RU2011111748A - Маркеты и способы анализа и лечения язвенного колита и сходных заболеваний с использованием панели из 20 генов - Google Patents

Маркеты и способы анализа и лечения язвенного колита и сходных заболеваний с использованием панели из 20 генов Download PDF

Info

Publication number
RU2011111748A
RU2011111748A RU2011111748/15A RU2011111748A RU2011111748A RU 2011111748 A RU2011111748 A RU 2011111748A RU 2011111748/15 A RU2011111748/15 A RU 2011111748/15A RU 2011111748 A RU2011111748 A RU 2011111748A RU 2011111748 A RU2011111748 A RU 2011111748A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
sample
therapy
members
reference standard
patient
Prior art date
Application number
RU2011111748/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Силинь ЛИ (US)
Силинь ЛИ
Фредерик БАРИБО (US)
Фредерик БАРИБО
Original Assignee
Сентокор Орто Байотек Инк. (Us)
Сентокор Орто Байотек Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=41722298&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RU2011111748(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Сентокор Орто Байотек Инк. (Us), Сентокор Орто Байотек Инк. filed Critical Сентокор Орто Байотек Инк. (Us)
Publication of RU2011111748A publication Critical patent/RU2011111748A/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/06—Gastro-intestinal diseases
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/06—Gastro-intestinal diseases
    • G01N2800/065—Bowel diseases, e.g. Crohn, ulcerative colitis, IBS
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Abstract

1. Способ предсказания пригодности применения заданного вида терапии для лечения у субъекта желудочно-кишечного расстройства, включающий: ! a) приготовление образца нуклеиновых кислот из образца, полученного у субъекта; ! b) приведение образца в контакт с рядом фрагментов нуклеиновых кислот, состоящим по меньшей мере из части из 2 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20, с целью определения уровней содержания фрагментов, входящих в указанный ряд; ! c) оценку образца в сравнении с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере двух членов, присутствующих в образце; и ! d) сопоставление величины изменения с пригодностью применения заданного вида терапии для лечения желудочно-кишечного расстройства. ! 2. Способ по п.1, в котором субъект является пациентом с желудочно-кишечным расстройством, а заданным видом терапии является применение антител к TNFα. ! 3. Способ по п.2, в котором антитело к TNFα представляет собой инфликсимаб. ! 4. Способ по п.2, в котором желудочно-кишечным расстройством является язвенный колит. ! 5. Способ по п.4, в котором эталонный стандарт получен из образца биопсии толстой кишки, взятого у пациента с язвенным колитом, не прошедшего курс лечения, чувствительного к заданному виду терапии или нечувствительного к заданному виду терапии. ! 6. Способ по п.1, в котором указанный ряд представляет собой чип с фрагментами нуклеиновых кислот. ! 7. Способ по п.1, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере 5 членов группы, состоящей из нукл

Claims (64)

