Claims (82)
1. Полипептид, содержащий эпитоп, презентируемый MHC класса I или MHC класса II антигенпрезентирующей клетки (APC), имеющий структуру формулы (I):1. A polypeptide containing an epitope presented by an MHC class I or MHC class II antigen presenting cell (APC) having the structure of formula (I):
Yn-Bt-Ar-Хm-As-Cu-Zp Y n -B t -A r -X m -A s -C u -Z p
Формула (I),Formula (I),
или его фармацевтически приемлемая соль,or a pharmaceutically acceptable salt thereof,
(i) где Хm является эпитопом, где каждый Х независимо является аминокислотой непрерывной аминокислотной последовательности, кодированной последовательностью нуклеиновой кислоты в геноме субъекта,(i) where X m is an epitope, where each X is independently an amino acid of the contiguous amino acid sequence encoded by a nucleic acid sequence in the subject's genome,
и где (а) MHC является MHC класса I и m является целым числом от 8 до 12, илиand where (a) MHC is a Class I MHC and m is an integer from 8 to 12, or
(b) MHC является MHC класса II и m является целым числом от 9 до 25;(b) MHC is a class II MHC and m is an integer from 9 to 25;
(ii) где каждый Y независимо является аминокислотой, ее аналогом или производным, и где:(ii) where each Y is independently an amino acid, analog or derivative thereof, and where:
(А) если переменная r из Ar в Формуле (I) равна 0, Yn не кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Bt-Ar-Хm,(A) if the variable r of A r in Formula (I) is 0, Y n is not encoded by the nucleic acid sequence immediately upstream of the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes B t -A r -X m ,
(В) если переменная r из Ar в Формуле (I) равна 1, и переменная t из Bt в Формуле (I) равна 0, Yn не кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm, или(B) if the variable r of A r in Formula (I) is 1 and the variable t of B t in Formula (I) is 0, Y n is not encoded by a nucleic acid sequence immediately upstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m, or
(С) если переменная r из Ar в Формуле (I) равна 1 и переменная t из Bt в Формуле (I) равна 1 или более, Yn не кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Bt; и(C) if the variable r of A r in Formula (I) is 1 and the variable t of B t in Formula (I) is 1 or more, Y n is not encoded by the nucleic acid sequence immediately upstream of the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes B t ; And
дополнительно, где n является целым числом от 0 до 1000;optionally, where n is an integer from 0 to 1000;
(iii) где каждый Z независимо является аминокислотой, ее аналогом или производным, и где:(iii) where each Z is independently an amino acid, analog or derivative thereof, and where:
(А) если переменная s из As в Формуле (I) равна 0, Zp не кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно ниже последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm-As-Cu,(A) if the variable s of A s in Formula (I) is 0, Z p is not encoded by the nucleic acid sequence immediately below the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m -A s -C u ,
(В) если переменная s из As в формуле (I) равна 1, и переменная u из Cu в формуле (I) равна 0, Zp не кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты, расположенной непосредственно ниже последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm, или(B) if the variable s of A s in formula (I) is 1 and the variable u of C u in formula (I) is 0, Z p is not encoded by a nucleic acid sequence immediately downstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m, or
(С) если переменная s из As в формуле (I) равна 1, и переменная u из Cu в формуле (I) равна 1 или более, Zp не кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно ниже последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Cu; и(C) if the variable s of A s in formula (I) is 1 and the variable u of C u in formula (I) is 1 or more, Z p is not encoded by the nucleic acid sequence immediately below the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes C u ; And
дополнительно, где p является целым числом от 0 до 1000;optionally, where p is an integer from 0 to 1000;
и также гдеand also where
если n равно 0, p является целым числом от 1 до 1000; иif n is 0, p is an integer from 1 to 1000; And
если p равно 0, n является целым числом от 1 до 1000;if p is 0, n is an integer from 1 to 1000;
(iv) где Ar является линкером, и r равно 0 или 1;(iv) where A r is a linker and r is 0 or 1;
(v) где As является линкером, и s равно 0 или 1;(v) where A s is a linker and s is 0 or 1;
(vi) где каждый B независимо является аминокислотой, кодированной последовательностью нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая находится непосредственно выше последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm, (vi) where each B is independently an amino acid encoded by a nucleic acid sequence in the subject's genome that is immediately upstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m,
и где t является целым числом от 0 до 1000; иand where t is an integer from 0 to 1000; And
(vii) где каждый C независимо является аминокислотой, кодированной последовательностью нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая находится непосредственно ниже последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm, (vii) where each C is independently an amino acid encoded by a nucleic acid sequence in the subject's genome that is immediately downstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m,
и где u является целым числом от 0 до 1000;and where u is an integer from 0 to 1000;
и также гдеand also where
(а) полипептид не состоит из четырех разных эпитопов, презентированных MHC класса I;(a) the polypeptide does not consist of four different epitopes presented by MHC class I;
(b) полипептид содержит по меньшей мере две различные полипептидные молекулы;(b) the polypeptide contains at least two different polypeptide molecules;
(c) эпитоп содержит по меньшей мере одну мутантную аминокислоту; и/или(c) the epitope contains at least one mutant amino acid; and/or
(d) Yn и/или Zp отщепляются от эпитопа, если полипептид процессируется APC.(d) Y n and/or Z p are cleaved from the epitope if the polypeptide is processed by APC.
