RU2021108422A - Способы получения клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор - Google Patents

Способы получения клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор Download PDF

Info

Publication number
RU2021108422A
RU2021108422A RU2021108422A RU2021108422A RU2021108422A RU 2021108422 A RU2021108422 A RU 2021108422A RU 2021108422 A RU2021108422 A RU 2021108422A RU 2021108422 A RU2021108422 A RU 2021108422A RU 2021108422 A RU2021108422 A RU 2021108422A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
cells
population
cell population
iii
car
Prior art date
Application number
RU2021108422A
Other languages
English (en)
Inventor
Луиз ТРИНОР
Майкл Р. Грин
Дженнифер Брогдон
Борис Энгельс
Гленн Дранофф
Оля КОДРАСИ
Хиунгвоок Лим
Акаш СОХОНИ
Элизабет Дороти ПРЕЙТИКО
Энниша ХЭК
Аида Эйбьюджоуб
Тони Флеминг
Лу ХУАН
Конни Хонг
Джон Бланкеншип
Брайан Хольмберг
Чунхой Чжан
Дэсю БУ
Эндрю ПРАЙС
Сюй ЧЖУ
Эндрю СТЕЙН
Аттилио Бонданца
Original Assignee
Новартис Аг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Новартис Аг filed Critical Новартис Аг
Publication of RU2021108422A publication Critical patent/RU2021108422A/ru

Links

Claims (190)

1. Способ получения популяции клеток (например, T-клеток), которые экспрессируют химерный антигенный рецептор (CAR), где способ включает:
(i) приведение в контакт (например, связывание) популяции клеток (например, T-клеток, например T-клеток, выделенных из замороженного или свежего продукта, полученного в результате лейкафереза) со средством, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, и/или средством, которое стимулирует костимулирующую молекулу на поверхности клеток;
(ii) приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с молекулой нуклеиновой кислоты (например, молекулой ДНК или РНК), кодирующей CAR, с получением таким образом популяции клеток (например, T-клеток), содержащих указанную молекулу нуклеиновой кислоты, и
(iii) сбор популяции клеток (например, T-клеток) для хранения (например, повторное составление популяции клеток в среде для криоконсервирования) или введения, где
(a) стадию (ii) проводят вместе со стадией (i) или не позже чем через 20 часов после начала стадии (i), например не позже чем через 12, 13, 14, 15, 16, 17 или 18 часов после начала стадии (i), например не позже чем через 18 часов после начала стадии (i), и
стадию (iii) проводят не позже чем через 30 (например, 26) часов после начала стадии (i), например не позже чем через 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 часов после начала стадии (i), например не позже чем через 24 часа после начала стадии (i),
(b) стадию (ii) проводят вместе со стадией (i) или не позже чем через 20 часов после начала стадии (i), например не позже чем через 12, 13, 14, 15, 16, 17 или 18 часов после начала стадии (i), например не позже чем через 18 часов после начала стадии (i), и
стадию (iii) проводят не позже чем через 30 часов после начала стадии (ii), например не позже чем через 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 часов после начала стадии (ii), или
(c) популяцию клеток из стадии (iii) не размножают или размножают до увеличения количества клеток на не более чем 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%, например не более чем 10%, например, согласно оценке по числу живых клеток, по сравнению с популяцией клеток в начале стадии (i),
при этом необязательно молекула нуклеиновой кислоты на стадии (ii) находится в вирусном векторе, при этом необязательно молекула нуклеиновой кислоты на стадии (ii) представляет собой молекулу РНК, находящуюся в вирусном векторе, при этом необязательно стадия (ii) включает осуществление трансдукции популяции клеток (например, T-клеток) с помощью вирусного вектора, содержащего молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR.
2. Способ по п. 1, где средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, представляет собой средство, которое стимулирует CD3 (например, антитело к CD3), и где средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, представляет собой средство, которое стимулирует CD28, ICOS, CD27, HVEM, LIGHT, CD40, 4-1BB, OX40, DR3, GITR, CD30, TIM1, CD2, CD226 или любую их комбинацию, при этом необязательно средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, или средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, выбраны из антитела (например, однодоменного антитела (например, антитела на основе вариабельного домена тяжелой цепи), пептитела, Fab-фрагмента или scFv), малой молекулы или лиганда (например, существующего в природе, рекомбинантного или химерного лиганда), при этом необязательно средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, или средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, не содержат гранулу, при этом необязательно средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, содержит антитело к CD3, и средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, содержит антитело к CD28, при этом необязательно средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, содержит антитело к CD3, ковалентно присоединенное к коллоидной полимерной наноматрице, и средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, содержит антитело к CD28, ковалентно присоединенное к коллоидной полимерной наноматрице, при этом необязательно средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, и средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, содержат T Cell TransActTM.
3. Способ по п. 1 или 2, где стадия (i) обеспечивает повышение процентной доли клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii), например, популяция клеток из стадии (iii) демонстрирует более высокую процентную долю клеток, экспрессирующих CAR (например, выше на по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50 или 60%), по сравнению с клетками, полученными способом без стадии (i), в остальном аналогичным данному способу.
4. Способ по любому из пп. 1-3, где
(a) процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является такой же, как процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ клеток, в популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от нее на не более чем 5 или 10%;
(b) процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является повышенной, например в по меньшей мере 1,2, 1,4, 1,6, 1,8, 2,0, 2,2, 2,4, 2,6, 2,8 или 3 раза, по сравнению с процентной долей необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ клеток, в популяции клеток в начале стадии (i);
(c) процентная доля необученных T-клеток, экспрессирующих CAR, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток повышается в ходе стадии (ii), например повышается, например, на по меньшей мере 30, 35, 40, 45, 50, 55 или 60%, за 18-24 часа после начала стадии (ii); или
(d) процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) не снижается или снижается на не более чем 5 или 10% по сравнению с процентной долей необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ клеток, в популяции клеток в начале стадии (i).
