RU2006129631A - METHODS FOR ANALYSIS OF TISSUE INFLAMMATORY RESPONSE USING PROFILES OF GENE EXPRESSION IN ENDOTHELIAL CELLS - Google Patents

METHODS FOR ANALYSIS OF TISSUE INFLAMMATORY RESPONSE USING PROFILES OF GENE EXPRESSION IN ENDOTHELIAL CELLS Download PDF

Info

Publication number
RU2006129631A
RU2006129631A RU2006129631/13A RU2006129631A RU2006129631A RU 2006129631 A RU2006129631 A RU 2006129631A RU 2006129631/13 A RU2006129631/13 A RU 2006129631/13A RU 2006129631 A RU2006129631 A RU 2006129631A RU 2006129631 A RU2006129631 A RU 2006129631A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
transcripts
tissue
specified
protein
inflammatory response
Prior art date
Application number
RU2006129631/13A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Стивен Кевин СМИТ (GB)
Стивен Кевин СМИТ
Дэвид Стефен ЧАРНОК-ДЖОУНС (GB)
Дэвид Стефен ЧАРНОК-ДЖОУНС
Кристин Грегор ПРИНТ (GB)
Кристин Грегор ПРИНТ
Никола Энн ДЖОНСОН (GB)
Никола Энн ДЖОНСОН
Original Assignee
Кембридж Юниверсити Текникал Сервисиз Лимитед (Gb)
Кембридж Юниверсити Текникал Сервисиз Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Кембридж Юниверсити Текникал Сервисиз Лимитед (Gb), Кембридж Юниверсити Текникал Сервисиз Лимитед filed Critical Кембридж Юниверсити Текникал Сервисиз Лимитед (Gb)
Publication of RU2006129631A publication Critical patent/RU2006129631A/en

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A61P11/06—Antiasthmatics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A61P11/08—Bronchodilators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
    • A61P15/08—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives for gonadal disorders or for enhancing fertility, e.g. inducers of ovulation or of spermatogenesis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/06—Antipsoriatics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/08—Antiepileptics; Anticonvulsants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/30—Drugs for disorders of the nervous system for treating abuse or dependence
    • A61P25/32—Alcohol-abuse
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/16—Otologicals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/08—Antiallergic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • A61P7/02—Antithrombotic agents; Anticoagulants; Platelet aggregation inhibitors
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Claims (33)

