RU2744203C1 - Strain of bacteria salmonella enterica sbsp_ enterica serovar kentucky b-9045 of the international multiresistant clone of salmonella kentucky st198 used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing salmonellosis - Google Patents
Strain of bacteria salmonella enterica sbsp_ enterica serovar kentucky b-9045 of the international multiresistant clone of salmonella kentucky st198 used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing salmonellosis Download PDFInfo
- Publication number
- RU2744203C1 RU2744203C1 RU2020122129A RU2020122129A RU2744203C1 RU 2744203 C1 RU2744203 C1 RU 2744203C1 RU 2020122129 A RU2020122129 A RU 2020122129A RU 2020122129 A RU2020122129 A RU 2020122129A RU 2744203 C1 RU2744203 C1 RU 2744203C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- strain
- kentucky
- enterica
- salmonella
- sbsp
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
- C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
- C12N1/205—Bacterial isolates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12R—INDEXING SCHEME ASSOCIATED WITH SUBCLASSES C12C - C12Q, RELATING TO MICROORGANISMS
- C12R2001/00—Microorganisms ; Processes using microorganisms
- C12R2001/01—Bacteria or Actinomycetales ; using bacteria or Actinomycetales
- C12R2001/42—Salmonella
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Virology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к микробиологии (бактериологии), а именно к разделу определения чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам и молекулярной детекции механизмов резистентности и может быть использовано в качестве контрольного штамма для контроля качества при диагностике брюшного тифа: на этапах фенотипических исследований (определение чувствительности к антибиотикам: выявление устойчивости высокого уровня к фторхинолонам) и молекулярных исследований (определение механизма устойчивости к фторхинолонам путем детекции мутаций в генах gyrA и parC; филогенетические исследования методом MLST (от анг. Multi Locus Sequence Typing, мультилокусное сиквенстипирование).The invention relates to microbiology (bacteriology), namely to the section for determining the sensitivity of microorganisms to antimicrobial drugs and molecular detection of resistance mechanisms and can be used as a control strain for quality control in the diagnosis of typhoid fever: at the stages of phenotypic studies (determination of sensitivity to antibiotics: identification high-level resistance to fluoroquinolones) and molecular studies (determination of the mechanism of resistance to fluoroquinolones by detecting mutations in the gyrA and parC genes; phylogenetic studies using MLST (Multi Locus Sequence Typing).
По литературным данным в различных странах мира выделяют штаммы Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198, устойчивые к хинолонам за счет различных мутаций в хромосомных генах gyrA и parC, полирезистентные к другим классам антибиотиков. Штаммы Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198, выделенные в других странах, не могут быть ввезены и использованы в качестве контрольных штаммов при диагностике сальмонеллезов в РФ. На территории РФ штаммы Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky, относящиеся к международному полирезистентному клону Salmonella Kentucky ST198, характеризующиеся устойчивостью высокого уровня к фторхинолонам, обусловленной множественными мутациями в хромосомных генах gyrA (Ser83Phe и Asp87Asn) и parC (Ser80Ile) ранее не обнаружены, не изучены и не депонированы.According to literature data, strains of Salmonella enterica sbsp are isolated in various countries of the world. enterica serovar Kentucky ST198, resistant to quinolones due to various mutations in the chromosomal genes gyrA and parC, multiresistant to other classes of antibiotics. Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198, isolated in other countries, cannot be imported and used as control strains in the diagnosis of salmonellosis in the Russian Federation. On the territory of the Russian Federation, the strains of Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky, belonging to the international multi-resistant clone Salmonella Kentucky ST198, characterized by high-level resistance to fluoroquinolones caused by multiple mutations in the chromosomal genes gyrA (Ser83Phe and Asp87Asn) and parC (Ser80Ile) have not been previously detected, studied and deposited.
Диагностика сальмонеллезов должна сопровождаться контролем качества проводимых фенотипических и молекулярных исследований с использованием контрольных штаммов Salmonella enterica sbsp. enterica с известной резистентностью к антибиотикам (в том числе к фторхинолонам, цефалоспоринам и карбапенемам) и молекулярными механизмами устойчивости (мутациями в хромосомных генах).Diagnosis of salmonellosis should be accompanied by quality control of the phenotypic and molecular studies performed using control strains of Salmonella enterica sbsp. enterica with known resistance to antibiotics (including fluoroquinolones, cephalosporins, and carbapenems) and molecular mechanisms of resistance (mutations in chromosomal genes).
