RU2021116079A - MODIFIED RHODAMIN DYE AND ITS APPLICATION IN BIOLOGICAL ANALYSIS - Google Patents

MODIFIED RHODAMIN DYE AND ITS APPLICATION IN BIOLOGICAL ANALYSIS Download PDF

Info

Publication number
RU2021116079A
RU2021116079A RU2021116079A RU2021116079A RU2021116079A RU 2021116079 A RU2021116079 A RU 2021116079A RU 2021116079 A RU2021116079 A RU 2021116079A RU 2021116079 A RU2021116079 A RU 2021116079A RU 2021116079 A RU2021116079 A RU 2021116079A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
group
independently
oligonucleotide
reagent
protected
Prior art date
Application number
RU2021116079A
Other languages
Russian (ru)
Other versions
RU2809712C2 (en
Inventor
Брайан Эванс
Скотт БЕНСОН
Хайруззаман Башар МУЛЛА
Сёнвэй ЯНЬ
Original Assignee
Лайф Текнолоджис Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Лайф Текнолоджис Корпорейшн filed Critical Лайф Текнолоджис Корпорейшн
Publication of RU2021116079A publication Critical patent/RU2021116079A/en
Application granted granted Critical
Publication of RU2809712C2 publication Critical patent/RU2809712C2/en

Links

Claims (348)

1. Соединение Формулы:1. Compound Formula:
Figure 00000001
Figure 00000001
 где каждый R1, R2, R3, R6, R8, R11, R12, R13 и R14, взятый отдельно, независимо друг от друга выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb или -(CH2)n-Rb; или, в альтернативном варианте, R1 и R2 вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную бензогруппу;where each R 1 , R 2 , R 3 , R 6 , R 8 , R 11 , R 12 , R 13 and R 14 taken separately, is independently selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl , (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, -R b or -(CH2) n -R b ; or, alternatively, R 1 and R 2 together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted benzo group; R4 выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила или 6-20-членного гетероарилалкила;R 4 is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, or 6-20 membered heteroarylalkyl; каждый из R5 и R10 независимо представляет собой Н или защитную группу;each of R 5 and R 10 independently represents H or a protective group; причем n представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;and n is an integer in the range from 1 to 10; причем каждый Ra, независимо от других, выбран из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, -CX3 и 6-20-членного гетероарилалкила;each R a , independently of the others, is selected from lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, -CX 3 and 6-20 membered heteroarylalkyl; где Rb выбран из -X, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRcX-, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила,-P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)ORa, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc;where R b is selected from -X, -OH, -OR a -SH, -SR a -NH 2 , -NHR a -NR c R c , -N + R c R c R c X - , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O) (OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, -S(O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , -C(S)X, -C(O)OR a , -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , - C(S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH)NHR a and -C(NH)NR c R c ; каждый Rc, независимо от других, представляет собой Ra, или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое может необязательно содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из О, N и S;each R c , independently of the others, is R a , or, alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom, together with this nitrogen atom, can form a 5-8-membered saturated or unsaturated ring, which may optionally contain one or more of the same or different ring-forming heteroatoms selected from O, N and S; каждый Rd и Re, взятый отдельно, независимо друг от друга, выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb или -(CH2)n-Rb;each R d and R e taken separately, independently of each other, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14-membered heteroaryl, 6-20-membered heteroarylalkyl, -R b or -(CH2) n -R b ; X представляет собой галоген; иX is halogen; and n представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10.n is an integer in the range 1 to 10. 2. Соединение по п. 1, в котором каждый из R11 и R14 представляет собой галоген.2. A compound according to claim 1, wherein R 11 and R 14 are each halogen. 3. Соединение по п. 2, в котором галоген представляет собой фтор или хлор.3. A compound according to claim 2, wherein the halogen is fluorine or chlorine. 4. Соединение по п. 2, в котором галоген представляет собой хлор.4. A compound according to claim 2, wherein the halogen is chlorine. 5. Соединение по любому из пп. 1-4, в котором R13 представляет собой -C(O)H, -C(O)Ra -C(S)X, -C(O)ORa, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa или -C(NH)NRcRc.5. Connection according to any one of paragraphs. 1-4, in which R 13 represents -C(O)H, -C(O)R a -C(S)X, -C(O)OR a , -C(O)OH, -C(O )NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C (NH)NH 2 , -C(NH)NHR a or -C(NH)NR c R c . 6. Соединение по п. 5, в котором R11 представляет собой -C(O)ORa или -C(O)OH.6. A compound according to claim 5 wherein R 11 is -C(O)OR a or -C(O)OH. 7. Соединение по п. 5, в котором R11 представляет собой -С(О)ОН.7. A compound according to claim 5, wherein R 11 is —C(O)OH. 8. Соединение по любому из пп. 1-7, в котором R5 представляет собой защитную группу.8. Connection according to any one of paragraphs. 1-7, in which R 5 is a protecting group. 9. Соединение по п. 8, в котором защитная группа представляет собой -C(O)R15, где R15 выбран из группы, состоящей из водорода, низшего алкила, -CX3, -CHX2, -CH2X, -CH2-ORd и фенила, необязательно монозамещенного низшим алкилом, -X, -ORd, циано или нитрогруппой, где Rd выбран из группы, состоящей из низшего алкила, фенила и пиридила, и каждый X представляет собой галогеновую группу.9. The compound of claim 8 wherein the protecting group is -C(O)R 15 , where R 15 is selected from the group consisting of hydrogen, lower alkyl, -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X, - CH 2 -OR d and phenyl optionally monosubstituted with lower alkyl, -X, -OR d , cyano or nitro, where R d is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halogen group. 10. Соединение по п. 9, в котором R13 представляет собой -CX3, -CHX2, -CH2X.10. A compound according to claim 9 wherein R 13 is -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X. 11. Соединение по п. 10, в котором R13 представляет собой -CX3.11. A compound according to claim 10 wherein R 13 is -CX 3 . 12. Соединение по любому из пп. 8-11, в котором X в защитной группе представляет собой фтор или хлор.12. Connection according to any one of paragraphs. 8-11, in which X in the protective group represents fluorine or chlorine. 13. Соединение по любому из пп. 8-12, в котором X в защитной группе представляет собой фтор.13. Connection according to any one of paragraphs. 8-12, wherein the X in the protecting group is fluorine. 14. Соединение по п. 1, в котором R1 и R2 вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную бензогруппу.14. A compound according to claim 1, wherein R 1 and R 2 together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted benzo group. 15. Соединение по любому из пп. 1 или 14, в котором необязательное замещение в бензокольце включает по меньшей мере один из -X, -C1-C6-алкила, -C2-C6-алкенила, -C2-C6-алкинила, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRc, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила, -P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)ORa, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc; каждый Ra, независимо от других, выбран из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, -CX3 и 6-20-членного гетероарилалкила; и каждый Rc представляет собой, независимо от других, Ra или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое может необязательно содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из O, N и S.15. Connection according to any one of paragraphs. 1 or 14, wherein the optional benzo ring substitution comprises at least one of -X, -C1-C6 alkyl, -C2-C6 alkenyl, -C2-C6 alkynyl, -OH, -OR a -SH, - SR a -NH 2 , -NHR a -NR c R c , -N + R c R c R c , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O)(OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), - S(O) 2 OH, -S(O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , -C(S)X, -C(O)OR a , -C(O )OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O) NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH)NHR a and -C(NH)NR c R c ; each R a , independently of the others, is selected from lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, -CX 3 and 6-20 membered heteroarylalkyl; and each R c is, independently of the others, R a or, alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom, together with this nitrogen atom may form a 5-8 membered saturated or unsaturated ring, which may optionally contain one or more of the same or different ring-forming heteroatoms selected from O, N and S. 16. Соединение по п. 15, в котором необязательное замещение в бензокольце представляет собой -C1-C6-алкил.16. The compound of claim 15 wherein the optional substitution on the benzo ring is -C1-C6 alkyl. 17. Соединение по любому из пп. 1-13, в котором R1 представляет собой Н.17. Connection according to any one of paragraphs. 1-13 in which R 1 is H. 18. Соединение по любому из пп. 1-13, в котором R2 представляет собой Н.18. Connection according to any one of paragraphs. 1-13 in which R 2 is H. 19. Соединение по любому из пп. 1-18, в котором R6 представляет собой H.19. Connection according to any one of paragraphs. 1-18 in which R 6 is H. 20. Соединение по любому из пп. 1-19, в котором R8 представляет собой H.20. Connection according to any one of paragraphs. 1-19 in which R 8 is H. 21. Соединение по любому из пп. 1-20, в котором связь «
Figure 00000002
» представляет собой одинарную связь.21. Connection according to any one of paragraphs. 1-20, in which the connection "
Figure 00000002
' represents a single bond. 22. Соединение по любому из пп. 1-21, в котором Rd и Re представляют собой H.22. Connection according to any one of paragraphs. 1-21 in which R d and R e are H. 23. Соединение по любому из пп. 1-22, в котором Rd и Re представляют собой низший алкил.23. Connection according to any one of paragraphs. 1-22, in which R d and R e represent lower alkyl. 24. Соединение по любому из пп. 1 или 13, в котором необязательное замещение в бензо-кольце включает по меньшей мере два -C1-C6-алкила.24. Connection according to any one of paragraphs. 1 or 13, wherein the optional substitution on the benzo ring comprises at least two -C1-C6 alkyls. 25. Соединение по п. 1, имеющее формулу25. The compound according to claim 1 having the formula
Figure 00000003
Figure 00000003
 гдеwhere каждый из R5 и R10 независимо представляет собой Н или защитную группу;each of R 5 and R 10 independently represents H or a protective group; R13 выбран из группы, состоящей из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb и -(CH2)n-Rb;R 13 is selected from the group consisting of hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, -R b and -(CH2 ) n -R b ; где каждый Ra, независимо от других, выбран из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, -CX3 и 6-20-членного гетероарилалкила;where each R a , independently of the others, is selected from lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, -CX 3 and 6-20 membered heteroarylalkyl; где Rb выбран из -X, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRc, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила,-P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)ORa, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc; иwhere R b is selected from -X, -OH, -OR a -SH, -SR a -NH 2 , -NHR a -NR c R c , -N + R c R c R c , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O)(OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, -S(O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , - C(S)X, -C(O)OR a , -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C( S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH)NHR a and -C(NH)NR c R c ; and каждый Rc, независимо от других, представляет собой Ra, или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое может необязательно содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из O, N и S.each R c , independently of the others, is R a , or, alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom, together with this nitrogen atom, can form a 5-8-membered saturated or unsaturated ring, which may optionally contain one or more of the same or different ring-forming heteroatoms selected from O, N and S. 26. Соединение по п. 1, имеющее Формулу26. The compound according to claim 1, having the Formula
Figure 00000004
Figure 00000004
 гдеwhere R5 и R10, каждый независимо, представляют собой H или защитную группу.R 5 and R 10 are each independently H or a protecting group. 27. Соединение по п. 1, имеющее Формулу27. The compound according to claim 1, having the Formula
Figure 00000005
.