1. Способ оценки воспалительного ответа в ткани, предусматривающий количественную оценку уровня по меньшей мере пяти транскриптов, представленных в таблице 1, или белков, кодируемых этими транскриптами, в образце и сравнение уровней определяемых таким образом указанных транскриптов или белков с уровнем указанных транскриптов или белков, полученных из контрольного образца.1. A method for evaluating an inflammatory response in tissue, comprising quantifying the level of at least five transcripts shown in Table 1, or the proteins encoded by these transcripts, in a sample and comparing the levels of these transcripts or proteins so determined with the level of these transcripts or proteins, obtained from a control sample. 2. Способ по п.1, где указанный образец содержит клетки, полученные из той области организма пациента, в ткани которой, предположительно, продуцируется воспалительный ответ.2. The method according to claim 1, where the specified sample contains cells obtained from that area of the patient's body, in the tissue of which, presumably, an inflammatory response is produced. 3. Способ по п.2, где клетками являются эндотелиальные клетки либо указанным образцом, взятым у пациента, является проба крови, сыворотки или мочи.3. The method according to claim 2, where the cells are endothelial cells or the specified sample taken from a patient is a blood, serum or urine sample. 4. Способ по п.3, где эндотелиальными клетками являются эндотелиальные клетки человеческой пупочной вены, эндотелиальные клетки человеческой коронарной артерии или микрососудистые эндотелиальные клетки человеческой матки.4. The method according to claim 3, where the endothelial cells are human umbilical vein endothelial cells, human coronary artery endothelial cells or human uterus microvascular endothelial cells. 5. Способ по любому из пп.1-4, где контрольный образец получают из эндотелиальных клеток ткани указанного пациента, в которой не продуцируется воспалительный ответ.5. The method according to any one of claims 1 to 4, where the control sample is obtained from endothelial cells of the tissue of the specified patient, which does not produce an inflammatory response. 6. Способ по любому из пп.1-4, где указанный контрольный образец получают из ткани указанного пациента, в которой воспалительный ответ продуцируется в более ранние сроки.6. The method according to any one of claims 1 to 4, where the specified control sample is obtained from the tissue of the specified patient, in which the inflammatory response is produced at an earlier date. 7. Способ по любому из пп.1-4, где воспалительный ответ в ткани включает в себя один или несколько [из следующих процессов] транспорта лейкоцитов через эндотелий, миграции лейкоцитов в воспаленную ткань, активации лейкоцитов, активации и ангиогенеза эндотелиальных клеток и/или ингибирования апоптоза лейкоцитов или эндотелиальных клеток.7. The method according to any one of claims 1 to 4, where the inflammatory response in the tissue includes one or more [of the following processes] transport of leukocytes through the endothelium, migration of leukocytes into inflamed tissue, activation of leukocytes, activation and angiogenesis of endothelial cells and / or inhibition of leukocyte or endothelial cell apoptosis. 8. Способ по п.1, который представляет собой способ диагностики состояния, с которым ассоциируется тканевый воспалительный ответ, или мониторинг прогрессирования состояния, с которым ассоциируется тканевый воспалительный ответ и которое уже было диагностировано, или мониторинг эффективности лечения состояния, с которым ассоциируется тканевый воспалительный ответ.8. The method according to claim 1, which is a method for diagnosing a condition with which a tissue inflammatory response is associated, or monitoring the progression of a condition with which a tissue inflammatory response is associated, and which has already been diagnosed, or monitoring the effectiveness of treating a condition with which a tissue inflammatory response is associated answer. 9. Способ по любому из пп.1-4, где указанное определение осуществляют после проведения курса лечения указанного пациента.9. The method according to any one of claims 1 to 4, where the specified definition is carried out after the course of treatment of the specified patient. 10. Способ по любому из пп.1-4, где определяют уровень по меньшей мере 10 транскриптов или белков, кодируемых этими транскриптами, представленными в таблице 1.10. The method according to any one of claims 1 to 4, where the level of at least 10 transcripts or proteins encoded by these transcripts shown in table 1 is determined. 11. Способ по п.10, где определяют уровень по меньшей мере 20 транскриптов или белков, кодируемых этими транскриптами, представленными в таблице 1.11. The method of claim 10, where the level of at least 20 transcripts or proteins encoded by these transcripts shown in table 1 is determined. 12. Способ по любому из пп.1-4, где уровень определяют путем гибридизации с массивом генных чипов.12. The method according to any one of claims 1 to 4, where the level is determined by hybridization with an array of gene chips. 13. Способ по любому из пп.1-4, где уровень определяют с помощью количественной ПЦР.13. The method according to any one of claims 1 to 4, where the level is determined using quantitative PCR. 14. Способ диагностики состояния, с которым ассоциируется воспалительный ответ в ткани, включающий в себя определение уровня белков, полученных из эндотелиальных клеток и кодируемых по меньшей мере пятью из транскриптов, указанных в таблице 1, в образце, взятом у пациента с подозрением на такое состояние или у пациента, страдающего таким состоянием.14. A method for diagnosing a condition with which an inflammatory response in tissue is associated, which includes determining the level of proteins obtained from endothelial cells and encoded by at least five of the transcripts shown in table 1 in a sample taken from a patient suspected of having such a condition or in a patient suffering from such a condition. 