RU2562841C2 - Method of preparing tick tissues for biological analysis - Google Patents
Method of preparing tick tissues for biological analysis Download PDFInfo
- Publication number
- RU2562841C2 RU2562841C2 RU2013143355/13A RU2013143355A RU2562841C2 RU 2562841 C2 RU2562841 C2 RU 2562841C2 RU 2013143355/13 A RU2013143355/13 A RU 2013143355/13A RU 2013143355 A RU2013143355 A RU 2013143355A RU 2562841 C2 RU2562841 C2 RU 2562841C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- tick
- tissues
- sample preparation
- test tube
- grinding
- Prior art date
Links
Landscapes
- Sampling And Sample Adjustment (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к способам подготовки биологических материалов для проведения исследований, в частности подготовки тканей клеща для дальнейшего определения наличия в них вируса клещевого энцефалита (ВКЭ), и может быть использовано в здравоохранении, биотехнологиях и иммунологии.The invention relates to methods for preparing biological materials for research, in particular the preparation of tick tissues to further determine the presence of tick-borne encephalitis virus (TBEV) in them, and can be used in healthcare, biotechnology and immunology.
Известен способ подготовки биологического материала для ПЦР генамплифакационной диагностики, который заключается в лизисе образцов раствором NaI, содержащим РНК-носитель, осаждении вирусных, бактериальных и клеточных ДНК и РНК изопропанолом, центрифугировании и их очистке (патент RU №2134871, МПК G01N 1/28, G01N 1/30, опубл. 20.08.1999).A known method of preparing biological material for PCR gene-amplification diagnostics, which consists in lysing samples with a NaI solution containing an RNA carrier, precipitating viral, bacterial and cellular DNA and RNA with isopropanol, centrifuging and purifying them (patent RU No. 2134871, IPC G01N 1/28, G01N 1/30, published on 08.20.1999).
Известный способ является весьма специфичным и не может быть применен для подготовки тканей клеща, поскольку в процессе его осуществления разрушается белковая структура вируса, которая в дальнейшем необходима для проведения исследования.The known method is very specific and cannot be used to prepare tick tissues, since in the process of its implementation the protein structure of the virus is destroyed, which is further necessary for the study.
В качестве прототипа был выбран способ выделения ВКЭ из клеща (интернет-ресурс: http://www.bio-ua.com/index.php/prod?i=l66&PHPSESSID=3fl72c88947d863e65bb76f2a0ff3bb2). Данный способ заключается в том, что ткани клеща промывают в 70-80%-ном растворе этилового спирта, высушивают с помощью фильтровальной бумаги, помещают в пробирку типа "Эппендорф" и плотно закрывают, затем помещают в жидкий азот для замораживания, далее замороженные ткани клеща растирают при помощи пестика для гомогенизации и, добавив раствор для разведения образцов, центрифугируют.As a prototype, a method for isolating TBEV from a tick was selected (Internet resource: http://www.bio-ua.com/index.php/prod?i=l66&PHPSESSIDID = 3fl72c88947d863e65bb76f2a0ff3bb2). This method consists in the fact that tick tissues are washed in a 70-80% ethanol solution, dried with filter paper, placed in an Eppendorf type tube and tightly closed, then placed in liquid nitrogen to freeze, then frozen tick tissues triturated with a pestle for homogenization and, adding a solution for breeding samples, centrifuged.
Основным недостатком известного способа является его нетехнологичность, заключающаяся в использовании в нем жидкого азота, для получения и хранения которого требуется узкоспециализированное оборудование.The main disadvantage of this method is its low technology, which consists in the use of liquid nitrogen in it, for the preparation and storage of which highly specialized equipment is required.
Задачей заявляемого технического решения является создание технологичного способа пробоподготовки тканей клеща.The objective of the proposed technical solution is to create a technologically advanced method of sample preparation of tick tissue.
Технический результат, получаемый от использования изобретения, заключается в обеспечении простого и надежного процесса пробоподготовки тканей клеща без использования дорогостоящей техники и снижении трудозатрат на стадии гомогонезации клеща.The technical result obtained from the use of the invention is to provide a simple and reliable process for sample preparation of tick tissues without using expensive equipment and reducing labor costs at the stage of homogenization of the tick.