Figure 00000005
. 28. Соединение по п. 1, имеющее Формулу28. The compound according to claim 1, having the Formula
Figure 00000006
Figure 00000006
 гдеwhere R5 представляет собой защитную группу.R 5 is a protecting group. 29. Олигонуклеотид, содержащий фрагмент-метку, полученный взаимодействием олигонуклеотида, присоединенного к твердому носителю, с реагентом, имеет структуру Формулы:29. An oligonucleotide containing a label fragment obtained by the interaction of an oligonucleotide attached to a solid carrier with a reagent has the structure of Formula: LM-L-PEP,LM-L-PEP, где PEP представляет собой группу предшественника сложного фосфатного эфира, L представляет собой необязательный линкер, связывающий фрагмент-метку с группой PEP, и LM содержит N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы Формулы (I),where PEP is a phosphate ester precursor group, L is an optional linker linking the tag moiety to the PEP moiety, and LM contains the N-protected NH-rhodamine moiety of Formula (I),
Figure 00000001
Figure 00000001
 где каждый R1, R2, R3, R6, R8, R11, R12, R13 и R14, взятый отдельно, независимо друг от друга выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb или -(CH2)n-Rb; и один из R2, R3, R7, R8, R12 или R13 включает группу формулы -Y-, где Y выбран из группы, состоящей из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-; или, в альтернативном варианте, R1 и R2 вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную бензогруппу;where each R 1 , R 2 , R 3 , R 6 , R 8 , R 11 , R 12 , R 13 and R 14 taken separately, is independently selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl , (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, -R b or -(CH2) n -R b ; and one of R 2 , R 3 , R 7 , R 8 , R 12 or R 13 includes a group of formula -Y-, where Y is selected from the group consisting of -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-; or, alternatively, R 1 and R 2 together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted benzo group; R4 выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила или 6-20-членного гетероарилалкила;R 4 is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, or 6-20 membered heteroarylalkyl; каждый из R5 и R10 независимо представляет собой Н или защитную группу;each of R 5 and R 10 independently represents H or a protective group; причем n представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;and n is an integer in the range from 1 to 10; причем каждый Ra, независимо от других, выбран из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, -CX3 и 6-20-членного гетероарилалкила;each R a , independently of the others, is selected from lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, -CX 3 and 6-20 membered heteroarylalkyl; где Rb выбран из -X, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRcX-, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила,-P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc;where R b is selected from -X, -OH, -OR a -SH, -SR a -NH 2 , -NHR a -NR c R c , -N + R c R c R c X - , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O) (OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, -S(O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(S)NH 2 , - C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH)NHR a and -C(NH)NR c R c ; каждый Rc, независимо от других, представляет собой Ra, или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое может необязательно содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из О, N и S;each R c , independently of the others, is R a , or, alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom, together with this nitrogen atom, can form a 5-8-membered saturated or unsaturated ring, which may optionally contain one or more of the same or different ring-forming heteroatoms selected from O, N and S; каждый Rd и Re, взятый отдельно, независимо друг от друга, выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb или -(CH2)n-Rb;each R d and R e taken separately, independently of each other, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14-membered heteroaryl, 6-20-membered heteroarylalkyl, -R b or -(CH2) n -R b ; X представляет собой галоген; иX is halogen; and n представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10.n is an integer in the range 1 to 10. 30. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу30. The oligonucleotide according to claim 29, wherein the N-protected NH-rhodamine molecule fragment has the Formula
Figure 00000007
Figure 00000007
 где R13 выбран из группы, состоящей из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-.where R 13 is selected from the group consisting of -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-. 31. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу31. Oligonucleotide according to claim 29, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule has the Formula
Figure 00000008
Figure 00000008
 где R3 выбран из группы, состоящей из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-.where R 3 is selected from the group consisting of -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-. 32. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент имеет Формулу32. The oligonucleotide according to claim 29, wherein the N-protected NH-rhodamine moiety has the Formula
Figure 00000009
Figure 00000009
 где R3 выбран из группы, состоящей из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-.where R 3 is selected from the group consisting of -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-. 33. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу33. The oligonucleotide according to claim 29, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule has the Formula
Figure 00000010
Figure 00000010
 где R8 выбран из группы, состоящей из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-.where R 8 is selected from the group consisting of -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-. 34. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-33, в котором каждый из R11 и R14 представляет собой галоген.34. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-33, in which R 11 and R 14 are each halogen. 35. Олигонуклеотид по п. 34, в котором галоген представляет собой фтор или хлор.35. The oligonucleotide of claim 34, wherein the halogen is fluorine or chlorine. 36. Олигонуклеотид по п. 34, в котором галоген представляет собой хлор.36. The oligonucleotide of claim 34 wherein the halogen is chlorine. 37. Олигонуклеотид по п. 30, в котором R13 представляет собой -C(O)H, -C(O)Ra -C(S)X, -C(O)ORa, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRC, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa или -C(NH)NRcRc.37. The oligonucleotide according to claim 30, in which R 13 is -C(O)H, -C(O)R a -C(S)X, -C(O)OR a , -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c RC , -C(S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH)NHR a or -C(NH)NR c R c . 38. Олигонуклеотид по п. 37, в котором R13 представляет собой -C(O)ORa или -С(О)ОН.38. The oligonucleotide of claim 37 wherein R 13 is -C(O)OR a or -C(O)OH. 39. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-38, в котором R5 представляет собой защитную группу.39. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-38, in which R 5 is a protecting group. 40. Олигонуклеотид по п. 39, в котором защитная группа представляет собой -C(O)R15, где R15 выбран из группы, состоящей из водорода, низшего алкила, -CX3, -CHX2, -CH2X, -CH2ORd и фенила, необязательно монозамещенного низшим алкилом, -X, -ORd, циано или нитрогруппой, где Rd выбран из группы, состоящей из низшего алкила, фенила и пиридила, и каждый X представляет собой галогеновую группу.40. The oligonucleotide according to claim 39, wherein the protecting group is -C(O)R 15 , where R 15 is selected from the group consisting of hydrogen, lower alkyl, -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X, - CH 2 OR d and phenyl optionally monosubstituted with lower alkyl, -X, -OR d , cyano or nitro, where R d is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halogen group. 41. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-40, в котором R10, если он присутствует, представляет собой защитную группу.41. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-40 in which R 10 , if present, is a protecting group. 42. Олигонуклеотид по п. 41, в котором защитная группа представляет собой -C(O)R15, где R15 выбран из группы, состоящей из водорода, низшего алкила, -CX3, -CHX2, -CH2X, -CH2-ORd и фенила, необязательно монозамещенного низшим алкилом, -X, -ORd, циано или нитрогруппой, где Rd выбран из группы, состоящей из низшего алкила, фенила и пиридила, и каждый X представляет собой галогеновую группу.42. The oligonucleotide according to claim 41, wherein the protecting group is -C(O)R 15 , where R 15 is selected from the group consisting of hydrogen, lower alkyl, -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X, - CH 2 -OR d and phenyl optionally monosubstituted with lower alkyl, -X, -OR d , cyano or nitro, where R d is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halogen group. 43. Олигонуклеотид по п. 40 или 42, в котором R15 представляет собой -CX3, -CHX2, -CH2X.43. An oligonucleotide according to claim 40 or 42, wherein R 15 is -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X. 44. Олигонуклеотид по п. 43, в котором R15 представляет собой -CX3.44. The oligonucleotide of claim 43 wherein R 15 is -CX 3 . 45. Олигонуклеотид по любому из пп. 40-44, в котором X в защитной группе, если он присутствует, представляет собой фтор или хлор.45. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 40-44, wherein the X in the protecting group, if present, is fluorine or chlorine. 46. Олигонуклеотид по любому из пп. 40-44, в котором X в защитной группе, если он присутствует, представляет собой фтор.46. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 40-44, wherein the X in the protecting group, if present, is fluorine. 47. Олигонуклеотид по п. 29, в котором R1 и R2 вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную бензогруппу.47. The oligonucleotide of claim 29 wherein R 1 and R 2 together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted benzo group. 48. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу48. The oligonucleotide according to claim 29, wherein the N-protected NH-rhodamine molecule fragment has the Formula
Figure 00000011
.
Figure 00000011
. 49. Олигонуклеотид по п. 48, в котором каждый из R1, R2, R3, R6 и R8 представляет собой -H.49. The oligonucleotide of claim 48, wherein each of R 1 , R 2 , R 3 , R 6 and R 8 is -H. 50. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент имеет Формулу50. Oligonucleotide according to claim 29, wherein the N-protected NH-rhodamine moiety has the Formula
Figure 00000012
.
Figure 00000012
. 51. Олигонуклеотид по п. 50, в котором каждый из R1, R2, R3, R6 и R8 представляет собой -H.51. The oligonucleotide of claim 50 wherein each of R 1 , R 2 , R 3 , R 6 and R 8 is -H. 52. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу52. The oligonucleotide according to claim 29, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule has the Formula
Figure 00000013
.
Figure 00000013
. 53. Олигонуклеотид по п. 52, в котором каждый из R1, R2, R3, R6 и R8 представляет собой -H.53. The oligonucleotide of claim 52, wherein each of R 1 , R 2 , R 3 , R 6 and R 8 is -H. 54. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу54. The oligonucleotide according to claim 29, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule has the Formula
Figure 00000014
.
Figure 00000014
. 55. Олигонуклеотид по п. 29, в котором каждый из R1, R2, R3, R6 и R8 представляет собой -H.55. The oligonucleotide of claim 29 wherein each of R 1 , R 2 , R 3 , R 6 and R 8 is -H. 56. Олигонуклеотид по п. 29, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу56. The oligonucleotide according to claim 29, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule has the Formula
Figure 00000015
.
