RU2010142289A - Обнаружение связанных с экспрессией генов - Google Patents
Обнаружение связанных с экспрессией генов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2010142289A RU2010142289A RU2010142289/10A RU2010142289A RU2010142289A RU 2010142289 A RU2010142289 A RU 2010142289A RU 2010142289/10 A RU2010142289/10 A RU 2010142289/10A RU 2010142289 A RU2010142289 A RU 2010142289A RU 2010142289 A RU2010142289 A RU 2010142289A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- fragments
- sequences
- genomic dna
- cdna
- adapter
- Prior art date
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract 30
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract 25
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims abstract 13
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims abstract 8
- 239000008187 granular material Substances 0.000 claims abstract 7
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims abstract 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims abstract 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims abstract 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims abstract 6
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 claims abstract 5
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 claims abstract 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract 4
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims abstract 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims abstract 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims abstract 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims abstract 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims abstract 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims abstract 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims abstract 3
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 claims abstract 2
- 238000005498 polishing Methods 0.000 claims abstract 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 19
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 claims 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims 2
- 238000005507 spraying Methods 0.000 claims 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 claims 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 claims 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 238000012197 amplification kit Methods 0.000 claims 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 claims 1
- 238000000227 grinding Methods 0.000 claims 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 claims 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ идентификации геномной ДНК в образце, включающий ! - выделение мРНК из выбранного организма и получение из указанной мРНК малых одноцепочечных фрагментов кДНК с одним адаптором, содержащим аффинную метку; ! - выделение геномной ДНК из того же самого или родственного организма и получение из указанной геномной ДНК одноцепочечных фрагментов геномной ДНК, лигированных с адапторными молекулами; ! - гибридизацию указанных одноцепочечных фрагментов геномной ДНК с указанными одноцепочечными фрагментами кДНК и амплификацию указанных гибридов; и ! - высокопроизводительное секвенирование указанных гибридов. ! 2. Способ по п.1, предусматривающий стадии: ! a) выделения и очистки мРНК из образцов ткани организма; ! b) синтеза кДНК с использованием указанной мРНК в качестве матрицы; ! c) необязательно уменьшения сложности указанной кДНК; ! d) фрагментации указанной кДНК; ! e) необязательно отбора по размеру указанных фрагментов; ! f) необязательно удаления полиА-содержащих фрагментов связыванием с покрытыми стрептавидином аффинными гранулами; ! g) шлифовки указанных фрагментов кДНК; ! h) лигирования указанных фрагментов с одним адаптором, содержащим сайт узнавания для редко-щепящего фермента, и другим адаптором, содержащим биотиновую метку; ! i) необязательно отбора по размеру указанных фрагментов; ! j) ник-репарации указанных фрагментов; ! k) отбора указанных фрагментов, которые содержат последовательности обоих адапторов; ! l) амплификации указанных фрагментов с использованием праймеров, отжигающихся с адапторными последовательностями, описанными на стадии h), где один праймер является комплементарным адаптору с �
Claims (23)
1. Способ идентификации геномной ДНК в образце, включающий
- выделение мРНК из выбранного организма и получение из указанной мРНК малых одноцепочечных фрагментов кДНК с одним адаптором, содержащим аффинную метку;
- выделение геномной ДНК из того же самого или родственного организма и получение из указанной геномной ДНК одноцепочечных фрагментов геномной ДНК, лигированных с адапторными молекулами;
- гибридизацию указанных одноцепочечных фрагментов геномной ДНК с указанными одноцепочечными фрагментами кДНК и амплификацию указанных гибридов; и
- высокопроизводительное секвенирование указанных гибридов.
