TR201807152T4 - Detoksifiye escherichia coli immünojenler. - Google Patents
Detoksifiye escherichia coli immünojenler. Download PDFInfo
- Publication number
- TR201807152T4 TR201807152T4 TR2018/07152T TR201807152T TR201807152T4 TR 201807152 T4 TR201807152 T4 TR 201807152T4 TR 2018/07152 T TR2018/07152 T TR 2018/07152T TR 201807152 T TR201807152 T TR 201807152T TR 201807152 T4 TR201807152 T4 TR 201807152T4
- Authority
- TR
- Turkey
- Prior art keywords
- protein
- amino acids
- terminal amino
- antigen
- coli acfd
- Prior art date
Links
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 title claims abstract description 146
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 150
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 150
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims abstract description 7
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 84
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 84
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 84
- 125000001429 N-terminal alpha-amino-acid group Chemical group 0.000 claims description 75
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 claims description 64
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 43
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 36
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 34
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 34
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 34
- 125000001433 C-terminal amino-acid group Chemical group 0.000 claims description 32
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 24
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 14
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 14
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 11
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 claims description 10
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 7
- 230000004075 alteration Effects 0.000 claims description 5
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims description 5
- BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N Gly-Ser Chemical group NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N 0.000 claims description 4
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims description 2
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 claims description 2
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 claims description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 2
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 5
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims 3
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 claims 2
- 230000004572 zinc-binding Effects 0.000 claims 2
- 101100437895 Alternaria brassicicola bsc3 gene Proteins 0.000 claims 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 claims 1
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 claims 1
- 241000589969 Borreliella burgdorferi Species 0.000 claims 1
- 241000193449 Clostridium tetani Species 0.000 claims 1
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 claims 1
- 241000194031 Enterococcus faecium Species 0.000 claims 1
- 206010061126 Escherichia infection Diseases 0.000 claims 1
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 claims 1
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 claims 1
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 claims 1
- 241000186779 Listeria monocytogenes Species 0.000 claims 1
- 102000005741 Metalloproteases Human genes 0.000 claims 1
- 108010006035 Metalloproteases Proteins 0.000 claims 1
- 241000588655 Moraxella catarrhalis Species 0.000 claims 1
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 claims 1
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 claims 1
- 101150073872 ORF3 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101100226891 Phomopsis amygdali PaP450-1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 241000605894 Porphyromonas Species 0.000 claims 1
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 claims 1
- 241000606701 Rickettsia Species 0.000 claims 1
- 241000293871 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Species 0.000 claims 1
- 241001147691 Staphylococcus saprophyticus Species 0.000 claims 1
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 claims 1
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 claims 1
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims 1
- 241000589884 Treponema pallidum Species 0.000 claims 1
- 241000607626 Vibrio cholerae Species 0.000 claims 1
- 241000607447 Yersinia enterocolitica Species 0.000 claims 1
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 claims 1
- 241000606834 [Haemophilus] ducreyi Species 0.000 claims 1
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 claims 1
- 210000002615 epidermis Anatomy 0.000 claims 1
- 208000020612 escherichia coli infection Diseases 0.000 claims 1
- 229940045808 haemophilus influenzae type b Drugs 0.000 claims 1
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 claims 1
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 claims 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims 1
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 claims 1
- 229940124856 vaccine component Drugs 0.000 claims 1
- 229940118696 vibrio cholerae Drugs 0.000 claims 1
- 229940098232 yersinia enterocolitica Drugs 0.000 claims 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 abstract description 13
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 abstract description 8
- 239000002243 precursor Substances 0.000 abstract description 2
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 115
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 33
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 32
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 9
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 6
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 4
- 230000000369 enteropathogenic effect Effects 0.000 description 4
- 230000000688 enterotoxigenic effect Effects 0.000 description 4
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 4
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 4
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 4
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 3
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 3
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 3
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 238000000034 method Methods 0.000 description 3
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 3
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 3
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 3
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- LOUPRKONTZGTKE-WZBLMQSHSA-N Quinine Chemical compound C([C@H]([C@H](C1)C=C)C2)C[N@@]1[C@@H]2[C@H](O)C1=CC=NC2=CC=C(OC)C=C21 LOUPRKONTZGTKE-WZBLMQSHSA-N 0.000 description 2
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710204001 Zinc metalloprotease Proteins 0.000 description 2
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 2
- 150000002466 imines Chemical class 0.000 description 2
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001500 prolyl group Chemical group [H]N1C([H])(C(=O)[*])C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 235000001258 Cinchona calisaya Nutrition 0.000 description 1
- 101710204837 Envelope small membrane protein Proteins 0.000 description 1
- 241001337814 Erysiphe glycines Species 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 208000006816 Neonatal Sepsis Diseases 0.000 description 1
- 206010031252 Osteomyelitis Diseases 0.000 description 1
- 101710088839 Replication initiation protein Proteins 0.000 description 1
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 description 1
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004147 Sorbitan trioleate Substances 0.000 description 1
- PRXRUNOAOLTIEF-ADSICKODSA-N Sorbitan trioleate Chemical compound CCCCCCCC\C=C/CCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCC\C=C/CCCCCCCC)[C@H]1OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)CCCCCCC\C=C/CCCCCCCC PRXRUNOAOLTIEF-ADSICKODSA-N 0.000 description 1
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000036435 Zincins Human genes 0.000 description 1
- 108091007139 Zincins Proteins 0.000 description 1
- 230000003187 abdominal effect Effects 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- -1 aromatic amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- LOUPRKONTZGTKE-UHFFFAOYSA-N cinchonine Natural products C1C(C(C2)C=C)CCN2C1C(O)C1=CC=NC2=CC=C(OC)C=C21 LOUPRKONTZGTKE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000004013 groin Anatomy 0.000 description 1
- 108010037896 heparin-binding hemagglutinin Proteins 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 239000007764 o/w emulsion Substances 0.000 description 1
- 239000008041 oiling agent Substances 0.000 description 1
- 239000007935 oral tablet Substances 0.000 description 1
- 229940096978 oral tablet Drugs 0.000 description 1
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 1
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 1
- 239000000244 polyoxyethylene sorbitan monooleate Substances 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 1
- 229960000948 quinine Drugs 0.000 description 1
- 208000020029 respiratory tract infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 208000013223 septicemia Diseases 0.000 description 1
- 235000019337 sorbitan trioleate Nutrition 0.000 description 1
- 229960000391 sorbitan trioleate Drugs 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 239000000304 virulence factor Substances 0.000 description 1
- 230000007923 virulence factor Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 1
Landscapes
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Bir denekte, nativ AcfD (orf3526) proteini ile büyük oranda benzer bir immün yanıtı açığa çıkaran patojenik E. coli 'AcfD prekursörünün' (orf3526) detoksifiye edilmiş varyantları tanımlanmıştır. Detoksifiye edilmiş varyantlar ayrıca nativ AcfD (orf3526) proteinine kıyasla artmış çözünürlüğe sahip olacak şekilde modifiye edilebilir.