Наиболее близким по сущности к заявляемому изобретению являются штаммы Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198 из коллекции французского национального референс-центра Парижского Института Пастера (French National Reference Center for Escherichia coli, Shigella, Salmonella, Institut Pasteur), которые также имели устойчивость высокого уровня к фторхинолонам вследствие множественных мутаций в хромосомных генах gyrA (Ser83Phe и Asp87Asn) и parC (Ser80Ile), как и штамм, предлагаемый в качестве изобретения изобретении (Hawkey J, Le Hello S, Doublet B. et al. Global phylogenomics of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 // Microbial genetics. 2019, vol. 5(7): e000269). Штаммы указанных авторов нечувствительны к цефалоспоринам и карбапенемам, что не позволяет использовать эти штаммы для комплексного контроля процедуры определения чувствительности к антибиотикам. Предлагаемый в качестве изобретения штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198 B-9045 помогает преодолеть это ограничение, поскольку сохраняет чувствительность к этим классам антибиотиков (цефалоспоринам и карбапенемам), и может быть использован в качестве контрольного штамма в рамках диагностики сальмонеллезов при определении чувствительности к антибиотикам различных классов.The closest in essence to the claimed invention are strains of Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198 from the collection of the French National Reference Center for Escherichia coli, Shigella, Salmonella, Institut Pasteur, which also had a high level of resistance to fluoroquinolones due to multiple mutations in the chromosomal gyrA genes (Ser83Phe and Asp87Asn ) and parC (Ser80Ile), as well as the strain proposed by the invention (Hawkey J, Le Hello S, Doublet B. et al. Global phylogenomics of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 // Microbial genetics. 2019, vol. 5 (7): e000269). The strains of these authors are insensitive to cephalosporins and carbapenems, which does not allow the use of these strains for complex control of the antibiotic sensitivity determination procedure. The inventive Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198 B-9045 helps to overcome this limitation, since it retains sensitivity to these classes of antibiotics (cephalosporins and carbapenems), and can be used as a control strain in the diagnosis of salmonellosis in determining the sensitivity to antibiotics of various classes.
Изобретение направлено на разработку контрольного штамма Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198, необходимого для обеспечения достоверной диагностики сальмонеллезов.The invention is directed to the development of a control strain of Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky ST198, necessary to ensure reliable diagnosis of salmonellosis.
Авторами получен контрольный штамм для контроля качества различных этапов лабораторной диагностики сальмонеллезов: полирезистентный к антибиотикам, с устойчивостью высокого уровня к фторхинолонам вследствие трех мутаций в хромосомных генах gyrA (Ser83Phe и Asp87Asn) и parC (Ser80Ile), относящийся к сиквенс-типу ST198.The authors obtained a control strain for quality control of various stages of laboratory diagnostics of salmonellosis: multi-resistant to antibiotics, with a high level of resistance to fluoroquinolones due to three mutations in the chromosomal genes gyrA (Ser83Phe and Asp87Asn) and parC (Ser80Ile), belonging to the ST198 sequence type.
Заявляемый штамм выделен от больного острой кишечной инфекцией, идентифицирован до вида и серовара Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky бактериологическими и серологическими методами. Резистентность к антибиотикам установлена методами диско-диффузионным и градиентных концентраций; характер хромосомных мутаций и сиквенс-тип установлены при анализе данных полногеномного секвенирования штамма на приборе MiSeq (Illumina, США). Сборку и анализ геномов проводили с помощью CLC Genomics Workbench 8.0 (QIAGEN, США).The inventive strain is isolated from a patient with acute intestinal infection, identified to the species and serovar Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky by bacteriological and serological methods. Antibiotic resistance was established by the methods of disco-diffusion and gradient concentrations; the nature of chromosomal mutations and the sequence type were established by analyzing the data of whole genome sequencing of the strain on the MiSeq device (Illumina, USA). The assembly and analysis of genomes was performed using CLC Genomics Workbench 8.0 (QIAGEN, USA).
Штамм депонирован в Государственной коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск» под номером В-9045.The strain was deposited in the State Collection of Pathogenic Microorganisms and Cell Cultures "GKPM-Obolensk" under number B-9045.
Характеристика штамма Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045.Characteristics of the strain Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045.