2. Способ по п.1, предусматривающий стадии:
a) выделения и очистки мРНК из образцов ткани организма;
b) синтеза кДНК с использованием указанной мРНК в качестве матрицы;
c) необязательно уменьшения сложности указанной кДНК;
d) фрагментации указанной кДНК;
e) необязательно отбора по размеру указанных фрагментов;
f) необязательно удаления полиА-содержащих фрагментов связыванием с покрытыми стрептавидином аффинными гранулами;
g) шлифовки указанных фрагментов кДНК;
h) лигирования указанных фрагментов с одним адаптором, содержащим сайт узнавания для редко-щепящего фермента, и другим адаптором, содержащим биотиновую метку;
i) необязательно отбора по размеру указанных фрагментов;
j) ник-репарации указанных фрагментов;
k) отбора указанных фрагментов, которые содержат последовательности обоих адапторов;
l) амплификации указанных фрагментов с использованием праймеров, отжигающихся с адапторными последовательностями, описанными на стадии h), где один праймер является комплементарным адаптору с редким рестрикционным сайтом, а другой праймер содержит биотиновую метку;
m) связывания указанных фрагментов с покрытыми стрептавидином аффинными гранулами;
n) удаления адапторов, содержащих редкий рестрикционный сайт, с использованием соответствующего рестрикционного фермента из указанных фрагментов;
о) удаления одиночных цепей, не присоединенных к аффинным гранулам взаимодействием биотин-стрептавидин, из двухцепочечных фрагментов ДНК, присоединенных к аффинным гранулам через взаимодействие биотин-стрептавидин, приводящего к одиночным цепям ДНК, связанным со стептавидиновыми аффинными гранулами;
р) выделения и очистки геномной ДНК, например из организма со стадии а);
q) фрагментации указанной геномной ДНК;
r) необязательно шлифовки указанной геномной ДНК;
s) лигирования указанной геномной ДНК с одним единственным типом адаптора или с двумя разными типами адапторов (предпочтительно);
t) плавления указанной геномной ДНК до одноцепочечной ДНК;
u) гибридизации геномной ДНК со стадии t) с кДНК на гранулах со стадии о);
v) удаления несвязанной геномной ДНК промыванием;
w) удлинения гибрида кДНК-геномная ДНК полимеразой с созданием двухцепочечной матрицы;
х) проведения ПЦР на указанном гибриде геномная ДНК-кДНК;
y) отбора фрагментов, больших, чем приблизительно 100 пар оснований, из указанной ПЦР фракционированием по размеру;
z) необязательно очистки указанных фрагментов и
аа) высокопроизводительного секвенирования указанных фрагментов.
3. Способ по п.2, в котором последовательности со стадии аа) объединяют в контиги перекрывающихся индивидуальных последовательностей.
4. Способ по п.3, в котором контиги аннотируют автоматическим аннотированием.
5. Способ по п.1, в котором последовательности получают из индивидуумов, принадлежащих к одному виду, и сравнивают с доступными данными по EST для выявления некодирующих последовательностей, таких как последовательности интронов и внутренние некодирующие последовательности генов.
6. Способ по п.1, в котором последовательности получают из одного или более индивидуумов, принадлежащих к родственным видам, и сравнивают с доступными данными по EST для выявления некодирующих последовательностей, таких как последовательности интронов и внутренние некодирующие последовательности генов.
7. Способ по п.1, в котором последовательности получают из двух или более индивидуумов, принадлежащих к одному и тому же виду, и сравнивают для выявления полиморфных сайтов.
8. Способ по п.1, в котором последовательности получают из одного или нескольких индивидуумов из различных видов и сравнивают для выявления полиморфных сайтов.
9. Способ по п.1, в котором последовательности получают из одного или более индивидуумов из различных видов и сравнивают для выявления консервативных участков в геномной ДНК.
10. Способ по п.1, в котором адаптор, содержащий сайт узнавания для редко-щепящего фермента со стадии h), содержит сайт узнавания для фермента Sapl.
11. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором фрагментацию нуклеиновых кислот достигают распылением.
12. Способ идентификации полиморфизмов, предусматривающий все стадии способа по п.2 и дополнительно стадию ab) сравнения данных по последовательностям из двух или более образцов для идентификации полиморфизмов.
13. Способ по п.12, в котором последовательности со стадии аа) объединяют в контиги перекрывающихся индивидуальных последовательностей.
14. Способ по любому из пп.12-13, в котором последовательности со стадии ab) или контиги, охарактеризованные в п.13, аннотируют автоматическим аннотированием.
