JPWO2020132607A5 - - Google Patents
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Description
６．スピロラクトン環が開いた酸形態であり、アミン基が保護されていない、条項５に記載の試薬。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕次式の化合物であって、
Ｒ
1
、Ｒ
2
、Ｒ
3
、Ｒ
6
、Ｒ
7
、Ｒ
8
、Ｒ
11
、Ｒ
12
、Ｒ
13
、及びＲ
14
は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ２）
n
－Ｒ
b
から選択されるか、あるいは、Ｒ
1
及びＲ
2
及び／又はＲ
6
及びＲ
7
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成し、
Ｒ
4
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
5
は、Ｈ又は保護基であり、
Ｒ
9
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ
7
及びＲ
9
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
10
は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ
8
及びＲ
10
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
7
及びＲ
9
又はＲ
8
及びＲ
10
の少なくとも１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、任意に、Ｒ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、但し、前記化合物は次式
各Ｒ
a
は、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ
3
及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから独立して選択され、
各Ｒ
b
は独立して、－Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲ
a
、－ＳＨ、－ＳＲ
a
、－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
、ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、及びＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
から選択され、
各Ｒ
c
は、独立して、Ｒ
a
であるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
がその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成し、
各Ｒ
d
及びＲ
e
は、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ
2
）
n
－Ｒ
b
から選択され、
Ｘはハロであり、
ｎは、１～１０の範囲の整数である、化合物。
〔２〕前記化合物が、式（ＩＩ．１）を有し、
式中、各Ｒ
f
、Ｒ
g
、Ｒ
h
、Ｒ
i
、及びＲ
j
は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ２）
n
－Ｒ
b
から選択される、前記〔１〕に記載の化合物。
〔３〕前記化合物が、式（ＩＩ．２）を有し、
〔４〕前記化合物が、式（ＩＩ．３）を有し、
〔５〕前記化合物が、式（ＩＩ．４）を有し、
〔６〕各Ｒ
11
及びＲ
14
がハロである、前記〔１〕～〔５〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔７〕前記ハロが、フルオロ又はクロロである、前記〔６〕に記載の化合物。
〔８〕前記ハロがクロロである、前記〔６〕に記載の化合物。
〔９〕Ｒ
13
が、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
－Ｃ（Ｓ）Ｘ、Ｃ（Ｏ）Ｏ
-
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、又は－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
である、前記〔１〕～〔８〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔１０〕Ｒ
13
が、Ｃ（Ｏ）Ｏ
-
又は－Ｃ（Ｏ）ＯＨである、前記〔９〕に記載の化合物。
〔１１〕Ｒ
5
が保護基である、前記〔１〕～〔１０〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔１２〕前記保護基が－Ｃ（Ｏ）Ｒ
15
であり、式中、Ｒ
15
は、水素、低級アルキル、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、－ＣＨ
2
Ｘ、－ＣＨ
2
－ＯＲ
d
、及び低級アルキル、－Ｘ、－ＯＲ
d
、シアノ又はニトロ基で任意に一置換されたフェニルからなる群から選択され、式中、Ｒ
d
は、低級アルキル、フェニル及びピリジルからなる群から選択され、各Ｘはハロ基である、前記〔１１〕に記載の化合物。
〔１３〕存在する場合、Ｒ
10
が保護基である、前記〔１〕～〔１２〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔１４〕前記保護基が－Ｃ（Ｏ）Ｒ
15
であり、式中、Ｒ
15
は、水素、低級アルキル、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、－ＣＨ
2
Ｘ、－ＣＨ
2
－ＯＲ
d
、及び低級アルキル、－Ｘ、－ＯＲ
d
、シアノ又はニトロ基で任意に一置換されたフェニルからなる群から選択され、式中、Ｒ
d
は、低級アルキル、フェニル及びピリジルからなる群から選択され、各Ｘはハロ基である、前記〔１３〕に記載の化合物。
〔１５〕Ｒ
15
が、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、－ＣＨ
2
Ｘである、前記〔１２〕又は〔１４〕に記載の化合物。
〔１６〕Ｒ
15
が、－ＣＸ
3
である、前記〔１５〕に記載の化合物。
〔１７〕存在する場合、前記保護基中の前記Ｘが、フルオロ又はクロロである、前記〔１２〕～〔１６〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔１８〕存在する場合、前記保護基中の前記Ｘが、フルオロである、前記〔１２〕～〔１６〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔１９〕Ｒ
1
及びＲ
2
が、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成している、前記〔１〕に記載の化合物。
〔２０〕Ｒ
6
及びＲ
7
が、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成している、前記〔１〕に記載の化合物。
〔２１〕Ｒ
7
及びＲ
9
が、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成している、前記〔１〕に記載の化合物。
〔２２〕Ｒ
8
及びＲ
10
が、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成している、前記〔１〕に記載の化合物。
〔２３〕Ｒ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
のうち１つが、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成している、前記〔１〕に記載の化合物。
〔２４〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、存在する場合、－Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲ
a
、－ＳＨ、－ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
、－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、及びＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
のうち少なくとも１つを含み、各Ｒ
a
は、他とは独立して、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ
3
及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択され、各Ｒ
c
は、互いに独立して、Ｒ
a
であるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
が、前記窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成することができる、前記〔１〕又は〔１９〕～〔２３〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔２５〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、存在する場合、－Ｘ、－Ｃ１～Ｃ６アルキル、－Ｃ２～Ｃ６アルケニル、－Ｃ２～Ｃ６アルキニル、－ＯＨ、ＯＲ
a
－ＳＨ、ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
C
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、又はＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
のうち少なくとも１つを含む、前記〔１〕又は〔１９〕～〔２３〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔２６〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、－Ｘ、－Ｃ１～Ｃ６アルキル、－Ｃ２～Ｃ６アルケニル、－Ｃ２～Ｃ６アルキニル、－ＯＨ、－ＯＲ
a
－ＳＨ、－ＳＲ
a
ＮＨ
2
、ＮＨＲ
a
－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
C
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、又は－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
のうち少なくとも２つを含む、前記〔１〕又は〔１９〕～〔２５〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔２７〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、少なくとも２つの－Ｃ１～Ｃ６アルキルを含む、前記〔１〕又は〔１９〕～〔２６〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔２８〕固体支持体に結合したオリゴヌクレオチドを次式の構造を有する試薬と反応させることによって製造される標識部分を含むオリゴヌクレオチドであって、
ＬＭ－Ｌ－ＰＥＰ
式中、ＰＥＰはリン酸エステル前駆体基であり、Ｌは前記標識部分をＰＥＰ基に結合させる任意のリンカーであり、ＬＭは式（Ｉ）のＮ－保護ＮＨ－ローダミン部分を含み、
Ｒ
1
、Ｒ
2
、Ｒ
3
、Ｒ
6
、Ｒ
7
、Ｒ
8
、Ｒ
11
、Ｒ
12
、Ｒ
13
、及びＲ
14
は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ２）
n
－Ｒ
b
から選択されるか、あるいは、Ｒ
1
及びＲ
2
及び／又はＲ
6
及びＲ
7
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成し、Ｒ
2
、Ｒ
3
、Ｒ
7
、Ｒ
8
、Ｒ
12
、又はＲ
13
のうち１つは、式－Ｙ－の基を含み、式中、Ｙは－Ｃ（Ｏ）－、Ｓ（Ｏ）
2
－、－Ｓ－及び－ＮＨ－からなる群から選択され、
Ｒ
4
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
5
は、Ｈ又は保護基であり、
Ｒ
9
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ
7
及びＲ
9
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
10
は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ
8
及びＲ
10
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
7
及びＲ
9
又はＲ
8
及びＲ
10
の少なくとも１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、任意に、Ｒ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、但し、化合物は次式
各Ｒ
a
は、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ
3
及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから独立して選択され、
各Ｒ
b
は独立して、Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲ
a
－ＳＨ、－ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、及びＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
から選択され、
各Ｒ
c
は、独立して、Ｒ
a
であるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
がその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成し、
各Ｒ
d
及びＲ
e
は、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ
2
）
n
－Ｒ
b
から選択され、
Ｘはハロであり、
ｎは、１～１０の範囲の整数である、オリゴヌクレオチド。
〔２９〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が式（ＩＩ．１）を有し、
〔３０〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が式（ＩＩ．２）を有し、
〔３１〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が式（ＩＩ．３）を有し、
〔３２〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が式（ＩＩ．４）を有し、
〔３３〕各Ｒ
11
及びＲ
14
がハロである、前記〔２８〕～〔３２〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔３４〕前記ハロが、フルオロ又はクロロである、前記〔３３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔３５〕前記ハロが、クロロである、前記〔３３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔３６〕Ｒ
12
が、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
－Ｃ（Ｓ）Ｘ、Ｃ（Ｏ）Ｏ
-
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
C
、－Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、又は－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
である、前記〔２８〕～〔３５〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔３７〕Ｒ
12
が、－Ｃ（Ｏ）Ｏ
-
又は－Ｃ（Ｏ）ＯＨである、前記〔３６〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔３８〕Ｒ
5
が保護基である、前記〔２８〕～〔３７〕のいずれか一項に記載の化合物。
〔３９〕前記保護基が、－Ｃ（Ｏ）Ｒ
10
であり、式中、Ｒ
10
は、水素、低級アルキル、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、－ＣＨ
2
Ｘ、－ＣＨ
2
－ＯＲ
d
、及び低級アルキル、－Ｘ、－ＯＲ
d
、シアノ又はニトロ基で任意に一置換されたフェニルからなる群から選択され、式中、Ｒ
d
は、低級アルキル、フェニル及びピリジルからなる群から選択され、各Ｘはハロ基である、前記〔３８〕に記載の化合物。
〔４０〕存在する場合、Ｒ
10
が保護基である、前記〔２８〕～〔３９〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４１〕前記保護基が、－Ｃ（Ｏ）Ｒ
15
であり、式中、Ｒ
15
は、水素、低級アルキル、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、－ＣＨ
2
Ｘ、ＣＨ
2
－ＯＲ
d
、及び低級アルキル、－Ｘ、－ＯＲ
d
、シアノ又はニトロ基で任意に一置換されたフェニルからなる群から選択され、式中、Ｒ
d
は、低級アルキル、フェニル及びピリジルからなる群から選択され、各Ｘはハロ基である、前記〔４０〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４２〕Ｒ
15
が、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、－ＣＨ
2
Ｘである、前記〔３９〕又は〔４１〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４３〕Ｒ
15
が、－ＣＸ
3
である、前記〔４２〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４４〕前記保護基中のＸが、存在する場合、フルオロ又はクロロである、前記〔３９〕～〔４３〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４５〕前記保護基中のＸが、存在する場合、フルオロである、前記〔３９〕～〔４３〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４６〕Ｒ
1
及びＲ
2
が、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成している、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４７〕Ｒ
6
及びＲ
7
が、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成している、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４８〕Ｒ
7
及びＲ
9
が、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成している、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔４９〕Ｒ
8
及びＲ
10
が、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成している、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５０〕Ｒ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
のうち１つが、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成している、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５１〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、存在する場合、Ｒ
b
のうち少なくとも１つは、独立して、－Ｘ、－ＯＨ、ＯＲ
a
、－ＳＨ、－ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
、－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
a
、及びＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、及び－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
c
Ｒ
c
から選択され、各Ｒ
a
は、他とは独立して、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ
3