Морфологические признаки: клетки прямые, палочковидной формы, подвижные, с перитрихиальными жгутиками, грамотрицательные, неспорообразующие.Morphological signs: cells are straight, rod-shaped, mobile, with peritrichial flagella, gram-negative, non-spore-forming.
Патогенные свойства: штамм патогенный для человека, 3 группа патогенности согласно СП 1.2.036-95 и СП 1.3.2322-08.Pathogenic properties: the strain is pathogenic for humans, 3 pathogenicity group according to SP 1.2.036-95 and SP 1.3.2322-08.
Культуральные свойства: хемоорганотроф, каталазоположительный, оксидозоотрицательный, растет на питательных средах (агар Эндо, висмут-сульфит-агар, гектоен-агар, XLD-агар, агар Плоскирева) при оптимальной температуре 37°С при рН 7,2, образуя характерные для бактерий Salmonella enterica sbsp. enterica колонии.Cultural properties: chemoorganotroph, catalase-positive, oxidose-negative, grows on nutrient media (Endo agar, bismuth-sulfite-agar, hectoene-agar, XLD-agar, Ploskirev agar) at an optimal temperature of 37 ° C at pH 7.2, forming typical bacteria Salmonella enterica sbsp. enterica colonies.
Антигенная характеристика: по результатам серологического исследования штамм относится к группе 08 (С), серовару S. Kentucky и имеет антигенную формулу 8,20: i: z6.Antigenic characteristics: according to the results of a serological study, the strain belongs to group 08 (C), serovar S. Kentucky and has an antigenic formula of 8.20: i: z 6 .
Основные свойства штамма:The main properties of the strain:
1. Устойчивость к антибиотикам класса хинолонов, устойчивость высокого уровня к фторхинолонам:1. Resistance to antibiotics of the quinolone class, high level resistance to fluoroquinolones:
- минимальная подавляющая концентрация налидиксовой кислоты более 256,0 мг/л, диаметр зоны задержки роста - 6 мм;- the minimum inhibitory concentration of nalidixic acid is more than 256.0 mg / l, the diameter of the growth inhibition zone is 6 mm;
- минимальная подавляющая концентрация ципрофлоксацина > 8,0 мг/л;- the minimum inhibitory concentration of ciprofloxacin> 8.0 mg / l;
- диаметр зоны задержки роста вокруг диска с пефлоксацином - 6 мм.- the diameter of the growth retardation zone around the disc with pefloxacin is 6 mm.
2. Молекулярный механизм устойчивости к хинолонам: мутации в хромосомных генах (однонуклеотидные замены) gyrA (Ser83Phe и Asp87Asn) и parC (Ser80Ile).2. Molecular mechanism of resistance to quinolones: mutations in chromosomal genes (single nucleotide substitutions) gyrA (Ser83Phe and Asp87Asn) and parC (Ser80Ile).
3. Принадлежность к сиквенс-типу ST 198 (по результатам типирования методом MLST).3. Belonging to the ST 198 sequence type (based on MLST typing results).
Стабильность свойств штамма Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 подтверждена путем повторного еженедельного тестирования штамма (хранящегося при -70°С в криосреде) в течение 6 мес.Стабильность значений МПК антибиотиков и диаметров зон задержки роста проверяли диско-диффузионным методом и методом градиентных концентраций с агаром Мюллера-Хинтон, дисков и полосок с антибиотиками различных производителей: Oxoid (Великобритания), BioRad (США), HiMedia (Индия) и НИЦФ (Россия). Штамм давал стабильные результаты на агарах, дисках и полосках всех производителей в течение всего срока тестирования. Стабильность молекулярных свойств (молекулярный механизм устойчивости к хинолонам и принадлежность к сиквенс-типу ST198) подтверждена повторным секвенированием ДНК штамма и анализом генома после хранения штамма в течение 6 мес.при -70°С на криосреде. Изобретение реализуется следующим образом.The stability of the properties of the strain Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 was confirmed by repeated weekly testing of the strain (stored at -70 ° C in a cryo-medium) for 6 months The stability of antibiotic MIC values and diameters of growth inhibition zones was checked by the disk diffusion method and the method of gradient concentrations with Mueller-Hinton agar , disks and strips with antibiotics from various manufacturers: Oxoid (Great Britain), BioRad (USA), HiMedia (India) and NICF (Russia). The strain gave stable results on agars, discs and strips of all manufacturers during the entire testing period. The stability of molecular properties (molecular mechanism of resistance to quinolones and belonging to the ST198 sequence-type) was confirmed by repeated DNA sequencing of the strain and genome analysis after storage of the strain for 6 months at -70 ° C in a cryomedium. The invention is implemented as follows.