Description
TEKNIK ALAN
Bu bulus, patojenik Escherichia coli suslarina karsi immünizasyon ile
ARKA PLAN
E. coli suslari geleneksel olarak komensal veya patojenik olarak
siniflandirilir ve patojenik suslar da intestinal veya ekstraintestinal
suslar olarak alt siniflara ayrilir. Patojenik E. coli, referans l°de daha
ayrintili olarak ele alinmistir ve bir dizi farkli patotiplere, yani yaygin
bir Virülans faktör kümesi kullanilarak yaygin bir hastaliga neden olan
bir E. coli suslari grubu altinda siniflandirilir. Suslarin patotiplemesi,
genotipik veya fenotipik olarak yapilabilen rutin bir tekniktir. Bir
güncel genotip bazli patotipleme yöntemi [2] bir DNA mikro
dizilimini kullanir.
Intestinal suslar arasinda en az alti iyi tanimlanmis patotip
bilinmektedir: enteropatojenik (EPEC), enterohemorajik (EHEC),
enteroaggregatif (EAEC), enteroinvazif (EIEC), enterotoksijenik
(ETEC) ve daginik tutunmak (DAEC).
E. coli'nin ekstraintestinal patojenik suslari (veya 'EXPEC' suslari
suslari ve septisemiyle iliskili suslari (SEPEC) kapsar. EXPEC, idrar
yolu enfeksiyonlarinin en yaygin nedenidir ve agir komplikasyonlara
ve Ölüme yol açabilen, insanlarda görülen neonatal inenenjitiii ve
neonatal sepsisin baslica nedenlerinden biridir. Ekstraiiitestiiial
enfeksiyonlarin diger türleri arasinda osteomyelit, pulmoner, intra-
abdominal, yuinusak doku ve intravasküler cihazla iliskili
enfeksiyonlar yer alir. Insan disindaki bir diger EXPEC patotipi,
küines hayvanlarinda ekstraintestiiial enfeksiyonlara yol açan kus
patojenigidir (APEC).
En eski EXPEC asilari, hücre lizatlarina veya hücresel yapilara
dayanir. SOLCOUROVACTM, alti EXPEC susu dâhil on farkli isiyla
öldürülmüs bakteri içerir. URO-VAXOMTM, 18 seçilmis E. coli
susunun liyofilize bakteriyel lizatlarmi içeren bir oral tablet asidir.
Baxter Vaccines, 6 ila 10 farkli sustan pilus bazli bir UTI asisi
gelistirmistir. Medlmmune, FimH adhezin koinpleksine dayali MEDI
516 olarak anilan bir ürün gelistirmistir. Diger yandan referans 5 ve 6,
NMEC ve UPEC suslarina karsi tanimlanmis asilarin temeli olarak
kullanilabilecek EXPEC suslarindaii elde edilen Spesifik
immünojenleri açiklar.
Bulusun amaci, patojenik E. coli suslarina ve daha 'Özel olarak
iiitestiiial patotiplerine (Örn, EAEC, EIEC, EPEC ve ETEC suslari) ve
EXPEC patotiplerine karsi immünizasyonda kullanilabilecek baska ve
daha iyi antijenler ve 'Özellikle, immünizasyon için bilesenler olarak
kullanilabilinelerini saglamak için detoksifiye edilmis (zehirden
arindirilmis) veya ekspresyon ve saflastirmayi iyilestirmek için
artirilan iminün yanitini azaltmadan kisaltilmis antijenler temin
etmektir.
BULUSUN AÇIKLAMASI
Referans 5 ”te açiklanan pek çok antijenden biri, yardimci
kolonizasyon faktörü D (“AcfD") öncülü (0rf3526) olarak (orada
SEKANS KIM. NO:
açiklanir. Referans 5, NMEC susu IHE3034 kökenli bir sekansi
açiklar ve mevcut bulus, APEC, UPEC, EAEC, EIEC, EPEC ve
ETEC suslari dâhil olmak üzere diger patotiplerde tanimlanmis olan
EXPEC 'AcfD öncülü, (0rf3526) varyantlarini temel alir. Referans 5”in
açiklamasindan farkli olarak bu varyantlar, intestinal patotiplerin
tedavisi için Özellikle yararli olabilir. Bu nedenle bulus, bu varyantlari,
E. coli enfeksiyonlarina karsi hastalara bagisiklik kazandirilmasinda
kullanimlariyla birlikte temin eder. Ek olarak bu açiklama, fragmanin
bir denekte tam uzunlukta proteinle baslatilan ile esasen benzer bir
immün yanitini baslatirken tam uzunlukta proteine kiyasla artan
pozünürlügûnün oldugu tüm E. coli patotiplerinin AcfD (0rf3526)
proteininin fraginanlarini ve mutantlarini kapsar. Bu açiklaina ayrica,
fragmanin bir denekte tam uzunlukta proteinle baslatilan ile esasen
benzer bir immün yanitini baslatirken tam uzunlukta proteine kiyasla
azaltilmis toksisitesinin oldugu tüm E. coli patotiplerinin AcfD
(0rf3526) proteininin fragmanlarini ve mutantlarini kapsar. Ek olarak
bu bulus, fragmanin bir denekte tam uzunlukta proteinle baslatilan ile
esasen benzer bir immün yaniti baslattigi, diger yandan E. coli olarak
eksprese edildiginde saflastirma apisindan iyilestirilmis özellikleri
olan tüm E. coli patotiplerinin AcfD (0rf3526) proteininin
fraginanlarini ve mutantlarini kapsar.