2. Полипептид по п. 1, в котором эпитоп представлен MHC класса II, и m является целым числом от 9 до 25.2. The polypeptide of claim 1 wherein the epitope is MHC class II and m is an integer from 9 to 25.
3. Полипептид по п. 1 или 2, в котором Yn-Bt-Ar и/или As-Cu-Zp увеличивает растворимость полипептида по сравнению с соответствующим пептидом, который не содержит Yn-Bt-Ar и/или As-Cu-Zp. 3. The polypeptide according to claim 1 or 2, in which Y n -B t -A r and / or A s -C u -Z p increases the solubility of the polypeptide compared to the corresponding peptide, which does not contain Y n -B t -A r and / or A s -C u -Z p.
4. Полипептид по любому из пп. 1-3, в котором эпитоп высвобождается из Yn-Bt-Ar и/или As-Cu-Zp, если полипептид процессируется APC.4. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-3, wherein the epitope is released from Y n -B t -A r and/or A s -C u -Z p if the polypeptide is processed by APC.
5. Полипептид по любому из пп. 1-4, в котором полипептид расщепляется с более высокой скоростью, если n является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с расщеплением соответствующего полипептида такой же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательность нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm; и/или5. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-4, in which the polypeptide is cleaved at a faster rate if n is an integer from 1 to 1000 compared to cleavage of a corresponding polypeptide of the same length that contains X m and at least one additional amino acid encoded by a nucleic acid sequence immediately upstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m ; and/or
причем полипептид расщепляется с более высокой скоростью, если p является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с расщеплением соответствующего полипептида такой же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты, непосредственно после последовательность нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm.moreover, the polypeptide is cleaved at a higher rate if p is an integer from 1 to 1000, compared with cleavage of the corresponding polypeptide of the same length that contains X m and at least one additional amino acid encoded by the nucleic acid sequence immediately after the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m .
6. Полипептид по любому из пп. 1-5, в котором презентация эпитопа APC усиливается, если n является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с презентацией эпитопа соответствующего полипептида той же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательность нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm; и/или6. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-5, wherein the presentation of an APC epitope is enhanced if n is an integer between 1 and 1000 compared to the epitope presentation of a corresponding polypeptide of the same length that contains X m and at least one additional amino acid encoded by a nucleic acid sequence immediately upstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m ; and/or
причем презентация эпитопа APC усиливается, если p является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с презентацией эпитопа соответствующего полипептида той же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты, непосредственно ниже последовательность нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm.moreover, the presentation of the APC epitope is enhanced if p is an integer from 1 to 1000, compared with the epitope presentation of the corresponding polypeptide of the same length, which contains X m and at least one additional amino acid encoded by a nucleic acid sequence immediately below the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m .
7. Полипептид по любому из пп. 1-6, где APC презентирует эпитоп к иммунной клетке.7. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-6 where APC presents an epitope to an immune cell.
8. Полипептид по любому из пп. 1-7, где иммуногенность увеличивается, если n является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с иммуногенностью соответствующего полипептида такой же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm; и/или8. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-7, where immunogenicity is increased when n is an integer between 1 and 1000 compared to the immunogenicity of a corresponding polypeptide of the same length that contains X m and at least one additional amino acid encoded by a nucleic acid sequence immediately upstream of a nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m ; and/or
причем иммуногенность повышается, если p является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с иммуногенностью соответствующего полипептида той же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты, расположенной непосредственно ниже последовательности нуклеиновой кислоты в геном субъекта, который кодирует Хm.moreover, the immunogenicity is increased if p is an integer from 1 to 1000, compared with the immunogenicity of the corresponding polypeptide of the same length that contains X m and at least one additional amino acid encoded by a nucleic acid sequence located immediately below the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m .
