RU2020103726A - Варианты рнк-полимеразы т7 - Google Patents
Варианты рнк-полимеразы т7 Download PDFInfo
- Publication number
- RU2020103726A RU2020103726A RU2020103726A RU2020103726A RU2020103726A RU 2020103726 A RU2020103726 A RU 2020103726A RU 2020103726 A RU2020103726 A RU 2020103726A RU 2020103726 A RU2020103726 A RU 2020103726A RU 2020103726 A RU2020103726 A RU 2020103726A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- rna polymerase
- engineered rna
- engineered
- sequence
- seq
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
- C12N9/1247—DNA-directed RNA polymerase (2.7.7.6)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
- C12Y207/07006—DNA-directed RNA polymerase (2.7.7.6)
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Claims (28)
1. Сконструированная РНК-полимераза, содержащая полипептидную последовательность, обладающую по меньшей мере 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичностью последовательности с эталонной последовательностью SEQ ID NO: 4 и/или 15, или ее функциональный фрагмент, где указанная сконструированная РНК-полимераза содержит по меньшей мере одну замену или группу замен в указанной полипептидной последовательности, и где положения аминокислот указанной полипептидной последовательности пронумерованы относительно SEQ ID NO: 4 или 15.
2. Сконструированная РНК-полимераза по п.1, где по меньшей мере одна замена или группа замен выбрана из 397/513/635, 397/513/635/660, 513/660/664, 513/635/660, 513/635/664, 513/660/664 и 660/664, и/или любых их комбинаций, где положения аминокислот пронумерованы в соответствии с SEQ ID NO: 4.
3. Сконструированная РНК-полимераза по п.1, где по меньшей мере одна замена или группа замен выбрана из 397, 397/513, 397/513/635, 397/513/635, 397/513/635/656, 397/513/635/656/660, 397/513/635/656/660/664, 397/513/635/656/664, 397/513/635/660, 397/513/635/660/664, 397/513/635/664, 397/513/656/660, 397/513/660, 397/513/660/664, 397/513/664, 397/513, 397/635, 397/635/656/660/664, 397/635/656/664, 397/635/660, 397/635/664, 397/635/664/850, 397/660, 397/664 и/или любых их комбинаций, где положения аминокислот пронумерованы в соответствии с SEQ ID NO: 4.
4. Сконструированная РНК-полимераза по п.1, где по меньшей мере одна замена или группа замен выбрана из 113/137/513, 136/357/404/514, 136/357/514, 136/394/404/446, 136/401, 136/401/404, 136/404/446, 136/404/514, 136/446, 136/514, 137, 137/401, 137/401/513, 137/401/513, 137/513, 137/513/621, 137/635, 137/656, 357/394/401/404/514, 357/394/446/514, 357/514, 394/446/514, 401/404, 401/404/514, 401/513/635, 401/635, 513/635, 513/635/656, 513/660, 635/656, 635/660 и 660, и/или любых их комбинаций, где положения аминокислот пронумерованы в соответствии с SEQ ID NO: 15.
5. Сконструированная РНК-полимераза по п.1, где указанная сконструированная РНК-полимераза содержит полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентична последовательности по меньшей мере одного варианта сконструированной РНК-полимеразы, указанного в таблице 5.3, 5.4, 5.5 и/или 5.6.
6. Сконструированная РНК-полимераза по п.1, где указанная сконструированная РНК-полимераза представляет собой вариант сконструированной полимеразы, приведенный в таблице 5.3, 5.4, 5.5 и/или 5.6.
7. Сконструированная РНК-полимераза по п.1, где указанная сконструированная РНК-полимераза содержит полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентична последовательности по меньшей мере одного сконструированного варианта РНК-полимеразы, указанного в SEQ ID NO: 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37 и/или 39.
8. Сконструированная РНК-полимераза по п.6, где указанная сконструированная РНК-полимераза представляет собой вариант сконструированной полимеразы, указанный в SEQ ID NO: 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37 или 39.