Figure 00000015
. 57. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-56, в котором фрагмент-метка связан с 3'- или 5'-гидроксилом олигонуклеотида.57. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-56, in which the label fragment is linked to the 3' or 5' hydroxyl of the oligonucleotide. 58. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-57, в котором фрагмент-метка связан с азотистым основанием олигонуклеотида.58. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-57, in which the label fragment is linked to the nitrogenous base of the oligonucleotide. 59. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-58, в котором олигонуклеотид дополнительно мечен донорным и/или акцепторным фрагментом молекулы для N-защищенного NH-родаминового фрагмента молекулы.59. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-58, wherein the oligonucleotide is further labeled with a donor and/or acceptor moiety for an N-protected NH-rhodamine moiety. 60. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-58, в котором олигонуклеотид дополнительно мечен фрагментом гасителя.60. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-58, in which the oligonucleotide is further labeled with a quencher moiety. 61. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-58, в котором олигонуклеотид дополнительно мечен фрагментом, связывающим малую бороздку.61. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-58, in which the oligonucleotide is further labeled with a minor groove binding fragment. 62. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-58, в котором фрагмент-метка дополнительно содержит донорный фрагмент молекулы или акцепторный фрагмент молекулы для N-защищенного NH-родаминового фрагмента молекулы.62. Oligonucleotide according to any one of paragraphs. 29-58, wherein the label moiety further comprises a donor moiety or an acceptor moiety for the N-protected NH-rhodamine moiety. 63. Олигонуклеотид по п. 62, в котором фрагмент-метка дополнительно содержит донорный фрагмент молекулы для N-защищенного NH-родаминового фрагмента молекулы.63. The oligonucleotide of claim 62, wherein the tag fragment further comprises a donor molecule fragment for an N-protected NH-rhodamine molecule fragment. 64. Олигонуклеотид по п. 63, в котором донорный фрагмент молекулы включает N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы или O-защищенный флуоресцеиновый фрагмент молекулы.64. The oligonucleotide of claim 63 wherein the donor molecule comprises an N-protected NH-rhodamine molecule or an O-protected fluorescein molecule. 65. Олигонуклеотид по п. 64, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связан с 2'-, 2''-, 4'-, 5'-, 7'-, 7''-, 5- или 6-положением донорного фрагмента молекулы.65. The oligonucleotide according to claim 64, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule is linked to 2'-, 2''-, 4'-, 5'-, 7'-, 7''-, 5- or 6 - the position of the donor fragment of the molecule. 66. Олигонуклеотид по п. 64, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом голова к голове.66. The oligonucleotide of claim 64, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked head to head. 67. Олигонуклеотид по п. 64, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом голова к хвосту.67. The oligonucleotide of claim 64, wherein the donor molecule and the N-protected NH-rhodamine molecule are linked head to tail. 68. Олигонуклеотид по п. 64, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом хвост к хвосту.68. The oligonucleotide of claim 64, wherein the donor molecule and the N-protected NH-rhodamine molecule are linked tail to tail. 69. Олигонуклеотид по п. 64, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом сторона к стороне.69. The oligonucleotide of claim 64, wherein the donor molecule and the N-protected NH-rhodamine molecule are linked side to side. 70. Олигонуклеотид по п. 64, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом сторона к голове.70. The oligonucleotide of claim 64, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked to each other side to the head. 71. Олигонуклеотид по п. 64, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом сторона к хвосту.71. An oligonucleotide according to claim 64, wherein the donor molecule fragment and the N-protected NH-rhodamine molecule fragment are tail-linked to each other. 72. Олигонуклеотид по п. 64, в котором фрагмент-метка имеет структурную Формулу (VI):72. The oligonucleotide according to claim 64, in which the label fragment has the structural Formula (VI):
Figure 00000016
,
Figure 00000016
, где A представляет собой N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы, D представляет собой донорный фрагмент молекулы, Z1 и Z2, которые могут быть одинаковыми или разными, представляют собой части связей, вносимые линкерными фрагментами молекулы, содержащими функциональную группу Fz, и Sp представляет собой спейсерный фрагмент молекулы.where A is an N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule, D is a donor fragment of the molecule, Z 1 and Z 2 , which may be the same or different, represent portions of the bonds introduced by the linker fragments of the molecule containing the functional group F z , and Sp is the spacer fragment of the molecule. 73. Олигонуклеотид по п. 72, в котором A представляет собой N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы, и D выбран из группы, состоящей из фрагментов молекул, имеющих структурные Формулы D.1, D.2, D.3, D.4, D.5, D.6, D.7, D.8, D.9, D.10, D.11 и D.12:73. The oligonucleotide of claim 72, wherein A is an N-protected NH-rhodamine molecule fragment and D is selected from the group consisting of molecular fragments having structural Formulas D.1, D.2, D.3, D. 4, D.5, D.6, D.7, D.8, D.9, D.10, D.11 and D.12:
Figure 00000017
Figure 00000017
Figure 00000018
Figure 00000018
Figure 00000019
Figure 00000019
Figure 00000020
Figure 00000020
Figure 00000021
Figure 00000021
Figure 00000022
Figure 00000022
Figure 00000023
Figure 00000023
Figure 00000024
Figure 00000024
Figure 00000025
Figure 00000025
Figure 00000026
Figure 00000026
Figure 00000027
Figure 00000027
Figure 00000028
Figure 00000028
 причем в каждой из D.1-D.12:and in each of D.1-D.12: каждый из R1', R2', R2'', R4', R4'', R5', R5'', R7', R7'', и R8', взятый отдельно, независимо выбран из группы, состоящей из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, Rb и -(CH2)x-Rb, где x представляет собой целое число, имеющее значение от 1 до 10, и Rb выбран из группы, состоящей из -X, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRc, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила, -P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc, где X представляет собой галоген, каждый Ra независимо выбран из группы, состоящей из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарил и 6-20-членного гетероарилалкила, и каждый Rc независимо представляет собой Ra, или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое необязательно может содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из группы, состоящей из О, N и S;each of R 1' , R 2' , R 2'' , R 4' , R 4'' , R 5' , R 5'' , R 7' , R 7'' , and R 8' taken separately, independently selected from the group consisting of hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, R b and -(CH 2 ) x -R b , where x is an integer having a value from 1 to 10, and R b is selected from the group consisting of -X, -OH, -OR a -SH, -SR a -NH 2 , -NHR a -NR c R c , -N + R c R c R c , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH )(OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O)(OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, -S (O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH )NHR a and -C(NH)NR c R c , where X is halogen, each R a is independently selected from the group consisting of lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5 -14-membered heteroaryl and 6-20-membered heteroaryl oarylalkyl, and each R c is independently R a , or, alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom, together with this nitrogen atom can form a 5-8-membered saturated or unsaturated ring, which is optional may contain one or more identical or different ring-forming heteroatoms selected from the group consisting of O, N and S; или, в альтернативном варианте, R1' и R2' или R7' и R8' вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенный (C6-C14)-арильный мостик и/или R4' и R4'' и/или R5' и R5'' вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют бензогруппу; иor, alternatively, R 1' and R 2' or R 7' and R 8' together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted (C6-C14)-aryl bridge and/or R 4' and R 4'' and/or R 5' and R 5'' , together with the carbon atoms to which they are attached, form a benzo group; and каждый R4, R5, R6 и R7 независимо друг от друга выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 6-14-членного гетероарила, 7-20 членного гетероарилалкила, -Rb и -(CH2)x-Rb;each R 4 , R 5 , R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 6-14 membered heteroaryl, 7-20 membered heteroarylalkyl, -R b and -(CH 2 ) x -R b ; E1 выбран из группы, состоящей из -NHR9, -NR9R10 и -OR9b;E 1 is selected from the group consisting of -NHR 9 , -NR 9 R 10 and -OR 9b ; E2 выбран из группы, состоящей из -NHR9, -NR9R10 и -OR9b;E 2 is selected from the group consisting of -NHR 9 , -NR 9 R 10 and -OR 9b ; R9, взятый отдельно, выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила; или R7 и R9 вместе с атомами, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную гетероциклоалкильную группу, необязательно замещенную гетероциклоалкенильную группу или необязательно замещенную гетероарильную группу;R 9 taken alone is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl; or R 7 and R 9 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; R10 представляет собой H или защитную группу; или R8 и R10 вместе с атомами, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную гетероциклоалкильную группу, необязательно замещенную гетероциклоалкенильную группу или необязательно замещенную гетероарильную группу;R 10 is H or a protecting group; or R 8 and R 10 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; R9b представляет собой R9;R 9b is R 9 ; каждый из Y1a, Y1b, Y2a, Y2b, Y3a и Y3b независимо выбран из группы, состоящей из -O-, -S-, -NH-, -C(O-) и -S(O)2,each of Y 1a , Y 1b , Y 2a , Y 2b , Y 3a and Y 3b is independently selected from the group consisting of -O-, -S-, -NH-, -C(O-) and -S(O) 2 , при условии, что когда каждый из E1 и E2 представляет собой -OR9b, тогда R1' и R2' и/или R7' и R8' только вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, могут образовывать необязательно замещенный (C6-C14)-арильный мостик.with the proviso that when each of E 1 and E 2 is -OR 9b , then R 1' and R 2' and/or R 7' and R 8' only together with the carbon atoms to which they are attached may optionally form substituted (C6-C14)-aryl bridge. 