RU2788348C1 - New strain producing vancomycin amycolatopsis japonica - Google Patents

New strain producing vancomycin amycolatopsis japonica Download PDF

Info

Publication number
RU2788348C1
RU2788348C1 RU2022130912A RU2022130912A RU2788348C1 RU 2788348 C1 RU2788348 C1 RU 2788348C1 RU 2022130912 A RU2022130912 A RU 2022130912A RU 2022130912 A RU2022130912 A RU 2022130912A RU 2788348 C1 RU2788348 C1 RU 2788348C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
vancomycin
strain
amycolatopsis
japonica
antibiotic
Prior art date
Application number
RU2022130912A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Петр Александрович Белый
Эдуард Юрьевич Лопатухин
Кира Яковлевна Заславская
Сергей Валентинович Федоров
Дмитрий Николаевич Земсков
Диана Насыровна Нигматова
Original Assignee
Общество С Ограниченной Ответственностью "Промомед Рус"
Filing date
Publication date
Application filed by Общество С Ограниченной Ответственностью "Промомед Рус" filed Critical Общество С Ограниченной Ответственностью "Промомед Рус"
Application granted granted Critical
Publication of RU2788348C1 publication Critical patent/RU2788348C1/en

Links

Images

Abstract

FIELD: microbiology and biotechnology.
SUBSTANCE: inventions group relates to microbiology and biotechnology. The strain Amycolatopsis japonica RNCIM Ac-2182 is a producer of vancomycin. The use of the specified strain to obtain vancomycin. The method for obtaining vancomycin is carried out as follows. The specified strain is cultivated and the antibiotic vancomycin is isolated from the culture liquid, followed by purification.
EFFECT: inventions group provides increased productivity of the vancomycin-producing strain, reduced cultivation time, reduced amount of impurities in the vancomycin antibiotic substance, high biochemical activity and increased resistance of the new strain to adverse factors, including during storage and cultivation.
3 cl, 1 dwg, 1 tbl, 6 ex

Description

НОВЫЙ ШТАММ ПРОДУЦЕНТ ВАНКОМИЦИНА A NEW VANCOMYCIN PRODUCER STRAIN AMYCOLATOPSIS JAPONICAAMYCOLATOPSIS JAPONICA

Изобретение относится к области микробиологии и биотехнологии и касается штамма-продуцента антибиотика ванкомицина.The invention relates to the field of microbiology and biotechnology and concerns a strain-producer of the antibiotic vancomycin.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИBACKGROUND OF THE INVENTION

Ванкомицин представляет собой трициклический гликозилированный нерибосомный пептидный антибиотик с разветвленной цепью и часто используется для профилактики и лечения инфекций, вызванных различными грамположительными бактериями. Vancomycin is a branched-chain tricyclic glycosylated nonribosomal peptide antibiotic and is often used to prevent and treat infections caused by various gram-positive bacteria.

В настоящее время ванкомицин используется для лечения инфекций, вызванных грамположительными микроорганизмами, резистентными к β-лактамным антибиотикам, а также при повышенной чувствительности или непереносимости β-лактамных соединений; псевдомембранозных колитов и энтероколитов, не поддающихся лечению метронидазолом; С.difficile-ассоциированной диареи; для профилактики эндокардитов; для лечения инфекций костей и суставов, в том числе остеомиелитов; для противоинфекционной профилактики в травматологии при искусственном протезировании суставов; для лечения сепсиса, менингита, пневмоний, абсцессов легких, а также при некоторых заболеваниях кожи (Белоусов Д.Ю., и др., Сравнительная характеристика препаратов ванкомицина, зарегистрированных в РФ // Качественная Клиническая Практика.- 2009.- 4).Currently, vancomycin is used to treat infections caused by gram-positive microorganisms resistant to β-lactam antibiotics, as well as hypersensitivity or intolerance to β-lactam compounds; pseudomembranous colitis and enterocolitis, not amenable to treatment with metronidazole; C. difficile-associated diarrhea; for the prevention of endocarditis; for the treatment of infections of bones and joints, including osteomyelitis; for anti-infective prophylaxis in traumatology with artificial prosthetics of the joints; for the treatment of sepsis, meningitis, pneumonia, lung abscesses, as well as for some skin diseases (Belousov D.Yu., et al., Comparative characteristics of vancomycin preparations registered in the Russian Federation // Qualitative Clinical Practice. - 2009. - 4).