9. Полипептид по любому из пп. 1-8, где противоопухолевая активность усиливается, если n является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с противоопухолевой активностью соответствующего полипептида той же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно выше последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm; и/или9. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-8, where the antitumor activity is enhanced if n is an integer from 1 to 1000, compared with the antitumor activity of the corresponding polypeptide of the same length, which contains X m and at least one additional amino acid encoded by the nucleic acid sequence immediately upstream of the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m ; and/or
причем противоопухолевая активность усиливается, если p является целым числом от 1 до 1000, по сравнению с противоопухолевой активностью соответствующего полипептида той же длины, который содержит Хm и по меньшей мере одну дополнительную аминокислоту, кодируемую последовательностью нуклеиновой кислоты непосредственно ниже последовательность нуклеиновой кислоты в геноме субъекта, которая кодирует Хm. moreover, the antitumor activity is enhanced if p is an integer from 1 to 1000, compared with the antitumor activity of the corresponding polypeptide of the same length, which contains X m and at least one additional amino acid encoded by the nucleic acid sequence immediately below the nucleic acid sequence in the subject's genome that encodes X m.
10. Полипептид по любому из пп. 1-9, в котором Yn и/или Zp содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из лизина (Lys), поли-Lys (полиK) и поли-Arg (полиR).10. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-9, in which Y n and/or Z p contains a sequence selected from the group consisting of lysine (Lys), poly-Lys (polyK) and poly-Arg (polyR).
11. Полипептид по п. 10, в котором полиК содержит поли-L-Lys.11. The polypeptide of claim 10 wherein the polyK contains poly-L-Lys.
12. Полипептид по п. 10, в котором полиR содержит поли-L-Arg.12. The polypeptide of claim 10 wherein the polyR contains poly-L-Arg.
13. Полипептид по любому из пп. 10-12, в котором полиК или полиR содержат по меньшей мере два, три или четыре последовательных лизиновых (SEQ ID NO: 1) или аргининовых (SEQ ID NO: 2) остатка, соответственно.13. The polypeptide according to any one of paragraphs. 10-12, wherein the polyK or polyR contains at least two, three or four consecutive lysine (SEQ ID NO: 1) or arginine (SEQ ID NO: 2) residues, respectively.
14. Полипептид по любому из пп. 1-13, в котором эпитоп связывается с HLA MHC класса II.14. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-13, in which the epitope binds to HLA MHC class II.
15. Полипептид по п. 14, в котором эпитоп связывается с HLA MHC класса II со стабильностью от 10 минут до 24 часа.15. The polypeptide of claim 14, wherein the epitope binds to HLA MHC class II with a stability of 10 minutes to 24 hours.
16. Полипептид по п. 14, в котором эпитоп связывается с HLA MHC класса II с аффинностью от 0,1 до 2000 нМ, от 1 до 1000 нМ, от 10 до 500 нМ или менее 1000 нМ.16. The polypeptide of claim 14, wherein the epitope binds to MHC class II HLA with an affinity of 0.1 to 2000 nM, 1 to 1000 nM, 10 to 500 nM, or less than 1000 nM.
17. Полипептид по любому из пп. 1-16, причем полипептид не расщепляется перед процессингом APC или перед интернализацией APC у субъекта.17. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-16, wherein the polypeptide is not cleaved prior to APC processing or prior to APC internalization in a subject.
18. Полипептид по любому из пп. 1-17, причем полипептид стабилен в плазме человека.18. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-17, wherein the polypeptide is stable in human plasma.
19. Полипептид по любому из пп. 1-18, причем период полужизни полипептида в плазме крови человека составляет от 1 часа до 5 дней.19. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-18, with the half-life of the polypeptide in human plasma ranging from 1 hour to 5 days.
20. Полипептид по любому из пп. 1-19, причем субъектом является человек.20. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-19, wherein the subject is a human.
21. Полипептид по любому из пп. 1-20, в котором эпитоп связывается с белком, кодируемым аллелем HLA, с аффинностью менее 10 мкМ, менее 1 мкМ, менее 500 нМ, менее 400 нМ, менее 300 нМ, менее 250 нМ, менее 200 нМ, менее 150 нМ, менее 100 нМ или менее 50 нМ.21. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-20, wherein the epitope binds to a protein encoded by the HLA allele with an affinity of less than 10 μM, less than 1 μM, less than 500 nM, less than 400 nM, less than 300 nM, less than 250 nM, less than 200 nM, less than 150 nM, less than 100 nM, or less than 50 nM.
22. Полипептид по любому из пп. 1-21, в котором эпитоп связывается с белком, кодируемым аллелем HLA, со стабильностью более 24 часа, более 12 часов, более 9 часов, более 6 часов, более 5 часов, более 4 часов, более 3 часов, более 2 часов, более 1 часа, более 45 минут, более 30 минут, более 15 минут или более 10 минут.22. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-21, in which the epitope binds to a protein encoded by the HLA allele with a stability of more than 24 hours, more than 12 hours, more than 9 hours, more than 6 hours, more than 5 hours, more than 4 hours, more than 3 hours, more than 2 hours, more than 1 hour, more than 45 minutes, more than 30 minutes, more than 15 minutes or more than 10 minutes.
