RU2021139059A

RU2021139059A - Новые варианты интерлейкина-2 для лечения рака

Info

Publication number: RU2021139059A
Application number: RU2021139059A
Authority: RU
Inventors: Юэ-Шэн Ли; Линюнь Жуй; Цзин Сюй
Original assignee: Куджин, Инк.
Priority date: 2019-06-14
Filing date: 2020-06-13
Publication date: 2023-07-14

Claims

1. Выделенный полипептид варианта интерлейкина-2 (IL-2), содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3, где один или более чем один из аминокислотных остатков в положении R38, Т41, F42, F44, Е62, Р65, Е68, Y107 или S125 заменен на другую аминокислоту, не способный к связыванию с IL-2Rα и более не обеспечивающий преимущественную активацию Treg-клеток по сравнению с полипептидом, представленным в SEQ ID NO: 3, но сохраняющий способность связываться с комплексом IL-2Rβγ и активировать его.

2. Выделенный полипептид варианта IL-2, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3, где один или более чем один из аминокислотных остатков в положении R38, Т41, F42, F44, Е62, Р65, Е68, Y107 или S125 заменен на другую аминокислоту, и демонстрирующий сниженное связывание с IL-2Rα со сниженной активностью Treg по сравнению с полипептидом, представленным в SEQ ID NO: 3, но сохраняющий способность связываться с комплексом IL-2Rβγ и активировать его.

3. Выделенный полипептид варианта IL-2, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3, где один или более чем один из аминокислотных остатков в положении R38, Т41, F42, F44, Е62, Р65, Е68, Y107 или S125 заменен на другую аминокислоту, и демонстрирующий усиленное связывание с IL-2Rα с повышенной активностью Treg по сравнению с полипептидом, представленным в SEQ ID NO: 3.

4. Выделенный полипептид варианта IL-2, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3, где один или более чем один из аминокислотных остатков в положении L19, D20, S125 или Q126 заменен на другую аминокислоту, и демонстрирующий сниженную способность активировать комплекс IL-2Rβγ по сравнению с полипептидом, представленным в SEQ ID NO: 3.

5. Выделенный полипептид варианта IL-2, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3, где один из аминокислотных остатков в положении S125 заменен на другую аминокислоту, и демонстрирующий улучшенную экспрессию и чистоту белка по сравнению с полипептидом, представленным в SEQ ID NO: 3.

6. Полипептид варианта IL-2 по любому из пп. 1-5, где аминокислотная замена выбрана из группы, состоящей из замены L19D, L19H, L19N, L19P, L19Q, L19R, L19S, L19Y в положении 19, замены R38A, R38F, R38G в положении 38, замены Т41А, T41G и T41V в положении 41, замены F42A в положении 42, замены F44G и F44V в положении 44, замены Е62А, E62F, Е62Н и E62L в положении 62, замены Р65А, Р65Е, P65G, Р65Н, Р65К, P65N, P65Q, P65R в положении 65, замены Е68Е, E68F, Е68Н, E68L и Е68Р в положении 68, замены Y107G, Y107H, Y107L и Y107V в положении 107, и замены S125I в положении 125, замены Q126E в положении 126, и делеционного мутанта по 5, 6, 7, 8, 9, 10 или 11 аминокислотам на N-конце SEQ ID NO: 3, или любой комбинации этих замен или делеционных мутантов.

7. Полипептид варианта IL-2 по любому из пп. 1-6, содержащий две аминокислотные замены в положениях аминокислотных остатков Р65 и S125 SEQ ID NO: 3.

8. Полипептид варианта IL-2 по любому из п.п. 1-6, содержащий три аминокислотные замены в положениях аминокислотных остатков L19, Р65 и S125 SEQ ID NO: 3.

9. Полипептид варианта IL-2 по любому из пп. 1-8, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 31-66 и SEQ ID NO: 111-120.

10. Выделенный полипептид варианта IL-2, содержащий аминокислотную последовательность, по меньшей мере приблизительно на 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичную SEQ ID NO: 3, и более не обеспечивающий преимущественную активацию Treg по сравнению с полипептидом, представленным в SEQ ID NO: 3, но сохраняющий способность активировать комплекс рецептора IL-2.

И. Выделенный слитый белок, содержащий (1) полипептид варианта IL-2 по любому из п.п. 1-10 и (2) гетерологичный белок.

12. Выделенный слитый белок по п. 11, где указанный полипептид варианта IL-2 слит по его N-концевой аминокислоте с С-концевой аминокислотой гетерологичного белка, возможно через пептидный линкер, в мономерной или димерной форме.

13. Выделенный слитый белок по п. 11, где указанный полипептид варианта IL-2 слит по его С-концевой аминокислоте с N-концевой аминокислотой гетерологичного белка, возможно через пептидный линкер, в мономерной или димерной форме.

14. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-13, где гетерологичный белок увеличивает период полувыведения полипептида варианта IL-2 из циркуляции.

15. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-13, где гетерологичный белок повышает уровень экспрессии и общую чистоту полипептида варианта IL-2.

16. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-13, где гетерологичный белок выполняет функцию маркера, или метки, или нацеливающей группировки.

17. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-16, где гетерологичный белок представляет собой Fc-домен, выбранный из группы, состоящей из Fc-домена человеческого IgG1, Fc-домена человеческого IgG2, Fc-домена человеческого IgG3, Fc-домена человеческого IgG4, Fc-домена IgA, Fc-домена IgD, Fc-домена IgE, Fc-домена IgG и Fc-домена IgM.

18. Выделенный слитый белок по п. 17, где Fc-домен представляет собой Fc-домен, имеющий отключенную эффекторную функцию и/или имеющий функцию увеличения периода полувыведения.

19. Выделенный слитый белок по любому из пп. 17-18, где Fc-домен представляет собой Fc-домен, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 7-10 и SEQ ID NO: 134-135.

20. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-16, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 67-107.

21. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-16, где гетерологичный белок представляет собой нацеливающую группировку в форме антитела, тяжелой цепи или легкой цепи антитела, фрагмента антитела, белка и пептида, направленного на опухоль-ассоциированный антиген (ТАА).

22. Выделенный слитый белок по п. 21, где антитело или фрагмент антитела выбраны из группы, состоящей из: антагонистических антител к PD-1 (белок программируемой гибели клеток 1); антагонистических антител к PD-L1 (лиганд PD-1); антагонистических антител к TIGIT (Т-клеточный иммунорецептор с Ig и ITIM (тирозиновый ингибиторный мотив иммунорецептора) доменами); антагонистических антител к CTLA-4 (антиген 4, ассоциированный с цитотоксическими Т-лимфоцитами); антагонистических антител к CD20; антагонистических антител к Her-2/neu; антагонистических антител к EGFR (рецептор эпидермального фактора роста); антагонистических антител к FAP (белок активации фибробластов); противовоспалительных антител против интегрина α₄β₇, антагонистических антител к TNFα (фактор некроза опухолей α); и агонистических антител к CD40.

23. Выделенный слитый белок по п. 22, где антитело представляет собой антагонистическое антитело или фрагмент антагонистического антитела к белку активации фибробластов (FAP).

24. Выделенный слитый белок по п. 23, где антитело представляет собой гуманизированное антагонистическое антитело к FAP, содержащее аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи, представленные в SEQ ID NO: 136 и 137.

25. Выделенный слитый белок по п. 21, где гетерологичный белок представляет собой антитело или фрагмент антитела к модулятору иммунных контрольных точек.

26. Выделенный слитый белок по п. 25, где антитело представляет собой антагонистическое антитело или фрагмент антагонистического антитела к белку программируемой гибели клеток 1 (PD-1).

27. Выделенный слитый белок по п. 26, где антитело представляет собой антагонистическое гуманизированное антитело к PD-1, выбранное из антитела, содержащего аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи, представленные в SEQ ID NO: 138 и 139; аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи, представленные в SEQ ID NO: 140 и 141; аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи, представленные в SEQ ID NO: 142 и 143; аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи, представленные в SEQIDNO: 144 и 145; и аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи, представленные в SEQ ID NO: 146 и 147.

28. Выделенный слитый белок по любому из пп. 11-27, где указанный полипептид варианта IL-2 слит по его N-концевой аминокислоте с С-концевой аминокислотой гетерологичного белка, возможно через пептидный линкер, в димерной или мономерной форме.

29. Выделенный слитый белок по п. 28, где указанный полипептид варианта IL-2 слит с указанным гетерологичный белком через пептидный линкер, в димерной или мономерной форме.

30. Слитый белок по п. 29, где указанный пептидный линкер содержит от 1 до 40 аминокислот.

31. Фармацевтическая композиция, содержащая полипептид варианта IL-2 или выделенный слитый белок по любому из пп. 1-30 в смеси с фармацевтически приемлемым носителем.

32. Способ лечения заболевания или инфекции у субъекта, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по п. 31.

33. Способ по п. 32, где указанное заболевание представляет собой рак.

34. Способ по п. 33, дополнительно включающий введение второго терапевтического агента или способ воздействия, способные лечить рак у субъекта.

35. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептид варианта IL-2 или слитый белок по любому из пп. 1-30.

36. Вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по п. 35.

37. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по п. 36.

38. Способ получения полипептида варианта IL-2 или слитого белка по любому из пп. 1-30, включающий культивирование клетки-хозяина по п. 37 в условиях, способствующих экспрессии полипептида варианта IL-2 или слитого белка, и выделение полипептида варианта IL-2 или слитого белка.

39. Выделенный полипептид варианта IL-2 или слитый белок, полученный способом по п. 38.