1. Способ предсказания пригодности применения заданного вида терапии для лечения у субъекта желудочно-кишечного расстройства, включающий:
a) приготовление образца нуклеиновых кислот из образца, полученного у субъекта;
b) приведение образца в контакт с рядом фрагментов нуклеиновых кислот, состоящим по меньшей мере из части из 2 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20, с целью определения уровней содержания фрагментов, входящих в указанный ряд;
c) оценку образца в сравнении с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере двух членов, присутствующих в образце; и
d) сопоставление величины изменения с пригодностью применения заданного вида терапии для лечения желудочно-кишечного расстройства.
2. Способ по п.1, в котором субъект является пациентом с желудочно-кишечным расстройством, а заданным видом терапии является применение антител к TNFα.
3. Способ по п.2, в котором антитело к TNFα представляет собой инфликсимаб.
4. Способ по п.2, в котором желудочно-кишечным расстройством является язвенный колит.
5. Способ по п.4, в котором эталонный стандарт получен из образца биопсии толстой кишки, взятого у пациента с язвенным колитом, не прошедшего курс лечения, чувствительного к заданному виду терапии или нечувствительного к заданному виду терапии.
6. Способ по п.1, в котором указанный ряд представляет собой чип с фрагментами нуклеиновых кислот.
7. Способ по п.1, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере 5 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
8. Способ по п.1, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количества по меньшей мере 10 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
9. Способ по п.1, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере 15 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
10. Способ по п.1, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств всех членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
11. Способ по п.1, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
12. Способ по п.11, в котором факт, что среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда равно или превышает X, указывает, что субъект будет чувствительным к заданному виду терапии, а факт, что среднее значение интенсивности для каждого из членов ряда меньше Y, указывает, что субъект будет нечувствительным к заданному виду терапии.
13. Способ по п.12, дополнительно включающий после стадии сопоставления лечение пациента заданным видом терапии на основании того факта, что среднее значение интенсивности для каждого члена указанного ряда равно или превышает X.
14. Способ по п.12, дополнительно включающий после стадии сопоставления отказ от лечения пациента заданным способом на основании того факта, что среднее значение интенсивности для каждого члена указанного ряда меньше, чем Y.
15. Способ по п.2, в котором образец получают из источника, выбираемого из группы, состоящей из пациента, у которого образец берется до применения терапии, пациента с желудочно-кишечным расстройством, которого лечили плацебо, и образца из биобанка.
16. Способ по п.1, в котором образец содержит образец биопсии толстой кишки.
17. Способ по п.1, в котором образец содержит периферические клетке крови.
18. Способ предсказания пригодности применения заданного вида терапии для лечения у субъекта желудочно-кишечного расстройства, включающий:
e) приготовление образца нуклеиновых кислот из образца, полученного у субъекта;
f) приведение образца в контакт с рядом фрагментов нуклеиновых кислот, состоящим по меньшей мере из одного члена группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:3, 5, 9, 10 и 14, с целью определения уровней содержания фрагментов, входящих в указанный ряд;
g) оценку образца в сравнении с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере одного члена, присутствующего в образце; и
h) сопоставление величины изменения с пригодностью применения заданного вида терапии для лечения желудочно-кишечного расстройства.
19. Способ по п.18, в котором субъект представляет собой пациента с желудочно-кишечным расстройством, а заданным видом терапии является применение антител к TNFα.
20. Способ по п.19, в котором антитело к TNFα представляет собой инфликсимаб.
21. Способ по п.19, в котором желудочно-кишечным расстройством является язвенный колит.
22. Способ по п.19, в котором эталонный стандарт получен из образца биопсии толстой кишки, взятого у пациента с язвенным колитом, не прошедшего курс лечения.
