安慰劑加吉西他濱治療組相比在總人口族群中減少約35%，在疼痛亞群中減少約30%，在「低於中位數的疼痛」亞群中減少約30%，在「無疼痛，無嗎啡亞群」中減少約45%。整體而言，馬賽替尼加吉西他濱治療組患者接受馬賽替尼平均為3.0個月，而安慰劑加吉西他濱組患者接受安慰劑平均為4.3個月。因此，與研究藥物接觸是在馬賽替尼加吉西他濱組(P=0.001)顯著較低。此較少與研究藥物的接觸係藉患者在研究期間所接受的藥物劑量程度而呈現，來自馬賽替尼加吉西他濱組之34.7%的患者接受小於最初計劃的劑量80%，而與來自安慰劑加吉西他濱組的患者為17.1%。

合計意外事件和藥物暴露兩者，其觀察結果表明，針對患者配合度而予以9毫克/公斤/天的劑量於馬賽替尼給藥並不適合，部分是由於與組合相關聯之額外的毒性。也考慮了對馬賽替尼推斷的作用機制之新的見解，一6毫克/公斤/天之馬賽替尼劑量被認為是最適的起始劑量，患者中有反應不足和缺少毒性限制者，允許劑量提升。

根據疼痛程度(pain intensity)預測因子(predictor factor)所得之研究AB07012療效的結論

研究AB07012的一目標係比較馬賽替尼加吉西他濱與安慰劑加吉西他濱治療不能切除的局部晚期和/或轉移性胰臟癌患者的療效比較。在總人口族群中，馬賽替尼加吉西他濱治療沒有表現出統計學上對患者的整體存活率之中位數的顯著改善。然而，在不同的基線特徵之多變量分析中，驗證疼痛程度對於整體生存期存活率的預測能力作為最重要的單一因素。根據下列標準而出現三個亞群：

- 「疼痛」：VAS>20

- 「無疼痛，無嗎啡」：VAS<5

- 「低於中度疼痛」：VAS=[5-20]

根據這些亞群之分級顯示對於接受安慰劑加吉西他濱(即吉西他濱作為一個單一的藥劑)的患者，在「無疼痛，無嗎啡」亞群之中位OS為15.4個月，與「疼痛」亞群之5.4個月相比，這兩個亞群之間在中位OS對應的的差異為10.0個月。相反地，馬賽替尼加吉西他濱治療「疼痛」的亞群中位整體存活率顯著延長，中位OS為8.1個月，風險比為0.61(95% CI[0.42，0.88])，這意味著馬賽替尼加吉西他濱治療組與安慰劑加吉西他濱治療組相比，其死亡風險減少了39%(p值=0.01)。在「無疼痛，無嗎啡」亞群中，風險比倒轉為1.63(95% CI[0.94，2.85])，p值為0.041。因此，根據疼痛程度的預測因子，且在沒有任何其他獨立的預測因子下，所述在「無疼痛，無嗎啡」亞群患者的治療是不宜的。

總結而言，我們的分析導致發現疼痛程度強烈作為胰臟癌患者的整體存活率預測。已被證明馬賽替尼加吉西他濱治療的組合有效的亞群定義為至少有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度其得分高於20毫米之經報告之發生者(例如：即在100毫米刻度測量上為VAS>20毫米，或20%)。這部分亞群在總存活率其預後最差，因此有非常高之未滿足的醫療需求。以安慰劑加吉西他濱治療在「疼痛」亞群，佔約43.9%的患者，其中位OS為5.4個月，然而在「無疼痛，無嗎啡」亞群為15.4個月，在「低於中位數的疼痛」亞群為6.4個月。馬賽替尼加吉西他濱治療可顯著改善「疼痛」亞群之整體存活率，其中位OS為8.1個月與5.4個月，而與安慰劑加吉西他濱治療組相比，其中位OS為5.4個月(p值=0.010)。風險比為0.61(95% CI[0.42；0.88])，顯示馬賽替尼加吉西他濱治療組與控制治療組相比，其死亡的風險比減少了39%。在12、18、和24個月的整體存活率分別為32%、18%和6.4%相比，而安慰劑加吉西他濱治療組為18%、8%和2.0%。

例2：研究AB07012的基因組分析調查預測療效判定標準

輔助藥物基因組學研究是從基因組數據預測療效判定預測標準而進行定義。也就是說，辨識取自研究AB07012的胰臟癌患者之一個隨機次群(subset)之基因的下調或上調，並且可以與研究性治療之整體存活率和臨床效益相關連。此關於治療由基因表現的預測因子所定義之患者亞群的輔助研究，其主要發現係經由如上面一節「發明內容」中所呈現。在此提供所使用的技術或細節之額外補充。

基因表現分析之Skuldtech程序步驟

基因組分析係包括以高通量的方法在馬賽替尼治療前所收集外周血細胞樣本的全轉錄組分析，並藉Skuldtech(蒙貝利耶Montpellier，法國)之新一代測序(以三次分別獨立地進行)執行。基因的表現與整體存活率和治療類型係依賴於一個多步驟的過程而識別。以下所列的提取物係取自Skuldtech程序步驟(步驟1至7)，然後對於不同的基因表現藉通過一定的方法論面向作一般性討論。

1.樣本採集和處理：

- 患者的全血樣本係存於PAXgene管並於乾冰中(托運人：LabConnect，美國)接收且儲存在-80℃。

-屬於治療前之119例患者的收集管，其命名為第0週。

-從治療前之119例患者的血液樣本提取總RNA，並命名為第0週。僅在此時間點進行轉錄組分析(生物標記的調查)

-分析了所有的119個RNA樣本。假如收到一些樣本因材料質量不足而分析為不合格，則他們不會被使用。

-以數位基因表達(DGE)進行了實驗，選擇一組假定的生物標記。

-生物標記驗證係於COBAS平台(LC480，羅氏診斷)使用Real-Time PCR和適當的生物統計方法用來篩選最好的生物標記。

2. RNA樣本：

-119個血液中的RNA樣本對應於基線的血液樣本，係使用PAXgene血RNA試劑盒V.2(PAXgene Blood RNA Kit V.2，PreAnalitix)並根據製造商的建議而從血液(PAXgene血液收集管，PAXgene Blood collection tubes，BD)中提取。