15. Способ по п.12, в котором последовательности получают из индивидуумов, принадлежащих к одному виду, и сравнивают с доступными данными по EST для выявления некодирующих последовательностей, таких как последовательности интронов и внутренние некодирующие последовательности генов.
16. Способ по п.12, в котором последовательности получают из одного или более индивидуумов, принадлежащих к родственным видам, и сравнивают с доступными данными по EST для выявления некодирующих последовательностей, таких как последовательности интронов и внутренние некодирующие последовательности генов.
17. Способ по п.12, в котором последовательности получают из двух или более индивидуумов, принадлежащих к одному и тому же виду, и сравнивают для выявления полиморфных сайтов.
18. Способ по п.12, в котором последовательности получают из одного или нескольких индивидуумов из различных видов и сравнивают для выявления полиморфных сайтов.
19. Способ по п.12, в котором последовательности получают из одного или более индивидуумов из различных видов и сравнивают для выявления консервативных участков в геномной ДНК.
20. Способ по п.12, в котором адаптор, содержащий сайт узнавания для редко-щепящего фермента со стадии h), содержит сайт узнавания для фермента SapI.
21. Способ по п.12, в котором фрагментацию нуклеиновых кислот достигают распылением.
22. Набор для осуществления способа по п.1 или 2, содержащий один или несколько адапторов и инструкции по применению и необязательно один или несколько праймеров, комплементарных указанным адапторам, лигазу и/или рестрикционные ферменты, которые являются специфическими в отношении разрезания этих адапторов, общепринятые компоненты для наборов для амплификации per se, такие как dNTP и полимераза.
23. Набор по п.22, в котором адаптеры получают отжигом олигонуклеотидов, выбранных из группы, состоящей из:
5'-AGTCCGTCGCATCGCTCTTC-3'
5'-GAAGAGCGATGCGACG-3
5'-Биотин-TEG-AGTGGGTGTCCTGGGTCAAC-3'
5'-GTTGACCCAGGACACC-3'
5'-CTTGTAGGGCACGGGTCGAGAG-3'
5'-AATTCTCTCGACCCGTGCCCTA-3'
5'-CTTGTAGGGCACGGGTCGGAGA-3'
5'-AGCTTCTCCGACCCGTGCCCTA-3'
5'-GAATGGCTGGGAGAGTGCTGAG-3'
5'-GATCCTCAGCACTCTCCCAGCC-3' и
5'-GTAGGGCACGGGTCGGAGAAGC-3'.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP08152859 | 2008-03-17 | ||
| EP08152859.8 | 2008-03-17 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2010142289A true RU2010142289A (ru) | 2012-04-27 |
Family
ID=39472820
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2010142289/10A RU2010142289A (ru) | 2008-03-17 | 2009-03-17 | Обнаружение связанных с экспрессией генов |
Country Status (15)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9695469B2 (ru) |
| EP (1) | EP2268834B1 (ru) |
| CN (1) | CN102027136A (ru) |
| AR (1) | AR070929A1 (ru) |
| AU (1) | AU2009226248B8 (ru) |
| BR (1) | BRPI0908734A2 (ru) |
| CA (1) | CA2718905A1 (ru) |
| DK (1) | DK2268834T3 (ru) |
| ES (1) | ES2528971T3 (ru) |
| IL (1) | IL208237A0 (ru) |
| NZ (1) | NZ588112A (ru) |
| RU (1) | RU2010142289A (ru) |
| TW (1) | TW200948969A (ru) |
| WO (1) | WO2009116863A2 (ru) |
| ZA (1) | ZA201006797B (ru) |
Families Citing this family (12)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2354243A1 (en) | 2010-02-03 | 2011-08-10 | Lexogen GmbH | Complexity reduction method |