及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択され、各Ｒ
c
は、他とは独立して、Ｒ
a
であるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
が、前記窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成することができる、前記〔２８〕又は〔４６〕～〔５０〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５２〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、存在する場合、－Ｘ、－Ｃ１～Ｃ６アルキル、－Ｃ２～Ｃ６アルケニル、－Ｃ２～Ｃ６アルキニル、－ＯＨ、ＯＲ
a
－ＳＨ、ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
C
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、又はＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
のうち少なくとも１つを含む、前記〔２８〕又は〔４６〕～〔５１〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５３〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、－Ｘ、－Ｃ１～Ｃ６アルキル、－Ｃ２～Ｃ６アルケニル、－Ｃ２～Ｃ６アルキニル、－ＯＨ、ＯＲ
a
－ＳＨ、ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
C
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、又は－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
のうち少なくとも２つを含む、前記〔２８〕又は〔４６〕～〔５２〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５４〕前記ベンゾ環、前記ヘテロシクロアルキル、前記ヘテロシクロアルケニル、又は前記ヘテロアリール基上の前記任意の置換が、少なくとも２つの－Ｃ１～Ｃ６アルキルを含む、前記〔２８〕又は〔４６〕～〔５３〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５５〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が次式
〔５６〕前記標識部分が、前記オリゴヌクレオチドの３’－又は５’－ヒドロキシルに結合している、前記〔２８〕～〔５５〕のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド。
〔５７〕前記標識部分が、前記オリゴヌクレオチドの核酸塩基に結合している、前記〔２８〕～〔５６〕のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド。
〔５８〕前記オリゴヌクレオチドが、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分に対するドナー及び／又はアクセプタ部分で更に標識されている、前記〔２８〕～〔５７〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔５９〕前記オリゴヌクレオチドが、クエンチャ部分で更に標識されている、前記〔２８〕～〔５７〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６０〕前記オリゴヌクレオチドが、マイナーグルーブバインディング部分で更に標識されている、前記〔２８〕～〔５７〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６１〕前記標識部分が、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分に対する前記ドナー部分又はアクセプタ部分を更に含む、前記〔２８〕～〔５７〕のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６２〕前記標識部分が、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分に対するドナー部分を更に含む、前記〔６１〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６３〕前記ドナー部分が、Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分又はＯ－保護フルオレセイン部分を含む、前記〔６２〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６４〕前記ドナー部分の２’－、２’’－、４’－、５’－、７’－、７’’－、５－又は６－位置が、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分の２’－、２’’－、４’－、５’－、７’－、７’’－、５－又は６－位置に結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６５〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、頭部対頭部の方向で結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６６〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、頭部対尾部の方向で結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６７〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、尾部対尾部の方向で結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６８〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、側部対側部の方向で結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔６９〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、側部対頭部の方向で結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７０〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、側部対尾部の方向で結合している、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７１〕前記標識部分が、構造式（ＶＩ）を有し、
Ａ－Ｚ
1
－Ｓｐ－Ｚ
2
－Ｄ（ＶＩ）
式中、Ａは、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分を表し、Ｄは前記ドナー部分を表し、Ｚ
1
及びＺ
2
は同じでも異なっていてもよく、官能基Ｆ
z
を含む結合部分によって提供される結合の一部分を表し、Ｓｐはスペーシング部分を表す、前記〔６３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７２〕Ａが前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分であり、Ｄが構造式Ｄ．１、Ｄ．２、Ｄ．３、Ｄ．４、Ｄ．５、Ｄ．６、Ｄ．７、Ｄ．８、Ｄ．９、Ｄ．１０、Ｄ．１１、及びＤ．１２を有する部分からなる群から選択され、
各Ｒ
1’
、Ｒ
2’
、Ｒ
2’’
、Ｒ
4’
、Ｒ
4’’
、Ｒ
5’
、Ｒ
5’’
、Ｒ
7’
、Ｒ
7’’
、及びＲ
8’
は、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、Ｒ
b
及び－（ＣＨ
2
）
x
－Ｒ
b
からなる群から選択され、式中、ｘは１～１０の値を有する整数であり、Ｒ
b
は－Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲ
a
－ＳＨ、－ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、及び－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
からなる群から選択され、式中、Ｘはハロであり、各Ｒ
a
は独立して、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール及び６～２０員ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され、各Ｒ
c
は独立してＲ
a
であるか、あるいは同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
が前記窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳからなる群から選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成することができ、
あるいは、Ｒ
1’
及びＲ
2’
又はＲ
7’
及びＲ
8’
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換された（Ｃ６～Ｃ１４）アリールブリッジを形成し、並びに／あるいはＲ
4’
及びＲ
4’’
及び／又はＲ
5’
及びＲ
5’’
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し、
各Ｒ
4
、Ｒ
5
、Ｒ
6
、及びＲ
7
は、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、６～１４員ヘテロアリール、７～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
及び－（ＣＨ
2
）
x
－Ｒ
b
から選択され、
Ｅ
1
は、－ＮＨＲ
9
、－ＮＲ
9
Ｒ
10
及び－ＯＲ
9b
からなる群から選択され、
Ｅ
2
は、－ＮＨＲ
9
、－ＮＲ
9
Ｒ
10
及び－ＯＲ
9b
からなる群から選択され、
Ｒ
9
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択され、又はＲ
7
及びＲ
9
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
10
は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ
8
及びＲ
10
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
9b
は、Ｒ
9
であり、
各Ｙ
1a
、Ｙ
1b
、Ｙ
2a
、Ｙ
2b
、Ｙ
3a
及びＹ
3b
は、独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ－）及び－Ｓ（Ｏ）
2
からなる群から選択され、
但し、各Ｅ
1
及びＥ
2
が－ＯＲ
9b
である場合、Ｒ
1’
及びＲ
2’
及び／又はＲ
7’
及びＲ
8’
は、それらが結合している炭素原子とのみ一緒になって、任意に置換された（Ｃ６～Ｃ１４）アリールブリッジを形成してもよい、前記〔７１〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７３〕前記試薬の前記Ｌが、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
3-6
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
a
－［（Ａｒ）
b
－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
b
］
c
－（ＣＨ
2
）
a
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
d
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－［（ＣＨ
2
）
a
－（Ａｒ）－（ＣＨ
2
）
a
－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ］
c
－（ＣＨ
2
）
d
－Ｏ－、及び－Ｚ－［ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ］
f
－ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ－から選択され、式中、
各Ｚは、他とは独立して、官能基Ｆ
z
によって寄与される結合の一部分を表し、
各ａは、他とは独立して、０～４の範囲の整数を表し、
各ｂは、他とは独立して、１～２の範囲の整数を表し、
各ｃは、他とは独立して、１～５の範囲の整数を表し、
各ｄは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、
各ｅは、他とは独立して、１～４の範囲の整数を表し、
各ｆは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、
各Ａｒは、他とは独立して、任意に置換された単環式又は多環式のシクロアルキレン、シクロヘテロアルキネン、アリーレン又はヘテロアリーレン基を表す、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７４〕Ｌの各Ａｒが、他とは独立して、シクロヘキサン、ピペラジン、ベンゼン、ナフタレン、フェノール、フラン、ピリジン、ピペリジン、イミダゾール、ピロリジン又はオキサジゾールから誘導される基である、前記〔７３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７５〕前記試薬が、アミノ、ヒドロキシル、チオール、及びアルデヒドからなる群から選択される反応基、並びにａ）前記オリゴヌクレオチド合成過程中に追加部分の付加に前記反応基をもたらすために除去されるように構成される保護基、又はｂ）前記オリゴヌクレオチド合成過程中は安定であり、前記オリゴヌクレオチド合成後に、追加部分の付加に前記反応基をもたらすために除去されるように構成される保護基を含む、好適に保護された合成ハンドルを更に含む、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７６〕前記試薬が、構造式（ＶＩＩＩ）の化合物であって、
Ｒ
k
Ｏ－Ｌ－ＬＭ－Ｌ－ＰＥＰ（ＶＩＩＩ）
式中、Ｒ
k
は酸不安定性保護基を表し、各Ｌは、他とは独立して、任意のリンカーを表し、ＬＭは前記標識部分を表し、ＰＥＰは前記リン酸エステル前駆体基を表す、前記〔７５〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔７７〕前記試薬が構造式（ＩＸ）の化合物であって、
〔７８〕前記試薬が構造式（ＩＸ．１）の化合物であって、
〔７９〕Ｓｐ
1
、Ｓｐ
2
及びＳｐ
3
が、それぞれ互いに独立して、１～１０個の炭素原子を含むアルキレン鎖、（ＣＨ
2
）
a
［（Ａｒ）
b
－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
b
］
c
－（ＣＨ
2
）
a
－、（ＣＨ
2
）
d
ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－［（ＣＨ
2
）
a
－（Ａｒ）－（ＣＨ
2
）
a
－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ］
c
－（ＣＨ
2
）
d
－、及び－［ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ］
f
－ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）－から選択され、各ａは、他とは独立して、０～４の範囲の整数を表し、
各ｂは、他とは独立して、１～２の範囲の整数を表し、
各ｃは、他とは独立して、１～５の範囲の整数を表し、
各ｄは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、
各ｅは、他とは独立して、１～４の範囲の整数を表し、
各ｆは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、Ａｒは、他とは独立して、任意に置換された単環式又は多環式のシクロアルキレン、シクロヘテロアルキレン、アリーレン又はヘテロアリーレン基を表す、前記〔７８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８０〕前記試薬が構造式（ＩＸ．２）、（ＩＸ．３）、（ＩＸ．４）又は（ＩＸ．５）の化合物であって、
核酸塩基は、アデニン、７－デアザグアニン、グアニン、７－デアザグアニン、シトシン、ウラシル、チミン、イノシン、キサンテン及びヒポキサンテンから選択される、前記〔７５〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８１〕前記試薬のＢが、Ａ
iBu
、Ａ
Pac
、Ｃ
Ac
、Ｇ
iPr-Pac
、Ｔ及びＵから選択される、前記〔８０〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８２〕前記試薬のＬ
2
が、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ＝ＣＨ－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ＝ＣＨ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－及び－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－から選択され、式中、Ａｒは、他とは独立して、任意に置換された単環式又は多環式のシクロアルキレン、シクロヘテロアルキネン、アリーレン又はヘテロアリーレン基である、前記〔８０〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８３〕前記ＰＥＰ基がホスホラミダイト基及びＨ－ホスホネート基を含む、前記〔２８〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８４〕前記リン酸エステル前駆体基が式（Ｐ．１）のホスホラミダイトを含み、
Ｒ
20
は、１～１０個の炭素原子を含む直鎖状、分岐状、又は環状の飽和又は不飽和のアルキル、２－シアノエチル、６～１０個の環炭素原子を含むアリール、及び６～１０個の環炭素原子及び１～１０個のアルキレン炭素原子を含むアリールアルキルであり、
各Ｒ
21
及びＲ
22
は、互いに独立して、１～１０個の炭素原子を含む直鎖状、分岐状、又は環状の飽和又は不飽和のアルキル、６～１０個の炭素原子を有するアリール、及び６～１０個の炭素原子及び１～１０個のアルキレン炭素原子を含むアリールアルキルであるか、又は代替として、Ｒ
21
及びＲ
22
は、それらが結合している前記窒素原子と一緒になって、５～６個の環原子を含む飽和又は不飽和の環を形成し、そのうちの１つ又は２つは、例示された窒素原子に加えて、Ｏ、Ｎ及びＳから選択されるヘテロ原子とすることができる、前記〔８３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８５〕Ｒ
20
がβ－シアノエチルであり、Ｒ
21
及びＲ
22
が、それぞれイソプロピルである、前記〔８３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８６〕前記合成ハンドルが式－ＯＲ
k
を有し、式中、Ｒ
k
が酸不安定性保護基である、前記〔８５〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８７〕前記酸不安定性保護基が、トリフェニルメチル（トリチル）、４－モノメトキシトリチル、４，４’－ジメトキシトリチル、４，４’，４’’－トリメトキシトリチル、ビス（ｐ－アニシル）フェニルメチル、ナフチルジフェニルメチル、ｐ－（ｐ’－ブロモフェナシルオキシ）フェニルジフェニルメチル、９－アントリル、９－（９－フェニル）キサンテニル及び９－（９－フェニル－１０－オキソ）アントリルからなる群から選択される、前記〔８６〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔８８〕次式の構造式の化合物である、オリゴヌクレオチドを標識するのに有用な試薬であって、
ＬＭ－Ｌ－ＰＥＰ（ＸＸ）
式中、ＬＭはＮ－保護ＮＨ－ローダミン部分を含む標識部分を表し、ＰＥＰはホスホラミダイト基又はＨ－ホスホネート基を含むリン酸エステル前駆体基であり、Ｌは前記標識部分を前記リン酸エステル前駆体基に結合させる任意のリンカーであり、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分は次式のものであり、
Ｒ
1
、Ｒ
2
、Ｒ
3
、Ｒ
6
、Ｒ
7
、Ｒ
8
、Ｒ
11
、Ｒ
12
、Ｒ
13
、及びＲ
14
は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ２）
n
－Ｒ
b
から選択されるか、あるいは、Ｒ
1
及びＲ
2
及び／又はＲ
6
及びＲ
7
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成し、Ｒ
2
、Ｒ
3
、Ｒ
7
、Ｒ
8
、Ｒ
12
、又はＲ
13
