RU2014127522A - Генетический тест накопления меди в печени у собак - Google Patents

Генетический тест накопления меди в печени у собак Download PDF

Info

Publication number
RU2014127522A
RU2014127522A RU2014127522A RU2014127522A RU2014127522A RU 2014127522 A RU2014127522 A RU 2014127522A RU 2014127522 A RU2014127522 A RU 2014127522A RU 2014127522 A RU2014127522 A RU 2014127522A RU 2014127522 A RU2014127522 A RU 2014127522A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
seq
dog
polymorphisms
liver
copper
Prior art date
Application number
RU2014127522A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2662660C2 (ru
Inventor
Алан Джеймс МАРТИН
Пол Глин ДЖОНС
Адриан ВАТСОН
Ян РОТЭЙЗЕН
Хилле ФИТЕН
Питер Антониус Йозеф ЛЕГВАТЕР
Original Assignee
Марс, Инкорпорейтед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Марс, Инкорпорейтед filed Critical Марс, Инкорпорейтед
Publication of RU2014127522A publication Critical patent/RU2014127522A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2662660C2 publication Critical patent/RU2662660C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
    • A01K67/02—Breeding vertebrates
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
    • A01K67/027—New or modified breeds of vertebrates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/10—Ploidy or copy number detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/40—Population genetics; Linkage disequilibrium
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Environmental Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Biodiversity & Conservation Biology (AREA)
  • Animal Husbandry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Ecology (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

1. Способ тестирования собаки для определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:(a) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr14_39437543 (SEQ ID NO: 150), Chr15_62625024 (SEQ ID NO: 151), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153), Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и повтора CGCCCC в хромосомном положении 22:3135287;(b) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (a), и/или(c) Chr32_38904515 (SEQ ID NO: 156), Chr8_4892743 (SEQ ID NO: 157) и Chr8_4880518 (SEQ ID NO: 158).2. Способ по п. 1, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:(d) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или(e) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (d).3. Способ по п. 1, где один или более полиморфизмов представляют собой однонуклеотидные полиморфизмы (SNP).4. Способ по п. 1, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более SNP, выбранных из BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), BICF2P591872 (SEQ ID NO:5), ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131), UBL5_Reg1F_16 (SEQ ID NO: 132), golga5_Reg1_24 (SEQ ID NO: 133), golga5_26 (SEQ ID NO: 134), golga5_27 (SEQ ID NO: 135), golga5_28 (SEQ ID NO: 136), golga5_29 (SEQ ID NO: 137), golga5_30 (SEQ ID NO: 138), golga5_31 (SEQ ID NO: 139), atp7areg17_32 (SEQ ID NO: 140), atp7areg17_33 (SEQ ID NO: 141) и одного или более SNP в неравновесном сцеплении с ними.5. Способ по п. 4, включающий детекцию присутствия или отсутствия SNP BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), и BICF2P591872 (SEQ ID NO:5).6. Способ по п. 1, включающий детекцию в образце пр�

Claims (31)