5. Способ по любому из пп. 1-4, где
(a) популяция клеток из стадии (iii) демонстрирует более высокую процентную долю необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток (например, выше на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу;
(b) процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой (например, выше в по меньшей мере 1,2, 1,4, 1,6, 1,8, 2,0, 2,2, 2,4, 2,6, 2,8 или 3 раза), чем процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, среди клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу;
(c) процентная доля необученных T-клеток, экспрессирующих CAR, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой (например, выше в по меньшей мере 4, 6, 8, 10 или 12 раз), чем процентная доля необученных T-клеток, экспрессирующих CAR, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, экспрессирующих CAR, среди клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу;
(d) популяция клеток из стадии (iii) демонстрирует более высокую процентную долю необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток (например, выше на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу;
(e) процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой (например, выше в по меньшей мере 1,2, 1,4, 1,6, 1,8, 2,0, 2,2, 2,4, 2,6, 2,8 или 3 раза), чем процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, среди клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу; или
(f) процентная доля необученных T-клеток, экспрессирующих CAR, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой (например, выше в по меньшей мере 4, 6, 8, 10 или 12 раз), чем процентная доля необученных T-клеток, экспрессирующих CAR, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, экспрессирующих CAR, среди клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
6. Способ по любому из пп. 1-5, где
(a) процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например центральных CD95+ Т-клеток памяти, в популяции клеток из стадии (iii) является такой же, как процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например центральных CD95+ Т-клеток памяти, в популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от нее на не более чем 5 или 10%;
(b) процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является уменьшенной на по меньшей мере 20, 25, 30, 35, 40, 45 или 50% по сравнению с процентной долей центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в популяции клеток в начале стадии (i);
(c) процентная доля центральных T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CCR7+CD45RO+ клеток, экспрессирующих CAR, снижается в ходе стадии (ii), например снижается, например, на по меньшей мере 8, 10, 12, 14, 16, 18 или 20%, за 18-24 часа после начала стадии (ii); или
(d) процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) не повышается или повышается на не более чем 5 или 10% по сравнению с процентной долей центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в популяции клеток в начале стадии (i).
7. Способ по любому из пп. 1-6, где
(a) популяция клеток из стадии (iii) демонстрирует более низкую процентную долю центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например центральных CD95+ Т-клеток памяти (например, ниже на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу;
(b) процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является более низкой (например, ниже на по меньшей мере 20, 30, 40 или 50%), чем процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, среди клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу;
(c) процентная доля центральных T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является более низкой (например, ниже на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), чем процентная доля центральных T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, экспрессирующих CAR, среди клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу;
(d) популяция клеток из стадии (iii) демонстрирует более низкую процентную долю центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например центральных CD95+ Т-клеток памяти (например, ниже на по меньшей мере 10, 20, 30, или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу;
(e) процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является более низкой (например, ниже на по меньшей мере 20, 30, 40 или 50%), чем процентная доля центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, среди клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу; или
(f) процентная доля центральных T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является более низкой (например, ниже на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), чем процентная доля центральных T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, экспрессирующих CAR, среди клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
8. Способ по любому из пп. 1-7, где
(a) процентная доля стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является повышенной по сравнению с процентной долей стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в популяции клеток в начале стадии (i);
(b) процентная доля стволовых T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является повышенной по сравнению с процентной долей стволовых T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток в начале стадии (i);
(c) процентная доля стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой, чем процентная доля стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, среди клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу; или
(d) процентная доля стволовых T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой, чем процентная доля стволовых T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, экспрессирующих CAR, среди клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу.
(e) процентная доля стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой, чем процентная доля стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, среди клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу; или
(f) процентная доля стволовых T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, экспрессирующих CAR, в популяции клеток из стадии (iii) является более высокой, чем процентная доля стволовых T-клеток памяти, экспрессирующих CAR, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, экспрессирующих CAR, среди клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
9. Способ по любому из пп. 1-8, где
(a) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в TEM относительно подавляемых в TSCM) популяции клеток из стадии (iii) является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в TEM относительно подавляемых в TSCM) популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 25, 50, 75, 100 или 125%;
(b) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в TEM относительно подавляемых в TSCM) популяции клеток из стадии (iii) является более низким (например, ниже на по меньшей мере приблизительно 100, 150, 200, 250 или 300%), чем медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в TEM относительно подавляемых в TSCM) для
клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или
клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу;
(c) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в Treg относительно подавляемых в Teff) популяции клеток из стадии (iii) является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в Treg относительно подавляемых в Teff) популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 25, 50, 100, 150 или 200%;
(d) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в Treg относительно подавляемых в Teff) популяции клеток из стадии (iii) является более низким (например, ниже на по меньшей мере приблизительно 50, 100, 125, 150 или 175%), чем медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в Treg относительно подавляемых в Teff) для
клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или
клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу;
(e) медианное значение показателя GeneSetScore (подавление функции "стволовости") популяции клеток из стадии (iii) является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (подавление функции "стволовости") популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 25, 50, 100, 150, 200 или 250%;
(f) медианное значение показателя GeneSetScore (подавление функции "стволовости") популяции клеток из стадии (iii) является более низким (например, ниже на по меньшей мере приблизительно 50, 100 или 125%), чем медианное значение показателя GeneSetScore (подавление функции "стволовости") для
клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или
клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу;
(g) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при гипоксии) популяции клеток из стадии (iii) является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при гипоксии) популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 125, 150, 175 или 200%;
(h) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при гипоксии) популяции клеток из стадии (iii) является более низким (например, ниже на по меньшей мере приблизительно 40, 50, 60, 70 или 80%), чем медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при гипоксии) для
клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или
клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу;
(j) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при аутофагии) популяции клеток из стадии (iii) является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при аутофагии) популяции клеток в начале стадии (i), или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 180, 190, 200 или 210%; или
(k) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при аутофагии) популяции клеток из стадии (iii) является более низким (например, ниже на по меньшей мере 20, 30 или 40%), чем медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при аутофагии) для
клеток, полученных способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или
клеток, полученных способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
10. Способ по любому из пп. 1-9, где популяция клеток из стадии (iii) после инкубации с клеткой, экспрессирующей антиген, который распознается CAR, секретирует IL-2 на более высоком уровне (например, выше в по меньшей мере 2, 4, 6, 8, 10, 12 или 14 раз), чем клетки, полученные способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или клетки, полученные способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу, например, согласно оценке с применением способов, описанных в примере 8 в отношении фиг. 29C-29D.