のうち１つは、式－Ｙ－の基を含み、式中、Ｙは－Ｃ（Ｏ）－、Ｓ（Ｏ）
2
－、－Ｓ－及び－ＮＨ－からなる群から選択され、
Ｒ
4
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
5
は、Ｈ又は保護基であり、
Ｒ
9
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ
7
及びＲ
9
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
10
は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ
8
及びＲ
10
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
7
及びＲ
9
又はＲ
8
及びＲ
10
の少なくとも１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、任意に、Ｒ
4
及びＲ
2
又はＲ
3
の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、但し、化合物は次式
各Ｒ
a
は、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ
3
及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから独立して選択され、
各Ｒ
b
は独立して、Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲ
a
－ＳＨ、－ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、及びＣ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
から選択され、
各Ｒ
c
は、独立して、Ｒ
a
であるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
がその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成し、
各Ｒ
d
及びＲ
e
は、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
、又は－（ＣＨ
2
）
n
－Ｒ
b
から選択され、
Ｘはハロであり、
ｎは、１～１０の範囲の整数である、試薬。
〔８９〕前記試薬の前記Ｌが、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
3-6
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
a
－［（Ａｒ）
b
－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
b
］
c
－（ＣＨ
2
）
a
－Ｏ－、－Ｚ－（ＣＨ
2
）
d
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－［（ＣＨ
2
）
a
－（Ａｒ）－（ＣＨ
2
）
a
－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ］
c
－（ＣＨ
2
）
d
－Ｏ－、及び－Ｚ－［ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ］
f
－ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ－から選択され、式中、
各Ｚは、他とは独立して、官能基Ｆ
z
によって寄与される結合の一部分を表し、
各ａは、他とは独立して、０～４の範囲の整数を表し、
各ｂは、他とは独立して、１～２の範囲の整数を表し、
各ｃは、他とは独立して、１～５の範囲の整数を表し、
各ｄは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、
各ｅは、他とは独立して、１～４の範囲の整数を表し、
各ｆは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、
各Ａｒは、他とは独立して、任意に置換された単環式又は多環式のシクロアルキレン、シクロヘテロアルキネン、アリーレン又はヘテロアリーレン基を表す、前記〔８８〕に記載の試薬。
〔９０〕Ｌの各Ａｒが、他とは独立して、シクロヘキサン、ピペラジン、ベンゼン、ナフタレン、フェノール、フラン、ピリジン、ピペリジン、イミダゾール、ピロリジン又はオキサジゾールから誘導される基である、前記〔７３〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔９１〕構造式（ＶＩＩ．１）の化合物であって、
〔９２〕前記核酸塩基が、アデニン、７－デアザグアニン、グアニン、７－デアザグアニン、シトシン、ウラシル、チミン、イノシン、キサンテン及びヒポキサンテンから選択される、前記〔９１〕に記載の試薬。
〔９３〕ＢがＡ
iBu
、Ａ
Pac
、Ｃ
Ac
、Ｇ
iPr-Pac
、Ｔ及びＵから選択される、前記〔９２〕に記載の試薬。
〔９４〕Ｌ
2
が、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ＝ＣＨ－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ≡ＣＨ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－及び－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－から選択され、Ａｒは前記〔８９〕で定義した通りである、前記〔９１〕に記載の試薬。
〔９５〕－Ｂ－Ｌ
2
－が、
〔９６〕好適に保護された合成ハンドルを更に含む、前記〔８９〕に記載の試薬。
〔９７〕式（ＶＩＩＩ）
Ｒ
k
Ｏ－Ｌ－ＬＭ－Ｌ－ＰＥＰ（ＶＩＩＩ）
［式中、Ｒ
k
は酸不安定性保護基を表し、各Ｌは、他とは独立して、任意のリンカーを表し、ＬＭは前記標識部分を表し、ＰＥＰは前記リン酸エステル前駆体基を表す］を有する、前記〔９６〕に記載の試薬。
〔９８〕前記試薬が構造式（ＩＸ）の化合物であって、
〔９９〕前記試薬が構造式（ＩＸ．１）の化合物であって、
〔１００〕Ｓｐ
1
、Ｓｐ
2
及びＳｐ
3
が、それぞれ互いに独立して、１～１０個の炭素原子を含むアルキレン鎖、－（ＣＨ
2
）
a
－［（Ａｒ）
b
－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
b
］
c
－（ＣＨ
2
）
a
－、－（ＣＨ
2
）
d
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－［（ＣＨ
2
）
a
－（Ａｒ）－（ＣＨ
2
）
a
－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ］
c
－（ＣＨ
2
）
d
－、及び－［ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ］
f
－ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）－から選択され、各ａは、他とは独立して、０～４の範囲の整数を表し、
各ｂは、他とは独立して、１～２の範囲の整数を表し、
各ｃは、他とは独立して、１～５の範囲の整数を表し、
各ｄは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、
各ｅは、他とは独立して、１～４の範囲の整数を表し、
各ｆは、他とは独立して、１～１０の範囲の整数を表し、Ａｒは、他とは独立して、任意に置換された単環式又は多環式のシクロアルキレン、シクロヘテロアルキレン、アリーレン又はヘテロアリーレン基を表す、前記〔９９〕に記載の試薬。
〔１０１〕前記試薬が、構造式（ＩＸ．２）、（ＩＸ．３）、（ＩＸ．４）又は（ＩＸ．５）の化合物であって、
〔１０２〕前記核酸塩基が、アデニン、７－デアザグアニン、グアニン、７－デアザグアニン、シトシン、ウラシル、チミン、イノシン、キサンテン及びヒポキサンテンから選択される、前記〔１０１〕に記載の試薬。
〔１０３〕前記試薬のＢが、Ａ
iBu
、Ａ
Pac
、Ｃ
Ac
、Ｇ
iPr-Pac
、Ｔ及びＵから選択される、前記〔１０２〕に記載のオリゴヌクレオチド。
〔１０４〕前記試薬のＬ
2
が、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ＝ＣＨ－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ＝ＣＨ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－及び－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－から選択され、式中、Ａｒは、他とは独立して、任意に置換された単環式又は多環式のシクロアルキレン、シクロヘテロアルキネン、アリーレン又はヘテロアリーレン基である、前記〔１０１〕に記載の試薬。
〔１０５〕
〔１０６〕前記リン酸エステル前駆体基が、ホスホラミダイト基及びＨ－ホスホネート基を含む、前記〔８９〕～〔１０５〕のいずれか一項に記載の試薬。
〔１０７〕前記リン酸エステル前駆体基が式（Ｐ．１）のホスホラミダイトを含み、
Ｒ
20
は、１～１０個の炭素原子を含む直鎖状、分岐状、又は環状の飽和又は不飽和のアルキル、２－シアノエチル、６～１０個の環炭素原子を含むアリール、及び６～１０個の環炭素原子及び１～１０個のアルキレン炭素原子を含むアリールアルキルであり、
各Ｒ
21
及びＲ
22
は、互いに独立して、１～１０個の炭素原子を含む直鎖上、分岐状、又は環状の飽和又は不飽和のアルキル、６～１０個の炭素原子を含むアリール、並びに６～１０個の炭素原子及び１～１０個のアルキレン炭素原子を含むアリールアルキルであるか、又は代替として、Ｒ
21
及びＲ
22
は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、５～６個の環原子を含む飽和又は不飽和の環を形成し、そのうちの１つ又は２つは、例示された窒素原子に加えて、Ｏ、Ｎ及びＳから選択されるヘテロ原子とすることができる、前記〔１０６〕に記載の試薬。
〔１０８〕Ｒ
20
がβ－シアノエチルであり、Ｒ
21
及びＲ
22
が、それぞれイソプロピルである、前記〔１０７〕に記載の試薬。
〔１０９〕固体支持体及び好適に保護された合成ハンドルを更に含む、前記〔８８〕に記載の試薬。
〔１１０〕構造式（Ｘ）の化合物であって、
〔１１１〕構造式（Ｘ．１）の化合物であって、
〔１１２〕Ｓｐ
1
及びＳｐ
2
は、それぞれ互いに独立して、１～１０個の炭素原子を含むアルキレン鎖、－（ＣＨ
2
）
a
－［（Ａｒ）
b
－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
b
］
c
－（ＣＨ
2
）
a
－、－（ＣＨ
2
）
d
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－［（ＣＨ
2
）
a
－（Ａｒ）－（ＣＨ
2
）
a
－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ］
c
－（ＣＨ
2
）
d
－及び［ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ］
f
－ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）－から選択され、式中、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、ｆ及びＡｒは前記〔４〕で定義された通りであり、Ｓｐ
4
はエステル結合を含む、前記〔１０６〕に記載の試薬。
〔１１３〕構造式（Ｘ．２）、（Ｘ．３）、（Ｘ．４）又は（Ｘ．５）の化合物であって、
〔１１４〕前記核酸塩基が、アデニン、７－デアザグアニン、グアニン、７－デアザグアニン、シトシン、ウラシル、チミン、イノシン、キサンテン及びヒポキサンテンから選択される、前記〔１１３〕に記載の試薬。
〔１１５〕Ｂが、Ａ
iBu
、Ａ
Pac
、Ｃ
Ac
、Ｇ
iPr-Pac
、及びＵから選択される、前記〔１１３〕に記載の試薬。
〔１１６〕Ｌ
2
が、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ＝ＣＨ－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ
2
）
1-6
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ≡ＣＨ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ
2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－、－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－及び－Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
1-2
－Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－［Ｏ－ＣＨ
2
ＣＨ
2
］
0-6
－ＮＨ－から選択され、Ａｒは前記〔４〕で定義した通りである、前記〔１１３〕に記載の試薬。
〔１１７〕
－Ｂ－Ｌ
2
－が以下のものから選択される、前記〔１１３〕に記載の試薬。
〔１１９〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が構造式から選択される構造を含み、
〔１２０〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、構造式（ＩＩＩ．１）、（ＩＩＩ．２）、（ＩＩＩ．３）、及び（ＩＩＩ．４）から選択される構造を含み、
〔１２１〕前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、
（ｉ）Ｙは、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）
2
－、－Ｓ－及び－ＮＨ－から選択され、
（ｉｉ）Ｒ
11
及びＲ
14
はそれぞれクロロであり、
（ｉｉｉ）Ｒ
1
及びＲ
6
はそれぞれ水素であり、
（ｉｖ）Ｒ
1
及びＲ
2
又はＲ
6
及びＲ
6
が一緒になって、ベンゾ基を形成し、
（ｖ）Ｒ
2
及びＲ
7
は、それぞれ水素又は低級アルキルであり、
（ｖｉ）Ｒ
5
は保護基であり、
（ｖｉｉ）Ｒ
4
及びＲ
9
は、隣接する炭素原子上の置換基と一緒になって、－ＣＨ
2
ＣＨ
2
－、－ＣＨ
2
ＣＨ
2
ＣＨ
2
－、－Ｃ（ＣＨ
3
）
2
ＣＨ＝Ｃ（ＣＨ
3
）－、Ｃ（ＣＨ
3
）
2
ＣＨ＝ＣＨ、－ＣＨ
2
Ｃ（ＣＨ
3
）
2
－及び
から選択される、適用可能な１つ又は複数の特徴を有する、前記〔１１９〕又は〔１２０〕に記載の試薬。
〔１２２〕Ｒ
5
が式－Ｃ（Ｏ）Ｒ
15
のアシル基であり、式中、Ｒ
10
は水素、低級アルキル、メチル、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、ＣＨ
2
Ｘ、ＣＨ
2
ＯＲ
d
及び低級アルキル、メチル、－Ｘ、－ＯＲ
d
、シアノ又はニトロ基で任意に一置換されたフェニルであり、式中、Ｒ
d
は低級アルキル、フェニル及びピリジルから選択され、各Ｘはハロ基である、前記〔１１６〕～〔１１９〕に記載の試薬。
〔１２３〕
R15
がメチル及びトリフルオロメチルから選択される、前記〔１２２〕に記載の試薬。
〔１２４〕前記標識部分が、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分のドナー及び／又はアクセプタ部分を更に含む、前記〔８８〕～〔１２３〕のいずれか一項に記載の試薬。
〔１２５〕前記標識部分が、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分のドナー部分を更に含む、前記〔８８〕～〔１２１〕のいずれか一項に記載の試薬。
〔１２６〕前記ドナー部分が、Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分又はＯ－保護フルオレセイン部分を含む、前記〔１２５〕に記載の試薬。
〔１２７〕前記ドナー部分の２’－、２’’－、４’－、５’－、７’－、７’’－、５－又は６－位置が、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分のＲ
3
、Ｒ
12
、又はＲ
13
に結合している、前記〔１２６〕に記載の試薬。
〔１２８〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、頭部対頭部の方向で結合している、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１２９〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、頭部対尾部の方向で結合している、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１３０〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、尾部対尾部の方向で結合している、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１３１〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、側部対側部の方向で結合している、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１３２〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、側部対頭部の方向で結合している、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１３３〕前記ドナー部分及び前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分が、側部対尾部の方向で結合している、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１３４〕前記標識部分が構造式（ＶＩ）を含み、
Ａ－Ｚ
1
－Ｓｐ－Ｚ
2
－Ｄ（ＶＩ）
式中、Ａは、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分を表し、Ｄは前記ドナー部分を表し、Ｚ
1
及びＺ
2
は同じでも異なっていてもよく、官能基Ｆ
z
を含む結合部分によって提供される結合の一部分を表し、Ｓｐはスペーシング部分を表す、前記〔１２７〕に記載の試薬。
〔１３５〕ＡがＮ－保護ＮＨ－ローダミン部分であり、Ｄが構造式Ｄ．１、Ｄ．２、Ｄ．３、Ｄ．４、Ｄ．５、Ｄ．６、Ｄ．７、Ｄ．８、Ｄ．９、Ｄ．１０、Ｄ．１１及びＤ．１２から選択され、
各Ｒ
1’
、Ｒ
2’
、Ｒ
2’’
、Ｒ
4’
、Ｒ
4’’
、Ｒ
5’
、Ｒ
5’’
、Ｒ
7’
、Ｒ
7’’
、及びＲ
8’
は、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、Ｒ
b
及び－（ＣＨ
2
）
x
－Ｒ
b
からなる群から選択され、式中、ｘは１～１０の値を有する整数であり、Ｒ
b
は－Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲ
a
－ＳＨ、－ＳＲ
a
－ＮＨ
2
、－ＮＨＲ
a
－ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｎ
+
Ｒ
c
Ｒ
c
Ｒ
c
、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲ
a
）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）
2
、ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）
2
、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ
a
）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）
2
ＯＨ、Ｓ（Ｏ）
2
Ｒ
a
、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、Ｃ（Ｏ）Ｒ
a
、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ
2
、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、Ｃ（Ｓ）ＮＨ
2
、Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ
a
、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ
c
Ｒ
c
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ
2
、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲ
a
、及び－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ
c
Ｒ
c
からなる群から選択され、式中、Ｘはハロであり、各Ｒ
a
は、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール及び６～２０員ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され、各Ｒ