-RNA完整性的控制係使用真核細胞總RNA的6000納米晶片 (Eukaryotic Total RNA 6000 Nano Chip，安捷倫科技，Agilent Technologies)並以2100生物分析儀(2100 Bioanalyzer，安捷倫科技，美國，帕羅奧圖)執行。RNA數量係使用NanoDrop ND-1000分光光度計控制。純化的RNA保存在-80℃。

3. DGE庫的建構(DGE library construction)和標籤基因圖譜(tag-to-gene mapping)：從患者所匯集血液RNA樣本建構了12個數位基因表現(DGE)庫。對於四個治療組的每一個(即安慰劑/吉西他濱之P或馬賽替尼+吉西他濱之M及於第4個月前死亡，M4，或15個月後還活著，M15)，三個DGE庫被構建其使用相同所匯集血液的RNA樣本(三技術重複)。此DGE庫係以Illumina's DGE Tag Profiling kit並根據製造商的步驟(版本2.1B)而構建，使用5μg的總RNA(在RNA匯集池中之每一RNA樣本之間的RNA為等量)。使用Illumina Pipeline而進行序列分析和鹼基判定(base calling)，在純度過濾後獲得序列標籤。該平台使用的是MGX(蒙貝利耶，法國)。從每個DGE庫的數據以BIOTAG軟體(Skuldtech，蒙貝利耶，法國)對標籤(tag)檢測、標籤計數和評估DGE庫質量(Piquemal D,et al.,Genomics.2002 Sep；80(3)：361-71)而進行了分析。

4.標籤標註(annotation)和選擇：一個編譯智人(homo sapiens)序列的本地數據庫係從良好編譯的UniGene簇(clusters)序列及相關信息所產生(Built#232，March 2012第2322012年3月，NCBI)。在此數據庫中的每個序列，預期DGE標籤(標準的標籤)係位於序列(R1)上游的3'端最近的NlaIII限制性位點(restriction site，CATG)，以及假定的標籤位於較內的位置(從轉錄的3'端開始標記為R2，R3和R 4)而提取(Piquemal D,et al.,Genomics.2002 Sep；80(3)：361-71)。使用此收集所得的虛擬標籤匹配和註釋從DGE 庫所獲得之實驗標籤(精確匹配為17bp)。首先，尋找對應每個實驗的標記與虛擬的標準標籤(R1)。然後，非配對的實驗標籤以R2標籤，然後用R3和R4標註。DGE實驗的分析係使用edgeR方法而實施(版本2.6.9，Bioconductor)。

5.以即時PCR合成cDNA：以300毫微克(ng)總RNA，並根據製造商的說明而使用200個單位(units)的SuperScript II酶(M-MLV逆轉錄型，Invitrogen公司)和250毫微克的隨機引物(random primers)，為最終反應體積為20微升(μl)的119個核糖核酸(RNA)中的每一個進行反轉錄中(25℃下10分鐘，42℃下50分鐘，70℃下15分鐘)，同一天係以相同的移液器組和相同的機械手(manipulator)而操作。

6.即時PCR：目標基因的驗證是在羅氏診斷(Roche Diagnostics)的即時PCR(qPCR)的平台上進行。qPCR實驗進行是使用的LightCycler ® 1536 DNA Green Master Kit和RealTime ready DNA Probes Master Kit(羅氏診斷)於羅氏診斷LightCycler1536® qPCR的裝置並根據製造商的的說明而實施。

對於SYBR Green分析，將反應混合物在終體積為2微升其製備如下：0.4微升的LightCycler 1536 DNA Green Master 5X(Roche公司)，0.1微升的Bright Green 20X(Roche公司)，0.1微升的Setup Control 20X(Roche公司)，0.04微升的50微莫耳濃度(μM)的引子對(Eurogentec)，0.36微升的無DNA酶和RNA酶的水和1微升的cDNA基質(最終稀釋濃度為1/50)。對於探針(probes)分析，將反應混合物在終體積為2微升其製備如下：0.4微升的Real Time Ready DNA Probe Master 5X(Roche公司)，0.1微升的Control Setup 20X，0.1微升的4微莫耳濃度之正向引子(Eurogentec)，0.1微升的4微莫耳濃度之反向引子 (Eurogentec)，0.1微升的4微莫耳濃度之FAM/TAMRA探針(Eurogentec)，0.2微升的無DNA酶和RNA酶的水和1微升的cDNA基質(最終稀釋濃度為1/50)。所有移液步驟係於安捷倫Bravo自動化液體處理平台中進行。PCR程序包括在95℃下1分鐘之第一預溫育步驟後，接著進行50個PCR循環(95℃下2秒，60℃下30秒)。為從非特異性產物和引子二聚體而區分特定的產物，一融解曲線(melting curve)係藉由從60至95℃之溫度逐步增加而獲得。qPCR數據係使用Delta.Ct(DCT)的方法而分析(Livak KJ and Schmittgen TD.Methods.2001 Dec；25(4)：402-8)。所有的靶基因之DCT值是藉由減去從兩個參考(管家)基因的Ct值的平均Ct值而被確定。兩個管家基因為B2M(NM_009735，小鼠β-2微球蛋白Mus musculus beta-2 microglobulin，mRNA)和GAPDH(NM_002046，甘油醛-3-磷酸脫氫酶glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，transcript variant 1，mRNA+NM_001256799 Homo sapiens glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，transcript variant 2，mRNA)

7.轉錄組圖譜：使用數位基因表現(DGE)的方法，患者總血液中的轉錄圖譜而實施，以edgeR方法所選定169個基因作為對好的馬賽替尼反應和壞的馬賽替尼反應之間的差異表現基因。分析的基因其被選擇係根據(i)以最高差異倍數變化(>1.5)為數學過濾器，FDR調整p值標準(<10%)係基於類型I的(α=5%)錯誤及(ii)在特定過程和已知的代謝途徑有參與的標靶基因作為生物過濾器。在即時PCR檢測，其陽性反應係藉熒光信號的積累而被檢測。Ct(循環閾值cycle threshold)被定義為螢光信號越過閾值(即超過背景水平)所需要的週期數。Ct值是在樣本中的靶核酸的量成反比(即Ct值越低，樣本中的靶核酸的量越大)。

