RU2006131550A - Методы скрининга - Google Patents

Методы скрининга Download PDF

Info

Publication number
RU2006131550A
RU2006131550A RU2006131550/13A RU2006131550A RU2006131550A RU 2006131550 A RU2006131550 A RU 2006131550A RU 2006131550/13 A RU2006131550/13 A RU 2006131550/13A RU 2006131550 A RU2006131550 A RU 2006131550A RU 2006131550 A RU2006131550 A RU 2006131550A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
rna
oligonucleotide
seq
ligand
hybridization
Prior art date
Application number
RU2006131550/13A
Other languages
English (en)
Inventor
Манфред АУЕР (AT)
Манфред АУЕР
Йерг ХАККЕРМЮЛЛЕР (AT)
Йерг ХАККЕРМЮЛЛЕР
Маркус ЯРИТЦ (AT)
Маркус ЯРИТЦ
Николе-Клаудиа МАЙСНЕР (AT)
Николе-Клаудиа МАЙСНЕР
Original Assignee
Новартис АГ (CH)
Новартис Аг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Новартис АГ (CH), Новартис Аг filed Critical Новартис АГ (CH)
Publication of RU2006131550A publication Critical patent/RU2006131550A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/08—Antiallergic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1136—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against growth factors, growth regulators, cytokines, lymphokines or hormones
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/10—Applications; Uses in screening processes

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Heart & Thoracic Surgery (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Cardiology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Virology (AREA)

Claims (29)