1. Способ тестирования собаки для определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:
(a) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr14_39437543 (SEQ ID NO: 150), Chr15_62625024 (SEQ ID NO: 151), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153), Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и повтора CGCCCC в хромосомном положении 22:3135287;
(b) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (a), и/или
(c) Chr32_38904515 (SEQ ID NO: 156), Chr8_4892743 (SEQ ID NO: 157) и Chr8_4880518 (SEQ ID NO: 158).
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:
(d) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или
(e) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (d).
3. Способ по п. 1, где один или более полиморфизмов представляют собой однонуклеотидные полиморфизмы (SNP).
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более SNP, выбранных из BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), BICF2P591872 (SEQ ID NO:5), ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131), UBL5_Reg1F_16 (SEQ ID NO: 132), golga5_Reg1_24 (SEQ ID NO: 133), golga5_26 (SEQ ID NO: 134), golga5_27 (SEQ ID NO: 135), golga5_28 (SEQ ID NO: 136), golga5_29 (SEQ ID NO: 137), golga5_30 (SEQ ID NO: 138), golga5_31 (SEQ ID NO: 139), atp7areg17_32 (SEQ ID NO: 140), atp7areg17_33 (SEQ ID NO: 141) и одного или более SNP в неравновесном сцеплении с ними.
5. Способ по п. 4, включающий детекцию присутствия или отсутствия SNP BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), и BICF2P591872 (SEQ ID NO:5).
6. Способ по п. 1, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки:
(a) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142), или
(b) ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr8_4892743 (SEQ ID NO: 157), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153) и Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154).
7. Способ по п. 1, где полиморфизм, который находится в неравновесном сцеплении с полиморфизм (a) находится в пределах 680 т.п.н. и на той же хромосоме, что и полиморфизм (a), и рассчитанная мера неравновесного сцепления пары полиморфизмов, R2, больше или равна 0,5.
8. База данных, содержащая информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 1, и их ассоциации с предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени.
9. Способ определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени, включающий:
(a) введение в компьютерную систему данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки одного или более полиморфизмов, как определено в п. 1;
(b) сравнение данных с компьютерной базой данных, которая содержит информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 1, и их ассоциации с предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени; и
(c) определение на основе сравнения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени.
10. Компьютерная программа, содержащая средства программного кода, которые при исполнении на компьютерной системе, дают команду компьютерной системе провести все этапы п. 9.
11. Компьютерный носитель данных, содержащий компьютерную программу по п. 10 и базу данных по п. 8.
12. Компьютерная система, настроенная на исполнение способа по п. 9, содержащая:
(a) средства для введения данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки полиморфизма, как определено в п. 1;
(b) база данных, содержащая информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 1, и их ассоциации с предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени;
(c) модуль для сравнения данных с базой данных, и
(d) средства для определения на основании указанного сравнения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени.
13. Применение одного или более полиморфизмов, выбранных из полиморфизмов, как определено в п. 1, для определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени.
14. Способ отбора собаки для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени, включающий:
- определение содержания в геноме первой собаки-кандидата одного или более полиморфизмов, являющихся показателем предрасположенности к накоплению меди в печени, способом по п. 1 и, таким образом, определение того, является ли первая собака-кандидат является подходящей для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени;
- необязательно, определение содержания в геноме второй собаки противоположного первой собаке пола одного или более полиморфизмов, являющихся показателем предрасположенности к накоплению меди в печени, способом по п. 1; и
- необязательно, вязку первой собаки со второй собакой для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени.
15. Способ по п. 1 или 14 или применение по п. 13, где собака имеет генетическую наследственность породы лабрадор-ретривер.
16. Способ тестирования собаки для определения вероятности того, что собака защищена от накопления меди в печени, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из (a) Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145) и (b) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с (a).