整體存活率之基因表現預測因子的識別方法

此輔助的研究目標是揭示：(一)馬賽替尼加吉西他濱治療的患者與安慰劑加吉西他濱治療的患者相比的延長存活率(即增加OS)生物標記預測；(二)馬賽替尼加吉西他濱治療的患者與安慰劑加吉西他濱治療的患者相比的提早死亡生物標記預測其(即減少OS)。這種分析同時測定馬賽替尼治療前研究AB07012所收集的119名患者的外周血細胞樣本的大量基因表現水平(馬賽替尼加吉西他濱與安慰劑加吉西他濱治療的患者其比例為1：1)。PAXgene^TM血液RNA系統(PAXgene^TM Blood RNA System)被使用來收集患者的血液樣本和分離RNA(核糖核酸)，以乾冰包裝船運並儲存在-80℃。PAXgene管係經被FDA核准(id為K042613)。分析的樣本僅在第0週採取一次(基線baseline)。

在一般情況下，差異基因表現出現一些挑戰，即真正新穎的基因表現模式的再現性和檢測。例如，血液中的RNA樣本分析是由於實驗和個體差異而易受各種錯誤。此外，預選擇的目標基因可能會阻礙轉錄體所需要的預先存在的知識。由Skuldtech通過以下措施來解決這些問題，以確保最佳的再現性：

-PAXgene^TM血液RNA收集系統的使用係避免RNA的降解和由於站點之間不同選擇標準的樣本質量差異。

-固有的基因特異性和個體間表現的變異已考慮到通過edgeR Bioconductor分析和RNA樣本池而描述。

-該DGE方法不依賴於所關心的轉錄組的預先存在的知識，因此可以被應用到任何感興趣的患者群組。

-對於定量PCR實驗，技術平台的當前狀態係被使用，符合產業和研究的標準。

第一分析步驟涉及一個完整的DGE分析，使用的方法為edgeR[http：//www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/edgeR.html]執行。在第二分析步驟，一2^-ddCt(2exp-Delta Delta循環閾值)分析係使用R包裹之ddCt於即時PCR實驗進行 [www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/ddCt.html]。這一分析是用於設置差異的截斷(cut-off)以評估基因是否能實現典型臨床和技術性能。在這項研究中，每個目標基因藉定量PCR擴增，並在對於每個基因和每名患者的個體標準化(normalization)後，一結果的參數名為Delta循環閾值(DCt)被評估，從而提供了一特定患者的一特定基因的表現水平。Ct值的標準化是使用兩個參考(管家)基因(B2M，GAPDH)，其在整個血液RNA樣本中DGE分析中顯示穩定的表現。為所調查每個基因藉由減去自參考基因其Ct值的幾何平均值的循環閾值(Ct)而定義其Dct值。DCt值與基因表現水平成反比，因此，在上調基因的情況下，較低的DCt值表示更大的表現水平，而在下調的基因的情況下，較高的DCt值表示較低的表現水平。

這項研究中使用的DGE(數位基因表現)法是一種高通量測序轉錄分析方法。這種方法提供了一RNA豐度的數位量度，透過目標區域之序列讀取記數來代表，與來自於微陣列的間接類比信號相反。此外，它具有更廣泛的動態範圍，而不是依賴擁有所研究的轉錄組中預先存在的知識。因此，這種方法有更廣泛檢測新的轉錄本(transcripts)和來自改變的啟動子(promoter)用法、剪接位點和多聚腺苷酸化之mRNA變異(variants)的能力。

DGE庫係使用多聚A(poly-A)選擇由總RNA分離的 mRNA而生成。基因庫的隨後建立係以Illumina公司的DGE標籤剖析試劑盒(Illumina's DGE Tag Profiling kit，聖地亞哥，美國)並根據製造商的步驟(2.1B版)而進行。簡單地說，RNA用隨機引子進行反轉錄，其次是第二鏈合成而建立雙股cDNA片段。接著提取出每一個RNA的特定21bp標籤(tags)。標籤被分離，特定的配位體(adaptor)被連結，然後以PCR擴增。基因庫藉Illumina的DNA測序平台(DNA sequencing platform，聖地亞哥，美國)而進行測序。由於DGE提供絕對值，並且不需要任何校準以任意標準(arbitrary standards)，結果可與其他獨立實驗室所產生的數據比較。

針對因人類的操縱和細胞純化的沉重(heaviness)而被忽略的偏見，Skuldtech選擇從全血中直接讀取。因此，以DGE方法在這個計畫第一步的生物標記的篩選和鑑定是對全血執行。最後實施匯集策略，這是當個別研究太小而無法進行任何明確的結論時，一個經常使用在流行病學的方法。樣本庫的主要優點是它能夠識別最常見的/特定基因的表現圖譜，並忽略個體差異。

RNAs逆轉錄係根據羅氏診斷的步驟。假定生物標記之基因表現水平係使用LightCycler 480之即時PCR檢查。參考基因的表現在每一即時PCR板(plate)被量化，進而評估即時PCR實驗的技術效率。與每一即時PCR實驗相關的Ct值的變異係在參考基因中評估。所有靶基因的DCt值係透過減去參考基因中Ct值的幾何平均值的循環閾值(Ct)而確定。因此，從所有即時PCR動態陣列取得之DCt值構建出一數據矩陣，其隨後會被用於所有的假設試驗。

選擇目標基因及識別基因表現的預測因子

在挑選的169個基因得出的DGE分析，是採自119個修正意向治療的患者之基因組數據庫。這些基因的選擇是基於基因對整體存活率之影響，例如與馬賽替尼加吉西他濱治療的總存活率關聯性相關的基因。每一個選定的基因係藉定量聚合酶鏈反應(定量PCR)的擴增而一個給定的患者之一個給定基因的表現水平在個別標準化(normalization)後評估。分析係根據關於一組參考基因(B2M，GAPDH)的每個定量PCR實驗相關聯的Ct值變異。透過減去這些參考基因Ct值的幾何平均值中的循環閾值(Ct)為每個調查的基因定義Delta Ct值(DCt)。為每個基因指定三個截斷(cut-offs)：中位數，Q1(第一之四分位數，P25)和Q3(第三之四分位數，P75)。針對每一個截斷(小於截斷/多於截斷)，多變量模型用於對主要標準計算風險比、卡方統計量和Cox模型的p值(每個基因之一)，從而解釋OS，使用的因子有：治療組、腫瘤狀況、腫瘤位址和在基線白蛋白水平。