Технический результат достигается за счет того, что в способе пробоподготовки тканей клеща ткани клеща промывают в 70-80%-ном растворе этилового спирта, высушивают при помощи фильтровальной бумаги или любой другой бумажной салфетки плотной текстуры и помещают в пробирку, затем в пробирку с клещом добавляют 100-200 мкл лизирующего буфера и производят растирание тканей клеща в растворе в этой же пробирке, а полученный гомогенат центрифугируют в течение 2-10 мин при 2000-6000 об/мин.The technical result is achieved due to the fact that in the method of sample preparation of tick tissue, tick tissue is washed in a 70-80% solution of ethyl alcohol, dried with filter paper or any other paper towel with a dense texture and placed in a tube, then added to the tube with a tick 100-200 μl of lysis buffer and mite tissues are rubbed in solution in the same tube, and the resulting homogenate is centrifuged for 2-10 minutes at 2000-6000 rpm.
Высушивание можно осуществлять при помощи фильтровальной бумаги или любого бумажного полотенца.Drying can be done with filter paper or any paper towel.
Растирание тканей клеща можно осуществлять при помощи скальпеля или пестика для гомогенизации.Rubbing tick tissue can be done with a scalpel or pestle for homogenization.
Лизирующий буфер включает NaCl 145 мМ, Na2HPО4 10 мМ, KH2PО4 1,76 мМ, pH 7,4, NP-40 0,5%, казеин 2,5%, Проклин 300 0,1%.Lysis buffer includes NaCl 145 mM, Na 2 HPO 4 10 mM, KH 2 PO 4 1.76 mM, pH 7.4, NP-40 0.5%, casein 2.5%, Proclin 300 0.1%.
Для каждого образца клеща следует использовать отдельный пестик во избежание контаминации. Для повторного использования пестик необходимо инактивировать: смочить в 95% этиловом спирте и поджечь на спиртовке, а затем остудить.A separate pestle should be used for each tick sample to avoid contamination. For repeated use, the pestle must be inactivated: moisten in 95% ethanol and set fire to the spirit lamp, then cool.
Подготовленные для анализа образцы тканей клещей можно хранить в течение 3 ч при температуре 2-8°C или в течение 3-х месяцев при температуре не выше минус 20°C.Mite tissue samples prepared for analysis can be stored for 3 hours at a temperature of 2-8 ° C or for 3 months at a temperature not exceeding minus 20 ° C.
Использование в заявляемом способе определенных диапазонов режимов центрифугирования обусловлено достижением требуемых параметров растворения тканей клеща. Результаты опытов приведены в таблице 1.The use of the claimed method of certain ranges of centrifugation modes is due to the achievement of the required parameters for the dissolution of tick tissues. The results of the experiments are shown in table 1.
Поскольку одним из применений описанной пробоподготовки клеща является полимеразная цепная реакция, поэтому помимо визуальной оценки состояния надосадочной жидкости и осадка, проводили проверку получаемой надосадочной жидкости методом полимеразной цепной реакции. Анализ образца методом полимеразной цепной реакцией проводили следующим образом: к гомогенизированному образцу клеща добавляли плазмиду pQE30, содержащую ген GFP. Далее, к 5 мкл образца затем добавляли 5 мкл 5×ПЦР-буфера, 0,5 мкл 10 мкМ dNTP, 0,75 мкл 100 мМ MgCl2, 1 мкл 5 мкМ прямого праймера, 1 мкл 5 мкМ обратного праймера, 3 мкл 5 мкМ флуоресцентно меченной пробы, 1 ед.акт. ДНК-полимеразы. Смесь тщательно перемешивали на вортексе и проводили полимеразную цепную реакцию с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени по программе: 45 циклов: 95°C 15 сек, 60°C 30 сек. Флуоресцентную детекцию проводили при 60°C. Детектируемые прибором значения порогового цикла (Ct) использовали для оценки состояния надосадочной жидкости.Since one of the applications of the described sample preparation of the tick is a polymerase chain reaction, therefore, in addition to a visual assessment of the state of the supernatant and sediment, the obtained supernatant was checked by the polymerase chain reaction method. The analysis of the sample by polymerase chain reaction was carried out as follows: plasmid pQE30 containing the GFP gene was added to the homogenized mite sample. Next, 5 μl of 5 × PCR buffer, 0.5 μl of 10 μM dNTP, 0.75 μl of 100 mM MgCl 2 , 1 μl of 5 μM forward primer, 1 μl of 5 μM reverse primer, 3 μl 5 were then added to 5 μl of the sample. μm fluorescently labeled sample, 1 unit DNA polymerase. The mixture was thoroughly mixed on a vortex and a polymerase chain reaction was performed with fluorescence detection in real time according to the program: 45 cycles: 95 ° C 15 sec., 60 ° C 30 sec. Fluorescence detection was carried out at 60 ° C. The threshold cycle (Ct) detected by the instrument was used to assess the state of the supernatant.