15. Способ по любому из пп.1-4, где воспалительный ответ в ткани ассоциируется с воспалительным заболеванием, синдромом васкулита, атеросклерозом или ассоциированным с ним заболеванием, хроническим отторжением трансплантата или с состоянием, вызывающим рост опухоли.15. The method according to any one of claims 1 to 4, wherein the inflammatory response in the tissue is associated with an inflammatory disease, vasculitis syndrome, atherosclerosis or an associated disease, chronic transplant rejection, or a condition causing tumor growth. 16. Способ по п.15, где воспалительные заболевания включают в себя воспалительные нарушения кишечника, псориаз, ишемическую реперфузию, респираторный дистресс-синдром взрослых, астму, аллергический ринит, дерматит, менингит, энцефалит, увеит, заболевания, вызывающие диапедез лейкоцитов, воспалительные расстройства центральной нервной системы, болезнь Альцгеймера, эндометриоз, рассеянный склероз, синдром множественного поражения органов, алкогольный гепатит, бактериальную пневмонию; заболевания, опосредуемые комплексом "антиген-антитело"; воспаление легких (включая плеврит, альвеолит, пневмонию, хронический бронхит, бронхиоэктаз, кистозный фиброз и хроническую обструктивную болезнь легких (ХОБЛ)), васкулит, нодозный полиартериит, гигантоклеточный артериит, гистологический полиартериит, преэклампсию и аутоиммунные заболевания.16. The method according to clause 15, where the inflammatory diseases include inflammatory bowel disorders, psoriasis, ischemic reperfusion, adult respiratory distress syndrome, asthma, allergic rhinitis, dermatitis, meningitis, encephalitis, uveitis, diseases that cause leukocyte diapedesis, inflammatory disorders central nervous system, Alzheimer's disease, endometriosis, multiple sclerosis, multiple organ damage syndrome, alcoholic hepatitis, bacterial pneumonia; diseases mediated by the antigen-antibody complex; pneumonia (including pleurisy, alveolitis, pneumonia, chronic bronchitis, bronchiectasis, cystic fibrosis and chronic obstructive pulmonary disease (COPD)), vasculitis, nodular polyarteritis, giant cell arteritis, histological polyarteritis, preeclampsia and autoimmune diseases. 17. Способ по любому из пп.1-4, в котором в результате указанного сравнения определяют изменение характера [экспрессии] транскриптов или уровней [экспрессии] транскриптов в указанном образце и в контрольном образце.17. The method according to any one of claims 1 to 4, in which, as a result of said comparison, a change in the nature of [expression] transcripts or levels [expression] of transcripts in the specified sample and in the control sample is determined. 18. Способ по любому из пп.1-4, где определяют уровень/относительное содержание по меньшей мере одного транскрипта или кодируемого им белка, выбранных из колониестимулирующего фактора 3 (гранулоцитарного); колониестимулирующего фактора 2 (гранулоцитарного-макрофагального); гранулоцитарного хемотаксического белка 2; диубихитина; ELAM-1; TNF-индуцированного белка 6; Exodus 1; IL-1β; VCAM-1; ICAM-1; IАР1; TNF-индуцибельного А20; RIРК2; ММР 10; TRAF1; JAK-связывающего белка; фосфатазы 4 с двойной специфичностью; IL-6; IL-8; Gro-гамма; МСР-1; Gro-бета; Gro-альфа; ENA-78; фракталкина; малого индуцибельного цитокина подсемейства А14; малого индуцибельного цитокина А5; рецептора LI7; Toll-подобного/IL-1-рецептор-подобного белка 4; ССААТ; MAD-3; COX-2; Mn SOD; NO-синтазы; L-кинуренингидролазы; ингибитора пути тканевого фактора 2; ламинина-гамма 2; Toll-подобного рецептора 2; транскрипта 4 природных клеток-киллеров; TNF-альфа-индуцированного белка 2; переносчика катионных аминокислот 2А; белка 4, связывающегося с жирной кислотой; члена суперсемейства TNF-рецепторов 11b и члена суперсемейства TNF 9.18. The method according to any one of claims 1 to 4, where the level / relative content of at least one transcript or protein encoded by it is selected from colony-stimulating factor 3 (granulocytic); colony stimulating factor 2 (granulocyte-macrophage); granulocyte chemotactic protein 2; diubichitin; ELAM-1; TNF-induced protein 6; Exodus 1; IL-1β; VCAM-1; ICAM-1; IAP1; TNF-inducible A20; RIRK2; MMP 10; TRAF1; JAK binding protein; phosphatase 4 with dual specificity; IL-6; IL-8; Gro-gamma; MCP-1; Gro Beta Gro alpha; ENA-78; fractalkine; small inducible cytokine subfamily A14; small inducible cytokine A5; LI7 receptor; Toll-like / IL-1 receptor-like protein 4; CCAAT; MAD-3; COX-2; Mn SOD; NO synthases; L-kinurene hydrolases; tissue factor 2 pathway inhibitor; laminin gamma 2; Toll-like receptor 2; transcript of 4 natural killer cells; TNF-alpha-induced protein 2; cationic amino acid transporter 2A; protein 4 that binds to a fatty acid; a member of the TNF receptor superfamily 11b; and a member of the TNF 9 superfamily. 19. Способ по п.18, где указанный транскрипт или кодируемый им белок выбран из колониестимулирующего фактора 3 (гранулоцитарного), колониестимулирующего фактора 2 (гранулоцитарного-макрофагального), гранулоцитарного хемотаксического белка 2, диубихитина, ELAM-1, TNF-индуцированного белка 6, Exodus 1 и IL-1β.19. The method of claim 18, wherein said transcript or protein encoded by it is selected from colony-stimulating factor 3 (granulocytic), colony-stimulating factor 2 (granulocyte-macrophage), granulocyte chemotactic protein 2, diubichitin, ELAM-1, TNF-induced protein 6, Exodus 1 and IL-1β. 20. Массив генных чипов, предназначенный для применения в способе по любому из пп.1-19, где указанный массив содержит по меньшей мере пять нуклеиновых кислот, подходящих для детектирования по меньшей мере пяти транскриптов, указанных в таблице 1; необязательно, контроль, специфичный для указанных транскриптов; и, необязательно, по меньшей мере один контроль для указанного генного чипа.20. An array of gene chips intended for use in the method according to any one of claims 1 to 19, wherein said array contains at least five nucleic acids suitable for detecting