TH13236A3 - เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ และ กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกัน ของกุ้งกุลาดำพร้อมกันในเวลาเดียวด้วยการใช้เม็ดบีดดังกล่าวกับเทคนิคบีดอะเรย์ - Google Patents

เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ และ กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกัน ของกุ้งกุลาดำพร้อมกันในเวลาเดียวด้วยการใช้เม็ดบีดดังกล่าวกับเทคนิคบีดอะเรย์

Info

Publication number
TH13236A3
TH13236A3 TH1603001428U TH1603001428U TH13236A3 TH 13236 A3 TH13236 A3 TH 13236A3 TH 1603001428 U TH1603001428 U TH 1603001428U TH 1603001428 U TH1603001428 U TH 1603001428U TH 13236 A3 TH13236 A3 TH 13236A3
Authority
TH
Thailand
Prior art keywords
gene
specific
beads
immune system
probe
Prior art date
Application number
TH1603001428U
Other languages
English (en)
Other versions
TH13236C3 (th
Inventor
รุ่งรัศมี นางสาววณิลดา
อารยเมธากร นางสาวโศภชา
Original Assignee
นาง รัชดา เรืองสิน
นางสาว นัฏพร ชัยศักดิชาตรี
Filing date
Publication date
Application filed by นาง รัชดา เรืองสิน, นางสาว นัฏพร ชัยศักดิชาตรี filed Critical นาง รัชดา เรืองสิน
Publication of TH13236A3 publication Critical patent/TH13236A3/th
Publication of TH13236C3 publication Critical patent/TH13236C3/th

Links

Abstract

การประดิษฐ์นี้เกี่ยวข้องกับเม็ดบีดติดด้วยดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของ กุ้งกุลาดำ และกรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำได้ พร้อมกันในเวลาเดียวด้วยการใช้เม็ดบีดดังกล่าวกับเทคนิคบีดอะเรย์ ด้วยการประดิษฐ์นี้สามารถ ตรวจวัดระดับการแสดงออกของยีนได้มากกว่า 2 ชนิดขึ้นไปพร้อมๆ กัน มากที่สุดครั้งละ 50 ยีนต่อ ตัวอย่างที่ต้องการทดสอบ โดยใช้ระยะเวลาที่น้อยลง ค่าใช้จ่ายที่ถูกขึ้น เมื่อเปรียบเทียบกับวิธีมาตรฐาน คือ วิธีเรียลไทม์พีซีอาร์ การประดิษฐ์นี้สามารถเพิ่มประสิทธิภาพของคุณสมบัติการตรวจวัดระดับการ แสดงออกของยีนเป้าหมายหลายๆ ชนิดอย่างจำเพาะเจาะจง ดังนั้นจึงเป็นประโยชน์ต่ออุตสาหกรรม การเลี้ยงกุ้งเป็นอย่างมาก

Claims (9)

1. เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ ที่มีลักษณะเป็นเม็ดบีด พอลิเมอร์ซึ่งภายในเม็ดบีดมีสารสีฟลูออเรสเซนต์ 2 ชนิดที่มีสัดส่วนความเข้มข้นแตกต่างกัน ส่วนบนพื้นผิวด้านนอกเม็ดบีดถูกเคลือบด้วยสารหมู่คาร์บอกซิลิก และตรึงด้วยดีเอ็นเอโพรบที่ จำเพาะต่อกลุ่มยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ หรือ ยีนตัวควบคุมภายใน
2. เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ ตามข้อถือสิทธิที่ 1 ที่ซึ่ง สารพอลิเมอร์ เลือกได้จาก พอลิสไตรีน พอลิเอทิลีน พอลิโพรพิลีน หรือ พอลิไวนิลแอลกอฮอล์
3. เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ ตามข้อถือสิทธิที่ 1 หรือ 2 ที่ซึ่ง พอลิเมอร์ที่เหมาะสมเป็นชนิดพอลิสไตรีน
4. เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ ตามข้อถือสิทธิที่ 1-3 ข้อ ใดข้อหนึ่ง ที่ซึ่ง ภายในเม็ดบีดดังกล่าว อาจประกอบเพิ่มเติมด้วยสารแม่เหล็ก
5. เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ ตามข้อถือสิทธิที่ 1-4 ข้อ ใดข้อหนึ่ง ที่ซึ่ง กลุ่มยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ เลือกได้จาก ยีนเปปไทด์ด้านจุลชีพ ยีน เมลาไนเซชั่น ยีนโปรตีนจดจำเชื้อโรค หรือ ยีนเอนไซม์ .
6. เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ ตามข้อถือสิทธิที่ 1-5 ข้อ ใดข้อหนึ่ง ที่ซึ่ง ดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำซึ่งติดอยู่บนเม็ดบีด มีการออกแบบลำดับนิวคลีโอไทด์ที่จำเพาะต่อยีนดังนี้ นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 1 (โพรบต่อยีน alf1) : ATACTGAATAGTAAATTCTCACGGAATTT CTCAGA AGTGCCAGCTCGGAC นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 2 (โพรบต่อยีน alf3) : GTGGGAGGCTGTGGCAGCGGCCGTCG CCAGCAAGATCGTAGGGTTGTGGA นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 3 (โพรบต่อยีน crusPm7) : ACACGCGCAGGATAAAGGCAATGCCGA TACTCGCTTCCTAGGTGGAGTTG นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 4 (โพรบต่อยีน pon3a) : AAACTGACTTCACAATGTATTAATCAG TTG TGAAGAAAGTGCAACCCTGA นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 5 (โพรบต่อยีน PPAE1) : CTTGGACAGGGAGGAGGAGTAAGCAG TGCCTTCCAGCAGATTCCTTGGCT นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 6 (โพรบต่อยีน PPAE2) : GCAACCCCGGGGGGAACGGGAACGGA CAGCTATTGCCCTCAAACTGCGGA นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 7 (โพรบต่อยีน proPO1) : AGAACACGGACCGGAGTTCTCTGGCAC TCATCTCAAGCCAGAACACAGAA นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 8 (โพรบต่อยีน lec) : TGCTTCTATCTGAGCAAGGTCAAGCTGA ACTGGAACCAAGCGCGACAGTA นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 9 (โพรบต่อยีน LGBP) : ACTGGCCCTACGGACTTTGGCCAGCC AGCGGCGAGATTGACATTCTGGA นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 10 (โพรบต่อยีน lyz) : GCACAGACTACGGTATCTTCCAGATCAA CAACAAGTATTGGTGCGGCAGC นิวคลีโอไทด์ชุดที่ 11 (โพรบต่อยีน EF1a) : ATCTGGCGACTCCTGCATCGTAAAGAT GGTTCCCAGCAAGCCCATGTGT
7. กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำพร้อมกันใน เวลาเดียวด้วยเทคนิคบีดอะเรย์ ที่มีการใช้เม็ดบีดติดโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของ กุ้งกุลาดำ ตามข้อถือสิทธิ 1-6 ข้อใดข้อหนึ่ง มีขั้นตอนคือ ก. การเตรียมตัวอย่างที่ต้องการตรวจสอบ : นำดีเอ็นเอของตัวอย่างที่ต้องการตรวจสอบมา เพิ่มปริมาณด้วยวิธีพีซีอาร์ โดยใช้คู่ไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อยีนเป้าหมายที่ได้ทำการออกแบบ ขึ้นใหม่ (ตามการประดิษฐ์นี้) จำนวน 11 คู่ใส่ในปฏิกิริยา และใช้องค์ประกอบกับสภาวะ ของปฏิกิริยาพีซีอาร์ดังนี้ องค์ประกอบของปฏิกิริยา ได้แก่ สารบัฟเฟอร์ ความเข้มข้นสุดท้ายคือ 1X นิวคลีโอไทด์ (dNTPs) ความเข้มข้นสุดท้ายคือ 200 ไมโครโมลาร์ ไพรเมอร์ฟอร์เวิร์ด 11 เส้น ความเข้มข้นสุดท้ายคือ 0.05-2 ไมโครโมลาร์ ไพรเมอร์รีเวิร์สที่ติดไบโอติน 11 เส้น ความเข้มข้นสุดท้ายคือ 0.05-1 ไมโครโมลาร์ เอนไซม์แทคดีเอ็นเอโพลีเมอเรส ความเข้มข้นสุดท้ายคือ 1.25 หน่วย ตัวอย่าง (ดีเอ็นเอ) ที่เตรียมไว้ ปริมาณ 2-5 ไมโครกรัม น้ำกลั่น (เพื่อปรับปริมาตรให้ได้ตามที่ต้องการ) ปฏิกิริยาที่ใช้คือ 94 องศาเซลเซียส, 3 นาที 94 องศาเซลเซียส, 30 นาที 52-57 องศาเซลเซียส, 45 วินาที (สูตร) 25 รอบ 72 องศาเซลเซียส, 30 วินาที 72 องศาเซลเซียส, 7 นาที 4 องศาเซลเซียส, (สูตร) หลังจากเสร็จสิ้นปฏิกิริยาจะได้ชิ้นผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ที่ถูกติดด้วยไบโอตินซึ่งจะนำไปใช้ใน การตรวจสอบวัดสัญญาณในขั้นตอนต่อไป ข. การตรวจวัดการแสดงออกของยีนด้วยเทคนิคบีดอะเรย์ : นำชิ้นผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ที่ได้จาก ขั้นตอน ก มาผสมกับเม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันทั้ง 11 ชนิดของกุ้ง กุลาดำ ในสารละลายไฮบริไดเซชั่นบัฟเฟอร์ จากนั้นนำไปบ่มที่อุณหภูมิ 90-100 องศาเซลเซียส ที่ เหมาะสมคือ 95 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 1-10 นาที ที่เหมาะสมคือ 5 นาที หลังจากนั้นทำการ บ่มและเขย่าต่อที่อุณหภูมิ 52-58 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 10-20 นาที ที่เหมาะสมคือ 15 นาที แล้วล้างส่วนเกินที่ไม่จับกับโพรบออกด้วยสารละลายไฮบริไดเซชั่นบัฟเฟอร์ จากนั้นทำการเติม สารสเตร็บตาวิดิน-อาร์-ไฟโคอิรีธีน (Streptavidin-R-phycoerythrin, SA-PE) ความเข้มข้น 10-50 ไมโครกรัมต่อมิลลิลิตร บ่มในที่มืด จากนั้นอ่านสัญญาณและแปลผล ค. การอ่านสัญญาณและแปลผล: ผลที่ได้จากขั้นตอน ข จะถูกนำไปอ่านสัญญาณตรวจวัด โดยผลลัพธ์ที่ได้จะเป็นค่าสัญญาณที่วัดได้ของแต่ละยีน ต่อ ค่าสัญญาณที่วัดได้ของตัวควบคุม ภายใน (ยีน EF1a) จากนั้นวิเคราะห์และแปลผล โดยนำค่าสัญญาณบ่งชี้ผลเป็นบวกที่ได้ไป คำนวณและแปลผล
8. กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำพร้อมกันใน เวลาเดียวด้วยเทคนิคบีดอะเรย์ ตามข้อถือสิทธิที่ 7 ที่ซึ่ง ไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อยีนเป้าหมายที่ทำ การออกแบบทั้ง 11 คู่ มีความยาวระหว่าง 18-26 เบส มีปริมาณ GC มากกว่า 50 เปอร์เซ็นต์ มี ช่วงอุณหภูมิหลอมเหลวระหว่าง 60(สูตร)5 องศาเซลเซียส โดยที่ปลายด้านหนึ่งของไพรเมอร์เส้นรี เวิร์สจะติดฉลากด้วยสารไบโอติน
9. กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำพร้อมกันใน เวลาเดียวด้วยเทคนิคบีดอะเรย์ ตามข้อถือสิทธิที่ 7 หรือ 8 ที่ซึ่ง ไพรเมอร์เส้นฟอร์เวิร์ดและเส้นรี เวิร์สที่จำเพาะต่อยีนเป้าหมายทั้ง 11 คู่ มีการเรียงลำดับนิวคลีโอไทด์ของแต่ละคู่ไพรเมอร์ดังนี้ ไพรเมอร์คู่ที่ 1 (จำเพาะต่อยีน alf1) ฟอร์เวิร์ด : CTGGCCGATGTGAGTGATTTA รีเวิร์ส : GTCTTCCTCCGTGATGAGATTAC ไพรเมอร์คู่ที่ 2 (จำเพาะต่อยีน alf3) ฟอร์เวิร์ด : AGTTTAGAAGATGCGTGTGTCC รีเวิร์ส : GTGGCCGAGAAGTTCAGTTT ไพรเมอร์คู่ที่ 3 (จำเพาะต่อยีน crusPm7) ฟอร์เวิร์ด : AGTTCCTGGAGTTGGAGGTGGATT รีเวิร์ส : ACCTCGTTCTGCAGTAATTGCACTC ไพรเมอร์คู่ที่ 4 (จำเพาะต่อยีน pen3a) ฟอร์เวิร์ด : TATGGTTGATGGAGAAGACAA รีเวิร์ส : ACCTGCTGGGACAAATAC ไพรเมอร์คู่ที่ 5 (จำเพาะต่อยีน PPAE1) ฟอร์เวิร์ด : GGGCAACAGGAGAAACT รีเวิร์ส : CTTCGGCAGATTTGGAATG ไพรเมอร์คู่ที่ 6 (จำเพาะต่อยีน PPAE2) ฟอร์เวิร์ด : GCCAAGACCCATAGATGTAA รีเวิร์ส : CCAGAGAGCCACTGTTATAC ไพรเมอร์คู่ที่ 7 (จำเพาะต่อยีน proPO1) ฟอร์เวิร์ด : TCGTCATCCTGAGAAAGAA รีเวิร์ส : TAGTCCTCTCGCCAGTAA ไพรเมอร์คู่ที่ 8 (จำเพาะต่อยีน lec) ฟอร์เวิร์ด : GCTCTATGTCCCTACCCGTATAA รีเวิร์ส : GACGAAGGACTTGAGAGCATAG ไพรเมอร์คู่ที่ 9 (จำเพาะต่อยีน LGBP) ฟอร์เวิร์ด : GGATGTTGCCTCGTAACT รีเวิร์ส : GGCGAAGGAACCTGTATT ไพรเมอร์คู่ที่ 10 (จำเพาะต่อยีน lyz) ฟอร์เวิร์ด : GCTGTTGGAAACGAGGTA รีเวิร์ส : AGATCGGAACATGGGATTC ไพรเมอร์คู่ที่ 11 (จำเพาะต่อยีน EF1a) ฟอร์เวิร์ด : CAGGCGTACTGGTAAGGAACTGG รีเวิร์ส : AGAGGAGCATACTGTTGGAAGGTCTC 1
0. กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำพร้อมกันใน เวลาเดียวด้วยเทคนิคบีดอะเรย์ ตามข้อถือสิทธิที่ 7 ที่ซึ่ง ความเข้มข้นของสารสเตร็บตาวิดิน-อาร์- ไฟโคอิรีธิน ที่เหมาะสมคือ 15-30 ไมโครกรัมต่อมิลลิลิตร
TH1603001428U 2015-11-17 เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ และ กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกัน ของกุ้งกุลาดำพร้อมกันในเวลาเดียวด้วยการใช้เม็ดบีดดังกล่าวกับเทคนิคบีดอะเรย์ TH13236C3 (th)