因此，為每個基因運行了七個不同的Cox模型：

- 無截斷原始DCt值模型

- DCt值<中位數

- DCt值>中位數

- DCt值<Q1

- DCt值>Q1

- DCt值<Q3

- DCt值>Q3

如果治療組的效果是顯著的(P<5%)，則其可被總結為，該受調查的基因視治療組而定，對存活率有不同的效果。假如p<5%，則受調查的基因會被選擇用於下一個步驟。總共有37個基因/截斷組合被選擇，包含17種不同的基因。

對於選自上述步驟17個基因中的每一個，針對每一種組合和每個截斷使用了相同的多變量模型。因此，每個基因運行了七個不同的Cox模式。應用規則是以組合建立的亞群應包含超過40個患者(樣本總數的1/3)：根據組合的辨別能力而分類這些不同的組合係，其係藉Cox模型中所提供之卡方檢驗的p值而計算。六個最顯著(p值<0.01)的組合列於表4中。

為了完成最廣泛的整體遺傳指紋，先選擇出最顯著的雙基因組合，然後記錄下面資訊：亞群中的患者數目，風險比；Cox模型的p值。接著，另一雙基因的組合被加入，以增加的樣本大小和的分析權力(power)。如上之相同的訊息被記錄下來。當加入一個新的組合而沒有(或很少)補充患者中被加入至樣本大小時，選擇的過程中則被停止，其先決條件是維持風險比和/或p值。表5總結了選擇過程。

該進程在6個組合後被停止。在被識別為存有GBM的患者中，有些被標記(flagged)兩個複製(replicates)(45例患者)，有些被標記在複製(duplicate)1但不標記在複製2(11例患者)，有些被標記在複製2但不標記複製(duplicate)1(10例患者)，因此，最終的亞群共包括66例患者(=45+11+10)。雙基因的最終選擇由「基因表達預測因子」構成(統稱為「基因指紋」)。這些基因表現的預測因子是：ACOX1<=3.05和TNFRSF10B<=6.1； RPS23>0.35和ACOX1<=3.05；ABCC3<=4.3和LYN<=1.65；HIF1A<=3.95和TNFRSF10B<=5.65；ABCC1>3.5和IGJ>7.05；UBE2H>3.7和PARP2>7.1。

如上上述的DCt閾值代表最廣泛性的整體基因指紋用於區分目標亞群。然而，最適閾值，可能係在接近這些截斷處發現，例如在55%，而不是中位數。此外，如上所述的閾值是從一個特定的患者隊列(n=119)取得，可視其為一般癌症患者的代表，然而，應預期一個不同的給定隊列，其最適截斷會略有不同，因為這也僅是整體人口的代表性樣本。因此，對於關於這些基因表現預測因子截斷的定義，應被了解其包含輕微的修改，例如，所述截斷的±10%，或甚至是所述截斷的±25%。

綜上所述，這6種基因表現預測因子會定義出一患者亞群，其對於馬賽替尼治療在延長存活率方面有積極的治療反應而有更高的機率。這亞群一般可以解釋為以亞馬賽替尼治療癌症的「基因指紋」亞群。因此，所有的分析(基線、療效和安全性)係在「基因指紋」亞群(即被辨別為具有至少一個正基因表達預測因子的那些患者)上執行。此外，也對基因表現預測因子為陰性的亞群(即「非基因指紋亞群)進行療效分析。

根據基因表現預測因子評估研究AB07012的臨床療效

以可用的基因組訊息(N=119；60例馬賽替尼之患者和 59例安慰劑組之患者)考量患者的全面隊列，在兩治療組之中位OS為7.7個月和以一p值為0.55之死亡風險比為0.89[0.60，1.31]。因此，沒有基於基因表現的額外分析，則無法為此亞群中馬賽替尼治療之有利或不利影響作出結論。。

在被識別為存有至少一基因表現預測因子的亞群，以下稱作「基因指紋」或「轉錄指紋」亞群(66名患者)中分析OS，而其相對者，即患者不存在任何基因表現的預測因子，以下稱作「非基因指紋」或「非轉錄指紋」亞群(53例患者)。

表6顯示透過根據治療組對「基因指紋」亞群的單變異和多變異分析，所計算之中位OS和存活率的估計。

在單變量模型中，馬賽替尼加吉西他濱治療組患者的中位OS為11.7個月，對比患者接受安慰劑加吉西他濱的中位OS為5.3個月。

這種差異在多變量模型更為明顯，其中位OS分別為 12.9個月對4.7個月。對基線中特徵的差異經過調整後，中位OS差異證明有統計上的意義(p值<0.00001)，其死亡的風險比(定義為在馬賽替尼加吉西他濱下死亡的機率比在安慰劑加吉西他濱死亡的機率)為0.22，95%的信賴區間為[0.12，0.40]。因此，當以馬賽替尼加吉西他濱的組合治療在「基因指紋」亞群的患者時與馬賽替尼單獨治療的死亡的風險相比下降78%。考量較高的信賴區間邊界之最壞的情況下，即0.40，在「基因指紋」亞群的患者之死亡的風險當以馬賽替尼加吉西他濱治療時仍減少了60%。圖7中所示以Kaplan-Meier估計患者呈現的「基因指紋」之識別。馬賽替尼加吉西他濱治療與安慰劑加吉西他濱相比之治療的優勢可在多變量模型中清楚地看到，其中馬賽替尼加吉西他濱的存活率是持續較高。