Bulusla kullanilan polipeptitler
Bulus, E.coli AcfD (orf3526) proteininin bir fragmani ya da mutanti
olan bir E.coli AcfD (orf3526) polipeptidini içeren ve E.coli AcfD
(0rf3526) proteinine kiyasla artmis çözünürlüge sahip olan bir
immünojenik polipeptidi saglar, burada immünojenik polipeptit E.coli
AcfD (orf3526) proteini tarafindan bir süjede saglanan koruinanin en
aZ %70°ini saglar ve burada polipeptit ayrica, zinkin metalloproteaz
doinenin tümünün ya da bir kisminin bir delesyonundan seçilen E.coli
AcfD (0rf3526) ile ilgili bir mutasyonu ve proteaz aktivitesini azaltan
zinkin metalloproteaz alanindaki bir nokta mutasyonunu içerir, ve
burada polipeptitte gly-ser bölgesine kadar N-terminal ainino
asitlerinin tümü, N-terminal prolin-2engini tekrarin tümü ya da bir
kismi ya da bunlarin her ikisi de eksiktir.
E. coli AcfD (orf3526) proteininin, SEKANS KIM. NO: 1-19”dan
olusan gruptan seçilen bir ainino asit sekansi olabilir.
Belirli vakalarda, zinkin metalloproteaz doinenindeki nokta
mutasyonu, bir pinko baglayici rezidünüii mutasyonu veya bir
katalitik rezidünün mutasyonudur. Tercih edilen nokta mutasyonu,
SEKANS KIM. N02] ile hizalamaya dayanan ainino asit no. 1305”in
substitüsyonudur.
Ornek delesyonlar arasinda E. coli AcfD (orf3526) proteininin en
azindan son 100 C-terminal amino asidinin, E.coli AcfD (orf3526)
proteininin en azindan son 200 C-terminal amino asidinin, E.coli
AcfD (orf3526) proteininin en azindan son 300 C-terminal amino
asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 400 C-
terminal amino asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan son 500 C-terminal amino asidinin, E.coli AcfD (orf3526)
proteininin en azindan son 600 C-terminal amino asidinin,E.Coli
AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 700 C-terminal amiiio
asitlerinin çikarilmasi, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan
son 750 C-terminal amino asidinin veya E.Coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan son 758 C-terminal amino asidinin çikarilmasi
veya E. coli AcfD (0rf3 526) proteininin en azindan ilk 100 N-terminal
amino asidini, E. coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 200
N-terminal aminoasidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan ilk 300 N-terminal amino asidini, E.Coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan ilk 400 N-terminal aminoasidini, E.coli AcfD
(0rf3526) proteininin en azindan ilk 500 N-terminal amino asidini,
amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 700
N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteiniriin en
azindan ilk 750 N-terminal amino asidini veya E. coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan ilk 760 N-terminal ainino asidini içerinemesi
yer alir.
Bulusun bazi uygulamalarinda, immünojenik polipeptit asagida
verilenleri içeren bir amino asit sekansi içerir:
(a) SEKANS KIM. NO 20 ila 389den olusan gruptan seçilen amino
asit sekansi;
(b) SEKANS KIM. NO: 20 ila 38”den herhangi birine en az %a
sekans özdesligi veya
(c) SEKANS KIM. NO: 20 ila 38 ile kiyaslandiginda, ayri
lokasyonlarda bulunabilecek veya bitisik olabilecek 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7,
8, 9 veya 10 tekli amino asit alterasyonlarina (delesyonlar,
insersiyonlar, substitüsyonlar) sahip olunmasi; ya da
((1) ikili hizalama algoritmasi kullanilarak SEKANS KIM. NO: 20
ila 38 arasindan herhangi biriyle hizalandiginda, x sayida amino asidin
N-terminustan C-terminusa hareket eden her bir penceresinin
(hizalainanin p amino asitlerine uzanacagi sekilde; p>x oldugunda, p-
x+l sayida bu tür pencere vardir) en azindan X°y sayida benzer
tam sayi degilse, en yakin tam sayiya yuvarlaiiir,
burada immünojenik polipeptit, Ecoli AcfD (0rf3526) proteinine
kiyasla immünojenik polipeptidin toksisitesini azaltan E.coli AcfD
(0rf3526) proteinine rölatif olarak bir mutasyonu içerir ve burada
immünojenik polipeptit, bir denekte E. coli AcfD (0rf3526) proteinine
esasen benzer bir immün yaniti olusturur.
Tercih edilen ikili hizalama algoritmasi, varsayilan parametreleri (örn,
EBLOSUM62 skor matrisi kullanilarak Bosluk açma cezasi :10.0 ve
Bosluk uzatma cezasi = 0.5 ile) kullanan Needleman-Wunsch global
hizalama algoritmasidir [7], Bu algoritma EMBOSS paketinin igne
aracinda rahatlikla uygulanir [8].