11. Способ по любому из пп. 1-10, где популяция клеток из стадии (iii) после введения in vivo персистирует дольше или размножается на более высоком уровне (например, согласно оценке с применением способов, описанных в примере 1 в отношении фиг. 4C) по сравнению с клетками, полученными способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или по сравнению с клетками, полученными способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где популяция клеток из стадии (iii) после введения in vivo демонстрирует более сильную противоопухолевую активность (например, более сильную противоопухолевую активность при низкой дозе, например дозе не более 0,15×106, 0,2×106, 0,25×106 или 0,3×106 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR), чем клетки, полученные способом, в котором стадию (iii) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (i), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (i), в остальном аналогичным данному способу, или клетки, полученные способом, который дополнительно включает после стадии (ii) и до стадии (iii) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
13. Способ по любому из пп. 1-12, где популяцию клеток из стадии (iii) не размножают или размножают до увеличения количества клеток на не более чем 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%, например не более чем 10%, например, согласно оценке по числу живых клеток, по сравнению с популяцией клеток в начале стадии (i), где необязательно число живых клеток в популяции клеток из стадии (iii) уменьшается по сравнению с числом живых клеток в популяции клеток в начале стадии (i).
14. Способ по любому из пп. 1-13, где популяцию клеток из стадии (iii) не размножают или размножают до увеличения количества клеток, обеспечиваемого за менее чем 2 часа, например менее чем 1 или 1,5 часа, по сравнению с популяцией клеток в начале стадии (i).
15. Способ по любому из пп. 1-14, где стадии (i) и/или (ii) проводят в средах для клеток (например, бессывороточных средах), содержащих IL-2, IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)), IL-7, IL-21, IL-6 (например, IL-6/sIL-6Ra), ингибитор LSD1, ингибитор MALT1 или их комбинацию.
16. Способ по любому из пп. 1-15, где стадии (i) и/или (ii) проводят в бессывороточных средах для клеток, содержащих заменитель сыворотки.
17. Способ по п. 16, где заменитель сыворотки представляет собой заменитель сыворотки для иммунных клеток (ICSR) CTS™.
18. Способ по любому из пп. 1-17, дополнительно включающий перед стадией (i)
(iv) (необязательно) получение свежего продукта, полученного в результате лейкафереза (или альтернативного источника гемопоэтической ткани, такого как продукт, представляющий собой свежую цельную кровь, продукт, представляющий собой свежий костный мозг, или свежий продукт, полученный в результате биопсии или удаления опухоли или органа (например, свежий продукт, полученный в результате тимэктомии)) от некоторой организации, например лаборатории, больницы или медицинского учреждения, и
(v) выделение популяции клеток (например, T-клеток, например CD8+ и/или CD4+ T-клеток), приводимых в контакт на стадии (i), из свежего продукта, полученного в результате лейкафереза (или альтернативного источника гемопоэтической ткани, такого как продукт, представляющий собой свежую цельную кровь, продукт, представляющий собой свежий костный мозг, или свежий продукт, полученный в результате биопсии или удаления опухоли или органа (например, свежий продукт, полученный в результате тимэктомии)), где необязательно
стадию (iii) проводят не позже чем через 35 часов после начала стадии (v), например не позже чем через 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 или 35 часов после начала стадии (v), например не позже чем через 30 часов после начала стадии (v), или
популяцию клеток из стадии (iii) не размножают или размножают до увеличения количества клеток на не более чем 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%, например не более чем 10%, например, согласно оценке по числу живых клеток, по сравнению с популяцией клеток в конце стадии (v).
19. Способ по любому из пп. 1-17, дополнительно включающий перед стадией (i) получение криоконсервированных T-клеток, выделенных из продукта, полученного в результате лейкафереза (или альтернативного источника гемопоэтической ткани, такого как криоконсервированные T-клетки, выделенные из цельной крови, костного мозга или продукта, полученного в результате биопсии или удаления опухоли или органа (например, тимэктомии)) от некоторой организации, например лаборатории, больницы или медицинского учреждения.
