RU2019111924A

RU2019111924A - Обнаружение соматического варьирования числа копий

Info

Publication number: RU2019111924A
Application number: RU2019111924A
Authority: RU
Inventors: Хань-Юй ЧУАН; Чэнь ЧЖАО
Original assignee: Иллумина, Инк.
Priority date: 2016-09-22
Filing date: 2017-09-21
Publication date: 2020-10-22
Also published as: AU2021200154A1; EP3516564A1; US20230207048A1; CA3037917C; CA3037917A1; KR20220098812A; CN117352050A; AU2017332381A1; KR20190058556A; CN110024035A; RU2768718C2; NZ751798A; JP6839268B2; WO2018057770A1; MX2019003344A; RU2019111924A3; CA3214358A1; AU2021200154B2; JP2019537095A; CN110024035B

Claims

1. Способ нормализации числа копий, включающий:

- получение запроса на секвенирование от пользователя, чтобы секвенировать одну или более интересующих областей в биологическом образце;

- получение базовых данных секвенирования из одной или более интересующих областей из множества базовых биологических образцов, которые не совпадают с биологическим образцом;

- определение информации нормализации числа копий с использованием базовых данных секвенирования, при этом информация нормализации числа копий содержит, по меньшей мере, одну базовую линию числа копий для интересующей области из одной или более интересующих областей; и

- предоставление информации нормализации числа копий пользователю.

2. Способ по п. 1, в котором базовые данные секвенирования содержат данные, представляющие количество ридов секвенирования для каждого элемента разрешения из множества элементов разрешения, при этом каждый элемент разрешения из множества элементов разрешения ассоциирован с соответствующей интересующей областью.

3. Способ по п. 2, в котором получение базовых данных секвенирования содержит этап, на котором используют панель целевого секвенирования, при этом множество элементов разрешения задаются с использованием последовательностей, соответствующих интересующим областям в панели целевого секвенирования.

4. Способ по п. 2, в котором получение базовых данных секвенирования содержит этап, на котором получают данные секвенирования полного генома.

5. Способ по п. 2, в котором количество ридов секвенирования представляет собой показатель числа отдельных ридов в базовых данных секвенирования, соответствующих каждому элементу разрешения.

6. Способ по п. 3, содержащий этап, на котором определяют одно или более из медианного количества ридов секвенирования, медианного абсолютного отклонения, содержания GC и размера для каждого элемента разрешения из множества элементов разрешения.

7. Способ по п. 6, включающий исключение или маскирование элементов разрешения из множества элементов разрешения с одним или более из низкой медианы, большого абсолютного отклонения медианных покрытий последовательности, содержания GC за пределами предварительно определенного диапазона или размера ниже порогового значения размера из базовых данных секвенирования перед определением информации нормализации числа копий таким образом, что информация нормализации числа копий определяется с использованием только оставшихся элементов разрешения после исключения или маскирования.

8. Способ по п. 7, в котором исключение или маскирование элементов разрешения содержит этап, на котором исключают или маскируют элементы разрешения с количеством медианных покрытий последовательности менее 0,25.

9. Способ по п. 7, в котором исключение или маскирование элементов разрешения содержит этап, на котором исключают или маскируют элементы разрешения с медианным покрытием последовательности с абсолютным отклонением выше порогового значения.

10. Способ по п. 7, в котором исключение или маскирование элементов разрешения содержит этап, на котором исключают или маскируют элементы разрешения с содержанием GC менее 25% или более 80%.

11. Способ по п. 7, в котором исключение или маскирование элементов разрешения содержит этап, на котором исключают или маскируют элементы разрешения с размером целей менее 20 оснований.

12. Способ по п. 2, включающий кластеризацию базовых данных секвенирования для каждого элемента разрешения, чтобы определять базовую линию числа копий, при этом базовая линия числа копий формируется из медианного количества ридов секвенирования в расчете на элемент разрешения из множества элементов разрешения, ассоциированных с интересующей областью.

13. Способ по п. 12, включающий определение базовых линий числа копий для дополнительных элементов разрешения из множества элементов разрешения.

14. Способ по п. 1, в котором биологический образец представляет собой образец, извлекаемый из отдельной особи, при этом множество базовых образцов исходят из образцов, извлекаемых из различных отдельных особей.

15. Способ по п. 1, в котором биологический образец извлекается из ткани опухоли отдельной особи, при этом множество базовых образцов извлекаются из нормальной ткани, которая не относится к отдельной особи.

16. Способ по п. 1, включающий получение данных секвенирования биологического образца от пользователя и определение того, что данные секвенирования содержат варьирование по отношению к базовой линии числа копий в интересующей области.

17. Способ по п. 16, включающий формирование индикатора относительно варьирования и предоставление индикатора пользователю.

