RU2017108406A

RU2017108406A - Системы и способы отслеживания и обнаружения передачи инфекции

Info

Publication number: RU2017108406A
Application number: RU2017108406A
Authority: RU
Inventors: Ситхартхан КАМАЛАКАРАН; Джозеф Н. ПОЛСОН
Original assignee: Конинклейке Филипс Н.В.
Priority date: 2014-08-14
Filing date: 2015-08-11
Publication date: 2018-09-14
Also published as: CN106663148A; CN106663148B; JP2017532623A; BR112017002647A2; EP3180722B1; JP6723981B2; WO2016024213A2; WO2016024213A3; EP3180722A2; US20170235873A1; RU2017108406A3

Claims

1. Способ, включающий:

прием электронных данных, представляющих последовательность инфекционного изолята;

сравнение электронных данных, представляющих последовательность инфекционного изолята, по меньшей мере с одной эталонной последовательностью, хранимой в базе данных, для определения вариантов между последовательностью инфекционного изолята и по меньшей мере одной эталонной последовательностью;

определение по меньшей мере части эволюционной истории инфекционного изолята по меньшей мере частично на основании вариантов;

вычисление, по меньшей мере частично на основании части эволюционной истории, филогенетического критерия инфекционного изолята;

сравнение филогенетического критерия инфекционного изолята с филогенетическим критерием по меньшей мере одной эталонной последовательности;

определение того, был ли передан инфекционный изолят первым резервуаром или вторым резервуаром, по меньшей мере частично на основании различия между филогенетическим критерием инфекционного изолята и филогенетическим критерием по меньшей мере одной эталонной последовательности; и

предоставление индикации о том, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром.

2. Способ по п. 1, в котором предоставляемая индикация предназначена для изоляции первого резервуара или второго резервуара по меньшей мере частично на основании результата определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром.

3. Способ по п. 1, в котором индикация представляет собой текст на электронном дисплее.

4. Способ по п. 1, в котором определение по меньшей мере части эволюционной истории включает вычисление эволюционного расстояния.

5. Способ по п. 4, в котором эволюционное расстояние вычисляют методом Джукса-Кантора.

6. Способ по п. 1, в котором филогенетический критерий представляет собой скорость мутации, вычисленную методом средних длин пути.

7. Способ, включающий:

сравнение, с помощью по меньшей мере одного блока обработки, последовательности инфекционного изолята, хранимой в памяти, к которой имеется доступ по меньшей мере у одного блока обработки, по меньшей мере с одной эталонной последовательностью, хранимой в базе данных, к которой имеется доступ по меньшей мере у одного блока обработки, для определения вариантов между последовательностью инфекционного изолята и по меньшей мере одной эталонной последовательностью;

определение, с помощью по меньшей мере одного блока обработки, скорости репликации инфекционного изолята по меньшей мере частично на основании вариантов;

сравнение, с помощью по меньшей мере одного блока обработки, скорости репликации инфекционного изолята со скоростью репликации по меньшей мере одной эталонной последовательности для определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром, по меньшей мере частично на основании различия между скоростью репликации инфекционного изолята и скоростью репликации по меньшей мере одной эталонной последовательности; и

предоставление пользователю, с помощью дисплея, результата определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром.

8. Способ по п. 7, в котором первый резервуар представляет собой живой организм, а второй резервуар представляет собой неживую область.

9. Способ по п. 8, который дополнительно включает предоставление пользователю сообщения о дезинфекции элемента оборудования, если результатом определения является то, что инфекционный изолят был передан неживой областью.

10. Способ по п. 8, который дополнительно включает предоставление пользователю сообщения о тестировании элемента оборудования на инфекционный изолят, если результатом определения является то, что инфекционный изолят был передан неживой областью.

11. Способ по п. 8, который дополнительно включает предоставление пользователю сообщения о тестировании пациента на инфекционный изолят, если результатом определения является то, что инфекционный изолят был передан живым организмом.

12. Способ по п. 8, который дополнительно включает предоставление пользователю сообщения об изоляции пациента, если результатом определения является то, что инфекционный изолят был передан живым организмом.

13. Способ по п. 7, который дополнительно включает генерирование отчета о результате определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром, для отправки в организацию по отслеживанию инфекций.

14. Способ, включающий:

определение, с помощью по меньшей мере одного блока обработки, эволюционного расстояния инфекционного изолята по меньшей мере из одной эталонной последовательности, по меньшей мере частично на основании вариантов;

сравнение, с помощью по меньшей мере одного блока обработки, эволюционного расстояния инфекционного изолята с распределением эволюционных расстояний множества последовательностей, хранимых в базе данных, по меньшей мере из одной эталонной последовательности для определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром, по меньшей мере частично на основании различия между эволюционным расстоянием инфекционного изолята и распределением эволюционных расстояний множества последовательностей; и

15. Способ по п. 14, в котором определение того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром, по меньшей мере частично основано на том, попадает ли эволюционное расстояние инфекционного изолята в пределы желаемого доверительного интервала распределения эволюционных расстояний множества последовательностей.

16. Способ по п. 15, в котором доверительный интервал составляет 95%.

17. Способ по п. 14, в котором распределение эволюционных расстояний множества последовательностей представляет собой множество распределений, основанных на эволюционных расстояниях множества последовательностей.

18. Способ по п. 17, в котором первое распределение из множества распределений, основанных на эволюционных расстояниях множества последовательностей, соответствует первому резервуару, а второе распределение из множества распределений, основанных на эволюционных расстояниях множества распределений, соответствует второму резервуару.

19. Способ по п. 18, в котором определение того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром по меньшей мере частично основано на вероятности того, включено ли эволюционное расстояние инфекционного изолята в первое или второе распределение из множества распределений, основанных на эволюционных расстояниях множества последовательностей.

20. Способ по п. 14, который дополнительно включает сохранение последовательности инфекционного изолята в базе данных, как одну из множества последовательностей для использования при дальнейшем определении того, был ли передан новый инфекционный изолят первым резервуаром или вторым резервуаром.

21. Система, содержащая:

блок обработки;

память, к которой имеется доступ у блока обработки;

базу данных, к которой имеется доступ у блока обработки; и

дисплей, соединенный с блоком обработки;

причем блок обработки выполнен с возможностью:

сравнения последовательности инфекционного изолята, хранимой в памяти, по меньшей мере с одной эталонной последовательностью, хранимой в базе данных, для определения вариантов между последовательностью инфекционного изолята и по меньшей мере одной эталонной последовательностью;

определения скорости репликации инфекционного изолята по меньшей мере частично на основании вариантов;

сравнения скорости репликации инфекционного изолята со скоростью репликации по меньшей мере одной эталонной последовательности для определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром, по меньшей мере частично на основании различия между скоростью репликации инфекционного изолята и скоростью репликации по меньшей мере одной эталонной последовательности; и

предоставления на дисплей результата определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром.

22. Система по п. 21, которая дополнительно содержит компьютерную систему, к которой имеется доступ у блока обработки, причем блок обработки выполнен с возможностью предоставления результата определения того, был ли инфекционный изолят передан первым резервуаром или вторым резервуаром.

23. Система по п. 21, которая дополнительно содержит блок секвенирования, выполненный с возможностью предоставления последовательности инфекционного изолята в память.

24. Система по п. 21, в которой блок обработки содержит множество блоков обработки.