RU2009113455A - Базы данных т-клеточных эпитопов - Google Patents

Базы данных т-клеточных эпитопов Download PDF

Info

Publication number
RU2009113455A
RU2009113455A RU2009113455/08A RU2009113455A RU2009113455A RU 2009113455 A RU2009113455 A RU 2009113455A RU 2009113455/08 A RU2009113455/08 A RU 2009113455/08A RU 2009113455 A RU2009113455 A RU 2009113455A RU 2009113455 A RU2009113455 A RU 2009113455A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
cell epitopes
database
cell
analyzed
peptide sequences
Prior art date
Application number
RU2009113455/08A
Other languages
English (en)
Inventor
Фрэнк КАРР (GB)
Фрэнк КАРР
Мэттью Пол БЕЙКЕР (GB)
Мэттью Пол БЕЙКЕР
Original Assignee
Антитоуп Лимитед (GB)
Антитоуп Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GB0620129A external-priority patent/GB0620129D0/en
Priority claimed from GB0620123A external-priority patent/GB0620123D0/en
Application filed by Антитоуп Лимитед (GB), Антитоуп Лимитед filed Critical Антитоуп Лимитед (GB)
Publication of RU2009113455A publication Critical patent/RU2009113455A/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G16B50/10—Ontologies; Annotations

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

1. Способ определения, включает ли исследуемая пептидная последовательность Т-клеточный эпитоп, посредством поиска в базе данных последовательностей пептидов, ранее проанализированных на активность Т-клеточного эпитопа. ! 2. Способ по п.1, при котором проводят поиск в базе пептидных последовательностей, идентичных исследуемой пептидной последовательности. ! 3. Способ по п.2, где исследуемая пептидная последовательность имеет длину 9 аминокислот. ! 4. Способ по п.1, при котором проводят поиск в базе данных пептидных последовательностей, подобных исследуемой пептидной последовательности и отличающихся не более чем по 4 аминокислотам из исследуемых пептидных последовательностей длиной 9-15 аминокислот. ! 5. Способ по п.4, при котором проводят поиск в базе данных идентичных аминокислот в соответствующих относительных положениях 1, 4, 6, 7 и 9. !6. Способ по п.4, при котором проводят поиск в базе данных идентичных аминокислот в соответствующих относительных положениях 2, 3, 5 и 8. ! 7. Способ по п.1, где исследуемый пептид и любые совпадающие пептиды из базы данных также анализируют на связывание с МНС (главным комплексом гистосовместимости), используя способы in silico или in vivo для определения связывания с МНС. ! 8. Способ тестирования белковой последовательности на присутствие Т-клеточных эпитопов путем анализа пептидов из белковой последовательности с использованием любого из способов по пп.1-7. ! 9. Способ тестирования иммуногенного потенциала одного или более фармацевтических белков путем определения присутствия Т-клеточных эпитопов с использованием способа по п.8. ! 10. Способ тестирования вакцинного потенциала одного или более �

Claims (31)