Из полученных данных видно, что при скорости центрифугирования 1000 об/мин в диапазоне продолжительности центрифугирования от 2 до 10 мин наблюдалось неполное осаждение фрагментов клеща, формирование неплотного (подвижного) осадка (что затрудняло отбор надосадочной жидкости без частиц осадка), что, в конце концов, приводило к сдвигу Ct в сторону больших циклов при анализе образца методом ПЦР.From the data obtained, it can be seen that at a centrifugation speed of 1000 rpm in the range of centrifugation duration from 2 to 10 min, incomplete deposition of tick fragments, the formation of a loose (mobile) sediment (which made it difficult to select a supernatant without sediment particles) were observed, which, in the end , led to a shift of Ct toward large cycles in the analysis of the sample by PCR.
В диапазоне скоростей центрифугирования от 2000 до 6000 об/мин при временах от 2 до 10 мин наблюдалось формирование прозрачной надосадочной жидкости, плотного осадка, приемлемые значения Ct при анализе образцов методом ПЦР.In the range of centrifugation speeds from 2000 to 6000 rpm at times from 2 to 10 min, the formation of a transparent supernatant, a dense precipitate, acceptable Ct values were observed when analyzing samples by PCR.
При больших (более 6000 об/мин) значениях центрифугирования при продолжительности центрифугирования от 2 до 10 мин не наблюдалось заметных отличий получаемых результатов от тех, что получены при скорости центрифугирования 6000 об/мин при 2-10 мин.At large (more than 6000 rpm) centrifugation values with a centrifugation duration of 2 to 10 min, no noticeable differences were observed between the results obtained and those obtained at a centrifugation speed of 6000 rpm at 2-10 min.
Простота описанного способа обусловлена тем, что для его реализации требуется проведение 3 последовательных этапов: 1. Промывка клеща в 70% спирте, 2. Высушивание клеща фильтровальной бумагой или бумажным полотенцем, 3. Гомогенизация клеща в лизирующем буфере, в то время, как для реализации способов-аналогов требуется либо большее количество стадий (например, патент RU №2134871), либо привлечение специализированного оборудования для работы и хранения жидкого азота, специальных одноразовых гомогенизаторов, предназначенных для работы с жидким азотом, что не всегда реализуемо в условиях лаборатории (http://www.bio-ua.com/index.php/prod?i=166&PHPSESSID=3fl72c88947d863e65bb76f2a0ff3bb2).The simplicity of the described method is due to the fact that it requires 3 consecutive steps: 1. Rinse the tick in 70% alcohol, 2. Dry the tick with filter paper or a paper towel, 3. Homogenize the tick in a lysis buffer, while for implementation analogue methods require either a larger number of stages (for example, patent RU No. 2134871), or the involvement of specialized equipment for the operation and storage of liquid nitrogen, special disposable homogenizers designed to work with liquid az that is not always feasible in a laboratory (http://www.bio-ua.com/index.php/prod?i=166&PHPSESSID=3fl72c88947d863e65bb76f2a0ff3bb2).
Надежность реализации способа оценивали методом ПЦР. Из данных, приведенных в таблице 1, видно, что в указанном диапазоне параметров центрифугирования образцы определялись как положительные.The reliability of the method was evaluated by PCR. From the data shown in table 1, it is seen that in the specified range of centrifugation parameters, the samples were determined as positive.
Примеры конкретного выполнения способа.Examples of specific performance of the method.
Пример 1.Example 1
Клеща промывают 70%-ным раствором этанола, выкладывают на чистую бумажную салфетку и высушивают клеща 2 минуты. Помещают в пробирку типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл. В пробирку с клещом добавляют 150 мкл лизирующего буфера. Клеща в растворе тщательно гомогенизируют при помощи скальпеля. Полученную суспензию центрифугируют в течение 2 минут при 3000 об/мин.The tick is washed with a 70% ethanol solution, spread on a clean paper towel and the tick is dried for 2 minutes. Place in a 1.5 ml Eppendorf tube. 150 μl of lysis buffer is added to the tick tube. Ticks in solution are thoroughly homogenized with a scalpel. The resulting suspension is centrifuged for 2 minutes at 3000 rpm.