c
は独立してＲ
a
であるか、あるいは同じ窒素原子に結合している２つのＲ
c
がその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳからなる群から選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成するか、
あるいは、Ｒ
1’
及びＲ
2’
又はＲ
7’
及びＲ
8’
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換された（Ｃ６～Ｃ１４）アリールブリッジを形成し、並びに／あるいはＲ
4’
及びＲ
4’’
及び／又はＲ
5’
及びＲ
5’’
は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し、
各Ｒ
4
、Ｒ
5
、Ｒ
6
、及びＲ
7
は、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、６～１４員ヘテロアリール、７～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒ
b
及び－（ＣＨ
2
）
x
－Ｒ
b
から選択され、
Ｅ
1
は、－ＮＨＲ
9
、－ＮＲ
9
Ｒ
10
及び－ＯＲ
9b
からなる群から選択され、
Ｅ
2
は、－ＮＨＲ
9
、－ＮＲ
9
Ｒ
10
及び－ＯＲ
9b
からなる群から選択され、
Ｒ
9
は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択され、又はＲ
7
及びＲ
9
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
10
は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ
8
及びＲ
10
は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ
9b
は、Ｒ
9
であり、
各Ｙ
1a
、Ｙ
1b
、Ｙ
2a
、Ｙ
2b
、Ｙ
3a
及びＹ
3b
は、独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－及び－Ｓ（Ｏ）
2
からなる群から選択され、
但し、各Ｅ
1
及びＥ
2
が－ＯＲ
9b
である場合、Ｒ
1’
及びＲ
2’
及び／又はＲ
7’
及びＲ
8’
は、それらが結合している炭素原子とのみ一緒になって、任意に置換された（Ｃ６～Ｃ１４）アリールブリッジを形成してもよい、前記〔１３４〕に記載の試薬。
〔１３６〕Ｄ．１～Ｄ．１２が、
（ｉ）Ｙ
1a
、Ｙ
2a
及びＹ
3a
は、それぞれ互いに独立して、－Ｃ（Ｏ）－及びＳ（Ｏ）
2
－から選択され、
Ｙ
1b
、Ｙ
2b
及びＹ
3b
は－ＮＨ－であり、
（ｉｉｉ）Ｒ
4
及びＲ
7
はそれぞれクロロであり、
（ｉｖ）Ｒ
1’
及びＲ
8
はそれぞれ水素であり、
（ｖ）Ｒ
1’
及びＲ
2’
又はＲ
7’
及びＲ
8’
は一緒になって、ベンゾ基を形成し、及び
（ｖｉ）Ｒ
2’
及びＲ
7’
は、それぞれ水素又は低級アルキルである、から選択される、適用可能な１つ又は複数の特徴を有する、前記〔１３５〕に記載の試薬。
〔１３７〕Ｙ
1a
、Ｙ
2a
及びＹ
3a
が－ＮＨ－であり、Ｙ
1b
、Ｙ
2b
及びＹ
3b
が、－Ｃ（Ｏ）－及び－Ｓ（Ｏ）
2
－から選択され、Ｚ
1
は、－Ｃ（Ｏ）－及び－Ｓ（Ｏ）
2
－から選択され、Ｚ
2
は、－ＮＨ－であり、Ｓｐは－（ＣＨ
2
）
a
－［（Ａｒ）
b
－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（ＣＨ
2
）
a
］
c
－、－（ＣＨ
2
）
a
－［Ｃ≡Ｃ－（Ａｒ）
b
］
c
－（ＣＨ
2
）
a
－、－（ＣＨ
2
）
d
－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－［（ＣＨ
2
）
a
－（Ａｒ）－（ＣＨ
2
）
a
－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ］
c
－（ＣＨ
2
）
d
－、及び－［ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）
e
Ｏ］
f
－ＣＨ
2
（ＣＨ
2
）－から選択され、式中、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、ｆ、及びＡｒは、前記〔４〕で前に定義された通りである、前記〔１３５〕に記載の試薬。
〔１３８〕構造式Ｄ．１～Ｄ．１２において、Ｒ
1’
及びＲ
2’
及び／又はＲ
7’
及びＲ
8’
が、それらが結合している炭素原子と一緒になって、ベンゾブリッジを形成している、前記〔１３５〕～〔１３７〕に記載の試薬。
〔１３９〕Ｅ
1
及びＥ
2
がそれぞれ－ＯＲ
9b
である、前記〔１３５〕～〔１３８〕に記載の試薬。
〔１４０〕Ｒ
9b
が式－Ｃ（Ｏ）Ｒ
15
のアシル基であり、Ｒ
15
が低級アルキルである、前記〔１３９〕に記載の試薬。
〔１４１〕Ｒ
15
がｔ－ブチルである、前記〔１４０〕に記載の試薬。
〔１４２〕Ｒ
9
が式－Ｃ（Ｏ）Ｒ
15
のアシル基であり、式中Ｒ
15
は水素、低級アルキル、メチル、－ＣＸ
3
、－ＣＨＸ
2
、ＣＨ
2
Ｘ、ＣＨ
2
ＯＲ
d
及び低級アルキル、メチル、－Ｘ、－ＯＲ
d
、シアノ又はニトロ基で任意に一置換されたフェニルから選択され、式中、Ｒ
d
は低級アルキル、フェニル及びピリジルから選択され、各Ｘはハロ基である、前記〔１３５〕～〔１４１〕に記載の試薬。
〔１４３〕Ｒ
15
がメチル及びトリフルオロメチルから選択される、前記〔１４２〕に記載の試薬。
〔１４４〕複数の遺伝子座を同時に増幅及び分析する方法であって、
複数の増幅プライマ対を用いて核酸試料を増幅して、複数の増幅産物を形成することを含み、前記プライマ対それぞれの少なくとも１つが前記〔２８〕に記載の標識ヌクレオチドを含み、前記増幅産物が異なる遺伝子座を含む、方法。
〔１４５〕前記〔２８〕に記載の前記標識ヌクレオチドが、少なくとも３つのプライマ対を標識するために使用される、前記〔１４４〕に記載の方法。
〔１４６〕前記〔２８〕に記載の前記標識ヌクレオチドが、３～８つのプライマ対を標識するために使用される、前記〔１４５〕に記載の方法。
〔１４７〕前記核酸試料が、全血、組織生検、リンパ、骨、骨髄、歯、皮膚、例えば指紋に含まれる皮膚細胞、骨、歯、胎盤細胞を含む羊液、及び胎児細胞を含む羊液、毛髪、皮膚、精液、肛門分泌物、糞便、尿、膣分泌物、汗、唾液、頬側スワブ、様々な環境試料（例えば、農業、水、及び土壌）、一般研究試料、一般精製試料、及び溶解した細胞から単離される、前記〔１４４〕に記載の方法。
〔１４８〕分析される、少なくとも１つの核酸試料の遺伝子座のセットを共増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマを含むキットであって、前記遺伝子座のセットは、共増幅することができ、前記プライマの少なくとも１つは、前記〔２８〕に記載の標識ヌクレオチドを含み、前記プライマは、１つ又は複数の容器内にある、キット。
〔１４９〕前記キット中の前記オリゴヌクレオチドプライマの全てが１つの容器に入っている、前記〔１４８〕に記載のキット。
〔１５０〕少なくとも１つのマルチプレックス増幅反応のための試薬、及び少なくとも１つのサイズ基準を持つ容器の少なくとも１つを更に含む、前記〔１４８〕に記載のキット。
〔１５１〕前記オリゴヌクレオチドプライマの少なくとも１つが標識ヌクレオチドを含み、前記標識ヌクレオチドが前記〔２８〕に記載の標識ヌクレオチドとは異なるスペクトル特性を有する、前記〔１４８〕に記載のキット。
6. 6. The reagent of clause 5, wherein the spirolactone ring is in the open acid form and the amine group is unprotected.
Another aspect of the present invention may be as follows.
[1] A compound of the following formula,
R.
1
, R
2
, R
3
, R
6
, R
7
, R
8
, R
11
, R
12
, R
13
, and R
14
are each independently of each other hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or - (CH2)
n
-R
b
or R
1
and R
2
and/or R
6
and R
7
together with the carbon atom to which they are attached form an optionally substituted benzo group,
R.
Four
is alone selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group ,
R.
Five
is H or a protecting group;
R.
9
is alone selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
7
and R
9
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
Ten
is H or a protecting group, or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
7
and R
9
or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group and optionally, R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group , provided that the compound is represented by the following formula
Each R
a
is lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, —CX
3
and independently selected from 6-20 membered heteroarylalkyl,
Each R
b
is independently -X, -OH, -OR
a
, -SH, -SR
a
, -NH
2
, -NHR
a
, NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, -OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, —C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, and C(NH)NR
c
R.
c
is selected from
Each R
c
independently, R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
together with its nitrogen atom form a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the same or different ring heteroatoms selected from O, N, and S death,
Each R
d
and R
e
when alone is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or -(CH
2
)
n
-R
b
is selected from
X is halo;
A compound wherein n is an integer ranging from 1-10.
[2] the compound has the formula (II.1);
where each R
f
, R
g
, R
h
, R
i
, and R
j
are each independently of each other hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or - (CH2)
n
-R
b
The compound according to [1] above, which is selected from
[3] said compound has the formula (II.2);
[4] the compound has the formula (II.3);
[5] the compound has the formula (II.4);
[6] Each R
11
and R
14
is halo, the compound according to any one of the above [1] to [5].
[7] The compound according to [6] above, wherein the halo is fluoro or chloro.
[8] The compound according to [6] above, wherein the halo is chloro.
[9] R
13
is, -C (O) H, -C (O) R
a
-C(S)X, C(O)O
-
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(S)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, or —C(NH)NR
c
R.
c
The compound according to any one of [1] to [8] above.
[10] R
13
is C(O)O
-
or —C(O)OH, the compound according to [9] above.
[11] R
Five
is a protecting group, the compound according to any one of the above [1] to [10].
[12] the protecting group is —C(O)R
15
where R
15
is hydrogen, lower alkyl, -CX
3
, -CHX
2
, -CH
2
X, -CH
2
-OR
d
, and lower alkyl, —X, —OR
d
, phenyl optionally monosubstituted with a cyano or nitro group, wherein R
d
is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halo group, the compound according to [11] above.
[13] if present, R
Ten
is a protecting group, the compound according to any one of the above [1] to [12].
[14] the protecting group is —C(O)R
15
where R
15
is hydrogen, lower alkyl, -CX
3
, -CHX
2
, -CH
2
X, -CH
2
-OR
d
, and lower alkyl, —X, —OR
d
, phenyl optionally monosubstituted with a cyano or nitro group, wherein R
d
is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halo group, the compound according to [13] above.
[15] R
15
but -CX
3
, -CHX
2
, -CH
2
The compound according to the above [12] or [14], which is X.
[16] R
15
but -CX
3
The compound according to [15] above.
[17] The compound according to any one of [12] to [16], wherein, when present, said X in said protecting group is fluoro or chloro.
[18] The compound according to any one of [12] to [16], wherein, when present, said X in said protecting group is fluoro.
[19] R
1
and R
2
is combined with the carbon atom to which they are attached to form an optionally substituted benzo group.
[20] R
6
and R
7
is combined with the carbon atom to which they are attached to form an optionally substituted benzo group.
[21] R
7
and R
9
taken together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; The compound described in [1] above.
[22] R
8
and R
Ten
taken together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; The compound described in [1] above.
[23] R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group The compound according to [1] above.
[24] said optional substitution on said benzo ring, said heterocycloalkyl, said heterocycloalkenyl, or said heteroaryl group, if present, -X, -OH, -OR
a
, -SH, -SR
a
-NH
2
, -NHR
a
, -NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, -OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
c
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, and C(NH)NR
c
R.
c
and each R
a
is independently lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, —CX
3
and 6- to 20-membered heteroarylalkyl, each R
c
independently of each other, R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
is, together with said nitrogen atom, a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the same or different ring heteroatoms selected from O, N, and S The compound according to any one of [1] or [19] to [23] above, which can be formed.
[25] said optional substitution on said benzo ring, said heterocycloalkyl, said heterocycloalkenyl, or said heteroaryl group, if present, -X, -C1-C6 alkyl, -C2-C6 alkenyl, - C2-C6 alkynyl, —OH, OR
a
- SH, SR
a
-NH
2
, -NHR
a
-NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, C(O)H, —C(O)R
a
, -C(S)X, C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
C.
, C(S)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, or C(NH)NR
c
R.
c
The compound according to any one of [1] or [19] to [23], comprising at least one of
[26] the optional substitution on the benzo ring, the heterocycloalkyl, the heterocycloalkenyl, or the heteroaryl group is -X, -C1-C6 alkyl, -C2-C6 alkenyl, -C2-C6 alkynyl; , -OH, -OR
a
-SH, -SR
a
NH
2
, NHR
a
-NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
C.