Пример 1. Контроль качества определения чувствительности бактерий Salmonella enterica sbsp. enterica к антибиотикам класса хинолонов диско-диффузионным методом.Example 1. Quality control of determining the sensitivity of bacteria Salmonella enterica sbsp. enterica to antibiotics of the quinolone class by the disk diffusion method.
Тестирование проводили согласно Клиническим рекомендациям «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам» версия 03-2018. Для исследуемых и контрольного штаммов готовили инокулюмы мутностью 0,5 MF в стерильном 0,9% растворе хлорида натрия из суточных культур, выращенных на кровяном агаре (24 ч., +37°С). Засевали ватным стерильным тампоном на чашки Петри с агаром Мюллера-Хинтон (высотой 4 мм). На засеянный агар накладывали диски, пропитанные антибиотиками - налидиксовая кислота, 30 мкг и пефлоксацин 5 мкг. Инкубировали посевы в течении 24 часов при +35°С. Учитывали результат путем измерения зоны задержки роста культуры вокруг дисков с антибиотиками. Контрольный штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 проявлял заявленные свойства и давал стабильные результаты: диаметр зоны задержки роста вокруг диска с налидиксовой кислотой - 6 мм, вокруг диска с пефлоксацином - 6 мм и относился к категории «Устойчивый» к фторхинолонам.Testing was carried out according to the Clinical Guidelines "Determination of the susceptibility of microorganisms to antimicrobial drugs" version 03-2018. For the studied and control strains, inoculums with a turbidity of 0.5 MF were prepared in sterile 0.9% sodium chloride solution from daily cultures grown on blood agar (24 h, + 37 ° C). Inoculated with a sterile cotton swab on Petri dishes with Mueller-Hinton agar (4 mm high). Disks impregnated with antibiotics - nalidixic acid, 30 µg and pefloxacin 5 µg, were applied to the inoculated agar. Inoculations were incubated for 24 hours at + 35 ° C. The result was taken into account by measuring the zone of growth inhibition of the culture around the discs with antibiotics. The control strain Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 showed the declared properties and gave stable results: the diameter of the growth inhibition zone around the disc with nalidixic acid was 6 mm, around the disc with pefloxacin - 6 mm and was categorized as "Resistant" to fluoroquinolones.
Пример 2. Контроль качества определения чувствительности Salmonella enterica sbsp. enterica к антибиотикам методом градиентной диффузии: определение уровня устойчивости к фторхинолонам.Example 2. Quality control of the determination of the sensitivity of Salmonella enterica sbsp. enterica to antibiotics by the gradient diffusion method: determination of the level of resistance to fluoroquinolones.
Тестирование проводили согласно Клиническим рекомендациям «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам» версия 03-2018. Для исследуемых и контрольного штаммов готовили инокулюмы мутностью 0,5 MF в стерильном 0,9% растворе хлорида натрия из суточных культур, выращенных на кровяном агаре (24 ч., +37°С). Засевали ватным стерильным тампоном на чашки Петри с агаром Мюллера-Хинтон (высотой 4 мм). На засеянный агар накладывали полоски с ципрофлоксацином (в градиенте концентраций), инкубировали чашки 24 часа при +35°С. Учитывали значение МПК в месте пересечения эллипсовидной зоны задержки роста штамма с полоской. Контрольный штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 проявлял заявленные свойства и давал стабильные результаты: значение минимальной подавляющей концентрации ципрофлоксацина составляло > 8,0 мг/л. Контрольный штамм относился к категории «Устойчивый» к фторхинолонам, уровень устойчивости расценивался как высокий.Testing was carried out according to the Clinical Guidelines "Determination of the susceptibility of microorganisms to antimicrobial drugs" version 03-2018. For the studied and control strains, inoculums with a turbidity of 0.5 MF were prepared in sterile 0.9% sodium chloride solution from daily cultures grown on blood agar (24 h, + 37 ° C). Inoculated with a sterile cotton swab on Petri dishes with Mueller-Hinton agar (4 mm high). Strips with ciprofloxacin (in a concentration gradient) were applied to the inoculated agar, the plates were incubated for 24 hours at + 35 ° C. The MIC value at the intersection of the ellipsoidal zone of growth retardation of the strain with the strip was taken into account. The control strain Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 showed the declared properties and gave stable results: the value of the minimum inhibitory concentration of ciprofloxacin was> 8.0 mg / L. The control strain was classified as "Resistant" to fluoroquinolones, the level of resistance was regarded as high.