74. Олигонуклеотид по п. 29, в котором L реагента выбран из -Z-(CH2)3-6-O-, -Z-(CH2)a-[(Ar)b-(CH2)a]c-O-, -Z-(CH2)a-[C≡C-(CH2)a]c-O-, -Z-(CH2)a-[C≡C-(Ar)b]c-(CH2)a-O-, -Z-(CH2)d-NH-C(O)-[(CH2)a-(Ar)-(CH2)a-C(O)-NH]c-(CH2)d-O- и -Z-[CH2(CH2)eO]f-CH2(CH2)eO-, где:74. The oligonucleotide according to claim 29, in which L of the reagent is selected from -Z-(CH 2 ) 3-6 -O-, -Z-(CH 2 ) a -[(Ar) b -(CH 2 ) a ] c -O-, -Z-(CH 2 ) a -[C≡C-(CH 2 ) a ] c -O-, -Z-(CH 2 ) a -[C≡C-(Ar) b ] c - (CH 2 ) a -O-, -Z-(CH 2 ) d -NH-C(O)-[(CH 2 ) a -(Ar)-(CH 2 ) a -C(O)-NH] c -(CH 2 ) d -O- and -Z-[CH 2 (CH 2 ) e O] f -CH 2 (CH 2 ) e O-, where: каждый Z независимо от других представляет собой часть связи, вносимую функциональной группой Fz;each Z, independently of the others, is a bond portion contributed by the functional group F z ; каждый а независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 0 до 4;each a, independently of the others, is an integer in the range 0 to 4; каждый b независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 2;each b, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 2; каждый c независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 5;each c, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 5; каждый d независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;each d, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; каждый е независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 4;each e, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 4; каждый f независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10; иeach f, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; and каждый Ar независимо от других представляет собой необязательно замещенную моноциклическую или полициклическую циклоалкиленовую, циклогетероалкиленовую, ариленовую или гетероариленовую группу.each Ar independently of the others is an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkylene, arylene or heteroarylene group. 75. Олигонуклеотид по п. 74, в котором каждый Ar в L, независимо от других, представляет собой группу, производную от циклогексана, пиперазина, бензола, нафталина, фенола, фурана, пиридина, пиперидина, имидазола, пирролидина или оксадизола.75. The oligonucleotide of claim 74, wherein each Ar in L, independently of the others, is a group derived from cyclohexane, piperazine, benzene, naphthalene, phenol, furan, pyridine, piperidine, imidazole, pyrrolidine, or oxadisole. 76. Олигонуклеотид по п. 29, в котором реагент дополнительно содержит подходящим образом защищенный маркер синтеза, содержащий реакционноспособную группу, выбранную из группы, состоящей из амино, гидроксила, тиола и альдегида, и защитную группу, сконфигурированную а) быть удаленной для обеспечения реакционноспособной группы для присоединения дополнительных фрагментов молекул в ходе синтеза олигонуклеотида или б) быть стабильной в ходе синтеза олигонуклеотида и быть удаленной после синтеза олигонуклеотида для обеспечения реакционноспособной группы для присоединения дополнительных фрагментов молекул.76. The oligonucleotide of claim 29, wherein the reagent further comprises a suitably protected synthesis marker comprising a reactive group selected from the group consisting of amino, hydroxyl, thiol, and aldehyde, and a protecting group configured to a) be removed to provide a reactive group to attach additional molecular fragments during oligonucleotide synthesis; or b) be stable during oligonucleotide synthesis and be removed after oligonucleotide synthesis to provide a reactive group for the addition of additional molecular fragments. 77. Олигонуклеотид по п. 76, в котором реагент представляет собой соединение структурной Формулы (VIII):77. The oligonucleotide according to claim 76, in which the reagent is a compound of structural Formula (VIII):
Figure 00000029
,
Figure 00000029
, где Rk представляет собой неустойчивую к кислотам защитную группу, каждый L представляет собой, независимо от другого, необязательный линкер, LM представляет собой фрагмент-метку, а PEP представляет собой группу предшественника сложного фосфатного эфира.where R k is an acid-labile protecting group, each L is, independently of the other, an optional linker, LM is a tag moiety, and PEP is a phosphate ester precursor group. 78. Олигонуклеотид по п. 76, в котором реагент представляет собой соединение структурной Формулы (IX):78. The oligonucleotide according to claim 76, in which the reagent is a compound of structural Formula (IX):
Figure 00000030
Figure 00000030
 где Rk представляет собой неустойчивую к кислотам защитную группу.where R k is an acid-labile protecting group. 79. Олигонуклеотид по п. 78, в котором реагент представляет собой соединение структурной Формулы (IX.1):79. The oligonucleotide according to claim 78, in which the reagent is a compound of structural Formula (IX.1):
Figure 00000031
Figure 00000031
 где -Z- представляет собой часть связи, вносимую функциональной группой Fz, каждый Sp1, Sp2 и Sp3, которые могут быть одинаковыми или разными, представляет собой спейсерные фрагменты молекул, а G представляет собой CH, N или группу, включающую арилен, фенилен, гетероарилен, низший циклоалкилен, циклогексилен и/или низший циклогетероалкилен.where -Z- is the bond portion introduced by the functional group F z , each Sp 1 , Sp 2 and Sp 3 , which may be the same or different, are spacer fragments of the molecules, and G is CH, N or a group including arylene , phenylene, heteroarylene, lower cycloalkylene, cyclohexylene and/or lower cycloheteroalkylene. 80. Олигонуклеотид по п. 79, в котором каждый из Sp1, Sp2 и Sp3 независимо друг от друга выбран из алкиленовой цепи, содержащей от 1 до 10 атомов углерода, -(CH2)a-[(Ar)b-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(Ar)b]c-(CH2)a-, -(CH2)d-NH-C(O)-[(CH2)a-(Ar)-(CH2)a-C(O)-NH]c-(CH2)d- and -[CH2(CH2)eO]f-CH2(CH2)-, где каждый a представляет собой, независимо от других, целое число в диапазоне от 0 до 4;80. The oligonucleotide according to claim 79, in which each of Sp 1 , Sp 2 and Sp 3 is independently selected from an alkylene chain containing from 1 to 10 carbon atoms, -(CH 2 ) a -[(Ar) b - (CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(Ar) b ] c -( CH 2 ) a -, -(CH 2 ) d -NH-C(O)-[(CH 2 ) a -(Ar)-(CH 2 ) a -C(O)-NH] c -(CH 2 ) d - and -[CH 2 (CH 2 ) e O] f -CH 2 (CH 2 )-, where each a is, independently of the others, an integer in the range from 0 to 4; каждый b независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 2;each b, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 2; каждый c независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 5;each c, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 5; каждый d независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;each d, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; каждый е независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 4;each e, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 4; каждый f независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10; иeach f, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; and Ar независимо от других представляет собой необязательно замещенную моноциклическую или полициклическую циклоалкиленовую, циклогетероалкиленовую, ариленовую или гетероариленовую группу.Ar, independently of the others, is an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkylene, arylene or heteroarylene group. 81. Олигонуклеотид по п. 76, в котором реагент представляет собой соединение структурной Формулы (IX.2), (IX.3), (IX.4) или (IX.5):81. The oligonucleotide according to claim 76, in which the reagent is a compound of structural Formula (IX.2), (IX.3), (IX.4) or (IX.5):
Figure 00000032
Figure 00000032
 где B представляет собой защищенное подходящим образом азотистое основание, L2 представляет собой линкер, связывающий фрагмент-метку LM с азотистым основанием B, и в структуре (IX.4) R16 представляет собой защитную группу; иwhere B is a suitably protected nitrogenous base, L 2 is a linker linking the LM tag fragment to the nitrogenous base of B, and in structure (IX.4) R 16 is a protecting group; and азотистое основание выбрано из аденина, 7-дезазагуанина, гуанина, цитозина, урацила, тимина, инозина, ксантена и гипоксантена.the nitrogenous base is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene and hypoxanthene. 82. Олигонуклеотид по п. 81, в котором B реагента выбран из AiBu, APac, CAc, GiPr-Pac, T и U.82. The oligonucleotide of claim 81, wherein reagent B is selected from A iBu , A Pac , C Ac , G iPr-Pac , T and U. 83. Олигонуклеотид по п. 81, в котором L2 реагента выбран из -C≡C-CH2-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH2-NH-C(O)-(CH2)1-6-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH2)1-6-NH-C(O)-, -C=CH-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-C≡C-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-C≡C-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH- и -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, где Ar представляет собой, независимо от других, необязательно замещенную моноциклическую или полициклическую циклоалкиленовую, циклогетероалкиненовую, ариленовую или гетероариленовую группу.83. The oligonucleotide according to claim 81, in which L 2 of the reagent is selected from -C≡C-CH 2 -NH-, -C≡CC(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C( O)-, -C≡C-CH 2 -NH-C(O)-(CH 2 ) 1-6 -NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH 2 ) 1-6 - NH-C(O)-, -C=CH-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡CC≡C-CH 2 -O- CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -C≡C-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH- and -C≡C- (Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, where Ar is, independently of the others, optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkynene, arylene or heteroarylene group. 84. Олигонуклеотид по п. 29, в котором группа PEP включает фосфорамидитную группу и H-фосфонатную группу.84. The oligonucleotide of claim 29, wherein the PEP group includes a phosphoramidite group and an H-phosphonate group. 85. Олигонуклеотид по п. 84, в котором группа предшественника сложного фосфатного эфира включает фосфорамидит Формулы (P.1):85. The oligonucleotide of claim 84, wherein the phosphate ester precursor group comprises a phosphoramidite of Formula (P.1): где:where: R20 выбран из линейного, разветвленного или циклического насыщенного или ненасыщенного алкила, содержащего от 1 до 10 атомов углерода, 2-цианоэтила, арила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и арилалкила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и от 1 до 10 атомов углерода алкилена; иR 20 is selected from linear, branched or cyclic saturated or unsaturated alkyl having 1 to 10 carbon atoms, 2-cyanoethyl, aryl having 6 to 10 cycle carbon atoms, and arylalkyl having 6 to 10 cycle carbon atoms, and from 1 to 10 carbon atoms of alkylene; and каждый R21 и R22, независимо друг от друга, выбран из линейного, разветвленного или циклического, насыщенного или ненасыщенного алкила, содержащего от 1 до 10 атомов углерода, арила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и арилалкила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и от 1 до 10 атомов углерода алкилена, или, в альтернативном варианте, R21 и R22 вместе с атомом азота, с которым они связаны, образуют насыщенное или ненасыщенное кольцо, содержащее от 5 до 6 циклообразующих атомов, один или два из которых, помимо проиллюстрированного атома азота, могут быть гетероатомом, выбранным из O, N и S.each R 21 and R 22 , independently of each other, is selected from linear, branched or cyclic, saturated or unsaturated alkyl containing from 1 to 10 carbon atoms, aryl containing from 6 to 10 ring-forming carbon atoms, and arylalkyl containing from 6 up to 10 ring-forming carbon atoms, and from 1 to 10 carbon atoms of alkylene, or, alternatively, R 21 and R 22 together with the nitrogen atom to which they are attached, form a saturated or unsaturated ring containing from 5 to 6 ring-forming atoms, one or two of which, in addition to the illustrated nitrogen atom, may be a heteroatom selected from O, N and S. 86. Олигонуклеотид по п. 84, в котором R20 представляет собой бета-цианоэтил, а каждый из R21 и R22 представляет собой изопропил.86. The oligonucleotide of claim 84 wherein R 20 is beta-cyanoethyl and R 21 and R 22 are each isopropyl. 87. Олигонуклеотид по п. 86, в котором маркер синтеза имеет формулу -ORk, где Rk представляет собой неустойчивую к кислотам защитную группу.87. The oligonucleotide of claim 86, wherein the synthesis marker has the formula -OR k , where R k is an acid-labile protecting group. 88. Олигонуклеотид по п. 87, в котором неустойчивая к кислотам защитная группа выбрана из группы, состоящей из трифенилметила (тритила), 4-монометокситритила, 4,4'-диметокситритила, 4,4',4''-триметокситритила, бис(п-анизил)фенилметила, нафтилдифенилметила, п-(п'-бромфенацилокси)фенилдифенилметила, 9-антрила, 9-(9-фенил)ксантенила и 9-(9-фенил-10-оксо)антрила.88. The oligonucleotide of claim 87 wherein the acid-labile protecting group is selected from the group consisting of triphenylmethyl (trityl), 4-monomethoxytrityl, 4,4'-dimethoxytrityl, 4,4',4''-trimethoxytrityl, bis( p-anisyl)phenylmethyl, naphthyldiphenylmethyl, p-(p'-bromophenacyloxy)phenyldiphenylmethyl, 9-anthryl, 9-(9-phenyl)xanthenyl and 9-(9-phenyl-10-oxo)anthryl. 89. Реагент, используемый для мечения олигонуклеотида, который представляет собой соединение структурной Формулы:89. Reagent used for labeling an oligonucleotide, which is a compound of the structural Formula:
Figure 00000033
,
Figure 00000033
, где LM представляет собой фрагмент-метку, который содержит N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы, PEP представляет собой группу предшественника сложного фосфатного эфира, которая включает фосфорамидитную группу или H-фосфонатную группу, и L представляет собой необязательный линкер, связывающий фрагмент-метку с группой предшественника сложного фосфатного эфира, в которой N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет Формулу,where LM is a tag moiety that contains an N-protected NH-rhodamine moiety, PEP is a phosphate ester precursor group that includes a phosphoramidite group or an H-phosphonate group, and L is an optional linker linking the tag moiety to a phosphate ester precursor group in which the N-protected NH-rhodamine moiety of the molecule has the Formula,
Figure 00000001
Figure 00000001
 где каждый R1, R2, R3, R6, R8, R11, R12, R13 и R14, взятый отдельно, независимо друг от друга выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb или -(CH2)n-Rb; и один из R2, R3, R7, R8, R12 или R13 включает группу формулы -Y-, где Y выбран из группы, состоящей из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-; или, в альтернативном варианте, R1 и R2 вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную бензогруппу;where each R 1 , R 2 , R 3 , R 6 , R 8 , R 11 , R 12 , R 13 and R 14 taken separately, is independently selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl , (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, -R b or -(CH2) n -R b ; and one of R 2 , R 3 , R 7 , R 8 , R 12 or R 13 includes a group of formula -Y-, where Y is selected from the group consisting of -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-; or, alternatively, R 1 and R 2 together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted benzo group; R4 выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила или 6-20-членного гетероарилалкила;R 4 is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, or 6-20 membered heteroarylalkyl; каждый из R5 и R10 независимо представляет собой Н или защитную группу;each of R 5 and R 10 independently represents H or a protective group; причем n представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;and n is an integer in the range from 1 to 10; причем каждый Ra, независимо от других, выбран из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, -CX3 и 6-20-членного гетероарилалкила;each R a , independently of the others, is selected from lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, -CX 3 and 6-20 membered heteroarylalkyl; где Rb выбран из -X, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRcX-, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила,-P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc;where R b is selected from -X, -OH, -OR a -SH, -SR a -NH 2 , -NHR a -NR c R c , -N + R c R c R c X - , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O) (OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, -S(O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(S)NH 2 , - C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH)NHR a and -C(NH)NR c R c ; каждый Rc, независимо от других, представляет собой Ra, или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое может необязательно содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из О, N и S;each R c , independently of the others, is R a , or, alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom, together with this nitrogen atom, can form a 5-8-membered saturated or unsaturated ring, which may optionally contain one or more of the same or different ring-forming heteroatoms selected from O, N and S; каждый Rd и Re, взятый отдельно, независимо друг от друга, выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, -Rb или -(CH2)n-Rb;each R d and R e taken separately, independently of each other, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14-membered heteroaryl, 6-20-membered heteroarylalkyl, -R b or -(CH2) n -R b ; X представляет собой галоген; иX is halogen; and n представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10.n is an integer in the range 1 to 10. 90. Реагент по п. 89, в котором L реагента выбран из -Z-(CH2)3-6-O-, -Z-(CH2)a-[(Ar)b-(CH2)a]c-O-, -Z-(CH2)a-[C≡C-(CH2)a]c-O-, -Z-(CH2)a-[C≡C-(Ar)b]c-(CH2)a-O-, -Z-(CH2)d-NH-C(O)-[(CH2)a-(Ar)-(CH2)a-C(O)-NH]c-(CH2)d-O- и -Z-[CH2(CH2)eO]f-CH2(CH2)eO-, где:90. The reagent of claim 89 wherein L of the reagent is selected from -Z-(CH 2 ) 3-6 -O-, -Z-(CH 2 ) a -[(Ar) b -(CH 2 ) a ] c -O-, -Z-(CH 2 ) a -[C≡C-(CH 2 ) a ] c -O-, -Z-(CH 2 ) a -[C≡C-(Ar) b ] c - (CH 2 ) a -O-, -Z-(CH 2 ) d -NH-C(O)-[(CH 2 ) a -(Ar)-(CH 2 ) a -C(O)-NH] c -(CH 2 ) d -O- and -Z-[CH 2 (CH 2 ) e O] f -CH 2 (CH 2 ) e O-, where: каждый Z независимо от других представляет собой часть связи, вносимую функциональной группой Fz;each Z, independently of the others, is a bond portion contributed by the functional group F z ; каждый а независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 0 до 4;each a, independently of the others, is an integer in the range 0 to 4; каждый b независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 2;each b, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 2; каждый c независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 5;each c, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 5; каждый d независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;each d, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; каждый е независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 4;each e, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 4; каждый f независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10; иeach f, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; and каждый Ar независимо от других представляет собой необязательно замещенную моноциклическую или полициклическую циклоалкиленовую, циклогетероалкиленовую, ариленовую или гетероариленовую группу.each Ar independently of the others is an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkylene, arylene or heteroarylene group. 91. Реагент по п. 89, в котором каждый Ar в L, независимо от других, представляет собой группу, производную от циклогексана, пиперазина, бензола, нафталина, фенола, фурана, пиридина, пиперидина, имидазола, пирролидина или оксадизола.91. The reagent of claim 89, wherein each Ar in L, independently of the others, is a group derived from cyclohexane, piperazine, benzene, naphthalene, phenol, furan, pyridine, piperidine, imidazole, pyrrolidine, or oxadisole. 92. Реагент по п. 89, который представляет собой соединение структурной Формулы (VII.1):92. The reagent according to item 89, which is a compound of structural Formula (VII.1): где B представляет собой защищенное подходящим образом азотистое основание, а L2 представляет собой линкер, связывающий азотистое основание B с фрагментом-меткой LM.where B is a suitably protected nitrogenous base, and L 2 is a linker that binds the nitrogenous base B to the LM label moiety. 93. Реагент по п. 92, в котором азотистое основание выбрано из аденина, 7-дезазагуанина, гуанина, цитозина, урацила, тимина, инозина, ксантена и гипоксантена.93. The reagent of claim 92, wherein the nitrogenous base is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene, and hypoxanthene. 94. Реагент по п. 93, в котором B выбран из AiBu, APac, CAc, GiPr-Pac, T и U.94. The reagent of claim 93 wherein B is selected from A iBu , A Pac , C Ac , G iPr-Pac , T and U. 95. Реагент по п. 92, в котором L2 выбран из -C≡C-CH2-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH2-NH-C(O)-(CH2)1-6-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH2)1-6-NH-C(O)-, -C≡CH-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-C≡C-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-C≡C-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH- и -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, где Ar определен по п. 90.95. Reagent according to claim 92, in which L 2 is selected from -C≡C-CH 2 -NH-, -C≡CC(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O )-, -C≡C-CH 2 -NH-C(O)-(CH 2 ) 1-6 -NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH 2 ) 1-6 -NH -C(O)-, -C≡CH-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡CC≡C-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -C≡C-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH- and -C≡C-( Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, where Ar is defined according to clause 90. 96. Реагент по п. 92, в котором -B-L2- выбран из группы, состоящей из96. The reagent according to claim 92, in which -BL 2 - is selected from the group consisting of
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000036
Figure 00000036
 97. Реагент по п. 90, дополнительно содержащий соответственно защищенный маркер синтеза.97. Reagent according to claim 90, additionally containing an appropriately protected synthesis marker. 98. Реагент по п. 97, имеющий Формулу (VIII):98. Reagent according to claim 97, having Formula (VIII):
Figure 00000037
,
Figure 00000037
, где Rk представляет собой неустойчивую к кислотам защитную группу, каждый L представляет собой, независимо от другого, необязательный линкер, LM представляет собой фрагмент-метку, а PEP представляет собой группу предшественника сложного фосфатного эфира.where R k is an acid-labile protecting group, each L is, independently of the other, an optional linker, LM is a tag moiety, and PEP is a phosphate ester precursor group. 99. Реагент по п. 97, который представляет собой соединение структурной Формулы (IX):99. The reagent according to claim 97, which is a compound of structural Formula (IX):
Figure 00000038
Figure 00000038
 где Rk представляет собой неустойчивую к кислотам защитную группу.where R k is an acid-labile protecting group. 100. Реагент по п. 99, который представляет собой соединение структурной Формулы (IX.1):100. The reagent according to item 99, which is a compound of structural Formula (IX.1):
Figure 00000039
Figure 00000039