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, or —C(NH)NR
c
R.
c
The compound according to any one of [1] or [19] to [25], comprising at least two of
[27] the above [1] or [19] ~, wherein the optional substitution on the benzo ring, the heterocycloalkyl, the heterocycloalkenyl, or the heteroaryl group comprises at least two —C1-C6 alkyls; The compound according to any one of [26].
[28] an oligonucleotide comprising a labeling moiety produced by reacting an oligonucleotide bound to a solid support with a reagent having the structure of
LM-L-PEP
wherein PEP is a phosphate precursor group, L is an optional linker connecting said labeling moiety to the PEP group, LM comprises the N-protected NH-rhodamine moiety of formula (I),
R.
1
, R
2
, R
3
, R
6
, R
7
, R
8
, R
11
, R
12
, R
13
, and R
14
are each independently of each other hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or - (CH2)
n
-R
b
or R
1
and R
2
and/or R
6
and R
7
together with the carbon atom to which they are attached form an optionally substituted benzo group, and R
2
, R
3
, R
7
, R
8
, R
12
, or R
13
contains a group of formula -Y-, where Y is -C(O)-, S(O)
2
is selected from the group consisting of -, -S- and -NH-;
R.
Four
is alone selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group ,
R.
Five
is H or a protecting group;
R.
9
is alone selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
7
and R
9
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
Ten
is H or a protecting group, or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
7
and R
9
or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group and optionally, R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group , provided that the compound is represented by the following formula
Each R
a
is lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, —CX
3
and independently selected from 6-20 membered heteroarylalkyl,
Each R
b
is independently X, —OH, —OR
a
-SH, -SR
a
-NH
2
, -NHR
a
NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, -OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, -C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
c
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, and C(NH)NR
c
R.
c
is selected from
Each R
c
independently, R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
together with its nitrogen atom form a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the same or different ring heteroatoms selected from O, N, and S death,
Each R
d
and R
e
when alone is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or -(CH
2
)
n
-R
b
is selected from
X is halo;
Oligonucleotides, wherein n is an integer ranging from 1-10.
[29] said N-protected NH-rhodamine moiety has the formula (II.1);
[30] said N-protected NH-rhodamine moiety has the formula (II.2);
[31] said N-protected NH-rhodamine moiety has the formula (II.3);
[32] said N-protected NH-rhodamine moiety has the formula (II.4);
[33] Each R
11
and R
14
is halo, the oligonucleotide according to any one of [28] to [32].
[34] The oligonucleotide of [33] above, wherein the halo is fluoro or chloro.
[35] The oligonucleotide of [33] above, wherein the halo is chloro.
[36] R
12
is, -C (O) H, -C (O) R
a
-C(S)X, C(O)O
-
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
C.
, —C(S)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, or —C(NH)NR
c
R.
c
The oligonucleotide according to any one of [28] to [35] above.
[37] R
12
is -C(O)O
-
or -C(O)OH, the oligonucleotide according to [36] above.
[38] R
Five
is a protecting group, the compound according to any one of the above [28] to [37].
[39] the protecting group is —C(O)R
Ten
where R
Ten
is hydrogen, lower alkyl, -CX
3
, -CHX
2
, -CH
2
X, -CH
2
-OR
d
, and lower alkyl, —X, —OR
d
, phenyl optionally monosubstituted with a cyano or nitro group, wherein R
d
is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halo group, the compound according to [38] above.
[40] if present, R
Ten
is a protecting group, the oligonucleotide according to any one of [28] to [39].
[41] the protecting group is —C(O)R
15
where R
15
is hydrogen, lower alkyl, -CX
3
, -CHX
2
, -CH
2
X, CH
2
-OR
d
, and lower alkyl, —X, —OR
d
, phenyl optionally monosubstituted with a cyano or nitro group, wherein R
d
is selected from the group consisting of lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halo group, the oligonucleotide according to [40] above.
[42] R
15
but -CX
3
, -CHX
2
, -CH
2
The oligonucleotide of [39] or [41] above, which is X.
[43] R
15
but -CX
3
The oligonucleotide according to [42] above.
[44] The oligonucleotide according to any one of [39] to [43], wherein X in the protecting group, if present, is fluoro or chloro.
[45] The oligonucleotide according to any one of [39] to [43], wherein X in the protecting group, if present, is fluoro.
[46] R
1
and R
2
is combined with the carbon atoms to which they are attached to form an optionally substituted benzo group.
[47] R
6
and R
7
is combined with the carbon atoms to which they are attached to form an optionally substituted benzo group.
[48] R
7
and R
9
taken together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; The oligonucleotide according to [28] above.
[49] R
8
and R
Ten
taken together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group; The oligonucleotide according to [28] above.
[50] R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group The oligonucleotide according to [28] above.
[51] when said optional substitution on said benzo ring, said heterocycloalkyl, said heterocycloalkenyl, or said heteroaryl group is present, R
b
at least one of independently -X, -OH, OR
a
, -SH, -SR
a
-NH
2
, -NHR
a
, -NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NR
a
, and C(NH)NR
c
R.
c
, and —C(NH)NHR
c
R.
c
for each R
a
is independently lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, —CX
3
and 6- to 20-membered heteroarylalkyl, each R
c
independently of the others, R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
is, together with said nitrogen atom, a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the same or different ring heteroatoms selected from O, N, and S The oligonucleotide according to any one of [28] or [46] to [50] above, which can be formed.
[52] said optional substitution on said benzo ring, said heterocycloalkyl, said heterocycloalkenyl, or said heteroaryl group, if present, -X, -C1-C6 alkyl, -C2-C6 alkenyl, - C2-C6 alkynyl, —OH, OR
a
- SH, SR
a
-NH
2
, -NHR
a
-NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, C(O)H, —C(O)R
a
, -C(S)X, C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
C.
, C(S)NH
2
, —C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, or C(NH)NR
c
R.
c
The oligonucleotide according to any one of [28] or [46] to [51], comprising at least one of
[53] said optional substitution on said benzo ring, said heterocycloalkyl, said heterocycloalkenyl, or said heteroaryl group is -X, -C1-C6 alkyl, -C2-C6 alkenyl, -C2-C6 alkynyl , -OH, OR
a
- SH, SR
a
-NH
2
, -NHR
a
-NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
C.
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, or —C(NH)NR
c
R.
c
The oligonucleotide according to any one of [28] or [46] to [52], comprising at least two of
[54] the above [28] or [46], wherein the optional substitution on the benzo ring, the heterocycloalkyl, the heterocycloalkenyl, or the heteroaryl group comprises at least two -C1-C6 alkyls; The oligonucleotide of any one of [53].
[55] the N-protected NH-rhodamine moiety is represented by the following formula
[56] The oligonucleotide of any one of [28] to [55] above, wherein the labeling moiety is bound to the 3'- or 5'-hydroxyl of the oligonucleotide.
[57] The oligonucleotide according to any one of [28] to [56], wherein the labeling moiety is bound to the nucleobase of the oligonucleotide.
[58] The oligonucleotide according to any one of [28] to [57], wherein said oligonucleotide is further labeled with a donor and/or acceptor moiety for said N-protected NH-rhodamine moiety.
[59] The oligonucleotide according to any one of [28] to [57], which is further labeled with a quencher moiety.
[60] The oligonucleotide according to any one of [28] to [57] above, which is further labeled with a minor groove binding moiety.
[61] The oligonucleotide according to any one of [28] to [57], wherein the labeling moiety further comprises the donor moiety or acceptor moiety for the N-protected NH-rhodamine moiety.
[62] The oligonucleotide of [61] above, wherein the labeling moiety further comprises a donor moiety for the N-protected NH-rhodamine moiety.
[63] The oligonucleotide of [62] above, wherein the donor moiety comprises an N-protected NH-rhodamine moiety or an O-protected fluorescein moiety.
[64] the 2′-, 2″-, 4′-, 5′-, 7′-, 7″-, 5- or 6-position of the donor moiety is that of the N-protected NH-rhodamine moiety; The oligonucleotide of [63] above, which is bound at the 2'-, 2''-, 4'-, 5'-, 7'-, 7''-, 5- or 6-position.
[65] The oligonucleotide of [63] above, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a head-to-head orientation.
[66] The oligonucleotide of [63] above, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a head-to-tail direction.
[67] The oligonucleotide of [63] above, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a tail-to-tail direction.
[68] The oligonucleotide of [63] above, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a side-to-side direction.
[69] The oligonucleotide of [63] above, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a side-to-head orientation.
[70] The oligonucleotide of [63] above, wherein the donor moiety and the N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a side-to-tail orientation.
[71] the labeling moiety has the structural formula (VI);
AZ
1
-Sp-Z
2
-D(VI)
wherein A represents said N-protected NH-rhodamine moiety, D represents said donor moiety, Z
1
and Z
2
may be the same or different and the functional group F
z
The oligonucleotide according to [63] above, which represents a portion of the binding provided by the binding moiety comprising and Sp represents a spacing moiety.
[72] A is said N-protected NH-rhodamine moiety and D is structural formula D. 1, D. 2, D. 3, D. 4, D. 5, D. 6, D. 7, D. 8, D. 9, D. 10, D. 11, and D. selected from the group consisting of the moiety having 12,
Each R
1'
, R
2'
, R
2''
, R
Four'
, R
Four''
, R
Five'
, R
Five''
, R
7'
, R
7''
, and R
8'
when alone is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, R
b
and -(CH
2
)
x
-R
b
wherein x is an integer having a value from 1 to 10, and R
b
is -X, -OH, -OR
a
-SH, -SR
a
-NH
2
, -NHR
a
-NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, -OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, —C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
c
, —C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, and —C(NH)NR
c
R.
c
wherein X is halo and each R
a
is independently selected from the group consisting of lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl and 6-20 membered heteroarylalkyl, each R
c
independently R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
together with said nitrogen atom may optionally contain one or more of the same or different ring heteroatoms selected from the group consisting of O, N, and S, a 5- to 8-membered saturated or unsaturated can form a ring,
Alternatively, R
1'
and R
2'
or R
7'
and R
8'
together with the carbon atoms to which they are attached form optionally substituted (C6-C14) aryl bridges and/or R
Four'
and R
Four''
and/or R
Five'
and R
Five''
together with the carbon atom to which they are attached form a benzo group,
Each R
Four
, R
Five
, R
6
, and R
7
are independently of each other hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 6-14 membered heteroaryl, 7-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
and -(CH
2
)
x
-R
b
is selected from
E.
1
is -NHR
9
, -NR
9
R.
Ten
and -OR
9b
is selected from the group consisting of
E.
2
is -NHR
9
, -NR
9
R.
Ten
and -OR
9b
is selected from the group consisting of
R.
9
when alone is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
7
and R
9
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
Ten
is H or a protecting group, or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
9b
is R
9
and
Each Y
1a
, Y
1b
, Y
2a
, Y
2b
, Y
3a
and Y
3b
are independently —O—, —S—, —NH—, —C(O—) and —S(O)
2
is selected from the group consisting of
However, each E
1
and E
2
G-OR
9b
, then R
1'
and R
2'
and/or R
7'
and R
8'
may form an optionally substituted (C6-C14) aryl bridge only with the carbon atoms to which they are attached.
[73] the L of the reagent is -Z-(CH
2
)
3-6
-O-, -Z-(CH
2
)
a
-[(Ar)
b
-(CH
2
)
a
]
c
-O-, -Z-(CH
2
)
a
-[C≡C-(CH
2
)
a
]
c
-O-, -Z-(CH
2
)
a
-[C≡C-(Ar)
b
]
c
-(CH
2
)
a
-O-, -Z-(CH
2
)
d
-NH-C(O)-[(CH
2
)
a
-(Ar)-(CH
2
)
a
-C(O)-NH]
c
-(CH
2
)
d
-O-, and -Z-[CH
2
(CH
2
)
e
O]
f
-CH
2
(CH
2
)
e
is selected from O-, wherein
Each Z independently of the others is a functional group F
z
represents the portion of the coupling contributed by
each a independently of the others represents an integer ranging from 0 to 4;
each b independently of the others represents an integer ranging from 1 to 2;
each c independently represents an integer ranging from 1 to 5;
each d independently represents an integer ranging from 1 to 10;
each e independently represents an integer ranging from 1 to 4;
each f independently of the others represents an integer ranging from 1 to 10;
The oligonucleotide according to [28] above, wherein each Ar independently of the others represents an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkynene, arylene or heteroarylene group.
[74] each Ar of L is, independently of others, a group derived from cyclohexane, piperazine, benzene, naphthalene, phenol, furan, pyridine, piperidine, imidazole, pyrrolidine, or oxadizole; Oligonucleotides as described.