at least five transcripts shown in table 1; optionally, a control specific to said transcripts; and, optionally, at least one control for said gene chip. 21. Массив генных чипов для детектирования по меньшей мере пяти транскриптов, указанных в таблице 1, где указанный массив содержит по меньшей мере пять нуклеиновых кислот, выбранных из нуклеиновых кислот, указанных в таблице 2 и подходящих для детектирования присутствия указанных по меньшей мере пяти транскриптов; необязательно, контроль, специфичный для указанных транскриптов; и, необязательно по меньшей мере один контроль для указанного генного чипа.21. An array of gene chips for detecting at least five transcripts shown in Table 1, wherein said array contains at least five nucleic acids selected from the nucleic acids listed in Table 2 and suitable for detecting the presence of said at least five transcripts; optionally, a control specific to said transcripts; and optionally at least one control for said gene chip. 22. Анализ на основе белка, который может быть применен в способе по любому из пп.1-19, для оценки по меньшей мере пяти белков, кодируемых транскриптами, включая транскрипты, представленные в таблице 1; [и который] необязательно включает в себя контроль, специфичный для указанных белков; и, необязательно, по меньшей мере один контроль для анализа.22. A protein-based analysis that can be used in the method according to any one of claims 1-19, for evaluating at least five proteins encoded by transcripts, including transcripts shown in table 1; [and which] optionally includes a control specific for said proteins; and optionally at least one control for analysis. 23. Анализ по п.22, которым является ELISA или анализ с использованием чипа антител.23. The analysis of claim 22, which is an ELISA or analysis using an antibody chip. 24. Способ анализа для определения модулятора воспалительного ответа в ткани или ассоциированного с ним состояния, включающий в себя24. An analysis method for determining a modulator of an inflammatory response in a tissue or an associated condition, including а) получение белка, кодируемого транскриптами, представленными в таблице 1;a) obtaining a protein encoded by the transcripts shown in table 1; b) приведение белка в контакт с кандидатом-модулятором его активности;b) bringing the protein into contact with a candidate modulator of its activity; с) определение того, способен ли указанный кандидат-модулятор модулировать активность белка.c) determining whether said candidate modulator is capable of modulating protein activity. 25. Способ анализа по п.24, где указанный кандидат-модулятор представляет собой антитело или его связывающий фрагмент, который связывается с указанным белком.25. The analysis method according to paragraph 24, where the specified candidate modulator is an antibody or its binding fragment that binds to the specified protein. 26. Способ анализа по п.24, где указанный кандидат-модулятор представляет собой фрагмент указанного белка или его миметик.26. The analysis method according to paragraph 24, where the specified candidate modulator is a fragment of the specified protein or its mimetic. 27. Способ анализа для определения модулятора воспалительного ответа в ткани или ассоциированного с ним состояния, где указанный способ включает в себя27. An analysis method for determining a modulator of an inflammatory response in tissue or an associated condition, wherein said method includes а) получение эндотелиальной клетки в культуре:a) obtaining endothelial cells in culture: b) приведение указанной клетки в контакт с кандидатом-модулятором указанного состояния; иb) bringing said cell into contact with a candidate modulator of said state; and с) определение того, способен ли указанный кандидат-модулятор модулировать уровень по меньшей мере одного из транскриптов, указанных в таблице 1.c) determining whether said candidate modulator is capable of modulating the level of at least one of the transcripts shown in table 1. 28. Способ анализа по п.27, где указанный кандидат-модулятор представляет собой антисмысловой олигонуклеотид или иРНК.28. The analysis method according to item 27, where the specified candidate modulator is an antisense oligonucleotide or mRNA. 29. Способ анализа по п.27, где указанный кандидат-модулятор представляет собой смысловой олигонуклеотид29. The analysis method according to claim 27, wherein said candidate modulator is a sense oligonucleotide 30. Применение модулятора, полученного способами анализа по любому из п.п. 24-29, для лечения воспалительного ответа в ткани или ассоциированного с ним состояния.30. The use of a modulator obtained by analysis methods according to any one of paragraphs. 24-29, for the treatment of an inflammatory response in tissue or an associated condition. 31. Вектор, содержащий последовательность, кодирующую транскрипт, указанный в таблице 1b, где указанная последовательность функционально связана с промотором для осуществления ее транскрипции.31. A vector containing the sequence encoding the transcript shown in table 1b, where the specified sequence is functionally linked to a promoter for its transcription. 32. Вектор по п.31, где указанная последовательность связана в пределах рамки считывания с областью инициации трансляции для осуществления трансляции указанной последовательности.32. The vector according to p, where the specified sequence is connected within the reading frame with the area of the translation initiation for the translation of the specified sequence. 33. Вектор по п.31, где указанная последовательность находится в антисмысловой ориентации.33. The vector according to p, where the specified sequence is in antisense orientation.
RU2006129631/13A 2004-01-16 2005-01-14 METHODS FOR ANALYSIS OF TISSUE INFLAMMATORY RESPONSE USING PROFILES OF GENE EXPRESSION IN ENDOTHELIAL CELLS RU2006129631A (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GB0400976.7 2004-01-16
GBGB0400976.7A GB0400976D0 (en) 2004-01-16 2004-01-16 Methods of diagnosis