18. Способ по п. 17, в котором индикатор представляет собой кратное изменение числа копий биологического образца относительно базовой линии числа копий для интересующей области.

19. Способ по п. 16, включающий маскирование резко отклоняющихся элементов разрешения в данных секвенирования перед определением того, что данные секвенирования содержат варьирование по отношению к базовой линии числа копий в интересующей области.

20. Способ по п. 19, включающий применение LOESS-регрессии к данным секвенирования, чтобы исключать GS-смещение после маскирования резко отклоняющихся элементов разрешения.

21. Способ по п. 19, включающий подгонку данных секвенирования к кривой после маскирования резко отклоняющихся элементов разрешения.

22. Способ по п. 1, в котором данные секвенирования получаются с использованием панели секвенирования экзома.

23. Способ по п. 1, в котором предоставление информации базовой линии числа копий пользователю содержит этап, на котором предоставляют информацию, представляющую гипотетический эталонный образец, который имитирует сопоставленный образец для пользователя, и который не формируется с использованием сопоставленных образцов.

24. Способ обнаружения варьирования числа копий, включающий:

- получение данных секвенирования из биологического образца, при этом данные секвенирования содержат множество необработанных количеств ридов секвенирования для соответствующего множества интересующих областей;

- нормализацию данных секвенирования, чтобы удалять смещение зависимого от области покрытия, при этом нормализация содержит этапы, на которых:

- для каждой интересующей области, сравнение необработанного количества ридов секвенирования одного или элементов разрешения в интересующей области биологического образца с базовым медианным количеством ридов секвенирования, чтобы формировать базовое скорректированное количество ридов секвенирования для одного или более элементов разрешения в интересующей области, при этом базовое медианное количество ридов секвенирования для одного или более элементов разрешения в интересующей области извлекается из множества базовых образцов, которые не совпадают с биологическим образцом, и определяется только из наиболее характерных частей базовых данных секвенирования для каждой интересующей области; и

- удаление GS-смещения из базового скорректированного количества ридов секвенирования, чтобы формировать количество нормализованных ридов секвенирования для каждой интересующей области; и

- определение варьирования числа копий в каждой интересующей области на основе количества нормализованных ридов секвенирования одного или более элементов разрешения в каждой интересующей области.

25. Способ по п. 24, в котором каждая интересующая область содержит один элемент разрешения.

26. Способ по п. 24, в котором каждая интересующая область содержит множество элементов разрешения, при этом базовое медианное количество ридов секвенирования представляет собой медиану для множества элементов разрешения.

27. Способ по п. 24, в котором способ не включает получения данных секвенирования из сопоставленного биологического образца.

28. Способ по п. 24, где способ является способом без контроля.

29. Способ по п. 24, включающий определение клинического состояния биологического образца на основе варьирования числа копий в каждой интересующей области.

30. Способ по п. 29, в котором биологический образец представляет собой соматический образец, при этом клиническое состояние содержит обозначение опухоли или нормального состояния.

31. Способ по п. 24, в котором базовое медианное количество ридов секвенирования для каждой интересующей области определяется посредством кластеризации базовых данных секвенирования.

32. Способ по п. 24, в котором первое базовое медианное количество покрытий последовательности для интересующей первой области извлекается из первого поднабора множества базовых образцов, при этом второе базовое количество медианных покрытий последовательности для интересующей второй области извлекается из второго поднабора множества базовых образцов, который отличается от первого поднабора.

33. Способ по п. 24, включающий удаление или маскирование резко отклоняющихся элементов разрешения в данных секвенирования перед нормализацией данных секвенирования.

34. Способ по п. 24, в котором нормализация данных секвенирования содержит этап, на котором применяют LOESS-регрессию к данным секвенирования, чтобы подгонять данные секвенирования к кривой, после удаления или маскирования резко отклоняющихся элементов разрешения.

35. Способ по п. 24, в котором зависимое от области смещение содержит одно или более из GS-смещения, PCR-смещения или смещения ДНК-качества.

36. Способ оценки панели целевого секвенирования, включающий:

- идентификацию первого множества целей в геноме для панели целевого секвенирования, при этом первое множество целей соответствует частям соответствующего множества генов;

- определение содержания GC каждой из первого множества целей;

- исключение целей из первого множества целей с содержанием GC за пределами предварительно определенного диапазона, что дает в результате второе множество целей, меньшее первого множества целей;

- когда, после исключения, ген отдельной особи имеет менее предварительно определенного числа целей, соответствующих частям для гена отдельной особи, идентификацию дополнительных целей в гене отдельной особи;

- добавление дополнительных целей во второе множество, чтобы давать в результате третье множество целей; и

- предоставление панели секвенирования, содержащей зонды, конкретные для третьего множества целей.