9. Сконструированная РНК-полимераза по любому из пп.1-8, где указанная сконструированная полимераза имеет по меньшей мере одно улучшенное свойство по сравнению с РНК-полимеразой T7 дикого типа.
10. Сконструированная РНК-полимераза по п.9, где указанное по меньшей мере одно улучшенное свойство выбрано из увеличенной селективности в отношении аналога кэпа относительно GTP в ходе инициации трансляции, увеличенной экспрессии белка, увеличенной стабильности в буфере для хранения и увеличенной стабильности в условиях реакции.
11. Сконструированная РНК-полимераза по любому из пп.1-10, где полимераза сохраняет выход РНК, точность транскрипции, термостабильность, экспрессию белка, стабильность при -20°C или стабильность в условиях реакции, эквивалентные РНК-полимеразе T7 дикого типа.
12. Сконструированная РНК-полимераза по любому из пп.1-11, где указанная сконструированная полимераза является очищенной.
13. Полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере одну сконструированную РНК-полимеразу по любому из пп.1-12.
14. Полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере одну сконструированную РНК-полимеразу, обладающую по меньшей мере 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичностью последовательности с эталонной последовательностью SEQ ID NO: 4 и/или 15, или ее функциональный фрагмент, где указанная сконструированная РНК-полимераза содержит по меньшей мере одну замену в одном или более положениях аминокислот.
15. Полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере одну сконструированную РНК-полимеразу, обладающую по меньшей мере 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 4, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37 и/или 39, или ее функциональный фрагмент.
16. Полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере одну сконструированную РНК-полимеразу, где указанные полинуклеотидные последовательности обладают по меньшей мере 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичностью последовательности с SEQ ID NO: 3, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36 и/или 38.
17. Полинуклеотидная последовательность по любому из пп.13-16, где указанная полинуклеотидная последовательность функционально связана с контрольной последовательностью.
18. Полинуклеотидная последовательность по любому из пп.13-16, где указанная полинуклеотидная последовательность является кодон-оптимизированной.
19. Экспрессирующий вектор, содержащий по меньшей мере одну полинуклеотидную последовательность по любому из пп.13-18.
20. Клетка-хозяин, содержащая по меньшей мере один экспрессирующий вектор по п.19.
21. Способ продуцирования сконструированной РНК-полимеразы в клетке-хозяине, включающий культивирование клетки-хозяина по п.20 в подходящих условиях культивирования, так чтобы продуцировалась по меньшей мере одна сконструированная РНК-полимераза.
22. Способ по п.21, дополнительно включающий выделение по меньшей мере одной сконструированной РНК-полимеразы из культуры и/или клетки-хозяина.
23. Способ по п.21 и/или 22, дополнительно включающий стадию очистки указанной по меньшей мере одной сконструированной РНК-полимеразы.
24. Композиция, содержащая по меньшей мере одну сконструированную РНК-полимеразу по любому из пп.1-12.
25. Способ продуцирования кэпированных РНК-транскриптов, включающий предоставление композиции, содержащей: i) по меньшей мере одну сконструированную РНК-полимеразу по любому из пп.1-12, динуклеотидный аналог кэпа, и ii) ДНК-матрицу; воздействие на указанную ДНК-матрицу указанной композицией в условиях, чтобы указанная сконструированная РНК-полимераза продуцировала кэпированный РНК-транскрипт.
26. Способ по п.25, где динуклеотидный аналог кэпа представляет собой альфа, гамма-бис(N7-метилгуанозин)трифосфат (m7G(5’)ppp(5’)m7G) или антиреверсный аналог кэпа 3’-O-Me-m7G(5')ppp(5')G.
27. Способ по п.25 и/или 26, где динуклеотидный аналог кэпа представляет собой альфа, гамма-бис(N7-метилгуанозин)трифосфат.