23. Полипептид по п. 21 или 22, в котором аллель HLA выбран из группы, состоящей из аллеля HLA-A02:01, аллеля HLA-A03:01, аллеля HLA-A11:01, аллеля HLA-A03:02, аллеля HLA-A30:01, аллеля HLA-A31:01, аллеля HLA-A33:01, аллеля HLA-A33:03, аллеля HLA-A68:01, аллеля HLA-A74:01 и/или аллеля HLA-C08:02 и любых их комбинаций.23. The polypeptide according to claim 21 or 22, wherein the HLA allele is selected from the group consisting of HLA-A02:01 allele, HLA-A03:01 allele, HLA-A11:01 allele, HLA-A03:02 allele, HLA-A30:01 allele, HLA-A31:01 allele, HLA-A33:01 allele, HLA-A33:03 allele, HLA-A68:01 allele, HLA-A74:01 allele and/or HLA-C08:02 allele, and any combinations thereof.
24. Полипептид по любому из пп. 1-23, в котором эпитоп содержит опухолеспецифический эпитоп.24. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-23, in which the epitope contains a tumor-specific epitope.
25. Полипептид по любому из пп. 1-24, в котором эпитоп содержит по меньшей мере одну мутантную аминокислоту.25. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-24, in which the epitope contains at least one mutant amino acid.
26. Полипептид по п. 25, в котором по меньшей мере одна мутантная аминокислота кодируется вставкой, делецией, сдвигом рамки считывания, неоORF или точечной мутацией в последовательности нуклеиновой кислоты в геноме субъекта.26. The polypeptide of claim 25, wherein at least one mutant amino acid is encoded by an insertion, deletion, frameshift, neoORF, or point mutation in a nucleic acid sequence within the subject's genome.
27. Полипептид по любому из пп. 1-26, в котором эпитопом является RAS эпитоп.27. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-26 in which the epitope is a RAS epitope.
28. Полипептид по п. 27, в котором эпитоп содержит последовательность мутантного RAS пептида, которая содержит по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего мутацию в G12, G13 или Q61 и мутацию в G12, G13 или Q61.28. The polypeptide of claim 27, wherein the epitope contains a mutant RAS peptide sequence that contains at least 8 contiguous amino acids of a mutant RAS protein containing a mutation in G12, G13, or Q61 and a mutation in G12, G13, or Q61.
29. Полипептид по п. 28, в котором по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего мутацию в G12, G13 или Q61, включают G12A, G12C, G12D, G12R, G12S, G12V, G13A, G13C, G13D, G13R, G13S, G13V, Q61H, Q61L, Q61K или Q61R мутацию.29. The polypeptide according to claim 28, wherein at least 8 continuous amino acids of the mutant RAS protein containing a mutation in G12, G13, or Q61 include G12A, G12C, G12D, G12R, G12S, G12V, G13A, G13C, G13D, G13R, G13S, G13V, Q61H, Q61L, Q61 K or Q61R mutation.
30. Полипептид по п. 28 или 29, в котором мутация G12, G13 или Q61 включает G12A, G12C, G12D, G12R, G12S, G12V, G13A, G13C, G13D, G13R, G13S, G13V, Q61H, Q61L, Q61K или Q61R мутацию.30. The polypeptide according to claim 28 or 29, wherein the G12, G13, or Q61 mutation includes the G12A, G12C, G12D, G12R, G12S, G12V, G13A, G13C, G13D, G13R, G13S, G13V, Q61H, Q61L, Q61K, or Q61R mutation.
