RU2015154505A - A method of preparing genomic libraries of limited samples of loci from degraded DNA - Google Patents

A method of preparing genomic libraries of limited samples of loci from degraded DNA Download PDF

Info

Publication number
RU2015154505A
RU2015154505A RU2015154505A RU2015154505A RU2015154505A RU 2015154505 A RU2015154505 A RU 2015154505A RU 2015154505 A RU2015154505 A RU 2015154505A RU 2015154505 A RU2015154505 A RU 2015154505A RU 2015154505 A RU2015154505 A RU 2015154505A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
fragments
loci
sticky
adapters
site
Prior art date
Application number
RU2015154505A
Other languages
Russian (ru)
Other versions
RU2625012C2 (en
Inventor
Александр Сергеевич Танас
Марина Эдуардовна Борисова
Виктория Владимировна Руденко
Владимир Викторович Стрельников
Дмитрий Владимирович Залетаев
Original Assignee
Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (ГБОУ ВПО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России)
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки "Медико-генетический научный центр" (ФГБНУ "МГНЦ")
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (ГБОУ ВПО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России), Федеральное государственное бюджетное учреждение науки "Медико-генетический научный центр" (ФГБНУ "МГНЦ") filed Critical Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (ГБОУ ВПО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России)
Priority to RU2015154505A priority Critical patent/RU2625012C2/en
Publication of RU2015154505A publication Critical patent/RU2015154505A/en
Application granted granted Critical
Publication of RU2625012C2 publication Critical patent/RU2625012C2/en

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups

Claims (3)

1. Способ приготовления геномных библиотек ограниченных выборок локусов, заключающийся в том, что проводят гидролиз геномной ДНК эндонуклеазой рестрикции, формирующей фрагменты с 5'-липким концом, частичное тупление концов полимеразной реакцией в присутствии неполного набора дезоксирибонуклеозидтрифосфатов, лигирование фрагментов с адаптерами с липким концом, комплементарным модифицированному липкому концу целевого фрагмента, отбор целевых фрагментов совместно селекцией по длине фрагментов и амплификацией с праймерами, комплементарными адаптерам.1. A method of preparing genomic libraries of limited samples of loci, which consists in hydrolysis of genomic DNA with a restriction endonuclease forming fragments with a 5'-sticky end, partial blunting of the ends by polymerase reaction in the presence of an incomplete set of deoxyribonucleoside triphosphates, ligation of fragments with sticky-end adapters, complementary to the modified sticky end of the target fragment, selection of target fragments together by selection along the length of the fragments and amplification with primers, complement polar adapters. 2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что проводят гидролиз геномной ДНК чувствительной к химической модификации нуклеотидов эндонуклеазой рестрикции, и ее нечувствительным к модификации изошизомером, формирующими различные липкие концы фрагментов.2. The method according to p. 1, characterized in that the genomic DNA is hydrolyzed by a restriction endonuclease that is sensitive to chemical modification of nucleotides, and that it is insensitive to modification by an isoshizomer, forming various sticky ends of the fragments. 3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что при амплификации фрагментов библиотеки используют праймеры, содержащие: участок, комплементарный адаптерам, участок комплементарный остатку сайта узнавания эндонуклеазы рестрикции и участок специфического удлинителя длиной 1-4 нуклеотида на 3' конце праймера для ограничения выборки локусов библиотеки.3. The method according to p. 1, characterized in that when amplifying fragments of the library, primers are used that contain: a site complementary to the adapters, a site complementary to the rest of the restriction endonuclease recognition site and a specific extension site 1-4 nucleotide long at the 3 'end of the primer to limit the selection loci library.
RU2015154505A 2015-12-18 2015-12-18 Method for preparation of genomic libraries of limited selections of locuses from degraded dna RU2625012C2 (en)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015154505A RU2625012C2 (en) 2015-12-18 2015-12-18 Method for preparation of genomic libraries of limited selections of locuses from degraded dna

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015154505A RU2625012C2 (en) 2015-12-18 2015-12-18 Method for preparation of genomic libraries of limited selections of locuses from degraded dna

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2015154505A true RU2015154505A (en) 2017-06-22
RU2625012C2 RU2625012C2 (en) 2017-07-11

Family

ID=59240483

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015154505A RU2625012C2 (en) 2015-12-18 2015-12-18 Method for preparation of genomic libraries of limited selections of locuses from degraded dna

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2625012C2 (en)

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6828098B2 (en) * 2000-05-20 2004-12-07 The Regents Of The University Of Michigan Method of producing a DNA library using positional amplification based on the use of adaptors and nick translation
GB0213816D0 (en) * 2002-06-14 2002-07-24 Univ Aston Method of producing DNA and protein libraries
RU2472859C1 (en) * 2011-05-18 2013-01-20 Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации (ГОУ ВПО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздравсоцразвития России) Method for formation of dna methylation marker systems

Also Published As

Publication number Publication date
RU2625012C2 (en) 2017-07-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2015156872A5 (en)
RU2019138698A (en) METHODS AND COMPOSITIONS FOR DNA PROFILING
JP2016195614A5 (en)
WO2015081229A3 (en) Selective amplification of nucleic acid sequences
JP2016500518A5 (en)
WO2016064894A3 (en) Compositions and methods for detecting an rna virus
WO2009012246A3 (en) Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids
JP2017537658A5 (en)
WO2015114469A3 (en) Covered sequence conversion dna and detection methods
EA201990599A1 (en) METHOD AND SYSTEM FOR OBTAINING AND SEQUENING A LIBRARY BASED ON CRISPR
JP2015096066A5 (en)
WO2015178978A3 (en) Strand exchange hairpin primers that give high allelic discrimination
JP2021503903A5 (en)
WO2015148218A3 (en) Isothermal amplification under low salt condition
GB0712882D0 (en) Nucleic acid amplification
WO2016059473A3 (en) Sequence conversion and signal amplifier dna having locked nucleic acids and detection methods using same
RU2020119664A (en) ASYMMETRIC PCR METHODS
BR112017024702A2 (en) detection of target nucleic acids and variants
MX2017000391A (en) Dna amplification technology.
JP2016540517A5 (en)
AR104438A1 (en) CORN PLANT DBN9868 TOLERANT TO HERBICIDES AND SEQUENCE OF NUCLEIC ACID AND METHOD FOR DETECTION
JP2016527896A5 (en)
WO2015153571A3 (en) Detection of dna methylation using combined nuclease ligation reactions
WO2018231955A3 (en) Isolation of target nucleic acids
RU2015154505A (en) A method of preparing genomic libraries of limited samples of loci from degraded DNA

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20181219

NF4A Reinstatement of patent

Effective date: 20211203