| EP2748318B1 (en) * | 2011-08-26 | 2015-11-04 | Gen9, Inc. | Compositions and methods for high fidelity assembly of nucleic acids |
| CA2848240C (en) | 2011-09-16 | 2020-09-29 | Lexogen Gmbh | Nucleic acid transcription method |
| HK1213944A1 (zh) * | 2012-12-10 | 2016-07-15 | Resolution Bioscience, Inc. | 用於靶向基因组分析 |
| CN105400864B (zh) * | 2014-09-12 | 2020-04-14 | 深圳华大基因股份有限公司 | 用于基于血液样品构建测序文库的方法及其在确定胎儿遗传异常中的用途 |
| AU2014406026B2 (en) * | 2014-09-12 | 2018-08-23 | Mgi Tech Co., Ltd. | Isolated oligonucleotide and use thereof in nucleic acid sequencing |
| ITUA20162640A1 (it) * | 2016-04-15 | 2017-10-15 | Menarini Silicon Biosystems Spa | Metodo e kit per la generazione di librerie di dna per sequenziamento massivo parallelo |
| WO2018057928A1 (en) * | 2016-09-23 | 2018-03-29 | Grail, Inc. | Methods of preparing and analyzing cell-free nucleic acid sequencing libraries |
| EP3802864A1 (en) | 2018-06-06 | 2021-04-14 | The Regents Of The University Of California | Methods of producing nucleic acid libraries and compositions and kits for practicing same |
| CN110093406A (zh) * | 2019-05-27 | 2019-08-06 | 新疆农业大学 | 一种盘羊及其杂交后代遗传基因研究方法 |
| WO2022076326A1 (en) * | 2020-10-05 | 2022-04-14 | Twist Bioscience Corporation | Hybridization methods and reagents |
| EP4279590A1 (en) * | 2022-05-19 | 2023-11-22 | Miltenyi Biotec B.V. & Co. KG | Method for generation of a nucleic acid library |
Family Cites Families (41)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| US4800159A (en) | 1986-02-07 | 1989-01-24 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences |
| CA1323293C (en) | 1987-12-11 | 1993-10-19 | Keith C. Backman | Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization |
| US5455166A (en) | 1991-01-31 | 1995-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification |
| US5270184A (en) | 1991-11-19 | 1993-12-14 | Becton, Dickinson And Company | Nucleic acid target generation |
| US5719028A (en) | 1992-12-07 | 1998-02-17 | Third Wave Technologies Inc. | Cleavase fragment length polymorphism |
| SE9400522D0 (sv) | 1994-02-16 | 1994-02-16 | Ulf Landegren | Method and reagent for detecting specific nucleotide sequences |
| US5942391A (en) | 1994-06-22 | 1999-08-24 | Mount Sinai School Of Medicine | Nucleic acid amplification method: ramification-extension amplification method (RAM) |
| GB0002310D0 (en) | 2000-02-01 | 2000-03-22 | Solexa Ltd | Polynucleotide sequencing |
| IL141148A0 (en) | 1998-07-30 | 2002-02-10 | Solexa Ltd | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
| EP1131153A1 (en) | 1998-11-06 | 2001-09-12 | Solexa Ltd. | A method for reproducing molecular arrays |
| WO2000058507A1 (en) | 1999-03-30 | 2000-10-05 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
| EP1218543A2 (en) | 1999-09-29 | 2002-07-03 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
| WO2001049882A2 (en) * | 1999-12-29 | 2001-07-12 | Keygene N.V. | METHOD FOR GENERATING OLIGONUCLEOTIDES, IN PARTICULAR FOR THE DETECTION OF AMPLIFIED RESTRICTION FRAGMENTS OBTAINED USING AFLP$m(3) |
| GB0002389D0 (en) | 2000-02-02 | 2000-03-22 | Solexa Ltd | Molecular arrays |
| US7202022B2 (en) | 2000-06-30 | 2007-04-10 | Syngenta Participations Ag | Method for identification, separation and quantitative measurement of nucleic acid fragments |