Пример 3. Контроль качества определения механизма устойчивости к фторхинолонам путем детекции мутаций в генах gyrA и parC по данным полногеномного секвенирования.Example 3. Quality control of determining the mechanism of resistance to fluoroquinolones by detecting mutations in the gyrA and parC genes according to full genome sequencing data.
Детекцию мутаций в хромосомных генах gyrA и parC проводили путем анализа данных полногеномного секвенирования. Выделение ДНК из исследуемых и контрольного штамма проводили с использованием набора QIAamp DNA Mini Kit для выделения ДНК из тканей, мазков, крови и биологических жидкостей (QIAGEN) согласно инструкции производителя. Качество и количество полученной ДНК оценили путем электрофореза в 0,5хТВЕ-буфере в 1,5% агарозном геле, а также используя спектрофотометр QIAxpert при длине волны 260 нм. Подготовку геномных библиотек проводили с использованием набора для подготовки библиотек Nextera DNA Sample Preparation Kit, набора индексов Nextera Index Kit и сменных крышек, магнитных частиц AMPure ХР Beads согласно стандартному протоколу производителя. Секвенирование геномов исследуемых штаммов и контрольного штамма проводили на приборе MiSeq с использованием наборов реагентов MiSeq Reagent Kit v2 и Nextera XT (Illumina, США). Сборку и анализ геномов проводили с помощью CLC Genomics Workbench 8.0 (QIAGEN, США). Поиск мутаций в хромосомных генах, отвечающих за устойчивость к хинолонам, у исследуемых и контрольного штамма проводили с помощью биоинформатической веб-платформы Center of Genomic Epidemiology (http://www.genomicepidemiology.org/), сервера ResFinder, куда вводили данные секвенирования в формате FASTA. Контрольный штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 проявлял заявленные свойства: стабильно обнаруживались три однонуклеотидные замены в двух хромосомных генах: в гене gyrA -Ser83Phe и Asp87Asn, в гене parC - Ser80Ile.Mutations in the gyrA and parC chromosomal genes were detected by analyzing the data of whole genome sequencing. Isolation of DNA from the test and control strains was carried out using the QIAamp DNA Mini Kit for DNA isolation from tissues, smears, blood and biological fluids (QIAGEN) according to the manufacturer's instructions. The quality and quantity of the obtained DNA was assessed by electrophoresis in 0.5xTBE buffer in 1.5% agarose gel, as well as using a QIAxpert spectrophotometer at a wavelength of 260 nm. Genomic libraries were prepared using the Nextera DNA Sample Preparation Kit, Nextera Index Kit and replaceable caps, AMPure XP Beads magnetic particles according to the manufacturer's standard protocol. Sequencing of the genomes of the studied strains and the control strain was carried out on a MiSeq device using the MiSeq Reagent Kit v2 and Nextera XT (Illumina, USA). The assembly and analysis of genomes was performed using CLC Genomics Workbench 8.0 (QIAGEN, USA). The search for mutations in chromosomal genes responsible for quinolone resistance in the studied and control strains was carried out using the Center of Genomic Epidemiology bioinformatics web platform (http://www.genomicepidemiology.org/), the ResFinder server, where sequencing data were entered in the format FASTA. The control strain Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 showed the declared properties: three single nucleotide substitutions were stably detected in two chromosomal genes: in the gyrA gene, Ser83Phe and Asp87Asn, and in the parC gene, Ser80Ile.
Пример 4. Контроль качества филогенетических исследований бактерий Salmonella enterica sbsp. enterica методом MLST.Example 4. Quality control of phylogenetic studies of bacteria Salmonella enterica sbsp. enterica by MLST.