20. Способ по любому из пп. 1-17, дополнительно включающий перед стадией (i)
(iv) (необязательно) получение криоконсервированного продукта, полученного в результате лейкафереза (или альтернативного источника гемопоэтической ткани, такого как продукт, представляющий собой криоконсервированную цельную кровь, продукт, представляющий собой криоконсервированный костный мозг, или криоконсервированный продукт, полученный в результате биопсии или удаления опухоли или органа (например, криоконсервированный продукт, полученный в результате тимэктомии)), от некоторой организации, например лаборатории, больницы или медицинского учреждения, и
(v) выделение популяции клеток (например, T-клеток, например CD8+ и/или CD4+ T-клеток), приводимых в контакт на стадии (i), из криоконсервированного продукта, полученного в результате лейкафереза (или альтернативного источника гемопоэтической ткани, такого как продукт, представляющий собой криоконсервированную цельную кровь, продукт, представляющий собой криоконсервированный костный мозг, или криоконсервированный продукт, полученный в результате биопсии или удаления опухоли или органа (например, криоконсервированный продукт, полученный в результате тимэктомии)), при этом необязательно
стадию (iii) проводят не позже чем через 35 часов после начала стадии (v), например не позже чем через 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 или 35 часов после начала стадии (v), например не позже чем через 30 часов после начала стадии (v), или
популяцию клеток из стадии (iii) не размножают или размножают до увеличения количества клеток на не более чем 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%, например не более чем 10%, например, согласно оценке по числу живых клеток, по сравнению с популяцией клеток в конце стадии (v).
21. Способ по любому из пп. 1-20, дополнительно включающий стадию (vi):
культивирования части популяции клеток из стадии (iii) в течение по меньшей мере 2, 2,5, 3, 3,5, 4, 4,5, 5, 5,5, 6, 6,5 или 7 дней, например от по меньшей мере 2 дней до не более 7 дней, и измерение уровня экспрессии CAR в этой части (например, измерение процентной доли жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, в этой части), где необязательно
стадия (iii) включает сбор и замораживание популяции клеток (например, T-клеток), и стадия (vi) включает размораживание части популяции клеток из стадии (iii), культивирование этой части в течение по меньшей мере 2, 2,5, 3, 3,5, 4, 4,5, 5, 5,5, 6, 6,5 или 7 дней, например от по меньшей мере 2 дней до не более 7 дней, и измерение уровня экспрессии CAR в этой части (например, измерение процентной доли жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, в этой части).
22. Способ получения популяции клеток (например, T-клеток), которые экспрессируют химерный антигенный рецептор (CAR), где способ включает:
(1) приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток, например T-клеток, выделенных из замороженного продукта, полученного в результате лейкафереза) с цитокином, выбранным из IL-2, IL-7, IL-15, IL-21, IL-6 или их комбинации,
(2) приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с молекулой нуклеиновой кислоты (например, молекулой ДНК или РНК), кодирующей CAR, с получением таким образом популяции клеток (например, T-клеток), содержащих указанную молекулу нуклеиновой кислоты, и
(3) сбор популяции клеток (например, T-клеток) для хранения (например, повторное составление популяции клеток в среде для криоконсервирования) или введения, при этом
(a) стадию (2) проводят вместе со стадией (1) или не позже чем через 5 часов после начала стадии (1), например не позже чем через 1, 2, 3, 4 или 5 часов после начала стадии (1), и
стадию (3) проводят не позже чем через 26 часов после начала стадии (1), например не позже чем через 22, 23 или 24 часа после начала стадии (1), например не позже чем через 24 часа после начала стадии (1), или
(b) популяцию клеток из стадии (3) не размножают или размножают до увеличения количества клеток на не более чем 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%, например не более чем 10%, например, согласно оценке по числу живых клеток, по сравнению с популяцией клеток в начале стадии (1),
при этом необязательно молекула нуклеиновой кислоты на стадии (2) находится в вирусном векторе, при этом необязательно молекула нуклеиновой кислоты на стадии (ii) представляет собой молекулу РНК, находящуюся в вирусном векторе, при этом необязательно стадия (ii) включает осуществление трансдукции популяции клеток (например, T-клеток) с помощью вирусного вектора, содержащего молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR.
23. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-2.
24. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-7.
25. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)).
26. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-21.
27. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-6 (например, IL-6/sIL-6Ra).
28. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-7 и IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)).
29. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-7 и IL-21.
30. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)) и IL-21.
31. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-7, IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)) и IL-21.
32. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-6 (например, IL-6/sIL-6Ra) и IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)).
33. Способ по п. 22, где стадия (1) включает приведение в контакт популяции клеток (например, T-клеток) с IL-2 и IL-6 (например, IL-6/sIL-6Ra).
34. Способ по любому из пп. 22-33, где популяция клеток из стадии (3) демонстрирует более высокую процентную долю необученных клеток среди клеток, экспрессирующих CAR (например, выше на по меньшей мере 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, который дополнительно включает приведение в контакт популяции клеток, например, с антителом к CD3, в остальном аналогичным данному способу.
35. Способ по любому из пп. 22-34, где процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток, в популяции клеток из стадии (3)
(a) является такой же, как процентная доля необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ клеток, в популяции клеток в начале стадии (1), или отличается от нее на не более чем 5 или 10%, или
(b) является повышенной, например повышенной на по меньшей мере 10 или 20%, по сравнению с процентной долей необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ клеток, в популяции клеток в начале стадии (1).
36. Способ по любому из пп. 22-35, где популяция клеток из стадии (3) демонстрирует более высокую процентную долю необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток (например, выше на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, в котором стадию (3) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (1), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (1), в остальном аналогичным данному способу.
37. Способ по любому из пп. 22-36, где популяция клеток из стадии (3) демонстрирует более высокую процентную долю необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RA+ CD45RO- CCR7+ T-клеток (например, выше на по меньшей мере 10, 20, 30 или 40%), по сравнению с клетками, полученными способом, который дополнительно включает после стадии (2) и до стадии (3) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
38. Способ по любому из пп. 22-37, где популяция клеток из стадии (3) после введения in vivo персистирует дольше или размножается на более высоком уровне (например, согласно оценке с применением способов, описанных в примере 1 в отношении фиг. 4C) по сравнению с клетками, полученными способом, в котором стадию (3) проводят через более чем 26 часов после начала стадии (1), например более чем 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 дней после начала стадии (1), в остальном аналогичным данному способу.