Основными продуцентами антибиотика ванкомицина является Amycolatopsis orientalis (P. Naga Padma; A. Bhaskar Rao; J. S. Yadav; Gopal Reddy. Optimization of fermentation conditions for production of glycopeptide antibiotic vancomycin by Amycolatopsis orientalis.- 2002.- 102-103(1-6), 395–405.). Из уровня техники также известны штамм продуцент ванкомицина Amycolatopsis orientalis (CN101608209, 23.12.2009), выбранный авторами изобретения в качестве прототипа, и мутантные штаммы-продуценты ванкомицина, например, штамм Amycolatopsis orientalis BNG 607 (регистрационный номер KCCM-10293) (KR20200091580, опубл. 31.07.2020).The main producers of the antibiotic vancomycin are Amycolatopsis orientalis (P. Naga Padma; A. Bhaskar Rao; JS Yadav; Gopal Reddy. Optimization of fermentation conditions for the production of glycopeptide antibiotic vancomycin by Amycolatopsis orientalis.- 2002.- 102-103(1-6) , 395–405.). Also known from the prior art is a strain producing vancomycin Amycolatopsis orientalis ( CN101608209, 23.12.2009), chosen by the inventors as a prototype, and mutant strains producing vancomycin, for example, strain Amycolatopsis orientalis BNG 607 (registration number KCCM-10293) (KR20200091580, publ. 07/31/2020).

Следует отметить, что род бактерий Amycolatopsis представляет особый интерес, так как его представители образуют антибиотики различного химического строения. Род Amycolatopsis ранее широко использовался как один из наиболее эффективных источников продуцентов вторичных метаболитов, обладающих антибактериальными, противогрибковыми или противовирусными свойствами, и сегодня продолжает оставаться в центре внимания при поиске новых лекарственных средств (Kisil O.V. et al., Looking Back to Amycolatopsis: History of the Antibiotic Discovery and Future Prospects // Antibiotics (Basel).- 2021 Oct 15.-10(10):1254).It should be noted that the bacterial genus Amycolatopsis is of particular interest, since its representatives form antibiotics of various chemical structures. The genus Amycolatopsis was previously widely used as one of the most effective sources of secondary metabolite producers with antibacterial, antifungal, or antiviral properties, and today continues to be the focus of attention in the search for new drugs (Kisil OV et al., Looking Back to Amycolatopsis: History of the Antibiotic Discovery and Future Prospects // Antibiotics (Basel).- 2021 Oct 15.-10(10):1254).

Группой исследователей был описан штамм Amycolatopsis japonicum продуцент этилендиаминдиянтарной кислоты, который депонирован в Немецкой коллекции микроорганизмов и клеточных культур под номером DSM 44213 (M.Goodfellow, et al, Amycolatopsis japonicum sp. nov., an Actinomycete producing (S,S)-N,N'-ethylenediaminedisuccinic acid // Syst. and Appld. Microbiol.- 1997.- V. 20, I. 1, P. 78-84).A group of researchers described a strain of Amycolatopsis japonicum producing ethylenediaminesuccinic acid, which was deposited in the German Collection of Microorganisms and Cell Cultures under the number DSM 44213 (M.Goodfellow, et al, Amycolatopsis japonicum sp. nov., an Actinomycete producing (S,S)-N, N'-ethylenediaminedisuccinic acid // Syst. and Appld. Microbiol.- 1997.- V. 20, I. 1, P. 78-84).

Долгое время у бактерий вида A.japonicum не было выделено никаких биоактивных вторичных метаболитов. Однако ученым удалось идентифицировать и активировать новый кластер генов гликопептидов типа III у A. japonicum, кодирующий продукцию ристомицина А (Spohn M, et al. Overproduction of Ristomycin A by activation of a silent gene cluster in Amycolatopsis japonicum MG417-CF17// Antimicrob Agents Chemother.- 2014.- ;58(10):6185-96).For a long time, no bioactive secondary metabolites have been isolated from bacteria of the A.japonicum species. However, scientists managed to identify and activate a new type III glycopeptide gene cluster in A. japonicum , encoding the production of ristomycin A (Spohn M, et al. Overproduction of Ristomycin A by activation of a silent gene cluster in Amycolatopsis japonicum MG417-CF17// Antimicrob Agents Chemother .- 2014.- ;58(10):6185-96).

Цель настоящего изобретения - получение нового штамма микроорганизма, превосходящего по уровню накопления ванкомицина известные ранее штаммы.The purpose of the present invention is to obtain a new strain of a microorganism that is superior in terms of accumulation of vancomycin to previously known strains.