 где -Z- представляет собой часть связи, вносимую функциональной группой Fz, каждый Sp1, Sp2 и Sp3, которые могут быть одинаковыми или разными, представляет собой спейсерные фрагменты молекул, а G представляет собой CH, N или группу, включающую арилен, фенилен, гетероарилен, низший циклоалкилен, циклогексилен и/или низший циклогетероалкилен.where -Z- is the bond portion introduced by the functional group F z , each Sp 1 , Sp 2 and Sp 3 , which may be the same or different, are spacer fragments of the molecules, and G is CH, N or a group including arylene , phenylene, heteroarylene, lower cycloalkylene, cyclohexylene and/or lower cycloheteroalkylene. 101. Реагент по п. 100, в котором каждый из Sp1, Sp2 и Sp3 независимо друг от друга выбран из алкиленовой цепи, содержащей от 1 до 10 атомов углерода, -(CH2)a-[(Ar)b-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(Ar)b]c-(CH2)a-, -(CH2)d-NH-C(O)-[(CH2)a-(Ar)-(CH2)a-C(O)-NH]c-(CH2)d- и -[CH2(CH2)eO]f-CH2(CH2)-, где каждый a представляет собой, независимо от других, целое число в диапазоне от 0 до 4;101. The reagent according to claim 100, in which each of Sp 1 , Sp 2 and Sp 3 is independently selected from an alkylene chain containing from 1 to 10 carbon atoms, -(CH 2 ) a -[(Ar) b - (CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(Ar) b ] c -( CH 2 ) a -, -(CH 2 ) d -NH-C(O)-[(CH 2 ) a -(Ar)-(CH 2 ) a -C(O)-NH] c -(CH 2 ) d - and -[CH 2 (CH 2 ) e O] f -CH 2 (CH 2 )-, where each a is, independently of the others, an integer in the range from 0 to 4; каждый b независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 2;each b, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 2; каждый c независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 5;each c, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 5; каждый d независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10;each d, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; каждый е независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 4;each e, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 4; каждый f независимо от других представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10; и Ar независимо от других представляет собой необязательно замещенную моноциклическую или полициклическую циклоалкиленовую, циклогетероалкиленовую, ариленовую или гетероариленовую группу.each f, independently of the others, is an integer in the range from 1 to 10; and Ar, independently of the others, is an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkylene, arylene, or heteroarylene group. 102. Реагент по п. 99, в котором реагент представляет собой соединение структурной Формулы (IX.2), (IX.3), (IX.4) или (IX.5):102. The reagent according to claim 99, in which the reagent is a compound of structural Formula (IX.2), (IX.3), (IX.4) or (IX.5):
Figure 00000040
Figure 00000040
Figure 00000041
Figure 00000041
 где B представляет собой защищенное подходящим образом азотистое основание, L2 представляет собой линкер, связывающий фрагмент-метку LM с азотистым основанием B, и в структуре (IX.4) R16 представляет собой защитную группу.where B is a suitably protected nitrogenous base, L 2 is a linker linking the LM tag fragment to the nitrogenous base of B, and in structure (IX.4) R 16 is a protecting group. 103. Реагент по п. 102, в котором азотистое основание выбрано из аденина, 7-дезазагуанина, гуанина, цитозина, урацила, тимина, инозина, ксантена и гипоксантена.103. The reagent of claim 102, wherein the nitrogenous base is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene, and hypoxanthene. 104. Реагент по п. 103, в котором B реагента выбран из AiBu, APac, CAc, GiPr-Pac, T и U.104. The reagent of claim 103, wherein B of the reagent is selected from A iBu , A Pac , C Ac , G iPr-Pac , T and U. 105. Реагент по п. 102, в котором L2 реагента выбран из -C≡C-CH2-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH2-NH-C(O)-(CH2)1-6-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH2)1-6-NH-C(O)-, -C=CH-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-C≡C-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-C≡C-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH- и -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, где Ar представляет собой, независимо от других, необязательно замещенную моноциклическую или полициклическую циклоалкиленовую, циклогетероалкиненовую, ариленовую или гетероариленовую группу.105. Reagent according to claim 102, in which L 2 of the reagent is selected from -C≡C-CH 2 -NH-, -C≡CC(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C( O)-, -C≡C-CH 2 -NH-C(O)-(CH 2 ) 1-6 -NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH 2 ) 1-6 - NH-C(O)-, -C=CH-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡CC≡C-CH 2 -O- CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -C≡C-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH- and -C≡C- (Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, where Ar is, independently of the others, optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkynene, arylene or heteroarylene group. 106. Реагент по п. 102, в котором -B-L2- выбран из группы, состоящей из106. The reagent according to claim 102, in which -BL 2 - is selected from the group consisting of
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000042
Figure 00000042
 107. Реагент по любому из пп. 90-106, в котором группа предшественника сложного фосфатного эфира включает фосфорамидитную группу и H-фосфонатную группу.107. The reagent according to any one of paragraphs. 90-106, wherein the phosphate ester precursor group includes a phosphoramidite group and an H-phosphonate group. 108. Реагент по п. 107, в котором группа предшественника сложного фосфатного эфира включает фосфорамидит Формулы (P.1):108. The reagent of claim 107, wherein the phosphate ester precursor group comprises a phosphoramidite of Formula (P.1):
Figure 00000043
Figure 00000043
 гдеwhere R20 выбран из линейного, разветвленного или циклического насыщенного или ненасыщенного алкила, содержащего от 1 до 10 атомов углерода, 2-цианоэтила, арила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и арилалкила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и от 1 до 10 атомов углерода алкилена; иR 20 is selected from linear, branched or cyclic saturated or unsaturated alkyl having 1 to 10 carbon atoms, 2-cyanoethyl, aryl having 6 to 10 cycle carbon atoms, and arylalkyl having 6 to 10 cycle carbon atoms, and from 1 to 10 carbon atoms of alkylene; and каждый R21 и R22, независимо друг от друга, выбран из линейного, разветвленного или циклического, насыщенного или ненасыщенного алкила, содержащего от 1 до 10 атомов углерода, арила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода, и арилалкила, содержащего от 6 до 10 циклообразующих атомов углерода и от 1 до 10 атомов углерода акилена, или, в альтернативном варианте, R21 и R22 вместе с атомом азота, с которым они связаны, образуют насыщенное или ненасыщенное кольцо, содержащее от 5 до 6 циклообразующих атомов, один или два из которых, помимо проиллюстрированного атома азота, могут представлять собой гетероатом, выбранный из O, N и S.each R 21 and R 22 , independently of each other, is selected from linear, branched or cyclic, saturated or unsaturated alkyl containing from 1 to 10 carbon atoms, aryl containing from 6 to 10 ring-forming carbon atoms, and arylalkyl containing from 6 up to 10 ring-forming carbon atoms and from 1 to 10 carbon atoms of alkylene, or alternatively, R 21 and R 22 together with the nitrogen atom to which they are attached form a saturated or unsaturated ring containing from 5 to 6 ring-forming atoms, one or two of which, in addition to the nitrogen atom illustrated, may be a heteroatom selected from O, N, and S. 109. Реагент по п. 108, в котором R20 представляет собой бета-цианоэтил, а каждый из R21 и R22 представляет собой изопропил.109. The reagent of claim 108, wherein R 20 is beta-cyanoethyl and R 21 and R 22 are each isopropyl. 110. Реагент по п. 89, в котором дополнительно содержит твердый носитель и надлежащим образом защищенный маркер синтеза.110. The reagent of claim 89, which further comprises a solid support and a suitably protected synthesis marker. 111. Реагент по п. 107, который представляет собой соединение структурной Формулы (X):111. The reagent according to item 107, which is a compound of the structural Formula (X):
Figure 00000044
Figure 00000044
 где LM представляет собой фрагмент-метку, L представляет собой необязательный селективно отщепляемый линкер, и Rk представляет собой неустойчивую к кислотам защитную группу.where LM is a tag moiety, L is an optional selectively cleavable linker, and R k is an acid-labile protecting group. 112. Реагент по п. 111, который представляет собой соединение структурной Формулы (X.1):112. The reagent according to item 111, which is a compound of structural Formula (X.1):
Figure 00000045
Figure 00000045
 где Z, G, Sp1, Sp2 и W ранее определены в п. 14, и Sp4 представляет собой селективно отщепляемый спейсерный фрагмент молекулы.where Z, G, Sp 1 , Sp 2 and W were previously defined in paragraph 14, and Sp 4 is a selectively cleavable spacer fragment of the molecule. 113. Реагент по п. 107, в котором каждый из Sp1 и Sp2 независимо друг от друга выбран из алкиленовой цепи, содержащей от 1 до 10 атомов углерода, -(CH2)a-[(Ar)b-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(Ar)b]c-(CH2)a-, -(CH2)d-NH-C(O)-[(CH2)a-(Ar)-(CH2)a-C(O)-NH]c-(CH2)d- и [CH2(CH2)eO]f-CH2(CH2)-, где a, b, c, d, e, f и Ar определены в п. 4, а Sp4 содержит сложноэфирную связь.113. The reagent according to claim 107, in which each of Sp 1 and Sp 2 is independently selected from an alkylene chain containing from 1 to 10 carbon atoms, -(CH 2 ) a -[(Ar) b -(CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(Ar) b ] c -(CH 2 ) a -, -(CH 2 ) d -NH-C(O)-[(CH 2 ) a -(Ar)-(CH 2 ) a -C(O)-NH] c -(CH 2 ) d - and [CH 2 (CH 2 ) e O] f -CH 2 (CH 2 )-, where a, b, c, d, e, f and Ar are defined in paragraph 4, and Sp 4 contains an ester bond. 114. Реагент по п. 111, который представляет собой соединение структурной Формулы (X.2), (X.3), (X.4) или (X.5):114. The reagent according to claim 111, which is a compound of structural Formula (X.2), (X.3), (X.4) or (X.5):
Figure 00000046
Figure 00000046
 где B, L2 и R16 ранее определены в п. 16.where B, L 2 and R 16 are previously defined in clause 16. 115. Реагент по п. 114, в котором азотистое основание выбрано из аденина, 7-дезазагуанина, гуанина, цитозина, урацила, тимина, инозина, ксантена и гипоксантена.115. The reagent of claim 114, wherein the nitrogenous base is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene, and hypoxanthene. 116. Реагент по п. 114, в котором B выбран из AiBu, APac, CAc, GiPr-Pac и U.116. The reagent of claim 114 wherein B is selected from A iBu , A Pac , C Ac , G iPr-Pac and U. 117. Реагент по п. 114, в котором L2 выбран из группы, состоящей из -C≡C-CH2-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH2-NH-C(O)-(CH2)1-6-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH2)1-6-NH-C(O)-, -C≡CH-CH2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-C≡C-CH2-O-CH2CH2[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-C≡C-CH2-O-CH2CH2[O-CH2CH2]0-6-NH-, -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2[O-CH2CH2]0-6-NH- и -C≡C-(Ar)1-2-O-CH2CH2-[O-CH2CH2]0-6-NH-, где Ar определен в п. 4.117. Reagent according to claim 114, in which L 2 is selected from the group consisting of -C≡C-CH 2 -NH-, -C≡CC(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH -C(O)-, -C≡C-CH 2 -NH-C(O)-(CH 2 ) 1-6 -NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH 2 ) 1 -6 -NH-C(O)-, -C≡CH-CH 2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡CC≡C-CH 2 -O-CH 2 CH 2 [O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -C≡C-CH 2 -O-CH 2 CH 2 [O- CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, -C≡C-(Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 [O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH- and -C≡C- (Ar) 1-2 -O-CH 2 CH 2 -[O-CH 2 CH 2 ] 0-6 -NH-, where Ar is defined in paragraph 4. 118. Реагент по п. 114, в котором -B-L2- выбран из118. The reagent according to claim 114, in which -BL 2 - is selected from