39. Способ по любому из пп. 22-38, где популяция клеток из стадии (3) после введения in vivo персистирует дольше или размножается на более высоком уровне (например, согласно оценке с применением способов, описанных в примере 1 в отношении фиг. 4C) по сравнению с клетками, полученными способом, который дополнительно включает после стадии (2) и до стадии (3) размножение популяции клеток (например, T-клеток) in vitro в течение более чем 3 дней, например в течение 5, 6, 7, 8 или 9 дней, в остальном аналогичным данному способу.
40. Способ по любому из пп. 22-39, где популяцию клеток из стадии (3) не размножают или размножают до увеличения количества клеток на не более чем 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 или 40%, например не более чем 10%, например, согласно оценке по числу живых клеток, по сравнению с популяцией клеток в начале стадии (1), при этом необязательно число живых клеток в популяции клеток из стадии (3) уменьшается по сравнению с числом живых клеток в популяции клеток в начале стадии (1).
41. Способ по любому из пп. 22-40, где популяцию клеток из стадии (3) не размножают или размножают до увеличения количества клеток, обеспечиваемого за менее чем 2 часа, например менее чем 1 или 1,5 часа, по сравнению с популяцией клеток в начале стадии (1).
42. Способ по любому из пп. 22-41, где популяцию клеток не приводят в контакт in vitro со средством, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, и/или средством, которое стимулирует костимулирующую молекулу на поверхности клеток, или в случае, если приводят в контакт, стадия приведения в контакт составляет менее 2 часов, например не более 1 или 1,5 часа.
43. Способ по п. 42, где средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, представляет собой средство, которое стимулирует CD3 (например, антитело к CD3), и где средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, представляет собой средство, которое стимулирует CD28, ICOS, CD27, HVEM, LIGHT, CD40, 4-1BB, OX40, DR3, GITR, CD30, TIM1, CD2, CD226 или любую их комбинацию, при этом необязательно средство, которое стимулирует комплекс CD3/TCR, или средство, которое стимулирует костимулирующую молекулу, выбрано из антитела (например, однодоменного антитела (например, антитела на основе вариабельного домена тяжелой цепи), пептитела, Fab-фрагмента или scFv), малой молекулы или лиганда (например, существующего в природе, рекомбинантного или химерного лиганда).
44. Способ по любому из пп. 22-43, где стадии (1) и/или (2) проводят в средах для клеток, содержащих
не более 5, 4, 3, 2, 1 или 0% сыворотки, где необязательно стадии (1) и/или (2) проводят в средах для клеток, содержащих приблизительно 2% сыворотки, или
ингибитор LSD1, или ингибитор MALT1.
45. Способ по любому из пп. 22-44, дополнительно включающий получение криоконсервированного продукта, полученного в результате лейкафереза (или альтернативного источника гемопоэтической ткани, такого как продукт, представляющий собой криоконсервированную цельную кровь, продукт, представляющий собой криоконсервированный костный мозг, или криоконсервированный продукт, полученный в результате биопсии или удаления опухоли или органа (например, криоконсервированный продукт, полученный в результате тимэктомии)), от некоторой организации, например лаборатории, больницы или медицинского учреждения.
46. Способ по любому из пп. 1-45, где популяция клеток в начале стадии (i) или стадии (1) была обогащена клетками, экспрессирующими IL6R (например, клетками, которые являются положительными в отношении IL6Rα и/или IL6Rβ).
47. Способ по любому из пп. 1-46, где популяция клеток в начале стадии (i) или стадии (1) содержит не менее 50, 60 или 70% клеток, экспрессирующих IL6R (например, клеток, которые являются положительными в отношении IL6Rα и/или IL6Rβ).
48. Способ по любому из пп. 1-47, где стадии (i) и (ii) или стадии (1) и (2) проводят в средах для клеток, содержащих IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)).
49. Способ по п. 48, где IL-15 обеспечивает повышение способности популяции клеток к размножению, например, через 10, 15, 20 или 25 дней.
50. Способ по п. 48, где IL-15 обеспечивает повышение процентной доли клеток, экспрессирующих IL6Rβ, в популяции клеток.
51. Способ по любому из пп. 1-50, где CAR содержит антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен.
52. Способ по п. 51, где антигенсвязывающий домен связывается с антигеном, выбранным из CD19, CD20, CD22, BCMA, мезотелина, EGFRvIII, GD2, Tn-антигена, sTn-антигена, Tn-O-гликопептидов, sTn-O-гликопептидов, PSMA, CD97, TAG72, CD44v6, CEA, EPCAM, KIT, IL-13Ra2, легумана, GD3, CD171, IL-11Ra, PSCA, MAD-CT-1, MAD-CT-2, VEGFR2, антигена Y системы Льюис, CD24, PDGFR-бета, SSEA-4, рецептора фолиевой кислоты альфа, ERBB (например, ERBB2), Her2/neu, MUC1, EGFR, NCAM, эфрина B2, CAIX, LMP2, sLe, HMWMAA, o-ацетил-GD2, рецептора фолиевой кислоты бета, TEM1/CD248, TEM7R, FAP, легумаина, E6 или E7 HPV, ML-IAP, CLDN6, TSHR, GPRC5D, ALK, полисиаловой кислоты, Fos-родственного антигена, эластазы нейтрофилов, TRP-2, CYP1B1, белка спермы 17, бета-субъединицы хорионического гонадотропина человека, AFP, тиреоглобулина, PLAC1, globoH, RAGE1, MN-CA IX, обратной транскриптазы теломеразы человека, кишечной карбоксилэстеразы, мутантного варианта hsp 70-2, NA-17, NY-BR-1, UPK2, HAVCR1, ADRB3, PANX3, NY-ESO-1, GPR20, Ly6k, OR51E2, TARP, GFRα4 или пептида любого из этих антигенов, презентированного на MHC.