Техническим результатом заявленного изобретения является увеличение продуктивности штамма-продуцента ванкомицина, сокращение времени культивирования, снижение количества примесей в субстанции антибиотика ванкомицина, высокая биохимическая активность и повышенная устойчивость нового штамма к неблагоприятным факторам, в том числе, при хранении и культивировании.The technical result of the claimed invention is to increase the productivity of the vancomycin-producing strain, reduce the cultivation time, reduce the amount of impurities in the vancomycin antibiotic substance, high biochemical activity and increased resistance of the new strain to adverse factors, including during storage and cultivation.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯSUMMARY OF THE INVENTION

В процессе индуцированного мутагенеза и последующего ступенчатого отбора из штамма дикого типа, выделенного из образца дерново–подзолистой почвы (Мордовия) был получен высокопродуктивный штамм VAN 20-12, продуцирующий антибиотик ванкомицин.In the process of induced mutagenesis and subsequent stepwise selection from a wild-type strain isolated from a sample of soddy-podzolic soil (Mordovia), a highly productive strain VAN 20-12 producing the antibiotic vancomycin was obtained.

Для повышения секреции ванкомицина штамм дикого типа подвергался индуцированному мутагенезу в результате воздействия на него ультрафиолета при низких температурах. Полученному высокопродуктивному штамму был присвоен внутренний номер VAN 20-12.To increase the secretion of vancomycin, the wild-type strain was subjected to induced mutagenesis as a result of exposure to ultraviolet light at low temperatures. The resulting highly productive strain was assigned the internal number VAN 20-12.

Далее штамм VAN 20-12 был идентифицирован по макро- и микроморфологическим признакам, а родовая принадлежность была подтверждена секвенированием гена 16S рДНК.Further, the strain VAN 20-12 was identified by macro- and micromorphological features, and the genus was confirmed by sequencing of the 16S rDNA gene.

По результатам анализа секвенсов вариабельных участков генов, кодирующих 16S рРНК, тестируемый штамм оказался наиболее близок к виду Amycolatopsis japonica. According to the results of the analysis of the sequences of the variable regions of the genes encoding 16S rRNA, the tested strain was the closest to the species Amycolatopsis japonica.

Полученный новый штамм Amycolatopsis japonica депонирован в Национальный Биоресурсный Центр Всероссийская коллекция промышленных микроорганизмов НИЦ «Курчатовский институт» под номером VKPM Ac-2182.The resulting new strain of Amycolatopsis japonica was deposited with the National Bioresource Center All-Russian Collection of Industrial Microorganisms of the National Research Center "Kurchatov Institute" under the number VKPM Ac-2182.

Таким образом, одним из вариантов настоящего изобретения является штамм продуцент ванкомицина Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182. Другим вариантом настоящего изобретения является применение штамма Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 для получения антибиотика ванкомицина. Еще одним из вариантов настоящего изобретения является способ получения антибиотика ванкомицина, который заключается в том, что осуществляют культивирование штамма Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 и выделение ванкомицина из культуральной жидкости с последующей очисткой (фиг.1).Thus, one of the variants of the present invention is the vancomycin producing strain Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182. Another embodiment of the present invention is the use of the Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 strain for the preparation of the antibiotic vancomycin. Another option of the present invention is a method for producing the antibiotic vancomycin, which consists in culturing a strain of Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 and isolating vancomycin from the culture fluid, followed by purification (Fig. 1).

ТЕРМИНЫ и ОПРЕДЕЛЕНИЯTerms and Definitions

Ниже приведены термины, которые могут использоваться при описании настоящего изобретения. Если не указано иное, все технические и специальные термины, использованные в описании, имеют общепринятое в данной области техники значение.The following are terms that may be used in describing the present invention. Unless otherwise indicated, all technical and technical terms used in the description have the meaning generally accepted in the art.

Термин «антибиотик» включает в себя любую молекулу, которая может ингибировать рост, разрушать или приводит к гибели микроорганизмов, но не является смертельным для пациента в интервалах концентрации и дозировании, предполагаемых для введения. Согласно настоящему изобретению указанные антибиотики могут быть классифицированы как бактерицидные (т.е., непосредственно приводящие к гибели микроорганизма) или бактериостатические (т.е. предотвращающие деление и/или размножение микроорганизма). В контексте настоящего изобретения антибиотик не является токсичным для пациента, в интервалах вводимых концентраций и дозирования. The term "antibiotic" includes any molecule that can inhibit the growth, destroy or kill microorganisms, but is not fatal to the patient at the concentration and dosage ranges intended for administration. According to the present invention, these antibiotics can be classified as bactericidal (ie, directly killing the microorganism) or bacteriostatic (ie, preventing the division and/or reproduction of the microorganism). In the context of the present invention, the antibiotic is not toxic to the patient, in the range of administered concentrations and dosing.

Использование термина «антибиотический» в контексте настоящего изобретения означает эффект или тип воздействия в лечении или профилактике инфекций, вызванных грамотрицательными и/или грамположительными бактериями. The use of the term "antibiotic" in the context of the present invention means an effect or type of action in the treatment or prevention of infections caused by Gram-negative and/or Gram-positive bacteria.