28. Способ по любому из пп.25-27, дополнительно включающий добавление неорганической пирофосфатазы.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201762527764P | 2017-06-30 | 2017-06-30 | |
| US62/527,764 | 2017-06-30 | ||
| US201762528846P | 2017-07-05 | 2017-07-05 | |
| US62/528,846 | 2017-07-05 | ||
| PCT/US2018/038288 WO2019005540A1 (en) | 2017-06-30 | 2018-06-19 | T7 POLYMERASE RNA VARIANTS |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2020103726A true RU2020103726A (ru) | 2021-07-30 |
| RU2020103726A3 RU2020103726A3 (ru) | 2022-04-07 |
| RU2796061C2 RU2796061C2 (ru) | 2023-05-16 |
Family
ID=
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR20200023455A (ko) | 2020-03-04 |
| RU2020103726A3 (ru) | 2022-04-07 |
| CA3066642A1 (en) | 2019-01-03 |
| JP2023159437A (ja) | 2023-10-31 |
| US10793841B2 (en) | 2020-10-06 |
| EP3645711A1 (en) | 2020-05-06 |
| IL271553A (en) | 2020-02-27 |
| EP3645711A4 (en) | 2021-04-21 |
| US20190002851A1 (en) | 2019-01-03 |
| JP2020530266A (ja) | 2020-10-22 |
| CN111032863A (zh) | 2020-04-17 |
| WO2019005540A1 (en) | 2019-01-03 |
| AU2018292105A1 (en) | 2019-12-19 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2020103727A (ru) | Варианты рнк-полимеразы т7 | |
| HRP20191907T1 (hr) | 3´utr sekvence za stabilizaciju rnk | |
| RU2022103603A (ru) | Направляемые нуклеиновыми кислотами нуклеазы | |
| AR047348A1 (es) | Promotor de metalotioneina de maiz 2 y metodos para usar el mismo | |
| JP2011224002A5 (ru) | ||
| RU2012122173A (ru) | Варианты альбумина | |
| Jiang et al. | Phylogenetic analysis using E2 gene of classical swine fever virus reveals a new subgenotype in China | |
| EA201300054A1 (ru) | Полипептид, обладающий активностью бета-глюкозидазы, и его применение | |
| AR073414A1 (es) | Metodo para producir una celula de planta transgenica, una planta o una parte de esta con mayor resistencia al estres biotico | |
| RU2010108308A (ru) | Способ получения гетерогенных белков | |
| Tusup et al. | Design of in vitro Transcribed mRNA Vectors for Research and Therapy | |
| JP2022062113A5 (ru) | ||
| MX2022010985A (es) | Expresión de proteínas sars-cov, constructos de ácido nucleico, proteínas tipo virus (vlp) y métodos relevantes a los mismos. | |
| RU2009148322A (ru) | Новые гены ацилтрансферазы лизофосфатидной кислоты | |
| Rieder et al. | Experimental tools to identify RNA-protein interactions in Helicobacter pylori | |
| PE20090683A1 (es) | Peptidos de senalizacion | |
| RU2010119028A (ru) | Удф-глюкуронилтрансфераза и кодирующий ее полинуклеотид | |
| NZ601950A (en) | Method for producing pyripyropene | |
| JP2014193147A5 (ru) | ||
| AR074055A1 (es) | Vacuna contra el virus de la enfermedad del caballo africano. vector. peste equina. ahsp vp. polinucleotido aislado. metodo | |
| CN102250924A (zh) | 盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物 | |
| RU2020103726A (ru) | Варианты рнк-полимеразы т7 | |
| RU2013111675A (ru) | Рекомбинантный fc-гибридный белок пятого домена фибронектина типа iii dcc | |
| Attoui et al. | Sequence determination and analysis of the full-length genome of Colorado tick fever virus, the type species of genus Coltivirus (family Reoviridae) | |
| RU2007111137A (ru) | Гонадотропный гормон, полученный из беспозвоночных, и его синтез |