[75] said reagent is a reactive group selected from the group consisting of amino, hydroxyl, thiol, and aldehyde; or b) a protecting group that is stable during the course of said oligonucleotide synthesis and is removed after synthesis of said oligonucleotide to provide said reactive group for the addition of additional moieties. The oligonucleotide of [28] above, further comprising a suitably protected synthetic handle comprising
[76] the reagent is a compound of structural formula (VIII),
R.
k
OL-LM-L-PEP (VIII)
In the formula, R
k
represents an acid-labile protecting group, each L independently of the others represents an optional linker, LM represents said labeling moiety, PEP represents said phosphate ester precursor group, said [75] Oligonucleotides according to.
[77] the reagent is a compound of structural formula (IX),
[78] the reagent is a compound of structural formula (IX.1),
[79] Sp
1
, Sp
2
and Sp
3
are each independently of each other an alkylene chain containing from 1 to 10 carbon atoms, (CH
2
)
a
[(Ar)
b
-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(Ar)
b
]
c
-(CH
2
)
a
-, (CH
2
)
d
NH—C(O)—[(CH
2
)
a
-(Ar)-(CH
2
)
a
-C(O)-NH]
c
-(CH
2
)
d
-, and - [CH
2
(CH
2
)
e
O]
f
-CH
2
(CH
2
)—, each a independently of the others representing an integer ranging from 0 to 4;
each b independently of the others represents an integer ranging from 1 to 2;
each c independently represents an integer ranging from 1 to 5;
each d independently represents an integer ranging from 1 to 10;
each e independently represents an integer ranging from 1 to 4;
each f independently represents an integer in the range 1 to 10, and Ar independently optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkylene , arylene or heteroarylene group, the oligonucleotide according to [78] above.
[80] said reagent is a compound of structural formula (IX.2), (IX.3), (IX.4) or (IX.5);
The oligonucleotide according to [75] above, wherein the nucleobase is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, 7-deazaguanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene and hypoxanthene.
[81] B of the reagent is A
iBu
, A
Pac
, C
Ac
, G
iPr-Pac
, T and U, the oligonucleotide of [80] above.
[82] L of the reagent
2
but -C≡C-CH
2
-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH
2
-NH-C(O)-(CH
2
)
1-6
-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH
2
)
1-6
-NH-C(O)-, -C=CH-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH- and -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, wherein Ar is, independently of the others, an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkynene, arylene or heteroarylene group; The oligonucleotide of [80].
[83] The oligonucleotide of [28] above, wherein the PEP group comprises a phosphoramidite group and an H-phosphonate group.
[84] the phosphate ester precursor group comprises a phosphoramidite of formula (P.1);
R.
20
is linear, branched or cyclic saturated or unsaturated alkyl containing 1 to 10 carbon atoms, 2-cyanoethyl, aryl containing 6 to 10 ring carbon atoms, and 6 to 10 arylalkyl containing ring carbon atoms and 1 to 10 alkylene carbon atoms;
Each R
twenty one
and R
twenty two
are, independently of each other, linear, branched or cyclic saturated or unsaturated alkyl containing 1 to 10 carbon atoms, aryl containing 6 to 10 carbon atoms, and 6 to 10 arylalkyl containing carbon atoms and 1 to 10 alkylene carbon atoms, or alternatively, R
twenty one
and R
twenty two
together with the nitrogen atoms to which they are attached form a saturated or unsaturated ring containing 5 to 6 ring atoms, one or two of which are the exemplified nitrogen atoms in addition to the heteroatom selected from O, N and S, the oligonucleotide of [83] above.
[85] R
20
is β-cyanoethyl, and R
twenty one
and R
twenty two
are each isopropyl, the oligonucleotide of [83] above.
[86] the composite handle is the formula -OR
k
and where R
k
is an acid-labile protecting group, the oligonucleotide of [85] above.
[87] the acid-labile protecting group is triphenylmethyl (trityl), 4-monomethoxytrityl, 4,4'-dimethoxytrityl, 4,4',4''-trimethoxytrityl, bis(p-anisyl) ) phenylmethyl, naphthyldiphenylmethyl, p-(p'-bromophenacyloxy)phenyldiphenylmethyl, 9-anthryl, 9-(9-phenyl)xanthenyl and 9-(9-phenyl-10-oxo)anthryl The oligonucleotide according to [86] above, which is selected from the group.
[88] A reagent useful for labeling an oligonucleotide, which is a compound of the structural formula:
LM-L-PEP(XX)
wherein LM represents a labeling moiety comprising an N-protected NH-rhodamine moiety, PEP is a phosphate precursor group comprising a phosphoramidite group or an H-phosphonate group, and L converts said labeling moiety to said phosphate ester precursor. An optional linker that attaches to a group, said N-protected NH-rhodamine moiety is of the formula:
R.
1
, R
2
, R
3
, R
6
, R
7
, R
8
, R
11
, R
12
, R
13
, and R
14
are each independently of each other hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or - (CH2)
n
-R
b
or R
1
and R
2
and/or R
6
and R
7
together with the carbon atom to which they are attached form an optionally substituted benzo group, and R
2
, R
3
, R
7
, R
8
, R
12
, or R
13
contains a group of formula -Y-, where Y is -C(O)-, S(O)
2
is selected from the group consisting of -, -S- and -NH-;
R.
Four
is alone selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group ,
R.
Five
is H or a protecting group;
R.
9
is alone selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
7
and R
9
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
Ten
is H or a protecting group, or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
7
and R
9
or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group and optionally, R
Four
and R
2
or R
3
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group , provided that the compound is represented by the following formula
Each R
a
is lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, —CX
3
and independently selected from 6-20 membered heteroarylalkyl,
Each R
b
is independently X, —OH, —OR
a
-SH, -SR
a
-NH
2
, -NHR
a
NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, -OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, —C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
c
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, and C(NH)NR
c
R.
c
is selected from
Each R
c
independently, R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
together with its nitrogen atom form a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the same or different ring heteroatoms selected from O, N, and S death,
Each R
d
and R
e
when alone is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
, or -(CH
2
)
n
-R
b
is selected from
X is halo;
A reagent wherein n is an integer ranging from 1-10.
[89] the L of the reagent is -Z-(CH
2
)
3-6
-O-, -Z-(CH
2
)
a
-[(Ar)
b
-(CH
2
)
a
]
c
-O-, -Z-(CH
2
)
a
-[C≡C-(CH
2
)
a
]
c
-O-, -Z-(CH
2
)
a
-[C≡C-(Ar)
b
]
c
-(CH
2
)
a
-O-, -Z-(CH
2
)
d
-NH-C(O)-[(CH
2
)
a
-(Ar)-(CH
2
)
a
-C(O)-NH]
c
-(CH
2
)
d
-O-, and -Z-[CH
2
(CH
2
)
e
O]
f
-CH
2
(CH
2
)
e
is selected from O-, wherein
Each Z independently of the others is a functional group F
z
represents the portion of the coupling contributed by
each a independently of the others represents an integer ranging from 0 to 4;
each b independently of the others represents an integer ranging from 1 to 2;
each c independently represents an integer ranging from 1 to 5;
each d independently represents an integer ranging from 1 to 10;
each e independently represents an integer ranging from 1 to 4;
each f independently of the others represents an integer ranging from 1 to 10;
The reagent according to [88] above, wherein each Ar independently of the others represents an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkynene, arylene or heteroarylene group.
[90] each Ar of L is, independently of others, a group derived from cyclohexane, piperazine, benzene, naphthalene, phenol, furan, pyridine, piperidine, imidazole, pyrrolidine, or oxadizole; Oligonucleotides as described.
[91] a compound of structural formula (VII.1),
[92] The reagent of [91] above, wherein the nucleobase is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, 7-deazaguanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene and hypoxanthene.
[93] B is A
iBu
, A
Pac
, C
Ac
, G
iPr-Pac
, T and U, the reagent according to the above [92].
[94] L
2
but -C≡C-CH
2
-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH
2
-NH-C(O)-(CH
2
)
1-6
-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH
2
)
1-6
-NH-C(O)-, -C≡CH-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH- and -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
The reagent according to [91] above, which is selected from -NH- and Ar is as defined in [89] above.
[95]-B-L
2
-But,
[96] The reagent of [89] above, further comprising a suitably protected synthetic handle.
[97] Formula (VIII)
R.
k
OL-LM-L-PEP (VIII)
[In the formula, R
k
represents an acid-labile protecting group, each L independently of the others represents an optional linker, LM represents the labeling moiety, and PEP represents the phosphate precursor group. The reagent of [96].
[98] the reagent is a compound of structural formula (IX),
[99] the reagent is a compound of structural formula (IX.1),
[100] Sp
1
, Sp
2
and Sp
3
are each independently of each other an alkylene chain containing from 1 to 10 carbon atoms, —(CH
2
)
a
-[(Ar)
b
-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(Ar)
b
]
c
-(CH
2
)
a
-, -(CH
2
)
d
-NH-C(O)-[(CH
2
)
a
-(Ar)-(CH
2
)
a
-C(O)-NH]
c
-(CH
2
)
d
-, and -[CH
2
(CH
2
)
e
O]
f
-CH
2
(CH
2
)—, each a independently of the others representing an integer ranging from 0 to 4;
each b independently of the others represents an integer ranging from 1 to 2;
each c independently represents an integer ranging from 1 to 5;
each d independently represents an integer ranging from 1 to 10;
each e independently represents an integer ranging from 1 to 4;
each f independently represents an integer in the range 1 to 10, and Ar independently optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkylene , arylene or heteroarylene group, the reagent according to the above [99].
[101] the reagent is a compound of structural formula (IX.2), (IX.3), (IX.4) or (IX.5),
[102] The reagent of [101] above, wherein the nucleobase is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, 7-deazaguanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene and hypoxanthene.
[103] B of the reagent is A
iBu
, A
Pac
, C
Ac
, G
iPr-Pac
, T and U, the oligonucleotide of [102] above.
[104] L of the reagent
2
but -C≡C-CH
2
-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH
2
-NH-C(O)-(CH
2
)
1-6
-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH
2
)
1-6
-NH-C(O)-, -C=CH-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH- and -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, wherein Ar is, independently of the others, an optionally substituted monocyclic or polycyclic cycloalkylene, cycloheteroalkynene, arylene or heteroarylene group; The reagent of [101].
[105]
[106] The reagent of any one of [89] to [105] above, wherein the phosphate precursor group comprises a phosphoramidite group and an H-phosphonate group.
[107] the phosphate ester precursor group comprises a phosphoramidite of formula (P.1);
R.
20
is linear, branched or cyclic saturated or unsaturated alkyl containing 1 to 10 carbon atoms, 2-cyanoethyl, aryl containing 6 to 10 ring carbon atoms, and 6 to 10 arylalkyl containing ring carbon atoms and 1 to 10 alkylene carbon atoms;
Each R
twenty one
and R
twenty two
are, independently of each other, linear, branched or cyclic saturated or unsaturated alkyl containing 1 to 10 carbon atoms, aryl containing 6 to 10 carbon atoms, and 6 to 10 arylalkyl containing carbon atoms and 1 to 10 alkylene carbon atoms, or alternatively, R
twenty one
and R
twenty two
together with the nitrogen atoms to which they are attached form saturated or unsaturated rings containing 5-6 ring atoms, one or two of which are attached to the exemplified nitrogen atoms In addition, the reagent according to [106] above, which can be a heteroatom selected from O, N and S.
[108] R
20
is β-cyanoethyl, and R
twenty one
and R
twenty two
are each isopropyl, the reagent of [107] above.
[109] The reagent of [88] above, further comprising a solid support and a suitably protected synthetic handle.
[110] A compound of structural formula (X),
[111] A compound of structural formula (X.1),
[112] Sp
1
and Sp
2
are each independently of each other an alkylene chain containing from 1 to 10 carbon atoms, —(CH
2
)
a
-[(Ar)
b
-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(Ar)
b
]
c
-(CH
2
)
a
-, -(CH
2
)
d
-NH-C(O)-[(CH
2
)
a
-(Ar)-(CH
2
)
a
-C(O)-NH]
c
-(CH
2
)
d
- and [CH
2
(CH
2
)
e
O]
f
-CH
2
(CH
2
)—wherein a, b, c, d, e, f and Ar are as defined in [4] above, and Sp
Four
contains an ester bond, the reagent of [106] above.
[113] a compound of structural formula (X.2), (X.3), (X.4) or (X.5),
[114] The reagent of [113] above, wherein the nucleobase is selected from adenine, 7-deazaguanine, guanine, 7-deazaguanine, cytosine, uracil, thymine, inosine, xanthene and hypoxanthene.
[115] B is A
iBu
, A
Pac
, C
Ac
, G
iPr-Pac
, and U, the reagent according to the above [113].
[116] L
2
but -C≡C-CH
2
-NH-, -C≡C-C(O)-, -CH=CH-NH-, -CH=CH-C(O)-, -C≡C-CH
2
-NH-C(O)-(CH
2
)
1-6
-NH-, -CH=CH-C(O)-NH-(CH
2
)
1-6
-NH-C(O)-, -C≡CH-CH
2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-C≡C-CH
2
-O-CH
2
CH
2
[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH-, -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
[O-CH
2
CH
2
]
0-6
-NH- and -C≡C-(Ar)
1-2
-O-CH
2
CH
2
-[O-CH
2
CH
2
]
0-6
The reagent according to [113] above, which is selected from -NH- and Ar is as defined in [4] above.
