RU2017132290A - Способ идентификации в иммунном репертуаре cdr3 участков, ассоциированных с заболеваниями - Google Patents
Способ идентификации в иммунном репертуаре cdr3 участков, ассоциированных с заболеваниями Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017132290A RU2017132290A RU2017132290A RU2017132290A RU2017132290A RU 2017132290 A RU2017132290 A RU 2017132290A RU 2017132290 A RU2017132290 A RU 2017132290A RU 2017132290 A RU2017132290 A RU 2017132290A RU 2017132290 A RU2017132290 A RU 2017132290A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- group
- ligaments
- disease
- identification
- subjects
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6854—Immunoglobulins
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/30—Detection of binding sites or motifs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/172—Haplotypes
Claims (21)
1. Способ разработки диагностического анализа для конкретного заболевания, включающий следующие стадии:
забор образца у каждого из многих субъектов в группе пациентов и в контрольной группе, где группа пациентов содержит субъектов, которые имеют одинаковое заболевание, и контрольная группа содержит субъектов, которые являются здоровыми;
амплификация и секвенирование иммунного репертуара каждого субъекта в каждой из двух групп для идентификации каждой уникальной последовательности CDR3, присутствующей в образцах, и для определения частоты встречаемости каждой уникальной последовательности CDR3;
идентификация последовательностей CDR3, которые являются общими между по меньшей мере двумя субъектами в каждой из контрольной группы и группы пациентов;
ранжирование последовательностей CDR3 по порядку частоты встречаемости;
идентификация связок из каждой группы; и
идентификация связок, которые в статистически значимой степени ассоциированы с группой пациентов, с предоставлением сигнатуры заболевания.
2. Способ по п. 1, в котором образец представляет собой кровь.
3. Способ по п. 1, в котором образец представляет собой ткань.
4. Способ по п. 1, в котором идентифицируют по меньшей мере примерно 1000 последовательностей CDR3, которые являются общими между по меньшей мере двумя субъектами в каждой из контрольной группы и группы пациентов.
5. Способ по п. 1, в котором идентифицируют по меньшей мере примерно 106 связок из каждой группы.
6. Способ по п. 1, в котором устанавливают минимальное число связок, ассоциированных с сигнатурой заболевания, в качестве диагностического числа, таким образом, что при идентификации по меньшей мере данного числа связок в образце крови субъекта, данный субъект диагностируют как имеющий заболевание.
7. Способ по п. 6, в котором диагностическое число составляет по меньшей мере примерно 500.
8. Способ разработки диагностического анализа для конкретного заболевания, включающий следующие стадии:
забор образца крови у каждого из многих субъектов в группе пациентов и в контрольной группе, где группа пациентов содержит субъектов, которые имеют одинаковое заболевание, и контрольная группа содержит субъектов, которые классифицируются как здоровые;
амплификация и секвенирование иммунного репертуара каждого субъекта в каждой из двух групп для идентификации каждой уникальной последовательности CDR3, присутствующей в образцах крови, и для определения частоты встречаемости каждой уникальной последовательности CDR3;
идентификация по меньшей мере примерно 1000 последовательностей CDR3, которые являются общими между по меньшей мере двумя субъектами в каждой из контрольной группы и группы пациентов;
ранжирование по меньшей мере примерно 1000 последовательностей CDR3 по порядку частоты встречаемости;
идентификация по меньшей мере примерно 106 связок из каждой группы; и
идентификация связок, которые в статистически значимой степени ассоциированы с группой пациентов с предоставлением сигнатуры заболевания;
где минимальное число связок, ассоциированных с сигнатурой заболевания, устанавливают в качестве диагностического числа, таким образом, что при идентификации по меньшей мере данного числа связок в образце крови субъекта данный субъект диагностируют как имеющий заболевание.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562130512P | 2015-03-09 | 2015-03-09 | |