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2006129631A true RU2006129631A (en) 2008-02-27

Family

ID=31726300

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2006129631/13A RU2006129631A (en) 2004-01-16 2005-01-14 METHODS FOR ANALYSIS OF TISSUE INFLAMMATORY RESPONSE USING PROFILES OF GENE EXPRESSION IN ENDOTHELIAL CELLS

Country Status (10)

Country Link
EP (1) EP1711630A2 (en)
JP (1) JP2007522800A (en)
KR (1) KR20060122927A (en)
CN (1) CN1934274A (en)
AU (1) AU2005205218A1 (en)
CA (1) CA2551677A1 (en)
GB (2) GB0400976D0 (en)
RU (1) RU2006129631A (en)
TW (1) TW200533758A (en)
WO (1) WO2005068655A2 (en)

Families Citing this family (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7943328B1 (en) 2006-03-03 2011-05-17 Prometheus Laboratories Inc. Method and system for assisting in diagnosing irritable bowel syndrome
DE102006027842B4 (en) * 2006-06-16 2014-07-31 Analytik Jena Ag Method for determining the source of infection in fever of uncertain origin
US20080085524A1 (en) 2006-08-15 2008-04-10 Prometheus Laboratories Inc. Methods for diagnosing irritable bowel syndrome
EP2147309A4 (en) * 2007-05-05 2010-08-04 Univ Western Ontario Methods for the detection of preeclampsia
ES2657969T3 (en) 2010-04-02 2018-03-07 Curna, Inc. Treatment of diseases related to Colony Stimulating Factor 3 (CSF3) by inhibition of the natural antisense transcript to CSF3
EP2913405B1 (en) 2010-07-27 2016-11-09 Genomic Health, Inc. Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer
CN102766679B (en) * 2011-05-04 2015-02-25 上海人类基因组研究中心 Detection method, probe set, and diagnostic kit for predicting postoperation recurrence-free survival of colorectal cancer via gene expression states of two probes
EP2799878A1 (en) * 2013-05-03 2014-11-05 SALION GmbH In vitro method for the early detection of a potential inflammation, in particular associated with rejection of a transplant using kynurenine as a marker.
JP6427278B2 (en) * 2014-12-23 2018-11-21 フォーディー ファーマ リサーチ リミテッド４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｉｍｉｔｅｄ pirin polypeptide and immune modulation
CN107328941A (en) * 2017-06-24 2017-11-07 梧州市兴能农业科技有限公司 It is a kind of to detect the antibody chip of various kinds of cell adhesion factor simultaneously
CN114452286A (en) * 2021-07-23 2022-05-10 上海交通大学医学院附属新华医院 RAL inhibitors for the prevention and treatment of osteoarthritis