[117]
-BL
2
The reagent according to [113] above, wherein - is selected from the following.
[119] said N-protected NH-rhodamine moiety comprises a structure selected from Structural Formulas;
[120] said N-protected NH-rhodamine moiety comprises a structure selected from Structural Formulas (III.1), (III.2), (III.3), and (III.4);
[121] the N-protected NH-rhodamine moiety is
(i) Y is -C(O)-, -S(O)
2
-, -S- and -NH-,
(ii) R
11
and R
14
are each chloro,
(iii) R
1
and R
6
are each hydrogen,
(iv) R
1
and R
2
or R
6
and R
6
together form a benzo group,
(v) R
2
and R
7
are each hydrogen or lower alkyl,
(vi) R
Five
is a protecting group,
(vii) R
Four
and R
9
together with substituents on adjacent carbon atoms, —CH
2
CH
2
-, -CH
2
CH
2
CH
2
-, -C(CH
3
)
2
CH=C(CH
3
)-, C(CH
3
)
2
CH=CH, -CH
2
C(CH
3
)
2
-as well as
The reagent of [119] or [120] above, having applicable one or more features selected from
[122] R
Five
is the formula -C (O) R
15
is an acyl group of the formula, wherein R
Ten
is hydrogen, lower alkyl, methyl, -CX
3
, -CHX
2
, CH
2
X, CH
2
OR
d
and lower alkyl, methyl, -X, -OR
d
, phenyl optionally monosubstituted with a cyano or nitro group, wherein R
d
is selected from lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halo group, the reagent according to [116] to [119] above.
[123]
R15
is selected from methyl and trifluoromethyl, the reagent of [122] above.
[124] The reagent of any one of [88] to [123] above, wherein said labeling moiety further comprises a donor and/or acceptor moiety for said N-protected NH-rhodamine moiety.
[125] The reagent of any one of [88] to [121] above, wherein said labeling moiety further comprises a donor moiety for said N-protected NH-rhodamine moiety.
[126] The reagent of [125] above, wherein said donor moiety comprises an N-protected NH-rhodamine moiety or an O-protected fluorescein moiety.
[127] the 2′-, 2″-, 4′-, 5′-, 7′-, 7″-, 5- or 6-position of said donor moiety is that of said N-protected NH-rhodamine moiety; R.
3
, R
12
, or R
13
The reagent according to [126] above, which is bound to
[128] The reagent of [127] above, wherein said donor moiety and said N-protected NH-rhodamine moiety are attached in a head-to-head orientation.
[129] The reagent of [127] above, wherein said donor moiety and said N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a head-to-tail orientation.
[130] The reagent of [127] above, wherein said donor moiety and said N-protected NH-rhodamine moiety are attached in a tail-to-tail orientation.
[131] The reagent of [127] above, wherein said donor moiety and said N-protected NH-rhodamine moiety are attached in a side-to-side orientation.
[132] The reagent of [127] above, wherein said donor moiety and said N-protected NH-rhodamine moiety are linked in a side-to-head orientation.
[133] The reagent of [127] above, wherein said donor moiety and said N-protected NH-rhodamine moiety are attached in a side-to-tail orientation.
[134] the labeling moiety comprises structural formula (VI);
AZ
1
-Sp-Z
2
-D(VI)
wherein A represents said N-protected NH-rhodamine moiety, D represents said donor moiety, Z
1
and Z
2
may be the same or different and the functional group F
z
and Sp represents a spacing moiety.
[135] A is an N-protected NH-rhodamine moiety and D is structural formula D. 1, D. 2, D. 3, D. 4, D. 5, D. 6, D. 7, D. 8, D. 9, D. 10, D. 11 and D. selected from 12,
Each R
1'
, R
2'
, R
2''
, R
Four'
, R
Four''
, R
Five'
, R
Five''
, R
7'
, R
7''
, and R
8'
when alone is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, R
b
and -(CH
2
)
x
-R
b
wherein x is an integer having a value from 1 to 10, and R
b
is -X, -OH, -OR
a
-SH, -SR
a
-NH
2
, -NHR
a
-NR
c
R.
c
, N
+
R.
c
R.
c
R.
c
, perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH)
2
, P(O)(OR
a
)
2
, P(O)(OH)(OR
a
), -OP (O) (OH)
2
, OP(O)(OR
a
)
2
, -OP(O)(OR
a
) (OH), -S (O)
2
OH, S(O)
2
R.
a
, —C(O)H, C(O)R
a
, -C(S)X, -C(O)OR
a
, —C(O)OH, —C(O)NH
2
, —C(O)NHR
a
, C(O)NR
c
R.
c
, C(S)NH
2
, C(O)NHR
a
, -C(O)NR
c
R.
c
, —C(NH)NH
2
, —C(NH)NHR
a
, and —C(NH)NR
c
R.
c
wherein X is halo and each R
a
is selected from the group consisting of lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl and 6-20 membered heteroarylalkyl; each R
c
independently R
a
or two R attached to the same nitrogen atom
c
together with its nitrogen atom may optionally contain one or more of the same or different ring heteroatoms selected from the group consisting of O, N, and S, a 5- to 8-membered saturated or unsaturated form a ring or
Alternatively, R
1'
and R
2'
or R
7'
and R
8'
together with the carbon atoms to which they are attached form optionally substituted (C6-C14) aryl bridges and/or R
Four'
and R
Four''
and/or R
Five'
and R
Five''
together with the carbon atom to which they are attached form a benzo group,
Each R
Four
, R
Five
, R
6
, and R
7
are independently of each other hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 6-14 membered heteroaryl, 7-20 membered heteroarylalkyl, —R
b
and -(CH
2
)
x
-R
b
is selected from
E.
1
is -NHR
9
, -NR
9
R.
Ten
and -OR
9b
is selected from the group consisting of
E.
2
is -NHR
9
, -NR
9
R.
Ten
and -OR
9b
is selected from the group consisting of
R.
9
when alone is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R
7
and R
9
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
Ten
is H or a protecting group, or R
8
and R
Ten
together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group;
R.
9b
is R
9
and
Each Y
1a
, Y
1b
, Y
2a
, Y
2b
, Y
3a
and Y
3b
are independently —O—, —S—, —NH—, —C(O)— and —S(O)
2
is selected from the group consisting of
However, each E
1
and E
2
G-OR
9b
, then R
1'
and R
2'
and/or R
7'
and R
8'
may form an optionally substituted (C6-C14) aryl bridge only with the carbon atoms to which they are attached.
[136] D. 1 to D. 12 is
(i) Y
1a
, Y
2a
and Y
3a
are each independently of each other -C(O)- and S(O)
2
- selected from
Y.
1b
, Y
2b
and Y
3b
is -NH-,
(iii) R
Four
and R
7
are each chloro,
(iv) R
1'
and R
8
are each hydrogen,
(v) R
1'
and R
2'
or R
7'
and R
8'
together form a benzo group, and
(vi) R
2'
and R
7'
The reagent of [135] above, having the applicable one or more features selected from each of is hydrogen or lower alkyl.
[137] Y
1a
, Y
2a
and Y
3a
is -NH-, and Y
1b
, Y
2b
and Y
3b
is, -C (O) - and -S (O)
2
- is selected from Z
1
is -C(O)- and -S(O)
2
- is selected from Z
2
is -NH- and Sp is -(CH
2
)
a
-[(Ar)
b
-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(CH
2
)
a
]
c
-, -(CH
2
)
a
-[C≡C-(Ar)
b
]
c
-(CH
2
)
a
-, -(CH
2
)
d
-NH-C(O)-[(CH
2
)
a
-(Ar)-(CH
2
)
a
-C(O)-NH]
c
-(CH
2
)
d
-, and -[CH
2
(CH
2
)
e
O]
f
-CH
2
(CH
2
)—, wherein a, b, c, d, e, f, and Ar are as previously defined in [4] above.
[138] Structural Formula D. 1 to D. In 12, R
1'
and R
2'
and/or R
7'
and R
8'
forms a benzobridge together with the carbon atoms to which they are attached.
[139] E.
1
and E
2
are respectively -OR
9b
The reagent according to [135] to [138] above.
[140] R
9b
is the formula -C (O) R
15
is an acyl group of R
15
is lower alkyl, the reagent according to the above [139].
[141] R
15
is t-butyl, the reagent according to [140] above.
[142] R
9
is the formula -C (O) R
15
is an acyl group of R in the formula
15
is hydrogen, lower alkyl, methyl, -CX
3
, -CHX
2
, CH
2
X, CH
2
OR
d
and lower alkyl, methyl, -X, -OR
d
, phenyl optionally monosubstituted with a cyano or nitro group, wherein R
d
is selected from lower alkyl, phenyl and pyridyl, and each X is a halo group.
[143] R
15
is selected from methyl and trifluoromethyl, the reagent of [142] above.
[144] A method for simultaneously amplifying and analyzing multiple loci, comprising:
Amplifying a nucleic acid sample using a plurality of amplification primer pairs to form a plurality of amplification products, wherein at least one of each of the primer pairs comprises the labeled nucleotide according to [28] above, and the amplification product is A method comprising different loci.
[145] The method of [144] above, wherein the labeled nucleotide of [28] above is used to label at least three primer pairs.
[146] The method of [145], wherein the labeled nucleotide of [28] is used to label 3 to 8 primer pairs.
[147] A sheep in which said nucleic acid sample comprises whole blood, tissue biopsy, lymph, bone, bone marrow, teeth, skin, skin cells such as those in fingerprints, bone, teeth, amniotic fluid containing placental cells, and fetal cells Fluid, hair, skin, semen, anal secretions, faeces, urine, vaginal secretions, sweat, saliva, buccal swabs, various environmental samples (e.g. agriculture, water, and soil), general research samples, general purification samples , and lysed cells.
[148] A kit comprising oligonucleotide primers for co-amplifying a set of loci of at least one nucleic acid sample to be analyzed, said set of loci being capable of co-amplifying, wherein A kit, at least one of which contains the labeled nucleotide of [28] above, and wherein the primer is in one or more containers.
[149] The kit of [148] above, wherein all of the oligonucleotide primers in the kit are contained in one container.
[150] The kit of [148] above, further comprising at least one reagent for multiplex amplification reaction and at least one container having at least one size standard.
[151] The kit of [148] above, wherein at least one of the oligonucleotide primers contains a labeled nucleotide, and the labeled nucleotide has spectral characteristics different from those of the labeled nucleotide of [28] above.
Claims (31)
Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ6、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、及びＲ14は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ２）n－Ｒbから選択されるか、あるいは、Ｒ1及びＲ2及び／又はＲ6及びＲ7は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成し、
Ｒ4は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ4及びＲ2又はＲ3の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ5は、Ｈ又は保護基であり、
Ｒ9は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ7及びＲ9は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ10は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ8及びＲ10は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ7及びＲ9又はＲ8及びＲ10の少なくとも１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、任意に、Ｒ4及びＲ2又はＲ3の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、但し、前記化合物は次式
各Ｒaは、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ3及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから独立して選択され、
各Ｒbは独立して、－Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲa、－ＳＨ、－ＳＲa、－ＮＨ2、－ＮＨＲa、－ＮＲcＲc、－Ｎ+ＲcＲcＲc、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）2、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲa）2、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲa）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）2、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲa）2、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲa）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、－Ｓ（Ｏ）2Ｒa、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒa、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲa、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ2、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲa、－Ｃ（Ｏ）ＮＲcＲc、－Ｃ（Ｓ）ＮＨ2、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲa、－Ｃ（Ｏ）ＮＲcＲc、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ2、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲa、及び－Ｃ（ＮＨ）ＮＲcＲcから選択され、
各Ｒcは、独立して、Ｒaであるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲcがその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成してもよく、
各Ｒd及びＲeは、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ2）n－Ｒbから選択され、
Ｘはハロであり、
ｎは、１～１０の範囲の整数である、化合物。 A compound of the formula:
R 1 , R 2 , R 3 , R 6 , R 7 , R 8 , R 11 , R 12 , R 13 and R 14 , when alone and independently of each other, are hydrogen, lower alkyl, (C6-C14 ) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R b , or —(CH2) n —R b ; alternatively, R 1 and R2 and/or R6 and R7 together with the carbon atom to which they are attached form an optionally substituted benzo group;
R 4 , when alone, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R 4 and one of R 2 or R 3 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted to form a heteroaryl group,
R5 is H or a protecting group;
R 9 , when alone, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R 7 and R 9 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group death,
R 10 is H or a protecting group, or R 8 and R 10 together with the atom to which they are attached are an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocyclo forming an alkenyl group or an optionally substituted heteroaryl group,
At least one of R 7 and R 9 or R 8 and R 10 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or optionally one of R 4 and R 2 or R 3 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl optionally substituted heterocycloalkenyl group, or optionally substituted heteroaryl group, provided that said compound has the formula
each R a is independently selected from lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl , —CX and 6-20 membered heteroarylalkyl;
Each R b is independently —X, —OH, —OR a , —SH, —SR a , —NH 2 , —NHR a , —NR c R c , —N + R c R c R c , perhalo lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH) 2 , —P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), —OP(O)(OH ) 2 , —OP(O)(OR a ) 2 , —OP(O)(OR a )(OH), —S(O) 2 OH, —S (O) 2 R a , —C(O)H , —C(O)R a , —C(S)X, —C(O)OR a , —C(O)OH, —C(O)NH 2 , —C(O)NHR a , —C( O) NRcRc , -C(S) NH2 , -C(O) NHRa , -C(O) NRcRc , -C ( NH) NH2 , -C ( NH) NHRa , and - selected from C (NH) NRcRc ,
Each R c is independently R a , or the same nitrogen atom with two R c bound to the same nitrogen atom selected from O, N, and S together with that nitrogen atom. or may form a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the different ring heteroatoms,
Each R d and R e , when alone, is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl , —R b , or —(CH 2 ) n —R b ,
X is halo;
A compound wherein n is an integer ranging from 1-10.