1. Способ идентификации и отбора олигонуклеотида, обладающего способностью корректировать взаимодействия регуляторная РНК-лиганд, в котором
а) определяют и выбирают вторичный структурный элемент молекулы РНК, который требуется для распознавания лигандом, например, белком,
б) рассчитывают термодинамическую вероятность вторичного структурного элемента, указанного на стадии (а) в ансамбле вторичной структуры РНК,
в) рассчитывают термодинамическую вероятность вторичного структурного элемента, указанного на стадии (а), в ансамбле вторичной структуры РНК, гибридизованной с по меньшей мере частично обратно комплементарным олигонуклеотидом,
г) идентифицируют и отбирают олигонуклеотид, который приводит к изменению термодинамической вероятности вторичного структурного элемента, выходящей за определенные пределы пороговых значений вероятности, и необязательно подтверждают экспериментальным путем функцию этого олигонуклеотида согласно последующим стадиям (д), (е) и (ж),
д) получают олигонуклеотид указанный на стадии (г),
е) осуществляют гибридизацию РНК, содержащей вторичный структурный элемент, указанный на стадии (а) с олигонуклеотидом, полученным на стадии (д), и
ж) определяют эффект гибридизации на термодинамическую вероятность вторичного структурного элемента и затем отбирают олигонуклеотид, обладающий способностью корректировать взаимодействия регуляторная РНК-лиганд путем гибридизации с РНК.
2. Способ по п.1, в котором осуществляют идентификацию олигонуклеотида, обладающего способностью повышать или прекращать экспрессию гена-мишени.
3. Способ по п.1 или п.2, в котором лиганд представляет собой HuR и молекула РНК, содержащая вторичную структуру, требуемую для распознавания HuR, представляет собой мРНК.
4. Способ по п.3, в котором мРНК представляет собой мРНК IL-2.
5. Способ по п.3, в котором мРНК представляет собой мРНК TNFα.
6. Способ по п.4, в котором олигонуклеотид, отобранный на стадии (г), имеет последовательность, выбранную из группы, включающей
SEQ ID NO 1: AAGGCCTGATATGTTTTAAG,
SEQ ID NO 2: AATATAAAATTTAAATATTT,
SEQ ID NO 3: TAGAGCCCCTAGGGCTTACA,
SEQ ID NO 4: TGAAACCATTTTAGAGCCCC,
SEQ ID NO 5: AAGGCCUGAUAUGUUUUAAG,
SEQ ID NO 6: AAUAUAAAAUUUAAAUAUUU,
SEQ ID NO 7: UAGAGCCCCUAGGGCUUACA,
SEQ ID NO 8: UGAAACCAUUUUAGAGCCCC.
7. Способ по п.5, в котором олигонуклеотид, отобранный на стадии (г), имеет последовательность, выбранную из группы, включающей
SEQ ID NO 9: TCGGCCAGCTCCACGTCCCG,
SEQ ID NO 10: TCTGGTAGGAGACGGCGATG,
SEQ ID NO 11: ACGGCGATGCGGCTGATGGT,
SEQ ID NO 12: TTCTGGAGGCCCCAGTTTGA,
SEQ ID NO 13: ATTCCAGATGTCAGGGATCA,
SEQ ID NO 14: ATCACAAGTGCAAACATAAA.
8. Способ анализа для идентификации агента, корректирующего эффект гибридизации олигонуклеотида, который можно идентифицировать с помощью способа по п.1, с молекулой РНК, в котором
а) осуществляют гибридизацию РНК, содержащей вторичный структурный элемент, который требуется для распознавания лигандом, с олигонуклеотидом, который приводит к такому изменению термодинамической вероятности вторичного структурного элемента, что она выходит за пределы определенного порогового значения вероятности, в присутствии соединения-кандидата и без него,
б) определяют эффект гибридизации РНК с указанным олигонуклеотидом в присутствии соединения-кандидата и без него,
в) идентифицируют агент, который корректирует эффект гибридизации.
9. Способ по п.8, в котором эффект гибридизации определяют путем измерения сигнала, связанного с эффектом гибридизации, где эффект выбирают из группы, включающей изменения вторичной структуры РНК, третичной структуры РНК, аффинности РНК-лиганд, олиго- или мультимеризации РНК, олиго- или мультимеризации лиганда, конформационного изменения лиганда, изменение эффективности последующего распознавания взаимодействия РНК-лиганд, сплайсинга РНК, ковалентных модификаций РНК, локализации РНК, стабильности РНК, трансляции РНК и профилей экспрессии белка.
10. Способ по п.8 или 9, в котором РНК представляет собой мРНК.
20 11. Способ по одному из пп.8 и 9, в котором РНК, лиганд и олигонуклеотид представляют собой субстанции, определенные в одном из пп.3-7.
12. Способ анализа для идентификации агента, имитирующего эффект гибридизации молекулы РНК с олигонуклеотидом, который можно идентифицировать согласно способу по п.1, в котором
а) осуществляют гибридизацию РНК, содержащей вторичный структурный элемент, который требуется для распознавания лигандом, с олигонуклеотидом, который приводит к такому изменению термодинамической вероятности вторичного структурного элемента, что она выходит за пределы определенных пороговых значений вероятности
б) осуществляют гибридизацию РНК, содержащей вторичный структурный элемент, который требуется для распознавания лигандом, с соединением-кандидатом, в отношении которого ожидается, что оно обладает действием, аналогичным действию олигонуклеотида, который можно идентифицировать согласно способу по п.1,
в) определяют эффект гибридизации, осуществляемой на стадии (а) и (б), и
г) идентифицируют агент из числа соединений-кандидатов, который имитирует эффект гибридизации, осуществляемой в (а).
13. Способ по п.12, в котором эффект гибридизации определяют путем измерения сигнала, связанного с эффектом гибридизации, где эффект выбирают из группы, включающей изменения вторичной структуры РНК, третичной структуры РНК, аффинности РНК-лиганд, олиго- или мультимеризации РНК, олиго- или мультимеризации лиганда, конформационного изменения лиганда, изменение эффективности последующего распознавания взаимодействия РНК-лиганд, сплайсинга РНК, ковалентных модификаций РНК, локализации РНК, стабильности РНК, трансляции РНК и профилей экспрессии белка.
14. Способ по п.12 или 13, в котором РНК представляет собой мРНК.
15. Способ по одному из пп.12 и 13, в котором РНК, лиганд и олигонуклеотид представляют собой субстанции, определенные в одном из пп.3-7.
16. Применение способа анализа по одному из пп.8-15 для широкомасштабного скрининга.
17. Агент, идентифицированный с помощью способа анализа по одному из пп.8-15, для применения в качестве фармацевтического средства.
18. Олигонуклеотид, идентифицированный в способе по п.1, который приводит к такому изменению термодинамической вероятности вторичного структурного элемента, что она выходит за пределы определенного порогового значения вероятности.
19. Олигонуклеотид, имеющий последовательность, выбранную из группы, включающей
SEQ ID NO 1: AAGGCCTGATATGTTTTAAG,
SEQ ID NO 2: AATATAAAATTTAAATATTT,
SEQ ID NO 3: TAGAGCCCCTAGGGCTTACA,
SEQ ID NO 4: TGAAACCATTTTAGAGCCCC,
SEQ ID NO 5: AAGGCCUGAUAUGUUUUAAG,
SEQ ID NO 6: AAUAUAAAAUUUAAAUAUUU,
SEQ ID NO 7: UAGAGCCCCUAGGGCUUACA,
SEQ ID NO 8: UGAAACCAUUUUAGAGCCCC.
SEQ ID NO 9: TCGGCCAGCTCCACGTCCCG,
SEQ ID NO 10: TCTGGTAGGAGACGGCGATG,
SEQ ID NO 11: ACGGCGATGCGGCTGATGGT,
SEQ ID NO 12: TTCTGGAGGCCCCAGTTTGA,
SEQ ID NO 13: ATTCCAGATGTCAGGGATCA,
SEQ ID NO 14: ATCACAAGTGCAAACATAAA.
20. Олигонуклеотид, идентифицированный способом по п.1, или олигонуклеотид по п.19, где он представляет собой молекулу РНК или ДНК, имеющую любую химическую модификацию.
21. Олигонуклеотид, идентифицированный способом по п.1, или олигонуклеотид по п.19, где он представляет собой молекулу пептоидной нуклеиновой кислоты или замкнутых нуклеиновых кислот.
22. Применение олигонуклеотида по одному из пп.18-21 для воздействия на взаимодействия регуляторная РНК-лиганд.
23. Применение олигонуклеотида по одному из пп.18-21 для воздействия на экспрессию гена, например, для усиления или прекращения экспрессии гена.
24. Применение олигонуклеотида по одному из пп.18-21 для воздействия на стабильность молекулы РНК.
25. Применение олигонуклеотида, идентифицированного с помощью способа по п.5, для повышения стабильности мРНК TNFα.
26. Применение олигонуклеотида, идентифицированного с помощью способа по п.5, для повышения экспрессии гена TNFa.
27. Применение олигонуклеотида, выбранного из группы, включающей SEQ ID NO 1, 2, 3 и 4, для повышения стабильности мРНК IL2 и/или экспрессии гена IL2.
28. Применение олигонуклеотида, имеющего последовательность, представленную в SEQ ID NO 14, для повышения стабильности мРНК TNFα и/или экспрессии гена TNFα.
29. Фармацевтическая композиция, содержащая агент, идентифицированный с помощью способа анализа по п.8, или олигонуклеотид по одному из пп.18-21 в сочетании с по меньшей мере одним фармацевтическим эксципиентом.
RU2006131550/13A 2004-02-05 2005-02-04 Методы скрининга RU2006131550A (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US54231504P 2004-02-05 2004-02-05
US60/542,315 2004-02-05
US56046404P 2004-04-08 2004-04-08
US60/560,464 2004-04-08