Выделение ДНК, подготовку геномных библиотек и секвенирование проводили как описано выше (Пример 3). Определяли сиквенс-тип штаммов, оценивая полиморфизм семи генов «домашнего хозяйства» (house keeping genes) Salmonella enterica (гены aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA, hrA) с помощью биоинформатической веб-платформы Center of Genomic Epidemiology (http://www.genomicepidemiology.org/), сервера MLST 2.0, куда вводили данные секвенирования в формате FASTA. Контрольный штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 проявлял заявленные свойства: относился к сиквенс-типу ST198.DNA isolation, preparation of genomic libraries and sequencing were performed as described above (Example 3). The sequence type of the strains was determined by assessing the polymorphism of seven house keeping genes of Salmonella enterica (genes aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA, hrA) using the Center of Genomic Epidemiology bioinformatics web platform (http: //www.genomicepidemiology.org/), an MLST 2.0 server where sequencing data in FASTA format was entered. The control strain Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 showed the declared properties: it belonged to the ST198 sequence type.
Для обеспечения достоверной диагностики сальмонеллезов необходимо проводить контроль качества на каждом этапе исследования. Предлагаемый штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 обладает стабильными свойствами, позволяющими одновременно контролировать многочисленные исследования: фенотипические (определение устойчивости высокого уровня возбудителя к фторхинолонам двумя методами) и молекулярные (выявление мутаций в генах gyrA и parC; определение сиквенс-типа).To ensure reliable diagnosis of salmonellosis, it is necessary to carry out quality control at each stage of the study. The proposed strain of Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Kentucky B-9045 has stable properties allowing simultaneous control of numerous studies: phenotypic (determination of the resistance of a high level of the pathogen to fluoroquinolones by two methods) and molecular (detection of mutations in the gyrA and parC genes; determination of the sequence type).
Claims (1)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2020122129A RU2744203C1 (en) | 2020-06-29 | 2020-06-29 | Strain of bacteria salmonella enterica sbsp_ enterica serovar kentucky b-9045 of the international multiresistant clone of salmonella kentucky st198 used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing salmonellosis |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2020122129A RU2744203C1 (en) | 2020-06-29 | 2020-06-29 | Strain of bacteria salmonella enterica sbsp_ enterica serovar kentucky b-9045 of the international multiresistant clone of salmonella kentucky st198 used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing salmonellosis |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2744203C1 true RU2744203C1 (en) | 2021-03-03 |
Family
ID=74857669
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2020122129A RU2744203C1 (en) | 2020-06-29 | 2020-06-29 | Strain of bacteria salmonella enterica sbsp_ enterica serovar kentucky b-9045 of the international multiresistant clone of salmonella kentucky st198 used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing salmonellosis |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2744203C1 (en) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2797383C1 (en) * | 2022-10-26 | 2023-06-05 | Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов" (ФГБУ "ВГНКИ") | Polyresistant escherichia coli bacterial strain for determining the bactericidal effect of antibacterial drugs in veterinary medicine |
| CN116337986A (en) * | 2022-12-16 | 2023-06-27 | 南京市食品药品监督检验院 | Quick identification method of salmonella kentucky based on MALDI-TOF MS |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2707925C1 (en) * | 2019-01-24 | 2019-12-02 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" (ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера) | Strain of bacteria salmonella enterica subspecies enterica serovar typhi as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing typhoid fever |
-
2020
- 2020-06-29 RU RU2020122129A patent/RU2744203C1/en active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2707925C1 (en) * | 2019-01-24 | 2019-12-02 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" (ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера) | Strain of bacteria salmonella enterica subspecies enterica serovar typhi as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing typhoid fever |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| Egorova S.A. AND ETC. The variety of mechanisms of antibiotic resistance of Salmonella. Infection and immunity, 2011, T. 1, No. 4, S. 303-310. * |
| HAWKEY J. ET AL. Global phylogenomics of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198. Microb Genom. 2019;5(7):e000269. * |