53. Способ по п. 51 или 52, где антигенсвязывающий домен содержит последовательности CDR, VH, VL, scFv или CAR, раскрытые в данном документе, при этом необязательно
(a) антигенсвязывающий домен связывается с BCMA и содержит последовательности CDR, VH, VL, scFv или CAR, раскрытые в таблицах 3-15, или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью с ними;
(b) антигенсвязывающий домен связывается с CD19 и содержит последовательности CDR, VH, VL, scFv или CAR, раскрытые в таблице 2, или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью с ними;
(c) антигенсвязывающий домен связывается с CD20 и содержит последовательности CDR, VH, VL, scFv или CAR, раскрытые в данном документе, или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью с ними; или
(d) антигенсвязывающий домен связывается с CD22 и содержит последовательности CDR, VH, VL, scFv или CAR, раскрытые в данном документе, или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью с ними.
54. Способ по любому из пп. 51-53, где антигенсвязывающий домен содержит VH и VL, где VH и VL соединены линкером, где необязательно линкер содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 63 или 104.
55. Способ по любому из пп. 51-54, где
(a) трансмембранный домен предусматривает трансмембранный домен белка, выбранного из альфа-, бета- или дзета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3-эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и CD154,
(b) трансмембранный домен предусматривает трансмембранный домен CD8,
(c) трансмембранный домен содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 6 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней, или
(d) молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую трансмембранный домен, где последовательность нуклеиновой кислоты предусматривает последовательность нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 17 или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней.
56. Способ по любому из пп. 51-55, где антигенсвязывающий домен присоединен к трансмембранному домену с помощью шарнирной области, где необязательно
(a) шарнирная область содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 2, 3 или 4 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней, или
(b) молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую шарнирную область, где последовательность нуклеиновой кислоты предусматривает последовательность нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 13, 14 или 15 или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней.
57. Способ по любому из пп. 51-56, где внутриклеточный сигнальный домен предусматривает первичный сигнальный домен, где необязательно первичный сигнальный домен предусматривает функциональный сигнальный домен, полученный из CD3-дзета, TCR-дзета, FcR-гамма, FcR-бета, CD3-гамма, CD3-дельта, CD3-эпсилон, CD5, CD22, CD79a, CD79b, CD278 (ICOS), FcεRI, DAP10, DAP12 или CD66d, где необязательно
(a) первичный сигнальный домен предусматривает функциональный сигнальный домен, полученный из CD3-дзета,
(b) первичный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 9 или 10 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней; или
(c) молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую первичный сигнальный домен, где последовательность нуклеиновой кислоты предусматривает последовательность нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 20 или 21 или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней.
58. Способ по любому из пп. 51-57, где внутриклеточный сигнальный домен предусматривает костимулирующий сигнальный домен, где необязательно костимулирующий сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен, полученный из молекулы MHC I класса, белкового рецептора TNF, иммуноглобулиноподобного белка, рецептора цитокина, интегрина, сигнальной молекулы активации лимфоцитов (белка SLAM), активирующего рецептора NK-клеток, BTLA, лиганда Toll-подобного рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, 4-1BB (CD137), B7-H3, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8-альфа, CD8-бета, IL2R-бета, IL2R-гамма, IL7R-альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a, CD28-OX40, CD28-4-1BB или лиганда, который специфично связывается с CD83, где необязательно
(a) костимулирующий сигнальный домен предусматривает функциональный сигнальный домен, полученный из 4-1BB,
(b) костимулирующий сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 7 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней, или
(c) молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую костимулирующий сигнальный домен, где последовательность нуклеиновой кислоты предусматривает последовательность нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 18 или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней.
59. Способ по любому из пп. 51-58, где внутриклеточный сигнальный домен предусматривает функциональный сигнальный домен, полученный из 4-1BB, и функциональный сигнальный домен, полученный из CD3-дзета, где необязательно внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 7 (или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней) и аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 9 или 10 (или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере приблизительно 85%, 90%, 95% или 99% идентичностью последовательности с ней), при этом необязательно внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 7 и аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 9 или 10.
60. Способ по любому из пп. 51-59, где CAR дополнительно содержит лидерную последовательность, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 1.
61. Популяция клеток, экспрессирующих CAR (например, аутогенных или аллогенных T-клеток или NK-клеток, экспрессирующих CAR), полученная посредством способа по любому из пп. 1-60.
62. Популяция клеток, сконструированных таким образом, чтобы они экспрессировали CAR ("популяция клеток, экспрессирующих CAR"), при этом указанная популяция предусматривает:
(a) приблизительно такую же процентную долю необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RO- CCR7+ T-клеток, по сравнению с процентной долей необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RO- CCR7+ клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(b) изменение количества необученных клеток, например необученных Т-клеток, например CD45RO- CCR7+ T-клеток, находящееся в пределах от приблизительно 5% до приблизительно 10%, например, по сравнению с процентной долей необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RO- CCR7+ клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(c) повышенную процентную долю необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RO- CCR7+ T-клеток, например повышенную в по меньшей мере 1,2, 1,4, 1,6, 1,8, 2,0, 2,2, 2,4, 2,6, 2,8 или 3 раза, по сравнению с процентной долей необученных клеток, например необученных T-клеток, например CD45RO- CCR7+ клеток, в такой же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(d) приблизительно такую же процентную долю центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, по сравнению с процентной долей центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(e) изменение количества центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, находящееся в пределах от приблизительно 5% до приблизительно 10%, по сравнению с процентной долей центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(f) сниженную процентную долю центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, например сниженную на по меньшей мере 20, 25, 30, 35, 40, 45 или 50%, по сравнению с процентной долей центральных клеток памяти, например центральных T-клеток памяти, например CCR7+CD45RO+ T-клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(g) приблизительно такую же процентную долю стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, по сравнению с процентной долей стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR;
(h) изменение количества стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, находящееся в пределах от приблизительно 5% до приблизительно 10%, по сравнению с процентной долей стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR; или
(i) повышенную процентную долю стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, по сравнению с процентной долей стволовых T-клеток памяти, например CD45RA+CD95+IL-2-рецептор-β+CCR7+CD62L+ T-клеток, в той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR.