17. Способ по п. 16, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки (c) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или (d) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с (c).
18. Способ по п. 17, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки (c) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или (d) ChrX_63397393 (SNP ATP7a_Reg16_F_42; SEQ ID NO: 143).
19. Способ по п. 16, дополнительно включающий детекция в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:
(e) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr14_39437543 (SEQ ID NO: 150), Chr15_62625024 (SEQ ID NO: 151), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153), Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155), и повтора CGCCCC в хромосомном положении 22:3135287;
(f) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (e), и/или
(g) Chr32_3890451 (SEQ ID NO: 156), Chr8_4892723 (SEQ ID NO: 157) и Chr8_4880518 (SEQ ID NO: 158).
20. Способ по п. 16, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более SNP, выбранных из BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), BICF2P591872 (SEQ ID NO:5), ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131), UBL5_Reg1F_16 (SEQ ID NO: 132), golga5_Reg1_24 (SEQ ID NO: 133), golga5_26 (SEQ ID NO: 134), golga5_27 (SEQ ID NO: 135), golga5_28 (SEQ ID NO: 136), golga5_29 (SEQ ID NO: 137), golga5_30 (SEQ ID NO: 138), golga5_31 (SEQ ID NO: 139), atp7areg17_32 (SEQ ID NO: 140), atp7areg17_33 (SEQ ID NO: 141) и одного или более SNP в неравновесном сцеплении с ними.
21. Способ по п. 20, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки SNP BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), и BICF2P591872 (SEQ ID NO:5).
22. Способ по п. 16, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки: Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142).
23. Способ по п. 16, где полиморфизм, который находится в неравновесном сцеплении с полиморфизм (a) находится в пределах 680 т.п.н. и на той же хромосоме, что и полиморфизм (a), и рассчитанная мера неравновесного сцепления пары полиморфизмов, R2, больше или равна 0,5.
24. База данных, содержащая информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 16, и их ассоциации с защитой собаки от накопления меди в печени или предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени.
25. Способ определения вероятности того, что собака защищена от накопления меди в печени, где способ включает:
(a) введение в компьютерную систему данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки одного или более полиморфизмов, как определено в п. 16;
(b) сравнение данных с компьютерной базой данных, которая содержит информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 16, и их ассоциации с защитой собаки от накопления меди в печени или предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени; и
(c) определение на основе сравнения вероятности защиты собаки от накопления меди в печени.
26. Компьютерная программа, содержащая средства программного кода, которые при исполнении на компьютерной системе, дают команду компьютерной системе провести все этапы п. 25.
27. Компьютерный носитель данных, содержащий компьютерную программу по п. 26 и базу данных по п. 24.
28. Компьютерная система, настроенная на исполнение способа по п. 25, содержащая:
(a) средства для введения данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки одного или более полиморфизмов, как определено в п. 16;
(b) базу данных, содержащую информацию об указанных полиморфизмах и их ассоциации с защитой собаки от накопления меди в печени или предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени;
(c) модуль для сравнения данных с базой данных, и
(d) средства для определения на основании указанного сравнения вероятности защиты собаки от накопления меди в печени.
29. Применение полиморфизма, как определено в п. 16, для определения вероятности защиты собаки от накопления меди в печени.
30. Способ отбора собаки для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени, включающий:
- определение содержания в геноме первой собаки-кандидата одного или более полиморфизмов, являющихся показателем защиты от накопления меди в печени, способом по п. 16 и, таким образом, определение того, является ли первая собака-кандидат является подходящей для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени;
- необязательно, определение содержания в геноме второй собаки противоположного первой собаке пола одного или более полиморфизмов, являющихся показателем защиты от накопления меди в печени по п. 16; и
- необязательно, вязку первой собаки со второй собакой для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени.
31. Способ по п. 16 или применение по п. 29, где собака имеет генетическую наследственность породы лабрадор-ретривер.
RU2014127522A 2011-12-06 2012-12-06 Генетический тест накопления меди в печени у собак RU2662660C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB1120989.7A GB201120989D0 (en) 2011-12-06 2011-12-06 Genetic test
GB1120989.7 2011-12-06
PCT/GB2012/053038 WO2013083988A2 (en) 2011-12-06 2012-12-06 Genetic test for liver copper accumulation in dogs