| HAWKEY J. ET AL. Global phylogenomics of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198. Microb Genom. 2019;5(7):e000269. XIONG Z. ET AL. Ciprofloxacin-Resistant Salmonella enterica Serovar Kentucky ST198 in Broiler Chicken Supply Chain and Patients, China, 2010-2016. Microorganisms. 2020; 8(1): 140. Published 2020 Jan 19. ЕГОРОВА С.А. И ДР. Многообразие механизмов антибиотикорезистентности сальмонелл. Инфекция и иммунитет, 2011, Т. 1, N 4, С. 303-310. * |
| XIONG Z. ET AL. Ciprofloxacin-Resistant Salmonella enterica Serovar Kentucky ST198 in Broiler Chicken Supply Chain and Patients, China, 2010-2016. Microorganisms. 2020; 8 (1): 140. Published 2020 Jan 19. * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2797383C1 (en) * | 2022-10-26 | 2023-06-05 | Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов" (ФГБУ "ВГНКИ") | Polyresistant escherichia coli bacterial strain for determining the bactericidal effect of antibacterial drugs in veterinary medicine |
| CN116337986A (en) * | 2022-12-16 | 2023-06-27 | 南京市食品药品监督检验院 | Quick identification method of salmonella kentucky based on MALDI-TOF MS |
| CN116337986B (en) * | 2022-12-16 | 2023-11-14 | 南京市食品药品监督检验院 | Quick identification method of salmonella kentucky based on MALDI-TOF MS |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Porter et al. | Phase-variable capsular polysaccharides and lipoproteins modify bacteriophage susceptibility in Bacteroides thetaiotaomicron | |
| Hsieh et al. | Two T7-like bacteriophages, K5-2 and K5-4, each encodes two capsule depolymerases: isolation and functional characterization | |
| RU2707925C1 (en) | Strain of bacteria salmonella enterica subspecies enterica serovar typhi as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing typhoid fever | |
| CA2990894A1 (en) | Genetic testing for predicting resistance of salmonella species against antimicrobial agents | |
| WO2016045857A1 (en) | Genetic testing for predicting resistance of klebsiella species against antimicrobial agents | |
| Lopes et al. | Discriminating typical and atypical cystic fibrosis‐related bacteria by multiplex PNA‐FISH | |
| Lim et al. | Small colony variants and single nucleotide variations in Pf1 region of PB1 phage-resistant Pseudomonas aeruginosa | |
| RU2744203C1 (en) | Strain of bacteria salmonella enterica sbsp_ enterica serovar kentucky b-9045 of the international multiresistant clone of salmonella kentucky st198 used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing salmonellosis | |
| CN112961805B (en) | Salmonella typhimurium with quinolone drug resistance genes gyrA and parE mutated simultaneously and application thereof | |
| CN112961804B (en) | Salmonella typhimurium and application thereof | |
| RU2707548C1 (en) | Strain of bacteria salmonella enterica subspecies enterica serovar typhi b-8453 with low level resistance to fluoroquinolones, used as a control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosing typhoid fever | |
| Sattar et al. | Phenotypic characterization and genome analysis of a novel Salmonella Typhimurium phage having unique tail fiber genes | |
| Strateva et al. | Analysis of biofilm formation in nosocomial Stenotrophomonas maltophilia isolates collected in Bulgaria: an 11-year study (2011–2022) | |
| Fournier et al. | Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis | |
| WO2017009374A1 (en) | Genetic testing for predicting resistance of acinetobacter species against antimicrobial agents | |
| Jacob et al. | Genomic analysis of human invasive Salmonella enterica serovar Typhimurium ST313 isolate B3589 from India | |
| JP6387500B2 (en) | E. coli genotyping method and primer set used therefor | |
| Seng et al. | Phenotypic and genetic alterations of Burkholderia pseudomallei in patients during relapse and persistent infections | |
| Cherkaoui et al. | Transcriptional modulation of penicillin-binding protein 1b, outer membrane protein P2 and efflux pump (AcrAB-TolC) during heat stress is correlated to enhanced bactericidal action of imipenem on non-typeable Haemophilus influenzae | |
| Koshy et al. | Isolation, characterization, and genome analysis of novel bacteriophage–Stenotrophomonas phage CM1 | |
| Mohsien et al. | Virulance factors enhancing microbial infection in chronic osteomylitis and antibiotic susceptability pattern | |
| RU2753412C1 (en) | Strain of salmonella enterica bacteria as control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosis of salmonellosis | |
| AYA et al. | Multi-locus Sequence Typing of Multi-Drug Resistant Escherichia coli isolated from Urinary Tract Infections. | |
| RU2752895C1 (en) | Salmonella enterica bacterial strain vgnki-11 (vkshm-b-848m) as control strain for phenotypic and molecular studies in diagnosis of salmonellosis | |
| RU2782213C1 (en) | Salmonella infantis bacterial strain used as a positive control for molecular genetic and microbiological studies related to the determination of sensitivity of microorganisms to antibacterial drugs |