TH64843B - การวินิจฉัยลำดับสำหรับเชื้อก่อโรคกุ้ง - Google Patents

Abstract

DC60 (15/01/51) ไพร์เมอร์ที่ถูกแยกซึ่งวินิจฉัยสำหรับการตรวจวัดของวิบริโอ ฮาร์วีอิ ไพร์เมอร์ขึ้นอยู่ กับส่วนของยีนส์ LuxR ของวิบริโอ ฮาร์วีอิและอาจถูกใช้ในวิธีการวิเคราะห์การเพิ่มจำนวนต่อไพร์เมอร์ หรือการไฮบริไดเซซันกรดนิวคลีอิค ไพร์เมอร์ที่ถูกแยกซึ่งวินิจฉัยสำหรับการตรวจวัดของงิบริโอ ฮาร์วีอิ ไพร์เมอร์ขึ้นอยู่ กับส่วนของยีนส์ LuxR ของวิบริโอ ฮาร์วีอิและอาจถูกใช้ในวิธีการวิเคราะห์การเพิ่มจำนวนต่อไพร์เมอร์ หรือการไฮบริไดเซซันกรดนิวคลีอิค

Claims (19)

1. คู่ของลำดับไพร์เมอร์สำหรับการวินิจฉัยของวิบริโอ ฮาร์วีอิตามที่ถูกกล่าวใน SEQ ID NO: 1 และ SEQ ID NO: 2

2. ชุดทดสอบสำหรับการตรวจวัดของบริโอ ฮาร์วีอิที่ประกอบด้วยคู่ของลำดับไพร์เมอร์ สำหรับการวินิจฉัยของวิบริโอ ฮาร์วีอิของข้อถือสิทธิข้อที่ 1

3. ชุดทดสอบสำหรับการตรวจวัดของบริโอ ฮาร์วีอิตามข้อถือสิทธิข้อที่ 2 โดยที่ชุด ทดสอบยังประกอบด้วยอย่างน้อยหนึ่งรีเอเจนท์ที่ถูกเลือกจากหมู่ที่ประกอบด้วยโพลีเมอเรสที่ทนต่อ ความร้อน, ส่วนผสมของสี่ดีออกซีนิวคลีโอไทด์ ไตรฟอสเฟทที่แตกต่าง, โมเลกุลฟลูออเรสเซ็นส์ที่ยึด เกาะกรดนิวคลิอิค, อย่างน้อยหนึ่งคู่ของไพร์เมอร์ควบคุมตัวอย่างภายใน, อย่างน้อยหนึ่งการควบคุม แม่แบบภายในและอย่างน้อยหนึ่งคู่ของไพร์เมอร์ควบคุมแม่แบบภายใน, และโพรบที่ประกอบด้วย ลำดับคู่สมกับส่วนของอย่างน้อยหนึ่งบริเวณของกรดนิวคลิอิคภายในจีโนมของวิบริโอ ฮาร์วีอิซึ่ง สามารถถูกเพิ่มจำนวนด้วยคู่ของลำดับไพร์เมอร์สำหรับการวินิจฉัยของวิบริโอ ฮาร์วีอิ

4. วิธีการสำหรับการตรวจวัดการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างที่ประกอบด้วย: (i) การจัดเตรียม DNA จากตัวอย่างที่ถูกคาดว่ามีวิบริโอ ฮาร์วีอิ ; และ (ii) การโพรบ DNA ด้วยโพรบที่ได้รับจากลำดับไพร์เมอร์สำหรับการวินิจฉัย วิบริโอ ฮาร์วีอิที่ถูกแยกตามที่กล่าวถึงใน SEQ ID NO: 1 หรือ SEQ ID NO: 2 ภายใต้สภาวะการไฮบริไดเซซันที่เหมาะสม ; โดยที่การจัดจำแนกของส่วนกรดนิวคลีอิคที่สามารถไฮบริไดซ์ได้ยืนยันการปรากฏของ วิบริโอ ฮาร์วีอิ

5. วิธีการสำหรับการตรวจวัดการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างตามข้อถือสิทธิ ข้อที่ 4 โดยที่โพรบได้รับจากลำดับไพร์เมอร์สำหรับวินิจฉัยของวิบรโอ ฮาร์วีอิที่ถูกแยกถูกเลือก จากหมู่ที่ประกอบด้วย SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, และลำดับคู่สมที่สมบูรณ์ของ สิ่งเหล่านี้

6. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 4 โดยที่โพรบมีโมอิตี้การยับยั้งการเรพลิเคชันที่ปลาย 3'

7. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 6 โดยที่โมอิตี้การยับยั้งการเรพลิเคชันถูกเลือกจากหมู่ที่ ประกอบด้วยไดดีออกซีนิวคลีโอไทด์, 3' ดีออกซีนิวคลีโอไทด์, ลำดับของการไม่เข้าคู่ของนิวคลีโอไซด์ หรือนิวคลีโอไทด์, หมู่ 3' ฟอสเฟทและสารเคมี

8. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 7 โดยที่ 3' ดีออกซิชีนิวคลีโอไทด์คือคอร์ไดซีพิน

9. วิธีการสำหรับการตรวจวัดการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างที่ประกอบด้วย: (i) การจัดเตรียม DNA จากตัวอย่างที่ถูกคาดว่ามีวิบริโอ ฮาร์วีอิ ; และ (ii) การโพรบ DNA ด้วยโพรบที่ได้รับจากลำดับไพร์เมอร์สำหรับการวินิจฉัยวิบริโอ ฮาร์วีอิที่ถูกแยกตามที่กล่าวถึงใน SEQ ID NO: 1 หรือ SEQ ID NO: 2 ซึ่งผลิตภัณฑ์ การเพิ่มจำนวนถูกสร้าง ; โดยที่การจัดจำแนกของส่วนกรดนิวคลีอิคที่สามารถไฮบริไดซ์ได้ยืนยันการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิ

10. วิธีการสำหรับการตรวจวัดการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างตามข้อถือสิทธิ ข้อที่ 9 โดยที่การเพิ่มจำนวนของ (ii) ถูกดำเนินการโดยการใช้การทำปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส

11. วิธีการสำหรับการตรวจวัดการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างตามข้อถือสิทธิ ข้อที่ 9 โดยที่การเพิ่มจำนวนของ (ii) ถูกดำเนินการโดยการในที่ที่มีสารฟลูออเรสเซ็นส์การยึดเกาะ กรดนิวคลีอิคหรือโพรบที่ถูกติดฉลากฟลูออเรสเซ็นส์และการปรากฏของผลิตภัณฑ์การเพิ่มจำนวน ถูกยืนยันโดยการใช้การตรวจวัดฟลูออเรสเซ็นส์

12. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 11 โดยที่โพรบที่ถูกติดฉลากฟลูออเรสเซ็นส์ถูกเลือกจาก หมู่ที่ประกอบด้วย SEQ ID NO:8 และ SEQ ID NO:9

13. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 9 โดยที่อย่างน้อยหนึ่งคู่ของไพร์เมอร์ควบคุมตัวอย่างภาย ในถูกรวมในการเพิ่มจำนวนของ (ii) เพื่อผลิตผลิตภัณฑ์ควบคุมตัวอย่างภายใน

14. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 13 โดยที่อย่างน้อยหนึ่งคู่ของไพร์เมอร์ควบคุมตัวอย่าง ภายในถูกเลือกจากหมู่ที่ประกอบด้วย SEQ ID NOs: 4 และ 5, และ SEQ ID NOs: 6 และ 7

15. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 9 โดยที่อย่างน้อยหนึ่งคู่ของไพร์เมอร์ควบคุมตัวอย่างภาย ในและอย่างน้อยหนึ่งการควบคุมแม่แบบภายในที่ถูกรวมในการเพิ่มจำนวนของ (ii) เพื่อผลิตผลิตภัณฑ์ ควบคุมตัวอย่างภายใน

16. วิธีการสำหรับการตรวจวัดการปรากฏของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างที่ประกอบด้วย: (i) การจัดเตรียม DNA จากตัวอย่างที่ถูกคาดว่ามีวิบริโอ ฮาร์วีอิ ; (ii) การเพิ่มจำนวน DNA ด้วยโพรบที่ได้รับจากลำดับไพร์เมอร์สำหรับการวินิจฉัยวิบริโอ ฮาร์วีอิที่ถูกกล่าวถึงใน SEQ ID NO: 1 หรือ SEQ ID NO: 2 โดยการทำให้ เป็นวงจรความร้อนที่อย่างน้อยอุณหภูมิการทำให้เสียสภาพและอุณหภูมิการ ขยายในที่ที่มีสารฟลูออเรสเซ็นส์ที่ยึดเกาะกรดนิวคลีอิคหรือโพรบที่ถูกติด ฉลากฟลูออเรสเซ็นส์ (iii) การวัดปริมาณของฟลูออเรสเซ็นส์ที่ถูกสร้างโดยสารฟลูออเรสเซ็นส์ที่ยึดเกาะ กรดนิวคลีอิคหรือโพรบที่ถูกติดฉลากฟลูออเรสเซ็นส์ระหว่างการทำให้เป็นวง จรความร้อน ; (iv) การวัดจำนวนขีดเริ่มเปลี่ยนรอบที่ปริมาณของฟลูออเรสเซ็นส์ที่ถูกสร้างโดย โดยสารฟลูออเรสเซ็นส์ที่ยึดเกาะกรดนิวคลีอิคหรือโพรบที่ถูกติดฉลาก ฟลูออเรสเซ็นส์ถึงค่าขีดเริ่มเปลี่ยนที่ถูกกำหนดให้สูงกว่าค่าเส้นฐาน ; และ (v) การคำนวนปริมาณของวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างโดยการเปรียบเทียบจำนวน ขีดเริ่มเปลี่ยนรอบที่ถูกวัดสำหรับวิบริโอ ฮาร์วีอิในตัวอย่างด้วยเส้นโค้งมาตร ฐานของจำนวนขีดเริ่มเปลี่ยนรอบต่อลอคการิธึมของความเข้มข้นแม่แบบที่ถูก วัดโดยการวัดสารละลายมาตรฐานของความเข้มข้นที่ทราบ

17. วิธีการตามข้อถือสิทธิข้อที่ 16 โดยที่โพรบที่ถูกติดฉลากฟลูออเรสเซ็นส์ถูกเลือกจาก หมู่ที่ประกอบด้วย SEQ ID NO:8 และ SEQ ID NO:9

18. วิธีการตามข้อใดข้อหนึ่งของข้อถือสิทธิข้อที่ 4, 9, หรือ 16 โดยที่วิธีการถูกใช้เพื่อ ประเมินการไม่กระตุ้นวิบริโอ ฮาร์วีอิ

19. วิธีการตามข้อใดข้อหนึ่งของข้อถือสิทธิข้อที่ 4, 9, หรือ 16 โดยที่วิธีการถูกใช้รวมกัน การรักษาทางเคมีเพื่อปรับปรุงสุขภาพและการเจริญเติบโตของกุ้ง