表7顯示了估計的中位OS和「非基因指紋」亞群的存活率。對於被識別為沒有呈現「基因指紋」的患者，Kaplan-Meier估計示於圖8。

在單變量模型中，馬賽替尼加吉西他濱治療組中的患者具有4.8個月的中位OS，相較之下接受安慰劑加吉西他濱的患者有14.4個月的中位OS。在多變量模型中，中位OS分別為5.6個月和13.2個月。死亡風險比為4.24(定義為在馬賽替尼加吉西他濱下死亡的機率比安慰劑加吉西他濱死亡的機率)在多變量模型中其95%的信賴區間[2.11；8.52]之中位OS有統計學上顯著的差異(p值=0.00001)。因此，不屬於「基因指紋」亞群即不存有至少有一基因表現的預測因子的患者之死亡風險，當以馬賽替尼加吉西他濱的組合與吉西他濱單獨治療時相比為較高。因此，在缺少任何其他正向預測因子，所述在「非基因指紋」亞群的患者的治療是不宜的。

最後發現，在患者隊列中沒有和基線VAS疼痛狀態的基因組數據，即個別疼痛基因預測因子的關連性。對全基因組隊列(整體人口族群)，以及「基因指紋」和「非遺傳指紋的亞群而言，此為事實。過去證據雖如此，但在本發明中，這是由於疼痛程度的參數需要一個更大的人口族群樣本大小以利統計上的區分，或者是因為疼痛程度和基因表現的預測因子係通過疾病進展的獨立機制而動作。在此後一種情況下，一給定患者的一預測因子為正向但另一預測因子為負向且馬賽替尼的治療仍有治療益處，是相當可能的，並不存在明顯的矛盾。

因此，在「基因指紋」的亞群，佔約55.5%的患者，在安慰劑加吉西他濱下其中位OS為4.7個月，而它在「非基因指紋」亞群為13.2個月。因此，到今天為止，在基線其定義為「基因指紋」的患者接受吉西他濱單一治療胰臟癌的標準治療時，在整體存活率其預後最差，因此具有最高的未滿足的醫療需要。馬賽替尼加吉西他濱治療顯著提高「基因指紋」亞群的整體存活率：中位OS為12.9個月與安慰劑加吉西他濱治療組為4.7個月(p值=0.00000056)相比。在12、18和24個月的整體存活率在患者接受馬賽替尼加吉西他濱治療分別為52.5%、18.3%和12.6%與在患者接受安慰劑加吉西他濱治療分別為7.4%、0.8%和0.3%。風險比值為0.17(95% CI[0.09；0.33])，建議患者接受馬賽替尼加吉西他濱與安慰劑加吉西他濱之控制組相比其死亡風險降低83%。

總結而言，如上所述之預測因子疼痛程度和基因表現，顯示係為癌症患者整體存活率不良的獨立因子，特別是人類胰臟癌患者，其彰顯了如上所述「疼痛」和「基因指紋」的患者亞群之高度未滿足的醫療需求。此二預測因子確定患者適合以至少一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽類，可選擇性與至少一抗腫瘤劑組合治療。

