RU2021108003A - Способы и средства получения библиотеки для секвенирования - Google Patents
Способы и средства получения библиотеки для секвенирования Download PDFInfo
- Publication number
- RU2021108003A RU2021108003A RU2021108003A RU2021108003A RU2021108003A RU 2021108003 A RU2021108003 A RU 2021108003A RU 2021108003 A RU2021108003 A RU 2021108003A RU 2021108003 A RU2021108003 A RU 2021108003A RU 2021108003 A RU2021108003 A RU 2021108003A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- dna
- sequencing
- nucleic acids
- paragraphs
- nucleic acid
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 29
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 27
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 claims 10
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims 9
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 7
- 210000003855 Cell Nucleus Anatomy 0.000 claims 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 6
- 229920000460 Mitochondrial DNA Polymers 0.000 claims 6
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 claims 6
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 claims 5
- 210000003483 Chromatin Anatomy 0.000 claims 4
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 claims 4
- 229920002248 Nuclear DNA Polymers 0.000 claims 4
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 claims 4
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 claims 4
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims 4
- 229920002016 Extrachromosomal DNA Polymers 0.000 claims 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 3
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 3
- 239000010931 gold Substances 0.000 claims 3
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 claims 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims 3
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims 3
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 claims 3
- 229920002024 GDNA Polymers 0.000 claims 2
- 230000013819 transposition, DNA-mediated Effects 0.000 claims 2
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 claims 1
Claims (37)
1. Способ секвенирования нуклеиновой кислоты, включающий:
получение образца, содержащего нуклеиновую кислоту;
приведение образца в контакт с ДНК-связывающей молекулой;
приведение образца в контакт с инсерционным ферментным комплексом с получением меченых фрагментов нуклеиновых кислот, причем инсерционный ферментный комплекс ингибируется ДНК-связывающей молекулой; и
секвенирование меченых фрагментов нуклеиновых кислот с получением чтений последовательности.
2. Способ по п. 1, в котором образец представляет собой популяцию клеток, одиночную клетку, популяцию клеточных ядер или ядро одиночной клетки.
3. Способ по любому из пп. 1, 2, в котором образец содержит первичные нуклеиновые кислоты и вторичные нуклеиновые кислоты, причем ДНК-связывающая молекула предпочтительно связывает вторичные нуклеиновые кислоты, а не первичные нуклеиновые кислоты.
4. Способ по п. 3, в котором первичные нуклеиновые кислоты содержат ядерную ДНК.
5. Способ по п. 3, в котором вторичные нуклеиновые кислоты содержат митохондриальную ДНК (мтДНК) или внехромосомную ДНК.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором ДНК-связывающая молекула содержит ДНК-краситель, аффинную метку, лиганд, фермент, пептид или биомолекулу.
7. Способ по п. 6, в котором ДНК-краситель содержит краситель Hoechst, SYBR Gold, Sytox Orange, Pico Green или Qubit.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором инсерционный ферментный комплекс представляет собой транспосому, содержащую транспозазу.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором секвенирование выполняют путем анализа с секвенированием доступного для транспозазы хроматина (ATAC-seq) или путем секвенирования полного генома.
10. Способ по п. 9, в котором ATAC-seq содержит массовый ATAC-seq или ATAC-seq на одиночных клетках.
11. Способ по любому из пп. 1-10, который ингибирует, снижает или устраняет вторичные секвенирующие чтения.
12. Способ ингибирования, снижения или устранения вторичных секвенирующих чтений, включающий:
получение образца, содержащего первичные нуклеиновые кислоты и вторичные нуклеиновые кислоты;
приведение образца в контакт с ДНК-связывающей молекулой, которая предпочтительно связывает вторичные нуклеиновые кислоты; и
выполнение транспонирования ДНК на открытом хроматине, причем вторичные нуклеиновые кислоты не транспонируются или транспонируются с более низкой эффективностью, чем первичные нуклеиновые кислоты.
13. Способ по п. 12, в котором образец представляет собой популяцию клеток, одиночную клетку, популяцию клеточных ядер или ядро одиночной клетки.
14. Способ по любому из пп. 12, 13, в котором ДНК-связывающая молекула содержит ДНК-краситель, аффинную метку, лиганд, фермент, пептид или биомолекулу.
15. Способ по п. 14, в котором ДНК-краситель содержит краситель Hoechst, SYBR Gold, Sytox Orange, Pico Green или Qubit.
16. Способ по любому из пп. 12-15, в котором транспонирование ДНК выполняют с использованием анализа с секвенированием доступного для транспозазы хроматина (ATAC-seq) или секвенирования полного генома из гДНК или из одиночных клеток.