63. Популяция клеток, сконструированных таким образом, чтобы они экспрессировали CAR ("популяция клеток, экспрессирующих CAR"), где
(a) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в TEM относительно подавляемых в TSCM) популяции клеток является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в TEM относительно подавляемых в TSCM) той же популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR, или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 25, 50, 75, 100 или 125%;
(b) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в Treg относительно подавляемых в Teff) популяции клеток является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые в Treg относительно подавляемых в Teff) популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR, или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 25, 50, 100, 150 или 200%;
(c) медианное значение показателя GeneSetScore (подавление функции "стволовости") популяции клеток является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (подавление функции "стволовости") популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR, или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 25, 50, 100, 150, 200 или 250%;
(d) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при гипоксии) популяции клеток является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при гипоксии) популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR, или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 125, 150, 175 или 200%; или
(e) медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при аутофагии) популяции клеток является приблизительно таким же, как медианное значение показателя GeneSetScore (активируемые при аутофагии) популяции клеток до применения в отношении них конструирования для обеспечения экспрессии CAR, или отличается от него на не более чем (например, является повышенным на не более чем) приблизительно 180, 190, 200 или 210%.
64. Фармацевтическая композиция, содержащая популяцию клеток, экспрессирующих CAR, по любому из пп. 61-63 и фармацевтически приемлемый носитель.
65. Способ усиления иммунного ответа у субъекта, включающий введение популяции клеток, экспрессирующих CAR, по любому из пп. 61-63 или фармацевтической композиции по п. 64 субъекту с обеспечением таким образом усиления иммунного ответа у субъекта.
66. Способ лечения рака у субъекта, включающий введение популяции клеток, экспрессирующих CAR, по любому из пп. 61-63 или фармацевтической композиции по п. 64 субъекту с обеспечением таким образом лечения рака у субъекта.
67. Способ по п. 66, где рак представляет собой солидный рак, например, выбранный из одного или нескольких из мезотелиомы, злокачественной мезотелиомы плевры, немелкоклеточного рака легкого, мелкоклеточного рака легкого, плоскоклеточного рака легкого, крупноклеточного рака легкого, рака поджелудочной железы, аденокарциномы протоков поджелудочной железы, аденокарциномы пищевода, рака молочной железы, глиобластомы, рака яичника, колоректального рака, рака предстательной железы, рака шейки матки, рака кожи, меланомы, рака почки, рака печени, рака головного мозга, тимомы, саркомы, карциномы, рака матки, рака почки, рака желудочно-кишечного тракта, уротелиального рака, рака глотки, рака головы и шеи, рака прямой кишки, рака пищевода или рака мочевого пузыря или их метастазов.
68. Способ по п. 66, где рак представляет собой гемобластоз, например, выбранный из хронического лимфоцитарного лейкоза (CLL), лимфомы из клеток мантийной зоны (MCL), множественной миеломы, острого лимфоидного лейкоза (ALL), лимфомы Ходжкина, B-клеточного острого лимфоидного лейкоза (BALL), T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (TALL), малого лимфоцитарного лейкоза (SLL), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, новообразования из бластных плазмоцитоидных дендритных клеток, лимфомы Беркитта, диффузной В-крупноклеточной лимфомы (DLBCL), DLBCL, ассоциированной с хроническим воспалением, хронического миелоидного лейкоза, миелопролиферативных новообразований, фолликулярной лимфомы, фолликулярной лимфомы у детей, волосатоклеточного лейкоза, мелкоклеточной или крупноклеточной фолликулярной лимфомы, злокачественных лимфопролиферативных состояний, MALT-лимфомы (экстранодальной лимфомы маргинальной зоны из лимфоидной ткани слизистых оболочек), лимфомы маргинальной зоны, миелодисплазии, миелодиспластического синдрома, неходжкинской лимфомы, плазмобластной лимфомы, новообразования из плазмоцитоидных дендритных клеток, макроглобулинемии Вальденстрема, лимфомы маргинальной зоны селезенки, лимфомы/лейкоза селезенки, диффузной мелкоклеточной B-клеточной лимфомы красной пульпы селезенки, варианта волосатоклеточного лейкоза, лимфоплазмоцитарной лимфомы, болезни тяжелых цепей, плазмоклеточной миеломы, солитарной плазмоцитомы кости, внекостной плазмоцитомы, нодальной лимфомы маргинальной зоны, нодальной лимфомы маргинальной зоны у детей, первичной кожной лимфомы из клеток центра фолликула, лимфоматоидного гранулематоза, первичной медиастинальной (тимусной) крупноклеточной B-клеточной лимфомы, внутрисосудистой крупноклеточной B-клеточной лимфомы, ALK+ крупноклеточной B-клеточной лимфомы, крупноклеточной B-клеточной лимфомы, возникающей при HHV8-ассоциированной многоочаговой болезни Кастельмана, первичной выпотной лимфомы, B-клеточной лимфомы, острого миелоидного лейкоза (AML) или неклассифицируемой лимфомы.
69. Способ по любому из пп. 65-68, дополнительно включающий введение второго терапевтического средства субъекту.