Bu polipeptitler, allelik varyantlar, polimorfik formlar, hoinologlar,
ortologlar, paraloglar, mutantlar Vb. dâhil SEKANS KIM. NO 20 ila
38°in diger detoksifiye varyantlarini kapsar.
Yukaridaki immünojenik polipeptitler, immünojenik polipeptidin hala
bir denekte E. coli AcfD (0rf3526) proteinine esasen benzer bir
iminün yaniti olustururken E. coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla
immünojenik polipeptidin çözünürlügünü artiran E. coli AcfD
(0rf3526) proteini ile ilgili bir delesyon ihtiva edebilir.
Bulusun iminünojenik polipeptitleri gly-ser bölgesine kadar N-
terminal amino asitlerin esasen tainainini çikarina, N-terminal prolin
açisindan zengin tekrarin tamamini veya bir kismini veya ikisini
birden çikarma arasindan seçilen çözünürlügü artiran örnek
delesyonlari ihtiva eder. Bazi uygulamalarda, delesyon E. coli AcfD
(0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 20 N-terminal amino
asidin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk
N-terminal amino asidin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine
kiyasla en azindan ilk 30 N-terminal amino asidin, E. coli AcfD
(0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 38 N-terminal ainino
asidin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 40 N-
terininal ainino asidin, E.coli AcfD (orf3526) proteinine kiyasla en
azindan ilk 50 N-terminal ainino asidin, E.coli AcfD (0rf3526)
proteinine kiyasla en azindan ilk 60 N-terminal amino asidin, E. coli
AcfD (0rf3 526) proteinine kiyasla en azindan ilk 70 N-terminal amino
asidin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 80 N-
terminal ainino asidin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en
azindan ilk 90 N-terminal amino asidin veya E. coli AcfD (0rf3526)
proteinine kiyasla en azindan ilk 94 N-terminal amino asidin
çikarilmasi seklindedir.
Bulusun bazi uygulamalarinda, immünojenik polipeptit fragmani,
asagidakileri ihtiva eden bir amino asit sekansini içerir:
(a) SEKANS KIM. NO 77 ila 957den olusan gruptan seçilen amino
asit sekansi;
(b) SEKANS KIM. NO 77 ila 95 arasindaii herhangi birine en az %
a sekans özdesligi veya
(0) madde (a) ve (b)”nin sekanslari ile kiyaslandiginda, ayri
lokasyonlarda bulunabilecek veya bitisik olabilecek 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7,
8, 9 veya 10 (ya da daha fazla) tekli amino asit alterasyonlarina
(delesyonlar, insersiyonlar, substitüsyonlar) sahip olunmasi;
(d) ikili hizalaina algoritmasi kullanilarak SEKANS KIM. NO: 77
ila 95 arasindan herhangi biriyle hizalandiginda, x sayida aniino asidin
N-terminustan C-terminusa hareket eden her bir penceresinin
(hizalamaniii p amino asitlerine uzanacagi sekilde, p>x oldugunda, p-
x+1 sayida bu tür pencere vardir) en az X'y sayida benzer hizalanmis
degilse, en yakin tam sayiya yuvarlanir,
burada immünojenik polipeptit fragmani E. coli AcfD (0rf3526)
proteininden daha düsük toksisiteye sahiptir ve immünojenik
polipeptit fragmani, bir denekte E.coli AcfD (0rf3526) proteinine
esasen benzer bir immün yaniti olusturur.
Tercih edilen ikili hizalama algoritmasi, varsayilan parametreleri (örn,
EBLOSUM62 skor matrisi kullanilarak Bosluk açma cezasi :10.0 ve
Bosluk uzatma cezasi = 0.5 ile) kullanan Needleman-Wunsch global
hizalama algoritmasidir [7], Bu algoritma EMBOSS paketinin igne
aracinda rahatlikla uygulanir [8].
Bu polipeptitler, allelik varyantlar, polimorfik formlar, hoinologlar,
ortologlar, paraloglar, mutantlar Vb. dâhil SEKANS KIM. NO 77 ila
95”in diger detoksifiye varyantlarini kapsar.
Belirli uygulamalardaki iinmünojenik polipeptit fragmani, E. coli
AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk 10 N-terminalaminoasidini,
E.coli AcfD (0rf3 526) proteininin en azindan ilk 20 N-terminal amino
asidini, E.coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk 25 N-
terminal amino asidini, E.coli AcfD (orf3526) proteininin en
azindan ilk 30 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (orf3526)
proteininin en azindan ilk 33 N-terininal amino asidini içermeyecektir.
Belirli uygulamalardaki (bunlar önceki uygulamalarla birlestirilebilir)
immünojenik polipeptit fragmani, E.coli AcfD (orf3526) proteininin
en azindan son 125 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (orf3526)
proteininin en azindan son 150 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD
(orf3526) proteininin en azindan son 175 C-terminal amino asidini,
E.coliAcfD (orf3526) proteininin en azindan son 200
C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (orf3526) proteininin en
azindan son 210 C-terminal amino asidini veya E.coli AcfD (orf3526)
proteininin en azindan son 217 C-terminal amino asidini
içermeyecektir.
