RU2014115533A - Диагностика туберкулеза - Google Patents

Диагностика туберкулеза Download PDF

Info

Publication number
RU2014115533A
RU2014115533A RU2014115533/15A RU2014115533A RU2014115533A RU 2014115533 A RU2014115533 A RU 2014115533A RU 2014115533/15 A RU2014115533/15 A RU 2014115533/15A RU 2014115533 A RU2014115533 A RU 2014115533A RU 2014115533 A RU2014115533 A RU 2014115533A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
oligonucleotide
seq
cfp
heterodimer
aptamer
Prior art date
Application number
RU2014115533/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Лиа Сюзанне РОТЕРХЭМ
Макобетсе Абель КХАТИ
Мэтсопиан Шарлотта МЕЙСЕРЕМЮЛ
Original Assignee
Ксир
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ксир filed Critical Ксир
Publication of RU2014115533A publication Critical patent/RU2014115533A/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56911—Bacteria
    • G01N33/5695—Mycobacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/10—Applications; Uses in screening processes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2469/00—Immunoassays for the detection of microorganisms
    • G01N2469/10—Detection of antigens from microorganism in sample from host

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Олигонуклеотид, выбранный из группы, содержащей SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6, олигонуклеотид, комплементарный по отношению к нему, олигонуклеотид, по меньшей мере на 80% гомологичный по отношению к нему, усеченный участок любого из вышеперечисленного или пару к любому из вышеперечисленного.2. Олигонуклеотид по п.1, который является однонитевым.3. Олигонуклеотид по п.1, который является двухнитевым.4. Олигонуклеотид по п.1, который является аптамером, усеченным участком аптамера или парой к нему, который связывается с гетеродимером CFP-10.ESAT-6 штамма Mycobacterium.5. Олигонуклеотид по п.1, который является аптамером, усеченным участком аптамера или парой к нему, который связывается с мономером CFP-10 штамма Mycobacterium.6. Олигонуклеотид по п.4, причем штамм Mycobacterium является штаммом Mycobacterium tuberculosis (M.tb).7. Олигонуклеотид, который является аптамером, усеченным участком аптамера или парой двух аптамеров, который связывается с гетеродимером CFP-10.ESAT-6 или мономером CFP-10 штамма Mycobacterium.8. Олигонуклеотид по п.7, который выбран из группы, содержащей SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6, олигонуклеотида, комплементарного по отношению к нему, олигонуклеотида, по меньшей мере на 80% гомологичного по отношению к нему, или пары любого из вышеперечисленного.9. Способ in vitro диагностики туберкулеза (ТВ), причем упомянутый способ содержит этапы, на которых:(a) вводят пробу, взятую у субъекта, предположительно инфицированного ТВ, в контакт с олигонуклеотидом по п.1 в анализе на связывание с гетеродимером CFP-10.ESAT-6; и(b) определяют, связался ли олигонуклеотид в пробе с гетеродимером CFP-10.ESAT-6, причем связывание олигонуклеотида с гетеродимером CF

Claims (17)