1. Способ определения, включает ли исследуемая пептидная последовательность Т-клеточный эпитоп, посредством поиска в базе данных последовательностей пептидов, ранее проанализированных на активность Т-клеточного эпитопа.
2. Способ по п.1, при котором проводят поиск в базе пептидных последовательностей, идентичных исследуемой пептидной последовательности.
3. Способ по п.2, где исследуемая пептидная последовательность имеет длину 9 аминокислот.
4. Способ по п.1, при котором проводят поиск в базе данных пептидных последовательностей, подобных исследуемой пептидной последовательности и отличающихся не более чем по 4 аминокислотам из исследуемых пептидных последовательностей длиной 9-15 аминокислот.
5. Способ по п.4, при котором проводят поиск в базе данных идентичных аминокислот в соответствующих относительных положениях 1, 4, 6, 7 и 9.
6. Способ по п.4, при котором проводят поиск в базе данных идентичных аминокислот в соответствующих относительных положениях 2, 3, 5 и 8.
7. Способ по п.1, где исследуемый пептид и любые совпадающие пептиды из базы данных также анализируют на связывание с МНС (главным комплексом гистосовместимости), используя способы in silico или in vivo для определения связывания с МНС.
8. Способ тестирования белковой последовательности на присутствие Т-клеточных эпитопов путем анализа пептидов из белковой последовательности с использованием любого из способов по пп.1-7.
9. Способ тестирования иммуногенного потенциала одного или более фармацевтических белков путем определения присутствия Т-клеточных эпитопов с использованием способа по п.8.
10. Способ тестирования вакцинного потенциала одного или более фармацевтических белков путем определения присутствия Т-клеточных эпитопов с использованием способа по п.8.
11. Способ создания улучшенного белка с желательными свойствами и пониженным иммуногенным потенциалом, включающий следующие стадии:
(а) анализ одного или более имеющихся белков для определения аминокислот («желательные остатки»), необходимых для обеспечения желательных свойств в новом белке;
(б) выбор из баз данных одного или более пептидов, содержащих остатки, желательные для включения в улучшенный белок по положениям, соответствующим положениям в имеющемся белке, в результате чего такие пептиды не являются Т-клеточными эпитопами или не создают Т-клеточные эпитопы в улучшенном белке;
(в) синтез улучшенного белка путем включения одного или более указанных выбранных пептидов.
12. Способ создания улучшенного белка с желательными свойствами и повышенным иммуногенным потенциалом, включающий следующие стадии:
(а) анализ одного или более имеющихся белков для определения аминокислот («желательных остатков»), необходимых для обеспечения желательных свойств в новом белке;
(б) выбор из баз данных одного или более пептидов, содержащих желательные остатки для включения в улучшенный белок по положениям, соответствующим положениям в имеющемся белке, в результате чего такие пептиды представляют собой Т-клеточные эпитопы;
(в) синтез улучшенного белка путем включения одного или более указанных выбранных пептидов.
13. Способ создания базы данных хелперных Т-клеточных ответов на исследуемое вещество, включающий следующие стадии:
(д) выделение антиген-презентирующих клеток (АРС) и Т-клеток из организма;
(е) истощение или ингибирование регуляторных Т-клеток из выделенных клеток;
(ж) инкубирование с исследуемым веществом указанных клеток, истощенных по регуляторным Т-клеткам;
(з) определение Т-клеточных ответов на исследуемое вещество.
14. Способ по п.13, где регуляторные Т-клетки истощают путем истощения CD25hi+ Т-клеток.
15. Способ по п.14, где Т-клетки также истощены по CD8+ Т-клеткам.
16. Способ по п.13, где Т-клеточные ответы определяют путем определения пролиферации Т-клеток и/или определения высвобождения цитокинов.
17. Способы по любому из пп.1-16, где Т-клеточные эпитопы представляют собой хелперные Т-клеточные эпитопы.
18. Способы по любому из пп.1-16, где Т-клеточные эпитопы представляют собой цитотоксические Т-клеточные эпитопы.
19. База данных, содержащая данные, относящиеся к одной или более пептидным последовательностям, которые были проанализированы способами ex vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
20. База данных по п.19, содержащая данные, относящиеся к пептидным последовательностям, проанализированным способом по любому из пп.13-19.
21. База данных, содержащая данные, относящиеся к одной или более пептидным последовательностям, некоторые из которых были проанализированы способами in vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
22. База данных, содержащая данные, относящиеся к одной или более пептидным последовательностям, проанализированным с использованием МНС-тетрамеров.
23. Базы данных по любому из пп.19-22, где Т-клеточные эпитопы представляют собой хелперные Т-клеточные эпитопы.
24. Базы данных по любому из пп.19-22, где Т-клеточные эпитопы представляют собой цитотоксические Т-клеточные эпитопы.
25. Структура данных последовательностей пептидов, предварительно проанализированных на активность Т-клеточного эпитопа, для применения в определении, включает ли исследуемая пептидная последовательность Т-клеточный эпитоп.
26. Структура данных по п.25, содержащая пептидные последовательности, проанализированные способом по любому из пп.13-19.
27. Структура данных по п.25, содержащая одну или более чем одну пептидную последовательность, проанализированную способами ех vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
28. Структура данных по п.25, содержащая одну или более чем одну пептидную последовательность, проанализированную способами in vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
29. Структура данных по п.25, содержащая одну или более чем одну пептидную последовательность, проанализированную с использованием МНС-тетрамеров.
30. Структура данных по любому из пп.25-29, где Т-клеточные эпитопы представляют собой хелперные Т-клеточные эпитопы.
31. Структура данных по любому из пп.25-29, где Т-клеточные эпитопы представляют собой цитотоксические Т-клеточные эпитопы.
RU2009113455/08A 2006-10-11 2007-10-11 Базы данных т-клеточных эпитопов RU2009113455A (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GB0620129.7 2006-10-11
GB0620123.0 2006-10-11
GB0620129A GB0620129D0 (en) 2006-10-11 2006-10-11 T cell epitope databases
GB0620123A GB0620123D0 (en) 2006-10-11 2006-10-11 T cell assays