17. Способ по п. 16, в котором ATAC-seq содержит массовый ATAC-seq или ATAC-seq на одиночных клетках.
18. Способ по любому из пп. 12-17, в котором приведение образца в контакт с ДНК-связывающей молекулой блокирует или снижает транспонирование во вторичные нуклеиновые кислоты.
19. Способ по любому из пп. 12-18, в котором первичные нуклеиновые кислоты содержат ядерную ДНК.
20. Способ по п. 19, дополнительно включающий секвенирование ядерной ДНК.
21. Способ по любому из пп. 12-20, в котором вторичные нуклеиновые кислоты содержат митохондриальную ДНК (мтДНК) или внехромосомную ДНК.
22. Библиотека нуклеиновых кислот, содержащая первичные секвенирующие чтения, полученные путем секвенирования ДНК, причем библиотека нуклеиновых кислот не включает в себя или имеет сниженное представление вторичных секвенирующих чтений.
23. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 22, в которой секвенирование ДНК представляет собой анализ с секвенированием доступного для транспозазы хроматина (ATAC-seq) или анализ гДНК с секвенированием полного генома.
24. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22, 23, в которой первичные секвенирующие чтения представляют собой секвенирующие чтения ядерной ДНК.
25. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22-24, в которой вторичные секвенирующие чтения представляют собой секвенирующие чтения митохондриальной ДНК (мтДНК) или секвенирующие чтения внехромосомной ДНК.
26. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22-25, в которой вторичные секвенирующие чтения снижены, ингибированы или устранены благодаря ДНК-связывающим молекулам, которые предпочтительно связываются со вторичной ДНК.
27. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 26, в которой ДНК-связывающая молекула способна связываться со специфической нуклеотидной последовательностью для устранения, снижения или ингибирования секвенирующих чтений или библиотек секвенирования для целевых областей нуклеиновых кислот.
28. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 26, в которой ДНК-связывающая молекула содержит ДНК-краситель, аффинную метку, лиганд, фермент, пептид или биомолекулу.
29. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 28, в которой ДНК-краситель содержит краситель Hoechst, SYBR Gold, Sytox Orange, Pico Green или Qubit.
30. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22-29, которая создана из популяции клеток, одиночной клетки, популяции клеточных ядер или ядра одиночной клетки.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US62/780,812 | 2018-12-17 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2021108003A true RU2021108003A (ru) | 2023-01-19 |
| RU2815513C2 RU2815513C2 (ru) | 2024-03-18 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP2020039346A5 (ru) | ||
| US10529443B2 (en) | Methods for genome assembly and haplotype phasing | |
| Kempfer et al. | Methods for mapping 3D chromosome architecture | |
| Denker et al. | The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization | |
| Schmitt et al. | Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture | |
| Grozhik et al. | Mapping m 6 A at individual-nucleotide resolution using crosslinking and immunoprecipitation (miCLIP) | |
| Gade et al. | Chromatin immunoprecipitation assay as a tool for analyzing transcription factor activity | |
| Lafontaine et al. | Hi‐C 3.0: improved protocol for genome‐wide chromosome conformation capture | |
| Knapp et al. | Generating barcoded libraries for multiplex high-throughput sequencing | |
| CN105793689A (zh) | 用于将遗传样本基因分型的方法和系统 | |
| Goel et al. | The macro and micro of chromosome conformation capture | |
| Goh et al. | Chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing (ChIA-PET) for mapping chromatin interactions and understanding transcription regulation | |
| Orsi et al. | Mapping regulatory factors by immunoprecipitation from native chromatin | |
| Lottspeich et al. | Bioanalytics: analytical methods and concepts in biochemistry and molecular biology | |
| Hu et al. | Simultaneous profiling of mRNA transcriptome and DNA methylome from a single cell | |
| Akkers et al. | Chromatin immunoprecipitation analysis of Xenopus embryos | |
| RU2021108003A (ru) | Способы и средства получения библиотеки для секвенирования | |
| Lefrançois et al. | ChIP-Seq: using high-throughput DNA sequencing for genome-wide identification of transcription factor binding sites | |
| Strom | Fundamentals of RNA analysis on biobanked specimens | |
| Hutin et al. | Identification of plant transcription factor DNA-binding sites using seq-DAP-seq | |
| Hayashi | Cloning, sequencing, and linkage analysis of piRNAs | |
| Kim et al. | ChIP‐chip for genome‐wide analysis of protein binding in mammalian cells | |
| US20210062180A1 (en) | Semi-automated research instrument system | |
| CN115197997A (zh) | 一种应用于植物花粉的CUT&Tag方法 | |
| Wakimoto et al. | Isolation of Single‐Stranded DNA |