Claims

一種治療人類癌症患者的方法，其中該方法包括對於需要的人類患者予以以下之給藥：至少一酪氨酸激酶抑製劑(tyrosine kinase inhibitor)、肥大細胞抑製劑(mast cell inhibitor)或c-Kit抑製劑。
如請求項1所述的方法，其中所述該酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑係為與至少一抗腫瘤劑組合而予以給藥。
如請求項2所述的方法，其中所述該抗腫瘤劑係選自：烷基化劑、抗有絲分裂劑、抗代謝劑、抗拓撲異構酶I劑、鉑類似物、抗菌劑、激素劑、抗血管新生劑、基因毒性劑、細胞毒性劑、生物劑，或一額外的酪氨酸激酶抑製劑。特別是：阿巴瑞克(abarelix)、醋酸阿比特龍(abiraterone acetate)、阿地白介素(aldesleukin)、六甲蜜胺(altretamine)、阿那曲唑(anastrozole)、三氧化二砷(arsenic trioxide)、天門冬酰胺(asparaginase)、阿西替尼(axitinib)、阿扎胞苷(azacitidine)、鹽酸苯達莫司汀(bendamustine hydrochloride)、貝伐單抗(bevacizumab)、蓓薩羅丁(bexarotene)、比卡魯胺(bicalutamide)、leomycin、硼替佐米(bortezomib)、brentuximab vedotin、補束剋(busulfan)、卡巴他賽(cabazitaxel)、坎帕斯(Campath)、Camptosar、卡培他濱(capecitabine)、卡鉑(carboplatin)、carfilzomib、卡莫司汀(carmustine)、西妥昔單抗(cetuximab)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、順鉑(cisplatin)、克拉屈濱(cladribine，2CDA)、安妥明(clofarabine)、crizotinib、環磷酰胺(cyclophosphamide)、阿糖胞苷(cytarabine，ARA-C)、阿糖胞苷(cytosine arabinoside)、達卡巴嗪(dacarbazine)、放線菌素D(dactinomycin)、達沙替尼(dasatinib)、柔紅黴素(daunorubicin)、decitibine、地加瑞克(degarelix)、地尼(denileukin)、多西他賽(docetaxel)、多柔比星(doxorubicin)、表阿黴素(epirubicin)、甲磺酸艾日布林(eribulin mesylate)、厄洛替尼(erlotinib)、磷酸雌莫司汀(estramustine phosphate)、依托泊苷(etoposide)、依維莫司(everolimus)、依西美坦(exemestane)、氟尿苷(floxuridine)、氟達拉濱(fludarabine)、氟-5-尿嘧啶(fluoro-5-uracile，5氟尿嘧啶，5 fluorouracil)、氟尿苷脫氧核糖(fluorouridine-desoxyribose)、氟他胺(flutamide)、氟維司群(fulvestrant)、吉非替尼(gefitinib)、吉西他濱(gemcitabine)、吉妥單抗(gemtuzumab ozogamicin)、羥基脲(hydroxyurea)、替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan)、伊達比星(idarubicin)、異環磷酰胺(ifosfamide)、imatinib、ipilimumab、伊立替康(irinotecan)、伊沙匹隆(ixabepilone)、拉帕替尼(lapatinib)、來曲唑(letrozole)、亞葉酸鈣(leucovorin)、醋酸亮丙瑞林(leuprolide acetate)、洛莫司汀(lomustine)、氮芥(mechlorethamine)、甲地孕酮(megestrol)、美法崙(melphalan)、巰基嘌呤(mercaptopurine)、甲氨蝶呤(methotrexate)、絲裂黴素(mitomycin)、米托坦(mitotane)、米托蒽醌(mitoxantrone)、奈拉濱(nelarabine)、尼洛替尼(nilotinib)、尼魯米特(nilutamide)、Nolvadex、奧法木單抗(ofatumumab)、奧沙利鉑(oxaliplatin)、紫杉醇(paclitaxel)、帕尼單抗(panitumumab)、帕唑帕尼(pazopanib)、培門冬酶(pegaspargase)、聚乙二醇干擾素α-2b(peginterferon alfa-2b)、培美曲塞(pemetrexed)、噴司他丁(pentostatin)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、plerixafor、pralatrexate、甲基芐肼(procarbazine)、Proleukin、羅米地辛(romidepsin)、sapacitabine、sipuleucel-T、索拉非尼(sorafenib)、鏈脲佐菌素(streptozocin)、舒尼替尼(sunitinib)、他莫昔芬(tamoxifen)、替莫唑胺(temozolomide)、temsirolimus、替尼泊苷(teniposide)、睾內酯(testolactone)、tezacitabine、硫鳥嘌呤(thioguanine)、塞替派(thiotepa)、托泊替康(topotecan)、枸櫞酸托瑞米芬(toremifene citrate)、曲妥珠單抗(trastuzumab)、曲普瑞林(triptorelin)、troxacitabine、戊柔比星(valrubicin)、Valstar、凡德他尼(vandetanib)、威羅菲尼(vemurafenib)、vinblastine長春鹼、硫酸長春新鹼(vincristine sulfate)，溫諾平(Vinorelbine)、長春瑞濱(vismodegib)，伏立諾他(vorinostat)、希羅達(xeloda)、ziv-aflibercept、唑來膦酸(zoledronic acid)、FOLFOX(奧沙利鉑+5氟尿嘧啶+甲酰四氫葉酸)(oxaliplatin+5 fluorouracil+folinic acid)、FOLFIRI(伊立替康+5氟尿嘧啶+亞葉酸)(irinotecan+5 fluorouracil+folinic acid)、FOLFIRINOX(奧沙利鉑+伊立替康+5氟尿嘧啶+甲酰四氫葉酸)(oxaliplatin+irinotecan+5 fluorouracil+folinic acid)，及其這些抗腫瘤劑的任何組合。
如請求項1所述的方法，其中所述該患者為需要治療選自以下的至少一種癌症：急性淋巴細胞白血病(ALL)、急性髓細胞性白血病(AML)、腎上腺皮質癌、肛門癌、B細胞淋巴瘤、基底細胞癌、膽管細胞癌、膀胱癌、骨癌、腦幹膠質瘤、腦腫瘤、乳癌、子宮頸癌、慢性淋巴細胞性白血病(CLL)、慢性髓細胞性白血病(CML)、大腸癌(CRC)、子宮內膜癌、食道癌、眼癌、膽囊癌、胃癌、胃腸道間質瘤(GIST)、多形性膠質母細胞瘤(GBM)、毛細胞白血病、頭頸癌、心臟腫瘤、肝癌(HCC)、何杰金氏淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、喉癌、肥大細胞增多症、黑色素瘤、骨髓纖維化、骨髓發育不良症候群(MDS)、多發性骨髓瘤、非小細胞肺癌(NSCLC)、(小細胞)肺癌、黑色素瘤、鼻咽癌、神經內分泌腫瘤、神經母細胞瘤、口腔癌、口咽癌、卵巢癌、胰臟癌、鼻竇和鼻腔癌、副甲狀腺癌、陰莖癌、咽癌、垂體腺瘤、前列腺癌、直腸癌、腎細胞(腎)癌(RCC)、唾液腺腫瘤、皮膚癌(非黑色素瘤)、小腸癌、小淋巴細胞淋巴瘤(SSL)、軟組織肉瘤、鱗狀細胞癌、T細胞淋巴瘤、睾丸癌、咽喉癌、甲狀腺癌、三陰性乳房癌、尿道癌、子宮癌。
如請求項1所述的方法，其中所述該酪氨酸激酶抑製劑或肥大細胞抑製劑係為一激酶活性的抑製劑，該酪氨酸激酶係選自：c-Kit、PDGFR、Lyn、Fyn及DDR1。
如請求項5所述的方法，其中該酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑是馬賽替尼(masitinib)或其藥學上可接受的鹽類。
如請求項6所述的方法，其中該馬賽替尼其藥學上可接受的鹽類是甲磺酸鹽。
如請求項1所述的方法，其中該患者最初係根據疾病相關的疼痛程度(pain intensity)預測因子而被選擇治療。
如請求項8所述的方法，其中該患者受一癌症折磨，該癌症係伴有疼痛或是治療疾病之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥的需求者。
如請求項9所述的方法，其中該疼痛係定義為使用一疼痛強度評估工具所確認的至少一個為非零疼痛程度之經報告之發生者。
如請求項9所述的方法，其中所述該疾病相關疼痛係定義為一單面向疼痛程度評估工具的分數大於20%的至少一個經報告之發生者。
如請求項9所述的方法，其中該患者係根據所使用的疼痛評估工具而診斷出為中度無法忍受癌症相關的疼痛程度。
如請求項8所述的方法，其中該患者患有癌症，該癌症係伴有疼痛或有因治療疾病之相關疼痛而有鴉片類鎮痛藥之給藥需求，且其中該疾病有關的疼痛係定義為至少有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度於100毫米刻度其得分高於5毫米之經報告之發生者。
如請求項8所述的方法，其中該患者患有胰線癌，該胰線癌係係伴有疼痛或有因治療疾病之相關疼痛的鴉片類鎮痛藥之給藥需求，且其中該疾病有關的疼痛係定義為至少有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度於100毫米刻度其得分高於20毫米之經報告之發生者。