70. Способ по п. 69, где второе терапевтическое средство представляет собой IL-15 (например, hetIL-15 (IL15/sIL-15Ra)).
71. Способ по п. 69, где второе терапевтическое средство представляет собой ибрутиниб.
72. Способ по п. 71, где ибрутиниб вводят один раз в сутки в дозе, составляющей приблизительно 600 мг, приблизительно 550 мг, приблизительно 500 мг, приблизительно 480 мг, приблизительно 460 мг, приблизительно 440 мг, приблизительно 420 мг, приблизительно 400 мг, приблизительно 350 мг, приблизительно 300 мг, приблизительно 280 мг, приблизительно 250 мг, приблизительно 200 мг, приблизительно 190 мг, приблизительно 180 мг, приблизительно 170 мг, приблизительно 160 мг, приблизительно 150 мг, приблизительно 140 мг, приблизительно 130 мг, приблизительно 120 мг или 100 мг.
73. Способ по п. 71, где ибрутиниб вводят один раз в сутки в дозе, составляющей 420 мг, 280 мг или 140 мг.
74. Способ по любому из пп. 71-73, где ибрутиниб вводят до введения популяции клеток, экспрессирующих CAR, одновременно с ним или после него.
75. Способ по любому из пп. 65-74, где популяцию клеток, экспрессирующих CAR, вводят в дозе, определенной исходя из процентной доли клеток, экспрессирующих CAR, измеренной согласно п. 21.
76. Способ по любому из пп. 65-75, где популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, CD19-клеток, экспрессирующих CAR), вводят в дозе, составляющей от приблизительно 0,5×106 до 50×106 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, например приблизительно 5×106 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, где необязательно популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, CD19-клеток, экспрессирующих CAR), вводят в дозе, составляющей 5×106 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR.
77. Способ по любому из пп. 65-75, где популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, CD19-клеток, экспрессирующих CAR), вводят в дозе, составляющей от приблизительно 2,5×106 до 2,5×108 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, например приблизительно 2,5×107 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, где необязательно популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, CD19-клеток, экспрессирующих CAR), вводят в дозе, составляющей 2,5×107 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR.
78. Способ по любому из пп. 65-75, где популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, CD19-клеток, экспрессирующих CAR), вводят в дозе, составляющей от приблизительно 1,25×107 до 1,25×109 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, например приблизительно 1,25×108 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, где необязательно популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, CD19-клеток, экспрессирующих CAR), вводят в дозе, составляющей 1,25×108 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR.
79. Способ по любому из пп. 65-75, где популяцию клеток, экспрессирующих CAR (например, клеток, экспрессирующих CAR для BCMA), вводят в дозе, составляющей от приблизительно 2,5×106 до 2,5×108 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR, например приблизительно 1×107 или 5×107 жизнеспособных клеток, экспрессирующих CAR.
80. Способ по любому из пп. 66-79, где у субъекта имеется CLL или SLL.
81. Способ по любому из пп. 66-79, где у субъекта имеется DLBCL, например рецидивирующая и/или рефрактерная DLBCL.
82. Способ по любому из пп. 65-81, где у субъекта отслеживают признаки синдрома высвобождения цитокинов, например, в течение по меньшей мере 2, 2,5, 3, 3,5 или 4 дней, например в течение приблизительно 3 дней.
83. Популяция клеток, экспрессирующих CAR, по любому из пп. 61-63 или фармацевтическая композиция по п. 64 для применения в способе усиления иммунного ответа у субъекта, где указанный способ включает введение субъекту эффективного количества популяции клеток, экспрессирующих CAR, или эффективного количества фармацевтической композиции.
84. Популяция клеток, экспрессирующих CAR, по любому из пп. 61-63 или фармацевтическая композиция по п. 64 для применения в способе лечения рака у субъекта, где указанный способ включает введение субъекту эффективного количества популяции клеток, экспрессирующих CAR, или эффективного количества фармацевтической композиции.
RU2021108422A 2018-08-31 2019-08-30 Способы получения клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор RU2021108422A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US62/726,155 2018-08-31
US62/773,679 2018-11-30
US62/858,482 2019-06-07

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2021108422A true RU2021108422A (ru) 2022-09-30

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2020506700A5 (ru)
JPWO2020047452A5 (ru)
JP2020513828A5 (ru)
IL295878A (en) Methods for producing cells expressing a chimeric antigen receptor
JP2019513347A5 (ru)
JP2021500894A (ja) キメラ抗原受容体発現細胞を作製する方法
IL295604A (en) Methods for producing cells expressing a chimeric antigen receptor
JP2017535292A5 (ru)
JP2017513818A5 (ru)
JP2020513839A5 (ru)
US20210062150A1 (en) Methods of preparing t cells for t cell therapy
WO2020057641A1 (zh) 表达有趋化因子的细胞及用途
TW201930342A (zh) 包含nkg2d結構域的多特異性嵌合受體及其使用方法
KR20240058915A (ko) 동종이계 인간 t 세포의 대체 생성
JP2023515364A (ja) キメラ抗原受容体及びその適用
US20220118014A1 (en) Placenta-derived allogeneic car-t cells and uses thereof
RU2021108422A (ru) Способы получения клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор
JPWO2021173985A5 (ru)
JPWO2019165116A5 (ru)
JPWO2021071962A5 (ru)
US11976297B2 (en) Engineered immune cells with receptor cross-talk
WO2024051831A1 (zh) 组成型嵌合细胞因子受体及表达其的免疫细胞及应用
AU2020397953A1 (en) Placenta-derived allogeneic CAR-T cells and uses thereof
TW202340457A (zh) 同種異體治療細胞
Fry et al. Genetically Engineered T Cell Therapies and Immune System Engagers for Graft-Versus-Host Disease and Graft Versus Leukemia