23. Способ по п.18, в котором указанный ряд представляет собой чип с фрагментами нуклеиновых кислот.
24. Способ по п.18, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере 2 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:3, 5, 9, 10 и 14.
25. Способ по п.18, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере 3 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:3, 5, 9, 10 и 14.
26. Способ по п.18, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере 4 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:3, 5, 9, 10 и 14.
27. Способ по п.18, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств всех членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:3, 5, 9, 10 и 14.
28. Способ по п.24, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
29. Способ по п.25, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
30. Способ по п.26, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
31. Способ по п.27, в котором стадия оценки включает сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
32. Способ по п.28, дополнительно включающий после стадии сопоставления лечение пациента заданным способом на основании того факта, что среднее значение интенсивности для каждого члена указанного ряда равно или превышает X.
33. Способ по п.28, дополнительно включающий после стадии сопоставления отказ от лечения пациента заданным способом на основании того факта, что среднее значение интенсивности для каждого члена указанного ряда меньше, чем Y.
34. Способ по п.18, в котором образец получают из источника, выбираемого из группы, состоящей из пациента, у которого образец берется до применения терапии, пациента с желудочно-кишечным расстройством, которого лечили плацебо, и образца из биобанка.
35. Способ по п.18, в котором образец содержит образец биопсии толстой кишки.
36. Способ по п.18, в котором образец содержит образец периферические клетки крови.
37. Основанный на использовании микрочипов способ предсказания пригодности применения заданного вида терапии для лечения у субъекта желудочно-кишечного расстройства, включающий:
a) приготовление смеси нуклеиновых кислот из образца, полученного у пациента;
b) мечение нуклеиновых кислот указанного образца обнаруживаемым маркером с получением образца;
c) приведение этого образца в контакт с чипом, содержащим множество фрагментов нуклеиновых кислот, где каждый фрагмент нуклеиновой кислоты иммобилизован на поверхности субстрата чипа в дискретном положении с известным адресом, где по меньшей мере два члена ряда генов, связанных с желудочно-кишечным трактом, состоящего из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20, идентифицируются как признаки чипа по адресу, и где указанный чип дополнительно содержит по меньше мере одну калибровочную нуклеиновую кислоту, имеющую на субстрате известный адрес;
d) определение степени связывания нуклеиновых кислот образца с фрагментами нуклеиновых кислот; и
e) сравнение степени связывания с эталонным стандартом с целью оценки пригодности лечения.
38. Способ по п.37, в котором стадия сравнения включает сравнение образца с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере двух членов из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
39. Способ по п.38, в котором стадия сравнения включает сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждого из членов указанного ряда величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
40. Способ по п.37, в котором желудочно-кишечное расстройство представляет собой язвенный колит, а рядом генов, связанных с желудочно-кишечным трактом, является ряд генов, связанных с язвенным колитом.
41. Способ по п.37, в котором заданный вид терапии представляет собой лечение антителами к TNFα.
42. Способ по п.37, в котором образец представляет собой образец биопсии толстой кишки пациента, выбранного из группы, включающей пациентов с подозрением на язвенный колит и пациентов с диагностированным язвенным колитом, не проходивших лечения.
43. Способ по п.37, в котором образец получают из источника, выбираемого из группы, состоящей из пациента, у которого образец берется до применения терапии, пациента со сходным заболеванием или состоянием, которого лечили плацебо, и образца из биобанка.
44. Способ по п.37, в котором образец содержит образец биопсии толстой кишки.
45. Способ по п.37, в котором образец содержит периферические клетки крови.
46. Способ по п.37, в котором стадия сравнения степени связывания дополнительно включает жесткий тест сходства изменений интенсивности чипа ряда генов, связанных с язвенным колитом.