31. Полипептид по любому из пп. 27-30, в котором RAS эпитоп содержит аминокислотную последовательность VVVGAAGVGK (SEQ ID NO: 192), VVVGAAGVG (SEQ ID NO: 193), VVVGAAGV (SEQ ID NO: 125), VVGAAGVGK (SEQ ID NO: 194), VVGAAGVG (SEQ ID NO: 195), VGAAGVGK (SEQ ID NO: 196), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 197), VVVGACGVG (SEQ ID NO: 198), VVVGACGV (SEQ ID NO: 199), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 200), VVGACGVG (SEQ ID NO: 201), VGACGVGK (SEQ ID NO: 202), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 203), VVVGADGVG (SEQ ID NO: 204), VVVGADGV (SEQ ID NO: 205), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 206), VVGADGVG (SEQ ID NO: 207), VGADGVGK (SEQ ID NO: 122), VVVGARGVGK (SEQ ID NO: 208), VVVGARGVG (SEQ ID NO: 209), VVVGARGV (SEQ ID NO: 63), VVGARGVGK (SEQ ID NO: 210), VVGARGVG (SEQ ID NO: 211), VGARGVGK (SEQ ID NO: 212), VVVGASGVGK (SEQ ID NO: 65), VVVGASGVG (SEQ ID NO: 213), VVVGASGV (SEQ ID NO: 214), VVGASGVGK (SEQ ID NO: 215), VVGASGVG (SEQ ID NO: 216), VGASGVGK (SEQ ID NO: 217), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 218), VVVGAVGVG (SEQ ID NO: 219), VVVGAVGV (SEQ ID NO: 126), VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 220), VVGAVGVG (SEQ ID NO: 221) или VGAVGVGK (SEQ ID NO: 222).31. The polypeptide according to any one of paragraphs. 27-30, wherein the RAS epitope contains the amino acid sequence VVVGAAGVGK (SEQ ID NO: 192), VVVGAAGVG (SEQ ID NO: 193), VVVGAAGV (SEQ ID NO: 125), VVGAAGVGK (SEQ ID NO: 194), VVGAAGVG (SEQ ID NO: 195), VGAAGVGK (SEQ ID NO: 19 6), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 197), VVVGACGVG (SEQ ID NO: 198), VVVGACGV (SEQ ID NO: 199), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 200), VVGACGVG (SEQ ID NO: 201), VGACGVGK (SEQ ID NO: 202), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 203), VVVGADGVG (SEQ ID NO: 204), VVVGADGV (SEQ ID NO: 205), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 206), VVGADGVG (SEQ ID NO: 207), VGADGVGK (SEQ ID NO: 122) (SEQ ID NO: 209), VVVGARGV (SEQ ID NO: 63), VVGARGVGK (SEQ ID NO: 210), VVGARGVG (SEQ ID NO: 211), VGARGVGK (SEQ ID NO: 212), VVVGASGVGK (SEQ ID NO: 65), VVVGASGVG (SEQ ID NO: 213), VVVGASGV (SE Q ID NO: 214), VVGASGVGK (SEQ ID NO: 215), VVGASGVG (SEQ ID NO: 216), VGASGVGK (SEQ ID NO: 217), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 218), VVVGAVGVG (SEQ ID NO: 219), VVVGAVGV (SEQ ID NO: 126), VVGAVG VGK (SEQ ID NO: 220), VVGAVGVG (SEQ ID NO: 221) or VGAVGVGK (SEQ ID NO: 222).