Термин «биомасса» в контексте настоящего изобретения относится к совокупной массе клеток Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182, отделенных в процессе центрифугирования от супернатанта культуральной жидкости, полученной в результате культивирования, в том числе, в качалочных колбах или биореакторах (например, при культивировании батарейным способом).The term "biomass" in the context of the present invention refers to the total mass of Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 cells separated by centrifugation from the supernatant of the culture liquid obtained as a result of cultivation, including in shake flasks or bioreactors (for example, when culturing in a battery way ).

Термин «культуральная жидкость» в контексте настоящего изобретения означает газожидкостную питательную (или ферментационную) среду, в которую в процессе глубинного культивирования микроорганизмы выделяют продукты метаболизма (в т.ч. вторичные метаболиты). The term "culture liquid" in the context of the present invention means a gas-liquid nutrient (or fermentation) medium into which, during submerged cultivation, microorganisms excrete metabolic products (including secondary metabolites).

Термин «биореактор» в контексте настоящего изобретения относится к сосуду или устройству, в котором осуществляются процесс глубинного культивирования микроорганизмов для наработки целевого продукта (в рамках настоящего изобретения, антибиотика ванкомицина). The term "bioreactor" in the context of the present invention refers to a vessel or device in which the process of deep cultivation of microorganisms is carried out to produce the target product (in the framework of the present invention, the antibiotic vancomycin).

Термин «продуктивность штамма» в контексте настоящего изобретения относится к количеству полученного антибиотика ванкомицина, рассчитанному на единицу объема культуральной жидкости, при глубинном культивировании штамма Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 в условиях биореактора, выраженному в граммах ванкомицина на литр культуральной жидкости.The term "strain productivity" in the context of the present invention refers to the amount of antibiotic vancomycin obtained, calculated per unit volume of culture fluid, when submerged cultivation of the Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 strain under bioreactor conditions, expressed in grams of vancomycin per liter of culture fluid.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙBRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS

Настоящее изобретение дополнительно проиллюстрировано посредством Фиг. 1. The present invention is further illustrated by FIG. 1.

На фиг. 1 изображены основные этапы скрининга штамма Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 и наработки ванкомицина из его культуральной жидкости, полученной после глубинного культивирования.In FIG. 1 shows the main stages of screening the strain Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 and the production of vancomycin from its culture liquid obtained after submerged cultivation.

РАСКРЫТИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯDISCLOSURE OF THE INVENTION

Согласно настоящему изобретению предложен новый штамм продуцент ванкомицина - штамм Amycolatopsis japonica депонированный в Национальном Биоресурсном Центре Всероссийской коллекции промышленных микроорганизмов НИЦ «Курчатовский институт» под номером VKPM Ac-2182.According to the present invention, a new vancomycin-producing strain, the Amycolatopsis japonica strain, deposited at the National Bioresource Center of the All-Russian Collection of Industrial Microorganisms of the National Research Center "Kurchatov Institute" under the number VKPM Ac-2182, is proposed.

Культурально-морфологические признаки штамма продуцента ванкомицина: Cultural and morphological features of the vancomycin producer strain:

Аэроб, окраска по Граму – положительная; на плотной среде нижеуказанного состава через 5-12 суток культивирования образует колонии от белого до молочного цвета, конической формы, диаметром 3-5 мм, приподнятые над агаром, с волнистыми краями и неровной поверхностью.Aerobe, Gram stain - positive; on a dense medium of the following composition, after 5-12 days of cultivation, it forms colonies from white to milky, conical in shape, 3-5 mm in diameter, raised above the agar, with wavy edges and an uneven surface.

Физико-биохимические:Physico-biochemical:

Хорошо утилизирует сахарозу, крахмал, фруктозу, арабинозу, инозит, галактозу, манит, глюкозу, умеренно - лактозу, рамнозу, ксилозу, не утилизирует рафинозу. Обладает протеолитической активностью. Восстанавливает нитраты до нитритов.Well utilizes sucrose, starch, fructose, arabinose, inositol, galactose, lures, glucose, moderately - lactose, rhamnose, xylose, does not utilize raffinose. It has proteolytic activity. Restores nitrates to nitrites.

Для хранения и приготовления посевного материала используется среда следующего состава, г/л: соевый пептон – 8.0 - 12.0; растворимый крахмал – 7.0 - 9.5; глюкоза – 1.0 - 4.0; агар-агар – 18.0 - 20.0; вода очищенная; рН среды 6.9±0.3. For storage and preparation of inoculum, the medium of the following composition is used, g/l: soy peptone - 8.0 - 12.0; soluble starch - 7.0 - 9.5; glucose - 1.0 - 4.0; agar-agar - 18.0 - 20.0; purified water; Medium pH 6.9±0.3.