| US62/130,512 | 2015-03-09 | ||
| PCT/US2016/021430 WO2016144996A1 (en) | 2015-03-09 | 2016-03-09 | Method for identifying disease-associated cdr3 patterns in an immune repertoire |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017132290A3 RU2017132290A3 (ru) | 2019-04-09 |
| RU2017132290A true RU2017132290A (ru) | 2019-04-09 |
| RU2715633C2 RU2715633C2 (ru) | 2020-03-02 |
Family
ID=56879019
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017132290A RU2715633C2 (ru) | 2015-03-09 | 2016-03-09 | Способ идентификации в иммунном репертуаре cdr3 участков, ассоциированных с заболеваниями |
Country Status (14)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US20160333409A1 (ru) |
| EP (1) | EP3268488B1 (ru) |
| JP (1) | JP6959138B2 (ru) |
| KR (1) | KR102607652B1 (ru) |
| CN (1) | CN107406871B (ru) |
| AU (2) | AU2016229866A1 (ru) |
| BR (1) | BR112017019267B1 (ru) |
| CA (1) | CA2978880C (ru) |
| ES (1) | ES2767696T3 (ru) |
| HK (1) | HK1245847A1 (ru) |
| PT (1) | PT3268488T (ru) |
| RU (1) | RU2715633C2 (ru) |
| SG (1) | SG11201706830TA (ru) |
| WO (1) | WO2016144996A1 (ru) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP6827113B2 (ja) | 2017-01-21 | 2021-02-10 | 広州白雲山漢方現代薬業有限公司Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ Ｈａｎｆａｎｇ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｌｔｄ． | シェーグレン症候群の治療におけるペオニフロリン−６’−ｏ−ベンゼンスルホン酸の使用 |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| ITRM20070429A1 (it) * | 2007-08-06 | 2009-02-07 | Uni Cattolica Del Sacro Cuor E | Mezzi per la diagnosi la prevenzione e la cura dell'artrite reumatoide. |
| CN101225441B (zh) * | 2007-12-05 | 2010-12-01 | 浙江大学 | 一种检测克隆特异性t淋巴细胞tcr bv cdr3基因组成的方法 |
| ES2549184T3 (es) * | 2008-04-16 | 2015-10-23 | Cb Biotechnologies, Inc. | Método para evaluar y comparar inmunorepertorios |
| WO2011106738A2 (en) * | 2010-02-25 | 2011-09-01 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Use of tcr clonotypes as biomarkers for disease |
| WO2013049727A1 (en) * | 2011-09-28 | 2013-04-04 | Cb Biotechnologies, Inc. | Identification of antigen-specific adaptive immune responses using arm-pcr and high-throughput sequencing |
| CA2851923A1 (en) * | 2011-10-14 | 2013-04-18 | Accugenomics, Inc. | Nucleic acid amplification and use thereof |
| EP3904536A1 (en) * | 2011-12-09 | 2021-11-03 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection |
| JP6460343B2 (ja) * | 2013-02-11 | 2019-01-30 | アイレパートリー インコーポレイテッド | 免疫レパートリーを評価するための方法 |
| EP3572510B1 (en) * | 2013-11-21 | 2022-09-21 | Repertoire Genesis Incorporation | T cell receptor and b cell receptor repertoire analysis system, and use of same in treatment and diagnosis |
-
2016
- 2016-03-08 US US15/064,338 patent/US20160333409A1/en not_active Abandoned
- 2016-03-09 CN CN201680013944.XA patent/CN107406871B/zh active Active
- 2016-03-09 ES ES16762365T patent/ES2767696T3/es active Active
- 2016-03-09 CA CA2978880A patent/CA2978880C/en active Active
- 2016-03-09 EP EP16762365.1A patent/EP3268488B1/en active Active
- 2016-03-09 WO PCT/US2016/021430 patent/WO2016144996A1/en active Application Filing
- 2016-03-09 BR BR112017019267-5A patent/BR112017019267B1/pt active IP Right Grant
- 2016-03-09 RU RU2017132290A patent/RU2715633C2/ru active
- 2016-03-09 PT PT167623651T patent/PT3268488T/pt unknown
- 2016-03-09 AU AU2016229866A patent/AU2016229866A1/en not_active Abandoned
- 2016-03-09 KR KR1020177027730A patent/KR102607652B1/ko active IP Right Grant
- 2016-03-09 SG SG11201706830TA patent/SG11201706830TA/en unknown
- 2016-03-09 JP JP2017547458A patent/JP6959138B2/ja active Active
-
2018
- 2018-04-19 HK HK18105120.2A patent/HK1245847A1/zh unknown
-
2021
- 2021-11-19 US US17/531,364 patent/US20220170101A1/en active Pending
-
2022
- 2022-05-13 AU AU2022203233A patent/AU2022203233A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR102607652B1 (ko) | 2023-11-28 |