| US6924104B2 (en) | 2000-10-27 | 2005-08-02 | Yale University | Methods for identifying genes associated with diseases or specific phenotypes |
| EP1356119B1 (en) | 2001-01-30 | 2007-09-26 | Solexa Ltd. | The preparation of polynucleotide arrays |
| CA2375276A1 (en) * | 2001-03-09 | 2002-09-09 | Her Majesty The Queen In Right Of Canada As Represented By The Minister Of Agriculture And Agri-Food Canada | Methods to isolate gene coding and flanking dna |
| US20050009022A1 (en) | 2001-07-06 | 2005-01-13 | Weiner Michael P. | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
| US7297778B2 (en) * | 2001-07-25 | 2007-11-20 | Affymetrix, Inc. | Complexity management of genomic DNA |
| GB0119719D0 (en) | 2001-08-13 | 2001-10-03 | Solexa Ltd | DNA sequence analysis |
| US6902914B2 (en) * | 2001-09-28 | 2005-06-07 | Sigma-Aldrich, Co. | Recombinant DNA processes using a dNTP mixture containing modified nucleotides |
| US6902921B2 (en) | 2001-10-30 | 2005-06-07 | 454 Corporation | Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase |
| US7655791B2 (en) | 2001-11-13 | 2010-02-02 | Rubicon Genomics, Inc. | DNA amplification and sequencing using DNA molecules generated by random fragmentation |
| US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
| AU2003259350A1 (en) | 2002-08-23 | 2004-03-11 | Solexa Limited | Modified nucleotides for polynucleotide sequencing |
| ES2864086T3 (es) | 2002-08-23 | 2021-10-13 | Illumina Cambridge Ltd | Nucleótidos etiquetados |
| DE60331852D1 (de) | 2002-12-02 | 2010-05-06 | Illumina Cambridge Ltd | Bestimmung der methylierung von nukleinsäuresequenzen |
| GB0228289D0 (en) * | 2002-12-04 | 2003-01-08 | Genome Inst Of Singapore Nat U | Method |
| AU2004209001B2 (en) | 2003-01-29 | 2007-10-11 | 454 Life Sciences Corporation | Bead emulsion nucleic acid amplification |
| GB0304371D0 (en) | 2003-02-26 | 2003-04-02 | Solexa Ltd | DNA Sequence analysis |
| US20050042654A1 (en) * | 2003-06-27 | 2005-02-24 | Affymetrix, Inc. | Genotyping methods |
| GB0320059D0 (en) | 2003-08-27 | 2003-10-01 | Solexa Ltd | A method of sequencing |
| GB0326073D0 (en) | 2003-11-07 | 2003-12-10 | Solexa Ltd | Improvements in or relating to polynucleotide arrays |
| WO2005065814A1 (en) | 2004-01-07 | 2005-07-21 | Solexa Limited | Modified molecular arrays |
| GB0400584D0 (en) | 2004-01-12 | 2004-02-11 | Solexa Ltd | Nucleic acid chacterisation |
| GB0400974D0 (en) | 2004-01-16 | 2004-02-18 | Solexa Ltd | Multiple inexact matching |
| GB0402895D0 (en) | 2004-02-10 | 2004-03-17 | Solexa Ltd | Arrayed polynucleotides |
| US20100029498A1 (en) * | 2008-02-04 | 2010-02-04 | Andreas Gnirke | Selection of nucleic acids by solution hybridization to oligonucleotide baits |
-
2009
- 2009-03-17 EP EP09721510.7A patent/EP2268834B1/en not_active Not-in-force
- 2009-03-17 TW TW098108563A patent/TW200948969A/zh unknown
- 2009-03-17 AU AU2009226248A patent/AU2009226248B8/en not_active Ceased
- 2009-03-17 NZ NZ588112A patent/NZ588112A/xx not_active IP Right Cessation
- 2009-03-17 ES ES09721510.7T patent/ES2528971T3/es active Active
- 2009-03-17 DK DK09721510.7T patent/DK2268834T3/en active
- 2009-03-17 CA CA2718905A patent/CA2718905A1/en not_active Abandoned