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018122073A Division RU2707814C2 (ru) 2011-12-06 2012-12-06 Генетический тест накопления меди в печени у собак

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2014127522A true RU2014127522A (ru) 2016-01-27
RU2662660C2 RU2662660C2 (ru) 2018-07-26

Family

ID=45541307

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018122073A RU2707814C2 (ru) 2011-12-06 2012-12-06 Генетический тест накопления меди в печени у собак
RU2014127522A RU2662660C2 (ru) 2011-12-06 2012-12-06 Генетический тест накопления меди в печени у собак
RU2019137438A RU2746093C1 (ru) 2011-12-06 2019-11-21 Генетический тест накопления меди в печени у собак

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018122073A RU2707814C2 (ru) 2011-12-06 2012-12-06 Генетический тест накопления меди в печени у собак

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019137438A RU2746093C1 (ru) 2011-12-06 2019-11-21 Генетический тест накопления меди в печени у собак

Country Status (8)

Country Link
US (3) US10150997B2 (ru)
EP (4) EP3216876B1 (ru)
JP (4) JP6231490B2 (ru)
CN (3) CN103958700B (ru)
AU (3) AU2012349841B2 (ru)
GB (1) GB201120989D0 (ru)
RU (3) RU2707814C2 (ru)
WO (1) WO2013083988A2 (ru)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB201818627D0 (en) * 2018-11-15 2019-01-02 Mars Inc Analytical systems
CN113080136B (zh) * 2021-02-24 2022-05-17 厦门大学 一种腹膜后肉瘤小鼠原位异种移植动物模型的建立方法

Family Cites Families (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2108927C (en) 1993-09-21 2008-09-02 Peter Bull Wilson disease gene
AU1959797A (en) * 1996-02-22 1997-09-10 Board Of Trustees Of Michigan State University Microsatellite markers for identifying canine genetic diseases or traits
US6911224B1 (en) 1996-08-06 2005-06-28 Nestec S.A. Multi-layered canned pet food
DE19703252A1 (de) 1996-11-07 1998-05-14 Wolfgang Heinz Richard P Pries Nahrungsmittel mit Mineralsalz und Verfahren zu dessen Herstellung
RU2126675C1 (ru) * 1998-01-05 1999-02-27 Уральский государственный институт ветеринарной медицины Способ диагностики заболеваний печени у собак
GB9806444D0 (en) 1998-03-25 1998-05-27 Mars Uk Ltd Food
US6156355A (en) 1998-11-02 2000-12-05 Star-Kist Foods, Inc. Breed-specific canine food formulations
US6265438B1 (en) 1998-12-03 2001-07-24 Heritage Technologies, Llc Vitamin compatible micronutrient supplement
US6932980B1 (en) 2001-01-18 2005-08-23 Richard Sayre Method of making microalgal-based animal foodstuff supplements, microalgal-supplemented animal foodstuffs and method of animal nutrition
US20030092019A1 (en) * 2001-01-09 2003-05-15 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for diagnosing and treating neuropsychiatric disorders such as schizophrenia
CA2387277C (en) 2001-05-25 2015-03-03 Hitachi, Ltd. Information processing system using nucleotide sequence-related information
GB0125179D0 (en) * 2001-10-19 2001-12-12 Mars Uk Ltd Diagnostic tests
GB0313964D0 (en) 2003-06-16 2003-07-23 Mars Inc Genotype test
US20060147962A1 (en) 2003-06-16 2006-07-06 Mars, Inc. Genotype test
US20070009899A1 (en) 2003-10-02 2007-01-11 Mounts William M Nucleic acid arrays for detecting gene expression in animal models of inflammatory diseases
US9827314B2 (en) 2003-12-08 2017-11-28 Mars, Incorporated Edible compositions which are adapted for use by a companion animal
US20070134370A1 (en) 2003-12-26 2007-06-14 Kao Corporation Pet food
CA2555259A1 (en) 2004-02-27 2005-09-09 Applera Corporation Genetic polymorphisms associated with stroke, methods of detection and uses thereof
GB0518959D0 (en) * 2005-09-16 2005-10-26 Mars Inc Dog periodontitis
US7695911B2 (en) 2005-10-26 2010-04-13 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with Alzheimer's Disease, methods of detection and uses thereof
GB0615300D0 (en) 2006-08-01 2006-09-06 Mars Inc Diabetes test
MX2009010439A (es) 2007-03-26 2009-10-20 Decode Genetics Ehf Variantes geneticas de chr2 y chr16 como marcadores para el uso en valoracion, diagnosis, prognosis y tratamiento de riesgo de cancer de mama.
GB0719358D0 (en) * 2007-10-03 2007-11-14 Mars Inc Pet diet
EP2342353A1 (en) * 2008-10-03 2011-07-13 Mars, Incorporated Genetic test for liver copper accumulation in dogs and low copper pet diet
US20120021928A1 (en) * 2010-06-18 2012-01-26 Kerstin Lindblad-Toh Genetic risk assessment for shar-pei fever