47. Реагент для проверки пригодности применения заданного вида терапии для лечения желудочно-кишечного расстройства в клетке или у субъекта, содержащий по меньшей мере один компонент, выбираемый из группы, состоящей из олигонуклеотида, включающего по меньшей мере 15 нуклеотидов, содержащих одну из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20 или комплементарных ей, полипептида, кодируемого по меньшей мере частью одной из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20, и лиганда полипептида, кодируемого по меньшей мере частью одной из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
48. Реагент по п.47, в котором желудочно-кишечное расстройство представляет собой язвенный колит, а заданный вид терапии представляет собой терапию антителами к TNFα.
49. Реагент по п.48, в котором антитело к TNFα представляет собой инфликсимаб.
50. Способ проверки пригодности применения заданного вида терапии для лечения желудочно-кишечного расстройства по взятому у пациента образцу, включающий приведение взятого у пациента образца в контакт с реагентом по п.47 и сравнение уровней экспрессии по меньшей мере части генов или белков с нуклеотидной последовательностью, соответствующей SEQ ID NO:1-20, с эталонным стандартом.
51. Способ по п.50, в котором тестирование производится методом ОТ-ПЦР.
52. Способ по п.50, в котором тестирование производится методом ELISA.
53. Способ по п.50, в котором заданный вид терапии представляет собой лечение антителами к TNFα.
54. Способ по п.53, в котором антитело представляет собой инфликсимаб.
55. Способ по п.50, дополнительно включающий сравнение образца с эталонным стандартом и определение того, является ли среднее значение интенсивности для каждой из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20, величиной, равной или большей, чем Х, или меньшей, чем Y.
56. Набор для прогностического или диагностического применения, содержащий олигонуклеотид, включающий по меньшей мере 15 нуклеотидов, содержащих полинуклеотид, включающий нуклеотидную последовательность маркерного гена, или комплементарную ей цепь, или комплементарных им, и клетки, экспрессирующие маркерный ген, где маркерный ген выбирается из группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
57. Набор по п.56, в котором набор адаптирован для скринингового определения пригодности терапевтического агента для лечения ЯК.
58. Набор для скринингового определения пригодности терапевтического агента для лечения ЯК, включающий антитело, распознающее пептид, содержащий аминокислотную последовательность, кодируемую маркерным геном, и клетки, экспрессирующие маркерный ген, где маркерный ген выбирается из группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20.
59. Способ проверки эффективности терапии язвенного колита, включающий:
a) приведение образца, взятого у пациента, проходящего лечение от язвенного колита, в контакт по меньшей мере с двумя компонентами реагента по п.47;
b) измерение уровней содержания этих по меньшей мере двух компонентов; и
c) сопоставление уровней содержания этих по меньшей мере двух компонентов с эффективностью лечения.
60. Способ по п.59, в котором лечение включает применение антагониста TNFα.
61. Способ по п.60, в котором антагонист представляет собой антитело к TNFα.
62. Способ по п.61, в котором антитело представляет собой инфликсимаб.
63. Способ лечения субъекта от желудочно-кишечного расстройства с использованием заданного вида терапии, включающий:
a) приготовление образца нуклеиновых кислот из образца, полученного от субъекта;
b) приведение образца в контакт с рядом фрагментов нуклеиновых кислот, содержащим по меньшей мере часть из 2 членов группы, состоящей из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NO:1-20, с целью определения уровня содержания фрагментов, входящих в указанный ряд;
c) оценку образца в сравнении с эталонным стандартом с целью определения величины изменения количеств по меньшей мере двух членов, присутствующих в образце;
d) сопоставление величины изменения с пригодностью применения заданного вида терапии для лечения желудочно-кишечного расстройства; и
e) лечение пациента заданным видом терапии.
64. Любое описанное здесь изобретение.
RU2011111748/15A 2008-08-29 2009-08-28 Маркеты и способы анализа и лечения язвенного колита и сходных заболеваний с использованием панели из 20 генов RU2011111748A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US9296608P 2008-08-29 2008-08-29
US61/092,966 2008-08-29