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000047
Figure 00000047
 119. Реагент по любому из пп. 98-118, в котором Rk представляет собой 4',4''-диметокситритил.119. The reagent according to any one of paragraphs. 98-118, in which R k is 4',4''-dimethoxytrityl. 120. Реагент по любому из пп. 89-119, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы содержит структуру, выбранную из структурной Формулы:120. The reagent according to any one of paragraphs. 89-119, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule contains a structure selected from the structural Formula:
Figure 00000048
Figure 00000048
 где каждый из R5 и R10, независимо друг от друга, выбран из водорода или защитной группы.where each of R 5 and R 10 , independently of each other, is selected from hydrogen or a protective group. 121. Реагент по пп. 89-119, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы содержит структуру, выбранную из структурных Формул:121. Reagent according to paragraphs. 89-119, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule contains a structure selected from the structural Formulas:
Figure 00000049
или
Figure 00000012
Figure 00000049
or
Figure 00000012
 где R1 -R14 и Y ранее определены.where R 1 -R 14 and Y previously defined. 122. Реагент по п. 120 или 121, в котором N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы имеет один или более применимых признаков, выбранных из:122. The reagent according to claim 120 or 121, in which the N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule has one or more applicable features selected from: (i) Y выбран из -C(O)-, -S(O)2-, -S- и -NH-;(i) Y is selected from -C(O)-, -S(O) 2 -, -S- and -NH-; (ii) каждый R11 и R14 представляет собой хлор;(ii) each R 11 and R 14 represents chlorine; (iii) каждый R1 и R6 представляет собой водород;(iii) each R 1 and R 6 represents hydrogen; (iv) R1 и R2, взятые вместе, образуют бензогруппу;(iv) R 1 and R 2 taken together form a benzo group; (v) R2 представляет собой водород или низший алкил; и(v) R 2 is hydrogen or lower alkyl; and (vi) R5 представляет собой защитную группу.(vi) R 5 is a protecting group. 123. Реагент по пп. 89-122, в котором R5 представляет собой ацильную группу формулы -C(O)R15, где R15 выбран из водорода, низшего алкила, метила, -CX3, -CHX2, -CH2X, -CH2ORd и фенила, необязательно монозамещенного низшим алкилом, метилом, -X, -ORd, циано или нитрогруппой, где Rd выбран из низшего алкила, фенила и пиридила, и каждый X представляет собой галогеновую группу.123. Reagent according to paragraphs. 89-122, in which R 5 represents an acyl group of the formula -C(O)R 15 where R 15 is selected from hydrogen, lower alkyl, methyl, -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X, -CH 2 OR d and phenyl optionally monosubstituted with lower alkyl, methyl, -X, -OR d , cyano or nitro, where R d is selected from lower alkyl, phenyl and pyridyl and each X is a halogen group. 124. Реагент по п. 123, в котором R15 выбран из метила и трифторметила.124. Reagent according to claim 123, in which R 15 is selected from methyl and trifluoromethyl. 125. Реагент по любому из пп. 89-124, в котором фрагмент-метка дополнительно включает включает донорный и/или акцепторный фрагмент молекулы для N-защищенного NH-родаминового фрагмента молекулы.125. The reagent according to any one of paragraphs. 89-124, wherein the label moiety further comprises a donor and/or acceptor moiety for the N-protected NH-rhodamine moiety. 126. Реагент по любому из пп. 89-124, в котором фрагмент-метка дополнительно включает донорный фрагмент молекулы для N-защищенного NH-родаминового фрагмента молекулы.126. The reagent according to any one of paragraphs. 89-124, wherein the tag moiety further includes a donor moiety for an N-protected NH-rhodamine moiety. 127. Реагент по п. 126, в котором донорный фрагмент молекулы включает N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы или O-защищенный флуоресцеиновый фрагмент молекулы.127. The reagent of claim 126, wherein the donor molecule comprises an N-protected NH-rhodamine molecule or an O-protected fluorescein molecule. 128. Реагент по п. 127, в котором положение 2'-, 2''-, 4'-, 5'-, 7'-, 7''-, 5- или 6 донорного фрагмента молекулы связано с R3, R12 или R13 N-защищенного NH-родаминового фрагмента молекулы.128. The reagent according to claim 127, in which the position 2'-, 2''-, 4'-, 5'-, 7'-, 7''-, 5- or 6 of the donor fragment of the molecule is associated with R 3 , R 12 or R 13 N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule. 129. Реагент по п. 128, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом голова к голове.129. The reagent of claim 128, wherein the donor molecule fragment and the N-protected NH-rhodamine molecule fragment are linked head to head. 130. Реагент по п. 128, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом голова к хвосту.130. The reagent of claim 128, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked head to tail. 131. Реагент по п. 128, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом хвост к хвосту.131. The reagent of claim 128, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked tail to tail. 132. Реагент по п. 128, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом сторона к стороне.132. The reagent of claim 128, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked side to side. 133. Реагент по п. 128, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом сторона к голове.133. The reagent of claim 128, wherein the donor molecule fragment and the N-protected NH-rhodamine molecule fragment are linked to each other side to the head. 134. Реагент по п. 128, в котором донорный фрагмент молекулы и N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы связаны друг с другом сторона к хвосту.134. The reagent of claim 128, wherein the donor molecule fragment and the N-protected NH-rhodamine molecule fragment are linked to each other side to tail. 135. Реагент по п. 128, в котором фрагмент-метка имеет структурную Формулу (VI):135. The reagent according to claim 128, in which the label fragment has the structural Formula (VI):
Figure 00000050
,
Figure 00000050
, где A представляет собой N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы, D представляет собой донорный фрагмент молекулы, Z1 и Z2, которые могут быть одинаковыми или разными, представляют собой части связей, вносимые линкерными фрагментами молекулы, содержащими функциональную группу Fz, и Sp представляет собой спейсерный фрагмент молекулы.where A is an N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule, D is a donor fragment of the molecule, Z 1 and Z 2 , which may be the same or different, represent portions of the bonds introduced by the linker fragments of the molecule containing the functional group F z , and Sp is the spacer fragment of the molecule. 136. Реагент по п. 135, в котором A представляет собой N-защищенный NH-родаминовый фрагмент молекулы, а D выбран из структурных Формул D.1, D.2, D.3, D.4, D.5, D.6, D.7, D.8, D.9, D.10, D.11 и D.12:136. The reagent according to claim 135, in which A is an N-protected NH-rhodamine fragment of the molecule, and D is selected from structural Formulas D.1, D.2, D.3, D.4, D.5, D. 6, D.7, D.8, D.9, D.10, D.11 and D.12:
Figure 00000051
Figure 00000051
Figure 00000052
Figure 00000052
Figure 00000053
Figure 00000053
Figure 00000054
Figure 00000054
Figure 00000055
Figure 00000055
Figure 00000056
Figure 00000056
Figure 00000057
Figure 00000057
Figure 00000058
Figure 00000058
Figure 00000059
Figure 00000059
Figure 00000060
Figure 00000060
Figure 00000061
Figure 00000061
Figure 00000062
Figure 00000062
 причем в каждой из D.1-D.12:and in each of D.1-D.12: каждый из R1', R2', R2'', R4', R4'', R5', R5'', R7', R7'' и R8', взятый отдельно, независимо выбран из группы, состоящей из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила, Rb и -(CH2)x-Rb, где x представляет собой целое число, имеющее значение от 1 до 10, и Rb выбран из группы, состоящей из -X, -OH, -ORa -SH, -SRa -NH2, -NHRa -NRcRc, -N+RcRcRc, низшего пергалогеналкила, тригалогенметила, трифторметила, -P(O)(OH)2, -P(O)(ORa)2, P(O)(OH)(ORa), -OP(O)(OH)2, -OP(O)(ORa)2, -OP(O)(ORa)(OH), -S(O)2OH, -S(O)2Ra, -C(O)H, -C(O)Ra, -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(S)NH2, -C(O)NHRa, -C(O)NRcRc, -C(NH)NH2, -C(NH)NHRa и -C(NH)NRcRc, где X представляет собой галоген, каждый Ra независимо выбран из группы, состоящей из низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарил и 6-20 -членного гетероарилалкила, и каждый Rc независимо представляет собой Ra, или, в альтернативном варианте, два Rc, связанные с одним и тем же атомом азота, вместе с этим атомом азота могут образовывать 5-8-членное насыщенное или ненасыщенное кольцо, которое необязательно может содержать один или более одинаковых или разных циклообразующих гетероатомов, выбранных из группы, состоящей из О, N и S;each of R 1' , R 2' , R 2'' , R 4' , R 4'' , R 5' , R 5'' , R 7' , R 7'' and R 8' taken separately, independently selected from the group consisting of hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, R b and -(CH 2 ) x -R b , where x is an integer having a value from 1 to 10, and R b is selected from the group consisting of -X, -OH, -OR a -SH, -SR a -NH 2 , -NHR a - NR c R c , -N + R c R c R c , lower perhaloalkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, -P(O)(OH) 2 , -P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH) (OR a ), -OP(O)(OH) 2 , -OP(O)(OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, -S( O) 2 R a , -C(O)H, -C(O)R a , -C(S)X, -C(O)OH, -C(O)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(S)NH 2 , -C(O)NHR a , -C(O)NR c R c , -C(NH)NH 2 , -C(NH) NHR a and -C(NH)NR c R c , where X is halogen, each R a is independently selected from the group consisting of lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5- 14-membered heteroaryl and 6-20-membered hetero arylalkyl, and each R c is independently R a , or alternatively, two R c attached to the same nitrogen atom together with this nitrogen atom may form a 5-8 membered saturated or unsaturated ring, which is optional may contain one or more identical or different ring-forming heteroatoms selected from the group consisting of O, N and S; или, в альтернативном варианте, R1' и R2' или R7' и R8' вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенный (C6-C14)-арильный мостик и/или R4' и R4'' и/или R5' и R5'' вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют бензогруппу; иor, alternatively, R 1' and R 2' or R 7' and R 8' together with the carbon atoms to which they are attached form an optionally substituted (C6-C14)-aryl bridge and/or R 4' and R 4'' and/or R 5' and R 5'' , together with the carbon atoms to which they are attached, form a benzo group; and каждый R4, R5, R6 и R7 независимо друг от друга выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 6-14-членного гетероарила, 7-20 членного гетероарилалкила, -Rb и -(CH2)x-Rb;each R 4 , R 5 , R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 6-14 membered heteroaryl, 7-20 membered heteroarylalkyl, -R b and -(CH 2 ) x -R b ; E1 выбран из группы, состоящей из -NHR9, -NR9R10 и -OR9b;E 1 is selected from the group consisting of -NHR 9 , -NR 9 R 10 and -OR 9b ; E2 выбран из группы, состоящей из -NHR9, -NR9R10 и -OR9b;E 2 is selected from the group consisting of -NHR 9 , -NR 9 R 10 and -OR 9b ; R9, взятый отдельно, выбран из водорода, низшего алкила, (C6-C14)-арила, (C7-C20)-арилалкила, 5-14-членного гетероарила, 6-20-членного гетероарилалкила; или R7 и R9 вместе с атомами, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную гетероциклоалкильную группу, необязательно замещенную гетероциклоалкенильную группу или необязательно замещенную гетероарильную группу;R 9 taken alone is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)-aryl, (C7-C20)-arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl; or R 7 and R 9 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; R10 представляет собой H или защитную группу; или R8 и R10 вместе с атомами, с которыми они связаны, образуют необязательно замещенную гетероциклоалкильную группу, необязательно замещенную гетероциклоалкенильную группу или необязательно замещенную гетероарильную группу;R 10 is H or a protecting group; or R 8 and R 10 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; R9b представляет собой R9;R 9b is R 9 ; каждый из Y1a, Y1b, Y2a, Y2b, Y3a и Y3b независимо выбран из группы, состоящей из -O-, -S-, -NH-, -C(O)- и -S(O)2,each of Y 1a , Y 1b , Y 2a , Y 2b , Y 3a and Y 3b is independently selected from the group consisting of -O-, -S-, -NH-, -C(O)- and -S(O) 2 , при условии, что когда каждый из E1 и E2 представляет собой -OR9b, тогда R1' и R2' и/или R7' и R8' только вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, могут образовывать необязательно замещенный (C6-C14)-арильный мостик.with the proviso that when each of E 1 and E 2 is -OR 9b , then R 1' and R 2' and/or R 7' and R 8' only together with the carbon atoms to which they are attached may optionally form substituted (C6-C14)-aryl bridge. 