如請求項1所述的方法，其中所述該患者最初係根據基因表現的該預測因子而被選擇治療。
如請求項15所述的方法，其中該基因表現預測因子係來自於分析外周血細胞樣本中RNA的表現。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據ACOX-1上調，較佳地對應於一Delta循環(Delta Cycle)的閾值是小於或等於3.81，更佳地其閾值是小於或等於3.36，甚至更佳地其閾值是小於或等於3.05。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇之治療係根據定義為伴隨ACOX-1基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.05，以及TNFRSF10B基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於6.1。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨RPS23基因的下調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於或等於0.35，以及ACOX-1基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.05。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ABCC3基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於4.3，以及LYN基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於1.65。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨HIF1A基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.95，以及TNFRSF10基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於5.65。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ABCC基因的下調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於3.5，以及IGJ基因的下調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於7.05。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨UBE2H基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於3.7，以及PARP-2基因的下調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於7.1。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ACOX-1基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.36，以及TNFRSF10B基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於6.71。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨RPS23基因的下調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於0.32，以及ACOX-1基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.36。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ABCC3基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於4.73，以及LYN基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於1.82。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨HIF1A基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於4.35，以及TNFRSF10基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於6.22。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ABCC1基因的下調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於3.15，以及IGJ基因的下調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於6.35。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨UBE2H基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於3.33，以及PARP-2基因的下調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於6.39。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ACOX-1基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.81，以及TNFRSF10B基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於7.63。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨RPS23基因的下調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是大於0.26，以及ACOX-1基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於3.81。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ABCC3基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於5.38，以及LYN基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於2.06。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨HIF1A基因的上調的一基因表現的預測因子，較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於4.94，以及TNFRSF10基因的上調其較佳地對應於一Delta循環的閾值是小於或等於7.06。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨ABCC1基因的下調的一基因表現的預測因子，對應於一Delta循環的閾值是大於2.63，以及IGJ基因的下調其對應於一Delta循環的閾值是大於5.29。
如請求項15所述的方法，其中所述該患者最初被選擇治療係根據定義為伴隨UBE2H基因的上調的一基因表現的預測因子，對應於一Delta循環的閾值是大於2.78，以及PARP-2基因的下調其對應於一Delta循環的閾值是大於5.33。
如請求項6所述的方法，其中馬賽替尼每日給藥劑量為4.5到12.0毫克/公斤/天(毫克每公斤體重每天)。
如請求項36所述的方法，其中馬賽替尼的起始給藥劑量為6.0至7.5毫克/公斤/天。
如請求項36所述的方法，其中馬賽替尼之劑量逐步上升係以1.5毫克/公斤/天為增量而達到12.0毫克/公斤/天之最高劑量。
如請求項1所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑、或c-Kit抑製劑係口服給藥。
如請求項1所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑、或c-Kit抑製劑係給藥一天兩次。
如請求項1所述的方法，其中所述酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑、或c-Kit抑製劑的給藥一有效量係根據超過3個月的長期給藥。
如請求項2所述的方法，其中所述該患者係未使用過(naïve)所述至少一抗腫瘤劑，或是對所述至少一抗腫瘤劑的治療係有反應。
如請求項2所述的方法，其中所述該患者對所述的至少一抗腫瘤劑是難治性或抗藥性。
如請求項2所述的方法，其中所述該酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑係與所述的至少一抗腫瘤劑其作為新佐劑、佐劑、伴隨或協力方案組合而予以給藥。
如請求項2所述的方法，其中所述該酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑係與所述的至少一種抗腫瘤劑組合配置用於同時、分開或順序使用而組合給藥。