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2011111748A true RU2011111748A (ru) 2012-10-10

Family

ID=41722298

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011111748/15A RU2011111748A (ru) 2008-08-29 2009-08-28 Маркеты и способы анализа и лечения язвенного колита и сходных заболеваний с использованием панели из 20 генов

Country Status (12)

Country Link
US (1) US20100069256A1 (ru)
EP (1) EP2329259B1 (ru)
JP (1) JP5586607B2 (ru)
CN (1) CN102165315B (ru)
AU (1) AU2009285644B2 (ru)
BR (1) BRPI0917379A2 (ru)
CA (1) CA2734519C (ru)
DK (1) DK2329259T3 (ru)
ES (1) ES2581774T3 (ru)
IL (1) IL211154A0 (ru)
RU (1) RU2011111748A (ru)
WO (1) WO2010025340A2 (ru)

Families Citing this family (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7943310B2 (en) * 2006-08-30 2011-05-17 Centocor Ortho Biotech Inc. Methods for assessing response to therapy in subjects having ulcerative colitis
SG194710A1 (en) * 2011-05-10 2013-12-30 Nestec Sa Methods of disease activity profiling for personalized therapy management
WO2016063204A1 (en) * 2014-10-20 2016-04-28 Nestec S.A. Methods for prediction of anti-tnf alpha drug levels and autoantibody formation
WO2016092045A1 (en) * 2014-12-11 2016-06-16 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and kits for predicting medically refractory acute severe colitis
GB2547406A (en) * 2015-11-20 2017-08-23 Folkersen Lasse Apparatus and methods of using of biomarkers for predicting TNF-inhibitor response
KR20230003433A (ko) 2016-05-20 2023-01-05 세다르스-신나이 메디칼 센터 유전자에 기반한 염증성 장 질환의 진단
US11060147B2 (en) * 2016-06-14 2021-07-13 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Methods for predicting acute severe colitis treatment response
JP2020523560A (ja) 2017-05-31 2020-08-06 プロメテウス バイオサイエンシーズ インコーポレイテッド クローン病患者の粘膜治癒を評価する方法
CA3116005A1 (en) * 2018-10-19 2020-04-23 Children's Hospital Medical Center Use of mucosal transcriptomes for assessing severity of ulcerative colitis and responsiveness to treatment
US20220002805A1 (en) * 2018-11-15 2022-01-06 Janssen Biotech, Inc. Methods and compositions for prediction of response to a therapy of an inflammatory bowel disease
CN114015689A (zh) * 2021-10-26 2022-02-08 江苏大学 一种特异性抑制GOS2基因表达的shRNA序列及其应用