Bulusun bazi uygulamalarinda, immünojenik polipeptit fragmani,
asagidakileri ihtiva eden bir amino asit sekansini içerir:
(a) SEKANS KIM. NO: 20 ila 387den olusan gruptan seçilen amino
asit sekansi;
(b) SEKANS KIM. NO: 20 ila 38 arasindan herhangi birine en az
(0) madde (a) ve (b)”nin sekanslari ile kiyaslandiginda, ayri
lokasyonlarda bulunabilecek veya bitisik olabilecek 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7,
8, 9 veya 10 (ya da daha fazla) tekli amino asit alterasyonlarina
(delesyonlar, insersiyonlar, substitüsyonlar) sahip olunmasi;
(d) ikili hizalama algoritmasi kullanilarak SEKANS KIM. NO: 20
ila 38 arasindan herhangi biriyle hizalandiginda, x sayida amino asidin
N-terminustan C-terminusa hareket eden her bir penceresinin
(hizalamaniii p amino asitlerine uzanacagi sekilde, p>x oldugunda, p-
x+1 sayida bu tür pencere vardir) en az X'y sayida benzer hizalanmis
degilse, en yakin tam sayiya yuvarlanir,
burada immünojenik polipeptit fragmani, bir denekte E.coli AcfD
(orf3526) proteinine esasen benzer bir immün yaniti olusturur.
Tercih edilen ikili hizalama algoritmasi, varsayilan parametreleri (örn,
EBLOSUM62 skor matrisi kullanilarak Bosluk açma cezasi :10.0 ve
Bosluk uzatma cezasi = 0.5 ile) kullanan Needleman-Wunsch global
hizalama algoritmasidir [7]. Bu algoritma EMBOSS paketinin igne
aracinda rahatlikla uygulanir [8].
Bu polipeptitler, allelik varyantlar, polimorfik formlar, homologlar,
ortologlar, paraloglar, mutantlar Vb. dâhil SEKANS KIM. NO 20 ila
76'nin diger varyantlarini kapsar.
Ornek fragmanlar, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son
100 N-terininal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan son 200 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan son 300 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD
(0rf3526) proteininin en azindan son 400 N-terminal amino asidini,
E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 500 N-terminal
amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 600
N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan son 700 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (orf3526)
proteininin en azindan son 750 N-terminal amino asidini veya E.coli
AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 758 N-terrninal amino
asidini içermez ya da E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk
100 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan ilk 200 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan ilk 300 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD
(0rf3526) proteininin en azindan ilk 400 N-terminal amino asidini,
E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 500 N-terminal
amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 600
N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan ilk 700 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526)
proteininin en aziiidan ilk 750 N-terminal ainino asidini ya da E.coli
ACfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 760 N-terminal amino
asidini içermez.
Yukaridaki immünojenik polipeptitler, E.coli AcfD (0rf3526)
proteinine kiyasla immünojenik polipeptidin çözünürlügünü arttiran
E.coli AcfD (0rf3526) proteinine rölatif olarak bir delesyonu ihtiva
eder ancak immünojenik polipeptit yine de bir süjede E.coli AcfD
(0rf3526) proteini ile büyük oranda benzer bir iinmün yaniti açiga
Bulusun iminünojenik polipeptitleri, gly-ser bölgesine kadar N-
terminal amino asitlerin büyük oranda tamaminin çikarilmasi, N-
terminal prolin-zengini tekrarin tümünün ya da bir kisminin ya da her
ikisinin de çikarilmasi arasindan seçilen çözünürlügü arttiran
delesyonlari içerir. Bazi uygulamalarda, delesyon, E.coli AcfD
(0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 20 N-terminal amino
asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 20
N-terminal amino asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla
en azindan ilk 30 N-terminal ainino asidinin, E.coli AcfD (0rf3526)
proteinine kiyasla en azindan ilk 38 N-terminal ainino asidinin, E.coli
AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 40 N-terminal amino
asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 50
N-terminal amino asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla
en azindan ilk 60 N-terminal amino asidinin, E.coli AcfD (0rf3526)
proteinine kiyasla en azindan ilk 70 N-terminal amino asidinin, E.coli
AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 80 N-terminal amino
asidinin, E.coli AcfD (0rf3526) proteinine kiyasla en azindan ilk 90
N-terminal amino asidinin ya da E.Coli AcfD (0rf3526) proteinine
kiyasla en azindan ilk 94 N-terminal amino asidinin çikarilmasidir.
E.coli AcfD (0rf3526) proteini, SEKANS KIM NO: 1-19”dan
meydana gelen gruptan seçilen bir ainino asit sekansina sahip olabilir.
Bulusun bazi uygulamalarinda, immünojenik polipeptit fragmani,
asagidakileri içeren bir amino asit sekansini ihtiva eder:
(a) SEKANS KIM. NO: 77 ila 95°ten olusan gruptan seçilen amino
asit sekansi;
(b) SEKANS KIM. NO: 77 ila 95 arasindan herhangi birine en az
(0) madde (a) ve (b)°nin sekanslari ile kiyaslandiginda, ayri
lokasyonlarda bulunabilecek veya bitisik olabilecek l, 2, 3, 4, 5, 6, 7,
8, 9 veya 10 (ya da daha fazla) tekli amino asit alterasyoiilarina
(delesyonlar, insersiyonlar, substitüsyonlar) sahip olunmasi; ve/veya
(d) ikili hizalama algoritmasi kullanilarak SEKANS KIM. NO: 77
ila 95 arasindan herhangi biriyle hizalandigmda, x sayida ainino asidin
N-terminustan C-terminusa hareket eden her bir penceresinin
(hizalamanin p amino asitlerine uzanacagi sekilde, p>x oldugunda, p-
x+1 sayida bu tür pencere vardir) en az X'y sayida benzer hizalanmis
degilse, en yakin tam sayiya yuvarlanir,
burada immünojenik polipeptit fragmani, bir denekte E.c01i AcfD
(orf3526) proteinine esasen benzer bir immün yaniti olusturur.
Tercih edilen ikili hizalama algoritmasi, varsayilan parainetreleri (örn,
EBLOSUM62 skor matrisi kullanilarak Bosluk açma cezasi :10.0 ve
Bosluk uzatma cezasi = 0.5 ile) kullanan Needleman-Wunsch global
hizalama algoritmasidir [7]. Bu algoritma EMBOSS paketinin igne
aracinda rahatlikla uygulanir [8].