1. Олигонуклеотид, выбранный из группы, содержащей SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6, олигонуклеотид, комплементарный по отношению к нему, олигонуклеотид, по меньшей мере на 80% гомологичный по отношению к нему, усеченный участок любого из вышеперечисленного или пару к любому из вышеперечисленного.
2. Олигонуклеотид по п.1, который является однонитевым.
3. Олигонуклеотид по п.1, который является двухнитевым.
4. Олигонуклеотид по п.1, который является аптамером, усеченным участком аптамера или парой к нему, который связывается с гетеродимером CFP-10.ESAT-6 штамма Mycobacterium.
5. Олигонуклеотид по п.1, который является аптамером, усеченным участком аптамера или парой к нему, который связывается с мономером CFP-10 штамма Mycobacterium.
6. Олигонуклеотид по п.4, причем штамм Mycobacterium является штаммом Mycobacterium tuberculosis (M.tb).
7. Олигонуклеотид, который является аптамером, усеченным участком аптамера или парой двух аптамеров, который связывается с гетеродимером CFP-10.ESAT-6 или мономером CFP-10 штамма Mycobacterium.
8. Олигонуклеотид по п.7, который выбран из группы, содержащей SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6, олигонуклеотида, комплементарного по отношению к нему, олигонуклеотида, по меньшей мере на 80% гомологичного по отношению к нему, или пары любого из вышеперечисленного.
9. Способ in vitro диагностики туберкулеза (ТВ), причем упомянутый способ содержит этапы, на которых:
(a) вводят пробу, взятую у субъекта, предположительно инфицированного ТВ, в контакт с олигонуклеотидом по п.1 в анализе на связывание с гетеродимером CFP-10.ESAT-6; и
(b) определяют, связался ли олигонуклеотид в пробе с гетеродимером CFP-10.ESAT-6, причем связывание олигонуклеотида с гетеродимером CFP-10.ESAT-6 таким образом подтверждает присутствие гетеродимера CFP-10.ESAT-6 и, следовательно, наличие инфекции ТВ в пробе.
10. Способ in vitro диагностики туберкулеза (ТВ), причем упомянутый способ содержит этапы, на которых:
(a) вводят пробу, взятую у субъекта, предположительно инфицированного активным ТВ или скрытым ТВ, в контакт с олигонуклеотидом по п.1 в анализе на связывание с мономером CFP-10; и
(b) определяют, связался ли олигонуклеотид в пробе с мономером CFP-10, причем связывание олигонуклеотида с мономером CFP-10 таким образом подтверждает присутствие мономера CFP-10 и, следовательно, наличие инфекции ТВ в пробе.
11. Способ по п.9, в котором анализ на связывание является модифицированным анализом типа ELISA, причем антитела к гетеродимеру CFP-10.ESAT-6 или мономеру CFP-10 заменены олигонуклеотидом по п.1.
12. Способ по п.9, причем олигонуклеотид соответствует SEQ ID NO: 3.
13. Диагностический набор для диагностики туберкулеза (ТВ), причем упомянутый набор включает в себя:
(a) устройство для взятия пробы у субъекта, предположительно инфицированного ТВ; и
(b) устройство для применения способа диагностики ТВ по п.9;
(c) олигонуклеотид по п.1; и
(d) при необходимости положительный контроль и/или отрицательный контроль.
14. Нуклеиновая кислота, содержащая олигонуклеотидную последовательность, выбранную из SEQ. ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6, олигонуклеотида, комплементарного по отношению к ней, олигонуклеотида, по меньшей мере на 80% гомологичного по отношению к ней, или пары к любому из вышеперечисленного.
15. Способ по п.10, в котором анализ на связывание является модифицированным анализом типа ELISA, причем антитела к гетеродимеру CFP-10.ESAT-6 или мономеру CFP-10 заменены олигонуклеотидом по п.1.
16. Способ по п.10, причем олигонуклеотид соответствует SEQ ID NO: 3.
17. Диагностический набор для диагностики туберкулеза (ТВ), причем упомянутый набор включает в себя:
(а) устройство для взятия пробы у субъекта, предположительно инфицированного ТВ; и
(b) устройство для применения способа диагностики ТВ по п.10;
(c) олигонуклеотид по п.1; и
(d) при необходимости положительный контроль и/или отрицательный контроль.
RU2014115533/15A 2011-09-23 2012-09-21 Диагностика туберкулеза RU2014115533A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
ZA2011/06987 2011-09-23
ZA201106987 2011-09-23
ZA201204226 2012-06-08
ZA2012/04226 2012-06-08
PCT/IB2012/055025 WO2013042077A1 (en) 2011-09-23 2012-09-21 Diagnosis of tuberculosis

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2014115533A true RU2014115533A (ru) 2015-10-27

Family

ID=47146456

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014115533/15A RU2014115533A (ru) 2011-09-23 2012-09-21 Диагностика туберкулеза

Country Status (7)

Country Link
US (2) US9176134B2 (ru)
EP (1) EP2758062A1 (ru)
AP (1) AP3990A (ru)
BR (1) BR112014007025A2 (ru)
RU (1) RU2014115533A (ru)
WO (1) WO2013042077A1 (ru)
ZA (1) ZA201402437B (ru)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014147559A1 (en) * 2013-03-18 2014-09-25 University Of The Witwatersrand, Johannesburg Cd7 receptor aptamers
WO2014166558A1 (en) * 2013-04-09 2014-10-16 Tubitak (Turkiye Bilimsel Ve Teknolojik Arastirma Kurumu) Dna aptamers to diagnose mycobacterium tuberculosis bacteria and treat tuberculosis disease, specific for m. tuberculosis bacteria
CN106248934B (zh) * 2016-08-25 2018-04-06 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 结核分枝杆菌抗原蛋白Rv0446c及其T细胞表位肽的应用
CN106248935B (zh) * 2016-08-31 2018-04-06 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 结核分枝杆菌抗原蛋白Rv1798及其T细胞表位肽的应用