32. Полипептид по любому из пп. 1-31, в котором Yn содержит аминокислотную последовательность K, KK, KKK, KKKK (SEQ ID NO: 1), KKKKK (SEQ ID NO: 3), KKKKKKK (SEQ ID NO: 223), KKKKKKKK (SEQ ID NO: 224), KTEY (SEQ ID NO: 225), KTEYK (SEQ ID NO: 226), KTEYKL (SEQ ID NO: 227), KTEYKLV (SEQ ID NO: 228), KTEYKLVV (SEQ ID NO: 229), KTEYKLVVV (SEQ ID NO: 230), KKTEY (SEQ ID NO: 231), KKTEYK (SEQ ID NO: 232), KKTEYKL (SEQ ID NO: 233), KKTEYKLV (SEQ ID NO: 234), KKTEYKLVV (SEQ ID NO: 235), KKTEYKLVVV (SEQ ID NO: 236), KKKTEY (SEQ ID NO: 237), KKKTEYK (SEQ ID NO: 238), KKKTEYKL (SEQ ID NO: 239), KKKTEYKLV (SEQ ID NO: 240), KKKTEYKLVV (SEQ ID NO: 241), KKKTEYKLVVV (SEQ ID NO: 242), KKKKTEY (SEQ ID NO: 243), KKKKTEYK (SEQ ID NO: 244), KKKKTEYKL (SEQ ID NO: 245), KKKKTEYKLV (SEQ ID NO: 246), KKKKTEYKLVV (SEQ ID NO: 247), KKKKTEYKLVVV (SEQ ID NO: 248), IDIIMKIRNA (SEQ ID NO: 131), FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIFFIFFWMC (SEQ ID NO: 132), FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAAFWFW (SEQ ID NO: 133), IFFIFFIIFFFFFFFFFFFFIIIIIIIWEC (SEQ ID NO: 134), FIFFFIIFFFFFIFFFFFIFIIIIIIFWEC (SEQ ID NO: 135), TEY, TEYK (SEQ ID NO: 249), TEYKL (SEQ ID NO: 250), TEYKLV (SEQ ID NO: 136), TEYKLVV (SEQ ID NO: 251), TEYKLVVV (SEQ ID NO: 252), WQAGILAR (SEQ ID NO: 137), HSYTTAE (SEQ ID NO: 138), PLTEEKIK (SEQ ID NO: 139), GALHFKPGSR (SEQ ID NO: 140), RRANKDATAE (SEQ ID NO: 141), KAFISHEEKR (SEQ ID NO: 142), TDLSSRFSKS (SEQ ID NO: 143), FDLGGGTFDV (SEQ ID NO: 144), CLLLHYSVSK (SEQ ID NO: 145), KKKKIIMKIRNA (SEQ ID NO: 146) или MTEYKLVVV (SEQ ID NO: 147).32. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-31, в котором Y n содержит аминокислотную последовательность K, KK, KKK, KKKK (SEQ ID NO: 1), KKKKK (SEQ ID NO: 3), KKKKKKK (SEQ ID NO: 223), KKKKKKKK (SEQ ID NO: 224), KTEY (SEQ ID NO: 225), KTEYK (SEQ ID NO: 226), KTEYKL (SEQ ID NO: 227), KTEYKLV (SEQ ID NO: 228), KTEYKLVV (SEQ ID NO: 229), KTEYKLVVV (SEQ ID NO: 230), KKTEY (SEQ ID NO: 231), KKTEYK (SEQ ID NO: 232), KKTEYKL (SEQ ID NO: 233), KKTEYKLV (SEQ ID NO: 234), KKTEYKLVV (SEQ ID NO: 235), KKTEYKLVVV (SEQ ID NO: 236), KKKTEY (SEQ ID NO: 237), KKKTEYK (SEQ ID NO: 238), KKKTEYKL (SEQ ID NO: 239), KKKTEYKLV (SEQ ID NO: 240), KKKTEYKLVV (SEQ ID NO: 241), KKKTEYKLVVV (SEQ ID NO: 242), KKKKTEY (SEQ ID NO: 243), KKKKTEYK (SEQ ID NO: 244), KKKKTEYKL (SEQ ID NO: 245), KKKKTEYKLV (SEQ ID NO: 246), KKKKTEYKLVV (SEQ ID NO: 247), KKKKTEYKLVVV (SEQ ID NO: 248), IDIIMKIRNA (SEQ ID NO: 131), FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIFFIFFWMC (SEQ ID NO: 132), FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAAFWFW (SEQ ID NO: 133), IFFIFFIIFFFFFFFFFFFFIIIIIIIWEC (SEQ ID NO: 134), FIFFFIIFFFFFIFFFFFIFIIIIIIFWEC (SEQ ID NO: 135), TEY, TEYK (SEQ ID NO: 249), TEYKL (SEQ ID NO: 250), TEYKLV (SEQ ID NO: 136), TEYKLVV (SEQ ID NO: 251), TEYKLVVV (SEQ ID NO: 252), WQAGILAR (SEQ ID NO: 137), HSYTTAE (SEQ ID NO: 138), PLTEEKIK (SEQ ID NO: 139), GALHFKPGSR (SEQ ID NO: 140), RRANKDATAE (SEQ ID NO: 141), KAFISHEEKR (SEQ ID NO: 142), TDLSSRFSKS (SEQ ID NO: 143), FDLGGGTFDV (SEQ ID NO: 144), CLLLHYSVSK (SEQ ID NO: 145), KKKKIIMKIRNA (SEQ ID NO: 146) или MTEYKLVVV (SEQ ID NO: 147).