Bu polipeptitler, allelik varyantlar, polimorfik formlar, homologlar,
ortologlar, paraloglar, mutantlar Vb. dâhil SEKANS KIM. NO 77 ila
95 ”in diger varyantlarini kapsar.
Belirli uygulamalarda immünojenik polipeptit fragman, E.c01i AcfD
(orf3526) proteininin en azindan ilk 10 N-terminal ainino asitlerini,
E.coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk 20 N-terminal amino
asitlerini, E.coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk 25 N-
terminal amino asitlerini, E.coli AcfD (orf3526) proteininin en
azindan ilk 30 N-terminal ainino asitlerini ya da E.coli AcfD
(orf3526) proteininin en azindan ilk 33 N-terminal amino asitlerini
içermeyecektir.
(Onceki uygulamalarla birlestirilebilen) belirli uygulamalardaki
immünojenik polipeptit fragmani, E.coli AcfD (orf3526) proteininin
en azindan son 125 C-terminal amino asidini, E.c01i AcfD (orf3526)
proteininin en azindan son 150 C-terminal ainino asidini, E.c01i AcfD
(orf3526) proteininin en azindan son 175 C-terminal amino asidini,
E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 200 C-terminal
amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteiniiiin en azindan son 210
C-terminal amino asidini veya E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan son 217 C-terminal amino asidini içermez.
Bulus ilaveten bir E.coli AcfD (0rf3526) polipeptidinin bir
immünojenik polipeptit fragmanini içeren bir immünojenik bilesimi
saglar, burada immünojenik polipeptit fragmani SEKANS KIM NO:
77 ila 95 arasindaii herhangi biri ile en azindan %a sekans özdesligini
içeren bir ainino asit sekansini içerir, burada immünojenik polipeptit
fragmani, bir süjede E.coli AcfD (0rf3526) proteini ile büyük oranda
benzer bir immün yaniti açiga çikarir ve burada immünojenik
polipeptit fragmani E.coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan son
125 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan son 150 C-terminal ainino asidini, E.coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan son 175 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD
(0rf3526) proteininin en azindan son 200 C-terminal arriino asidini,
E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 210 C-terniinal
amino asidini ya da E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son
217 C-terminal amino asidini içermez.
Tercih edilen ikili hizalama algoritmasi, varsayilan parametreleri (örn,
EBLOSUM62 skor matrisi kullanilarak Bosluk açma cezasi =10.0 ve
Bosluk uzatma cezasi = 0.5 ile) kullanan Needleman-Wunsch global
hizalama algoritmasidir [7], Bu algoritma EMBOSS paketinin igne
aracinda rahatlikla uygulanir [8].
Bu polipeptitler, allelik varyantlar, polimorfik formlar, homologlar,
ortologlar, paraloglar, mutantlar Vb. dâhil SEKANS KIM. NO 77 ila
95 ”in diger varyantlarini kapsar.
Belirli uygulamalardaki immünojenik bilesimin immünojenik
polipeptit fragmani, E. Coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk
N-terminal amino asidini, E. coli AcfD (0rf3526) proteininin en
azindan ilk 20 N-terminal amino asidini, E. coli AcfD (0rf3526)
proteininin en azindan ilk 25 N-terminal amino asidini, E. coli AcfD
(orf3526) proteininin en azindan ilk 30 N-terminal ainino asidini veya
E. coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk 33 N-terminal amino
asidini içermeyecektir.
Immünojenik bilesim ayrica belirli uygulamalarda, haciince % 1-12
araliginda bir metabolik (metabolik süreçte degisebilen) yag ve
agirlikça %0.2-%2.5 araliginda bir em'ulsifiye edici ajan, burada
metabolik yag ve emülsifiye edici ajan, esasen tamaminin çapi l
mikrondan az olan yag damlaciklarina sahip su içinde yag emülsiyonu
formunda mevcuttur; hacimce %4-5 skualen ve (b)
polioksietilensorbitan monooleat ve sorbitan trioleat içeren yaklasik
edici ajan, esasen tamaminin çapi 1 mikrondan az olan yag
damlaciklarina sahip su için yag emülsiyonu formunda bulunur; veya
MF59 (TM) içerebilen bir ad juvan içerir.
Yukarida bahsedilen detoksifiye immünojenik polipeptitler ve
immünojenik polipeptit fragmanlari tercihen SEKANS KIM. NO: 1-
19°dan en az bir epitop veya immünojenik fragman bulundurur. Bir
fragman içerisindeki bir epitop, bir B-h'ûcre epitopu ve/Veya bir T-
hücre epitopu olabilir. Bu tür epitoplar ampirik olarak (örn,
PEPSCAN [9,10] veya benzeri yöntemler kullanilarak)
tanimlanabilirler veya (örn, Jameson-Wolf antijenik indeksi [11],
matris-temelli yaklasimlar [12], MAPITOPE [13], TEPITOPE
Tsite [20], hidrofilisite [21], antijenik indeks [22] veya referans 23-
272de açiklanan yöntemler Vb. kullanilarak) tahmin edilebilirler.
Epitoplar, antikorlarin veya T-hücre reseptörlerinin antijen baglama
bölgeleri tarafindan taninan ve bunlara baglanan anti jen parçalaridir
ve “anti jenik belirleyiciler" olarak da adlandirilirlar.
Yukarida bahsedilen detoksifiye immünojenik polipeptitler ve
immünojenik polipeptit fragmanlari sinirlama olmaksizin, (asagida
alinaii adjuvanlardan herhangi biri dâhil aiicak bunlarla sinirli
olmamak üzere) bir adjuvan veya polipeptide baglanan uygun bir
tasiyici içerebilen uygun bir bilesim haliiide bir denege
uygulandiginda, immünojenik polipeptidin türetildigi, sirasiyla
SEKANS KIM. NO: 1-19 olan izole tam uzunlukta polipeptidi taniyan
bir antikoru veya T-hücre aracili bir immün yanitini indükleyen
immünojenik polipeptitleri kapsar.