- 2009-03-17 US US12/933,083 patent/US9695469B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2009-03-17 RU RU2010142289/10A patent/RU2010142289A/ru not_active Application Discontinuation
- 2009-03-17 AR ARP090100962A patent/AR070929A1/es unknown
- 2009-03-17 CN CN2009801176361A patent/CN102027136A/zh active Pending
- 2009-03-17 WO PCT/NL2009/050128 patent/WO2009116863A2/en not_active Ceased
- 2009-03-17 BR BRPI0908734-6A patent/BRPI0908734A2/pt not_active IP Right Cessation
-
2010
- 2010-09-19 IL IL208237A patent/IL208237A0/en unknown
- 2010-09-22 ZA ZA2010/06797A patent/ZA201006797B/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| IL208237A0 (en) | 2010-12-30 |
| CA2718905A1 (en) | 2009-09-24 |
| TW200948969A (en) | 2009-12-01 |
| EP2268834A2 (en) | 2011-01-05 |
| WO2009116863A2 (en) | 2009-09-24 |
| AU2009226248B8 (en) | 2014-10-02 |
| BRPI0908734A2 (pt) | 2015-07-28 |
| EP2268834B1 (en) | 2015-01-07 |
| AU2009226248A2 (en) | 2013-02-14 |
| CN102027136A (zh) | 2011-04-20 |
| ZA201006797B (en) | 2011-10-26 |
| US9695469B2 (en) | 2017-07-04 |
| DK2268834T3 (en) | 2015-02-02 |
| US20110105338A1 (en) | 2011-05-05 |
| ES2528971T3 (es) | 2015-02-13 |
| NZ588112A (en) | 2013-04-26 |
| AU2009226248A8 (en) | 2014-10-02 |
| AU2009226248B2 (en) | 2014-09-18 |
| AU2009226248A1 (en) | 2009-09-24 |
| WO2009116863A3 (en) | 2009-11-12 |
| AR070929A1 (es) | 2010-05-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2010142289A (ru) | Обнаружение связанных с экспрессией генов | |
| EP0777747B1 (en) | Nucleotide sequencing method | |
| CN106555226B (zh) | 一种构建高通量测序文库的方法和试剂盒 | |
| US9932576B2 (en) | Methods for targeted genomic analysis | |
| JP5140425B2 (ja) | 特定の核酸を同時に増幅する方法 | |
| AU673424B2 (en) | Simultaneous amplification of multiple targets | |
| CN103103624B (zh) | 高通量测序文库的构建方法及其应用 | |
| US20070141604A1 (en) | Method of target enrichment | |
| US20080274904A1 (en) | Method of target enrichment | |
| JP2022017329A (ja) | 鎖置換ポリメラーゼを用いた固相核酸標的捕捉及び複製 | |
| US20210214783A1 (en) | Method for constructing sequencing library, obtained sequencing library and sequencing method | |
| CN103806111A (zh) | 高通量测序文库的构建方法及其应用 | |
| TWI715900B (zh) | 次世代定序儀用引子以及其製造方法、使用次世代定序儀用引子之ｄｎａ庫以及其製造方法，及使用ｄｎａ庫之基因體ｄｎａ解析方法 | |
| EP1047794A2 (en) | Method for the detection or nucleic acid of nucleic acid sequences | |
| JP2004526453A (ja) | ヌクレオチド分析のための方法および組成物 | |
| CN102839168A (zh) | 核酸探针及其制备方法和应用 | |
| CA2366374C (en) | Method for the detection and/or analysis, by means of primer extension techniques, of single nucleotide polymorphisms in restriction fragments, in particular in amplified restriction fragments generated using aflp | |
| JP7248228B2 (ja) | Ｒｎａライブラリーの構築のための方法及びキット | |
| CA3029167A1 (en) | Method for producing dna library and method for analyzing genomic dna using the dna library | |
| CN104673929A (zh) | 一种高分辨率ssr分子标记基因分型的方法 | |
| CN114574569B (zh) | 一种基于末端转移酶的基因组测序试剂盒和测序方法 | |
| WO2012083845A1 (zh) | 用于除去测序文库中载体片段的方法及其用途 | |
| WO2015187953A2 (en) | Method for direct microbial identification | |
| Ostezan et al. | Target region sequencing and applications in plants | |
| EP4421187A2 (en) | Methods and compositions for preparing nucleic acid libraries |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA93 | Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination) |
Effective date: 20120320 |