Пример 2.Example 2
Клеща промывают 75%-ным раствором этанола, выкладывают на чистую бумажную салфетку и высушивают клеща 2 минуты. Помещают в пробирку типа «Эппендорф» объемом 0,6 мл. В пробирку с клещом добавляют 120 мкл лизирующего буфера. Клеща в растворе тщательно гомогенизируют при помощи скальпеля или пестика для гомогенизации клещей (каталожный №Е-9259 ЗАО «Вектор-Бест»). Полученную суспензию центрифугируют в течение 5 минут при 2000 об/мин.The tick is washed with a 75% ethanol solution, spread on a clean paper towel and the tick is dried for 2 minutes. Place in a 0.6 ml Eppendorf tube. 120 μl of lysis buffer is added to the tick tube. Ticks in the solution are thoroughly homogenized with a scalpel or pestle to homogenize the ticks (catalog number E-9259 of ZAO Vector-Best). The resulting suspension is centrifuged for 5 minutes at 2000 rpm.
Пример 3.Example 3
Пинцетом захватывают клеща и помещают в емкость с 80% этанолом, затем клеща перемещают на чистую сухую фильтровальную бумагу для высушивания клеща. Клеща переносят в одноразовую пробирку типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл. В пробирку с клещом добавляют 200 мкл лизирующего буфера. Клеща тщательно гомогенизируют при помощи пестика для гомогенизации клещей (каталожный №Е-9259 ЗАО «Вектор-Бест»).Ticks are captured with tweezers and placed in a container with 80% ethanol, then the ticks are transferred to clean, dry filter paper to dry the tick. The tick is transferred to a 1.5 ml disposable Eppendorf tube. 200 μl of lysis buffer is added to the tick tube. Ticks are thoroughly homogenized with a pestle to homogenize ticks (catalog No. E-9259 of ZAO Vector-Best).
Полученную суспензию перемешивают на Vortex в течение 30 секунд. Далее гомогенизат центрифугируют в течение 3 минут при 4000 об/мин.The resulting suspension was stirred on Vortex for 30 seconds. The homogenizate is then centrifuged for 3 minutes at 4000 rpm.
Таким образом, заявляемый способ пробоподготовки тканей клеща позволяет обеспечить технологичность процесса без использования дорогостоящего оборудования.Thus, the inventive method of sample preparation of tick tissue allows us to ensure the manufacturability of the process without the use of expensive equipment.
Claims (5)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2013143355/13A RU2562841C2 (en) | 2013-12-30 | 2013-12-30 | Method of preparing tick tissues for biological analysis |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2013143355/13A RU2562841C2 (en) | 2013-12-30 | 2013-12-30 | Method of preparing tick tissues for biological analysis |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2013143355A RU2013143355A (en) | 2015-07-10 |
RU2562841C2 true RU2562841C2 (en) | 2015-09-10 |
Family
ID=53538007
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2013143355/13A RU2562841C2 (en) | 2013-12-30 | 2013-12-30 | Method of preparing tick tissues for biological analysis |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2562841C2 (en) |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
SU1746318A1 (en) * | 1990-06-05 | 1992-07-07 | Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов | Method for determination of protein e of tick-borne encephalitis virus in vaccine preparation, sorbed on aluminium hydroxide |
EP0800084A1 (en) * | 1996-04-02 | 1997-10-08 | Immuno GmbH | Technique for detecting infections with TBE-virus and other flaviviruses |
RU2134871C1 (en) * | 1998-12-01 | 1999-08-20 | Федоров Николай Алексеевич | Method of preparing biological material for polymerase chain reaction (pcr) gene-amplificating diagnosis |
RU2136754C1 (en) * | 1997-09-02 | 1999-09-10 | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор" | Recombinant dna plasmid pgsde1 encoding tick-borne encephalitis virus protein e and strain of escherichia coli - producer of tick-borne encephalitis virus protein e |
RU2273027C1 (en) * | 2004-12-28 | 2006-03-27 | Государственное учреждение "Челябинский государственный институт лезерной хирургии" | Method for preparing blood preparation for electron-microscopic investigation |
RU2331437C1 (en) * | 2007-01-09 | 2008-08-20 | Государственное учреждение Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова Российской академии медицинских наук | Method of producing house dust mite (dermatophagoides) allergen |
CN203133084U (en) * | 2010-07-23 | 2013-08-14 | 中国检验检疫科学研究院 | Protein suspension array system for detecting tick-borne encephalitis antibody in serum sample |
-
2013
- 2013-12-30 RU RU2013143355/13A patent/RU2562841C2/en active IP Right Revival
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