Also Published As

Publication number Publication date
RU2746093C1 (ru) 2021-04-06
US20220389506A1 (en) 2022-12-08
EP2788502B1 (en) 2017-04-26
JP2020171298A (ja) 2020-10-22
AU2020200211A1 (en) 2020-02-06
AU2017251791A1 (en) 2017-11-16
US10150997B2 (en) 2018-12-11
US20140351962A1 (en) 2014-11-27
CN103958700B (zh) 2017-03-08
EP4250298A2 (en) 2023-09-27
RU2018122073A (ru) 2019-03-06
JP6231490B2 (ja) 2017-11-15
EP4250298A3 (en) 2023-12-06
GB201120989D0 (en) 2012-01-18
EP3216876A1 (en) 2017-09-13
EP3653732A1 (en) 2020-05-20
CN106957907A (zh) 2017-07-18
JP2015502152A (ja) 2015-01-22
RU2707814C2 (ru) 2019-11-29
JP6527205B2 (ja) 2019-06-05
RU2018122073A3 (ru) 2019-03-28
EP3653732B1 (en) 2023-05-24
AU2012349841B2 (en) 2017-07-27
WO2013083988A3 (en) 2013-08-01
RU2662660C2 (ru) 2018-07-26
JP2018033464A (ja) 2018-03-08
CN114085898A (zh) 2022-02-25
CN106957907B (zh) 2021-10-15
JP2019165735A (ja) 2019-10-03
JP6728442B2 (ja) 2020-07-22
CN103958700A (zh) 2014-07-30
AU2012349841A1 (en) 2014-07-10
EP2788502A2 (en) 2014-10-15
US20190062839A1 (en) 2019-02-28
JP7057394B2 (ja) 2022-04-19
AU2020200211B2 (en) 2022-05-05
EP3216876B1 (en) 2019-11-06
WO2013083988A2 (en) 2013-06-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Dobrynin et al. Genomic legacy of the African cheetah, Acinonyx jubatus
Zhang et al. Hypoxia adaptations in the grey wolf (Canis lupus chanco) from Qinghai-Tibet Plateau
Littlejohn et al. Sequence-based association analysis reveals an MGST1 eQTL with pleiotropic effects on bovine milk composition
Zhan et al. Global assessment of genomic variation in cattle by genome resequencing and high-throughput genotyping
Kim et al. Linkage disequilibrium in the North American Holstein population
Corander et al. High degree of cryptic population differentiation in the B altic S Ea herring C lupea harengus
Qanbari et al. The pattern of linkage disequilibrium in German Holstein cattle
Warren et al. Derivation of HLA types from shotgun sequence datasets
Bergero et al. Preservation of the Y transcriptome in a 10-million-year-old plant sex chromosome system
1000 Genomes Project Consortium A map of human genome variation from population scale sequencing
Wang et al. RES-Scanner: a software package for genome-wide identification of RNA-editing sites
Jiang et al. Optimal sequencing depth design for whole genome re-sequencing in pigs
Andrés et al. Patterns of transcriptome divergence in the male accessory gland of two closely related species of field crickets
Malenfant et al. Design of a 9K illumina BeadChip for polar bears (U rsus maritimus) from RAD and transcriptome sequencing
Babik et al. Long‐term survival of a urodele amphibian despite depleted major histocompatibility complex variation
Höglund et al. Analyzes of genome-wide association follow-up study for calving traits in dairy cattle
Wang et al. Genetic diversity and population structure of six Chinese indigenous pig breeds in the Taihu Lake region revealed by sequencing data
Verdugo et al. Serious limitations of the QTL/microarray approach for QTL gene discovery
Li et al. A near complete genome for goat genetic and genomic research
Derks et al. Accelerated discovery of functional genomic variation in pigs
GuhaThakurta et al. Cis-regulatory variations: a study of SNPs around genes showing cis-linkage in segregating mouse populations
Kerstens et al. Structural variation in the chicken genome identified by paired-end next-generation DNA sequencing of reduced representation libraries
Le Roex et al. Novel SNP discovery in African buffalo, Syncerus caffer, using high-throughput sequencing
Lee et al. Genetic variants and signatures of selective sweep of Hanwoo population (Korean native cattle)
Hou et al. Genetic architecture, demographic history, and genomic differentiation of Populus davidiana revealed by whole‐genome resequencing