33. Полипептид по любому из пп. 1-32, в котором Zр содержит аминокислотную последовательность K, KK, KKK, KKKK (SEQ ID NO: 1), KKKKK (SEQ ID NO: 3), KKKKKKK (SEQ ID NO: 223), KKKKKKKK (SEQ ID NO: 224), KKNKKDDI (SEQ ID NO: 148), KKNKKDDIKD (SEQ ID NO: 149), AGNDDDDDDDDDDDDDDDDDKKDKDDDDDD (SEQ ID NO: 150), AGNKKKKKKKNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN (SEQ ID NO: 151), AGRDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD (SEQ ID NO: 152), SALTI (SEQ ID NO: 153), SALTIQL (SEQ ID NO: 154), GKSALTIQL (SEQ ID NO: 155), GKSALTI (SEQ ID NO: 156), SALTIK (SEQ ID NO: 253), SALTIQLK (SEQ ID NO: 254), GKSALTIQLK (SEQ ID NO: 255), GKSALTIK (SEQ ID NO: 256), SALTIKK (SEQ ID NO: 257), SALTIQLKK (SEQ ID NO: 258), GKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 259), GKSALTIKK (SEQ ID NO: 260), SALTIKKK (SEQ ID NO: 261), SALTIQLKKK (SEQ ID NO: 262), GKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 263), GKSALTIKKK (SEQ ID NO: 264), SALTIKKKK (SEQ ID NO: 265), SALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 266), GKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 267), GKSALTI (SEQ ID NO: 156),KKKK (SEQ ID NO: 1), QGQNLKYQ (SEQ ID NO: 157), ILGVLLLI (SEQ ID NO: 158), EKEGKISK (SEQ ID NO: 159), AASDFIFLVT (SEQ ID NO: 160), KELKQVASPF (SEQ ID NO: 161), KKKLINEKKE (SEQ ID NO: 162), KKCDISLQFF (SEQ ID NO: 163), KSTAGDTHLG (SEQ ID NO: 164), ATFYVAVTVP (SEQ ID NO: 165), LTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDG (SEQ ID NO: 166) или TIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE (SEQ ID NO: 167).33. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-32, в котором Z р содержит аминокислотную последовательность K, KK, KKK, KKKK (SEQ ID NO: 1), KKKKK (SEQ ID NO: 3), KKKKKKK (SEQ ID NO: 223), KKKKKKKK (SEQ ID NO: 224), KKNKKDDI (SEQ ID NO: 148), KKNKKDDIKD (SEQ ID NO: 149), AGNDDDDDDDDDDDDDDDDDKKDKDDDDDD (SEQ ID NO: 150), AGNKKKKKKKNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN (SEQ ID NO: 151), AGRDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD (SEQ ID NO: 152), SALTI (SEQ ID NO: 153), SALTIQL (SEQ ID NO: 154), GKSALTIQL (SEQ ID NO: 155), GKSALTI (SEQ ID NO: 156), SALTIK (SEQ ID NO: 253), SALTIQLK (SEQ ID NO: 254), GKSALTIQLK (SEQ ID NO: 255), GKSALTIK (SEQ ID NO: 256), SALTIKK (SEQ ID NO: 257), SALTIQLKK (SEQ ID NO: 258), GKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 259), GKSALTIKK (SEQ ID NO: 260), SALTIKKK (SEQ ID NO: 261), SALTIQLKKK (SEQ ID NO: 262), GKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 263), GKSALTIKKK (SEQ ID NO: 264), SALTIKKKK (SEQ ID NO: 265), SALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 266), GKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 267), GKSALTI (SEQ ID NO: 156),KKKK (SEQ ID NO: 1), QGQNLKYQ (SEQ ID NO: 157), ILGVLLLI (SEQ ID NO: 158), EKEGKISK (SEQ ID NO: 159), AASDFIFLVT (SEQ ID NO: 160), KELKQVASPF (SEQ ID NO: 161), KKKLINEKKE (SEQ ID NO: 162), KKCDISLQFF (SEQ ID NO: 163), KSTAGDTHLG (SEQ ID NO: 164), ATFYVAVTVP (SEQ ID NO: 165), LTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDG (SEQ ID NO: 166) или TIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE (SEQ ID NO: 167).
34. Полипептид по любому из пп. 1-33, причем полипептид содержит аминокислотную последовательность KTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 268), KTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 269), KTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 270), KTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 271), KKTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 272), KKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 273), KKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 274), KKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 275), KKKTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 276), KKKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 277), KKKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 278), KKKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 279), KKKKTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 280), KKKKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 281), KKKKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 282), KKKKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 283), KKTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 284), KKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 285), KKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 286), KKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 287), TEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 288), TEYKLVVVGADGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 289), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 290), TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 291), TEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 292), TEYKLVVVGADGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 293), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 294), TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 295), TEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 296), TEYKLVVVGADGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 297), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 298), TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 299), TEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 300), TEYKLVVVGADGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 301), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 302) или TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 303).34. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-33, wherein the polypeptide contains the amino acid sequence KTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 268), KTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 269), KTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 270), KTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 27 1) VVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 276), KKKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 277), KKKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 278), KKKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 279), KKKKTEYKLVVVGAV GVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 280), KKKKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 281), KKKKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 282), KKKKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 283), KKTEYKLVVVGAVGVG KSALTIQLKK (SEQ ID NO: 284), KKTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 285), KKTEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 286), KKTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 287), TEYKLVVVGAVGVGKSALTI QLK (SEQ ID NO: 288), TEYKLVVVGADGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 289), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 290), TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLK (SEQ ID NO: 291), TEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLKK (SEQ ID NO: 29) 2) GADGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 297), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 298), TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKKK (SEQ ID NO: 299), TEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 300), TEYKLVVVGADGV GKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 301), TEYKLVVVGARGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 302), or TEYKLVVVGACGVGKSALTIQLKKKK (SEQ ID NO: 303).
35. Полипептид по любому из пп. 1-26, в котором эпитоп не является RAS эпитопом.35. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-26 in which the epitope is not a RAS epitope.