| RU2017132290A3 (ru) | 2019-04-09 |
| SG11201706830TA (en) | 2017-09-28 |
| BR112017019267A2 (pt) | 2018-07-24 |
| CA2978880A1 (en) | 2016-09-15 |
| KR20170134427A (ko) | 2017-12-06 |
| US20220170101A1 (en) | 2022-06-02 |
| EP3268488B1 (en) | 2019-11-06 |
| HK1245847A1 (zh) | 2018-08-31 |
| EP3268488A4 (en) | 2018-08-15 |
| ES2767696T3 (es) | 2020-06-18 |
| AU2016229866A1 (en) | 2017-09-21 |
| PT3268488T (pt) | 2020-02-04 |
| WO2016144996A1 (en) | 2016-09-15 |
| US20160333409A1 (en) | 2016-11-17 |
| BR112017019267B1 (pt) | 2024-02-06 |
| AU2022203233A1 (en) | 2022-06-02 |
| EP3268488A1 (en) | 2018-01-17 |
| CA2978880C (en) | 2023-09-19 |
| RU2715633C2 (ru) | 2020-03-02 |
| JP6959138B2 (ja) | 2021-11-02 |
| CN107406871A (zh) | 2017-11-28 |
| CN107406871B (zh) | 2022-02-18 |
| JP2018509155A (ja) | 2018-04-05 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Yu et al. | Association between Helicobacter pylori infection and stroke: a meta-analysis of prospective observational studies | |
| JP2011516046A5 (ru) | ||
| MX2018001697A (es) | Método para la cuantificación de los miembros del filogrupo i y/o del filogrupo ii de faecalibacterium prausnitzii y el uso de los mismos como biomarcadores. | |
| Hsu et al. | Mean arterial pressure is better at predicting future metabolic syndrome in the normotensive elderly: a prospective cohort study in Taiwan | |
| RU2017132290A (ru) | Способ идентификации в иммунном репертуаре cdr3 участков, ассоциированных с заболеваниями | |
| MX2018003454A (es) | Composiciones y metodos para diagnosticar la enfermedad de lyme y para predecir la eliminacion de las espiroquetas de la enfermedad de lyme despues del tratamiento. | |
| Jones et al. | Evidence for classic complement activity in neuromyelitis optica | |
| EA201500526A1 (ru) | Композиции и методы лечения воспалительных заболеваний инфекционного и неинфекционного происхождения | |
| US20190072558A1 (en) | Method of detecting and determining stress in poultry based on expression of hsp70 in growing feathers | |
| RU2016100626A (ru) | Способ прогнозирования тяжести течения и исхода заболевания у пациентов с хирургическим сепсисом | |
| RU2014113841A (ru) | Способ ранней диагностики эндогенной интоксикации | |
| GB2569932A (en) | Identification and use of very long chain dicarboxylic acids for disease diagnosis, chemoprevention, and treatment | |
| Lee et al. | In-depth High-resolution Proteomic Analysis Using Nasal Secretions form Chronic Rhinosinusitis and Nasal Polyps | |
| RU2012130658A (ru) | Способ создания системы дифференциальной диагностики боли пояснично-крестцового отдела позвоночника | |
| Fu et al. | Comparison of characteristics and hospital costs in patients undergoing open, laparoscopic, and robotic-assisted colectomy | |
| TR201818373A2 (tr) | Bağirsak mi̇krobi̇yomundan alzhei̇mer hastaliğinin teşhi̇si̇ i̇çi̇n mi̇ni̇mal bi̇yobeli̇rteçler ve i̇lgi̇li̇ yeni̇ nesi̇l di̇zi̇leme ki̇ti̇ | |
| RU2013141486A (ru) | Способ определения результативности лечения больных | |
| Takahashi et al. | Basophil Microparticles in Blood and Nasal Lavage of Chronic Rhinosinusitis and Aspirin Exacerbated Respiratory Disease; New Biomarkers for Basophil Activation | |
| RU2014128849A (ru) | Способ диагностики гастроэзофагельной рефлюксной болезни у детей | |
| EA201501035A1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития сахарного диабета 2 типа | |
| PREDICTS | INDIVIDUAL AND ENVIRONMENTAL DETERMINANTS OF LATE LIFE DISABILITY FOR PERSONS WITH CARDIOVASCULAR DISEASE | |
| Senturk et al. | FRI0145 The Role of Sctla-4 in Pathogenesis of Ankylosing Spondylitis and Evaluation of Its Relation with Clinical Manifestations | |
| Shomin | Diagnostics of metapneumoviral infection of auk by means of domestic test-systems | |
| Danchinova et al. | PREVALENCE RATE OF SYMPTOMS OF MUSCULOSKELETAL SYSTEM AND OSTEOARTHRITIS IN THE POPULATION OF THE REPUBLIC OF BURYATIA | |
| Piskur | Tuberculous meningitis combined with pulmonary tuberculosis in children |