式中、各Ｒf、Ｒg、Ｒh、Ｒi、及びＲjは、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ２）n－Ｒbから選択される、請求項１に記載の化合物。 said compound having the formula (II.1),
wherein each R f , R g , R h , R i , and R j , when alone and independently of each other, is hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 2. The compound of claim 1, selected from 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, -R b , or -(CH2) n -R b .
ＬＭ－Ｌ－ＰＥＰ
式中、ＰＥＰはリン酸エステル前駆体基であり、Ｌは前記標識部分をＰＥＰ基に結合させる任意のリンカーであり、ＬＭは式（Ｉ）のＮ－保護ＮＨ－ローダミン部分を含み、
Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ6、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、及びＲ14は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ２）n－Ｒbから選択されるか、あるいは、Ｒ1及びＲ2及び／又はＲ6及びＲ7は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成し、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ12、又はＲ13のうち１つは、式－Ｙ－の基を含み、式中、Ｙは－Ｃ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）2－、－Ｓ－及び－ＮＨ－からなる群から選択され、
Ｒ4は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ4及びＲ2又はＲ3の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ5は、Ｈ又は保護基であり、
Ｒ9は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ7及びＲ9は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ10は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ8及びＲ10は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ7及びＲ9又はＲ8及びＲ10の少なくとも１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、任意に、Ｒ4及びＲ2又はＲ3の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、但し、化合物は次式
各Ｒaは、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ3及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから独立して選択され、
各Ｒbは独立して、Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲa－ＳＨ、－ＳＲa－ＮＨ2、－ＮＨＲa 、－ＮＲcＲc、－Ｎ+ＲcＲcＲc、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）2、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲa）2、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲa）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）2、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲa）2、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲa）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、－Ｓ（Ｏ）2Ｒa、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒa、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲa、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ2、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲa、－Ｃ（Ｏ）ＮＲcＲc、－Ｃ（Ｓ）ＮＨ2、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲa、－Ｃ（Ｏ）ＮＲcＲc、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ2、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲa、及び－Ｃ（ＮＨ）ＮＲcＲcから選択され、
各Ｒcは、独立して、Ｒaであるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲcがその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成してもよく、
各Ｒd及びＲeは、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ2）n－Ｒbから選択され、
Ｘはハロであり、
ｎは、１～１０の範囲の整数である、オリゴヌクレオチド。 An oligonucleotide comprising a labeling moiety prepared by reacting a solid support-bound oligonucleotide with a reagent having the structure:
LM-L-PEP
wherein PEP is a phosphate precursor group, L is an optional linker that attaches the labeling moiety to the PEP group, LM comprises the N-protected NH-rhodamine moiety of formula (I),
R 1 , R 2 , R 3 , R 6 , R 7 , R 8 , R 11 , R 12 , R 13 and R 14 , when alone and independently of each other, are hydrogen, lower alkyl, (C6-C14 ) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R b , or —(CH2) n —R b ; alternatively, R 1 and R 2 and/or R 6 and R 7 together with the carbon atom to which they are attached form an optionally substituted benzo group, R 2 , R 3 , R 7 , R 8 , R 12 , or one of R 13 contains a group of the formula -Y-, where Y is the group consisting of -C(O) - , -S(O) 2 -, -S- and -NH- is selected from
R 4 , when alone, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R 4 and one of R 2 or R 3 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted to form a heteroaryl group,
R5 is H or a protecting group;
R 9 , when alone, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R 7 and R 9 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group death,
R 10 is H or a protecting group, or R 8 and R 10 together with the atom to which they are attached are an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocyclo forming an alkenyl group or an optionally substituted heteroaryl group,
At least one of R 7 and R 9 or R 8 and R 10 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or optionally one of R 4 and R 2 or R 3 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl , an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group, provided that the compound has the formula
each R a is independently selected from lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl , —CX and 6-20 membered heteroarylalkyl;
each R b is independently X, —OH, —OR a —SH, —SR a —NH 2 , —NHR a , —NR c R c , —N + R c R c R c , perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH) 2 , —P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), —OP(O)(OH) 2 , - OP(O)(OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, - S(O) 2 R a , -C(O)H, - C (O)R a , —C(S)X, —C(O)OR a , —C(O)OH, —C(O)NH 2 , —C(O)NHR a , —C(O)NR cRc , -C(S) NH2 , -C(O) NHRa , -C(O) NRcRc , -C ( NH) NH2 , -C(NH) NHRa , and -C ( NH ) selected from NRcRc ,
Each R c is independently R a , or the same nitrogen atom with two R c bound to the same nitrogen atom selected from O, N, and S together with that nitrogen atom. or may form a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the different ring heteroatoms,
Each R d and R e , when alone, is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl , —R b , or —(CH 2 ) n —R b ,
X is halo;
Oligonucleotides, wherein n is an integer ranging from 1-10.
ＬＭ－Ｌ－ＰＥＰ（ＸＸ）
式中、ＬＭはＮ－保護ＮＨ－ローダミン部分を含む標識部分を表し、ＰＥＰはホスホラミダイト基又はＨ－ホスホネート基を含むリン酸エステル前駆体基であり、Ｌは前記標識部分を前記リン酸エステル前駆体基に結合させる任意のリンカーであり、前記Ｎ－保護ＮＨ－ローダミン部分は次式のものであり、
Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ6、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、及びＲ14は、単独の場合、互いに独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ２）n－Ｒbから選択されるか、あるいは、Ｒ1及びＲ2及び／又はＲ6及びＲ7は、それらが結合している炭素原子と一緒になって、任意に置換されたベンゾ基を形成し、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ12、又はＲ13のうち１つは、式－Ｙ－の基を含み、式中、Ｙは－Ｃ（Ｏ）－、Ｓ（Ｏ）2－、－Ｓ－及び－ＮＨ－からなる群から選択され、
Ｒ4は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ4及びＲ2又はＲ3の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ5は、Ｈ又は保護基であり、
Ｒ9は、単独の場合、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキルから選択されるか、あるいはＲ7及びＲ9は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ10は、Ｈ又は保護基であるか、又はＲ8及びＲ10は、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、
Ｒ7及びＲ9又はＲ8及びＲ10の少なくとも１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、任意に、Ｒ4及びＲ2又はＲ3の１つは、それらが結合している原子と一緒になって、任意に置換されたヘテロシクロアルキル基、任意に置換されたヘテロシクロアルケニル基、又は任意に置換されたヘテロアリール基を形成し、但し、化合物は次式
各Ｒaは、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、－ＣＸ3及び６～２０員ヘテロアリールアルキルから独立して選択され、
各Ｒbは独立して、Ｘ、－ＯＨ、－ＯＲa－ＳＨ、－ＳＲa－ＮＨ2、－ＮＨＲa 、－ＮＲcＲc、－Ｎ+ＲcＲcＲc、パーハロ低級アルキル、トリハロメチル、トリフルオロメチル、－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）2、－Ｐ（Ｏ）（ＯＲa）2、Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）（ＯＲa）、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）2、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲa）2、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲa）（ＯＨ）、－Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、－Ｓ（Ｏ）2Ｒa、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、－Ｃ（Ｏ）Ｒa、－Ｃ（Ｓ）Ｘ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲa、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ2、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲa、－Ｃ（Ｏ）ＮＲcＲc、－Ｃ（Ｓ）ＮＨ2、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲa、－Ｃ（Ｏ）ＮＲcＲc、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨ2、－Ｃ（ＮＨ）ＮＨＲa、及び－Ｃ（ＮＨ）ＮＲcＲcから選択され、
各Ｒcは、独立して、Ｒaであるか、又は、同じ窒素原子に結合している２つのＲcがその窒素原子と一緒になって、Ｏ、Ｎ、及びＳから選択される同じ又は異なる環ヘテロ原子のうち１つ又は複数を任意に含んでもよい５～８員飽和又は不飽和の環を形成してもよく、
各Ｒd及びＲeは、単独の場合、独立して、水素、低級アルキル、（Ｃ６～Ｃ１４）アリール、（Ｃ７～Ｃ２０）アリールアルキル、５～１４員ヘテロアリール、６～２０員ヘテロアリールアルキル、－Ｒb、又は－（ＣＨ2）n－Ｒbから選択され、
Ｘはハロであり、
ｎは、１～１０の範囲の整数である、試薬。 A reagent useful for labeling oligonucleotides, a compound of the structural formula:
LM-L-PEP(XX)
wherein LM represents a labeling moiety comprising an N-protected NH-rhodamine moiety, PEP is a phosphate precursor group comprising a phosphoramidite group or an H-phosphonate group, and L converts said labeling moiety to said phosphate ester precursor. An optional linker that attaches to a group, said N-protected NH-rhodamine moiety is of the formula:
R 1 , R 2 , R 3 , R 6 , R 7 , R 8 , R 11 , R 12 , R 13 and R 14 , when alone and independently of each other, are hydrogen, lower alkyl, (C6-C14 ) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, —R b , or —(CH2) n —R b ; alternatively, R 1 and R 2 and/or R 6 and R 7 together with the carbon atom to which they are attached form an optionally substituted benzo group, R 2 , R 3 , R 7 , R 8 , R 12 , or one of R 13 contains a group of formula -Y-, where Y is from the group consisting of -C(O)-, S(O) 2 -, -S- and -NH- selected,
R 4 , when alone, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R 4 and one of R 2 or R 3 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted to form a heteroaryl group,
R5 is H or a protecting group;
R 9 , when alone, is selected from hydrogen, lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl, or R 7 and R 9 together with the atoms to which they are attached form an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group death,
R 10 is H or a protecting group, or R 8 and R 10 together with the atom to which they are attached are an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocyclo forming an alkenyl group or an optionally substituted heteroaryl group,
At least one of R 7 and R 9 or R 8 and R 10 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl group, an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or optionally one of R 4 and R 2 or R 3 together with the atom to which they are attached is an optionally substituted heterocycloalkyl , an optionally substituted heterocycloalkenyl group, or an optionally substituted heteroaryl group, provided that the compound has the formula
each R a is independently selected from lower alkyl, (C6-C14)aryl, (C7-C20)arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl , —CX and 6-20 membered heteroarylalkyl;
each R b is independently X, —OH, —OR a —SH, —SR a —NH 2 , —NHR a , —NR c R c , —N + R c R c R c , perhalo-lower alkyl, trihalomethyl, trifluoromethyl, —P(O)(OH) 2 , —P(O)(OR a ) 2 , P(O)(OH)(OR a ), —OP(O)(OH) 2 , - OP(O)(OR a ) 2 , -OP(O)(OR a )(OH), -S(O) 2 OH, - S(O) 2 R a , -C(O)H, - C (O)R a , —C(S)X, —C(O)OR a , —C(O)OH, —C(O)NH 2 , —C(O)NHR a , —C(O)NR cRc , -C(S) NH2 , -C(O) NHRa , -C(O) NRcRc , -C ( NH) NH2 , -C(NH) NHRa , and -C ( NH ) selected from NRcRc ,
Each R c is independently R a , or the same nitrogen atom with two R c bound to the same nitrogen atom selected from O, N, and S together with that nitrogen atom. or may form a 5- to 8-membered saturated or unsaturated ring optionally containing one or more of the different ring heteroatoms,
Each R d and R e , when alone, is independently hydrogen, lower alkyl, (C6-C14) aryl, (C7-C20) arylalkyl, 5-14 membered heteroaryl, 6-20 membered heteroarylalkyl , —R b , or —(CH 2 ) n —R b ,
X is halo;
A reagent wherein n is an integer ranging from 1-10.
複数の増幅プライマ対を用いて核酸試料を増幅して、複数の増幅産物を形成することを含み、前記プライマ対それぞれの少なくとも１つが請求項２８に記載の標識ヌクレオチドを含み、前記増幅産物のそれぞれが異なる遺伝子座を含む、方法。 A method of simultaneously amplifying and analyzing multiple loci, comprising:
amplifying a nucleic acid sample using a plurality of amplification primer pairs to form a plurality of amplification products, at least one of each of said primer pairs comprising the labeled nucleotide of claim 28, each of said amplification products comprising comprises different loci.
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