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2009113455A true RU2009113455A (ru) 2010-11-20

Family

ID=39156427

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009113455/08A RU2009113455A (ru) 2006-10-11 2007-10-11 Базы данных т-клеточных эпитопов

Country Status (9)

Country Link
US (2) US20100017370A1 (ru)
EP (1) EP2080138A2 (ru)
JP (1) JP5456477B2 (ru)
KR (1) KR101485202B1 (ru)
AU (1) AU2007306102B2 (ru)
CA (1) CA2666320A1 (ru)
RU (1) RU2009113455A (ru)
SG (2) SG10201502661SA (ru)
WO (1) WO2008044032A2 (ru)

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3133086B1 (en) 2008-09-26 2018-08-01 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Human anti-pd-1, pd-l1, and pd-l2 antibodies and uses thereof
AU2010300623A1 (en) 2009-09-30 2012-04-19 Saint Louis University Peptides for inducing heterosubtypic influenza T cell responses
GB201103955D0 (en) * 2011-03-09 2011-04-20 Antitope Ltd Antibodies
WO2013082114A1 (en) 2011-11-29 2013-06-06 Neurophage Pharmaceuticals, Inc. Use of p3 of bacteriophage as amyloid binding agents
CA2915412A1 (en) 2012-06-14 2013-12-19 Therapix Biosciences Ltd. Humanized antibodies to cluster of differentiation 3 (cd3)
HUE036893T2 (hu) 2012-10-02 2018-08-28 Proclara Biosciences Inc Bakteriofág P3 fúziós proteinek alkalmazása amiloid-kötõ szerekként
WO2014159435A1 (en) * 2013-03-14 2014-10-02 Elwha Llc Compositions, methods, and computer systems related to making and administering modified t cells
US9587237B2 (en) 2013-03-14 2017-03-07 Elwha Llc Compositions, methods, and computer systems related to making and administering modified T cells
US9499855B2 (en) 2013-03-14 2016-11-22 Elwha Llc Compositions, methods, and computer systems related to making and administering modified T cells
MX2015016263A (es) 2013-05-28 2016-04-18 Neurophage Pharmaceuticals Inc Polipeptidos que comprenden una secuencia de aminoacidos de bacteriofago modificado g3p con inmunogenicidad reducida.
WO2016007870A2 (en) * 2014-07-11 2016-01-14 Iogenetics, Llc Immune recognition motifs
ES2910017T3 (es) 2014-12-03 2022-05-11 Proclara Biosciences Inc Polipéptidos que comprenden una secuencia de aminoácidos modificada de g3p de bacteriófago que carece de una señal de glicosilación
SE541355C2 (en) 2016-12-22 2019-08-13 Alfa Laval Corp Ab A plate heat exchanger with six ports for three different media