Условия культивирования для выделения единичных колоний: - 5-12 суток, при температуре 25-34°С.Conditions of cultivation for isolation of single colonies: - 5-12 days, at a temperature of 25-34°C.

ПРИМЕРЫEXAMPLES

Изобретение поясняется следующими иллюстративными примерами, которые не ограничивают заявленный объем охраны.The invention is illustrated by the following illustrative examples, which do not limit the claimed scope of protection.

Пример 1. Способ селективного выделения Amycolatopsis japonica из образцов почв. Example 1 Method for Selective Isolation of Amycolatopsis japonica from Soil Samples.

Объектами исследования были образцы дерново-подзолистой почвы, отобранные в Республике Мордовия в летний период из верхних горизонтов почвы. The objects of the study were samples of soddy-podzolic soil taken in the Republic of Mordovia in the summer from the upper soil horizons.

Для выделения штамма дикого типа - продуцента ванкомицина из образцов почв использовали метод посева на твердые питательные среды. Гомогенизированный образец почвы массой 1 г помещали в колбу со 100 мл стерильной водопроводной воды, далее готовили разведение 1:300 и проводили посев на чашки с питательной средой Гаузе 1. В питательную среду добавляли антибиотики широкого спектра для ограничения роста и активности нежелательных микроорганизмов.To isolate the wild-type strain - the producer of vancomycin from soil samples, the method of sowing on solid nutrient media was used. A homogenized soil sample weighing 1 g was placed in a flask with 100 ml of sterile tap water, then a 1:300 dilution was prepared and inoculated on plates with Gause 1 nutrient medium. Broad-spectrum antibiotics were added to the nutrient medium to limit the growth and activity of undesirable microorganisms.

Посевы инкубировали при температурах 20 - 30°С до появления видимых колоний. Чистую культуру выводили путем последовательных пересевов до единичной колонии. Контроль чистоты культуры проводили микроскопически.The inoculations were incubated at temperatures of 20 - 30°C until visible colonies appeared. The pure culture was derived by successive passages to a single colony. Culture purity was controlled microscopically.

Пример 2. Получение высокопродуктивного штамма-продуцента ванкомицина. Example 2. Obtaining a highly productive strain-producer of vancomycin.

Путем многоступенчатой селекции с применением мутагенных факторов и направленных методов отбора модификантов штамма дикого типа был получен новый высокопродуктивный штамм – продуцент ванкомицина VAN 20-12. A new highly productive strain producing vancomycin VAN 20-12 was obtained by multistage selection with the use of mutagenic factors and directed methods for selecting wild-type strain modifiers.

Для этого проводили облучение УФ с длиной волны 250 нм (лампа Mineralight) водной суспензии спор и клеток штамма дикого типа, размещенного на расстоянии 55 см от лампы в течение 20 минут при температуре 0oC. Полученному штамму был присвоен внутренний номер VAN 20-12.To do this, UV irradiation with a wavelength of 250 nm (Mineralight lamp) was performed on an aqueous suspension of spores and cells of a wild-type strain placed at a distance of 55 cm from the lamp for 20 minutes at a temperature of 0 o C. The resulting strain was assigned an internal number VAN 20-12 .

Пример 3. Идентификация штамма VAN 20-12 до вида с помощью ПЦР-анализа 16sРНК. Example 3 Identification of strain VAN 20-12 to species by PCR analysis of 16sRNA.

Выделение ДНК штамма VAN 20-12 для ПЦР проводилась по стандартной методике (PCR Protocols. A Guide to methods and applications. Innis M, Gelfand D., Sninsky J.p.14-15.DNA isolation of strain VAN 20-12 for PCR was carried out according to the standard method (PCR Protocols. A Guide to methods and applications. Innis M, Gelfand D., Sninsky J.p.14-15.

Для секвенирования использовались консервативные праймеры для наработки 16S rDNA – For sequencing, conservative primers were used to generate 16S rDNA -

8F – AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG8F - AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG

926R - CCG TCA ATT CCT TTR AGT TT926R - CCG TCA ATT CCT TTR AGT TT

Секвенирование проводилось на автоматическом секвенаторе АЕ3000 с режимами реакции:Sequencing was carried out on an AE3000 automatic sequencer with reaction modes:

1. 95оС - 3мин.1. 95 about C - 3 min.

2. 35 циклов2. 35 cycles

95оС - 30 сек.95 about C - 30 sec.

57оС - 30 сек.57 about C - 30 sec.

72оС- 1 мин. 30 сек. 72 about C - 1 min. 30 sec.

3. 72оС - 5мин3. 72 o C - 5 min

Для анализа секвенированных последовательностей использовались специализированные филогенетические компьютерные программы. Для стабильности воспроизведения результатов проводили не менее трех повторов ПЦР-реакций.Specialized phylogenetic computer programs were used to analyze the sequenced sequences. For the stability of reproducing the results, at least three repetitions of PCR reactions were performed.