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6307025B1 (en) * 1989-04-28 2001-10-23 Biogen, Inc. VCAM fusion proteins and DNA coding therefor
US20030036070A1 (en) * 1999-10-21 2003-02-20 Shukti Chakravarti Gene expression profiling of inflammatory bowel disease
EP1238104A2 (en) * 1999-11-03 2002-09-11 Metris Therapeutics Limited Agents implicated in endometriosis
US6905827B2 (en) * 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
EP1319717A1 (en) * 2001-12-11 2003-06-18 Roche Diagnostics GmbH Method for detection of inflammatory processes

Also Published As

Publication number Publication date
CA2551677A1 (en) 2005-07-28
KR20060122927A (en) 2006-11-30
JP2007522800A (en) 2007-08-16
TW200533758A (en) 2005-10-16
EP1711630A2 (en) 2006-10-18
GB0615106D0 (en) 2006-09-06
GB2424947A (en) 2006-10-11
WO2005068655A2 (en) 2005-07-28
AU2005205218A1 (en) 2005-07-28
WO2005068655A3 (en) 2005-11-17
CN1934274A (en) 2007-03-21
GB0400976D0 (en) 2004-02-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2006129631A (en) METHODS FOR ANALYSIS OF TISSUE INFLAMMATORY RESPONSE USING PROFILES OF GENE EXPRESSION IN ENDOTHELIAL CELLS
Komiya et al. Concerted expression of eotaxin-1, eotaxin-2, and eotaxin-3 in human bronchial epithelial cells
US7666608B2 (en) Methods for determining drug responsiveness
US11585810B2 (en) Biomarkers for systemic lupus erythematosus disease activity, and intensity and flare
CN109852689B (en) Group of vascular malformation related biomarkers and related detection kit
US7745138B2 (en) Methods for determining drug responsiveness
Zheng et al. Demonstration of TARC and CCR4 mRNA expression and distribution using in situ RT‐PCR in the lesional skin of atopic dermatitis
CN110484613B (en) Ankylosing spondylitis early diagnosis marker
US11299768B2 (en) Methods for determining a patient's susceptibility of contracting a nosocomial infection and for establishing a prognosis of the progression of septic syndrome
Suzuki et al. In vitro and in vivo characterization of a novel CCR3 antagonist, YM-344031
O’Gorman et al. IL-1β and TNF-α induce increased expression of CCL28 by airway epithelial cells via an NFκB-dependent pathway
Al-Garawi et al. Shifting of immune responsiveness to house dust mite by influenza A infection: genomic insights
Coles et al. Cardioprotective stress response in the human fetal heart
JP2013213774A (en) Biomarker for inspecting tuberculosis
Mizuno et al. Molecular cloning of canine interleukin-31 and its expression in various tissues
Abed et al. Serum level and genetic polymorphism of IL-38 and IL-40 in autoimmune thyroid disease
JP2009112266A (en) Psychoneurotic disorder-diagnosing marker, method for diagnosing psychoneurotic disorder, and method for evaluating curative for such disorder
Al-Amodi et al. Potential Value of TNF-α (–376 G/A) Polymorphism and Cystatin C (CysC) in the Diagnosis of Sepsis Associated Acute Kidney Injury (S-AK I) and Prediction of Mortality in Critically Ill patients
US7875427B2 (en) Compositions and methods for IL-13 biomarkers
US20070184466A1 (en) Detection, generation and uses of atherosclerosis-protective endothelium
JP2019190976A (en) Biomarkers for identifying still's disease and sepsis
JP5758479B2 (en) Diagnostic marker for neuropsychiatric disorder, diagnostic method, and therapeutic drug evaluation method
CN110964802B (en) Application of ApoE gene in cerebral hemorrhage acute stage hematoma re-expansion and prognosis evaluation
US20240125766A1 (en) Method for determining suitability of a subject to anti tnf alpha therapy
JP6565099B2 (en) Biomarkers of familial Mediterranean fever

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20080226