Yukarida bahsedilen detoksifiye immünojenik polipeptitler ve
immünojenik polipeptit fragmaiilari sinirlama olmaksizin, (asagida
aliiian adjuvanlardan herhangi biri dâhil ancak bunlarla sinirli
olmainak üzere) bir adjuvan veya polipeptide baglanan uygun bir
tasiyici içerebilen uygun bir bilesim halinde bir denege
uygulandiginda, immünojenik fragmanin türetildigi, sirasiyla
SEKANS KIM. NO: 1-19 olan izole tam uzunlukta polipeptidi taniyan
bir antikoru veya T-hücre aracili bir immün yanitini indi'ikleyen
immünojenik polipeptitleri kapsar.
Yukarida bahsedilen detoksifiye immünojenik polipeptitler ve
immünojenik polipeptit fragmanlari sinirlama olmaksizin, (asagida
alinan adjuvanlardan herhangi biri dâhil ancak bunlarla sinirli
olmamak üzere) bir adjuvan veya polipeptide baglanan uygun bir
tasiyici içerebilen uygun bir bilesim halinde bir denege
uygulandiginda, immünojenik fragmanin türetildigi, sirasiyla
SEKANS KIM. NO: 1-19 olan izole tam uzunlukta polipeptidi taniyan
bir antikoru veya T-hücre aracili bir immün yanitini indükleyen
immünojenik polipeptitleri kapsar.
Bulusun bir detoksifiye polipeptidi, SEKANS KIM. NO: 1 ila 19
arasindan herhangi birine kiyasla, konservatif substifûsyonlar gibi
(yani ilgili yan zinciri olan bir amino asidin baska bir amino asitle
substit'üsyonlari gibi) bir veya daha fazla (örn. 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
Vb.) amino asit substit'üsyonlari içerebilir. Genetik kodlanmis amino
asitler genellikle dört familyaya ayrilir: (1) asidik yani aspartat,
glutamat; (2) bazik yani lizin, arginin, histidin; (3) polar olmayan yani
alanin, valin, lösin, izolösin, prolin, fenilalanin, metiyonin, triptofan
ve (4) sarj edilmemis polar yani glisin, asparagin, glutamin, sistein,
serin, treonin, tirozin. Fenilalanin, triptofan ve tirozin bazen birlikte
aromatik amino asitler olarak siniflandirilirlar. Genelde bu familyalar
içindeki tek aiiiino asitlerin substit'iisyonunun biyolojik aktivite
üzerinde büyük bir etkisi olmaz.
Detoksifiye polipeptitler SEKANS KIM. NO: 1-19 arasindan herhangi
birine göre bir veya daha fazla (örn. l, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 Vb.) tek
ainino asit delesyonu içerebilir. Benzer sekilde polipeptit, SEKANS
KIM. NO: 1-19 arasindan herhangi birine göre bir veya daha fazla
amino asidin her biri) içerebilir.
Genel olarak bulusun detoksifiye polipeptit veya immünojenik
polipeptit fragmani, SEKANS KIM. NO: 1-19”dan tam birine özdes
olmayan bir sekans (örn.
Claims (1)
1-19°dan meydana gelen gruptan seçilen bir ainino aside sahiptir. . Onceki istemlerden herhangi birine göre iinmünojenik polipeptit olup, burada proteaz aktivitesini azaltan Zinkin metalloproteaz doinenindeki nokta mutasyonu, bir çinko baglayici kalintinin bir inutasyonudur ya da bir katalitik kalintinin bir mutasyonudur. . Istem 4”e göre iminünojenik polipeptit olup, burada çinko baglayici kalinti, SEKANS KIM NO: 1 ile hizalainaya dayanan amino asit sayisi l305°tir. 1 ila 5 arasindaki istemlerden herhangi birine göre immünojenik polipeptid olup, burada immünojenik polipeptid, E. coli ACfD (0rf3526) proteininin en azindan son 100 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 200 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan son 300 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 400 C-terininal ainino asidini, E.ColiAcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 500 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 600 C-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 700 C-terminal amino asidini, Ecoli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 750 C-terminal amino asidini veya E. coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan son 758 C-terminal amino asidini içermez veya E. coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 100 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 200 N-terminal amino asidini, Ecoli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 300 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 400 N-terminal amino asidini, E.coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 500 N-terminal amino asidini, E. Coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 600 N-terminal amino asidini, E. coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 700 N-terminal amino asidini, E. coli AcfD (orf3526) proteininin en azindan ilk 750 N-terminal amino asidini veya E. coli AcfD (0rf3526) proteininin en azindan ilk 760 N-terminal amino asidini içerinez. 1 ila 6 arasindaki istemlerden herhangi birine göre immünojenik polipeptid olup, burada iminünojenik polipeptid fragmani asagidakileri içeren bir amino asit sekansini içerir: (a) SEKANS KIM. NO. 20 ila 38 ya da 77 ila 955ten olusan gruptan seçilen amino asit sekansi; (b) SEKANS KIM. NO: 20 ila 38 ya da 77 ila 95>e kiyasla 1 ila 10 tekli amino asit alterasyonu; (c) SEKANS KIM. NO: 20 ila 38 ya da 77 ila 95°ten herhangi birine en az %85 sekans özdesligi; veya ((1) bir ikili hizalama algoritmasi kullaiiilarak SEKANS KIM. NO: 20 ila 38 ya da 77 ila 95 arasindan herhangi biri ile hizalandiginda, X sayida amino asidin N terminustan C terminusa hareket eden her bir penceresi, x'in 30 ve y”nin 0.75 oldugu en azindan X'y sayida benzer hizalanmis ainino aside sahiptir, burada immünojenik polipeptid, bir denekte E. coli AcfD (0rf3 526) proteini ile saglanan korumanin en az %70”ini saglar. 