Далее проводили электрофорез ПЦР исследуемых образцов в 1,0% агарозном геле, при напряженности электрического поля 5 В/см.Next, PCR electrophoresis of the studied samples was carried out in 1.0% agarose gel, at an electric field strength of 5 V/cm.

Согласно базе данных GenBank, исследуемый штамм относился к следующим систематическим группам: Bacteria; Actinobacteria; Micromonosporales; Micromonosporaceae; Actinoplanes.According to the GenBank database, the studied strain belonged to the following systematic groups: Bacteria; Actinobacteria; micromonosporales; Micromonosporaceae; Actinoplanes.

Последовательности были выровнены в соответствии с последовательностями ближайших видов бактерий, доступными в базе данных GenBank.The sequences were aligned according to the sequences of the closest bacterial species available in the GenBank database.

Также обработка секвенированных последовательностей проводились при помощи модуля программ BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), предназначенной в том числе для определения степени филогенетической близости микроорганизмов. Also, the sequenced sequences were processed using the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program module, which is also designed to determine the degree of phylogenetic similarity of microorganisms.

По результатам анализа последовательностей вариабельных участков генов, кодирующих 16S рРНК, исследуемый штамм VAN 20-12 был наиболее близок к штаммам вида Amycolatopsis japonica. According to the results of the analysis of the sequences of the variable regions of the genes encoding 16S rRNA, the studied strain VAN 20-12 was the closest to the strains of the species Amycolatopsis japonica.

Пример 4. Методика культивирования. Example 4. Method of cultivation.

Проводили подготовку посевного материала путем посева культуры Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 на чашках Петри. Для этого агаризованную среду засеивали исходной посевной культурой, и выдерживали в термостате от 5 до 12 суток, при температуре 25-34°С. The inoculum was prepared by seeding the Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 culture on Petri dishes. To do this, the agar medium was seeded with the original seed culture, and kept in a thermostat for 5 to 12 days at a temperature of 25-34°C.

Дальнейшее культивирование осуществляли в качалочных колбах в жидкой среде при 25-34°С в течение 24-48 часов на термостатируемой качалочной установке при 200-300 об/мин. Further cultivation was carried out in shake flasks in a liquid medium at 25–34°C for 24–48 hours on a thermostatically controlled shaker at 200–300 rpm.

Далее нарабатывали посевную культуру в ферментере объемом 15/100 л, для этого проводили засев ферментера путем внесения посевной культуры в количестве 5-15% от объема среды в ферментере, также производили непрерывную подачу стерильного воздуха во время культивирования при перемешивании в течении 120-170 часов.Next, a seed culture was produced in a fermenter with a volume of 15/100 l; for this, the fermenter was seeded by introducing a seed culture in an amount of 5-15% of the volume of the medium in the fermenter; sterile air was also continuously supplied during cultivation with stirring for 120-170 hours .

Контроль содержания антибиотика проводили методом ВЭЖХ. При максимальном накоплении антибиотика процесс ферментации прекращали.Antibiotic content was monitored by HPLC. At the maximum accumulation of the antibiotic, the fermentation process was stopped.

Пример 5. Определение содержания ванкомицина в культуральной жидкости методом ВЭЖХ. Example 5. Determination of the content of vancomycin in the culture liquid by HPLC.

Анализ содержания ванкомицина в культуральной жидкости методом ВЭЖХ проводили на колонке С18, 100 Å, 250*4,6 мм, 5 мкм; подвижная фаза А - 0,1 % ацетонитрила в 0,1 % водном растворе трифторуксусной кислоты; подвижная фаза В: 0,1 % изопропилового спирта и 0,1 % подвижной фазы А в ацетонитриле скорость потока -1,1 мл/мин; длина волны детектирования – 254 нм.Analysis of the content of vancomycin in the culture liquid by HPLC was carried out on a C18 column, 100 Å, 250*4.6 mm, 5 µm; mobile phase A - 0.1% acetonitrile in 0.1% aqueous solution of trifluoroacetic acid; mobile phase B: 0.1% isopropyl alcohol and 0.1% mobile phase A in acetonitrile flow rate -1.1 ml/min; detection wavelength - 254 nm.

Полученные данные представлены в Таблице 1.The data obtained are presented in Table 1.