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
LU91067I2 (fr) * 1991-06-14 2004-04-02 Genentech Inc Trastuzumab et ses variantes et dérivés immuno chimiques y compris les immotoxines
US6307026B1 (en) * 1992-12-10 2001-10-23 Celltech Limited Humanized antibodies directed against A33 antigen
WO2004050706A2 (en) * 2002-12-03 2004-06-17 Medical Research Council Regulatory t-cells
DK1844074T3 (da) * 2005-02-03 2013-07-15 Antitope Ltd Humane antistoffer og proteiner

Also Published As

Publication number Publication date
EP2080138A2 (en) 2009-07-22
SG10201502661SA (en) 2015-05-28
SG175596A1 (en) 2011-11-28
US20120289417A1 (en) 2012-11-15
KR101485202B1 (ko) 2015-01-22
JP5456477B2 (ja) 2014-03-26
WO2008044032A3 (en) 2009-06-04
US20100017370A1 (en) 2010-01-21
AU2007306102B2 (en) 2012-02-23
KR20090069326A (ko) 2009-06-30
JP2010505929A (ja) 2010-02-25
WO2008044032A2 (en) 2008-04-17
AU2007306102A1 (en) 2008-04-17
CA2666320A1 (en) 2008-04-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2009113455A (ru) Базы данных т-клеточных эпитопов
Bozzacco et al. Mass spectrometry analysis and quantitation of peptides presented on the MHC II molecules of mouse spleen dendritic cells
Bassani-Sternberg et al. Direct identification of clinically relevant neoepitopes presented on native human melanoma tissue by mass spectrometry
Ebrahimi-Nik et al. Mass spectrometry–driven exploration reveals nuances of neoepitope-driven tumor rejection
US20170165337A1 (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against cll and other cancers
Tsuji et al. Effect of Montanide and poly-ICLC adjuvant on human self/tumor antigen-specific CD4+ T cells in phase I overlapping long peptide vaccine trial
Nepom et al. Identification and modulation of a naturally processed T cell epitope from the diabetes-associated autoantigen human glutamic acid decarboxylase 65 (hGAD65)
Nanaware et al. HLA-DO Modulates the Diversity of the MHC-II Self-peptidome*[S]
Shapiro et al. The impact of immunopeptidomics: From basic research to clinical implementation
Sospedra et al. Use of combinatorial peptide libraries for T-cell epitope mapping
US9720000B2 (en) Targeted identification of immunogenic peptides
Hillen et al. Contribution of mass spectrometry-based proteomics to immunology
TW202304970A (zh) 用於頭頸鱗狀細胞癌和其他癌症免疫治療的新型肽和支架
RU2005108044A (ru) Эпитопы т-клеток в стафилококковом энтеротоксине в
Sun et al. Enhanced anti-colon cancer immune responses with modified eEF2-derived peptides
JP2017043630A (ja) 免疫源性ペプチドの標的特異的同定方法
Klug et al. Characterization of MHC ligands for peptide based tumor vaccination
Rao et al. Mutant epitopes in cancer
Depil et al. Peptide-binding assays and HLA II transgenic Aβ° mice are consistent and complementary tools for identifying HLA II-restricted peptides
Karyampudi et al. Identification of a broad coverage HLA-DR degenerate epitope pool derived from carcinoembryonic antigen
Williamson et al. Use of proteomics to define targets of T-cell immunity
Experte et al. Chloe CHONG
Obermair et al. High resolution profiling of MHC-II peptide presentation capacity, by Mammalian Epitope Display, reveals SARS-CoV-2 targets for CD4 T cells and mechanisms of immune-escape
Shoshan et al. Proteomics in cancer vaccine development
Cecconi et al. The CD4+ T‐cell epitope‐binding register is a critical parameter when generating functional HLA‐DR tetramers with promiscuous peptides