1 ila 7 arasindaki istemlerden herhangi birine göre immünojenik polipeptid olup, burada immünojenik polipeptid fragmani izole edilmistir, saflastirilmistir ya da rekombinanttir. 1 ila 8 arasindaki istemlerden herhangi birine göre immünojenik polipeptidi ve bir ad juvani içeren bir immünojenik bilesimdir. 1 ila 8 arasindaki istemlerden herhangi birine göre immünojenik polipeptidi kodlayan bir polinükleotittir. Istem 10°da taniinlanan polin'ûkleotidi içeren bir vektördür. Istem 10”da tanimlanan polinükleotidi ya da istem 11”de tanimlanan vektörü içeren bir konakçi hücredir. Istem 8'e göre immünojenik polipeptidi içeren bir asi olup, burada asi opsiyonel olarak bir ad juvani içerir. Istem l3°e göre asi olup, ayrica, asagidakilerden seçilen bir ilave asi bilesenini ihtiva eder: bir Neisseria meningitidis antijeni, bir Streptococcus pneumoniae antijeni, bir Streptococcus pyogenes antijeni, bir Moraxella catarrhalis antijeni, bir Bordetella pertussis antijeni, bir Staphylococcus aureus antijeni, bir Staphylococcus epidermis antijeni, bir Clostridium tetani antijeni, bir Cornynebacterium diphtheriae antijeni, bir Haemophilus influenzae tip B (Hib) antijeni, bir Pseudomonas aeruginosa antijeni, bir Legionella pneumophila antijeni, bir Streptococcus agalactiae antijeni, bir Neiserria gonorrhoeae antijeni, bir Chlamydia trachomatis antijeni, bir Treponema pallidum anti jeni, bir Haemophilus ducreyi anti jeni, bir Enterococcus faecalis antijeni, bir Enterococcus faecium antijeni, bir Helicobacter pylori antijeni, bir Staphylococcus saprophyticus antijeni, bir Yersinia enterocolitica antijeni, bir ek E. coli antijeni, bir Bacillus anthracis anti jeni, bir Yersinia pestis antijeni, bir Mycobacterium tuberculosis antijeni, bir Rickettsia antijeni, bir Listeria monocytogenes antijeni, bir Chlainydia pneumoniae anti jeni, bir Vibrio cholerae anti jeni, bir Salmonella typhi antijeni, bir Borrelia burgdorferi anti jeni, bir Porphyromonas gingivalis anti jeni ve bir Klebsiella anti jeni. 1 ila 8 arasindaki istemlerden herhangi birinde tanimlanan bir polipeptid olup, tipta kullanim amaçlidir. 1 ila 8 arasindaki istemlerden herhangi birinde tanimlanan bir polipeptid olup, Escherichia coli enfeksiyonunun tedavi edilmesinde ya da önlenmesinde kullanim amaçlidir.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201061290654P | 2010-12-29 | 2010-12-29 | |
| US201061226219P | 2010-12-29 | 2010-12-29 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TR201807152T4 true TR201807152T4 (tr) | 2018-06-21 |
Family
ID=63834643
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| TR2018/07152T TR201807152T4 (tr) | 2010-12-29 | 2010-07-16 | Detoksifiye escherichia coli immünojenler. |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| TR (1) | TR201807152T4 (tr) |
-
2010
- 2010-07-16 TR TR2018/07152T patent/TR201807152T4/tr unknown
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US10377816B2 (en) | Nucleotide sequences, vectors and host cells | |
| TR201807673T4 (tr) | Gelişmiş çözünürlükte escherıchıa colı immünojenleri. | |
| CN103974718A (zh) | 基于艰难梭菌毒素的疫苗 | |
| Wu et al. | Recombinant proteins containing the hypervariable region of the haemagglutinin protect chickens against challenge with Avibacterium paragallinarum | |
| Cox et al. | Functional characterization of HgbB, a new hemoglobin binding protein of Pasteurella multocida | |
| US20230256071A1 (en) | Virulent aeromonas vaccines and methods | |
| JP2011062203A (ja) | ビルレンス関連付着因子 | |
| US10279026B2 (en) | Antigens and antigen combinations | |
| US20190290748A1 (en) | Antigens and antigen combinations | |
| CN1189840A (zh) | 热易变肠毒素和霍乱毒素b亚基之间的杂合分子 | |
| KR20190110090A (ko) | 폐렴구균 표면 단백질 a의 선택된 알파 나선 도메인 및 프롤린 풍부 도메인을 조합한 폐렴구균 백신 | |
| JP2016539950A (ja) | 細菌表面受容体タンパク質由来の免疫原性組成物およびワクチン | |
| TR201807152T4 (tr) | Detoksifiye escherichia coli immünojenler. | |
| US20200123210A1 (en) | Immunogenic preparations and methods against clostridium difficile infection | |
| CN112449603A (zh) | 链球菌中毒性休克综合征 | |
| Zandi et al. | Construction and development of FimH lectin domain for rising immune response after injection by uropathogenic E. coli | |
| JP6590916B2 (ja) | 毒素原性大腸菌およびジェジュニ菌の組合せの組換えコンストラクト | |
| Lee et al. | Antigenicity of partial fragments of recombinant Pasteurella multocida toxin | |
| WO2014065679A1 (en) | Lyme disease vaccine | |
| PL217161B1 (pl) | Zastosowanie rekombinowanego białka lub przeciwciał rozpoznających to białko do (54) wytwarzania kompozycji wykorzystywanej w profilaktyce lub leczeniu zwierząt, zwłaszcza gospodarskich | |
| Kenney et al. | Demonstration and Characterization of |