Таблица 1. Выход целевого продукта при глубинном культивированииTable 1. Yield of the target product during submerged cultivation

ШтаммStrain Продуктивность штаммов (г/л культуральной жидкости±0,5 г/л)Productivity of strains (g/l culture fluid±0.5 g/l) в ферментере объемом 15 литров in a 15 liter fermenter в ферментере объемом 100 литров in a 100 liter fermenter Amycolatopsis japonica
VKPM Ac-2182
Amycolatopsis japonica
VKPM Ac-2182
14,06
13,56
12,97
14.06
13.56
12.97
17,45
16,56
15,85
17.45
16.56
15.85
Amycolatopsis orientalis
ВКПМ Aс-1505
Amycolatopsis orientalis
VKPM As-1505
9,02
8,45
8,95
9.02
8.45
8.95
8,05
8,95
8,70
8.05
8.95
8.70

Также, согласно литературным данным продуктивность мутантного штамма Amycolatopsis orientalis составляла до 8,9 г/л (CN101608209, 23.12.2009). Also, according to the literature data, the productivity of the mutant strain Amycolatopsis orientalis was up to 8.9 g/l (CN101608209, 12/23/2009).

Результаты исследований позволяют сделать вывод о том, что новый штамм по настоящему изобретению обладает высоким биотехнологическим потенциалом, значительно увеличенной продуктивностью и может применяться для промышленного производства антибиотика ванкомицина.The research results allow us to conclude that the new strain of the present invention has a high biotechnological potential, significantly increased productivity and can be used for the industrial production of the antibiotic vancomycin.

Пример 6. Методика выделения ванкомицина. Example 6 Vancomycin Isolation Procedure.

После завершения культивирования микроорганизма Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 культуральную жидкость, полученную в процессе глубинного культивирования в биореакторе, подкисляли раствором хлористоводородной кислоты до значений pH ~ 1,8-2,5, далее биомассу отделяли путем двух последовательных этапов центрифугирования. Очищенную от биомассы культуральную жидкость переносили на стадию дальнейшей очистки, а отработанную биомассу утилизировали.After the completion of the cultivation of the microorganism Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182, the culture liquid obtained during deep cultivation in the bioreactor was acidified with a solution of hydrochloric acid to pH ~ 1.8–2.5, then the biomass was separated by two successive centrifugation steps. The culture liquid purified from biomass was transferred to the stage of further purification, and the spent biomass was disposed of.

Супернатант очищали от низкомолекулярных примесей способом диализа через полупроницаемую мембрану после чего пропускали его через адсорбционную колонку. Вытесненный с колонки раствор утилизировали. Затем осуществляли десорбцию колонки водным раствором аммиака с концентрацией 3,3 г/л. The supernatant was purified from low molecular weight impurities by dialysis through a semipermeable membrane, after which it was passed through an adsorption column. The solution displaced from the column was discarded. Then, the column was desorbed with an aqueous ammonia solution with a concentration of 3.3 g/L.

Полученный на предыдущем этапе элюат наносили на колонку с гидрофобным сорбентом НР-20. Вытесненный с колонки раствор утилизировали. Колонку промывали водой очищенной. Элюат собирали и фильтровали. The eluate obtained at the previous stage was applied to a column with a hydrophobic sorbent HP-20. The solution displaced from the column was discarded. The column was washed with purified water. The eluate was collected and filtered.

Полученный раствор снова наносили на колонку с сорбентом НР-20. Колонку промывали водой очищенной. Затем колонку элюировали 50 % водным этанолом с добавлением уксусной кислоты. Контроль осуществляли методом ВЭЖХ/УФ. The resulting solution was again applied to the column with the HP-20 sorbent. The column was washed with purified water. Then the column was eluted with 50% aqueous ethanol with the addition of acetic acid. The control was carried out by HPLC/UV.

Далее элюат фракционировали, фракции анализировали методом ВЭЖХ. Фракции, содержащие ванкомицин с чистотой не менее 92 %, объединяли. Менее чистые фракции подавали на повторную очистку. Очищенный раствор ванкомицина деколоризировали перемешиванием в течение 30 мин. с 0.5 % масс. угля апирогенного. Уголь отделяли фильтрованием через слой силикагеля. Next, the eluate was fractionated, the fractions were analyzed by HPLC. Fractions containing vancomycin with a purity of at least 92% were pooled. Less pure fractions were submitted for re-purification. The purified vancomycin solution was decolorized by stirring for 30 minutes. with 0.5% wt. pyrogen-free coal. Coal was separated by filtration through a layer of silica gel.

Далее раствор ванкомицина фильтровали и проводили процесс кристаллизации. Полученные кристаллы дополнительно фильтровали. Next, the vancomycin solution was filtered and the crystallization process was carried out. The resulting crystals were further filtered.