Publications (2)

Publication Number Publication Date
TH13236A3 true TH13236A3 (th) 2017-11-03
TH13236C3 TH13236C3 (th) 2017-11-03

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI3122897T3 (fi) Kohdenukleiinihapposekvenssien detektointi erilaisia detektointilämpötiloja käyttäen
Xiang et al. Real-time monitoring of mycobacterium genomic DNA with target-primed rolling circle amplification by a Au nanoparticle-embedded SPR biosensor
WO2018222585A3 (en) DETECTION AND QUANTIFICATION OF UNIQUE NUCLEIC ACID MOLECULES WITH SINGLE BASIC SPECIFICITY
IL255446B2 (en) Field-effect apparatus and methods for sequencing nucelic acids
CN106434924B (zh) 一种利用qPCR精确定量不同GC含量的二代测序文库的方法及试剂盒
EP2551356A4 (en) METHOD FOR DETECTING A TARGET BASE SEQUENCE USING A COMPETITIVE STARTING
Lu et al. Ultrasensitive microchip electrophoretic detection of the mecA gene in methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) based on isothermal strand-displacement polymerase reaction
García‐Cañas et al. Sensitive and simultaneous analysis of five transgenic maizes using multiplex polymerase chain reaction, capillary gel electrophoresis, and laser‐induced fluorescence
EP4328327A3 (en) Reporter dye for isothermal nucleic acid amplification, isothermal-based dual functional oligonucleotide containing quencher, and method for nucleic acid amplification and measurement using same
Shao et al. Visual detection of multiple genetically modified organisms in a capillary array
TW201345919A (zh) 探針、微陣列、探針群組、β地中海型貧血檢測套組、β血球蛋白基因變異檢測用套組、多態性檢測用微陣列探針對的評價方法以及基因型判別顯示程式
WO2017160779A3 (en) Methods and kits to identify klebsiella strains
JP2013543371A5 (th)
AU2015213570B2 (en) NGS systems control and methods involving the same
Gu et al. Solid-phase PCR based on thermostable, encoded magnetic microspheres for simple, highly sensitive and multiplexed nucleic acid detection
CN106868140B (zh) 多重荧光定量pcr的方法
Zhang et al. Micropatterned paper devices using amine-terminated polydiacetylene vesicles as colorimetric probes for enhanced detection of double-stranded DNA
JP2010017127A5 (th)
CA3156337A1 (en) METHOD FOR DETECTING TARGET NUCLEIC ACID, METHOD FOR DETECTING NUCLEIC ACID BINDING MOLECULE, AND METHOD FOR ASSESSING NUC LEIC ACID BINDING CAPACITY
TH13236A3 (th) เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ และ กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกัน ของกุ้งกุลาดำพร้อมกันในเวลาเดียวด้วยการใช้เม็ดบีดดังกล่าวกับเทคนิคบีดอะเรย์
TH13236C3 (th) เม็ดบีดติดดีเอ็นเอโพรบที่จำเพาะต่อยีนในระบบภูมิคุ้มกันของกุ้งกุลาดำ และ กรรมวิธีการตรวจวัดการแสดงออกของยีนหลายชนิดในระบบภูมิคุ้มกัน ของกุ้งกุลาดำพร้อมกันในเวลาเดียวด้วยการใช้เม็ดบีดดังกล่าวกับเทคนิคบีดอะเรย์
JP2016533746A5 (th)
CN103698516A (zh) 一种新型等温环介导鼠疫耶尔森菌核酸标记检测试剂
PH12017502015A1 (en) Kit for together detecting multiple target nucleic acids differing from each other and detection method using the same
CN103160594B (zh) 基于疏水芯片的多重pcr方法