SU1746318A1 (en) * | 1990-06-05 | 1992-07-07 | Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов | Method for determination of protein e of tick-borne encephalitis virus in vaccine preparation, sorbed on aluminium hydroxide |
EP0800084A1 (en) * | 1996-04-02 | 1997-10-08 | Immuno GmbH | Technique for detecting infections with TBE-virus and other flaviviruses |
RU2136754C1 (en) * | 1997-09-02 | 1999-09-10 | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор" | Recombinant dna plasmid pgsde1 encoding tick-borne encephalitis virus protein e and strain of escherichia coli - producer of tick-borne encephalitis virus protein e |
RU2134871C1 (en) * | 1998-12-01 | 1999-08-20 | Федоров Николай Алексеевич | Method of preparing biological material for polymerase chain reaction (pcr) gene-amplificating diagnosis |
RU2273027C1 (en) * | 2004-12-28 | 2006-03-27 | Государственное учреждение "Челябинский государственный институт лезерной хирургии" | Method for preparing blood preparation for electron-microscopic investigation |
RU2331437C1 (en) * | 2007-01-09 | 2008-08-20 | Государственное учреждение Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова Российской академии медицинских наук | Method of producing house dust mite (dermatophagoides) allergen |
CN203133084U (en) * | 2010-07-23 | 2013-08-14 | 中国检验检疫科学研究院 | Protein suspension array system for detecting tick-borne encephalitis antibody in serum sample |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2013143355A (en) | 2015-07-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Panova et al. | DNA extraction protocols for whole-genome sequencing in marine organisms | |
Srivatsan et al. | Preliminary support for a" dry swab, extraction free" protocol for SARS-CoV-2 testing via RT-qPCR. | |
WO2014170497A3 (en) | Method for identifying the quantitative cellular composition in a biological sample | |
WO2012155577A1 (en) | Method for separating and purifying rna from biomaterial | |
Santos et al. | Comparison of different protocols for the extraction of microbial DNA from reef corals | |
JP2023052524A (en) | Systems and processes for rapid nucleic acid extraction, purification, and analysis | |
Ip et al. | Detection of spring viraemia of carp virus in imported amphibians reveals an unanticipated foreign animal disease threat | |
Snyder et al. | Fluorescence-activated cell sorting for the isolation of scleractinian cell populations | |
Grabowski et al. | Ixodid Tick Dissection and Tick Ex Vivo Organ Cultures for Tick‐Borne Virus Research | |
TR201901522A2 (en) | A METHOD FOR FAST AND HIGH QUALITY GENOMIC OR EXTRACELLULAR DNA ISOLATION IN A SINGLE TUBE A KIT RELATED TO THIS | |
RU2562841C2 (en) | Method of preparing tick tissues for biological analysis | |
CN104212915A (en) | Primer group and kit for carrying out spot quick detection on shrimp covert mortality nodavirus | |
CN107022615B (en) | LAMP primer group, kit and detection method for detecting pine wood nematodes | |
Hsu et al. | Standard operating procedure for lyssavirus surveillance of the bat population in Taiwan | |
CN101985664B (en) | Nucleotide sequence and kit for detecting type-A influenza virus | |
Horm et al. | Direct detection of highly pathogenic avian influenza A/H5N1 virus from mud specimens | |
CN105177178A (en) | Tobacco mosaic virus LAMP detection kit | |
CN108085418A (en) | A kind of primer sets, kit and detection method for quickly detection dengue virus | |
Echeverría-Fonseca et al. | A new DNA extraction protocol for screwworm fly Cochliomyia species (Diptera: Calliphoridae) | |
Kohl et al. | Metagenomics-driven virome: current procedures and new additions | |
Baker et al. | Comparison of three DNA extraction kits to establish maximum yield and quality of coral-associated microbial DNA | |
Lung et al. | User-friendly Taqman probe coupled-insulated isothermal PCR (iiPCR) for rapid detection of emerging Ambystoma tigrinum virus (ATV) in western tiger salamanders (Ambystoma mavortium) on a compact, portable instrument | |
Grant et al. | Improved detection of Mycobacterium bovis in bovine tissues using immunomagnetic separation approaches | |
O’Connor et al. | The development of a rapid and reliable method (SAPSWash): For the extraction and recovery of spermatozoa from superabsorbent polymer containing products | |
CN104032015A (en) | Fluorescent quantitative PCR detection kit for lamb liver fasciola gigantica and application of kit |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20151231 |
|
NF4A | Reinstatement of patent |
Effective date: 20190114 |
|
PC43 | Official registration of the transfer of the exclusive right without contract for inventions |
Effective date: 20190124 |