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2006131550A true RU2006131550A (ru) 2008-03-10

Family

ID=34841137

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2006131550/13A RU2006131550A (ru) 2004-02-05 2005-02-04 Методы скрининга

Country Status (10)

Country Link
EP (1) EP1713913A2 (ru)
JP (1) JP2007521813A (ru)
KR (1) KR20060135798A (ru)
CN (1) CN1918294A (ru)
AU (2) AU2005210006B2 (ru)
BR (1) BRPI0507480A (ru)
CA (1) CA2554218A1 (ru)
IL (1) IL176991A0 (ru)
RU (1) RU2006131550A (ru)
WO (1) WO2005075637A2 (ru)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011062166A1 (ja) * 2009-11-17 2011-05-26 武田薬品工業株式会社 Ｒｎａの二次構造の動態を予測する方法
WO2011098449A1 (en) 2010-02-10 2011-08-18 Novartis Ag Methods and compounds for muscle growth

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004099411A1 (en) * 2003-05-07 2004-11-18 Novartis Ag A method for dissecting the rna secondary structure dependence of rna-ligand interactions

Also Published As

Publication number Publication date
CN1918294A (zh) 2007-02-21
AU2005210006A1 (en) 2005-08-18
BRPI0507480A (pt) 2007-07-17
AU2005210006B2 (en) 2008-09-25
CA2554218A1 (en) 2005-08-18
WO2005075637A3 (en) 2005-11-10
AU2008261191A1 (en) 2009-01-22
EP1713913A2 (en) 2006-10-25
JP2007521813A (ja) 2007-08-09
WO2005075637A2 (en) 2005-08-18
KR20060135798A (ko) 2006-12-29
IL176991A0 (en) 2006-12-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sun et al. Principles and innovative technologies for decrypting noncoding RNAs: from discovery and functional prediction to clinical application
Grünberger et al. Nanopore sequencing of RNA and cDNA molecules in Escherichia coli
JP5986572B2 (ja) 固定化プライマーを使用した標的ｄｎａの直接的な捕捉、増幅、および配列決定
Kircher et al. Double indexing overcomes inaccuracies in multiplex sequencing on the Illumina platform
JP2018520652A5 (ru)
US20120028814A1 (en) Oligonucleotide ligation, barcoding and methods and compositions for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing
EP3247804A1 (en) High multiplex pcr with molecular barcoding
EP2182077A1 (en) A method for single nucleotide polymorphism and mutation detection using real time polymerase chain reaction microarray
CN102348811A (zh) 单细胞核酸分析
WO1996032504A3 (en) Solid phase sequencing of biopolymers
US20120289412A1 (en) Complexity reduction method
EP3122894A1 (en) Accurate detection of rare genetic variants in next generation sequencing
Zheng et al. Insights into an extensively fragmented eukaryotic genome: de novo genome sequencing of the multinuclear ciliate Uroleptopsis citrina
WO2003052099A3 (en) Methods of parallel gene cloning and analysis
Gómez-Lozano et al. Identification of bacterial small RNAs by RNA sequencing
CN114555821B (zh) 检测与dna靶区域独特相关的序列
RU2006131550A (ru) Методы скрининга
JP2018525024A (ja) 表現型に影響を及ぼす遺伝要素を同定するアッセイ法
JP2020527033A (ja) 核酸識別子の夾雑を検出するためのアッセイ方法および組成物
ATE435304T1 (de) Verfahren zur in-vitro detektion und quantifizierung von hiv dna mittels quantitativer pcr
US20190367971A1 (en) Methods for haplotype and diplotype determination
US20210172012A1 (en) Preparation of dna sequencing libraries for detection of dna pathogens in plasma
Zhang et al. A New SNP Genotyping Technology by Target SNP-Seq
Pattabhiramaiah et al. Library Preparations and Sequencing Platform for Improving Food Safety
CN110582577A (zh) 文库定量和鉴定

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20100120