36. Полипептид по любому из пп. 1-35, причем полипептид не является KKKKKPKRDGYMFLKAESKIMFAT (SEQ ID NO: 168), KKKKYMFLKAESKIMFATLQRSS (SEQ ID NO: 169), KKKKKAESKIMFATLQRSSLWCL (SEQ ID NO: 170), KKKKKIMFATLQRSSLWCLCSNH (SEQ ID NO: 171) или KKKKMFATLQRSSLWCLCSNH (SEQ ID NO: 172).36. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-35, wherein the polypeptide is not KKKKKPKRDGYMFLKAESKIMFAT (SEQ ID NO: 168), KKKKYMFLKAESKIMFATLQRSS (SEQ ID NO: 169), KKKKKAESKIMFATLQRSSLWCL (SEQ ID NO: 170), KKKKKIMFATLQRSSLWCLCSNH (SEQ ID NO: 171), or KKKK MFATLQRSSLWCLCSNH (SEQ ID NO: 172).
37. Полипептид по любому из пп. 1-36, в котором Yn и/или Zp содержат аминокислотную последовательность белка, отличного от белка, из которого получен эпитоп.37. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-36, in which Y n and/or Z p contain the amino acid sequence of a protein different from the protein from which the epitope is derived.
38. Полипептид по любому из пп. 1-37, в котором Yn и/или Zp содержат аминокислотную последовательность белка CMV, такого как pp65, HIV или MART-1.38. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-37, in which Y n and/or Z p contain the amino acid sequence of a CMV protein such as pp65, HIV or MART-1.
39. Полипептид по любому из пп. 1-38, в котором n равно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или целому числу больше 20.39. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-38, where n is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, or an integer greater than 20.
40. Полипептид по любому из пп. 1-39, в котором p равно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или целому числу больше 20.40. The polypeptide according to any one of paragraphs. 1-39, where p is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, or an integer greater than 20.
41. Полинуклеотид, содержащий последовательность, кодирующую полипептид по любому из пп. 1-40.41. Polynucleotide containing a sequence encoding a polypeptide according to any one of paragraphs. 1-40.
42. Полинуклеотид по п. 41, причем полинуклеотид представляет собой иРНК.42. A polynucleotide according to claim 41, wherein the polynucleotide is an mRNA.
43. Фармацевтическая композиция, содержащая полипептид по любому из пп. 1-40 или полинуклеотид по п. 41 или 42; и фармацевтически приемлемый эксципиент.43. A pharmaceutical composition containing a polypeptide according to any one of paragraphs. 1-40 or a polynucleotide according to paragraph 41 or 42; and a pharmaceutically acceptable excipient.
44. Способ лечения заболевания или состояния, включающий введение терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по п. 43 субъекту, нуждающемуся в этом.44. A method of treating a disease or condition, comprising administering a therapeutically effective amount of a pharmaceutical composition according to claim 43 to a subject in need thereof.
45. Способ по п. 44, в котором заболеванием или состоянием является рак, выбранный из группы, состоящей из рака легкого, немелкоклеточного рака легкого, рака поджелудочной железы, колоректального рака, рака матки, рака предстательной железы, рака печени, злокачественного новообразования желчевыводящих путей, рака эндометрия, рака шейки матки, рака мочевого пузыря, рака печени, миелоидного лейкоза и рака молочной железы.45. The method of claim 44 wherein the disease or condition is a cancer selected from the group consisting of lung cancer, non-small cell lung cancer, pancreatic cancer, colorectal cancer, uterine cancer, prostate cancer, liver cancer, biliary tract cancer, endometrial cancer, cervical cancer, bladder cancer, liver cancer, myeloid leukemia, and breast cancer.
46. Способ по п. 44 или 45, в котором введение включает внутрикожную инъекцию, интраназальный спрей, внутримышечную инъекцию, внутрибрюшинную инъекцию, внутривенную инъекцию, пероральное введение или подкожную инъекцию.46. The method of claim 44 or 45, wherein the administration comprises intradermal injection, intranasal spray, intramuscular injection, intraperitoneal injection, intravenous injection, oral administration, or subcutaneous injection.
47. Способ получения антигенспецифических Т-клеток, включающий стимуляцию Т-клеток антигенпрезентирующими клетками, содержащими полипептид по любому из пп. 1-40 или полинуклеотид по п. 41 или 42.47. A method of obtaining antigen-specific T cells, including stimulation of T cells with antigen-presenting cells containing a polypeptide according to any one of paragraphs. 1-40 or a polynucleotide according to claim 41 or 42.
48. Способ по п. 47, причем способ осуществляют ex vivo.48. The method of claim 47, wherein the method is carried out ex vivo.