Family Cites Families (44)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US5721098A (en) 1986-01-16 1998-02-24 The Regents Of The University Of California Comparative genomic hybridization
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US6054270A (en) 1988-05-03 2000-04-25 Oxford Gene Technology Limited Analying polynucleotide sequences
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US5328470A (en) 1989-03-31 1994-07-12 The Regents Of The University Of Michigan Treatment of diseases by site-specific instillation of cells or site-specific transformation of cells and kits therefor
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5527681A (en) 1989-06-07 1996-06-18 Affymax Technologies N.V. Immobilized molecular synthesis of systematically substituted compounds
ATE205542T1 (de) 1992-03-04 2001-09-15 Univ California Vergleichende genomhybridisierung
US5837832A (en) 1993-06-25 1998-11-17 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US6045996A (en) 1993-10-26 2000-04-04 Affymetrix, Inc. Hybridization assays on oligonucleotide arrays
US6156501A (en) 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
PT725682E (pt) 1993-10-28 2002-09-30 Houston Advanced Res Ct Dispositivo poroso microfabricado de escoamento
GB9401833D0 (en) 1994-02-01 1994-03-30 Isis Innovation Method for discovering ligands
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US5830645A (en) 1994-12-09 1998-11-03 The Regents Of The University Of California Comparative fluorescence hybridization to nucleic acid arrays
US5959098A (en) 1996-04-17 1999-09-28 Affymetrix, Inc. Substrate preparation process
US5856174A (en) 1995-06-29 1999-01-05 Affymetrix, Inc. Integrated nucleic acid diagnostic device
US5723320A (en) 1995-08-29 1998-03-03 Dehlinger; Peter J. Position-addressable polynucleotide arrays
US5843655A (en) 1995-09-18 1998-12-01 Affymetrix, Inc. Methods for testing oligonucleotide arrays
US6022963A (en) 1995-12-15 2000-02-08 Affymetrix, Inc. Synthesis of oligonucleotide arrays using photocleavable protecting groups
EP0880598A4 (en) 1996-01-23 2005-02-23 Affymetrix Inc RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM
US6013440A (en) 1996-03-11 2000-01-11 Affymetrix, Inc. Nucleic acid affinity columns
US6057100A (en) 1996-06-07 2000-05-02 Eos Biotechnology, Inc. Oligonucleotide arrays
WO1998020967A1 (en) 1996-11-14 1998-05-22 Affymetrix, Inc. Chemical amplification for the synthesis of patterned arrays
AU8908198A (en) 1997-08-15 1999-03-08 Hyseq, Inc. Methods and compositions for detection or quantification of nucleic acid species
US6197503B1 (en) 1997-11-26 2001-03-06 Ut-Battelle, Llc Integrated circuit biochip microsystem containing lens
US6087102A (en) 1998-01-07 2000-07-11 Clontech Laboratories, Inc. Polymeric arrays and methods for their use in binding assays
US6087103A (en) 1998-03-04 2000-07-11 Lifespan Biosciences, Inc. Tagged ligand arrays for identifying target-ligand interactions
CA2323638A1 (en) 1998-04-03 1999-10-14 Phylos, Inc. Addressable protein arrays
US6048695A (en) 1998-05-04 2000-04-11 Baylor College Of Medicine Chemically modified nucleic acids and methods for coupling nucleic acids to solid support
US6093370A (en) 1998-06-11 2000-07-25 Hitachi, Ltd. Polynucleotide separation method and apparatus therefor
US6087112A (en) 1998-12-30 2000-07-11 Oligos Etc. Inc. Arrays with modified oligonucleotide and polynucleotide compositions
US6174684B1 (en) 1999-08-11 2001-01-16 Trustees Of The University Of Pennsylvania CYP3A4 NFSE variant and methods of use therefore
EP1356088A2 (en) 2000-06-07 2003-10-29 Baylor College of Medicine Compositions and methods for array-based nucleic acid hybridization
US20040077020A1 (en) * 2001-11-30 2004-04-22 Mannick Elizabeth E. Diagnostic microarray for inflammatory bowel disease, crohn's disease and ulcerative colitis
AU2003280130B2 (en) 2002-06-28 2009-06-11 Centocor, Inc. Mammalian CH1 deleted mimetibodies, compositions, methods and uses
CA2586201A1 (en) * 2004-11-03 2006-05-11 Almac Diagnostics Limited Transcriptome microarray technology and methods of using the same
US20070218487A1 (en) * 2006-03-03 2007-09-20 University Of Southern California Genetic markers for predicting disease and treatment outcome
US7943310B2 (en) * 2006-08-30 2011-05-17 Centocor Ortho Biotech Inc. Methods for assessing response to therapy in subjects having ulcerative colitis
US20090186772A1 (en) * 2007-04-30 2009-07-23 Frederic Baribaud Markers and Methods for Assessing and Treating Ulcerative Colitis and Related Disorders Using a 19 Gene Panel
NZ590988A (en) * 2008-08-25 2012-08-31 Janssen Biotech Inc Biomarkers for anti-tnf treatment in ulcerative colitis and related disorders

Also Published As

Publication number Publication date
JP5586607B2 (ja) 2014-09-10
AU2009285644B2 (en) 2015-08-20
EP2329259A4 (en) 2012-05-16
JP2012501452A (ja) 2012-01-19
US20100069256A1 (en) 2010-03-18
AU2009285644A1 (en) 2010-03-04
CA2734519A1 (en) 2010-03-04
BRPI0917379A2 (pt) 2015-11-17
WO2010025340A2 (en) 2010-03-04
WO2010025340A3 (en) 2010-04-22
CA2734519C (en) 2018-11-13
EP2329259B1 (en) 2016-04-20
CN102165315B (zh) 2014-06-18
ES2581774T3 (es) 2016-09-07
DK2329259T3 (en) 2016-05-09
CN102165315A (zh) 2011-08-24
EP2329259A2 (en) 2011-06-08
IL211154A0 (en) 2011-04-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2011111748A (ru) Маркеты и способы анализа и лечения язвенного колита и сходных заболеваний с использованием панели из 20 генов
JP2012501452A5 (ru)
KR102232200B1 (ko) 알츠하이머치매 진단 바이오마커
KR102657188B1 (ko) 분리된 세포로부터 프라이머를 이용하여 세포노화 바이오 마커를 검출하는 방법