如請求項2所述的方法，係用於治療胰臟癌，其中所述該酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑係與請求項3中至少一抗腫瘤劑組合而予以給藥。
如請求項2所述的方法，其中所述該患者患有不可切除的胰腺癌(adenocarcinoma pancreatic cancer)。
如請求項2所述的方法，其中所述該患者患有轉移性胰腺癌。
如請求項46所述的方法，其中於請求項8至14或15至35定義之所述該胰臟癌患者需要，其中至少一抗腫瘤劑選自：吉西他濱(健擇®；禮來公司)、厄洛替尼(得舒緩®；羅氏)、紫杉醇(汰癌勝®，Abraxane®；必治妥施貴寶)、Folfirinox、5-氟尿嘧啶(5-FU)、卡培他濱、順鉑、奧沙利鉑、伊立替康、亞葉酸鈣，以及任何這些抗腫瘤劑的組合。
如請求項45所述的方法，其中所述至少一抗腫瘤劑是吉西他濱。
如請求項46所述的方法，其中吉西他濱被作為抗腫瘤劑使用，且馬賽替尼或其藥學上可接受的鹽或水合物係被作為酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑使用。
如請求項51所述的方法，其中馬賽替尼每天的起始劑量為6.0±1.5毫克/公斤/天且最大允許給藥劑量為9.0毫克/公斤/天，和吉西他濱的療程以每週的劑量於病人表面積為1000±250毫克/平方米作為一個開始，隨後以每週劑量1000±250毫克/平方米共3週為一週期，隨後休息一個星期的治療共28天，連續七週。
一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，係被使用於如請求項1至52中任一項所述的治療癌症方法。
一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，如請求項53所述至少與一抗腫瘤劑組合。
一種藥物組合物或試劑盒包括酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑係被使用於如請求項1至52中任一項所述的治療癌症方法。
如請求項55所述的藥物組合物或試劑盒，包含至少一種抗腫瘤劑。
一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，係被使用於如請求項1至52中的任一項所述的製備一藥物、或藥物組合物而治療癌症。
其中所述該酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，係被使用於如請求項57所述至少與一抗腫瘤劑組合使用。
一種治療癌症、特別是人類患者的胰臟癌的治療管理計劃，係用於根據基因表現的預測因子而辨識可治療患者，其中所述管理計劃包括決定該患者是否患有受病於相關於如請求項17至35中所定義之至少一個基因表現的預測因子的癌症。
如請求項59所述的治療管理計劃，係應用於胰臟癌患者，其中：假如該病人存有至少一基因表現的預測因子，則對該患者以至少有一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一個核苷類似物結合，特別是胞苷類似物，及特別是吉西他濱而治療；假如該病人沒存有至少一基因表現的預測因子，則對該患者以至少有一核苷類似物，特別是胞苷類似物，及特別是吉西他濱而治療。
如請求項59所述的治療管理計劃，其係應用於癌症患者，其中：假如該病人存有至少一基因表現的預測因子，則對該患者以至少有一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，及特別是馬賽替尼而治療，以及可選擇地與至少一抗腫瘤劑而組合；假如該病人沒存有至少一基因表現的預測因子，則對該患者以至少有一抗腫瘤劑而治療。
一種治療癌症、特別是人類患者的胰臟癌的治療管理計劃，係應用於根據疼痛程度的預測因子而辨識可治療患者，其中該管理計劃包括：a)決定該患者是否罹患伴有疼痛或需要至少一鴉片類鎮痛藥用於治療疾病相關疼痛之給藥，疼痛程度最好定義為有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度於100毫米刻度其得分高於5毫米之經報告之發生者；以及可選擇地b)決定所述疾病相關的疼痛為定義為經報告之發生者其視覺類比量表(VAS)具有對所述癌症於100毫米刻度中的一預設值者，特別是胰臟癌於視覺類比量表中於100毫米刻度中其得分高於20毫米者。
如請求項62所述的治療管理計劃，其係應用於胰腺癌患者，其中：假如步驟(a)的結果是否定的，則對該患者以至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，及特別是吉西他濱而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的，步驟(b)的結果是否定的，則對該患者以至少一標靶表皮生長因子受體(EGFR)的藥物治療，特別是厄洛替尼，與至少一核苷類似物結合，特別是胞苷類似物，及特別是吉西他濱，或利用與至少一有絲分裂抑製劑，特別是紫杉醇，與至少一核苷類似物結合，特別是胞苷類似物，特別是吉西他濱，或與至少一包括氟尿嘧啶、亞葉酸鈣、伊立替康或奧沙利鉑，及特別是Folfirinox的藥物而組合；假如步驟(a)的結果是肯定的，步驟(b)的結果為肯定的，則對該患者的治療以至少一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼，可選擇地與至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱而組合。
如請求項62所述的治療管理計劃，其係應用於除了胰臟癌的其他癌症患者，其中：假如步驟(a)的結果是否定的，則對該患者以至少一抗腫瘤劑而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的而步驟(b)的結果是否定的，則對該患者以至少一抗腫瘤劑而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的且步驟(b)的結果為肯定的，則對該患者以至少一種酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼而治療，可選擇地與至少一抗腫瘤劑而組合。
一用於治療癌症之全面性的治療管理計劃，特別是胰臟癌的人類患者，其根據如請求項59所述之該基因表現的治療管理計劃之序列應用，以及根據如請求項65所述之該疼痛程度治療管理計劃而辨識可治療的患者，其中步驟(a)的疼痛程度治療管理計劃之前係有步驟(a')，包含：決定所述患者是否存有關連於如請求項17至35中所述之至少一基因表現的預測因子的癌症。
如請求項65所述的治療管理計畫，其係應用於胰臟癌患者，其中：假如步驟(a')的結果是肯定的，則對該患者以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，且特別是馬賽替尼而治療，以及可選擇地與至少一核苷類似物，特別是胞嘧啶核苷類似物，且特別是吉西他濱而組合；假如步驟(a')的結果是否定的，則對該胰臟癌疼痛程度的治療管理計劃之步驟(a)為援用(如請求項62和63中所述)，具體而言，其中所述該管理計劃包括：a)決定該患者是否患有胰臟癌，其伴有疼痛或需要至少一鴉片類鎮痛藥而用於治療疾病相關疼痛之給藥，疼痛程度最好定義為有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度於100毫米刻度其得分高於5毫米之經報告之發生者；以及可選擇地b)決定所述疾病相關的疼痛是否為定義為有一個視覺類比量表於100毫米刻度其得分高於20毫米之經報告之發生者；假如於步驟(a)的結果是否定的，則對該患者以至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的而步驟(b)的結果是否定的，則對該患者以至少一標靶表皮生長因子受體(EGFR)的藥物，特別是厄洛替尼而治療，與至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱而組合，或與至少一種有絲分裂抑製劑，特別是紫杉醇，與至少一核苷類似物，特別是胞苷類似物，且特別是吉西他濱而組合，或與至少一種包括氟尿嘧啶、亞葉酸鈣、伊立替康或奧沙利鉑，特別是Folfirinox的藥物而組合；假如步驟(a)的結果是肯定的且步驟(b)的結果是肯定的，則對該患者以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼而治療，可選擇地與至少一核苷類似物，特別是胞嘧啶核苷類似物，且特別是吉西他濱而組合。
如請求項65所述的的治療管理計畫，其係應用於胰臟癌以外之其他癌症患者，其中：假如步驟(a')的結果是肯定的，則對該患者係以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼而治療，以及可選擇地與至少一抗腫瘤劑而組合；假如步驟(a')的結果是否定的，則對該癌症疼痛程度的治療管理計劃之步驟(a)為援用(如請求項62和64中所述)；特別是，其中所述該管理計劃包括：a)決定該患者是否患有癌症，其伴有疼痛或需要至少一鴉片類鎮痛藥而用於治療疾病相關疼痛之給藥，疼痛程度最好定義為有一個視覺類比量表(VAS)疼痛程度於100毫米刻度其得分高於5毫米之經報告之發生者；以及可選擇地b)決定所述疾病相關的疼痛是否為定義為有一個視覺類比量表(VAS)於100毫米刻度其得分高於對所述癌症的一預設值者之經報告之發生者；假如步驟(a)的結果為否定的，則對該患者以至少一抗腫瘤劑而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的而步驟(b)的結果是否定的，則對該患者以至少一抗腫瘤劑而治療；假如步驟(a)的結果為肯定的且步驟(b)的結果是肯定的，則對該患者以至少一酪氨酸激酶抑製劑、肥大細胞抑製劑或c-Kit抑製劑，特別是馬賽替尼而治療，可選擇地與至少一抗腫瘤劑而組合。