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7638271B2 (en) * 2003-07-31 2009-12-29 ICDDR, B: The Center for Health and Population Research Use of antibody from lymphocyte secretions to diagnose active infection
WO2008156471A1 (en) * 2006-12-13 2008-12-24 Stc.Unm Non-invasive rapid diagnostic test for m. tuberculosis infection
DE102007041476B4 (de) * 2007-08-31 2017-03-30 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Aptamere, die an ein an der Hämostase beteiligtes Zielmolekül binden
CN102549425A (zh) 2009-06-12 2012-07-04 疫苗技术公司 用于测量细胞介导的免疫应答的诊断试验所用的方法和组合物

Also Published As

Publication number Publication date
BR112014007025A2 (pt) 2019-09-24
ZA201402437B (en) 2015-03-25
US20150260716A1 (en) 2015-09-17
EP2758062A1 (en) 2014-07-30
WO2013042077A1 (en) 2013-03-28
US9176134B2 (en) 2015-11-03
AP2014007565A0 (en) 2014-04-30
US20140370516A1 (en) 2014-12-18
AP3990A (en) 2017-01-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Kumar et al. Loop-mediated isothermal amplification assay for rapid and sensitive diagnosis of tuberculosis
RU2012140430A (ru) Способы диагностики патогенов, вызывающих инфекционные заболевания и их лекарственной чувствительности
RU2014115533A (ru) Диагностика туберкулеза
WO2021202893A1 (en) Detecting adaptive immunity to coronavirus
JP2010207229A5 (ru)
Qin et al. The selection and application of ssDNA aptamers against MPT64 protein in Mycobacterium tuberculosis
Anochie et al. Recent advances in the diagnosis of Mycobacterium tuberculosis
CA2870593A1 (en) Detection of extracellular jcv micrornas
Veronesi et al. Occurrence of Borrelia lusitaniae infection in horses
Chen et al. Cytokine and antibody based diagnostic algorithms for sputum culture-positive pulmonary tuberculosis
Alonzi et al. Research tests for the diagnosis of tuberculosis infection
US11619633B2 (en) DNA aptamer specifically binding to ESAT6, and use thereof
CN111212911B (zh) 与tb7.7特异性结合的dna适体及其用途
Golparian et al. Clinical Neisseria gonorrhoeae isolate with a N. meningitidis porA gene and no prolyliminopeptidase activity, Sweden, 2011–danger of false-negative genetic and culture diagnostic results
Pena et al. Cytokine responses to Mycobacterium leprae unique proteins differentiate between Mycobacterium leprae infected and naive armadillos
Wu et al. Alarming incidence of genital mycoplasmas among HIV-1-infected MSM in Jiangsu, China
Yang et al. Identification of mycobacterial bacterioferritin B for immune screening of tuberculosis and latent tuberculosis infection
CN107828903A (zh) 检测犬艾利希体的引物对、套组及方法
WO2014166558A1 (en) Dna aptamers to diagnose mycobacterium tuberculosis bacteria and treat tuberculosis disease, specific for m. tuberculosis bacteria
US11028396B2 (en) DNA aptamer specifically binding to CFP10, and use thereof
Bai Laboratory diagnosis of rickettsial infections
Güçlü et al. Detection of Babesia caballi (Nuttall, 1910) and Theileria equi (Syn. Babesia equi, Laveran, 1901) by the polymerase chain reaction (PCR) in show and sport horses in the region of Ankara
RU2011110673A (ru) Способ оценки активности туберкулеза у детей и подростков
Shan et al. Overcoming the Challenges of Lyme Disease Diagnosis: The Role of Phage-based Testing
AU2011292497B2 (en) A novel method for diagnosing Q-fever using a cellular immunological test