Claims (3)

1. Штамм Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 продуцент ванкомицина.1. Amycolatopsis japonica VKPM Ac-2182 strain, vancomycin producer. 2. Применение штамма по п.1 для получения ванкомицина.2. Use of the strain according to claim 1 for the preparation of vancomycin. 3. Способ получения ванкомицина, включающий культивирование штамма по п.1 и выделение антибиотика ванкомицина из культуральной жидкости с последующей очисткой.3. A method for producing vancomycin, including cultivating the strain according to claim 1 and isolating the antibiotic vancomycin from the culture liquid, followed by purification.
RU2022130912A 2022-11-28 New strain producing vancomycin amycolatopsis japonica RU2788348C1 (en)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2788348C1 true RU2788348C1 (en) 2023-01-17

Family

ID=

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20080075979A (en) * 2007-02-14 2008-08-20 주식회사 바이오앤진 Mutant strain of amycolaptosis orientalis and process for preparing vancomycin hydrochloride
CN101608209A (en) * 2009-07-14 2009-12-23 厦门大学 Ribosome resistance mutagenesis breeding vancomycin production bacterial strain and application thereof
CN106520589A (en) * 2015-09-15 2017-03-22 江苏海阔生物医药有限公司 Vancomycin bacterial strain and method for fermentation production of vancomycin
RU2633511C1 (en) * 2016-06-29 2017-10-12 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт по изысканию новых антибиотиков имени Г.Ф. Гаузе" Amycolatopsis orientalis strain - dimethylvancomycin antibiotic producer and method for antibiotic production

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20080075979A (en) * 2007-02-14 2008-08-20 주식회사 바이오앤진 Mutant strain of amycolaptosis orientalis and process for preparing vancomycin hydrochloride
CN101608209A (en) * 2009-07-14 2009-12-23 厦门大学 Ribosome resistance mutagenesis breeding vancomycin production bacterial strain and application thereof
CN106520589A (en) * 2015-09-15 2017-03-22 江苏海阔生物医药有限公司 Vancomycin bacterial strain and method for fermentation production of vancomycin
RU2633511C1 (en) * 2016-06-29 2017-10-12 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт по изысканию новых антибиотиков имени Г.Ф. Гаузе" Amycolatopsis orientalis strain - dimethylvancomycin antibiotic producer and method for antibiotic production

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP5729919B2 (en) Thiacomycin production
CN108676757B (en) Streptomyces strain and application thereof in producing staurosporine
CN109022311B (en) Alcaligenes faecalis BC13 and application thereof in prevention and treatment of crop bacterial diseases
KR20120090079A (en) Insecticidal fermentation broth from actinomycetes
US9982314B2 (en) Bacterial strain of Actinoplanes sp. and application thereof
DK145381B (en) PROCEDURE FOR THE PREPARATION OF AN ANTIBIOTIC SUBSTANCE, CALLED N-ACETYLDEHYDROTHIENAMYCINE, OR PHARMACEUTICAL ACCEPTABLE SALTS THEREOF
RU2788348C1 (en) New strain producing vancomycin amycolatopsis japonica
RU2801749C1 (en) New producer strain of vancomycin amycolatopsis keratiniphila
CN109280034B (en) Benzoxazepine compound with antibacterial activity and preparation method and application thereof
WO2023016387A1 (en) Bacillus amyloliquefaciens and use thereof in preparation of 1-deoxynojirimycin
CN111778172A (en) Streptomyces for producing antibacterial active compound and separation method and application thereof
RU2788347C1 (en) New producer strain of chloreremomycin kyibdelosporangium aridum
RU2789838C1 (en) New producer strain of ramoplanin actinoplanes ramoplaninifer
RU2802575C1 (en) Streptomyces baarnensis, a new daptomycin producer
CN115850409A (en) Leader-free peptide bacteriocin A3 for resisting various pathogenic bacteria, and preparation method and application thereof
RU2633511C1 (en) Amycolatopsis orientalis strain - dimethylvancomycin antibiotic producer and method for antibiotic production
RU2784815C1 (en) STREPTOMYCES sp. KMM 9044 - PRODUCER OF COMPOUNDS WITH ANTIBACTERIAL ACTIVITY
RU2724537C1 (en) Amycolatopsis rifamycinica - producer of tetracenomycin x antibiotic
RU2761482C1 (en) Streptomyces olivaceiscleroticus strain - producer of the antitumor antibiotic olivomycin
CN109971655B (en) Astragalus membranaceus endophytic Chaetomium sp HQ-1 and application thereof
RU2732622C1 (en) Bacillus cereus strain - serotonin producer
JP3523290B2 (en) Compounds 31668P and 31668U, methods for their preparation and their use
CZ282296B6 (en) Balhimycin, process of its preparation, pharmaceutical composition containing thereof and its application as well as micro-organism actinomycete species y-86,21022 (dsm 5908)
RU2718802C1 (en) Nybomycin preparation method
CN109312298B (en) Thiamine miehei bacillus strain and application thereof