137. Реагент по п. 136, в котором D.1-D.12 имеют одну или более применимых характеристик, выбранных из:137. Reagent according to item 136, in which D.1-D.12 have one or more applicable characteristics selected from: (i) каждый Y1a, Y2a и Y3a, независимо друг от друга, выбран из -C(O)- и S(O)2-;(i) each Y 1a , Y 2a and Y 3a , independently of each other, is selected from -C(O)- and S(O) 2 -; (ii) Y1b, Y2b и Y3b представляют собой -NH-;(ii) Y 1b , Y 2b and Y 3b are -NH-; (iii) каждый R4 и R7 представляет собой хлор;(iii) each R 4 and R 7 represents chlorine; (iv) каждый из R1' и R8 представляет собой водород;(iv) each of R 1' and R 8 represents hydrogen; (v) R1' и R2' или R7' и R8', взятые вместе, образуют бензогруппу; и(v) R 1' and R 2' or R 7' and R 8' taken together form a benzo group; and (vi) каждый R2' и R7' представляет собой водород или низший алкил.(vi) each R 2' and R 7' is hydrogen or lower alkyl. 138. Реагент по п. 136, в котором Y1a, Y2a и Y3a представляют собой -NH-; Y1b, Y2b и Y3b выбраны из -C(O)- и -S(O)2-; Z1 выбран из -C(O)- и -S(O)2-; Z2 представляет собой -NH-, а Sp выбран из -(CH2)a-[(Ar)b-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(CH2)a]c-, -(CH2)a-[C≡C-(Ar)b]c-(CH2)a-, -(CH2)d-NH-C(O)-[(CH2)a-(Ar)-(CH2)a-C(O)-NH]c-(CH2)d- и -[CH2(CH2)eO]f-CH2(CH2)-, где a, b, c, d, e, f и Ar ранее определены по п. 4.138. Reagent according to item 136, in which Y 1a , Y 2a and Y 3a represent -NH-; Y 1b , Y 2b and Y 3b are selected from -C(O)- and -S(O) 2 -; Z 1 is selected from -C(O)- and -S(O) 2 -; Z 2 is -NH- and Sp is selected from -(CH 2 ) a -[(Ar) b -(CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(CH 2 ) a ] c -, -(CH 2 ) a -[C≡C-(Ar) b ] c -(CH 2 ) a -, -(CH 2 ) d -NH-C(O)-[(CH 2 ) a -(Ar)-(CH 2 ) a -C(O)-NH] c -(CH 2 ) d - and -[CH 2 (CH 2 ) e O] f -CH 2 (CH 2 )-, where a, b, c, d, e, f and Ar were previously defined in clause 4. 139. Реагент по пп. 136-138, в котором в структурных формулах D.1-D.12 R1' и R2' и/или R7' и R8' вместе с атомами углерода, с которыми они связаны, образуют бензомостик.139. Reagent according to paragraphs. 136-138, in which, in the structural formulas D.1-D.12, R 1' and R 2' and/or R 7' and R 8' together with the carbon atoms to which they are bonded form a gasoline bridge. 140. Реагент по пп. 136-139, в котором каждый из E1 и E2 представляет собой -OR9b.140. Reagent according to paragraphs. 136-139, in which each of E 1 and E 2 is -OR 9b . 141. Реагент по п. 140, в котором R9b представляет собой ацильную группу формулы -C(O)R15, где R15 представляет собой низший алкил.141. The reagent of claim 140, wherein R 9b is an acyl group of the formula -C(O)R 15 , where R 15 is lower alkyl. 142. Реагент по п. 141, в котором R15 представляет собой трет-бутил.142. Reagent according to claim 141, in which R 15 is tert-butyl. 143. Реагент по пп. 136-142, в котором R9 представляет собой ацильную группу формулы -C(O)R15, где R15 выбран из водорода, низшего алкила, метила, -CX3, -CHX2, -CH2X, -CH2ORd и фенила, необязательно монозамещенного низшим алкилом, метилом, -X, -ORd, циано или нитрогруппой, где Rd выбран из низшего алкила, фенила и пиридила, и каждый X представляет собой галогеновую группу.143. Reagent according to paragraphs. 136-142, in which R 9 represents an acyl group of the formula -C(O)R 15 where R 15 is selected from hydrogen, lower alkyl, methyl, -CX 3 , -CHX 2 , -CH 2 X, -CH 2 OR d and phenyl optionally monosubstituted with lower alkyl, methyl, -X, -OR d , cyano or nitro, where R d is selected from lower alkyl, phenyl and pyridyl and each X is a halogen group. 144. Реагент по п. 143, в котором R15 выбран из метила и трифторметила.144. Reagent according to claim 143, in which R 15 is selected from methyl and trifluoromethyl. 145. Способ одновременной амплификации и анализа множества генетических локусов, включающий:145. Method for simultaneous amplification and analysis of multiple genetic loci, including: амплификацию образца нуклеиновой кислоты множеством пар праймеров для амплификации с образованием множества продуктов амплификации, причем по меньшей мере одна из каждой пары праймеров содержит меченый нуклеотид по п. 29, причем каждый из продуктов амплификации содержит разные генетические локусы.amplifying the nucleic acid sample with a plurality of amplification primer pairs to form a plurality of amplification products, wherein at least one of each primer pair contains the labeled nucleotide of claim 29, each of the amplification products comprising a different genetic loci. 146. Способ по п. 145, в котором меченый нуклеотид по п. 29 применяется для мечения по меньшей мере трех пар праймеров.146. The method of claim 145, wherein the labeled nucleotide of claim 29 is used to label at least three primer pairs. 147. Способ по п. 146, в котором меченый нуклеотид по п. 29. применяется для мечения от трех до восьми пар праймеров.147. The method of claim 146, wherein the labeled nucleotide of claim 29 is used to label three to eight primer pairs. 148. Способ по п. 145, в котором образец нуклеиновой кислоты выделяют из цельной крови; биопсии ткани; лимфы; кости; костного мозга; зуба; кожи, например, клеток кожи, содержащихся в отпечатках пальцев; кости; зуба; околоплодных вод, содержащих клетки плаценты, и околоплодных вод, содержащих клетки плода; волос; кожи; спермы; анальных выделений; кала; мочи; вагинальных выделений; пота; слюны; мазков из буккальной полости; различных образцов окружающей среды (например, сельскохозяйственных, водных и почвенных), исследовательских образцов в целом, как правило, очищенных образцов и лизированных клеток.148. The method according to p. 145, in which the nucleic acid sample is isolated from whole blood; tissue biopsy; lymph; bones; bone marrow; tooth skin, such as skin cells contained in fingerprints; bones; tooth amniotic fluid containing placental cells and amniotic fluid containing fetal cells; hair; skin; sperm; anal secretions; feces; urine; vaginal discharge; sweat; saliva; smears from the buccal cavity; various environmental samples (eg agricultural, aquatic and soil samples), research samples in general, usually purified samples and lysed cells. 149. Набор, содержащий олигонуклеотидные праймеры для ко-амплификации набора генетических локусов по меньшей мере одного анализируемого образца нуклеиновой кислоты, в котором набор локусов может быть ко-амплифицирован, причем по меньшей мере один из праймеров содержит меченый нуклеотид по п. 29, причем праймеры находятся в одном или более контейнерах.149. A kit containing oligonucleotide primers for co-amplification of a set of genetic loci of at least one analyzed nucleic acid sample, in which the set of loci can be co-amplified, wherein at least one of the primers contains a labeled nucleotide according to claim 29, moreover, the primers are in one or more containers. 150. Набор по п. 149, в котором все олигонуклеотидные праймеры в наборе находятся в одном контейнере.150. The kit of claim 149, wherein all of the oligonucleotide primers in the kit are in the same container. 151. Набор по п. 149, дополнительно содержащий по меньшей мере один из: реагентов по меньшей мере для одной реакции мультиплексной амплификации; и контейнер, имеющий хотя бы один размерный стандарт.151. The set according to item 149, additionally containing at least one of: reagents for at least one multiplex amplification reaction; and a container having at least one dimensional standard. 152. Набор по п. 149, в котором по меньшей мере один из олигонуклеотидных праймеров содержит меченый нуклеотид, причем меченый нуклеотид имеет спектральные свойства, отличные от меченого нуклеотида по п. 29.152. The kit according to claim 149, in which at least one of the oligonucleotide primers contains a labeled nucleotide, and the labeled nucleotide has spectral properties different from the labeled nucleotide according to claim 29.
RU2021116079A 2018-12-20 2019-12-20 Modified rhodamine dye and its use in biological analysis RU2809712C2 (en)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US62/782,465 2018-12-20

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2021116079A true RU2021116079A (en) 2023-01-20
RU2809712C2 RU2809712C2 (en) 2023-12-15

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2787775B2 (en) Method for synthesizing oligonucleotides labeled with ammonia labile groups on solid support
JP2552048B2 (en) Reagent for nucleotide chain synthesis
US5367066A (en) Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
US5571902A (en) Synthesis of oligonucleotides
US6255476B1 (en) Methods and compositions for synthesis of labelled oligonucleotides and analogs on solid-supports
US6294664B1 (en) Synthesis of oligonucleotides
SK279544B6 (en) Oligonucleotide analogues with terminal 3'-3' or 5'-5'- -internucleotide linkages, method of their preparation and pharmaceutical compositions them containing
WO2011017521A4 (en) Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
JP7138349B2 (en) Nucleic acid compounds and oligonucleotides
US6870039B2 (en) Synthesis of oligonucleotides
RU2021116079A (en) MODIFIED RHODAMIN DYE AND ITS APPLICATION IN BIOLOGICAL ANALYSIS
JP2022514397A (en) Modified rhodamine dyes and their use in bioassays
AU2019404556A1 (en) Asymmetric rhodamine dye and use thereof in biological assays
JPWO2020132607A5 (en)
AU2006316903B8 (en) Polynucleotide labelling reagent
WO2004018712A1 (en) OLIGONUCLEOTIDE TAGGED NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATES (OTNTPs) FOR GENETIC ANALYSIS
WO2020002469A1 (en) Methods and reagents for cross-linking cellular dna and rna via strain-promoted double-click reactions
RU2021116071A (en) DYE FROM ASYMMETRIC RHODAMINES AND ITS APPLICATION IN BIOLOGICAL ANALYSIS
KR100228606B1 (en) Chemical synthesis of oligonucleotides
RU2007110823A (en) DERIVATIVE OF PHOSPHORAMIDITIS AND METHOD FOR PRODUCING OLIGO-RNA
CA2088257A1 (en) Incorporation of selectably clevable and/or abasic sites into oligonucleotide chains and reagents therefor
RU2007126807A (en) SYNTHESIS OF PHOSPHYTILIZED COMPOUNDS USING A QUARTERLY HETEROCYCLIC ACTIVATOR